picard_cpp/run.sh

#nthread=1
#nthread=2
#nthread=4
#nthread=8
#nthread=16
nthread=32
#nthread=64
#nthread=128
#input=/home/zzh/data/bam/normal_all.sam
input=/home/zzh/data/bam/zy_normal.bam
#input=/home/zzh/data/bam/normal_all.sam
#input=/home/zzh/data/bam/zy_tumor.bam
#input=/home/zzh/data/wgs_na12878.bam
#input=~/data/bam/100w.bam
#input=~/data/bam/t100w.sam
#input=~/data/bam/1k.sam
#input=~/data/bam/1kw.sam
#input=~/data/bam/1kw.bam
#input=~/data/bam/n1kw.sam
#input=~/data/bam/tumor_small.bam
#input=~/data/bam/normal_small.bam
#input=~/data/bam/normal_30.bam
#output=/home/zzh/data1/na12878_out.bam
output=./out.bam
metrics=./metrics.txt

cd ./build/ && make -j 8 && cd ..
 #./out.sam \
time /home/zzh/work/ngs/picard_cpp/build/bin/picard_cpp \
    MarkDuplicates \
    --INPUT $input \
    --OUTPUT $output \
    --METRICS_FILE $metrics \
    --INDEX_FORMAT CSI \
    --num_threads $nthread \
    --verbosity DEBUG \
    --asyncio true -TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS true #--READ_NAME_REGEX null #
    #--TAG_DUPLICATE_SET_MEMBERS true #--READ_NAME_REGEX ""
    #--READ_NAME_REGEX ".*?([0-9]+):([0-9]+):([0-9]+)$"
    #--READ_NAME_REGEX ""

# --INPUT /mnt/d/data/100w.bam \
#    --INPUT /mnt/d/data/zy_normal.bam \
# zy_tumor
# tumor_region