28 lines
775 B
Bash
Executable File
28 lines
775 B
Bash
Executable File
#input=~/data/bam/zy_normal.bam
|
|
#input=~/data/bam/zy_tumor.bam
|
|
#input=~/data/bam/100w.bam
|
|
input=~/data/bam/1k.sam
|
|
#input=~/data/bam/1kw.sam
|
|
#input=~/data/bam/1kw.bam
|
|
#input=~/data/bam/n1kw.sam
|
|
|
|
cd ./build/ && make -j 8 && cd ..
|
|
#./out.sam \
|
|
time /home/zzh/work/ngs/picard_cpp/build/bin/picard_cpp \
|
|
MarkDuplicates \
|
|
--INPUT $input \
|
|
--OUTPUT ./out.sam \
|
|
--INDEX_FORMAT BAI \
|
|
--num_threads 1 \
|
|
--max_mem 2G \
|
|
--verbosity DEBUG \
|
|
--asyncio true -TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS true #--READ_NAME_REGEX null
|
|
#--TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS true #--READ_NAME_REGEX ""
|
|
#--READ_NAME_REGEX ".*?([0-9]+):([0-9]+):([0-9]+)$"
|
|
#--READ_NAME_REGEX ""
|
|
|
|
# --INPUT /mnt/d/data/100w.bam \
|
|
# --INPUT /mnt/d/data/zy_normal.bam \
|
|
# zy_tumor
|
|
# tumor_region
|