diff --git a/run.sh b/run.sh index dcd8b97..8f3b6bc 100755 --- a/run.sh +++ b/run.sh @@ -7,8 +7,8 @@ nthread=32 #nthread=64 #nthread=128 #input=/home/zzh/data/bam/zy_normal.bam -#input=/home/zzh/data/bam/zy_tumor.bam -input=/home/zzh/data/wgs_na12878.bam +input=/home/zzh/data/bam/zy_tumor.bam +#input=/home/zzh/data/wgs_na12878.bam #input=~/data/bam/100w.bam #input=~/data/bam/t100w.sam #input=~/data/bam/1k.sam @@ -27,7 +27,7 @@ time /home/zzh/work/ngs/picard_cpp/build/bin/picard_cpp \ --num_threads $nthread \ --max_mem 2G \ --verbosity DEBUG \ - --asyncio true -TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS true --READ_NAME_REGEX null # + --asyncio true -TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS true #--READ_NAME_REGEX null # #--TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS true #--READ_NAME_REGEX "" #--READ_NAME_REGEX ".*?([0-9]+):([0-9]+):([0-9]+)$" #--READ_NAME_REGEX ""