zzh
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zzh pushed to main at zzh/FastSort
eb3acb953a 添加了一些统计时间的代码
2026-07-06 00:06:53 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
1827d89663 找到了一个bug，是循环缓冲区的skipwrite函数导致的，skip和valuesize混淆会导致pop的时候valuesize和pop出去的bam size不一致，导致bug，新增了skipped字段来解决这一问题
2026-07-05 23:35:37 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
e477905410 小数据结果差不多了，大数据还有bug，再调试一下
2026-07-02 03:12:07 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
36d1aa43dc 解决了阶段一的一个bug，就是最后一次merge之后，如果没达到阈值，merge order不增加，导致中间文件少了一部分数据
2026-06-27 13:27:19 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
eb876d4fe2 解决了phase1阶段计算offset的bug，第二阶段初步完成，但是还有bug
2026-06-11 23:05:03 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
06224d52bb clean了一下代码
2026-06-03 16:47:50 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
f5776a795a 改进了merge，开始第二阶段过程的工作，需要clean一下代码
2026-06-03 14:09:56 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
438375572d 第一阶段基本完成，merge的时候因为拷贝了内存所以比较慢，需要改改
2026-06-02 15:57:32 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
c723476a0f 解压和内存拷贝可以并行，但是效果一般，可以调节并行和串行
2026-06-01 23:29:19 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
86b26c9512 解决了bam和block不对齐情况的处理
2026-06-01 16:51:17 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
00286d9899 重构代码，改变并行流水线，拼接连续的block
2026-05-27 20:43:04 +08:00
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e701805337 处理read seq的潜在的bug
2026-01-25 23:13:55 +08:00
zzh pushed to main at zzh/hyb-align
a4c2411d99 修复一个可能引起崩溃的bug，就是读取reads时，初始开辟的seqs个数可能不够，导致超出seqs内存，最终崩溃
2026-01-19 15:00:53 +08:00
zzh pushed to main at zzh/hyb-align
884e47d57d 将hyb-index和avx512的mate-sw结合起来了，速度很快
2026-01-19 01:17:51 +08:00
zzh pushed to main at zzh/BWA-FastAlign
fd21021e6a 清理了一下代码，优雅的处理u8和i16
2026-01-18 01:59:51 +08:00
zzh pushed to main at zzh/BWA-FastAlign
56c687d23d 改变了seq与task关联的方式，在线程中将task信息与对应的seq关联
2026-01-18 00:41:00 +08:00
zzh pushed to main at zzh/BWA-FastAlign
2c1f58fb50 添加了SAM_EXACT宏定义，可以选择结果精确（与bwa一致），或者更快一点，容许不一致，其实没有损失精度，结果不一致只是bwa里的排序不稳定导致的
2026-01-17 23:46:26 +08:00
zzh pushed to main at zzh/BWA-FastAlign
3dfff494f7 msw添加aln时，尝试了新的高效率的方式，结果还是差一些，代码保留，等会儿clean一下
2026-01-17 22:54:16 +08:00
zzh pushed to main at zzh/BWA-FastAlign
e335e79543 结果正确了，gen-sam过程应该还有性能提升空间
2026-01-17 01:00:52 +08:00
zzh pushed to main at zzh/BWA-FastAlign
67cbb5b8e9 改了几个bug，比如gen_sam需要全局id，dedup-sort需要一个一个做，现在还有一个问题，就是dedup-sort之后有些skip结果会变
2026-01-16 22:16:21 +08:00