zzh
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zzh pushed to main at zzh/gatk-3.8
56e0098a71 忽略target子文件夹
aa8764d6c3 Update pom versions for the 3.8-1 release
e4c24188b2 Merge remote-tracking branch 'unstable/master'
c654e0b9a2 Update pom versions to mark the start of GATK 3.9 development
a2f45944f3 Serialized GMM no longer depends on command line annotation order (#1632)
Compare 10 commits »
2026-01-05 19:08:01 +08:00
zzh created branch main in zzh/gatk-3.8
2026-01-05 19:08:01 +08:00
zzh created repository zzh/gatk-3.8
2026-01-05 19:03:53 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
4f9fecf078 实现了并行，小数据上结果一致，大数据还没测试
2026-01-05 02:17:40 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
022e70e1f3 解决了bug，现在apply bqsr结果一致了，原因是读取bqsr table的时候，并没有将table中的empiricalQuality赋值给Datum，是后续在计算质量分数的时候重新计算的empiricalQuality
2026-01-04 16:27:59 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
94e06338cd 实现了apply bqsr的单线程版本，结果还有点错误，继续调试
2026-01-03 22:10:49 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
985875ebac 调整了计算read group的方式，当read group只有一个时，不需要计算
2026-01-01 09:40:50 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
745963831d 完善了统计时间
2026-01-01 00:41:59 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
95c4a16151 终于解决了最后的bug，并行结果与串行结果一致，与gatk一致。是index的search interval函数导致的，之前这个函数搜索的区间是包含大于等于start，而且大于等于end，正确的搜索应该是变异的end大于等于start
2025-12-31 23:01:20 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
65878bbf96 对5.1G的数据，串行结果正确了，并行结果还没测试
2025-12-31 11:16:16 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
81cbd6831c 又解决了一个bug，忽略了有些read的过滤，把过滤函数放到append_one_bam里就好了，现在发现串行和并行结果还是有点不一致，正在调试
2025-12-30 19:27:31 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
f915461205 解决了两个问题，1. clip导致两端的cigar可能成为D，需要处理，2. start_pos要加上contig，否则导致knowsites计算错误，大数据还是有点问题，得继续调试
2025-12-30 18:04:16 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
d56d926b6e 找到并行的问题了，是kt_for的steal策略，会导致处理的数据的idx小于已经处理过的。保留调试信息，并行结果和串行一致了
2025-12-30 12:49:03 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
84463ede19 初步并行实现，还没完全
2025-12-30 03:14:08 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
3815a67618 修改多维数组实现方式，更有利于连续访存，修改reclatable的索引次序
2025-12-30 01:21:17 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
b526306e87 继续重构，小数据结果一致，大数据还是有问题
2025-12-29 23:18:50 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
1e5a291eb7 重构了一下，大数据问题还没解决
2025-12-29 19:36:42 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
1864736509 改了一些问题，小数据集结果没问题，但是对于5G的稍微大一些的数据集还是错误
2025-12-29 16:49:00 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
1cd1a72760 修复了一个bug，把结果代码移除round循环，对于大文件(5G的fastdup-mini)结果不对，差挺多
2025-12-28 23:44:02 +08:00
zzh pushed to main at zzh/FastBQSR
6662435948 上一个commit为啥没有包含所有更改文件
8e3388a494 在小数据集上结果与gatk一致（版本gatk-package-4.6.2.0-17）
Compare 2 commits »
2025-12-28 23:06:08 +08:00