#pragma once

#include <common/utils/timer.h>
#include <common/utils/util.h>
#include <htslib/sam.h>
#include <htslib/thread_pool.h>
#include <sam/utils/read_ends.h>
#include <sam/utils/read_name_parser.h>
//#include "md_types.h"

#include <set>
using std::set;

extern Timer tm_arr[50];  // 用来测试性能
/* 全局本地变量 */
extern vector<ReadNameParser> g_vRnParser;  // 每个线程一个read name parser
extern samFile *g_inBamFp;                  // 输入的bam文件
extern sam_hdr_t *g_inBamHeader;            // 输入的bam文件头信息
extern samFile *g_outBamFp;       // 输出文件, sam或者bam格式
extern sam_hdr_t *g_outBamHeader;           // 输出文件的header

/* 参数对象作为全局对象，免得多次作为参数传入函数中 */
class GlobalArg;
extern GlobalArg &g_gArg; // 全局参数
class MarkDupsArg;
extern MarkDupsArg &g_mdArg; // markduplicate程序相关的参数
// 上边加下划线表示所有模块共享，不加下划线表示markduplicate计算时候内部使用

class PipelineArg;
extern PipelineArg &gPipe;  // 计算冗余过程中保存在全局的数据
class DuplicationMetrics;
extern DuplicationMetrics &gMetrics; // 用来计算统计信息

extern int zzhtestnum;
extern int64_t bam_num1, bam_num2;