input=~/data/bam/zy_normal.bam
#input=~/data/bam/zy_tumor.bam
#input=~/data/bam/100w.bam

time /home/zzh/work/ngs/picard_cpp/build/bin/picard_cpp \
    MarkDuplicates \
    --INPUT $input \
    --OUTPUT ~/data/bam/out.bam \
    --INDEX_FORMAT BAI \
    --num_threads 1 \
    --max_mem 2G \
    --verbosity DEBUG \
    --asyncio true #\
    #--READ_NAME_REGEX ".*?([0-9]+):([0-9]+):([0-9]+)$"


# --INPUT /mnt/d/data/100w.bam \
#    --INPUT /mnt/d/data/zy_normal.bam \
# zy_tumor
# tumor_region