46 lines
1.2 KiB
Bash
Executable File
46 lines
1.2 KiB
Bash
Executable File
#nthread=1
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#nthread=2
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#nthread=4
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#nthread=8
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#nthread=16
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nthread=32
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#nthread=64
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#nthread=128
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#input=/home/zzh/data/bam/normal_all.sam
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input=/home/zzh/data/bam/zy_normal.bam
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#input=/home/zzh/data/bam/normal_all.sam
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#input=/home/zzh/data/bam/zy_tumor.bam
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#input=/home/zzh/data/wgs_na12878.bam
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#input=~/data/bam/100w.bam
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#input=~/data/bam/t100w.sam
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#input=~/data/bam/1k.sam
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#input=~/data/bam/1kw.sam
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#input=~/data/bam/1kw.bam
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#input=~/data/bam/n1kw.sam
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#input=~/data/bam/tumor_small.bam
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#input=~/data/bam/normal_small.bam
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#input=~/data/bam/normal_30.bam
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#output=/home/zzh/data1/na12878_out.bam
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output=./out.bam
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metrics=./metrics.txt
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cd ./build/ && make -j 8 && cd ..
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#./out.sam \
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time /home/zzh/work/ngs/picard_cpp/build/bin/picard_cpp \
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MarkDuplicates \
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--INPUT $input \
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--OUTPUT $output \
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--METRICS_FILE $metrics \
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--INDEX_FORMAT CSI \
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--num_threads $nthread \
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--verbosity DEBUG \
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--asyncio true -TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS true #--READ_NAME_REGEX null #
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#--TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS true #--READ_NAME_REGEX ""
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#--READ_NAME_REGEX ".*?([0-9]+):([0-9]+):([0-9]+)$"
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#--READ_NAME_REGEX ""
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# --INPUT /mnt/d/data/100w.bam \
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# --INPUT /mnt/d/data/zy_normal.bam \
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# zy_tumor
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# tumor_region
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