将bwa的sw extend代码部分抽出来，做benchmark

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zzh b95e622e7a 添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug		2023-08-25 14:47:30 +08:00
.vscode	添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug	2023-08-25 14:47:30 +08:00
.gitignore	初始化bsw文件	2023-08-15 22:19:39 +08:00
Makefile	添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug	2023-08-25 14:47:30 +08:00
README.md	更新readme	2023-08-10 15:30:39 +08:00
bsw_avx2.c	添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug	2023-08-25 14:47:30 +08:00
discrete_mem_main.c	测试不同内存开辟策略的影响	2023-08-11 00:35:43 +08:00
ksw_avx2.c	添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug	2023-08-25 14:47:30 +08:00
ksw_avx2_aligned.c	添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug	2023-08-25 14:47:30 +08:00
ksw_avx2_u8.c	添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug	2023-08-25 14:47:30 +08:00
ksw_avx2_u8_aligned.c	添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug	2023-08-25 14:47:30 +08:00
ksw_cuda.c	初始化仓库，已经实现了normal和avx2的sw，并进行了性能测试	2023-08-10 15:28:45 +08:00
ksw_normal.c	添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug	2023-08-25 14:47:30 +08:00
main.c	添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug	2023-08-25 14:47:30 +08:00
thread_mem.c	添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug	2023-08-25 14:47:30 +08:00
thread_mem.h	添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug	2023-08-25 14:47:30 +08:00

README.md

sw_perf

对bwa的sw extend部分代码进行抽取，做成benchmark
实现avx2和cuda版本，并进行性能对比