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将bwa的sw extend代码部分抽出来，做benchmark
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498 KiB
C 99.1%
Makefile 0.5%
Shell 0.4%
 
 
 
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zzh 395b2e598d 之前的内存崩溃可能是wsl 1.的问题，更新2版本之后，解决 2023-08-28 00:10:45 +08:00
.vscode 解决了读数据的bug，和avx2的bug，保留了一些调试代码 2023-08-27 01:01:57 +08:00
.gitignore 添加了debug打印信息 2023-08-26 03:00:15 +08:00
Makefile 运行大的数据会内存崩溃，还没解决 2023-08-27 16:43:20 +08:00
README.md 更新readme 2023-08-10 15:30:39 +08:00
common.h 添加了debug打印信息 2023-08-26 03:00:15 +08:00
ksw_ext.h 代码重构，总共7个kernel 2023-08-26 00:38:38 +08:00
ksw_ext_avx2.c 运行大的数据会内存崩溃，还没解决 2023-08-27 16:43:20 +08:00
ksw_ext_avx2_aligned.c 之前的内存崩溃可能是wsl 1.的问题，更新2版本之后，解决 2023-08-28 00:10:45 +08:00
ksw_ext_avx2_heuristics.c 运行大的数据会内存崩溃，还没解决 2023-08-27 16:43:20 +08:00
ksw_ext_avx2_u8.c 运行大的数据会内存崩溃，还没解决 2023-08-27 16:43:20 +08:00
ksw_ext_avx2_u8_aligned.c 运行大的数据会内存崩溃，还没解决 2023-08-27 16:43:20 +08:00
ksw_ext_avx2_u8_heuristics.c 运行大的数据会内存崩溃，还没解决 2023-08-27 16:43:20 +08:00
ksw_ext_cuda.c 添加了debug打印信息 2023-08-26 03:00:15 +08:00
ksw_ext_normal.c 之前的内存崩溃可能是wsl 1.的问题，更新2版本之后，解决 2023-08-28 00:10:45 +08:00
main.c 之前的内存崩溃可能是wsl 1.的问题，更新2版本之后，解决 2023-08-28 00:10:45 +08:00
run_all.sh 代码重构，总共7个kernel 2023-08-26 00:38:38 +08:00
run_debug.sh 添加了debug打印信息 2023-08-26 03:00:15 +08:00
run_l.sh 代码重构，总共7个kernel 2023-08-26 00:38:38 +08:00
run_m.sh 代码重构，总共7个kernel 2023-08-26 00:38:38 +08:00
run_s.sh 代码重构，总共7个kernel 2023-08-26 00:38:38 +08:00
thread_mem.c 运行大的数据会内存崩溃，还没解决 2023-08-27 16:43:20 +08:00
thread_mem.h 代码重构，总共7个kernel 2023-08-26 00:38:38 +08:00
utils.c 解决了读数据的bug，和avx2的bug，保留了一些调试代码 2023-08-27 01:01:57 +08:00
utils.h 代码重构，总共7个kernel 2023-08-26 00:38:38 +08:00

README.md

sw_perf

  • 对bwa的sw extend部分代码进行抽取，做成benchmark
  • 实现avx2和cuda版本，并进行性能对比