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##fileformat=VCFv4.0
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##FILTER=<ID=HARD_TO_VALIDATE,Description="MQ0 >= 4 && (MQ0 / (1.0 * DP)) > 0.1">
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##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
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##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
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##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
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##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
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##FORMAT=<ID=PL,Number=3,Type=Float,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for AA,AB,BB genotypes where A=ref and B=alt; not applicable if site is not biallelic">
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##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
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##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
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##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
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##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
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##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
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##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
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##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
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##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
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##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with two (and only two) segregating haplotypes">
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##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
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##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
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##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
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##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias">
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##INFO=<ID=VQSLOD,Number=1,Type=Float,Description="log10-scaled probability of variant being true under the trained gaussian mixture model">
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##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[/humgen/gsa-scr1/carneiro/prj/pacbio/data/pacbio.recal.bam] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[/humgen/gsa-scr1/carneiro/prj/pacbio/analysis/snps/amplicon/Q-27737@node1309-1-sg/temp-1/scatter.intervals] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=/humgen/gsa-hpprojects/GATK/data/Comparisons/Validated/dbSNP/dbsnp_129_b37.rod downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=250 baq=RECALCULATE baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false genotype_likelihoods_model=SNP p_nonref_model=EXACT heterozygosity=0.0010 pcr_error_rate=1.0E-4 genotype=false output_all_callable_bases=false standard_min_confidence_threshold_for_calling=30.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=30.0 trigger_min_confidence_threshold_for_calling=30.0 trigger_min_confidence_threshold_for_emitting=30.0 noSLOD=false assume_single_sample_reads=NA12878 min_base_quality_score=10 min_mapping_quality_score=20 max_mismatches_in_40bp_window=3 use_reads_with_bad_mates=false max_deletion_fraction=0.5 get_indel_alleles_from_vcf=false min_indel_count_for_genotyping=5 indel_heterozygosity=1.25E-4 out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub verbose_mode=null metrics_file=null annotation=[]"
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##VariantFiltration="analysis_type=VariantFiltration input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[/humgen/gsa-scr1/carneiro/prj/pacbio/analysis/snps/amplicon/Q-27737@node1309-2-sg/temp-1/scatter.intervals] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/gsa-scr1/carneiro/prj/pacbio/analysis/snps/amplicon/pacbio.raw.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub filterExpression=[MQ0 >= 4 && (MQ0 / (1.0 * DP)) > 0.1] filterName=[HARD_TO_VALIDATE] genotypeFilterExpression=[] genotypeFilterName=[] clusterSize=3 clusterWindowSize=0 maskName=Mask missingValuesInExpressionsShouldEvaluateAsFailing=false"
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##VariantRecalibrator="analysis_type=VariantRecalibrator input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[/humgen/gsa-scr1/carneiro/prj/pacbio/data/pacbio.hg19.intervals] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/gsa-hpprojects/GATK/data/Comparisons/Unvalidated/1kg_pilot1_projectCalls/ALL.low_coverage.2010_07.hg19.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/GATK/data/Comparisons/Validated/HapMap/3.3/genotypes_r27_nr.b37_fwd.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/GATK/data/Comparisons/Validated/HapMap/3.3/genotypes_r27_nr.b37_fwd.vcf, /humgen/gsa-scr1/carneiro/prj/pacbio/analysis/snps/amplicon/pacbio.filtered.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=/humgen/gsa-hpprojects/GATK/data/Comparisons/Validated/dbSNP/dbsnp_129_b37.rod downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false cluster_file=/humgen/gsa-scr1/carneiro/prj/pacbio/analysis/snps/amplicon/pacbio.clusters tranches_file=/humgen/gsa-scr1/carneiro/prj/pacbio/analysis/snps/amplicon/pacbio.ts.tranches out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub target_titv=1.8 backOff=1.3 ignore_all_input_filters=false priorNovel=2.0 priorDBSNP=2.0 priorHapMap=2.0 prior1KG=2.0 path_to_Rscript=Rscript path_to_resources=R/ singleton_fp_rate=0.5 max_ac_prior=0.99 dontTrustACField=false qual=0.0 debugFile=null selectionMetric=TRUTH_SENSITIVITY use_annotation=null"
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#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12878
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20 1408919 rs6074626 C T 410.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.06;HRun=1;HaplotypeScore=114.0668;MQ=60.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-173.00;VQSLOD=-1.3245;sumGLbyD=5.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:58:99:440,0,594
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20 1409435 rs4814243 G A 2219.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=161.5624;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.68;SB=-808.23;VQSLOD=-2.4575;sumGLbyD=12.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,139:109:99:2252,161,0
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20 1409567 rs4814244 A G 1734.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;Dels=0.22;HRun=1;HaplotypeScore=505.1471;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.33;SB=-772.45;VQSLOD=-1.6321;sumGLbyD=11.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,111:82:99:1767,193,0
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20 1409612 . T A 579.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;Dels=0.16;HRun=2;HaplotypeScore=372.8065;MQ=60.00;MQ0=0;QD=3.91;SB=-155.28;VQSLOD=-2.1200;sumGLbyD=4.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,45:87:99:609,0,883
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20 1409757 rs6134916 C T 252.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.08;HRun=1;HaplotypeScore=176.9395;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.77;SB=-123.36;VQSLOD=-1.3707;sumGLbyD=3.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,24:58:99:282,0,673
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20 2156688 rs34950074 A G 160.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.20;HRun=3;HaplotypeScore=311.7372;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.98;SB=-59.56;VQSLOD=-3.8407;sumGLbyD=2.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,19:52:99:191,0,699
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20 2157130 rs6137228 G A 1074.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=241;Dels=0.08;HRun=0;HaplotypeScore=495.1212;MQ=60.00;MQ0=0;QD=4.46;SB=-543.36;VQSLOD=-1.0631;sumGLbyD=4.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,88:161:99:1105,0,1376
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20 2157596 rs41308621 G A 37.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=115;Dels=0.16;HRun=0;HaplotypeScore=356.4928;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.33;SB=7.11;VQSLOD=-2.1065;sumGLbyD=0.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,29:45:67.65:68,0,574
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20 2450144 rs6106763 T C 384.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=161;Dels=0.09;HRun=1;HaplotypeScore=350.4436;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.39;SB=-164.46;VQSLOD=-1.2122;sumGLbyD=2.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,48:111:99:414,0,1456
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20 2450235 rs6138180 A T 646.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=211;Dels=0.14;HRun=0;HaplotypeScore=566.4039;MQ=60.00;MQ0=0;QD=3.06;SB=-286.95;VQSLOD=-1.6466;sumGLbyD=3.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,68:127:99:677,0,1540
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20 2450669 rs6049283 C A 859.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=213;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=268.1049;MQ=60.00;MQ0=0;QD=4.04;SB=-396.35;VQSLOD=-0.4104;sumGLbyD=4.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,78:126:99:890,0,1027
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20 3152793 rs6051617 T C 196.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=156.2935;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.93;SB=-54.81;VQSLOD=-1.0530;sumGLbyD=2.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,25:74:99:227,0,1001
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20 3153236 . C G 304.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;Dels=0.16;HRun=1;HaplotypeScore=320.3893;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.56;SB=-155.71;VQSLOD=-1.3115;sumGLbyD=2.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,30:69:99:334,0,819
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20 3153503 rs55785911 G A 88.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.11;HRun=1;HaplotypeScore=160.1451;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.23;SB=-51.31;VQSLOD=-2.1979;sumGLbyD=1.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,18:42:99:119,0,606
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20 3153605 . C T 151.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;Dels=0.15;HRun=1;HaplotypeScore=161.0277;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.52;SB=-20.11;VQSLOD=-2.1881;sumGLbyD=3.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:32:99:181,0,388
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20 4756391 rs2422967 T C 266.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=177;Dels=0.15;HRun=3;HaplotypeScore=562.1195;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.51;SB=-15.41;VQSLOD=-5.2491;sumGLbyD=1.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,33:115:99:296,0,1675
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20 4756509 rs6052868 A G 509.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=250;DS;Dels=0.17;HRun=3;HaplotypeScore=748.4880;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.04;SB=-264.37;VQSLOD=-2.4325;sumGLbyD=2.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,49:168:99:539,0,2447
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20 4756691 rs7272323 G C 624.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=248;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=196.5430;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.52;SB=-163.80;VQSLOD=-0.2919;sumGLbyD=2.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,68:164:99:655,0,1886
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20 5905472 rs236154 G T 764.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=181;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=202.1957;MQ=60.00;MQ0=0;QD=4.23;SB=-330.33;VQSLOD=-0.4780;sumGLbyD=4.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,68:100:99:795,0,873
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20 5905550 rs236155 G A 1050.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=171;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=173.3788;MQ=60.00;MQ0=0;QD=6.14;SB=-462.20;VQSLOD=-1.2994;sumGLbyD=6.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,82:131:99:1080,0,1181
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20 5905779 rs2821 C A 550.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=158;Dels=0.05;HRun=0;HaplotypeScore=266.6426;MQ=60.00;MQ0=0;QD=3.48;SB=-201.81;VQSLOD=-0.4809;sumGLbyD=3.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,51:108:99:580,0,1342
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20 5906092 rs236157 G A 195.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.04;HRun=0;HaplotypeScore=129.6758;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.76;SB=-84.66;VQSLOD=-0.6734;sumGLbyD=3.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:45:99:226,0,542
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20 5906098 rs10454160 A C 79.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.13;HRun=0;HaplotypeScore=191.3074;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.14;SB=15.70;VQSLOD=-1.8202;sumGLbyD=1.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,17:45:99:110,0,679
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20 6229263 rs6054023 T C 393.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.05;HRun=0;HaplotypeScore=143.3775;MQ=60.00;MQ0=0;QD=3.86;SB=-117.41;VQSLOD=-0.4836;sumGLbyD=4.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,31:77:99:424,0,859
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20 6229282 rs6054024 A C 276.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.11;HRun=0;HaplotypeScore=239.9223;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.71;SB=-129.32;VQSLOD=-0.4773;sumGLbyD=3.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,27:65:99:307,0,790
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20 6229367 rs55708193 C A 284.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=116;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=100.3668;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.46;SB=9.48;VQSLOD=-1.8120;sumGLbyD=2.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,31:76:99:315,0,984
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20 6229867 rs6054027 C A 1024.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=224;Dels=0.04;HRun=0;HaplotypeScore=254.7872;MQ=60.00;MQ0=0;QD=4.57;SB=-449.69;VQSLOD=-0.6894;sumGLbyD=4.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,90:160:99:1054,0,1742
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20 6230133 rs6038393 C T 271.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=142;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=102.9663;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.91;SB=-85.43;VQSLOD=-1.2156;sumGLbyD=2.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,43:79:99:302,0,1065
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20 6230247 rs6085447 T A 341.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.04;HRun=2;HaplotypeScore=109.4730;MQ=60.00;MQ0=0;QD=3.49;SB=-99.61;VQSLOD=-2.3533;sumGLbyD=3.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:62:99:372,0,694
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20 6469312 rs4441551 C G 323.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.11;HRun=1;HaplotypeScore=193.6133;MQ=60.00;MQ0=0;QD=3.63;SB=-89.68;VQSLOD=-1.4989;sumGLbyD=3.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:70:99:353,0,833
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20 6469515 rs62200027 G A 808.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=186;Dels=0.03;HRun=0;HaplotypeScore=175.1223;MQ=60.00;MQ0=0;QD=4.35;SB=-356.55;VQSLOD=-0.6362;sumGLbyD=4.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,67:137:99:839,0,1240
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20 6469596 rs17721822 G A 895.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=212;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=197.3459;MQ=60.00;MQ0=0;QD=4.22;SB=-354.06;VQSLOD=-0.5273;sumGLbyD=4.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,80:147:99:926,0,1588
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20 25831374 . A T 93.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;Dels=0.03;HRun=0;HaplotypeScore=153.4111;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.39;SB=-5.55;VQSLOD=-1.7101;sumGLbyD=1.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,21:37:99:123,0,519
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20 25831381 . A C 121.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;Dels=0.19;HRun=1;HaplotypeScore=241.3830;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.81;SB=-65.36;VQSLOD=-1.8072;sumGLbyD=2.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,14:38:99:151,0,502
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20 25831383 rs34974769 C T 44.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=99.8162;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.66;SB=-35.71;VQSLOD=-2.9229;sumGLbyD=1.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,14:41:74.39:74,0,626
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20 25831418 . G C 119.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.8133;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.90;SB=-48.80;VQSLOD=-1.9958;sumGLbyD=2.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:36:99:150,0,400
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20 25831452 . A G 36.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=67.9389;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.66;SB=-12.31;VQSLOD=-4.0044;sumGLbyD=1.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,10:24:66.27:66,0,338
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20 26131744 . C G 127.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=84.1409;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.24;SB=-70.64;VQSLOD=-1.9834;sumGLbyD=1.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,24:62:99:158,0,833
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20 26131748 . T C 88.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;Dels=0.08;HRun=0;HaplotypeScore=180.3277;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.86;SB=-37.87;VQSLOD=-1.6056;sumGLbyD=1.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,24:55:99:119,0,810
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20 26131755 . G A 214.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;Dels=0.06;HRun=0;HaplotypeScore=167.7765;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.13;SB=-120.57;VQSLOD=-0.5760;sumGLbyD=2.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,23:61:99:245,0,825
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20 26131777 . T C 80.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;Dels=0.08;HRun=0;HaplotypeScore=152.2912;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.87;SB=-36.93;VQSLOD=-1.7622;sumGLbyD=1.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,15:44:99:110,0,609
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20 26131803 . C A 179.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;Dels=0.04;HRun=0;HaplotypeScore=81.5051;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.11;SB=-85.98;VQSLOD=-1.2887;sumGLbyD=2.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,24:50:99:210,0,692
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20 26131872 . A G 33.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=38.3012;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.66;SB=2.56;VQSLOD=-3.3273;sumGLbyD=1.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,11:38:63.78:64,0,524
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20 26131879 . T C 87.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=39.1091;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.75;SB=-29.20;VQSLOD=-2.3968;sumGLbyD=2.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,11:33:99:118,0,452
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20 26131880 . G A 90.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;Dels=0.04;HRun=0;HaplotypeScore=48.0151;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.85;SB=-32.34;VQSLOD=-2.1860;sumGLbyD=2.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:34:99:121,0,434
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20 26132150 . A G 47.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;Dels=0.04;HRun=0;HaplotypeScore=26.3205;MQ=60.00;MQ0=0;QD=1.98;SB=-13.71;VQSLOD=-2.5540;sumGLbyD=3.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:15:77.53:78,0,169
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20 26132190 . A G 61.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.6525;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.91;SB=-36.39;VQSLOD=-3.0814;sumGLbyD=4.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:15:91.21:91,0,167
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20 26132403 . T C 42.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.7449;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.72;SB=-8.15;VQSLOD=-3.3413;sumGLbyD=1.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,11:48:72.47:72,0,795
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20 26132507 . C A 65.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;Dels=0.10;HRun=0;HaplotypeScore=159.2829;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.89;SB=-10.07;VQSLOD=-1.8554;sumGLbyD=1.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,15:55:95.16:95,0,812
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20 26132607 . T C 61.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.2245;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.70;SB=-8.85;VQSLOD=-2.9656;sumGLbyD=1.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,14:65:91.94:92,0,1033
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20 26132662 . T A 42.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;Dels=0.06;HRun=2;HaplotypeScore=111.4160;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.42;SB=-34.92;VQSLOD=-3.5562;sumGLbyD=0.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,16:77:72.77:73,0,1226
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20 26132682 . A G 58.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=86.4197;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.54;SB=-34.58;VQSLOD=-2.5827;sumGLbyD=0.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,17:74:88.09:88,0,1138
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20 26132732 . G A 86.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=111.8568;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.79;SB=-13.82;VQSLOD=-2.2580;sumGLbyD=1.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,21:92:99:117,0,1389
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20 26132794 . G A 46.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=85.6948;MQ=60.00;MQ0=0;QD=0.39;SB=-1.07;VQSLOD=-2.7800;sumGLbyD=0.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,18:97:76.66:77,0,1316
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20 26132816 rs2697509 G T 608.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=123;Dels=0.15;HRun=4;HaplotypeScore=247.4357;MQ=60.00;MQ0=0;QD=4.95;SB=-310.83;VQSLOD=-6.7455;sumGLbyD=5.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:77:99:638,0,682
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20 26142569 rs6138815 C T 288.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=134;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=257.3762;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.15;SB=-147.82;VQSLOD=-1.3845;sumGLbyD=2.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,43:65:99:318,0,769
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20 26143056 . A G 816.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;DS;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=234.7230;MQ=60.00;MQ0=0;QD=4.34;SB=-329.26;VQSLOD=-0.5083;sumGLbyD=4.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,74:135:99:847,0,1386
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20 26208477 . T G 641.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;Dels=0.12;HRun=1;HaplotypeScore=192.1126;MQ=60.00;MQ0=0;QD=7.92;SB=-239.33;VQSLOD=-1.7707;sumGLbyD=8.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,45:50:99:671,0,100
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20 26208762 rs62198229 C T 289.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.16;HRun=1;HaplotypeScore=115.1333;MQ=60.00;MQ0=0;QD=6.74;SB=-59.14;VQSLOD=-1.9872;sumGLbyD=7.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,26:25:79.89:320,0,80
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