将bwa的sw extend代码部分抽出来，做benchmark

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zzh d16f8487ce sc消融实验版本		2024-04-08 20:00:48 +08:00
.vscode	sc消融实验版本	2024-04-08 20:00:48 +08:00
.gitignore	sc消融实验版本	2024-04-08 20:00:48 +08:00
Makefile	sc消融实验版本	2024-04-08 20:00:48 +08:00
README.md	更新readme	2023-08-10 15:30:39 +08:00
avx2_u8.c	sc消融实验版本	2024-04-08 20:00:48 +08:00
avx2_u8_pruning.c	sc消融实验版本	2024-04-08 20:00:48 +08:00
bsw.h	sc消融实验版本	2024-04-08 20:00:48 +08:00
common.h	sc消融实验版本	2024-04-08 20:00:48 +08:00
get_line	解决了读文件的bug，原因是target有些行是0，没有碱基，保留了测试代码	2023-09-03 23:59:24 +08:00
get_line.c	解决了读文件的bug，原因是target有些行是0，没有碱基，保留了测试代码	2023-09-03 23:59:24 +08:00
main.c	sc消融实验版本	2024-04-08 20:00:48 +08:00
normal.c	sc消融实验版本	2024-04-08 20:00:48 +08:00
normal_pruning.c	sc消融实验版本	2024-04-08 20:00:48 +08:00
run.sh	sc消融实验版本	2024-04-08 20:00:48 +08:00
thread_mem.c	运行大的数据会内存崩溃，还没解决	2023-08-27 16:43:20 +08:00
thread_mem.h	代码重构，总共7个kernel	2023-08-26 00:38:38 +08:00
utils.c	解决了读数据的bug，和avx2的bug，保留了一些调试代码	2023-08-27 01:01:57 +08:00
utils.h	解决了读文件的bug，原因是target有些行是0，没有碱基，保留了测试代码	2023-09-03 23:59:24 +08:00

sw_perf