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sw_perf
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Commit Graph

  • 093aeda028 merge main zzh 2025-09-18 15:15:30 +0800
  • 338c56e6ed 完成avx2的align代码 zzh 2025-09-18 15:09:48 +0800
  • b4615f890f implement ksw_align with avx2 instructions zzh 2025-09-09 16:07:45 +0800
  • 845a1156b8 sw benchmark，对extend部分做了全部的优化，去除target倒序，减少FIND_MAX次数 zzh 2024-04-11 13:29:28 +0800
  • d16f8487ce sc消融实验版本 zzh 2024-04-08 20:00:48 +0800
  • c04c6541ef 解决了读文件的bug，原因是target有些行是0，没有碱基，保留了测试代码 zzh 2023-09-03 23:59:24 +0800
  • 395b2e598d 之前的内存崩溃可能是wsl 1.的问题，更新2版本之后，解决 zzh 2023-08-28 00:10:45 +0800
  • f81871eff5 运行大的数据会内存崩溃，还没解决 zzh 2023-08-27 16:43:20 +0800
  • 78f791f3f2 解决了读数据的bug，和avx2的bug，保留了一些调试代码 zzh 2023-08-27 01:01:57 +0800
  • 2aeb566bf7 添加了debug打印信息 zzh 2023-08-26 03:00:15 +0800
  • b53569db63 代码重构，总共7个kernel zzh 2023-08-26 00:38:38 +0800
  • b95e622e7a 添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug zzh 2023-08-25 14:47:30 +0800
  • b58cc1f574 将sw动态开辟内存改成静态数组 zzh 2023-08-22 11:25:34 +0800
  • 3f06d433e7 解决了avx2_u8，剪枝find_max的bug zzh 2023-08-20 02:40:22 +0800
  • 775297a813 加了对find_max剪枝的优化 zzh 2023-08-20 02:16:25 +0800
  • c9e4d9645c 发现并解决开辟内存的bug（开辟指针时候没有考虑每个指针占用的字节数），用clock试试计算运行时间 zzh 2023-08-18 20:27:55 +0800
  • 53332e34e1 对avx2实现的sw的各个部分运行时间进行了测试 zzh 2023-08-18 15:42:46 +0800
  • 2a14c17c68 初始化bsw文件 zzh 2023-08-15 22:19:39 +0800
  • ede75a66fa 测试不同数据 zzh 2023-08-11 00:36:14 +0800
  • 5a41d5e207 测试不同内存开辟策略的影响 zzh 2023-08-11 00:35:43 +0800
  • 9cab3a5493 更新readme zzh 2023-08-10 15:30:39 +0800
  • 2904e87dee 初始化仓库，已经实现了normal和avx2的sw，并进行了性能测试 zzh 2023-08-10 15:28:45 +0800