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Description: Declarations of sw extend functions
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Copyright : All right reserved by NCIC.ICT
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Author : Zhang Zhonghai
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Date : 2023/08/23
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#ifndef __KSW_EXT_H
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#define __KSW_EXT_H
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#include <stdint.h>
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typedef struct _thread_mem_t thread_mem_t;
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// declaration of ksw functions
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int ksw_extend_normal(thread_mem_t *tmem, // 内存池
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int qlen, // query length 待匹配段碱基的query长度
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const uint8_t *query, // read碱基序列
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int tlen, // target length reference的长度
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const uint8_t *target, // reference序列
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int m, // 碱基种类 (5)
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const int8_t *mat, // 每个位置的query和target的匹配得分 m*m
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int o_del, // deletion 错配开始的惩罚系数
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int e_del, // deletion extension的惩罚系数
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int o_ins, // insertion 错配开始的惩罚系数
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int e_ins, // insertion extension的惩罚系数SIMD_BTYES
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int w, // 提前剪枝系数，w =100 匹配位置和beg的最大距离
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int end_bonus, // 如果query比对到了最后一个字符，额外奖励分值
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int zdrop, // 如果比对过程中，太多mismatch，提前结束比对
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int h0, // 该seed的初始得分（完全匹配query的碱基数）
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int *_qle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在query的位置
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int *_tle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在reference的位置
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int *_gtle, // query全部匹配上的target的长度
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int *_gscore, // query的端到端匹配得分
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int *_max_off); // 取得最大得分时在query和reference上位置差的 最大值
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int ksw_extend_avx2(thread_mem_t *tmem, // 内存池
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int qlen, // query length 待匹配段碱基的query长度
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const uint8_t *query, // read碱基序列
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int tlen, // target length reference的长度
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const uint8_t *target, // reference序列
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int extend_left, // 是不是向左扩展
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int o_del, // deletion 错配开始的惩罚系数
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int e_del, // deletion extension的惩罚系数
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int o_ins, // insertion 错配开始的惩罚系数
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int e_ins, // insertion extension的惩罚系数SIMD_BTYES
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int base_match_score, // 碱基match时的分数
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int base_mis_score, // 碱基mismatch时的惩罚分数（正数）
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int window_size, // 提前剪枝系数，w =100 匹配位置和beg的最大距离
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int end_bonus, // 如果query比对到了最后一个字符，额外奖励分值
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int init_score, // 该seed的初始得分（完全匹配query的碱基数）
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int *_qle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在query的位置
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int *_tle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在reference的位置
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int *_gtle, // query全部匹配上的target的长度
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int *_gscore, // query的端到端匹配得分
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int *_max_off); // 取得最大得分时在query和reference上位置差的 最大值
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int ksw_extend_avx2_u8(thread_mem_t *tmem, // 内存池
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int qlen, // query length 待匹配段碱基的query长度
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const uint8_t *query, // read碱基序列
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int tlen, // target length reference的长度
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const uint8_t *target, // reference序列
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int extend_left, // 是不是向左扩展
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int o_del, // deletion 错配开始的惩罚系数
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int e_del, // deletion extension的惩罚系数
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int o_ins, // insertion 错配开始的惩罚系数
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int e_ins, // insertion extension的惩罚系数SIMD_BTYES
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int base_match_score, // 碱基match时的分数
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int base_mis_score, // 碱基mismatch时的惩罚分数（正数）
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int window_size, // 提前剪枝系数，w =100 匹配位置和beg的最大距离
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int end_bonus, // 如果query比对到了最后一个字符，额外奖励分值
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int init_score, // 该seed的初始得分（完全匹配query的碱基数）
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int *_qle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在query的位置
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int *_tle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在reference的位置
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int *_gtle, // query全部匹配上的target的长度
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int *_gscore, // query的端到端匹配得分
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int *_max_off); // 取得最大得分时在query和reference上位置差的 最大值
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int ksw_extend_avx2_heuristics(thread_mem_t *tmem, // 内存池
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int qlen, // query length 待匹配段碱基的query长度
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const uint8_t *query, // read碱基序列
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int tlen, // target length reference的长度
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const uint8_t *target, // reference序列
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int extend_left, // 是不是向左扩展
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int o_del, // deletion 错配开始的惩罚系数
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int e_del, // deletion extension的惩罚系数
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int o_ins, // insertion 错配开始的惩罚系数
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int e_ins, // insertion extension的惩罚系数SIMD_BTYES
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int base_match_score, // 碱基match时的分数
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int base_mis_score, // 碱基mismatch时的惩罚分数（正数）
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int window_size, // 提前剪枝系数，w =100 匹配位置和beg的最大距离
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int end_bonus, // 如果query比对到了最后一个字符，额外奖励分值
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int init_score, // 该seed的初始得分（完全匹配query的碱基数）
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int *_qle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在query的位置
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int *_tle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在reference的位置
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int *_gtle, // query全部匹配上的target的长度
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int *_gscore, // query的端到端匹配得分
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int *_max_off); // 取得最大得分时在query和reference上位置差的 最大值
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int ksw_extend_avx2_u8_heuristics(thread_mem_t *tmem, // 内存池
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int qlen, // query length 待匹配段碱基的query长度
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const uint8_t *query, // read碱基序列
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int tlen, // target length reference的长度
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const uint8_t *target, // reference序列
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int extend_left, // 是不是向左扩展
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int o_del, // deletion 错配开始的惩罚系数
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int e_del, // deletion extension的惩罚系数
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int o_ins, // insertion 错配开始的惩罚系数
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int e_ins, // insertion extension的惩罚系数SIMD_BTYES
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int base_match_score, // 碱基match时的分数
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int base_mis_score, // 碱基mismatch时的惩罚分数（正数）
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int window_size, // 提前剪枝系数，w =100 匹配位置和beg的最大距离
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int end_bonus, // 如果query比对到了最后一个字符，额外奖励分值
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int init_score, // 该seed的初始得分（完全匹配query的碱基数）
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int *_qle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在query的位置
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int *_tle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在reference的位置
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int *_gtle, // query全部匹配上的target的长度
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int *_gscore, // query的端到端匹配得分
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int *_max_off); // 取得最大得分时在query和reference上位置差的 最大值
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int ksw_extend_avx2_aligned(thread_mem_t *tmem, // 内存池
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int qlen, // query length 待匹配段碱基的query长度
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const uint8_t *query, // read碱基序列
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int tlen, // target length reference的长度
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const uint8_t *target, // reference序列
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int extend_left, // 是不是向左扩展
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int o_del, // deletion 错配开始的惩罚系数
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int e_del, // deletion extension的惩罚系数
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int o_ins, // insertion 错配开始的惩罚系数
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int e_ins, // insertion extension的惩罚系数SIMD_BTYES
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int base_match_score, // 碱基match时的分数
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int base_mis_score, // 碱基mismatch时的惩罚分数（正数）
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int window_size, // 提前剪枝系数，w =100 匹配位置和beg的最大距离
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int end_bonus, // 如果query比对到了最后一个字符，额外奖励分值
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int init_score, // 该seed的初始得分（完全匹配query的碱基数）
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int *_qle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在query的位置
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int *_tle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在reference的位置
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int *_gtle, // query全部匹配上的target的长度
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int *_gscore, // query的端到端匹配得分
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int *_max_off); // 取得最大得分时在query和reference上位置差的 最大值
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int ksw_extend_avx2_u8_aligned(thread_mem_t *tmem, // 内存池
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int qlen, // query length 待匹配段碱基的query长度
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const uint8_t *query, // read碱基序列
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int tlen, // target length reference的长度
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const uint8_t *target, // reference序列
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int extend_left, // 是不是向左扩展
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int o_del, // deletion 错配开始的惩罚系数
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int e_del, // deletion extension的惩罚系数
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int o_ins, // insertion 错配开始的惩罚系数
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int e_ins, // insertion extension的惩罚系数SIMD_BTYES
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int base_match_score, // 碱基match时的分数
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int base_mis_score, // 碱基mismatch时的惩罚分数（正数）
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int window_size, // 提前剪枝系数，w =100 匹配位置和beg的最大距离
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int end_bonus, // 如果query比对到了最后一个字符，额外奖励分值
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int init_score, // 该seed的初始得分（完全匹配query的碱基数）
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int *_qle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在query的位置
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int *_tle, // 匹配得到全局最大得分的碱基在reference的位置
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int *_gtle, // query全部匹配上的target的长度
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int *_gscore, // query的端到端匹配得分
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int *_max_off); // 取得最大得分时在query和reference上位置差的 最大值
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