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sw_perf
对bwa的sw相关代码进行抽取和优化实现
,
做成benchmark
bwa有三个部分包含sw算法
,
分别是seed-extension阶段
,
生成sam阶段的计算pair-end align分值
,
以及最后生成cigar的global
实现avx2和cuda版本
,
并进行性能对比