zzh
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zzh pushed to main at zzh/fast-bwa
57a6ff7b07 解决了sa的bug，现在结果和原版一模一样
2024-02-21 15:22:00 +08:00
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c288e1b285 实现了seed过程的所有加速想法，seed部分实现了3倍左右加速比
2024-02-20 01:12:06 +08:00
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95fd6e018b 修改一些注释疏忽的问题
2024-02-16 21:24:04 +08:00
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e9022723e6 seed三个步骤，全部用fmt实现，而且结果一致
2024-02-16 21:00:04 +08:00
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980588a9ac 添加了bit过滤，解决了一些bug，现在seed1和seed2都没问题了
2024-02-16 00:18:18 +08:00
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76c32542e7 seed1和seed2结果都正确
2024-02-13 13:37:11 +08:00
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b0cfa3630e 添加了kmer_bit，用来检测特定长度的kmer有没有对应的fm-index匹配
2024-02-13 11:39:30 +08:00
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32be32c661 kmer长度变为14，结果正确
2024-02-12 20:55:01 +08:00
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1b77566567 添加了14个碱基长度的kmer结果，还没有合并
2024-02-10 19:04:37 +08:00
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44b7c62715 将smem1函数用fmt结构实现了，结果基本正确
2024-02-07 22:08:56 +08:00
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46822bef2c 实现了kmer index，有效果，但是随着序列扩展到后边，扩展的耗时越来越长
2024-02-03 15:54:58 +08:00
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914cbd34ab 添加了kmer index，有效果，但是不明显，有可能是随着序列的边长，后边的扩展更耗时
2024-02-03 10:06:55 +08:00
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5a055625c3 清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试
2024-02-03 02:31:04 +08:00
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45318fc95b 解决了各种bug，目前mid interval和普通的occ interval合并在一起处理了，通过编译指导语句，进行选择和调试
2024-02-02 22:18:32 +08:00
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5ff04ec853 去掉了一些调试代码，fmt增加了小间隔同时计算的代码，但是效果不明显，后续可能会删掉
2024-02-02 12:53:39 +08:00
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5f18167703 mid interval支持8和16，代码中含有注释掉的调试信息，发现并解决了一个数据溢出的bug
2024-02-02 03:59:41 +08:00
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e8ceb3ff58 解决了各种bug，现在结果是准确的，比原始的扩展快了30%，比64间隔的扩展快了20%
2024-02-01 13:05:02 +08:00
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a500d76eaa 解决了创建fmt时候的bug，获取bwt str地址时候应该用bwt 的 occ-interval计算，而不是fmt的occ interval
2024-01-31 15:50:38 +08:00
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fe34be5d3a 解决了创建fmt过程中的bug，把bwt中保存occ的类型从uint64改成了uint32
2024-01-31 02:19:14 +08:00
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555e39df94 验证了fmt-index的正确性，用两种方式进行了实现，第二种记录b1和b2的occ以及大于他们的碱基的occ，更快一些
2024-01-29 23:14:50 +08:00