sw_perf/README.md

279 B
Raw Permalink Blame History

sw_perf

  • 对bwa的sw相关代码进行抽取和优化实现做成benchmark
  • bwa有三个部分包含sw算法分别是seed-extension阶段生成sam阶段的计算pair-end align分值以及最后生成cigar的global
  • 实现avx2和cuda版本并进行性能对比