 zzh
|
e348f96504
|
用指针交换代替拷贝，好像性能没有啥提升
|
2024-11-21 12:10:03 +08:00 |
|
zzh
|
c74e581e63
|
对na12878测试通过
|
2024-11-21 11:15:52 +08:00 |
|
zzh
|
504e11331c
|
pipeline模式，比parallel快，对na12878数据有bug
|
2024-11-18 17:45:23 +08:00 |
|
zzh
|
9688710573
|
并行实现的初步版本，结果一致
|
2024-11-14 23:16:17 +08:00 |
|
zzh
|
fb1bd812ce
|
解决了singleton的bug，serial结果一致了
|
2024-11-14 10:48:27 +08:00 |
|
zzh
|
4fd267c4db
|
在结果中加入了TAG
|
2024-11-11 18:10:17 +08:00 |
|
zzh
|
899d40cbda
|
修改了一些格式
|
2024-11-05 15:53:04 +08:00 |
|
zzh
|
f84d7bb0dc
|
解决了一个某些情况下冗余不完全的bug，在情况三中，把全部数据都放到后来的task里，就可以了
|
2024-09-04 11:08:03 +08:00 |
|
zzh
|
85515ac06e
|
添加了dupset信息，还不完善
|
2024-08-29 16:40:52 +08:00 |
|
zzh
|
7352a00f2c
|
需要完善optical dup idx计算
|
2024-08-28 12:00:23 +08:00 |
|
zzh
|
949f6302da
|
完成了optical duplication检测，接下来处理task之间optical数据冲突的问题
|
2024-08-25 00:08:38 +08:00 |
|
zzh
|
022be611cd
|
检查optical duplication，用graph来检测，正在写这个
|
2024-08-22 02:28:36 +08:00 |
|
zzh
|
38bc489004
|
串行程序没有错误了，用vector代替set成功，时间减少了一半
|
2023-12-08 03:57:30 +08:00 |
|
zzh
|
2d114058a1
|
normal没问题了，tumor结果还不一样
|
2023-12-04 18:02:07 +08:00 |
|
zzh
|
36b1430da5
|
串行得到了正确的结果，但还需优化
|
2023-11-28 10:45:40 +08:00 |
|
zzh
|
97d35a42e9
|
并行处理框架搭建完成，基本完成了工作线程处理逻辑
|
2023-11-09 21:07:58 +08:00 |
|
zzh
|
a3a0b64ef2
|
重构，修改bambuf，支持清理某个read之前的缓存
|
2023-11-06 12:38:30 +08:00 |
|
zzh
|
023836a047
|
基本完成了参数的处理，帮助信息里有些参数需要删掉
|
2023-11-01 10:48:02 +08:00 |
|
zzh
|
95b0f685ff
|
配置了cmake和调试环境
|
2023-10-23 23:07:00 +08:00 |
|
zzh
|
a2a9067ec5
|
init stubs
|
2023-10-23 21:48:31 +08:00 |