zzh - git server for zzh ICT

zzh pushed to main at zzh/fast-bwa

44b7c62715 将smem1函数用fmt结构实现了，结果基本正确

2024-02-07 22:08:56 +08:00

zzh pushed to main at zzh/bwa_perf

46822bef2c 实现了kmer index，有效果，但是随着序列扩展到后边，扩展的耗时越来越长

2024-02-03 15:54:58 +08:00

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914cbd34ab 添加了kmer index，有效果，但是不明显，有可能是随着序列的边长，后边的扩展更耗时

2024-02-03 10:06:55 +08:00

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5a055625c3 清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试

2024-02-03 02:31:04 +08:00

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45318fc95b 解决了各种bug，目前mid interval和普通的occ interval合并在一起处理了，通过编译指导语句，进行选择和调试

2024-02-02 22:18:32 +08:00

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5ff04ec853 去掉了一些调试代码，fmt增加了小间隔同时计算的代码，但是效果不明显，后续可能会删掉

2024-02-02 12:53:39 +08:00

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5f18167703 mid interval支持8和16，代码中含有注释掉的调试信息，发现并解决了一个数据溢出的bug

2024-02-02 03:59:41 +08:00

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e8ceb3ff58 解决了各种bug，现在结果是准确的，比原始的扩展快了30%，比64间隔的扩展快了20%

2024-02-01 13:05:02 +08:00

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a500d76eaa 解决了创建fmt时候的bug，获取bwt str地址时候应该用bwt 的 occ-interval计算，而不是fmt的occ interval

2024-01-31 15:50:38 +08:00

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fe34be5d3a 解决了创建fmt过程中的bug，把bwt中保存occ的类型从uint64改成了uint32

2024-01-31 02:19:14 +08:00

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555e39df94 验证了fmt-index的正确性，用两种方式进行了实现，第二种记录b1和b2的occ以及大于他们的碱基的occ，更快一些

2024-01-29 23:14:50 +08:00

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22b75d335b 结果正确性没有问题，正在测试速度，稍快一些

2024-01-28 14:51:44 +08:00

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c69cb901bb 解决了一些bug，目前看来fmt可以正常工作

8e1576a2cd 对代码进行了重构，基本完成了fmt-index数据结构的建立和序列查找代码，保留着一些调试信息

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2024-01-27 00:53:29 +08:00

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0a98a0cfab 对代码进行了重构，基本完成了fmt-index数据结构的建立和序列查找代码

2024-01-25 15:41:02 +08:00

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6161808f60 Merge branch 'main' of ssh://zzhict.top:6622/zzh/bwa_perf into main

51127278f0 bwa-mem各个部分优化和测试工程，初始化

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2024-01-25 08:59:56 +08:00

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e18e60c0b5 实现了用33bit表示sa，间隔为4，释放内存的时候会崩溃

2023-12-27 10:42:15 +08:00

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ed01396d73 添加了运行时间计算代码，用来分析性能

2023-12-25 13:58:20 +08:00

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d304f030fb 添加了fmt_idx文件，开始改进seed过程

2023-12-25 11:11:25 +08:00

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a37cb500e2 第一次merge

ea9e707238 添加了一些注释

139f68fc4c Merge pull request #367 from martin-g/github-actions-linux-aarch64

94248a8cea Add CI job for Ubuntu 20.04 aarch64

2e603e4581 Merge pull request #359 from jmarshall/neon

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2023-12-24 17:27:42 +08:00

zzh created repository zzh/fast-bwa

2023-12-24 17:21:31 +08:00