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1 821887 rs6677354 A G 3573.96 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.7262;MQ=53.26;MQ0=1;QD=21.93;VQSLOD=5.6053;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1312,108,0 1/1:0,53:53:90.21:1040,90,0 1/1:0,54:54:99:1221,102,0
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1 851390 . G T 1609.54 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=0.730;DP=206;Dels=0.00;FS=0.550;HRun=0;HaplotypeScore=1.7128;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.402;VQSLOD=6.5816;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1069,0,955 0/1:23,27:50:99:579,0,318 0/0:73,0:73:99:0,150,1815
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1 851499 rs4970465 A G 2927.74 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.0315;MQ=58.53;MQ0=0;QD=22.01;VQSLOD=6.2289;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1656,147,0 1/1:0,31:31:54.04:531,54,0 1/1:0,37:37:75.15:778,75,0
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1 851757 rs62677860 A G 1553.20 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4378;MQ=58.22;MQ0=0;QD=14.12;VQSLOD=5.8644;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:51:63.13:700,63,0 1/1:0,34:34:57.10:565,57,0 1/1:0,25:25:33.04:326,33,0
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1 852037 rs4970463 G A 1671.29 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.4817;MQ=57.74;MQ0=0;QD=19.66;VQSLOD=6.3954;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78.24:965,78,0 1/1:1,20:21:27.07:322,27,0 1/1:0,29:29:36.10:422,36,0
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1 891059 rs13303065 C T 4913.60 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.4663;MQ=59.30;MQ0=0;QD=30.71;VQSLOD=8.6285;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1795,141,0 1/1:0,54:54:99:1702,135,0 1/1:0,54:54:99:1416,111,0
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1 914333 rs13302979 C G 250.43 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=3.671;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.181;HRun=2;HaplotypeScore=1.7244;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.181;QD=5.01;ReadPosRankSum=1.713;VQSLOD=3.0813;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:135,0,208 0/1:7,9:16:52.75:57,0,53 0/1:4,8:12:38.20:98,0,38
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1 924629 rs28622096 A G 6520.94 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;BaseQRankSum=-1.493;DB;DP=234;Dels=0.00;FS=6.477;HRun=3;HaplotypeScore=0.9490;MQ=58.79;MQ0=1;MQRankSum=2.386;QD=27.87;ReadPosRankSum=1.270;VQSLOD=4.9743;culprit=MQRankSum GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2860,253,0 1/1:1,75:77:99:2017,156,0 1/1:1,62:63:99:1576,114,0
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1 924898 rs6665000 C A 8869.43 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=254;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.3332;MQ=59.49;MQ0=0;QD=34.92;VQSLOD=10.0709;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:3760,295,0 1/1:0,73:73:99:2537,202,0 1/1:0,75:76:99:2538,205,0
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1 925684 rs6605061 T C 2935.99 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=180;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.2075;MQ=56.67;MQ0=1;QD=16.31;VQSLOD=6.0333;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:93.24:1104,93,0 1/1:1,48:49:57.16:691,57,0 1/1:1,65:66:96.27:1179,96,0
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1 926351 rs6671243 C T 4762.83 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5410;MQ=58.05;MQ0=0;QD=27.53;VQSLOD=6.6161;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2029,159,0 1/1:0,59:59:99:1472,120,0 1/1:0,51:51:99:1261,102,0
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1 926431 rs4970403 A T 7753.57 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=233;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2815;MQ=58.73;MQ0=0;QD=33.28;VQSLOD=8.0374;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2476,196,0 1/1:0,84:84:99:2917,232,0 1/1:0,71:71:99:2361,187,0
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1 934106 rs2799063 A G 382.63 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7544;MQ=51.30;MQ0=0;QD=8.50;VQSLOD=3.0099;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:24.07:288,24,0 1/1:0,12:12:3.01:35,3,0 1/1:0,15:15:9:96,9,0
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1 934144 rs9697551 C G 277.50 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;BaseQRankSum=1.876;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.2940;MQ=50.99;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.529;VQSLOD=2.6554;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:12.04:142,12,0 1/1:2,6:8:3.01:39,3,0 1/1:1,7:8:12.01:133,12,0
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1 935459 rs3128113 A G 35.63 PASS AC=4;AF=1.00;AN=4;DB;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.82;VQSLOD=4.3845;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3.01:36,3,0 1/1:0,1:1:3.01:32,3,0 ./.
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1 935492 rs3121571 G T 109.70 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.42;VQSLOD=4.4385;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3.01:32,3,0 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0 1/1:0,1:1:3.01:38,3,0
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1 935715 rs3128114 C T 290.79 PASS AC=2;AF=0.50;AN=4;BaseQRankSum=1.719;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.4894;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.087;VQSLOD=4.2843;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL ./. 0/1:2,5:7:59.73:101,0,60 0/1:6,13:19:78.78:224,0,79
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1 935833 rs3128115 C G 451.72 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.3305;MQ=58.59;MQ0=0;QD=13.69;VQSLOD=4.8824;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:24.02:235,24,0 1/1:0,7:7:9.02:102,9,0 1/1:0,13:13:15.02:152,15,0
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1 936111 rs1936360 C T 252.38 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=2.790;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.500;HRun=1;HaplotypeScore=0.3245;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.788;VQSLOD=3.7200;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:82.58:193,0,83 0/1:6,7:13:42.26:97,0,42 0/0:9,4:13:9.02:0,9,100
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1 949608 rs1921 G A 1126.23 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-1.091;DB;DP=123;Dels=0.00;FS=14.524;HRun=1;HaplotypeScore=1.0688;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.129;QD=9.16;ReadPosRankSum=-3.079;VQSLOD=4.1626;culprit=ReadPosRankSum GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:45:99:573,0,370 0/1:22,19:42:99:320,0,424 0/1:16,20:36:99:273,0,352
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1 949925 rs2799070 C T 2607.20 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4348;MQ=58.32;MQ0=0;QD=22.87;VQSLOD=5.5925;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1235,99,0 1/1:0,25:25:39.11:467,39,0 1/1:0,45:45:75.23:943,75,0
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1 950243 rs1891906 A C 644.76 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=3.052;DB;DP=116;Dels=0.00;FS=15.233;HRun=0;HaplotypeScore=1.9450;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.889;VQSLOD=5.2448;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:280,0,420 0/1:19,18:37:99:244,0,295 0/1:21,18:39:99:160,0,307
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1 950677 rs9331223 T C 1161.76 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-5.617;DB;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1600;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.250;VQSLOD=5.6203;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:435,0,444 0/1:27,29:57:99:501,0,325 0/1:32,18:50:99:265,0,572
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1 950716 rs2799069 A T 3355.81 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1025;MQ=58.08;MQ0=0;QD=26.01;VQSLOD=6.9148;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:90.26:1100,90,0 1/1:0,48:48:99:1216,99,0 1/1:0,40:40:84.26:1039,84,0
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1 952003 rs3128118 G A 1206.94 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=0.373;DB;DP=166;Dels=0.00;FS=3.980;HRun=0;HaplotypeScore=3.1357;MQ=56.77;MQ0=5;MQRankSum=2.493;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.293;VQSLOD=3.3655;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:610,0,525 0/1:28,20:49:99:247,0,409 0/1:30,23:54:99:389,0,307
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1 952428 rs9442611 G A 1627.62 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=4.336;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=7.226;HRun=0;HaplotypeScore=1.8404;MQ=57.40;MQ0=1;MQRankSum=-0.578;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.730;VQSLOD=4.5885;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:784,0,437 0/1:21,19:42:99:430,0,304 0/1:20,19:39:99:452,0,266
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1 953952 rs9442612 G A 470.67 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-0.226;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.812;HRun=0;HaplotypeScore=1.9441;MQ=51.48;MQ0=1;MQRankSum=0.752;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.384;VQSLOD=2.3104;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:372,0,160 0/1:13,7:20:57.19:57,0,252 0/1:12,9:21:79.97:80,0,161
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1 959169 rs3845292 G C 1331.11 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-3.525;DB;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4438;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.766;VQSLOD=5.8445;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:589,0,575 0/1:18,22:40:99:490,0,326 0/1:18,13:31:99:292,0,389
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1 959842 rs2710888 C T 234.20 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=4.285;DB;DP=139;Dels=0.00;FS=0.970;HRun=0;HaplotypeScore=0.7716;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.876;VQSLOD=5.7876;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:52,0:52:99:0,138,1561 0/0:47,1:48:93.25:0,93,1111 0/1:20,19:39:99:269,0,385
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1 960941 rs3121554 G C 82.20 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=1.782;DB;DP=65;Dels=0.02;FS=1.483;HRun=2;HaplotypeScore=1.1720;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.720;VQSLOD=3.7629;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:19,0:19:45.10:0,45,518 0/0:21,0:21:33.04:0,33,318 0/1:13,11:24:99:117,0,117
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1 961350 rs3121555 C T 238.87 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-1.417;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=2.781;HRun=0;HaplotypeScore=0.8225;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.064;VQSLOD=5.4466;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:28,0:29:66.17:0,66,786 0/0:28,0:28:54.15:0,54,643 0/1:11,12:23:99:274,0,224
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1 961464 rs3128125 G T 446.35 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=0.183;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=1.011;HRun=0;HaplotypeScore=0.9183;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.620;VQSLOD=5.2943;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:37,0:37:87.22:0,87,1021 0/0:34,0:34:63.19:0,63,775 0/1:11,21:32:99:481,0,221
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1 961827 rs3121556 G A 1286.99 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=4.709;DB;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5977;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.269;VQSLOD=5.3034;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:405,0,435 0/1:13,17:30:99:264,0,194 1/1:0,35:35:54.14:660,54,0
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1 962210 rs3128126 A G 368.62 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-5.507;DB;DP=141;Dels=0.00;FS=8.996;HRun=0;HaplotypeScore=1.7344;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.391;VQSLOD=5.0884;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:46,0:46:96.28:0,96,1173 0/0:54,0:54:99:0,117,1422 0/1:20,20:40:99:403,0,445
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1 962891 rs4970394 C T 1025.43 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=2.743;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=3.844;HRun=0;HaplotypeScore=1.3687;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.999;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.081;VQSLOD=5.5992;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:32:99:363,0,301 0/1:16,21:37:99:384,0,104 0/1:14,20:34:99:317,0,245
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1 963249 rs2710870 C T 1203.45 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=1.576;DB;DP=115;Dels=0.00;FS=2.684;HRun=0;HaplotypeScore=2.4113;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.167;VQSLOD=5.6601;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:526,0,497 0/1:24,19:43:99:231,0,479 1/1:0,23:23:39.12:488,39,0
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1 963721 rs2465127 T C 213.54 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-3.370;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.713;HRun=3;HaplotypeScore=1.1284;MQ=53.49;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.606;VQSLOD=2.0982;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:26.55:85,0,27 0/1:5,10:15:59.09:100,0,59 1/1:0,7:7:6.02:68,6,0
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1 964840 rs4970343 T C 1149.87 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-2.762;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=3.312;HRun=0;HaplotypeScore=1.1424;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.646;VQSLOD=3.7735;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:479,0,356 0/1:11,20:31:99:360,0,108 1/1:0,25:25:30.08:353,30,0
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1 964848 rs4970344 A T 1186.57 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-2.739;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=3.413;HRun=0;HaplotypeScore=1.5247;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.181;VQSLOD=4.7989;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:510,0,333 0/1:10,18:28:99:359,0,112 1/1:0,26:26:33.05:359,33,0
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1 965175 rs28373660 A G 1229.26 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-1.799;DB;DP=103;Dels=0.01;FS=11.773;HRun=0;HaplotypeScore=2.9329;MQ=52.26;MQ0=1;MQRankSum=-0.259;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.197;VQSLOD=2.6643;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:450,0,519 0/1:12,24:36:99:417,0,261 1/1:0,19:19:33.10:404,33,0
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1 967658 rs4970349 C T 1557.60 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=4.184;DB;DP=145;Dels=0.00;FS=2.199;HRun=1;HaplotypeScore=2.4000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=10.74;ReadPosRankSum=-1.638;VQSLOD=5.9312;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:573,0,733 0/1:23,20:43:99:483,0,552 0/1:26,22:48:99:540,0,475
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1 968226 rs3121560 C A 288.45 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=5.352;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3682;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.187;VQSLOD=5.0926;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:38,0:38:57.11:0,57,613 0/0:26,0:27:30.06:0,30,339 0/1:12,22:34:99:323,0,145
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1 970160 . C T 78.23 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=1.795;DP=47;Dels=0.00;FS=3.583;HRun=0;HaplotypeScore=1.4457;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.228;VQSLOD=2.2978;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:13:99:103,0,102 0/1:9,8:18:12.68:13,0,79 0/0:16,0:16:12.02:0,12,123
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1 970215 rs9442364 G C 315.29 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=0.050;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.683;VQSLOD=4.7359;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:36.35:36,0,80 0/1:6,7:13:72.60:73,0,108 0/1:7,9:16:99:245,0,121
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1 971224 rs2799055 A G 814.05 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-0.246;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=1.7128;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.826;VQSLOD=4.9651;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:271,0,346 0/1:21,16:37:99:141,0,227 1/1:0,38:40:39.09:444,39,0
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1 971367 rs2710883 T C 1822.64 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-2.221;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=4.465;HRun=0;HaplotypeScore=2.4005;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.633;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.047;VQSLOD=4.4433;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:709,0,661 0/1:21,21:42:99:320,0,504 1/1:0,38:38:66.19:836,66,0
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1 972134 rs3121575 C T 2252.16 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=0.294;DB;DP=128;Dels=0.00;FS=0.800;HRun=1;HaplotypeScore=0.8159;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.203;VQSLOD=5.5539;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:41:99:528,0,382 0/1:15,21:36:99:509,0,310 1/1:0,50:51:99:1257,102,0
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1 972180 rs4970350 G A 1700.56 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=4.018;DB;DP=121;Dels=0.00;FS=5.896;HRun=0;HaplotypeScore=1.3014;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.720;VQSLOD=5.4042;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:43:99:713,0,277 0/1:16,23:39:99:577,0,204 0/1:16,23:39:99:450,0,327
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1 982513 rs3128101 T C 1523.32 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-1.631;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=3.164;HRun=0;HaplotypeScore=2.0656;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.881;VQSLOD=5.0523;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:41:99:496,0,333 0/1:15,18:33:99:405,0,238 1/1:0,35:35:54.17:664,54,0
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1 982941 rs3128102 T C 899 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-0.718;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=4.268;HRun=3;HaplotypeScore=4.8634;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.462;VQSLOD=3.1789;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:51:99:193,0,561 0/1:12,20:33:99:283,0,151 1/1:0,27:27:39.11:464,39,0
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1 982994 rs10267 T C 1602.60 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-0.997;DB;DP=123;Dels=0.00;FS=5.189;HRun=1;HaplotypeScore=3.5632;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=13.03;ReadPosRankSum=-0.015;VQSLOD=4.1485;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:46:99:451,0,477 0/1:20,18:38:99:314,0,262 1/1:0,39:39:75.20:879,75,0
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1 984302 rs9442391 T C 238.93 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=1.230;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.771;HRun=1;HaplotypeScore=0.7301;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.190;VQSLOD=3.6014;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:175,0,154 0/1:7,8:15:27.28:101,0,27 0/0:8,4:12:3.01:0,3,39
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1 985266 rs2275813 C T 283.71 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=1.701;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=0;HaplotypeScore=0.5247;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.664;VQSLOD=3.6341;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:12.04:144,12,0 0/1:7,6:13:90.12:90,0,192 0/1:9,5:14:90.86:91,0,188
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1 985569 . G A 209.38 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=0.594;DP=68;Dels=0.00;FS=1.500;HRun=1;HaplotypeScore=2.0400;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.101;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.088;VQSLOD=2.6990;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:22,0:23:66.18:0,66,769 0/0:22,1:23:48.13:0,48,577 0/1:12,10:22:99:244,0,246
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1 986443 rs2710887 C T 1099.99 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=4.051;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.834;HRun=0;HaplotypeScore=2.8446;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=11.46;ReadPosRankSum=1.106;VQSLOD=4.3607;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:271,0,363 0/1:10,12:22:99:262,0,139 1/1:0,33:33:51.14:608,51,0
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1 1004980 rs4073177 G A 398.95 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=2.218;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5533;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=8.67;ReadPosRankSum=-2.582;VQSLOD=4.3617;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:69.67:239,0,70 0/1:11,7:19:69.50:69,0,218 0/1:9,7:16:99:129,0,209
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1 1006069 rs55918415 G A 1073.52 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=3.999;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=8.669;HRun=0;HaplotypeScore=1.7088;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.352;VQSLOD=5.0851;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:530,0,244 0/1:11,16:27:99:284,0,166 0/1:12,18:32:99:298,0,124
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1 1006223 rs9442394 G A 1324.58 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=2.420;DB;DP=134;Dels=0.00;FS=0.674;HRun=1;HaplotypeScore=3.6096;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=2.890;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.355;VQSLOD=3.7060;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:497,0,511 0/1:19,28:47:99:602,0,229 0/1:18,18:36:99:263,0,211
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1 1006990 rs4326571 G A 1078.42 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=4.160;DB;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.6535;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.508;VQSLOD=3.7814;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:397,0,524 0/1:17,22:39:99:445,0,317 0/1:24,19:43:99:274,0,396
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1 1019180 rs9442396 T C 1445.52 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-4.205;DB;DP=129;Dels=0.00;FS=7.016;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.221;VQSLOD=4.6488;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:560,0,626 0/1:14,24:38:99:392,0,151 0/1:20,26:46:99:532,0,297
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1 1020406 rs9442397 T C 728.66 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-2.335;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=3.961;HRun=1;HaplotypeScore=2.4817;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.326;VQSLOD=4.9083;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:291,0,778 0/1:14,21:35:99:404,0,134 0/1:15,13:28:72.01:72,0,348
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1 1021415 rs3737728 A G 715.54 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-4.883;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=3.776;HRun=1;HaplotypeScore=1.3039;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.103;VQSLOD=5.7544;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:422,0,765 0/1:20,12:32:99:130,0,347 0/1:13,13:26:99:202,0,211
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1 1021695 rs9442398 A G 999.04 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-2.700;DB;DP=135;Dels=0.00;FS=0.709;HRun=0;HaplotypeScore=1.1109;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.475;VQSLOD=6.0746;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:45:99:412,0,355 0/1:20,18:38:99:197,0,430 0/1:23,29:52:99:429,0,517
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1 1023444 rs9442399 C G 571.91 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8569;MQ=57.31;MQ0=0;QD=11.67;VQSLOD=4.9939;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:12:15.05:191,15,0 1/1:0,20:20:24.02:262,24,0 1/1:0,17:17:15.02:157,15,0
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1 1025270 . C T 530.91 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=3.126;DP=116;Dels=0.00;FS=6.643;HRun=0;HaplotypeScore=2.1526;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=6.40;ReadPosRankSum=-2.115;VQSLOD=4.7743;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:287,0,543 0/1:17,19:36:99:283,0,295 0/0:33,0:33:51.14:0,51,612
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1 1025301 rs9442400 T C 1649.63 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=-3.511;DB;DP=123;Dels=0.00;FS=2.490;HRun=0;HaplotypeScore=1.0529;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.389;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.047;VQSLOD=5.6790;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:93.16:996,93,0 1/1:0,37:37:48.13:558,48,0 0/1:17,16:33:99:137,0,411
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1 1026310 . G C 90.59 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-1.907;DP=101;Dels=0.00;FS=3.110;HRun=1;HaplotypeScore=2.9989;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.938;VQSLOD=3.6431;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:38,0:38:81.21:0,81,969 0/1:14,10:26:99:125,0,313 0/0:36,1:37:51.14:0,51,603
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1 1026707 rs4074137 C A 594.63 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=0.744;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.852;HRun=0;HaplotypeScore=2.6297;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.553;VQSLOD=4.0822;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:33:99:148,0,546 0/1:10,8:18:99:159,0,219 0/1:17,19:36:99:326,0,444
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1 1026801 rs4562563 T A 779.92 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-1.029;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7951;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.245;VQSLOD=5.7318;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:323,0,167 0/1:19,10:30:99:122,0,446 0/1:13,19:32:99:374,0,243
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1 1031540 rs9651273 A G 2560.94 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-5.400;DB;DP=237;Dels=0.00;FS=6.376;HRun=2;HaplotypeScore=1.3696;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.038;VQSLOD=5.1008;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:721,0,1481 0/1:40,37:77:99:985,0,1121 0/1:52,37:89:99:893,0,1499
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1 1032184 rs9651272 A G 1456.72 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-8.167;DB;DP=156;Dels=0.00;FS=3.019;HRun=1;HaplotypeScore=1.5526;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.326;VQSLOD=6.2038;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:385,0,728 0/1:23,33:56:99:673,0,608 0/1:30,26:56:99:437,0,684
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1 1033999 rs4970353 C T 3870.87 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=3.941;DB;DP=206;Dels=0.00;FS=5.953;HRun=5;HaplotypeScore=0.5335;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=18.79;ReadPosRankSum=0.464;VQSLOD=6.5701;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:889,0,897 0/1:25,37:62:99:1081,0,616 0/1:37,46:83:99:1341,0,1005
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1 1062025 rs9329411 A G 815.30 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-0.131;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.817;HRun=3;HaplotypeScore=0.9392;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=1.840;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.052;VQSLOD=4.2883;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:259,0,150 0/1:18,16:34:99:285,0,281 0/1:13,22:36:99:310,0,209
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1 1063241 rs4970413 G T 1236.78 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=5.487;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=2.147;HRun=0;HaplotypeScore=3.6742;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=19.03;ReadPosRankSum=0.571;VQSLOD=3.4005;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:498,0,355 1/1:0,23:23:63.19:784,63,0 0/0:23,0:23:51.04:0,51,509
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1 1063492 rs55945496 G A 802.34 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=5.610;DB;DP=113;Dels=0.00;FS=3.999;HRun=0;HaplotypeScore=3.1618;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.711;VQSLOD=4.8193;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:526,0,427 0/1:18,14:33:99:315,0,112 0/0:29,0:29:42.10:0,42,459
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1 1064535 rs6682475 G C 1073.43 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-4.031;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.823;HRun=1;HaplotypeScore=1.8039;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.192;VQSLOD=5.0228;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:320,0,455 0/1:17,11:28:99:182,0,397 1/1:0,32:32:51.15:613,51,0
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1 1064802 rs2298216 T C 4358.03 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.0234;MQ=58.70;MQ0=0;QD=28.67;VQSLOD=7.5759;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1903,156,0 1/1:0,46:46:96.27:1145,96,0 1/1:0,49:49:99:1309,108,0
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1 1065296 rs4072537 T C 4197 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=-1.063;DB;DP=175;Dels=0.00;FS=10.594;HRun=0;HaplotypeScore=1.5262;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=23.98;ReadPosRankSum=0.083;VQSLOD=4.0322;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1866,168,0 0/1:32,30:62:99:777,0,808 1/1:0,52:52:99:1391,120,0
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1 1065800 rs11580120 C T 219 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=0.469;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.0922;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.071;VQSLOD=5.7959;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:31,0:31:69.18:0,69,790 0/0:25,0:25:48.14:0,48,576 0/1:12,14:26:99:254,0,203
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1 1066097 rs61766345 G A 125.47 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=2.551;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8426;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.750;VQSLOD=5.4426;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:30,0:30:45.10:0,45,499 0/0:34,0:34:36.06:0,36,389 0/1:14,14:29:98.12:160,0,98
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1 1066259 rs4072496 G C 2228.41 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4013;MQ=58.14;MQ0=0;QD=25.32;VQSLOD=5.7008;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:72.16:816,72,0 1/1:0,31:31:60.17:703,60,0 1/1:1,26:28:63.19:748,63,0
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1 1066403 rs10907182 T C 2386.82 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=-2.138;DB;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.2749;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=18.79;ReadPosRankSum=0.617;VQSLOD=5.3333;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1181,105,0 1/1:0,44:44:75.15:813,75,0 0/1:16,19:35:99:434,0,214
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1 1067576 rs11589263 G A 448.42 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=0.998;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=5.831;HRun=0;HaplotypeScore=4.0409;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=2.028;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.811;VQSLOD=2.6725;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:29,0:29:75.19:0,75,882 0/0:27,0:27:42.10:0,42,512 0/1:16,20:37:99:483,0,213
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1 1067862 rs9442374 T G 2012.92 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.2447;MQ=57.85;MQ0=0;QD=20.54;VQSLOD=6.3734;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78.24:943,78,0 1/1:0,37:37:69.19:826,69,0 1/1:0,10:26:24.07:281,24,0
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1 1067865 rs9442358 A C 2039.76 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.2447;MQ=58.01;MQ0=0;QD=21.70;VQSLOD=5.9052;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:35:75.22:903,75,0 1/1:0,35:35:60.12:673,60,0 1/1:0,23:24:45.07:502,45,0
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1 1069653 . C T 296.35 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=2.256;DP=141;Dels=0.00;FS=4.713;HRun=1;HaplotypeScore=3.0478;MQ=52.14;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.354;VQSLOD=2.4684;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:51,0:51:99:0,105,1234 0/0:43,0:43:60.18:0,60,722 0/1:22,25:47:99:331,0,302
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1 1070128 rs9442378 T G 1691.87 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.0538;MQ=58.08;MQ0=0;QD=17.81;VQSLOD=6.1721;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:72.19:869,72,0 1/1:0,24:24:33.09:389,33,0 1/1:0,34:34:39.12:472,39,0
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1 1070441 rs9442379 C T 2524.76 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7760;MQ=58.93;MQ0=0;QD=19.42;VQSLOD=6.5815;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1265,102,0 1/1:0,44:44:69.21:849,69,0 1/1:1,34:35:36.11:449,36,0
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1 1071118 rs10907183 G C 3667.72 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=-4.063;DB;DP=161;Dels=0.00;FS=0.983;HRun=0;HaplotypeScore=2.0060;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.466;QD=22.78;ReadPosRankSum=-1.645;VQSLOD=3.9429;culprit=MQRankSum GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1586,144,0 1/1:0,54:54:99:1427,129,0 0/1:20,27:47:99:547,0,444
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1 1071192 rs6604971 T C 3953.29 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.0725;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.85;VQSLOD=6.8929;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1735,156,0 1/1:0,59:60:99:1260,111,0 1/1:0,47:47:81.23:957,81,0
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1 1072498 rs9442360 G C 119.43 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=-2.115;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1912;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.018;VQSLOD=4.4064;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:3.01:32,3,0 1/1:0,9:9:6.02:77,6,0 0/1:6,5:11:49.46:49,0,61
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1 1077064 rs4970357 C A 1407.44 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6489;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.003;QD=23.07;ReadPosRankSum=1.507;VQSLOD=4.9389;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:57.18:715,57,0 1/1:0,22:23:51.15:613,51,0 0/1:11,5:16:99:121,0,326
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1 1097291 rs61768478 C A 451.17 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=5.570;DB;DP=140;Dels=0.00;FS=3.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.3245;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.031;VQSLOD=5.5036;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:47,0:47:99:0,102,1164 0/1:28,23:51:99:486,0,537 0/0:42,0:42:69.21:0,69,835
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1 1097335 rs9442385 T G 2994.99 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7516;MQ=56.46;MQ0=0;QD=20.66;VQSLOD=5.5756;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1273,117,0 1/1:0,46:46:93.19:974,93,0 1/1:0,43:43:75.15:786,75,0
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1 1097937 rs1891907 A G 1046.34 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.29;MQ0=0;QD=15.39;VQSLOD=5.3228;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:42.13:517,42,0 1/1:0,23:23:24.06:290,24,0 1/1:0,18:18:24.05:277,24,0
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1 1098421 rs12135382 C T 812.80 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=1.890;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=8.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.434;VQSLOD=3.5171;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:21.04:246,21,0 0/1:10,9:19:99:184,0,237 1/1:0,16:16:33.11:425,33,0
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1 1098714 rs4379629 C G 290.16 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=-2.239;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=2.715;HRun=1;HaplotypeScore=0.5518;MQ=54.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.107;VQSLOD=2.5827;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:21.02:201,21,0 0/1:5,6:11:74.32:74,0,128 1/1:0,11:11:6:55,6,0
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1 1099342 rs9660710 A C 2668.13 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6053;MQ=58.62;MQ0=0;QD=21.35;VQSLOD=6.3020;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1298,114,0 1/1:0,38:38:66.19:797,66,0 1/1:0,36:36:51.13:611,51,0
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1 1100217 rs1891905 C T 2386.61 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1918;MQ=58.63;MQ0=0;QD=28.08;VQSLOD=4.3823;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96.31:1223,96,0 1/1:0,23:23:48.14:605,48,0 1/1:0,18:18:48.15:597,48,0
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1 1115213 rs11260547 G T 125.47 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-1.233;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.709;HRun=1;HaplotypeScore=1.6648;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.925;VQSLOD=4.5195;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:29,0:29:66.18:0,66,799 0/1:16,14:30:99:160,0,243 0/0:22,0:22:30.09:0,30,362
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1 1116553 . C G 239.62 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-4.758;DP=101;Dels=0.00;FS=2.139;HRun=0;HaplotypeScore=1.6036;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.166;VQSLOD=5.4943;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:35,0:35:99:0,102,1259 0/1:16,15:32:99:274,0,478 0/0:34,0:34:90.24:0,90,1055
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1 1117398 rs12097586 A G 69.05 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-1.273;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=1.426;HRun=0;HaplotypeScore=0.8649;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.605;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.675;VQSLOD=3.5900;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:34,0:34:63.17:0,63,747 0/1:5,9:14:79.20:104,0,79 0/0:20,0:20:21.04:0,21,236
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1 1118212 rs10907171 T C 141.34 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-3.107;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.326;HRun=1;HaplotypeScore=0.5869;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.168;VQSLOD=3.9870;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:33,0:34:72.22:0,72,902 0/1:12,12:24:87.71:176,0,88 0/0:23,0:24:30.09:0,30,365
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1 1119657 rs4560982 G C 236.21 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=1.388;DB;DP=134;Dels=0.00;FS=2.033;HRun=3;HaplotypeScore=3.6814;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.068;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.927;VQSLOD=4.3776;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:44,1:45:47.20:0,47,825 0/1:16,23:39:99:271,0,290 0/0:50,0:50:69.08:0,69,689
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1 1124538 rs11577350 G A 2212.43 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=8.871;DB;DP=269;Dels=0.00;FS=0.507;HRun=0;HaplotypeScore=1.8480;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.155;VQSLOD=6.1115;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:924,0,1256 0/0:95,0:95:99:0,259,2864 0/1:48,45:93:99:1327,0,1209
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1 1124750 rs6702156 T C 5208.38 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-4.566;DB;DP=251;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.3305;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=20.75;ReadPosRankSum=0.526;VQSLOD=6.0965;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1068,0,1266 0/1:42,45:87:99:1149,0,1172 1/1:0,84:84:99:2520,220,0
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1 1143435 rs55945303 G A 1109.75 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=4.836;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=10.674;HRun=0;HaplotypeScore=0.8202;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.241;VQSLOD=4.2639;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:43:99:734,0,299 0/1:14,21:35:99:414,0,258 0/0:32,0:32:72.20:0,72,865
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1 1145771 rs34932696 G A 382.24 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=2.906;DB;DP=127;Dels=0.00;FS=2.114;HRun=0;HaplotypeScore=4.4950;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.080;VQSLOD=3.6009;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:47,0:47:99:0,123,1300 0/1:20,21:41:99:417,0,364 0/0:39,0:39:69.15:0,69,743
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1 1149661 rs35878953 C T 1095.55 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=4.179;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=4.071;HRun=0;HaplotypeScore=2.5793;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=13.87;ReadPosRankSum=-0.726;VQSLOD=4.7847;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:49:99:724,0,215 0/1:11,18:30:99:410,0,139 0/0:31,0:31:63.16:0,63,699
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1 1155804 rs11809575 T C 365.12 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-3.039;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=6.607;HRun=0;HaplotypeScore=1.4012;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=11.78;ReadPosRankSum=1.095;VQSLOD=4.9231;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:46,0:46:99:0,108,1336 0/0:24,0:25:57.17:0,57,695 0/1:15,16:31:99:400,0,297
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1 1156131 rs2887286 T C 462.38 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-1.183;DB;DP=141;Dels=0.00;FS=8.587;HRun=0;HaplotypeScore=2.6228;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.482;VQSLOD=5.9264;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:53,0:53:99:0,135,1677 0/0:54,0:54:99:0,132,1609 0/1:14,20:34:99:497,0,326
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1 1158631 rs6603781 A G 2730.70 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.0586;MQ=58.50;MQ0=0;QD=19.93;VQSLOD=6.7837;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1125,102,0 1/1:0,43:43:75.15:804,75,0 1/1:0,43:43:75.18:839,75,0
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1 1159517 rs6702268 T C 2654.70 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6609;MQ=58.99;MQ0=0;QD=24.36;VQSLOD=6.1681;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:93.19:1052,93,0 1/1:0,28:28:63.12:695,63,0 1/1:0,45:45:81.22:945,81,0
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1 1245368 rs11590283 G A 1975.52 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;BaseQRankSum=1.694;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.2575;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=19.56;ReadPosRankSum=0.151;VQSLOD=6.2659;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:90.25:1125,90,0 1/1:0,26:26:30.08:367,30,0 1/1:0,29:30:42.13:521,42,0
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1 1254443 rs1886772 G A 2818.54 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3130;MQ=57.83;MQ0=0;QD=18.92;VQSLOD=6.4535;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1646,132,0 1/1:0,43:43:63.17:747,63,0 1/1:0,40:40:39.11:463,39,0
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1 1254841 rs10907179 C G 3629.15 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.5934;MQ=59.13;MQ0=0;QD=25.38;VQSLOD=6.7977;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1821,147,0 1/1:0,44:44:72.20:876,72,0 1/1:0,38:39:75.22:931,75,0
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1 1255287 rs10449892 C T 2029.32 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6529;MQ=59.31;MQ0=0;QD=20.29;VQSLOD=5.1885;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72.18:855,72,0 1/1:0,35:35:54.17:663,54,0 1/1:0,35:35:45.14:549,45,0
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1 1257593 rs1810745 A G 2289.75 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1444;MQ=59.58;MQ0=0;QD=20.82;VQSLOD=6.9403;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:66.18:755,66,0 1/1:0,35:35:72.13:737,72,0 1/1:0,38:38:78.15:835,78,0
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1 1258246 rs3845293 A C 2121.10 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7995;MQ=58.10;MQ0=0;QD=30.74;VQSLOD=6.3480;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:54.15:640,54,0 1/1:0,26:27:60.17:729,60,0 1/1:0,23:23:63.20:790,63,0
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1 1260168 rs61766199 C A 160.10 PASS AC=4;AF=1.00;AN=4;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.3325;MQ=54.44;MQ0=0;QD=14.55;VQSLOD=3.6611;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:3.01:37,3,0 ./. 1/1:0,9:9:15.02:158,15,0
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1 1277533 rs307362 T C 847.85 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.2774;MQ=57.82;MQ0=0;QD=11.16;VQSLOD=5.5495;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:60.12:637,60,0 1/1:0,23:23:15.03:159,15,0 1/1:1,18:19:9.01:89,9,0
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1 1278237 rs307361 T C 3038.28 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7762;MQ=58.43;MQ0=0;QD=24.31;VQSLOD=6.8948;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1322,117,0 1/1:0,44:44:96.25:1112,96,0 1/1:0,34:34:57.15:643,57,0
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1 1279025 rs307360 A G 2130.06 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8135;MQ=58.03;MQ0=0;QD=20.88;VQSLOD=6.4886;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:90.28:1117,90,0 1/1:0,35:35:42.10:487,42,0 1/1:0,23:24:48.12:563,48,0
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1 1280014 rs307359 A G 2646.47 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7804;MQ=58.74;MQ0=0;QD=21.69;VQSLOD=6.3469;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90.15:933,90,0 1/1:0,42:42:90.19:933,90,0 1/1:1,39:41:78.17:818,78,0
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1 1280519 rs307358 T C 2166 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4319;MQ=58.07;MQ0=0;QD=22.33;VQSLOD=5.9700;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90.19:1013,90,0 1/1:0,26:26:48.12:550,48,0 1/1:0,31:31:54.16:641,54,0
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1 1297723 rs2649613 A G 6037.55 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;BaseQRankSum=1.701;DB;DP=223;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6912;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.716;QD=27.07;ReadPosRankSum=1.228;VQSLOD=6.4117;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2248,201,0 1/1:0,75:75:99:2067,186,0 1/1:0,64:64:99:1721,156,0
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1 1297850 rs2765020 A T 2919.41 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;BaseQRankSum=0.726;DB;DP=165;Dels=0.00;FS=2.547;HRun=12;HaplotypeScore=3.9084;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=17.69;ReadPosRankSum=-0.675;VQSLOD=2.5585;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:75.21:880,75,0 1/1:1,57:58:72.22:874,72,0 1/1:2,62:64:99:1203,102,0
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1 1298411 rs4970439 C T 3074.37 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.01;MQ0=0;QD=27.21;VQSLOD=6.4016;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1387,114,0 1/1:0,38:38:81.25:1003,81,0 1/1:0,30:30:57.18:722,57,0
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1 1298537 rs2477784 C T 5017.30 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=177;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.2146;MQ=52.95;MQ0=1;QD=28.35;VQSLOD=2.5663;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1573,132,0 1/1:1,68:69:99:1917,159,0 1/1:0,56:56:99:1527,132,0
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1 1314714 rs2260424 A G 4059.10 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3417;MQ=58.23;MQ0=0;QD=24.02;VQSLOD=6.7242;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1813,153,0 1/1:0,60:60:99:1381,126,0 1/1:0,47:47:78.16:864,78,0
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1 1366830 rs873927 A G 126.23 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=0.351;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9085;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.006;VQSLOD=5.4920;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:25,0:26:54.17:0,54,677 0/1:23,12:36:99:161,0,460 0/0:34,0:34:63.19:0,63,773
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1 1366917 rs873926 G C 505.62 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-0.711;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.993;HRun=1;HaplotypeScore=0.9515;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.643;VQSLOD=5.1832;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:27,0:27:69.21:0,69,864 0/1:12,22:34:99:540,0,149 0/0:40,0:41:72.22:0,72,892
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1 1367036 rs2291888 G A 176.77 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=3.624;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=3.633;HRun=0;HaplotypeScore=0.5439;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.021;VQSLOD=4.6929;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:41,0:41:99:0,99,1019 0/1:18,8:26:99:212,0,258 0/0:30,0:30:63.10:0,63,653
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1 1367193 rs2291887 G T 513.25 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=0.527;DB;DP=124;Dels=0.00;FS=3.138;HRun=1;HaplotypeScore=2.9751;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.288;VQSLOD=5.3353;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:41,1:42:99:0,111,1326 0/1:21,24:45:99:548,0,376 0/0:37,0:37:72.20:0,72,858
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1 1367735 rs2291885 G A 268.74 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=3.359;DB;DP=124;Dels=0.00;FS=2.141;HRun=2;HaplotypeScore=3.3135;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.518;VQSLOD=3.7746;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:40,0:40:75.16:0,75,814 0/1:30,21:53:99:303,0,460 0/0:30,1:31:48.09:0,48,499
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1 1368341 . T C 450.42 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=-3.309;DP=78;Dels=0.00;FS=2.160;HRun=1;HaplotypeScore=1.3475;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.097;VQSLOD=3.3598;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:411,0,661 0/1:6,8:14:77.75:78,0,162 0/0:22,0:22:45.14:0,45,560
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1 1368538 . G A 256.31 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-1.287;DP=76;Dels=0.00;FS=5.843;HRun=0;HaplotypeScore=1.4889;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.810;VQSLOD=3.6191;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:31,0:31:69.19:0,69,833 0/1:14,10:24:99:291,0,313 0/0:21,0:21:39.12:0,39,490
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1 1368599 rs1240703 A C 2319.62 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;BaseQRankSum=2.369;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.0487;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=24.16;ReadPosRankSum=1.406;VQSLOD=6.6521;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75.19:899,75,0 1/1:1,27:28:54.16:645,54,0 1/1:1,32:33:66.18:814,66,0
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1 1368647 rs1240702 A T 2843.75 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.2889;MQ=58.35;MQ0=0;QD=28.72;VQSLOD=6.8857;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90.26:1099,90,0 1/1:0,34:34:63.20:792,63,0 1/1:0,28:28:78.25:991,78,0
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1 1389472 rs1695862 A G 230.81 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-1.755;DB;DP=128;Dels=0.00;FS=2.310;HRun=1;HaplotypeScore=1.7326;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.927;VQSLOD=2.5033;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:53,0:53:99:0,135,1673 0/1:19,16:35:99:266,0,457 0/0:39,0:40:87.25:0,87,1065
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1 1390228 rs1623400 T C 209.64 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-1.950;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=2.837;HRun=0;HaplotypeScore=1.2928;MQ=52.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.334;VQSLOD=2.4638;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:38,0:38:72.19:0,72,859 0/1:16,12:28:74.63:244,0,75 0/0:26,0:26:30.09:0,30,373
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1 1390514 rs1695865 T G 114.84 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-4.371;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8589;MQ=53.95;MQ0=2;MQRankSum=0.942;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.679;VQSLOD=3.8548;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:48,0:48:99:0,123,1527 0/1:14,15:29:99:150,0,256 0/0:34,0:34:69.20:0,69,836
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1 1390875 rs1781147 C T 189.95 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=4.098;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=6.648;HRun=0;HaplotypeScore=1.6094;MQ=47.09;MQ0=6;MQRankSum=2.638;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.052;VQSLOD=2.4635;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:40,0:40:63.15:0,63,694 0/1:17,13:30:87:225,0,87 0/0:30,0:31:48.10:0,48,503
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1 1390997 rs1781148 T G 231.37 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-1.181;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=1.310;HRun=0;HaplotypeScore=1.3901;MQ=52.04;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=9.64;ReadPosRankSum=1.039;VQSLOD=2.3663;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:47,1:48:87.26:0,87,1092 0/1:12,12:24:99:266,0,231 0/0:24,0:24:57.18:0,57,707
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1 1392451 rs1781149 C T 386.46 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=3.199;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=10.178;HRun=0;HaplotypeScore=1.8376;MQ=49.41;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.284;VQSLOD=3.2210;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:56,0:56:99:0,111,1292 0/1:20,15:35:99:421,0,395 0/0:39,0:39:54.15:0,54,650
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1 1481348 rs3766177 T C 1193.30 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-5.841;DB;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8262;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.582;VQSLOD=5.9938;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:470,0,862 0/1:21,28:49:99:487,0,469 0/1:22,19:41:99:275,0,515
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1 1483010 rs7517401 G A 948.49 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=3.998;DB;DP=123;Dels=0.00;FS=14.740;HRun=0;HaplotypeScore=2.1951;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.304;VQSLOD=6.1781;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:484,0,479 0/1:20,11:31:99:235,0,173 0/1:21,18:39:99:268,0,234
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1 1484970 rs7515814 C G 2496.80 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=4.084;DB;DP=187;Dels=0.00;FS=2.658;HRun=0;HaplotypeScore=1.4910;MQ=57.40;MQ0=1;MQRankSum=-0.681;QD=13.35;ReadPosRankSum=1.037;VQSLOD=4.9452;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:967,0,750 0/1:22,33:55:99:916,0,405 0/1:26,33:59:99:653,0,511
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1 1485448 rs35093489 C A 383.12 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-0.850;DB;DP=141;Dels=0.00;FS=2.153;HRun=0;HaplotypeScore=1.5251;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.332;VQSLOD=3.6833;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:48,0:48:99:0,111,1366 0/1:20,20:40:99:418,0,331 0/0:52,0:53:99:0,111,1370
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1 1503099 rs7364711 A C 1530.60 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-3.335;DB;DP=172;Dels=0.00;FS=1.262;HRun=1;HaplotypeScore=0.8377;MQ=58.58;MQ0=1;MQRankSum=2.146;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.409;VQSLOD=5.7606;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:612,0,1110 0/1:35,21:56:99:509,0,884 0/1:29,28:57:99:448,0,658
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1 1503808 rs11578409 C G 2246.81 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-1.709;DB;DP=235;Dels=0.00;FS=3.226;HRun=0;HaplotypeScore=2.9383;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.381;VQSLOD=4.7035;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:104:99:1041,0,1368 0/1:33,41:75:99:717,0,599 0/1:28,27:55:99:528,0,592
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1 1503928 rs7550471 G A 2075.68 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=2.770;DB;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.0412;MQ=58.00;MQ0=1;MQRankSum=0.498;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.360;VQSLOD=6.2557;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,38:61:99:1009,0,527 0/1:25,27:52:99:518,0,465 0/1:23,26:49:99:587,0,520
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1 1505041 rs6603792 T C 1544.61 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-9.208;DB;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5784;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.076;VQSLOD=5.8419;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:367,0,559 0/1:26,33:59:99:563,0,486 0/1:43,34:78:99:654,0,734
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1 1522006 rs4648787 C T 3134.65 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=1.773;DB;DP=165;Dels=0.00;FS=1.784;HRun=1;HaplotypeScore=3.6404;MQ=54.66;MQ0=2;MQRankSum=1.110;QD=19.00;ReadPosRankSum=1.315;VQSLOD=2.6820;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1702,135,0 1/1:2,56:58:93.26:1122,93,0 0/1:27,24:51:99:353,0,357
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1 1522342 rs61774868 C T 538.29 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=4.052;DB;DP=153;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.1990;MQ=53.53;MQ0=0;MQRankSum=2.117;QD=10.55;ReadPosRankSum=-2.746;VQSLOD=3.2926;culprit=ReadPosRankSum GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:51,0:51:99:0,132,1510 0/0:51,0:51:99:0,132,1486 0/1:31,20:51:99:573,0,766
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1 1522462 . G A 799.03 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=4.819;DP=158;Dels=0.00;FS=3.276;HRun=0;HaplotypeScore=1.8368;MQ=53.56;MQ0=1;MQRankSum=0.680;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.153;VQSLOD=3.4556;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:611,0,659 0/0:58,0:58:42.07:0,42,430 0/1:23,22:45:99:227,0,330
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1 1522793 rs28778974 C T 1754.84 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=5.680;DB;DP=113;Dels=0.00;FS=9.030;HRun=0;HaplotypeScore=1.1508;MQ=48.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.802;VQSLOD=3.2151;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:69.21:831,69,0 1/1:1,28:29:45.13:528,45,0 0/1:19,23:42:99:438,0,143
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1 1522927 rs61774869 C T 1688.50 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=5.792;DB;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1661;MQ=46.87;MQ0=4;MQRankSum=0.598;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.207;VQSLOD=2.1361;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:90.27:1097,90,0 1/1:1,28:30:39.11:464,39,0 0/1:28,16:44:99:169,0,340
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1 1523439 rs9725077 G A 2000.54 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3806;MQ=45.73;MQ0=1;QD=18.70;VQSLOD=2.7053;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:84.24:988,84,0 1/1:0,35:35:48.12:569,48,0 1/1:0,29:29:42.11:481,42,0
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1 1524437 rs9442423 T C 656.40 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-6.172;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=1.921;HRun=0;HaplotypeScore=0.9586;MQ=55.42;MQ0=1;MQRankSum=1.170;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.988;VQSLOD=3.8351;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:255,0,636 0/1:17,13:31:99:206,0,406 0/1:13,16:29:99:235,0,127
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1 1524998 . A T 1292.48 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-3.345;DP=140;Dels=0.00;FS=3.140;HRun=0;HaplotypeScore=2.4824;MQ=54.61;MQ0=1;MQRankSum=2.615;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.041;VQSLOD=3.7942;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:564,0,580 0/1:25,16:41:99:296,0,563 0/1:29,21:50:99:472,0,532
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1 1526062 rs6681422 T C 1390.15 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-2.498;DB;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9937;MQ=51.90;MQ0=3;MQRankSum=-2.581;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.876;VQSLOD=2.5882;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:625,0,624 0/1:15,20:36:99:465,0,316 0/1:17,22:39:99:339,0,406
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1 1526799 rs12735276 A G 4315.91 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3936;MQ=53.29;MQ0=3;QD=26.97;VQSLOD=6.0348;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:2189,195,0 1/1:2,44:46:99:1132,105,0 1/1:0,44:44:93.16:994,93,0
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1 1527083 rs10157140 T C 2700.48 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-1.597;DB;DP=226;Dels=0.00;FS=2.965;HRun=0;HaplotypeScore=2.2938;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.210;VQSLOD=4.2256;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1079,0,1127 0/1:39,37:76:99:909,0,913 0/1:38,36:74:99:752,0,873
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1 1527952 . T C 2496.24 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-4.607;DP=195;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9144;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=1.622;QD=12.80;ReadPosRankSum=-1.325;VQSLOD=4.9861;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:634,0,1061 0/1:23,30:53:99:742,0,487 0/1:24,51:75:99:1159,0,532
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1 1528271 . A G 242.70 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-2.708;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8700;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=6.56;ReadPosRankSum=-1.580;VQSLOD=4.2405;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:73,0:74:99:0,144,1710 0/0:37,0:37:72.19:0,72,855 0/1:22,15:37:99:277,0,403
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1 1529000 rs12725297 G C 1684.48 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=0.574;DB;DP=199;Dels=0.00;FS=21.720;HRun=0;HaplotypeScore=3.3378;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.576;VQSLOD=2.5378;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1138,0,1191 0/1:29,32:61:99:585,0,514 0/0:51,0:51:99:0,99,1182
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1 1529112 rs12725449 G C 4372.77 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=-3.196;DB;DP=192;Dels=0.00;FS=14.684;HRun=0;HaplotypeScore=2.4551;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=22.77;ReadPosRankSum=0.413;VQSLOD=5.1312;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1812,156,0 1/1:1,64:66:99:1628,132,0 0/1:28,37:65:99:794,0,663
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1 1537437 rs7554569 C T 565.89 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=1.636;DB;DP=134;Dels=0.00;FS=1.782;HRun=0;HaplotypeScore=0.6821;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.267;VQSLOD=5.4502;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:57:99:338,0,795 0/1:22,17:39:99:267,0,454 0/0:38,0:38:57.13:0,57,661
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1 1538046 . G A 1992.71 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=3.447;DP=144;Dels=0.00;FS=1.396;HRun=0;HaplotypeScore=1.2337;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.333;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.557;VQSLOD=6.4016;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:612,0,547 0/1:20,24:44:99:547,0,262 0/1:18,33:52:99:872,0,323
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1 1539369 rs6656591 T C 1844.66 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=-3.406;DB;DP=135;Dels=0.00;FS=2.331;HRun=1;HaplotypeScore=3.1731;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=3.324;QD=13.66;ReadPosRankSum=1.028;VQSLOD=2.8054;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:821,0,543 0/1:26,12:38:99:186,0,549 1/1:0,38:38:75.17:879,75,0
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1 1539582 rs6691649 G A 2072.01 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=1.246;DB;DP=131;Dels=0.00;FS=0.712;HRun=0;HaplotypeScore=0.9777;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=15.82;ReadPosRankSum=-1.508;VQSLOD=5.6771;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:56:99:921,0,558 0/1:23,20:43:99:414,0,570 1/1:0,32:32:63.20:779,63,0
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1 1540727 . C T 575.73 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=4.946;DP=89;Dels=0.00;FS=7.731;HRun=0;HaplotypeScore=1.8833;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.314;VQSLOD=3.3675;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:349,0,365 0/1:20,11:31:99:135,0,325 0/1:18,9:27:99:130,0,316
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1 1543010 rs9442420 T C 2782.34 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.3298;MQ=54.57;MQ0=0;QD=20.46;VQSLOD=6.5579;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1190,108,0 1/1:0,45:45:69.19:827,69,0 1/1:0,42:42:66.19:803,66,0
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1 1543983 . C A 1328.97 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=0.880;DP=143;Dels=0.00;FS=1.479;HRun=0;HaplotypeScore=2.0217;MQ=55.56;MQ0=3;MQRankSum=0.675;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.094;VQSLOD=4.5863;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:555,0,524 0/1:29,15:44:99:303,0,557 0/1:27,23:50:99:509,0,411
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1 1544438 rs35206724 G A 341.99 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=4.648;DB;DP=144;Dels=0.00;FS=1.988;HRun=0;HaplotypeScore=2.0779;MQ=52.29;MQ0=2;MQRankSum=0.230;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.022;VQSLOD=2.7935;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:56,0:56:99:0,135,1492 0/0:45,0:45:99:0,99,1027 0/1:20,22:43:99:377,0,380
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1 1545289 rs6671612 G T 2548.70 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=6.532;DB;DP=161;Dels=0.00;FS=0.664;HRun=1;HaplotypeScore=2.2909;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=15.83;ReadPosRankSum=1.094;VQSLOD=4.7968;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:891,0,1056 0/1:13,28:41:99:554,0,129 1/1:0,45:45:96.24:1145,96,0
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1 1546304 rs11492279 C T 1747.80 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=7.001;DB;DP=167;Dels=0.00;FS=12.685;HRun=0;HaplotypeScore=2.2690;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=10.47;ReadPosRankSum=-1.005;VQSLOD=6.4307;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:822,0,720 0/1:23,23:46:99:507,0,278 0/1:25,26:51:99:458,0,382
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1 1547566 rs4369171 A G 5288 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=197;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.3908;MQ=57.46;MQ0=0;QD=26.84;VQSLOD=3.8241;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2271,187,0 1/1:0,64:64:99:1502,120,0 1/1:0,64:64:99:1515,120,0
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1 1548470 . A G 1641.83 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-0.511;DP=139;Dels=0.00;FS=11.252;HRun=0;HaplotypeScore=1.6012;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.060;VQSLOD=4.1651;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:711,0,741 0/1:14,18:32:99:399,0,298 0/1:23,28:51:99:571,0,388
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1 1548801 rs9442430 T C 4842.55 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=159;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.4809;MQ=58.20;MQ0=1;QD=30.46;VQSLOD=3.3400;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2239,193,0 1/1:1,41:42:99:1244,111,0 1/1:0,46:46:99:1358,114,0
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1 1549149 rs34501155 C T 2792.31 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=1.556;DB;DP=214;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=13.05;ReadPosRankSum=1.148;VQSLOD=6.7866;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,47:76:99:1203,0,876 0/1:39,35:75:99:892,0,1037 0/1:30,33:63:99:736,0,895
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1 1549354 rs12066 G A 6125.22 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=200;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.5150;MQ=59.17;MQ0=0;QD=30.63;VQSLOD=9.2272;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1996,156,0 1/1:0,74:74:99:2194,175,0 1/1:0,62:62:99:1935,153,0
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1 1549720 . C T 1583.41 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=5.944;DP=186;Dels=0.00;FS=3.696;HRun=2;HaplotypeScore=1.7156;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.732;VQSLOD=6.1896;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:829,0,797 0/0:61,1:62:99:0,132,1609 0/1:28,35:63:99:793,0,575
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1 1550702 rs4648611 A G 708.24 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8292;MQ=58.44;MQ0=0;QD=16.86;VQSLOD=5.7686;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:36.08:416,36,0 1/1:0,9:9:12.04:146,12,0 1/1:0,11:11:15.05:184,15,0
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1 1584224 rs4648757 G C 4245.14 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.3156;MQ=50.32;MQ0=1;QD=28.68;VQSLOD=4.6025;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1585,135,0 1/1:0,38:38:84.22:1022,84,0 1/1:0,52:52:99:1638,132,0
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1 1584842 rs12753686 C T 4339.37 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=3.906;DB;DP=173;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.0930;MQ=54.66;MQ0=3;MQRankSum=0.660;QD=25.08;ReadPosRankSum=-0.704;VQSLOD=6.2614;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1701,138,0 0/1:26,27:53:99:642,0,612 1/1:2,64:66:99:1872,150,0
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1 1584918 rs12753729 C T 3138.33 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=2.301;DB;DP=165;Dels=0.00;FS=0.819;HRun=0;HaplotypeScore=2.2493;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=19.02;ReadPosRankSum=0.460;VQSLOD=4.5144;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1805,144,0 0/1:29,27:56:99:388,0,388 1/1:0,52:52:78.25:988,78,0
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1 1585257 rs4648758 A G 2191.36 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=-4.007;DB;DP=135;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7543;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.150;VQSLOD=5.8546;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:72.13:749,72,0 0/1:23,31:54:99:503,0,423 1/1:0,42:42:96.16:981,96,0
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1 1585347 rs4648760 T C 2330.70 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=-2.098;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=9.077;HRun=2;HaplotypeScore=0.9408;MQ=57.01;MQ0=3;MQRankSum=-0.018;QD=18.65;ReadPosRankSum=-0.260;VQSLOD=4.5387;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:99:1271,105,0 0/1:19,17:36:99:347,0,491 1/1:0,37:37:63.19:754,63,0
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1 1585388 rs4648761 A G 2315.10 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=-2.596;DB;DP=144;Dels=0.00;FS=2.647;HRun=2;HaplotypeScore=4.0669;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.527;VQSLOD=3.6864;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1361,123,0 0/1:32,17:49:99:225,0,691 1/1:0,41:42:75.14:771,75,0
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1 1585597 rs7531938 A G 5904.28 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=-6.912;DB;DP=232;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5563;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=25.45;ReadPosRankSum=0.176;VQSLOD=6.3932;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2215,204,0 0/1:36,36:72:99:945,0,988 1/1:0,89:89:99:2541,234,0
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1 1585642 rs3936009 G T 6002.15 PASS AC=5;AF=0.83;AN=6;BaseQRankSum=1.404;DB;DP=225;Dels=0.00;FS=1.443;HRun=0;HaplotypeScore=1.7745;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=26.68;ReadPosRankSum=0.397;VQSLOD=4.5912;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2376,193,0 0/1:37,35:72:99:980,0,998 1/1:0,85:86:99:2449,202,0
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1 1596500 . C T 349.70 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=3.669;DP=118;Dels=0.00;FS=2.131;HRun=0;HaplotypeScore=1.6222;MQ=48.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.327;VQSLOD=2.3071;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:41,0:41:93.26:0,93,1077 0/1:15,19:34:99:384,0,213 0/0:43,0:43:81.18:0,81,895
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1 1597020 . C G 178.70 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-0.460;DP=115;Dels=0.00;FS=3.121;HRun=0;HaplotypeScore=1.0938;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.867;VQSLOD=4.9735;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:51,0:51:99:0,114,1359 0/1:14,9:23:99:213,0,258 0/0:41,0:41:78.21:0,78,952
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1 1599161 rs6604981 A G 3655.56 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.4893;MQ=51.37;MQ0=0;QD=22.71;VQSLOD=5.4975;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1722,141,0 1/1:0,57:57:87.27:1066,87,0 1/1:0,45:45:69.22:867,69,0
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1 1599361 rs6662227 A G 1705.44 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.1928;MQ=44.95;MQ0=14;QD=16.40;VQSLOD=2.4814;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:78.10:819,78,0 1/1:0,33:33:45.10:485,45,0 1/1:0,31:31:42.08:439,42,0
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1 1601015 . G A 481.69 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=2.058;DP=108;Dels=0.00;FS=0.839;HRun=0;HaplotypeScore=2.2857;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.882;VQSLOD=4.3426;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:192,0,297 0/1:15,26:41:65.11:168,0,65 0/1:16,15:31:42.04:160,0,42
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1 1601052 . G A 653.50 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=4.003;DP=123;Dels=0.00;FS=5.831;HRun=0;HaplotypeScore=0.2629;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.014;VQSLOD=4.8239;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:40:99:206,0,596 0/1:17,23:40:99:228,0,214 0/1:19,24:43:99:258,0,228
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1 1602536 rs4648609 G C 1257.42 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=1.223;DB;DP=135;Dels=0.00;FS=2.248;HRun=0;HaplotypeScore=0.9480;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.200;VQSLOD=6.0052;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:546,0,432 0/1:24,26:50:99:418,0,360 0/1:22,18:40:99:332,0,382
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1 1602587 rs4233029 C T 1309.30 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-1.533;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=0.798;HRun=0;HaplotypeScore=1.1723;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.413;VQSLOD=5.7797;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:672,0,289 0/1:16,21:37:99:410,0,293 0/1:15,13:28:99:267,0,316
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1 1602787 rs4639697 G T 6313.72 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;BaseQRankSum=1.714;DB;DP=193;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.1338;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=32.71;ReadPosRankSum=1.176;VQSLOD=8.1908;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2801,223,0 1/1:0,60:60:99:1977,156,0 1/1:0,49:49:99:1535,123,0
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1 1603236 rs11523819 G A 3870.53 PASS AC=4;AF=0.67;AN=6;BaseQRankSum=8.389;DB;DP=187;Dels=0.00;FS=5.390;HRun=0;HaplotypeScore=1.2241;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=20.70;ReadPosRankSum=-0.297;VQSLOD=6.4211;culprit=FS GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:766,0,979 1/1:0,60:60:99:1959,159,0 0/1:23,32:55:99:810,0,553
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1 1603434 rs6699975 G T 2343.31 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=7.123;DB;DP=204;Dels=0.00;FS=5.156;HRun=0;HaplotypeScore=2.7001;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.256;VQSLOD=5.5411;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:861,0,300 0/1:37,35:72:99:802,0,712 0/1:42,34:76:99:718,0,899
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1 1604499 rs36048328 G A 2052.13 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=1.826;DB;DP=201;Dels=0.00;FS=5.238;HRun=0;HaplotypeScore=2.1119;MQ=49.55;MQ0=10;MQRankSum=1.639;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.571;VQSLOD=2.2425;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:912,0,831 0/1:40,31:72:99:563,0,786 0/1:38,27:65:99:615,0,885
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1 1605257 rs12736155 A C 1608.63 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-1.759;DB;DP=173;Dels=0.00;FS=6.131;HRun=1;HaplotypeScore=1.3555;MQ=49.94;MQ0=1;MQRankSum=0.095;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.619;VQSLOD=2.6580;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:730,0,962 0/1:20,23:44:99:458,0,332 0/1:37,28:65:99:459,0,827
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1 1610524 rs7544851 T C 1279.09 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-1.880;DB;DP=133;Dels=0.00;FS=5.774;HRun=1;HaplotypeScore=1.4775;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=13.75;ReadPosRankSum=2.307;VQSLOD=5.0552;culprit=ReadPosRankSum GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:456,0,671 0/0:40,0:40:66.21:0,66,827 1/1:0,32:34:72.20:868,72,0
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1 1610539 rs6697550 A G 50.53 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-3.634;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=15.440;HRun=1;HaplotypeScore=2.1539;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.266;QD=1.49;ReadPosRankSum=-2.286;VQSLOD=2.1579;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:62,0:62:99:0,114,1406 0/1:17,17:34:85.29:85,0,265 0/0:29,0:29:60.18:0,60,731
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1 1611432 rs6700884 A G 1765.82 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=0.582;DB;DP=150;Dels=0.00;FS=4.362;HRun=1;HaplotypeScore=0.7148;MQ=54.41;MQ0=2;MQRankSum=-1.034;QD=11.77;ReadPosRankSum=1.503;VQSLOD=3.8650;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:755,0,615 0/1:24,29:53:99:753,0,609 0/1:24,24:48:99:297,0,573
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1 1611653 rs6695303 T C 1990.86 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-0.136;DB;DP=168;Dels=0.00;FS=4.648;HRun=0;HaplotypeScore=2.3860;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.779;VQSLOD=5.1281;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:834,0,820 0/1:30,31:61:99:775,0,666 0/1:28,19:47:99:421,0,698
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1 1611995 rs4074196 A G 895.12 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-4.218;DB;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4089;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.101;VQSLOD=5.9502;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:47:99:438,0,567 0/1:29,19:48:99:258,0,433 0/1:13,19:32:99:238,0,317
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1 1612111 rs4074197 C T 1411.41 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=2.969;DB;DP=141;Dels=0.00;FS=1.357;HRun=2;HaplotypeScore=1.2024;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=2.170;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.188;VQSLOD=5.5678;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:732,0,546 0/1:23,24:47:99:562,0,552 0/1:31,14:45:99:156,0,683
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1 1612603 rs4074198 G A 2962.14 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=6.437;DB;DP=237;Dels=0.00;FS=1.658;HRun=0;HaplotypeScore=1.7106;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.318;VQSLOD=4.6732;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,59:106:99:1644,0,992 0/1:25,33:58:99:754,0,384 0/1:38,35:73:99:603,0,712
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1 1612809 rs4076580 T G 678.25 PASS AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=-2.731;DB;DP=168;Dels=0.00;FS=4.329;HRun=1;HaplotypeScore=3.3977;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.630;VQSLOD=3.2946;culprit=HaplotypeScore GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:218,0,444 0/0:74,0:74:99:0,108,1275 0/1:26,27:54:99:499,0,391
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1 1613367 . C A 867.63 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=5.215;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7774;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.589;VQSLOD=4.8227;culprit=DP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:332,0,312 0/1:7,16:23:14.50:239,0,15 0/1:8,12:20:69.75:335,0,70
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1 1614341 . C T 733.09 PASS AC=1;AF=0.17;AN=6;BaseQRankSum=-2.055;DP=176;Dels=0.00;FS=11.847;HRun=0;HaplotypeScore=2.1767;MQ=58.17;MQ0=1;MQRankSum=0.744;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.843;VQSLOD=6.0835;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:54,0:54:99:0,132,1611 0/1:35,35:70:99:768,0,875 0/0:51,0:52:99:0,114,1364
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1 1615348 rs7520934 A C 1850.95 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-7.036;DB;DP=170;Dels=0.00;FS=4.639;HRun=1;HaplotypeScore=1.7243;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=10.89;ReadPosRankSum=-1.610;VQSLOD=6.1788;culprit=ReadPosRankSum GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:726,0,884 0/1:24,29:53:99:640,0,659 0/1:32,24:56:99:524,0,899
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1 1615705 rs28774670 T C 1184.49 PASS AC=3;AF=0.50;AN=6;BaseQRankSum=-5.877;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9698;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.397;VQSLOD=5.6347;culprit=QD GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:531,0,948 0/1:22,19:41:99:417,0,393 0/1:17,14:31:99:276,0,415
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1 1649639 rs36141200 G A 5441.36 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=208;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8832;MQ=53.76;MQ0=10;QD=26.16;VQSLOD=5.0632;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2406,190,0 1/1:0,67:67:99:1470,123,0 1/1:0,62:62:99:1564,126,0
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1 1650200 rs1969650 A C 1800.50 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8411;MQ=39.22;MQ0=3;QD=14.29;VQSLOD=2.3622;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:96.20:1036,96,0 1/1:0,37:37:36.07:393,36,0 1/1:0,37:37:36.08:410,36,0
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1 1650807 rs1137005 T C 7524.09 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;BaseQRankSum=1.717;DB;DP=233;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.1511;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=32.29;ReadPosRankSum=-0.768;VQSLOD=4.4463;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:76:99:2539,211,0 1/1:0,80:80:99:2673,223,0 1/1:1,76:77:99:2287,199,0
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