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Commit Graph

  • 223d16f2eb 统计信息写入文件，完整版1.0 main zzh 2024-11-27 15:37:34 +0800
  • 0ee22ca331 正确性没有问题了 zzh 2024-11-26 23:51:16 +0800
  • 7352eb9070 删除了串行相关的代码，修复了read名字解析坐标时候出异常的catch问题 zzh 2024-11-22 00:46:11 +0800
  • 6de538670f 完成去除singleton相关的代码 zzh 2024-11-21 23:30:13 +0800
  • 153e05399d 又去除了一部分singleton代码 zzh 2024-11-21 23:16:11 +0800
  • d37ea0afcc 清除了一部分singleton代码 zzh 2024-11-21 23:11:07 +0800
  • 4ba4a1e670 在pipeline模式里实现了串行方法 zzh 2024-11-21 22:46:50 +0800
  • e4aa0362f9 测试tumor zzh 2024-11-21 16:44:49 +0800
  • e348f96504 用指针交换代替拷贝，好像性能没有啥提升 zzh 2024-11-21 12:10:03 +0800
  • c74e581e63 对na12878测试通过 zzh 2024-11-21 11:15:52 +0800
  • 504e11331c pipeline模式，比parallel快，对na12878数据有bug zzh 2024-11-18 17:45:23 +0800
  • 9688710573 并行实现的初步版本，结果一致 zzh 2024-11-14 23:16:17 +0800
  • fb1bd812ce 解决了singleton的bug，serial结果一致了 zzh 2024-11-14 10:48:27 +0800
  • 4fd267c4db 在结果中加入了TAG zzh 2024-11-11 18:10:17 +0800
  • 899d40cbda 修改了一些格式 zzh 2024-11-05 15:53:04 +0800
  • f84d7bb0dc 解决了一个某些情况下冗余不完全的bug，在情况三中，把全部数据都放到后来的task里，就可以了 zzh 2024-09-04 11:08:03 +0800
  • 85515ac06e 添加了dupset信息，还不完善 zzh 2024-08-29 16:40:52 +0800
  • 7352a00f2c 需要完善optical dup idx计算 zzh 2024-08-28 12:00:23 +0800
  • 86954ffa85 统计optical duplicate应该没问题了，java里随着给的内存大小不同，会有不同的结果，这个暂时还没搞清楚为啥 zzh 2024-08-28 11:58:45 +0800
  • 949f6302da 完成了optical duplication检测，接下来处理task之间optical数据冲突的问题 zzh 2024-08-25 00:08:38 +0800
  • 022be611cd 检查optical duplication，用graph来检测，正在写这个 zzh 2024-08-22 02:28:36 +0800
  • 38bc489004 串行程序没有错误了，用vector代替set成功，时间减少了一半 zzh 2023-12-08 03:57:30 +0800
  • 2d114058a1 normal没问题了，tumor结果还不一样 zzh 2023-12-04 18:02:07 +0800
  • 36b1430da5 串行得到了正确的结果，但还需优化 zzh 2023-11-28 10:45:40 +0800
  • 97d35a42e9 并行处理框架搭建完成，基本完成了工作线程处理逻辑 zzh 2023-11-09 21:07:58 +0800
  • a3a0b64ef2 重构，修改bambuf，支持清理某个read之前的缓存 zzh 2023-11-06 12:38:30 +0800
  • 023836a047 基本完成了参数的处理，帮助信息里有些参数需要删掉 zzh 2023-11-01 10:48:02 +0800
  • 95b0f685ff 配置了cmake和调试环境 zzh 2023-10-23 23:07:00 +0800
  • a2a9067ec5 init stubs zzh 2023-10-23 21:48:31 +0800
  • b66b174c44 Initial commit zzh 2023-10-23 15:56:05 +0800