picard_cpp/run.sh

#input=~/data/bam/zy_normal.bam
#input=~/data/bam/zy_tumor.bam
#input=~/data/bam/100w.bam
input=~/data/bam/1k.sam
#input=~/data/bam/1kw.sam
#input=~/data/bam/1kw.bam
#input=~/data/bam/n1kw.sam

cd ./build/ && make -j 8 && cd ..
 #./out.sam \
time /home/zzh/work/ngs/picard_cpp/build/bin/picard_cpp \
    MarkDuplicates \
    --INPUT $input \
    --OUTPUT ./out.sam \
    --INDEX_FORMAT BAI \
    --num_threads 1 \
    --max_mem 2G \
    --verbosity DEBUG \
    --asyncio true -TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS true #--READ_NAME_REGEX null
    #--TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS true #--READ_NAME_REGEX ""
    #--READ_NAME_REGEX ".*?([0-9]+):([0-9]+):([0-9]+)$"
    #--READ_NAME_REGEX ""

# --INPUT /mnt/d/data/100w.bam \
#    --INPUT /mnt/d/data/zy_normal.bam \
# zy_tumor
# tumor_region