 zzh
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093aeda028
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merge
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2025-09-18 15:15:30 +08:00 |
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zzh
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338c56e6ed
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完成avx2的align代码
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2025-09-18 15:09:48 +08:00 |
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zzh
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b4615f890f
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implement ksw_align with avx2 instructions
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2025-09-09 16:07:45 +08:00 |
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zzh
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845a1156b8
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sw benchmark，对extend部分做了全部的优化，去除target倒序，减少FIND_MAX次数
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2024-04-11 13:29:28 +08:00 |
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zzh
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d16f8487ce
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sc消融实验版本
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2024-04-08 20:00:48 +08:00 |
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zzh
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c04c6541ef
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解决了读文件的bug，原因是target有些行是0，没有碱基，保留了测试代码
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2023-09-03 23:59:24 +08:00 |
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zzh
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395b2e598d
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之前的内存崩溃可能是wsl 1.的问题，更新2版本之后，解决
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2023-08-28 00:10:45 +08:00 |
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zzh
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f81871eff5
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运行大的数据会内存崩溃，还没解决
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2023-08-27 16:43:20 +08:00 |
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zzh
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78f791f3f2
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解决了读数据的bug，和avx2的bug，保留了一些调试代码
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2023-08-27 01:01:57 +08:00 |
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zzh
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2aeb566bf7
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添加了debug打印信息
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2023-08-26 03:00:15 +08:00 |
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zzh
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b53569db63
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代码重构，总共7个kernel
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2023-08-26 00:38:38 +08:00 |
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zzh
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b95e622e7a
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添加了内存对齐，性能提升5%，解决了对齐内存引入的bug
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2023-08-25 14:47:30 +08:00 |
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zzh
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b58cc1f574
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将sw动态开辟内存改成静态数组
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2023-08-22 11:25:34 +08:00 |
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zzh
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3f06d433e7
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解决了avx2_u8，剪枝find_max的bug
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2023-08-20 02:40:22 +08:00 |
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zzh
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775297a813
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加了对find_max剪枝的优化
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2023-08-20 02:16:25 +08:00 |
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zzh
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c9e4d9645c
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发现并解决开辟内存的bug（开辟指针时候没有考虑每个指针占用的字节数），用clock试试计算运行时间
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2023-08-18 20:27:55 +08:00 |
zzh
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53332e34e1
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对avx2实现的sw的各个部分运行时间进行了测试
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2023-08-18 15:42:46 +08:00 |
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zzh
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2a14c17c68
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初始化bsw文件
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2023-08-15 22:19:39 +08:00 |
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zzh
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ede75a66fa
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测试不同数据
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2023-08-11 00:36:14 +08:00 |
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zzh
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5a41d5e207
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测试不同内存开辟策略的影响
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2023-08-11 00:35:43 +08:00 |
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zzh
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9cab3a5493
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更新readme
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2023-08-10 15:30:39 +08:00 |
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zzh
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2904e87dee
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初始化仓库，已经实现了normal和avx2的sw，并进行了性能测试
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2023-08-10 15:28:45 +08:00 |