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223d16f2eb
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统计信息写入文件，完整版1.0
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2024-11-27 15:37:34 +08:00 |
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zzh
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0ee22ca331
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正确性没有问题了
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2024-11-26 23:51:16 +08:00 |
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zzh
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7352eb9070
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删除了串行相关的代码，修复了read名字解析坐标时候出异常的catch问题
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2024-11-22 00:46:11 +08:00 |
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6de538670f
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完成去除singleton相关的代码
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2024-11-21 23:30:13 +08:00 |
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zzh
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153e05399d
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又去除了一部分singleton代码
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2024-11-21 23:16:11 +08:00 |
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zzh
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d37ea0afcc
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清除了一部分singleton代码
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2024-11-21 23:11:07 +08:00 |
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4ba4a1e670
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在pipeline模式里实现了串行方法
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2024-11-21 22:46:50 +08:00 |
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e4aa0362f9
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测试tumor
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2024-11-21 16:44:49 +08:00 |
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zzh
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e348f96504
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用指针交换代替拷贝，好像性能没有啥提升
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2024-11-21 12:10:03 +08:00 |
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zzh
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c74e581e63
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对na12878测试通过
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2024-11-21 11:15:52 +08:00 |
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504e11331c
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pipeline模式，比parallel快，对na12878数据有bug
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2024-11-18 17:45:23 +08:00 |
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9688710573
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并行实现的初步版本，结果一致
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2024-11-14 23:16:17 +08:00 |
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fb1bd812ce
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解决了singleton的bug，serial结果一致了
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2024-11-14 10:48:27 +08:00 |
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4fd267c4db
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在结果中加入了TAG
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2024-11-11 18:10:17 +08:00 |
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899d40cbda
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修改了一些格式
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2024-11-05 15:53:04 +08:00 |
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f84d7bb0dc
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解决了一个某些情况下冗余不完全的bug，在情况三中，把全部数据都放到后来的task里，就可以了
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2024-09-04 11:08:03 +08:00 |
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85515ac06e
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添加了dupset信息，还不完善
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2024-08-29 16:40:52 +08:00 |
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7352a00f2c
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需要完善optical dup idx计算
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2024-08-28 12:00:23 +08:00 |
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86954ffa85
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统计optical duplicate应该没问题了，java里随着给的内存大小不同，会有不同的结果，这个暂时还没搞清楚为啥
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2024-08-28 11:58:45 +08:00 |
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949f6302da
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完成了optical duplication检测，接下来处理task之间optical数据冲突的问题
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2024-08-25 00:08:38 +08:00 |
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022be611cd
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检查optical duplication，用graph来检测，正在写这个
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2024-08-22 02:28:36 +08:00 |
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38bc489004
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串行程序没有错误了，用vector代替set成功，时间减少了一半
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2023-12-08 03:57:30 +08:00 |
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2d114058a1
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normal没问题了，tumor结果还不一样
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2023-12-04 18:02:07 +08:00 |
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36b1430da5
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串行得到了正确的结果，但还需优化
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2023-11-28 10:45:40 +08:00 |
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97d35a42e9
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并行处理框架搭建完成，基本完成了工作线程处理逻辑
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2023-11-09 21:07:58 +08:00 |
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a3a0b64ef2
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重构，修改bambuf，支持清理某个read之前的缓存
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2023-11-06 12:38:30 +08:00 |
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023836a047
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基本完成了参数的处理，帮助信息里有些参数需要删掉
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2023-11-01 10:48:02 +08:00 |
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95b0f685ff
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配置了cmake和调试环境
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2023-10-23 23:07:00 +08:00 |
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zzh
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a2a9067ec5
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init stubs
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2023-10-23 21:48:31 +08:00 |
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zzh
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b66b174c44
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Initial commit
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2023-10-23 15:56:05 +08:00 |