zzh
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zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
65878bbf96 对5.1G的数据，串行结果正确了，并行结果还没测试
2025-12-31 11:16:16 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
81cbd6831c 又解决了一个bug，忽略了有些read的过滤，把过滤函数放到append_one_bam里就好了，现在发现串行和并行结果还是有点不一致，正在调试
2025-12-30 19:27:31 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
f915461205 解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试
2025-12-30 18:04:16 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
d56d926b6e 找到并行的问题了，是kt_for的steal策略，会导致处理的数据的idx小于已经处理过的。保留调试信息，并行结果和串行一致了
2025-12-30 12:49:03 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
84463ede19 初步并行实现，还没完全
2025-12-30 03:14:08 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
3815a67618 修改多维数组实现方式，更有利于连续访存，修改reclatable的索引次序
2025-12-30 01:21:17 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
b526306e87 继续重构，小数据结果一致，大数据还是有问题
2025-12-29 23:18:50 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
1e5a291eb7 重构了一下，大数据问题还没解决
2025-12-29 19:36:42 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
1864736509 改了一些问题，小数据集结果没问题，但是对于5G的稍微大一些的数据集还是错误
2025-12-29 16:49:00 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
1cd1a72760 修复了一个bug，把结果代码移除round循环，对于大文件(5G的fastdup-mini)结果不对，差挺多
2025-12-28 23:44:02 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
6662435948 上一个commit为啥没有包含所有更改文件
8e3388a494 在小数据集上结果与gatk一致（版本gatk-package-4.6.2.0-17）
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2025-12-28 23:06:08 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
146055fc01 bqsr第一阶段完成了，结果还有点错误，得调试一下
2025-12-28 14:33:50 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
25f079b936 串行版本还差最后一步，将信息合并到数据汇总表中
2025-12-24 12:47:30 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
1e9b58fac1 到了读取和解析known vcf部分了，性能还需优化
2025-12-20 16:35:49 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
afe6abc857 线程内排序，线程间merge，线程内压缩，还没输出
2025-12-16 23:44:54 +08:00
zzh pushed to main at zzh/hyb-align
f00e492c99 err_check，添加文件信息
2025-12-14 21:29:17 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastSort
ab7e3989d0 Merge branch 'main' of ssh://zzhict.top:6622/zzh/FastSort
3560b5a504 两种不同的多线程数据分配策略
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2025-12-14 01:03:08 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
0fca937fab 搭建串行框架
2025-12-04 22:26:18 +08:00
zzh pushed to main at zzh/hyb-align
49028547ac 更新了性能测试
2025-12-04 17:04:16 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
14f1611ab6 FastBQSR Init and Merge
e4d26486ef FastBQSR Init
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2025-11-23 23:07:31 +08:00