将bwa的sw extend代码部分抽出来,做benchmark
 
 
 
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zzh 2a14c17c68 初始化bsw文件 2023-08-15 22:19:39 +08:00
.vscode 测试不同数据 2023-08-11 00:36:14 +08:00
.gitignore 初始化bsw文件 2023-08-15 22:19:39 +08:00
Makefile 初始化bsw文件 2023-08-15 22:19:39 +08:00
README.md 更新readme 2023-08-10 15:30:39 +08:00
bsw_avx2.c 初始化bsw文件 2023-08-15 22:19:39 +08:00
discrete_mem_main.c 测试不同内存开辟策略的影响 2023-08-11 00:35:43 +08:00
ksw_avx2.c 初始化bsw文件 2023-08-15 22:19:39 +08:00
ksw_avx2_u8.c 初始化仓库,已经实现了normal和avx2的sw,并进行了性能测试 2023-08-10 15:28:45 +08:00
ksw_cuda.c 初始化仓库,已经实现了normal和avx2的sw,并进行了性能测试 2023-08-10 15:28:45 +08:00
ksw_normal.c 初始化bsw文件 2023-08-15 22:19:39 +08:00
main.c 初始化bsw文件 2023-08-15 22:19:39 +08:00

README.md

sw_perf

  • 对bwa的sw extend部分代码进行抽取做成benchmark
  • 实现avx2和cuda版本并进行性能对比