19411 lines
5.4 MiB
19411 lines
5.4 MiB
##fileformat=VCFv4.0
|
|
##ApplyRecalibration="analysis_type=ApplyRecalibration input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=AWS_S3 read_filter=[] intervals=[/humgen/1kg/processing/pipeline_test_bams/whole_genome_chunked.hg19.intervals] excludeIntervals=null reference_sequence=/seq/references/Homo_sapiens_assembly19/v1/Homo_sapiens_assembly19.fasta rodBind=[/humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/NA12878.HiSeq19.raw.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false disable_experimental_low_memory_sharding=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false recal_file=/humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/NA12878.HiSeq19.tranches.recal tranches_file=/humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/NA12878.HiSeq19.tranches out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub ts_filter_level=99.0 ignore_filter=null mode=SNP"
|
|
##CombineVariants="analysis_type=CombineVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[/humgen/1kg/processing/pipeline_test_bams/whole_genome_chunked.hg19.intervals] excludeIntervals=null reference_sequence=/seq/references/Homo_sapiens_assembly19/v1/Homo_sapiens_assembly19.fasta rodBind=[/humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-1/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-2/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-3/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-4/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-5/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-6/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-7/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-8/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-9/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-10/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-11/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-12/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-13/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-14/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-15/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-16/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-17/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-18/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-19/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-20/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-21/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-22/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-23/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-24/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-25/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-26/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-27/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-28/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-29/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-30/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-31/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-32/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-33/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-34/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-35/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-36/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-37/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-38/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-39/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-40/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-41/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-42/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-43/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-44/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-45/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-46/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-47/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-48/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-49/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-50/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-51/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-52/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-53/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-54/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-55/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-56/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-57/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-58/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-59/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-60/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-61/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-62/NA12878.HiSeq19.raw.vcf, /humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-63/NA12878.HiSeq19.raw.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false disable_experimental_low_memory_sharding=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub genotypemergeoption=PRIORITIZE filteredrecordsmergetype=KEEP_IF_ANY_UNFILTERED rod_priority_list=input0,input1,input2,input3,input4,input5,input6,input7,input8,input9,input10,input11,input12,input13,input14,input15,input16,input17,input18,input19,input20,input21,input22,input23,input24,input25,input26,input27,input28,input29,input30,input31,input32,input33,input34,input35,input36,input37,input38,input39,input40,input41,input42,input43,input44,input45,input46,input47,input48,input49,input50,input51,input52,input53,input54,input55,input56,input57,input58,input59,input60,input61,input62 printComplexMerges=false filteredAreUncalled=false minimalVCF=false setKey=set assumeIdenticalSamples=true minimumN=1 masterMerge=false mergeInfoWithMaxAC=false"
|
|
##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche99.00to99.30,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 1.9488 <= x < 2.3355">
|
|
##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche99.30to99.50,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: 1.4527 <= x < 1.9488">
|
|
##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche99.50to99.90,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: -20.5487 <= x < 1.4527">
|
|
##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche99.90to100.00+,Description="Truth sensitivity tranche level at VQS Lod < -Infinity">
|
|
##FILTER=<ID=TruthSensitivityTranche99.90to100.00,Description="Truth sensitivity tranche level at VSQ Lod: -Infinity <= x < -20.5487">
|
|
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
|
|
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
|
|
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
|
|
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
|
|
##FORMAT=<ID=PL,Number=3,Type=Float,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for AA,AB,BB genotypes where A=ref and B=alt; not applicable if site is not biallelic">
|
|
##INFO=<ID=AB,Number=1,Type=Float,Description="Allele Balance for hets (ref/(ref+alt))">
|
|
##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
|
|
##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
|
|
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
|
|
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
|
|
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
|
|
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
|
|
##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
|
|
##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
|
|
##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
|
|
##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
|
|
##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes">
|
|
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
|
|
##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
|
|
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
|
|
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
|
|
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
|
|
##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias">
|
|
##INFO=<ID=VQSLOD,Number=1,Type=Float,Description="log odds ratio of being a true variant versus being false under the trained gaussian mixture model">
|
|
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
|
|
##SelectVariants="analysis_type=SelectVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/home/radon00/carneiro/ref/hg19/Homo_sapiens_assembly19.fasta rodBind=[/humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/NA12878.HiSeq19.recalibrated.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false disable_experimental_low_memory_sharding=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sample=null select_expressions=[] excludeNonVariants=false excludeFiltered=false discordance= concordance= family_structure= mendelianViolation=false mendelianViolationQualThreshold=0.0 select_random_number=0 select_random_fraction=0.05 selectSNPs=false selectIndels=false"
|
|
##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[/humgen/gsa-hpprojects/NA12878Collection/bams/NA12878.HiSeq.WGS.bwa.cleaned.recal.hg19.bam] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=AWS_S3 read_filter=[] intervals=[/humgen/gsa-hpprojects/dev/rpoplin/perfectCalls/NA12878/chart/sting_SBpi/queueScatterGather/.qlog/NA12878.HiSeq19.snpcall-sg/temp-63/scatter.intervals] excludeIntervals=null reference_sequence=/seq/references/Homo_sapiens_assembly19/v1/Homo_sapiens_assembly19.fasta rodBind=[/humgen/gsa-hpprojects/GATK/data/Comparisons/Validated/dbSNP/dbsnp_129_b37.leftAligned.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=250 baq=CALCULATE_AS_NECESSARY baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false disable_experimental_low_memory_sharding=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false genotype_likelihoods_model=SNP p_nonref_model=EXACT heterozygosity=0.0010 pcr_error_rate=1.0E-4 genotyping_mode=DISCOVERY output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY standard_min_confidence_threshold_for_calling=30.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=30.0 noSLOD=false assume_single_sample_reads=null abort_at_too_much_coverage=-1 min_base_quality_score=17 min_mapping_quality_score=20 max_deletion_fraction=0.05 min_indel_count_for_genotyping=5 indel_heterozygosity=1.25E-4 indelGapContinuationPenalty=10.0 indelGapOpenPenalty=45.0 indelHaplotypeSize=80 doContextDependentGapPenalties=true getGapPenaltiesFromData=false indel_recal_file=indel.recal_data.csv indelDebug=false dovit=false GSA_PRODUCTION_ONLY=false exactCalculation=LINEAR_EXPERIMENTAL output_all_callable_bases=false genotype=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub debug_file=null metrics_file=null annotation=[FisherStrand, AlleleBalance, DepthOfCoverage]"
|
|
##source=SelectVariants
|
|
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12878
|
|
1 14907 . A G 2109.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9512;MQ=25.12;MQ0=33;MQRankSum=1.650;QD=17.88;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-1218.771;SBQD=1.555;SBpi=-0.0945;SBpiQual=-0.1256;VQSLOD=2.8217 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,111:118:99:2143,207,0
|
|
1 61989 . G C 423.47 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=60;Dels=0.00;FS=8.222;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.62;MQ0=8;MQRankSum=-0.092;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.300;SB=-188.615;SBQD=-6.077;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-1.3553;VQSLOD=2.0491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:453,0,661
|
|
1 91536 . G T 505.90 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.14;MQ0=0;QD=25.30;SB=-223.855;SBQD=4.776;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7429;VQSLOD=2.1907 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:51.09:539,51,0
|
|
1 99137 . A G 179.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;DP=44;Dels=0.00;FS=4.260;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.44;MQ0=31;MQRankSum=2.700;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-48.797;SBQD=-9.060;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.5164;VQSLOD=1.1412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,9:44:20.32:210,0,20
|
|
1 103207 . A G 125.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6387;MQ=15.76;MQ0=67;MQRankSum=-1.153;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-0.007;SBQD=-1.591;SBpi=-1.8708;SBpiQual=-1.9214;VQSLOD=-1.1717 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,14:102:99:156,0,541
|
|
1 103241 . C T 416.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.029;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.8577;MQ=18.66;MQ0=62;MQRankSum=0.864;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.115;SB=-0.007;SBQD=-5.830;SBpi=-2.0642;SBpiQual=-2.3441;VQSLOD=-2.9741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,46:120:99:446,0,531
|
|
1 120705 rs4117992 T C 201.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.34;MQ0=1;QD=22.34;SB=-0.007;SBQD=22.345;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.5732;VQSLOD=2.7271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:21.06:234,21,0
|
|
1 125202 . A G 250.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.29;MQ0=7;QD=11.38;SB=-0.007;SBQD=-13.912;SBpi=-1.4924;SBpiQual=-1.5731;VQSLOD=2.9596 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:27.05:283,27,0
|
|
1 672209 . G A 736.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.309;DP=151;Dels=0.00;FS=21.547;HRun=0;HaplotypeScore=5.3855;MQ=20.83;MQ0=19;MQRankSum=-1.991;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-219.786;SBQD=3.718;SBpi=0.9526;SBpiQual=1.0753;VQSLOD=-1.9355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,54:151:99:767,0,1504
|
|
1 726939 rs4520358 G C 1059.64 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;DB;DP=148;Dels=0.00;FS=1.837;HRun=0;HaplotypeScore=49.6905;MQ=28.77;MQ0=43;MQRankSum=4.481;QD=7.16;ReadPosRankSum=2.398;SB=-590.672;SBQD=2.172;SBpi=-0.3501;SBpiQual=-0.0634;VQSLOD=-58.2258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,49:148:99:1090,0,895
|
|
1 753474 rs2073814 C G 595.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.30;MQ0=10;QD=16.08;SB=-298.207;SBQD=0.137;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-0.9879;VQSLOD=4.0697 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:57.13:628,57,0
|
|
1 762589 . G C 868.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.85;MQ0=1;QD=21.72;SB=-444.867;SBQD=6.326;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.9435;VQSLOD=3.0175 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:81.19:902,81,0
|
|
1 808631 rs11240779 G A 2146.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=54.26;MQ0=0;QD=34.62;SB=-846.890;SBQD=3.067;SBpi=0.8890;SBpiQual=1.0871;VQSLOD=7.2555 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2179,175,0
|
|
1 808922 rs6594027 G A 1339.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=4.586;HRun=0;HaplotypeScore=2.9025;MQ=43.66;MQ0=3;MQRankSum=1.155;QD=23.49;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-517.548;SBQD=-16.669;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.2720;VQSLOD=2.9252 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:92.67:1372,93,0
|
|
1 815497 . A G 393.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.143;DP=168;Dels=0.00;FS=1.941;HRun=0;HaplotypeScore=1.8305;MQ=41.95;MQ0=8;MQRankSum=-10.367;QD=2.34;ReadPosRankSum=4.584;SB=-214.321;SBQD=0.732;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3640;VQSLOD=-16.3932 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,89:168:99:423,0,2443
|
|
1 816944 . T C 96.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.056;DP=146;Dels=0.00;FS=2.462;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=48.71;MQ0=12;MQRankSum=-9.207;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-38.391;SBQD=-2.746;SBpi=-0.3434;SBpiQual=-0.3457;VQSLOD=-10.8901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,53:146:99:127,0,3318
|
|
1 818515 . G A 170.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DP=81;Dels=0.00;FS=2.550;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-6.118;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.435;SB=-48.028;SBQD=-4.047;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-0.9652;VQSLOD=-6.4501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,17:81:99:200,0,1756
|
|
1 821043 . T C 185.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8610;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.928;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.259;SB=-95.697;SBQD=1.083;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0878;VQSLOD=-8.4543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,21:91:99:216,0,2243
|
|
1 823377 . C T 75.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.449;DP=103;Dels=0.00;FS=6.873;HRun=2;HaplotypeScore=5.0583;MQ=47.63;MQ0=18;MQRankSum=-6.852;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.289;SB=62.862;SBQD=-2.420;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-1.0038;VQSLOD=-9.2528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,39:103:99:105,0,2178
|
|
1 823408 . T C 44.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.952;DP=125;Dels=0.00;FS=12.558;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ=43.21;MQ0=28;MQRankSum=-8.094;QD=0.36;ReadPosRankSum=1.561;SB=96.303;SBQD=-2.202;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.3597;VQSLOD=-10.0253 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,62:125:74.62:75,0,2210
|
|
1 837214 . G C 667.56 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.458;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-469.286;SBQD=2.555;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0547;VQSLOD=3.2705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:698,0,399
|
|
1 847250 rs7416129 G A 2939.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.58;SB=-1075.463;SBQD=3.953;SBpi=1.3558;SBpiQual=1.6921;VQSLOD=7.5612 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2973,232,0
|
|
1 862124 rs13303101 A G 1611.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.2981;MQ=58.42;MQ0=0;QD=27.31;SB=-862.441;SBQD=-8.883;SBpi=0.1953;SBpiQual=-0.3714;VQSLOD=3.7848 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1644,147,0
|
|
1 864938 . G A 1542.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=32.13;SB=-789.778;SBQD=-2.668;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3870;VQSLOD=8.5971 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1575,123,0
|
|
1 870129 . G C 65.43 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.00;MQ0=0;QD=21.81;SB=-0.007;SBQD=22.756;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.9265;VQSLOD=2.2293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:97,9,0
|
|
1 891059 rs13303065 C T 1708.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=33.49;SB=-845.683;SBQD=0.424;SBpi=0.4901;SBpiQual=0.5288;VQSLOD=7.5259 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1741,135,0
|
|
1 893719 rs4970445 G A 1582.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=29.30;SB=-822.890;SBQD=8.779;SBpi=-0.0687;SBpiQual=0.3925;VQSLOD=6.7922 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1615,135,0
|
|
1 901559 rs13303160 G A 571.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=21.99;SB=-414.688;SBQD=-1.771;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.4479;VQSLOD=3.8374 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:48.15:605,48,0
|
|
1 901607 rs13302996 C G 973.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.78;MQ0=0;QD=25.63;SB=-334.893;SBQD=-0.853;SBpi=1.4600;SBpiQual=1.1787;VQSLOD=3.0594 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96.18:1007,96,0
|
|
1 916590 rs28566954 G A 349.36 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.108;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-199.320;SBQD=6.833;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.1867;VQSLOD=5.4489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:379,0,353
|
|
1 921660 rs6703008 C T 486.27 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.065;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.639;SB=-222.831;SBQD=-0.599;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.6610;VQSLOD=4.9829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:516,0,594
|
|
1 924603 rs28422907 T C 3720.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=36.48;SB=-1911.303;SBQD=-1.203;SBpi=0.0990;SBpiQual=0.0046;VQSLOD=9.0346 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3721,295,0
|
|
1 929190 rs9777939 A G 1268.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=31.72;SB=-745.222;SBQD=-1.312;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0690;VQSLOD=7.7330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1302,102,0
|
|
1 930377 rs3128109 C T 741.54 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.916;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.216;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=11.77;ReadPosRankSum=-2.062;SB=-344.227;SBQD=-4.527;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.1306;VQSLOD=3.8915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:772,0,767
|
|
1 935833 rs3128115 C G 206.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.21;SB=-0.007;SBQD=24.777;SBpi=1.7321;SBpiQual=1.5706;VQSLOD=3.3190 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:24.03:240,24,0
|
|
1 948692 rs2341365 G A 1337.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;QD=27.87;SB=-680.800;SBQD=0.557;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.6636;VQSLOD=5.9389 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1371,114,0
|
|
1 948870 rs4615788 C G 922.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;QD=23.07;SB=-537.967;SBQD=-9.163;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.6172;VQSLOD=4.1133 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84.22:956,84,0
|
|
1 972180 rs4970350 G A 634.27 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.692;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.262;SB=-332.852;SBQD=-0.437;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.3041;VQSLOD=5.5567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:664,0,289
|
|
1 973377 rs2465129 G A 551.84 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.944;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=2.798;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.132;SB=-288.922;SBQD=0.846;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.0928;VQSLOD=6.2245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:582,0,405
|
|
1 977203 rs3121552 G C 30.13 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-25.767;SBQD=-5.106;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0456;VQSLOD=1.7520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:57.87:60,0,58
|
|
1 988503 rs2799071 A T 613.18 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.129;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-431.321;SBQD=-1.075;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1335;VQSLOD=3.7560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:643,0,567
|
|
1 990806 rs2799073 G A 613.17 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.371;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=12.26;ReadPosRankSum=-1.782;SB=-386.112;SBQD=-3.295;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.6030;VQSLOD=4.5796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:50:99:643,0,428
|
|
1 991982 rs2710885 T C 282.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.316;HRun=0;HaplotypeScore=11.4990;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-103.973;SBQD=7.500;SBpi=0.8489;SBpiQual=1.0731;VQSLOD=0.1945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:312,0,565
|
|
1 992042 rs3121564 C T 82.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=5.907;HRun=0;HaplotypeScore=9.6253;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.495;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.820;SB=-82.653;SBQD=-6.245;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.6774;VQSLOD=-5.9491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:113,0,419
|
|
1 992819 rs9331226 G A 1136.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.750;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=10.484;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=47.53;MQ0=0;MQRankSum=-5.238;QD=15.78;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-611.608;SBQD=-7.983;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0582;VQSLOD=-0.5690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:1166,0,787
|
|
1 1019175 rs2298215 C G 515.78 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.296;SB=-198.329;SBQD=1.491;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7591;VQSLOD=5.1440 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:546,0,643
|
|
1 1035805 rs12759295 G A 1914.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.60;MQ0=0;QD=33.01;SB=-519.142;SBQD=2.447;SBpi=1.8383;SBpiQual=1.9892;VQSLOD=6.2649 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1947,159,0
|
|
1 1066816 . A G 31.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8300;MQ=32.52;MQ0=0;QD=2.40;SB=-74.030;SBQD=-8.512;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-0.9426;VQSLOD=-0.7620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:6.01:62,6,0
|
|
1 1094485 rs4970360 C T 1409.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.92;MQ0=0;QD=32.77;SB=-730.761;SBQD=-2.715;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.2262;VQSLOD=8.0106 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1442,117,0
|
|
1 1097287 rs9442384 T C 1203.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=25.08;SB=-677.347;SBQD=7.037;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.3787;VQSLOD=3.3860 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1237,108,0
|
|
1 1102069 rs9442386 A G 209.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.18;SB=-0.007;SBQD=26.179;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.3102;VQSLOD=2.7488 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.03:242,24,0
|
|
1 1103958 rs7521584 T G 1260.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=28.64;SB=-669.953;SBQD=-2.935;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.3510;VQSLOD=6.3432 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1293,114,0
|
|
1 1224675 . C T 113.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.80;MQ0=3;QD=11.35;SB=-81.479;SBQD=6.840;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2871;VQSLOD=3.7849 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:15.01:146,15,0
|
|
1 1241800 rs3737720 A G 1246.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.09;SB=-690.065;SBQD=-3.351;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.9438;VQSLOD=3.6768 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1280,108,0
|
|
1 1254136 rs4970432 G A 2373.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9132;MQ=58.63;MQ0=0;QD=34.90;SB=-1123.501;SBQD=-0.689;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.5846;VQSLOD=5.0312 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2406,190,0
|
|
1 1258246 rs3845293 A C 618.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.37;SB=-0.007;SBQD=34.372;SBpi=2.1213;SBpiQual=2.2023;VQSLOD=7.2315 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.15:652,54,0
|
|
1 1297059 rs35056373 G A 929.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.88;MQ0=0;QD=21.13;SB=-562.213;SBQD=6.232;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.8659;VQSLOD=4.6220 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:78.23:963,78,0
|
|
1 1297213 rs2649610 G C 898.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=28.09;SB=-397.221;SBQD=6.530;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.8493;VQSLOD=5.6257 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:78.20:932,78,0
|
|
1 1310668 rs2242398 A C 594.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;QD=29.73;SB=-149.866;SBQD=0.606;SBpi=1.3416;SBpiQual=1.1916;VQSLOD=5.6703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:54.15:628,54,0
|
|
1 1316170 rs2649587 G A 1073.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.92;MQ0=0;QD=19.16;SB=-985.987;SBQD=3.033;SBpi=-0.1336;SBpiQual=0.0193;VQSLOD=4.1898 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:90.25:1106,90,0
|
|
1 1316674 rs2649585 C T 1430.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.26;MQ0=0;QD=28.05;SB=-884.190;SBQD=-4.727;SBpi=0.2100;SBpiQual=-0.0340;VQSLOD=5.4498 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1463,123,0
|
|
1 1440269 rs3104609 A G 1167.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.58;MQ0=0;QD=27.79;SB=-706.344;SBQD=-3.479;SBpi=0.1543;SBpiQual=-0.0433;VQSLOD=5.7974 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1200,105,0
|
|
1 1490074 rs7366635 A G 212.73 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.916;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.874;HRun=1;HaplotypeScore=1.6828;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.920;SB=-132.406;SBQD=-0.383;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.5434;VQSLOD=2.3973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:44:99:243,0,643
|
|
1 1490693 . C T 659.73 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.645;DP=46;Dels=0.00;FS=2.650;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-349.738;SBQD=3.350;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.4823;VQSLOD=2.9679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:690,0,301
|
|
1 1501087 rs12730248 C T 113.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.820;HRun=0;HaplotypeScore=2.5648;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-4.975;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.162;SB=-46.803;SBQD=1.241;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1390;VQSLOD=-2.9702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,11:79:99:143,0,1727
|
|
1 1503808 rs11578409 C G 995.52 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.838;HRun=0;HaplotypeScore=1.9907;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=9.96;ReadPosRankSum=1.441;SB=-342.704;SBQD=-0.314;SBpi=-1.6012;SBpiQual=-1.4368;VQSLOD=3.7498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:1026,0,1352
|
|
1 1505041 rs6603792 T C 345.03 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.148;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.895;QD=8.02;ReadPosRankSum=2.018;SB=-166.998;SBQD=-1.638;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.6608;VQSLOD=3.9405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:375,0,569
|
|
1 1511104 rs7556282 G C 645.54 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.672;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.32;MQ0=1;MQRankSum=0.203;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-270.972;SBQD=8.369;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.6887;VQSLOD=5.4732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:50:99:676,0,463
|
|
1 1522732 rs4366263 A G 912.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.2788;MQ=54.95;MQ0=0;QD=24.02;SB=-596.436;SBQD=0.038;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4756;VQSLOD=3.2487 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75.24:946,75,0
|
|
1 1527952 . T C 655.51 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.008;DP=63;Dels=0.00;FS=6.933;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=10.40;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-383.953;SBQD=-3.893;SBpi=-0.2694;SBpiQual=0.0030;VQSLOD=3.9818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:686,0,1012
|
|
1 1534614 rs11552172 T C 437.78 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.255;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=9.467;HRun=0;HaplotypeScore=1.7256;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-112.242;SBQD=8.625;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.1960;VQSLOD=5.6004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:468,0,197
|
|
1 1543624 rs61774903 T C 308.86 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=8.098;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-14.450;SBQD=15.835;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.4598;VQSLOD=3.1223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:339,0,265
|
|
1 1577003 . C T 122.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5707;MQ=16.55;MQ0=40;MQRankSum=-0.455;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.855;SB=-0.007;SBQD=-12.582;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0747;VQSLOD=-1.4154 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:82.11:153,0,82
|
|
1 1590327 rs7547516 A G 349.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.24;MQ0=10;QD=13.43;SB=-75.448;SBQD=16.366;SBpi=0.1961;SBpiQual=-0.2661;VQSLOD=5.0594 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:39.02:382,39,0
|
|
1 1591869 . C T 263.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.30;MQ0=12;QD=11.44;SB=-0.007;SBQD=18.795;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.4935;VQSLOD=3.3479 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:27.07:296,27,0
|
|
1 1594315 rs1061892 C T 2624.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=53.56;MQ0=1;QD=31.62;SB=-1335.014;SBQD=-1.052;SBpi=-0.6626;SBpiQual=-0.7513;VQSLOD=6.6521 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2657,208,0
|
|
1 1613367 . C A 304.80 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.188;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.054;SB=-242.409;SBQD=0.551;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0711;VQSLOD=3.7162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:335,0,316
|
|
1 1615705 rs28774670 T C 519.45 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.121;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.204;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.728;SB=-218.674;SBQD=-4.574;SBpi=-0.9806;SBpiQual=-0.7592;VQSLOD=3.8558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:549,0,932
|
|
1 1619970 . T C 220.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.397;DP=61;Dels=0.00;FS=6.955;HRun=0;HaplotypeScore=2.6368;MQ=44.31;MQ0=4;MQRankSum=-6.079;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.450;SB=-31.933;SBQD=-8.109;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.1801;VQSLOD=-6.2287 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:250,0,886
|
|
1 1638537 . C T 200.25 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.240;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.48;MQ0=23;MQRankSum=-0.196;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-119.117;SBQD=0.809;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.4066;VQSLOD=2.2120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:75.91:230,0,76
|
|
1 1645113 . T C 76.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.67;MQ0=16;MQRankSum=-1.097;QD=2.54;ReadPosRankSum=-1.226;SB=-0.007;SBQD=-3.269;SBpi=-1.5811;SBpiQual=-1.6980;VQSLOD=-2.2091 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:106,0,234
|
|
1 1646006 . A G 33.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.67;MQ0=7;QD=3.75;SB=-0.007;SBQD=3.751;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.4113;VQSLOD=0.1072 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:6.02:65,6,0
|
|
1 1646427 . T G 1119.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=36.05;MQ0=11;QD=18.98;SB=-641.641;SBQD=2.987;SBpi=0.4082;SBpiQual=-0.0306;VQSLOD=3.6312 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:59:99:1153,114,0
|
|
1 1647301 rs760929 G A 1503.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.54;MQ0=3;QD=30.67;SB=-797.207;SBQD=4.260;SBpi=-0.0714;SBpiQual=0.0594;VQSLOD=7.1504 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1536,123,0
|
|
1 1649547 . T C 109.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=144;Dels=0.00;FS=1.395;HRun=0;HaplotypeScore=9.2439;MQ=39.19;MQ0=5;MQRankSum=-1.920;QD=0.76;ReadPosRankSum=4.647;SB=-4.724;SBQD=1.168;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4002;VQSLOD=-6.6248 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,18:144:99:139,0,2185
|
|
1 1649619 . A G 477.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.702;DP=131;Dels=0.00;FS=3.044;HRun=0;HaplotypeScore=5.8094;MQ=47.45;MQ0=8;MQRankSum=-7.058;QD=3.64;ReadPosRankSum=-2.411;SB=-184.216;SBQD=1.304;SBpi=0.2466;SBpiQual=-0.3222;VQSLOD=-11.0804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,37:131:99:507,0,2300
|
|
1 1650807 rs1137005 T C 2128.33 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.542;DB;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=45.99;MQ0=0;MQRankSum=6.203;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.784;SB=-762.105;SBQD=-4.078;SBpi=-0.9300;SBpiQual=-1.2863;VQSLOD=1.4765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,73:131:99:2158,0,1523
|
|
1 1650845 rs1059831 G A 1640.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.630;DB;DP=117;Dels=0.00;FS=1.604;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=45.07;MQ0=0;MQRankSum=7.178;QD=14.02;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-653.619;SBQD=-0.280;SBpi=-0.8018;SBpiQual=-0.9110;VQSLOD=1.4309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,56:117:99:1671,0,1597
|
|
1 1650920 rs36191908 G A 252.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.918;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=2.577;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=51.78;MQ0=0;MQRankSum=-6.411;QD=2.90;ReadPosRankSum=-2.709;SB=-155.854;SBQD=0.748;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2445;VQSLOD=-6.3845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,20:87:99:282,0,1988
|
|
1 1651631 rs12135951 T G 214.40 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.585;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.405;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.415;SB=-86.321;SBQD=4.246;SBpi=0.6934;SBpiQual=0.7099;VQSLOD=2.7773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:244,0,767
|
|
1 1653799 rs2223485 C T 1391.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.70;MQ0=1;QD=29.61;SB=-464.051;SBQD=-8.101;SBpi=-0.9481;SBpiQual=-1.0288;VQSLOD=6.2548 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1425,123,0
|
|
1 1688469 rs4648623 C G 589.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.16;MQ0=0;QD=25.62;SB=-95.595;SBQD=-11.808;SBpi=-1.7724;SBpiQual=-1.8621;VQSLOD=2.8954 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:51.13:622,51,0
|
|
1 1768660 rs10752417 C G 3778.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5338;MQ=57.56;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1869.400;SBQD=2.722;SBpi=0.0488;SBpiQual=0.1712;VQSLOD=4.8235 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3778,298,0
|
|
1 1772488 rs6603800 T G 1216.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.33;SB=-659.967;SBQD=-8.475;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.7867;VQSLOD=4.6035 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1250,111,0
|
|
1 1832588 rs4996031 A G 587.76 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.722;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=14.835;HRun=1;HaplotypeScore=1.9164;MQ=61.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.937;SB=-306.255;SBQD=11.651;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.2553;VQSLOD=3.0776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:618,0,1106
|
|
1 1835276 . C T 44.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.089;DP=43;Dels=0.00;FS=35.278;HRun=16;HaplotypeScore=6.1257;MQ=53.34;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=1.03;ReadPosRankSum=-2.474;SB=19.794;SBQD=11.465;SBpi=1.8190;SBpiQual=1.4740;VQSLOD=-16.5264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:74.40:74,0,276
|
|
1 1863405 rs60147457 T C 1316.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=3.405;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=28.01;ReadPosRankSum=0.479;SB=-733.620;SBQD=5.246;SBpi=-0.4423;SBpiQual=0.0693;VQSLOD=6.0635 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:91.76:1350,92,0
|
|
1 1879560 rs28498068 T G 367.51 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.176;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.991;SB=-183.640;SBQD=1.679;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.4296;VQSLOD=5.3608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:398,0,457
|
|
1 1886385 rs2803286 T C 709.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=53.28;MQ0=0;QD=20.85;SB=-368.315;SBQD=1.234;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-0.8142;VQSLOD=3.6082 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:69.16:742,69,0
|
|
1 1886501 rs2748976 C A 74.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.156;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=44.22;MQ0=0;MQRankSum=2.264;QD=2.87;ReadPosRankSum=-2.210;SB=-98.691;SBQD=5.613;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1058;VQSLOD=-0.5445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:104,0,334
|
|
1 1889025 rs2748974 A G 946.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=58.51;MQ0=0;QD=20.13;SB=-595.519;SBQD=-5.810;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.7681;VQSLOD=3.6859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:90.18:979,90,0
|
|
1 1898685 rs17715950 T C 352.91 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=8.443;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-144.957;SBQD=-10.625;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.5129;VQSLOD=4.9449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:383,0,405
|
|
1 1902466 . A C 754.22 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=13.47;ReadPosRankSum=2.172;SB=-459.930;SBQD=-0.380;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1475;VQSLOD=3.3803 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:784,0,507
|
|
1 1910606 rs7550407 A G 291.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=45.64;MQ0=1;QD=14.55;SB=-206.014;SBQD=-4.219;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2723;VQSLOD=4.8152 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:30.05:324,30,0
|
|
1 1911127 . C G 34.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.351;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=9.9765;MQ=49.79;MQ0=0;MQRankSum=-3.797;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.605;SB=-63.411;SBQD=0.700;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0438;VQSLOD=-9.7886 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,8:30:64.02:64,0,461
|
|
1 1913563 rs58434854 A G 119.22 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.100;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6368;MQ=47.96;MQ0=2;MQRankSum=-0.571;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.363;SB=-63.483;SBQD=3.099;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.6821;VQSLOD=1.5448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:149,0,307
|
|
1 1917829 rs4648748 T G 117.18 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-104.813;SBQD=-2.273;SBpi=0.1508;SBpiQual=-0.1659;VQSLOD=1.8857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:147,0,605
|
|
1 1924546 rs28674034 C A 328.85 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.502;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.806;SB=-87.015;SBQD=-4.597;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.4811;VQSLOD=3.5705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:359,0,661
|
|
1 1926087 rs6661597 T C 699.13 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.249;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.018;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-293.664;SBQD=-0.615;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-0.7702;VQSLOD=5.8891 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:729,0,1002
|
|
1 1928599 rs28770275 C T 872.64 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.153;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.354;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=1.774;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-233.091;SBQD=8.197;SBpi=1.3470;SBpiQual=1.3379;VQSLOD=4.5203 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:903,0,808
|
|
1 1933008 rs2376808 G A 571.48 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.689;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.865;HRun=0;HaplotypeScore=1.9944;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.381;SB=-311.180;SBQD=-3.676;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.1532;VQSLOD=4.6441 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:601,0,966
|
|
1 1952605 rs28502222 T C 1638.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=28.75;SB=-903.655;SBQD=6.365;SBpi=-0.1987;SBpiQual=0.2493;VQSLOD=6.1048 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1672,144,0
|
|
1 1952610 rs28407473 T C 1788.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=28.85;SB=-926.098;SBQD=6.177;SBpi=0.1270;SBpiQual=0.5510;VQSLOD=6.4331 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1821,153,0
|
|
1 2039521 rs16824792 G T 905.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.28;MQ0=0;QD=28.28;SB=-494.371;SBQD=-0.031;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5414;VQSLOD=4.0328 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:75.23:938,75,0
|
|
1 2053079 rs61775452 A G 1189.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.309;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.5841;MQ=38.87;MQ0=0;MQRankSum=3.412;QD=20.86;ReadPosRankSum=3.917;SB=-219.456;SBQD=-20.894;SBpi=-2.0714;SBpiQual=-2.3277;VQSLOD=-0.2457 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,49:57:86.61:1222,87,0
|
|
1 2053198 . C T 35.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.62;MQ0=4;QD=3.96;SB=-0.007;SBQD=-19.204;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8987;VQSLOD=0.5663 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:9:6.02:67,6,0
|
|
1 2053201 . C T 31.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.73;MQ0=6;QD=2.65;SB=-0.007;SBQD=-14.513;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.3268;VQSLOD=-1.3119 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:12:6.01:63,6,0
|
|
1 2055717 rs61776561 C T 73.73 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.580;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=53.7809;MQ=24.11;MQ0=16;MQRankSum=1.490;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.685;SB=5.980;SBQD=3.863;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.1075;VQSLOD=-72.5277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,16:88:99:104,0,643
|
|
1 2068906 rs3128296 G T 1307.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=33.54;SB=-387.622;SBQD=0.418;SBpi=1.5212;SBpiQual=1.5894;VQSLOD=7.5032 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1341,105,0
|
|
1 2204790 rs4648819 G A 367.08 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.635;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.078;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.101;SB=-279.235;SBQD=-5.747;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.5477;VQSLOD=3.6316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:397,0,569
|
|
1 2220517 rs1039065 A C 1085.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.77;MQ0=0;QD=28.57;SB=-478.185;SBQD=6.460;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.8244;VQSLOD=5.0702 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1119,99,0
|
|
1 2281978 rs1039063 T G 434.61 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.316;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=6.684;HRun=5;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.425;SB=-278.434;SBQD=3.445;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.0436;VQSLOD=4.1634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:465,0,671
|
|
1 2292155 rs2840541 T C 617.06 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.172;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.210;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-281.926;SBQD=5.494;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3231;VQSLOD=4.3802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:647,0,1072
|
|
1 2293166 rs2250799 G A 1516.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.56;MQ0=0;QD=30.95;SB=-780.036;SBQD=3.785;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.5967;VQSLOD=6.4966 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1549,123,0
|
|
1 2297935 rs10910058 A T 597.30 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.380;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=11.71;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-116.699;SBQD=6.253;SBpi=1.7000;SBpiQual=1.7640;VQSLOD=3.9630 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:627,0,830
|
|
1 2299651 rs2840538 T C 1672.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.2489;MQ=58.88;MQ0=0;QD=30.41;SB=-985.771;SBQD=1.732;SBpi=-0.0674;SBpiQual=0.0022;VQSLOD=4.4602 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1706,138,0
|
|
1 2330190 rs6693447 T G 1089.55 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.922;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.050;HRun=0;HaplotypeScore=1.9472;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.867;SB=-527.444;SBQD=3.625;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4419;VQSLOD=5.7414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1120,0,1051
|
|
1 2332038 rs55912310 A G 1066.44 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.312;HRun=2;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=13.67;ReadPosRankSum=-1.116;SB=-486.683;SBQD=4.078;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.4679;VQSLOD=4.5152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1096,0,1167
|
|
1 2340200 rs2494598 T C 366.83 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.243;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.515;SB=-269.306;SBQD=0.509;SBpi=-0.1091;SBpiQual=0.2002;VQSLOD=4.9210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:397,0,451
|
|
1 2391129 . T C 53.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DP=39;Dels=0.00;FS=2.000;HRun=1;HaplotypeScore=7.9341;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=1.38;ReadPosRankSum=-3.214;SB=4.529;SBQD=2.143;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2240;VQSLOD=-4.7911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,5:39:83.78:84,0,891
|
|
1 2426766 rs3001347 A G 351.49 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.320;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.173;SB=-190.592;SBQD=0.815;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.1148;VQSLOD=4.8539 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:381,0,497
|
|
1 2455862 rs12131236 C T 803.05 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.790;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.285;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=11.47;ReadPosRankSum=-1.632;SB=-362.677;SBQD=5.659;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.6184;VQSLOD=4.8810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:833,0,1177
|
|
1 2465329 rs11584295 G A 812.34 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.127;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=13.54;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-345.125;SBQD=0.277;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.6772;VQSLOD=5.1656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:842,0,714
|
|
1 2475212 rs10797429 G C 221.39 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.108;HRun=0;HaplotypeScore=1.9863;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-199.212;SBQD=3.819;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.1207;VQSLOD=1.7540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:251,0,367
|
|
1 2499810 . A G 170.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.24;MQ0=8;MQRankSum=-0.527;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-83.636;SBQD=1.165;SBpi=0.8489;SBpiQual=1.0124;VQSLOD=1.4186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:200,0,266
|
|
1 2513678 rs2016366 A T 602.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.358;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8540;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.727;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.081;SB=-476.799;SBQD=1.609;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0622;VQSLOD=1.3343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:633,0,787
|
|
1 2566937 rs61765774 G C 438.99 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.307;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=1.747;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.234;SB=-145.354;SBQD=7.061;SBpi=0.8489;SBpiQual=0.9346;VQSLOD=5.3753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:469,0,349
|
|
1 2583650 rs61765777 A G 2667.88 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.880;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.737;HRun=1;HaplotypeScore=200.8407;MQ=30.24;MQ0=6;MQRankSum=-5.216;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.762;SB=-723.799;SBQD=1.734;SBpi=3.3577;SBpiQual=3.6199;VQSLOD=-1113.4338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,164:250:99:2698,0,1305
|
|
1 2584538 rs4648667 A G 1186.48 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.493;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=6.658;HRun=0;HaplotypeScore=58.9869;MQ=45.10;MQ0=17;MQRankSum=5.470;QD=4.75;ReadPosRankSum=3.251;SB=-914.127;SBQD=-2.980;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.0019;VQSLOD=-87.8933 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,79:250:99:1216,0,2392
|
|
1 2585174 rs61765820 A G 441.37 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.564;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=38.146;HRun=1;HaplotypeScore=40.6746;MQ=38.22;MQ0=24;MQRankSum=-10.997;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.004;SB=35.453;SBQD=3.518;SBpi=2.6697;SBpiQual=3.0057;VQSLOD=-119.5168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,101:250:99:471,0,2074
|
|
1 2585599 . G A 51.86 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.92;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.280;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=10.243;HRun=1;HaplotypeScore=127.4047;MQ=27.12;MQ0=18;MQRankSum=0.554;QD=0.21;ReadPosRankSum=0.114;SB=112.678;SBQD=0.360;SBpi=1.0324;SBpiQual=1.4267;VQSLOD=-441.4129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:231,19:250:81.85:82,0,2571
|
|
1 2585801 rs28498367 G C 820.70 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.435;DB;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=40.123;HRun=0;HaplotypeScore=102.7368;MQ=42.96;MQ0=2;MQRankSum=-10.574;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-537.456;SBQD=-4.825;SBpi=-3.4857;SBpiQual=-3.3759;VQSLOD=-357.3391 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,132:239:99:851,0,2391
|
|
1 2615100 . C A 139.75 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.603;DP=188;Dels=0.00;FS=61.834;HRun=1;HaplotypeScore=32.5383;MQ=33.23;MQ0=19;MQRankSum=-2.772;QD=0.74;ReadPosRankSum=4.286;SB=195.293;SBQD=4.844;SBpi=2.8284;SBpiQual=3.0482;VQSLOD=-31.2839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,31:188:99:170,0,1940
|
|
1 2616990 . A C 110.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;DP=105;Dels=0.00;FS=3.581;HRun=3;HaplotypeScore=11.2586;MQ=28.45;MQ0=18;MQRankSum=-4.029;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.431;SB=-22.007;SBQD=1.794;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.7015;VQSLOD=-13.0289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,31:105:99:140,0,1271
|
|
1 2617660 . G A 135.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.92;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DP=156;Dels=0.00;FS=8.547;HRun=1;HaplotypeScore=4.4884;MQ=23.57;MQ0=75;MQRankSum=-1.392;QD=0.87;ReadPosRankSum=-2.320;SB=12.931;SBQD=1.301;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.8006;VQSLOD=-2.7739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,12:156:99:166,0,1004
|
|
1 2617775 . C G 170.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;DP=193;Dels=0.00;FS=5.723;HRun=1;HaplotypeScore=17.1107;MQ=23.25;MQ0=85;MQRankSum=1.064;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-98.978;SBQD=-0.084;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.0549;VQSLOD=-9.2153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,25:193:99:201,0,1238
|
|
1 2618130 . G A 152.61 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.802;DP=211;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=36.7822;MQ=19.24;MQ0=72;MQRankSum=-2.267;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-69.461;SBQD=0.514;SBpi=1.3857;SBpiQual=1.2476;VQSLOD=-36.6807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,46:211:99:183,0,1533
|
|
1 2619527 . C A 62.52 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=9.573;HRun=0;HaplotypeScore=66.1017;MQ=25.23;MQ0=46;MQRankSum=-2.408;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.871;SB=82.071;SBQD=0.333;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.3586;VQSLOD=-112.2926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,30:250:92.51:93,0,1408
|
|
1 2621839 . C G 228.32 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.29;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.711;DP=72;Dels=0.00;FS=7.156;HRun=0;HaplotypeScore=17.1559;MQ=32.59;MQ0=10;MQRankSum=-6.147;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.011;SB=-78.280;SBQD=2.311;SBpi=1.8544;SBpiQual=1.6848;VQSLOD=-30.6817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,47:72:99:258,0,343
|
|
1 2622744 . C T 52.71 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.874;DP=215;Dels=0.00;FS=11.680;HRun=0;HaplotypeScore=84.3396;MQ=23.49;MQ0=41;MQRankSum=0.609;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.910;SB=33.537;SBQD=0.647;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.7244;VQSLOD=-185.3852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,23:215:82.71:83,0,1222
|
|
1 2623374 rs56294415 C G 775.74 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8313;MQ=50.65;MQ0=0;QD=22.82;SB=-483.058;SBQD=-3.729;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7591;VQSLOD=2.2228 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:66.20:809,66,0
|
|
1 2623545 rs61765715 C A 757.67 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DB;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=2.761;HRun=0;HaplotypeScore=87.2985;MQ=22.54;MQ0=31;MQRankSum=3.676;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-421.368;SBQD=-0.254;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.0244;VQSLOD=-203.6554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,67:243:99:788,0,1517
|
|
1 2624117 rs4648681 T A 314.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.13;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.1912;MQ=15.47;MQ0=46;MQRankSum=-4.386;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.743;SB=-96.383;SBQD=0.234;SBpi=2.5786;SBpiQual=2.6854;VQSLOD=-6.9431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,94:108:99:344,0,251
|
|
1 2626535 . C A 122.24 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DP=100;DS;Dels=0.00;FS=4.190;HRun=0;HaplotypeScore=41.3728;MQ=33.09;MQ0=11;MQRankSum=-2.009;QD=1.22;ReadPosRankSum=-2.855;SB=-73.567;SBQD=0.392;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.4619;VQSLOD=-51.0756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,17:100:99:152,0,1321
|
|
1 2628039 . T A 32.17 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=7.476;HRun=0;HaplotypeScore=74.9179;MQ=30.39;MQ0=27;MQRankSum=-2.042;QD=0.13;ReadPosRankSum=3.266;SB=85.515;SBQD=0.355;SBpi=1.3908;SBpiQual=1.8693;VQSLOD=-141.2791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,25:250:62.16:62,0,2247
|
|
1 2628088 . A T 951.04 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.616;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=4.407;HRun=0;HaplotypeScore=186.6488;MQ=37.33;MQ0=26;MQRankSum=4.436;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.037;SB=-149.641;SBQD=3.651;SBpi=1.9552;SBpiQual=2.3234;VQSLOD=-954.8127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,52:249:99:981,0,2754
|
|
1 2628275 rs28499404 C G 77.42 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.476;DB;DP=181;Dels=0.00;FS=9.655;HRun=0;HaplotypeScore=33.4160;MQ=26.85;MQ0=41;MQRankSum=3.791;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.770;SB=-105.435;SBQD=-1.739;SBpi=0.7638;SBpiQual=0.6744;VQSLOD=-32.6017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,21:181:99:107,0,2083
|
|
1 2628506 . T C 44.71 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.591;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=9.148;HRun=0;HaplotypeScore=50.2734;MQ=29.26;MQ0=52;MQRankSum=-2.484;QD=0.18;ReadPosRankSum=0.443;SB=85.154;SBQD=0.591;SBpi=1.0940;SBpiQual=1.3814;VQSLOD=-65.6589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,30:250:74.71:75,0,2489
|
|
1 2628788 . G C 112.38 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.336;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=29.656;HRun=0;HaplotypeScore=127.9691;MQ=30.62;MQ0=16;MQRankSum=-6.148;QD=0.45;ReadPosRankSum=1.275;SB=150.168;SBQD=1.364;SBpi=1.8268;SBpiQual=1.8561;VQSLOD=-449.4714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,60:250:99:142,0,1844
|
|
1 2629607 rs61766480 T C 757.77 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.15;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DB;DP=131;DS;Dels=0.01;FS=13.363;HRun=1;HaplotypeScore=109.1900;MQ=32.16;MQ0=2;MQRankSum=-4.961;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.037;SB=-497.064;SBQD=-6.992;SBpi=-2.5513;SBpiQual=-2.8216;VQSLOD=-334.8706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,112:131:99:788,0,216
|
|
1 2630074 . A G 210.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=101;Dels=0.00;FS=1.650;HRun=0;HaplotypeScore=12.1495;MQ=36.76;MQ0=31;MQRankSum=-6.450;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.191;SB=-71.448;SBQD=1.417;SBpi=1.4972;SBpiQual=1.7356;VQSLOD=-18.9584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,59:101:99:241,0,966
|
|
1 2630225 . C T 268.60 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DP=103;Dels=0.00;FS=1.565;HRun=0;HaplotypeScore=14.4865;MQ=41.43;MQ0=13;MQRankSum=-7.206;QD=2.61;ReadPosRankSum=-2.818;SB=-67.843;SBQD=4.946;SBpi=0.8387;SBpiQual=1.0510;VQSLOD=-28.5960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:103:99:299,0,1283
|
|
1 2630670 . G T 520.77 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.310;DP=105;Dels=0.01;FS=4.380;HRun=0;HaplotypeScore=24.6128;MQ=40.95;MQ0=6;MQRankSum=-7.471;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.283;SB=-164.716;SBQD=-3.683;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.8039;VQSLOD=-48.7210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:105:99:551,0,807
|
|
1 2755773 rs10909941 A G 1944.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=34.72;SB=-795.801;SBQD=2.253;SBpi=-0.9354;SBpiQual=-0.8541;VQSLOD=8.4396 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1977,159,0
|
|
1 2756807 rs7516014 G T 554.51 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.552;HRun=1;HaplotypeScore=1.6646;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.931;SB=-254.362;SBQD=-4.787;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.3391;VQSLOD=4.9215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:49:99:585,0,837
|
|
1 2768959 rs61763683 A G 709.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.64;MQ0=1;QD=22.87;SB=-333.485;SBQD=-8.574;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.6269;VQSLOD=4.6125 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:72.05:742,72,0
|
|
1 2775953 . A G 614.83 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;DP=45;Dels=0.00;FS=2.594;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.468;SB=-363.673;SBQD=4.796;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.2071;VQSLOD=3.4753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:645,0,505
|
|
1 2780995 rs729178 T G 322.37 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=5.715;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.112;SB=-52.531;SBQD=15.041;SBpi=1.1619;SBpiQual=1.1869;VQSLOD=4.6790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:352,0,151
|
|
1 2799480 rs11580768 C T 498.72 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.127;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.238;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-321.904;SBQD=1.305;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.2660;VQSLOD=5.4294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:529,0,386
|
|
1 2832251 rs3001796 T C 762.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.299;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8478;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.730;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.963;SB=-354.344;SBQD=1.624;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.6409;VQSLOD=4.3183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:69:99:793,0,985
|
|
1 2890714 rs4648446 C T 1529.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6294;MQ=58.80;MQ0=0;QD=26.37;SB=-948.670;SBQD=-2.767;SBpi=-0.2626;SBpiQual=-0.4571;VQSLOD=3.5040 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1563,129,0
|
|
1 2897465 rs2495272 A G 285.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.08;MQ0=0;QD=16.78;SB=-252.294;SBQD=-7.405;SBpi=0.1213;SBpiQual=-0.1482;VQSLOD=4.9195 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:30.07:318,30,0
|
|
1 2903159 rs16823303 A G 1029.46 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.552;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=15.37;ReadPosRankSum=-1.654;SB=-514.140;SBQD=-2.066;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2234;VQSLOD=4.7096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:1059,0,938
|
|
1 2913002 rs12401989 C A 945.07 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.908;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.988;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.159;SB=-459.436;SBQD=-3.176;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2154;VQSLOD=5.7186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:81:99:975,0,1622
|
|
1 2918811 . T C 578.79 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DP=51;Dels=0.00;FS=1.096;HRun=0;HaplotypeScore=1.5253;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=11.35;ReadPosRankSum=1.058;SB=-344.639;SBQD=-3.194;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0838;VQSLOD=3.6535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:609,0,736
|
|
1 2924726 rs2889476 T C 1062.92 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.373;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-376.174;SBQD=-2.898;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.9785;VQSLOD=3.9904 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1093,0,1265
|
|
1 2927678 rs12027883 C T 956.70 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.213;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.201;QD=12.76;ReadPosRankSum=-1.553;SB=-320.722;SBQD=-4.947;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.1472;VQSLOD=3.7443 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:987,0,1301
|
|
1 2934735 rs56200661 C T 476.98 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.149;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7323;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.493;SB=-310.320;SBQD=-0.229;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.3117;VQSLOD=5.3356 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:507,0,381
|
|
1 2940998 rs56176404 A G 924.71 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.282;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.888;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.022;SB=-499.686;SBQD=1.183;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3994;VQSLOD=5.3321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:955,0,1169
|
|
1 2955245 rs55863899 C G 591.44 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.309;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.852;SB=-213.117;SBQD=-8.773;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.1738;VQSLOD=5.1326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:621,0,459
|
|
1 2959610 rs6692292 T C 1097 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8279;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.478;SB=-347.794;SBQD=-1.978;SBpi=-1.2978;SBpiQual=-1.4746;VQSLOD=5.2718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1127,0,931
|
|
1 2976816 rs1138513 T C 899.80 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.976;HRun=0;HaplotypeScore=1.8835;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-428.648;SBQD=0.513;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7643;VQSLOD=5.0822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:930,0,840
|
|
1 2980578 . C T 103.72 PASS AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.0726;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.791;SB=-0.007;SBQD=5.459;SBpi=1.2247;SBpiQual=1.1726;VQSLOD=2.7278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:19:99:134,0,341
|
|
1 3020246 rs2993493 C A 768.18 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.742;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.083;HRun=1;HaplotypeScore=1.1567;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=15.06;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-330.185;SBQD=-2.170;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.5959;VQSLOD=4.9222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:798,0,719
|
|
1 3047252 rs2817178 T C 1487.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=59.56;MQ0=0;QD=28.60;SB=-841.568;SBQD=2.750;SBpi=-0.5547;SBpiQual=-0.4125;VQSLOD=4.9452 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1520,120,0
|
|
1 3053957 rs12741594 A T 708 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.257;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.120;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-393.198;SBQD=2.097;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4124;VQSLOD=5.4538 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:738,0,823
|
|
1 3088943 rs2817128 T C 1688.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.79;MQ0=0;QD=31.27;SB=-670.573;SBQD=7.721;SBpi=0.6804;SBpiQual=1.1839;VQSLOD=5.9570 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1722,147,0
|
|
1 3097464 rs36042320 A G 1132.36 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.482;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.492;HRun=0;HaplotypeScore=4.8824;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=3.812;QD=20.59;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-579.452;SBQD=-12.090;SBpi=0.7857;SBpiQual=0.4614;VQSLOD=1.6004 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,49:55:83.78:1165,84,0
|
|
1 3108496 rs10737190 G A 2814.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=33.91;SB=-1312.444;SBQD=0.193;SBpi=-0.8232;SBpiQual=-0.8488;VQSLOD=8.3355 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2848,223,0
|
|
1 3168280 rs10797386 A G 1593.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.66;MQ0=0;QD=30.64;SB=-875.999;SBQD=1.785;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.2301;VQSLOD=6.3318 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1626,129,0
|
|
1 3171929 rs4648464 G A 824.08 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.210;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.111;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=53.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=15.55;ReadPosRankSum=0.082;SB=-395.122;SBQD=0.494;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7476;VQSLOD=6.0043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:854,0,441
|
|
1 3188079 rs2500308 A G 669.74 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.911;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-359.371;SBQD=0.699;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.4944;VQSLOD=3.5847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:700,0,1299
|
|
1 3199999 rs2500302 T C 341.29 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-138.322;SBQD=1.440;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.7311;VQSLOD=4.4797 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:371,0,587
|
|
1 3208375 rs10909918 A G 423.18 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.636;HRun=0;HaplotypeScore=1.8110;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.947;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.418;SB=-202.995;SBQD=-1.658;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.5964;VQSLOD=5.0389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:453,0,892
|
|
1 3212314 rs2500291 C T 1987.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=31.55;SB=-1150.300;SBQD=-0.318;SBpi=-0.1270;SBpiQual=-0.1083;VQSLOD=7.4464 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:2021,159,0
|
|
1 3223533 rs4648472 G A 1848.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=29.82;SB=-925.207;SBQD=-4.734;SBpi=-0.3810;SBpiQual=-0.6350;VQSLOD=6.6363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1882,153,0
|
|
1 3233631 rs2500277 T C 899.88 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.910;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-473.587;SBQD=-3.365;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.4820;VQSLOD=6.6819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:930,0,935
|
|
1 3241829 rs2500271 A G 599.84 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.779;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.6041;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=12.50;ReadPosRankSum=0.353;SB=-326.117;SBQD=-3.808;SBpi=0.1961;SBpiQual=-0.1942;VQSLOD=3.2988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:48:99:630,0,509
|
|
1 3248722 rs56033677 T C 200.29 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.532;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-164.789;SBQD=5.702;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.2232;VQSLOD=2.6504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:230,0,360
|
|
1 3261516 rs4648379 C T 1233.28 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.739;QD=16.02;ReadPosRankSum=0.413;SB=-621.415;SBQD=1.530;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1181;VQSLOD=4.7181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1263,0,1098
|
|
1 3277076 . G A 195.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.568;DP=49;Dels=0.00;FS=1.212;HRun=0;HaplotypeScore=1.6120;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.817;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.746;SB=-138.128;SBQD=-4.561;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-0.9832;VQSLOD=-0.1896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:225,0,548
|
|
1 3280021 rs2500262 T C 1447.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.55;MQ0=0;QD=28.37;SB=-552.770;SBQD=4.699;SBpi=1.0502;SBpiQual=1.3056;VQSLOD=6.2259 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1480,129,0
|
|
1 3287551 rs12138292 A G 1120.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=57.70;MQ0=0;QD=21.13;SB=-408.824;SBQD=-4.941;SBpi=1.9917;SBpiQual=1.4491;VQSLOD=2.6672 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1153,114,0
|
|
1 3301130 rs868689 T G 1657.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=29.07;SB=-956.498;SBQD=-0.777;SBpi=0.3311;SBpiQual=0.3227;VQSLOD=6.1703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1690,135,0
|
|
1 3317233 rs12747145 G A 372.75 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.218;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.067;HRun=0;HaplotypeScore=2.5998;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=2.393;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-198.809;SBQD=-5.820;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.5376;VQSLOD=4.2583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:37:99:403,0,323
|
|
1 3319872 rs6664364 C T 1514.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;QD=32.22;SB=-773.998;SBQD=-3.427;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.2593;VQSLOD=7.9328 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1547,123,0
|
|
1 3340759 rs2483235 A G 1581.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=26.81;SB=-704.007;SBQD=-7.992;SBpi=-0.5859;SBpiQual=-1.0481;VQSLOD=5.3579 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1615,147,0
|
|
1 3343935 rs55833861 T C 687.17 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=17.060;HRun=1;HaplotypeScore=2.6377;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.549;SB=-244.691;SBQD=-10.786;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.7886;VQSLOD=3.8900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:717,0,922
|
|
1 3358922 rs2483252 G C 1212.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.41;MQ0=0;QD=27.56;SB=-596.866;SBQD=0.004;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.7160;VQSLOD=4.4707 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1245,102,0
|
|
1 3369753 rs2487668 G A 779.36 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.212;HRun=0;HaplotypeScore=2.4007;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.446;SB=-378.440;SBQD=-2.180;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.5223;VQSLOD=4.4837 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:809,0,726
|
|
1 3397564 rs1051517 C T 558.27 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.652;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-334.293;SBQD=3.122;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.1854;VQSLOD=4.7242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:588,0,595
|
|
1 3428428 rs4648514 C T 1004.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.81;MQ0=0;QD=25.75;SB=-486.824;SBQD=-0.991;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.0984;VQSLOD=3.4272 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87.21:1037,87,0
|
|
1 3470381 rs12078542 T C 212.24 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.052;SB=-112.938;SBQD=3.237;SBpi=-0.2887;SBpiQual=0.1054;VQSLOD=4.5965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:242,0,304
|
|
1 3494529 rs2794348 A G 600.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.6434;MQ=58.05;MQ0=0;QD=16.68;SB=-599.227;SBQD=-1.696;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.0845;VQSLOD=3.0995 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:54.14:634,54,0
|
|
1 3500344 . G A 133.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=17.17;MQ0=41;MQRankSum=-0.811;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.767;SB=8.975;SBQD=11.892;SBpi=-2.1089;SBpiQual=-0.9373;VQSLOD=-2.6672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:77:99:164,0,196
|
|
1 3504460 . G A 219.36 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=55.5936;MQ=29.93;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=5.77;ReadPosRankSum=2.390;SB=-0.007;SBQD=-20.154;SBpi=-2.6517;SBpiQual=-2.9847;VQSLOD=-78.2380 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:38:27:252,27,0
|
|
1 3504478 . G A 60.52 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.697;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=47.8712;MQ=28.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.430;SB=-0.007;SBQD=-4.909;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5519;VQSLOD=-63.9304 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,8:30:90.51:91,0,110
|
|
1 3504480 . G A 93.96 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.980;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=49.8678;MQ=28.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=3.13;ReadPosRankSum=-2.840;SB=-0.007;SBQD=-17.168;SBpi=-2.1794;SBpiQual=-2.3717;VQSLOD=-75.0643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:76.25:124,0,76
|
|
1 3504667 . T G 79 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=54.6445;MQ=32.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.367;SB=-0.007;SBQD=-3.547;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.3874;VQSLOD=-77.6800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:25:18.41:109,0,18
|
|
1 3513247 rs6697282 T C 294.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.17;MQ0=0;QD=26.81;SB=-32.497;SBQD=30.549;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.2902;VQSLOD=4.5731 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:27.08:328,27,0
|
|
1 3517279 rs4648528 C T 1200.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.89;MQ0=0;QD=28.58;SB=-618.394;SBQD=3.433;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.4180;VQSLOD=6.8476 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1233,99,0
|
|
1 3528537 rs57902798 C A 862.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.13;MQ0=0;QD=34.49;SB=-0.007;SBQD=34.892;SBpi=2.5000;SBpiQual=2.6284;VQSLOD=6.1932 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:72.22:895,72,0
|
|
1 3611283 . A C 68.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=27;Dels=0.00;FS=6.532;HRun=2;HaplotypeScore=5.9957;MQ=22.06;MQ0=11;MQRankSum=-0.637;QD=2.52;ReadPosRankSum=-2.141;SB=-56.959;SBQD=-1.874;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5165;VQSLOD=-2.4799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:98.03:98,0,162
|
|
1 3611421 rs12738417 G C 264.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.899;HRun=2;HaplotypeScore=13.8250;MQ=41.85;MQ0=6;MQRankSum=-0.218;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-118.359;SBQD=6.063;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4525;VQSLOD=-3.5025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:294,0,378
|
|
1 3618714 rs3765740 T G 288.96 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.442;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-203.212;SBQD=6.970;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0891;VQSLOD=5.0642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:319,0,207
|
|
1 3619109 rs3765743 C T 284.21 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.928;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=3.245;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.265;SB=6.009;SBQD=16.814;SBpi=1.5811;SBpiQual=1.7151;VQSLOD=4.7244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:314,0,241
|
|
1 3632608 rs3753211 T C 457.25 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=6.740;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-210.696;SBQD=-4.566;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-0.4879;VQSLOD=5.5005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:487,0,555
|
|
1 3637247 rs3765771 G C 1333.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.53;MQ0=0;QD=27.21;SB=-631.787;SBQD=6.769;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.8688;VQSLOD=5.0227 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1366,117,0
|
|
1 3639724 rs7537335 G A 580.88 PASS AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=6.107;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.584;QD=19.36;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-284.023;SBQD=8.172;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.4006;VQSLOD=4.2173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,21:30:99:611,0,174
|
|
1 3673496 rs4648405 T G 181.69 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=7.160;HRun=0;HaplotypeScore=1.6316;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.602;SB=-96.687;SBQD=-11.385;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-1.0628;VQSLOD=2.6345 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:212,0,673
|
|
1 3679146 rs4648556 G A 365.24 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.998;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.222;HRun=1;HaplotypeScore=1.4538;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.098;SB=-208.933;SBQD=2.197;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.3977;VQSLOD=4.3164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:395,0,669
|
|
1 3687739 rs1175552 C A 364.60 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.980;HRun=0;HaplotypeScore=2.3913;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.400;SB=-195.794;SBQD=-2.538;SBpi=-1.0206;SBpiQual=-0.8662;VQSLOD=2.9785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:395,0,778
|
|
1 3749104 rs61768914 A G 1608.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.87;MQ0=0;QD=30.93;SB=-587.715;SBQD=-4.591;SBpi=-1.1094;SBpiQual=-1.1401;VQSLOD=6.8447 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1642,135,0
|
|
1 3749694 rs6673716 A G 1077.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.98;SB=-656.251;SBQD=-6.117;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.7058;VQSLOD=3.6806 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1110,99,0
|
|
1 3756493 rs7535887 T C 1792.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87;SB=-920.292;SBQD=2.826;SBpi=-0.5164;SBpiQual=-0.2448;VQSLOD=6.9706 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1825,159,0
|
|
1 3794273 rs12132240 C T 2086.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.52;MQ0=0;QD=34.77;SB=-914.409;SBQD=1.014;SBpi=0.7746;SBpiQual=0.8385;VQSLOD=8.6353 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2119,166,0
|
|
1 3795391 rs10737189 T C 2468.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8994;MQ=59.45;MQ0=0;QD=29.39;SB=-1040.757;SBQD=8.340;SBpi=0.7638;SBpiQual=1.3885;VQSLOD=4.4627 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2502,217,0
|
|
1 3800480 rs7555538 G T 2030.70 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.68;MQ0=0;QD=28.20;SB=-1141.923;SBQD=2.843;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4921;VQSLOD=1.4902 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2064,178,0
|
|
1 3807593 rs4274008 G C 1908.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.65;MQ0=0;QD=29.36;SB=-1002.367;SBQD=1.401;SBpi=0.6822;SBpiQual=0.7965;VQSLOD=5.4118 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1942,153,0
|
|
1 3822703 rs10909830 C T 1860.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5165;MQ=58.81;MQ0=0;QD=29.53;SB=-877.942;SBQD=-0.072;SBpi=0.9449;SBpiQual=0.9694;VQSLOD=5.3962 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1893,153,0
|
|
1 3841028 rs35314156 G C 463.69 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.475;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.125;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=9.27;ReadPosRankSum=1.535;SB=-212.505;SBQD=-6.008;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.4640;VQSLOD=3.3947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:494,0,756
|
|
1 4004028 . C T 649.34 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=12.25;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-475.515;SBQD=0.136;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0740;VQSLOD=4.5920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:679,0,524
|
|
1 4024081 rs6698811 T C 2695.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=32.88;SB=-1410.781;SBQD=-3.679;SBpi=0.4417;SBpiQual=0.1700;VQSLOD=7.7581 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2729,226,0
|
|
1 4052956 rs10799236 A G 629.74 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=7.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.023;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.400;SB=-354.581;SBQD=7.934;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2374;VQSLOD=6.4025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:660,0,836
|
|
1 4062729 rs4654447 A G 687.75 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.218;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=5.655;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.066;SB=-371.051;SBQD=-4.734;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1374;VQSLOD=5.3599 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:718,0,761
|
|
1 4064783 rs6426429 A G 505.56 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.323;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.933;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-301.349;SBQD=0.836;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.1591;VQSLOD=3.8801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:536,0,799
|
|
1 4073432 . A G 590.79 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=53;Dels=0.00;FS=19.656;HRun=1;HaplotypeScore=1.7845;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.330;SB=-149.068;SBQD=-13.866;SBpi=-1.3000;SBpiQual=-1.2387;VQSLOD=2.8548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:621,0,702
|
|
1 4074143 . A G 482 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;DP=41;Dels=0.00;FS=1.189;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=11.76;ReadPosRankSum=1.110;SB=-241.826;SBQD=0.467;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.1143;VQSLOD=4.1053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:512,0,504
|
|
1 4076707 . C T 139.34 PASS AB=0.25;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5362;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.382;SB=-0.007;SBQD=-16.796;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.4230;VQSLOD=3.1186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:36.11:169,0,36
|
|
1 4077707 rs4654601 G A 1022.07 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.755;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.736;SB=-417.304;SBQD=-1.764;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.8826;VQSLOD=4.5387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:1052,0,573
|
|
1 4078371 rs4129099 T C 651.22 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.960;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.736;SB=-370.728;SBQD=8.851;SBpi=-0.0898;SBpiQual=0.2429;VQSLOD=4.8246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:681,0,797
|
|
1 4104246 rs12036981 T A 422.36 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=6.129;HRun=0;HaplotypeScore=1.9085;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.273;SB=-157.186;SBQD=7.832;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.8170;VQSLOD=3.6570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:50:99:452,0,553
|
|
1 4120499 rs4233255 T A 970.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.46;MQ0=0;QD=21.57;SB=-603.739;SBQD=1.823;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.8702;VQSLOD=4.7036 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84.24:1004,84,0
|
|
1 4120796 rs4233256 A C 1326.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5253;MQ=59.09;MQ0=0;QD=28.84;SB=-716.216;SBQD=5.328;SBpi=-0.1474;SBpiQual=0.1665;VQSLOD=6.2335 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1359,123,0
|
|
1 4124260 rs6672716 C T 725.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.75;MQ0=0;QD=27.89;SB=-419.454;SBQD=0.943;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.1699;VQSLOD=5.4209 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:63.19:758,63,0
|
|
1 4130684 rs4391636 T C 2407.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.66;SB=-1287.324;SBQD=4.444;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.4598;VQSLOD=7.1049 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2440,214,0
|
|
1 4138083 . C T 285.19 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.23;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.905;DP=60;Dels=0.00;FS=12.399;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=20.88;MQ0=17;MQRankSum=-0.664;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.842;SB=-276.035;SBQD=-2.949;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.4833;VQSLOD=1.6511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,46:60:99:315,0,145
|
|
1 4155310 rs12033210 T C 116.09 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.052;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=3.284;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=28.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-52.177;SBQD=-4.074;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.4680;VQSLOD=1.4571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,12:42:99:146,0,604
|
|
1 4166814 rs12032257 C T 693.99 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.059;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.970;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.027;SB=-375.121;SBQD=-0.744;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.4959;VQSLOD=5.1753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:724,0,930
|
|
1 4181396 rs10753367 T C 1143.74 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=7.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.5717;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=12.71;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-523.310;SBQD=6.151;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.5517;VQSLOD=4.1864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:1174,0,1490
|
|
1 4185770 rs6679136 C T 667.08 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.928;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.945;HRun=1;HaplotypeScore=4.3509;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-232.653;SBQD=-6.035;SBpi=-1.0585;SBpiQual=-1.1918;VQSLOD=2.5602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:697,0,824
|
|
1 4193873 rs6693173 A G 1296.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=27.00;SB=-686.955;SBQD=-4.435;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.4242;VQSLOD=5.9005 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1329,120,0
|
|
1 4204633 . T C 1923.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.353;DP=171;DS;Dels=0.00;FS=6.599;HRun=1;HaplotypeScore=12.9464;MQ=44.53;MQ0=0;MQRankSum=1.990;QD=11.25;ReadPosRankSum=3.209;SB=-671.634;SBQD=4.542;SBpi=2.1033;SBpiQual=2.2802;VQSLOD=-2.9342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,95:171:99:1953,0,1343
|
|
1 4204657 . C T 211.69 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=131;DS;Dels=0.00;FS=10.174;HRun=0;HaplotypeScore=123.2968;MQ=44.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.078;QD=1.62;ReadPosRankSum=2.554;SB=-83.073;SBQD=-2.983;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.3064;VQSLOD=-400.8356 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,26:131:99:242,0,1726
|
|
1 4212164 . C T 866.46 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DP=56;Dels=0.00;FS=3.749;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.984;SB=-358.269;SBQD=4.186;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6250;VQSLOD=4.1697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:896,0,759
|
|
1 4231796 rs6688428 T C 490.59 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5115;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=11.97;ReadPosRankSum=1.817;SB=-93.152;SBQD=7.232;SBpi=1.2618;SBpiQual=1.4281;VQSLOD=3.8575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:521,0,632
|
|
1 4232539 rs56827341 A G 793.25 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.110;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=18.335;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-337.098;SBQD=7.723;SBpi=1.0000;SBpiQual=0.7519;VQSLOD=4.4546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:823,0,711
|
|
1 4236982 rs4233262 C T 1077.29 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.187;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.030;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=2.694;QD=17.66;ReadPosRankSum=0.414;SB=-481.831;SBQD=-7.556;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.4091;VQSLOD=4.9842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:1107,0,845
|
|
1 4237595 rs34927664 C T 578.32 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.465;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=4.646;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=14.11;ReadPosRankSum=2.960;SB=-253.867;SBQD=6.710;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.5354;VQSLOD=4.2944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:608,0,394
|
|
1 4274200 . A C 569.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=45.63;MQ0=0;QD=22.79;SB=-325.836;SBQD=-3.478;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6066;VQSLOD=2.5042 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:54.11:603,54,0
|
|
1 4289684 rs10753375 T G 2006.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.83;SB=-910.974;SBQD=-0.920;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.6128;VQSLOD=8.2443 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2039,160,0
|
|
1 4312205 rs1908490 C T 846.30 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.372;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.898;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-505.932;SBQD=-1.404;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1515;VQSLOD=4.4592 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:876,0,1180
|
|
1 4419820 rs349393 A C 729.19 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=16.034;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.675;QD=14.30;ReadPosRankSum=1.278;SB=-409.049;SBQD=11.112;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1390;VQSLOD=4.6608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:759,0,597
|
|
1 4419954 rs102085 G A 520.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=9.180;HRun=2;HaplotypeScore=3.3901;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-4.312;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-358.986;SBQD=4.670;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.4542;VQSLOD=-0.3460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:550,0,315
|
|
1 4422170 rs55838104 C T 1065.01 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.703;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=4.032;HRun=1;HaplotypeScore=1.9566;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.618;QD=19.36;ReadPosRankSum=0.604;SB=-554.575;SBQD=5.595;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0948;VQSLOD=4.1702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,35:55:99:1095,0,486
|
|
1 4424242 rs57599092 A T 953.76 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.498;HRun=1;HaplotypeScore=1.9402;MQ=51.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.539;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.215;SB=-310.780;SBQD=5.161;SBpi=1.2005;SBpiQual=1.3061;VQSLOD=3.2559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:984,0,1048
|
|
1 4424833 rs11801800 G A 572 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.515;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=49.63;MQ0=1;MQRankSum=-4.349;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-218.111;SBQD=4.161;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0337;VQSLOD=-0.1390 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:602,0,1000
|
|
1 4452397 rs627555 G A 1031.67 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.193;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=13.036;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-539.694;SBQD=9.072;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.2313;VQSLOD=5.7876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:1062,0,1653
|
|
1 4459689 rs6679220 T C 515.02 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.263;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.108;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-285.313;SBQD=4.819;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1572;VQSLOD=4.5529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:545,0,1006
|
|
1 4481081 rs349386 C T 783.20 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.083;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=10.31;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-501.246;SBQD=1.974;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7081;VQSLOD=5.0552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:813,0,749
|
|
1 4481632 rs4654433 G A 990.75 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.308;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.312;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=14.79;ReadPosRankSum=-1.487;SB=-452.203;SBQD=-3.827;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3486;VQSLOD=5.4707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:1021,0,905
|
|
1 4483403 rs41266223 T C 683.31 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.747;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.775;SB=-364.695;SBQD=-3.807;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.1957;VQSLOD=5.5420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:713,0,825
|
|
1 4496910 rs1335365 G A 2845.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=33.87;SB=-1481.456;SBQD=-3.279;SBpi=0.4364;SBpiQual=0.1884;VQSLOD=5.3705 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2878,232,0
|
|
1 4507259 rs12032561 A G 2337.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;QD=29.59;SB=-1131.218;SBQD=-8.292;SBpi=-0.0563;SBpiQual=-0.6283;VQSLOD=6.8916 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2371,208,0
|
|
1 4507763 rs780594 T C 2402.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9117;MQ=59.42;MQ0=0;QD=31.21;SB=-1080.568;SBQD=1.524;SBpi=0.9687;SBpiQual=1.0706;VQSLOD=5.5795 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2436,196,0
|
|
1 4514082 rs1235308 A G 515.01 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=8.793;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.992;SB=-341.203;SBQD=-7.290;SBpi=0.0928;SBpiQual=-0.0458;VQSLOD=4.9984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:545,0,662
|
|
1 4515277 rs1213919 T C 966.01 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-449.124;SBQD=7.289;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6482;VQSLOD=5.6170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:996,0,792
|
|
1 4518144 rs10127576 A G 324.01 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.086;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.449;HRun=0;HaplotypeScore=1.9650;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.373;SB=-230.265;SBQD=2.454;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.3396;VQSLOD=3.2016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:354,0,652
|
|
1 4534520 rs350168 C T 2149.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;QD=34.11;SB=-904.979;SBQD=1.697;SBpi=0.8189;SBpiQual=0.9179;VQSLOD=8.0852 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2182,172,0
|
|
1 4539246 rs610189 T C 3057.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.52;SB=-1529.099;SBQD=4.605;SBpi=0.0508;SBpiQual=0.5016;VQSLOD=7.2515 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3091,268,0
|
|
1 4541444 rs16839089 G A 582.92 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-300.074;SBQD=0.286;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.3270;VQSLOD=4.8358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:613,0,1327
|
|
1 4541660 . C T 587.57 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DP=55;Dels=0.00;FS=2.391;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.052;SB=-367.544;SBQD=3.653;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.0631;VQSLOD=4.2212 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:618,0,756
|
|
1 4557403 rs780603 T C 1618.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=30.53;SB=-597.311;SBQD=9.255;SBpi=0.7555;SBpiQual=1.3009;VQSLOD=6.1248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1651,141,0
|
|
1 4558013 rs9659744 G A 591.34 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.076;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.086;HRun=0;HaplotypeScore=4.0234;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.353;SB=-228.262;SBQD=3.272;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.8255;VQSLOD=3.3057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:621,0,907
|
|
1 4560961 rs675641 C T 1823.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=31.44;SB=-1029.648;SBQD=1.940;SBpi=0.1313;SBpiQual=0.2424;VQSLOD=7.7944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1857,144,0
|
|
1 4568868 . G A 92.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8401;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.280;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.226;SB=-78.613;SBQD=-1.199;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.6944;VQSLOD=-0.1830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:29:99:122,0,508
|
|
1 4574117 rs1710422 C T 1658.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4663;MQ=58.90;MQ0=0;QD=30.16;SB=-764.103;SBQD=1.079;SBpi=-1.0113;SBpiQual=-0.9550;VQSLOD=5.1472 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1692,135,0
|
|
1 4579213 rs12039100 A G 745.13 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.672;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=10.623;HRun=2;HaplotypeScore=2.5712;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.463;SB=-281.245;SBQD=8.890;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.0430;VQSLOD=2.6375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:775,0,1043
|
|
1 4580700 rs61765366 A G 556.51 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=9.43;ReadPosRankSum=2.070;SB=-291.173;SBQD=-0.420;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.7365;VQSLOD=4.3271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:586,0,690
|
|
1 4581230 rs12039682 C T 766.45 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.907;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.538;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-434.487;SBQD=2.221;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2660;VQSLOD=5.0936 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:796,0,968
|
|
1 4597089 rs472113 G A 1142.84 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.499;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.966;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-415.827;SBQD=-3.422;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-1.0812;VQSLOD=5.1496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:1173,0,925
|
|
1 4597961 rs553435 A G 1002.24 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.340;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=2.148;HRun=0;HaplotypeScore=2.3883;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.067;SB=-295.775;SBQD=0.951;SBpi=1.7537;SBpiQual=1.4875;VQSLOD=3.5878 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1032,0,1047
|
|
1 4599396 rs6673713 A T 879.63 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.089;SB=-486.390;SBQD=0.530;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0992;VQSLOD=5.5631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:910,0,1063
|
|
1 4603787 rs61765416 G A 36.23 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DB;DP=83;Dels=0.05;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=36.8676;MQ=42.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.730;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.368;SB=-73.908;SBQD=0.803;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.5879;VQSLOD=-35.0858 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,14:83:66.22:66,0,1035
|
|
1 4611060 rs241246 T C 805.75 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=9.139;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.852;SB=-416.638;SBQD=-8.788;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.2471;VQSLOD=5.5043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:836,0,920
|
|
1 4618529 rs916407 C A 563.09 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.343;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=3.910;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.452;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-264.477;SBQD=-3.500;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.3096;VQSLOD=4.7398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:593,0,879
|
|
1 4625189 rs241270 T A 2515.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.31;MQ0=0;QD=32.67;SB=-925.385;SBQD=-1.039;SBpi=-1.5385;SBpiQual=-1.6657;VQSLOD=5.9644 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:2549,202,0
|
|
1 4633639 rs6426421 C T 2726.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.21;MQ0=0;QD=34.51;SB=-1185.769;SBQD=0.017;SBpi=-0.8438;SBpiQual=-0.7227;VQSLOD=6.2323 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2760,226,0
|
|
1 4646055 rs617610 A G 976.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.14;MQ0=0;QD=18.09;SB=-796.039;SBQD=0.117;SBpi=-0.1361;SBpiQual=-0.2473;VQSLOD=4.5328 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:93.22:1010,93,0
|
|
1 4648925 rs548958 A C 3307.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1757.571;SBQD=2.635;SBpi=-0.1523;SBpiQual=0.1036;VQSLOD=8.0931 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3307,268,0
|
|
1 4649475 rs572875 G A 2198.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;QD=33.82;SB=-1152.022;SBQD=-0.556;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.2753;VQSLOD=7.8150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2232,175,0
|
|
1 4657049 rs526695 T C 2729.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.20;MQ0=0;QD=33.70;SB=-1207.112;SBQD=0.126;SBpi=0.9444;SBpiQual=1.0001;VQSLOD=7.4032 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2763,217,0
|
|
1 4661144 rs602244 T C 955.68 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.110;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.572;HRun=1;HaplotypeScore=2.8358;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.551;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-444.338;SBQD=3.525;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.7380;VQSLOD=3.0634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:986,0,685
|
|
1 4666494 rs164780 C G 1984.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5239;MQ=59.64;MQ0=0;QD=31.01;SB=-990.974;SBQD=-5.666;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4120;VQSLOD=6.1228 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2018,177,0
|
|
1 4671712 . C T 596.19 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.100;DP=51;Dels=0.00;FS=1.119;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.148;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.765;SB=-307.792;SBQD=-0.365;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0035;VQSLOD=3.4339 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:626,0,761
|
|
1 4677535 rs4403602 C G 1076.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.46;MQ0=0;QD=25.03;SB=-666.127;SBQD=-2.414;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.2265;VQSLOD=4.6514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1109,102,0
|
|
1 4692880 rs7537972 A C 46.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=7.2991;MQ=27.87;MQ0=4;MQRankSum=1.856;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.187;SB=-21.680;SBQD=1.725;SBpi=0.9449;SBpiQual=0.7306;VQSLOD=-0.9365 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,7:30:76.14:76,0,132
|
|
1 4693100 . G C 65.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=78;Dels=0.00;FS=1.431;HRun=0;HaplotypeScore=1.9717;MQ=41.28;MQ0=6;MQRankSum=-3.517;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-32.085;SBQD=2.063;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.3933;VQSLOD=-2.4422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,23:78:95.17:95,0,922
|
|
1 4723438 rs10799253 T C 543.36 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.869;HRun=0;HaplotypeScore=2.6655;MQ=52.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.174;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-303.585;SBQD=-4.603;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4957;VQSLOD=2.4063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:573,0,401
|
|
1 4726481 rs12752003 A G 430.85 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.169;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.608;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-105.140;SBQD=-7.446;SBpi=-1.2002;SBpiQual=-1.4738;VQSLOD=4.4788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:461,0,346
|
|
1 4731250 rs12141432 A G 723.50 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.193;HRun=0;HaplotypeScore=1.9940;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-347.064;SBQD=2.137;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6357;VQSLOD=4.4245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:753,0,1068
|
|
1 4750013 rs187148 C G 94.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3090;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-106.958;SBQD=1.474;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.2943;VQSLOD=0.1819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:99:125,0,526
|
|
1 4754103 rs7528195 T C 421.30 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=2.780;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.865;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.039;SB=-282.688;SBQD=-0.759;SBpi=-0.1091;SBpiQual=0.1678;VQSLOD=5.2627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:451,0,526
|
|
1 4755721 . C T 1049.76 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.051;DP=74;Dels=0.00;FS=5.015;HRun=0;HaplotypeScore=2.6652;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-450.918;SBQD=-3.337;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.8719;VQSLOD=3.6117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1080,0,1044
|
|
1 4760316 rs61765031 A G 595.03 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.090;HRun=0;HaplotypeScore=2.2267;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.125;SB=-407.268;SBQD=-5.741;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2052;VQSLOD=4.3776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:625,0,968
|
|
1 4765955 rs10915592 T C 961.45 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.918;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.263;HRun=2;HaplotypeScore=2.4440;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=18.14;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-248.813;SBQD=5.632;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.5562;VQSLOD=2.7593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:991,0,527
|
|
1 4776542 rs4654596 G A 2369.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=32.02;SB=-992.933;SBQD=-1.729;SBpi=1.2787;SBpiQual=1.1779;VQSLOD=6.9728 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2403,199,0
|
|
1 4801923 rs392620 C T 973.18 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.578;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=7.719;HRun=0;HaplotypeScore=2.1188;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.174;SB=-393.102;SBQD=-6.775;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.7157;VQSLOD=5.3252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:1003,0,1191
|
|
1 4823201 rs2743978 G A 721.74 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.672;HRun=0;HaplotypeScore=1.9557;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.035;SB=-364.465;SBQD=7.651;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.1923;VQSLOD=5.4364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:752,0,693
|
|
1 4824742 rs424723 C T 1076.53 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.532;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=9.495;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=17.94;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-551.554;SBQD=-9.115;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1269;VQSLOD=6.3436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:60:99:1107,0,643
|
|
1 4856931 rs760816 A G 442.78 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.034;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=7.91;ReadPosRankSum=2.181;SB=-305.867;SBQD=-1.123;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.5873;VQSLOD=4.3744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:473,0,475
|
|
1 4909093 rs12725011 G A 1118.52 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=15.98;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-604.729;SBQD=-1.286;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.2568;VQSLOD=3.6156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:1149,0,824
|
|
1 4909808 rs7543326 T C 1053.80 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.183;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.991;HRun=2;HaplotypeScore=1.7046;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.811;SB=-508.765;SBQD=0.050;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.4259;VQSLOD=4.8511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1084,0,1094
|
|
1 4911172 rs6693945 T C 928.01 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.820;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=6.954;HRun=1;HaplotypeScore=1.9661;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=14.73;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-342.490;SBQD=-5.611;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-0.9432;VQSLOD=4.0892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:63:99:958,0,977
|
|
1 4919762 rs10799269 C G 649.33 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.326;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.887;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.006;SB=-355.334;SBQD=1.223;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.5490;VQSLOD=4.9499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:679,0,1181
|
|
1 4922015 . A G 549.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.547;DP=81;Dels=0.00;FS=17.092;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.55;MQ0=3;MQRankSum=-0.980;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.458;SB=-88.167;SBQD=9.716;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.3970;VQSLOD=0.8701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:579,0,1242
|
|
1 4923098 rs6665282 A G 762.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.390;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.588;QD=13.37;ReadPosRankSum=3.652;SB=-290.170;SBQD=3.719;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.5035;VQSLOD=0.3950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:792,0,979
|
|
1 4924713 rs6674680 T C 274.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.240;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=48.37;MQ0=1;MQRankSum=-2.388;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.149;SB=-150.417;SBQD=2.635;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.1346;VQSLOD=1.0185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:99:305,0,1106
|
|
1 4925492 rs4559467 G A 504.01 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.756;HRun=0;HaplotypeScore=1.9290;MQ=48.28;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=10.50;ReadPosRankSum=-1.977;SB=-276.100;SBQD=1.756;SBpi=0.3128;SBpiQual=-0.0920;VQSLOD=4.2121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:48:99:534,0,676
|
|
1 4932444 rs10915647 T G 979.04 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.323;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.900;HRun=0;HaplotypeScore=1.9552;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-482.865;SBQD=-5.888;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4143;VQSLOD=5.2638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1009,0,1076
|
|
1 4935800 . A G 1804.77 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.013;DP=96;Dels=0.00;FS=27.115;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=18.80;ReadPosRankSum=0.157;SB=-560.974;SBQD=12.720;SBpi=1.3908;SBpiQual=1.5451;VQSLOD=1.5257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,57:96:99:1835,0,1211
|
|
1 4964005 rs1980722 C T 2588.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.05;SB=-608.871;SBQD=-1.776;SBpi=-2.5236;SBpiQual=-2.7300;VQSLOD=6.5431 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2621,205,0
|
|
1 4969913 rs10737415 G A 728.46 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=11.671;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=13.74;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-151.110;SBQD=-13.179;SBpi=-1.3927;SBpiQual=-1.7075;VQSLOD=3.9887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:758,0,545
|
|
1 4999678 . A G 491.62 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.458;DP=193;Dels=0.00;FS=9.524;HRun=0;HaplotypeScore=99.4074;MQ=37.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.046;QD=2.55;ReadPosRankSum=2.990;SB=-198.500;SBQD=-3.868;SBpi=-2.1291;SBpiQual=-2.1730;VQSLOD=-259.0715 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,53:193:99:522,0,3245
|
|
1 4999700 . A G 288.12 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.625;DP=179;Dels=0.00;FS=10.348;HRun=0;HaplotypeScore=87.1874;MQ=37.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-57.559;SBQD=-3.800;SBpi=-2.4597;SBpiQual=-2.4719;VQSLOD=-209.7949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,35:179:99:318,0,3253
|
|
1 5002713 rs6669905 T C 1819.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=30.33;SB=-907.016;SBQD=-0.310;SBpi=-0.7746;SBpiQual=-0.8279;VQSLOD=7.3701 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1853,144,0
|
|
1 5015467 rs6693486 A T 2137.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.04;MQ0=0;QD=31.43;SB=-1007.693;SBQD=-0.105;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-0.8978;VQSLOD=6.4064 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2170,181,0
|
|
1 5026753 rs7547938 A C 2730.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=30.68;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-1276.103;SBQD=4.837;SBpi=-0.9594;SBpiQual=-0.5144;VQSLOD=6.7210 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2764,244,0
|
|
1 5042941 rs12132419 G A 1210.29 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.054;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.528;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.747;SB=-486.700;SBQD=6.197;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.6570;VQSLOD=5.5544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1240,0,1041
|
|
1 5064205 rs10737393 G C 1200.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.91;SB=-696.747;SBQD=-4.584;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.2979;VQSLOD=5.9212 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1233,102,0
|
|
1 5070663 rs12045336 A G 859.94 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.0776;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.697;SB=-414.774;SBQD=3.146;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.8424;VQSLOD=4.0336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:890,0,675
|
|
1 5072978 rs1459756 T C 1003.83 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.897;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-525.066;SBQD=1.987;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1315;VQSLOD=6.0910 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1034,0,1239
|
|
1 5123407 . C G 553.32 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DP=42;Dels=0.00;FS=1.202;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-273.962;SBQD=3.080;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.5385;VQSLOD=4.5353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:583,0,412
|
|
1 5137114 rs56077964 G A 2062.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=34.96;SB=-1027.610;SBQD=-3.136;SBpi=0.4557;SBpiQual=0.2727;VQSLOD=8.5686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2096,165,0
|
|
1 5141640 rs3128689 C A 2978.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.77;SB=-1174.469;SBQD=0.187;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.2489;VQSLOD=8.6768 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3011,232,0
|
|
1 5143317 rs10799160 G A 2514.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.599;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=34.45;ReadPosRankSum=1.684;SB=-1136.317;SBQD=2.765;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.6862;VQSLOD=7.4364 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:2548,169,0
|
|
1 5188991 rs898338 G T 1883.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.88;SB=-894.744;SBQD=4.919;SBpi=-0.9603;SBpiQual=-0.6791;VQSLOD=6.7627 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1916,153,0
|
|
1 5196739 rs9439506 A G 600.01 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.178;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.008;SB=-264.618;SBQD=-3.053;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.5223;VQSLOD=6.1799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:630,0,1137
|
|
1 5198789 rs16840051 C T 952.53 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.637;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-470.315;SBQD=1.666;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.3816;VQSLOD=5.7905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:983,0,1327
|
|
1 5207853 . A C 940.38 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DP=82;Dels=0.00;FS=11.257;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.295;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.242;SB=-352.298;SBQD=-7.918;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.1160;VQSLOD=3.1761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:970,0,1418
|
|
1 5217644 rs10799174 G A 829.60 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.301;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.054;HRun=0;HaplotypeScore=8.5543;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.093;SB=-451.060;SBQD=2.023;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2143;VQSLOD=2.7653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:860,0,475
|
|
1 5291717 rs471824 A G 1802.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=4.017;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=29.07;ReadPosRankSum=-1.565;SB=-797.050;SBQD=-2.305;SBpi=0.9603;SBpiQual=0.4393;VQSLOD=4.4882 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1836,134,0
|
|
1 5302716 rs12134110 C T 909.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6996;MQ=38.04;MQ0=0;QD=17.17;SB=-603.981;SBQD=-2.149;SBpi=-1.0302;SBpiQual=-1.2303;VQSLOD=3.6403 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:81.22:943,81,0
|
|
1 5306236 rs4847553 C T 130.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.31;MQ0=1;QD=9.34;SB=-143.953;SBQD=-6.355;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.4294;VQSLOD=4.1278 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:17.99:164,18,0
|
|
1 5310609 rs6686714 G T 1678.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=29.98;SB=-945.367;SBQD=-0.928;SBpi=0.4009;SBpiQual=0.3155;VQSLOD=7.6746 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1712,138,0
|
|
1 5332128 rs614111 C A 1914.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.46;SB=-810.578;SBQD=-0.305;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.8581;VQSLOD=7.6113 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1948,150,0
|
|
1 5334891 rs12747870 C T 786.05 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.812;HRun=1;HaplotypeScore=1.7297;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=11.56;ReadPosRankSum=-1.488;SB=-406.410;SBQD=-5.112;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3629;VQSLOD=4.4834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:816,0,1129
|
|
1 5336180 rs35963754 A G 422 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.521;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=2.742;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.204;SB=-285.179;SBQD=1.567;SBpi=0.1091;SBpiQual=-0.0523;VQSLOD=5.2415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:452,0,528
|
|
1 5336647 rs34954979 C T 540.42 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.258;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=10.184;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.366;SB=-263.508;SBQD=13.624;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.3318;VQSLOD=5.5276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:570,0,208
|
|
1 5338287 rs549155 T G 2183.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.65;SB=-1191.920;SBQD=1.071;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.2178;VQSLOD=6.4985 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2217,178,0
|
|
1 5348459 rs4622076 G C 508.51 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.344;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=53.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.286;SB=-150.504;SBQD=-5.284;SBpi=-1.1468;SBpiQual=-1.3484;VQSLOD=4.2146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:538,0,415
|
|
1 5348914 rs12124941 C T 711.13 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.908;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=7.423;HRun=0;HaplotypeScore=1.6918;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-345.105;SBQD=-7.562;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.5660;VQSLOD=5.0839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:741,0,693
|
|
1 5350580 rs2353175 C T 977.06 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.671;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.770;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-518.844;SBQD=3.200;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0179;VQSLOD=3.8539 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:1007,0,1711
|
|
1 5351796 rs9439514 G A 1198.94 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.833;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.870;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=15.18;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-631.769;SBQD=0.347;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2741;VQSLOD=5.3416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1229,0,1035
|
|
1 5369674 rs9439562 C G 1238.95 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.981;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=7.554;HRun=0;HaplotypeScore=1.8055;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.168;SB=-315.741;SBQD=7.368;SBpi=1.5430;SBpiQual=1.7224;VQSLOD=4.2014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1269,0,1408
|
|
1 5435096 . C G 1004.73 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.047;DP=72;Dels=0.00;FS=6.413;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-380.672;SBQD=-6.352;SBpi=-1.1355;SBpiQual=-1.1971;VQSLOD=3.4377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1035,0,1053
|
|
1 5463937 rs11801490 A G 399.48 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.699;SB=-229.213;SBQD=-1.749;SBpi=0.2357;SBpiQual=-0.0549;VQSLOD=5.8464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:429,0,606
|
|
1 5474079 rs7367567 G A 1025.67 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=7.059;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=2.459;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.166;SB=-469.398;SBQD=-6.689;SBpi=-0.9258;SBpiQual=-0.9626;VQSLOD=4.5285 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,42:66:99:1056,0,666
|
|
1 5490268 . A G 494.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.5532;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.110;SB=-317.155;SBQD=0.966;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.1835;VQSLOD=1.2334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:525,0,1008
|
|
1 5527459 rs6603841 T C 1381.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.05;MQ0=0;QD=28.20;SB=-605.407;SBQD=6.338;SBpi=-1.2143;SBpiQual=-0.7460;VQSLOD=4.1822 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1415,129,0
|
|
1 5533601 rs7414322 T C 1632.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5115;MQ=59.56;MQ0=0;QD=30.81;SB=-798.324;SBQD=-0.913;SBpi=-0.7555;SBpiQual=-0.8366;VQSLOD=6.8807 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1666,132,0
|
|
1 5550431 rs61759144 C T 841.06 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.349;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=8.365;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-385.416;SBQD=7.889;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.4577;VQSLOD=3.9883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:871,0,1126
|
|
1 5552330 . G A 865.08 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.883;DP=84;Dels=0.00;FS=11.284;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.982;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-428.485;SBQD=-8.735;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.6730;VQSLOD=2.2890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:895,0,1477
|
|
1 5554049 rs9662668 A G 564.32 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.764;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.079;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-241.089;SBQD=-4.167;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.8683;VQSLOD=4.9868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:594,0,825
|
|
1 5571050 rs2213780 A G 647.13 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.298;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.032;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.691;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.159;SB=-300.114;SBQD=1.021;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.7166;VQSLOD=4.5128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:677,0,811
|
|
1 5571356 rs9730430 C G 1271.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.01;MQ0=0;QD=27.05;SB=-735.893;SBQD=-2.893;SBpi=-0.3647;SBpiQual=-0.5087;VQSLOD=4.8022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1304,105,0
|
|
1 5593972 rs4845829 A G 2678.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.76;MQ0=0;QD=33.90;SB=-1143.925;SBQD=-6.427;SBpi=-0.3938;SBpiQual=-0.9166;VQSLOD=7.5991 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2711,232,0
|
|
1 5598945 rs4845832 G C 2768.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;QD=31.82;SB=-1206.225;SBQD=-0.661;SBpi=1.2329;SBpiQual=1.2135;VQSLOD=6.9317 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2801,229,0
|
|
1 5625979 rs7535740 A G 1482.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=58.71;MQ0=0;QD=27.45;SB=-713.638;SBQD=-6.843;SBpi=-0.5443;SBpiQual=-0.9942;VQSLOD=5.5111 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1515,132,0
|
|
1 5635316 rs7522344 A C 2455.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1246.936;SBQD=1.144;SBpi=0.0602;SBpiQual=0.1134;VQSLOD=8.8791 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2488,199,0
|
|
1 5658267 rs10907201 A G 933.91 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.228;HRun=1;HaplotypeScore=3.9768;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.090;QD=12.62;ReadPosRankSum=-1.453;SB=-536.179;SBQD=-4.938;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.0585;VQSLOD=3.8400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:964,0,1153
|
|
1 5658933 rs11810821 C T 804.52 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.820;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.885;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=14.11;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-400.787;SBQD=-4.410;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2413;VQSLOD=5.2776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:57:99:835,0,898
|
|
1 5662887 rs11260659 C G 987.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=48.21;MQ0=0;QD=17.95;SB=-501.483;SBQD=0.758;SBpi=0.2023;SBpiQual=0.2374;VQSLOD=4.2707 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:55:90.15:1020,90,0
|
|
1 5675494 rs884994 A T 1951.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=33.08;SB=-996.517;SBQD=-0.070;SBpi=-0.4557;SBpiQual=-0.4730;VQSLOD=8.1297 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1984,156,0
|
|
1 5680808 rs9439605 A G 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.25;MQ0=0;QD=31.16;SB=-669.317;SBQD=5.682;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.3726;VQSLOD=6.5210 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1778,141,0
|
|
1 5717552 rs1763319 C A 817.91 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.012;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.456;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=14.10;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-385.966;SBQD=3.911;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.3752;VQSLOD=6.2277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:848,0,689
|
|
1 5726946 . A C 146.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.668;DP=82;Dels=0.00;FS=37.052;HRun=2;HaplotypeScore=4.9550;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=-7.058;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.831;SB=93.226;SBQD=7.947;SBpi=2.4495;SBpiQual=2.6284;VQSLOD=-10.7113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,24:82:99:176,0,1710
|
|
1 5728486 . T C 1140.69 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.112;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=6.738;HRun=0;HaplotypeScore=90.5548;MQ=31.87;MQ0=26;MQRankSum=-3.065;QD=4.60;ReadPosRankSum=2.094;SB=-370.118;SBQD=-3.744;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0301;VQSLOD=-211.6267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,88:248:99:1171,0,2701
|
|
1 5729209 . C T 164.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.372;DP=81;Dels=0.00;FS=23.127;HRun=0;HaplotypeScore=2.9445;MQ=45.79;MQ0=13;MQRankSum=-5.996;QD=2.03;ReadPosRankSum=4.368;SB=25.817;SBQD=-3.853;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-0.8890;VQSLOD=-6.8702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,22:81:99:194,0,1345
|
|
1 5730552 rs4990488 G T 232.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.270;DB;DP=117;Dels=0.00;FS=22.251;HRun=3;HaplotypeScore=2.6163;MQ=48.29;MQ0=5;MQRankSum=-7.863;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.408;SB=58.892;SBQD=4.253;SBpi=2.6667;SBpiQual=2.8729;VQSLOD=-10.6660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,36:117:99:263,0,2376
|
|
1 5730591 . G A 982.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.938;DP=179;Dels=0.00;FS=4.513;HRun=0;HaplotypeScore=3.5757;MQ=45.40;MQ0=15;MQRankSum=-10.710;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-493.330;SBQD=-1.775;SBpi=-0.5966;SBpiQual=-0.6962;VQSLOD=-16.8140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,85:179:99:1012,0,2588
|
|
1 5730677 . A G 1037.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.595;DP=175;Dels=0.00;FS=2.400;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.44;MQ0=23;MQRankSum=-9.674;QD=5.93;ReadPosRankSum=-1.871;SB=-546.827;SBQD=-1.000;SBpi=-0.0524;SBpiQual=-0.1553;VQSLOD=-11.2174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,91:175:99:1067,0,2647
|
|
1 5730694 . G A 555.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.214;DP=136;Dels=0.00;FS=0.858;HRun=0;HaplotypeScore=2.9209;MQ=44.75;MQ0=18;MQRankSum=-9.140;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.141;SB=-314.363;SBQD=-0.305;SBpi=0.6250;SBpiQual=0.6412;VQSLOD=-12.2001 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,64:136:99:585,0,2331
|
|
1 5731929 . G C 76.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.252;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.81;MQ0=3;MQRankSum=-4.363;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-2.783;SBQD=2.571;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.8070;VQSLOD=-2.2381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,15:54:99:106,0,977
|
|
1 5732148 . C A 815.92 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.386;DP=168;Dels=0.00;FS=7.953;HRun=2;HaplotypeScore=31.1569;MQ=46.64;MQ0=4;MQRankSum=-9.577;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-474.981;SBQD=-2.881;SBpi=-0.0611;SBpiQual=0.0694;VQSLOD=-83.8803 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,67:168:99:846,0,2803
|
|
1 5732289 . T A 879.87 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DP=135;Dels=0.00;FS=64.949;HRun=0;HaplotypeScore=50.8744;MQ=42.07;MQ0=8;MQRankSum=-9.614;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-11.263;SBQD=14.579;SBpi=3.3889;SBpiQual=3.5975;VQSLOD=-126.2758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,81:135:99:910,0,1683
|
|
1 5732552 . G T 582.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.668;DP=241;Dels=0.00;FS=1.684;HRun=2;HaplotypeScore=2.5236;MQ=37.70;MQ0=16;MQRankSum=-3.937;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-187.872;SBQD=-2.815;SBpi=-1.3908;SBpiQual=-1.4662;VQSLOD=-2.4776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,57:241:99:612,0,3670
|
|
1 5732668 rs5020343 C G 172.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.576;DB;DP=238;Dels=0.00;FS=70.374;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=38.03;MQ0=23;MQRankSum=-3.657;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.239;SB=188.277;SBQD=-3.829;SBpi=-2.8022;SBpiQual=-2.9380;VQSLOD=-3.3286 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,39:238:99:203,0,4171
|
|
1 5732728 . A G 1019.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.8095;MQ=37.64;MQ0=10;MQRankSum=-5.212;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.794;SB=-484.417;SBQD=-1.285;SBpi=0.1608;SBpiQual=0.1665;VQSLOD=-7.1370 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,87:243:99:1049,0,3668
|
|
1 5733998 . C T 72.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.740;DP=116;Dels=0.00;FS=20.393;HRun=0;HaplotypeScore=5.8902;MQ=47.42;MQ0=5;MQRankSum=-4.370;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.196;SB=78.243;SBQD=3.485;SBpi=2.3452;SBpiQual=2.5331;VQSLOD=-7.2974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,22:116:99:102,0,2511
|
|
1 5761546 rs707596 A T 365.65 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.158;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.147;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.383;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.250;SB=-149.079;SBQD=-3.327;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.7692;VQSLOD=1.7663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:99:396,0,1082
|
|
1 5765353 rs770693 T C 541.84 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=7.696;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.336;SB=-270.604;SBQD=-10.464;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-1.0786;VQSLOD=5.3592 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:572,0,677
|
|
1 5784433 rs2649084 T C 1102.06 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.326;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.851;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-488.357;SBQD=8.102;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.4842;VQSLOD=6.0076 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1132,0,959
|
|
1 5850902 rs7512084 C T 3100.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=35.64;SB=-1581.231;SBQD=0.977;SBpi=0.2680;SBpiQual=0.3715;VQSLOD=8.6856 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3134,241,0
|
|
1 5876988 rs61759121 A G 392.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9451;MQ=29.47;MQ0=1;QD=14.54;SB=-279.044;SBQD=0.976;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7563;VQSLOD=3.9331 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:45:426,45,0
|
|
1 5877088 rs61759122 C G 633.01 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.13;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=6.878;HRun=0;HaplotypeScore=61.6132;MQ=36.34;MQ0=0;MQRankSum=1.361;QD=7.63;ReadPosRankSum=2.748;SB=-600.104;SBQD=-4.277;SBpi=-1.6499;SBpiQual=-1.7401;VQSLOD=-91.3420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,72:83:54.69:663,0,55
|
|
1 5877289 . C A 172.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=16;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=29.40;MQ0=1;MQRankSum=1.042;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-140.027;SBQD=10.646;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0167;VQSLOD=4.0833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:18.05:205,18,0
|
|
1 5877302 . T C 50.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8255;MQ=37.77;MQ0=1;MQRankSum=-0.878;QD=1.93;ReadPosRankSum=2.693;SB=-64.749;SBQD=1.340;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2067;VQSLOD=-1.5948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:80.24:80,0,325
|
|
1 5879132 rs9661613 G A 2208.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.76;MQ0=0;QD=30.26;SB=-1330.021;SBQD=1.356;SBpi=0.0585;SBpiQual=0.1435;VQSLOD=6.3574 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2242,178,0
|
|
1 5882696 rs10864640 A G 1273.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=24.03;SB=-780.708;SBQD=-7.485;SBpi=0.6181;SBpiQual=0.1398;VQSLOD=3.5341 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1306,120,0
|
|
1 5907824 rs10779718 T C 406.94 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.180;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.678;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-173.860;SBQD=-4.040;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-0.8910;VQSLOD=2.8027 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:437,0,846
|
|
1 5924881 rs56293443 G A 942.66 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.762;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.825;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.539;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.582;SB=-391.258;SBQD=2.825;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.7880;VQSLOD=5.2152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:973,0,419
|
|
1 5929772 rs1287630 G A 985.06 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.774;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.129;SB=-549.978;SBQD=-4.119;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0441;VQSLOD=5.6323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:1015,0,1259
|
|
1 5963669 rs4908936 A C 3278.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=32.14;SB=-1506.391;SBQD=-2.428;SBpi=-0.8911;SBpiQual=-1.1666;VQSLOD=7.4054 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3278,262,0
|
|
1 5995552 rs521736 A G 3005.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;QD=28.90;SB=-1377.321;SBQD=-5.079;SBpi=-0.6864;SBpiQual=-1.1522;VQSLOD=6.8853 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:3038,268,0
|
|
1 6019871 rs2011197 C T 2001.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=29.88;SB=-1078.851;SBQD=2.473;SBpi=-0.6719;SBpiQual=-0.5581;VQSLOD=7.5443 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2035,162,0
|
|
1 6035513 rs4908638 C T 2072.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.67;MQ0=0;QD=30.04;SB=-935.191;SBQD=-0.219;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.2055;VQSLOD=5.7222 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2106,169,0
|
|
1 6065240 . A G 223.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=19.45;MQ0=7;QD=11.17;SB=-27.668;SBQD=21.745;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.6325;VQSLOD=2.5974 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:27.01:256,27,0
|
|
1 6066061 rs61760770 T C 33.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6823;MQ=20.50;MQ0=4;MQRankSum=0.751;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.751;SB=-99.862;SBQD=-5.198;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0498;VQSLOD=0.5297 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:13:6.02:65,6,0
|
|
1 6073850 rs905463 G A 640.59 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.859;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.675;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=14.90;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-188.470;SBQD=6.638;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.1137;VQSLOD=4.4721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:671,0,466
|
|
1 6074402 rs4908483 G A 1018.60 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.114;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.205;HRun=0;HaplotypeScore=1.8313;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=15.67;ReadPosRankSum=0.550;SB=-529.929;SBQD=4.857;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.5241;VQSLOD=5.3331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:65:99:1049,0,404
|
|
1 6074434 rs4908696 A G 1064.19 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.904;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.280;HRun=1;HaplotypeScore=2.6196;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=14.38;ReadPosRankSum=1.389;SB=-551.311;SBQD=-1.197;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4230;VQSLOD=4.4341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:74:99:1094,0,620
|
|
1 6083559 rs34818668 C T 639.69 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.311;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.494;SB=-237.013;SBQD=-5.060;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.6350;VQSLOD=5.5988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:56:99:670,0,687
|
|
1 6087411 rs1296422 T C 1135.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;QD=25.80;SB=-490.662;SBQD=12.953;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.9207;VQSLOD=4.2383 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1168,99,0
|
|
1 6108377 rs756096 C A 613.25 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=10.159;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.045;SB=-414.169;SBQD=-6.085;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.0686;VQSLOD=5.3663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:643,0,652
|
|
1 6125236 rs4908754 A G 280.39 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.902;SB=-186.662;SBQD=-2.106;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.4099;VQSLOD=4.1658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:310,0,535
|
|
1 6137403 rs3789543 G T 866.12 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.055;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.028;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-386.830;SBQD=1.206;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.6323;VQSLOD=6.2896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:896,0,924
|
|
1 6167234 rs57153289 G A 1309.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4576;MQ=56.39;MQ0=0;QD=28.46;SB=-483.418;SBQD=1.208;SBpi=1.3270;SBpiQual=1.4610;VQSLOD=3.0629 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1342,111,0
|
|
1 6184286 rs2273040 A G 431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;QD=25.35;SB=-152.561;SBQD=-4.544;SBpi=-1.0914;SBpiQual=-1.1467;VQSLOD=4.2923 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:36.12:464,36,0
|
|
1 6188546 rs2273034 G A 1347.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.58;MQ0=0;QD=24.49;SB=-612.159;SBQD=-4.169;SBpi=-1.2810;SBpiQual=-1.4643;VQSLOD=4.4289 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1380,111,0
|
|
1 6196493 rs7526887 A G 1069.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9581;MQ=55.21;MQ0=0;QD=23.76;SB=-607.232;SBQD=-3.703;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.5737;VQSLOD=4.0426 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1102,102,0
|
|
1 6197165 rs2495521 G C 796.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.92;MQ0=0;QD=22.77;SB=-368.805;SBQD=7.045;SBpi=0.5916;SBpiQual=1.0900;VQSLOD=3.6028 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:78.17:830,78,0
|
|
1 6212408 rs746122 G A 577.65 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.873;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=0;HaplotypeScore=1.9203;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.526;SB=-358.487;SBQD=1.594;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.2252;VQSLOD=4.7940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:608,0,636
|
|
1 6281667 rs14281 A C 974.73 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.930;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8100;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.616;SB=-524.039;SBQD=1.838;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0953;VQSLOD=5.3499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1005,0,837
|
|
1 6294171 rs59874837 G A 724.97 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.604;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.755;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=15.10;ReadPosRankSum=1.323;SB=-361.719;SBQD=-0.203;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.1805;VQSLOD=5.3788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:755,0,303
|
|
1 6296238 rs9970334 T G 450.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.56;MQ0=0;QD=34.67;SB=-0.007;SBQD=34.672;SBpi=1.8028;SBpiQual=1.9300;VQSLOD=7.1808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:484,39,0
|
|
1 6567249 rs4908553 G A 189.17 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.666;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.378;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.122;SB=-108.108;SBQD=-6.104;SBpi=-0.9037;SBpiQual=-0.9182;VQSLOD=3.3272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:219,0,592
|
|
1 6568387 rs4908554 T C 509.75 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.096;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.759;SB=-315.417;SBQD=3.338;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.1662;VQSLOD=4.3775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:540,0,703
|
|
1 6573038 rs10442706 C G 665.78 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.799;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.323;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.804;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.607;SB=-352.011;SBQD=2.672;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.1116;VQSLOD=4.4205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:696,0,619
|
|
1 6578430 rs12141899 A G 395.70 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.57;MQ0=0;QD=23.28;SB=-32.505;SBQD=20.289;SBpi=1.8190;SBpiQual=1.6239;VQSLOD=2.1087 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:42.07:429,42,0
|
|
1 6602273 rs4434863 C G 900.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9832;MQ=56.28;MQ0=0;QD=21.96;SB=-634.602;SBQD=-1.990;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.3843;VQSLOD=4.1968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:75.22:933,75,0
|
|
1 6612027 rs59832133 G A 1083.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.70;MQ0=10;QD=16.93;SB=-422.644;SBQD=22.158;SBpi=-1.1250;SBpiQual=-1.2671;VQSLOD=5.1636 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1116,99,0
|
|
1 6614535 rs4908923 G A 329.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.35;MQ0=0;QD=25.35;SB=-34.351;SBQD=18.881;SBpi=1.5254;SBpiQual=1.3568;VQSLOD=2.6246 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:30.09:363,30,0
|
|
1 6626755 rs11122095 G A 1356.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.13;MQ0=0;QD=26.60;SB=-845.538;SBQD=5.654;SBpi=-0.0700;SBpiQual=0.2420;VQSLOD=5.2655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1390,111,0
|
|
1 6681375 rs6695474 C T 809.90 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8317;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=15.00;ReadPosRankSum=0.528;SB=-205.773;SBQD=-6.949;SBpi=-1.4606;SBpiQual=-1.6770;VQSLOD=4.0371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:840,0,591
|
|
1 6694980 rs1043683 G A 1112.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=30.91;SB=-340.567;SBQD=3.945;SBpi=1.3333;SBpiQual=1.4502;VQSLOD=6.3059 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:93.25:1146,93,0
|
|
1 6701450 rs10864630 A T 195.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;DB;DP=59;Dels=0.02;FS=6.111;HRun=0;HaplotypeScore=19.7304;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=3.26;ReadPosRankSum=3.052;SB=-408.137;SBQD=-3.669;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.6813;VQSLOD=-7.7417 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:59:99:226,0,286
|
|
1 6709610 rs7549198 T C 581.46 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.337;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=14.91;ReadPosRankSum=0.141;SB=-265.896;SBQD=-0.773;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.7481;VQSLOD=6.1181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:611,0,356
|
|
1 6713114 rs2235564 C T 699.54 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.583;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.370;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-419.223;SBQD=-2.778;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5211;VQSLOD=5.5175 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:730,0,865
|
|
1 6723184 rs149857 C G 1273.67 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.732;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-519.874;SBQD=2.659;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7130;VQSLOD=5.1102 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1304,0,1340
|
|
1 6726401 rs200449 G A 928.13 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=19.629;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.510;SB=-260.366;SBQD=11.196;SBpi=1.0290;SBpiQual=1.1784;VQSLOD=4.6112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:958,0,1420
|
|
1 6757895 rs200437 T C 1200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.38;MQ0=0;QD=24.49;SB=-548.087;SBQD=4.013;SBpi=0.6429;SBpiQual=0.8750;VQSLOD=4.2424 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1233,111,0
|
|
1 6781421 rs277677 C A 670.66 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.216;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.787;SB=-324.549;SBQD=-4.154;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.1157;VQSLOD=4.1291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:701,0,666
|
|
1 6791386 rs11122123 T A 503.60 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.788;SB=-152.731;SBQD=2.317;SBpi=0.8030;SBpiQual=1.0460;VQSLOD=4.6606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:99:534,0,1135
|
|
1 6792724 rs10779796 T C 412.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.256;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=47.53;MQ0=1;MQRankSum=-4.226;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.273;SB=-201.171;SBQD=-0.073;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.6914;VQSLOD=-0.2173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:443,0,708
|
|
1 6828180 rs427517 A T 980.73 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.927;HRun=2;HaplotypeScore=1.9806;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-394.383;SBQD=-1.305;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.1676;VQSLOD=4.4551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1011,0,1103
|
|
1 6829339 rs389257 C T 760.66 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.117;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.983;SB=-204.773;SBQD=0.856;SBpi=1.5266;SBpiQual=1.3942;VQSLOD=3.8014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:791,0,896
|
|
1 6904879 rs4908570 A G 976.19 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.994;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-408.602;SBQD=-4.979;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-1.0437;VQSLOD=5.5500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:1006,0,855
|
|
1 6914722 . G T 1413.48 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.502;DP=77;Dels=0.00;FS=3.093;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=18.36;ReadPosRankSum=2.187;SB=-695.987;SBQD=4.332;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.2379;VQSLOD=3.5978 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:1443,0,951
|
|
1 6986992 rs11120787 T C 507.77 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.004;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.485;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.784;SB=-303.585;SBQD=-0.986;SBpi=-0.1043;SBpiQual=0.1690;VQSLOD=5.4516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:538,0,786
|
|
1 6991925 rs6577395 T C 1177.17 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.634;HRun=0;HaplotypeScore=1.9566;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=15.29;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-406.860;SBQD=-5.542;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-1.3454;VQSLOD=4.6460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1207,0,1135
|
|
1 6997348 . C A 560.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DP=75;Dels=0.00;FS=45.611;HRun=0;HaplotypeScore=2.0508;MQ=53.30;MQ0=1;MQRankSum=-1.074;QD=7.47;ReadPosRankSum=3.866;SB=44.962;SBQD=13.311;SBpi=2.0412;SBpiQual=2.2239;VQSLOD=-1.0311 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,24:75:99:590,0,780
|
|
1 7002773 rs12043313 G A 1064.38 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.767;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.327;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.350;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.834;SB=-435.810;SBQD=2.569;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.7641;VQSLOD=4.5734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1094,0,926
|
|
1 7003775 rs10864249 C T 540.92 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.105;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-178.011;SBQD=2.697;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.9914;VQSLOD=5.2534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:571,0,595
|
|
1 7003822 . G A 922.04 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.551;DP=56;Dels=0.00;FS=2.294;HRun=0;HaplotypeScore=1.8455;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=16.47;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-459.007;SBQD=-3.119;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.2983;VQSLOD=4.1228 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:952,0,594
|
|
1 7004301 rs10864250 A G 1084.97 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.766;HRun=1;HaplotypeScore=1.8100;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-561.339;SBQD=1.396;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.4548;VQSLOD=3.8947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:96:99:1115,0,1502
|
|
1 7010859 rs7551366 T C 1771.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=31.07;SB=-937.299;SBQD=0.777;SBpi=0.3311;SBpiQual=0.3293;VQSLOD=7.3626 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1804,147,0
|
|
1 7014330 rs11120796 G A 846.70 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.032;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.626;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.200;QD=13.88;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-407.343;SBQD=-8.967;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0990;VQSLOD=3.3088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:877,0,789
|
|
1 7033103 rs11120800 G A 1068.42 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.534;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=21.37;ReadPosRankSum=1.612;SB=-474.523;SBQD=6.726;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.5128;VQSLOD=4.4232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,34:50:99:1098,0,359
|
|
1 7096335 rs12048599 T C 869.80 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.895;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.146;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.951;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.500;SB=-478.981;SBQD=-2.758;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0651;VQSLOD=4.2262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:900,0,1051
|
|
1 7099076 rs7539442 G A 544.87 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.411;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.016;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=56.21;MQ0=1;MQRankSum=0.156;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.036;SB=-221.444;SBQD=-3.294;SBpi=-1.5435;SBpiQual=-1.8273;VQSLOD=3.2460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:575,0,997
|
|
1 7106963 rs6577409 A G 1096.88 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.096;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=3.043;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=13.06;ReadPosRankSum=-1.655;SB=-391.714;SBQD=4.526;SBpi=1.1713;SBpiQual=1.2654;VQSLOD=4.0562 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:1127,0,1298
|
|
1 7115948 . G A 563.56 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.126;SB=-381.574;SBQD=1.029;SBpi=-0.1000;SBpiQual=0.0579;VQSLOD=4.6985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:594,0,536
|
|
1 7116724 rs7552444 T C 380.05 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.331;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2368;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.813;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-238.136;SBQD=2.957;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.0079;VQSLOD=3.5709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:410,0,672
|
|
1 7117432 rs4072549 A G 710.33 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.110;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=14.50;ReadPosRankSum=0.824;SB=-314.973;SBQD=5.512;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.6365;VQSLOD=5.3576 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:740,0,576
|
|
1 7121787 . G A 191.07 PASS AB=0.18;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DP=17;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.945;SB=-168.599;SBQD=-10.049;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.1951;VQSLOD=4.3070 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,14:17:55.66:221,0,56
|
|
1 7135268 rs10864271 A G 979.82 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.734;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=13.80;ReadPosRankSum=-2.150;SB=-509.432;SBQD=2.881;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2975;VQSLOD=4.3411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1010,0,1123
|
|
1 7144627 rs17030256 G A 478.27 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.492;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9025;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-223.186;SBQD=-4.296;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.6054;VQSLOD=4.2768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:59:99:508,0,747
|
|
1 7155996 rs10864280 C G 964.22 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.160;HRun=1;HaplotypeScore=1.9856;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.719;QD=12.69;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-535.083;SBQD=6.021;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1418;VQSLOD=2.7694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:994,0,1095
|
|
1 7158561 rs4908440 T C 677.73 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.933;HRun=1;HaplotypeScore=1.7465;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.846;SB=-305.097;SBQD=-4.889;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.5751;VQSLOD=5.5120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:708,0,816
|
|
1 7174316 rs6577413 A C 603.42 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=12.020;HRun=3;HaplotypeScore=3.4583;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=13.71;ReadPosRankSum=1.237;SB=-292.704;SBQD=11.678;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4008;VQSLOD=2.6750 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:633,0,397
|
|
1 7174821 rs11120850 G A 1249.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=42.06;MQ0=5;QD=21.54;SB=-300.083;SBQD=-16.691;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.9542;VQSLOD=3.0398 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:1283,108,0
|
|
1 7191171 rs9434476 G A 1167.51 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.312;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.996;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=18.24;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-499.937;SBQD=-1.525;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.8018;VQSLOD=4.7824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:64:99:1198,0,627
|
|
1 7244625 rs10864285 G C 1226.50 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.303;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=16.35;ReadPosRankSum=-0.981;SB=-561.910;SBQD=-0.536;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4311;VQSLOD=6.0649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1256,0,1078
|
|
1 7267007 rs7538921 T C 691.82 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.701;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.715;HRun=1;HaplotypeScore=1.7206;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-360.177;SBQD=-6.008;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7479;VQSLOD=3.8285 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:722,0,1006
|
|
1 7267729 rs8179413 T G 540.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.657;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=6.190;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.883;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-134.717;SBQD=1.960;SBpi=-1.2002;SBpiQual=-1.4517;VQSLOD=4.7902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:570,0,660
|
|
1 7289777 rs4243824 G A 746.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.84;SB=-40.012;SBQD=25.560;SBpi=2.3000;SBpiQual=2.4229;VQSLOD=4.7849 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63.18:779,63,0
|
|
1 7292417 rs6577424 A G 1281.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=26.15;SB=-373.319;SBQD=-8.403;SBpi=-1.6429;SBpiQual=-1.9264;VQSLOD=4.7965 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1314,114,0
|
|
1 7315085 rs12028181 T C 1695.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.67;MQ0=0;QD=30.28;SB=-760.848;SBQD=3.935;SBpi=-0.9354;SBpiQual=-0.6154;VQSLOD=6.5703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1729,156,0
|
|
1 7334438 rs7528829 T C 1329.40 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.343;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=2.789;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.345;SB=-351.967;SBQD=5.951;SBpi=1.4703;SBpiQual=1.8647;VQSLOD=4.4727 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:1359,0,1646
|
|
1 7334740 rs4481876 C T 942.26 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.034;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.422;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=11.35;ReadPosRankSum=1.987;SB=-330.835;SBQD=-4.851;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.9105;VQSLOD=3.8298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:83:99:972,0,1632
|
|
1 7336869 rs9434488 G A 1009.21 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.086;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.440;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=14.42;ReadPosRankSum=-1.254;SB=-372.111;SBQD=6.495;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8708;VQSLOD=5.0198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:70:99:1039,0,1083
|
|
1 7338502 rs12039874 A C 896.18 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.393;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.915;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.611;SB=-419.874;SBQD=-2.914;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6213;VQSLOD=5.4689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:926,0,1268
|
|
1 7344246 rs55825665 A C 130.09 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.549;HRun=0;HaplotypeScore=42.4705;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=2.415;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.458;SB=-310.158;SBQD=4.118;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4229;VQSLOD=-48.7642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:160,0,263
|
|
1 7377498 rs6668927 C T 1015.33 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.330;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.908;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-557.057;SBQD=-1.096;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.2117;VQSLOD=4.5234 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1045,0,802
|
|
1 7405293 rs845246 C T 1129.58 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.177;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=4.022;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.148;SB=-594.543;SBQD=-3.141;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0492;VQSLOD=6.3350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:1160,0,1610
|
|
1 7410063 rs705676 T C 845.25 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.254;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-386.375;SBQD=-1.358;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3467;VQSLOD=5.9179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:875,0,751
|
|
1 7412961 rs4908625 G A 679.03 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.151;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.038;HRun=1;HaplotypeScore=1.9913;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.891;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-346.453;SBQD=-2.105;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2082;VQSLOD=4.1479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:709,0,637
|
|
1 7412981 rs845235 T C 1664.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.47;MQ0=0;QD=30.27;SB=-1001.026;SBQD=-2.576;SBpi=0.2023;SBpiQual=0.1014;VQSLOD=6.0379 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1698,135,0
|
|
1 7427445 rs845272 T C 594.21 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.482;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=3.219;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-381.393;SBQD=4.185;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-0.6217;VQSLOD=4.0382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:624,0,1186
|
|
1 7434544 rs845215 C T 671.96 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.794;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.223;HRun=0;HaplotypeScore=2.3046;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-351.696;SBQD=-2.540;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2054;VQSLOD=3.9869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:702,0,874
|
|
1 7456648 rs1582226 A G 1142.46 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.400;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.849;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.034;SB=-548.502;SBQD=-1.627;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.3630;VQSLOD=5.8065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:81:99:1172,0,1310
|
|
1 7462478 rs705694 A G 849.43 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.447;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.891;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.771;SB=-482.748;SBQD=0.311;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.1993;VQSLOD=5.0854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:879,0,1327
|
|
1 7462976 rs845201 G A 894.47 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.492;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.788;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.358;SB=-479.547;SBQD=5.242;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2015;VQSLOD=5.9965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:924,0,867
|
|
1 7470622 rs2745660 G A 1758.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.57;MQ0=0;QD=29.81;SB=-1045.734;SBQD=0.000;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.3745;VQSLOD=5.5392 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1792,141,0
|
|
1 7490439 rs2859319 C A 2068.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=31.82;SB=-935.800;SBQD=-1.289;SBpi=-0.9303;SBpiQual=-1.0541;VQSLOD=7.7610 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2101,166,0
|
|
1 7523906 rs1775049 T C 887.69 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.613;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.461;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.698;SB=-359.558;SBQD=7.229;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.8304;VQSLOD=5.1398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:918,0,811
|
|
1 7525525 rs1193242 A G 736.23 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.636;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=12.69;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-409.417;SBQD=-2.376;SBpi=0.0898;SBpiQual=-0.1724;VQSLOD=4.7480 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:766,0,724
|
|
1 7528347 rs1149330 A G 765 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.832;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.413;SB=-231.065;SBQD=0.093;SBpi=1.4797;SBpiQual=1.1633;VQSLOD=3.5970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:795,0,1275
|
|
1 7539306 rs1193187 G A 958.11 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.929;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-427.162;SBQD=3.446;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.8929;VQSLOD=5.5314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:988,0,473
|
|
1 7540476 rs2796481 T A 435.07 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.370;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.549;HRun=0;HaplotypeScore=3.6743;MQ=59.03;MQ0=1;MQRankSum=-0.088;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-173.279;SBQD=-6.880;SBpi=-1.1767;SBpiQual=-1.3697;VQSLOD=2.2729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:465,0,905
|
|
1 7540668 rs2478278 T C 359.17 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.453;HRun=2;HaplotypeScore=1.7356;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.302;SB=-227.866;SBQD=4.582;SBpi=-0.1091;SBpiQual=0.0609;VQSLOD=2.1502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:389,0,906
|
|
1 7546200 rs1079330 T A 1161.27 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-456.705;SBQD=2.552;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.7303;VQSLOD=5.1634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1191,0,1132
|
|
1 7548590 rs947676 A G 829.60 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.729;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.853;SB=-423.235;SBQD=-3.592;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.4335;VQSLOD=4.8210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:860,0,984
|
|
1 7567511 rs1725242 T A 908.82 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.401;HRun=0;HaplotypeScore=2.9374;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.914;SB=-538.763;SBQD=4.772;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1818;VQSLOD=4.6328 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:939,0,555
|
|
1 7611159 rs11587481 T G 441.10 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.748;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1992;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=9.80;ReadPosRankSum=2.566;SB=-219.635;SBQD=-0.799;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.4404;VQSLOD=2.3453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:45:99:471,0,544
|
|
1 7611606 rs4908654 C T 1812.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=32.96;SB=-760.739;SBQD=1.638;SBpi=0.8765;SBpiQual=0.9611;VQSLOD=7.7600 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1846,147,0
|
|
1 7613745 rs957856 G A 2402.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.7465;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.33;SB=-1080.944;SBQD=-0.437;SBpi=-0.7276;SBpiQual=-0.7905;VQSLOD=5.1869 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2436,196,0
|
|
1 7616610 rs1193159 T C 444.95 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.202;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-237.314;SBQD=0.118;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.4074;VQSLOD=4.6808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:47:99:475,0,757
|
|
1 7664050 . C T 422.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;DP=65;Dels=0.00;FS=4.079;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.48;MQ0=2;MQRankSum=-2.732;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.180;SB=-134.418;SBQD=3.023;SBpi=0.9383;SBpiQual=0.9055;VQSLOD=-0.3396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:65:99:452,0,1115
|
|
1 7682740 rs12138735 A G 771.94 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7853;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.475;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.543;SB=-342.783;SBQD=-0.271;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.8046;VQSLOD=1.8785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:802,0,1193
|
|
1 7682773 rs12139551 T C 733.48 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.665;SB=-300.994;SBQD=-0.771;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8384;VQSLOD=5.0053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:763,0,1312
|
|
1 7682879 rs61014722 T C 739.56 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.608;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.897;HRun=0;HaplotypeScore=3.7239;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.855;SB=-186.270;SBQD=10.331;SBpi=0.7833;SBpiQual=1.3966;VQSLOD=3.8452 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:770,0,760
|
|
1 7686909 rs9660611 A G 984.44 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=9.316;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.115;SB=-467.916;SBQD=6.660;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2401;VQSLOD=4.7066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:1014,0,1342
|
|
1 7689389 rs10495758 T C 666.63 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.538;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.082;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-390.379;SBQD=5.256;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.3250;VQSLOD=5.5546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:697,0,608
|
|
1 7710714 . G A 735.51 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.775;DP=45;Dels=0.00;FS=1.192;HRun=0;HaplotypeScore=2.8591;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=16.34;ReadPosRankSum=0.445;SB=-286.989;SBQD=-2.442;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.7443;VQSLOD=3.2980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:766,0,428
|
|
1 7717184 rs61772075 C T 539.34 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.978;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.114;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.634;SB=-329.363;SBQD=-3.297;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.2595;VQSLOD=5.3473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:569,0,606
|
|
1 7719051 rs56369330 A T 523.87 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.363;HRun=0;HaplotypeScore=4.0162;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.376;SB=-274.426;SBQD=3.919;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.1366;VQSLOD=3.5906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:554,0,604
|
|
1 7719193 rs2995028 A G 1594.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=28.98;SB=-939.419;SBQD=0.671;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.3411;VQSLOD=5.1959 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1627,129,0
|
|
1 7720621 rs12405864 G C 444.72 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=5.327;HRun=0;HaplotypeScore=2.7787;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.217;SB=-190.572;SBQD=-2.887;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.8263;VQSLOD=4.3109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:475,0,659
|
|
1 7725284 rs4908671 C A 249.75 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.271;SB=-217.378;SBQD=-0.773;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.0805;VQSLOD=4.8469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:280,0,164
|
|
1 7753132 rs2995032 T C 652.44 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.810;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.987;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-311.036;SBQD=0.461;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.5845;VQSLOD=6.1244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:682,0,1156
|
|
1 7761817 rs3011932 T G 2033.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.34;SB=-1013.613;SBQD=-1.636;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.5829;VQSLOD=7.1982 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2066,163,0
|
|
1 7768362 rs4908476 T C 941.19 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.4434;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=12.55;ReadPosRankSum=1.248;SB=-449.729;SBQD=-0.054;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.3407;VQSLOD=2.9256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:971,0,1245
|
|
1 7775407 rs3011937 A G 560.28 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.871;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-464.886;SBQD=1.824;SBpi=-0.0845;SBpiQual=0.1095;VQSLOD=4.1931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:77:99:590,0,1241
|
|
1 7777603 rs12562445 T C 769.29 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.598;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.094;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-329.982;SBQD=-2.499;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-0.6415;VQSLOD=4.9997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:799,0,1400
|
|
1 7777673 rs12563101 G A 959.49 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.512;SB=-336.119;SBQD=0.991;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.9312;VQSLOD=4.9773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:989,0,969
|
|
1 7839245 rs697676 T A 2209.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;QD=33.99;SB=-569.215;SBQD=-0.660;SBpi=-2.1706;SBpiQual=-2.2883;VQSLOD=6.1369 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2243,181,0
|
|
1 7846270 rs228728 A G 1161.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.42;MQ0=1;QD=24.71;SB=-667.950;SBQD=-0.592;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.4536;VQSLOD=4.9788 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1194,105,0
|
|
1 7861684 rs707467 A C 2130.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=59.63;MQ0=0;QD=33.83;SB=-765.137;SBQD=-4.966;SBpi=-1.0709;SBpiQual=-1.2985;VQSLOD=6.6842 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2164,175,0
|
|
1 7889378 rs20887 A C 2875.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.50;SB=-1412.377;SBQD=-0.496;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.3195;VQSLOD=8.3203 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2908,229,0
|
|
1 7892453 rs228662 G A 1115.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.02;MQ0=0;QD=20.28;SB=-628.612;SBQD=-10.052;SBpi=-0.8928;SBpiQual=-1.2748;VQSLOD=4.1687 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:93.24:1148,93,0
|
|
1 7927240 rs17031681 A G 2633.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7737;MQ=59.22;MQ0=0;QD=31.73;SB=-1128.968;SBQD=-5.916;SBpi=-0.4939;SBpiQual=-0.9965;VQSLOD=5.3810 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:2666,232,0
|
|
1 7934382 . G A 868.65 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.629;DP=71;Dels=0.00;FS=2.001;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.387;SB=-591.838;SBQD=2.397;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0986;VQSLOD=4.2729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:899,0,714
|
|
1 7938648 rs228714 G A 3930.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=37.43;SB=-1047.031;SBQD=0.823;SBpi=2.4885;SBpiQual=2.7022;VQSLOD=5.7487 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3930,304,0
|
|
1 7939923 rs228712 T A 1796.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=1.6828;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.89;SB=-849.661;SBQD=1.922;SBpi=-0.6181;SBpiQual=-0.4832;VQSLOD=3.4835 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1829,147,0
|
|
1 7965280 rs6694557 T C 914.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.42;MQ0=0;QD=24.71;SB=-540.380;SBQD=7.839;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.5371;VQSLOD=3.8619 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81.20:947,81,0
|
|
1 7981453 rs9434555 C T 1573.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.62;MQ0=0;QD=27.61;SB=-718.802;SBQD=1.709;SBpi=0.9934;SBpiQual=1.0540;VQSLOD=5.4337 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1607,135,0
|
|
1 8040177 rs225093 T C 1151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.92;MQ0=0;QD=31.13;SB=-377.487;SBQD=7.086;SBpi=0.9042;SBpiQual=1.2524;VQSLOD=6.2698 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1185,102,0
|
|
1 8055202 rs413838 C T 1085.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=33.92;SB=-507.868;SBQD=-0.459;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4117;VQSLOD=7.5954 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:90.28:1118,90,0
|
|
1 8151224 rs11121086 G A 2361.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.22;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1111.936;SBQD=1.145;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.5653;VQSLOD=8.4139 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2395,193,0
|
|
1 8156416 . A G 634.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.767;DP=61;Dels=0.00;FS=5.303;HRun=1;HaplotypeScore=4.3003;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.454;SB=-241.823;SBQD=-8.479;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.7753;VQSLOD=1.2235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:665,0,1105
|
|
1 8168993 rs4369247 C T 2246.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.83;SB=-1130.983;SBQD=-0.316;SBpi=-0.1921;SBpiQual=-0.2324;VQSLOD=7.4849 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2280,175,0
|
|
1 8172492 rs6665452 A T 2671.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.63;SB=-1202.891;SBQD=0.628;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.6180;VQSLOD=8.2073 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2705,211,0
|
|
1 8184307 rs6577469 G C 2311.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=31.23;SB=-1179.468;SBQD=7.571;SBpi=-0.2325;SBpiQual=0.3427;VQSLOD=7.5001 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2344,205,0
|
|
1 8187793 rs2000044 C T 343.04 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.788;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6828;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.816;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.134;SB=-253.491;SBQD=2.138;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.3646;VQSLOD=3.8719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:373,0,530
|
|
1 8192887 rs7535151 A G 1597.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.49;MQ0=0;QD=27.55;SB=-561.270;SBQD=1.109;SBpi=-1.8383;SBpiQual=-1.8187;VQSLOD=4.2156 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1631,135,0
|
|
1 8193308 rs6668504 T C 691.30 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.818;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=16.46;ReadPosRankSum=1.296;SB=-85.152;SBQD=11.808;SBpi=1.9000;SBpiQual=2.0396;VQSLOD=3.9400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:721,0,350
|
|
1 8220194 rs10779694 A G 125.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.705;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.585;HRun=2;HaplotypeScore=2.8739;MQ=54.27;MQ0=1;MQRankSum=-1.849;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.525;SB=-70.513;SBQD=-5.515;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.8160;VQSLOD=1.2359 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:155,0,600
|
|
1 8221773 rs10864335 G A 658.73 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.316;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.846;HRun=0;HaplotypeScore=1.7791;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-144.478;SBQD=11.139;SBpi=1.3728;SBpiQual=1.6187;VQSLOD=4.6461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:689,0,508
|
|
1 8222082 rs4908741 C T 1036.81 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.186;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.631;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.125;SB=-624.783;SBQD=-3.934;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0198;VQSLOD=5.9078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1067,0,1048
|
|
1 8224139 rs12031489 C T 1052.55 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.700;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.322;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-436.306;SBQD=4.614;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.6994;VQSLOD=4.1518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:69:99:1083,0,941
|
|
1 8261122 rs35579678 C T 751.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.148;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.225;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.86;MQ0=1;MQRankSum=-1.328;QD=12.96;ReadPosRankSum=1.099;SB=-331.502;SBQD=5.438;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.6233;VQSLOD=4.1680 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:782,0,852
|
|
1 8261393 rs12138839 T G 1085.51 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.739;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=16.96;ReadPosRankSum=0.132;SB=-441.744;SBQD=-6.021;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7568;VQSLOD=5.0386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1116,0,822
|
|
1 8268715 rs6701941 T C 864.30 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.036;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=7.236;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=12.17;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-376.003;SBQD=-3.259;SBpi=0.8807;SBpiQual=1.0958;VQSLOD=5.4162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:71:99:894,0,1014
|
|
1 8305742 . A G 393.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.650;DP=48;Dels=0.00;FS=1.154;HRun=1;HaplotypeScore=3.5073;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=2.196;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-268.946;SBQD=-3.225;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.5042;VQSLOD=1.4058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:423,0,655
|
|
1 8326572 rs3105756 G C 1870.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=30.66;SB=-796.788;SBQD=5.567;SBpi=0.8322;SBpiQual=1.1264;VQSLOD=6.3401 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1903,150,0
|
|
1 8329710 rs2661869 C T 767.91 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=11.118;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=12.80;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-280.626;SBQD=9.699;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.8988;VQSLOD=4.9559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:798,0,913
|
|
1 8352039 rs299688 G T 1077.76 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.961;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=14.97;ReadPosRankSum=1.154;SB=-358.504;SBQD=3.071;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.2192;VQSLOD=3.8703 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1108,0,1070
|
|
1 8373752 rs10864348 A C 806.90 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.812;SB=-442.886;SBQD=-0.480;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1793;VQSLOD=5.7353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:837,0,999
|
|
1 8382320 . A G 40.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=22;Dels=0.00;FS=2.392;HRun=2;HaplotypeScore=13.8847;MQ=28.64;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.870;SB=-18.416;SBQD=10.829;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.1933;VQSLOD=-5.9872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:70.58:71,0,140
|
|
1 8382403 rs61785830 C G 208.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=12.8019;MQ=33.02;MQ0=0;MQRankSum=1.975;QD=9.06;ReadPosRankSum=2.050;SB=-235.693;SBQD=-1.947;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.1798;VQSLOD=-0.2448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:23:24:241,24,0
|
|
1 8387779 rs11584095 G A 1169.19 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.159;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=8.793;HRun=7;HaplotypeScore=1.9887;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.698;SB=-381.640;SBQD=9.063;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.4095;VQSLOD=1.9403 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:1199,0,1421
|
|
1 8402887 . A G 317.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.40;MQ0=0;QD=11.74;SB=-385.421;SBQD=-3.230;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3132;VQSLOD=3.0635 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:27.09:350,27,0
|
|
1 8407287 rs10399665 C T 784.68 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.076;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.548;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-319.170;SBQD=-4.758;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-1.2351;VQSLOD=4.7170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:815,0,751
|
|
1 8447404 rs2708630 C T 1307.05 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.530;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.923;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.777;SB=-547.533;SBQD=5.919;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.6699;VQSLOD=5.5023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1337,0,897
|
|
1 8486341 rs301808 C G 868.76 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.312;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-439.841;SBQD=0.377;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.1543;VQSLOD=4.6511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:899,0,924
|
|
1 8497307 rs301802 T A 745.18 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.486;QD=10.07;ReadPosRankSum=-2.326;SB=-406.459;SBQD=0.684;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.3271;VQSLOD=4.2809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:775,0,1206
|
|
1 8515050 rs301811 C T 565.61 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=4.660;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=12.30;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-146.776;SBQD=-7.581;SBpi=-1.2002;SBpiQual=-1.2504;VQSLOD=3.8964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:596,0,610
|
|
1 8516282 rs17464614 A G 919.15 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.982;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=11.866;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-520.616;SBQD=-7.872;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1062;VQSLOD=5.1093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:949,0,1390
|
|
1 8537058 rs1024197 C G 636.51 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.188;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=16.904;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-278.839;SBQD=-11.259;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.6869;VQSLOD=4.4235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:667,0,1046
|
|
1 8603777 rs35865480 C T 1169.08 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.557;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=16.24;ReadPosRankSum=-1.582;SB=-607.512;SBQD=4.271;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0747;VQSLOD=5.0596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1199,0,980
|
|
1 8614571 rs6577500 G C 909.09 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.392;HRun=1;HaplotypeScore=1.6584;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=15.41;ReadPosRankSum=0.795;SB=-326.358;SBQD=-7.327;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.9926;VQSLOD=4.3639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:939,0,824
|
|
1 8678784 rs1817367 C T 1171.02 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.733;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.742;HRun=0;HaplotypeScore=1.7336;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.378;SB=-651.465;SBQD=-2.076;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.1898;VQSLOD=5.5666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:1201,0,1369
|
|
1 8728978 rs4908506 A C 365.21 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.288;HRun=0;HaplotypeScore=2.9325;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-202.047;SBQD=-1.551;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.3355;VQSLOD=4.6267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:395,0,657
|
|
1 8732454 rs10864362 A C 712.34 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.184;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=15.83;ReadPosRankSum=2.115;SB=-285.634;SBQD=4.287;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.5507;VQSLOD=5.3096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:742,0,687
|
|
1 8751268 rs6658881 C T 453.14 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.356;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.171;SB=-287.524;SBQD=0.217;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.4011;VQSLOD=5.4263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:483,0,682
|
|
1 8767780 rs10864364 C A 1136.29 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.009;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.891;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=15.57;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-632.471;SBQD=0.616;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1873;VQSLOD=5.0414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:1166,0,972
|
|
1 8865497 rs6577527 G C 465.39 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-249.622;SBQD=-1.313;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.1219;VQSLOD=5.7201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:495,0,587
|
|
1 8887937 rs4908781 T C 1096.53 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.732;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.983;HRun=1;HaplotypeScore=2.7228;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.881;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.825;SB=-548.098;SBQD=-1.131;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.3777;VQSLOD=4.2194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:1127,0,921
|
|
1 8898975 rs3866804 G C 1070.36 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5983;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=13.21;ReadPosRankSum=1.422;SB=-537.889;SBQD=-0.717;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.3276;VQSLOD=4.8565 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1100,0,1063
|
|
1 8903858 rs12125668 T C 321.03 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=11.357;HRun=2;HaplotypeScore=1.8401;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.149;SB=-179.273;SBQD=-9.179;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.3710;VQSLOD=3.1201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:351,0,449
|
|
1 8935149 rs2038904 A G 856.91 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.456;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.064;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-472.395;SBQD=2.290;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0028;VQSLOD=5.8467 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:887,0,1166
|
|
1 8954868 rs12749623 T C 560.36 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4698;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-268.099;SBQD=0.226;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.5460;VQSLOD=2.9632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:590,0,912
|
|
1 8956946 rs11121252 T C 936.81 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.505;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.226;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-462.390;SBQD=2.598;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2216;VQSLOD=4.2357 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:967,0,858
|
|
1 8993423 rs2781082 C T 935.99 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.019;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.912;HRun=0;HaplotypeScore=3.5282;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=13.18;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-492.813;SBQD=1.316;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3366;VQSLOD=3.2830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:966,0,833
|
|
1 8999369 rs11588818 T G 814.29 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.968;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.092;SB=-384.743;SBQD=1.776;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.3657;VQSLOD=5.7791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:844,0,1044
|
|
1 9001090 rs7548060 C T 1798.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.83;MQ0=1;QD=30.48;SB=-889.785;SBQD=-1.682;SBpi=0.6565;SBpiQual=0.4349;VQSLOD=6.9088 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1831,156,0
|
|
1 9001961 rs12568902 T A 2953.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=36.01;SB=-1353.359;SBQD=-0.398;SBpi=-0.6626;SBpiQual=-0.7472;VQSLOD=8.4433 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2986,232,0
|
|
1 9045124 rs7513804 C T 2493.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=32.81;SB=-1384.445;SBQD=1.817;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.2241;VQSLOD=7.3781 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2526,196,0
|
|
1 9058028 rs10779707 A G 2356.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.46;MQ0=0;QD=35.18;SB=-1117.934;SBQD=1.070;SBpi=0.4276;SBpiQual=0.5295;VQSLOD=7.1157 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2390,190,0
|
|
1 9062932 rs12727906 G A 463.37 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.013;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.234;HRun=0;HaplotypeScore=3.1458;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.614;SB=-287.124;SBQD=-0.467;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.5556;VQSLOD=4.4369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:493,0,272
|
|
1 9065879 rs7556128 A C 1128.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.5226;MQ=58.15;MQ0=0;QD=18.50;SB=-977.357;SBQD=-2.138;SBpi=-0.1921;SBpiQual=-0.3540;VQSLOD=3.3649 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1161,99,0
|
|
1 9066695 rs10864377 C T 1363.56 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.754;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.820;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-570.625;SBQD=2.440;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-0.8904;VQSLOD=5.6158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1394,0,1150
|
|
1 9069001 rs769901 G A 1121.58 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.793;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=10.290;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=15.80;ReadPosRankSum=2.308;SB=-425.773;SBQD=8.931;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.8392;VQSLOD=5.2314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1152,0,1093
|
|
1 9069412 . G A 636.97 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.376;DP=58;Dels=0.00;FS=1.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.482;SB=-327.500;SBQD=0.409;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0098;VQSLOD=5.2913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:667,0,1032
|
|
1 9077247 . C T 783.58 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.444;DP=62;Dels=0.00;FS=7.092;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=12.64;ReadPosRankSum=-1.528;SB=-328.910;SBQD=-6.951;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.7538;VQSLOD=3.8169 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:814,0,835
|
|
1 9077340 rs7518462 T C 675.26 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.953;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.612;QD=12.74;ReadPosRankSum=1.209;SB=-278.522;SBQD=6.315;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7028;VQSLOD=4.7613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:705,0,696
|
|
1 9146340 rs12402661 G A 977.81 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=8.863;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.375;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-390.703;SBQD=-8.160;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-0.9281;VQSLOD=4.1589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:1008,0,783
|
|
1 9167246 rs7549256 C A 1272.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=23.57;SB=-1015.182;SBQD=0.214;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0213;VQSLOD=4.2396 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1306,105,0
|
|
1 9205673 rs4243826 A G 1053.78 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.359;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.530;SB=-482.256;SBQD=-3.197;SBpi=0.8590;SBpiQual=0.4788;VQSLOD=5.2027 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1084,0,901
|
|
1 9270120 rs1984410 A G 1684.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4987;MQ=59.27;MQ0=0;QD=33.03;SB=-802.859;SBQD=2.392;SBpi=0.4901;SBpiQual=0.6482;VQSLOD=5.2506 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1718,138,0
|
|
1 9275194 rs1009941 G A 820.71 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.416;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.009;HRun=0;HaplotypeScore=1.9092;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.233;SB=-306.890;SBQD=1.936;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.7980;VQSLOD=5.7639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:851,0,920
|
|
1 9290058 . C T 731.91 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.562;DP=70;Dels=0.00;FS=2.068;HRun=0;HaplotypeScore=2.9652;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-296.630;SBQD=-3.437;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.7043;VQSLOD=4.2840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:762,0,864
|
|
1 9297492 rs12126056 G A 649.45 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.739;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.460;HRun=0;HaplotypeScore=1.9576;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=11.20;ReadPosRankSum=2.013;SB=-232.245;SBQD=-7.954;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6277;VQSLOD=4.2984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:679,0,867
|
|
1 9300608 rs2268175 T C 833.36 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.069;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=14.88;ReadPosRankSum=-1.649;SB=-421.352;SBQD=-1.371;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.5915;VQSLOD=4.7845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:863,0,685
|
|
1 9310040 rs763180 G A 661.70 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.423;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.240;HRun=1;HaplotypeScore=1.8279;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.759;SB=-357.885;SBQD=-2.505;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.3362;VQSLOD=3.6687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:692,0,981
|
|
1 9317873 rs3753165 T C 2054.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=30.67;SB=-1101.392;SBQD=4.983;SBpi=-0.1833;SBpiQual=0.2028;VQSLOD=7.6194 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2088,184,0
|
|
1 9331973 rs2097520 C G 765.94 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.622;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.365;HRun=1;HaplotypeScore=3.3660;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.521;SB=-376.348;SBQD=1.912;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4489;VQSLOD=4.2030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:796,0,581
|
|
1 9334362 rs2311047 G A 1869.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5115;MQ=58.66;MQ0=0;QD=27.50;SB=-1204.918;SBQD=-1.035;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.2958;VQSLOD=5.6967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1903,180,0
|
|
1 9336586 rs7544514 C T 526.73 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.550;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=18.087;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.207;SB=-202.413;SBQD=13.972;SBpi=0.7638;SBpiQual=0.5908;VQSLOD=4.9912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:557,0,296
|
|
1 9353931 rs10864406 A G 1469.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.05;MQ0=0;QD=30.61;SB=-409.340;SBQD=-3.809;SBpi=1.8764;SBpiQual=1.5439;VQSLOD=5.8047 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1502,138,0
|
|
1 9358868 rs4319362 A G 1761.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.55;MQ0=0;QD=29.85;SB=-721.347;SBQD=-6.331;SBpi=-0.8462;SBpiQual=-1.2685;VQSLOD=6.6397 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1794,156,0
|
|
1 9361038 rs9435202 A C 749.44 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.017;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-396.946;SBQD=1.242;SBpi=0.0962;SBpiQual=-0.0336;VQSLOD=4.6842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:779,0,988
|
|
1 9367739 rs9435208 G T 921.24 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.392;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.110;SB=-377.153;SBQD=-5.181;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.7231;VQSLOD=3.7077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:951,0,565
|
|
1 9368209 rs1294040 G A 1169.35 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=16.02;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-567.858;SBQD=0.687;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.7362;VQSLOD=5.9195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:1199,0,760
|
|
1 9373597 rs1294052 A T 299.49 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=7.588;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-118.771;SBQD=-7.306;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.3515;VQSLOD=4.3329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:329,0,864
|
|
1 9375309 rs9726646 C T 648.56 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5669;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-299.449;SBQD=2.096;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7284;VQSLOD=5.2823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:48:99:679,0,403
|
|
1 9387311 rs4908842 T C 804.44 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.737;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.397;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-343.544;SBQD=1.158;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-1.0542;VQSLOD=5.3879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:834,0,738
|
|
1 9399461 rs11578175 C A 484.51 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.121;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.570;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.150;SB=-323.100;SBQD=-3.729;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3933;VQSLOD=3.7146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:515,0,673
|
|
1 9403303 rs644728 A G 1594.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9861;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.90;SB=-752.832;SBQD=-2.386;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.5939;VQSLOD=6.0902 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1628,132,0
|
|
1 9408041 rs4908536 A T 226.09 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.340;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.512;SB=-159.596;SBQD=-4.028;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.4332;VQSLOD=3.3591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:256,0,376
|
|
1 9427842 rs2275458 A G 478.50 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.021;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.736;HRun=1;HaplotypeScore=2.8262;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.093;SB=-337.215;SBQD=1.534;SBpi=0.1961;SBpiQual=-0.0167;VQSLOD=4.0036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:508,0,878
|
|
1 9438390 rs17034060 T C 445.44 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.1399;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.793;SB=-212.096;SBQD=3.165;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.5262;VQSLOD=2.6931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:475,0,487
|
|
1 9449416 rs55914151 A G 696.60 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.803;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.494;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-349.968;SBQD=-5.655;SBpi=0.0928;SBpiQual=-0.2932;VQSLOD=4.1948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:727,0,1103
|
|
1 9457121 rs12086791 T C 664.36 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.594;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-366.013;SBQD=-3.823;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.0254;VQSLOD=5.0556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:694,0,524
|
|
1 9457722 rs11121401 T C 413.96 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.137;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=9.00;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-288.142;SBQD=1.641;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.3293;VQSLOD=3.8631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:444,0,639
|
|
1 9462812 rs7528785 G C 549.05 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.111;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.998;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.164;SB=-321.777;SBQD=-0.686;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.0901;VQSLOD=3.5988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:579,0,1084
|
|
1 9482448 rs7416897 G A 1602.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.24;MQ0=0;QD=32.70;SB=-71.820;SBQD=14.579;SBpi=3.2143;SBpiQual=3.3222;VQSLOD=3.0709 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1635,135,0
|
|
1 9492024 rs12751939 A C 619.07 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.889;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.223;HRun=1;HaplotypeScore=2.3548;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.000;SB=-238.032;SBQD=7.104;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.8148;VQSLOD=4.2405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:649,0,1015
|
|
1 9516465 rs4078208 G C 906.24 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.942;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=13.53;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-437.675;SBQD=-2.438;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.5182;VQSLOD=6.0590 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:936,0,951
|
|
1 9526956 rs6695925 G A 342.19 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.409;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.594;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.576;SB=-164.019;SBQD=-4.108;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.5608;VQSLOD=4.8640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:372,0,486
|
|
1 9544859 rs12022332 G A 648.20 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.830;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=16.391;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=14.73;ReadPosRankSum=1.167;SB=-171.553;SBQD=-15.018;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.2918;VQSLOD=4.7989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:678,0,380
|
|
1 9561839 rs12753330 C T 689.51 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.277;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=23.540;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-190.761;SBQD=13.914;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.9678;VQSLOD=4.0958 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:720,0,1369
|
|
1 9583326 rs6684846 G A 725.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.22;MQ0=0;QD=30.24;SB=-101.227;SBQD=-13.257;SBpi=-1.8371;SBpiQual=-1.9829;VQSLOD=6.5077 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:60.19:759,60,0
|
|
1 9592170 . C A 808.07 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;DP=54;Dels=0.00;FS=9.721;HRun=0;HaplotypeScore=4.3727;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.338;SB=-330.220;SBQD=9.601;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.5369;VQSLOD=2.6914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:838,0,714
|
|
1 9595180 . T C 723.53 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DP=47;Dels=0.00;FS=2.488;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.951;QD=15.39;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-336.268;SBQD=4.862;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.3907;VQSLOD=2.6785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:754,0,638
|
|
1 9615158 rs6660810 G A 801.31 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.612;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.282;HRun=0;HaplotypeScore=9.9058;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-346.088;SBQD=2.293;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.8917;VQSLOD=2.2248 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:71:99:831,0,769
|
|
1 9624285 rs9430274 A G 944.90 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.133;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.901;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.295;SB=-448.731;SBQD=2.028;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2807;VQSLOD=4.0080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:975,0,987
|
|
1 9637227 rs9430153 A G 697.58 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.640;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.440;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-340.392;SBQD=2.617;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.2931;VQSLOD=5.1283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:728,0,1227
|
|
1 9646850 rs4926482 T C 975.64 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.853;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.895;SB=-515.588;SBQD=-1.174;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1664;VQSLOD=5.4990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:1006,0,1421
|
|
1 9651279 rs6540962 C T 793.67 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.909;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.039;HRun=1;HaplotypeScore=1.7297;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.571;SB=-377.691;SBQD=-2.757;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.6661;VQSLOD=5.4009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:824,0,757
|
|
1 9672091 rs4073293 G A 378.09 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=2.966;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-227.928;SBQD=5.488;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.3307;VQSLOD=4.8302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:408,0,395
|
|
1 9684093 . G A 104.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=32;Dels=0.00;FS=37.389;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.96;MQ0=3;MQRankSum=-0.854;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.952;SB=51.076;SBQD=-12.843;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5111;VQSLOD=-0.5327 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:32:99:135,0,388
|
|
1 9744320 . C T 462.95 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.527;DP=46;Dels=0.00;FS=4.454;HRun=0;HaplotypeScore=1.8136;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-204.496;SBQD=5.228;SBpi=0.9383;SBpiQual=0.7942;VQSLOD=2.6693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:46:99:493,0,631
|
|
1 9787840 rs1135427 G T 2012.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=31.45;SB=-1037.741;SBQD=1.190;SBpi=-0.6250;SBpiQual=-0.5521;VQSLOD=8.0674 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2046,162,0
|
|
1 9816272 rs4525044 T C 3324.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.75;SB=-1589.310;SBQD=-1.346;SBpi=0.5703;SBpiQual=0.4676;VQSLOD=8.1247 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3324,265,0
|
|
1 9955311 . T C 813.77 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.017;DP=66;Dels=0.00;FS=13.217;HRun=0;HaplotypeScore=3.5627;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=12.33;ReadPosRankSum=-1.621;SB=-329.999;SBQD=-9.873;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.9173;VQSLOD=1.6512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:66:99:844,0,1000
|
|
1 9958594 rs1220383 A T 1279.12 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=5.088;HRun=0;HaplotypeScore=5.5769;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=12.07;ReadPosRankSum=2.325;SB=-654.365;SBQD=-0.872;SBpi=-1.0505;SBpiQual=-0.6440;VQSLOD=1.9578 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,58:106:99:1309,0,994
|
|
1 9975663 rs12756312 A G 1019.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=42.28;MQ0=0;QD=25.48;SB=-162.449;SBQD=-9.673;SBpi=-2.2136;SBpiQual=-2.3760;VQSLOD=3.3988 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96.24:1052,96,0
|
|
1 9986710 rs2788606 G A 2911.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9581;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=35.08;ReadPosRankSum=0.104;SB=-1307.791;SBQD=1.388;SBpi=-0.7730;SBpiQual=-0.7987;VQSLOD=5.8676 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2944,212,0
|
|
1 10014386 rs7522568 A G 1823.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.07;SB=-848.347;SBQD=-0.400;SBpi=-0.5547;SBpiQual=-0.5988;VQSLOD=7.4655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1857,144,0
|
|
1 10027646 rs2380188 A G 2718.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.71;MQ0=0;QD=33.98;SB=-1085.313;SBQD=2.029;SBpi=-1.2298;SBpiQual=-1.1467;VQSLOD=6.3898 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2751,226,0
|
|
1 10028572 rs11584113 G C 803.16 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8650;MQ=47.97;MQ0=0;QD=22.31;SB=-151.941;SBQD=13.099;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.3332;VQSLOD=2.1413 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:69.19:836,69,0
|
|
1 10028622 . C T 513.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=43;Dels=0.00;FS=20.824;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=42.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.571;QD=11.94;ReadPosRankSum=2.571;SB=-36.786;SBQD=18.542;SBpi=1.9612;SBpiQual=2.0163;VQSLOD=-1.4831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:543,0,256
|
|
1 10046460 rs12136213 A G 2121.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1039.703;SBQD=1.674;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.5208;VQSLOD=8.9155 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2155,172,0
|
|
1 10088647 rs11585317 C T 125.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=16.85;MQ0=10;MQRankSum=1.552;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.004;SB=-0.007;SBQD=6.188;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.1389;VQSLOD=0.2065 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:24:17.98:159,18,0
|
|
1 10133684 rs11589489 A G 1175.77 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.731;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3039;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-639.361;SBQD=-3.316;SBpi=0.0714;SBpiQual=-0.2989;VQSLOD=5.2431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:1206,0,873
|
|
1 10235946 rs2180184 T C 801.14 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.244;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.891;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-189.346;SBQD=7.539;SBpi=1.2374;SBpiQual=1.6288;VQSLOD=4.9794 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:831,0,1181
|
|
1 10252185 rs61784566 C T 658.49 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=5.209;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.513;SB=-144.901;SBQD=-11.076;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.6239;VQSLOD=4.9959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:47:99:688,0,453
|
|
1 10254880 rs12740371 C T 1138.21 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.774;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.934;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.450;SB=-386.351;SBQD=1.638;SBpi=1.1355;SBpiQual=1.0788;VQSLOD=5.4393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1168,0,1036
|
|
1 10279308 rs61775872 T C 464.15 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.186;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.796;SB=-180.613;SBQD=-0.835;SBpi=-1.1000;SBpiQual=-0.9466;VQSLOD=4.0655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:494,0,1024
|
|
1 10300070 rs6685895 T C 655.99 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.423;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=2;HaplotypeScore=1.9891;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.612;SB=-321.346;SBQD=5.407;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.4475;VQSLOD=3.4633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:686,0,898
|
|
1 10342629 rs3748576 G A 1534.48 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.646;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=7.133;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=17.84;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-742.171;SBQD=6.021;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.2684;VQSLOD=5.6633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:1564,0,1148
|
|
1 10353473 rs11580788 G A 189.06 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.865;HRun=1;HaplotypeScore=2.9887;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-336.025;SBQD=-3.250;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.0554;VQSLOD=1.5714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:52:99:219,0,246
|
|
1 10376803 rs12734068 G A 724.31 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.983;HRun=0;HaplotypeScore=2.5424;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.375;SB=-349.285;SBQD=4.041;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.3859;VQSLOD=4.9396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:754,0,990
|
|
1 10390696 rs12139981 T C 1519.34 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.466;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.580;QD=18.99;ReadPosRankSum=-2.044;SB=-759.089;SBQD=1.320;SBpi=0.0714;SBpiQual=0.1041;VQSLOD=3.1802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:1549,0,913
|
|
1 10441664 rs3748581 T C 881.80 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.092;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.917;SB=-415.475;SBQD=6.347;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2453;VQSLOD=5.7035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:912,0,918
|
|
1 10453230 rs11586842 T A 536.21 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.346;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.291;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=11.41;ReadPosRankSum=2.076;SB=-170.557;SBQD=-6.738;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-1.0029;VQSLOD=4.9962 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:566,0,692
|
|
1 10475120 rs11576384 G C 446.97 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4637;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.703;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.097;SB=-185.681;SBQD=0.057;SBpi=-1.3000;SBpiQual=-1.1767;VQSLOD=2.0594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:477,0,855
|
|
1 10563717 rs2781230 G A 1167.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.9155;MQ=51.93;MQ0=0;QD=18.54;SB=-1151.857;SBQD=3.657;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1002;VQSLOD=4.3832 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:96.29:1201,96,0
|
|
1 10565372 rs2480787 G A 1173.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.02;MQ0=0;QD=21.73;SB=-867.397;SBQD=3.981;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2417;VQSLOD=4.3232 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1206,102,0
|
|
1 10572967 rs12129512 G T 2327.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3113;MQ=59.34;MQ0=0;QD=33.25;SB=-1033.881;SBQD=-1.896;SBpi=0.9562;SBpiQual=0.8516;VQSLOD=5.0562 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:2360,190,0
|
|
1 10587794 rs2039176 G A 1500.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.35;MQ0=0;QD=30.02;SB=-490.154;SBQD=4.690;SBpi=1.5556;SBpiQual=1.6543;VQSLOD=6.1632 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1534,120,0
|
|
1 10600222 . C T 722.26 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.456;DP=57;Dels=0.00;FS=5.216;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-351.758;SBQD=-4.269;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.5308;VQSLOD=4.2751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:752,0,777
|
|
1 10613560 rs10864463 A G 833.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.297;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.810;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.435;SB=-404.118;SBQD=2.956;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.3965;VQSLOD=5.8584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:864,0,1000
|
|
1 10635121 rs10864465 G A 675.46 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.021;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.107;HRun=0;HaplotypeScore=3.3136;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-420.643;SBQD=-4.134;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.1974;VQSLOD=3.7352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:705,0,979
|
|
1 10636955 rs4617401 A T 544.49 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=10.113;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-264.419;SBQD=-11.283;SBpi=-1.0954;SBpiQual=-1.2592;VQSLOD=5.1804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:574,0,637
|
|
1 10702266 . G A 71.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DP=23;Dels=0.00;FS=2.271;HRun=0;HaplotypeScore=5.0847;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.536;SB=-49.929;SBQD=2.253;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.0272;VQSLOD=-0.7883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:99:102,0,210
|
|
1 10739523 rs12073762 C T 785.54 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.962;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.967;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.258;QD=12.09;ReadPosRankSum=-2.150;SB=-478.247;SBQD=-3.416;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5948;VQSLOD=4.3316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:816,0,584
|
|
1 10750195 rs532573 G A 2502.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.82;SB=-1347.204;SBQD=-0.626;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.2942;VQSLOD=8.1618 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2536,196,0
|
|
1 10777056 rs284234 G C 1677.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.27;MQ0=0;QD=29.43;SB=-897.596;SBQD=0.844;SBpi=0.5960;SBpiQual=0.6587;VQSLOD=4.4785 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1710,135,0
|
|
1 10800737 rs6700479 C T 884.70 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.833;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=15.586;HRun=1;HaplotypeScore=1.9958;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.860;SB=-161.764;SBQD=12.674;SBpi=1.8278;SBpiQual=1.9384;VQSLOD=2.7790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:915,0,818
|
|
1 10803021 rs557755 A G 1240.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=28.19;SB=-451.164;SBQD=-5.756;SBpi=-1.2060;SBpiQual=-1.4957;VQSLOD=5.7584 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1273,108,0
|
|
1 10809551 rs416218 A G 568.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.133;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.662;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=54.42;MQ0=1;MQRankSum=-3.772;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-262.713;SBQD=4.220;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5143;VQSLOD=0.6349 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:599,0,895
|
|
1 10814440 . A G 623.41 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;DP=61;Dels=0.00;FS=3.702;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.386;SB=-329.733;SBQD=0.416;SBpi=0.1961;SBpiQual=-0.2076;VQSLOD=5.4772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:653,0,923
|
|
1 10825577 rs11121615 C T 650.87 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.617;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9962;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=9.43;ReadPosRankSum=-2.199;SB=-398.680;SBQD=0.710;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1737;VQSLOD=3.2023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:681,0,975
|
|
1 10874522 rs1776220 T C 1639.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.13;MQ0=0;QD=30.93;SB=-551.997;SBQD=5.502;SBpi=1.1676;SBpiQual=1.4533;VQSLOD=6.7229 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1672,144,0
|
|
1 10878225 . T C 489.83 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.232;DP=49;Dels=0.00;FS=6.243;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.728;SB=-181.425;SBQD=7.810;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.5523;VQSLOD=4.1168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:520,0,894
|
|
1 10879164 . T C 447.91 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.070;DP=50;Dels=0.00;FS=1.202;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-224.939;SBQD=4.351;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-0.4685;VQSLOD=1.8712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:478,0,732
|
|
1 10884911 rs2294749 C T 327.27 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.011;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=3.751;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.562;SB=-197.843;SBQD=10.189;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.3664;VQSLOD=5.4143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:357,0,202
|
|
1 10886573 . T A 470.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=7.14;ReadPosRankSum=-2.829;SB=-349.393;SBQD=-2.273;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.8937;VQSLOD=0.1232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:501,0,880
|
|
1 10887923 rs539790 C T 857.64 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.464;HRun=2;HaplotypeScore=2.2426;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.101;SB=-314.555;SBQD=3.956;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.8629;VQSLOD=3.3061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:888,0,1043
|
|
1 10892206 rs552485 G A 640.30 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.708;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.183;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.549;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.297;SB=-312.267;SBQD=1.837;SBpi=0.9878;SBpiQual=0.9482;VQSLOD=3.5969 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:670,0,476
|
|
1 10912551 rs637037 C T 2192.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6996;MQ=59.63;MQ0=0;QD=35.36;SB=-985.276;SBQD=0.437;SBpi=0.6350;SBpiQual=0.6737;VQSLOD=5.0714 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2225,178,0
|
|
1 10915507 rs667444 C T 1750.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.62;MQ0=0;QD=29.17;SB=-1079.869;SBQD=-0.908;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.0856;VQSLOD=5.5473 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1783,144,0
|
|
1 10955787 rs12034721 T C 560.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.98;MQ0=0;QD=11.21;SB=-660.492;SBQD=0.317;SBpi=-0.8485;SBpiQual=-0.8887;VQSLOD=4.9702 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:48.12:593,48,0
|
|
1 10975582 rs1280976 C T 1487.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.17;MQ0=0;QD=34.58;SB=-557.649;SBQD=2.512;SBpi=0.9912;SBpiQual=1.1407;VQSLOD=7.7774 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1520,120,0
|
|
1 11047513 . G A 735.05 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;DP=40;Dels=0.00;FS=5.620;HRun=2;HaplotypeScore=2.9970;MQ=49.19;MQ0=2;MQRankSum=2.157;QD=18.38;ReadPosRankSum=1.867;SB=-389.777;SBQD=-5.321;SBpi=-0.0962;SBpiQual=0.0738;VQSLOD=1.5875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,27:40:99:765,0,181
|
|
1 11054622 . A G 64.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.632;DP=50;Dels=0.00;FS=5.438;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-4.281;QD=1.29;ReadPosRankSum=-2.923;SB=-28.200;SBQD=-5.319;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.6056;VQSLOD=-5.1924 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,10:50:94.27:94,0,1196
|
|
1 11060075 rs11121675 G T 2739.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1296.439;SBQD=-0.064;SBpi=-0.5128;SBpiQual=-0.5385;VQSLOD=8.3109 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2773,220,0
|
|
1 11088777 rs28731187 T G 76.59 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=11.837;HRun=0;HaplotypeScore=51.7042;MQ=39.98;MQ0=2;MQRankSum=-2.880;QD=1.22;ReadPosRankSum=5.010;SB=-353.104;SBQD=-5.144;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.4572;VQSLOD=-66.7186 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,35:63:14.91:109,15,0
|
|
1 11095424 rs11121685 A T 1950.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=33.06;SB=-913.356;SBQD=2.777;SBpi=0.5859;SBpiQual=0.7420;VQSLOD=7.9215 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1984,153,0
|
|
1 11096422 rs12732536 G A 863.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.41;MQ0=1;QD=27.84;SB=-234.044;SBQD=1.778;SBpi=1.4606;SBpiQual=1.6718;VQSLOD=5.4222 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:81.22:896,81,0
|
|
1 11101520 . C G 93.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;DP=65;Dels=0.00;FS=66.515;HRun=1;HaplotypeScore=10.5932;MQ=45.91;MQ0=0;MQRankSum=-4.538;QD=1.43;ReadPosRankSum=-1.269;SB=90.272;SBQD=13.261;SBpi=2.2913;SBpiQual=2.2986;VQSLOD=-13.3460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,21:65:99:123,0,1277
|
|
1 11101922 . G A 70.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.81;MQ0=0;MQRankSum=-4.162;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-282.924;SBQD=-1.072;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.4237;VQSLOD=-3.2231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,28:94:99:100,0,1894
|
|
1 11102275 rs12136082 A G 2162.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.37;MQ0=0;QD=32.76;SB=-962.153;SBQD=0.118;SBpi=-0.8616;SBpiQual=-0.8662;VQSLOD=7.2488 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2195,178,0
|
|
1 11106359 rs10779750 T C 1337.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.84;MQ0=0;QD=25.72;SB=-592.385;SBQD=10.155;SBpi=0.5547;SBpiQual=1.0812;VQSLOD=4.2530 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1370,117,0
|
|
1 11126490 rs2748879 A G 1455.44 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=1.673;QD=24.67;ReadPosRankSum=0.956;SB=-674.455;SBQD=-6.057;SBpi=1.4444;SBpiQual=0.8355;VQSLOD=2.0013 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1488,138,0
|
|
1 11128001 rs2791657 A G 1330.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.65;SB=-736.676;SBQD=-7.240;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.7001;VQSLOD=4.3381 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1364,123,0
|
|
1 11236524 rs12041740 G A 1959.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=30.61;SB=-959.187;SBQD=3.584;SBpi=-0.8750;SBpiQual=-0.6924;VQSLOD=6.3645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1992,156,0
|
|
1 11269917 rs2016559 G T 2886.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=33.96;SB=-1642.138;SBQD=1.423;SBpi=-0.0542;SBpiQual=0.0697;VQSLOD=7.8324 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2920,226,0
|
|
1 11274547 rs4845856 T C 2450.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.00;SB=-1251.431;SBQD=-0.270;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.1925;VQSLOD=7.3041 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2483,199,0
|
|
1 11292666 rs10864495 T A 2566.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.43;MQ0=0;QD=35.16;SB=-914.870;SBQD=1.054;SBpi=1.3460;SBpiQual=1.4693;VQSLOD=6.6161 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2600,208,0
|
|
1 11293959 rs11121704 C T 3015.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=36.33;SB=-1381.436;SBQD=0.252;SBpi=-0.6037;SBpiQual=-0.6333;VQSLOD=8.3721 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3048,241,0
|
|
1 11424095 rs2788575 G A 536.13 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.349;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.273;HRun=0;HaplotypeScore=3.9663;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-282.534;SBQD=-4.153;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.5258;VQSLOD=2.5450 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:566,0,539
|
|
1 11488203 rs2077480 G T 766.99 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.061;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.720;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.583;SB=-309.196;SBQD=5.222;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7172;VQSLOD=5.2626 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:797,0,833
|
|
1 11493868 rs11121734 G A 2137.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.04;SB=-1145.060;SBQD=0.994;SBpi=-0.0640;SBpiQual=-0.0200;VQSLOD=7.1349 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2170,172,0
|
|
1 11507194 rs2922244 T A 441 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.295;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-278.944;SBQD=-1.389;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.3949;VQSLOD=4.3259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:471,0,656
|
|
1 11513639 rs4240893 T C 1420.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3548;MQ=59.72;MQ0=0;QD=21.20;SB=-920.051;SBQD=3.331;SBpi=-0.7941;SBpiQual=-0.4294;VQSLOD=3.5395 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1453,126,0
|
|
1 11519483 rs11121739 C T 418.26 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.714;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.242;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-322.837;SBQD=-2.032;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3096;VQSLOD=5.0908 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:448,0,543
|
|
1 11522154 rs35243134 C T 904.37 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.126;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.873;HRun=1;HaplotypeScore=2.1375;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=12.22;ReadPosRankSum=-1.581;SB=-512.169;SBQD=1.156;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.1481;VQSLOD=3.3280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:934,0,1223
|
|
1 11525311 rs11121746 A C 281.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=0;HaplotypeScore=5.7719;MQ=45.83;MQ0=1;MQRankSum=0.702;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.409;SB=-263.390;SBQD=-2.322;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5014;VQSLOD=1.4211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:312,0,570
|
|
1 11536010 rs12033921 C A 1089.96 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.050;HRun=0;HaplotypeScore=4.5897;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.513;SB=-484.641;SBQD=-0.143;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.7048;VQSLOD=3.6376 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1120,0,943
|
|
1 11557926 rs4846012 T G 997.19 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.163;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.874;HRun=0;HaplotypeScore=3.3531;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=12.78;ReadPosRankSum=-2.064;SB=-484.942;SBQD=-4.638;SBpi=0.3244;SBpiQual=-0.1146;VQSLOD=3.8511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1027,0,1274
|
|
1 11585497 . C T 371.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.304;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=10.4126;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.898;SB=-73.220;SBQD=8.190;SBpi=1.3339;SBpiQual=1.3798;VQSLOD=-0.5213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:402,0,394
|
|
1 11649468 . T G 1094.04 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.586;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-484.077;SBQD=-1.279;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.7927;VQSLOD=5.1800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:1124,0,1391
|
|
1 11656564 rs10864526 G A 406.61 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.286;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4923;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.181;SB=-309.114;SBQD=-0.243;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.6651;VQSLOD=4.0339 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,27:42:99:437,0,252
|
|
1 11697182 rs4846022 C T 632.48 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=2.745;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.144;SB=-343.311;SBQD=-2.376;SBpi=0.1043;SBpiQual=-0.0267;VQSLOD=5.3315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:662,0,561
|
|
1 11723520 rs3820340 A G 317.60 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.427;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=8.387;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.272;SB=-293.774;SBQD=-10.761;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2547;VQSLOD=3.9099 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:348,0,831
|
|
1 11740358 rs7417320 A G 876.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.34;MQ0=0;QD=23.68;SB=-491.447;SBQD=1.874;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.7324;VQSLOD=4.6759 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:78.21:909,78,0
|
|
1 11744212 rs34873013 C T 228.80 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.049;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.596;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=13.46;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-50.982;SBQD=-12.991;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-1.1189;VQSLOD=5.0268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:259,0,192
|
|
1 11783484 rs4846029 T G 508.92 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.519;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=10.758;HRun=1;HaplotypeScore=2.5765;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=2.331;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-129.059;SBQD=-13.251;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.5181;VQSLOD=2.5952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:539,0,814
|
|
1 11840380 rs4846045 A G 698.16 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.218;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=11.08;ReadPosRankSum=-1.625;SB=-333.258;SBQD=-1.058;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.1534;VQSLOD=5.0468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:728,0,1094
|
|
1 11841922 . G A 520.84 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=40;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=4.0200;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=13.02;ReadPosRankSum=-1.553;SB=-350.578;SBQD=5.884;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.1937;VQSLOD=2.0406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:40:99:551,0,363
|
|
1 11851118 rs7518348 A G 1478.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.75;MQ0=0;QD=23.11;SB=-1048.464;SBQD=-4.918;SBpi=0.2500;SBpiQual=-0.1503;VQSLOD=4.6677 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1512,138,0
|
|
1 11857526 rs6541006 A T 807.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.81;MQ0=0;QD=13.69;SB=-1006.429;SBQD=1.405;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.4385;VQSLOD=2.8085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:81.12:841,81,0
|
|
1 11869853 . A G 1069.59 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.131;DP=81;Dels=0.00;FS=0.834;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.025;SB=-597.004;SBQD=2.676;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.2479;VQSLOD=4.4738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1100,0,1110
|
|
1 11872689 . A C 726.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.530;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.5728;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.339;QD=10.53;ReadPosRankSum=2.071;SB=-503.376;SBQD=3.563;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3135;VQSLOD=0.1191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:757,0,490
|
|
1 11873055 . C T 1272.07 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.564;DP=103;Dels=0.00;FS=3.714;HRun=1;HaplotypeScore=1.8499;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=12.35;ReadPosRankSum=1.217;SB=-728.857;SBQD=-1.949;SBpi=0.1414;SBpiQual=0.1782;VQSLOD=3.5985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:1302,0,1529
|
|
1 11874855 . T C 312.24 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=47.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.126;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.896;SB=-73.569;SBQD=7.565;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.2335;VQSLOD=2.4232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:342,0,333
|
|
1 11874993 . G C 604.75 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.711;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=48.67;MQ0=2;MQRankSum=-0.338;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-330.003;SBQD=2.439;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.1827;VQSLOD=3.5183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:635,0,1232
|
|
1 11898130 rs198408 T A 722.03 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.889;HRun=2;HaplotypeScore=1.6598;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.839;SB=-450.275;SBQD=3.302;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3583;VQSLOD=3.4840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:752,0,1051
|
|
1 11904076 rs198358 T C 587.16 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.251;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.488;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-266.990;SBQD=8.000;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.5850;VQSLOD=4.5669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:617,0,647
|
|
1 11921243 rs12402363 A G 852.36 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3548;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-458.448;SBQD=0.619;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6020;VQSLOD=4.4060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:882,0,1250
|
|
1 12054030 rs1810563 G A 2355.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.62;MQ0=0;QD=34.13;SB=-757.514;SBQD=1.505;SBpi=1.7456;SBpiQual=1.9066;VQSLOD=6.4232 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2388,187,0
|
|
1 12073937 rs4846086 G A 1383.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6274;MQ=56.26;MQ0=0;QD=28.24;SB=-701.066;SBQD=1.680;SBpi=-0.7857;SBpiQual=-0.6072;VQSLOD=4.2668 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1417,114,0
|
|
1 12082926 rs2295283 A G 1882.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=33.03;SB=-1000.211;SBQD=1.538;SBpi=-0.3311;SBpiQual=-0.2349;VQSLOD=9.0363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1916,153,0
|
|
1 12085452 rs2878737 T C 2328.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.28;MQ0=0;QD=31.90;SB=-1198.076;SBQD=7.404;SBpi=-0.2926;SBpiQual=0.2672;VQSLOD=7.6649 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2362,205,0
|
|
1 12087749 rs1208988 G A 2252.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.63;MQ0=0;QD=31.28;SB=-1289.550;SBQD=2.366;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.1841;VQSLOD=7.0529 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2285,184,0
|
|
1 12124025 rs11569786 G A 536 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.293;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=10.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-266.333;SBQD=-8.055;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.8418;VQSLOD=4.9329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:566,0,676
|
|
1 12138687 rs12125973 A G 1896.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7883;MQ=59.68;MQ0=0;QD=32.70;SB=-539.342;SBQD=5.812;SBpi=1.5757;SBpiQual=1.8848;VQSLOD=5.5045 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1930,153,0
|
|
1 12163281 rs11569844 C T 619.34 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.794;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.555;HRun=0;HaplotypeScore=1.7866;MQ=54.96;MQ0=1;MQRankSum=2.794;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.048;SB=-276.848;SBQD=-5.894;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6345;VQSLOD=4.3483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:649,0,594
|
|
1 12164079 rs11121860 C A 873.99 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.799;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=14.57;ReadPosRankSum=0.974;SB=-458.958;SBQD=-3.613;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8022;VQSLOD=5.2028 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:904,0,635
|
|
1 12171012 rs11590366 T C 891.50 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.826;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-257.396;SBQD=-7.123;SBpi=-1.5435;SBpiQual=-1.6205;VQSLOD=4.4461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:921,0,808
|
|
1 12175729 rs1763642 C T 1927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.43;MQ0=0;QD=26.40;SB=-1247.405;SBQD=1.058;SBpi=-0.5267;SBpiQual=-0.4809;VQSLOD=6.2529 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1960,150,0
|
|
1 12240824 rs616645 T G 918.49 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=18.01;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-437.412;SBQD=1.963;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.4970;VQSLOD=5.2261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:948,0,465
|
|
1 12258941 rs17880043 G T 792.65 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=6.133;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=1.318;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-395.250;SBQD=-10.059;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.5508;VQSLOD=5.1675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:823,0,533
|
|
1 12510432 rs530568 G A 2040.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.40;SB=-1127.456;SBQD=0.329;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.3605;VQSLOD=7.7203 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2074,165,0
|
|
1 12522308 rs670279 G C 2997.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5666;MQ=59.20;MQ0=0;QD=34.45;SB=-1551.399;SBQD=-0.268;SBpi=-0.0536;SBpiQual=-0.1098;VQSLOD=4.5078 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3030,250,0
|
|
1 12572517 . G A 594.21 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.949;DP=57;Dels=0.00;FS=2.509;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=10.42;ReadPosRankSum=2.384;SB=-227.766;SBQD=10.915;SBpi=-0.1768;SBpiQual=0.7687;VQSLOD=3.6689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:57:99:624,0,508
|
|
1 12606133 rs6686778 T C 1678.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.48;MQ0=0;QD=30.51;SB=-680.502;SBQD=-0.003;SBpi=1.2810;SBpiQual=1.3824;VQSLOD=6.3516 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1711,135,0
|
|
1 12609434 rs6541031 C T 607.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.50;MQ0=0;QD=19.61;SB=-495.294;SBQD=-0.683;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2749;VQSLOD=5.1070 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:51.16:641,51,0
|
|
1 12629108 rs4253925 A G 612.06 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.709;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-274.706;SBQD=0.114;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.3533;VQSLOD=4.9020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:642,0,886
|
|
1 12654035 rs12045736 C T 806.95 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.495;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5963;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.324;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.297;SB=-344.879;SBQD=-0.739;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6403;VQSLOD=5.2504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:837,0,779
|
|
1 12670396 rs4846128 C T 916.46 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.839;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.854;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=11.60;ReadPosRankSum=-2.113;SB=-516.626;SBQD=-2.548;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6790;VQSLOD=5.3055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:946,0,1229
|
|
1 12672835 rs4846129 A G 719.74 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.050;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.358;HRun=2;HaplotypeScore=3.3417;MQ=57.03;MQ0=2;MQRankSum=-0.874;QD=15.65;ReadPosRankSum=-2.080;SB=-216.172;SBQD=-3.107;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-1.2100;VQSLOD=2.2632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:750,0,478
|
|
1 12680180 rs6689733 G A 2208.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9367;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98;SB=-852.015;SBQD=1.859;SBpi=1.1783;SBpiQual=1.3460;VQSLOD=7.2804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2242,178,0
|
|
1 12697611 . T C 831.72 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.049;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7753;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.667;SB=-318.547;SBQD=0.399;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8190;VQSLOD=4.0204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:862,0,1045
|
|
1 12762197 rs3128457 A G 221.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=35.38;MQ0=0;QD=4.44;SB=-473.069;SBQD=3.816;SBpi=1.2728;SBpiQual=1.4813;VQSLOD=1.3821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:24.04:255,24,0
|
|
1 12808201 rs3000918 C G 1861.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4679;MQ=59.22;MQ0=0;QD=31.55;SB=-994.573;SBQD=2.291;SBpi=-0.3255;SBpiQual=-0.1422;VQSLOD=5.4636 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1894,153,0
|
|
1 12843481 rs2359519 A G 221.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.374;DB;DP=113;Dels=0.00;FS=1.127;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.53;MQ0=0;MQRankSum=-7.454;QD=1.96;ReadPosRankSum=-1.603;SB=-63.172;SBQD=2.988;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3163;VQSLOD=-7.4101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,30:113:99:252,0,2317
|
|
1 12843814 rs3863839 G A 410.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.673;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=33.186;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-7.756;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.854;SB=78.183;SBQD=-8.326;SBpi=-2.6926;SBpiQual=-2.8824;VQSLOD=-10.2262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,29:96:99:440,0,1968
|
|
1 12845456 . G A 969.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.824;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.52;MQ0=9;MQRankSum=-8.952;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.697;SB=-487.212;SBQD=1.647;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7398;VQSLOD=-10.6348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,72:136:99:1000,0,1847
|
|
1 12845784 . A G 421.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DP=102;Dels=0.00;FS=22.138;HRun=1;HaplotypeScore=1.7306;MQ=45.40;MQ0=7;MQRankSum=-7.471;QD=4.13;ReadPosRankSum=-3.649;SB=-24.816;SBQD=-6.892;SBpi=-2.0000;SBpiQual=-2.1585;VQSLOD=-12.3043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,36:102:99:451,0,2196
|
|
1 12846775 rs848569 G A 839.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.230;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=47.058;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.09;MQ0=1;MQRankSum=-5.859;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.946;SB=28.407;SBQD=15.528;SBpi=2.5482;SBpiQual=2.8154;VQSLOD=-4.6526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:869,0,1306
|
|
1 12852749 rs2359502 A G 157.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.487;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=28.395;HRun=1;HaplotypeScore=12.2914;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-6.387;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.928;SB=93.289;SBQD=3.863;SBpi=2.6926;SBpiQual=2.7325;VQSLOD=-19.5945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,19:100:99:188,0,2218
|
|
1 12853415 . A G 279.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.578;DP=97;Dels=0.00;FS=42.401;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=39.75;MQ0=11;MQRankSum=-4.538;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.242;SB=96.129;SBQD=-7.615;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-1.4226;VQSLOD=-2.0431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,33:97:99:310,0,1843
|
|
1 12881979 rs12047404 T C 1722.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.08;MQ0=1;QD=33.13;SB=-472.016;SBQD=7.336;SBpi=1.5254;SBpiQual=1.9766;VQSLOD=6.8002 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1756,144,0
|
|
1 12888476 . C T 896.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;DP=104;Dels=0.00;FS=82.555;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.87;MQ0=20;MQRankSum=-1.456;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.325;SB=60.176;SBQD=14.220;SBpi=2.9286;SBpiQual=2.8753;VQSLOD=-2.0950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,48:104:99:927,0,850
|
|
1 12889723 . C A 44.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.681;DP=100;Dels=0.00;FS=11.977;HRun=2;HaplotypeScore=4.8394;MQ=29.11;MQ0=19;MQRankSum=-0.696;QD=0.44;ReadPosRankSum=-2.626;SB=55.660;SBQD=-1.557;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.5703;VQSLOD=-3.0921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,21:100:74.46:74,0,1558
|
|
1 12890262 . C T 142.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DP=99;Dels=0.00;FS=3.133;HRun=0;HaplotypeScore=5.2338;MQ=35.49;MQ0=2;MQRankSum=-3.819;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.842;SB=-72.941;SBQD=1.096;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0198;VQSLOD=-4.2058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,20:99:99:172,0,1875
|
|
1 12890524 . T C 260.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;DP=108;Dels=0.00;FS=2.790;HRun=1;HaplotypeScore=3.5060;MQ=33.70;MQ0=4;MQRankSum=-4.236;QD=2.41;ReadPosRankSum=2.546;SB=-76.548;SBQD=1.751;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.0959;VQSLOD=-3.6347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,30:108:99:291,0,1251
|
|
1 12891168 rs61777017 G C 850.06 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.075;DB;DP=173;Dels=0.00;FS=8.758;HRun=0;HaplotypeScore=27.3521;MQ=29.45;MQ0=9;MQRankSum=-3.619;QD=4.91;ReadPosRankSum=2.515;SB=-89.136;SBQD=5.821;SBpi=2.9439;SBpiQual=3.0558;VQSLOD=-25.4292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,77:173:99:880,0,1821
|
|
1 12891257 rs61777019 A G 847.03 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.521;DB;DP=199;Dels=0.00;FS=14.384;HRun=1;HaplotypeScore=27.2831;MQ=25.97;MQ0=63;MQRankSum=-6.448;QD=4.26;ReadPosRankSum=2.757;SB=-49.513;SBQD=-5.258;SBpi=-3.3588;SBpiQual=-3.6721;VQSLOD=-46.0023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,128:199:99:877,0,1485
|
|
1 12891263 . A T 147.41 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DP=201;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=36.4197;MQ=25.47;MQ0=63;MQRankSum=-2.034;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.994;SB=-68.195;SBQD=0.234;SBpi=-1.7143;SBpiQual=-1.9890;VQSLOD=-35.9559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,45:201:99:177,0,2071
|
|
1 12891648 . G C 119.40 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.271;DP=145;Dels=0.00;FS=15.770;HRun=1;HaplotypeScore=24.5027;MQ=34.06;MQ0=37;MQRankSum=-6.925;QD=0.82;ReadPosRankSum=3.363;SB=43.884;SBQD=2.416;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.4506;VQSLOD=-44.9935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,60:145:99:149,0,1985
|
|
1 12891898 . T C 335.38 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;DP=154;Dels=0.00;FS=18.775;HRun=0;HaplotypeScore=107.1321;MQ=45.96;MQ0=0;MQRankSum=-6.552;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.079;SB=30.663;SBQD=-4.954;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.7760;VQSLOD=-322.4006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,33:154:99:365,0,2998
|
|
1 12893299 . T G 293.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.432;DP=128;Dels=0.00;FS=0.980;HRun=2;HaplotypeScore=1.9536;MQ=40.45;MQ0=13;MQRankSum=-4.332;QD=2.30;ReadPosRankSum=2.062;SB=-115.783;SBQD=1.517;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.5083;VQSLOD=-2.2558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,35:128:99:324,0,2625
|
|
1 12893465 . C G 50.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.551;DP=125;Dels=0.00;FS=36.853;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=50.85;MQ0=8;MQRankSum=-5.677;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.987;SB=156.481;SBQD=3.250;SBpi=1.4924;SBpiQual=1.7010;VQSLOD=-6.1031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,21:125:80.14:80,0,3388
|
|
1 12894958 . A G 201.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.513;DP=73;Dels=0.00;FS=73.249;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.75;MQ0=1;MQRankSum=-6.505;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.189;SB=80.613;SBQD=-13.686;SBpi=-2.3534;SBpiQual=-2.5286;VQSLOD=-8.4191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:232,0,1549
|
|
1 12898778 rs61775387 T A 528.57 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.078;HRun=0;HaplotypeScore=2.9388;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.483;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.264;SB=-253.616;SBQD=3.539;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.6436;VQSLOD=3.1837 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:559,0,978
|
|
1 12925862 . T C 86.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.106;DP=103;Dels=0.00;FS=7.436;HRun=0;HaplotypeScore=1.7845;MQ=47.96;MQ0=3;MQRankSum=-7.187;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.238;SB=49.916;SBQD=-2.008;SBpi=-2.2132;SBpiQual=-2.0772;VQSLOD=-9.7917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,27:103:99:117,0,2405
|
|
1 12927323 . C A 89.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DP=74;Dels=0.00;FS=10.818;HRun=0;HaplotypeScore=1.7820;MQ=34.87;MQ0=13;MQRankSum=-0.118;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.336;SB=-21.686;SBQD=-5.480;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.7547;VQSLOD=-1.1577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,20:74:99:120,0,1337
|
|
1 12927345 . G T 135.08 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=64;Dels=0.00;FS=1.396;HRun=2;HaplotypeScore=38.8981;MQ=38.35;MQ0=3;MQRankSum=-0.263;QD=2.11;ReadPosRankSum=-2.404;SB=-33.518;SBQD=-3.593;SBpi=-0.6934;SBpiQual=-0.7828;VQSLOD=-44.9813 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,13:64:99:165,0,960
|
|
1 12932306 . G A 2042.59 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.400;DP=164;Dels=0.00;FS=8.408;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.896;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.666;SB=-1004.889;SBQD=-1.469;SBpi=0.3752;SBpiQual=0.3873;VQSLOD=1.5302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,87:164:99:2073,0,1831
|
|
1 12936720 rs4400623 G A 152.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.536;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=9.014;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=40.57;MQ0=13;MQRankSum=-4.451;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.081;SB=-41.968;SBQD=4.511;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2763;VQSLOD=-1.1295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,28:87:99:183,0,1753
|
|
1 12936835 rs7354840 A G 1451.97 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.047;DB;DP=173;Dels=0.00;FS=2.006;HRun=0;HaplotypeScore=4.3054;MQ=41.03;MQ0=1;MQRankSum=0.875;QD=8.39;ReadPosRankSum=-2.194;SB=-778.471;SBQD=-0.151;SBpi=0.7506;SBpiQual=0.4017;VQSLOD=2.0865 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,74:173:99:1482,0,2725
|
|
1 12940313 rs28699033 C T 563.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.044;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=19.353;HRun=2;HaplotypeScore=1.6229;MQ=23.37;MQ0=10;MQRankSum=-2.432;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.465;SB=-175.154;SBQD=-5.693;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.3211;VQSLOD=0.8094 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,68:130:99:593,0,903
|
|
1 12942306 rs2994080 C T 903.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.666;DB;DP=195;Dels=0.00;FS=5.520;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.22;MQ0=52;MQRankSum=1.510;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.830;SB=-258.786;SBQD=0.412;SBpi=1.1119;SBpiQual=1.2398;VQSLOD=0.6213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,73:195:99:933,0,1703
|
|
1 12942384 rs28580205 T C 811.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.935;DB;DP=176;Dels=0.00;FS=9.272;HRun=0;HaplotypeScore=13.2544;MQ=35.79;MQ0=10;MQRankSum=-0.587;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.227;SB=-360.476;SBQD=1.888;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.3874;VQSLOD=-1.4930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,46:176:99:842,0,2529
|
|
1 12944127 . C T 77.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DP=88;Dels=0.00;FS=13.360;HRun=0;HaplotypeScore=5.5196;MQ=22.75;MQ0=23;MQRankSum=-1.784;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.157;SB=16.951;SBQD=1.925;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6085;VQSLOD=-3.2489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,24:88:99:107,0,635
|
|
1 12944717 rs5026365 T C 414.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;DB;DP=127;Dels=0.00;FS=8.709;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=24.37;MQ0=37;MQRankSum=0.408;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.399;SB=-63.980;SBQD=7.171;SBpi=1.4230;SBpiQual=1.5356;VQSLOD=0.3667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,40:127:99:444,0,1322
|
|
1 12945018 rs5005751 A T 1034.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.587;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=2.672;HRun=1;HaplotypeScore=8.0952;MQ=41.31;MQ0=0;MQRankSum=-5.892;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-516.409;SBQD=-2.870;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1630;VQSLOD=-8.0144 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,58:114:99:1064,0,1708
|
|
1 12945235 rs4421602 T C 1223.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.596;DB;DP=157;Dels=0.00;FS=46.934;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=43.39;MQ0=7;MQRankSum=-8.966;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.346;SB=-199.727;SBQD=-13.287;SBpi=-1.2778;SBpiQual=-1.3915;VQSLOD=-8.8976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,81:157:99:1253,0,2297
|
|
1 12945671 rs12062356 T C 174.52 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=2.959;HRun=3;HaplotypeScore=0.9983;MQ=29.52;MQ0=19;MQRankSum=-0.497;QD=2.27;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-137.503;SBQD=-1.095;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3185;VQSLOD=1.6268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,25:77:99:205,0,1103
|
|
1 12967754 . C T 241.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DP=64;Dels=0.00;FS=36.659;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.64;MQ0=11;MQRankSum=-1.120;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.978;SB=62.999;SBQD=-8.737;SBpi=-1.1000;SBpiQual=-1.1794;VQSLOD=-0.0727 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:271,0,1020
|
|
1 12975446 rs61778315 C T 140.49 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=10.659;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.33;MQ0=1;MQRankSum=0.400;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.067;SB=-111.055;SBQD=-17.338;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1725;VQSLOD=4.6890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:170,0,156
|
|
1 12985238 . G C 80.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.19;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=95;Dels=0.00;FS=12.175;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=10.51;MQ0=75;MQRankSum=-1.664;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.951;SB=14.998;SBQD=1.681;SBpi=0.9687;SBpiQual=1.0783;VQSLOD=-1.1208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,77:95:99:111,0,165
|
|
1 13038795 . A G 149.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.26;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=93;Dels=0.00;FS=23.015;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=9.76;MQ0=72;MQRankSum=-0.124;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.372;SB=14.701;SBQD=-3.494;SBpi=-0.7825;SBpiQual=-0.9729;VQSLOD=-0.4984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,69:93:99:179,0,99
|
|
1 13039186 . A G 79.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=8.77;MQ0=44;MQRankSum=0.736;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.736;SB=-0.007;SBQD=4.208;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-1.1892;VQSLOD=0.0320 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,37:50:12:112,12,0
|
|
1 13127730 . G C 46.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.32;SB=-37.334;SBQD=-0.655;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0108;VQSLOD=3.4036 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
|
|
1 13138566 . G A 523.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.168;DP=54;Dels=0.00;FS=3.174;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=26.26;MQ0=22;MQRankSum=0.727;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.621;SB=-386.548;SBQD=5.061;SBpi=-0.1443;SBpiQual=0.0507;VQSLOD=2.8944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:54:45.12:556,45,0
|
|
1 13140023 . A C 412.91 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7480;MQ=18.36;MQ0=9;QD=8.43;SB=-43.331;SBQD=-13.085;SBpi=-1.3571;SBpiQual=-1.4456;VQSLOD=1.8078 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:47.96:446,48,0
|
|
1 13140235 . T C 40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=7.71;MQ0=33;QD=0.98;SB=-0.007;SBQD=-2.759;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.1928;VQSLOD=-0.8828 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,32:41:8.97:72,9,0
|
|
1 13143265 . G A 532.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.075;DP=130;Dels=0.00;FS=6.070;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=50.50;MQ0=2;MQRankSum=-2.036;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.727;SB=-104.032;SBQD=4.812;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.4492;VQSLOD=-0.5796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,32:130:99:562,0,2316
|
|
1 13173016 rs1852947 A G 1428.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.98;MQ0=0;QD=26.96;SB=-856.725;SBQD=-6.406;SBpi=0.3434;SBpiQual=-0.1104;VQSLOD=6.0143 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1462,132,0
|
|
1 13178388 . G C 94.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;DP=99;Dels=0.00;FS=3.061;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=49.40;MQ0=0;MQRankSum=-8.201;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.143;SB=93.293;SBQD=8.059;SBpi=2.9580;SBpiQual=3.1950;VQSLOD=-12.0940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,35:99:99:124,0,2173
|
|
1 13180980 . G C 335.34 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.081;DP=116;Dels=0.00;FS=49.436;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-9.116;QD=2.89;ReadPosRankSum=-5.388;SB=46.518;SBQD=-12.110;SBpi=-3.2820;SBpiQual=-3.4953;VQSLOD=-22.8691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,47:116:99:365,0,2127
|
|
1 13183973 rs3929664 G A 1366.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.518;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=25.07;MQ0=12;MQRankSum=8.173;QD=12.65;ReadPosRankSum=2.996;SB=-574.397;SBQD=-5.121;SBpi=0.4009;SBpiQual=0.5799;VQSLOD=-1.0308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:108:6.62:1396,0,7
|
|
1 13184097 . C A 526.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.733;DP=130;Dels=0.00;FS=39.884;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=53.56;MQ0=1;MQRankSum=-7.628;QD=4.05;ReadPosRankSum=4.640;SB=54.342;SBQD=8.028;SBpi=1.7008;SBpiQual=1.7444;VQSLOD=-10.5416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,28:130:99:557,0,2763
|
|
1 13186398 rs2179303 G A 2418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=22.684;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=5.673;QD=30.24;ReadPosRankSum=4.565;SB=-1054.762;SBQD=-13.254;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.5100;VQSLOD=4.2909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:80:99:2452,190,0
|
|
1 13186474 . T C 65.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DP=103;Dels=0.00;FS=57.377;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-7.399;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.790;SB=138.424;SBQD=8.962;SBpi=2.4495;SBpiQual=2.6315;VQSLOD=-10.8540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,24:103:95.42:95,0,2593
|
|
1 13187577 . C T 1103.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.820;DP=134;Dels=0.00;FS=0.954;HRun=0;HaplotypeScore=3.7680;MQ=43.81;MQ0=0;MQRankSum=-8.927;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.765;SB=-538.339;SBQD=0.413;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.7393;VQSLOD=-11.8719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,77:134:99:1133,0,1516
|
|
1 13188139 . G C 185.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.146;DP=91;Dels=0.00;FS=48.096;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-7.511;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.056;SB=90.219;SBQD=-10.335;SBpi=-2.5981;SBpiQual=-2.8343;VQSLOD=-10.2226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,27:91:99:216,0,1944
|
|
1 13214227 . G A 56.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=7.84;MQ0=48;MQRankSum=1.134;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.000;SB=-19.694;SBQD=0.992;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2110;VQSLOD=-1.3015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,11:60:63.82:86,0,64
|
|
1 13359273 . T C 89.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.014;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.91;MQ0=20;MQRankSum=0.206;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.115;SB=-0.007;SBQD=-3.203;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.3540;VQSLOD=-0.1236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,8:39:99:120,0,198
|
|
1 13376805 . C T 120.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.082;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7900;MQ=14.02;MQ0=20;MQRankSum=0.612;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.021;SB=-0.007;SBQD=-4.360;SBpi=-1.3568;SBpiQual=-1.4798;VQSLOD=-0.2228 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:40:97.37:151,0,97
|
|
1 13466075 . T G 1568.10 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.880;DP=153;Dels=0.00;FS=2.947;HRun=2;HaplotypeScore=2.8230;MQ=23.46;MQ0=5;MQRankSum=0.161;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.934;SB=-780.543;SBQD=-2.174;SBpi=-0.4939;SBpiQual=-0.5540;VQSLOD=2.2421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,83:153:99:1598,0,1464
|
|
1 13703096 . C T 51.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=25;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=6.7601;MQ=18.47;MQ0=14;MQRankSum=1.568;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-47.241;SBQD=-3.870;SBpi=-0.1387;SBpiQual=0.0839;VQSLOD=-0.6111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:50.43:82,0,50
|
|
1 13812000 rs2999892 C T 634.66 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.592;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.079;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-397.522;SBQD=0.129;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1448;VQSLOD=5.1866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:665,0,582
|
|
1 13830577 rs3013047 A G 2641.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8920;MQ=59.74;MQ0=0;QD=30.02;SB=-1244.842;SBQD=-7.794;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.7627;VQSLOD=6.2110 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2675,232,0
|
|
1 13858671 rs6688923 C G 2371.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6001;MQ=59.76;MQ0=0;QD=30.02;SB=-1226.867;SBQD=-5.030;SBpi=0.0563;SBpiQual=-0.3571;VQSLOD=5.4892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2404,214,0
|
|
1 13872776 rs391127 G A 2417.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8455;MQ=55.46;MQ0=0;QD=31.81;SB=-1016.219;SBQD=-3.288;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.3207;VQSLOD=6.0560 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2451,196,0
|
|
1 13876264 rs354581 C G 2391.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1280.719;SBQD=1.876;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.1064;VQSLOD=8.8993 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2425,193,0
|
|
1 13885660 rs12045628 C T 2721.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.89;SB=-1430.494;SBQD=0.222;SBpi=0.2265;SBpiQual=0.2605;VQSLOD=8.0396 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2754,214,0
|
|
1 13894467 . A G 289.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.34;MQ0=0;QD=16.11;SB=-186.955;SBQD=4.963;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6005;VQSLOD=3.2503 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:27.07:323,27,0
|
|
1 13932387 . G A 874.66 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.008;DP=64;Dels=0.00;FS=3.414;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.445;SB=-523.372;SBQD=3.834;SBpi=-0.0845;SBpiQual=0.0054;VQSLOD=4.1425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:905,0,753
|
|
1 13932427 rs442112 C T 995.71 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.869;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.586;HRun=3;HaplotypeScore=1.7128;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-555.380;SBQD=4.760;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.6077;VQSLOD=4.1405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:1026,0,685
|
|
1 13996078 rs2495042 A G 713.82 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.675;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.203;HRun=0;HaplotypeScore=1.9226;MQ=44.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.958;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-294.456;SBQD=-4.785;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.9479;VQSLOD=1.8596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:744,0,889
|
|
1 14007493 rs10803422 G A 445.80 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.311;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=22.075;HRun=0;HaplotypeScore=1.8519;MQ=53.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.804;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-157.522;SBQD=17.330;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.7923;VQSLOD=1.4810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:476,0,546
|
|
1 14007649 rs4662013 A G 656.88 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.724;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.631;SB=-459.350;SBQD=-4.434;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1035;VQSLOD=4.0303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:687,0,658
|
|
1 14009723 rs2487651 C G 757.68 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.4441;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-401.948;SBQD=1.612;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.2175;VQSLOD=4.1675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:54:99:788,0,755
|
|
1 14054970 rs61775107 C T 946.47 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.273;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.116;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=17.53;ReadPosRankSum=2.169;SB=-562.938;SBQD=-3.864;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1568;VQSLOD=4.6688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,36:54:99:976,0,308
|
|
1 14059395 rs33969518 T C 1325.58 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.310;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=1.678;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=13.53;ReadPosRankSum=1.496;SB=-616.038;SBQD=-1.992;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.2802;VQSLOD=5.4276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:1356,0,1675
|
|
1 14069648 rs1203629 G A 581.79 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.207;SB=-306.866;SBQD=-2.264;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.1835;VQSLOD=5.4289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:612,0,572
|
|
1 14126651 rs760914 G T 1124.66 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.685;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-522.422;SBQD=-1.357;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6792;VQSLOD=5.3946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1155,0,991
|
|
1 14130780 rs1203673 T C 1260.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;QD=30.02;SB=-564.580;SBQD=8.169;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.7405;VQSLOD=7.0722 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1294,111,0
|
|
1 14144944 rs2495068 A G 985.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.62;MQ0=0;QD=30.78;SB=-365.999;SBQD=1.187;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.0390;VQSLOD=5.7403 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84.21:1018,84,0
|
|
1 14150116 rs2697966 C T 1442.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=30.05;SB=-708.278;SBQD=3.965;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.7960;VQSLOD=6.9456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1475,114,0
|
|
1 14160754 rs982510 A G 2502.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.2401;MQ=56.24;MQ0=0;QD=30.51;SB=-1343.737;SBQD=2.922;SBpi=-0.4417;SBpiQual=-0.3909;VQSLOD=4.7057 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2535,205,0
|
|
1 14164286 rs1203683 C A 2888.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.47;MQ0=0;QD=35.22;SB=-1482.561;SBQD=1.143;SBpi=-0.3313;SBpiQual=-0.2440;VQSLOD=8.2799 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2921,229,0
|
|
1 14169714 rs1203655 T C 1321.59 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.821;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=14.85;ReadPosRankSum=1.589;SB=-593.214;SBQD=-3.861;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4118;VQSLOD=5.1533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1352,0,1419
|
|
1 14212417 rs10927946 T C 974.12 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.107;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=5.331;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-3.262;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-594.532;SBQD=-2.257;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.4271;VQSLOD=1.4853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:1004,0,1495
|
|
1 14214311 rs2223475 A G 1021.67 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.299;HRun=1;HaplotypeScore=2.6788;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-532.059;SBQD=1.459;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.0419;VQSLOD=4.0725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:1052,0,1429
|
|
1 14216926 rs2744650 G C 1064.60 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.122;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=6.947;HRun=1;HaplotypeScore=3.3358;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-386.972;SBQD=6.065;SBpi=0.8590;SBpiQual=1.0395;VQSLOD=3.3210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:98:99:1095,0,1575
|
|
1 14217159 rs2697973 G A 1239.08 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.566;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.827;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.766;SB=-646.748;SBQD=3.492;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1437;VQSLOD=5.5602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1269,0,1356
|
|
1 14224680 rs2038096 C T 728.27 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.008;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4725;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.455;SB=-458.102;SBQD=1.780;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0572;VQSLOD=5.0787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:63:99:758,0,728
|
|
1 14234518 . T C 1135.54 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=78;Dels=0.00;FS=3.098;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-603.445;SBQD=2.643;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1288;VQSLOD=4.0276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1166,0,1142
|
|
1 14286907 . T G 931.64 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DP=81;Dels=0.00;FS=0.858;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-495.969;SBQD=1.404;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1242;VQSLOD=4.7046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:962,0,1514
|
|
1 14292070 rs12118036 C T 2256.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=33.19;SB=-1166.178;SBQD=-2.046;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.4209;VQSLOD=7.4380 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2290,184,0
|
|
1 14295585 rs2884822 C T 3401.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=37.38;SB=-1506.339;SBQD=-0.744;SBpi=-0.6814;SBpiQual=-0.7913;VQSLOD=8.7826 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3402,265,0
|
|
1 14297683 rs10803442 T C 1600.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.66;SB=-861.423;SBQD=-0.958;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.2877;VQSLOD=8.3620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1633,129,0
|
|
1 14314353 rs12026392 G A 1843.39 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.726;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=6.530;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.238;SB=-875.589;SBQD=-4.172;SBpi=-0.4557;SBpiQual=-0.4383;VQSLOD=4.9452 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,59:100:99:1873,0,1210
|
|
1 14321565 rs12038517 T C 755.05 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.089;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.962;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.769;SB=-374.691;SBQD=1.962;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.3663;VQSLOD=3.8115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:785,0,1399
|
|
1 14323013 rs12741996 G A 369.61 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=6.806;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.499;SB=-112.617;SBQD=8.163;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.7854;VQSLOD=4.7775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:400,0,771
|
|
1 14323765 rs2359903 A G 694.09 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.405;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.216;SB=-423.016;SBQD=4.777;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.4016;VQSLOD=4.5483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:724,0,1133
|
|
1 14324208 rs12026097 G A 1166.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.795;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.247;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.764;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-571.429;SBQD=-4.485;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2503;VQSLOD=3.7962 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:1196,0,1400
|
|
1 14348553 rs34115388 C T 771.18 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.722;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.878;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=14.02;ReadPosRankSum=0.311;SB=-327.853;SBQD=-6.186;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.7731;VQSLOD=5.4857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:801,0,761
|
|
1 14349010 . G A 160.33 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DP=75;Dels=0.03;FS=110.381;HRun=29;HaplotypeScore=8.3971;MQ=47.98;MQ0=2;MQRankSum=-3.129;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.233;SB=75.019;SBQD=17.235;SBpi=2.4568;SBpiQual=2.4445;VQSLOD=-52.8784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:75:99:190,0,494
|
|
1 14358424 rs7527934 G T 2954.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=36.47;SB=-797.906;SBQD=-1.488;SBpi=-2.1667;SBpiQual=-2.3982;VQSLOD=6.8487 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2987,232,0
|
|
1 14358807 rs2206587 G A 2924.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=35.24;SB=-1545.168;SBQD=-0.324;SBpi=-0.0549;SBpiQual=-0.0890;VQSLOD=9.3446 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2958,235,0
|
|
1 14371137 rs761162 T G 945.01 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.046;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.239;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=15.75;ReadPosRankSum=-1.248;SB=-421.103;SBQD=7.467;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.5797;VQSLOD=5.8638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:975,0,769
|
|
1 14376670 rs55988309 T C 146.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=17.404;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.64;MQ0=0;MQRankSum=-5.335;QD=2.81;ReadPosRankSum=-3.033;SB=-136.411;SBQD=-9.714;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-0.7019;VQSLOD=-5.3313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:176,0,909
|
|
1 14382073 rs56269346 T G 917.07 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=33.092;HRun=0;HaplotypeScore=2.4447;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-176.772;SBQD=-15.597;SBpi=-1.6667;SBpiQual=-1.7640;VQSLOD=3.5632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:947,0,1106
|
|
1 14408910 rs3817945 C T 1684.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.30;MQ0=0;QD=28.07;SB=-886.936;SBQD=4.241;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.3122;VQSLOD=6.1108 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1717,162,0
|
|
1 14409096 rs3817941 G A 2930.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=34.07;SB=-1499.056;SBQD=1.627;SBpi=-0.4313;SBpiQual=-0.3286;VQSLOD=8.4310 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2963,235,0
|
|
1 14446887 rs10803453 C T 637.17 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.902;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.323;HRun=0;HaplotypeScore=1.5518;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.753;SB=-407.001;SBQD=-3.620;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1161;VQSLOD=4.0201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:667,0,606
|
|
1 14454211 rs1018824 C T 2193.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.5184;MQ=54.37;MQ0=0;QD=29.65;SB=-1161.125;SBQD=0.567;SBpi=0.6975;SBpiQual=0.7606;VQSLOD=4.2434 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2227,175,0
|
|
1 14454511 . A T 1032.74 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.243;DP=82;Dels=0.00;FS=9.374;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.57;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.774;SB=-502.361;SBQD=-8.556;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.8106;VQSLOD=5.4768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1063,0,984
|
|
1 14458008 rs7542729 T G 3158.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=35.89;SB=-1524.004;SBQD=0.778;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.4982;VQSLOD=8.8360 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3191,253,0
|
|
1 14460619 rs3921124 G A 2289.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.69;SB=-1238.018;SBQD=0.395;SBpi=-0.1231;SBpiQual=-0.0986;VQSLOD=8.3710 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2323,181,0
|
|
1 14474744 rs11583616 G T 1287.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.71;MQ0=0;QD=15.89;SB=-1199.710;SBQD=1.031;SBpi=0.7222;SBpiQual=0.8435;VQSLOD=5.1587 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1320,102,0
|
|
1 14475202 . C T 1135.23 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.132;DP=73;Dels=0.00;FS=6.389;HRun=0;HaplotypeScore=1.8808;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-389.280;SBQD=5.390;SBpi=1.0686;SBpiQual=1.0938;VQSLOD=3.5451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1165,0,1028
|
|
1 14478632 rs10928036 C T 2527.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.75;MQ0=0;QD=33.25;SB=-1230.721;SBQD=-5.082;SBpi=0.6882;SBpiQual=0.3306;VQSLOD=7.2649 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2560,214,0
|
|
1 14492626 rs10803471 G A 814.94 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.158;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.323;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.918;SB=-416.761;SBQD=-3.750;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2130;VQSLOD=5.1645 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:845,0,615
|
|
1 14493270 rs16853662 C G 864.91 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.545;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=12.72;ReadPosRankSum=-1.525;SB=-410.321;SBQD=6.686;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2575;VQSLOD=5.2919 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:895,0,1262
|
|
1 14493787 rs7542472 T C 744.80 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.713;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-458.636;SBQD=-0.810;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2396;VQSLOD=4.9835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:775,0,897
|
|
1 14496681 rs1339373 C T 834.57 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.656;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.132;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.538;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.395;SB=-496.091;SBQD=3.244;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2099;VQSLOD=4.5272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:865,0,726
|
|
1 14509334 rs12736419 T C 960.02 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.643;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.065;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-406.766;SBQD=-3.375;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8946;VQSLOD=5.5970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:990,0,1011
|
|
1 14510164 rs12736835 A G 1008.60 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.288;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=14.41;ReadPosRankSum=-1.494;SB=-401.262;SBQD=3.731;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7260;VQSLOD=5.3030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1039,0,1112
|
|
1 14543035 rs598325 G A 2237.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.09;SB=-1048.682;SBQD=0.252;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-0.5146;VQSLOD=6.4983 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2271,178,0
|
|
1 14559107 rs4565709 A G 1144.19 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.395;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=9.217;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-559.406;SBQD=-6.102;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.2851;VQSLOD=6.5768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1174,0,1327
|
|
1 14561171 rs10803475 G T 1532.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=54.96;MQ0=0;QD=31.92;SB=-427.203;SBQD=0.983;SBpi=1.7321;SBpiQual=1.6673;VQSLOD=5.3348 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1565,132,0
|
|
1 14607943 rs1953830 T C 870.33 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=17.07;ReadPosRankSum=-1.759;SB=-352.713;SBQD=0.511;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7395;VQSLOD=5.2267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:900,0,670
|
|
1 14618278 rs11590112 A T 1136.55 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.890;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=15.15;ReadPosRankSum=1.044;SB=-441.278;SBQD=1.863;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.9825;VQSLOD=5.4696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1167,0,1026
|
|
1 14636793 . A G 726.53 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.949;DP=67;Dels=0.00;FS=3.331;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-371.431;SBQD=-3.024;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.4869;VQSLOD=2.9335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:757,0,1161
|
|
1 14668801 rs2487751 T C 919.52 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.595;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.670;HRun=0;HaplotypeScore=2.6542;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.926;SB=-448.097;SBQD=5.803;SBpi=-0.0845;SBpiQual=0.1671;VQSLOD=5.3921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:950,0,1140
|
|
1 14676605 rs4661483 G C 1191.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.77;MQ0=1;QD=29.80;SB=-414.770;SBQD=9.304;SBpi=0.8807;SBpiQual=1.2910;VQSLOD=6.2494 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:1225,105,0
|
|
1 14732605 rs10927426 G T 851.10 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.711;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.398;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.439;SB=-280.748;SBQD=7.913;SBpi=0.9449;SBpiQual=0.9994;VQSLOD=4.2198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:881,0,915
|
|
1 14732708 rs10927427 C A 994.66 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.965;HRun=0;HaplotypeScore=2.7323;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=13.26;ReadPosRankSum=1.669;SB=-325.993;SBQD=-2.646;SBpi=-1.3974;SBpiQual=-1.4892;VQSLOD=3.4190 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:1025,0,1196
|
|
1 14764233 rs7526202 C T 1523.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22;SB=-884.119;SBQD=0.858;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4867;VQSLOD=6.0645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1557,126,0
|
|
1 14767853 rs34210633 C T 934.85 PASS AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=3.028;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=19.08;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-404.214;SBQD=-1.608;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9891;VQSLOD=3.7509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,34:49:99:965,0,405
|
|
1 14793635 rs7545212 G A 2480.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.99;MQ0=0;QD=37.58;SB=-1128.976;SBQD=-0.085;SBpi=0.4924;SBpiQual=0.5086;VQSLOD=8.6537 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2513,196,0
|
|
1 14806011 rs1887858 C T 625.95 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.005;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.084;HRun=4;HaplotypeScore=1.5572;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.743;SB=-292.598;SBQD=-6.473;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.7980;VQSLOD=3.8158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:656,0,692
|
|
1 14810262 rs2486761 G T 1000.02 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.439;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=8.062;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=14.49;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-401.752;SBQD=7.195;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7241;VQSLOD=4.8723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:1030,0,996
|
|
1 14835710 rs6687225 A C 3222.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.58;MQ0=0;QD=33.92;SB=-1678.596;SBQD=-0.126;SBpi=0.3591;SBpiQual=0.3928;VQSLOD=6.9346 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3255,259,0
|
|
1 14838731 rs10927453 G A 1851.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.93;SB=-719.058;SBQD=-2.098;SBpi=-1.0302;SBpiQual=-1.2025;VQSLOD=8.8162 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1884,147,0
|
|
1 14858676 rs10927458 A C 2155.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9578;MQ=54.46;MQ0=0;QD=29.52;SB=-1178.514;SBQD=4.920;SBpi=-0.2926;SBpiQual=0.1971;VQSLOD=5.0211 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2188,195,0
|
|
1 14874735 rs12755235 C T 307.70 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.483;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.127;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-176.242;SBQD=6.102;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.4039;VQSLOD=4.6949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:338,0,328
|
|
1 14881158 . C T 1329.44 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.269;DP=86;Dels=0.00;FS=0.818;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.674;SB=-573.784;SBQD=2.709;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.6704;VQSLOD=5.6995 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1359,0,1245
|
|
1 14932473 rs6429670 G A 897.82 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.370;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=1;HaplotypeScore=1.9850;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.563;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.621;SB=-408.018;SBQD=-2.279;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.6370;VQSLOD=4.5124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:68:99:928,0,1092
|
|
1 14981240 rs7530538 T C 542.56 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.249;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.142;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.509;SB=-241.432;SBQD=2.314;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.2959;VQSLOD=6.0586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:573,0,843
|
|
1 15048871 rs12045403 G T 816.11 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.706;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.026;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=14.07;ReadPosRankSum=-2.131;SB=-419.212;SBQD=-3.731;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2175;VQSLOD=5.0335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:846,0,911
|
|
1 15089055 rs12128426 A G 774.67 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4942;MQ=52.90;MQ0=1;MQRankSum=2.012;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-414.566;SBQD=0.869;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5210;VQSLOD=4.9740 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:805,0,645
|
|
1 15091948 rs10754869 C T 1842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=35.42;SB=-1008.716;SBQD=-0.476;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0318;VQSLOD=8.7626 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1875,144,0
|
|
1 15132321 rs10803319 A G 855.46 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.404;HRun=2;HaplotypeScore=1.8237;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.490;QD=16.77;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-265.449;SBQD=-1.477;SBpi=1.2374;SBpiQual=1.4694;VQSLOD=2.4362 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:885,0,524
|
|
1 15138738 rs3845590 G A 756.02 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.466;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.142;HRun=0;HaplotypeScore=1.9328;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=13.03;ReadPosRankSum=1.019;SB=-308.942;SBQD=6.265;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.7412;VQSLOD=5.4437 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:786,0,840
|
|
1 15140362 rs10489353 G A 1076.11 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.860;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.883;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=15.16;ReadPosRankSum=-1.898;SB=-586.490;SBQD=-1.014;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0840;VQSLOD=5.5898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1106,0,1050
|
|
1 15149171 rs6675636 G A 784.85 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.442;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=10.90;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-405.023;SBQD=-0.638;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4222;VQSLOD=5.3481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:815,0,945
|
|
1 15166084 . T C 1266.19 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DP=83;Dels=0.00;FS=4.315;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.533;SB=-481.258;SBQD=5.097;SBpi=0.9258;SBpiQual=0.9790;VQSLOD=3.7681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1296,0,1335
|
|
1 15184139 rs12760105 T C 821.78 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.593;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.586;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.674;SB=-403.088;SBQD=-5.505;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4599;VQSLOD=6.0680 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:852,0,918
|
|
1 15185229 rs2103116 C T 706.75 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.510;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=7.5663;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-359.684;SBQD=-3.238;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1528;VQSLOD=2.8862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:737,0,650
|
|
1 15192285 rs2462190 A G 527.99 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.124;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-197.747;SBQD=5.368;SBpi=0.9383;SBpiQual=0.9855;VQSLOD=3.5943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:558,0,885
|
|
1 15194582 rs61773572 C T 162.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.022;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=8.023;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-3.072;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.295;SB=-165.038;SBQD=9.218;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.9772;VQSLOD=-1.3644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:193,0,685
|
|
1 15208212 rs2801178 G T 862.07 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.931;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=1.020;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=12.49;ReadPosRankSum=1.386;SB=-288.395;SBQD=-3.254;SBpi=-1.3720;SBpiQual=-1.3996;VQSLOD=5.1019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:892,0,1005
|
|
1 15212959 rs10927565 C G 672.54 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.869;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5757;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.416;SB=-352.381;SBQD=0.963;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8778;VQSLOD=4.9917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:703,0,769
|
|
1 15226055 rs2807555 T C 1715.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=26.81;SB=-1064.914;SBQD=-0.905;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.1439;VQSLOD=4.6491 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1749,147,0
|
|
1 15229101 rs4661543 T G 2618.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.3717;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=34.01;ReadPosRankSum=1.012;SB=-1211.546;SBQD=2.628;SBpi=-0.6882;SBpiQual=-0.5914;VQSLOD=4.5641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2652,217,0
|
|
1 15231026 rs2807556 T C 1226.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.14;MQ0=0;QD=27.88;SB=-692.881;SBQD=4.496;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.2876;VQSLOD=5.9088 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1260,102,0
|
|
1 15231609 rs61773601 C T 849.75 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.414;HRun=0;HaplotypeScore=2.3548;MQ=58.50;MQ0=1;MQRankSum=-0.270;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.618;SB=-403.242;SBQD=2.768;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.4637;VQSLOD=4.7655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:880,0,963
|
|
1 15233738 rs12741404 T A 224.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DB;DP=47;Dels=0.02;FS=1.228;HRun=8;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-155.054;SBQD=-2.871;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.6175;VQSLOD=1.2666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:254,0,649
|
|
1 15253590 rs10927578 C A 959.74 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.558;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.332;SB=-516.450;SBQD=4.332;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1878;VQSLOD=5.2821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:63:99:990,0,675
|
|
1 15254860 rs6429690 T G 399.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=9.510;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.841;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-167.223;SBQD=-11.567;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.7335;VQSLOD=0.8183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:429,0,634
|
|
1 15257211 rs12141413 T G 472.23 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.714;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.139;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.671;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-254.941;SBQD=-0.994;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.3970;VQSLOD=3.2980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:502,0,630
|
|
1 15258425 rs10927583 G A 702.39 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.803;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=3.965;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-357.628;SBQD=-4.804;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1585;VQSLOD=6.6702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:732,0,612
|
|
1 15322606 . G A 318.49 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.214;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9452;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-186.186;SBQD=-2.117;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.3539;VQSLOD=2.0231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:348,0,553
|
|
1 15339902 rs6429702 T G 2205.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=32.92;SB=-1204.841;SBQD=0.311;SBpi=0.1833;SBpiQual=0.2120;VQSLOD=8.8025 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2239,178,0
|
|
1 15347711 rs6658629 T C 470.44 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=8.286;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.584;SB=-270.825;SBQD=8.132;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.3654;VQSLOD=5.3462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:500,0,676
|
|
1 15357505 rs2175771 A C 817.34 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.190;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.938;HRun=1;HaplotypeScore=1.8519;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.307;SB=-372.723;SBQD=0.318;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.6409;VQSLOD=4.8954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:847,0,1493
|
|
1 15359967 rs4520412 C T 889.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.311;SB=-395.017;SBQD=0.674;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.3714;VQSLOD=5.7320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:919,0,884
|
|
1 15405907 rs1000314 A G 886.35 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=11.822;HRun=1;HaplotypeScore=1.4450;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.689;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-301.847;SBQD=8.054;SBpi=1.0290;SBpiQual=0.9599;VQSLOD=3.1112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:916,0,1346
|
|
1 15411661 rs6669698 A G 938.91 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.779;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.414;SB=-349.956;SBQD=5.755;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7920;VQSLOD=5.5108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:969,0,1074
|
|
1 15413355 rs2221926 G A 1011.76 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.992;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.447;SB=-457.728;SBQD=0.714;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6460;VQSLOD=4.6248 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1042,0,1176
|
|
1 15418073 rs12072230 T C 1108.12 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.273;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.475;QD=18.47;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-460.393;SBQD=-3.041;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.7594;VQSLOD=3.6785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:1138,0,571
|
|
1 15429548 . C T 852.50 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.503;SB=-393.487;SBQD=-1.116;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5711;VQSLOD=3.3653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:882,0,517
|
|
1 15445060 rs10927680 C T 500.63 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6671;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-179.342;SBQD=3.164;SBpi=0.8944;SBpiQual=0.9036;VQSLOD=5.1392 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:41:99:531,0,563
|
|
1 15448760 rs733677 G T 1083.74 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.351;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.019;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.531;SB=-632.493;SBQD=2.381;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3769;VQSLOD=5.0966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1114,0,665
|
|
1 15469612 rs7535492 C G 529.62 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.988;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-324.311;SBQD=2.100;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.2556;VQSLOD=5.0093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:560,0,1338
|
|
1 15471375 . A C 634.55 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.201;DP=64;Dels=0.00;FS=2.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-367.515;SBQD=0.405;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.2181;VQSLOD=3.1189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:665,0,1161
|
|
1 15472887 rs761300 T C 642.35 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.520;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.572;HRun=2;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=11.27;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-382.243;SBQD=-2.295;SBpi=-0.0928;SBpiQual=0.3150;VQSLOD=4.0574 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:672,0,791
|
|
1 15491445 . C T 473.65 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=41;Dels=0.00;FS=7.718;HRun=0;HaplotypeScore=1.9576;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.062;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.090;SB=-226.068;SBQD=-8.891;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-1.1150;VQSLOD=3.2390 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:504,0,325
|
|
1 15497294 rs2872002 A G 328.90 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=3.696;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.69;MQ0=1;MQRankSum=-2.568;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.189;SB=-157.247;SBQD=3.287;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.5460;VQSLOD=2.7469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:359,0,378
|
|
1 15522817 rs6690852 T C 1066.80 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.255;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=13.50;ReadPosRankSum=1.130;SB=-611.996;SBQD=3.197;SBpi=-0.3015;SBpiQual=0.1358;VQSLOD=5.0434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1097,0,1097
|
|
1 15524708 rs4661597 T C 1501.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.26;MQ0=0;QD=32.64;SB=-761.733;SBQD=-0.300;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.2868;VQSLOD=8.1080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1534,120,0
|
|
1 15553764 rs6692531 C T 1092.10 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=3.071;HRun=1;HaplotypeScore=2.7570;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-339.884;SBQD=4.184;SBpi=1.2649;SBpiQual=1.4028;VQSLOD=3.1931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:1122,0,1535
|
|
1 15557909 rs12125735 A G 885.40 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-511.675;SBQD=-0.193;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1969;VQSLOD=3.9912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:915,0,939
|
|
1 15558938 rs6429732 T C 765.98 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=9.378;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.230;SB=-258.051;SBQD=10.642;SBpi=0.8839;SBpiQual=1.1525;VQSLOD=5.4503 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:796,0,740
|
|
1 15562105 rs35893261 T C 572.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.122;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=16.431;HRun=0;HaplotypeScore=14.3598;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=1.871;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.029;SB=-203.361;SBQD=12.846;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.1591;VQSLOD=-1.5343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:61:99:602,0,494
|
|
1 15562873 rs12033230 G A 793.65 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.231;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.914;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=11.02;ReadPosRankSum=1.137;SB=-403.280;SBQD=2.763;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4982;VQSLOD=4.9555 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:824,0,1204
|
|
1 15577278 rs1780605 C T 945.18 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.448;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.455;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=16.30;ReadPosRankSum=0.899;SB=-268.496;SBQD=-9.198;SBpi=-1.2374;SBpiQual=-1.4410;VQSLOD=5.3567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:975,0,718
|
|
1 15581127 rs7532108 G A 1200.32 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.340;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.891;QD=17.65;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-532.560;SBQD=-3.485;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6330;VQSLOD=5.1199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:1230,0,846
|
|
1 15584079 rs943558 C T 419.50 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.088;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.163;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.626;SB=-198.335;SBQD=-4.156;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.6341;VQSLOD=4.8309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:449,0,778
|
|
1 15585080 rs1927186 C T 173.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DB;DP=67;Dels=0.03;FS=1.040;HRun=14;HaplotypeScore=4.9117;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-353.684;SBQD=4.199;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.6402;VQSLOD=-9.7455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:204,0,934
|
|
1 15590057 rs12569342 G A 255.61 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.167;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.400;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.509;SB=-229.836;SBQD=-2.249;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.1517;VQSLOD=4.4955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:33:99:286,0,373
|
|
1 15591074 rs1927184 G A 894.80 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.057;HRun=1;HaplotypeScore=2.4445;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.593;SB=-463.268;SBQD=-0.228;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.4131;VQSLOD=4.8151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:72:99:925,0,1003
|
|
1 15617737 rs545032 T C 385.08 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9726;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-266.104;SBQD=0.216;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0109;VQSLOD=3.3939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,18:52:99:415,0,920
|
|
1 15620004 rs518943 G A 2141.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.63;MQ0=0;QD=36.29;SB=-965.470;SBQD=-0.691;SBpi=0.5859;SBpiQual=0.5138;VQSLOD=7.9090 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2174,172,0
|
|
1 15660629 rs6665126 G T 393.71 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.590;SB=3.003;SBQD=-13.586;SBpi=-2.1213;SBpiQual=-2.2895;VQSLOD=1.6777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:424,0,573
|
|
1 15687814 rs542008 A G 566.15 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.195;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-240.434;SBQD=-7.130;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-1.2978;VQSLOD=4.2238 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:596,0,881
|
|
1 15693556 rs2496346 A T 918.63 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.404;HRun=1;HaplotypeScore=1.7128;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=13.31;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-340.171;SBQD=-5.231;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.8364;VQSLOD=4.0653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:949,0,1094
|
|
1 15717838 rs2473338 A G 1242.54 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=17.50;ReadPosRankSum=0.906;SB=-373.381;SBQD=0.027;SBpi=1.3275;SBpiQual=1.5720;VQSLOD=3.9011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1273,0,927
|
|
1 15724033 rs2253372 A G 1568.90 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.128;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=4.932;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=15.09;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-501.338;SBQD=-7.110;SBpi=-1.0113;SBpiQual=-1.4123;VQSLOD=5.5610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:1599,0,1565
|
|
1 15733394 rs2092324 G A 1058.86 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.370;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.746;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=18.26;ReadPosRankSum=1.288;SB=-445.470;SBQD=-5.583;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6785;VQSLOD=5.5043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:1089,0,666
|
|
1 15797670 rs4661630 A G 1889.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.80;MQ0=0;QD=30.47;SB=-1027.611;SBQD=-5.732;SBpi=0.2540;SBpiQual=-0.2386;VQSLOD=6.7788 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1922,171,0
|
|
1 15934064 . A T 52.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.048;DP=56;Dels=0.00;FS=24.666;HRun=8;HaplotypeScore=2.4072;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=-4.179;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.535;SB=87.267;SBQD=3.431;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.3784;VQSLOD=-5.8067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,11:56:82.15:82,0,822
|
|
1 16032042 . C T 1048.65 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.082;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9863;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=13.98;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-604.926;SBQD=-1.106;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1658;VQSLOD=3.2121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1079,0,851
|
|
1 16037412 . G A 553.11 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.239;DP=50;Dels=0.00;FS=7.050;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.100;SB=-79.527;SBQD=9.882;SBpi=1.4912;SBpiQual=1.5847;VQSLOD=3.1538 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:583,0,925
|
|
1 16058489 . C T 246.85 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=33;Dels=0.00;FS=3.192;HRun=0;HaplotypeScore=2.4658;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-167.058;SBQD=5.849;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.3320;VQSLOD=2.9442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:277,0,313
|
|
1 16075981 rs11585750 C T 518.19 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.188;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.207;SB=-221.896;SBQD=-1.663;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.3733;VQSLOD=5.4485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,18:51:99:548,0,701
|
|
1 16116866 rs6698027 G A 2304.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=32.92;SB=-1303.295;SBQD=0.216;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0301;VQSLOD=7.5915 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2337,190,0
|
|
1 16126676 rs2013745 G A 915.93 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.319;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=8.007;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=15.79;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-326.652;SBQD=8.777;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.2712;VQSLOD=4.8423 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:946,0,503
|
|
1 16130653 . A G 741.46 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.226;DP=49;Dels=0.00;FS=1.172;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.914;SB=-295.743;SBQD=3.091;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.8093;VQSLOD=4.4239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:49:99:771,0,568
|
|
1 16131401 rs59578676 T C 357.99 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.224;HRun=0;HaplotypeScore=2.7853;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.160;SB=-117.316;SBQD=-2.423;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.6527;VQSLOD=1.8280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:53:99:388,0,930
|
|
1 16134501 . G A 538.49 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.174;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6532;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.219;SB=-371.955;SBQD=3.065;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.1085;VQSLOD=3.5930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:568,0,257
|
|
1 16137436 . T C 601.18 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;DP=67;Dels=0.00;FS=2.277;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.723;SB=-166.748;SBQD=6.453;SBpi=1.1339;SBpiQual=1.5348;VQSLOD=2.5895 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:631,0,1258
|
|
1 16137774 rs16852021 A G 643.97 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.353;SB=-430.547;SBQD=-2.408;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.2287;VQSLOD=4.3756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:674,0,664
|
|
1 16138095 rs16852022 T G 793.32 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.105;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.569;SB=-414.572;SBQD=1.579;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.3075;VQSLOD=5.9121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:823,0,1309
|
|
1 16139332 rs6697146 C T 284.53 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.352;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8055;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.363;SB=-220.589;SBQD=2.623;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.0763;VQSLOD=3.7892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:315,0,462
|
|
1 16141862 rs10927859 C T 1105.65 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.981;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=52.38;MQ0=0;MQRankSum=1.428;QD=16.26;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-390.303;SBQD=-4.181;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.0583;VQSLOD=4.4561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1136,0,843
|
|
1 16147377 rs10803401 G A 636.97 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.205;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.314;SB=-309.619;SBQD=-0.389;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.2663;VQSLOD=4.2876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:667,0,753
|
|
1 16148481 . G A 449.94 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DP=33;Dels=0.00;FS=3.081;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.665;SB=-71.789;SBQD=8.185;SBpi=-1.6499;SBpiQual=-1.7321;VQSLOD=2.9655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:480,0,381
|
|
1 16148834 . G A 676.90 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.804;DP=39;Dels=0.00;FS=5.756;HRun=1;HaplotypeScore=1.4538;MQ=51.01;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=17.36;ReadPosRankSum=0.650;SB=-137.665;SBQD=-12.996;SBpi=-1.4289;SBpiQual=-1.4771;VQSLOD=2.7627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:707,0,357
|
|
1 16150761 rs59417776 A G 208.50 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=6.873;HRun=1;HaplotypeScore=1.4538;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=1.051;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.746;SB=-239.642;SBQD=-7.021;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.1598;VQSLOD=1.7203 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:238,0,870
|
|
1 16155433 . C A 423.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8110;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=2.281;QD=14.61;ReadPosRankSum=2.281;SB=-244.620;SBQD=0.028;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-1.4646;VQSLOD=2.4660 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:8.68:456,9,0
|
|
1 16162471 rs4661666 C A 308.14 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=2.114;HRun=0;HaplotypeScore=2.1330;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.596;SB=-149.333;SBQD=4.952;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.8343;VQSLOD=4.3261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:338,0,248
|
|
1 16164154 rs1976400 C A 1723.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.44;MQ0=0;QD=31.92;SB=-475.845;SBQD=2.662;SBpi=1.9052;SBpiQual=2.0756;VQSLOD=6.2099 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1757,141,0
|
|
1 16199051 rs9782984 T C 1155.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.1396;MQ=51.10;MQ0=0;QD=25.68;SB=-630.524;SBQD=12.729;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-0.2522;VQSLOD=3.5139 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1189,108,0
|
|
1 16259813 rs848210 A G 1143.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;QD=27.89;SB=-566.947;SBQD=-7.799;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.6981;VQSLOD=6.5130 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1177,105,0
|
|
1 16310183 rs848313 C T 2439.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.36;SB=-944.962;SBQD=3.402;SBpi=1.1274;SBpiQual=1.4049;VQSLOD=7.9269 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2473,196,0
|
|
1 16311027 rs1739812 C A 1995.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.89;MQ0=0;QD=31.68;SB=-1093.733;SBQD=3.265;SBpi=0.0630;SBpiQual=0.1049;VQSLOD=7.0001 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2029,160,0
|
|
1 16314269 rs864240 A G 594.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6517;MQ=49.63;MQ0=0;QD=16.06;SB=-500.306;SBQD=1.159;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.6122;VQSLOD=5.1490 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:60.11:627,60,0
|
|
1 16314957 rs848299 T A 2078.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.27;MQ0=0;QD=31.49;SB=-901.150;SBQD=2.166;SBpi=0.9847;SBpiQual=1.1987;VQSLOD=6.9798 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2111,169,0
|
|
1 16319105 rs59454432 A G 616.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.5946;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.363;SB=-353.420;SBQD=0.871;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.3672;VQSLOD=4.3399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:647,0,621
|
|
1 16326175 rs1739826 C T 1379.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.91;MQ0=0;QD=29.34;SB=-777.630;SBQD=0.028;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.3448;VQSLOD=6.7016 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1412,120,0
|
|
1 16348412 rs945425 T C 759.93 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.697;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=12.06;ReadPosRankSum=1.067;SB=-400.009;SBQD=1.206;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.4205;VQSLOD=5.1429 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:63:99:790,0,591
|
|
1 16353482 . A G 172.14 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=11.48;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-113.870;SBQD=0.227;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2827;VQSLOD=2.6669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:202,0,181
|
|
1 16360550 rs7365925 C G 487.95 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.181;HRun=1;HaplotypeScore=2.6191;MQ=44.72;MQ0=4;MQRankSum=-2.322;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-162.148;SBQD=6.529;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.3390;VQSLOD=1.5486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:518,0,769
|
|
1 16365139 rs35979645 A G 516.59 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.494;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.424;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.820;SB=-300.682;SBQD=-2.996;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.3820;VQSLOD=5.3942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:547,0,659
|
|
1 16369876 rs2863435 C T 742.40 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=15.125;HRun=1;HaplotypeScore=2.6381;MQ=53.99;MQ0=1;MQRankSum=-1.245;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.089;SB=-182.382;SBQD=14.092;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.8523;VQSLOD=3.2332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:772,0,872
|
|
1 16375510 rs11588392 G A 577.49 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.574;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=12.058;HRun=1;HaplotypeScore=4.6795;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-213.178;SBQD=9.895;SBpi=0.9383;SBpiQual=0.8609;VQSLOD=3.2910 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:607,0,514
|
|
1 16378215 rs5252 C T 359.33 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.032;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.342;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-206.964;SBQD=0.512;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.4561;VQSLOD=3.3698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:389,0,478
|
|
1 16378954 rs56112410 G A 165.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=6.379;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=45.94;MQ0=1;MQRankSum=-5.735;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.092;SB=-110.003;SBQD=-7.180;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.0224;VQSLOD=-4.2418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:196,0,880
|
|
1 16378991 rs56361591 G A 304.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8893;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.040;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.890;SB=-267.293;SBQD=3.132;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.0439;VQSLOD=0.5033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:335,0,568
|
|
1 16385698 rs2019460 A G 1943.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.38;MQ0=7;QD=28.59;SB=-1016.325;SBQD=2.865;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.3886;VQSLOD=5.5757 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1977,171,0
|
|
1 16388646 rs2863456 T C 235.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.995;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=33.77;MQ0=3;MQRankSum=-1.874;QD=5.01;ReadPosRankSum=1.827;SB=-103.291;SBQD=-6.864;SBpi=-1.4924;SBpiQual=-1.5205;VQSLOD=0.3687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:265,0,689
|
|
1 16414526 rs28625013 G A 1116.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=23.76;SB=-806.289;SBQD=-0.068;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.2258;VQSLOD=4.1450 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:90.28:1150,90,0
|
|
1 16441728 rs11260867 C G 1707.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.1665;MQ=59.21;MQ0=0;QD=32.21;SB=-698.770;SBQD=2.354;SBpi=0.8928;SBpiQual=1.0823;VQSLOD=3.9740 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1740,141,0
|
|
1 16465370 . C T 321.42 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;DP=38;Dels=0.00;FS=10.405;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.058;SB=-276.165;SBQD=7.977;SBpi=0.1147;SBpiQual=-0.1265;VQSLOD=3.6851 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:351,0,215
|
|
1 16495094 rs6684117 G A 1551.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.05;MQ0=0;QD=29.83;SB=-919.155;SBQD=-3.408;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1607;VQSLOD=6.6864 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1584,126,0
|
|
1 16508059 rs12562207 G A 685.17 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.781;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9298;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.475;SB=-420.600;SBQD=2.011;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.1253;VQSLOD=4.6948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:715,0,563
|
|
1 16509029 rs1007887 C T 550.11 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.330;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-258.012;SBQD=0.299;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.9128;VQSLOD=5.3426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:580,0,730
|
|
1 16515805 rs6656611 T C 910.49 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.974;HRun=0;HaplotypeScore=3.5391;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-598.179;SBQD=3.060;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0329;VQSLOD=3.6982 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:940,0,860
|
|
1 16516859 rs6683033 C T 1550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;QD=32.29;SB=-908.065;SBQD=-2.152;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.0619;VQSLOD=7.3987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1583,123,0
|
|
1 16518170 rs12757462 G C 1289.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4435;MQ=50.21;MQ0=0;QD=29.98;SB=-652.933;SBQD=-0.835;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.2483;VQSLOD=3.7010 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1322,114,0
|
|
1 16523767 rs221029 C G 664.32 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.114;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.552;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=13.84;ReadPosRankSum=1.103;SB=-234.720;SBQD=5.988;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.9056;VQSLOD=5.1006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:694,0,639
|
|
1 16564863 rs11260710 A G 2641.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.66;MQ0=0;QD=31.83;SB=-1365.891;SBQD=-2.114;SBpi=-0.2744;SBpiQual=-0.4230;VQSLOD=6.4680 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:2675,214,0
|
|
1 16583478 rs12136429 T A 2002.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=35.76;ReadPosRankSum=0.124;SB=-989.145;SBQD=4.339;SBpi=0.0674;SBpiQual=0.2261;VQSLOD=8.5382 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:2035,157,0
|
|
1 16592683 rs11260714 T A 1682.07 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=20.27;SB=-1096.329;SBQD=-6.908;SBpi=-0.3842;SBpiQual=-0.7053;VQSLOD=1.9229 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:1715,156,0
|
|
1 16607969 rs11260715 T G 935.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.10;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=1.985;HRun=0;HaplotypeScore=12.8190;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.894;SB=-342.158;SBQD=14.647;SBpi=1.2910;SBpiQual=1.9211;VQSLOD=-1.0838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,60:67:2.20:965,2,0
|
|
1 16623658 rs12724301 C G 899.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=34.59;SB=-0.007;SBQD=34.954;SBpi=2.5495;SBpiQual=2.6599;VQSLOD=5.7804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.18:932,78,0
|
|
1 16628107 rs12068487 A G 1028.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5740;MQ=59.69;MQ0=0;QD=26.37;SB=-581.920;SBQD=-7.709;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.1516;VQSLOD=3.9438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:99:1061,99,0
|
|
1 16634923 rs11583228 C T 1561.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.27;MQ0=0;QD=25.60;SB=-979.564;SBQD=-2.343;SBpi=-0.3201;SBpiQual=-0.3989;VQSLOD=4.5902 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1594,132,0
|
|
1 16663436 rs12141079 T C 1559.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.26;MQ0=0;QD=28.36;SB=-702.593;SBQD=1.494;SBpi=-0.8765;SBpiQual=-0.6429;VQSLOD=6.1085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1593,144,0
|
|
1 16678564 . G C 1125.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=30.41;SB=-400.966;SBQD=-1.282;SBpi=-1.2330;SBpiQual=-1.2660;VQSLOD=4.9120 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:96.26:1158,96,0
|
|
1 16679075 rs11260734 A G 724.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.5317;MQ=57.87;MQ0=0;QD=32.93;SB=-0.007;SBQD=34.649;SBpi=2.3452;SBpiQual=2.4597;VQSLOD=3.9782 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:63.15:757,63,0
|
|
1 16716374 rs612727 T C 2145.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.28;MQ0=0;QD=33.52;SB=-1139.826;SBQD=-0.361;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.2027;VQSLOD=7.2370 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2179,175,0
|
|
1 16738050 rs10907227 G C 1085.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4679;MQ=51.41;MQ0=0;QD=19.39;SB=-764.043;SBQD=5.521;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.6392;VQSLOD=3.3743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:93.27:1119,93,0
|
|
1 16780624 rs6679656 G A 851.29 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.828;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.160;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.888;QD=14.43;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-427.434;SBQD=-6.860;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1859;VQSLOD=5.2876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:881,0,749
|
|
1 16786636 rs1746722 G C 536.52 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.281;SB=-227.286;SBQD=2.860;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.0262;VQSLOD=4.2930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:567,0,988
|
|
1 16794917 rs149565 C T 1162.46 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=10.062;HRun=0;HaplotypeScore=2.9886;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.344;SB=-454.013;SBQD=7.058;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.8229;VQSLOD=4.7643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1192,0,976
|
|
1 16796721 rs157252 A C 959.32 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.980;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=14.54;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-533.560;SBQD=5.177;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0373;VQSLOD=5.8010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:989,0,879
|
|
1 16812573 rs3888219 A G 178.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=21.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.23;MQ0=4;MQRankSum=-3.962;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.745;SB=39.142;SBQD=-6.470;SBpi=-1.7056;SBpiQual=-1.9156;VQSLOD=-2.6845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,22:101:99:209,0,2021
|
|
1 16823699 rs57795698 C T 380.72 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6828;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-234.924;SBQD=3.937;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.4040;VQSLOD=3.4515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:411,0,330
|
|
1 16828614 rs156868 T C 1309.66 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.813;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=14.503;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.494;SB=-531.518;SBQD=10.548;SBpi=0.2100;SBpiQual=0.6420;VQSLOD=5.3721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:1340,0,1318
|
|
1 16832944 . G A 53.55 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DP=172;Dels=0.00;FS=27.275;HRun=0;HaplotypeScore=62.1914;MQ=43.12;MQ0=0;MQRankSum=-3.770;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.302;SB=132.371;SBQD=2.312;SBpi=2.1320;SBpiQual=2.2601;VQSLOD=-104.2557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,21:172:83.54:84,0,3480
|
|
1 16833487 rs3983015 G A 4204.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.250;DB;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=4.841;HRun=3;HaplotypeScore=4.8669;MQ=38.08;MQ0=1;MQRankSum=-4.496;QD=16.95;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-1165.973;SBQD=-2.422;SBpi=-2.4001;SBpiQual=-2.8579;VQSLOD=-4.0542 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,141:248:99:3532,0,2827
|
|
1 16834255 rs2781582 G A 278.41 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=38.550;HRun=0;HaplotypeScore=20.0930;MQ=41.19;MQ0=12;MQRankSum=-7.616;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.316;SB=42.600;SBQD=8.710;SBpi=2.5065;SBpiQual=2.7460;VQSLOD=-44.2020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:308,0,1564
|
|
1 16835371 rs6680235 G A 1727.76 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.946;DB;DP=189;Dels=0.00;FS=125.584;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=13;MQRankSum=-11.242;QD=9.14;ReadPosRankSum=3.709;SB=99.299;SBQD=13.502;SBpi=4.8790;SBpiQual=5.3177;VQSLOD=-22.7552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,118:189:99:1758,0,2252
|
|
1 16837369 rs3872292 T A 178.87 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DB;DP=238;DS;Dels=0.00;FS=3.236;HRun=5;HaplotypeScore=42.1724;MQ=19.79;MQ0=72;MQRankSum=-0.340;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-63.349;SBQD=1.062;SBpi=1.0321;SBpiQual=1.2999;VQSLOD=-58.1819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,46:238:99:209,0,2444
|
|
1 16837401 rs3962365 C A 1116.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.660;DB;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=3.858;HRun=0;HaplotypeScore=24.7988;MQ=24.79;MQ0=32;MQRankSum=0.484;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.287;SB=-590.774;SBQD=-1.867;SBpi=1.0541;SBpiQual=1.1552;VQSLOD=-11.8646 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,90:246:99:1147,0,2532
|
|
1 16838303 rs28533513 T G 1895.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.270;DB;DP=238;DS;Dels=0.00;FS=70.271;HRun=0;HaplotypeScore=9.2141;MQ=34.79;MQ0=20;MQRankSum=-3.353;QD=7.96;ReadPosRankSum=2.484;SB=102.190;SBQD=-10.593;SBpi=-4.3887;SBpiQual=-4.7792;VQSLOD=-12.9896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,96:238:99:1925,0,3700
|
|
1 16839925 rs2083689 A G 1309.76 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;DB;DP=166;Dels=0.00;FS=9.782;HRun=0;HaplotypeScore=17.8053;MQ=44.12;MQ0=7;MQRankSum=-10.565;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.508;SB=-223.321;SBQD=-7.698;SBpi=-2.9848;SBpiQual=-3.2421;VQSLOD=-50.7721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,88:166:99:1340,0,2443
|
|
1 16842114 rs1133147 G A 1352.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=10.947;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.186;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=35.51;MQ0=6;MQRankSum=-2.719;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.934;SB=-683.803;SBQD=1.202;SBpi=0.3054;SBpiQual=0.3472;VQSLOD=0.6584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,67:250:99:1382,0,4734
|
|
1 16842448 rs3982351 G A 736.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DB;DP=196;DS;Dels=0.00;FS=16.002;HRun=0;HaplotypeScore=11.5821;MQ=37.45;MQ0=7;MQRankSum=-3.659;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.430;SB=-368.427;SBQD=4.327;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0303;VQSLOD=-10.4373 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,45:196:99:767,0,3612
|
|
1 16844427 rs156907 A G 520.54 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.970;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.115;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.697;SB=-258.891;SBQD=-0.157;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.0848;VQSLOD=5.0241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:551,0,901
|
|
1 16856847 . C G 504.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.257;DP=127;Dels=0.00;FS=62.233;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=32.20;MQ0=33;MQRankSum=-7.246;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.566;SB=84.174;SBQD=7.368;SBpi=2.5400;SBpiQual=2.7836;VQSLOD=-10.7123 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,62:127:99:534,0,1331
|
|
1 16857419 . T C 149.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;DP=81;Dels=0.00;FS=69.439;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.15;MQ0=0;MQRankSum=-7.279;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.834;SB=38.303;SBQD=-10.665;SBpi=-2.5065;SBpiQual=-2.5556;VQSLOD=-9.2498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:179,0,1174
|
|
1 16857763 . C G 651.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DP=107;Dels=0.00;FS=63.836;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=37.57;MQ0=0;MQRankSum=-7.943;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.670;SB=-160.984;SBQD=9.113;SBpi=1.8464;SBpiQual=1.9826;VQSLOD=-10.4673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,66:107:99:681,0,1047
|
|
1 16858235 . C G 530.19 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.488;DP=143;DS;Dels=0.00;FS=4.478;HRun=1;HaplotypeScore=35.8467;MQ=42.25;MQ0=1;MQRankSum=-8.034;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.929;SB=-239.230;SBQD=1.528;SBpi=1.8750;SBpiQual=2.0051;VQSLOD=-70.5833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,64:143:99:560,0,1577
|
|
1 16858261 . G A 700.85 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=137;Dels=0.00;FS=13.735;HRun=1;HaplotypeScore=20.0509;MQ=40.99;MQ0=2;MQRankSum=-9.220;QD=5.12;ReadPosRankSum=-2.134;SB=-293.838;SBQD=4.615;SBpi=2.5195;SBpiQual=2.8313;VQSLOD=-53.3638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,87:137:99:731,0,1338
|
|
1 16861562 rs2991726 A C 487.84 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.602;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=3.539;HRun=0;HaplotypeScore=65.3870;MQ=35.36;MQ0=11;MQRankSum=-6.994;QD=4.36;ReadPosRankSum=2.392;SB=-265.333;SBQD=0.558;SBpi=-1.8116;SBpiQual=-1.5080;VQSLOD=-131.6844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,58:112:99:518,0,927
|
|
1 16862186 rs6698704 G A 97.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.892;DB;DP=188;Dels=0.00;FS=1.076;HRun=0;HaplotypeScore=3.6655;MQ=40.43;MQ0=23;MQRankSum=-0.192;QD=0.52;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-1.261;SBQD=0.256;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.4931;VQSLOD=-1.3016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,20:188:99:127,0,3548
|
|
1 16870643 rs4091710 C G 1147.32 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DB;DP=235;DS;Dels=0.00;FS=2.341;HRun=0;HaplotypeScore=52.3602;MQ=42.36;MQ0=33;MQRankSum=2.990;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-411.372;SBQD=1.740;SBpi=-1.4969;SBpiQual=-1.6310;VQSLOD=-69.6492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,54:235:99:1177,0,3765
|
|
1 16871041 rs156872 A G 533.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.097;DB;DP=149;Dels=0.00;FS=1.744;HRun=3;HaplotypeScore=1.7998;MQ=42.95;MQ0=15;MQRankSum=0.754;QD=3.58;ReadPosRankSum=-3.433;SB=-243.889;SBQD=0.035;SBpi=-1.0104;SBpiQual=-1.3607;VQSLOD=-1.6147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,48:149:99:564,0,2731
|
|
1 16874446 . C A 93.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=22.55;MQ0=21;MQRankSum=-3.874;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-0.007;SBQD=-0.785;SBpi=-1.7889;SBpiQual=-1.7558;VQSLOD=-3.4245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,20:76:99:124,0,389
|
|
1 16881425 rs2584517 T C 237.31 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.74;MQ0=50;QD=4.09;SB=-116.244;SBQD=-1.761;SBpi=-0.0781;SBpiQual=0.2319;VQSLOD=1.6448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,41:58:24.06:270,24,0
|
|
1 16885565 . C G 357.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.843;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=36.76;MQ0=25;MQRankSum=1.254;QD=1.43;ReadPosRankSum=2.683;SB=-245.697;SBQD=-0.962;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0277;VQSLOD=-1.4473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,46:250:99:388,0,5000
|
|
1 16887590 rs6693859 C A 467.13 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.578;DB;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=4.347;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.86;MQ0=1;MQRankSum=1.021;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.089;SB=-278.161;SBQD=-1.545;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0656;VQSLOD=1.7689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,37:243:99:497,0,6070
|
|
1 16888712 rs2779433 T A 2450.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.925;DB;DP=234;DS;Dels=0.02;FS=6.255;HRun=0;HaplotypeScore=12.7734;MQ=52.52;MQ0=1;MQRankSum=1.576;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-1342.671;SBQD=2.825;SBpi=0.7770;SBpiQual=0.9649;VQSLOD=-0.0114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,106:234:99:2481,0,3454
|
|
1 16888857 rs1621733 C A 1192.72 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.709;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.145;HRun=4;HaplotypeScore=54.8353;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=4.77;ReadPosRankSum=-2.275;SB=-685.919;SBQD=2.653;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.3266;VQSLOD=-91.3657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,62:250:99:1223,0,6059
|
|
1 16893984 . C T 268.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.862;DP=191;DS;Dels=0.00;FS=11.795;HRun=0;HaplotypeScore=1.7653;MQ=23.29;MQ0=23;MQRankSum=-1.817;QD=1.41;ReadPosRankSum=2.393;SB=80.891;SBQD=-3.402;SBpi=-3.5355;SBpiQual=-3.8654;VQSLOD=-5.1864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,50:191:99:299,0,2599
|
|
1 16900638 . G A 46.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=1.861;HRun=0;HaplotypeScore=7.0352;MQ=37.73;MQ0=22;MQRankSum=-0.330;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-61.313;SBQD=0.176;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.6469;VQSLOD=-2.9041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,26:244:76.42:76,0,5008
|
|
1 16904697 rs12030904 G T 1094.34 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.329;DB;DP=230;DS;Dels=0.00;FS=2.877;HRun=1;HaplotypeScore=4.2768;MQ=36.56;MQ0=22;MQRankSum=1.404;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-673.272;SBQD=1.453;SBpi=0.2023;SBpiQual=-0.1182;VQSLOD=1.8752 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,54:230:99:1124,0,4249
|
|
1 16905492 rs28593516 T C 873.52 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.104;DB;DP=233;Dels=0.00;FS=2.250;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=32.55;MQ0=36;MQRankSum=-0.269;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.658;SB=-407.115;SBQD=-0.540;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.3591;VQSLOD=2.2274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,46:233:99:904,0,4423
|
|
1 16908080 rs2119896 G A 123.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DB;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=14.581;HRun=0;HaplotypeScore=9.4130;MQ=41.29;MQ0=15;MQRankSum=-7.117;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.328;SB=19.290;SBQD=-1.844;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8447;VQSLOD=-14.0044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,54:242:99:154,0,6179
|
|
1 16910936 rs4112507 G A 370.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.540;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=5.618;HRun=1;HaplotypeScore=14.4959;MQ=19.40;MQ0=40;MQRankSum=4.062;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.691;SB=-202.990;SBQD=0.305;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.3972;VQSLOD=-4.9133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,21:111:99:401,0,367
|
|
1 16912593 rs12129152 G A 144.92 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.898;DB;DP=151;Dels=0.00;FS=8.405;HRun=0;HaplotypeScore=30.1528;MQ=44.79;MQ0=6;MQRankSum=-4.315;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.861;SB=-31.459;SBQD=-1.561;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1037;VQSLOD=-31.5846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,33:151:99:175,0,3011
|
|
1 16913242 rs28709273 C T 134.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DB;DP=145;Dels=0.00;FS=5.111;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=17.83;MQ0=49;MQRankSum=0.351;QD=0.92;ReadPosRankSum=2.037;SB=15.012;SBQD=-2.445;SBpi=-2.1760;SBpiQual=-2.3042;VQSLOD=-1.6050 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,33:145:99:164,0,403
|
|
1 16914306 rs1967910 A G 2175.47 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.394;DB;DP=218;DS;Dels=0.00;FS=13.560;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=31.07;MQ0=70;MQRankSum=0.083;QD=9.98;ReadPosRankSum=2.767;SB=-884.928;SBQD=-0.102;SBpi=-1.1331;SBpiQual=-1.0815;VQSLOD=3.8131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,103:218:99:2205,0,1664
|
|
1 16915513 . C G 642.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DP=204;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7870;MQ=10.14;MQ0=162;MQRankSum=5.141;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.117;SB=-0.007;SBQD=-7.936;SBpi=-1.2010;SBpiQual=-1.2332;VQSLOD=-1.1909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:165,38:204:60.16:676,60,0
|
|
1 16916852 . A G 75.24 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.433;DP=151;Dels=0.00;FS=10.700;HRun=1;HaplotypeScore=21.0756;MQ=34.84;MQ0=19;MQRankSum=-3.699;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.388;SB=-4.755;SBQD=1.940;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2173;VQSLOD=-20.5643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,33:151:99:105,0,2450
|
|
1 16917490 rs686623 T G 1008.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DB;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=12.698;HRun=0;HaplotypeScore=6.1841;MQ=34.54;MQ0=49;MQRankSum=-3.765;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.938;SB=-237.645;SBQD=-4.630;SBpi=-1.5386;SBpiQual=-1.7938;VQSLOD=-3.9871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,115:246:99:1039,0,3916
|
|
1 16917731 . G C 681.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.969;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=2.206;HRun=1;HaplotypeScore=19.1005;MQ=33.95;MQ0=14;MQRankSum=0.625;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.823;SB=-203.196;SBQD=1.935;SBpi=1.2990;SBpiQual=1.5994;VQSLOD=-9.8471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,48:246:99:712,0,4141
|
|
1 16917927 rs11260812 C T 436.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.124;DB;DP=120;DS;Dels=0.00;FS=5.453;HRun=2;HaplotypeScore=1.9315;MQ=20.96;MQ0=29;MQRankSum=-2.855;QD=3.64;ReadPosRankSum=-2.244;SB=-68.093;SBQD=-4.057;SBpi=-2.5236;SBpiQual=-2.6565;VQSLOD=-1.6458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,76:120:99:466,0,762
|
|
1 16920002 rs3851917 G C 5464.07 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=3.922;HRun=0;HaplotypeScore=5.2981;MQ=58.06;MQ0=1;MQRankSum=-0.398;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-2336.987;SBQD=2.078;SBpi=-0.8538;SBpiQual=-0.9113;VQSLOD=2.0522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,166:249:99:4795,0,2272
|
|
1 16922752 rs638581 A G 2448.63 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=224;DS;Dels=0.00;FS=3.322;HRun=0;HaplotypeScore=54.2106;MQ=55.89;MQ0=7;MQRankSum=-0.486;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.540;SB=-850.556;SBQD=2.680;SBpi=1.7588;SBpiQual=2.0334;VQSLOD=-67.7955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,99:224:99:2479,0,3496
|
|
1 16925781 rs383950 G C 1292.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DB;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=3.570;HRun=0;HaplotypeScore=6.0656;MQ=53.71;MQ0=4;MQRankSum=2.434;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-620.851;SBQD=1.729;SBpi=0.0674;SBpiQual=0.0894;VQSLOD=1.3612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,54:247:99:1323,0,5299
|
|
1 16930068 rs3863799 C A 985.22 PASS AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.144;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.567;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.424;SB=-626.681;SBQD=0.063;SBpi=-0.0674;SBpiQual=-0.0021;VQSLOD=2.6221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,55:250:99:1015,0,5463
|
|
1 16932051 rs8661 T A 1223.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.192;DB;DP=222;DS;Dels=0.00;FS=10.915;HRun=1;HaplotypeScore=8.4688;MQ=59.59;MQ0=1;MQRankSum=-0.221;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-464.321;SBQD=4.102;SBpi=0.6181;SBpiQual=0.7671;VQSLOD=0.9811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,52:222:99:1254,0,5021
|
|
1 16932931 rs2779482 C A 4855.05 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.158;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=1.014;HRun=1;HaplotypeScore=39.9569;MQ=48.71;MQ0=1;MQRankSum=-9.906;QD=19.50;ReadPosRankSum=1.050;SB=-2180.522;SBQD=-0.581;SBpi=-0.3223;SBpiQual=-0.1937;VQSLOD=-100.5996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,154:249:99:4177,0,2658
|
|
1 16935355 rs10907250 G A 807.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.151;DB;DP=226;DS;Dels=0.00;FS=2.919;HRun=0;HaplotypeScore=5.4191;MQ=51.89;MQ0=2;MQRankSum=-0.505;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-543.652;SBQD=-1.351;SBpi=0.2774;SBpiQual=0.2916;VQSLOD=0.2909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,52:226:99:837,0,4487
|
|
1 16936643 rs849706 G T 5787.69 PASS AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.151;DB;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=1.693;HRun=0;HaplotypeScore=2.5160;MQ=58.61;MQ0=1;MQRankSum=2.815;QD=23.34;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-2750.473;SBQD=-1.801;SBpi=-0.3068;SBpiQual=-0.3560;VQSLOD=2.7636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,170:247:99:5131,0,1970
|
|
1 16938687 rs11260828 C T 1603.36 PASS AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.753;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.245;HRun=0;HaplotypeScore=2.5830;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.106;SB=-886.630;SBQD=-1.655;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0511;VQSLOD=3.6782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,66:250:99:1633,0,5584
|
|
1 16940524 rs2209175 T C 6576.36 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.10;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.696;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.272;HRun=0;HaplotypeScore=4.7164;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.433;QD=26.31;ReadPosRankSum=0.433;SB=-3106.852;SBQD=-Infinity;SBpi=-1.1973;SBpiQual=-0.5071;VQSLOD=1.7249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,226:250:50.03:5937,0,50
|
|
1 16946854 rs2761552 A G 4363.20 PASS AB=0.12;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.473;DB;DP=165;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=0;HaplotypeScore=4.0856;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=26.44;ReadPosRankSum=-2.009;SB=-2117.344;SBQD=-3.679;SBpi=0.6621;SBpiQual=0.0905;VQSLOD=2.6906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,146:165:99:3932,0,129
|
|
1 16949958 rs4661867 C G 988.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.717;DB;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=29.6541;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=2.465;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.908;SB=-555.688;SBQD=0.325;SBpi=-0.2774;SBpiQual=-0.3357;VQSLOD=-19.6558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:196,52:248:99:1018,0,5917
|
|
1 16955289 rs10157908 A G 47.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.174;DB;DP=243;Dels=0.00;FS=5.276;HRun=0;HaplotypeScore=1.6624;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=0.19;ReadPosRankSum=0.435;SB=9.980;SBQD=-1.578;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.3679;VQSLOD=-0.3662 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,27:243:77.56:78,0,5995
|
|
1 16955438 rs10157917 A G 299.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.565;DB;DP=217;Dels=0.00;FS=17.021;HRun=2;HaplotypeScore=1.7074;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.500;SB=72.525;SBQD=-3.349;SBpi=-1.2070;SBpiQual=-1.4249;VQSLOD=0.2965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,29:217:99:329,0,5828
|
|
1 16956010 rs849698 C T 1756.97 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.740;DB;DP=226;Dels=0.00;FS=13.400;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=1.787;QD=7.77;ReadPosRankSum=2.561;SB=-793.263;SBQD=-4.267;SBpi=-2.0603;SBpiQual=-2.4069;VQSLOD=1.8850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,99:226:99:1787,0,3000
|
|
1 16957446 rs698883 T G 604.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.08;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.767;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=8.135;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=48.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.662;QD=15.50;ReadPosRankSum=-0.870;SB=1.561;SBQD=-28.324;SBpi=-2.8333;SBpiQual=-2.8573;VQSLOD=-0.6727 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,36:39:10.20:634,0,10
|
|
1 16959814 rs1759187 C T 736.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DB;DP=226;Dels=0.00;FS=7.268;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.412;QD=3.24;ReadPosRankSum=-2.408;SB=-391.947;SBQD=2.973;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.4163;VQSLOD=-1.5259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,49:226:99:766,0,3880
|
|
1 16960868 rs849693 A C 905.96 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;DB;DP=238;DS;Dels=0.00;FS=7.364;HRun=1;HaplotypeScore=130.9115;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=2.001;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.717;SB=-352.276;SBQD=3.559;SBpi=-0.0674;SBpiQual=0.6457;VQSLOD=-465.1266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,55:238:99:936,0,4619
|
|
1 16961526 rs1762955 T A 360.98 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.448;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=4.529;HRun=4;HaplotypeScore=41.8697;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.643;SB=-127.471;SBQD=1.827;SBpi=1.5212;SBpiQual=1.4397;VQSLOD=-50.4756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,39:249:99:391,0,6913
|
|
1 16966512 rs4661873 A G 1638.60 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-11.197;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=11.456;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=2.991;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.487;SB=-899.548;SBQD=1.767;SBpi=0.5063;SBpiQual=-0.0722;VQSLOD=2.9198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,79:250:99:1669,0,5821
|
|
1 16972300 . C T 953.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.274;DP=235;Dels=0.00;FS=2.909;HRun=2;HaplotypeScore=25.0909;MQ=51.95;MQ0=7;MQRankSum=-2.498;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.135;SB=-426.974;SBQD=-2.034;SBpi=-0.2060;SBpiQual=-0.2786;VQSLOD=-18.0566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,53:235:99:983,0,5330
|
|
1 16973198 . G A 32.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DP=182;Dels=0.00;FS=48.838;HRun=1;HaplotypeScore=7.2189;MQ=40.94;MQ0=20;MQRankSum=-6.402;QD=0.18;ReadPosRankSum=0.539;SB=222.670;SBQD=1.918;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.0861;VQSLOD=-10.1652 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,35:182:62.03:62,0,3209
|
|
1 16973919 . A G 565.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=230;Dels=0.00;FS=8.909;HRun=1;HaplotypeScore=7.5172;MQ=35.62;MQ0=3;MQRankSum=-4.612;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.672;SB=-267.204;SBQD=2.041;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.1602;VQSLOD=-7.2857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,48:230:99:596,0,4182
|
|
1 16974869 rs4570422 G C 387.24 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=133.6171;MQ=43.71;MQ0=5;MQRankSum=2.534;QD=3.52;ReadPosRankSum=-3.756;SB=-287.155;SBQD=-0.952;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.7213;VQSLOD=-522.6601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,34:110:99:417,0,1313
|
|
1 16978559 rs1736751 G A 179.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.400;DB;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=72.012;HRun=0;HaplotypeScore=1.9650;MQ=49.21;MQ0=0;MQRankSum=-10.768;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.720;SB=285.656;SBQD=-3.471;SBpi=-3.7081;SBpiQual=-3.9550;VQSLOD=-19.7808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,55:246:99:209,0,5786
|
|
1 16979512 . C G 447.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=10.155;HRun=0;HaplotypeScore=2.4021;MQ=19.38;MQ0=151;MQRankSum=1.077;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-57.874;SBQD=3.124;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.6421;VQSLOD=-1.2769 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,55:250:99:477,0,1722
|
|
1 16985489 . G A 759.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=9.69;MQ0=160;QD=3.58;SB=-82.998;SBQD=5.115;SBpi=1.5807;SBpiQual=1.6400;VQSLOD=-0.7005 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,184:212:87.06:792,87,0
|
|
1 17001819 . T C 201.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=202;Dels=0.00;FS=12.215;HRun=3;HaplotypeScore=0.9159;MQ=28.19;MQ0=52;MQRankSum=1.230;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.974;SB=56.805;SBQD=-2.558;SBpi=-1.6330;SBpiQual=-1.7406;VQSLOD=-0.8482 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,24:202:99:232,0,3295
|
|
1 17005963 . C T 47.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.455;DP=85;Dels=0.00;FS=5.987;HRun=1;HaplotypeScore=2.7966;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-6.619;QD=0.56;ReadPosRankSum=2.621;SB=90.282;SBQD=2.903;SBpi=2.1794;SBpiQual=2.3875;VQSLOD=-9.4325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,19:85:77.96:78,0,2176
|
|
1 17005967 . C A 35.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.059;DP=89;Dels=0.00;FS=5.903;HRun=2;HaplotypeScore=1.8100;MQ=53.47;MQ0=0;MQRankSum=-6.663;QD=0.40;ReadPosRankSum=2.678;SB=93.292;SBQD=2.597;SBpi=2.1794;SBpiQual=2.3629;VQSLOD=-9.2285 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,19:89:65.93:66,0,2296
|
|
1 17006360 rs2610598 A G 2261.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=56.46;MQ0=0;QD=33.75;SB=-1199.730;SBQD=0.338;SBpi=-0.1833;SBpiQual=-0.0897;VQSLOD=7.5354 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2294,181,0
|
|
1 17007114 rs61772147 G A 508.93 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.201;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=1.153;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=37.90;MQ0=5;MQRankSum=-1.889;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-201.786;SBQD=0.810;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.8123;VQSLOD=2.7235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:539,0,937
|
|
1 17008859 . C T 601.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=121;Dels=0.00;FS=14.299;HRun=1;HaplotypeScore=1.8801;MQ=17.15;MQ0=80;MQRankSum=-0.633;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-288.974;SBQD=0.829;SBpi=0.9286;SBpiQual=0.9784;VQSLOD=0.2338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,49:121:99:632,0,271
|
|
1 17009456 . T C 1017.50 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;DP=101;Dels=0.00;FS=0.847;HRun=0;HaplotypeScore=2.5743;MQ=40.31;MQ0=4;MQRankSum=0.483;QD=10.07;ReadPosRankSum=-2.349;SB=-515.479;SBQD=-3.680;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.6021;VQSLOD=2.1706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:101:99:1047,0,1143
|
|
1 17013191 rs2786826 A G 1885.42 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DB;DP=115;Dels=0.00;FS=3.568;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=16.39;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-1109.381;SBQD=-3.364;SBpi=0.1780;SBpiQual=0.1047;VQSLOD=4.3361 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,71:115:99:1915,0,1275
|
|
1 17014635 rs2761486 T C 1738.23 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.162;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=10.899;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-857.148;SBQD=-2.261;SBpi=-0.6719;SBpiQual=-0.2181;VQSLOD=5.3945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,67:132:99:1768,0,1734
|
|
1 17014739 rs643129 A C 2484.74 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;DB;DP=161;Dels=0.00;FS=4.710;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=2.188;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-1377.252;SBQD=-3.795;SBpi=0.2157;SBpiQual=0.1457;VQSLOD=3.7533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,86:161:99:2515,0,2347
|
|
1 17017675 rs2743471 C A 2189.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6439;MQ=57.48;MQ0=0;QD=28.43;SB=-811.629;SBQD=8.905;SBpi=1.1471;SBpiQual=1.5915;VQSLOD=5.2752 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2222,178,0
|
|
1 17019120 rs673867 C T 490.53 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.840;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-0.007;SBQD=13.470;SBpi=2.1794;SBpiQual=2.3541;VQSLOD=2.3199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:521,0,627
|
|
1 17023376 rs613579 C T 1402.53 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.108;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=3.1638;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.389;SB=-824.103;SBQD=3.665;SBpi=0.6350;SBpiQual=0.6845;VQSLOD=4.2950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,62:110:99:1433,0,1063
|
|
1 17024167 rs1236826 T C 3055.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.7748;MQ=54.32;MQ0=5;QD=29.10;SB=-1338.781;SBQD=-5.509;SBpi=-0.5367;SBpiQual=-0.7602;VQSLOD=3.9700 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3089,253,0
|
|
1 17030849 rs4661411 C T 1613.20 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.564;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=10.688;HRun=1;HaplotypeScore=3.5466;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.519;QD=14.53;ReadPosRankSum=-2.058;SB=-577.790;SBQD=7.802;SBpi=0.9526;SBpiQual=1.1195;VQSLOD=1.5469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:1643,0,1465
|
|
1 17031585 rs2610645 T C 1043.97 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=2.911;HRun=0;HaplotypeScore=2.2337;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.586;QD=11.23;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-584.843;SBQD=-3.282;SBpi=0.9102;SBpiQual=0.8950;VQSLOD=2.9399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:1074,0,1033
|
|
1 17032817 rs10907271 C T 1704.64 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.020;DB;DP=122;Dels=0.00;FS=4.531;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.626;SB=-1004.783;SBQD=-2.132;SBpi=-0.1861;SBpiQual=-0.1498;VQSLOD=5.8416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,65:122:99:1735,0,1274
|
|
1 17036132 rs11260899 G A 1283.81 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=4.985;HRun=0;HaplotypeScore=4.9364;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-715.509;SBQD=-3.859;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.4386;VQSLOD=2.9733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:1314,0,1407
|
|
1 17038476 rs9728041 T C 1119.77 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.382;DB;DP=116;Dels=0.00;FS=6.025;HRun=1;HaplotypeScore=3.1596;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.375;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-513.040;SBQD=5.807;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.6872;VQSLOD=1.9939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,49:116:99:1150,0,1784
|
|
1 17039651 rs1765594 T C 2079.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9048;MQ=55.13;MQ0=0;QD=25.05;SB=-1133.459;SBQD=7.456;SBpi=0.2744;SBpiQual=0.8937;VQSLOD=3.1991 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2113,183,0
|
|
1 17042486 rs9729692 T G 873.67 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.324;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=2.946;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=55.76;MQ0=3;MQRankSum=-0.353;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.593;SB=-280.775;SBQD=2.850;SBpi=1.4230;SBpiQual=1.5346;VQSLOD=2.4263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,39:104:99:904,0,1878
|
|
1 17046107 rs1755331 A G 1052.03 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.379;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=6.364;HRun=0;HaplotypeScore=3.0535;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.817;SB=-383.769;SBQD=-2.447;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.4253;VQSLOD=3.6784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:1082,0,1401
|
|
1 17052153 rs55654817 T C 4570.24 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.559;HRun=0;HaplotypeScore=2.5644;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.881;QD=18.28;ReadPosRankSum=1.701;SB=-2085.277;SBQD=-3.459;SBpi=0.3381;SBpiQual=-0.0323;VQSLOD=3.8482 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,140:250:99:3880,0,3257
|
|
1 17053722 rs2419174 G T 7329.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.6745;MQ=48.05;MQ0=0;QD=30.80;SB=-3278.778;SBQD=NaN;SBpi=1.2316;SBpiQual=0.8604;VQSLOD=3.6050 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,237:238:99:7328,629,0
|
|
1 17053752 rs2419173 T A 1862.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.115;DB;DP=195;DS;Dels=0.00;FS=5.225;HRun=0;HaplotypeScore=5.6347;MQ=38.63;MQ0=0;MQRankSum=-4.959;QD=9.55;ReadPosRankSum=-1.804;SB=-1167.499;SBQD=-2.511;SBpi=-0.0488;SBpiQual=-0.5615;VQSLOD=-2.7913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,104:195:99:1892,0,2446
|
|
1 17053791 . G T 738.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.724;DP=173;DS;Dels=0.00;FS=0.578;HRun=1;HaplotypeScore=3.5479;MQ=36.56;MQ0=0;MQRankSum=-5.186;QD=4.27;ReadPosRankSum=-2.565;SB=-1205.534;SBQD=1.099;SBpi=-0.6000;SBpiQual=-0.6490;VQSLOD=-4.9268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,99:173:99:768,0,1747
|
|
1 17054199 rs1755348 A G 515 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.126;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.173;HRun=0;HaplotypeScore=2.8469;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=4.704;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.384;SB=-157.821;SBQD=-2.074;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.5722;VQSLOD=-0.9421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,37:250:99:545,0,6621
|
|
1 17055655 rs28380184 C T 1429.18 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.977;DB;DP=164;Dels=0.00;FS=1.647;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.17;MQ0=28;MQRankSum=2.447;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.281;SB=-411.945;SBQD=-1.259;SBpi=-1.3750;SBpiQual=-1.4189;VQSLOD=2.9803 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,64:164:99:1459,0,1707
|
|
1 17056810 rs2501733 C G 958.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;DB;DP=203;DS;Dels=0.00;FS=3.068;HRun=0;HaplotypeScore=16.3329;MQ=45.84;MQ0=3;MQRankSum=2.394;QD=4.72;ReadPosRankSum=2.269;SB=-418.878;SBQD=-4.872;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.7833;VQSLOD=-5.4239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,60:203:99:988,0,3069
|
|
1 17060065 . C A 558.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.230;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.0311;MQ=18.20;MQ0=70;MQRankSum=3.493;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.574;SB=-0.007;SBQD=-11.974;SBpi=0.4276;SBpiQual=0.5110;VQSLOD=-0.0211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,67:126:99:589,0,155
|
|
1 17071614 . T C 198.48 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;DP=209;Dels=0.00;FS=8.708;HRun=1;HaplotypeScore=54.5093;MQ=20.31;MQ0=50;MQRankSum=-2.135;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.016;SB=25.104;SBQD=-1.760;SBpi=-2.3333;SBpiQual=-2.5077;VQSLOD=-84.1031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,36:209:99:228,0,2945
|
|
1 17075098 . G T 483.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;DP=193;DS;Dels=0.00;FS=45.366;HRun=0;HaplotypeScore=7.5333;MQ=21.43;MQ0=104;MQRankSum=2.452;QD=2.50;ReadPosRankSum=3.349;SB=80.935;SBQD=6.727;SBpi=0.1833;SBpiQual=-0.0616;VQSLOD=-2.7390 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,67:193:99:513,0,1423
|
|
1 17077171 . G A 211.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.248;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=0.728;HRun=0;HaplotypeScore=10.7224;MQ=21.38;MQ0=28;MQRankSum=0.513;QD=0.86;ReadPosRankSum=1.206;SB=-102.795;SBQD=-0.580;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.2565;VQSLOD=-3.7184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,40:245:99:241,0,2963
|
|
1 17079769 rs2610651 G A 2502.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2381;MQ=23.73;MQ0=65;QD=15.26;SB=-1165.713;SBQD=15.963;SBpi=-0.1841;SBpiQual=-0.3999;VQSLOD=5.2871 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,118:164:99:2535,255,0
|
|
1 17084021 rs2446543 C G 403.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DB;DP=179;Dels=0.00;FS=0.942;HRun=2;HaplotypeScore=2.7822;MQ=23.02;MQ0=53;MQRankSum=1.129;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.894;SB=-143.287;SBQD=1.907;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6927;VQSLOD=0.5988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,32:179:99:433,0,1616
|
|
1 17086052 rs1057286 T C 183.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.87;MQ0=6;MQRankSum=0.696;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.741;SB=-32.439;SBQD=19.788;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.6789;VQSLOD=5.3053 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:18.05:217,18,0
|
|
1 17098010 rs2743525 C G 334.54 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;DB;DP=136;Dels=0.03;FS=0.812;HRun=0;HaplotypeScore=292.1516;MQ=48.21;MQ0=10;MQRankSum=3.174;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.604;SB=-535.544;SBQD=-0.166;SBpi=-2.0647;SBpiQual=-1.9017;VQSLOD=-2410.8858 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,76:136:99:365,0,428
|
|
1 17098347 . C G 214.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.975;DP=159;Dels=0.00;FS=3.492;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=25.40;MQ0=46;MQRankSum=-1.367;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-112.915;SBQD=0.357;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.1444;VQSLOD=-2.0718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,24:159:99:245,0,2142
|
|
1 17112864 rs28636519 C A 4197.77 PASS AB=0.17;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.333;DB;DP=173;Dels=0.00;FS=1.668;HRun=0;HaplotypeScore=2.6421;MQ=37.10;MQ0=1;MQRankSum=-0.409;QD=24.26;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-1815.738;SBQD=6.841;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2268;VQSLOD=3.5579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,144:173:99:3736,0,416
|
|
1 17119905 . T G 2013.96 PASS AB=0.21;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.362;DP=193;Dels=0.00;FS=131.725;HRun=0;HaplotypeScore=1.5678;MQ=20.37;MQ0=39;MQRankSum=1.118;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.591;SB=137.246;SBQD=24.164;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.3865;VQSLOD=3.7328 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,153:193:99:2044,0,100
|
|
1 17179503 rs12117484 A G 712.08 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.331;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=2.534;HRun=0;HaplotypeScore=2.9516;MQ=26.33;MQ0=49;MQRankSum=0.399;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-373.788;SBQD=-1.498;SBpi=0.5345;SBpiQual=-0.0090;VQSLOD=3.0157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:103:99:742,0,708
|
|
1 17190316 . C G 93.56 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.851;DP=158;Dels=0.00;FS=1.099;HRun=0;HaplotypeScore=25.0352;MQ=44.27;MQ0=22;MQRankSum=-4.630;QD=0.59;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-40.701;SBQD=-0.854;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.5302;VQSLOD=-29.2278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,29:158:99:124,0,3267
|
|
1 17198120 . C G 56.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.932;DP=99;Dels=0.00;FS=7.067;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.75;MQ0=17;MQRankSum=-1.158;QD=0.57;ReadPosRankSum=-4.111;SB=-36.673;SBQD=-2.339;SBpi=-1.4184;SBpiQual=-1.4179;VQSLOD=-5.4186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,21:99:86.89:87,0,1467
|
|
1 17198462 . A T 1162.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=158;Dels=0.00;FS=35.863;HRun=0;HaplotypeScore=12.5692;MQ=27.59;MQ0=35;MQRankSum=-2.450;QD=7.36;ReadPosRankSum=3.003;SB=-146.891;SBQD=10.371;SBpi=1.1000;SBpiQual=0.9888;VQSLOD=-6.3873 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,100:158:99:1192,0,1054
|
|
1 17198698 rs12091630 A T 528.22 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.087;HRun=0;HaplotypeScore=1.9048;MQ=39.00;MQ0=3;MQRankSum=0.361;QD=8.80;ReadPosRankSum=2.491;SB=-265.674;SBQD=3.209;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1154;VQSLOD=4.3118 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:558,0,879
|
|
1 17199074 . T C 616.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.8165;MQ=34.28;MQ0=12;MQRankSum=-3.983;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-310.072;SBQD=1.475;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.5304;VQSLOD=-3.4734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:646,0,1087
|
|
1 17199151 . T C 216.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.388;DP=74;Dels=0.00;FS=23.419;HRun=0;HaplotypeScore=4.5398;MQ=31.91;MQ0=19;MQRankSum=-1.662;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.809;SB=24.030;SBQD=-9.607;SBpi=-2.0550;SBpiQual=-1.6797;VQSLOD=-3.0058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:246,0,525
|
|
1 17200137 rs28469563 T G 687 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DB;DP=160;Dels=0.00;FS=5.520;HRun=3;HaplotypeScore=18.9876;MQ=34.17;MQ0=25;MQRankSum=-2.169;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.156;SB=-368.979;SBQD=1.299;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.1618;VQSLOD=-10.9546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,73:160:99:717,0,1400
|
|
1 17200388 rs2610554 C T 52.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DB;DP=113;DS;Dels=0.00;FS=1.128;HRun=0;HaplotypeScore=1.7803;MQ=39.84;MQ0=2;MQRankSum=-0.085;QD=0.47;ReadPosRankSum=-2.256;SB=-44.713;SBQD=0.999;SBpi=0.2673;SBpiQual=0.2469;VQSLOD=-1.2166 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,14:113:82.88:83,0,2749
|
|
1 17201599 rs61768134 T C 4468.59 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.16;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.037;HRun=0;HaplotypeScore=61.5067;MQ=37.60;MQ0=47;MQRankSum=0.374;QD=17.87;ReadPosRankSum=1.290;SB=-2219.623;SBQD=-1.956;SBpi=-0.3098;SBpiQual=-0.4538;VQSLOD=-90.4416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,211:250:99:4004,0,399
|
|
1 17201775 rs60268379 T C 2899.14 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.664;DB;DP=221;Dels=0.00;FS=1.197;HRun=1;HaplotypeScore=1.7172;MQ=35.86;MQ0=26;MQRankSum=-2.213;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.146;SB=-1359.230;SBQD=-3.322;SBpi=-0.5071;SBpiQual=-0.5202;VQSLOD=3.2090 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,140:221:99:2929,0,1703
|
|
1 17202437 rs11203303 C A 325.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=44.566;HRun=0;HaplotypeScore=1.7172;MQ=50.70;MQ0=1;MQRankSum=-6.861;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.690;SB=105.334;SBQD=-6.930;SBpi=-2.3000;SBpiQual=-2.4474;VQSLOD=-8.5366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,25:99:99:356,0,2231
|
|
1 17202607 rs61768140 C T 907.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.204;DB;DP=134;Dels=0.00;FS=75.116;HRun=1;HaplotypeScore=2.7648;MQ=46.88;MQ0=1;MQRankSum=-9.376;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.822;SB=87.263;SBQD=13.250;SBpi=3.7104;SBpiQual=3.9650;VQSLOD=-14.0904 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,59:134:99:937,0,2241
|
|
1 17202669 . C T 55.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.973;DP=87;Dels=0.00;FS=1.834;HRun=0;HaplotypeScore=21.6284;MQ=44.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.548;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.756;SB=40.578;SBQD=1.104;SBpi=1.3568;SBpiQual=1.4833;VQSLOD=-15.9818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,11:87:85.94:86,0,1834
|
|
1 17203783 . A C 1297.26 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.233;DP=195;Dels=0.00;FS=10.995;HRun=3;HaplotypeScore=33.8953;MQ=35.23;MQ0=14;MQRankSum=-7.096;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.334;SB=-250.244;SBQD=7.850;SBpi=2.2934;SBpiQual=2.5654;VQSLOD=-62.8620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,105:195:99:1327,0,2461
|
|
1 17204310 rs61768141 C T 3110.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=10.599;DB;DP=238;DS;Dels=0.00;FS=5.871;HRun=0;HaplotypeScore=2.3264;MQ=38.68;MQ0=8;MQRankSum=-4.818;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-1577.013;SBQD=2.890;SBpi=-1.3822;SBpiQual=-1.3784;VQSLOD=-0.7749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,134:238:99:3141,0,1934
|
|
1 17204614 rs9435681 G A 1917.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.122;DB;DP=133;Dels=0.00;FS=101.896;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.18;MQ0=8;MQRankSum=-3.820;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.234;SB=54.079;SBQD=-22.137;SBpi=-4.6098;SBpiQual=-4.9640;VQSLOD=-6.3451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,85:133:99:1947,0,921
|
|
1 17217662 rs6668882 C G 901.16 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.001;HRun=0;HaplotypeScore=6.5787;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.696;SB=-420.934;SBQD=1.037;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.4406;VQSLOD=2.4946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:931,0,1083
|
|
1 17220771 . T C 738.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.041;DP=137;Dels=0.00;FS=3.367;HRun=1;HaplotypeScore=4.5321;MQ=38.34;MQ0=24;MQRankSum=-5.151;QD=5.39;ReadPosRankSum=3.978;SB=-196.309;SBQD=1.645;SBpi=1.0151;SBpiQual=1.4892;VQSLOD=-4.9460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,41:137:99:768,0,1964
|
|
1 17221104 rs11802431 A G 111.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.209;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=40.296;HRun=2;HaplotypeScore=0.9894;MQ=47.80;MQ0=0;MQRankSum=-6.632;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.979;SB=138.439;SBQD=-5.876;SBpi=-2.1213;SBpiQual=-2.2435;VQSLOD=-7.8860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,18:102:99:141,0,2786
|
|
1 17221905 rs9435770 C T 63.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.664;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=24.624;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.82;MQ0=1;MQRankSum=-5.116;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.638;SB=63.184;SBQD=-7.551;SBpi=-1.2481;SBpiQual=-1.3514;VQSLOD=-3.1891 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,13:47:93.20:93,0,1066
|
|
1 17224714 . C A 39.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.723;DP=118;Dels=0.00;FS=16.528;HRun=0;HaplotypeScore=4.9042;MQ=37.18;MQ0=17;MQRankSum=-1.518;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.108;SB=84.245;SBQD=-1.723;SBpi=-2.2361;SBpiQual=-2.4512;VQSLOD=-3.8267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,20:118:69.33:69,0,2198
|
|
1 17225546 . T C 706.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.313;DP=124;Dels=0.00;FS=3.152;HRun=0;HaplotypeScore=5.4963;MQ=48.55;MQ0=2;MQRankSum=-8.867;QD=5.69;ReadPosRankSum=3.193;SB=-331.953;SBQD=-1.482;SBpi=-0.2887;SBpiQual=0.0631;VQSLOD=-13.3637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,48:124:99:736,0,2325
|
|
1 17229886 . G T 598.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.855;DP=136;Dels=0.00;FS=17.754;HRun=1;HaplotypeScore=4.4210;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-8.447;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-11.474;SBQD=6.488;SBpi=1.7748;SBpiQual=1.8821;VQSLOD=-11.5108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,35:136:99:628,0,3231
|
|
1 17231144 . G A 60.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.213;DP=97;Dels=0.00;FS=43.501;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-7.185;QD=0.63;ReadPosRankSum=2.905;SB=73.955;SBQD=7.789;SBpi=2.0412;SBpiQual=2.2547;VQSLOD=-10.2588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,24:97:90.82:91,0,2270
|
|
1 17231444 . T C 993.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.319;DP=122;Dels=0.00;FS=2.622;HRun=0;HaplotypeScore=4.3238;MQ=45.85;MQ0=0;MQRankSum=-7.353;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.075;SB=-540.348;SBQD=-1.288;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.4965;VQSLOD=-9.2927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,50:122:99:1023,0,2001
|
|
1 17232934 . C T 106.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.044;DP=87;Dels=0.00;FS=14.332;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-6.512;QD=1.22;ReadPosRankSum=2.248;SB=93.293;SBQD=4.072;SBpi=2.1213;SBpiQual=2.2931;VQSLOD=-9.1005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,18:87:99:136,0,2185
|
|
1 17232989 . G C 133.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.0654;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-5.894;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-28.967;SBQD=2.761;SBpi=1.3339;SBpiQual=1.4624;VQSLOD=-6.6174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,16:64:99:163,0,1421
|
|
1 17233314 . A C 184.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.565;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=-7.599;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.959;SB=4.720;SBQD=-6.717;SBpi=-1.9498;SBpiQual=-2.0435;VQSLOD=-9.4953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,29:88:99:215,0,2024
|
|
1 17233654 . T C 165.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.287;DP=108;Dels=0.00;FS=57.763;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=50.47;MQ0=0;MQRankSum=-8.631;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.325;SB=-24.241;SBQD=13.017;SBpi=2.2136;SBpiQual=2.2744;VQSLOD=-12.1779 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,40:108:99:195,0,2190
|
|
1 17233695 . T C 239.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=97;Dels=0.00;FS=26.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.99;MQ0=1;MQRankSum=-7.829;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.917;SB=-75.273;SBQD=7.265;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.6852;VQSLOD=-9.2455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,31:97:99:270,0,2001
|
|
1 17239086 rs7532283 G A 983.65 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=2.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.583;QD=13.47;ReadPosRankSum=1.683;SB=-457.688;SBQD=2.200;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7126;VQSLOD=4.9092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1014,0,1021
|
|
1 17241334 rs6421403 T C 775.76 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.102;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.658;SB=-326.122;SBQD=6.861;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.6287;VQSLOD=5.9267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:806,0,546
|
|
1 17248532 rs6586566 A G 462.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.10;SB=-340.393;SBQD=-1.045;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.3211;VQSLOD=3.9976 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:39.12:495,39,0
|
|
1 17260298 rs7417129 C G 679.65 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=8.832;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=2.061;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.995;SB=-320.212;SBQD=9.997;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.4183;VQSLOD=4.7098 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:710,0,474
|
|
1 17273493 rs7537563 A C 206.50 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-206.214;SBQD=-1.565;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.2378;VQSLOD=2.2585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:236,0,292
|
|
1 17277865 rs910216 A G 168.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.274;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.515;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=53.75;MQ0=3;MQRankSum=-3.241;QD=2.44;ReadPosRankSum=2.031;SB=-30.080;SBQD=4.443;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.8532;VQSLOD=-1.5671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,16:69:99:198,0,1697
|
|
1 17278112 rs1810516 A G 196.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.586;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.728;HRun=1;HaplotypeScore=3.4585;MQ=52.72;MQ0=1;MQRankSum=-5.727;QD=2.49;ReadPosRankSum=-2.666;SB=-57.682;SBQD=2.843;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.6440;VQSLOD=-5.3489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,20:79:99:227,0,1921
|
|
1 17280045 . T C 93.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.074;DP=50;Dels=0.00;FS=5.497;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.38;MQ0=33;MQRankSum=-1.122;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.537;SB=-17.608;SBQD=-9.726;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.0965;VQSLOD=-0.7841 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,10:50:99:124,0,166
|
|
1 17319011 rs2076603 G A 1079.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=26.99;SB=-667.221;SBQD=1.652;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.4170;VQSLOD=5.0300 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87.28:1113,87,0
|
|
1 17323449 rs9435736 T C 1416.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.14;SB=-781.958;SBQD=1.052;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.4315;VQSLOD=6.6968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1450,114,0
|
|
1 17326131 rs11583923 A T 1902.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.09;MQ0=0;QD=35.24;SB=-867.703;SBQD=0.988;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.6028;VQSLOD=8.6548 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1936,153,0
|
|
1 17357958 rs2746466 T C 2740.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1070.170;SBQD=0.560;SBpi=1.1966;SBpiQual=1.2998;VQSLOD=7.7814 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2774,217,0
|
|
1 17370120 rs11203285 T C 2303.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=33.88;SB=-1176.069;SBQD=-1.624;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.3254;VQSLOD=7.7550 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2337,184,0
|
|
1 17372397 rs11203287 A G 2114.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=30.64;SB=-1081.361;SBQD=-5.768;SBpi=0.6621;SBpiQual=0.1879;VQSLOD=7.5702 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2147,192,0
|
|
1 17386027 rs2746544 C A 2323.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=51.09;MQ0=0;QD=29.79;SB=-944.149;SBQD=4.515;SBpi=-1.5852;SBpiQual=-1.6187;VQSLOD=5.6167 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2357,199,0
|
|
1 17398307 rs3818048 A G 1493.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;QD=30.48;SB=-856.667;SBQD=0.226;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.1982;VQSLOD=7.0852 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1527,123,0
|
|
1 17399432 rs761428 A G 1599.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=31.36;SB=-772.200;SBQD=-6.291;SBpi=-0.0700;SBpiQual=-0.4318;VQSLOD=7.6422 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1632,141,0
|
|
1 17401094 rs2295053 G A 1459.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.28;MQ0=0;QD=32.43;SB=-742.444;SBQD=1.865;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.4666;VQSLOD=8.2879 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1492,117,0
|
|
1 17401790 rs3818039 A C 1577.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9894;MQ=58.13;MQ0=0;QD=30.93;SB=-527.601;SBQD=2.508;SBpi=1.4703;SBpiQual=1.5542;VQSLOD=6.2590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1610,132,0
|
|
1 17402116 rs3818035 G T 1767.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=31.56;ReadPosRankSum=1.412;SB=-590.988;SBQD=-1.928;SBpi=-1.3608;SBpiQual=-1.5664;VQSLOD=4.8841 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:99:1800,144,0
|
|
1 17402643 rs12755767 A G 1666.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8533;MQ=59.39;MQ0=0;QD=26.05;SB=-679.854;SBQD=-5.432;SBpi=-1.1250;SBpiQual=-1.4696;VQSLOD=4.5354 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1700,147,0
|
|
1 17403329 rs11587943 T C 1738.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.65;MQ0=0;QD=30.50;SB=-1003.444;SBQD=0.387;SBpi=0.1987;SBpiQual=0.2208;VQSLOD=6.1728 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1771,141,0
|
|
1 17403901 rs2647198 T C 1359.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;QD=30.21;SB=-730.935;SBQD=-2.014;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.5134;VQSLOD=7.0253 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1393,111,0
|
|
1 17405386 rs9435752 T C 1746.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.56;MQ0=0;QD=33.60;SB=-868.906;SBQD=-1.425;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.3595;VQSLOD=6.5349 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1780,141,0
|
|
1 17417315 rs2014718 A G 2132.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.72;MQ0=0;QD=30.47;SB=-1004.747;SBQD=2.792;SBpi=-0.9562;SBpiQual=-0.8269;VQSLOD=6.0722 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2166,181,0
|
|
1 17418894 rs2273111 A G 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=31.19;SB=-790.200;SBQD=1.914;SBpi=-0.6934;SBpiQual=-0.5565;VQSLOD=6.6556 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1655,135,0
|
|
1 17422192 rs2076610 G A 2440.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.89;SB=-1224.784;SBQD=-2.052;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.2212;VQSLOD=8.3590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2473,196,0
|
|
1 17424133 rs2244949 T C 2096.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.06;MQ0=0;QD=30.38;SB=-1202.823;SBQD=0.323;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.2761;VQSLOD=5.7737 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2129,172,0
|
|
1 17432140 rs7527697 T C 1322.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.13;MQ0=0;QD=24.96;SB=-736.939;SBQD=6.982;SBpi=0.4808;SBpiQual=0.9376;VQSLOD=4.9514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1356,108,0
|
|
1 17449069 rs1005307 C T 1481.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51;SB=-882.666;SBQD=-1.279;SBpi=0.0729;SBpiQual=-0.0046;VQSLOD=7.6851 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1514,120,0
|
|
1 17456050 rs7553356 T C 1739.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.60;MQ0=0;QD=31.07;SB=-749.762;SBQD=-0.021;SBpi=0.9354;SBpiQual=0.9899;VQSLOD=6.6940 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1773,147,0
|
|
1 17462001 rs2009831 C A 1949.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=36.78;SB=-1007.458;SBQD=-0.611;SBpi=-0.0687;SBpiQual=-0.1319;VQSLOD=8.8532 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1983,153,0
|
|
1 17463492 rs2009572 T A 1678.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=30.52;SB=-1029.099;SBQD=0.825;SBpi=0.0674;SBpiQual=0.1203;VQSLOD=7.1051 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1712,138,0
|
|
1 17489583 rs2454167 A G 1421.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4679;MQ=57.73;MQ0=0;QD=23.68;SB=-1036.268;SBQD=-2.989;SBpi=0.2582;SBpiQual=0.0873;VQSLOD=3.4527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1454,120,0
|
|
1 17495012 rs2501812 T G 1301.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.68;SB=-430.864;SBQD=-3.073;SBpi=1.6774;SBpiQual=1.3660;VQSLOD=4.5778 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1334,126,0
|
|
1 17501720 rs3003452 G C 2553.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=35.96;SB=-1223.058;SBQD=2.064;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.4221;VQSLOD=8.1118 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2586,202,0
|
|
1 17503210 rs2977265 G A 2098.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=32.29;SB=-1075.493;SBQD=1.248;SBpi=0.4341;SBpiQual=0.5552;VQSLOD=8.3072 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2132,168,0
|
|
1 17503682 rs3003454 C A 3032.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.54;SB=-1592.057;SBQD=1.286;SBpi=-0.0549;SBpiQual=0.0456;VQSLOD=8.6918 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3066,238,0
|
|
1 17512977 rs2977242 G A 1869.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9125;MQ=59.04;MQ0=0;QD=29.67;SB=-1030.734;SBQD=2.241;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.3626;VQSLOD=5.9016 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1902,156,0
|
|
1 17518902 rs2501818 G C 2476.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.74;MQ0=0;QD=35.38;SB=-1282.870;SBQD=1.137;SBpi=0.1195;SBpiQual=0.1826;VQSLOD=8.8266 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2510,199,0
|
|
1 17529466 rs11203331 T A 734.28 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.598;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.989;HRun=0;HaplotypeScore=2.6336;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.586;SB=-469.521;SBQD=-2.039;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3588;VQSLOD=4.5613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:62:99:764,0,802
|
|
1 17532879 rs4244377 G A 345.77 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.828;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=2.780;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=8.43;ReadPosRankSum=-2.394;SB=-243.528;SBQD=-6.511;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2088;VQSLOD=3.6855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:376,0,465
|
|
1 17533684 rs10888008 G A 730.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.120;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=20.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.268;SB=-194.374;SBQD=-13.434;SBpi=-1.4606;SBpiQual=-1.4599;VQSLOD=3.9588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:761,0,764
|
|
1 17539095 rs2977280 C G 504.49 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.838;QD=11.73;ReadPosRankSum=1.765;SB=-286.824;SBQD=0.401;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.2250;VQSLOD=4.6916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:534,0,504
|
|
1 17555316 rs2977233 C G 488.16 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.709;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=10.61;ReadPosRankSum=1.692;SB=-282.152;SBQD=-0.286;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2100;VQSLOD=3.5681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:518,0,616
|
|
1 17599149 rs3003432 A G 407.63 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.847;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.356;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.052;SB=-227.808;SBQD=-0.495;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.1153;VQSLOD=5.0687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:438,0,414
|
|
1 17610899 rs3750304 A G 614.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.753;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=7.859;HRun=2;HaplotypeScore=1.7074;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.824;QD=11.59;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-273.834;SBQD=7.438;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.8043;VQSLOD=2.8225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:644,0,783
|
|
1 17611519 rs6684387 T C 1803.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8268;MQ=59.62;MQ0=0;QD=29.56;SB=-1072.118;SBQD=-4.375;SBpi=0.3201;SBpiQual=0.0880;VQSLOD=5.8218 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1836,156,0
|
|
1 17612492 rs12731548 C T 828.31 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.544;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.960;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.361;SB=-534.022;SBQD=-7.027;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1243;VQSLOD=4.7316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:858,0,653
|
|
1 17616872 rs2501775 G T 1935.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9877;MQ=59.15;MQ0=0;QD=32.81;SB=-913.317;SBQD=0.199;SBpi=-0.7160;SBpiQual=-0.7161;VQSLOD=5.6146 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1969,156,0
|
|
1 17628195 rs10888016 A G 709.39 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.126;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.732;SB=-460.716;SBQD=-2.625;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1432;VQSLOD=4.5949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:739,0,824
|
|
1 17641436 rs2501808 A G 1651.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.17;SB=-807.142;SBQD=-5.686;SBpi=-0.0687;SBpiQual=-0.4488;VQSLOD=7.5127 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1685,150,0
|
|
1 17647039 rs6686220 T C 2117.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.29;SB=-848.945;SBQD=1.597;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.0295;VQSLOD=7.6875 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2150,172,0
|
|
1 17678474 . T C 33.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;DP=17;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=33.87;MQ0=1;MQRankSum=-1.447;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-42.078;SBQD=-10.482;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.6725;VQSLOD=-1.8735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:17:63.70:64,0,178
|
|
1 17712613 rs1535877 G A 1517.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.21;MQ0=0;QD=33.00;SB=-828.155;SBQD=-0.666;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.1948;VQSLOD=8.0603 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1551,123,0
|
|
1 17722363 rs7538876 G A 2466.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=33.33;SB=-1325.235;SBQD=-0.718;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.1678;VQSLOD=8.6094 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2499,202,0
|
|
1 17723739 rs12129196 G A 1346.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=58.20;MQ0=0;QD=25.89;SB=-732.212;SBQD=4.494;SBpi=0.5547;SBpiQual=0.7457;VQSLOD=4.5806 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1379,111,0
|
|
1 17743613 rs6586538 T C 1254.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59;SB=-732.194;SBQD=-2.498;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.1397;VQSLOD=7.0462 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1287,102,0
|
|
1 17748427 rs7535033 C A 1961.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4750;MQ=58.21;MQ0=0;QD=29.72;SB=-1030.894;SBQD=0.790;SBpi=-0.7385;SBpiQual=-0.7380;VQSLOD=5.3749 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1995,156,0
|
|
1 17754767 rs1408421 A C 1287.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6460;MQ=59.15;MQ0=0;QD=26.27;SB=-836.737;SBQD=1.119;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.1639;VQSLOD=4.1126 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1320,108,0
|
|
1 17763517 rs2800687 A G 1881.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=36.89;SB=-800.215;SBQD=0.682;SBpi=0.6301;SBpiQual=0.6924;VQSLOD=7.1379 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1914,150,0
|
|
1 17763566 rs6586542 G C 2487.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5781;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.54;SB=-814.622;SBQD=2.138;SBpi=1.6499;SBpiQual=1.8515;VQSLOD=6.6174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2520,199,0
|
|
1 17772583 rs2489622 A G 876.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.69;MQ0=0;QD=27.39;SB=-533.571;SBQD=-5.948;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.0146;VQSLOD=5.6641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81.20:909,81,0
|
|
1 17806278 rs6661712 A T 2704.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=34.23;SB=-1412.576;SBQD=-1.436;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.1889;VQSLOD=8.5532 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2737,217,0
|
|
1 17816510 rs4481889 C T 1073.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=26.84;SB=-670.644;SBQD=2.791;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1306;VQSLOD=5.7070 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:90.26:1107,90,0
|
|
1 17872355 rs4920615 A T 2420.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.08;SB=-1135.672;SBQD=1.436;SBpi=-0.6621;SBpiQual=-0.5941;VQSLOD=8.4792 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2453,190,0
|
|
1 17885842 . C T 592.22 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.848;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.561;SB=-179.504;SBQD=-5.141;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-1.1137;VQSLOD=4.0226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:622,0,622
|
|
1 17889051 rs55856135 G A 1175.26 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.768;SB=-576.223;SBQD=4.471;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3373;VQSLOD=5.3287 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1205,0,1022
|
|
1 17892396 rs12725975 T C 340.40 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.020;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=4.717;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.693;SB=-219.346;SBQD=-2.249;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-0.5148;VQSLOD=3.8052 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:370,0,551
|
|
1 17916382 rs4920379 C T 678 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=6.433;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-123.511;SBQD=-11.667;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-1.6817;VQSLOD=4.8550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:56:99:708,0,807
|
|
1 17969921 . C T 723.34 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.259;DP=64;Dels=0.00;FS=6.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.268;SB=-285.927;SBQD=-8.350;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.8695;VQSLOD=3.9329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:753,0,863
|
|
1 18001750 . C T 463.44 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DP=48;Dels=0.00;FS=8.336;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=2.311;QD=9.66;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-214.981;SBQD=-7.820;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2899;VQSLOD=3.4787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:493,0,909
|
|
1 18018857 rs12143113 T C 1873.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=59.62;MQ0=0;QD=31.23;SB=-938.143;SBQD=0.478;SBpi=0.5164;SBpiQual=0.5248;VQSLOD=7.0233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1907,156,0
|
|
1 18019207 rs11203437 C G 1074.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9644;MQ=59.53;MQ0=0;QD=21.93;SB=-717.273;SBQD=-0.648;SBpi=-0.6429;SBpiQual=-0.6158;VQSLOD=3.0920 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:87.27:1107,87,0
|
|
1 18024675 rs1416854 G A 1179.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=27.44;SB=-333.813;SBQD=-3.519;SBpi=-1.9062;SBpiQual=-2.0599;VQSLOD=4.9696 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96.30:1213,96,0
|
|
1 18035553 rs1811694 A G 656.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=50.53;MQ0=0;QD=19.30;SB=-320.159;SBQD=-9.240;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.3493;VQSLOD=3.4047 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:60.16:689,60,0
|
|
1 18036864 rs905394 T C 1993.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.16;SB=-871.109;SBQD=8.638;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.8563;VQSLOD=7.6087 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2027,171,0
|
|
1 18043276 . T C 215.32 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=68;Dels=0.00;FS=29.328;HRun=1;HaplotypeScore=50.1073;MQ=42.36;MQ0=2;MQRankSum=0.252;QD=3.17;ReadPosRankSum=-3.117;SB=57.166;SBQD=-8.464;SBpi=-2.1213;SBpiQual=-2.2749;VQSLOD=-77.0492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,18:68:99:245,0,1214
|
|
1 18046287 rs4920626 G T 886.54 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.319;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.538;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.209;SB=-368.683;SBQD=7.288;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.7251;VQSLOD=5.9260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:917,0,994
|
|
1 18048935 rs7534686 C T 681.86 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.881;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.207;SB=-352.977;SBQD=-0.589;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1404;VQSLOD=5.6312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:712,0,834
|
|
1 18122020 rs6697900 T A 1108.23 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.158;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.789;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.105;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.604;SB=-559.250;SBQD=3.109;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3230;VQSLOD=5.1752 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:1138,0,1319
|
|
1 18122939 rs4920382 T C 924.93 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.597;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.524;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-455.951;SBQD=-3.885;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3068;VQSLOD=5.6441 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:955,0,872
|
|
1 18125909 . T G 963.37 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.132;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5741;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.498;SB=-492.736;SBQD=-2.829;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.1597;VQSLOD=3.4340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:993,0,1399
|
|
1 18132601 rs560514 A G 584.15 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.181;SB=-365.254;SBQD=-1.603;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7808;VQSLOD=4.0408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:614,0,1389
|
|
1 18133186 rs555106 A G 860.39 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.406;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.086;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.007;SB=-426.392;SBQD=3.116;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.4406;VQSLOD=5.8206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:890,0,735
|
|
1 18135882 rs561698 G A 863.19 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.826;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.138;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=2.156;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.581;SB=-355.551;SBQD=-3.804;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.7087;VQSLOD=5.0164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:893,0,1247
|
|
1 18138429 rs566992 G C 589.37 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.092;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=8.805;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.851;SB=-381.771;SBQD=8.080;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2808;VQSLOD=5.3460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:619,0,622
|
|
1 18152582 rs478698 C T 583.57 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=4.649;HRun=3;HaplotypeScore=4.9799;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.428;SB=-370.318;SBQD=-8.528;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1051;VQSLOD=2.8944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:614,0,368
|
|
1 18157849 rs472480 G C 876.87 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.733;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.923;HRun=0;HaplotypeScore=2.8258;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-430.556;SBQD=4.469;SBpi=-0.2535;SBpiQual=0.1224;VQSLOD=4.0043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:907,0,1069
|
|
1 18183234 rs527955 T C 169.21 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.746;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.246;HRun=1;HaplotypeScore=1.8899;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.361;SB=-146.501;SBQD=-0.618;SBpi=-0.2673;SBpiQual=0.0275;VQSLOD=2.2969 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,14:51:99:199,0,991
|
|
1 18197443 rs55815271 G A 1097.58 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.911;HRun=1;HaplotypeScore=2.7822;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=14.44;ReadPosRankSum=0.779;SB=-476.163;SBQD=-0.159;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.7694;VQSLOD=3.1867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1128,0,1110
|
|
1 18220660 rs657680 G A 686.53 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.094;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.316;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.377;SB=-253.882;SBQD=2.970;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.0102;VQSLOD=4.4105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:717,0,774
|
|
1 18230535 rs510896 G A 1233.16 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.679;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.904;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.556;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-469.550;SBQD=3.386;SBpi=0.9912;SBpiQual=1.0548;VQSLOD=5.8963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1263,0,1071
|
|
1 18232473 rs4920651 T C 1312.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=27.35;SB=-645.285;SBQD=9.753;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.7341;VQSLOD=4.6319 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1346,117,0
|
|
1 18245540 rs7541126 C T 1108.84 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.156;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.044;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=15.62;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-407.259;SBQD=-4.299;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-1.1172;VQSLOD=5.3610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1139,0,942
|
|
1 18261514 rs6672762 T C 1162.04 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.322;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.026;HRun=0;HaplotypeScore=1.7074;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=15.09;ReadPosRankSum=-1.315;SB=-622.848;SBQD=-2.863;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.2161;VQSLOD=5.2283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1192,0,997
|
|
1 18268405 rs652234 C T 1451.52 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.140;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=1.936;HRun=1;HaplotypeScore=1.5592;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-427.009;SBQD=6.240;SBpi=1.4423;SBpiQual=1.8869;VQSLOD=3.9975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:94:99:1482,0,1214
|
|
1 18282095 rs1192583 G A 1961.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.31;MQ0=0;QD=32.15;SB=-953.627;SBQD=-1.881;SBpi=-0.5762;SBpiQual=-0.7119;VQSLOD=7.0560 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1994,153,0
|
|
1 18289233 rs794229 G T 878.51 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.971;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=14.40;ReadPosRankSum=-1.378;SB=-482.568;SBQD=-2.281;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1434;VQSLOD=5.4299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:909,0,926
|
|
1 18304543 rs1192633 G A 1818.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=31.91;SB=-989.062;SBQD=0.770;SBpi=0.3311;SBpiQual=0.3797;VQSLOD=6.4102 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1852,144,0
|
|
1 18305292 rs1192630 C A 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1220.859;SBQD=1.731;SBpi=-0.4781;SBpiQual=-0.4065;VQSLOD=8.7810 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2434,190,0
|
|
1 18324558 rs16861382 T C 1225.15 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.846;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.877;HRun=0;HaplotypeScore=1.8730;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.949;SB=-310.679;SBQD=4.308;SBpi=1.6219;SBpiQual=1.8982;VQSLOD=3.7778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:1255,0,1416
|
|
1 18326747 rs1192615 G C 1587.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;QD=30.53;SB=-870.388;SBQD=1.942;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.1853;VQSLOD=6.2458 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1620,129,0
|
|
1 18332188 rs12087126 A G 724.38 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.374;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.291;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-382.632;SBQD=0.783;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2835;VQSLOD=3.9992 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:754,0,1352
|
|
1 18339989 rs1192626 C G 2164.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.71;MQ0=0;QD=33.30;SB=-946.385;SBQD=0.974;SBpi=0.9303;SBpiQual=1.0346;VQSLOD=6.8697 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2198,175,0
|
|
1 18348601 rs10887980 G T 1109.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.50;MQ0=0;QD=24.11;SB=-598.146;SBQD=-1.995;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.8955;VQSLOD=3.1633 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:96.23:1142,96,0
|
|
1 18354052 . A G 715.16 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.566;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.909;SB=-312.352;SBQD=-3.873;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.6840;VQSLOD=3.8374 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:745,0,569
|
|
1 18372532 rs11203269 T G 1853.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.96;SB=-963.963;SBQD=1.847;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.3999;VQSLOD=7.5693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1887,153,0
|
|
1 18375554 rs9658800 A T 2262.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.35;SB=-1071.698;SBQD=1.364;SBpi=0.3750;SBpiQual=0.4405;VQSLOD=8.7642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2296,181,0
|
|
1 18377790 rs1031567 G A 721.73 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.626;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=9.304;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=12.03;ReadPosRankSum=1.590;SB=-368.967;SBQD=8.459;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3076;VQSLOD=5.0956 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:752,0,908
|
|
1 18393491 rs12067991 C G 677.16 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.352;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.093;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.769;SB=-344.645;SBQD=0.062;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.1074;VQSLOD=5.2728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:707,0,786
|
|
1 18396025 rs61763557 A G 624.73 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=7.845;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=12.01;ReadPosRankSum=1.100;SB=-277.915;SBQD=8.088;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.2101;VQSLOD=5.0327 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:655,0,878
|
|
1 18400980 rs10907300 C A 738.80 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=15.503;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.151;SB=-367.223;SBQD=11.093;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1620;VQSLOD=6.1450 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:769,0,945
|
|
1 18424136 rs12031903 T C 48.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.661;HRun=0;HaplotypeScore=6.9928;MQ=46.26;MQ0=2;MQRankSum=1.077;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.975;SB=-40.765;SBQD=-8.054;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-1.0388;VQSLOD=-1.3681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,10:39:78.66:79,0,522
|
|
1 18424791 rs12132615 G C 871.01 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.566;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.945;HRun=0;HaplotypeScore=1.7876;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-437.535;SBQD=-0.240;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.2508;VQSLOD=4.9551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:901,0,994
|
|
1 18434981 rs11806559 T C 435.52 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.000;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=13.965;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.243;SB=-204.682;SBQD=-14.725;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.5666;VQSLOD=4.8439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:466,0,892
|
|
1 18477144 rs12404341 T C 630.21 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.526;QD=11.89;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-257.817;SBQD=2.247;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.7423;VQSLOD=4.7371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:660,0,899
|
|
1 18491472 rs10796440 T G 488.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.061;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=3.456;HRun=1;HaplotypeScore=1.9788;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-4.751;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.979;SB=-90.126;SBQD=8.125;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.4686;VQSLOD=-1.0078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:519,0,565
|
|
1 18491529 rs10796441 G T 589.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=21.013;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.049;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.622;SB=-132.711;SBQD=15.183;SBpi=1.2792;SBpiQual=1.3536;VQSLOD=0.0686 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:619,0,586
|
|
1 18495745 rs4920447 T C 447.49 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.587;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-350.634;SBQD=-1.886;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1366;VQSLOD=5.4859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:477,0,469
|
|
1 18507369 rs11260951 T A 2433.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=35.79;SB=-1070.124;SBQD=-3.342;SBpi=0.8489;SBpiQual=0.6578;VQSLOD=8.9486 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2467,196,0
|
|
1 18553726 rs61762151 A C 900.10 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.619;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.497;HRun=0;HaplotypeScore=3.4714;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=14.52;ReadPosRankSum=-2.691;SB=-352.769;SBQD=8.833;SBpi=0.5604;SBpiQual=1.0252;VQSLOD=2.7237 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:99:930,0,667
|
|
1 18560459 rs16861724 C T 1313.14 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.100;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=15.974;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=16.62;ReadPosRankSum=0.103;SB=-426.297;SBQD=-10.451;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.2741;VQSLOD=4.3589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1343,0,1040
|
|
1 18563889 rs4920310 A G 2618.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.34;MQ0=0;QD=34.00;SB=-1036.635;SBQD=-1.856;SBpi=-1.1966;SBpiQual=-1.3432;VQSLOD=6.6363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2651,211,0
|
|
1 18568624 rs55957114 T C 712.94 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.114;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.863;HRun=0;HaplotypeScore=2.4370;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=9.38;ReadPosRankSum=2.739;SB=-489.041;SBQD=0.548;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.0642;VQSLOD=2.0853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:743,0,1024
|
|
1 18581074 rs223179 C T 668.33 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.960;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.310;SB=-436.409;SBQD=-0.096;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1233;VQSLOD=4.9679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:698,0,1089
|
|
1 18632801 rs11260978 A G 1040.52 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.016;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.363;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-468.997;SBQD=-7.811;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4520;VQSLOD=6.1229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:1071,0,947
|
|
1 18633936 rs55905837 C G 857.74 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.351;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.462;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=11.00;ReadPosRankSum=-2.901;SB=-306.486;SBQD=-4.701;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.8265;VQSLOD=3.1278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,30:78:99:888,0,1474
|
|
1 18640786 rs61380336 T G 740.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=26.8809;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.642;SB=-410.226;SBQD=1.842;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2903;VQSLOD=-12.4690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:25.31:770,0,25
|
|
1 18655002 rs223172 T C 2064.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=31.28;SB=-1104.160;SBQD=4.577;SBpi=-0.3693;SBpiQual=0.0041;VQSLOD=7.4081 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2097,184,0
|
|
1 18655339 rs4920478 G A 828.02 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.433;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.970;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=12.94;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-426.369;SBQD=1.462;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.4230;VQSLOD=5.2975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:858,0,937
|
|
1 18681546 rs4920482 T A 826.52 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=14.01;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-332.354;SBQD=-0.115;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.6575;VQSLOD=5.4197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:857,0,990
|
|
1 18683049 rs614462 G T 2206.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=32.45;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-1214.056;SBQD=-0.468;SBpi=-0.1833;SBpiQual=-0.1307;VQSLOD=7.7018 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2240,159,0
|
|
1 18685758 rs851741 C T 363.16 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.953;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.315;HRun=0;HaplotypeScore=4.5865;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-237.625;SBQD=-2.023;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.5307;VQSLOD=2.3097 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:62:99:393,0,703
|
|
1 18685881 rs12025548 G A 597.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.069;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.610;HRun=2;HaplotypeScore=13.7699;MQ=49.19;MQ0=5;MQRankSum=-0.328;QD=9.06;ReadPosRankSum=-2.313;SB=-130.457;SBQD=5.963;SBpi=1.8257;SBpiQual=1.9245;VQSLOD=-4.6495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:628,0,837
|
|
1 18686002 rs658512 G A 284.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.904;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=9.9744;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.176;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.357;SB=-396.179;SBQD=1.106;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.4310;VQSLOD=-3.9068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:314,0,428
|
|
1 18687883 rs2003724 A G 849.13 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.135;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.719;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.195;SB=-303.384;SBQD=-6.429;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.9526;VQSLOD=5.4670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:66:99:879,0,1008
|
|
1 18693245 rs7543948 A C 557.22 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.095;HRun=1;HaplotypeScore=2.7003;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-333.357;SBQD=-2.909;SBpi=0.0962;SBpiQual=-0.1508;VQSLOD=4.2344 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:587,0,621
|
|
1 18719844 rs4920492 G A 1172.24 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.094;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=20.701;HRun=0;HaplotypeScore=1.9958;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-342.610;SBQD=10.568;SBpi=1.2010;SBpiQual=1.2949;VQSLOD=4.5157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:1202,0,1146
|
|
1 18757535 rs2356239 C T 819.01 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.716;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-403.904;SBQD=-2.650;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.6384;VQSLOD=4.4151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:849,0,751
|
|
1 18757626 rs6658359 A G 666.58 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.713;HRun=0;HaplotypeScore=1.7465;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.278;SB=-405.585;SBQD=1.219;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.5196;VQSLOD=5.2166 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:697,0,802
|
|
1 18760117 rs11261006 C G 643.17 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=11.625;HRun=4;HaplotypeScore=1.5317;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.632;SB=-181.803;SBQD=9.631;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.3754;VQSLOD=3.6286 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:673,0,975
|
|
1 18805048 rs12750779 G A 31.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=9.700;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-21.563;SBQD=14.569;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0265;VQSLOD=1.1572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:61.45:61,0,132
|
|
1 18807620 rs34109355 G C 307.55 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6640;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.895;SB=-137.347;SBQD=7.298;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.5080;VQSLOD=4.7856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:338,0,397
|
|
1 18824180 rs4244376 T C 1995.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=33.83;SB=-953.321;SBQD=1.565;SBpi=0.4557;SBpiQual=0.5411;VQSLOD=8.5454 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2029,160,0
|
|
1 18828046 rs2143316 C T 884.33 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.205;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.301;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=18.05;ReadPosRankSum=1.608;SB=-431.835;SBQD=3.779;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.2842;VQSLOD=5.2875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:914,0,414
|
|
1 18830017 rs11585128 A G 772.47 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.208;SB=-448.028;SBQD=-0.144;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1274;VQSLOD=4.3312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:802,0,801
|
|
1 18846418 . C A 1387.30 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.686;DP=70;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=19.82;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-568.276;SBQD=-2.629;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.9189;VQSLOD=3.8323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,44:70:99:1417,0,615
|
|
1 18848180 rs56354177 G T 665.30 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.352;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.837;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-296.127;SBQD=4.500;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.6361;VQSLOD=3.3091 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:695,0,1310
|
|
1 18852735 . C T 971.11 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.701;DP=53;Dels=0.00;FS=5.855;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=18.32;ReadPosRankSum=0.664;SB=-402.424;SBQD=-5.571;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7319;VQSLOD=5.0163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:1001,0,579
|
|
1 18908865 rs12566790 C T 721.91 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=4.124;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-182.172;SBQD=-7.332;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.5185;VQSLOD=4.7589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:752,0,904
|
|
1 18914104 rs2816064 G A 1086.75 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.009;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=15.09;ReadPosRankSum=-1.493;SB=-578.041;SBQD=2.216;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1706;VQSLOD=5.1525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:72:99:1117,0,925
|
|
1 18923483 rs2982487 A G 1920.05 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=45.9555;MQ=60.38;MQ0=0;QD=31.48;SB=-723.105;SBQD=-5.368;SBpi=-0.9603;SBpiQual=-1.3201;VQSLOD=-51.2538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1953,168,0
|
|
1 19015592 rs575290 G C 1263.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.24;SB=-715.906;SBQD=0.010;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0051;VQSLOD=7.0311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1296,102,0
|
|
1 19015728 rs671887 C T 2062.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.88;SB=-1159.394;SBQD=1.467;SBpi=-0.8137;SBpiQual=-0.7994;VQSLOD=4.8798 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2096,180,0
|
|
1 19018131 rs2076021 A C 2311.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1223.008;SBQD=-1.782;SBpi=0.2425;SBpiQual=0.1615;VQSLOD=8.1079 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2344,187,0
|
|
1 19049384 rs742078 G T 842.74 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.263;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=8.860;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.231;SB=-260.123;SBQD=7.652;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.0265;VQSLOD=4.1620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:873,0,932
|
|
1 19054731 rs2236809 T G 505.40 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.536;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-278.329;SBQD=6.841;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1810;VQSLOD=5.2681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:535,0,565
|
|
1 19077291 rs578988 T C 1937.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.39;MQ0=0;QD=28.07;SB=-1134.828;SBQD=5.993;SBpi=-0.4214;SBpiQual=0.0284;VQSLOD=6.5530 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1970,174,0
|
|
1 19080506 rs1160680 A G 2249.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43;SB=-1196.902;SBQD=-4.675;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.6849;VQSLOD=5.3530 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2282,201,0
|
|
1 19086494 rs495759 A G 1276.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=27.16;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-774.499;SBQD=-4.338;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0606;VQSLOD=4.8065 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:71.33:1309,71,0
|
|
1 19094896 rs7416370 C T 1275.84 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.677;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=6.137;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.309;SB=-366.086;SBQD=-6.729;SBpi=-1.3887;SBpiQual=-1.6223;VQSLOD=5.5314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1306,0,1098
|
|
1 19106672 rs7521983 A G 1312.86 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.890;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.705;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.464;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.686;SB=-739.985;SBQD=1.123;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.0704;VQSLOD=5.0291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1343,0,1257
|
|
1 19121756 rs7539659 G A 429.47 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.903;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=4.821;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-123.635;SBQD=-6.495;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.0217;VQSLOD=4.3849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:459,0,382
|
|
1 19122672 rs11588793 T C 757.68 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.217;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=8.031;HRun=2;HaplotypeScore=3.8580;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-409.517;SBQD=6.190;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.3971;VQSLOD=2.6972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:788,0,890
|
|
1 19123567 rs9439750 A G 837.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.208;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=11.48;ReadPosRankSum=1.308;SB=-420.342;SBQD=-1.458;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.4852;VQSLOD=5.6961 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:868,0,1044
|
|
1 19126199 rs11261074 A G 633.58 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.593;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.037;HRun=0;HaplotypeScore=2.7803;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=2.230;QD=10.56;ReadPosRankSum=1.297;SB=-353.085;SBQD=-1.632;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.0550;VQSLOD=4.1157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:664,0,877
|
|
1 19141192 rs4920543 A C 237.69 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7853;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.082;SB=-208.171;SBQD=-1.971;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.5476;VQSLOD=2.3874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:268,0,571
|
|
1 19145610 rs6603915 C T 510.69 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.966;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-272.923;SBQD=1.717;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.2878;VQSLOD=3.2375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:541,0,817
|
|
1 19145633 rs6603916 G T 522.44 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.008;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.387;HRun=0;HaplotypeScore=3.3436;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-170.271;SBQD=5.434;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.9812;VQSLOD=2.8833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:552,0,791
|
|
1 19154065 rs6674964 G A 722.44 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.867;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=12.724;HRun=0;HaplotypeScore=1.7853;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.934;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-428.128;SBQD=-8.781;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.4470;VQSLOD=3.4549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:752,0,852
|
|
1 19173614 rs7513755 G T 1227.07 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.743;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.991;HRun=1;HaplotypeScore=1.4942;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=15.53;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-539.318;SBQD=-4.055;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6634;VQSLOD=4.7377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1257,0,1067
|
|
1 19179824 rs4920566 A G 873.33 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.593;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.950;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-427.489;SBQD=0.247;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.5435;VQSLOD=5.8834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:903,0,1277
|
|
1 19220748 rs16862341 G T 2282.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.72;MQ0=0;QD=33.08;SB=-1083.800;SBQD=-0.054;SBpi=-0.6621;SBpiQual=-0.6995;VQSLOD=8.7426 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2316,187,0
|
|
1 19221431 rs28715641 G A 372.12 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.525;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=7.279;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.940;SB=-144.062;SBQD=-10.628;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-1.2582;VQSLOD=4.0763 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:402,0,538
|
|
1 19242346 rs28678615 C T 738.56 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.707;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7038;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.748;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.535;SB=-334.954;SBQD=-4.133;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6453;VQSLOD=3.8347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:769,0,532
|
|
1 19250286 rs9426699 T G 864.65 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.955;HRun=4;HaplotypeScore=2.3090;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.565;SB=-456.905;SBQD=-9.015;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.4628;VQSLOD=3.8563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,37:55:99:895,0,544
|
|
1 19261621 rs28550043 T C 2195.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.69;MQ0=0;QD=29.27;SB=-1055.049;SBQD=-2.565;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.0216;VQSLOD=5.7439 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2228,181,0
|
|
1 19263783 rs4912087 A G 2487.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.38;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1163.875;SBQD=-0.827;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.5827;VQSLOD=8.7034 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2521,202,0
|
|
1 19275307 rs28481874 T C 633.77 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.707;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.587;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-459.030;SBQD=0.000;SBpi=-0.1768;SBpiQual=0.1244;VQSLOD=4.6886 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:664,0,396
|
|
1 19279048 rs28422004 A G 1392.94 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.134;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.946;HRun=0;HaplotypeScore=1.9048;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=16.99;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-805.306;SBQD=-1.631;SBpi=0.2023;SBpiQual=-0.2324;VQSLOD=4.8182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,55:82:99:1423,0,762
|
|
1 19284964 rs7550348 C T 1154.60 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.066;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=13.91;ReadPosRankSum=0.274;SB=-523.380;SBQD=-2.627;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.5948;VQSLOD=5.1369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:83:99:1185,0,1091
|
|
1 19290285 rs28434037 T C 518.84 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.840;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.866;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-297.002;SBQD=-2.446;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.1804;VQSLOD=4.7038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:549,0,1369
|
|
1 19291615 rs17384116 A G 365.82 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.714;HRun=2;HaplotypeScore=3.6907;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.384;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.055;SB=-189.580;SBQD=-4.168;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.1361;VQSLOD=2.2096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:396,0,905
|
|
1 19293556 rs6681104 G A 1423.03 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=7.159;HRun=0;HaplotypeScore=3.6507;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-796.572;SBQD=5.886;SBpi=-0.0700;SBpiQual=-0.0044;VQSLOD=3.7922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:90:99:1453,0,1119
|
|
1 19298385 rs6699045 C G 300.07 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.016;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-175.473;SBQD=-6.903;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.9856;VQSLOD=3.4239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:330,0,852
|
|
1 19308422 . A G 323.01 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.779;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=38.7747;MQ=47.71;MQ0=1;MQRankSum=-0.429;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-382.736;SBQD=-0.026;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5941;VQSLOD=-34.1887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:353,0,408
|
|
1 19314241 rs6694911 T G 183.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.907;HRun=1;HaplotypeScore=6.9337;MQ=60.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.146;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.320;SB=-106.070;SBQD=7.645;SBpi=0.8489;SBpiQual=1.0603;VQSLOD=-2.0135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:46:43.36:213,0,43
|
|
1 19321108 rs1925706 C T 933.41 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.911;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.505;HRun=0;HaplotypeScore=2.5352;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=15.56;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-475.324;SBQD=-5.576;SBpi=0.0898;SBpiQual=-0.0670;VQSLOD=4.3147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:963,0,764
|
|
1 19333583 rs7529889 T C 2481.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=33.53;SB=-1280.894;SBQD=-1.423;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.3096;VQSLOD=8.6959 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2514,199,0
|
|
1 19336810 rs2038877 C T 2194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4896;MQ=59.66;MQ0=0;QD=32.28;SB=-940.146;SBQD=0.189;SBpi=-1.0914;SBpiQual=-1.1172;VQSLOD=4.5273 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2228,181,0
|
|
1 19350136 rs28710799 T C 2725.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=32.83;SB=-1232.175;SBQD=5.063;SBpi=-0.9330;SBpiQual=-0.4880;VQSLOD=7.3107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2758,244,0
|
|
1 19358512 rs9426637 C G 2133.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.92;MQ0=0;QD=35.56;SB=-813.373;SBQD=-0.173;SBpi=1.0328;SBpiQual=1.0421;VQSLOD=7.6124 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2167,175,0
|
|
1 19372268 rs9426644 G A 314.51 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.236;HRun=0;HaplotypeScore=1.9957;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.335;SB=-274.230;SBQD=2.264;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.1406;VQSLOD=4.3881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:345,0,458
|
|
1 19382691 rs10799662 C T 1933.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.86;MQ0=0;QD=33.92;SB=-844.063;SBQD=-0.267;SBpi=0.8609;SBpiQual=0.8560;VQSLOD=8.0318 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1966,156,0
|
|
1 19387834 . T C 35.63 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;DP=38;Dels=0.00;FS=18.954;HRun=1;HaplotypeScore=47.2469;MQ=31.46;MQ0=3;MQRankSum=-0.779;QD=0.94;ReadPosRankSum=3.210;SB=-58.726;SBQD=21.282;SBpi=0.7638;SBpiQual=1.1724;VQSLOD=-53.5649 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,19:38:6.02:67,6,0
|
|
1 19399891 rs10916899 G A 385.89 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=6.684;HRun=0;HaplotypeScore=1.9748;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-264.004;SBQD=4.604;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.1822;VQSLOD=3.4280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:416,0,576
|
|
1 19417370 rs61766781 C T 812.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.515;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.312;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-493.231;SBQD=-3.753;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0981;VQSLOD=5.9835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:842,0,933
|
|
1 19433449 rs6426677 A G 879.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;QD=25.88;SB=-473.385;SBQD=-6.892;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4108;VQSLOD=4.9664 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:87.10:913,87,0
|
|
1 19499120 rs10917061 G A 2955.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.49;SB=-1117.329;SBQD=0.528;SBpi=1.2778;SBpiQual=1.3914;VQSLOD=8.6839 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2988,235,0
|
|
1 19506738 rs1970369 G A 1345.14 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.750;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.951;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=18.18;ReadPosRankSum=0.998;SB=-614.061;SBQD=-1.286;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.5662;VQSLOD=5.1292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,46:74:99:1375,0,687
|
|
1 19564202 rs710882 G A 950.22 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.113;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.512;HRun=1;HaplotypeScore=2.3537;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.729;SB=-549.698;SBQD=5.865;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.3926;VQSLOD=4.1796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:63:99:980,0,426
|
|
1 19565998 rs16862639 C T 761.20 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.033;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.912;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.191;SB=-393.425;SBQD=6.172;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.4270;VQSLOD=5.0014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:791,0,906
|
|
1 19596841 rs7536049 G A 435.75 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.483;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.26;MQ0=4;MQRankSum=0.248;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-184.109;SBQD=-7.083;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.6822;VQSLOD=3.6380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:466,0,488
|
|
1 19607033 rs12122673 A T 1110.50 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.244;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.503;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.120;SB=-401.971;SBQD=-7.929;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.2926;VQSLOD=4.3351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1140,0,1045
|
|
1 19611241 rs1738023 T C 711.64 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.672;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.943;HRun=1;HaplotypeScore=1.9598;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.152;SB=-333.391;SBQD=6.008;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7013;VQSLOD=5.4119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:742,0,727
|
|
1 19619369 . C A 740.84 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.490;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.5787;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=13.72;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-441.485;SBQD=-1.790;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3463;VQSLOD=2.3637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:771,0,670
|
|
1 19636991 rs2002846 A G 558.24 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.477;HRun=1;HaplotypeScore=1.8410;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-245.166;SBQD=-3.532;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.8167;VQSLOD=4.1140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:588,0,687
|
|
1 19657159 rs56239997 G T 428.42 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=3.005;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-237.764;SBQD=-0.273;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.5868;VQSLOD=3.8344 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:458,0,527
|
|
1 19700458 rs6426795 C T 1909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=31.82;SB=-924.418;SBQD=-1.173;SBpi=0.7746;SBpiQual=0.7614;VQSLOD=7.1156 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1942,153,0
|
|
1 19701015 rs3748753 G A 1796.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.62;MQ0=0;QD=29.94;SB=-1021.304;SBQD=0.830;SBpi=0.2582;SBpiQual=0.3215;VQSLOD=6.5889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1829,147,0
|
|
1 19702183 . T G 594.02 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.724;DP=64;Dels=0.00;FS=1.001;HRun=0;HaplotypeScore=4.5241;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.173;SB=-250.500;SBQD=1.326;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.5680;VQSLOD=1.7936 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:64:99:624,0,1089
|
|
1 19706385 rs17394154 A C 1083.83 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.700;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=17.702;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-354.234;SBQD=-11.773;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.3911;VQSLOD=6.0230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1114,0,916
|
|
1 19709918 rs12730973 A G 438.79 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=2.742;HRun=2;HaplotypeScore=1.5983;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.356;SB=-212.151;SBQD=3.113;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.4195;VQSLOD=4.7924 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:469,0,701
|
|
1 19721508 rs55886853 G A 724.37 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=13.327;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=14.20;ReadPosRankSum=2.029;SB=-262.758;SBQD=9.478;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.6726;VQSLOD=4.8277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:754,0,404
|
|
1 19729087 rs4912085 G C 669.29 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=5.783;HRun=1;HaplotypeScore=2.8161;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=13.12;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-363.712;SBQD=-4.802;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.1751;VQSLOD=4.0019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:699,0,651
|
|
1 19732915 . G A 806.31 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.715;DP=63;Dels=0.00;FS=7.398;HRun=0;HaplotypeScore=1.5592;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.468;QD=12.80;ReadPosRankSum=2.152;SB=-233.524;SBQD=11.118;SBpi=0.7071;SBpiQual=1.2136;VQSLOD=2.4204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:836,0,719
|
|
1 19733076 . C T 1005.79 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.669;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5770;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=14.37;ReadPosRankSum=-1.846;SB=-631.895;SBQD=0.177;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.0641;VQSLOD=3.2682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:1036,0,806
|
|
1 19738518 rs12026907 C T 829.68 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.773;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-448.888;SBQD=0.022;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.4151;VQSLOD=5.4382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:860,0,356
|
|
1 19746527 rs3790760 C G 417.86 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.488;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=10.048;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-202.593;SBQD=-11.857;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-1.2823;VQSLOD=3.5332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:448,0,758
|
|
1 19753127 rs12566399 T C 447.34 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=7.160;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.070;SB=-310.919;SBQD=-8.789;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0581;VQSLOD=4.7253 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:40:99:477,0,527
|
|
1 19764040 rs12042004 C G 847.43 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.467;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.132;HRun=1;HaplotypeScore=1.9692;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.874;SB=-546.081;SBQD=-2.935;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2860;VQSLOD=4.4468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:877,0,797
|
|
1 19769675 rs10799811 C G 1453.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.37;MQ0=0;QD=29.67;SB=-601.190;SBQD=4.055;SBpi=-1.2143;SBpiQual=-0.9819;VQSLOD=5.9431 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1487,126,0
|
|
1 19772598 . C T 636.52 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.977;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=17.68;ReadPosRankSum=1.829;SB=-334.733;SBQD=1.747;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4695;VQSLOD=4.2581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:667,0,264
|
|
1 19780509 rs3913439 C T 606.16 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.054;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.398;SB=-402.659;SBQD=-2.954;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0618;VQSLOD=5.1163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:636,0,779
|
|
1 19792495 rs12755348 A G 2513.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.48;MQ0=0;QD=31.03;SB=-1264.306;SBQD=-6.417;SBpi=0.7222;SBpiQual=0.1836;VQSLOD=6.4054 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2547,229,0
|
|
1 19792562 rs12755497 A G 831.76 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=19.692;HRun=1;HaplotypeScore=3.6408;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.807;SB=-295.740;SBQD=-14.215;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.9092;VQSLOD=4.1598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:862,0,886
|
|
1 19818413 rs7536032 A G 1629.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=26.71;SB=-873.343;SBQD=0.889;SBpi=-0.9603;SBpiQual=-0.9063;VQSLOD=4.9783 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1662,135,0
|
|
1 19824008 rs2314146 A G 836.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.422;HRun=0;HaplotypeScore=11.1593;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=2.086;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-81.978;SBQD=10.677;SBpi=2.0655;SBpiQual=2.3681;VQSLOD=-0.2965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:867,0,768
|
|
1 19829686 . T C 537.92 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;DP=44;Dels=0.00;FS=1.172;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-317.946;SBQD=-3.173;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1708;VQSLOD=3.3612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:568,0,616
|
|
1 19835415 rs6426808 G A 547 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.585;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.454;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=48.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=11.89;ReadPosRankSum=1.352;SB=-270.887;SBQD=-4.573;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.5357;VQSLOD=4.6372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:577,0,681
|
|
1 19837558 rs4362008 A G 895.45 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.4911;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.466;SB=-443.723;SBQD=0.648;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.4821;VQSLOD=3.7355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:66:99:925,0,993
|
|
1 19839139 rs4130336 A G 703.20 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.189;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=10.601;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=54.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.200;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.777;SB=-252.870;SBQD=6.244;SBpi=1.3056;SBpiQual=1.0602;VQSLOD=3.0064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:733,0,1026
|
|
1 19842681 rs28805688 G A 300.96 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=6.515;HRun=0;HaplotypeScore=1.8824;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-140.424;SBQD=8.134;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7474;VQSLOD=3.5783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:331,0,486
|
|
1 19851031 rs12726742 T C 994.29 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.899;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=18.08;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-414.708;SBQD=-5.763;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7682;VQSLOD=4.4523 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:1024,0,584
|
|
1 19860840 rs10917476 C G 1097.15 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.035;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.873;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=13.71;ReadPosRankSum=-1.619;SB=-435.879;SBQD=-5.005;SBpi=-0.8847;SBpiQual=-1.1651;VQSLOD=4.9736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:1127,0,976
|
|
1 19871078 rs4504910 A G 1052.33 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.690;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-639.291;SBQD=-3.680;SBpi=0.3727;SBpiQual=-0.0251;VQSLOD=5.0939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:1082,0,976
|
|
1 19881441 rs4912128 C G 667.10 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.194;SB=-246.431;SBQD=-3.058;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-1.0931;VQSLOD=5.0716 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:697,0,749
|
|
1 19891434 rs10429881 G C 2036.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.76;MQ0=0;QD=32.32;SB=-1094.919;SBQD=-1.832;SBpi=-0.1270;SBpiQual=-0.1731;VQSLOD=7.2215 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2069,166,0
|
|
1 19892367 rs6426811 T C 2128.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.86;MQ0=0;QD=32.75;SB=-1029.229;SBQD=-3.275;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.5666;VQSLOD=8.5497 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2162,180,0
|
|
1 20012714 rs10917516 A G 504.15 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.493;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=8.40;ReadPosRankSum=2.452;SB=-211.120;SBQD=-1.951;SBpi=1.0206;SBpiQual=0.6579;VQSLOD=1.6146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:534,0,955
|
|
1 20017738 rs10917518 T C 664.31 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.435;HRun=4;HaplotypeScore=1.7608;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=11.86;ReadPosRankSum=-2.332;SB=-241.472;SBQD=5.208;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.7460;VQSLOD=3.5331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:694,0,953
|
|
1 20048720 . A G 730.73 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.046;DP=69;Dels=0.00;FS=3.224;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=10.59;ReadPosRankSum=2.539;SB=-392.314;SBQD=0.458;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.3748;VQSLOD=5.4296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:761,0,1137
|
|
1 20069547 rs1266441 G A 2017.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.26;MQ0=0;QD=28.82;SB=-984.783;SBQD=0.537;SBpi=-1.0757;SBpiQual=-1.0017;VQSLOD=4.8386 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2050,163,0
|
|
1 20089571 . T C 1715.57 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.517;DP=57;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=41.5599;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.672;QD=30.10;ReadPosRankSum=1.550;SB=-781.166;SBQD=3.000;SBpi=0.6682;SBpiQual=0.7262;VQSLOD=-41.3482 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1749,144,0
|
|
1 20089866 rs2294637 G C 1673.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.25;SB=-1206.143;SBQD=7.396;SBpi=-0.4714;SBpiQual=0.1330;VQSLOD=3.3993 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1707,147,0
|
|
1 20098830 rs1266435 T A 1658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.51;MQ0=0;QD=35.28;SB=-789.172;SBQD=-1.486;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.4133;VQSLOD=6.0690 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1691,132,0
|
|
1 20102285 rs55944841 A G 2267.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=32.86;SB=-1197.729;SBQD=2.602;SBpi=0.0602;SBpiQual=0.2237;VQSLOD=7.6248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2301,187,0
|
|
1 20142866 rs3806308 C T 1094.85 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.518;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.168;HRun=0;HaplotypeScore=2.7286;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=15.64;ReadPosRankSum=1.513;SB=-457.649;SBQD=5.945;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7546;VQSLOD=4.8295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1125,0,781
|
|
1 20145399 rs6686761 A G 1564.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.81;MQ0=0;QD=28.44;SB=-916.787;SBQD=1.768;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.4761;VQSLOD=5.8758 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1597,126,0
|
|
1 20147613 rs4654864 C T 1600.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12;SB=-651.200;SBQD=-0.345;SBpi=-1.6274;SBpiQual=-1.7060;VQSLOD=5.1799 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1633,126,0
|
|
1 20171093 rs6658028 G C 489.11 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.596;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.596;SB=-284.712;SBQD=3.646;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.1793;VQSLOD=4.5066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:519,0,1211
|
|
1 20189042 . C T 1038.80 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.863;DP=57;Dels=0.00;FS=2.396;HRun=0;HaplotypeScore=2.2611;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.233;SB=-369.101;SBQD=3.190;SBpi=0.9574;SBpiQual=0.9682;VQSLOD=2.8192 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:1069,0,520
|
|
1 20212450 rs61771091 A G 733.18 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=8.543;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-374.739;SBQD=-7.097;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.3042;VQSLOD=4.0605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:763,0,1254
|
|
1 20213965 rs10916664 A G 2059.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.33;MQ0=0;QD=28.21;SB=-1225.389;SBQD=1.551;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.4199;VQSLOD=4.6811 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2092,169,0
|
|
1 20219690 . C T 1152.48 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.295;DP=77;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=2;HaplotypeScore=1.9699;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=14.97;ReadPosRankSum=1.034;SB=-482.426;SBQD=1.508;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7613;VQSLOD=3.5299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1182,0,1052
|
|
1 20224629 rs4654922 T C 1286.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.18;MQ0=1;QD=27.37;SB=-553.898;SBQD=1.195;SBpi=-0.8847;SBpiQual=-0.5840;VQSLOD=4.7756 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1319,120,0
|
|
1 20253963 . G T 112.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.537;DP=80;Dels=0.00;FS=71.578;HRun=2;HaplotypeScore=15.0856;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.946;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.745;SB=126.360;SBQD=7.256;SBpi=2.5069;SBpiQual=1.8104;VQSLOD=-12.9290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,29:80:99:142,0,1401
|
|
1 20255699 rs6668942 G T 603.80 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.544;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-2.335;QD=12.08;ReadPosRankSum=0.451;SB=-464.775;SBQD=-4.123;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.4924;VQSLOD=3.9975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,33:50:99:634,0,432
|
|
1 20258473 rs1093733 T C 694.98 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=13.710;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-171.416;SBQD=-9.758;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-1.4057;VQSLOD=4.9671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:725,0,1193
|
|
1 20271553 . T G 66.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=25;Dels=0.00;FS=9.185;HRun=0;HaplotypeScore=15.3073;MQ=40.78;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=2.66;ReadPosRankSum=2.132;SB=21.047;SBQD=8.973;SBpi=1.2247;SBpiQual=1.3102;VQSLOD=-6.7863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,6:25:86.73:96,0,87
|
|
1 20274703 rs61769120 A C 701.60 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.814;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.540;HRun=3;HaplotypeScore=2.8198;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.303;SB=-362.357;SBQD=5.929;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.8952;VQSLOD=2.3115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:732,0,844
|
|
1 20277914 rs818970 G C 980.22 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.504;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.3964;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-576.346;SBQD=0.582;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1607;VQSLOD=3.3875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1010,0,747
|
|
1 20278398 rs818969 G A 785.26 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.704;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=13.462;HRun=2;HaplotypeScore=1.5226;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.002;QD=16.36;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-329.682;SBQD=-11.958;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3078;VQSLOD=2.9447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:815,0,695
|
|
1 20293560 rs2872821 C T 1028.28 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.479;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.246;HRun=1;HaplotypeScore=2.8871;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.409;SB=-411.078;SBQD=4.593;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.7894;VQSLOD=3.7526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:1058,0,1086
|
|
1 20297415 rs1891321 G A 1311.87 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.147;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=7.499;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.763;SB=-689.724;SBQD=-6.252;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1290;VQSLOD=5.2208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:1342,0,1179
|
|
1 20309196 rs1774132 T G 2179.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=58.82;MQ0=0;QD=24.22;SB=-995.983;SBQD=9.496;SBpi=1.0541;SBpiQual=1.6435;VQSLOD=3.0863 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2212,183,0
|
|
1 20309565 rs10916685 A T 1339.48 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.901;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=15.76;ReadPosRankSum=1.433;SB=-461.930;SBQD=-5.110;SBpi=-1.3270;SBpiQual=-1.3187;VQSLOD=3.5503 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1369,0,1050
|
|
1 20310849 rs1796922 C G 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.95;MQ0=1;QD=29.15;SB=-660.340;SBQD=1.806;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.7277;VQSLOD=6.2521 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1374,114,0
|
|
1 20349436 rs55892508 A G 792.91 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.712;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-254.926;SBQD=-1.659;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.1982;VQSLOD=3.5947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:823,0,878
|
|
1 20350374 rs4655079 A G 1983.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.55;MQ0=0;QD=31.48;SB=-819.280;SBQD=-6.638;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.8277;VQSLOD=6.4679 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:2016,165,0
|
|
1 20362510 rs4654809 G A 723.26 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.854;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.2171;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.607;SB=-393.197;SBQD=-0.319;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1487;VQSLOD=3.5662 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:753,0,1216
|
|
1 20364359 rs864216 T A 2216.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.18;MQ0=0;QD=33.08;SB=-1251.680;SBQD=-1.532;SBpi=0.0611;SBpiQual=-0.0286;VQSLOD=8.2997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2250,178,0
|
|
1 20380145 rs617363 T C 675.28 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-389.003;SBQD=-1.012;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7835;VQSLOD=5.6289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:705,0,943
|
|
1 20419340 rs622450 G T 1190.67 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.448;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.942;SB=-567.979;SBQD=-4.269;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.5501;VQSLOD=6.0669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1221,0,1089
|
|
1 20422399 rs2135601 T C 885.86 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.957;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.392;HRun=1;HaplotypeScore=1.9924;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.691;SB=-410.463;SBQD=6.403;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6572;VQSLOD=5.1531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:916,0,742
|
|
1 20467993 rs35231462 G A 2153.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.91;MQ0=0;QD=35.89;SB=-856.412;SBQD=-2.985;SBpi=-0.7746;SBpiQual=-0.9432;VQSLOD=8.1579 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2186,175,0
|
|
1 20543744 rs7536516 T G 1312.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=53.28;MQ0=0;QD=22.63;SB=-867.051;SBQD=2.792;SBpi=-0.7878;SBpiQual=-0.7942;VQSLOD=3.9893 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1345,111,0
|
|
1 20550472 rs10916725 A T 1635 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.33;SB=-0.007;SBQD=37.937;SBpi=3.3541;SBpiQual=3.6355;VQSLOD=4.1391 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1668,129,0
|
|
1 20551745 rs2097532 C T 1130.98 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.751;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.884;SB=-491.327;SBQD=0.737;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7774;VQSLOD=4.7970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1161,0,996
|
|
1 20552612 rs12725354 A T 1002.81 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=14.53;ReadPosRankSum=1.110;SB=-462.081;SBQD=1.889;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.5584;VQSLOD=5.4191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1033,0,883
|
|
1 20591780 rs1894662 G A 768.72 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.848;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.556;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=12.20;ReadPosRankSum=1.496;SB=-456.061;SBQD=5.257;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.0373;VQSLOD=5.4406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:799,0,981
|
|
1 20596903 rs4655176 T C 902.27 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.611;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.852;HRun=0;HaplotypeScore=3.5409;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-600.877;SBQD=3.732;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.0637;VQSLOD=3.8685 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:932,0,1023
|
|
1 20596936 rs4655177 C T 891.47 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.576;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.594;HRun=0;HaplotypeScore=2.8251;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.122;SB=-422.343;SBQD=-5.349;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.0906;VQSLOD=4.3057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:921,0,896
|
|
1 20598351 rs2017456 C T 1203.50 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.939;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.825;HRun=3;HaplotypeScore=2.7040;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-688.794;SBQD=0.685;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.4974;VQSLOD=4.4874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:90:99:1233,0,1112
|
|
1 20636496 . C T 656.18 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.623;DP=45;Dels=0.00;FS=2.561;HRun=1;HaplotypeScore=4.6568;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.920;SB=-286.832;SBQD=3.254;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.3476;VQSLOD=2.0515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:686,0,618
|
|
1 20659684 rs12118463 A G 1095.25 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.569;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=10.121;HRun=1;HaplotypeScore=3.5616;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-386.670;SBQD=4.792;SBpi=1.2962;SBpiQual=0.9859;VQSLOD=2.5177 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:76:99:1125,0,1043
|
|
1 20660452 rs34905880 A G 1099.14 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.283;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.923;QD=15.06;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-382.957;SBQD=5.981;SBpi=1.0408;SBpiQual=1.2544;VQSLOD=4.7536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1129,0,1118
|
|
1 20684225 rs34326576 C A 776.83 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.038;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.997;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.497;SB=-281.663;SBQD=-1.542;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.8589;VQSLOD=4.6829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:807,0,1010
|
|
1 20702104 rs11587845 G C 908.97 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.212;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-420.022;SBQD=6.401;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.5098;VQSLOD=5.2691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:939,0,657
|
|
1 20704588 rs10916778 T C 841.50 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.437;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=14.506;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.557;SB=-203.815;SBQD=14.634;SBpi=1.3056;SBpiQual=1.6516;VQSLOD=4.7307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:871,0,644
|
|
1 20712416 rs4655204 A G 1198.13 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.369;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=14.61;ReadPosRankSum=1.192;SB=-636.390;SBQD=-4.893;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.2498;VQSLOD=5.1451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1228,0,1206
|
|
1 20717763 rs1111366 C A 1147.57 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=16.725;HRun=0;HaplotypeScore=2.8415;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.464;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-501.924;SBQD=-9.582;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3505;VQSLOD=2.5219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1178,0,1192
|
|
1 20724002 . T C 345 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.133;DP=55;Dels=0.00;FS=4.029;HRun=0;HaplotypeScore=2.7318;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.705;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-199.063;SBQD=-2.748;SBpi=-1.1767;SBpiQual=-0.9351;VQSLOD=0.4071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:375,0,508
|
|
1 20734368 . C A 1219.88 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.883;DP=80;Dels=0.00;FS=0.846;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-585.586;SBQD=2.277;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3761;VQSLOD=3.9743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1250,0,1128
|
|
1 20735452 rs6426635 G A 2149.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.07;SB=-1071.948;SBQD=1.158;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5399;VQSLOD=8.2644 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2183,169,0
|
|
1 20735465 rs6426636 G A 2472.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=34.35;SB=-1259.704;SBQD=0.794;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4306;VQSLOD=8.7820 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2506,196,0
|
|
1 20736050 rs7536273 G C 2253.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.30;MQ0=0;QD=31.30;SB=-1134.210;SBQD=4.958;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.4356;VQSLOD=7.6538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2287,199,0
|
|
1 20745485 rs974332 T C 2380.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=32.61;SB=-1053.284;SBQD=3.936;SBpi=0.4096;SBpiQual=0.7040;VQSLOD=8.4984 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2414,214,0
|
|
1 20758752 rs10916796 T A 778.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12;SB=-108.071;SBQD=11.536;SBpi=1.9000;SBpiQual=2.0789;VQSLOD=5.7065 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:63.20:811,63,0
|
|
1 20829560 rs2641114 G A 1357.38 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.073;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.728;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.543;SB=-522.320;SBQD=0.943;SBpi=0.8387;SBpiQual=0.9585;VQSLOD=4.8208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:1387,0,886
|
|
1 20877306 rs1253787 C T 1830.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9949;MQ=59.54;MQ0=0;QD=32.68;SB=-882.688;SBQD=-0.278;SBpi=-0.6682;SBpiQual=-0.7115;VQSLOD=6.5295 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1863,144,0
|
|
1 20884438 . T C 621.59 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9545;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=2.112;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.935;SB=-356.703;SBQD=-1.001;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2225;VQSLOD=2.1757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:652,0,945
|
|
1 20887986 rs4655219 A G 784.44 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.954;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.349;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=12.65;ReadPosRankSum=-2.074;SB=-270.703;SBQD=1.407;SBpi=1.3056;SBpiQual=1.0720;VQSLOD=3.6254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:814,0,883
|
|
1 20900808 . G C 586.89 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;DP=45;Dels=0.00;FS=4.591;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.138;SB=-166.551;SBQD=8.193;SBpi=0.8528;SBpiQual=1.1370;VQSLOD=4.1865 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:617,0,703
|
|
1 20902195 rs4655224 A C 1654.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=29.54;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-966.282;SBQD=-3.330;SBpi=-0.0674;SBpiQual=-0.2011;VQSLOD=7.2871 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1687,138,0
|
|
1 20904104 rs12023637 C G 987.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.22;MQ0=0;QD=21.94;SB=-592.268;SBQD=-2.469;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.7392;VQSLOD=4.0713 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90.25:1020,90,0
|
|
1 20916791 rs818202 A G 930.55 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.502;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.900;HRun=0;HaplotypeScore=2.4148;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.744;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-397.279;SBQD=0.191;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.5178;VQSLOD=3.3499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:961,0,1228
|
|
1 20917521 rs818201 T C 608.15 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.526;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.274;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.963;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.717;SB=-356.348;SBQD=-0.530;SBpi=-0.1961;SBpiQual=0.1110;VQSLOD=5.0167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:638,0,986
|
|
1 20922286 rs1253921 G T 1432.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;QD=31.14;SB=-837.966;SBQD=-0.486;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.1104;VQSLOD=7.0590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1466,117,0
|
|
1 20930381 rs10799647 A G 1814.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=32.39;SB=-875.828;SBQD=2.711;SBpi=0.4009;SBpiQual=0.5860;VQSLOD=8.5044 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1847,153,0
|
|
1 20934440 rs41467355 C T 2329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.66;MQ0=0;QD=34.25;SB=-1269.831;SBQD=-0.128;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0095;VQSLOD=7.2939 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2362,187,0
|
|
1 20948302 rs7528657 A G 760.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.23;MQ0=0;QD=16.53;SB=-638.002;SBQD=-3.688;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.2419;VQSLOD=5.9420 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:75.18:793,75,0
|
|
1 20950239 rs12131693 G A 259.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=4.413;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.984;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.387;SB=-206.479;SBQD=3.393;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.8125;VQSLOD=1.4215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:61:99:290,0,811
|
|
1 20966880 rs3121394 C T 2983.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.51;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1620.956;SBQD=0.465;SBpi=-0.0542;SBpiQual=-0.0117;VQSLOD=7.8972 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3016,235,0
|
|
1 20988608 rs531268 T C 2122.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=32.66;SB=-951.035;SBQD=2.234;SBpi=0.8062;SBpiQual=0.9584;VQSLOD=8.4287 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2156,169,0
|
|
1 20995953 rs817779 T C 763.39 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.90;MQ0=0;QD=25.45;SB=-103.853;SBQD=-3.704;SBpi=-2.1909;SBpiQual=-1.8796;VQSLOD=2.0360 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75.17:796,75,0
|
|
1 20997949 rs645831 T A 1860.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.49;SB=-1181.365;SBQD=1.217;SBpi=-0.0640;SBpiQual=0.0255;VQSLOD=6.6269 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1893,147,0
|
|
1 21005316 rs56267558 G T 1066.96 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.552;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.023;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=16.17;ReadPosRankSum=0.020;SB=-446.703;SBQD=-3.749;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-1.1047;VQSLOD=5.3951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:1097,0,726
|
|
1 21017202 . C T 339.47 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.054;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=41.39;MQ0=2;MQRankSum=1.294;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.224;SB=-242.970;SBQD=-0.338;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.2956;VQSLOD=3.5084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:369,0,345
|
|
1 21132575 rs12565504 C T 1120.47 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=6.117;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=20.37;ReadPosRankSum=0.097;SB=-413.438;SBQD=-7.745;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8863;VQSLOD=4.7502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,36:55:99:1150,0,516
|
|
1 21158334 . G A 564.38 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.019;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.91;MQ0=7;MQRankSum=0.179;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-88.655;SBQD=-16.191;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2521;VQSLOD=4.2801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:594,0,276
|
|
1 21191430 rs3816455 A G 2751.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.71;MQ0=0;QD=34.40;SB=-1471.297;SBQD=0.462;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0372;VQSLOD=6.9133 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2785,229,0
|
|
1 21303397 rs4654892 G A 2569.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.37;SB=-855.634;SBQD=-0.795;SBpi=-1.8803;SBpiQual=-2.0387;VQSLOD=6.1561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2602,205,0
|
|
1 21324491 rs2874367 A C 3009.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.68;MQ0=0;QD=33.81;SB=-1570.668;SBQD=-0.868;SBpi=-0.2650;SBpiQual=-0.3076;VQSLOD=9.1117 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3042,241,0
|
|
1 21493145 rs7530933 A G 1134.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.41;MQ0=0;QD=30.65;SB=-282.602;SBQD=-5.232;SBpi=-1.7262;SBpiQual=-1.9111;VQSLOD=5.5653 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93.28:1167,93,0
|
|
1 21657852 rs213042 A G 705.55 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.284;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-296.279;SBQD=-2.119;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.7937;VQSLOD=4.8239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:736,0,1276
|
|
1 21673896 rs3026798 C T 970.30 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.863;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.342;HRun=0;HaplotypeScore=4.4484;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.321;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.206;SB=-506.326;SBQD=-6.627;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1460;VQSLOD=3.5129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:1000,0,601
|
|
1 21675783 rs2139673 C T 778.53 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-649.525;SBQD=1.138;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1576;VQSLOD=5.0963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:809,0,604
|
|
1 21682469 rs2796346 C G 2372.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.89;SB=-1186.634;SBQD=1.077;SBpi=0.2425;SBpiQual=0.3364;VQSLOD=8.8253 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2406,193,0
|
|
1 21690627 rs3107384 G A 1236.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;QD=36.37;SB=-0.007;SBQD=-37.271;SBpi=-2.9155;SBpiQual=-3.1596;VQSLOD=5.4451 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1270,99,0
|
|
1 21701146 . C T 41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=11.9781;MQ=28.46;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=2.16;ReadPosRankSum=2.684;SB=-137.260;SBQD=4.571;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.2187;VQSLOD=-3.6887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:20.48:71,0,20
|
|
1 21703208 . G A 2487.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=32.73;SB=-1288.082;SBQD=1.617;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.4620;VQSLOD=7.9210 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2520,199,0
|
|
1 21720531 rs2682361 G C 1773.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;QD=30.58;SB=-1026.984;SBQD=-1.594;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.2249;VQSLOD=6.6926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1807,144,0
|
|
1 21751553 . G A 36.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.636;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=19.81;MQ0=42;MQRankSum=-1.724;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.973;SB=-16.297;SBQD=-0.410;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4697;VQSLOD=-0.5645 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,24:102:66.90:67,0,952
|
|
1 21753468 . T A 95.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.045;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4558;MQ=15.73;MQ0=42;MQRankSum=0.264;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-0.007;SBQD=-2.363;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.3363;VQSLOD=-1.3545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:71:99:126,0,398
|
|
1 21756276 rs4061173 A G 632.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.16;MQ0=2;QD=24.31;SB=-140.284;SBQD=-7.544;SBpi=-1.5689;SBpiQual=-1.6398;VQSLOD=2.8859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:63.12:665,63,0
|
|
1 21756507 rs4061170 T C 59.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.98;MQ0=5;QD=7.46;SB=-32.648;SBQD=3.720;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3161;VQSLOD=2.5860 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:9.02:92,9,0
|
|
1 21756768 . T G 112.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.14;MQ0=1;QD=16.13;SB=-36.737;SBQD=18.699;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5776;VQSLOD=5.6224 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12.04:145,12,0
|
|
1 21759128 rs10916989 G A 331.24 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=16.3075;MQ=54.68;MQ0=0;QD=5.43;SB=-801.177;SBQD=1.523;SBpi=-1.0883;SBpiQual=-1.1137;VQSLOD=-24.3296 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:30.09:364,30,0
|
|
1 21765268 rs6668141 C G 1885.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9933;MQ=54.10;MQ0=0;QD=30.91;SB=-976.799;SBQD=-1.202;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.4796;VQSLOD=6.4520 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1918,156,0
|
|
1 21776463 rs6426690 A G 1917.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.00;MQ0=0;QD=33.05;SB=-682.812;SBQD=1.106;SBpi=1.3131;SBpiQual=1.3094;VQSLOD=6.1619 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1950,159,0
|
|
1 21791836 . C A 516.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.571;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=0.732;HRun=0;HaplotypeScore=4.0733;MQ=37.85;MQ0=31;MQRankSum=2.492;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-284.693;SBQD=0.743;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.4942;VQSLOD=-1.7927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,34:246:99:546,0,5213
|
|
1 21810022 . A T 35.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=10.59;MQ0=15;QD=1.88;SB=-0.007;SBQD=-3.563;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.2151;VQSLOD=0.2010 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:6.02:67,6,0
|
|
1 21817252 rs10733028 T C 1750.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.58;MQ0=0;QD=24.31;SB=-1002.996;SBQD=5.208;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.6140;VQSLOD=4.2786 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1783,153,0
|
|
1 21821897 rs1697422 T C 858.18 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.680;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.952;HRun=3;HaplotypeScore=1.8910;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=13.41;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-462.636;SBQD=-0.853;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3902;VQSLOD=3.9606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:888,0,889
|
|
1 21824108 rs1780321 C T 1018.38 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.015;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=11.850;HRun=2;HaplotypeScore=1.4972;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=12.89;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-433.405;SBQD=7.920;SBpi=0.8590;SBpiQual=0.8565;VQSLOD=4.6340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1048,0,1097
|
|
1 21844736 rs12022032 A G 1021.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.32;MQ0=0;QD=30.03;SB=-303.843;SBQD=-4.814;SBpi=-1.3720;SBpiQual=-1.4599;VQSLOD=5.8075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:84.26:1054,84,0
|
|
1 21852781 rs6658446 T C 985.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.16;MQ0=0;QD=22.40;SB=-769.934;SBQD=1.395;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1256;VQSLOD=4.0524 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:84.25:1018,84,0
|
|
1 21869918 rs12128151 T C 658.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=12.903;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.764;SB=-256.786;SBQD=-11.497;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6698;VQSLOD=5.5715 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:688,0,890
|
|
1 21885195 rs3767155 C T 495.38 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.561;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-337.070;SBQD=-5.430;SBpi=0.1961;SBpiQual=-0.0563;VQSLOD=5.7319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:525,0,569
|
|
1 21886819 rs2071424 C T 557.51 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.448;HRun=0;HaplotypeScore=4.9105;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.956;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.821;SB=-226.693;SBQD=1.781;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.6513;VQSLOD=2.9923 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:588,0,837
|
|
1 21904374 rs1772719 A C 906.17 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.673;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.292;SB=-378.520;SBQD=-1.987;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.0537;VQSLOD=4.2918 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,36:55:99:936,0,427
|
|
1 21927820 rs4654973 C G 382.24 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=16.937;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.089;SB=-11.946;SBQD=-14.880;SBpi=-1.5765;SBpiQual=-1.6852;VQSLOD=3.9038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:412,0,810
|
|
1 21938897 rs947334 A G 1537.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;QD=26.50;SB=-891.780;SBQD=-3.235;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.3890;VQSLOD=3.4899 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1570,141,0
|
|
1 21938923 rs9426673 A C 572.42 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.651;HRun=1;HaplotypeScore=2.2788;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.008;SB=-349.697;SBQD=5.995;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.1413;VQSLOD=4.2915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:602,0,686
|
|
1 21941023 rs947333 T C 1542.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.86;MQ0=0;QD=27.06;SB=-965.571;SBQD=-0.984;SBpi=0.3311;SBpiQual=0.2604;VQSLOD=5.6013 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1575,129,0
|
|
1 21942600 rs1825306 G C 993.37 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.123;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.587;HRun=2;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=17.43;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-379.747;SBQD=6.922;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9402;VQSLOD=4.2163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:1023,0,527
|
|
1 21945990 rs2995002 A G 1263.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=26.88;SB=-659.164;SBQD=-6.543;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.2263;VQSLOD=4.9607 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1296,117,0
|
|
1 21958739 rs9426771 G T 192.06 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.957;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-67.506;SBQD=7.961;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.8192;VQSLOD=4.6394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:222,0,327
|
|
1 21983611 rs829404 C T 1111.56 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.579;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.175;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=19.16;ReadPosRankSum=0.049;SB=-494.169;SBQD=-2.926;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.7002;VQSLOD=5.4599 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,37:58:99:1142,0,537
|
|
1 22009326 rs7515855 C T 1694.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=31.39;SB=-827.175;SBQD=3.138;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.5912;VQSLOD=7.4779 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1728,138,0
|
|
1 22013561 rs829420 C A 3411.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.30;SB=-1791.251;SBQD=0.990;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0920;VQSLOD=7.9981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3412,265,0
|
|
1 22014471 rs17423390 G T 2291.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=35.25;SB=-928.225;SBQD=-1.347;SBpi=-0.8750;SBpiQual=-1.0753;VQSLOD=8.5345 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2324,184,0
|
|
1 22036256 rs482791 A C 2012.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=29.60;SB=-922.523;SBQD=4.701;SBpi=-1.0914;SBpiQual=-0.6976;VQSLOD=7.2605 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2046,183,0
|
|
1 22041073 rs1018102 T C 1572.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=29.67;SB=-869.441;SBQD=5.614;SBpi=-0.3434;SBpiQual=0.0463;VQSLOD=7.5334 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1605,138,0
|
|
1 22044929 rs692790 T C 2210.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=34.01;SB=-1065.539;SBQD=-0.698;SBpi=-0.4341;SBpiQual=-0.5378;VQSLOD=8.1481 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2244,181,0
|
|
1 22049667 rs6426724 A G 2217.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.05;MQ0=0;QD=35.20;SB=-961.421;SBQD=-1.811;SBpi=0.8189;SBpiQual=0.7321;VQSLOD=6.7061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2251,181,0
|
|
1 22082923 rs10458384 G A 1350.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.3904;MQ=59.82;MQ0=0;QD=31.40;SB=-611.540;SBQD=-1.213;SBpi=0.8387;SBpiQual=0.7917;VQSLOD=4.0038 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1383,111,0
|
|
1 22095839 rs10799712 C T 2519.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.52;SB=-1245.445;SBQD=1.036;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.2367;VQSLOD=8.9960 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2553,202,0
|
|
1 22102328 rs10799713 G C 2274.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=36.68;SB=-994.334;SBQD=-0.700;SBpi=-0.6350;SBpiQual=-0.7061;VQSLOD=8.7199 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2307,181,0
|
|
1 22126640 rs10917048 T C 1232.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3670;MQ=58.41;MQ0=0;QD=25.68;SB=-666.224;SBQD=7.666;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.5889;VQSLOD=3.7340 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1266,105,0
|
|
1 22127992 rs7518006 G A 2081.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=34.69;SB=-802.657;SBQD=-1.062;SBpi=-1.1619;SBpiQual=-1.2930;VQSLOD=8.2596 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2115,166,0
|
|
1 22139796 rs10917050 A T 2358.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=25.64;SB=-1569.330;SBQD=5.516;SBpi=-0.2085;SBpiQual=0.2470;VQSLOD=4.6769 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2392,196,0
|
|
1 22194677 rs2316164 A G 1215.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.61;MQ0=0;QD=25.33;SB=-573.998;SBQD=1.383;SBpi=0.7217;SBpiQual=0.5677;VQSLOD=4.4474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1249,114,0
|
|
1 22194796 rs2085272 G A 1086.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.42;MQ0=0;QD=20.89;SB=-794.822;SBQD=-0.577;SBpi=-0.6934;SBpiQual=-0.7692;VQSLOD=4.0569 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:90.27:1119,90,0
|
|
1 22200082 rs2445136 T C 1174.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.58;MQ0=0;QD=25.54;SB=-692.898;SBQD=5.925;SBpi=-0.1474;SBpiQual=0.3398;VQSLOD=5.0324 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1208,102,0
|
|
1 22249057 rs9426783 T C 1648.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5239;MQ=58.86;MQ0=0;QD=28.93;SB=-671.834;SBQD=1.333;SBpi=0.9934;SBpiQual=1.0608;VQSLOD=4.7479 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1682,153,0
|
|
1 22259050 rs4654997 A G 2569.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7155;MQ=59.48;MQ0=0;QD=32.12;SB=-1381.149;SBQD=-1.722;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.3575;VQSLOD=4.9899 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2603,205,0
|
|
1 22280365 rs12567548 T C 1937.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.85;MQ0=0;QD=26.92;SB=-1143.383;SBQD=4.390;SBpi=-0.1179;SBpiQual=0.3130;VQSLOD=5.3960 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1971,174,0
|
|
1 22287730 rs10917077 A G 904.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.09;MQ0=0;QD=20.11;SB=-396.229;SBQD=-7.235;SBpi=-1.1180;SBpiQual=-1.4777;VQSLOD=3.7364 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84.21:938,84,0
|
|
1 22290035 rs4585955 A G 2268.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.66;MQ0=0;QD=34.37;SB=-826.381;SBQD=2.133;SBpi=1.2309;SBpiQual=1.3340;VQSLOD=8.0501 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2302,184,0
|
|
1 22298008 rs10917084 C T 2510.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.63;MQ0=0;QD=33.93;SB=-1319.264;SBQD=2.403;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1001;VQSLOD=8.6793 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2544,205,0
|
|
1 22306552 . C T 425.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.20;MQ0=18;QD=10.64;SB=-55.334;SBQD=21.350;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6552;VQSLOD=3.2154 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:40:39.11:459,39,0
|
|
1 22307829 rs7542585 A C 886.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.88;MQ0=4;QD=19.71;SB=-551.034;SBQD=-0.617;SBpi=0.8199;SBpiQual=0.9396;VQSLOD=4.6838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:78.22:920,78,0
|
|
1 22308493 rs10799721 C T 1908.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4563;MQ=52.84;MQ0=0;QD=32.90;SB=-886.431;SBQD=0.282;SBpi=-0.5252;SBpiQual=-0.5595;VQSLOD=4.3844 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1941,156,0
|
|
1 22309808 rs12730562 A G 1704.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.06;MQ0=0;QD=26.63;SB=-660.038;SBQD=-5.394;SBpi=-1.2500;SBpiQual=-1.5557;VQSLOD=5.3626 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1738,150,0
|
|
1 22311011 rs12122445 G A 914.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.37;MQ0=5;QD=22.87;SB=-489.005;SBQD=-6.847;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0876;VQSLOD=4.2063 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:87.16:948,87,0
|
|
1 22311908 rs7520526 G A 776.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.29;MQ0=0;QD=15.22;SB=-673.184;SBQD=0.507;SBpi=-0.9899;SBpiQual=-1.0142;VQSLOD=4.9528 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:66.19:809,66,0
|
|
1 22313920 rs7516572 A G 1201.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.54;MQ0=0;QD=27.94;SB=-518.756;SBQD=-3.966;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-0.9294;VQSLOD=5.1797 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1234,105,0
|
|
1 22315337 rs9700803 T C 1168.60 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.363;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=11.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.823;SB=-558.346;SBQD=9.645;SBpi=-0.0714;SBpiQual=0.3320;VQSLOD=4.4477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:1199,0,1649
|
|
1 22320554 rs7522019 T C 639.63 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.237;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=24.06;MQ0=19;MQRankSum=1.844;QD=8.76;ReadPosRankSum=-2.486;SB=-352.562;SBQD=6.493;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0150;VQSLOD=3.1977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:670,0,341
|
|
1 22322341 rs10799727 C A 1507.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.75;MQ0=4;QD=25.12;SB=-566.936;SBQD=-8.562;SBpi=-0.9764;SBpiQual=-1.0529;VQSLOD=4.9293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1540,135,0
|
|
1 22334381 rs11589764 C A 1327.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.98;MQ0=9;QD=25.05;SB=-529.708;SBQD=9.429;SBpi=0.2100;SBpiQual=0.2775;VQSLOD=4.5564 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1360,114,0
|
|
1 22334415 rs6696789 T C 1017.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8154;MQ=38.09;MQ0=11;QD=21.66;SB=-334.181;SBQD=16.740;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.4380;VQSLOD=4.0949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93.23:1051,93,0
|
|
1 22335263 rs11584804 A G 87.25 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.487;HRun=0;HaplotypeScore=47.3589;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.032;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-4.959;SBQD=-1.357;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-0.9287;VQSLOD=-66.5877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,13:77:99:117,0,389
|
|
1 22337271 rs10917111 A C 1071.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.79;MQ0=2;QD=28.20;SB=-608.806;SBQD=-1.014;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0483;VQSLOD=5.8421 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96.27:1105,96,0
|
|
1 22337409 . A T 392.96 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;DP=72;Dels=0.00;FS=38.788;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=22.54;MQ0=22;MQRankSum=0.019;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.564;SB=5.732;SBQD=13.381;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2407;VQSLOD=2.3297 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:423,0,340
|
|
1 22349158 rs12730256 G T 257.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=17;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.91;MQ0=1;QD=4.03;SB=-757.790;SBQD=-2.663;SBpi=-0.8189;SBpiQual=-0.9031;VQSLOD=-7.8127 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:30.03:291,30,0
|
|
1 22352040 rs2255282 G T 530.21 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=11.05;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-211.485;SBQD=-2.423;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-1.0485;VQSLOD=4.8902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:560,0,684
|
|
1 22360049 rs10917125 T C 562.83 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.772;HRun=0;HaplotypeScore=1.8100;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.455;SB=-283.663;SBQD=-3.835;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1047;VQSLOD=4.2298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:593,0,1017
|
|
1 22360876 rs7525444 C T 733.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.765;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.961;HRun=0;HaplotypeScore=1.7803;MQ=49.70;MQ0=0;MQRankSum=-4.489;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.352;SB=-488.362;SBQD=1.486;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1698;VQSLOD=-0.1260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:763,0,654
|
|
1 22365829 rs10799731 T C 388.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.644;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=8.974;HRun=0;HaplotypeScore=14.0904;MQ=50.35;MQ0=1;MQRankSum=-0.761;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-244.977;SBQD=-6.367;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1380;VQSLOD=-1.1352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:419,0,679
|
|
1 22393449 rs2473319 A G 1848.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=0;QD=31.87;SB=-964.546;SBQD=-6.645;SBpi=0.2626;SBpiQual=-0.2353;VQSLOD=7.1514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1881,165,0
|
|
1 22394575 rs2473318 A G 2359.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.78;MQ0=0;QD=28.43;SB=-1193.474;SBQD=-2.838;SBpi=-0.4939;SBpiQual=-0.7354;VQSLOD=5.6255 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2393,211,0
|
|
1 22397199 rs2501256 C T 738.19 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.810;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.896;HRun=0;HaplotypeScore=5.5032;MQ=53.15;MQ0=1;MQRankSum=1.384;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.873;SB=-268.008;SBQD=0.525;SBpi=0.6736;SBpiQual=1.0052;VQSLOD=2.8483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:768,0,889
|
|
1 22403357 rs12038474 G A 654.34 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=14.54;ReadPosRankSum=3.172;SB=-323.409;SBQD=-0.074;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.2309;VQSLOD=5.2348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:684,0,653
|
|
1 22449360 . C T 337.89 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.260;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.378;SB=-218.533;SBQD=-0.143;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.3639;VQSLOD=4.1440 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:368,0,358
|
|
1 22480241 rs10917163 T C 815.62 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.954;HRun=0;HaplotypeScore=3.9580;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.146;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.619;SB=-458.680;SBQD=-2.552;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0935;VQSLOD=3.3859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:846,0,1221
|
|
1 22480336 . C T 350.25 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.912;DP=41;Dels=0.00;FS=1.290;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.055;SB=-247.426;SBQD=2.572;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0038;VQSLOD=4.0557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:380,0,322
|
|
1 22492522 rs2223480 C T 1700.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.25;MQ0=0;QD=29.83;SB=-1035.323;SBQD=-1.782;SBpi=0.1987;SBpiQual=0.0770;VQSLOD=6.4909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1733,141,0
|
|
1 22494258 rs12117004 A G 796.91 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.384;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.937;HRun=2;HaplotypeScore=4.5736;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.121;SB=-405.869;SBQD=-1.191;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.0688;VQSLOD=2.5436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:69:99:827,0,1173
|
|
1 22498374 rs2744700 C T 375.40 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=8.705;HRun=0;HaplotypeScore=2.0508;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.417;SB=-242.747;SBQD=9.099;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1644;VQSLOD=3.9128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:405,0,598
|
|
1 22499222 rs1014986 G A 730.34 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.061;HRun=1;HaplotypeScore=1.7329;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-320.520;SBQD=5.766;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7090;VQSLOD=5.2489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:760,0,633
|
|
1 22504272 rs2982282 C A 964.41 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.518;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.913;HRun=0;HaplotypeScore=1.8288;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=16.63;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-433.797;SBQD=3.747;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.5190;VQSLOD=5.2378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:994,0,707
|
|
1 22505742 rs2982284 G C 1002.05 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.427;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-370.639;SBQD=-5.550;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.1096;VQSLOD=4.0409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1032,0,1327
|
|
1 22542184 rs2473260 T C 730.45 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.008;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=12.659;HRun=0;HaplotypeScore=1.9905;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=13.53;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-216.545;SBQD=10.192;SBpi=1.1339;SBpiQual=1.1155;VQSLOD=4.8040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:760,0,731
|
|
1 22551582 rs2744737 C T 666.76 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.412;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.450;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.522;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.022;SB=-463.441;SBQD=6.613;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.2278;VQSLOD=4.9303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:697,0,364
|
|
1 22586280 rs28617726 G A 993.43 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.346;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.203;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-511.786;SBQD=2.528;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3580;VQSLOD=4.1377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:1023,0,549
|
|
1 22656868 rs11585537 C G 569.62 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=5.351;HRun=2;HaplotypeScore=1.5774;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=2.868;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-190.973;SBQD=-8.437;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-1.2845;VQSLOD=2.8835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:600,0,834
|
|
1 22674007 rs4655051 G A 1100.89 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.592;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.279;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=15.29;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-401.086;SBQD=5.610;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9296;VQSLOD=5.7569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1131,0,822
|
|
1 22701924 rs4531265 C T 1110.99 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.463;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=16.83;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-587.062;SBQD=-3.569;SBpi=0.0781;SBpiQual=-0.1990;VQSLOD=6.1902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:66:99:1141,0,665
|
|
1 22719811 rs12029664 G A 772.56 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.157;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.300;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.180;SB=-347.337;SBQD=-3.438;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.7815;VQSLOD=5.7766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:803,0,770
|
|
1 22720608 . G A 1024.90 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.413;DP=49;Dels=0.00;FS=4.435;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=20.92;ReadPosRankSum=1.649;SB=-415.294;SBQD=5.049;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7312;VQSLOD=1.7823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:1055,0,455
|
|
1 22734860 rs6680372 C T 2293.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=32.76;SB=-921.646;SBQD=-0.119;SBpi=1.3148;SBpiQual=1.3607;VQSLOD=6.9912 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2326,184,0
|
|
1 22735906 rs4655059 A C 2239.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.72;MQ0=0;QD=27.65;SB=-1219.445;SBQD=5.556;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.3182;VQSLOD=4.8857 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2273,201,0
|
|
1 22738306 . A G 233.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.95;MQ0=1;MQRankSum=0.444;QD=6.49;ReadPosRankSum=-2.825;SB=-128.118;SBQD=0.828;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.2222;VQSLOD=0.7494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:99:263,0,685
|
|
1 22741870 rs4654803 C T 1789.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8455;MQ=57.85;MQ0=0;QD=24.85;SB=-1194.266;SBQD=0.148;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.2591;VQSLOD=4.4423 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1822,150,0
|
|
1 22743475 rs1320598 C T 2626.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1181.001;SBQD=0.731;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.9030;VQSLOD=7.7102 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2659,208,0
|
|
1 22745766 rs4409620 A G 1624.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.48;SB=-843.287;SBQD=1.127;SBpi=-0.4243;SBpiQual=-0.3848;VQSLOD=7.9588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1657,129,0
|
|
1 22753081 rs7339937 A T 2453.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=57.87;MQ0=0;QD=35.56;SB=-1138.136;SBQD=-1.044;SBpi=0.5417;SBpiQual=0.4900;VQSLOD=7.4132 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2486,199,0
|
|
1 22762798 rs7549390 G A 1470.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.51;MQ0=0;QD=30.02;SB=-781.089;SBQD=-2.999;SBpi=0.0714;SBpiQual=-0.1613;VQSLOD=7.0281 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1504,126,0
|
|
1 22765981 rs4540623 G C 2526.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=36.61;SB=-1004.634;SBQD=0.580;SBpi=-1.0233;SBpiQual=-1.0663;VQSLOD=8.0819 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2559,202,0
|
|
1 22766726 rs6659354 G A 2742.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.45;SB=-1462.017;SBQD=-1.708;SBpi=0.4417;SBpiQual=0.3396;VQSLOD=7.9590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2776,214,0
|
|
1 22863680 rs12756490 T C 918.91 PASS AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.969;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=9.997;HRun=0;HaplotypeScore=3.9091;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=16.71;ReadPosRankSum=-1.333;SB=-293.067;SBQD=-8.921;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-0.9153;VQSLOD=2.8764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,37:55:99:949,0,391
|
|
1 22874740 . C T 416.88 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.353;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.801;SB=-115.181;SBQD=2.710;SBpi=1.1785;SBpiQual=1.1936;VQSLOD=2.1108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:447,0,659
|
|
1 22876750 rs61767280 G A 503.06 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.991;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=6.054;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-267.490;SBQD=-7.527;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.2423;VQSLOD=5.3960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:50:99:533,0,622
|
|
1 22877813 rs209709 G A 1372.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=28.00;SB=-597.362;SBQD=1.439;SBpi=1.0714;SBpiQual=1.1344;VQSLOD=6.3413 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1405,111,0
|
|
1 22886390 rs12411218 G A 936.45 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.155;HRun=1;HaplotypeScore=2.7786;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.975;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-332.063;SBQD=4.928;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.0589;VQSLOD=2.7376 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:966,0,939
|
|
1 22893908 rs209751 C G 389.15 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.289;HRun=2;HaplotypeScore=2.9420;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-282.748;SBQD=-0.276;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.2158;VQSLOD=2.7795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:46:99:419,0,513
|
|
1 22895487 rs61767285 A G 879.27 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=11.873;HRun=0;HaplotypeScore=1.7803;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-515.584;SBQD=6.761;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.2907;VQSLOD=5.3562 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:67:99:909,0,827
|
|
1 22905363 . C T 751.23 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.139;DP=69;Dels=0.00;FS=10.856;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=10.89;ReadPosRankSum=-2.369;SB=-248.580;SBQD=8.077;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.8940;VQSLOD=2.3873 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:781,0,1122
|
|
1 22905469 . T C 1098.69 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.471;DP=88;Dels=0.00;FS=4.110;HRun=0;HaplotypeScore=2.3113;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-501.847;SBQD=5.735;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.4402;VQSLOD=3.9943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:1129,0,1387
|
|
1 22914759 rs620809 A G 306.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.66;MQ0=0;QD=21.91;SB=-149.277;SBQD=-6.164;SBpi=0.8018;SBpiQual=0.5483;VQSLOD=3.3512 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:30.06:340,30,0
|
|
1 22915978 rs521570 A T 1850.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4875;MQ=58.74;MQ0=0;QD=31.37;SB=-992.102;SBQD=-0.569;SBpi=-0.3255;SBpiQual=-0.3822;VQSLOD=5.4624 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1884,150,0
|
|
1 22917728 . T A 1240.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.76;SB=-923.832;SBQD=-0.300;SBpi=-0.3311;SBpiQual=-0.2946;VQSLOD=0.8417 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1273,117,0
|
|
1 22918941 . C A 1926.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58;SB=-1117.536;SBQD=1.215;SBpi=0.0640;SBpiQual=0.1312;VQSLOD=6.2110 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1959,153,0
|
|
1 22934644 rs209705 A G 1319.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.84;MQ0=0;QD=24.44;SB=-902.767;SBQD=4.888;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2607;VQSLOD=4.6981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1353,111,0
|
|
1 22952823 rs158762 A G 1519.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.64;MQ0=0;QD=23.75;SB=-977.680;SBQD=0.968;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-0.6971;VQSLOD=4.4590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1553,126,0
|
|
1 22960915 rs663096 A G 1514.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=28.57;SB=-782.245;SBQD=-4.419;SBpi=0.6181;SBpiQual=0.2643;VQSLOD=5.3087 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1547,138,0
|
|
1 22972900 rs581453 C T 2122.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=23.58;SB=-1590.969;SBQD=-0.150;SBpi=0.4216;SBpiQual=0.4421;VQSLOD=4.4619 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2155,240,0
|
|
1 22979899 rs291989 T C 1711.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=31.12;SB=-936.491;SBQD=-0.959;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.3214;VQSLOD=7.4651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1745,138,0
|
|
1 22984360 rs294187 C T 2133.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=37.43;SB=-1046.711;SBQD=-1.941;SBpi=-0.0662;SBpiQual=-0.1984;VQSLOD=8.7895 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2166,172,0
|
|
1 23014328 rs2919473 G T 3044.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=33.83;SB=-1141.859;SBQD=-4.704;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.7023;VQSLOD=7.0301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3078,247,0
|
|
1 23014788 rs169801 G A 3364.73 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.4532;MQ=59.31;MQ0=0;QD=33.65;SB=-1434.463;SBQD=1.174;SBpi=-1.3000;SBpiQual=-1.2906;VQSLOD=2.2923 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:100:99:3364,262,0
|
|
1 23019544 rs294230 T C 2549.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=28.02;SB=-1098.790;SBQD=1.087;SBpi=-1.6248;SBpiQual=-1.6433;VQSLOD=5.3275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2583,205,0
|
|
1 23022312 rs294211 A G 1508.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.58;MQ0=1;QD=27.93;SB=-821.726;SBQD=-2.818;SBpi=-0.0687;SBpiQual=-0.3863;VQSLOD=5.8560 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1541,135,0
|
|
1 23059831 rs2869512 T C 400.24 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.499;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.231;SB=-250.331;SBQD=-0.048;SBpi=-0.1091;SBpiQual=0.1665;VQSLOD=3.7246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:430,0,854
|
|
1 23063214 rs10442641 C T 525.29 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.268;HRun=0;HaplotypeScore=3.1816;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.498;SB=-293.828;SBQD=5.634;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.2264;VQSLOD=4.6597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:555,0,389
|
|
1 23067241 . C T 592.41 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=12.88;ReadPosRankSum=1.373;SB=-355.072;SBQD=-0.230;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.2821;VQSLOD=6.0351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:622,0,343
|
|
1 23077719 rs6695066 A G 1242.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=27.61;SB=-670.121;SBQD=-3.166;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.2158;VQSLOD=5.5872 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1275,114,0
|
|
1 23078295 rs6700664 T C 1631.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=27.65;SB=-967.619;SBQD=6.703;SBpi=-0.4557;SBpiQual=0.0417;VQSLOD=6.2190 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1664,144,0
|
|
1 23082437 rs35994351 A G 1724.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=33.81;SB=-929.490;SBQD=-1.372;SBpi=0.0700;SBpiQual=0.0045;VQSLOD=8.2300 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1757,147,0
|
|
1 23120674 rs4654815 C T 2008.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=33.48;ReadPosRankSum=1.559;SB=-1081.533;SBQD=-1.148;SBpi=0.0651;SBpiQual=-0.1276;VQSLOD=8.1875 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:2042,141,0
|
|
1 23138844 rs6694899 G A 737.86 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.208;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.646;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-285.778;SBQD=-2.935;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.9830;VQSLOD=4.3907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:54:99:768,0,490
|
|
1 23141017 rs61637611 C T 741.51 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.725;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.381;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-309.547;SBQD=-3.448;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.7386;VQSLOD=5.3224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:772,0,561
|
|
1 23148518 rs34795220 T A 1141.51 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=7.877;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=15.64;ReadPosRankSum=0.116;SB=-454.791;SBQD=5.896;SBpi=0.8807;SBpiQual=0.8512;VQSLOD=5.5425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1172,0,1091
|
|
1 23164184 rs12731889 C A 896.52 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.260;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.790;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.658;SB=-470.366;SBQD=-4.945;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3545;VQSLOD=5.0507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:927,0,990
|
|
1 23181713 rs6661718 T C 1587.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.20;MQ0=0;QD=27.38;SB=-730.248;SBQD=9.786;SBpi=0.1313;SBpiQual=0.7388;VQSLOD=5.8404 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1621,144,0
|
|
1 23189123 rs6670405 T C 784.01 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.231;SB=-509.887;SBQD=-0.461;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.2572;VQSLOD=6.3854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:814,0,901
|
|
1 23199627 rs4655135 A G 1679.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.08;SB=-1041.400;SBQD=-5.712;SBpi=0.3810;SBpiQual=-0.0616;VQSLOD=4.1031 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1712,153,0
|
|
1 23210507 rs309482 C T 473.98 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=8.198;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.533;SB=-230.244;SBQD=-6.746;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.0158;VQSLOD=5.4360 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:504,0,501
|
|
1 23218291 rs2869057 G T 79.50 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=8.766;HRun=2;HaplotypeScore=32.1452;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=1.26;ReadPosRankSum=-2.151;SB=-256.534;SBQD=6.802;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.6709;VQSLOD=-31.1594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:109,0,873
|
|
1 23221655 rs309467 C T 1073.03 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.543;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=9.168;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.428;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.119;SB=-507.962;SBQD=7.311;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.6532;VQSLOD=5.3426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:1103,0,590
|
|
1 23291582 rs4655138 G A 784.01 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.731;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.324;HRun=1;HaplotypeScore=1.1567;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.303;SB=-339.769;SBQD=5.712;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4307;VQSLOD=5.2005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:814,0,644
|
|
1 23326903 rs510844 G A 2770.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.30;MQ0=0;QD=38.48;SB=-1215.327;SBQD=0.043;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.6424;VQSLOD=6.9369 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2804,217,0
|
|
1 23333649 . G C 488.56 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.586;DP=59;Dels=0.00;FS=3.717;HRun=0;HaplotypeScore=1.9454;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-298.670;SBQD=-5.058;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.6181;VQSLOD=3.0221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:519,0,798
|
|
1 23337075 rs562933 A G 1176.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.92;MQ0=0;QD=31.79;SB=-524.212;SBQD=-0.887;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.7833;VQSLOD=7.3481 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:96.30:1209,96,0
|
|
1 23338384 rs6650086 T C 809.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.332;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.315;SB=-366.337;SBQD=-6.847;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4405;VQSLOD=5.6559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:840,0,874
|
|
1 23381116 rs7543975 G A 876.24 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.710;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.038;HRun=0;HaplotypeScore=1.8245;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.281;SB=-302.115;SBQD=-8.212;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-1.0605;VQSLOD=5.7524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:906,0,910
|
|
1 23384537 rs2869044 C T 2631.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=31.33;SB=-1294.370;SBQD=-3.189;SBpi=0.8729;SBpiQual=0.5659;VQSLOD=6.5700 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2665,220,0
|
|
1 23410138 rs12137204 T G 110.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=24.3696;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-530.206;SBQD=5.200;SBpi=-0.2535;SBpiQual=0.0274;VQSLOD=-13.7526 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,35:55:17.95:143,18,0
|
|
1 23423374 rs10799791 G A 2093.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.31;SB=-941.388;SBQD=4.367;SBpi=0.4481;SBpiQual=0.7128;VQSLOD=7.9068 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2126,166,0
|
|
1 23464003 rs9426802 A G 835.70 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.176;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.45;MQ0=1;MQRankSum=-0.587;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.137;SB=-451.800;SBQD=1.002;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.3478;VQSLOD=4.5606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:866,0,716
|
|
1 23472341 rs3845521 T C 1139.47 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.053;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.307;SB=-557.681;SBQD=2.168;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.3040;VQSLOD=6.0231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:1169,0,947
|
|
1 23507335 rs1757040 G A 460.66 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.333;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=15.258;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.37;MQ0=1;MQRankSum=0.242;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.903;SB=-137.697;SBQD=11.885;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.3674;VQSLOD=4.8970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:491,0,653
|
|
1 23515216 rs681753 T C 726.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.760;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.139;HRun=2;HaplotypeScore=1.6671;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-401.131;SBQD=-0.693;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.0697;VQSLOD=4.0267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:756,0,973
|
|
1 23546483 rs7533119 A G 92.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.83;MQ0=1;MQRankSum=-2.870;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.528;SB=-20.473;SBQD=-3.855;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.7654;VQSLOD=-0.6874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,6:29:99:123,0,453
|
|
1 23550794 rs6688475 G A 1629.61 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.934;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=14.846;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.169;SB=-552.482;SBQD=-8.874;SBpi=-1.4699;SBpiQual=-1.5781;VQSLOD=4.2475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,56:95:99:1660,0,1071
|
|
1 23571153 rs2806572 T A 1087.89 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.8952;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=15.54;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-501.387;SBQD=0.097;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4898;VQSLOD=3.2372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1118,0,918
|
|
1 23575369 rs2144733 A G 805.20 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.786;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.754;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=3.100;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-485.019;SBQD=3.075;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1433;VQSLOD=3.8221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:835,0,634
|
|
1 23589328 rs12080801 G A 2222.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=56.87;MQ0=1;QD=32.69;SB=-1124.090;SBQD=1.399;SBpi=0.4276;SBpiQual=0.4500;VQSLOD=7.0264 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2256,178,0
|
|
1 23678811 rs61777131 A G 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=30.60;SB=-726.472;SBQD=0.767;SBpi=-1.3131;SBpiQual=-1.2857;VQSLOD=6.3810 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1808,144,0
|
|
1 23711376 rs2092933 C T 1668.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.72;SB=-892.749;SBQD=1.043;SBpi=0.2100;SBpiQual=0.2779;VQSLOD=7.9815 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1702,135,0
|
|
1 23747703 rs946267 A T 2587.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1358.835;SBQD=0.448;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.1067;VQSLOD=7.9959 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2621,205,0
|
|
1 23777136 rs56053453 C T 1409.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9951;MQ=59.62;MQ0=0;QD=23.49;SB=-976.515;SBQD=8.725;SBpi=-0.3873;SBpiQual=0.0633;VQSLOD=3.0572 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1443,114,0
|
|
1 23787021 rs6424109 C A 1693.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.73;MQ0=0;QD=22.28;SB=-1216.288;SBQD=3.094;SBpi=0.1732;SBpiQual=0.5141;VQSLOD=4.2501 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1726,168,0
|
|
1 23832103 rs2999141 A C 2295.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5410;MQ=57.34;MQ0=0;QD=28.69;SB=-985.630;SBQD=-4.005;SBpi=-1.2298;SBpiQual=-1.4664;VQSLOD=3.3408 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2329,190,0
|
|
1 23854873 rs909538 A G 1609.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=30.95;SB=-600.231;SBQD=1.207;SBpi=1.3868;SBpiQual=1.4919;VQSLOD=6.7011 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1642,132,0
|
|
1 23887880 rs4649097 G A 700.84 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.828;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.549;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.172;SB=-281.537;SBQD=-6.013;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-1.0899;VQSLOD=4.3013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:731,0,937
|
|
1 23909498 rs7536581 G C 606.20 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.610;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=11.89;ReadPosRankSum=2.026;SB=-253.187;SBQD=4.848;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.5968;VQSLOD=4.6516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:636,0,685
|
|
1 23937039 rs2811989 T G 917.67 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.169;SB=-518.073;SBQD=2.067;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.1284;VQSLOD=6.1790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:948,0,1117
|
|
1 23957442 rs2811957 A C 854.66 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.486;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.511;SB=-409.836;SBQD=-0.181;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4222;VQSLOD=5.5648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:885,0,1039
|
|
1 24028516 rs516418 A T 2764.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=32.14;SB=-1472.968;SBQD=0.803;SBpi=0.4313;SBpiQual=0.5235;VQSLOD=7.2502 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2797,226,0
|
|
1 24043985 rs985086 C T 2627.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.98;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1060.517;SBQD=1.546;SBpi=0.9948;SBpiQual=1.1419;VQSLOD=7.9091 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2660,208,0
|
|
1 24068184 rs61777347 A C 667.44 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.667;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.502;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-256.479;SBQD=-5.726;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.7264;VQSLOD=4.8505 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:697,0,1167
|
|
1 24072355 rs550850 C T 2769.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=33.77;SB=-1107.654;SBQD=-1.259;SBpi=-1.3252;SBpiQual=-1.5259;VQSLOD=8.5361 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2802,220,0
|
|
1 24117835 rs2502985 G A 264.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.52;MQ0=0;QD=16.55;SB=-241.166;SBQD=-2.794;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.1519;VQSLOD=5.9764 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:27.06:298,27,0
|
|
1 24119627 rs2232982 C T 581.47 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.065;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.269;HRun=0;HaplotypeScore=3.4816;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.075;SB=-209.333;SBQD=-5.644;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-0.8322;VQSLOD=4.4192 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:611,0,568
|
|
1 24133612 rs1018396 G A 2692.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8628;MQ=59.76;MQ0=0;QD=34.08;SB=-1499.497;SBQD=-0.231;SBpi=0.0563;SBpiQual=0.0453;VQSLOD=7.5708 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2726,214,0
|
|
1 24143932 rs2076344 A G 2420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.59;SB=-1016.102;SBQD=-1.014;SBpi=-0.9562;SBpiQual=-1.0666;VQSLOD=8.2404 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2454,196,0
|
|
1 24145047 rs11588187 T A 955.24 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DB;DP=68;Dels=0.03;FS=6.370;HRun=4;HaplotypeScore=4.8970;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=13.65;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-991.830;SBQD=8.012;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2026;VQSLOD=1.7704 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:60.76:988,61,0
|
|
1 24201262 rs2502993 A G 1709.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=3.478;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=34.89;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-754.027;SBQD=-3.755;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.4722;VQSLOD=7.4465 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1743,138,0
|
|
1 24204189 rs6424120 C T 2909.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8288;MQ=58.46;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1196.420;SBQD=-2.863;SBpi=1.2002;SBpiQual=1.0788;VQSLOD=6.3747 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2943,235,0
|
|
1 24206959 rs61778165 T C 369.38 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.294;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.042;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.021;SB=-199.510;SBQD=0.177;SBpi=-1.0206;SBpiQual=-0.6901;VQSLOD=2.1852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:399,0,987
|
|
1 24207163 rs9424396 C T 2018.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.6147;MQ=59.62;MQ0=0;QD=33.64;SB=-490.530;SBQD=-2.870;SBpi=-2.1947;SBpiQual=-2.4412;VQSLOD=3.4035 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2051,162,0
|
|
1 24207541 rs9699877 A G 411.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.62;MQ0=0;QD=21.67;SB=-114.876;SBQD=-4.716;SBpi=1.4912;SBpiQual=1.0414;VQSLOD=3.1884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:42.09:445,42,0
|
|
1 24212177 rs4648918 A G 1302.02 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-428.501;SBQD=-6.961;SBpi=-1.8383;SBpiQual=-2.2274;VQSLOD=2.1472 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1335,120,0
|
|
1 24216181 rs2501392 G C 2504.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1222.124;SBQD=-1.130;SBpi=-0.4096;SBpiQual=-0.4789;VQSLOD=9.0312 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2537,199,0
|
|
1 24218960 rs2502966 G A 2429.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=35.22;SB=-1177.711;SBQD=0.622;SBpi=-0.5417;SBpiQual=-0.5294;VQSLOD=7.7615 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2463,190,0
|
|
1 24219158 rs2501398 G T 2222.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.05;SB=-1138.084;SBQD=0.803;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0079;VQSLOD=7.5233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2256,175,0
|
|
1 24220628 rs7415219 G A 181.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.11;MQ0=0;QD=6.49;SB=-210.788;SBQD=-7.832;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.5772;VQSLOD=2.9600 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:18.05:215,18,0
|
|
1 24224933 rs11488707 A G 947.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.23;MQ0=1;QD=24.95;SB=-502.075;SBQD=-4.737;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3997;VQSLOD=5.1086 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:90.17:981,90,0
|
|
1 24228618 rs6669556 C T 1042.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=28.19;SB=-459.895;SBQD=5.380;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.7087;VQSLOD=5.6870 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90.26:1076,90,0
|
|
1 24239078 rs2501415 T G 1504.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.32;MQ0=0;QD=26.87;SB=-834.503;SBQD=-6.458;SBpi=-0.1336;SBpiQual=-0.5784;VQSLOD=5.0635 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1538,138,0
|
|
1 24241216 rs4649138 G A 1797.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7453;MQ=59.35;MQ0=0;QD=28.09;SB=-980.874;SBQD=2.465;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-0.6291;VQSLOD=3.8844 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1831,147,0
|
|
1 24246801 rs2501421 C T 2075.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=32.95;SB=-1080.463;SBQD=3.393;SBpi=0.0630;SBpiQual=0.2165;VQSLOD=6.8083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2109,166,0
|
|
1 24247112 rs6424133 A G 2054.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=61.04;MQ0=0;QD=28.54;SB=-1291.771;SBQD=0.644;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0771;VQSLOD=5.7121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2088,169,0
|
|
1 24324878 rs4487975 G A 48.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=6.20;MQ0=35;QD=1.26;SB=-0.007;SBQD=3.265;SBpi=-0.7206;SBpiQual=-0.7760;VQSLOD=0.5882 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:9:81,9,0
|
|
1 24383015 rs11249042 T C 756.58 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.073;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.107;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-387.470;SBQD=5.141;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.6253;VQSLOD=5.0439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:787,0,678
|
|
1 24384333 rs11249051 A G 998.87 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.754;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.928;HRun=0;HaplotypeScore=2.8994;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.931;SB=-401.778;SBQD=-0.305;SBpi=1.1713;SBpiQual=0.8282;VQSLOD=3.8206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1029,0,1106
|
|
1 24384446 rs12142134 G A 772.13 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.717;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.671;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.296;SB=-328.259;SBQD=6.091;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.7149;VQSLOD=4.8456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:802,0,928
|
|
1 24385821 rs11249059 C T 779.84 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.634;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=5.808;HRun=3;HaplotypeScore=4.3755;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=11.64;ReadPosRankSum=-1.438;SB=-144.522;SBQD=7.391;SBpi=1.6358;SBpiQual=1.7481;VQSLOD=1.5751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:810,0,1060
|
|
1 24411988 rs10493020 C A 1507.82 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.852;HRun=0;HaplotypeScore=3.6747;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=2.024;QD=17.13;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-572.311;SBQD=-1.183;SBpi=0.9286;SBpiQual=1.0748;VQSLOD=3.6915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:1538,0,1204
|
|
1 24436337 rs35559462 A C 401.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.709;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.571;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.142;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.287;SB=-169.471;SBQD=-3.114;SBpi=-1.3000;SBpiQual=-0.9225;VQSLOD=0.4935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:431,0,829
|
|
1 24452736 . A G 712.12 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.723;DP=58;Dels=0.00;FS=2.481;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.838;SB=-311.685;SBQD=-4.482;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.5943;VQSLOD=3.8735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:742,0,860
|
|
1 24489374 . C T 310.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.325;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=10.6478;MQ=39.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=8.40;ReadPosRankSum=2.750;SB=-182.431;SBQD=2.892;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.3737;VQSLOD=-0.9899 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:341,0,294
|
|
1 24490356 rs11249015 G A 579.07 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.069;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=12.416;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.083;SB=-177.714;SBQD=10.786;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.9041;VQSLOD=4.6444 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:609,0,943
|
|
1 24497983 . A T 950.88 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=75;Dels=0.00;FS=0.879;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.609;SB=-499.762;SBQD=-2.005;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4678;VQSLOD=4.6992 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:981,0,1260
|
|
1 24498366 rs7522063 A G 2275.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=31.60;SB=-1204.778;SBQD=-3.938;SBpi=0.2357;SBpiQual=-0.1846;VQSLOD=7.3311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2309,202,0
|
|
1 24522220 rs4649204 G C 1576.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.6274;MQ=59.27;MQ0=0;QD=27.65;SB=-916.038;SBQD=-6.205;SBpi=0.0662;SBpiQual=-0.3170;VQSLOD=3.4945 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1609,138,0
|
|
1 24523017 rs6693350 C G 1176.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=55.73;MQ0=0;QD=26.15;SB=-702.432;SBQD=2.472;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.2029;VQSLOD=4.6565 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1210,102,0
|
|
1 24527936 rs11249025 T C 1731.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=55.05;MQ0=0;QD=25.47;SB=-1011.384;SBQD=4.976;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.1712;VQSLOD=3.2884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1765,153,0
|
|
1 24552232 rs34049383 A G 677.71 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.167;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.136;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.755;SB=-440.802;SBQD=4.195;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.0629;VQSLOD=4.5499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:708,0,526
|
|
1 24578911 rs6685396 A C 2168.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=33.37;SB=-1161.535;SBQD=-2.196;SBpi=-0.0620;SBpiQual=-0.2183;VQSLOD=8.4324 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2202,178,0
|
|
1 24594712 rs10903066 C T 2263.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.93;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1132.670;SBQD=-0.540;SBpi=0.4924;SBpiQual=0.4768;VQSLOD=7.7889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2297,178,0
|
|
1 24595698 rs10903067 G A 883.95 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.770;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=2.333;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.802;SB=-396.074;SBQD=-1.058;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.8104;VQSLOD=4.8729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:914,0,671
|
|
1 24597656 rs7517948 A G 3147.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.92;MQ0=0;QD=33.48;SB=-1547.775;SBQD=-6.355;SBpi=0.2063;SBpiQual=-0.3797;VQSLOD=7.6950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3180,277,0
|
|
1 24610975 rs2050785 A G 2381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.99;MQ0=0;QD=25.88;SB=-440.755;SBQD=7.977;SBpi=2.9192;SBpiQual=2.8365;VQSLOD=2.6061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2414,228,0
|
|
1 24624934 rs11249077 C T 1521.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.05;MQ0=0;QD=32.37;SB=-709.576;SBQD=-5.985;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.3624;VQSLOD=7.4875 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1554,129,0
|
|
1 24626174 rs10794657 A G 1738.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.10;SB=-808.059;SBQD=2.354;SBpi=0.4901;SBpiQual=0.6227;VQSLOD=8.0621 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1772,138,0
|
|
1 24626529 rs12034904 C G 1654.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.33;SB=-862.206;SBQD=-8.222;SBpi=1.3339;SBpiQual=0.7074;VQSLOD=3.1320 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1688,162,0
|
|
1 24698178 . T C 1365.83 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.532;DP=88;Dels=0.00;FS=0.810;HRun=1;HaplotypeScore=1.7853;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.658;SB=-765.453;SBQD=-1.878;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0113;VQSLOD=3.9931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1396,0,1269
|
|
1 24778289 rs7514127 A G 2187.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=29.56;SB=-1147.050;SBQD=-6.633;SBpi=0.6975;SBpiQual=0.1416;VQSLOD=6.4770 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2220,198,0
|
|
1 24885852 rs6700016 C A 764.97 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.209;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.282;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.059;SB=-400.696;SBQD=-4.258;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.7046;VQSLOD=4.6031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:795,0,1119
|
|
1 24901506 rs35839418 C T 581.87 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3123;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.973;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-225.248;SBQD=2.226;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.8582;VQSLOD=3.1191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:612,0,751
|
|
1 24901844 rs6682641 A G 1634.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43;SB=-833.758;SBQD=-0.739;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.4616;VQSLOD=6.3876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1667,132,0
|
|
1 24902506 rs7539229 A G 308.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.901;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=8.595;HRun=1;HaplotypeScore=3.2834;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.056;SB=-70.361;SBQD=5.080;SBpi=1.2618;SBpiQual=0.8958;VQSLOD=1.1590 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:59:99:338,0,1045
|
|
1 24903046 rs7541957 A G 490.99 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.583;HRun=2;HaplotypeScore=1.6120;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.210;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-298.552;SBQD=-6.152;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6332;VQSLOD=3.1256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:521,0,597
|
|
1 24905624 rs12076819 G C 569.69 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.984;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.587;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.110;SB=-355.593;SBQD=1.424;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=5.7064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:600,0,409
|
|
1 24907415 rs4073051 G A 2480.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.69;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1293.392;SBQD=0.060;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.3568;VQSLOD=8.5660 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2514,199,0
|
|
1 24913228 rs9660968 G A 757.79 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.968;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.911;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.564;SB=-415.924;SBQD=-2.107;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1048;VQSLOD=5.5953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:788,0,776
|
|
1 24926893 rs4567235 C T 2062.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=33.26;SB=-861.436;SBQD=6.137;SBpi=0.5080;SBpiQual=0.8531;VQSLOD=7.1990 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2095,168,0
|
|
1 24940569 rs9728643 T C 1344.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;QD=29.88;SB=-227.678;SBQD=1.308;SBpi=-2.4597;SBpiQual=-2.1875;VQSLOD=5.1066 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1378,126,0
|
|
1 24951119 rs11249147 A G 1526.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.39;MQ0=0;QD=28.80;SB=-802.169;SBQD=-1.442;SBpi=-0.4808;SBpiQual=-0.5811;VQSLOD=6.5884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1560,129,0
|
|
1 25035681 rs12732115 C G 779.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=21.07;SB=-75.451;SBQD=-12.368;SBpi=-2.7126;SBpiQual=-2.7699;VQSLOD=1.1633 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:66.19:813,66,0
|
|
1 25040383 rs3122032 T C 1085.32 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.4485;MQ=58.59;MQ0=0;QD=18.40;SB=-557.304;SBQD=-4.329;SBpi=-1.7576;SBpiQual=-2.0290;VQSLOD=2.1361 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:93.26:1118,93,0
|
|
1 25047505 . C T 580.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=1.048;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.640;SB=-290.253;SBQD=-0.791;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.6155;VQSLOD=4.0697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:611,0,622
|
|
1 25047748 rs3122044 A C 857.62 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=13.118;HRun=1;HaplotypeScore=1.9066;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=19.06;ReadPosRankSum=1.065;SB=-307.377;SBQD=9.343;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.7731;VQSLOD=4.2490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,30:45:99:888,0,299
|
|
1 25135004 rs4306080 C T 539.52 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.503;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.443;SB=-310.368;SBQD=-2.562;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7236;VQSLOD=4.1461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:570,0,608
|
|
1 25138141 rs4472710 T A 1231.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.9979;MQ=58.87;MQ0=0;QD=21.23;SB=-975.291;SBQD=-1.500;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.1702;VQSLOD=1.4266 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1264,114,0
|
|
1 25145128 rs10794663 C T 2365.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.42;MQ0=0;QD=32.85;SB=-1310.501;SBQD=0.084;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2474;VQSLOD=7.9934 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2398,187,0
|
|
1 25151551 rs4649021 A T 1694.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;QD=26.47;SB=-693.314;SBQD=-5.942;SBpi=-1.3750;SBpiQual=-1.7207;VQSLOD=3.7111 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1727,141,0
|
|
1 25155185 rs4606258 T C 578.57 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.493;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=15.64;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-224.735;SBQD=-0.276;SBpi=-1.1000;SBpiQual=-0.7627;VQSLOD=5.0542 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:37:99:609,0,235
|
|
1 25173037 rs7535819 T C 1377.49 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=14.947;HRun=0;HaplotypeScore=1.8614;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-461.165;SBQD=9.231;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.0630;VQSLOD=4.8987 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1407,0,1419
|
|
1 25186410 rs12744402 G A 345.28 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=4.748;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.326;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.137;SB=-184.688;SBQD=6.164;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.5277;VQSLOD=3.9458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:375,0,464
|
|
1 25187149 rs11586372 G A 529.11 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.230;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.597;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.882;SB=-165.935;SBQD=-7.501;SBpi=-1.1468;SBpiQual=-1.1892;VQSLOD=3.9476 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:559,0,992
|
|
1 25188202 rs12754986 G A 727.43 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.502;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.963;SB=-406.380;SBQD=0.216;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0900;VQSLOD=5.8735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:757,0,1133
|
|
1 25192837 rs3116864 G T 2108.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.89;MQ0=0;QD=33.48;SB=-1050.061;SBQD=0.154;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.4300;VQSLOD=8.1024 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2142,169,0
|
|
1 25193267 rs3131515 T C 1941.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=29.42;SB=-1059.175;SBQD=4.354;SBpi=-0.3693;SBpiQual=-0.0418;VQSLOD=6.6541 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1975,177,0
|
|
1 25207629 rs4649033 A G 2358.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76;SB=-960.438;SBQD=-5.976;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.9954;VQSLOD=7.8579 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2392,208,0
|
|
1 25236934 rs6688452 C T 1943.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9683;MQ=57.92;MQ0=0;QD=32.94;SB=-1002.986;SBQD=-2.865;SBpi=-0.1953;SBpiQual=-0.3809;VQSLOD=5.7379 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1976,156,0
|
|
1 25317285 rs311434 A G 1838.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=29.19;SB=-998.062;SBQD=-4.106;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.0616;VQSLOD=6.3224 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1872,168,0
|
|
1 25322839 rs9438883 G A 1860.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7273;MQ=58.51;MQ0=0;QD=27.78;SB=-961.102;SBQD=-1.100;SBpi=-0.6719;SBpiQual=-0.7434;VQSLOD=5.2890 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1894,150,0
|
|
1 25333899 rs755394 T C 2134.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=27.37;SB=-1146.786;SBQD=4.706;SBpi=0.3397;SBpiQual=0.7142;VQSLOD=5.7395 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2168,187,0
|
|
1 25335222 rs12117144 C T 1076.50 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.753;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=7.941;HRun=4;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=14.35;ReadPosRankSum=1.235;SB=-521.967;SBQD=7.273;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1649;VQSLOD=5.6314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1106,0,841
|
|
1 25344155 rs10903126 A G 978.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5450;MQ=58.52;MQ0=0;QD=16.31;SB=-850.803;SBQD=-4.023;SBpi=-0.2582;SBpiQual=-0.5828;VQSLOD=3.9456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1011,99,0
|
|
1 25369844 rs421483 G T 895.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.71;MQ0=0;QD=24.89;SB=-646.956;SBQD=1.057;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1226;VQSLOD=4.0238 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:75.20:929,75,0
|
|
1 25371916 rs4648895 C T 701.45 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.828;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.579;HRun=0;HaplotypeScore=2.2633;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=11.50;ReadPosRankSum=0.853;SB=-309.235;SBQD=-4.319;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.5764;VQSLOD=4.9548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:731,0,1086
|
|
1 25371940 rs311440 G A 1749.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=33.64;SB=-939.403;SBQD=1.908;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0890;VQSLOD=6.2101 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1782,141,0
|
|
1 25378479 rs435820 G A 1776.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4942;MQ=59.09;MQ0=0;QD=34.82;SB=-950.699;SBQD=0.683;SBpi=-0.0700;SBpiQual=-0.0976;VQSLOD=7.5655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1809,141,0
|
|
1 25381385 rs9438887 C G 671.95 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.512;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.117;SB=-390.720;SBQD=3.743;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1347;VQSLOD=5.7634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:702,0,578
|
|
1 25391265 rs12028982 T G 1116.44 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.020;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.386;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-618.973;SBQD=5.983;SBpi=-0.1543;SBpiQual=0.0889;VQSLOD=6.1481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1146,0,1229
|
|
1 25396905 rs7544866 A G 725.14 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.436;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.309;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-366.755;SBQD=-6.483;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.6008;VQSLOD=5.6346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:755,0,966
|
|
1 25397707 rs372777 G A 993.04 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.785;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.453;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.106;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.858;SB=-406.713;SBQD=-5.701;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-1.0887;VQSLOD=3.5813 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:1023,0,816
|
|
1 25399781 rs367520 T C 2061.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.5226;MQ=58.70;MQ0=0;QD=31.72;SB=-988.413;SBQD=4.522;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.5468;VQSLOD=4.8978 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:2095,169,0
|
|
1 25403885 rs968095 T C 2265.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.84;SB=-1162.644;SBQD=6.805;SBpi=-0.3010;SBpiQual=0.2365;VQSLOD=8.5096 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2299,199,0
|
|
1 25408465 rs311482 T C 2565.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=31.67;SB=-980.313;SBQD=7.605;SBpi=0.8333;SBpiQual=1.3596;VQSLOD=7.4478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2598,220,0
|
|
1 25439449 rs2660358 A G 451.33 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-185.402;SBQD=-4.223;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.5585;VQSLOD=3.9189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:481,0,620
|
|
1 25466629 rs9803723 C T 898.62 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.520;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.033;HRun=0;HaplotypeScore=1.9755;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.309;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-557.643;SBQD=-4.290;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0897;VQSLOD=4.5278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:929,0,826
|
|
1 25487864 rs9438863 A T 897.52 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.782;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.511;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=11.22;ReadPosRankSum=-2.268;SB=-466.421;SBQD=4.024;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.5426;VQSLOD=4.2334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:928,0,1205
|
|
1 25490200 rs1883463 G A 1142.91 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.880;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.738;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=13.94;ReadPosRankSum=-2.264;SB=-528.346;SBQD=-5.066;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2352;VQSLOD=5.3973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:1173,0,1300
|
|
1 25492077 rs6600263 G C 610.30 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.446;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.720;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.775;SB=-337.876;SBQD=-4.423;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-0.9441;VQSLOD=4.2033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:640,0,545
|
|
1 25500202 rs10158827 A T 649.30 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.512;HRun=0;HaplotypeScore=1.8216;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-292.687;SBQD=-1.046;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.6038;VQSLOD=5.6033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:679,0,772
|
|
1 25503322 rs6688772 C T 2263.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.93;MQ0=0;QD=25.15;SB=-1328.072;SBQD=-3.151;SBpi=-0.8433;SBpiQual=-1.1120;VQSLOD=5.2392 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2297,187,0
|
|
1 25505072 rs2050070 A G 2413.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.5449;MQ=59.46;MQ0=0;QD=28.39;SB=-1246.536;SBQD=-0.204;SBpi=-0.9220;SBpiQual=-0.9459;VQSLOD=4.6151 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2446,199,0
|
|
1 25525881 rs742393 G A 885.91 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.313;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-546.005;SBQD=0.040;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2354;VQSLOD=6.0305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:916,0,469
|
|
1 25592761 . A C 1105.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;DP=44;Dels=0.00;FS=3.096;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=44.64;MQ0=2;MQRankSum=0.151;QD=25.12;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-512.388;SBQD=14.967;SBpi=-0.1581;SBpiQual=0.1954;VQSLOD=3.4652 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:44:38.69:1138,39,0
|
|
1 25624901 rs1293267 G C 396.28 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.088;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=52.511;HRun=0;HaplotypeScore=1.5983;MQ=25.80;MQ0=6;MQRankSum=4.070;QD=12.78;ReadPosRankSum=-1.610;SB=35.703;SBQD=30.642;SBpi=1.0324;SBpiQual=0.9978;VQSLOD=3.2346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:31:99:426,0,180
|
|
1 25667983 rs3093579 T C 1201.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9951;MQ=57.97;MQ0=0;QD=21.45;SB=-597.056;SBQD=7.509;SBpi=0.9354;SBpiQual=1.4079;VQSLOD=3.2913 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1234,99,0
|
|
1 25684012 rs3093632 C T 580.74 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=7.399;HRun=0;HaplotypeScore=4.8990;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=15.70;ReadPosRankSum=0.211;SB=-317.462;SBQD=-6.250;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4112;VQSLOD=3.3648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:37:99:611,0,298
|
|
1 25715885 rs760938 C A 667.61 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.985;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=41.61;MQ0=3;MQRankSum=0.036;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.370;SB=-274.883;SBQD=4.600;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.2367;VQSLOD=4.5708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:65:99:698,0,937
|
|
1 25736153 rs2982327 T C 1058.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5439;MQ=52.59;MQ0=5;QD=27.14;SB=-551.030;SBQD=-4.260;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.6694;VQSLOD=3.6911 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87.26:1091,87,0
|
|
1 25813811 rs35945278 C A 688.38 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.450;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=12.08;ReadPosRankSum=0.375;SB=-298.961;SBQD=-8.445;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.7507;VQSLOD=4.0229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:718,0,706
|
|
1 25816847 . T C 1025.27 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.703;DP=84;Dels=0.00;FS=0.831;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=12.21;ReadPosRankSum=1.487;SB=-507.535;SBQD=-1.260;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2618;VQSLOD=4.3207 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:1055,0,1414
|
|
1 25826328 rs11538134 G A 1140.91 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.697;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=1.606;HRun=0;HaplotypeScore=1.9967;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=17.03;ReadPosRankSum=1.128;SB=-96.145;SBQD=8.625;SBpi=2.5482;SBpiQual=2.7318;VQSLOD=1.8856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:1171,0,738
|
|
1 25860516 rs35178332 G A 1097.98 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.572;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8664;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.647;QD=16.89;ReadPosRankSum=0.376;SB=-568.951;SBQD=-1.361;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.3920;VQSLOD=4.0840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:1128,0,624
|
|
1 25866793 . A G 806.57 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;DP=62;Dels=0.00;FS=7.390;HRun=1;HaplotypeScore=1.7876;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.028;SB=-438.530;SBQD=5.857;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6415;VQSLOD=3.7945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:837,0,654
|
|
1 25897026 rs11247942 G A 1844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.35;MQ0=0;QD=32.37;SB=-896.723;SBQD=-0.024;SBpi=-0.4636;SBpiQual=-0.5053;VQSLOD=7.3978 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1878,153,0
|
|
1 26065123 . C T 1247.51 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.097;DP=91;Dels=0.00;FS=0.796;HRun=1;HaplotypeScore=1.8055;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=13.71;ReadPosRankSum=1.788;SB=-608.059;SBQD=-0.860;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.5025;VQSLOD=3.4302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:1278,0,1284
|
|
1 26120367 rs10902676 G A 1870.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.36;MQ0=0;QD=32.82;SB=-987.458;SBQD=-0.203;SBpi=-0.1987;SBpiQual=-0.2350;VQSLOD=7.1782 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1904,150,0
|
|
1 26121036 rs807246 T C 1697.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;QD=32.03;SB=-765.998;SBQD=6.565;SBpi=0.3434;SBpiQual=0.7888;VQSLOD=7.1958 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1730,147,0
|
|
1 26124611 rs7518451 A G 1331.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=26.11;SB=-808.341;SBQD=2.869;SBpi=0.3501;SBpiQual=0.5385;VQSLOD=4.9333 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1365,111,0
|
|
1 26152666 rs6598923 T C 2140.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.95;SB=-1249.219;SBQD=-0.275;SBpi=-0.0611;SBpiQual=-0.0856;VQSLOD=5.9630 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2174,172,0
|
|
1 26155201 rs7552868 G T 1474.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=25.42;SB=-905.648;SBQD=-1.550;SBpi=-0.5252;SBpiQual=-0.5992;VQSLOD=5.2902 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1507,120,0
|
|
1 26156902 rs1811819 T C 2651.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.18;MQ0=0;QD=35.83;SB=-1100.433;SBQD=-0.553;SBpi=0.9300;SBpiQual=0.9585;VQSLOD=7.0342 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2684,214,0
|
|
1 26165491 rs7536638 A C 2975.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.96;MQ0=0;QD=36.74;SB=-1303.538;SBQD=-0.797;SBpi=0.7222;SBpiQual=0.7334;VQSLOD=8.9030 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3009,235,0
|
|
1 26165525 rs7523279 G A 3074.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.99;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1487.951;SBQD=0.328;SBpi=0.2744;SBpiQual=0.3002;VQSLOD=7.5126 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3107,244,0
|
|
1 26174128 rs2565032 G T 2521.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=30.38;SB=-1327.441;SBQD=1.013;SBpi=0.7135;SBpiQual=0.8260;VQSLOD=7.2421 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2555,199,0
|
|
1 26209677 rs4659393 T C 1524.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.314;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=53.64;MQ0=1;MQRankSum=-0.299;QD=25.00;ReadPosRankSum=1.434;SB=-925.779;SBQD=8.379;SBpi=-0.1953;SBpiQual=0.1478;VQSLOD=3.2652 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1558,104,0
|
|
1 26211773 rs159528 C T 2198.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.81;SB=-942.919;SBQD=2.652;SBpi=0.9163;SBpiQual=1.0774;VQSLOD=8.2588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2231,175,0
|
|
1 26213991 rs159525 G T 2613.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7018;MQ=59.42;MQ0=0;QD=33.09;SB=-1202.338;SBQD=-0.264;SBpi=-0.8438;SBpiQual=-0.9114;VQSLOD=4.4751 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2647,211,0
|
|
1 26215316 rs159523 C T 2338.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=59.68;MQ0=0;QD=32.47;SB=-1174.367;SBQD=-1.231;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.7112;VQSLOD=7.0089 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2371,187,0
|
|
1 26228409 rs159531 A G 2086.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.33;MQ0=0;QD=34.78;SB=-1004.851;SBQD=0.507;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.3876;VQSLOD=7.1291 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2120,172,0
|
|
1 26237335 rs807054 A G 1846.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.18;MQ0=0;QD=30.78;SB=-824.312;SBQD=2.397;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.7949;VQSLOD=6.6914 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1880,159,0
|
|
1 26260914 rs298429 C A 1110 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.280;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=7.273;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=2.763;QD=13.87;ReadPosRankSum=-1.357;SB=-609.999;SBQD=-5.054;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.1891;VQSLOD=5.1885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1140,0,1202
|
|
1 26265167 rs11247829 T C 1017.51 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.913;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.312;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=14.75;ReadPosRankSum=2.192;SB=-510.302;SBQD=3.581;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.2134;VQSLOD=5.4571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1048,0,751
|
|
1 26276038 rs2782809 A C 1429.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=55.01;MQ0=0;QD=28.03;SB=-779.430;SBQD=-3.486;SBpi=0.6301;SBpiQual=0.5473;VQSLOD=3.8605 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1462,123,0
|
|
1 26287563 rs2012311 T C 856.37 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-461.446;SBQD=1.239;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2467;VQSLOD=5.8472 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:886,0,872
|
|
1 26293087 rs56310206 A G 627.88 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.929;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=8.174;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.682;SB=-164.184;SBQD=-9.000;SBpi=-1.1468;SBpiQual=-1.2414;VQSLOD=4.6936 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:658,0,892
|
|
1 26380805 rs7553840 T C 772.16 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.442;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.806;HRun=0;HaplotypeScore=3.9083;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.616;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-405.344;SBQD=-1.406;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.4429;VQSLOD=2.9041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:802,0,986
|
|
1 26410052 rs34713397 G A 861.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.540;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.481;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-201.756;SBQD=7.233;SBpi=1.4606;SBpiQual=1.6652;VQSLOD=4.1631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:891,0,773
|
|
1 26481589 rs12034664 T C 404.25 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.307;HRun=0;HaplotypeScore=1.7653;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.429;SB=-163.770;SBQD=6.123;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7703;VQSLOD=4.7496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:434,0,767
|
|
1 26483905 . A T 1176.23 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DP=91;Dels=0.00;FS=1.723;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=12.93;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-641.285;SBQD=-1.679;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2345;VQSLOD=3.5697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:1206,0,1385
|
|
1 26485013 rs3806382 T G 327.01 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.962;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.094;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-251.330;SBQD=0.882;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.4343;VQSLOD=4.3243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:357,0,537
|
|
1 26491355 rs11247860 C A 737.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.57;SB=-405.707;SBQD=2.447;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.4749;VQSLOD=5.2609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:66.16:770,66,0
|
|
1 26494886 rs3762459 C G 600.50 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.729;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.304;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.190;SB=-308.674;SBQD=3.567;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5513;VQSLOD=4.8645 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:630,0,611
|
|
1 26502466 rs2154368 T C 943.47 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.924;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.056;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=2.229;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.002;SB=-313.759;SBQD=9.351;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.9432;VQSLOD=5.0234 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:973,0,815
|
|
1 26504196 rs2783707 C G 963.95 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.304;HRun=1;HaplotypeScore=2.3204;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-326.076;SBQD=7.465;SBpi=0.9574;SBpiQual=0.9541;VQSLOD=2.7479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:994,0,736
|
|
1 26516845 rs4659411 T C 543.56 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.143;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.397;SB=-209.936;SBQD=1.980;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.7011;VQSLOD=5.6489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:574,0,642
|
|
1 26545946 rs6697521 A C 1190.87 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=8.886;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=18.90;ReadPosRankSum=0.681;SB=-482.518;SBQD=7.184;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.6770;VQSLOD=5.4280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:1221,0,754
|
|
1 26547115 rs1577506 T C 851.14 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.097;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.166;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=16.06;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-462.600;SBQD=5.232;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3365;VQSLOD=5.6532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,36:53:99:881,0,417
|
|
1 26551945 rs6702987 T G 95.18 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.717;HRun=3;HaplotypeScore=1.9497;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.941;SB=-120.710;SBQD=0.170;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1653;VQSLOD=1.6579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:125,0,435
|
|
1 26562031 rs4329500 A G 297.61 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.995;HRun=0;HaplotypeScore=1.7870;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-200.164;SBQD=1.572;SBpi=0.2357;SBpiQual=-0.1259;VQSLOD=4.4073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:328,0,714
|
|
1 26579223 rs1591467 C T 706.60 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.999;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.959;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.080;SB=-307.990;SBQD=2.195;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.6107;VQSLOD=4.9517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:737,0,1302
|
|
1 26583681 rs7513945 T C 862.60 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.033;HRun=2;HaplotypeScore=1.9912;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.488;SB=-306.035;SBQD=5.506;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.7907;VQSLOD=3.5671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:893,0,1015
|
|
1 26618466 rs7513861 T C 1064.63 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.185;HRun=1;HaplotypeScore=1.9681;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.650;SB=-464.461;SBQD=-2.973;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.7333;VQSLOD=4.8518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:1095,0,951
|
|
1 26627478 rs2276712 T C 562.64 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.602;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=4.018;HRun=1;HaplotypeScore=2.5612;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.023;SB=-136.232;SBQD=11.350;SBpi=0.2694;SBpiQual=1.1957;VQSLOD=4.3403 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:593,0,668
|
|
1 26630761 rs10902736 G C 466.68 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.1623;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.673;SB=-256.773;SBQD=-0.238;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2860;VQSLOD=3.3001 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:497,0,783
|
|
1 26632781 rs3795684 C T 1004.55 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.496;HRun=0;HaplotypeScore=2.4923;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-544.251;SBQD=5.951;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.0951;VQSLOD=4.8532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:1035,0,529
|
|
1 26667790 . C T 333.77 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DP=45;Dels=0.00;FS=3.026;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-176.457;SBQD=0.269;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.6151;VQSLOD=3.0349 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:364,0,606
|
|
1 26680247 rs4325118 A G 1133.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=28.34;SB=-677.049;SBQD=2.245;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.0651;VQSLOD=5.9992 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1167,99,0
|
|
1 26684141 rs11583205 C A 433.04 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=8.669;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.208;SB=-294.376;SBQD=-5.701;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.3526;VQSLOD=4.2007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:463,0,912
|
|
1 26684304 rs10902743 G A 1501.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87;SB=-567.741;SBQD=-3.877;SBpi=-1.3868;SBpiQual=-1.6200;VQSLOD=5.7909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1534,123,0
|
|
1 26702349 rs11247938 G T 834.78 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.273;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.248;HRun=0;HaplotypeScore=4.9476;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=11.13;ReadPosRankSum=-2.528;SB=-472.302;SBQD=-2.443;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2066;VQSLOD=2.6014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:865,0,1159
|
|
1 26704330 rs6598962 A T 1154.67 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.062;HRun=1;HaplotypeScore=1.6316;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.204;SB=-441.784;SBQD=-3.800;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.3152;VQSLOD=4.2481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1185,0,1201
|
|
1 26704387 rs6668139 C T 798.92 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.799;DB;DP=71;Dels=0.01;FS=2.120;HRun=2;HaplotypeScore=80.2768;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=2.501;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-397.660;SBQD=1.780;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-1.0277;VQSLOD=-175.5259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:829,0,787
|
|
1 26711343 rs11586511 C T 731.28 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.815;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.622;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.012;SB=-388.567;SBQD=-5.694;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1217;VQSLOD=5.8816 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:761,0,484
|
|
1 26712028 rs4659440 A G 357.65 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.351;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-149.025;SBQD=2.281;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.6291;VQSLOD=2.4428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:49:99:388,0,1041
|
|
1 26739933 rs11578260 C G 1104.44 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.803;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=2.684;HRun=0;HaplotypeScore=2.3017;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-556.114;SBQD=-2.137;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.5691;VQSLOD=4.8952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:1134,0,1596
|
|
1 26758602 rs3811462 T C 1284.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.71;SB=-810.355;SBQD=-1.823;SBpi=-0.2774;SBpiQual=-0.4156;VQSLOD=4.6218 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1318,108,0
|
|
1 26759149 rs3811461 A G 886.91 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.087;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=15.84;ReadPosRankSum=1.464;SB=-501.462;SBQD=2.937;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.2333;VQSLOD=5.3230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:56:99:917,0,559
|
|
1 26786627 rs3816539 G A 1037.31 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.021;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.662;HRun=0;HaplotypeScore=2.9682;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=15.25;ReadPosRankSum=-1.662;SB=-557.509;SBQD=-3.893;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.1982;VQSLOD=2.9474 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1067,0,659
|
|
1 26797508 rs2290588 C T 1288.54 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.432;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.866;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=17.18;ReadPosRankSum=0.069;SB=-584.441;SBQD=1.587;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4442;VQSLOD=5.6424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1319,0,965
|
|
1 26797654 rs1055323 C T 666.82 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=7.565;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-234.634;SBQD=8.037;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.9752;VQSLOD=5.7243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:697,0,902
|
|
1 26804406 rs11576300 G C 963.11 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.563;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.330;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=1.819;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.307;SB=-364.625;SBQD=-2.983;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.1602;VQSLOD=5.6801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:993,0,729
|
|
1 26817825 rs10902748 G A 554.24 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.202;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-285.186;SBQD=-0.796;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.1489;VQSLOD=5.7233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:584,0,761
|
|
1 26818884 rs2045344 T C 148.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.099;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=2.86;ReadPosRankSum=2.406;SB=-282.488;SBQD=4.920;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.2712;VQSLOD=-0.2706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:179,0,940
|
|
1 26827057 rs36121084 C T 238.18 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9869;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=9.53;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-91.655;SBQD=4.591;SBpi=0.6934;SBpiQual=0.8434;VQSLOD=2.6614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:268,0,283
|
|
1 26839910 rs61789119 T G 496.42 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.905;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-92.324;SBQD=0.203;SBpi=1.7056;SBpiQual=1.4303;VQSLOD=3.5776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:526,0,533
|
|
1 26848675 rs11590815 A G 522.61 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.536;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.899;HRun=0;HaplotypeScore=2.4476;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.532;SB=-340.017;SBQD=-5.673;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.0638;VQSLOD=4.3453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:553,0,1007
|
|
1 26862227 . G C 611.25 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=54;Dels=0.00;FS=4.003;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.787;SB=-188.262;SBQD=-6.959;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-1.0671;VQSLOD=3.9208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:641,0,911
|
|
1 26862939 rs737465 T C 1382.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.80;MQ0=0;QD=27.10;SB=-617.261;SBQD=5.825;SBpi=-1.1902;SBpiQual=-0.7972;VQSLOD=6.2094 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1415,132,0
|
|
1 26908084 . A G 857.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;DP=64;Dels=0.00;FS=6.916;HRun=1;HaplotypeScore=2.3149;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-288.765;SBQD=-7.927;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.8371;VQSLOD=3.2892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:64:99:888,0,930
|
|
1 26996060 rs10902643 G A 413.77 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.681;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-33.995;SBQD=-11.523;SBpi=-1.9500;SBpiQual=-2.0823;VQSLOD=2.0947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:444,0,307
|
|
1 27000362 . G A 745.47 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.356;DP=60;Dels=0.00;FS=5.238;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=55.23;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-307.576;SBQD=6.677;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.6383;VQSLOD=3.5315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:775,0,884
|
|
1 27029264 rs6598861 T C 2308.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.06;SB=-1170.511;SBQD=-0.239;SBpi=-0.1250;SBpiQual=-0.1502;VQSLOD=7.6159 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2341,187,0
|
|
1 27067417 rs11247594 G A 1090.15 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.814;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-530.439;SBQD=0.279;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.4169;VQSLOD=6.1016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1120,0,1173
|
|
1 27195903 . A C 639.08 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DP=62;Dels=0.00;FS=7.561;HRun=0;HaplotypeScore=4.6547;MQ=49.36;MQ0=1;MQRankSum=1.474;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-504.302;SBQD=9.471;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1391;VQSLOD=1.6045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:669,0,566
|
|
1 27238150 rs7504 A G 557.10 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.206;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-302.140;SBQD=3.159;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4486;VQSLOD=5.9630 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:587,0,667
|
|
1 27316959 rs4970491 G A 629 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.836;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-292.005;SBQD=6.426;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.7273;VQSLOD=4.8197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:659,0,944
|
|
1 27341877 rs3010104 G C 1294.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.39;MQ0=0;QD=23.54;SB=-1016.674;SBQD=-0.356;SBpi=-0.0674;SBpiQual=-0.0905;VQSLOD=3.2743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1328,105,0
|
|
1 27357004 rs7550928 C T 140.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.025;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=49.779;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=40.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.313;QD=4.27;ReadPosRankSum=2.859;SB=42.117;SBQD=-19.528;SBpi=-1.8708;SBpiQual=-2.0372;VQSLOD=-0.9545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:171,0,428
|
|
1 27367693 rs525621 A G 1962.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.74;MQ0=0;QD=31.16;SB=-1105.570;SBQD=1.604;SBpi=-0.0630;SBpiQual=0.1432;VQSLOD=7.6673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1996,162,0
|
|
1 27414320 rs55732343 A T 1047.41 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.800;HRun=1;HaplotypeScore=2.6002;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=12.47;ReadPosRankSum=1.005;SB=-529.302;SBQD=-2.837;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4379;VQSLOD=4.3557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:1077,0,1376
|
|
1 27416791 rs12143592 T C 518.84 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.704;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.189;HRun=0;HaplotypeScore=3.6363;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.637;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.237;SB=-62.769;SBQD=-10.687;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-1.3945;VQSLOD=3.1643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:60:99:549,0,789
|
|
1 27481530 rs7542969 A G 194.75 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=1;HaplotypeScore=1.6439;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.312;SB=6.013;SBQD=17.704;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.3934;VQSLOD=4.3718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:225,0,116
|
|
1 27488299 rs12402451 T C 823.52 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.526;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.058;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-386.491;SBQD=5.653;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.4343;VQSLOD=5.4285 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:854,0,993
|
|
1 27496851 rs12118543 T C 651.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.020;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.815;QD=9.72;ReadPosRankSum=-2.277;SB=-299.039;SBQD=-5.889;SBpi=1.3056;SBpiQual=1.1956;VQSLOD=0.4680 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:681,0,1018
|
|
1 27500048 rs6688649 C A 1728.56 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.094;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.806;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=19.00;ReadPosRankSum=0.527;SB=-800.622;SBQD=2.982;SBpi=0.2060;SBpiQual=0.3466;VQSLOD=5.6242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:91:99:1759,0,1102
|
|
1 27503662 rs12119525 T A 333.88 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=3.110;HRun=0;HaplotypeScore=2.8279;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.869;SB=-227.328;SBQD=-5.475;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.3715;VQSLOD=2.9132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:364,0,385
|
|
1 27504201 rs6677624 G A 765.80 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.801;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=14.630;HRun=0;HaplotypeScore=1.4725;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.141;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-415.270;SBQD=-10.775;SBpi=-0.0962;SBpiQual=0.0060;VQSLOD=3.1141 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:796,0,543
|
|
1 27508894 rs35373556 T C 746.53 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.330;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.934;SB=-391.598;SBQD=3.362;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-0.5000;VQSLOD=5.0528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:777,0,696
|
|
1 27521504 rs7542139 A G 863.95 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.366;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.351;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.892;SB=-462.660;SBQD=-1.803;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2197;VQSLOD=5.9406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:894,0,883
|
|
1 27525237 rs12141633 C T 1170.18 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.741;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=2.024;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=15.00;ReadPosRankSum=0.420;SB=-367.591;SBQD=-5.356;SBpi=-1.3275;SBpiQual=-1.5508;VQSLOD=4.8404 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1200,0,889
|
|
1 27541722 rs7529623 T G 1832.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.61;MQ0=0;QD=32.14;SB=-200.188;SBQD=20.197;SBpi=2.4504;SBpiQual=3.0582;VQSLOD=5.6568 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1865,150,0
|
|
1 27558905 rs4970511 A G 840.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.58;MQ0=0;QD=24.00;SB=-337.271;SBQD=6.138;SBpi=1.0987;SBpiQual=1.2482;VQSLOD=2.8659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75.17:873,75,0
|
|
1 27609140 rs11247632 T C 1582.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.53;MQ0=0;QD=31.03;SB=-765.426;SBQD=4.733;SBpi=0.2100;SBpiQual=0.5365;VQSLOD=6.9575 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1615,141,0
|
|
1 27639863 rs7524634 T C 1664.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.42;MQ0=1;QD=25.22;SB=-738.624;SBQD=2.695;SBpi=-1.3540;SBpiQual=-0.8974;VQSLOD=3.2469 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1698,153,0
|
|
1 27647082 rs4970518 T C 761.33 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.583;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.072;SB=-444.597;SBQD=2.996;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.0585;VQSLOD=5.7454 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:791,0,1041
|
|
1 27667250 rs55828320 G A 760.40 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.380;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=5.655;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=15.21;ReadPosRankSum=-1.460;SB=-380.125;SBQD=-5.169;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2220;VQSLOD=4.9093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:790,0,491
|
|
1 27696837 rs4494157 G T 671.66 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.700;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=7.530;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.339;SB=-296.952;SBQD=-8.101;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4737;VQSLOD=5.0082 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:702,0,962
|
|
1 27903491 rs12127935 G A 954.20 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.483;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-437.262;SBQD=1.308;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.7010;VQSLOD=5.4218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:984,0,833
|
|
1 28005913 rs2808423 G A 1574.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;QD=23.50;SB=-1070.317;SBQD=-0.805;SBpi=-0.5498;SBpiQual=-0.5983;VQSLOD=3.8591 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1607,126,0
|
|
1 28012280 rs2788686 G C 906.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.38;MQ0=0;QD=24.51;SB=-347.820;SBQD=6.358;SBpi=1.0686;SBpiQual=1.2722;VQSLOD=4.6818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81.22:940,81,0
|
|
1 28013500 rs2788690 C T 1455.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.85;SB=-541.984;SBQD=-2.412;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.0176;VQSLOD=8.0863 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1489,120,0
|
|
1 28014256 rs4908353 A G 1986.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=32.04;SB=-900.565;SBQD=-7.043;SBpi=-0.1270;SBpiQual=-0.5848;VQSLOD=7.2107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2019,177,0
|
|
1 28017082 rs7519716 T C 1926.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=30.58;SB=-1038.671;SBQD=4.839;SBpi=-0.1890;SBpiQual=0.2188;VQSLOD=7.4115 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1960,171,0
|
|
1 28022153 rs6598898 C A 1923.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;QD=29.59;SB=-963.277;SBQD=1.702;SBpi=0.6822;SBpiQual=0.8474;VQSLOD=6.5882 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1957,156,0
|
|
1 28023600 rs2788684 C T 2021.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5741;MQ=56.94;MQ0=0;QD=31.59;SB=-1036.332;SBQD=1.129;SBpi=0.3750;SBpiQual=0.4736;VQSLOD=6.3218 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2055,163,0
|
|
1 28133887 rs2142626 G A 2475.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=35.36;SB=-1230.261;SBQD=-0.091;SBpi=-0.3586;SBpiQual=-0.3805;VQSLOD=8.7160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2508,196,0
|
|
1 28230494 rs11247713 A G 2137.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9402;MQ=58.35;MQ0=0;QD=31.90;SB=-740.611;SBQD=-5.341;SBpi=-1.1606;SBpiQual=-1.5434;VQSLOD=4.9979 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2170,186,0
|
|
1 28252370 rs12135636 G A 1962.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.36;MQ0=0;QD=31.16;SB=-880.141;SBQD=-4.301;SBpi=-0.6929;SBpiQual=-0.9425;VQSLOD=7.2065 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1996,159,0
|
|
1 28263518 rs11247728 T C 1840.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.65;MQ0=2;QD=24.87;SB=-995.516;SBQD=9.729;SBpi=-1.1119;SBpiQual=-0.5562;VQSLOD=4.3917 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:1873,165,0
|
|
1 28268835 . A C 161.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.97;MQ0=0;QD=3.59;SB=-394.101;SBQD=4.765;SBpi=1.2671;SBpiQual=1.3794;VQSLOD=0.1296 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:23.95:194,24,0
|
|
1 28277564 rs4259685 A G 586.57 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.233;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8014;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-289.123;SBQD=-1.146;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.5221;VQSLOD=2.9820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:617,0,914
|
|
1 28294333 rs6667774 T C 945.39 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.964;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=13.569;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.331;SB=-179.996;SBQD=11.678;SBpi=1.3720;SBpiQual=1.7196;VQSLOD=4.1078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:975,0,1008
|
|
1 28331013 rs12139076 G A 1303.43 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.719;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.333;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.669;QD=15.90;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-535.818;SBQD=-7.160;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6446;VQSLOD=3.9518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1333,0,1299
|
|
1 28380109 rs11583358 T C 2650.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1233.072;SBQD=-1.780;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-0.7073;VQSLOD=8.4081 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2684,217,0
|
|
1 28406173 rs12144104 G A 2766.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.02;SB=-1498.077;SBQD=-0.100;SBpi=-0.0563;SBpiQual=-0.0882;VQSLOD=8.6743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2800,217,0
|
|
1 28407993 . T C 1090.55 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.572;DP=81;Dels=0.00;FS=4.235;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.014;SB=-447.040;SBQD=6.785;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.6073;VQSLOD=4.3072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1121,0,1400
|
|
1 28409396 rs556596 T G 2927.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=32.17;SB=-1446.391;SBQD=-6.451;SBpi=0.1572;SBpiQual=-0.3887;VQSLOD=8.1024 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2961,262,0
|
|
1 28467612 rs313154 A C 710.53 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.189;HRun=0;HaplotypeScore=8.5517;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.572;QD=9.73;ReadPosRankSum=3.459;SB=-469.741;SBQD=3.334;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3005;VQSLOD=1.4746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:741,0,396
|
|
1 28483454 rs167523 C T 428.70 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.609;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=3.005;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-134.865;SBQD=-8.555;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-1.1072;VQSLOD=5.3517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:459,0,615
|
|
1 28484960 rs12565449 C T 897.32 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.409;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.304;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=15.21;ReadPosRankSum=1.130;SB=-449.406;SBQD=1.944;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3027;VQSLOD=5.9200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:927,0,720
|
|
1 28551450 rs7518571 G A 650.24 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.551;HRun=1;HaplotypeScore=1.9861;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.282;SB=-406.748;SBQD=-3.772;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0150;VQSLOD=4.8209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:680,0,1023
|
|
1 28576955 rs502680 A C 626.57 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.142;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.209;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.765;SB=-329.921;SBQD=1.293;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.4965;VQSLOD=4.5163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:49:99:657,0,565
|
|
1 28589235 rs7548469 T C 519.65 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.650;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.089;HRun=0;HaplotypeScore=1.9494;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-263.006;SBQD=-0.139;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-0.6611;VQSLOD=3.6598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:550,0,1147
|
|
1 28639789 rs12564304 G A 714.95 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.143;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8237;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=1.962;QD=11.53;ReadPosRankSum=2.107;SB=-401.923;SBQD=-2.150;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.9177;VQSLOD=2.9036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:62:99:745,0,506
|
|
1 28652120 rs12131711 T C 636.35 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=8.763;HRun=0;HaplotypeScore=2.8441;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.398;SB=-157.795;SBQD=-11.278;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.3924;VQSLOD=4.0668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:666,0,529
|
|
1 28664534 rs11247773 G C 893.66 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.465;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.445;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.384;SB=-422.506;SBQD=-3.380;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4616;VQSLOD=5.6204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:924,0,1104
|
|
1 28684220 rs9662425 C T 404.26 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=24.813;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=9.63;ReadPosRankSum=2.607;SB=27.042;SBQD=-15.397;SBpi=-2.0616;SBpiQual=-2.1194;VQSLOD=2.6125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:434,0,454
|
|
1 28690332 rs12143408 A G 137.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.794;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.1122;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.704;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.112;SB=-166.007;SBQD=-0.203;SBpi=0.1291;SBpiQual=-0.2232;VQSLOD=1.0327 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:167,0,394
|
|
1 28691734 rs4908404 T C 1127.79 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.171;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.388;SB=-402.245;SBQD=-5.787;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-1.1969;VQSLOD=4.4011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1158,0,1081
|
|
1 28708182 rs12076528 G T 860.83 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.635;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.193;HRun=2;HaplotypeScore=1.5317;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.448;SB=-458.889;SBQD=-3.337;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2659;VQSLOD=5.1677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:891,0,1247
|
|
1 28711415 rs7525034 C T 759.89 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.943;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.257;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=11.01;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-384.515;SBQD=5.224;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.3937;VQSLOD=5.3436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:790,0,1145
|
|
1 28725754 rs11247801 C G 100.59 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.660;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.182;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-540.971;SBQD=-1.523;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2472;VQSLOD=2.2608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:131,0,699
|
|
1 28729564 rs11247807 G A 929.14 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.589;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.903;HRun=2;HaplotypeScore=2.5900;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-457.863;SBQD=-1.148;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2800;VQSLOD=4.7552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:959,0,1248
|
|
1 28730633 rs11247808 G A 620.94 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-352.263;SBQD=-0.921;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1149;VQSLOD=5.3604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:651,0,992
|
|
1 28741990 rs12140359 A G 1409.19 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.848;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.672;SB=-485.498;SBQD=1.931;SBpi=1.1795;SBpiQual=1.1992;VQSLOD=5.2106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:1439,0,1203
|
|
1 28788712 rs34129560 T G 1033.13 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.451;SB=-547.094;SBQD=1.192;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1465;VQSLOD=5.2742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1063,0,681
|
|
1 28809466 rs6700020 G A 83.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DB;DP=43;Dels=0.02;FS=1.662;HRun=15;HaplotypeScore=5.2518;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-93.417;SBQD=-4.829;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.3804;VQSLOD=-11.9940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:114,0,223
|
|
1 28869654 rs9426307 G A 92.61 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.278;SB=-0.007;SBQD=-8.419;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.0878;VQSLOD=4.3253 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:123,0,222
|
|
1 28884580 . T G 188.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=65;Dels=0.00;FS=9.731;HRun=0;HaplotypeScore=9.7588;MQ=51.62;MQ0=1;MQRankSum=3.235;QD=2.90;ReadPosRankSum=3.426;SB=-194.391;SBQD=9.878;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.7962;VQSLOD=-2.9094 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:219,0,399
|
|
1 29009760 . G A 1116.08 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.594;DP=75;Dels=0.00;FS=3.254;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=14.88;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-535.605;SBQD=0.904;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3353;VQSLOD=4.0315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:1146,0,860
|
|
1 29028867 . T C 1111.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.182;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.9058;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-591.992;SBQD=3.782;SBpi=-0.1414;SBpiQual=0.2844;VQSLOD=1.4291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:91:99:1141,0,1198
|
|
1 29053022 rs10915189 C T 499.04 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.411;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=12.789;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.026;SB=-257.998;SBQD=10.688;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.5389;VQSLOD=5.0129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:529,0,731
|
|
1 29103272 rs570945 G C 409.98 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=3.005;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=53.89;MQ0=1;MQRankSum=-1.528;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-147.512;SBQD=7.419;SBpi=0.8944;SBpiQual=0.9911;VQSLOD=3.7371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:440,0,494
|
|
1 29160462 rs204054 T C 1036.81 PASS AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.143;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.392;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=17.88;ReadPosRankSum=0.933;SB=-512.441;SBQD=4.582;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.3513;VQSLOD=5.4241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,40:58:99:1067,0,477
|
|
1 29164561 rs538485 T G 1543.83 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=5.170;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=16.42;ReadPosRankSum=1.426;SB=-796.924;SBQD=4.356;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1133;VQSLOD=5.9083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:1574,0,1212
|
|
1 29172715 rs595725 C A 808.38 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.3199;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.915;SB=-440.416;SBQD=0.278;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1901;VQSLOD=3.2749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:838,0,1048
|
|
1 29175461 rs680090 G A 1110.38 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.150;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-580.235;SBQD=-2.476;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0260;VQSLOD=5.5742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:1140,0,748
|
|
1 29208859 rs4654378 A G 1386.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.33;SB=-780.481;SBQD=-3.859;SBpi=-0.4636;SBpiQual=-0.7345;VQSLOD=4.0721 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1420,129,0
|
|
1 29211252 rs4654379 C T 748.75 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.167;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.010;HRun=0;HaplotypeScore=5.1584;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-379.276;SBQD=-1.471;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.5476;VQSLOD=3.3719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:60:99:779,0,659
|
|
1 29212279 rs157222 A G 2018.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.42;SB=-1052.210;SBQD=-1.596;SBpi=0.0662;SBpiQual=0.0021;VQSLOD=6.9881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2052,163,0
|
|
1 29235331 rs203277 T A 2717.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.26;MQ0=0;QD=33.97;SB=-1295.614;SBQD=-0.766;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7156;VQSLOD=8.1935 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2750,217,0
|
|
1 29235719 rs157194 A G 735.47 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=8.331;HRun=0;HaplotypeScore=4.4556;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.899;SB=-336.042;SBQD=-9.165;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-1.1648;VQSLOD=3.3120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:765,0,849
|
|
1 29293937 rs4578183 A G 1195.22 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.619;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.705;HRun=1;HaplotypeScore=1.9661;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=13.28;ReadPosRankSum=-1.963;SB=-617.233;SBQD=-0.616;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.1335;VQSLOD=4.5055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:1225,0,1548
|
|
1 29294587 rs7418747 T A 902.16 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.037;HRun=0;HaplotypeScore=1.5750;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-336.422;SBQD=3.764;SBpi=1.0987;SBpiQual=1.2352;VQSLOD=5.0443 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:932,0,794
|
|
1 29297676 rs7546832 T C 652.94 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.108;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=4.817;HRun=0;HaplotypeScore=68.7256;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=3.462;QD=7.10;ReadPosRankSum=2.101;SB=-354.379;SBQD=6.829;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0655;VQSLOD=-116.4638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,31:92:99:683,0,539
|
|
1 29300370 rs2171051 C A 965.07 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-527.994;SBQD=3.313;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0578;VQSLOD=5.9633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:995,0,1247
|
|
1 29316853 . C T 54.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.709;DP=15;Dels=0.00;FS=10.710;HRun=1;HaplotypeScore=3.9302;MQ=49.51;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=3.63;ReadPosRankSum=-2.534;SB=12.029;SBQD=-15.851;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.3166;VQSLOD=-0.4500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:84.46:84,0,182
|
|
1 29367521 . G A 628.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.324;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9923;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=20.28;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-63.729;SBQD=-8.825;SBpi=-1.7889;SBpiQual=-1.9267;VQSLOD=0.6321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:659,0,271
|
|
1 29390728 rs3003628 C T 1698.60 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.958;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.821;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=19.09;ReadPosRankSum=-1.389;SB=-848.840;SBQD=0.646;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.3464;VQSLOD=4.5318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,55:89:99:1729,0,948
|
|
1 29408145 rs6694981 T C 462.93 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.075;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=7.300;HRun=0;HaplotypeScore=2.5031;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.977;SB=-152.728;SBQD=-4.818;SBpi=-0.7638;SBpiQual=-0.6015;VQSLOD=3.5921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,21:66:99:493,0,1444
|
|
1 29414565 rs1689261 C T 83.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;DB;DP=80;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=8.9811;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-545.445;SBQD=-1.632;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1359;VQSLOD=-11.3179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:113,0,1194
|
|
1 29419249 rs10799124 G T 1167.75 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.290;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.854;HRun=2;HaplotypeScore=2.8020;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-601.883;SBQD=0.655;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.3082;VQSLOD=3.4341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1198,0,1132
|
|
1 29425833 rs12039988 G A 743.36 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.729;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=0;HaplotypeScore=2.3639;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.790;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.117;SB=-489.450;SBQD=-3.247;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2239;VQSLOD=4.9699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:59:99:773,0,472
|
|
1 29436468 rs529024 C A 1256.88 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.821;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.472;SB=-659.493;SBQD=4.133;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.2531;VQSLOD=4.2579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1287,0,1100
|
|
1 29436742 rs2493843 G A 926.74 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.348;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.300;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-507.563;SBQD=-4.698;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.4835;VQSLOD=5.3549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:61:99:957,0,550
|
|
1 29438038 rs1175180 G T 492.54 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.423;HRun=0;HaplotypeScore=1.9900;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=14.07;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-230.648;SBQD=2.284;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.4166;VQSLOD=5.0313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:523,0,437
|
|
1 29470843 rs6426352 G C 435.89 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=7.454;HRun=0;HaplotypeScore=1.7998;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=11.47;ReadPosRankSum=1.898;SB=-139.143;SBQD=9.272;SBpi=-1.2618;SBpiQual=-1.2624;VQSLOD=3.6300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:466,0,480
|
|
1 29479430 . G T 922.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.851;DP=59;Dels=0.00;FS=2.675;HRun=1;HaplotypeScore=17.2032;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=15.64;ReadPosRankSum=1.075;SB=-508.895;SBQD=0.423;SBpi=-0.7206;SBpiQual=-0.4953;VQSLOD=-5.1383 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,39:59:99:953,0,302
|
|
1 29513998 rs2503019 G A 643.47 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.285;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=16.50;ReadPosRankSum=1.224;SB=-337.719;SBQD=-0.487;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.1874;VQSLOD=5.7613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:673,0,280
|
|
1 29514247 rs12059677 A G 76.12 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=1.317;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-90.885;SBQD=1.330;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0672;VQSLOD=1.4629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:106,0,412
|
|
1 29536324 rs2503018 G C 202.34 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.214;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=4.410;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-12.561;SBQD=-9.139;SBpi=-1.1547;SBpiQual=-1.2608;VQSLOD=3.5489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:232,0,503
|
|
1 29558281 rs34921636 A G 290.73 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=5.305;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.271;SB=-75.317;SBQD=-11.447;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-1.0992;VQSLOD=3.2724 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:321,0,622
|
|
1 29574363 rs1565714 G A 845.71 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.312;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-433.014;SBQD=4.628;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5233;VQSLOD=5.5551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:876,0,969
|
|
1 29574551 rs1565713 T C 851.01 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=14.319;HRun=1;HaplotypeScore=1.8583;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.723;SB=-364.824;SBQD=11.030;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7621;VQSLOD=4.8833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:881,0,754
|
|
1 29728181 . C T 1031.64 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.331;DP=74;Dels=0.00;FS=3.334;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.75;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.076;SB=-432.801;SBQD=-3.094;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.7759;VQSLOD=4.0166 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1062,0,981
|
|
1 29729805 rs10737389 A G 1455.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.59;MQ0=3;QD=23.86;SB=-538.646;SBQD=-10.350;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.7460;VQSLOD=4.0445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1488,138,0
|
|
1 29731491 rs12027651 C T 2026.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.4942;MQ=58.72;MQ0=0;QD=31.17;SB=-993.519;SBQD=1.647;SBpi=0.6822;SBpiQual=0.8082;VQSLOD=4.0080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2059,165,0
|
|
1 29740661 rs9426338 A G 2255.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;QD=31.77;SB=-1206.905;SBQD=-1.814;SBpi=0.4154;SBpiQual=0.3419;VQSLOD=7.5091 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2289,187,0
|
|
1 29778156 rs12403387 T G 996.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.10;MQ0=0;QD=26.22;SB=-624.651;SBQD=0.046;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1436;VQSLOD=4.6620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87.22:1030,87,0
|
|
1 29840322 rs9286959 T A 1273.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.01;MQ0=0;QD=20.21;SB=-1117.459;SBQD=-1.999;SBpi=0.3150;SBpiQual=0.1170;VQSLOD=5.4309 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1306,105,0
|
|
1 29873726 . C T 1675.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9443;MQ=59.85;MQ0=0;QD=31.61;SB=-871.215;SBQD=-1.623;SBpi=0.4808;SBpiQual=0.3935;VQSLOD=4.7881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1708,138,0
|
|
1 30028088 . A G 161.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.60;MQ0=0;QD=5.58;SB=-105.614;SBQD=17.147;SBpi=1.5784;SBpiQual=1.7889;VQSLOD=0.7062 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:18.05:195,18,0
|
|
1 30028329 . G C 608.39 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.407;DP=46;Dels=0.00;FS=8.433;HRun=0;HaplotypeScore=2.6069;MQ=47.53;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.176;SB=-289.174;SBQD=7.100;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.2954;VQSLOD=3.5828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:638,0,439
|
|
1 30030737 rs35561468 T C 208.59 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.127;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.948;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.717;SB=-99.260;SBQD=0.127;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.6837;VQSLOD=3.0637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:239,0,484
|
|
1 30034514 rs28712738 T G 705.95 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.319;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-360.697;SBQD=4.372;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.2011;VQSLOD=5.7898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:736,0,861
|
|
1 30038498 rs28452016 C A 1123.52 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.089;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-500.128;SBQD=1.976;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.6601;VQSLOD=4.2037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1154,0,1276
|
|
1 30073219 rs1932393 C G 1979.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9155;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.55;SB=-899.034;SBQD=0.382;SBpi=0.5859;SBpiQual=0.6679;VQSLOD=6.0078 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2013,162,0
|
|
1 30073328 rs10914201 G T 3143.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1690.545;SBQD=0.410;SBpi=-0.1572;SBpiQual=-0.1413;VQSLOD=8.1487 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3177,247,0
|
|
1 30101213 rs271317 A G 1466.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.5789;MQ=59.14;MQ0=0;QD=27.16;SB=-514.539;SBQD=-5.846;SBpi=-1.3608;SBpiQual=-1.6902;VQSLOD=3.0757 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1500,132,0
|
|
1 30106230 rs9286950 C G 765.78 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.861;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.060;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.558;SB=-350.245;SBQD=-4.215;SBpi=1.0290;SBpiQual=0.7152;VQSLOD=4.8156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:796,0,940
|
|
1 30121279 rs271382 A C 2577.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.44;MQ0=0;QD=35.80;SB=-1275.779;SBQD=0.474;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.2963;VQSLOD=7.7204 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2610,208,0
|
|
1 30149951 rs271357 G A 1821.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.52;SB=-734.770;SBQD=1.977;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.2171;VQSLOD=6.6431 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1854,150,0
|
|
1 30155233 rs271345 C T 708.39 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=50.68;MQ0=0;MQRankSum=1.381;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-424.212;SBQD=-2.337;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1249;VQSLOD=5.6826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:738,0,646
|
|
1 30183459 rs894219 G A 917.96 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.405;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.171;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=16.69;ReadPosRankSum=1.449;SB=-482.990;SBQD=3.734;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.4149;VQSLOD=5.0229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,36:55:99:948,0,286
|
|
1 30187109 rs4949265 G A 988.37 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.141;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.422;SB=-545.515;SBQD=1.672;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2798;VQSLOD=5.7619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1018,0,1028
|
|
1 30193795 rs12061275 C T 1297.86 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.443;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=10.956;HRun=0;HaplotypeScore=2.5284;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=15.64;ReadPosRankSum=-1.729;SB=-449.962;SBQD=-8.332;SBpi=-1.0553;SBpiQual=-1.1918;VQSLOD=3.9446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1328,0,1056
|
|
1 30196649 . T C 123.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=54;Dels=0.00;FS=1.831;HRun=1;HaplotypeScore=4.2429;MQ=38.61;MQ0=2;MQRankSum=-2.959;QD=2.29;ReadPosRankSum=-3.007;SB=-12.380;SBQD=5.298;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.3905;VQSLOD=-4.8949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,12:54:99:154,0,800
|
|
1 30212603 rs12076754 T G 756.10 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.707;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=11.81;ReadPosRankSum=-2.477;SB=-351.398;SBQD=-2.613;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.5995;VQSLOD=4.2695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:786,0,1016
|
|
1 30218040 rs1075951 G A 496.64 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=7.803;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.276;SB=-225.974;SBQD=6.752;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.7822;VQSLOD=4.8814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:527,0,580
|
|
1 30219493 rs1348198 A G 2027.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=28.96;SB=-954.342;SBQD=-5.505;SBpi=1.0757;SBpiQual=0.5952;VQSLOD=6.0436 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2060,183,0
|
|
1 30220266 rs1005979 G T 1116.27 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=6.214;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.301;SB=-500.277;SBQD=-6.350;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.5961;VQSLOD=5.4093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:1146,0,1438
|
|
1 30224672 rs7417354 A G 1162.32 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.255;SB=-439.520;SBQD=0.264;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.0760;VQSLOD=5.1630 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:1192,0,784
|
|
1 30229024 rs61760740 A G 316.10 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=2.008;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.169;SB=-181.023;SBQD=2.595;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5222;VQSLOD=3.4410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:346,0,592
|
|
1 30238075 . C T 1181.54 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.781;DP=84;Dels=0.00;FS=2.873;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.128;SB=-502.692;SBQD=3.162;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.7574;VQSLOD=4.5919 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:1212,0,1140
|
|
1 30261320 rs1868301 C T 871.07 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.731;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=15.55;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-445.161;SBQD=-1.505;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2925;VQSLOD=4.8778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:901,0,709
|
|
1 30262312 rs6425878 C T 926.35 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.472;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.285;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=13.05;ReadPosRankSum=1.514;SB=-519.585;SBQD=3.398;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0457;VQSLOD=5.5756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:956,0,969
|
|
1 30294498 rs12134136 C T 1068.63 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9983;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=13.03;ReadPosRankSum=-1.977;SB=-499.448;SBQD=0.041;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4627;VQSLOD=3.9825 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:1099,0,1397
|
|
1 30295869 rs4949487 T C 2676.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=33.04;SB=-1493.507;SBQD=-1.688;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.0210;VQSLOD=7.8617 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2709,217,0
|
|
1 30308893 rs749664 C T 461.44 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.789;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-254.347;SBQD=-2.397;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.2704;VQSLOD=5.7058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:491,0,495
|
|
1 30331474 rs10737363 A G 1989.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=30.61;SB=-1000.580;SBQD=-6.831;SBpi=0.8062;SBpiQual=0.2750;VQSLOD=6.4178 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2022,180,0
|
|
1 30341746 rs61432515 T C 919.60 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=11.499;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.765;SB=-365.546;SBQD=8.998;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9446;VQSLOD=4.1832 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:950,0,1355
|
|
1 30348162 rs6666614 A C 976.45 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.721;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=10.468;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-281.320;SBQD=-9.448;SBpi=-1.2677;SBpiQual=-1.4196;VQSLOD=5.3637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1006,0,1161
|
|
1 30350245 rs4949227 G A 1200.09 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.426;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.133;HRun=0;HaplotypeScore=1.9825;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=15.59;ReadPosRankSum=1.016;SB=-610.029;SBQD=6.907;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.2180;VQSLOD=5.3457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1230,0,847
|
|
1 30355422 rs12754464 T A 844.63 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.745;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.215;HRun=1;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.258;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.008;SB=-323.685;SBQD=-7.635;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.8921;VQSLOD=4.7836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:875,0,746
|
|
1 30361405 rs7524973 C A 974.18 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.775;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.099;HRun=1;HaplotypeScore=1.9323;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=15.71;ReadPosRankSum=2.144;SB=-469.989;SBQD=-5.114;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5120;VQSLOD=3.2223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:1004,0,800
|
|
1 30364081 rs10798909 T C 1974.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=34.05;SB=-953.200;SBQD=-1.219;SBpi=0.3939;SBpiQual=0.3275;VQSLOD=8.2642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2008,165,0
|
|
1 30368387 rs1550968 T C 2849.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=34.76;SB=-1334.198;SBQD=-0.529;SBpi=-0.6626;SBpiQual=-0.7561;VQSLOD=8.2580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2883,226,0
|
|
1 30374868 rs4949230 A G 577.04 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=4.073;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.297;SB=-148.107;SBQD=7.754;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.3709;VQSLOD=4.6564 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:607,0,949
|
|
1 30376728 rs6662560 A G 1121.41 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.847;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.820;HRun=0;HaplotypeScore=1.7005;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=12.89;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-626.253;SBQD=-1.779;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.1730;VQSLOD=6.0330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:1151,0,1236
|
|
1 30380166 rs873895 C T 357.64 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.320;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-193.522;SBQD=4.966;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2632;VQSLOD=4.7589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:388,0,512
|
|
1 30383408 rs1448343 G A 1115.72 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.642;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.923;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.65;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-528.022;SBQD=-1.228;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2292;VQSLOD=6.2245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1146,0,1011
|
|
1 30402226 rs12060393 G A 482.26 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.747;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=12.650;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.150;SB=-175.823;SBQD=-8.010;SBpi=-0.7638;SBpiQual=-0.8251;VQSLOD=4.4365 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:512,0,929
|
|
1 30413903 rs10798927 G A 2092.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.69;SB=-1108.701;SBQD=1.090;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.3510;VQSLOD=7.9505 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2125,171,0
|
|
1 30414832 rs1498242 G C 2453.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1069.642;SBQD=0.083;SBpi=0.8901;SBpiQual=0.9290;VQSLOD=8.5800 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2486,199,0
|
|
1 30421512 . A G 33.91 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DP=53;Dels=0.00;FS=1.862;HRun=0;HaplotypeScore=22.7137;MQ=42.34;MQ0=0;MQRankSum=2.762;QD=0.64;ReadPosRankSum=-3.627;SB=4.498;SBQD=-1.319;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1180;VQSLOD=-20.8405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,6:53:63.91:64,0,109
|
|
1 30429958 rs12740833 T C 1650.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=28.46;SB=-799.092;SBQD=5.422;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.6280;VQSLOD=6.0051 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1684,150,0
|
|
1 30438197 rs4949240 G A 1865.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.93;MQ0=0;QD=37.30;SB=-688.016;SBQD=0.399;SBpi=0.9899;SBpiQual=1.0711;VQSLOD=7.5590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1898,150,0
|
|
1 30444484 rs267711 A G 1227.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.56;SB=-720.580;SBQD=-9.656;SBpi=0.5774;SBpiQual=-0.0696;VQSLOD=4.7655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1260,123,0
|
|
1 30445631 rs267708 A G 2457.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.8857;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1018.853;SBQD=1.004;SBpi=1.1119;SBpiQual=1.2261;VQSLOD=4.5540 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2490,196,0
|
|
1 30447761 rs4949527 G A 2183.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.12;SB=-1207.340;SBQD=1.684;SBpi=-0.1250;SBpiQual=-0.0252;VQSLOD=8.4858 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2217,172,0
|
|
1 30459026 rs904299 C G 2203.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.3279;MQ=59.68;MQ0=0;QD=30.60;SB=-971.437;SBQD=-6.831;SBpi=1.1274;SBpiQual=0.6306;VQSLOD=4.0969 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:2236,201,0
|
|
1 30474077 rs873508 G A 834.09 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.644;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.160;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=11.27;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-497.424;SBQD=3.557;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0752;VQSLOD=5.4660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:864,0,1158
|
|
1 30482811 rs12124278 G A 904.59 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.547;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=3.844;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.579;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.442;SB=-423.514;SBQD=-5.548;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4901;VQSLOD=4.5848 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:54:99:935,0,562
|
|
1 30483596 rs379533 C T 431 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.632;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.748;HRun=1;HaplotypeScore=4.8755;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.794;SB=-276.167;SBQD=-1.125;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0144;VQSLOD=2.0571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:461,0,674
|
|
1 30491028 rs388520 T C 2227.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82;SB=-1102.387;SBQD=4.239;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3633;VQSLOD=7.3709 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2261,199,0
|
|
1 30493645 rs1498233 G A 830.91 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.649;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.455;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=15.11;ReadPosRankSum=0.126;SB=-173.057;SBQD=-3.238;SBpi=1.7641;SBpiQual=1.7313;VQSLOD=3.8307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:861,0,720
|
|
1 30502785 rs267716 A T 2360.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.5209;MQ=59.45;MQ0=0;QD=31.05;SB=-1345.158;SBQD=-0.758;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.3077;VQSLOD=4.1105 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2393,190,0
|
|
1 30509225 rs746563 T C 1545.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=54.18;MQ0=0;QD=28.62;SB=-912.230;SBQD=0.135;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1607;VQSLOD=5.9499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1578,144,0
|
|
1 30523407 rs12727851 C G 1290.49 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.610;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.323;HRun=0;HaplotypeScore=2.3924;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=15.18;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-474.919;SBQD=6.717;SBpi=1.0104;SBpiQual=1.3054;VQSLOD=4.5848 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:1320,0,1032
|
|
1 30530346 rs381504 C T 827.92 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.655;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.077;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-429.729;SBQD=3.828;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2711;VQSLOD=5.5979 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:858,0,555
|
|
1 30532095 rs1966006 C T 823.39 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.785;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.196;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=11.44;ReadPosRankSum=-2.422;SB=-356.051;SBQD=5.944;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.6974;VQSLOD=4.2510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:853,0,1340
|
|
1 30535716 rs55908332 G C 978.92 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.982;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-319.455;SBQD=-4.344;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.2575;VQSLOD=3.7108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:1009,0,1178
|
|
1 30537232 rs867720 T C 1130.04 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.687;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=16.14;ReadPosRankSum=-2.444;SB=-469.108;SBQD=1.547;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.7937;VQSLOD=4.8473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:1160,0,921
|
|
1 30550182 rs267673 A G 744.66 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.263;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.383;SB=-321.320;SBQD=-7.485;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.5851;VQSLOD=5.8254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:775,0,1040
|
|
1 30552132 rs10753310 C A 1410.91 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=1.629;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-656.795;SBQD=-2.293;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.5190;VQSLOD=4.2774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:102:99:1441,0,1745
|
|
1 30580185 rs12736024 G A 564.05 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.861;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=5.900;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.428;SB=-327.493;SBQD=-4.717;SBpi=-0.1043;SBpiQual=0.0302;VQSLOD=5.5367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:594,0,576
|
|
1 30608333 rs17472576 C T 917.08 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.112;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.941;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=13.90;ReadPosRankSum=1.251;SB=-449.512;SBQD=0.403;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.3702;VQSLOD=5.9254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:947,0,878
|
|
1 30618683 rs2761064 G T 1909.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=36.02;SB=-825.894;SBQD=-0.381;SBpi=0.7555;SBpiQual=0.7744;VQSLOD=8.7494 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1942,150,0
|
|
1 30623641 rs2761067 A C 2115.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.98;MQ0=0;QD=35.85;SB=-1026.215;SBQD=-1.955;SBpi=-0.1953;SBpiQual=-0.3488;VQSLOD=9.3916 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2148,172,0
|
|
1 30624557 rs2761066 G T 1472.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=58.77;MQ0=0;QD=27.78;SB=-303.813;SBQD=-13.464;SBpi=-1.9917;SBpiQual=-2.4960;VQSLOD=4.0973 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1506,120,0
|
|
1 30634067 . C T 719.74 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.815;DP=54;Dels=0.00;FS=5.860;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-257.607;SBQD=-8.892;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-1.0485;VQSLOD=4.0591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:750,0,753
|
|
1 30634530 . G T 490.41 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.578;SB=-289.219;SBQD=-1.812;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1323;VQSLOD=4.2306 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:520,0,387
|
|
1 30641376 . A T 1418.50 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DP=98;Dels=0.00;FS=15.896;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-584.315;SBQD=-8.359;SBpi=-0.8485;SBpiQual=-0.7964;VQSLOD=4.3088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:1448,0,1474
|
|
1 30644089 rs6693191 C T 1094.31 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.405;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=11.964;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=14.03;ReadPosRankSum=2.411;SB=-299.857;SBQD=-8.718;SBpi=-1.3333;SBpiQual=-1.3988;VQSLOD=4.3799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1124,0,1293
|
|
1 30644999 rs55649645 C T 1030.66 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.791;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=3.009;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=12.42;ReadPosRankSum=1.040;SB=-443.417;SBQD=-2.443;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-0.8943;VQSLOD=4.0849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1061,0,934
|
|
1 30645317 rs55892054 A G 752.75 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.354;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=13.055;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=10.75;ReadPosRankSum=2.242;SB=-284.833;SBQD=8.478;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7038;VQSLOD=3.8905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:783,0,1089
|
|
1 30681291 . T C 1104.27 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;DP=73;Dels=0.00;FS=1.929;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.304;SB=-551.862;SBQD=1.512;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3608;VQSLOD=4.2792 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1134,0,1137
|
|
1 30750679 rs459233 A G 1156.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.3047;MQ=59.52;MQ0=0;QD=24.09;SB=-751.494;SBQD=-7.310;SBpi=0.4330;SBpiQual=0.0050;VQSLOD=3.5352 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1189,105,0
|
|
1 30759091 rs463449 T C 296.60 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.55;MQ0=23;QD=6.90;SB=-96.489;SBQD=-5.787;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.2269;VQSLOD=1.7757 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:30.08:330,30,0
|
|
1 30762238 rs107550 G A 2695.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=37.44;SB=-1261.449;SBQD=-0.468;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3736;VQSLOD=8.7670 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2728,214,0
|
|
1 30776439 rs378806 A G 1838.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.57;MQ0=0;QD=29.66;SB=-518.421;SBQD=-8.372;SBpi=-1.7780;SBpiQual=-2.2496;VQSLOD=5.7573 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1872,159,0
|
|
1 30791868 rs419607 T C 752.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=59.48;MQ0=0;QD=20.91;SB=-273.578;SBQD=-9.537;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.0438;VQSLOD=3.2585 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:72.17:786,72,0
|
|
1 30792984 rs382415 A G 502.43 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.484;SB=-249.232;SBQD=-2.959;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.7105;VQSLOD=4.2902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:532,0,919
|
|
1 30795460 rs12741384 A G 918.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.12;MQ0=0;QD=20.41;SB=-607.850;SBQD=4.340;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1771;VQSLOD=4.4433 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:87.21:952,87,0
|
|
1 30819474 . T C 102.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.928;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9262;MQ=28.06;MQ0=1;MQRankSum=1.670;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.237;SB=-396.976;SBQD=-12.274;SBpi=-1.4699;SBpiQual=-1.7535;VQSLOD=-1.6021 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:14.99:135,15,0
|
|
1 30821235 rs4949585 T C 3302.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.54;MQ0=0;QD=33.36;SB=-1843.089;SBQD=-1.281;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1348;VQSLOD=7.5392 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3303,262,0
|
|
1 30827508 rs10737385 C T 2141.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.94;SB=-979.115;SBQD=0.420;SBpi=0.8062;SBpiQual=0.8472;VQSLOD=6.8896 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2174,172,0
|
|
1 30827563 rs10799099 T C 2532.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1099.501;SBQD=3.312;SBpi=0.6975;SBpiQual=0.9191;VQSLOD=8.8635 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2565,205,0
|
|
1 30834375 rs2377278 C T 1482.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.60;MQ0=3;QD=25.12;SB=-394.351;SBQD=-9.231;SBpi=-1.9206;SBpiQual=-2.1172;VQSLOD=3.8391 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1515,135,0
|
|
1 30858450 rs6425969 C G 555.39 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.154;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.492;SB=-364.243;SBQD=4.038;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.0605;VQSLOD=4.8180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:585,0,495
|
|
1 30862804 rs641564 C A 594.57 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.424;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=13.566;HRun=0;HaplotypeScore=3.1424;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.591;SB=-261.973;SBQD=9.098;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.6052;VQSLOD=3.6075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:625,0,1415
|
|
1 30866414 rs12146122 G A 949.34 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.154;HRun=7;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-401.728;SBQD=3.468;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.6436;VQSLOD=2.4523 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:979,0,1319
|
|
1 30872867 rs3867304 G T 807.83 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.400;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.053;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-307.727;SBQD=4.184;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.8997;VQSLOD=4.8556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:838,0,722
|
|
1 30891792 rs647831 A G 636.64 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.275;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=6.133;HRun=0;HaplotypeScore=1.7128;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.096;SB=-297.257;SBQD=-7.287;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.2973;VQSLOD=5.6861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:667,0,691
|
|
1 30895600 rs13375201 G A 493.13 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=11.759;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-157.700;SBQD=-11.407;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-0.9707;VQSLOD=4.6777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:523,0,764
|
|
1 30909639 rs677034 A T 1090.37 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=22.971;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-251.923;SBQD=13.226;SBpi=1.4368;SBpiQual=1.5288;VQSLOD=4.3143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:1120,0,1278
|
|
1 30921744 rs35355782 G A 508.02 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-178.105;SBQD=-4.092;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-1.1387;VQSLOD=2.8674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:538,0,990
|
|
1 30934128 rs262621 G A 2227.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.35;MQ0=0;QD=34.80;SB=-1091.887;SBQD=-2.298;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.3891;VQSLOD=7.1360 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2260,178,0
|
|
1 30938590 rs262597 G A 504.77 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.733;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.294;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-172.769;SBQD=7.111;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.8244;VQSLOD=5.8892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:41:99:535,0,540
|
|
1 30942155 rs882900 G A 824.95 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.324;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8100;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-545.352;SBQD=-0.598;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.3444;VQSLOD=5.1907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:855,0,792
|
|
1 30943687 rs11579924 G A 355.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=12.143;HRun=0;HaplotypeScore=2.3294;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.095;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.760;SB=-7.508;SBQD=-12.523;SBpi=-1.6783;SBpiQual=-1.8298;VQSLOD=0.7889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:386,0,659
|
|
1 30953077 rs380839 G A 2522.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.55;SB=-895.580;SBQD=-2.181;SBpi=-1.4630;SBpiQual=-1.6776;VQSLOD=7.6887 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2555,199,0
|
|
1 30953846 rs437177 T C 536.30 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.993;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.997;HRun=0;HaplotypeScore=44.4543;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=1.930;QD=8.00;ReadPosRankSum=3.854;SB=-337.737;SBQD=0.451;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0351;VQSLOD=-41.4868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:566,0,211
|
|
1 30956412 rs10915128 A G 740.92 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.255;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.973;HRun=0;HaplotypeScore=2.8650;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=2.097;QD=11.23;ReadPosRankSum=-2.030;SB=-339.114;SBQD=0.319;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.3668;VQSLOD=3.8109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:66:99:771,0,1237
|
|
1 30973359 rs10915133 G A 714.58 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.089;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=8.348;HRun=0;HaplotypeScore=3.7950;MQ=57.76;MQ0=1;MQRankSum=0.281;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.684;SB=-359.607;SBQD=-7.646;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5290;VQSLOD=3.4182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:60:99:745,0,870
|
|
1 30981935 rs262628 C G 2693.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1388.381;SBQD=0.646;SBpi=-0.3938;SBpiQual=-0.3564;VQSLOD=8.0610 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2726,214,0
|
|
1 30984574 . C T 1027.53 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DP=75;Dels=0.00;FS=1.994;HRun=1;HaplotypeScore=1.9623;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=13.70;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-527.095;SBQD=1.149;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.4834;VQSLOD=4.3504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:1058,0,943
|
|
1 30987151 rs580537 C T 1039.01 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.608;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.127;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.466;SB=-427.631;SBQD=6.384;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.6325;VQSLOD=5.9115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1069,0,1081
|
|
1 30987334 rs3124329 G A 3222.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.81;MQ0=0;QD=33.57;SB=-1661.416;SBQD=-3.917;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2481;VQSLOD=7.2197 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3255,256,0
|
|
1 30989639 rs12144776 G A 1114.46 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.108;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.805;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.369;SB=-441.541;SBQD=1.001;SBpi=1.0151;SBpiQual=1.0615;VQSLOD=4.6409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1144,0,1008
|
|
1 30990817 rs443663 A G 542.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9142;MQ=46.61;MQ0=2;MQRankSum=-4.452;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.518;SB=-184.649;SBQD=0.469;SBpi=0.8165;SBpiQual=1.0598;VQSLOD=-0.0688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:572,0,861
|
|
1 30992259 rs10915145 G A 644.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.341;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-3.830;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-387.811;SBQD=-2.898;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4368;VQSLOD=0.4825 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:675,0,1259
|
|
1 30992582 rs443584 G T 102.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.533;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=53.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.883;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-34.774;SBQD=2.871;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2679;VQSLOD=-1.7682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,12:79:99:133,0,2030
|
|
1 31013775 rs51397 T C 1404.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26;SB=-805.049;SBQD=6.538;SBpi=-0.2887;SBpiQual=0.1517;VQSLOD=5.9655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1438,126,0
|
|
1 31017376 rs262619 C T 2117.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.61;SB=-1057.334;SBQD=-1.280;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.3971;VQSLOD=8.3570 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2150,172,0
|
|
1 31018495 rs262616 C T 3009.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.26;SB=-1570.938;SBQD=-1.060;SBpi=0.1646;SBpiQual=0.0792;VQSLOD=8.2166 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3043,238,0
|
|
1 31022237 rs904257 A G 2552.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=30.76;SB=-1290.702;SBQD=-3.851;SBpi=-0.0549;SBpiQual=-0.4286;VQSLOD=7.9829 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2586,232,0
|
|
1 31063285 rs629610 C T 2713.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4725;MQ=52.38;MQ0=0;QD=34.35;SB=-1199.352;SBQD=-7.760;SBpi=-0.1688;SBpiQual=-0.4129;VQSLOD=6.3565 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2747,229,0
|
|
1 31075075 rs6426043 T A 1849.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.82;SB=-756.130;SBQD=7.048;SBpi=0.7746;SBpiQual=1.1965;VQSLOD=7.1248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1882,156,0
|
|
1 31076557 rs10914151 A G 1441.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=32.03;SB=-619.732;SBQD=-6.074;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.7233;VQSLOD=8.2293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1474,129,0
|
|
1 31077465 rs12405950 G A 3067.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.80;MQ0=0;QD=34.46;SB=-1526.554;SBQD=0.716;SBpi=0.4770;SBpiQual=0.5667;VQSLOD=7.3799 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3100,241,0
|
|
1 31080962 rs548273 G T 2131.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.30;SB=-1191.700;SBQD=-1.884;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1159;VQSLOD=7.5176 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2164,169,0
|
|
1 31108388 rs585520 C T 1596.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9863;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.48;SB=-340.233;SBQD=3.114;SBpi=2.0125;SBpiQual=2.1742;VQSLOD=5.2447 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1630,129,0
|
|
1 31120648 rs2647106 A G 576.23 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.055;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-291.825;SBQD=2.682;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0388;VQSLOD=5.5451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:53:99:606,0,616
|
|
1 31147792 rs724511 G A 1366.33 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.951;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.973;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.070;QD=16.46;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-558.919;SBQD=-3.915;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-0.8789;VQSLOD=3.1532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1396,0,1074
|
|
1 31155999 rs1746887 T C 715.19 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.907;HRun=3;HaplotypeScore=1.9075;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-443.639;SBQD=1.848;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.3572;VQSLOD=3.8391 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:745,0,1305
|
|
1 31157411 rs3108736 A T 768.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.201;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-372.972;SBQD=1.878;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2702;VQSLOD=5.0604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:799,0,876
|
|
1 31159117 rs942297 G C 441.72 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.459;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=7.497;HRun=0;HaplotypeScore=3.1250;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.666;SB=-294.058;SBQD=-6.021;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.4987;VQSLOD=4.2892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:472,0,385
|
|
1 31161574 rs1188448 G A 602.64 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.388;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.811;SB=-302.641;SBQD=3.707;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.2787;VQSLOD=5.3176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:633,0,896
|
|
1 31164167 rs1203101 C T 346.06 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=9.187;HRun=1;HaplotypeScore=2.3459;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-177.179;SBQD=9.530;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.4668;VQSLOD=2.6922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:376,0,812
|
|
1 31177275 rs1149025 T C 458.44 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.249;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=5.511;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=12.06;ReadPosRankSum=-2.141;SB=-173.126;SBQD=-7.204;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9223;VQSLOD=4.0423 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:488,0,397
|
|
1 31177888 rs1149031 C T 451.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.028;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.342;HRun=0;HaplotypeScore=15.9599;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.859;SB=-208.063;SBQD=2.052;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.5487;VQSLOD=-2.0475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:481,0,485
|
|
1 31179677 rs1149036 C T 546.38 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.477;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.551;HRun=0;HaplotypeScore=5.7792;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.932;SB=-223.182;SBQD=-2.930;SBpi=-1.0206;SBpiQual=-0.9945;VQSLOD=2.5288 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:51:99:576,0,588
|
|
1 31192330 rs1149041 G T 714.86 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=2.562;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-385.812;SBQD=0.400;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0918;VQSLOD=5.0276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:745,0,325
|
|
1 31231254 . T G 1952.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=31.49;SB=-1016.806;SBQD=1.600;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.5198;VQSLOD=7.8337 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1985,159,0
|
|
1 31247811 rs4949179 A T 1762.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.01;MQ0=0;QD=28.90;SB=-861.287;SBQD=-2.342;SBpi=-0.7042;SBpiQual=-0.8802;VQSLOD=5.9389 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1796,147,0
|
|
1 31249361 rs12118710 A G 1026.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8268;MQ=52.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.405;QD=19.37;ReadPosRankSum=1.209;SB=-854.975;SBQD=-3.782;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.3362;VQSLOD=2.9923 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:87.25:1060,87,0
|
|
1 31251051 rs10737353 A C 1637.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.7657;MQ=59.14;MQ0=0;QD=30.33;SB=-706.113;SBQD=4.709;SBpi=0.8165;SBpiQual=1.0656;VQSLOD=4.9408 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1671,135,0
|
|
1 31265843 . C T 779.27 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.166;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.0005;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.440;SB=-380.104;SBQD=-0.697;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2751;VQSLOD=2.6593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:809,0,1063
|
|
1 31286884 rs60448016 G A 469.22 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.306;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.925;HRun=1;HaplotypeScore=3.0111;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.250;SB=-295.659;SBQD=5.078;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.2802;VQSLOD=3.3264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:499,0,595
|
|
1 31289078 rs61743640 C T 623.75 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.590;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=11.316;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.378;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.718;SB=-236.601;SBQD=-9.557;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9522;VQSLOD=4.5180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:654,0,548
|
|
1 31295660 rs12758414 G A 948.26 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.351;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.833;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=17.89;ReadPosRankSum=0.862;SB=-376.575;SBQD=-5.693;SBpi=1.0290;SBpiQual=1.1311;VQSLOD=3.8328 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:978,0,430
|
|
1 31311972 . G A 1133.11 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.251;DP=75;Dels=0.00;FS=14.846;HRun=0;HaplotypeScore=1.5750;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=15.11;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-325.813;SBQD=11.436;SBpi=1.3611;SBpiQual=1.5217;VQSLOD=3.4395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1163,0,1031
|
|
1 31314851 rs61767323 C A 2260.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78;SB=-1096.110;SBQD=-2.947;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.4719;VQSLOD=6.9402 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:2294,178,0
|
|
1 31319662 rs2491140 A C 1245.14 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.842;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=14.82;ReadPosRankSum=2.396;SB=-511.812;SBQD=-1.924;SBpi=-0.9045;SBpiQual=-0.8240;VQSLOD=3.2065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1275,0,1081
|
|
1 31342403 rs2491131 A C 1033.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.420;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=21.001;HRun=0;HaplotypeScore=20.1499;MQ=52.95;MQ0=2;MQRankSum=1.420;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.984;SB=-542.793;SBQD=-15.361;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.6344;VQSLOD=-6.0807 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:68:93.24:1067,93,0
|
|
1 31352419 rs2807013 T C 1410.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.8105;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.39;SB=-909.255;SBQD=2.027;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.2200;VQSLOD=3.9826 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:63:99:1443,123,0
|
|
1 31386484 rs61778225 C A 947.62 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-508.242;SBQD=-1.323;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5248;VQSLOD=5.1434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:978,0,756
|
|
1 31398342 rs6425690 T C 1507.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.44;MQ0=0;QD=30.14;SB=-581.995;SBQD=-0.089;SBpi=1.2728;SBpiQual=1.2154;VQSLOD=6.0743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1540,129,0
|
|
1 31403711 rs7544112 A G 1236.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.19;MQ0=0;QD=26.88;SB=-528.194;SBQD=-2.743;SBpi=1.1795;SBpiQual=0.9194;VQSLOD=5.2387 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1269,117,0
|
|
1 31406732 rs10914237 G A 1187.78 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.439;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=7.719;HRun=1;HaplotypeScore=3.4071;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.795;SB=-581.758;SBQD=-6.209;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0647;VQSLOD=3.3481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:76:99:1218,0,1051
|
|
1 31418119 rs12142833 C T 831 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.981;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.22;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-427.390;SBQD=-5.022;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.4431;VQSLOD=5.8302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:861,0,1237
|
|
1 31428175 rs6425692 G A 454.27 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.527;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.079;HRun=0;HaplotypeScore=5.2182;MQ=48.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=8.11;ReadPosRankSum=-2.375;SB=-254.454;SBQD=2.302;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5203;VQSLOD=1.8756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:484,0,503
|
|
1 31429785 rs6696300 C T 1060.83 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=1.8110;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=14.14;ReadPosRankSum=-1.312;SB=-597.623;SBQD=2.372;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.1747;VQSLOD=4.8002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1091,0,1035
|
|
1 31466096 rs17263905 T C 1183.39 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.701;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.530;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-536.534;SBQD=4.272;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.7156;VQSLOD=4.7905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:1213,0,1363
|
|
1 31491210 rs6425694 G A 2138.28 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=1.8888;MQ=59.44;MQ0=0;QD=25.76;SB=-1314.150;SBQD=2.783;SBpi=-0.6037;SBpiQual=-0.3894;VQSLOD=1.5671 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2171,184,0
|
|
1 31556641 rs56146066 G C 501.34 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.866;HRun=0;HaplotypeScore=2.4101;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-338.457;SBQD=5.148;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.0764;VQSLOD=4.5365 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:531,0,922
|
|
1 31568123 rs1974257 T C 482.49 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.939;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.864;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=8.32;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-275.886;SBQD=-2.593;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3587;VQSLOD=4.0870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:512,0,1072
|
|
1 31571172 rs56080852 T A 616.71 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.670;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.071;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-224.066;SBQD=2.281;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.9788;VQSLOD=3.5968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:57:99:647,0,982
|
|
1 31593565 . C T 1248.81 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.445;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=19.51;ReadPosRankSum=0.298;SB=-514.809;SBQD=-0.471;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.8582;VQSLOD=3.5768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:64:99:1279,0,622
|
|
1 31637637 rs4282862 T C 1420.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.8562;MQ=56.46;MQ0=0;QD=24.49;SB=-650.186;SBQD=-3.585;SBpi=-1.0505;SBpiQual=-1.2004;VQSLOD=3.0579 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1453,120,0
|
|
1 31638859 rs7535823 G A 1420.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=33.05;SB=-572.699;SBQD=3.354;SBpi=0.8387;SBpiQual=1.0301;VQSLOD=7.2173 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1454,114,0
|
|
1 31654940 rs2297959 C T 577.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.31;MQ0=0;QD=23.11;SB=-427.514;SBQD=0.555;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.1446;VQSLOD=4.3204 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:51.14:611,51,0
|
|
1 31658678 rs6425715 A G 1627.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=24.30;SB=-920.187;SBQD=-5.672;SBpi=-0.5498;SBpiQual=-0.9552;VQSLOD=5.2276 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1661,147,0
|
|
1 31672166 rs7545480 G C 1797.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=31.00;SB=-892.916;SBQD=1.666;SBpi=0.5252;SBpiQual=0.6347;VQSLOD=7.5581 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1831,147,0
|
|
1 31672701 rs946884 T G 1224.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.30;MQ0=0;QD=34.02;SB=-344.516;SBQD=0.926;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.5832;VQSLOD=7.4127 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1258,99,0
|
|
1 31678405 rs61778329 A C 1384.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.92;MQ0=0;QD=28.26;SB=-828.866;SBQD=1.186;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.2410;VQSLOD=6.2532 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1418,114,0
|
|
1 31684686 rs4949363 G T 1893.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=34.43;SB=-880.194;SBQD=-1.453;SBpi=0.6068;SBpiQual=0.4829;VQSLOD=7.9643 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1927,156,0
|
|
1 31688721 rs7520439 G C 670.20 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.344;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.961;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.827;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.045;SB=-363.529;SBQD=0.944;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.0187;VQSLOD=3.7136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:700,0,1198
|
|
1 31697471 rs2377731 G A 787.53 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.335;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.252;SB=-298.795;SBQD=-5.554;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.9106;VQSLOD=4.6395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:818,0,1371
|
|
1 31701870 rs7534957 A G 697.19 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.957;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.928;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.937;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.253;SB=-373.752;SBQD=-0.267;SBpi=0.1890;SBpiQual=-0.0410;VQSLOD=5.2669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:727,0,1248
|
|
1 31702183 rs55781513 C A 611.33 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.886;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.449;SB=-304.106;SBQD=-1.618;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6643;VQSLOD=5.2705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:641,0,1061
|
|
1 31710204 rs946888 C A 1945.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=32.97;SB=-733.935;SBQD=4.095;SBpi=1.1066;SBpiQual=1.3554;VQSLOD=7.1211 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1978,156,0
|
|
1 31713684 rs7544431 C T 2290.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.18;SB=-1278.093;SBQD=-0.953;SBpi=0.0611;SBpiQual=0.0301;VQSLOD=7.6603 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2323,181,0
|
|
1 31714925 rs6425722 G A 660.16 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.9791;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.296;SB=-322.531;SBQD=1.119;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-0.9941;VQSLOD=2.4145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:690,0,484
|
|
1 31724905 rs56014556 A C 281.65 PASS AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9990;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=15.65;ReadPosRankSum=0.690;SB=-166.256;SBQD=-3.022;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.4943;VQSLOD=5.2158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:81:312,0,81
|
|
1 31728920 rs12403136 A G 817.98 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.151;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8216;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=12.39;ReadPosRankSum=1.505;SB=-403.248;SBQD=-4.145;SBpi=0.2611;SBpiQual=-0.1786;VQSLOD=5.4672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:848,0,1025
|
|
1 31760128 rs3766289 G A 1444.72 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.344;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-755.342;SBQD=0.364;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.2596;VQSLOD=4.3494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,49:100:99:1475,0,1561
|
|
1 31761609 rs4949378 A G 838.06 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.326;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.341;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=11.64;ReadPosRankSum=2.250;SB=-467.893;SBQD=-8.640;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3995;VQSLOD=4.0460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:868,0,1039
|
|
1 31766491 rs1532861 T C 770.40 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.672;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.074;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-394.941;SBQD=-0.355;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3870;VQSLOD=5.6014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:800,0,1055
|
|
1 31792794 rs1566964 C A 1536.24 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.321;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=1.603;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-715.484;SBQD=1.873;SBpi=0.4243;SBpiQual=0.4345;VQSLOD=5.5028 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:1566,0,1642
|
|
1 31804805 rs7543348 A C 844.43 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.874;QD=13.40;ReadPosRankSum=-1.917;SB=-538.430;SBQD=3.677;SBpi=-0.0845;SBpiQual=0.0802;VQSLOD=3.2643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:874,0,866
|
|
1 31818028 rs4514283 G C 627.75 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=4.288;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.782;QD=13.65;ReadPosRankSum=2.210;SB=-288.858;SBQD=6.958;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.1010;VQSLOD=2.2651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:658,0,698
|
|
1 31848708 rs12117279 T C 643.66 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.230;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.899;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.410;SB=-252.108;SBQD=7.253;SBpi=0.8356;SBpiQual=1.0942;VQSLOD=4.3057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:674,0,585
|
|
1 31851580 rs12027013 G A 1002.23 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.855;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.244;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.303;QD=17.58;ReadPosRankSum=1.479;SB=-543.092;SBQD=1.269;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0080;VQSLOD=3.3197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:1032,0,656
|
|
1 31861353 rs12029195 T C 753.15 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.149;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.092;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-356.228;SBQD=2.257;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.7950;VQSLOD=4.2467 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:783,0,548
|
|
1 31870924 rs7529851 A T 940.82 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.154;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.904;SB=-594.746;SBQD=0.678;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0127;VQSLOD=4.4652 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:971,0,1142
|
|
1 31871407 rs2889753 G A 954.57 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.295;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=17.68;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-27.977;SBQD=-19.288;SBpi=-2.6043;SBpiQual=-2.8298;VQSLOD=2.4447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:985,0,622
|
|
1 31877257 rs12083289 C A 1108.91 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.744;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.162;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.311;SB=-672.687;SBQD=-4.769;SBpi=-0.5657;SBpiQual=-0.6323;VQSLOD=6.0004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:1139,0,1105
|
|
1 31877523 rs61780806 C T 722.02 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.764;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=11.806;HRun=1;HaplotypeScore=2.3983;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=16.79;ReadPosRankSum=2.794;SB=-253.371;SBQD=4.006;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9938;VQSLOD=2.4757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:752,0,357
|
|
1 31883765 rs12033669 G A 1073.36 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.125;HRun=0;HaplotypeScore=2.3046;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=16.26;ReadPosRankSum=-1.654;SB=-557.098;SBQD=3.566;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.2991;VQSLOD=4.2764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:1103,0,860
|
|
1 31892911 rs4949399 A G 554.62 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.155;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.947;SB=-270.507;SBQD=-3.217;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.5490;VQSLOD=5.0113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:585,0,1202
|
|
1 31898132 rs4949400 T C 361.94 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.731;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.320;HRun=3;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-155.504;SBQD=-4.486;SBpi=-1.3728;SBpiQual=-1.3100;VQSLOD=2.5136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:392,0,483
|
|
1 31898463 rs2275436 C T 500.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.327;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.623;SB=-262.234;SBQD=-0.193;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.2382;VQSLOD=5.2502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:531,0,425
|
|
1 31902418 rs10047085 A G 601.64 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.816;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=6.439;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=11.57;ReadPosRankSum=-1.536;SB=-150.920;SBQD=-10.875;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.2780;VQSLOD=4.8449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:632,0,763
|
|
1 31904584 rs4949405 T C 1489.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.15;MQ0=0;QD=23.65;SB=-805.234;SBQD=1.520;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-0.5459;VQSLOD=3.5654 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1523,135,0
|
|
1 31904795 rs62635801 T A 861.44 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;DB;DP=218;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=80.7997;MQ=19.17;MQ0=105;MQRankSum=-0.724;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.012;SB=-212.540;SBQD=-1.234;SBpi=-4.1394;SBpiQual=-4.3463;VQSLOD=-181.5699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,141:218:99:891,0,411
|
|
1 31904858 . A T 97.35 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=10.637;HRun=1;HaplotypeScore=89.7741;MQ=18.59;MQ0=84;MQRankSum=0.121;QD=0.40;ReadPosRankSum=1.261;SB=38.628;SBQD=-0.844;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-0.9948;VQSLOD=-212.5419 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,32:245:99:127,0,1053
|
|
1 31904940 . C T 577.62 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.984;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=3.573;HRun=0;HaplotypeScore=122.8741;MQ=20.62;MQ0=77;MQRankSum=-1.254;QD=2.33;ReadPosRankSum=1.029;SB=-255.241;SBQD=2.504;SBpi=-2.6000;SBpiQual=-2.6588;VQSLOD=-409.5695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,83:248:99:608,0,952
|
|
1 31909072 rs10914386 A C 2354.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.57;MQ0=0;QD=33.17;SB=-1176.744;SBQD=-1.237;SBpi=-0.4154;SBpiQual=-0.4899;VQSLOD=7.7384 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2388,196,0
|
|
1 31911289 rs12143999 T A 1108.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.06;MQ0=0;QD=29.97;SB=-437.705;SBQD=-2.638;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.9438;VQSLOD=6.6057 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:96.26:1142,96,0
|
|
1 31916411 rs6696700 C T 2690.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.29;MQ0=0;QD=32.81;SB=-1151.863;SBQD=1.179;SBpi=-1.2147;SBpiQual=-1.2431;VQSLOD=6.0714 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2724,217,0
|
|
1 31919979 rs10914397 A T 2442.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=33.92;SB=-1218.055;SBQD=3.216;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.3314;VQSLOD=8.1185 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2475,202,0
|
|
1 31972565 . C G 813.48 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.557;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=3.7733;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-465.739;SBQD=0.567;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3351;VQSLOD=1.7709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:843,0,671
|
|
1 31973481 rs1573837 C T 610.32 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.968;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.058;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=11.74;ReadPosRankSum=1.046;SB=-324.525;SBQD=-2.021;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.3037;VQSLOD=4.6703 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:640,0,679
|
|
1 31975218 rs56038637 T A 494.49 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.302;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-211.228;SBQD=2.936;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.8356;VQSLOD=5.4856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:524,0,491
|
|
1 31976437 rs10914419 T C 2024.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.5661;MQ=58.97;MQ0=0;QD=32.13;SB=-1050.009;SBQD=-2.214;SBpi=-0.0630;SBpiQual=-0.1855;VQSLOD=6.1005 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2057,168,0
|
|
1 31983215 rs2105215 C A 934.41 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.745;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=10.629;HRun=1;HaplotypeScore=1.8410;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.908;SB=-491.271;SBQD=7.964;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3409;VQSLOD=4.1183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:964,0,703
|
|
1 31999931 rs10914434 G A 2698.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.82;MQ0=0;QD=34.59;SB=-979.459;SBQD=-2.209;SBpi=-1.3587;SBpiQual=-1.5068;VQSLOD=6.7986 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2731,220,0
|
|
1 32000989 rs60653787 A C 992.09 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.975;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=15.75;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-411.431;SBQD=5.369;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-0.9678;VQSLOD=4.1295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:1022,0,831
|
|
1 32010590 rs4949434 T C 1817.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.29;MQ0=0;QD=27.96;SB=-1162.768;SBQD=0.667;SBpi=-0.0620;SBpiQual=-0.0178;VQSLOD=4.6510 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1850,147,0
|
|
1 32014044 rs6688517 C T 776.48 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.045;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.531;SB=-512.898;SBQD=3.083;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0135;VQSLOD=5.5180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:806,0,563
|
|
1 32031651 rs1977657 A T 826.92 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.434;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=8.080;HRun=4;HaplotypeScore=1.8237;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=2.018;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-341.132;SBQD=-5.834;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.0497;VQSLOD=3.5820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:857,0,1145
|
|
1 32044595 rs12750558 C G 656.44 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=48.1632;MQ=31.96;MQ0=2;QD=18.76;SB=-390.604;SBQD=5.982;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.5653;VQSLOD=-49.5888 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63.13:689,63,0
|
|
1 32061055 rs9728705 G T 342.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.48;MQ0=0;QD=14.91;SB=-268.555;SBQD=3.845;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.8224;VQSLOD=5.2096 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:33.08:376,33,0
|
|
1 32074747 rs10798877 G A 2125.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=32.21;SB=-1203.980;SBQD=-1.547;SBpi=-0.1231;SBpiQual=-0.2291;VQSLOD=7.8518 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2159,166,0
|
|
1 32093167 rs871634 G C 1715.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.27;MQ0=0;QD=27.23;SB=-892.845;SBQD=-2.532;SBpi=-0.6929;SBpiQual=-0.8955;VQSLOD=5.8036 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1749,144,0
|
|
1 32096265 rs1061770 A G 2298.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=31.92;SB=-968.430;SBQD=-0.064;SBpi=1.1785;SBpiQual=1.2432;VQSLOD=6.6198 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2331,190,0
|
|
1 32109849 rs7549590 G A 2400.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.34;SB=-1011.830;SBQD=2.095;SBpi=-1.1785;SBpiQual=-1.0779;VQSLOD=8.3684 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2433,193,0
|
|
1 32142354 rs4949459 G T 2994.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=58.39;MQ0=0;QD=34.41;SB=-1436.724;SBQD=-2.123;SBpi=0.5897;SBpiQual=0.4257;VQSLOD=8.1931 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3027,250,0
|
|
1 32182820 rs6425781 A G 957.43 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.169;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-497.539;SBQD=7.355;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=5.3366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:987,0,874
|
|
1 32372881 rs639233 C T 1473.17 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.306;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=7.436;HRun=0;HaplotypeScore=1.7870;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.398;SB=-737.481;SBQD=7.164;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0251;VQSLOD=5.3766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1503,0,929
|
|
1 32387248 . C G 1003.34 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.397;DP=71;Dels=0.00;FS=3.242;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-397.173;SBQD=4.529;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7710;VQSLOD=4.0930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1033,0,1197
|
|
1 32428260 . C A 1562.20 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.776;DP=85;Dels=0.00;FS=0.831;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=18.38;ReadPosRankSum=1.099;SB=-708.648;SBQD=1.098;SBpi=0.3501;SBpiQual=0.5838;VQSLOD=3.8344 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:85:99:1592,0,1013
|
|
1 32476350 rs673495 G T 2038.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.99;MQ0=0;QD=36.41;SB=-1070.942;SBQD=-2.198;SBpi=0.1336;SBpiQual=0.0123;VQSLOD=9.0929 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2072,163,0
|
|
1 32535982 . G A 488 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.972;DP=63;Dels=0.00;FS=9.139;HRun=0;HaplotypeScore=3.3388;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.012;SB=-292.166;SBQD=-6.940;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.4710;VQSLOD=1.9393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:518,0,943
|
|
1 32575182 rs60692380 G T 1254.12 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.175;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.844;HRun=0;HaplotypeScore=3.3373;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.776;SB=-630.803;SBQD=-1.833;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3724;VQSLOD=4.3221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1284,0,1063
|
|
1 32637317 rs56039103 C T 1062.97 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.786;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.050;HRun=0;HaplotypeScore=2.9765;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=18.33;ReadPosRankSum=2.035;SB=-474.587;SBQD=-1.928;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6592;VQSLOD=3.7313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:1093,0,530
|
|
1 32682384 rs479014 G A 593.38 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.287;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.755;HRun=0;HaplotypeScore=4.3435;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.816;SB=-327.977;SBQD=-2.899;SBpi=-0.2887;SBpiQual=0.1366;VQSLOD=4.0062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:64:99:623,0,945
|
|
1 32695473 . T C 814.11 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=69;Dels=0.00;FS=2.034;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=1.197;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.480;SB=-340.524;SBQD=-2.549;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.6784;VQSLOD=3.6205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:844,0,1202
|
|
1 32705721 rs3795428 C G 316.11 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.473;HRun=0;HaplotypeScore=2.5493;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-176.689;SBQD=-5.823;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2237;VQSLOD=4.6867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:346,0,314
|
|
1 32706026 . C T 92.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.444;DP=30;Dels=0.00;FS=1.731;HRun=0;HaplotypeScore=3.4553;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-69.400;SBQD=-5.974;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.5083;VQSLOD=-0.8278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:30:99:122,0,402
|
|
1 32889544 rs55972307 A G 949.49 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.004;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.451;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.526;SB=-443.259;SBQD=-3.227;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.5487;VQSLOD=5.1899 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:979,0,1350
|
|
1 32986391 . A G 516.41 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.645;DP=57;Dels=0.00;FS=1.129;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-224.698;SBQD=-6.619;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-1.3399;VQSLOD=3.3594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:546,0,585
|
|
1 33008747 rs3938707 T C 506.18 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.119;HRun=0;HaplotypeScore=1.9134;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-253.901;SBQD=-0.375;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.5189;VQSLOD=4.7785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:536,0,772
|
|
1 33012259 rs7516064 T G 901.69 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.545;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.262;SB=-359.113;SBQD=6.014;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.8952;VQSLOD=5.4433 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:932,0,1440
|
|
1 33038278 rs6694177 A G 2544.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7820;MQ=58.95;MQ0=0;QD=29.58;SB=-986.138;SBQD=-6.701;SBpi=-1.1389;SBpiQual=-1.5004;VQSLOD=5.2622 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2577,223,0
|
|
1 33046963 . T A 315.65 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-0.007;SBQD=14.903;SBpi=1.8028;SBpiQual=1.9365;VQSLOD=3.1107 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:346,0,437
|
|
1 33063383 rs12030780 T C 838.13 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.066;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.251;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-389.215;SBQD=2.891;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.6982;VQSLOD=2.8905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:868,0,1295
|
|
1 33109037 rs455122 A G 3188.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.12;MQ0=0;QD=30.66;SB=-1695.764;SBQD=-6.590;SBpi=0.5883;SBpiQual=-0.0609;VQSLOD=6.5267 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:3222,286,0
|
|
1 33111784 rs786295 A G 1237.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.55;MQ0=0;QD=29.47;SB=-568.423;SBQD=-7.297;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3835;VQSLOD=5.6755 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1271,108,0
|
|
1 33133968 rs2762904 T C 2084.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.55;MQ0=0;QD=33.09;SB=-1150.735;SBQD=0.814;SBpi=0.0630;SBpiQual=0.0274;VQSLOD=7.7198 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2118,166,0
|
|
1 33143896 rs659867 T C 2323.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.23;MQ0=1;QD=29.79;SB=-1114.436;SBQD=4.855;SBpi=-0.8547;SBpiQual=-0.3215;VQSLOD=6.3794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2357,208,0
|
|
1 33153048 rs785687 T C 1661.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.52;MQ0=0;QD=27.24;SB=-928.868;SBQD=2.960;SBpi=0.0640;SBpiQual=0.3169;VQSLOD=5.7641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1695,150,0
|
|
1 33188265 rs360038 A G 1853.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=56.66;MQ0=0;QD=29.41;SB=-744.912;SBQD=-6.504;SBpi=1.4489;SBpiQual=0.9653;VQSLOD=4.4858 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1886,171,0
|
|
1 33195429 rs696626 G A 709.58 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.214;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.6828;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=13.39;ReadPosRankSum=-1.274;SB=-372.640;SBQD=-0.194;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1677;VQSLOD=4.3273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:740,0,607
|
|
1 33197804 . C T 969.59 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.257;DP=61;Dels=0.00;FS=7.922;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.653;SB=-517.844;SBQD=8.263;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5480;VQSLOD=3.0674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:1000,0,612
|
|
1 33200287 rs12410344 C T 310.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=50.97;MQ0=1;MQRankSum=-3.222;QD=10.02;ReadPosRankSum=-1.975;SB=-0.007;SBQD=-12.053;SBpi=-1.8190;SBpiQual=-1.7705;VQSLOD=-0.0975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:341,0,265
|
|
1 33204172 rs12759305 A G 360.45 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.9749;MQ=27.93;MQ0=0;QD=16.38;SB=-324.715;SBQD=-0.790;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1386;VQSLOD=2.3073 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:36.09:393,36,0
|
|
1 33204974 rs9701494 C T 754.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.68;MQ0=0;QD=25.15;SB=-221.768;SBQD=10.856;SBpi=1.2780;SBpiQual=1.5714;VQSLOD=2.5601 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:63.19:788,63,0
|
|
1 33219276 rs193434 G C 694.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.44;MQ0=0;QD=24.79;SB=-182.873;SBQD=-3.839;SBpi=-1.7008;SBpiQual=-1.7466;VQSLOD=4.1473 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:60.17:727,60,0
|
|
1 33234153 rs3737993 G A 982.77 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.855;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=2.043;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-519.224;SBQD=-1.358;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0375;VQSLOD=5.2670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:1013,0,1100
|
|
1 33235651 rs12730560 A G 255.32 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.021;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.550;HRun=0;HaplotypeScore=1.8237;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-127.540;SBQD=-7.705;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.9308;VQSLOD=4.9697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:285,0,334
|
|
1 33270015 rs1085230 C G 77.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.45;MQ0=1;QD=12.96;SB=-0.007;SBQD=12.962;SBpi=1.2247;SBpiQual=1.3102;VQSLOD=4.0589 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:9.03:110,9,0
|
|
1 33289808 rs3928206 A G 309.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DB;DP=57;Dels=0.03;FS=4.917;HRun=0;HaplotypeScore=27.1887;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=1.406;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.140;SB=-64.157;SBQD=9.321;SBpi=0.5455;SBpiQual=1.3260;VQSLOD=-16.2838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:339,0,300
|
|
1 33299816 rs4951773 A T 2891.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.14;SB=-1264.963;SBQD=-1.577;SBpi=-0.7826;SBpiQual=-0.9673;VQSLOD=8.1611 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2924,226,0
|
|
1 33309535 . G A 1154.96 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.059;DP=73;Dels=0.00;FS=17.763;HRun=1;HaplotypeScore=2.9076;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=15.82;ReadPosRankSum=-2.695;SB=-425.252;SBQD=12.197;SBpi=0.9258;SBpiQual=1.1293;VQSLOD=1.5968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:1185,0,885
|
|
1 33371330 rs2786545 G A 1972.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=28.59;SB=-692.019;SBQD=-2.249;SBpi=-1.8660;SBpiQual=-1.9910;VQSLOD=5.2615 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2006,159,0
|
|
1 33402542 rs35756506 G C 666.44 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.681;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.422;HRun=0;HaplotypeScore=2.3893;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.043;SB=-438.605;SBQD=0.566;SBpi=-0.5000;SBpiQual=0.0119;VQSLOD=5.0473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:696,0,502
|
|
1 33405972 rs194641 A C 957.08 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=13.11;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-509.539;SBQD=0.196;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0461;VQSLOD=6.0842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:987,0,1302
|
|
1 33411526 rs580167 C A 660.81 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.794;HRun=0;HaplotypeScore=4.6727;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.051;SB=-198.015;SBQD=4.342;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.0816;VQSLOD=2.4141 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:63:99:691,0,819
|
|
1 33453718 rs11581013 T C 484.83 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.925;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.465;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-321.920;SBQD=-5.269;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.3658;VQSLOD=4.5067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:515,0,807
|
|
1 33456219 rs11587371 C T 727.53 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.052;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.968;QD=13.73;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-398.560;SBQD=-1.831;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.2999;VQSLOD=3.5704 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:758,0,474
|
|
1 33476065 . G A 245.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.945;DP=129;Dels=0.00;FS=5.553;HRun=0;HaplotypeScore=7.8754;MQ=32.10;MQ0=17;MQRankSum=-1.846;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-26.559;SBQD=-2.808;SBpi=-1.3720;SBpiQual=-1.5486;VQSLOD=-5.1026 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,34:129:99:275,0,2481
|
|
1 33490422 rs10914647 G A 985.80 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.256;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-529.101;SBQD=-1.365;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.2173;VQSLOD=5.7764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:1016,0,1492
|
|
1 33499525 rs3766811 G A 723.91 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.969;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-359.986;SBQD=2.848;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.7929;VQSLOD=4.6049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:754,0,1300
|
|
1 33506301 rs12022291 A G 474.61 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.020;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-214.812;SBQD=-3.472;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.6216;VQSLOD=5.0258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:505,0,763
|
|
1 33524250 rs2306258 T C 677.57 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.037;HRun=0;HaplotypeScore=2.8233;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-351.346;SBQD=-2.807;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.3237;VQSLOD=4.7838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:708,0,928
|
|
1 33529922 rs10914657 C G 791.24 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.299;SB=-401.105;SBQD=1.416;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.4322;VQSLOD=5.1804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:821,0,864
|
|
1 33541275 rs12757791 T G 66.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=3.187;HRun=0;HaplotypeScore=9.9930;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=1.70;ReadPosRankSum=-1.656;SB=-86.657;SBQD=4.453;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3322;VQSLOD=-2.7660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,10:39:96.28:96,0,502
|
|
1 33541330 rs12757948 T C 387.88 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.152;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.641;SB=-247.106;SBQD=-1.250;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.2734;VQSLOD=3.6242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:418,0,735
|
|
1 33553048 rs12567659 T A 314.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DB;DP=80;Dels=0.02;FS=9.690;HRun=0;HaplotypeScore=6.7988;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-315.563;SBQD=-6.089;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-0.8942;VQSLOD=-0.2692 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:80:99:344,0,1061
|
|
1 33609211 rs646071 G A 1579.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=23.58;SB=-1165.237;SBQD=0.863;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.2312;VQSLOD=3.4475 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1613,129,0
|
|
1 33635788 rs677834 A G 1943.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=30.85;SB=-1035.805;SBQD=-6.974;SBpi=0.1890;SBpiQual=-0.3403;VQSLOD=6.9008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1977,171,0
|
|
1 33652452 rs6679508 T G 1038.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.78;MQ0=0;QD=18.54;SB=-535.750;SBQD=-2.373;SBpi=1.8708;SBpiQual=2.0109;VQSLOD=3.9106 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:84.26:1071,84,0
|
|
1 33658560 rs619577 G A 2129.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.63;MQ0=0;QD=28.40;SB=-1045.473;SBQD=3.238;SBpi=0.9815;SBpiQual=1.1820;VQSLOD=5.6037 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2163,196,0
|
|
1 33665356 rs630770 T C 2443.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=32.58;SB=-1077.822;SBQD=4.957;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.7946;VQSLOD=7.9702 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2477,217,0
|
|
1 33680546 rs10914666 A G 2466.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1192.594;SBQD=0.373;SBpi=-0.4781;SBpiQual=-0.4799;VQSLOD=8.5648 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2499,196,0
|
|
1 33683127 rs10753277 G C 2023.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=31.13;SB=-1010.370;SBQD=3.416;SBpi=0.4341;SBpiQual=0.6449;VQSLOD=7.5904 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2057,165,0
|
|
1 33692104 rs10737367 C T 3122.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=35.48;SB=-1221.397;SBQD=0.058;SBpi=-1.2792;SBpiQual=-1.3298;VQSLOD=8.0200 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3155,250,0
|
|
1 33755045 rs6683280 A G 1097.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=24.39;SB=-640.607;SBQD=-2.460;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.7694;VQSLOD=4.0167 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:90.28:1131,90,0
|
|
1 33763664 . T G 153.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.406;DP=53;Dels=0.00;FS=63.709;HRun=3;HaplotypeScore=3.5102;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=2.89;ReadPosRankSum=-2.400;SB=98.960;SBQD=8.933;SBpi=2.5000;SBpiQual=1.8005;VQSLOD=-5.2831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:53:99:183,0,516
|
|
1 33766834 rs7515317 T A 2483.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.02;SB=-1183.409;SBQD=1.384;SBpi=0.5267;SBpiQual=0.6617;VQSLOD=8.2777 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2516,196,0
|
|
1 33775011 rs10914679 C T 47.54 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.29;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.34;MQ0=1;MQRankSum=0.592;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-19.694;SBQD=-16.748;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.2891;VQSLOD=2.1637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:27.30:78,0,27
|
|
1 33810187 rs4653069 A G 2522.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1292.158;SBQD=1.727;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.2436;VQSLOD=8.1641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2556,208,0
|
|
1 33819562 rs4233199 C T 909.43 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.847;HRun=1;HaplotypeScore=2.6263;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.556;SB=-497.645;SBQD=-1.306;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2530;VQSLOD=4.9973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:939,0,1274
|
|
1 33829937 rs7545146 G A 491.49 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.060;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=6.3523;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=8.94;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-164.960;SBQD=8.376;SBpi=0.6124;SBpiQual=1.0240;VQSLOD=2.9561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:55:99:521,0,637
|
|
1 33830413 rs4653102 T C 573.87 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.068;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-340.006;SBQD=-2.016;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0398;VQSLOD=5.5094 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:604,0,765
|
|
1 33835406 rs11591003 T C 601.72 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.986;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.291;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.451;SB=-296.020;SBQD=-7.109;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.7288;VQSLOD=3.6080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:632,0,963
|
|
1 33838363 . C T 485.39 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;DP=70;Dels=0.00;FS=8.714;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.079;SB=-286.269;SBQD=-7.709;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.4637;VQSLOD=2.6845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:515,0,1364
|
|
1 33848000 . C T 1008.63 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.084;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=12.61;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-472.772;SBQD=-0.782;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5088;VQSLOD=4.2078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:1039,0,1310
|
|
1 33892338 rs16835467 T C 850.79 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.094;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.010;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-394.728;SBQD=0.883;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.2583;VQSLOD=5.6797 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:881,0,877
|
|
1 33905131 rs11811740 T C 1211.48 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=2.821;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-635.956;SBQD=2.007;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.3887;VQSLOD=5.8548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:1241,0,1368
|
|
1 33914333 rs11577667 T G 2905.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=35.87;SB=-1532.957;SBQD=-0.034;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.0447;VQSLOD=8.8109 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2938,232,0
|
|
1 33920466 rs6669405 T C 557.23 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.561;HRun=1;HaplotypeScore=4.5150;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.948;SB=-300.522;SBQD=-7.615;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.4502;VQSLOD=2.7146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:48:99:587,0,546
|
|
1 33925105 rs7545179 G A 2453.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.5306;MQ=58.71;MQ0=0;QD=33.61;SB=-1282.599;SBQD=-0.446;SBpi=-0.1756;SBpiQual=-0.2367;VQSLOD=4.1746 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2487,199,0
|
|
1 33951302 rs12122212 C T 2858.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7234;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.73;SB=-1254.320;SBQD=-0.309;SBpi=-0.7826;SBpiQual=-0.8600;VQSLOD=6.0812 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2892,226,0
|
|
1 33962741 rs3928341 T C 1871.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.36;SB=-970.051;SBQD=9.903;SBpi=-0.2462;SBpiQual=0.4105;VQSLOD=5.3891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1905,168,0
|
|
1 33966203 rs1976259 T C 2567.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=32.91;SB=-1334.931;SBQD=1.234;SBpi=0.3397;SBpiQual=0.4208;VQSLOD=8.1875 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2600,208,0
|
|
1 33975286 rs7553323 C T 677.55 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7476;MQ=31.62;MQ0=4;MQRankSum=1.223;QD=17.83;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-306.826;SBQD=-9.388;SBpi=1.5618;SBpiQual=1.7544;VQSLOD=2.2354 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:63.12:711,63,0
|
|
1 34036264 rs61799673 T C 1142.79 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.517;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.380;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-546.528;SBQD=4.904;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3033;VQSLOD=5.9458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1173,0,1120
|
|
1 34038868 rs12121873 G C 3107.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=34.15;SB=-1246.517;SBQD=1.927;SBpi=1.1007;SBpiQual=1.1906;VQSLOD=7.9696 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3141,253,0
|
|
1 34038944 rs12129692 C T 3387.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=34.92;SB=-1796.623;SBQD=-0.687;SBpi=0.0508;SBpiQual=-0.0207;VQSLOD=9.4302 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3387,268,0
|
|
1 34039667 rs10798970 A G 2574.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.33;SB=-1359.596;SBQD=1.333;SBpi=0.1732;SBpiQual=0.2872;VQSLOD=8.0181 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2608,202,0
|
|
1 34041886 rs6425829 C G 3000.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=35.72;SB=-1572.179;SBQD=-0.268;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.0997;VQSLOD=8.2202 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3034,238,0
|
|
1 34044444 rs172392 G C 445.99 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.200;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=8.152;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.595;SB=-227.728;SBQD=-5.877;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.4318;VQSLOD=4.5317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:476,0,547
|
|
1 34061741 . G C 831.28 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DP=67;Dels=0.00;FS=0.927;HRun=0;HaplotypeScore=2.2657;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=12.41;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-410.703;SBQD=-0.189;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.4391;VQSLOD=3.1226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:861,0,1075
|
|
1 34073153 rs10158102 G A 1166.49 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9106;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=19.12;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-605.487;SBQD=-1.389;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1612;VQSLOD=3.5715 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,39:61:99:1196,0,576
|
|
1 34140885 . C T 1310.06 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.143;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4964;MQ=23.08;MQ0=34;MQRankSum=2.974;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.944;SB=-571.412;SBQD=5.145;SBpi=1.5112;SBpiQual=1.7154;VQSLOD=2.0911 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,74:97:99:1343,126,0
|
|
1 34173820 rs564148 C T 2481.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=34.47;SB=-1249.479;SBQD=0.477;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.5377;VQSLOD=7.2461 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2515,193,0
|
|
1 34176270 . G A 906.29 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.902;DP=65;Dels=0.00;FS=2.117;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.217;SB=-331.211;SBQD=-4.793;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.8844;VQSLOD=5.7092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:936,0,1035
|
|
1 34189493 rs544820 C T 2888.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.81;SB=-1189.218;SBQD=-3.397;SBpi=-0.9330;SBpiQual=-1.2557;VQSLOD=8.5091 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2922,232,0
|
|
1 34206861 rs512136 A G 1332.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.39;MQ0=0;QD=21.84;SB=-770.569;SBQD=-5.473;SBpi=-0.7042;SBpiQual=-1.0624;VQSLOD=3.7842 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1365,123,0
|
|
1 34210831 rs4282780 A T 2990.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1591.065;SBQD=0.355;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0823;VQSLOD=8.4409 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3024,235,0
|
|
1 34218405 rs475638 T C 2269.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=36.02;SB=-1068.148;SBQD=-0.306;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.4307;VQSLOD=8.6889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2302,184,0
|
|
1 34262925 rs10914781 T C 2527.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.86;MQ0=0;QD=30.45;SB=-1310.312;SBQD=6.099;SBpi=-0.0549;SBpiQual=0.4989;VQSLOD=6.6857 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2560,223,0
|
|
1 34264879 rs6679688 G T 3063.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.67;MQ0=0;QD=36.91;SB=-1250.894;SBQD=-0.328;SBpi=1.0428;SBpiQual=1.0797;VQSLOD=7.0261 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3096,241,0
|
|
1 34283720 . C T 1253 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.457;DP=68;Dels=0.00;FS=0.978;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=18.43;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-660.520;SBQD=-0.755;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.1841;VQSLOD=2.5697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,42:68:99:1283,0,688
|
|
1 34288160 rs2246823 G C 1276.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.33;MQ0=0;QD=22.80;SB=-985.775;SBQD=0.776;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0836;VQSLOD=4.0672 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1310,105,0
|
|
1 34291056 rs12062730 G C 2182.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;QD=32.57;SB=-996.459;SBQD=9.393;SBpi=-0.0611;SBpiQual=0.6126;VQSLOD=8.3942 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2215,190,0
|
|
1 34295468 . A G 833.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.23;MQ0=2;QD=24.51;SB=-464.271;SBQD=1.925;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0733;VQSLOD=2.3416 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75.21:866,75,0
|
|
1 34297076 . A G 613.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.13;MQ0=3;QD=13.95;SB=-198.571;SBQD=9.022;SBpi=0.3015;SBpiQual=-0.1220;VQSLOD=3.9700 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:66:647,66,0
|
|
1 34330545 rs60609003 G A 256.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=34.236;HRun=0;HaplotypeScore=12.9782;MQ=39.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.264;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.815;SB=20.888;SBQD=-25.140;SBpi=-1.6583;SBpiQual=-1.7981;VQSLOD=-4.3832 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:286,0,134
|
|
1 34330555 rs59063207 A G 131.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=38.085;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.141;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.678;SB=42.183;SBQD=-28.729;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.3964;VQSLOD=1.3512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:161,0,224
|
|
1 34371256 rs7513279 C T 2402.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4575;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.83;SB=-1094.325;SBQD=-5.572;SBpi=-0.2967;SBpiQual=-0.6147;VQSLOD=4.7511 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2435,199,0
|
|
1 34430578 rs12131786 C T 1139.01 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.347;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.421;HRun=0;HaplotypeScore=4.6239;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=2.536;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.128;SB=-523.189;SBQD=-3.514;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3699;VQSLOD=3.3444 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:82:99:1169,0,1263
|
|
1 34440316 rs536766 T C 721.83 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.131;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.973;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=12.45;ReadPosRankSum=2.513;SB=-380.848;SBQD=4.641;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3459;VQSLOD=5.7814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:752,0,880
|
|
1 34440545 rs6671099 T C 882.20 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.697;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.1277;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=12.60;ReadPosRankSum=1.760;SB=-411.240;SBQD=2.599;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.3672;VQSLOD=4.3872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:912,0,1026
|
|
1 34458738 rs495444 C T 2064.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.13;MQ0=0;QD=35.59;SB=-887.385;SBQD=3.624;SBpi=0.5252;SBpiQual=0.6116;VQSLOD=8.7371 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:2097,166,0
|
|
1 34475772 rs7541778 T C 898.56 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.978;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.586;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.132;SB=-417.050;SBQD=1.824;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7309;VQSLOD=5.7275 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:929,0,1000
|
|
1 34478096 rs12041863 A G 974.07 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.402;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.941;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=17.09;ReadPosRankSum=-1.156;SB=-346.942;SBQD=7.085;SBpi=1.0987;SBpiQual=1.1413;VQSLOD=4.9798 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:1004,0,484
|
|
1 34482836 rs12138349 T C 567.79 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.520;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.822;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.897;SB=-262.084;SBQD=-4.424;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.2922;VQSLOD=4.1908 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:598,0,1218
|
|
1 34500635 rs10914855 G A 1539.16 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.803;QD=16.20;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-839.741;SBQD=-0.014;SBpi=-0.0700;SBpiQual=-0.0236;VQSLOD=2.7338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:1569,0,1351
|
|
1 34524849 rs6425872 G A 795.51 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.583;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.532;SB=-444.365;SBQD=-0.509;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1783;VQSLOD=4.8750 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:826,0,755
|
|
1 34543596 rs2625687 A G 973.82 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.192;SB=-241.691;SBQD=5.554;SBpi=1.3333;SBpiQual=1.6277;VQSLOD=4.4038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:1004,0,1484
|
|
1 34552017 rs11811558 G A 1104.67 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.618;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.451;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.929;SB=-553.632;SBQD=-3.668;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.4975;VQSLOD=5.2096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1135,0,1059
|
|
1 34568174 . G A 72.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DP=48;Dels=0.00;FS=1.330;HRun=1;HaplotypeScore=12.5171;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.627;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-75.828;SBQD=3.028;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5999;VQSLOD=-8.9252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,11:48:99:102,0,853
|
|
1 34584470 rs1771376 G A 3034.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.01;SB=-1259.097;SBQD=0.487;SBpi=-0.9939;SBpiQual=-1.0059;VQSLOD=8.5523 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3068,238,0
|
|
1 34588963 rs705213 G A 521.90 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.352;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=9.468;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-199.703;SBQD=11.465;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.9080;VQSLOD=4.5298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:552,0,445
|
|
1 34605906 . C A 199.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.088;DP=71;Dels=0.00;FS=10.143;HRun=3;HaplotypeScore=11.2773;MQ=44.23;MQ0=0;MQRankSum=2.259;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-171.461;SBQD=5.111;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.6402;VQSLOD=-5.6960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:71:99:230,0,449
|
|
1 34612610 rs771140 C G 2153.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7128;MQ=57.34;MQ0=0;QD=33.13;SB=-965.741;SBQD=-0.440;SBpi=-0.8062;SBpiQual=-0.9000;VQSLOD=6.7636 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2186,175,0
|
|
1 34619647 rs4652989 T C 1331.83 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.125;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-616.148;SBQD=-0.582;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.3818;VQSLOD=6.6662 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:1362,0,1577
|
|
1 34624938 . C G 493.77 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.160;DP=61;Dels=0.00;FS=12.768;HRun=0;HaplotypeScore=54.1991;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=8.09;ReadPosRankSum=4.042;SB=-210.062;SBQD=4.888;SBpi=1.6537;SBpiQual=1.1357;VQSLOD=-65.9335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:524,0,467
|
|
1 34640222 rs61769842 T C 681.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.891;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.077;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.740;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-237.365;SBQD=2.184;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.8569;VQSLOD=5.6916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:712,0,862
|
|
1 34710494 rs12039745 C T 2618.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.87;SB=-903.828;SBQD=-0.203;SBpi=-1.5801;SBpiQual=-1.6974;VQSLOD=7.1553 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2652,205,0
|
|
1 34715604 rs1857102 A G 3121.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;QD=36.30;SB=-1225.454;SBQD=1.232;SBpi=1.0783;SBpiQual=1.1787;VQSLOD=7.8268 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3154,250,0
|
|
1 34726431 rs771403 C T 2317.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1174.638;SBQD=0.374;SBpi=0.1250;SBpiQual=0.1621;VQSLOD=8.3168 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2350,181,0
|
|
1 34727726 rs12039643 G T 1016.91 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.975;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.002;HRun=1;HaplotypeScore=1.9717;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.354;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-536.784;SBQD=-2.980;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1160;VQSLOD=2.7130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1047,0,1100
|
|
1 34741952 rs6425886 T C 882.47 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.452;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.137;HRun=0;HaplotypeScore=3.5237;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.238;SB=-480.354;SBQD=-0.431;SBpi=-0.3244;SBpiQual=0.0505;VQSLOD=4.7402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:912,0,1055
|
|
1 34743755 rs1414473 T C 961.51 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.113;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-435.592;SBQD=-6.853;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6541;VQSLOD=3.8106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:992,0,1180
|
|
1 34748660 . C T 714.51 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.524;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.513;SB=-342.720;SBQD=0.551;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.4190;VQSLOD=4.0561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:745,0,1098
|
|
1 34748754 rs9661105 C A 1097.41 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.885;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=10.838;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.903;QD=15.68;ReadPosRankSum=1.503;SB=-270.980;SBQD=10.039;SBpi=1.4368;SBpiQual=1.5704;VQSLOD=3.6526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1127,0,908
|
|
1 34750936 rs771390 T C 640.61 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.986;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.853;SB=-309.192;SBQD=3.998;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6095;VQSLOD=5.6964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:671,0,1022
|
|
1 34764719 rs4653019 T C 3105.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1594.576;SBQD=0.926;SBpi=-0.3198;SBpiQual=-0.2733;VQSLOD=8.7911 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3139,244,0
|
|
1 34797348 rs1361675 G A 900.81 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-497.097;SBQD=0.964;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1165;VQSLOD=4.6627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:931,0,962
|
|
1 34813681 rs1541216 T C 1989.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.98;MQ0=0;QD=32.62;SB=-951.946;SBQD=6.024;SBpi=-0.7042;SBpiQual=-0.2470;VQSLOD=8.5714 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2023,177,0
|
|
1 34858677 rs11806406 A T 1463.38 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.050;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.081;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=17.85;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-547.497;SBQD=-2.273;SBpi=0.9045;SBpiQual=1.0498;VQSLOD=5.3927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1493,0,1148
|
|
1 34858824 . A T 1054.38 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DP=84;Dels=0.00;FS=18.435;HRun=1;HaplotypeScore=2.7012;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.626;SB=-361.112;SBQD=-12.179;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-1.1143;VQSLOD=3.0809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:1084,0,1503
|
|
1 34892913 rs1883109 C A 1008.18 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.437;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.334;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-535.900;SBQD=1.402;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2408;VQSLOD=4.7607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:1038,0,738
|
|
1 34917272 rs12085339 C T 1227.54 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.461;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=11.359;HRun=2;HaplotypeScore=1.7256;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.315;QD=17.29;ReadPosRankSum=1.026;SB=-695.215;SBQD=-7.191;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1774;VQSLOD=3.3549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,44:71:99:1258,0,704
|
|
1 34936992 rs798075 T C 1101.61 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.027;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-525.278;SBQD=4.875;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.1641;VQSLOD=6.5318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1132,0,1245
|
|
1 34939967 rs798069 T C 2704.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=56.06;MQ0=0;QD=31.45;SB=-1194.190;SBQD=3.861;SBpi=-1.0783;SBpiQual=-0.7078;VQSLOD=7.3717 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2738,244,0
|
|
1 34952982 rs3845479 C T 1268.34 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.131;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9148;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-661.431;SBQD=-0.072;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1906;VQSLOD=4.8733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:1298,0,1478
|
|
1 34975630 rs12405661 C T 987.44 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.719;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.740;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.786;SB=-302.857;SBQD=8.389;SBpi=1.0290;SBpiQual=1.2447;VQSLOD=4.8404 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:1017,0,980
|
|
1 35062189 rs12566595 G A 2492.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1109.119;SBQD=0.375;SBpi=0.7171;SBpiQual=0.7611;VQSLOD=8.3018 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2525,199,0
|
|
1 35077937 rs10914992 T C 975.28 PASS AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=6.433;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=18.06;ReadPosRankSum=0.199;SB=-556.401;SBQD=-2.719;SBpi=-0.1622;SBpiQual=0.1489;VQSLOD=5.7643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,38:54:99:1005,0,410
|
|
1 35081779 rs766924 G A 1082.21 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.861;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.968;HRun=0;HaplotypeScore=2.2223;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.414;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-530.158;SBQD=-2.612;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.6382;VQSLOD=3.9319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1112,0,671
|
|
1 35088484 rs4653067 C A 1039.84 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.333;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.383;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-547.296;SBQD=5.465;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1484;VQSLOD=4.3049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1070,0,1026
|
|
1 35095609 rs10914996 A G 1188.35 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.310;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.867;HRun=1;HaplotypeScore=4.9388;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.422;SB=-491.750;SBQD=-5.837;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.7575;VQSLOD=3.7135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1218,0,1080
|
|
1 35120998 rs10915009 G A 1231.05 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.009;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9164;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=13.53;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-669.048;SBQD=0.094;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.3189;VQSLOD=4.3267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:91:99:1261,0,1430
|
|
1 35156730 rs34078625 C A 952.91 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=10.093;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=12.22;ReadPosRankSum=1.281;SB=-257.366;SBQD=-9.507;SBpi=-1.2330;SBpiQual=-1.5379;VQSLOD=4.6160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:983,0,1251
|
|
1 35161117 rs10915022 A G 2118.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=32.59;SB=-875.233;SBQD=-5.632;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.9513;VQSLOD=7.6271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2151,189,0
|
|
1 35184241 rs681767 C T 2552.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.52;MQ0=0;QD=34.49;SB=-1320.264;SBQD=1.704;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.2217;VQSLOD=7.7747 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2585,205,0
|
|
1 35189431 rs2064887 G A 806.04 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.309;HRun=0;HaplotypeScore=4.2939;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.427;SB=-280.745;SBQD=-5.438;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.9795;VQSLOD=3.5087 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:836,0,1369
|
|
1 35196801 rs6425913 T C 888.91 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.022;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=25.408;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.533;QD=13.47;ReadPosRankSum=1.559;SB=-169.969;SBQD=14.960;SBpi=1.5910;SBpiQual=1.7308;VQSLOD=3.3985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:919,0,718
|
|
1 35231649 rs34635773 C A 1137.37 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.200;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8237;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=14.40;ReadPosRankSum=-1.058;SB=-487.519;SBQD=2.268;SBpi=0.8387;SBpiQual=1.0261;VQSLOD=5.5013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1167,0,880
|
|
1 35232774 rs28725258 T C 1036.49 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.583;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.888;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.403;SB=-484.761;SBQD=0.653;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5033;VQSLOD=4.7754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1066,0,1199
|
|
1 35243219 rs4540615 T C 369.55 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.346;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.681;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=50.79;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-175.793;SBQD=-0.975;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.6913;VQSLOD=3.3279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:400,0,1274
|
|
1 35244226 rs55818495 T C 742.61 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.021;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.008;SB=-346.836;SBQD=-1.726;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3805;VQSLOD=5.4177 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:773,0,725
|
|
1 35248819 rs55889633 A C 491.95 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.058;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.094;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.854;SB=-307.581;SBQD=-1.362;SBpi=-0.2041;SBpiQual=0.2680;VQSLOD=3.6299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:522,0,832
|
|
1 35255011 rs6700999 C G 1880.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.30;MQ0=0;QD=31.34;SB=-811.711;SBQD=-0.278;SBpi=1.0328;SBpiQual=1.0952;VQSLOD=6.9893 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1914,153,0
|
|
1 35259961 rs1764390 A G 865.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6274;MQ=59.32;MQ0=0;QD=25.45;SB=-590.773;SBQD=-1.241;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1560;VQSLOD=4.2510 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:72.23:898,72,0
|
|
1 35268029 . G C 1377.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=119;Dels=0.00;FS=6.274;HRun=0;HaplotypeScore=2.6624;MQ=38.06;MQ0=40;MQRankSum=7.026;QD=11.58;ReadPosRankSum=3.713;SB=-544.056;SBQD=-0.004;SBpi=0.6804;SBpiQual=1.0446;VQSLOD=-0.4269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,53:119:46.88:1408,0,47
|
|
1 35311227 rs10908290 A G 1503.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.2770;MQ=59.22;MQ0=0;QD=27.85;SB=-768.669;SBQD=-9.485;SBpi=0.1361;SBpiQual=-0.3978;VQSLOD=4.0739 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1537,135,0
|
|
1 35340648 rs4653112 A G 1671.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.82;SB=-786.640;SBQD=-0.501;SBpi=0.4330;SBpiQual=0.4110;VQSLOD=9.2268 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1705,138,0
|
|
1 35341982 rs7541937 T G 2100.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.07;MQ0=0;QD=30.90;SB=-1019.967;SBQD=1.655;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-0.7370;VQSLOD=7.6277 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2134,175,0
|
|
1 35346488 . C T 1317.62 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.096;DP=80;Dels=0.00;FS=13.840;HRun=1;HaplotypeScore=1.9907;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=16.47;ReadPosRankSum=0.496;SB=-384.188;SBQD=10.411;SBpi=1.2344;SBpiQual=1.4057;VQSLOD=2.9795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1348,0,1221
|
|
1 35355331 rs12119571 G A 1384.22 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.539;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.641;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=16.48;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-536.592;SBQD=-5.900;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.8594;VQSLOD=4.5597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1414,0,1298
|
|
1 35373888 rs6425924 A G 2757.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1268.851;SBQD=0.192;SBpi=-0.6268;SBpiQual=-0.6311;VQSLOD=7.0356 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2790,220,0
|
|
1 35378578 rs16837122 C G 680.12 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.551;HRun=0;HaplotypeScore=2.5686;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.903;SB=-212.600;SBQD=4.301;SBpi=1.0206;SBpiQual=1.0393;VQSLOD=4.4300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:710,0,719
|
|
1 35546991 rs12048974 T G 1999.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.10;MQ0=0;QD=27.77;SB=-1197.232;SBQD=-6.179;SBpi=0.1179;SBpiQual=-0.2383;VQSLOD=5.9281 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2032,165,0
|
|
1 35548439 rs12733728 A G 495.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.85;MQ0=0;QD=26.06;SB=-39.321;SBQD=15.519;SBpi=1.9500;SBpiQual=1.6783;VQSLOD=2.4121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:51.09:528,51,0
|
|
1 35561510 rs2101973 G A 2530.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;QD=34.20;SB=-868.753;SBQD=-2.530;SBpi=-1.5112;SBpiQual=-1.6382;VQSLOD=7.1049 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2564,202,0
|
|
1 35567194 rs11264066 C T 1897.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.25;MQ0=0;QD=33.88;SB=-720.925;SBQD=3.157;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.3051;VQSLOD=4.7850 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1930,156,0
|
|
1 35603012 rs3002675 A G 2052.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.96;MQ0=0;QD=33.10;SB=-991.510;SBQD=2.252;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.4810;VQSLOD=7.7039 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2085,172,0
|
|
1 35619907 rs2878436 G A 1971.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.07;MQ0=1;QD=32.32;SB=-1068.479;SBQD=-0.270;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.2007;VQSLOD=8.0975 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:2004,156,0
|
|
1 35627169 rs12754183 G T 114.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.31;MQ0=0;QD=14.27;SB=-0.007;SBQD=-18.430;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5626;VQSLOD=4.9303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:15.02:147,15,0
|
|
1 35630298 rs11589697 G A 1143.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.26;MQ0=0;QD=27.89;SB=-612.595;SBQD=0.058;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.7179;VQSLOD=5.8175 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93.28:1176,93,0
|
|
1 35813716 rs486871 A G 2208.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=32.01;SB=-1082.636;SBQD=-6.427;SBpi=-0.0602;SBpiQual=-0.5602;VQSLOD=7.6536 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2242,193,0
|
|
1 35929008 rs11583031 A T 673.04 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.469;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.148;HRun=1;HaplotypeScore=4.4659;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.270;SB=-374.218;SBQD=5.612;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2820;VQSLOD=2.1457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:703,0,975
|
|
1 36031420 . C T 598.01 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.782;DP=45;Dels=0.00;FS=4.591;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-186.092;SBQD=6.411;SBpi=1.0660;SBpiQual=1.1616;VQSLOD=3.8089 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:628,0,552
|
|
1 36097587 rs569939 A C 1902.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.90;SB=-968.744;SBQD=2.833;SBpi=-0.0687;SBpiQual=0.0666;VQSLOD=8.5868 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1936,153,0
|
|
1 36124269 rs796994 T C 634 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=21.13;SB=-39.321;SBQD=-28.654;SBpi=-2.3735;SBpiQual=-2.3872;VQSLOD=1.9315 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54.16:667,54,0
|
|
1 36146427 rs600650 A G 1841.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.1874;MQ=59.62;MQ0=0;QD=30.19;SB=-635.736;SBQD=-5.619;SBpi=-1.3444;SBpiQual=-1.7086;VQSLOD=3.4413 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1874,159,0
|
|
1 36156432 rs7367713 C T 2368.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.24;MQ0=0;QD=35.36;SB=-769.838;SBQD=-0.862;SBpi=-1.6493;SBpiQual=-1.8509;VQSLOD=7.5241 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2402,187,0
|
|
1 36170671 rs10737168 G A 450.21 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.726;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=10.936;HRun=1;HaplotypeScore=29.8737;MQ=50.49;MQ0=4;MQRankSum=3.475;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-447.717;SBQD=-10.151;SBpi=0.1715;SBpiQual=-0.0874;VQSLOD=-20.5620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:480,0,153
|
|
1 36254813 rs11264206 C T 2678.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=33.91;ReadPosRankSum=0.153;SB=-1245.357;SBQD=1.749;SBpi=0.6794;SBpiQual=0.7160;VQSLOD=7.2911 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2712,211,0
|
|
1 36284255 rs28403993 A G 919.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.413;HRun=1;HaplotypeScore=14.5271;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=1.844;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-402.406;SBQD=6.759;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.9008;VQSLOD=-1.6687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:949,0,316
|
|
1 36314199 rs582845 G A 2442.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.40;SB=-1090.992;SBQD=0.215;SBpi=-0.8901;SBpiQual=-0.9329;VQSLOD=7.9016 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2475,193,0
|
|
1 36451061 rs17342977 G A 817.07 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.482;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=6.481;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-204.180;SBQD=7.847;SBpi=1.3470;SBpiQual=1.4854;VQSLOD=4.3634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:81:99:847,0,1417
|
|
1 36501137 rs274735 G A 2441.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.27;MQ0=0;QD=32.99;SB=-930.744;SBQD=-0.097;SBpi=-1.3950;SBpiQual=-1.5059;VQSLOD=6.5764 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2474,196,0
|
|
1 36565999 rs4652900 A G 2153.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=35.89;SB=-833.724;SBQD=2.657;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.0965;VQSLOD=8.4905 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2186,175,0
|
|
1 36571920 rs96067 G A 1547.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=56.78;MQ0=0;QD=25.79;SB=-882.914;SBQD=-1.012;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.6005;VQSLOD=4.9391 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1581,129,0
|
|
1 36616338 rs55714550 G A 759.45 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.855;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=10.594;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.090;SB=-208.612;SBQD=10.353;SBpi=1.4606;SBpiQual=1.5564;VQSLOD=5.0615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:789,0,403
|
|
1 36648011 rs272815 T C 800.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5700;MQ=44.01;MQ0=0;QD=25.84;SB=-256.171;SBQD=5.453;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.2106;VQSLOD=4.3585 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:75.16:834,75,0
|
|
1 36734671 rs4501803 A G 2660.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.86;MQ0=0;QD=30.93;SB=-1537.781;SBQD=2.505;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1769;VQSLOD=6.5522 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2693,217,0
|
|
1 36757861 rs6693193 G T 406.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.19;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;DB;DP=47;Dels=0.02;FS=5.260;HRun=3;HaplotypeScore=6.7463;MQ=45.56;MQ0=0;MQRankSum=1.787;QD=8.47;ReadPosRankSum=2.796;SB=-418.686;SBQD=-0.555;SBpi=0.9733;SBpiQual=0.9486;VQSLOD=0.3381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,38:47:15.76:437,0,16
|
|
1 36775745 rs10908295 C T 1312.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.99;MQ0=0;QD=28.53;SB=-806.222;SBQD=-3.614;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1221;VQSLOD=5.9487 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1345,108,0
|
|
1 36782131 rs10796880 T C 1431.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.58;MQ0=0;QD=25.56;SB=-876.194;SBQD=6.704;SBpi=-0.1336;SBpiQual=0.3476;VQSLOD=4.0715 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1464,126,0
|
|
1 36861307 rs12239066 A G 509.31 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.552;HRun=3;HaplotypeScore=1.4679;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-311.972;SBQD=1.729;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.4053;VQSLOD=4.1221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:539,0,646
|
|
1 36864702 rs4652912 T C 1078.01 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.733;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=2.427;QD=13.65;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-450.959;SBQD=5.214;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7359;VQSLOD=4.8522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1108,0,1260
|
|
1 36866170 rs61770998 G A 633.59 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.309;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.12;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-344.181;SBQD=0.069;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.4558;VQSLOD=5.7083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:664,0,411
|
|
1 36872665 rs12070076 T C 1181.49 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=0;HaplotypeScore=1.7753;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-572.627;SBQD=-2.079;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2660;VQSLOD=5.5096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:81:99:1211,0,1244
|
|
1 36895589 rs55850105 G C 925.67 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.162;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.909;HRun=1;HaplotypeScore=1.9981;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.294;SB=-381.451;SBQD=-0.018;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.9072;VQSLOD=4.9167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:956,0,477
|
|
1 36911913 rs6662907 T C 634.01 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.951;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=12.68;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-308.561;SBQD=4.136;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.7464;VQSLOD=4.9368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:664,0,571
|
|
1 37088984 rs12133277 G A 780.55 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.512;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=6.230;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=15.30;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-251.194;SBQD=8.293;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.1231;VQSLOD=4.5250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:811,0,600
|
|
1 37089923 rs7532617 G T 799.41 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.951;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.098;HRun=1;HaplotypeScore=3.7406;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=13.78;ReadPosRankSum=-1.857;SB=-312.000;SBQD=-5.919;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.2057;VQSLOD=3.0900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:829,0,644
|
|
1 37098984 rs6691368 G A 1042.90 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.516;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.892;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.466;SB=-555.994;SBQD=-3.941;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.3444;VQSLOD=5.6740 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1073,0,1026
|
|
1 37114102 rs12719989 C T 1213.90 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.198;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.006;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.421;QD=18.39;ReadPosRankSum=0.873;SB=-461.545;SBQD=-2.374;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-1.0766;VQSLOD=3.1879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:1244,0,788
|
|
1 37115098 rs56277360 A T 912.50 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.654;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=17.22;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-398.660;SBQD=-0.914;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.5156;VQSLOD=5.5627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:942,0,700
|
|
1 37140923 rs56280341 C T 734.55 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.717;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.925;HRun=1;HaplotypeScore=2.8928;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.027;SB=-345.675;SBQD=-4.895;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.3370;VQSLOD=4.2362 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:765,0,801
|
|
1 37141174 rs7528341 C T 822.82 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.452;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.592;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-304.233;SBQD=6.008;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.9660;VQSLOD=4.3857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:853,0,1097
|
|
1 37150043 rs219006 G T 1470.01 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.263;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=18.61;ReadPosRankSum=0.411;SB=-748.192;SBQD=-0.369;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0927;VQSLOD=3.6055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1500,0,956
|
|
1 37162352 rs589249 A G 722.38 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-354.428;SBQD=2.861;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.4832;VQSLOD=4.6323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:752,0,790
|
|
1 37167333 rs218987 G T 925.03 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.120;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-419.473;SBQD=6.061;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.7092;VQSLOD=4.7772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:955,0,888
|
|
1 37179381 rs1848111 G A 1032.09 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.832;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.092;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.617;SB=-541.325;SBQD=3.219;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.5172;VQSLOD=5.9205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:69:99:1062,0,705
|
|
1 37185514 rs1506772 G T 629.99 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.441;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.379;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-339.685;SBQD=3.162;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2782;VQSLOD=5.4902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:660,0,680
|
|
1 37210112 rs494022 G T 1005.81 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.889;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.570;HRun=0;HaplotypeScore=1.8401;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.719;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.360;SB=-315.963;SBQD=-5.113;SBpi=-1.2677;SBpiQual=-1.3881;VQSLOD=4.9448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:1036,0,923
|
|
1 37229092 rs2135595 G A 557.89 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.884;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.671;HRun=5;HaplotypeScore=1.9661;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.318;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.776;SB=-450.548;SBQD=-5.667;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2895;VQSLOD=3.3231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:588,0,1197
|
|
1 37332937 rs553719 T C 2568.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.68;SB=-1225.797;SBQD=-0.930;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.4321;VQSLOD=8.6347 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2602,205,0
|
|
1 37388991 rs518463 C G 1640.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96;SB=-939.676;SBQD=0.118;SBpi=-0.2060;SBpiQual=-0.1942;VQSLOD=7.4984 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1674,132,0
|
|
1 37391932 rs6697080 T C 2043.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=29.62;SB=-1075.178;SBQD=5.403;SBpi=-0.6621;SBpiQual=-0.2246;VQSLOD=6.5227 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2077,183,0
|
|
1 37399339 rs1334800 T C 138.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=1.93;SB=-1216.483;SBQD=0.546;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3369;VQSLOD=-0.7486 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:18.01:172,18,0
|
|
1 37423077 rs9660865 G C 500.65 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=6.411;HRun=0;HaplotypeScore=40.7942;MQ=34.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.241;SB=-250.057;SBQD=-3.708;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.4866;VQSLOD=-36.3536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:79:99:531,0,418
|
|
1 37432180 rs6656317 G A 861.48 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.762;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.900;HRun=2;HaplotypeScore=2.3565;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=11.19;ReadPosRankSum=-3.304;SB=-498.185;SBQD=-2.665;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2664;VQSLOD=2.9188 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:891,0,1275
|
|
1 37433536 . C T 915.35 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.348;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.571;SB=-425.981;SBQD=-0.093;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5363;VQSLOD=3.3589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:945,0,1105
|
|
1 37435147 rs697923 A G 865.85 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.733;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.361;HRun=1;HaplotypeScore=1.7128;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.878;SB=-337.291;SBQD=2.002;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.5566;VQSLOD=4.5628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:896,0,1123
|
|
1 37447748 rs539308 A T 669.99 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.325;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.184;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-415.370;SBQD=2.496;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2819;VQSLOD=5.1095 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:700,0,820
|
|
1 37473994 rs10157587 G T 675.61 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.504;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=8.660;HRun=1;HaplotypeScore=1.8625;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-290.083;SBQD=-7.811;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7836;VQSLOD=4.5322 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:706,0,989
|
|
1 37476250 rs12085194 G A 942.90 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.568;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=5.598;HRun=1;HaplotypeScore=2.3696;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=13.47;ReadPosRankSum=-1.919;SB=-433.876;SBQD=5.322;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-0.9877;VQSLOD=3.3628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:973,0,841
|
|
1 37509872 rs4653239 C G 571.27 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.388;HRun=2;HaplotypeScore=1.8907;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.480;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-288.421;SBQD=-6.127;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.2866;VQSLOD=4.4195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:601,0,555
|
|
1 37522641 . G T 68.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DP=67;Dels=0.01;FS=0.939;HRun=3;HaplotypeScore=7.7629;MQ=49.75;MQ0=0;MQRankSum=-4.797;QD=1.01;ReadPosRankSum=-2.377;SB=-365.484;SBQD=1.220;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.4557;VQSLOD=-9.8773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:98.90:99,0,893
|
|
1 37529086 rs697383 G C 654.38 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-289.913;SBQD=-1.260;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.9508;VQSLOD=4.4651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:684,0,1075
|
|
1 37533178 rs7551266 T G 751.60 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.242;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-369.272;SBQD=-3.823;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.1173;VQSLOD=4.4544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:782,0,787
|
|
1 37537293 rs6426007 C T 2118.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=59.39;MQ0=0;QD=30.70;SB=-1083.471;SBQD=-4.170;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.5622;VQSLOD=6.8085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2151,175,0
|
|
1 37559724 rs12058930 C T 868.94 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.256;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.046;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-489.555;SBQD=-3.914;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2499;VQSLOD=5.2680 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:899,0,1149
|
|
1 37560090 rs11263973 G A 951.07 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.132;QD=17.61;ReadPosRankSum=0.775;SB=-407.402;SBQD=-0.575;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.5824;VQSLOD=4.3084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:981,0,701
|
|
1 37571804 rs697925 T C 803.02 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.052;HRun=2;HaplotypeScore=3.8065;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.488;SB=-353.786;SBQD=1.788;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.5818;VQSLOD=2.7359 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:56:99:833,0,667
|
|
1 37574737 rs56026350 G T 1098.95 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.600;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=15.70;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-534.911;SBQD=-0.024;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4613;VQSLOD=5.3624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1129,0,879
|
|
1 37691449 rs6426013 T G 3170.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=37.30;SB=-1499.791;SBQD=-0.329;SBpi=0.3796;SBpiQual=0.3578;VQSLOD=8.7730 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3203,253,0
|
|
1 37693988 rs6700777 T C 3085.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1536.249;SBQD=0.399;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.4800;VQSLOD=8.5867 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3119,244,0
|
|
1 37694880 rs6689047 C T 2700.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.50;SB=-1341.521;SBQD=0.308;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.2656;VQSLOD=9.0274 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2734,217,0
|
|
1 37700869 rs4653268 A C 1247.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7375;MQ=57.73;MQ0=0;QD=20.12;SB=-602.238;SBQD=-3.663;SBpi=-0.6350;SBpiQual=-0.6618;VQSLOD=2.7059 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1281,123,0
|
|
1 37742356 rs302002 T C 2250.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=28.13;SB=-1468.514;SBQD=-0.238;SBpi=0.1118;SBpiQual=0.0808;VQSLOD=6.0938 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2283,184,0
|
|
1 37754547 rs640542 A G 2955.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=33.97;SB=-1491.413;SBQD=1.940;SBpi=-0.4825;SBpiQual=-0.3305;VQSLOD=8.8222 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2989,241,0
|
|
1 37804796 rs11264027 G T 667.58 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.288;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.550;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.416;SB=-199.482;SBQD=-7.661;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-1.3845;VQSLOD=4.9189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:698,0,1058
|
|
1 37826757 rs12119148 C T 1326.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.86;SB=-994.011;SBQD=1.787;SBpi=0.1313;SBpiQual=0.2490;VQSLOD=4.1807 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1359,108,0
|
|
1 37831635 rs2143412 C T 2352.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.09;MQ0=0;QD=33.14;SB=-1149.576;SBQD=-0.609;SBpi=-0.4781;SBpiQual=-0.6122;VQSLOD=6.8474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2386,190,0
|
|
1 37862765 rs1963691 C T 937.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.98;MQ0=0;QD=26.03;SB=-448.135;SBQD=-1.276;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.8474;VQSLOD=4.1169 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:84.20:970,84,0
|
|
1 37871985 rs2811620 C T 2492.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.11;SB=-1163.794;SBQD=0.100;SBpi=-0.6527;SBpiQual=-0.6707;VQSLOD=9.1148 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2526,196,0
|
|
1 37884829 rs2811634 A G 1695.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7297;MQ=59.61;MQ0=0;QD=28.73;SB=-873.596;SBQD=-3.145;SBpi=-0.1953;SBpiQual=-0.4661;VQSLOD=5.6090 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1728,150,0
|
|
1 37896309 rs12049439 G C 919.84 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=0;HaplotypeScore=2.9838;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=12.60;ReadPosRankSum=1.735;SB=-585.557;SBQD=-0.319;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.2004;VQSLOD=4.0220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:73:99:950,0,784
|
|
1 37896536 rs4471229 A G 1817.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=32.46;SB=-816.505;SBQD=-0.962;SBpi=-0.8018;SBpiQual=-0.8647;VQSLOD=6.9928 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1851,147,0
|
|
1 37921082 rs2660570 A G 627.30 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.174;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=16.565;HRun=1;HaplotypeScore=3.4136;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-465.172;SBQD=4.515;SBpi=0.5754;SBpiQual=-0.0171;VQSLOD=2.5854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:657,0,736
|
|
1 37921596 rs2492298 G A 871.11 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.857;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.112;HRun=0;HaplotypeScore=1.7335;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.396;SB=-288.093;SBQD=4.114;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.2667;VQSLOD=4.1583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:901,0,661
|
|
1 37929005 rs2811641 G A 478.37 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.542;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=14.013;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=54.10;MQ0=2;MQRankSum=-0.424;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-123.809;SBQD=-12.612;SBpi=-1.2792;SBpiQual=-1.3484;VQSLOD=2.9495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:508,0,698
|
|
1 37930001 rs2660562 C T 568.93 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.068;SB=-297.362;SBQD=0.144;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.1628;VQSLOD=5.1758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:599,0,1043
|
|
1 37931095 rs2783726 G C 906.61 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.554;HRun=0;HaplotypeScore=2.7431;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=15.11;ReadPosRankSum=1.335;SB=-488.470;SBQD=4.303;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0598;VQSLOD=4.5756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:937,0,767
|
|
1 37934725 rs2811645 C T 255.20 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.111;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.678;HRun=0;HaplotypeScore=2.9313;MQ=44.21;MQ0=0;MQRankSum=2.055;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.382;SB=-119.103;SBQD=-2.117;SBpi=0.6934;SBpiQual=0.7781;VQSLOD=2.9508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:285,0,154
|
|
1 38045125 rs10752599 G C 598.31 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.113;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.673;SB=-416.969;SBQD=2.215;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0324;VQSLOD=4.3502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:628,0,920
|
|
1 38049908 rs4653303 G A 735.07 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.434;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.039;SB=-353.647;SBQD=0.123;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.1717;VQSLOD=5.3497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:765,0,1054
|
|
1 38050464 rs12021739 T C 547.10 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=5.699;HRun=0;HaplotypeScore=1.9312;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=11.40;ReadPosRankSum=1.107;SB=-47.945;SBQD=-11.920;SBpi=-1.9188;SBpiQual=-1.9901;VQSLOD=2.9431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:577,0,788
|
|
1 38052061 rs11264074 A G 2860.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=28.89;SB=-1670.545;SBQD=1.928;SBpi=-0.5528;SBpiQual=-0.4204;VQSLOD=6.4663 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2893,232,0
|
|
1 38065390 rs4653306 C T 988.19 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.999;HRun=0;HaplotypeScore=1.8808;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-440.854;SBQD=3.342;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5864;VQSLOD=4.7324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:1018,0,1228
|
|
1 38097790 rs4233214 C T 1463.08 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=9.890;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=19.00;ReadPosRankSum=1.314;SB=-515.523;SBQD=-8.246;SBpi=-1.0321;SBpiQual=-1.1601;VQSLOD=5.0096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1493,0,961
|
|
1 38104194 rs12120061 C A 810.93 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.362;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.970;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.901;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-368.204;SBQD=1.759;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.6220;VQSLOD=3.4252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:841,0,1085
|
|
1 38138079 rs4653318 T C 2329.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.91;SB=-1306.393;SBQD=0.189;SBpi=-0.0585;SBpiQual=-0.0428;VQSLOD=6.6067 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2362,193,0
|
|
1 38152752 . G T 526.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.185;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.449;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.087;SB=-310.378;SBQD=-2.648;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.2745;VQSLOD=-0.6536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:557,0,236
|
|
1 38157654 rs566040 T C 740.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.20;MQ0=0;QD=28.49;SB=-109.640;SBQD=16.275;SBpi=1.7650;SBpiQual=2.0513;VQSLOD=4.0967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:63.19:774,63,0
|
|
1 38188195 rs6426030 A G 527.58 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.427;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=2.500;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.391;SB=-321.571;SBQD=3.227;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0709;VQSLOD=3.3693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:558,0,930
|
|
1 38195373 rs35709624 G A 903.56 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.828;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=15.85;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-356.835;SBQD=-0.298;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7640;VQSLOD=5.4046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:934,0,756
|
|
1 38201353 rs631453 A G 497.39 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.063;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.437;SB=-214.716;SBQD=-0.799;SBpi=0.7638;SBpiQual=0.4937;VQSLOD=3.4496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:527,0,975
|
|
1 38203359 rs545244 G C 908.48 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.468;SB=-492.143;SBQD=-0.307;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3782;VQSLOD=5.6793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:86:99:938,0,1633
|
|
1 38207563 rs649593 C T 762.75 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.112;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.182;HRun=0;HaplotypeScore=4.1225;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.454;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-348.952;SBQD=-2.477;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.7544;VQSLOD=3.3315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:793,0,814
|
|
1 38210108 rs601936 T C 863.91 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.410;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=58.00;MQ0=1;MQRankSum=1.119;QD=11.83;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-389.055;SBQD=-6.888;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.3682;VQSLOD=5.2464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:894,0,1126
|
|
1 38215277 rs650900 G A 701.27 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.275;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=8.915;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=11.31;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-308.824;SBQD=-7.833;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.8429;VQSLOD=5.0920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:731,0,799
|
|
1 38217707 rs575454 C T 844.69 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.887;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=13.20;ReadPosRankSum=-1.833;SB=-415.066;SBQD=-0.064;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3678;VQSLOD=4.8181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:875,0,787
|
|
1 38257345 rs617099 T A 900.39 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=15.217;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.030;SB=-301.703;SBQD=11.403;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.9783;VQSLOD=4.5637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:930,0,1159
|
|
1 38293992 rs9329568 C T 2096.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.5065;MQ=59.32;MQ0=0;QD=30.84;SB=-1206.364;SBQD=-2.058;SBpi=0.2425;SBpiQual=0.0501;VQSLOD=3.5427 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2130,175,0
|
|
1 38338795 rs11488569 A G 1008.95 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.301;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=7.826;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.515;SB=-526.101;SBQD=2.679;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.1087;VQSLOD=6.4194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:1039,0,1035
|
|
1 38404809 rs12025582 C T 1524.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.26;MQ0=0;QD=31.75;SB=-810.503;SBQD=-4.942;SBpi=0.4330;SBpiQual=0.2521;VQSLOD=7.5681 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1557,126,0
|
|
1 38407014 rs28435150 C T 996.96 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.544;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=19.55;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-468.693;SBQD=0.920;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.2936;VQSLOD=5.5468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:1027,0,404
|
|
1 38431848 rs28499287 T C 1763.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.44;MQ0=0;QD=30.94;SB=-307.167;SBQD=-4.655;SBpi=-2.5828;SBpiQual=-2.7194;VQSLOD=3.6201 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1797,141,0
|
|
1 38434306 rs28428561 G A 1178.46 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.029;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.834;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-606.213;SBQD=-1.896;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1495;VQSLOD=6.4202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1208,0,1321
|
|
1 38443479 rs10890227 T C 1466.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;QD=26.66;SB=-786.341;SBQD=7.237;SBpi=0.0674;SBpiQual=0.5000;VQSLOD=5.8102 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1499,132,0
|
|
1 38452755 rs6688001 A G 1447.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.46;MQ0=0;QD=27.84;SB=-890.142;SBQD=-2.887;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2296;VQSLOD=4.8724 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1480,123,0
|
|
1 38461319 rs61776719 C A 834.80 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.524;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.699;HRun=1;HaplotypeScore=4.3510;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-425.042;SBQD=4.810;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2642;VQSLOD=3.1754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:865,0,764
|
|
1 38528340 rs4992964 G T 44.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.050;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=7.324;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=54.45;MQ0=1;MQRankSum=0.433;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.548;SB=-30.432;SBQD=3.459;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.8120;VQSLOD=0.9797 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,5:31:74.32:74,0,340
|
|
1 38559533 rs544700 G A 2759.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.65;SB=-1489.435;SBQD=-2.998;SBpi=0.1104;SBpiQual=-0.1028;VQSLOD=8.6694 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:2792,226,0
|
|
1 38577967 rs528293 G A 1018.17 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.957;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.961;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.370;SB=-429.971;SBQD=-6.854;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.9427;VQSLOD=4.6141 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1048,0,1194
|
|
1 38585916 . T G 59.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.844;DP=41;Dels=0.00;FS=49.755;HRun=2;HaplotypeScore=2.6583;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.084;QD=1.46;ReadPosRankSum=-4.639;SB=51.160;SBQD=12.367;SBpi=2.2361;SBpiQual=1.8005;VQSLOD=-9.4603 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:89.69:90,0,629
|
|
1 38593021 rs898984 T A 1728.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.73;MQ0=0;QD=32.00;SB=-976.409;SBQD=2.793;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.1185;VQSLOD=7.6779 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1761,138,0
|
|
1 38625933 rs55659955 T C 1033.86 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.994;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.421;SB=-395.375;SBQD=3.428;SBpi=0.9733;SBpiQual=1.0340;VQSLOD=5.0022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1064,0,1345
|
|
1 38630389 rs12142773 T C 2745.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=34.32;SB=-1418.869;SBQD=0.402;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.3964;VQSLOD=8.3174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2779,217,0
|
|
1 38636712 rs12138920 G A 1393.94 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.825;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.442;SB=-782.917;SBQD=-1.956;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1595;VQSLOD=5.2083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,50:85:99:1424,0,1055
|
|
1 38645997 rs718456 G C 2663.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.59;SB=-1294.911;SBQD=-0.742;SBpi=-0.3989;SBpiQual=-0.4270;VQSLOD=8.8517 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2696,214,0
|
|
1 38646616 rs7518562 A G 1584.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34;SB=-848.787;SBQD=-7.416;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.0719;VQSLOD=6.6315 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1617,144,0
|
|
1 38662910 rs1020910 G T 2442.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9700;MQ=57.40;MQ0=0;QD=32.57;SB=-1013.516;SBQD=4.013;SBpi=0.8660;SBpiQual=1.0471;VQSLOD=4.2937 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2476,199,0
|
|
1 38667883 rs2126584 C T 1259.80 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=17.50;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-539.379;SBQD=-0.662;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.7920;VQSLOD=4.8522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1290,0,852
|
|
1 38711008 rs2637880 T C 2160.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.17;MQ0=0;QD=33.76;SB=-340.202;SBQD=15.656;SBpi=2.2500;SBpiQual=2.8304;VQSLOD=6.2858 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2194,178,0
|
|
1 38718348 rs4970579 T G 2227.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.75;SB=-1002.032;SBQD=0.432;SBpi=0.9701;SBpiQual=1.0425;VQSLOD=7.2116 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2260,178,0
|
|
1 38727676 rs967095 C T 1412.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;QD=30.05;SB=-633.702;SBQD=1.565;SBpi=0.9481;SBpiQual=1.0589;VQSLOD=6.1715 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1446,114,0
|
|
1 38733509 . T C 376.15 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;DP=44;Dels=0.00;FS=4.561;HRun=4;HaplotypeScore=3.4813;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.481;SB=-273.521;SBQD=-7.769;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2013;VQSLOD=1.6624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:406,0,528
|
|
1 38734768 rs10789332 A G 1008.41 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=6.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=16.01;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-483.051;SBQD=7.830;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3764;VQSLOD=6.2847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:1038,0,750
|
|
1 38752641 rs1778049 T C 433.29 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.396;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.672;HRun=6;HaplotypeScore=0.9958;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.836;SB=-205.518;SBQD=6.879;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.6374;VQSLOD=3.3589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:463,0,594
|
|
1 38760602 rs2840558 A G 2449.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.34;MQ0=0;QD=35.00;SB=-1278.799;SBQD=0.202;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.0711;VQSLOD=6.9584 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2483,199,0
|
|
1 38793125 . C G 557.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.169;DP=58;Dels=0.00;FS=12.616;HRun=0;HaplotypeScore=27.9405;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.200;SB=-271.610;SBQD=-9.637;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.4452;VQSLOD=-15.6868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:588,0,776
|
|
1 38805929 rs11210569 T C 560.18 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.960;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.222;HRun=1;HaplotypeScore=4.6414;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=1.910;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.646;SB=-248.628;SBQD=5.056;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.5868;VQSLOD=3.3552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:590,0,1101
|
|
1 38807594 rs4622034 A T 899.97 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.565;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.978;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-356.626;SBQD=0.765;SBpi=0.9574;SBpiQual=0.9105;VQSLOD=5.2672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:930,0,1030
|
|
1 38832750 . G T 1207.49 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.023;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.353;SB=-620.072;SBQD=-0.265;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3757;VQSLOD=4.3180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1237,0,1053
|
|
1 38835840 rs56325055 G A 587.02 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.077;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=10.676;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=2.082;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.729;SB=-365.467;SBQD=-6.149;SBpi=-0.1000;SBpiQual=0.0925;VQSLOD=4.8792 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:617,0,680
|
|
1 38847789 rs56095005 C T 669.77 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.460;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=10.15;ReadPosRankSum=2.339;SB=-277.571;SBQD=-4.402;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.5086;VQSLOD=5.0602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:700,0,1251
|
|
1 38850339 rs4266846 A C 2125.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=33.74;SB=-1017.509;SBQD=0.386;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.4667;VQSLOD=8.0794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2159,175,0
|
|
1 38876866 rs11806392 A G 558.74 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.012;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.994;HRun=0;HaplotypeScore=1.5717;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.052;SB=-286.681;SBQD=-3.834;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.5580;VQSLOD=4.2563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:589,0,1470
|
|
1 38880715 rs6678251 T C 975.96 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.448;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.805;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.329;SB=-481.110;SBQD=3.019;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2652;VQSLOD=6.3383 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:1006,0,1566
|
|
1 38886729 rs12087981 T C 919.40 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.661;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.920;HRun=0;HaplotypeScore=4.3540;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=13.32;ReadPosRankSum=1.125;SB=-444.578;SBQD=1.223;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.5390;VQSLOD=3.8909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:949,0,963
|
|
1 38891070 rs9700543 G A 322.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.950;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.994;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=41.59;MQ0=2;MQRankSum=-6.514;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.593;SB=-159.083;SBQD=-5.354;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3348;VQSLOD=-5.9530 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:353,0,808
|
|
1 38892804 rs10890226 G A 746.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.065;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=9.192;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=43.82;MQ0=3;MQRankSum=-5.555;QD=10.81;ReadPosRankSum=1.408;SB=-266.612;SBQD=-9.929;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.2101;VQSLOD=-1.9009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:776,0,728
|
|
1 38893212 rs12409095 G T 100.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.174;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=44.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.368;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-143.954;SBQD=-0.789;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.1565;VQSLOD=-3.4164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:131,0,714
|
|
1 38893238 rs4262505 T C 283.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.194;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.527;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=47.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.095;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-209.858;SBQD=-1.135;SBpi=-0.3000;SBpiQual=0.1077;VQSLOD=0.8927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:313,0,806
|
|
1 38900643 rs7530233 G A 975.38 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.279;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.667;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=13.18;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-414.304;SBQD=-4.507;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.6176;VQSLOD=6.4759 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:1005,0,1065
|
|
1 38904001 rs7534508 C T 1245.32 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.240;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=18.59;ReadPosRankSum=0.286;SB=-643.440;SBQD=0.192;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0589;VQSLOD=4.6387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:1275,0,706
|
|
1 38904027 rs7525554 G A 1230.13 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.097;HRun=0;HaplotypeScore=2.6571;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=16.19;ReadPosRankSum=0.063;SB=-590.083;SBQD=3.635;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.3781;VQSLOD=3.9336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:1260,0,980
|
|
1 38909596 rs945337 G T 1159.89 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.585;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.182;SB=-564.068;SBQD=-0.377;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.4522;VQSLOD=6.0124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1190,0,1042
|
|
1 38929399 rs6686723 A C 937.37 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.459;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.881;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.995;QD=12.67;ReadPosRankSum=1.222;SB=-489.760;SBQD=2.057;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0570;VQSLOD=2.5093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:967,0,1188
|
|
1 38929637 rs11581363 T C 803.53 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.515;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.143;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.685;SB=-304.013;SBQD=-1.590;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-0.8479;VQSLOD=4.2318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:834,0,907
|
|
1 38945389 rs60263579 T C 1085.21 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.842;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=2.387;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-583.324;SBQD=-0.257;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1288;VQSLOD=4.5992 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:1115,0,1666
|
|
1 39004614 rs2992437 C T 959.47 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=4.481;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.448;SB=-143.601;SBQD=-7.409;SBpi=2.0655;SBpiQual=2.1641;VQSLOD=3.0575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:989,0,888
|
|
1 39060149 rs12124073 C T 592.91 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.035;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.003;SB=-330.728;SBQD=2.215;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-0.9550;VQSLOD=4.7612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:623,0,588
|
|
1 39072483 rs28377299 C T 135.99 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.092;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=52.3221;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.937;SB=-321.062;SBQD=1.336;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6087;VQSLOD=-67.9240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:166,0,266
|
|
1 39101664 rs56137029 C T 1048.52 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.757;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=5.952;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.563;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.200;SB=-413.223;SBQD=6.307;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.8049;VQSLOD=4.7229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1079,0,1129
|
|
1 39107599 rs593122 T C 2059.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.69;SB=-1004.481;SBQD=0.516;SBpi=-0.6929;SBpiQual=-0.6828;VQSLOD=7.6143 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2092,166,0
|
|
1 39119574 rs626954 A G 2292.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=30.16;SB=-1117.682;SBQD=-0.328;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.8419;VQSLOD=6.2271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2325,184,0
|
|
1 39122502 rs11211084 T G 1248.85 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=16.22;ReadPosRankSum=-1.157;SB=-635.600;SBQD=0.726;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0296;VQSLOD=4.7255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1279,0,965
|
|
1 39127081 rs730218 T C 2556.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9655;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.578;QD=28.40;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-1091.356;SBQD=-3.434;SBpi=-1.5370;SBpiQual=-1.7229;VQSLOD=3.1168 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2589,188,0
|
|
1 39127567 rs2209461 T C 1270.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=55.45;MQ0=1;QD=20.16;SB=-575.861;SBQD=-11.258;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.9527;VQSLOD=4.5254 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:63:99:1303,120,0
|
|
1 39130160 rs4474214 G T 2078.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=31.03;SB=-1289.063;SBQD=-0.029;SBpi=-0.0611;SBpiQual=-0.0653;VQSLOD=7.6919 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2112,163,0
|
|
1 39139260 rs10789461 T C 2040.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=29.57;SB=-983.509;SBQD=4.100;SBpi=-0.9029;SBpiQual=-0.5535;VQSLOD=6.9854 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2073,183,0
|
|
1 39139947 rs1320500 T G 1279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=20.63;SB=-998.293;SBQD=-4.921;SBpi=0.2540;SBpiQual=-0.1167;VQSLOD=4.9132 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1312,123,0
|
|
1 39147354 rs6664287 T A 1046.08 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.836;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-514.968;SBQD=-1.605;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-0.9247;VQSLOD=3.0293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,41:61:99:1076,0,618
|
|
1 39169754 rs11211164 C A 892.80 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.033;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.163;SB=-342.457;SBQD=-2.873;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.7655;VQSLOD=6.1666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:923,0,1188
|
|
1 39217484 rs2151265 C T 872.06 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.375;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.033;SB=-382.651;SBQD=0.575;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.6066;VQSLOD=5.6950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:902,0,1096
|
|
1 39221104 rs10890385 C T 1093.10 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.290;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=9.717;HRun=0;HaplotypeScore=1.6439;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=14.57;ReadPosRankSum=0.281;SB=-580.637;SBQD=-5.414;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.0503;VQSLOD=5.6696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1123,0,1073
|
|
1 39285553 rs1886690 G T 2186.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=34.16;SB=-1175.254;SBQD=0.252;SBpi=-0.1250;SBpiQual=-0.1133;VQSLOD=9.0076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2219,175,0
|
|
1 39316062 rs7513882 T C 173.27 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.868;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.740;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.033;SB=-94.338;SBQD=-7.365;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.5443;VQSLOD=2.0765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:203,0,244
|
|
1 39339449 rs12127091 C T 868.64 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.069;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=18.847;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-366.394;SBQD=-11.858;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.8997;VQSLOD=6.2832 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:899,0,892
|
|
1 39354117 rs4506432 A G 3105.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.63;MQ0=0;QD=35.69;SB=-1376.914;SBQD=-0.678;SBpi=0.8041;SBpiQual=0.8989;VQSLOD=8.3491 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3138,250,0
|
|
1 39369532 . T C 1613.54 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DP=107;Dels=0.00;FS=3.588;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.751;SB=-827.606;SBQD=2.626;SBpi=-0.1361;SBpiQual=-0.2171;VQSLOD=4.0974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:1644,0,1665
|
|
1 39372162 . C T 677.15 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.117;DP=63;Dels=0.00;FS=5.319;HRun=0;HaplotypeScore=1.9976;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-337.960;SBQD=6.588;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.1595;VQSLOD=3.4738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:707,0,1012
|
|
1 39447613 rs4311876 G A 907.81 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=8.781;HRun=1;HaplotypeScore=2.7952;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=2.761;QD=13.16;ReadPosRankSum=0.663;SB=-492.342;SBQD=5.534;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0515;VQSLOD=3.9808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:938,0,685
|
|
1 39455426 rs12756140 C T 443.26 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.704;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.207;SB=-292.771;SBQD=-4.786;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.2894;VQSLOD=5.0389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:44:99:473,0,579
|
|
1 39473872 rs11205540 G A 816.44 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.018;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=18.634;HRun=0;HaplotypeScore=4.5457;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.681;SB=-424.946;SBQD=10.649;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.3117;VQSLOD=3.1866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:846,0,704
|
|
1 39475225 . G T 769.66 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.002;DP=69;Dels=0.00;FS=3.562;HRun=0;HaplotypeScore=1.7825;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.227;SB=-486.964;SBQD=-4.579;SBpi=-0.9258;SBpiQual=-0.9300;VQSLOD=3.9016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:800,0,537
|
|
1 39489221 rs4310436 G A 1252.38 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.031;SB=-556.620;SBQD=-0.791;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.6689;VQSLOD=5.8645 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:1282,0,924
|
|
1 39497894 rs10788906 T C 1382.54 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.760;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.047;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=2.150;QD=16.86;ReadPosRankSum=0.663;SB=-509.456;SBQD=3.676;SBpi=1.0940;SBpiQual=1.1613;VQSLOD=4.0326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:82:99:1413,0,1088
|
|
1 39575982 rs2036465 A C 1527.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.06;MQ0=0;QD=29.95;SB=-931.650;SBQD=1.676;SBpi=-0.0700;SBpiQual=0.0357;VQSLOD=7.0109 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1560,126,0
|
|
1 39599614 rs472310 C T 2432.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.2857;MQ=55.28;MQ0=0;QD=36.31;SB=-612.623;SBQD=-5.755;SBpi=-1.8936;SBpiQual=-2.1057;VQSLOD=4.8822 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2466,199,0
|
|
1 39603214 rs2134472 T G 1259.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.60;MQ0=0;QD=29.29;SB=-738.254;SBQD=-1.573;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1881;VQSLOD=6.3165 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1293,105,0
|
|
1 39692446 rs591199 C T 1701.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=30.38;SB=-932.540;SBQD=1.873;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.4601;VQSLOD=4.5559 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1734,135,0
|
|
1 39699244 rs10888715 C T 2530.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.48;MQ0=0;QD=34.66;SB=-979.365;SBQD=-1.912;SBpi=1.3460;SBpiQual=1.4541;VQSLOD=7.5948 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2564,205,0
|
|
1 39773378 rs2484746 A G 1278.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.59;MQ0=0;QD=30.44;SB=-727.928;SBQD=-1.236;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.2717;VQSLOD=6.4860 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1311,105,0
|
|
1 39773443 rs2490942 G A 1338.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.94;MQ0=0;QD=29.74;SB=-614.815;SBQD=-1.316;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.6316;VQSLOD=6.2746 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1371,114,0
|
|
1 39806610 rs3116396 C T 2655.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.89;SB=-1387.410;SBQD=1.353;SBpi=-0.1162;SBpiQual=-0.0434;VQSLOD=8.9480 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2689,211,0
|
|
1 39852990 . T C 888.56 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=74;Dels=0.00;FS=4.507;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=12.01;ReadPosRankSum=1.090;SB=-369.206;SBQD=-5.510;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.8069;VQSLOD=5.1571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:919,0,1315
|
|
1 39855088 rs11205976 G A 686.41 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.961;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.512;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.782;SB=-447.215;SBQD=5.219;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2357;VQSLOD=4.7199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:716,0,409
|
|
1 39961609 . C T 135.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DP=69;Dels=0.00;FS=6.786;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=15.39;MQ0=41;MQRankSum=0.935;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-79.160;SBQD=-2.336;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.1184;VQSLOD=-0.2280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,19:69:99:166,0,420
|
|
1 39988799 rs41270825 G A 580.13 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.420;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.727;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=14.50;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-241.424;SBQD=8.143;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.8185;VQSLOD=5.0200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:610,0,446
|
|
1 39994546 rs1727104 A T 1777.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.12;MQ0=0;QD=24.01;SB=-1130.268;SBQD=-3.322;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-0.6737;VQSLOD=4.5675 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1810,168,0
|
|
1 40009829 rs1180329 G A 632.59 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.327;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.613;SB=-223.462;SBQD=2.256;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.8081;VQSLOD=5.7953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:663,0,624
|
|
1 40020504 rs1180333 T C 936.15 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.980;HRun=0;HaplotypeScore=2.4658;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.520;SB=-277.594;SBQD=-2.752;SBpi=-1.1674;SBpiQual=-1.2744;VQSLOD=4.5135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:966,0,1039
|
|
1 40035182 rs9438926 A G 1000.82 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.687;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.039;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=14.50;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-393.456;SBQD=-6.658;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-1.0039;VQSLOD=4.9409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1031,0,765
|
|
1 40047798 rs4660844 A G 319.65 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.359;SB=-82.560;SBQD=7.639;SBpi=0.9707;SBpiQual=1.1675;VQSLOD=5.2792 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:350,0,345
|
|
1 40048063 . G A 779.84 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.728;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.417;SB=-263.433;SBQD=1.710;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.0372;VQSLOD=3.6704 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:810,0,551
|
|
1 40050503 rs7539261 A T 1056.95 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.388;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.507;SB=-501.540;SBQD=-0.607;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.3942;VQSLOD=6.1382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:1087,0,952
|
|
1 40066622 rs2310799 G A 1133.17 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.903;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.027;HRun=0;HaplotypeScore=1.9891;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.905;SB=-399.102;SBQD=-5.714;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-1.0658;VQSLOD=4.8809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1163,0,922
|
|
1 40118757 rs7542429 G A 857.65 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.248;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.066;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-461.485;SBQD=1.935;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.2371;VQSLOD=5.5596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:888,0,1399
|
|
1 40122939 rs784612 T C 831.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.66;MQ0=0;QD=15.98;SB=-831.375;SBQD=-5.389;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.4351;VQSLOD=4.5227 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:72.20:864,72,0
|
|
1 40123294 . A G 721.23 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.448;SB=-437.180;SBQD=0.954;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.3403;VQSLOD=4.5369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:751,0,480
|
|
1 40135017 rs784595 C T 2502.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.75;MQ0=0;QD=33.37;SB=-1155.453;SBQD=2.369;SBpi=0.7506;SBpiQual=0.9751;VQSLOD=7.6294 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2536,196,0
|
|
1 40138507 rs784599 A G 2006.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.6281;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.36;SB=-981.699;SBQD=0.020;SBpi=-0.6350;SBpiQual=-0.6451;VQSLOD=5.1572 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2039,162,0
|
|
1 40140182 rs784602 C A 1881.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=32.44;SB=-993.856;SBQD=-0.402;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.2786;VQSLOD=7.8160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1915,153,0
|
|
1 40144818 rs10839 A T 2086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;QD=34.20;SB=-1085.162;SBQD=1.265;SBpi=0.1921;SBpiQual=0.2488;VQSLOD=8.1625 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2119,169,0
|
|
1 40152676 rs785108 T C 2381.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=34.02;SB=-1270.041;SBQD=-2.209;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1749;VQSLOD=8.7281 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2414,196,0
|
|
1 40160570 rs704770 T A 2069.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=31.36;SB=-1200.454;SBQD=-1.153;SBpi=-0.1231;SBpiQual=-0.2142;VQSLOD=7.5190 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2103,166,0
|
|
1 40166105 rs567241 G A 596.36 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.596;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=16.117;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.318;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.960;SB=-319.668;SBQD=-10.863;SBpi=0.9129;SBpiQual=1.0103;VQSLOD=3.2204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:626,0,798
|
|
1 40188777 rs12043172 C T 720.37 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.717;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.422;HRun=0;HaplotypeScore=1.8930;MQ=56.75;MQ0=4;MQRankSum=-0.720;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.299;SB=-291.167;SBQD=3.520;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.7060;VQSLOD=5.0282 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:750,0,461
|
|
1 40258695 rs230283 C T 1659.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=24.05;SB=-1013.932;SBQD=-3.434;SBpi=-0.6621;SBpiQual=-0.8661;VQSLOD=4.4961 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1692,135,0
|
|
1 40264071 rs11583749 G T 1318.21 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.316;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=2.745;HRun=0;HaplotypeScore=2.2657;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-643.348;SBQD=-3.051;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.2683;VQSLOD=5.3046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:1348,0,1350
|
|
1 40288417 rs6600298 G A 1003.98 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.399;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-478.368;SBQD=0.776;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6004;VQSLOD=5.0623 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:1034,0,1024
|
|
1 40290277 rs2087796 T C 701.41 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=11.542;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.460;SB=-387.480;SBQD=-8.095;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.0210;VQSLOD=5.8595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:731,0,1202
|
|
1 40303501 rs230276 G C 2415.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.34;MQ0=0;QD=33.09;SB=-1195.210;SBQD=-0.027;SBpi=0.5267;SBpiQual=0.5553;VQSLOD=6.8979 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2449,193,0
|
|
1 40307719 rs230310 A G 3009.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=35.40;SB=-1432.652;SBQD=1.750;SBpi=0.3796;SBpiQual=0.4963;VQSLOD=8.3918 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3042,241,0
|
|
1 40326897 . G A 961.30 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.880;DP=64;Dels=0.00;FS=3.557;HRun=0;HaplotypeScore=1.7781;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.122;SB=-563.555;SBQD=-4.049;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2871;VQSLOD=4.3233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:991,0,729
|
|
1 40344055 rs16826642 A G 915.21 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=7.896;HRun=2;HaplotypeScore=1.7825;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-530.939;SBQD=-5.933;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0345;VQSLOD=4.5774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:945,0,1285
|
|
1 40345731 rs6600307 T C 1569.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;QD=32.03;SB=-690.157;SBQD=0.227;SBpi=0.9286;SBpiQual=0.9629;VQSLOD=6.6983 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1602,126,0
|
|
1 40349410 rs7535397 T C 1430.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.55;MQ0=0;QD=29.80;SB=-491.022;SBQD=7.475;SBpi=1.1547;SBpiQual=1.5540;VQSLOD=6.0607 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1463,123,0
|
|
1 40378759 rs61781279 G A 35.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=12.68;MQ0=15;MQRankSum=1.231;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-0.007;SBQD=-3.593;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.1285;VQSLOD=0.3675 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,8:21:6.02:67,6,0
|
|
1 40389966 rs3117096 A G 1631.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.74;SB=-1016.047;SBQD=-5.710;SBpi=0.3201;SBpiQual=-0.1442;VQSLOD=5.2333 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1664,147,0
|
|
1 40393160 rs61781290 A G 1071.18 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.782;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=9.187;HRun=1;HaplotypeScore=1.4450;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.608;SB=-362.326;SBQD=-9.591;SBpi=-0.9258;SBpiQual=-1.2540;VQSLOD=4.3273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1101,0,1183
|
|
1 40396085 rs11207146 T C 1453.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.54;MQ0=0;QD=29.07;SB=-834.941;SBQD=2.771;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0435;VQSLOD=4.3762 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1487,120,0
|
|
1 40398941 rs4068540 A G 968.32 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.041;HRun=0;HaplotypeScore=5.2183;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-565.434;SBQD=4.534;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2556;VQSLOD=2.8823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:998,0,972
|
|
1 40399303 rs6680051 G A 1008.15 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=6.038;HRun=0;HaplotypeScore=2.3569;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-477.852;SBQD=7.354;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.5701;VQSLOD=4.9549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:62:99:1038,0,558
|
|
1 40418589 rs3131704 A G 1920.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=30.01;SB=-957.209;SBQD=-6.144;SBpi=-0.1250;SBpiQual=-0.5744;VQSLOD=7.0093 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1954,171,0
|
|
1 40428325 rs55730353 G A 335.84 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7663;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.581;SB=-150.947;SBQD=-6.365;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.5199;VQSLOD=4.6055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:93.83:366,0,94
|
|
1 40440150 rs6690779 T C 806.54 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.598;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-458.823;SBQD=2.433;SBpi=-0.3430;SBpiQual=0.0116;VQSLOD=5.4758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:837,0,1026
|
|
1 40458415 . A T 362.56 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;DP=32;Dels=0.00;FS=1.455;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=11.33;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-200.797;SBQD=4.339;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.4146;VQSLOD=2.7531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:393,0,363
|
|
1 40459468 rs59811099 T C 974.81 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.706;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=13.538;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.637;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.370;SB=-432.093;SBQD=-10.310;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2853;VQSLOD=4.6442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1005,0,1052
|
|
1 40559207 rs4660382 C T 1640.67 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.098;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=17.83;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-860.520;SBQD=-1.363;SBpi=0.2023;SBpiQual=0.2691;VQSLOD=5.5160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,55:92:99:1671,0,1093
|
|
1 40559478 rs4660385 A C 776.04 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-384.426;SBQD=-2.262;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.2784;VQSLOD=5.6370 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:806,0,891
|
|
1 40560406 . G A 1234.76 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.437;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=15.63;ReadPosRankSum=1.133;SB=-639.131;SBQD=0.105;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0781;VQSLOD=2.7660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1265,0,1210
|
|
1 40649575 rs4335368 T C 1139.79 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.473;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.468;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-578.729;SBQD=3.390;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.1304;VQSLOD=5.7849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1170,0,1166
|
|
1 40663732 rs12133597 A G 530.88 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.889;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.488;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.124;SB=-276.304;SBQD=3.836;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.4259;VQSLOD=5.6200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:561,0,728
|
|
1 40711556 rs9439018 A G 2579.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.54;MQ0=0;QD=34.39;SB=-1396.762;SBQD=0.527;SBpi=0.0577;SBpiQual=0.1006;VQSLOD=8.9311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2612,205,0
|
|
1 40736279 rs10889220 G A 1752.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=30.74;SB=-981.569;SBQD=-1.659;SBpi=0.1987;SBpiQual=0.1558;VQSLOD=7.1029 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1785,144,0
|
|
1 40741899 rs6676644 C T 3963.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1774.708;SBQD=-0.905;SBpi=0.7251;SBpiQual=0.7072;VQSLOD=8.6152 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:3963,310,0
|
|
1 40750919 . C T 555.66 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=58;Dels=0.00;FS=2.203;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.848;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.361;SB=-384.440;SBQD=-3.086;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.0682;VQSLOD=4.1040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:586,0,879
|
|
1 40808079 rs718223 G A 1198.28 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.426;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=23.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.144;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-239.570;SBQD=-12.795;SBpi=-1.7960;SBpiQual=-1.9139;VQSLOD=4.0598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:1228,0,1440
|
|
1 40811550 rs11809717 A G 118.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=11.647;HRun=0;HaplotypeScore=6.9909;MQ=53.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.856;SB=-54.546;SBQD=11.658;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4364;VQSLOD=-1.6197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:99:149,0,589
|
|
1 40841771 rs209575 C T 384.74 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.404;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=14.209;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.60;MQ0=1;MQRankSum=-0.411;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.409;SB=-186.272;SBQD=13.553;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.4052;VQSLOD=4.6872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:415,0,349
|
|
1 40871497 rs209599 A G 2821.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.109;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=33.20;ReadPosRankSum=1.243;SB=-958.250;SBQD=-9.743;SBpi=-1.0911;SBpiQual=-1.6987;VQSLOD=7.5413 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:2855,210,0
|
|
1 40895125 rs12748356 A C 1376.72 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.745;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=15.64;ReadPosRankSum=0.468;SB=-690.038;SBQD=1.294;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.3788;VQSLOD=5.5700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:1407,0,1287
|
|
1 40921717 rs6656976 T C 1077.54 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.991;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=12.83;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-402.202;SBQD=4.565;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.9433;VQSLOD=4.9940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:1108,0,1397
|
|
1 40923601 rs12741975 A C 1548.06 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.822;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.029;SB=-832.733;SBQD=-3.348;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.1703;VQSLOD=4.3360 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:89:99:1578,0,1152
|
|
1 40976864 rs12750298 G A 956.99 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.919;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.857;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.482;SB=-384.967;SBQD=-4.494;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-0.9065;VQSLOD=5.4223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:987,0,576
|
|
1 41043315 rs12073103 T C 1282.84 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.900;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=15.46;ReadPosRankSum=-2.348;SB=-436.464;SBQD=7.025;SBpi=0.8847;SBpiQual=1.2398;VQSLOD=4.0862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1313,0,931
|
|
1 41061016 rs626067 T C 768.95 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.237;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=11.65;ReadPosRankSum=-1.546;SB=-387.684;SBQD=1.162;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.4315;VQSLOD=5.6358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:799,0,816
|
|
1 41084018 rs527232 G C 2897.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=36.22;SB=-888.448;SBQD=-0.797;SBpi=-1.9007;SBpiQual=-2.0514;VQSLOD=7.1396 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2930,229,0
|
|
1 41098478 rs542214 A G 2040.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.20;MQ0=0;QD=31.88;SB=-813.839;SBQD=-8.325;SBpi=-0.6250;SBpiQual=-1.1950;VQSLOD=7.1854 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2073,177,0
|
|
1 41104664 rs579448 G A 1092.83 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.888;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=14.77;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-288.827;SBQD=-5.152;SBpi=-1.5618;SBpiQual=-1.6254;VQSLOD=4.5481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1123,0,1145
|
|
1 41105910 rs587064 T C 2061.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=33.80;SB=-1085.754;SBQD=-0.036;SBpi=-0.1921;SBpiQual=-0.2466;VQSLOD=9.0607 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2095,166,0
|
|
1 41139584 rs9438945 G C 1226.76 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.563;HRun=0;HaplotypeScore=2.5142;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=16.58;ReadPosRankSum=0.620;SB=-549.251;SBQD=-5.858;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4972;VQSLOD=5.3637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1257,0,1017
|
|
1 41141365 rs9438946 G A 562.55 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.695;HRun=1;HaplotypeScore=3.5042;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.724;SB=-232.449;SBQD=6.004;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.5800;VQSLOD=2.9062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:593,0,1098
|
|
1 41146062 rs10889555 A G 1518.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.47;MQ0=0;QD=30.36;SB=-672.070;SBQD=0.132;SBpi=0.9899;SBpiQual=0.9827;VQSLOD=6.4858 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1551,129,0
|
|
1 41148984 rs658806 A G 2624.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6448;MQ=56.30;MQ0=0;QD=34.08;SB=-948.485;SBQD=2.966;SBpi=1.3105;SBpiQual=1.5537;VQSLOD=4.2977 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2657,214,0
|
|
1 41158373 rs656230 A G 2080.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.671;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.452;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=33.56;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-981.803;SBQD=2.522;SBpi=0.4481;SBpiQual=0.4621;VQSLOD=7.8445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:2114,169,0
|
|
1 41160281 rs12060189 A G 1506.40 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.249;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=9.240;HRun=0;HaplotypeScore=1.5778;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.982;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.497;SB=-681.385;SBQD=-6.652;SBpi=-0.5657;SBpiQual=-0.5539;VQSLOD=4.0027 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:84:99:1536,0,1040
|
|
1 41168817 rs6676897 T C 2146.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.46;MQ0=0;QD=27.52;SB=-1070.957;SBQD=3.997;SBpi=-1.0190;SBpiQual=-0.4800;VQSLOD=4.8195 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2180,196,0
|
|
1 41169944 rs7520281 C T 1083.75 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.372;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.848;HRun=0;HaplotypeScore=1.5700;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-540.791;SBQD=-2.146;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3791;VQSLOD=5.6889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1114,0,1168
|
|
1 41185534 rs2744799 A C 3020.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1494.307;SBQD=-3.372;SBpi=-0.0542;SBpiQual=-0.3047;VQSLOD=8.6438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3054,244,0
|
|
1 41202347 rs11208791 A G 990.55 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.466;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.802;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.209;SB=-503.314;SBQD=3.560;SBpi=0.3244;SBpiQual=-0.0191;VQSLOD=5.4635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1021,0,1256
|
|
1 41268566 rs9970339 A G 2141.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=33.46;SB=-1123.905;SBQD=-0.160;SBpi=-0.1250;SBpiQual=-0.1173;VQSLOD=8.2573 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2175,175,0
|
|
1 41275608 rs12739281 G T 562.86 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8874;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.884;SB=-314.443;SBQD=-0.633;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.1587;VQSLOD=5.1649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:593,0,742
|
|
1 41284864 rs12145930 G A 115.82 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=11.58;ReadPosRankSum=-1.668;SB=-0.007;SBQD=13.248;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.2076;VQSLOD=4.6624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:146,0,126
|
|
1 41286623 rs55679729 G A 878.76 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-386.396;SBQD=0.523;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5744;VQSLOD=5.7218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:909,0,982
|
|
1 41289993 rs3767940 T C 631.95 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=6.396;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.482;SB=-167.570;SBQD=9.432;SBpi=1.0660;SBpiQual=1.1819;VQSLOD=5.6041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:662,0,691
|
|
1 41293001 rs6697721 G A 1128.20 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.978;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.146;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.546;SB=-582.162;SBQD=-1.256;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0309;VQSLOD=5.6217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1158,0,794
|
|
1 41388368 . C T 1166.26 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.608;DP=60;Dels=0.00;FS=2.195;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=19.44;ReadPosRankSum=0.836;SB=-597.498;SBQD=2.603;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0739;VQSLOD=3.0842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:1196,0,709
|
|
1 41396600 rs2182830 C T 876.30 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.455;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.015;HRun=0;HaplotypeScore=2.2301;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-307.715;SBQD=-0.717;SBpi=1.2005;SBpiQual=1.2045;VQSLOD=4.3321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:906,0,1054
|
|
1 41422311 rs28641158 G A 1048.20 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.178;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=13.61;ReadPosRankSum=-2.381;SB=-467.035;SBQD=-0.159;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.7258;VQSLOD=4.0057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1078,0,1233
|
|
1 41422646 . G A 918.25 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.461;DP=78;Dels=0.00;FS=4.718;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-494.526;SBQD=-5.084;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.2325;VQSLOD=3.8127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:948,0,1015
|
|
1 41423461 rs12736893 C A 73.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.538;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7925;MQ=38.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.718;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-152.515;SBQD=1.254;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.0284;VQSLOD=-1.8910 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:103,0,446
|
|
1 41427222 rs6676944 T C 531.94 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.182;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-275.695;SBQD=1.239;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3080;VQSLOD=5.7052 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:562,0,544
|
|
1 41442243 rs7524857 G T 793.79 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.139;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.558;SB=-477.777;SBQD=-0.500;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.2483;VQSLOD=5.6583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:824,0,766
|
|
1 41446643 . A G 780.17 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=52;Dels=0.00;FS=8.661;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-189.639;SBQD=10.998;SBpi=1.2070;SBpiQual=1.5417;VQSLOD=3.4453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:810,0,587
|
|
1 41496069 rs4660499 G A 1830.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.3322;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=29.06;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-1039.698;SBQD=8.598;SBpi=-0.2540;SBpiQual=0.2379;VQSLOD=4.4250 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:63:99:1864,150,0
|
|
1 41500546 rs2802549 G A 2336.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1084.203;SBQD=0.404;SBpi=0.7276;SBpiQual=0.8003;VQSLOD=8.9225 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2370,184,0
|
|
1 41553561 rs6662279 T C 2026.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.96;MQ0=0;QD=34.35;SB=-877.827;SBQD=-0.816;SBpi=0.8462;SBpiQual=0.8237;VQSLOD=7.7101 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2060,166,0
|
|
1 41559612 rs6600366 C T 3455.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=36.00;SB=-1712.144;SBQD=-2.325;SBpi=-0.1021;SBpiQual=-0.2819;VQSLOD=8.3548 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3455,274,0
|
|
1 41574622 rs710248 C T 2669.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8255;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1419.628;SBQD=-1.280;SBpi=-0.1132;SBpiQual=-0.1839;VQSLOD=6.1493 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2702,214,0
|
|
1 41583069 rs213764 A G 1620.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.25;MQ0=0;QD=31.17;SB=-835.453;SBQD=-3.009;SBpi=0.2774;SBpiQual=-0.0070;VQSLOD=7.2825 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1654,147,0
|
|
1 41609886 rs213751 T G 2619.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=36.38;SB=-1133.216;SBQD=0.392;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7497;VQSLOD=8.8068 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2652,211,0
|
|
1 41645132 rs1273857 C T 1295.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=28.01;MQ0=9;QD=16.20;SB=-517.358;SBQD=22.195;SBpi=-1.5189;SBpiQual=-1.4428;VQSLOD=4.0634 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1329,123,0
|
|
1 41718690 rs55642893 C T 703.16 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.369;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-239.587;SBQD=-4.209;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-1.1451;VQSLOD=5.5614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:58:99:733,0,759
|
|
1 41747314 rs1574376 A G 404.25 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.132;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-207.032;SBQD=-3.124;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.5946;VQSLOD=3.3587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:434,0,1116
|
|
1 41753165 rs12029950 G A 826.21 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.924;HRun=0;HaplotypeScore=1.8991;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.909;SB=-446.078;SBQD=2.475;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0906;VQSLOD=5.2132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:856,0,1372
|
|
1 41755189 rs35493284 T A 970.79 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=7.068;HRun=0;HaplotypeScore=1.7172;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.594;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.168;SB=-383.935;SBQD=-7.614;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.6328;VQSLOD=4.3250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:1001,0,894
|
|
1 41756906 rs12025254 A G 632.47 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.836;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.914;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-316.917;SBQD=1.318;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.1752;VQSLOD=3.6445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:662,0,822
|
|
1 41762029 rs12030372 A G 1112.53 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.862;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=14.45;ReadPosRankSum=1.501;SB=-481.174;SBQD=2.789;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.6803;VQSLOD=5.5316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1143,0,1178
|
|
1 41767022 rs35529558 A G 469.82 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.290;HRun=0;HaplotypeScore=3.6534;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.312;SB=-148.517;SBQD=4.901;SBpi=0.5455;SBpiQual=1.0504;VQSLOD=3.3738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:500,0,896
|
|
1 41768240 rs6600369 T C 942.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.57;MQ0=0;QD=16.26;SB=-859.545;SBQD=2.980;SBpi=-0.7878;SBpiQual=-0.5917;VQSLOD=4.6571 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:87.21:976,87,0
|
|
1 41768541 rs35502198 T G 847.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.540;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.402;SB=-335.358;SBQD=-4.968;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7375;VQSLOD=5.1605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:877,0,936
|
|
1 41769113 rs55707527 G T 761.75 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.248;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-253.186;SBQD=8.290;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.9583;VQSLOD=5.6875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:792,0,989
|
|
1 41769158 rs12032906 T C 746.43 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.028;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.929;HRun=0;HaplotypeScore=1.9976;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-369.683;SBQD=3.053;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3668;VQSLOD=4.7360 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:776,0,1169
|
|
1 41771230 rs56096486 A C 1230.56 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.801;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-547.151;SBQD=-0.872;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.7951;VQSLOD=4.1537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:1261,0,1499
|
|
1 41773694 rs2363809 A G 2712.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.03;MQ0=0;QD=31.54;SB=-1322.748;SBQD=-3.348;SBpi=-0.2157;SBpiQual=-0.5277;VQSLOD=7.6835 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2745,241,0
|
|
1 41793658 rs1316274 G A 967.11 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.024;HRun=0;HaplotypeScore=1.9226;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=13.43;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-426.616;SBQD=4.879;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4248;VQSLOD=4.8869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:997,0,1211
|
|
1 41796817 rs34539673 G A 1220.72 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.1713;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.672;SB=-455.209;SBQD=-0.613;SBpi=0.9487;SBpiQual=0.9122;VQSLOD=3.6462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1251,0,1109
|
|
1 41832297 rs10218712 T G 212.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.57;SB=-0.007;SBQD=26.570;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.3197;VQSLOD=3.0014 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:246,24,0
|
|
1 41833162 rs2364544 G A 1580.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=31.62;SB=-650.164;SBQD=1.807;SBpi=1.1314;SBpiQual=1.2697;VQSLOD=6.6871 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1614,123,0
|
|
1 41835061 rs11581271 G C 2056.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.1458;MQ=59.70;MQ0=0;QD=32.64;SB=-1072.556;SBQD=0.528;SBpi=-0.3150;SBpiQual=-0.2788;VQSLOD=4.7588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2089,171,0
|
|
1 41835871 rs4660191 A G 858.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.84;MQ0=2;QD=26.84;SB=-183.697;SBQD=15.593;SBpi=1.0607;SBpiQual=0.8380;VQSLOD=4.8388 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81.21:892,81,0
|
|
1 41837784 rs4660530 T C 1104.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.4787;MQ=59.51;MQ0=0;QD=23.50;SB=-690.283;SBQD=-1.510;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.0788;VQSLOD=3.8215 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1137,99,0
|
|
1 41857828 rs59780051 G T 679.63 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.973;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=4.987;HRun=0;HaplotypeScore=3.4976;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.074;SB=-375.635;SBQD=-7.128;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.5805;VQSLOD=4.0075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:710,0,922
|
|
1 41867980 rs2971987 A G 1175.58 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.123;HRun=0;HaplotypeScore=2.9767;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-558.928;SBQD=2.519;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.4726;VQSLOD=3.6768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1206,0,1107
|
|
1 41869962 . C T 493.41 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.676;DP=48;Dels=0.00;FS=6.062;HRun=0;HaplotypeScore=2.5676;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.183;SB=-260.411;SBQD=-6.647;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.4461;VQSLOD=3.3199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:523,0,671
|
|
1 41872078 rs2997338 G T 511.64 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.394;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=12.48;ReadPosRankSum=1.080;SB=-186.503;SBQD=4.744;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.7093;VQSLOD=5.6007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:41:99:542,0,448
|
|
1 41873894 rs2801965 A G 534.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.42;SB=-477.123;SBQD=-2.940;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.0123;VQSLOD=3.8915 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:48.09:567,48,0
|
|
1 41889513 rs12133441 C A 269.70 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9926;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.842;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.882;SB=-147.474;SBQD=3.463;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.4554;VQSLOD=3.3570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:300,0,427
|
|
1 41890924 . A G 43.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.973;DP=29;Dels=0.00;FS=4.946;HRun=0;HaplotypeScore=5.9601;MQ=35.15;MQ0=0;MQRankSum=2.800;QD=1.49;ReadPosRankSum=2.973;SB=-30.966;SBQD=-0.832;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.6368;VQSLOD=-3.3749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,5:29:73.12:73,0,121
|
|
1 41891056 . G T 1252.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.00;MQ0=0;QD=29.13;SB=-502.709;SBQD=1.392;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.2693;VQSLOD=4.5781 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1286,108,0
|
|
1 41917028 rs2810575 G A 980.39 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.505;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=16.34;ReadPosRankSum=-2.663;SB=-477.926;SBQD=0.200;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5114;VQSLOD=4.8363 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:1010,0,639
|
|
1 41931424 rs2781247 C T 2079.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.65;SB=-968.305;SBQD=-0.040;SBpi=-0.6455;SBpiQual=-0.6748;VQSLOD=7.1954 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2112,166,0
|
|
1 41953458 rs883304 G A 967.46 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.122;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=14.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=2.565;QD=16.97;ReadPosRankSum=1.359;SB=-314.810;SBQD=-10.824;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.1017;VQSLOD=4.4066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:997,0,630
|
|
1 41955388 rs10890053 T C 671.05 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.504;HRun=0;HaplotypeScore=1.5115;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-458.974;SBQD=-3.250;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.3653;VQSLOD=5.6039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:701,0,672
|
|
1 41976529 rs11809423 C T 112.94 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9157;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.762;SB=2.994;SBQD=6.869;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.3197;VQSLOD=1.9457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:143,0,449
|
|
1 41980675 rs2759259 T C 1518.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=30.99;SB=-768.938;SBQD=6.935;SBpi=-0.2143;SBpiQual=0.1984;VQSLOD=7.1589 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1552,138,0
|
|
1 41994331 . T C 113.79 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-85.949;SBQD=-1.012;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1666;VQSLOD=2.2060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:144,0,214
|
|
1 41998849 rs687766 C G 627.15 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.668;HRun=1;HaplotypeScore=2.5193;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=12.54;ReadPosRankSum=-1.048;SB=-246.600;SBQD=-6.550;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-1.1515;VQSLOD=3.1194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:657,0,514
|
|
1 42038615 rs34767929 A G 1178.14 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.510;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.901;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.055;SB=-517.906;SBQD=2.033;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.5338;VQSLOD=5.1602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1208,0,1062
|
|
1 42052161 rs35219666 T C 852.26 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.541;HRun=3;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-545.760;SBQD=-3.195;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1793;VQSLOD=4.4926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:64:99:882,0,748
|
|
1 42083070 rs6664708 G A 2235.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=37.26;SB=-980.448;SBQD=0.811;SBpi=-0.6455;SBpiQual=-0.6148;VQSLOD=8.0267 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2269,178,0
|
|
1 42086290 rs10890145 A G 1443.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.00;SB=-932.439;SBQD=-6.583;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-1.2657;VQSLOD=4.6678 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1477,132,0
|
|
1 42086664 rs7552928 C T 1618.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43;SB=-963.367;SBQD=1.245;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.3115;VQSLOD=6.5882 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1652,129,0
|
|
1 42106935 rs11210508 A G 647.16 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.120;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.683;SB=-402.132;SBQD=-2.650;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2714;VQSLOD=5.3971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:677,0,815
|
|
1 42120011 rs10890160 A G 895.19 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.941;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.851;HRun=2;HaplotypeScore=33.9768;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-435.360;SBQD=-6.084;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.6009;VQSLOD=-24.3856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:925,0,1038
|
|
1 42226891 rs4660570 A G 1170.48 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.620;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=14.27;ReadPosRankSum=1.756;SB=-644.105;SBQD=-0.422;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1575;VQSLOD=5.2761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:82:99:1200,0,1169
|
|
1 42236828 rs7535437 T A 1038.07 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.845;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-355.538;SBQD=-7.282;SBpi=-1.3275;SBpiQual=-1.5380;VQSLOD=4.0812 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1068,0,972
|
|
1 42243549 rs393950 G T 974.52 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.534;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7323;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.920;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.888;SB=-511.172;SBQD=-2.574;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1408;VQSLOD=4.0708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:1005,0,918
|
|
1 42249204 rs1810202 C T 574.75 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.096;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=3.180;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.425;SB=-354.651;SBQD=-3.105;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0994;VQSLOD=4.3501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:605,0,693
|
|
1 42249663 rs12093708 C T 1205.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.789;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=14.53;ReadPosRankSum=-1.098;SB=-417.263;SBQD=2.648;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.0009;VQSLOD=5.3735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:1236,0,1237
|
|
1 42256013 rs349434 A G 808.72 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.385;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.649;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.135;SB=-398.941;SBQD=4.979;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.5146;VQSLOD=4.5184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:839,0,892
|
|
1 42307194 rs509851 A G 685.12 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.346;QD=11.61;ReadPosRankSum=2.031;SB=-177.265;SBQD=5.014;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.3632;VQSLOD=3.8621 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:715,0,942
|
|
1 42309401 . C A 805.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.719;DP=58;Dels=0.00;FS=7.270;HRun=2;HaplotypeScore=2.9554;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.086;SB=-357.696;SBQD=-7.273;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4234;VQSLOD=2.6713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:836,0,964
|
|
1 42322052 rs997385 G T 691.53 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.372;SB=-351.142;SBQD=-0.753;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2583;VQSLOD=5.2939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:722,0,871
|
|
1 42323153 rs7540176 C T 898.76 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.857;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6084;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.691;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.830;SB=-548.173;SBQD=0.036;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1314;VQSLOD=3.2202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:929,0,1406
|
|
1 42331718 rs2225104 A G 1178.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.938;HRun=0;HaplotypeScore=1.7356;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=19.97;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-641.807;SBQD=-8.235;SBpi=-0.5252;SBpiQual=-0.8629;VQSLOD=4.6289 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:80.90:1211,81,0
|
|
1 42336206 rs783430 G C 1459.33 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.174;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.244;SB=-749.954;SBQD=-0.869;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.2571;VQSLOD=5.0116 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:1489,0,851
|
|
1 42370147 rs2786486 G A 1255.80 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.083;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.244;HRun=0;HaplotypeScore=1.7273;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.392;QD=16.31;ReadPosRankSum=1.412;SB=-404.482;SBQD=7.502;SBpi=1.1068;SBpiQual=1.2930;VQSLOD=5.0994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1286,0,953
|
|
1 42390317 rs4660584 C T 1498.50 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.485;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.844;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=18.05;ReadPosRankSum=0.293;SB=-776.718;SBQD=-0.924;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.3357;VQSLOD=6.4158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:1528,0,995
|
|
1 42466385 rs58502724 A G 837.97 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.253;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=14.20;ReadPosRankSum=1.266;SB=-351.748;SBQD=-0.925;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.7645;VQSLOD=5.4708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:868,0,940
|
|
1 42468673 rs4660209 T G 905.24 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=3;HaplotypeScore=1.5317;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-452.650;SBQD=3.766;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.6317;VQSLOD=5.1246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:935,0,796
|
|
1 42470680 rs56173253 A T 1097.41 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.086;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=15.90;ReadPosRankSum=0.626;SB=-381.957;SBQD=3.117;SBpi=1.0000;SBpiQual=0.9807;VQSLOD=4.5996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1127,0,1074
|
|
1 42486843 rs6683904 A G 822.16 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.779;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.958;HRun=0;HaplotypeScore=3.7803;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.237;SB=-355.150;SBQD=6.946;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.8583;VQSLOD=4.3633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:852,0,902
|
|
1 42505510 rs7550497 T C 2501.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.49;MQ0=0;QD=34.27;SB=-1323.960;SBQD=0.056;SBpi=-0.1756;SBpiQual=-0.1792;VQSLOD=7.4230 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2535,202,0
|
|
1 42519536 rs784100 C G 2093.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.51;MQ0=0;QD=34.32;SB=-953.635;SBQD=-0.802;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.6195;VQSLOD=7.4140 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2127,172,0
|
|
1 42555164 rs4660602 G A 3743.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=35.31;SB=-1590.264;SBQD=2.983;SBpi=0.8742;SBpiQual=1.2071;VQSLOD=7.5367 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:3743,298,0
|
|
1 42578687 rs1889126 T C 2411.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.227;HRun=2;HaplotypeScore=1.8633;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=29.41;ReadPosRankSum=1.479;SB=-1390.117;SBQD=-1.719;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.2918;VQSLOD=5.0670 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2445,168,0
|
|
1 42590522 rs4660605 C A 2613.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=33.51;SB=-1116.000;SBQD=-1.272;SBpi=-1.0190;SBpiQual=-1.1592;VQSLOD=7.3157 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2647,208,0
|
|
1 42653947 rs10890187 A G 2656.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.43;MQ0=0;QD=36.40;SB=-1231.480;SBQD=0.241;SBpi=-0.5267;SBpiQual=-0.5419;VQSLOD=7.5181 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2690,211,0
|
|
1 42670331 rs343363 C T 2166.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.39;SB=-1012.266;SBQD=3.502;SBpi=0.3150;SBpiQual=0.5076;VQSLOD=8.2839 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2200,175,0
|
|
1 42692932 rs343371 T C 2979.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.78;SB=-1535.129;SBQD=-0.411;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.0907;VQSLOD=8.8144 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3012,235,0
|
|
1 42696625 rs163851 T C 2593.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=32.42;SB=-1436.411;SBQD=-1.183;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.1238;VQSLOD=7.8560 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2627,214,0
|
|
1 42718500 rs1085135 G A 1241.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.3286;MQ=35.09;MQ0=11;MQRankSum=3.003;QD=21.04;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-719.109;SBQD=-6.100;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.1115;VQSLOD=2.4786 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,47:59:99:1275,102,0
|
|
1 42727950 rs510157 T G 2223.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.07;MQ0=0;QD=34.20;SB=-810.071;SBQD=-6.345;SBpi=-0.8062;SBpiQual=-1.2866;VQSLOD=6.8734 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2256,193,0
|
|
1 42762177 rs2094489 C A 2080.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-1159.275;SBQD=5.086;SBpi=-0.2462;SBpiQual=0.0933;VQSLOD=7.5143 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2114,174,0
|
|
1 42815008 rs4660622 G A 2277.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.85;MQ0=0;QD=33.49;SB=-874.600;SBQD=1.587;SBpi=1.2127;SBpiQual=1.2999;VQSLOD=6.9420 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2310,181,0
|
|
1 42839403 rs7546064 C A 1754.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.91;SB=-906.167;SBQD=-0.131;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.5205;VQSLOD=7.2557 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1788,138,0
|
|
1 42877218 rs6677163 G A 321.72 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.862;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=1;MQRankSum=-0.217;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.759;SB=-57.217;SBQD=-9.429;SBpi=-1.1619;SBpiQual=-1.2623;VQSLOD=3.9809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:352,0,363
|
|
1 43010473 rs11581983 C T 2148.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.53;MQ0=0;QD=32.55;SB=-1065.251;SBQD=2.872;SBpi=-0.7385;SBpiQual=-0.6207;VQSLOD=7.9548 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2181,169,0
|
|
1 43011832 rs7354966 G A 862.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=34.49;SB=-179.593;SBQD=-8.355;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.7075;VQSLOD=7.3323 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:69.22:895,69,0
|
|
1 43050963 rs2762691 T G 2007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=36.49;SB=-783.392;SBQD=1.512;SBpi=0.8765;SBpiQual=0.9798;VQSLOD=8.0742 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2040,162,0
|
|
1 43196282 rs11210705 A C 539.53 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.184;HRun=1;HaplotypeScore=1.7608;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-254.074;SBQD=2.769;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.4789;VQSLOD=4.2821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:570,0,662
|
|
1 43213499 rs3738499 C T 897.95 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-478.462;SBQD=-0.552;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.1684;VQSLOD=6.0612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:928,0,902
|
|
1 43217247 rs60759391 T A 240 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;DB;DP=50;Dels=0.02;FS=3.325;HRun=10;HaplotypeScore=19.9853;MQ=38.07;MQ0=10;MQRankSum=1.222;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.379;SB=-268.466;SBQD=3.492;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2487;VQSLOD=-38.6370 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:91.62:270,0,92
|
|
1 43267814 rs2760084 C T 1315.84 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.638;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.052;HRun=2;HaplotypeScore=1.7719;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.914;SB=-578.758;SBQD=-3.416;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5451;VQSLOD=5.1679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1346,0,1248
|
|
1 43304174 rs11210728 C A 2334.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=34.84;SB=-1112.054;SBQD=-0.223;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.5792;VQSLOD=8.4573 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2367,190,0
|
|
1 43313901 rs4660233 G A 2041.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.81;SB=-766.996;SBQD=-0.911;SBpi=-1.1259;SBpiQual=-1.2248;VQSLOD=8.3055 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2074,163,0
|
|
1 43371079 . C T 1019.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.773;DP=68;Dels=0.00;FS=6.493;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=14.99;ReadPosRankSum=1.473;SB=-410.343;SBQD=-6.993;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.6774;VQSLOD=4.3659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:1050,0,994
|
|
1 43374498 rs6699129 A G 1075.16 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.223;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=13.11;ReadPosRankSum=1.631;SB=-557.634;SBQD=4.230;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0888;VQSLOD=6.0062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:1105,0,1430
|
|
1 43381997 . C A 959.72 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.746;DP=63;Dels=0.00;FS=1.027;HRun=2;HaplotypeScore=2.5082;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.021;SB=-379.769;SBQD=0.955;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.9207;VQSLOD=1.6507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:990,0,724
|
|
1 43383473 rs11210762 A G 700.13 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.928;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.203;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.276;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-380.561;SBQD=1.032;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.1124;VQSLOD=4.6264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:730,0,1308
|
|
1 43398085 rs3820546 G A 455.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.741;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.388;HRun=3;HaplotypeScore=25.4925;MQ=48.21;MQ0=0;MQRankSum=4.517;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.250;SB=-361.174;SBQD=-4.781;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1017;VQSLOD=-16.5691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:486,0,843
|
|
1 43398396 rs3820548 A G 2186.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7852;MQ=54.38;MQ0=0;QD=29.95;SB=-1266.165;SBQD=1.171;SBpi=-0.1756;SBpiQual=-0.1898;VQSLOD=4.7321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2219,181,0
|
|
1 43403671 rs841846 C T 735.83 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-428.067;SBQD=0.673;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1507;VQSLOD=5.0003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:766,0,1502
|
|
1 43451215 rs12124652 C T 1336.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;QD=29.06;SB=-584.248;SBQD=4.605;SBpi=0.8847;SBpiQual=1.1766;VQSLOD=7.0135 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1370,105,0
|
|
1 43451655 rs12145014 T G 2437.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.61;MQ0=1;QD=32.94;SB=-1207.001;SBQD=2.541;SBpi=-0.5812;SBpiQual=-0.5290;VQSLOD=7.6588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2471,202,0
|
|
1 43458423 . G A 1098.87 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.561;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-613.093;SBQD=1.566;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.2304;VQSLOD=5.9176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1129,0,1034
|
|
1 43480610 rs564193 A G 753.64 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.700;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.693;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-294.256;SBQD=-5.137;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.7412;VQSLOD=3.5729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:784,0,923
|
|
1 43502723 . A G 616.45 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.355;DP=59;Dels=0.00;FS=1.037;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.418;SB=-288.402;SBQD=-5.437;SBpi=-0.8839;SBpiQual=-1.1305;VQSLOD=4.0278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:646,0,508
|
|
1 43516074 rs34816785 A T 1215.35 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.951;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.185;HRun=0;HaplotypeScore=3.5322;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=16.20;ReadPosRankSum=1.484;SB=-563.242;SBQD=-0.555;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.4378;VQSLOD=3.5569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:75:99:1245,0,939
|
|
1 43523932 rs35730452 C A 715.71 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.758;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.665;SB=-151.089;SBQD=-1.806;SBpi=-1.6358;SBpiQual=-1.7815;VQSLOD=4.8588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:746,0,691
|
|
1 43537620 rs666837 T C 500.63 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.109;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.119;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.243;SB=-194.780;SBQD=6.131;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.7194;VQSLOD=5.3349 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:531,0,745
|
|
1 43588075 rs575842 G A 2607.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;QD=34.77;SB=-1208.571;SBQD=0.922;SBpi=-0.6351;SBpiQual=-0.5946;VQSLOD=8.6606 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2641,211,0
|
|
1 43641465 rs56384627 C G 374.07 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.028;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=6.514;HRun=0;HaplotypeScore=1.9198;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-316.245;SBQD=-4.478;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.1925;VQSLOD=4.0639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:404,0,622
|
|
1 43728259 rs6659374 T C 2921.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=34.37;SB=-1105.252;SBQD=-2.543;SBpi=-1.2474;SBpiQual=-1.4877;VQSLOD=7.5212 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2954,235,0
|
|
1 43730487 rs11210820 A C 1538.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=25.22;SB=-1080.644;SBQD=-1.142;SBpi=-0.1921;SBpiQual=-0.2368;VQSLOD=4.9251 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1571,123,0
|
|
1 43734375 rs1212462 G C 897.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.74;MQ0=0;QD=30.93;SB=-224.824;SBQD=1.747;SBpi=1.5784;SBpiQual=1.5440;VQSLOD=5.6313 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:78.21:930,78,0
|
|
1 43777852 rs1999595 C T 603.28 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.059;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=14.36;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-341.631;SBQD=2.711;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.3019;VQSLOD=5.5719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:633,0,397
|
|
1 43934876 . G T 517.50 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DP=51;Dels=0.00;FS=8.304;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.823;SB=-155.803;SBQD=8.690;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.8097;VQSLOD=3.0771 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:547,0,852
|
|
1 43949235 rs11210850 G A 343.57 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.220;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.131;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.382;SB=-234.920;SBQD=0.963;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.4911;VQSLOD=3.4852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:374,0,709
|
|
1 43958999 rs2842173 T C 646.45 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.617;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.112;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.436;SB=-336.568;SBQD=2.843;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.3023;VQSLOD=5.7541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:676,0,767
|
|
1 43962457 rs2819344 A T 315.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.067;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=5.4840;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-399.925;SBQD=0.620;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.3826;VQSLOD=-4.5743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:345,0,831
|
|
1 44026656 rs12076635 G C 2149.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=32.57;SB=-945.972;SBQD=6.736;SBpi=0.3693;SBpiQual=0.8706;VQSLOD=7.7192 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2183,186,0
|
|
1 44049947 rs3791136 C T 1993.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.22;SB=-1129.462;SBQD=-0.202;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0101;VQSLOD=6.9167 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2026,162,0
|
|
1 44050027 rs3791138 A C 1484.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=22.49;SB=-938.585;SBQD=7.040;SBpi=-0.9847;SBpiQual=-0.4266;VQSLOD=4.1782 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1518,132,0
|
|
1 44071221 rs631248 G A 1521.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;QD=28.70;SB=-770.524;SBQD=4.554;SBpi=0.3434;SBpiQual=0.5387;VQSLOD=7.0478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1554,129,0
|
|
1 44076019 rs11210887 G A 2814.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.99;MQ0=0;QD=35.62;SB=-1275.328;SBQD=-0.778;SBpi=-0.6188;SBpiQual=-0.7008;VQSLOD=7.8334 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2847,226,0
|
|
1 44133016 rs607062 T C 2986.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.77;SB=-1679.059;SBQD=0.266;SBpi=-0.2063;SBpiQual=-0.2286;VQSLOD=7.5715 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3019,241,0
|
|
1 44134077 rs3791033 T C 1461.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.26;MQ0=0;QD=25.64;SB=-745.598;SBQD=9.995;SBpi=0.1987;SBpiQual=0.8176;VQSLOD=4.7704 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1495,129,0
|
|
1 44182244 rs17531412 A G 1220.43 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.148;SB=-695.304;SBQD=2.205;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.2538;VQSLOD=5.8842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:1250,0,1018
|
|
1 44188465 rs12410155 A C 1188.89 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.245;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.719;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.193;SB=-583.719;SBQD=-1.498;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.3731;VQSLOD=6.2826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:1219,0,1515
|
|
1 44213178 rs7549094 C A 565.86 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.778;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.154;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.968;QD=12.04;ReadPosRankSum=-1.585;SB=-394.719;SBQD=2.520;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0031;VQSLOD=5.2532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:596,0,553
|
|
1 44213906 rs61768404 G A 1322.28 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.240;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-617.781;SBQD=4.207;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.4872;VQSLOD=5.4211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:1352,0,1157
|
|
1 44214888 rs56338811 A G 1212.03 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.041;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=15.34;ReadPosRankSum=1.123;SB=-546.133;SBQD=3.443;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.4965;VQSLOD=5.3873 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1242,0,1119
|
|
1 44215015 rs56367078 G T 1474.86 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.462;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.826;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.838;QD=17.56;ReadPosRankSum=0.172;SB=-785.846;SBQD=1.464;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.2992;VQSLOD=4.5648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:84:99:1505,0,957
|
|
1 44224688 . G A 218.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.332;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=5.07;ReadPosRankSum=-2.153;SB=-187.625;SBQD=2.203;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.2700;VQSLOD=0.8996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:248,0,774
|
|
1 44231481 rs56009633 T C 364.17 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.1877;MQ=58.02;MQ0=1;MQRankSum=0.250;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-246.417;SBQD=-2.038;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.5669;VQSLOD=3.1108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:394,0,349
|
|
1 44247233 rs7546040 C G 566.48 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.3355;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.887;SB=-377.546;SBQD=0.467;SBpi=-0.0962;SBpiQual=0.0614;VQSLOD=3.0774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:596,0,1061
|
|
1 44247398 rs803962 C T 2636.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=31.39;SB=-1200.119;SBQD=2.423;SBpi=1.0911;SBpiQual=1.3189;VQSLOD=7.3822 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2670,205,0
|
|
1 44254402 rs6691988 G A 3813.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.32;SB=-1677.093;SBQD=0.081;SBpi=0.9271;SBpiQual=1.0023;VQSLOD=8.7178 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3813,298,0
|
|
1 44269208 rs6670344 A G 2711.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=30.46;SB=-1144.629;SBQD=-4.106;SBpi=1.3250;SBpiQual=0.9521;VQSLOD=6.9547 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2744,250,0
|
|
1 44272776 . T G 45.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.281;DP=47;Dels=0.00;FS=34.110;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=0.96;ReadPosRankSum=-3.222;SB=78.230;SBQD=8.337;SBpi=2.0000;SBpiQual=1.4405;VQSLOD=-4.5909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:75.18:75,0,996
|
|
1 44281948 rs37467 G A 2818.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.52;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1194.180;SBQD=0.972;SBpi=0.8944;SBpiQual=0.9003;VQSLOD=8.6967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2852,226,0
|
|
1 44303329 rs3011218 T A 2237.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.06;MQ0=0;QD=32.43;SB=-1251.762;SBQD=-0.689;SBpi=-0.0602;SBpiQual=-0.1491;VQSLOD=7.6888 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2270,184,0
|
|
1 44306422 rs2906471 C T 988.08 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.645;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3666;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.258;SB=-468.241;SBQD=0.845;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6090;VQSLOD=4.8216 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1018,0,900
|
|
1 44314553 rs713191 A G 965.57 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=10.290;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.596;QD=13.41;ReadPosRankSum=1.912;SB=-415.899;SBQD=-7.933;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8305;VQSLOD=4.2230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:996,0,1042
|
|
1 44315179 rs2906469 G A 1324.13 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.675;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.023;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-476.544;SBQD=-4.402;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-1.0292;VQSLOD=5.1983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1354,0,1224
|
|
1 44352458 rs803676 A G 2571.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=35.71;SB=-1115.019;SBQD=-1.441;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.8069;VQSLOD=7.9847 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2604,205,0
|
|
1 44370590 . C T 34.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DP=32;Dels=0.00;FS=7.104;HRun=2;HaplotypeScore=25.0921;MQ=33.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.536;SB=36.086;SBQD=1.416;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.1218;VQSLOD=-17.4920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,4:32:64.49:64,0,142
|
|
1 44379099 rs946237 T G 1863.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.69;SB=-882.010;SBQD=-8.648;SBpi=0.0662;SBpiQual=-0.5222;VQSLOD=7.4807 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1896,162,0
|
|
1 44379957 rs6674176 G A 2304.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.45;SB=-1117.831;SBQD=0.225;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.2914;VQSLOD=8.2764 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2337,187,0
|
|
1 44438974 rs7161 C T 2647.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=34.84;SB=-963.519;SBQD=-3.844;SBpi=-1.2618;SBpiQual=-1.5507;VQSLOD=7.8519 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2681,211,0
|
|
1 44480093 rs3791129 G A 765.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9385;MQ=58.53;MQ0=0;QD=19.15;SB=-595.702;SBQD=3.937;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.4015;VQSLOD=4.3987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:66.19:799,66,0
|
|
1 44497249 rs12037805 T C 488.10 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=2.4471;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.534;SB=-256.063;SBQD=4.105;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.6393;VQSLOD=3.3813 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:518,0,247
|
|
1 44507222 rs4469748 A G 1947.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=56.85;MQ0=0;QD=27.83;SB=-1028.765;SBQD=-6.747;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4665;VQSLOD=5.7083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1981,174,0
|
|
1 44515445 rs2057966 G A 1086.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=58.43;MQ0=0;QD=14.68;SB=-1198.783;SBQD=2.793;SBpi=-0.5812;SBpiQual=-0.4409;VQSLOD=4.9257 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1119,105,0
|
|
1 44520113 rs11210948 A G 1531.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3782;MQ=56.15;MQ0=0;QD=27.84;SB=-716.302;SBQD=-9.492;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.8712;VQSLOD=4.7457 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1564,135,0
|
|
1 44531167 . T C 327.91 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.601;DP=37;Dels=0.00;FS=14.373;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.535;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.046;SB=-161.442;SBQD=-7.756;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.9763;VQSLOD=1.8167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:358,0,647
|
|
1 44532019 rs7516320 A C 835.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.376;HRun=6;HaplotypeScore=19.1118;MQ=54.79;MQ0=0;MQRankSum=3.414;QD=16.71;ReadPosRankSum=4.571;SB=-364.219;SBQD=-2.408;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8872;VQSLOD=-18.4126 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,36:50:75.22:868,75,0
|
|
1 44532939 rs4660265 C T 3152.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.92;MQ0=0;QD=35.42;SB=-1481.407;SBQD=-1.813;SBpi=-0.4770;SBpiQual=-0.6309;VQSLOD=6.9496 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3185,250,0
|
|
1 44534252 rs16831607 T G 636.24 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.233;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.651;SB=-301.629;SBQD=1.518;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.5190;VQSLOD=5.4906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:666,0,677
|
|
1 44535401 rs11210949 T C 2381.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.45;MQ0=0;QD=35.02;SB=-1129.306;SBQD=1.051;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.5760;VQSLOD=7.6174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2415,187,0
|
|
1 44546553 . A G 1424.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;QD=29.68;SB=-683.059;SBQD=2.391;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.6953;VQSLOD=5.3513 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1458,120,0
|
|
1 44581738 rs600450 G A 1209.61 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=7.958;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=16.35;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-444.431;SBQD=6.266;SBpi=0.8807;SBpiQual=0.8439;VQSLOD=5.6192 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1240,0,1091
|
|
1 44602700 rs2190441 A G 817.60 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-421.370;SBQD=-1.400;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6236;VQSLOD=3.7857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:848,0,818
|
|
1 44632276 rs803376 A G 676.52 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.737;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=13.53;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-261.047;SBQD=-4.327;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.6475;VQSLOD=4.9471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:707,0,623
|
|
1 44651717 rs803374 C T 470.60 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.298;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-230.001;SBQD=2.828;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.4938;VQSLOD=4.4834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:501,0,762
|
|
1 44664827 rs1636880 C T 1246.58 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.885;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.867;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-464.443;SBQD=2.324;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.1794;VQSLOD=4.2259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:1277,0,1204
|
|
1 44746217 . G A 912.40 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.683;DP=83;Dels=0.00;FS=9.040;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.179;SB=-444.826;SBQD=-6.916;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5672;VQSLOD=5.7004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:942,0,1243
|
|
1 44766615 rs325153 G A 1466.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=27.68;ReadPosRankSum=1.133;SB=-853.410;SBQD=-0.380;SBpi=-0.2774;SBpiQual=-0.3887;VQSLOD=5.9704 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:91.82:1500,92,0
|
|
1 44804161 rs226064 A G 2632.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.44;MQ0=0;QD=32.10;SB=-1455.299;SBQD=2.632;SBpi=-0.3313;SBpiQual=-0.1533;VQSLOD=6.4965 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2666,214,0
|
|
1 44902226 rs1417369 A G 2080.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;QD=32.51;SB=-818.878;SBQD=-7.127;SBpi=-0.6250;SBpiQual=-1.0631;VQSLOD=7.8856 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2114,183,0
|
|
1 44902285 rs6429540 A G 2438.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.88;MQ0=0;QD=30.87;SB=-1313.688;SBQD=-4.976;SBpi=0.3938;SBpiQual=-0.0341;VQSLOD=7.0539 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2472,220,0
|
|
1 44932905 rs6673602 T C 1928.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.438;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=29.67;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-876.026;SBQD=6.888;SBpi=0.3750;SBpiQual=0.7044;VQSLOD=6.7956 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1962,145,0
|
|
1 44957492 rs11211009 C T 973.32 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.803;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=7.890;HRun=0;HaplotypeScore=1.7675;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.928;SB=-470.533;SBQD=6.046;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4045;VQSLOD=5.5019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1003,0,911
|
|
1 44970951 . G T 734.78 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=66;Dels=0.00;FS=0.941;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-379.008;SBQD=-1.093;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.3986;VQSLOD=5.4041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:765,0,1152
|
|
1 44972842 rs781773 T C 1781.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=30.19;SB=-869.622;SBQD=0.482;SBpi=-0.8462;SBpiQual=-0.8315;VQSLOD=7.5954 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1814,144,0
|
|
1 44980434 rs12732315 C G 1428.63 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.776;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=15.70;ReadPosRankSum=1.094;SB=-490.015;SBQD=3.138;SBpi=1.0321;SBpiQual=1.1808;VQSLOD=4.8216 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:1459,0,1375
|
|
1 45005996 rs272570 G A 2678.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5700;MQ=59.29;MQ0=0;QD=33.90;SB=-1450.088;SBQD=-1.408;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.1720;VQSLOD=6.6936 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2711,214,0
|
|
1 45088629 rs28453885 G A 1024.48 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.886;HRun=0;HaplotypeScore=2.5114;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.205;SB=-442.090;SBQD=0.139;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.7155;VQSLOD=4.9208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:1054,0,1090
|
|
1 45135990 rs34948326 G A 490.67 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.331;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-228.401;SBQD=-0.113;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.8086;VQSLOD=5.5298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:521,0,583
|
|
1 45136966 . T G 84.51 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.665;DP=51;Dels=0.00;FS=21.676;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.999;SB=48.140;SBQD=3.289;SBpi=2.3979;SBpiQual=1.4491;VQSLOD=-5.2795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:115,0,452
|
|
1 45168810 rs10890312 G A 990.44 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.477;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.408;SB=-534.817;SBQD=0.419;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.3110;VQSLOD=3.7264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1020,0,1231
|
|
1 45178412 rs58136390 T C 522.92 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.687;HRun=1;HaplotypeScore=1.9305;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=1.625;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-40.144;SBQD=10.424;SBpi=1.7889;SBpiQual=1.9682;VQSLOD=2.0751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:553,0,758
|
|
1 45191644 . A G 359.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.482;DP=54;Dels=0.00;FS=2.533;HRun=0;HaplotypeScore=1.8237;MQ=48.00;MQ0=0;MQRankSum=-6.275;QD=6.66;ReadPosRankSum=2.811;SB=-145.655;SBQD=3.656;SBpi=1.2247;SBpiQual=0.9495;VQSLOD=-6.9795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:390,0,950
|
|
1 45217422 rs6685176 T C 1279.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.39;MQ0=0;QD=27.81;SB=-534.842;SBQD=8.625;SBpi=0.7372;SBpiQual=1.2144;VQSLOD=4.8434 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1312,108,0
|
|
1 45219952 rs6689911 A C 778.69 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.244;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=11.62;ReadPosRankSum=1.072;SB=-469.327;SBQD=-1.044;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.2640;VQSLOD=5.6990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:809,0,964
|
|
1 45237511 . C T 40.76 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.605;DP=63;Dels=0.00;FS=18.128;HRun=6;HaplotypeScore=19.2355;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.437;SB=46.557;SBQD=3.896;SBpi=1.2618;SBpiQual=1.2687;VQSLOD=-23.0989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,19:63:70.75:71,0,593
|
|
1 45279716 rs11584031 G C 1697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.2215;MQ=58.75;MQ0=0;QD=32.63;SB=-843.807;SBQD=2.292;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.2923;VQSLOD=4.7721 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1730,141,0
|
|
1 45284555 rs12564747 A G 761.53 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.23;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.719;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=9.143;HRun=0;HaplotypeScore=64.4299;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=12.28;ReadPosRankSum=3.768;SB=-711.992;SBQD=10.007;SBpi=-0.2887;SBpiQual=0.0215;VQSLOD=-96.4636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,47:62:99:792,0,180
|
|
1 45301735 rs11573562 G A 681.21 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.485;HRun=1;HaplotypeScore=1.8136;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.867;SB=-351.083;SBQD=-3.241;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.4176;VQSLOD=5.1826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:711,0,602
|
|
1 45312267 . T A 1059.29 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.187;DP=83;Dels=0.00;FS=5.698;HRun=3;HaplotypeScore=1.8288;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=12.76;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-711.127;SBQD=-4.949;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0485;VQSLOD=2.6559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1089,0,1083
|
|
1 45341981 . T C 135.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=29.98;MQ0=0;MQRankSum=1.427;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.042;SB=-61.274;SBQD=3.364;SBpi=-1.2481;SBpiQual=-0.9571;VQSLOD=1.2391 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:71.99:165,0,72
|
|
1 45344215 rs11211051 G A 567.02 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.317;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.613;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=1.157;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.127;SB=-247.991;SBQD=-7.665;SBpi=-1.3720;SBpiQual=-1.5022;VQSLOD=4.2736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:597,0,697
|
|
1 45387570 rs4543841 T A 645.26 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.552;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.242;HRun=0;HaplotypeScore=47.6446;MQ=60.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.541;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-403.974;SBQD=5.058;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1010;VQSLOD=-57.7537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:675,0,1196
|
|
1 45397100 rs12755554 T C 1152.40 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8273;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=14.97;ReadPosRankSum=0.688;SB=-599.877;SBQD=-1.180;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.2581;VQSLOD=5.0787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1182,0,1148
|
|
1 45400263 . A G 512.88 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.760;DP=45;Dels=0.00;FS=1.482;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-129.468;SBQD=2.890;SBpi=1.4289;SBpiQual=1.2754;VQSLOD=3.0197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:45:99:543,0,599
|
|
1 45427152 . C T 906.39 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.365;DP=58;Dels=0.00;FS=15.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.673;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.584;SB=-265.058;SBQD=-12.782;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-1.0478;VQSLOD=4.1168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:936,0,716
|
|
1 45433138 . C T 125.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.917;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.10;MQ0=1;MQRankSum=0.313;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.675;SB=-182.447;SBQD=-2.464;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.5459;VQSLOD=0.0469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:47:99:155,0,582
|
|
1 45441294 . A G 1324.12 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.477;DP=95;Dels=0.00;FS=0.790;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-635.926;SBQD=0.837;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.4560;VQSLOD=3.7337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:1354,0,1452
|
|
1 45443337 rs183809 A T 864.58 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.587;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=2.577;QD=16.95;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-509.274;SBQD=-3.428;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1108;VQSLOD=5.1639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:895,0,476
|
|
1 45450705 rs11806079 C T 483.57 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.842;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-159.729;SBQD=4.087;SBpi=0.9820;SBpiQual=1.0742;VQSLOD=3.0217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:514,0,511
|
|
1 45458588 rs12082902 C T 58.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.270;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=10.371;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.505;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.411;SB=-91.173;SBQD=-9.691;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.5425;VQSLOD=0.6679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:88.33:88,0,454
|
|
1 45479709 rs2228084 A G 700.99 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.726;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.975;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.035;SB=-356.283;SBQD=-2.015;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.3397;VQSLOD=5.8632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:731,0,854
|
|
1 45489142 rs4660833 C T 1054.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;DB;DP=59;Dels=0.05;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=7.6430;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=17.00;ReadPosRankSum=1.674;SB=-945.376;SBQD=-5.880;SBpi=0.5252;SBpiQual=0.2702;VQSLOD=-7.8474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1087,99,0
|
|
1 45496148 rs12724597 C A 539.39 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.625;SB=-60.595;SBQD=9.100;SBpi=1.7889;SBpiQual=1.8721;VQSLOD=3.6853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:569,0,747
|
|
1 45503586 rs2050868 T C 2702.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.56;SB=-1355.451;SBQD=-0.159;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.3501;VQSLOD=8.8294 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2735,214,0
|
|
1 45513940 rs55741524 G A 1217.05 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.881;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.351;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-386.907;SBQD=5.911;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.2923;VQSLOD=4.2395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1247,0,1284
|
|
1 45545002 rs346697 T A 507.25 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.687;HRun=0;HaplotypeScore=3.1435;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.325;SB=-290.049;SBQD=-2.733;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.1038;VQSLOD=3.3802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:61:99:537,0,1153
|
|
1 45560990 rs11211077 G A 806.09 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.326;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9891;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=2.482;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-331.392;SBQD=1.190;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7386;VQSLOD=4.6847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:836,0,1000
|
|
1 45592431 rs1226722 G A 1084.30 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.468;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.464;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=13.22;ReadPosRankSum=0.459;SB=-655.265;SBQD=4.526;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0290;VQSLOD=4.4982 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1114,0,1083
|
|
1 45595156 rs1226727 T C 796.48 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.725;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.958;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-475.257;SBQD=-0.094;SBpi=-0.2535;SBpiQual=0.0937;VQSLOD=5.5696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:826,0,1037
|
|
1 45638486 rs1226749 T C 1651.75 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.106;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=2.528;HRun=0;HaplotypeScore=1.9960;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.435;SB=-790.659;SBQD=5.291;SBpi=-0.0651;SBpiQual=0.2950;VQSLOD=5.5433 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:107:99:1682,0,1537
|
|
1 45639741 rs1226748 A G 942.19 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.139;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.168;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=58.62;MQ0=1;MQRankSum=0.149;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-393.861;SBQD=-3.577;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.7876;VQSLOD=5.0862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:972,0,1124
|
|
1 45645901 rs1226733 C T 536.63 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.360;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.202;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=47.43;MQ0=6;MQRankSum=-1.856;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-213.313;SBQD=-2.376;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0767;VQSLOD=3.6518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:567,0,610
|
|
1 45645957 rs1226734 T C 305.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.584;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.892;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=47.17;MQ0=1;MQRankSum=-3.119;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.822;SB=-89.087;SBQD=-5.394;SBpi=-0.1091;SBpiQual=0.0259;VQSLOD=1.1182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:335,0,887
|
|
1 45694672 rs2997461 A G 3327.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5750;MQ=59.38;MQ0=0;QD=33.96;SB=-1506.415;SBQD=-0.812;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7096;VQSLOD=4.1981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3327,271,0
|
|
1 45815580 rs9429074 A G 976.75 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.151;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.992;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-495.682;SBQD=-6.775;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4717;VQSLOD=5.4867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1007,0,1196
|
|
1 45838756 rs55893155 C T 1484.79 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.587;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=8.810;HRun=0;HaplotypeScore=2.5608;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.284;SB=-850.941;SBQD=4.263;SBpi=0.0674;SBpiQual=-0.1340;VQSLOD=5.0673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,55:95:99:1515,0,715
|
|
1 45861781 rs2487444 A T 1987.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.55;SB=-1069.655;SBQD=-2.816;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.4007;VQSLOD=3.7160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2021,165,0
|
|
1 45867753 . T A 857.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.784;DP=94;Dels=0.00;FS=2.935;HRun=9;HaplotypeScore=3.8913;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-441.258;SBQD=4.946;SBpi=1.2481;SBpiQual=1.6625;VQSLOD=-3.1701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:887,0,1058
|
|
1 45888576 rs1691220 C G 1486.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.10;MQ0=0;QD=28.59;SB=-938.993;SBQD=0.872;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0264;VQSLOD=5.4524 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1520,123,0
|
|
1 45890399 rs781232 C T 1194.81 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.188;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.800;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=14.94;ReadPosRankSum=-1.460;SB=-666.306;SBQD=2.935;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1186;VQSLOD=5.7667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1225,0,1047
|
|
1 45935056 rs781058 G C 939.82 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.539;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-549.899;SBQD=-0.748;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.6793;VQSLOD=5.2851 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:970,0,1053
|
|
1 45966298 rs12042903 A G 1875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ=53.62;MQ0=1;QD=32.34;SB=-794.307;SBQD=-4.715;SBpi=-0.5252;SBpiQual=-0.6106;VQSLOD=6.2087 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1909,159,0
|
|
1 45969036 rs12145526 G C 1834.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6492;MQ=58.84;MQ0=0;QD=30.57;SB=-473.614;SBQD=-7.582;SBpi=-1.9365;SBpiQual=-2.3097;VQSLOD=3.8918 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1867,150,0
|
|
1 45984108 rs4660866 T C 877.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.16;MQ0=0;QD=26.59;SB=-541.622;SBQD=-4.257;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3225;VQSLOD=4.6858 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78.21:911,78,0
|
|
1 45998157 rs2993258 G C 2196.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;QD=34.32;SB=-868.721;SBQD=-1.364;SBpi=-1.1250;SBpiQual=-1.2405;VQSLOD=7.6020 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2229,175,0
|
|
1 46100394 rs10890335 G C 2902.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.28;SB=-1370.374;SBQD=1.180;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.4110;VQSLOD=8.0185 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2936,232,0
|
|
1 46101806 rs6694889 A C 2493.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.40;MQ0=0;QD=35.62;SB=-1217.764;SBQD=-3.026;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.2933;VQSLOD=6.8729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2526,202,0
|
|
1 46108491 rs11211145 A C 2678.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1008.620;SBQD=1.765;SBpi=1.2618;SBpiQual=1.4429;VQSLOD=7.8179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2712,214,0
|
|
1 46119373 rs12022673 T C 1655.92 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=35.7266;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=2.091;QD=20.96;ReadPosRankSum=1.903;SB=-756.356;SBQD=6.692;SBpi=1.1119;SBpiQual=1.4292;VQSLOD=-26.1986 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:79:99:1689,171,0
|
|
1 46163733 rs3014247 A G 1643.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.6159;MQ=58.34;MQ0=0;QD=28.84;SB=-825.144;SBQD=-6.783;SBpi=0.8609;SBpiQual=0.2992;VQSLOD=4.4220 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1677,150,0
|
|
1 46164846 rs10749856 A T 2166.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=36.72;SB=-1023.794;SBQD=3.407;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.4465;VQSLOD=8.6963 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2199,172,0
|
|
1 46248143 rs10749857 C T 1775.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=58.41;MQ0=0;QD=32.29;SB=-930.834;SBQD=0.504;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.3772;VQSLOD=6.0484 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1809,144,0
|
|
1 46249386 rs11211183 T C 1849.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.50;MQ0=0;QD=31.35;SB=-902.819;SBQD=-2.074;SBpi=-0.5859;SBpiQual=-0.6522;VQSLOD=6.3692 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1883,159,0
|
|
1 46285610 rs7546237 A C 2284.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1055.212;SBQD=0.415;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.6086;VQSLOD=8.2301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2317,184,0
|
|
1 46287371 rs4994390 A G 1713.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4521;MQ=56.53;MQ0=0;QD=29.04;SB=-1000.694;SBQD=-0.015;SBpi=-0.1953;SBpiQual=-0.2296;VQSLOD=4.8104 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1746,144,0
|
|
1 46347813 rs11211215 A G 1558.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.78;MQ0=0;QD=29.41;SB=-542.125;SBQD=-8.402;SBpi=-1.0302;SBpiQual=-1.4716;VQSLOD=5.9516 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1592,138,0
|
|
1 46371596 rs9787412 C T 2249.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.98;MQ0=0;QD=37.50;SB=-888.107;SBQD=0.628;SBpi=0.9037;SBpiQual=0.9896;VQSLOD=6.6850 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2283,178,0
|
|
1 46376690 rs4518839 G T 2169.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=28.18;SB=-1353.083;SBQD=-2.687;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.4153;VQSLOD=4.9383 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2203,181,0
|
|
1 46449918 rs4460583 C G 2512.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=29.56;SB=-965.161;SBQD=-1.581;SBpi=-1.6812;SBpiQual=-1.7903;VQSLOD=5.7361 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2546,202,0
|
|
1 46480440 rs10449767 T A 1293.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.09;MQ0=14;QD=17.02;SB=-274.472;SBQD=-11.096;SBpi=-1.7206;SBpiQual=-1.9877;VQSLOD=3.1868 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1326,117,0
|
|
1 46487168 rs946526 T C 3004.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5253;MQ=59.36;MQ0=0;QD=31.63;SB=-1517.967;SBQD=1.888;SBpi=0.4617;SBpiQual=0.5976;VQSLOD=7.0306 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3038,244,0
|
|
1 46573739 rs61782915 C T 2277.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=35.05;SB=-975.161;SBQD=-0.350;SBpi=-0.9303;SBpiQual=-1.0033;VQSLOD=7.8929 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2311,178,0
|
|
1 46609106 rs785474 G C 1753.08 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=42.8038;MQ=39.74;MQ0=0;QD=28.74;SB=-730.073;SBQD=1.462;SBpi=-1.0883;SBpiQual=-0.7540;VQSLOD=-43.3336 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1786,165,0
|
|
1 46641827 rs12030928 A G 1403.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=55.50;MQ0=0;QD=28.08;SB=-665.103;SBQD=-2.943;SBpi=-0.5657;SBpiQual=-0.7836;VQSLOD=6.1297 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1437,126,0
|
|
1 46705106 rs12141269 C T 2559.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1355.634;SBQD=-1.669;SBpi=0.1756;SBpiQual=0.0420;VQSLOD=9.1605 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2592,205,0
|
|
1 46886782 rs324422 C T 1381.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=31.40;SB=-806.312;SBQD=-0.401;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1742;VQSLOD=7.7629 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1415,111,0
|
|
1 46989169 rs1267306 T C 1392.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.64;SB=-704.175;SBQD=0.971;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5125;VQSLOD=6.6160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1425,114,0
|
|
1 47023531 rs8602 C A 2914.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=33.89;SB=-954.569;SBQD=-3.078;SBpi=-1.8332;SBpiQual=-2.1211;VQSLOD=7.9692 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2947,232,0
|
|
1 47068584 rs12022855 C T 2216.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.37;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1030.613;SBQD=2.988;SBpi=0.3750;SBpiQual=0.4733;VQSLOD=8.8947 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2250,181,0
|
|
1 47071176 rs3753359 G C 1797.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.5650;MQ=55.77;MQ0=0;QD=29.00;SB=-1050.646;SBQD=1.161;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.2810;VQSLOD=4.6154 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1831,150,0
|
|
1 47093713 rs6668899 A C 1644.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.17;MQ0=0;QD=29.91;SB=-777.643;SBQD=-2.372;SBpi=-0.6068;SBpiQual=-0.7727;VQSLOD=6.5028 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1678,138,0
|
|
1 47109916 rs1258056 T C 2204.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.13;SB=-1157.260;SBQD=0.066;SBpi=-0.0640;SBpiQual=-0.0632;VQSLOD=8.3571 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2237,175,0
|
|
1 47256478 rs596400 C G 1640.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.86;MQ0=0;QD=24.86;SB=-923.291;SBQD=4.682;SBpi=0.7385;SBpiQual=1.0468;VQSLOD=4.0205 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1674,132,0
|
|
1 47259138 rs863915 T C 2395.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;QD=31.94;SB=-1074.122;SBQD=-1.637;SBpi=-0.9815;SBpiQual=-1.1382;VQSLOD=6.8686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2429,193,0
|
|
1 47280884 rs4646491 C T 1944.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;QD=32.95;SB=-1024.868;SBQD=0.612;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.3521;VQSLOD=8.2965 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1977,156,0
|
|
1 47281780 rs3766198 C A 2324.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.072;QD=27.03;ReadPosRankSum=1.031;SB=-1067.547;SBQD=6.958;SBpi=1.0304;SBpiQual=1.4630;VQSLOD=5.5873 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2358,187,0
|
|
1 47298518 . G C 2732.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=35.48;SB=-1251.471;SBQD=0.707;SBpi=0.6268;SBpiQual=0.7001;VQSLOD=7.4587 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2765,217,0
|
|
1 47317842 . A G 1997.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4787;MQ=47.90;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=27.00;ReadPosRankSum=0.119;SB=-831.551;SBQD=6.578;SBpi=0.4096;SBpiQual=-0.0158;VQSLOD=3.4043 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:2031,186,0
|
|
1 47320815 rs4454478 G T 301 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;DB;DP=117;Dels=0.00;FS=11.822;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=54.27;MQ0=4;MQRankSum=-1.708;QD=2.57;ReadPosRankSum=2.161;SB=3.761;SBQD=4.550;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.1371;VQSLOD=-1.5060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,23:117:99:331,0,3107
|
|
1 47340815 rs3899426 T C 502.25 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.018;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=15.524;HRun=0;HaplotypeScore=2.7801;MQ=34.66;MQ0=9;MQRankSum=-1.026;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.915;SB=-300.951;SBQD=-2.875;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.0292;VQSLOD=2.6031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:532,0,897
|
|
1 47358939 . A G 224.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=8.53;MQ0=69;QD=2.84;SB=-70.368;SBQD=2.964;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.3050;VQSLOD=-0.8211 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,28:79:27.02:257,27,0
|
|
1 47383977 rs4532776 A G 2183.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.44;MQ0=5;QD=28.36;SB=-1119.695;SBQD=-12.042;SBpi=0.4650;SBpiQual=-0.0695;VQSLOD=5.9698 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:77:99:2217,195,0
|
|
1 47388720 rs4468106 G A 3045.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.23;MQ0=0;QD=35.00;SB=-1568.872;SBQD=-1.809;SBpi=-0.1608;SBpiQual=-0.2837;VQSLOD=7.4137 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3078,238,0
|
|
1 47410549 . G A 923.21 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.808;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-477.315;SBQD=-0.931;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1926;VQSLOD=4.9200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:953,0,1132
|
|
1 47413844 rs12031766 C T 1004.19 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.215;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=12.493;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.212;QD=14.55;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-466.766;SBQD=-9.548;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7559;VQSLOD=5.2026 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1034,0,938
|
|
1 47416168 rs10789495 T C 119.03 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.545;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.246;HRun=0;HaplotypeScore=1.9120;MQ=45.89;MQ0=3;MQRankSum=1.027;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.068;SB=-21.574;SBQD=11.587;SBpi=0.7071;SBpiQual=1.0548;VQSLOD=3.6485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:149,0,155
|
|
1 47429110 rs2202224 A G 801.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.875;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.904;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.73;MQ0=0;MQRankSum=-4.414;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-331.944;SBQD=-1.900;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.9261;VQSLOD=0.2854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:832,0,1222
|
|
1 47430618 . T C 362.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=56;Dels=0.00;FS=7.811;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-3.197;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-221.957;SBQD=-6.186;SBpi=-1.0585;SBpiQual=-0.9926;VQSLOD=-0.2784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:393,0,689
|
|
1 47472256 rs9659164 T G 878.37 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.409;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.211;SB=-318.385;SBQD=1.664;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.9540;VQSLOD=5.3025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:908,0,748
|
|
1 47484728 rs1827474 C T 1456.53 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.445;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=2.758;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.167;SB=-543.441;SBQD=-5.081;SBpi=-0.9899;SBpiQual=-1.2057;VQSLOD=5.3370 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:99:99:1487,0,1443
|
|
1 47489786 rs2036462 T C 576.20 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.592;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.143;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.885;SB=-272.964;SBQD=4.026;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.5816;VQSLOD=4.9493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:606,0,595
|
|
1 47490974 rs1553391 C A 949.46 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.472;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.547;HRun=0;HaplotypeScore=2.6921;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=12.33;ReadPosRankSum=2.068;SB=-478.806;SBQD=-5.895;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-1.0149;VQSLOD=4.2934 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:77:99:979,0,582
|
|
1 47500563 rs9701868 T C 950.67 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.083;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.891;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-462.458;SBQD=1.855;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.1938;VQSLOD=5.9688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:981,0,1395
|
|
1 47506841 rs1117514 T C 874.63 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.844;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.175;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.978;SB=-416.857;SBQD=-3.111;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.1726;VQSLOD=4.7928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:85:99:905,0,1647
|
|
1 47521024 . A T 1071.68 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.614;DP=73;Dels=0.00;FS=22.691;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=50.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.303;SB=-124.730;SBQD=-16.548;SBpi=-1.8906;SBpiQual=-2.1360;VQSLOD=1.5967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1102,0,1132
|
|
1 47524264 rs9728169 C A 1139.23 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.774;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9962;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-525.429;SBQD=-0.105;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.6040;VQSLOD=5.1720 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:1169,0,1161
|
|
1 47526143 rs35187122 A G 327 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.522;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.605;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.230;QD=6.29;ReadPosRankSum=-3.301;SB=-112.130;SBQD=2.575;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.5204;VQSLOD=-1.4788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:52:99:357,0,1220
|
|
1 47538746 . A C 68.27 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.98;MQ0=4;QD=9.75;SB=-0.007;SBQD=-9.753;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.4376;VQSLOD=1.9875 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9.02:100,9,0
|
|
1 47539797 . A G 3483.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.94;MQ0=1;QD=28.55;SB=-1508.391;SBQD=-2.874;SBpi=-0.9959;SBpiQual=-1.0624;VQSLOD=4.8657 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:122:99:3482,322,0
|
|
1 47565606 rs4525083 T A 416.16 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=56.04;MQ0=2;MQRankSum=-1.972;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.760;SB=-267.227;SBQD=-0.286;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.1493;VQSLOD=2.2111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,22:70:99:446,0,1461
|
|
1 47568952 rs4926777 A G 905.13 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.628;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.878;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.955;SB=-444.080;SBQD=-1.365;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.4588;VQSLOD=5.0583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:935,0,1501
|
|
1 47569292 rs10890456 G A 392.24 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.889;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=11.451;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-250.943;SBQD=8.866;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3732;VQSLOD=3.2835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:422,0,368
|
|
1 47572176 rs4926806 G A 862.45 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.636;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.205;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=13.91;ReadPosRankSum=1.164;SB=-499.200;SBQD=6.801;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0624;VQSLOD=5.0824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:892,0,449
|
|
1 47576052 rs2758721 A G 362.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=67.328;HRun=0;HaplotypeScore=2.9437;MQ=45.19;MQ0=5;MQRankSum=-4.114;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.395;SB=81.210;SBQD=14.906;SBpi=1.9809;SBpiQual=2.0741;VQSLOD=-1.6276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:393,0,1162
|
|
1 47576204 rs11211454 G A 289.28 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.321;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.92;MQ0=1;MQRankSum=-0.606;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.606;SB=-168.840;SBQD=-2.585;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.2995;VQSLOD=3.9299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:41:99:319,0,885
|
|
1 47580170 rs6669799 G C 778.41 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=5.792;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.53;MQ0=8;MQRankSum=-0.458;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-363.043;SBQD=-3.381;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4576;VQSLOD=5.0118 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:808,0,725
|
|
1 47614924 rs1126748 C T 265.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.288;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=15.104;HRun=1;HaplotypeScore=7.7689;MQ=45.07;MQ0=4;MQRankSum=-3.585;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.141;SB=14.426;SBQD=-8.284;SBpi=-1.8190;SBpiQual=-1.9906;VQSLOD=-5.6994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,17:50:99:295,0,752
|
|
1 47614992 . A G 275.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DP=84;Dels=0.00;FS=16.085;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.03;MQ0=11;MQRankSum=-0.085;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.124;SB=-43.418;SBQD=8.154;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4362;VQSLOD=1.1315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,24:84:99:305,0,1673
|
|
1 47624358 rs4927130 C T 1368.83 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.713;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=11.183;HRun=1;HaplotypeScore=3.9560;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=19.55;ReadPosRankSum=0.788;SB=-704.059;SBQD=-6.661;SBpi=-0.3647;SBpiQual=-0.2740;VQSLOD=3.0355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,47:70:99:1399,0,671
|
|
1 47636339 . T C 268.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DP=61;Dels=0.00;FS=15.172;HRun=0;HaplotypeScore=1.8835;MQ=39.20;MQ0=3;MQRankSum=-5.949;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.117;SB=-23.664;SBQD=7.919;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2804;VQSLOD=-5.6319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:298,0,978
|
|
1 47648373 rs2821076 A T 1716.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.2861;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=27.24;ReadPosRankSum=1.006;SB=-1124.697;SBQD=-0.930;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0479;VQSLOD=3.1259 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1749,141,0
|
|
1 47651494 rs56386473 C A 760.19 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.789;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.024;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.393;SB=-409.973;SBQD=3.358;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5052;VQSLOD=6.1409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:790,0,514
|
|
1 47651615 rs2798354 T C 1247.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=24.46;SB=-512.673;SBQD=5.897;SBpi=1.1902;SBpiQual=1.5348;VQSLOD=3.2755 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1281,105,0
|
|
1 47667857 rs2821083 G A 1162.49 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.506;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.773;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=16.85;ReadPosRankSum=-2.354;SB=-580.842;SBQD=-6.450;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4410;VQSLOD=3.9642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1192,0,765
|
|
1 47690438 rs2984618 G T 417.85 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.768;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.723;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.122;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-238.841;SBQD=-4.623;SBpi=-1.0585;SBpiQual=-1.0555;VQSLOD=1.9665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:448,0,838
|
|
1 47713319 rs12730819 G A 1908.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.65;MQ0=0;QD=36.01;SB=-777.554;SBQD=-2.449;SBpi=-0.7555;SBpiQual=-0.9406;VQSLOD=7.5189 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1941,153,0
|
|
1 47724533 rs2821090 C T 1004.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;QD=29.55;SB=-220.941;SBQD=-3.949;SBpi=-1.8865;SBpiQual=-1.9884;VQSLOD=5.0599 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:81.23:1038,81,0
|
|
1 47733302 rs12743643 G A 325.17 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=15.511;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.529;SB=-195.614;SBQD=13.767;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.2456;VQSLOD=5.2817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:33:99:355,0,306
|
|
1 47774737 rs12132928 A T 540.61 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.667;HRun=0;HaplotypeScore=1.9990;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.622;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-496.350;SBQD=-11.660;SBpi=-1.6510;SBpiQual=-2.0101;VQSLOD=1.7275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:48.13:574,48,0
|
|
1 47787954 rs11211514 T G 2200.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=57.91;MQ0=0;QD=34.93;SB=-917.426;SBQD=-1.267;SBpi=-0.8189;SBpiQual=-0.8872;VQSLOD=7.6894 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2233,178,0
|
|
1 47801049 rs4926824 T G 1678.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=1.674;QD=27.98;ReadPosRankSum=0.264;SB=-703.543;SBQD=-9.133;SBpi=1.3131;SBpiQual=0.7335;VQSLOD=5.4007 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1712,162,0
|
|
1 47810229 rs10789506 A G 1972.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;QD=34.01;SB=-648.658;SBQD=2.327;SBpi=1.4444;SBpiQual=1.6033;VQSLOD=7.9210 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2005,162,0
|
|
1 47830430 rs2405918 G A 2040.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9655;MQ=59.67;MQ0=0;QD=36.44;SB=-236.539;SBQD=2.520;SBpi=2.9399;SBpiQual=3.0766;VQSLOD=4.0133 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2074,165,0
|
|
1 47837991 rs2820984 G C 1420.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.2533;MQ=58.36;MQ0=0;QD=26.31;SB=-803.166;SBQD=-0.396;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.3116;VQSLOD=3.7248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1454,126,0
|
|
1 47855358 rs56391477 C T 474.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.060;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=16.646;HRun=0;HaplotypeScore=13.7735;MQ=41.72;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.880;SB=-427.963;SBQD=-7.823;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.1751;VQSLOD=-0.7294 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,44:57:42.09:508,42,0
|
|
1 47873311 rs17370669 C T 1073.73 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.804;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.391;HRun=0;HaplotypeScore=1.8410;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=16.03;ReadPosRankSum=0.346;SB=-522.059;SBQD=2.376;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2960;VQSLOD=5.3124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:1104,0,933
|
|
1 47875484 rs11577621 T C 791.28 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.265;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.892;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.135;SB=-509.463;SBQD=-4.431;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0661;VQSLOD=4.4122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:821,0,1007
|
|
1 47911829 rs55834028 T G 336.93 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.193;HRun=3;HaplotypeScore=3.1729;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-228.899;SBQD=-0.775;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.3296;VQSLOD=2.2700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:46:99:367,0,725
|
|
1 47935429 rs538286 T C 959.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.145;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.846;HRun=1;HaplotypeScore=1.7329;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-531.481;SBQD=-2.236;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2520;VQSLOD=3.8082 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:990,0,1353
|
|
1 47948764 rs2065945 G A 1002.43 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.148;HRun=0;HaplotypeScore=3.3521;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=16.17;ReadPosRankSum=0.000;SB=-382.990;SBQD=-6.439;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.8700;VQSLOD=4.4446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:1032,0,844
|
|
1 47948798 rs2065944 A G 1199.17 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.971;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.761;SB=-516.676;SBQD=-2.481;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.6492;VQSLOD=5.0122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1229,0,998
|
|
1 47955427 rs17371253 C T 974.87 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.893;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.995;HRun=0;HaplotypeScore=2.7085;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-442.364;SBQD=0.683;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.4879;VQSLOD=5.2831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:1005,0,664
|
|
1 47956674 rs56232609 A G 779.76 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.155;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-464.615;SBQD=3.190;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1610;VQSLOD=5.8065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:810,0,919
|
|
1 47957269 rs35243257 G A 828.96 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.620;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.942;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=12.01;ReadPosRankSum=2.430;SB=-428.578;SBQD=-4.500;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.5295;VQSLOD=4.9016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:859,0,798
|
|
1 47969863 rs1415539 T G 1229.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.74;MQ0=0;QD=27.95;SB=-589.796;SBQD=4.958;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.6952;VQSLOD=5.4828 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1263,102,0
|
|
1 47993332 rs606852 G A 1413.43 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.661;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.123;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=19.63;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-615.945;SBQD=1.057;SBpi=-0.6564;SBpiQual=-0.8340;VQSLOD=5.4270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,47:72:99:1443,0,731
|
|
1 48014196 . G T 367.54 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.457;DP=50;Dels=0.00;FS=3.075;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-76.856;SBQD=-9.032;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5661;VQSLOD=2.3238 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:398,0,629
|
|
1 48016511 rs12743540 C T 833.80 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-478.251;SBQD=0.073;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0504;VQSLOD=6.4888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:864,0,996
|
|
1 48019940 rs2485445 T C 805.46 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.671;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.350;HRun=2;HaplotypeScore=2.9549;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=11.34;ReadPosRankSum=-2.165;SB=-346.944;SBQD=7.985;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.6119;VQSLOD=2.5181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:835,0,1091
|
|
1 48021767 rs6660195 G A 380.31 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.150;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.134;HRun=1;HaplotypeScore=1.9279;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-280.511;SBQD=-4.240;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.5295;VQSLOD=3.6186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:410,0,328
|
|
1 48039365 rs2406106 T G 883.65 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.988;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=14.49;ReadPosRankSum=2.186;SB=-452.991;SBQD=-1.377;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.1772;VQSLOD=4.6317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:914,0,860
|
|
1 48082491 rs6660568 A G 1134.52 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.560;SB=-601.544;SBQD=-1.383;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0051;VQSLOD=6.6568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1165,0,989
|
|
1 48099536 rs2506988 A G 2196.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=30.94;SB=-1096.719;SBQD=-3.987;SBpi=-0.0593;SBpiQual=-0.4330;VQSLOD=6.5223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2230,198,0
|
|
1 48102692 rs2457058 A G 755.37 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=0;HaplotypeScore=4.1192;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.525;SB=-383.041;SBQD=0.788;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1849;VQSLOD=4.4717 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:785,0,1059
|
|
1 48196590 rs12022200 G A 805.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.076;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.010;HRun=0;HaplotypeScore=2.8518;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=12.78;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-368.235;SBQD=-1.825;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4864;VQSLOD=4.5552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:835,0,785
|
|
1 48203990 rs7544082 C A 775.69 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.124;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.264;SB=-369.964;SBQD=-3.006;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2230;VQSLOD=5.4014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:806,0,1223
|
|
1 48287014 rs6667893 C T 2111.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.63;MQ0=0;QD=33.52;SB=-1079.651;SBQD=0.457;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.4915;VQSLOD=8.3004 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2145,166,0
|
|
1 48300251 rs2095974 G A 1004.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.206;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.8636;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=16.20;ReadPosRankSum=1.008;SB=-786.157;SBQD=4.990;SBpi=0.7285;SBpiQual=0.9031;VQSLOD=2.6623 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:62:81.26:1038,81,0
|
|
1 48304261 rs1340216 T A 2443.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;QD=34.42;SB=-1199.185;SBQD=-0.805;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.5106;VQSLOD=8.9190 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2477,193,0
|
|
1 48371692 rs11211627 A G 760.36 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.023;SB=-509.651;SBQD=-1.176;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.4767;VQSLOD=4.9880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:790,0,834
|
|
1 48374908 rs34523805 C T 976.57 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.362;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.266;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.138;SB=-315.380;SBQD=-4.462;SBpi=-1.2677;SBpiQual=-1.3318;VQSLOD=5.2766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:1007,0,774
|
|
1 48375728 . C T 383 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.394;DP=36;Dels=0.00;FS=2.200;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=10.64;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-60.547;SBQD=3.542;SBpi=1.5765;SBpiQual=1.7566;VQSLOD=1.4882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:413,0,584
|
|
1 48387588 rs6669798 C T 832.76 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.441;HRun=1;HaplotypeScore=1.8279;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.165;SB=-223.754;SBQD=-9.172;SBpi=-1.2070;SBpiQual=-1.4327;VQSLOD=4.2390 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:863,0,989
|
|
1 48411232 rs11578428 G A 714.42 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.438;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-267.722;SBQD=1.685;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.8225;VQSLOD=5.4558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:744,0,954
|
|
1 48421627 rs9660630 A G 713.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.107;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.871;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.791;SB=-539.024;SBQD=-3.529;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.1041;VQSLOD=4.5664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:744,0,1013
|
|
1 48422174 rs10890516 T C 841.36 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.945;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=5.3499;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=1.521;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.907;SB=-432.027;SBQD=-1.448;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.1934;VQSLOD=2.3165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:83:99:871,0,1480
|
|
1 48424159 rs4532870 C T 398.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.26;MQ0=10;QD=15.32;SB=-0.007;SBQD=23.587;SBpi=0.9806;SBpiQual=0.9820;VQSLOD=4.9071 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:42.07:431,42,0
|
|
1 48426004 rs303921 C G 1986.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.291;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.25;MQ0=2;MQRankSum=1.199;QD=29.65;ReadPosRankSum=-1.626;SB=-1068.926;SBQD=1.027;SBpi=-0.3750;SBpiQual=-0.4063;VQSLOD=6.6432 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:99:2019,138,0
|
|
1 48450385 rs12133774 C T 2101.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=33.89;SB=-717.229;SBQD=2.605;SBpi=1.5240;SBpiQual=1.7383;VQSLOD=7.6067 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2134,166,0
|
|
1 48481515 . C T 922.77 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.967;DP=67;Dels=0.00;FS=3.361;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.912;SB=-460.267;SBQD=-3.570;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0894;VQSLOD=5.8076 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:953,0,998
|
|
1 48531165 rs678013 G T 1286.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.731;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4404;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.192;SB=-451.892;SBQD=0.563;SBpi=1.0801;SBpiQual=1.1492;VQSLOD=4.2085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:1317,0,1328
|
|
1 48545337 rs653364 C G 780.31 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=16.467;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.487;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-389.608;SBQD=-11.493;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.6334;VQSLOD=3.2242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:810,0,980
|
|
1 48554579 rs12041621 G A 1111.30 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.981;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.113;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=17.36;ReadPosRankSum=0.034;SB=-511.563;SBQD=-3.802;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3691;VQSLOD=6.2420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1141,0,885
|
|
1 48555251 rs545475 A T 174.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.1357;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-204.433;SBQD=-3.288;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.2575;VQSLOD=1.3854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:204,0,210
|
|
1 48562688 rs6587765 T C 1322.20 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=1.726;HRun=0;HaplotypeScore=5.4154;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.156;SB=-603.803;SBQD=1.781;SBpi=-0.7217;SBpiQual=-0.7994;VQSLOD=2.6706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:94:99:1352,0,1431
|
|
1 48601447 rs214183 G T 868.78 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=17.797;HRun=0;HaplotypeScore=1.9203;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.478;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.395;SB=-246.080;SBQD=11.195;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.0963;VQSLOD=4.1972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:899,0,1320
|
|
1 48625257 rs12128656 C A 851.22 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.262;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.887;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.740;SB=-506.250;SBQD=-1.656;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1213;VQSLOD=4.3446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:881,0,1357
|
|
1 48626611 rs2281475 G A 1265.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.168;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.835;HRun=0;HaplotypeScore=1.6385;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.454;QD=15.07;ReadPosRankSum=2.563;SB=-605.189;SBQD=-2.986;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3612;VQSLOD=4.0110 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:1296,0,1068
|
|
1 48662214 rs823845 C T 2761.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9266;MQ=54.09;MQ0=0;QD=32.87;SB=-1437.496;SBQD=0.410;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3353;VQSLOD=4.2011 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2794,220,0
|
|
1 48665598 rs823849 A G 1892.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.17;MQ0=0;QD=33.80;SB=-823.432;SBQD=-2.057;SBpi=0.8018;SBpiQual=0.7882;VQSLOD=7.8114 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1926,153,0
|
|
1 48669313 rs169878 T C 2754.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.77;SB=-1389.162;SBQD=-2.112;SBpi=-0.0570;SBpiQual=-0.2376;VQSLOD=7.3707 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2788,223,0
|
|
1 48682034 rs10788883 A C 950.01 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.165;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.224;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-501.966;SBQD=-0.982;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.2272;VQSLOD=6.3091 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:980,0,970
|
|
1 48719023 rs1740106 G A 2438.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=32.51;SB=-1363.742;SBQD=1.370;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2008;VQSLOD=7.6147 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2471,193,0
|
|
1 48736273 rs11587270 T C 2926.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=33.64;SB=-1386.959;SBQD=5.730;SBpi=-0.6969;SBpiQual=-0.2231;VQSLOD=8.2008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2959,259,0
|
|
1 48746822 rs212981 A C 1087.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.75;MQ0=23;MQRankSum=1.191;QD=12.50;ReadPosRankSum=0.866;SB=-90.705;SBQD=22.541;SBpi=0.4313;SBpiQual=0.3217;VQSLOD=5.5916 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:1121,108,0
|
|
1 48767220 rs11205468 A C 1557.60 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DB;DP=67;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.2896;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=22.91;ReadPosRankSum=0.066;SB=-955.592;SBQD=2.451;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.5983;VQSLOD=2.1926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,63:67:70.34:1591,70,0
|
|
1 48768448 rs12140587 G A 1961.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=32.69;SB=-1098.477;SBQD=0.185;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.1464;VQSLOD=7.3861 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1995,156,0
|
|
1 48793051 rs2354006 C T 2975.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=36.28;SB=-1128.225;SBQD=-1.588;SBpi=-1.2147;SBpiQual=-1.4065;VQSLOD=7.8914 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3008,238,0
|
|
1 48869206 rs2253140 G A 2298.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.96;MQ0=0;QD=34.30;SB=-474.929;SBQD=-7.404;SBpi=-2.2601;SBpiQual=-2.6445;VQSLOD=5.5188 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2331,190,0
|
|
1 48893849 rs4489605 G A 2557.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.39;MQ0=0;QD=37.07;SB=-1087.714;SBQD=-0.666;SBpi=0.7825;SBpiQual=0.7976;VQSLOD=7.7158 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2591,202,0
|
|
1 48900989 rs2016537 C T 2388.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.64;SB=-1067.782;SBQD=-0.551;SBpi=0.8901;SBpiQual=0.8857;VQSLOD=7.5856 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2422,193,0
|
|
1 48902977 rs2261674 G C 2057.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=31.05;MQ0=6;QD=28.19;SB=-895.748;SBQD=8.044;SBpi=0.1756;SBpiQual=0.2126;VQSLOD=4.6642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2091,183,0
|
|
1 48954953 rs2066017 C T 2217.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.51;MQ0=0;QD=33.61;SB=-1220.264;SBQD=-1.181;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0826;VQSLOD=7.4781 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2251,181,0
|
|
1 48961629 rs1338316 T C 1209.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.54;MQ0=0;QD=29.50;SB=-419.099;SBQD=8.381;SBpi=1.0151;SBpiQual=1.4445;VQSLOD=4.6481 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1242,102,0
|
|
1 48965583 rs12032082 C T 729.82 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.555;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.557;HRun=0;HaplotypeScore=2.3654;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.728;SB=-400.042;SBQD=3.587;SBpi=0.0962;SBpiQual=-0.1210;VQSLOD=4.9862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:760,0,812
|
|
1 48968523 rs6698939 C T 2564.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.63;SB=-1171.191;SBQD=-1.939;SBpi=-0.4781;SBpiQual=-0.6658;VQSLOD=8.7965 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2597,202,0
|
|
1 48970807 rs2354459 T C 2739.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3657;MQ=59.48;MQ0=0;QD=34.24;SB=-1058.099;SBQD=1.130;SBpi=1.2298;SBpiQual=1.3492;VQSLOD=5.3692 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2772,220,0
|
|
1 48986545 rs2354463 G A 2041.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.60;SB=-1087.824;SBQD=1.339;SBpi=-0.0651;SBpiQual=0.0144;VQSLOD=9.1515 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2074,166,0
|
|
1 49011374 rs10465819 G T 926.88 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=10.471;HRun=0;HaplotypeScore=1.9942;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-470.529;SBQD=-6.141;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3354;VQSLOD=5.3919 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:957,0,1232
|
|
1 49040384 rs2798125 T C 190.19 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.231;SB=-171.259;SBQD=1.935;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.0849;VQSLOD=3.8582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:220,0,498
|
|
1 49053612 . A G 1545.67 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=23.07;SB=-1185.007;SBQD=-2.856;SBpi=0.1833;SBpiQual=0.0433;VQSLOD=2.0900 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1579,132,0
|
|
1 49078784 . C T 993.10 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.439;DP=73;Dels=0.00;FS=0.935;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.845;SB=-361.100;SBQD=-3.648;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.9995;VQSLOD=4.2717 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1023,0,857
|
|
1 49122347 rs319995 A G 782.86 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.452;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.796;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.477;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-412.149;SBQD=0.139;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.4441;VQSLOD=1.9045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:813,0,1417
|
|
1 49129204 rs320009 C T 1050.73 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.145;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.918;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.887;SB=-474.429;SBQD=-5.823;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5255;VQSLOD=5.0131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1081,0,1217
|
|
1 49178446 rs10888614 A C 2221.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8288;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.293;QD=30.86;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-1235.218;SBQD=-4.913;SBpi=0.0593;SBpiQual=-0.1850;VQSLOD=6.4214 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:2255,181,0
|
|
1 49178579 rs320059 C T 2043.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51;SB=-977.225;SBQD=-1.849;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.4889;VQSLOD=7.5390 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2077,168,0
|
|
1 49191954 rs4926748 G A 2942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.89;SB=-1402.078;SBQD=-0.392;SBpi=0.5522;SBpiQual=0.5861;VQSLOD=8.3683 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2976,229,0
|
|
1 49213647 rs4926751 G A 3093.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=37.28;SB=-1589.629;SBQD=-0.327;SBpi=-0.0549;SBpiQual=-0.0789;VQSLOD=8.9615 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3127,244,0
|
|
1 49221899 rs11586913 G A 1321.24 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.319;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=14.846;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=17.85;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-507.492;SBQD=-10.370;SBpi=-0.9045;SBpiQual=-0.9983;VQSLOD=5.2353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:74:99:1351,0,854
|
|
1 49247501 . T G 734.18 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=69;Dels=0.00;FS=2.103;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.596;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-344.618;SBQD=2.008;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.4547;VQSLOD=2.8203 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:764,0,1255
|
|
1 49266863 rs11583921 T C 658.70 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.904;SB=-255.020;SBQD=1.545;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.9074;VQSLOD=4.8904 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:689,0,771
|
|
1 49285428 rs11205549 G A 1394.45 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.599;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.853;HRun=0;HaplotypeScore=1.8561;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=17.22;ReadPosRankSum=0.627;SB=-630.831;SBQD=1.907;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.4451;VQSLOD=4.6504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:81:99:1424,0,938
|
|
1 49339848 rs12089410 C G 1093.23 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.993;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=13.84;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-654.172;SBQD=-0.470;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1596;VQSLOD=4.6977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1123,0,832
|
|
1 49357994 rs3127560 C G 1316.09 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.207;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.873;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.588;SB=-373.179;SBQD=-1.996;SBpi=-1.6774;SBpiQual=-1.7590;VQSLOD=4.7931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:1346,0,1369
|
|
1 49378140 rs2355693 C T 774.25 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.383;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=11.798;HRun=0;HaplotypeScore=3.4687;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.556;SB=-407.780;SBQD=-9.412;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0409;VQSLOD=4.4565 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:804,0,1094
|
|
1 49381069 rs28408548 A G 1021 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.969;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.278;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.828;SB=-563.784;SBQD=2.154;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.3967;VQSLOD=5.3143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1051,0,1286
|
|
1 49422194 rs11205577 A G 935.50 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.176;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7825;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.212;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-522.039;SBQD=0.497;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1205;VQSLOD=4.6232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:965,0,995
|
|
1 49441886 rs3122290 T C 1170.40 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.005;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.912;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=14.10;ReadPosRankSum=2.189;SB=-376.913;SBQD=2.830;SBpi=1.1355;SBpiQual=1.1960;VQSLOD=4.4668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:1200,0,1420
|
|
1 49463436 rs3121515 C T 1210.43 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=2.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=16.58;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-674.195;SBQD=-1.589;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.2496;VQSLOD=4.5600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:1240,0,848
|
|
1 49463899 rs3118224 G A 1387.66 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.263;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=13.304;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.634;QD=16.14;ReadPosRankSum=-1.055;SB=-455.997;SBQD=8.710;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.2623;VQSLOD=5.0724 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:1418,0,1170
|
|
1 49463925 rs3905052 G A 1315.15 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.624;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=5.605;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.448;SB=-740.007;SBQD=-5.117;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.1650;VQSLOD=5.9286 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:1345,0,1246
|
|
1 49471217 rs3122298 C A 1352.19 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.521;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=1.646;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.003;SB=-615.331;SBQD=-2.032;SBpi=-0.8485;SBpiQual=-0.8608;VQSLOD=4.8043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,50:103:99:1382,0,1519
|
|
1 49471936 rs12138462 T C 576.83 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.756;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.029;HRun=0;HaplotypeScore=1.5650;MQ=44.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.015;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.934;SB=-307.678;SBQD=-2.927;SBpi=-0.0870;SBpiQual=0.1147;VQSLOD=2.3042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:607,0,920
|
|
1 49505495 rs7520773 T A 1126.92 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=5.083;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.565;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.405;SB=-580.151;SBQD=4.610;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.4994;VQSLOD=4.9222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:1157,0,1694
|
|
1 49577076 rs528695 A G 413.98 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-283.081;SBQD=-8.139;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-1.0411;VQSLOD=3.2647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:444,0,925
|
|
1 49580287 rs6687090 T C 1424.59 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.756;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=9.296;HRun=2;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=2.222;QD=17.37;ReadPosRankSum=1.322;SB=-606.717;SBQD=7.848;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.7562;VQSLOD=4.2401 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1455,0,1085
|
|
1 49588872 rs672063 G A 845.49 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.971;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=0;HaplotypeScore=4.1488;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-467.886;SBQD=-0.517;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1827;VQSLOD=2.6047 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:875,0,994
|
|
1 49644412 rs544269 G A 2444.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.95;SB=-1306.047;SBQD=0.610;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2015;VQSLOD=5.9120 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2477,196,0
|
|
1 49652052 . T C 1730.97 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;DP=94;Dels=0.00;FS=1.781;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=18.41;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-613.345;SBQD=3.032;SBpi=1.2027;SBpiQual=1.3385;VQSLOD=3.4431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,56:94:99:1761,0,1162
|
|
1 49654365 . C A 1033.67 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.693;DP=67;Dels=0.00;FS=0.945;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.571;SB=-469.686;SBQD=-2.434;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.4893;VQSLOD=4.0023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:1064,0,965
|
|
1 49656231 rs58816894 G A 767.10 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.891;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.436;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-424.346;SBQD=3.124;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1085;VQSLOD=5.5967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:797,0,1178
|
|
1 49663962 . C G 1448.20 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=17.45;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-503.883;SBQD=-1.521;SBpi=-1.1547;SBpiQual=-1.2579;VQSLOD=3.1718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1478,0,1079
|
|
1 49666597 rs11806611 G A 736.07 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.455;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-352.031;SBQD=0.105;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.3759;VQSLOD=4.8621 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:766,0,849
|
|
1 49707234 rs11205613 C T 1435.97 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.355;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.811;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.596;QD=16.70;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-715.528;SBQD=1.784;SBpi=-0.3647;SBpiQual=-0.3289;VQSLOD=4.1727 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:1466,0,1114
|
|
1 49715272 rs1346956 T A 2993.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;QD=37.42;SB=-1519.372;SBQD=-0.269;SBpi=0.1118;SBpiQual=0.1282;VQSLOD=8.7363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3027,235,0
|
|
1 49765438 rs241501 T G 1048.91 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.927;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.947;SB=-342.647;SBQD=6.077;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.0764;VQSLOD=5.8775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:1079,0,1137
|
|
1 49823497 rs1338214 G T 1492.26 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.145;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=5.120;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=15.38;ReadPosRankSum=1.070;SB=-687.052;SBQD=-3.368;SBpi=-0.6301;SBpiQual=-0.5742;VQSLOD=5.8909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:97:99:1522,0,1255
|
|
1 49829596 rs1890288 C T 1427.89 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.688;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=18.07;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-673.284;SBQD=-1.284;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3381;VQSLOD=5.4333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1458,0,894
|
|
1 49924951 rs7528404 G A 1286.98 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.572;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.814;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=16.29;ReadPosRankSum=1.241;SB=-573.880;SBQD=4.003;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4846;VQSLOD=5.4872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1317,0,1064
|
|
1 49928489 rs946106 C T 860.96 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.687;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-474.989;SBQD=-0.393;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.2192;VQSLOD=4.7183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:82:99:891,0,1598
|
|
1 49934483 rs6666302 C A 952.52 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.899;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.063;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-462.442;SBQD=5.285;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1781;VQSLOD=4.8448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:983,0,1462
|
|
1 49943689 rs9970179 G A 1189.94 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.082;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.926;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=16.08;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-605.205;SBQD=-2.874;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2233;VQSLOD=4.6200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1220,0,1125
|
|
1 49963280 rs1591725 C A 1230.50 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.817;SB=-582.534;SBQD=4.537;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3780;VQSLOD=5.6710 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1260,0,985
|
|
1 49973792 rs1167295 T C 1086.99 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.760;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.947;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=14.89;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-432.997;SBQD=-3.411;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.9447;VQSLOD=5.2289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1117,0,1127
|
|
1 49998239 rs10788914 C T 1346.52 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=9.131;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=16.83;ReadPosRankSum=-0.756;SB=-605.938;SBQD=6.869;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.3270;VQSLOD=6.4433 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1377,0,1204
|
|
1 50003323 rs1167307 A G 961.50 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.402;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.145;HRun=0;HaplotypeScore=1.9963;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.689;QD=12.99;ReadPosRankSum=-1.992;SB=-464.696;SBQD=0.547;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.3725;VQSLOD=4.0262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:991,0,1109
|
|
1 50015004 rs11205629 G A 1345.13 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.092;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=8.463;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.39;MQ0=1;MQRankSum=0.647;QD=14.62;ReadPosRankSum=0.639;SB=-635.680;SBQD=-7.126;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.3139;VQSLOD=5.7213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1375,0,1428
|
|
1 50027155 rs1305494 C T 566.59 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.019;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-287.901;SBQD=-0.950;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3226;VQSLOD=5.0678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:597,0,875
|
|
1 50066627 rs56163878 G A 1526.48 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.696;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.046;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=19.57;ReadPosRankSum=0.357;SB=-753.011;SBQD=-3.126;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.2061;VQSLOD=4.5828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:1556,0,922
|
|
1 50135100 . A C 1444.42 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=83;Dels=0.00;FS=2.955;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.810;SB=-658.932;SBQD=2.577;SBpi=0.6429;SBpiQual=0.6960;VQSLOD=3.9166 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,49:83:99:1474,0,996
|
|
1 50141741 rs12135410 T C 1297.44 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.379;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.715;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=15.82;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-545.883;SBQD=7.112;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.6556;VQSLOD=6.1386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:1327,0,1016
|
|
1 50286109 rs17105782 G A 1060.98 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.744;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=2.936;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.560;SB=-498.524;SBQD=3.600;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4817;VQSLOD=5.6270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:1091,0,1421
|
|
1 50300091 rs7532746 T C 1336.36 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.219;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=2.824;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.234;SB=-402.060;SBQD=6.715;SBpi=0.9690;SBpiQual=1.4200;VQSLOD=4.4131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:1366,0,1518
|
|
1 50316592 . C T 986.43 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5083;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.809;SB=-490.436;SBQD=0.835;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4561;VQSLOD=2.2888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1016,0,1286
|
|
1 50381115 rs11205661 C T 640.90 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.378;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-400.166;SBQD=-0.620;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.1210;VQSLOD=5.3710 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:671,0,755
|
|
1 50477130 rs4926546 G A 2580.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=34.41;SB=-1245.005;SBQD=0.996;SBpi=0.5196;SBpiQual=0.6199;VQSLOD=8.2000 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2614,205,0
|
|
1 50477200 rs10888675 C T 3418.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1815.508;SBQD=0.713;SBpi=-0.1539;SBpiQual=-0.0923;VQSLOD=8.4425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3418,265,0
|
|
1 50495165 rs4926842 A G 1635.46 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.473;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=18.80;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-855.818;SBQD=-0.793;SBpi=0.2023;SBpiQual=0.2464;VQSLOD=4.7474 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,55:86:99:1665,0,962
|
|
1 50503951 rs6680437 G A 795.43 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.079;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-406.291;SBQD=-2.152;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.1860;VQSLOD=5.4533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:825,0,667
|
|
1 50509362 rs12140239 C G 870.43 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.453;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.863;HRun=0;HaplotypeScore=2.8402;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.016;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.889;SB=-417.230;SBQD=1.113;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.5664;VQSLOD=4.2498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:900,0,1237
|
|
1 50537618 rs12118183 C T 1093.70 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.026;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.724;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=11.89;ReadPosRankSum=1.963;SB=-537.928;SBQD=2.799;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.2048;VQSLOD=4.9422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:92:99:1124,0,1661
|
|
1 50566266 rs10888679 T C 722.76 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.401;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=8.994;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.870;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-328.568;SBQD=7.958;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6673;VQSLOD=4.1551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:753,0,997
|
|
1 50582172 rs967582 A C 649.24 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8646;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-289.274;SBQD=-1.653;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.5524;VQSLOD=5.2644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:679,0,650
|
|
1 50688468 rs6662377 C A 2965.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=35.30;SB=-1521.349;SBQD=-0.490;SBpi=-0.2182;SBpiQual=-0.2395;VQSLOD=7.5192 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2998,235,0
|
|
1 50709557 rs4244638 C T 2894.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1238.948;SBQD=-1.133;SBpi=-0.8835;SBpiQual=-1.0117;VQSLOD=9.0842 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2927,232,0
|
|
1 50714388 rs3009119 C G 1883.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;QD=30.37;SB=-992.544;SBQD=-0.363;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-0.5476;VQSLOD=5.7183 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1916,156,0
|
|
1 50714878 rs6664135 T C 2066.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.63;MQ0=0;QD=32.81;SB=-1050.939;SBQD=0.229;SBpi=0.3150;SBpiQual=0.3267;VQSLOD=6.7789 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:2100,169,0
|
|
1 50775726 rs1875636 G C 2278.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=34.00;SB=-848.690;SBQD=-6.254;SBpi=-0.9163;SBpiQual=-1.2929;VQSLOD=7.7291 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2311,187,0
|
|
1 50783185 rs7543263 C T 2355.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.16;SB=-983.763;SBQD=1.061;SBpi=0.9163;SBpiQual=1.0321;VQSLOD=7.7735 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2388,187,0
|
|
1 50797643 rs11205706 C T 1845.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.83;SB=-1078.276;SBQD=-0.153;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.1920;VQSLOD=6.1756 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1878,150,0
|
|
1 50824232 rs2765891 T C 3033.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-1109.048;SBQD=-3.071;SBpi=-1.3401;SBpiQual=-1.6199;VQSLOD=8.1560 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3066,250,0
|
|
1 50839801 rs2088991 C T 2641.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.69;SB=-1270.645;SBQD=2.539;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.4179;VQSLOD=8.3206 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2674,211,0
|
|
1 50855924 rs2653887 A G 3174.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=35.66;SB=-1453.773;SBQD=2.405;SBpi=0.4770;SBpiQual=0.7081;VQSLOD=8.7961 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3207,256,0
|
|
1 50860499 rs2784129 C A 3668.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.82;SB=-1603.883;SBQD=-0.216;SBpi=0.7615;SBpiQual=0.8151;VQSLOD=6.6337 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3668,286,0
|
|
1 50865316 rs2653872 C A 2165.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.65;MQ0=0;QD=30.50;SB=-859.130;SBQD=0.433;SBpi=-1.4835;SBpiQual=-1.4983;VQSLOD=6.5894 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2199,180,0
|
|
1 50968991 rs1149794 T A 2412.05 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=2.9231;MQ=58.96;MQ0=0;QD=29.78;SB=-1358.458;SBQD=-0.601;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.3014;VQSLOD=1.6880 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2445,202,0
|
|
1 51248421 . T C 1225.49 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.041;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-466.748;SBQD=-0.122;SBpi=0.8807;SBpiQual=0.8650;VQSLOD=3.3541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1255,0,1080
|
|
1 51280132 rs6692340 C T 3385.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.81;MQ0=0;QD=34.54;SB=-1779.747;SBQD=2.103;SBpi=0.1010;SBpiQual=0.2947;VQSLOD=7.7696 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3385,265,0
|
|
1 51402835 rs2153765 T G 2927.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1570.531;SBQD=0.375;SBpi=-0.1078;SBpiQual=-0.0186;VQSLOD=7.5036 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2961,235,0
|
|
1 51512469 . G A 1037.88 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.967;DP=62;Dels=0.00;FS=1.007;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=16.74;ReadPosRankSum=0.477;SB=-505.832;SBQD=2.803;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4206;VQSLOD=4.3086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:1068,0,530
|
|
1 51565550 rs11205814 T C 3525.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.96;MQ0=0;QD=35.98;SB=-1665.866;SBQD=3.101;SBpi=0.2020;SBpiQual=0.2616;VQSLOD=7.4689 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3526,280,0
|
|
1 51804675 rs11205835 T C 1065.80 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=9.569;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-498.931;SBQD=8.188;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3444;VQSLOD=6.1131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1096,0,1258
|
|
1 51827979 . A C 1065.76 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-565.769;SBQD=-1.280;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1135;VQSLOD=4.0246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1096,0,981
|
|
1 51830830 . G C 836.69 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.386;DP=88;Dels=0.00;FS=3.032;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.134;SB=-286.062;SBQD=-2.717;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.1126;VQSLOD=3.5594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,32:88:99:867,0,1638
|
|
1 51851669 . G A 1213.56 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.488;DP=78;Dels=0.00;FS=19.373;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=15.56;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-488.672;SBQD=12.206;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.7981;VQSLOD=4.4444 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1244,0,1013
|
|
1 51853713 . C T 1374.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.736;DP=179;Dels=0.00;FS=6.994;HRun=1;HaplotypeScore=1.6229;MQ=31.05;MQ0=3;MQRankSum=-7.561;QD=7.68;ReadPosRankSum=6.076;SB=-549.038;SBQD=-0.396;SBpi=-1.3703;SBpiQual=-1.4493;VQSLOD=-10.5317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,90:179:99:1405,0,2420
|
|
1 51858716 rs2405700 A G 1086.30 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.048;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-553.483;SBQD=2.560;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.1840;VQSLOD=6.5747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1116,0,1281
|
|
1 51888878 . A G 706.29 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.005;DP=76;Dels=0.00;FS=1.873;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.747;SB=-502.724;SBQD=1.442;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2852;VQSLOD=3.3277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:736,0,1283
|
|
1 51924226 rs6672300 C T 556.12 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.055;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.127;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.570;SB=-175.353;SBQD=-2.934;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.8986;VQSLOD=5.3718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:586,0,841
|
|
1 51964103 . T C 1402.65 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.137;DP=98;Dels=0.00;FS=2.655;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.827;SB=-679.551;SBQD=3.110;SBpi=0.6181;SBpiQual=0.6781;VQSLOD=4.6672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:1433,0,1230
|
|
1 52003541 rs12061410 A G 1044.47 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.832;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-418.065;SBQD=-3.470;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.8438;VQSLOD=5.6593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1074,0,1066
|
|
1 52021268 rs61782125 C T 995.52 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.541;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.074;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.34;MQ0=1;MQRankSum=-0.328;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-167.717;SBQD=-2.566;SBpi=1.9445;SBpiQual=2.1144;VQSLOD=2.6534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:1026,0,1325
|
|
1 52029479 . G A 659.52 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.809;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=1.800;QD=11.99;ReadPosRankSum=-1.428;SB=-328.802;SBQD=0.749;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.4267;VQSLOD=4.0661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:690,0,801
|
|
1 52036639 rs11205860 T G 368.67 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.238;HRun=0;HaplotypeScore=4.6218;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.057;SB=-308.615;SBQD=2.299;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3067;VQSLOD=2.7607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:399,0,361
|
|
1 52043846 rs1938171 A G 934.13 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.371;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=1.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-462.450;SBQD=-0.169;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.0400;VQSLOD=6.2247 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:964,0,1053
|
|
1 52309523 rs3001781 C T 1948.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.94;SB=-1098.679;SBQD=3.249;SBpi=-0.0640;SBpiQual=0.1372;VQSLOD=7.6112 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1981,156,0
|
|
1 52316785 rs6676789 T C 2209.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;QD=32.02;SB=-1108.517;SBQD=-3.292;SBpi=0.6621;SBpiQual=0.4923;VQSLOD=7.0805 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2243,181,0
|
|
1 52326684 rs2792590 T C 1251.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.60;MQ0=0;QD=23.62;SB=-732.370;SBQD=2.902;SBpi=-0.6181;SBpiQual=-0.2914;VQSLOD=4.2089 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1285,117,0
|
|
1 52334858 rs6662110 G A 2148.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.56;SB=-1069.433;SBQD=2.444;SBpi=0.3693;SBpiQual=0.5776;VQSLOD=6.5617 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2182,172,0
|
|
1 52349008 rs3121159 A G 2429.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;QD=36.26;SB=-1185.031;SBQD=-0.454;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.3436;VQSLOD=8.8072 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2463,193,0
|
|
1 52391032 rs1954260 C T 2589.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=35.00;SB=-1427.859;SBQD=0.667;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0391;VQSLOD=8.5002 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2623,202,0
|
|
1 52406432 rs6588417 G A 2623.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.95;SB=-1185.772;SBQD=-0.269;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.5357;VQSLOD=8.5162 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2656,211,0
|
|
1 52407430 rs4503295 A G 2223.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.87;SB=-1138.196;SBQD=0.543;SBpi=0.1270;SBpiQual=0.1675;VQSLOD=8.8701 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2257,178,0
|
|
1 52431812 rs10888744 T G 1224.93 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=2.903;HRun=3;HaplotypeScore=1.7128;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=14.08;ReadPosRankSum=-2.688;SB=-540.936;SBQD=-3.080;SBpi=-0.8023;SBpiQual=-0.7638;VQSLOD=3.6186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:87:99:1255,0,1173
|
|
1 52469115 rs61780740 G T 827.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.63;MQ0=0;QD=25.08;SB=-370.121;SBQD=-10.494;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0223;VQSLOD=4.7861 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:75.18:861,75,0
|
|
1 52541752 rs6588420 G A 2450.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=58.01;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1188.073;SBQD=0.038;SBpi=0.3010;SBpiQual=0.2883;VQSLOD=7.6137 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2484,202,0
|
|
1 52626183 rs573221 G A 1047.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.30;MQ0=0;QD=26.85;SB=-363.813;SBQD=1.305;SBpi=-1.5212;SBpiQual=-1.4873;VQSLOD=2.9670 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90.25:1080,90,0
|
|
1 52627162 rs2764561 T C 2060.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.7638;MQ=58.41;MQ0=0;QD=31.70;SB=-770.709;SBQD=3.565;SBpi=1.3024;SBpiQual=1.5168;VQSLOD=3.4475 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:2093,169,0
|
|
1 52647517 rs519299 T G 151.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.10;MQ0=1;QD=11.65;SB=-0.007;SBQD=-23.825;SBpi=-1.8028;SBpiQual=-1.7842;VQSLOD=3.4192 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:15.04:184,15,0
|
|
1 52667469 rs638626 T C 1969.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.08;MQ0=0;QD=30.30;SB=-620.251;SBQD=1.456;SBpi=1.9225;SBpiQual=2.0944;VQSLOD=5.7214 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2003,159,0
|
|
1 52991638 rs12123698 C T 3510.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9290;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.20;SB=-1626.631;SBQD=1.149;SBpi=0.5584;SBpiQual=0.6643;VQSLOD=7.6472 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3511,274,0
|
|
1 53049269 rs17373952 T C 839.39 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.365;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.515;HRun=0;HaplotypeScore=2.6219;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.988;SB=-306.649;SBQD=9.629;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.6914;VQSLOD=4.7955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:869,0,1122
|
|
1 53100674 rs56090513 C A 1188.67 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=16.74;ReadPosRankSum=0.399;SB=-606.445;SBQD=0.374;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.1781;VQSLOD=5.8868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1219,0,1004
|
|
1 53162416 rs7543239 A G 196.39 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=9.242;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-87.876;SBQD=-9.757;SBpi=-1.4184;SBpiQual=-1.5133;VQSLOD=2.0424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:48:99:226,0,667
|
|
1 53169364 rs269285 A G 1088.72 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.518;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.770;SB=-565.259;SBQD=-0.062;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.2161;VQSLOD=4.6103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1119,0,1262
|
|
1 53195384 rs1930304 T C 641.64 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.857;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=12.650;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.095;SB=-178.180;SBQD=-7.927;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-1.0788;VQSLOD=4.3470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:672,0,738
|
|
1 53198460 rs7517052 A G 244.47 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.433;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.727;HRun=0;HaplotypeScore=2.3869;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.221;SB=-171.751;SBQD=-5.248;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-1.0239;VQSLOD=1.6917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:274,0,954
|
|
1 53204352 rs7552663 C T 682.68 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.676;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.981;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.290;SB=-285.053;SBQD=0.083;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.9822;VQSLOD=3.9824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:713,0,422
|
|
1 53205657 rs12124709 A G 1242.97 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.425;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.704;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.061;SB=-564.243;SBQD=-1.277;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.3984;VQSLOD=4.5841 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:1273,0,1480
|
|
1 53210323 rs10788941 A G 865.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=10.450;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.111;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.877;SB=-187.684;SBQD=-10.322;SBpi=-1.6537;SBpiQual=-1.7191;VQSLOD=-1.3064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:896,0,735
|
|
1 53210888 rs10157120 C T 1172.84 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.038;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.472;SB=-556.373;SBQD=-0.227;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.5092;VQSLOD=6.0607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:96:99:1203,0,1839
|
|
1 53210958 rs11206004 G A 938.41 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.720;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.742;SB=-451.645;SBQD=-0.262;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3078;VQSLOD=5.8236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:968,0,1279
|
|
1 53224577 rs3863643 C T 1657.76 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.735;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.918;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=19.74;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-874.496;SBQD=-4.752;SBpi=0.0700;SBpiQual=0.0766;VQSLOD=3.4499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:1688,0,969
|
|
1 53265278 rs2477741 A G 680.42 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.199;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.092;HRun=0;HaplotypeScore=3.4318;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-351.866;SBQD=0.085;SBpi=1.0987;SBpiQual=0.6434;VQSLOD=2.6501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:710,0,863
|
|
1 53281708 rs11206026 G A 1581.85 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=8.447;HRun=2;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.760;QD=17.01;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-782.934;SBQD=-5.194;SBpi=-0.2774;SBpiQual=-0.2737;VQSLOD=3.4809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1612,0,1296
|
|
1 53291550 rs1672917 A G 1153.46 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.329;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.178;QD=18.60;ReadPosRankSum=1.525;SB=-620.385;SBQD=6.130;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=5.5901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:62:99:1183,0,672
|
|
1 53295529 rs10788944 T C 667.87 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.980;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.891;HRun=0;HaplotypeScore=1.8991;MQ=55.43;MQ0=1;MQRankSum=0.337;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.566;SB=-518.364;SBQD=6.607;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.2962;VQSLOD=4.2964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:698,0,518
|
|
1 53300127 rs12141260 C T 628.38 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.922;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=7.843;HRun=0;HaplotypeScore=2.8877;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.385;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.795;SB=-341.006;SBQD=-6.658;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.1582;VQSLOD=4.6035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:658,0,772
|
|
1 53333798 rs492582 T C 240.44 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=7.343;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=7.29;ReadPosRankSum=-2.034;SB=-155.731;SBQD=10.179;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.2531;VQSLOD=2.5848 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:33:99:270,0,520
|
|
1 53365493 rs522287 C T 842.24 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.146;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3017;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=12.96;ReadPosRankSum=2.132;SB=-416.047;SBQD=-0.774;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5939;VQSLOD=4.7937 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:872,0,694
|
|
1 53369497 rs1263452 T C 487.98 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.733;HRun=0;HaplotypeScore=4.8888;MQ=56.90;MQ0=1;MQRankSum=1.263;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.669;SB=-539.603;SBQD=-6.101;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4451;VQSLOD=2.4343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:518,0,686
|
|
1 53374666 rs562641 C T 723.50 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.829;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.385;HRun=0;HaplotypeScore=1.8154;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.390;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.654;SB=-444.849;SBQD=-6.951;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.6695;VQSLOD=4.0205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:753,0,804
|
|
1 53375134 rs550561 C T 1140.77 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.708;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6023;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.318;QD=14.63;ReadPosRankSum=1.179;SB=-617.504;SBQD=1.098;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0933;VQSLOD=2.5404 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1171,0,1172
|
|
1 53396869 rs1242328 A G 1203.28 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.493;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=13.485;HRun=1;HaplotypeScore=1.6637;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=15.04;ReadPosRankSum=1.184;SB=-356.515;SBQD=9.421;SBpi=1.2010;SBpiQual=1.3189;VQSLOD=3.7038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1233,0,1324
|
|
1 53399104 rs1242326 C A 1228.67 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=8.195;HRun=5;HaplotypeScore=1.9048;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=13.21;ReadPosRankSum=1.020;SB=-563.542;SBQD=5.377;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.5385;VQSLOD=3.3877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:1259,0,1518
|
|
1 53438130 rs11585570 T C 795.61 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.739;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.959;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=11.87;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-352.965;SBQD=-2.249;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.5782;VQSLOD=5.0540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:826,0,1261
|
|
1 53440816 rs12037492 G T 936.33 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.607;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=5.073;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=13.77;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-388.523;SBQD=-5.613;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.3819;VQSLOD=3.5192 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:966,0,709
|
|
1 53478059 . G A 1303.42 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.390;DP=77;Dels=0.00;FS=6.050;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=16.93;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-507.554;SBQD=-5.886;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-0.9740;VQSLOD=4.5597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1333,0,1033
|
|
1 53494146 . T C 1040.50 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.682;DP=78;Dels=0.00;FS=1.907;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-406.170;SBQD=2.567;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.7537;VQSLOD=3.4443 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:1070,0,1419
|
|
1 53530786 rs2790427 A G 1887.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=31.46;SB=-843.634;SBQD=-5.925;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.8470;VQSLOD=7.3269 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1921,165,0
|
|
1 53539375 rs1288387 C T 2989.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=35.17;SB=-1525.983;SBQD=-0.900;SBpi=0.3796;SBpiQual=0.3086;VQSLOD=8.1794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3023,238,0
|
|
1 53551293 rs1288397 A G 635.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.44;SB=-411.003;SBQD=-5.428;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.0888;VQSLOD=3.7568 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60.14:669,60,0
|
|
1 53577701 rs922682 C T 2318.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=34.10;SB=-1230.852;SBQD=-1.271;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.2375;VQSLOD=8.7913 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2352,187,0
|
|
1 53579812 rs1288376 C G 1263.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.15;SB=-654.910;SBQD=-2.346;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.1797;VQSLOD=7.8158 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1296,102,0
|
|
1 53594191 rs1679962 G A 1086.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=33.94;SB=-467.976;SBQD=0.172;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7404;VQSLOD=8.3793 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:87.26:1119,87,0
|
|
1 53602291 rs12760665 T A 176.38 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=16.03;ReadPosRankSum=1.186;SB=-67.428;SBQD=-9.661;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4534;VQSLOD=5.1872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:87.78:206,0,88
|
|
1 53621345 rs1288344 G T 866.44 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.284;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=2.322;QD=14.44;ReadPosRankSum=0.947;SB=-488.269;SBQD=1.583;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0907;VQSLOD=4.7236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:896,0,841
|
|
1 53621394 rs1288345 A C 993.82 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.538;HRun=0;HaplotypeScore=3.4462;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=14.40;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-513.160;SBQD=4.820;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.1401;VQSLOD=4.0270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1024,0,988
|
|
1 53633554 rs55655352 A G 466.98 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.273;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.173;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.879;SB=-179.522;SBQD=-1.211;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.7826;VQSLOD=4.9862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:497,0,711
|
|
1 53634415 rs28767906 A G 470.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.808;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8317;MQ=50.42;MQ0=2;MQRankSum=-3.542;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-287.357;SBQD=1.297;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3062;VQSLOD=0.9567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:500,0,1141
|
|
1 53637106 rs3125253 T C 1575.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=28.65;SB=-537.883;SBQD=11.363;SBpi=1.0113;SBpiQual=1.5790;VQSLOD=6.1872 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1609,132,0
|
|
1 53644093 rs10888775 T A 3152.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.59;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1422.419;SBQD=-1.278;SBpi=-0.8341;SBpiQual=-1.0200;VQSLOD=8.3342 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:3185,250,0
|
|
1 53665151 rs2062015 C G 2119.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=31.64;SB=-1116.287;SBQD=-7.033;SBpi=0.1833;SBpiQual=-0.3627;VQSLOD=7.6114 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2153,184,0
|
|
1 53684324 rs3736118 A G 520.39 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.225;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.812;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-160.679;SBQD=8.173;SBpi=0.9820;SBpiQual=1.0551;VQSLOD=5.5002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:550,0,1039
|
|
1 53702871 . T A 269.72 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9722;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=11.73;ReadPosRankSum=2.233;SB=-102.902;SBQD=2.147;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.7899;VQSLOD=3.3035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:300,0,265
|
|
1 53711735 rs5177 G C 2635.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.67;SB=-1285.152;SBQD=0.520;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.3522;VQSLOD=7.3785 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2668,214,0
|
|
1 53757154 rs1288502 C A 2173.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78;SB=-1197.157;SBQD=-1.319;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.6400;VQSLOD=6.6191 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2207,172,0
|
|
1 53807340 rs2095409 T C 967.11 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.808;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.358;HRun=1;HaplotypeScore=1.5317;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.154;SB=-327.568;SBQD=11.381;SBpi=0.8333;SBpiQual=1.1756;VQSLOD=4.9384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:997,0,706
|
|
1 53815565 rs4926977 G T 1018 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.895;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.947;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-388.364;SBQD=6.361;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.7183;VQSLOD=5.1244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:1048,0,842
|
|
1 53816524 rs12143278 C G 703.51 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.763;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.509;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-363.198;SBQD=5.236;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0670;VQSLOD=5.2550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:734,0,627
|
|
1 53832151 rs11577445 C T 835.74 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.156;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.524;HRun=0;HaplotypeScore=1.6229;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.321;SB=-462.081;SBQD=-4.680;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1686;VQSLOD=5.3111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:866,0,861
|
|
1 53875471 rs1342969 C T 526.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.534;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=5.936;HRun=0;HaplotypeScore=5.5174;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.777;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.262;SB=-200.427;SBQD=-7.992;SBpi=-0.9806;SBpiQual=-1.1706;VQSLOD=3.1078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:52:99:557,0,668
|
|
1 53907548 rs1288601 C T 2844.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.14;MQ0=0;QD=36.94;SB=-1255.816;SBQD=-1.295;SBpi=0.7407;SBpiQual=0.6625;VQSLOD=7.9596 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2877,226,0
|
|
1 53965546 rs943519 C T 2153.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7273;MQ=59.69;MQ0=0;QD=29.10;SB=-1176.672;SBQD=0.613;SBpi=0.4650;SBpiQual=0.4536;VQSLOD=6.4364 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2186,175,0
|
|
1 54012282 rs12217072 A G 797.21 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.974;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6809;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=13.07;ReadPosRankSum=2.048;SB=-393.744;SBQD=0.405;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0486;VQSLOD=4.8252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:827,0,919
|
|
1 54055318 rs11206175 T C 928.92 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8311;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.532;SB=-345.928;SBQD=5.908;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.8854;VQSLOD=4.9484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:959,0,757
|
|
1 54066663 rs12079400 C T 2391.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.439;QD=33.22;ReadPosRankSum=-1.195;SB=-1299.652;SBQD=-4.603;SBpi=0.1780;SBpiQual=-0.0429;VQSLOD=6.3086 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:72:99:2425,193,0
|
|
1 54066687 rs12079404 C T 2900.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6609;MQ=59.89;MQ0=0;QD=34.54;SB=-1361.054;SBQD=1.513;SBpi=0.6547;SBpiQual=0.8157;VQSLOD=4.2371 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2934,232,0
|
|
1 54069983 rs1879736 T C 1716.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.33;SB=-920.594;SBQD=0.749;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0513;VQSLOD=8.1491 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1749,141,0
|
|
1 54084347 rs1526909 G C 939.74 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.681;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.4825;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=15.66;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-568.704;SBQD=-0.410;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0105;VQSLOD=2.5136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:970,0,503
|
|
1 54123270 rs1405480 C T 1276.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=54.58;MQ0=0;QD=21.64;SB=-925.639;SBQD=1.314;SBpi=-0.4557;SBpiQual=-0.4983;VQSLOD=3.9809 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1310,111,0
|
|
1 54147340 rs3006880 T C 1727.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7803;MQ=59.60;MQ0=0;QD=30.31;SB=-844.478;SBQD=2.257;SBpi=0.5960;SBpiQual=0.7017;VQSLOD=5.6060 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1761,138,0
|
|
1 54159624 rs3013765 C A 1345.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3123;MQ=58.48;MQ0=0;QD=29.25;SB=-703.561;SBQD=0.023;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.6119;VQSLOD=4.9604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1378,114,0
|
|
1 54160571 rs10888805 A G 310.16 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.235;SB=-206.371;SBQD=2.639;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.0663;VQSLOD=4.8194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:340,0,463
|
|
1 54161112 rs6695509 A G 583.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.176;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.422;HRun=1;HaplotypeScore=2.2413;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-3.336;QD=11.01;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-251.922;SBQD=2.881;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.5309;VQSLOD=1.0060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:613,0,670
|
|
1 54171981 rs55786134 T C 873.96 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.072;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7753;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=13.24;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-396.712;SBQD=3.256;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.9696;VQSLOD=3.9891 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:904,0,777
|
|
1 54178288 rs1718055 A G 2081.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.02;SB=-993.756;SBQD=0.156;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.5139;VQSLOD=6.1686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2114,171,0
|
|
1 54178501 rs12080993 G T 418.42 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.637;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=6.109;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.608;SB=-200.303;SBQD=-5.993;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6702;VQSLOD=5.2934 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:448,0,792
|
|
1 54181942 rs1526911 C G 1051.88 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.712;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.246;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-564.401;SBQD=-3.536;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0184;VQSLOD=4.5427 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1082,0,941
|
|
1 54187575 rs17388507 C G 1077.69 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.120;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=13.14;ReadPosRankSum=-2.851;SB=-591.763;SBQD=1.687;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1780;VQSLOD=4.0242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:1108,0,1387
|
|
1 54188577 rs55718124 G A 423.54 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.453;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.683;HRun=0;HaplotypeScore=2.6228;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-221.833;SBQD=-4.994;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.5692;VQSLOD=3.5424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:454,0,778
|
|
1 54191130 rs1626444 C T 2190.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7621;MQ=59.53;MQ0=0;QD=31.74;SB=-1228.028;SBQD=-4.384;SBpi=0.1806;SBpiQual=-0.0648;VQSLOD=5.6461 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2223,175,0
|
|
1 54205185 . G C 80.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=5.38;ReadPosRankSum=2.415;SB=-0.007;SBQD=5.380;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.0878;VQSLOD=-0.6934 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:99:111,0,291
|
|
1 54223746 . A G 1370.84 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;DP=74;Dels=0.00;FS=6.609;HRun=0;HaplotypeScore=2.7139;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=18.52;ReadPosRankSum=0.810;SB=-471.284;SBQD=-9.729;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.2953;VQSLOD=2.7970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,48:74:99:1401,0,692
|
|
1 54228347 rs1181206 A G 2066.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=36.26;SB=-945.952;SBQD=0.444;SBpi=-0.4636;SBpiQual=-0.4336;VQSLOD=8.2428 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2100,169,0
|
|
1 54234924 . G A 720.93 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DP=75;Dels=0.00;FS=1.921;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.744;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-519.787;SBQD=-3.744;SBpi=0.1667;SBpiQual=-0.0740;VQSLOD=3.8114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:751,0,1263
|
|
1 54292601 rs1181185 A G 959.70 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.970;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=10.539;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.383;QD=13.71;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-456.108;SBQD=-11.627;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4431;VQSLOD=5.4184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:990,0,931
|
|
1 54333594 rs3766468 C T 714.82 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.335;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=13.49;ReadPosRankSum=1.089;SB=-416.263;SBQD=0.166;SBpi=0.0962;SBpiQual=-0.0723;VQSLOD=6.0579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:745,0,722
|
|
1 54335969 . G A 664.07 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DP=59;Dels=0.00;FS=11.873;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-291.308;SBQD=10.197;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.6626;VQSLOD=4.0117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:694,0,765
|
|
1 54350292 rs7515771 A T 2493.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.25;MQ0=0;QD=35.12;SB=-1145.517;SBQD=0.485;SBpi=0.6527;SBpiQual=0.6955;VQSLOD=7.5866 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2526,199,0
|
|
1 54353450 rs7526351 C T 2833.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.518;QD=34.55;ReadPosRankSum=0.150;SB=-1383.033;SBQD=-1.784;SBpi=-0.3889;SBpiQual=-0.4988;VQSLOD=7.4106 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2866,226,0
|
|
1 54353556 rs7548285 G C 2950.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=36.42;SB=-1518.737;SBQD=-0.633;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.1186;VQSLOD=8.6544 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2983,235,0
|
|
1 54363021 rs1883457 C A 690.91 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.770;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.240;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=15.35;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-328.606;SBQD=-5.407;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4957;VQSLOD=5.7535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:721,0,604
|
|
1 54366695 . G T 339.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.794;DP=69;Dels=0.00;FS=8.737;HRun=1;HaplotypeScore=2.6514;MQ=52.92;MQ0=0;MQRankSum=-3.487;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-429.470;SBQD=4.802;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.5927;VQSLOD=-0.6800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:370,0,625
|
|
1 54446927 rs6697447 T C 2008.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=6.7013;MQ=58.55;MQ0=0;QD=28.29;SB=-1170.319;SBQD=4.519;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.2937;VQSLOD=1.2322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2042,162,0
|
|
1 54462640 rs652124 T C 836.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.933;HRun=0;HaplotypeScore=4.5665;MQ=31.78;MQ0=1;MQRankSum=-4.609;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.997;SB=-353.665;SBQD=0.695;SBpi=1.2344;SBpiQual=1.1679;VQSLOD=-2.3254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:866,0,857
|
|
1 54469227 rs635509 A G 859.59 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.282;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=9.484;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.120;SB=-418.513;SBQD=7.917;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.4602;VQSLOD=5.6091 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:890,0,1488
|
|
1 54484482 rs914720 C T 683.15 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.764;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.210;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=11.39;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-374.718;SBQD=-3.873;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.8458;VQSLOD=4.1295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:713,0,705
|
|
1 54538700 rs7537946 A G 707.55 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.256;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=7.807;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-135.410;SBQD=6.357;SBpi=1.8257;SBpiQual=1.5884;VQSLOD=3.9543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:738,0,1191
|
|
1 54560672 . G A 1288.56 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.401;DP=70;Dels=0.00;FS=6.502;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=18.41;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-680.053;SBQD=-7.382;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0048;VQSLOD=4.1402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:1319,0,722
|
|
1 54563239 rs6672905 A T 1189.30 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.144;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.290;HRun=2;HaplotypeScore=1.7820;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-664.029;SBQD=-4.153;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0525;VQSLOD=4.4317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1219,0,1253
|
|
1 54591322 rs612368 G A 2200.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.17;MQ0=0;QD=30.15;SB=-1110.981;SBQD=1.103;SBpi=-0.6437;SBpiQual=-0.5896;VQSLOD=7.4205 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2234,187,0
|
|
1 54607546 rs4927061 A T 650.82 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=9.86;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-354.779;SBQD=-0.881;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7559;VQSLOD=4.3205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:681,0,986
|
|
1 54610834 rs621833 T C 789.46 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.117;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.971;HRun=0;HaplotypeScore=1.8606;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=2.979;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.585;SB=-382.118;SBQD=1.834;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.5296;VQSLOD=4.4873 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:819,0,939
|
|
1 54628704 rs604206 T C 1414.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.14;MQ0=0;QD=28.87;SB=-657.514;SBQD=9.095;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.6909;VQSLOD=6.2939 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1448,123,0
|
|
1 54644197 rs621359 G A 687.02 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.369;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.524;HRun=0;HaplotypeScore=3.6698;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-363.015;SBQD=-5.593;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.5707;VQSLOD=3.5415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:717,0,802
|
|
1 54669192 rs2008281 G A 1146.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;QD=26.07;SB=-656.136;SBQD=2.060;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.6665;VQSLOD=4.2837 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:93.29:1180,93,0
|
|
1 54696743 rs4061073 A G 530.40 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.305;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.448;HRun=0;HaplotypeScore=2.2829;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.004;SB=-186.806;SBQD=4.109;SBpi=0.9383;SBpiQual=0.7203;VQSLOD=4.4321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:560,0,1239
|
|
1 54700436 rs688259 T A 1031.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.831;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=13.610;HRun=4;HaplotypeScore=8.8151;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=13.75;ReadPosRankSum=1.047;SB=-625.885;SBQD=-2.103;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.0998;VQSLOD=-3.8594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:1062,0,746
|
|
1 54745467 rs17110221 G C 706.78 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.032;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.069;HRun=0;HaplotypeScore=2.6595;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=10.39;ReadPosRankSum=-1.914;SB=-414.575;SBQD=0.944;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3888;VQSLOD=4.1347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:737,0,795
|
|
1 54772851 rs4413992 A G 1822.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=26.80;SB=-1244.861;SBQD=0.559;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.0839;VQSLOD=5.3696 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1855,147,0
|
|
1 54828632 . G C 536.05 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8100;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.900;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-269.829;SBQD=1.116;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.6862;VQSLOD=3.1667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:566,0,519
|
|
1 54848912 rs12042386 G A 486.74 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.173;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.296;HRun=0;HaplotypeScore=1.7675;MQ=55.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.346;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-207.468;SBQD=4.281;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.9333;VQSLOD=4.2821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:517,0,418
|
|
1 54857645 rs213487 G A 580.17 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.610;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.198;SB=-258.393;SBQD=-7.974;SBpi=-1.1674;SBpiQual=-1.3461;VQSLOD=4.6128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:610,0,477
|
|
1 54858872 rs213484 G C 1861.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=30.51;SB=-893.438;SBQD=-0.301;SBpi=-0.8322;SBpiQual=-0.9037;VQSLOD=6.4480 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1894,150,0
|
|
1 54876199 rs12738019 A G 619.11 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=10.663;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.049;SB=-162.617;SBQD=-12.895;SBpi=-1.1767;SBpiQual=-1.4224;VQSLOD=4.8012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:649,0,669
|
|
1 54883983 rs11206346 C T 638.73 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.203;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.174;HRun=0;HaplotypeScore=8.2998;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=13.31;ReadPosRankSum=1.075;SB=-248.778;SBQD=4.203;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.7323;VQSLOD=2.1511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:48:99:669,0,593
|
|
1 54885439 rs34600719 C T 381.94 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.138;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=9.438;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=46.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.573;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.130;SB=-110.736;SBQD=7.318;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.7579;VQSLOD=2.1563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:412,0,707
|
|
1 54898092 rs4926640 T C 786.15 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.075;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.511;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=12.28;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-330.234;SBQD=-5.369;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.9106;VQSLOD=4.7587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:816,0,864
|
|
1 54906270 rs56286965 G A 434.42 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.843;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.105;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-235.076;SBQD=2.207;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.3755;VQSLOD=3.0642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:52:99:464,0,1120
|
|
1 54914533 rs4926644 A C 327.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=6.584;HRun=3;HaplotypeScore=0.9832;MQ=43.38;MQ0=7;MQRankSum=-5.650;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-129.381;SBQD=8.338;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.7436;VQSLOD=-2.7440 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:357,0,698
|
|
1 54949062 rs299862 C G 973.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;QD=26.32;SB=-360.200;SBQD=6.519;SBpi=1.2330;SBpiQual=1.5046;VQSLOD=3.8017 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81.24:1007,81,0
|
|
1 54977078 rs299892 T C 1793.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.59;MQ0=0;QD=32.03;SB=-947.065;SBQD=2.425;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.2825;VQSLOD=6.5524 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1827,147,0
|
|
1 55014102 rs12133271 T C 872.32 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.438;HRun=1;HaplotypeScore=1.7480;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=17.80;ReadPosRankSum=0.135;SB=-362.527;SBQD=7.301;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.6754;VQSLOD=4.2483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:902,0,521
|
|
1 55035348 rs300278 G T 2107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.11;MQ0=0;QD=27.03;SB=-1055.248;SBQD=3.509;SBpi=1.0190;SBpiQual=1.1702;VQSLOD=4.2420 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2141,169,0
|
|
1 55035791 . T C 1148 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.844;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9598;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-524.510;SBQD=0.845;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.4550;VQSLOD=3.7625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1178,0,1395
|
|
1 55047773 rs7523764 T C 911.23 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.074;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.553;HRun=0;HaplotypeScore=4.6595;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=15.19;ReadPosRankSum=1.997;SB=-282.511;SBQD=6.507;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.2068;VQSLOD=2.2122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:941,0,718
|
|
1 55048646 rs58555027 C T 802.39 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.503;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.455;SB=-309.460;SBQD=-0.219;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.0513;VQSLOD=3.9899 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:832,0,498
|
|
1 55053889 . A T 425.50 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=68;Dels=0.00;FS=3.570;HRun=0;HaplotypeScore=1.7326;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-263.691;SBQD=3.403;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.3576;VQSLOD=2.1215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:99:455,0,1373
|
|
1 55066814 . G A 68.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DP=38;Dels=0.00;FS=11.620;HRun=0;HaplotypeScore=10.5238;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.391;SB=20.855;SBQD=6.332;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.8174;VQSLOD=-3.8675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,6:38:98.40:98,0,811
|
|
1 55072726 rs1616691 T C 1241.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=26.99;SB=-717.429;SBQD=5.533;SBpi=-0.1474;SBpiQual=0.2492;VQSLOD=5.8059 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1274,114,0
|
|
1 55080628 rs59983477 C T 94.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.241;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.032;HRun=0;HaplotypeScore=2.7610;MQ=45.20;MQ0=0;MQRankSum=3.044;QD=1.63;ReadPosRankSum=-3.807;SB=-73.002;SBQD=3.421;SBpi=0.6934;SBpiQual=0.4184;VQSLOD=-4.3736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,13:58:99:124,0,412
|
|
1 55124087 . C T 1068.76 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.518;DP=86;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=1;HaplotypeScore=1.9581;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=2.038;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.282;SB=-549.319;SBQD=2.611;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.4495;VQSLOD=2.8852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:86:99:1099,0,1385
|
|
1 55128859 rs1702008 C A 2596.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=33.72;SB=-1234.101;SBQD=-1.649;SBpi=-0.6268;SBpiQual=-0.7580;VQSLOD=8.0312 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2629,205,0
|
|
1 55136067 rs2251719 T G 1304.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.71;MQ0=0;QD=31.81;SB=-117.951;SBQD=-5.689;SBpi=-2.7330;SBpiQual=-2.8275;VQSLOD=4.3514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1337,108,0
|
|
1 55149379 rs744746 G A 442.74 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.118;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.042;HRun=0;HaplotypeScore=3.0776;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-252.459;SBQD=-4.189;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.4618;VQSLOD=3.8903 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:62:99:473,0,978
|
|
1 55152438 rs12566292 A G 725.19 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.031;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.095;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=11.51;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-442.217;SBQD=2.526;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3717;VQSLOD=4.3955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:755,0,1032
|
|
1 55152839 . T C 572.87 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;DP=46;Dels=0.00;FS=3.062;HRun=2;HaplotypeScore=2.8717;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.988;SB=-106.000;SBQD=10.302;SBpi=1.2792;SBpiQual=1.6466;VQSLOD=1.5317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:603,0,718
|
|
1 55164116 rs10888867 T G 552.71 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=3.997;HRun=2;HaplotypeScore=1.8675;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.428;SB=-317.657;SBQD=-2.209;SBpi=-0.1043;SBpiQual=0.0918;VQSLOD=3.6079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:583,0,808
|
|
1 55165942 rs2304310 G A 870.01 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.905;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=5.103;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.017;SB=-266.323;SBQD=6.677;SBpi=1.3333;SBpiQual=1.5026;VQSLOD=4.7154 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:900,0,830
|
|
1 55207754 rs13046 C G 834.55 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.160;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.593;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.096;SB=-428.374;SBQD=3.039;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1939;VQSLOD=6.0509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:865,0,1010
|
|
1 55224751 rs11577368 C A 440.23 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.314;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=9.043;HRun=3;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-251.952;SBQD=8.818;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.1983;VQSLOD=4.3545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:470,0,633
|
|
1 55225522 rs1180956 C T 579.37 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.846;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.863;SB=-332.616;SBQD=0.338;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0935;VQSLOD=5.2011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:609,0,791
|
|
1 55228276 rs12728012 G C 667.64 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.580;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.047;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.480;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-352.148;SBQD=3.172;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2469;VQSLOD=5.6597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:698,0,737
|
|
1 55240140 rs1180960 G A 709.83 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.547;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=9.86;ReadPosRankSum=-1.822;SB=-343.832;SBQD=-1.912;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.8013;VQSLOD=4.6892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:740,0,1052
|
|
1 55260271 rs594487 A G 1194.96 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=13.614;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.721;SB=-430.103;SBQD=8.594;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.8606;VQSLOD=5.1556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1225,0,1201
|
|
1 55281965 rs733946 C T 1866.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.36;MQ0=0;QD=32.18;SB=-1056.683;SBQD=1.206;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0579;VQSLOD=6.6488 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1900,150,0
|
|
1 55282079 rs668424 T C 2406.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.53;SB=-1047.615;SBQD=2.112;SBpi=0.9300;SBpiQual=1.0683;VQSLOD=7.8371 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2440,196,0
|
|
1 55284754 rs36082067 C A 1939.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7873;MQ=59.35;MQ0=0;QD=30.30;SB=-1062.940;SBQD=-2.912;SBpi=0.1250;SBpiQual=-0.1182;VQSLOD=6.3416 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1972,168,0
|
|
1 55321551 rs2278192 G A 2148.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.29;MQ0=0;QD=36.42;SB=-633.769;SBQD=2.480;SBpi=1.6274;SBpiQual=1.8282;VQSLOD=6.4590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2181,172,0
|
|
1 55327492 rs6666716 C T 1793.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.18;MQ0=0;QD=35.16;SB=-736.605;SBQD=0.266;SBpi=-0.9102;SBpiQual=-0.9623;VQSLOD=6.9494 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1826,141,0
|
|
1 55336950 rs608458 C G 1268.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;QD=24.39;SB=-738.272;SBQD=-3.277;SBpi=-0.5547;SBpiQual=-0.7766;VQSLOD=4.9302 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1301,108,0
|
|
1 55347235 rs666130 A G 2262.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.16;MQ0=0;QD=32.33;SB=-895.898;SBQD=-6.470;SBpi=-0.7171;SBpiQual=-1.1771;VQSLOD=5.9635 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2296,202,0
|
|
1 55354335 rs4927176 C T 2423.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.71;MQ0=0;QD=37.86;SB=-964.549;SBQD=0.921;SBpi=0.8750;SBpiQual=0.9831;VQSLOD=7.1305 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2456,190,0
|
|
1 55387039 rs7516855 T G 2254.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=33.65;SB=-599.592;SBQD=0.528;SBpi=2.1380;SBpiQual=2.2139;VQSLOD=6.3736 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2287,184,0
|
|
1 55389715 rs600601 C T 2430.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=29.28;ReadPosRankSum=1.565;SB=-1162.361;SBQD=1.641;SBpi=-1.2147;SBpiQual=-1.2130;VQSLOD=5.6882 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2463,193,0
|
|
1 55399122 rs2780727 A G 1181.86 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=8.167;HRun=0;HaplotypeScore=1.7900;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-522.448;SBQD=-5.769;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-0.9014;VQSLOD=4.8622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:1212,0,1602
|
|
1 55411708 rs1863668 T G 1999.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=33.33;SB=-1100.780;SBQD=-0.890;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.0689;VQSLOD=8.6842 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2033,162,0
|
|
1 55425901 rs11206492 C T 3311.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=58.60;MQ0=0;QD=38.06;SB=-1655.500;SBQD=-0.517;SBpi=-0.0536;SBpiQual=-0.0886;VQSLOD=6.7949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3311,259,0
|
|
1 55443605 rs2433673 C G 1775.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7046;MQ=60.48;MQ0=0;QD=30.62;SB=-1060.077;SBQD=-0.516;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0042;VQSLOD=5.6299 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1809,144,0
|
|
1 55445992 rs2495519 A C 1229.25 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=26.15;SB=-216.960;SBQD=-4.404;SBpi=-2.5526;SBpiQual=-2.6523;VQSLOD=1.7233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1262,102,0
|
|
1 55463860 rs1003769 G A 2427.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;QD=32.37;SB=-1313.975;SBQD=-3.903;SBpi=0.0577;SBpiQual=-0.1699;VQSLOD=8.4443 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2461,202,0
|
|
1 55464320 rs1003767 C T 1842.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9655;MQ=57.91;MQ0=0;QD=24.90;SB=-1054.090;SBQD=-3.894;SBpi=-0.6975;SBpiQual=-0.9682;VQSLOD=5.0373 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1876,156,0
|
|
1 55465797 rs759915 G A 3315.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.43;SB=-1688.974;SBQD=-1.031;SBpi=-0.1572;SBpiQual=-0.2532;VQSLOD=8.2013 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3315,256,0
|
|
1 55491253 . T C 733.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.57;MQ0=18;QD=9.52;SB=-24.691;SBQD=20.222;SBpi=-0.0593;SBpiQual=0.3132;VQSLOD=3.9293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:77:72.08:766,72,0
|
|
1 55498428 rs2495491 G T 1485.05 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.827;HRun=0;HaplotypeScore=1.9912;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.319;QD=17.07;ReadPosRankSum=1.086;SB=-570.922;SBQD=2.652;SBpi=0.8023;SBpiQual=0.9442;VQSLOD=4.9627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:1515,0,1233
|
|
1 55514073 rs2479412 C G 513.76 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.807;HRun=0;HaplotypeScore=3.4643;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.680;SB=-145.255;SBQD=9.405;SBpi=0.7845;SBpiQual=1.2211;VQSLOD=3.1935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:544,0,671
|
|
1 55518528 rs494198 C A 517.74 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.912;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.204;HRun=0;HaplotypeScore=2.5929;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=2.038;QD=12.33;ReadPosRankSum=1.836;SB=-326.327;SBQD=-0.778;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0204;VQSLOD=4.4703 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:548,0,494
|
|
1 55523033 rs509504 A G 781.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.01;MQ0=0;QD=19.55;SB=-494.931;SBQD=13.909;SBpi=-0.3162;SBpiQual=0.3891;VQSLOD=5.2160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:66.19:815,66,0
|
|
1 55524237 rs562556 G A 919.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.05;SB=-539.952;SBQD=-0.545;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3617;VQSLOD=6.2353 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78.23:953,78,0
|
|
1 55543427 rs637483 G A 3048.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.44;SB=-1567.196;SBQD=-0.280;SBpi=0.2157;SBpiQual=0.2404;VQSLOD=7.6365 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3081,241,0
|
|
1 55555285 rs548852 G A 2829.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.50;SB=-1512.557;SBQD=1.184;SBpi=0.1104;SBpiQual=0.2298;VQSLOD=6.2909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2862,223,0
|
|
1 55560401 rs507143 G A 989.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7998;MQ=60.83;MQ0=0;QD=19.79;SB=-863.593;SBQD=-4.217;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2398;VQSLOD=4.0621 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:84.23:1022,84,0
|
|
1 55569190 rs644186 C A 2993.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.50;SB=-1351.043;SBQD=1.028;SBpi=0.6626;SBpiQual=0.7908;VQSLOD=7.1139 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3026,235,0
|
|
1 55579612 rs557901 G C 2246.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9717;MQ=59.33;MQ0=0;QD=29.96;SB=-1049.359;SBQD=3.764;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.5503;VQSLOD=5.4667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2280,201,0
|
|
1 55605050 rs1185570 T C 2712.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78;SB=-1338.060;SBQD=-0.815;SBpi=0.4529;SBpiQual=0.3884;VQSLOD=8.7287 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2746,220,0
|
|
1 55619422 rs1165230 G A 3389.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.08;SB=-1632.841;SBQD=-0.143;SBpi=-0.2650;SBpiQual=-0.2869;VQSLOD=7.3045 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3389,262,0
|
|
1 55673671 rs2454213 G A 2678.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;QD=34.33;SB=-1216.554;SBQD=0.280;SBpi=-0.9058;SBpiQual=-0.9220;VQSLOD=5.8743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2711,208,0
|
|
1 55687247 rs10888903 G A 546.59 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.915;HRun=0;HaplotypeScore=148.1252;MQ=47.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.060;SB=-463.932;SBQD=-3.758;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.4146;VQSLOD=-590.3071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:73:99:577,0,959
|
|
1 55703790 rs6703677 T C 800.55 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.238;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.751;HRun=1;HaplotypeScore=2.2312;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=14.04;ReadPosRankSum=2.283;SB=-426.795;SBQD=6.454;SBpi=-0.2694;SBpiQual=0.0392;VQSLOD=3.1234 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:831,0,730
|
|
1 55705193 rs2133111 C T 1033.53 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.014;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.296;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.261;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-341.085;SBQD=-5.592;SBpi=-1.4837;SBpiQual=-1.6532;VQSLOD=4.2049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1064,0,989
|
|
1 55706218 rs3850859 A G 580.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.395;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=50.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.970;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.770;SB=-163.615;SBQD=-1.988;SBpi=1.4289;SBpiQual=1.5186;VQSLOD=-0.3851 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:611,0,755
|
|
1 55715412 rs11206538 C T 1081.91 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.407;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7128;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.209;SB=-533.978;SBQD=0.433;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1260;VQSLOD=5.3881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:1112,0,1230
|
|
1 55723817 rs10888907 G A 981.14 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.075;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.729;HRun=0;HaplotypeScore=2.5677;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=14.43;ReadPosRankSum=2.333;SB=-546.716;SBQD=-3.579;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1850;VQSLOD=4.8880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1011,0,960
|
|
1 55726973 rs11206543 A G 639 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.150;SB=-333.462;SBQD=0.518;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.1684;VQSLOD=4.7701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:66:99:669,0,1036
|
|
1 55728522 rs12034789 A G 1158.74 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.441;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.874;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-499.169;SBQD=-1.833;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4713;VQSLOD=4.9632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1189,0,1205
|
|
1 55730907 rs6660348 A T 959.50 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.964;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=2.260;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.429;SB=-495.808;SBQD=2.427;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1260;VQSLOD=3.9600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:989,0,1168
|
|
1 55740106 rs34927947 G A 595.38 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.949;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.151;SB=-325.764;SBQD=-0.494;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.1469;VQSLOD=5.8898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:625,0,575
|
|
1 55790336 rs207177 G T 2219.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3823;MQ=59.66;MQ0=0;QD=33.12;SB=-1227.261;SBQD=-1.205;SBpi=0.0611;SBpiQual=-0.0521;VQSLOD=6.1588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2252,181,0
|
|
1 55837603 rs2746685 A G 1258.08 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.405;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=16.13;ReadPosRankSum=1.638;SB=-592.370;SBQD=4.276;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.4613;VQSLOD=5.8948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:1288,0,1073
|
|
1 55907951 rs6588560 T C 541.36 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.423;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.629;QD=11.77;ReadPosRankSum=1.230;SB=-258.597;SBQD=1.331;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2923;VQSLOD=5.2129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:571,0,836
|
|
1 55909817 rs12728200 T C 860.10 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.752;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.730;SB=-425.978;SBQD=-4.114;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.2187;VQSLOD=4.3993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:890,0,1257
|
|
1 55935941 rs4142664 A G 1169.99 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=7.101;HRun=2;HaplotypeScore=1.6643;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.263;SB=-589.489;SBQD=5.527;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.2872;VQSLOD=4.3497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1200,0,1368
|
|
1 55941996 rs1740127 A G 1669.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=34.07;SB=-673.151;SBQD=-0.091;SBpi=-0.9286;SBpiQual=-0.9367;VQSLOD=8.2005 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1702,138,0
|
|
1 55966893 rs1165391 C G 755.45 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=3.998;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-239.204;SBQD=5.634;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.0808;VQSLOD=5.0734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:785,0,830
|
|
1 55968289 rs1780522 T C 2398.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.75;MQ0=0;QD=31.56;SB=-1177.370;SBQD=7.393;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.2325;VQSLOD=6.8308 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2431,214,0
|
|
1 55971759 rs356117 C A 2268.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=31.07;SB=-1276.254;SBQD=0.190;SBpi=0.1756;SBpiQual=0.2679;VQSLOD=7.6716 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2301,184,0
|
|
1 55973486 rs1695941 A C 1296.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;QD=30.15;SB=-707.881;SBQD=-1.550;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4670;VQSLOD=7.8599 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1330,105,0
|
|
1 55981763 rs1695955 C A 1313.08 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=10.898;HRun=0;HaplotypeScore=1.8237;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=18.49;ReadPosRankSum=0.286;SB=-572.425;SBQD=9.237;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.4283;VQSLOD=4.8628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:1343,0,874
|
|
1 55989923 rs356082 A G 1752.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.37;SB=-885.650;SBQD=-0.752;SBpi=0.0700;SBpiQual=-0.0023;VQSLOD=7.6428 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1786,144,0
|
|
1 55995343 rs181453 G C 2146.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.19;SB=-1026.610;SBQD=-0.151;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.4746;VQSLOD=8.2371 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2179,172,0
|
|
1 56034884 . G A 1074.18 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.568;DP=69;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=2.643;QD=15.57;ReadPosRankSum=1.944;SB=-487.331;SBQD=-3.038;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3896;VQSLOD=3.6325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1104,0,951
|
|
1 56046405 rs10493196 G A 1236.08 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.313;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.404;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.301;SB=-588.111;SBQD=-5.582;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.3168;VQSLOD=5.6811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:78:99:1266,0,987
|
|
1 56051105 rs11206625 C T 1460.81 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.640;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.281;HRun=1;HaplotypeScore=1.6498;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=17.19;ReadPosRankSum=0.607;SB=-764.698;SBQD=4.398;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2837;VQSLOD=4.5372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:1491,0,1168
|
|
1 56055463 rs17416725 A C 434.08 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.203;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.399;HRun=0;HaplotypeScore=2.6148;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.117;SB=-322.002;SBQD=3.170;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.0632;VQSLOD=3.9708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:464,0,769
|
|
1 56071047 rs11206634 G A 1767.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=32.13;SB=-955.511;SBQD=0.537;SBpi=0.2023;SBpiQual=0.2584;VQSLOD=7.9377 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1800,141,0
|
|
1 56076715 rs11206639 C A 1471.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.48;MQ0=0;QD=32.00;SB=-708.849;SBQD=0.734;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.6765;VQSLOD=6.8259 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1505,120,0
|
|
1 56079739 rs1392132 T G 2418.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.47;MQ0=0;QD=30.62;SB=-1219.977;SBQD=-6.417;SBpi=0.0563;SBpiQual=-0.4821;VQSLOD=7.0639 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2452,219,0
|
|
1 56088043 rs17417716 A G 803.30 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.248;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.385;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=11.81;ReadPosRankSum=1.135;SB=-338.344;SBQD=-6.255;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.8484;VQSLOD=5.4388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:68:99:833,0,1072
|
|
1 56090323 rs709397 C T 1397.26 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.936;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=1.688;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=14.40;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-794.835;SBQD=-1.848;SBpi=0.1414;SBpiQual=0.0859;VQSLOD=5.8548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:1427,0,1306
|
|
1 56128964 . G A 1545.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.20;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=65;Dels=0.00;FS=5.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=3.059;QD=23.78;ReadPosRankSum=4.764;SB=-470.369;SBQD=6.977;SBpi=1.5254;SBpiQual=1.5715;VQSLOD=0.6311 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,52:65:23.82:1576,0,24
|
|
1 56129402 . C T 2168.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.81;MQ0=6;QD=28.53;SB=-1210.173;SBQD=2.595;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0317;VQSLOD=4.9345 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2201,199,0
|
|
1 56130749 rs9436517 G A 480.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.62;MQ0=0;QD=34.34;SB=-228.901;SBQD=-1.127;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.3210;VQSLOD=7.9415 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:514,42,0
|
|
1 56131416 rs11206653 G T 265.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.22;SB=-116.894;SBQD=-1.418;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3061;VQSLOD=8.1289 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:299,24,0
|
|
1 56132797 . A G 469.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.19;MQ0=0;MQRankSum=2.141;QD=14.67;ReadPosRankSum=2.297;SB=-369.071;SBQD=11.288;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.0058;VQSLOD=3.4062 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:35.29:502,35,0
|
|
1 56133431 rs61776400 T G 1447.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;QD=36.19;SB=-179.446;SBQD=8.133;SBpi=2.3717;SBpiQual=2.5807;VQSLOD=6.6798 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1481,117,0
|
|
1 56156428 rs2819473 C T 2497.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=33.30;SB=-1287.797;SBQD=2.174;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.3934;VQSLOD=8.3833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2530,199,0
|
|
1 56164063 rs2767516 A G 1419.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.48;MQ0=0;QD=28.40;SB=-486.415;SBQD=10.296;SBpi=1.1314;SBpiQual=1.6328;VQSLOD=5.7367 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1453,117,0
|
|
1 56164478 rs2819490 T C 2312.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.04;SB=-901.558;SBQD=6.981;SBpi=0.7171;SBpiQual=1.2312;VQSLOD=7.3175 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2346,204,0
|
|
1 56166119 rs2671234 C T 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1251.025;SBQD=1.284;SBpi=1.3553;SBpiQual=1.4938;VQSLOD=8.4989 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3268,253,0
|
|
1 56168510 rs2819472 A G 1824.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=23.39;SB=-1376.309;SBQD=2.906;SBpi=-0.1132;SBpiQual=0.0618;VQSLOD=3.9006 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1858,198,0
|
|
1 56185826 rs1165484 T A 2772.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.97;SB=-1373.192;SBQD=-0.491;SBpi=-0.1732;SBpiQual=-0.2159;VQSLOD=8.0843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2806,220,0
|
|
1 56217786 rs1165501 C T 3011.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.73;SB=-1471.459;SBQD=0.737;SBpi=-0.4417;SBpiQual=-0.4044;VQSLOD=8.1890 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3045,235,0
|
|
1 56268037 rs4474302 T C 2255.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=30.07;SB=-1249.645;SBQD=0.243;SBpi=0.5196;SBpiQual=0.5616;VQSLOD=6.4093 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2288,190,0
|
|
1 56273458 rs6696734 T C 496.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=39.83;MQ0=0;QD=14.62;SB=-151.637;SBQD=-22.682;SBpi=0.3430;SBpiQual=-0.6943;VQSLOD=5.7023 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:34:51.09:530,51,0
|
|
1 56320072 rs7539074 T G 2778.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=32.69;SB=-1304.646;SBQD=0.760;SBpi=-0.8135;SBpiQual=-0.7339;VQSLOD=8.0632 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2811,229,0
|
|
1 56332410 rs12729235 C T 762.60 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.006;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.3542;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-199.637;SBQD=-1.550;SBpi=-1.3000;SBpiQual=-1.3969;VQSLOD=3.3384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:793,0,646
|
|
1 56388524 rs12119683 T A 2058.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31;SB=-840.219;SBQD=1.996;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.0561;VQSLOD=5.7616 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2092,163,0
|
|
1 56397362 rs4468206 A T 2540.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.80;SB=-1350.490;SBQD=0.824;SBpi=0.1756;SBpiQual=0.2430;VQSLOD=7.8226 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2573,196,0
|
|
1 56399571 rs4384274 C T 1627.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=26.67;SB=-785.028;SBQD=-2.267;SBpi=-1.0883;SBpiQual=-1.2006;VQSLOD=5.7893 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1660,132,0
|
|
1 56407020 rs11206689 G A 1088.21 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.605;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=2.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.347;SB=-372.112;SBQD=-3.715;SBpi=-1.1355;SBpiQual=-1.1993;VQSLOD=4.8269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:90:99:1118,0,1557
|
|
1 56423971 rs6588594 A G 2401.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59;SB=-1145.867;SBQD=-5.001;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.3757;VQSLOD=7.4121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2434,217,0
|
|
1 56441722 rs12123321 A G 2935.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.69;SB=-1488.002;SBQD=1.563;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1394;VQSLOD=8.4963 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2968,235,0
|
|
1 56448355 rs12125033 A G 2652.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=33.15;SB=-1470.835;SBQD=0.701;SBpi=-0.1118;SBpiQual=-0.0859;VQSLOD=8.1428 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2685,214,0
|
|
1 56457871 rs12136504 C T 2527.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=33.26;SB=-1400.212;SBQD=0.595;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.1565;VQSLOD=8.0095 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2560,202,0
|
|
1 56458937 rs6677449 A G 2572.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8888;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.24;SB=-1028.946;SBQD=0.739;SBpi=1.1119;SBpiQual=1.2098;VQSLOD=7.1080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2606,205,0
|
|
1 56461485 rs7534051 G A 2888.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7653;MQ=59.94;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1134.429;SBQD=-0.962;SBpi=-1.3558;SBpiQual=-1.4902;VQSLOD=5.6484 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2922,232,0
|
|
1 56485625 rs973501 T C 2721.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.79;MQ0=0;QD=31.28;SB=-1522.876;SBQD=1.033;SBpi=0.1608;SBpiQual=0.2526;VQSLOD=6.3314 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2754,220,0
|
|
1 56497790 rs11206716 C T 2188.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=37.09;SB=-1131.642;SBQD=-0.252;SBpi=0.0651;SBpiQual=0.0537;VQSLOD=7.4308 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2222,172,0
|
|
1 56513654 rs12122947 G T 1884.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=33.66;SB=-532.664;SBQD=-2.175;SBpi=-1.8708;SBpiQual=-2.0604;VQSLOD=6.5415 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1918,150,0
|
|
1 56544074 rs12041298 T C 991.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5227;MQ=57.57;MQ0=0;QD=21.54;SB=-717.190;SBQD=2.079;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2553;VQSLOD=2.7322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:87.24:1024,87,0
|
|
1 56579208 rs12080296 C A 803.13 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.864;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.900;SB=-441.533;SBQD=0.563;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0664;VQSLOD=4.6963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:833,0,1174
|
|
1 56582978 rs6681705 T A 1184.99 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=8.903;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.459;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.255;SB=-553.428;SBQD=7.302;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3050;VQSLOD=5.4295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:87:99:1215,0,1453
|
|
1 56602992 rs706413 A G 874.02 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.792;HRun=1;HaplotypeScore=2.4602;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.058;SB=-404.921;SBQD=-4.135;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.3806;VQSLOD=4.5404 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:904,0,786
|
|
1 56615809 rs1757915 G A 1015.54 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.811;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=7.832;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=13.91;ReadPosRankSum=0.271;SB=-397.922;SBQD=-7.578;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.8007;VQSLOD=5.9223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:1046,0,1033
|
|
1 56616712 rs12125786 C G 925.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.014;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=11.826;HRun=0;HaplotypeScore=1.8319;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=12.35;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-331.038;SBQD=-10.643;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-1.0030;VQSLOD=4.9652 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:956,0,1092
|
|
1 56620268 rs778121 T C 1468.53 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.827;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.833;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=17.69;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-745.976;SBQD=2.241;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.0590;VQSLOD=4.7081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:1499,0,1170
|
|
1 56632357 rs61096346 C T 55.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.873;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=21.9012;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-332.096;SBQD=1.004;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.1913;VQSLOD=-11.8043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:85.89:86,0,955
|
|
1 56656066 rs1149647 A C 2718.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=31.99;SB=-1340.866;SBQD=7.187;SBpi=-0.8135;SBpiQual=-0.2080;VQSLOD=7.5516 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2752,241,0
|
|
1 56683954 rs10888960 T C 889.74 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.080;SB=-471.053;SBQD=1.044;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.2720;VQSLOD=5.5964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:920,0,1385
|
|
1 56697320 rs801273 G T 939.59 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.915;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-501.532;SBQD=1.572;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0870;VQSLOD=5.4285 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:970,0,1395
|
|
1 56697416 rs778393 G A 734.83 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.435;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.177;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-449.017;SBQD=2.432;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.2170;VQSLOD=5.8340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:765,0,841
|
|
1 56716426 rs1341337 T C 2025.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.63;MQ0=0;QD=32.68;SB=-1061.294;SBQD=-1.570;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.3094;VQSLOD=6.4724 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2059,163,0
|
|
1 56723186 rs1341338 C T 2630.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;QD=36.53;SB=-1294.390;SBQD=-0.761;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.3145;VQSLOD=8.4823 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2663,208,0
|
|
1 56732054 rs12077346 G A 1489.96 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.363;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.860;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=19.10;ReadPosRankSum=0.005;SB=-675.866;SBQD=-0.579;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.5220;VQSLOD=5.5640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:1520,0,979
|
|
1 56738305 rs2792789 A G 2119.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.12;MQ0=0;QD=31.64;SB=-1109.047;SBQD=-4.883;SBpi=0.4276;SBpiQual=-0.0624;VQSLOD=7.1214 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2153,190,0
|
|
1 56739195 . A G 240.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.39;MQ0=2;MQRankSum=-2.568;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.816;SB=-110.487;SBQD=-4.465;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.3209;VQSLOD=-1.0590 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:270,0,831
|
|
1 56758606 rs2793676 A G 2138.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.66;MQ0=0;QD=31.45;SB=-986.375;SBQD=4.638;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.8026;VQSLOD=5.0825 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2172,174,0
|
|
1 56760469 rs2000143 A G 2258.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.87;MQ0=0;QD=32.26;SB=-1161.830;SBQD=-1.285;SBpi=0.4781;SBpiQual=0.4359;VQSLOD=7.4275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2291,184,0
|
|
1 56761108 rs1341345 A G 2808.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=30.19;SB=-940.608;SBQD=-6.848;SBpi=2.2294;SBpiQual=1.6164;VQSLOD=4.9739 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2841,259,0
|
|
1 56761923 rs58444727 G A 1056.31 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.587;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.868;HRun=1;HaplotypeScore=2.7777;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-415.073;SBQD=-3.395;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8456;VQSLOD=3.3385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:1086,0,1482
|
|
1 56762971 rs2793686 A G 2413.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18;SB=-1275.959;SBQD=-6.023;SBpi=0.4041;SBpiQual=-0.1417;VQSLOD=7.8410 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2447,214,0
|
|
1 56797910 rs12129611 T A 1186.85 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.967;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.248;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=16.48;ReadPosRankSum=1.683;SB=-422.076;SBQD=-7.276;SBpi=-1.0151;SBpiQual=-1.2289;VQSLOD=4.4902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:1217,0,882
|
|
1 56798013 rs11206790 C T 2056.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.91;MQ0=0;QD=30.70;SB=-961.113;SBQD=1.610;SBpi=0.9163;SBpiQual=1.0482;VQSLOD=4.9959 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2090,166,0
|
|
1 56799474 rs6588618 A T 2480.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.90;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1082.585;SBQD=2.993;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.6205;VQSLOD=8.0494 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2513,205,0
|
|
1 56800736 rs10159099 G A 3169.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;QD=35.22;SB=-1707.004;SBQD=0.854;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0668;VQSLOD=8.5621 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3202,250,0
|
|
1 56803162 rs11799457 C A 974.83 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.229;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=2;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.185;SB=-542.874;SBQD=-1.823;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0080;VQSLOD=4.7233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:1005,0,1010
|
|
1 56811605 rs7527370 A G 887.80 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.729;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.742;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-451.624;SBQD=5.258;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1506;VQSLOD=5.8154 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:918,0,1254
|
|
1 56813994 rs6588619 T C 582.61 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.645;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=5.481;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=15.33;ReadPosRankSum=0.409;SB=-108.921;SBQD=13.609;SBpi=-1.8371;SBpiQual=-1.6104;VQSLOD=4.1086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:613,0,440
|
|
1 56815398 rs7550046 G A 1435.63 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.744;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.265;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-770.305;SBQD=4.313;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.0997;VQSLOD=4.8064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1466,0,1098
|
|
1 56823728 . A G 490.68 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.918;DP=60;Dels=0.00;FS=2.372;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.125;SB=-186.408;SBQD=2.719;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.8034;VQSLOD=2.8498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:521,0,1046
|
|
1 56852388 rs4269809 G C 1164.05 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=13.146;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=17.91;ReadPosRankSum=1.384;SB=-398.421;SBQD=-10.493;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-1.0450;VQSLOD=5.1557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:1194,0,816
|
|
1 56869630 rs4301666 C G 824.21 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.838;SB=-420.002;SBQD=-1.576;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3120;VQSLOD=5.0547 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:854,0,1255
|
|
1 56871064 rs10888969 C T 1197.33 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.683;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=14.43;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-476.110;SBQD=5.307;SBpi=0.8590;SBpiQual=0.9187;VQSLOD=4.8510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1227,0,1235
|
|
1 56876560 rs4489603 G A 928.30 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.351;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.895;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.367;QD=12.89;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-453.101;SBQD=-1.034;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.5017;VQSLOD=4.5316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:958,0,1010
|
|
1 56877634 rs6679138 T C 1729.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.81;SB=-961.462;SBQD=1.877;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.3634;VQSLOD=6.3997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1762,141,0
|
|
1 56893799 rs7550276 T C 848.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.874;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=5.855;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=54.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.590;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.111;SB=-425.477;SBQD=-4.471;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5211;VQSLOD=1.2620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:878,0,1475
|
|
1 56898174 rs12409517 G T 1206.16 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.592;HRun=0;HaplotypeScore=1.5678;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=16.99;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-625.604;SBQD=5.337;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.0662;VQSLOD=5.4073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1236,0,854
|
|
1 56903616 . A T 1426.18 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.568;DP=80;Dels=0.00;FS=11.846;HRun=0;HaplotypeScore=2.6841;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=17.83;ReadPosRankSum=0.889;SB=-794.390;SBQD=8.089;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0220;VQSLOD=3.2274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:80:99:1456,0,967
|
|
1 56906308 rs7529440 T C 2213.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.30;MQ0=0;QD=34.05;SB=-1179.735;SBQD=-0.410;SBpi=-0.1861;SBpiQual=-0.2190;VQSLOD=7.7879 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2246,178,0
|
|
1 56942305 rs11206824 G A 366.07 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=4.657;HRun=0;HaplotypeScore=2.4904;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.693;SB=-271.199;SBQD=3.958;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.0255;VQSLOD=3.9273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:396,0,646
|
|
1 56953939 rs7532239 A G 2256.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.78;SB=-1256.602;SBQD=1.280;SBpi=-0.2967;SBpiQual=-0.1983;VQSLOD=7.5336 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2289,184,0
|
|
1 56974278 rs12406517 C G 1084.66 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=12.47;ReadPosRankSum=1.151;SB=-609.011;SBQD=0.557;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.4480;VQSLOD=5.5775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:1115,0,853
|
|
1 56987415 rs10157636 C T 902.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.300;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=19.118;HRun=0;HaplotypeScore=10.9724;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=1.760;QD=11.42;ReadPosRankSum=3.803;SB=-345.824;SBQD=-10.220;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.8733;VQSLOD=0.7089 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:932,0,596
|
|
1 56992874 rs1777277 C A 2590.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=35.98;SB=-1248.149;SBQD=-0.111;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.5029;VQSLOD=6.7507 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2623,202,0
|
|
1 56994938 rs993075 C G 2093.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.72;SB=-1084.409;SBQD=-6.064;SBpi=0.2462;SBpiQual=-0.1807;VQSLOD=7.2186 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2127,186,0
|
|
1 56995029 rs993076 T G 2166.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.86;SB=-1121.782;SBQD=1.640;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.4999;VQSLOD=7.5226 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2200,175,0
|
|
1 56996104 rs4532850 C G 3390.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.85;MQ0=0;QD=26.08;SB=-2325.914;SBQD=0.268;SBpi=-0.1754;SBpiQual=-0.0727;VQSLOD=5.6189 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:3390,271,0
|
|
1 56996191 rs4634932 T C 484.56 PASS AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.111;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=5.133;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.579;SB=-43.569;SBQD=-1.264;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.3640;VQSLOD=2.9519 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,34:111:99:515,0,2001
|
|
1 57008778 rs2404715 C T 1094.14 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.741;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=14.40;ReadPosRankSum=2.182;SB=-517.032;SBQD=1.683;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.6741;VQSLOD=4.8164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1124,0,1118
|
|
1 57016987 . C T 293.76 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.275;DP=64;Dels=0.00;FS=2.070;HRun=2;HaplotypeScore=14.0497;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=-6.750;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-361.814;SBQD=2.435;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.3450;VQSLOD=-24.4310 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:324,0,962
|
|
1 57017739 rs1261411 C T 2525.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.60;SB=-1277.407;SBQD=-0.094;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.1849;VQSLOD=9.2131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2558,199,0
|
|
1 57024560 rs1777283 G A 1114.74 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.747;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=8.049;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=15.06;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-452.604;SBQD=7.526;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.6128;VQSLOD=4.6954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1145,0,1127
|
|
1 57024890 rs1759751 C T 2629.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1171.740;SBQD=0.077;SBpi=0.6975;SBpiQual=0.7505;VQSLOD=8.2612 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2662,214,0
|
|
1 57048515 rs7549799 T C 2895.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.19;SB=-1421.446;SBQD=-0.810;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.2771;VQSLOD=8.9111 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2928,235,0
|
|
1 57057316 rs17408450 G A 1092.72 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.535;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.195;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=17.62;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-405.307;SBQD=4.533;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.9393;VQSLOD=6.2971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:1123,0,665
|
|
1 57070728 rs11206861 A T 878.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.062;QD=11.12;ReadPosRankSum=3.581;SB=-1241.257;SBQD=-2.071;SBpi=0.1756;SBpiQual=-0.0459;VQSLOD=-0.2424 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:79:99:912,102,0
|
|
1 57079723 rs12021812 C T 2468.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8633;MQ=50.20;MQ0=0;QD=33.81;SB=-1144.491;SBQD=-0.117;SBpi=-0.6437;SBpiQual=-0.7236;VQSLOD=5.8931 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2501,199,0
|
|
1 57080474 rs11206869 A G 653.50 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.298;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.221;HRun=0;HaplotypeScore=1.8947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-266.276;SBQD=1.803;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.5809;VQSLOD=4.5679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:683,0,1076
|
|
1 57087218 rs11206872 G A 2098.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.93;MQ0=0;QD=31.32;SB=-1249.595;SBQD=0.837;SBpi=-0.1833;SBpiQual=-0.1298;VQSLOD=7.4795 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2132,166,0
|
|
1 57088422 rs4568857 A C 2590.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.53;MQ0=0;QD=33.21;SB=-1197.507;SBQD=-3.198;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-0.7549;VQSLOD=6.5381 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2623,214,0
|
|
1 57090265 rs11206878 T C 2152.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.65;MQ0=0;QD=32.13;SB=-1126.578;SBQD=1.319;SBpi=0.3054;SBpiQual=0.3600;VQSLOD=6.6129 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2185,175,0
|
|
1 57095904 rs2404990 C T 2623.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.46;SB=-1078.670;SBQD=-0.850;SBpi=-1.0462;SBpiQual=-1.1684;VQSLOD=8.0136 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2657,208,0
|
|
1 57100887 rs4548471 T C 596.19 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.783;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.970;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-446.447;SBQD=0.401;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5981;VQSLOD=4.9731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:626,0,648
|
|
1 57109177 rs10789037 C A 3554.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=37.82;SB=-1393.557;SBQD=-0.396;SBpi=-1.1346;SBpiQual=-1.2257;VQSLOD=8.0255 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3555,277,0
|
|
1 57116599 rs12073311 T C 1580.22 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.254;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=11.626;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.555;SB=-795.736;SBQD=-8.047;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1162;VQSLOD=5.5698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,52:100:99:1610,0,1557
|
|
1 57116957 rs11206888 T G 1109.12 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.894;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-549.524;SBQD=-2.393;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1611;VQSLOD=5.7309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1139,0,1285
|
|
1 57126066 rs9887834 A G 1173.12 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.176;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.883;HRun=1;HaplotypeScore=1.7074;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-566.215;SBQD=-2.541;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2969;VQSLOD=4.5415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1203,0,1296
|
|
1 57129847 rs2796523 A G 926.23 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.613;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.165;SB=-388.719;SBQD=-0.790;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.6679;VQSLOD=5.5605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:956,0,1294
|
|
1 57142362 . G C 920.48 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.405;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.761;SB=-375.512;SBQD=-1.297;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.8241;VQSLOD=4.6675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:950,0,1147
|
|
1 57151495 . A C 1163.16 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.534;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.136;QD=14.54;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-506.660;SBQD=-0.603;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.8094;VQSLOD=4.1345 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1193,0,1292
|
|
1 57160839 rs857157 C A 657.92 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6229;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.699;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-299.664;SBQD=-1.161;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.7980;VQSLOD=3.9713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:688,0,684
|
|
1 57165327 rs11589368 G A 1320.16 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.205;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=5.189;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.372;SB=-671.304;SBQD=-4.666;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.2875;VQSLOD=4.4811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:100:99:1350,0,1844
|
|
1 57177388 rs1342382 T A 1492.16 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.934;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.655;QD=18.65;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-645.289;SBQD=-5.405;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.6109;VQSLOD=5.7392 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:80:99:1522,0,934
|
|
1 57224460 rs857103 G C 1708.54 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.841;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.844;SB=-842.606;SBQD=-1.877;SBpi=0.2722;SBpiQual=0.2272;VQSLOD=4.8612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,54:87:99:1739,0,972
|
|
1 57238202 rs857162 C A 2949.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=36.42;SB=-1435.833;SBQD=-0.620;SBpi=-0.3889;SBpiQual=-0.4708;VQSLOD=7.9001 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2983,232,0
|
|
1 57245408 rs1774821 A G 2745.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.61;SB=-1378.984;SBQD=0.421;SBpi=0.1732;SBpiQual=0.2121;VQSLOD=8.8668 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2779,217,0
|
|
1 57250866 rs1342385 C T 2457.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1306.309;SBQD=0.635;SBpi=0.0602;SBpiQual=0.1198;VQSLOD=9.0569 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2490,193,0
|
|
1 57268989 rs1361731 T A 2846.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1332.872;SBQD=0.555;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7618;VQSLOD=4.0007 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2880,223,0
|
|
1 57311779 rs880657 G T 791.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.993;HRun=0;HaplotypeScore=3.6203;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.802;SB=-293.278;SBQD=-4.067;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.2343;VQSLOD=4.0076 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:822,0,1002
|
|
1 57334268 rs12406202 G T 717.26 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.109;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.364;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-210.827;SBQD=-9.017;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-1.1006;VQSLOD=4.1676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:747,0,1058
|
|
1 57343256 rs594105 T G 1074.79 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.878;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.966;HRun=0;HaplotypeScore=2.7303;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-563.915;SBQD=-5.342;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.1577;VQSLOD=4.4974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1105,0,1186
|
|
1 57392155 rs6588658 G A 2602.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.73;SB=-1052.604;SBQD=-6.021;SBpi=-1.0556;SBpiQual=-1.3608;VQSLOD=7.1498 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2635,208,0
|
|
1 57393029 rs2405239 C A 1808.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.17;SB=-1074.839;SBQD=1.822;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1368;VQSLOD=6.6842 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1841,144,0
|
|
1 57399622 rs652553 T C 2176.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=31.09;SB=-1021.768;SBQD=4.110;SBpi=-0.8367;SBpiQual=-0.4479;VQSLOD=7.4575 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2210,195,0
|
|
1 57400575 rs676480 A C 1971.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;QD=24.96;SB=-1381.116;SBQD=2.060;SBpi=-0.2265;SBpiQual=-0.1742;VQSLOD=4.8221 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2005,160,0
|
|
1 57404739 rs669358 C T 2530.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=32.04;SB=-1283.027;SBQD=0.224;SBpi=-0.7313;SBpiQual=-0.7597;VQSLOD=7.7170 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2564,199,0
|
|
1 57415594 rs661449 A G 898.37 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.593;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=10.281;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=14.97;ReadPosRankSum=2.639;SB=-422.477;SBQD=3.922;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.6205;VQSLOD=5.7966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:928,0,785
|
|
1 57422484 rs1013579 C T 2708.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.13;MQ0=0;QD=36.11;SB=-1249.491;SBQD=-1.253;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.6145;VQSLOD=7.8345 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2742,211,0
|
|
1 57423635 rs604842 C G 1102.32 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.284;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.278;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=15.31;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-528.007;SBQD=-6.470;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2760;VQSLOD=4.5418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1132,0,955
|
|
1 57455181 rs1329452 T A 2123.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.37;MQ0=0;QD=32.17;SB=-1048.065;SBQD=-0.207;SBpi=0.7385;SBpiQual=0.7336;VQSLOD=6.6853 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2156,169,0
|
|
1 57507014 rs3768203 C T 726.92 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.435;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=10.626;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-325.250;SBQD=-8.877;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7360;VQSLOD=5.1744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:757,0,1035
|
|
1 57521655 rs11206962 C G 1120.22 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.403;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=1.800;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.433;SB=-513.827;SBQD=-0.662;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.3989;VQSLOD=5.4787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1150,0,1293
|
|
1 57536941 rs3738555 A G 847.31 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.909;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.549;SB=-512.796;SBQD=0.979;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0082;VQSLOD=5.4668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:877,0,1197
|
|
1 57548216 rs12043593 T C 1173.73 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.692;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.765;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.670;SB=-590.454;SBQD=-2.486;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.4705;VQSLOD=5.6957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:1204,0,1749
|
|
1 57548321 rs12025887 C G 950.25 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.162;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.258;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=14.62;ReadPosRankSum=1.617;SB=-548.563;SBQD=-6.939;SBpi=0.3244;SBpiQual=-0.0162;VQSLOD=4.9797 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:980,0,783
|
|
1 57565590 rs559831 G T 2375.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=30.85;SB=-1400.460;SBQD=-3.023;SBpi=0.2849;SBpiQual=0.0805;VQSLOD=7.2873 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2408,193,0
|
|
1 57574160 rs6669702 C T 836.51 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.229;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=13.28;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-382.677;SBQD=-0.199;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3008;VQSLOD=5.3820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:866,0,1080
|
|
1 57622700 rs10889026 A C 858.27 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.353;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=14.828;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.466;SB=-419.050;SBQD=-5.710;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.2176;VQSLOD=5.3795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:888,0,1114
|
|
1 57629134 rs10789046 T G 514.88 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.611;HRun=0;HaplotypeScore=3.4870;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=9.53;ReadPosRankSum=2.142;SB=-142.463;SBQD=3.287;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.0026;VQSLOD=2.8130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:545,0,1055
|
|
1 57635864 rs10889031 A G 1024.33 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.333;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.945;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.362;SB=-521.986;SBQD=3.134;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.3626;VQSLOD=5.6710 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1054,0,869
|
|
1 57640721 rs17541479 C T 683.57 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.149;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=10.938;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.787;SB=-225.666;SBQD=7.721;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.8690;VQSLOD=3.6030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:714,0,1151
|
|
1 57645865 rs4912430 G C 889.27 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.421;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.982;SB=-436.435;SBQD=3.364;SBpi=-0.1715;SBpiQual=0.1940;VQSLOD=5.3551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:919,0,1305
|
|
1 57646055 rs4912432 G A 1197.97 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.311;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.005;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.350;QD=15.16;ReadPosRankSum=1.055;SB=-652.159;SBQD=3.141;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0480;VQSLOD=3.6766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1228,0,1203
|
|
1 57647124 rs7548633 C T 1058.11 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.941;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7675;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=2.015;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.852;SB=-529.145;SBQD=0.119;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1828;VQSLOD=4.9077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1088,0,928
|
|
1 57653575 rs155303 C T 671.32 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.376;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-205.575;SBQD=7.355;SBpi=0.9383;SBpiQual=1.0472;VQSLOD=5.1786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:701,0,611
|
|
1 57657399 rs155295 G A 1277.95 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.459;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.553;HRun=4;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.398;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.619;SB=-557.823;SBQD=5.474;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.8319;VQSLOD=5.2859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:1308,0,1265
|
|
1 57664971 rs563858 T C 980.39 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.700;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=12.725;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.999;SB=-191.756;SBQD=10.611;SBpi=2.0555;SBpiQual=2.2445;VQSLOD=3.1089 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1010,0,1453
|
|
1 57664972 rs522782 G A 989.96 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.187;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=12.725;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.999;SB=-196.860;SBQD=10.774;SBpi=2.0555;SBpiQual=2.2740;VQSLOD=3.5475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1020,0,1430
|
|
1 57733416 rs924850 T C 2664.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1417.481;SBQD=-0.424;SBpi=-0.0577;SBpiQual=-0.0962;VQSLOD=7.8190 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2697,211,0
|
|
1 57783775 rs1149630 T A 1013.23 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.638;HRun=1;HaplotypeScore=2.2702;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-337.375;SBQD=6.432;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.2025;VQSLOD=3.0531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:1043,0,792
|
|
1 57787978 rs267647 C A 1618.95 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.802;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=17.41;ReadPosRankSum=1.473;SB=-698.121;SBQD=1.924;SBpi=0.7416;SBpiQual=0.9132;VQSLOD=5.1550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,55:93:99:1649,0,1050
|
|
1 57796603 rs267651 G T 899.85 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.687;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=18.127;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.793;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-366.824;SBQD=-10.952;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.1533;VQSLOD=3.3564 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:930,0,1316
|
|
1 57802886 rs11207010 G C 1015.49 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=11.414;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=11.16;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-593.691;SBQD=7.482;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2811;VQSLOD=6.0059 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:1045,0,1502
|
|
1 57809155 rs11589921 A T 388.21 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.257;HRun=1;HaplotypeScore=2.6550;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.751;SB=-230.627;SBQD=2.159;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.2229;VQSLOD=4.1466 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:418,0,515
|
|
1 57815932 rs6687842 C A 1021.80 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.562;HRun=3;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.624;SB=-399.542;SBQD=6.262;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.8325;VQSLOD=4.3316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:1052,0,1187
|
|
1 57838811 rs1557222 T C 825.98 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.670;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=7.088;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.403;SB=-395.512;SBQD=7.443;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.5669;VQSLOD=5.2953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:856,0,1204
|
|
1 57844869 rs17115686 G A 963.97 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.624;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.918;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-469.867;SBQD=-5.016;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4493;VQSLOD=5.6595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:994,0,1208
|
|
1 57848685 rs10493219 A G 1167.40 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=15.279;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=13.57;ReadPosRankSum=1.383;SB=-502.798;SBQD=10.335;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.6722;VQSLOD=4.5969 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1197,0,1402
|
|
1 57849628 rs3861833 A C 1273.79 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.542;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.868;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-537.550;SBQD=0.836;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.8800;VQSLOD=5.4105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:1304,0,1325
|
|
1 57856917 rs17425017 A G 1091.13 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.243;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.071;HRun=1;HaplotypeScore=1.9862;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-491.220;SBQD=-2.890;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4930;VQSLOD=4.7878 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:1121,0,954
|
|
1 57863196 rs61769756 G A 1171.70 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.914;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.621;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.347;SB=-615.763;SBQD=0.161;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1105;VQSLOD=4.4417 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1202,0,1276
|
|
1 57872825 rs144823 T C 1154.91 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8131;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-532.030;SBQD=0.771;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5380;VQSLOD=3.6017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1185,0,1424
|
|
1 57880555 rs269062 C T 994.23 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.960;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-491.172;SBQD=-0.543;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2895;VQSLOD=5.5205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:1024,0,1015
|
|
1 57954375 rs35770464 A C 869.14 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=18.89;ReadPosRankSum=2.877;SB=-444.938;SBQD=1.644;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0323;VQSLOD=4.4726 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:46:99:899,0,408
|
|
1 57956969 rs7519850 A G 606.13 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.812;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.128;HRun=2;HaplotypeScore=1.9905;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.832;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-373.338;SBQD=0.741;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.4985;VQSLOD=2.5814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:636,0,629
|
|
1 57976249 rs36043664 T G 855.91 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.993;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=15.02;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-384.438;SBQD=2.431;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.4338;VQSLOD=6.1238 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:886,0,897
|
|
1 57986838 rs12135705 A T 914.72 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.045;SB=-268.336;SBQD=2.068;SBpi=1.2070;SBpiQual=1.3275;VQSLOD=4.7036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:945,0,779
|
|
1 57986892 rs6689292 G A 626.26 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.096;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.950;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.184;SB=-364.271;SBQD=2.331;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.3756;VQSLOD=3.2460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:74:99:656,0,959
|
|
1 57998289 rs2691439 A T 3037.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.38;MQ0=0;QD=37.50;SB=-1556.187;SBQD=0.600;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.0443;VQSLOD=8.2645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3070,241,0
|
|
1 58027348 rs2691458 C A 1515.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.35;MQ0=0;QD=29.72;SB=-831.136;SBQD=0.297;SBpi=0.4901;SBpiQual=0.5188;VQSLOD=6.0476 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1549,123,0
|
|
1 58032323 . A T 1277.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.32;MQ0=18;QD=16.81;SB=-521.331;SBQD=-16.885;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1339;VQSLOD=4.1425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1311,117,0
|
|
1 58037783 rs6676151 G A 2421.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1161.895;SBQD=3.184;SBpi=0.2425;SBpiQual=0.4565;VQSLOD=9.2379 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2455,193,0
|
|
1 58049104 . G A 586.39 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.674;SB=-252.848;SBQD=-0.097;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-0.7616;VQSLOD=4.0447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:616,0,720
|
|
1 58051166 rs947241 T C 2103.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=31.40;SB=-822.750;SBQD=4.988;SBpi=0.9163;SBpiQual=1.2938;VQSLOD=8.1544 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2137,184,0
|
|
1 58064455 rs6697033 G A 1999.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.84;MQ0=0;QD=32.78;SB=-961.714;SBQD=-0.200;SBpi=-0.7042;SBpiQual=-0.7099;VQSLOD=7.4252 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2032,159,0
|
|
1 58098949 rs12755476 C T 2779.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.57;SB=-1018.829;SBQD=-1.808;SBpi=-1.2618;SBpiQual=-1.4542;VQSLOD=8.3181 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2812,220,0
|
|
1 58120381 rs4912272 T C 2481.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.682;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=35.96;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-1292.636;SBQD=-0.029;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.0467;VQSLOD=7.2624 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2514,196,0
|
|
1 58124551 rs6696766 C T 2314.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.48;MQ0=0;QD=34.03;SB=-1115.631;SBQD=-0.630;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.6969;VQSLOD=6.4340 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2347,184,0
|
|
1 58127654 rs61769639 C T 2209.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.46;MQ0=0;QD=35.64;SB=-1129.735;SBQD=0.451;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.2476;VQSLOD=8.1559 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2243,175,0
|
|
1 58128965 rs4244009 C T 2190.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.2063;MQ=58.91;MQ0=0;QD=34.23;SB=-1047.976;SBQD=2.458;SBpi=0.3750;SBpiQual=0.5620;VQSLOD=4.5610 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2224,181,0
|
|
1 58194221 rs912361 A G 1154.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.83;MQ0=0;QD=26.85;SB=-626.800;SBQD=-1.458;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.3966;VQSLOD=5.8448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1187,105,0
|
|
1 58232123 rs11207104 A G 2918.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.03;SB=-1504.990;SBQD=0.474;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1324;VQSLOD=7.3448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2951,232,0
|
|
1 58236402 rs1535768 G C 2846.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.71;SB=-1543.690;SBQD=0.882;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0531;VQSLOD=8.1506 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2879,226,0
|
|
1 58257250 rs1323838 T C 973.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.837;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.936;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.838;SB=-403.885;SBQD=5.052;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.7672;VQSLOD=5.6299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:82:99:1004,0,1348
|
|
1 58258134 rs1886143 G T 2401.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.84;SB=-939.971;SBQD=-0.645;SBpi=-1.1606;SBpiQual=-1.2799;VQSLOD=8.7579 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2434,187,0
|
|
1 58259463 rs1570595 T G 872.59 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.707;HRun=1;HaplotypeScore=2.4546;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.391;SB=-439.535;SBQD=4.517;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.3683;VQSLOD=4.9693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:903,0,1192
|
|
1 58273678 . G T 1373.55 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.862;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.488;SB=-705.251;SBQD=-0.620;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1588;VQSLOD=5.4989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1404,0,1107
|
|
1 58282739 rs852755 T C 1075.74 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.871;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.918;SB=-478.946;SBQD=-2.425;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.4889;VQSLOD=5.3015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1106,0,1108
|
|
1 58290561 rs852774 T A 994.19 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=7.811;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=18.08;ReadPosRankSum=2.262;SB=-421.632;SBQD=-7.415;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.5406;VQSLOD=4.9289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:1024,0,606
|
|
1 58296262 rs852780 T A 879.13 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.081;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=1.7336;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.107;SB=-504.779;SBQD=0.395;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3425;VQSLOD=3.7125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,38:93:99:909,0,1633
|
|
1 58308454 rs55733745 C T 1177.51 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.528;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.195;HRun=0;HaplotypeScore=1.9736;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.321;SB=-670.981;SBQD=-3.293;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.2539;VQSLOD=5.4716 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:1208,0,1192
|
|
1 58336578 . A C 1835.54 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;DP=109;Dels=0.00;FS=6.049;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=16.84;ReadPosRankSum=0.327;SB=-995.712;SBQD=4.313;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0138;VQSLOD=3.2439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,62:109:99:1866,0,1441
|
|
1 58344802 rs56231115 A G 1035.83 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.423;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.896;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.855;SB=-472.539;SBQD=2.155;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.3163;VQSLOD=5.4766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1066,0,1153
|
|
1 58360111 rs1202834 T C 1055.14 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.009;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=15.99;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-435.789;SBQD=-1.424;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.6792;VQSLOD=5.8274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:1085,0,983
|
|
1 58364008 . T C 999.75 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DP=76;Dels=0.00;FS=3.159;HRun=0;HaplotypeScore=2.5525;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=13.15;ReadPosRankSum=-1.690;SB=-556.960;SBQD=4.111;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0181;VQSLOD=2.7128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:76:99:1030,0,1192
|
|
1 58367209 rs1202839 C A 881.33 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.416;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.993;HRun=3;HaplotypeScore=3.1987;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=14.45;ReadPosRankSum=1.067;SB=-479.465;SBQD=0.365;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.4311;VQSLOD=3.2961 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:911,0,700
|
|
1 58394641 rs1202779 G T 2570.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.70;SB=-1338.935;SBQD=0.080;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2401;VQSLOD=8.0834 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2604,199,0
|
|
1 58395390 rs1202781 T C 2637.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.16;SB=-1278.608;SBQD=2.039;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.3691;VQSLOD=7.6645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2670,211,0
|
|
1 58398753 rs1202769 T C 2876.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.08;SB=-1489.759;SBQD=0.865;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.1809;VQSLOD=8.8773 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2910,229,0
|
|
1 58403623 rs1857380 A G 1377.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=26.00;SB=-750.495;SBQD=-7.834;SBpi=-0.0687;SBpiQual=-0.5232;VQSLOD=5.7414 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1411,126,0
|
|
1 58405857 rs1202775 T G 2302.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9262;MQ=59.37;MQ0=0;QD=34.89;SB=-1227.163;SBQD=1.802;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1339;VQSLOD=5.6037 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2335,184,0
|
|
1 58455642 rs1187998 G T 2733.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=36.94;SB=-1207.293;SBQD=2.483;SBpi=0.4650;SBpiQual=0.6455;VQSLOD=8.0766 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2767,217,0
|
|
1 58483220 rs7539068 T C 2482.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82;SB=-1359.042;SBQD=-0.113;SBpi=0.3397;SBpiQual=0.3426;VQSLOD=7.6575 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2515,202,0
|
|
1 58493671 rs6587793 T G 2542.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1266.402;SBQD=-0.237;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-0.5004;VQSLOD=8.3751 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2576,202,0
|
|
1 58500375 rs12746931 G A 2858.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.86;SB=-1112.863;SBQD=1.577;SBpi=1.2147;SBpiQual=1.3992;VQSLOD=8.9314 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2891,226,0
|
|
1 58508013 rs1325451 T C 3208.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.36;MQ0=0;QD=36.88;SB=-1478.434;SBQD=0.469;SBpi=0.4825;SBpiQual=0.5416;VQSLOD=7.0933 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3242,259,0
|
|
1 58510707 rs4475778 A G 2328.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.43;MQ0=0;QD=31.89;SB=-823.674;SBQD=-7.247;SBpi=-1.1119;SBpiQual=-1.6198;VQSLOD=5.3432 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2361,202,0
|
|
1 58511821 rs4097306 G C 3173.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=36.90;SB=-1390.672;SBQD=-1.642;SBpi=-0.5392;SBpiQual=-0.6919;VQSLOD=8.2859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3206,256,0
|
|
1 58524115 rs2806404 G T 985.74 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.509;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.667;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.715;SB=-402.611;SBQD=7.871;SBpi=0.7206;SBpiQual=1.0704;VQSLOD=6.2376 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1016,0,918
|
|
1 58544920 rs2764688 A G 1425.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.83;MQ0=0;QD=27.41;SB=-560.674;SBQD=-6.906;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-1.2756;VQSLOD=5.3860 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1458,129,0
|
|
1 58584134 rs2806394 C T 448.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=56.48;MQ0=0;QD=26.41;SB=-39.321;SBQD=-24.410;SBpi=-1.8190;SBpiQual=-1.9170;VQSLOD=2.8592 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:39.11:482,39,0
|
|
1 58653706 rs532945 T G 1434.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.22;MQ0=0;QD=27.06;SB=-784.400;SBQD=0.303;SBpi=-0.7555;SBpiQual=-0.7644;VQSLOD=5.1279 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1467,117,0
|
|
1 58661151 rs471080 A G 2273.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.09;SB=-1052.369;SBQD=1.208;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.5420;VQSLOD=8.4477 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2307,187,0
|
|
1 58662253 rs502534 C T 2751.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1437.689;SBQD=-1.046;SBpi=0.1709;SBpiQual=0.0828;VQSLOD=7.5854 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2785,220,0
|
|
1 58710736 rs946308 C A 1287.79 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=9.121;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.435;QD=15.52;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-632.753;SBQD=6.966;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2377;VQSLOD=4.9185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1318,0,1181
|
|
1 58731279 rs912502 C A 3421.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1598.781;SBQD=0.325;SBpi=0.5157;SBpiQual=0.5309;VQSLOD=8.0744 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3421,268,0
|
|
1 58740258 . C T 91.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.81;MQ0=8;QD=5.74;SB=-32.981;SBQD=-5.047;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.1861;VQSLOD=2.4991 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:12.02:124,12,0
|
|
1 58740772 rs11589402 A T 2896.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.174;HRun=0;HaplotypeScore=1.8188;MQ=56.21;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=35.76;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-1380.592;SBQD=4.520;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.4712;VQSLOD=7.4654 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:2929,229,0
|
|
1 58744822 . G C 49.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.84;MQ0=0;QD=12.42;SB=-57.796;SBQD=-7.863;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1435;VQSLOD=4.1301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:8.99:82,9,0
|
|
1 58790444 . C T 1345.76 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.339;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6517;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=18.69;ReadPosRankSum=0.349;SB=-701.772;SBQD=-0.408;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2652;VQSLOD=5.2527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:1376,0,718
|
|
1 58836409 rs4912336 G T 2196.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;QD=36.01;SB=-1128.693;SBQD=-0.277;SBpi=0.1921;SBpiQual=0.1609;VQSLOD=8.4160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2230,175,0
|
|
1 58837479 rs56150615 G A 531.56 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.136;HRun=0;HaplotypeScore=2.8495;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-369.347;SBQD=2.240;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7346;VQSLOD=3.5666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:562,0,599
|
|
1 58852083 rs1773068 T C 1110.60 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.304;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.841;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-461.106;SBQD=6.004;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.7832;VQSLOD=5.5343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1141,0,1268
|
|
1 58860237 rs338928 T C 906.11 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6439;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.891;SB=-375.654;SBQD=0.931;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.8575;VQSLOD=3.8183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:936,0,1422
|
|
1 58862010 rs338926 T C 1284.27 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.910;HRun=0;HaplotypeScore=2.7478;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=17.36;ReadPosRankSum=0.111;SB=-681.917;SBQD=-2.375;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0687;VQSLOD=4.6138 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:74:99:1314,0,803
|
|
1 58915956 rs849477 T C 1129.63 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.601;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=12.387;HRun=2;HaplotypeScore=2.8206;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=2.179;QD=15.47;ReadPosRankSum=1.650;SB=-366.929;SBQD=-9.502;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.1120;VQSLOD=3.0078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1160,0,1050
|
|
1 58918699 rs706453 C A 1113.08 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.877;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.660;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.756;SB=-434.653;SBQD=-5.806;SBpi=-1.0151;SBpiQual=-1.0672;VQSLOD=4.5397 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:1143,0,1404
|
|
1 58946861 rs12144759 T G 1599.44 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=17.39;ReadPosRankSum=1.525;SB=-738.980;SBQD=1.335;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.5622;VQSLOD=5.2328 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:92:99:1629,0,1103
|
|
1 58958423 . A C 1745.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.06;MQ0=7;QD=21.55;SB=-854.560;SBQD=-12.267;SBpi=0.9444;SBpiQual=0.9730;VQSLOD=2.7141 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:1779,150,0
|
|
1 58959138 rs338257 C G 118.96 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.72;MQ0=2;QD=4.41;SB=-0.007;SBQD=-5.407;SBpi=-1.6358;SBpiQual=-1.7611;VQSLOD=1.7925 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:17.96:152,18,0
|
|
1 58962336 rs56087605 T C 1209.96 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.629;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.829;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=14.40;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-568.155;SBQD=-1.944;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.5714;VQSLOD=4.6230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1240,0,1378
|
|
1 58978040 rs1121422 T A 1350.31 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.739;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.490;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.862;SB=-651.305;SBQD=-2.264;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.2524;VQSLOD=5.1587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:1380,0,1347
|
|
1 58978423 rs11207247 G C 1208.41 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.062;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=10.901;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.215;QD=17.51;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-614.758;SBQD=6.994;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0050;VQSLOD=4.4182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:1238,0,866
|
|
1 58982787 rs11581395 G T 989.72 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.141;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=12.871;HRun=1;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.535;SB=-299.007;SBQD=10.220;SBpi=1.1315;SBpiQual=1.2511;VQSLOD=4.2211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:1020,0,1009
|
|
1 58984120 . T G 51.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.048;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.444;SB=6.007;SBQD=1.897;SBpi=2.5000;SBpiQual=1.4916;VQSLOD=-2.7956 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:81.76:82,0,531
|
|
1 58985796 rs7517424 T A 1072.30 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=14.49;ReadPosRankSum=1.558;SB=-499.271;SBQD=-0.680;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-0.9474;VQSLOD=5.0723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1102,0,874
|
|
1 58999712 rs34851388 G A 1134.33 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.007;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.581;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.497;SB=-579.255;SBQD=0.743;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.2574;VQSLOD=3.8545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:1164,0,1274
|
|
1 59011985 rs2406785 C T 183.49 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.351;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-0.007;SBQD=-9.530;SBpi=-1.7321;SBpiQual=-1.7819;VQSLOD=2.8388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:213,0,333
|
|
1 59013239 rs11207256 G T 3020.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.12;MQ0=0;QD=36.83;SB=-1357.006;SBQD=-2.058;SBpi=-0.5522;SBpiQual=-0.6957;VQSLOD=8.9916 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3053,241,0
|
|
1 59014333 rs7547036 G T 975.50 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.185;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.230;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.840;SB=-510.228;SBQD=2.945;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2867;VQSLOD=6.3225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:1005,0,697
|
|
1 59028171 rs61357469 A G 1367.69 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=1;MQRankSum=-1.999;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.527;SB=-700.841;SBQD=-0.196;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.2590;VQSLOD=4.3235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:1398,0,1290
|
|
1 59055862 . A G 747.84 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;DP=51;Dels=0.00;FS=4.022;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-306.517;SBQD=6.859;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.5052;VQSLOD=3.9131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:778,0,790
|
|
1 59062520 rs232796 G A 2317.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.32;MQ0=0;QD=34.59;SB=-1163.070;SBQD=-1.479;SBpi=0.4276;SBpiQual=0.3825;VQSLOD=7.1139 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2350,181,0
|
|
1 59071247 rs10157697 G T 1086.60 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=14.923;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=15.09;ReadPosRankSum=0.190;SB=-439.679;SBQD=7.432;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.6279;VQSLOD=6.1170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1117,0,942
|
|
1 59073835 rs11811483 A C 934.78 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.167;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=10.776;HRun=0;HaplotypeScore=2.6003;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-381.390;SBQD=-5.069;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.5435;VQSLOD=4.0754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,36:99:99:965,0,1776
|
|
1 59084143 rs11582185 C G 934.70 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.039;HRun=0;HaplotypeScore=4.5135;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=11.98;ReadPosRankSum=1.467;SB=-403.309;SBQD=3.533;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6399;VQSLOD=3.1571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:965,0,1253
|
|
1 59089494 rs6661969 G C 213.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.883;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=37.84;MQ0=2;MQRankSum=-1.451;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-68.747;SBQD=0.957;SBpi=1.2500;SBpiQual=1.5100;VQSLOD=1.0840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:244,0,381
|
|
1 59094060 . A G 1012.51 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.168;DP=83;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=3;HaplotypeScore=2.5838;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-406.108;SBQD=1.295;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.9134;VQSLOD=2.4146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:1043,0,1468
|
|
1 59095799 rs3990824 T A 566.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.090;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=1.958;HRun=1;HaplotypeScore=6.9376;MQ=40.95;MQ0=9;MQRankSum=-1.784;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-287.727;SBQD=-3.090;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.3379;VQSLOD=-0.5605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,26:105:99:596,0,1873
|
|
1 59099869 rs232914 C T 903.47 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.041;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.908;SB=-392.693;SBQD=1.122;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.5099;VQSLOD=5.5470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:933,0,1158
|
|
1 59101134 rs170828 G T 863.56 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.495;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.016;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.44;MQ0=1;MQRankSum=-0.962;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.716;SB=-292.021;SBQD=-2.062;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-1.1029;VQSLOD=4.8437 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:894,0,1052
|
|
1 59106153 rs232902 A G 1149.77 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.222;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.797;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-376.383;SBQD=-3.689;SBpi=-1.1795;SBpiQual=-1.3682;VQSLOD=5.3582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,46:99:99:1180,0,1710
|
|
1 59117645 rs55677434 A C 821.33 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.915;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7998;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.244;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.520;SB=-455.353;SBQD=1.302;SBpi=-0.0845;SBpiQual=0.0607;VQSLOD=5.5093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:851,0,883
|
|
1 59125899 rs12082192 G A 1294.86 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.061;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.835;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-587.875;SBQD=-2.916;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.4951;VQSLOD=5.5820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1325,0,1198
|
|
1 59140552 . T C 475.59 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.607;DP=43;Dels=0.00;FS=1.170;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-227.503;SBQD=3.573;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.5052;VQSLOD=3.8952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:506,0,675
|
|
1 59141818 rs2406931 C T 951.60 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.471;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=14.64;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-496.935;SBQD=-2.621;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0056;VQSLOD=5.1690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:982,0,865
|
|
1 59144465 rs10789070 C T 839.39 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.159;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=7.508;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-337.170;SBQD=8.134;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8756;VQSLOD=5.7095 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:869,0,787
|
|
1 59153179 rs2746077 C T 1348.30 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.958;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=17.29;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-568.701;SBQD=-6.139;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.6943;VQSLOD=5.8918 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:1378,0,1041
|
|
1 59162675 rs6701772 G A 776.74 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.646;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.285;SB=-368.978;SBQD=-0.477;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.3992;VQSLOD=5.1729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:807,0,1117
|
|
1 59185612 rs2760497 C G 40.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;QD=0.68;SB=-1042.947;SBQD=0.778;SBpi=0.2582;SBpiQual=0.2674;VQSLOD=0.4345 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:8.97:73,9,0
|
|
1 59209604 rs2760484 C T 1402.92 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.092;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=7.137;HRun=2;HaplotypeScore=1.6517;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.625;SB=-617.816;SBQD=6.589;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.7532;VQSLOD=4.9116 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:1433,0,1160
|
|
1 59250418 rs4647001 C G 851.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.39;SB=-393.972;SBQD=4.880;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.7123;VQSLOD=5.9068 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72.22:885,72,0
|
|
1 59274365 rs3015316 C T 342.99 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.956;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.72;MQ0=1;MQRankSum=-0.184;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.298;SB=-45.993;SBQD=-6.477;SBpi=-1.3363;SBpiQual=-1.5159;VQSLOD=3.9495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:41:99:373,0,429
|
|
1 59347010 rs1998762 A G 779.85 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=1.027;HRun=1;HaplotypeScore=1.5757;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.098;SB=-238.486;SBQD=2.498;SBpi=1.2780;SBpiQual=1.2617;VQSLOD=3.0952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:810,0,1182
|
|
1 59394716 rs2716115 C A 1011.67 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5968;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-587.199;SBQD=-0.489;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.0536;VQSLOD=5.1209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1042,0,1071
|
|
1 59395828 rs17118430 T C 975.67 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.012;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.888;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-443.878;SBQD=2.002;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.6432;VQSLOD=5.4706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1006,0,1288
|
|
1 59398127 . G T 1146.22 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.125;DP=84;Dels=0.00;FS=5.639;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.337;QD=13.65;ReadPosRankSum=1.973;SB=-622.696;SBQD=4.960;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1506;VQSLOD=3.9209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:1176,0,1325
|
|
1 59411655 rs12093908 T C 645.15 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=6.180;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.097;SB=-172.437;SBQD=7.355;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.1426;VQSLOD=4.8745 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:675,0,823
|
|
1 59413778 rs12071047 C G 1391.67 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.926;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=19.60;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-595.251;SBQD=-1.934;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.5719;VQSLOD=4.9056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:1422,0,849
|
|
1 59414964 . C A 934.39 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=68;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.866;SB=-487.017;SBQD=-1.000;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1775;VQSLOD=3.9858 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:964,0,1073
|
|
1 59490585 rs2716125 C G 839.88 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.517;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.505;HRun=2;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.238;SB=-454.805;SBQD=3.524;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2247;VQSLOD=5.4354 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:870,0,892
|
|
1 59512101 . T C 1345.50 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;DP=94;Dels=0.00;FS=1.713;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-583.587;SBQD=-2.378;SBpi=-0.9286;SBpiQual=-0.9903;VQSLOD=3.3141 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:1375,0,1399
|
|
1 59515189 rs6656095 T G 2601.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.0508;MQ=59.18;MQ0=0;QD=32.94;SB=-1314.405;SBQD=-1.937;SBpi=-0.1688;SBpiQual=-0.2949;VQSLOD=5.9738 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2635,217,0
|
|
1 59525571 rs4421613 C T 2210.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.65;MQ0=0;QD=29.09;SB=-1301.642;SBQD=-1.341;SBpi=0.4588;SBpiQual=0.4102;VQSLOD=6.4305 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2244,181,0
|
|
1 59580178 rs496047 G A 2708.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.61;SB=-1405.557;SBQD=0.128;SBpi=-0.1162;SBpiQual=-0.1156;VQSLOD=9.4259 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2742,214,0
|
|
1 59604969 rs179575 C T 517.66 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.122;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=14.38;ReadPosRankSum=1.457;SB=-259.086;SBQD=-4.670;SBpi=0.1091;SBpiQual=-0.2076;VQSLOD=5.6365 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:36:99:548,0,242
|
|
1 59613619 rs332220 A T 2781.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=37.59;SB=-1189.280;SBQD=-1.493;SBpi=-0.6975;SBpiQual=-0.8731;VQSLOD=8.2723 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2815,217,0
|
|
1 59623463 rs604558 G A 1443.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=30.71;SB=-821.944;SBQD=-0.941;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.1514;VQSLOD=7.0063 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1476,120,0
|
|
1 59624753 rs588302 A G 3403.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=37.00;SB=-1674.296;SBQD=1.793;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.2789;VQSLOD=8.8574 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3404,268,0
|
|
1 59627385 rs636623 C T 3018.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=35.51;SB=-1624.399;SBQD=0.363;SBpi=-0.0542;SBpiQual=-0.0351;VQSLOD=8.5058 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3051,238,0
|
|
1 59641848 rs331640 A T 3206.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.46;MQ0=0;QD=37.29;SB=-1573.148;SBQD=-0.469;SBpi=-0.3235;SBpiQual=-0.3872;VQSLOD=6.7082 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3240,247,0
|
|
1 59687055 rs2026954 T C 632 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.752;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.176;HRun=0;HaplotypeScore=2.4029;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-308.853;SBQD=-0.962;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.4502;VQSLOD=4.3588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:662,0,1093
|
|
1 59705447 rs6587852 A C 1429.33 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.034;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.278;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=17.22;ReadPosRankSum=0.659;SB=-741.949;SBQD=4.766;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.1899;VQSLOD=6.5610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1459,0,1132
|
|
1 59716008 rs12743706 C A 898.89 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.066;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=12.332;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=15.50;ReadPosRankSum=1.278;SB=-457.774;SBQD=-10.209;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2273;VQSLOD=5.2816 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:929,0,778
|
|
1 59717570 rs4912394 C T 1644.54 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.481;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.757;HRun=1;HaplotypeScore=1.6637;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.509;SB=-748.196;SBQD=-0.244;SBpi=0.4808;SBpiQual=0.5956;VQSLOD=5.1374 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:1675,0,1397
|
|
1 59727623 rs333675 T C 2764.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=34.13;SB=-1327.613;SBQD=5.646;SBpi=-0.6111;SBpiQual=-0.1027;VQSLOD=8.2656 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2798,244,0
|
|
1 59731152 rs12729746 G A 929.99 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.402;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.528;SB=-416.369;SBQD=-3.199;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.3704;VQSLOD=5.5234 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:960,0,589
|
|
1 59743033 rs333663 A C 669.98 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.622;HRun=0;HaplotypeScore=4.9527;MQ=56.03;MQ0=1;MQRankSum=2.109;QD=11.55;ReadPosRankSum=2.028;SB=-343.011;SBQD=1.796;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.1084;VQSLOD=2.0928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:700,0,414
|
|
1 59746980 rs835369 G A 2648.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=35.80;ReadPosRankSum=-1.592;SB=-1399.941;SBQD=1.286;SBpi=0.0585;SBpiQual=0.0894;VQSLOD=8.2995 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:2682,208,0
|
|
1 59748604 rs1353521 G C 2800.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.37;SB=-1377.984;SBQD=-0.852;SBpi=0.2849;SBpiQual=0.2121;VQSLOD=7.7291 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2834,226,0
|
|
1 59784403 rs835404 A C 2043.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.97;SB=-838.485;SBQD=-8.999;SBpi=-0.6155;SBpiQual=-1.0753;VQSLOD=7.7098 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2077,168,0
|
|
1 59801698 rs835386 T C 2396.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=29.95;SB=-1116.729;SBQD=3.527;SBpi=0.5063;SBpiQual=0.8881;VQSLOD=6.6156 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:2429,208,0
|
|
1 59838701 rs28783405 C T 1044.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.83;MQ0=14;QD=15.36;SB=-321.010;SBQD=-17.054;SBpi=-0.4851;SBpiQual=-0.4054;VQSLOD=6.0026 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1078,99,0
|
|
1 59860544 rs835425 G A 2076.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8606;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.47;SB=-1209.923;SBQD=3.490;SBpi=-0.2462;SBpiQual=0.0214;VQSLOD=6.1620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2110,169,0
|
|
1 59887784 rs61789976 G C 2452.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8365;MQ=59.41;MQ0=0;QD=29.55;SB=-1505.872;SBQD=-1.571;SBpi=-0.0549;SBpiQual=-0.1608;VQSLOD=4.3993 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2486,202,0
|
|
1 59887960 rs56186927 T C 2623.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=34.98;SB=-1089.682;SBQD=-0.894;SBpi=-0.9815;SBpiQual=-1.0833;VQSLOD=8.1920 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2657,211,0
|
|
1 59910222 rs6687627 A G 845.53 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.051;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.370;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.335;SB=-444.460;SBQD=-3.068;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.2614;VQSLOD=5.6080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:876,0,1053
|
|
1 59916061 rs11207451 G C 1122.21 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.832;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.858;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.565;SB=-572.096;SBQD=-2.131;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0813;VQSLOD=5.0115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:1152,0,1297
|
|
1 59936155 rs61790001 G A 735.31 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.269;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.022;HRun=0;HaplotypeScore=2.7798;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.378;SB=-483.512;SBQD=-3.145;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0244;VQSLOD=3.9126 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:80:99:765,0,1353
|
|
1 59941382 rs4912213 G T 1196.54 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.314;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=7.719;HRun=0;HaplotypeScore=1.5983;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=15.95;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-570.182;SBQD=7.137;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.4914;VQSLOD=4.9004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1227,0,897
|
|
1 59945920 rs628536 G C 1305.77 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.653;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.7326;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.997;SB=-613.721;SBQD=0.101;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.4792;VQSLOD=4.2855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:1336,0,1278
|
|
1 60000410 . A G 99.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=10.05;MQ0=41;QD=1.63;SB=-90.801;SBQD=0.439;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.8028;VQSLOD=-1.0373 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,43:61:14.97:132,15,0
|
|
1 60018432 rs1866789 A G 2232.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.45;MQ0=0;QD=29.37;SB=-865.401;SBQD=-8.295;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-1.3167;VQSLOD=6.1179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2265,199,0
|
|
1 60019342 rs12726523 A T 2319.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=37.41;SB=-1128.187;SBQD=0.654;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.3280;VQSLOD=7.0841 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2353,181,0
|
|
1 60021172 rs2897707 A G 2130.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.86;MQ0=0;QD=32.28;SB=-1119.180;SBQD=-4.028;SBpi=0.2462;SBpiQual=-0.1532;VQSLOD=7.1386 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:2163,187,0
|
|
1 60026139 rs2798651 T C 1863.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=32.13;SB=-930.197;SBQD=7.105;SBpi=-0.1313;SBpiQual=0.3805;VQSLOD=7.1105 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1896,165,0
|
|
1 60027952 rs2685540 A G 2789.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.06;SB=-1130.233;SBQD=-7.071;SBpi=-0.6969;SBpiQual=-1.2600;VQSLOD=7.1886 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2822,241,0
|
|
1 60045319 rs2407604 C G 2600.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;QD=35.62;SB=-1073.048;SBQD=0.049;SBpi=0.9948;SBpiQual=1.0519;VQSLOD=7.8482 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2633,208,0
|
|
1 60051259 rs9436180 C T 1643.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=39.93;MQ0=2;QD=29.89;SB=-756.423;SBQD=2.656;SBpi=0.2722;SBpiQual=0.3682;VQSLOD=5.8086 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1677,141,0
|
|
1 60053632 rs35835796 G T 2857.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.29;MQ0=3;QD=32.47;SB=-1291.373;SBQD=-4.137;SBpi=-0.5330;SBpiQual=-0.4255;VQSLOD=7.7289 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2890,229,0
|
|
1 60062151 rs1599808 A T 747.42 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.245;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=5.663;HRun=0;HaplotypeScore=3.6906;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-315.137;SBQD=-11.392;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-1.6870;VQSLOD=2.7544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:67:99:777,0,383
|
|
1 60071702 rs12723734 A G 777.36 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=17.663;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.318;SB=-323.047;SBQD=14.417;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.8852;VQSLOD=5.3596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:807,0,589
|
|
1 60078124 . A G 721.92 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;DP=63;Dels=0.00;FS=1.220;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=47.34;MQ0=1;MQRankSum=-0.714;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.884;SB=-233.612;SBQD=1.915;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.9478;VQSLOD=2.8136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:752,0,942
|
|
1 60141643 rs3934551 G T 1087.62 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.171;HRun=1;HaplotypeScore=2.7822;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.370;SB=-574.454;SBQD=2.727;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.1812;VQSLOD=4.5884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1118,0,1109
|
|
1 60155561 rs12069900 A G 836.24 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.908;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.125;SB=-523.876;SBQD=4.176;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.3029;VQSLOD=5.5117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:866,0,644
|
|
1 60171457 rs9804070 T A 1290.11 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.982;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.889;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.498;SB=-676.549;SBQD=0.144;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1642;VQSLOD=5.2155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1320,0,1042
|
|
1 60205821 rs12032528 C A 912.91 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.895;HRun=0;HaplotypeScore=3.6179;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.123;SB=-468.377;SBQD=2.523;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.1189;VQSLOD=4.0322 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:71:99:943,0,1000
|
|
1 60215478 rs1008417 T A 1312.23 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.836;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=16.00;ReadPosRankSum=0.450;SB=-698.858;SBQD=1.091;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0882;VQSLOD=6.1296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1342,0,1219
|
|
1 60280962 rs41287714 A G 372.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4942;MQ=58.63;MQ0=0;QD=21.93;SB=-174.786;SBQD=-2.599;SBpi=0.8489;SBpiQual=0.6074;VQSLOD=3.6903 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:17:39.08:406,39,0
|
|
1 60344616 . G T 2258.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8606;MQ=59.62;MQ0=0;QD=37.03;SB=-984.480;SBQD=-0.661;SBpi=0.7042;SBpiQual=0.6824;VQSLOD=6.0106 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2292,178,0
|
|
1 60449128 rs2807620 C T 2823.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=36.19;SB=-1249.271;SBQD=-1.109;SBpi=-0.6794;SBpiQual=-0.8008;VQSLOD=8.1499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2856,226,0
|
|
1 60454470 rs4915843 G C 2372.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.50;SB=-1191.743;SBQD=-0.259;SBpi=-0.6437;SBpiQual=-0.6944;VQSLOD=7.2984 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2405,187,0
|
|
1 60494904 rs4915626 C A 955.02 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.826;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-495.331;SBQD=-0.947;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1506;VQSLOD=5.7024 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:985,0,1221
|
|
1 60542117 rs646267 A C 3095.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1230.563;SBQD=0.214;SBpi=1.1862;SBpiQual=1.2554;VQSLOD=8.1970 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3128,247,0
|
|
1 60547426 rs685952 G A 2631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=35.08;SB=-1266.384;SBQD=-1.486;SBpi=-0.4041;SBpiQual=-0.5384;VQSLOD=8.8173 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2664,208,0
|
|
1 60557596 rs680191 G A 2364.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.27;SB=-1225.277;SBQD=0.270;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.2901;VQSLOD=8.6366 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2397,190,0
|
|
1 60578116 . G T 1103.44 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.494;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-442.465;SBQD=-1.590;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7834;VQSLOD=3.4495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1133,0,1188
|
|
1 60588308 rs590471 A G 2289.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=32.25;SB=-1116.150;SBQD=-6.615;SBpi=0.0593;SBpiQual=-0.4503;VQSLOD=7.3115 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2323,202,0
|
|
1 60604913 rs56224047 C T 970.77 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.169;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=14.036;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=12.29;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-398.690;SBQD=-9.130;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5077;VQSLOD=4.2005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:1001,0,1432
|
|
1 60608506 rs597742 C T 2605.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.70;SB=-1178.207;SBQD=1.208;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.7666;VQSLOD=7.8725 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2639,205,0
|
|
1 60654116 . A G 783.68 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.695;DP=57;Dels=0.00;FS=2.226;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.567;SB=-443.082;SBQD=-2.918;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.0612;VQSLOD=4.9434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:814,0,933
|
|
1 60673842 rs4529737 T C 446.33 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=9.469;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.34;MQ0=47;MQRankSum=1.110;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.054;SB=-122.481;SBQD=-9.868;SBpi=0.0898;SBpiQual=-0.0028;VQSLOD=3.8245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,31:86:99:476,0,414
|
|
1 60727229 rs987442 G A 565.16 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.678;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.330;SB=-292.979;SBQD=-3.232;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6635;VQSLOD=5.5933 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:595,0,559
|
|
1 60779790 rs785068 A C 1785.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5317;MQ=59.40;MQ0=0;QD=29.28;SB=-1056.338;SBQD=0.156;SBpi=0.1921;SBpiQual=0.1487;VQSLOD=5.1350 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1819,147,0
|
|
1 60781796 rs298175 G C 1111.88 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.468;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-562.941;SBQD=4.292;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2312;VQSLOD=5.4526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1142,0,1017
|
|
1 60828648 rs1501246 A G 962.66 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.500;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.899;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=2.291;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-461.132;SBQD=1.486;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2666;VQSLOD=5.3358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:993,0,1179
|
|
1 60830317 rs2860274 T C 2305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.48;SB=-1044.380;SBQD=-0.766;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.6348;VQSLOD=8.7642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2339,190,0
|
|
1 60832948 rs2937308 A G 3066.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=32.28;SB=-1603.829;SBQD=-6.944;SBpi=0.5643;SBpiQual=-0.0646;VQSLOD=7.8210 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3099,271,0
|
|
1 60846682 . G C 220.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=13.44;MQ0=19;MQRankSum=1.589;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.011;SB=-22.679;SBQD=-8.219;SBpi=-1.7748;SBpiQual=-1.9690;VQSLOD=0.7768 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:43:29.90:254,30,0
|
|
1 60849170 rs3013540 T C 2390.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1050.603;SBQD=1.894;SBpi=-0.7825;SBpiQual=-0.6987;VQSLOD=8.4962 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2423,199,0
|
|
1 60852092 rs3013544 A C 1675.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.02;SB=-1193.255;SBQD=0.162;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0117;VQSLOD=5.9578 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1708,132,0
|
|
1 60876100 rs626286 C G 1214.23 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.800;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.899;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=16.63;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-563.566;SBQD=-4.552;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.4777;VQSLOD=5.6876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:1244,0,901
|
|
1 60877286 rs17301498 G C 837.43 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.951;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=2.638;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-419.265;SBQD=-6.012;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1261;VQSLOD=5.0396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:867,0,1192
|
|
1 60914299 rs12408026 G A 773.82 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=15.602;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.651;SB=-510.814;SBQD=10.360;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0826;VQSLOD=6.0512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:804,0,742
|
|
1 60917401 rs1501234 T A 3089.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=36.35;SB=-1619.324;SBQD=-1.105;SBpi=-0.0542;SBpiQual=-0.1504;VQSLOD=8.6939 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3122,241,0
|
|
1 60954009 rs12747527 A C 1040.33 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.559;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.586;SB=-535.890;SBQD=-0.155;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2133;VQSLOD=4.8276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:91:99:1070,0,1805
|
|
1 61026009 rs12745604 G A 871.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=1.628;QD=26.42;ReadPosRankSum=1.418;SB=-468.080;SBQD=-5.283;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.7017;VQSLOD=5.2913 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:72.21:905,72,0
|
|
1 61159851 rs1585496 T C 1207.89 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.103;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.248;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.663;SB=-634.566;SBQD=-4.543;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1213;VQSLOD=4.6060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1238,0,1229
|
|
1 61172291 rs6658054 T C 913.68 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.734;SB=-449.310;SBQD=0.728;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.5988;VQSLOD=4.6946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:944,0,1241
|
|
1 61198617 rs12046825 T C 908.73 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.943;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-385.450;SBQD=-3.306;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.6819;VQSLOD=4.8797 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:939,0,1374
|
|
1 61208374 rs1033174 A T 1868.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.47;MQ0=0;QD=33.98;SB=-901.743;SBQD=1.638;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.5469;VQSLOD=9.0775 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1902,150,0
|
|
1 61244540 . A T 500.80 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=64;Dels=0.00;FS=5.655;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.95;MQ0=12;MQRankSum=-1.209;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.099;SB=-363.355;SBQD=-0.448;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.8357;VQSLOD=2.1939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:531,0,423
|
|
1 61274534 rs647995 A C 987.37 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.257;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.236;QD=13.91;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-362.619;SBQD=5.612;SBpi=0.9297;SBpiQual=0.8891;VQSLOD=4.9338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1017,0,1149
|
|
1 61322512 rs6587906 C T 1059.33 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.514;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.623;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.977;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.303;SB=-526.592;SBQD=-5.812;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2228;VQSLOD=5.6517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:1089,0,896
|
|
1 61344056 . G T 390.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.906;DP=71;Dels=0.00;FS=0.974;HRun=0;HaplotypeScore=1.9975;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-4.965;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-237.351;SBQD=2.324;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0984;VQSLOD=-2.0927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:71:99:421,0,1460
|
|
1 61448498 rs17121432 C T 945.51 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=6.709;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.722;SB=-472.417;SBQD=5.701;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2047;VQSLOD=5.9826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:976,0,917
|
|
1 61491275 rs1779861 T G 1735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.20;MQ0=2;QD=29.42;SB=-896.288;SBQD=3.090;SBpi=-0.7160;SBpiQual=-0.8066;VQSLOD=5.6538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1769,144,0
|
|
1 61604545 rs12070080 T C 919.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=56.88;MQ0=0;QD=21.39;SB=-589.503;SBQD=6.303;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.3473;VQSLOD=3.9342 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:84.21:953,84,0
|
|
1 61680057 rs333149 T C 491.15 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.173;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.834;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-239.526;SBQD=6.789;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.7613;VQSLOD=3.6132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:521,0,1304
|
|
1 61722175 rs167978 G A 1861.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=30.02;SB=-1124.982;SBQD=-1.172;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0680;VQSLOD=6.7064 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1894,150,0
|
|
1 61753337 rs2782546 A C 1271.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.66;MQ0=0;QD=18.97;SB=-748.641;SBQD=-1.348;SBpi=-1.4771;SBpiQual=-1.4845;VQSLOD=1.0281 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1304,114,0
|
|
1 61759861 rs1932004 C T 2633.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.57;SB=-1386.794;SBQD=-0.389;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0417;VQSLOD=8.0857 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2666,208,0
|
|
1 61784293 rs2782544 G A 2472.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.88;SB=-1158.070;SBQD=0.954;SBpi=-0.7608;SBpiQual=-0.7160;VQSLOD=8.5223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2506,199,0
|
|
1 61816231 rs2886080 G C 1913.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1015.500;SBQD=-0.916;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0658;VQSLOD=8.2456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1946,159,0
|
|
1 61817759 rs4915736 G A 3152.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.82;SB=-1483.709;SBQD=-0.702;SBpi=-0.5330;SBpiQual=-0.6234;VQSLOD=8.5853 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3185,250,0
|
|
1 61822283 rs4915737 G C 3155.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.29;MQ0=0;QD=35.86;SB=-1493.723;SBQD=-2.111;SBpi=-0.3198;SBpiQual=-0.4264;VQSLOD=7.5412 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:3189,250,0
|
|
1 61824136 rs7553528 G T 1367.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.20;MQ0=0;QD=31.07;SB=-528.467;SBQD=2.532;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.2170;VQSLOD=4.9960 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1400,111,0
|
|
1 61826098 rs7526670 T G 1579.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.39;MQ0=0;QD=20.78;SB=-881.939;SBQD=-9.070;SBpi=-0.9177;SBpiQual=-1.5095;VQSLOD=2.7196 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1612,141,0
|
|
1 61830629 rs2364475 G A 2093.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=36.10;SB=-934.976;SBQD=-3.382;SBpi=-0.4636;SBpiQual=-0.6127;VQSLOD=7.6865 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:2127,166,0
|
|
1 61831057 rs1344421 C G 2652.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58;SB=-1176.893;SBQD=2.227;SBpi=-0.9563;SBpiQual=-0.8055;VQSLOD=7.9297 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2686,220,0
|
|
1 61845076 rs59654322 T A 66.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DB;DP=79;Dels=0.01;FS=15.710;HRun=0;HaplotypeScore=13.9362;MQ=51.00;MQ0=0;MQRankSum=1.918;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.190;SB=-608.674;SBQD=13.719;SBpi=0.5960;SBpiQual=0.8638;VQSLOD=-4.5274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,57:79:45.09:97,0,45
|
|
1 61933904 rs4259694 A G 1287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.60;MQ0=4;QD=23.85;SB=-686.471;SBQD=-0.898;SBpi=-0.1361;SBpiQual=-0.1624;VQSLOD=3.8189 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1321,114,0
|
|
1 61934202 rs4244152 A G 1020.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.86;MQ0=4;QD=20.00;SB=-714.861;SBQD=5.146;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.5611;VQSLOD=4.9126 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:96.23:1053,96,0
|
|
1 61974668 rs12039373 G A 2126.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.33;MQ0=0;QD=37.98;SB=-700.518;SBQD=0.741;SBpi=1.3363;SBpiQual=1.4394;VQSLOD=5.9876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2160,169,0
|
|
1 61976397 rs2485766 G C 1931.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.73;SB=-1063.255;SBQD=0.986;SBpi=0.0651;SBpiQual=0.1295;VQSLOD=5.1412 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1964,156,0
|
|
1 61984360 rs11207757 G A 1492.18 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.155;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=2.742;HRun=2;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.641;SB=-690.159;SBQD=-1.086;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.3621;VQSLOD=5.2995 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:1522,0,1356
|
|
1 61987339 rs2499518 G T 994.55 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.663;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.682;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.534;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.520;SB=-387.265;SBQD=-7.094;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.9162;VQSLOD=2.7208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:1025,0,1032
|
|
1 62018791 rs1320529 A G 2076.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1113.830;SBQD=2.599;SBpi=-0.0640;SBpiQual=0.1253;VQSLOD=8.0816 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2109,172,0
|
|
1 62034794 rs56060502 C T 1011.63 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.581;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-474.567;SBQD=1.762;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.5330;VQSLOD=5.6899 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1042,0,1192
|
|
1 62038685 rs11207776 G A 2775.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.69;MQ0=0;QD=32.65;SB=-1295.652;SBQD=0.437;SBpi=-0.7050;SBpiQual=-0.7201;VQSLOD=7.1303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2808,220,0
|
|
1 62063187 rs7547392 C G 1862.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.67;MQ0=0;QD=32.67;SB=-769.569;SBQD=2.844;SBpi=-1.1259;SBpiQual=-0.9575;VQSLOD=6.5751 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1895,153,0
|
|
1 62070183 rs4915593 C T 2341.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=32.53;SB=-1311.940;SBQD=2.152;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1214;VQSLOD=8.5880 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2375,190,0
|
|
1 62075892 rs10789095 A G 1116.67 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.804;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.931;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.326;SB=-596.020;SBQD=-4.738;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.3424;VQSLOD=5.5443 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:1147,0,773
|
|
1 62080477 rs1495948 T G 1106.34 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.337;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=11.65;ReadPosRankSum=1.048;SB=-558.200;SBQD=0.128;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2610;VQSLOD=5.0811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:95:99:1136,0,1735
|
|
1 62083691 rs12138712 C T 2357.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.27;SB=-931.852;SBQD=-0.914;SBpi=1.0543;SBpiQual=1.0194;VQSLOD=7.7968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2391,193,0
|
|
1 62087116 rs10789096 A G 1763.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.36;MQ0=0;QD=31.49;SB=-884.403;SBQD=-5.822;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4137;VQSLOD=6.1087 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1796,156,0
|
|
1 62108681 rs11207795 T C 1228.25 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.837;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.898;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-457.665;SBQD=1.880;SBpi=0.8847;SBpiQual=1.2130;VQSLOD=5.6616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:1258,0,1099
|
|
1 62111694 rs11578823 C T 1079.06 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.726;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.804;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-334.921;SBQD=5.382;SBpi=1.2978;SBpiQual=1.3717;VQSLOD=3.9337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:1109,0,1357
|
|
1 62118814 rs6587939 A G 2483.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=29.92;SB=-1031.700;SBQD=-5.009;SBpi=-0.9330;SBpiQual=-1.3624;VQSLOD=6.2030 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2516,220,0
|
|
1 62124803 rs59983529 C G 1043.68 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.865;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.577;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.457;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.005;SB=-434.623;SBQD=-7.106;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.8988;VQSLOD=5.1366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:1074,0,959
|
|
1 62126089 rs11584052 C A 1112.96 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.949;SB=-569.218;SBQD=1.199;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.4590;VQSLOD=4.5604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1143,0,1012
|
|
1 62126641 rs7512338 G A 538.87 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.691;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.183;HRun=1;HaplotypeScore=1.8188;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=2.569;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-237.049;SBQD=3.141;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.6418;VQSLOD=3.3977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:569,0,594
|
|
1 62127452 rs12021549 T G 755.60 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=12.147;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.319;SB=-392.844;SBQD=-9.304;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1218;VQSLOD=5.8382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:786,0,937
|
|
1 62130167 rs6694023 A G 1113.35 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.226;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.911;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.450;SB=-628.491;SBQD=3.136;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1060;VQSLOD=5.3680 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1143,0,1313
|
|
1 62175340 rs1151770 C T 867.30 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.515;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=12.387;HRun=1;HaplotypeScore=1.9841;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.696;QD=15.49;ReadPosRankSum=1.680;SB=-242.248;SBQD=-11.564;SBpi=-1.1339;SBpiQual=-1.2263;VQSLOD=3.1879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:897,0,777
|
|
1 62191459 rs12141280 G C 948.62 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.508;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.915;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=13.18;ReadPosRankSum=1.774;SB=-482.489;SBQD=1.487;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.0887;VQSLOD=5.2346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:979,0,909
|
|
1 62244279 rs11207830 A G 2633.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=34.65;SB=-1371.091;SBQD=-0.207;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.2456;VQSLOD=8.9738 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2666,211,0
|
|
1 62262382 . C T 254.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=50;Dels=0.00;FS=13.637;HRun=3;HaplotypeScore=7.7792;MQ=43.90;MQ0=3;MQRankSum=-1.771;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-92.292;SBQD=5.154;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.3042;VQSLOD=-3.5603 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,11:50:99:285,0,421
|
|
1 62301986 rs6678122 A G 1058 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.851;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.802;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.346;SB=-453.866;SBQD=-4.122;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.4739;VQSLOD=4.5440 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:88:99:1088,0,1516
|
|
1 62334842 rs28717073 C G 148.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.469;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.687;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.82;MQ0=6;MQRankSum=-1.900;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-67.213;SBQD=-8.111;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.6793;VQSLOD=1.1699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:99:179,0,371
|
|
1 62341157 rs4598521 T C 766.19 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.957;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.238;SB=-228.459;SBQD=4.911;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.2025;VQSLOD=5.7195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:796,0,920
|
|
1 62343979 rs7553245 A G 2240.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=35.01;SB=-999.223;SBQD=1.389;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-0.6651;VQSLOD=8.3955 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2274,184,0
|
|
1 62350921 . G A 511.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9973;MQ=23.07;MQ0=21;MQRankSum=-1.527;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.705;SB=-30.432;SBQD=-14.267;SBpi=-1.9188;SBpiQual=-2.0796;VQSLOD=0.0627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:59:99:542,0,323
|
|
1 62352925 rs6672622 G A 682.79 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.197;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-321.595;SBQD=1.691;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.3536;VQSLOD=4.8012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:713,0,767
|
|
1 62358730 rs2498984 G A 872.03 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.491;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.877;HRun=0;HaplotypeScore=1.9958;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=2.293;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-429.971;SBQD=2.281;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1526;VQSLOD=5.0387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,31:82:99:902,0,1446
|
|
1 62362652 . T C 1424.45 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6640;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=18.50;ReadPosRankSum=0.390;SB=-767.704;SBQD=0.843;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0295;VQSLOD=4.4459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1454,0,909
|
|
1 62363231 rs2498996 T A 2138.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8583;MQ=57.55;MQ0=0;QD=32.40;SB=-1075.879;SBQD=-0.516;SBpi=0.6155;SBpiQual=0.6636;VQSLOD=6.7306 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2171,172,0
|
|
1 62365710 rs6663078 T C 1271.52 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.668;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.984;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=16.51;ReadPosRankSum=0.660;SB=-449.894;SBQD=3.318;SBpi=0.9258;SBpiQual=1.0166;VQSLOD=4.4873 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1302,0,1081
|
|
1 62374897 rs1888987 G C 1972.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.40;MQ0=0;QD=33.44;SB=-907.707;SBQD=1.065;SBpi=-0.7160;SBpiQual=-0.6784;VQSLOD=4.9558 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2006,159,0
|
|
1 62376470 rs2095092 T C 1824.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=30.41;SB=-970.919;SBQD=7.026;SBpi=-0.1291;SBpiQual=0.3806;VQSLOD=7.2524 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1858,159,0
|
|
1 62377159 rs2016237 A G 701.02 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.24;SB=-124.252;SBQD=-18.216;SBpi=-2.0019;SBpiQual=-2.3231;VQSLOD=2.2483 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:60.16:734,60,0
|
|
1 62380298 rs1056513 G A 1399.39 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.197;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.707;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.349;SB=-732.014;SBQD=-0.107;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.1141;VQSLOD=4.9405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1429,0,756
|
|
1 62430033 rs2365735 C T 768.26 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.661;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=14.032;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=1;MQRankSum=0.043;QD=13.97;ReadPosRankSum=1.861;SB=-311.138;SBQD=9.400;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.9199;VQSLOD=5.7886 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:798,0,551
|
|
1 62449943 rs11207884 A C 1102.48 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.546;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.353;SB=-603.035;SBQD=-4.761;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2972;VQSLOD=4.4143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:1132,0,868
|
|
1 62455744 rs3762447 A T 1139.69 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.730;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.915;HRun=1;HaplotypeScore=2.9192;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-611.774;SBQD=-1.160;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.2924;VQSLOD=2.7591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1170,0,1032
|
|
1 62456014 rs1134767 G A 897.78 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.585;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.952;HRun=0;HaplotypeScore=1.6637;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-489.895;SBQD=1.061;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.2999;VQSLOD=5.4537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:928,0,738
|
|
1 62459258 rs2095091 T C 1069.92 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.399;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=6.733;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-549.211;SBQD=4.815;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2349;VQSLOD=5.2748 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:1100,0,1616
|
|
1 62462202 . C T 889.46 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=62;Dels=0.00;FS=5.205;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.092;SB=-489.530;SBQD=4.566;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1509;VQSLOD=2.2699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:919,0,849
|
|
1 62466116 rs7354996 A G 56.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.047;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=8.909;HRun=1;HaplotypeScore=2.1877;MQ=37.31;MQ0=4;MQRankSum=-4.293;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.051;SB=27.039;SBQD=-4.383;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.0284;VQSLOD=-1.1794 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:86.23:86,0,677
|
|
1 62466236 rs34781650 G A 190.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=19.762;HRun=0;HaplotypeScore=1.8857;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.692;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.190;SB=25.434;SBQD=8.187;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.4101;VQSLOD=-1.2551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:220,0,842
|
|
1 62468306 rs9659713 G A 963.54 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.666;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.683;HRun=0;HaplotypeScore=2.7586;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.020;SB=-458.722;SBQD=-6.226;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2139;VQSLOD=4.9095 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:994,0,834
|
|
1 62492215 rs1332630 T G 625.63 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.901;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.62;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.746;SB=-203.739;SBQD=-5.701;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-0.9217;VQSLOD=4.7493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:656,0,1095
|
|
1 62499141 rs7517333 G A 952.57 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.053;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.057;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.070;SB=-522.020;SBQD=3.485;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0840;VQSLOD=5.3321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:983,0,1262
|
|
1 62505729 rs6689358 A G 602.56 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.789;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8357;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.455;SB=-249.087;SBQD=-1.262;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6452;VQSLOD=4.1363 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:633,0,990
|
|
1 62525980 rs2498980 A C 784.69 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.096;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.915;HRun=1;HaplotypeScore=5.7516;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-417.986;SBQD=-0.020;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.1681;VQSLOD=2.2394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:815,0,1292
|
|
1 62528738 rs2476187 T C 1010.98 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.750;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.374;SB=-463.783;SBQD=-2.072;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3955;VQSLOD=5.5654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1041,0,1367
|
|
1 62536619 rs6668421 C G 1152.50 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.669;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.969;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=17.73;ReadPosRankSum=1.511;SB=-545.871;SBQD=-1.420;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3710;VQSLOD=5.5303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:1182,0,779
|
|
1 62536683 rs6668600 G C 1055.97 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.670;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.803;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-542.440;SBQD=3.444;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.3304;VQSLOD=6.5441 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:1086,0,1409
|
|
1 62599022 rs7535956 G A 925.01 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.958;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.405;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-525.866;SBQD=-0.450;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=4.0957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:955,0,1081
|
|
1 62600066 rs2984823 G A 623.85 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.775;SB=-382.028;SBQD=-1.349;SBpi=0.1000;SBpiQual=-0.0379;VQSLOD=5.1538 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:654,0,426
|
|
1 62603271 rs2984824 C T 138.10 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.331;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=7.134;HRun=0;HaplotypeScore=33.8760;MQ=46.90;MQ0=2;MQRankSum=-1.173;QD=1.57;ReadPosRankSum=2.268;SB=42.041;SBQD=2.086;SBpi=0.9707;SBpiQual=1.6139;VQSLOD=-26.8647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,9:88:99:168,0,1317
|
|
1 62634700 rs2989012 A C 1019 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.791;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.027;SB=-562.543;SBQD=1.722;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.0907;VQSLOD=5.8710 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1049,0,1423
|
|
1 62636082 rs2481706 G C 610.53 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=23.258;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.026;SB=-133.577;SBQD=11.788;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.1753;VQSLOD=3.1496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,23:68:99:641,0,1198
|
|
1 62639328 rs12119829 C T 671.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=1.502;QD=22.39;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-410.787;SBQD=-2.984;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.6579;VQSLOD=4.4789 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:57.14:705,57,0
|
|
1 62652358 rs12120440 A G 2330.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=58.95;MQ0=0;QD=27.75;SB=-1125.161;SBQD=-2.645;SBpi=-1.0911;SBpiQual=-1.2625;VQSLOD=4.9523 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2364,196,0
|
|
1 62657916 rs2457814 G C 1283.53 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=4.3751;MQ=54.21;MQ0=3;MQRankSum=1.655;QD=26.19;ReadPosRankSum=1.424;SB=-745.092;SBQD=3.927;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.2857;VQSLOD=2.1474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:1317,108,0
|
|
1 62668694 rs4915604 G A 2418.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.55;MQ0=0;QD=33.59;SB=-1040.263;SBQD=2.289;SBpi=0.8250;SBpiQual=0.9827;VQSLOD=7.3348 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2452,199,0
|
|
1 62675892 rs2481694 A G 2357.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.84;SB=-1010.560;SBQD=1.353;SBpi=0.6250;SBpiQual=0.7115;VQSLOD=8.8794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2391,187,0
|
|
1 62678806 . C T 765.46 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.167;DP=68;Dels=0.00;FS=3.448;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.186;SB=-341.202;SBQD=-2.756;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.6338;VQSLOD=4.3487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:795,0,954
|
|
1 62680981 rs6704042 G A 2566.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.68;SB=-1264.782;SBQD=0.061;SBpi=0.4650;SBpiQual=0.4947;VQSLOD=7.5081 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2599,205,0
|
|
1 62684664 rs2666500 A G 969 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=6.7957;MQ=53.63;MQ0=0;QD=17.30;SB=-541.541;SBQD=-7.383;SBpi=-1.3363;SBpiQual=-1.7497;VQSLOD=0.9212 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:84.24:1002,84,0
|
|
1 62686299 rs12040080 T C 749.82 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.399;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.9175;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=12.50;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-304.230;SBQD=1.553;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.6805;VQSLOD=2.5593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:780,0,980
|
|
1 62686547 rs28562952 T C 380.76 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.198;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.455;SB=-18.456;SBQD=-9.950;SBpi=-1.8549;SBpiQual=-1.8028;VQSLOD=2.9609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:411,0,732
|
|
1 62687783 rs7528199 T G 316.19 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=4.715;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.547;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-176.153;SBQD=-5.351;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.6753;VQSLOD=3.6311 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:346,0,455
|
|
1 62691829 rs6669516 T C 1006.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.18;MQ0=1;QD=17.97;SB=-761.795;SBQD=-10.548;SBpi=0.2023;SBpiQual=-0.3920;VQSLOD=5.4913 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:56:87.24:1040,87,0
|
|
1 62707446 rs11207943 A G 1169.43 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.888;HRun=0;HaplotypeScore=1.9066;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=15.19;ReadPosRankSum=1.202;SB=-645.684;SBQD=2.919;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0683;VQSLOD=4.7388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1199,0,979
|
|
1 62709312 rs11207945 G T 848.66 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.176;HRun=0;HaplotypeScore=1.6634;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-325.194;SBQD=6.939;SBpi=0.9574;SBpiQual=0.9915;VQSLOD=5.0579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:879,0,1077
|
|
1 62716323 rs2457809 A G 1069.60 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.353;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=2.918;HRun=0;HaplotypeScore=2.5326;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=1.152;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.365;SB=-409.580;SBQD=-4.582;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.9148;VQSLOD=5.4615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:1100,0,1317
|
|
1 62727596 rs2765241 T C 1583.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=29.88;SB=-561.665;SBQD=8.106;SBpi=1.0302;SBpiQual=1.4904;VQSLOD=6.9036 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1617,135,0
|
|
1 62751985 rs2666487 T C 1307.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=26.15;SB=-763.335;SBQD=7.291;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.2345;VQSLOD=3.9619 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1340,117,0
|
|
1 62758332 rs2765262 T C 938.40 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.867;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.138;SB=-496.480;SBQD=-3.035;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1113;VQSLOD=6.2538 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:968,0,1073
|
|
1 62761379 rs2765265 C T 868.70 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.475;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.988;HRun=3;HaplotypeScore=1.8237;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.241;SB=-432.250;SBQD=-2.259;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0570;VQSLOD=5.6203 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:899,0,965
|
|
1 62761478 rs2765267 G A 822.60 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.975;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=2.013;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.757;SB=-412.985;SBQD=-2.636;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.2988;VQSLOD=6.1637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,30:77:99:853,0,1425
|
|
1 62772101 rs17123434 T C 472.15 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.377;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-250.045;SBQD=-2.346;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.3619;VQSLOD=4.3943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:502,0,1230
|
|
1 62851933 rs6587975 A C 3166.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=33.68;SB=-1579.559;SBQD=0.704;SBpi=0.5157;SBpiQual=0.5913;VQSLOD=9.0197 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3199,253,0
|
|
1 62929794 rs1185619 C G 1599.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.04;MQ0=0;QD=28.56;SB=-513.281;SBQD=-8.061;SBpi=-1.3363;SBpiQual=-1.6632;VQSLOD=5.2711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1632,138,0
|
|
1 62947695 rs6587978 A T 3165.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;QD=37.24;SB=-1561.877;SBQD=-2.509;SBpi=-0.0542;SBpiQual=-0.2314;VQSLOD=8.0710 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:3198,247,0
|
|
1 62961928 rs1168038 T C 3055.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.37;SB=-1554.339;SBQD=-0.532;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.0530;VQSLOD=8.3753 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3088,247,0
|
|
1 62968491 rs1168030 C T 2425.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1269.339;SBQD=-0.701;SBpi=-0.0611;SBpiQual=-0.1181;VQSLOD=8.6318 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2459,190,0
|
|
1 62991905 rs12062275 T C 3179.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.94;SB=-1551.850;SBQD=1.133;SBpi=-0.5766;SBpiQual=-0.5485;VQSLOD=7.9924 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3212,253,0
|
|
1 63128081 rs28641195 C T 3195.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=37.60;SB=-1567.220;SBQD=-0.313;SBpi=0.2712;SBpiQual=0.2467;VQSLOD=6.8703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3229,250,0
|
|
1 63179638 rs2182867 C T 2642.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.03;SB=-1522.697;SBQD=-0.897;SBpi=0.1118;SBpiQual=0.0327;VQSLOD=6.3518 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2675,208,0
|
|
1 63182135 rs6686331 C T 2253.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;QD=33.63;SB=-1041.824;SBQD=-0.664;SBpi=-0.6719;SBpiQual=-0.7497;VQSLOD=7.7505 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2286,184,0
|
|
1 63196987 rs4542244 C T 2505.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=32.53;SB=-1420.842;SBQD=0.796;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.1537;VQSLOD=7.1184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2538,199,0
|
|
1 63215017 rs7546804 C T 795.13 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.743;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.692;SB=-252.116;SBQD=1.752;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.0534;VQSLOD=4.6824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:825,0,1122
|
|
1 63225912 rs11208024 T C 842.45 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.926;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.680;SB=-344.873;SBQD=5.040;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.6286;VQSLOD=6.2817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:872,0,1193
|
|
1 63231768 . A G 1422.91 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9891;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.814;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.437;SB=-731.246;SBQD=0.457;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.1116;VQSLOD=2.8672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:1453,0,1218
|
|
1 63272459 rs6587990 T A 1240.55 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.285;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-593.685;SBQD=-0.861;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4078;VQSLOD=3.5004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:1271,0,1496
|
|
1 63293854 rs7524508 T A 1133.44 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.255;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-526.023;SBQD=-0.678;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5689;VQSLOD=5.8658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1163,0,1397
|
|
1 63305519 rs10889386 C G 1328.51 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.625;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=19.54;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-546.904;SBQD=-1.523;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.7894;VQSLOD=3.2535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,42:68:99:1359,0,778
|
|
1 63314468 rs4631730 C T 3622.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=38.54;SB=-1582.242;SBQD=0.422;SBpi=-0.7220;SBpiQual=-0.7127;VQSLOD=8.5469 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3622,277,0
|
|
1 63318202 rs6670072 T C 866.95 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.073;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.530;HRun=0;HaplotypeScore=2.5588;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.602;SB=-289.935;SBQD=5.223;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.9305;VQSLOD=4.5247 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:897,0,910
|
|
1 63324717 rs7527423 T A 1470.71 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.444;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=19.10;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-670.130;SBQD=4.094;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.3721;VQSLOD=5.3315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:1501,0,998
|
|
1 63328944 rs1360677 T C 1257.31 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.821;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=14.97;ReadPosRankSum=-1.818;SB=-490.820;SBQD=-3.105;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.7797;VQSLOD=3.6566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1287,0,1389
|
|
1 63333210 rs2803245 C T 1085.62 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.083;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.303;SB=-508.345;SBQD=-0.642;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3416;VQSLOD=4.8742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1116,0,1283
|
|
1 63342082 rs12725996 T A 1114.15 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.650;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=16.88;ReadPosRankSum=1.148;SB=-565.936;SBQD=6.792;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1093;VQSLOD=4.3496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:1144,0,1019
|
|
1 63350033 . C T 1196.61 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.698;DP=83;Dels=0.00;FS=1.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-583.532;SBQD=1.691;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2632;VQSLOD=4.1343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1227,0,1407
|
|
1 63360675 rs2780873 C A 1979.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.17;MQ0=0;QD=30.45;SB=-1171.474;SBQD=0.470;SBpi=-0.0620;SBpiQual=-0.0118;VQSLOD=5.5798 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2013,159,0
|
|
1 63366137 rs2780877 G A 2205.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1156.293;SBQD=-0.568;SBpi=0.1270;SBpiQual=0.1176;VQSLOD=8.5656 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2239,175,0
|
|
1 63369333 rs2803243 G T 836.67 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.927;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=9.358;HRun=0;HaplotypeScore=1.6918;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.256;SB=-393.339;SBQD=-8.815;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2508;VQSLOD=5.8170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:867,0,826
|
|
1 63389900 . G A 951.24 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=65;Dels=0.00;FS=3.466;HRun=1;HaplotypeScore=2.2967;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-336.427;SBQD=5.408;SBpi=0.8839;SBpiQual=1.0215;VQSLOD=3.6691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:981,0,1025
|
|
1 63393496 rs6704225 G A 1361.78 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=3.887;HRun=0;HaplotypeScore=2.9364;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-666.482;SBQD=-4.124;SBpi=-0.2774;SBpiQual=-0.4160;VQSLOD=4.5429 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:96:99:1392,0,1337
|
|
1 63401632 rs2803234 T C 562.77 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=7.187;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-148.443;SBQD=6.982;SBpi=1.1000;SBpiQual=1.1907;VQSLOD=4.4096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,25:74:99:593,0,1580
|
|
1 63404094 rs2803236 T C 2222.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=34.19;SB=-1029.639;SBQD=-1.194;SBpi=0.6822;SBpiQual=0.6033;VQSLOD=8.2662 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2256,184,0
|
|
1 63472802 rs12742218 G A 865.27 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.057;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.074;HRun=0;HaplotypeScore=1.8675;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-456.066;SBQD=-1.500;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0143;VQSLOD=5.2240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:895,0,971
|
|
1 63472847 rs7534421 T C 927.11 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.095;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=14.72;ReadPosRankSum=1.560;SB=-450.692;SBQD=-3.149;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3838;VQSLOD=4.9481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:957,0,915
|
|
1 63476010 rs11208088 C T 1283.22 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.817;HRun=0;HaplotypeScore=1.9911;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=15.28;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-703.429;SBQD=0.136;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.0398;VQSLOD=5.9726 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:1313,0,1212
|
|
1 63476168 rs10889397 T C 2199.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.44;MQ0=0;QD=29.32;SB=-1201.002;SBQD=4.574;SBpi=-0.0577;SBpiQual=0.2817;VQSLOD=6.7935 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2232,196,0
|
|
1 63482664 rs55823527 C T 1009.81 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.165;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.958;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=15.54;ReadPosRankSum=2.900;SB=-518.463;SBQD=2.312;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3294;VQSLOD=4.8009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1040,0,661
|
|
1 63483033 rs61766129 C T 1098.86 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.673;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.125;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-411.430;SBQD=-1.338;SBpi=1.1068;SBpiQual=1.2491;VQSLOD=5.3550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1129,0,1069
|
|
1 63487030 rs7550136 C T 4002.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1483.382;SBQD=1.390;SBpi=1.5119;SBpiQual=1.6832;VQSLOD=8.0140 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:4002,319,0
|
|
1 63487473 rs11208093 C T 1189.97 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.465;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.854;HRun=0;HaplotypeScore=34.9573;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-485.673;SBQD=2.605;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6207;VQSLOD=-24.7046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1220,0,1182
|
|
1 63491846 rs2225323 T G 2217.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.32;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1206.149;SBQD=-0.372;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0214;VQSLOD=8.4526 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2250,181,0
|
|
1 63496885 rs4494164 C T 3345.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.18;SB=-1411.278;SBQD=-0.085;SBpi=0.9487;SBpiQual=0.9949;VQSLOD=8.0490 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3346,259,0
|
|
1 63502668 rs2088588 A T 795.51 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.562;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.941;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=43.91;MQ0=2;MQRankSum=-0.122;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.694;SB=-418.689;SBQD=-1.654;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.7031;VQSLOD=4.5980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:85:99:826,0,1240
|
|
1 63511631 rs621643 A G 1146.56 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=11.792;HRun=0;HaplotypeScore=34.7943;MQ=42.40;MQ0=1;MQRankSum=1.845;QD=16.86;ReadPosRankSum=5.237;SB=-662.675;SBQD=-5.866;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.2528;VQSLOD=-21.8635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,46:68:99:1177,0,137
|
|
1 63517581 rs1391813 A G 2187.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5518;MQ=58.80;MQ0=0;QD=29.56;SB=-1222.948;SBQD=-3.649;SBpi=0.2325;SBpiQual=-0.1181;VQSLOD=6.6803 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2220,199,0
|
|
1 63520961 rs1032662 A G 2432.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.79;SB=-1198.279;SBQD=-4.727;SBpi=-0.1688;SBpiQual=-0.5893;VQSLOD=7.6496 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2465,217,0
|
|
1 63532539 rs2886849 G A 2111.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.99;SB=-1073.251;SBQD=0.423;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5557;VQSLOD=7.5541 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2144,172,0
|
|
1 63556026 rs11208121 G A 1065.95 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.256;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=27.075;HRun=0;HaplotypeScore=2.8553;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=13.16;ReadPosRankSum=0.926;SB=-129.400;SBQD=-16.041;SBpi=-2.1089;SBpiQual=-2.3618;VQSLOD=2.5362 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1096,0,1377
|
|
1 63563038 rs9661879 T G 870.80 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.598;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7005;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.665;SB=-354.009;SBQD=-3.482;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.6829;VQSLOD=4.9006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:82:99:901,0,1553
|
|
1 63578064 rs11208131 C A 1201.73 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.955;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=11.587;HRun=0;HaplotypeScore=5.7522;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.614;SB=-455.081;SBQD=8.863;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.7109;VQSLOD=3.0890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1232,0,1227
|
|
1 63582672 rs12406541 C T 880.28 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.287;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.923;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.527;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-407.299;SBQD=-1.387;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.3343;VQSLOD=5.7294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:910,0,1329
|
|
1 63602362 rs11583639 T C 764.19 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.153;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.789;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-431.784;SBQD=-0.210;SBpi=-0.0845;SBpiQual=0.0576;VQSLOD=5.2166 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:88:99:794,0,1735
|
|
1 63612281 rs11576443 C T 862.33 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.062;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.457;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=2.433;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-435.640;SBQD=8.008;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.0029;VQSLOD=5.5032 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:892,0,807
|
|
1 63636450 rs6667356 T C 2260.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.23;MQ0=0;QD=34.25;SB=-836.906;SBQD=-0.556;SBpi=-1.3540;SBpiQual=-1.4666;VQSLOD=6.9228 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2294,181,0
|
|
1 63640885 rs7545756 A C 922.39 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.032;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=9.408;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.316;SB=-339.326;SBQD=7.366;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9281;VQSLOD=5.1351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:952,0,1483
|
|
1 63650851 rs7515650 A C 823.04 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.566;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.072;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.022;SB=-283.816;SBQD=-9.106;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8895;VQSLOD=5.3550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:853,0,1123
|
|
1 63665339 rs17391131 C T 1374.96 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.815;HRun=1;HaplotypeScore=2.7893;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=15.62;ReadPosRankSum=1.303;SB=-697.271;SBQD=-2.522;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.3144;VQSLOD=4.8212 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1405,0,1207
|
|
1 63703330 rs1854335 C A 517.20 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.406;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.6613;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-384.074;SBQD=-4.493;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.8449;VQSLOD=3.1330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:67:99:547,0,383
|
|
1 63716995 rs501695 G A 1514.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=23.30;SB=-934.616;SBQD=-1.487;SBpi=-0.9303;SBpiQual=-1.0727;VQSLOD=3.6362 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1548,123,0
|
|
1 63765667 . G A 1240.05 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.618;DP=75;Dels=0.00;FS=9.599;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=16.53;ReadPosRankSum=1.193;SB=-545.600;SBQD=-7.849;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.3389;VQSLOD=5.3635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1270,0,1156
|
|
1 63830479 . T C 2528.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=36.12;SB=-1082.452;SBQD=1.571;SBpi=0.7171;SBpiQual=0.8550;VQSLOD=8.8173 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2561,202,0
|
|
1 63920515 rs17319708 C G 719.24 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.163;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.679;SB=-274.866;SBQD=-3.740;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6294;VQSLOD=4.5658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:64:99:749,0,1169
|
|
1 63921524 rs10889421 A G 2517.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08;SB=-1086.271;SBQD=1.844;SBpi=1.2778;SBpiQual=1.4335;VQSLOD=6.0367 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2551,199,0
|
|
1 63934195 rs7523093 A G 1890.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.74;MQ0=0;QD=29.08;SB=-905.604;SBQD=-6.196;SBpi=-0.4341;SBpiQual=-0.8776;VQSLOD=6.6198 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1923,168,0
|
|
1 63938675 . A G 127.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DP=55;Dels=0.00;FS=23.959;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=28.63;MQ0=4;MQRankSum=-0.029;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.713;SB=27.035;SBQD=-11.589;SBpi=-2.3452;SBpiQual=-2.5133;VQSLOD=-1.8184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:158,0,527
|
|
1 64072294 . C T 1311.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.600;DP=79;Dels=0.00;FS=0.879;HRun=2;HaplotypeScore=5.0354;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.464;QD=16.60;ReadPosRankSum=1.633;SB=-672.681;SBQD=0.150;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.4172;VQSLOD=1.1885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:1341,0,853
|
|
1 64078621 . G T 931.77 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.566;DP=71;Dels=0.00;FS=2.057;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-392.784;SBQD=-4.727;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.2419;VQSLOD=4.3199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:962,0,942
|
|
1 64186595 rs1506401 A G 1044.83 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.254;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-419.651;SBQD=-2.952;SBpi=0.9042;SBpiQual=1.0376;VQSLOD=5.1859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1075,0,1024
|
|
1 64189638 rs4915649 C T 1225.32 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.395;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.855;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=15.71;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-653.069;SBQD=0.977;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1186;VQSLOD=6.0515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1255,0,980
|
|
1 64189938 rs4915650 C T 1055.95 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.595;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.972;SB=-633.416;SBQD=2.654;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.4485;VQSLOD=5.2339 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1086,0,813
|
|
1 64203727 rs11208282 C T 435.39 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.875;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.924;SB=-134.025;SBQD=-5.697;SBpi=-1.2002;SBpiQual=-1.3158;VQSLOD=4.5727 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:465,0,453
|
|
1 64203896 rs12755648 T C 92.37 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.79;MQ0=1;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-27.657;SBQD=2.423;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.0949;VQSLOD=1.5297 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,9:43:99:122,0,771
|
|
1 64209933 rs1965376 C T 1474.44 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.174;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=3.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=15.20;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-579.937;SBQD=-4.046;SBpi=-0.7217;SBpiQual=-0.8916;VQSLOD=5.1246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:97:99:1504,0,1312
|
|
1 64217630 rs2658400 T C 1098.63 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.712;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6483;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=16.90;ReadPosRankSum=0.640;SB=-544.704;SBQD=-1.786;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0680;VQSLOD=4.6082 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1129,0,865
|
|
1 64218077 rs10493347 C T 969.79 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.803;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.261;HRun=2;HaplotypeScore=1.3990;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.294;SB=-530.172;SBQD=-3.001;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0239;VQSLOD=5.6170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:1000,0,1068
|
|
1 64218708 rs7526015 G C 955.36 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.957;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=14.70;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-541.613;SBQD=1.374;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2434;VQSLOD=5.5901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:985,0,874
|
|
1 64224286 rs2658402 A G 2803.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.09;MQ0=0;QD=33.78;SB=-1288.271;SBQD=2.134;SBpi=0.4939;SBpiQual=0.7397;VQSLOD=7.7252 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2837,232,0
|
|
1 64235727 rs4915928 A G 1556.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.37;MQ0=0;QD=23.58;SB=-1019.628;SBQD=-6.891;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4478;VQSLOD=3.2731 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1590,141,0
|
|
1 64256018 rs659406 C T 1106.90 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.581;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-631.123;SBQD=0.752;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0025;VQSLOD=5.7742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1137,0,988
|
|
1 64311090 rs645712 G A 1433.49 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.779;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=14.924;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-359.938;SBQD=9.055;SBpi=1.6219;SBpiQual=1.7596;VQSLOD=3.5540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:1463,0,1468
|
|
1 64319223 rs598199 G T 845.54 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.251;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.556;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.579;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-434.503;SBQD=4.371;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2514;VQSLOD=3.5276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:876,0,1315
|
|
1 64352117 rs855850 T C 2291.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.1821;MQ=59.02;MQ0=0;QD=32.28;SB=-1253.080;SBQD=-3.972;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.0363;VQSLOD=5.4145 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2325,195,0
|
|
1 64357527 rs855832 A G 2096.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.12;MQ0=0;QD=32.76;SB=-867.088;SBQD=4.100;SBpi=0.8750;SBpiQual=1.1203;VQSLOD=6.8226 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2130,169,0
|
|
1 64392354 . C A 53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.95;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.32;MQ0=99;MQRankSum=0.233;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-0.007;SBQD=-0.505;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.3416;VQSLOD=-1.1704 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,6:129:82.99:83,0,648
|
|
1 64393498 rs855858 C T 1348.88 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.775;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.293;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=16.25;ReadPosRankSum=-1.337;SB=-582.853;SBQD=-4.516;SBpi=-0.8023;SBpiQual=-0.8491;VQSLOD=4.3817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:1379,0,1015
|
|
1 64407597 rs855939 A T 1228.72 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.848;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.201;HRun=1;HaplotypeScore=1.7621;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=16.83;ReadPosRankSum=1.379;SB=-628.535;SBQD=-6.139;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0946;VQSLOD=4.8649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1259,0,1003
|
|
1 64411571 rs11208322 A G 1112.53 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.379;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=16.12;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-530.256;SBQD=0.085;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.4870;VQSLOD=4.7208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1143,0,932
|
|
1 64442169 rs285339 G A 2473.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43;SB=-1354.808;SBQD=0.426;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.2100;VQSLOD=8.3248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2507,196,0
|
|
1 64443366 rs285340 T C 2343.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.46;SB=-996.554;SBQD=0.556;SBpi=-0.9701;SBpiQual=-0.9653;VQSLOD=7.5732 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2376,187,0
|
|
1 64446961 rs285346 T C 2313.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.02;SB=-1065.611;SBQD=2.138;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.5996;VQSLOD=8.1351 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2346,190,0
|
|
1 64457650 rs285361 C T 1624.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=36.10;SB=-436.569;SBQD=-1.763;SBpi=-1.7143;SBpiQual=-1.8761;VQSLOD=8.0346 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1658,126,0
|
|
1 64462582 rs285370 G A 2438.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=34.84;SB=-1023.191;SBQD=0.181;SBpi=0.9562;SBpiQual=0.9975;VQSLOD=9.0479 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2472,199,0
|
|
1 64469027 rs285383 C T 2644.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.7870;MQ=55.81;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1135.358;SBQD=-1.797;SBpi=0.9300;SBpiQual=0.9067;VQSLOD=3.5099 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2678,214,0
|
|
1 64474337 rs285397 C T 3137.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=36.91;SB=-1159.412;SBQD=0.330;SBpi=1.3558;SBpiQual=1.4519;VQSLOD=8.1462 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3170,250,0
|
|
1 64503496 rs834475 T C 1788.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.52;SB=-603.911;SBQD=5.427;SBpi=1.1461;SBpiQual=1.4433;VQSLOD=6.5975 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1821,156,0
|
|
1 64511852 rs1149261 A G 1585.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=28.82;ReadPosRankSum=0.661;SB=-778.012;SBQD=-6.406;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.4463;VQSLOD=5.1278 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1618,144,0
|
|
1 64525628 . G A 1043.51 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.417;DP=68;Dels=0.00;FS=6.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.903;SB=-562.614;SBQD=5.377;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1270;VQSLOD=4.5702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1074,0,812
|
|
1 64529388 rs17126085 T C 758.70 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.856;HRun=0;HaplotypeScore=1.5678;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.735;QD=13.55;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-429.222;SBQD=4.259;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3978;VQSLOD=2.6259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:789,0,610
|
|
1 64544429 . G T 617.94 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;DP=60;Dels=0.00;FS=5.470;HRun=0;HaplotypeScore=3.3293;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-297.107;SBQD=-5.574;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2561;VQSLOD=2.2516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:60:99:648,0,1151
|
|
1 64545124 rs834343 C A 407.34 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.448;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-281.563;SBQD=4.072;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.2739;VQSLOD=3.0400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:437,0,925
|
|
1 64558015 rs6700276 T C 761.86 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.765;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-215.713;SBQD=3.835;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.3186;VQSLOD=4.4765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:792,0,736
|
|
1 64559525 rs11208355 G A 1011.62 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.862;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.864;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.609;SB=-515.237;SBQD=-1.721;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2782;VQSLOD=5.5653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1042,0,1328
|
|
1 64567568 rs2762853 C T 992.26 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.947;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=13.23;ReadPosRankSum=-1.715;SB=-410.428;SBQD=-3.067;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.7847;VQSLOD=4.4158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1022,0,1249
|
|
1 64576097 rs2806533 A G 2025.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1096.211;SBQD=1.544;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.0183;VQSLOD=8.5057 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2059,163,0
|
|
1 64585974 rs2762851 C T 990.47 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.525;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.207;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=2.023;QD=18.34;ReadPosRankSum=0.515;SB=-345.271;SBQD=1.057;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.1569;VQSLOD=4.8240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:1020,0,463
|
|
1 64590419 rs2762840 A G 2620.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.7866;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.03;SB=-1444.586;SBQD=0.683;SBpi=0.0570;SBpiQual=0.1146;VQSLOD=3.8848 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2653,208,0
|
|
1 64596494 rs2762847 A G 960.57 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.792;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.612;HRun=0;HaplotypeScore=1.9048;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.076;SB=-439.037;SBQD=3.682;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.3972;VQSLOD=4.9991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:991,0,1187
|
|
1 64618896 rs1324365 T C 702.52 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.174;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=18.070;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.024;SB=-190.160;SBQD=13.241;SBpi=1.0206;SBpiQual=1.0996;VQSLOD=4.4964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:733,0,1088
|
|
1 64628407 rs3884549 T A 996.85 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=13.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.138;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-390.727;SBQD=-9.193;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.1793;VQSLOD=4.7174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1027,0,1275
|
|
1 64635283 rs6676128 T C 773.95 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.291;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.790;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.765;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.763;SB=-361.261;SBQD=4.640;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4004;VQSLOD=3.9378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:804,0,1214
|
|
1 64639550 . G A 564.67 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.017;DP=56;Dels=0.00;FS=7.677;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-432.393;SBQD=6.841;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.0593;VQSLOD=2.4050 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:595,0,730
|
|
1 64646752 rs12135035 C A 1378.62 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.482;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=2.651;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.316;QD=14.36;ReadPosRankSum=2.401;SB=-605.117;SBQD=2.383;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.5182;VQSLOD=5.2938 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:1409,0,1610
|
|
1 64779806 rs11208415 T G 1394.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.83;MQ0=0;QD=30.99;SB=-530.289;SBQD=2.822;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.2069;VQSLOD=7.0310 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1428,114,0
|
|
1 64789922 rs4915663 T C 2021.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=57.16;MQ0=0;QD=31.10;SB=-1033.540;SBQD=5.703;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.1025;VQSLOD=6.2804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2055,183,0
|
|
1 64793091 rs1002253 C T 1501.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=27.80;SB=-792.332;SBQD=5.114;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.8018;VQSLOD=5.1136 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1534,126,0
|
|
1 64800026 rs12407651 A T 1969.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=33.95;SB=-794.241;SBQD=3.301;SBpi=0.9191;SBpiQual=1.1379;VQSLOD=7.8236 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2002,156,0
|
|
1 64800585 rs1390479 C T 2798.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;QD=33.72;SB=-1478.796;SBQD=0.850;SBpi=0.2744;SBpiQual=0.3577;VQSLOD=8.2114 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2832,223,0
|
|
1 64815665 . C G 2009.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.02;MQ0=0;QD=30.45;SB=-923.187;SBQD=1.064;SBpi=-0.8616;SBpiQual=-0.8930;VQSLOD=5.9445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2043,172,0
|
|
1 64825150 rs2047284 G A 2286.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1116.252;SBQD=-1.769;SBpi=-0.3693;SBpiQual=-0.4500;VQSLOD=7.4495 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:2319,181,0
|
|
1 64826366 rs2889004 C T 2386.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=34.09;SB=-892.875;SBQD=-1.786;SBpi=-1.3148;SBpiQual=-1.4318;VQSLOD=7.9411 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2419,193,0
|
|
1 64833939 rs1514967 C A 2105.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.39;MQ0=0;QD=36.94;SB=-828.170;SBQD=1.627;SBpi=0.8609;SBpiQual=0.9584;VQSLOD=8.6517 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2139,169,0
|
|
1 64839465 . T C 31.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.51;MQ0=2;QD=7.95;SB=-0.007;SBQD=15.909;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6952;VQSLOD=2.5982 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,2:4:6.01:63,6,0
|
|
1 64841469 rs7349133 A G 2228.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9721;MQ=58.91;MQ0=0;QD=34.29;SB=-1116.376;SBQD=-1.366;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.3636;VQSLOD=7.0263 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2262,178,0
|
|
1 64846229 rs10889482 G A 2567.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=34.24;SB=-965.989;SBQD=-2.440;SBpi=1.3950;SBpiQual=1.3020;VQSLOD=7.1848 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2601,211,0
|
|
1 64847273 rs11208442 T C 2254.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=35.79;SB=-1089.957;SBQD=-0.200;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.4477;VQSLOD=7.1048 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2288,178,0
|
|
1 64855131 rs6689227 T C 287.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.363;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=47.082;HRun=0;HaplotypeScore=3.9895;MQ=48.93;MQ0=4;MQRankSum=-7.803;QD=2.74;ReadPosRankSum=-1.379;SB=108.325;SBQD=-6.866;SBpi=-2.4509;SBpiQual=-2.3173;VQSLOD=-11.3385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,35:105:99:318,0,2380
|
|
1 64925774 rs305547 T G 2324.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;QD=34.18;SB=-1129.730;SBQD=0.085;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.3537;VQSLOD=8.6773 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2357,190,0
|
|
1 64939753 rs6687194 T C 2269.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7568;MQ=59.40;MQ0=0;QD=29.47;SB=-1212.632;SBQD=1.868;SBpi=0.0570;SBpiQual=0.2954;VQSLOD=4.6703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:2302,205,0
|
|
1 64959203 rs305561 A G 2520.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.00;SB=-936.988;SBQD=-0.921;SBpi=-1.2964;SBpiQual=-1.3929;VQSLOD=7.4423 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2553,205,0
|
|
1 64960932 rs10465845 C T 2686.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.32;SB=-1301.148;SBQD=-0.348;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2768;VQSLOD=8.0118 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2720,214,0
|
|
1 64962168 rs17394875 C T 1117.70 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.513;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.114;HRun=2;HaplotypeScore=2.7246;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=17.46;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-494.187;SBQD=3.578;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5860;VQSLOD=3.9559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1148,0,838
|
|
1 64974201 . G A 1488.98 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=81;Dels=0.00;FS=3.186;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=18.38;ReadPosRankSum=0.986;SB=-728.130;SBQD=3.622;SBpi=-0.4243;SBpiQual=-0.4661;VQSLOD=3.8245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,50:81:99:1519,0,895
|
|
1 65005619 rs307334 C T 2746.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=36.61;SB=-1058.900;SBQD=-1.371;SBpi=-1.0970;SBpiQual=-1.2955;VQSLOD=9.2235 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2779,217,0
|
|
1 65025903 rs10889487 A T 2740.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1356.260;SBQD=-0.930;SBpi=-0.4529;SBpiQual=-0.5478;VQSLOD=8.0229 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2774,220,0
|
|
1 65026618 rs10789160 A G 2373.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.90;SB=-1083.610;SBQD=-6.728;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.6473;VQSLOD=9.0352 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2406,205,0
|
|
1 65027990 rs12095363 T C 2838.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.73;MQ0=0;QD=33.80;SB=-1530.475;SBQD=-1.427;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.0017;VQSLOD=8.1845 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2872,238,0
|
|
1 65029076 rs17126675 T C 2842.24 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=79.9647;MQ=60.15;MQ0=0;QD=33.44;SB=-1078.574;SBQD=6.243;SBpi=0.9220;SBpiQual=1.4292;VQSLOD=-160.6219 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2875,244,0
|
|
1 65031928 rs12410422 G T 2306.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.21;SB=-1023.127;SBQD=-1.365;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-0.6283;VQSLOD=8.7494 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2340,184,0
|
|
1 65033612 rs7418605 C T 2452.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.39;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1237.120;SBQD=-1.527;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.3202;VQSLOD=7.8750 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2485,196,0
|
|
1 65072260 rs10889491 T G 2488.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.7825;MQ=58.93;MQ0=0;QD=29.98;SB=-1339.932;SBQD=-0.601;SBpi=0.3842;SBpiQual=0.3653;VQSLOD=3.4422 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2521,205,0
|
|
1 65093613 rs4915991 T G 2629.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.71;SB=-1452.402;SBQD=0.042;SBpi=-0.1132;SBpiQual=-0.1160;VQSLOD=8.3379 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2662,211,0
|
|
1 65093851 rs4915992 T G 2832.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=35.85;SB=-1222.302;SBQD=0.632;SBpi=-0.8438;SBpiQual=-0.8426;VQSLOD=8.3000 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2865,229,0
|
|
1 65098148 rs893080 T C 2163.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.89;SB=-935.133;SBQD=-1.284;SBpi=0.8890;SBpiQual=0.8613;VQSLOD=8.6592 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2196,172,0
|
|
1 65100387 rs10889493 T C 1437.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9662;MQ=56.15;MQ0=0;QD=30.58;SB=-540.677;SBQD=-4.591;SBpi=1.3857;SBpiQual=1.1714;VQSLOD=4.8327 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1470,123,0
|
|
1 65106068 rs12122389 T A 2281.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.03;MQ0=0;QD=31.69;SB=-915.065;SBQD=-2.943;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.4232;VQSLOD=6.5426 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2315,193,0
|
|
1 65211521 rs998125 A G 298.37 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-176.908;SBQD=2.568;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.5696;VQSLOD=4.2377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:328,0,394
|
|
1 65242858 rs2478150 C A 1595.59 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.852;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.452;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=19.70;ReadPosRankSum=0.364;SB=-755.237;SBQD=-4.962;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.3561;VQSLOD=4.6469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,50:81:99:1626,0,956
|
|
1 65252575 rs11584976 C T 1171.72 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.751;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=6.054;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.539;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-303.446;SBQD=6.450;SBpi=1.5212;SBpiQual=1.6532;VQSLOD=3.6554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:1202,0,1287
|
|
1 65275071 rs2765873 G A 840.49 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.938;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=14.483;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.922;SB=-137.796;SBQD=-15.247;SBpi=-1.7641;SBpiQual=-2.0024;VQSLOD=3.6358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:870,0,696
|
|
1 65275767 . G T 799.86 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.609;DP=76;Dels=0.00;FS=6.187;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=2.139;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.257;SB=-312.769;SBQD=-6.274;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7862;VQSLOD=3.3256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:830,0,1520
|
|
1 65290587 rs2780888 T C 515.36 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.324;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-2.646;QD=14.72;ReadPosRankSum=-1.144;SB=-336.249;SBQD=-3.130;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.1916;VQSLOD=2.4479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:545,0,302
|
|
1 65294331 rs11208527 G A 648.38 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.557;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.419;HRun=0;HaplotypeScore=3.9964;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-216.434;SBQD=7.972;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.7505;VQSLOD=3.6028 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:58:99:678,0,805
|
|
1 65301611 rs2780815 T G 1077.82 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.671;QD=12.11;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-631.190;SBQD=0.724;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0997;VQSLOD=4.4588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:1108,0,1390
|
|
1 65314566 rs310220 T C 820.90 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-404.086;SBQD=0.228;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.4349;VQSLOD=5.5271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:851,0,932
|
|
1 65328766 rs11208531 C G 534.40 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.774;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-401.986;SBQD=-1.154;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.4722;VQSLOD=3.7297 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:564,0,1347
|
|
1 65350052 rs11591096 C T 962.21 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=2.029;HRun=0;HaplotypeScore=1.8835;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-340.244;SBQD=6.373;SBpi=0.7398;SBpiQual=1.1288;VQSLOD=5.0788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:992,0,1095
|
|
1 65384946 . G A 923 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.316;DP=70;Dels=0.00;FS=3.322;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.792;SB=-440.763;SBQD=5.002;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2860;VQSLOD=4.1299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:953,0,964
|
|
1 65389835 rs10889503 T G 2763.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.37;SB=-1386.349;SBQD=1.382;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.1167;VQSLOD=9.1240 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2797,223,0
|
|
1 65399308 rs6588107 T G 2122.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=33.16;SB=-1061.274;SBQD=-0.711;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5106;VQSLOD=8.2758 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2155,172,0
|
|
1 65402485 rs7546028 C T 2922.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.65;MQ0=0;QD=35.21;SB=-1382.846;SBQD=1.245;SBpi=0.4939;SBpiQual=0.6201;VQSLOD=7.4023 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2956,232,0
|
|
1 65403486 rs11208551 A T 2546.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.31;MQ0=0;QD=33.96;SB=-839.944;SBQD=-0.083;SBpi=-1.7898;SBpiQual=-1.8598;VQSLOD=6.4105 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2580,205,0
|
|
1 65405814 rs9645414 G C 2318.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.77;MQ0=0;QD=34.60;SB=-1135.394;SBQD=-3.106;SBpi=-0.1833;SBpiQual=-0.3811;VQSLOD=8.7083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2352,190,0
|
|
1 65412830 rs11208552 G T 2881.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=37.91;SB=-1143.348;SBQD=0.112;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.0891;VQSLOD=8.4283 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2914,226,0
|
|
1 65421071 rs4244165 G T 2746.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=59.46;MQ0=0;QD=31.94;SB=-1462.804;SBQD=-5.010;SBpi=0.0542;SBpiQual=-0.2268;VQSLOD=6.6292 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2780,220,0
|
|
1 65425824 rs11208558 T C 2275.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.46;SB=-1218.172;SBQD=-2.070;SBpi=0.2425;SBpiQual=0.0846;VQSLOD=7.3554 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2309,190,0
|
|
1 65428576 rs6588108 T C 1540.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.55;MQ0=0;QD=26.56;SB=-837.609;SBQD=-6.955;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.5265;VQSLOD=4.8401 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1574,129,0
|
|
1 65429974 rs1497057 C G 2805.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1232.050;SBQD=3.669;SBpi=0.5590;SBpiQual=0.8378;VQSLOD=8.1049 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2838,226,0
|
|
1 65434202 rs56301536 C T 1643.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.57;MQ0=0;QD=31.61;SB=-708.361;SBQD=-9.425;SBpi=-0.2774;SBpiQual=-0.7338;VQSLOD=7.3835 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1677,138,0
|
|
1 65518212 rs2935412 C T 783.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.07;MQ0=0;QD=21.75;SB=-521.026;SBQD=0.387;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7385;VQSLOD=4.1075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:66.20:816,66,0
|
|
1 65522601 rs483779 T G 1237.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.7307;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=1.655;QD=25.26;ReadPosRankSum=0.115;SB=-528.447;SBQD=7.712;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.2586;VQSLOD=-0.1548 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:49:80.66:1271,81,0
|
|
1 65542831 rs1538345 T C 2532.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1366.880;SBQD=-1.845;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1561;VQSLOD=9.0609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2565,205,0
|
|
1 65543091 rs1538344 G T 3039.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.92;MQ0=0;QD=35.76;SB=-1455.793;SBQD=-0.651;SBpi=0.5966;SBpiQual=0.5748;VQSLOD=6.9283 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3072,238,0
|
|
1 65580679 rs12071744 T C 1831.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.33;MQ0=0;QD=29.53;SB=-782.452;SBQD=7.614;SBpi=0.6350;SBpiQual=1.1333;VQSLOD=6.1318 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1864,156,0
|
|
1 65583680 rs10789169 T C 2548.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.66;MQ0=0;QD=31.86;SB=-1350.538;SBQD=6.687;SBpi=-0.3354;SBpiQual=0.2617;VQSLOD=6.9879 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2582,223,0
|
|
1 65585348 rs6588112 C T 1783.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.86;MQ0=1;QD=31.29;SB=-784.996;SBQD=-4.327;SBpi=-0.8018;SBpiQual=-0.9943;VQSLOD=7.3898 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1817,147,0
|
|
1 65590762 rs6588118 A G 1323.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.51;MQ0=12;QD=18.64;SB=-607.996;SBQD=-5.422;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.0897;VQSLOD=5.6256 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1356,129,0
|
|
1 65695930 rs1336472 G A 927.23 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.614;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.812;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-498.801;SBQD=6.229;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.2823;VQSLOD=6.0119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:957,0,958
|
|
1 65700728 rs17400019 A G 1039.93 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.610;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.968;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-589.342;SBQD=-0.308;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.1946;VQSLOD=5.7594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:1070,0,700
|
|
1 65714472 rs12045203 C T 813.94 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.717;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-428.888;SBQD=-5.508;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1166;VQSLOD=5.8154 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:844,0,696
|
|
1 65736258 rs1749972 C A 2387.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7821;MQ=59.64;MQ0=0;QD=33.15;SB=-932.009;SBQD=-2.343;SBpi=-1.1785;SBpiQual=-1.2805;VQSLOD=4.6330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:2420,190,0
|
|
1 65744252 rs566226 T G 2477.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.39;SB=-1250.365;SBQD=0.774;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.1768;VQSLOD=8.9987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2511,202,0
|
|
1 65755739 rs10889533 C T 832.34 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.867;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=8.131;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.512;SB=-397.425;SBQD=6.842;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.3668;VQSLOD=5.1386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:862,0,835
|
|
1 65764166 rs6678387 A G 862.81 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.542;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.486;HRun=0;HaplotypeScore=1.7878;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.444;SB=-472.054;SBQD=1.618;SBpi=0.0845;SBpiQual=-0.1776;VQSLOD=5.6781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:893,0,1339
|
|
1 65776547 rs2375701 G C 998.66 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.468;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.888;HRun=0;HaplotypeScore=1.9824;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.494;SB=-437.103;SBQD=1.435;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.8501;VQSLOD=5.2335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1029,0,1152
|
|
1 65786137 rs4916042 C G 1291.17 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9779;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=17.45;ReadPosRankSum=0.172;SB=-617.748;SBQD=-0.286;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1963;VQSLOD=4.6432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:74:99:1321,0,1004
|
|
1 65788337 rs12029665 G A 1595.91 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=2.739;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-823.951;SBQD=-3.203;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0236;VQSLOD=4.9502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:1626,0,1352
|
|
1 65805620 rs6588133 T G 777.44 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.895;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=4.183;HRun=0;HaplotypeScore=3.5325;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-295.485;SBQD=1.112;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-1.0696;VQSLOD=4.0375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:807,0,636
|
|
1 65844963 rs3818449 A G 1282.63 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.020;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-537.042;SBQD=3.968;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.7391;VQSLOD=5.5489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1313,0,1085
|
|
1 65871062 rs913199 G T 1876.74 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.121;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=9.351;HRun=1;HaplotypeScore=1.9713;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.202;SB=-751.032;SBQD=-6.286;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.7876;VQSLOD=4.4244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:103:99:1907,0,1456
|
|
1 65872011 rs60807413 A G 1012.28 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.244;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.023;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=17.45;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-502.416;SBQD=1.857;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2438;VQSLOD=4.9003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:1042,0,729
|
|
1 65879252 rs10493377 A G 2594.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.70;SB=-1031.035;SBQD=0.236;SBpi=1.3105;SBpiQual=1.4133;VQSLOD=8.1980 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2628,208,0
|
|
1 65997841 rs1171270 G A 1136.36 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.408;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.414;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-555.074;SBQD=-4.404;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1891;VQSLOD=4.2371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1166,0,927
|
|
1 65999119 rs1177681 G A 1151.64 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.834;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.573;SB=-662.684;SBQD=-0.590;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0286;VQSLOD=6.0594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1182,0,1194
|
|
1 66001746 rs1171262 A T 1282.08 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=10.616;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.872;SB=-488.646;SBQD=-7.599;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.7645;VQSLOD=5.0566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:1312,0,1396
|
|
1 66003252 rs1171265 A G 1220.26 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.824;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.538;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=15.85;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-621.610;SBQD=-4.525;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2801;VQSLOD=4.4571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1250,0,1112
|
|
1 66012701 . G T 446.23 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=62;Dels=0.00;FS=1.307;HRun=0;HaplotypeScore=1.8600;MQ=34.24;MQ0=6;MQRankSum=0.588;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.934;SB=-100.726;SBQD=-6.428;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.7886;VQSLOD=2.6928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,20:62:99:476,0,811
|
|
1 66057196 rs2186243 T G 973.56 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.122;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5253;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=11.45;ReadPosRankSum=-2.166;SB=-408.106;SBQD=1.580;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.6312;VQSLOD=3.8898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:1004,0,1753
|
|
1 66061072 rs6669117 T C 917.77 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.185;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.780;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.606;SB=-513.360;SBQD=0.492;SBpi=-0.2466;SBpiQual=0.0409;VQSLOD=5.1189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:948,0,1455
|
|
1 66064987 rs6700201 C T 1069.49 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.579;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.906;SB=-534.353;SBQD=-1.730;SBpi=0.0845;SBpiQual=-0.0713;VQSLOD=6.1119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1099,0,988
|
|
1 66165277 rs10157664 T C 2896.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.90;SB=-1546.880;SBQD=-0.792;SBpi=0.0549;SBpiQual=-0.0121;VQSLOD=8.9856 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2930,238,0
|
|
1 66171192 rs17416194 G A 1137.50 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.750;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.552;SB=-645.019;SBQD=-0.189;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1832;VQSLOD=5.7183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:1167,0,636
|
|
1 66180422 rs12744934 C T 1223.17 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.225;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=6.041;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.208;SB=-691.690;SBQD=5.827;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.3261;VQSLOD=5.5690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1253,0,1088
|
|
1 66205257 rs4335351 T C 1175.55 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.688;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.745;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.983;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-573.683;SBQD=-2.440;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.5483;VQSLOD=3.2459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:1206,0,1615
|
|
1 66206193 rs10889579 T C 1070.91 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.193;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.961;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.012;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.810;SB=-529.262;SBQD=5.367;SBpi=-0.1581;SBpiQual=0.1836;VQSLOD=4.2930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1101,0,1035
|
|
1 66277529 rs6675417 C A 1553.66 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=3.433;HRun=0;HaplotypeScore=1.9265;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.724;SB=-789.324;SBQD=3.513;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.3843;VQSLOD=4.8263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,55:114:99:1584,0,1914
|
|
1 66320790 . G A 1185.40 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.454;DP=74;Dels=0.00;FS=3.198;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=16.02;ReadPosRankSum=0.379;SB=-580.631;SBQD=3.627;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4131;VQSLOD=4.7601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1215,0,1123
|
|
1 66343074 rs6588170 G A 870.62 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.061;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.168;HRun=0;HaplotypeScore=2.6477;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.741;SB=-186.723;SBQD=-4.821;SBpi=-1.8278;SBpiQual=-2.0336;VQSLOD=2.9864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:901,0,852
|
|
1 66350156 rs4320759 T C 1440.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.13;MQ0=5;QD=17.57;SB=-556.958;SBQD=19.361;SBpi=-0.5522;SBpiQual=0.0169;VQSLOD=5.5476 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1474,129,0
|
|
1 66400197 rs35021135 G A 983.47 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-477.785;SBQD=0.322;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3450;VQSLOD=5.5960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:1013,0,1039
|
|
1 66416747 rs1937456 C T 1440.13 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.145;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.834;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=17.78;ReadPosRankSum=0.091;SB=-711.138;SBQD=-1.192;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.2876;VQSLOD=6.2026 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:1470,0,961
|
|
1 66435842 rs2186123 G A 1441.65 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.555;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.776;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=17.58;ReadPosRankSum=0.846;SB=-737.368;SBQD=-1.618;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.1242;VQSLOD=5.5274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1472,0,1121
|
|
1 66445516 rs12564578 G A 1167.81 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=8.870;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=13.27;ReadPosRankSum=-2.633;SB=-415.934;SBQD=-7.308;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.8951;VQSLOD=4.1162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:88:99:1198,0,1539
|
|
1 66451777 rs1317611 C G 1023.85 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.921;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.963;HRun=0;HaplotypeScore=2.2455;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.692;QD=12.96;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-366.332;SBQD=-7.420;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.9909;VQSLOD=5.4402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:79:99:1054,0,1213
|
|
1 66452494 rs12749570 C T 1171.78 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.337;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=21.685;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.612;SB=-455.675;SBQD=11.400;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.6963;VQSLOD=5.6078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1202,0,1106
|
|
1 66460585 rs6664196 T G 589.67 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.040;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.148;SB=-264.894;SBQD=2.858;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.5374;VQSLOD=4.7081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:620,0,1174
|
|
1 66465678 rs10493393 A G 1278.05 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.177;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.326;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-557.507;SBQD=-6.188;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.6954;VQSLOD=6.3632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1308,0,1131
|
|
1 66473032 rs2489908 T C 2473.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=32.55;SB=-1285.151;SBQD=6.591;SBpi=-0.3441;SBpiQual=0.2072;VQSLOD=7.9232 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2507,217,0
|
|
1 66476754 rs6588177 A T 866.08 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.848;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.213;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.084;SB=-242.023;SBQD=4.531;SBpi=1.2780;SBpiQual=1.4525;VQSLOD=3.5959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:896,0,1147
|
|
1 66479935 rs1937448 T C 1110.86 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.297;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=10.834;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.495;SB=-467.625;SBQD=-7.846;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.6117;VQSLOD=4.8404 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:1141,0,1598
|
|
1 66485442 rs12727285 C A 1338.56 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.748;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=18.081;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.406;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.454;SB=-687.776;SBQD=-10.131;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0813;VQSLOD=4.0897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:1369,0,1523
|
|
1 66489984 rs2503214 T A 2616.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=36.34;SB=-1373.749;SBQD=0.766;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.0560;VQSLOD=8.5583 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2650,205,0
|
|
1 66495271 rs35833618 G A 1643.98 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.036;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=4.069;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=18.47;ReadPosRankSum=-1.910;SB=-726.048;SBQD=-3.525;SBpi=-0.6181;SBpiQual=-0.6778;VQSLOD=4.0214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:89:99:1674,0,1120
|
|
1 66496139 rs2455032 T G 1275.22 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.337;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.411;SB=-503.092;SBQD=-0.431;SBpi=-0.9045;SBpiQual=-0.9488;VQSLOD=5.2089 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1305,0,1114
|
|
1 66497759 rs937607 A G 1052.26 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.975;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.078;SB=-524.744;SBQD=-2.400;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1745;VQSLOD=5.1974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:1082,0,856
|
|
1 66500375 rs7544451 A G 1192.72 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=14.72;ReadPosRankSum=-2.070;SB=-442.539;SBQD=-4.431;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-1.0540;VQSLOD=4.4276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:80:99:1223,0,1092
|
|
1 66501072 rs2489905 A T 2754.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5963;MQ=59.89;MQ0=0;QD=34.43;SB=-1236.646;SBQD=1.293;SBpi=0.7826;SBpiQual=0.8736;VQSLOD=5.8435 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2787,217,0
|
|
1 66533781 rs12729278 A G 882.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.462;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.924;HRun=0;HaplotypeScore=25.3344;MQ=52.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=10.76;ReadPosRankSum=-1.715;SB=-327.928;SBQD=6.571;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.8616;VQSLOD=-12.7350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:912,0,1291
|
|
1 66549214 rs6671380 A C 1478.73 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.277;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=9.505;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-436.659;SBQD=6.740;SBpi=1.3571;SBpiQual=1.4743;VQSLOD=3.2714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:1509,0,1738
|
|
1 66572427 . C G 1134.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.15;MQ0=30;QD=13.67;SB=-579.906;SBQD=-1.485;SBpi=-0.6351;SBpiQual=-0.6226;VQSLOD=3.5291 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,75:83:99:1167,105,0
|
|
1 66621527 rs582237 A G 2296.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.79;SB=-1190.406;SBQD=0.549;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.3015;VQSLOD=8.3351 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2329,181,0
|
|
1 66636220 . G T 1280.99 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.275;DP=72;Dels=0.00;FS=4.761;HRun=2;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=17.79;ReadPosRankSum=-0.976;SB=-621.922;SBQD=5.216;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.4935;VQSLOD=3.2136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:1311,0,870
|
|
1 66654921 . T C 1523.38 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.01;MQ0=0;QD=20.31;SB=-575.630;SBQD=-2.083;SBpi=-1.4434;SBpiQual=-0.9446;VQSLOD=1.6207 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1556,156,0
|
|
1 66660855 rs566954 C G 3152.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.65;SB=-1419.019;SBQD=-1.025;SBpi=0.6470;SBpiQual=0.6116;VQSLOD=8.0087 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3185,253,0
|
|
1 66676194 . G T 733.49 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.429;DP=66;Dels=0.00;FS=5.029;HRun=0;HaplotypeScore=2.7164;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.230;SB=-319.022;SBQD=-5.459;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.4157;VQSLOD=3.4640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:763,0,1100
|
|
1 66678551 rs566539 A G 2598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.65;SB=-1241.697;SBQD=-0.469;SBpi=-0.4041;SBpiQual=-0.4695;VQSLOD=8.5525 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2632,214,0
|
|
1 66685144 rs10889605 C A 2669.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.08;SB=-1313.096;SBQD=-0.293;SBpi=-0.3487;SBpiQual=-0.3821;VQSLOD=8.8734 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2703,211,0
|
|
1 66757975 rs486136 A G 1013.76 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=14.48;ReadPosRankSum=-1.680;SB=-517.854;SBQD=1.465;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1391;VQSLOD=5.7990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1044,0,1084
|
|
1 66808276 rs504304 A G 1196.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5780;MQ=58.81;MQ0=0;QD=27.19;SB=-449.255;SBQD=-5.845;SBpi=1.5076;SBpiQual=1.0820;VQSLOD=3.9933 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1229,114,0
|
|
1 66830107 rs783037 C T 1093.16 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.263;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.847;HRun=0;HaplotypeScore=1.8633;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=13.01;ReadPosRankSum=-1.201;SB=-506.384;SBQD=1.701;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6998;VQSLOD=5.6094 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1123,0,1226
|
|
1 66831679 . T C 460.18 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=69;Dels=0.00;FS=0.967;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.629;SB=-307.062;SBQD=-2.700;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.7629;VQSLOD=2.9888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:490,0,990
|
|
1 66848705 rs783053 G T 627.46 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.426;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.549;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=10.46;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-155.185;SBQD=5.015;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.3504;VQSLOD=5.3146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:657,0,1227
|
|
1 66855267 rs1194485 T C 1293.93 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.760;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.870;HRun=0;HaplotypeScore=1.6316;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=14.87;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-415.554;SBQD=2.705;SBpi=1.2344;SBpiQual=1.2834;VQSLOD=5.0846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:1324,0,1456
|
|
1 66861056 rs12138854 A G 1146.90 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.646;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-612.127;SBQD=-0.299;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.0995;VQSLOD=5.3478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1177,0,1044
|
|
1 66900828 . C G 1090.68 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.394;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-468.626;SBQD=-0.706;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.8066;VQSLOD=4.4956 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1121,0,1390
|
|
1 66912799 rs6667233 A G 1026.87 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.721;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-624.108;SBQD=1.109;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.0864;VQSLOD=6.2648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1057,0,1215
|
|
1 66936158 rs1470455 T C 1408.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.588;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=7.869;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-461.592;SBQD=8.500;SBpi=0.8485;SBpiQual=1.2291;VQSLOD=5.5254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,50:102:99:1439,0,1690
|
|
1 66943060 rs783320 T C 1424.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96;SB=-604.622;SBQD=-3.813;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.9291;VQSLOD=7.2598 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1457,117,0
|
|
1 66963779 rs6685887 A G 2701.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.38;MQ0=0;QD=36.02;SB=-1379.239;SBQD=1.796;SBpi=-0.1732;SBpiQual=-0.0471;VQSLOD=7.5953 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2735,220,0
|
|
1 66968882 . C T 1244.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.200;DP=82;Dels=0.00;FS=2.960;HRun=0;HaplotypeScore=6.6175;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.255;SB=-560.222;SBQD=4.072;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.6971;VQSLOD=1.3681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1275,0,1310
|
|
1 66971952 rs61798696 C T 1422.74 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.938;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=2.745;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-705.635;SBQD=-2.060;SBpi=0.4330;SBpiQual=0.4922;VQSLOD=5.9817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,48:98:99:1453,0,1354
|
|
1 66977789 . G A 285.01 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.902;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.837;SB=2.996;SBQD=-10.631;SBpi=-1.6583;SBpiQual=-1.8394;VQSLOD=2.8411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:315,0,602
|
|
1 66981098 rs6661985 A C 2670.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.59;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1225.690;SBQD=1.633;SBpi=0.5196;SBpiQual=0.6525;VQSLOD=8.2229 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2704,214,0
|
|
1 66986275 rs4655615 A T 1262.51 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.818;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-565.107;SBQD=-2.731;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.6454;VQSLOD=5.6655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1293,0,1340
|
|
1 66986476 rs1338194 T A 2463.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.70;SB=-1219.907;SBQD=0.525;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.2486;VQSLOD=7.5258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2497,199,0
|
|
1 66988149 rs7354983 T C 2321.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96;SB=-1210.372;SBQD=4.226;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.1325;VQSLOD=7.3454 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2355,205,0
|
|
1 66988401 rs12093875 C T 1098.65 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.245;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.883;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.105;SB=-542.143;SBQD=-1.143;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3425;VQSLOD=6.3798 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1129,0,1038
|
|
1 67024879 rs1988415 G A 1080.43 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.014;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=9.595;HRun=2;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.457;SB=-355.502;SBQD=8.276;SBpi=1.0686;SBpiQual=1.2144;VQSLOD=5.0282 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1110,0,1179
|
|
1 67043985 rs1838652 G T 2553.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=50.91;MQ0=0;QD=34.51;SB=-1257.171;SBQD=0.786;SBpi=-0.3487;SBpiQual=-0.4644;VQSLOD=7.5081 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2586,214,0
|
|
1 67046588 rs12091471 C G 977.51 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.435;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.261;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.230;SB=-307.616;SBQD=5.516;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.3307;VQSLOD=4.3037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:1007,0,1556
|
|
1 67050005 rs10127994 T C 1081.61 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.934;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.420;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.415;SB=-510.991;SBQD=0.842;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5137;VQSLOD=4.8233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:1112,0,1587
|
|
1 67051290 rs1445574 T C 487.45 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.500;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=31.963;HRun=0;HaplotypeScore=3.1517;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.330;SB=-170.260;SBQD=-12.014;SBpi=-1.6222;SBpiQual=-1.5593;VQSLOD=1.4861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:517,0,1229
|
|
1 67052469 rs6689183 C T 1478.57 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.035;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=14.22;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-759.802;SBQD=-0.452;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.0747;VQSLOD=4.7338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,47:104:99:1509,0,1885
|
|
1 67053994 . C A 923.29 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.161;DP=94;Dels=0.00;FS=1.800;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.525;SB=-378.376;SBQD=3.484;SBpi=1.1713;SBpiQual=1.2441;VQSLOD=2.5885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:94:99:953,0,1454
|
|
1 67083981 rs7546090 G A 767.25 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.809;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.981;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-386.228;SBQD=2.449;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.4998;VQSLOD=5.8546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:797,0,1054
|
|
1 67097853 rs11208932 T C 2461.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.16;SB=-1097.251;SBQD=-1.314;SBpi=0.7171;SBpiQual=0.6518;VQSLOD=8.4961 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2494,202,0
|
|
1 67114123 rs2182110 C G 797.77 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.245;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.836;SB=-407.276;SBQD=0.638;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.6549;VQSLOD=5.9499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:828,0,657
|
|
1 67115630 rs55895340 A G 1029.28 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.492;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=14.10;ReadPosRankSum=2.036;SB=-500.023;SBQD=4.687;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.3664;VQSLOD=5.7030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1059,0,1202
|
|
1 67116043 rs13376692 C G 977.91 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.610;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.912;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-439.635;SBQD=1.716;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.4059;VQSLOD=5.7960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:1008,0,1198
|
|
1 67121364 rs9662962 C T 3301.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=35.50;SB=-1445.044;SBQD=-0.347;SBpi=0.9851;SBpiQual=1.0327;VQSLOD=8.2082 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3302,256,0
|
|
1 67125721 rs12742962 G A 229.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.852;HRun=2;HaplotypeScore=23.5858;MQ=37.78;MQ0=0;MQRankSum=2.979;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-122.499;SBQD=8.504;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0628;VQSLOD=-14.0008 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:67.20:260,0,67
|
|
1 67125899 . A G 329.66 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.344;DP=28;Dels=0.00;FS=10.073;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=46.26;MQ0=0;MQRankSum=2.019;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-131.585;SBQD=-11.048;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.9103;VQSLOD=2.1617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:360,0,320
|
|
1 67134326 rs6692318 T C 1151.83 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.104;HRun=0;HaplotypeScore=1.9947;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=13.55;ReadPosRankSum=2.258;SB=-629.277;SBQD=-3.669;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0073;VQSLOD=5.5219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1182,0,1410
|
|
1 67136173 rs17129310 A G 653.34 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-340.977;SBQD=-0.564;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.1844;VQSLOD=4.1460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:683,0,953
|
|
1 67136560 rs45467391 G T 1650.16 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=2.429;HRun=2;HaplotypeScore=2.9092;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.259;SB=-852.984;SBQD=1.605;SBpi=-0.1336;SBpiQual=-0.2115;VQSLOD=3.1369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:110:99:1680,0,1616
|
|
1 67144879 . C T 1418.94 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.433;DP=91;Dels=0.00;FS=1.753;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=15.59;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-505.282;SBQD=3.061;SBpi=0.9690;SBpiQual=1.0983;VQSLOD=4.1519 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:1449,0,1413
|
|
1 67149370 rs6664403 G C 931.05 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.049;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9142;MQ=57.73;MQ0=1;MQRankSum=-2.087;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.906;SB=-385.536;SBQD=3.223;SBpi=0.8111;SBpiQual=1.0642;VQSLOD=2.0787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:65:99:961,0,769
|
|
1 67172148 rs2312573 T A 1034.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.50;MQ0=0;QD=33.37;SB=-79.327;SBQD=12.444;SBpi=2.4247;SBpiQual=2.5818;VQSLOD=5.8484 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84.26:1067,84,0
|
|
1 67197944 rs512691 G A 3097.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.44;SB=-1511.060;SBQD=-0.987;SBpi=0.3796;SBpiQual=0.3244;VQSLOD=9.0006 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3130,247,0
|
|
1 67202242 rs1315210 T C 549 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.94;MQ0=9;QD=9.15;SB=-61.179;SBQD=7.397;SBpi=2.4529;SBpiQual=2.9510;VQSLOD=1.9473 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:57.08:582,57,0
|
|
1 67202269 rs609906 T C 909.64 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.63;MQ0=8;QD=12.81;SB=-163.435;SBQD=3.436;SBpi=2.6703;SBpiQual=3.0268;VQSLOD=1.7738 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:87.18:943,87,0
|
|
1 67222378 rs480060 T C 2121.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.37;MQ0=0;QD=32.14;SB=-1190.843;SBQD=-1.241;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.1406;VQSLOD=7.1155 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2154,172,0
|
|
1 67235320 rs12727422 C A 1047.67 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.902;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=16.12;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-576.560;SBQD=-0.045;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0336;VQSLOD=5.9440 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:1078,0,885
|
|
1 67239777 rs10493419 G A 840.89 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.259;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.894;SB=-475.296;SBQD=-1.630;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.0982;VQSLOD=5.8884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:871,0,1085
|
|
1 67245275 rs1566246 G A 1052.92 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.763;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.697;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=17.85;ReadPosRankSum=0.374;SB=-436.048;SBQD=5.185;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6218;VQSLOD=4.3737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:1083,0,697
|
|
1 67245508 rs36100970 T C 1166.17 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.553;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.855;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=14.76;ReadPosRankSum=1.166;SB=-575.413;SBQD=0.648;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.4200;VQSLOD=5.5973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1196,0,1052
|
|
1 67249538 . A C 97.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.169;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.59;MQ0=20;MQRankSum=-1.794;QD=1.12;ReadPosRankSum=2.529;SB=26.856;SBQD=3.023;SBpi=0.8944;SBpiQual=0.8558;VQSLOD=-1.7441 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,20:87:99:127,0,792
|
|
1 67250724 rs6667015 C G 301.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.589;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.00;MQ0=3;MQRankSum=-5.411;QD=4.71;ReadPosRankSum=-2.517;SB=-149.349;SBQD=-4.906;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.5698;VQSLOD=-3.5305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:331,0,1138
|
|
1 67256670 rs1391546 T C 2907.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=34.21;SB=-838.126;SBQD=5.309;SBpi=1.7897;SBpiQual=2.1613;VQSLOD=6.9134 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2941,250,0
|
|
1 67259284 rs474409 A C 2600.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.10;MQ0=0;QD=32.10;SB=-1370.318;SBQD=0.717;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.4828;VQSLOD=7.3495 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2633,211,0
|
|
1 67260559 rs12037488 T G 1921.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.92;MQ0=0;QD=29.11;SB=-835.707;SBQD=-3.726;SBpi=0.8616;SBpiQual=0.9754;VQSLOD=5.3860 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1955,171,0
|
|
1 67280110 rs533430 G T 1758.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=33.81;SB=-680.556;SBQD=1.414;SBpi=1.1094;SBpiQual=1.2133;VQSLOD=7.4178 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1791,141,0
|
|
1 67292262 rs534331 T G 822.78 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.864;HRun=1;HaplotypeScore=1.7206;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.191;SB=-547.595;SBQD=2.802;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.2633;VQSLOD=4.1660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:853,0,1055
|
|
1 67330843 rs12024247 C T 1243.37 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.162;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=10.277;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=16.58;ReadPosRankSum=1.137;SB=-495.299;SBQD=3.297;SBpi=0.8590;SBpiQual=0.6649;VQSLOD=4.6046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1273,0,637
|
|
1 67338735 rs573490 T C 1096.02 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.112;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.799;HRun=0;HaplotypeScore=1.9301;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.131;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.085;SB=-543.413;SBQD=-0.753;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.6155;VQSLOD=3.3583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:1126,0,1357
|
|
1 67339935 rs12239074 C T 645.54 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.780;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.333;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-420.786;SBQD=5.080;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0412;VQSLOD=4.7684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:676,0,920
|
|
1 67368965 rs3008888 C T 1190.67 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.612;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.164;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=1.591;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-520.241;SBQD=-3.591;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.7522;VQSLOD=4.5976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1221,0,1038
|
|
1 67376921 rs10749766 A G 1350.36 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.061;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.497;QD=17.31;ReadPosRankSum=1.216;SB=-537.319;SBQD=4.109;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.7788;VQSLOD=5.1888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:1380,0,1026
|
|
1 67377739 rs3008894 A G 607.06 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4706;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.605;SB=-275.230;SBQD=-2.929;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.7270;VQSLOD=3.2411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:637,0,994
|
|
1 67384337 rs2985814 C T 2312.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=34.52;SB=-1014.956;SBQD=2.625;SBpi=0.6719;SBpiQual=0.8781;VQSLOD=8.0425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2346,187,0
|
|
1 67389608 rs4655658 C T 891.60 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.748;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-364.301;SBQD=-2.073;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.9495;VQSLOD=5.0771 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:922,0,1437
|
|
1 67419089 rs3008871 G A 962.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.083;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=11.788;HRun=0;HaplotypeScore=1.8295;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.767;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-471.226;SBQD=7.607;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.2449;VQSLOD=5.8212 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:993,0,867
|
|
1 67496425 rs2755251 C A 996.89 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.247;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.578;SB=-498.252;SBQD=5.268;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.3686;VQSLOD=6.4189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1027,0,1207
|
|
1 67535519 rs2815339 C T 872.30 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.726;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.939;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.419;SB=-515.061;SBQD=1.536;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0437;VQSLOD=5.7802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:902,0,778
|
|
1 67557966 rs6672194 G T 777.41 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.913;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=11.27;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-372.404;SBQD=1.286;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3089;VQSLOD=5.3944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:807,0,1380
|
|
1 67561265 rs2145812 T A 841.28 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=11.68;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-448.222;SBQD=-1.766;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.6209;VQSLOD=4.9616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:871,0,1003
|
|
1 67607283 rs1884443 T A 2424.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=2.6660;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.21;SB=-1366.088;SBQD=2.436;SBpi=-0.0585;SBpiQual=0.1452;VQSLOD=3.3366 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2458,196,0
|
|
1 67631706 rs6683455 C T 3016.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.79;SB=-1584.246;SBQD=-0.277;SBpi=0.1104;SBpiQual=0.0904;VQSLOD=6.9472 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3050,235,0
|
|
1 67633812 rs1884444 G T 2964.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1299.134;SBQD=0.987;SBpi=0.8729;SBpiQual=0.9719;VQSLOD=8.6042 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2997,235,0
|
|
1 67646463 rs7534674 T G 518.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.35;MQ0=18;QD=11.28;SB=-240.957;SBQD=19.339;SBpi=-1.4744;SBpiQual=-1.7376;VQSLOD=3.8392 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:57.02:552,57,0
|
|
1 67654110 rs1321157 A G 2372.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.72;MQ0=0;QD=28.94;SB=-1105.246;SBQD=0.235;SBpi=-1.2147;SBpiQual=-1.1676;VQSLOD=6.0671 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2406,196,0
|
|
1 67659896 rs4655690 G A 1962.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9157;MQ=59.25;MQ0=0;QD=31.66;SB=-818.527;SBQD=-6.808;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-0.8737;VQSLOD=5.6135 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1996,165,0
|
|
1 67667291 rs11209018 G A 1112.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.815;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.437;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.536;SB=-632.699;SBQD=-5.959;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.1489;VQSLOD=6.2208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1143,0,926
|
|
1 67669613 . A G 775.70 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.485;DP=57;Dels=0.00;FS=2.396;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.220;SB=-293.164;SBQD=-6.840;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.1582;VQSLOD=3.9175 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:806,0,627
|
|
1 67691772 rs7543633 A G 767.55 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.038;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.133;HRun=2;HaplotypeScore=4.8340;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.074;SB=-372.942;SBQD=-5.324;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.4531;VQSLOD=2.3095 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:798,0,930
|
|
1 67706550 rs6588251 T C 1773.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.08;SB=-824.794;SBQD=4.941;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.9552;VQSLOD=6.5374 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1807,153,0
|
|
1 67719911 rs1008193 C G 526.11 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9553;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.645;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-277.087;SBQD=1.158;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.4893;VQSLOD=4.4481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:556,0,687
|
|
1 67738322 rs1857292 T A 2051.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=31.56;SB=-1203.970;SBQD=-0.175;SBpi=-0.0620;SBpiQual=-0.0521;VQSLOD=7.2455 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2085,163,0
|
|
1 67745530 . C T 481.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DP=48;Dels=0.00;FS=1.157;HRun=0;HaplotypeScore=1.6609;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.670;SB=-280.566;SBQD=1.330;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6924;VQSLOD=3.9102 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:512,0,421
|
|
1 67745620 . C T 912.44 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.597;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5775;MQ=47.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.848;QD=15.47;ReadPosRankSum=1.603;SB=-400.308;SBQD=4.546;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.6703;VQSLOD=2.5685 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:942,0,580
|
|
1 67793171 rs10489626 C G 889.08 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.959;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.447;HRun=1;HaplotypeScore=1.8737;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.722;QD=13.47;ReadPosRankSum=-2.480;SB=-421.584;SBQD=3.850;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4495;VQSLOD=4.1644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:919,0,969
|
|
1 67798445 . T C 1049.31 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=74;Dels=0.00;FS=3.145;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.487;QD=14.18;ReadPosRankSum=-1.876;SB=-563.683;SBQD=-3.362;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1189;VQSLOD=2.6933 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1079,0,1247
|
|
1 67818577 rs6672670 C T 893.61 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.071;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.966;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-397.117;SBQD=-1.259;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5343;VQSLOD=4.7614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:924,0,1104
|
|
1 67822087 rs10749775 C A 975.09 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.327;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.899;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.321;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.653;SB=-472.017;SBQD=-1.804;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.5459;VQSLOD=3.8290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1005,0,986
|
|
1 67914487 rs1954118 T A 1278.97 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.577;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.111;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=17.52;ReadPosRankSum=1.111;SB=-529.464;SBQD=5.454;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.5679;VQSLOD=5.2042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1309,0,1098
|
|
1 67933748 rs2096016 T C 836.05 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.573;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.199;HRun=2;HaplotypeScore=2.4097;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.368;SB=-369.652;SBQD=-1.942;SBpi=-1.2010;SBpiQual=-0.8493;VQSLOD=3.5077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:866,0,543
|
|
1 67934430 rs4256786 G A 1183.34 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.349;HRun=0;HaplotypeScore=2.7166;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=16.90;ReadPosRankSum=-2.285;SB=-667.443;SBQD=1.689;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.1170;VQSLOD=3.6133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,44:70:99:1213,0,750
|
|
1 67943621 rs6667377 T C 1871.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.16;MQ0=0;QD=30.68;SB=-704.415;SBQD=1.581;SBpi=1.0883;SBpiQual=1.2369;VQSLOD=6.0055 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1905,168,0
|
|
1 67944451 rs1417333 T C 2793.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=34.49;SB=-1384.206;SBQD=0.682;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.4442;VQSLOD=8.2530 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2826,226,0
|
|
1 67972874 rs12071219 G A 1005.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.10;MQ0=0;QD=24.53;SB=-450.105;SBQD=0.259;SBpi=-1.3275;SBpiQual=-1.3277;VQSLOD=4.3416 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84.24:1039,84,0
|
|
1 68015579 rs12738752 G A 581.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.16;MQ0=41;QD=6.76;SB=-168.460;SBQD=-7.699;SBpi=-1.3908;SBpiQual=-1.5521;VQSLOD=3.5949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,57:86:62.95:614,63,0
|
|
1 68021573 rs6588277 G C 1177.72 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.813;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.084;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=16.82;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-511.793;SBQD=5.141;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5454;VQSLOD=4.4991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:1208,0,773
|
|
1 68023861 rs6682765 T C 2454.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.63;SB=-883.859;SBQD=0.583;SBpi=1.4630;SBpiQual=1.5255;VQSLOD=6.8231 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2488,199,0
|
|
1 68025638 rs4655733 T C 957.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.912;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.466;SB=-505.052;SBQD=1.969;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2120;VQSLOD=6.4728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:988,0,995
|
|
1 68043325 rs787529 A G 2555.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1095.395;SBQD=0.859;SBpi=0.7714;SBpiQual=0.8685;VQSLOD=8.7011 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2589,205,0
|
|
1 68046309 rs787533 C T 1115.47 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.315;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.859;HRun=0;HaplotypeScore=1.8110;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.168;SB=-620.930;SBQD=-2.750;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.2279;VQSLOD=6.0868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1145,0,692
|
|
1 68068710 rs55823512 C A 1657.94 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=4.313;HRun=4;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=19.06;ReadPosRankSum=1.535;SB=-786.664;SBQD=2.834;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.5484;VQSLOD=4.4162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,54:87:99:1688,0,1000
|
|
1 68116409 rs344919 A G 2211.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7256;MQ=59.66;MQ0=0;QD=33.00;SB=-1102.529;SBQD=-0.195;SBpi=0.3054;SBpiQual=0.2991;VQSLOD=5.9301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2244,184,0
|
|
1 68118659 rs4233319 G A 2480.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.64;SB=-1338.563;SBQD=3.105;SBpi=-0.4588;SBpiQual=-0.2628;VQSLOD=6.1082 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2513,199,0
|
|
1 68143062 rs10889710 T A 975.31 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=2.894;HRun=3;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.895;SB=-538.128;SBQD=0.260;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.4364;VQSLOD=3.9316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:1005,0,1521
|
|
1 68164108 rs12065976 G A 1208.71 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.027;HRun=2;HaplotypeScore=1.4450;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=15.30;ReadPosRankSum=-1.999;SB=-662.709;SBQD=3.969;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.2173;VQSLOD=4.1268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1239,0,931
|
|
1 68198152 rs3766265 G A 860.64 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.888;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.136;HRun=0;HaplotypeScore=1.6671;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=13.66;ReadPosRankSum=1.466;SB=-316.261;SBQD=6.515;SBpi=0.9129;SBpiQual=1.0042;VQSLOD=5.2876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:891,0,1086
|
|
1 68223227 rs12121525 G A 1161.99 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.430;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.799;HRun=1;HaplotypeScore=1.7883;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-552.497;SBQD=2.014;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4674;VQSLOD=4.7164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1192,0,1171
|
|
1 68250254 rs2490306 A C 822.85 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.303;SB=-227.729;SBQD=2.078;SBpi=1.1767;SBpiQual=1.2863;VQSLOD=4.6629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:853,0,918
|
|
1 68258029 rs1276298 A G 2882.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1442.411;SBQD=1.325;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2819;VQSLOD=8.0370 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2915,235,0
|
|
1 68274218 rs2265922 A G 2256.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7374;MQ=59.10;MQ0=0;QD=31.34;SB=-1004.903;SBQD=-4.797;SBpi=1.0607;SBpiQual=0.6600;VQSLOD=4.9530 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2289,205,0
|
|
1 68296540 . C A 1365.31 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.584;DP=81;Dels=0.00;FS=0.849;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-657.164;SBQD=-1.372;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.3244;VQSLOD=5.3261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:1395,0,1069
|
|
1 68314966 . A C 312.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=69;Dels=0.00;FS=3.441;HRun=4;HaplotypeScore=2.5767;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.776;SB=-204.709;SBQD=-5.840;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.9048;VQSLOD=1.0015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:343,0,983
|
|
1 68347436 rs11209169 C T 3005.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.35;SB=-1445.745;SBQD=-2.247;SBpi=-0.3796;SBpiQual=-0.5510;VQSLOD=8.1357 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3038,238,0
|
|
1 68374329 rs6684938 G A 2151.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;QD=33.62;SB=-881.588;SBQD=0.870;SBpi=1.1250;SBpiQual=1.2427;VQSLOD=6.9367 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2185,169,0
|
|
1 68395693 rs12048962 A G 553.88 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.692;HRun=0;HaplotypeScore=34.9164;MQ=41.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.867;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.845;SB=-143.603;SBQD=8.488;SBpi=1.5119;SBpiQual=1.6921;VQSLOD=-33.2400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:584,0,601
|
|
1 68479877 rs56371014 G A 2478.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.65;MQ0=0;QD=34.43;SB=-1187.891;SBQD=1.826;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.6315;VQSLOD=8.2316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2512,196,0
|
|
1 68489601 . T C 1086 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.847;DP=66;Dels=0.00;FS=8.660;HRun=0;HaplotypeScore=3.6456;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.139;SB=-477.020;SBQD=5.780;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4255;VQSLOD=2.7218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:1116,0,867
|
|
1 68553585 rs269337 A G 1063.94 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.706;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.704;SB=-319.471;SBQD=1.428;SBpi=1.2005;SBpiQual=1.3155;VQSLOD=4.0997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:1094,0,858
|
|
1 68555018 rs269338 G T 679.90 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=11.120;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.019;SB=-214.098;SBQD=9.089;SBpi=0.9449;SBpiQual=0.9384;VQSLOD=3.7599 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:710,0,1285
|
|
1 68575112 rs12732515 G A 3047.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=37.16;SB=-1491.993;SBQD=0.281;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.3719;VQSLOD=8.6338 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3080,235,0
|
|
1 68579477 rs2033349 G A 2137.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=34.47;ReadPosRankSum=0.726;SB=-1162.668;SBQD=-1.056;SBpi=0.0640;SBpiQual=0.0745;VQSLOD=6.7975 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:2170,169,0
|
|
1 68580382 . A G 601.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.211;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7287;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.628;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.237;SB=-251.423;SBQD=-3.173;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.8817;VQSLOD=4.3413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:631,0,679
|
|
1 68584448 rs1835460 A G 907.36 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.037;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=4.518;HRun=0;HaplotypeScore=2.3149;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=16.80;ReadPosRankSum=-0.317;SB=-338.374;SBQD=-3.522;SBpi=0.9574;SBpiQual=0.9243;VQSLOD=3.4696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:937,0,566
|
|
1 68591173 rs1046835 A G 911.79 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.377;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=13.82;ReadPosRankSum=1.041;SB=-365.168;SBQD=-0.503;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.9467;VQSLOD=4.8576 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:942,0,1072
|
|
1 68625843 rs17482217 G A 1303.42 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.325;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.006;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=16.29;ReadPosRankSum=1.265;SB=-534.743;SBQD=3.397;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6027;VQSLOD=5.2898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1333,0,1167
|
|
1 68638030 rs2820497 G A 2276.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.37;MQ0=0;QD=32.52;SB=-769.594;SBQD=1.832;SBpi=1.6733;SBpiQual=1.7374;VQSLOD=6.2647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:2309,184,0
|
|
1 68658961 rs2820500 T C 659.54 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.258;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.272;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.304;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-245.932;SBQD=3.477;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.7086;VQSLOD=5.9724 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:690,0,1112
|
|
1 68679270 rs2566775 G A 1602.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.33;MQ0=0;QD=31.41;SB=-786.544;SBQD=-1.824;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.6055;VQSLOD=7.9513 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1635,129,0
|
|
1 68758718 rs6661195 A G 1103.17 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.325;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=7.987;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-437.571;SBQD=-7.239;SBpi=-1.0151;SBpiQual=-1.1100;VQSLOD=5.1829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:1133,0,1049
|
|
1 68802700 rs9803706 T C 379.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=6.405;HRun=1;HaplotypeScore=13.7862;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-296.154;SBQD=-4.366;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.5910;VQSLOD=-1.6077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:410,0,942
|
|
1 68804995 rs6668718 T C 1644.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=55.02;MQ0=0;QD=26.53;SB=-911.676;SBQD=9.597;SBpi=-0.3810;SBpiQual=0.2196;VQSLOD=4.1179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1678,147,0
|
|
1 68808894 rs6588318 A G 1030.39 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=0;HaplotypeScore=3.7065;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-451.274;SBQD=1.949;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6843;VQSLOD=3.6649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1060,0,1131
|
|
1 68846246 rs3125918 A G 1984.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.64;MQ0=0;QD=28.76;SB=-1087.292;SBQD=-2.362;SBpi=-0.4214;SBpiQual=-0.5617;VQSLOD=4.6925 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2018,165,0
|
|
1 68854361 rs3125920 C T 81.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=8.418;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.32;MQ0=2;MQRankSum=0.066;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.350;SB=-4.666;SBQD=-7.947;SBpi=-0.6455;SBpiQual=-0.5762;VQSLOD=1.3888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:112,0,368
|
|
1 68857083 . A T 268.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.004;DP=49;Dels=0.00;FS=2.780;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.27;MQ0=19;MQRankSum=0.251;QD=5.49;ReadPosRankSum=2.386;SB=-35.374;SBQD=-10.731;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.6767;VQSLOD=0.5598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:299,0,140
|
|
1 68872987 rs11209291 C T 1056.20 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.290;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.105;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=14.47;ReadPosRankSum=-2.239;SB=-570.507;SBQD=4.766;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2709;VQSLOD=4.5636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1086,0,919
|
|
1 68873428 . G A 1257.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.615;DP=80;Dels=0.00;FS=4.580;HRun=1;HaplotypeScore=1.9976;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.843;QD=15.72;ReadPosRankSum=-0.791;SB=-419.287;SBQD=-2.883;SBpi=-1.2962;SBpiQual=-1.4021;VQSLOD=0.8153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1288,0,1010
|
|
1 68885434 rs3118410 A G 1434.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=27.07;SB=-654.344;SBQD=-6.896;SBpi=1.1676;SBpiQual=0.5646;VQSLOD=4.6695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1468,138,0
|
|
1 68899386 rs3125891 A G 1048.40 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.938;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=15.42;ReadPosRankSum=2.000;SB=-520.825;SBQD=0.137;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.1486;VQSLOD=5.0359 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1078,0,999
|
|
1 68901855 rs3125897 G A 2559.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.53;MQ0=0;QD=33.68;SB=-1234.944;SBQD=-2.118;SBpi=-0.4588;SBpiQual=-0.4919;VQSLOD=7.9582 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2593,205,0
|
|
1 68938047 rs28712420 A T 117.10 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.566;DB;DP=82;Dels=0.02;FS=52.689;HRun=10;HaplotypeScore=23.7777;MQ=45.41;MQ0=0;MQRankSum=-3.938;QD=1.39;ReadPosRankSum=-2.780;SB=57.988;SBQD=11.106;SBpi=1.1000;SBpiQual=1.0676;VQSLOD=-66.6130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,25:82:99:147,0,989
|
|
1 68944792 rs3762282 C G 1404.33 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.821;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=17.13;ReadPosRankSum=-1.556;SB=-654.767;SBQD=2.695;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.3538;VQSLOD=6.0135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1434,0,1038
|
|
1 68950394 rs10493447 A G 894.20 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.919;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.883;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.549;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.207;SB=-438.888;SBQD=1.771;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.0174;VQSLOD=4.3380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:924,0,1106
|
|
1 68950905 rs3790481 C A 810.92 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.469;HRun=0;HaplotypeScore=2.4820;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=13.29;ReadPosRankSum=-1.837;SB=-511.723;SBQD=-3.557;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.0831;VQSLOD=4.3339 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:841,0,805
|
|
1 68962261 . C T 954.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.804;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-497.007;SBQD=0.191;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.0925;VQSLOD=4.8211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:984,0,1044
|
|
1 68970402 . T A 979.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;DP=80;Dels=0.00;FS=4.241;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-655.180;SBQD=-3.751;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0946;VQSLOD=2.9196 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1010,0,1299
|
|
1 69001405 . G A 1130.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=77;Dels=0.00;FS=7.721;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-406.843;SBQD=6.177;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.9026;VQSLOD=4.0824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1161,0,1144
|
|
1 69022532 rs11209321 A T 1151.37 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.557;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=1;MQRankSum=-0.130;QD=14.95;ReadPosRankSum=-1.160;SB=-278.985;SBQD=6.345;SBpi=1.7393;SBpiQual=1.8995;VQSLOD=4.0877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1181,0,1179
|
|
1 69063807 rs7535472 G T 1396.33 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.669;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=4.223;HRun=3;HaplotypeScore=0.9989;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.305;SB=-494.930;SBQD=4.302;SBpi=1.3571;SBpiQual=1.4543;VQSLOD=4.6914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:1426,0,1299
|
|
1 69109107 rs7545896 A G 495.13 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.308;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.816;SB=-283.776;SBQD=-2.444;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.0036;VQSLOD=4.6105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:525,0,793
|
|
1 69109451 rs2473787 C A 816.42 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.539;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.983;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.995;SB=-387.406;SBQD=-1.419;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2618;VQSLOD=5.7604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:846,0,925
|
|
1 69121046 rs12096099 A G 1204.62 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=9.004;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.510;SB=-415.876;SBQD=-7.695;SBpi=-1.0151;SBpiQual=-1.1126;VQSLOD=4.2056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1235,0,1424
|
|
1 69140200 . C T 1344.01 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.437;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=20.36;ReadPosRankSum=0.062;SB=-577.501;SBQD=2.205;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.6227;VQSLOD=2.5618 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,42:66:99:1374,0,640
|
|
1 69146910 rs9436845 C T 679.79 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.774;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.842;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.166;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.796;SB=-205.603;SBQD=-6.074;SBpi=-1.1000;SBpiQual=-1.2118;VQSLOD=5.5951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:710,0,1040
|
|
1 69147626 rs862795 C G 1065.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.03;MQ0=7;QD=16.39;SB=-266.214;SBQD=-20.898;SBpi=0.1861;SBpiQual=0.0419;VQSLOD=5.4174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1099,99,0
|
|
1 69158190 rs854285 T G 1356.99 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.810;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=15.42;ReadPosRankSum=0.259;SB=-581.348;SBQD=-0.944;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.5363;VQSLOD=6.4701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:1387,0,1387
|
|
1 69171631 rs1826355 G A 707.88 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.210;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.121;HRun=4;HaplotypeScore=1.6649;MQ=61.53;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-343.798;SBQD=-3.175;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3734;VQSLOD=4.2432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:738,0,737
|
|
1 69182219 rs6684272 A G 1597.57 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.202;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.725;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=17.36;ReadPosRankSum=-1.659;SB=-806.485;SBQD=2.537;SBpi=-0.0700;SBpiQual=-0.0772;VQSLOD=4.8831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:1628,0,1240
|
|
1 69193295 rs995841 C T 1321.07 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.508;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.563;SB=-700.279;SBQD=2.847;SBpi=-0.3647;SBpiQual=-0.1094;VQSLOD=5.5491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:1351,0,1298
|
|
1 69205748 . G T 366.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.522;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.89;MQ0=3;MQRankSum=-0.223;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-213.741;SBQD=6.926;SBpi=-0.1000;SBpiQual=0.1014;VQSLOD=3.0863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:397,0,416
|
|
1 69220325 rs28540757 C T 845.80 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.201;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.414;HRun=0;HaplotypeScore=1.9298;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.539;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.400;SB=-371.819;SBQD=-3.641;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.4845;VQSLOD=3.1837 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:876,0,1028
|
|
1 69223688 rs854259 A C 1330.39 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.092;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.710;SB=-684.267;SBQD=-0.709;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.4384;VQSLOD=5.3366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:1360,0,1671
|
|
1 69251401 rs5004360 T C 202.93 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.085;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.4105;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-103.747;SBQD=-1.302;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.2722;VQSLOD=1.9875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,10:37:99:233,0,751
|
|
1 69291188 rs1817820 C T 2326.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.10;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1148.623;SBQD=-1.799;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.4433;VQSLOD=6.9017 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2360,184,0
|
|
1 69309391 rs57887245 T C 1081.96 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.585;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=17.74;ReadPosRankSum=1.743;SB=-525.683;SBQD=3.431;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3362;VQSLOD=5.5352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:1112,0,810
|
|
1 69316227 rs1352894 C T 2902.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.28;SB=-1403.648;SBQD=-0.592;SBpi=-0.3354;SBpiQual=-0.4446;VQSLOD=8.8545 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2935,229,0
|
|
1 69318171 rs1844944 C G 2328.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7074;MQ=58.82;MQ0=0;QD=28.39;SB=-1472.654;SBQD=-0.201;SBpi=0.2209;SBpiQual=0.2278;VQSLOD=4.5517 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2361,190,0
|
|
1 69328566 rs10789274 T C 2323.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.72;SB=-1205.466;SBQD=5.512;SBpi=-0.4154;SBpiQual=0.0373;VQSLOD=8.0701 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2356,205,0
|
|
1 69336277 rs28759443 C T 972.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.009;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=8.156;HRun=0;HaplotypeScore=2.9669;MQ=52.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.686;QD=13.70;ReadPosRankSum=1.052;SB=-546.837;SBQD=-4.191;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0026;VQSLOD=0.9005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:1003,0,788
|
|
1 69343618 . C T 534.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.37;MQ0=23;QD=11.88;SB=-66.874;SBQD=19.704;SBpi=1.4924;SBpiQual=1.6471;VQSLOD=0.5127 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,22:45:51.14:567,51,0
|
|
1 69343690 . G T 1324.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.22;MQ0=9;QD=19.77;SB=-322.805;SBQD=16.188;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.5299;VQSLOD=2.9704 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:1357,123,0
|
|
1 69359690 . A C 1963.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.38;MQ0=4;QD=27.26;SB=-995.314;SBQD=-11.512;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.5446;VQSLOD=4.3794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1996,168,0
|
|
1 69361377 . G A 2251.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=45.89;MQ0=2;QD=30.42;SB=-936.508;SBQD=-7.945;SBpi=-0.3487;SBpiQual=-0.3529;VQSLOD=5.3241 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2284,187,0
|
|
1 69366902 . G A 2575.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.79;SB=-1202.450;SBQD=1.195;SBpi=0.3586;SBpiQual=0.4676;VQSLOD=6.1792 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2609,205,0
|
|
1 69403245 rs11801267 A G 2095.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=34.36;SB=-887.479;SBQD=1.620;SBpi=-0.9603;SBpiQual=-0.8418;VQSLOD=8.0199 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2129,172,0
|
|
1 69412716 rs6658121 C T 2698.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.98;SB=-1329.829;SBQD=-0.061;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.4185;VQSLOD=8.2530 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2732,211,0
|
|
1 69427276 rs10789276 C A 2403.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=31.63;SB=-1086.728;SBQD=1.034;SBpi=1.0324;SBpiQual=1.1806;VQSLOD=6.8888 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2437,193,0
|
|
1 69429179 rs11209372 C T 2437.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.70;MQ0=0;QD=33.86;SB=-962.174;SBQD=-2.854;SBpi=1.2964;SBpiQual=1.4365;VQSLOD=7.5155 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2471,208,0
|
|
1 69432745 . C T 120.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.46;MQ0=0;QD=1.30;SB=-1633.065;SBQD=-0.092;SBpi=0.4666;SBpiQual=0.4914;VQSLOD=-0.7689 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:17.96:154,18,0
|
|
1 69456948 . G A 3525.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.87;MQ0=0;QD=37.11;SB=-1338.447;SBQD=2.014;SBpi=1.1799;SBpiQual=1.3744;VQSLOD=7.4116 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3525,280,0
|
|
1 69482704 rs7524839 T G 3004.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=34.54;SB=-1504.698;SBQD=0.259;SBpi=-0.3752;SBpiQual=-0.3534;VQSLOD=9.0866 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3038,238,0
|
|
1 69527519 rs11209381 C T 1161.39 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.648;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.915;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=16.36;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-676.542;SBQD=-2.057;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0695;VQSLOD=4.6866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1191,0,940
|
|
1 69550796 rs2661460 A G 2443.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;QD=35.42;SB=-1032.731;SBQD=1.436;SBpi=0.7825;SBpiQual=0.9450;VQSLOD=8.3015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2477,196,0
|
|
1 69562918 rs2494929 A G 2369.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.57;MQ0=2;QD=30.00;SB=-1178.560;SBQD=-0.125;SBpi=-0.2813;SBpiQual=-0.1090;VQSLOD=6.1876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2403,202,0
|
|
1 69563415 rs1281560 A G 2470.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.67;MQ0=0;QD=32.94;SB=-1149.651;SBQD=-5.454;SBpi=-0.0577;SBpiQual=-0.4791;VQSLOD=8.2872 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2503,217,0
|
|
1 69604155 . G A 953.53 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DP=60;Dels=0.00;FS=2.120;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-485.596;SBQD=1.744;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1798;VQSLOD=4.5055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:984,0,898
|
|
1 69690618 rs2245318 G A 3152.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=37.09;SB=-1615.293;SBQD=1.530;SBpi=-0.0542;SBpiQual=0.0569;VQSLOD=9.0713 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3186,247,0
|
|
1 69697096 rs2248764 A G 2517.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6988;MQ=59.76;MQ0=0;QD=32.27;SB=-1419.610;SBQD=2.353;SBpi=-0.1132;SBpiQual=-0.0320;VQSLOD=6.0172 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2550,202,0
|
|
1 69701433 rs2249229 T C 2937.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.38;SB=-1513.065;SBQD=6.221;SBpi=-0.3198;SBpiQual=0.2424;VQSLOD=8.1291 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2971,256,0
|
|
1 69704080 rs2245504 G T 1991.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.09;MQ0=0;QD=36.20;SB=-571.166;SBQD=0.564;SBpi=1.6855;SBpiQual=1.8021;VQSLOD=8.0169 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2024,160,0
|
|
1 69715675 rs2249504 A T 2205.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9152;MQ=59.07;MQ0=0;QD=33.93;SB=-1053.115;SBQD=1.463;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.6809;VQSLOD=5.2437 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2238,175,0
|
|
1 69795594 rs12057519 G T 985.71 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.800;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=7.958;HRun=3;HaplotypeScore=1.6642;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-504.266;SBQD=-7.016;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2706;VQSLOD=5.0566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:1016,0,1229
|
|
1 69799404 rs1599241 G A 1015.75 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.986;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=8.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.719;SB=-427.007;SBQD=-6.472;SBpi=-1.2671;SBpiQual=-1.3486;VQSLOD=4.3042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1046,0,1439
|
|
1 69806257 rs2612249 G A 896.19 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.474;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.021;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.116;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-467.547;SBQD=4.690;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.5109;VQSLOD=5.0860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:926,0,757
|
|
1 69806267 rs2612248 A G 1629.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=29.10;SB=-888.766;SBQD=-5.675;SBpi=0.1336;SBpiQual=-0.2590;VQSLOD=6.8631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1663,147,0
|
|
1 69809836 rs2926572 T C 1225.59 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.573;SB=-640.774;SBQD=0.192;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.1109;VQSLOD=5.6436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:1256,0,1392
|
|
1 69824142 rs12076532 G A 889.74 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.177;HRun=2;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=12.36;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-405.186;SBQD=-3.788;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.6654;VQSLOD=4.5126 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:920,0,1223
|
|
1 69838821 rs288937 T C 826.81 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.548;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.521;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=11.17;ReadPosRankSum=1.079;SB=-244.735;SBQD=-4.505;SBpi=-1.3720;SBpiQual=-1.1361;VQSLOD=4.5229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:857,0,1315
|
|
1 69841503 rs288932 A C 1145.58 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.927;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-495.193;SBQD=-1.916;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.5064;VQSLOD=5.6345 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1176,0,997
|
|
1 69842636 rs567574 A C 1071.83 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.034;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-560.674;SBQD=2.988;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1841;VQSLOD=5.5224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:1102,0,1332
|
|
1 69843809 rs535581 T C 907.03 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.325;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.908;HRun=0;HaplotypeScore=1.9662;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.075;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.571;SB=-441.088;SBQD=3.356;SBpi=-0.0870;SBpiQual=0.1470;VQSLOD=5.0218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:937,0,1161
|
|
1 69847537 rs483738 C T 1178.82 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.080;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=16.60;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-565.127;SBQD=0.439;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2786;VQSLOD=4.7724 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1209,0,948
|
|
1 69860033 rs1796633 T G 1116.55 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.653;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.992;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-549.999;SBQD=-3.059;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2273;VQSLOD=5.9146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1147,0,1354
|
|
1 69860772 . C A 722.83 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;DP=48;Dels=0.00;FS=19.646;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.707;SB=-387.735;SBQD=13.458;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3019;VQSLOD=4.6284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:753,0,528
|
|
1 69869482 . A T 1002.94 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=78;Dels=0.00;FS=13.953;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=12.86;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-422.080;SBQD=8.757;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.7765;VQSLOD=3.6622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1033,0,1209
|
|
1 69871685 rs4649998 C G 1174.19 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=6.744;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=18.06;ReadPosRankSum=-0.832;SB=-626.810;SBQD=5.811;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0275;VQSLOD=5.6013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:1204,0,772
|
|
1 69888760 rs1926260 C A 2290.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5968;MQ=59.64;MQ0=0;QD=35.79;SB=-996.671;SBQD=0.248;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.7972;VQSLOD=5.8906 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2324,184,0
|
|
1 69904379 rs4650278 G A 2292.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.74;MQ0=0;QD=31.84;SB=-1023.570;SBQD=-0.797;SBpi=-0.8250;SBpiQual=-0.8334;VQSLOD=7.4587 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:2325,193,0
|
|
1 69904826 rs4650001 C A 2504.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.83;SB=-967.753;SBQD=0.482;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.1754;VQSLOD=7.5468 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2537,199,0
|
|
1 69914861 rs6424486 A G 953.93 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.934;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.817;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.053;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.886;SB=-539.075;SBQD=-1.167;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.0504;VQSLOD=5.3213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:984,0,1399
|
|
1 69923590 . G A 3112.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=35.77;SB=-1423.303;SBQD=-0.632;SBpi=0.6969;SBpiQual=0.7591;VQSLOD=5.8739 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3145,247,0
|
|
1 69927722 rs11209465 A G 1924.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.40;MQ0=0;QD=33.76;SB=-825.148;SBQD=-1.550;SBpi=0.8609;SBpiQual=0.8326;VQSLOD=8.0295 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1957,159,0
|
|
1 69934056 rs3928272 A G 2698.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.15;SB=-1392.875;SBQD=1.365;SBpi=0.1688;SBpiQual=0.2702;VQSLOD=8.6734 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2731,217,0
|
|
1 69953513 rs7415643 A T 2969.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.33;MQ0=0;QD=37.59;SB=-1514.468;SBQD=0.308;SBpi=-0.0563;SBpiQual=-0.0535;VQSLOD=8.8823 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3003,235,0
|
|
1 69969077 rs10489547 T G 1107.56 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.642;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.860;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-643.677;SBQD=1.834;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.4442;VQSLOD=5.3858 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:1138,0,941
|
|
1 69972904 rs17395543 C T 1191.39 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.539;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.235;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=19.86;ReadPosRankSum=0.304;SB=-549.458;SBQD=2.422;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3510;VQSLOD=5.1767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:1221,0,664
|
|
1 69975820 rs10789297 T C 670.02 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.363;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.253;SB=-285.967;SBQD=-5.502;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.4991;VQSLOD=5.1458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:77:99:700,0,1571
|
|
1 70002788 rs12069630 A G 898.46 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.218;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.104;HRun=1;HaplotypeScore=1.9301;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.114;SB=-450.386;SBQD=-0.047;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.3832;VQSLOD=4.9499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:66:99:928,0,866
|
|
1 70013887 rs7555398 G A 2301.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.84;SB=-1079.651;SBQD=-0.063;SBpi=-0.7276;SBpiQual=-0.7593;VQSLOD=8.3437 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2334,184,0
|
|
1 70026674 rs7531804 T G 2804.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1488.932;SBQD=1.312;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1290;VQSLOD=8.1454 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2838,226,0
|
|
1 70031397 rs7540187 C T 926.03 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.144;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.448;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-443.953;SBQD=-4.942;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2884;VQSLOD=6.0255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:956,0,1394
|
|
1 70043512 rs1245066 C G 1440.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.64;MQ0=6;QD=22.86;SB=-704.741;SBQD=2.956;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.2804;VQSLOD=3.4058 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1473,147,0
|
|
1 70099418 rs1245042 A G 2480.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=31.80;SB=-1154.492;SBQD=1.006;SBpi=-1.0190;SBpiQual=-0.9808;VQSLOD=7.0338 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2513,202,0
|
|
1 70135472 rs227101 G T 1304.88 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.750;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=8.812;HRun=2;HaplotypeScore=2.8107;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.923;QD=15.00;ReadPosRankSum=0.998;SB=-659.608;SBQD=-7.131;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.1464;VQSLOD=3.5517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:1335,0,1386
|
|
1 70151123 rs1417438 A G 1003.42 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.182;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.283;QD=13.94;ReadPosRankSum=0.198;SB=-502.693;SBQD=-2.359;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.4220;VQSLOD=5.9038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1033,0,967
|
|
1 70154915 rs12029074 G A 937.55 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.793;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=15.63;ReadPosRankSum=1.923;SB=-389.003;SBQD=-2.020;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.7350;VQSLOD=4.3959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:968,0,761
|
|
1 70174032 . C A 758.31 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DP=61;Dels=0.00;FS=2.191;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.080;SB=-396.373;SBQD=3.152;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.1162;VQSLOD=5.9001 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:788,0,1036
|
|
1 70200258 rs12565200 C G 907.11 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.295;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.011;QD=12.78;ReadPosRankSum=2.255;SB=-477.617;SBQD=4.182;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0561;VQSLOD=3.6155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:937,0,1242
|
|
1 70202937 rs969051 C T 691.97 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.059;HRun=1;HaplotypeScore=3.5283;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=2.017;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.345;SB=-329.453;SBQD=0.839;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5030;VQSLOD=4.3409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:722,0,964
|
|
1 70207079 rs10889850 T G 1038.48 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.894;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.257;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.663;SB=-521.972;SBQD=-2.421;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3190;VQSLOD=5.6276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1068,0,1269
|
|
1 70252363 rs7533540 T C 1367.66 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.364;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=14.693;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=18.00;ReadPosRankSum=0.260;SB=-617.897;SBQD=-9.632;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.5043;VQSLOD=5.6897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:1398,0,936
|
|
1 70258866 rs1361494 A T 733.46 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.327;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-290.143;SBQD=-5.742;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8099;VQSLOD=5.2053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:763,0,1532
|
|
1 70296904 rs17131038 A G 1095.58 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.818;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.095;SB=-544.291;SBQD=0.946;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2442;VQSLOD=5.4627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:1126,0,1445
|
|
1 70347868 rs6661139 A T 1211.04 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9568;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.666;SB=-579.721;SBQD=0.831;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2472;VQSLOD=4.2768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1241,0,1354
|
|
1 70353770 rs7538313 T C 36.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=2.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.33;MQ0=2;MQRankSum=-1.493;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.924;SB=9.023;SBQD=4.016;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.1762;VQSLOD=-0.3773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,5:26:66.84:67,0,490
|
|
1 70353978 rs12740339 T G 649.64 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.210;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.273;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=48.76;MQ0=0;MQRankSum=-3.059;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.131;SB=-264.468;SBQD=5.042;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5742;VQSLOD=2.1006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:680,0,985
|
|
1 70357408 rs12029686 T C 999.86 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.325;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=5.518;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-573.043;SBQD=4.773;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3272;VQSLOD=5.3700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:1030,0,1663
|
|
1 70394425 rs2421315 T C 549.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.959;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.995;HRun=2;HaplotypeScore=4.0939;MQ=43.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.521;QD=9.47;ReadPosRankSum=-1.933;SB=-400.385;SBQD=-0.333;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0560;VQSLOD=-1.6841 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:579,0,818
|
|
1 70404540 rs1023008 A T 419.03 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.198;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.166;SB=3.003;SBQD=-15.940;SBpi=-1.9365;SBpiQual=-2.1016;VQSLOD=4.1157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:449,0,492
|
|
1 70429991 rs12074727 G A 1227.27 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=6.980;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-568.288;SBQD=-6.423;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.6137;VQSLOD=5.8222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:1257,0,1416
|
|
1 70433997 . C T 993.11 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.815;DP=76;Dels=0.00;FS=4.538;HRun=0;HaplotypeScore=2.8285;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=13.07;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-394.647;SBQD=-5.117;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.7322;VQSLOD=1.8181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:1023,0,1211
|
|
1 70491681 rs11209584 G T 1454.68 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=17.74;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-532.136;SBQD=-0.236;SBpi=1.0321;SBpiQual=1.0915;VQSLOD=5.3134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1485,0,1151
|
|
1 70492884 rs17097485 T G 1160.68 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.244;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6647;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.222;SB=-563.214;SBQD=0.883;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.4001;VQSLOD=5.1038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:1191,0,1330
|
|
1 70596961 rs17463887 G A 1165.41 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.691;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.046;HRun=2;HaplotypeScore=2.8057;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=14.94;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-635.397;SBQD=-3.407;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.1931;VQSLOD=3.4222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1195,0,1106
|
|
1 70720856 rs669402 A G 779.51 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.241;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.692;SB=-237.930;SBQD=5.595;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.2347;VQSLOD=4.9040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:810,0,553
|
|
1 70774334 . A C 558.18 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DP=43;Dels=0.00;FS=1.194;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.907;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-264.633;SBQD=0.208;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.4868;VQSLOD=3.9721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:588,0,711
|
|
1 70775415 rs5014466 A T 217.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.752;HRun=0;HaplotypeScore=5.9653;MQ=60.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.276;QD=6.04;ReadPosRankSum=3.632;SB=-53.302;SBQD=-11.116;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.8780;VQSLOD=-1.3061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:34.91:247,0,35
|
|
1 70783732 rs768433 T C 757.13 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.914;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.357;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-317.937;SBQD=-4.614;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7417;VQSLOD=6.2325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:787,0,1268
|
|
1 70795379 rs10749795 G T 2397.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5717;MQ=59.65;MQ0=0;QD=36.89;SB=-1120.088;SBQD=3.380;SBpi=0.1861;SBpiQual=0.4305;VQSLOD=8.2368 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2431,190,0
|
|
1 70803499 rs61678482 T G 885.78 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=9.714;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-155.237;SBQD=10.365;SBpi=1.7063;SBpiQual=1.8858;VQSLOD=3.9997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:916,0,1044
|
|
1 70847571 rs58199431 T C 996.58 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.681;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.8298;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=12.46;ReadPosRankSum=1.034;SB=-478.671;SBQD=2.211;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.3077;VQSLOD=2.7397 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1027,0,1210
|
|
1 70861495 rs12565460 C T 925.41 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.488;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.915;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=58.50;MQ0=1;MQRankSum=-0.049;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-519.163;SBQD=-0.482;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.5552;VQSLOD=5.7258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:955,0,827
|
|
1 70867521 rs17131276 A C 1271.78 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.667;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=9.170;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=15.51;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-494.515;SBQD=7.440;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.8235;VQSLOD=4.6456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1302,0,1242
|
|
1 70899149 . T C 3071.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=35.31;SB=-1533.397;SBQD=2.184;SBpi=-0.3752;SBpiQual=-0.1813;VQSLOD=8.7910 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3105,253,0
|
|
1 70924375 rs12038097 C A 1935.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.19;SB=-762.771;SBQD=-0.807;SBpi=-1.0113;SBpiQual=-1.0867;VQSLOD=8.8797 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1968,156,0
|
|
1 70930470 rs6702182 G A 2340.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.49;MQ0=0;QD=33.43;SB=-1301.412;SBQD=0.728;SBpi=0.1195;SBpiQual=0.1981;VQSLOD=7.7150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2373,184,0
|
|
1 70936374 rs12076023 T C 1451.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=54.96;MQ0=0;QD=22.68;SB=-1171.370;SBQD=0.894;SBpi=-0.1250;SBpiQual=-0.1824;VQSLOD=3.2321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1485,120,0
|
|
1 70939574 rs12125960 A G 3002.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=61.02;MQ0=0;QD=35.75;SB=-1198.058;SBQD=0.093;SBpi=-1.2002;SBpiQual=-1.2501;VQSLOD=7.8720 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3036,238,0
|
|
1 70952232 rs534041 G C 1531.91 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.633;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=4.269;HRun=0;HaplotypeScore=1.7675;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-534.996;SBQD=4.482;SBpi=1.3049;SBpiQual=1.3437;VQSLOD=4.1942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:1562,0,1148
|
|
1 70966453 rs655938 T C 1223.23 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=12.461;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=13.74;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-487.157;SBQD=-8.031;SBpi=-1.0321;SBpiQual=-1.0755;VQSLOD=5.5500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:1253,0,1373
|
|
1 70994590 rs61776709 A G 746.85 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.978;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.136;SB=-341.439;SBQD=0.256;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6488;VQSLOD=4.3736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:777,0,1106
|
|
1 71018810 rs4274013 C G 1380.85 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.391;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.718;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.497;SB=-708.885;SBQD=-1.600;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.0599;VQSLOD=5.2303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:1411,0,1396
|
|
1 71020004 rs12410598 C T 1343.03 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.764;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.816;SB=-696.280;SBQD=-1.121;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1066;VQSLOD=5.0557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1373,0,1107
|
|
1 71021214 rs17131347 G C 1505.39 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=2.672;HRun=0;HaplotypeScore=2.3039;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-721.925;SBQD=1.296;SBpi=-0.6068;SBpiQual=-0.7952;VQSLOD=4.9129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:101:99:1535,0,1381
|
|
1 71037642 rs11209640 G A 1416.24 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.851;HRun=1;HaplotypeScore=1.9731;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=16.47;ReadPosRankSum=0.069;SB=-691.975;SBQD=1.641;SBpi=-0.3647;SBpiQual=-0.4655;VQSLOD=5.1715 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:1446,0,1227
|
|
1 71059583 rs2992040 T C 2243.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.23;MQ0=0;QD=30.32;SB=-1140.424;SBQD=7.004;SBpi=-0.8137;SBpiQual=-0.2874;VQSLOD=7.2028 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2277,199,0
|
|
1 71077827 rs1413956 T C 2786.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.31;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1317.957;SBQD=0.315;SBpi=0.5063;SBpiQual=0.5465;VQSLOD=7.4764 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2820,223,0
|
|
1 71080610 rs61778669 G T 968.12 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.286;SB=-534.514;SBQD=-0.421;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2036;VQSLOD=5.6948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:998,0,1370
|
|
1 71090629 rs10047125 A C 2559.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.55;SB=-574.232;SBQD=7.300;SBpi=2.1213;SBpiQual=2.5712;VQSLOD=6.4301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2593,214,0
|
|
1 71113585 rs55640529 C T 562.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.04;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9313;MQ=33.63;MQ0=1;QD=21.62;SB=-21.669;SBQD=-27.011;SBpi=-2.3000;SBpiQual=-2.5096;VQSLOD=1.1778 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:48.11:595,48,0
|
|
1 71120621 . C T 1217.83 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.163;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=18.74;ReadPosRankSum=0.837;SB=-551.959;SBQD=-0.470;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4877;VQSLOD=3.6700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:1248,0,742
|
|
1 71120738 . A G 2884.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.81;MQ0=0;QD=32.05;SB=-1205.118;SBQD=0.349;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.2855;VQSLOD=5.1478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2917,241,0
|
|
1 71135524 rs17131392 A G 620.24 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=12.889;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=11.08;ReadPosRankSum=-1.841;SB=-215.402;SBQD=9.599;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.8277;VQSLOD=4.2821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:650,0,878
|
|
1 71175913 rs2484253 C T 2202.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=34.42;SB=-612.204;SBQD=6.091;SBpi=1.7500;SBpiQual=2.0893;VQSLOD=6.7582 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2236,175,0
|
|
1 71178427 rs2782797 G A 2970.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=31.27;SB=-1506.904;SBQD=1.816;SBpi=-0.8721;SBpiQual=-0.8132;VQSLOD=6.9863 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3003,235,0
|
|
1 71251652 rs2209747 G A 2996.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=37.46;SB=-1404.829;SBQD=-0.310;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.5074;VQSLOD=8.5406 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3030,235,0
|
|
1 71273237 rs2257658 C T 594.90 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.813;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=13.52;ReadPosRankSum=2.819;SB=-351.185;SBQD=5.906;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.5123;VQSLOD=5.1317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:625,0,256
|
|
1 71281400 . G C 182.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.724;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=5;MQRankSum=-5.131;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.216;SB=-110.910;SBQD=0.293;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3333;VQSLOD=-3.4350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:212,0,1190
|
|
1 71289609 rs6703622 C A 1324.42 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.685;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.431;SB=-668.824;SBQD=-0.516;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.2459;VQSLOD=5.9957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1354,0,1276
|
|
1 71297210 rs6676372 A G 1902.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.90;SB=-878.037;SBQD=1.122;SBpi=0.4808;SBpiQual=0.5735;VQSLOD=8.9516 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1936,150,0
|
|
1 71327362 rs7540868 G A 1003.12 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.247;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=11.679;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=12.70;ReadPosRankSum=1.037;SB=-398.675;SBQD=-8.347;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-0.9296;VQSLOD=5.5305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:1033,0,1332
|
|
1 71331498 rs1409986 A G 1281.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=29.13;SB=-653.950;SBQD=0.664;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.4565;VQSLOD=6.3588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1315,108,0
|
|
1 71358184 rs4998696 A G 1067.10 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.165;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-404.134;SBQD=3.320;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9008;VQSLOD=4.8499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1097,0,1211
|
|
1 71367193 rs942978 G A 1199.27 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.907;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=15.38;ReadPosRankSum=-1.305;SB=-728.965;SBQD=-2.350;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.1835;VQSLOD=4.5970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:1229,0,992
|
|
1 71368364 rs10889897 A G 1370.80 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.345;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.052;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=17.13;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-557.780;SBQD=-7.122;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.9422;VQSLOD=4.3298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:1401,0,973
|
|
1 71369262 rs17541500 C T 958.71 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.987;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.731;SB=-427.936;SBQD=-0.638;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.7279;VQSLOD=5.1628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:989,0,1255
|
|
1 71374107 rs1327466 G C 2147.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1082.739;SBQD=-1.912;SBpi=-0.1270;SBpiQual=-0.2870;VQSLOD=6.8007 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2181,178,0
|
|
1 71378495 rs10736413 A G 3106.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.70;SB=-1577.588;SBQD=0.458;SBpi=-0.5643;SBpiQual=-0.4941;VQSLOD=8.1257 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3140,250,0
|
|
1 71386752 rs7413286 G A 2806.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=33.81;SB=-1522.300;SBQD=-3.018;SBpi=0.1646;SBpiQual=-0.0904;VQSLOD=7.8365 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2839,232,0
|
|
1 71395182 rs493489 A C 3330.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.60;SB=-1648.931;SBQD=-0.892;SBpi=0.2621;SBpiQual=0.1818;VQSLOD=7.1462 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3330,265,0
|
|
1 71425177 rs600364 A G 1561.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.88;SB=-898.105;SBQD=2.898;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.4461;VQSLOD=4.9537 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1594,126,0
|
|
1 71449985 rs2300162 G T 613.73 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.957;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.504;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.033;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.190;SB=-243.985;SBQD=-4.831;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8329;VQSLOD=3.7777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:644,0,774
|
|
1 71452569 rs35316490 A G 1075.71 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=15.37;ReadPosRankSum=3.200;SB=-407.803;SBQD=4.728;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.8518;VQSLOD=4.2162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1106,0,893
|
|
1 71458858 rs1883460 T A 1166.95 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.836;HRun=1;HaplotypeScore=2.7197;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.317;SB=-574.901;SBQD=1.884;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4221;VQSLOD=4.8089 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1197,0,1326
|
|
1 71485414 rs1569593 C T 844 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.465;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.508;SB=-441.685;SBQD=0.568;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3068;VQSLOD=5.1834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:874,0,1320
|
|
1 71489413 rs2179412 C A 958.69 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.957;SB=-361.706;SBQD=-0.418;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.0050;VQSLOD=4.7780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:989,0,1098
|
|
1 71492135 rs8179367 A G 617.09 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.065;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.087;SB=-339.140;SBQD=-1.285;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.3303;VQSLOD=3.8950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:647,0,970
|
|
1 71496136 rs2744898 T C 2311.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1107.872;SBQD=-2.987;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.6044;VQSLOD=8.4438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2344,190,0
|
|
1 71502507 rs2744899 A G 1695.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;QD=27.80;SB=-1035.531;SBQD=5.906;SBpi=-0.3201;SBpiQual=-0.0455;VQSLOD=5.8139 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1729,138,0
|
|
1 71567003 rs4146734 C T 2681.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=37.25;SB=-1391.601;SBQD=-1.903;SBpi=0.1179;SBpiQual=-0.0199;VQSLOD=8.3411 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2715,211,0
|
|
1 71587698 rs2817845 C G 925.51 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.107;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.258;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.989;SB=-469.403;SBQD=3.461;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0253;VQSLOD=5.1224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:956,0,1118
|
|
1 71601873 rs7412405 A G 60.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.122;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=6.296;HRun=0;HaplotypeScore=3.4557;MQ=48.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.573;QD=1.60;ReadPosRankSum=-4.088;SB=-64.528;SBQD=-4.210;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.0946;VQSLOD=-6.0875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:38:90.78:91,0,521
|
|
1 71603644 rs2796197 T C 824.01 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.957;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-378.324;SBQD=1.801;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.4521;VQSLOD=5.6809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:854,0,1153
|
|
1 71605107 rs12144622 C G 1117.42 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.891;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=11.442;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.202;SB=-396.041;SBQD=4.131;SBpi=1.4744;SBpiQual=1.0867;VQSLOD=3.6146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:1147,0,1206
|
|
1 71609102 rs2796199 C T 1037.68 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.977;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=14.21;ReadPosRankSum=1.319;SB=-427.784;SBQD=1.665;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.7155;VQSLOD=4.9947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1068,0,1188
|
|
1 71619556 rs1832900 A C 980.74 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.473;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.074;HRun=1;HaplotypeScore=2.8233;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-378.836;SBQD=5.392;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.2934;VQSLOD=2.6122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1011,0,1116
|
|
1 71769526 rs1395289 T A 1236.58 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.620;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=12.432;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.677;SB=-513.091;SBQD=-7.670;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.6926;VQSLOD=4.9800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1267,0,1495
|
|
1 71772352 rs10749800 T A 1264.35 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.763;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.535;SB=-556.440;SBQD=0.849;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5873;VQSLOD=3.5426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1294,0,1442
|
|
1 71792524 rs55882957 A G 788.95 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.163;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.940;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.058;SB=-405.135;SBQD=-5.127;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3471;VQSLOD=5.9503 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:819,0,1123
|
|
1 71799403 rs2174602 A G 1430.59 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.170;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.811;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=16.63;ReadPosRankSum=-2.039;SB=-763.690;SBQD=1.044;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.1626;VQSLOD=4.7217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:1461,0,1184
|
|
1 71837099 rs12239778 G A 316.59 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.309;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.813;SB=-203.162;SBQD=6.118;SBpi=-0.5455;SBpiQual=0.0400;VQSLOD=3.5793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:41:99:347,0,388
|
|
1 71840414 . C T 1325.02 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.927;DP=79;Dels=0.00;FS=0.882;HRun=1;HaplotypeScore=1.8947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=16.77;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-539.576;SBQD=0.655;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.7915;VQSLOD=3.6236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1355,0,890
|
|
1 71858329 rs4650107 C T 975.09 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.240;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.989;HRun=0;HaplotypeScore=2.3637;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-444.007;SBQD=-1.215;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.5982;VQSLOD=4.4356 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1005,0,838
|
|
1 71904253 rs6424429 A G 1449.04 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.504;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=8.156;HRun=3;HaplotypeScore=4.5391;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=15.42;ReadPosRankSum=1.259;SB=-742.263;SBQD=4.989;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.0714;VQSLOD=2.5435 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:1479,0,1486
|
|
1 71943561 rs357245 G A 601.18 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.949;HRun=0;HaplotypeScore=2.9977;MQ=60.60;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-299.009;SBQD=-0.275;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.4066;VQSLOD=4.1060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:631,0,1447
|
|
1 72032786 . A G 1064.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.124;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.903;SB=-557.635;SBQD=0.709;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.1293;VQSLOD=4.2644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1094,0,1346
|
|
1 72041204 . T C 568.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.890;DP=64;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.859;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-298.031;SBQD=2.835;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.6839;VQSLOD=0.3738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:599,0,1027
|
|
1 72060449 rs610876 C A 2881.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.02;SB=-1368.424;SBQD=0.324;SBpi=0.5590;SBpiQual=0.5988;VQSLOD=7.8633 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2915,223,0
|
|
1 72061953 rs654735 C T 2843.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.22;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1449.897;SBQD=-0.445;SBpi=-0.3842;SBpiQual=-0.4592;VQSLOD=7.3464 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2877,226,0
|
|
1 72111310 . A G 1621.38 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.104;DP=106;Dels=0.00;FS=0.732;HRun=1;HaplotypeScore=1.9612;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=15.30;ReadPosRankSum=-1.619;SB=-816.065;SBQD=-1.282;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.3395;VQSLOD=2.8948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,55:106:99:1651,0,1675
|
|
1 72122957 rs2901615 A C 38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=0.57;SB=-1129.877;SBQD=-2.134;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.4778;VQSLOD=-1.2092 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:8.97:70,9,0
|
|
1 72133575 rs6663352 A G 2642.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1255.843;SBQD=2.570;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.4631;VQSLOD=8.6558 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2675,214,0
|
|
1 72134584 . C T 695.76 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.059;DP=76;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.942;SB=-446.597;SBQD=0.990;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5362;VQSLOD=3.3967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:726,0,1320
|
|
1 72153938 rs7553341 T C 469.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.84;MQ0=0;QD=19.58;SB=-33.440;SBQD=-29.550;SBpi=-2.2454;SBpiQual=-2.3302;VQSLOD=2.4841 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:39.13:503,39,0
|
|
1 72154078 . T G 32.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.12;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.727;SB=9.972;SBQD=-24.468;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9354;VQSLOD=3.1292 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6.01:63,6,0
|
|
1 72205771 rs1459791 C A 2325.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;QD=37.51;SB=-1027.155;SBQD=0.055;SBpi=0.6350;SBpiQual=0.6854;VQSLOD=8.7010 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2359,181,0
|
|
1 72233707 . A G 935.12 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.620;DP=82;Dels=0.00;FS=4.248;HRun=1;HaplotypeScore=2.6985;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=11.40;ReadPosRankSum=1.017;SB=-428.082;SBQD=-5.578;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7915;VQSLOD=2.9174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:965,0,1313
|
|
1 72237156 rs1844788 C T 914.69 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.710;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.282;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-404.284;SBQD=0.454;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9311;VQSLOD=4.6744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:945,0,1024
|
|
1 72240622 rs2169096 G A 950.74 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-431.784;SBQD=1.145;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4593;VQSLOD=4.9575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:981,0,1408
|
|
1 72332612 rs518523 G A 1111.75 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.641;SB=-561.245;SBQD=-0.596;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3293;VQSLOD=5.5400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1142,0,1114
|
|
1 72361883 rs529923 G T 959.64 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.497;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=16.117;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.987;QD=17.77;ReadPosRankSum=-2.218;SB=-384.369;SBQD=10.480;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.6655;VQSLOD=4.0878 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:990,0,502
|
|
1 72364645 rs28635234 A T 59.18 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.789;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=3.976;HRun=1;HaplotypeScore=44.5491;MQ=48.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.637;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.312;SB=-67.228;SBQD=8.904;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5562;VQSLOD=-52.3633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:89.17:89,0,426
|
|
1 72372019 rs1648263 C A 965.19 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.122;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.664;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=17.24;ReadPosRankSum=1.538;SB=-523.635;SBQD=5.209;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1947;VQSLOD=5.0405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:995,0,667
|
|
1 72392635 rs55927656 T G 1176.58 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.198;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.855;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.849;SB=-386.422;SBQD=6.001;SBpi=1.0408;SBpiQual=1.1815;VQSLOD=4.8360 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1207,0,1279
|
|
1 72393787 . A G 62.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;DP=62;Dels=0.00;FS=19.237;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.473;QD=1.01;ReadPosRankSum=-3.308;SB=54.133;SBQD=5.058;SBpi=1.8708;SBpiQual=1.9643;VQSLOD=-6.0495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,14:62:92.69:93,0,1231
|
|
1 72524183 rs2821273 G A 2399.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1110.443;SBQD=-2.493;SBpi=0.6719;SBpiQual=0.5530;VQSLOD=8.5525 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2432,190,0
|
|
1 72524517 . G A 1062.36 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.261;DP=78;Dels=0.00;FS=3.041;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-539.232;SBQD=-3.278;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2138;VQSLOD=4.4422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1092,0,1339
|
|
1 72524862 rs12036443 T G 1063.30 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.912;HRun=1;HaplotypeScore=2.5249;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.249;QD=13.46;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-553.612;SBQD=0.652;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2664;VQSLOD=3.5955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1093,0,1085
|
|
1 72532506 rs2200485 G A 1526.66 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.534;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=15.506;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.069;SB=-643.705;SBQD=9.917;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.8069;VQSLOD=5.9861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:105:99:1557,0,1326
|
|
1 72572724 rs2630393 G C 1306.07 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.328;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=2.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.297;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-497.031;SBQD=-3.982;SBpi=-0.9045;SBpiQual=-1.0229;VQSLOD=5.1171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:1336,0,1583
|
|
1 72586208 rs11209915 C T 874.16 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.721;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.995;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=1.308;QD=12.31;ReadPosRankSum=1.239;SB=-459.936;SBQD=1.659;SBpi=0.2611;SBpiQual=-0.0055;VQSLOD=4.7618 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:904,0,1202
|
|
1 72618918 rs2821300 A G 1128.08 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=6.064;HRun=1;HaplotypeScore=1.8893;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.136;SB=-531.417;SBQD=-5.426;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.4756;VQSLOD=4.9358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1158,0,1432
|
|
1 72695407 rs1194274 T A 1472.61 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.666;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=8.580;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=19.63;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-645.722;SBQD=-5.387;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.6130;VQSLOD=4.6338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:1503,0,865
|
|
1 72714003 rs1194281 T C 345.68 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.067;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-181.591;SBQD=1.630;SBpi=-0.1291;SBpiQual=0.0987;VQSLOD=5.4215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:376,0,588
|
|
1 72748669 rs3101339 A C 580.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.23;SB=-28.653;SBQD=31.740;SBpi=1.8856;SBpiQual=2.0042;VQSLOD=6.5016 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:51.12:613,51,0
|
|
1 72762169 rs2568955 T C 2911.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.39;MQ0=0;QD=34.66;SB=-1397.293;SBQD=-1.193;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.5220;VQSLOD=8.5970 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2945,241,0
|
|
1 72813218 rs1432639 C A 2403.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.35;SB=-745.113;SBQD=2.736;SBpi=1.6977;SBpiQual=1.9546;VQSLOD=7.7621 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2437,190,0
|
|
1 72824855 rs6661921 G A 3345.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.243;QD=36.36;ReadPosRankSum=0.640;SB=-1613.301;SBQD=-2.110;SBpi=-0.3669;SBpiQual=-0.4557;VQSLOD=8.1024 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:3324,237,0
|
|
1 72825144 rs6699744 A T 2577.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.83;SB=-1283.116;SBQD=-1.681;SBpi=-0.3487;SBpiQual=-0.4915;VQSLOD=8.4217 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2611,208,0
|
|
1 72885098 rs2797110 A G 646.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.27;MQ0=0;QD=23.96;SB=-212.580;SBQD=-7.846;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-1.4300;VQSLOD=4.1667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:60.13:680,60,0
|
|
1 72901628 rs1664370 G A 2684.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=32.74;SB=-1531.746;SBQD=-0.504;SBpi=0.1104;SBpiQual=0.0806;VQSLOD=7.3144 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2718,217,0
|
|
1 72911053 rs782253 G T 2732.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.04;SB=-1241.487;SBQD=0.446;SBpi=0.7926;SBpiQual=0.8726;VQSLOD=8.5121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2766,214,0
|
|
1 72936894 rs809136 A G 2869.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.58;MQ0=0;QD=32.61;SB=-1599.141;SBQD=0.965;SBpi=0.1066;SBpiQual=0.1933;VQSLOD=6.6330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2903,232,0
|
|
1 72944714 rs11209972 A G 2874.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1305.842;SBQD=0.149;SBpi=-0.6188;SBpiQual=-0.6239;VQSLOD=8.5500 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2907,229,0
|
|
1 73019883 rs1418628 T A 1549.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=32.28;SB=-358.481;SBQD=-1.728;SBpi=-2.1651;SBpiQual=-2.3105;VQSLOD=5.2846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1583,123,0
|
|
1 73041510 rs1418620 C T 2602.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=31.74;SB=-1569.366;SBQD=-0.769;SBpi=0.1104;SBpiQual=0.0440;VQSLOD=7.7870 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2636,205,0
|
|
1 73042945 rs7545455 A C 2214.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.14;MQ0=0;QD=31.19;SB=-1093.746;SBQD=4.445;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.4412;VQSLOD=7.2880 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2247,199,0
|
|
1 73052622 rs10889960 A G 2519.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=36.51;SB=-1188.343;SBQD=-0.382;SBpi=-0.4214;SBpiQual=-0.4610;VQSLOD=8.2319 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2552,202,0
|
|
1 73078099 rs12144376 C T 2751.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1193.468;SBQD=0.226;SBpi=-0.8547;SBpiQual=-0.8821;VQSLOD=8.0976 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2785,214,0
|
|
1 73080503 rs4298681 G C 2064.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.84;SB=-1099.568;SBQD=0.680;SBpi=0.0640;SBpiQual=0.0790;VQSLOD=8.2603 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2097,169,0
|
|
1 73082994 rs6691563 A G 2633.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.58;SB=-1197.552;SBQD=0.491;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.4818;VQSLOD=7.5805 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2667,211,0
|
|
1 73091809 rs12141788 T C 2720.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.04;MQ0=0;QD=35.79;SB=-1431.635;SBQD=0.946;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0533;VQSLOD=6.7234 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2753,214,0
|
|
1 73116491 rs4650146 C A 2803.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=35.49;SB=-1487.736;SBQD=-0.773;SBpi=0.1688;SBpiQual=0.1191;VQSLOD=9.1790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2837,220,0
|
|
1 73128197 rs10749808 G C 3446.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=37.46;SB=-1493.632;SBQD=-1.241;SBpi=-0.6255;SBpiQual=-0.7722;VQSLOD=8.6202 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3446,274,0
|
|
1 73149956 rs10127764 A G 2332.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.39;MQ0=0;QD=33.80;SB=-1123.486;SBQD=1.564;SBpi=-0.5417;SBpiQual=-0.4079;VQSLOD=7.2241 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2365,190,0
|
|
1 73187211 rs2255225 T C 1990.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=35.55;SB=-679.903;SBQD=0.806;SBpi=1.3363;SBpiQual=1.4108;VQSLOD=8.3610 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2024,163,0
|
|
1 73205079 rs11576211 C T 2675.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.20;SB=-1126.497;SBQD=0.882;SBpi=0.9177;SBpiQual=0.9514;VQSLOD=8.5596 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2708,214,0
|
|
1 73224214 rs1608928 G C 2186.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.34;MQ0=0;QD=34.70;SB=-935.873;SBQD=-1.262;SBpi=-0.8189;SBpiQual=-0.9215;VQSLOD=6.7327 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2219,178,0
|
|
1 73226328 rs11210053 G T 2703.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.69;MQ0=0;QD=36.05;SB=-1060.717;SBQD=-1.208;SBpi=-1.0970;SBpiQual=-1.1906;VQSLOD=6.8828 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2736,211,0
|
|
1 73230040 . C G 1040.63 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=13.01;ReadPosRankSum=-1.951;SB=-530.758;SBQD=0.389;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.2477;VQSLOD=3.3473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1071,0,1343
|
|
1 73241105 rs1525987 C T 2230.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;QD=33.29;SB=-1175.775;SBQD=-0.907;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.3760;VQSLOD=8.2667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2264,178,0
|
|
1 73249696 rs2692857 T C 2893.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.72;SB=-1417.996;SBQD=-0.044;SBpi=-0.3889;SBpiQual=-0.4042;VQSLOD=8.4802 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2927,229,0
|
|
1 73263793 rs12139242 C T 2357.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.19;SB=-1243.801;SBQD=-1.734;SBpi=-0.0611;SBpiQual=-0.2014;VQSLOD=8.1931 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2391,190,0
|
|
1 73264305 rs11210066 A G 2442.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=15.2984;MQ=57.08;MQ0=0;QD=30.92;SB=-718.639;SBQD=8.657;SBpi=1.6314;SBpiQual=2.1759;VQSLOD=-7.2328 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2475,208,0
|
|
1 73269449 rs2494754 G A 2516.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.47;SB=-1121.465;SBQD=0.432;SBpi=-0.6621;SBpiQual=-0.6883;VQSLOD=8.8275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2550,199,0
|
|
1 73280039 . C A 758.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.83;MQ0=8;MQRankSum=2.373;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.601;SB=-0.007;SBQD=-19.438;SBpi=-0.4781;SBpiQual=-0.6520;VQSLOD=3.1043 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:69.18:791,69,0
|
|
1 73291735 rs1608923 A G 2309.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=30.39;SB=-1009.366;SBQD=-11.637;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.8390;VQSLOD=7.5025 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2342,207,0
|
|
1 73292293 rs12138089 G T 2625.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.48;SB=-1334.959;SBQD=-1.162;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.2929;VQSLOD=8.5678 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2659,205,0
|
|
1 73320472 rs2692871 T C 3201.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.57;SB=-1597.953;SBQD=-1.576;SBpi=-0.2108;SBpiQual=-0.3665;VQSLOD=7.8833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3235,256,0
|
|
1 73328353 rs6656174 A C 2721.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1037.559;SBQD=-1.241;SBpi=-1.1966;SBpiQual=-1.3279;VQSLOD=8.1320 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2754,223,0
|
|
1 73349414 rs12752778 C T 2719.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.32;SB=-1362.103;SBQD=-1.090;SBpi=0.3989;SBpiQual=0.3386;VQSLOD=8.9213 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2752,214,0
|
|
1 73356826 rs61774086 C T 1761.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=33.87;SB=-777.924;SBQD=-1.947;SBpi=-0.6934;SBpiQual=-0.8016;VQSLOD=7.9005 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1794,138,0
|
|
1 73369913 rs12124901 C T 972.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.52;MQ0=22;QD=14.51;SB=-219.304;SBQD=-11.077;SBpi=-0.8609;SBpiQual=-0.7687;VQSLOD=5.4988 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,57:67:96.11:1005,96,0
|
|
1 73383850 rs12566255 C T 2716.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7273;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.21;SB=-1355.078;SBQD=0.095;SBpi=0.1756;SBpiQual=0.1907;VQSLOD=7.4653 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2749,214,0
|
|
1 73427085 rs11210098 C T 3127.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=36.79;SB=-1505.934;SBQD=0.297;SBpi=-0.4881;SBpiQual=-0.5047;VQSLOD=8.7430 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3160,241,0
|
|
1 73450650 rs6682216 C T 1454.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.04;MQ0=2;QD=30.94;SB=-647.364;SBQD=0.432;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.5172;VQSLOD=7.0574 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1487,126,0
|
|
1 73467516 rs4298682 A T 3306.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.58;SB=-1674.694;SBQD=0.875;SBpi=0.1066;SBpiQual=0.2039;VQSLOD=8.0125 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3307,253,0
|
|
1 73471633 rs4344273 C A 1146.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=56.92;MQ0=0;QD=21.24;SB=-613.416;SBQD=11.828;SBpi=0.4808;SBpiQual=0.9737;VQSLOD=3.7486 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:96.29:1180,96,0
|
|
1 73507218 rs4562574 G C 2465.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=32.01;SB=-1358.658;SBQD=-0.861;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.3646;VQSLOD=8.0198 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2498,196,0
|
|
1 73512534 rs4329454 A G 2283.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=32.17;SB=-1106.410;SBQD=-5.882;SBpi=0.7714;SBpiQual=0.2870;VQSLOD=7.5777 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2317,204,0
|
|
1 73520572 . A G 1335.78 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.989;DP=84;Dels=0.00;FS=0.827;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-611.932;SBQD=-1.077;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4151;VQSLOD=4.7465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1366,0,1313
|
|
1 73524030 rs12036088 G T 2956.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.62;SB=-1453.158;SBQD=1.069;SBpi=0.3842;SBpiQual=0.4789;VQSLOD=8.6790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2989,232,0
|
|
1 73547051 rs34535929 A G 1698.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.6828;MQ=58.84;MQ0=0;QD=28.31;SB=-749.920;SBQD=11.626;SBpi=0.2582;SBpiQual=0.9072;VQSLOD=4.7502 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1731,141,0
|
|
1 73547086 rs12041824 T G 1893.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.23;MQ0=0;QD=30.06;SB=-1085.953;SBQD=-0.570;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2433;VQSLOD=6.5894 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1927,156,0
|
|
1 73554714 rs6424510 G T 3585.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.86;SB=-1719.007;SBQD=-1.217;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6356;VQSLOD=5.5430 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3586,277,0
|
|
1 73555433 rs4649977 C T 1489.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21;SB=-760.643;SBQD=2.890;SBpi=-0.7702;SBpiQual=-0.6742;VQSLOD=4.9823 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1523,120,0
|
|
1 73557484 rs4297242 G A 3515.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=37.80;SB=-1567.281;SBQD=-0.169;SBpi=0.6740;SBpiQual=0.7422;VQSLOD=8.2108 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3515,271,0
|
|
1 73557617 rs4500267 C T 2092.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.33;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1109.521;SBQD=0.048;SBpi=0.0640;SBpiQual=0.0588;VQSLOD=5.4478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2125,172,0
|
|
1 73557990 rs10890005 C T 2981.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=36.36;SB=-1362.530;SBQD=-0.417;SBpi=-0.6626;SBpiQual=-0.7359;VQSLOD=7.9815 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3015,235,0
|
|
1 73579237 rs4603080 G A 3577.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=35.78;SB=-1556.497;SBQD=-0.404;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.1106;VQSLOD=7.9687 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3578,274,0
|
|
1 73595406 rs11210136 T C 410.63 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.413;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=1.486;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=28.75;MQ0=2;MQRankSum=0.468;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.426;SB=-94.998;SBQD=5.726;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7216;VQSLOD=3.0534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:65:99:441,0,744
|
|
1 73600025 rs12139464 A G 323.75 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.332;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=8.99;ReadPosRankSum=-2.695;SB=-227.489;SBQD=-2.129;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.4155;VQSLOD=2.6466 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:91.88:354,0,92
|
|
1 73610214 rs4391625 G A 2913.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=32.01;SB=-1704.270;SBQD=0.189;SBpi=-0.0524;SBpiQual=-0.0733;VQSLOD=6.9614 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2946,232,0
|
|
1 73615308 rs10736416 C T 3037.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.16;SB=-1293.723;SBQD=-0.893;SBpi=-0.8729;SBpiQual=-0.9935;VQSLOD=8.5553 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3070,241,0
|
|
1 73617681 rs4449980 A T 2234.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.71;MQ0=0;QD=28.28;SB=-1409.862;SBQD=0.052;SBpi=-0.2813;SBpiQual=-0.2970;VQSLOD=6.4142 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2267,196,0
|
|
1 73618622 rs4633240 G C 1997.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.89;MQ0=0;QD=29.38;SB=-1065.399;SBQD=6.938;SBpi=-0.1213;SBpiQual=0.4109;VQSLOD=6.5890 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2031,177,0
|
|
1 73619210 rs10399643 A G 2603.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.80;MQ0=0;QD=33.38;SB=-1265.010;SBQD=1.025;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-0.4844;VQSLOD=7.1431 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2637,208,0
|
|
1 73624505 rs11210149 G A 3335.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=38.34;SB=-1531.238;SBQD=0.275;SBpi=0.4825;SBpiQual=0.5551;VQSLOD=8.7390 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3335,256,0
|
|
1 73631632 rs6674404 C T 3367.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.70;MQ0=0;QD=36.60;SB=-1667.951;SBQD=-0.549;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.3840;VQSLOD=9.1227 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3367,262,0
|
|
1 73636606 rs4650194 A G 2745.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=33.89;SB=-952.141;SBQD=-1.069;SBpi=-1.7222;SBpiQual=-1.8730;VQSLOD=7.1984 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2778,217,0
|
|
1 73640940 rs34956095 A T 2957.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.38;SB=-1478.964;SBQD=-0.986;SBpi=0.4313;SBpiQual=0.4282;VQSLOD=7.8225 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2990,235,0
|
|
1 73641024 rs36053729 T A 3119.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=36.70;SB=-1597.233;SBQD=0.995;SBpi=-0.1627;SBpiQual=-0.0787;VQSLOD=8.5864 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3153,247,0
|
|
1 73645418 rs34548060 G T 2619.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;QD=35.39;SB=-1353.056;SBQD=1.123;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.1537;VQSLOD=7.2413 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2652,208,0
|
|
1 73654543 rs11210176 G A 1996.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=34.42;SB=-1010.261;SBQD=0.209;SBpi=-0.3939;SBpiQual=-0.3940;VQSLOD=8.0699 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2029,159,0
|
|
1 73655313 rs12142152 C A 1898.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=32.72;SB=-1084.107;SBQD=-0.987;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0900;VQSLOD=7.6132 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1931,159,0
|
|
1 73658061 rs11210178 T C 3200.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6630;MQ=59.15;MQ0=0;QD=32.32;SB=-1675.688;SBQD=-1.701;SBpi=0.5528;SBpiQual=0.4498;VQSLOD=6.4053 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:3233,256,0
|
|
1 73669235 rs7532870 A G 2796.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.32;SB=-923.708;SBQD=0.706;SBpi=1.6524;SBpiQual=1.7819;VQSLOD=7.6569 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2830,223,0
|
|
1 73717809 rs6661183 T A 2636.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=37.14;SB=-1242.433;SBQD=0.858;SBpi=0.4154;SBpiQual=0.5153;VQSLOD=7.8191 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2670,205,0
|
|
1 73725998 rs12136984 T G 1386.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.50;SB=-112.578;SBQD=10.618;SBpi=2.5955;SBpiQual=2.8091;VQSLOD=6.0145 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1420,111,0
|
|
1 73753067 rs6663411 C T 2922.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=36.53;SB=-1225.057;SBQD=-3.384;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.8943;VQSLOD=8.5447 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2955,229,0
|
|
1 73753260 rs6424542 T G 2553.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.59;MQ0=0;QD=34.51;SB=-1347.717;SBQD=-1.719;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0018;VQSLOD=8.4369 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2587,208,0
|
|
1 73788804 . T C 1373.17 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.634;DP=88;Dels=0.00;FS=0.806;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.527;SB=-648.672;SBQD=1.712;SBpi=-0.0729;SBpiQual=0.3232;VQSLOD=4.4804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:1403,0,1274
|
|
1 73891002 rs6703012 C G 1529.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.24;MQ0=0;QD=32.55;SB=-494.749;SBQD=0.408;SBpi=1.3857;SBpiQual=1.4784;VQSLOD=6.6187 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1563,132,0
|
|
1 73972994 rs7530705 C A 2507.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.87;SB=-1183.180;SBQD=0.820;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.4471;VQSLOD=8.6168 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2540,199,0
|
|
1 74002481 rs1121232 T G 1319.87 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.321;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.705;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.452;SB=-714.643;SBQD=-1.754;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0578;VQSLOD=5.5801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:1350,0,1353
|
|
1 74042928 rs11210289 T C 1625.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;QD=27.09;SB=-831.141;SBQD=6.688;SBpi=0.2582;SBpiQual=0.7122;VQSLOD=5.9644 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1658,144,0
|
|
1 74067804 rs10890054 G C 927.13 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.517;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=15.20;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-485.782;SBQD=-4.126;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4437;VQSLOD=4.5231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:957,0,803
|
|
1 74073395 rs11210301 T A 1465.66 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.193;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=5.196;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=15.76;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-681.911;SBQD=4.398;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.2950;VQSLOD=4.4637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:1496,0,1479
|
|
1 74085175 rs11210309 A C 1002.76 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.495;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=11.139;HRun=0;HaplotypeScore=3.8904;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-386.509;SBQD=-10.035;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.8066;VQSLOD=2.9015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:1033,0,911
|
|
1 74087021 rs1411278 G C 967.65 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.496;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-424.583;SBQD=4.549;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-0.4461;VQSLOD=4.9264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:998,0,964
|
|
1 74089892 rs1329982 C G 3372.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.50;SB=-1770.005;SBQD=0.288;SBpi=-0.0513;SBpiQual=-0.0032;VQSLOD=8.4515 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3373,271,0
|
|
1 74093417 rs1576427 G A 1304.51 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.684;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.818;HRun=0;HaplotypeScore=2.3264;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=15.72;ReadPosRankSum=1.753;SB=-597.949;SBQD=-2.420;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.4762;VQSLOD=4.7005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1334,0,1148
|
|
1 74107985 rs1329986 T C 577.78 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.288;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.768;SB=-276.276;SBQD=0.628;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3177;VQSLOD=5.1776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:608,0,1276
|
|
1 74111698 rs4565655 G A 1142.10 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.961;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=13.193;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-456.337;SBQD=-9.984;SBpi=-1.0151;SBpiQual=-1.0718;VQSLOD=3.9685 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:69:99:1172,0,846
|
|
1 74162986 rs55895908 T C 1030.41 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.052;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.338;SB=-505.282;SBQD=-2.057;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.6803;VQSLOD=5.5517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:71:99:1060,0,847
|
|
1 74166828 . T C 1440.37 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.834;DP=100;Dels=0.00;FS=2.552;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=14.40;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-642.595;SBQD=5.541;SBpi=0.0700;SBpiQual=0.5225;VQSLOD=4.3572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:1470,0,1569
|
|
1 74204988 rs1580776 A T 2819.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=54.56;MQ0=0;QD=33.97;SB=-1253.333;SBQD=0.462;SBpi=0.8232;SBpiQual=0.8183;VQSLOD=6.9956 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2852,232,0
|
|
1 74252659 rs12129729 A C 695.55 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=5.024;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.412;SB=-286.899;SBQD=4.828;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4182;VQSLOD=6.0754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:726,0,1476
|
|
1 74265340 rs61776223 T A 746.10 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.463;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.870;SB=-362.993;SBQD=3.517;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2144;VQSLOD=4.4018 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:776,0,784
|
|
1 74291780 rs1340444 G A 2726.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1472.982;SBQD=-0.725;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.3575;VQSLOD=8.1642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2760,211,0
|
|
1 74292862 rs826365 G A 1911.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=59.27;MQ0=0;QD=32.96;SB=-789.583;SBQD=-0.255;SBpi=1.0505;SBpiQual=1.0207;VQSLOD=6.8507 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1945,153,0
|
|
1 74327371 rs2124033 G A 858.20 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.736;HRun=1;HaplotypeScore=1.7005;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-405.426;SBQD=5.123;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6086;VQSLOD=4.4109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:888,0,1118
|
|
1 74333557 rs1811519 T C 1545.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.26;MQ0=0;QD=30.30;SB=-597.050;SBQD=0.654;SBpi=-1.3303;SBpiQual=-1.3019;VQSLOD=6.6182 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1578,126,0
|
|
1 74339167 rs11210359 G A 2305.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.20;MQ0=0;QD=31.58;SB=-894.595;SBQD=-0.204;SBpi=1.5801;SBpiQual=1.6661;VQSLOD=7.0391 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2338,184,0
|
|
1 74345593 rs1551392 T C 2520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.92;MQ0=0;QD=34.05;SB=-1347.707;SBQD=-0.276;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.0751;VQSLOD=8.3981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2553,205,0
|
|
1 74365907 rs12034480 C T 2394.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=36.28;SB=-1147.881;SBQD=0.249;SBpi=0.3693;SBpiQual=0.3782;VQSLOD=8.3052 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2428,193,0
|
|
1 74377934 rs2733259 G C 2543.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=31.79;SB=-1417.747;SBQD=-0.483;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2736;VQSLOD=6.9729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2576,205,0
|
|
1 74386636 rs2792071 A C 2693.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=36.40;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-1387.751;SBQD=0.535;SBpi=0.0585;SBpiQual=0.0199;VQSLOD=8.7857 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:2726,217,0
|
|
1 74388096 rs12753473 A C 2755.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.26;SB=-1342.842;SBQD=1.564;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.2780;VQSLOD=8.3292 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2788,220,0
|
|
1 74405562 . T C 48.71 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.88;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.720;SB=-0.007;SBQD=12.993;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.0488;VQSLOD=3.2813 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:15.65:79,0,16
|
|
1 74425275 rs10890095 G A 2643.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.76;SB=-1185.961;SBQD=-0.778;SBpi=0.5976;SBpiQual=0.5632;VQSLOD=8.6841 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2676,208,0
|
|
1 74432847 rs2733252 G T 2239.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7759;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.504;QD=31.54;ReadPosRankSum=0.956;SB=-802.316;SBQD=8.645;SBpi=1.2641;SBpiQual=1.5734;VQSLOD=5.0835 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:2273,175,0
|
|
1 74439658 rs2343187 C T 2913.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.27;MQ0=0;QD=35.96;SB=-1241.875;SBQD=-1.424;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.9821;VQSLOD=6.9631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2946,232,0
|
|
1 74445923 rs6703761 G C 2987.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=36.43;SB=-1282.172;SBQD=-2.279;SBpi=-0.6626;SBpiQual=-0.8299;VQSLOD=7.8460 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3020,238,0
|
|
1 74446654 rs2880561 A C 76.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=10.520;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.792;QD=1.12;ReadPosRankSum=-2.747;SB=108.338;SBQD=-0.010;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.8991;VQSLOD=-1.4273 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,3:69:9.03:109,9,0
|
|
1 74562859 rs10399739 T C 2514.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.480;HRun=0;HaplotypeScore=1.9638;MQ=53.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=30.66;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-1040.743;SBQD=9.336;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.9471;VQSLOD=5.8571 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2548,194,0
|
|
1 74602233 rs10890113 T C 704.85 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.315;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.369;SB=-354.081;SBQD=0.007;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.5353;VQSLOD=4.8771 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,29:82:99:735,0,1757
|
|
1 74641019 rs6702487 C T 563.03 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.054;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.937;HRun=0;HaplotypeScore=4.8363;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.896;SB=-387.597;SBQD=-3.061;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4864;VQSLOD=3.0152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:593,0,871
|
|
1 74660225 rs1412824 T C 967.28 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.674;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.499;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-471.369;SBQD=-0.837;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3986;VQSLOD=5.6153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:997,0,1313
|
|
1 74669710 rs12142236 A T 916.35 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=6.343;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=18.33;ReadPosRankSum=0.266;SB=-464.077;SBQD=-5.089;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.3478;VQSLOD=5.7480 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,33:50:99:946,0,424
|
|
1 74673121 rs35920753 C G 866.29 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.216;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=8.123;HRun=0;HaplotypeScore=1.7206;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-421.837;SBQD=-6.564;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3098;VQSLOD=5.4323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:896,0,1269
|
|
1 74673777 rs545664 A G 714.88 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.125;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.012;HRun=0;HaplotypeScore=1.9532;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.850;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.361;SB=-249.266;SBQD=-7.169;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.8135;VQSLOD=2.5625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:745,0,1146
|
|
1 74693635 rs12038237 C T 1279.92 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.189;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-623.725;SBQD=-0.929;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.5181;VQSLOD=6.0475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1310,0,1305
|
|
1 74700251 rs474215 C T 1322.30 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.516;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.701;HRun=1;HaplotypeScore=1.9452;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=14.53;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-559.902;SBQD=-3.386;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.7218;VQSLOD=3.9218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:1352,0,1501
|
|
1 74704503 rs568049 T C 1100.44 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.998;HRun=1;HaplotypeScore=1.9853;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=15.28;ReadPosRankSum=-1.470;SB=-417.626;SBQD=2.726;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.8273;VQSLOD=3.6743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1130,0,1196
|
|
1 74772657 rs517169 A G 2828.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7168;MQ=59.74;MQ0=0;QD=31.79;SB=-1307.821;SBQD=-5.131;SBpi=-0.3710;SBpiQual=-0.8088;VQSLOD=5.6687 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2862,250,0
|
|
1 74776808 rs3765660 G A 3106.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=37.43;SB=-1597.566;SBQD=-0.664;SBpi=-0.0549;SBpiQual=-0.1201;VQSLOD=9.3262 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3139,241,0
|
|
1 74780389 rs570363 G A 2852.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.05;SB=-1386.141;SBQD=0.346;SBpi=-0.3989;SBpiQual=-0.3898;VQSLOD=6.5956 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2886,223,0
|
|
1 74780730 rs1417891 C T 2590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.48;SB=-1219.471;SBQD=0.535;SBpi=-0.6437;SBpiQual=-0.6326;VQSLOD=8.7389 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2623,202,0
|
|
1 74818556 rs10157188 T G 990.93 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.048;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.599;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.35;MQ0=2;MQRankSum=1.045;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.647;SB=-496.342;SBQD=-4.477;SBpi=0.0801;SBpiQual=-0.0845;VQSLOD=5.6424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1021,0,940
|
|
1 74823561 rs6424587 A T 2998.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=37.01;SB=-1364.459;SBQD=-0.021;SBpi=-0.6111;SBpiQual=-0.6430;VQSLOD=8.8760 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3031,235,0
|
|
1 74832001 rs1527682 C T 1271.74 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.386;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=2.821;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=14.45;ReadPosRankSum=1.171;SB=-626.157;SBQD=2.776;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2863;VQSLOD=5.2871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:1302,0,1272
|
|
1 74836916 rs1341575 A G 1371.11 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.463;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=2.742;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-674.697;SBQD=-2.582;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.2273;VQSLOD=5.8262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1401,0,1532
|
|
1 74858862 rs61776226 T C 1218.55 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.045;SB=-501.838;SBQD=-0.197;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6743;VQSLOD=5.3921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1249,0,1113
|
|
1 74860238 . C A 2308.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.90;MQ0=0;QD=35.51;SB=-1127.906;SBQD=-0.533;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.3599;VQSLOD=7.2190 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2341,187,0
|
|
1 74869173 rs699838 A G 2019.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.06;SB=-899.096;SBQD=-4.684;SBpi=0.9449;SBpiQual=0.5776;VQSLOD=7.1492 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2053,180,0
|
|
1 74878253 rs699844 A G 1015.45 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=13.128;HRun=0;HaplotypeScore=2.9799;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.011;SB=-379.358;SBQD=8.947;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.7045;VQSLOD=4.8160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:87:99:1045,0,1519
|
|
1 74892337 rs61776248 A G 1065.32 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.098;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=5.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.912;SB=-507.751;SBQD=0.338;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.2624;VQSLOD=4.7209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:1095,0,1365
|
|
1 75003710 rs12041912 G A 2939.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=37.21;SB=-1516.762;SBQD=-1.294;SBpi=0.0563;SBpiQual=-0.0086;VQSLOD=8.5153 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2973,229,0
|
|
1 75018042 rs10789397 C G 682.16 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.379;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-366.694;SBQD=-4.064;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0663;VQSLOD=5.1844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:712,0,779
|
|
1 75070989 rs696701 T C 426.81 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.231;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=3.067;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-175.757;SBQD=1.746;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.7303;VQSLOD=5.1895 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:457,0,837
|
|
1 75077449 rs1340987 G C 1129.46 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.460;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-544.749;SBQD=3.129;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2023;VQSLOD=5.7184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1159,0,1068
|
|
1 75078632 . A G 811.09 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;DP=67;Dels=0.00;FS=0.938;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.030;SB=-404.684;SBQD=-0.726;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3213;VQSLOD=4.4510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:841,0,987
|
|
1 75136711 rs699859 T A 45.87 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.28;MQ0=0;QD=0.83;SB=-746.191;SBQD=6.883;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.2633;VQSLOD=2.3222 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:55:6.02:77,6,0
|
|
1 75151932 rs10493547 A G 1166.29 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.813;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=18.81;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-418.355;SBQD=3.043;SBpi=0.9042;SBpiQual=1.0287;VQSLOD=5.1284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:1196,0,761
|
|
1 75160243 rs3113979 C T 1346.77 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.727;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8133;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.268;SB=-575.360;SBQD=0.347;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.6661;VQSLOD=4.0136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1377,0,1370
|
|
1 75162678 rs4650279 C T 2592.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.07;MQ0=0;QD=35.51;SB=-1320.104;SBQD=-0.251;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.3109;VQSLOD=7.6601 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2625,205,0
|
|
1 75173938 rs17617240 C T 897.53 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.914;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=6.941;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=14.71;ReadPosRankSum=1.538;SB=-326.590;SBQD=-7.372;SBpi=-0.8839;SBpiQual=-0.9801;VQSLOD=5.6831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:928,0,894
|
|
1 75189847 rs1424671 T C 972.54 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.911;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.438;HRun=0;HaplotypeScore=2.2859;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-430.398;SBQD=-3.712;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.4721;VQSLOD=4.9839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:1003,0,1324
|
|
1 75192845 rs277383 G T 2576.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9734;MQ=54.32;MQ0=0;QD=34.35;SB=-744.719;SBQD=-4.109;SBpi=-1.9053;SBpiQual=-2.1452;VQSLOD=5.3026 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2609,202,0
|
|
1 75196488 rs455032 C T 951.11 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.507;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.729;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.784;SB=-420.267;SBQD=0.923;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.4987;VQSLOD=5.5855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:981,0,1310
|
|
1 75197614 rs28695657 G T 1432.73 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.258;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=18.61;ReadPosRankSum=0.068;SB=-686.330;SBQD=-0.269;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.4259;VQSLOD=4.7504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1463,0,822
|
|
1 75208034 rs28879157 C G 925.70 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.621;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.422;HRun=1;HaplotypeScore=1.9575;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-352.378;SBQD=-6.175;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-1.0102;VQSLOD=3.8878 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:85:99:956,0,1451
|
|
1 75210847 rs2881153 T G 780.60 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.718;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.408;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=12.01;ReadPosRankSum=-1.717;SB=-406.213;SBQD=0.130;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.7147;VQSLOD=5.3513 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:811,0,963
|
|
1 75219066 rs3845356 C G 1489.17 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.653;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8614;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-591.579;SBQD=-0.738;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-1.0812;VQSLOD=3.6828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,51:97:99:1519,0,1370
|
|
1 75234759 rs3901858 T G 735.71 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.043;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.296;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.928;QD=12.06;ReadPosRankSum=-2.266;SB=-314.792;SBQD=-7.551;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3412;VQSLOD=4.0666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:766,0,1158
|
|
1 75236830 rs277371 A G 2787.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18;SB=-1370.962;SBQD=-3.639;SBpi=0.4364;SBpiQual=0.0618;VQSLOD=8.4029 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2820,247,0
|
|
1 75242246 rs277376 G T 1549.07 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.019;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.073;QD=18.44;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-701.409;SBQD=-1.010;SBpi=0.5657;SBpiQual=0.6292;VQSLOD=4.1643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:84:99:1579,0,1019
|
|
1 75242957 rs17553218 A C 1075.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.274;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.995;HRun=1;HaplotypeScore=3.7789;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=15.36;ReadPosRankSum=0.582;SB=-491.941;SBQD=-2.289;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4252;VQSLOD=3.8669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1105,0,1086
|
|
1 75244408 rs61788811 T C 660.41 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.42;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.577;SB=-325.357;SBQD=-4.591;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.3362;VQSLOD=5.3314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:690,0,1123
|
|
1 75256617 rs277377 A C 1993.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.65;SB=-1030.920;SBQD=4.645;SBpi=-0.0630;SBpiQual=0.1230;VQSLOD=3.9687 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2027,165,0
|
|
1 75280171 rs277387 T A 1069.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.845;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8241;MQ=47.28;MQ0=2;MQRankSum=-4.133;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.883;SB=-454.257;SBQD=2.324;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.3594;VQSLOD=0.3485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1099,0,1230
|
|
1 75309655 rs61791266 G C 1184.96 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.259;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7621;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=14.45;ReadPosRankSum=-1.903;SB=-628.928;SBQD=0.060;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.1942;VQSLOD=4.2654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1215,0,1246
|
|
1 75313578 rs7524570 T G 2435.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=35.82;SB=-1146.073;SBQD=0.562;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.5581;VQSLOD=8.6866 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2469,196,0
|
|
1 75335107 rs6691087 G T 2793.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9947;MQ=59.47;MQ0=0;QD=35.36;SB=-1390.609;SBQD=1.437;SBpi=0.3397;SBpiQual=0.3658;VQSLOD=4.8589 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2827,220,0
|
|
1 75377316 rs11162189 T C 2403.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1100.879;SBQD=-0.591;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.5682;VQSLOD=8.7015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2436,196,0
|
|
1 75385569 rs6593557 A G 2532.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.26;MQ0=0;QD=33.32;SB=-1075.446;SBQD=-0.241;SBpi=-0.9177;SBpiQual=-0.9440;VQSLOD=7.2340 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2566,211,0
|
|
1 75415007 rs2065728 C T 2454.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1212.373;SBQD=-0.989;SBpi=-0.3586;SBpiQual=-0.4492;VQSLOD=7.7769 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2487,196,0
|
|
1 75439723 rs11162315 A C 1500.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.45;SB=-1027.165;SBQD=-0.827;SBpi=-0.6250;SBpiQual=-0.7143;VQSLOD=3.2475 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1534,120,0
|
|
1 75458070 rs7368020 A G 836.66 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.93;MQ0=1;QD=18.59;SB=-349.777;SBQD=14.392;SBpi=-1.8634;SBpiQual=-1.8108;VQSLOD=2.2980 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:72.16:870,72,0
|
|
1 75513769 rs1852344 T C 2690.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=32.41;SB=-1309.176;SBQD=6.545;SBpi=-0.8232;SBpiQual=-0.2565;VQSLOD=6.4472 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2723,238,0
|
|
1 75577858 rs618312 A G 1681.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.7340;MQ=49.06;MQ0=0;QD=28.03;SB=-653.325;SBQD=-11.878;SBpi=-0.7746;SBpiQual=-1.4583;VQSLOD=4.8627 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1715,144,0
|
|
1 75665837 rs12039281 T G 1029.05 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.045;HRun=0;HaplotypeScore=1.9940;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=16.87;ReadPosRankSum=0.109;SB=-410.407;SBQD=-5.866;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.7347;VQSLOD=4.3010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:1059,0,745
|
|
1 75687614 rs609574 G A 1023.59 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.252;HRun=2;HaplotypeScore=2.3628;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-591.619;SBQD=5.564;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.0718;VQSLOD=5.1526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:1054,0,509
|
|
1 75689855 rs686453 G C 805.77 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.930;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.274;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-367.865;SBQD=-2.547;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.3803;VQSLOD=5.2645 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:836,0,1188
|
|
1 75691616 rs599291 C T 853.79 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.824;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.095;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=13.55;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-452.349;SBQD=3.056;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2031;VQSLOD=5.2690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:884,0,961
|
|
1 75716925 rs588098 C T 2320.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.64;SB=-781.164;SBQD=-1.263;SBpi=-1.5271;SBpiQual=-1.6539;VQSLOD=7.8512 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2354,190,0
|
|
1 75717542 rs1394736 C T 846.42 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.821;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=7.933;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.296;SB=-171.117;SBQD=8.790;SBpi=1.7063;SBpiQual=1.7168;VQSLOD=3.7654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:876,0,820
|
|
1 75734615 rs598609 C T 2963.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-1513.295;SBQD=-0.363;SBpi=0.3796;SBpiQual=0.3694;VQSLOD=8.6445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2997,235,0
|
|
1 75745868 . G A 141.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.21;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.335;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=10.14;ReadPosRankSum=2.491;SB=-0.007;SBQD=-21.119;SBpi=-1.6583;SBpiQual=-1.8189;VQSLOD=1.3587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:12.39:172,0,12
|
|
1 75774412 rs12744088 C T 1318.18 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.637;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.579;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=17.58;ReadPosRankSum=-1.580;SB=-564.287;SBQD=-4.928;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.6982;VQSLOD=4.2545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1348,0,940
|
|
1 75775227 rs11163074 G A 1131.13 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.852;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-542.131;SBQD=1.186;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5315;VQSLOD=4.8861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1161,0,1238
|
|
1 75786482 rs11163114 G A 738.78 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.695;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4602;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.176;SB=-316.690;SBQD=-0.676;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.6956;VQSLOD=4.8597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:60:99:769,0,1002
|
|
1 75802788 rs1505258 T C 1163.03 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.222;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.882;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-457.263;SBQD=2.199;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.9325;VQSLOD=5.5057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1193,0,1088
|
|
1 75832658 rs11163217 T C 1395.30 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.341;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.745;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=15.86;ReadPosRankSum=1.104;SB=-636.633;SBQD=-3.467;SBpi=-0.3647;SBpiQual=-0.5074;VQSLOD=5.6130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:1425,0,1310
|
|
1 75853081 rs12068005 C T 272.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.148;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.00;MQ0=39;MQRankSum=0.135;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-0.007;SBQD=-6.755;SBpi=-2.1213;SBpiQual=-2.1909;VQSLOD=0.7764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,18:82:99:302,0,515
|
|
1 75855617 rs1249828 A C 1234.74 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=4.007;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.989;SB=-546.239;SBQD=-3.672;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.5407;VQSLOD=5.8516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1265,0,1420
|
|
1 75862526 rs1249813 C A 1046.43 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.968;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.093;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=13.95;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-606.133;SBQD=-6.166;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.2039;VQSLOD=5.3563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1076,0,1119
|
|
1 75863067 rs1249812 G A 1475.77 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.891;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.155;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=17.16;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-686.022;SBQD=-4.505;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5575;VQSLOD=6.2553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:1506,0,1022
|
|
1 75866662 rs1036950 T C 453.56 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.141;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.250;SB=-242.913;SBQD=-2.096;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.3420;VQSLOD=4.6748 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,19:53:99:484,0,1101
|
|
1 75874352 rs12040583 A T 343.08 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=7.684;HRun=1;HaplotypeScore=1.8650;MQ=44.02;MQ0=0;MQRankSum=1.761;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.775;SB=-94.630;SBQD=-11.522;SBpi=-1.1785;SBpiQual=-1.2225;VQSLOD=3.1194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:373,0,559
|
|
1 75928484 rs1936355 A C 899.79 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.520;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=10.294;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=13.04;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-392.014;SBQD=7.818;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6045;VQSLOD=4.3243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:930,0,1184
|
|
1 75938694 rs1889037 G C 1293.14 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.823;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-645.048;SBQD=1.717;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.1876;VQSLOD=4.5743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1323,0,1220
|
|
1 76022784 rs2026445 T G 1302.72 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.261;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=18.35;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-671.745;SBQD=3.561;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.1485;VQSLOD=5.4498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:1333,0,835
|
|
1 76029280 rs6695604 A G 1626.40 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.856;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=18.69;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-636.901;SBQD=-1.149;SBpi=0.9102;SBpiQual=0.9823;VQSLOD=4.7038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:1656,0,1113
|
|
1 76049126 rs211678 T C 2854.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.8519;MQ=59.52;MQ0=0;QD=32.81;SB=-1364.858;SBQD=0.330;SBpi=0.5897;SBpiQual=0.5750;VQSLOD=4.2124 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2887,232,0
|
|
1 76064559 rs211690 T C 2038.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=27.92;ReadPosRankSum=-1.163;SB=-827.574;SBQD=3.821;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.1432;VQSLOD=5.0330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:2071,161,0
|
|
1 76072167 rs6698829 C T 1547.06 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=5.337;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.627;QD=16.64;ReadPosRankSum=0.066;SB=-798.025;SBQD=4.054;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0412;VQSLOD=3.1938 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1577,0,1130
|
|
1 76099831 rs211733 C A 1012.07 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.133;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.617;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.892;SB=-470.587;SBQD=2.525;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.5446;VQSLOD=5.5859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:1042,0,769
|
|
1 76100190 rs211732 G A 61.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.183;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=6.154;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=16.58;MQ0=14;MQRankSum=2.117;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-6.477;SBQD=-4.465;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8625;VQSLOD=-0.6532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,9:53:91.73:92,0,242
|
|
1 76100343 rs1093013 G T 604.47 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=1.065;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=30.16;MQ0=3;MQRankSum=-1.670;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-261.347;SBQD=4.802;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0055;VQSLOD=2.9150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:634,0,824
|
|
1 76107339 rs211716 A G 954.18 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.698;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=12.288;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-332.728;SBQD=8.794;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9338;VQSLOD=4.6606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:984,0,1295
|
|
1 76119028 rs416420 A G 762.83 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-336.524;SBQD=-0.369;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7857;VQSLOD=5.4989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:793,0,749
|
|
1 76123782 rs814894 C T 1126.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=19.77;SB=-721.502;SBQD=1.321;SBpi=1.2583;SBpiQual=1.3826;VQSLOD=3.9163 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:96.22:1160,96,0
|
|
1 76131077 rs1093009 T C 2435.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=30.84;SB=-1110.896;SBQD=4.136;SBpi=0.8438;SBpiQual=1.1260;VQSLOD=5.7676 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2469,193,0
|
|
1 76135561 rs1332786 G A 1295.54 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.515;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.308;HRun=3;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=17.05;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-508.542;SBQD=-3.990;SBpi=-1.1795;SBpiQual=-1.2304;VQSLOD=4.2472 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,46:76:99:1326,0,935
|
|
1 76146809 . C T 240.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DP=68;Dels=0.00;FS=4.242;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.20;MQ0=31;MQRankSum=-1.180;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.966;SB=-152.633;SBQD=-2.163;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0277;VQSLOD=-0.0066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:271,0,350
|
|
1 76157944 rs696677 A T 1480.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=56.01;MQ0=0;QD=31.51;SB=-680.219;SBQD=-0.726;SBpi=0.8023;SBpiQual=0.7477;VQSLOD=6.8272 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1514,123,0
|
|
1 76166557 . T C 970.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;DP=76;Dels=0.00;FS=1.934;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=48.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.596;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-498.471;SBQD=-3.269;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0509;VQSLOD=1.4050 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:1000,0,1318
|
|
1 76166982 . C G 993 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.603;DP=68;Dels=0.00;FS=6.905;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.69;MQ0=1;MQRankSum=-1.075;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-304.807;SBQD=-9.822;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8465;VQSLOD=3.8579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1023,0,917
|
|
1 76183550 rs35837767 C T 997.08 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.274;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.862;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.097;SB=-480.442;SBQD=2.898;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.7254;VQSLOD=5.4358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1027,0,1090
|
|
1 76189745 rs1251077 C G 565.33 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.055;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.537;SB=-217.389;SBQD=-0.652;SBpi=-1.2374;SBpiQual=-1.6276;VQSLOD=3.9841 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:595,0,405
|
|
1 76194306 rs1146572 A G 2802.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=35.03;SB=-1112.799;SBQD=1.635;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.3015;VQSLOD=7.6372 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2835,226,0
|
|
1 76196912 rs61797340 C T 605.69 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.708;SB=-259.994;SBQD=0.778;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.6374;VQSLOD=4.2640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:636,0,872
|
|
1 76206254 rs11161493 T A 1426.92 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=1.634;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.153;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.303;SB=-795.647;SBQD=-1.421;SBpi=-0.2774;SBpiQual=-0.2758;VQSLOD=3.2044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,52:98:99:1457,0,1513
|
|
1 76210477 rs11161511 C T 692.91 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.539;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=11.36;ReadPosRankSum=-1.634;SB=-230.643;SBQD=-2.542;SBpi=-1.0585;SBpiQual=-1.2826;VQSLOD=3.9664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:723,0,791
|
|
1 76213024 rs1146581 T G 995.99 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.886;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.499;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.661;QD=13.11;ReadPosRankSum=-2.700;SB=-540.349;SBQD=4.932;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0418;VQSLOD=4.4620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1026,0,1307
|
|
1 76231280 rs1272642 G A 2015.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.49;SB=-944.659;SBQD=0.630;SBpi=-0.8750;SBpiQual=-0.8658;VQSLOD=7.0684 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2048,163,0
|
|
1 76234886 rs1146593 A G 2051.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.70;MQ0=0;QD=32.56;SB=-1164.224;SBQD=2.010;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.0766;VQSLOD=7.3918 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2084,163,0
|
|
1 76279908 rs1144338 T C 2442.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.45;SB=-927.988;SBQD=5.860;SBpi=0.7608;SBpiQual=1.1881;VQSLOD=7.2976 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2475,214,0
|
|
1 76298870 rs10782559 G A 2290.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.94;MQ0=0;QD=33.69;SB=-1156.741;SBQD=2.966;SBpi=0.2425;SBpiQual=0.3379;VQSLOD=7.5898 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2324,181,0
|
|
1 76314659 rs5745412 A G 764.18 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.648;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.814;HRun=0;HaplotypeScore=2.3090;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-383.471;SBQD=-5.594;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.4393;VQSLOD=4.4315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:794,0,969
|
|
1 76322920 . A G 1405.98 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.829;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.231;SB=-742.248;SBQD=-0.873;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.1123;VQSLOD=3.5068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:1436,0,1507
|
|
1 76351656 . G A 233.78 PASS AB=0.25;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.451;DP=16;Dels=0.00;FS=5.643;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.64;MQ0=3;MQRankSum=0.085;QD=14.61;ReadPosRankSum=1.775;SB=3.004;SBQD=15.784;SBpi=1.7321;SBpiQual=1.8708;VQSLOD=3.1181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:71.56:264,0,72
|
|
1 76373339 rs12048122 C T 759.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=10.9833;MQ=50.78;MQ0=0;QD=26.18;SB=-258.258;SBQD=-1.086;SBpi=-1.3927;SBpiQual=-1.3236;VQSLOD=-4.1686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:63.20:792,63,0
|
|
1 76385340 . C T 2557.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=31.59;MQ0=3;QD=29.40;SB=-1149.536;SBQD=-3.635;SBpi=-0.5897;SBpiQual=-0.6954;VQSLOD=4.4409 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2591,232,0
|
|
1 76386305 rs11161887 A G 2897.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.31;MQ0=0;QD=36.68;SB=-1084.925;SBQD=-2.627;SBpi=-1.0688;SBpiQual=-1.2752;VQSLOD=8.4483 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2930,232,0
|
|
1 76388594 rs1689267 A C 2457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.92;MQ0=0;QD=29.26;SB=-1264.589;SBQD=-4.089;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.8521;VQSLOD=6.5728 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2491,208,0
|
|
1 76394906 . A T 108.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DP=75;Dels=0.00;FS=20.634;HRun=3;HaplotypeScore=1.6609;MQ=47.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.544;QD=1.44;ReadPosRankSum=-2.703;SB=93.261;SBQD=-2.783;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5000;VQSLOD=-3.3071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,8:75:99:138,0,906
|
|
1 76410346 rs1796797 C A 2074.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=31.92;SB=-884.382;SBQD=-1.523;SBpi=-1.1783;SBpiQual=-1.3379;VQSLOD=7.1746 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2108,163,0
|
|
1 76442829 rs1251546 T C 2602.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=32.13;SB=-1239.454;SBQD=6.333;SBpi=0.0556;SBpiQual=0.5721;VQSLOD=8.1854 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2635,229,0
|
|
1 76450290 rs1251558 C A 3273.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=37.62;SB=-1216.638;SBQD=0.549;SBpi=-1.3401;SBpiQual=-1.3607;VQSLOD=7.4677 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3273,256,0
|
|
1 76457086 rs1340687 A T 2399.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.89;MQ0=0;QD=32.87;SB=-1158.787;SBQD=1.195;SBpi=-0.7608;SBpiQual=-0.7288;VQSLOD=8.0344 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2433,190,0
|
|
1 76457475 rs1612901 T C 2168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.65;MQ0=0;QD=32.86;SB=-789.905;SBQD=-3.039;SBpi=-1.3540;SBpiQual=-1.5983;VQSLOD=7.2981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2202,178,0
|
|
1 76479777 . C A 557.23 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DP=56;Dels=0.00;FS=3.841;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=9.95;ReadPosRankSum=-2.484;SB=-268.731;SBQD=6.543;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.5207;VQSLOD=2.6408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:56:99:587,0,807
|
|
1 76481062 rs10782605 G A 2509.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.86;SB=-1332.788;SBQD=0.502;SBpi=0.1179;SBpiQual=0.1383;VQSLOD=8.6889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2543,199,0
|
|
1 76492334 rs1866254 T C 2733.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.05;SB=-1416.223;SBQD=-0.040;SBpi=0.2265;SBpiQual=0.2455;VQSLOD=8.5205 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2767,217,0
|
|
1 76503162 rs1251485 G A 2563.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.12;SB=-1125.434;SBQD=-1.407;SBpi=0.8778;SBpiQual=0.8246;VQSLOD=7.0475 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2597,205,0
|
|
1 76503266 rs4083965 A T 969.54 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.225;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-421.852;SBQD=-3.896;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.5965;VQSLOD=5.6993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:1000,0,1555
|
|
1 76504638 rs7513692 G C 1158.31 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.044;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-626.454;SBQD=-1.092;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.0639;VQSLOD=6.0075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1188,0,1158
|
|
1 76505119 rs61771303 A G 991.30 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=14.382;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.131;SB=-249.071;SBQD=8.774;SBpi=1.4368;SBpiQual=1.5488;VQSLOD=4.7801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:1021,0,1214
|
|
1 76505266 rs6686341 C T 1395.90 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.077;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.103;HRun=3;HaplotypeScore=3.8294;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=17.23;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-825.801;SBQD=-3.052;SBpi=0.0714;SBpiQual=0.0742;VQSLOD=3.4482 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:1426,0,968
|
|
1 76506254 rs1340690 A G 1576.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=58.44;MQ0=0;QD=27.66;SB=-913.352;SBQD=-7.461;SBpi=0.5960;SBpiQual=0.0948;VQSLOD=4.3883 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1609,141,0
|
|
1 76510017 rs11805321 T C 1351.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.543;SB=-524.265;SBQD=1.787;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.8031;VQSLOD=4.2783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1382,0,1247
|
|
1 76513759 rs1013629 C T 1163.80 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.741;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.297;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=17.11;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-612.952;SBQD=-3.604;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1003;VQSLOD=6.4079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1194,0,898
|
|
1 76529111 rs58483436 A G 916.76 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.043;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.067;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.085;SB=-343.809;SBQD=-5.581;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.8928;VQSLOD=5.3976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:56:99:947,0,615
|
|
1 76532848 rs1251472 A C 2858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.85;SB=-1378.875;SBQD=-0.245;SBpi=0.4417;SBpiQual=0.4475;VQSLOD=8.6676 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2891,229,0
|
|
1 76548758 rs1144343 C G 892.57 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=11.139;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.574;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.447;SB=-300.218;SBQD=6.820;SBpi=1.0607;SBpiQual=0.9813;VQSLOD=5.3063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:923,0,953
|
|
1 76565404 rs1251568 C G 3277.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3204;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.02;SB=-1451.030;SBQD=1.276;SBpi=-0.7862;SBpiQual=-0.7360;VQSLOD=6.5350 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3278,259,0
|
|
1 76585817 rs17609913 G A 1050.75 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.519;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.527;SB=-529.295;SBQD=2.726;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0050;VQSLOD=4.7811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1081,0,1248
|
|
1 76610124 rs438166 A G 1069.53 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.907;SB=-514.640;SBQD=2.442;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.5172;VQSLOD=4.8715 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1100,0,920
|
|
1 76617349 rs434587 G A 2004.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.64;MQ0=0;QD=31.32;SB=-1025.952;SBQD=-3.046;SBpi=-0.3750;SBpiQual=-0.5388;VQSLOD=6.1191 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:2038,160,0
|
|
1 76617485 rs571399 C T 2247.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.05;SB=-1089.235;SBQD=0.220;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.6712;VQSLOD=8.2470 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2280,181,0
|
|
1 76624733 rs370016 T C 1227.16 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.066;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=15.94;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-618.927;SBQD=-7.477;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2644;VQSLOD=5.4584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:1257,0,1002
|
|
1 76641187 rs453606 A G 1947.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.3682;MQ=61.58;MQ0=0;QD=30.91;SB=-1134.968;SBQD=4.347;SBpi=-0.1890;SBpiQual=0.1327;VQSLOD=5.0772 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1981,159,0
|
|
1 76644230 rs450636 C A 1034.43 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.767;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.981;HRun=0;HaplotypeScore=1.9841;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.178;SB=-548.747;SBQD=5.440;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.3855;VQSLOD=5.3135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1064,0,1180
|
|
1 76657852 rs2631794 T G 823.13 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.046;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.057;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=11.43;ReadPosRankSum=-1.040;SB=-445.869;SBQD=-5.487;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.1412;VQSLOD=4.2694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:853,0,1331
|
|
1 76658547 rs923244 C T 2377.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=36.02;SB=-873.538;SBQD=0.423;SBpi=-1.3540;SBpiQual=-1.3935;VQSLOD=7.9174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2410,187,0
|
|
1 76672270 rs517017 A G 1977.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.78;MQ0=0;QD=29.51;SB=-1064.078;SBQD=-6.833;SBpi=0.6719;SBpiQual=0.1410;VQSLOD=6.0793 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2010,177,0
|
|
1 76692832 rs479650 A G 826.44 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.039;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=7.765;HRun=0;HaplotypeScore=2.5365;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=2.512;QD=11.02;ReadPosRankSum=2.533;SB=-431.183;SBQD=-8.385;SBpi=0.0845;SBpiQual=-0.2737;VQSLOD=4.1870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:856,0,1225
|
|
1 76700296 rs17098442 C G 866.46 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=7.451;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.440;SB=-397.331;SBQD=-4.976;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.8061;VQSLOD=6.1577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:896,0,1046
|
|
1 76701040 rs3011991 C A 2098.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.9989;MQ=58.64;MQ0=0;QD=33.85;SB=-1067.442;SBQD=1.398;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.5302;VQSLOD=4.9226 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2132,166,0
|
|
1 76717966 rs572581 T G 2000.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=32.79;SB=-807.931;SBQD=-5.975;SBpi=-0.5762;SBpiQual=-0.9752;VQSLOD=8.3099 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2033,177,0
|
|
1 76724652 rs572200 C T 1178.85 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.702;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.900;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.486;SB=-561.660;SBQD=-2.181;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4619;VQSLOD=5.8859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1209,0,853
|
|
1 76733183 rs11162105 G C 3039.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9325;MQ=59.36;MQ0=0;QD=32.33;SB=-1679.839;SBQD=1.764;SBpi=-0.3094;SBpiQual=-0.1644;VQSLOD=5.6480 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3072,247,0
|
|
1 76747891 rs1414482 T A 966.86 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.381;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=18.96;ReadPosRankSum=-2.398;SB=-478.233;SBQD=3.633;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0675;VQSLOD=3.6793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:997,0,649
|
|
1 76750331 rs4480406 T G 1317.22 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.103;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.155;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=16.89;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-536.041;SBQD=4.720;SBpi=0.8847;SBpiQual=1.0229;VQSLOD=4.8935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:1347,0,977
|
|
1 76750874 rs3883995 C T 1178.03 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.107;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.814;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-688.187;SBQD=-7.122;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.1823;VQSLOD=5.4042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1208,0,1286
|
|
1 76756456 rs4290109 G T 988.51 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.554;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=12.36;ReadPosRankSum=1.735;SB=-676.297;SBQD=1.047;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.2887;VQSLOD=3.5503 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:80:99:1018,0,906
|
|
1 76758247 rs17671689 T G 1159.97 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.152;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.747;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.268;SB=-590.768;SBQD=5.111;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.3823;VQSLOD=5.6295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1190,0,1178
|
|
1 76765096 rs2392036 C T 819.75 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.383;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.046;HRun=0;HaplotypeScore=2.4447;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.863;SB=-352.904;SBQD=-2.409;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.7392;VQSLOD=4.4885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:850,0,1140
|
|
1 76783391 rs4611076 A G 3219.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7005;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.78;SB=-1442.126;SBQD=1.037;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7258;VQSLOD=7.7466 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3253,259,0
|
|
1 76785393 rs4421636 C T 2891.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=34.02;SB=-1181.850;SBQD=0.581;SBpi=-1.3558;SBpiQual=-1.3791;VQSLOD=8.1219 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2924,226,0
|
|
1 76785983 rs12039112 A G 2756.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.78;MQ0=0;QD=33.22;SB=-1385.943;SBQD=1.726;SBpi=0.3842;SBpiQual=0.5431;VQSLOD=7.4610 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2790,226,0
|
|
1 76786648 rs5005185 T C 594.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=4.173;HRun=0;HaplotypeScore=20.9439;MQ=62.30;MQ0=0;MQRankSum=-3.206;QD=10.81;ReadPosRankSum=2.005;SB=-602.156;SBQD=2.568;SBpi=0.8485;SBpiQual=0.8580;VQSLOD=-12.6287 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:55:51.16:628,51,0
|
|
1 76848595 rs2147792 T C 3062.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1467.822;SBQD=-0.073;SBpi=-0.5392;SBpiQual=-0.5769;VQSLOD=8.3383 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3095,241,0
|
|
1 76851394 rs6421756 C T 2440.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=36.43;SB=-1188.001;SBQD=-0.997;SBpi=0.3054;SBpiQual=0.2609;VQSLOD=8.7973 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2474,196,0
|
|
1 76862220 rs11162147 T C 2675.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.5757;MQ=59.60;MQ0=0;QD=28.77;SB=-1234.457;SBQD=-0.457;SBpi=1.3999;SBpiQual=1.4381;VQSLOD=3.5131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2708,232,0
|
|
1 76863536 rs4369272 G A 3000.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5655;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.71;SB=-1463.239;SBQD=-2.606;SBpi=-0.3710;SBpiQual=-0.6008;VQSLOD=4.4780 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3034,244,0
|
|
1 76864069 rs4949715 T G 2346.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.04;SB=-1177.093;SBQD=-5.698;SBpi=0.1780;SBpiQual=-0.2712;VQSLOD=8.2192 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2379,208,0
|
|
1 76946327 rs12066794 G C 1260.71 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.649;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=17.51;ReadPosRankSum=1.377;SB=-546.008;SBQD=4.659;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.4485;VQSLOD=4.4846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1291,0,989
|
|
1 76947447 rs11162165 A G 1319.92 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.351;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.859;SB=-663.542;SBQD=0.074;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2623;VQSLOD=6.2813 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:1350,0,1543
|
|
1 76954637 rs7531740 T C 1398.82 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=15.54;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-656.935;SBQD=0.594;SBpi=0.4330;SBpiQual=0.5562;VQSLOD=4.8473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:1429,0,1291
|
|
1 76971928 rs315095 C T 2293.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1205.520;SBQD=0.956;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0270;VQSLOD=7.5082 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2327,181,0
|
|
1 76979428 rs188789 T C 867.07 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.203;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.767;SB=-420.606;SBQD=3.165;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3543;VQSLOD=5.9961 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:897,0,1531
|
|
1 77003340 rs1547340 G A 2592.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.57;SB=-1435.574;SBQD=0.063;SBpi=0.0577;SBpiQual=0.0709;VQSLOD=8.4129 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2626,205,0
|
|
1 77095600 rs9970671 G A 968.22 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.352;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.248;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=13.26;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-489.635;SBQD=3.561;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2193;VQSLOD=5.1010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:998,0,1279
|
|
1 77097362 rs12404264 A C 1019.98 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=14.687;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=14.17;ReadPosRankSum=1.521;SB=-282.746;SBQD=-10.695;SBpi=-1.2677;SBpiQual=-1.4200;VQSLOD=4.8713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:1050,0,1224
|
|
1 77100705 rs61771672 A G 413.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=4.230;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=-3.516;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-251.948;SBQD=-2.601;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.8396;VQSLOD=0.5251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:444,0,1003
|
|
1 77103880 rs17633814 T C 1519.28 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.603;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=18.99;ReadPosRankSum=1.933;SB=-690.760;SBQD=0.885;SBpi=0.2060;SBpiQual=0.5990;VQSLOD=4.8752 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,53:80:99:1549,0,822
|
|
1 77104026 rs17685020 A G 933.28 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.292;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.714;SB=-397.960;SBQD=-5.332;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.7024;VQSLOD=5.8035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:963,0,1020
|
|
1 77118287 rs11809274 G A 800.57 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.277;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.866;QD=13.80;ReadPosRankSum=1.042;SB=-304.704;SBQD=-4.858;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7972;VQSLOD=4.3182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:831,0,869
|
|
1 77134203 rs59814554 A T 798.48 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=11.57;ReadPosRankSum=-2.069;SB=-428.342;SBQD=1.730;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2357;VQSLOD=4.7083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:828,0,1203
|
|
1 77138904 rs689423 A G 794.33 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.520;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.832;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.078;SB=-391.656;SBQD=-9.300;SBpi=0.4110;SBpiQual=-0.0829;VQSLOD=5.9809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:824,0,1038
|
|
1 77153592 rs491408 C T 2930.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=31.18;SB=-1629.192;SBQD=3.335;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2370;VQSLOD=7.4943 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2964,232,0
|
|
1 77164587 rs4949741 C A 1861.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.35;MQ0=0;QD=35.12;SB=-579.349;SBQD=-5.864;SBpi=-1.3049;SBpiQual=-1.4524;VQSLOD=7.4250 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1894,153,0
|
|
1 77228520 rs11162202 A G 2330.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.66;SB=-953.996;SBQD=-5.132;SBpi=1.3765;SBpiQual=0.9307;VQSLOD=4.6215 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2364,213,0
|
|
1 77269029 rs11162216 T G 1665.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;QD=26.86;SB=-1146.517;SBQD=-0.328;SBpi=-0.1270;SBpiQual=-0.1432;VQSLOD=5.2545 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1698,135,0
|
|
1 77302885 rs9660120 G A 1486.77 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.905;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.877;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.875;QD=19.31;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-667.746;SBQD=-1.677;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.5674;VQSLOD=4.3395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1517,0,838
|
|
1 77304726 . A G 1083.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.73;MQ0=17;MQRankSum=0.699;QD=14.64;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-375.907;SBQD=8.764;SBpi=0.2967;SBpiQual=-0.1988;VQSLOD=4.2160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,71:74:99:1116,108,0
|
|
1 77315936 rs12731397 A G 1010.96 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7319;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.503;SB=-541.092;SBQD=1.734;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1508;VQSLOD=5.3588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:1041,0,739
|
|
1 77323384 rs9660892 C T 570.34 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.113;HRun=0;HaplotypeScore=2.5628;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.655;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-319.589;SBQD=-1.802;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.3585;VQSLOD=5.0197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:600,0,825
|
|
1 77348936 rs1357331 G A 2142.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=36.94;SB=-810.713;SBQD=0.047;SBpi=1.0505;SBpiQual=1.0903;VQSLOD=7.9042 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2176,172,0
|
|
1 77369269 rs9729082 G T 2630.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1273.225;SBQD=0.821;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-0.4525;VQSLOD=8.3001 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2663,208,0
|
|
1 77447021 rs12027255 C T 2408.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.77;MQ0=0;QD=35.95;SB=-1033.406;SBQD=-2.514;SBpi=-0.6719;SBpiQual=-0.7483;VQSLOD=8.5354 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2442,193,0
|
|
1 77559860 rs7537634 G A 2692.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-933.224;SBQD=0.245;SBpi=1.5112;SBpiQual=1.6106;VQSLOD=8.0849 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2726,214,0
|
|
1 77577003 rs56129228 T C 530.73 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.256;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6626;MQ=27.02;MQ0=17;MQRankSum=0.386;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.575;SB=-120.943;SBQD=8.807;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3209;VQSLOD=3.6354 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:561,0,665
|
|
1 77594574 rs2689674 T G 1228.35 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.264;SB=-581.250;SBQD=-0.154;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3441;VQSLOD=6.2673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1258,0,1309
|
|
1 77600690 rs2653469 C T 904.12 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.050;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.740;SB=-330.175;SBQD=1.322;SBpi=0.9129;SBpiQual=1.0221;VQSLOD=4.9202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:934,0,1003
|
|
1 77603836 rs839821 A C 964.41 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.894;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.735;QD=13.39;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-548.393;SBQD=-0.894;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3103;VQSLOD=4.6867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:994,0,1093
|
|
1 77632991 rs1974032 A C 1438.07 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.961;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-378.620;SBQD=-4.059;SBpi=-1.8904;SBpiQual=-1.9341;VQSLOD=2.5231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:1468,0,1088
|
|
1 77657668 rs865742 G A 2514.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.18;MQ0=0;QD=31.83;SB=-1409.089;SBQD=0.640;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.3612;VQSLOD=6.6794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2548,199,0
|
|
1 77657769 . G A 1062.12 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.467;DP=68;Dels=0.00;FS=4.853;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=15.62;ReadPosRankSum=1.207;SB=-546.714;SBQD=-4.825;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2840;VQSLOD=4.2222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1092,0,789
|
|
1 77661483 rs60914816 A G 1078.73 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.485;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.227;QD=15.86;ReadPosRankSum=1.129;SB=-455.680;SBQD=0.437;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.5668;VQSLOD=4.7989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1109,0,1035
|
|
1 77667709 rs1779186 A C 499.18 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.075;HRun=3;HaplotypeScore=1.8857;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-339.612;SBQD=4.441;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.0424;VQSLOD=3.3905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:529,0,771
|
|
1 77668569 rs17688479 G A 1124.41 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.370;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=8.870;HRun=0;HaplotypeScore=1.9747;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=13.23;ReadPosRankSum=-2.716;SB=-486.225;SBQD=7.196;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7288;VQSLOD=3.6712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1154,0,1281
|
|
1 77671679 rs12562725 T C 1133.01 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.346;SB=-660.881;SBQD=-0.811;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.1084;VQSLOD=5.9269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1163,0,876
|
|
1 77749322 rs7534033 T C 1073.99 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.774;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-610.412;SBQD=4.253;SBpi=-0.3086;SBpiQual=0.1038;VQSLOD=5.7693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:1104,0,969
|
|
1 77750066 . A G 1205.32 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.063;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.667;SB=-637.352;SBQD=0.487;SBpi=-0.0762;SBpiQual=0.0477;VQSLOD=3.7288 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,43:104:99:1235,0,1868
|
|
1 77756345 rs10493602 T A 1216.06 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.276;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.814;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.780;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-686.839;SBQD=-0.933;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.1333;VQSLOD=5.6504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1246,0,1424
|
|
1 77769311 rs1670611 A T 1157.30 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=5.877;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.912;SB=-385.683;SBQD=-6.766;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.2123;VQSLOD=4.2377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1187,0,1390
|
|
1 77773138 rs2996486 G A 1224.65 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.555;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=11.183;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-401.963;SBQD=6.877;SBpi=1.0408;SBpiQual=1.1025;VQSLOD=5.3831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:1255,0,1218
|
|
1 77776342 rs12088702 A G 663.93 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.389;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=8.922;HRun=2;HaplotypeScore=2.9506;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=2.839;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.254;SB=-238.052;SBQD=-11.168;SBpi=-0.8839;SBpiQual=-1.2390;VQSLOD=2.4769 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:64:99:694,0,841
|
|
1 77778787 rs1167199 A T 3693.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=2.5633;MQ=59.82;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1637.315;SBQD=2.439;SBpi=-0.9806;SBpiQual=-0.8036;VQSLOD=3.2341 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:3693,295,0
|
|
1 77785352 rs1167196 G T 2528.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1350.321;SBQD=0.445;SBpi=-0.0593;SBpiQual=-0.0512;VQSLOD=8.7359 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2561,199,0
|
|
1 77817458 rs9439819 G A 1071.61 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.244;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.454;HRun=0;HaplotypeScore=1.8640;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=16.49;ReadPosRankSum=0.151;SB=-473.520;SBQD=-4.387;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4930;VQSLOD=5.3773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:1102,0,773
|
|
1 77840200 rs2647526 C T 3489.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9632;MQ=59.64;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1574.691;SBQD=-1.828;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.9020;VQSLOD=5.5135 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3489,271,0
|
|
1 77861975 rs10873936 G A 1231.64 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.104;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=7.492;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.534;SB=-482.374;SBQD=6.194;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.8205;VQSLOD=5.7206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1262,0,1170
|
|
1 77874271 rs11162338 G A 2868.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.85;SB=-1239.893;SBQD=0.157;SBpi=-0.7826;SBpiQual=-0.8274;VQSLOD=7.6314 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2901,232,0
|
|
1 77895304 rs55897785 T A 1211.54 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.293;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=11.671;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=20.19;ReadPosRankSum=0.158;SB=-533.412;SBQD=-9.861;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3765;VQSLOD=4.6874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:1242,0,695
|
|
1 77897238 . G T 1121.78 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.791;DP=66;Dels=0.00;FS=0.946;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=17.00;ReadPosRankSum=-1.680;SB=-505.238;SBQD=1.363;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.5589;VQSLOD=3.5950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1152,0,888
|
|
1 77903925 rs57412768 A G 2298.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=32.37;ReadPosRankSum=0.792;SB=-1177.730;SBQD=-0.211;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.3542;VQSLOD=7.5509 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:2331,190,0
|
|
1 77918347 rs12044354 A G 1230.69 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.354;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.237;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=14.83;ReadPosRankSum=1.351;SB=-560.463;SBQD=-7.003;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.4995;VQSLOD=6.2186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1261,0,1114
|
|
1 77938469 rs2803160 T G 419.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=29.986;HRun=1;HaplotypeScore=4.9871;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=-5.119;QD=8.39;ReadPosRankSum=-5.555;SB=-11.463;SBQD=-15.963;SBpi=-1.7889;SBpiQual=-1.9748;VQSLOD=-13.3336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:449,0,931
|
|
1 77965329 rs2647510 T C 1592.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.79;MQ0=0;QD=26.99;SB=-758.989;SBQD=6.401;SBpi=0.5859;SBpiQual=1.0584;VQSLOD=3.7577 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1626,141,0
|
|
1 77991029 rs4949805 G A 783.38 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.690;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.208;HRun=0;HaplotypeScore=1.9825;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=12.84;ReadPosRankSum=1.623;SB=-374.682;SBQD=-5.852;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3718;VQSLOD=5.3273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:813,0,900
|
|
1 78025551 rs3509 C T 2428.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.88;MQ0=0;QD=27.60;SB=-1387.943;SBQD=-1.004;SBpi=-0.5330;SBpiQual=-0.8397;VQSLOD=5.6854 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:2462,199,0
|
|
1 78035163 rs12717767 C T 2739.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=34.68;SB=-1270.181;SBQD=-3.013;SBpi=0.8438;SBpiQual=0.6500;VQSLOD=6.7542 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2773,220,0
|
|
1 78039737 rs7545175 G A 1838.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=34.69;SB=-382.604;SBQD=-3.098;SBpi=-2.2664;SBpiQual=-2.4562;VQSLOD=6.2457 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1872,147,0
|
|
1 78074357 . C T 1526.74 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.163;DP=107;Dels=0.00;FS=9.360;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.005;QD=14.27;ReadPosRankSum=-1.903;SB=-606.411;SBQD=-5.788;SBpi=-1.1461;SBpiQual=-1.1661;VQSLOD=2.3035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:1557,0,1642
|
|
1 78101582 rs11162373 C T 1754.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=30.25;SB=-935.804;SBQD=-1.166;SBpi=-0.5252;SBpiQual=-0.6309;VQSLOD=7.0916 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1787,141,0
|
|
1 78312358 rs7544892 A C 1229.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.74;MQ0=0;QD=33.23;SB=-275.219;SBQD=9.282;SBpi=1.5618;SBpiQual=1.8085;VQSLOD=7.0653 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1263,102,0
|
|
1 78353677 . T C 134.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;DP=44;Dels=0.00;FS=9.995;HRun=1;HaplotypeScore=3.5733;MQ=38.77;MQ0=1;MQRankSum=2.527;QD=3.05;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-348.766;SBQD=-8.161;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.6919;VQSLOD=0.1122 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,29:44:18.02:167,18,0
|
|
1 78359029 rs1166706 T C 2116.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=36.50;SB=-836.832;SBQD=-0.983;SBpi=0.9191;SBpiQual=0.8566;VQSLOD=8.6793 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2150,175,0
|
|
1 78393287 rs58132637 C G 393.38 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.09;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;DB;DP=67;Dels=0.04;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=51.9821;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=3.327;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.670;SB=-822.962;SBQD=2.943;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.7595;VQSLOD=-64.9002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,61:67:62.93:423,0,63
|
|
1 78403856 rs1780047 T A 1947.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=34.18;SB=-1019.763;SBQD=0.243;SBpi=0.3311;SBpiQual=0.3587;VQSLOD=8.0247 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1981,150,0
|
|
1 78498082 rs4949830 T C 711.14 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.01;MQ0=0;QD=23.70;SB=-0.007;SBQD=-28.865;SBpi=-2.7386;SBpiQual=-2.5495;VQSLOD=2.0493 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:72.15:744,72,0
|
|
1 78516452 rs6424668 A G 1625.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.46;MQ0=0;QD=30.10;SB=-876.460;SBQD=-0.931;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.5703;VQSLOD=6.6736 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1658,132,0
|
|
1 78608156 rs12136620 C G 2003.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.11;MQ0=0;QD=30.36;SB=-1082.353;SBQD=-2.195;SBpi=-0.1231;SBpiQual=-0.2002;VQSLOD=6.8958 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2037,174,0
|
|
1 78608697 rs513245 C A 1013.93 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.869;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.398;HRun=0;HaplotypeScore=2.7024;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=13.52;ReadPosRankSum=2.147;SB=-396.378;SBQD=6.197;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5338;VQSLOD=4.2257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1044,0,879
|
|
1 78621340 rs4650607 C G 1058.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.988;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.165;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=14.11;ReadPosRankSum=-0.504;SB=-408.617;SBQD=-4.148;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8950;VQSLOD=5.4754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1088,0,1263
|
|
1 78623330 rs1407747 A G 1530.97 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.960;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.822;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.970;SB=-650.180;SBQD=-2.837;SBpi=-0.7702;SBpiQual=-0.7774;VQSLOD=4.9438 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:1561,0,1019
|
|
1 78642418 rs624604 T C 2265.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.36;SB=-943.992;SBQD=0.017;SBpi=-1.1952;SBpiQual=-1.2623;VQSLOD=7.4213 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2298,184,0
|
|
1 78642850 rs55672379 T C 995.37 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.492;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=15.825;HRun=0;HaplotypeScore=1.9930;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-388.039;SBQD=-10.094;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8840;VQSLOD=5.0333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1025,0,1419
|
|
1 78644811 rs610508 T A 726.92 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.369;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-414.966;SBQD=-4.934;SBpi=0.0928;SBpiQual=-0.0554;VQSLOD=3.9729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:757,0,1378
|
|
1 78647215 . A G 902.86 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.637;DP=73;Dels=0.00;FS=3.322;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.865;SB=-470.099;SBQD=-4.020;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1251;VQSLOD=3.6482 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:933,0,1431
|
|
1 78664196 rs680971 G A 920.53 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.375;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=7.215;HRun=0;HaplotypeScore=1.6624;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.954;SB=-236.295;SBQD=8.131;SBpi=1.2780;SBpiQual=1.4521;VQSLOD=4.1282 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:951,0,1055
|
|
1 78672119 rs7543860 A G 2446.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.06;MQ0=1;QD=29.12;SB=-1186.573;SBQD=10.217;SBpi=-0.4364;SBpiQual=-0.3080;VQSLOD=6.5172 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2479,222,0
|
|
1 78685578 rs1770303 C T 3050.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=33.89;SB=-1665.064;SBQD=1.203;SBpi=-0.2108;SBpiQual=-0.1967;VQSLOD=7.6926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3083,241,0
|
|
1 78685602 rs593113 A G 3138.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.49;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1601.433;SBQD=0.940;SBpi=0.0530;SBpiQual=0.1918;VQSLOD=8.8190 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3172,256,0
|
|
1 78691290 rs1745624 C G 2407.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=36.48;SB=-1058.092;SBQD=1.228;SBpi=0.6155;SBpiQual=0.7301;VQSLOD=9.0731 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2440,193,0
|
|
1 78691961 rs617905 T G 2104.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.08;SB=-1010.791;SBQD=-0.212;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.3938;VQSLOD=7.1669 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2138,172,0
|
|
1 78702112 rs1323097 T C 1586.45 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.391;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.969;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=19.35;ReadPosRankSum=0.928;SB=-778.103;SBQD=-3.525;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.4354;VQSLOD=5.4933 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,54:82:99:1616,0,854
|
|
1 78715569 . G A 1012.79 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.487;DP=79;Dels=0.00;FS=3.109;HRun=4;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=12.82;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-517.642;SBQD=-3.949;SBpi=0.1667;SBpiQual=-0.0317;VQSLOD=3.4219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:1043,0,1358
|
|
1 78721828 . C G 1084.73 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.510;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=14.66;ReadPosRankSum=0.579;SB=-558.172;SBQD=0.611;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1793;VQSLOD=4.8057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1115,0,1171
|
|
1 78732609 . A G 1309.77 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=14.88;ReadPosRankSum=1.089;SB=-610.105;SBQD=1.052;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.4904;VQSLOD=5.7463 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:1340,0,1370
|
|
1 78742628 rs1538766 G C 2701.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=35.08;SB=-1228.114;SBQD=-0.331;SBpi=0.7407;SBpiQual=0.7657;VQSLOD=8.3321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2734,217,0
|
|
1 78762196 rs12134625 T G 1198.84 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.988;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.761;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.686;SB=-626.644;SBQD=2.723;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.0591;VQSLOD=5.6397 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1229,0,1422
|
|
1 78774078 rs6696390 A G 2631.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-1057.329;SBQD=-6.518;SBpi=-0.8232;SBpiQual=-1.3665;VQSLOD=5.6178 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2665,229,0
|
|
1 78780003 . T C 2230.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.88;MQ0=1;QD=30.98;SB=-1149.680;SBQD=-1.637;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3947;VQSLOD=5.9975 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2264,192,0
|
|
1 78835491 rs6424769 C T 2562.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.63;SB=-1342.654;SBQD=0.093;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0495;VQSLOD=7.3275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2596,208,0
|
|
1 78844710 rs7544389 C T 1340.32 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.589;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=17.41;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-539.265;SBQD=-6.963;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.8143;VQSLOD=5.4231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1370,0,1033
|
|
1 78865749 rs1753082 G A 83.68 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DB;DP=68;Dels=0.01;FS=3.782;HRun=24;HaplotypeScore=20.2260;MQ=49.06;MQ0=1;MQRankSum=1.116;QD=1.21;ReadPosRankSum=4.364;SB=-478.968;SBQD=-6.123;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.6869;VQSLOD=-66.1999 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,45:68:99:114,0,338
|
|
1 78873301 rs521636 A G 2705.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1439.564;SBQD=0.796;SBpi=-0.0570;SBpiQual=0.0286;VQSLOD=7.4640 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2739,223,0
|
|
1 78926402 rs55875947 T C 1024.65 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=7.127;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=15.76;ReadPosRankSum=1.241;SB=-444.116;SBQD=4.222;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.5946;VQSLOD=5.2514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:1055,0,869
|
|
1 78949662 rs11162499 G T 641.09 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.650;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.775;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.790;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-411.325;SBQD=3.074;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1862;VQSLOD=2.3629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:671,0,523
|
|
1 78965784 rs3766348 T C 759.68 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=8.893;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=13.57;ReadPosRankSum=-1.027;SB=-295.966;SBQD=-3.920;SBpi=0.7303;SBpiQual=1.0707;VQSLOD=5.3408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:790,0,839
|
|
1 78987873 rs6424778 C T 739.80 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.989;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.150;SB=-310.669;SBQD=-2.473;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6799;VQSLOD=4.8090 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:770,0,994
|
|
1 79053179 rs7553581 C T 2993.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=36.96;ReadPosRankSum=0.492;SB=-1227.412;SBQD=-2.279;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-1.0415;VQSLOD=8.4236 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:3027,235,0
|
|
1 79092284 rs988097 A C 1140.53 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.207;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=15.41;ReadPosRankSum=0.778;SB=-400.822;SBQD=-5.095;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-1.0180;VQSLOD=5.7363 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1171,0,1137
|
|
1 79094593 rs273257 A G 2751.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=33.97;SB=-1140.494;SBQD=-0.310;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.2347;VQSLOD=7.9111 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2785,220,0
|
|
1 79100762 rs273255 A T 1049.15 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.444;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.890;SB=-435.597;SBQD=-5.163;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-0.9243;VQSLOD=3.7148 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1079,0,1184
|
|
1 79124023 rs273249 G A 2660.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.48;SB=-1365.597;SBQD=-0.730;SBpi=-0.1732;SBpiQual=-0.2377;VQSLOD=8.9360 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2694,211,0
|
|
1 79126727 rs59610674 A G 1137.90 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.383;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=10.755;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-422.387;SBQD=-9.539;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.7269;VQSLOD=6.1274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:1168,0,1478
|
|
1 79138482 . C T 1354.03 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.479;DP=82;Dels=0.00;FS=5.888;HRun=0;HaplotypeScore=1.9658;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=2.162;QD=16.51;ReadPosRankSum=-1.277;SB=-533.389;SBQD=-6.020;SBpi=-0.9690;SBpiQual=-1.0239;VQSLOD=2.3980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1384,0,928
|
|
1 79152696 rs11804167 A G 2544.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.92;SB=-1248.942;SBQD=1.524;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.4642;VQSLOD=6.7076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2577,205,0
|
|
1 79175912 rs10873993 A G 2599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.88;MQ0=0;QD=31.32;SB=-1543.897;SBQD=-0.589;SBpi=-0.0549;SBpiQual=-0.0663;VQSLOD=6.9773 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2633,208,0
|
|
1 79182561 rs1780746 G A 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=38.04;SB=-1537.850;SBQD=-1.172;SBpi=-0.2712;SBpiQual=-0.3754;VQSLOD=8.4767 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3269,253,0
|
|
1 79190519 rs1780724 C A 2671.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.62;SB=-1400.633;SBQD=0.012;SBpi=-0.1732;SBpiQual=-0.1858;VQSLOD=8.8316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2705,211,0
|
|
1 79197264 rs7535414 C T 2558.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.55;SB=-1138.445;SBQD=0.744;SBpi=-0.7171;SBpiQual=-0.6985;VQSLOD=8.2619 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2592,202,0
|
|
1 79197491 rs992487 G A 2566.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.68;SB=-979.687;SBQD=2.740;SBpi=1.1625;SBpiQual=1.3667;VQSLOD=7.0286 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2599,205,0
|
|
1 79204788 rs3121628 A G 2755.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2912;MQ=59.59;MQ0=0;QD=36.74;SB=-948.485;SBQD=-0.361;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.4554;VQSLOD=5.9386 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2789,226,0
|
|
1 79211390 rs1034001 G C 3580.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=36.54;ReadPosRankSum=1.626;SB=-1651.148;SBQD=0.568;SBpi=-0.5584;SBpiQual=-0.6488;VQSLOD=7.4107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:3555,257,0
|
|
1 79211929 rs1033999 C T 1837.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.66;SB=-688.995;SBQD=3.517;SBpi=1.0302;SBpiQual=1.2750;VQSLOD=8.0573 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1870,147,0
|
|
1 79216267 rs1780743 G C 2243.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16;SB=-1187.462;SBQD=6.242;SBpi=-0.2357;SBpiQual=0.2706;VQSLOD=7.2909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2277,199,0
|
|
1 79228540 rs6424796 T C 1859.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7825;MQ=59.60;MQ0=0;QD=32.06;SB=-883.550;SBQD=4.851;SBpi=-0.6565;SBpiQual=-0.2826;VQSLOD=6.3052 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1893,168,0
|
|
1 79254762 rs12730292 C G 2331.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=30.68;SB=-1017.509;SBQD=-5.620;SBpi=-0.6882;SBpiQual=-1.1554;VQSLOD=7.1202 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2365,202,0
|
|
1 79260304 . C A 817.97 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.134;DP=73;Dels=0.00;FS=1.933;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.701;SB=-392.005;SBQD=4.668;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.6625;VQSLOD=3.2162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:848,0,1076
|
|
1 79294494 rs4650612 G A 2759.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1383.025;SBQD=-0.700;SBpi=-0.3938;SBpiQual=-0.4852;VQSLOD=8.1167 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2792,217,0
|
|
1 79309923 rs3012084 G A 3036.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=34.90;SB=-1598.452;SBQD=-1.498;SBpi=-0.0536;SBpiQual=-0.1650;VQSLOD=8.6821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3069,241,0
|
|
1 79316929 rs4518849 G A 1204.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.13;MQ0=9;QD=23.62;SB=-0.007;SBQD=31.298;SBpi=2.4042;SBpiQual=2.5240;VQSLOD=1.3747 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1238,111,0
|
|
1 79317529 rs11162566 T C 463.47 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.427;HRun=1;HaplotypeScore=5.2426;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.216;SB=-165.324;SBQD=4.631;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.8973;VQSLOD=2.5883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:493,0,1178
|
|
1 79328669 rs1686333 T C 2128.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.96;SB=-1338.907;SBQD=2.037;SBpi=-0.4417;SBpiQual=-0.2834;VQSLOD=3.7673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2162,183,0
|
|
1 79330699 rs1611965 C A 2744.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.19;SB=-1237.751;SBQD=-2.002;SBpi=-0.6794;SBpiQual=-0.8404;VQSLOD=8.0742 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2778,214,0
|
|
1 79394909 rs35160055 A G 1241.24 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.860;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=7.667;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.399;SB=-660.270;SBQD=-5.614;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2726;VQSLOD=4.6634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1271,0,1101
|
|
1 79402921 rs35977160 G C 454.56 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.501;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.460;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-317.924;SBQD=4.722;SBpi=-0.0928;SBpiQual=0.1299;VQSLOD=4.7142 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:485,0,605
|
|
1 79420704 rs1387422 C T 1414.20 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.591;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.852;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.015;SB=-601.162;SBQD=4.107;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.6552;VQSLOD=5.3372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:1444,0,865
|
|
1 79441323 rs4147223 G A 1318.44 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.470;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.857;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=18.06;ReadPosRankSum=0.374;SB=-614.448;SBQD=4.902;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.5294;VQSLOD=5.4957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:1348,0,918
|
|
1 79445296 rs1489384 C A 1051.91 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.364;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.240;HRun=2;HaplotypeScore=1.8319;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.936;QD=14.41;ReadPosRankSum=1.197;SB=-542.419;SBQD=-5.556;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.1297;VQSLOD=2.8027 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1082,0,1067
|
|
1 79480289 . G T 2052.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.46;MQ0=5;QD=26.66;SB=-827.458;SBQD=4.256;SBpi=-1.4912;SBpiQual=-1.7749;VQSLOD=3.5542 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2086,174,0
|
|
1 79480891 . A G 1725.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.53;MQ0=10;QD=18.36;SB=-502.073;SBQD=9.505;SBpi=0.9283;SBpiQual=1.0636;VQSLOD=3.2238 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:1759,153,0
|
|
1 79522440 rs4650386 C A 2728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1226.938;SBQD=-0.701;SBpi=0.6351;SBpiQual=0.6448;VQSLOD=6.3883 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2762,217,0
|
|
1 79526076 rs12563559 T C 1279.76 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=0;HaplotypeScore=3.5999;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.862;SB=-620.697;SBQD=0.925;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.1812;VQSLOD=3.9448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1310,0,1287
|
|
1 79529806 rs4233114 G A 2761.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=36.81;SB=-1403.722;SBQD=1.229;SBpi=0.0577;SBpiQual=0.1241;VQSLOD=8.5163 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2794,217,0
|
|
1 79539585 rs1332828 G A 776.22 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.613;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.055;HRun=0;HaplotypeScore=1.8899;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-393.134;SBQD=2.449;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.1575;VQSLOD=5.3862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:59:99:806,0,847
|
|
1 79543561 rs12080084 G C 1155.90 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.061;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.047;QD=18.35;ReadPosRankSum=3.842;SB=-550.194;SBQD=-3.455;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1955;VQSLOD=4.8729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:1186,0,689
|
|
1 79553192 rs6682036 T C 928.05 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.608;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=12.89;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-390.233;SBQD=-5.585;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.5614;VQSLOD=5.3675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:958,0,1222
|
|
1 79553946 rs12407899 T A 1304.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.707;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.163;SB=-632.871;SBQD=-0.629;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2120;VQSLOD=5.6070 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1335,0,1433
|
|
1 79555668 rs7540189 A G 878.32 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.564;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.130;SB=-393.964;SBQD=-4.200;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.5733;VQSLOD=4.1874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:908,0,1274
|
|
1 79570537 . T C 145.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;DP=66;Dels=0.00;FS=29.204;HRun=0;HaplotypeScore=6.3273;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=2.21;ReadPosRankSum=-3.628;SB=60.152;SBQD=-8.686;SBpi=-1.5254;SBpiQual=-1.6438;VQSLOD=-6.0958 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,13:66:99:176,0,1273
|
|
1 79582090 rs12723597 G A 271.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.00;MQ0=0;QD=7.98;SB=-40.012;SBQD=27.389;SBpi=2.5725;SBpiQual=2.8324;VQSLOD=0.8766 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:24.08:304,24,0
|
|
1 79585703 rs10735754 G A 2927.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.70;SB=-1225.376;SBQD=1.262;SBpi=0.9939;SBpiQual=1.1541;VQSLOD=8.2882 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2960,229,0
|
|
1 79598390 rs6424637 C G 1097.25 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.474;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.731;SB=-503.704;SBQD=3.925;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.3687;VQSLOD=6.0344 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:1127,0,1566
|
|
1 79614762 rs228463 A G 1161.74 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-486.017;SBQD=-0.830;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.6453;VQSLOD=4.7053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1192,0,1360
|
|
1 79631514 rs228525 C G 2003.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.30;MQ0=0;QD=29.03;SB=-1192.101;SBQD=0.753;SBpi=0.3010;SBpiQual=0.3659;VQSLOD=6.2986 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2036,162,0
|
|
1 79664476 rs228542 T C 956.85 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-531.499;SBQD=-0.814;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2647;VQSLOD=4.7792 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:987,0,1617
|
|
1 79677472 rs228512 T A 1316.30 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.815;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=6.951;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.711;SB=-564.410;SBQD=-5.533;SBpi=-0.8023;SBpiQual=-0.8695;VQSLOD=5.8597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:1346,0,1268
|
|
1 79695189 rs228487 C T 1199.14 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.312;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=1;HaplotypeScore=1.7306;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=15.18;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-459.757;SBQD=1.541;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.7986;VQSLOD=5.0363 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1229,0,1299
|
|
1 79759457 rs12064196 C T 1405.41 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=5.625;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=16.15;ReadPosRankSum=-1.701;SB=-600.565;SBQD=4.750;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.6176;VQSLOD=5.3863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1435,0,1232
|
|
1 79774965 rs4650407 G T 1370.69 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.548;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.122;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.371;QD=19.87;ReadPosRankSum=-0.749;SB=-543.156;SBQD=-3.594;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-0.9078;VQSLOD=3.2707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:69:99:1401,0,712
|
|
1 79801693 rs1412129 C T 1387.67 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.338;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=19.152;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=15.42;ReadPosRankSum=1.142;SB=-590.688;SBQD=-10.581;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.6598;VQSLOD=4.3692 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:1418,0,1360
|
|
1 79831745 rs12749224 A G 430.41 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.530;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.075;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.987;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.683;SB=-202.612;SBQD=-4.186;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.7330;VQSLOD=2.8774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:460,0,772
|
|
1 79838171 rs35733452 C T 1381.12 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.686;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-504.132;SBQD=4.911;SBpi=0.9690;SBpiQual=1.0321;VQSLOD=5.1625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1411,0,1256
|
|
1 79840134 rs35676104 G A 1099 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=5.707;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.955;SB=-400.542;SBQD=4.744;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.8507;VQSLOD=5.2598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:1129,0,1459
|
|
1 79840516 rs12749113 C T 1194.34 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.885;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.791;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.471;SB=-617.407;SBQD=-2.008;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0147;VQSLOD=5.1479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,39:93:99:1224,0,1718
|
|
1 79840872 rs33944981 C A 554.47 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.759;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.703;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.007;SB=-253.017;SBQD=-5.065;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.4712;VQSLOD=5.4398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:584,0,1318
|
|
1 79849679 rs3000118 A C 722.57 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=1.027;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.602;SB=-237.977;SBQD=-2.308;SBpi=-1.3470;SBpiQual=-1.2802;VQSLOD=3.7648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:753,0,1120
|
|
1 79856142 rs3015064 G A 877.53 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.416;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.888;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.124;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.011;SB=-431.185;SBQD=1.668;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.3143;VQSLOD=5.0136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:908,0,1323
|
|
1 79861783 rs3015085 T C 1111.12 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-575.467;SBQD=-0.484;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.1276;VQSLOD=4.5973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:1141,0,1486
|
|
1 79868462 rs3015095 T C 640.43 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.459;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=12.81;ReadPosRankSum=1.090;SB=-163.322;SBQD=-1.582;SBpi=1.3553;SBpiQual=1.4832;VQSLOD=4.0312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:670,0,896
|
|
1 79892079 rs3000096 A G 2322.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=30.56;SB=-1195.081;SBQD=-5.517;SBpi=0.6882;SBpiQual=0.2148;VQSLOD=6.5539 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2356,208,0
|
|
1 79917078 rs3015006 C T 1120.30 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.745;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=7.108;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=13.03;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-468.563;SBQD=5.338;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.7277;VQSLOD=5.4149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1150,0,1293
|
|
1 79930751 rs7525373 T C 1119.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.528;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.970;SB=-518.433;SBQD=-3.776;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4160;VQSLOD=3.9278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:74:99:1150,0,1069
|
|
1 79949823 rs2132055 A G 770.13 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.646;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.045;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.818;SB=-432.655;SBQD=-2.114;SBpi=-0.0928;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=5.4007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:800,0,1260
|
|
1 79957338 rs11577212 C T 344.45 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=3;MQRankSum=-1.765;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-136.802;SBQD=-1.759;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.5138;VQSLOD=1.7657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:374,0,914
|
|
1 79982809 rs3015021 C G 689.46 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.72;MQ0=1;MQRankSum=0.008;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-286.776;SBQD=4.179;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.4461;VQSLOD=5.5787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:719,0,747
|
|
1 79993433 rs4394592 C A 1349.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=1.695;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-682.180;SBQD=3.852;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.2199;VQSLOD=5.7191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:1380,0,1493
|
|
1 80004090 rs12563872 T C 1019.69 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.081;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-647.375;SBQD=3.882;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1768;VQSLOD=5.0840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1050,0,916
|
|
1 80007216 . G T 1041.83 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=29.55;MQ0=6;QD=22.17;SB=-458.925;SBQD=3.424;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.3678;VQSLOD=1.5409 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93.18:1075,93,0
|
|
1 80019375 rs1494861 G T 2601.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=36.13;SB=-1156.349;SBQD=0.478;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7834;VQSLOD=8.0228 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2635,208,0
|
|
1 80022362 rs55939932 C T 1196.66 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.821;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.732;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=13.91;ReadPosRankSum=0.514;SB=-580.608;SBQD=2.135;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.5130;VQSLOD=5.7844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1227,0,1293
|
|
1 80033075 rs35794560 C A 1327.28 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.907;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=2.153;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.087;SB=-569.862;SBQD=-0.989;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-0.8201;VQSLOD=4.1191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1357,0,1160
|
|
1 80040353 rs2201453 A G 1039.45 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.985;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.064;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.182;SB=-450.824;SBQD=4.661;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.5275;VQSLOD=6.0759 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1069,0,1032
|
|
1 80051014 rs34898118 C T 1229.06 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.603;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=2.993;HRun=0;HaplotypeScore=3.4777;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-603.695;SBQD=-2.174;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1730;VQSLOD=3.9654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1259,0,1067
|
|
1 80060278 rs11162751 T C 1087 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.292;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-392.671;SBQD=-1.459;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.1788;VQSLOD=4.6983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:1117,0,1584
|
|
1 80062867 rs12735268 C A 1649.91 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=3.622;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.996;QD=16.02;ReadPosRankSum=0.543;SB=-832.717;SBQD=3.308;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=3.8093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:103:99:1680,0,1476
|
|
1 80071361 rs1556942 C T 1001.84 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.367;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.755;HRun=0;HaplotypeScore=1.9954;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.460;SB=-565.558;SBQD=2.039;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0507;VQSLOD=4.7908 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:1032,0,1438
|
|
1 80075624 rs6424662 C T 1355.28 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.244;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=16.73;ReadPosRankSum=0.431;SB=-660.428;SBQD=-0.348;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2739;VQSLOD=6.1563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1385,0,1171
|
|
1 80079996 rs2127436 T C 824.85 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.684;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=11.62;ReadPosRankSum=1.975;SB=-447.840;SBQD=3.567;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.0233;VQSLOD=5.1922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:855,0,1129
|
|
1 80092768 rs4650321 G C 961.96 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.387;SB=-484.328;SBQD=-0.847;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1804;VQSLOD=5.3574 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:992,0,1144
|
|
1 80106902 rs2095924 C G 816.40 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.840;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.765;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=4.847;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.954;SB=-468.322;SBQD=-7.906;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.0810;VQSLOD=4.3686 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:846,0,691
|
|
1 80107847 . T G 1908.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.00;MQ0=2;QD=29.36;SB=-1058.228;SBQD=6.275;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.2034;VQSLOD=4.8505 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1941,159,0
|
|
1 80110122 rs56353519 C T 621.52 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.315;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.988;HRun=0;HaplotypeScore=3.7668;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.643;SB=-80.709;SBQD=-5.800;SBpi=-1.7724;SBpiQual=-2.0252;VQSLOD=1.8144 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:652,0,347
|
|
1 80134849 rs56270683 C A 699.60 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.242;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4595;MQ=50.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-279.508;SBQD=3.060;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5584;VQSLOD=3.7099 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:730,0,828
|
|
1 80141728 rs7539861 C T 1011.10 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.379;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.769;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-502.739;SBQD=-2.260;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4146;VQSLOD=4.2882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:1041,0,1445
|
|
1 80150549 rs11162787 A T 879.49 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.915;SB=-351.418;SBQD=0.622;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.7950;VQSLOD=5.5489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:909,0,1086
|
|
1 80151504 rs12133798 G C 1040.49 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.541;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-558.227;SBQD=-5.312;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1199;VQSLOD=5.5206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:1070,0,821
|
|
1 80169440 rs10782696 A G 501.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=18.068;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=65.75;MQ0=0;MQRankSum=-5.328;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-124.397;SBQD=11.056;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.4267;VQSLOD=-1.1172 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,18:70:99:532,0,230
|
|
1 80187146 rs6686487 A C 2966.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=35.32;SB=-1458.807;SBQD=0.482;SBpi=-0.4364;SBpiQual=-0.4192;VQSLOD=8.7225 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3000,241,0
|
|
1 80203935 rs1404065 A C 2557.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.56;SB=-1331.609;SBQD=-1.103;SBpi=-0.1162;SBpiQual=-0.1876;VQSLOD=8.4078 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2590,205,0
|
|
1 80220979 rs1464732 A C 2153.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=30.77;SB=-1166.320;SBQD=-0.337;SBpi=0.5976;SBpiQual=0.6353;VQSLOD=6.8588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2187,175,0
|
|
1 80235383 rs7513042 G A 734.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9948;MQ=48.97;MQ0=0;QD=14.98;SB=-795.603;SBQD=-0.260;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2770;VQSLOD=3.0935 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:63.17:767,63,0
|
|
1 80235562 rs11162817 C A 2853.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1105.884;SBQD=4.341;SBpi=1.0556;SBpiQual=1.4570;VQSLOD=6.1884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2887,229,0
|
|
1 80255113 rs12126461 A G 1889.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=29.99;SB=-920.796;SBQD=2.176;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-0.8044;VQSLOD=7.0768 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1922,153,0
|
|
1 80257454 rs1546766 A T 3324.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.14;SB=-1480.319;SBQD=-0.048;SBpi=-0.8341;SBpiQual=-0.9555;VQSLOD=7.2301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:3285,253,0
|
|
1 80276150 rs1935388 A G 3564.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.37;SB=-1645.183;SBQD=0.110;SBpi=0.6061;SBpiQual=0.6452;VQSLOD=8.2152 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3564,280,0
|
|
1 80293475 rs10874087 T C 2645.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.169;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=33.07;ReadPosRankSum=0.173;SB=-1210.707;SBQD=-0.211;SBpi=-0.7313;SBpiQual=-0.9067;VQSLOD=7.8764 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:2679,183,0
|
|
1 80298833 rs12145936 T C 1401.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.30;MQ0=0;QD=34.18;SB=-617.498;SBQD=-1.766;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.5277;VQSLOD=8.4359 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1434,117,0
|
|
1 80299024 rs12118861 G A 1299.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.22;MQ0=0;QD=35.13;SB=-218.105;SBQD=-6.316;SBpi=-2.0550;SBpiQual=-2.2875;VQSLOD=7.3816 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1333,105,0
|
|
1 80343496 rs12569068 C T 744.31 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.164;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=9.874;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-366.523;SBQD=8.643;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.0670;VQSLOD=5.5667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:774,0,978
|
|
1 80344049 rs11162851 G C 505.27 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.879;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.417;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.041;SB=-307.681;SBQD=5.142;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0176;VQSLOD=5.6301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:535,0,591
|
|
1 80346095 rs2196710 C T 2880.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.80;MQ0=0;QD=34.70;SB=-1528.122;SBQD=-1.195;SBpi=0.1646;SBpiQual=0.1039;VQSLOD=7.2831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2913,229,0
|
|
1 80369242 rs10493638 C T 1142.76 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.585;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.855;HRun=1;HaplotypeScore=4.2052;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-450.069;SBQD=-3.214;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7337;VQSLOD=3.4893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:1173,0,1511
|
|
1 80371553 rs2226051 G A 1535.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.091;QD=28.44;ReadPosRankSum=0.000;SB=-963.598;SBQD=-0.698;SBpi=-0.0687;SBpiQual=0.0497;VQSLOD=6.4193 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:97.85:1569,98,0
|
|
1 80385166 rs12124275 G A 783.18 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.769;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.642;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.599;SB=-245.560;SBQD=3.824;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.3822;VQSLOD=4.1201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:813,0,632
|
|
1 80387732 rs699000 G T 2860.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=37.15;SB=-1472.915;SBQD=0.351;SBpi=-0.0570;SBpiQual=-0.0699;VQSLOD=9.1859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2894,223,0
|
|
1 80408177 . T C 856.71 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.309;DP=59;Dels=0.00;FS=12.363;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=37.78;MQ0=2;MQRankSum=-0.811;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.393;SB=-358.634;SBQD=-5.960;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.1029;VQSLOD=3.9994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,38:59:99:887,0,475
|
|
1 80409674 . A T 101.24 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=21.11;MQ0=5;QD=7.23;SB=-0.007;SBQD=11.249;SBpi=1.0553;SBpiQual=0.8343;VQSLOD=2.1923 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:14:12.03:134,12,0
|
|
1 80413696 rs12739677 T C 795.98 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.579;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=10.661;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=15.31;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-255.578;SBQD=-5.889;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.3014;VQSLOD=4.7536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:826,0,744
|
|
1 80434222 rs6675048 G T 2823.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.78;MQ0=0;QD=34.02;SB=-1150.318;SBQD=-2.977;SBpi=-1.0428;SBpiQual=-1.3295;VQSLOD=6.2030 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2857,229,0
|
|
1 80466042 . C G 612.06 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.961;DP=71;Dels=0.00;FS=5.066;HRun=0;HaplotypeScore=1.9048;MQ=32.16;MQ0=1;MQRankSum=0.837;QD=8.62;ReadPosRankSum=-2.095;SB=-217.336;SBQD=-8.018;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.8911;VQSLOD=2.2299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:642,0,747
|
|
1 80481508 rs58786405 T C 664.43 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.137;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.453;HRun=1;HaplotypeScore=4.6054;MQ=51.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=9.63;ReadPosRankSum=2.453;SB=-322.127;SBQD=5.760;SBpi=-0.0962;SBpiQual=0.2350;VQSLOD=2.0542 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:694,0,883
|
|
1 80500484 rs6684809 A G 966.60 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.603;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=2.052;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=12.39;ReadPosRankSum=1.814;SB=-414.949;SBQD=-4.583;SBpi=0.9733;SBpiQual=0.7024;VQSLOD=3.8729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:997,0,1258
|
|
1 80513790 rs10518631 A G 974.40 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.123;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.842;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=11.74;ReadPosRankSum=-1.376;SB=-531.061;SBQD=1.512;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3489;VQSLOD=5.2996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:1004,0,1535
|
|
1 80517224 rs6657785 A G 856.16 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.646;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=8.002;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=16.79;ReadPosRankSum=0.316;SB=-262.113;SBQD=-11.249;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-1.0871;VQSLOD=5.8545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:886,0,628
|
|
1 80518710 rs12134942 C T 615.97 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.082;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=3.203;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.430;SB=-254.797;SBQD=0.239;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.9949;VQSLOD=4.3980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:646,0,334
|
|
1 80519945 rs11578381 T C 598.99 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=14.420;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.759;SB=-132.925;SBQD=14.801;SBpi=1.0660;SBpiQual=1.2824;VQSLOD=4.8541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:629,0,699
|
|
1 80523448 rs1999727 C A 1153.57 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.832;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=15.38;ReadPosRankSum=1.733;SB=-596.142;SBQD=-0.946;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1051;VQSLOD=6.0217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1184,0,1154
|
|
1 80525472 rs6424686 A G 626.10 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.243;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.371;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-387.817;SBQD=3.364;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0683;VQSLOD=3.2350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:656,0,1064
|
|
1 80549498 rs7551621 T C 1249.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=20.9618;MQ=53.43;MQ0=0;QD=26.58;SB=-538.199;SBQD=4.272;SBpi=0.8023;SBpiQual=1.1684;VQSLOD=-9.9217 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1282,111,0
|
|
1 80559950 rs7521969 A G 1237.58 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.579;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=16.95;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-557.104;SBQD=0.125;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4002;VQSLOD=5.5895 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1268,0,1135
|
|
1 80575383 rs12121263 T G 959.80 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3957;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.493;SB=-468.410;SBQD=1.612;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1458;VQSLOD=5.1849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:990,0,977
|
|
1 80583848 rs58998577 G A 589.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.529;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=17.166;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-323.825;SBQD=12.948;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0033;VQSLOD=4.3761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:620,0,595
|
|
1 80584724 rs4553135 T C 781.43 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.984;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.974;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-344.249;SBQD=1.497;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.4996;VQSLOD=5.1409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:811,0,996
|
|
1 80588364 rs11162928 C T 901.85 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.106;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-427.368;SBQD=-1.899;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.2636;VQSLOD=6.2882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:932,0,1044
|
|
1 80590353 rs12066990 G A 1247.08 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.655;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.879;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.607;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.295;SB=-533.807;SBQD=-1.917;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6827;VQSLOD=4.4111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1277,0,1123
|
|
1 80600779 rs4489507 A G 704.42 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.771;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.050;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=24.47;MQ0=9;MQRankSum=0.565;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.051;SB=-43.662;SBQD=11.933;SBpi=0.9286;SBpiQual=0.8670;VQSLOD=4.2688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:734,0,343
|
|
1 80602135 rs7528973 T C 596.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.23;MQ0=14;QD=14.55;SB=-33.440;SBQD=-22.013;SBpi=-1.3611;SBpiQual=-1.0603;VQSLOD=4.6054 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:60.14:630,60,0
|
|
1 80603938 rs11162938 T G 1529.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9748;MQ=52.36;MQ0=0;QD=31.21;SB=-704.144;SBQD=2.347;SBpi=0.6429;SBpiQual=0.7196;VQSLOD=5.4271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1562,129,0
|
|
1 80606752 rs6697424 G A 978.52 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.817;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.836;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-448.257;SBQD=3.506;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6331;VQSLOD=3.8511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:1009,0,1170
|
|
1 80608896 rs4650341 G A 766.33 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.992;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.082;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.909;SB=-440.899;SBQD=-1.462;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1294;VQSLOD=6.0259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:796,0,481
|
|
1 80609411 rs4372206 G C 2075.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.64;MQ0=0;QD=30.08;SB=-1163.170;SBQD=0.897;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.4812;VQSLOD=6.1854 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2108,166,0
|
|
1 80617642 rs4412550 G A 3172.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=36.46;SB=-1592.996;SBQD=0.590;SBpi=-0.2680;SBpiQual=-0.2381;VQSLOD=7.4248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3205,250,0
|
|
1 80626556 rs4615799 T C 2457.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.47;MQ0=0;QD=34.62;SB=-958.602;SBQD=-1.413;SBpi=-1.1274;SBpiQual=-1.2162;VQSLOD=7.2003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2491,196,0
|
|
1 80639937 rs7546196 G T 1215.85 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.276;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=2.006;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=15.20;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-351.389;SBQD=4.177;SBpi=1.4230;SBpiQual=1.5717;VQSLOD=3.6131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1246,0,1233
|
|
1 80652389 rs4484888 T C 1855.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=26.14;SB=-1000.195;SBQD=-2.869;SBpi=0.0593;SBpiQual=-0.0318;VQSLOD=4.7935 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:1889,171,0
|
|
1 80663397 rs9633298 A C 2104.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.69;MQ0=0;QD=28.06;SB=-1026.414;SBQD=-4.444;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.1738;VQSLOD=6.2117 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2138,174,0
|
|
1 80684671 rs56056385 C G 893.33 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.419;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.052;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.816;SB=-473.793;SBQD=-2.613;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3093;VQSLOD=5.3896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:923,0,1501
|
|
1 80688178 rs2637540 G A 1573.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.60;MQ0=0;QD=27.14;SB=-519.595;SBQD=0.056;SBpi=1.8383;SBpiQual=2.0209;VQSLOD=3.5646 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1607,144,0
|
|
1 80692625 rs1776312 A G 2676.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=32.64;SB=-798.673;SBQD=-5.564;SBpi=-1.7669;SBpiQual=-2.1641;VQSLOD=6.7659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2709,229,0
|
|
1 80696927 rs1687828 G A 2045.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.92;MQ0=0;QD=31.47;SB=-1086.009;SBQD=-0.461;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.6327;VQSLOD=7.4749 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2079,163,0
|
|
1 80700800 rs9425214 T C 2413.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.07;SB=-1340.991;SBQD=-0.608;SBpi=0.0585;SBpiQual=-0.0241;VQSLOD=9.2270 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2447,196,0
|
|
1 80701516 rs1776319 T C 2809.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.69;SB=-1286.247;SBQD=0.888;SBpi=0.7222;SBpiQual=0.8332;VQSLOD=9.0686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2843,223,0
|
|
1 80714658 rs11162961 A G 1475.09 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=8.898;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=19.67;ReadPosRankSum=0.408;SB=-624.330;SBQD=-7.359;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.7720;VQSLOD=4.6053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:1505,0,878
|
|
1 80752717 . T A 982.77 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.270;DP=78;Dels=0.00;FS=11.519;HRun=2;HaplotypeScore=2.7802;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-359.186;SBQD=-8.703;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.1035;VQSLOD=2.1891 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1013,0,1388
|
|
1 80767655 rs4559450 T C 3096.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.31;SB=-1253.867;SBQD=-0.348;SBpi=1.0428;SBpiQual=1.0711;VQSLOD=8.0812 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3130,244,0
|
|
1 80770252 rs2892662 C T 1305.76 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.782;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=21.76;ReadPosRankSum=0.540;SB=-691.494;SBQD=-4.388;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0145;VQSLOD=3.9104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,41:60:99:1336,0,544
|
|
1 80788599 rs1781776 C T 1169.60 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.912;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.960;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-572.518;SBQD=-2.124;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3731;VQSLOD=5.8270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1200,0,1033
|
|
1 80795564 . A G 557.94 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=66;Dels=0.00;FS=7.005;HRun=0;HaplotypeScore=1.7900;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-411.008;SBQD=5.805;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1403;VQSLOD=3.2526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:588,0,1282
|
|
1 80795646 rs4303039 G A 1042.08 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.153;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.012;HRun=0;HaplotypeScore=1.5592;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=16.54;ReadPosRankSum=0.119;SB=-411.290;SBQD=2.356;SBpi=0.9042;SBpiQual=1.0051;VQSLOD=5.1847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:1072,0,622
|
|
1 80796241 . A G 96.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.081;DP=65;Dels=0.00;FS=47.666;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.889;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.825;SB=63.174;SBQD=-13.484;SBpi=-2.3452;SBpiQual=-2.4546;VQSLOD=-4.4507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:65:99:126,0,1204
|
|
1 80799555 rs4514202 T A 1153.25 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.971;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.847;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-699.462;SBQD=2.513;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.0280;VQSLOD=5.4308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1183,0,1344
|
|
1 80800174 . A G 920.52 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.778;DP=79;Dels=0.00;FS=0.926;HRun=1;HaplotypeScore=1.9930;MQ=43.44;MQ0=5;MQRankSum=-0.244;QD=11.65;ReadPosRankSum=1.415;SB=-459.240;SBQD=-4.294;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3386;VQSLOD=2.9780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:951,0,1007
|
|
1 80805222 . C T 713.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.833;DP=51;Dels=0.00;FS=10.878;HRun=0;HaplotypeScore=16.4945;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.591;QD=13.98;ReadPosRankSum=0.104;SB=-180.234;SBQD=-9.573;SBpi=-1.3728;SBpiQual=-1.4743;VQSLOD=-8.4499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:743,0,656
|
|
1 80810695 rs4282760 C T 1120.13 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.507;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=6.486;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.642;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.056;SB=-247.421;SBQD=-8.158;SBpi=-1.7960;SBpiQual=-1.9864;VQSLOD=3.7660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1150,0,1078
|
|
1 80813667 rs12135823 G A 866.53 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.677;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.182;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=14.21;ReadPosRankSum=1.017;SB=-498.594;SBQD=-4.012;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0882;VQSLOD=5.8238 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:897,0,567
|
|
1 80822282 rs11162976 A C 1338.06 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.830;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=16.631;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=16.52;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-560.810;SBQD=13.231;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.7381;VQSLOD=4.6801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:81:99:1368,0,967
|
|
1 80839757 rs12060711 A G 1036.82 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.769;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7884;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.386;SB=-535.350;SBQD=-1.893;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.2451;VQSLOD=5.1294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:1067,0,1678
|
|
1 80857194 rs1896250 G A 986.34 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.998;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.653;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.097;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.746;SB=-319.443;SBQD=-7.901;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-1.1834;VQSLOD=4.9483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:1016,0,1060
|
|
1 80860387 rs28634075 G C 217.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.04;MQ0=23;MQRankSum=-0.223;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.209;SB=-24.667;SBQD=-5.082;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.7086;VQSLOD=1.1484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:247,0,174
|
|
1 80866029 rs12077701 T A 644.63 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.543;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=17.026;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.38;MQ0=1;MQRankSum=-1.826;QD=17.91;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-126.930;SBQD=15.864;SBpi=1.2792;SBpiQual=1.3652;VQSLOD=3.3572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:675,0,317
|
|
1 80928599 rs750096 A G 728.49 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.136;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=4.232;HRun=0;HaplotypeScore=3.7567;MQ=62.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.596;QD=13.25;ReadPosRankSum=2.046;SB=-639.224;SBQD=-8.103;SBpi=-0.8928;SBpiQual=-1.0792;VQSLOD=2.0048 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:66.15:761,66,0
|
|
1 80936632 rs1427228 A G 3033.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=35.68;SB=-1447.500;SBQD=1.227;SBpi=0.3796;SBpiQual=0.5044;VQSLOD=8.8785 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3066,247,0
|
|
1 80944604 rs1155549 A G 2097.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.56;SB=-1036.308;SBQD=1.062;SBpi=-0.3255;SBpiQual=-0.3116;VQSLOD=8.7831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2131,169,0
|
|
1 80950696 rs3943892 G A 2682.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=35.77;SB=-1194.334;SBQD=0.929;SBpi=0.7506;SBpiQual=0.8885;VQSLOD=7.4378 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2716,211,0
|
|
1 81138110 . C G 352.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DP=50;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=52.92;MQ0=1;MQRankSum=0.570;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.170;SB=-286.543;SBQD=-2.868;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.5845;VQSLOD=2.6454 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:383,0,510
|
|
1 81158909 rs1632314 A C 1704.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.11;MQ0=0;QD=22.43;SB=-1076.621;SBQD=-0.704;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.1151;VQSLOD=3.1194 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1737,186,0
|
|
1 81212060 rs2389062 A C 3150.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.80;SB=-1328.414;SBQD=1.182;SBpi=0.9594;SBpiQual=1.1043;VQSLOD=8.6311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3184,247,0
|
|
1 81222627 rs2389063 A T 898.20 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=14.319;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.691;SB=-265.959;SBQD=11.919;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.1504;VQSLOD=4.4749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:928,0,890
|
|
1 81271541 rs7516627 A G 2052.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.91;MQ0=0;QD=32.07;SB=-784.780;SBQD=-7.451;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-1.3174;VQSLOD=7.2639 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2086,180,0
|
|
1 81291276 . T G 805.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.69;MQ0=0;QD=10.88;SB=-1098.073;SBQD=-1.960;SBpi=0.9300;SBpiQual=0.8757;VQSLOD=2.9274 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:838,105,0
|
|
1 81352704 . A C 972.29 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;DP=74;Dels=0.00;FS=1.962;HRun=0;HaplotypeScore=1.9075;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.633;SB=-457.162;SBQD=2.369;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3730;VQSLOD=5.4565 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1002,0,1161
|
|
1 81357062 rs1933327 G C 1029.37 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.172;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=12.11;ReadPosRankSum=-1.781;SB=-522.567;SBQD=-0.932;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3510;VQSLOD=4.6534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:1059,0,1450
|
|
1 81364958 rs17403696 C T 1367.79 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.024;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=5.232;HRun=0;HaplotypeScore=1.8928;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.333;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.583;SB=-576.735;SBQD=4.116;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.5382;VQSLOD=4.5384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:1398,0,1488
|
|
1 81401156 rs10874183 A G 1184.86 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.231;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.827;HRun=0;HaplotypeScore=2.8823;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=2.984;QD=14.11;ReadPosRankSum=1.418;SB=-459.079;SBQD=-4.457;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.7822;VQSLOD=3.7388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:1215,0,1289
|
|
1 81402788 rs4650498 A G 2597.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=54.29;MQ0=0;QD=33.73;SB=-1069.050;SBQD=-2.765;SBpi=-0.8547;SBpiQual=-0.9653;VQSLOD=6.7311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2630,217,0
|
|
1 81412767 . C T 1344.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=25.36;SB=-772.004;SBQD=-2.884;SBpi=-0.0687;SBpiQual=-0.0864;VQSLOD=3.7391 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1377,135,0
|
|
1 81413091 . C A 77.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.152;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.56;MQ0=14;MQRankSum=-1.403;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-0.007;SBQD=-6.155;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.2642;VQSLOD=-0.4137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:108,0,236
|
|
1 81417756 rs10874188 T C 2992.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;QD=34.00;SB=-1522.601;SBQD=-1.932;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.3831;VQSLOD=8.5712 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3025,244,0
|
|
1 81429191 rs60758898 T A 1082.91 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.486;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.858;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=13.71;ReadPosRankSum=1.192;SB=-564.199;SBQD=1.697;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1396;VQSLOD=5.7788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1113,0,1298
|
|
1 81432224 rs6424729 T G 2324.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=34.18;SB=-1067.023;SBQD=-1.888;SBpi=0.7276;SBpiQual=0.6441;VQSLOD=7.9482 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2357,187,0
|
|
1 81439106 rs6696172 T C 1056.84 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.123;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.846;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=13.55;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-564.133;SBQD=4.217;SBpi=-0.3162;SBpiQual=0.0705;VQSLOD=5.7888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1087,0,1168
|
|
1 81450754 rs919139 C T 1211.03 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.944;HRun=1;HaplotypeScore=2.7229;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=17.06;ReadPosRankSum=1.147;SB=-513.360;SBQD=-2.966;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.6012;VQSLOD=4.6849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1241,0,980
|
|
1 81491004 rs11163189 T C 1082.61 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.411;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=13.37;ReadPosRankSum=-2.029;SB=-469.429;SBQD=3.776;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.8810;VQSLOD=4.6188 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1113,0,1072
|
|
1 81512547 rs7542959 C G 2007.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38;SB=-691.410;SBQD=0.667;SBpi=-1.6510;SBpiQual=-1.6308;VQSLOD=5.6421 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2040,166,0
|
|
1 81514673 rs56027683 G A 1154.80 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.382;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.913;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-496.143;SBQD=0.101;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.6076;VQSLOD=5.7834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1185,0,914
|
|
1 81519659 rs1195765 G A 2241.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=34.48;ReadPosRankSum=1.679;SB=-833.585;SBQD=0.082;SBpi=1.2500;SBpiQual=1.4135;VQSLOD=7.5551 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:2274,156,0
|
|
1 81525614 rs10874196 T G 3072.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=37.02;SB=-1592.624;SBQD=0.509;SBpi=-0.0549;SBpiQual=-0.0118;VQSLOD=7.8906 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3106,244,0
|
|
1 81538326 rs2993752 G T 2493.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.14;SB=-1146.252;SBQD=-0.212;SBpi=-0.5417;SBpiQual=-0.5876;VQSLOD=8.0339 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2527,199,0
|
|
1 81560055 rs11163193 T C 2489.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.10;SB=-972.960;SBQD=5.760;SBpi=0.7608;SBpiQual=1.2025;VQSLOD=8.4029 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2522,214,0
|
|
1 81564987 rs517603 A G 2312.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7900;MQ=58.94;MQ0=0;QD=30.43;SB=-1265.042;SBQD=0.678;SBpi=-0.4588;SBpiQual=-0.4603;VQSLOD=4.9288 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2346,190,0
|
|
1 81576882 rs1195690 T C 2230.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=31.86;SB=-937.183;SBQD=8.232;SBpi=0.3586;SBpiQual=0.9265;VQSLOD=7.8801 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2263,196,0
|
|
1 81578059 rs10874197 T C 2231.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-1198.559;SBQD=-0.115;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.2323;VQSLOD=7.5569 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2264,181,0
|
|
1 81578735 rs1195692 G A 2236.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;QD=34.40;SB=-1006.676;SBQD=-1.553;SBpi=-0.6822;SBpiQual=-0.8198;VQSLOD=8.2736 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2269,181,0
|
|
1 81584524 rs1195702 T G 2047.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DB;DP=78;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9992;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=25.92;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-1192.420;SBQD=0.160;SBpi=0.5128;SBpiQual=0.7953;VQSLOD=3.9995 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2081,146,0
|
|
1 81588612 rs1768404 G A 2430.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.74;SB=-970.434;SBQD=-0.414;SBpi=-1.0914;SBpiQual=-1.1644;VQSLOD=7.9051 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2464,193,0
|
|
1 81592966 rs1752212 A G 2705.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.59;SB=-1318.431;SBQD=-6.868;SBpi=0.0549;SBpiQual=-0.5332;VQSLOD=8.6758 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2738,238,0
|
|
1 81601541 rs1146416 C T 2017.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.02;SB=-886.193;SBQD=-0.800;SBpi=-1.0709;SBpiQual=-1.1647;VQSLOD=6.7559 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2051,160,0
|
|
1 81601888 rs1146417 C T 1857.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96;SB=-819.724;SBQD=-1.699;SBpi=-0.9037;SBpiQual=-0.9841;VQSLOD=6.8656 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1890,150,0
|
|
1 81611232 rs1195686 T C 2228.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6652;MQ=59.69;MQ0=0;QD=30.11;SB=-1136.992;SBQD=0.537;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.2739;VQSLOD=4.7758 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2261,207,0
|
|
1 81611234 rs3904049 C T 1352.96 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.432;HRun=1;HaplotypeScore=2.6652;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=17.57;ReadPosRankSum=1.854;SB=-678.377;SBQD=2.939;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.3462;VQSLOD=3.6805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1383,0,872
|
|
1 81611890 rs12057858 C T 1172.44 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.446;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=9.713;HRun=1;HaplotypeScore=2.8279;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.713;SB=-483.320;SBQD=7.149;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.7509;VQSLOD=4.2577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1202,0,950
|
|
1 81617971 rs1195685 A G 2916.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;QD=34.72;SB=-1500.976;SBQD=1.354;SBpi=0.2182;SBpiQual=0.3191;VQSLOD=9.2683 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2949,232,0
|
|
1 81655674 rs11809541 C T 1161.05 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.013;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.931;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=15.28;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-696.990;SBQD=2.601;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.2187;VQSLOD=6.3479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:1191,0,721
|
|
1 81657831 rs4536037 G A 801.16 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.066;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.586;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=17.05;ReadPosRankSum=1.904;SB=-298.588;SBQD=5.942;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7946;VQSLOD=5.1351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:831,0,441
|
|
1 81658267 rs10747383 A G 1113.87 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.368;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.691;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=12.11;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-443.158;SBQD=-4.018;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.6850;VQSLOD=4.8506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:1144,0,1672
|
|
1 81661747 rs10782749 A G 1325.18 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.912;HRun=0;HaplotypeScore=1.8625;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.190;SB=-621.830;SBQD=-2.349;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.5429;VQSLOD=5.2243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:76:99:1355,0,968
|
|
1 81671463 rs6683111 T A 3005.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1574.361;SBQD=2.178;SBpi=-0.2680;SBpiQual=-0.0370;VQSLOD=9.2612 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3039,244,0
|
|
1 81673020 rs6424742 G C 772.02 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.447;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.325;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-531.618;SBQD=-4.002;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3870;VQSLOD=3.8764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:802,0,1087
|
|
1 81701420 rs7544402 G T 1313.74 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.928;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.130;HRun=1;HaplotypeScore=4.4502;MQ=52.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=19.61;ReadPosRankSum=0.115;SB=-650.595;SBQD=3.015;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.1369;VQSLOD=3.3044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:1344,0,680
|
|
1 81713645 rs6666103 G A 227.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.169;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=8.544;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=38.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.098;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.820;SB=-7.290;SBQD=9.394;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.5851;VQSLOD=-0.9289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:46:99:257,0,583
|
|
1 81713829 rs12080958 C G 40.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=35.94;MQ0=4;MQRankSum=-3.691;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.164;SB=12.003;SBQD=2.442;SBpi=1.8708;SBpiQual=1.9643;VQSLOD=-3.3147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:48:70.58:71,0,681
|
|
1 81714016 . C T 460.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.768;DP=67;Dels=0.00;FS=2.198;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.868;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-284.900;SBQD=-0.858;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4276;VQSLOD=-1.9479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:491,0,1308
|
|
1 81722695 rs4650522 G C 479.25 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.639;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.790;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-316.520;SBQD=-5.306;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.0501;VQSLOD=3.6721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:509,0,1144
|
|
1 81743841 . A T 1231.33 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.223;DP=85;Dels=0.00;FS=4.156;HRun=1;HaplotypeScore=1.8650;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.572;QD=14.49;ReadPosRankSum=1.271;SB=-510.006;SBQD=-4.508;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.7746;VQSLOD=2.5459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1261,0,1240
|
|
1 81755786 rs1327610 A C 846.75 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.921;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.908;HRun=0;HaplotypeScore=1.7331;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-406.231;SBQD=-2.733;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.5160;VQSLOD=5.4456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:877,0,1186
|
|
1 81756500 . C A 733.18 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DP=56;Dels=0.00;FS=1.017;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=13.09;ReadPosRankSum=1.507;SB=-327.612;SBQD=2.797;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.6460;VQSLOD=3.1505 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:763,0,689
|
|
1 81774887 rs7543284 A G 888.81 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.092;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.292;HRun=1;HaplotypeScore=1.7820;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=15.06;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-363.917;SBQD=-3.287;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-0.9502;VQSLOD=3.8087 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:919,0,868
|
|
1 81807240 . A G 1080.92 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=75;Dels=0.00;FS=1.894;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.842;SB=-570.554;SBQD=-2.292;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1461;VQSLOD=4.4602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1111,0,1214
|
|
1 81846293 rs6695272 A G 2592.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=33.24;SB=-1283.595;SBQD=-5.207;SBpi=0.1132;SBpiQual=-0.3346;VQSLOD=8.4201 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2626,229,0
|
|
1 81856635 . C T 1502.11 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.759;DP=127;Dels=0.00;FS=13.162;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.483;QD=11.83;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-1069.440;SBQD=6.084;SBpi=-0.0602;SBpiQual=-0.1721;VQSLOD=3.1554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,69:127:99:1532,0,1519
|
|
1 81857468 rs10747384 T C 922.32 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.078;SB=-402.916;SBQD=-2.807;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4624;VQSLOD=5.8171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:952,0,1196
|
|
1 81858341 rs12039008 G T 1042.02 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.251;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-520.188;SBQD=-3.039;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.0957;VQSLOD=5.8375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:1072,0,974
|
|
1 81859774 rs10782757 A T 780.67 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=11.852;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-311.967;SBQD=8.319;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.2034;VQSLOD=4.0367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:811,0,1268
|
|
1 81883628 rs12746697 A G 1111.47 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=8.075;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=15.65;ReadPosRankSum=1.525;SB=-503.293;SBQD=-6.328;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6248;VQSLOD=5.3840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:1141,0,914
|
|
1 81884164 rs7513868 T C 1096.20 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=5.668;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=15.66;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-201.020;SBQD=8.888;SBpi=1.7844;SBpiQual=2.0843;VQSLOD=3.4095 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1126,0,823
|
|
1 81888490 rs12735236 A G 1497.70 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.853;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=18.49;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-618.663;SBQD=1.855;SBpi=0.7217;SBpiQual=0.8350;VQSLOD=5.6554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:81:99:1528,0,1045
|
|
1 81892985 rs11163290 T C 2457.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.12;MQ0=0;QD=31.11;SB=-1179.082;SBQD=5.523;SBpi=0.0563;SBpiQual=0.4370;VQSLOD=6.9172 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2490,220,0
|
|
1 81896746 rs10782760 A G 1093.56 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.770;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=9.676;HRun=2;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-381.500;SBQD=-9.792;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-1.0348;VQSLOD=5.6041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1124,0,1103
|
|
1 81904163 rs4650550 T A 2723.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=37.31;SB=-1378.640;SBQD=-2.102;SBpi=0.0585;SBpiQual=-0.0703;VQSLOD=8.0732 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2756,214,0
|
|
1 81911788 rs12353986 T A 1533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=27.37;SB=-929.063;SBQD=1.340;SBpi=0.4009;SBpiQual=0.5242;VQSLOD=5.4558 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1566,120,0
|
|
1 81942953 rs4650556 A C 2236.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=51.92;MQ0=0;QD=32.41;SB=-1221.320;SBQD=0.346;SBpi=0.0602;SBpiQual=0.0493;VQSLOD=7.3074 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2269,190,0
|
|
1 81945968 rs12042644 A G 3172.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.06;SB=-1445.695;SBQD=0.297;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.6306;VQSLOD=8.5747 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3206,259,0
|
|
1 82012884 rs10493692 C A 2612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=32.25;SB=-1403.606;SBQD=-0.403;SBpi=-0.3889;SBpiQual=-0.4259;VQSLOD=7.7863 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2645,211,0
|
|
1 82037984 rs6682433 A G 2611.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.77;SB=-1148.072;SBQD=0.419;SBpi=0.7608;SBpiQual=0.8398;VQSLOD=8.4525 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2644,208,0
|
|
1 82077785 rs1924650 T C 1179.59 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-577.340;SBQD=-1.319;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.6537;VQSLOD=5.2242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:1210,0,794
|
|
1 82141809 rs494922 T C 1774.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=29.08;SB=-1088.728;SBQD=-0.656;SBpi=-0.0640;SBpiQual=-0.0731;VQSLOD=6.1553 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1807,144,0
|
|
1 82156555 rs55819882 G A 929.96 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.239;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.004;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=12.24;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-317.784;SBQD=0.492;SBpi=-1.2005;SBpiQual=-1.3053;VQSLOD=4.5348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:960,0,1076
|
|
1 82164397 . A T 1337.68 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.304;DP=93;Dels=0.00;FS=2.713;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=14.38;ReadPosRankSum=-1.295;SB=-660.597;SBQD=2.559;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.4929;VQSLOD=4.0279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:1368,0,1515
|
|
1 82190312 . G A 1126.79 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.599;DP=80;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.986;SB=-574.481;SBQD=-5.128;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1370;VQSLOD=3.9379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1157,0,1155
|
|
1 82191334 rs2133109 G A 2852.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=35.66;SB=-1051.970;SBQD=0.542;SBpi=1.4534;SBpiQual=1.5837;VQSLOD=7.3281 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2885,223,0
|
|
1 82208282 rs1498204 C G 1694.35 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.802;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9940;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=18.03;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-881.965;SBQD=1.796;SBpi=-0.1361;SBpiQual=-0.0590;VQSLOD=3.4356 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:94:99:1724,0,1036
|
|
1 82225803 rs9324187 G T 1147.80 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.132;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=5.616;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=12.61;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-605.403;SBQD=-5.713;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.2723;VQSLOD=5.7333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:1178,0,1664
|
|
1 82229462 rs9726013 C T 452.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.038;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.765;HRun=0;HaplotypeScore=9.8306;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=1.873;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.173;SB=-158.824;SBQD=-3.295;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-1.1026;VQSLOD=0.9034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:63:99:482,0,876
|
|
1 82237577 rs2066363 C T 1475.25 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.041;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=5.075;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=1.167;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-798.112;SBQD=3.360;SBpi=0.0700;SBpiQual=0.0651;VQSLOD=4.8270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:1505,0,1397
|
|
1 82243471 rs1353697 G A 934.49 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.066;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.774;SB=-397.984;SBQD=3.585;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6784;VQSLOD=5.9991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:964,0,1370
|
|
1 82273885 rs696727 G A 1174.20 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.439;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=15.45;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-629.858;SBQD=-1.525;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2105;VQSLOD=5.5599 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:1204,0,1067
|
|
1 82275313 rs12569010 T A 946.53 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.977;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.120;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-463.397;SBQD=-0.467;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4857;VQSLOD=5.7264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:977,0,1258
|
|
1 82280683 rs697989 C T 2690.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.40;SB=-1276.277;SBQD=-0.952;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.4385;VQSLOD=8.1981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2723,220,0
|
|
1 82295089 rs35656143 G A 1269.43 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.388;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.349;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=16.93;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-508.278;SBQD=-3.908;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.8084;VQSLOD=5.1827 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1299,0,1155
|
|
1 82295199 rs709698 G A 2481.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1057.886;SBQD=0.525;SBpi=-0.7941;SBpiQual=-0.7950;VQSLOD=8.1494 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2515,196,0
|
|
1 82296818 rs12062490 A G 1409.24 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.1431;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=16.98;ReadPosRankSum=0.170;SB=-652.929;SBQD=-0.379;SBpi=-0.3647;SBpiQual=-0.4083;VQSLOD=3.5705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:1439,0,1151
|
|
1 82299291 rs10518662 G A 1425.05 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.683;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.765;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.962;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-763.837;SBQD=0.931;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.2016;VQSLOD=3.9706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:1455,0,1421
|
|
1 82330664 rs700032 G C 1871.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=34.02;SB=-951.697;SBQD=0.499;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.3205;VQSLOD=8.1608 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1904,150,0
|
|
1 82357787 rs284214 A T 1132.61 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.927;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.039;SB=-384.691;SBQD=3.334;SBpi=1.0686;SBpiQual=1.1532;VQSLOD=5.4959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:1163,0,1450
|
|
1 82382290 rs3790905 A C 1324 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.813;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=5.322;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.238;SB=-496.640;SBQD=-4.702;SBpi=-0.9045;SBpiQual=-0.9849;VQSLOD=4.7920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:1354,0,1482
|
|
1 82395236 rs284219 G A 1783.24 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.232;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=4.481;HRun=0;HaplotypeScore=3.5370;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=20.50;ReadPosRankSum=0.051;SB=-734.185;SBQD=-4.353;SBpi=-0.9191;SBpiQual=-0.9449;VQSLOD=3.1024 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,58:87:99:1813,0,664
|
|
1 82398930 . A G 1272.12 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;DP=87;Dels=0.00;FS=10.795;HRun=0;HaplotypeScore=2.7965;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.064;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-618.365;SBQD=-5.089;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.2360;VQSLOD=3.3214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:1302,0,1272
|
|
1 82429237 rs4970640 A G 940.45 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.619;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.910;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=12.88;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-476.245;SBQD=-1.349;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.3963;VQSLOD=5.1001 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:73:99:970,0,1234
|
|
1 82437682 rs41292976 G A 926.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.883;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.892;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=47.46;MQ0=0;MQRankSum=-5.908;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-629.451;SBQD=-1.851;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0507;VQSLOD=-2.8412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:76:99:957,0,917
|
|
1 82442064 rs17431272 G C 1358.23 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.386;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.807;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.083;SB=-627.915;SBQD=1.971;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.3434;VQSLOD=5.3827 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1388,0,1152
|
|
1 82462304 rs7412827 G A 1410.87 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.190;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.891;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.612;QD=17.21;ReadPosRankSum=1.630;SB=-651.785;SBQD=0.482;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.6880;VQSLOD=4.9857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1441,0,978
|
|
1 82473958 rs11810373 A G 325.69 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.556;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=7.558;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.844;SB=-173.338;SBQD=-10.240;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.3614;VQSLOD=3.6885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:356,0,642
|
|
1 82476199 rs7416606 C T 724.06 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.857;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.151;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-328.872;SBQD=-3.511;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.3984;VQSLOD=3.9498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:754,0,975
|
|
1 82496289 rs4531325 T C 1885.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42;SB=-1097.429;SBQD=-2.245;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1554;VQSLOD=7.0813 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1918,153,0
|
|
1 82525438 rs10782774 T C 2874.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.63;SB=-1237.970;SBQD=1.268;SBpi=0.9330;SBpiQual=1.0336;VQSLOD=8.1003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2907,226,0
|
|
1 82536857 rs6694669 A G 833.62 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.759;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.023;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-357.081;SBQD=-0.812;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.5239;VQSLOD=4.8093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:864,0,949
|
|
1 82537809 rs11811056 G A 530.15 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.454;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=3.084;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=31.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-266.539;SBQD=-4.476;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1356;VQSLOD=3.8843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:560,0,378
|
|
1 82538096 rs10874284 C A 557.69 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.093;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=41.53;MQ0=1;MQRankSum=-3.068;QD=12.67;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-292.252;SBQD=3.999;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2570;VQSLOD=1.8492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:588,0,418
|
|
1 82559003 rs6671029 G A 2565.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=37.18;SB=-1336.550;SBQD=0.542;SBpi=-0.0602;SBpiQual=-0.0110;VQSLOD=7.0461 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2599,202,0
|
|
1 82564441 rs12027789 T A 941.43 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.086;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.997;SB=-495.127;SBQD=0.611;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0193;VQSLOD=5.9446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:971,0,1197
|
|
1 82578304 rs11163431 T C 1960.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=32.15;SB=-778.798;SBQD=9.750;SBpi=0.4481;SBpiQual=0.9872;VQSLOD=7.3853 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1994,168,0
|
|
1 82589867 rs4970674 T C 1040.15 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.706;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.084;HRun=0;HaplotypeScore=2.8723;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-498.581;SBQD=-5.082;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.4777;VQSLOD=3.9540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1070,0,1176
|
|
1 82590298 rs7514771 T C 960.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.418;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.229;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=13.72;ReadPosRankSum=1.315;SB=-404.016;SBQD=-7.020;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5815;VQSLOD=5.8041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:991,0,1215
|
|
1 82643944 rs10874292 C T 1595.97 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.601;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=2.772;HRun=0;HaplotypeScore=1.9621;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=16.80;ReadPosRankSum=0.332;SB=-636.309;SBQD=-4.245;SBpi=-0.7702;SBpiQual=-0.9280;VQSLOD=4.9243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:1626,0,1195
|
|
1 82661046 rs695914 G A 811 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.373;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.986;HRun=1;HaplotypeScore=2.2460;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=0.918;QD=11.75;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-307.919;SBQD=-6.340;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.6576;VQSLOD=3.5878 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:841,0,1131
|
|
1 82675322 rs697996 T C 969.43 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.997;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.962;HRun=0;HaplotypeScore=3.1098;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.690;SB=-449.679;SBQD=-0.978;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.2297;VQSLOD=4.5114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:999,0,1140
|
|
1 82708451 rs786374 A G 3531.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.0357;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.667;QD=33.00;ReadPosRankSum=0.327;SB=-1793.128;SBQD=2.295;SBpi=0.3885;SBpiQual=0.4887;VQSLOD=3.9585 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:107:99:3492,277,0
|
|
1 82708590 rs786376 G C 2535.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.49;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1215.047;SBQD=-0.604;SBpi=-0.5267;SBpiQual=-0.5972;VQSLOD=7.1455 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2568,202,0
|
|
1 82716474 . A G 56.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9628;MQ=15.54;MQ0=2;MQRankSum=1.754;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-20.882;SBQD=5.739;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3089;VQSLOD=1.0611 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,3:9:9:89,9,0
|
|
1 82721710 rs11163450 A C 562.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.65;MQ0=23;MQRankSum=1.561;QD=13.08;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-64.991;SBQD=28.293;SBpi=1.7206;SBpiQual=1.8058;VQSLOD=4.2197 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,19:43:51.15:595,51,0
|
|
1 82731765 rs2657550 G A 2251.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.63;SB=-995.561;SBQD=-0.146;SBpi=-0.8062;SBpiQual=-0.8464;VQSLOD=7.2820 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2284,181,0
|
|
1 82748577 rs785627 T C 1063.39 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=2.083;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.020;SB=-277.364;SBQD=-2.926;SBpi=-1.5618;SBpiQual=-1.5323;VQSLOD=3.9157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1093,0,1280
|
|
1 82752746 . A G 1041.32 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.186;DP=70;Dels=0.00;FS=2.045;HRun=1;HaplotypeScore=1.6567;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=14.88;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-546.306;SBQD=-3.368;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0264;VQSLOD=2.8934 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:70:99:1071,0,994
|
|
1 82763585 rs61766721 T C 496.79 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.522;HRun=0;HaplotypeScore=2.8120;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.640;SB=-276.795;SBQD=6.065;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7672;VQSLOD=2.6162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:71:99:527,0,1314
|
|
1 82824620 rs4970691 C T 1750.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.21;MQ0=0;QD=32.42;SB=-859.286;SBQD=-2.299;SBpi=0.4808;SBpiQual=0.4107;VQSLOD=7.1625 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1784,141,0
|
|
1 82854451 . A G 828.71 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.107;DP=71;Dels=0.00;FS=3.261;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.087;SB=-414.227;SBQD=1.193;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.0767;VQSLOD=4.3585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:859,0,1270
|
|
1 82865819 rs1281595 A C 1109.65 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.203;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-531.128;SBQD=0.514;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2485;VQSLOD=6.4554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:95:99:1140,0,1895
|
|
1 82869988 rs7511763 T G 1158.63 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.824;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.071;HRun=0;HaplotypeScore=2.6588;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.054;QD=17.04;ReadPosRankSum=0.562;SB=-561.733;SBQD=-5.988;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3486;VQSLOD=4.7142 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,42:68:99:1189,0,826
|
|
1 82887199 rs1281607 C T 2807.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.43;SB=-1385.365;SBQD=0.688;SBpi=0.1732;SBpiQual=0.2374;VQSLOD=8.4456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2841,223,0
|
|
1 82891740 rs1281609 C A 2701.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1226.024;SBQD=-0.093;SBpi=-0.6882;SBpiQual=-0.7015;VQSLOD=7.3447 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2735,214,0
|
|
1 82932075 rs34261255 A C 3025.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.78;MQ0=0;QD=34.38;SB=-1538.345;SBQD=1.631;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.2998;VQSLOD=8.0180 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3058,244,0
|
|
1 82949744 rs12411252 A C 716.96 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.158;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.006;SB=-288.987;SBQD=1.645;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5811;VQSLOD=4.4093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:747,0,964
|
|
1 82959840 rs2209693 C T 1255.69 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.213;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.750;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=14.95;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-588.598;SBQD=-1.963;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4171;VQSLOD=5.3975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:1286,0,1190
|
|
1 82960553 rs10782785 A G 941.73 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.132;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.361;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-474.793;SBQD=-6.093;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2564;VQSLOD=5.6723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:972,0,1113
|
|
1 82964989 rs7537152 A G 1109.92 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.328;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.726;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=13.21;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-600.716;SBQD=1.586;SBpi=0.0745;SBpiQual=-0.3100;VQSLOD=5.5651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:1140,0,1294
|
|
1 82987603 rs10874315 T C 2227.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=29.31;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-1224.216;SBQD=3.103;SBpi=-0.4041;SBpiQual=0.0154;VQSLOD=6.1837 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:2261,176,0
|
|
1 82987973 rs2209697 G A 1792.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.65;MQ0=0;QD=27.58;SB=-1060.205;SBQD=0.347;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.5608;VQSLOD=4.4411 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1826,144,0
|
|
1 82990864 rs963752 C T 3189.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1423.472;SBQD=2.231;SBpi=-0.7462;SBpiQual=-0.7092;VQSLOD=8.3743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3222,253,0
|
|
1 83028395 rs318414 A G 720.13 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.602;SB=-422.377;SBQD=1.735;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1411;VQSLOD=4.5776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:750,0,1020
|
|
1 83055055 rs1281403 T C 463.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.072;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.235;HRun=0;HaplotypeScore=5.2089;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.077;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.339;SB=-337.180;SBQD=6.926;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.1304;VQSLOD=0.5298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:493,0,682
|
|
1 83068388 rs4329509 G C 3047.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.10;MQ0=0;QD=35.03;SB=-1397.024;SBQD=-0.190;SBpi=0.6969;SBpiQual=0.8056;VQSLOD=7.4698 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3080,247,0
|
|
1 83096605 rs11163526 A G 1113.73 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.911;HRun=1;HaplotypeScore=2.9559;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-606.522;SBQD=-2.697;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0578;VQSLOD=3.3120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1144,0,939
|
|
1 83097667 rs1338363 G C 1005.77 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.239;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.847;SB=-412.545;SBQD=3.256;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.5382;VQSLOD=5.6277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:1036,0,1233
|
|
1 83097971 rs6660986 A G 843.67 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.248;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.850;SB=-319.384;SBQD=4.291;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.8712;VQSLOD=6.1156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:874,0,912
|
|
1 83099433 rs11163531 G A 1138.47 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.019;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-599.349;SBQD=3.686;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0778;VQSLOD=6.0153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1168,0,929
|
|
1 83106969 rs2117158 T C 3427.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.80;MQ0=0;QD=36.86;SB=-1551.492;SBQD=-0.372;SBpi=0.6740;SBpiQual=0.6772;VQSLOD=6.7220 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3427,268,0
|
|
1 83107442 rs17108708 C T 868.03 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.140;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.104;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-616.210;SBQD=-2.243;SBpi=-0.0781;SBpiQual=0.1238;VQSLOD=4.9553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:898,0,1444
|
|
1 83107700 rs4662154 G A 2812.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=37.01;ReadPosRankSum=1.322;SB=-1390.553;SBQD=1.249;SBpi=0.1732;SBpiQual=0.2109;VQSLOD=9.4234 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:2845,223,0
|
|
1 83184008 . G A 1050.46 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.299;DP=70;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.423;SB=-533.451;SBQD=-1.877;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2295;VQSLOD=4.0444 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1080,0,1050
|
|
1 83190749 rs12143922 C T 2698.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.98;SB=-1107.843;SBQD=-1.187;SBpi=-0.9815;SBpiQual=-1.1275;VQSLOD=8.5846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2731,214,0
|
|
1 83254474 rs425727 A G 1073.57 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.128;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.058;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.034;SB=-383.780;SBQD=-3.938;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-1.0441;VQSLOD=5.7308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1104,0,1245
|
|
1 83271878 . G A 1065.60 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.527;DP=69;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-523.683;SBQD=1.401;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2866;VQSLOD=4.2441 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1096,0,880
|
|
1 83276298 rs4662169 T C 1271.39 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.948;HRun=0;HaplotypeScore=1.9164;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.566;SB=-597.189;SBQD=3.770;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.4207;VQSLOD=5.3545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1301,0,1166
|
|
1 83282205 rs516138 T A 1049.59 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.665;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.943;HRun=0;HaplotypeScore=1.9523;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-559.226;SBQD=-2.677;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2021;VQSLOD=4.4577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1080,0,1258
|
|
1 83285567 . T A 956.97 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=60;Dels=0.00;FS=1.310;HRun=1;HaplotypeScore=1.5572;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.527;SB=-239.107;SBQD=2.497;SBpi=-1.6537;SBpiQual=-1.7431;VQSLOD=1.9884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:987,0,762
|
|
1 83285701 rs17109248 A C 866.52 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=36.992;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=16.99;ReadPosRankSum=1.962;SB=-381.372;SBQD=17.289;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.2887;VQSLOD=5.6493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:897,0,617
|
|
1 83292363 rs441491 G A 2848.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31;SB=-1366.617;SBQD=-0.945;SBpi=-0.6037;SBpiQual=-0.6984;VQSLOD=8.7743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2881,226,0
|
|
1 83298768 rs10874344 T C 2184.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=32.61;SB=-959.409;SBQD=-1.767;SBpi=-0.9163;SBpiQual=-1.0764;VQSLOD=7.7959 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2218,178,0
|
|
1 83301671 rs7536095 T C 3064.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.49;SB=-1396.061;SBQD=-0.417;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.6356;VQSLOD=8.7527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3098,244,0
|
|
1 83307525 rs4562615 A G 1231.96 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.565;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.816;QD=16.65;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-528.730;SBQD=5.791;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.6727;VQSLOD=5.4455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1262,0,1050
|
|
1 83364265 rs10218742 T C 1447.73 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.961;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=14.393;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.386;SB=-768.881;SBQD=-4.423;SBpi=-0.3434;SBpiQual=0.1059;VQSLOD=4.9624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:95:99:1478,0,1371
|
|
1 83378868 rs1144253 C T 919.03 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.406;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-474.685;SBQD=-1.203;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4602;VQSLOD=4.4946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:949,0,1424
|
|
1 83396455 rs1144268 T C 2950.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=35.13;SB=-1416.622;SBQD=-1.555;SBpi=-0.4364;SBpiQual=-0.5909;VQSLOD=9.1478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2984,235,0
|
|
1 83396546 rs1144269 G A 989.61 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.356;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.933;HRun=0;HaplotypeScore=6.5759;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=13.74;ReadPosRankSum=1.569;SB=-471.363;SBQD=-0.785;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.2966;VQSLOD=2.8512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:1020,0,1033
|
|
1 83414504 rs1348045 A G 1280.69 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.522;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.796;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.102;SB=-695.409;SBQD=1.891;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1162;VQSLOD=6.0513 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:1311,0,1296
|
|
1 83418227 rs12131747 C T 1223.20 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.265;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.902;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.963;QD=15.89;ReadPosRankSum=0.138;SB=-554.666;SBQD=-2.471;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.4982;VQSLOD=4.9585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1253,0,1029
|
|
1 83426972 rs11163623 A C 537.58 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.335;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-376.830;SBQD=-1.144;SBpi=-0.1826;SBpiQual=0.1234;VQSLOD=4.6193 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:568,0,1244
|
|
1 83461181 rs1440445 T C 1141.25 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.280;SB=-542.004;SBQD=-1.658;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.3008;VQSLOD=6.2615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1171,0,1280
|
|
1 83472005 rs4532832 T C 927.89 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.656;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.188;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.210;SB=-331.571;SBQD=8.103;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.9060;VQSLOD=5.6657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:958,0,813
|
|
1 83486464 rs11804891 C T 1459.25 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.268;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.849;HRun=0;HaplotypeScore=2.9471;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=18.02;ReadPosRankSum=1.078;SB=-698.533;SBQD=-2.620;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.1320;VQSLOD=4.1808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:81:99:1489,0,892
|
|
1 83487728 rs11802036 G A 887.29 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.235;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.679;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.389;SB=-439.952;SBQD=-5.822;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1647;VQSLOD=6.0165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:917,0,933
|
|
1 83490161 rs17465658 T C 1035.63 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.834;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.463;SB=-443.498;SBQD=2.484;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6294;VQSLOD=5.9639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:1066,0,1385
|
|
1 83495890 rs35984474 T C 1027.81 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.210;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.857;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-521.156;SBQD=1.328;SBpi=-0.1622;SBpiQual=0.1506;VQSLOD=5.6923 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1058,0,1212
|
|
1 83521523 rs2022433 G A 1324.67 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.118;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.915;HRun=1;HaplotypeScore=1.6609;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.982;QD=17.20;ReadPosRankSum=-2.013;SB=-689.444;SBQD=-2.781;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.4815;VQSLOD=2.2009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:77:99:1355,0,888
|
|
1 83524063 rs957823 G A 898.54 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.459;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.907;HRun=3;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=11.82;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-349.773;SBQD=-3.144;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.7400;VQSLOD=4.3660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:929,0,1471
|
|
1 83536664 rs35502748 T C 1265.20 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.912;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=19.17;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-487.222;SBQD=-0.330;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.9311;VQSLOD=4.8487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:1295,0,777
|
|
1 83547597 rs12120103 T C 725.39 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.760;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.977;HRun=0;HaplotypeScore=2.4836;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.941;SB=-389.754;SBQD=4.455;SBpi=-0.1768;SBpiQual=0.1124;VQSLOD=4.1536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:83:99:755,0,1709
|
|
1 83574190 rs12092444 C T 1091.89 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.342;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.584;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.698;SB=-574.370;SBQD=1.038;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0129;VQSLOD=4.9161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1122,0,1176
|
|
1 83574440 rs573494 T A 1211.24 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.548;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-518.185;SBQD=-6.087;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.3947;VQSLOD=6.3336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,41:88:99:1241,0,1551
|
|
1 83577912 rs12146035 C T 739.72 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.674;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.093;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.489;SB=-402.760;SBQD=-0.795;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.1114;VQSLOD=5.5921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:770,0,645
|
|
1 83590083 rs11163658 C T 930.04 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.383;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.102;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.76;ReadPosRankSum=1.562;SB=-434.857;SBQD=1.489;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.5080;VQSLOD=6.0235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:960,0,771
|
|
1 83593919 rs12135518 A T 786.71 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.327;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.143;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=12.49;ReadPosRankSum=1.404;SB=-337.653;SBQD=-3.826;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6091;VQSLOD=5.2260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:817,0,1189
|
|
1 83603357 rs323955 C T 2723.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=46.69;MQ0=0;QD=32.42;SB=-1386.076;SBQD=1.153;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.3362;VQSLOD=7.3069 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2756,238,0
|
|
1 83603419 rs61791314 T C 1097.38 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.419;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=3.780;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=11.20;ReadPosRankSum=-1.432;SB=-476.859;SBQD=5.301;SBpi=0.4243;SBpiQual=0.8685;VQSLOD=4.2161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:1127,0,1310
|
|
1 83616016 rs170478 A G 816.02 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.081;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=43.50;MQ0=1;MQRankSum=-1.048;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.750;SB=-466.451;SBQD=-1.127;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0383;VQSLOD=4.6173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:846,0,1200
|
|
1 83633775 rs9429332 G A 309.65 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.047;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=12.300;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.79;MQ0=2;MQRankSum=0.523;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.359;SB=-132.520;SBQD=-11.596;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1488;VQSLOD=3.9509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:340,0,808
|
|
1 83636481 . C G 173.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.741;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9203;MQ=28.82;MQ0=5;MQRankSum=-3.649;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-97.843;SBQD=-0.398;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.3909;VQSLOD=-2.8612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:203,0,679
|
|
1 83640358 rs809177 A G 443.45 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.721;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.252;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.92;MQ0=2;MQRankSum=-0.921;QD=8.87;ReadPosRankSum=-1.459;SB=-221.179;SBQD=-0.502;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.5668;VQSLOD=3.2471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:473,0,626
|
|
1 83640444 . T G 737.32 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;DP=53;Dels=0.00;FS=5.557;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-396.626;SBQD=-3.961;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1698;VQSLOD=4.2719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:767,0,800
|
|
1 83648213 rs6683606 T C 875.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=53.14;MQ0=1;QD=25.02;SB=-374.681;SBQD=-1.785;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.6789;VQSLOD=4.4681 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:87.15:909,87,0
|
|
1 83648787 rs9429312 T A 669.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=2.177;HRun=4;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.79;MQ0=5;MQRankSum=-4.569;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.294;SB=-240.420;SBQD=-6.204;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3291;VQSLOD=0.5263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:699,0,902
|
|
1 83649350 rs9429370 A G 168.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.447;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=14.050;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=32.46;MQ0=10;MQRankSum=-1.610;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.308;SB=33.042;SBQD=-5.880;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.8828;VQSLOD=1.1056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,19:61:99:199,0,953
|
|
1 83664036 rs9662390 G A 1127.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.63;MQ0=9;QD=23.01;SB=-230.232;SBQD=18.527;SBpi=1.1547;SBpiQual=1.0823;VQSLOD=3.0915 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1161,105,0
|
|
1 83704152 rs12125374 A G 2054.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.50;MQ0=7;QD=30.21;SB=-918.515;SBQD=-9.162;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.1669;VQSLOD=6.8735 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2087,171,0
|
|
1 83749055 rs12121324 T A 1965.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.70;MQ0=3;QD=32.75;SB=-806.088;SBQD=5.216;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.6466;VQSLOD=7.6225 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1998,159,0
|
|
1 83758902 rs11163706 T G 2860.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.42;MQ0=0;QD=33.26;SB=-1222.292;SBQD=2.714;SBpi=0.8627;SBpiQual=1.0346;VQSLOD=7.7434 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2894,232,0
|
|
1 83760265 rs61791726 A T 3732.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.15;MQ0=0;QD=36.59;SB=-1820.434;SBQD=0.548;SBpi=0.1980;SBpiQual=0.2123;VQSLOD=8.5377 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3732,292,0
|
|
1 83783406 rs2389453 G C 3035.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=53.84;MQ0=0;QD=34.49;SB=-1399.656;SBQD=-0.012;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.4957;VQSLOD=7.1148 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3069,253,0
|
|
1 83800819 rs1953681 A C 2075.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.44;MQ0=3;QD=28.43;SB=-1068.250;SBQD=1.126;SBpi=0.4096;SBpiQual=0.3301;VQSLOD=6.3184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2108,183,0
|
|
1 83806878 . A G 838.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=25;QD=16.45;SB=-272.024;SBQD=0.195;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9069;VQSLOD=3.8203 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,27:51:69.22:872,69,0
|
|
1 83818653 rs4261139 G C 624.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.67;MQ0=14;QD=8.01;SB=-230.975;SBQD=-3.371;SBpi=-0.6794;SBpiQual=-0.6911;VQSLOD=3.8695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:71.90:658,72,0
|
|
1 83818767 rs7512399 T A 2110.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.94;MQ0=0;QD=36.38;SB=-718.993;SBQD=-5.085;SBpi=-1.0505;SBpiQual=-1.2921;VQSLOD=8.2819 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2143,171,0
|
|
1 83825716 rs4001578 A C 3743.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;QD=38.20;SB=-1629.528;SBQD=0.704;SBpi=0.6061;SBpiQual=0.6226;VQSLOD=8.2866 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3743,292,0
|
|
1 83829675 rs2485416 C T 1008.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.23;MQ0=10;QD=15.52;SB=-454.551;SBQD=-6.235;SBpi=-0.1861;SBpiQual=-0.3591;VQSLOD=6.2942 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1042,99,0
|
|
1 83840911 . G A 490.85 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.482;DP=95;Dels=0.00;FS=1.348;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.45;MQ0=59;MQRankSum=-1.152;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.633;SB=-241.697;SBQD=-2.422;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.1178;VQSLOD=1.8263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,37:95:99:521,0,290
|
|
1 83842716 rs2536374 C T 1748.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.47;MQ0=2;QD=26.09;SB=-583.676;SBQD=-5.084;SBpi=-1.2828;SBpiQual=-1.4241;VQSLOD=4.1486 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1781,150,0
|
|
1 83847981 rs12145114 C T 1232.99 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.154;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.113;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.105;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-456.407;SBQD=4.214;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.0372;VQSLOD=4.3140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1263,0,1174
|
|
1 83850607 rs12134235 G A 639.62 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.391;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.002;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.115;SB=-414.479;SBQD=-4.897;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0657;VQSLOD=4.8511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:670,0,1075
|
|
1 83868545 rs2995140 A T 2979.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.48;MQ0=1;QD=31.03;SB=-1294.335;SBQD=-4.796;SBpi=-0.7144;SBpiQual=-0.8822;VQSLOD=6.8296 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3012,259,0
|
|
1 83870371 . C T 94.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.634;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.42;MQ0=1;MQRankSum=-0.977;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-110.692;SBQD=-0.759;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0165;VQSLOD=-0.9622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,14:85:99:125,0,2250
|
|
1 83872778 . A G 384.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=77;Dels=0.00;FS=1.255;HRun=0;HaplotypeScore=2.5740;MQ=33.13;MQ0=17;MQRankSum=-1.049;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.806;SB=-70.640;SBQD=8.169;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.3173;VQSLOD=1.1239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,29:77:99:414,0,1006
|
|
1 83874492 rs7528549 T C 1206.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.51;MQ0=25;QD=15.67;SB=-436.914;SBQD=-19.124;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.1027;VQSLOD=4.9589 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,64:77:99:1240,111,0
|
|
1 83891560 . G A 144.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.762;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=19.8580;MQ=51.31;MQ0=3;MQRankSum=1.240;QD=1.87;ReadPosRankSum=-2.993;SB=-45.650;SBQD=1.086;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2279;VQSLOD=-15.7248 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,9:77:99:174,0,1476
|
|
1 83977091 rs4907142 A G 2794.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=36.29;SB=-1227.777;SBQD=1.285;SBpi=0.6268;SBpiQual=0.7622;VQSLOD=8.4403 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2827,229,0
|
|
1 83982856 rs7546004 C T 2007.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.37;MQ0=0;QD=34.03;SB=-957.151;SBQD=1.750;SBpi=0.4557;SBpiQual=0.5609;VQSLOD=8.2027 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2041,160,0
|
|
1 83984638 rs12037157 G C 918.30 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6547;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=12.24;ReadPosRankSum=-1.152;SB=-531.343;SBQD=-0.641;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0480;VQSLOD=4.4595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:948,0,1253
|
|
1 84011833 rs7549930 T C 2706.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1267.287;SBQD=-0.202;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.6207;VQSLOD=8.7000 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2739,214,0
|
|
1 84062998 rs11808968 T C 2715.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.72;SB=-1033.991;SBQD=6.239;SBpi=0.8232;SBpiQual=1.2733;VQSLOD=8.4606 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2748,238,0
|
|
1 84075213 rs6576895 T C 3067.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.67;SB=-1242.261;SBQD=-1.602;SBpi=-0.9705;SBpiQual=-1.2063;VQSLOD=7.0457 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:3101,247,0
|
|
1 84077490 rs6682383 T C 1241.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7845;MQ=52.77;MQ0=0;QD=21.41;SB=-759.168;SBQD=-3.335;SBpi=-0.7878;SBpiQual=-0.9671;VQSLOD=3.3223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1275,105,0
|
|
1 84120139 rs61789452 T A 2368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.65;MQ0=0;QD=34.32;SB=-1211.871;SBQD=1.319;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.2696;VQSLOD=9.0112 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2401,190,0
|
|
1 84124112 rs11590582 C T 3102.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.30;SB=-1579.070;SBQD=1.415;SBpi=-0.0556;SBpiQual=0.0710;VQSLOD=8.2458 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3135,241,0
|
|
1 84126005 rs10782815 G A 3331.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=37.01;SB=-1353.881;SBQD=-1.743;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-1.0979;VQSLOD=8.6023 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3331,259,0
|
|
1 84126330 rs4907175 G A 2354.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=35.68;SB=-1159.424;SBQD=-1.092;SBpi=-0.3693;SBpiQual=-0.4783;VQSLOD=8.6892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2388,184,0
|
|
1 84128045 rs10874405 G A 2020.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8730;MQ=59.69;MQ0=0;QD=32.59;SB=-783.892;SBQD=5.687;SBpi=0.8890;SBpiQual=1.1926;VQSLOD=6.5365 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2053,162,0
|
|
1 84142157 rs10747406 C G 2298.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.84;SB=-932.194;SBQD=-1.465;SBpi=-1.1952;SBpiQual=-1.3337;VQSLOD=7.8740 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2332,187,0
|
|
1 84149799 rs11163801 T C 3069.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.12;SB=-1404.956;SBQD=-0.838;SBpi=-0.5966;SBpiQual=-0.6808;VQSLOD=7.9561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3103,244,0
|
|
1 84173441 rs6576920 G T 1600.43 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.164;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.771;HRun=0;HaplotypeScore=1.9895;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-801.063;SBQD=3.209;SBpi=-0.0700;SBpiQual=0.1025;VQSLOD=5.0764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:1630,0,1361
|
|
1 84182215 rs6576932 C T 2770.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.07;SB=-706.565;SBQD=-2.666;SBpi=-2.3064;SBpiQual=-2.5139;VQSLOD=6.8814 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2803,217,0
|
|
1 84182991 rs12041955 G A 1507.38 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.030;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.207;HRun=0;HaplotypeScore=2.8653;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.072;QD=19.08;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-494.306;SBQD=-4.110;SBpi=-1.2399;SBpiQual=-1.3513;VQSLOD=2.3885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:1537,0,921
|
|
1 84191346 rs4596918 G A 1460.11 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.912;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.141;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=18.72;ReadPosRankSum=1.122;SB=-598.159;SBQD=2.856;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.7608;VQSLOD=5.2912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:1490,0,877
|
|
1 84217991 rs12407863 C T 792.23 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.783;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.121;SB=-394.256;SBQD=-4.913;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.1897;VQSLOD=6.1616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:822,0,850
|
|
1 84223093 rs10489498 T G 649.92 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.996;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=13.093;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.233;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.411;SB=-235.519;SBQD=6.429;SBpi=1.3333;SBpiQual=1.1136;VQSLOD=3.6996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:680,0,1050
|
|
1 84224580 . C T 1314.30 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.770;DP=90;Dels=0.00;FS=8.705;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.412;SB=-692.064;SBQD=7.464;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.1500;VQSLOD=4.4901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1344,0,1236
|
|
1 84365390 rs603447 T C 1129.51 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=8.839;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.735;SB=-594.816;SBQD=-6.076;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1293;VQSLOD=4.8415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1160,0,1471
|
|
1 84367626 rs12133778 A G 895.73 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.505;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-421.870;SBQD=-4.705;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3918;VQSLOD=5.0454 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:926,0,866
|
|
1 84415011 rs34274953 G A 173.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=33.145;HRun=0;HaplotypeScore=3.6824;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-93.397;SBQD=-18.728;SBpi=-0.8839;SBpiQual=-1.5780;VQSLOD=-0.0036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:203,0,1035
|
|
1 84419297 rs7551787 T C 1125.13 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.643;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.305;HRun=0;HaplotypeScore=2.4557;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-536.538;SBQD=4.766;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4518;VQSLOD=5.5688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:81:99:1155,0,1223
|
|
1 84424071 rs11807807 C T 1168.36 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.528;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.312;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=2.348;QD=14.98;ReadPosRankSum=2.878;SB=-498.963;SBQD=-4.526;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.5611;VQSLOD=4.6477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1198,0,1163
|
|
1 84427499 rs942849 G A 920.77 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.678;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.970;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=13.74;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-347.008;SBQD=2.254;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8317;VQSLOD=4.8789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:951,0,911
|
|
1 84427707 rs942848 G C 1145.74 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.823;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-456.589;SBQD=-2.773;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7773;VQSLOD=5.0445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:1176,0,1457
|
|
1 84447539 rs34155960 T G 373.63 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=7.533;HRun=1;HaplotypeScore=1.7781;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.949;SB=-203.835;SBQD=-7.862;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.6871;VQSLOD=2.9909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:404,0,630
|
|
1 84447634 rs6687372 C T 868.23 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.575;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-472.428;SBQD=-5.147;SBpi=-0.0898;SBpiQual=0.0530;VQSLOD=5.8744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:898,0,1192
|
|
1 84461268 rs6670658 A G 722.67 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.099;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.437;SB=-384.243;SBQD=-5.609;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.7871;VQSLOD=5.5567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:753,0,759
|
|
1 84465057 rs575577 G C 334.63 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.477;HRun=0;HaplotypeScore=3.8223;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=9.56;ReadPosRankSum=2.017;SB=-151.254;SBQD=-3.758;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.4447;VQSLOD=2.7867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:365,0,480
|
|
1 84469520 rs12723239 G A 1088.09 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.539;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.907;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.111;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-562.579;SBQD=-1.375;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2921;VQSLOD=5.1137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1118,0,1099
|
|
1 84471134 rs1886769 C A 1257.35 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.348;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=9.624;HRun=4;HaplotypeScore=1.9305;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.750;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.046;SB=-562.639;SBQD=6.834;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5579;VQSLOD=4.5177 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:1287,0,1698
|
|
1 84471945 rs9660265 G C 1363.03 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=6.568;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-565.793;SBQD=-6.606;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.6488;VQSLOD=5.7618 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:1393,0,1583
|
|
1 84480376 rs12145516 A G 736.56 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.048;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-349.233;SBQD=-1.034;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.3087;VQSLOD=4.6847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:767,0,1141
|
|
1 84485086 rs678794 T C 752.69 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.747;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.925;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.326;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.253;SB=-339.251;SBQD=3.362;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.5782;VQSLOD=5.9083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:783,0,1228
|
|
1 84516623 . C T 1202.35 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8573;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-646.123;SBQD=-0.137;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.0905;VQSLOD=3.5731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:89:99:1232,0,1457
|
|
1 84534503 rs35452337 C A 717.73 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.076;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.021;SB=-363.971;SBQD=-2.387;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.3941;VQSLOD=5.5498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:748,0,1108
|
|
1 84539576 rs12746741 T C 763.74 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.597;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.216;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.073;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.107;SB=-337.201;SBQD=5.049;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5496;VQSLOD=6.1303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:794,0,927
|
|
1 84541716 rs957828 C A 3623.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1656.512;SBQD=3.940;SBpi=0.3961;SBpiQual=0.7578;VQSLOD=8.5886 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3623,292,0
|
|
1 84551736 rs12404263 G A 951.90 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.889;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=6.930;HRun=1;HaplotypeScore=2.9332;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=15.60;ReadPosRankSum=-0.847;SB=-488.076;SBQD=6.147;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2217;VQSLOD=3.5239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:982,0,682
|
|
1 84581395 rs12132212 T G 951.03 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.764;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.920;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-483.088;SBQD=5.091;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0785;VQSLOD=5.8906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:981,0,992
|
|
1 84592019 rs6689844 G A 891.44 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=15.64;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-473.784;SBQD=0.236;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.4734;VQSLOD=5.5941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:921,0,710
|
|
1 84592379 rs2792976 C T 1825.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=31.47;SB=-902.668;SBQD=1.542;SBpi=-0.7878;SBpiQual=-0.7430;VQSLOD=6.6987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1858,144,0
|
|
1 84592805 rs11163903 G A 1027.28 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.307;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=1.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=14.89;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-484.982;SBQD=2.198;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.2900;VQSLOD=6.1410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:1057,0,1068
|
|
1 84645266 rs2037454 G A 936.19 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.113;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-427.363;SBQD=1.267;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4637;VQSLOD=6.2628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:966,0,1137
|
|
1 84664640 rs12756327 T G 1984.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.82;SB=-865.336;SBQD=-1.226;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.8276;VQSLOD=7.7004 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2018,159,0
|
|
1 84665968 rs4907194 G C 1052.51 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.476;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.088;HRun=0;HaplotypeScore=1.9717;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=15.04;ReadPosRankSum=-1.298;SB=-459.882;SBQD=-2.668;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.6604;VQSLOD=4.9472 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1083,0,1010
|
|
1 84694242 rs2389717 C T 1472.60 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=2.576;HRun=2;HaplotypeScore=5.3601;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-688.034;SBQD=3.590;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.7375;VQSLOD=3.2943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:102:99:1503,0,1357
|
|
1 84726304 rs4907051 C T 1508.41 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.772;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.285;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.297;SB=-762.157;SBQD=-0.881;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.4090;VQSLOD=5.0054 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:1538,0,1338
|
|
1 84735603 rs316687 T C 3846.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=36.29;SB=-1862.314;SBQD=-1.739;SBpi=-0.1943;SBpiQual=-0.3172;VQSLOD=8.8716 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:3846,304,0
|
|
1 84740308 rs10874434 A G 2057.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.57;MQ0=0;QD=32.16;SB=-386.101;SBQD=-8.493;SBpi=-2.3308;SBpiQual=-2.6781;VQSLOD=5.1570 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:2091,175,0
|
|
1 84759923 rs784828 A G 2014.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.57;SB=-1031.736;SBQD=1.055;SBpi=0.2582;SBpiQual=0.3456;VQSLOD=8.6009 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2047,165,0
|
|
1 84810345 rs186405 G A 2771.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1509.671;SBQD=-1.158;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0413;VQSLOD=6.9152 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2804,217,0
|
|
1 84831754 rs315548 G A 2251.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=27.80;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-1391.606;SBQD=3.888;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.0951;VQSLOD=6.1248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:2285,184,0
|
|
1 84839250 rs63281461 G A 2424.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.48;SB=-1111.687;SBQD=-1.768;SBpi=-0.3150;SBpiQual=-0.4639;VQSLOD=8.5080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2457,190,0
|
|
1 84861518 rs7523888 T C 2391.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.17;SB=-1191.754;SBQD=-1.797;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.2366;VQSLOD=8.7097 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2424,196,0
|
|
1 84880775 rs3105612 T C 2725.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.86;SB=-1331.600;SBQD=-0.364;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.3177;VQSLOD=8.6054 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2758,220,0
|
|
1 84897353 rs55714012 C T 937.32 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=11.926;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.547;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.521;SB=-501.997;SBQD=-3.923;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.3029;VQSLOD=4.3848 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:67:99:967,0,633
|
|
1 84911550 rs6681894 A G 3072.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.01;MQ0=0;QD=33.77;SB=-1439.988;SBQD=1.731;SBpi=0.6814;SBpiQual=0.8368;VQSLOD=8.0301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3106,247,0
|
|
1 84918166 rs4907069 A G 2130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.81;SB=-972.371;SBQD=-0.194;SBpi=0.8189;SBpiQual=0.8400;VQSLOD=8.7045 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2163,169,0
|
|
1 84924893 rs9432838 C T 2210.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70;SB=-1210.658;SBQD=1.971;SBpi=0.1179;SBpiQual=0.2030;VQSLOD=6.4014 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:2244,178,0
|
|
1 85004256 rs55974456 G T 1537.33 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.261;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.861;HRun=1;HaplotypeScore=1.9134;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=18.98;ReadPosRankSum=0.188;SB=-731.984;SBQD=0.991;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.3886;VQSLOD=3.9945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:1567,0,947
|
|
1 85086250 rs880412 T C 1751.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=32.44;SB=-905.882;SBQD=-1.904;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.3950;VQSLOD=8.0051 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1785,144,0
|
|
1 85088306 . C G 1085.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7980;MQ=51.40;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=15.51;ReadPosRankSum=5.082;SB=-588.867;SBQD=3.153;SBpi=0.8165;SBpiQual=1.1318;VQSLOD=1.1995 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,54:70:23.92:1119,24,0
|
|
1 85095078 rs12123923 A T 718.56 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.902;SB=-477.593;SBQD=2.218;SBpi=-0.0898;SBpiQual=0.0224;VQSLOD=5.3410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:749,0,942
|
|
1 85099880 rs2994924 A G 2388.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=35.65;SB=-1091.300;SBQD=0.358;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.5886;VQSLOD=8.7304 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2421,196,0
|
|
1 85113203 rs2994949 T C 844.09 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.739;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.954;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=12.06;ReadPosRankSum=-2.116;SB=-428.199;SBQD=0.869;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-0.6338;VQSLOD=5.3083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:874,0,848
|
|
1 85123819 rs2994440 A G 961.27 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.377;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.171;HRun=0;HaplotypeScore=2.6287;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-313.108;SBQD=-7.022;SBpi=-1.0801;SBpiQual=-1.5238;VQSLOD=4.2826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:991,0,1153
|
|
1 85128280 rs2994437 T C 912 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.998;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.088;SB=-473.567;SBQD=-1.099;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0658;VQSLOD=5.4912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:84:99:942,0,1684
|
|
1 85137984 rs12022113 A G 550.27 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.305;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6637;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.026;SB=-263.795;SBQD=0.886;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.5891;VQSLOD=4.9614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:580,0,1219
|
|
1 85138686 rs11164036 G A 1001.73 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.131;HRun=1;HaplotypeScore=1.7262;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=15.41;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-498.773;SBQD=3.439;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5849;VQSLOD=3.9391 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1032,0,630
|
|
1 85142487 rs6685633 T C 946.53 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.919;QD=16.04;ReadPosRankSum=0.863;SB=-467.019;SBQD=-0.978;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.5624;VQSLOD=4.8768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:977,0,602
|
|
1 85187294 rs6576722 T C 723.54 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=11.671;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=12.06;ReadPosRankSum=-1.252;SB=-202.914;SBQD=-10.080;SBpi=-1.1339;SBpiQual=-1.2728;VQSLOD=4.0772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:754,0,1079
|
|
1 85210779 rs1998826 A G 2204.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.99;SB=-1181.079;SBQD=0.500;SBpi=-0.0630;SBpiQual=-0.0275;VQSLOD=9.2669 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2237,178,0
|
|
1 85212374 rs11161440 C T 752.31 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.217;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=13.43;ReadPosRankSum=2.382;SB=-295.433;SBQD=1.125;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.9551;VQSLOD=3.9696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:782,0,760
|
|
1 85212848 rs10873652 A G 512.53 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.144;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.918;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-262.207;SBQD=3.735;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.6528;VQSLOD=3.4407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:543,0,915
|
|
1 85229146 rs1770563 A G 2384.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57;SB=-1198.306;SBQD=-4.044;SBpi=-0.1132;SBpiQual=-0.5275;VQSLOD=7.2594 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2418,211,0
|
|
1 85229561 rs1750485 T C 3027.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=33.27;SB=-886.059;SBQD=6.186;SBpi=1.7297;SBpiQual=2.1780;VQSLOD=7.2919 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3060,262,0
|
|
1 85241493 rs9727277 T C 2475.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;QD=31.33;SB=-1283.891;SBQD=5.891;SBpi=-0.6188;SBpiQual=-0.1085;VQSLOD=6.8151 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2508,220,0
|
|
1 85245643 rs9662836 A C 1948.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;QD=32.47;SB=-982.741;SBQD=-0.997;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.3086;VQSLOD=7.5620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1981,162,0
|
|
1 85252003 rs10782526 C A 1145.40 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.072;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.053;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.581;SB=-624.000;SBQD=-3.088;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0450;VQSLOD=5.2709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1175,0,812
|
|
1 85265281 rs4907004 C T 1031.31 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.913;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.394;SB=-482.890;SBQD=-2.413;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.3902;VQSLOD=5.7721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1061,0,1147
|
|
1 85273056 . A T 960.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;DP=79;Dels=0.00;FS=5.123;HRun=3;HaplotypeScore=4.3404;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.343;SB=-317.749;SBQD=2.464;SBpi=1.7143;SBpiQual=1.4592;VQSLOD=-0.0674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:79:99:990,0,987
|
|
1 85328625 . G A 1429.04 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.452;DP=85;Dels=0.00;FS=4.145;HRun=2;HaplotypeScore=3.3966;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=16.81;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-786.467;SBQD=3.950;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.1456;VQSLOD=2.1008 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:1459,0,1090
|
|
1 85328814 rs55741730 C A 1692.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6584;MQ=58.95;MQ0=0;QD=29.19;SB=-928.004;SBQD=-1.517;SBpi=0.6565;SBpiQual=0.6035;VQSLOD=5.1280 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1726,135,0
|
|
1 85332120 rs1325273 T C 714.96 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.621;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.912;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-398.356;SBQD=-2.429;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.0147;VQSLOD=5.2082 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:745,0,1429
|
|
1 85348497 rs1536117 T G 928.57 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=10.008;HRun=0;HaplotypeScore=2.7549;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-519.928;SBQD=8.085;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2222;VQSLOD=4.5836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:959,0,1120
|
|
1 85350831 rs1886645 C T 753.19 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.161;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.307;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-305.036;SBQD=4.576;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.6786;VQSLOD=5.7604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:783,0,724
|
|
1 85354972 rs12032140 G A 764.79 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.247;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=-1.124;SB=-374.219;SBQD=8.157;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4658;VQSLOD=5.2495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:795,0,913
|
|
1 85360681 rs6693897 C G 1000.33 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.387;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=9.250;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=12.50;ReadPosRankSum=0.504;SB=-376.882;SBQD=-7.353;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.8534;VQSLOD=5.3527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:1030,0,1476
|
|
1 85361393 rs6576727 T C 441.36 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.963;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.231;SB=-187.073;SBQD=3.249;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.6494;VQSLOD=3.8211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:55:99:471,0,1087
|
|
1 85363725 rs6576730 T A 309.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.959;DB;DP=39;Dels=0.03;FS=1.342;HRun=11;HaplotypeScore=2.6670;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.445;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-361.329;SBQD=-2.785;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.4646;VQSLOD=-4.1888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,27:39:99:339,0,293
|
|
1 85366808 rs6703030 G A 581.69 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.139;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.088;HRun=0;HaplotypeScore=2.8230;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.539;SB=-391.124;SBQD=-1.952;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.4149;VQSLOD=4.3424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:612,0,551
|
|
1 85366935 rs6703143 G A 1034.34 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.786;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=10.380;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.934;QD=13.98;ReadPosRankSum=0.682;SB=-610.191;SBQD=8.371;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2045;VQSLOD=2.9604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1064,0,818
|
|
1 85405887 rs677911 A G 1073.90 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.585;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.592;SB=-534.040;SBQD=-1.317;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4950;VQSLOD=5.8703 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1104,0,1130
|
|
1 85423264 rs521435 A G 918.56 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.913;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=13.12;ReadPosRankSum=1.106;SB=-498.895;SBQD=-1.101;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1843;VQSLOD=5.6887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:949,0,1116
|
|
1 85430851 rs536609 T C 1084.35 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.056;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=2.725;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-539.556;SBQD=0.179;SBpi=-0.0762;SBpiQual=0.2871;VQSLOD=6.1184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:95:99:1114,0,1766
|
|
1 85445384 rs10873670 T C 1267.64 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.346;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.856;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=14.91;ReadPosRankSum=1.069;SB=-452.938;SBQD=1.851;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.1073;VQSLOD=4.3352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:1298,0,1260
|
|
1 85446122 rs10782534 C T 1148.80 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.069;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.681;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.187;QD=16.41;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-602.277;SBQD=4.908;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1342;VQSLOD=4.1849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1179,0,906
|
|
1 85447659 rs4907017 A T 829.75 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.805;SB=-509.978;SBQD=0.807;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.0295;VQSLOD=5.5826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:860,0,1564
|
|
1 85448351 rs12730688 A G 1147.70 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.965;SB=-600.402;SBQD=0.863;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2658;VQSLOD=5.1989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1178,0,951
|
|
1 85459731 . A G 776.03 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=54;Dels=0.00;FS=3.715;HRun=0;HaplotypeScore=1.7845;MQ=45.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-439.622;SBQD=-3.579;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1465;VQSLOD=4.1290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:806,0,693
|
|
1 85462971 rs12754569 G C 86.41 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.729;SB=-0.007;SBQD=9.601;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.0083;VQSLOD=4.6107 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:83.28:116,0,83
|
|
1 85484366 rs7522239 A G 2845.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.87;SB=-1164.860;SBQD=4.367;SBpi=0.8729;SBpiQual=1.2029;VQSLOD=8.8469 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2878,229,0
|
|
1 85538182 rs7517215 A G 842.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.4344;MQ=30.08;MQ0=0;QD=21.07;SB=-306.502;SBQD=-8.675;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.4617;VQSLOD=2.9430 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84.12:876,84,0
|
|
1 85543072 rs963489 G A 1307.47 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.867;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.814;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.543;SB=-595.483;SBQD=1.965;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3431;VQSLOD=5.1007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:83:99:1337,0,1221
|
|
1 85557610 rs971243 G A 3335.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=34.38;SB=-1593.015;SBQD=0.309;SBpi=-0.7615;SBpiQual=-0.7771;VQSLOD=7.1046 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3335,259,0
|
|
1 85569324 rs709772 T C 1511.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=27.99;SB=-766.807;SBQD=-1.786;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.7520;VQSLOD=5.4722 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1545,123,0
|
|
1 85574021 rs709759 G A 2770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1368.070;SBQD=-1.842;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.4182;VQSLOD=8.4461 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2804,214,0
|
|
1 85583985 rs817472 G A 2306.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.60;SB=-1212.098;SBQD=-2.094;SBpi=-0.2926;SBpiQual=-0.4607;VQSLOD=7.4174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2340,190,0
|
|
1 85586170 rs6576752 C T 2235.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.06;SB=-1094.016;SBQD=-1.275;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.3536;VQSLOD=8.5245 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2269,181,0
|
|
1 85586259 rs7525306 A G 2554.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;QD=33.62;SB=-1253.949;SBQD=-1.185;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.5335;VQSLOD=7.7272 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2588,208,0
|
|
1 85605914 rs10873689 T A 3227.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.46;SB=-1547.025;SBQD=2.850;SBpi=-0.5766;SBpiQual=-0.3306;VQSLOD=3.5438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3260,268,0
|
|
1 85611892 rs4517366 C T 3469.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8288;MQ=59.97;MQ0=0;QD=35.40;SB=-1711.229;SBQD=-0.379;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.4019;VQSLOD=6.1979 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:3438,268,0
|
|
1 85622063 rs12408571 C G 1319.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.31;SB=-522.359;SBQD=11.412;SBpi=0.5217;SBpiQual=1.0037;VQSLOD=6.4239 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1352,108,0
|
|
1 85644590 rs817442 T C 3038.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1489.115;SBQD=-0.939;SBpi=0.3752;SBpiQual=0.3301;VQSLOD=8.3624 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3072,250,0
|
|
1 85648905 rs11161539 T C 2326.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6439;MQ=58.58;MQ0=0;QD=30.22;SB=-1195.658;SBQD=-4.885;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.6363;VQSLOD=6.0912 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2360,193,0
|
|
1 85671575 . C A 92.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.261;DP=77;Dels=0.00;FS=55.316;HRun=5;HaplotypeScore=4.4947;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.239;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.506;SB=120.306;SBQD=7.452;SBpi=2.1213;SBpiQual=1.7536;VQSLOD=-3.5399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,18:77:99:123,0,578
|
|
1 85683747 rs12737823 A C 1137.48 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.613;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=5.380;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-476.167;SBQD=-0.794;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.9139;VQSLOD=5.0506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:102:99:1167,0,1898
|
|
1 85684842 rs10873694 G T 1216.37 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=20.063;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.702;SB=-490.905;SBQD=9.864;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.7878;VQSLOD=5.3378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,44:102:99:1246,0,1661
|
|
1 85699531 rs11161553 T C 1030.97 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.256;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.700;SB=-572.346;SBQD=0.101;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1645;VQSLOD=5.4011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1061,0,1523
|
|
1 85722249 rs11161571 A G 574.87 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.682;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=19.712;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.780;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.617;SB=-148.899;SBQD=-11.735;SBpi=-1.1339;SBpiQual=-1.3268;VQSLOD=2.0834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:605,0,1230
|
|
1 85729987 rs2647394 A G 2018.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.55;SB=-1039.532;SBQD=-8.766;SBpi=0.5080;SBpiQual=-0.0696;VQSLOD=8.4889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2051,177,0
|
|
1 85733929 rs2252408 C T 2958.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.84;MQ0=0;QD=36.52;SB=-1157.620;SBQD=-2.105;SBpi=-1.0556;SBpiQual=-1.2733;VQSLOD=8.5103 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2991,235,0
|
|
1 85741921 rs2735594 G C 1430.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=29.81;SB=-656.906;SBQD=-2.165;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.0031;VQSLOD=6.8516 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1464,117,0
|
|
1 85760508 rs12754032 T C 658.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.294;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=49.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.580;QD=11.56;ReadPosRankSum=1.754;SB=-407.695;SBQD=3.456;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4515;VQSLOD=0.8018 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:689,0,376
|
|
1 85765682 rs11583827 G C 711.11 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.094;SB=-359.647;SBQD=1.183;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.3108;VQSLOD=4.6656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,28:81:99:741,0,1513
|
|
1 85786166 rs3813600 G A 949.64 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.749;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.045;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.442;SB=-406.868;SBQD=3.144;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6192;VQSLOD=6.2006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:980,0,1072
|
|
1 85794568 . C G 857.85 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.406;DP=81;Dels=0.00;FS=0.887;HRun=0;HaplotypeScore=3.5894;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.952;SB=-384.730;SBQD=0.364;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5778;VQSLOD=2.6745 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:81:99:888,0,1387
|
|
1 85802394 . A T 1121.18 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;DP=98;Dels=0.00;FS=3.896;HRun=0;HaplotypeScore=2.7888;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-593.390;SBQD=-2.198;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.4389;VQSLOD=3.4081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:1151,0,1793
|
|
1 85865896 rs11161610 C T 965.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.62;MQ0=0;QD=21.45;SB=-612.496;SBQD=-2.169;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.3251;VQSLOD=4.1932 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:84.22:998,84,0
|
|
1 85872623 rs10747320 C A 3542.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.52;SB=-1722.998;SBQD=2.153;SBpi=0.1523;SBpiQual=0.3605;VQSLOD=8.3239 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3542,286,0
|
|
1 85879524 rs1001604 C G 2961.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.12;SB=-1130.235;SBQD=1.590;SBpi=-1.3252;SBpiQual=-1.2366;VQSLOD=7.5766 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2995,241,0
|
|
1 85880976 rs7546931 T C 2593.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5579;MQ=57.59;MQ0=0;QD=28.19;SB=-1388.984;SBQD=7.154;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-0.2932;VQSLOD=3.3694 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2626,235,0
|
|
1 85894027 rs1146374 G A 2751.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.7480;MQ=58.85;MQ0=1;QD=31.62;SB=-1168.232;SBQD=-3.380;SBpi=-1.1257;SBpiQual=-1.3999;VQSLOD=3.7613 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2784,220,0
|
|
1 85899215 rs506082 A C 2467.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=32.47;SB=-1335.333;SBQD=1.333;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.3273;VQSLOD=7.9850 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2501,196,0
|
|
1 85907851 rs499869 A T 1996.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=54.94;MQ0=0;QD=30.26;SB=-493.577;SBQD=14.864;SBpi=1.4771;SBpiQual=2.1821;VQSLOD=5.7631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2030,162,0
|
|
1 85909708 . G A 1396.91 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DP=89;Dels=0.00;FS=0.792;HRun=0;HaplotypeScore=2.5093;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=2.836;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-712.844;SBQD=1.298;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3221;VQSLOD=2.8568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1427,0,1235
|
|
1 85913740 rs631817 T C 2113.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=30.19;SB=-1116.625;SBQD=5.798;SBpi=-0.5976;SBpiQual=-0.1286;VQSLOD=7.1546 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2147,190,0
|
|
1 85915183 rs11587876 T C 881.94 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.543;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.039;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.802;SB=-441.098;SBQD=-6.295;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3712;VQSLOD=5.8673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:912,0,1320
|
|
1 85927879 rs1241321 A G 2521.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1339.657;SBQD=-0.231;SBpi=0.0585;SBpiQual=0.0494;VQSLOD=7.9154 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2555,202,0
|
|
1 85938724 rs12038062 C A 898.58 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.487;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=11.165;HRun=3;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-373.904;SBQD=-7.303;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-0.8329;VQSLOD=4.2378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:929,0,1436
|
|
1 85938736 rs7540169 T C 1321.67 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.138;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=5.270;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=14.21;ReadPosRankSum=2.301;SB=-634.469;SBQD=3.969;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.4342;VQSLOD=5.5693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:1352,0,1300
|
|
1 85976846 rs61785203 C T 1037.75 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.155;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=7.461;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=2.279;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-567.858;SBQD=5.405;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1149;VQSLOD=3.8227 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1068,0,1347
|
|
1 85984114 rs2795970 T A 1659.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DB;DP=140;Dels=0.00;FS=2.149;HRun=2;HaplotypeScore=0.9867;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=-6.132;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-932.263;SBQD=0.770;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.1255;VQSLOD=-3.1861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,70:140:99:1690,0,2197
|
|
1 85990610 rs620358 G A 5136.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9791;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.71;SB=-2520.132;SBQD=-0.744;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.7603;VQSLOD=3.9242 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:5136,421,0
|
|
1 85996909 rs2444939 T C 1917.18 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.406;DB;DP=146;Dels=0.00;FS=15.303;HRun=0;HaplotypeScore=2.7490;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-1041.884;SBQD=-6.616;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2497;VQSLOD=4.4642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:146:99:1947,0,2277
|
|
1 86000201 rs2254559 T C 1418.83 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=2.189;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=9.65;ReadPosRankSum=-2.507;SB=-678.656;SBQD=-1.143;SBpi=0.7285;SBpiQual=0.8811;VQSLOD=3.4300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,57:147:99:1449,0,2836
|
|
1 86000885 rs2254461 C T 2562.67 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.980;DB;DP=171;Dels=0.00;FS=1.939;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.543;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-1063.520;SBQD=2.099;SBpi=1.1257;SBpiQual=1.2046;VQSLOD=4.3291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,87:171:99:2593,0,2316
|
|
1 86002093 rs4536042 G A 1246.68 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.540;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=6.747;HRun=0;HaplotypeScore=6.2605;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.762;SB=-672.669;SBQD=-4.863;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0943;VQSLOD=2.5082 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:1277,0,1475
|
|
1 86002131 rs4291546 A G 1245.11 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.989;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=2.549;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.662;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.102;SB=-630.016;SBQD=-1.897;SBpi=0.4330;SBpiQual=0.5104;VQSLOD=2.2035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,48:108:99:1275,0,1782
|
|
1 86002140 rs4282863 G A 1159.51 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=1.622;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-4.322;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.692;SB=-611.563;SBQD=-2.212;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.3871;VQSLOD=0.1004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,44:105:99:1190,0,1823
|
|
1 86002457 rs4539183 G T 1183.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=5.669;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.31;MQ0=0;MQRankSum=-3.861;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-541.978;SBQD=2.885;SBpi=-0.7857;SBpiQual=-0.7147;VQSLOD=0.9142 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:1213,0,1295
|
|
1 86002778 rs61783697 C A 1506.14 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.969;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=25.960;HRun=1;HaplotypeScore=1.5767;MQ=53.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.806;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-919.209;SBQD=-8.722;SBpi=-0.0640;SBpiQual=-0.0856;VQSLOD=1.9714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:106:99:1536,0,1347
|
|
1 86003843 rs1403959 G A 2707.22 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;DB;DP=148;Dels=0.00;FS=5.099;HRun=0;HaplotypeScore=3.2536;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=18.29;ReadPosRankSum=1.218;SB=-1431.235;SBQD=3.496;SBpi=-0.2621;SBpiQual=-0.1928;VQSLOD=3.8724 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,91:148:99:2737,0,1389
|
|
1 86004290 rs1554594 A C 1760.33 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.656;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=10.262;HRun=0;HaplotypeScore=1.9085;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=11.98;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-1024.386;SBQD=4.377;SBpi=0.1179;SBpiQual=0.0646;VQSLOD=4.6436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,72:147:99:1790,0,2357
|
|
1 86004694 rs2773148 C A 2260.12 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.562;DB;DP=163;Dels=0.00;FS=6.909;HRun=1;HaplotypeScore=5.0183;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.854;SB=-969.162;SBQD=-3.607;SBpi=-1.1180;SBpiQual=-1.1099;VQSLOD=2.3581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,79:163:99:2290,0,2507
|
|
1 86016103 rs7531068 C A 745.91 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.493;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.483;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=12.86;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-429.478;SBQD=4.612;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1879;VQSLOD=5.3863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:776,0,879
|
|
1 86040054 rs12086058 A G 1183.03 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.624;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=5.393;HRun=1;HaplotypeScore=3.9722;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.050;SB=-621.384;SBQD=0.885;SBpi=0.2949;SBpiQual=-0.1684;VQSLOD=4.1262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:94:99:1213,0,1553
|
|
1 86049823 rs7543409 C T 931.11 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.140;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=7.707;HRun=0;HaplotypeScore=1.7287;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.001;SB=-392.057;SBQD=-5.791;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5110;VQSLOD=5.6666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:961,0,1350
|
|
1 86076069 rs2026774 T C 2523.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=32.35;SB=-989.209;SBQD=6.635;SBpi=0.7926;SBpiQual=1.3011;VQSLOD=7.9615 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2556,217,0
|
|
1 86111601 . C T 331.20 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.56;MQ0=22;MQRankSum=-0.656;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-18.688;SBQD=9.752;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.4176;VQSLOD=1.5099 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:361,0,188
|
|
1 86132923 rs849158 C T 2606.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=36.71;SB=-1276.999;SBQD=0.433;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.3304;VQSLOD=8.5772 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2639,205,0
|
|
1 86139917 rs821377 A G 3910.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=36.55;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-1486.782;SBQD=0.544;SBpi=-1.3598;SBpiQual=-1.4577;VQSLOD=7.7809 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:107:99:3873,272,0
|
|
1 86178347 rs10873716 G T 1330.47 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.822;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.883;HRun=4;HaplotypeScore=1.7820;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.950;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.084;SB=-568.803;SBQD=2.423;SBpi=0.9481;SBpiQual=1.0346;VQSLOD=3.4213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1360,0,1055
|
|
1 86180858 rs10873717 A G 790.55 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.780;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.910;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-428.926;SBQD=-1.309;SBpi=0.1768;SBpiQual=-0.1040;VQSLOD=5.5569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:821,0,1107
|
|
1 86184169 rs11161661 T G 741.81 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.930;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.860;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.235;SB=-320.948;SBQD=-3.836;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.5127;VQSLOD=5.3202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:772,0,1098
|
|
1 86210546 rs7547023 G A 2450.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.52;SB=-1229.392;SBQD=2.122;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.4867;VQSLOD=8.0415 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2484,196,0
|
|
1 86222107 rs434853 A T 984 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.810;HRun=0;HaplotypeScore=4.5894;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=11.58;ReadPosRankSum=2.505;SB=-530.456;SBQD=1.817;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.4592;VQSLOD=2.3216 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1014,0,991
|
|
1 86226027 rs447446 C T 1201.55 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.308;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=5.299;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.318;QD=12.78;ReadPosRankSum=-2.333;SB=-607.049;SBQD=-4.130;SBpi=-0.7217;SBpiQual=-0.7767;VQSLOD=3.7487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:1232,0,998
|
|
1 86240808 rs402885 G T 2927.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.40;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1288.526;SBQD=-3.052;SBpi=-0.6470;SBpiQual=-0.6478;VQSLOD=8.3262 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2960,244,0
|
|
1 86252353 rs12128605 C T 2595.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9957;MQ=59.68;MQ0=0;QD=36.05;SB=-1098.195;SBQD=0.476;SBpi=0.8250;SBpiQual=0.8749;VQSLOD=5.5601 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2629,208,0
|
|
1 86283071 rs313758 A G 2672.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.73;MQ0=0;QD=31.44;SB=-1365.713;SBQD=0.552;SBpi=-0.7050;SBpiQual=-0.7143;VQSLOD=6.6897 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2705,214,0
|
|
1 86300445 rs12760458 A C 2564.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.76;MQ0=0;QD=33.31;SB=-1264.419;SBQD=-1.250;SBpi=0.6268;SBpiQual=0.5394;VQSLOD=7.2624 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2598,208,0
|
|
1 86301640 rs11161687 T C 2559.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.60;SB=-1327.511;SBQD=0.279;SBpi=-0.3889;SBpiQual=-0.3902;VQSLOD=7.4952 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2592,217,0
|
|
1 86328120 rs12759687 T C 1552.31 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.907;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=1.557;HRun=1;HaplotypeScore=1.9654;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=14.11;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-715.774;SBQD=-1.516;SBpi=0.5547;SBpiQual=0.5958;VQSLOD=4.2957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,52:110:99:1582,0,1779
|
|
1 86330770 rs2046158 C T 1239.23 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.239;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=18.309;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=14.75;ReadPosRankSum=-1.298;SB=-557.818;SBQD=10.886;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.4698;VQSLOD=6.2996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1269,0,1336
|
|
1 86351624 rs7542433 C A 1565.12 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.793;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=17.20;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-792.141;SBQD=2.077;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.1726;VQSLOD=5.4971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,52:91:99:1595,0,1070
|
|
1 86395185 . C T 262.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.26;MQ0=37;MQRankSum=1.308;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-0.007;SBQD=8.470;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.5934;VQSLOD=0.7131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,12:64:99:293,0,393
|
|
1 86395207 . T C 764.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.49;MQ0=51;QD=9.68;SB=-0.007;SBQD=20.463;SBpi=2.6458;SBpiQual=2.7764;VQSLOD=-0.8203 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,28:79:72.20:798,72,0
|
|
1 86413112 . C A 1573.04 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.617;DP=97;Dels=0.00;FS=5.132;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-828.018;SBQD=-3.638;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0910;VQSLOD=4.6372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:97:99:1603,0,1449
|
|
1 86417699 rs1698733 C A 3061.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.79;SB=-1382.373;SBQD=3.905;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.7183;VQSLOD=8.8561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3095,250,0
|
|
1 86426460 . G A 638.91 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.537;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.700;SB=-247.321;SBQD=-0.909;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.6603;VQSLOD=3.6665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:669,0,963
|
|
1 86430125 rs12740060 T C 1268.13 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-612.897;SBQD=-1.803;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.4313;VQSLOD=5.9948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1298,0,1286
|
|
1 86434378 rs17404261 T C 1177.45 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=12.726;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.077;SB=-445.794;SBQD=-8.620;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.7629;VQSLOD=6.2201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:1207,0,1553
|
|
1 86454503 rs518829 A C 776.24 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.144;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.183;SB=-423.119;SBQD=-4.176;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.4667;VQSLOD=4.9745 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:806,0,1313
|
|
1 86457867 rs28480217 G A 638.99 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.437;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.39;MQ0=1;MQRankSum=-1.458;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-188.116;SBQD=1.967;SBpi=1.0206;SBpiQual=1.1471;VQSLOD=3.9505 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:669,0,613
|
|
1 86500953 rs7552516 C G 3472.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;QD=34.05;SB=-1686.812;SBQD=0.630;SBpi=-0.5941;SBpiQual=-0.5081;VQSLOD=8.5992 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3473,280,0
|
|
1 86503513 rs640303 T C 2355.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.17;SB=-1049.412;SBQD=5.487;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.7143;VQSLOD=7.5397 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2388,208,0
|
|
1 86551864 rs11161729 G A 1396.66 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.611;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.627;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-748.631;SBQD=4.927;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.2156;VQSLOD=6.5158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:1427,0,1102
|
|
1 86577543 rs12057993 T C 958.23 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.004;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.4783;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.202;QD=13.89;ReadPosRankSum=1.559;SB=-535.370;SBQD=3.366;SBpi=-0.0762;SBpiQual=0.3300;VQSLOD=1.5543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,42:69:99:988,0,682
|
|
1 86579469 rs6686446 G A 933.34 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.015;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.381;HRun=1;HaplotypeScore=4.8343;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-499.976;SBQD=-5.470;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2035;VQSLOD=3.1033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:963,0,1043
|
|
1 86584695 rs6680321 C T 1163.32 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.197;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-631.573;SBQD=0.161;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1518;VQSLOD=5.1752 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,42:96:99:1193,0,1802
|
|
1 86585157 rs11161744 T A 1302.13 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.940;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=15.50;ReadPosRankSum=-0.694;SB=-583.669;SBQD=-2.028;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.6008;VQSLOD=5.2022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1332,0,1207
|
|
1 86585870 . T C 998.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;DP=98;Dels=0.00;FS=5.328;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.48;MQ0=2;MQRankSum=-3.684;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-463.949;SBQD=-4.537;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3732;VQSLOD=-0.0165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:99:1029,0,1628
|
|
1 86587793 rs6690591 C T 736.53 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.036;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.422;HRun=0;HaplotypeScore=3.3888;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.506;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.561;SB=-357.528;SBQD=-2.553;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.3483;VQSLOD=4.2659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:767,0,727
|
|
1 86590948 rs11161746 A G 1008.26 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.640;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=12.700;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.525;SB=-394.587;SBQD=5.939;SBpi=0.9733;SBpiQual=0.6255;VQSLOD=5.1199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1038,0,1000
|
|
1 86598470 rs4457611 A G 2070.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9301;MQ=34.49;MQ0=12;QD=24.95;SB=-953.229;SBQD=9.834;SBpi=-0.3842;SBpiQual=-0.4181;VQSLOD=3.4403 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2104,180,0
|
|
1 86600413 . T C 65.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.50;MQ0=0;QD=8.18;SB=-0.007;SBQD=-13.085;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4193;VQSLOD=3.5215 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:9.02:97,9,0
|
|
1 86603818 rs55924543 G A 1594.59 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.976;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=2.785;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=17.52;ReadPosRankSum=0.211;SB=-824.998;SBQD=2.605;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0456;VQSLOD=5.5802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:1625,0,1074
|
|
1 86629443 . G A 482.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.50;MQ0=18;QD=7.91;SB=-94.537;SBQD=-12.165;SBpi=0.3201;SBpiQual=0.0941;VQSLOD=3.6288 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:48.11:515,48,0
|
|
1 86647258 rs7554819 T G 1130.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.23;MQ0=5;QD=25.13;SB=-458.963;SBQD=4.444;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.4801;VQSLOD=4.8352 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1164,102,0
|
|
1 86648532 rs9804094 C T 2272.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=53.26;MQ0=0;QD=31.56;SB=-931.367;SBQD=0.749;SBpi=1.2964;SBpiQual=1.4362;VQSLOD=5.1981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2305,184,0
|
|
1 86656398 rs11161770 G A 2475.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.87;SB=-1089.407;SBQD=2.123;SBpi=0.6527;SBpiQual=0.7868;VQSLOD=8.3244 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2509,199,0
|
|
1 86703870 rs6576822 A G 2401.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31;SB=-1166.773;SBQD=0.396;SBpi=-0.4781;SBpiQual=-0.4466;VQSLOD=8.1616 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2434,196,0
|
|
1 86707583 rs61800638 T G 1069.46 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.589;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.148;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-543.565;SBQD=4.349;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.0364;VQSLOD=5.9045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1099,0,1167
|
|
1 86711911 rs11161782 G T 1280.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.25;MQ0=0;QD=32.00;SB=-678.091;SBQD=3.012;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.2904;VQSLOD=7.9992 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1313,105,0
|
|
1 86726751 rs59683881 G A 945.73 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=10.055;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.046;SB=-287.716;SBQD=7.736;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.0924;VQSLOD=3.6206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:976,0,1326
|
|
1 86731907 rs10782570 C T 1514.31 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.827;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=18.03;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-828.534;SBQD=-0.142;SBpi=0.3434;SBpiQual=0.3447;VQSLOD=4.1559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,53:84:99:1544,0,886
|
|
1 86735667 rs7511751 T C 1334.34 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.890;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=15.52;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-692.255;SBQD=-3.026;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.3074;VQSLOD=5.1722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:1364,0,1260
|
|
1 86745979 rs7513039 C T 1309.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.346;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.367;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.395;SB=-664.664;SBQD=2.967;SBpi=0.0781;SBpiQual=-0.0239;VQSLOD=5.8701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1340,0,1168
|
|
1 86748134 . G A 1414.69 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.256;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=16.08;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-693.094;SBQD=0.299;SBpi=0.4330;SBpiQual=0.4838;VQSLOD=4.0086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1445,0,1220
|
|
1 86823198 rs166627 C T 1040.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.363;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-5.153;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.018;SB=-522.781;SBQD=-1.766;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2035;VQSLOD=-0.2389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1071,0,986
|
|
1 86837782 rs272506 A G 934.46 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.531;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.056;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.565;SB=-463.166;SBQD=2.525;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1312;VQSLOD=5.6480 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:964,0,974
|
|
1 86856053 rs272510 C A 1131.46 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.743;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.300;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.215;QD=18.86;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-520.318;SBQD=4.082;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4406;VQSLOD=3.6911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:1161,0,570
|
|
1 86859216 rs6695671 A T 1069.27 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.485;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.694;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.667;QD=15.50;ReadPosRankSum=2.003;SB=-566.995;SBQD=5.986;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1021;VQSLOD=5.3649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1099,0,923
|
|
1 86865383 rs10747328 C T 887.09 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.998;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.104;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.287;SB=-425.411;SBQD=2.894;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3559;VQSLOD=4.7881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:917,0,1038
|
|
1 86885620 rs5026277 C T 958.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.153;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.417;SB=-511.627;SBQD=-0.042;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0893;VQSLOD=5.7715 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:989,0,1150
|
|
1 86924991 rs2390055 G A 1243.09 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.553;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.793;HRun=0;HaplotypeScore=2.5741;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.616;SB=-486.059;SBQD=-2.692;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-0.8977;VQSLOD=4.5061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:1273,0,1322
|
|
1 86941488 rs926065 G T 1859.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=32.62;SB=-915.665;SBQD=-3.632;SBpi=-0.3311;SBpiQual=-0.5386;VQSLOD=8.1877 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1892,150,0
|
|
1 86950632 rs2734704 A G 3361.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=37.77;SB=-1577.294;SBQD=0.063;SBpi=0.3710;SBpiQual=0.3725;VQSLOD=9.1621 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3361,265,0
|
|
1 86952324 rs2734705 A G 2481.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.39;MQ0=0;QD=32.66;SB=-991.697;SBQD=2.919;SBpi=-1.3765;SBpiQual=-1.2125;VQSLOD=6.8835 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2515,202,0
|
|
1 86954472 rs2753337 C T 2234.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;QD=28.28;SB=-1387.888;SBQD=2.488;SBpi=-0.5063;SBpiQual=-0.3156;VQSLOD=6.5599 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2267,175,0
|
|
1 86962417 rs5744414 C T 2426.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9297;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.633;QD=34.67;ReadPosRankSum=0.891;SB=-1258.261;SBQD=0.203;SBpi=0.0602;SBpiQual=0.1468;VQSLOD=5.8076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:2460,196,0
|
|
1 86975403 rs2983710 G A 2598.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.83;MQ0=0;QD=33.74;SB=-1404.561;SBQD=1.711;SBpi=0.0570;SBpiQual=0.2000;VQSLOD=7.6330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2631,211,0
|
|
1 86977025 . G C 736.45 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;DP=49;Dels=0.00;FS=4.123;HRun=0;HaplotypeScore=5.1603;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-311.955;SBQD=6.269;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3995;VQSLOD=2.0757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:766,0,503
|
|
1 86985048 rs2753373 T C 3006.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7998;MQ=57.63;MQ0=0;QD=33.04;SB=-1415.634;SBQD=-1.578;SBpi=0.7862;SBpiQual=0.7568;VQSLOD=5.9868 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3040,247,0
|
|
1 87039945 rs772598 A G 2281.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43;SB=-1085.046;SBQD=-3.724;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.5344;VQSLOD=7.3975 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2315,208,0
|
|
1 87051454 rs1336748 G C 558.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.09;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.438;DB;DP=75;Dels=0.03;FS=25.307;HRun=0;HaplotypeScore=5.8192;MQ=58.47;MQ0=1;MQRankSum=2.309;QD=7.26;ReadPosRankSum=3.509;SB=-457.720;SBQD=-20.157;SBpi=-1.2127;SBpiQual=-1.8395;VQSLOD=0.6926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,68:75:30.09:589,0,30
|
|
1 87166851 rs263442 C T 2861.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1558.495;SBQD=0.991;SBpi=-0.2182;SBpiQual=-0.2208;VQSLOD=8.2372 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:2894,226,0
|
|
1 87312301 rs572464 C G 2634.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.77;SB=-1406.181;SBQD=-0.051;SBpi=-0.1132;SBpiQual=-0.0877;VQSLOD=7.6248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2667,214,0
|
|
1 87347878 rs512328 G C 333.49 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-290.354;SBQD=-1.287;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0791;VQSLOD=3.3650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:363,0,629
|
|
1 87350063 rs498135 T C 268.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.85;MQ0=1;MQRankSum=-1.039;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.777;SB=-463.927;SBQD=-1.539;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.4037;VQSLOD=0.4623 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:298,0,924
|
|
1 87370742 rs2753287 A G 1383.87 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8730;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.242;SB=-669.039;SBQD=2.005;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.2631;VQSLOD=4.9459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1414,0,1113
|
|
1 87438811 rs6692431 C A 2623.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=36.44;SB=-944.066;SBQD=-0.387;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5148;VQSLOD=8.7057 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2657,205,0
|
|
1 87446278 rs10873807 C T 2972.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9667;MQ=59.27;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1165.305;SBQD=0.121;SBpi=1.2623;SBpiQual=1.3404;VQSLOD=7.2636 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3006,235,0
|
|
1 87476901 rs12135819 T G 2936.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1515.554;SBQD=0.623;SBpi=0.1104;SBpiQual=0.1592;VQSLOD=8.4445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2970,235,0
|
|
1 87477786 rs4233338 G A 2367.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=33.35;SB=-1335.337;SBQD=-3.167;SBpi=0.1780;SBpiQual=-0.0129;VQSLOD=7.9411 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2401,187,0
|
|
1 87484006 rs7520615 G A 2298.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=35.92;SB=-918.757;SBQD=0.584;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.0811;VQSLOD=8.5352 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2332,184,0
|
|
1 87506624 . T C 1194.46 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.627;DP=79;Dels=0.00;FS=4.311;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-627.785;SBQD=3.273;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.1896;VQSLOD=4.0649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1224,0,966
|
|
1 87509039 rs6704152 A G 2805.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.97;SB=-1189.380;SBQD=1.603;SBpi=0.7926;SBpiQual=0.9603;VQSLOD=6.2746 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2839,226,0
|
|
1 87512588 . A G 32.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DP=71;Dels=0.00;FS=56.861;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-5.245;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.984;SB=135.429;SBQD=-9.839;SBpi=-1.7321;SBpiQual=-1.7345;VQSLOD=-5.3558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,11:71:62.10:62,0,2039
|
|
1 87520970 rs4610985 A G 2763.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6809;MQ=59.77;MQ0=0;QD=33.70;SB=-1092.133;SBQD=5.397;SBpi=0.8835;SBpiQual=1.2166;VQSLOD=7.0263 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:2796,223,0
|
|
1 87557999 rs2807950 G A 2769.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7128;MQ=54.56;MQ0=0;QD=35.97;SB=-1399.609;SBQD=0.014;SBpi=0.1709;SBpiQual=0.2329;VQSLOD=6.1704 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2803,223,0
|
|
1 87600214 rs1131817 G A 1234.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9323;MQ=59.79;MQ0=0;QD=14.03;SB=-1318.896;SBQD=-2.825;SBpi=-0.6969;SBpiQual=-0.9938;VQSLOD=4.1979 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:1268,161,0
|
|
1 87604012 rs4364845 G A 2283.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.72;SB=-1266.487;SBQD=-3.665;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.1991;VQSLOD=6.0855 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2317,181,0
|
|
1 87609026 rs7543740 C T 615.28 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=1.630;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.313;SB=-362.792;SBQD=1.833;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4995;VQSLOD=4.4321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:645,0,873
|
|
1 87610145 . C A 440.44 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-248.557;SBQD=1.723;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.3203;VQSLOD=3.7373 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:470,0,810
|
|
1 87643947 rs912765 C T 1185.31 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.632;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.124;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=15.80;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-450.649;SBQD=-3.710;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-0.9710;VQSLOD=4.6273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1215,0,977
|
|
1 87650623 rs2182108 G C 980.64 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.081;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-545.633;SBQD=2.355;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0105;VQSLOD=4.8051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:1011,0,1093
|
|
1 87696098 rs12409961 A G 1028.10 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.557;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.074;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.583;SB=-543.068;SBQD=-0.639;SBpi=0.2466;SBpiQual=-0.0786;VQSLOD=6.3146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:1058,0,863
|
|
1 87703080 rs10782595 T C 2913.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.97;SB=-1425.379;SBQD=-0.634;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.3555;VQSLOD=8.4897 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2947,232,0
|
|
1 87709646 rs6576884 C G 2960.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1290.663;SBQD=0.065;SBpi=-0.8729;SBpiQual=-0.8960;VQSLOD=8.0726 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2994,238,0
|
|
1 87711640 rs882573 A T 2230.58 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.523;HRun=7;HaplotypeScore=0.7340;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=26.24;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-1078.236;SBQD=-0.013;SBpi=-1.4184;SBpiQual=-1.3353;VQSLOD=1.9359 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:2264,187,0
|
|
1 87714263 rs11161952 T C 2485.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07;SB=-1192.281;SBQD=6.646;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.4785;VQSLOD=7.4250 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2519,223,0
|
|
1 87716788 rs4512618 G A 1617.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.7088;MQ=58.80;MQ0=0;QD=22.78;SB=-1247.800;SBQD=2.918;SBpi=-0.0593;SBpiQual=0.1764;VQSLOD=4.1084 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1651,135,0
|
|
1 87721651 rs12023785 T C 3451.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=35.95;SB=-1405.817;SBQD=-0.922;SBpi=1.1227;SBpiQual=1.0637;VQSLOD=8.7418 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3451,280,0
|
|
1 87752776 rs6675584 C A 2568.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=33.80;SB=-1375.269;SBQD=0.707;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.3040;VQSLOD=8.3438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2602,202,0
|
|
1 87762304 rs6576889 C T 2401.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=34.81;SB=-950.650;SBQD=-0.603;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.2388;VQSLOD=8.7660 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2435,193,0
|
|
1 87769970 rs1888337 G A 2547.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=38.02;SB=-850.143;SBQD=1.377;SBpi=1.4049;SBpiQual=1.5937;VQSLOD=8.4770 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2580,199,0
|
|
1 87775858 rs11161976 T C 1834.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.10;MQ0=0;QD=25.47;SB=-1333.251;SBQD=0.157;SBpi=0.1179;SBpiQual=0.1242;VQSLOD=5.2022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1867,150,0
|
|
1 87794017 . C G 118.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.622;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4854;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.452;SB=-19.694;SBQD=-13.026;SBpi=-1.6783;SBpiQual=-1.8811;VQSLOD=-0.6596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:149,0,130
|
|
1 87850592 rs1415173 T C 2007.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.274;HRun=1;HaplotypeScore=1.8255;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=27.13;ReadPosRankSum=0.688;SB=-1141.098;SBQD=1.651;SBpi=-0.2926;SBpiQual=0.0976;VQSLOD=4.6543 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:2041,156,0
|
|
1 87856243 rs2184835 G T 3348.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=37.62;SB=-1638.980;SBQD=-0.879;SBpi=0.2650;SBpiQual=0.2171;VQSLOD=8.9105 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3348,262,0
|
|
1 87867320 rs17456849 A T 1029.94 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.385;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.757;QD=15.61;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-528.585;SBQD=3.967;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0186;VQSLOD=5.2413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:1060,0,1058
|
|
1 87880737 rs6663147 A G 575.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.856;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.100;HRun=2;HaplotypeScore=2.5307;MQ=45.34;MQ0=0;MQRankSum=-4.598;QD=11.50;ReadPosRankSum=1.212;SB=-290.612;SBQD=-0.010;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.0379;VQSLOD=-0.4632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:605,0,702
|
|
1 88042490 rs12047246 T C 637.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5983;MQ=58.83;MQ0=0;QD=14.82;SB=-258.281;SBQD=-10.525;SBpi=-1.2962;SBpiQual=-1.4855;VQSLOD=3.5809 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:43:63.14:670,63,0
|
|
1 88100469 rs12084741 T C 1216.40 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.903;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.227;SB=-508.602;SBQD=-2.401;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.7301;VQSLOD=5.1092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1246,0,983
|
|
1 88112646 rs10873862 T G 1000.21 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.328;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.828;SB=-511.993;SBQD=-4.110;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0430;VQSLOD=5.6863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:1030,0,1016
|
|
1 88188627 rs28674179 C T 2114.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6242;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=26.11;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-1117.829;SBQD=-3.932;SBpi=1.0688;SBpiQual=0.9879;VQSLOD=2.8735 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:81:99:2148,180,0
|
|
1 88202160 rs11587349 G A 3622.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;QD=35.17;SB=-1891.419;SBQD=-0.493;SBpi=0.2463;SBpiQual=0.2119;VQSLOD=7.9584 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:3622,286,0
|
|
1 88217559 rs305435 A C 1185.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.031;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=14.606;HRun=0;HaplotypeScore=6.9787;MQ=38.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.282;QD=25.77;ReadPosRankSum=2.990;SB=-384.083;SBQD=14.477;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7937;VQSLOD=-0.6366 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,39:46:99:1218,105,0
|
|
1 88228110 rs305417 A C 1842.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=35.43;SB=-675.752;SBQD=0.761;SBpi=1.1094;SBpiQual=1.1695;VQSLOD=8.2808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1876,150,0
|
|
1 88257171 rs1434429 A C 502.54 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.7710;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.292;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-123.767;SBQD=-4.772;SBpi=-1.2002;SBpiQual=-1.4555;VQSLOD=1.6883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:533,0,680
|
|
1 88268644 rs6659272 C T 833.04 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.038;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.783;SB=-436.607;SBQD=-2.006;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2076;VQSLOD=5.6576 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:863,0,843
|
|
1 88325707 rs2491311 T C 822 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.795;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-355.247;SBQD=6.437;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.4947;VQSLOD=6.3561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:852,0,765
|
|
1 88345591 rs2991703 G A 2098.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.18;SB=-1064.145;SBQD=0.939;SBpi=-0.2626;SBpiQual=-0.1953;VQSLOD=8.5645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2131,166,0
|
|
1 88360858 rs2483779 G C 985.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.34;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=21.89;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-555.836;SBQD=-1.309;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.3400;VQSLOD=3.9002 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:96.21:1018,96,0
|
|
1 88387976 . G A 1567.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.46;SB=-504.160;SBQD=-1.707;SBpi=-1.2962;SBpiQual=-1.4264;VQSLOD=6.2339 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1601,123,0
|
|
1 88391595 rs12748215 T C 2407.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;QD=32.98;SB=-1270.064;SBQD=-2.666;SBpi=-0.0585;SBpiQual=-0.1868;VQSLOD=8.2113 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2441,199,0
|
|
1 88392440 rs1334336 T C 2618.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=31.55;SB=-1120.166;SBQD=5.615;SBpi=-1.2623;SBpiQual=-0.7920;VQSLOD=7.8716 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2652,235,0
|
|
1 88401548 rs2390384 A G 1516.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.38;MQ0=0;QD=27.57;SB=-802.424;SBQD=-7.975;SBpi=-0.0674;SBpiQual=-0.5784;VQSLOD=4.9963 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1549,135,0
|
|
1 88435308 rs1413528 C T 1098.97 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.729;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.648;SB=-561.125;SBQD=-0.706;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2086;VQSLOD=6.0931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1129,0,1013
|
|
1 88448255 rs3008442 A G 799.15 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.871;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.291;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.017;SB=-426.095;SBQD=1.076;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3956;VQSLOD=4.2648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:829,0,1133
|
|
1 88448618 rs4655862 C T 938 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.648;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.988;SB=-411.406;SBQD=0.793;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5071;VQSLOD=4.9084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:968,0,1307
|
|
1 88480604 rs4323690 C T 2350.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.09;SB=-936.063;SBQD=1.463;SBpi=1.0384;SBpiQual=1.1321;VQSLOD=6.4264 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2384,187,0
|
|
1 88481128 rs7525663 G T 789.16 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.719;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=24.103;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=15.78;ReadPosRankSum=-1.505;SB=-154.991;SBQD=17.980;SBpi=1.3728;SBpiQual=1.5428;VQSLOD=4.0962 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:819,0,719
|
|
1 88522282 rs4656007 T C 798.41 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.930;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.296;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-301.590;SBQD=7.302;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.8090;VQSLOD=4.7913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:828,0,962
|
|
1 88555928 rs4278350 C T 669.11 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.623;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.481;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.229;SB=-260.493;SBQD=-2.344;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.8835;VQSLOD=5.5814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:699,0,994
|
|
1 88562823 rs7516752 T C 1176.78 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=14.71;ReadPosRankSum=2.760;SB=-587.950;SBQD=0.752;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1515;VQSLOD=4.4218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1207,0,1278
|
|
1 88598977 rs12121670 A G 621.66 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.639;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=9.895;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-198.085;SBQD=-8.264;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-1.0399;VQSLOD=4.4130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,28:79:99:652,0,1609
|
|
1 88604049 . A G 847.27 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.338;DP=82;Dels=0.00;FS=1.861;HRun=1;HaplotypeScore=3.4655;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-383.055;SBQD=-4.903;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.4415;VQSLOD=2.0171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:877,0,1518
|
|
1 88607616 rs4411112 A G 1784.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87;SB=-1003.416;SBQD=1.639;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.2019;VQSLOD=8.4808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1818,141,0
|
|
1 88632056 rs10801867 T G 2108.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=31.01;ReadPosRankSum=1.630;SB=-931.851;SBQD=-4.951;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.7352;VQSLOD=6.8979 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2142,187,0
|
|
1 88685447 rs10801878 G A 718.62 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.048;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=12.61;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-337.185;SBQD=-0.424;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4829;VQSLOD=5.4029 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:749,0,897
|
|
1 88693208 rs10923049 T C 2285.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.11;SB=-1107.580;SBQD=-1.147;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.4732;VQSLOD=8.2248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2318,193,0
|
|
1 88698635 rs6659620 A G 827.81 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.731;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.090;HRun=0;HaplotypeScore=1.6609;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.511;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-495.317;SBQD=-4.824;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.1447;VQSLOD=4.7209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:858,0,940
|
|
1 88703350 rs518663 C A 1326.51 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.599;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=2.985;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=2.196;QD=16.58;ReadPosRankSum=0.997;SB=-580.344;SBQD=3.279;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.5686;VQSLOD=3.8682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1357,0,1192
|
|
1 88703400 . A G 1005.52 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DP=67;Dels=0.00;FS=3.397;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=15.01;ReadPosRankSum=1.217;SB=-574.060;SBQD=-3.551;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1731;VQSLOD=4.5263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:1036,0,963
|
|
1 88737322 rs566613 T G 943.25 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.930;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.941;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-339.602;SBQD=-1.964;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-1.0907;VQSLOD=5.1372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:973,0,1197
|
|
1 88757343 rs6672890 G A 1194.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.214;DB;DP=80;Dels=0.02;FS=0.855;HRun=3;HaplotypeScore=8.3971;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-575.112;SBQD=-1.671;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.2871;VQSLOD=0.4739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1224,0,1227
|
|
1 88758776 rs17130376 G T 1066.22 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.890;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.927;HRun=1;HaplotypeScore=1.6385;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.515;SB=-469.539;SBQD=-3.031;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5351;VQSLOD=5.1477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1096,0,963
|
|
1 88765193 rs12032694 G A 1024.02 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.121;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=10.001;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.125;QD=12.96;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-586.490;SBQD=2.249;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.0894;VQSLOD=5.4173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:1054,0,977
|
|
1 88771746 . G T 568.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.60;SB=-200.608;SBQD=2.728;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.8060;VQSLOD=5.5519 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.15:602,54,0
|
|
1 88771763 rs1739005 G C 567.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.977;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=8.862;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.34;MQ0=0;MQRankSum=-5.641;QD=12.62;ReadPosRankSum=5.618;SB=-134.411;SBQD=8.344;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7262;VQSLOD=-2.7709 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,18:45:54.15:601,54,0
|
|
1 88804552 rs932486 T A 902.59 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.135;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.698;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=15.56;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-358.558;SBQD=5.377;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.7744;VQSLOD=5.7865 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:933,0,939
|
|
1 88821598 rs4656038 T C 876.20 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8907;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-426.180;SBQD=0.009;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5331;VQSLOD=5.3422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:906,0,1068
|
|
1 88828220 rs12033465 C A 1062.75 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.551;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=5.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=13.98;ReadPosRankSum=-1.486;SB=-449.080;SBQD=5.590;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6676;VQSLOD=5.3352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1093,0,1219
|
|
1 88847994 rs4655876 T C 2863.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=37.19;SB=-1232.753;SBQD=0.274;SBpi=0.7407;SBpiQual=0.8017;VQSLOD=8.5319 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2897,226,0
|
|
1 88851625 rs55670595 T C 2284.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.27;SB=-1044.967;SBQD=-1.094;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.4954;VQSLOD=8.7411 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2318,184,0
|
|
1 88866327 rs6694096 C T 2969.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.12;SB=-1345.653;SBQD=0.842;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.6363;VQSLOD=8.1668 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3002,232,0
|
|
1 88870344 rs10737724 A G 1959.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.66;SB=-946.211;SBQD=1.972;SBpi=0.5164;SBpiQual=0.6709;VQSLOD=8.0429 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1993,159,0
|
|
1 88881400 rs55762132 A G 2199.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.06;MQ0=0;QD=29.72;SB=-1117.073;SBQD=-7.529;SBpi=0.1162;SBpiQual=-0.4164;VQSLOD=6.0706 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2232,193,0
|
|
1 88899115 rs6692100 G A 863.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.72;MQ0=0;QD=19.62;SB=-494.043;SBQD=-0.364;SBpi=-1.3568;SBpiQual=-1.3839;VQSLOD=3.0350 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:72.21:896,72,0
|
|
1 88911570 rs1391804 G A 2747.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.68;SB=-1418.542;SBQD=-0.311;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.2006;VQSLOD=8.0868 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2781,217,0
|
|
1 88959394 rs428252 G A 2790.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.33;SB=-1237.383;SBQD=1.170;SBpi=0.7313;SBpiQual=0.8593;VQSLOD=8.5991 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2824,223,0
|
|
1 88960876 rs10923084 T G 2611.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1292.593;SBQD=3.741;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2807;VQSLOD=8.7968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2645,220,0
|
|
1 88963814 rs11806923 C G 1495.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=26.70;SB=-726.773;SBQD=0.594;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.1437;VQSLOD=4.5521 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1528,123,0
|
|
1 88970457 rs12132843 G C 1935.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.95;SB=-1052.783;SBQD=-0.809;SBpi=0.1987;SBpiQual=0.1492;VQSLOD=8.4887 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1968,153,0
|
|
1 88989017 rs12143684 C G 2663.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=34.15;SB=-1419.456;SBQD=0.921;SBpi=0.1132;SBpiQual=0.1703;VQSLOD=8.8818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2697,214,0
|
|
1 89008168 . C T 1184.82 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.682;DP=86;Dels=0.00;FS=0.810;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.901;SB=-574.287;SBQD=-1.311;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3272;VQSLOD=5.4432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1215,0,1422
|
|
1 89040252 rs642773 C T 1273.76 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.506;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=13.441;HRun=0;HaplotypeScore=2.5873;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=14.99;ReadPosRankSum=1.193;SB=-630.327;SBQD=-7.668;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0216;VQSLOD=5.4751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1304,0,1304
|
|
1 89043984 rs34032873 A T 874.42 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.171;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-405.281;SBQD=2.224;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.4520;VQSLOD=4.0377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:904,0,977
|
|
1 89058703 . G A 1264.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.208;DP=85;Dels=0.00;FS=0.818;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.878;SB=-593.606;SBQD=0.799;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.3246;VQSLOD=3.9639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1294,0,1354
|
|
1 89072924 rs12024611 G A 1422.72 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.661;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.558;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=18.48;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-733.968;SBQD=4.340;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.1914;VQSLOD=4.8541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,47:77:99:1453,0,914
|
|
1 89075502 rs10923114 A G 1243.34 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.951;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.735;SB=-581.741;SBQD=-2.808;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.4036;VQSLOD=5.6490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:1273,0,1273
|
|
1 89078443 rs4656059 T C 1317.34 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.882;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=16.89;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-642.910;SBQD=0.536;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2903;VQSLOD=4.9922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:1347,0,933
|
|
1 89083836 rs471646 A G 846.68 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.480;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.916;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.914;SB=-279.132;SBQD=-5.558;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-1.0750;VQSLOD=3.8346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:79:99:877,0,1399
|
|
1 89091336 rs501330 A G 1059.85 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.510;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=5.121;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.329;SB=-611.408;SBQD=1.211;SBpi=0.2236;SBpiQual=-0.1155;VQSLOD=6.2915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:1090,0,1605
|
|
1 89115413 rs574740 T C 1378.81 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.519;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=2.707;HRun=1;HaplotypeScore=2.5093;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.890;SB=-663.877;SBQD=-3.531;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3517;VQSLOD=4.0489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:1409,0,1554
|
|
1 89133562 . G A 1073.38 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.226;DP=70;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.639;QD=15.33;ReadPosRankSum=1.416;SB=-477.691;SBQD=1.607;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.4037;VQSLOD=2.7535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1103,0,1134
|
|
1 89156887 . T C 737.59 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DP=56;Dels=0.00;FS=1.054;HRun=0;HaplotypeScore=2.8883;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=13.17;ReadPosRankSum=-1.523;SB=-458.819;SBQD=1.734;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.0945;VQSLOD=3.0217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:768,0,633
|
|
1 89162652 rs873735 C G 1594.33 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=1.684;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=16.96;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-716.805;SBQD=-1.735;SBpi=-0.5547;SBpiQual=-0.5303;VQSLOD=5.8148 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:1624,0,1273
|
|
1 89168650 rs6696151 A G 943.25 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.148;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.204;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-466.182;SBQD=-3.708;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2277;VQSLOD=5.3649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:973,0,1318
|
|
1 89179030 rs6700228 C T 1163.01 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.178;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-507.283;SBQD=-3.275;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.6731;VQSLOD=5.5714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1193,0,1226
|
|
1 89183098 rs9729118 A G 555.58 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4964;MQ=18.25;MQ0=38;MQRankSum=1.417;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-0.007;SBQD=21.321;SBpi=1.2780;SBpiQual=1.4299;VQSLOD=2.5970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:80:99:586,0,156
|
|
1 89204331 rs6668074 T C 1090.26 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.894;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.290;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=13.98;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-625.483;SBQD=-4.153;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0370;VQSLOD=6.0061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1120,0,1214
|
|
1 89225648 rs7511840 C T 1314.50 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.109;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.943;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=15.65;ReadPosRankSum=0.157;SB=-389.408;SBQD=-3.026;SBpi=-1.5076;SBpiQual=-1.6306;VQSLOD=4.8902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1344,0,1246
|
|
1 89237556 rs9651072 C T 1498.98 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.821;HRun=1;HaplotypeScore=2.6607;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=16.84;ReadPosRankSum=0.963;SB=-779.770;SBQD=2.722;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.3182;VQSLOD=4.4712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:1529,0,957
|
|
1 89249015 rs11806807 C T 959.75 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.211;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=12.498;HRun=0;HaplotypeScore=1.7884;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-261.545;SBQD=9.844;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.3138;VQSLOD=3.5995 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:990,0,1123
|
|
1 89255039 rs6671230 C T 962.23 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.908;HRun=0;HaplotypeScore=2.9581;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-338.873;SBQD=-6.658;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.9569;VQSLOD=3.9329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:79:99:992,0,1151
|
|
1 89255053 rs11804772 A T 1060.32 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.277;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.936;HRun=2;HaplotypeScore=1.8874;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.920;QD=14.33;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-416.170;SBQD=-5.452;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7822;VQSLOD=2.4345 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1090,0,1119
|
|
1 89255761 rs6679908 G A 795.11 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.096;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.062;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-318.325;SBQD=5.403;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7549;VQSLOD=4.8315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:825,0,972
|
|
1 89266334 . C T 1151.01 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.933;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.407;SB=-450.996;SBQD=0.006;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8886;VQSLOD=3.1146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:1181,0,1441
|
|
1 89274882 rs12239981 T C 1281 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.506;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.361;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.066;SB=-556.620;SBQD=3.220;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.5933;VQSLOD=5.6209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1311,0,1087
|
|
1 89278096 rs11799901 C G 1092.10 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.627;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.918;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.884;SB=-574.386;SBQD=1.034;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.0736;VQSLOD=5.0699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:1122,0,1075
|
|
1 89283346 . C T 782.84 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.237;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.059;SB=-415.131;SBQD=1.623;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.4446;VQSLOD=3.1407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:813,0,401
|
|
1 89292331 rs11803921 C T 688.20 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.387;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=6.304;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-323.241;SBQD=-6.170;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.3232;VQSLOD=5.2214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:718,0,792
|
|
1 89303698 rs12066361 A C 931.31 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.411;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.508;SB=-472.837;SBQD=1.438;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.2834;VQSLOD=5.5347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:961,0,1232
|
|
1 89303873 rs60760342 G A 1321.64 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.712;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=16.12;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-506.787;SBQD=5.086;SBpi=0.8387;SBpiQual=0.8741;VQSLOD=5.2764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1352,0,1227
|
|
1 89305154 rs2810882 A C 1363.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.6756;MQ=59.07;MQ0=0;QD=27.26;SB=-566.109;SBQD=-0.744;SBpi=-1.2728;SBpiQual=-1.3212;VQSLOD=3.1997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1396,114,0
|
|
1 89311450 rs58729361 T C 1165.24 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=13.323;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.185;SB=-370.363;SBQD=9.182;SBpi=1.0801;SBpiQual=1.3012;VQSLOD=4.9410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:84:99:1195,0,1069
|
|
1 89337540 . G A 717.40 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.286;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5362;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=13.80;ReadPosRankSum=1.624;SB=-353.631;SBQD=-1.659;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6132;VQSLOD=3.5399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:747,0,506
|
|
1 89340018 rs10218601 G A 909.67 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.817;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.276;HRun=0;HaplotypeScore=2.3683;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-453.641;SBQD=-3.944;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2917;VQSLOD=5.1136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:940,0,1372
|
|
1 89349779 rs60138275 C T 448.95 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.675;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.061;HRun=1;HaplotypeScore=1.8914;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-334.987;SBQD=1.922;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5212;VQSLOD=2.7103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:479,0,610
|
|
1 89376336 rs12122700 G C 2758.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.77;SB=-1345.995;SBQD=-0.495;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3431;VQSLOD=9.5635 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2791,217,0
|
|
1 89396447 rs12130865 T A 2121.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.41;MQ0=0;QD=32.15;SB=-971.570;SBQD=5.980;SBpi=0.4924;SBpiQual=0.8523;VQSLOD=7.8054 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2155,172,0
|
|
1 89416516 rs6673179 T C 2408.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=34.90;SB=-1280.653;SBQD=-2.113;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0883;VQSLOD=7.7987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2441,193,0
|
|
1 89430420 rs1536259 A G 3314.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=34.53;SB=-1711.918;SBQD=-0.238;SBpi=0.1021;SBpiQual=0.0097;VQSLOD=8.8698 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3314,268,0
|
|
1 89440804 rs12065833 G A 2256.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.77;MQ0=0;QD=31.33;SB=-1233.562;SBQD=1.399;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.2985;VQSLOD=7.1775 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2289,187,0
|
|
1 89443967 rs7517036 A T 1854.21 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=18.54;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-904.722;SBQD=-0.079;SBpi=0.5080;SBpiQual=0.5806;VQSLOD=5.7704 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,62:100:99:1884,0,1128
|
|
1 89515195 rs1111725 A T 943.20 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=10.541;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-338.889;SBQD=-8.628;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.8698;VQSLOD=5.5154 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:973,0,1147
|
|
1 89520658 rs55880826 C T 814.33 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.828;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=7.450;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=41.94;MQ0=5;MQRankSum=-0.356;QD=12.72;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-353.714;SBQD=-3.769;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.5361;VQSLOD=4.5063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:844,0,782
|
|
1 89522512 rs4376712 C T 1868.42 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.783;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=7.947;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-602.844;SBQD=7.328;SBpi=1.4724;SBpiQual=1.6467;VQSLOD=4.7128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,61:109:99:1898,0,1311
|
|
1 89525679 rs1328227 A G 1803.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.06;MQ0=0;QD=31.63;SB=-918.175;SBQD=-4.864;SBpi=0.1987;SBpiQual=-0.1999;VQSLOD=7.2529 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1836,162,0
|
|
1 89548920 rs1329123 T C 2009.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9662;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.49;SB=-780.263;SBQD=2.421;SBpi=-1.1619;SBpiQual=-1.0531;VQSLOD=6.2369 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2043,168,0
|
|
1 89550238 rs58410260 T C 669.43 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.736;HRun=1;HaplotypeScore=1.5775;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.189;SB=-223.205;SBQD=-5.942;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.9237;VQSLOD=4.7402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:699,0,1228
|
|
1 89576509 rs4656094 C T 1659.09 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.995;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=12.493;HRun=1;HaplotypeScore=1.9986;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=17.84;ReadPosRankSum=1.706;SB=-505.025;SBQD=-8.878;SBpi=-1.3868;SBpiQual=-1.5646;VQSLOD=2.5578 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1689,0,1127
|
|
1 89586305 rs3766942 T C 758.20 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.204;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-392.015;SBQD=4.558;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1108;VQSLOD=6.4440 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:788,0,1185
|
|
1 89589147 rs6678777 T C 1336.07 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.897;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.748;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.410;SB=-675.757;SBQD=1.075;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0636;VQSLOD=5.5285 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,44:103:99:1366,0,1785
|
|
1 89612930 rs649641 G A 1122.23 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.185;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.372;SB=-594.328;SBQD=0.770;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.1181;VQSLOD=5.7240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1152,0,914
|
|
1 89625794 rs605727 T A 1011.03 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.607;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=6.623;HRun=0;HaplotypeScore=2.9861;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-509.080;SBQD=7.299;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.3661;VQSLOD=4.0422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1041,0,935
|
|
1 89631088 rs1614615 T C 761.38 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.043;HRun=0;HaplotypeScore=4.5464;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.615;SB=-380.869;SBQD=-0.386;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.3783;VQSLOD=3.7965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:791,0,737
|
|
1 89632854 rs616098 A G 793.98 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.876;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=16.762;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-361.837;SBQD=7.733;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.5296;VQSLOD=5.3973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:824,0,780
|
|
1 89652097 rs1142886 C T 367.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.434;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.131;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=51.31;MQ0=0;MQRankSum=-5.653;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.373;SB=-179.275;SBQD=-3.103;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1065;VQSLOD=-3.0235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:397,0,1221
|
|
1 89664276 rs493470 T C 630.62 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-411.962;SBQD=0.379;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1231;VQSLOD=4.1136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:661,0,708
|
|
1 89664913 rs577080 C T 1079.04 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.902;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.776;HRun=3;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.270;SB=-482.913;SBQD=-3.285;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.5528;VQSLOD=5.1436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:1109,0,1640
|
|
1 89693232 rs2390703 C T 1137.30 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.928;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=16.02;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-510.549;SBQD=-4.239;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.6294;VQSLOD=4.5418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1167,0,999
|
|
1 89701214 rs660230 A G 1045.44 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.997;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=11.152;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=16.86;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-434.915;SBQD=-9.663;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5433;VQSLOD=5.0407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:1075,0,836
|
|
1 89703464 rs582914 C T 1666.07 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.443;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=8.321;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=21.64;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-719.086;SBQD=-6.541;SBpi=-0.6301;SBpiQual=-0.6514;VQSLOD=4.6230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,51:77:99:1696,0,697
|
|
1 89704842 rs599599 T C 1338.51 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.467;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=6.426;HRun=1;HaplotypeScore=2.7257;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=13.39;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-580.075;SBQD=5.633;SBpi=0.7217;SBpiQual=0.7946;VQSLOD=3.1556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:100:99:1369,0,1560
|
|
1 89767648 rs36013484 G A 760.76 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.513;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.082;HRun=0;HaplotypeScore=1.8136;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=12.47;ReadPosRankSum=1.711;SB=-407.286;SBQD=4.768;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2303;VQSLOD=4.2844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:791,0,877
|
|
1 89775972 rs4658084 C G 863.33 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.225;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.510;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.426;SB=-436.114;SBQD=4.145;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.2276;VQSLOD=4.4910 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:893,0,1355
|
|
1 89793687 rs6701629 G C 1534.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=44.23;MQ0=2;QD=26.46;SB=-903.582;SBQD=3.108;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.0412;VQSLOD=5.5630 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1568,129,0
|
|
1 89796644 rs4658303 G C 499.91 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.026;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=13.767;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.18;MQ0=3;MQRankSum=-0.551;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-200.620;SBQD=-1.518;SBpi=-0.1826;SBpiQual=0.1195;VQSLOD=4.4477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:530,0,630
|
|
1 89805086 rs2095503 C T 936.12 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=2.4447;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.803;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-507.659;SBQD=0.401;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.1579;VQSLOD=4.8971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:966,0,962
|
|
1 89814066 rs4658141 T C 1092.28 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.173;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=5.296;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.893;SB=-329.050;SBQD=-1.928;SBpi=-1.6973;SBpiQual=-1.3638;VQSLOD=4.5927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:1122,0,885
|
|
1 89815198 rs12745026 T G 787.47 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.360;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.197;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.148;SB=-344.436;SBQD=-0.180;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.6800;VQSLOD=5.4283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:817,0,987
|
|
1 89826986 rs9428021 G T 1358.14 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.688;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=5.612;HRun=1;HaplotypeScore=3.6459;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=15.61;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-593.343;SBQD=-7.131;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.5864;VQSLOD=3.1539 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:1388,0,1144
|
|
1 89831751 rs7525069 C A 2913.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.97;SB=-1307.486;SBQD=-0.427;SBpi=-0.7222;SBpiQual=-0.7982;VQSLOD=8.2358 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2947,238,0
|
|
1 89840340 rs4529696 T G 3289.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.38;SB=-1525.236;SBQD=-0.075;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.4522;VQSLOD=7.6858 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3289,259,0
|
|
1 89865659 rs4466640 A C 2813.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=36.54;SB=-1302.150;SBQD=-1.492;SBpi=-0.3989;SBpiQual=-0.5506;VQSLOD=8.4821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2847,226,0
|
|
1 89867085 rs6684810 T C 2687.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=31.62;SB=-1350.042;SBQD=6.969;SBpi=-0.1627;SBpiQual=0.4404;VQSLOD=7.1490 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2720,238,0
|
|
1 89878408 rs56137506 T C 201.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.94;MQ0=7;MQRankSum=1.531;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.714;SB=-63.931;SBQD=0.190;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.7057;VQSLOD=3.4552 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:24:21.06:234,21,0
|
|
1 89888371 rs6428540 A G 2539.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8773;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.15;SB=-1062.616;SBQD=-5.164;SBpi=-0.6188;SBpiQual=-1.0050;VQSLOD=5.1736 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2572,223,0
|
|
1 89893387 rs4495683 T C 2426.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.17;SB=-1097.877;SBQD=-0.380;SBpi=0.6621;SBpiQual=0.6400;VQSLOD=8.4895 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2460,199,0
|
|
1 89894633 rs12743034 G C 1397.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.63;MQ0=0;QD=29.12;SB=-532.724;SBQD=1.059;SBpi=1.1547;SBpiQual=1.1326;VQSLOD=5.4470 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1431,129,0
|
|
1 89895383 rs10754276 C T 1661.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.76;MQ0=3;QD=29.67;SB=-898.738;SBQD=3.144;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.5482;VQSLOD=5.4098 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1695,141,0
|
|
1 89896897 rs34916242 T C 1778.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.15;MQ0=4;QD=26.16;SB=-956.617;SBQD=-1.881;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.8783;VQSLOD=4.5643 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1812,162,0
|
|
1 89918030 rs1599145 T C 3309.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.83;SB=-1473.145;SBQD=-1.678;SBpi=-0.7695;SBpiQual=-0.9058;VQSLOD=8.0493 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3309,262,0
|
|
1 89947194 rs12408042 G C 2682.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=31.56;SB=-1322.805;SBQD=5.602;SBpi=-0.0542;SBpiQual=0.3521;VQSLOD=7.4820 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2716,238,0
|
|
1 89962595 rs12730430 G A 715.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.01;MQ0=4;QD=18.34;SB=-491.323;SBQD=13.537;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2203;VQSLOD=5.2725 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:60.17:748,60,0
|
|
1 89994725 rs12724070 A G 2867.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1460.115;SBQD=1.182;SBpi=0.1118;SBpiQual=0.2229;VQSLOD=8.3754 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2900,229,0
|
|
1 90019753 rs7517206 C T 2582.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.87;SB=-1090.891;SBQD=-1.014;SBpi=-0.8250;SBpiQual=-0.9329;VQSLOD=8.5848 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2616,208,0
|
|
1 90023602 rs12756658 A G 2094.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36;SB=-1171.245;SBQD=0.248;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.2819;VQSLOD=6.8920 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2128,175,0
|
|
1 90027244 . A G 478.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=17.84;MQ0=39;MQRankSum=2.224;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.138;SB=-0.007;SBQD=14.955;SBpi=1.3553;SBpiQual=1.5044;VQSLOD=-0.5013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,23:86:99:509,0,339
|
|
1 90043236 rs10922668 A G 2700.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.49;SB=-1166.723;SBQD=1.055;SBpi=0.6975;SBpiQual=0.8158;VQSLOD=8.3648 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2734,220,0
|
|
1 90043240 rs10922669 A G 2691.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.39;SB=-1205.106;SBQD=-0.718;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.5790;VQSLOD=9.0124 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:2725,214,0
|
|
1 90053449 rs359943 A C 2416.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.57;SB=-1175.603;SBQD=-0.528;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.5100;VQSLOD=6.7070 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2450,193,0
|
|
1 90069025 rs7542657 T C 2648.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.00;MQ0=0;QD=31.54;SB=-1059.485;SBQD=6.495;SBpi=0.7638;SBpiQual=1.2282;VQSLOD=6.3772 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2682,235,0
|
|
1 90071297 rs10801754 G A 1120.27 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=9.661;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=13.18;ReadPosRankSum=2.162;SB=-526.810;SBQD=-4.761;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.6211;VQSLOD=4.6517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1150,0,1415
|
|
1 90073853 rs2093592 G A 1070.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.911;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.926;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-585.409;SBQD=-2.138;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0410;VQSLOD=5.8696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1101,0,1141
|
|
1 90080340 rs10922672 T C 711.30 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=2.001;HRun=0;HaplotypeScore=4.3280;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-418.676;SBQD=4.477;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.5481;VQSLOD=3.0420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:741,0,809
|
|
1 90080557 rs10922673 T A 1480.49 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.351;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=18.28;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-607.748;SBQD=5.662;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.8056;VQSLOD=4.2807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:81:99:1510,0,977
|
|
1 90085266 rs10922678 T C 667.80 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.690;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.455;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-163.383;SBQD=-2.566;SBpi=1.4289;SBpiQual=1.4694;VQSLOD=4.8039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:698,0,961
|
|
1 90094359 rs990040 T C 1030.52 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.102;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.556;SB=-626.516;SBQD=-6.623;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.0498;VQSLOD=5.8845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1061,0,1206
|
|
1 90104218 rs4420069 A G 3815.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=57.54;MQ0=0;QD=34.68;SB=-1867.675;SBQD=-1.441;SBpi=0.4767;SBpiQual=0.3739;VQSLOD=7.0639 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:3815,313,0
|
|
1 90109854 rs7515375 T C 957.89 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=16.023;HRun=1;HaplotypeScore=2.8417;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-302.031;SBQD=-12.099;SBpi=-1.4230;SBpiQual=-1.6172;VQSLOD=2.5165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:70:99:988,0,858
|
|
1 90110010 rs7523518 G A 849.97 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.157;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.586;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-423.434;SBQD=5.202;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.2236;VQSLOD=5.5856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:880,0,804
|
|
1 90116854 rs6663363 A G 1014.73 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.756;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.071;HRun=0;HaplotypeScore=4.7318;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=14.09;ReadPosRankSum=2.092;SB=-475.361;SBQD=-5.600;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.3495;VQSLOD=2.5575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1045,0,919
|
|
1 90134705 rs2185197 T C 2552.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7982;MQ=59.70;MQ0=0;QD=33.14;SB=-1214.722;SBQD=5.512;SBpi=0.0570;SBpiQual=0.5023;VQSLOD=5.7293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2585,223,0
|
|
1 90135433 rs17441836 A G 627.99 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.047;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.160;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-277.681;SBQD=5.477;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.3136;VQSLOD=5.8321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:658,0,1104
|
|
1 90142472 rs12092106 T C 2274.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;QD=34.46;SB=-1193.933;SBQD=0.318;SBpi=-0.2462;SBpiQual=-0.2269;VQSLOD=8.5476 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2308,181,0
|
|
1 90198704 rs562454 C G 2910.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.49;SB=-1231.553;SBQD=0.227;SBpi=0.9939;SBpiQual=1.0621;VQSLOD=7.7958 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2943,232,0
|
|
1 90218443 rs36115348 G A 453.89 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.805;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=23.72;MQ0=21;MQRankSum=0.867;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-0.007;SBQD=10.807;SBpi=1.4924;SBpiQual=1.6368;VQSLOD=2.7510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,22:68:99:484,0,551
|
|
1 90221441 rs580251 C T 1354.05 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.996;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.2312;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.858;SB=-585.623;SBQD=-0.558;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.7042;VQSLOD=4.7858 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:1384,0,1136
|
|
1 90231121 rs534260 A T 2322.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=35.19;SB=-1195.270;SBQD=-0.527;SBpi=-0.2462;SBpiQual=-0.3016;VQSLOD=8.4876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2356,184,0
|
|
1 90233068 rs483517 T G 2575.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.70;MQ0=0;QD=33.44;SB=-973.501;SBQD=3.509;SBpi=1.1966;SBpiQual=1.4771;VQSLOD=6.4871 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2608,214,0
|
|
1 90256113 rs7535521 A G 971.24 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.028;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.094;SB=-538.411;SBQD=-0.246;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0838;VQSLOD=6.0181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:1001,0,1314
|
|
1 90260788 rs736183 C T 563.99 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=9.750;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.240;SB=-346.644;SBQD=-8.038;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0064;VQSLOD=4.3855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:594,0,985
|
|
1 90267513 rs10922727 T C 1370.03 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.359;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.377;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=19.30;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-687.318;SBQD=-5.448;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.0709;VQSLOD=4.6857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:1400,0,840
|
|
1 90272372 rs6659997 C T 1208.21 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.451;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.728;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-466.136;SBQD=4.808;SBpi=1.0321;SBpiQual=1.1283;VQSLOD=4.1891 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1238,0,1214
|
|
1 90277228 rs12140155 T C 490.79 PASS AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.752;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.217;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=7.22;ReadPosRankSum=-2.655;SB=-244.727;SBQD=-0.922;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.0325;VQSLOD=2.5352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,21:68:99:521,0,1606
|
|
1 90294827 rs12122870 A G 1124.79 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.724;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.836;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.539;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-563.531;SBQD=-1.410;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1144;VQSLOD=5.5983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1155,0,1369
|
|
1 90297096 rs4658333 C A 2941.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.44;SB=-1185.475;SBQD=-0.176;SBpi=-1.2623;SBpiQual=-1.3638;VQSLOD=8.4724 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2974,229,0
|
|
1 90315734 rs12131677 G A 1036.43 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.497;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.105;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=14.01;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-417.883;SBQD=-6.434;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.6518;VQSLOD=5.1677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:1066,0,1291
|
|
1 90339598 . G A 1065.40 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.251;DP=89;Dels=0.00;FS=0.815;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-471.481;SBQD=-1.686;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7006;VQSLOD=2.9742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:1095,0,1629
|
|
1 90378091 rs2802025 G A 600.31 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.694;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.411;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.591;SB=-320.190;SBQD=5.095;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.4494;VQSLOD=3.4038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:99:630,0,1021
|
|
1 90525865 . G A 437.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.151;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.54;MQ0=9;MQRankSum=1.844;QD=10.41;ReadPosRankSum=-2.124;SB=-133.734;SBQD=9.625;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1880;VQSLOD=2.5273 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,32:42:42.11:470,42,0
|
|
1 90559504 rs2772337 C T 1702.68 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.639;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.854;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=20.03;ReadPosRankSum=2.124;SB=-643.289;SBQD=-1.423;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-1.0698;VQSLOD=4.3771 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,52:85:99:1733,0,986
|
|
1 90575447 rs55804804 C G 1101.89 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=15.09;ReadPosRankSum=-1.605;SB=-461.337;SBQD=0.022;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7717;VQSLOD=5.4254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1132,0,1010
|
|
1 90575575 rs2813768 G T 2428.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.75;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1103.279;SBQD=-0.631;SBpi=-0.7714;SBpiQual=-0.9296;VQSLOD=8.0310 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2462,193,0
|
|
1 90593453 rs7522374 G T 995.40 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.613;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=11.99;ReadPosRankSum=-1.901;SB=-583.738;SBQD=0.355;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0829;VQSLOD=4.4915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:1025,0,1361
|
|
1 90615689 rs4600032 A G 2713.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.56;MQ0=0;QD=36.67;SB=-982.326;SBQD=1.287;SBpi=1.2787;SBpiQual=1.3843;VQSLOD=8.0894 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2747,217,0
|
|
1 90625770 rs10801792 A G 2179.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=32.53;SB=-1116.966;SBQD=0.545;SBpi=0.4276;SBpiQual=0.4786;VQSLOD=8.0252 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2213,178,0
|
|
1 90659576 rs4272608 T C 1567.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=35.62;SB=-805.968;SBQD=-0.527;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1219;VQSLOD=8.4233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1600,126,0
|
|
1 90659899 rs4571948 A G 2422.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7653;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.63;SB=-1084.906;SBQD=2.135;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.6656;VQSLOD=7.3442 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2456,199,0
|
|
1 90760965 . A C 2619.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=35.88;SB=-1302.919;SBQD=-0.864;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.2359;VQSLOD=7.0604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2652,211,0
|
|
1 90842594 rs966913 A G 3130.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=37.27;SB=-1193.150;SBQD=-0.124;SBpi=1.2002;SBpiQual=1.2748;VQSLOD=7.5489 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3164,247,0
|
|
1 90843035 rs2174941 C T 2530.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7059;MQ=59.08;MQ0=0;QD=35.65;SB=-801.420;SBQD=2.756;SBpi=1.6022;SBpiQual=1.8389;VQSLOD=4.9388 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:2564,199,0
|
|
1 90851533 rs997077 T C 2388.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.64;SB=-1073.354;SBQD=-1.726;SBpi=-0.5498;SBpiQual=-0.6903;VQSLOD=9.1362 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2421,193,0
|
|
1 90866978 rs10218464 A T 2637.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.31;MQ0=0;QD=36.63;SB=-1024.585;SBQD=1.952;SBpi=0.9428;SBpiQual=1.0385;VQSLOD=8.9518 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2670,214,0
|
|
1 90875888 rs2136093 T C 2853.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.42;SB=-1365.138;SBQD=6.967;SBpi=0.1066;SBpiQual=0.7183;VQSLOD=6.7710 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2886,244,0
|
|
1 90883282 rs1508506 A T 2201.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.95;SB=-964.287;SBQD=1.733;SBpi=0.6929;SBpiQual=0.7892;VQSLOD=8.3824 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2235,175,0
|
|
1 90894377 rs11580050 G A 2552.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.86;MQ0=0;QD=31.91;SB=-1058.908;SBQD=0.086;SBpi=-1.4534;SBpiQual=-1.5227;VQSLOD=7.2294 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2586,202,0
|
|
1 90976912 rs10801815 C T 765.22 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.535;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.215;SB=-377.934;SBQD=0.259;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3300;VQSLOD=5.5067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:795,0,978
|
|
1 90990889 rs511753 A G 2178.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9279;MQ=59.76;MQ0=0;QD=28.29;SB=-1295.839;SBQD=0.496;SBpi=0.5128;SBpiQual=0.5769;VQSLOD=3.9228 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2212,175,0
|
|
1 91088907 . T A 2646.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=33.09;SB=-1467.351;SBQD=-0.029;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2373;VQSLOD=6.6555 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2680,208,0
|
|
1 91110918 rs2850216 C T 2157.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.80;SB=-915.814;SBQD=0.175;SBpi=0.8890;SBpiQual=0.9332;VQSLOD=8.6585 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2191,175,0
|
|
1 91114258 rs6428595 G A 2617.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.37;SB=-1128.515;SBQD=0.523;SBpi=-0.9300;SBpiQual=-0.9290;VQSLOD=8.4627 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2650,208,0
|
|
1 91127548 rs17131124 C G 2400.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.14;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1179.368;SBQD=-1.095;SBpi=-0.3586;SBpiQual=-0.4241;VQSLOD=8.3212 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2434,193,0
|
|
1 91220791 rs12122743 A G 2242.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.45;MQ0=0;QD=26.70;SB=-1297.383;SBQD=-0.818;SBpi=-0.6547;SBpiQual=-0.6640;VQSLOD=4.9612 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2276,219,0
|
|
1 91331972 rs10922935 C T 908.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.46;MQ0=0;QD=23.92;SB=-562.464;SBQD=4.931;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.5238;VQSLOD=4.2143 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75.23:942,75,0
|
|
1 91458035 rs358683 C G 2140.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97;SB=-1157.346;SBQD=0.022;SBpi=-0.0630;SBpiQual=-0.0536;VQSLOD=8.6420 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2173,175,0
|
|
1 91561913 rs465533 C G 41.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.96;MQ0=0;QD=0.55;SB=-1005.797;SBQD=-2.138;SBpi=-1.0970;SBpiQual=-1.2586;VQSLOD=0.4503 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:8.98:73,9,0
|
|
1 91566457 rs164983 T C 1666.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.10;SB=-1239.346;SBQD=5.349;SBpi=-0.6188;SBpiQual=-0.1880;VQSLOD=4.9025 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1700,147,0
|
|
1 91569329 rs164895 T A 2545.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;QD=34.86;SB=-1318.086;SBQD=2.017;SBpi=-0.2926;SBpiQual=-0.2051;VQSLOD=8.5200 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2578,205,0
|
|
1 91586980 rs240507 T C 2313.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=59.42;MQ0=0;QD=32.13;SB=-995.220;SBQD=-4.804;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.9759;VQSLOD=6.8996 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:2346,190,0
|
|
1 91600305 rs458190 G A 2231.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1017.955;SBQD=-0.708;SBpi=0.6350;SBpiQual=0.6088;VQSLOD=8.5067 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2264,178,0
|
|
1 91607284 rs10801839 G A 2234.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=1;QD=32.38;SB=-1019.344;SBQD=-1.267;SBpi=-0.9029;SBpiQual=-0.9655;VQSLOD=7.1290 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2267,175,0
|
|
1 91610563 rs347016 T C 2583.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=30.39;SB=-1423.212;SBQD=6.347;SBpi=-0.4881;SBpiQual=0.0635;VQSLOD=6.7540 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2616,229,0
|
|
1 91620568 rs6428612 G A 2341.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=32.98;SB=-1327.251;SBQD=1.322;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.1495;VQSLOD=8.1591 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2375,184,0
|
|
1 91625837 rs7542730 A G 1301.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.1101;MQ=57.92;MQ0=0;QD=21.68;SB=-887.170;SBQD=-9.943;SBpi=0.2582;SBpiQual=-0.4066;VQSLOD=3.7837 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1334,120,0
|
|
1 91627464 rs397675 T C 1985.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8824;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.24;SB=-1035.755;SBQD=0.771;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.1334;VQSLOD=6.6552 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2019,162,0
|
|
1 91629937 rs365788 G C 1700.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91;SB=-1020.467;SBQD=-0.229;SBpi=0.0674;SBpiQual=0.0444;VQSLOD=7.5821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1733,138,0
|
|
1 91635550 rs55693746 C A 2276.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=33.00;SB=-524.751;SBQD=7.678;SBpi=2.1068;SBpiQual=2.4690;VQSLOD=6.2705 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2310,184,0
|
|
1 91644932 rs655976 G A 3022.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9916;MQ=55.72;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1475.945;SBQD=-3.463;SBpi=-0.1608;SBpiQual=-0.2967;VQSLOD=6.7505 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3056,244,0
|
|
1 91645142 rs34417153 A G 1253.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=27.55;MQ0=1;QD=23.65;SB=-405.358;SBQD=2.499;SBpi=-1.5796;SBpiQual=-1.6951;VQSLOD=3.1074 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1287,123,0
|
|
1 91646199 rs613713 C T 1859.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.35;MQ0=0;QD=31.52;SB=-1078.305;SBQD=0.578;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.2498;VQSLOD=6.6238 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1893,147,0
|
|
1 91646755 rs663026 C T 1153.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.38;MQ0=0;QD=22.62;SB=-468.493;SBQD=7.832;SBpi=0.9102;SBpiQual=0.8467;VQSLOD=3.5229 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1186,102,0
|
|
1 91653137 rs346952 G C 2720.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.26;MQ0=0;QD=36.28;SB=-1384.290;SBQD=0.410;SBpi=-0.0577;SBpiQual=-0.0689;VQSLOD=9.2223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2754,220,0
|
|
1 91655544 rs596846 C T 1568.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;QD=26.58;SB=-857.319;SBQD=1.267;SBpi=0.8462;SBpiQual=0.9221;VQSLOD=5.2857 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1601,126,0
|
|
1 91660201 rs10801845 C T 2492.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=35.10;SB=-847.468;SBQD=-2.930;SBpi=-1.4835;SBpiQual=-1.6906;VQSLOD=8.1180 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2525,196,0
|
|
1 91663860 rs346940 T A 2765.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.40;SB=-1313.276;SBQD=-0.527;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3272;VQSLOD=8.1731 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2798,214,0
|
|
1 91668031 rs10801846 G A 1008.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.29;MQ0=0;QD=27.26;SB=-512.379;SBQD=3.341;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.9280;VQSLOD=3.6808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81.25:1042,81,0
|
|
1 91676478 rs2444774 C A 2170.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=32.88;SB=-1067.979;SBQD=2.291;SBpi=0.3693;SBpiQual=0.5740;VQSLOD=8.2618 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2203,175,0
|
|
1 91689417 rs10801848 C T 2565.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9203;MQ=59.76;MQ0=0;QD=33.31;SB=-1353.874;SBQD=-0.794;SBpi=0.2849;SBpiQual=0.2325;VQSLOD=6.3668 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2598,205,0
|
|
1 91696501 rs612309 T C 2022.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=30.64;SB=-918.388;SBQD=5.299;SBpi=0.4924;SBpiQual=0.8696;VQSLOD=7.4494 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2055,177,0
|
|
1 91698239 rs1608817 A C 2931.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.03;MQ0=0;QD=32.94;SB=-1491.981;SBQD=5.725;SBpi=-0.4770;SBpiQual=0.0597;VQSLOD=6.7377 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2965,256,0
|
|
1 91699947 rs656496 T A 3614.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8389;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=38.45;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-1641.394;SBQD=-1.270;SBpi=0.4666;SBpiQual=0.4761;VQSLOD=4.1886 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:3589,258,0
|
|
1 91728053 rs585898 G A 3508.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9784;MQ=59.75;MQ0=0;QD=37.33;SB=-1495.836;SBQD=-0.493;SBpi=0.9283;SBpiQual=0.9778;VQSLOD=7.1684 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3509,268,0
|
|
1 91750626 rs281943 C T 2002.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.30;MQ0=0;QD=33.37;SB=-1100.664;SBQD=-0.807;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.1851;VQSLOD=6.1724 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2035,159,0
|
|
1 91752462 rs683873 C T 1298.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8893;MQ=42.50;MQ0=3;QD=22.78;SB=-547.597;SBQD=-8.053;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.9883;VQSLOD=2.9633 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1331,111,0
|
|
1 91753153 rs11487638 A G 2639.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4679;MQ=51.38;MQ0=1;QD=32.19;SB=-1288.952;SBQD=0.305;SBpi=0.5522;SBpiQual=0.7378;VQSLOD=5.8417 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2673,217,0
|
|
1 91754693 rs398872 T C 350.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.15;MQ0=0;QD=26.93;SB=-31.556;SBQD=27.860;SBpi=1.5254;SBpiQual=1.5663;VQSLOD=4.2010 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:33.08:383,33,0
|
|
1 91767544 rs6667099 T C 34.69 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=12.37;MQ0=9;QD=3.15;SB=-0.007;SBQD=17.814;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7528;VQSLOD=1.8629 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,2:11:6.02:66,6,0
|
|
1 91774820 rs1158436 C G 2051.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.38;SB=-1053.708;SBQD=-0.376;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.1559;VQSLOD=7.4376 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2085,166,0
|
|
1 91775398 rs281984 C T 3102.93 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=66.7058;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.26;SB=-1657.868;SBQD=2.874;SBpi=-0.2132;SBpiQual=0.0149;VQSLOD=-115.1543 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3136,244,0
|
|
1 91775782 rs430649 A T 2618.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.93;SB=-1088.635;SBQD=9.744;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.8189;VQSLOD=7.4523 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2651,217,0
|
|
1 91776940 rs281986 C T 2068.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.06;MQ0=0;QD=32.83;SB=-1010.995;SBQD=3.085;SBpi=-0.6929;SBpiQual=-0.6095;VQSLOD=6.0930 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2101,163,0
|
|
1 91797819 rs281976 A G 2801.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=31.12;SB=-1427.155;SBQD=-5.735;SBpi=0.7379;SBpiQual=0.2129;VQSLOD=7.1850 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2834,253,0
|
|
1 91807803 rs11165744 G A 2860.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.76;SB=-1256.496;SBQD=0.372;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-0.9123;VQSLOD=9.0093 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2894,226,0
|
|
1 91828227 rs282051 A C 3193.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=36.71;SB=-1446.017;SBQD=-0.870;SBpi=-0.5897;SBpiQual=-0.7048;VQSLOD=8.4065 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3227,253,0
|
|
1 91840389 rs282038 C T 2692.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=36.38;SB=-1339.091;SBQD=-1.631;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.2628;VQSLOD=9.3370 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2725,211,0
|
|
1 91851253 rs282026 T C 2889.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.58;SB=-1504.094;SBQD=-0.601;SBpi=-0.0563;SBpiQual=-0.1139;VQSLOD=8.4459 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2923,226,0
|
|
1 91854093 rs282022 T A 2826.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=35.78;SB=-1206.091;SBQD=0.473;SBpi=-0.9563;SBpiQual=-0.9365;VQSLOD=6.7659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2860,223,0
|
|
1 91859795 rs282009 T C 2190.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=33.70;SB=-1110.925;SBQD=-0.088;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.2751;VQSLOD=8.7846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2223,178,0
|
|
1 91888330 rs7534882 G A 3142.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.97;SB=-1641.882;SBQD=0.526;SBpi=-0.0542;SBpiQual=-0.0050;VQSLOD=6.3188 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3175,247,0
|
|
1 91911588 rs6603972 A G 1561.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.06;MQ0=8;QD=19.04;SB=-191.696;SBQD=28.442;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.4249;VQSLOD=4.2257 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1594,144,0
|
|
1 91931774 rs2105070 C T 1629.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.98;MQ0=0;QD=31.96;SB=-895.926;SBQD=-1.759;SBpi=-0.0700;SBpiQual=-0.1972;VQSLOD=8.0774 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1663,135,0
|
|
1 91943207 rs522712 T G 2919.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.77;MQ0=0;QD=33.56;SB=-1559.772;SBQD=0.907;SBpi=-0.2680;SBpiQual=-0.2151;VQSLOD=6.7352 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2952,235,0
|
|
1 91965850 rs13447450 C T 2800.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.57;SB=-1408.345;SBQD=2.468;SBpi=0.2778;SBpiQual=0.4565;VQSLOD=8.8436 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2833,220,0
|
|
1 91968278 rs13447464 G A 2237.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;QD=34.97;SB=-812.352;SBQD=-3.053;SBpi=1.3750;SBpiQual=1.2901;VQSLOD=8.2418 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2271,181,0
|
|
1 91980447 rs483532 A G 2175.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=29.01;SB=-1184.190;SBQD=-5.671;SBpi=0.6351;SBpiQual=0.1896;VQSLOD=6.5453 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2209,195,0
|
|
1 92001536 rs61548854 C T 1521.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7724;MQ=58.75;MQ0=0;QD=29.25;SB=-608.866;SBQD=1.841;SBpi=1.0502;SBpiQual=1.0723;VQSLOD=4.8449 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1554,123,0
|
|
1 92021705 rs17501937 A G 2510.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.87;SB=-1106.633;SBQD=1.070;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.8168;VQSLOD=8.5862 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2543,205,0
|
|
1 92022364 rs36048657 T C 2110.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2460;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.49;SB=-1139.738;SBQD=-1.624;SBpi=-0.0630;SBpiQual=-0.1879;VQSLOD=6.5021 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2143,172,0
|
|
1 92030790 rs937848 C T 960.12 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.278;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.819;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=10.67;ReadPosRankSum=2.069;SB=-539.886;SBQD=-2.020;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0571;VQSLOD=5.2950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,35:90:99:990,0,1686
|
|
1 92051419 rs11165013 G A 775.53 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.371;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=6.916;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=11.93;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-292.315;SBQD=6.673;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.7117;VQSLOD=5.0611 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:806,0,1085
|
|
1 92055579 rs2089367 A T 622.99 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.018;HRun=0;HaplotypeScore=2.8139;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-346.584;SBQD=-5.398;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5563;VQSLOD=3.5983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:53:99:653,0,625
|
|
1 92057446 rs4658236 G C 1082.27 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.125;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.864;HRun=0;HaplotypeScore=3.3663;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=18.34;ReadPosRankSum=1.566;SB=-379.648;SBQD=-5.637;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-1.0554;VQSLOD=2.9256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:1112,0,728
|
|
1 92067540 rs4658242 T C 1502.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=24.63;SB=-975.720;SBQD=6.594;SBpi=-0.1921;SBpiQual=0.3054;VQSLOD=3.6242 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1536,132,0
|
|
1 92069964 rs1192410 A G 3187.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=32.86;SB=-1390.523;SBQD=1.760;SBpi=1.0661;SBpiQual=1.2537;VQSLOD=7.2851 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3220,259,0
|
|
1 92089646 . A G 1003.65 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.747;DP=70;Dels=0.00;FS=6.504;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.584;SB=-461.575;SBQD=-8.495;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3131;VQSLOD=4.5900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1034,0,986
|
|
1 92114178 rs11165141 A T 451.29 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.066;HRun=0;HaplotypeScore=2.7325;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.958;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.879;SB=-341.973;SBQD=-2.199;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.1336;VQSLOD=2.7974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:481,0,840
|
|
1 92115841 rs10874854 G A 1273 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.614;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.766;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=14.80;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-650.381;SBQD=-2.308;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0453;VQSLOD=5.3223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1303,0,1372
|
|
1 92134180 . G C 706.82 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.761;DP=62;Dels=0.00;FS=1.110;HRun=1;HaplotypeScore=1.4942;MQ=44.85;MQ0=10;MQRankSum=-0.085;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-322.964;SBQD=1.632;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5834;VQSLOD=3.0498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:737,0,428
|
|
1 92157764 rs2391026 G C 574.53 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.388;HRun=0;HaplotypeScore=1.9532;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-311.962;SBQD=-0.390;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.0373;VQSLOD=4.7419 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:605,0,806
|
|
1 92158200 rs2893178 G A 669.65 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.910;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-405.874;SBQD=5.558;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.1187;VQSLOD=4.5964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:700,0,826
|
|
1 92166931 rs3767576 C T 1170.22 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.952;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=20.722;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=18.28;ReadPosRankSum=0.014;SB=-499.218;SBQD=-12.655;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-0.8628;VQSLOD=4.4108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,41:64:99:1200,0,672
|
|
1 92186303 rs7546005 T A 1561.96 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.900;QD=19.28;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-804.035;SBQD=0.936;SBpi=-0.0714;SBpiQual=0.0132;VQSLOD=3.5073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:81:99:1592,0,1004
|
|
1 92193716 rs6699304 T C 1067.08 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.399;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.814;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.442;SB=-518.833;SBQD=5.022;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3563;VQSLOD=5.6736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1097,0,1200
|
|
1 92204257 . A G 1261.55 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DP=97;Dels=0.00;FS=9.943;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=13.01;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-470.443;SBQD=8.774;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.9758;VQSLOD=4.3805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:1292,0,1500
|
|
1 92214628 rs284170 T C 2382.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8239;MQ=54.37;MQ0=0;QD=28.36;SB=-1215.833;SBQD=4.998;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-0.5318;VQSLOD=5.0760 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2415,214,0
|
|
1 92214686 rs12128642 T A 805.11 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.282;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.440;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-427.155;SBQD=-4.164;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3138;VQSLOD=3.6107 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:835,0,1217
|
|
1 92228645 rs284182 G A 2695.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1475.154;SBQD=1.062;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1030;VQSLOD=8.2867 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2728,214,0
|
|
1 92237000 rs284193 G A 968.73 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.753;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.306;SB=-335.176;SBQD=1.464;SBpi=1.0290;SBpiQual=1.1088;VQSLOD=5.3364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:999,0,917
|
|
1 92237037 rs284194 G A 815.54 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.336;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.105;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=12.55;ReadPosRankSum=1.507;SB=-401.945;SBQD=-3.657;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.2291;VQSLOD=5.3494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:846,0,1079
|
|
1 92237120 rs284195 G A 474.96 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.056;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.258;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.123;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.444;SB=-202.040;SBQD=-4.890;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.3998;VQSLOD=4.0290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:505,0,456
|
|
1 92237420 rs284196 C T 456.36 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.341;HRun=1;HaplotypeScore=2.8619;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.334;SB=-220.018;SBQD=-3.725;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.2776;VQSLOD=4.2623 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:38:99:486,0,655
|
|
1 92248148 rs17886294 A G 939.20 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.860;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.511;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-340.671;SBQD=-5.395;SBpi=-0.8839;SBpiQual=-0.9544;VQSLOD=5.5068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:969,0,1036
|
|
1 92255500 rs1192530 A G 2827.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;QD=35.79;SB=-1454.258;SBQD=0.940;SBpi=-0.1688;SBpiQual=-0.0863;VQSLOD=8.5679 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2861,229,0
|
|
1 92258433 . G A 683.89 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.667;DP=72;Dels=0.00;FS=6.535;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-360.702;SBQD=6.688;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2733;VQSLOD=3.7330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:714,0,1395
|
|
1 92260451 . C A 1145.52 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.255;DP=86;Dels=0.00;FS=0.834;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=13.32;ReadPosRankSum=1.009;SB=-581.848;SBQD=2.194;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3111;VQSLOD=3.4496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1176,0,1319
|
|
1 92268961 rs284165 T C 1495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.53;MQ0=0;QD=30.51;SB=-663.823;SBQD=6.523;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.7081;VQSLOD=6.6163 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1528,135,0
|
|
1 92286168 rs10874982 A G 306.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.540;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.831;HRun=2;HaplotypeScore=1.9427;MQ=48.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.095;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.152;SB=-86.936;SBQD=-5.902;SBpi=-0.9428;SBpiQual=-1.0767;VQSLOD=1.4232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:337,0,761
|
|
1 92292502 rs2799529 T C 2564.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=35.13;SB=-1219.974;SBQD=-1.300;SBpi=-0.2926;SBpiQual=-0.3818;VQSLOD=8.6018 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2598,208,0
|
|
1 92292765 rs2391070 A G 1657.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;QD=30.14;SB=-689.217;SBQD=-3.261;SBpi=1.0113;SBpiQual=0.6989;VQSLOD=6.3849 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1691,153,0
|
|
1 92344782 rs2799520 C A 681.21 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.537;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=8.931;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.958;SB=-235.049;SBQD=-7.435;SBpi=-1.2070;SBpiQual=-1.2418;VQSLOD=4.5277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:711,0,876
|
|
1 92358186 rs6680463 G C 903.21 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.730;HRun=0;HaplotypeScore=1.9465;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.402;SB=-481.360;SBQD=-5.200;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1793;VQSLOD=5.2570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:933,0,1330
|
|
1 92358930 rs7543879 C T 1086.56 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.746;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.546;HRun=1;HaplotypeScore=1.8490;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.999;SB=-595.631;SBQD=-4.171;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1462;VQSLOD=4.5817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1117,0,1069
|
|
1 92362390 rs7530354 G T 1032.51 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=2.187;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.584;SB=-531.683;SBQD=1.097;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1032;VQSLOD=5.4321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:1063,0,902
|
|
1 92409736 rs56282621 T C 1041.21 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.094;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=2.916;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.481;SB=-411.095;SBQD=4.644;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.8101;VQSLOD=5.0679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:1071,0,1482
|
|
1 92415118 rs12732002 C A 1173.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.08;SB=-788.307;SBQD=1.943;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.1480;VQSLOD=5.8437 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96.27:1206,96,0
|
|
1 92428818 . G A 1096.45 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.406;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.012;SB=-381.788;SBQD=-2.174;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-1.0507;VQSLOD=4.4473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1126,0,1020
|
|
1 92433229 rs9803619 G A 2409.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.00;SB=-1030.220;SBQD=0.487;SBpi=1.1119;SBpiQual=1.1931;VQSLOD=6.6519 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2442,196,0
|
|
1 92444731 rs3767856 C T 903.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4942;MQ=57.83;MQ0=0;QD=26.56;SB=-207.518;SBQD=2.089;SBpi=1.8865;SBpiQual=1.8814;VQSLOD=3.9729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:34:78.20:936,78,0
|
|
1 92466038 . C G 886.88 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DP=73;Dels=0.00;FS=1.975;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-498.430;SBQD=-2.951;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1850;VQSLOD=4.7509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:917,0,1163
|
|
1 92466756 rs4658286 T A 2430.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=37.39;SB=-992.189;SBQD=0.018;SBpi=-0.8062;SBpiQual=-0.8473;VQSLOD=8.2035 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2463,196,0
|
|
1 92478832 rs6681152 T C 1839.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.01;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=28.31;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-1114.514;SBQD=-6.428;SBpi=0.2500;SBpiQual=-0.0319;VQSLOD=6.4892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1873,153,0
|
|
1 92499392 rs6659973 C G 1770.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.14;MQ0=0;QD=36.14;SB=-742.422;SBQD=-1.624;SBpi=-0.6429;SBpiQual=-0.6932;VQSLOD=8.1818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1804,144,0
|
|
1 92509766 rs1023039 A G 853.39 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.133;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.324;SB=-448.049;SBQD=4.063;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.3370;VQSLOD=5.6700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:883,0,973
|
|
1 92526777 rs11166042 C T 1202.12 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.427;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=2.6495;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=13.21;ReadPosRankSum=1.363;SB=-632.228;SBQD=1.960;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.1960;VQSLOD=3.7696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:1232,0,1436
|
|
1 92579206 rs1226187 A G 619.69 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4533;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.144;SB=-366.978;SBQD=1.543;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2585;VQSLOD=4.7223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:650,0,937
|
|
1 92581744 rs1601023 G T 1490.05 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=19.10;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-646.543;SBQD=-0.014;SBpi=-0.6564;SBpiQual=-0.6624;VQSLOD=4.0569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:1520,0,940
|
|
1 92589283 rs569962 A G 638.39 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.212;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.792;HRun=0;HaplotypeScore=2.5575;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=11.61;ReadPosRankSum=-1.416;SB=-335.426;SBQD=2.144;SBpi=0.4811;SBpiQual=-0.0066;VQSLOD=4.3971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:55:99:668,0,931
|
|
1 92598807 rs1157470 T A 871.90 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=14.724;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=2.140;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.895;SB=-251.615;SBQD=-13.250;SBpi=-1.0954;SBpiQual=-1.2881;VQSLOD=4.1784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:902,0,922
|
|
1 92622569 rs2391116 A G 1472.17 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.496;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.754;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=14.29;ReadPosRankSum=-1.078;SB=-609.029;SBQD=1.851;SBpi=0.7702;SBpiQual=0.8703;VQSLOD=5.1950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:103:99:1502,0,1574
|
|
1 92649335 rs569593 A G 357.01 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=5.229;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=7.60;ReadPosRankSum=-2.537;SB=-261.765;SBQD=-2.649;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.8666;VQSLOD=2.8391 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:387,0,366
|
|
1 92672091 . T C 901.76 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.404;DP=81;Dels=0.00;FS=4.346;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.612;SB=-475.266;SBQD=-1.517;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.1066;VQSLOD=4.1526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:932,0,1371
|
|
1 92680246 rs12759512 C T 1014.90 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.202;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-437.479;SBQD=0.037;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-1.0264;VQSLOD=4.7972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:1045,0,639
|
|
1 92698245 rs6661966 T A 696.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.59;MQ0=2;QD=18.83;SB=-353.160;SBQD=13.314;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.6637;VQSLOD=4.7664 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:63.14:730,63,0
|
|
1 92699339 rs7520479 T G 786.35 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.752;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=11.478;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=31.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.025;SB=-349.652;SBQD=-2.406;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.6891;VQSLOD=4.2620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:816,0,738
|
|
1 92715635 rs4658298 A G 1293.69 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.922;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.729;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-683.120;SBQD=5.906;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.2347;VQSLOD=4.3668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:1324,0,821
|
|
1 92727140 rs3131828 C A 1335.34 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=16.69;ReadPosRankSum=0.276;SB=-626.906;SBQD=-2.686;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.3123;VQSLOD=4.6322 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1365,0,1114
|
|
1 92735359 rs1487540 T C 909.08 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.211;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=12.99;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-389.819;SBQD=-3.899;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5978;VQSLOD=5.6270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:939,0,1261
|
|
1 92849353 rs4329555 G A 2422.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.17;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=30.67;ReadPosRankSum=0.089;SB=-1153.922;SBQD=8.862;SBpi=-1.0190;SBpiQual=-0.9495;VQSLOD=6.9810 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2456,214,0
|
|
1 92862477 rs11164349 G A 287.77 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=2.210;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.553;SB=-57.964;SBQD=-0.587;SBpi=-1.7206;SBpiQual=-1.6768;VQSLOD=1.5125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:318,0,203
|
|
1 92942466 rs942753 G A 1357.86 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.361;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.893;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.405;SB=-620.871;SBQD=-3.669;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.4689;VQSLOD=5.2349 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1388,0,1134
|
|
1 92953855 rs1359490 C T 1106.72 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.596;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.821;HRun=1;HaplotypeScore=2.7330;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=12.87;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-489.583;SBQD=1.648;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.6955;VQSLOD=3.3519 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:1137,0,1474
|
|
1 92961332 rs1325434 T C 1273.03 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.515;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=17.93;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-499.262;SBQD=0.682;SBpi=0.9258;SBpiQual=0.9180;VQSLOD=4.4634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:1303,0,909
|
|
1 92968853 rs4970696 T C 2481.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.03;MQ0=0;QD=31.41;SB=-1315.650;SBQD=3.661;SBpi=-0.6188;SBpiQual=-0.4148;VQSLOD=7.1519 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2515,202,0
|
|
1 92970770 rs962221 C T 2654.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;QD=35.87;SB=-978.091;SBQD=-0.857;SBpi=1.3950;SBpiQual=1.4293;VQSLOD=7.1525 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2687,211,0
|
|
1 92982418 rs11581176 C G 1268.90 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.825;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.033;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=15.47;ReadPosRankSum=1.489;SB=-425.415;SBQD=4.908;SBpi=0.9258;SBpiQual=1.1419;VQSLOD=5.1635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1299,0,1091
|
|
1 92988592 rs4970709 C A 2615.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8055;MQ=57.75;MQ0=0;QD=30.41;SB=-1375.640;SBQD=0.736;SBpi=-0.7548;SBpiQual=-0.8711;VQSLOD=6.2072 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2649,208,0
|
|
1 93014343 . C A 1263.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=31.22;MQ0=10;MQRankSum=1.556;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-620.538;SBQD=-6.601;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.4183;VQSLOD=3.2382 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:89.59:1297,90,0
|
|
1 93017221 rs6603986 C A 1682.74 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.876;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.159;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.935;QD=19.12;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-792.191;SBQD=-4.419;SBpi=-0.3434;SBpiQual=-0.3788;VQSLOD=3.3398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:88:99:1713,0,1084
|
|
1 93022678 rs1034219 C G 2569.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.96;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1326.914;SBQD=-1.243;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.1917;VQSLOD=8.4625 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2603,211,0
|
|
1 93035435 . G A 43.28 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;DP=66;Dels=0.01;FS=45.781;HRun=25;HaplotypeScore=25.0073;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.638;QD=0.65;ReadPosRankSum=-2.657;SB=108.289;SBQD=7.192;SBpi=1.8708;SBpiQual=1.6150;VQSLOD=-114.4640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,14:66:73.27:73,0,692
|
|
1 93044955 rs12756786 G A 1393.54 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.134;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=2.755;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.324;SB=-740.653;SBQD=3.104;SBpi=-0.0729;SBpiQual=0.0158;VQSLOD=4.8150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:1424,0,1189
|
|
1 93046393 rs6603994 G A 2271.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89;SB=-1123.683;SBQD=2.315;SBpi=-0.9177;SBpiQual=-0.8239;VQSLOD=6.3388 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2305,184,0
|
|
1 93060989 rs9661812 G A 1942.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.31;MQ0=2;QD=27.36;SB=-700.183;SBQD=5.537;SBpi=-1.7208;SBpiQual=-2.1863;VQSLOD=4.9386 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1975,174,0
|
|
1 93064558 rs7556243 A T 2531.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=36.16;SB=-1160.851;SBQD=-0.849;SBpi=-0.5976;SBpiQual=-0.7031;VQSLOD=8.4667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2564,199,0
|
|
1 93066174 rs1333743 C T 907.83 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.863;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.226;HRun=1;HaplotypeScore=6.1791;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=15.39;ReadPosRankSum=0.282;SB=-449.237;SBQD=4.672;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3946;VQSLOD=2.8215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:938,0,811
|
|
1 93073485 rs6668283 A G 920.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;QD=19.59;SB=-197.298;SBQD=-19.319;SBpi=-1.8233;SBpiQual=-2.3513;VQSLOD=3.0952 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:81.17:954,81,0
|
|
1 93076518 rs7542867 G A 367.26 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.49;MQ0=1;MQRankSum=-1.287;QD=6.93;ReadPosRankSum=2.313;SB=-128.969;SBQD=-6.712;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.8457;VQSLOD=3.2243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:397,0,557
|
|
1 93083274 rs2095266 A G 1616.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.18;MQ0=0;QD=26.51;SB=-888.666;SBQD=-7.310;SBpi=-0.0640;SBpiQual=-0.5959;VQSLOD=5.4577 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1650,144,0
|
|
1 93090934 rs3790451 G A 1021.54 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.798;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.849;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=12.77;ReadPosRankSum=-2.229;SB=-584.219;SBQD=-1.715;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0735;VQSLOD=4.9174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:1052,0,1386
|
|
1 93095330 rs2210618 G C 2047.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.88;MQ0=0;QD=33.57;SB=-926.449;SBQD=-4.844;SBpi=0.8322;SBpiQual=0.8107;VQSLOD=7.9211 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2080,168,0
|
|
1 93096737 rs61802400 T C 333.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=11.83;MQ0=32;MQRankSum=-0.159;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.388;SB=-33.438;SBQD=11.007;SBpi=0.0687;SBpiQual=-0.0521;VQSLOD=2.6631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,53:77:36.05:366,36,0
|
|
1 93103099 rs10874726 A T 1083.71 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.460;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-553.223;SBQD=4.023;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2446;VQSLOD=4.4984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1114,0,1005
|
|
1 93106847 rs3936946 A G 2372.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.32;MQ0=0;QD=34.88;SB=-1015.442;SBQD=1.040;SBpi=0.7276;SBpiQual=0.8290;VQSLOD=7.8236 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2405,196,0
|
|
1 93107408 rs12025792 C T 1228.83 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.604;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.838;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.524;SB=-608.973;SBQD=-2.633;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1869;VQSLOD=6.2587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1259,0,1107
|
|
1 93108656 rs10874729 G A 2596.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=34.16;SB=-1157.860;SBQD=0.333;SBpi=0.9177;SBpiQual=1.0221;VQSLOD=7.4204 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2629,202,0
|
|
1 93111865 . G A 1103.47 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DP=68;Dels=0.00;FS=2.110;HRun=0;HaplotypeScore=2.9904;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.923;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.264;SB=-385.107;SBQD=4.296;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9593;VQSLOD=2.7276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1133,0,951
|
|
1 93113720 . G A 275.70 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.056;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7600;MQ=47.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-57.537;SBQD=9.276;SBpi=1.1619;SBpiQual=1.3900;VQSLOD=2.4655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:26:99:306,0,235
|
|
1 93140664 rs11809055 C T 1161.50 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.216;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=2.164;QD=17.87;ReadPosRankSum=-2.191;SB=-573.770;SBQD=0.494;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.2133;VQSLOD=4.0524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:65:99:1191,0,694
|
|
1 93146458 rs1932966 G A 3444.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.62;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1880.509;SBQD=1.231;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1157;VQSLOD=6.7139 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3444,265,0
|
|
1 93170564 rs6604007 G A 1450.91 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.640;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=4.323;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.520;QD=15.94;ReadPosRankSum=1.274;SB=-566.425;SBQD=-3.584;SBpi=0.8847;SBpiQual=1.0208;VQSLOD=4.0184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:1481,0,1176
|
|
1 93174170 rs723909 G T 2807.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1109.923;SBQD=-0.854;SBpi=-1.1813;SBpiQual=-1.3177;VQSLOD=6.3445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2841,223,0
|
|
1 93178467 rs35311203 C A 944.01 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.134;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.299;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.585;QD=15.23;ReadPosRankSum=1.233;SB=-301.452;SBQD=-4.062;SBpi=-1.2374;SBpiQual=-1.2988;VQSLOD=3.0041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:974,0,850
|
|
1 93218683 rs2391195 A G 1078.18 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.990;HRun=1;HaplotypeScore=37.5147;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.550;SB=-716.142;SBQD=-2.442;SBpi=-0.0745;SBpiQual=0.0093;VQSLOD=-29.8326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1108,0,914
|
|
1 93225271 rs6676454 C G 2781.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.66;SB=-1484.502;SBQD=0.488;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0421;VQSLOD=8.4712 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2814,220,0
|
|
1 93262016 rs11581705 G A 829.58 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=10.040;HRun=0;HaplotypeScore=2.7902;MQ=44.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.855;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.160;SB=-154.777;SBQD=9.596;SBpi=1.7641;SBpiQual=1.8413;VQSLOD=1.9453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:860,0,517
|
|
1 93268131 rs1977223 T C 1589.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.86;MQ0=0;QD=26.49;SB=-904.369;SBQD=-2.811;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.2301;VQSLOD=5.3279 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1623,147,0
|
|
1 93276409 rs7530479 A G 664.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.62;MQ0=0;QD=18.97;SB=-388.880;SBQD=-3.090;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.8744;VQSLOD=4.6872 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63.16:697,63,0
|
|
1 93281737 rs11164821 T C 1562.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=22.32;SB=-855.634;SBQD=-1.584;SBpi=-1.4343;SBpiQual=-1.5828;VQSLOD=2.9048 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1596,126,0
|
|
1 93362163 rs10874750 G A 110.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.776;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=12.44;MQ0=28;MQRankSum=2.059;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-0.007;SBQD=-4.237;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7934;VQSLOD=0.5684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,8:58:82.30:140,0,82
|
|
1 93374690 rs4847383 C T 2447.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1394.392;SBQD=0.209;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0036;VQSLOD=8.1122 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2480,193,0
|
|
1 93378500 rs35992170 A T 514.43 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;DB;DP=60;Dels=0.03;FS=2.238;HRun=1;HaplotypeScore=6.6188;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.823;SB=-321.243;SBQD=-1.232;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.0166;VQSLOD=2.1198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:544,0,879
|
|
1 93415081 rs11164842 A G 702.07 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.089;HRun=0;HaplotypeScore=1.8936;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-354.241;SBQD=-0.257;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.4453;VQSLOD=5.2215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:732,0,878
|
|
1 93436742 rs534409 T C 1969.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78;SB=-913.258;SBQD=6.570;SBpi=0.3750;SBpiQual=0.8516;VQSLOD=7.1792 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2003,171,0
|
|
1 93439652 rs6671078 T G 520.45 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=5.427;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=10.01;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-42.662;SBQD=-10.015;SBpi=-1.7889;SBpiQual=-1.7980;VQSLOD=3.4225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:550,0,1021
|
|
1 93441080 rs7543548 C T 1144.61 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.011;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.281;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.885;SB=-653.146;SBQD=-3.772;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0939;VQSLOD=4.7603 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:1175,0,805
|
|
1 93459069 rs35807969 T A 1755.75 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=20.66;ReadPosRankSum=0.165;SB=-802.475;SBQD=-5.862;SBpi=-0.6565;SBpiQual=-0.6674;VQSLOD=4.5616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,58:85:99:1786,0,667
|
|
1 93461481 rs2785608 T C 2399.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=32.42;SB=-1295.773;SBQD=0.290;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.2238;VQSLOD=7.7964 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2432,196,0
|
|
1 93464769 rs4847226 A G 2261.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=32.31;SB=-1106.235;SBQD=-6.864;SBpi=0.7171;SBpiQual=0.1756;VQSLOD=7.4160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2295,202,0
|
|
1 93467277 rs655026 A G 838.33 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.929;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=13.803;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-416.548;SBQD=4.841;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.1665;VQSLOD=5.3857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:868,0,1329
|
|
1 93485396 rs4261131 G A 2233.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=33.84;SB=-1170.050;SBQD=4.138;SBpi=-0.1231;SBpiQual=0.1485;VQSLOD=8.3321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2267,186,0
|
|
1 93523083 rs2249590 G T 2671.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.93;MQ0=0;QD=33.81;SB=-1370.771;SBQD=-4.353;SBpi=-0.0563;SBpiQual=-0.3712;VQSLOD=7.5596 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2704,214,0
|
|
1 93523918 rs2619818 G A 2482.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.48;SB=-1273.452;SBQD=1.471;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.3331;VQSLOD=8.5094 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2516,196,0
|
|
1 93524339 rs2249471 T G 3224.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=36.23;SB=-1410.977;SBQD=-1.619;SBpi=-0.6890;SBpiQual=-0.8539;VQSLOD=8.1716 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3258,259,0
|
|
1 93547929 rs6679750 T C 1969.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=33.39;SB=-1003.606;SBQD=-0.248;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.3198;VQSLOD=7.7383 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2003,165,0
|
|
1 93584606 rs4847399 G A 2892.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.09;SB=-1400.803;SBQD=0.425;SBpi=0.3397;SBpiQual=0.3976;VQSLOD=9.0051 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2926,226,0
|
|
1 93621483 rs1057257 A G 3357.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.64;MQ0=0;QD=35.72;SB=-1659.122;SBQD=1.672;SBpi=-0.4126;SBpiQual=-0.4604;VQSLOD=9.3940 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3357,265,0
|
|
1 93639101 rs10874762 T G 2580.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=31.09;SB=-1363.740;SBQD=-6.600;SBpi=0.6037;SBpiQual=0.0456;VQSLOD=7.5795 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2613,229,0
|
|
1 93676578 rs797676 A G 1982.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9452;MQ=56.07;MQ0=0;QD=31.98;SB=-1095.114;SBQD=-1.960;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0382;VQSLOD=5.8985 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2016,163,0
|
|
1 93771629 rs9432453 G A 1438.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=29.96;ReadPosRankSum=0.722;SB=-800.372;SBQD=-6.123;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.3769;VQSLOD=6.8225 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1471,120,0
|
|
1 93778794 rs11164902 A G 2085.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;QD=28.18;SB=-1163.125;SBQD=-4.320;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4122;VQSLOD=6.1508 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2118,186,0
|
|
1 93779305 rs2104280 G C 1892.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=28.67;SB=-775.205;SBQD=3.447;SBpi=-1.3540;SBpiQual=-1.0206;VQSLOD=5.6089 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1925,174,0
|
|
1 93795166 rs2391254 A T 2832.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=36.79;SB=-1462.207;SBQD=-1.415;SBpi=0.1709;SBpiQual=0.0525;VQSLOD=8.8003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2865,226,0
|
|
1 93799762 . G A 478.59 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.454;DP=44;Dels=0.00;FS=2.544;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=10.88;ReadPosRankSum=-2.538;SB=-250.485;SBQD=-4.444;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.6083;VQSLOD=2.9657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:509,0,732
|
|
1 93801164 rs7534543 T C 1001.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=9.6277;MQ=51.56;MQ0=0;QD=25.68;SB=-593.813;SBQD=5.488;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.2481;VQSLOD=-1.5756 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87.25:1035,87,0
|
|
1 93804177 rs6664886 C G 3709.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=37.47;SB=-1747.411;SBQD=-0.295;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.4550;VQSLOD=9.0637 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3710,289,0
|
|
1 93817946 rs4847240 A G 2562.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.76;MQ0=0;QD=32.85;SB=-1152.240;SBQD=-0.376;SBpi=-1.0190;SBpiQual=-1.0996;VQSLOD=6.6355 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2595,208,0
|
|
1 93841465 rs1081525 T C 1298.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.32;MQ0=0;QD=23.61;SB=-904.303;SBQD=0.561;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.3577;VQSLOD=3.3611 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1332,108,0
|
|
1 93841534 rs1081524 T G 1636.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.79;MQ0=0;QD=27.74;SB=-942.238;SBQD=0.088;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.3499;VQSLOD=4.4748 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1670,138,0
|
|
1 93850283 rs12133907 C A 2688.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8938;MQ=59.65;MQ0=0;QD=33.61;SB=-1096.873;SBQD=3.026;SBpi=1.0062;SBpiQual=1.2627;VQSLOD=6.3281 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2722,217,0
|
|
1 93870179 . T C 2273.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.68;MQ0=2;QD=30.72;SB=-1124.530;SBQD=-3.987;SBpi=-0.1162;SBpiQual=-0.1106;VQSLOD=5.5164 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2306,187,0
|
|
1 93876046 rs11164921 A C 3656.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.40;MQ0=0;QD=36.20;SB=-1616.818;SBQD=-0.790;SBpi=-0.8000;SBpiQual=-0.8325;VQSLOD=7.7583 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3656,289,0
|
|
1 93877543 . C T 945.51 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.070;DP=68;Dels=0.00;FS=15.197;HRun=0;HaplotypeScore=3.4189;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=13.90;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-401.260;SBQD=-10.691;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7045;VQSLOD=1.6868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:976,0,954
|
|
1 93907909 rs2433279 T G 1789.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9976;MQ=59.98;MQ0=0;QD=30.33;SB=-1055.578;SBQD=-2.926;SBpi=0.0651;SBpiQual=-0.1049;VQSLOD=4.8850 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1823,147,0
|
|
1 93942442 rs4847428 A G 2693.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=34.53;SB=-1290.147;SBQD=1.551;SBpi=0.4529;SBpiQual=0.5948;VQSLOD=9.1379 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2726,217,0
|
|
1 93957412 rs4459120 C T 3004.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=37.10;SB=-1530.299;SBQD=-0.651;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1158;VQSLOD=9.1806 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3038,235,0
|
|
1 94024506 rs4000695 A G 1131.13 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.695;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.240;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-493.268;SBQD=2.014;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.4046;VQSLOD=5.7123 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1161,0,1183
|
|
1 94042011 . T C 842.36 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;DP=61;Dels=0.00;FS=3.620;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=13.81;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-300.378;SBQD=4.832;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.0219;VQSLOD=3.0534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:872,0,908
|
|
1 94050241 rs12066343 T G 605.37 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.799;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-390.013;SBQD=-2.569;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.1467;VQSLOD=4.6683 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:635,0,833
|
|
1 94050294 rs7543098 G A 988.03 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.027;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5362;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=12.05;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-550.553;SBQD=0.467;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1286;VQSLOD=4.3283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:1018,0,1028
|
|
1 94051914 rs11579685 A C 955.75 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.887;HRun=2;HaplotypeScore=2.7021;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.995;SB=-503.563;SBQD=-0.582;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2521;VQSLOD=4.1571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:986,0,1283
|
|
1 94053227 rs34423897 G C 382.21 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.323;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.656;SB=-174.549;SBQD=6.758;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.7884;VQSLOD=4.7984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:412,0,428
|
|
1 94151916 rs4847249 T C 1756.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=59.62;MQ0=0;QD=29.28;SB=-839.230;SBQD=3.693;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.6657;VQSLOD=5.6848 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1790,159,0
|
|
1 94160787 rs2893248 C T 2429.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.39;MQ0=0;QD=35.72;SB=-1210.167;SBQD=-1.188;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.3329;VQSLOD=8.5383 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2462,193,0
|
|
1 94207468 rs4847255 C T 2718.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.85;SB=-1305.744;SBQD=-1.539;SBpi=-0.4529;SBpiQual=-0.6062;VQSLOD=7.4029 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2751,217,0
|
|
1 94249244 rs17304651 C T 1186.05 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.545;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=8.029;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-483.694;SBQD=-6.497;SBpi=-0.9690;SBpiQual=-1.0642;VQSLOD=5.3714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,45:101:99:1216,0,1658
|
|
1 94324084 . T C 424.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.24;MQ0=21;QD=8.16;SB=-45.355;SBQD=-12.882;SBpi=-0.8321;SBpiQual=-0.9155;VQSLOD=2.7155 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:42.10:457,42,0
|
|
1 94330372 rs7518940 C T 2810.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=32.68;SB=-1487.868;SBQD=0.185;SBpi=-0.5392;SBpiQual=-0.5593;VQSLOD=6.6601 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2843,244,0
|
|
1 94333035 rs7526082 C G 2120.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8100;MQ=50.29;MQ0=0;QD=30.29;SB=-1240.710;SBQD=-0.488;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0395;VQSLOD=5.3651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2154,180,0
|
|
1 94335032 rs12029670 A G 2320.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=32.23;SB=-1336.515;SBQD=1.350;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.0056;VQSLOD=7.5287 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2354,187,0
|
|
1 94338348 rs2143991 C T 1983.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.20;MQ0=0;QD=36.72;SB=-779.044;SBQD=-0.363;SBpi=-0.9526;SBpiQual=-1.0097;VQSLOD=8.1264 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2016,157,0
|
|
1 94344110 rs4141737 G A 1353.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=29.43;SB=-541.682;SBQD=6.055;SBpi=1.0321;SBpiQual=1.3459;VQSLOD=6.3157 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1387,108,0
|
|
1 94345137 rs2235970 G A 2521.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=32.74;SB=-1408.731;SBQD=1.623;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.2070;VQSLOD=6.3738 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2554,199,0
|
|
1 94360668 rs6703130 G T 2448.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.49;MQ0=0;QD=33.08;SB=-935.249;SBQD=3.397;SBpi=1.1625;SBpiQual=1.3104;VQSLOD=7.0798 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2481,199,0
|
|
1 94407540 . G A 1110.91 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.818;DP=92;Dels=0.00;FS=3.007;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=12.08;ReadPosRankSum=2.267;SB=-411.332;SBQD=-0.846;SBpi=0.8590;SBpiQual=1.1434;VQSLOD=3.6028 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:1141,0,1309
|
|
1 94419969 . T C 1670.14 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DP=91;Dels=0.00;FS=2.887;HRun=0;HaplotypeScore=2.8143;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=18.35;ReadPosRankSum=-0.004;SB=-899.951;SBQD=2.419;SBpi=-0.0662;SBpiQual=-0.1298;VQSLOD=3.2249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,57:91:99:1700,0,1025
|
|
1 94465132 rs3789375 T G 627.89 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.258;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.076;HRun=1;HaplotypeScore=5.5967;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-401.927;SBQD=-1.534;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1054;VQSLOD=3.1923 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:658,0,1081
|
|
1 94473479 rs3789384 C T 881.84 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.150;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.987;HRun=0;HaplotypeScore=1.9621;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=13.57;ReadPosRankSum=-1.986;SB=-511.440;SBQD=2.502;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5397;VQSLOD=4.3272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:912,0,600
|
|
1 94476035 rs2065712 C T 1261.63 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.489;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.820;HRun=0;HaplotypeScore=1.9899;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-639.247;SBQD=1.700;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.5513;VQSLOD=4.9230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:1292,0,1245
|
|
1 94512360 rs17392369 G A 1376.27 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.552;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=6.662;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.674;SB=-551.939;SBQD=7.927;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.7531;VQSLOD=5.4485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:1406,0,1237
|
|
1 94512911 . G C 1012.16 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6296;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-534.681;SBQD=-1.165;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.0655;VQSLOD=1.6192 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:86:99:1042,0,1596
|
|
1 94532562 rs1191228 T C 1783.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.17;MQ0=0;QD=31.85;SB=-773.769;SBQD=-0.314;SBpi=0.9354;SBpiQual=0.9107;VQSLOD=7.1604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1817,150,0
|
|
1 94540069 rs4847274 G C 1023.64 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.973;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=8.415;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-483.053;SBQD=-2.951;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.3190;VQSLOD=5.8236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:1054,0,1539
|
|
1 94549083 rs574741 T C 1103.60 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.874;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.493;SB=-507.531;SBQD=2.501;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.5584;VQSLOD=5.1339 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1134,0,1222
|
|
1 94576524 rs3827713 G C 661.37 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=6.864;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.060;SB=-383.577;SBQD=-6.428;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1686;VQSLOD=5.4633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:691,0,1197
|
|
1 94580059 rs12025221 T C 491.53 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.117;HRun=0;HaplotypeScore=3.3283;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.821;SB=-353.913;SBQD=-2.303;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.0842;VQSLOD=3.0494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:522,0,601
|
|
1 94580874 rs10493869 T C 615.05 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.894;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.910;HRun=0;HaplotypeScore=6.3993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.446;SB=-372.112;SBQD=1.087;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2981;VQSLOD=2.3104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:645,0,1348
|
|
1 94584290 rs4147801 T C 525.99 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.116;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.673;SB=-277.825;SBQD=0.698;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2714;VQSLOD=5.1628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:556,0,510
|
|
1 94597877 rs4847284 A G 2193.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.23;SB=-1014.209;SBQD=-0.506;SBpi=-0.7385;SBpiQual=-0.7943;VQSLOD=7.7952 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2226,178,0
|
|
1 94603143 . A C 948.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.23;MQ0=11;QD=14.37;SB=-456.541;SBQD=3.770;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.4188;VQSLOD=4.4247 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:93.20:982,93,0
|
|
1 94605545 rs12746593 C T 888.28 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.945;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.198;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=49.95;MQ0=1;MQRankSum=0.336;QD=14.56;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-452.656;SBQD=-4.599;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.4259;VQSLOD=4.4930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:918,0,605
|
|
1 94609776 rs914063 C T 2647.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.90;SB=-1397.371;SBQD=-0.992;SBpi=0.6037;SBpiQual=0.5381;VQSLOD=4.7034 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2680,211,0
|
|
1 94631066 rs4847293 T C 2489.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=31.12;SB=-1166.569;SBQD=5.209;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.7916;VQSLOD=7.3768 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2522,217,0
|
|
1 94658971 rs34859529 T C 2588.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.56;SB=-1450.258;SBQD=-4.526;SBpi=0.3313;SBpiQual=-0.0018;VQSLOD=7.9826 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2621,217,0
|
|
1 94659394 rs6657063 C G 2943.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.90;SB=-1208.040;SBQD=1.088;SBpi=-1.1043;SBpiQual=-1.0524;VQSLOD=8.8369 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2977,235,0
|
|
1 94668046 rs1541099 C T 3054.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.36;SB=-1421.412;SBQD=0.763;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.5722;VQSLOD=9.1056 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3088,241,0
|
|
1 94693703 rs3789687 C T 1382.09 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.726;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.969;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.411;QD=16.85;ReadPosRankSum=0.074;SB=-563.586;SBQD=-3.568;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.7176;VQSLOD=4.5655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1412,0,1118
|
|
1 94755280 rs7525320 G A 1610.61 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.137;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6647;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=2.354;QD=18.73;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-813.404;SBQD=0.098;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.0656;VQSLOD=4.2669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,52:86:99:1641,0,976
|
|
1 94757284 rs1756253 T C 2462.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.55;MQ0=0;QD=34.20;SB=-1156.316;SBQD=-1.295;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.6781;VQSLOD=8.0645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2495,202,0
|
|
1 94830020 rs12031606 C T 918.45 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=10.391;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.993;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-458.211;SBQD=-8.586;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3835;VQSLOD=4.0718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:948,0,1055
|
|
1 94831758 . C T 1101.87 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.362;DP=90;Dels=0.00;FS=5.514;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=12.24;ReadPosRankSum=1.369;SB=-571.771;SBQD=-4.324;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0505;VQSLOD=2.9638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:90:99:1132,0,1712
|
|
1 94855188 rs1765621 C G 762.69 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.155;HRun=2;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.040;SB=-425.245;SBQD=-5.234;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.0955;VQSLOD=5.0420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:793,0,926
|
|
1 95025004 rs2996292 G A 1381.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.63;MQ0=0;QD=34.53;SB=-535.514;SBQD=5.774;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7307;VQSLOD=7.7021 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1414,114,0
|
|
1 95036406 rs1098717 A G 813.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.08;MQ0=0;QD=20.87;SB=-575.580;SBQD=0.749;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2654;VQSLOD=4.9689 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:72.20:847,72,0
|
|
1 95037116 rs1098719 A G 1908.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4653;MQ=57.86;MQ0=0;QD=34.71;SB=-599.168;SBQD=-0.324;SBpi=-1.5507;SBpiQual=-1.6350;VQSLOD=4.5905 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1942,156,0
|
|
1 95042131 rs1098722 T C 1280.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=33.31;MQ0=0;QD=27.25;SB=-375.952;SBQD=5.621;SBpi=1.5316;SBpiQual=1.8352;VQSLOD=3.5150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1314,117,0
|
|
1 95062066 rs4847205 C T 1007.48 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.508;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.178;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.207;SB=-529.251;SBQD=-2.136;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1355;VQSLOD=5.9277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:1037,0,740
|
|
1 95063659 rs841707 A G 2643.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1025.446;SBQD=-0.813;SBpi=-1.2124;SBpiQual=-1.3207;VQSLOD=8.1891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2677,211,0
|
|
1 95065957 . A G 34.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;DP=25;Dels=0.00;FS=4.533;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=1.39;ReadPosRankSum=-3.056;SB=-9.363;SBQD=8.736;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.0308;VQSLOD=-4.2524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:64.68:65,0,233
|
|
1 95107254 rs2996284 T C 1002.99 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.184;HRun=0;HaplotypeScore=2.5644;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=18.24;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-354.761;SBQD=1.762;SBpi=0.9042;SBpiQual=1.1765;VQSLOD=4.4569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,37:55:99:1033,0,499
|
|
1 95110154 rs4847324 T C 2418.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=35.05;SB=-826.918;SBQD=0.935;SBpi=1.5048;SBpiQual=1.5948;VQSLOD=8.2314 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2451,196,0
|
|
1 95135395 rs11165206 A G 1810.58 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5650;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=20.34;ReadPosRankSum=0.488;SB=-899.994;SBQD=-0.647;SBpi=0.1336;SBpiQual=0.1720;VQSLOD=4.9940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,56:89:99:1841,0,975
|
|
1 95138126 rs841345 G A 2175.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.28;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1157.348;SBQD=0.622;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.2690;VQSLOD=7.6466 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2209,169,0
|
|
1 95138448 rs841347 G C 2693.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=35.44;SB=-1316.455;SBQD=-0.005;SBpi=0.4588;SBpiQual=0.4923;VQSLOD=8.8098 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2727,214,0
|
|
1 95145981 rs2391384 T C 1126.21 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=7.934;HRun=1;HaplotypeScore=4.5437;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.966;SB=-374.388;SBQD=-7.747;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.1703;VQSLOD=3.0084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1156,0,1186
|
|
1 95152189 rs841367 C T 2946.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.11;MQ0=0;QD=35.07;SB=-1397.465;SBQD=0.833;SBpi=0.4364;SBpiQual=0.4904;VQSLOD=6.9323 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2979,235,0
|
|
1 95154973 rs7412205 G T 996.43 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.613;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.138;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.048;SB=-432.732;SBQD=4.448;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.4841;VQSLOD=5.2882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:1026,0,1105
|
|
1 95156735 rs841369 T C 1980.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=53.59;MQ0=0;QD=30.00;SB=-960.776;SBQD=-0.812;SBpi=-0.7385;SBpiQual=-0.8573;VQSLOD=6.3609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2013,165,0
|
|
1 95157395 rs10782991 C A 901.62 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.263;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=14.900;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=18.40;ReadPosRankSum=1.832;SB=-234.761;SBQD=-14.858;SBpi=-1.2374;SBpiQual=-1.5426;VQSLOD=3.2342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:932,0,455
|
|
1 95162184 rs12757945 C T 531.45 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.576;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=9.345;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.153;SB=-228.299;SBQD=6.954;SBpi=1.0585;SBpiQual=0.8768;VQSLOD=4.1740 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:561,0,829
|
|
1 95171707 rs7555734 G A 2481.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4385;MQ=59.40;MQ0=0;QD=32.22;SB=-1148.200;SBQD=-1.089;SBpi=-0.7407;SBpiQual=-0.7686;VQSLOD=5.8869 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2514,205,0
|
|
1 95177470 rs1245471 T G 2843.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.68;SB=-1524.815;SBQD=-1.213;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1001;VQSLOD=7.5660 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2876,229,0
|
|
1 95188137 rs4847213 A T 2414.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;QD=31.36;SB=-1425.233;SBQD=-0.310;SBpi=0.0570;SBpiQual=-0.0178;VQSLOD=7.3500 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2448,196,0
|
|
1 95188633 rs2640056 T A 1896.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=33.28;SB=-972.006;SBQD=0.073;SBpi=-0.4636;SBpiQual=-0.4748;VQSLOD=7.9467 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1930,150,0
|
|
1 95190118 . G A 493.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.194;DP=70;Dels=0.00;FS=2.235;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.095;SB=-241.368;SBQD=-4.686;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-1.4084;VQSLOD=1.2547 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:523,0,883
|
|
1 95190388 rs4847351 A T 2609.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.71;MQ0=0;QD=31.83;SB=-1351.439;SBQD=0.764;SBpi=-0.6626;SBpiQual=-0.6302;VQSLOD=6.6608 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2643,205,0
|
|
1 95191951 rs2640052 C T 2119.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.75;SB=-1090.894;SBQD=1.878;SBpi=0.0640;SBpiQual=0.1382;VQSLOD=7.5376 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2153,172,0
|
|
1 95194862 rs11165229 T C 2110.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=28.52;SB=-1143.994;SBQD=0.953;SBpi=0.6975;SBpiQual=0.7658;VQSLOD=5.2772 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2143,169,0
|
|
1 95195712 rs61339702 A C 1357.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=27.70;SB=-543.753;SBQD=4.871;SBpi=-1.3571;SBpiQual=-0.9548;VQSLOD=5.4643 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1390,126,0
|
|
1 95196478 rs12132188 T C 327.39 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.891;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=10.429;HRun=1;HaplotypeScore=2.6616;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.366;SB=-209.309;SBQD=-5.035;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.2739;VQSLOD=2.1057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:56:99:357,0,909
|
|
1 95197647 rs4847355 A T 3111.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.24;MQ0=0;QD=36.61;SB=-1551.503;SBQD=-1.468;SBpi=0.2712;SBpiQual=0.1849;VQSLOD=7.4939 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3145,247,0
|
|
1 95199771 rs2640047 G C 1048.49 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.325;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.038;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.163;SB=-509.203;SBQD=-0.398;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.1800;VQSLOD=5.1486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1078,0,960
|
|
1 95212125 rs1333952 G T 2640.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=36.17;SB=-919.872;SBQD=0.619;SBpi=1.4630;SBpiQual=1.5629;VQSLOD=6.7148 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2673,211,0
|
|
1 95220538 rs17406046 G A 1077.72 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=15.838;HRun=0;HaplotypeScore=1.6229;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=16.09;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-460.834;SBQD=-10.714;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5237;VQSLOD=6.0421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:1108,0,977
|
|
1 95225971 rs1246018 A G 576.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.247;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.244;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.32;MQ0=2;MQRankSum=-5.939;QD=8.74;ReadPosRankSum=-2.030;SB=-312.768;SBQD=-4.826;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.1774;VQSLOD=-3.8543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:607,0,1239
|
|
1 95238613 rs12061010 T C 2502.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1310.582;SBQD=0.494;SBpi=-0.1780;SBpiQual=-0.1489;VQSLOD=8.4901 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2536,199,0
|
|
1 95243079 . G A 112.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.283;DP=75;Dels=0.00;FS=6.848;HRun=0;HaplotypeScore=14.6855;MQ=55.37;MQ0=1;MQRankSum=-1.905;QD=1.49;ReadPosRankSum=-2.410;SB=-138.669;SBQD=5.012;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.1006;VQSLOD=-10.1127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,15:75:99:142,0,1546
|
|
1 95273590 rs6685651 C T 908.25 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.028;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.088;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.769;QD=16.82;ReadPosRankSum=0.435;SB=-469.816;SBQD=2.679;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1308;VQSLOD=4.3993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:938,0,549
|
|
1 95276691 rs3860340 C T 933.62 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.058;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=16.38;ReadPosRankSum=0.969;SB=-455.820;SBQD=-0.584;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4202;VQSLOD=5.2566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:964,0,608
|
|
1 95278240 rs3904549 G A 934.72 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.942;HRun=0;HaplotypeScore=1.6918;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.868;SB=-365.891;SBQD=-3.334;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-1.0881;VQSLOD=5.1914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:965,0,1029
|
|
1 95278599 rs10465758 T C 847.64 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.337;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.747;SB=-306.817;SBQD=4.800;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.9871;VQSLOD=5.4540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:878,0,1111
|
|
1 95287687 rs9432382 C T 991.44 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=14.124;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=17.70;ReadPosRankSum=1.100;SB=-311.026;SBQD=11.231;SBpi=1.2005;SBpiQual=1.2329;VQSLOD=3.8252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:1021,0,449
|
|
1 95290315 rs36094793 A G 1094.14 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.800;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.857;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-610.229;SBQD=1.452;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1043;VQSLOD=4.6971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1124,0,1164
|
|
1 95292491 rs12048606 G A 861.34 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.086;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=1;HaplotypeScore=5.1415;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-487.536;SBQD=2.018;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2343;VQSLOD=3.5351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:70:99:891,0,878
|
|
1 95314552 rs696621 A G 1311.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.80;SB=-677.218;SBQD=-4.426;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.3975;VQSLOD=6.0866 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1344,111,0
|
|
1 95315420 rs859107 T C 840.23 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=1;HaplotypeScore=2.7604;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-460.887;SBQD=3.002;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4643;VQSLOD=4.1915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:870,0,733
|
|
1 95324784 rs859101 G T 1424.74 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.707;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=16.76;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-384.591;SBQD=6.900;SBpi=1.5652;SBpiQual=1.6539;VQSLOD=5.0900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1455,0,1207
|
|
1 95333195 rs859095 G A 1995.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=26.97;SB=-946.408;SBQD=0.076;SBpi=-1.3460;SBpiQual=-1.4535;VQSLOD=4.3399 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2029,162,0
|
|
1 95333359 rs859094 A G 2869.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.32;SB=-1417.256;SBQD=-1.162;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.2328;VQSLOD=8.6999 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2902,229,0
|
|
1 95338676 rs63119862 A G 2341.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=32.08;SB=-1256.065;SBQD=-6.283;SBpi=0.4096;SBpiQual=-0.1065;VQSLOD=6.4143 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2375,208,0
|
|
1 95544268 rs9437811 A G 2520.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.31;MQ0=0;QD=35.01;SB=-1286.480;SBQD=1.274;SBpi=0.1179;SBpiQual=0.1603;VQSLOD=8.6044 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2554,205,0
|
|
1 95547693 rs12751774 T C 1308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=39.56;MQ0=0;QD=22.55;SB=-646.543;SBQD=2.442;SBpi=1.0505;SBpiQual=1.5295;VQSLOD=2.8317 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1341,120,0
|
|
1 95555165 rs12562498 C T 1952.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12;SB=-1144.659;SBQD=-1.525;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.7157;VQSLOD=4.7869 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1986,153,0
|
|
1 95580693 rs61773100 C T 513.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.178;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=4.126;HRun=3;HaplotypeScore=7.1460;MQ=54.08;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.365;SB=-59.757;SBQD=12.360;SBpi=1.9188;SBpiQual=2.0108;VQSLOD=0.0011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:544,0,525
|
|
1 95581600 rs4344373 A T 1320.99 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.159;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.047;HRun=0;HaplotypeScore=3.8951;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.714;SB=-603.814;SBQD=3.161;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.4317;VQSLOD=4.0467 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:1351,0,1380
|
|
1 95614677 rs6695720 A G 2164.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1069.060;SBQD=2.661;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.3149;VQSLOD=7.2354 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2198,172,0
|
|
1 95621452 rs12139889 A C 2784.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.15;MQ0=0;QD=32.38;SB=-1437.457;SBQD=3.669;SBpi=-0.3235;SBpiQual=0.0414;VQSLOD=8.1018 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2818,250,0
|
|
1 95624905 rs7521517 T A 2313.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.90;MQ0=3;QD=30.05;SB=-1020.615;SBQD=-6.694;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.4387;VQSLOD=6.7467 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2347,193,0
|
|
1 95641903 rs10783000 A G 1494.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=27.68;SB=-817.081;SBQD=-3.872;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.2217;VQSLOD=5.5007 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1528,138,0
|
|
1 95685455 rs4950017 C T 2508.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.46;MQ0=0;QD=32.58;SB=-1292.630;SBQD=-0.355;SBpi=0.6268;SBpiQual=0.6157;VQSLOD=5.6680 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2542,199,0
|
|
1 95699594 rs3738171 A G 226.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.20;MQ0=0;QD=17.45;SB=-0.007;SBQD=-27.731;SBpi=-1.8028;SBpiQual=-1.7748;VQSLOD=3.4894 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:21.05:260,21,0
|
|
1 95738307 . G T 2895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.89;SB=-1254.737;SBQD=-3.561;SBpi=-0.6037;SBpiQual=-0.9278;VQSLOD=7.4137 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2929,235,0
|
|
1 95796756 rs2391636 A C 1235.48 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=14.418;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=13.43;ReadPosRankSum=1.477;SB=-459.707;SBQD=-8.968;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.8239;VQSLOD=5.4381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:1265,0,1622
|
|
1 95800898 rs6680976 A C 1413.51 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.577;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=14.57;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-614.349;SBQD=-0.433;SBpi=-0.8485;SBpiQual=-0.9130;VQSLOD=5.3083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:1444,0,1561
|
|
1 95823975 rs11165398 C T 1052.22 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.834;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=6.715;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=16.19;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-514.330;SBQD=6.170;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3302;VQSLOD=5.7243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1082,0,730
|
|
1 95835686 . A G 807.11 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=57;Dels=0.00;FS=5.483;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.088;SB=-283.877;SBQD=5.633;SBpi=0.9449;SBpiQual=0.9029;VQSLOD=3.3554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:837,0,671
|
|
1 95963173 rs11165431 A G 2086.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.2880;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.37;SB=-940.828;SBQD=-0.842;SBpi=-0.5859;SBpiQual=-0.6552;VQSLOD=4.8709 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2120,172,0
|
|
1 95994678 rs870985 T C 2836.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=36.84;SB=-1463.758;SBQD=-0.306;SBpi=0.0570;SBpiQual=0.0388;VQSLOD=8.3727 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2870,226,0
|
|
1 96015938 rs10158474 A G 3155.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1406.009;SBQD=0.635;SBpi=0.8433;SBpiQual=0.9417;VQSLOD=8.2961 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3189,250,0
|
|
1 96017658 rs11165440 A G 3381.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.75;SB=-1671.149;SBQD=1.531;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.2538;VQSLOD=7.5242 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3381,268,0
|
|
1 96024713 rs1828221 A G 2144.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1175.276;SBQD=1.231;SBpi=-0.0630;SBpiQual=0.0456;VQSLOD=9.0762 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2177,178,0
|
|
1 96025205 rs656423 G A 1705.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=26.24;SB=-1169.575;SBQD=-2.077;SBpi=-0.0620;SBpiQual=-0.1839;VQSLOD=5.0425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1739,174,0
|
|
1 96051496 rs660231 C T 1656.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=25.88;SB=-961.165;SBQD=2.619;SBpi=0.6250;SBpiQual=0.8114;VQSLOD=3.8067 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1690,132,0
|
|
1 96068479 rs56132103 G A 2835.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.00;SB=-1322.980;SBQD=0.336;SBpi=-0.7222;SBpiQual=-0.7208;VQSLOD=8.1891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2868,223,0
|
|
1 96068926 rs1613632 A G 1850.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=30.34;SB=-707.633;SBQD=-4.169;SBpi=1.4724;SBpiQual=1.1337;VQSLOD=6.3937 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1883,168,0
|
|
1 96074234 rs11165451 G C 2976.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1493.486;SBQD=0.038;SBpi=0.4825;SBpiQual=0.5020;VQSLOD=8.2910 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3010,238,0
|
|
1 96075402 rs1509176 G T 2538.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1111.116;SBQD=1.021;SBpi=0.8250;SBpiQual=0.9399;VQSLOD=8.8742 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2571,199,0
|
|
1 96099295 rs6676549 T G 1857.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49;SB=-992.347;SBQD=1.446;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.6900;VQSLOD=6.6162 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1891,150,0
|
|
1 96104492 rs615044 A G 1206.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73;SB=-544.579;SBQD=-3.758;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.8467;VQSLOD=6.3584 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1239,108,0
|
|
1 96150397 rs3108720 G C 1190.74 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=2.749;HRun=0;HaplotypeScore=2.9601;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-621.215;SBQD=-2.881;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.2908;VQSLOD=4.3186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:1221,0,1686
|
|
1 96155673 rs630812 C T 1506.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.90;SB=-1013.038;SBQD=4.495;SBpi=-0.1336;SBpiQual=0.1598;VQSLOD=4.6195 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1539,120,0
|
|
1 96162283 rs1920164 G A 2140.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1154.986;SBQD=-1.754;SBpi=0.0640;SBpiQual=-0.0297;VQSLOD=8.7040 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2174,169,0
|
|
1 96163846 rs3120039 G C 3466.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.11;SB=-1653.464;SBQD=-1.202;SBpi=0.5103;SBpiQual=0.4383;VQSLOD=8.5868 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:3466,277,0
|
|
1 96176709 rs12128772 G A 756.85 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.114;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.932;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.451;SB=-322.673;SBQD=-2.322;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.5586;VQSLOD=4.5648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:73:99:787,0,1460
|
|
1 96253638 . C A 304.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DP=59;Dels=0.00;FS=42.978;HRun=1;HaplotypeScore=15.4898;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=5.16;ReadPosRankSum=3.349;SB=42.124;SBQD=7.995;SBpi=2.5981;SBpiQual=1.9257;VQSLOD=-7.2581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:335,0,582
|
|
1 96255065 rs9285624 C T 3356.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=36.48;SB=-1504.090;SBQD=-1.668;SBpi=-0.6255;SBpiQual=-0.7819;VQSLOD=9.0921 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3356,262,0
|
|
1 96259807 rs11806525 A G 2114.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.10;SB=-1105.505;SBQD=-6.703;SBpi=0.1213;SBpiQual=-0.4009;VQSLOD=6.3177 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2148,186,0
|
|
1 96282357 rs1935567 C T 2263.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=34.82;SB=-1193.290;SBQD=-1.710;SBpi=0.1861;SBpiQual=0.0642;VQSLOD=8.3443 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2296,187,0
|
|
1 96319532 rs11165504 T C 568.91 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.275;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9565;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.002;SB=-353.345;SBQD=1.932;SBpi=-0.0928;SBpiQual=0.2345;VQSLOD=3.3486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:599,0,990
|
|
1 96334478 rs1891418 A G 1132.94 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.079;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.690;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-485.385;SBQD=-4.489;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.7238;VQSLOD=5.9487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:1163,0,1466
|
|
1 96363908 rs1935565 C T 2705.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.69;SB=-1427.130;SBQD=1.266;SBpi=-0.2265;SBpiQual=-0.1567;VQSLOD=7.9413 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2739,214,0
|
|
1 96404192 rs11165521 A T 1156.86 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.137;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=16.29;ReadPosRankSum=0.512;SB=-567.073;SBQD=-0.028;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2734;VQSLOD=5.3286 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1187,0,1089
|
|
1 96458324 rs2125421 C T 982.36 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.441;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.783;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=18.54;ReadPosRankSum=-2.229;SB=-459.492;SBQD=6.772;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4972;VQSLOD=4.1728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:1012,0,567
|
|
1 96475548 rs321244 T G 1220.88 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.584;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.903;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-587.323;SBQD=1.891;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.5094;VQSLOD=6.3146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:1251,0,988
|
|
1 96477822 rs321238 C A 1179.49 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7074;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.899;SB=-604.491;SBQD=1.484;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0625;VQSLOD=5.2701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1209,0,1148
|
|
1 96479375 rs321232 G A 1479.12 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.2774;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=17.61;ReadPosRankSum=1.198;SB=-746.614;SBQD=1.092;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.1283;VQSLOD=3.8084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:1509,0,1123
|
|
1 96484541 rs1221853 G A 2496.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.29;SB=-1089.704;SBQD=-1.714;SBpi=-0.9815;SBpiQual=-1.1530;VQSLOD=8.5310 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2530,199,0
|
|
1 96489212 rs1073090 G A 875.54 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=5.048;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.354;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-353.138;SBQD=-5.114;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.0253;VQSLOD=2.9880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:906,0,1034
|
|
1 96495246 rs1146533 A G 1878.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=27.63;SB=-999.420;SBQD=0.775;SBpi=0.9701;SBpiQual=1.0772;VQSLOD=4.1958 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1912,150,0
|
|
1 96501151 rs9324360 G A 904.31 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=13.11;ReadPosRankSum=1.059;SB=-434.126;SBQD=-1.211;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2508;VQSLOD=5.6331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:934,0,1226
|
|
1 96517592 . T C 795.26 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.165;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=29.48;MQ0=5;MQRankSum=0.640;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.555;SB=-307.484;SBQD=-7.434;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.0311;VQSLOD=3.7713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:825,0,812
|
|
1 96517709 rs12040198 C G 367.74 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.87;MQ0=14;MQRankSum=-0.250;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-164.791;SBQD=-1.657;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.3619;VQSLOD=4.1197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:398,0,383
|
|
1 96520277 rs6689818 T C 1267.59 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.360;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=2.269;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-634.745;SBQD=1.404;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.4337;VQSLOD=3.5747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:1298,0,1407
|
|
1 96583849 rs6660418 G T 1028.49 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=16.07;ReadPosRankSum=0.652;SB=-482.769;SBQD=-1.552;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.4068;VQSLOD=6.1020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:1058,0,739
|
|
1 96596008 rs1222068 C T 2508.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.89;SB=-1191.421;SBQD=-1.158;SBpi=-0.6975;SBpiQual=-0.8305;VQSLOD=8.1021 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2541,196,0
|
|
1 96616288 rs1222052 A G 2359.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6671;MQ=59.31;MQ0=0;QD=35.22;SB=-896.280;SBQD=-2.697;SBpi=-1.0384;SBpiQual=-1.2394;VQSLOD=6.7200 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2393,193,0
|
|
1 96618505 rs12736598 T C 2003.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.17;MQ0=0;QD=27.82;SB=-1050.782;SBQD=4.736;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.5797;VQSLOD=5.6220 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:2036,177,0
|
|
1 96657957 rs321572 G A 2464.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=36.24;SB=-1278.937;SBQD=0.454;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.0784;VQSLOD=8.5739 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2497,196,0
|
|
1 96679692 rs17365931 C T 3182.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;QD=34.60;SB=-1743.229;SBQD=0.719;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0417;VQSLOD=8.8803 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3216,250,0
|
|
1 96708731 . T G 182.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.424;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=13.89;MQ0=18;MQRankSum=2.675;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.018;SB=-0.007;SBQD=7.961;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.1835;VQSLOD=-1.3460 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:55:21.04:216,21,0
|
|
1 96710096 . G T 867.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.87;MQ0=40;QD=10.21;SB=-303.789;SBQD=-12.129;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.3294;VQSLOD=2.8993 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:85:81.05:900,81,0
|
|
1 96711916 . C G 702.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.58;MQ0=3;QD=15.96;SB=-317.623;SBQD=1.012;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.5883;VQSLOD=3.0084 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:69.04:735,69,0
|
|
1 96712335 rs635707 T G 988.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=31.77;MQ0=5;QD=21.50;SB=-472.206;SBQD=0.872;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.7357;VQSLOD=3.1866 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:90.23:1022,90,0
|
|
1 96740587 rs161674 G A 2475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=56.11;MQ0=0;QD=34.87;SB=-1325.820;SBQD=1.173;SBpi=-0.1780;SBpiQual=-0.1401;VQSLOD=6.8667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2509,199,0
|
|
1 96754566 rs161992 G A 1896.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.0463;MQ=59.63;MQ0=0;QD=30.59;SB=-1034.602;SBQD=-0.991;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-0.6023;VQSLOD=5.9862 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1930,150,0
|
|
1 96777210 rs326651 T C 1179.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.59;MQ0=0;QD=35.74;SB=-143.311;SBQD=9.209;SBpi=2.1760;SBpiQual=2.3905;VQSLOD=6.1330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:96.30:1212,96,0
|
|
1 96803496 rs324871 T C 2870.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.01;SB=-1465.234;SBQD=-0.449;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.3247;VQSLOD=8.4513 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2904,229,0
|
|
1 96804060 rs324869 T C 2496.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=30.83;SB=-967.278;SBQD=5.258;SBpi=-1.6111;SBpiQual=-1.1714;VQSLOD=6.8230 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2530,226,0
|
|
1 96824976 rs326658 T A 2582.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.87;SB=-1266.591;SBQD=0.236;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3895;VQSLOD=7.0193 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2615,205,0
|
|
1 96888897 rs2057427 C G 2781.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=36.13;SB=-1206.477;SBQD=0.352;SBpi=-0.8547;SBpiQual=-0.8765;VQSLOD=8.0907 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2815,223,0
|
|
1 96892655 rs1159909 C T 2273.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.43;SB=-1075.012;SBQD=-2.301;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.7703;VQSLOD=7.3303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2306,178,0
|
|
1 96908637 rs6593598 T C 1875.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=34.73;SB=-751.685;SBQD=-2.844;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.9757;VQSLOD=8.9142 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1908,150,0
|
|
1 96923070 rs7530877 T C 2793.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=34.07;SB=-1096.142;SBQD=5.494;SBpi=0.7730;SBpiQual=1.2192;VQSLOD=8.3310 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2827,241,0
|
|
1 96951281 rs6593602 G A 2594.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9815;MQ=59.71;MQ0=0;QD=32.85;SB=-894.350;SBQD=0.309;SBpi=-1.8564;SBpiQual=-1.9253;VQSLOD=4.9236 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2628,208,0
|
|
1 96960057 rs17367240 G A 2182.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=35.20;SB=-1191.693;SBQD=0.138;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0137;VQSLOD=8.8140 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2215,175,0
|
|
1 96977788 rs9437607 G A 1040.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.8455;MQ=54.31;MQ0=0;QD=19.64;SB=-838.144;SBQD=-6.838;SBpi=0.2774;SBpiQual=-0.0879;VQSLOD=2.4115 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:90.23:1074,90,0
|
|
1 97005643 rs1236381 G C 2386.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1080.053;SBQD=2.976;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.5317;VQSLOD=8.7943 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2420,196,0
|
|
1 97023641 rs1925833 C A 2755.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9920;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.61;SB=-1435.467;SBQD=-0.161;SBpi=0.4417;SBpiQual=0.4536;VQSLOD=4.5759 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2789,217,0
|
|
1 97025910 rs4619021 T C 2075.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.00;SB=-1186.293;SBQD=-1.612;SBpi=-0.7135;SBpiQual=-0.8551;VQSLOD=3.1396 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2108,171,0
|
|
1 97075059 . C A 154.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=22.89;MQ0=14;MQRankSum=-1.087;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.066;SB=5.987;SBQD=-6.512;SBpi=-1.2481;SBpiQual=-1.4138;VQSLOD=-0.6192 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:50:99:185,0,505
|
|
1 97116605 rs57536625 C G 1109.30 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.304;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=8.537;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=15.62;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-561.263;SBQD=8.112;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1218;VQSLOD=5.3182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:71:99:1139,0,1110
|
|
1 97117635 rs6659919 C T 981.28 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.313;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=16.63;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-385.401;SBQD=5.806;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9501;VQSLOD=4.3700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:1011,0,636
|
|
1 97118479 rs4518961 C T 873.30 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.974;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.466;HRun=0;HaplotypeScore=1.9887;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=12.84;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-372.716;SBQD=-4.910;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7513;VQSLOD=4.2427 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:903,0,1075
|
|
1 97131822 rs61789521 A G 391.07 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.934;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.047;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=1.324;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-364.404;SBQD=-0.178;SBpi=0.1961;SBpiQual=-0.0550;VQSLOD=4.2060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:421,0,745
|
|
1 97144187 rs12027898 C A 643 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.662;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-332.609;SBQD=0.438;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-1.0475;VQSLOD=4.8914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:673,0,747
|
|
1 97148579 rs12024617 G A 1868.93 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.513;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=2.815;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=19.27;ReadPosRankSum=0.717;SB=-717.701;SBQD=-2.787;SBpi=-0.9191;SBpiQual=-1.0255;VQSLOD=4.7563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,58:97:99:1899,0,1180
|
|
1 97172454 rs12073730 G T 884.85 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.423;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.829;SB=-346.675;SBQD=-1.421;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.9469;VQSLOD=5.7461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:915,0,1300
|
|
1 97177371 rs7413681 T G 1187.16 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.159;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-657.417;SBQD=4.127;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.3434;VQSLOD=4.9730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:1217,0,1373
|
|
1 97212434 . C T 42.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.12;MQ0=0;QD=21.10;SB=-0.007;SBQD=21.099;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7853;VQSLOD=3.6640 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
|
|
1 97245200 rs10489797 T G 968.78 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.116;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.948;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.328;SB=-352.340;SBQD=-2.002;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.0073;VQSLOD=5.5169 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:999,0,1245
|
|
1 97283033 rs10875034 T C 1204.44 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.073;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.816;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-633.994;SBQD=5.131;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0919;VQSLOD=6.6016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1234,0,1224
|
|
1 97285393 rs590493 G A 815.79 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.297;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.188;HRun=0;HaplotypeScore=1.8914;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.326;SB=-370.625;SBQD=-4.307;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.5857;VQSLOD=5.3772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:846,0,982
|
|
1 97299322 rs12087029 C T 1115.27 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.181;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.043;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=14.48;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-342.521;SBQD=6.012;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.2780;VQSLOD=5.0500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:1145,0,1317
|
|
1 97315009 rs553531 A G 1769.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=29.00;SB=-925.531;SBQD=2.782;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.7519;VQSLOD=6.8119 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1802,144,0
|
|
1 97372972 rs6689294 C T 2733.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.97;SB=-1178.035;SBQD=-1.891;SBpi=0.9177;SBpiQual=0.8011;VQSLOD=8.1373 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2766,220,0
|
|
1 97454434 rs290830 G C 2401.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.32;SB=-936.537;SBQD=0.969;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.1495;VQSLOD=6.5656 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2435,193,0
|
|
1 97490758 rs290814 G A 2027.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.62;MQ0=0;QD=33.79;SB=-870.322;SBQD=-3.599;SBpi=-0.7746;SBpiQual=-0.9914;VQSLOD=6.4751 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2060,159,0
|
|
1 97561342 rs1855363 T C 2519.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.42;MQ0=0;QD=31.49;SB=-1188.617;SBQD=6.570;SBpi=0.1118;SBpiQual=0.6699;VQSLOD=7.1897 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2552,226,0
|
|
1 97562223 rs1810252 C T 853.19 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.389;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.147;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.100;SB=-338.755;SBQD=-2.559;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.0636;VQSLOD=5.1296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:883,0,840
|
|
1 97571799 rs993568 A G 947.22 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.707;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.085;QD=13.53;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-499.159;SBQD=4.949;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1631;VQSLOD=2.5277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:977,0,1117
|
|
1 97576830 rs1399290 G C 2554.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;QD=35.97;SB=-1186.880;SBQD=-1.248;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.4669;VQSLOD=8.8351 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2587,205,0
|
|
1 97582644 rs6702924 C A 947.52 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.259;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=3.899;HRun=0;HaplotypeScore=2.9361;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.030;SB=-429.609;SBQD=5.136;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5579;VQSLOD=4.2364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:978,0,655
|
|
1 97753722 rs6702673 G A 1030.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.27;MQ0=18;QD=15.38;SB=-78.047;SBQD=-31.429;SBpi=0.4276;SBpiQual=0.5638;VQSLOD=4.8088 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:93.23:1064,93,0
|
|
1 97753798 rs6691764 A C 266.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.58;MQ0=19;MQRankSum=0.091;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-0.007;SBQD=-19.070;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.9377;VQSLOD=3.8724 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:27.07:300,27,0
|
|
1 97782376 rs2049110 A T 2084.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.00;MQ0=0;QD=30.65;SB=-816.549;SBQD=5.534;SBpi=1.2127;SBpiQual=1.4279;VQSLOD=6.3793 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2117,169,0
|
|
1 97792693 rs55651621 A G 2175.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.66;SB=-1007.943;SBQD=3.030;SBpi=0.3201;SBpiQual=0.5444;VQSLOD=8.6808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2208,178,0
|
|
1 97795523 rs6689341 C T 3364.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.57;SB=-1735.523;SBQD=0.788;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.0404;VQSLOD=8.1557 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3365,265,0
|
|
1 97807367 rs56339143 C T 1491.79 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.150;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=9.396;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.741;QD=17.97;ReadPosRankSum=1.101;SB=-449.568;SBQD=8.179;SBpi=1.2671;SBpiQual=1.4100;VQSLOD=3.1854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1522,0,1194
|
|
1 97840167 rs35398836 C A 623.98 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-303.889;SBQD=-0.451;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6130;VQSLOD=5.3536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:654,0,498
|
|
1 97844136 rs55844132 C T 1320.62 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.806;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.308;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.476;SB=-513.650;SBQD=-0.359;SBpi=0.9258;SBpiQual=0.9231;VQSLOD=3.9703 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1351,0,1018
|
|
1 97849481 rs6690816 G T 888.37 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.672;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.736;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=2.149;QD=16.15;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-385.964;SBQD=-4.378;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.4309;VQSLOD=4.7433 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:918,0,806
|
|
1 97851035 rs58067278 C A 755.35 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.008;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=9.749;HRun=0;HaplotypeScore=2.5224;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.397;SB=-355.624;SBQD=-6.677;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.5401;VQSLOD=4.1417 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:785,0,863
|
|
1 97855821 rs4503384 G A 1118.75 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.441;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.901;HRun=0;HaplotypeScore=2.6287;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=15.33;ReadPosRankSum=1.940;SB=-681.223;SBQD=-5.571;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2944;VQSLOD=5.0964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:1149,0,723
|
|
1 97859064 rs9727787 T C 586.54 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=53.24;MQ0=3;MQRankSum=-0.884;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-253.506;SBQD=2.364;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.7787;VQSLOD=5.0850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:617,0,553
|
|
1 97863155 rs4363450 A C 1145.65 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.303;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.151;SB=-438.604;SBQD=-4.141;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8704;VQSLOD=3.7894 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1176,0,1329
|
|
1 97864871 rs12045127 G T 867.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.27;MQ0=3;MQRankSum=-4.528;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.577;SB=-414.850;SBQD=2.057;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1746;VQSLOD=0.7272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:898,0,1066
|
|
1 97866868 . T G 747.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.854;DP=82;Dels=0.00;FS=14.374;HRun=0;HaplotypeScore=6.6103;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.621;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.630;SB=-442.751;SBQD=-8.117;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1441;VQSLOD=-0.3668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:778,0,1492
|
|
1 97871760 rs7544128 C G 516.24 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.534;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.326;SB=-169.492;SBQD=1.710;SBpi=-1.2002;SBpiQual=-1.1626;VQSLOD=3.6629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:546,0,462
|
|
1 97892858 rs1556798 T C 2212.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16;SB=-1230.256;SBQD=-0.196;SBpi=0.1780;SBpiQual=0.2389;VQSLOD=7.6874 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2246,181,0
|
|
1 97894035 rs61788022 G T 1303.55 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.871;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.438;HRun=0;HaplotypeScore=2.8095;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.701;SB=-607.183;SBQD=-5.565;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.4453;VQSLOD=4.6816 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:1334,0,1305
|
|
1 97898560 rs10449723 A C 2101.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=59.32;MQ0=0;QD=30.90;SB=-1049.009;SBQD=5.535;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.5383;VQSLOD=7.1840 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2134,184,0
|
|
1 97904780 rs4949953 T C 896.97 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.207;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.357;SB=-407.481;SBQD=-1.489;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.3657;VQSLOD=6.4078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:927,0,994
|
|
1 97956480 rs4364915 T A 863.73 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.111;QD=16.94;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-236.205;SBQD=0.026;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.4361;VQSLOD=2.6188 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:894,0,711
|
|
1 97962038 rs2811187 A C 1244.18 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.956;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=17.04;ReadPosRankSum=1.269;SB=-575.632;SBQD=-2.175;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5087;VQSLOD=4.5665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:1274,0,961
|
|
1 97973252 rs17116806 C A 996.59 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.958;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8556;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.217;SB=-371.770;SBQD=2.665;SBpi=0.8575;SBpiQual=1.0011;VQSLOD=4.7359 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1027,0,1152
|
|
1 97981395 rs1801159 T C 1028.68 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.720;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=8.049;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-443.555;SBQD=-7.237;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6030;VQSLOD=5.9651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1059,0,1166
|
|
1 97981706 rs1337752 C T 1091.33 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.770;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.128;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=16.54;ReadPosRankSum=0.013;SB=-525.415;SBQD=2.206;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.5313;VQSLOD=5.3831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1121,0,873
|
|
1 98015406 rs61789183 A T 1201.98 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.860;HRun=2;HaplotypeScore=3.5747;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.771;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.888;SB=-586.817;SBQD=0.863;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.3246;VQSLOD=3.1293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1232,0,1156
|
|
1 98033259 rs12122032 T C 2815.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.34;SB=-1559.710;SBQD=-0.338;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0291;VQSLOD=8.6522 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2849,223,0
|
|
1 98044939 rs6663357 A C 2830.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.29;SB=-1287.251;SBQD=-2.418;SBpi=-0.3397;SBpiQual=-0.4845;VQSLOD=9.1445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2864,229,0
|
|
1 98045996 rs10783069 G C 2538.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=35.76;SB=-1249.298;SBQD=-0.437;SBpi=-0.1780;SBpiQual=-0.1897;VQSLOD=7.6250 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2572,205,0
|
|
1 98048600 rs2485436 T C 1466.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.20;SB=-628.205;SBQD=-1.038;SBpi=0.9481;SBpiQual=0.9082;VQSLOD=6.8479 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1499,123,0
|
|
1 98052025 . T C 301.92 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;DP=21;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=0;HaplotypeScore=3.9946;MQ=54.25;MQ0=0;MQRankSum=2.553;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.851;SB=-127.888;SBQD=2.158;SBpi=-1.0914;SBpiQual=-1.2122;VQSLOD=2.0748 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,17:21:8.63:334,9,0
|
|
1 98064334 rs2786494 G A 2001.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.06;SB=-882.956;SBQD=0.368;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.6331;VQSLOD=9.0719 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2034,156,0
|
|
1 98091117 rs2811190 G T 2612.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.33;SB=-1264.540;SBQD=-0.531;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.1992;VQSLOD=8.2178 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2646,211,0
|
|
1 98249828 rs34875839 T A 881.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.971;HRun=11;HaplotypeScore=0.0000;MQ=61.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.859;QD=11.30;ReadPosRankSum=2.050;SB=-541.904;SBQD=-3.582;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1897;VQSLOD=-1.6945 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,36:78:21.48:914,21,0
|
|
1 98283941 rs1931065 T G 2381.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.65;MQ0=0;QD=36.08;SB=-849.683;SBQD=1.723;SBpi=1.2309;SBpiQual=1.3836;VQSLOD=7.5164 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2414,193,0
|
|
1 98290685 rs1974203 C T 2513.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=33.97;SB=-1223.875;SBQD=0.350;SBpi=-0.5812;SBpiQual=-0.5845;VQSLOD=8.1546 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2546,202,0
|
|
1 98317949 rs4970718 C T 3009.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.25;MQ0=0;QD=35.41;SB=-1510.373;SBQD=-0.192;SBpi=-0.3796;SBpiQual=-0.4640;VQSLOD=8.4048 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3043,235,0
|
|
1 98376245 rs9727976 C T 2578.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.83;SB=-1443.139;SBQD=1.450;SBpi=-0.3889;SBpiQual=-0.3246;VQSLOD=7.0545 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2612,202,0
|
|
1 98397765 rs7415086 C T 3645.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=37.20;SB=-1678.976;SBQD=0.508;SBpi=-0.6061;SBpiQual=-0.6108;VQSLOD=8.0358 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3645,280,0
|
|
1 98421934 rs9285628 A G 2837.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=33.78;SB=-1326.083;SBQD=0.673;SBpi=0.7638;SBpiQual=0.8464;VQSLOD=7.6937 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2870,226,0
|
|
1 98422612 rs11165935 A G 3142.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.86;SB=-1497.956;SBQD=0.115;SBpi=0.2744;SBpiQual=0.3003;VQSLOD=8.4081 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3175,250,0
|
|
1 98467121 rs56218637 T C 1374.94 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.866;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.817;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-697.294;SBQD=-1.796;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1205;VQSLOD=5.4805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:1405,0,1246
|
|
1 98487510 rs5005705 C A 2646.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.28;SB=-1367.683;SBQD=1.818;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.1508;VQSLOD=8.5430 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2679,211,0
|
|
1 98508258 rs2802535 C T 2478.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=36.46;SB=-1081.332;SBQD=0.444;SBpi=0.7276;SBpiQual=0.8033;VQSLOD=8.5582 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2512,199,0
|
|
1 98528830 rs2802532 C T 3300.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1647.248;SBQD=1.287;SBpi=0.1054;SBpiQual=0.1926;VQSLOD=8.5614 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3300,256,0
|
|
1 98550374 rs1198590 G A 3113.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1618.560;SBQD=-0.124;SBpi=-0.1078;SBpiQual=-0.1245;VQSLOD=9.5443 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3147,250,0
|
|
1 98559024 rs1198577 T C 2172.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=33.42;SB=-1120.978;SBQD=0.016;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.3689;VQSLOD=6.7850 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2205,175,0
|
|
1 98565234 rs1198585 A C 897.88 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.535;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=17.625;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.824;SB=-250.298;SBQD=13.618;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.1350;VQSLOD=5.0695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:928,0,919
|
|
1 98604201 rs17381294 G A 1224.91 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.332;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-534.827;SBQD=-3.753;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.6612;VQSLOD=4.7308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1255,0,1184
|
|
1 98605230 rs9440430 G A 2521.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12;SB=-1731.341;SBQD=1.545;SBpi=0.0518;SBpiQual=0.1726;VQSLOD=6.0637 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2555,199,0
|
|
1 98618615 rs2660313 G T 1906.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=33.28;MQ0=0;QD=30.27;SB=-951.382;SBQD=-0.677;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.4256;VQSLOD=7.0184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1940,171,0
|
|
1 98632436 rs61787321 T C 569.97 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.205;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=0;HaplotypeScore=2.5589;MQ=34.37;MQ0=1;MQRankSum=-2.016;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-293.537;SBQD=5.363;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2788;VQSLOD=1.8074 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:600,0,716
|
|
1 98632466 rs61787322 T A 945.90 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.162;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=7.630;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.82;MQ0=1;MQRankSum=-0.446;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.516;SB=-566.928;SBQD=-1.631;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.2735;VQSLOD=4.2612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:976,0,1075
|
|
1 98636199 . A C 962.85 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.662;DP=74;Dels=0.00;FS=6.255;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=13.01;ReadPosRankSum=-1.617;SB=-302.031;SBQD=7.769;SBpi=0.8333;SBpiQual=1.1324;VQSLOD=3.0302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:993,0,1182
|
|
1 98664277 rs61788584 C G 1122.21 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=11.418;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=17.81;ReadPosRankSum=1.965;SB=-353.455;SBQD=9.401;SBpi=1.0290;SBpiQual=1.1303;VQSLOD=3.8229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:1152,0,839
|
|
1 98687976 rs1487291 G A 981.25 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.230;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=15.10;ReadPosRankSum=1.148;SB=-488.113;SBQD=-1.242;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2416;VQSLOD=5.7996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:1011,0,765
|
|
1 98715203 rs12405617 G T 1216.67 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.500;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.241;SB=-522.782;SBQD=3.261;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6541;VQSLOD=5.3670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1247,0,1212
|
|
1 98719258 rs12406167 T C 1023.06 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.450;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=9.217;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-428.331;SBQD=-7.504;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7042;VQSLOD=5.9793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:1053,0,1481
|
|
1 98760327 rs6692584 C T 549.61 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.240;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.369;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.58;MQ0=1;MQRankSum=0.431;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.303;SB=-302.426;SBQD=-3.190;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1039;VQSLOD=5.0413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:580,0,706
|
|
1 98860407 rs1526294 T C 3351.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.24;SB=-1640.858;SBQD=0.030;SBpi=-0.2108;SBpiQual=-0.2641;VQSLOD=8.2596 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3351,262,0
|
|
1 98873695 rs7524418 C T 2740.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1427.841;SBQD=2.046;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.0286;VQSLOD=7.6413 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2774,220,0
|
|
1 98929367 rs1434365 T A 2843.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.68;SB=-1321.847;SBQD=-0.149;SBpi=-0.7730;SBpiQual=-0.8301;VQSLOD=7.3015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2877,223,0
|
|
1 98931328 rs10875158 C T 2814.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.32;MQ0=0;QD=32.35;SB=-1576.957;SBQD=1.857;SBpi=-0.1608;SBpiQual=-0.1930;VQSLOD=7.4968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2848,229,0
|
|
1 98942014 rs3853693 C T 2598.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.74;MQ0=0;QD=36.09;SB=-1144.228;SBQD=0.243;SBpi=-0.8250;SBpiQual=-0.8568;VQSLOD=7.2927 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2632,202,0
|
|
1 98956448 rs573643 T C 2909.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.07;SB=-1505.675;SBQD=7.070;SBpi=-0.4264;SBpiQual=0.2075;VQSLOD=7.9563 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2943,256,0
|
|
1 98965709 rs1724951 G A 3188.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=35.43;SB=-1527.549;SBQD=0.446;SBpi=0.4216;SBpiQual=0.5369;VQSLOD=8.5776 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3222,256,0
|
|
1 98966850 rs1724954 G A 2633.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.57;MQ0=0;QD=36.57;SB=-1256.543;SBQD=-0.642;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3833;VQSLOD=7.9632 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2666,208,0
|
|
1 98967702 rs1434358 A G 3173.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.05;MQ0=0;QD=34.12;SB=-1613.739;SBQD=2.688;SBpi=0.1555;SBpiQual=0.4184;VQSLOD=7.2412 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3206,256,0
|
|
1 98970789 rs1614772 A G 2560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.6515;MQ=59.40;MQ0=0;QD=33.25;SB=-1086.499;SBQD=-0.087;SBpi=-0.9687;SBpiQual=-1.0321;VQSLOD=3.2363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2593,211,0
|
|
1 98993761 rs770926 T C 2182.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63;SB=-1116.753;SBQD=7.054;SBpi=-0.1806;SBpiQual=0.3731;VQSLOD=7.8328 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2216,193,0
|
|
1 99040304 rs1434366 G A 2627.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=36.00;SB=-1405.129;SBQD=0.680;SBpi=-0.0585;SBpiQual=-0.0108;VQSLOD=7.6883 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2661,208,0
|
|
1 99049028 rs2391968 G A 2240.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.13;SB=-1017.950;SBQD=-0.288;SBpi=-0.6350;SBpiQual=-0.6856;VQSLOD=8.6207 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2273,175,0
|
|
1 99057649 rs7418028 C G 1267.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.75;MQ0=5;QD=16.46;SB=-661.387;SBQD=5.183;SBpi=-0.6268;SBpiQual=-0.9439;VQSLOD=5.2363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1301,108,0
|
|
1 99058360 rs4426025 A C 878.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.78;MQ0=3;QD=19.52;SB=-57.190;SBQD=31.559;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.4187;VQSLOD=4.2982 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:81.22:912,81,0
|
|
1 99060632 rs1117898 C T 2042.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.04;SB=-1271.121;SBQD=0.360;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.1583;VQSLOD=6.9136 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2076,160,0
|
|
1 99082559 rs6680222 C T 3485.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1059.139;SBQD=-1.756;SBpi=-2.0815;SBpiQual=-2.3409;VQSLOD=6.8446 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3485,274,0
|
|
1 99082947 rs6604113 C T 1747.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.15;MQ0=0;QD=28.19;SB=-1088.273;SBQD=0.947;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.3020;VQSLOD=5.7359 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1781,144,0
|
|
1 99088713 rs6657054 A G 2534.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.42;MQ0=0;QD=33.79;SB=-1026.460;SBQD=-6.571;SBpi=-0.6351;SBpiQual=-1.1527;VQSLOD=7.4573 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2567,217,0
|
|
1 99093438 rs4950139 A C 2515.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=33.54;SB=-852.253;SBQD=7.613;SBpi=1.0970;SBpiQual=1.6162;VQSLOD=7.3987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2549,217,0
|
|
1 99143795 rs4950105 G A 804.92 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.543;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.039;HRun=1;HaplotypeScore=3.3338;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=12.20;ReadPosRankSum=1.397;SB=-418.833;SBQD=5.257;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3166;VQSLOD=4.4411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:835,0,1015
|
|
1 99152614 rs6577235 A G 2099.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.99;SB=-1085.397;SBQD=1.346;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1568;VQSLOD=8.0245 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2133,174,0
|
|
1 99153020 rs4459134 T G 2446.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=36.52;SB=-1272.001;SBQD=-0.336;SBpi=0.0611;SBpiQual=0.0416;VQSLOD=8.4975 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2480,196,0
|
|
1 99184056 rs6683801 A G 929.42 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.781;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.847;HRun=0;HaplotypeScore=2.8801;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.566;SB=-399.145;SBQD=-3.741;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.6380;VQSLOD=4.5921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:959,0,1308
|
|
1 99186307 rs11166080 A G 1233.67 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.259;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.762;HRun=0;HaplotypeScore=1.7273;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=14.18;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-611.600;SBQD=-2.219;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2382;VQSLOD=4.9342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:87:99:1264,0,1277
|
|
1 99192849 rs9324403 G A 1345.78 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.845;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.862;HRun=1;HaplotypeScore=2.7772;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-480.304;SBQD=1.650;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.1380;VQSLOD=2.6449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1376,0,1115
|
|
1 99206273 rs993216 C T 1485.80 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.115;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.785;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=16.15;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-707.046;SBQD=-1.158;SBpi=0.5657;SBpiQual=0.5348;VQSLOD=5.3674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:92:99:1516,0,1207
|
|
1 99215541 rs9434446 C T 1009 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.184;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.494;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.873;SB=-467.205;SBQD=3.296;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.5189;VQSLOD=5.7258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:1039,0,996
|
|
1 99223397 rs1482153 A G 2642.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.45;SB=-1452.848;SBQD=1.513;SBpi=-0.0563;SBpiQual=0.1047;VQSLOD=8.8808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2676,214,0
|
|
1 99223508 rs12406053 C T 1330.19 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.862;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.803;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-594.021;SBQD=1.532;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.6447;VQSLOD=4.6492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1360,0,1407
|
|
1 99230383 rs11166113 C T 1095.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.647;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=9.691;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-517.513;SBQD=-7.276;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3185;VQSLOD=5.9857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1126,0,1144
|
|
1 99245025 rs10875183 C T 2263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.92;SB=-1201.943;SBQD=0.244;SBpi=0.0630;SBpiQual=0.0830;VQSLOD=8.8632 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2296,178,0
|
|
1 99246749 . A G 1066.17 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.061;DP=81;Dels=0.00;FS=0.843;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.282;QD=13.16;ReadPosRankSum=0.345;SB=-543.905;SBQD=0.692;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1171;VQSLOD=3.7815 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1096,0,1392
|
|
1 99263348 rs9728271 T C 1025.73 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.713;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.901;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.987;SB=-517.357;SBQD=1.671;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1962;VQSLOD=6.1317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:1056,0,1261
|
|
1 99270473 rs11576340 A G 2188.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.33;MQ0=1;QD=30.40;SB=-932.799;SBQD=-4.657;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-1.0662;VQSLOD=6.9783 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2222,193,0
|
|
1 99270530 rs12725389 A G 771.87 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.382;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.401;SB=-271.284;SBQD=-5.035;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.9416;VQSLOD=4.7508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:802,0,700
|
|
1 99274437 . T C 998.23 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DP=82;Dels=0.00;FS=19.610;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=12.17;ReadPosRankSum=-2.128;SB=-486.518;SBQD=-10.081;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0186;VQSLOD=3.5214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:1028,0,1489
|
|
1 99299907 rs4402148 C A 1050.28 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.621;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5779;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-603.482;SBQD=-1.068;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0478;VQSLOD=5.5169 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1080,0,1155
|
|
1 99303001 rs12089114 C T 1086.36 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.493;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=7.373;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=13.75;ReadPosRankSum=-1.390;SB=-441.308;SBQD=6.325;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6149;VQSLOD=5.3888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:1116,0,1211
|
|
1 99305490 rs11166128 G C 996.32 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.828;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.052;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=15.33;ReadPosRankSum=0.298;SB=-519.437;SBQD=2.425;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4156;VQSLOD=5.9731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:1026,0,713
|
|
1 99321559 rs4908092 C T 3379.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=37.14;SB=-1603.080;SBQD=-0.883;SBpi=-0.3669;SBpiQual=-0.4640;VQSLOD=8.7456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3379,265,0
|
|
1 99325733 rs11807836 A G 781.68 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.861;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=1.201;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-289.115;SBQD=-5.301;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8250;VQSLOD=5.1452 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:812,0,1248
|
|
1 99328521 rs12063089 C T 992.63 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.152;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.224;SB=-542.135;SBQD=1.396;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.3962;VQSLOD=4.4718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1023,0,1118
|
|
1 99341338 rs7541224 C G 666.67 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.662;SB=-172.942;SBQD=7.127;SBpi=1.3000;SBpiQual=1.4894;VQSLOD=4.6185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:697,0,614
|
|
1 99389663 rs2391978 C T 1504.57 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.833;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=17.91;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-738.254;SBQD=-0.042;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.1956;VQSLOD=4.3221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:1535,0,997
|
|
1 99398580 rs411115 C T 879.62 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.863;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.182;HRun=0;HaplotypeScore=2.9237;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.148;SB=-352.119;SBQD=-4.663;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.8050;VQSLOD=4.9753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:910,0,931
|
|
1 99401931 rs309059 C T 1926.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59;SB=-355.567;SBQD=14.880;SBpi=2.0788;SBpiQual=2.6476;VQSLOD=5.0252 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1960,156,0
|
|
1 99414180 rs191077 T C 1016.85 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.900;HRun=0;HaplotypeScore=1.9891;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-513.267;SBQD=-1.886;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0730;VQSLOD=5.5687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:1047,0,1205
|
|
1 99425443 . G A 889.02 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.674;DP=59;Dels=0.00;FS=1.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.997;SB=-334.800;SBQD=2.754;SBpi=0.8839;SBpiQual=1.0205;VQSLOD=3.9054 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:919,0,741
|
|
1 99433269 . G A 1249.79 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.878;DP=87;Dels=0.00;FS=1.776;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=14.37;ReadPosRankSum=2.224;SB=-514.495;SBQD=2.171;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.6948;VQSLOD=3.8065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:1280,0,1401
|
|
1 99439496 rs17273773 C G 588.37 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.019;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.702;SB=-247.694;SBQD=-3.588;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.6871;VQSLOD=3.9512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:618,0,1095
|
|
1 99441096 . A T 1399.78 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DP=72;Dels=0.00;FS=2.036;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=19.44;ReadPosRankSum=0.138;SB=-540.062;SBQD=3.004;SBpi=0.8387;SBpiQual=0.8801;VQSLOD=3.8676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:1430,0,804
|
|
1 99445571 . T C 1062.90 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.979;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.215;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-476.908;SBQD=2.143;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5920;VQSLOD=4.4137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1093,0,808
|
|
1 99464813 . G A 1531.85 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.958;DP=89;Dels=0.00;FS=1.764;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=17.21;ReadPosRankSum=1.793;SB=-877.916;SBQD=2.294;SBpi=0.0687;SBpiQual=0.0629;VQSLOD=4.4203 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,53:89:99:1562,0,1087
|
|
1 99497840 rs12073471 A G 2747.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=33.10;SB=-1380.344;SBQD=2.141;SBpi=0.3842;SBpiQual=0.5833;VQSLOD=8.1100 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2780,226,0
|
|
1 99500525 rs55943586 C T 1325.66 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.769;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=3.827;HRun=0;HaplotypeScore=2.5165;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.147;SB=-728.672;SBQD=-3.012;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0709;VQSLOD=5.2087 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:1356,0,1410
|
|
1 99504017 . G A 1324.32 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.071;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6316;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=16.35;ReadPosRankSum=0.194;SB=-536.704;SBQD=-0.326;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-0.8358;VQSLOD=3.4510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1354,0,980
|
|
1 99510944 . C G 1816.45 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;DP=94;Dels=0.00;FS=6.914;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.499;QD=19.32;ReadPosRankSum=-1.830;SB=-786.301;SBQD=6.161;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.8153;VQSLOD=1.9666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,60:94:99:1846,0,1047
|
|
1 99514123 . A G 1592.47 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;DP=93;Dels=0.00;FS=0.863;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=17.12;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-445.619;SBQD=4.102;SBpi=1.5796;SBpiQual=1.8410;VQSLOD=2.9040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,53:93:99:1622,0,1141
|
|
1 99539892 rs11166167 G A 1034.63 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.768;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.182;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=12.32;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-478.579;SBQD=-3.781;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2599;VQSLOD=5.9610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:84:99:1065,0,1644
|
|
1 99542610 rs2124611 T G 733.41 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.796;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=11.133;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.681;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-331.314;SBQD=-12.012;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.8102;VQSLOD=6.4757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:763,0,1006
|
|
1 99547288 rs2198807 T C 2662.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.76;MQ0=0;QD=34.13;SB=-1462.847;SBQD=-0.485;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0018;VQSLOD=6.7693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2695,211,0
|
|
1 99551808 rs10783108 T C 3053.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=34.31;SB=-1671.207;SBQD=-0.824;SBpi=-0.0530;SBpiQual=-0.1146;VQSLOD=9.4131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3087,241,0
|
|
1 99553541 . G A 39.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.447;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=5.4498;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=1.761;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-22.840;SBQD=-1.439;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4224;VQSLOD=-1.9877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,6:49:69.03:69,0,1191
|
|
1 99590968 . C T 1018.16 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.473;DP=73;Dels=0.00;FS=1.975;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-440.257;SBQD=-3.300;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5545;VQSLOD=4.4888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1048,0,1207
|
|
1 99604000 . C A 738.64 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.699;DP=65;Dels=0.00;FS=3.600;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.459;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-378.414;SBQD=-3.138;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.2775;VQSLOD=3.4335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:769,0,1077
|
|
1 99604694 rs2807993 A T 785.83 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.088;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.717;HRun=0;HaplotypeScore=2.9978;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.527;SB=-288.078;SBQD=-2.765;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.1766;VQSLOD=3.9052 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:816,0,760
|
|
1 99621860 rs1747970 C T 1132.68 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.541;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.978;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.527;QD=17.70;ReadPosRankSum=1.197;SB=-602.418;SBQD=3.084;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3473;VQSLOD=4.0231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:1163,0,731
|
|
1 99627318 rs629630 T C 1832.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.78;MQ0=0;QD=30.54;SB=-970.468;SBQD=4.836;SBpi=-0.1291;SBpiQual=0.2448;VQSLOD=7.0419 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1865,165,0
|
|
1 99628110 rs302785 G A 525.14 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.828;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.617;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-364.394;SBQD=-4.653;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1536;VQSLOD=5.0061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:555,0,823
|
|
1 99633972 rs17438484 T C 526.47 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-292.655;SBQD=-0.755;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0809;VQSLOD=5.6134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:556,0,913
|
|
1 99642650 rs819789 G A 1077.31 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.313;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.089;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-447.589;SBQD=-3.963;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7252;VQSLOD=4.8103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:1107,0,1297
|
|
1 99643963 rs668206 G T 2010.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.76;MQ0=0;QD=26.12;SB=-1208.664;SBQD=-1.106;SBpi=-0.7407;SBpiQual=-0.8650;VQSLOD=5.6687 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2044,160,0
|
|
1 99659034 rs3911411 T A 1620.63 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.400;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.544;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=19.53;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-539.791;SBQD=-3.560;SBpi=-1.3868;SBpiQual=-1.3758;VQSLOD=4.2840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,52:83:99:1651,0,781
|
|
1 99668346 rs819775 C A 792.21 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.362;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8237;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-485.348;SBQD=1.178;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1530;VQSLOD=3.8379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:822,0,1093
|
|
1 99669127 . T G 540.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.604;DP=72;Dels=0.00;FS=4.838;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.507;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.403;SB=-320.239;SBQD=2.374;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.2739;VQSLOD=1.1239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:571,0,1038
|
|
1 99679799 rs2085320 G A 1106.34 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.929;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.18;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.707;SB=-544.162;SBQD=-1.595;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2398;VQSLOD=5.7803 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:1136,0,999
|
|
1 99683656 rs2392011 T C 946.42 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.235;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.034;QD=13.52;ReadPosRankSum=1.005;SB=-340.465;SBQD=0.041;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8947;VQSLOD=5.4290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:976,0,1183
|
|
1 99685113 rs2392009 A G 1228.48 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.333;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.818;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.730;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-558.565;SBQD=1.843;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3801;VQSLOD=4.3304 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1258,0,1401
|
|
1 99687402 rs819797 G A 2505.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=34.32;SB=-1344.737;SBQD=1.176;SBpi=-0.2926;SBpiQual=-0.2062;VQSLOD=4.6202 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2538,196,0
|
|
1 99694037 rs11802224 A G 970.69 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.247;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=2.755;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.878;SB=-457.830;SBQD=-4.874;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.5371;VQSLOD=5.3230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:1001,0,1683
|
|
1 99694740 rs17394654 G A 964.32 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.887;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.835;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.114;SB=-441.649;SBQD=2.686;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3803;VQSLOD=5.8201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:84:99:994,0,1495
|
|
1 99740250 . T G 907.96 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=70;Dels=0.00;FS=5.135;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.171;SB=-228.654;SBQD=7.181;SBpi=1.2374;SBpiQual=1.4562;VQSLOD=3.1773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:938,0,1178
|
|
1 99748324 rs712889 C T 740.38 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.075;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=9.473;HRun=3;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-223.897;SBQD=8.932;SBpi=-1.1767;SBpiQual=-1.3594;VQSLOD=4.2086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:770,0,565
|
|
1 99785721 rs12042077 G A 1447.44 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.785;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.999;QD=15.40;ReadPosRankSum=-2.271;SB=-698.540;SBQD=0.765;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.4844;VQSLOD=5.1707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:1477,0,1289
|
|
1 99884601 rs1112324 G T 1426.38 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.007;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=3.944;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.794;QD=15.17;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-578.335;SBQD=-3.572;SBpi=-0.9286;SBpiQual=-0.9332;VQSLOD=3.6671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:1456,0,1390
|
|
1 99973055 rs7530007 G A 2652.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9958;MQ=58.96;MQ0=0;QD=33.57;SB=-1160.383;SBQD=0.097;SBpi=-1.0688;SBpiQual=-1.1101;VQSLOD=5.7859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2685,211,0
|
|
1 99977435 rs11809128 T C 1795.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.69;MQ0=0;QD=28.96;SB=-1027.399;SBQD=2.078;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.3192;VQSLOD=6.5081 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1828,147,0
|
|
1 99978790 . G A 2174.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=1.680;QD=32.94;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-973.084;SBQD=-2.878;SBpi=-0.8062;SBpiQual=-0.8915;VQSLOD=6.4994 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:2207,178,0
|
|
1 99986567 . C A 501.94 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.23;MQ0=6;QD=12.24;SB=-0.007;SBQD=-18.162;SBpi=-1.6813;SBpiQual=-1.6068;VQSLOD=1.9081 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:48.13:535,48,0
|
|
1 100045239 rs11166276 C T 2797.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=37.81;SB=-1436.153;SBQD=-0.868;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0918;VQSLOD=8.1515 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2831,217,0
|
|
1 100046246 rs6702619 T G 1790.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=29.35;SB=-1059.478;SBQD=-3.386;SBpi=0.1921;SBpiQual=0.0953;VQSLOD=7.0072 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1824,150,0
|
|
1 100059459 rs1339863 T G 2415.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=30.57;SB=-1297.380;SBQD=-5.625;SBpi=0.5063;SBpiQual=0.0658;VQSLOD=6.9568 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2448,217,0
|
|
1 100060990 rs1416891 C A 3112.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.25;MQ0=0;QD=34.20;SB=-1287.219;SBQD=0.721;SBpi=1.1007;SBpiQual=1.2713;VQSLOD=7.7857 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3145,253,0
|
|
1 100078387 rs835014 A G 2451.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=30.64;SB=-1150.067;SBQD=-7.397;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.8192;VQSLOD=7.2645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2484,219,0
|
|
1 100161691 rs4908005 G T 794.72 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.075;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=12.559;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.273;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.103;SB=-208.720;SBQD=8.773;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.1102;VQSLOD=5.0567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,27:78:99:825,0,1589
|
|
1 100166046 rs12406373 T C 1210.01 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.293;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=7.632;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=15.32;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-552.314;SBQD=7.055;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.6073;VQSLOD=4.7055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1240,0,1118
|
|
1 100166397 . G A 920.86 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.331;DP=71;Dels=0.00;FS=6.887;HRun=0;HaplotypeScore=1.9937;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=12.97;ReadPosRankSum=1.315;SB=-474.151;SBQD=-2.571;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.2876;VQSLOD=4.1793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:951,0,797
|
|
1 100169088 rs61785011 C A 1160.95 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.675;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.743;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=16.83;ReadPosRankSum=1.686;SB=-462.981;SBQD=-0.259;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.8520;VQSLOD=5.1510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1191,0,651
|
|
1 100242005 rs4908021 G A 2996.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=37.93;SB=-1306.297;SBQD=-0.356;SBpi=0.7313;SBpiQual=0.7350;VQSLOD=6.7808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3029,232,0
|
|
1 100248591 rs6681678 C T 1935.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=27.65;SB=-1036.173;SBQD=2.158;SBpi=-0.9562;SBpiQual=-0.8580;VQSLOD=4.5346 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1969,156,0
|
|
1 100260307 rs6701853 C A 1257.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.54;MQ0=0;QD=31.45;SB=-490.977;SBQD=8.844;SBpi=0.7206;SBpiQual=1.0471;VQSLOD=6.1675 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:99:1291,102,0
|
|
1 100273750 rs11166347 G A 2461.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=36.19;SB=-1300.952;SBQD=0.030;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0038;VQSLOD=8.7643 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2494,196,0
|
|
1 100280981 rs6688792 C G 1098.56 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.491;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-423.737;SBQD=5.134;SBpi=0.8807;SBpiQual=0.9907;VQSLOD=5.3546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1129,0,1009
|
|
1 100288560 rs2035957 G A 279.53 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=3.352;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.10;MQ0=2;MQRankSum=-0.625;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-232.328;SBQD=-2.315;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.3345;VQSLOD=2.6073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:310,0,367
|
|
1 100299009 rs12082234 T C 1054.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.47;MQ0=0;QD=27.03;SB=-452.498;SBQD=-2.165;SBpi=0.8807;SBpiQual=0.8932;VQSLOD=4.2232 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1087,99,0
|
|
1 100310243 rs550941 C T 854.15 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.422;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.068;HRun=0;HaplotypeScore=1.8675;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.517;SB=-469.056;SBQD=-0.200;SBpi=-0.7206;SBpiQual=-0.9059;VQSLOD=5.2708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:884,0,505
|
|
1 100316589 rs2307130 A G 1052.24 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=9.684;HRun=1;HaplotypeScore=1.7331;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.454;SB=-268.136;SBQD=10.660;SBpi=1.4368;SBpiQual=1.6171;VQSLOD=4.1699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:1082,0,871
|
|
1 100329889 rs535461 G C 1457.61 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.167;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=1.699;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.972;SB=-619.831;SBQD=-1.232;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.6639;VQSLOD=4.5544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:1488,0,1601
|
|
1 100339510 rs631797 G A 1594.85 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.603;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=18.33;ReadPosRankSum=0.064;SB=-679.491;SBQD=0.956;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.6436;VQSLOD=5.9278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:1625,0,1249
|
|
1 100345409 rs2392077 C G 1018.23 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=14.14;ReadPosRankSum=-2.205;SB=-499.341;SBQD=-1.425;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2161;VQSLOD=5.1199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:1048,0,1191
|
|
1 100348655 rs12038567 C A 1096.77 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.879;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.840;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.827;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.907;SB=-546.685;SBQD=0.960;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.2397;VQSLOD=4.7283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1127,0,1319
|
|
1 100371074 rs545045 G T 672.37 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.175;HRun=2;HaplotypeScore=3.7309;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.864;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-277.674;SBQD=4.871;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.6165;VQSLOD=1.5908 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:702,0,1009
|
|
1 100388748 rs3766603 T C 1092.24 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.371;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.878;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.246;SB=-519.506;SBQD=2.441;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.2896;VQSLOD=6.5243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1122,0,1370
|
|
1 100392562 rs2149188 G C 1346.50 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.364;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=15.30;ReadPosRankSum=2.362;SB=-653.195;SBQD=0.436;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.1745;VQSLOD=5.1463 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:1376,0,1386
|
|
1 100401657 rs943765 A G 859.44 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.076;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=16.305;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=13.22;ReadPosRankSum=0.712;SB=-321.766;SBQD=11.315;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.8419;VQSLOD=4.0088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:889,0,894
|
|
1 100407721 rs2050520 T C 1356.12 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.089;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=5.345;HRun=2;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.730;QD=15.24;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-581.874;SBQD=-4.773;SBpi=-0.6564;SBpiQual=-0.7250;VQSLOD=3.2447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:1386,0,1324
|
|
1 100480708 rs1967412 C T 554.41 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.486;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=5.138;HRun=0;HaplotypeScore=6.7987;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=14.98;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-285.837;SBQD=-5.341;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.0731;VQSLOD=2.0843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:584,0,482
|
|
1 100598867 rs687513 C T 1560.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.1931;MQ=58.64;MQ0=0;QD=24.01;SB=-906.759;SBQD=2.940;SBpi=0.6822;SBpiQual=0.7711;VQSLOD=3.4696 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1594,144,0
|
|
1 100655583 rs4281338 T A 1460.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.3204;MQ=59.41;MQ0=0;QD=29.21;SB=-596.303;SBQD=2.788;SBpi=1.1314;SBpiQual=1.2726;VQSLOD=3.8636 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1493,117,0
|
|
1 100685204 rs12563896 T C 1413.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.11;MQ0=0;QD=27.18;SB=-635.369;SBQD=12.107;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.8522;VQSLOD=3.8026 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1446,126,0
|
|
1 100687461 rs4443908 C A 2253.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.27;SB=-1253.143;SBQD=-0.434;SBpi=0.7407;SBpiQual=0.7749;VQSLOD=6.4317 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2286,214,0
|
|
1 100690245 rs7526860 G C 2302.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=53.59;MQ0=0;QD=29.90;SB=-1343.268;SBQD=-5.293;SBpi=0.2849;SBpiQual=0.1511;VQSLOD=7.3159 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2335,195,0
|
|
1 100694792 rs4908049 C T 2785.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.92;MQ0=0;QD=34.82;SB=-1031.152;SBQD=-1.617;SBpi=1.4534;SBpiQual=1.4541;VQSLOD=6.4740 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2819,223,0
|
|
1 100694882 rs4908050 G C 1844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.63;MQ0=0;QD=29.27;SB=-1031.722;SBQD=0.843;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.5362;VQSLOD=6.4437 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1877,153,0
|
|
1 100707489 rs56215925 A G 1047.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.44;MQ0=0;QD=29.92;SB=-418.193;SBQD=1.155;SBpi=0.9297;SBpiQual=0.9918;VQSLOD=7.0918 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90.26:1080,90,0
|
|
1 100720847 rs10875282 G A 2109.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.15;MQ0=0;QD=35.15;SB=-945.254;SBQD=-4.067;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.6278;VQSLOD=7.8130 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2142,169,0
|
|
1 100740694 rs3131833 G A 2984.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.96;SB=-1393.208;SBQD=-4.308;SBpi=0.7135;SBpiQual=0.4084;VQSLOD=8.8899 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3018,244,0
|
|
1 100763317 rs6681810 G C 2138.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=59.69;MQ0=0;QD=28.90;SB=-1105.926;SBQD=6.147;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.4745;VQSLOD=5.9690 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2172,195,0
|
|
1 100799060 rs498887 A C 2725.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=33.65;SB=-1032.049;SBQD=-4.118;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.4701;VQSLOD=8.3318 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2759,223,0
|
|
1 100821136 rs648333 T A 2326.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1203.591;SBQD=0.166;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.1760;VQSLOD=7.6026 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2360,187,0
|
|
1 100827090 rs11584851 T C 2037.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.11;MQ0=0;QD=32.34;SB=-1006.868;SBQD=5.368;SBpi=-0.0630;SBpiQual=0.3486;VQSLOD=6.1341 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2071,183,0
|
|
1 100950433 rs11166458 A T 1867.88 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.924;QD=28.30;ReadPosRankSum=2.309;SB=-1058.621;SBQD=2.194;SBpi=-0.0630;SBpiQual=-0.0716;VQSLOD=2.2275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1901,168,0
|
|
1 100950919 rs2008056 C T 2615.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.35;SB=-1389.980;SBQD=1.233;SBpi=-0.1162;SBpiQual=-0.1093;VQSLOD=8.2794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2649,205,0
|
|
1 100984519 rs7516109 T C 2343.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.61;SB=-1108.581;SBQD=-0.739;SBpi=0.3750;SBpiQual=0.3622;VQSLOD=8.2711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2376,187,0
|
|
1 101007817 rs12127493 A C 2857.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.26;MQ0=0;QD=34.85;SB=-1450.729;SBQD=-2.487;SBpi=-0.1104;SBpiQual=-0.3294;VQSLOD=7.1879 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2891,232,0
|
|
1 101020492 rs6577181 A T 2718.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.72;MQ0=0;QD=33.98;SB=-1426.531;SBQD=-0.068;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2711;VQSLOD=8.2601 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2752,220,0
|
|
1 101021742 rs1603718 T C 2922.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.99;SB=-1209.896;SBQD=-0.153;SBpi=0.9563;SBpiQual=0.9946;VQSLOD=8.1698 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2956,232,0
|
|
1 101023626 rs2201836 A G 2815.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=36.56;SB=-1427.253;SBQD=-0.240;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.1946;VQSLOD=7.9239 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2848,223,0
|
|
1 101024217 rs2783671 C A 2440.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.86;SB=-1238.247;SBQD=1.790;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.3665;VQSLOD=8.4552 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2473,193,0
|
|
1 101034603 rs3001998 C T 1950.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.12;MQ0=0;QD=22.16;SB=-1122.455;SBQD=-0.066;SBpi=-1.4924;SBpiQual=-1.6907;VQSLOD=2.8013 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:1983,153,0
|
|
1 101038019 rs35334066 G A 309.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=1.7900;MQ=37.01;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.854;SB=-981.439;SBQD=-3.878;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.2989;VQSLOD=-5.6865 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:33.07:343,33,0
|
|
1 101043902 rs10783142 C G 2777.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.53;MQ0=0;QD=28.05;SB=-1334.771;SBQD=-3.197;SBpi=1.1558;SBpiQual=0.8248;VQSLOD=5.7316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2810,256,0
|
|
1 101045104 rs2783692 G A 2739.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6120;MQ=59.40;MQ0=0;QD=35.12;SB=-1329.122;SBQD=-0.250;SBpi=-0.4529;SBpiQual=-0.5231;VQSLOD=6.0478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2772,217,0
|
|
1 101047633 rs7545966 G A 3541.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.14;SB=-1735.934;SBQD=0.755;SBpi=-0.3030;SBpiQual=-0.3068;VQSLOD=8.8654 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:3504,280,0
|
|
1 101049382 rs11799819 G A 2898.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.69;SB=-1165.998;SBQD=0.204;SBpi=1.0688;SBpiQual=1.1430;VQSLOD=7.6356 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2931,229,0
|
|
1 101102191 rs2783705 C G 1489.89 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=33.94;MQ0=9;QD=20.41;SB=-171.759;SBQD=-26.721;SBpi=-1.2964;SBpiQual=-1.4683;VQSLOD=2.3176 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:73:99:1523,129,0
|
|
1 101111375 rs2783679 T G 2629.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.38;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1231.447;SBQD=-0.732;SBpi=0.6351;SBpiQual=0.6333;VQSLOD=6.5991 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2663,214,0
|
|
1 101195659 rs3917012 G T 3173.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.71;SB=-1485.136;SBQD=-1.550;SBpi=1.0661;SBpiQual=0.9704;VQSLOD=7.7470 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3206,256,0
|
|
1 101215940 rs11166505 G C 884.76 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.958;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=13.82;ReadPosRankSum=1.470;SB=-440.595;SBQD=1.789;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.0462;VQSLOD=5.3581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:915,0,1102
|
|
1 101224146 rs6680442 C T 1171.02 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.241;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-555.242;SBQD=-3.504;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.3244;VQSLOD=6.0616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1201,0,1386
|
|
1 101243919 rs12023443 C T 2017.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=29.67;SB=-690.095;SBQD=-0.977;SBpi=-1.9403;SBpiQual=-2.1155;VQSLOD=5.3753 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2051,160,0
|
|
1 101246350 rs2392223 C T 692.81 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.088;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.762;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.282;SB=-317.912;SBQD=-3.865;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.5115;VQSLOD=5.3860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:723,0,1123
|
|
1 101252966 rs7526614 A G 1098.87 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=2.186;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=60.32;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=14.27;ReadPosRankSum=1.434;SB=-235.441;SBQD=5.373;SBpi=1.6667;SBpiQual=1.8861;VQSLOD=4.6086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:1129,0,1293
|
|
1 101253443 rs4320794 G A 983.76 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.408;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=2.153;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.324;SB=-475.897;SBQD=0.576;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1705;VQSLOD=5.1558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:1014,0,1043
|
|
1 101255052 rs4517368 C T 1277.70 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.842;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=11.341;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.339;SB=-481.276;SBQD=-6.504;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.8077;VQSLOD=5.4582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,42:103:99:1308,0,1983
|
|
1 101256818 rs9919268 C T 702.49 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.366;SB=-330.185;SBQD=0.073;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.2641;VQSLOD=4.5422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:732,0,1132
|
|
1 101260427 rs7544929 G A 1627.62 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.487;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.828;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=18.08;ReadPosRankSum=0.045;SB=-566.381;SBQD=2.290;SBpi=1.2481;SBpiQual=1.3683;VQSLOD=4.7163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:90:99:1658,0,925
|
|
1 101276245 rs12033114 G A 1178.83 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.732;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.264;SB=-587.872;SBQD=0.234;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.2293;VQSLOD=6.0026 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1209,0,1255
|
|
1 101277053 rs986136 G A 857.25 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.800;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.437;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.085;SB=-487.162;SBQD=3.411;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2905;VQSLOD=5.1473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:887,0,920
|
|
1 101277304 rs986138 A T 1144.99 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.282;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.169;HRun=2;HaplotypeScore=2.9920;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=15.90;ReadPosRankSum=0.129;SB=-596.547;SBQD=3.289;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0223;VQSLOD=3.4509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:72:99:1175,0,1085
|
|
1 101280027 rs4399179 A G 1592.36 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=10.237;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=16.94;ReadPosRankSum=0.213;SB=-612.570;SBQD=8.001;SBpi=0.6181;SBpiQual=0.8986;VQSLOD=4.3957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:94:99:1622,0,1186
|
|
1 101380812 . C T 238.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.910;DP=88;Dels=0.00;FS=2.145;HRun=2;HaplotypeScore=12.8155;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=2.71;ReadPosRankSum=-4.728;SB=-237.354;SBQD=1.710;SBpi=0.1091;SBpiQual=-0.0204;VQSLOD=-12.6355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,21:88:99:268,0,2092
|
|
1 101403815 rs12121879 A G 776.11 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.120;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=12.94;ReadPosRankSum=2.125;SB=-380.637;SBQD=2.986;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3359;VQSLOD=5.0693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:806,0,1073
|
|
1 101463138 rs12119832 G A 958.95 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.213;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.548;SB=-455.971;SBQD=1.303;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.6114;VQSLOD=5.8823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:989,0,763
|
|
1 101555143 rs61782096 C G 720.77 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.793;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-320.236;SBQD=4.448;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2432;VQSLOD=5.0122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:77:99:751,0,1638
|
|
1 101655324 rs12047133 T A 905.96 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.988;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8233;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.555;QD=13.94;ReadPosRankSum=-2.408;SB=-405.449;SBQD=0.122;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6518;VQSLOD=3.1897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:936,0,998
|
|
1 101659587 rs12562183 T G 983.83 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.094;SB=-493.846;SBQD=0.338;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2753;VQSLOD=5.4753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:1014,0,765
|
|
1 101668588 rs11166555 A G 2845.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.53;MQ0=0;QD=32.34;SB=-1170.140;SBQD=-5.562;SBpi=1.3858;SBpiQual=0.8700;VQSLOD=6.0619 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2879,256,0
|
|
1 101675073 rs11579786 T G 2299.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.37;SB=-1194.723;SBQD=-2.009;SBpi=0.1861;SBpiQual=0.0429;VQSLOD=8.0728 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2332,193,0
|
|
1 101678714 rs10875360 C T 2684.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=36.78;SB=-1334.461;SBQD=0.211;SBpi=-0.2926;SBpiQual=-0.2816;VQSLOD=8.7353 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2718,211,0
|
|
1 101681468 rs1999134 A C 2300.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.87;MQ0=0;QD=33.34;SB=-1263.631;SBQD=-1.567;SBpi=0.0602;SBpiQual=-0.0631;VQSLOD=8.8527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2333,190,0
|
|
1 101722147 rs9433754 G T 1118.63 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.741;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.904;HRun=2;HaplotypeScore=1.5781;MQ=53.05;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-301.828;SBQD=-2.866;SBpi=-1.6398;SBpiQual=-1.7552;VQSLOD=3.4470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:1149,0,1614
|
|
1 101727715 rs2392238 G A 1504.18 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.990;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.743;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=16.71;ReadPosRankSum=-2.171;SB=-796.736;SBQD=-2.874;SBpi=0.0714;SBpiQual=0.0576;VQSLOD=4.4778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:1534,0,1241
|
|
1 101732641 rs6693660 G A 1261.88 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=13.093;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=18.03;ReadPosRankSum=1.045;SB=-554.847;SBQD=-8.876;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.4593;VQSLOD=6.1629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:1292,0,825
|
|
1 101793861 rs7527942 C T 1558.36 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.212;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=8.954;HRun=0;HaplotypeScore=4.5216;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.728;QD=20.50;ReadPosRankSum=0.517;SB=-632.868;SBQD=8.992;SBpi=0.6301;SBpiQual=0.9074;VQSLOD=2.6578 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,51:76:99:1588,0,303
|
|
1 101809094 rs55981302 A G 1309.05 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.551;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.246;HRun=0;HaplotypeScore=1.9650;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.218;SB=-706.449;SBQD=-0.086;SBpi=0.3571;SBpiQual=-0.0783;VQSLOD=5.3301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,49:83:99:1339,0,1021
|
|
1 101813612 . T G 188.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.705;DP=95;Dels=0.00;FS=95.706;HRun=2;HaplotypeScore=12.6608;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=1.99;ReadPosRankSum=-2.506;SB=180.913;SBQD=9.156;SBpi=3.0000;SBpiQual=2.1545;VQSLOD=-12.2490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,36:95:99:219,0,1964
|
|
1 101832463 rs56386061 T C 1640.81 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.441;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=2.519;HRun=0;HaplotypeScore=2.1010;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=15.33;ReadPosRankSum=0.770;SB=-821.731;SBQD=2.175;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.2244;VQSLOD=5.3788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,55:107:99:1671,0,1636
|
|
1 101848219 rs12402925 T G 1694.40 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=5.034;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=17.29;ReadPosRankSum=2.146;SB=-808.825;SBQD=5.080;SBpi=0.0687;SBpiQual=0.1938;VQSLOD=4.7431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:1724,0,1359
|
|
1 101851025 rs12127134 A C 875.42 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.697;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.118;HRun=0;HaplotypeScore=1.8824;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.075;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-460.839;SBQD=-3.256;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1317;VQSLOD=3.5655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:81:99:905,0,1619
|
|
1 101851291 . T G 1702.80 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DP=91;Dels=0.00;FS=1.733;HRun=1;HaplotypeScore=1.9731;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=18.71;ReadPosRankSum=0.957;SB=-857.818;SBQD=-1.749;SBpi=-0.1361;SBpiQual=-0.0848;VQSLOD=2.9789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:91:99:1733,0,1161
|
|
1 101856643 rs4908138 C A 772.35 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.779;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.563;SB=-407.021;SBQD=0.021;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0797;VQSLOD=5.5650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:99:802,0,1269
|
|
1 101862699 rs10874485 C G 3115.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1596.780;SBQD=1.458;SBpi=0.0536;SBpiQual=0.1873;VQSLOD=6.7191 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3148,250,0
|
|
1 101866543 rs10874487 G T 588.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.899;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.679;HRun=1;HaplotypeScore=11.0719;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.222;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.225;SB=-283.932;SBQD=-3.714;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.4919;VQSLOD=-2.5430 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:619,0,1015
|
|
1 101883505 rs12043112 A G 1045.32 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.505;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=17.14;ReadPosRankSum=0.888;SB=-514.298;SBQD=3.545;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2133;VQSLOD=5.5869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:1075,0,748
|
|
1 101894654 . T C 1125.01 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.370;DP=76;Dels=0.00;FS=10.286;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=14.80;ReadPosRankSum=1.636;SB=-572.866;SBQD=-3.352;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3422;VQSLOD=4.5561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:1155,0,995
|
|
1 101902284 rs12732831 C G 848.33 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.022;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.7415;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=11.16;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-456.148;SBQD=-2.973;SBpi=0.0845;SBpiQual=-0.3062;VQSLOD=3.1196 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:878,0,1319
|
|
1 101912830 rs7520234 A G 1162.14 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-544.533;SBQD=-1.128;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.5085;VQSLOD=5.7372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1192,0,1205
|
|
1 101925763 rs12066370 T C 849.88 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.599;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.915;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-279.923;SBQD=7.058;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.9960;VQSLOD=5.0998 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:880,0,1449
|
|
1 101926586 rs28513181 T C 1301.46 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.042;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.791;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.442;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.229;SB=-672.250;SBQD=-2.611;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.3305;VQSLOD=5.1620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:1331,0,1236
|
|
1 101927321 rs1199715 G A 2414.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.04;SB=-1180.609;SBQD=0.060;SBpi=-0.4276;SBpiQual=-0.4484;VQSLOD=7.4494 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2448,187,0
|
|
1 101952091 rs12034865 G A 684.73 PASS AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=1.741;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.815;SB=-415.706;SBQD=0.139;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.3575;VQSLOD=3.3423 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,32:97:99:715,0,2088
|
|
1 101959484 rs11164209 T A 977.43 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.293;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=15.27;ReadPosRankSum=1.599;SB=-247.637;SBQD=-4.726;SBpi=-1.3470;SBpiQual=-1.4768;VQSLOD=3.5160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:1007,0,1004
|
|
1 101967247 rs447369 T C 2495.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=56.91;MQ0=1;QD=27.72;SB=-1307.176;SBQD=5.885;SBpi=0.2650;SBpiQual=0.7092;VQSLOD=5.6311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:90:99:2528,217,0
|
|
1 101967693 rs386197 C G 2681.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=33.94;SB=-1435.902;SBQD=-0.637;SBpi=0.1688;SBpiQual=0.1342;VQSLOD=7.7841 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2715,217,0
|
|
1 101982261 rs61021783 G A 1322.24 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.049;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.811;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=2.011;QD=13.92;ReadPosRankSum=1.123;SB=-514.184;SBQD=0.156;SBpi=0.9045;SBpiQual=0.9372;VQSLOD=4.7790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:1352,0,1451
|
|
1 101985997 rs1199581 A C 1228.69 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7781;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.960;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.028;SB=-604.695;SBQD=0.317;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3674;VQSLOD=4.1453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:1259,0,1470
|
|
1 101990951 rs3964651 T G 1175.96 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.285;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=6.669;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.883;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-592.523;SBQD=1.515;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.0224;VQSLOD=4.1510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:1206,0,1605
|
|
1 101994020 rs1343084 C T 1604.33 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.695;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=11.462;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.243;SB=-766.915;SBQD=-7.364;SBpi=-0.5960;SBpiQual=-0.6615;VQSLOD=4.8338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,57:101:99:1634,0,1372
|
|
1 102011336 rs1484305 G A 913.99 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.701;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.915;HRun=2;HaplotypeScore=1.7608;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-484.997;SBQD=1.487;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0692;VQSLOD=4.4294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:944,0,1115
|
|
1 102011910 rs1776937 G A 739.32 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.970;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-448.957;SBQD=-1.356;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1432;VQSLOD=6.1557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:769,0,998
|
|
1 102012459 rs1351841 A G 977.30 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.063;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=12.86;ReadPosRankSum=2.699;SB=-453.282;SBQD=5.246;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1800;VQSLOD=5.1781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:1007,0,1418
|
|
1 102018820 . A C 199.36 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.437;SB=-124.998;SBQD=-0.996;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0385;VQSLOD=4.1920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:229,0,149
|
|
1 102020038 rs4908157 A G 817.19 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.476;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.582;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.125;SB=-275.477;SBQD=-7.590;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-1.2090;VQSLOD=5.7951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:847,0,1285
|
|
1 102025402 rs6701142 G C 1219.90 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.814;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.554;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.180;SB=-464.946;SBQD=4.773;SBpi=0.6708;SBpiQual=1.0993;VQSLOD=5.5151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1250,0,1263
|
|
1 102053450 rs6666387 A G 2425.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.69;SB=-1147.710;SBQD=-1.330;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6516;VQSLOD=6.3548 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2458,199,0
|
|
1 102057280 rs10493957 G A 1024.95 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.043;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.255;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-425.993;SBQD=1.079;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8078;VQSLOD=5.6079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:1055,0,1354
|
|
1 102058665 rs1484297 C G 2962.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=34.85;SB=-1438.580;SBQD=0.264;SBpi=-0.3796;SBpiQual=-0.3131;VQSLOD=8.6399 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2995,241,0
|
|
1 102067179 rs12080001 A T 920.34 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.455;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.606;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=13.94;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-351.869;SBQD=-4.729;SBpi=-1.2330;SBpiQual=-1.2479;VQSLOD=4.4062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:950,0,842
|
|
1 102071163 rs12073459 T C 1395.19 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.063;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.949;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=19.65;ReadPosRankSum=0.608;SB=-705.788;SBQD=1.372;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.2271;VQSLOD=4.8915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,46:71:99:1425,0,744
|
|
1 102077409 rs7512152 G A 1264.06 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.147;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-586.684;SBQD=0.101;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4222;VQSLOD=5.0730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1294,0,1352
|
|
1 102080095 rs12091075 A C 1247.83 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.843;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.840;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=15.41;ReadPosRankSum=-1.050;SB=-684.011;SBQD=-2.124;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.1644;VQSLOD=5.5214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1278,0,1184
|
|
1 102081588 rs11164255 A G 934.46 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.792;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.940;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-304.098;SBQD=2.246;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.1462;VQSLOD=4.9338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:964,0,1382
|
|
1 102083546 rs12088054 A C 1107.49 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.581;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=6.639;HRun=0;HaplotypeScore=1.6439;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=11.42;ReadPosRankSum=-1.347;SB=-490.022;SBQD=4.563;SBpi=1.0321;SBpiQual=0.9533;VQSLOD=4.6054 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,46:97:99:1137,0,1670
|
|
1 102085498 rs12080747 G A 1298.37 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.144;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.132;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.981;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.241;SB=-635.718;SBQD=-4.122;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.3372;VQSLOD=4.4006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:1328,0,1006
|
|
1 102088369 rs35192997 G A 1123 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.908;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-422.251;SBQD=-1.458;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.9463;VQSLOD=5.7131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:1153,0,1317
|
|
1 102199317 . T C 762.34 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=68;Dels=0.00;FS=0.954;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.901;SB=-353.480;SBQD=0.578;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4435;VQSLOD=3.9479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:792,0,1300
|
|
1 102221845 rs11164290 A C 2782.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.35;SB=-1418.980;SBQD=0.329;SBpi=-0.3889;SBpiQual=-0.3764;VQSLOD=8.6370 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2815,223,0
|
|
1 102235493 rs12045345 T C 2683.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1112.000;SBQD=5.623;SBpi=0.5590;SBpiQual=1.0111;VQSLOD=8.5787 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2717,235,0
|
|
1 102237257 rs1327586 A G 2466.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.83;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1212.809;SBQD=3.881;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.3494;VQSLOD=8.3668 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2499,205,0
|
|
1 102238159 rs11164299 T A 3421.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.40;SB=-1579.603;SBQD=1.604;SBpi=0.5157;SBpiQual=0.7107;VQSLOD=7.5898 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3422,271,0
|
|
1 102239429 rs1470437 A C 2439.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.22;MQ0=0;QD=33.42;SB=-1249.583;SBQD=-2.667;SBpi=-0.1756;SBpiQual=-0.3266;VQSLOD=8.3570 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2473,199,0
|
|
1 102274126 rs1854170 G A 2849.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=0;QD=35.62;SB=-1477.647;SBQD=0.078;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.1873;VQSLOD=8.2530 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2883,223,0
|
|
1 102296496 rs12067670 C A 1485.14 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.343;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.920;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=17.68;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-635.260;SBQD=-3.034;SBpi=-0.6564;SBpiQual=-0.6738;VQSLOD=4.3750 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:1515,0,1125
|
|
1 102322817 rs6702995 T C 749.86 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.498;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=12.498;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-249.147;SBQD=-6.346;SBpi=-1.1674;SBpiQual=-0.9270;VQSLOD=4.6052 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:780,0,1361
|
|
1 102325136 rs1415099 C G 1149.96 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.808;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-565.272;SBQD=-1.004;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3665;VQSLOD=5.0729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:1180,0,1586
|
|
1 102340225 rs4483430 A C 913.51 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.674;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.888;SB=-294.977;SBQD=0.962;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.1572;VQSLOD=5.2702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:944,0,918
|
|
1 102344973 rs10874523 T G 1439.98 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=3.991;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=15.65;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-726.036;SBQD=-3.094;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.1748;VQSLOD=5.0963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1470,0,1454
|
|
1 102351682 rs1415104 G A 1297.66 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.314;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.891;QD=17.30;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-591.508;SBQD=0.965;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.4922;VQSLOD=4.8541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1328,0,993
|
|
1 102359002 rs3748653 C T 1140.48 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.127;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.183;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.096;SB=-529.625;SBQD=-4.623;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3870;VQSLOD=5.9604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:84:99:1170,0,1300
|
|
1 102391534 rs7550811 T C 926.61 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.204;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.857;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=11.58;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-388.462;SBQD=3.392;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.6095;VQSLOD=5.5203 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:957,0,1359
|
|
1 102409779 rs7515634 C G 933.66 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.461;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=4.277;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.837;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-305.760;SBQD=-4.551;SBpi=1.3056;SBpiQual=1.3648;VQSLOD=3.7145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:964,0,940
|
|
1 102411408 rs1336789 A G 812.59 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.152;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.847;SB=-443.638;SBQD=0.326;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2542;VQSLOD=4.8907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:843,0,1420
|
|
1 102413524 rs1415088 C A 977.15 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.600;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=8.819;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=11.10;ReadPosRankSum=-1.082;SB=-475.245;SBQD=-6.411;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4216;VQSLOD=5.4344 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:1007,0,1708
|
|
1 102416529 rs56176512 T C 1273.68 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.213;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.909;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=15.16;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-574.981;SBQD=3.629;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.5661;VQSLOD=4.9044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1304,0,1256
|
|
1 102424888 rs6693759 C T 2563.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5757;MQ=59.42;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1229.796;SBQD=0.989;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.5834;VQSLOD=7.0015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2597,202,0
|
|
1 102433712 rs945643 A G 2667.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;QD=31.02;SB=-1268.863;SBQD=-6.124;SBpi=-0.3235;SBpiQual=-0.8518;VQSLOD=7.4404 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2701,232,0
|
|
1 102473013 rs56147449 G A 2932.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=33.71;SB=-1516.208;SBQD=-0.052;SBpi=0.4825;SBpiQual=0.5149;VQSLOD=8.4780 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2965,229,0
|
|
1 102490916 rs11164362 T A 1597.53 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=5.726;HRun=14;HaplotypeScore=25.0769;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=15.98;ReadPosRankSum=1.176;SB=-993.925;SBQD=12.094;SBpi=0.6890;SBpiQual=1.3426;VQSLOD=-67.8513 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:100:99:1631,144,0
|
|
1 102492381 rs4644518 T C 2221.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1195.320;SBQD=-0.074;SBpi=0.1861;SBpiQual=0.2027;VQSLOD=8.3254 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2254,178,0
|
|
1 102506751 rs10747414 G C 3200.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.18;MQ0=0;QD=35.17;SB=-1674.265;SBQD=-1.336;SBpi=0.1572;SBpiQual=0.0363;VQSLOD=7.2395 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3234,265,0
|
|
1 102525199 rs7545917 C T 3500.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7987;MQ=59.51;MQ0=0;QD=36.84;SB=-1813.185;SBQD=0.171;SBpi=0.0513;SBpiQual=0.0614;VQSLOD=6.0641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3500,271,0
|
|
1 102529257 rs4306152 C T 2871.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7803;MQ=59.15;MQ0=0;QD=35.02;SB=-1233.728;SBQD=-1.244;SBpi=0.9939;SBpiQual=1.0011;VQSLOD=5.7440 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2905,226,0
|
|
1 102539215 . G A 830.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.408;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.45;MQ0=17;MQRankSum=1.625;QD=16.95;ReadPosRankSum=1.516;SB=-327.587;SBQD=-4.000;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.1207;VQSLOD=3.8893 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,32:49:78.21:864,78,0
|
|
1 102540084 rs10493980 A G 2810.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=34.70;SB=-1158.096;SBQD=1.341;SBpi=1.0556;SBpiQual=1.2113;VQSLOD=7.5500 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2843,229,0
|
|
1 102542926 rs4590688 A G 3018.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1496.948;SBQD=-0.219;SBpi=-0.3796;SBpiQual=-0.4335;VQSLOD=7.8454 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3052,238,0
|
|
1 102584458 rs61807668 C T 1976.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.59;SB=-776.091;SBQD=0.182;SBpi=0.9526;SBpiQual=0.9911;VQSLOD=6.5363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2009,157,0
|
|
1 102584783 rs17437604 A T 2622.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=38.00;SB=-1151.766;SBQD=0.407;SBpi=0.5417;SBpiQual=0.5946;VQSLOD=8.3983 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2655,208,0
|
|
1 102585318 rs6688524 A G 3137.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.10;SB=-1699.896;SBQD=1.012;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.1724;VQSLOD=7.1861 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3170,247,0
|
|
1 102599989 rs61803860 C T 655.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=15.76;MQ0=18;QD=7.99;SB=-265.072;SBQD=-6.157;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1411;VQSLOD=2.6599 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,74:82:71.99:688,72,0
|
|
1 102620164 rs1938344 A C 2866.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.13;SB=-1407.413;SBQD=-1.833;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.4489;VQSLOD=8.7311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2900,232,0
|
|
1 102624067 rs11164402 G A 2479.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.49;MQ0=0;QD=34.92;SB=-1245.671;SBQD=-1.599;SBpi=-0.2967;SBpiQual=-0.4029;VQSLOD=5.9545 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2513,196,0
|
|
1 102625939 rs10874549 G A 3414.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=3.297;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=36.32;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-1639.705;SBQD=1.493;SBpi=0.3629;SBpiQual=0.3899;VQSLOD=7.2767 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:3414,265,0
|
|
1 102628713 . C G 2359.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.46;SB=-1164.887;SBQD=-1.295;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.0471;VQSLOD=6.3409 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2392,214,0
|
|
1 102632993 rs2154362 C T 2327.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1079.179;SBQD=0.204;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.5717;VQSLOD=9.0471 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2361,187,0
|
|
1 102652777 rs12117414 T C 3053.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19;SB=-1536.921;SBQD=4.710;SBpi=-0.2085;SBpiQual=0.2542;VQSLOD=8.4470 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3086,268,0
|
|
1 102665324 rs10874550 G C 2457.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.89;MQ0=0;QD=31.51;SB=-1130.370;SBQD=3.042;SBpi=-0.7926;SBpiQual=-0.4743;VQSLOD=7.4965 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2491,223,0
|
|
1 102668371 rs10782873 C G 3490.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.75;SB=-1466.015;SBQD=-0.171;SBpi=0.9747;SBpiQual=1.0121;VQSLOD=8.0363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3491,277,0
|
|
1 102680527 rs12139027 A G 4123.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.63;MQ0=0;QD=36.82;SB=-1787.215;SBQD=1.665;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.9147;VQSLOD=7.4239 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:4124,322,0
|
|
1 102696043 rs6694201 C G 2982.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.86;MQ0=0;QD=33.89;SB=-1364.995;SBQD=0.329;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.8980;VQSLOD=8.4337 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3015,238,0
|
|
1 102699465 rs12144429 T A 3118.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.79;MQ0=0;QD=35.04;SB=-1544.413;SBQD=-3.357;SBpi=0.5830;SBpiQual=0.3771;VQSLOD=7.6066 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3152,250,0
|
|
1 102703063 rs10874565 C T 2420.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;QD=34.10;SB=-1198.302;SBQD=-0.547;SBpi=-0.5341;SBpiQual=-0.6163;VQSLOD=8.0531 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2454,190,0
|
|
1 102703123 rs10874566 C T 2775.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;QD=36.52;SB=-1373.611;SBQD=-0.001;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.3890;VQSLOD=7.8987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2809,217,0
|
|
1 102708517 rs10782879 A G 2195.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.2126;MQ=59.74;MQ0=0;QD=30.08;SB=-1245.235;SBQD=-6.103;SBpi=0.4096;SBpiQual=-0.0895;VQSLOD=5.0744 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2228,195,0
|
|
1 102716976 rs1341882 T C 1304.93 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.820;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=5.129;HRun=0;HaplotypeScore=1.9877;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=13.59;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-459.602;SBQD=-5.165;SBpi=-0.9045;SBpiQual=-1.1046;VQSLOD=4.3271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:1335,0,1622
|
|
1 102717534 rs12143175 G A 948.10 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.301;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.905;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.844;SB=-352.109;SBQD=2.603;SBpi=0.9297;SBpiQual=1.1438;VQSLOD=4.6568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:978,0,1312
|
|
1 102722439 rs10747416 G C 1837.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=33.41;SB=-418.114;SBQD=-4.291;SBpi=-2.0900;SBpiQual=-2.2862;VQSLOD=5.9264 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1871,147,0
|
|
1 102753335 rs1592116 C T 2704.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.79;MQ0=0;QD=35.12;SB=-1437.329;SBQD=-2.067;SBpi=0.0570;SBpiQual=-0.0512;VQSLOD=7.2991 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2738,217,0
|
|
1 102754219 rs1578580 T G 1093.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=14.2191;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=14.39;ReadPosRankSum=1.685;SB=-907.420;SBQD=-10.799;SBpi=0.0577;SBpiQual=-0.6907;VQSLOD=-0.8642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:1127,105,0
|
|
1 102754582 rs1832832 C T 3588.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.31;MQ0=0;QD=37.38;SB=-1470.123;SBQD=2.301;SBpi=0.9186;SBpiQual=1.0930;VQSLOD=8.3325 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3588,277,0
|
|
1 102756642 rs10782882 A C 2647.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.25;MQ0=1;QD=30.43;SB=-1486.686;SBQD=1.564;SBpi=0.1608;SBpiQual=0.0101;VQSLOD=6.7978 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2680,214,0
|
|
1 102758542 rs10782885 G A 2874.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.91;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1514.832;SBQD=-1.411;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.1315;VQSLOD=8.1870 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2907,232,0
|
|
1 102767216 rs4565733 A C 2505.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1241.553;SBQD=0.864;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.3711;VQSLOD=8.4800 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2538,202,0
|
|
1 102773854 rs6668904 T G 389.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.89;MQ0=30;MQRankSum=1.251;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.963;SB=-79.863;SBQD=-9.679;SBpi=-0.8847;SBpiQual=-1.2686;VQSLOD=3.7218 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,44:66:47.93:423,48,0
|
|
1 102774194 . A G 178.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.3286;MQ=10.84;MQ0=42;MQRankSum=1.137;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-0.007;SBQD=5.566;SBpi=1.9612;SBpiQual=1.7656;VQSLOD=-3.6221 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,26:69:21.04:211,21,0
|
|
1 102779615 rs6668416 A G 2519.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.21;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1314.694;SBQD=0.406;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.3182;VQSLOD=8.5500 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2552,208,0
|
|
1 102784590 rs1341888 G A 2518.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=36.49;SB=-1329.764;SBQD=0.099;SBpi=-0.0602;SBpiQual=-0.0735;VQSLOD=8.4347 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2551,199,0
|
|
1 102788294 rs4113464 T A 3386.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.48;MQ0=0;QD=36.81;SB=-1595.945;SBQD=1.909;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.4504;VQSLOD=8.4399 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3386,268,0
|
|
1 102789380 rs4243815 C T 3347.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=36.78;SB=-1579.225;SBQD=-1.024;SBpi=0.5766;SBpiQual=0.5158;VQSLOD=8.3171 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3347,259,0
|
|
1 102803659 rs1241441 A G 2258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26;SB=-1062.142;SBQD=-4.601;SBpi=0.7171;SBpiQual=0.3316;VQSLOD=7.2436 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2291,205,0
|
|
1 102807027 . T C 716.42 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.312;DP=68;Dels=0.00;FS=6.440;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.069;SB=-303.056;SBQD=-3.536;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.3578;VQSLOD=3.4884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:746,0,1349
|
|
1 102810303 rs2794898 T C 1706.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.42;MQ0=0;QD=32.82;SB=-832.333;SBQD=0.178;SBpi=0.5547;SBpiQual=0.5746;VQSLOD=8.0974 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1739,138,0
|
|
1 102816869 rs10047094 G C 2973.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=37.17;SB=-1336.211;SBQD=-0.759;SBpi=-0.5590;SBpiQual=-0.6365;VQSLOD=8.2418 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3007,235,0
|
|
1 102820629 rs7529692 C T 3344.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=36.75;SB=-1618.673;SBQD=1.941;SBpi=-0.3669;SBpiQual=-0.2317;VQSLOD=8.5329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3344,265,0
|
|
1 102837882 rs1340401 A T 2768.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.49;SB=-1008.563;SBQD=2.175;SBpi=1.3587;SBpiQual=1.5359;VQSLOD=8.8062 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2801,217,0
|
|
1 102840832 rs2376023 T A 1606.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.52;MQ0=0;QD=30.30;SB=-579.319;SBQD=-5.561;SBpi=-1.1676;SBpiQual=-1.3467;VQSLOD=6.4234 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1639,135,0
|
|
1 102862075 rs4908243 A G 2542.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;QD=33.02;SB=-1302.204;SBQD=-6.899;SBpi=0.3989;SBpiQual=-0.1806;VQSLOD=8.1317 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2576,226,0
|
|
1 102867247 rs2376029 C A 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.66;MQ0=0;QD=35.92;SB=-1513.034;SBQD=1.184;SBpi=0.5270;SBpiQual=0.5808;VQSLOD=8.3392 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3268,256,0
|
|
1 102867684 rs4571985 G T 2508.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.00;MQ0=0;QD=35.83;SB=-982.706;SBQD=-1.272;SBpi=-1.0757;SBpiQual=-1.1273;VQSLOD=8.4748 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2541,202,0
|
|
1 102869587 rs7552083 A C 1948.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.43;SB=-675.175;SBQD=-1.486;SBpi=-1.6510;SBpiQual=-1.7844;VQSLOD=5.6334 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1982,156,0
|
|
1 102877738 rs2153457 T C 624.28 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.967;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.324;SB=-312.276;SBQD=0.021;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.6187;VQSLOD=4.7641 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:654,0,1406
|
|
1 102893661 rs1340411 A T 2793.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.24;SB=-1317.922;SBQD=-0.952;SBpi=-0.4041;SBpiQual=-0.5119;VQSLOD=8.5777 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2826,217,0
|
|
1 102895472 rs6657812 T C 2382.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.40;MQ0=0;QD=32.63;SB=-1155.187;SBQD=3.998;SBpi=0.0585;SBpiQual=0.4202;VQSLOD=7.8861 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2415,211,0
|
|
1 102912495 . A C 1047.27 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DP=66;Dels=0.00;FS=4.971;HRun=1;HaplotypeScore=1.9576;MQ=50.00;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.751;SB=-329.201;SBQD=-7.163;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.1855;VQSLOD=3.2450 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:1077,0,927
|
|
1 102913172 . G C 623.04 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DP=71;Dels=0.00;FS=9.903;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.63;MQ0=2;MQRankSum=0.272;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-207.247;SBQD=7.130;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.6326;VQSLOD=3.8890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:653,0,930
|
|
1 102920790 rs1417252 C T 892.96 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.986;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.899;HRun=0;HaplotypeScore=10.2961;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-444.924;SBQD=0.672;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.5256;VQSLOD=1.7913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:923,0,997
|
|
1 102963125 rs4908250 T C 1765.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=36.04;SB=-583.421;SBQD=0.371;SBpi=1.3571;SBpiQual=1.4153;VQSLOD=6.9230 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1799,141,0
|
|
1 102968287 rs6703546 G C 785.68 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.208;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.535;HRun=0;HaplotypeScore=7.2641;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=11.73;ReadPosRankSum=1.260;SB=-272.754;SBQD=-3.835;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-0.9656;VQSLOD=1.8669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:816,0,938
|
|
1 102978472 . T C 1160.30 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;DP=70;Dels=0.00;FS=6.270;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=16.58;ReadPosRankSum=1.047;SB=-578.235;SBQD=4.932;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0154;VQSLOD=4.3945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1190,0,1057
|
|
1 102982366 rs56741793 A T 1094.76 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.461;SB=-489.445;SBQD=-0.613;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5052;VQSLOD=5.5154 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1125,0,1277
|
|
1 102984040 rs1417224 C T 2873.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.04;SB=-1229.502;SBQD=-0.972;SBpi=-0.9939;SBpiQual=-1.1188;VQSLOD=8.2500 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2906,226,0
|
|
1 102984525 . T A 897.31 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.947;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-430.802;SBQD=-1.586;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3452;VQSLOD=3.4026 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:927,0,1126
|
|
1 102995173 rs1040200 A G 2413.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.06;SB=-1169.520;SBQD=-7.692;SBpi=0.7608;SBpiQual=0.1533;VQSLOD=7.3418 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2446,214,0
|
|
1 103000260 rs4907972 T G 1425.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.55;MQ0=4;QD=22.27;SB=-463.911;SBQD=14.926;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4905;VQSLOD=3.5753 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1458,144,0
|
|
1 103003628 . G T 1375.30 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DP=91;Dels=0.00;FS=2.902;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=15.11;ReadPosRankSum=2.139;SB=-603.150;SBQD=3.429;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.6715;VQSLOD=2.3370 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:1405,0,1387
|
|
1 103012721 rs17496532 C T 1207.57 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.918;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.291;SB=-579.817;SBQD=-1.140;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1764;VQSLOD=4.8672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:1238,0,1616
|
|
1 103025027 rs1589095 G C 2834.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;QD=35.88;SB=-1423.507;SBQD=-0.043;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.3023;VQSLOD=8.6631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2868,226,0
|
|
1 103029994 . T C 1091.77 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.825;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.989;QD=15.16;ReadPosRankSum=0.769;SB=-560.070;SBQD=-1.503;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.2811;VQSLOD=3.0748 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1122,0,1024
|
|
1 103094956 rs908624 A G 659.69 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.502;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.327;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-387.668;SBQD=0.787;SBpi=0.3651;SBpiQual=-0.0061;VQSLOD=4.8231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:690,0,1254
|
|
1 103098231 rs12097025 G A 918.87 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.333;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.864;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.189;SB=-477.737;SBQD=-1.234;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2624;VQSLOD=5.1122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:949,0,1379
|
|
1 103108344 rs7549948 C T 1313.75 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.995;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.566;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=17.75;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-649.861;SBQD=3.962;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.1462;VQSLOD=4.1705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:1344,0,899
|
|
1 103123172 rs7533566 C A 3052.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.22;SB=-1579.182;SBQD=0.443;SBpi=-0.1104;SBpiQual=-0.0740;VQSLOD=8.4121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3085,238,0
|
|
1 103130706 . C T 833.05 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=64;Dels=0.00;FS=0.996;HRun=1;HaplotypeScore=2.3565;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-386.605;SBQD=3.281;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8944;VQSLOD=2.6475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:863,0,676
|
|
1 103141194 rs1597579 C T 1464.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=31.84;SB=-716.478;SBQD=2.674;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.5230;VQSLOD=7.2644 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1498,120,0
|
|
1 103150240 rs1451039 A G 2231.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=33.31;SB=-1224.839;SBQD=-1.082;SBpi=0.1833;SBpiQual=0.1579;VQSLOD=8.5755 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2265,178,0
|
|
1 103152118 rs1868828 G T 3289.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8633;MQ=59.25;MQ0=0;QD=37.81;SB=-1683.693;SBQD=-0.780;SBpi=0.0536;SBpiQual=0.0049;VQSLOD=6.1310 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3290,253,0
|
|
1 103159121 rs1376358 A G 1991.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.64;SB=-900.929;SBQD=-6.250;SBpi=-0.4341;SBpiQual=-0.8830;VQSLOD=6.5609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2025,177,0
|
|
1 103159575 rs4477300 T C 2460.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.17;SB=-963.175;SBQD=-2.583;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.2751;VQSLOD=7.4076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2493,202,0
|
|
1 103196337 rs10735774 C T 2603.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.54;SB=-1293.302;SBQD=1.507;SBpi=0.5590;SBpiQual=0.7010;VQSLOD=6.4580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2636,208,0
|
|
1 103282078 . C T 1317.71 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.732;DP=79;Dels=0.00;FS=4.295;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.011;QD=16.68;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-644.986;SBQD=-3.765;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.1103;VQSLOD=4.5964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1348,0,1172
|
|
1 103313846 rs1241188 T A 1198.16 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.956;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=12.863;HRun=1;HaplotypeScore=2.6601;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.278;SB=-390.746;SBQD=8.933;SBpi=1.0408;SBpiQual=1.1629;VQSLOD=3.7778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:1228,0,1486
|
|
1 103325936 rs12026364 G T 271.16 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.546;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.7887;MQ=52.23;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.465;SB=-139.643;SBQD=-2.292;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3346;VQSLOD=4.5939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:301,0,517
|
|
1 103326581 rs2616002 G C 1120.79 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.102;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=1.936;QD=16.73;ReadPosRankSum=0.714;SB=-512.788;SBQD=1.401;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.6199;VQSLOD=5.0113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:1151,0,698
|
|
1 103334477 rs1763342 T A 1090.63 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=7.905;HRun=0;HaplotypeScore=1.8835;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=14.74;ReadPosRankSum=1.444;SB=-508.984;SBQD=5.087;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.3524;VQSLOD=4.5089 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1121,0,964
|
|
1 103357374 rs1241166 G A 1331.31 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.324;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4538;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=20.17;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-701.653;SBQD=-0.332;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.1676;VQSLOD=4.2273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,43:66:99:1361,0,623
|
|
1 103395399 . C G 1291.94 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.897;DP=85;Dels=0.00;FS=3.317;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.46;MQ0=3;MQRankSum=5.042;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.241;SB=-577.903;SBQD=-3.071;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.4908;VQSLOD=1.7718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1322,0,740
|
|
1 103403268 rs2616012 A T 2263.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.33;SB=-1266.395;SBQD=1.697;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.1626;VQSLOD=8.0812 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2296,181,0
|
|
1 103406616 rs2616011 C G 1191.64 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.890;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=13.09;ReadPosRankSum=-1.131;SB=-440.326;SBQD=1.442;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.0454;VQSLOD=4.5919 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:1222,0,1605
|
|
1 103412019 rs2622863 A G 1408.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.44;MQ0=0;QD=35.22;SB=-508.056;SBQD=-1.732;SBpi=1.1068;SBpiQual=1.0338;VQSLOD=8.3797 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1442,114,0
|
|
1 103418073 rs10747433 A C 3034.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.58;MQ0=0;QD=30.34;SB=-1284.365;SBQD=4.112;SBpi=0.8000;SBpiQual=1.1762;VQSLOD=6.0349 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3067,271,0
|
|
1 103423588 rs2615984 A G 2418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=30.62;SB=-1196.899;SBQD=-6.173;SBpi=0.8438;SBpiQual=0.3307;VQSLOD=6.8417 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2452,220,0
|
|
1 103514328 rs6698432 A G 2706.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.22;MQ0=4;QD=30.42;SB=-1200.396;SBQD=4.511;SBpi=-1.1130;SBpiQual=-1.0865;VQSLOD=6.8999 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2740,232,0
|
|
1 103520427 rs9701540 A G 1743.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=32.90;SB=-616.509;SBQD=-6.343;SBpi=-1.0302;SBpiQual=-1.4197;VQSLOD=7.7616 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1777,147,0
|
|
1 103532919 rs7519039 T C 2345.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;QD=35.53;SB=-937.036;SBQD=-1.380;SBpi=-0.9847;SBpiQual=-1.1233;VQSLOD=8.3480 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2378,190,0
|
|
1 103553270 rs6577352 G A 2354.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.37;SB=-1094.298;SBQD=-0.083;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.4641;VQSLOD=8.3689 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2387,184,0
|
|
1 103562868 rs1572521 T G 1881.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44;SB=-1090.313;SBQD=0.532;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0369;VQSLOD=8.0626 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1914,150,0
|
|
1 103578830 rs1538045 G C 1771.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.58;SB=-841.480;SBQD=-0.505;SBpi=1.1430;SBpiQual=1.1262;VQSLOD=5.4346 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1805,165,0
|
|
1 103578898 rs1538044 C G 3120.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-1519.763;SBQD=1.602;SBpi=0.1627;SBpiQual=0.3116;VQSLOD=9.5679 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3153,250,0
|
|
1 103590698 rs12126095 G T 3511.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.96;SB=-1282.017;SBQD=-0.767;SBpi=-1.4877;SBpiQual=-1.6520;VQSLOD=7.5520 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3511,280,0
|
|
1 103592754 rs1337172 T C 2995.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.98;SB=-1414.613;SBQD=0.174;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.4218;VQSLOD=8.6920 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3029,238,0
|
|
1 103594743 rs55926955 C T 2782.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.67;SB=-1113.870;SBQD=0.392;SBpi=1.1323;SBpiQual=1.2309;VQSLOD=7.8600 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2815,220,0
|
|
1 103600005 . C G 1301.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=28.31;MQ0=0;QD=25.52;SB=-735.552;SBQD=0.678;SBpi=-0.3501;SBpiQual=-0.3882;VQSLOD=4.1448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1334,126,0
|
|
1 103606181 rs6675440 C G 2395.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1279.410;SBQD=0.527;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.0299;VQSLOD=8.4366 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2428,193,0
|
|
1 103619366 rs7553793 T C 2442.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.95;MQ0=0;QD=32.14;SB=-1278.764;SBQD=4.771;SBpi=-0.2294;SBpiQual=0.1774;VQSLOD=6.8891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2476,217,0
|
|
1 103620522 rs10874690 A C 2772.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=36.48;SB=-1440.849;SBQD=-0.850;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0621;VQSLOD=8.3059 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2805,220,0
|
|
1 103621351 rs4096920 C T 1537.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.89;MQ0=0;QD=27.96;SB=-977.413;SBQD=0.543;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.3326;VQSLOD=6.0167 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1571,123,0
|
|
1 103625088 rs6704272 C T 2637.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=36.13;SB=-1261.937;SBQD=0.071;SBpi=0.4096;SBpiQual=0.4337;VQSLOD=8.3623 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2671,211,0
|
|
1 103629718 rs6660886 G A 3170.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=36.03;SB=-1137.904;SBQD=-2.467;SBpi=-1.3858;SBpiQual=-1.6122;VQSLOD=8.0396 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3204,256,0
|
|
1 103636102 rs11800314 A G 1286.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ=47.25;MQ0=0;QD=22.97;SB=-618.353;SBQD=-3.945;SBpi=1.4699;SBpiQual=1.0999;VQSLOD=2.6547 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1319,126,0
|
|
1 103639762 rs12075533 C A 2101.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.5441;MQ=58.32;MQ0=0;QD=32.84;SB=-897.831;SBQD=2.119;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.2344;VQSLOD=3.8415 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2135,166,0
|
|
1 103647936 rs7540091 G A 261.96 PASS AB=0.13;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=3.123;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.70;MQ0=2;MQRankSum=0.296;QD=17.46;ReadPosRankSum=0.691;SB=-133.081;SBQD=-20.518;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.4446;VQSLOD=5.6941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:19.27:292,0,19
|
|
1 103657381 rs12075811 A G 2837.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.03;SB=-1379.347;SBQD=0.546;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5727;VQSLOD=8.3515 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2871,223,0
|
|
1 103665997 rs6681786 G A 2695.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1208.871;SBQD=0.982;SBpi=0.6351;SBpiQual=0.7417;VQSLOD=8.2959 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2729,214,0
|
|
1 103666703 rs4372279 T C 1945.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=31.89;SB=-979.873;SBQD=6.214;SBpi=-0.5762;SBpiQual=-0.0985;VQSLOD=7.8891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1978,174,0
|
|
1 103669096 . G A 2978.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.70;MQ0=0;QD=35.46;SB=-1370.051;SBQD=-1.938;SBpi=0.7638;SBpiQual=0.8705;VQSLOD=7.1251 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3011,241,0
|
|
1 103686702 rs7541306 A C 1388.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5731;MQ=59.35;MQ0=0;QD=21.69;SB=-830.809;SBQD=3.444;SBpi=-1.1250;SBpiQual=-0.9466;VQSLOD=3.5244 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1421,111,0
|
|
1 103695039 rs7532331 G A 3020.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.96;SB=-1537.966;SBQD=0.232;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.3068;VQSLOD=8.6610 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3054,235,0
|
|
1 103696944 rs1003084 T G 2858.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1494.151;SBQD=-0.979;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.1176;VQSLOD=8.2085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2892,226,0
|
|
1 103746074 rs12077301 G A 2873.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=36.84;SB=-1375.985;SBQD=-0.639;SBpi=-0.3397;SBpiQual=-0.4052;VQSLOD=8.2220 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2907,229,0
|
|
1 103764536 rs61815109 C A 2832.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=33.72;SB=-1508.026;SBQD=2.050;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.1507;VQSLOD=5.5649 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2865,229,0
|
|
1 103767175 rs28535941 C G 3105.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=36.54;SB=-1315.622;SBQD=0.771;SBpi=0.8135;SBpiQual=0.9190;VQSLOD=8.4846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3139,250,0
|
|
1 103771967 rs28520946 T A 2520.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=36.52;SB=-1076.424;SBQD=0.627;SBpi=0.7825;SBpiQual=0.8915;VQSLOD=8.2780 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2553,202,0
|
|
1 103775409 rs28601794 C T 2757.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.29;MQ0=0;QD=37.27;SB=-1311.089;SBQD=0.578;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.2482;VQSLOD=8.8751 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2791,220,0
|
|
1 103778351 rs28470691 G A 2603.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1255.587;SBQD=-1.539;SBpi=-0.1780;SBpiQual=-0.2359;VQSLOD=8.4526 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2637,208,0
|
|
1 103779460 rs28368360 T C 2885.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.00;SB=-1465.004;SBQD=-0.298;SBpi=0.1132;SBpiQual=0.0963;VQSLOD=8.6943 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2919,229,0
|
|
1 104029207 . C T 513 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.064;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.60;MQ0=7;MQRankSum=-1.867;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.527;SB=-298.180;SBQD=-2.461;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.2298;VQSLOD=2.1141 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:543,0,802
|
|
1 104029745 . T G 110.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.15;MQ0=0;MQRankSum=-3.932;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-0.007;SBQD=-8.874;SBpi=-1.8708;SBpiQual=-2.0433;VQSLOD=-3.3129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:140,0,462
|
|
1 104030621 rs10158225 T C 1373.66 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.623;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=9.193;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-671.910;SBQD=7.250;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.3211;VQSLOD=4.9509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1404,0,1138
|
|
1 104072685 rs12045665 C G 400.63 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.365;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.575;HRun=0;HaplotypeScore=3.3171;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-256.683;SBQD=2.022;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.2266;VQSLOD=3.6010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:431,0,500
|
|
1 104091575 . C T 842.78 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.980;DP=60;Dels=0.00;FS=2.377;HRun=0;HaplotypeScore=2.3696;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=14.05;ReadPosRankSum=1.342;SB=-295.049;SBQD=-6.398;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-1.0330;VQSLOD=3.3024 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:60:99:873,0,662
|
|
1 104158785 . G C 1008.78 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=78;Dels=0.00;FS=11.347;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-374.034;SBQD=8.065;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.9570;VQSLOD=3.8470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1039,0,1007
|
|
1 104436874 rs1182589 A C 679.94 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.433;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.042;SB=-286.492;SBQD=-2.698;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.6726;VQSLOD=5.3233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:710,0,955
|
|
1 104501873 rs7538450 G A 2135.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=37.46;SB=-839.048;SBQD=1.346;SBpi=0.8609;SBpiQual=0.9906;VQSLOD=8.0367 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2168,169,0
|
|
1 104534262 rs6586440 C T 2963.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=35.28;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1328.818;SBQD=-1.060;SBpi=0.8232;SBpiQual=0.9167;VQSLOD=6.7039 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2996,232,0
|
|
1 104541850 rs7537623 G C 2456.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1279.440;SBQD=-2.865;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.0189;VQSLOD=7.3059 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2490,202,0
|
|
1 104542596 rs7540512 G A 2327.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1181.190;SBQD=0.874;SBpi=-0.1861;SBpiQual=-0.1193;VQSLOD=7.9122 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2361,184,0
|
|
1 104549962 . G A 2720.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.27;SB=-1218.265;SBQD=-0.724;SBpi=0.7506;SBpiQual=0.7358;VQSLOD=6.8767 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2753,214,0
|
|
1 104556742 rs1581961 T A 2316.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.62;SB=-1027.838;SBQD=-3.543;SBpi=0.9562;SBpiQual=0.7541;VQSLOD=7.2970 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:2349,196,0
|
|
1 104570120 rs4261130 A G 3044.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.79;MQ0=0;QD=33.83;SB=-1460.802;SBQD=-1.003;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.7076;VQSLOD=7.4087 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3078,241,0
|
|
1 104579351 . T A 66.97 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;DP=41;Dels=0.05;FS=8.770;HRun=12;HaplotypeScore=14.6352;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.014;SB=18.034;SBQD=3.625;SBpi=1.5254;SBpiQual=1.2702;VQSLOD=-27.5422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:96.96:97,0,311
|
|
1 104739606 rs12087023 A T 1155.34 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-604.281;SBQD=0.604;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4584;VQSLOD=4.8711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:1185,0,794
|
|
1 104740329 rs12088361 A G 696.62 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.039;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.280;SB=-359.231;SBQD=-2.139;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2782;VQSLOD=4.3264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:727,0,1045
|
|
1 104755277 rs12092609 C G 898.90 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.446;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.923;HRun=1;HaplotypeScore=2.1992;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.112;SB=-431.806;SBQD=-6.159;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2454;VQSLOD=4.3924 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:929,0,1015
|
|
1 104761461 . T G 943.42 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.263;DP=62;Dels=0.00;FS=2.273;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.02;MQ0=2;MQRankSum=0.355;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.488;SB=-469.665;SBQD=1.857;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1253;VQSLOD=4.8115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:973,0,835
|
|
1 104761703 . T C 1031.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.25;MQ0=14;QD=15.63;SB=-496.771;SBQD=0.326;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.3015;VQSLOD=4.1337 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1065,102,0
|
|
1 104773909 rs1928324 G T 2915.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.86;SB=-1495.972;SBQD=-0.158;SBpi=-0.0570;SBpiQual=-0.0708;VQSLOD=7.7100 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2948,226,0
|
|
1 104779955 rs11185405 A C 1806.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.51;MQ0=0;QD=32.85;SB=-773.693;SBQD=-0.662;SBpi=-0.7416;SBpiQual=-0.8265;VQSLOD=6.8287 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1840,156,0
|
|
1 104792272 rs10881537 C T 952.81 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.055;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=16.033;HRun=0;HaplotypeScore=1.9768;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.650;SB=-247.923;SBQD=11.896;SBpi=1.1315;SBpiQual=1.4079;VQSLOD=4.5572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:983,0,913
|
|
1 104793825 rs6586454 T G 2260.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-1080.419;SBQD=0.692;SBpi=0.3150;SBpiQual=0.4044;VQSLOD=8.7214 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2294,181,0
|
|
1 104800547 rs6586465 G T 2607.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.86;SB=-1401.921;SBQD=-1.593;SBpi=-0.0570;SBpiQual=-0.1562;VQSLOD=7.9489 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2640,208,0
|
|
1 104803458 rs964610 T C 831.44 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.824;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.344;HRun=2;HaplotypeScore=1.4679;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.809;SB=-301.225;SBQD=4.130;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.9410;VQSLOD=3.9590 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:861,0,1372
|
|
1 104806719 rs10748512 G C 1090.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=40.40;MQ0=0;QD=23.71;SB=-673.234;SBQD=5.501;SBpi=-0.1474;SBpiQual=0.4373;VQSLOD=3.9830 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1124,105,0
|
|
1 104807738 rs10785858 G A 971.74 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.150;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.480;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.174;SB=-449.561;SBQD=-1.156;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.7051;VQSLOD=6.1457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1002,0,871
|
|
1 104809319 rs6690305 G A 3342.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.42;SB=-1130.560;SBQD=0.835;SBpi=1.5546;SBpiQual=1.7326;VQSLOD=7.8632 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3343,259,0
|
|
1 104811424 rs10748515 T C 2554.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=31.15;SB=-1095.253;SBQD=5.256;SBpi=0.6626;SBpiQual=1.0889;VQSLOD=7.1603 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2587,223,0
|
|
1 104827495 rs6586467 T C 1579.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.61;SB=-390.293;SBQD=-10.702;SBpi=-1.5316;SBpiQual=-1.9671;VQSLOD=7.9028 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1613,126,0
|
|
1 104834535 rs12758855 C T 854.63 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.709;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=7.973;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=15.26;ReadPosRankSum=1.850;SB=-232.427;SBQD=0.941;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.3179;VQSLOD=3.4387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:885,0,609
|
|
1 104842681 rs12125961 A G 1206.13 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.611;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=18.56;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-560.233;SBQD=-3.495;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.5309;VQSLOD=5.0718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:1236,0,824
|
|
1 104846454 rs6688829 C T 1155.44 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.320;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.015;SB=-544.263;SBQD=0.225;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3966;VQSLOD=5.1869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:1185,0,1712
|
|
1 104852738 rs10881542 T C 1172.98 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.222;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.803;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.214;SB=-449.938;SBQD=-2.303;SBpi=-1.0553;SBpiQual=-0.7901;VQSLOD=5.9025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1203,0,1237
|
|
1 104852743 rs10881543 C G 2989.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;QD=35.59;SB=-1367.261;SBQD=-0.128;SBpi=-0.6547;SBpiQual=-0.7110;VQSLOD=8.5630 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3023,241,0
|
|
1 104855752 rs6586474 C T 1383.49 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.758;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.183;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=16.67;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-644.506;SBQD=-4.109;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.2248;VQSLOD=5.9155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1413,0,1133
|
|
1 104859897 rs7526427 A G 1294.64 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.965;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=3.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.068;SB=-672.016;SBQD=3.411;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0959;VQSLOD=6.5021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:1325,0,1650
|
|
1 104875626 . G T 834.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.683;DP=81;Dels=0.00;FS=4.405;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ=46.24;MQ0=0;MQRankSum=-7.087;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.346;SB=-381.332;SBQD=-3.671;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.6210;VQSLOD=-7.1696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:864,0,1348
|
|
1 104877392 rs12735724 T A 1107.82 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.532;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=13.35;ReadPosRankSum=1.159;SB=-541.665;SBQD=0.180;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2902;VQSLOD=5.3397 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:1138,0,1416
|
|
1 104916025 rs315157 T A 935.78 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.929;HRun=2;HaplotypeScore=1.7297;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.159;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.955;SB=-585.618;SBQD=2.271;SBpi=-0.0781;SBpiQual=0.0841;VQSLOD=2.5088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:966,0,1025
|
|
1 104925122 rs315161 A G 655.84 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.279;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8922;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.000;SB=-313.099;SBQD=-3.305;SBpi=0.1961;SBpiQual=-0.1827;VQSLOD=3.4133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:686,0,913
|
|
1 104939451 rs12025469 C T 853.56 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-459.982;SBQD=-0.165;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.0853;VQSLOD=6.1828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:884,0,770
|
|
1 104942064 rs315150 T C 1315.21 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.320;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.933;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.834;QD=16.44;ReadPosRankSum=1.639;SB=-725.438;SBQD=-5.798;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0302;VQSLOD=5.5425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1345,0,1066
|
|
1 104955393 rs2594680 G A 1387.61 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.009;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.793;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=15.42;ReadPosRankSum=1.861;SB=-713.499;SBQD=1.783;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0391;VQSLOD=3.9918 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:1418,0,1264
|
|
1 104960285 rs56140695 A T 946.40 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.869;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.488;SB=-248.703;SBQD=6.447;SBpi=1.6058;SBpiQual=1.5749;VQSLOD=3.9314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:976,0,889
|
|
1 104966585 rs2132958 G A 943.35 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=13.886;HRun=0;HaplotypeScore=1.9958;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.816;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-367.087;SBQD=-10.538;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7508;VQSLOD=5.0152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:973,0,924
|
|
1 104970437 rs2594669 C A 3020.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.36;MQ0=0;QD=35.95;SB=-1245.794;SBQD=-1.738;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-1.0623;VQSLOD=6.5781 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3053,238,0
|
|
1 104972451 rs11184165 C T 572.41 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.750;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.463;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-277.822;SBQD=-2.163;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.2028;VQSLOD=5.2997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:602,0,767
|
|
1 104981506 rs10881158 A G 2683.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=31.21;SB=-1299.946;SBQD=0.325;SBpi=-0.9705;SBpiQual=-0.9748;VQSLOD=7.2111 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2717,214,0
|
|
1 104982509 rs1375106 G C 1840.38 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=1.663;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=18.78;ReadPosRankSum=1.263;SB=-837.498;SBQD=0.009;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.3619;VQSLOD=4.8012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,59:98:99:1870,0,1213
|
|
1 104995787 rs1448385 A G 1045.61 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.584;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.857;HRun=2;HaplotypeScore=2.7291;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.201;SB=-489.280;SBQD=-5.177;SBpi=0.1581;SBpiQual=-0.3186;VQSLOD=2.9479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1076,0,1249
|
|
1 105000929 rs12141229 A T 811.13 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.265;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.114;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.260;SB=-517.927;SBQD=2.792;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.5158;VQSLOD=5.6286 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:841,0,864
|
|
1 105002929 rs7417007 A G 2507.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.35;SB=-975.749;SBQD=-5.984;SBpi=-0.7608;SBpiQual=-1.2320;VQSLOD=7.9981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2541,214,0
|
|
1 105006519 rs1115851 G A 1071.72 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.109;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=4.985;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=17.01;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-458.039;SBQD=5.627;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.5664;VQSLOD=5.7250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:1102,0,770
|
|
1 105010586 rs2121968 A G 680.76 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.029;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.148;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-375.207;SBQD=-5.732;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.4998;VQSLOD=5.3523 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:711,0,1002
|
|
1 105045888 rs11184191 G T 1949.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.31;SB=-1285.223;SBQD=0.428;SBpi=-0.6268;SBpiQual=-0.6653;VQSLOD=3.5400 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1982,207,0
|
|
1 105050939 . G C 377.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DP=57;Dels=0.00;FS=6.252;HRun=0;HaplotypeScore=1.9536;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.198;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-175.850;SBQD=8.153;SBpi=-0.2236;SBpiQual=0.2134;VQSLOD=0.5051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:57:99:407,0,955
|
|
1 105055075 rs381728 T A 2957.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=35.63;SB=-1568.737;SBQD=0.384;SBpi=-0.1646;SBpiQual=-0.1359;VQSLOD=8.4871 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2991,232,0
|
|
1 105062397 rs104453 A G 2599.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.33;SB=-1449.457;SBQD=0.122;SBpi=0.1132;SBpiQual=0.1299;VQSLOD=7.8929 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2632,208,0
|
|
1 105081913 rs12022925 T G 2703.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.66;SB=-1132.285;SBQD=-2.612;SBpi=-0.9058;SBpiQual=-1.0838;VQSLOD=7.8316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2736,214,0
|
|
1 105093880 rs12067159 A G 2751.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.28;SB=-952.085;SBQD=3.673;SBpi=1.3587;SBpiQual=1.7008;VQSLOD=8.0952 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2784,220,0
|
|
1 105099020 rs6678993 A G 1146.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.52;MQ0=0;QD=32.77;SB=-71.237;SBQD=15.375;SBpi=2.6200;SBpiQual=2.7860;VQSLOD=5.0712 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:96.29:1180,96,0
|
|
1 105104535 rs7531554 G A 1098.92 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.980;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.6774;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.354;SB=-525.997;SBQD=-0.951;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.2960;VQSLOD=3.9026 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1129,0,1173
|
|
1 105109798 rs1448390 A C 734.68 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.668;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.183;SB=-289.310;SBQD=-6.287;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.7143;VQSLOD=4.8659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:765,0,1233
|
|
1 105123249 . T C 715.92 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;DP=71;Dels=0.00;FS=2.075;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.776;SB=-364.558;SBQD=1.696;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3180;VQSLOD=4.2508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:71:99:746,0,1345
|
|
1 105124957 rs11184214 G A 2275.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=33.46;SB=-1187.940;SBQD=-0.740;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.2748;VQSLOD=7.5623 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2309,184,0
|
|
1 105129107 rs7548092 T A 1934.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.01;MQ0=0;QD=29.31;SB=-1220.201;SBQD=-1.320;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0459;VQSLOD=6.0142 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1967,153,0
|
|
1 105130928 rs6694146 C T 2663.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1314.980;SBQD=0.630;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.4872;VQSLOD=7.5471 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2697,208,0
|
|
1 105155533 rs1112300 T C 586.01 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.465;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.514;SB=-223.492;SBQD=4.647;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.8462;VQSLOD=5.4778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:616,0,926
|
|
1 105176332 rs2317488 A G 2204.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.99;SB=-1161.928;SBQD=2.705;SBpi=-0.1890;SBpiQual=0.0119;VQSLOD=8.5732 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2237,181,0
|
|
1 105190881 rs958515 G A 1419.99 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.590;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=16.14;ReadPosRankSum=-1.824;SB=-481.618;SBQD=-5.176;SBpi=-1.2399;SBpiQual=-1.3251;VQSLOD=4.8544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:1450,0,1276
|
|
1 105195691 rs10785710 A G 2212.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=33.53;SB=-900.309;SBQD=-6.301;SBpi=-0.6155;SBpiQual=-1.0788;VQSLOD=8.1477 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2246,190,0
|
|
1 105196349 rs1588851 G A 3045.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=33.47;SB=-1425.033;SBQD=0.889;SBpi=0.8910;SBpiQual=1.0261;VQSLOD=7.6385 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3079,262,0
|
|
1 105205575 . A G 277.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.958;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.33;MQ0=9;MQRankSum=-2.279;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-152.954;SBQD=0.653;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.8177;VQSLOD=-0.4691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:308,0,810
|
|
1 105206998 . G A 416.52 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.397;DP=55;Dels=0.00;FS=1.459;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.14;MQ0=9;MQRankSum=-0.121;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.121;SB=-161.323;SBQD=-4.432;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.3968;VQSLOD=3.2128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:447,0,247
|
|
1 105208950 rs34441177 G A 848.73 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.693;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.8281;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-480.212;SBQD=1.184;SBpi=-0.0898;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=2.9588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:879,0,1240
|
|
1 105228500 . G A 1417.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;QD=26.26;SB=-1008.032;SBQD=1.476;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0989;VQSLOD=4.4993 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1451,114,0
|
|
1 105233425 . C T 752.87 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.258;DP=54;Dels=0.00;FS=10.821;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-180.098;SBQD=-10.856;SBpi=-1.3728;SBpiQual=-1.5137;VQSLOD=3.9480 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:783,0,743
|
|
1 105235237 rs10748478 C A 2517.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.20;MQ0=0;QD=36.48;SB=-993.492;SBQD=4.340;SBpi=0.7825;SBpiQual=1.0177;VQSLOD=9.0492 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2550,199,0
|
|
1 105254006 rs6676838 T C 1151.04 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=19.51;ReadPosRankSum=0.552;SB=-596.708;SBQD=-5.223;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0154;VQSLOD=5.4604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:1181,0,637
|
|
1 105269612 rs35701398 C A 1072.58 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.206;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.352;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.552;SB=-373.072;SBQD=5.873;SBpi=1.0686;SBpiQual=1.1842;VQSLOD=5.3806 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1103,0,1058
|
|
1 105287440 rs2127981 A G 985.36 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.024;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.041;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.016;SB=-487.456;SBQD=0.396;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.0499;VQSLOD=6.1057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1015,0,1265
|
|
1 105292840 rs10443199 C A 992.27 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.259;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.295;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-572.221;SBQD=-2.462;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1802;VQSLOD=5.8882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1022,0,913
|
|
1 105301022 rs1026846 A T 1291.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.87;SB=-0.007;SBQD=36.876;SBpi=3.0000;SBpiQual=3.2262;VQSLOD=5.0953 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1324,102,0
|
|
1 105321478 rs2170361 G A 2287.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7206;MQ=59.69;MQ0=0;QD=30.92;SB=-1302.150;SBQD=0.490;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.4107;VQSLOD=6.0352 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2321,181,0
|
|
1 105326249 rs6680036 A G 2480.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=33.08;SB=-1181.897;SBQD=-0.251;SBpi=-0.6351;SBpiQual=-0.6169;VQSLOD=7.5242 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2514,202,0
|
|
1 105341180 rs4483421 G A 2949.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=35.11;SB=-1456.136;SBQD=0.728;SBpi=0.4364;SBpiQual=0.5330;VQSLOD=8.1949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2983,235,0
|
|
1 105356179 rs986516 A G 2454.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.57;SB=-1237.667;SBQD=0.913;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.2532;VQSLOD=8.0239 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2488,199,0
|
|
1 105418410 rs4294419 A G 957.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=33.02;SB=-486.178;SBQD=-5.396;SBpi=0.2785;SBpiQual=-0.0309;VQSLOD=7.4800 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.23:991,87,0
|
|
1 105430828 rs4322240 G A 2947.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.43;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1450.064;SBQD=0.382;SBpi=-0.3889;SBpiQual=-0.3584;VQSLOD=7.7912 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2981,232,0
|
|
1 105447979 rs12126589 A G 2540.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.95;MQ0=0;QD=26.47;SB=-1522.108;SBQD=-4.591;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4382;VQSLOD=5.2269 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2574,232,0
|
|
1 105459278 rs1839645 A C 2845.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7128;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.57;SB=-1404.579;SBQD=-1.210;SBpi=-0.1118;SBpiQual=-0.1256;VQSLOD=6.6657 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2878,232,0
|
|
1 105474531 rs2334010 A G 1463.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=25.68;SB=-953.307;SBQD=0.210;SBpi=-0.4636;SBpiQual=-0.4533;VQSLOD=4.8369 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1497,150,0
|
|
1 105476674 . T G 119.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.605;DP=54;Dels=0.00;FS=42.122;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=2.22;ReadPosRankSum=-3.605;SB=72.182;SBQD=6.357;SBpi=2.4495;SBpiQual=1.4804;VQSLOD=-9.4901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:150,0,494
|
|
1 105478285 rs7524158 A G 1452.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=11;QD=18.39;SB=-642.021;SBQD=4.633;SBpi=0.7171;SBpiQual=0.8970;VQSLOD=5.4233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:79:99:1486,126,0
|
|
1 105478437 rs12755784 C G 463.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.15;MQ0=8;QD=15.46;SB=-33.440;SBQD=-19.646;SBpi=-1.0660;SBpiQual=-1.1421;VQSLOD=4.0271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,22:30:45.12:497,45,0
|
|
1 105491344 rs2923291 T A 2375.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.404;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.5577;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=30.85;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-1133.213;SBQD=-4.407;SBpi=0.7506;SBpiQual=0.6359;VQSLOD=3.4842 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:77:99:2409,171,0
|
|
1 105497040 rs56208177 A G 2474.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.99;SB=-1250.640;SBQD=-0.603;SBpi=0.5196;SBpiQual=0.5313;VQSLOD=7.7834 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2508,199,0
|
|
1 105501917 . T A 1112.69 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=74;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-576.362;SBQD=-1.615;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.4957;VQSLOD=3.0167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1143,0,1087
|
|
1 105504651 rs2167300 G A 2584.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=36.92;SB=-1265.481;SBQD=-0.869;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.3024;VQSLOD=8.5497 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2617,205,0
|
|
1 105507193 rs12735234 T G 2256.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.89;MQ0=0;QD=30.91;SB=-1089.155;SBQD=3.650;SBpi=-0.9948;SBpiQual=-0.8953;VQSLOD=7.3299 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2290,187,0
|
|
1 105507312 rs12126403 T C 2326.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.00;MQ0=0;QD=32.77;SB=-1231.568;SBQD=-3.413;SBpi=0.4154;SBpiQual=0.3607;VQSLOD=7.8510 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2360,193,0
|
|
1 105511104 . C A 112.54 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.262;DP=75;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=2;HaplotypeScore=346.0099;MQ=37.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-418.054;SBQD=-1.391;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2096;VQSLOD=-3410.2548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:143,0,1032
|
|
1 105511356 rs12044489 C T 2282.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.01;MQ0=0;QD=35.12;SB=-1150.911;SBQD=3.489;SBpi=0.0620;SBpiQual=0.1283;VQSLOD=8.6713 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2316,184,0
|
|
1 105519198 rs11184401 T G 925.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.54;MQ0=0;QD=34.26;SB=-0.007;SBQD=34.750;SBpi=2.5981;SBpiQual=2.7279;VQSLOD=5.8011 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:78.21:958,78,0
|
|
1 105528766 rs11184405 G C 3429.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.48;SB=-1735.702;SBQD=-1.317;SBpi=0.2063;SBpiQual=0.0902;VQSLOD=8.6440 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3429,274,0
|
|
1 105539832 rs12042098 T C 2534.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7281;MQ=59.28;MQ0=0;QD=32.49;SB=-1351.233;SBQD=2.349;SBpi=-0.3397;SBpiQual=-0.2803;VQSLOD=4.8002 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2568,205,0
|
|
1 105540107 rs12024426 C G 3012.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=37.66;SB=-1512.354;SBQD=-0.206;SBpi=0.1118;SBpiQual=0.1135;VQSLOD=8.7677 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3045,238,0
|
|
1 105545404 rs11587565 T C 2261.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.77;SB=-1140.196;SBQD=6.451;SBpi=-0.3010;SBpiQual=0.1934;VQSLOD=7.7767 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2294,202,0
|
|
1 105548016 rs7554564 G A 2823.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.19;MQ0=0;QD=35.30;SB=-1490.698;SBQD=0.247;SBpi=0.1118;SBpiQual=0.1277;VQSLOD=7.2133 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2857,226,0
|
|
1 105550287 rs12046922 A G 3071.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=35.31;SB=-1455.681;SBQD=0.299;SBpi=-0.5897;SBpiQual=-0.6074;VQSLOD=8.3794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3105,244,0
|
|
1 105606877 rs1901253 G A 3207.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7845;MQ=59.01;MQ0=0;QD=36.04;SB=-1644.972;SBQD=-0.319;SBpi=0.2650;SBpiQual=0.2925;VQSLOD=5.4829 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3240,253,0
|
|
1 105629942 rs7414261 G A 1155.80 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.531;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=7.743;HRun=0;HaplotypeScore=2.7602;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.727;SB=-516.242;SBQD=-5.723;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.5658;VQSLOD=4.9605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1186,0,1101
|
|
1 105636158 rs10881244 C A 691.67 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.992;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-345.648;SBQD=-2.447;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2734;VQSLOD=3.4169 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:75:99:722,0,1537
|
|
1 105658506 rs4847093 C G 871.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.993;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=15.125;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=14.78;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-182.886;SBQD=12.628;SBpi=1.3927;SBpiQual=1.4885;VQSLOD=4.1094 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:902,0,811
|
|
1 105664240 rs10881256 G T 2660.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.95;SB=-1281.308;SBQD=1.435;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-0.4074;VQSLOD=5.9185 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2694,211,0
|
|
1 105673123 rs2842230 T G 991.17 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.109;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-528.474;SBQD=-0.582;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1047;VQSLOD=6.6124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:1021,0,903
|
|
1 105682116 rs4417133 G A 1467.72 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.414;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=1.597;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=14.39;ReadPosRankSum=0.911;SB=-777.189;SBQD=1.355;SBpi=0.0714;SBpiQual=0.0286;VQSLOD=4.7434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:1498,0,1660
|
|
1 105687034 rs2820359 A G 1123.11 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.875;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=2.585;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.665;SB=-655.208;SBQD=0.674;SBpi=0.2188;SBpiQual=-0.0557;VQSLOD=5.6932 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:102:99:1153,0,1751
|
|
1 105700935 rs4325188 G A 1232.70 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.146;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.639;SB=-628.539;SBQD=3.906;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.6404;VQSLOD=6.3606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1263,0,849
|
|
1 105702806 . G A 950.07 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.942;DP=67;Dels=0.00;FS=3.623;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.296;SB=-419.763;SBQD=-2.879;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9804;VQSLOD=3.9658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:980,0,753
|
|
1 105706379 rs12123871 A G 1456.18 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=17.13;ReadPosRankSum=1.248;SB=-545.147;SBQD=1.091;SBpi=0.8847;SBpiQual=0.9624;VQSLOD=5.2701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1486,0,1223
|
|
1 105709005 rs12742259 T C 1172.16 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.477;SB=-568.895;SBQD=-0.111;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.4997;VQSLOD=5.2271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1202,0,1388
|
|
1 105714471 rs6583126 G A 1257.46 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.713;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.867;HRun=0;HaplotypeScore=1.8136;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=16.12;ReadPosRankSum=1.365;SB=-539.033;SBQD=3.775;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.6135;VQSLOD=5.3081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1287,0,1025
|
|
1 105717928 rs4266936 A G 1208.41 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.326;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=10.439;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.406;QD=16.78;ReadPosRankSum=0.433;SB=-460.923;SBQD=-8.604;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.8654;VQSLOD=4.0393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1238,0,902
|
|
1 105720963 rs4601631 A C 791.41 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-416.810;SBQD=-0.543;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.2345;VQSLOD=5.0567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:821,0,852
|
|
1 105727372 rs7519692 G A 1811.95 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.784;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=2.970;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=3.393;QD=20.13;ReadPosRankSum=2.036;SB=-870.429;SBQD=3.414;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.3157;VQSLOD=3.6197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,55:90:99:1842,0,968
|
|
1 105740322 rs12138446 T C 637.50 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.387;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.229;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=12.50;ReadPosRankSum=-2.193;SB=-220.904;SBQD=0.052;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.1943;VQSLOD=3.4677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:667,0,783
|
|
1 105745342 rs2820361 T A 930.27 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.622;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.282;HRun=0;HaplotypeScore=3.4944;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-525.221;SBQD=-4.129;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0694;VQSLOD=3.9516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:960,0,953
|
|
1 105756490 rs4579812 A C 760.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.754;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.985;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=46.90;MQ0=0;MQRankSum=-5.885;QD=10.87;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-313.608;SBQD=1.588;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.3696;VQSLOD=-3.1374 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:791,0,1021
|
|
1 105759869 rs6686450 A G 1170.89 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.894;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=15.61;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-465.772;SBQD=2.446;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.6993;VQSLOD=4.1540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1201,0,1188
|
|
1 105761980 rs4576702 T C 746.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=10.368;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.77;MQ0=1;MQRankSum=-7.649;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.044;SB=-198.179;SBQD=-7.916;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-0.9809;VQSLOD=-7.1009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:776,0,1279
|
|
1 105767874 rs6698632 T A 1334.39 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=7.392;HRun=2;HaplotypeScore=4.8237;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.864;SB=-714.038;SBQD=-5.131;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.1039;VQSLOD=2.7313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:83:99:1364,0,1127
|
|
1 105768101 . C A 544.02 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.724;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.706;SB=-243.739;SBQD=-1.945;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.7350;VQSLOD=3.3971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:574,0,998
|
|
1 105795244 rs2340888 C T 1253.53 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.816;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.921;HRun=3;HaplotypeScore=1.9916;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=16.71;ReadPosRankSum=0.435;SB=-598.797;SBQD=-0.835;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.3973;VQSLOD=3.5606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:75:99:1284,0,927
|
|
1 105807476 . C T 1402.92 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.932;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=17.11;ReadPosRankSum=0.051;SB=-716.899;SBQD=0.651;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0693;VQSLOD=4.8755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1433,0,1069
|
|
1 105811998 rs1320013 G A 853.74 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.134;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.517;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=13.77;ReadPosRankSum=-1.986;SB=-470.245;SBQD=3.485;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1378;VQSLOD=5.4740 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:884,0,981
|
|
1 105819041 . T C 1157.81 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.004;DP=96;Dels=0.00;FS=18.508;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.720;SB=-433.598;SBQD=-6.771;SBpi=-0.9690;SBpiQual=-0.7320;VQSLOD=4.3017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:1188,0,1616
|
|
1 105864884 rs2491621 C G 1052.81 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=7.325;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.474;SB=-363.972;SBQD=-5.237;SBpi=-1.1355;SBpiQual=-1.0425;VQSLOD=4.7627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:1083,0,1550
|
|
1 105866068 rs2455673 T G 2295.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=33.76;SB=-853.926;SBQD=0.343;SBpi=1.3339;SBpiQual=1.4137;VQSLOD=7.0643 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2329,187,0
|
|
1 105868548 rs2491612 C T 793.75 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.874;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.788;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=14.43;ReadPosRankSum=0.194;SB=-432.609;SBQD=3.159;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2231;VQSLOD=5.5206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:824,0,722
|
|
1 105868907 rs2491611 T C 620.07 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.582;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.163;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.822;SB=-217.362;SBQD=-4.567;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.6487;VQSLOD=3.0410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:650,0,1267
|
|
1 105874359 rs2259464 C T 845.48 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.243;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-384.750;SBQD=-0.808;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.5497;VQSLOD=3.9462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:875,0,1077
|
|
1 105886938 rs6672503 C G 2320.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=33.15;SB=-891.620;SBQD=0.651;SBpi=-1.4343;SBpiQual=-1.4288;VQSLOD=5.1382 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2353,190,0
|
|
1 105887769 rs10881292 C A 2417.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=24.9849;MQ=58.15;MQ0=0;QD=37.78;SB=-910.197;SBQD=1.264;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.1060;VQSLOD=-19.1907 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2451,193,0
|
|
1 105902535 rs2491595 T G 3143.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.13;SB=-1557.201;SBQD=-0.265;SBpi=-0.2680;SBpiQual=-0.3000;VQSLOD=8.0889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3176,253,0
|
|
1 105910702 rs6698991 C T 901.59 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.782;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.355;HRun=0;HaplotypeScore=1.9930;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.457;SB=-322.102;SBQD=-0.709;SBpi=0.8839;SBpiQual=1.0129;VQSLOD=4.8707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:932,0,995
|
|
1 105915736 rs12128017 T A 1418.54 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.262;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.861;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=17.96;ReadPosRankSum=1.213;SB=-714.196;SBQD=3.436;SBpi=-0.0745;SBpiQual=0.1365;VQSLOD=4.1249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1449,0,1025
|
|
1 105933184 rs6682294 T C 669.40 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DB;DP=88;Dels=0.01;FS=0.831;HRun=0;HaplotypeScore=2.7145;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=2.380;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.199;SB=-374.199;SBQD=3.283;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.6469;VQSLOD=2.9065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,34:88:99:699,0,1419
|
|
1 105939968 rs7541916 G A 1462.24 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.342;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=4.080;HRun=3;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=16.81;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-713.353;SBQD=4.302;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.4047;VQSLOD=4.8119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:1492,0,1110
|
|
1 105939976 rs7512934 T C 2787.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.92;MQ0=0;QD=34.00;SB=-1529.483;SBQD=-1.086;SBpi=0.1104;SBpiQual=-0.0069;VQSLOD=6.4386 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2821,226,0
|
|
1 105941458 rs12411253 T C 2147.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.42;SB=-950.134;SBQD=4.184;SBpi=-1.2289;SBpiQual=-0.7978;VQSLOD=6.4249 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2181,192,0
|
|
1 105942480 rs1516169 C T 1221.30 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.479;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.827;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-585.186;SBQD=-1.891;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3866;VQSLOD=4.7206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:1251,0,1343
|
|
1 105942573 rs1516168 G C 2654.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=37.38;SB=-1276.607;SBQD=-0.462;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.2698;VQSLOD=8.6738 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2687,211,0
|
|
1 105944997 rs1516167 C T 1077.80 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.498;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.282;HRun=0;HaplotypeScore=1.9829;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.540;QD=14.97;ReadPosRankSum=0.276;SB=-500.033;SBQD=6.116;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1896;VQSLOD=5.4692 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:1108,0,1167
|
|
1 105948521 rs10881296 G A 1017.06 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.031;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.046;HRun=2;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.976;QD=14.96;ReadPosRankSum=2.368;SB=-421.300;SBQD=2.618;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6501;VQSLOD=3.4818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:1047,0,969
|
|
1 105961795 rs2459322 T A 905.85 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.202;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-488.334;SBQD=-3.788;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2457;VQSLOD=5.1710 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:936,0,1348
|
|
1 105962013 rs12137349 C T 1031.67 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.916;HRun=0;HaplotypeScore=2.5433;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.764;SB=-617.910;SBQD=0.735;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.0428;VQSLOD=5.0546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:69:99:1062,0,661
|
|
1 105966583 rs1400093 T C 746.30 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-479.670;SBQD=-1.098;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1465;VQSLOD=5.6257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:776,0,1192
|
|
1 105993819 rs6583164 T C 2146.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.01;SB=-1076.624;SBQD=-1.814;SBpi=-0.9300;SBpiQual=-1.1101;VQSLOD=5.9752 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2180,175,0
|
|
1 106007454 rs12740181 C T 2499.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=33.78;SB=-994.399;SBQD=0.742;SBpi=1.2787;SBpiQual=1.4017;VQSLOD=7.3929 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2532,199,0
|
|
1 106009805 rs11184573 C T 883.56 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.104;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.046;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.505;SB=-594.112;SBQD=-4.000;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.2052;VQSLOD=4.6069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:914,0,1104
|
|
1 106010096 . T C 1291.28 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.088;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=15.75;ReadPosRankSum=1.799;SB=-713.297;SBQD=-1.798;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1025;VQSLOD=4.4350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1321,0,1072
|
|
1 106013859 rs3935799 A C 1978.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.37;MQ0=0;QD=30.44;SB=-969.869;SBQD=-2.721;SBpi=-0.6822;SBpiQual=-0.8519;VQSLOD=6.7408 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2011,159,0
|
|
1 106029864 rs1949775 T C 3185.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.19;SB=-1654.240;SBQD=-1.916;SBpi=0.1066;SBpiQual=-0.0100;VQSLOD=8.9365 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3218,253,0
|
|
1 106046599 rs1721523 G A 1006.53 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.326;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.950;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.975;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-465.514;SBQD=0.387;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2956;VQSLOD=3.4662 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:1037,0,931
|
|
1 106048945 rs12037064 A T 1051.30 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=6.668;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.317;SB=-515.370;SBQD=-5.856;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.7509;VQSLOD=5.3928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:1081,0,1613
|
|
1 106054858 rs777101 A G 1203.59 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.852;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.228;HRun=1;HaplotypeScore=1.9311;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=16.49;ReadPosRankSum=0.254;SB=-544.324;SBQD=-1.812;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.4345;VQSLOD=4.7943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:73:99:1234,0,1091
|
|
1 106060598 rs10494030 T C 1117.08 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=16.19;ReadPosRankSum=0.054;SB=-560.323;SBQD=-0.179;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2119;VQSLOD=6.5054 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1147,0,1005
|
|
1 106064334 rs1710802 T C 2150.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=31.17;SB=-999.435;SBQD=-1.786;SBpi=1.0233;SBpiQual=0.9128;VQSLOD=6.5110 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2183,181,0
|
|
1 106064560 rs1913982 C A 372.74 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.984;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.411;SB=-14.653;SBQD=-10.133;SBpi=-1.7500;SBpiQual=-1.9506;VQSLOD=2.5408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:403,0,873
|
|
1 106065397 rs11184598 A G 1262.06 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.045;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=16.61;ReadPosRankSum=0.538;SB=-578.230;SBQD=-4.610;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.3924;VQSLOD=5.6088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1292,0,1076
|
|
1 106068107 rs2090336 A T 1102.71 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.604;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.436;QD=17.23;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-557.651;SBQD=-2.676;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.1900;VQSLOD=4.1711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:64:99:1133,0,876
|
|
1 106080175 . G A 1416.40 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.542;DP=91;Dels=0.00;FS=0.794;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.785;QD=15.56;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-725.686;SBQD=1.001;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.1451;VQSLOD=2.4460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:91:99:1446,0,1341
|
|
1 106087166 rs777069 T C 1236.22 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.504;HRun=0;HaplotypeScore=1.5778;MQ=60.73;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-653.779;SBQD=3.619;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.0867;VQSLOD=4.8037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:1266,0,992
|
|
1 106088063 rs777072 A T 2443.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.93;SB=-1033.482;SBQD=0.247;SBpi=-0.9701;SBpiQual=-1.0131;VQSLOD=8.2984 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2476,190,0
|
|
1 106089142 rs2341709 A G 1213.89 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.195;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=9.027;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-397.817;SBQD=-9.292;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-1.1487;VQSLOD=5.8701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1244,0,1329
|
|
1 106090441 rs777078 G A 1061.23 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.476;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.569;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-353.472;SBQD=5.222;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.0810;VQSLOD=4.3839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1091,0,1160
|
|
1 106100887 rs777083 T C 2459.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.85;MQ0=0;QD=32.80;SB=-1172.319;SBQD=1.957;SBpi=0.5196;SBpiQual=0.5105;VQSLOD=7.4751 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2493,202,0
|
|
1 106103130 rs1721558 A G 2721.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1386.905;SBQD=-2.559;SBpi=0.1147;SBpiQual=-0.0217;VQSLOD=8.5053 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2755,220,0
|
|
1 106104567 rs1588944 T G 1206.22 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.300;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=16.52;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-492.351;SBQD=6.309;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.8256;VQSLOD=4.6948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:1236,0,955
|
|
1 106107755 rs1721554 G A 2676.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=36.66;SB=-1237.751;SBQD=0.331;SBpi=0.5267;SBpiQual=0.5668;VQSLOD=8.7831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2709,211,0
|
|
1 106111635 rs10881315 C T 2864.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.94;SB=-1386.154;SBQD=0.675;SBpi=0.5522;SBpiQual=0.5853;VQSLOD=6.9327 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2898,226,0
|
|
1 106113354 rs12085783 A G 1023.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=49.33;MQ0=0;QD=18.28;SB=-699.376;SBQD=-0.242;SBpi=-1.0690;SBpiQual=-1.1731;VQSLOD=4.1253 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1057,120,0
|
|
1 106116624 rs5009431 T A 1820.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.24;MQ0=0;QD=33.10;SB=-975.352;SBQD=0.805;SBpi=-0.2023;SBpiQual=-0.1320;VQSLOD=7.4926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1854,150,0
|
|
1 106116866 rs5001991 T C 2155.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.36;MQ0=0;QD=32.66;SB=-973.501;SBQD=-1.353;SBpi=0.8616;SBpiQual=0.8630;VQSLOD=7.8676 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2188,178,0
|
|
1 106118463 . G A 362.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.27;MQ0=19;MQRankSum=-0.205;QD=5.94;ReadPosRankSum=-2.306;SB=-0.007;SBQD=11.907;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.8240;VQSLOD=0.9731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:392,0,238
|
|
1 106118520 . C T 692.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.30;MQ0=16;QD=11.17;SB=-0.007;SBQD=19.234;SBpi=0.7042;SBpiQual=0.7144;VQSLOD=3.4961 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:69.13:725,69,0
|
|
1 106119313 . G T 1472.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.81;MQ0=7;QD=18.88;SB=-633.525;SBQD=-5.181;SBpi=-0.0570;SBpiQual=-0.0600;VQSLOD=3.9166 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:1506,123,0
|
|
1 106120626 . C T 903.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.46;MQ0=24;QD=13.28;SB=-480.147;SBQD=-2.278;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.7270;VQSLOD=3.6269 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:68:75.23:936,75,0
|
|
1 106121423 rs9729525 G T 60.52 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=12.18;MQ0=14;QD=3.56;SB=-24.899;SBQD=-4.301;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.4828;VQSLOD=1.5285 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,3:17:9.02:93,9,0
|
|
1 106122863 rs11184625 C G 1069.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8055;MQ=39.73;MQ0=0;QD=21.39;SB=-759.857;SBQD=-5.911;SBpi=0.4243;SBpiQual=-0.1211;VQSLOD=3.9871 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1102,102,0
|
|
1 106124238 rs11184626 G T 687.16 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.891;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.738;HRun=5;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-315.767;SBQD=-6.079;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.5107;VQSLOD=4.0055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:717,0,743
|
|
1 106124527 rs9662266 C T 1055.59 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.979;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=14.382;HRun=1;HaplotypeScore=1.8924;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=16.49;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-281.201;SBQD=12.168;SBpi=1.4368;SBpiQual=1.5611;VQSLOD=2.8906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:1086,0,896
|
|
1 106124846 rs10785760 G C 567.14 PASS AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=2.189;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.040;SB=-195.261;SBQD=-3.560;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-0.7552;VQSLOD=3.4029 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,23:75:99:597,0,1588
|
|
1 106127129 rs2880219 C G 1135.39 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.384;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.115;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-545.452;SBQD=-0.481;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3570;VQSLOD=5.2067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1165,0,1237
|
|
1 106131371 rs4300277 G A 970.09 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.071;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-253.277;SBQD=9.000;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.3629;VQSLOD=4.3511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:1000,0,988
|
|
1 106138665 rs11184641 C T 171.34 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.857;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.864;SB=-207.344;SBQD=-2.384;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.1389;VQSLOD=2.9585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:201,0,375
|
|
1 106141110 rs4326673 G A 1036.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.595;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.668;HRun=0;HaplotypeScore=2.6946;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=15.03;ReadPosRankSum=-1.146;SB=-328.270;SBQD=7.100;SBpi=1.0987;SBpiQual=1.2312;VQSLOD=3.3859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1067,0,862
|
|
1 106150183 rs1464722 T A 2865.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.96;MQ0=0;QD=35.38;SB=-1555.285;SBQD=-0.050;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.0832;VQSLOD=8.7349 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2898,223,0
|
|
1 106181588 rs17423708 C G 982.82 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.716;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.877;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-444.330;SBQD=-0.600;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5030;VQSLOD=4.2563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:1013,0,1417
|
|
1 106182080 rs4443941 A G 1092.85 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.687;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=13.486;HRun=2;HaplotypeScore=1.6640;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.478;SB=-542.963;SBQD=-10.112;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.2408;VQSLOD=5.0180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1123,0,943
|
|
1 106198440 rs1361465 C A 876.76 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.853;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.117;SB=-345.038;SBQD=6.564;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.7183;VQSLOD=4.3519 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:907,0,1216
|
|
1 106231779 rs1729337 C A 1800.21 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.385;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=8.605;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=2.001;QD=18.95;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-626.784;SBQD=-6.044;SBpi=-1.2027;SBpiQual=-1.3030;VQSLOD=3.5980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,56:95:99:1830,0,1202
|
|
1 106234318 rs790973 G A 1086.26 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.885;HRun=2;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-410.442;SBQD=-5.060;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-0.9903;VQSLOD=4.4125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1116,0,1243
|
|
1 106236316 rs11184673 G A 1070.72 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.831;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.232;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.711;SB=-564.449;SBQD=3.889;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.2042;VQSLOD=6.5765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1101,0,1323
|
|
1 106306104 rs1528685 C T 1330.85 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.907;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=5.268;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=14.62;ReadPosRankSum=1.014;SB=-636.204;SBQD=4.458;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2332;VQSLOD=5.8747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:1361,0,1521
|
|
1 106315570 rs12406831 A G 943.61 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.347;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.123;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.862;SB=-396.951;SBQD=0.066;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.5947;VQSLOD=4.1459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:974,0,1299
|
|
1 106329929 rs10785770 T C 1280.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.14;MQ0=8;QD=16.63;SB=-218.751;SBQD=20.811;SBpi=0.5812;SBpiQual=1.0288;VQSLOD=5.6879 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:77:99:1314,132,0
|
|
1 106345588 rs1163510 C T 2642.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.71;SB=-1369.983;SBQD=-0.654;SBpi=-0.1162;SBpiQual=-0.1816;VQSLOD=7.7204 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2675,211,0
|
|
1 106363009 rs1163479 G T 1471.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.4955;MQ=26.05;MQ0=8;MQRankSum=2.374;QD=19.62;ReadPosRankSum=0.895;SB=-709.801;SBQD=-4.517;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.3202;VQSLOD=2.9464 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:75:69.54:1505,70,0
|
|
1 106365631 rs61816390 G A 398.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.227;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.00;MQ0=49;MQRankSum=3.647;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.032;SB=-0.007;SBQD=21.150;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.2421;VQSLOD=1.4060 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,20:72:39.09:432,39,0
|
|
1 106371287 rs1437102 G A 1287.41 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.939;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=11.966;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.339;QD=17.88;ReadPosRankSum=1.017;SB=-511.413;SBQD=-9.025;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.6432;VQSLOD=3.2165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1317,0,963
|
|
1 106404707 rs6686058 T C 916.23 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.143;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.381;HRun=2;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.414;SB=-316.591;SBQD=8.616;SBpi=0.7606;SBpiQual=1.0767;VQSLOD=4.0248 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:946,0,1145
|
|
1 106408890 rs34225555 T C 903.39 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.551;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.334;SB=-393.553;SBQD=-1.165;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.6220;VQSLOD=4.1153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:933,0,1388
|
|
1 106421872 rs790612 C T 1011.83 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.957;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.750;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.476;SB=-542.253;SBQD=-2.254;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.1227;VQSLOD=5.3707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:1042,0,1568
|
|
1 106505988 . T G 457.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;DP=54;Dels=0.00;FS=3.887;HRun=0;HaplotypeScore=15.9749;MQ=42.69;MQ0=0;MQRankSum=3.298;QD=8.46;ReadPosRankSum=3.938;SB=-330.037;SBQD=-2.467;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4918;VQSLOD=-5.2539 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,26:54:17.47:490,17,0
|
|
1 106582893 rs61814185 G A 90.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.168;DB;DP=63;Dels=0.02;FS=1.369;HRun=1;HaplotypeScore=14.8108;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=1.42;ReadPosRankSum=-3.547;SB=-101.331;SBQD=-1.422;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.2798;VQSLOD=-9.3640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,13:63:99:121,0,1356
|
|
1 106647218 rs634191 G A 2363.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=36.36;SB=-1176.923;SBQD=0.092;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.3490;VQSLOD=8.1060 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2397,184,0
|
|
1 106657899 rs526324 G A 2752.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.15;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1166.932;SBQD=-0.396;SBpi=0.9177;SBpiQual=0.9285;VQSLOD=7.9282 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2785,220,0
|
|
1 106670194 rs650823 C A 2530.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1373.681;SBQD=1.010;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.0560;VQSLOD=7.1443 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2563,199,0
|
|
1 106777859 rs2991370 A T 2441.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=30.91;SB=-1340.488;SBQD=0.789;SBpi=0.5063;SBpiQual=0.6007;VQSLOD=4.9548 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2475,208,0
|
|
1 106778908 rs10881374 C T 2988.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.35;SB=-1366.427;SBQD=-0.066;SBpi=0.5590;SBpiQual=0.5802;VQSLOD=8.6363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3021,235,0
|
|
1 106780435 rs4546950 C A 2962.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=37.03;SB=-1396.004;SBQD=0.741;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.5299;VQSLOD=8.6410 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2995,232,0
|
|
1 106780771 rs12724740 A G 2362.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=31.51;SB=-1015.047;SBQD=-4.895;SBpi=1.0970;SBpiQual=0.6187;VQSLOD=6.8366 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2396,214,0
|
|
1 106814839 rs12145202 A T 2995.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7987;MQ=59.72;MQ0=0;QD=36.98;SB=-1480.531;SBQD=0.246;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.2590;VQSLOD=7.2237 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3029,235,0
|
|
1 106829110 rs12746436 T A 1164.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.28;SB=-36.136;SBQD=30.872;SBpi=2.6982;SBpiQual=2.9601;VQSLOD=4.5020 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:93.29:1197,93,0
|
|
1 106848878 rs1928718 C T 2222.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.19;SB=-1027.267;SBQD=-1.587;SBpi=0.6822;SBpiQual=0.6467;VQSLOD=8.5508 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2255,178,0
|
|
1 106854223 rs11184852 A T 1974.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.48;MQ0=0;QD=34.65;SB=-978.445;SBQD=1.174;SBpi=0.1987;SBpiQual=0.1631;VQSLOD=6.6234 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2008,156,0
|
|
1 106881711 rs12118379 T A 2318.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=35.13;SB=-1216.438;SBQD=-1.878;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.1089;VQSLOD=8.4205 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2352,187,0
|
|
1 106889103 rs7521481 C T 2940.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;QD=36.76;SB=-971.230;SBQD=-0.709;SBpi=1.6771;SBpiQual=1.7324;VQSLOD=6.3944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2974,235,0
|
|
1 106891059 rs10082181 G A 2538.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.78;SB=-1206.774;SBQD=0.191;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.6833;VQSLOD=8.0692 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2572,199,0
|
|
1 106915624 rs12142034 C T 2065.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5939;MQ=58.67;MQ0=0;QD=32.79;SB=-992.608;SBQD=-1.904;SBpi=0.6929;SBpiQual=0.5766;VQSLOD=6.0294 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:2099,169,0
|
|
1 106925492 rs17432779 A G 2108.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2657;MQ=59.47;MQ0=0;QD=26.68;SB=-1403.561;SBQD=-2.337;SBpi=-0.0563;SBpiQual=-0.2052;VQSLOD=4.5337 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2141,172,0
|
|
1 107077397 rs2815202 T A 2179.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=2.9627;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.692;QD=24.77;ReadPosRankSum=-1.613;SB=-1414.734;SBQD=4.828;SBpi=-0.6969;SBpiQual=-0.4200;VQSLOD=-1.7484 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:2213,184,0
|
|
1 107105355 rs11184921 A G 2628.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.51;SB=-1206.742;SBQD=-0.074;SBpi=-0.5812;SBpiQual=-0.5906;VQSLOD=8.5001 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2661,214,0
|
|
1 107219644 rs10881442 C T 2581.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=35.86;SB=-1081.736;SBQD=-0.115;SBpi=-0.9428;SBpiQual=-1.0006;VQSLOD=8.2743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2615,205,0
|
|
1 107221662 rs4256843 A G 2827.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=31.77;SB=-1534.660;SBQD=-6.794;SBpi=0.4770;SBpiQual=-0.0943;VQSLOD=7.3053 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2861,250,0
|
|
1 107221687 rs4265456 C G 2997.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.402;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=35.69;ReadPosRankSum=1.361;SB=-1345.724;SBQD=0.102;SBpi=0.6037;SBpiQual=0.7608;VQSLOD=8.4821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:3031,211,0
|
|
1 107227291 rs4328099 C A 2544.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.86;SB=-1257.020;SBQD=-4.056;SBpi=0.5267;SBpiQual=0.2712;VQSLOD=8.0520 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2578,205,0
|
|
1 107253321 rs7520289 C A 3311.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1639.927;SBQD=2.686;SBpi=0.0524;SBpiQual=0.3127;VQSLOD=7.1442 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3312,265,0
|
|
1 107275127 rs6582984 G A 2174.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=35.65;SB=-1068.322;SBQD=1.332;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.4242;VQSLOD=8.5698 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2208,172,0
|
|
1 107283700 rs11184979 A G 2153.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.63;SB=-1016.633;SBQD=-6.156;SBpi=-0.1231;SBpiQual=-0.6151;VQSLOD=7.8324 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2187,187,0
|
|
1 107301003 rs975570 A G 2596.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.29;SB=-1142.085;SBQD=-5.716;SBpi=1.1525;SBpiQual=0.5965;VQSLOD=6.2292 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2630,235,0
|
|
1 107304576 rs7549469 A T 2854.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=38.06;SB=-1125.515;SBQD=0.682;SBpi=0.9815;SBpiQual=1.0839;VQSLOD=8.1584 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2887,223,0
|
|
1 107353428 rs2203910 T G 2593.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.83;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1338.413;SBQD=1.412;SBpi=0.0585;SBpiQual=0.1809;VQSLOD=8.4071 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2626,208,0
|
|
1 107381726 rs7530116 C A 3352.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.44;SB=-1773.760;SBQD=0.262;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0208;VQSLOD=7.2521 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3352,262,0
|
|
1 107435042 rs1915003 G T 1948.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=27.83;SB=-1321.248;SBQD=1.279;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.0352;VQSLOD=5.7624 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1981,180,0
|
|
1 107453681 rs7532727 T C 2698.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=59.33;MQ0=0;QD=29.99;SB=-1452.688;SBQD=6.261;SBpi=-0.3162;SBpiQual=0.2197;VQSLOD=5.9347 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2732,238,0
|
|
1 107453685 . A G 1021.36 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;DP=91;Dels=0.00;FS=5.387;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-502.711;SBQD=5.110;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4332;VQSLOD=3.9179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:1051,0,1536
|
|
1 107468086 . T C 1013.48 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.922;DP=69;Dels=0.00;FS=3.260;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-531.496;SBQD=-4.005;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1981;VQSLOD=4.9067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1043,0,1071
|
|
1 107475240 . G A 520.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.152;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=42.91;MQ0=3;MQRankSum=-5.909;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-261.354;SBQD=0.506;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4332;VQSLOD=-4.6188 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,31:82:99:550,0,1406
|
|
1 107482427 rs10785811 T C 1351.82 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.806;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=6.319;HRun=0;HaplotypeScore=2.8798;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.370;SB=-593.386;SBQD=7.387;SBpi=0.0714;SBpiQual=0.4890;VQSLOD=4.6352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:1382,0,1536
|
|
1 107566149 . G C 463.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.027;DP=57;Dels=0.00;FS=4.288;HRun=0;HaplotypeScore=6.1478;MQ=47.04;MQ0=3;MQRankSum=1.661;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.657;SB=-278.040;SBQD=7.976;SBpi=-0.2887;SBpiQual=0.1861;VQSLOD=1.1282 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:493,0,443
|
|
1 107572997 rs3108680 T C 1206.02 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.154;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=14.53;ReadPosRankSum=2.019;SB=-497.699;SBQD=4.483;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7008;VQSLOD=4.8731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:1236,0,1253
|
|
1 107599918 rs2232016 C T 619.51 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=11.766;HRun=0;HaplotypeScore=1.9512;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-274.717;SBQD=9.959;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5904;VQSLOD=5.9580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:650,0,296
|
|
1 107625615 rs6668299 C T 1360.55 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.153;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=5.683;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=16.80;ReadPosRankSum=1.254;SB=-657.042;SBQD=4.728;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2822;VQSLOD=5.9221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1391,0,1142
|
|
1 107627697 rs1762486 G A 1425.53 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.820;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.983;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=16.97;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-716.059;SBQD=-3.934;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.2473;VQSLOD=5.0385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:1456,0,1162
|
|
1 107631942 rs1537703 A G 43.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=0.80;SB=-602.067;SBQD=0.786;SBpi=1.5507;SBpiQual=1.6534;VQSLOD=0.1094 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:8.99:76,9,0
|
|
1 107632396 rs1730848 T A 1811.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.57;MQ0=0;QD=33.54;SB=-683.944;SBQD=-0.676;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.2763;VQSLOD=6.8990 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1844,147,0
|
|
1 107645245 rs1881822 A G 2157.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=32.69;SB=-1081.821;SBQD=-5.230;SBpi=0.1231;SBpiQual=-0.2782;VQSLOD=8.3446 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2191,193,0
|
|
1 107717297 rs12140854 G C 1202.16 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.811;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-609.306;SBQD=2.332;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.2352;VQSLOD=5.7688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1232,0,1177
|
|
1 107726492 rs10881456 T C 2214.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.05;SB=-1120.802;SBQD=1.193;SBpi=0.4276;SBpiQual=0.5236;VQSLOD=7.5814 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2248,178,0
|
|
1 107740789 rs4311918 T A 1072.93 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=7.465;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-509.652;SBQD=-5.045;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4436;VQSLOD=5.6860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1103,0,1314
|
|
1 107745250 rs12126366 C T 1114.72 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.786;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.218;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=12.67;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-498.743;SBQD=-2.913;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.5245;VQSLOD=5.5309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:1145,0,1644
|
|
1 107747567 rs4483437 T C 2439.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.36;SB=-1180.416;SBQD=0.502;SBpi=-0.4214;SBpiQual=-0.3801;VQSLOD=9.3166 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2473,199,0
|
|
1 107748249 rs6675846 T A 752.14 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=37.7593;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.203;SB=-439.673;SBQD=1.367;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.8573;VQSLOD=-54.4249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:782,0,1089
|
|
1 107749541 rs6688152 G A 1699.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.00;SB=-912.656;SBQD=-0.707;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.1769;VQSLOD=7.9734 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1733,135,0
|
|
1 107751556 rs6684002 A T 766.90 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.242;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.595;SB=-399.011;SBQD=4.273;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4893;VQSLOD=4.6132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:797,0,1206
|
|
1 107758845 . C G 964.35 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=13.39;ReadPosRankSum=1.179;SB=-481.814;SBQD=-0.293;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2404;VQSLOD=4.1191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:994,0,1138
|
|
1 107768828 rs10748503 C A 943.65 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.979;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-528.723;SBQD=0.775;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1505;VQSLOD=5.3156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:974,0,1062
|
|
1 107778968 rs10127588 A G 1345.44 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.826;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=16.21;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-582.388;SBQD=2.731;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7160;VQSLOD=4.2952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1375,0,1232
|
|
1 107805935 . C T 111.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.498;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-30.339;SBQD=0.317;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2372;VQSLOD=-0.2598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,7:63:99:141,0,675
|
|
1 107808026 rs3125682 A G 3165.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.57;SB=-1529.154;SBQD=0.767;SBpi=0.3710;SBpiQual=0.4387;VQSLOD=8.4519 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3199,253,0
|
|
1 107816299 rs12121181 A G 1382.05 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.830;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.912;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=17.72;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-572.866;SBQD=-4.904;SBpi=-0.6564;SBpiQual=-0.5299;VQSLOD=5.1709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:1412,0,848
|
|
1 107822255 rs3125672 T C 2524.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.67;MQ0=0;QD=36.58;SB=-1177.882;SBQD=-0.397;SBpi=-0.4214;SBpiQual=-0.4538;VQSLOD=7.7449 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2557,202,0
|
|
1 107845315 rs10785820 T A 1236.32 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.241;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.706;SB=-590.613;SBQD=5.287;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3340;VQSLOD=5.3583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1266,0,1274
|
|
1 107845349 rs4384260 A G 2638.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.14;SB=-1309.153;SBQD=-2.320;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.1977;VQSLOD=8.4994 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2671,211,0
|
|
1 107874327 rs12144399 T G 2619.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.40;SB=-1226.961;SBQD=-0.436;SBpi=-0.5812;SBpiQual=-0.6396;VQSLOD=8.3895 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2652,208,0
|
|
1 107911863 rs7523259 A G 2835.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.44;SB=-1360.416;SBQD=2.440;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.4373;VQSLOD=8.3952 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2868,238,0
|
|
1 107919059 rs6674421 A C 685.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.339;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.173;HRun=0;HaplotypeScore=10.6299;MQ=49.34;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=9.65;ReadPosRankSum=4.364;SB=-726.534;SBQD=-11.164;SBpi=0.1270;SBpiQual=-0.5383;VQSLOD=1.1894 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,62:71:19.91:718,20,0
|
|
1 107924336 rs12026697 C A 1161.73 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.403;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.774;HRun=3;HaplotypeScore=1.9452;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-678.580;SBQD=2.264;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.1599;VQSLOD=3.8571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:1192,0,1497
|
|
1 107930205 rs6696776 T C 958.32 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.422;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.890;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.454;SB=-507.190;SBQD=4.273;SBpi=-0.2466;SBpiQual=0.0467;VQSLOD=5.7161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:988,0,1194
|
|
1 107936393 rs2587895 G A 688.33 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.767;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.873;QD=13.50;ReadPosRankSum=1.721;SB=-263.758;SBQD=0.394;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.6626;VQSLOD=4.6520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:718,0,860
|
|
1 107944955 rs6583026 C T 768.52 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.022;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.617;SB=-441.987;SBQD=2.323;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2648;VQSLOD=5.3977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:799,0,1063
|
|
1 107954172 . C T 1125.18 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.484;DP=65;Dels=0.00;FS=3.380;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=17.31;ReadPosRankSum=1.252;SB=-530.512;SBQD=3.591;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4075;VQSLOD=3.6684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:1155,0,779
|
|
1 107959257 rs614248 A G 3520.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.51;SB=-1871.092;SBQD=1.816;SBpi=-0.1980;SBpiQual=-0.0172;VQSLOD=7.6084 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3520,286,0
|
|
1 107981144 rs517316 C T 2591.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=34.56;SB=-1151.886;SBQD=-0.865;SBpi=-0.7506;SBpiQual=-0.8118;VQSLOD=9.2749 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2625,211,0
|
|
1 107988848 rs505851 A G 3275.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.65;SB=-1580.984;SBQD=0.919;SBpi=-0.2680;SBpiQual=-0.1916;VQSLOD=8.9239 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3275,259,0
|
|
1 107997584 rs530799 G A 527.18 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.606;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=13.798;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.037;SB=-124.901;SBQD=-13.712;SBpi=-1.3553;SBpiQual=-1.4791;VQSLOD=4.2893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:557,0,701
|
|
1 108001507 rs520896 A C 1180.03 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.725;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.927;SB=-584.929;SBQD=-2.326;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.2332;VQSLOD=5.0429 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1210,0,1261
|
|
1 108020218 rs686002 A C 3059.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4397;MQ=59.23;MQ0=0;QD=36.42;SB=-1283.382;SBQD=2.139;SBpi=0.7638;SBpiQual=0.9105;VQSLOD=4.7597 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3092,244,0
|
|
1 108020853 rs512719 A G 2922.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.64;SB=-1272.987;SBQD=0.775;SBpi=-0.8835;SBpiQual=-0.8960;VQSLOD=8.6942 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2956,232,0
|
|
1 108030093 rs599873 T C 2950.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.96;MQ0=0;QD=34.71;SB=-1386.238;SBQD=-1.177;SBpi=-0.5966;SBpiQual=-0.6900;VQSLOD=7.7601 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2983,235,0
|
|
1 108056892 rs7523144 G A 1104.41 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.802;HRun=4;HaplotypeScore=0.6651;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-629.489;SBQD=3.224;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.0992;VQSLOD=4.7418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:1134,0,1427
|
|
1 108079638 rs557778 A G 1756.75 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.779;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=18.89;ReadPosRankSum=0.442;SB=-745.977;SBQD=-2.344;SBpi=-0.6565;SBpiQual=-0.6601;VQSLOD=5.3389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,58:93:99:1787,0,1037
|
|
1 108080714 rs526733 A G 1361.26 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.860;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.881;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=17.45;ReadPosRankSum=2.474;SB=-631.692;SBQD=1.239;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.5260;VQSLOD=4.1060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:1391,0,948
|
|
1 108083123 rs603705 C T 994.38 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.621;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.931;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=2.260;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.523;SB=-315.237;SBQD=3.232;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.1107;VQSLOD=3.3935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:1024,0,1386
|
|
1 108169073 rs12039994 T C 1447.08 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.632;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.796;QD=17.43;ReadPosRankSum=0.326;SB=-650.209;SBQD=5.137;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.5656;VQSLOD=3.9601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:1477,0,1034
|
|
1 108195332 rs11185156 T C 3276.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.00;SB=-1602.335;SBQD=-0.133;SBpi=0.3669;SBpiQual=0.4143;VQSLOD=8.7570 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3276,256,0
|
|
1 108206880 rs6658829 C G 2422.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=35.11;SB=-955.627;SBQD=1.914;SBpi=0.9029;SBpiQual=1.0305;VQSLOD=8.0648 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2456,199,0
|
|
1 108210799 rs7538840 T C 2522.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.08;SB=-1385.860;SBQD=-1.036;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.0254;VQSLOD=8.2166 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2555,202,0
|
|
1 108225074 rs2504453 T A 3468.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.13;SB=-1807.867;SBQD=-0.658;SBpi=-0.1021;SBpiQual=-0.1754;VQSLOD=9.0233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3468,271,0
|
|
1 108228761 rs2494054 G T 1413.09 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.01;MQ0=0;QD=30.07;SB=-0.007;SBQD=32.429;SBpi=3.4278;SBpiQual=3.4387;VQSLOD=2.0445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1446,123,0
|
|
1 108243350 rs6676776 T C 3019.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.89;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1469.710;SBQD=1.059;SBpi=0.2712;SBpiQual=0.4020;VQSLOD=8.0115 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3053,244,0
|
|
1 108243401 rs11185164 A G 2705.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=35.59;SB=-1220.943;SBQD=1.168;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.6832;VQSLOD=8.8396 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2738,220,0
|
|
1 108262561 . C G 699.66 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.404;DP=59;Dels=0.00;FS=3.515;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=54.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.812;QD=11.86;ReadPosRankSum=-2.161;SB=-359.130;SBQD=4.988;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.3523;VQSLOD=2.2717 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:730,0,750
|
|
1 108263129 rs56114126 C T 493.85 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.092;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=4.617;HRun=0;HaplotypeScore=1.5592;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=11.76;ReadPosRankSum=1.268;SB=-261.038;SBQD=5.126;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.6230;VQSLOD=5.1546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:524,0,332
|
|
1 108300141 rs11808011 T C 1014.11 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.749;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=7.465;HRun=0;HaplotypeScore=3.1570;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.428;SB=-397.275;SBQD=9.524;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.8534;VQSLOD=4.7283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1044,0,1265
|
|
1 108301232 rs12118255 C G 1095.60 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.304;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.640;QD=16.11;ReadPosRankSum=1.345;SB=-480.544;SBQD=3.930;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5976;VQSLOD=4.5812 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1126,0,863
|
|
1 108326453 rs12144771 G A 1003.23 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.608;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=15.68;ReadPosRankSum=1.325;SB=-433.387;SBQD=-2.007;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7303;VQSLOD=5.0335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:1033,0,762
|
|
1 108335401 rs17484794 G A 908.63 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.691;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-245.048;SBQD=3.184;SBpi=1.2780;SBpiQual=1.4896;VQSLOD=4.7128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:939,0,797
|
|
1 108414847 . C A 555.88 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=66;Dels=0.00;FS=11.950;HRun=0;HaplotypeScore=1.9443;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.130;SB=-297.412;SBQD=8.644;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.1126;VQSLOD=2.7580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,23:66:99:586,0,1273
|
|
1 108416421 rs439278 G A 2640.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=33.01;SB=-1462.039;SBQD=-0.042;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2416;VQSLOD=8.5754 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2674,211,0
|
|
1 108426593 rs345294 T G 2706.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1314.439;SBQD=-1.010;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.4147;VQSLOD=8.0648 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2740,214,0
|
|
1 108459724 rs345310 T C 2456.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.81;MQ0=0;QD=31.49;SB=-1079.721;SBQD=2.857;SBpi=0.4529;SBpiQual=0.7364;VQSLOD=7.4470 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2489,220,0
|
|
1 108461078 rs1759042 G A 1447.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9889;MQ=56.44;MQ0=0;QD=32.90;SB=-487.022;SBQD=-1.353;SBpi=-1.3568;SBpiQual=-1.4133;VQSLOD=5.8426 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1481,117,0
|
|
1 108482193 rs76592 C G 2670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.81;SB=-1455.677;SBQD=-0.106;SBpi=0.0563;SBpiQual=0.0690;VQSLOD=8.5537 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2704,214,0
|
|
1 108484928 rs9435454 C T 3073.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=37.03;SB=-1401.023;SBQD=-0.022;SBpi=0.6037;SBpiQual=0.6287;VQSLOD=8.5233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3107,241,0
|
|
1 108494783 rs56349449 G A 782.94 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.312;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.311;SB=-353.075;SBQD=-2.817;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.4787;VQSLOD=5.1148 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:813,0,678
|
|
1 108511501 rs404634 T C 2739.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1295.345;SBQD=0.737;SBpi=0.5128;SBpiQual=0.5956;VQSLOD=9.2546 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2773,217,0
|
|
1 108514762 rs345260 G A 2636.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7356;MQ=59.50;MQ0=0;QD=31.76;SB=-1519.669;SBQD=2.088;SBpi=-0.2744;SBpiQual=-0.1534;VQSLOD=5.6567 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2669,211,0
|
|
1 108555680 rs1343198 G C 1041.19 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-538.544;SBQD=0.726;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2071;VQSLOD=6.0589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1071,0,1164
|
|
1 108556833 rs1777464 T C 3091.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1440.670;SBQD=0.700;SBpi=0.5830;SBpiQual=0.6286;VQSLOD=8.0212 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3125,244,0
|
|
1 108561514 rs2996925 T C 504.63 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=22.515;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.497;QD=13.28;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-250.591;SBQD=-17.414;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.7285;VQSLOD=4.4883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:535,0,520
|
|
1 108568011 rs1781067 G A 1081.88 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.655;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=17.17;ReadPosRankSum=1.413;SB=-501.545;SBQD=-1.344;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.2718;VQSLOD=5.5894 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:1112,0,928
|
|
1 108599341 rs6677839 T G 1212.39 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.298;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.538;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=14.79;ReadPosRankSum=1.071;SB=-395.578;SBQD=-5.870;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.1321;VQSLOD=5.5270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1242,0,1241
|
|
1 108607572 rs6667848 A G 991.64 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.021;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.110;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.034;SB=-522.373;SBQD=-0.370;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2713;VQSLOD=5.3169 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:1022,0,831
|
|
1 108613888 rs1343192 C T 944.75 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=14.76;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-461.359;SBQD=1.723;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4379;VQSLOD=5.9334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:975,0,877
|
|
1 108625947 rs1414674 T C 754.26 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.759;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.616;HRun=0;HaplotypeScore=2.4521;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.934;SB=-408.790;SBQD=8.010;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.0212;VQSLOD=5.0249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:784,0,871
|
|
1 108660646 rs537587 C T 1201.89 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.125;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=4.157;HRun=2;HaplotypeScore=4.9983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.791;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-578.865;SBQD=-4.942;SBpi=-0.7555;SBpiQual=-0.8856;VQSLOD=2.4838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:91:99:1232,0,1102
|
|
1 108663295 rs1777450 T C 1301.98 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.844;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=9.477;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=16.27;ReadPosRankSum=1.837;SB=-616.940;SBQD=-3.024;SBpi=-0.6564;SBpiQual=-0.2434;VQSLOD=5.3631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:80:99:1332,0,1009
|
|
1 108665898 rs6583065 T C 1162.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1877;MQ=58.34;MQ0=0;QD=24.73;SB=-490.466;SBQD=1.622;SBpi=-1.2399;SBpiQual=-0.9581;VQSLOD=3.5880 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1195,111,0
|
|
1 108667053 rs9803656 T C 745.88 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6517;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.214;SB=-361.897;SBQD=-0.225;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7877;VQSLOD=4.6804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:776,0,1158
|
|
1 108676624 rs584590 A C 3419.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=36.38;SB=-1716.084;SBQD=0.562;SBpi=0.2063;SBpiQual=0.2449;VQSLOD=8.6405 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3419,268,0
|
|
1 108681600 rs34563977 T C 1197.07 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.323;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.951;HRun=1;HaplotypeScore=1.9467;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.090;SB=-484.353;SBQD=-3.714;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.7140;VQSLOD=5.0668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1227,0,1038
|
|
1 108739035 rs589073 A G 1406.41 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.686;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.772;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-635.077;SBQD=2.945;SBpi=-0.6429;SBpiQual=-0.5537;VQSLOD=5.0441 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:1436,0,1445
|
|
1 108740779 rs828995 G A 1579.29 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.522;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.819;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.936;QD=17.74;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-851.470;SBQD=1.519;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.2881;VQSLOD=5.5176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,54:89:99:1609,0,879
|
|
1 108741065 rs594397 T C 982.04 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.370;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=15.11;ReadPosRankSum=1.568;SB=-473.198;SBQD=-4.307;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2176;VQSLOD=5.3499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:1012,0,1012
|
|
1 108745406 rs6583069 A G 1138.67 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.592;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.130;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-325.972;SBQD=6.467;SBpi=1.2330;SBpiQual=1.3606;VQSLOD=5.7122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1169,0,1262
|
|
1 108763557 rs11185303 C T 883.83 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.496;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=13.39;ReadPosRankSum=1.410;SB=-436.820;SBQD=2.201;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.3014;VQSLOD=5.5591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:914,0,1128
|
|
1 108769634 . T C 34.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.19;MQ0=9;QD=2.31;SB=-0.007;SBQD=-6.733;SBpi=-0.6455;SBpiQual=0.1455;VQSLOD=-2.0322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:15:6.02:66,6,0
|
|
1 108857768 rs10881517 A C 1405.08 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.841;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.127;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-583.830;SBQD=-3.030;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.7709;VQSLOD=4.1704 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:1435,0,1107
|
|
1 108912124 . A T 36.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;DP=106;Dels=0.00;FS=16.537;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=56.35;MQ0=1;MQRankSum=-3.338;QD=0.35;ReadPosRankSum=-0.284;SB=86.396;SBQD=-2.876;SBpi=-1.5765;SBpiQual=-1.6513;VQSLOD=-2.7509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,17:106:66.91:67,0,3094
|
|
1 108991061 . G C 541.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DP=118;Dels=0.00;FS=1.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=30.99;MQ0=24;MQRankSum=-3.046;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.807;SB=-192.679;SBQD=2.294;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.4508;VQSLOD=-1.3158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,40:118:99:571,0,1846
|
|
1 109046436 . C T 304.91 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.204;SB=-184.596;SBQD=-1.914;SBpi=0.1291;SBpiQual=-0.1107;VQSLOD=2.8687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:39:99:335,0,433
|
|
1 109140423 rs6670044 A T 2353.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=29.79;SB=-1113.155;SBQD=-0.687;SBpi=-1.1813;SBpiQual=-1.2821;VQSLOD=5.9499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2386,187,0
|
|
1 109165791 rs4970797 C T 2846.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=36.49;SB=-1004.726;SBQD=2.945;SBpi=1.2455;SBpiQual=1.4504;VQSLOD=8.2817 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2879,229,0
|
|
1 109208497 rs10776717 G C 2379.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.16;MQ0=0;QD=35.00;SB=-765.489;SBQD=-0.486;SBpi=1.6977;SBpiQual=1.7360;VQSLOD=7.3599 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2413,193,0
|
|
1 109216479 rs4970802 C T 2725.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.53;MQ0=0;QD=34.50;SB=-1429.066;SBQD=1.447;SBpi=-0.2813;SBpiQual=-0.2203;VQSLOD=7.6993 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2758,217,0
|
|
1 109274850 rs7523408 G A 729.07 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.015;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.721;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.259;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.269;SB=-445.454;SBQD=-5.419;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0263;VQSLOD=3.8421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:759,0,382
|
|
1 109290802 rs6701529 A T 1329.55 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.232;DB;DP=92;Dels=0.01;FS=2.839;HRun=4;HaplotypeScore=1.9497;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=14.30;ReadPosRankSum=-1.708;SB=-625.202;SBQD=1.784;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.6763;VQSLOD=3.7162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:1360,0,1348
|
|
1 109292334 rs872339 G T 2433.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.26;SB=-1063.383;SBQD=2.023;SBpi=-0.9029;SBpiQual=-0.7566;VQSLOD=7.6721 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2466,196,0
|
|
1 109293967 rs1277028 C T 2083.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=34.16;SB=-1050.109;SBQD=0.391;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.4512;VQSLOD=8.9131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2117,166,0
|
|
1 109295971 rs1333125 A G 141.66 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.16;MQ0=0;MQRankSum=1.960;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-127.450;SBQD=-1.442;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.4349;VQSLOD=4.7320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:54.53:172,0,55
|
|
1 109315211 rs1623641 A G 1457.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.90;MQ0=0;QD=31.67;SB=-186.445;SBQD=21.841;SBpi=1.9167;SBpiQual=2.0840;VQSLOD=6.1765 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1490,120,0
|
|
1 109324591 rs12726859 C T 1417.38 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.956;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=11.440;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=17.08;ReadPosRankSum=1.978;SB=-770.513;SBQD=-3.733;SBpi=-0.1443;SBpiQual=0.1308;VQSLOD=4.0245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1447,0,912
|
|
1 109327114 rs6659835 T C 916.52 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.025;HRun=1;HaplotypeScore=1.7005;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.135;SB=-472.998;SBQD=2.205;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4156;VQSLOD=4.9512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:947,0,951
|
|
1 109330357 rs1389760 T C 3783.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.8716;MQ=59.56;MQ0=0;QD=36.03;SB=-1839.877;SBQD=0.637;SBpi=-0.4392;SBpiQual=-0.4188;VQSLOD=4.9189 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3783,298,0
|
|
1 109350810 rs12409133 G T 819.81 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.507;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.148;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-409.609;SBQD=-3.541;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.0938;VQSLOD=5.9570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:79:99:850,0,1575
|
|
1 109366554 rs7529592 T C 1197.02 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.982;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.171;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=14.25;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-570.277;SBQD=-5.014;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4760;VQSLOD=5.6266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1227,0,1308
|
|
1 109368333 rs1338525 A G 2310.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.89;MQ0=0;QD=32.09;SB=-730.703;SBQD=-7.499;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.9062;VQSLOD=7.1728 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2343,196,0
|
|
1 109377537 rs12057309 G A 866.03 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=4.138;HRun=1;HaplotypeScore=5.4689;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=14.68;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-282.190;SBQD=-7.445;SBpi=-1.2330;SBpiQual=-1.5726;VQSLOD=2.2607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:59:99:896,0,566
|
|
1 109381018 rs12724754 A C 971.48 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.763;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-531.682;SBQD=0.621;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.1494;VQSLOD=5.0265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:1001,0,1469
|
|
1 109397925 rs35170172 G C 339.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.146;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-5.021;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.778;SB=-188.443;SBQD=-0.811;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.2574;VQSLOD=-1.8183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,16:49:99:370,0,1015
|
|
1 109451251 rs34679756 C G 344.52 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.159;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.862;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=53.43;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-90.182;SBQD=11.736;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.6653;VQSLOD=4.1631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:375,0,308
|
|
1 109454285 rs6699472 T C 990.47 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.062;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.717;SB=-361.837;SBQD=6.307;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.9063;VQSLOD=6.1521 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1020,0,1185
|
|
1 109463616 rs12405026 G A 1012.60 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.262;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7206;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.581;SB=-503.699;SBQD=-0.014;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3112;VQSLOD=5.6619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1043,0,981
|
|
1 109479978 rs168107 G T 949.63 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.264;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.365;SB=-605.550;SBQD=2.176;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.1145;VQSLOD=6.0744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:980,0,745
|
|
1 109490457 rs839543 T C 2354.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.45;MQ0=0;QD=34.62;SB=-1111.428;SBQD=-0.601;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.5810;VQSLOD=7.8039 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2387,190,0
|
|
1 109499026 rs839845 G C 710.44 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.614;HRun=0;HaplotypeScore=1.8899;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.822;SB=-429.399;SBQD=4.576;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1927;VQSLOD=5.1484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:740,0,908
|
|
1 109516641 rs489794 T C 1289.98 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.604;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9644;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=16.97;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-513.112;SBQD=-3.146;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.1156;VQSLOD=3.8575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,48:76:99:1320,0,839
|
|
1 109592473 rs28811897 G T 1185.02 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.663;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.199;HRun=0;HaplotypeScore=1.9416;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-410.681;SBQD=-2.809;SBpi=1.1713;SBpiQual=1.3509;VQSLOD=4.7799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1215,0,826
|
|
1 109633935 rs534099 T G 2283.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=33.57;SB=-896.873;SBQD=2.961;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.3035;VQSLOD=5.1738 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2316,184,0
|
|
1 109663679 rs7527850 C T 960.58 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.618;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.943;HRun=0;HaplotypeScore=2.8233;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.901;SB=-429.814;SBQD=-0.410;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.5468;VQSLOD=3.9016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:991,0,1125
|
|
1 109696056 rs565751 G A 1628.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=27.14;SB=-745.653;SBQD=-1.125;SBpi=-1.4201;SBpiQual=-1.5860;VQSLOD=5.6887 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1661,126,0
|
|
1 109710827 rs631178 C G 1877.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=26.07;SB=-928.851;SBQD=-4.934;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.9455;VQSLOD=5.6625 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1910,165,0
|
|
1 109716990 rs1556766 A G 373.07 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.220;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.581;SB=-231.350;SBQD=1.386;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.1609;VQSLOD=4.7023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:43:99:403,0,641
|
|
1 109723098 rs651325 G A 2352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9861;MQ=59.51;MQ0=0;QD=31.36;SB=-1130.805;SBQD=-2.186;SBpi=-0.7506;SBpiQual=-0.9457;VQSLOD=5.8537 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2385,190,0
|
|
1 109723541 rs649400 T C 1458.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.29;MQ0=0;QD=28.04;SB=-582.458;SBQD=4.922;SBpi=-1.3868;SBpiQual=-1.0129;VQSLOD=5.4065 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1491,135,0
|
|
1 109723787 rs648093 G A 2519.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.05;SB=-1411.240;SBQD=-1.257;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.0197;VQSLOD=6.8329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2553,199,0
|
|
1 109724611 rs2039652 T G 2631.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9075;MQ=55.73;MQ0=0;QD=33.73;SB=-1163.537;SBQD=-2.007;SBpi=-0.6794;SBpiQual=-0.7615;VQSLOD=5.3095 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2664,217,0
|
|
1 109726224 rs28407078 T C 165.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.886;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.157;HRun=2;HaplotypeScore=54.3798;MQ=35.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.132;QD=2.76;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-31.444;SBQD=-3.442;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3642;VQSLOD=-79.6933 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,10:60:99:196,0,793
|
|
1 109726695 rs619353 T A 1480.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.57;MQ0=0;QD=30.85;SB=-373.033;SBQD=7.101;SBpi=1.8764;SBpiQual=2.2350;VQSLOD=5.0688 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1514,120,0
|
|
1 109729936 . C T 676.01 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=14.38;ReadPosRankSum=-1.522;SB=-394.776;SBQD=-0.023;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0409;VQSLOD=3.2507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:706,0,431
|
|
1 109734225 rs643785 G T 1822.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=33.13;SB=-956.372;SBQD=-0.854;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.4132;VQSLOD=7.6780 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1855,144,0
|
|
1 109745618 rs1052878 T C 1847.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.60;SB=-411.685;SBQD=5.546;SBpi=2.0900;SBpiQual=2.3691;VQSLOD=6.7637 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1881,150,0
|
|
1 109766246 rs626704 T C 2002.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9545;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45;SB=-1009.065;SBQD=7.675;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.5117;VQSLOD=5.4900 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2036,174,0
|
|
1 109774026 rs600711 G A 2312.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.10;MQ0=0;QD=34.52;SB=-1129.866;SBQD=-0.573;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.5343;VQSLOD=7.5015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2346,184,0
|
|
1 109782003 rs611945 A G 769.61 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.497;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.417;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.151;SB=-393.787;SBQD=0.137;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.5291;VQSLOD=6.4355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:800,0,956
|
|
1 109836219 rs11102968 G A 960.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=56.95;MQ0=0;QD=20.89;SB=-450.783;SBQD=0.113;SBpi=-1.6219;SBpiQual=-1.6716;VQSLOD=2.8902 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:78.23:994,78,0
|
|
1 109839738 rs3850615 C A 762.83 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.627;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.595;HRun=0;HaplotypeScore=1.4942;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.503;SB=-298.157;SBQD=3.171;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.7729;VQSLOD=5.9149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:793,0,471
|
|
1 109866844 rs12136140 G A 1769.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.59;MQ0=0;QD=32.16;SB=-703.559;SBQD=3.862;SBpi=1.0113;SBpiQual=1.1784;VQSLOD=7.2027 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1802,141,0
|
|
1 109926828 rs10858089 T C 2042.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.33;MQ0=0;QD=29.60;SB=-1131.992;SBQD=0.584;SBpi=-0.5417;SBpiQual=-0.5119;VQSLOD=5.5957 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2076,165,0
|
|
1 109930498 rs10858090 A G 2280.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8288;MQ=58.76;MQ0=0;QD=28.87;SB=-773.026;SBQD=-8.122;SBpi=-1.5189;SBpiQual=-2.0806;VQSLOD=4.0208 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2314,201,0
|
|
1 109943893 rs10858092 C T 2479.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=35.42;SB=-1209.713;SBQD=-0.469;SBpi=0.4781;SBpiQual=0.4497;VQSLOD=8.6468 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2512,196,0
|
|
1 109968410 rs3820667 A C 2130.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=35.51;SB=-1023.137;SBQD=1.558;SBpi=0.2582;SBpiQual=0.3374;VQSLOD=8.3839 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2164,172,0
|
|
1 109991700 rs2039694 A G 2989.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.98;SB=-1451.422;SBQD=0.325;SBpi=-0.5330;SBpiQual=-0.4773;VQSLOD=7.1371 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3023,244,0
|
|
1 110006349 rs4970763 G A 1985.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5794;MQ=58.64;MQ0=0;QD=32.03;SB=-952.943;SBQD=1.937;SBpi=-0.7620;SBpiQual=-0.6637;VQSLOD=4.0584 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:2019,162,0
|
|
1 110008651 rs2884752 G A 1629.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.60;MQ0=0;QD=28.58;SB=-858.908;SBQD=2.017;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.5922;VQSLOD=5.4836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1662,135,0
|
|
1 110053734 rs11101965 G C 509.25 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.864;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=4.112;HRun=1;HaplotypeScore=2.5575;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.860;SB=-373.116;SBQD=-9.903;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2373;VQSLOD=2.8886 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:539,0,615
|
|
1 110056111 rs55852408 C T 1191.21 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.979;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=14.01;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-583.666;SBQD=2.974;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.5867;VQSLOD=4.2030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1221,0,1310
|
|
1 110097736 rs2151843 T A 3104.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9145;MQ=58.85;MQ0=0;QD=34.49;SB=-1493.406;SBQD=0.714;SBpi=-0.7379;SBpiQual=-0.7198;VQSLOD=5.8901 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3137,244,0
|
|
1 110109955 rs10857792 A G 1351.80 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.801;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=16.09;ReadPosRankSum=-1.267;SB=-555.795;SBQD=3.567;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.7528;VQSLOD=4.1355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1382,0,1253
|
|
1 110118301 rs551566 T G 1748.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;QD=27.75;SB=-759.328;SBQD=-6.314;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-1.3858;VQSLOD=5.5190 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1781,153,0
|
|
1 110122417 . C A 1227.10 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.056;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7791;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=17.78;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-637.387;SBQD=0.145;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.2266;VQSLOD=3.7443 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:69:99:1257,0,816
|
|
1 110145631 rs485334 G C 2256.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=56.76;MQ0=0;QD=32.70;SB=-1018.550;SBQD=1.803;SBpi=-0.9029;SBpiQual=-0.9751;VQSLOD=6.7117 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2289,184,0
|
|
1 110163076 rs6669802 A G 599.73 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.596;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.157;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-334.611;SBQD=0.783;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.2107;VQSLOD=4.8700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:630,0,1010
|
|
1 110170896 rs863978 T C 1523.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=28.74;SB=-815.023;SBQD=7.420;SBpi=-0.3434;SBpiQual=0.1237;VQSLOD=7.0028 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1556,141,0
|
|
1 110179447 . G A 152.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.449;DP=42;Dels=0.00;FS=1.577;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=3.63;ReadPosRankSum=2.476;SB=-147.616;SBQD=2.871;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.2878;VQSLOD=-0.5535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:42:99:183,0,629
|
|
1 110179756 rs17024629 C T 475.98 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.651;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.561;HRun=1;HaplotypeScore=5.7061;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-140.001;SBQD=5.315;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.2214;VQSLOD=1.9163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:56:99:506,0,1038
|
|
1 110187160 rs11101978 T G 412.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.54;MQ0=0;QD=24.26;SB=-167.330;SBQD=14.123;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.0232;VQSLOD=4.4061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:39.08:445,39,0
|
|
1 110193054 rs604337 G A 949.43 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.768;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7803;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.609;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.036;SB=-490.452;SBQD=0.609;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0056;VQSLOD=4.6741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:979,0,834
|
|
1 110193390 rs592586 A G 3457.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8947;MQ=59.61;MQ0=0;QD=32.01;SB=-1713.993;SBQD=-7.421;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.1291;VQSLOD=6.6953 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:3456,307,0
|
|
1 110218761 rs619686 G C 2224.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.92;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1176.904;SBQD=-0.947;SBpi=0.1861;SBpiQual=0.1150;VQSLOD=8.0084 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2257,181,0
|
|
1 110247164 rs1292099 C T 567.64 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.351;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8924;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.145;SB=-277.856;SBQD=3.385;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.7209;VQSLOD=4.9786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:598,0,418
|
|
1 110252314 rs943638 A C 885.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.207;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=48.13;MQ0=1;MQRankSum=-4.227;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.503;SB=-301.245;SBQD=-6.628;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-0.9388;VQSLOD=0.5047 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:916,0,885
|
|
1 110261567 rs11101991 G A 1363.47 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.713;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=9.004;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=16.04;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-642.060;SBQD=-7.546;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.2437;VQSLOD=5.9983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:1393,0,1167
|
|
1 110355873 . T C 62.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DP=49;Dels=0.00;FS=3.792;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=2.079;QD=1.29;ReadPosRankSum=-2.466;SB=-15.667;SBQD=-3.754;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.5229;VQSLOD=-1.0480 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,9:49:92.98:93,0,1316
|
|
1 110365045 rs6660031 G A 703.09 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.915;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.316;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.852;SB=-246.998;SBQD=4.334;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.0407;VQSLOD=5.4584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:733,0,795
|
|
1 110374986 rs544652 C T 1101.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.73;MQ0=0;QD=26.86;SB=-478.007;SBQD=0.899;SBpi=-1.1713;SBpiQual=-1.1545;VQSLOD=5.3959 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:93.25:1134,93,0
|
|
1 110404916 rs6675941 G A 1592.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;QD=30.05;SB=-801.348;SBQD=0.443;SBpi=-0.7555;SBpiQual=-0.7300;VQSLOD=7.3948 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1625,129,0
|
|
1 110412952 rs12138438 G A 761.76 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.490;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=8.135;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-358.117;SBQD=7.640;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2620;VQSLOD=5.9893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:792,0,745
|
|
1 110424086 . C T 464.55 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.853;DP=53;Dels=0.00;FS=3.933;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.707;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-308.527;SBQD=-4.105;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.5286;VQSLOD=3.5889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:495,0,685
|
|
1 110431020 rs426597 T A 840.13 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.147;SB=-372.360;SBQD=-3.485;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.4997;VQSLOD=6.5225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:870,0,686
|
|
1 110437185 . C T 1170.78 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.763;DP=91;Dels=0.00;FS=2.829;HRun=0;HaplotypeScore=2.1623;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=12.87;ReadPosRankSum=1.195;SB=-526.580;SBQD=-1.933;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.6839;VQSLOD=3.6217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:1201,0,1379
|
|
1 110470424 rs3093040 G A 1575.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;QD=35.81;SB=-576.653;SBQD=0.115;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.0747;VQSLOD=9.0180 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1609,129,0
|
|
1 110490382 rs17025227 G A 390.49 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.128;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.278;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.517;SB=-191.657;SBQD=2.372;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.1962;VQSLOD=5.4205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:420,0,307
|
|
1 110492809 rs7365459 T G 1947.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=30.92;SB=-815.473;SBQD=-5.240;SBpi=1.1969;SBpiQual=0.7993;VQSLOD=7.1593 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1981,177,0
|
|
1 110500865 rs6537891 C A 1919.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47;SB=-1090.197;SBQD=1.526;SBpi=-0.3150;SBpiQual=-0.2106;VQSLOD=7.0443 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1953,159,0
|
|
1 110550918 rs333082 T C 1721.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=23.59;SB=-1024.801;SBQD=5.322;SBpi=-0.9948;SBpiQual=-0.4924;VQSLOD=3.0832 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1755,150,0
|
|
1 110576282 rs6671743 G A 2364.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=32.84;SB=-1378.991;SBQD=2.047;SBpi=-0.1179;SBpiQual=0.0328;VQSLOD=9.0583 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2398,190,0
|
|
1 110587924 rs7545124 G A 1081.50 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.812;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=4.225;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.337;SB=-381.715;SBQD=-4.078;SBpi=1.0290;SBpiQual=1.1519;VQSLOD=4.6847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:1111,0,843
|
|
1 110608761 rs481420 C G 674.03 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=14.664;HRun=0;HaplotypeScore=2.3001;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.656;SB=-178.464;SBQD=10.759;SBpi=1.0206;SBpiQual=1.0983;VQSLOD=4.4258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:704,0,963
|
|
1 110649538 rs6698294 G A 1564.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6584;MQ=59.50;MQ0=0;QD=34.02;SB=-621.603;SBQD=0.507;SBpi=0.8847;SBpiQual=0.8512;VQSLOD=6.2292 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1598,129,0
|
|
1 110650778 rs563256 G A 2224.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.70;SB=-1211.578;SBQD=-0.348;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.2320;VQSLOD=7.5534 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2257,175,0
|
|
1 110658236 rs3738757 C T 1009.69 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.248;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=9.558;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.545;SB=-575.135;SBQD=-6.362;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0946;VQSLOD=5.9269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:1040,0,1190
|
|
1 110664182 . C T 797.88 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.417;DP=50;Dels=0.00;FS=13.336;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.210;SB=-98.765;SBQD=17.877;SBpi=1.6358;SBpiQual=1.9323;VQSLOD=3.4498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:828,0,488
|
|
1 110705779 rs2361043 G A 522.79 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.127;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=10.67;ReadPosRankSum=-2.101;SB=-297.121;SBQD=-2.401;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.1565;VQSLOD=4.6922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:553,0,786
|
|
1 110710362 rs4838937 T C 1139.58 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.456;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.807;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-461.859;SBQD=4.652;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.6738;VQSLOD=4.3954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:1170,0,1614
|
|
1 110722653 rs10465645 T G 788.07 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.966;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.657;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.792;SB=-552.145;SBQD=-1.013;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.2465;VQSLOD=4.0127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:818,0,694
|
|
1 110727400 rs897168 C T 870.40 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.694;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=16.242;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=12.43;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-216.702;SBQD=-13.256;SBpi=-1.7262;SBpiQual=-1.9814;VQSLOD=3.4389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:900,0,905
|
|
1 110741349 rs2603580 G T 1582.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.62;MQ0=0;QD=26.38;SB=-859.622;SBQD=3.337;SBpi=0.5164;SBpiQual=0.6693;VQSLOD=5.3046 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1616,129,0
|
|
1 110757954 rs663810 T C 1147.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.68;SB=-505.676;SBQD=-0.699;SBpi=-0.9912;SBpiQual=-1.0026;VQSLOD=5.2076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1180,99,0
|
|
1 110758375 rs2784144 A G 2445.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.61;SB=-1218.030;SBQD=0.133;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.4451;VQSLOD=8.7197 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2478,208,0
|
|
1 110769205 rs897171 G C 1416.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=27.24;SB=-818.236;SBQD=-0.650;SBpi=0.5547;SBpiQual=0.5042;VQSLOD=6.0162 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1449,120,0
|
|
1 110781469 rs2181695 C T 2934.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.23;SB=-1522.895;SBQD=1.006;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.0926;VQSLOD=9.6625 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2968,232,0
|
|
1 110793599 rs12133378 G A 1921.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=33.71;SB=-889.593;SBQD=-0.144;SBpi=0.5960;SBpiQual=0.5826;VQSLOD=8.3332 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1955,153,0
|
|
1 110806448 rs12130721 G T 1568.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.78;MQ0=0;QD=28.01;SB=-697.040;SBQD=2.398;SBpi=0.8765;SBpiQual=1.0165;VQSLOD=5.2120 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1602,129,0
|
|
1 110829417 rs638531 G A 3387.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.22;SB=-1536.230;SBQD=0.653;SBpi=-0.6814;SBpiQual=-0.6588;VQSLOD=9.1536 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3387,262,0
|
|
1 110851358 rs566689 T C 2359.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9053;MQ=59.17;MQ0=0;QD=32.32;SB=-1233.857;SBQD=-0.942;SBpi=0.5267;SBpiQual=0.4743;VQSLOD=6.2261 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2392,190,0
|
|
1 110869895 rs55864443 G T 3103.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=36.51;SB=-1245.192;SBQD=-1.990;SBpi=-0.9220;SBpiQual=-1.1079;VQSLOD=8.3563 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3137,253,0
|
|
1 110877773 rs12133336 A G 1939.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.56;MQ0=0;QD=31.29;SB=-870.857;SBQD=2.978;SBpi=0.7620;SBpiQual=0.8828;VQSLOD=7.3774 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1973,162,0
|
|
1 110878408 rs61787371 T C 2203.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.49;SB=-904.618;SBQD=4.976;SBpi=-2.1082;SBpiQual=-1.6024;VQSLOD=3.1167 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2237,201,0
|
|
1 110900097 rs34807886 C T 2416.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.53;SB=-895.263;SBQD=-0.374;SBpi=1.3339;SBpiQual=1.3811;VQSLOD=6.9633 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2449,190,0
|
|
1 110904925 rs10857820 G A 2627.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.35;MQ0=0;QD=34.13;SB=-1257.005;SBQD=-3.125;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.2857;VQSLOD=8.9916 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2661,217,0
|
|
1 110913120 rs722570 C T 2709.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.3002;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.65;SB=-1454.025;SBQD=0.872;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0669;VQSLOD=5.8505 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2742,211,0
|
|
1 110934727 rs12128302 G A 2171.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5812;MQ=59.11;MQ0=0;QD=29.75;SB=-1054.545;SBQD=-0.713;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7981;VQSLOD=3.9014 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:73:99:2205,178,0
|
|
1 110938971 rs7530151 G A 507.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.09;MQ0=0;QD=16.38;SB=-157.910;SBQD=-4.396;SBpi=-2.0655;SBpiQual=-2.1768;VQSLOD=3.2410 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:42.13:541,42,0
|
|
1 110946294 rs12135220 G A 2496.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.82;SB=-1161.937;SBQD=-1.616;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.1151;VQSLOD=6.8662 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2529,202,0
|
|
1 110949720 rs6671673 C T 1440.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.66;MQ0=0;QD=34.30;SB=-520.491;SBQD=-2.375;SBpi=-1.0801;SBpiQual=-1.2175;VQSLOD=8.4500 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1474,117,0
|
|
1 110966784 rs11102104 T G 2216.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=33.09;SB=-1134.041;SBQD=0.233;SBpi=0.1833;SBpiQual=0.2225;VQSLOD=7.2370 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2250,184,0
|
|
1 111003201 rs11102110 C T 1221.83 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.489;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.115;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=17.71;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-650.461;SBQD=-4.744;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.1837;VQSLOD=5.5532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:69:99:1252,0,620
|
|
1 111006786 rs4839018 A G 2383.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=34.54;SB=-1227.467;SBQD=-0.959;SBpi=-0.0602;SBpiQual=-0.0931;VQSLOD=9.3445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2416,193,0
|
|
1 111032041 rs1857516 T C 1583.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.69;SB=-696.050;SBQD=-0.075;SBpi=-0.8023;SBpiQual=-0.8250;VQSLOD=7.4322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1616,126,0
|
|
1 111033809 rs4839431 T C 2285.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.07;MQ0=0;QD=30.48;SB=-1147.152;SBQD=3.856;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.1916;VQSLOD=6.9578 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2319,208,0
|
|
1 111040116 . T G 65.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.074;DP=49;Dels=0.00;FS=53.820;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=1.34;ReadPosRankSum=-4.123;SB=78.235;SBQD=12.648;SBpi=2.0000;SBpiQual=1.6931;VQSLOD=-9.7196 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,16:49:95.86:96,0,1008
|
|
1 111048843 rs12033876 G A 410.28 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.058;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=7.077;HRun=1;HaplotypeScore=2.3869;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-17.214;SBQD=14.943;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.8129;VQSLOD=2.2030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:440,0,460
|
|
1 111063106 rs2251003 C G 888.82 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.026;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=15.06;ReadPosRankSum=1.535;SB=-452.214;SBQD=2.777;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6617;VQSLOD=5.8833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:919,0,647
|
|
1 111108953 rs4839511 T G 1828.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=30.47;SB=-890.110;SBQD=1.094;SBpi=0.7746;SBpiQual=0.8785;VQSLOD=6.9170 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1861,150,0
|
|
1 111134943 rs11102135 G A 746.18 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.422;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=8.862;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.791;SB=-250.372;SBQD=-9.046;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-1.1201;VQSLOD=4.0658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:776,0,915
|
|
1 111155946 rs56333331 A G 1325.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.26;SB=-792.302;SBQD=-5.987;SBpi=-0.1987;SBpiQual=-0.7001;VQSLOD=3.1550 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1359,123,0
|
|
1 111172413 rs11102140 A G 2685.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.52;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1298.144;SBQD=1.221;SBpi=-0.4041;SBpiQual=-0.3125;VQSLOD=9.1049 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2719,217,0
|
|
1 111196836 rs2029685 T C 1675.14 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.313;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=4.815;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=1.093;QD=15.51;ReadPosRankSum=-1.536;SB=-782.458;SBQD=6.694;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.4463;VQSLOD=5.3345 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,64:108:99:1705,0,1339
|
|
1 111199205 rs2797520 T C 1178.01 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.887;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=15.50;ReadPosRankSum=-0.889;SB=-596.672;SBQD=-1.606;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.2754;VQSLOD=5.8412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1208,0,1085
|
|
1 111205048 rs2640488 C T 1110.77 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.719;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.444;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-578.026;SBQD=6.081;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0570;VQSLOD=5.9732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1141,0,1142
|
|
1 111207587 rs2640486 T C 787.80 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.686;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.908;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.493;SB=-434.150;SBQD=1.250;SBpi=-0.2694;SBpiQual=0.0178;VQSLOD=5.4615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:818,0,1173
|
|
1 111215472 rs1058184 A C 1070.83 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.738;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.221;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.87;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-350.070;SBQD=4.882;SBpi=0.9297;SBpiQual=1.0784;VQSLOD=5.6061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:1101,0,1191
|
|
1 111227656 rs1342855 G A 1621.47 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.559;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=3.013;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=19.08;ReadPosRankSum=-0.102;SB=-724.201;SBQD=-3.583;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5362;VQSLOD=5.4910 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,49:85:99:1651,0,952
|
|
1 111228646 rs2797526 C T 945.63 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.308;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.997;SB=-552.528;SBQD=2.465;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.1205;VQSLOD=5.5351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:976,0,1411
|
|
1 111229552 rs1418747 A G 1144.07 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.261;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=12.277;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=2.068;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.932;SB=-586.453;SBQD=3.888;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.8971;VQSLOD=4.4672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,51:102:99:1174,0,1571
|
|
1 111257724 rs343602 A G 904.93 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.582;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-387.591;SBQD=3.150;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.5868;VQSLOD=5.2694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:935,0,798
|
|
1 111280109 rs343777 G A 1151.83 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.955;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.215;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=17.19;ReadPosRankSum=1.651;SB=-358.703;SBQD=-5.122;SBpi=-1.1355;SBpiQual=-1.3811;VQSLOD=5.1062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1182,0,850
|
|
1 111288116 rs545903 T C 2365.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=34.29;SB=-1186.166;SBQD=-0.048;SBpi=-0.4214;SBpiQual=-0.4428;VQSLOD=8.5609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2399,190,0
|
|
1 111314855 rs573178 A G 1485.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;QD=30.32;SB=-800.292;SBQD=0.944;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5078;VQSLOD=7.0673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1519,120,0
|
|
1 111320144 rs511270 A G 2533.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=30.52;SB=-1408.556;SBQD=1.964;SBpi=-0.4939;SBpiQual=-0.3363;VQSLOD=7.1202 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2566,205,0
|
|
1 111322808 rs519018 G A 1649.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.98;MQ0=0;QD=27.04;SB=-1156.735;SBQD=-0.763;SBpi=-0.0640;SBpiQual=-0.0996;VQSLOD=4.6077 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1683,129,0
|
|
1 111332266 rs343811 C T 1256.17 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.522;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.649;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=17.45;ReadPosRankSum=2.510;SB=-556.811;SBQD=5.055;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5042;VQSLOD=4.5665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1286,0,719
|
|
1 111340970 rs529175 C G 2542.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=33.02;SB=-1325.875;SBQD=1.131;SBpi=0.3989;SBpiQual=0.5088;VQSLOD=7.0516 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2575,202,0
|
|
1 111371710 rs34768640 G A 1418.45 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.651;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=6.882;HRun=0;HaplotypeScore=1.7256;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=15.25;ReadPosRankSum=1.210;SB=-475.807;SBQD=5.989;SBpi=1.2399;SBpiQual=1.3303;VQSLOD=4.9759 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:1448,0,1221
|
|
1 111374598 rs12403910 G A 1307.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.052;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.797;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.359;SB=-590.649;SBQD=2.610;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.4655;VQSLOD=5.8442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1337,0,1269
|
|
1 111376158 . G A 879.58 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.981;DP=79;Dels=0.00;FS=0.894;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-384.038;SBQD=1.282;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.6323;VQSLOD=2.2676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:910,0,1415
|
|
1 111383745 . A G 1032.93 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.698;DP=76;Dels=0.00;FS=1.894;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.813;SB=-452.310;SBQD=-5.447;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.4882;VQSLOD=3.6537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1063,0,1193
|
|
1 111395110 rs17688644 T C 737.60 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.509;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.575;SB=-400.590;SBQD=-3.025;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2114;VQSLOD=5.6787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:768,0,547
|
|
1 111397090 rs6672672 C T 1098.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.625;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.838;HRun=1;HaplotypeScore=1.9468;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=13.91;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-592.527;SBQD=1.769;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0584;VQSLOD=4.7421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1129,0,1294
|
|
1 111402301 . G A 895.17 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.071;DP=74;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=53.45;MQ0=1;MQRankSum=-1.256;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-490.810;SBQD=0.074;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.4796;VQSLOD=3.8694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:925,0,945
|
|
1 111402487 . G A 918.70 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DP=66;Dels=0.00;FS=3.333;HRun=0;HaplotypeScore=1.9367;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=13.92;ReadPosRankSum=1.513;SB=-563.755;SBQD=-4.215;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0571;VQSLOD=3.7866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:949,0,959
|
|
1 111403574 rs7545997 T G 957.82 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=0;HaplotypeScore=1.5750;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-394.724;SBQD=-1.792;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5624;VQSLOD=5.2002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:988,0,896
|
|
1 111404691 rs3913003 G A 815.81 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.077;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.340;SB=-549.266;SBQD=4.661;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.0393;VQSLOD=4.6364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:846,0,1428
|
|
1 111424969 rs35769683 T C 1606.58 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.411;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=0.723;HRun=1;HaplotypeScore=1.9986;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=14.88;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-740.713;SBQD=-1.235;SBpi=-0.6068;SBpiQual=-0.6225;VQSLOD=3.8215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,55:108:99:1637,0,1695
|
|
1 111425969 rs12122718 C T 1369.36 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.117;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=1.642;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.151;SB=-612.977;SBQD=-2.437;SBpi=-0.6564;SBpiQual=-0.7232;VQSLOD=5.1268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:1399,0,1671
|
|
1 111430297 rs12117546 T C 923.26 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-378.070;SBQD=4.619;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.8830;VQSLOD=5.9469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:953,0,1061
|
|
1 111445410 rs1936938 G A 2554.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;QD=32.75;SB=-1473.763;SBQD=0.182;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0334;VQSLOD=7.4526 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2587,205,0
|
|
1 111464124 rs12044937 C T 1304.82 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.413;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.835;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.223;SB=-599.231;SBQD=3.166;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.3987;VQSLOD=5.8574 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1335,0,1285
|
|
1 111485768 rs1282006 T C 3028 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.41;SB=-1418.764;SBQD=-1.510;SBpi=0.7462;SBpiQual=0.6349;VQSLOD=7.9040 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3061,247,0
|
|
1 111504831 rs1282037 T A 2196.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=36.00;SB=-1016.581;SBQD=0.207;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.6212;VQSLOD=8.1448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2229,172,0
|
|
1 111524493 rs6687647 G A 1759.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.69;MQ0=0;QD=29.32;SB=-576.364;SBQD=-16.369;SBpi=-0.6455;SBpiQual=-1.4814;VQSLOD=5.9944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1792,141,0
|
|
1 111526171 rs6683324 T C 1252.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=33.76;MQ0=0;QD=31.32;SB=-351.760;SBQD=3.276;SBpi=1.4230;SBpiQual=1.7751;VQSLOD=6.3593 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1286,117,0
|
|
1 111534200 rs10745315 T C 2990.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=36.92;SB=-1450.081;SBQD=0.450;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.2831;VQSLOD=9.0137 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3024,238,0
|
|
1 111550437 rs10857846 G A 898.53 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.045;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.284;HRun=0;HaplotypeScore=1.8216;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.413;SB=-360.218;SBQD=-2.774;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5962;VQSLOD=4.8772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:929,0,1136
|
|
1 111570567 rs4838885 T C 833.98 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=10.597;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-361.867;SBQD=-9.023;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7003;VQSLOD=4.6198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:864,0,1132
|
|
1 111570714 rs56018148 C T 964.16 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.040;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.461;HRun=0;HaplotypeScore=2.5221;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=15.07;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-421.157;SBQD=-5.574;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.7280;VQSLOD=3.9088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:994,0,795
|
|
1 111581535 rs56092832 C A 1288.91 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.790;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.807;HRun=0;HaplotypeScore=2.3294;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.390;SB=-483.692;SBQD=2.640;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.8684;VQSLOD=4.4277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1319,0,1366
|
|
1 111610738 rs11102208 T C 2813.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.53;SB=-1149.869;SBQD=0.816;SBpi=0.9687;SBpiQual=1.0798;VQSLOD=7.9275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2846,223,0
|
|
1 111621386 rs11589488 T A 2367.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.0545;MQ=45.17;MQ0=1;MQRankSum=2.390;QD=28.52;ReadPosRankSum=-1.518;SB=-1028.538;SBQD=-2.161;SBpi=-1.1180;SBpiQual=-1.4060;VQSLOD=3.1625 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:2400,202,0
|
|
1 111626083 rs587653 G A 1037.42 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.287;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.880;HRun=0;HaplotypeScore=2.4805;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.459;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.244;SB=-399.395;SBQD=-2.760;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7539;VQSLOD=4.7364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:1067,0,1450
|
|
1 111642852 . G A 917.93 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DP=77;Dels=0.00;FS=19.814;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-386.639;SBQD=11.246;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4007;VQSLOD=4.0604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:948,0,1392
|
|
1 111644069 rs2185859 C T 851.45 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.614;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.926;HRun=1;HaplotypeScore=1.7900;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-359.833;SBQD=-2.558;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.6024;VQSLOD=4.0295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:881,0,1233
|
|
1 111680493 rs325928 G A 1190.73 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.071;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=5.461;HRun=0;HaplotypeScore=1.9667;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-523.065;SBQD=-5.112;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4659;VQSLOD=5.0429 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:1221,0,1371
|
|
1 111761193 rs2494017 A C 1829.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.55;MQ0=0;QD=24.08;SB=-1369.050;SBQD=-1.986;SBpi=0.1147;SBpiQual=-0.0580;VQSLOD=2.9117 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1863,150,0
|
|
1 111776178 rs2820089 A G 367.10 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.123;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.356;HRun=2;HaplotypeScore=2.2424;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=10.49;ReadPosRankSum=-1.772;SB=-173.588;SBQD=-4.237;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.3483;VQSLOD=3.5052 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:397,0,565
|
|
1 111780604 rs6685226 A G 1080.64 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.724;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=19.293;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.562;SB=-431.981;SBQD=7.078;SBpi=1.0553;SBpiQual=0.7269;VQSLOD=4.7866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1111,0,1405
|
|
1 111786012 rs1056831 T A 1029.57 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.911;HRun=0;HaplotypeScore=1.5592;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.958;QD=14.10;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-471.671;SBQD=1.528;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.6757;VQSLOD=5.0712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1060,0,1105
|
|
1 111791078 rs11102222 T C 1071.55 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.074;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.055;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.415;SB=-504.755;SBQD=3.847;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6627;VQSLOD=5.1063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1102,0,1136
|
|
1 111791191 rs942698 T G 1022.91 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.665;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.960;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.824;SB=-464.661;SBQD=-2.372;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.6235;VQSLOD=5.4815 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:72:99:1053,0,1099
|
|
1 111816865 rs12139505 G A 2790.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.20;SB=-1284.666;SBQD=0.209;SBpi=0.5196;SBpiQual=0.5693;VQSLOD=9.6213 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2823,220,0
|
|
1 111819921 rs2494014 A G 1336.10 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.688;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=13.827;HRun=2;HaplotypeScore=2.8799;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=16.10;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-709.840;SBQD=6.644;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.0208;VQSLOD=3.3867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1366,0,1091
|
|
1 111821946 rs12027550 C G 1011.79 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.526;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=0;HaplotypeScore=2.7485;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.944;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-479.347;SBQD=2.201;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4478;VQSLOD=4.1194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:69:99:1042,0,1079
|
|
1 111843916 rs12127136 G A 1172.92 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.346;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.766;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.017;SB=-548.246;SBQD=-1.911;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3076;VQSLOD=5.5580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1203,0,1327
|
|
1 111851233 rs56292601 C T 1561.39 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.650;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.791;HRun=2;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.458;QD=17.16;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-770.877;SBQD=-1.054;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.2779;VQSLOD=4.6285 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:91:99:1591,0,1298
|
|
1 111854096 rs4839121 A G 2760.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.86;SB=-1305.421;SBQD=-0.183;SBpi=-0.5128;SBpiQual=-0.5462;VQSLOD=8.5525 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2794,220,0
|
|
1 111861714 rs2786161 T A 2476.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=34.40;SB=-1305.487;SBQD=0.054;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.3007;VQSLOD=8.2711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2510,193,0
|
|
1 111876808 rs2820068 G A 1635.98 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.812;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=10.276;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.703;QD=19.25;ReadPosRankSum=0.415;SB=-465.635;SBQD=-8.571;SBpi=-1.7691;SBpiQual=-1.9495;VQSLOD=3.5951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,54:85:99:1666,0,954
|
|
1 111897335 rs11102257 A G 981.59 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.476;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=2.186;QD=16.64;ReadPosRankSum=0.023;SB=-556.585;SBQD=-5.834;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0746;VQSLOD=5.5819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:1012,0,760
|
|
1 111899463 rs2364680 C T 683.53 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.248;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.044;HRun=0;HaplotypeScore=25.5747;MQ=52.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.006;QD=9.63;ReadPosRankSum=-2.069;SB=-289.333;SBQD=2.730;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.7194;VQSLOD=-23.1275 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:714,0,1070
|
|
1 112058682 rs1890245 A T 839.89 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=14.287;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=17.50;ReadPosRankSum=0.841;SB=-350.313;SBQD=10.803;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8643;VQSLOD=5.2879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,31:48:99:870,0,382
|
|
1 112073864 rs10776731 A C 928.01 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4860;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-366.986;SBQD=0.084;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.7614;VQSLOD=3.5479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:958,0,685
|
|
1 112125404 rs1415797 G C 1363.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.803;HRun=0;HaplotypeScore=1.5983;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=15.32;ReadPosRankSum=1.612;SB=-633.888;SBQD=0.562;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.4823;VQSLOD=5.9117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:1393,0,1413
|
|
1 112127299 rs10494137 G A 1557.44 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.535;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.718;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=16.93;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-836.137;SBQD=1.841;SBpi=0.2060;SBpiQual=0.2498;VQSLOD=5.4888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:92:99:1587,0,907
|
|
1 112129736 rs17028048 T C 804.36 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.425;HRun=1;HaplotypeScore=1.7781;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=11.17;ReadPosRankSum=2.023;SB=-499.228;SBQD=5.069;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1207;VQSLOD=4.7007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:834,0,1092
|
|
1 112141096 rs945963 T G 782.34 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=8.790;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.867;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.927;SB=-357.872;SBQD=-8.920;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.8993;VQSLOD=4.2509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:812,0,912
|
|
1 112141417 rs12123811 C T 1186.91 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.147;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=8.231;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=16.48;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-440.129;SBQD=6.844;SBpi=1.0801;SBpiQual=1.2092;VQSLOD=5.1955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1217,0,848
|
|
1 112166283 rs2477423 A G 1092.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.15;MQ0=0;QD=13.32;SB=-1086.824;SBQD=-8.749;SBpi=-0.4417;SBpiQual=-1.1539;VQSLOD=5.0940 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:1125,108,0
|
|
1 112184499 rs2182016 T A 1944.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=34.11;SB=-975.193;SBQD=-0.045;SBpi=-0.3311;SBpiQual=-0.3064;VQSLOD=8.7231 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1978,156,0
|
|
1 112197530 rs530173 G A 1436.98 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.223;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=16.266;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=18.66;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-660.549;SBQD=-11.339;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2028;VQSLOD=4.8567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:77:99:1467,0,654
|
|
1 112215212 rs474860 A G 1026.75 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.489;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=14.46;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-399.746;SBQD=-4.222;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.1868;VQSLOD=4.0195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:1057,0,837
|
|
1 112233548 rs501396 A G 3456.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=35.63;SB=-1824.517;SBQD=0.528;SBpi=0.0508;SBpiQual=0.0674;VQSLOD=8.7244 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3456,271,0
|
|
1 112239321 rs570634 G A 1515.78 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.527;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.511;HRun=2;HaplotypeScore=3.6659;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.502;QD=17.83;ReadPosRankSum=0.740;SB=-808.103;SBQD=-4.768;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0153;VQSLOD=3.0758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:1546,0,1136
|
|
1 112288634 rs197371 G A 1013.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.353;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.233;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-483.455;SBQD=3.141;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4768;VQSLOD=5.2703 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1044,0,1003
|
|
1 112291644 rs197377 C T 1992.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.31;MQ0=0;QD=32.66;SB=-1020.393;SBQD=-0.530;SBpi=-0.5164;SBpiQual=-0.4579;VQSLOD=7.4648 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:2025,157,0
|
|
1 112292706 rs197380 A T 774.99 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.951;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=9.652;HRun=0;HaplotypeScore=1.7987;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=12.11;ReadPosRankSum=-1.855;SB=-200.264;SBQD=9.643;SBpi=1.4606;SBpiQual=1.5378;VQSLOD=3.8210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:805,0,965
|
|
1 112297774 . G A 655.79 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.322;DP=64;Dels=0.00;FS=7.080;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.05;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-243.509;SBQD=5.394;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.6375;VQSLOD=3.9683 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:686,0,770
|
|
1 112307875 rs197410 T C 963.86 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.152;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=12.852;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-256.841;SBQD=9.462;SBpi=1.0686;SBpiQual=1.4073;VQSLOD=4.7466 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:92:99:994,0,1837
|
|
1 112314565 rs11803207 T C 1401.88 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.086;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.905;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.870;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-748.131;SBQD=-2.172;SBpi=0.3501;SBpiQual=0.3136;VQSLOD=4.0520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,51:78:99:1432,0,836
|
|
1 112341900 rs11102333 C A 2504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=35.77;SB=-1315.775;SBQD=0.712;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.0717;VQSLOD=6.9164 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2537,196,0
|
|
1 112346109 rs817977 T C 2660.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.23;SB=-1299.949;SBQD=3.874;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.6058;VQSLOD=7.0789 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2693,235,0
|
|
1 112348592 rs2618038 A G 1626.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.6287;MQ=59.31;MQ0=0;QD=30.11;SB=-816.865;SBQD=-4.257;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.4524;VQSLOD=4.5541 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1659,138,0
|
|
1 112358760 rs6659017 T A 2215.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1132.061;SBQD=-0.465;SBpi=0.4341;SBpiQual=0.4099;VQSLOD=8.4564 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2249,175,0
|
|
1 112369354 rs4839171 C A 3226.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.66;SB=-1390.208;SBQD=0.865;SBpi=-0.9594;SBpiQual=-0.9395;VQSLOD=8.5513 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3259,253,0
|
|
1 112370606 rs1904200 A G 2939.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=5.0563;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=32.30;ReadPosRankSum=-0.487;SB=-1604.613;SBQD=-0.274;SBpi=-0.1054;SBpiQual=-0.0455;VQSLOD=3.3196 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:2973,241,0
|
|
1 112371713 rs6677072 G T 1066.49 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.033;HRun=1;HaplotypeScore=3.6294;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-440.804;SBQD=4.325;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.7286;VQSLOD=3.5657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:1096,0,1555
|
|
1 112409248 rs1677533 C A 1010.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=51.40;MQ0=0;QD=17.43;SB=-825.862;SBQD=-7.911;SBpi=0.1313;SBpiQual=-0.3021;VQSLOD=5.2961 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:90.18:1044,90,0
|
|
1 112427918 rs2813862 C G 2233.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=30.19;SB=-1277.836;SBQD=-0.933;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.3221;VQSLOD=6.6440 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2267,181,0
|
|
1 112439757 rs608673 T C 1246.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.60;MQ0=0;QD=26.52;SB=-720.930;SBQD=-8.808;SBpi=0.0729;SBpiQual=-0.2915;VQSLOD=4.7622 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1280,102,0
|
|
1 112450419 . T C 966.44 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.326;DP=75;Dels=0.00;FS=1.892;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.929;SB=-402.385;SBQD=1.674;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.6777;VQSLOD=3.3439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:996,0,1340
|
|
1 112450636 rs2995807 T C 2695.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9220;MQ=59.20;MQ0=0;QD=35.46;SB=-1248.578;SBQD=2.330;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.5368;VQSLOD=4.7308 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2728,223,0
|
|
1 112456882 rs4839183 A G 875.99 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.916;HRun=2;HaplotypeScore=8.6445;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.593;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.193;SB=-342.574;SBQD=4.090;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.8518;VQSLOD=1.4838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:906,0,1341
|
|
1 112468384 rs56328799 C T 1080.22 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.666;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.248;SB=-566.411;SBQD=0.668;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0628;VQSLOD=5.3911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:1110,0,858
|
|
1 112471862 rs930550 A G 1292.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.29;SB=-677.975;SBQD=-2.503;SBpi=-0.9191;SBpiQual=-1.0621;VQSLOD=4.3903 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1326,120,0
|
|
1 112480010 rs2995811 C T 437.59 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.342;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=13.624;HRun=0;HaplotypeScore=1.5518;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-252.669;SBQD=11.792;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.3126;VQSLOD=4.9888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:468,0,571
|
|
1 112488861 rs2018680 A C 2253.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=32.19;SB=-1202.627;SBQD=1.362;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.3082;VQSLOD=8.0062 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2286,184,0
|
|
1 112505584 rs4839194 C A 2025.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70;SB=-1220.226;SBQD=0.052;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0252;VQSLOD=5.4272 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2059,165,0
|
|
1 112505777 rs1373289 G C 2420.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.40;MQ0=0;QD=31.44;SB=-957.984;SBQD=0.360;SBpi=-1.5385;SBpiQual=-1.5715;VQSLOD=5.6587 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2454,196,0
|
|
1 112536723 rs2120434 A G 1062.63 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.856;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.420;SB=-543.169;SBQD=0.026;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1226;VQSLOD=6.0741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:1093,0,1249
|
|
1 112538867 . A G 738.09 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.923;DP=65;Dels=0.00;FS=11.152;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.054;SB=-198.564;SBQD=-10.666;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-1.1895;VQSLOD=4.0604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:768,0,1108
|
|
1 112551869 rs57391798 C G 124.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=3.670;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=2.094;QD=2.44;ReadPosRankSum=-2.860;SB=-3.911;SBQD=2.324;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5733;VQSLOD=-1.7308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,7:51:99:155,0,559
|
|
1 112553766 rs11578916 G T 625.93 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=10.79;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-348.341;SBQD=-1.326;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2084;VQSLOD=5.1528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:656,0,1051
|
|
1 112596703 rs269074 A C 2654.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.372;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.094;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=34.47;ReadPosRankSum=1.687;SB=-1085.542;SBQD=1.442;SBpi=1.0324;SBpiQual=0.9877;VQSLOD=7.8769 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2687,214,0
|
|
1 112616429 . T C 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;QD=31.49;SB=-1119.387;SBQD=-1.333;SBpi=-0.6527;SBpiQual=-0.7852;VQSLOD=6.1195 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2269,181,0
|
|
1 112635062 rs269096 C T 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.43;SB=-1605.171;SBQD=0.612;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0619;VQSLOD=8.3478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3261,253,0
|
|
1 112646468 rs457342 C T 2005.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.47;SB=-309.635;SBQD=-3.839;SBpi=-2.6294;SBpiQual=-2.8825;VQSLOD=6.1989 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2039,157,0
|
|
1 112646837 rs650946 T C 223.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.62;MQ0=0;QD=31.89;SB=-116.767;SBQD=-1.766;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1194;VQSLOD=7.5203 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:256,21,0
|
|
1 112647798 rs982251 A C 592.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-141.724;SBQD=8.092;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.2214;VQSLOD=7.3695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:626,51,0
|
|
1 112648955 rs430680 A G 3134.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=32.99;SB=-1494.410;SBQD=-0.441;SBpi=0.8721;SBpiQual=0.9056;VQSLOD=3.6653 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3167,247,0
|
|
1 112649412 rs11102385 C T 2308.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=33.95;SB=-1205.254;SBQD=-2.005;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.2586;VQSLOD=7.0620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2341,184,0
|
|
1 112653342 rs367572 G C 2769.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.45;MQ0=0;QD=36.44;SB=-1159.574;SBQD=-0.410;SBpi=0.9177;SBpiQual=0.9285;VQSLOD=6.6846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2803,226,0
|
|
1 112655653 rs392463 G C 2759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.1552;MQ=59.03;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1303.317;SBQD=1.020;SBpi=0.5522;SBpiQual=0.5651;VQSLOD=4.9820 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2793,226,0
|
|
1 112655979 rs529925 G C 3980.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1830.613;SBQD=-1.493;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.6287;VQSLOD=8.2641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:3980,322,0
|
|
1 112688022 rs155646 G T 2384.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.61;MQ0=0;QD=33.59;SB=-946.926;SBQD=1.709;SBpi=1.2461;SBpiQual=1.4283;VQSLOD=8.0617 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2418,187,0
|
|
1 112692148 rs11102392 T C 2011.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.03;SB=-1171.664;SBQD=-0.900;SBpi=-0.0611;SBpiQual=-0.1135;VQSLOD=6.9043 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2045,166,0
|
|
1 112700256 . C A 1301.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.210;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.83;MQ0=36;MQRankSum=0.771;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.491;SB=-55.103;SBQD=-21.395;SBpi=-1.2298;SBpiQual=-1.4647;VQSLOD=3.5980 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,80:108:99:1334,135,0
|
|
1 112711169 rs149802 T C 1628.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.57;SB=-547.134;SBQD=8.744;SBpi=0.9934;SBpiQual=1.3771;VQSLOD=6.4016 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1662,144,0
|
|
1 112722594 rs1371692 A T 2175.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.00;SB=-1254.441;SBQD=0.772;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.1491;VQSLOD=5.2800 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2209,169,0
|
|
1 112727071 rs267800 C T 2836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.83;SB=-1367.939;SBQD=-1.162;SBpi=0.3989;SBpiQual=0.3151;VQSLOD=8.2944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2869,226,0
|
|
1 112727715 rs2887868 T C 2480.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=32.64;SB=-1292.381;SBQD=-0.376;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.3199;VQSLOD=6.1928 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2514,202,0
|
|
1 112730216 rs11102412 G A 2557.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.13;MQ0=0;QD=34.56;SB=-1401.762;SBQD=-0.698;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=7.2888 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2591,202,0
|
|
1 112743352 . C T 201.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.80;MQ0=26;QD=4.47;SB=-33.423;SBQD=12.840;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-0.9432;VQSLOD=0.3710 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:21.06:234,21,0
|
|
1 112750498 rs12145196 T C 2123.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;QD=32.17;SB=-1134.155;SBQD=2.110;SBpi=-0.3693;SBpiQual=-0.2818;VQSLOD=7.8098 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2156,172,0
|
|
1 112751912 rs59989969 A C 3127.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.95;SB=-1102.969;SBQD=-2.184;SBpi=-1.4474;SBpiQual=-1.6425;VQSLOD=7.1629 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3160,250,0
|
|
1 112767077 . C A 233.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.32;MQ0=0;QD=21.23;SB=-132.328;SBQD=-10.981;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.3923;VQSLOD=2.8648 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:24.07:267,24,0
|
|
1 112767499 . T C 187.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7900;MQ=15.40;MQ0=37;MQRankSum=-1.496;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-0.007;SBQD=4.264;SBpi=-0.7206;SBpiQual=-0.7365;VQSLOD=-0.2551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,39:96:99:218,0,402
|
|
1 112778599 rs12567401 C T 949.76 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.285;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.732;HRun=0;HaplotypeScore=1.5983;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=13.57;ReadPosRankSum=-1.472;SB=-586.878;SBQD=-2.985;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0690;VQSLOD=5.2242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:980,0,944
|
|
1 112789741 rs1078316 T C 875.56 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.559;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=12.51;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-494.330;SBQD=0.641;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.0500;VQSLOD=4.9152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:906,0,992
|
|
1 112791233 . G T 826.76 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.060;DP=69;Dels=0.00;FS=1.986;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-508.499;SBQD=3.208;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.4042;VQSLOD=4.1712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:857,0,815
|
|
1 112795212 rs2370850 G C 869.39 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.062;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.623;HRun=2;HaplotypeScore=1.6828;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.345;SB=-508.616;SBQD=3.085;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1088;VQSLOD=5.3250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:899,0,619
|
|
1 112810126 rs2998332 G A 2502.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.25;SB=-690.793;SBQD=-3.716;SBpi=-1.9582;SBpiQual=-2.2712;VQSLOD=5.7382 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2536,202,0
|
|
1 112821184 rs9429468 A C 1425.91 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.975;SB=-770.896;SBQD=-0.605;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.0248;VQSLOD=5.1306 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1456,0,1115
|
|
1 112822213 . C T 866.96 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.492;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9981;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-489.497;SBQD=-1.340;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1736;VQSLOD=2.0972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:897,0,832
|
|
1 112826127 rs3121988 G A 906.04 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.178;HRun=1;HaplotypeScore=1.5253;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=14.61;ReadPosRankSum=-1.721;SB=-308.843;SBQD=-3.965;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.9237;VQSLOD=3.5153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:936,0,976
|
|
1 112839096 rs2998347 T C 654.65 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=3.185;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.19;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.201;SB=-269.904;SBQD=7.079;SBpi=-1.0585;SBpiQual=-1.0723;VQSLOD=5.6170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:685,0,481
|
|
1 112839814 rs3122003 T C 2584.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.41;SB=-1146.010;SBQD=0.402;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.6610;VQSLOD=7.1072 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2618,214,0
|
|
1 112840578 rs3128364 G A 1201.52 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.939;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=2.047;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.612;SB=-592.361;SBQD=1.965;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.3902;VQSLOD=4.8489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1232,0,1203
|
|
1 112846614 rs10857952 G A 1502.61 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.558;QD=20.03;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-713.048;SBQD=0.941;SBpi=-0.3647;SBpiQual=-0.3181;VQSLOD=2.4926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,47:75:99:1533,0,680
|
|
1 112848852 rs4433390 G A 1191.08 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.240;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-572.259;SBQD=0.744;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5303;VQSLOD=5.2759 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:1221,0,920
|
|
1 112867947 rs4839242 A G 600.60 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.652;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.107;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.055;SB=-309.649;SBQD=0.813;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.3595;VQSLOD=5.3423 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:631,0,751
|
|
1 112950488 . G A 437.72 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=55;Dels=0.00;FS=7.778;HRun=0;HaplotypeScore=2.9234;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.628;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-308.405;SBQD=5.892;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.2032;VQSLOD=1.6230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:468,0,464
|
|
1 112967231 rs2492522 G A 1407.61 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.409;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.912;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=17.82;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-738.421;SBQD=2.135;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3373;VQSLOD=4.2489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:1438,0,954
|
|
1 112967429 rs2492524 A G 1074.18 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=20.854;HRun=0;HaplotypeScore=2.7932;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=17.90;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-362.036;SBQD=12.953;SBpi=0.9297;SBpiQual=1.0383;VQSLOD=3.7282 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:1104,0,648
|
|
1 112978644 rs4839245 G A 914.25 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.621;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.453;SB=-466.289;SBQD=1.538;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.6895;VQSLOD=4.9600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:944,0,1062
|
|
1 112978694 rs11581879 T G 362.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;DB;DP=82;Dels=0.01;FS=3.373;HRun=0;HaplotypeScore=24.8065;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.945;SB=-233.088;SBQD=-7.724;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.8838;VQSLOD=-11.6152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:82:99:392,0,950
|
|
1 112981412 rs1175645 A G 2423.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=31.06;SB=-1251.131;SBQD=-5.832;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4870;VQSLOD=7.8553 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2456,211,0
|
|
1 113039993 rs351358 G A 1820.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.90;SB=-1062.161;SBQD=3.599;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.4272;VQSLOD=6.5275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1853,144,0
|
|
1 113053854 rs351369 A C 1865.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.93;MQ0=0;QD=32.74;SB=-859.189;SBQD=3.298;SBpi=0.4636;SBpiQual=0.6076;VQSLOD=7.1800 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1899,153,0
|
|
1 113108919 rs650340 C T 40.16 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.459;DB;DP=61;Dels=0.03;FS=6.181;HRun=18;HaplotypeScore=21.2005;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-307.137;SBQD=-0.249;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.5727;VQSLOD=-61.3008 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:70.15:70,0,776
|
|
1 113137570 rs34107138 T C 839.58 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.073;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.440;SB=-404.124;SBQD=0.117;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.1166;VQSLOD=5.3543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:870,0,969
|
|
1 113140926 rs4839254 C T 1070.62 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.980;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.637;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=13.73;ReadPosRankSum=1.208;SB=-224.289;SBQD=8.463;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.7723;VQSLOD=3.7942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1101,0,1361
|
|
1 113151205 rs7522288 T C 663.05 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.245;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-392.028;SBQD=-0.384;SBpi=0.0962;SBpiQual=-0.0030;VQSLOD=5.0702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,27:78:99:693,0,1686
|
|
1 113188419 rs6690292 C T 2010.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=27.53;SB=-1262.515;SBQD=-4.813;SBpi=0.1756;SBpiQual=-0.0938;VQSLOD=6.2434 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2043,165,0
|
|
1 113206920 rs6682678 A G 2068.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=29.55;SB=-910.308;SBQD=-2.359;SBpi=1.1952;SBpiQual=1.1497;VQSLOD=6.7532 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2102,172,0
|
|
1 113234179 rs3795819 C T 873.06 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=17.733;HRun=2;HaplotypeScore=3.7564;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-196.770;SBQD=13.936;SBpi=1.4606;SBpiQual=1.5941;VQSLOD=2.6989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:903,0,914
|
|
1 113247127 rs2999156 G C 1229.48 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=12.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.407;QD=18.92;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-415.590;SBQD=-9.812;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.2885;VQSLOD=4.2471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,43:65:99:1259,0,661
|
|
1 113254125 rs12040903 G A 824.60 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.980;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=6.953;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=13.30;ReadPosRankSum=1.368;SB=-331.018;SBQD=-7.246;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.6704;VQSLOD=5.7621 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:855,0,886
|
|
1 113255389 rs10857971 C T 1627.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.41;MQ0=0;QD=30.70;SB=-596.503;SBQD=-5.334;SBpi=-1.1676;SBpiQual=-1.3704;VQSLOD=6.7017 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1660,132,0
|
|
1 113258619 rs4240535 C T 2046.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8628;MQ=59.36;MQ0=0;QD=28.42;SB=-1289.203;SBQD=-0.380;SBpi=0.1179;SBpiQual=0.1436;VQSLOD=5.1513 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2079,169,0
|
|
1 113279980 rs34377648 T G 929.62 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-532.876;SBQD=2.296;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.0943;VQSLOD=4.6310 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:960,0,966
|
|
1 113288846 . T C 859.51 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=56;Dels=0.00;FS=3.828;HRun=0;HaplotypeScore=6.6742;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=15.35;ReadPosRankSum=2.065;SB=-388.065;SBQD=4.556;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.3141;VQSLOD=1.1017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:890,0,594
|
|
1 113296184 rs11580907 A G 2103.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=35.06;SB=-938.828;SBQD=-0.585;SBpi=-0.6455;SBpiQual=-0.6968;VQSLOD=8.0707 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2137,174,0
|
|
1 113330210 rs11578337 C A 1949.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.79;MQ0=0;QD=28.67;SB=-1163.155;SBQD=-0.417;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.4394;VQSLOD=5.6982 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1983,156,0
|
|
1 113338120 . T G 51.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.602;DP=47;Dels=0.00;FS=14.771;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.793;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.148;SB=87.256;SBQD=4.409;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.0878;VQSLOD=-1.7894 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,10:47:81.26:81,0,157
|
|
1 113341249 rs4839264 C A 641.15 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.241;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.1182;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.338;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-281.633;SBQD=-1.656;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.3884;VQSLOD=1.9343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:671,0,1262
|
|
1 113388671 . G T 118.21 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DP=65;Dels=0.00;FS=74.109;HRun=25;HaplotypeScore=0.9998;MQ=49.41;MQ0=1;MQRankSum=2.199;QD=1.82;ReadPosRankSum=-1.008;SB=64.619;SBQD=17.620;SBpi=2.0731;SBpiQual=1.9862;VQSLOD=-22.6499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,21:65:99:148,0,448
|
|
1 113463705 . G T 839.98 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.568;DP=51;Dels=0.00;FS=10.731;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=16.47;ReadPosRankSum=0.558;SB=-237.053;SBQD=-11.010;SBpi=-1.1339;SBpiQual=-1.2865;VQSLOD=3.4371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:870,0,632
|
|
1 113544841 rs773440 C T 2872.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.37;SB=-1493.990;SBQD=0.052;SBpi=-0.0563;SBpiQual=-0.0593;VQSLOD=8.9891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2906,229,0
|
|
1 113547902 rs773437 A G 1451.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.12;MQ0=0;QD=26.88;SB=-564.794;SBQD=-8.839;SBpi=-0.9526;SBpiQual=-1.3811;VQSLOD=5.5885 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1485,129,0
|
|
1 113557206 rs2769260 G T 2087.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=26.09;SB=-1418.964;SBQD=1.421;SBpi=-0.3354;SBpiQual=-0.2654;VQSLOD=5.0124 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2120,172,0
|
|
1 113574779 rs11102575 T G 2471.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6598;MQ=59.39;MQ0=0;QD=35.82;SB=-1106.088;SBQD=1.135;SBpi=0.5417;SBpiQual=0.6537;VQSLOD=7.1758 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2504,202,0
|
|
1 113576072 rs61818171 G A 1993.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;QD=33.23;SB=-849.616;SBQD=0.683;SBpi=1.0328;SBpiQual=1.0857;VQSLOD=7.6824 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2027,157,0
|
|
1 113627881 . A G 750.30 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.576;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-416.978;SBQD=-0.058;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1540;VQSLOD=3.4337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:780,0,1192
|
|
1 113632021 rs1632505 T C 2971.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.84;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1448.745;SBQD=-3.340;SBpi=0.5392;SBpiQual=0.4530;VQSLOD=7.9255 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3004,247,0
|
|
1 113632239 rs11582690 G A 454.06 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.674;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.587;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.756;SB=-269.088;SBQD=-1.297;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0183;VQSLOD=4.5352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:484,0,824
|
|
1 113641103 rs1216809 G C 3367.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.41;SB=-1378.574;SBQD=0.818;SBpi=0.8433;SBpiQual=0.9130;VQSLOD=8.8326 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:3367,268,0
|
|
1 113663927 rs10494148 C A 834.47 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.158;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.394;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.889;SB=-342.521;SBQD=-3.984;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.5785;VQSLOD=4.7739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:864,0,1215
|
|
1 113664440 rs1216796 C T 648.63 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.298;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=4.124;HRun=0;HaplotypeScore=2.9896;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.153;SB=-321.977;SBQD=4.017;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.1649;VQSLOD=4.9873 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:679,0,501
|
|
1 113690491 rs35793987 A G 1280.36 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.199;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.945;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=17.78;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-550.530;SBQD=-1.346;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.5961;VQSLOD=5.1484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:1310,0,847
|
|
1 113702650 rs12134261 G A 1111.62 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.084;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=6.843;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=18.22;ReadPosRankSum=1.451;SB=-546.003;SBQD=-6.967;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1606;VQSLOD=4.9176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:1142,0,814
|
|
1 113715350 rs12748429 T C 741.77 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.443;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.789;HRun=0;HaplotypeScore=1.7834;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-284.892;SBQD=-5.575;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.7518;VQSLOD=4.1893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,31:88:99:772,0,1714
|
|
1 113717908 rs12130429 A G 1322.54 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.346;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.733;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.769;SB=-541.475;SBQD=2.091;SBpi=0.8847;SBpiQual=0.9763;VQSLOD=4.1874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1353,0,1455
|
|
1 113726701 . C T 1366.12 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.956;DP=99;Dels=0.00;FS=9.813;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.459;SB=-566.461;SBQD=-6.193;SBpi=-0.7857;SBpiQual=-0.8419;VQSLOD=3.8153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:99:99:1396,0,1521
|
|
1 113727522 rs1216876 T C 3068.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.38;SB=-1357.654;SBQD=5.336;SBpi=-1.4428;SBpiQual=-0.8811;VQSLOD=5.1388 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:3101,271,0
|
|
1 113743881 rs1819247 G A 2752.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.35;MQ0=0;QD=34.84;SB=-996.078;SBQD=-1.415;SBpi=-1.4064;SBpiQual=-1.5265;VQSLOD=6.4030 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2785,220,0
|
|
1 113809123 . C T 438.76 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.222;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.420;SB=-276.938;SBQD=-0.818;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3641;VQSLOD=3.1524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:469,0,1227
|
|
1 113818120 rs773573 G A 860.44 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.168;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=15.93;ReadPosRankSum=1.561;SB=-402.250;SBQD=1.397;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.3899;VQSLOD=5.7229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:890,0,714
|
|
1 113819478 rs773568 A G 1324.92 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.493;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=9.407;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.048;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.579;SB=-745.408;SBQD=-5.979;SBpi=-0.0729;SBpiQual=0.0137;VQSLOD=6.4533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:1355,0,1061
|
|
1 113921699 . A T 1301.13 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DP=78;Dels=0.00;FS=1.884;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=16.68;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-589.185;SBQD=2.520;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.4847;VQSLOD=3.3211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:1331,0,1036
|
|
1 113922845 rs12049447 C T 892.02 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.524;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=14.16;ReadPosRankSum=1.987;SB=-340.864;SBQD=-3.233;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.9390;VQSLOD=5.6080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:922,0,968
|
|
1 113958734 . T C 378.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DP=81;Dels=0.00;FS=8.167;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.00;MQ0=24;MQRankSum=2.475;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-155.774;SBQD=-5.690;SBpi=-1.3728;SBpiQual=-1.4917;VQSLOD=1.0348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,26:81:99:409,0,359
|
|
1 113965799 rs35947596 A G 1103.75 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.101;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=16.72;ReadPosRankSum=1.085;SB=-449.592;SBQD=-2.511;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.7368;VQSLOD=5.3676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1134,0,777
|
|
1 113967405 rs10458459 C T 1019.06 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.319;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=15.68;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-292.414;SBQD=4.971;SBpi=1.3720;SBpiQual=1.3030;VQSLOD=4.1224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:1049,0,964
|
|
1 113983743 rs12039944 A G 1462.41 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.292;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=2.777;HRun=0;HaplotypeScore=3.9094;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.565;SB=-599.658;SBQD=-2.837;SBpi=-0.8485;SBpiQual=-0.8563;VQSLOD=4.3215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:1492,0,1296
|
|
1 114010758 rs6703760 T C 2833.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=32.19;SB=-1404.455;SBQD=7.126;SBpi=-0.1066;SBpiQual=0.5221;VQSLOD=8.0790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2866,247,0
|
|
1 114039645 rs28661018 A G 740.14 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.365;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.639;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-362.447;SBQD=1.445;SBpi=0.0898;SBpiQual=-0.3904;VQSLOD=5.7343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:770,0,946
|
|
1 114094286 rs11102652 C T 1194.85 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.366;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-625.547;SBQD=1.064;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.3112;VQSLOD=4.9167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:1225,0,1298
|
|
1 114105476 rs7536360 A C 1194.43 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.258;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.950;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-530.627;SBQD=-3.836;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.7161;VQSLOD=4.7628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1224,0,1221
|
|
1 114113225 . G A 1254.60 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DP=92;Dels=0.00;FS=5.122;HRun=0;HaplotypeScore=1.8315;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=1.976;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.312;SB=-630.630;SBQD=3.971;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.3526;VQSLOD=3.8022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:1285,0,1260
|
|
1 114144746 rs12731010 A G 410.13 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.703;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=4.649;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.21;MQ0=9;MQRankSum=-0.077;QD=7.32;ReadPosRankSum=-2.090;SB=-146.443;SBQD=10.654;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.6312;VQSLOD=3.6559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:56:99:440,0,701
|
|
1 114160758 rs11102661 G A 1040.81 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.170;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.481;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=61.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=13.01;ReadPosRankSum=1.396;SB=-552.307;SBQD=-4.004;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4779;VQSLOD=5.5467 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1071,0,1105
|
|
1 114182594 rs12753351 G A 427.87 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.962;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.263;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.227;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-225.837;SBQD=0.929;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3831;VQSLOD=2.7761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:49:99:458,0,548
|
|
1 114191647 rs3789595 G A 1384.67 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.304;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=2.004;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=2.103;QD=18.46;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-555.675;SBQD=-2.744;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-0.9037;VQSLOD=4.2675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:1415,0,912
|
|
1 114222325 rs11102669 A G 603.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.208;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.839;HRun=0;HaplotypeScore=29.2937;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.037;SB=-438.993;SBQD=1.380;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.1873;VQSLOD=-17.0573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,37:94:99:634,0,1519
|
|
1 114242122 rs3752954 T C 549.27 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.075;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-322.844;SBQD=-1.990;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.7218;VQSLOD=3.8383 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:579,0,748
|
|
1 114268791 rs6674848 A C 1236.85 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.716;SB=-650.296;SBQD=1.056;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2582;VQSLOD=6.5979 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1267,0,1269
|
|
1 114298709 . T G 37.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.016;DP=71;Dels=0.00;FS=19.762;HRun=3;HaplotypeScore=3.2035;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.882;SB=117.355;SBQD=1.783;SBpi=2.2913;SBpiQual=1.2974;VQSLOD=-2.6135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,20:71:67.21:67,0,483
|
|
1 114302966 rs2797412 C T 659.51 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.347;HRun=2;HaplotypeScore=4.4547;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-305.287;SBQD=-4.692;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.6167;VQSLOD=3.3842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:690,0,820
|
|
1 114331315 rs6672018 C T 1140.01 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=5.961;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.474;SB=-423.105;SBQD=6.432;SBpi=0.8807;SBpiQual=1.0185;VQSLOD=5.6802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1170,0,1181
|
|
1 114345418 rs1217378 C T 1063.19 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.907;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.499;SB=-628.097;SBQD=-0.103;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.3638;VQSLOD=5.1626 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1093,0,1239
|
|
1 114357211 rs1217412 G A 1281.69 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.131;HRun=4;HaplotypeScore=1.9436;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=17.56;ReadPosRankSum=1.862;SB=-566.334;SBQD=-5.342;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.5462;VQSLOD=4.2939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:1312,0,1003
|
|
1 114374435 rs1217395 C T 1042.46 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.116;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.137;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=14.09;ReadPosRankSum=0.222;SB=-538.974;SBQD=3.886;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1620;VQSLOD=6.4092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1072,0,1019
|
|
1 114396326 . C T 1102.59 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.288;DP=81;Dels=0.00;FS=7.827;HRun=0;HaplotypeScore=1.8920;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=13.61;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-637.491;SBQD=-5.299;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.3286;VQSLOD=4.1536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1133,0,1038
|
|
1 114420462 rs7529353 G A 1258.28 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.514;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=12.10;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-673.652;SBQD=-0.291;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1108;VQSLOD=5.3121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,44:104:99:1288,0,1923
|
|
1 114475014 . A T 37.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.154;DP=54;Dels=0.00;FS=40.161;HRun=21;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.193;SB=69.206;SBQD=8.060;SBpi=2.2361;SBpiQual=1.6021;VQSLOD=-15.9351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:67.30:67,0,435
|
|
1 114496243 rs35591293 G A 1424.39 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.877;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=3.078;HRun=1;HaplotypeScore=1.7781;MQ=54.79;MQ0=1;MQRankSum=-0.888;QD=16.19;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-798.440;SBQD=-3.096;SBpi=0.2722;SBpiQual=0.2928;VQSLOD=3.7908 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,54:88:99:1454,0,762
|
|
1 114522285 rs12728679 A G 740.97 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.451;SB=-442.884;SBQD=0.044;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0030;VQSLOD=5.0149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:771,0,659
|
|
1 114529557 rs3006999 C T 2171.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.4135;MQ=59.32;MQ0=0;QD=30.15;SB=-1262.739;SBQD=1.025;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.2878;VQSLOD=3.4341 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2204,178,0
|
|
1 114544719 . G A 145.34 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.343;DP=71;Dels=0.01;FS=53.452;HRun=21;HaplotypeScore=5.7092;MQ=47.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.463;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.584;SB=90.231;SBQD=9.076;SBpi=2.2361;SBpiQual=1.9621;VQSLOD=-29.5402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,20:71:99:175,0,616
|
|
1 114554501 rs2938329 T C 1517.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=33.72;SB=-305.307;SBQD=2.801;SBpi=2.1615;SBpiQual=2.2951;VQSLOD=6.4095 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1550,126,0
|
|
1 114562181 rs3006986 C G 2742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1283.234;SBQD=0.809;SBpi=-0.6268;SBpiQual=-0.6012;VQSLOD=8.0156 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2775,220,0
|
|
1 114591731 rs3007004 T A 866.41 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.875;HRun=1;HaplotypeScore=1.7882;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.261;SB=-528.397;SBQD=1.773;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1165;VQSLOD=4.3546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:896,0,1181
|
|
1 114609234 rs2938353 T C 835.64 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.211;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=6.138;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-420.057;SBQD=-2.468;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.1281;VQSLOD=5.0340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:866,0,1201
|
|
1 114617597 rs12239127 T G 1142.37 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-474.215;SBQD=-1.138;SBpi=-0.7206;SBpiQual=-0.8050;VQSLOD=6.2483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1172,0,1043
|
|
1 114625602 rs6537808 T G 1136.84 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8216;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=2.079;QD=15.36;ReadPosRankSum=-1.776;SB=-602.535;SBQD=-0.191;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1817;VQSLOD=4.5675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1167,0,1069
|
|
1 114631167 rs2774291 A G 1170.28 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.667;HRun=0;HaplotypeScore=2.2282;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=16.25;ReadPosRankSum=1.266;SB=-584.363;SBQD=-3.535;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.1724;VQSLOD=5.6120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1200,0,957
|
|
1 114645725 rs1078108 G A 785.66 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4780;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.776;SB=-447.063;SBQD=1.491;SBpi=-0.0898;SBpiQual=0.0604;VQSLOD=4.9358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:61:99:816,0,810
|
|
1 114648020 rs2774282 T C 341.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.105;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.855;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.714;SB=-196.803;SBQD=2.664;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.6712;VQSLOD=1.4334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,19:66:99:371,0,1350
|
|
1 114655898 rs964594 G A 897.20 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.454;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.608;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.947;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-193.422;SBQD=8.845;SBpi=1.6058;SBpiQual=1.9468;VQSLOD=4.7916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:927,0,642
|
|
1 114683304 rs2629809 G C 2753.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.30;SB=-1034.656;SBQD=-1.930;SBpi=-1.2455;SBpiQual=-1.4427;VQSLOD=8.1250 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2787,223,0
|
|
1 114708942 rs583929 A C 1443.51 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.482;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.664;HRun=1;HaplotypeScore=1.7870;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=21.87;ReadPosRankSum=0.165;SB=-646.823;SBQD=5.105;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.4739;VQSLOD=3.7777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,45:66:99:1474,0,598
|
|
1 114725364 rs4839365 A G 1468.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2013;MQ=47.41;MQ0=0;QD=26.23;SB=-846.356;SBQD=-9.619;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.1650;VQSLOD=3.7982 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1502,135,0
|
|
1 114733558 rs4839366 T C 1881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-1032.361;SBQD=-1.245;SBpi=0.1987;SBpiQual=0.1061;VQSLOD=7.9060 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1915,153,0
|
|
1 114737134 rs391659 T C 2266.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-1142.667;SBQD=1.635;SBpi=0.1861;SBpiQual=0.3065;VQSLOD=8.4208 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2299,184,0
|
|
1 114738405 rs379598 T C 3096.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.03;SB=-1562.264;SBQD=1.413;SBpi=0.1572;SBpiQual=0.2924;VQSLOD=8.5719 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3130,253,0
|
|
1 114739726 rs2086964 G A 2512.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=33.95;SB=-960.539;SBQD=-0.105;SBpi=1.3950;SBpiQual=1.4661;VQSLOD=7.1101 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2545,199,0
|
|
1 114776305 rs7556442 T C 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01;SB=-1607.417;SBQD=6.948;SBpi=-0.2488;SBpiQual=0.3308;VQSLOD=8.0266 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:3268,286,0
|
|
1 114779253 rs6537819 T C 2153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=31.68;SB=-1099.785;SBQD=6.739;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.1131;VQSLOD=7.6273 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2187,192,0
|
|
1 114784733 rs680581 A G 1064.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=44.87;MQ0=4;QD=20.46;SB=-555.885;SBQD=5.830;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-1.4579;VQSLOD=3.7933 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:96.24:1097,96,0
|
|
1 114818849 rs11102769 G C 1374.89 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.743;HRun=0;HaplotypeScore=4.6374;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=15.28;ReadPosRankSum=-2.325;SB=-767.139;SBQD=-3.585;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.0655;VQSLOD=3.4493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:90:99:1405,0,1293
|
|
1 114831946 rs927215 C T 3420.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1861.897;SBQD=0.777;SBpi=-0.2000;SBpiQual=-0.1646;VQSLOD=7.8920 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3421,265,0
|
|
1 114846210 rs10858043 G T 614.68 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.078;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.166;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=2.352;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-361.296;SBQD=-4.473;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2940;VQSLOD=4.4987 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:645,0,1116
|
|
1 114858170 rs4839008 C T 752.84 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.963;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=9.734;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.247;QD=13.69;ReadPosRankSum=2.079;SB=-235.661;SBQD=9.613;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.9038;VQSLOD=4.9240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:783,0,854
|
|
1 114859482 rs11590160 G A 694.72 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.748;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.425;HRun=1;HaplotypeScore=1.1567;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.576;SB=-341.200;SBQD=2.777;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.2949;VQSLOD=4.8097 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:725,0,652
|
|
1 114861832 rs634405 G A 465.84 PASS AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.653;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.345;HRun=0;HaplotypeScore=1.8533;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-108.615;SBQD=2.990;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.3958;VQSLOD=4.0470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,19:64:99:496,0,1142
|
|
1 114869947 rs6695411 A G 1022.11 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.815;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.925;HRun=0;HaplotypeScore=1.9819;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=13.45;ReadPosRankSum=0.413;SB=-399.748;SBQD=2.810;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7165;VQSLOD=5.2889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:1052,0,1352
|
|
1 115003776 . T A 352.91 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.167;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9427;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.642;QD=16.04;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-0.007;SBQD=-15.357;SBpi=-1.6583;SBpiQual=-1.8235;VQSLOD=2.4164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:383,0,173
|
|
1 115101171 rs4839384 G A 1157.49 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.966;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=0;HaplotypeScore=2.8681;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-508.527;SBQD=-4.952;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6224;VQSLOD=4.3104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1187,0,1063
|
|
1 115207229 rs12756738 G T 308.33 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.920;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-18.395;SBQD=-9.579;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.5610;VQSLOD=3.6252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:338,0,688
|
|
1 115211773 rs12124849 T A 1004.02 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.895;HRun=0;HaplotypeScore=1.9861;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.072;SB=-481.349;SBQD=-5.575;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3940;VQSLOD=5.1235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:1034,0,969
|
|
1 115222434 rs761755 G A 1038.91 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.288;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=12.849;HRun=0;HaplotypeScore=1.8934;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=12.08;ReadPosRankSum=0.017;SB=-357.424;SBQD=9.070;SBpi=0.9042;SBpiQual=1.0721;VQSLOD=5.3484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:1069,0,1540
|
|
1 115225247 . T G 604.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.072;DP=57;Dels=0.00;FS=1.075;HRun=2;HaplotypeScore=3.8575;MQ=45.90;MQ0=1;MQRankSum=-1.549;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.499;SB=-283.632;SBQD=0.685;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.4840;VQSLOD=0.3887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:634,0,603
|
|
1 115263989 rs6668128 G A 969.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=9.459;HRun=4;HaplotypeScore=6.7653;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.311;SB=-420.769;SBQD=5.733;SBpi=0.9733;SBpiQual=0.9945;VQSLOD=-0.0641 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:999,0,732
|
|
1 115281446 rs7530257 G C 1030.66 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.169;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.964;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=13.74;ReadPosRankSum=1.303;SB=-324.419;SBQD=-3.760;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.3473;VQSLOD=4.4999 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1061,0,978
|
|
1 115306142 rs12081416 T C 1073.37 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.975;HRun=2;HaplotypeScore=2.1968;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=15.12;ReadPosRankSum=-2.354;SB=-570.908;SBQD=-3.994;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.0620;VQSLOD=3.4390 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1103,0,1090
|
|
1 115345299 rs6696247 C T 610.67 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.327;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=6.616;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=11.97;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-22.595;SBQD=14.166;SBpi=2.1320;SBpiQual=2.2885;VQSLOD=1.9119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:641,0,847
|
|
1 115355963 rs2798659 G A 1958.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19;SB=-1030.067;SBQD=-0.845;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.2970;VQSLOD=8.4234 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1991,156,0
|
|
1 115357328 . T G 1081.85 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.088;DP=70;Dels=0.00;FS=8.210;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=15.46;ReadPosRankSum=2.455;SB=-406.328;SBQD=8.463;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.7262;VQSLOD=3.2568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1112,0,1120
|
|
1 115366629 rs3929398 C T 1118.25 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.887;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.100;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=47.27;MQ0=2;MQRankSum=1.375;QD=15.11;ReadPosRankSum=0.011;SB=-566.560;SBQD=4.718;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0099;VQSLOD=5.0974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1148,0,1076
|
|
1 115367857 . G A 977.97 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=63;Dels=0.00;FS=0.976;HRun=2;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.861;SB=-468.362;SBQD=-1.443;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.4849;VQSLOD=4.0985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:1008,0,913
|
|
1 115381352 . G C 970.29 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.175;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.464;SB=-564.525;SBQD=-0.522;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1937;VQSLOD=3.3582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1000,0,769
|
|
1 115390721 . G T 1334.04 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.486;DP=83;Dels=0.00;FS=1.798;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=16.07;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-558.234;SBQD=-2.684;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.7878;VQSLOD=3.3478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1364,0,1259
|
|
1 115417966 rs360632 C G 173.58 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=6.68;ReadPosRankSum=1.581;SB=-59.063;SBQD=5.022;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.6864;VQSLOD=3.9556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:204,0,375
|
|
1 115418237 . C T 897.94 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6439;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=11.37;ReadPosRankSum=1.267;SB=-470.047;SBQD=1.208;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1469;VQSLOD=3.0156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:928,0,1298
|
|
1 115422982 . A C 1240.70 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=89;Dels=0.00;FS=0.856;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-387.485;SBQD=-3.439;SBpi=-1.2962;SBpiQual=-1.5007;VQSLOD=3.7331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1271,0,1477
|
|
1 115446548 rs360653 C G 971.36 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.130;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=13.88;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-458.653;SBQD=0.969;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3569;VQSLOD=4.3255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:1001,0,1224
|
|
1 115462569 rs360582 A G 884.42 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.673;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.531;SB=-494.291;SBQD=1.026;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1092;VQSLOD=4.4384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,35:90:99:914,0,1859
|
|
1 115493277 rs360676 T C 2075.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.30;MQ0=0;QD=30.52;SB=-954.497;SBQD=5.979;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.8247;VQSLOD=7.2199 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2108,183,0
|
|
1 115499795 rs360685 G C 1806.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.43;SB=-818.308;SBQD=-0.232;SBpi=0.6301;SBpiQual=0.6327;VQSLOD=8.4523 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1840,144,0
|
|
1 115505641 rs60948433 G A 1230.56 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.108;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.774;HRun=0;HaplotypeScore=3.3738;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=12.95;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-691.625;SBQD=-2.290;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.2582;VQSLOD=3.8333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:1261,0,1487
|
|
1 115505777 rs12135023 G A 1055.65 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.951;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.958;HRun=1;HaplotypeScore=1.9117;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.426;SB=-396.991;SBQD=-2.427;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-0.9861;VQSLOD=4.2951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:70:99:1086,0,1003
|
|
1 115554318 rs6673279 T C 2281.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.046;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=28.88;ReadPosRankSum=0.733;SB=-1225.853;SBQD=3.059;SBpi=-0.0570;SBpiQual=0.4674;VQSLOD=6.2539 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:2315,153,0
|
|
1 115554814 rs6673805 T C 1139.28 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.940;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.444;HRun=1;HaplotypeScore=1.8313;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.563;SB=-429.614;SBQD=6.940;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.9222;VQSLOD=4.4036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:1169,0,1064
|
|
1 115557442 . T C 488.76 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.331;DP=109;Dels=0.00;FS=2.133;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=26.51;MQ0=10;MQRankSum=-0.186;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.401;SB=-30.221;SBQD=-9.045;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.2327;VQSLOD=1.7289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,47:109:99:519,0,859
|
|
1 115558950 . G A 619.51 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DP=72;Dels=0.00;FS=1.105;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-201.810;SBQD=-6.199;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.3387;VQSLOD=3.7173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:650,0,1042
|
|
1 115573558 rs3754368 A T 1260.13 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=5.128;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.488;SB=-611.105;SBQD=-4.186;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.4399;VQSLOD=4.9810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:1290,0,1611
|
|
1 115575303 rs1321107 C A 1396.60 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.114;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=14.300;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=17.91;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-508.631;SBQD=10.496;SBpi=0.8387;SBpiQual=0.9357;VQSLOD=4.6967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:1427,0,1037
|
|
1 115576411 rs17477369 T A 1106.25 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.475;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.778;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-501.189;SBQD=-5.088;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.5114;VQSLOD=5.8439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:1136,0,876
|
|
1 115580540 rs1998008 A C 1251.38 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.875;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=16.04;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-587.182;SBQD=-2.531;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.4635;VQSLOD=6.0871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1281,0,1173
|
|
1 115589391 rs1852991 A G 1557.28 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.528;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=10.384;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.216;SB=-492.575;SBQD=7.567;SBpi=1.2728;SBpiQual=1.3955;VQSLOD=4.1869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:92:99:1587,0,1281
|
|
1 115612089 rs1286348 G T 2177.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=30.67;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-1096.872;SBQD=-0.210;SBpi=0.5976;SBpiQual=0.7020;VQSLOD=6.7870 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:2210,175,0
|
|
1 115674935 rs910624 T C 948.47 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.979;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.328;HRun=0;HaplotypeScore=3.3201;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=14.16;ReadPosRankSum=-1.426;SB=-508.694;SBQD=-2.365;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2507;VQSLOD=3.4858 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:978,0,886
|
|
1 115705774 rs1115827 C T 3134.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.45;SB=-1609.846;SBQD=-0.824;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0656;VQSLOD=7.6304 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3168,253,0
|
|
1 115709195 rs17033316 A G 821.62 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.898;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.084;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.198;SB=-353.089;SBQD=-2.958;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.7409;VQSLOD=4.4224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:852,0,1320
|
|
1 115724353 rs195214 T C 2153.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=30.34;SB=-1089.681;SBQD=1.922;SBpi=-0.4154;SBpiQual=-0.1856;VQSLOD=7.2311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2187,195,0
|
|
1 115735898 rs973836 T A 2137.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.92;SB=-806.757;SBQD=-3.109;SBpi=-1.1969;SBpiQual=-1.4069;VQSLOD=7.8041 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2170,171,0
|
|
1 115737431 rs195190 C T 2220.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.63;SB=-1054.748;SBQD=-0.190;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.3367;VQSLOD=9.4824 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2253,175,0
|
|
1 115745110 . T C 2964.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.39;MQ0=0;QD=34.08;SB=-1257.690;SBQD=1.586;SBpi=-1.1257;SBpiQual=-1.0347;VQSLOD=6.9297 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2998,244,0
|
|
1 115766431 rs1294388 C A 1879.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.55;MQ0=0;QD=36.86;SB=-786.500;SBQD=0.050;SBpi=0.7702;SBpiQual=0.8127;VQSLOD=6.8005 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1913,147,0
|
|
1 115788939 rs2144028 T C 2782.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=37.10;SB=-1356.516;SBQD=-1.273;SBpi=-0.1732;SBpiQual=-0.2787;VQSLOD=8.0367 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2816,220,0
|
|
1 115790503 rs7366693 C T 2445.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=33.05;SB=-1387.159;SBQD=1.092;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0899;VQSLOD=8.0683 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2478,193,0
|
|
1 115798155 rs4839427 A G 2474.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.76;MQ0=0;QD=31.72;SB=-1180.014;SBQD=-4.904;SBpi=-0.1132;SBpiQual=-0.5253;VQSLOD=7.0923 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2507,220,0
|
|
1 115800011 rs4839428 G A 1998.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=35.05;SB=-911.539;SBQD=-0.968;SBpi=-0.5960;SBpiQual=-0.6864;VQSLOD=9.0318 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2031,159,0
|
|
1 115814912 rs6678168 T C 627.84 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.905;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.247;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.285;SB=-283.590;SBQD=5.744;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.4593;VQSLOD=4.6173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,28:76:99:658,0,1357
|
|
1 115817221 rs12030576 G T 1009.12 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.451;HRun=1;HaplotypeScore=1.4942;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=13.28;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-493.427;SBQD=5.216;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2894;VQSLOD=4.4188 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:76:99:1039,0,1130
|
|
1 115821476 rs2982741 T C 2223.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;QD=31.32;SB=-1244.266;SBQD=-0.041;SBpi=0.1780;SBpiQual=0.1646;VQSLOD=7.6900 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2257,184,0
|
|
1 115847896 rs10158276 T A 1449.59 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.434;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=16.86;ReadPosRankSum=0.195;SB=-407.220;SBQD=5.103;SBpi=1.4744;SBpiQual=1.6612;VQSLOD=4.1450 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:1480,0,1166
|
|
1 115902555 rs58636529 T C 257.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=12.035;HRun=0;HaplotypeScore=2.8750;MQ=49.37;MQ0=0;MQRankSum=-2.142;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.656;SB=-174.446;SBQD=7.249;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0720;VQSLOD=1.0400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:288,0,466
|
|
1 115902596 . G A 203.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=40;Dels=0.00;FS=3.452;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=44.89;MQ0=1;MQRankSum=-1.942;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.243;SB=-169.073;SBQD=0.272;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.4772;VQSLOD=0.5949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:40:99:234,0,287
|
|
1 115904372 rs7523470 G C 922.28 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.031;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.352;HRun=3;HaplotypeScore=3.4571;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-474.086;SBQD=-6.295;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.3971;VQSLOD=3.0094 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:72:99:952,0,829
|
|
1 115924308 rs34313841 C G 1191.80 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.742;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=16.79;ReadPosRankSum=-1.235;SB=-459.840;SBQD=6.679;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.8367;VQSLOD=5.5353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:1222,0,952
|
|
1 115926145 rs7535551 C T 506.65 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.768;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.829;SB=-217.041;SBQD=2.237;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7650;VQSLOD=4.5175 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:537,0,535
|
|
1 115934127 rs2848886 A G 2295.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-1177.918;SBQD=-5.215;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.0099;VQSLOD=6.7005 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2329,205,0
|
|
1 115937271 rs7525017 T C 858.42 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=16.305;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-336.513;SBQD=11.009;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.6555;VQSLOD=5.6477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:888,0,891
|
|
1 115943077 rs556723 C T 1182.97 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.603;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.902;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.181;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.501;SB=-433.307;SBQD=-1.953;SBpi=-1.1713;SBpiQual=-1.2725;VQSLOD=4.7213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1213,0,977
|
|
1 115949784 rs1926914 A G 1203.25 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-438.608;SBQD=0.122;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.2712;VQSLOD=4.6577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:1233,0,1598
|
|
1 115952342 rs1547183 G A 1137.13 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=14.04;ReadPosRankSum=1.026;SB=-535.732;SBQD=0.902;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.6619;VQSLOD=5.2517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1167,0,1077
|
|
1 115963517 rs1327130 T C 1038.18 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=14.058;HRun=0;HaplotypeScore=1.9494;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.175;SB=-338.491;SBQD=-9.613;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.1248;VQSLOD=5.1249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1068,0,1320
|
|
1 115983958 rs512507 C A 1482.69 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.067;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.759;HRun=1;HaplotypeScore=1.7552;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-754.173;SBQD=-0.829;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.2030;VQSLOD=5.0533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:1513,0,1533
|
|
1 115984906 rs1942224 C T 994.09 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=8.211;HRun=0;HaplotypeScore=1.6584;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-448.889;SBQD=8.925;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.5910;VQSLOD=5.2841 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:1024,0,680
|
|
1 115990085 rs4839444 C G 1266.06 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=8.813;HRun=0;HaplotypeScore=2.5885;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.462;SB=-621.237;SBQD=-6.531;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.3850;VQSLOD=4.7141 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:86:99:1296,0,1212
|
|
1 115993614 rs11485079 G T 852.39 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.368;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-471.845;SBQD=3.652;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.2619;VQSLOD=6.0014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:882,0,935
|
|
1 115999725 rs577869 A G 1067.70 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.359;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=9.253;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=13.02;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-408.613;SBQD=7.767;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.7550;VQSLOD=4.6192 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:1098,0,1524
|
|
1 116002050 rs17033852 C G 399.71 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.926;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=6.078;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.492;SB=-163.323;SBQD=3.113;SBpi=0.9820;SBpiQual=0.6096;VQSLOD=4.4507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:430,0,935
|
|
1 116002529 rs35644139 G A 586.15 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=4.531;HRun=0;HaplotypeScore=1.8255;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=13.32;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-277.087;SBQD=6.951;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.5550;VQSLOD=5.1716 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:616,0,454
|
|
1 116019110 rs61799808 T C 900.67 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.212;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.913;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.682;SB=-436.128;SBQD=4.488;SBpi=-0.0870;SBpiQual=0.2469;VQSLOD=4.1355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:931,0,1066
|
|
1 116026921 . C A 997.03 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.243;DP=61;Dels=0.00;FS=3.524;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=16.34;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-495.026;SBQD=-3.837;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0357;VQSLOD=3.6418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:1027,0,957
|
|
1 116031613 rs12045443 G A 762.18 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.315;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=14.38;ReadPosRankSum=-2.010;SB=-394.061;SBQD=-2.878;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4374;VQSLOD=4.4417 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:792,0,591
|
|
1 116034334 rs984747 T G 1284.75 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.909;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=5.560;HRun=0;HaplotypeScore=2.2931;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=14.77;ReadPosRankSum=-1.338;SB=-678.918;SBQD=-4.298;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0425;VQSLOD=4.9117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:1315,0,1219
|
|
1 116036796 rs506049 A G 1337.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=29.07;SB=-712.628;SBQD=-6.022;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4007;VQSLOD=5.1248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1370,123,0
|
|
1 116050282 . T A 1034.24 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DP=77;Dels=0.00;FS=2.024;HRun=0;HaplotypeScore=2.8843;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.801;SB=-412.440;SBQD=-1.752;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9619;VQSLOD=3.2756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:1064,0,1257
|
|
1 116051877 . A G 1098.74 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;DP=67;Dels=0.00;FS=2.041;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=16.40;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-403.920;SBQD=-3.522;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.8863;VQSLOD=2.8996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1129,0,1048
|
|
1 116057972 rs61797378 A C 855.92 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=7.139;HRun=0;HaplotypeScore=2.7840;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.146;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.698;SB=-386.317;SBQD=-6.807;SBpi=0.9297;SBpiQual=0.9168;VQSLOD=3.8899 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:886,0,1214
|
|
1 116063428 . A T 902.05 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=2.629;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.577;SB=-450.561;SBQD=-1.007;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1619;VQSLOD=2.5380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:932,0,1478
|
|
1 116066244 . C T 1192.52 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.094;DP=71;Dels=0.00;FS=4.738;HRun=1;HaplotypeScore=1.8893;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=16.80;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-550.198;SBQD=4.981;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.3586;VQSLOD=2.7372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1223,0,995
|
|
1 116068204 rs11485110 C A 478.47 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.100;SB=-242.131;SBQD=1.242;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.3147;VQSLOD=5.5276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:508,0,935
|
|
1 116082667 rs1815833 T C 742 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.658;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.672;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-323.322;SBQD=-5.402;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.2177;VQSLOD=1.0284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:772,0,1348
|
|
1 116093778 rs17033934 T C 721.76 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.560;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.2997;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.142;SB=-360.878;SBQD=1.617;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.4647;VQSLOD=4.1750 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:752,0,1360
|
|
1 116100375 rs3017132 C T 2160.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.24;SB=-918.607;SBQD=-1.611;SBpi=-0.9303;SBpiQual=-1.1133;VQSLOD=6.2778 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2193,178,0
|
|
1 116102593 rs3010392 T C 3275.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.34;MQ0=0;QD=36.00;SB=-1591.718;SBQD=1.213;SBpi=0.2621;SBpiQual=0.3404;VQSLOD=6.9995 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3276,259,0
|
|
1 116117706 rs4240545 C G 2955.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=32.48;SB=-1434.607;SBQD=-1.927;SBpi=0.6814;SBpiQual=0.5520;VQSLOD=7.5982 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2988,250,0
|
|
1 116138062 rs4486450 T C 1505.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=28.40;SB=-745.309;SBQD=7.109;SBpi=0.0687;SBpiQual=0.5299;VQSLOD=6.8620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1538,135,0
|
|
1 116161162 rs4387179 A G 2589.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19;SB=-1183.112;SBQD=-6.521;SBpi=-0.2265;SBpiQual=-0.7625;VQSLOD=8.3082 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2622,226,0
|
|
1 116166593 rs7536177 T C 2651.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.19;MQ0=0;QD=31.94;SB=-1392.297;SBQD=-0.480;SBpi=-0.4939;SBpiQual=-0.5362;VQSLOD=6.9886 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2684,235,0
|
|
1 116174038 rs6658199 T C 2553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=32.73;SB=-1067.805;SBQD=5.892;SBpi=0.5661;SBpiQual=1.0230;VQSLOD=7.6790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2586,226,0
|
|
1 116185600 rs3010377 T C 1273.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;QD=25.98;SB=-806.287;SBQD=7.166;SBpi=-0.3571;SBpiQual=0.0914;VQSLOD=4.3435 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1306,114,0
|
|
1 116205679 rs59203560 T C 725.74 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-397.224;SBQD=-1.590;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1327;VQSLOD=5.4022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:756,0,859
|
|
1 116246078 rs6657750 G A 2206.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=34.48;SB=-1162.920;SBQD=1.431;SBpi=0.1250;SBpiQual=0.1941;VQSLOD=7.8899 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2240,172,0
|
|
1 116251023 rs10737728 A G 2621.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.43;SB=-1266.704;SBQD=0.183;SBpi=0.4650;SBpiQual=0.4883;VQSLOD=8.7216 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2655,208,0
|
|
1 116253075 rs7551746 T C 1287.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=23.42;SB=-720.213;SBQD=7.599;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.7627;VQSLOD=3.1083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1321,111,0
|
|
1 116264754 rs7355132 C A 2055.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=35.44;SB=-706.202;SBQD=-0.039;SBpi=-1.4444;SBpiQual=-1.5120;VQSLOD=7.6104 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2088,163,0
|
|
1 116285973 rs9428210 T C 1850.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=56.91;MQ0=0;QD=29.85;SB=-1026.246;SBQD=-4.202;SBpi=-0.1270;SBpiQual=-0.3377;VQSLOD=5.3690 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1884,153,0
|
|
1 116310818 rs4484922 G C 1672.83 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.750;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=19.01;ReadPosRankSum=3.085;SB=-739.862;SBQD=-5.912;SBpi=-0.6565;SBpiQual=-0.8816;VQSLOD=4.7948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,58:88:99:1703,0,816
|
|
1 116311924 rs3810998 T G 526.43 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.544;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.452;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-321.084;SBQD=-6.142;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2094;VQSLOD=5.3034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:556,0,690
|
|
1 116313217 rs9428228 C A 3061.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.62;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1618.357;SBQD=-1.035;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0887;VQSLOD=6.8950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3095,244,0
|
|
1 116315171 rs11577588 G A 805.89 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.849;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.828;SB=-447.569;SBQD=-1.707;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1199;VQSLOD=5.2997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:836,0,1064
|
|
1 116333734 rs6669078 T C 2255.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.42;MQ0=0;QD=31.32;SB=-1210.511;SBQD=4.180;SBpi=-0.2357;SBpiQual=0.1185;VQSLOD=6.8024 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2288,202,0
|
|
1 116336540 rs7553994 C G 2467.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=34.27;SB=-1158.664;SBQD=2.462;SBpi=0.4154;SBpiQual=0.4777;VQSLOD=7.5126 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2500,199,0
|
|
1 116356652 rs2811582 A G 2623.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.61;SB=-1432.593;SBQD=-6.160;SBpi=0.3842;SBpiQual=-0.1557;VQSLOD=6.0218 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2657,232,0
|
|
1 116369290 rs2811587 C T 2259.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=34.23;SB=-781.970;SBQD=1.847;SBpi=1.4771;SBpiQual=1.6656;VQSLOD=8.2104 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2292,181,0
|
|
1 116372907 rs2797199 G C 985.83 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.237;SB=-464.893;SBQD=1.121;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.8414;VQSLOD=5.8189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1016,0,1215
|
|
1 116375415 rs1573105 T C 857.06 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.302;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=24.245;HRun=0;HaplotypeScore=1.7719;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-212.814;SBQD=14.404;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.2137;VQSLOD=5.3274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:887,0,1181
|
|
1 116396243 rs4839496 T G 1346.65 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.693;HRun=0;HaplotypeScore=3.5862;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.494;SB=-598.218;SBQD=-3.727;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.7622;VQSLOD=4.5229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:1377,0,1255
|
|
1 116411833 rs4839049 G A 2521.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.63;SB=-995.780;SBQD=1.106;SBpi=0.9163;SBpiQual=1.0443;VQSLOD=8.4875 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2555,199,0
|
|
1 116421104 rs814988 T C 2185.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=30.35;SB=-956.060;SBQD=6.688;SBpi=0.5893;SBpiQual=1.0624;VQSLOD=7.0217 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2218,190,0
|
|
1 116427100 rs1775515 T C 1867.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.13;MQ0=0;QD=34.59;SB=-972.916;SBQD=-2.494;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0506;VQSLOD=7.0010 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1901,150,0
|
|
1 116452488 rs10754393 A G 1968.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.3940;MQ=57.08;MQ0=0;QD=28.94;SB=-1025.212;SBQD=-0.433;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.5990;VQSLOD=3.9359 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2001,162,0
|
|
1 116458868 . A T 1539.55 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.475;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.302;SB=-558.623;SBQD=0.389;SBpi=-1.0104;SBpiQual=-1.0862;VQSLOD=3.9829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:95:99:1570,0,1347
|
|
1 116495341 rs699764 G A 2668.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.53;MQ0=0;QD=33.78;SB=-1394.189;SBQD=0.766;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.3654;VQSLOD=7.2666 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2701,214,0
|
|
1 116502789 rs1157378 G A 2816.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.57;SB=-941.745;SBQD=-0.969;SBpi=-1.6524;SBpiQual=-1.8347;VQSLOD=7.6865 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2849,217,0
|
|
1 116560711 rs1994830 T A 2857.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=33.62;ReadPosRankSum=-1.202;SB=-1468.590;SBQD=0.966;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.4052;VQSLOD=7.8226 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:2891,229,0
|
|
1 116576178 rs2335402 C G 916.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.0709;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=15.02;ReadPosRankSum=1.497;SB=-953.718;SBQD=4.733;SBpi=-0.4557;SBpiQual=-0.3222;VQSLOD=2.5261 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:61:84.21:949,84,0
|
|
1 116582729 rs6687860 C T 2344.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.03;SB=-1085.797;SBQD=-2.512;SBpi=-0.7714;SBpiQual=-0.9571;VQSLOD=6.9684 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2378,184,0
|
|
1 116599160 . C G 220.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=51;Dels=0.00;FS=4.298;HRun=0;HaplotypeScore=1.8245;MQ=24.22;MQ0=12;MQRankSum=-0.303;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.996;SB=-15.395;SBQD=-8.078;SBpi=-1.1619;SBpiQual=-1.2065;VQSLOD=0.9415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,15:51:99:250,0,544
|
|
1 116694541 . C T 925.15 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DP=65;Dels=0.00;FS=2.107;HRun=1;HaplotypeScore=2.4896;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=14.23;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-496.593;SBQD=2.042;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4043;VQSLOD=3.7515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:955,0,689
|
|
1 116699268 rs10923980 T A 1374.70 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.616;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.430;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.593;SB=-636.911;SBQD=-4.459;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.4064;VQSLOD=5.9379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:1405,0,1449
|
|
1 116703587 rs6664564 T A 1125.36 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.017;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.957;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.176;QD=16.08;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-417.794;SBQD=-3.269;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.1558;VQSLOD=3.1140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1155,0,881
|
|
1 116704053 . A G 1126.88 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.652;DP=71;Dels=0.00;FS=1.991;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=15.87;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-625.891;SBQD=3.261;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0376;VQSLOD=4.5977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1157,0,1023
|
|
1 116725599 rs2878380 G C 1865.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4694;MQ=59.65;MQ0=0;QD=28.70;SB=-901.464;SBQD=3.995;SBpi=0.4341;SBpiQual=0.8272;VQSLOD=4.3925 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1898,165,0
|
|
1 116725685 rs12405574 T C 2042.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=59.01;MQ0=0;QD=30.94;SB=-1234.342;SBQD=0.202;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0155;VQSLOD=6.7806 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2075,165,0
|
|
1 116732903 rs2208364 A C 2819.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.69;SB=-1446.971;SBQD=-0.473;SBpi=-0.1688;SBpiQual=-0.2228;VQSLOD=7.9107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2852,226,0
|
|
1 116734019 rs2057300 C A 135.45 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=32.6156;MQ=58.05;MQ0=0;QD=2.42;SB=-900.733;SBQD=5.852;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2109;VQSLOD=-69.3052 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:15.04:168,15,0
|
|
1 116742449 rs12088596 C T 2406.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=36.46;SB=-1160.451;SBQD=-0.455;SBpi=-0.3693;SBpiQual=-0.4317;VQSLOD=7.7339 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2439,190,0
|
|
1 116791482 rs4839521 A G 896.21 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.317;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.901;SB=-469.252;SBQD=-2.393;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.2654;VQSLOD=4.7577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:926,0,1324
|
|
1 116818148 . C T 986.42 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DP=78;Dels=0.00;FS=3.067;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.683;SB=-523.026;SBQD=3.905;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.1536;VQSLOD=3.6104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:1016,0,1377
|
|
1 116831892 rs10924048 G A 1643.24 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.716;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=8.571;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=17.12;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-877.476;SBQD=-5.766;SBpi=0.2673;SBpiQual=0.3286;VQSLOD=5.9630 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:96:99:1673,0,1209
|
|
1 116859356 rs4839534 C T 937.91 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.859;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.126;SB=-429.605;SBQD=-0.981;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5032;VQSLOD=4.9414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:968,0,1399
|
|
1 116862125 rs4369260 C A 882.49 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1541;MQ=51.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.268;SB=-445.090;SBQD=0.387;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.3278;VQSLOD=5.0446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:912,0,981
|
|
1 116979683 . T C 476.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;DP=43;Dels=0.00;FS=7.497;HRun=0;HaplotypeScore=3.9568;MQ=44.25;MQ0=3;MQRankSum=-2.517;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.611;SB=-315.984;SBQD=4.283;SBpi=0.0928;SBpiQual=-0.1042;VQSLOD=0.5341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:43:99:506,0,178
|
|
1 117019103 rs1547110 T G 580.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.72;MQ0=0;QD=18.13;SB=-518.763;SBQD=-1.481;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1491;VQSLOD=4.1957 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:51.13:613,51,0
|
|
1 117121139 . C G 948.38 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.983;DP=64;Dels=0.00;FS=2.093;HRun=0;HaplotypeScore=2.6767;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-525.374;SBQD=-0.718;SBpi=0.2466;SBpiQual=-0.1396;VQSLOD=3.7522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:978,0,818
|
|
1 117125453 . G A 1406.07 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.784;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.999;QD=16.54;ReadPosRankSum=0.489;SB=-566.835;SBQD=-0.298;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-0.8975;VQSLOD=4.3532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1436,0,1121
|
|
1 117161638 . A G 83.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;DP=83;Dels=0.00;FS=2.718;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=54.92;MQ0=1;MQRankSum=-5.737;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.425;SB=-44.319;SBQD=-2.594;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.2679;VQSLOD=-5.0986 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,14:83:99:113,0,2117
|
|
1 117179418 . C T 539.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.068;DP=106;Dels=0.00;FS=58.192;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=45.36;MQ0=2;MQRankSum=-5.362;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.345;SB=78.243;SBQD=-11.318;SBpi=-3.1623;SBpiQual=-3.4095;VQSLOD=-6.3589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,40:106:99:570,0,1418
|
|
1 117184872 rs4044669 G A 1424.60 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.414;DB;DP=172;Dels=0.00;FS=0.621;HRun=3;HaplotypeScore=34.5868;MQ=48.36;MQ0=2;MQRankSum=-10.653;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-655.768;SBQD=0.330;SBpi=0.4781;SBpiQual=0.5579;VQSLOD=-106.5334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,68:172:99:1455,0,2755
|
|
1 117236970 rs614477 G C 1400.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8668;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.58;SB=-975.313;SBQD=-2.344;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.4309;VQSLOD=2.9774 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1433,123,0
|
|
1 117299420 rs3136700 A G 786.44 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.853;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=52.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-393.057;SBQD=-7.942;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3143;VQSLOD=6.0905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:816,0,1161
|
|
1 117454823 rs2491115 T G 2344.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.41;MQ0=0;QD=33.02;SB=-1172.760;SBQD=1.894;SBpi=0.4154;SBpiQual=0.5893;VQSLOD=6.9076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2377,190,0
|
|
1 117473588 rs11583252 A G 1234.65 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.599;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.369;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.763;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.215;SB=-488.315;SBQD=-4.225;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-0.8594;VQSLOD=5.3557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:1265,0,846
|
|
1 117475792 rs2998187 A G 2783.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.13;SB=-1513.844;SBQD=1.787;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1830;VQSLOD=7.7322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2816,226,0
|
|
1 117482084 rs12737046 T C 1504.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=28.38;SB=-932.622;SBQD=3.616;SBpi=-0.3434;SBpiQual=-0.2089;VQSLOD=5.3743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1537,120,0
|
|
1 117511658 rs6691143 G C 931.01 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.889;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.751;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.628;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.259;SB=-558.656;SBQD=2.438;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3467;VQSLOD=4.3053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:961,0,1018
|
|
1 117521938 rs6696545 A G 492.99 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.106;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.34;MQ0=15;MQRankSum=-1.288;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.864;SB=-267.393;SBQD=0.744;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1241;VQSLOD=2.5887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:523,0,822
|
|
1 117523498 rs12067142 G A 1511.71 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=5.489;HRun=3;HaplotypeScore=0.9469;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.529;QD=17.38;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-731.469;SBQD=-4.118;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.4579;VQSLOD=3.0115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:1542,0,1104
|
|
1 117526905 rs6657819 G C 971.05 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5224;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=14.28;ReadPosRankSum=2.258;SB=-514.441;SBQD=0.209;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.1682;VQSLOD=3.7956 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1001,0,1023
|
|
1 117555012 rs1009262 A C 633.76 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.174;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-278.905;SBQD=-0.601;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.4737;VQSLOD=4.6784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:664,0,855
|
|
1 117597994 rs2764866 C T 2669.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.77;MQ0=0;QD=37.60;SB=-1298.717;SBQD=0.010;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.3158;VQSLOD=8.6131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2703,208,0
|
|
1 117599616 rs61789115 G A 2041.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=33.47;SB=-526.947;SBQD=-1.882;SBpi=-2.1126;SBpiQual=-2.2612;VQSLOD=5.9797 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2075,165,0
|
|
1 117603188 rs2244406 G T 1631.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7156;MQ=58.42;MQ0=0;QD=27.66;SB=-677.117;SBQD=0.332;SBpi=-1.4444;SBpiQual=-1.4976;VQSLOD=3.2127 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1665,132,0
|
|
1 117612298 rs10754334 A C 1439.97 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.313;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.761;HRun=0;HaplotypeScore=2.6461;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-715.780;SBQD=-0.972;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.3256;VQSLOD=4.7609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:98:99:1470,0,1566
|
|
1 117612671 rs10754335 T C 1333.90 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.705;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=5.351;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.969;QD=14.82;ReadPosRankSum=1.186;SB=-599.184;SBQD=4.352;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.3613;VQSLOD=5.5369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1364,0,1422
|
|
1 117675943 rs4659126 T C 1453.30 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.915;HRun=0;HaplotypeScore=1.9465;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.350;QD=17.10;ReadPosRankSum=1.768;SB=-688.865;SBQD=2.520;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.1534;VQSLOD=3.2179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1483,0,1040
|
|
1 117676013 . G A 44.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.322;DP=87;Dels=0.00;FS=5.834;HRun=0;HaplotypeScore=4.9715;MQ=54.61;MQ0=1;MQRankSum=1.058;QD=0.51;ReadPosRankSum=-4.040;SB=-71.863;SBQD=3.670;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.5427;VQSLOD=-5.8932 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,15:87:74.16:74,0,1885
|
|
1 117679296 rs4658993 G A 192.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.826;QD=10.67;ReadPosRankSum=-2.384;SB=-0.007;SBQD=-13.692;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.6150;VQSLOD=0.4830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:222,0,159
|
|
1 117739025 rs4659193 T G 1518.61 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.187;DB;DP=65;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.5095;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=23.01;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-873.860;SBQD=-0.441;SBpi=0.8322;SBpiQual=0.9190;VQSLOD=1.5670 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:43.80:1552,44,0
|
|
1 117746671 rs4659215 G A 2591.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.65;SB=-1288.674;SBQD=-0.235;SBpi=-0.5128;SBpiQual=-0.5522;VQSLOD=7.6322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2624,208,0
|
|
1 117752002 rs4659224 T G 2007.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.31;MQ0=0;QD=29.96;SB=-1142.661;SBQD=-1.308;SBpi=0.0611;SBpiQual=-0.1045;VQSLOD=4.6929 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2040,165,0
|
|
1 117765366 . T G 319.42 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.30;MQ0=12;QD=7.61;SB=-96.482;SBQD=-3.143;SBpi=-1.3887;SBpiQual=-1.5463;VQSLOD=2.0924 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:33.08:352,33,0
|
|
1 117777975 rs10801949 A G 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.55;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1637.482;SBQD=-0.509;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.3613;VQSLOD=7.6084 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3269,256,0
|
|
1 117781473 rs10801950 C T 2887.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8997;MQ=57.14;MQ0=0;QD=33.18;SB=-1616.918;SBQD=-0.193;SBpi=-0.0536;SBpiQual=-0.0248;VQSLOD=3.4729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2920,226,0
|
|
1 117785979 . T C 2270.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.47;SB=-997.642;SBQD=-0.706;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.7170;VQSLOD=7.5055 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2303,184,0
|
|
1 117799597 rs56222153 C G 898.04 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.416;QD=13.21;ReadPosRankSum=1.096;SB=-401.998;SBQD=-0.324;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4677;VQSLOD=4.9401 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:928,0,986
|
|
1 117831828 rs56030787 C T 1389.47 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.972;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.718;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-634.802;SBQD=-2.993;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.4450;VQSLOD=5.5487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1419,0,1266
|
|
1 117832497 rs1289844 A G 3650.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.79;SB=-1903.076;SBQD=-2.040;SBpi=0.1980;SBpiQual=0.0155;VQSLOD=8.8973 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3650,295,0
|
|
1 117841845 . C A 899.48 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.742;DP=57;Dels=0.00;FS=2.338;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.849;SB=-509.334;SBQD=-4.783;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1008;VQSLOD=4.5557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:929,0,568
|
|
1 117897297 rs1289874 G C 206.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.58;MQ0=12;QD=6.25;SB=-0.007;SBQD=12.131;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2014;VQSLOD=3.3029 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:21.04:239,21,0
|
|
1 117957288 rs1289948 A G 2041.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.29;MQ0=0;QD=34.61;SB=-651.057;SBQD=1.411;SBpi=1.6274;SBpiQual=1.7857;VQSLOD=5.5686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2075,163,0
|
|
1 118055121 rs10923328 A C 2711.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.92;MQ0=0;QD=33.89;SB=-1335.628;SBQD=-2.468;SBpi=0.5590;SBpiQual=0.4499;VQSLOD=8.0972 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2744,223,0
|
|
1 118087449 rs3795657 G A 1358.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.2296;MQ=59.61;MQ0=0;QD=28.30;SB=-696.439;SBQD=-0.951;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.5602;VQSLOD=3.2859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1391,114,0
|
|
1 118119571 rs913180 C G 1955.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.19;SB=-1048.849;SBQD=6.166;SBpi=-0.0611;SBpiQual=0.3080;VQSLOD=6.3347 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1989,165,0
|
|
1 118126591 rs861152 C T 2953.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=32.82;SB=-1601.691;SBQD=-1.649;SBpi=-0.2108;SBpiQual=-0.3384;VQSLOD=8.3223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2987,235,0
|
|
1 118135188 rs320346 T C 2463.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.5731;MQ=59.72;MQ0=0;QD=30.42;SB=-1271.923;SBQD=1.415;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6010;VQSLOD=4.4560 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2497,202,0
|
|
1 118189751 rs12028922 G A 269.76 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.509;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.927;SB=-127.587;SBQD=-5.213;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2672;VQSLOD=5.1587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:300,0,465
|
|
1 118202537 rs61807826 G A 1441.86 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.346;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3770;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=18.02;ReadPosRankSum=0.215;SB=-704.206;SBQD=-0.599;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.3972;VQSLOD=4.1714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:80:99:1472,0,885
|
|
1 118258641 rs3951338 G A 1083.85 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=14.08;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-503.510;SBQD=2.431;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.7969;VQSLOD=4.7170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:77:99:1114,0,982
|
|
1 118276535 rs17257575 G A 1251.62 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.924;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=15.65;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-695.319;SBQD=-4.669;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.0903;VQSLOD=6.0540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1282,0,988
|
|
1 118285552 rs10754359 A T 2950.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8300;MQ=59.36;MQ0=0;QD=35.98;SB=-1535.439;SBQD=0.355;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.2032;VQSLOD=5.4075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2983,229,0
|
|
1 118286647 rs4659340 G A 3296.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.46;SB=-1621.238;SBQD=-0.249;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.2341;VQSLOD=8.5390 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3297,256,0
|
|
1 118305784 . G A 1313.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.27;SB=-759.135;SBQD=-8.893;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.0144;VQSLOD=3.4103 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1347,120,0
|
|
1 118335732 rs1780031 T C 2842.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.09;SB=-1088.414;SBQD=-2.262;SBpi=1.3889;SBpiQual=1.3344;VQSLOD=5.0600 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2875,226,0
|
|
1 118339119 rs1780033 A C 42.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;QD=0.69;SB=-1142.832;SBQD=-0.075;SBpi=-0.1270;SBpiQual=-0.1222;VQSLOD=-0.7371 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:8.98:75,9,0
|
|
1 118342810 rs825987 C T 2550.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9381;MQ=59.70;MQ0=0;QD=33.56;SB=-1365.722;SBQD=2.801;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1268;VQSLOD=4.1864 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:76:99:2584,202,0
|
|
1 118350129 rs2021714 A G 3219.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.01;SB=-1564.299;SBQD=1.948;SBpi=0.1608;SBpiQual=0.3460;VQSLOD=7.2843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3252,256,0
|
|
1 118351554 rs4659342 G A 3061.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.88;SB=-1339.127;SBQD=-0.003;SBpi=0.8232;SBpiQual=0.8815;VQSLOD=8.5040 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3094,238,0
|
|
1 118352504 rs20536 G A 3159.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=34.72;SB=-1409.374;SBQD=0.635;SBpi=0.9959;SBpiQual=1.1064;VQSLOD=6.6338 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3193,244,0
|
|
1 118356595 rs6660667 T C 2834.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.63;MQ0=0;QD=35.43;SB=-1288.258;SBQD=-2.819;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.5083;VQSLOD=8.4739 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2868,232,0
|
|
1 118356997 rs61806116 C T 2976.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=36.30;SB=-1536.711;SBQD=-1.178;SBpi=0.2209;SBpiQual=0.1971;VQSLOD=8.4394 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3010,232,0
|
|
1 118364667 rs1342815 C G 2450.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1334.092;SBQD=1.209;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1034;VQSLOD=8.1888 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2484,202,0
|
|
1 118503584 . A G 856.26 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=83;Dels=0.00;FS=1.919;HRun=1;HaplotypeScore=2.4602;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.153;SB=-337.566;SBQD=3.105;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.6294;VQSLOD=2.7773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:886,0,1675
|
|
1 118583408 rs10923477 G A 3427.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=37.25;SB=-1734.530;SBQD=1.763;SBpi=-0.2085;SBpiQual=-0.0770;VQSLOD=9.1183 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3427,265,0
|
|
1 118610623 rs1573160 T C 1219.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.0744;MQ=59.55;MQ0=0;QD=23.92;SB=-316.171;SBQD=-6.151;SBpi=-2.2627;SBpiQual=-2.4224;VQSLOD=2.4859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1253,102,0
|
|
1 118617274 rs1935993 C T 2762.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=36.84;SB=-1383.184;SBQD=-0.366;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2740;VQSLOD=9.6231 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2796,214,0
|
|
1 118648270 rs10802006 G A 2231.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.19;SB=-1121.927;SBQD=-1.120;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.2139;VQSLOD=8.2207 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2264,175,0
|
|
1 118739713 rs1777268 T G 2569.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.74;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1217.327;SBQD=-0.419;SBpi=-0.4041;SBpiQual=-0.3274;VQSLOD=8.7261 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2603,217,0
|
|
1 118740908 rs1343153 G A 2558.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1294.954;SBQD=-1.713;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.2121;VQSLOD=8.1843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2591,205,0
|
|
1 118749669 rs6428731 A G 3475.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.46;SB=-1336.031;SBQD=1.727;SBpi=1.3132;SBpiQual=1.5285;VQSLOD=7.9866 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3475,274,0
|
|
1 118773842 rs4659075 T C 1791.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.87;MQ0=0;QD=26.35;SB=-967.353;SBQD=6.886;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.8831;VQSLOD=5.2072 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1825,156,0
|
|
1 118784195 rs4659076 A T 2695.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=30.64;SB=-1395.052;SBQD=2.512;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.8992;VQSLOD=6.7743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2729,226,0
|
|
1 118784987 rs7553660 C T 2138.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1041.229;SBQD=-0.449;SBpi=-0.7941;SBpiQual=-0.8858;VQSLOD=7.7753 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2172,169,0
|
|
1 118786964 rs1938268 G T 2016.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=35.38;SB=-857.873;SBQD=2.603;SBpi=0.7285;SBpiQual=0.8785;VQSLOD=8.2898 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2050,156,0
|
|
1 118793499 rs7518133 T C 2088.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=35.40;SB=-893.066;SBQD=-1.731;SBpi=0.8462;SBpiQual=0.7686;VQSLOD=8.5495 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2122,169,0
|
|
1 118831937 rs1938283 C A 3548.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=38.57;SB=-1443.795;SBQD=-2.123;SBpi=-0.8341;SBpiQual=-1.0728;VQSLOD=8.5249 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3548,274,0
|
|
1 118868107 rs10802022 A C 2419.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=33.60;SB=-1227.945;SBQD=-1.109;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.3841;VQSLOD=8.6437 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2452,196,0
|
|
1 118877138 rs4659078 G A 2713.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=33.09;SB=-1360.576;SBQD=0.659;SBpi=0.5522;SBpiQual=0.6264;VQSLOD=7.1255 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2747,217,0
|
|
1 118880827 rs6428740 C T 1405.47 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.395;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=1.632;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.263;SB=-644.176;SBQD=-1.787;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.4556;VQSLOD=6.0601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,47:100:99:1435,0,1538
|
|
1 118882446 rs12139966 G A 1026.50 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.421;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.650;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=15.10;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-475.777;SBQD=4.972;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3902;VQSLOD=4.9941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1056,0,767
|
|
1 118923891 rs2493820 A G 1433.33 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=7.171;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-392.675;SBQD=7.051;SBpi=1.4744;SBpiQual=1.6295;VQSLOD=4.8471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1463,0,1314
|
|
1 118934861 rs2208393 G T 788.61 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=7.090;HRun=2;HaplotypeScore=3.7958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=11.77;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-435.746;SBQD=-6.285;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2771;VQSLOD=2.3670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:819,0,1134
|
|
1 118936491 rs7532741 G C 1294.21 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=5.029;HRun=2;HaplotypeScore=2.8857;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=13.48;ReadPosRankSum=-2.077;SB=-574.120;SBQD=-4.488;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.5403;VQSLOD=3.0928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:1324,0,1651
|
|
1 118936809 rs7556174 C A 926.13 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.368;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.864;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-436.750;SBQD=-2.306;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.4603;VQSLOD=4.1393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:956,0,1502
|
|
1 118943535 . T C 709.14 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DP=52;Dels=0.00;FS=5.699;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-239.248;SBQD=-6.926;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8630;VQSLOD=4.3951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:739,0,821
|
|
1 118958501 rs6658142 A G 1358.72 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.359;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.834;HRun=0;HaplotypeScore=3.6953;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=16.57;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-730.323;SBQD=-0.487;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.0437;VQSLOD=3.3751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1389,0,1099
|
|
1 119054510 rs7519196 T A 2346.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=36.66;SB=-1217.213;SBQD=0.605;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0599;VQSLOD=9.5837 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2379,187,0
|
|
1 119065645 rs1213979 A G 3180.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1435.874;SBQD=-0.725;SBpi=-0.6890;SBpiQual=-0.7718;VQSLOD=8.1647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3214,253,0
|
|
1 119065783 rs6663341 A G 2351.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.66;MQ0=0;QD=35.09;SB=-1156.426;SBQD=0.381;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.2530;VQSLOD=6.7553 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2384,193,0
|
|
1 119069394 rs10923587 G C 2558.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;QD=32.80;SB=-1390.449;SBQD=-0.748;SBpi=0.2265;SBpiQual=0.2079;VQSLOD=7.5435 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2591,208,0
|
|
1 119071352 rs1359384 G A 2917.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.08;MQ0=0;QD=35.15;SB=-1303.198;SBQD=-0.597;SBpi=-0.8232;SBpiQual=-0.8292;VQSLOD=8.8776 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2951,235,0
|
|
1 119073435 rs7545979 T C 2615.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.53;SB=-1292.490;SBQD=-0.314;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-0.6179;VQSLOD=8.1213 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2649,214,0
|
|
1 119078063 rs4659092 T C 2878.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.88;MQ0=0;QD=34.68;SB=-1029.748;SBQD=1.886;SBpi=1.4818;SBpiQual=1.6461;VQSLOD=6.5293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2911,232,0
|
|
1 119079762 rs1408587 G T 2366.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.80;SB=-1186.549;SBQD=4.429;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2227;VQSLOD=8.7364 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2399,187,0
|
|
1 119084694 rs12135389 T C 1955.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.65;MQ0=0;QD=29.62;SB=-1157.118;SBQD=0.465;SBpi=-0.1231;SBpiQual=-0.0571;VQSLOD=5.3172 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1988,159,0
|
|
1 119087871 . A C 3801.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1681.273;SBQD=-0.934;SBpi=0.8295;SBpiQual=0.7687;VQSLOD=6.6462 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3801,304,0
|
|
1 119112289 rs2456593 G A 618.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=17.60;MQ0=35;QD=7.82;SB=-385.977;SBQD=5.654;SBpi=-0.7620;SBpiQual=-0.8311;VQSLOD=4.0819 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,62:79:63.06:651,63,0
|
|
1 119121137 rs2135565 A T 2787.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1346.796;SBQD=-1.906;SBpi=-0.3397;SBpiQual=-0.4927;VQSLOD=8.6490 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2821,223,0
|
|
1 119121460 rs2360025 G T 2959.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.02;MQ0=0;QD=34.41;SB=-1628.741;SBQD=1.206;SBpi=-0.1078;SBpiQual=-0.1355;VQSLOD=7.5128 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2992,235,0
|
|
1 119134914 rs1911176 T C 1991.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;QD=30.63;SB=-909.085;SBQD=3.622;SBpi=-0.8062;SBpiQual=-0.4757;VQSLOD=6.8323 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2024,180,0
|
|
1 119146551 rs7522476 G A 3308.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.17;SB=-1512.450;SBQD=0.261;SBpi=0.5830;SBpiQual=0.6345;VQSLOD=6.9968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3308,256,0
|
|
1 119164371 rs4233452 A G 2521.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.54;SB=-1180.010;SBQD=0.641;SBpi=0.5267;SBpiQual=0.6356;VQSLOD=7.9589 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2555,208,0
|
|
1 119174720 rs2659210 A C 2441.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.91;SB=-1146.450;SBQD=0.555;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.5493;VQSLOD=8.6496 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2475,193,0
|
|
1 119180538 rs7535165 G A 746.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7220;MQ=42.89;MQ0=2;QD=21.33;SB=-376.627;SBQD=-12.626;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.2402;VQSLOD=3.1655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75.11:779,75,0
|
|
1 119203720 rs1237971 T C 2661.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.56;SB=-1386.043;SBQD=0.162;SBpi=0.1709;SBpiQual=0.1975;VQSLOD=8.4607 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2694,211,0
|
|
1 119205151 rs1213853 G A 3350.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.23;SB=-1332.309;SBQD=-3.722;SBpi=-0.8433;SBpiQual=-1.1989;VQSLOD=6.1663 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3350,265,0
|
|
1 119221525 . C T 1424.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.67;MQ0=0;MQRankSum=1.520;QD=29.07;ReadPosRankSum=0.601;SB=-167.176;SBQD=19.097;SBpi=2.1651;SBpiQual=2.3664;VQSLOD=3.4403 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1458,132,0
|
|
1 119223020 rs4659118 C G 2803.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.19;MQ0=1;QD=31.86;SB=-1392.768;SBQD=2.917;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.4764;VQSLOD=7.5338 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2836,232,0
|
|
1 119504487 rs1409157 G T 933.99 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8311;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=13.15;ReadPosRankSum=-1.066;SB=-467.460;SBQD=-0.547;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2457;VQSLOD=5.0420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:964,0,1088
|
|
1 119536119 rs10923716 C T 569.11 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.883;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.069;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=10.94;ReadPosRankSum=-2.326;SB=-399.635;SBQD=-2.572;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1394;VQSLOD=4.0769 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:599,0,484
|
|
1 119541692 rs1886915 A G 1490.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9085;MQ=59.11;MQ0=0;QD=31.71;SB=-718.472;SBQD=1.714;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.6265;VQSLOD=5.7840 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1523,123,0
|
|
1 119546842 rs10923724 C T 1156.39 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.722;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=18.36;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-414.626;SBQD=5.584;SBpi=1.1068;SBpiQual=1.2441;VQSLOD=4.6875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:63:99:1186,0,574
|
|
1 119632815 rs28572465 T C 1212.98 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.502;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=15.35;ReadPosRankSum=1.130;SB=-667.610;SBQD=-5.239;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.0966;VQSLOD=5.6266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1243,0,945
|
|
1 119635733 rs12095067 A T 1481.75 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.481;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.667;HRun=2;HaplotypeScore=1.5778;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=17.85;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-801.643;SBQD=3.923;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0132;VQSLOD=4.4474 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1512,0,1095
|
|
1 119640728 rs56919609 C T 785.13 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.544;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=16.02;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-349.666;SBQD=3.195;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.7420;VQSLOD=5.1600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:815,0,524
|
|
1 119669271 rs6428795 A G 1092.56 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.097;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=4.109;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-425.553;SBQD=-5.478;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.9469;VQSLOD=5.2305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:1123,0,1317
|
|
1 119680967 rs6428798 A G 1132.65 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.676;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.878;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=2.117;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.463;SB=-414.183;SBQD=-2.861;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-1.0378;VQSLOD=4.0442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1163,0,1094
|
|
1 119686656 rs55696509 A G 742.45 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.985;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.961;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.833;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.248;SB=-229.457;SBQD=-2.825;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-1.4189;VQSLOD=3.9068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:772,0,1673
|
|
1 119700224 rs4130748 C T 1003.43 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.798;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.649;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=1.952;QD=17.01;ReadPosRankSum=-2.328;SB=-527.983;SBQD=4.265;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4646;VQSLOD=4.3570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:59:99:1033,0,566
|
|
1 119709558 rs12064033 G A 881.04 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.269;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-366.727;SBQD=-2.046;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.7090;VQSLOD=5.9292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:911,0,1092
|
|
1 119709749 rs12064137 G A 1052.62 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.523;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.098;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.877;SB=-448.847;SBQD=1.961;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.4533;VQSLOD=5.6329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:1083,0,1174
|
|
1 119736529 rs10802081 T C 1018.03 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6811;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=14.97;ReadPosRankSum=1.349;SB=-526.007;SBQD=2.144;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2779;VQSLOD=4.6676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1048,0,1010
|
|
1 119757159 rs7523923 A G 1039.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=2.026;HRun=0;HaplotypeScore=1.8874;MQ=51.19;MQ0=3;MQRankSum=-4.572;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.535;SB=-460.821;SBQD=-0.938;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.0838;VQSLOD=0.2658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1070,0,928
|
|
1 119761725 rs1109640 T C 801.60 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=12.221;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.652;SB=-245.271;SBQD=8.466;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.0131;VQSLOD=5.0653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,28:75:99:832,0,1558
|
|
1 119762729 rs7542832 T C 1056.78 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.594;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-525.771;SBQD=1.910;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2729;VQSLOD=5.9215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1087,0,1209
|
|
1 119766683 rs7524644 C T 743.61 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.786;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5781;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.009;SB=-289.877;SBQD=0.774;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.7790;VQSLOD=5.5229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:774,0,750
|
|
1 119778726 rs947429 A C 981.95 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.247;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.913;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=13.83;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-515.655;SBQD=-3.160;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.3948;VQSLOD=5.4889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1012,0,978
|
|
1 119779267 rs10923776 A G 1081.13 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.727;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=14.079;HRun=0;HaplotypeScore=4.0185;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.859;QD=11.50;ReadPosRankSum=0.369;SB=-488.762;SBQD=8.064;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.6343;VQSLOD=3.9561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:1111,0,1760
|
|
1 119790055 rs4658999 T C 1372.62 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.553;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=3.988;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.814;SB=-756.994;SBQD=4.283;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.0902;VQSLOD=5.7265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:1403,0,1376
|
|
1 119815081 rs7526389 G A 1058.27 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.818;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=12.741;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=14.50;ReadPosRankSum=2.335;SB=-271.652;SBQD=10.212;SBpi=1.4368;SBpiQual=1.5448;VQSLOD=3.7635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1088,0,950
|
|
1 119833207 rs12402240 G A 977.70 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.034;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.998;HRun=0;HaplotypeScore=1.9142;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.065;SB=-444.778;SBQD=-3.746;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7332;VQSLOD=5.0083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1008,0,912
|
|
1 119923724 rs2275607 T C 1032.37 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=14.482;HRun=0;HaplotypeScore=2.7059;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=13.95;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-374.592;SBQD=-11.158;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.9883;VQSLOD=4.0922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1062,0,1209
|
|
1 119925403 rs1341007 C T 1174.73 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.413;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.533;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=19.58;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-415.696;SBQD=6.746;SBpi=0.9733;SBpiQual=1.0997;VQSLOD=5.0705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:1205,0,634
|
|
1 119932007 rs4659004 A G 398.43 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.069;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=12.85;ReadPosRankSum=-1.171;SB=3.003;SBQD=13.379;SBpi=1.8708;SBpiQual=1.9791;VQSLOD=3.5600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:428,0,585
|
|
1 119944088 . A G 612.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.206;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5846;MQ=43.07;MQ0=2;MQRankSum=-3.681;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-239.420;SBQD=-1.977;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-1.1911;VQSLOD=-1.4466 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:642,0,1143
|
|
1 119973161 rs11579951 G A 703.01 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.573;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6904;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.072;SB=-303.085;SBQD=0.370;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5407;VQSLOD=4.6120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:733,0,1136
|
|
1 119977761 rs1417610 T A 389.89 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.080;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.652;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.597;SB=-261.488;SBQD=3.645;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.1402;VQSLOD=2.9945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:420,0,627
|
|
1 119990855 rs1538986 A T 648.11 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.070;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=12.46;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-356.463;SBQD=-1.334;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2864;VQSLOD=5.7983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:678,0,839
|
|
1 119992928 rs6670499 T C 1986.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4434;MQ=58.91;MQ0=0;QD=31.04;SB=-771.555;SBQD=7.940;SBpi=0.8750;SBpiQual=1.4282;VQSLOD=3.9793 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2019,168,0
|
|
1 120004319 rs1341009 G A 1379.50 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.809;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=3.145;HRun=0;HaplotypeScore=3.8021;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.095;QD=16.04;ReadPosRankSum=0.646;SB=-389.544;SBQD=-4.680;SBpi=-1.5076;SBpiQual=-1.5735;VQSLOD=3.1572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1409,0,1134
|
|
1 120059500 rs10923844 G A 2310.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=32.54;SB=-1039.673;SBQD=-0.317;SBpi=1.0088;SBpiQual=1.0365;VQSLOD=7.3412 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2344,187,0
|
|
1 120062378 rs7536990 A G 2068.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.82;MQ0=0;QD=36.28;SB=-1046.179;SBQD=-1.891;SBpi=0.0662;SBpiQual=0.0679;VQSLOD=8.7230 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2101,168,0
|
|
1 120076085 rs4659191 C T 3230.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=35.11;SB=-1426.520;SBQD=-1.872;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-0.8477;VQSLOD=8.7713 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:3262,256,0
|
|
1 120085800 rs6668680 T C 3101.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.65;SB=-1624.888;SBQD=-0.547;SBpi=0.1608;SBpiQual=0.1226;VQSLOD=7.6325 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3135,247,0
|
|
1 120087012 rs2362818 T C 2246.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.11;SB=-1149.890;SBQD=-0.421;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.2913;VQSLOD=7.0678 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2280,178,0
|
|
1 120087190 rs2362821 T C 2468.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=32.92;SB=-1041.910;SBQD=-0.765;SBpi=-1.0970;SBpiQual=-1.2059;VQSLOD=7.8736 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2502,199,0
|
|
1 120090901 rs10923854 T C 911.31 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.7337;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-477.719;SBQD=0.576;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1261;VQSLOD=3.7334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:941,0,702
|
|
1 120094960 rs6697100 A G 1565.56 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.040;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.866;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=17.79;ReadPosRankSum=0.126;SB=-641.358;SBQD=1.518;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.1771;VQSLOD=4.4488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,56:88:99:1596,0,983
|
|
1 120104318 . T C 247.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.753;DP=109;Dels=0.00;FS=2.652;HRun=0;HaplotypeScore=13.9382;MQ=28.32;MQ0=48;MQRankSum=-1.072;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.055;SB=-109.080;SBQD=-1.212;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3050;VQSLOD=-5.4388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,25:109:99:277,0,1425
|
|
1 120110104 rs4659203 T C 1248.91 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.615;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9968;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=2.616;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-710.283;SBQD=-0.454;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.1424;VQSLOD=4.6871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:1279,0,1378
|
|
1 120110768 rs12746459 C T 451.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.937;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=5.351;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.76;MQ0=1;MQRankSum=-3.617;QD=4.96;ReadPosRankSum=-3.608;SB=-517.503;SBQD=4.132;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.2890;VQSLOD=-3.1226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:481,0,1360
|
|
1 120112566 rs28534073 G A 116.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.419;HRun=2;HaplotypeScore=9.8954;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.746;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.680;SB=-86.884;SBQD=6.080;SBpi=0.6934;SBpiQual=0.8231;VQSLOD=-4.0519 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:146,0,225
|
|
1 120112848 rs4255419 G A 615.74 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.738;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.944;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=25;MQRankSum=0.391;QD=9.47;ReadPosRankSum=2.151;SB=-291.469;SBQD=-6.906;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1004;VQSLOD=4.9603 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:646,0,318
|
|
1 120114879 rs3862258 T C 2451.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=31.83;SB=-1356.794;SBQD=-0.735;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.3565;VQSLOD=7.9647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2484,196,0
|
|
1 120116050 rs6677352 G A 1098.25 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=6.066;HRun=1;HaplotypeScore=1.9683;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=13.39;ReadPosRankSum=-2.640;SB=-662.058;SBQD=2.497;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.2635;VQSLOD=3.8346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1128,0,1038
|
|
1 120121208 rs6688574 T G 846.13 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=8.280;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.97;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=11.92;ReadPosRankSum=1.982;SB=-325.650;SBQD=-7.146;SBpi=-0.8839;SBpiQual=-0.9762;VQSLOD=5.2385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:876,0,1061
|
|
1 120129427 rs346673 C T 2882.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=56.95;MQ0=0;QD=32.39;SB=-1580.264;SBQD=0.644;SBpi=0.2650;SBpiQual=0.3503;VQSLOD=7.0510 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2915,232,0
|
|
1 120144023 rs7519907 C T 892.38 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.311;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=14.87;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-419.703;SBQD=-0.828;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.3570;VQSLOD=5.4284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:922,0,864
|
|
1 120150191 . A G 156.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.64;MQ0=4;QD=3.12;SB=-72.165;SBQD=3.617;SBpi=0.4243;SBpiQual=-0.0520;VQSLOD=0.7053 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:18.04:189,18,0
|
|
1 120157766 rs12024934 G A 2510.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5668;MQ=47.80;MQ0=2;QD=32.61;SB=-1301.400;SBQD=-0.508;SBpi=-0.0570;SBpiQual=-0.0071;VQSLOD=5.4366 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2544,214,0
|
|
1 120160789 rs3862260 G A 1214.27 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.480;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.837;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-651.491;SBQD=-2.197;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.3975;VQSLOD=5.4834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1244,0,1000
|
|
1 120160884 rs4659216 A C 957.35 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.804;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=10.348;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=17.73;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-455.201;SBQD=-9.327;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5115;VQSLOD=5.9871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:987,0,543
|
|
1 120161037 rs3850870 C T 834.62 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.599;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=11.272;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=12.84;ReadPosRankSum=1.191;SB=-258.864;SBQD=-10.739;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-1.1020;VQSLOD=5.1350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:865,0,1053
|
|
1 120174017 rs431441 G C 1586.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.11;MQ0=0;QD=30.51;SB=-468.982;SBQD=-2.444;SBpi=-1.8028;SBpiQual=-1.9106;VQSLOD=5.1142 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1619,132,0
|
|
1 120177825 rs10494228 G C 2173.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=32.92;SB=-1021.638;SBQD=5.122;SBpi=0.1231;SBpiQual=0.5403;VQSLOD=7.2405 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:2206,189,0
|
|
1 120228184 rs12127605 C T 846.67 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.583;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.178;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.226;SB=-325.625;SBQD=3.755;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.8638;VQSLOD=5.3758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:877,0,1047
|
|
1 120233380 . G A 630.64 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.053;SB=-316.530;SBQD=-1.538;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.8621;VQSLOD=3.6630 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:661,0,802
|
|
1 120264823 rs12144094 C G 930.57 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.389;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=16.62;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-535.875;SBQD=-2.947;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0836;VQSLOD=5.0541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,36:56:99:961,0,520
|
|
1 120265444 rs532303 A G 843.67 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.923;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-517.381;SBQD=-1.275;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0190;VQSLOD=5.5516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:874,0,970
|
|
1 120267505 rs483180 C G 924.11 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.633;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.378;SB=-503.858;SBQD=4.074;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1653;VQSLOD=5.5936 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:954,0,713
|
|
1 120307515 rs1441009 C G 2411.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.14;MQ0=0;QD=35.47;SB=-1007.382;SBQD=-0.494;SBpi=-0.9701;SBpiQual=-1.0645;VQSLOD=8.1803 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2445,190,0
|
|
1 120321791 rs2582785 C T 872.51 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.967;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.549;HRun=0;HaplotypeScore=4.7376;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=0.875;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.428;SB=-517.311;SBQD=-3.747;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.2297;VQSLOD=3.7914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:903,0,890
|
|
1 120350309 rs2994808 C A 1210.29 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.944;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.717;SB=-618.409;SBQD=-0.795;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1564;VQSLOD=5.6840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1240,0,911
|
|
1 120352453 rs2994810 A T 1312.67 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.271;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.855;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.048;SB=-531.565;SBQD=-2.951;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.8668;VQSLOD=4.7850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1343,0,1184
|
|
1 120372492 rs2363611 G A 1028.47 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.163;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.668;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=15.58;ReadPosRankSum=1.054;SB=-578.634;SBQD=-5.941;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1413;VQSLOD=5.6268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:1058,0,994
|
|
1 120382452 rs947274 T A 1181.74 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.918;HRun=4;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=15.15;ReadPosRankSum=-1.428;SB=-566.507;SBQD=4.642;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.3621;VQSLOD=4.4137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1212,0,1131
|
|
1 120391963 . A G 157.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;DP=105;Dels=0.00;FS=2.414;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=53.13;MQ0=1;MQRankSum=-7.580;QD=1.50;ReadPosRankSum=-2.107;SB=-57.911;SBQD=2.143;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5880;VQSLOD=-9.1802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,27:105:99:187,0,2684
|
|
1 120394844 rs2487572 G A 1568.90 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.800;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=17.05;ReadPosRankSum=0.650;SB=-809.377;SBQD=0.414;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.0218;VQSLOD=5.6017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:1599,0,1343
|
|
1 120422061 . C G 927 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;DP=72;Dels=0.00;FS=13.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.317;SB=-515.985;SBQD=9.434;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.5156;VQSLOD=3.9400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:957,0,1029
|
|
1 120516618 rs2641317 C T 826.15 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.087;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.184;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=14.00;ReadPosRankSum=0.660;SB=-459.756;SBQD=5.147;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1601;VQSLOD=5.1366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:856,0,843
|
|
1 120531133 rs1493698 T C 1285.82 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.714;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=15.68;ReadPosRankSum=1.746;SB=-487.373;SBQD=4.819;SBpi=0.9912;SBpiQual=0.9681;VQSLOD=4.7867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1316,0,1234
|
|
1 120533276 rs2641307 C T 1992.47 PASS AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=9.680;DB;DP=226;Dels=0.00;FS=2.430;HRun=0;HaplotypeScore=2.5439;MQ=52.31;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=8.82;ReadPosRankSum=-2.004;SB=-1079.505;SBQD=0.953;SBpi=0.0577;SBpiQual=-0.0179;VQSLOD=3.4354 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,75:226:99:2022,0,4120
|
|
1 120536279 . A T 157.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.115;DP=158;Dels=0.00;FS=3.769;HRun=1;HaplotypeScore=2.6267;MQ=28.72;MQ0=33;MQRankSum=-0.144;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.206;SB=-8.209;SBQD=-2.221;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.3628;VQSLOD=-0.5619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,28:158:99:187,0,2166
|
|
1 120556192 . T C 942.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;DP=167;Dels=0.00;FS=9.172;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=33.83;MQ0=45;MQRankSum=-1.314;QD=5.65;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-359.632;SBQD=2.397;SBpi=1.0502;SBpiQual=1.1307;VQSLOD=0.0745 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,51:167:99:973,0,2193
|
|
1 120557920 . G C 84.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.602;DP=135;Dels=0.00;FS=8.252;HRun=1;HaplotypeScore=7.9717;MQ=47.68;MQ0=5;MQRankSum=-3.926;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.102;SB=21.299;SBQD=2.328;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.1056;VQSLOD=-6.8163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,21:135:99:115,0,2785
|
|
1 120557990 . G A 288.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.579;DP=172;Dels=0.00;FS=11.225;HRun=0;HaplotypeScore=2.7041;MQ=40.09;MQ0=8;MQRankSum=0.085;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.969;SB=-201.274;SBQD=1.478;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8699;VQSLOD=-1.9667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,28:172:99:318,0,2660
|
|
1 120558175 . A G 740.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;DP=198;Dels=0.00;FS=11.439;HRun=0;HaplotypeScore=6.5150;MQ=32.17;MQ0=21;MQRankSum=1.910;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.684;SB=-328.297;SBQD=0.290;SBpi=0.2023;SBpiQual=0.3504;VQSLOD=-0.9394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,55:198:99:771,0,2186
|
|
1 120559942 rs327205 T C 681.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.735;DB;DP=217;Dels=0.00;FS=6.705;HRun=0;HaplotypeScore=5.2792;MQ=45.14;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-274.748;SBQD=-2.931;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.5199;VQSLOD=0.3490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,39:217:99:712,0,5806
|
|
1 120564512 . G C 127.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.833;DP=245;Dels=0.00;FS=29.369;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=15.73;MQ0=97;MQRankSum=0.955;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.294;SB=66.348;SBQD=1.439;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.6862;VQSLOD=-2.2719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,37:245:99:157,0,1385
|
|
1 120572572 . C T 701.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.136;DP=154;Dels=0.00;FS=43.710;HRun=2;HaplotypeScore=3.9241;MQ=20.93;MQ0=66;MQRankSum=0.236;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.756;SB=35.417;SBQD=9.399;SBpi=1.1795;SBpiQual=1.3320;VQSLOD=-0.8901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,46:154:99:731,0,1302
|
|
1 120582188 . C T 839.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.739;DP=141;Dels=0.00;FS=4.623;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=8;MQRankSum=-3.477;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.362;SB=-345.953;SBQD=4.526;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.1861;VQSLOD=-0.5663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,49:141:99:869,0,1687
|
|
1 120586204 . G A 1028.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.208;DP=128;Dels=0.00;FS=51.942;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.19;MQ0=19;MQRankSum=-2.609;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.288;SB=69.055;SBQD=10.918;SBpi=3.8426;SBpiQual=4.1734;VQSLOD=-5.8405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,63:128:99:1058,0,1780
|
|
1 120607656 . A G 535 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;DP=133;Dels=0.00;FS=10.789;HRun=2;HaplotypeScore=9.0851;MQ=28.41;MQ0=14;MQRankSum=-2.483;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-281.185;SBQD=2.314;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.0539;VQSLOD=-5.2756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,37:133:99:565,0,1825
|
|
1 120611758 rs61790276 G A 254.72 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.345;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.3190;MQ=35.58;MQ0=2;MQRankSum=-0.020;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.426;SB=-84.873;SBQD=-4.870;SBpi=-1.5652;SBpiQual=-1.6183;VQSLOD=1.6627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:285,0,199
|
|
1 120615600 rs1164032 A G 1464.69 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.25;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;DB;DP=154;Dels=0.00;FS=5.254;HRun=0;HaplotypeScore=29.3998;MQ=33.18;MQ0=14;MQRankSum=-8.832;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.567;SB=-478.551;SBQD=5.983;SBpi=0.6061;SBpiQual=0.6816;VQSLOD=-66.6884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,115:154:99:1495,0,1212
|
|
1 120616661 rs7518782 A G 512.95 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;DB;DP=170;Dels=0.00;FS=29.938;HRun=1;HaplotypeScore=1.3123;MQ=23.40;MQ0=29;MQRankSum=1.424;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-129.303;SBQD=2.778;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.2707;VQSLOD=1.5178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,42:170:99:543,0,1393
|
|
1 120618076 . C T 1141.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.488;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.9056;MQ=41.54;MQ0=6;MQRankSum=2.096;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.605;SB=-618.382;SBQD=-0.040;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.0607;VQSLOD=0.4468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,47:146:99:1171,0,2687
|
|
1 120624178 rs3880040 A C 993.17 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;DB;DP=177;Dels=0.00;FS=1.705;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=28.49;MQ0=61;MQRankSum=2.063;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.316;SB=-283.966;SBQD=4.737;SBpi=0.6068;SBpiQual=0.6702;VQSLOD=1.7442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,55:177:99:1023,0,2115
|
|
1 120629274 . C T 558.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.816;DP=165;DS;Dels=0.00;FS=9.708;HRun=0;HaplotypeScore=12.6112;MQ=32.99;MQ0=40;MQRankSum=3.428;QD=3.39;ReadPosRankSum=2.581;SB=-161.951;SBQD=3.101;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.5289;VQSLOD=-4.0023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,27:165:99:589,0,2195
|
|
1 120633319 . T C 587.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=180;Dels=0.00;FS=7.644;HRun=0;HaplotypeScore=8.5077;MQ=31.00;MQ0=47;MQRankSum=4.167;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.600;SB=-256.981;SBQD=1.911;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1262;VQSLOD=-2.5611 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,31:180:99:618,0,2051
|
|
1 120635500 rs61787508 C G 210.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DB;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.28;MQ0=44;MQRankSum=-5.957;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.297;SB=-78.485;SBQD=-2.234;SBpi=1.7285;SBpiQual=1.8921;VQSLOD=-5.3366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,61:145:99:241,0,1957
|
|
1 120641969 . T C 334.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.16;MQ0=8;QD=15.94;SB=-0.007;SBQD=24.547;SBpi=0.9820;SBpiQual=1.3235;VQSLOD=2.8068 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:33.09:368,33,0
|
|
1 120657005 . T A 90.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.112;DP=128;Dels=0.00;FS=19.826;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.80;MQ0=87;MQRankSum=-1.685;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.290;SB=39.034;SBQD=2.005;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.2222;VQSLOD=-0.9984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,52:128:99:120,0,628
|
|
1 120659135 rs6428850 T C 793.22 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.370;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.305;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.44;MQ0=1;MQRankSum=-2.010;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.017;SB=-318.939;SBQD=1.685;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.5238;VQSLOD=2.7434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:823,0,920
|
|
1 120677446 rs2444921 C T 1994.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.476;DB;DP=181;Dels=0.00;FS=0.584;HRun=3;HaplotypeScore=2.7462;MQ=43.49;MQ0=13;MQRankSum=-9.259;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.616;SB=-841.109;SBQD=-2.009;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5009;VQSLOD=-11.5845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,100:181:99:2024,0,2532
|
|
1 120691991 rs55881726 G A 1635.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.888;DB;DP=164;Dels=0.00;FS=4.073;HRun=0;HaplotypeScore=4.4727;MQ=40.52;MQ0=17;MQRankSum=-4.603;QD=9.97;ReadPosRankSum=1.359;SB=-633.737;SBQD=2.611;SBpi=0.8616;SBpiQual=0.8882;VQSLOD=-2.2524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,66:164:99:1666,0,2597
|
|
1 120750352 . T C 779.25 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.965;DP=112;Dels=0.00;FS=2.164;HRun=0;HaplotypeScore=2.7232;MQ=26.55;MQ0=35;MQRankSum=1.073;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.382;SB=-315.217;SBQD=-4.417;SBpi=-0.1361;SBpiQual=0.2718;VQSLOD=2.0587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,54:112:99:809,0,646
|
|
1 120763915 . A G 188.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;DP=65;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.11;MQ0=42;MQRankSum=-1.130;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.194;SB=3.003;SBQD=-5.370;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5931;VQSLOD=-1.5798 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:219,0,171
|
|
1 120767220 . C T 428.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;DP=133;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=13.66;MQ0=63;MQRankSum=4.353;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.417;SB=2.994;SBQD=5.169;SBpi=2.0550;SBpiQual=1.9476;VQSLOD=-3.8335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,37:133:99:458,0,221
|
|
1 120801796 . T C 30.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.98;MQ0=10;QD=2.06;SB=-0.007;SBQD=-6.750;SBpi=-1.9365;SBpiQual=-2.0433;VQSLOD=-1.3831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:6.01:62,6,0
|
|
1 120818863 . C A 714.85 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.182;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=19.03;MQ0=30;MQRankSum=-0.429;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-187.374;SBQD=13.818;SBpi=0.0687;SBpiQual=0.1311;VQSLOD=2.3920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,53:78:26.28:745,0,26
|
|
1 120849351 . T G 47.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=8.11;MQ0=60;QD=0.52;SB=-0.007;SBQD=-1.137;SBpi=-1.0690;SBpiQual=-1.0590;VQSLOD=-1.7456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,56:92:8.99:80,9,0
|
|
1 120887756 . T C 268.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=11.24;MQ0=38;QD=4.19;SB=-23.686;SBQD=-6.574;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5012;VQSLOD=0.5714 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,50:64:35.96:301,36,0
|
|
1 120892706 . T C 465.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.90;MQ0=8;QD=15.03;SB=-204.660;SBQD=-5.669;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.6615;VQSLOD=3.7753 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:47.97:499,48,0
|
|
1 120901374 . G T 595.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=2.5510;MQ=45.02;MQ0=6;QD=14.53;SB=-231.114;SBQD=-14.296;SBpi=-1.3611;SBpiQual=-1.5089;VQSLOD=-1.1316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:57.14:629,57,0
|
|
1 121089654 . A T 231.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=54;Dels=0.00;FS=8.930;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=24.14;MQ0=22;MQRankSum=1.573;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.767;SB=-47.010;SBQD=-5.927;SBpi=-1.6330;SBpiQual=-1.7576;VQSLOD=-0.1955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:262,0,494
|
|
1 121107514 . T C 115.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.08;MQ0=12;QD=6.06;SB=-27.603;SBQD=11.299;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.6311;VQSLOD=0.1441 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,15:19:17.97:148,18,0
|
|
1 121110039 rs10903166 C T 558.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.572;DB;DP=144;Dels=0.00;FS=0.767;HRun=0;HaplotypeScore=6.8576;MQ=36.65;MQ0=3;MQRankSum=0.346;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.387;SB=-269.638;SBQD=-2.432;SBpi=0.0845;SBpiQual=-0.4050;VQSLOD=0.9415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,33:144:99:589,0,2328
|
|
1 121110260 rs12025885 T G 585.32 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.330;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=2.030;HRun=1;HaplotypeScore=27.4192;MQ=36.76;MQ0=8;MQRankSum=-3.784;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-234.624;SBQD=-2.669;SBpi=-1.3670;SBpiQual=-1.4074;VQSLOD=-25.2438 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,59:112:99:615,0,850
|
|
1 121113120 . A C 870.44 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;DP=156;Dels=0.00;FS=1.525;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.23;MQ0=23;MQRankSum=-0.440;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.652;SB=-398.746;SBQD=-0.827;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3765;VQSLOD=2.2348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,48:156:99:900,0,2479
|
|
1 121114107 . C G 561.03 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.062;DP=150;Dels=0.00;FS=3.448;HRun=3;HaplotypeScore=22.7351;MQ=28.51;MQ0=34;MQRankSum=-9.240;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.657;SB=-505.233;SBQD=-2.142;SBpi=0.1078;SBpiQual=0.1508;VQSLOD=-65.8506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,86:150:99:591,0,1839
|
|
1 121117151 . C A 229.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.606;DP=80;Dels=0.00;FS=20.274;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.50;MQ0=23;MQRankSum=1.248;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.429;SB=48.056;SBQD=4.765;SBpi=1.9365;SBpiQual=2.0656;VQSLOD=-1.1736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,15:80:99:259,0,1011
|
|
1 121119811 . G A 862.72 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.624;DP=101;Dels=0.00;FS=0.828;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=31.56;MQ0=9;MQRankSum=-2.289;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.266;SB=-437.589;SBQD=-1.646;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.2835;VQSLOD=1.7025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:101:99:893,0,1237
|
|
1 121120851 . G A 1134.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.120;DP=188;Dels=0.00;FS=0.648;HRun=0;HaplotypeScore=1.9312;MQ=41.44;MQ0=25;MQRankSum=-3.969;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-548.994;SBQD=-1.548;SBpi=0.1336;SBpiQual=0.0935;VQSLOD=-1.3077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,56:188:99:1164,0,3479
|
|
1 121125282 rs2993843 G A 1854.13 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.990;DB;DP=131;Dels=0.00;FS=7.114;HRun=0;HaplotypeScore=1.7128;MQ=46.72;MQ0=13;MQRankSum=-0.664;QD=14.15;ReadPosRankSum=-2.460;SB=-934.482;SBQD=5.477;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.1515;VQSLOD=4.1167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,76:131:99:1884,0,1502
|
|
1 121133408 rs6677769 A C 226.15 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.208;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=47.956;HRun=0;HaplotypeScore=22.6909;MQ=33.35;MQ0=48;MQRankSum=-4.171;QD=0.90;ReadPosRankSum=1.596;SB=174.519;SBQD=2.283;SBpi=2.0555;SBpiQual=2.1330;VQSLOD=-23.9763 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,40:250:99:256,0,4439
|
|
1 121140772 . C G 270.51 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;DP=220;DS;Dels=0.00;FS=86.643;HRun=0;HaplotypeScore=2.3604;MQ=21.14;MQ0=73;MQRankSum=0.590;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.487;SB=63.088;SBQD=6.421;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3582;VQSLOD=-1.5203 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,33:220:99:300,0,2538
|
|
1 121176815 rs12062618 C T 734.03 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.717;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.853;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=2.183;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-206.647;SBQD=5.981;SBpi=1.0206;SBpiQual=1.1046;VQSLOD=4.6522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:764,0,945
|
|
1 121185770 rs12047116 G A 1397.43 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=4.036;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-714.118;SBQD=-3.526;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.1997;VQSLOD=5.6350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:1427,0,1317
|
|
1 121190743 rs1832560 G A 706.13 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.040;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=8.851;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.178;SB=-306.771;SBQD=-6.988;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3537;VQSLOD=5.2965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,25:68:99:736,0,1305
|
|
1 121196124 rs6600672 T G 987.16 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.444;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-477.052;SBQD=-4.370;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.3437;VQSLOD=4.0003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1017,0,953
|
|
1 121286203 rs11249431 A G 846.99 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=5.067;HRun=0;HaplotypeScore=1.8650;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-291.714;SBQD=5.929;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.1499;VQSLOD=3.8951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:877,0,1083
|
|
1 121318329 rs6669539 A G 531.64 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.431;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.597;HRun=0;HaplotypeScore=3.5665;MQ=41.25;MQ0=5;MQRankSum=0.141;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.452;SB=-320.782;SBQD=-1.562;SBpi=0.0870;SBpiQual=-0.2076;VQSLOD=3.5984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:562,0,714
|
|
1 121323189 rs28369619 T C 790.55 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-489.540;SBQD=-0.208;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0197;VQSLOD=6.0237 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:821,0,783
|
|
1 121352031 . T A 426.90 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.901;DP=235;DS;Dels=0.00;FS=26.410;HRun=1;HaplotypeScore=198.4625;MQ=23.95;MQ0=11;MQRankSum=1.634;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.345;SB=62.875;SBQD=9.331;SBpi=5.5902;SBpiQual=6.1860;VQSLOD=-1091.2721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,125:235:99:457,0,1110
|
|
1 121352067 . A C 89.93 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.488;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=32.959;HRun=0;HaplotypeScore=221.9846;MQ=25.65;MQ0=5;MQRankSum=2.094;QD=0.36;ReadPosRankSum=1.037;SB=39.090;SBQD=8.001;SBpi=5.8095;SBpiQual=6.2075;VQSLOD=-1360.0742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,132:250:99:120,0,1204
|
|
1 121352251 . A T 126.53 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=89.638;HRun=0;HaplotypeScore=129.8503;MQ=24.84;MQ0=11;MQRankSum=4.953;QD=0.51;ReadPosRankSum=-7.037;SB=162.286;SBQD=-19.509;SBpi=-4.0204;SBpiQual=-4.2652;VQSLOD=-556.8117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,86:250:99:157,0,1354
|
|
1 121352281 . A G 41.72 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.912;DP=226;DS;Dels=0.00;FS=5.736;HRun=2;HaplotypeScore=89.1727;MQ=28.52;MQ0=27;MQRankSum=-7.812;QD=0.18;ReadPosRankSum=-4.025;SB=229.675;SBQD=3.477;SBpi=3.8247;SBpiQual=4.0546;VQSLOD=-278.5027 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,70:226:71.71:72,0,1734
|
|
1 121352591 rs11485800 C T 89.53 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.96;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.685;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=6.429;HRun=1;HaplotypeScore=62.6535;MQ=22.52;MQ0=13;MQRankSum=4.858;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.618;SB=8.518;SBQD=0.682;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-1.0865;VQSLOD=-103.9849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:237,9:250:99:120,0,1096
|
|
1 121354075 rs34693552 A T 193.79 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.94;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.614;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=67.837;HRun=0;HaplotypeScore=91.6495;MQ=27.96;MQ0=4;MQRankSum=6.168;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.671;SB=361.949;SBQD=-18.569;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.3294;VQSLOD=-240.2968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:234,14:249:99:224,0,1807
|
|
1 121354566 . C G 47.72 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=148.4386;MQ=22.56;MQ0=11;MQRankSum=-1.175;QD=0.19;ReadPosRankSum=0.904;SB=44.848;SBQD=-0.323;SBpi=-2.4509;SBpiQual=-2.6006;VQSLOD=-603.5005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,34:250:77.71:78,0,2070
|
|
1 121354737 . C G 230.72 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.811;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.395;HRun=1;HaplotypeScore=118.9319;MQ=25.96;MQ0=3;MQRankSum=-3.509;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.653;SB=-197.146;SBQD=-4.806;SBpi=2.8677;SBpiQual=3.0382;VQSLOD=-379.9767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,76:250:99:261,0,2560
|
|
1 121354808 . A T 1038.59 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.177;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=52.8433;MQ=23.27;MQ0=1;MQRankSum=-5.029;QD=4.19;ReadPosRankSum=-5.149;SB=-213.023;SBQD=-6.713;SBpi=5.0000;SBpiQual=5.4237;VQSLOD=-111.4853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,143:248:99:1069,0,1203
|
|
1 121355441 . A C 330.83 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=9.557;HRun=2;HaplotypeScore=122.2973;MQ=27.49;MQ0=1;MQRankSum=-4.132;QD=1.36;ReadPosRankSum=2.242;SB=39.004;SBQD=-3.457;SBpi=-4.6368;SBpiQual=-4.8998;VQSLOD=-427.6943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,83:244:99:361,0,1764
|
|
1 121355794 . G A 486.01 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.364;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=21.483;HRun=3;HaplotypeScore=66.8734;MQ=24.35;MQ0=6;MQRankSum=3.676;QD=1.95;ReadPosRankSum=3.164;SB=48.059;SBQD=3.170;SBpi=3.3912;SBpiQual=3.7428;VQSLOD=-124.0659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,46:249:99:516,0,2160
|
|
1 121355946 . G C 270.20 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.26;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=59.946;HRun=1;HaplotypeScore=365.2847;MQ=30.38;MQ0=4;MQRankSum=-8.204;QD=1.09;ReadPosRankSum=-4.817;SB=-350.393;SBQD=-4.531;SBpi=-4.5972;SBpiQual=-4.8957;VQSLOD=-3966.9692 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,130:249:99:300,0,1276
|
|
1 121356144 . C T 1094.41 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.882;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=9.519;HRun=0;HaplotypeScore=167.4335;MQ=26.65;MQ0=11;MQRankSum=-2.902;QD=4.41;ReadPosRankSum=6.202;SB=-493.727;SBQD=1.446;SBpi=0.1523;SBpiQual=0.2727;VQSLOD=-739.0905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,96:248:99:1124,0,2458
|
|
1 121356440 . T C 79.77 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.18;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=217;DS;Dels=0.00;FS=106.234;HRun=0;HaplotypeScore=131.7020;MQ=31.31;MQ0=1;MQRankSum=-9.406;QD=0.37;ReadPosRankSum=4.888;SB=-33.220;SBQD=-14.288;SBpi=-6.3158;SBpiQual=-6.8322;VQSLOD=-526.8183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,179:217:99:110,0,1235
|
|
1 121356792 rs28826018 A G 797.01 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DB;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=2.070;HRun=1;HaplotypeScore=169.4911;MQ=30.54;MQ0=38;MQRankSum=7.707;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.874;SB=-277.293;SBQD=0.011;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.7189;VQSLOD=-793.9953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,30:245:99:827,0,1581
|
|
1 121356947 . T C 49.70 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.274;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.119;HRun=1;HaplotypeScore=145.2826;MQ=26.39;MQ0=33;MQRankSum=3.549;QD=0.20;ReadPosRankSum=-3.005;SB=-41.410;SBQD=-1.968;SBpi=-1.6252;SBpiQual=-1.6126;VQSLOD=-623.1265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,54:250:79.70:80,0,2921
|
|
1 121357195 . T C 427.44 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=93.3226;MQ=27.51;MQ0=4;MQRankSum=-7.478;QD=1.71;ReadPosRankSum=2.935;SB=128.863;SBQD=-5.457;SBpi=-5.0744;SBpiQual=-5.4727;VQSLOD=-269.1500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,102:250:99:457,0,2970
|
|
1 121358137 rs61803381 G T 1836.67 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.08;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.903;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=1.137;HRun=1;HaplotypeScore=47.9473;MQ=21.55;MQ0=15;MQRankSum=-6.651;QD=7.38;ReadPosRankSum=-2.364;SB=-917.272;SBQD=2.006;SBpi=-2.0155;SBpiQual=-2.3428;VQSLOD=-91.9233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,229:249:99:1867,0,413
|
|
1 121359336 rs2139879 T A 259.48 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.12;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.715;DB;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=7.514;HRun=0;HaplotypeScore=34.6510;MQ=21.19;MQ0=64;MQRankSum=-7.869;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.852;SB=-73.849;SBQD=0.251;SBpi=-6.4342;SBpiQual=-7.0169;VQSLOD=-89.9406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,205:247:99:289,0,818
|
|
1 121359551 . A G 445.14 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.669;DP=202;DS;Dels=0.00;FS=11.139;HRun=3;HaplotypeScore=35.7388;MQ=24.82;MQ0=89;MQRankSum=-0.662;QD=2.20;ReadPosRankSum=-3.819;SB=-195.705;SBQD=-3.944;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.4761;VQSLOD=-45.7158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,42:202:99:475,0,1313
|
|
1 121359697 . G A 1421.27 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.16;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.780;DP=240;Dels=0.00;FS=47.182;HRun=0;HaplotypeScore=68.0534;MQ=22.08;MQ0=63;MQRankSum=-8.613;QD=5.92;ReadPosRankSum=-1.667;SB=-869.515;SBQD=0.417;SBpi=0.1763;SBpiQual=0.1198;VQSLOD=-166.8171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,199:240:99:1451,0,995
|
|
1 121359769 . A G 355.71 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.856;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=28.695;HRun=1;HaplotypeScore=52.4473;MQ=18.56;MQ0=74;MQRankSum=-4.316;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.014;SB=123.336;SBQD=3.919;SBpi=3.0971;SBpiQual=3.4725;VQSLOD=-80.7098 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,76:250:99:386,0,1594
|
|
1 121359836 . G A 573.33 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.982;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=30.495;HRun=0;HaplotypeScore=57.3086;MQ=19.39;MQ0=54;MQRankSum=-0.947;QD=2.31;ReadPosRankSum=-3.518;SB=4.083;SBQD=4.075;SBpi=3.9618;SBpiQual=4.3827;VQSLOD=-100.9049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,92:248:99:603,0,1038
|
|
1 121360502 . C A 143.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.339;DP=174;DS;Dels=0.00;FS=33.827;HRun=1;HaplotypeScore=22.7509;MQ=21.42;MQ0=32;MQRankSum=2.327;QD=0.82;ReadPosRankSum=-2.793;SB=115.785;SBQD=2.852;SBpi=1.0324;SBpiQual=1.1412;VQSLOD=-18.6522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,19:174:99:173,0,1971
|
|
1 121362024 . C T 155.94 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.346;DP=154;DS;Dels=0.00;FS=74.928;HRun=0;HaplotypeScore=51.4329;MQ=21.52;MQ0=12;MQRankSum=-0.079;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.520;SB=150.251;SBQD=-4.907;SBpi=-2.3500;SBpiQual=-2.5060;VQSLOD=-72.4875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,33:154:99:186,0,1884
|
|
1 121362895 . G A 227.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.659;DP=229;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=18.5019;MQ=12.66;MQ0=124;MQRankSum=3.499;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.312;SB=23.840;SBQD=-1.319;SBpi=-2.5065;SBpiQual=-2.7657;VQSLOD=-12.4622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,30:229:99:257,0,801
|
|
1 121363224 . G C 79.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=9.1166;MQ=7.29;MQ0=58;MQRankSum=3.403;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.686;SB=-0.007;SBQD=-4.171;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.3133;VQSLOD=-3.9989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,16:100:6.78:109,0,7
|
|
1 121365222 rs61804539 A C 463.12 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.551;DB;DP=116;Dels=0.00;FS=31.388;HRun=0;HaplotypeScore=36.4637;MQ=40.07;MQ0=4;MQRankSum=-0.422;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.626;SB=37.369;SBQD=-6.919;SBpi=-2.2132;SBpiQual=-2.0639;VQSLOD=-32.8888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,27:116:99:493,0,2700
|
|
1 121366897 . G A 522.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.024;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.954;HRun=0;HaplotypeScore=20.4885;MQ=18.73;MQ0=66;MQRankSum=4.186;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.546;SB=-253.853;SBQD=1.920;SBpi=0.7857;SBpiQual=0.8584;VQSLOD=-13.8512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,37:250:99:553,0,1239
|
|
1 121367007 . G C 132.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=137;DS;Dels=0.00;FS=5.471;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.49;MQ0=58;MQRankSum=-6.007;QD=0.97;ReadPosRankSum=3.050;SB=-24.633;SBQD=-1.554;SBpi=-1.1783;SBpiQual=-1.3979;VQSLOD=-6.9648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,65:137:99:162,0,1258
|
|
1 121367224 rs9439270 T G 1386.76 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.24;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DB;DP=195;DS;Dels=0.00;FS=15.250;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=17.60;MQ0=63;MQRankSum=1.924;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.539;SB=-32.384;SBQD=-14.401;SBpi=-1.3152;SBpiQual=-1.3415;VQSLOD=1.8559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,147:195:99:1417,0,177
|
|
1 121369053 rs61805223 A C 609.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=29.9354;MQ=16.35;MQ0=59;MQRankSum=1.495;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.743;SB=-60.858;SBQD=11.510;SBpi=-0.6250;SBpiQual=-0.6573;VQSLOD=-19.6776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,64:111:99:639,0,244
|
|
1 121370083 . C A 175.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.107;DP=113;DS;Dels=0.00;FS=1.099;HRun=1;HaplotypeScore=2.5572;MQ=35.31;MQ0=4;MQRankSum=-5.578;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.648;SB=-66.829;SBQD=-1.638;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.6683;VQSLOD=-5.2828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,33:113:99:205,0,2163
|
|
1 121371233 rs28858079 T C 1274.60 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.691;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=2.833;HRun=1;HaplotypeScore=1.9827;MQ=33.13;MQ0=9;MQRankSum=-1.001;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.237;SB=-624.135;SBQD=4.943;SBpi=0.1361;SBpiQual=0.4344;VQSLOD=4.0150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:105:99:1305,0,1200
|
|
1 121374673 . G C 304.30 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=46;Dels=0.00;FS=15.964;HRun=0;HaplotypeScore=2.9950;MQ=25.25;MQ0=6;MQRankSum=-0.190;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-101.531;SBQD=9.308;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.4515;VQSLOD=2.0433 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:334,0,370
|
|
1 121375433 . T G 78.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=8.55;MQ0=32;MQRankSum=0.751;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.751;SB=-0.007;SBQD=2.694;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.3015;VQSLOD=-0.9035 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:41:11.99:111,12,0
|
|
1 121375499 . T A 35.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.200;DP=154;Dels=0.00;FS=5.146;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=18.83;MQ0=86;MQRankSum=-2.783;QD=0.23;ReadPosRankSum=0.557;SB=41.846;SBQD=1.083;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-0.9838;VQSLOD=-0.9853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,76:154:65.82:66,0,957
|
|
1 121375978 rs61806323 C T 125.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.482;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=1.792;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.27;MQ0=28;MQRankSum=-1.574;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-35.002;SBQD=-2.037;SBpi=-1.2618;SBpiQual=-1.4050;VQSLOD=0.5501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,19:65:99:155,0,658
|
|
1 121376305 . A C 79.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;DP=71;Dels=0.00;FS=32.874;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.61;MQ0=26;MQRankSum=1.885;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.173;SB=39.109;SBQD=-4.529;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5384;VQSLOD=-1.4535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,8:71:99:110,0,489
|
|
1 121377527 . G A 153.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.746;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.6643;MQ=4.56;MQ0=224;MQRankSum=3.060;QD=0.61;ReadPosRankSum=1.569;SB=-91.108;SBQD=-0.100;SBpi=-1.1000;SBpiQual=-1.1706;VQSLOD=-1.3400 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:225,24:250:20.98:186,21,0
|
|
1 121381848 rs61801936 G T 70.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DB;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=12.16;MQ0=68;MQRankSum=3.215;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.158;SB=-24.419;SBQD=0.431;SBpi=0.8489;SBpiQual=0.8752;VQSLOD=-0.7612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,17:163:99:101,0,183
|
|
1 121386096 . G A 144.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.462;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=6.1991;MQ=11.79;MQ0=144;MQRankSum=-2.438;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.914;SB=-0.007;SBQD=0.759;SBpi=2.3387;SBpiQual=2.5462;VQSLOD=-5.0663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,66:250:99:175,0,522
|
|
1 121386481 . A G 36.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.92;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;DP=237;DS;Dels=0.00;FS=10.843;HRun=1;HaplotypeScore=8.5481;MQ=9.64;MQ0=144;MQRankSum=2.785;QD=0.16;ReadPosRankSum=1.201;SB=44.948;SBQD=-1.104;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.4670;VQSLOD=-2.4398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,20:237:66.91:67,0,424
|
|
1 121386949 rs61805669 A G 438.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=39.032;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=28.71;MQ0=9;MQRankSum=-2.214;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.842;SB=39.102;SBQD=-9.888;SBpi=-2.6200;SBpiQual=-2.8748;VQSLOD=-0.8195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:469,0,740
|
|
1 121392691 . T A 127.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;DP=181;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=6.73;MQ0=157;MQRankSum=2.743;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.894;SB=-46.325;SBQD=0.897;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.2561;VQSLOD=-3.6125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,36:181:97.31:158,0,97
|
|
1 121425611 rs55936902 G A 942.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=9.311;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.705;HRun=0;HaplotypeScore=5.5188;MQ=26.67;MQ0=66;MQRankSum=-0.396;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.825;SB=-483.729;SBQD=-0.622;SBpi=0.2722;SBpiQual=0.3016;VQSLOD=0.2237 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:196,52:250:99:972,0,2837
|
|
1 121425731 . C G 267.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.10;MQ0=11;QD=10.30;SB=-66.824;SBQD=7.871;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.8550;VQSLOD=3.7993 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:27.07:301,27,0
|
|
1 121425836 . A T 155.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=12.352;HRun=1;HaplotypeScore=11.7791;MQ=12.71;MQ0=136;MQRankSum=1.852;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.858;SB=21.036;SBQD=-1.988;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4781;VQSLOD=-3.5708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,38:249:99:186,0,456
|
|
1 121428402 . T C 585.70 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.006;DP=77;Dels=0.00;FS=8.685;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=27.53;MQ0=2;MQRankSum=1.779;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-88.302;SBQD=7.946;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.2404;VQSLOD=1.8375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:616,0,771
|
|
1 121428770 . C A 651.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.23;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.051;DP=142;DS;Dels=0.00;FS=32.495;HRun=0;HaplotypeScore=13.8473;MQ=27.30;MQ0=2;MQRankSum=-0.331;QD=4.59;ReadPosRankSum=-2.294;SB=15.026;SBQD=22.082;SBpi=5.2202;SBpiQual=5.7308;VQSLOD=-18.1814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,109:142:99:682,0,740
|
|
1 121434549 . T C 236.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;DP=202;Dels=0.00;FS=13.222;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=8.98;MQ0=111;MQRankSum=3.952;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.589;SB=21.025;SBQD=-2.217;SBpi=-2.5981;SBpiQual=-2.8122;VQSLOD=-3.7016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,27:202:99:266,0,146
|
|
1 121434635 . G A 149.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=183;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8051;MQ=5.86;MQ0=145;MQRankSum=2.176;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.485;SB=-0.007;SBQD=-2.005;SBpi=-3.0822;SBpiQual=-3.3329;VQSLOD=-4.7505 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:145,38:183:8.17:181,8,0
|
|
1 121435423 rs61805495 A T 807.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=5.119;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=39.81;MQ0=3;MQRankSum=0.538;QD=24.48;ReadPosRankSum=1.614;SB=-201.545;SBQD=14.025;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.7751;VQSLOD=2.8413 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:72.20:841,72,0
|
|
1 121449350 . T C 1036.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.50;MQ0=3;QD=19.55;SB=-0.007;SBQD=-23.121;SBpi=-3.3653;SBpiQual=-3.6296;VQSLOD=-2.5944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:96.26:1069,96,0
|
|
1 121466104 . T G 48.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.93;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=29.09;MQ0=6;MQRankSum=1.580;QD=0.35;ReadPosRankSum=1.201;SB=6.010;SBQD=0.620;SBpi=1.5811;SBpiQual=1.7200;VQSLOD=-3.6681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,10:139:78.47:78,0,2000
|
|
1 121467088 . T G 2637.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8055;MQ=23.31;MQ0=52;MQRankSum=2.163;QD=15.43;ReadPosRankSum=-1.474;SB=-960.214;SBQD=4.456;SBpi=0.9245;SBpiQual=1.0010;VQSLOD=2.4229 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,129:171:99:2671,188,0
|
|
1 121471402 . G A 84.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.282;DP=149;Dels=0.00;FS=9.675;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=13.30;MQ0=70;MQRankSum=-1.745;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.353;SB=62.966;SBQD=1.383;SBpi=2.8284;SBpiQual=3.0498;VQSLOD=-3.8197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,39:149:99:115,0,864
|
|
1 121475187 . T C 1660.39 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.30;MQ0=5;QD=25.16;SB=-737.214;SBQD=1.209;SBpi=-0.7385;SBpiQual=-0.8055;VQSLOD=2.1347 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1693,153,0
|
|
1 121478606 rs28848263 A G 2773.84 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.08;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.000;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=18.331;HRun=0;HaplotypeScore=11.5192;MQ=26.15;MQ0=12;MQRankSum=-6.918;QD=11.10;ReadPosRankSum=-4.131;SB=-954.082;SBQD=6.902;SBpi=2.7963;SBpiQual=3.2288;VQSLOD=-20.6329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,231:250:99:2804,0,319
|
|
1 121481144 . A C 189.83 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.969;DP=99;DS;Dels=0.00;FS=59.322;HRun=0;HaplotypeScore=27.5101;MQ=36.54;MQ0=11;MQRankSum=-3.923;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.425;SB=90.270;SBQD=8.670;SBpi=2.7386;SBpiQual=2.8752;VQSLOD=-30.0525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,30:99:99:220,0,1699
|
|
1 121481408 . T C 46.68 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.93;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.269;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=60.764;HRun=1;HaplotypeScore=29.5562;MQ=18.55;MQ0=47;MQRankSum=3.919;QD=0.19;ReadPosRankSum=-2.704;SB=158.951;SBQD=-6.037;SBpi=-2.2913;SBpiQual=-2.1233;VQSLOD=-31.9999 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:229,17:250:76.67:77,0,1584
|
|
1 121481986 . A G 203.40 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.202;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.046;HRun=0;HaplotypeScore=80.6834;MQ=22.68;MQ0=46;MQRankSum=2.922;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-158.875;SBQD=-2.671;SBpi=0.3780;SBpiQual=-0.0478;VQSLOD=-179.0832 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:222,27:250:99:233,0,1403
|
|
1 121482630 . A C 190.42 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.25;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=1.378;HRun=0;HaplotypeScore=32.7144;MQ=14.11;MQ0=41;MQRankSum=-7.335;QD=0.77;ReadPosRankSum=-3.258;SB=-108.223;SBQD=1.711;SBpi=-1.5072;SBpiQual=-1.5581;VQSLOD=-65.7274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,185:248:99:220,0,651
|
|
1 121482998 rs28848269 G A 360.30 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.09;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.364;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.018;HRun=0;HaplotypeScore=8.9573;MQ=24.74;MQ0=58;MQRankSum=-7.772;QD=1.44;ReadPosRankSum=-4.868;SB=-564.279;SBQD=10.102;SBpi=0.2987;SBpiQual=0.4244;VQSLOD=-21.0808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,227:250:99:390,0,718
|
|
1 121483056 rs28861446 T G 2091.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.388;HRun=0;HaplotypeScore=10.9054;MQ=25.02;MQ0=38;MQRankSum=-1.550;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-1673.650;SBQD=-4.866;SBpi=1.9647;SBpiQual=1.6512;VQSLOD=-2.3393 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,241:250:99:2124,100,0
|
|
1 121484283 rs4788327 T A 4082.19 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=14.877;HRun=0;HaplotypeScore=30.5755;MQ=21.18;MQ0=16;MQRankSum=-3.516;QD=16.33;ReadPosRankSum=2.770;SB=-490.201;SBQD=Infinity;SBpi=5.5056;SBpiQual=6.0099;VQSLOD=-35.5420 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,242:250:99:3866,286,0
|
|
1 121484533 rs4897894 G A 197.99 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=6.627;HRun=0;HaplotypeScore=26.8825;MQ=32.74;MQ0=8;MQRankSum=-4.829;QD=0.80;ReadPosRankSum=-3.226;SB=-576.363;SBQD=0.669;SBpi=-3.1688;SBpiQual=-3.3350;VQSLOD=-40.5531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,119:249:99:228,0,2954
|
|
1 142535528 . G A 170.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.172;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.987;HRun=0;HaplotypeScore=17.9224;MQ=40.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.742;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.543;SB=-19.468;SBQD=0.790;SBpi=1.6358;SBpiQual=1.7424;VQSLOD=-11.3224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:223,27:250:99:201,0,6998
|
|
1 142535810 . T C 174.84 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.361;DP=247;DS;Dels=0.01;FS=2.709;HRun=0;HaplotypeScore=59.7388;MQ=40.07;MQ0=0;MQRankSum=1.287;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.405;SB=-50.189;SBQD=1.062;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.4998;VQSLOD=-92.8729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,28:247:99:205,0,5262
|
|
1 142535976 . G A 498.48 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.728;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=4.964;HRun=1;HaplotypeScore=156.2322;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=2.249;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-472.107;SBQD=-2.628;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.6561;VQSLOD=-683.0922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,49:249:99:528,0,4676
|
|
1 142536572 . T A 523.43 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=248;DS;Dels=0.01;FS=6.234;HRun=0;HaplotypeScore=68.2647;MQ=39.61;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=2.09;ReadPosRankSum=-4.626;SB=-220.962;SBQD=1.855;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.5957;VQSLOD=-145.6021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,36:248:99:553,0,2722
|
|
1 142536573 . T G 574.16 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;DP=248;DS;Dels=0.01;FS=7.241;HRun=0;HaplotypeScore=62.4657;MQ=39.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=2.30;ReadPosRankSum=-4.644;SB=-311.850;SBQD=2.051;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4594;VQSLOD=-122.5388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,43:248:99:604,0,2835
|
|
1 142537087 . A T 289.53 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.813;DP=247;DS;Dels=0.01;FS=31.273;HRun=0;HaplotypeScore=99.7627;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=-8.369;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.500;SB=-187.650;SBQD=4.210;SBpi=1.0328;SBpiQual=0.7231;VQSLOD=-308.2010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,59:247:99:320,0,5846
|
|
1 142537398 rs6672828 T A 7412.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=10.1227;MQ=49.13;MQ0=0;MQRankSum=1.690;QD=29.65;ReadPosRankSum=0.939;SB=-3981.711;SBQD=NaN;SBpi=-0.8555;SBpiQual=-0.9971;VQSLOD=-3.2792 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,249:250:99:7410,631,0
|
|
1 142538187 . G A 1164.49 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.324;DP=243;DS;Dels=0.03;FS=15.705;HRun=0;HaplotypeScore=140.1784;MQ=51.46;MQ0=0;MQRankSum=2.279;QD=4.66;ReadPosRankSum=2.863;SB=-264.652;SBQD=-5.739;SBpi=-1.5232;SBpiQual=-1.7636;VQSLOD=-529.3300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,57:243:99:1194,0,5142
|
|
1 142538727 . A T 759.10 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=6.957;HRun=1;HaplotypeScore=46.3001;MQ=46.10;MQ0=0;MQRankSum=-7.078;QD=3.04;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-385.912;SBQD=2.766;SBpi=0.8616;SBpiQual=0.9356;VQSLOD=-85.4126 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,60:250:99:789,0,5498
|
|
1 142539104 . G T 329.19 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=24.662;HRun=0;HaplotypeScore=97.6408;MQ=47.60;MQ0=0;MQRankSum=-5.831;QD=1.32;ReadPosRankSum=3.039;SB=-147.922;SBQD=-5.532;SBpi=-2.3308;SBpiQual=-2.3560;VQSLOD=-264.5127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,62:250:99:359,0,4941
|
|
1 142540082 rs9803952 T G 1742.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;DB;DP=170;Dels=0.00;FS=9.553;HRun=2;HaplotypeScore=9.8550;MQ=40.06;MQ0=23;MQRankSum=-3.359;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-704.890;SBQD=-3.424;SBpi=-1.1799;SBpiQual=-1.3294;VQSLOD=-7.0112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,95:170:99:1772,0,1874
|
|
1 142540228 . G T 198.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=26.1491;MQ=39.36;MQ0=12;MQRankSum=-1.993;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.753;SB=-113.561;SBQD=-0.067;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0659;VQSLOD=-18.4865 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:222,27:249:99:229,0,6009
|
|
1 142540987 rs10449800 G T 933.98 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.361;DB;DP=234;Dels=0.01;FS=8.586;HRun=1;HaplotypeScore=263.9160;MQ=31.54;MQ0=19;MQRankSum=-2.653;QD=3.94;ReadPosRankSum=3.511;SB=-198.339;SBQD=-5.350;SBpi=-3.6100;SBpiQual=-4.0116;VQSLOD=-1948.0624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,93:234:99:964,0,1549
|
|
1 142541052 . C A 612.18 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.251;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=43.621;HRun=0;HaplotypeScore=129.2469;MQ=31.97;MQ0=42;MQRankSum=-1.490;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.110;SB=95.549;SBQD=5.972;SBpi=-1.7720;SBpiQual=-1.8859;VQSLOD=-454.9146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,37:247:99:642,0,2394
|
|
1 142541910 rs61803422 T G 743.22 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.17;MQ0=41;QD=7.29;SB=-24.691;SBQD=10.084;SBpi=2.0398;SBpiQual=1.9707;VQSLOD=1.9286 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:102:69.18:776,69,0
|
|
1 142542118 . A G 197.37 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.535;DP=222;Dels=0.00;FS=3.215;HRun=0;HaplotypeScore=201.5668;MQ=32.77;MQ0=18;MQRankSum=3.482;QD=0.89;ReadPosRankSum=5.370;SB=-527.958;SBQD=-1.173;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.6221;VQSLOD=-1101.2319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,48:222:99:227,0,3167
|
|
1 142543030 rs7521909 G A 1933.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DB;DP=164;Dels=0.00;FS=3.989;HRun=0;HaplotypeScore=7.4050;MQ=44.77;MQ0=9;MQRankSum=-4.338;QD=11.79;ReadPosRankSum=1.262;SB=-880.778;SBQD=3.891;SBpi=0.2650;SBpiQual=0.4098;VQSLOD=-3.9978 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,89:164:99:1963,0,2125
|
|
1 142543465 . C T 145.45 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.986;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.970;HRun=0;HaplotypeScore=31.4993;MQ=19.43;MQ0=26;MQRankSum=-2.082;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-66.466;SBQD=0.858;SBpi=0.7746;SBpiQual=0.9110;VQSLOD=-27.2531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,60:250:99:175,0,2420
|
|
1 142543542 rs9629254 C G 252.30 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;DB;DP=197;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=30.0845;MQ=24.25;MQ0=59;MQRankSum=2.861;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-94.725;SBQD=-0.652;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.4495;VQSLOD=-24.6720 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,19:197:99:282,0,2032
|
|
1 142543738 . A T 31.98 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=26.276;HRun=0;HaplotypeScore=75.2247;MQ=16.80;MQ0=53;MQRankSum=-2.245;QD=0.13;ReadPosRankSum=1.958;SB=63.028;SBQD=-0.840;SBpi=-4.0794;SBpiQual=-4.0804;VQSLOD=-156.6364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,50:249:61.97:62,0,1308
|
|
1 142544772 . G A 298.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.126;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=13.871;HRun=4;HaplotypeScore=5.7156;MQ=33.71;MQ0=50;MQRankSum=2.998;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.305;SB=-31.536;SBQD=-2.714;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.8160;VQSLOD=-1.0671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,23:250:99:328,0,3814
|
|
1 142545755 . A T 137.44 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.786;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.343;HRun=1;HaplotypeScore=48.5057;MQ=17.35;MQ0=77;MQRankSum=-0.429;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.494;SB=23.991;SBQD=1.174;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.8039;VQSLOD=-59.0405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,38:250:99:167,0,1580
|
|
1 142545796 . T C 845.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.519;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.925;HRun=0;HaplotypeScore=6.3759;MQ=17.77;MQ0=79;MQRankSum=0.613;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.183;SB=-13.678;SBQD=4.645;SBpi=2.7188;SBpiQual=2.7961;VQSLOD=-5.2565 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,95:250:99:875,0,1237
|
|
1 142546565 rs10430172 G A 1544.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.585;DB;DP=159;Dels=0.00;FS=2.599;HRun=2;HaplotypeScore=2.9502;MQ=38.59;MQ0=9;MQRankSum=-6.623;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.458;SB=-705.519;SBQD=1.954;SBpi=-1.1323;SBpiQual=-1.1393;VQSLOD=-5.7382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,78:159:99:1574,0,2454
|
|
1 142547526 rs10443321 T A 55.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.93;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.302;DB;DP=234;DS;Dels=0.00;FS=8.183;HRun=0;HaplotypeScore=4.7756;MQ=29.72;MQ0=27;MQRankSum=2.296;QD=0.24;ReadPosRankSum=1.584;SB=96.897;SBQD=-1.419;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6020;VQSLOD=-1.2155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:218,16:234:85.83:86,0,4321
|
|
1 142550319 . C T 169.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.211;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=21.275;HRun=0;HaplotypeScore=20.5530;MQ=21.21;MQ0=60;MQRankSum=-3.753;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.786;SB=59.833;SBQD=-1.979;SBpi=-0.8847;SBpiQual=-0.9559;VQSLOD=-19.8758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,46:250:99:200,0,3511
|
|
1 142550539 . T A 30.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.429;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.256;HRun=3;HaplotypeScore=5.3115;MQ=8.50;MQ0=215;MQRankSum=-0.197;QD=0.12;ReadPosRankSum=-0.284;SB=18.045;SBQD=-0.312;SBpi=-1.3571;SBpiQual=-1.4543;VQSLOD=-1.2890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,49:250:60.22:60,0,547
|
|
1 142553088 . G A 781.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.638;DP=230;DS;Dels=0.00;FS=88.780;HRun=0;HaplotypeScore=4.7646;MQ=40.55;MQ0=15;MQRankSum=-5.315;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.925;SB=192.325;SBQD=6.186;SBpi=3.8891;SBpiQual=4.1548;VQSLOD=-10.1759 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,72:230:99:811,0,4370
|
|
1 142553314 . C G 1238.68 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=66.080;HRun=1;HaplotypeScore=31.8532;MQ=25.76;MQ0=81;MQRankSum=-4.566;QD=5.12;ReadPosRankSum=2.737;SB=50.441;SBQD=11.138;SBpi=3.3995;SBpiQual=3.7372;VQSLOD=-39.0289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,105:242:99:1269,0,2162
|
|
1 142553366 . A T 72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.044;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.108;HRun=0;HaplotypeScore=20.6818;MQ=35.59;MQ0=42;MQRankSum=-3.308;QD=0.29;ReadPosRankSum=2.217;SB=15.939;SBQD=0.867;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2188;VQSLOD=-17.1358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,38:250:99:102,0,4692
|
|
1 142553906 . G A 190.25 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.92;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.886;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=18.990;HRun=0;HaplotypeScore=36.5610;MQ=21.29;MQ0=93;MQRankSum=1.192;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.639;SB=84.080;SBQD=-1.773;SBpi=-1.8549;SBpiQual=-1.9664;VQSLOD=-37.4773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:229,21:250:99:220,0,3148
|
|
1 142556055 rs7525260 A C 412.71 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.438;DB;DP=229;DS;Dels=0.00;FS=5.875;HRun=0;HaplotypeScore=15.5604;MQ=30.44;MQ0=43;MQRankSum=-5.646;QD=1.80;ReadPosRankSum=2.157;SB=-223.265;SBQD=0.655;SBpi=-0.6969;SBpiQual=-0.5070;VQSLOD=-24.0916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,83:229:99:443,0,3110
|
|
1 142556157 rs61804526 T C 91.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.391;DB;DP=135;Dels=0.00;FS=28.082;HRun=1;HaplotypeScore=4.3241;MQ=26.78;MQ0=46;MQRankSum=-4.268;QD=0.68;ReadPosRankSum=-3.254;SB=77.892;SBQD=2.477;SBpi=3.2636;SBpiQual=3.3654;VQSLOD=-7.9963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,71:135:99:122,0,1684
|
|
1 142556529 . T C 893.80 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.246;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=7.776;HRun=0;HaplotypeScore=103.8164;MQ=18.12;MQ0=85;MQRankSum=4.721;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.271;SB=-243.869;SBQD=4.194;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.5571;VQSLOD=-288.5137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,56:250:99:924,0,1525
|
|
1 142560905 rs7414001 C T 732.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.872;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=36.075;HRun=0;HaplotypeScore=8.3214;MQ=14.78;MQ0=85;MQRankSum=3.121;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.663;SB=24.051;SBQD=4.161;SBpi=3.4818;SBpiQual=3.7428;VQSLOD=-7.6375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,67:250:99:762,0,430
|
|
1 142562773 rs9662912 G A 591.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.429;DB;DP=236;DS;Dels=0.00;FS=8.163;HRun=1;HaplotypeScore=7.3999;MQ=34.64;MQ0=22;MQRankSum=-2.522;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-235.293;SBQD=-0.906;SBpi=0.4481;SBpiQual=0.5594;VQSLOD=-2.7123 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,60:236:99:622,0,3297
|
|
1 142562936 rs6600566 C T 107.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.244;DB;DP=226;Dels=0.00;FS=13.268;HRun=0;HaplotypeScore=1.8600;MQ=14.89;MQ0=99;MQRankSum=-2.739;QD=0.48;ReadPosRankSum=1.576;SB=69.086;SBQD=2.115;SBpi=1.9552;SBpiQual=2.3389;VQSLOD=-3.0843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,54:226:99:138,0,1138
|
|
1 142563145 rs4356069 C T 164.67 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.798;DB;DP=187;DS;Dels=0.00;FS=25.980;HRun=0;HaplotypeScore=12.5913;MQ=27.17;MQ0=40;MQRankSum=-9.373;QD=0.88;ReadPosRankSum=2.964;SB=71.417;SBQD=2.009;SBpi=4.2603;SBpiQual=4.6527;VQSLOD=-30.9165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,135:187:99:195,0,1503
|
|
1 142565242 . G C 502.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.721;DP=95;Dels=0.00;FS=3.859;HRun=0;HaplotypeScore=3.6277;MQ=23.73;MQ0=7;MQRankSum=1.662;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-258.360;SBQD=3.187;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4105;VQSLOD=0.7649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,29:95:99:532,0,1005
|
|
1 142565398 rs10449866 T G 1900.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.58;MQ0=6;QD=14.62;SB=-383.155;SBQD=6.415;SBpi=-4.2099;SBpiQual=-4.5432;VQSLOD=-3.4009 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:130:99:1934,174,0
|
|
1 142565665 rs4468176 T C 413.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=25.668;HRun=0;HaplotypeScore=2.6622;MQ=28.23;MQ0=6;MQRankSum=-1.340;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.076;SB=38.913;SBQD=12.260;SBpi=1.9439;SBpiQual=1.9885;VQSLOD=0.7115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:444,0,551
|
|
1 142566725 rs3101779 C T 154.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.478;DB;DP=227;DS;Dels=0.00;FS=2.865;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=10.05;MQ0=184;MQRankSum=-0.446;QD=0.68;ReadPosRankSum=-1.159;SB=8.993;SBQD=-1.010;SBpi=-1.3857;SBpiQual=-1.5439;VQSLOD=0.5918 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,47:227:99:185,0,469
|
|
1 142566883 . C A 582.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=224;DS;Dels=0.00;FS=15.472;HRun=1;HaplotypeScore=5.0216;MQ=23.86;MQ0=13;MQRankSum=2.182;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.805;SB=-121.696;SBQD=-2.067;SBpi=-1.4487;SBpiQual=-1.4972;VQSLOD=-0.9557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,43:224:99:612,0,2700
|
|
1 142569768 rs3132399 T C 691 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.338;DB;DP=223;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9829;MQ=27.91;MQ0=68;MQRankSum=-9.068;QD=3.10;ReadPosRankSum=-1.802;SB=-393.925;SBQD=-1.445;SBpi=1.6667;SBpiQual=1.5319;VQSLOD=-11.7428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,143:223:99:721,0,2341
|
|
1 142570457 . A G 1520.76 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.240;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=95.818;HRun=1;HaplotypeScore=55.1115;MQ=27.15;MQ0=29;MQRankSum=-6.128;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.603;SB=119.725;SBQD=-9.146;SBpi=-6.1054;SBpiQual=-6.5820;VQSLOD=-118.1665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,157:242:99:1551,0,2189
|
|
1 142570703 . G A 171.63 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.188;DP=203;Dels=0.00;FS=29.040;HRun=0;HaplotypeScore=25.4994;MQ=17.83;MQ0=57;MQRankSum=-3.567;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.547;SB=81.139;SBQD=1.872;SBpi=3.4110;SBpiQual=3.7775;VQSLOD=-28.3786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,62:203:99:202,0,1542
|
|
1 142571723 rs2992238 A T 267.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.994;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.063;HRun=0;HaplotypeScore=8.6393;MQ=24.17;MQ0=50;MQRankSum=-2.962;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-159.729;SBQD=-0.104;SBpi=-0.2100;SBpiQual=-0.2221;VQSLOD=-5.6971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,51:250:99:298,0,3289
|
|
1 142574011 rs4847769 G A 535.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.318;DB;DP=232;DS;Dels=0.00;FS=4.184;HRun=2;HaplotypeScore=2.3983;MQ=20.96;MQ0=130;MQRankSum=1.286;QD=2.31;ReadPosRankSum=2.216;SB=-90.724;SBQD=-3.750;SBpi=-0.2100;SBpiQual=-0.2295;VQSLOD=0.6821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,51:232:99:565,0,1227
|
|
1 142574084 rs4847770 T C 1214.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.552;DB;DP=225;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.5590;MQ=26.82;MQ0=50;MQRankSum=-1.441;QD=5.40;ReadPosRankSum=-2.151;SB=-648.794;SBQD=0.833;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-1.0096;VQSLOD=-0.4956 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,79:225:99:1245,0,2377
|
|
1 142574751 rs61806353 G A 166.65 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.547;DB;DP=200;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=18.8083;MQ=29.71;MQ0=27;MQRankSum=-6.860;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.512;SB=67.696;SBQD=2.460;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5811;VQSLOD=-37.8103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,49:200:99:197,0,2722
|
|
1 142578280 . C G 229.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.510;DP=210;Dels=0.00;FS=60.766;HRun=0;HaplotypeScore=3.4152;MQ=12.98;MQ0=93;MQRankSum=-3.886;QD=1.09;ReadPosRankSum=-1.521;SB=75.137;SBQD=2.028;SBpi=4.4211;SBpiQual=4.7912;VQSLOD=-9.9474 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,86:210:99:259,0,546
|
|
1 142578619 . A G 180.91 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.913;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=17.569;HRun=0;HaplotypeScore=48.4341;MQ=17.99;MQ0=74;MQRankSum=1.594;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.775;SB=2.591;SBQD=-1.785;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-1.5137;VQSLOD=-61.5482 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,30:245:99:211,0,2220
|
|
1 142580759 . G A 130.24 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.074;DP=205;DS;Dels=0.00;FS=4.920;HRun=0;HaplotypeScore=25.7046;MQ=18.11;MQ0=68;MQRankSum=-3.815;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.744;SB=14.307;SBQD=-1.742;SBpi=1.0505;SBpiQual=1.0879;VQSLOD=-25.0157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,58:205:99:160,0,1329
|
|
1 142582349 . A T 57.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.8227;MQ=28.73;MQ0=5;MQRankSum=-5.377;QD=0.48;ReadPosRankSum=1.276;SB=-27.682;SBQD=-0.824;SBpi=0.9574;SBpiQual=0.7264;VQSLOD=-7.9085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,33:122:87.96:88,0,2068
|
|
1 142584351 . T A 1148.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.959;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=39.464;HRun=0;HaplotypeScore=17.4753;MQ=33.24;MQ0=16;MQRankSum=-2.609;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.563;SB=-106.906;SBQD=8.534;SBpi=1.6733;SBpiQual=1.7749;VQSLOD=-11.6211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,70:250:99:1178,0,3801
|
|
1 142584420 rs4480377 T A 1117.59 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.736;DB;DP=234;DS;Dels=0.00;FS=2.057;HRun=1;HaplotypeScore=20.7961;MQ=36.45;MQ0=6;MQRankSum=-5.047;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.334;SB=-656.852;SBQD=3.458;SBpi=-0.5766;SBpiQual=-0.6026;VQSLOD=-24.7149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,90:234:99:1148,0,3145
|
|
1 142584656 . T G 441.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=9.652;HRun=1;HaplotypeScore=1.9980;MQ=34.30;MQ0=35;MQRankSum=0.643;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-81.948;SBQD=2.204;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7280;VQSLOD=-0.5465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,34:250:99:472,0,4754
|
|
1 142585140 . A G 32.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.319;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=14.847;HRun=0;HaplotypeScore=4.8071;MQ=22.48;MQ0=72;MQRankSum=-3.681;QD=0.13;ReadPosRankSum=-1.556;SB=52.952;SBQD=1.231;SBpi=1.4552;SBpiQual=1.4298;VQSLOD=-4.6779 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,68:249:62.61:63,0,2572
|
|
1 142585149 . T G 148.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.785;DP=241;DS;Dels=0.00;FS=17.646;HRun=0;HaplotypeScore=3.3966;MQ=21.55;MQ0=74;MQRankSum=-3.177;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.817;SB=46.944;SBQD=1.635;SBpi=1.4049;SBpiQual=0.9480;VQSLOD=-4.1045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,67:241:99:178,0,2320
|
|
1 142586341 . G T 729.99 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.010;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=26.315;HRun=1;HaplotypeScore=30.5073;MQ=18.99;MQ0=32;MQRankSum=-1.679;QD=2.96;ReadPosRankSum=2.063;SB=-168.305;SBQD=2.022;SBpi=2.3155;SBpiQual=2.5224;VQSLOD=-24.6507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,91:247:99:760,0,2103
|
|
1 142586396 . C T 684.14 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.688;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=18.706;HRun=3;HaplotypeScore=69.1901;MQ=17.67;MQ0=72;MQRankSum=-2.321;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-249.433;SBQD=-1.527;SBpi=-0.9625;SBpiQual=-1.1838;VQSLOD=-132.6302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,119:246:99:714,0,1708
|
|
1 142588410 . T C 429.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.485;DP=244;Dels=0.00;FS=55.277;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=19.28;MQ0=45;MQRankSum=0.652;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.074;SB=15.958;SBQD=4.330;SBpi=-0.3571;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=-0.8442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,49:244:99:460,0,1914
|
|
1 142590231 rs11249327 C T 1196.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.116;DB;DP=205;DS;Dels=0.00;FS=21.609;HRun=0;HaplotypeScore=1.9312;MQ=37.12;MQ0=24;MQRankSum=-5.449;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-229.699;SBQD=6.406;SBpi=1.9943;SBpiQual=2.1409;VQSLOD=-3.5444 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,77:205:99:1226,0,2662
|
|
1 142591987 . C T 811.04 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.895;DP=229;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=40.1985;MQ=51.76;MQ0=4;MQRankSum=-1.104;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.226;SB=-1813.770;SBQD=2.300;SBpi=0.0437;SBpiQual=0.2083;VQSLOD=-64.8352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,131:229:99:841,0,2925
|
|
1 142592421 rs61803532 T C 1546.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.219;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=25.253;HRun=1;HaplotypeScore=2.9401;MQ=34.80;MQ0=6;MQRankSum=-4.019;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-319.383;SBQD=10.296;SBpi=2.1653;SBpiQual=2.3162;VQSLOD=-1.3361 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,73:132:99:1576,0,1453
|
|
1 142595372 rs1855726 T C 519.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.607;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.653;HRun=0;HaplotypeScore=11.6719;MQ=36.30;MQ0=33;MQRankSum=0.765;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-316.887;SBQD=-0.075;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.4171;VQSLOD=-1.9205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,44:250:99:550,0,4880
|
|
1 142595626 . C T 1903.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.255;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=2.826;HRun=2;HaplotypeScore=3.8455;MQ=37.16;MQ0=24;MQRankSum=3.161;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.146;SB=-984.943;SBQD=3.032;SBpi=-0.2813;SBpiQual=-0.3754;VQSLOD=0.5538 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,79:248:99:1934,0,3462
|
|
1 142596947 rs2841810 G A 2843.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.282;DB;DP=221;Dels=0.00;FS=12.897;HRun=3;HaplotypeScore=17.6890;MQ=34.19;MQ0=30;MQRankSum=-0.268;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.147;SB=-1490.748;SBQD=3.073;SBpi=0.3293;SBpiQual=0.4338;VQSLOD=-7.0602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,113:221:99:2874,0,1944
|
|
1 142597645 rs1855731 T G 1927.70 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DB;DP=188;Dels=0.00;FS=1.747;HRun=1;HaplotypeScore=3.1471;MQ=26.95;MQ0=32;MQRankSum=0.630;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.707;SB=-916.120;SBQD=0.695;SBpi=0.2835;SBpiQual=0.3010;VQSLOD=3.3721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,112:188:99:1958,0,937
|
|
1 142598081 rs3001624 C T 893.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.27;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.761;DB;DP=178;DS;Dels=0.00;FS=66.729;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.11;MQ0=22;MQRankSum=-9.091;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.785;SB=36.810;SBQD=13.139;SBpi=-0.8771;SBpiQual=-0.9910;VQSLOD=-8.9080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,130:178:99:923,0,1424
|
|
1 142599482 rs61807521 A C 97.91 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.389;DB;DP=154;Dels=0.00;FS=7.947;HRun=0;HaplotypeScore=54.2666;MQ=44.99;MQ0=4;MQRankSum=-6.411;QD=0.64;ReadPosRankSum=2.730;SB=-248.405;SBQD=3.646;SBpi=1.7321;SBpiQual=1.6120;VQSLOD=-92.8953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,48:154:99:128,0,2493
|
|
1 142602882 rs3001625 A G 1349.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;DB;DP=208;DS;Dels=0.00;FS=66.770;HRun=0;HaplotypeScore=9.6199;MQ=38.98;MQ0=17;MQRankSum=-8.320;QD=6.49;ReadPosRankSum=1.441;SB=36.334;SBQD=11.125;SBpi=2.4910;SBpiQual=2.7583;VQSLOD=-18.0141 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,89:208:99:1379,0,3405
|
|
1 142606580 . A T 1201.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.452;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.775;HRun=1;HaplotypeScore=18.6457;MQ=18.91;MQ0=93;MQRankSum=3.038;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.675;SB=-212.448;SBQD=-4.883;SBpi=-0.6061;SBpiQual=-0.6028;VQSLOD=-9.3388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,98:250:99:1231,0,1324
|
|
1 142608969 . C T 479.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DP=238;Dels=0.00;FS=7.557;HRun=0;HaplotypeScore=4.7514;MQ=44.54;MQ0=31;MQRankSum=0.860;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-118.954;SBQD=-2.706;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.1100;VQSLOD=-1.7264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,43:238:99:509,0,4919
|
|
1 142609564 . C T 2104.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.473;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=13.863;HRun=0;HaplotypeScore=3.4900;MQ=39.20;MQ0=8;MQRankSum=-0.089;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.933;SB=-842.954;SBQD=-4.391;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-0.8906;VQSLOD=1.4127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,92:248:99:2134,0,3557
|
|
1 142614570 . C T 116.49 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.152;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=23.343;HRun=0;HaplotypeScore=19.7563;MQ=50.49;MQ0=3;MQRankSum=-5.574;QD=0.47;ReadPosRankSum=-1.620;SB=184.366;SBQD=2.132;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.5530;VQSLOD=-32.0877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:218,32:250:99:146,0,6827
|
|
1 142614704 . A C 693.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.307;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=21.658;HRun=1;HaplotypeScore=2.9833;MQ=52.28;MQ0=2;MQRankSum=-7.959;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.324;SB=-183.236;SBQD=4.067;SBpi=0.3501;SBpiQual=0.7796;VQSLOD=-10.2066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,51:250:99:723,0,6616
|
|
1 142615050 . G A 721.44 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.396;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=2.308;HRun=1;HaplotypeScore=59.8488;MQ=43.95;MQ0=13;MQRankSum=-7.118;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-366.038;SBQD=0.784;SBpi=-0.0611;SBpiQual=0.0647;VQSLOD=-121.9981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,67:249:99:751,0,4861
|
|
1 142615299 rs1819553 G T 392.75 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.455;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=6.742;HRun=0;HaplotypeScore=38.9945;MQ=49.17;MQ0=7;MQRankSum=3.511;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-96.458;SBQD=2.109;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0645;VQSLOD=-41.3469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:222,28:250:99:423,0,5508
|
|
1 142616878 rs2783296 G A 3151.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.896;DB;DP=211;DS;Dels=0.00;FS=0.545;HRun=0;HaplotypeScore=9.4991;MQ=50.78;MQ0=6;MQRankSum=2.997;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.254;SB=-1394.799;SBQD=1.269;SBpi=0.8068;SBpiQual=0.9340;VQSLOD=1.1173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,111:211:99:3182,0,2301
|
|
1 142617572 rs2484382 A C 4766.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DB;DP=161;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7900;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=29.61;ReadPosRankSum=-1.474;SB=-2366.120;SBQD=-6.475;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.2060;VQSLOD=5.7899 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,160:161:99:4765,403,0
|
|
1 142617993 . A C 1402.50 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.052;DP=185;Dels=0.00;FS=2.879;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=3.362;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.489;SB=-716.818;SBQD=1.130;SBpi=-0.3311;SBpiQual=-0.4906;VQSLOD=2.1956 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,57:185:99:1432,0,3994
|
|
1 142618285 . C T 2143.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.562;DP=135;Dels=0.00;FS=3.338;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.04;MQ0=3;MQRankSum=-4.931;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.400;SB=-1105.735;SBQD=-2.472;SBpi=-0.4313;SBpiQual=-0.5389;VQSLOD=-1.3488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,86:135:99:2173,0,1183
|
|
1 142618289 rs61806571 G T 2228.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.100;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=2.321;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=50.00;MQ0=2;MQRankSum=-4.333;QD=16.89;ReadPosRankSum=0.370;SB=-1131.981;SBQD=-2.328;SBpi=-0.2744;SBpiQual=-0.3530;VQSLOD=0.8657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,83:132:99:2259,0,1229
|
|
1 142619271 rs12408196 T C 2155.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.995;DB;DP=246;Dels=0.00;FS=0.728;HRun=0;HaplotypeScore=4.7277;MQ=44.49;MQ0=20;MQRankSum=4.498;QD=8.76;ReadPosRankSum=2.125;SB=-353.269;SBQD=5.299;SBpi=2.6574;SBpiQual=3.2008;VQSLOD=-2.7472 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,85:246:99:2185,0,3461
|
|
1 142623257 . A C 301.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.854;DP=216;DS;Dels=0.00;FS=57.950;HRun=1;HaplotypeScore=1.9142;MQ=37.23;MQ0=47;MQRankSum=-5.178;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.828;SB=160.873;SBQD=-4.049;SBpi=-3.0339;SBpiQual=-3.2192;VQSLOD=-6.7294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,54:216:99:332,0,3867
|
|
1 142623745 rs11580215 G C 1835.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.578;DB;DP=183;DS;Dels=0.00;FS=1.888;HRun=0;HaplotypeScore=4.7294;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.037;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.607;SB=-905.368;SBQD=-0.330;SBpi=0.7050;SBpiQual=0.8203;VQSLOD=0.8471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,85:183:99:1865,0,2764
|
|
1 142624126 rs10437182 C T 1571.15 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.264;DB;DP=221;Dels=0.00;FS=8.383;HRun=1;HaplotypeScore=23.7696;MQ=40.34;MQ0=21;MQRankSum=-9.116;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.499;SB=-720.497;SBQD=-3.179;SBpi=0.7770;SBpiQual=0.7735;VQSLOD=-66.1921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,106:221:99:1601,0,3675
|
|
1 142625066 rs4112352 G C 685.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.275;DB;DP=133;Dels=0.00;FS=2.232;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.35;MQ0=18;MQRankSum=-6.901;QD=5.16;ReadPosRankSum=2.780;SB=-146.387;SBQD=-4.675;SBpi=-1.3105;SBpiQual=-1.4282;VQSLOD=-7.3642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,77:133:99:716,0,1455
|
|
1 142625895 rs11582771 T C 1733.58 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.657;DB;DP=222;DS;Dels=0.00;FS=1.901;HRun=0;HaplotypeScore=7.3933;MQ=46.66;MQ0=22;MQRankSum=1.226;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-961.766;SBQD=0.590;SBpi=0.5661;SBpiQual=0.5572;VQSLOD=1.8307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,77:222:99:1764,0,3321
|
|
1 142626824 rs2494866 C T 3667.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.27;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.526;DB;DP=134;Dels=0.00;FS=3.158;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=48.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.385;QD=27.37;ReadPosRankSum=0.520;SB=-846.175;SBQD=-3.264;SBpi=2.5254;SBpiQual=2.7097;VQSLOD=-1.0196 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,98:134:99:3270,0,945
|
|
1 142628211 . C A 1500.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.367;DP=232;Dels=0.00;FS=6.133;HRun=2;HaplotypeScore=3.5591;MQ=21.40;MQ0=89;MQRankSum=-0.131;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.314;SB=-493.205;SBQD=8.924;SBpi=-0.1555;SBpiQual=-0.2082;VQSLOD=0.9780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,93:232:99:1530,0,1530
|
|
1 142629640 . C A 695.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DP=223;DS;Dels=0.00;FS=0.660;HRun=0;HaplotypeScore=1.8188;MQ=44.76;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-343.502;SBQD=-1.789;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3969;VQSLOD=-0.5830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,42:223:99:726,0,5435
|
|
1 142630605 rs2484395 A T 2812.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.225;DB;DP=224;Dels=0.00;FS=12.407;HRun=0;HaplotypeScore=1.7870;MQ=42.41;MQ0=4;MQRankSum=-11.714;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-989.763;SBQD=5.770;SBpi=1.0758;SBpiQual=1.1173;VQSLOD=-16.9772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,135:224:99:2842,0,2827
|
|
1 142630783 . G A 340.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.763;DP=210;Dels=0.00;FS=2.858;HRun=1;HaplotypeScore=4.3219;MQ=39.48;MQ0=7;MQRankSum=-3.298;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.115;SB=-138.403;SBQD=-0.724;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.6621;VQSLOD=-2.6786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,34:210:99:370,0,4634
|
|
1 142631681 rs7367827 C T 3183.61 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.390;DB;DP=237;Dels=0.00;FS=8.573;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=52.29;MQ0=1;MQRankSum=0.195;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-1215.899;SBQD=5.739;SBpi=1.1047;SBpiQual=1.2188;VQSLOD=3.7993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,118:237:99:3214,0,3342
|
|
1 142636326 rs4081297 A T 461.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DB;DP=213;Dels=0.00;FS=7.802;HRun=2;HaplotypeScore=7.5923;MQ=47.41;MQ0=2;MQRankSum=-2.825;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.781;SB=-277.861;SBQD=-2.240;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.4854;VQSLOD=-3.7117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,41:213:99:492,0,5276
|
|
1 142636344 rs61809741 A C 2476.59 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.892;DB;DP=200;Dels=0.00;FS=1.873;HRun=1;HaplotypeScore=7.7349;MQ=47.75;MQ0=2;MQRankSum=-0.781;QD=12.38;ReadPosRankSum=1.198;SB=-992.970;SBQD=4.173;SBpi=0.7220;SBpiQual=0.9087;VQSLOD=1.8250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,94:200:99:2507,0,2992
|
|
1 142637060 rs3927610 A G 2858.85 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.430;DB;DP=221;Dels=0.00;FS=6.564;HRun=0;HaplotypeScore=159.3337;MQ=56.74;MQ0=2;MQRankSum=2.039;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.202;SB=-1505.915;SBQD=3.478;SBpi=0.2914;SBpiQual=0.5030;VQSLOD=-687.6636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,106:221:99:2889,0,3325
|
|
1 142639074 rs3897334 G A 1522.27 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DB;DP=237;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8824;MQ=26.00;MQ0=32;MQRankSum=0.046;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.723;SB=-807.684;SBQD=2.208;SBpi=-1.0888;SBpiQual=-0.9053;VQSLOD=3.5966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,93:237:99:1552,0,1972
|
|
1 142640777 . C T 70.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DP=151;Dels=0.00;FS=9.523;HRun=0;HaplotypeScore=3.6093;MQ=37.68;MQ0=20;MQRankSum=-1.389;QD=0.46;ReadPosRankSum=-1.723;SB=36.637;SBQD=1.856;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4251;VQSLOD=-2.7631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,15:151:99:100,0,2789
|
|
1 142642625 rs4847848 G A 1027.91 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.447;DB;DP=227;Dels=0.00;FS=17.160;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.00;MQ0=68;MQRankSum=-1.270;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-426.515;SBQD=-0.710;SBpi=-0.0493;SBpiQual=-0.1031;VQSLOD=2.0764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,102:227:99:1058,0,1356
|
|
1 142647466 . G T 171.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.368;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.8656;MQ=42.10;MQ0=4;MQRankSum=-0.550;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.658;SB=-85.558;SBQD=-0.366;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0039;VQSLOD=-1.1427 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,16:117:99:202,0,1643
|
|
1 142649042 rs7554690 C A 904.65 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.683;DB;DP=212;Dels=0.00;FS=9.845;HRun=0;HaplotypeScore=31.8232;MQ=29.51;MQ0=36;MQRankSum=0.615;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.980;SB=-440.473;SBQD=4.091;SBpi=-1.2583;SBpiQual=-1.4934;VQSLOD=-25.0712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,57:212:99:935,0,2076
|
|
1 142649173 . C G 136.50 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DP=225;DS;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=138.6083;MQ=37.78;MQ0=19;MQRankSum=-7.567;QD=0.60;ReadPosRankSum=-2.344;SB=-23.622;SBQD=-0.127;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.7420;VQSLOD=-569.5730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,52:225:99:166,0,2050
|
|
1 142649714 rs4405146 C T 2554.70 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.387;DB;DP=177;Dels=0.00;FS=2.887;HRun=0;HaplotypeScore=6.5936;MQ=46.32;MQ0=10;MQRankSum=-1.175;QD=14.43;ReadPosRankSum=1.198;SB=-1223.278;SBQD=0.351;SBpi=0.5051;SBpiQual=0.5199;VQSLOD=1.5821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,97:177:99:2585,0,1908
|
|
1 142649972 . T C 351.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DP=205;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=3.4816;MQ=42.79;MQ0=17;MQRankSum=0.848;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.646;SB=-174.860;SBQD=0.396;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1016;VQSLOD=-1.7869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,26:205:99:382,0,4419
|
|
1 142650134 . G A 830.37 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.408;DP=240;Dels=0.00;FS=6.563;HRun=0;HaplotypeScore=39.0419;MQ=49.50;MQ0=9;MQRankSum=4.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.274;SB=-408.246;SBQD=2.347;SBpi=0.0781;SBpiQual=-0.0660;VQSLOD=-39.4421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,41:240:99:860,0,5212
|
|
1 142650876 rs4329527 A G 2582.07 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DB;DP=164;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9632;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.288;QD=15.74;ReadPosRankSum=0.394;SB=-1252.788;SBQD=0.914;SBpi=0.1608;SBpiQual=0.1971;VQSLOD=2.0012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,87:164:99:2612,0,2447
|
|
1 142651196 rs4484941 C T 2785.78 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.933;DB;DP=167;Dels=0.00;FS=14.312;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=47.80;MQ0=2;MQRankSum=-2.336;QD=16.68;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-1281.255;SBQD=4.457;SBpi=0.8630;SBpiQual=0.9991;VQSLOD=3.0156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,97:167:99:2816,0,1743
|
|
1 142653888 . T G 684.01 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.521;DP=243;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=8.5775;MQ=52.01;MQ0=1;MQRankSum=-8.208;QD=2.81;ReadPosRankSum=-6.198;SB=-500.703;SBQD=-0.429;SBpi=-0.0687;SBpiQual=-0.0280;VQSLOD=-27.4168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,53:243:99:714,0,5894
|
|
1 142653976 . G C 243.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=3.667;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=48.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.834;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.829;SB=-80.859;SBQD=1.227;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.9586;VQSLOD=-3.0318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,30:246:99:274,0,6858
|
|
1 142654926 rs2841717 C T 1988.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DB;DP=185;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=24.7999;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.182;SB=-889.294;SBQD=-0.602;SBpi=-0.7171;SBpiQual=-0.7950;VQSLOD=-10.6958 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,70:185:99:2018,0,3202
|
|
1 142660530 . C A 550.19 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.449;DP=210;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=37.6714;MQ=35.64;MQ0=16;MQRankSum=-3.017;QD=2.62;ReadPosRankSum=3.369;SB=-244.129;SBQD=-0.557;SBpi=-0.7608;SBpiQual=-1.0194;VQSLOD=-37.1319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,52:210:99:580,0,2971
|
|
1 142660677 rs6600459 G T 1594.02 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.007;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=75.6483;MQ=34.55;MQ0=21;MQRankSum=6.229;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-993.357;SBQD=-0.507;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3614;VQSLOD=-154.1471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,80:250:99:1624,0,2564
|
|
1 142661153 rs61807067 T C 1495.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.9768;MQ=37.50;MQ0=5;QD=20.20;SB=-695.694;SBQD=0.929;SBpi=-1.2787;SBpiQual=-1.3791;VQSLOD=0.6029 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1528,144,0
|
|
1 142661992 . G A 3910.77 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.785;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=33.611;HRun=0;HaplotypeScore=45.2875;MQ=39.36;MQ0=9;MQRankSum=-4.018;QD=15.64;ReadPosRankSum=3.129;SB=-344.067;SBQD=-12.619;SBpi=-4.0602;SBpiQual=-4.3228;VQSLOD=-64.4331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,134:250:99:3310,0,2405
|
|
1 142662571 rs4604708 G T 1156.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;DB;DP=194;DS;Dels=0.00;FS=31.496;HRun=0;HaplotypeScore=5.8543;MQ=40.20;MQ0=11;MQRankSum=-10.387;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.463;SB=-55.000;SBQD=8.862;SBpi=3.4370;SBpiQual=3.5280;VQSLOD=-19.7717 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,95:194:99:1186,0,2773
|
|
1 142663133 . G A 1664.14 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.021;DP=240;DS;Dels=0.00;FS=3.845;HRun=0;HaplotypeScore=37.8354;MQ=20.20;MQ0=82;MQRankSum=1.323;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.858;SB=-752.251;SBQD=-2.616;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4063;VQSLOD=-31.1977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,128:240:99:1694,0,922
|
|
1 142663308 . G A 137.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=174;DS;Dels=0.00;FS=14.701;HRun=0;HaplotypeScore=23.3782;MQ=36.42;MQ0=33;MQRankSum=-2.952;QD=0.79;ReadPosRankSum=-1.423;SB=31.543;SBQD=-2.645;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.8352;VQSLOD=-20.0756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,25:174:99:167,0,3186
|
|
1 142668969 rs4847896 C T 1572.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.825;DB;DP=185;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=18.1623;MQ=32.49;MQ0=44;MQRankSum=-2.042;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.726;SB=-744.233;SBQD=-3.736;SBpi=-0.2182;SBpiQual=-0.2902;VQSLOD=-6.5214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,77:185:99:1603,0,1195
|
|
1 142669321 rs4847900 C T 347.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.622;DB;DP=146;Dels=0.00;FS=8.898;HRun=1;HaplotypeScore=3.8854;MQ=15.41;MQ0=74;MQRankSum=0.215;QD=2.38;ReadPosRankSum=3.379;SB=-285.957;SBQD=1.625;SBpi=-0.8609;SBpiQual=-1.0047;VQSLOD=0.5225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,57:146:99:377,0,371
|
|
1 142669502 rs11582093 A G 642.70 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;DB;DP=162;Dels=0.00;FS=2.657;HRun=0;HaplotypeScore=86.8479;MQ=34.56;MQ0=5;MQRankSum=-0.055;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-250.416;SBQD=-1.355;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.2512;VQSLOD=-201.8631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,37:162:99:673,0,571
|
|
1 142672594 . G A 815.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DP=197;Dels=0.00;FS=7.361;HRun=0;HaplotypeScore=2.6565;MQ=35.27;MQ0=30;MQRankSum=-2.580;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-401.275;SBQD=-2.048;SBpi=-1.2309;SBpiQual=-1.1435;VQSLOD=-1.1053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,64:197:99:846,0,2488
|
|
1 142686825 . T C 572.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.438;DP=242;Dels=0.00;FS=24.734;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=13.49;MQ0=112;MQRankSum=-1.541;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.144;SB=-60.943;SBQD=-3.456;SBpi=-1.7110;SBpiQual=-1.7703;VQSLOD=-0.9388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,93:242:99:603,0,1210
|
|
1 142694674 . G T 438.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.419;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.84;MQ0=23;MQRankSum=3.473;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.804;SB=-206.960;SBQD=0.172;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.9354;VQSLOD=0.3216 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,29:52:50.87:471,51,0
|
|
1 142695836 rs7529860 C T 595.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.963;DB;DP=181;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=34.29;MQ0=25;MQRankSum=-1.950;QD=3.29;ReadPosRankSum=2.089;SB=-281.888;SBQD=-0.232;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2188;VQSLOD=-0.5628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,44:181:99:625,0,3048
|
|
1 142696108 rs7530066 C T 635.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.864;DB;DP=208;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=11.9497;MQ=33.61;MQ0=27;MQRankSum=-1.655;QD=3.05;ReadPosRankSum=2.044;SB=-226.005;SBQD=-1.504;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.5057;VQSLOD=-5.1738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,45:208:99:665,0,3706
|
|
1 142714161 rs12161266 A C 433.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=6.277;HRun=1;HaplotypeScore=1.9305;MQ=52.16;MQ0=1;MQRankSum=-5.878;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.708;SB=-166.430;SBQD=3.449;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.0466;VQSLOD=-3.9256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,25:112:99:464,0,2876
|
|
1 142725601 rs9328995 C T 234.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=11.579;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.27;MQ0=1;MQRankSum=-3.883;QD=2.42;ReadPosRankSum=-2.893;SB=14.539;SBQD=4.575;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.1324;VQSLOD=-3.8836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,16:97:99:265,0,2495
|
|
1 142789053 . C T 73.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7949;MQ=18.51;MQ0=114;MQRankSum=-1.220;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.243;SB=-34.789;SBQD=0.105;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3034;VQSLOD=-2.0223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,25:250:99:104,0,2436
|
|
1 142790147 . T C 1857.17 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.24;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.815;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=61.167;HRun=0;HaplotypeScore=36.6499;MQ=30.27;MQ0=53;MQRankSum=-9.107;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.276;SB=-543.349;SBQD=10.049;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.6744;VQSLOD=-82.2320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,188:248:99:1887,0,1490
|
|
1 142790725 . C A 504.13 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.859;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=3.752;HRun=2;HaplotypeScore=51.2402;MQ=45.48;MQ0=11;MQRankSum=-3.153;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.721;SB=-248.015;SBQD=-0.292;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-1.0896;VQSLOD=-71.5322 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,45:249:99:534,0,5052
|
|
1 142791551 . T G 1293.74 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.546;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.947;HRun=0;HaplotypeScore=45.5429;MQ=44.52;MQ0=16;MQRankSum=2.633;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.596;SB=-558.922;SBQD=1.089;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.6194;VQSLOD=-49.6257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,55:250:99:1324,0,5306
|
|
1 142794159 . G A 48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9589;MQ=39.65;MQ0=23;MQRankSum=-0.541;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-78.629;SBQD=0.526;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.1758;VQSLOD=-2.1042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,35:248:77.99:78,0,5646
|
|
1 142796735 rs61816037 T G 191.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=9.673;HRun=2;HaplotypeScore=16.4594;MQ=24.73;MQ0=2;MQRankSum=0.339;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.546;SB=-20.357;SBQD=-4.161;SBpi=-1.5639;SBpiQual=-1.5299;VQSLOD=-6.8292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,23:83:99:222,0,1035
|
|
1 142798789 . A G 65.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.01;MQ0=99;MQRankSum=2.299;QD=0.26;ReadPosRankSum=-0.295;SB=80.517;SBQD=1.373;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.0978;VQSLOD=-0.8600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:224,26:250:95.21:95,0,1350
|
|
1 142799467 rs3899240 C A 656.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.621;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.815;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.37;MQ0=54;MQRankSum=0.490;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-313.627;SBQD=0.381;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.4855;VQSLOD=1.2671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,51:250:99:687,0,3430
|
|
1 142802230 rs61816883 G C 2018.34 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.18;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.168;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=17.727;HRun=3;HaplotypeScore=14.3250;MQ=34.03;MQ0=51;MQRankSum=-7.371;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.249;SB=-1253.837;SBQD=-7.983;SBpi=-0.3143;SBpiQual=-0.7290;VQSLOD=-27.0583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,205:250:99:2048,0,776
|
|
1 142803480 . T C 110.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.91;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.961;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=17.771;HRun=0;HaplotypeScore=18.6387;MQ=40.04;MQ0=18;MQRankSum=2.208;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.669;SB=107.222;SBQD=-1.262;SBpi=-2.1894;SBpiQual=-2.3397;VQSLOD=-11.5739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,23:250:99:140,0,5692
|
|
1 142810109 . T A 148.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;DP=162;Dels=0.00;FS=9.199;HRun=0;HaplotypeScore=2.7468;MQ=25.24;MQ0=49;MQRankSum=-8.328;QD=0.91;ReadPosRankSum=2.535;SB=72.219;SBQD=2.313;SBpi=2.1185;SBpiQual=2.2116;VQSLOD=-12.2379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,102:162:99:178,0,1587
|
|
1 142814975 . G A 148.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.003;DP=198;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=9.98;MQ0=135;MQRankSum=-0.182;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.640;SB=-42.680;SBQD=0.723;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7907;VQSLOD=-1.9718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,40:198:99:179,0,810
|
|
1 142879669 . C T 179.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.528;DP=237;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=6.12;MQ0=214;MQRankSum=1.583;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.432;SB=-0.007;SBQD=-1.806;SBpi=-1.0690;SBpiQual=-0.9808;VQSLOD=-1.8967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:181,56:237:21.01:213,21,0
|
|
1 142885227 . C T 255.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.829;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=7.097;HRun=0;HaplotypeScore=18.7144;MQ=18.62;MQ0=52;MQRankSum=-0.875;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.595;SB=-52.805;SBQD=1.209;SBpi=1.4835;SBpiQual=1.5012;VQSLOD=-12.0363 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,49:250:99:286,0,2815
|
|
1 142896631 . C T 240.05 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.017;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=2.772;HRun=0;HaplotypeScore=32.5800;MQ=26.56;MQ0=73;MQRankSum=2.617;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.438;SB=22.549;SBQD=1.738;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.9486;VQSLOD=-30.3083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:218,30:248:99:270,0,2892
|
|
1 142908425 . A G 185.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=29.970;HRun=0;HaplotypeScore=4.8728;MQ=11.94;MQ0=145;MQRankSum=-0.443;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.003;SB=33.033;SBQD=1.097;SBpi=4.6198;SBpiQual=5.0523;VQSLOD=-10.7072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,97:250:99:215,0,381
|
|
1 142908681 . G T 58.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.022;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=11.747;HRun=2;HaplotypeScore=2.8069;MQ=15.75;MQ0=134;MQRankSum=-0.452;QD=0.23;ReadPosRankSum=0.332;SB=21.078;SBQD=-0.798;SBpi=0.9481;SBpiQual=0.8130;VQSLOD=-0.9025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,47:250:88.49:88,0,1535
|
|
1 142913458 . C T 668.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.595;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.30;MQ0=58;MQRankSum=1.238;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.248;SB=3.002;SBQD=6.621;SBpi=1.0502;SBpiQual=1.1666;VQSLOD=0.3063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,51:158:99:698,0,1740
|
|
1 142913724 rs61814393 G A 1608.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.553;DB;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=3.636;HRun=0;HaplotypeScore=16.1124;MQ=48.71;MQ0=4;MQRankSum=1.694;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.978;SB=-537.104;SBQD=1.634;SBpi=1.1430;SBpiQual=1.2777;VQSLOD=-4.7736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,62:239:99:1639,0,4560
|
|
1 142923069 . G A 901.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.470;DP=202;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.3268;MQ=21.74;MQ0=73;MQRankSum=3.607;QD=4.46;ReadPosRankSum=1.827;SB=131.417;SBQD=-13.266;SBpi=-2.1828;SBpiQual=-2.0342;VQSLOD=-3.2800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,67:202:99:931,0,1186
|
|
1 142959446 . C T 1160.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.872;DP=153;Dels=0.00;FS=1.066;HRun=0;HaplotypeScore=1.9577;MQ=28.76;MQ0=22;MQRankSum=2.381;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.029;SB=-154.215;SBQD=7.082;SBpi=3.1076;SBpiQual=3.4101;VQSLOD=-2.9380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,70:153:99:1190,0,1880
|
|
1 143130160 . G A 832.54 PASS AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.348;DP=119;Dels=0.00;FS=0.796;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.74;MQ0=3;MQRankSum=-0.009;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.925;SB=-313.190;SBQD=2.807;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.3131;VQSLOD=3.0897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,39:119:99:863,0,2272
|
|
1 143131385 . C G 90.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.727;DP=74;Dels=0.00;FS=8.425;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=46.63;MQ0=2;MQRankSum=-5.885;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.254;SB=9.713;SBQD=1.753;SBpi=0.8944;SBpiQual=0.7828;VQSLOD=-5.7124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,20:74:99:121,0,1622
|
|
1 143133374 . A G 337.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=45.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-179.266;SBQD=-1.170;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.4797;VQSLOD=0.9493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,19:65:99:368,0,1209
|
|
1 143133572 rs61816520 G A 1045.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.096;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.093;HRun=2;HaplotypeScore=1.5774;MQ=54.74;MQ0=2;MQRankSum=2.187;QD=13.40;ReadPosRankSum=1.740;SB=-590.360;SBQD=-1.526;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1505;VQSLOD=3.5490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1075,0,1017
|
|
1 143136627 rs61816535 A G 35.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.463;DB;DP=152;Dels=0.00;FS=3.924;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=23.90;MQ0=62;MQRankSum=-8.011;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.101;SB=7.131;SBQD=1.171;SBpi=-2.7650;SBpiQual=-3.2285;VQSLOD=-10.9496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,110:152:65.86:66,0,1326
|
|
1 143137102 . G A 767.09 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.329;DP=140;Dels=0.00;FS=6.427;HRun=1;HaplotypeScore=42.8762;MQ=39.92;MQ0=9;MQRankSum=-6.419;QD=5.48;ReadPosRankSum=3.074;SB=-549.369;SBQD=3.423;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.4320;VQSLOD=-65.4744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,76:140:99:797,0,965
|
|
1 143137286 . C A 256.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.485;DP=164;Dels=0.00;FS=4.522;HRun=0;HaplotypeScore=1.8318;MQ=41.12;MQ0=6;MQRankSum=-2.483;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.133;SB=-101.278;SBQD=-1.868;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1028;VQSLOD=-1.8682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,27:164:99:286,0,3527
|
|
1 143139457 . T C 109.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.887;DP=177;Dels=0.00;FS=4.766;HRun=0;HaplotypeScore=14.5326;MQ=30.50;MQ0=39;MQRankSum=-1.523;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.269;SB=-37.865;SBQD=-0.853;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9738;VQSLOD=-7.2487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,25:177:99:139,0,2652
|
|
1 143141590 . T C 88.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.874;DP=106;Dels=0.00;FS=38.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=44.26;MQ0=13;MQRankSum=-4.077;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.059;SB=120.330;SBQD=4.841;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.1448;VQSLOD=-4.9032 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,16:106:99:118,0,2467
|
|
1 143144800 rs61815820 A G 426.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DB;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.8220;MQ=44.58;MQ0=15;MQRankSum=-8.861;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.963;SB=-239.528;SBQD=-0.523;SBpi=1.4201;SBpiQual=1.5208;VQSLOD=-15.5902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,60:137:99:457,0,2567
|
|
1 143144928 . G A 882.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=227;DS;Dels=0.00;FS=2.473;HRun=1;HaplotypeScore=4.7804;MQ=35.03;MQ0=21;MQRankSum=-6.240;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.134;SB=-298.305;SBQD=-1.021;SBpi=-1.1783;SBpiQual=-1.3060;VQSLOD=-7.7720 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,65:227:99:912,0,4094
|
|
1 143145283 rs61815826 A G 547.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.770;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=9.326;HRun=0;HaplotypeScore=3.1408;MQ=39.33;MQ0=6;MQRankSum=-6.305;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-38.134;SBQD=-7.049;SBpi=-2.4597;SBpiQual=-2.5457;VQSLOD=-6.8023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:99:578,0,1472
|
|
1 143146253 rs61815831 G A 186.10 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.153;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=2.675;HRun=0;HaplotypeScore=31.6776;MQ=33.23;MQ0=22;MQRankSum=-4.043;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.860;SB=5.722;SBQD=1.753;SBpi=2.3735;SBpiQual=2.5814;VQSLOD=-33.9943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,29:114:99:216,0,1064
|
|
1 143146819 rs61815835 G C 195.78 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.476;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=7.501;HRun=0;HaplotypeScore=21.9768;MQ=39.68;MQ0=2;MQRankSum=-7.864;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.373;SB=11.078;SBQD=-3.128;SBpi=-1.6973;SBpiQual=-1.5546;VQSLOD=-51.8852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:226,0,1409
|
|
1 143147640 rs61784724 T G 173.24 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=31.8890;MQ=38.46;MQ0=21;MQRankSum=-8.052;QD=1.18;ReadPosRankSum=3.213;SB=-128.983;SBQD=0.480;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.5766;VQSLOD=-62.9079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,47:147:99:203,0,2334
|
|
1 143147678 . C G 197.87 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.819;HRun=0;HaplotypeScore=29.2609;MQ=31.25;MQ0=30;MQRankSum=-0.028;QD=0.79;ReadPosRankSum=-1.988;SB=-19.320;SBQD=-1.692;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.1984;VQSLOD=-25.1499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,38:250:99:228,0,4593
|
|
1 143147873 . G A 783.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.249;DP=116;Dels=0.00;FS=94.850;HRun=0;HaplotypeScore=7.2765;MQ=40.59;MQ0=12;MQRankSum=-3.716;QD=6.76;ReadPosRankSum=-2.190;SB=111.186;SBQD=14.485;SBpi=2.7330;SBpiQual=3.0559;VQSLOD=-6.6520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,40:116:99:814,0,1230
|
|
1 143147880 . G T 499.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.280;DP=98;Dels=0.00;FS=71.829;HRun=1;HaplotypeScore=12.2692;MQ=44.26;MQ0=5;MQRankSum=-4.816;QD=5.10;ReadPosRankSum=-3.011;SB=91.668;SBQD=13.139;SBpi=2.6043;SBpiQual=2.7217;VQSLOD=-18.4606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,31:98:99:530,0,1462
|
|
1 143148171 . A G 1241.29 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;DP=121;Dels=0.00;FS=4.434;HRun=1;HaplotypeScore=23.9143;MQ=43.46;MQ0=0;MQRankSum=-6.162;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-629.023;SBQD=2.753;SBpi=0.4808;SBpiQual=0.5101;VQSLOD=-36.6453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,53:121:99:1271,0,2050
|
|
1 143148177 rs61784727 A C 2007.59 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.516;DB;DP=120;Dels=0.00;FS=1.523;HRun=2;HaplotypeScore=23.9143;MQ=44.39;MQ0=0;MQRankSum=-8.129;QD=16.73;ReadPosRankSum=0.586;SB=-938.337;SBQD=1.628;SBpi=0.4096;SBpiQual=0.4661;VQSLOD=-55.2322 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,73:120:99:2038,0,1337
|
|
1 143148357 . T A 397.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.653;DP=139;Dels=0.00;FS=3.033;HRun=3;HaplotypeScore=4.4212;MQ=38.22;MQ0=9;MQRankSum=-3.769;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-266.575;SBQD=1.717;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.0680;VQSLOD=-2.3823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,39:139:99:427,0,2371
|
|
1 143153113 rs1827822 T C 30.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;DB;DP=179;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.89;MQ0=67;MQRankSum=-0.221;QD=0.17;ReadPosRankSum=0.447;SB=-15.133;SBQD=-0.078;SBpi=-0.1043;SBpiQual=0.1875;VQSLOD=-0.0376 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,23:179:60.97:61,0,2310
|
|
1 143156075 rs61786120 C A 84.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.471;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=8.563;HRun=1;HaplotypeScore=2.7457;MQ=29.99;MQ0=10;MQRankSum=-1.795;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.006;SB=57.110;SBQD=2.571;SBpi=2.3979;SBpiQual=2.6536;VQSLOD=-1.8920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,23:91:99:115,0,1266
|
|
1 143158348 . T G 918.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.273;DP=133;Dels=0.00;FS=4.052;HRun=1;HaplotypeScore=15.1855;MQ=32.92;MQ0=15;MQRankSum=-6.270;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-552.608;SBQD=0.309;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-1.1262;VQSLOD=-26.5447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,84:133:99:949,0,1112
|
|
1 143158737 . C T 157.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.083;DP=116;Dels=0.00;FS=6.105;HRun=0;HaplotypeScore=2.8876;MQ=41.25;MQ0=6;MQRankSum=-1.923;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-80.190;SBQD=1.434;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.0945;VQSLOD=-2.0339 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,17:116:99:187,0,2043
|
|
1 143159091 rs61786159 A T 808.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DB;DP=122;Dels=0.00;FS=8.698;HRun=0;HaplotypeScore=15.8676;MQ=27.79;MQ0=31;MQRankSum=-4.117;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.731;SB=-246.391;SBQD=-2.479;SBpi=-2.0158;SBpiQual=-2.2131;VQSLOD=-16.2874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,63:122:99:839,0,604
|
|
1 143160604 . A C 36.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;DP=91;Dels=0.00;FS=16.204;HRun=0;HaplotypeScore=1.9557;MQ=38.78;MQ0=4;MQRankSum=-3.840;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.728;SB=62.810;SBQD=-3.655;SBpi=-1.2618;SBpiQual=-1.3356;VQSLOD=-3.0150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,19:91:66.61:67,0,2035
|
|
1 143162766 . G A 681.65 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.471;DP=140;DS;Dels=0.00;FS=18.416;HRun=0;HaplotypeScore=38.1220;MQ=29.89;MQ0=36;MQRankSum=-7.570;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.987;SB=-309.881;SBQD=-2.316;SBpi=-1.3851;SBpiQual=-1.5748;VQSLOD=-68.8302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,94:140:99:712,0,1435
|
|
1 143163224 . C T 379.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.182;DP=190;Dels=0.00;FS=8.646;HRun=2;HaplotypeScore=26.4460;MQ=28.49;MQ0=58;MQRankSum=-0.436;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.580;SB=-40.017;SBQD=3.589;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4924;VQSLOD=-17.6955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,25:190:99:410,0,2397
|
|
1 143163614 . T A 723.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.959;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=18.813;HRun=0;HaplotypeScore=2.0756;MQ=30.85;MQ0=51;MQRankSum=-1.681;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.121;SB=-49.096;SBQD=-6.025;SBpi=0.2265;SBpiQual=0.2105;VQSLOD=-1.3504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,78:239:99:753,0,2996
|
|
1 143164602 . T G 56.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;DP=110;Dels=0.00;FS=4.857;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.11;MQ0=30;MQRankSum=-7.030;QD=0.51;ReadPosRankSum=-0.314;SB=10.196;SBQD=-1.422;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.3043;VQSLOD=-7.2614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:110:86.08:86,0,1747
|
|
1 143166642 . A G 153.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.161;HRun=0;HaplotypeScore=1.9117;MQ=16.55;MQ0=144;MQRankSum=0.064;QD=0.61;ReadPosRankSum=3.788;SB=-58.861;SBQD=-0.352;SBpi=-0.4719;SBpiQual=-0.4391;VQSLOD=-2.1109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,55:250:99:184,0,1444
|
|
1 143171859 . T G 208.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.699;DP=212;Dels=0.00;FS=1.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.61;MQ0=89;MQRankSum=2.209;QD=0.98;ReadPosRankSum=-1.594;SB=-74.397;SBQD=-1.157;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.6644;VQSLOD=-1.7236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,22:212:99:238,0,2176
|
|
1 143174447 . C T 1383.70 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.041;DP=158;Dels=0.00;FS=46.357;HRun=1;HaplotypeScore=14.8477;MQ=38.51;MQ0=6;MQRankSum=-6.318;QD=8.76;ReadPosRankSum=3.147;SB=-412.552;SBQD=-11.326;SBpi=-1.9007;SBpiQual=-2.1136;VQSLOD=-26.6243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,80:158:99:1414,0,1706
|
|
1 143174702 . C T 129.40 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;DP=227;Dels=0.00;FS=5.993;HRun=1;HaplotypeScore=49.6096;MQ=35.90;MQ0=62;MQRankSum=-1.887;QD=0.57;ReadPosRankSum=-0.234;SB=62.098;SBQD=1.096;SBpi=1.7063;SBpiQual=1.7924;VQSLOD=-63.9681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:196,31:227:99:159,0,3927
|
|
1 143175853 . G A 130.69 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DP=152;Dels=0.00;FS=18.142;HRun=2;HaplotypeScore=23.8018;MQ=21.69;MQ0=58;MQRankSum=-3.191;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.729;SB=38.738;SBQD=-1.549;SBpi=-2.4130;SBpiQual=-2.7217;VQSLOD=-24.5500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,61:152:99:161,0,1214
|
|
1 143177000 . G C 173.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.388;DP=106;Dels=0.00;FS=8.757;HRun=1;HaplotypeScore=1.9152;MQ=41.91;MQ0=26;MQRankSum=-6.045;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-39.483;SBQD=4.229;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.2089;VQSLOD=-6.5477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,43:106:99:204,0,1538
|
|
1 143179948 rs61788130 G A 3983.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;DB;DP=243;Dels=0.00;FS=3.474;HRun=0;HaplotypeScore=8.4454;MQ=41.57;MQ0=12;MQRankSum=-3.170;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.432;SB=-707.325;SBQD=-4.230;SBpi=-3.0641;SBpiQual=-3.3420;VQSLOD=-6.4607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,161:243:99:3416,0,1916
|
|
1 143180027 . C T 445.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=157;DS;Dels=0.00;FS=2.391;HRun=1;HaplotypeScore=2.7586;MQ=28.27;MQ0=56;MQRankSum=-0.462;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-61.409;SBQD=-1.585;SBpi=-2.3179;SBpiQual=-2.5139;VQSLOD=-1.3699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,57:157:99:476,0,1694
|
|
1 143180419 . G A 82.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.544;DP=180;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=12.6616;MQ=26.62;MQ0=33;MQRankSum=-1.281;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.396;SB=3.003;SBQD=0.839;SBpi=2.3979;SBpiQual=2.5900;VQSLOD=-8.5157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,23:180:99:112,0,2618
|
|
1 143180435 . C A 476.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.072;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7828;MQ=28.73;MQ0=17;MQRankSum=-5.647;QD=2.89;ReadPosRankSum=2.340;SB=-21.681;SBQD=2.967;SBpi=3.5907;SBpiQual=3.9182;VQSLOD=-10.0104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,63:165:99:507,0,2315
|
|
1 143182063 . T G 177.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.271;DP=202;Dels=0.00;FS=7.635;HRun=1;HaplotypeScore=3.6365;MQ=23.69;MQ0=40;MQRankSum=-6.629;QD=0.88;ReadPosRankSum=3.263;SB=49.034;SBQD=-2.014;SBpi=-3.4412;SBpiQual=-3.7170;VQSLOD=-12.0818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,76:202:99:208,0,1819
|
|
1 143184471 . A G 702.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.696;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=35.899;HRun=0;HaplotypeScore=10.4314;MQ=20.19;MQ0=98;MQRankSum=-4.259;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-165.975;SBQD=-2.512;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.5140;VQSLOD=-10.7797 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,98:249:99:732,0,1966
|
|
1 143184580 . G A 65.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.759;DP=240;DS;Dels=0.00;FS=6.409;HRun=0;HaplotypeScore=8.0190;MQ=22.01;MQ0=113;MQRankSum=-5.495;QD=0.27;ReadPosRankSum=-4.769;SB=-13.907;SBQD=-1.135;SBpi=-0.7463;SBpiQual=-0.8010;VQSLOD=-16.0912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,101:240:95.84:96,0,2191
|
|
1 143184897 . C T 416.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=213;DS;Dels=0.00;FS=2.187;HRun=0;HaplotypeScore=1.6517;MQ=22.57;MQ0=63;MQRankSum=4.211;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-129.174;SBQD=-1.573;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.4583;VQSLOD=-1.5013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,27:213:99:446,0,2343
|
|
1 143187486 . C T 39.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.410;DP=157;Dels=0.00;FS=1.407;HRun=0;HaplotypeScore=20.0158;MQ=34.24;MQ0=2;MQRankSum=-1.309;QD=0.25;ReadPosRankSum=1.083;SB=37.045;SBQD=-2.390;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-1.2514;VQSLOD=-10.7969 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,20:157:69.76:70,0,2373
|
|
1 143187600 . A G 34.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.193;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=13.3679;MQ=29.44;MQ0=14;MQRankSum=-0.829;QD=0.21;ReadPosRankSum=1.133;SB=-56.109;SBQD=-0.016;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-0.5786;VQSLOD=-5.3684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,22:169:64.90:65,0,2427
|
|
1 143191688 . G A 33.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.844;DP=168;Dels=0.00;FS=10.694;HRun=0;HaplotypeScore=23.6793;MQ=17.06;MQ0=56;MQRankSum=-0.624;QD=0.20;ReadPosRankSum=0.043;SB=115.214;SBQD=1.381;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.9705;VQSLOD=-14.0930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,25:168:63.78:64,0,1162
|
|
1 143203322 . C T 306.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.722;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.64;MQ0=1;MQRankSum=-1.755;QD=4.32;ReadPosRankSum=2.914;SB=-108.642;SBQD=1.451;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.4126;VQSLOD=-0.9196 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,15:71:99:337,0,1804
|
|
1 143219504 . T C 61.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=123;Dels=0.00;FS=4.257;HRun=0;HaplotypeScore=3.3160;MQ=23.20;MQ0=67;MQRankSum=-0.949;QD=0.50;ReadPosRankSum=2.928;SB=11.432;SBQD=-1.075;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.6047;VQSLOD=-1.9214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,28:123:91.67:92,0,1164
|
|
1 143236554 . A G 499.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.785;DP=213;DS;Dels=0.00;FS=54.338;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=23.25;MQ0=107;MQRankSum=-0.306;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.722;SB=76.891;SBQD=-5.351;SBpi=-1.4230;SBpiQual=-1.4170;VQSLOD=-0.8747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,40:213:99:529,0,1861
|
|
1 143238973 . A T 459.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=104;Dels=0.00;FS=56.533;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-7.224;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.034;SB=108.336;SBQD=9.108;SBpi=2.5495;SBpiQual=2.7157;VQSLOD=-10.5587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,26:104:99:489,0,2418
|
|
1 143241398 . G T 301.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.713;DP=98;Dels=0.00;FS=5.230;HRun=1;HaplotypeScore=1.7653;MQ=42.01;MQ0=4;MQRankSum=-4.176;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.338;SB=-216.982;SBQD=4.189;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.3527;VQSLOD=-1.3968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,30:98:99:332,0,1270
|
|
1 143242145 rs61785927 C T 64.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.667;DB;DP=234;DS;Dels=0.00;FS=6.223;HRun=1;HaplotypeScore=21.1838;MQ=30.67;MQ0=67;MQRankSum=0.471;QD=0.28;ReadPosRankSum=1.797;SB=37.257;SBQD=1.037;SBpi=0.9806;SBpiQual=0.9995;VQSLOD=-10.0296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,26:234:94.55:95,0,3728
|
|
1 143243708 . A C 1777.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.285;DP=161;Dels=0.00;FS=12.047;HRun=0;HaplotypeScore=2.4095;MQ=40.75;MQ0=12;MQRankSum=-9.860;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.610;SB=-550.768;SBQD=-2.840;SBpi=-1.8784;SBpiQual=-1.2540;VQSLOD=-14.4568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,96:161:99:1807,0,1977
|
|
1 143256336 . A C 1034.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.01;MQ0=7;QD=19.16;SB=-155.404;SBQD=21.224;SBpi=0.8928;SBpiQual=1.0850;VQSLOD=2.5598 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1067,102,0
|
|
1 143261531 . A C 58.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=140;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=7.27;MQ0=124;MQRankSum=-0.380;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.163;SB=3.002;SBQD=1.021;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0713;VQSLOD=-0.4559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,18:140:82.25:88,0,82
|
|
1 143262319 . A T 176.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.796;DP=102;Dels=0.00;FS=4.322;HRun=1;HaplotypeScore=14.1616;MQ=45.49;MQ0=9;MQRankSum=-4.306;QD=1.73;ReadPosRankSum=2.810;SB=-12.114;SBQD=3.530;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1398;VQSLOD=-17.3347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,21:102:99:207,0,1921
|
|
1 143274747 . T G 577.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;DP=92;Dels=0.00;FS=48.028;HRun=0;HaplotypeScore=1.8625;MQ=46.83;MQ0=4;MQRankSum=-7.577;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.994;SB=78.230;SBQD=10.673;SBpi=2.4010;SBpiQual=2.4694;VQSLOD=-11.0573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,34:92:99:607,0,1846
|
|
1 143275364 . C G 39.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.966;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=22.4538;MQ=30.43;MQ0=12;MQRankSum=-0.096;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.513;SB=-33.905;SBQD=-0.948;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.1362;VQSLOD=-12.2478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,14:107:69.21:69,0,1268
|
|
1 143276644 rs61786162 T C 94.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.29;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=17.404;HRun=1;HaplotypeScore=19.2900;MQ=23.50;MQ0=4;MQRankSum=-4.303;QD=2.30;ReadPosRankSum=2.044;SB=-60.858;SBQD=4.366;SBpi=-1.5784;SBpiQual=-1.6968;VQSLOD=-19.9470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,29:41:99:124,0,189
|
|
1 143276769 . T C 60.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.6613;MQ=38.90;MQ0=1;MQRankSum=-2.978;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.477;SB=9.014;SBQD=4.368;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.5384;VQSLOD=-2.0137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:31:90.19:90,0,687
|
|
1 143277380 . C T 454.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.966;DP=148;Dels=0.00;FS=53.164;HRun=0;HaplotypeScore=2.9565;MQ=28.96;MQ0=33;MQRankSum=-5.314;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.195;SB=93.110;SBQD=5.125;SBpi=3.3198;SBpiQual=3.5103;VQSLOD=-8.2930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,59:148:99:485,0,1718
|
|
1 143280421 . A C 856.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=31.089;HRun=0;HaplotypeScore=25.4625;MQ=19.14;MQ0=40;MQRankSum=2.397;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.766;SB=-392.570;SBQD=-0.483;SBpi=0.3201;SBpiQual=0.0588;VQSLOD=-15.1685 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,61:250:99:886,0,1628
|
|
1 143280459 . G C 1562.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.523;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=71.134;HRun=0;HaplotypeScore=23.1350;MQ=17.01;MQ0=77;MQRankSum=2.807;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-647.916;SBQD=0.703;SBpi=0.4196;SBpiQual=0.7953;VQSLOD=-12.3314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,115:242:99:1593,0,559
|
|
1 143292772 . A G 83.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DP=25;Dels=0.00;FS=2.452;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.01;MQ0=4;MQRankSum=-2.064;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.760;SB=-53.763;SBQD=4.229;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5443;VQSLOD=-0.3525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:114,0,292
|
|
1 143356555 . G A 353.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.484;DP=129;Dels=0.00;FS=7.018;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=18.36;MQ0=80;MQRankSum=2.592;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.813;SB=2.314;SBQD=5.013;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.3920;VQSLOD=-1.6020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,19:129:99:384,0,675
|
|
1 143361986 . A C 39.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DP=31;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=4;HaplotypeScore=7.8871;MQ=19.11;MQ0=8;MQRankSum=2.251;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.777;SB=15.155;SBQD=5.472;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0848;VQSLOD=-3.3619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:31:69.55:70,0,118
|
|
1 143390685 rs61799152 T C 400.33 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.207;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.57;MQ0=15;MQRankSum=0.302;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-170.749;SBQD=4.344;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0451;VQSLOD=3.2231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,30:94:99:430,0,881
|
|
1 143402002 rs61799782 G T 561.70 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DB;DP=142;Dels=0.00;FS=1.700;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=38.15;MQ0=12;MQRankSum=1.830;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.721;SB=-331.569;SBQD=1.803;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1450;VQSLOD=1.6587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,31:142:99:592,0,2342
|
|
1 143403492 . A C 163.57 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=47.8543;MQ=23.29;MQ0=27;MQRankSum=2.699;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-65.685;SBQD=0.159;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.5752;VQSLOD=-59.4610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:223,27:250:99:194,0,3439
|
|
1 143403762 . G C 545.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.091;HRun=0;HaplotypeScore=24.3418;MQ=17.02;MQ0=102;MQRankSum=-2.618;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-275.879;SBQD=0.226;SBpi=-1.9878;SBpiQual=-2.5019;VQSLOD=-20.0313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,82:250:99:575,0,1604
|
|
1 143403862 . T A 112.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.686;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=5.291;HRun=2;HaplotypeScore=12.0795;MQ=10.56;MQ0=163;MQRankSum=-1.438;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.978;SB=12.005;SBQD=-0.782;SBpi=-3.5585;SBpiQual=-3.8172;VQSLOD=-10.4331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,86:247:99:143,0,583
|
|
1 143407269 . A G 482.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.112;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=25.631;HRun=0;HaplotypeScore=3.7786;MQ=31.76;MQ0=68;MQRankSum=-5.110;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.418;SB=17.247;SBQD=2.887;SBpi=2.4405;SBpiQual=1.9262;VQSLOD=-7.1134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,85:250:99:513,0,3094
|
|
1 143411355 . G A 259.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.223;DP=93;Dels=0.03;FS=6.370;HRun=0;HaplotypeScore=4.6980;MQ=21.45;MQ0=49;MQRankSum=1.558;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.582;SB=-7.744;SBQD=-4.745;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-1.0089;VQSLOD=-1.4940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,19:93:99:289,0,652
|
|
1 143412142 rs1701291 A G 777.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.22;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DB;DP=165;Dels=0.00;FS=5.957;HRun=2;HaplotypeScore=7.6810;MQ=26.59;MQ0=58;MQRankSum=-7.823;QD=4.71;ReadPosRankSum=2.496;SB=-452.393;SBQD=-1.841;SBpi=1.5408;SBpiQual=1.9055;VQSLOD=-12.9220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,129:165:99:808,0,869
|
|
1 143412632 rs1827798 A T 89.64 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.344;DB;DP=206;DS;Dels=0.00;FS=44.066;HRun=3;HaplotypeScore=12.9777;MQ=45.02;MQ0=20;MQRankSum=-9.752;QD=0.44;ReadPosRankSum=-4.158;SB=177.595;SBQD=3.039;SBpi=0.8890;SBpiQual=0.9576;VQSLOD=-36.5185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,62:206:99:120,0,4807
|
|
1 143413311 rs7415784 T G 4132.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=9.3809;MQ=45.53;MQ0=3;MQRankSum=0.703;QD=28.11;ReadPosRankSum=0.929;SB=-2023.436;SBQD=-3.555;SBpi=0.7448;SBpiQual=0.3717;VQSLOD=-1.3216 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,141:147:99:4110,364,0
|
|
1 143413775 . C T 472.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=219;DS;Dels=0.00;FS=4.715;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.99;MQ0=128;MQRankSum=-1.635;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.684;SB=-241.173;SBQD=0.059;SBpi=0.4951;SBpiQual=0.5083;VQSLOD=-2.7427 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,102:219:99:503,0,925
|
|
1 143414011 . A G 103.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.587;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.6080;MQ=20.11;MQ0=50;MQRankSum=-4.836;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.222;SB=3.002;SBQD=-0.545;SBpi=-4.3027;SBpiQual=-4.5260;VQSLOD=-11.7081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,77:243:99:133,0,2500
|
|
1 143414045 . A T 82.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.989;DP=191;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.08;MQ0=67;MQRankSum=-6.852;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.545;SB=3.002;SBQD=-0.620;SBpi=-4.7445;SBpiQual=-5.0446;VQSLOD=-14.9033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,94:191:99:112,0,1330
|
|
1 143416812 . G A 198.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.426;DP=154;Dels=0.00;FS=16.410;HRun=0;HaplotypeScore=2.6492;MQ=20.49;MQ0=50;MQRankSum=0.458;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-18.670;SBQD=3.056;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.1384;VQSLOD=-1.6898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,25:154:99:228,0,1712
|
|
1 143418088 . G A 94.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=238;Dels=0.00;FS=35.543;HRun=0;HaplotypeScore=1.9336;MQ=18.53;MQ0=81;MQRankSum=-1.106;QD=0.40;ReadPosRankSum=-4.127;SB=107.401;SBQD=-1.739;SBpi=-1.4158;SBpiQual=-1.4539;VQSLOD=-5.7596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,54:238:99:124,0,2320
|
|
1 143419279 rs2990613 G C 662.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=7.953;HRun=0;HaplotypeScore=6.6963;MQ=29.00;MQ0=54;MQRankSum=-6.373;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-247.009;SBQD=2.114;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.5477;VQSLOD=-8.6889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,75:250:99:692,0,3380
|
|
1 143419442 . T G 220.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DP=225;DS;Dels=0.00;FS=3.903;HRun=2;HaplotypeScore=4.7829;MQ=14.28;MQ0=100;MQRankSum=-4.337;QD=0.98;ReadPosRankSum=-2.718;SB=-74.194;SBQD=-0.418;SBpi=-2.2086;SBpiQual=-2.5031;VQSLOD=-7.8729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,82:225:99:250,0,1501
|
|
1 143420143 . C T 144.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.414;DP=139;Dels=0.00;FS=11.876;HRun=0;HaplotypeScore=19.3154;MQ=21.54;MQ0=37;MQRankSum=0.761;QD=1.04;ReadPosRankSum=-3.578;SB=-81.603;SBQD=2.373;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.7739;VQSLOD=-15.7174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,35:139:99:175,0,946
|
|
1 143422871 rs4847644 T C 1168.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.869;DB;DP=178;DS;Dels=0.00;FS=4.847;HRun=1;HaplotypeScore=5.9481;MQ=30.60;MQ0=31;MQRankSum=-0.904;QD=6.57;ReadPosRankSum=-3.522;SB=-718.663;SBQD=-0.285;SBpi=-0.2463;SBpiQual=0.4430;VQSLOD=-1.2254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,102:178:99:1199,0,1369
|
|
1 143422915 . T C 115.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DP=108;Dels=0.00;FS=8.711;HRun=1;HaplotypeScore=5.5359;MQ=24.73;MQ0=34;MQRankSum=-1.360;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.122;SB=17.862;SBQD=1.519;SBpi=0.7500;SBpiQual=1.0368;VQSLOD=-2.1285 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,16:108:99:145,0,843
|
|
1 143423222 . G C 625.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.696;DP=221;Dels=0.00;FS=32.496;HRun=0;HaplotypeScore=6.3152;MQ=17.88;MQ0=82;MQRankSum=1.311;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.436;SB=-408.796;SBQD=-3.817;SBpi=0.6994;SBpiQual=1.1967;VQSLOD=-2.0150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,113:221:99:656,0,734
|
|
1 143424841 rs61797422 A G 308.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.885;DB;DP=223;DS;Dels=0.00;FS=19.411;HRun=1;HaplotypeScore=8.9732;MQ=22.06;MQ0=91;MQRankSum=-1.164;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.100;SB=-70.602;SBQD=-2.348;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.6863;VQSLOD=-1.5905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,31:223:99:338,0,2359
|
|
1 143426122 . A T 568.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DP=163;Dels=0.00;FS=7.248;HRun=2;HaplotypeScore=13.3611;MQ=18.34;MQ0=65;MQRankSum=5.198;QD=3.49;ReadPosRankSum=-3.004;SB=-204.987;SBQD=-4.645;SBpi=0.9102;SBpiQual=1.0754;VQSLOD=-11.1529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,51:163:99:599,0,748
|
|
1 143428605 . C T 197.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=154;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5741;MQ=11.18;MQ0=105;MQRankSum=0.193;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-0.007;SBQD=2.464;SBpi=1.5435;SBpiQual=1.4730;VQSLOD=-1.8739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,34:154:99:227,0,371
|
|
1 143428654 . C T 66.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8191;MQ=7.06;MQ0=129;MQRankSum=0.234;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-0.007;SBQD=1.021;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.5198;VQSLOD=-2.5511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,26:148:96.39:96,0,134
|
|
1 143441161 . A G 48.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DP=214;Dels=0.00;FS=2.216;HRun=0;HaplotypeScore=2.8055;MQ=5.40;MQ0=196;MQRankSum=-0.362;QD=0.23;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-9.713;SBQD=-0.283;SBpi=-2.5045;SBpiQual=-2.5904;VQSLOD=-2.7985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,67:214:78.49:78,0,202
|
|
1 143466005 . C T 811.97 PASS AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.717;DP=156;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7297;MQ=35.26;MQ0=26;MQRankSum=0.174;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-380.856;SBQD=-0.824;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0455;VQSLOD=2.4252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,37:156:99:842,0,2573
|
|
1 143471953 rs4120593 C T 169.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.592;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.359;HRun=1;HaplotypeScore=5.8250;MQ=17.78;MQ0=137;MQRankSum=-0.463;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.034;SB=-41.067;SBQD=1.178;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1267;VQSLOD=0.0249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,35:250:99:200,0,1982
|
|
1 143480341 . T A 139.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.214;DP=185;Dels=0.00;FS=8.385;HRun=1;HaplotypeScore=2.6510;MQ=19.02;MQ0=78;MQRankSum=-3.260;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.639;SB=0.101;SBQD=1.169;SBpi=1.3275;SBpiQual=1.4067;VQSLOD=-2.2531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,41:185:99:169,0,1791
|
|
1 143484057 . T A 186.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.987;DP=237;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=11.50;MQ0=147;MQRankSum=-0.111;QD=0.79;ReadPosRankSum=-2.070;SB=38.860;SBQD=2.468;SBpi=-0.2462;SBpiQual=-0.3482;VQSLOD=-0.7989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,66:237:99:216,0,936
|
|
1 143489511 rs9629587 C A 131.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DB;DP=146;Dels=0.00;FS=22.154;HRun=1;HaplotypeScore=2.6387;MQ=25.78;MQ0=65;MQRankSum=-5.670;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.340;SB=69.167;SBQD=2.108;SBpi=1.7297;SBpiQual=1.8222;VQSLOD=-4.4046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,91:146:99:162,0,1662
|
|
1 143491487 . G T 76.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.91;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.194;DP=183;Dels=0.00;FS=31.132;HRun=1;HaplotypeScore=2.7994;MQ=25.64;MQ0=25;MQRankSum=0.925;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.026;SB=147.326;SBQD=-1.849;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.6508;VQSLOD=-1.1336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,16:183:99:106,0,3121
|
|
1 143493937 . G A 106.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.91;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.091;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=9.38;MQ0=190;MQRankSum=1.787;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-0.007;SBQD=0.856;SBpi=1.9188;SBpiQual=2.0129;VQSLOD=-4.3437 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:223,22:245:99:136,0,338
|
|
1 143497555 . T A 45.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.608;DP=61;Dels=0.00;FS=18.713;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.30;MQ0=2;MQRankSum=-5.075;QD=0.74;ReadPosRankSum=-2.344;SB=72.206;SBQD=2.929;SBpi=1.7321;SBpiQual=1.9192;VQSLOD=-6.2920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,12:61:75.27:75,0,1475
|
|
1 143498318 . C T 75.27 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.248;DP=133;DS;Dels=0.00;FS=2.911;HRun=0;HaplotypeScore=20.3030;MQ=31.15;MQ0=20;MQRankSum=-8.719;QD=0.57;ReadPosRankSum=2.394;SB=-43.755;SBQD=-1.070;SBpi=-1.9689;SBpiQual=-2.1503;VQSLOD=-52.3316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,79:133:99:105,0,1480
|
|
1 143498848 rs6604239 T C 261.08 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.610;DB;DP=178;Dels=0.00;FS=29.345;HRun=1;HaplotypeScore=46.1033;MQ=19.32;MQ0=69;MQRankSum=-0.849;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.269;SB=42.526;SBQD=-5.366;SBpi=-1.1525;SBpiQual=-1.0080;VQSLOD=-52.9743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,83:178:99:291,0,1293
|
|
1 143500475 rs61800209 G T 42.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.185;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.297;HRun=0;HaplotypeScore=15.2509;MQ=37.56;MQ0=2;MQRankSum=-3.623;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.639;SB=33.099;SBQD=-1.918;SBpi=-1.7500;SBpiQual=-1.8672;VQSLOD=-14.8030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,16:61:72.76:73,0,1044
|
|
1 143504833 . A C 103.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.671;DP=108;Dels=0.00;FS=15.009;HRun=1;HaplotypeScore=3.0386;MQ=26.66;MQ0=12;MQRankSum=0.989;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.767;SB=65.947;SBQD=-2.733;SBpi=-1.8190;SBpiQual=-1.6366;VQSLOD=-1.3312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,17:108:99:134,0,1197
|
|
1 143505219 rs12566332 A T 401.48 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.996;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.63;MQ0=7;MQRankSum=-0.418;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.623;SB=-170.906;SBQD=3.602;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1553;VQSLOD=3.6010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:431,0,618
|
|
1 143505355 . T C 100.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.566;DP=59;Dels=0.00;FS=1.505;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=52.06;MQ0=2;MQRankSum=-3.718;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.911;SB=-40.147;SBQD=-2.171;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.5526;VQSLOD=-2.3441 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,14:59:99:131,0,1472
|
|
1 143506505 rs1712164 C T 579.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.958;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=17.5176;MQ=24.32;MQ0=55;MQRankSum=2.849;QD=3.94;ReadPosRankSum=2.168;SB=-302.537;SBQD=-2.076;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0472;VQSLOD=-6.9367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,31:147:99:609,0,916
|
|
1 143506868 . A C 301.54 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.348;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=13.716;HRun=0;HaplotypeScore=26.0423;MQ=18.60;MQ0=100;MQRankSum=1.283;QD=1.25;ReadPosRankSum=-2.279;SB=15.667;SBQD=2.109;SBpi=0.8023;SBpiQual=0.7520;VQSLOD=-21.4460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,47:242:99:332,0,1205
|
|
1 143507473 rs6675903 T A 60.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=47.219;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.41;MQ0=5;MQRankSum=-1.647;QD=0.57;ReadPosRankSum=-0.404;SB=126.294;SBQD=-5.140;SBpi=-1.1180;SBpiQual=-1.3850;VQSLOD=-1.0624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,20:106:90.42:90,0,1921
|
|
1 143507620 . A G 757.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.050;DP=225;DS;Dels=0.00;FS=86.485;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=18.16;MQ0=114;MQRankSum=-1.666;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.908;SB=87.077;SBQD=5.028;SBpi=4.5497;SBpiQual=4.9400;VQSLOD=-9.8001 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,109:225:99:788,0,1143
|
|
1 143507765 rs1701210 A G 427.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.836;DB;DP=142;Dels=0.00;FS=24.886;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=35.48;MQ0=9;MQRankSum=0.348;QD=3.01;ReadPosRankSum=3.585;SB=1.095;SBQD=6.012;SBpi=0.9000;SBpiQual=1.0609;VQSLOD=0.1353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,25:142:99:457,0,2699
|
|
1 143512278 rs1701199 C A 491.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.723;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=8.648;HRun=4;HaplotypeScore=11.3815;MQ=28.19;MQ0=37;MQRankSum=1.500;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.396;SB=-127.536;SBQD=-8.206;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5716;VQSLOD=-5.2898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,25:97:99:522,0,765
|
|
1 143513224 . C A 745.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.275;DP=182;Dels=0.00;FS=16.498;HRun=1;HaplotypeScore=1.8245;MQ=21.93;MQ0=18;MQRankSum=-1.198;QD=4.10;ReadPosRankSum=2.259;SB=-334.963;SBQD=1.918;SBpi=-0.7042;SBpiQual=-0.7205;VQSLOD=-0.4127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,61:182:99:775,0,1839
|
|
1 143514283 . C A 141.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;DP=148;Dels=0.00;FS=3.969;HRun=0;HaplotypeScore=13.1030;MQ=29.40;MQ0=44;MQRankSum=-1.239;QD=0.96;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-49.252;SBQD=-1.694;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-0.9020;VQSLOD=-6.4675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,17:148:99:171,0,2360
|
|
1 143514407 rs2783858 C A 68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.917;DB;DP=142;Dels=0.00;FS=13.301;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.46;MQ0=56;MQRankSum=-0.229;QD=0.48;ReadPosRankSum=-3.822;SB=59.888;SBQD=1.968;SBpi=1.9188;SBpiQual=2.0857;VQSLOD=-7.4047 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,22:142:97.99:98,0,1242
|
|
1 143515985 . G A 297.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.686;DP=217;Dels=0.00;FS=32.830;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=20.43;MQ0=79;MQRankSum=-4.342;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.522;SB=72.164;SBQD=2.405;SBpi=4.7697;SBpiQual=5.1511;VQSLOD=-11.9516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,91:217:99:327,0,1117
|
|
1 143517031 . C T 91.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.821;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.9679;MQ=25.09;MQ0=40;MQRankSum=-1.923;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.268;SB=-41.494;SBQD=0.659;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.1847;VQSLOD=-3.6348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,17:127:99:122,0,1226
|
|
1 143518600 . A G 117.25 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;DP=113;Dels=0.00;FS=13.283;HRun=0;HaplotypeScore=23.0947;MQ=30.16;MQ0=25;MQRankSum=-5.408;QD=1.04;ReadPosRankSum=4.212;SB=44.512;SBQD=-2.338;SBpi=-1.7063;SBpiQual=-1.7509;VQSLOD=-31.9569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,31:113:99:147,0,1812
|
|
1 143520697 . T C 741.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;DP=84;Dels=0.00;FS=6.499;HRun=0;HaplotypeScore=10.6984;MQ=40.65;MQ0=4;MQRankSum=-2.057;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.095;SB=-242.549;SBQD=7.634;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.8468;VQSLOD=-3.6436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:84:99:771,0,1435
|
|
1 143525294 . G A 150.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.544;DP=75;Dels=0.00;FS=21.707;HRun=0;HaplotypeScore=10.6167;MQ=23.09;MQ0=17;MQRankSum=-0.068;QD=2.01;ReadPosRankSum=-2.101;SB=47.980;SBQD=4.772;SBpi=2.1794;SBpiQual=2.3505;VQSLOD=-7.5354 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,19:75:99:181,0,862
|
|
1 143526636 . T C 40.47 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.585;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=23.2425;MQ=23.67;MQ0=24;MQRankSum=-3.597;QD=0.27;ReadPosRankSum=1.578;SB=15.221;SBQD=-0.658;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.2085;VQSLOD=-20.5540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,36:150:70.46:70,0,1532
|
|
1 143527652 . G A 101.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;DP=105;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.66;MQ0=68;MQRankSum=0.366;QD=0.97;ReadPosRankSum=-2.147;SB=17.947;SBQD=2.052;SBpi=0.2041;SBpiQual=-0.0162;VQSLOD=-1.5256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,24:105:99:132,0,430
|
|
1 143527815 . T C 753.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.581;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.633;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=18.64;MQ0=89;MQRankSum=-2.416;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.110;SB=-406.805;SBQD=-0.184;SBpi=-0.2565;SBpiQual=-0.2719;VQSLOD=-0.3146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,95:250:99:783,0,1696
|
|
1 143527905 . T A 194.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.443;DP=103;DS;Dels=0.00;FS=1.671;HRun=5;HaplotypeScore=5.7346;MQ=21.50;MQ0=56;MQRankSum=2.492;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-103.667;SBQD=0.145;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.1476;VQSLOD=-2.0919 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,18:103:99:224,0,719
|
|
1 143529276 . C A 114.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.907;DP=89;Dels=0.00;FS=2.570;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.92;MQ0=45;MQRankSum=-2.624;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.775;SB=-80.950;SBQD=0.464;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.6274;VQSLOD=-1.7254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,14:89:99:144,0,664
|
|
1 143531182 . G A 952.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.944;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.429;HRun=2;HaplotypeScore=3.2304;MQ=17.39;MQ0=135;MQRankSum=-0.329;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.106;SB=-444.658;SBQD=-2.355;SBpi=0.4154;SBpiQual=0.4508;VQSLOD=0.0702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,71:250:99:983,0,1009
|
|
1 143531618 . T A 107.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=181;DS;Dels=0.00;FS=20.270;HRun=0;HaplotypeScore=2.8314;MQ=12.46;MQ0=139;MQRankSum=-2.113;QD=0.59;ReadPosRankSum=2.012;SB=27.073;SBQD=-2.258;SBpi=-2.1320;SBpiQual=-2.3166;VQSLOD=-3.4358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,22:181:99:137,0,457
|
|
1 143532685 . T A 357.02 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;DP=70;Dels=0.00;FS=39.770;HRun=0;HaplotypeScore=26.6166;MQ=39.69;MQ0=1;MQRankSum=-4.819;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.311;SB=69.152;SBQD=10.336;SBpi=2.3452;SBpiQual=2.5249;VQSLOD=-31.1856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,22:70:99:387,0,1548
|
|
1 143534781 rs10450003 A G 227.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.110;DB;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=0;HaplotypeScore=24.7943;MQ=20.94;MQ0=71;MQRankSum=3.039;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.875;SB=-179.279;SBQD=-0.300;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.1743;VQSLOD=-15.1470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,29:245:99:258,0,2032
|
|
1 143536175 rs1394966 T C 458.47 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.29;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.873;DB;DP=147;DS;Dels=0.00;FS=36.775;HRun=0;HaplotypeScore=61.6233;MQ=31.14;MQ0=25;MQRankSum=-9.055;QD=3.12;ReadPosRankSum=2.147;SB=51.148;SBQD=4.163;SBpi=5.0259;SBpiQual=5.2941;VQSLOD=-148.6661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,104:147:99:488,0,1402
|
|
1 143538625 rs10443433 T G 39.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.308;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=11.368;HRun=0;HaplotypeScore=12.1207;MQ=26.98;MQ0=31;MQRankSum=-2.263;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.326;SB=42.053;SBQD=2.614;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.5031;VQSLOD=-6.2154 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,15:93:69.98:70,0,999
|
|
1 143538761 . T C 172.35 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.377;DP=233;DS;Dels=0.00;FS=11.548;HRun=0;HaplotypeScore=32.7583;MQ=25.92;MQ0=30;MQRankSum=2.187;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-77.691;SBQD=-2.059;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1542;VQSLOD=-28.7708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,27:233:99:202,0,3576
|
|
1 143540036 rs28593287 C T 178.15 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.392;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=2.048;HRun=0;HaplotypeScore=44.2713;MQ=22.68;MQ0=29;MQRankSum=-3.338;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.665;SB=-113.899;SBQD=0.196;SBpi=2.4189;SBpiQual=2.2130;VQSLOD=-54.1144 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,65:249:99:208,0,2293
|
|
1 143540431 . G T 101.39 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.705;DP=222;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=39.3019;MQ=29.55;MQ0=52;MQRankSum=2.008;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.320;SB=-34.520;SBQD=-0.987;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.4791;VQSLOD=-44.7892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,25:222:99:131,0,3363
|
|
1 143541790 rs6422571 C T 989.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.96;MQ0=4;QD=26.74;SB=-539.613;SBQD=-2.745;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.4351;VQSLOD=5.2491 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90.20:1022,90,0
|
|
1 143542577 rs9970759 T C 461.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=36.97;MQ0=4;MQRankSum=-1.255;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.016;SB=-298.151;SBQD=4.474;SBpi=-0.1768;SBpiQual=0.2631;VQSLOD=4.7103 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:45.08:495,45,0
|
|
1 143543779 rs6604348 T C 2411.90 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.779;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=20.787;HRun=0;HaplotypeScore=77.7855;MQ=39.24;MQ0=16;MQRankSum=-3.948;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-892.287;SBQD=5.515;SBpi=1.9596;SBpiQual=1.9977;VQSLOD=-158.3644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,149:249:99:2442,0,2931
|
|
1 143664458 . A C 385.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.31;MQ0=2;QD=20.28;SB=-198.621;SBQD=0.147;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.4014;VQSLOD=2.9537 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:39.09:418,39,0
|
|
1 143740254 . T C 984.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.646;DP=200;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=20.62;MQ0=29;MQRankSum=-0.083;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.151;SB=-428.819;SBQD=-0.024;SBpi=0.7746;SBpiQual=1.2566;VQSLOD=0.9060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,60:200:99:1014,0,2203
|
|
1 143742781 . G A 47.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.632;DP=89;Dels=0.00;FS=5.280;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=15.57;MQ0=45;MQRankSum=1.202;QD=0.54;ReadPosRankSum=2.876;SB=38.894;SBQD=-1.829;SBpi=-1.3363;SBpiQual=-1.4549;VQSLOD=-2.3734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,14:89:77.83:78,0,651
|
|
1 143753189 rs7415480 G A 720.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.60;MQ0=15;QD=12.01;SB=-345.142;SBQD=-5.305;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0059;VQSLOD=5.3880 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:83.90:754,84,0
|
|
1 143756943 rs61824192 T C 176.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DB;DP=154;Dels=0.00;FS=4.173;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=32.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=1.15;ReadPosRankSum=-2.424;SB=29.172;SBQD=-2.561;SBpi=-1.0660;SBpiQual=-1.2113;VQSLOD=-1.0275 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,22:154:99:207,0,3750
|
|
1 143767522 rs6604512 A G 394.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DB;DP=161;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5362;MQ=32.78;MQ0=28;MQRankSum=-3.778;QD=2.45;ReadPosRankSum=-1.592;SB=-164.247;SBQD=1.050;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.1425;VQSLOD=-1.5965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,47:161:99:425,0,2278
|
|
1 143927873 . A G 37.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.043;DP=108;Dels=0.00;FS=3.110;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.96;MQ0=58;MQRankSum=-0.443;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.329;SB=48.035;SBQD=1.313;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.5198;VQSLOD=-2.2301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,25:108:67.28:67,0,773
|
|
1 143951050 . T G 398.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.235;DP=94;Dels=0.00;FS=12.242;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.76;MQ0=10;MQRankSum=-5.719;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.894;SB=-87.324;SBQD=-5.685;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.9213;VQSLOD=-4.7715 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:428,0,1178
|
|
1 143988552 . A G 55.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.245;DP=130;Dels=0.00;FS=46.173;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.57;MQ0=1;MQRankSum=2.987;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.821;SB=192.191;SBQD=-3.825;SBpi=-1.8708;SBpiQual=-1.9748;VQSLOD=-3.1323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,14:130:85.62:86,0,3060
|
|
1 144000849 . T C 155.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.731;DP=92;Dels=0.00;FS=2.969;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=15.18;MQ0=57;MQRankSum=-1.700;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.455;SB=6.010;SBQD=-2.881;SBpi=-1.0553;SBpiQual=-0.4809;VQSLOD=-2.0216 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:185,0,311
|
|
1 144001015 . G C 591.96 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=117;Dels=0.00;FS=5.610;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.02;MQ0=54;MQRankSum=1.459;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.750;SB=-133.051;SBQD=4.460;SBpi=0.4330;SBpiQual=0.4355;VQSLOD=1.8012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,48:117:99:622,0,728
|
|
1 144007628 rs6600706 T C 5421.83 PASS AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.744;DB;DP=242;Dels=0.00;FS=1.103;HRun=1;HaplotypeScore=2.6191;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=22.40;ReadPosRankSum=0.794;SB=-1751.071;SBQD=Infinity;SBpi=1.2418;SBpiQual=2.0762;VQSLOD=2.4230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,166:242:99:4744,0,2110
|
|
1 144010388 rs4844791 T G 5795.16 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.544;DB;DP=237;Dels=0.00;FS=0.522;HRun=0;HaplotypeScore=4.7217;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.952;QD=24.45;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-2503.297;SBQD=0.443;SBpi=-0.4256;SBpiQual=-0.5192;VQSLOD=1.6110 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,167:237:99:5117,0,1914
|
|
1 144010947 rs1884148 C T 1110.72 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.091;DB;DP=225;Dels=0.00;FS=0.600;HRun=3;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.116;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.309;SB=-585.158;SBQD=0.487;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.1566;VQSLOD=2.0947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,48:225:99:1141,0,5739
|
|
1 144015180 rs6693522 T C 2427.45 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DB;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=1.139;HRun=0;HaplotypeScore=3.4807;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.717;SB=-675.792;SBQD=1.450;SBpi=2.0906;SBpiQual=2.3036;VQSLOD=1.5380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,87:243:99:2457,0,4986
|
|
1 144021086 rs11799660 C A 1401.11 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.650;DB;DP=140;Dels=0.00;FS=4.323;HRun=1;HaplotypeScore=2.6576;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.809;SB=-728.119;SBQD=-2.357;SBpi=0.2023;SBpiQual=0.3992;VQSLOD=4.0284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,54:140:99:1431,0,2627
|
|
1 144021114 rs7530266 A G 1179.86 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.804;DB;DP=148;Dels=0.00;FS=0.641;HRun=0;HaplotypeScore=1.8110;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-691.475;SBQD=-2.839;SBpi=0.9037;SBpiQual=0.4027;VQSLOD=3.5303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,60:148:99:1210,0,2917
|
|
1 144024880 rs2747589 T C 263.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=2.261;HRun=1;HaplotypeScore=1.7552;MQ=45.38;MQ0=11;MQRankSum=-6.501;QD=2.99;ReadPosRankSum=3.050;SB=-91.431;SBQD=1.993;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4590;VQSLOD=-6.7220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,33:88:99:293,0,1635
|
|
1 144029818 rs10903179 C T 1173.28 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.115;DB;DP=156;Dels=0.00;FS=0.757;HRun=0;HaplotypeScore=3.2304;MQ=33.01;MQ0=14;MQRankSum=2.537;QD=7.52;ReadPosRankSum=2.384;SB=-440.905;SBQD=-2.187;SBpi=-0.5762;SBpiQual=-0.8794;VQSLOD=2.2366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,61:156:99:1203,0,1482
|
|
1 144034565 . T C 131.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DP=80;Dels=0.00;FS=40.603;HRun=1;HaplotypeScore=5.5954;MQ=31.17;MQ0=0;MQRankSum=4.154;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.541;SB=99.091;SBQD=-7.057;SBpi=-1.9365;SBpiQual=-2.0716;VQSLOD=-3.0080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,15:80:99:162,0,1468
|
|
1 144037851 rs6671157 A G 548.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.172;DB;DP=117;Dels=0.00;FS=0.861;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=42.27;MQ0=8;MQRankSum=-6.178;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-289.745;SBQD=-1.997;SBpi=0.1414;SBpiQual=-0.2527;VQSLOD=-3.6165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,50:117:99:579,0,1893
|
|
1 144052974 . G A 721.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.254;DP=144;Dels=0.00;FS=0.774;HRun=0;HaplotypeScore=1.9536;MQ=38.35;MQ0=11;MQRankSum=-7.494;QD=5.01;ReadPosRankSum=2.497;SB=-256.849;SBQD=-1.392;SBpi=-1.0160;SBpiQual=-1.2577;VQSLOD=-9.6404 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,62:144:99:751,0,2277
|
|
1 144057212 rs620441 A G 1898.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.474;DB;DP=145;Dels=0.00;FS=22.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.21;MQ0=5;MQRankSum=-3.894;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.201;SB=-473.536;SBQD=12.649;SBpi=1.3416;SBpiQual=1.4660;VQSLOD=0.5187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,80:145:99:1929,0,1964
|
|
1 144064201 rs2319607 A G 363.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.245;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.121;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.47;MQ0=7;MQRankSum=-3.138;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.214;SB=-23.109;SBQD=-5.999;SBpi=-2.1573;SBpiQual=-2.2459;VQSLOD=-0.8680 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:393,0,1167
|
|
1 144073289 . G A 892.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.535;DP=169;Dels=0.00;FS=2.413;HRun=0;HaplotypeScore=1.6671;MQ=37.14;MQ0=2;MQRankSum=-1.588;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.083;SB=-261.810;SBQD=-3.099;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-1.3589;VQSLOD=0.4643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,42:169:99:922,0,3425
|
|
1 144312484 . C T 45.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=6.11;MQ0=60;MQRankSum=-0.550;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.000;SB=-19.751;SBQD=-0.519;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-1.4345;VQSLOD=-0.5981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:12.71:76,0,13
|
|
1 144317751 . C T 68.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=8.04;MQ0=60;QD=1.05;SB=-0.007;SBQD=-3.337;SBpi=-1.0690;SBpiQual=-1.1037;VQSLOD=-0.3971 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,14:65:9.02:100,9,0
|
|
1 144322249 . T C 37.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.94;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=10.78;MQ0=45;MQRankSum=1.746;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-0.007;SBQD=-1.508;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.7190;VQSLOD=-1.6511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,4:69:67.69:68,0,113
|
|
1 144360437 . A G 195.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.253;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.64;MQ0=15;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.099;SB=-0.007;SBQD=7.504;SBpi=1.8028;SBpiQual=1.7345;VQSLOD=1.3804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:94.68:225,0,95
|
|
1 144466936 . T G 133.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.64;MQ0=63;MQRankSum=-1.143;QD=1.18;ReadPosRankSum=1.228;SB=-59.326;SBQD=-0.806;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0832;VQSLOD=-0.6799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,36:113:99:163,0,732
|
|
1 144502643 . G A 56.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=7.97;MQ0=55;QD=0.78;SB=-0.007;SBQD=-2.983;SBpi=-1.3728;SBpiQual=-1.4160;VQSLOD=-1.7159 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,26:72:9:89,9,0
|
|
1 144512164 . T G 126.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6511;MQ=11.38;MQ0=75;MQRankSum=2.720;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-0.007;SBQD=2.663;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.6437;VQSLOD=-2.2898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,28:106:99:156,0,199
|
|
1 144519860 . T C 135.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.74;MQ0=24;MQRankSum=2.149;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.301;SB=14.897;SBQD=5.802;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4572;VQSLOD=0.4009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,16:49:99:166,0,342
|
|
1 144525184 rs28868607 T G 464.76 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.324;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=14.397;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=34.47;MQ0=4;MQRankSum=-0.665;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-78.001;SBQD=-7.865;SBpi=-1.8859;SBpiQual=-1.9399;VQSLOD=2.4550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:495,0,812
|
|
1 144527118 rs487388 C T 1020.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.702;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=3.740;HRun=1;HaplotypeScore=7.1304;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-359.772;SBQD=-2.649;SBpi=-1.2810;SBpiQual=-1.3437;VQSLOD=0.8438 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,55:249:99:1050,0,6003
|
|
1 144528821 rs4950179 T C 708.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.269;DB;DP=235;DS;Dels=0.00;FS=1.401;HRun=0;HaplotypeScore=1.6617;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-172.858;SBQD=1.997;SBpi=1.0801;SBpiQual=1.3729;VQSLOD=0.4883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,42:235:99:738,0,6486
|
|
1 144529190 rs1848226 C T 1555.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.769;DB;DP=231;DS;Dels=0.00;FS=1.914;HRun=1;HaplotypeScore=4.5240;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.035;SB=-544.420;SBQD=1.619;SBpi=1.1619;SBpiQual=1.2595;VQSLOD=1.4377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,60:231:99:1585,0,5121
|
|
1 144530662 rs2932615 A G 829.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.093;DB;DP=224;DS;Dels=0.00;FS=2.946;HRun=0;HaplotypeScore=2.2337;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-371.782;SBQD=-1.279;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.6488;VQSLOD=0.7213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,46:224:99:859,0,6048
|
|
1 144533972 rs510680 G C 191.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.366;HRun=1;HaplotypeScore=3.5132;MQ=27.71;MQ0=16;MQRankSum=-2.469;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.635;SB=-36.803;SBQD=3.459;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.7989;VQSLOD=-0.0718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,25:77:99:222,0,1040
|
|
1 144547258 rs2938588 T A 623.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=0.829;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=44.94;MQ0=4;MQRankSum=-2.442;QD=5.47;ReadPosRankSum=-5.604;SB=-309.397;SBQD=-0.408;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.5386;VQSLOD=-7.7639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,33:114:99:654,0,2716
|
|
1 144549763 . A G 1058.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.31;MQ0=1;QD=30.24;SB=-214.520;SBQD=5.121;SBpi=1.7748;SBpiQual=2.0193;VQSLOD=3.0601 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1092,99,0
|
|
1 144550880 . G A 777.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.901;DP=143;Dels=0.00;FS=10.324;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.34;MQ0=18;MQRankSum=-5.145;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.322;SB=-244.279;SBQD=-2.412;SBpi=-1.4699;SBpiQual=-1.6331;VQSLOD=-3.9214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,56:143:99:808,0,1969
|
|
1 144564235 . A G 582.98 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.01;MQ0=20;QD=11.43;SB=-0.007;SBQD=14.219;SBpi=2.1704;SBpiQual=1.7615;VQSLOD=2.1022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:74.78:616,75,0
|
|
1 144568672 rs17161431 A G 2170.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.76;MQ0=9;QD=22.84;SB=-1121.024;SBQD=4.470;SBpi=-0.1572;SBpiQual=-0.1294;VQSLOD=4.7068 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:95:99:2203,249,0
|
|
1 144568744 . C T 312.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.763;DP=96;Dels=0.00;FS=1.317;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.51;MQ0=52;MQRankSum=2.077;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-174.226;SBQD=0.986;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0896;VQSLOD=-0.2259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,30:96:99:342,0,368
|
|
1 144573365 . G A 414.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.92;MQ0=5;MQRankSum=-1.751;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-0.007;SBQD=-14.018;SBpi=-2.4495;SBpiQual=-2.5739;VQSLOD=-0.3566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:445,0,381
|
|
1 144573755 rs3882064 G A 35.63 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=12.97;MQ0=8;QD=3.56;SB=-0.007;SBQD=17.814;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-0.8805;VQSLOD=1.8634 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:6.02:67,6,0
|
|
1 144574534 rs2860436 T C 553.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.51;MQ0=38;QD=9.08;SB=-0.007;SBQD=10.647;SBpi=2.7528;SBpiQual=3.0954;VQSLOD=-0.6471 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:62.98:587,63,0
|
|
1 144586649 rs6689208 G T 2603.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.84;MQ0=7;MQRankSum=-0.977;QD=30.62;ReadPosRankSum=1.288;SB=-1302.346;SBQD=-1.127;SBpi=-0.2813;SBpiQual=-0.1333;VQSLOD=6.8149 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:85:99:2636,191,0
|
|
1 144591446 rs2872040 T C 626.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.11;MQ0=35;QD=9.21;SB=-214.216;SBQD=4.830;SBpi=0.6350;SBpiQual=1.0039;VQSLOD=4.8916 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:68:63.09:659,63,0
|
|
1 144591752 rs61806634 T A 43.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=6.422;HRun=1;HaplotypeScore=1.9330;MQ=25.05;MQ0=43;MQRankSum=0.457;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.875;SB=-29.492;SBQD=0.197;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0352;VQSLOD=0.2099 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,16:87:73.49:73,0,535
|
|
1 144595982 rs2455606 A G 1434.46 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.231;DB;DP=136;Dels=0.00;FS=3.838;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=43.36;MQ0=18;MQRankSum=-0.744;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.291;SB=-512.014;SBQD=-0.932;SBpi=-1.5588;SBpiQual=-1.3826;VQSLOD=4.1769 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,75:136:99:1464,0,1376
|
|
1 144598503 . A G 133.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;DP=148;Dels=0.00;FS=5.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=16.70;MQ0=68;MQRankSum=1.269;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.033;SB=0.669;SBQD=-2.263;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.4151;VQSLOD=-0.9847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,22:148:99:163,0,915
|
|
1 144607780 rs660918 T C 462.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.248;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.672;HRun=0;HaplotypeScore=10.5115;MQ=31.07;MQ0=20;MQRankSum=-2.278;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.059;SB=-143.171;SBQD=-4.326;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9013;VQSLOD=-3.9057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,24:88:99:492,0,906
|
|
1 144608115 . T C 342.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.784;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.2878;MQ=24.22;MQ0=17;MQRankSum=-1.033;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.955;SB=-160.351;SBQD=-1.914;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1751;VQSLOD=-0.2293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:75:99:373,0,710
|
|
1 144610197 rs1699839 C G 468.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=50.868;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.32;MQ0=1;MQRankSum=-2.276;QD=6.09;ReadPosRankSum=1.902;SB=65.953;SBQD=-11.890;SBpi=-3.0822;SBpiQual=-3.2481;VQSLOD=-2.5283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:499,0,894
|
|
1 144612173 rs2653681 A G 1064.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8218;MQ=29.29;MQ0=2;MQRankSum=-2.898;QD=8.07;ReadPosRankSum=2.036;SB=-426.382;SBQD=-2.998;SBpi=-0.8062;SBpiQual=-0.8189;VQSLOD=0.3443 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,65:132:99:1095,0,1521
|
|
1 144612863 rs3009752 G A 1033.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.433;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=8.901;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=42.10;MQ0=4;MQRankSum=-4.925;QD=14.35;ReadPosRankSum=1.748;SB=-266.052;SBQD=7.974;SBpi=0.9733;SBpiQual=1.0720;VQSLOD=-0.5932 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1063,0,760
|
|
1 144614204 rs9441104 C T 342.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4286;MQ=19.48;MQ0=17;MQRankSum=3.270;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.824;SB=2.974;SBQD=10.218;SBpi=0.9383;SBpiQual=1.0834;VQSLOD=0.7494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:66:99:373,0,232
|
|
1 144615104 . T C 35.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=9.95;MQ0=15;QD=2.10;SB=-0.007;SBQD=-11.876;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2645;VQSLOD=-0.6527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,5:17:6.02:67,6,0
|
|
1 144618070 rs55646423 G A 1881.22 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.040;DB;DP=123;Dels=0.00;FS=10.336;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.54;MQ0=19;MQRankSum=3.401;QD=15.29;ReadPosRankSum=-2.738;SB=-830.169;SBQD=-3.230;SBpi=0.6794;SBpiQual=0.8355;VQSLOD=3.0004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,78:123:99:1911,0,509
|
|
1 144621307 . G C 720.59 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DP=112;Dels=0.00;FS=0.883;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.71;MQ0=14;MQRankSum=1.134;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-289.106;SBQD=2.721;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6454;VQSLOD=2.4463 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,36:112:99:751,0,1401
|
|
1 144674658 rs61810931 G A 221.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=10.834;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=41.91;MQ0=12;MQRankSum=-4.950;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.647;SB=-22.315;SBQD=-3.919;SBpi=-1.3470;SBpiQual=-1.3116;VQSLOD=-2.5064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,31:96:99:251,0,2049
|
|
1 144675785 rs61810934 G C 892.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.946;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=5.462;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.02;MQ0=9;MQRankSum=6.316;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.507;SB=-395.915;SBQD=-3.405;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4246;VQSLOD=-0.2059 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,35:111:99:923,0,1828
|
|
1 144675922 rs2921246 C T 1468.97 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.651;DB;DP=133;Dels=0.00;FS=19.527;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=35.00;MQ0=23;MQRankSum=0.694;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-642.302;SBQD=-10.199;SBpi=-0.8750;SBpiQual=-0.8756;VQSLOD=5.0097 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,64:133:99:1499,0,939
|
|
1 144678738 rs61805385 T C 307.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=25.515;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=42.65;MQ0=8;MQRankSum=-7.304;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.625;SB=-181.332;SBQD=-13.425;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0427;VQSLOD=-7.7071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:337,0,995
|
|
1 144679177 rs684306 T C 721.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=36.332;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.30;MQ0=15;MQRankSum=-4.779;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.688;SB=-179.350;SBQD=-11.949;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7404;VQSLOD=0.4278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:751,0,890
|
|
1 144697447 . G A 450.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DP=137;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.4760;MQ=27.67;MQ0=10;MQRankSum=0.666;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.962;SB=-236.936;SBQD=0.689;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3574;VQSLOD=-0.4214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,30:137:99:480,0,1864
|
|
1 144701915 . C T 766.45 PASS AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.897;DP=135;Dels=0.00;FS=0.734;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=39.59;MQ0=5;MQRankSum=0.026;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.659;SB=-353.476;SBQD=1.113;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0131;VQSLOD=2.4613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,35:135:99:796,0,2381
|
|
1 144704163 . G A 490.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.545;DP=148;Dels=0.00;FS=1.995;HRun=2;HaplotypeScore=3.6929;MQ=37.23;MQ0=19;MQRankSum=0.654;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.885;SB=-255.026;SBQD=-2.284;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.8469;VQSLOD=-0.4368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,28:148:99:520,0,2684
|
|
1 144813527 rs28376829 T C 802.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.18;MQ0=16;MQRankSum=1.238;QD=12.34;ReadPosRankSum=1.491;SB=-175.854;SBQD=-23.128;SBpi=0.0630;SBpiQual=0.4024;VQSLOD=5.7438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:62.45:835,62,0
|
|
1 144828548 . G A 358.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.865;DP=152;Dels=0.00;FS=39.700;HRun=0;HaplotypeScore=3.3631;MQ=28.57;MQ0=42;MQRankSum=-3.023;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.265;SB=65.677;SBQD=6.021;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4122;VQSLOD=-3.0302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,53:152:99:388,0,1747
|
|
1 144828764 . G T 167.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.249;DP=131;Dels=0.00;FS=43.146;HRun=0;HaplotypeScore=15.3665;MQ=40.27;MQ0=8;MQRankSum=-4.243;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.592;SB=39.551;SBQD=-5.969;SBpi=-1.6537;SBpiQual=-1.8218;VQSLOD=-18.8713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,33:131:99:197,0,2529
|
|
1 144832489 rs9424785 A T 30.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=24.371;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.43;MQ0=29;MQRankSum=-1.968;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.181;SB=96.139;SBQD=1.976;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.1602;VQSLOD=-1.4959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,16:112:60.31:60,0,1716
|
|
1 144832883 . T C 596.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.020;DP=124;Dels=0.00;FS=38.233;HRun=0;HaplotypeScore=5.9899;MQ=26.48;MQ0=15;MQRankSum=2.153;QD=4.81;ReadPosRankSum=2.079;SB=-180.798;SBQD=3.212;SBpi=0.8847;SBpiQual=0.9257;VQSLOD=-0.8385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,46:124:99:627,0,1724
|
|
1 144836912 rs3979962 C T 378.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.392;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=12.350;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.17;MQ0=18;MQRankSum=-7.585;QD=3.03;ReadPosRankSum=-5.132;SB=-62.198;SBQD=-3.863;SBpi=-1.8634;SBpiQual=-2.0034;VQSLOD=-13.9113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,45:125:99:409,0,2712
|
|
1 144843598 rs6699484 C A 1197.78 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DB;DP=198;Dels=0.00;FS=3.713;HRun=0;HaplotypeScore=6.5049;MQ=49.54;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-563.953;SBQD=-2.552;SBpi=-0.6682;SBpiQual=-0.7414;VQSLOD=1.8557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,56:198:99:1228,0,4366
|
|
1 144844197 . T C 1087.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;DP=173;Dels=0.00;FS=45.365;HRun=1;HaplotypeScore=2.5151;MQ=38.16;MQ0=16;MQRankSum=-8.032;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.210;SB=-131.663;SBQD=11.109;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0309;VQSLOD=-10.2827 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,104:173:99:1117,0,1951
|
|
1 144849161 rs1699764 A C 1060.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;DB;DP=117;Dels=0.00;FS=3.661;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.70;MQ0=2;MQRankSum=-4.684;QD=9.06;ReadPosRankSum=3.177;SB=-439.590;SBQD=6.264;SBpi=0.3311;SBpiQual=0.3463;VQSLOD=-1.2854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,57:117:99:1091,0,1688
|
|
1 144849485 rs1699763 G C 1159.90 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=41.05;MQ0=3;MQRankSum=-0.709;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.363;SB=-528.810;SBQD=-0.595;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5021;VQSLOD=5.3111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:104:99:1190,0,1563
|
|
1 144852606 . G A 569.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.238;DP=153;Dels=0.00;FS=12.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.74;MQ0=3;MQRankSum=-3.342;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.231;SB=-182.597;SBQD=4.152;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.9432;VQSLOD=-2.3355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,32:153:99:600,0,3306
|
|
1 144853897 . C A 395.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.213;DP=205;Dels=0.00;FS=29.542;HRun=0;HaplotypeScore=4.4154;MQ=55.64;MQ0=2;MQRankSum=-8.390;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.366;SB=53.323;SBQD=4.653;SBpi=1.1355;SBpiQual=1.2643;VQSLOD=-11.7270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,38:205:99:426,0,5508
|
|
1 144854087 rs4997150 A G 246.70 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.354;DB;DP=150;Dels=0.00;FS=25.257;HRun=0;HaplotypeScore=64.1526;MQ=55.17;MQ0=1;MQRankSum=-4.119;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.732;SB=23.788;SBQD=5.356;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.7104;VQSLOD=-112.8537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,31:150:99:277,0,3763
|
|
1 144854095 rs4997149 G T 435.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DB;DP=157;Dels=0.00;FS=21.508;HRun=0;HaplotypeScore=2.3548;MQ=55.23;MQ0=1;MQRankSum=-5.251;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-70.359;SBQD=6.381;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9338;VQSLOD=-3.5989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,34:157:99:465,0,4024
|
|
1 144856900 . C T 452.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.549;DP=134;Dels=0.00;FS=0.936;HRun=0;HaplotypeScore=5.1653;MQ=30.81;MQ0=12;MQRankSum=0.178;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.626;SB=-241.878;SBQD=-0.803;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5331;VQSLOD=-1.0081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,32:134:99:482,0,1832
|
|
1 144857436 rs1778132 G A 948.06 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.974;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=6.8607;MQ=33.86;MQ0=12;MQRankSum=-0.883;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.233;SB=-401.257;SBQD=-1.190;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4547;VQSLOD=1.5588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,49:118:99:978,0,1087
|
|
1 144859303 . C T 701.95 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.186;DP=205;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=39.7189;MQ=50.21;MQ0=2;MQRankSum=-1.732;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.002;SB=-386.736;SBQD=0.861;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0648;VQSLOD=-38.2493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,38:205:99:732,0,5083
|
|
1 144860509 rs4649488 C A 1659 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.331;DB;DP=108;Dels=0.01;FS=1.657;HRun=0;HaplotypeScore=5.7939;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=6.019;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.660;SB=-900.543;SBQD=-1.185;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.3806;VQSLOD=1.2527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,60:108:99:1689,0,316
|
|
1 144860804 rs61806595 G A 2325.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.037;DB;DP=174;Dels=0.00;FS=20.655;HRun=0;HaplotypeScore=1.8947;MQ=48.19;MQ0=3;MQRankSum=-3.441;QD=13.36;ReadPosRankSum=2.700;SB=-1127.525;SBQD=9.953;SBpi=-0.0962;SBpiQual=0.0644;VQSLOD=0.9247 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,108:174:99:2355,0,1372
|
|
1 144862923 . G C 306.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.527;DP=96;Dels=0.00;FS=5.901;HRun=0;HaplotypeScore=1.8100;MQ=26.03;MQ0=12;MQRankSum=-4.303;QD=3.19;ReadPosRankSum=-1.800;SB=-100.633;SBQD=-3.716;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.0058;VQSLOD=-3.6926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,37:96:99:336,0,1447
|
|
1 144863320 . T C 549.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.908;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8924;MQ=49.64;MQ0=11;MQRankSum=1.445;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.003;SB=-304.311;SBQD=1.010;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3404;VQSLOD=1.0131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,32:139:99:579,0,3100
|
|
1 144863737 rs1698594 C G 2245.09 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;DB;DP=149;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5233;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.372;SB=-969.977;SBQD=1.475;SBpi=1.0062;SBpiQual=1.2069;VQSLOD=4.0849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,80:149:99:2275,0,1899
|
|
1 144864143 . G A 471.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.714;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4050;MQ=50.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.730;SB=-232.787;SBQD=0.461;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0382;VQSLOD=-0.6533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,24:124:99:502,0,2663
|
|
1 144866400 rs924666 T C 1774.85 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.166;DB;DP=134;Dels=0.00;FS=9.379;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-743.398;SBQD=-6.001;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-0.8776;VQSLOD=5.0670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,64:134:99:1805,0,2229
|
|
1 144868827 rs619987 A T 6139.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9731;MQ=55.28;MQ0=1;QD=36.55;SB=-3119.003;SBQD=-0.030;SBpi=-0.0772;SBpiQual=-0.0190;VQSLOD=7.1019 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:168:99:6139,487,0
|
|
1 144878390 rs61807896 C T 362.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.309;HRun=1;HaplotypeScore=5.9629;MQ=55.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.900;SB=-175.094;SBQD=0.089;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.6455;VQSLOD=-0.2824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,22:81:99:392,0,1440
|
|
1 144878928 rs2762876 G T 1658.67 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.408;DB;DP=131;Dels=0.00;FS=6.614;HRun=1;HaplotypeScore=2.4317;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=12.66;ReadPosRankSum=1.061;SB=-639.859;SBQD=-5.156;SBpi=-0.8609;SBpiQual=-1.0511;VQSLOD=4.2655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,57:131:99:1689,0,2301
|
|
1 144886350 rs2296230 G T 1150.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.186;DB;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=4.7447;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.193;SB=-515.626;SBQD=-0.386;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.5726;VQSLOD=1.0597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,45:176:99:1181,0,4034
|
|
1 144894755 rs611680 G A 3160.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=11.649;HRun=4;HaplotypeScore=1.8455;MQ=56.68;MQ0=8;MQRankSum=2.560;QD=28.99;ReadPosRankSum=-2.481;SB=-1505.150;SBQD=-4.910;SBpi=0.5584;SBpiQual=0.8750;VQSLOD=3.3549 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:109:90.83:3193,91,0
|
|
1 144908405 rs618097 C T 2770.69 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=10.140;DB;DP=166;Dels=0.00;FS=10.844;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=52.90;MQ0=2;MQRankSum=1.053;QD=16.69;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-1441.711;SBQD=4.376;SBpi=0.0524;SBpiQual=-0.0467;VQSLOD=5.6453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,90:166:99:2801,0,1854
|
|
1 144909247 . G A 468.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DP=140;Dels=0.00;FS=2.895;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=49.56;MQ0=0;MQRankSum=-4.767;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-159.168;SBQD=-1.798;SBpi=-1.3056;SBpiQual=-1.2912;VQSLOD=-2.3829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,33:140:99:498,0,3273
|
|
1 144915412 rs1698684 T C 2278.12 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.277;DB;DP=162;Dels=0.00;FS=2.796;HRun=0;HaplotypeScore=2.8304;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.664;SB=-897.654;SBQD=4.679;SBpi=0.7050;SBpiQual=1.0943;VQSLOD=4.2425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,85:162:99:2308,0,2469
|
|
1 144921538 rs1699802 C T 1841.36 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.454;DB;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.6163;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.592;SB=-852.211;SBQD=-0.453;SBpi=-0.6822;SBpiQual=-0.7661;VQSLOD=4.1196 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:133:99:1871,0,2033
|
|
1 144925765 . A T 879.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.916;DP=190;Dels=0.00;FS=0.663;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.830;SB=-437.706;SBQD=-0.311;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2829;VQSLOD=1.2851 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,39:190:99:909,0,5273
|
|
1 144928002 rs2500348 G A 2273.92 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DB;DP=161;Dels=0.00;FS=4.666;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.123;SB=-1266.275;SBQD=4.748;SBpi=-0.0542;SBpiQual=0.2195;VQSLOD=4.5520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,85:161:99:2304,0,2374
|
|
1 144930223 rs1747936 T C 2051.19 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.994;DB;DP=165;Dels=0.00;FS=2.782;HRun=0;HaplotypeScore=2.6634;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.062;SB=-897.264;SBQD=-1.886;SBpi=-0.7171;SBpiQual=-0.7054;VQSLOD=4.4224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,70:165:99:2081,0,3125
|
|
1 144932414 rs1570667 A C 83.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.599;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.001;HRun=1;HaplotypeScore=2.4453;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.370;SB=-250.233;SBQD=2.399;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.6467;VQSLOD=0.6253 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:114,0,984
|
|
1 144934080 rs716640 A T 2533.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DB;DP=161;Dels=0.00;FS=13.414;HRun=0;HaplotypeScore=5.9595;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.077;QD=15.74;ReadPosRankSum=-1.531;SB=-1245.120;SBQD=-5.611;SBpi=0.4770;SBpiQual=0.6595;VQSLOD=0.4965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,89:161:99:2564,0,2293
|
|
1 144937512 rs1747902 A T 2052.89 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;DB;DP=160;Dels=0.00;FS=17.693;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.199;SB=-814.640;SBQD=-7.622;SBpi=-0.8367;SBpiQual=-0.9288;VQSLOD=4.8040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,70:160:99:2083,0,2912
|
|
1 144952220 . C T 1637.13 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=196;Dels=0.00;FS=4.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=28.02;MQ0=43;MQRankSum=-1.905;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.022;SB=-669.065;SBQD=-6.156;SBpi=-0.1555;SBpiQual=-0.5142;VQSLOD=2.3271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,92:196:99:1667,0,1603
|
|
1 144954048 . G A 389.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.503;DP=150;Dels=0.00;FS=9.057;HRun=0;HaplotypeScore=25.4953;MQ=35.27;MQ0=25;MQRankSum=1.404;QD=2.59;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-198.944;SBQD=-5.587;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5105;VQSLOD=-18.8956 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,37:150:99:419,0,1670
|
|
1 144961548 rs2762719 G C 1204.83 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.087;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=7.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=25.38;MQ0=56;MQRankSum=-0.543;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-612.228;SBQD=3.809;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0174;VQSLOD=4.7656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,66:132:99:1235,0,439
|
|
1 144972275 . T C 875.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.421;DP=97;Dels=0.00;FS=1.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.51;MQ0=15;MQRankSum=-6.904;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.419;SB=-463.325;SBQD=1.113;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6191;VQSLOD=-7.1467 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,63:97:99:906,0,970
|
|
1 144987957 rs12048445 T C 256.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.978;DB;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=2.672;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-81.677;SBQD=1.070;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.4223;VQSLOD=0.8562 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,27:242:99:286,0,7346
|
|
1 144989131 rs1778595 G T 4040.28 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.359;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=16.16;ReadPosRankSum=-1.834;SB=-1653.891;SBQD=0.132;SBpi=-0.4196;SBpiQual=-0.5915;VQSLOD=4.2917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,115:250:99:3344,0,4050
|
|
1 144992369 rs2489124 G A 5540.70 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.889;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.740;HRun=0;HaplotypeScore=3.9121;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.456;QD=22.16;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-2924.123;SBQD=-0.003;SBpi=0.3345;SBpiQual=0.1780;VQSLOD=2.1982 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,180:250:99:4932,0,1339
|
|
1 144993501 rs2489125 A G 8720.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4533;MQ=58.94;MQ0=0;QD=35.16;SB=-4484.373;SBQD=NaN;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.3846;VQSLOD=5.9499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,248:248:99:8720,686,0
|
|
1 144993936 rs2596264 A T 1333.33 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.346;DB;DP=136;Dels=0.00;FS=0.686;HRun=0;HaplotypeScore=4.5051;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.173;SB=-690.034;SBQD=1.667;SBpi=-1.5271;SBpiQual=-1.3245;VQSLOD=2.4135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,64:136:99:1363,0,1504
|
|
1 144997786 rs1778615 T C 2610.60 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.965;DB;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=0.968;HRun=0;HaplotypeScore=34.7434;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.187;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.341;SB=-1758.433;SBQD=1.050;SBpi=0.1811;SBpiQual=0.2520;VQSLOD=-26.6674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,122:247:99:2641,0,4115
|
|
1 144997804 rs1778616 G C 4051.13 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DB;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=0.994;HRun=0;HaplotypeScore=1.6809;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=16.60;ReadPosRankSum=0.448;SB=-1573.524;SBQD=0.753;SBpi=0.7792;SBpiQual=0.8580;VQSLOD=4.1496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,119:244:99:3367,0,3924
|
|
1 144998569 rs1778623 A C 4721.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;DB;DP=224;Dels=0.00;FS=1.431;HRun=0;HaplotypeScore=3.6007;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=21.08;ReadPosRankSum=1.104;SB=-817.136;SBQD=-Infinity;SBpi=-3.6578;SBpiQual=-4.0260;VQSLOD=-2.1223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,135:224:99:4095,0,2506
|
|
1 144999201 rs4649743 G C 2424.67 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;DB;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=0.487;HRun=0;HaplotypeScore=3.7828;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-1378.281;SBQD=-0.254;SBpi=-0.0513;SBpiQual=-0.0886;VQSLOD=3.2287 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,95:243:99:2455,0,4518
|
|
1 145003224 rs1778729 G A 3187.58 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=3.559;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.662;QD=12.80;ReadPosRankSum=-2.733;SB=-1685.762;SBQD=-0.637;SBpi=-0.3264;SBpiQual=-0.1896;VQSLOD=4.0564 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,115:249:99:3218,0,3684
|
|
1 145003532 rs56355833 T C 1281.01 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.957;DB;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=0.543;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=5.36;ReadPosRankSum=3.000;SB=-742.320;SBQD=0.157;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0061;VQSLOD=2.1389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,60:239:99:1311,0,5701
|
|
1 145008228 rs7519447 C T 1053.25 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.801;DB;DP=223;DS;Dels=0.00;FS=0.607;HRun=2;HaplotypeScore=2.7216;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-506.241;SBQD=-0.506;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.2804;VQSLOD=1.9337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,47:223:99:1083,0,5102
|
|
1 145009733 rs12239435 T G 1046.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.802;DB;DP=237;DS;Dels=0.00;FS=1.273;HRun=1;HaplotypeScore=3.1787;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.709;SB=-395.569;SBQD=0.959;SBpi=1.1094;SBpiQual=1.2046;VQSLOD=0.7643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,51:237:99:1077,0,6224
|
|
1 145012038 rs4275407 C T 1529.52 PASS AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.183;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.097;HRun=0;HaplotypeScore=1.7465;MQ=57.74;MQ0=1;MQRankSum=1.533;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.751;SB=-893.798;SBQD=0.410;SBpi=0.0611;SBpiQual=-0.0247;VQSLOD=3.3625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,67:250:99:1560,0,5782
|
|
1 145013000 rs2489130 C T 8934.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.3499;MQ=59.47;MQ0=0;QD=36.03;SB=-4379.642;SBQD=NaN;SBpi=0.6350;SBpiQual=0.5425;VQSLOD=3.9670 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,248:248:99:8934,710,0
|
|
1 145013802 rs2500344 T G 7405.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=59.03;MQ0=0;QD=29.62;SB=-3597.215;SBQD=NaN;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-1.5526;VQSLOD=4.9651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,250:250:99:7405,638,0
|
|
1 145020126 rs1778696 T C 415.06 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;DB;DP=241;DS;Dels=0.00;FS=13.799;HRun=0;HaplotypeScore=31.9644;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-129.956;SBQD=3.281;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1446;VQSLOD=-25.6500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,31:241:99:445,0,7054
|
|
1 145021024 rs1778692 G C 160.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=18.087;HRun=0;HaplotypeScore=2.8485;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.298;SB=90.879;SBQD=-2.913;SBpi=-1.6432;SBpiQual=-1.8023;VQSLOD=-1.1281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,29:250:99:191,0,7036
|
|
1 145022409 rs1778691 G A 4398.57 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DB;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=2.834;HRun=0;HaplotypeScore=3.4008;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=17.81;ReadPosRankSum=0.275;SB=-1590.005;SBQD=1.788;SBpi=1.0286;SBpiQual=1.1227;VQSLOD=3.4233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,125:247:99:3685,0,3788
|
|
1 145022926 rs1778689 G A 2960.98 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.127;DB;DP=231;DS;Dels=0.00;FS=6.553;HRun=0;HaplotypeScore=1.9943;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.423;SB=-1607.538;SBQD=1.901;SBpi=-0.7243;SBpiQual=-0.9445;VQSLOD=5.1177 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,122:231:99:2991,0,2294
|
|
1 145022962 rs2762807 C T 807.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.004;DB;DP=178;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=11.5054;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-443.385;SBQD=-1.679;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.6140;VQSLOD=-0.2997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,48:178:99:837,0,3339
|
|
1 145024056 rs1663911 G A 4267.21 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.686;DB;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=0.474;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=17.63;ReadPosRankSum=0.765;SB=-1690.412;SBQD=1.137;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.9679;VQSLOD=4.5704 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,124:242:99:3586,0,3716
|
|
1 145025860 rs481129 G T 1507.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DB;DP=144;Dels=0.00;FS=61.712;HRun=0;HaplotypeScore=3.5500;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.945;SB=59.848;SBQD=-15.393;SBpi=-3.5733;SBpiQual=-3.8769;VQSLOD=-2.8101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,55:144:99:1538,0,2896
|
|
1 145025970 rs2477098 T C 4665.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=28.27;SB=-1624.267;SBQD=-Infinity;SBpi=-3.0751;SBpiQual=-2.6993;VQSLOD=3.3244 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:4664,418,0
|
|
1 145026541 rs2489133 G A 4466.51 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.162;DB;DP=221;Dels=0.00;FS=15.999;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.449;QD=20.21;ReadPosRankSum=1.698;SB=-1941.491;SBQD=4.782;SBpi=0.9685;SBpiQual=0.8922;VQSLOD=1.3069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,141:221:99:3894,0,2147
|
|
1 145028840 rs1445035 T C 3076.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.327;DB;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=4.323;HRun=1;HaplotypeScore=4.2869;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.020;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-1614.514;SBQD=0.723;SBpi=-0.1342;SBpiQual=0.5576;VQSLOD=1.4381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,125:248:99:3106,0,3856
|
|
1 145029680 rs2799189 G T 4688.04 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.539;DB;DP=230;DS;Dels=0.00;FS=1.609;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=20.38;ReadPosRankSum=0.998;SB=-1970.545;SBQD=0.878;SBpi=0.4880;SBpiQual=0.4695;VQSLOD=4.6819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,127:230:99:4034,0,3022
|
|
1 145032493 rs1778672 T C 2641.51 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;DB;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=2.936;HRun=0;HaplotypeScore=2.9156;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=10.87;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-1215.847;SBQD=2.340;SBpi=0.9901;SBpiQual=1.1437;VQSLOD=3.1128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,102:243:99:2672,0,4333
|
|
1 145036058 rs1778663 T A 3190.53 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DB;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=2.151;HRun=2;HaplotypeScore=6.3850;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.700;SB=-1713.865;SBQD=1.985;SBpi=0.2331;SBpiQual=0.3300;VQSLOD=2.4081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,115:246:99:3221,0,3871
|
|
1 145043479 rs1778657 C T 4254.86 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=9.973;DB;DP=235;DS;Dels=0.00;FS=2.934;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=3.807;QD=18.11;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-1777.362;SBQD=2.049;SBpi=-0.5085;SBpiQual=-0.4803;VQSLOD=3.7252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,117:235:99:3583,0,3274
|
|
1 145046181 rs1445028 G A 5088.92 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=10.900;DB;DP=238;DS;Dels=0.00;FS=0.489;HRun=0;HaplotypeScore=2.3913;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=21.38;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-1915.039;SBQD=-1.251;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.9779;VQSLOD=2.9161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,136:238:99:4396,0,2646
|
|
1 145047294 rs1663866 C T 4184.12 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.302;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=7.979;HRun=0;HaplotypeScore=3.8108;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=16.80;ReadPosRankSum=0.352;SB=-1615.991;SBQD=-3.422;SBpi=-0.4683;SBpiQual=-0.5179;VQSLOD=3.7483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,114:249:99:3464,0,4165
|
|
1 145047726 rs2477092 T C 7718.52 PASS AB=0.12;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.642;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.526;HRun=1;HaplotypeScore=2.8884;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=30.87;ReadPosRankSum=-0.049;SB=-3528.269;SBQD=NaN;SBpi=0.4392;SBpiQual=0.5263;VQSLOD=4.3269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,218:250:99:7011,0,505
|
|
1 145050078 rs9424800 C G 41.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.647;DB;DP=171;DS;Dels=0.00;FS=60.566;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=25.28;MQ0=30;MQRankSum=-0.374;QD=0.24;ReadPosRankSum=-2.240;SB=186.403;SBQD=-2.536;SBpi=-1.4184;SBpiQual=-1.5043;VQSLOD=0.0532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,21:171:71.73:72,0,2433
|
|
1 145052392 rs9424808 C G 818.93 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DB;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=10.390;HRun=0;HaplotypeScore=47.8429;MQ=36.08;MQ0=10;MQRankSum=-0.995;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.584;SB=-215.548;SBQD=3.382;SBpi=0.8321;SBpiQual=0.8143;VQSLOD=-55.0691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,52:244:99:849,0,4645
|
|
1 145053800 rs6704460 G T 830.37 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.610;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=28.858;HRun=1;HaplotypeScore=44.8618;MQ=49.86;MQ0=1;MQRankSum=-1.373;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.711;SB=-150.392;SBQD=-10.525;SBpi=-1.5435;SBpiQual=-1.5876;VQSLOD=-48.5477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,34:112:99:860,0,1672
|
|
1 145053927 rs2442658 A G 726.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.952;DB;DP=189;Dels=0.00;FS=11.889;HRun=1;HaplotypeScore=9.4557;MQ=54.99;MQ0=1;MQRankSum=-0.401;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.630;SB=-397.625;SBQD=-3.223;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.8304;VQSLOD=-0.4852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,45:189:99:757,0,4435
|
|
1 145055505 rs4101259 C G 403.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.867;DB;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=10.4324;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=1.65;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-201.167;SBQD=-0.448;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.4907;VQSLOD=-3.0602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,35:245:99:433,0,6208
|
|
1 145059932 rs1663845 T C 2508.14 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-10.536;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.749;HRun=0;HaplotypeScore=5.0897;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.595;SB=-1236.227;SBQD=3.547;SBpi=-0.8375;SBpiQual=-0.4184;VQSLOD=3.0639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,103:250:99:2538,0,4549
|
|
1 145060350 rs10797628 A T 361.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.430;SB=-166.076;SBQD=0.054;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.9112;VQSLOD=-0.8500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:218,31:249:99:392,0,7381
|
|
1 145061890 rs57360247 C T 251.92 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.562;DB;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=3.705;HRun=1;HaplotypeScore=34.4404;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-113.770;SBQD=1.607;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1604;VQSLOD=-31.2340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,30:247:99:282,0,6925
|
|
1 145062373 rs2762773 C T 2016.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DB;DP=223;DS;Dels=0.00;FS=7.819;HRun=5;HaplotypeScore=5.7809;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.040;SB=-1085.576;SBQD=-2.788;SBpi=-0.4417;SBpiQual=-0.3695;VQSLOD=0.2174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,82:223:99:2047,0,4197
|
|
1 145062610 rs2762771 C T 3984.42 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.167;DB;DP=241;DS;Dels=0.00;FS=0.471;HRun=0;HaplotypeScore=9.2059;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=16.53;ReadPosRankSum=-1.935;SB=-1808.060;SBQD=0.918;SBpi=0.0458;SBpiQual=0.1972;VQSLOD=1.5276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,118:241:99:3331,0,3522
|
|
1 145064328 rs12089933 G C 292.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;DB;DP=131;Dels=0.00;FS=9.246;HRun=1;HaplotypeScore=1.5678;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=3.483;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.451;SB=32.212;SBQD=2.954;SBpi=1.8856;SBpiQual=1.9728;VQSLOD=-2.0943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,18:131:99:323,0,3263
|
|
1 145068895 rs1778756 T C 2622.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.156;DB;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=0.477;HRun=0;HaplotypeScore=4.9758;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-4.953;QD=10.58;ReadPosRankSum=-2.282;SB=-1316.140;SBQD=0.185;SBpi=0.9878;SBpiQual=0.9626;VQSLOD=-2.6039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,113:248:99:2653,0,4009
|
|
1 145075854 rs1663853 G C 894.95 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=3.6358;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-646.956;SBQD=-0.114;SBpi=-0.8750;SBpiQual=-0.8150;VQSLOD=2.0060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,64:125:99:925,0,1152
|
|
1 145077855 rs12562504 G A 605.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.579;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.396;HRun=0;HaplotypeScore=11.0038;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=2.42;ReadPosRankSum=3.109;SB=-189.188;SBQD=1.048;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3604;VQSLOD=-2.0354 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,34:250:99:636,0,4210
|
|
1 145082739 rs2762717 A G 1729.94 PASS AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.095;DB;DP=197;Dels=0.00;FS=1.886;HRun=0;HaplotypeScore=3.8085;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.115;SB=-786.403;SBQD=1.063;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.5187;VQSLOD=3.3540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,65:197:99:1760,0,4060
|
|
1 145085594 rs2590063 G T 2073.06 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.863;DB;DP=206;Dels=0.00;FS=3.278;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-1084.756;SBQD=3.252;SBpi=0.0563;SBpiQual=0.2464;VQSLOD=4.5003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,79:206:99:2103,0,3953
|
|
1 145090576 rs607792 G A 4278.59 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DB;DP=220;Dels=0.00;FS=8.287;HRun=4;HaplotypeScore=2.9793;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=19.45;ReadPosRankSum=-0.508;SB=-2219.697;SBQD=-0.285;SBpi=-0.0833;SBpiQual=0.3015;VQSLOD=3.1910 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,144:220:99:3733,0,1977
|
|
1 145092147 rs2590152 A G 3614.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=57.20;MQ0=0;QD=21.77;SB=-2408.448;SBQD=-4.881;SBpi=-0.2328;SBpiQual=-0.9204;VQSLOD=3.3687 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:166:99:3613,334,0
|
|
1 145092594 rs2794070 G A 2629.39 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.322;DB;DP=145;Dels=0.00;FS=0.685;HRun=0;HaplotypeScore=5.9969;MQ=55.38;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=18.13;ReadPosRankSum=1.292;SB=-1242.365;SBQD=0.140;SBpi=0.7615;SBpiQual=0.9906;VQSLOD=2.2133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,97:145:99:2659,0,942
|
|
1 145100490 rs4649777 C G 964.44 PASS AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.031;DB;DP=228;Dels=0.00;FS=0.619;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-382.552;SBQD=-0.950;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.8358;VQSLOD=2.9560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,46:228:99:994,0,5989
|
|
1 145109583 rs2794053 C A 2967.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=10.898;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9258;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.976;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-1382.396;SBQD=0.902;SBpi=0.2942;SBpiQual=0.2656;VQSLOD=0.7612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,104:250:99:2997,0,4136
|
|
1 145109661 rs2655551 G A 1272.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.344;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.593;HRun=1;HaplotypeScore=3.9444;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-404.193;SBQD=-2.203;SBpi=-1.4972;SBpiQual=-1.5677;VQSLOD=1.2905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,59:250:99:1302,0,5813
|
|
1 145110238 rs2794051 A G 1394.12 PASS AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=9.734;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.625;SB=-560.372;SBQD=-3.186;SBpi=-0.7746;SBpiQual=-0.7722;VQSLOD=2.9035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,60:250:99:1424,0,6318
|
|
1 145111980 rs2590132 G C 855.43 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DB;DP=229;DS;Dels=0.00;FS=1.312;HRun=0;HaplotypeScore=47.3221;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-427.587;SBQD=-1.136;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.2659;VQSLOD=-55.3883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,45:229:99:885,0,6059
|
|
1 145112414 rs2590131 T C 1539.65 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.082;DB;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=7.600;HRun=0;HaplotypeScore=47.9247;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.126;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.967;SB=-326.571;SBQD=4.833;SBpi=1.8936;SBpiQual=2.3327;VQSLOD=-52.3593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,67:244:99:1570,0,5917
|
|
1 145112420 rs2794041 C T 1115.08 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.194;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=33.721;HRun=1;HaplotypeScore=52.8256;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=4.46;ReadPosRankSum=1.779;SB=-379.982;SBQD=-6.957;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.4165;VQSLOD=-66.5551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,52:250:99:1145,0,6145
|
|
1 145116798 rs2655559 G A 4764.10 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.683;DB;DP=242;Dels=0.00;FS=1.596;HRun=0;HaplotypeScore=6.3915;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=19.69;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-2274.624;SBQD=0.652;SBpi=-0.3333;SBpiQual=0.0933;VQSLOD=2.0805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,143:242:99:4122,0,2227
|
|
1 145123664 rs2802180 C T 1286.68 PASS AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.179;DB;DP=186;Dels=0.00;FS=12.771;HRun=0;HaplotypeScore=2.4095;MQ=52.27;MQ0=3;MQRankSum=1.825;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.706;SB=-440.966;SBQD=5.546;SBpi=0.9603;SBpiQual=1.2741;VQSLOD=2.9709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,61:186:99:1317,0,3545
|
|
1 145125230 rs3927723 T C 1480 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.608;DB;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=31.23;MQ0=11;MQRankSum=-0.719;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.712;SB=-664.150;SBQD=2.539;SBpi=-0.1572;SBpiQual=-0.2139;VQSLOD=4.5719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,91:144:99:1510,0,933
|
|
1 145127895 . A G 267.92 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.62;MQ0=1;QD=24.36;SB=-0.007;SBQD=24.356;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.7559;VQSLOD=1.7180 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:27.07:301,27,0
|
|
1 145134207 rs4649802 G A 1883.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=39.91;MQ0=9;QD=19.83;SB=-1122.468;SBQD=6.472;SBpi=-1.0773;SBpiQual=-1.1191;VQSLOD=3.2673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:1917,150,0
|
|
1 145135446 . T C 2836.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9667;MQ=26.24;MQ0=43;QD=19.29;SB=-1279.827;SBQD=4.541;SBpi=0.1237;SBpiQual=-0.0748;VQSLOD=2.9324 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:147:99:2869,282,0
|
|
1 145182530 . A T 60.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;DP=114;Dels=0.00;FS=2.329;HRun=0;HaplotypeScore=11.6361;MQ=18.44;MQ0=52;MQRankSum=0.387;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.677;SB=-32.329;SBQD=-0.728;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4747;VQSLOD=-4.9144 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,24:114:90.96:91,0,1029
|
|
1 145184805 . G T 275.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.06;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.413;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.93;MQ0=15;MQRankSum=-1.239;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.569;SB=-158.362;SBQD=0.783;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3416;VQSLOD=1.0109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,34:36:0.35:304,0,0
|
|
1 145185333 rs57924818 C T 389.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.574;DB;DP=187;Dels=0.00;FS=5.038;HRun=4;HaplotypeScore=3.5163;MQ=28.04;MQ0=75;MQRankSum=0.423;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-248.333;SBQD=1.649;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.3687;VQSLOD=1.2930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,50:187:99:419,0,1532
|
|
1 145186826 . G A 1471.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.157;DP=149;Dels=0.00;FS=41.004;HRun=0;HaplotypeScore=5.3844;MQ=35.51;MQ0=11;MQRankSum=-5.234;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-183.063;SBQD=9.911;SBpi=3.0924;SBpiQual=3.2240;VQSLOD=-7.3431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,90:149:99:1501,0,1529
|
|
1 145188334 rs4067752 A G 1416.82 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.543;DB;DP=195;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=38.31;MQ0=28;MQRankSum=1.461;QD=7.27;ReadPosRankSum=2.522;SB=-529.627;SBQD=-2.816;SBpi=-1.1323;SBpiQual=-1.0931;VQSLOD=3.3573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,78:195:99:1447,0,2563
|
|
1 145190643 rs61814482 G T 1449.91 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DB;DP=235;Dels=0.00;FS=8.279;HRun=4;HaplotypeScore=37.4581;MQ=40.69;MQ0=4;MQRankSum=-3.649;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.358;SB=-695.022;SBQD=3.062;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.5086;VQSLOD=-44.8984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,73:235:99:1480,0,4860
|
|
1 145200480 rs1051501 A G 91.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=16.027;HRun=2;HaplotypeScore=9.6803;MQ=46.34;MQ0=6;MQRankSum=-3.771;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.769;SB=65.394;SBQD=2.993;SBpi=1.5689;SBpiQual=1.5700;VQSLOD=-8.8927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,25:125:99:122,0,2952
|
|
1 145203929 . G T 940.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.148;DP=215;Dels=0.00;FS=3.077;HRun=1;HaplotypeScore=3.2215;MQ=44.56;MQ0=9;MQRankSum=-4.617;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-413.898;SBQD=-0.058;SBpi=0.3501;SBpiQual=0.3730;VQSLOD=-2.1316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,51:215:99:970,0,4404
|
|
1 145205272 rs2487601 C T 782.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.725;DB;DP=214;Dels=0.00;FS=26.974;HRun=0;HaplotypeScore=3.4771;MQ=57.05;MQ0=1;MQRankSum=-1.411;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-169.600;SBQD=-6.236;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.7484;VQSLOD=0.3067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,47:214:99:812,0,5477
|
|
1 145207708 . A G 548.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=17.635;HRun=0;HaplotypeScore=2.2413;MQ=42.65;MQ0=71;MQRankSum=3.170;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.073;SB=30.454;SBQD=-4.054;SBpi=-1.2978;SBpiQual=-1.3580;VQSLOD=-1.5856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,38:250:99:578,0,4795
|
|
1 145215652 . G A 446.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.182;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=64.214;HRun=0;HaplotypeScore=4.4205;MQ=20.34;MQ0=56;MQRankSum=1.830;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.334;SB=29.542;SBQD=3.747;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.3651;VQSLOD=-1.8015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,44:250:99:477,0,1686
|
|
1 145216947 . C T 148.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.613;DP=160;Dels=0.00;FS=14.852;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.15;MQ0=65;MQRankSum=-3.740;QD=0.93;ReadPosRankSum=3.158;SB=33.421;SBQD=-3.394;SBpi=-1.2978;SBpiQual=-1.2507;VQSLOD=-3.6158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,38:160:99:178,0,1295
|
|
1 145220820 . C G 529.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.92;MQ0=30;QD=10.59;SB=-0.007;SBQD=-25.933;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.3689;VQSLOD=3.2525 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:51.14:563,51,0
|
|
1 145228280 . G T 73.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.948;DP=153;Dels=0.00;FS=4.298;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=12.76;MQ0=97;MQRankSum=2.180;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-25.943;SBQD=0.835;SBpi=-1.0660;SBpiQual=-1.1516;VQSLOD=-1.8759 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,22:153:99:104,0,561
|
|
1 145237973 . C G 424.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;DP=106;Dels=0.00;FS=20.453;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=27.16;MQ0=27;MQRankSum=0.955;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-234.974;SBQD=-12.408;SBpi=1.2005;SBpiQual=1.3161;VQSLOD=0.3184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,34:106:99:454,0,1194
|
|
1 145240396 . G C 1626.99 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.238;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=60.618;HRun=0;HaplotypeScore=2.2702;MQ=37.05;MQ0=12;MQRankSum=-0.342;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.193;SB=-542.007;SBQD=8.710;SBpi=0.0542;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=2.6457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,85:250:99:1657,0,4155
|
|
1 145242023 rs856493 A G 720.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.069;DB;DP=185;Dels=0.00;FS=2.445;HRun=0;HaplotypeScore=2.8735;MQ=45.62;MQ0=10;MQRankSum=1.650;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.458;SB=-286.183;SBQD=1.570;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.5508;VQSLOD=1.2235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,34:185:99:751,0,4709
|
|
1 145250471 . T A 907.79 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.248;DP=94;Dels=0.00;FS=93.311;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=38.14;MQ0=2;MQRankSum=4.833;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-326.697;SBQD=30.652;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1724;VQSLOD=2.2678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,34:94:99:938,0,1675
|
|
1 145251265 rs2746801 G A 1325.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;DB;DP=128;Dels=0.00;FS=45.810;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.51;MQ0=30;MQRankSum=-6.223;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-108.712;SBQD=-14.226;SBpi=-2.0028;SBpiQual=-2.0627;VQSLOD=-5.3917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,90:128:99:1356,0,1028
|
|
1 145253376 . T G 924.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;DP=235;Dels=0.00;FS=5.757;HRun=1;HaplotypeScore=1.4105;MQ=44.27;MQ0=1;MQRankSum=-5.052;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.084;SB=-511.037;SBQD=-2.208;SBpi=0.1336;SBpiQual=0.0798;VQSLOD=-3.3242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,56:235:99:954,0,5614
|
|
1 145267699 rs4067760 C T 1018.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.848;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.509;HRun=3;HaplotypeScore=6.2455;MQ=42.71;MQ0=9;MQRankSum=-2.329;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.492;SB=-461.753;SBQD=-1.421;SBpi=-0.7160;SBpiQual=-0.7353;VQSLOD=-1.3384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,59:250:99:1049,0,5412
|
|
1 145273701 . C T 99.64 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=219;DS;Dels=0.00;FS=7.923;HRun=0;HaplotypeScore=32.8428;MQ=56.40;MQ0=3;MQRankSum=-5.569;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.480;SB=63.091;SBQD=1.217;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.8586;VQSLOD=-45.6146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,25:219:99:130,0,5591
|
|
1 145277084 rs56412505 G A 1123.92 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.634;DB;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=59.9398;MQ=32.15;MQ0=12;MQRankSum=-0.450;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-522.311;SBQD=-1.001;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2243;VQSLOD=-91.8916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,63:244:99:1154,0,4416
|
|
1 145287026 . G A 109.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7465;MQ=19.62;MQ0=56;MQRankSum=0.538;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-0.007;SBQD=-2.557;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.3685;VQSLOD=-0.1073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,28:107:99:139,0,1005
|
|
1 145289096 rs1132967 T C 4378.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.527;DB;DP=230;DS;Dels=0.00;FS=1.027;HRun=0;HaplotypeScore=21.1339;MQ=50.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=19.04;ReadPosRankSum=-1.484;SB=-1881.870;SBQD=-0.923;SBpi=-0.1321;SBpiQual=-0.2148;VQSLOD=-8.6259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,129:230:99:3730,0,3105
|
|
1 145289778 rs58207845 G C 265.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DB;DP=212;DS;Dels=0.00;FS=18.141;HRun=0;HaplotypeScore=1.9941;MQ=52.36;MQ0=4;MQRankSum=-2.995;QD=1.25;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-44.720;SBQD=-3.651;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-1.0388;VQSLOD=-1.3509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,35:212:99:295,0,5672
|
|
1 145290346 rs2746747 A G 4628.24 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.249;DB;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=2.914;HRun=0;HaplotypeScore=41.7658;MQ=55.35;MQ0=3;MQRankSum=-1.564;QD=18.81;ReadPosRankSum=0.159;SB=-1923.628;SBQD=-0.698;SBpi=-0.7448;SBpiQual=-0.7078;VQSLOD=-39.3367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,146:246:99:3962,0,2949
|
|
1 145290351 rs2982634 A G 677.97 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=3.154;HRun=0;HaplotypeScore=42.4564;MQ=55.05;MQ0=3;MQRankSum=-1.717;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.322;SB=-265.089;SBQD=-1.127;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.7484;VQSLOD=-43.9400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,41:249:99:708,0,6437
|
|
1 145290874 rs2746745 C T 4663.16 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.644;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.009;HRun=0;HaplotypeScore=2.4875;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=18.65;ReadPosRankSum=0.327;SB=-1604.141;SBQD=-0.937;SBpi=-1.3056;SBpiQual=-1.5169;VQSLOD=2.8610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,132:250:99:3967,0,3296
|
|
1 145291079 rs4248023 T G 640.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.921;DB;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=13.227;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.418;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-95.223;SBQD=3.732;SBpi=1.2399;SBpiQual=1.4124;VQSLOD=-3.6434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,47:245:99:671,0,6801
|
|
1 145293014 rs3930949 G C 453.79 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.788;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=56.138;HRun=0;HaplotypeScore=60.1843;MQ=44.27;MQ0=5;MQRankSum=-10.165;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.586;SB=180.504;SBQD=-3.893;SBpi=-3.5560;SBpiQual=-3.8204;VQSLOD=-158.2726 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,61:249:99:484,0,5660
|
|
1 145294898 rs12026019 G A 64.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.063;DB;DP=200;DS;Dels=0.00;FS=16.088;HRun=0;HaplotypeScore=2.6377;MQ=17.50;MQ0=111;MQRankSum=-0.663;QD=0.32;ReadPosRankSum=1.540;SB=74.925;SBQD=-1.816;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0163;VQSLOD=-1.0606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,32:200:94.06:94,0,1501
|
|
1 145296372 rs4068113 A G 1001.60 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.077;DB;DP=126;Dels=0.00;FS=27.383;HRun=1;HaplotypeScore=12.8819;MQ=34.02;MQ0=20;MQRankSum=-7.564;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.753;SB=-3.359;SBQD=13.340;SBpi=2.7780;SBpiQual=2.9804;VQSLOD=-23.6051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,91:126:99:1032,0,1113
|
|
1 145297738 . A G 112.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;DP=115;Dels=0.00;FS=22.293;HRun=0;HaplotypeScore=8.5551;MQ=42.70;MQ0=5;MQRankSum=-4.722;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.149;SB=114.278;SBQD=3.070;SBpi=1.2618;SBpiQual=1.3279;VQSLOD=-9.3148 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,19:115:99:143,0,2786
|
|
1 145301470 . A G 228.32 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.918;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=21.9406;MQ=20.41;MQ0=60;MQRankSum=-5.618;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.175;SB=-123.280;SBQD=1.523;SBpi=-3.7442;SBpiQual=-4.0506;VQSLOD=-38.0856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,82:171:99:258,0,1046
|
|
1 145301587 . G T 280.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.951;DP=234;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=12.01;MQ0=115;MQRankSum=2.262;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.532;SB=-19.455;SBQD=4.708;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.6707;VQSLOD=-0.4778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,41:234:99:310,0,485
|
|
1 145302047 rs3979917 G T 917.11 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.812;DB;DP=178;Dels=0.00;FS=5.441;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=24.56;MQ0=91;MQRankSum=2.015;QD=5.15;ReadPosRankSum=-1.707;SB=-515.781;SBQD=-2.665;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.0903;VQSLOD=1.7914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,46:178:99:947,0,874
|
|
1 145311380 rs4649547 C A 1273.07 PASS AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.453;DB;DP=202;Dels=0.00;FS=12.836;HRun=0;HaplotypeScore=2.7289;MQ=37.80;MQ0=29;MQRankSum=2.735;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.146;SB=-587.834;SBQD=0.937;SBpi=-0.7878;SBpiQual=-0.7539;VQSLOD=2.4029 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,53:202:99:1303,0,3205
|
|
1 145311539 rs28640909 G C 908.93 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=28.884;HRun=1;HaplotypeScore=35.7481;MQ=32.22;MQ0=4;MQRankSum=4.001;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.951;SB=-223.217;SBQD=-12.197;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-1.0712;VQSLOD=-30.0952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,40:104:99:939,0,1165
|
|
1 145326515 . G T 645.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.305;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=22.1870;MQ=12.68;MQ0=74;MQRankSum=1.656;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.566;SB=-256.268;SBQD=-2.080;SBpi=-1.3750;SBpiQual=-1.4260;VQSLOD=-11.7767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,63:171:99:675,0,667
|
|
1 145333941 . C A 101.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.92;MQ0=3;QD=14.46;SB=-0.007;SBQD=-16.874;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.0878;VQSLOD=2.8690 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,4:7:12.03:134,12,0
|
|
1 145354129 . C T 163.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.91;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=19.64;MQ0=48;MQRankSum=2.849;QD=0.66;ReadPosRankSum=-2.838;SB=-50.383;SBQD=-0.327;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.3197;VQSLOD=-2.9108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,22:250:99:194,0,2735
|
|
1 145367083 rs10910796 G C 304.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;DB;DP=122;Dels=0.00;FS=46.057;HRun=0;HaplotypeScore=2.6182;MQ=34.09;MQ0=15;MQRankSum=-2.705;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.058;SB=114.146;SBQD=6.880;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.4560;VQSLOD=-1.9903 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,31:122:99:335,0,2127
|
|
1 145377815 . A C 172.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;DP=37;Dels=0.00;FS=34.770;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=23.31;MQ0=11;MQRankSum=0.377;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.701;SB=30.026;SBQD=10.768;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.5831;VQSLOD=0.5481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:99:203,0,346
|
|
1 145379221 rs4085149 C T 286.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.838;DB;DP=153;Dels=0.00;FS=30.120;HRun=0;HaplotypeScore=2.6761;MQ=36.97;MQ0=21;MQRankSum=-1.016;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.741;SB=95.666;SBQD=-5.421;SBpi=-1.6432;SBpiQual=-1.7103;VQSLOD=-1.0499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,30:153:99:317,0,2766
|
|
1 145383571 rs2985423 A G 987.77 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.1110;MQ=50.01;MQ0=0;QD=18.29;SB=-462.982;SBQD=1.504;SBpi=1.4969;SBpiQual=1.3833;VQSLOD=2.1593 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:84.22:1021,84,0
|
|
1 145503016 rs60662024 C A 132.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=9.7803;MQ=58.04;MQ0=0;QD=2.11;SB=-999.835;SBQD=7.752;SBpi=-0.2540;SBpiQual=0.2181;VQSLOD=-17.1311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:18.01:166,18,0
|
|
1 145514098 rs1475470 A G 1413.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.46;MQ0=0;QD=32.87;SB=-33.440;SBQD=-32.171;SBpi=-3.1262;SBpiQual=-3.3363;VQSLOD=4.3069 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1446,114,0
|
|
1 145559656 rs7519186 C T 2330.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.65;MQ0=1;QD=32.83;SB=-1260.854;SBQD=0.538;SBpi=0.1780;SBpiQual=0.1595;VQSLOD=8.0412 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2364,190,0
|
|
1 145571398 rs6424380 T C 2605.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.28;SB=-1398.455;SBQD=0.298;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.1412;VQSLOD=8.9071 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2638,208,0
|
|
1 145600255 rs4271151 C T 2371.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.55;MQ0=0;QD=32.93;SB=-1237.749;SBQD=0.548;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3601;VQSLOD=7.7664 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2404,196,0
|
|
1 145638490 rs1342125 G A 854.01 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.357;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.215;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.982;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-282.745;SBQD=-5.151;SBpi=-1.2374;SBpiQual=-1.2988;VQSLOD=3.5377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:884,0,788
|
|
1 145646645 rs10910836 G A 1015.56 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.031;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-522.485;SBQD=-0.850;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0751;VQSLOD=5.7313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:1046,0,1007
|
|
1 145671455 rs1680663 C G 585.25 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=7.144;HRun=0;HaplotypeScore=2.3913;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=2.141;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.526;SB=-298.473;SBQD=-6.047;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5205;VQSLOD=4.5988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:615,0,701
|
|
1 145690999 rs10910842 G C 873.30 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.070;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.025;SB=-352.320;SBQD=0.026;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.6899;VQSLOD=4.5024 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:903,0,832
|
|
1 145691919 . C T 724.56 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.757;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.489;SB=-378.798;SBQD=0.599;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.0831;VQSLOD=4.4517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:755,0,1080
|
|
1 145703590 rs1970612 G T 1212.66 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.474;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.255;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=19.25;ReadPosRankSum=0.211;SB=-673.345;SBQD=2.209;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1079;VQSLOD=5.6826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,42:63:99:1243,0,536
|
|
1 145982162 . A G 274.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=18.17;MQ0=35;MQRankSum=-0.973;QD=3.31;ReadPosRankSum=-2.417;SB=-71.595;SBQD=-2.211;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-0.9902;VQSLOD=-1.9449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:304,0,726
|
|
1 146039670 . C T 160.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9451;MQ=16.73;MQ0=14;MQRankSum=0.142;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.803;SB=-0.007;SBQD=-9.920;SBpi=-2.0000;SBpiQual=-2.1389;VQSLOD=-0.2996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:6.46:190,0,6
|
|
1 146163931 . C T 135.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.335;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6641;MQ=11.87;MQ0=38;MQRankSum=1.168;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.590;SB=2.985;SBQD=2.262;SBpi=1.3470;SBpiQual=1.4054;VQSLOD=-2.8233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:165,0,260
|
|
1 146217170 . C A 142.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;DP=65;Dels=0.00;FS=1.623;HRun=1;HaplotypeScore=16.6792;MQ=21.09;MQ0=30;MQRankSum=1.364;QD=2.19;ReadPosRankSum=-3.552;SB=-111.517;SBQD=-1.936;SBpi=-0.9037;SBpiQual=-0.6141;VQSLOD=-12.5425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,14:65:99:172,0,100
|
|
1 146217183 . A T 240.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.667;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=16.8308;MQ=22.58;MQ0=22;MQRankSum=0.472;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-163.696;SBQD=-0.603;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.1714;VQSLOD=-7.2753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,17:60:99:271,0,137
|
|
1 146232918 . T C 410.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.25;MQ0=0;QD=27.38;SB=-242.808;SBQD=-0.396;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.0042;VQSLOD=3.4209 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:39.10:444,39,0
|
|
1 146331480 . T A 207.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;DP=59;Dels=0.00;FS=3.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=20.68;MQ0=21;MQRankSum=-0.802;QD=3.52;ReadPosRankSum=2.345;SB=-103.798;SBQD=0.218;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.5406;VQSLOD=-0.0015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:59:99:238,0,536
|
|
1 146381433 rs4028499 T C 112.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=15.07;MQ0=25;MQRankSum=0.955;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.251;SB=-0.007;SBQD=4.492;SBpi=1.2247;SBpiQual=1.3323;VQSLOD=0.7369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,6:42:99:142,0,156
|
|
1 146390538 . G A 68.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.98;MQ0=4;QD=9.75;SB=-0.007;SBQD=-22.756;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1886;VQSLOD=4.0195 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:9.02:100,9,0
|
|
1 146392106 . G A 333.57 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.024;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.29;MQ0=14;MQRankSum=0.330;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.887;SB=-78.536;SBQD=-3.887;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.6524;VQSLOD=1.6102 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:364,0,360
|
|
1 146398906 . T C 1739.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=43.87;MQ0=1;QD=29.99;SB=-479.161;SBQD=0.287;SBpi=-2.1009;SBpiQual=-2.3018;VQSLOD=3.3889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1772,147,0
|
|
1 146406716 . G A 226.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.301;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=15.87;MQ0=40;MQRankSum=0.929;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.652;SB=-0.007;SBQD=5.959;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.1153;VQSLOD=-0.0805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:257,0,206
|
|
1 146465326 . C A 43.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.92;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.645;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.88;MQ0=63;MQRankSum=0.671;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.904;SB=-0.007;SBQD=0.554;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.4318;VQSLOD=-1.2415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,7:90:73.57:74,0,469
|
|
1 146475219 rs3897197 A G 87.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.220;DB;DP=195;Dels=0.00;FS=1.158;HRun=1;HaplotypeScore=23.4788;MQ=24.62;MQ0=82;MQRankSum=-1.120;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.710;SB=-6.030;SBQD=0.753;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.3070;VQSLOD=-12.9792 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,19:195:99:117,0,2626
|
|
1 146475223 rs4348774 C T 975.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.406;DB;DP=201;Dels=0.00;FS=10.267;HRun=0;HaplotypeScore=17.4963;MQ=24.46;MQ0=86;MQRankSum=-1.540;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.217;SB=-288.791;SBQD=4.609;SBpi=1.4049;SBpiQual=1.3460;VQSLOD=-6.7676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,67:201:99:1006,0,1520
|
|
1 146475602 rs28526876 T C 650.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.359;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9577;MQ=16.53;MQ0=176;MQRankSum=0.147;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.726;SB=-250.130;SBQD=-0.739;SBpi=-1.5105;SBpiQual=-0.9477;VQSLOD=0.5478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,142:250:99:680,0,783
|
|
1 146478123 . A G 90.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;DP=77;Dels=0.00;FS=1.548;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.04;MQ0=19;MQRankSum=0.998;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-64.405;SBQD=0.573;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.4065;VQSLOD=-0.0039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,15:77:99:121,0,971
|
|
1 146478135 . G A 82.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.355;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.8889;MQ=28.68;MQ0=13;MQRankSum=0.701;QD=1.26;ReadPosRankSum=-2.249;SB=-63.489;SBQD=-0.219;SBpi=0.2673;SBpiQual=0.2963;VQSLOD=-4.2279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,14:65:99:112,0,739
|
|
1 146478689 . T C 831.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;DP=127;Dels=0.00;FS=4.901;HRun=0;HaplotypeScore=1.7319;MQ=47.42;MQ0=4;MQRankSum=-5.354;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.643;SB=-374.713;SBQD=4.247;SBpi=0.2774;SBpiQual=0.2851;VQSLOD=-4.0318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,52:127:99:862,0,2103
|
|
1 146483607 . T C 311 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DP=106;Dels=0.00;FS=9.823;HRun=0;HaplotypeScore=1.5616;MQ=40.36;MQ0=5;MQRankSum=-5.239;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.491;SB=-38.507;SBQD=5.165;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.1798;VQSLOD=-4.8452 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,31:106:99:341,0,2059
|
|
1 146483850 . C T 858.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.131;DP=128;Dels=0.00;FS=5.132;HRun=1;HaplotypeScore=1.6643;MQ=46.14;MQ0=1;MQRankSum=-6.151;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.934;SB=-433.801;SBQD=-1.430;SBpi=-0.8928;SBpiQual=-1.0215;VQSLOD=-6.2543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,53:128:99:888,0,2432
|
|
1 146483938 . G A 130.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=83;Dels=0.00;FS=9.500;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.43;MQ0=2;MQRankSum=-6.566;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.060;SB=20.347;SBQD=-3.968;SBpi=-1.9188;SBpiQual=-2.0745;VQSLOD=-8.0844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,22:83:99:160,0,1449
|
|
1 146484027 rs11585195 G A 165.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.561;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.425;HRun=1;HaplotypeScore=1.5449;MQ=47.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.330;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.509;SB=-82.627;SBQD=0.413;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.4351;VQSLOD=-3.1120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:50:99:196,0,1148
|
|
1 146485303 . C T 965.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.864;DP=143;Dels=0.00;FS=3.406;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-5.975;QD=6.75;ReadPosRankSum=3.948;SB=-442.093;SBQD=-3.058;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.5270;VQSLOD=-5.6629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,46:143:99:996,0,2947
|
|
1 146485333 . A G 1013.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.637;DP=142;Dels=0.00;FS=0.712;HRun=0;HaplotypeScore=3.5673;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=-7.772;QD=7.14;ReadPosRankSum=-3.622;SB=-585.667;SBQD=-0.973;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.2559;VQSLOD=-11.2307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,55:142:99:1043,0,2889
|
|
1 146490223 . C T 167.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.94;MQ0=10;QD=8.39;SB=-0.007;SBQD=12.569;SBpi=1.3416;SBpiQual=1.3847;VQSLOD=1.2466 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:18.05:201,18,0
|
|
1 146493280 rs3929736 A G 1094.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=23.40;MQ0=4;QD=16.84;SB=-189.462;SBQD=24.505;SBpi=0.6822;SBpiQual=0.6910;VQSLOD=4.9322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1128,108,0
|
|
1 146499754 . T G 35.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.656;DP=72;Dels=0.00;FS=66.526;HRun=2;HaplotypeScore=5.4499;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=0.50;ReadPosRankSum=-3.074;SB=129.407;SBQD=6.465;SBpi=2.3452;SBpiQual=1.5916;VQSLOD=-8.0093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,22:72:65.67:66,0,1557
|
|
1 146501740 rs11809904 G A 1196.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.036;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=8.489;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.28;MQ0=0;MQRankSum=-5.955;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.375;SB=-589.271;SBQD=-5.896;SBpi=0.0700;SBpiQual=0.1744;VQSLOD=-2.8711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,51:99:99:1226,0,1501
|
|
1 146501792 rs11808402 T C 992.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=49.47;MQ0=0;MQRankSum=-4.777;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.912;SB=-527.956;SBQD=-2.557;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.6259;VQSLOD=-0.4931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:1023,0,1179
|
|
1 146504929 rs12123494 C T 256.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.892;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.82;MQ0=8;MQRankSum=-4.002;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-88.859;SBQD=4.733;SBpi=1.1767;SBpiQual=1.2148;VQSLOD=-2.2366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:287,0,1102
|
|
1 146514576 rs34026136 T C 619.89 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.943;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=51.97;MQ0=1;MQRankSum=-0.952;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.982;SB=-348.803;SBQD=-0.436;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.3732;VQSLOD=4.5480 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:650,0,920
|
|
1 146530540 rs612971 C G 908.24 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.399;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.985;SB=-482.317;SBQD=-6.281;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.2318;VQSLOD=4.5283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:938,0,1169
|
|
1 146530924 rs12123341 A G 653.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.163;HRun=0;HaplotypeScore=4.8904;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.798;QD=8.07;ReadPosRankSum=2.859;SB=-290.063;SBQD=-2.620;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.4997;VQSLOD=-0.7101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,27:81:99:684,0,1223
|
|
1 146535394 rs647596 A C 1123.84 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.528;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.6690;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-545.439;SBQD=0.068;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.7110;VQSLOD=3.1210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1154,0,1359
|
|
1 146546703 rs12129419 T C 575.54 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.848;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=9.28;ReadPosRankSum=2.361;SB=-306.293;SBQD=3.839;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.1685;VQSLOD=4.1249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:606,0,1196
|
|
1 146574189 rs2017489 T C 2336.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7465;MQ=59.74;MQ0=0;QD=32.91;SB=-1146.602;SBQD=-0.882;SBpi=0.6527;SBpiQual=0.5983;VQSLOD=6.9339 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2369,190,0
|
|
1 146592161 rs2354442 C A 1078.85 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.589;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.853;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.823;SB=-284.354;SBQD=5.068;SBpi=1.4368;SBpiQual=1.5268;VQSLOD=4.6230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:1109,0,1160
|
|
1 146596398 rs4950373 C T 1035 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.729;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.451;SB=-580.238;SBQD=3.111;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.0876;VQSLOD=2.6362 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1065,0,840
|
|
1 146596840 rs4950376 T G 293.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.681;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.66;MQ0=4;MQRankSum=-5.132;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.825;SB=-95.743;SBQD=4.179;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.6507;VQSLOD=-2.6957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,22:63:99:323,0,1308
|
|
1 146602026 . A G 1156.62 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.291;DP=89;Dels=0.00;FS=0.793;HRun=0;HaplotypeScore=1.7331;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-559.558;SBQD=-3.969;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.5359;VQSLOD=4.2888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:1187,0,1300
|
|
1 146602147 . C G 842.08 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;DP=75;Dels=0.00;FS=4.681;HRun=0;HaplotypeScore=3.5899;MQ=58.32;MQ0=1;MQRankSum=-1.097;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.147;SB=-445.563;SBQD=-4.241;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0196;VQSLOD=2.6617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:872,0,1002
|
|
1 146622329 . G A 844.43 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.230;DP=63;Dels=0.00;FS=3.470;HRun=3;HaplotypeScore=2.7778;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.058;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-350.592;SBQD=-2.374;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.4633;VQSLOD=2.5661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:874,0,795
|
|
1 146643163 . C G 1119.76 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.720;DP=74;Dels=0.00;FS=0.881;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.631;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.299;SB=-518.589;SBQD=1.075;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6098;VQSLOD=3.4622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1150,0,981
|
|
1 146643265 . T C 556.97 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.054;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8857;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=8.98;ReadPosRankSum=-2.172;SB=-331.733;SBQD=2.253;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.2200;VQSLOD=1.8461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:587,0,1020
|
|
1 146643495 . C A 699.14 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=63;Dels=0.00;FS=5.306;HRun=2;HaplotypeScore=1.6809;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.372;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.358;SB=-236.721;SBQD=-5.472;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.9445;VQSLOD=1.5530 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:729,0,995
|
|
1 146651451 . A G 941.51 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.599;DP=73;Dels=0.00;FS=10.564;HRun=3;HaplotypeScore=2.9554;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=12.90;ReadPosRankSum=1.040;SB=-487.505;SBQD=7.882;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.4023;VQSLOD=2.2382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:972,0,1028
|
|
1 146661550 rs7556347 C A 1198.88 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.538;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=15.57;ReadPosRankSum=0.526;SB=-644.684;SBQD=-4.689;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2861;VQSLOD=5.7244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1229,0,1179
|
|
1 146662927 rs28745885 G A 44.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.676;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=39.289;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.31;MQ0=6;MQRankSum=-0.722;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.321;SB=69.189;SBQD=-5.679;SBpi=-1.2481;SBpiQual=-1.3617;VQSLOD=-0.9728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,13:57:74.12:74,0,877
|
|
1 146674693 rs7543331 T C 266.29 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.168;HRun=1;HaplotypeScore=42.2731;MQ=50.78;MQ0=0;MQRankSum=2.155;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.129;SB=-101.802;SBQD=5.813;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.7348;VQSLOD=-43.2609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,16:70:99:296,0,554
|
|
1 146675019 rs56047816 C T 833.82 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.897;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.869;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ=54.98;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-296.842;SBQD=-5.120;SBpi=-1.2005;SBpiQual=-1.3045;VQSLOD=4.2137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:864,0,1112
|
|
1 146676207 . T A 757.48 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9993;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.706;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.547;SB=-445.239;SBQD=0.708;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2133;VQSLOD=1.8508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:787,0,1210
|
|
1 146677593 rs11239939 G A 411.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.09;MQ0=12;MQRankSum=1.519;QD=14.71;ReadPosRankSum=1.302;SB=-49.375;SBQD=21.114;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4806;VQSLOD=5.6693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:28:42.08:445,42,0
|
|
1 146683873 rs17360059 C T 1347.81 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.368;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=2.5149;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=16.05;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-736.062;SBQD=-3.866;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0735;VQSLOD=4.8153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:1378,0,1115
|
|
1 146691015 rs11239944 G A 745.86 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.558;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.363;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-396.701;SBQD=-4.073;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2057;VQSLOD=5.3237 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:776,0,1241
|
|
1 146697461 . A G 133.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=13.6825;MQ=50.89;MQ0=2;MQRankSum=-4.682;QD=2.34;ReadPosRankSum=3.083;SB=-57.069;SBQD=-0.829;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.1596;VQSLOD=-18.6345 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,13:57:99:163,0,1243
|
|
1 146697688 rs10900327 T A 887.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.494;HRun=1;HaplotypeScore=14.9605;MQ=45.22;MQ0=0;MQRankSum=1.518;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-381.331;SBQD=2.647;SBpi=1.0801;SBpiQual=1.1862;VQSLOD=-3.0574 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:917,0,724
|
|
1 146704522 . G A 448.77 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.163;DP=45;Dels=0.00;FS=5.188;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.12;MQ0=2;MQRankSum=0.480;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-211.309;SBQD=8.218;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.3490;VQSLOD=4.0518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:479,0,246
|
|
1 146707543 rs10793652 G A 768.96 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.069;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=12.21;ReadPosRankSum=-1.437;SB=-339.041;SBQD=7.171;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.6196;VQSLOD=5.4805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:799,0,802
|
|
1 146712302 rs10900330 T G 904.16 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.938;HRun=0;HaplotypeScore=8.2179;MQ=54.25;MQ0=5;MQRankSum=2.431;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-508.132;SBQD=3.306;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1825;VQSLOD=1.9465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:934,0,1001
|
|
1 146714255 rs1890040 A G 538.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.46;SB=-118.362;SBQD=-13.397;SBpi=-1.4924;SBpiQual=-1.7029;VQSLOD=4.4614 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:48.13:571,48,0
|
|
1 146717564 rs11239953 C T 682.16 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.639;SB=-335.718;SBQD=-0.160;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2460;VQSLOD=6.2164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:712,0,1237
|
|
1 146717728 rs11239955 C G 676.74 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.151;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.371;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-455.245;SBQD=-4.729;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.2825;VQSLOD=5.2601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:707,0,806
|
|
1 146723739 . C T 1246.86 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.029;DP=81;Dels=0.00;FS=1.852;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=15.39;ReadPosRankSum=-1.167;SB=-484.074;SBQD=2.693;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.8691;VQSLOD=4.3797 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1277,0,1271
|
|
1 146760507 rs6593755 G T 973.85 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.145;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=15.71;ReadPosRankSum=1.093;SB=-467.175;SBQD=6.618;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.3012;VQSLOD=5.0343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:62:99:1004,0,902
|
|
1 146764058 rs10900334 C T 2170.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.01;SB=-933.726;SBQD=-0.223;SBpi=-0.7620;SBpiQual=-0.8006;VQSLOD=8.5580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2203,178,0
|
|
1 146770341 rs7529185 T C 1036.27 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.458;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.791;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.197;SB=-552.303;SBQD=4.328;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3940;VQSLOD=4.4614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:1066,0,1269
|
|
1 146779078 . C T 691.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.04;MQ0=17;MQRankSum=1.077;QD=12.80;ReadPosRankSum=1.077;SB=-327.980;SBQD=10.187;SBpi=-0.6934;SBpiQual=-0.6514;VQSLOD=4.5097 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:69.13:724,69,0
|
|
1 146782659 rs6690405 C T 823.11 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.339;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=1.007;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=53.56;MQ0=1;MQRankSum=0.470;QD=12.29;ReadPosRankSum=-1.249;SB=-379.468;SBQD=4.194;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.8419;VQSLOD=4.9236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:853,0,807
|
|
1 146784550 rs11239981 T G 345.43 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.04;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8989;MQ=57.36;MQ0=0;QD=6.06;SB=-774.677;SBQD=-1.509;SBpi=0.8765;SBpiQual=0.7380;VQSLOD=1.6555 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:36.04:378,36,0
|
|
1 146785023 rs10793674 C A 3403.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1382.400;SBQD=0.525;SBpi=1.3132;SBpiQual=1.4904;VQSLOD=8.2367 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3404,262,0
|
|
1 146786080 rs885305 G A 1258.52 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.044;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.906;HRun=0;HaplotypeScore=1.7331;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.303;SB=-603.248;SBQD=-3.607;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1573;VQSLOD=5.2133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1289,0,1227
|
|
1 146787380 rs10793675 T A 1369.10 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.793;HRun=0;HaplotypeScore=2.7778;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.924;SB=-673.350;SBQD=0.571;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.1098;VQSLOD=4.7664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1399,0,1423
|
|
1 146792833 rs6593771 C G 4241.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1902.836;SBQD=1.535;SBpi=-0.9206;SBpiQual=-0.8610;VQSLOD=8.1184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:4241,331,0
|
|
1 146797528 . C T 58.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=9.11;MQ0=47;QD=1.04;SB=-0.007;SBQD=4.336;SBpi=0.9037;SBpiQual=0.9394;VQSLOD=-1.3614 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,13:56:9.01:91,9,0
|
|
1 146803630 rs6677679 C T 857.33 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.370;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8650;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=14.53;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-285.691;SBQD=1.669;SBpi=1.2374;SBpiQual=1.3024;VQSLOD=4.5422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:887,0,717
|
|
1 146814258 rs2883321 C T 1139.43 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.154;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=9.175;HRun=5;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=14.61;ReadPosRankSum=1.914;SB=-540.610;SBQD=6.688;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.4866;VQSLOD=4.3281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1169,0,1151
|
|
1 146842342 rs11240009 A G 901.42 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.772;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=9.997;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-496.451;SBQD=10.274;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.5542;VQSLOD=6.1843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:931,0,813
|
|
1 146847545 rs11240011 C T 711.29 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.761;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=7.686;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=27.35;MQ0=9;MQRankSum=0.712;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-311.376;SBQD=-1.080;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8445;VQSLOD=5.0311 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:74:99:741,0,631
|
|
1 146850972 rs34602039 G A 1001.38 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.469;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.098;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.645;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.157;SB=-485.286;SBQD=-2.717;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3144;VQSLOD=4.8130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:1031,0,1357
|
|
1 146852536 rs12093870 A C 783.52 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.720;HRun=0;HaplotypeScore=5.1529;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.473;SB=-455.569;SBQD=5.569;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0602;VQSLOD=2.5246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:814,0,643
|
|
1 146871847 rs2353973 A G 487.23 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.122;HRun=0;HaplotypeScore=2.5343;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.296;SB=-351.844;SBQD=1.597;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.5486;VQSLOD=4.6065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:517,0,1007
|
|
1 146882616 rs11240030 G A 1601.81 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.301;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=6.091;HRun=3;HaplotypeScore=1.9995;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=14.83;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-746.646;SBQD=4.933;SBpi=0.7878;SBpiQual=0.8549;VQSLOD=3.9669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:108:99:1632,0,1558
|
|
1 146904124 rs56321145 G C 81.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=24.8968;MQ=59.85;MQ0=1;MQRankSum=-1.595;QD=1.31;ReadPosRankSum=-3.043;SB=-6.586;SBQD=0.523;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.0251;VQSLOD=-20.1040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,7:62:99:111,0,195
|
|
1 146915298 . T A 2015.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.35;MQ0=2;QD=26.87;SB=-1096.152;SBQD=-4.490;SBpi=-0.0577;SBpiQual=-0.0808;VQSLOD=3.7266 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2048,168,0
|
|
1 146921265 rs10900368 C G 1176.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=5.566;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=46.97;MQ0=3;MQRankSum=-4.462;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.111;SB=-478.816;SBQD=-5.765;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.3822;VQSLOD=0.3155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:1207,0,1288
|
|
1 146923978 rs11240054 T C 940.64 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.314;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.025;HRun=0;HaplotypeScore=2.5184;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-476.428;SBQD=1.530;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.0556;VQSLOD=5.1202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:971,0,1155
|
|
1 146936949 rs2803528 C T 955 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.288;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.137;SB=-445.040;SBQD=-3.794;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.5792;VQSLOD=5.3736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:985,0,873
|
|
1 146953869 rs4950445 A G 1013.33 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.108;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=14.90;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-436.359;SBQD=2.199;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.6342;VQSLOD=4.8607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1043,0,1079
|
|
1 146955124 . T C 46.82 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.14;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=63;Dels=0.00;FS=1.432;HRun=0;HaplotypeScore=100.5169;MQ=62.49;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=0.74;ReadPosRankSum=3.310;SB=-808.717;SBQD=-0.912;SBpi=0.2722;SBpiQual=0.3135;VQSLOD=-263.3431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,54:63:19.53:77,0,20
|
|
1 146964465 rs61838369 G C 1023.73 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.578;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.833;HRun=0;HaplotypeScore=4.6306;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=12.33;ReadPosRankSum=1.434;SB=-477.419;SBQD=-1.953;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2645;VQSLOD=3.3566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:1054,0,1469
|
|
1 146967003 rs2501952 C A 580.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6567;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=16.58;ReadPosRankSum=1.016;SB=-221.570;SBQD=-5.284;SBpi=-1.1674;SBpiQual=-1.4557;VQSLOD=3.4748 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:35:54.13:613,54,0
|
|
1 146982763 rs12141187 C T 985.01 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.642;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.534;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.404;QD=17.91;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-464.430;SBQD=-1.908;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4516;VQSLOD=5.1993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,35:55:99:1015,0,540
|
|
1 147002022 rs11240076 C T 1905.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8237;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.32;SB=-828.383;SBQD=6.220;SBpi=0.8062;SBpiQual=1.1458;VQSLOD=5.6605 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1939,153,0
|
|
1 147040940 rs2353542 A T 2881.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.90;MQ0=0;QD=33.90;SB=-1096.427;SBQD=-8.401;SBpi=-0.7050;SBpiQual=-1.2235;VQSLOD=7.5518 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:85:99:2915,238,0
|
|
1 147053340 rs672607 A G 2404.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=34.35;SB=-1268.691;SBQD=4.306;SBpi=-0.2390;SBpiQual=0.0648;VQSLOD=8.2472 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2438,199,0
|
|
1 147056283 rs10793692 A T 2436.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.91;MQ0=0;QD=32.49;SB=-1080.987;SBQD=1.012;SBpi=-1.0970;SBpiQual=-1.1369;VQSLOD=7.2482 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2470,196,0
|
|
1 147087721 rs3737843 T A 2827.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.79;SB=-1494.364;SBQD=-0.400;SBpi=0.1688;SBpiQual=0.1373;VQSLOD=9.0847 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2860,220,0
|
|
1 147100693 . C T 1132.86 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.29;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7178;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=21.37;ReadPosRankSum=0.768;SB=-513.950;SBQD=-1.606;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5907;VQSLOD=2.1967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,37:53:99:1163,0,388
|
|
1 147130661 rs33965274 C T 2701.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76;SB=-1248.984;SBQD=-3.897;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.6810;VQSLOD=7.8090 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2734,220,0
|
|
1 147150335 rs6683843 A C 3089.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.71;MQ0=0;QD=34.32;SB=-1480.345;SBQD=-1.577;SBpi=-0.4216;SBpiQual=-0.5505;VQSLOD=7.1138 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3122,250,0
|
|
1 147168846 rs11585427 T G 2320.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.82;MQ0=0;QD=30.14;SB=-1268.393;SBQD=0.410;SBpi=0.2849;SBpiQual=0.1928;VQSLOD=6.8656 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2354,196,0
|
|
1 147172331 rs2353518 T C 1798.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=29.00;SB=-927.812;SBQD=2.797;SBpi=0.1270;SBpiQual=0.3979;VQSLOD=6.2194 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1831,162,0
|
|
1 147212534 rs1418647 T G 2010.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.90;SB=-994.802;SBQD=-0.105;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.2816;VQSLOD=8.8436 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2043,162,0
|
|
1 147244441 rs12408247 C T 2269.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6897;MQ=58.78;MQ0=0;QD=32.89;SB=-1238.487;SBQD=-0.227;SBpi=-0.0602;SBpiQual=-0.1051;VQSLOD=5.6322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2302,187,0
|
|
1 147255545 rs6703038 T C 2135.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.1614;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.36;SB=-1196.301;SBQD=-0.097;SBpi=-0.1231;SBpiQual=-0.1789;VQSLOD=4.2390 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2169,172,0
|
|
1 147297076 rs1390451 T G 1887.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=31.46;SB=-927.998;SBQD=1.286;SBpi=-0.7746;SBpiQual=-0.7423;VQSLOD=7.3410 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1921,150,0
|
|
1 147309211 rs7528440 C A 2827.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.25;SB=-1427.631;SBQD=-0.989;SBpi=-0.1132;SBpiQual=-0.1937;VQSLOD=8.5596 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2861,226,0
|
|
1 147310661 rs7536576 A G 786.35 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.7791;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-381.172;SBQD=0.719;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5197;VQSLOD=3.0212 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:816,0,1007
|
|
1 147314153 rs10900400 A G 858.24 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-566.456;SBQD=3.293;SBpi=-0.2402;SBpiQual=0.0465;VQSLOD=5.1555 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:888,0,689
|
|
1 147317369 rs4950491 T C 2213.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=29.12;SB=-1231.051;SBQD=3.241;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.5829;VQSLOD=6.5199 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2246,178,0
|
|
1 147347030 rs6670878 A T 132.65 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6643;MQ=11.96;MQ0=10;MQRankSum=-0.520;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.041;SB=-0.007;SBQD=-6.633;SBpi=-1.1000;SBpiQual=-1.0846;VQSLOD=1.8607 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:30:17.98:166,18,0
|
|
1 147351714 rs56032730 T A 36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=20.434;HRun=1;HaplotypeScore=4.7187;MQ=40.32;MQ0=1;MQRankSum=1.102;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.637;SB=-47.279;SBQD=23.194;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.2921;VQSLOD=-0.1253 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,17:25:8.96:68,9,0
|
|
1 147375707 rs1495960 T G 2940.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.44;MQ0=0;QD=33.80;SB=-1085.652;SBQD=1.961;SBpi=1.4474;SBpiQual=1.6550;VQSLOD=6.9278 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2973,238,0
|
|
1 147389723 . A G 80.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DP=64;Dels=0.00;FS=4.518;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-5.365;QD=1.26;ReadPosRankSum=3.264;SB=-31.236;SBQD=1.278;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.6184;VQSLOD=-5.7343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,12:64:99:110,0,1749
|
|
1 147390578 . T C 48.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;DP=96;Dels=0.00;FS=7.698;HRun=1;HaplotypeScore=2.6493;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=-6.392;QD=0.51;ReadPosRankSum=-0.489;SB=78.228;SBQD=2.965;SBpi=2.0616;SBpiQual=2.2136;VQSLOD=-7.5932 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,17:96:78.86:79,0,2633
|
|
1 147391067 . G A 1906.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.611;DP=156;Dels=0.00;FS=17.558;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-3.345;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-623.378;SBQD=8.136;SBpi=0.8250;SBpiQual=0.9115;VQSLOD=-0.1007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,72:156:99:1937,0,2727
|
|
1 147391832 rs7556109 A G 512.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.757;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=3.187;HRun=0;HaplotypeScore=3.9055;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.891;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.695;SB=-259.110;SBQD=0.523;SBpi=0.2887;SBpiQual=-0.0095;VQSLOD=-2.9048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,27:99:99:542,0,1987
|
|
1 147393170 rs61811297 T C 234.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.997;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.977;HRun=0;HaplotypeScore=1.9891;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=-5.190;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-201.032;SBQD=-5.344;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.7682;VQSLOD=-2.3367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,21:66:99:265,0,1482
|
|
1 147393703 . C T 2263.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.925;DP=168;Dels=0.00;FS=26.009;HRun=0;HaplotypeScore=2.7463;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-7.265;QD=13.47;ReadPosRankSum=3.168;SB=-1046.735;SBQD=9.726;SBpi=0.1104;SBpiQual=0.1566;VQSLOD=-8.7693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,82:168:99:2293,0,2620
|
|
1 147393834 . T C 497.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.558;DP=110;Dels=0.00;FS=20.240;HRun=0;HaplotypeScore=3.8191;MQ=52.40;MQ0=0;MQRankSum=-7.259;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.902;SB=-176.609;SBQD=-7.840;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.2440;VQSLOD=-9.4063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,36:110:99:528,0,2536
|
|
1 147394166 . A G 213.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;DP=96;Dels=0.00;FS=3.776;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-6.600;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.529;SB=-200.240;SBQD=-1.175;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.1542;VQSLOD=-6.7605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,26:96:99:243,0,1958
|
|
1 147394465 . C G 180.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DP=87;Dels=0.00;FS=4.739;HRun=0;HaplotypeScore=2.6629;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=-5.929;QD=2.07;ReadPosRankSum=-2.384;SB=-100.620;SBQD=-1.659;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6519;VQSLOD=-7.1554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,26:87:99:210,0,1196
|
|
1 147412679 rs9438060 A T 481.85 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.157;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=6.721;HRun=0;HaplotypeScore=1.7206;MQ=36.27;MQ0=5;MQRankSum=-1.762;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-249.274;SBQD=-9.769;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.2610;VQSLOD=2.5201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:62:99:512,0,1001
|
|
1 147487608 . C G 35.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=8.37;MQ0=43;MQRankSum=0.727;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.727;SB=-0.007;SBQD=-1.402;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.3547;VQSLOD=-2.0655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,28:48:6.01:67,6,0
|
|
1 147524119 . C G 563.47 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=32.14;MQ0=9;MQRankSum=1.135;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.060;SB=-113.887;SBQD=-12.245;SBpi=-2.0655;SBpiQual=-2.1850;VQSLOD=2.1330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,31:38:48.15:596,48,0
|
|
1 147526933 . C T 153.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=9.55;MQ0=55;QD=2.00;SB=-26.648;SBQD=4.005;SBpi=0.2774;SBpiQual=0.4784;VQSLOD=-1.3242 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,52:77:21.01:187,21,0
|
|
1 147707754 rs4950296 A C 470.84 PASS AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.48;MQ0=10;MQRankSum=-1.694;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.472;SB=-229.581;SBQD=7.811;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.4121;VQSLOD=3.7726 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,26:36:99:501,0,221
|
|
1 147752646 rs2932427 C G 1693.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.53;MQ0=0;QD=31.37;SB=-787.971;SBQD=-3.929;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4198;VQSLOD=7.6766 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1727,138,0
|
|
1 147758513 . T C 541.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=17.53;MQ0=14;QD=10.62;SB=-254.592;SBQD=-0.098;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.7927;VQSLOD=2.9454 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:51:63.03:575,63,0
|
|
1 147800481 rs12402827 T G 2154.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.06;MQ0=0;QD=29.12;SB=-1157.660;SBQD=-8.502;SBpi=0.3487;SBpiQual=-0.2283;VQSLOD=6.9850 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2188,192,0
|
|
1 147851954 . C T 1209.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.27;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.812;DP=135;Dels=0.00;FS=2.985;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=30.57;MQ0=1;MQRankSum=-5.041;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.825;SB=-553.293;SBQD=-3.786;SBpi=0.0503;SBpiQual=0.0292;VQSLOD=-2.3422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,99:135:99:1239,0,813
|
|
1 147852108 . A G 33.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;DP=68;Dels=0.00;FS=1.478;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=27.74;MQ0=1;MQRankSum=-5.081;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-91.666;SBQD=-2.611;SBpi=2.4333;SBpiQual=2.6228;VQSLOD=-5.0748 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:63.68:64,0,726
|
|
1 147919966 . T C 1444.13 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.867;DP=209;Dels=0.00;FS=6.854;HRun=0;HaplotypeScore=2.9212;MQ=26.57;MQ0=32;MQRankSum=0.584;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.430;SB=-585.329;SBQD=-4.172;SBpi=-0.4341;SBpiQual=-0.5358;VQSLOD=2.2932 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,65:209:99:1474,0,3002
|
|
1 147924053 . G A 759.63 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.807;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=15.94;MQ0=39;MQRankSum=-0.869;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-297.104;SBQD=-0.146;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.5660;VQSLOD=1.7862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,61:130:99:790,0,768
|
|
1 147935096 . A T 129.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.432;DP=57;Dels=0.00;FS=5.281;HRun=0;HaplotypeScore=1.9203;MQ=25.18;MQ0=15;MQRankSum=-1.116;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.173;SB=23.993;SBQD=-4.618;SBpi=-1.7321;SBpiQual=-1.8930;VQSLOD=-1.7451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,12:57:99:160,0,709
|
|
1 147994796 . T C 106.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=11.09;MQ0=15;QD=4.42;SB=-51.948;SBQD=5.451;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.5275;VQSLOD=0.3216 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:17.92:139,18,0
|
|
1 147999295 rs2655548 G A 1863.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.512;DB;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=26.304;HRun=0;HaplotypeScore=6.3481;MQ=25.16;MQ0=4;MQRankSum=-4.146;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-736.626;SBQD=-2.607;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.5852;VQSLOD=-3.2760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,120:239:99:1893,0,2555
|
|
1 148001232 rs61810182 T C 910.32 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.102;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.458;HRun=0;HaplotypeScore=148.3779;MQ=37.46;MQ0=11;MQRankSum=-3.831;QD=3.64;ReadPosRankSum=-2.709;SB=-262.912;SBQD=-2.505;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.4439;VQSLOD=-631.7208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,64:250:99:940,0,5096
|
|
1 148003801 . C T 201.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.514;DP=145;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.79;MQ0=2;MQRankSum=1.360;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-107.249;SBQD=0.493;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.1075;VQSLOD=-0.6057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,37:145:99:232,0,1389
|
|
1 148005315 . C T 165.98 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=66.0351;MQ=13.91;MQ0=152;MQRankSum=-0.319;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-0.007;SBQD=-1.150;SBpi=-2.2451;SBpiQual=-2.4366;VQSLOD=-120.7415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:219,31:250:99:196,0,1042
|
|
1 148011566 . G T 460.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.447;DP=178;DS;Dels=0.00;FS=13.627;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=23.18;MQ0=0;MQRankSum=4.847;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.109;SB=27.003;SBQD=-7.584;SBpi=-3.0414;SBpiQual=-3.2965;VQSLOD=-4.9221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,37:178:99:490,0,1090
|
|
1 148019297 . A T 64.64 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;DP=82;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=87.3260;MQ=29.39;MQ0=25;MQRankSum=-0.950;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-139.659;SBQD=-2.546;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2270;VQSLOD=-205.6335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,19:82:94.63:95,0,397
|
|
1 148019562 . A G 429.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.48;MQ0=97;MQRankSum=1.257;QD=3.31;ReadPosRankSum=1.330;SB=-0.007;SBQD=-11.077;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.6722;VQSLOD=1.1173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,38:130:99:460,0,217
|
|
1 148209031 . G A 332.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.434;DP=197;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=9.24;MQ0=148;MQRankSum=-1.212;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.555;SB=3.003;SBQD=3.324;SBpi=0.9574;SBpiQual=0.9779;VQSLOD=-2.1829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,132:197:99:363,0,146
|
|
1 148220672 . A G 852.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.418;DP=111;Dels=0.00;FS=66.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=29.31;MQ0=12;MQRankSum=1.223;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.715;SB=74.838;SBQD=13.952;SBpi=3.2787;SBpiQual=3.1318;VQSLOD=-3.3023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,43:111:99:882,0,1396
|
|
1 148231777 . C T 115.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.507;DP=78;Dels=0.00;FS=19.430;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.93;MQ0=36;MQRankSum=2.835;QD=1.48;ReadPosRankSum=1.233;SB=50.901;SBQD=-4.773;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-1.0793;VQSLOD=-1.3185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,20:78:99:146,0,733
|
|
1 148246479 . A T 202.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=10.9564;MQ=16.48;MQ0=114;MQRankSum=-2.691;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.114;SB=-0.007;SBQD=2.798;SBpi=1.5765;SBpiQual=1.7378;VQSLOD=-10.3443 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,17:162:99:233,0,709
|
|
1 148343177 . T G 230.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.759;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=23.2448;MQ=26.73;MQ0=25;MQRankSum=0.584;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-25.801;SBQD=3.111;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2992;VQSLOD=-14.4954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,30:121:99:260,0,1094
|
|
1 148352361 . G A 162.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.860;DP=59;Dels=0.00;FS=2.409;HRun=0;HaplotypeScore=10.8205;MQ=49.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.862;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.310;SB=15.029;SBQD=3.287;SBpi=1.8708;SBpiQual=2.0372;VQSLOD=-7.9591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,14:59:99:192,0,1456
|
|
1 148355549 . G A 357.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.061;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ=19.50;MQ0=32;MQRankSum=1.471;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.844;SB=5.955;SBQD=-6.061;SBpi=-2.0587;SBpiQual=-2.2108;VQSLOD=-1.2550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,43:119:99:387,0,676
|
|
1 148520520 rs512049 T C 220.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DB;DP=126;Dels=0.00;FS=47.467;HRun=0;HaplotypeScore=1.9157;MQ=33.68;MQ0=21;MQRankSum=-1.465;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.559;SB=123.252;SBQD=-5.987;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-1.2993;VQSLOD=-0.9080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,27:126:99:250,0,2226
|
|
1 148533449 rs61811263 T G 660.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=5.228;HRun=0;HaplotypeScore=2.2312;MQ=41.94;MQ0=3;MQRankSum=-4.730;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.631;SB=-422.109;SBQD=-4.996;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.1735;VQSLOD=-1.3516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:76:99:690,0,767
|
|
1 148540148 . C T 92.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.735;DP=125;Dels=0.00;FS=28.557;HRun=0;HaplotypeScore=1.7998;MQ=30.51;MQ0=20;MQRankSum=2.408;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.710;SB=119.903;SBQD=2.795;SBpi=1.3056;SBpiQual=1.4885;VQSLOD=-3.3168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,33:125:99:123,0,2195
|
|
1 148552469 . G A 175.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.016;DP=106;Dels=0.00;FS=19.991;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=17.01;MQ0=52;MQRankSum=-2.650;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.357;SB=39.096;SBQD=-3.253;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.3105;VQSLOD=-2.6614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,36:106:99:206,0,883
|
|
1 148552890 . A G 120.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.364;DP=86;Dels=0.00;FS=6.069;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=20.06;MQ0=27;MQRankSum=-0.136;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.390;SB=-18.715;SBQD=1.657;SBpi=1.9498;SBpiQual=2.0117;VQSLOD=-3.5718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,27:86:99:151,0,758
|
|
1 148554836 . G A 295.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.474;DP=76;Dels=0.00;FS=2.966;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=24.08;MQ0=35;MQRankSum=-0.068;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-220.086;SBQD=-3.365;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.3200;VQSLOD=0.8346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,28:76:99:325,0,406
|
|
1 148556634 rs28694741 C G 320.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.279;DB;DP=136;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.9368;MQ=50.96;MQ0=4;MQRankSum=-5.089;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-176.788;SBQD=0.422;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7600;VQSLOD=-6.5907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,29:136:99:350,0,2919
|
|
1 148556743 . G A 192.98 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.701;DP=108;Dels=0.00;FS=8.589;HRun=0;HaplotypeScore=30.6127;MQ=53.75;MQ0=2;MQRankSum=-3.331;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.151;SB=21.534;SBQD=3.216;SBpi=1.4184;SBpiQual=1.6324;VQSLOD=-29.0929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,20:108:99:223,0,2224
|
|
1 148560574 rs61812059 G A 1162.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;DB;DP=156;Dels=0.00;FS=1.349;HRun=1;HaplotypeScore=2.1434;MQ=39.59;MQ0=11;MQRankSum=-8.473;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.517;SB=-653.585;SBQD=-1.116;SBpi=-0.8232;SBpiQual=-0.7756;VQSLOD=-9.6539 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,83:156:99:1193,0,1873
|
|
1 148569411 . G A 328.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.440;DP=121;Dels=0.00;FS=33.193;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=21.92;MQ0=39;MQRankSum=-2.152;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.381;SB=-5.651;SBQD=-5.095;SBpi=-1.0104;SBpiQual=-1.1288;VQSLOD=-0.3141 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,48:121:99:359,0,1097
|
|
1 148569954 rs1964846 T C 138.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.502;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=9.128;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=42.69;MQ0=9;MQRankSum=-6.666;QD=1.18;ReadPosRankSum=-2.622;SB=2.349;SBQD=2.333;SBpi=1.8415;SBpiQual=2.1024;VQSLOD=-7.6223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,39:118:99:169,0,2403
|
|
1 148570469 . C T 498.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=102;Dels=0.00;FS=9.736;HRun=0;HaplotypeScore=2.4558;MQ=22.75;MQ0=33;MQRankSum=-2.192;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.426;SB=-252.096;SBQD=-0.482;SBpi=0.0845;SBpiQual=-0.1454;VQSLOD=-0.1166 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,34:102:99:528,0,626
|
|
1 148570951 . C T 115.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.160;DP=232;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8907;MQ=10.55;MQ0=141;MQRankSum=0.423;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.125;SB=2.980;SBQD=0.851;SBpi=1.2010;SBpiQual=1.3741;VQSLOD=-2.5194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,39:232:99:145,0,764
|
|
1 148597368 . A G 84.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=14.69;MQ0=51;MQRankSum=-1.481;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.180;SB=-0.007;SBQD=-1.446;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.4798;VQSLOD=-0.4964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,32:79:99:115,0,250
|
|
1 148637513 . C T 46.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=5.20;MQ0=94;QD=0.49;SB=-0.007;SBQD=0.729;SBpi=1.5749;SBpiQual=1.7658;VQSLOD=-2.8982 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,62:96:6.02:78,6,0
|
|
1 148662062 . T C 74.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.133;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.5795;MQ=22.29;MQ0=17;MQRankSum=-1.332;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.713;SB=21.000;SBQD=-1.497;SBpi=-1.8856;SBpiQual=-2.0548;VQSLOD=-4.5519 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,18:113:99:105,0,1403
|
|
1 148673768 . G T 83.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.525;DP=154;DS;Dels=0.00;FS=15.441;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=11.03;MQ0=92;MQRankSum=-2.726;QD=0.54;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-9.070;SBQD=1.077;SBpi=0.8890;SBpiQual=0.9188;VQSLOD=-1.2497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,54:154:99:113,0,612
|
|
1 148679248 . T A 379.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DP=218;Dels=0.00;FS=14.919;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=13.60;MQ0=103;MQRankSum=-0.257;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.439;SB=30.285;SBQD=3.898;SBpi=0.9690;SBpiQual=0.9601;VQSLOD=-1.9084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,45:218:99:409,0,1309
|
|
1 148681364 . C A 639.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DP=177;Dels=0.00;FS=5.514;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.14;MQ0=92;MQRankSum=0.487;QD=3.61;ReadPosRankSum=-1.960;SB=8.987;SBQD=5.259;SBpi=2.8770;SBpiQual=3.0593;VQSLOD=-3.6085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,37:177:99:669,0,1109
|
|
1 148759116 . A G 549.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;DP=50;Dels=0.00;FS=3.463;HRun=0;HaplotypeScore=26.9508;MQ=29.23;MQ0=9;MQRankSum=2.593;QD=10.99;ReadPosRankSum=3.711;SB=-304.775;SBQD=2.444;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6213;VQSLOD=-13.4150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:88.80:579,0,89
|
|
1 148759410 . A G 323.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.21;MQ0=42;MQRankSum=0.803;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.614;SB=-0.007;SBQD=-11.503;SBpi=-1.2005;SBpiQual=-1.3254;VQSLOD=1.0906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:86.93:353,0,87
|
|
1 148789141 . G A 2665.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DP=151;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.80;MQ0=47;MQRankSum=1.666;QD=17.65;ReadPosRankSum=0.866;SB=-905.920;SBQD=-4.758;SBpi=-1.2588;SBpiQual=-1.3557;VQSLOD=3.5613 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,142:151:99:2698,294,0
|
|
1 148799715 . C A 244.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.512;DP=152;Dels=0.00;FS=2.035;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.26;MQ0=77;MQRankSum=1.209;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.728;SB=-39.867;SBQD=2.224;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.6531;VQSLOD=-0.7735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,27:152:99:275,0,1143
|
|
1 148818982 . G A 32.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=5.59;MQ0=99;MQRankSum=1.493;QD=0.29;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-0.007;SBQD=0.683;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7337;VQSLOD=-1.0525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,20:112:47.04:62,0,47
|
|
1 148828339 . G C 33.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=12.18;MQ0=95;MQRankSum=-3.367;QD=0.30;ReadPosRankSum=-1.156;SB=9.023;SBQD=-0.452;SBpi=-1.3339;SBpiQual=-1.1512;VQSLOD=-3.1030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,16:112:63.31:63,0,335
|
|
1 148833601 . C T 51.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.859;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=8.68;MQ0=56;MQRankSum=-0.541;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.877;SB=24.082;SBQD=-1.400;SBpi=-2.1000;SBpiQual=-2.2898;VQSLOD=-1.5925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,25:81:59.82:81,0,60
|
|
1 148842569 . A T 35.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DP=240;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=16.2640;MQ=8.36;MQ0=178;MQRankSum=1.233;QD=0.15;ReadPosRankSum=-0.641;SB=11.941;SBQD=0.326;SBpi=0.9899;SBpiQual=1.0340;VQSLOD=-9.6281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,50:240:65.58:66,0,202
|
|
1 148844392 . G A 113.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.018;DP=147;Dels=0.00;FS=4.144;HRun=2;HaplotypeScore=2.7186;MQ=17.84;MQ0=43;MQRankSum=-1.746;QD=0.77;ReadPosRankSum=-2.014;SB=-61.368;SBQD=-1.376;SBpi=2.4333;SBpiQual=2.6446;VQSLOD=-4.1230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,38:147:99:143,0,1119
|
|
1 148845176 . A C 435.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=118;Dels=0.00;FS=7.046;HRun=0;HaplotypeScore=1.7781;MQ=32.32;MQ0=10;MQRankSum=-7.357;QD=3.69;ReadPosRankSum=4.229;SB=-157.964;SBQD=2.346;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.4709;VQSLOD=-9.4673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,36:118:99:465,0,1703
|
|
1 148847127 rs2840869 G A 570.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DB;DP=220;DS;Dels=0.00;FS=4.180;HRun=0;HaplotypeScore=3.8112;MQ=21.04;MQ0=87;MQRankSum=1.188;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.950;SB=-288.597;SBQD=1.578;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.4739;VQSLOD=0.1262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,43:220:99:601,0,1687
|
|
1 148848417 . G A 2087.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.502;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=10.834;HRun=1;HaplotypeScore=23.7408;MQ=50.78;MQ0=9;MQRankSum=0.075;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-837.632;SBQD=-5.541;SBpi=-0.4617;SBpiQual=-0.4689;VQSLOD=-11.8264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,90:243:99:2117,0,4021
|
|
1 148849354 . C T 70.18 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.91;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;DP=106;Dels=0.00;FS=13.341;HRun=3;HaplotypeScore=54.7430;MQ=26.61;MQ0=33;MQRankSum=-0.858;QD=0.66;ReadPosRankSum=-2.495;SB=86.962;SBQD=3.581;SBpi=1.5811;SBpiQual=1.6833;VQSLOD=-91.0443 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,10:106:99:100,0,543
|
|
1 148850596 . A T 862.09 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.130;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.520;HRun=1;HaplotypeScore=40.7450;MQ=44.04;MQ0=11;MQRankSum=2.737;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.287;SB=-417.822;SBQD=0.206;SBpi=-0.7702;SBpiQual=-0.7121;VQSLOD=-42.2834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,51:250:99:892,0,4211
|
|
1 148855203 rs2907975 C T 42.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.19;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.650;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=2.869;HRun=1;HaplotypeScore=5.7611;MQ=34.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.650;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.550;SB=-90.799;SBQD=-12.213;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-1.0401;VQSLOD=-1.7555 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,17:22:56.22:72,0,56
|
|
1 148855898 . T C 496.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DP=85;Dels=0.00;FS=1.627;HRun=0;HaplotypeScore=21.2839;MQ=26.41;MQ0=1;MQRankSum=-1.543;QD=5.84;ReadPosRankSum=-2.070;SB=-66.762;SBQD=4.441;SBpi=1.2780;SBpiQual=1.5743;VQSLOD=-12.1308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,30:85:99:527,0,1142
|
|
1 148857287 . G T 302.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.460;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=10.7356;MQ=11.77;MQ0=104;MQRankSum=4.870;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.162;SB=2.974;SBQD=2.010;SBpi=1.3974;SBpiQual=1.6112;VQSLOD=-6.0459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,32:239:99:333,0,291
|
|
1 148863396 rs61812501 C T 1381.57 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.182;DB;DP=235;Dels=0.00;FS=2.271;HRun=1;HaplotypeScore=208.6402;MQ=27.93;MQ0=55;MQRankSum=4.242;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-377.675;SBQD=4.703;SBpi=1.4152;SBpiQual=1.9800;VQSLOD=-1217.4082 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,91:235:99:1412,0,2551
|
|
1 148864088 . G A 317.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.103;DP=180;DS;Dels=0.00;FS=0.862;HRun=0;HaplotypeScore=69.3709;MQ=20.97;MQ0=50;MQRankSum=-1.447;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.345;SB=-141.132;SBQD=0.731;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.0632;VQSLOD=-123.4349 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,43:180:99:348,0,1959
|
|
1 148866322 . A G 684.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.346;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=8.943;HRun=1;HaplotypeScore=2.2829;MQ=31.63;MQ0=59;MQRankSum=-0.635;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-348.414;SBQD=-1.063;SBpi=0.0700;SBpiQual=0.1801;VQSLOD=0.3722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,51:249:99:715,0,3375
|
|
1 148868137 . C T 220.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.318;DP=190;Dels=0.00;FS=66.635;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=38.08;MQ0=14;MQRankSum=-2.347;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.024;SB=228.061;SBQD=4.373;SBpi=1.4600;SBpiQual=1.5792;VQSLOD=-3.1277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,38:190:99:251,0,3687
|
|
1 148869533 rs61809915 T C 907.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.338;DB;DP=215;Dels=0.00;FS=1.634;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=37.27;MQ0=50;MQRankSum=-1.606;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.470;SB=-240.003;SBQD=1.999;SBpi=1.1902;SBpiQual=1.2234;VQSLOD=0.3776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,51:215:99:938,0,4107
|
|
1 148870360 . A G 1125.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.89;MQ0=66;QD=9.53;SB=-419.643;SBQD=6.099;SBpi=1.1250;SBpiQual=1.2961;VQSLOD=2.9076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,63:118:99:1158,138,0
|
|
1 148876595 rs4089281 C G 879.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.084;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=9.406;HRun=0;HaplotypeScore=8.3705;MQ=19.20;MQ0=76;MQRankSum=3.874;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.341;SB=-489.273;SBQD=-6.955;SBpi=-1.4984;SBpiQual=-2.1027;VQSLOD=-1.9476 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,107:250:99:909,0,978
|
|
1 148876849 . T G 693.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.98;MQ0=165;MQRankSum=-0.057;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.648;SB=-0.007;SBQD=-5.964;SBpi=-1.3279;SBpiQual=-1.4291;VQSLOD=0.1547 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,75:250:99:723,0,822
|
|
1 148877542 rs7520247 T A 221.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.170;DB;DP=233;Dels=0.00;FS=1.395;HRun=0;HaplotypeScore=14.3448;MQ=17.41;MQ0=150;MQRankSum=1.555;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-59.005;SBQD=-2.121;SBpi=-0.0845;SBpiQual=0.0186;VQSLOD=-5.0025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,35:233:99:252,0,981
|
|
1 148878303 . G A 626.68 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.338;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=48.3463;MQ=33.92;MQ0=8;MQRankSum=-3.956;QD=2.51;ReadPosRankSum=3.476;SB=-249.518;SBQD=0.410;SBpi=1.0714;SBpiQual=1.2439;VQSLOD=-62.9993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,47:250:99:657,0,4699
|
|
1 148883608 . A G 103.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;DP=249;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=10.97;MQ0=175;MQRankSum=0.554;QD=0.41;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-54.165;SBQD=0.194;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6163;VQSLOD=-1.3297 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,24:249:99:133,0,687
|
|
1 148887541 . T C 314.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=226;DS;Dels=0.00;FS=14.968;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.97;MQ0=103;MQRankSum=-0.632;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.611;SB=-160.407;SBQD=1.224;SBpi=-1.6971;SBpiQual=-1.9123;VQSLOD=-2.1040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,50:226:99:345,0,1029
|
|
1 148891146 . C T 74.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.766;DP=209;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=32.00;MQ0=17;MQRankSum=-5.227;QD=0.36;ReadPosRankSum=-3.175;SB=13.007;SBQD=0.148;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5760;VQSLOD=-6.2810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,30:209:99:105,0,3694
|
|
1 148897036 rs11240175 G T 283.45 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.555;DB;DP=243;Dels=0.00;FS=27.958;HRun=2;HaplotypeScore=39.0294;MQ=27.36;MQ0=39;MQRankSum=-6.780;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-29.628;SBQD=-2.605;SBpi=0.5812;SBpiQual=0.7721;VQSLOD=-66.6057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,74:243:99:313,0,2274
|
|
1 148901726 rs6593867 G A 122.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ=12.89;MQ0=42;MQRankSum=-1.940;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-30.433;SBQD=0.623;SBpi=-3.2143;SBpiQual=-3.2832;VQSLOD=-3.1708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,49:76:36.08:152,0,36
|
|
1 148901957 . G A 257.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.594;DP=51;Dels=0.00;FS=18.845;HRun=0;HaplotypeScore=4.6814;MQ=46.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.423;SB=-172.017;SBQD=-19.539;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.6334;VQSLOD=0.4522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:51:99:288,0,792
|
|
1 148902298 rs6708279 G A 69.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.501;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=4.215;HRun=0;HaplotypeScore=4.1315;MQ=27.38;MQ0=29;MQRankSum=-0.855;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.961;SB=-25.096;SBQD=0.867;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.6256;VQSLOD=-1.5042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,20:125:99:100,0,1558
|
|
1 148902483 rs55993601 G A 406.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6567;MQ=30.62;MQ0=25;MQRankSum=-5.474;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-319.903;SBQD=-1.098;SBpi=-0.4781;SBpiQual=-0.2667;VQSLOD=-3.1205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,69:102:99:436,0,698
|
|
1 148921404 rs41536044 A G 403.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.477;DB;DP=241;DS;Dels=0.00;FS=6.436;HRun=1;HaplotypeScore=3.7814;MQ=32.27;MQ0=11;MQRankSum=-6.550;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.663;SB=-112.174;SBQD=1.750;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.6126;VQSLOD=-6.5448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,46:241:99:434,0,5042
|
|
1 148930900 . C T 121.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.959;DP=63;Dels=0.00;FS=6.299;HRun=0;HaplotypeScore=17.3393;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=1.92;ReadPosRankSum=2.509;SB=-16.250;SBQD=3.340;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0223;VQSLOD=-7.8974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,7:63:99:151,0,607
|
|
1 148943957 . G A 278.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.469;DP=198;Dels=0.00;FS=6.166;HRun=0;HaplotypeScore=4.8329;MQ=33.72;MQ0=17;MQRankSum=1.178;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-25.669;SBQD=2.399;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.0800;VQSLOD=-1.7395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,29:198:99:309,0,3320
|
|
1 148951166 rs228170 A C 1850.98 PASS AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DB;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=3.297;HRun=0;HaplotypeScore=3.4799;MQ=43.95;MQ0=21;MQRankSum=0.963;QD=7.59;ReadPosRankSum=-2.034;SB=-1002.725;SBQD=-1.787;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0163;VQSLOD=2.5523 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,76:244:99:1881,0,4208
|
|
1 149024506 . G A 139.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.311;DP=119;Dels=0.00;FS=2.574;HRun=0;HaplotypeScore=2.2859;MQ=49.87;MQ0=2;MQRankSum=-5.752;QD=1.17;ReadPosRankSum=1.462;SB=-77.344;SBQD=-0.806;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7477;VQSLOD=-6.0335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,19:119:99:170,0,2487
|
|
1 149024867 rs10793711 A T 1445.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.011;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.342;HRun=1;HaplotypeScore=7.1960;MQ=33.75;MQ0=58;MQRankSum=5.143;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.967;SB=-733.113;SBQD=-3.504;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.3148;VQSLOD=-0.3807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,60:250:99:1476,0,2226
|
|
1 149027554 rs11240205 T G 1654.63 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.223;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=45.7503;MQ=27.36;MQ0=78;MQRankSum=4.674;QD=6.62;ReadPosRankSum=-1.348;SB=-641.539;SBQD=-0.256;SBpi=-1.3765;SBpiQual=-1.4624;VQSLOD=-57.3396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,76:250:99:1685,0,1649
|
|
1 149028423 rs11240207 C A 1211.39 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.043;DB;DP=241;DS;Dels=0.00;FS=1.355;HRun=3;HaplotypeScore=90.2282;MQ=37.14;MQ0=22;MQRankSum=4.685;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.081;SB=-500.098;SBQD=0.032;SBpi=1.4264;SBpiQual=1.6412;VQSLOD=-222.1906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,55:241:99:1241,0,3417
|
|
1 149030034 . T A 274.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.449;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=7.962;HRun=0;HaplotypeScore=22.5259;MQ=39.43;MQ0=28;MQRankSum=-2.779;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.953;SB=20.541;SBQD=1.613;SBpi=1.6813;SBpiQual=1.8109;VQSLOD=-18.2808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,39:247:99:304,0,4651
|
|
1 149030140 . G A 493.14 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.780;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=63.972;HRun=1;HaplotypeScore=31.4749;MQ=39.14;MQ0=20;MQRankSum=-3.301;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.904;SB=192.480;SBQD=4.525;SBpi=2.8770;SBpiQual=3.1726;VQSLOD=-32.4271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:210,37:247:99:523,0,5001
|
|
1 149030336 rs9326592 T G 1440.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.156;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.032;HRun=0;HaplotypeScore=13.3863;MQ=41.46;MQ0=33;MQRankSum=7.173;QD=5.76;ReadPosRankSum=-3.028;SB=-618.810;SBQD=2.006;SBpi=-0.7878;SBpiQual=-0.8182;VQSLOD=-8.9501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,57:250:99:1470,0,3738
|
|
1 149030628 rs9659746 C T 1322.58 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.336;DB;DP=246;Dels=0.00;FS=2.036;HRun=0;HaplotypeScore=69.8225;MQ=46.58;MQ0=6;MQRankSum=0.043;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-619.329;SBQD=0.738;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.4633;VQSLOD=-124.3568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,60:246:99:1353,0,4225
|
|
1 149031748 rs9726394 C A 1876.32 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.301;DB;DP=136;Dels=0.00;FS=2.378;HRun=0;HaplotypeScore=2.9133;MQ=48.72;MQ0=2;MQRankSum=1.218;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.920;SB=-950.372;SBQD=-1.016;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.1763;VQSLOD=4.6939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,69:136:99:1906,0,1816
|
|
1 149031984 . C T 197.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.192;DP=156;Dels=0.00;FS=13.946;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=48.77;MQ0=7;MQRankSum=-8.555;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.250;SB=-79.320;SBQD=3.298;SBpi=1.5652;SBpiQual=1.7583;VQSLOD=-11.0419 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,45:156:99:227,0,3370
|
|
1 149033179 . C T 379.57 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.348;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=34.671;HRun=2;HaplotypeScore=200.9685;MQ=46.50;MQ0=6;MQRankSum=-12.131;QD=1.59;ReadPosRankSum=3.256;SB=-158.839;SBQD=-3.456;SBpi=-0.7698;SBpiQual=-0.8963;VQSLOD=-1183.4341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,81:239:99:410,0,4041
|
|
1 149034082 . G T 1701.58 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.135;DP=222;DS;Dels=0.00;FS=105.518;HRun=0;HaplotypeScore=237.3362;MQ=41.93;MQ0=1;MQRankSum=-8.211;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.756;SB=-154.323;SBQD=14.307;SBpi=3.5301;SBpiQual=3.8445;VQSLOD=-1572.1659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,104:222:99:1732,0,3239
|
|
1 149034173 . T C 354.76 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.573;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=1.736;HRun=1;HaplotypeScore=203.3880;MQ=36.82;MQ0=2;MQRankSum=0.836;QD=1.48;ReadPosRankSum=-5.152;SB=-162.614;SBQD=-0.354;SBpi=0.9574;SBpiQual=0.9887;VQSLOD=-1238.1941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,33:239:99:385,0,3786
|
|
1 149034351 . G C 753.16 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.288;HRun=0;HaplotypeScore=174.3273;MQ=36.02;MQ0=6;MQRankSum=1.012;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-276.744;SBQD=1.988;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3331;VQSLOD=-838.1060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,47:250:99:783,0,4491
|
|
1 149034601 . G T 128.01 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.391;DP=216;DS;Dels=0.02;FS=17.962;HRun=1;HaplotypeScore=249.7799;MQ=35.20;MQ0=2;MQRankSum=-1.577;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.362;SB=111.252;SBQD=1.588;SBpi=1.2780;SBpiQual=1.3383;VQSLOD=-1733.3860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,25:216:99:158,0,2619
|
|
1 149035052 . C T 245.59 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.783;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.993;HRun=2;HaplotypeScore=155.6282;MQ=36.66;MQ0=1;MQRankSum=0.775;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.323;SB=-78.447;SBQD=0.539;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.6492;VQSLOD=-666.6715 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:219,31:250:99:276,0,4448
|
|
1 149035230 . C A 349.46 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=6.035;HRun=0;HaplotypeScore=90.1006;MQ=39.14;MQ0=1;MQRankSum=0.851;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-129.808;SBQD=-1.243;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6107;VQSLOD=-217.1409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,35:242:99:379,0,4861
|
|
1 149035392 . A T 344.85 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.839;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.758;HRun=2;HaplotypeScore=72.4036;MQ=36.06;MQ0=3;MQRankSum=0.397;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.315;SB=-161.594;SBQD=-0.881;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.6287;VQSLOD=-139.7434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,36:250:99:375,0,4761
|
|
1 149035769 . C G 32.79 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.277;DP=216;Dels=0.00;FS=56.181;HRun=0;HaplotypeScore=136.1091;MQ=40.13;MQ0=2;MQRankSum=-1.407;QD=0.15;ReadPosRankSum=2.045;SB=156.409;SBQD=-3.436;SBpi=-2.8284;SBpiQual=-3.0318;VQSLOD=-502.0907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,32:216:62.78:63,0,4011
|
|
1 149084154 . T C 790.81 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.772;SB=-386.330;SBQD=-1.736;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.3342;VQSLOD=3.4838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:821,0,1343
|
|
1 149110543 rs12757125 A T 2849.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=22.227;HRun=2;HaplotypeScore=1.7172;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=6.278;QD=27.67;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-1268.412;SBQD=-13.214;SBpi=-0.2680;SBpiQual=-0.3314;VQSLOD=3.9592 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,87:103:58.21:2883,58,0
|
|
1 149118876 . A C 44.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DP=88;Dels=0.00;FS=20.781;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.02;MQ0=12;MQRankSum=-5.079;QD=0.51;ReadPosRankSum=-0.392;SB=93.280;SBQD=-3.377;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.5243;VQSLOD=-3.5780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,22:88:74.85:75,0,2192
|
|
1 149140459 rs828518 A G 1712.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.72;MQ0=0;QD=34.25;SB=-282.295;SBQD=-5.452;SBpi=-2.4042;SBpiQual=-2.5315;VQSLOD=6.1557 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1746,141,0
|
|
1 149203670 . G A 229.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.396;DP=92;Dels=0.00;FS=15.109;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-6.928;QD=2.49;ReadPosRankSum=-4.272;SB=-8.016;SBQD=-6.263;SBpi=-1.4184;SBpiQual=-1.4963;VQSLOD=-11.3944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,21:92:99:259,0,1823
|
|
1 149205498 rs61787849 C T 1113.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;DB;DP=140;Dels=0.00;FS=7.586;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=43.68;MQ0=1;MQRankSum=-9.988;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.595;SB=-575.743;SBQD=2.580;SBpi=0.3010;SBpiQual=0.4670;VQSLOD=-12.0974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,69:140:99:1143,0,2114
|
|
1 149205738 . T C 279.47 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.616;DP=125;Dels=0.00;FS=34.025;HRun=0;HaplotypeScore=38.1501;MQ=47.69;MQ0=3;MQRankSum=-9.425;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-168.840;SBQD=8.012;SBpi=1.8203;SBpiQual=1.9843;VQSLOD=-93.0947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,55:125:99:309,0,2132
|
|
1 149205972 . T C 136.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.925;DP=102;Dels=0.00;FS=2.549;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-7.156;QD=1.33;ReadPosRankSum=-3.519;SB=-98.619;SBQD=-1.659;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-0.8925;VQSLOD=-9.9784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,22:102:99:166,0,2665
|
|
1 149205981 . G C 316.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.802;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-7.414;QD=2.93;ReadPosRankSum=-3.654;SB=-129.963;SBQD=-2.684;SBpi=-1.0585;SBpiQual=-1.0906;VQSLOD=-11.1789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,27:108:99:347,0,2586
|
|
1 149207066 . G A 780.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.120;DP=139;Dels=0.00;FS=14.081;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=44.80;MQ0=1;MQRankSum=-9.597;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.013;SB=-348.132;SBQD=-3.961;SBpi=-0.4924;SBpiQual=-0.4619;VQSLOD=-12.0415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,66:139:99:811,0,2144
|
|
1 149208937 . G A 198.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.004;DP=99;Dels=0.00;FS=13.800;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=49.89;MQ0=2;MQRankSum=-7.707;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.257;SB=-55.254;SBQD=-4.556;SBpi=-1.2005;SBpiQual=-1.2840;VQSLOD=-9.6629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,34:99:99:229,0,2084
|
|
1 149208961 . C A 406.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.385;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=46.77;MQ0=2;MQRankSum=-5.185;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.476;SB=-222.290;SBQD=-1.178;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3635;VQSLOD=-2.6369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,30:122:99:437,0,2600
|
|
1 149210408 . A G 250.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=46;Dels=0.00;FS=1.883;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.37;MQ0=3;MQRankSum=-5.264;QD=5.44;ReadPosRankSum=2.098;SB=-31.054;SBQD=5.242;SBpi=1.7206;SBpiQual=1.8692;VQSLOD=-5.1117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:280,0,869
|
|
1 149213353 . G A 431.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.934;DP=164;Dels=0.00;FS=19.278;HRun=0;HaplotypeScore=1.7675;MQ=49.67;MQ0=12;MQRankSum=-9.760;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.668;SB=-30.144;SBQD=3.176;SBpi=2.8887;SBpiQual=3.2041;VQSLOD=-15.7242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,58:164:99:462,0,3389
|
|
1 149213694 . G C 1001.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.477;DP=203;Dels=0.00;FS=0.627;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.62;MQ0=24;MQRankSum=-10.806;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.545;SB=-523.772;SBQD=-0.199;SBpi=-1.1655;SBpiQual=-1.3379;VQSLOD=-15.8135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,106:203:99:1032,0,3065
|
|
1 149217805 . G A 1549.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=10.339;DP=187;Dels=0.00;FS=2.669;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=46.58;MQ0=1;MQRankSum=-11.506;QD=8.29;ReadPosRankSum=-3.593;SB=-766.115;SBQD=2.884;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0304;VQSLOD=-19.2455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,82:187:99:1580,0,2968
|
|
1 149217863 . G C 661.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.912;DP=134;Dels=0.00;FS=0.934;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=50.54;MQ0=1;MQRankSum=-9.017;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-318.091;SBQD=1.097;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.6386;VQSLOD=-10.8165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,42:134:99:692,0,2911
|
|
1 149217865 . G C 687.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DP=131;Dels=0.00;FS=0.936;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=50.30;MQ0=1;MQRankSum=-9.014;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-340.478;SBQD=1.739;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.6043;VQSLOD=-9.8779 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,42:131:99:717,0,2848
|
|
1 149218094 . A G 69.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.447;DP=111;Dels=0.00;FS=22.560;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-8.604;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.656;SB=96.280;SBQD=-8.383;SBpi=-3.0822;SBpiQual=-3.2003;VQSLOD=-13.0455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,38:111:99:100,0,2539
|
|
1 149220943 . G A 814.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.170;DP=97;Dels=0.00;FS=6.647;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-6.496;QD=8.39;ReadPosRankSum=3.540;SB=-356.902;SBQD=-2.554;SBpi=0.9045;SBpiQual=0.9424;VQSLOD=-6.8841 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:844,0,1680
|
|
1 149221243 . A G 228.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.620;DP=146;Dels=0.00;FS=9.598;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=48.51;MQ0=12;MQRankSum=-9.066;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.519;SB=-91.557;SBQD=-4.617;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.0388;VQSLOD=-11.7659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,52:146:99:258,0,3250
|
|
1 149221352 . T C 551.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=100;Dels=0.00;FS=21.153;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.13;MQ0=3;MQRankSum=-7.305;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.304;SB=-76.951;SBQD=-10.574;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6124;VQSLOD=-8.5858 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,41:100:99:581,0,2014
|
|
1 149221440 . A G 2149.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.844;DP=181;Dels=0.00;FS=2.909;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=47.47;MQ0=1;MQRankSum=-9.447;QD=11.87;ReadPosRankSum=4.239;SB=-974.487;SBQD=0.183;SBpi=-0.9453;SBpiQual=-0.8783;VQSLOD=-11.1807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,101:181:99:2179,0,2508
|
|
1 149221445 . T C 1964.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.054;DP=181;Dels=0.00;FS=2.944;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.18;MQ0=1;MQRankSum=-9.836;QD=10.86;ReadPosRankSum=3.174;SB=-964.610;SBQD=1.472;SBpi=-0.9361;SBpiQual=-0.3840;VQSLOD=-12.2630 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,103:181:99:1995,0,2398
|
|
1 149221992 . A C 54 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.328;DP=115;Dels=0.00;FS=21.067;HRun=0;HaplotypeScore=24.4722;MQ=52.46;MQ0=1;MQRankSum=-7.929;QD=0.47;ReadPosRankSum=-2.630;SB=58.939;SBQD=3.410;SBpi=1.7641;SBpiQual=1.9398;VQSLOD=-59.5407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,29:115:84:84,0,2995
|
|
1 149222114 . T A 955.33 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.409;DP=111;Dels=0.00;FS=86.422;HRun=2;HaplotypeScore=35.6970;MQ=51.45;MQ0=1;MQRankSum=-6.626;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.294;SB=77.605;SBQD=15.640;SBpi=2.9902;SBpiQual=3.2650;VQSLOD=-64.1151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,47:111:99:985,0,1918
|
|
1 149222128 . C G 325.80 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.081;DP=108;Dels=0.00;FS=62.331;HRun=0;HaplotypeScore=32.4306;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=-7.123;QD=3.02;ReadPosRankSum=-2.459;SB=81.216;SBQD=13.891;SBpi=3.0861;SBpiQual=3.3922;VQSLOD=-63.8402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,42:108:99:356,0,1869
|
|
1 149223038 . C G 418.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=124;Dels=0.00;FS=25.333;HRun=0;HaplotypeScore=25.3094;MQ=47.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.916;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-227.247;SBQD=-5.021;SBpi=-1.4744;SBpiQual=-0.9273;VQSLOD=-17.9336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,29:124:99:449,0,2082
|
|
1 149224024 . T C 82.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.243;DP=117;Dels=0.00;FS=14.366;HRun=0;HaplotypeScore=8.7829;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.151;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.595;SB=57.154;SBQD=-3.463;SBpi=-2.1894;SBpiQual=-2.1499;VQSLOD=-9.1528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,22:117:99:112,0,1193
|
|
1 149224274 rs828493 A G 384.92 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.14;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=8.618;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.606;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.671;SB=-245.269;SBQD=-2.512;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.4421;VQSLOD=1.9939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,36:42:20.82:415,0,21
|
|
1 149225484 rs4058296 T C 1404.71 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.484;DB;DP=158;Dels=0.00;FS=101.291;HRun=0;HaplotypeScore=41.5417;MQ=45.64;MQ0=2;MQRankSum=-10.762;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.661;SB=26.290;SBQD=-17.807;SBpi=-4.0674;SBpiQual=-4.0840;VQSLOD=-122.3383 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,85:158:99:1435,0,2285
|
|
1 149226449 . T C 467.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.592;DP=107;Dels=0.00;FS=39.700;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.87;MQ0=12;MQRankSum=-7.857;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.885;SB=61.737;SBQD=-9.391;SBpi=-1.6012;SBpiQual=-1.3940;VQSLOD=-10.2671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,43:107:99:497,0,2076
|
|
1 149226717 . A C 174.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;DP=104;Dels=0.00;FS=23.299;HRun=2;HaplotypeScore=0.9967;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=-7.801;QD=1.68;ReadPosRankSum=1.279;SB=47.159;SBQD=5.595;SBpi=1.8898;SBpiQual=2.0515;VQSLOD=-10.5928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,28:104:99:204,0,2500
|
|
1 149226899 . T C 88.17 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=86;Dels=0.03;FS=4.985;HRun=0;HaplotypeScore=39.5936;MQ=53.57;MQ0=0;MQRankSum=-6.375;QD=0.99;ReadPosRankSum=-2.097;SB=7.786;SBQD=2.318;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.3031;VQSLOD=-66.5767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,18:86:99:118,0,2210
|
|
1 149226916 . T C 46.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.506;DP=77;Dels=0.00;FS=6.001;HRun=0;HaplotypeScore=8.1777;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-5.940;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.715;SB=-2.471;SBQD=-0.881;SBpi=-0.9428;SBpiQual=-0.7675;VQSLOD=-11.4045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,18:77:76.72:77,0,1955
|
|
1 149234251 rs2481097 G C 1987.20 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.488;DB;DP=150;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-918.517;SBQD=1.740;SBpi=0.3397;SBpiQual=0.7095;VQSLOD=5.2112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,78:150:99:2017,0,2210
|
|
1 149236799 rs2774361 T C 2129.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DB;DP=152;Dels=0.00;FS=2.114;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.96;MQ0=1;MQRankSum=-7.311;QD=14.01;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-936.099;SBQD=0.654;SBpi=0.3938;SBpiQual=0.5711;VQSLOD=-6.3864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,79:152:99:2159,0,2137
|
|
1 149238114 . C T 348.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;DP=132;Dels=0.00;FS=0.855;HRun=0;HaplotypeScore=23.5471;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-202.538;SBQD=0.410;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.2271;VQSLOD=-14.1707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,23:132:99:379,0,3525
|
|
1 149253698 rs590359 C T 756.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.544;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=4.831;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=43.08;MQ0=8;MQRankSum=-7.171;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-355.227;SBQD=-2.055;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9053;VQSLOD=-7.0798 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:787,0,1643
|
|
1 149255945 rs2774380 C A 784.33 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DB;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8574;MQ=20.68;MQ0=20;MQRankSum=-1.179;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.700;SB=-309.350;SBQD=-1.319;SBpi=-0.7042;SBpiQual=-0.7117;VQSLOD=1.9106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,60:139:99:814,0,1339
|
|
1 149257432 . G T 49.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.866;DP=84;Dels=0.00;FS=3.681;HRun=0;HaplotypeScore=2.4303;MQ=35.79;MQ0=3;MQRankSum=1.387;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.572;SB=20.912;SBQD=1.109;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4426;VQSLOD=-2.3570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,8:84:79.03:79,0,1505
|
|
1 149260701 rs60770269 A T 325.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DB;DP=96;Dels=0.04;FS=2.197;HRun=1;HaplotypeScore=21.4979;MQ=35.09;MQ0=25;MQRankSum=-0.832;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.148;SB=-339.871;SBQD=2.376;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1921;VQSLOD=-10.0111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:96:99:356,0,941
|
|
1 149274171 rs2646875 G A 291.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.640;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=32.069;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.90;MQ0=5;MQRankSum=2.682;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.213;SB=84.072;SBQD=5.562;SBpi=2.3534;SBpiQual=2.5679;VQSLOD=-1.9968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,26:106:99:322,0,1862
|
|
1 149281456 . T A 180.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.534;DP=188;Dels=0.00;FS=8.583;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=16.32;MQ0=71;MQRankSum=-2.743;QD=0.96;ReadPosRankSum=-2.073;SB=-66.609;SBQD=-0.810;SBpi=-1.2368;SBpiQual=-1.4606;VQSLOD=-2.1274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,58:188:99:211,0,1181
|
|
1 149282377 rs2774399 A G 1696.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.77;MQ0=38;QD=14.02;SB=-861.589;SBQD=0.330;SBpi=0.0455;SBpiQual=0.1277;VQSLOD=5.9221 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:1729,174,0
|
|
1 149291803 . A G 49.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.591;DP=220;Dels=0.00;FS=27.610;HRun=0;HaplotypeScore=3.8683;MQ=20.49;MQ0=34;MQRankSum=-5.531;QD=0.23;ReadPosRankSum=0.588;SB=114.974;SBQD=-1.162;SBpi=-2.6334;SBpiQual=-2.8157;VQSLOD=-7.6478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,73:220:79.75:80,0,2456
|
|
1 149292647 . T C 406.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;DP=203;Dels=0.00;FS=7.610;HRun=0;HaplotypeScore=4.6343;MQ=14.56;MQ0=96;MQRankSum=0.561;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.261;SB=-73.327;SBQD=2.679;SBpi=0.1231;SBpiQual=0.5576;VQSLOD=-1.7475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,64:203:99:436,0,820
|
|
1 149306685 . A G 55.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;DP=241;DS;Dels=0.00;FS=1.772;HRun=1;HaplotypeScore=7.3784;MQ=39.05;MQ0=1;MQRankSum=0.005;QD=0.23;ReadPosRankSum=0.079;SB=28.921;SBQD=-0.763;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.3880;VQSLOD=-1.1593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,25:241:85.69:86,0,5319
|
|
1 149306862 . A C 216.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.413;DP=157;Dels=0.00;FS=47.275;HRun=0;HaplotypeScore=2.4029;MQ=42.29;MQ0=11;MQRankSum=-3.005;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.047;SB=150.223;SBQD=-4.693;SBpi=-2.1129;SBpiQual=-2.2282;VQSLOD=-3.5055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,35:157:99:247,0,3611
|
|
1 149311489 . T A 1076.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.726;DP=180;Dels=0.00;FS=3.086;HRun=0;HaplotypeScore=2.3937;MQ=36.12;MQ0=12;MQRankSum=0.403;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.696;SB=-323.005;SBQD=3.561;SBpi=1.0302;SBpiQual=1.1706;VQSLOD=1.3832 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,53:180:99:1107,0,2900
|
|
1 149311510 . G A 845.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.909;DP=179;Dels=0.00;FS=2.403;HRun=0;HaplotypeScore=2.2019;MQ=34.32;MQ0=29;MQRankSum=-0.464;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-280.524;SBQD=4.516;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.0343;VQSLOD=0.8380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,60:179:99:876,0,2317
|
|
1 149317798 . A T 74.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;DP=158;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=9.84;MQ0=126;MQRankSum=0.142;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.305;SB=-0.007;SBQD=-1.241;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0655;VQSLOD=-1.5489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,54:158:99:105,0,471
|
|
1 149328578 . G A 106.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.725;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=8.60;MQ0=71;MQRankSum=0.880;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.021;SB=-0.007;SBQD=-2.791;SBpi=0.0714;SBpiQual=0.1789;VQSLOD=-1.2458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:29.34:136,0,29
|
|
1 149328856 . G A 84.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.893;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.34;MQ0=75;MQRankSum=-1.801;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.366;SB=-0.007;SBQD=1.227;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.4679;VQSLOD=-2.0257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,47:114:99:115,0,464
|
|
1 149333245 rs637481 G A 180.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.049;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=1.170;HRun=0;HaplotypeScore=1.8907;MQ=49.21;MQ0=3;MQRankSum=-4.030;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-107.683;SBQD=3.052;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.0779;VQSLOD=-1.8003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,21:69:99:211,0,1069
|
|
1 149334305 . C T 222.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.695;DP=125;Dels=0.00;FS=6.337;HRun=1;HaplotypeScore=5.5364;MQ=51.10;MQ0=0;MQRankSum=-5.354;QD=1.78;ReadPosRankSum=-2.913;SB=14.678;SBQD=2.781;SBpi=1.5765;SBpiQual=1.6384;VQSLOD=-8.7921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,17:125:99:252,0,3197
|
|
1 149334633 rs60320672 A T 2334.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.344;DB;DP=157;Dels=0.00;FS=7.937;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=48.40;MQ0=15;MQRankSum=-5.315;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.070;SB=-659.251;SBQD=-7.353;SBpi=-1.2055;SBpiQual=-1.3727;VQSLOD=-1.1568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,91:157:99:2364,0,1892
|
|
1 149341885 . C T 141.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=12.90;MQ0=52;MQRankSum=-1.096;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-0.007;SBQD=-2.432;SBpi=-1.2374;SBpiQual=-1.2679;VQSLOD=-2.1109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,32:92:99:171,0,307
|
|
1 149349324 . A T 1031.60 PASS AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.286;DP=171;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4942;MQ=39.65;MQ0=6;MQRankSum=0.365;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-504.074;SBQD=0.519;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.4909;VQSLOD=2.9563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,48:171:99:1062,0,3618
|
|
1 149357559 . T C 314.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.968;DP=93;Dels=0.00;FS=18.447;HRun=5;HaplotypeScore=1.6483;MQ=35.59;MQ0=17;MQRankSum=0.234;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.297;SB=29.630;SBQD=6.489;SBpi=1.5639;SBpiQual=1.7299;VQSLOD=-0.7733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,23:93:99:344,0,1456
|
|
1 149417718 . G T 544.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DP=87;Dels=0.00;FS=55.549;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=35.65;MQ0=0;MQRankSum=1.395;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.913;SB=80.888;SBQD=-11.950;SBpi=-2.6458;SBpiQual=-2.8358;VQSLOD=-0.5940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,28:87:99:575,0,1542
|
|
1 149509696 . C T 95.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.66;MQ0=1;QD=13.64;SB=-0.007;SBQD=18.380;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.4259;VQSLOD=2.9286 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12.03:128,12,0
|
|
1 149514257 . G A 429.77 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DP=17;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=32.16;MQ0=3;MQRankSum=1.488;QD=25.28;ReadPosRankSum=0.000;SB=-170.565;SBQD=10.033;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.2208;VQSLOD=2.1966 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:14.46:462,14,0
|
|
1 149581323 . A G 628.95 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.602;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=20.99;MQ0=40;MQRankSum=0.554;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-0.007;SBQD=-15.699;SBpi=-1.6432;SBpiQual=-1.7140;VQSLOD=2.4599 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:659,0,222
|
|
1 149582883 . G A 206.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.015;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=21.98;MQ0=16;MQRankSum=1.879;QD=1.86;ReadPosRankSum=2.753;SB=-4.574;SBQD=4.005;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7587;VQSLOD=-1.7425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,20:111:99:236,0,1160
|
|
1 149584715 rs6676875 T A 344.57 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=28.351;HRun=0;HaplotypeScore=1.6634;MQ=27.00;MQ0=5;MQRankSum=1.118;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.767;SB=-54.827;SBQD=-9.415;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-1.0316;VQSLOD=2.1632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,22:92:99:375,0,1684
|
|
1 149584729 rs6691369 C T 2025.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.16;MQ0=7;QD=24.40;SB=-1036.457;SBQD=1.183;SBpi=0.1646;SBpiQual=0.1577;VQSLOD=3.5661 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2059,187,0
|
|
1 149584796 rs11803149 C T 1771.10 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.476;DB;DP=134;Dels=0.00;FS=2.345;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.47;MQ0=4;MQRankSum=0.571;QD=13.22;ReadPosRankSum=0.309;SB=-791.365;SBQD=0.673;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.5485;VQSLOD=5.7297 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,61:134:99:1801,0,2103
|
|
1 149584855 rs2814288 G A 1587.65 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.475;DB;DP=148;Dels=0.00;FS=0.630;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=40.62;MQ0=5;MQRankSum=-2.137;QD=10.73;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-864.460;SBQD=-0.483;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.0657;VQSLOD=3.3413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,68:148:99:1618,0,2528
|
|
1 149601043 . C A 1029.13 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.13;MQ0=2;QD=30.27;SB=-0.007;SBQD=30.269;SBpi=2.9155;SBpiQual=3.1898;VQSLOD=2.2607 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:96.26:1062,96,0
|
|
1 149604612 . G A 78.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.16;MQ0=8;QD=4.12;SB=-0.007;SBQD=4.348;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.1564;VQSLOD=-0.7164 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:19:11.98:111,12,0
|
|
1 149608619 . C T 68.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=14.09;MQ0=19;MQRankSum=2.934;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.972;SB=-0.007;SBQD=-14.786;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.1402;VQSLOD=-2.8174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,37:57:9.02:100,9,0
|
|
1 149610164 . G A 292.31 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.22;MQ0=27;QD=6.96;SB=-76.985;SBQD=-12.261;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3882;VQSLOD=2.0454 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,32:42:35.98:325,36,0
|
|
1 149613609 . T G 148.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.36;MQ0=5;QD=3.45;SB=-135.593;SBQD=-10.612;SBpi=1.5430;SBpiQual=1.7577;VQSLOD=-0.8816 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:18.02:181,18,0
|
|
1 149651032 . T C 1534.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=22.02;MQ0=26;QD=15.99;SB=-0.007;SBQD=20.683;SBpi=3.1639;SBpiQual=3.3187;VQSLOD=-0.8260 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:1568,141,0
|
|
1 149652699 . T C 807.74 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.720;DP=97;Dels=0.00;FS=2.435;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.57;MQ0=31;MQRankSum=0.599;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.419;SB=-237.266;SBQD=9.464;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.6605;VQSLOD=3.5497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,44:97:99:838,0,628
|
|
1 149656793 . G C 590.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;DP=180;Dels=0.00;FS=26.511;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=29.71;MQ0=62;MQRankSum=2.587;QD=3.28;ReadPosRankSum=-3.321;SB=-132.869;SBQD=-3.995;SBpi=-1.3056;SBpiQual=-1.3756;VQSLOD=-2.7698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,33:180:99:621,0,2105
|
|
1 149657453 rs56731114 A C 1509.30 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.490;DB;DP=210;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9411;MQ=46.69;MQ0=17;MQRankSum=0.231;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-725.743;SBQD=0.691;SBpi=-0.4276;SBpiQual=-0.4051;VQSLOD=3.4179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,67:210:99:1539,0,4270
|
|
1 149661566 rs4468200 C T 854.49 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;DB;DP=136;Dels=0.00;FS=5.375;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.36;MQ0=84;MQRankSum=0.676;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.509;SB=-124.846;SBQD=5.557;SBpi=2.1602;SBpiQual=2.0795;VQSLOD=1.6453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,41:136:99:884,0,579
|
|
1 149662401 . G T 194.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.239;DP=155;Dels=0.00;FS=8.499;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.05;MQ0=38;MQRankSum=-0.057;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.503;SB=-75.452;SBQD=-2.555;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.1220;VQSLOD=-0.3963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,31:155:99:225,0,2057
|
|
1 149662570 . T G 37.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=155;Dels=0.00;FS=14.287;HRun=0;HaplotypeScore=8.8230;MQ=11.87;MQ0=116;MQRankSum=-0.887;QD=0.24;ReadPosRankSum=1.165;SB=33.095;SBQD=-0.822;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8612;VQSLOD=-3.2828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,36:155:67.27:67,0,503
|
|
1 149664184 rs11810905 G A 1587.50 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.792;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.76;MQ0=47;MQRankSum=3.154;QD=14.56;ReadPosRankSum=1.810;SB=-460.899;SBQD=0.826;SBpi=1.9846;SBpiQual=2.2176;VQSLOD=2.2183 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,61:109:85.28:1621,85,0
|
|
1 149666152 . A G 2544.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.56;MQ0=4;QD=26.50;SB=-1364.072;SBQD=-7.297;SBpi=0.5643;SBpiQual=0.1492;VQSLOD=4.0661 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:96:99:2577,249,0
|
|
1 149669471 rs1756051 A C 736.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.18;MQ0=14;QD=13.64;SB=-590.253;SBQD=-5.320;SBpi=0.2722;SBpiQual=0.5799;VQSLOD=5.1612 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:72.16:770,72,0
|
|
1 149670566 . A G 814.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=24.97;MQ0=61;QD=8.86;SB=-240.110;SBQD=-8.885;SBpi=-0.4170;SBpiQual=-0.4998;VQSLOD=2.7430 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:72.19:848,72,0
|
|
1 149679514 . T C 128.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.51;MQ0=10;QD=5.85;SB=-0.007;SBQD=-20.800;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-0.4931;VQSLOD=0.9761 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:15.04:162,15,0
|
|
1 149684085 . T C 179.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=46;Dels=0.00;FS=1.235;HRun=1;HaplotypeScore=6.6947;MQ=38.41;MQ0=2;MQRankSum=-2.433;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.074;SB=-248.248;SBQD=-2.920;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.7266;VQSLOD=-3.4276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:210,0,495
|
|
1 149689200 . T C 375.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.765;DP=208;Dels=0.00;FS=10.752;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.18;MQ0=110;MQRankSum=-1.614;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.829;SB=-117.363;SBQD=1.699;SBpi=0.5547;SBpiQual=0.4823;VQSLOD=-2.5645 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,52:208:99:406,0,1663
|
|
1 149690104 . G A 113.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.458;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=11.07;MQ0=104;MQRankSum=0.477;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-64.975;SBQD=0.481;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0131;VQSLOD=-0.7052 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,22:128:99:144,0,188
|
|
1 149698049 rs2814232 T G 757.60 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.13;MQ0=3;MQRankSum=-0.578;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.254;SB=-363.115;SBQD=-0.862;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1947;VQSLOD=3.1595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,38:111:99:788,0,2094
|
|
1 149710125 . T C 55.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;DP=38;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=11.66;MQ0=20;MQRankSum=0.044;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.755;SB=18.476;SBQD=-4.111;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.0870;VQSLOD=-0.6995 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:53.06:86,0,53
|
|
1 149710479 . G C 629.76 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;DP=74;Dels=0.00;FS=2.708;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.56;MQ0=44;MQRankSum=-0.760;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.037;SB=-173.977;SBQD=9.669;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.5922;VQSLOD=3.0873 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:9.50:660,0,9
|
|
1 149713475 . T C 907.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.657;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9497;MQ=23.03;MQ0=28;MQRankSum=0.444;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.705;SB=-264.171;SBQD=3.377;SBpi=1.4972;SBpiQual=1.4948;VQSLOD=0.8950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:117:99:937,0,614
|
|
1 149714696 . T A 78.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=10.39;MQ0=21;QD=2.61;SB=-54.083;SBQD=0.436;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.4633;VQSLOD=0.9756 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:12.01:111,12,0
|
|
1 149719669 rs28582511 C T 321.38 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.234;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=2.784;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.65;MQ0=27;MQRankSum=-1.421;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.384;SB=-157.931;SBQD=0.748;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2928;VQSLOD=1.7834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:77:99:351,0,700
|
|
1 149719922 rs2457467 G A 1152.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.55;MQ0=7;QD=19.54;SB=-516.894;SBQD=-11.919;SBpi=0.4557;SBpiQual=0.5722;VQSLOD=4.8150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1186,111,0
|
|
1 149723885 rs2790993 T G 61.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=3.313;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=40.89;MQ0=14;MQRankSum=-1.509;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.965;SB=12.244;SBQD=-1.762;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.0628;VQSLOD=0.5917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,23:84:91.44:91,0,2009
|
|
1 149730125 rs2664753 A G 1425.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.982;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=4.107;HRun=0;HaplotypeScore=5.8842;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.380;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-535.854;SBQD=-3.674;SBpi=-0.9303;SBpiQual=-1.3855;VQSLOD=-0.4510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,65:147:99:1456,0,2738
|
|
1 149731165 rs3005591 G A 315.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.739;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=5.400;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.91;MQ0=11;MQRankSum=0.131;QD=3.25;ReadPosRankSum=2.865;SB=-179.453;SBQD=-2.077;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0580;VQSLOD=1.4497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,21:97:99:346,0,1513
|
|
1 149731478 rs2791016 T G 2037.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.935;DB;DP=157;Dels=0.00;FS=3.019;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.53;MQ0=1;MQRankSum=-2.877;QD=12.98;ReadPosRankSum=-2.065;SB=-964.951;SBQD=-4.026;SBpi=1.0185;SBpiQual=0.4997;VQSLOD=1.1513 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,87:157:99:2067,0,2309
|
|
1 149735412 . A G 1017.64 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;DP=110;Dels=0.00;FS=0.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.75;MQ0=16;MQRankSum=-0.802;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.703;SB=-527.519;SBQD=1.198;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.3577;VQSLOD=3.2270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,56:110:99:1048,0,1010
|
|
1 149741644 rs2791020 A G 240.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DB;DP=117;Dels=0.00;FS=17.939;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.72;MQ0=12;MQRankSum=-4.177;QD=2.06;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-111.830;SBQD=5.921;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8185;VQSLOD=-0.8381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,24:117:99:271,0,2467
|
|
1 149744467 . T C 303.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.291;DP=117;Dels=0.00;FS=7.197;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=28.28;MQ0=48;MQRankSum=1.204;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.289;SB=-118.401;SBQD=-2.195;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2352;VQSLOD=-0.6257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,24:117:99:334,0,1457
|
|
1 149746531 . G C 215.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;DP=107;Dels=0.00;FS=35.022;HRun=0;HaplotypeScore=2.7499;MQ=36.42;MQ0=18;MQRankSum=-1.613;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.853;SB=96.139;SBQD=-4.908;SBpi=-2.2981;SBpiQual=-2.5037;VQSLOD=-3.3223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,32:107:99:245,0,2105
|
|
1 149748527 . A T 65.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DP=105;Dels=0.00;FS=9.605;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=28.44;MQ0=21;MQRankSum=-0.890;QD=0.63;ReadPosRankSum=-2.140;SB=29.235;SBQD=1.643;SBpi=2.0788;SBpiQual=2.2113;VQSLOD=-4.2812 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,28:105:95.86:96,0,1776
|
|
1 149773093 . G T 97.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.93;MQ0=27;MQRankSum=1.031;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.749;SB=-0.007;SBQD=3.605;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.6075;VQSLOD=-1.0394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:38:99:127,0,101
|
|
1 149845776 . G A 31.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.072;DP=49;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=1.9849;MQ=10.35;MQ0=39;MQRankSum=0.741;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.365;SB=5.995;SBQD=3.776;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3540;VQSLOD=-1.7253 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,8:49:61.97:62,0,89
|
|
1 149862531 . A G 1031.30 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;DP=81;Dels=0.00;FS=0.867;HRun=0;HaplotypeScore=1.9954;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-451.919;SBQD=1.552;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.7519;VQSLOD=3.8595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:1061,0,1325
|
|
1 149871905 rs1044808 G C 311.76 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.583;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-150.412;SBQD=0.083;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.4992;VQSLOD=5.4809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:342,0,370
|
|
1 149880275 . T C 848.56 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;DP=53;Dels=0.00;FS=4.308;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.045;SB=-192.509;SBQD=10.881;SBpi=1.3470;SBpiQual=1.6896;VQSLOD=3.4491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:879,0,615
|
|
1 149896855 . G A 1019.08 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.366;DP=65;Dels=0.00;FS=4.931;HRun=4;HaplotypeScore=2.8249;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.059;SB=-508.606;SBQD=5.634;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3943;VQSLOD=3.7684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1049,0,939
|
|
1 149914683 rs3930079 G A 1691.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=3.6395;MQ=59.63;MQ0=0;QD=26.85;SB=-1014.454;SBQD=3.296;SBpi=-0.6929;SBpiQual=-0.4519;VQSLOD=0.9448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1725,144,0
|
|
1 149985077 . A G 925.79 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.247;DP=75;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.957;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.554;SB=-577.544;SBQD=1.794;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.1279;VQSLOD=3.2752 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:956,0,1022
|
|
1 150003117 rs55840906 T C 1291.45 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.695;HRun=0;HaplotypeScore=2.4669;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-674.440;SBQD=-2.628;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.2064;VQSLOD=5.0205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1321,0,1433
|
|
1 150009705 rs12093499 G T 1083.65 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.276;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=5.015;HRun=1;HaplotypeScore=4.4882;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.043;SB=-462.894;SBQD=4.744;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8639;VQSLOD=2.8329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1114,0,994
|
|
1 150015625 rs12066293 A G 1127.10 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.326;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=13.58;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-433.874;SBQD=-3.453;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-1.1054;VQSLOD=5.8227 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1157,0,1223
|
|
1 150019036 . G A 528.73 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.426;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-283.738;SBQD=-0.946;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.2586;VQSLOD=3.6279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:559,0,875
|
|
1 150033887 rs1545761 T C 2263.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8675;MQ=59.39;MQ0=0;QD=33.29;SB=-944.459;SBQD=-1.755;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.0696;VQSLOD=4.8062 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2297,184,0
|
|
1 150063471 rs10788868 T G 2900.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=34.95;SB=-1270.160;SBQD=-0.741;SBpi=0.7135;SBpiQual=0.6520;VQSLOD=8.8877 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2934,241,0
|
|
1 150065378 rs3850838 A T 912.33 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.186;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.495;SB=-542.917;SBQD=-0.500;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0053;VQSLOD=5.5282 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:942,0,1311
|
|
1 150110056 rs56397877 G A 505.97 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.779;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=25.544;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.709;SB=-42.423;SBQD=15.309;SBpi=1.6366;SBpiQual=1.8422;VQSLOD=2.4576 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:536,0,696
|
|
1 150133507 . C A 1075.08 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.284;DP=80;Dels=0.00;FS=6.054;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.957;SB=-589.324;SBQD=-5.723;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3242;VQSLOD=5.6900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1105,0,1182
|
|
1 150133563 rs11591200 T A 948.37 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.583;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.693;SB=-526.511;SBQD=-4.859;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3909;VQSLOD=4.9954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:978,0,1121
|
|
1 150137773 rs4926411 G A 1102.13 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.777;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=15.74;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-580.815;SBQD=-5.919;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2814;VQSLOD=5.6765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1132,0,903
|
|
1 150140540 rs10788870 A C 1622.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.46;SB=-828.593;SBQD=3.968;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.4104;VQSLOD=6.1351 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1655,147,0
|
|
1 150140661 rs7550339 C T 2456.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=35.09;SB=-1278.736;SBQD=-2.217;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1808;VQSLOD=8.4667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2490,199,0
|
|
1 150140833 rs11589801 G A 937.52 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.761;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=7.933;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=17.36;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-444.758;SBQD=-9.395;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1222;VQSLOD=5.3741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:968,0,697
|
|
1 150170612 rs11205340 A G 1033 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.905;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.090;QD=14.97;ReadPosRankSum=1.157;SB=-533.208;SBQD=-2.407;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3032;VQSLOD=4.0106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:1063,0,774
|
|
1 150175773 rs10443210 A G 287.09 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=9.364;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.763;SB=-154.539;SBQD=-9.992;SBpi=-1.3927;SBpiQual=-1.6163;VQSLOD=1.6041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:317,0,661
|
|
1 150181086 rs4408187 T C 599.97 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.391;HRun=0;HaplotypeScore=1.9952;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=17.14;ReadPosRankSum=0.017;SB=-221.438;SBQD=3.035;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.8302;VQSLOD=4.9853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:630,0,245
|
|
1 150220073 . C G 85.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DP=61;Dels=0.00;FS=51.746;HRun=3;HaplotypeScore=1.7326;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=1.40;ReadPosRankSum=-4.866;SB=87.193;SBQD=8.952;SBpi=2.2361;SBpiQual=1.7748;VQSLOD=-10.7740 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,20:61:99:116,0,1009
|
|
1 150221653 rs11579087 C T 327.86 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.286;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.476;HRun=1;HaplotypeScore=1.9155;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.843;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.227;SB=-157.029;SBQD=-3.658;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.7186;VQSLOD=3.5140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:358,0,664
|
|
1 150258838 rs1122967 C G 939.49 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=14.02;ReadPosRankSum=0.809;SB=-517.996;SBQD=3.006;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.0843;VQSLOD=5.3520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:969,0,880
|
|
1 150272007 rs1614039 T C 591.62 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.336;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.620;HRun=0;HaplotypeScore=1.9416;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.099;SB=-287.752;SBQD=-2.495;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.5818;VQSLOD=4.6041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:622,0,813
|
|
1 150274305 rs1694370 G C 464.03 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.400;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.235;HRun=0;HaplotypeScore=4.6815;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.143;SB=-270.313;SBQD=-0.377;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.0691;VQSLOD=2.9550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:59:99:494,0,963
|
|
1 150281501 rs1260396 A C 454.29 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.201;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.363;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-115.671;SBQD=8.318;SBpi=0.9428;SBpiQual=1.1075;VQSLOD=4.8759 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:484,0,539
|
|
1 150285715 . C T 830.59 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.243;DP=70;Dels=0.00;FS=14.903;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-353.009;SBQD=-12.728;SBpi=0.9878;SBpiQual=0.9694;VQSLOD=3.3403 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:861,0,1253
|
|
1 150306462 rs11587606 T C 1099.73 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.388;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7998;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.212;QD=15.71;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-529.658;SBQD=-1.648;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3887;VQSLOD=4.1935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1130,0,1050
|
|
1 150324857 rs2794679 G A 785.38 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.058;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.134;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-452.878;SBQD=-4.592;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1829;VQSLOD=4.6327 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:815,0,1001
|
|
1 150324868 rs2794678 G A 774.01 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.531;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.343;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-412.531;SBQD=-3.257;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.2828;VQSLOD=5.3217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:804,0,799
|
|
1 150327106 rs11587758 G A 316.48 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.622;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.9598;MQ=48.42;MQ0=1;MQRankSum=-2.165;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.728;SB=-192.837;SBQD=3.748;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.1925;VQSLOD=1.9262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:346,0,459
|
|
1 150340260 rs1260368 G A 712.88 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.460;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.018;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=13.71;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-348.637;SBQD=4.645;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.5526;VQSLOD=5.2913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:743,0,578
|
|
1 150345558 . C T 637.47 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.288;DP=69;Dels=0.00;FS=2.052;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.180;SB=-289.308;SBQD=2.568;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4970;VQSLOD=2.8534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,25:69:99:667,0,1253
|
|
1 150347454 rs1260458 C T 2217.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37;SB=-1337.418;SBQD=1.968;SBpi=-0.1756;SBpiQual=-0.0826;VQSLOD=7.0755 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2250,178,0
|
|
1 150355538 rs2454286 G A 610.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.040;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.494;HRun=0;HaplotypeScore=2.6148;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-459.019;SBQD=-3.147;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4146;VQSLOD=4.2869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:641,0,852
|
|
1 150360930 rs9436108 A G 759.31 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6263;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=11.00;ReadPosRankSum=1.180;SB=-429.979;SBQD=0.559;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1066;VQSLOD=4.2073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:789,0,1176
|
|
1 150360996 . C T 534.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DP=61;Dels=0.00;FS=3.835;HRun=0;HaplotypeScore=30.2140;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=8.76;ReadPosRankSum=3.605;SB=-280.814;SBQD=3.844;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.0716;VQSLOD=-16.9247 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:61:8.77:564,0,9
|
|
1 150375272 rs1260378 G A 896.52 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.049;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.105;HRun=0;HaplotypeScore=5.3655;MQ=55.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.495;SB=-425.732;SBQD=-5.022;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.4620;VQSLOD=1.7484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:927,0,704
|
|
1 150383021 rs12741448 G A 1096.30 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.933;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.498;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.481;SB=-476.006;SBQD=3.868;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.7730;VQSLOD=3.7979 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1126,0,1128
|
|
1 150383768 rs834227 T C 1240.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9416;MQ=50.87;MQ0=0;QD=31.00;SB=-343.487;SBQD=-0.204;SBpi=-1.7393;SBpiQual=-1.8044;VQSLOD=3.9973 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1273,102,0
|
|
1 150388318 rs698915 A G 2320.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=36.84;SB=-1013.679;SBQD=1.383;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.6931;VQSLOD=9.1816 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2354,187,0
|
|
1 150396459 rs55742549 G A 580.27 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.157;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.415;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.523;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-280.729;SBQD=3.829;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.5524;VQSLOD=5.2353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:610,0,785
|
|
1 150402419 rs12738490 T C 999.67 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.347;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-431.959;SBQD=-3.529;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5416;VQSLOD=4.4446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:1030,0,1215
|
|
1 150409116 . C A 729.90 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.679;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.1780;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-375.289;SBQD=1.238;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.5532;VQSLOD=2.5696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:760,0,911
|
|
1 150411787 rs12731296 A G 2593.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.02;MQ0=0;QD=36.53;SB=-1235.852;SBQD=-0.860;SBpi=0.4154;SBpiQual=0.3953;VQSLOD=8.6414 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2627,208,0
|
|
1 150423717 rs12126130 T C 1019.96 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.874;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.888;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.192;SB=-541.976;SBQD=1.076;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2315;VQSLOD=4.4801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1050,0,1292
|
|
1 150426123 . C T 941 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.648;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=16.80;ReadPosRankSum=-1.368;SB=-430.383;SBQD=-1.315;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.4270;VQSLOD=3.7645 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:971,0,679
|
|
1 150439877 rs10888583 A G 2477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.56;MQ0=0;QD=32.60;SB=-648.964;SBQD=3.953;SBpi=2.1794;SBpiQual=2.4069;VQSLOD=3.6215 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2511,202,0
|
|
1 150461873 rs12138453 G T 1082.16 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.507;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.926;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.583;QD=14.82;ReadPosRankSum=1.881;SB=-524.198;SBQD=2.544;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4251;VQSLOD=4.9411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1112,0,1145
|
|
1 150498758 . G A 643.83 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.975;DP=56;Dels=0.00;FS=4.048;HRun=0;HaplotypeScore=3.5360;MQ=53.33;MQ0=1;MQRankSum=-1.930;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-339.322;SBQD=2.657;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0371;VQSLOD=1.7730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:674,0,803
|
|
1 150506159 rs4970995 A C 1297.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.4967;MQ=57.19;MQ0=0;QD=19.96;SB=-1007.283;SBQD=4.171;SBpi=-0.0620;SBpiQual=0.3482;VQSLOD=3.4057 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1330,108,0
|
|
1 150511628 rs61819435 C G 854 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.158;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.601;HRun=0;HaplotypeScore=5.2884;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-320.485;SBQD=-6.085;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.8805;VQSLOD=2.5697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:884,0,1019
|
|
1 150583670 rs11204679 G C 1073.29 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.834;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.060;HRun=0;HaplotypeScore=3.9689;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=13.09;ReadPosRankSum=-1.612;SB=-443.747;SBQD=0.183;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.8474;VQSLOD=2.8767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1103,0,1202
|
|
1 150597261 rs1971378 G A 1205.25 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.463;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=15.26;ReadPosRankSum=1.041;SB=-692.657;SBQD=0.620;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.3368;VQSLOD=5.7171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:79:99:1235,0,1026
|
|
1 150600181 rs2280078 C T 1314.79 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.834;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.156;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=18.78;ReadPosRankSum=0.179;SB=-628.218;SBQD=2.833;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.7142;VQSLOD=6.1591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,46:70:99:1345,0,588
|
|
1 150608894 rs11204684 A G 858.57 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.491;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=16.51;ReadPosRankSum=1.345;SB=-400.745;SBQD=3.574;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.5170;VQSLOD=5.7247 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:889,0,697
|
|
1 150637953 rs4970970 A C 2712.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.32;MQ0=0;QD=30.48;SB=-860.244;SBQD=1.050;SBpi=-2.3850;SBpiQual=-2.4556;VQSLOD=3.6126 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2746,217,0
|
|
1 150652420 . T A 994.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;DP=70;Dels=0.00;FS=3.371;HRun=7;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.917;SB=-673.170;SBQD=5.272;SBpi=-0.0762;SBpiQual=0.0459;VQSLOD=1.1182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:1025,0,662
|
|
1 150656873 rs7549795 G A 960.49 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.188;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.571;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=19.21;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-315.340;SBQD=5.794;SBpi=0.9129;SBpiQual=1.0357;VQSLOD=4.2826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:990,0,538
|
|
1 150665050 rs1336898 G A 1030.64 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.312;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.433;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=17.18;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-594.224;SBQD=-7.090;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0309;VQSLOD=5.6219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:1061,0,673
|
|
1 150669414 rs868751 T G 345.14 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.093;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.674;QD=11.50;ReadPosRankSum=0.126;SB=-0.007;SBQD=12.383;SBpi=1.8028;SBpiQual=1.9279;VQSLOD=3.1221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:375,0,528
|
|
1 150671444 rs6688430 C G 3402.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=36.20;SB=-1515.076;SBQD=0.798;SBpi=-0.7220;SBpiQual=-0.6745;VQSLOD=7.9383 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3402,277,0
|
|
1 150673684 rs4970926 T C 1143.77 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.745;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.852;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.279;SB=-591.379;SBQD=1.506;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2799;VQSLOD=6.0400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1174,0,1389
|
|
1 150678234 . A G 865.13 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=65;Dels=0.00;FS=3.417;HRun=0;HaplotypeScore=1.9576;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.125;SB=-358.696;SBQD=4.796;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.8627;VQSLOD=3.8880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:895,0,914
|
|
1 150687702 rs6587519 A G 1993.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=32.16;SB=-694.832;SBQD=-4.029;SBpi=1.5240;SBpiQual=1.1739;VQSLOD=7.4620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2027,183,0
|
|
1 150725335 rs1532770 G T 1065.67 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.976;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.207;HRun=5;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.307;SB=-656.225;SBQD=-4.084;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.2015;VQSLOD=4.1005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1096,0,1121
|
|
1 150726238 rs7526489 C T 1237.87 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=17.43;ReadPosRankSum=0.187;SB=-701.569;SBQD=-0.884;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.1221;VQSLOD=5.5707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,46:71:99:1268,0,688
|
|
1 150738200 rs3754212 A G 1302.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.661;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=8.167;HRun=1;HaplotypeScore=3.8463;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-439.840;SBQD=-8.374;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-1.1496;VQSLOD=3.1912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:1332,0,1602
|
|
1 150745600 rs10888392 T A 978.88 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=7.078;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=14.40;ReadPosRankSum=1.817;SB=-364.243;SBQD=6.443;SBpi=1.3275;SBpiQual=1.3886;VQSLOD=4.4361 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:1009,0,488
|
|
1 150748803 rs6660084 T C 958.50 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-415.401;SBQD=1.284;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8218;VQSLOD=4.2604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:988,0,983
|
|
1 150766964 rs2864871 T C 961.30 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.659;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=15.560;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.733;SB=-163.845;SBQD=-9.744;SBpi=-2.1083;SBpiQual=-1.9757;VQSLOD=2.2484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:991,0,1319
|
|
1 150779524 rs4970976 T A 526.30 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.154;HRun=0;HaplotypeScore=5.2742;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=3.688;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-327.090;SBQD=2.761;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.5339;VQSLOD=1.7355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:556,0,146
|
|
1 150800117 rs2089081 T C 765.97 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.900;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.371;HRun=0;HaplotypeScore=1.9298;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.938;SB=-340.189;SBQD=2.456;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.4996;VQSLOD=4.7389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:796,0,782
|
|
1 150813315 rs2039590 G A 623.34 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.026;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.238;SB=-274.503;SBQD=-2.566;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.7490;VQSLOD=4.0317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:653,0,1069
|
|
1 150864164 rs6587534 T G 2273.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=33.93;SB=-1154.764;SBQD=-1.064;SBpi=0.4276;SBpiQual=0.4099;VQSLOD=8.2960 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2307,181,0
|
|
1 150884271 rs533928 A G 3437.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.12;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1494.128;SBQD=1.698;SBpi=-1.0553;SBpiQual=-0.9963;VQSLOD=7.2318 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:3438,271,0
|
|
1 150889877 rs12126004 T C 844.40 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.130;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8579;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.455;SB=-389.754;SBQD=3.213;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.8518;VQSLOD=4.4108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:874,0,906
|
|
1 150939744 rs11204750 C A 944.81 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.016;HRun=0;HaplotypeScore=3.7991;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.800;SB=-410.738;SBQD=-1.820;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.7759;VQSLOD=3.9985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:975,0,1143
|
|
1 150957658 rs2902812 T G 76.63 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.990;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.599;HRun=0;HaplotypeScore=40.2013;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.296;SB=-117.719;SBQD=2.281;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.1386;VQSLOD=-38.9285 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,15:58:99:107,0,522
|
|
1 150963278 rs11587718 C T 558.24 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.712;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.546;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.702;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.610;SB=-363.840;SBQD=6.602;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.1393;VQSLOD=4.1801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:588,0,296
|
|
1 150966197 rs539118 G A 1816.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;QD=32.43;SB=-891.710;SBQD=6.743;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3570;VQSLOD=7.0128 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1849,150,0
|
|
1 150980552 rs3002293 C T 2399.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.28;SB=-1138.487;SBQD=-1.572;SBpi=-0.5976;SBpiQual=-0.7545;VQSLOD=8.5386 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2433,190,0
|
|
1 150991330 rs6664295 A C 1673.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.86;MQ0=0;QD=32.81;SB=-411.485;SBQD=-2.380;SBpi=-2.0304;SBpiQual=-2.2027;VQSLOD=6.3626 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1706,135,0
|
|
1 151016999 rs7366148 G A 818.83 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.882;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.2413;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-265.707;SBQD=2.635;SBpi=0.8356;SBpiQual=1.0845;VQSLOD=3.3792 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:849,0,900
|
|
1 151039609 rs3738481 A G 564.93 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.212;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.047;HRun=1;HaplotypeScore=3.2618;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.945;SB=-408.927;SBQD=-4.162;SBpi=0.5303;SBpiQual=-0.0832;VQSLOD=2.6418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:595,0,596
|
|
1 151052953 rs6704195 C G 671.19 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.193;HRun=0;HaplotypeScore=2.8295;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=2.325;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.312;SB=-259.049;SBQD=3.206;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.8150;VQSLOD=3.8415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:701,0,626
|
|
1 151068546 rs4970941 A G 758.07 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.880;HRun=0;HaplotypeScore=2.8725;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.047;SB=-584.025;SBQD=0.527;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.4356;VQSLOD=4.4409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:788,0,681
|
|
1 151122489 rs7554936 C T 895.52 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.029;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.690;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.752;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-213.302;SBQD=9.298;SBpi=1.4606;SBpiQual=1.5681;VQSLOD=3.3320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:926,0,798
|
|
1 151146186 rs7552226 C G 2742.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;QD=34.29;SB=-1154.343;SBQD=-2.158;SBpi=-0.7826;SBpiQual=-0.9336;VQSLOD=8.3617 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2776,223,0
|
|
1 151177907 rs61817972 T C 1506.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.33;MQ0=0;QD=32.06;SB=-326.747;SBQD=-3.947;SBpi=-2.1150;SBpiQual=-2.2407;VQSLOD=5.9561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1540,123,0
|
|
1 151178491 rs6695344 G A 2863.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=35.35;SB=-1426.053;SBQD=0.724;SBpi=-0.3889;SBpiQual=-0.3652;VQSLOD=9.3811 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2897,226,0
|
|
1 151189419 rs61817978 C T 627.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.47;MQ0=2;QD=16.08;SB=-501.450;SBQD=4.378;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.5615;VQSLOD=5.1988 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:60.16:660,60,0
|
|
1 151202167 rs16827941 G C 2280.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.52;MQ0=0;QD=32.12;SB=-1188.909;SBQD=2.586;SBpi=-0.4154;SBpiQual=-0.3090;VQSLOD=7.7285 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2313,193,0
|
|
1 151288172 rs1056847 G A 1922.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9439;MQ=59.61;MQ0=0;QD=32.59;SB=-819.687;SBQD=-1.051;SBpi=-0.9764;SBpiQual=-1.0762;VQSLOD=4.8807 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1956,159,0
|
|
1 151326550 rs2800949 G C 1914.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.87;MQ0=0;QD=30.89;SB=-1002.718;SBQD=1.090;SBpi=-0.6350;SBpiQual=-0.6675;VQSLOD=7.5652 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1948,153,0
|
|
1 151328104 rs6677686 G A 2647.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.84;SB=-811.896;SBQD=-0.754;SBpi=-1.8353;SBpiQual=-1.9498;VQSLOD=7.1160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2681,217,0
|
|
1 151338570 rs2800953 G A 2309.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;QD=35.53;SB=-991.035;SBQD=1.078;SBpi=0.8062;SBpiQual=0.9145;VQSLOD=9.0258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2342,181,0
|
|
1 151360659 rs61818034 G A 681.09 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.443;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.981;HRun=0;HaplotypeScore=3.8211;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=1.411;QD=10.64;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-330.105;SBQD=0.997;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.8190;VQSLOD=3.0850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:711,0,841
|
|
1 151371690 rs61818039 C T 1654.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.78;MQ0=0;QD=32.44;SB=-765.312;SBQD=-0.461;SBpi=-0.7702;SBpiQual=-0.7409;VQSLOD=7.1820 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1688,132,0
|
|
1 151385859 rs7546933 C T 1109.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.89;MQ0=0;QD=29.99;SB=-151.565;SBQD=-6.100;SBpi=-2.3838;SBpiQual=-2.5792;VQSLOD=4.8040 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90.28:1143,90,0
|
|
1 151389620 rs11589645 A C 1208.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.07;MQ0=0;QD=28.78;SB=-637.670;SBQD=0.808;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.4815;VQSLOD=5.2502 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1242,102,0
|
|
1 151406375 rs7546151 A C 1897.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.77;MQ0=0;QD=32.16;SB=-1073.055;SBQD=-0.709;SBpi=-0.0651;SBpiQual=-0.1534;VQSLOD=7.9227 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1930,153,0
|
|
1 151423805 rs6669827 T A 48.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=0.64;SB=-1152.908;SBQD=0.110;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.8006;VQSLOD=-0.8492 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:8.99:81,9,0
|
|
1 151457800 rs34725710 A C 1424.86 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.251;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=13.32;ReadPosRankSum=1.494;SB=-555.747;SBQD=-0.579;SBpi=-1.0502;SBpiQual=-1.2087;VQSLOD=4.8988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,51:107:99:1455,0,1639
|
|
1 151465202 rs2337364 C T 956.35 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.903;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.928;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.000;SB=-489.068;SBQD=-0.285;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.2424;VQSLOD=5.0814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:986,0,786
|
|
1 151486026 rs12730114 T A 1321.78 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.829;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.697;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.249;SB=-718.867;SBQD=1.492;SBpi=-0.2100;SBpiQual=-0.2715;VQSLOD=4.8499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:1352,0,1165
|
|
1 151488153 rs10888420 A G 2761.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.40;SB=-882.535;SBQD=3.909;SBpi=1.5852;SBpiQual=1.8627;VQSLOD=7.4556 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2794,223,0
|
|
1 151535916 rs1891593 C T 2142.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.70;SB=-890.738;SBQD=0.580;SBpi=0.9037;SBpiQual=0.9816;VQSLOD=7.5955 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2175,169,0
|
|
1 151554503 rs1891592 T C 914.03 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.744;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=11.72;ReadPosRankSum=1.625;SB=-476.696;SBQD=2.336;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.0857;VQSLOD=5.7796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:944,0,1014
|
|
1 151568604 rs6691958 G A 1353.36 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.050;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.797;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.251;SB=-646.244;SBQD=3.345;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.5268;VQSLOD=5.1209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1383,0,1145
|
|
1 151579662 rs1196360 C A 2916.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.56;SB=-1522.908;SBQD=-0.759;SBpi=-0.1104;SBpiQual=-0.1807;VQSLOD=7.9864 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2949,232,0
|
|
1 151599267 rs1196350 G T 3287.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7653;MQ=59.80;MQ0=0;QD=34.97;SB=-1387.476;SBQD=2.965;SBpi=0.7220;SBpiQual=0.9550;VQSLOD=6.2644 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3287,265,0
|
|
1 151606377 rs1196349 T A 2911.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=32.71;SB=-1478.005;SBQD=-3.387;SBpi=0.6890;SBpiQual=0.4358;VQSLOD=7.9733 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2944,238,0
|
|
1 151710400 rs4845340 C T 2580.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1046.376;SBQD=1.271;SBpi=0.9428;SBpiQual=1.0658;VQSLOD=6.6990 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2613,208,0
|
|
1 151770603 rs61815114 G A 2296.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.33;SB=-1083.960;SBQD=0.998;SBpi=0.4341;SBpiQual=0.4963;VQSLOD=8.4194 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2330,184,0
|
|
1 151782090 rs12045886 T C 1002.60 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8144;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.260;SB=-372.570;SBQD=-1.630;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.1795;VQSLOD=4.5497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1033,0,1240
|
|
1 151790858 rs7540530 G A 872.57 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.471;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.925;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.821;SB=-398.033;SBQD=-0.281;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.5505;VQSLOD=5.1569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:79:99:903,0,1005
|
|
1 151816563 rs7544269 G A 1045.58 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.854;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=9.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-480.183;SBQD=-6.957;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.5948;VQSLOD=6.6139 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1076,0,969
|
|
1 151864428 rs902316 T C 2421.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.72;SB=-1067.305;SBQD=2.295;SBpi=-1.0462;SBpiQual=-0.9189;VQSLOD=7.4605 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2454,202,0
|
|
1 151892039 rs2338205 T C 1757.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=29.78;SB=-832.920;SBQD=-2.551;SBpi=-0.7160;SBpiQual=-0.8852;VQSLOD=5.8366 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1790,144,0
|
|
1 151895093 rs10788819 C T 1030.51 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.572;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.562;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=1.088;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-577.985;SBQD=5.050;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.2036;VQSLOD=6.0409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1060,0,1100
|
|
1 151898037 rs3007685 T G 1270.52 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.9979;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=17.65;ReadPosRankSum=0.930;SB=-712.924;SBQD=0.818;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1507;VQSLOD=4.5147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:1301,0,829
|
|
1 151903415 rs1844542 C A 2856.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1374.130;SBQD=0.645;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.4440;VQSLOD=8.8136 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2890,226,0
|
|
1 151907457 rs61817720 A G 607.95 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.291;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6945;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-314.144;SBQD=-0.929;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1184;VQSLOD=3.5521 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:63:99:638,0,1320
|
|
1 151911780 rs2999506 G C 381.15 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.238;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-180.349;SBQD=1.403;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.3967;VQSLOD=4.7863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:56:99:411,0,1041
|
|
1 151917115 rs9943251 G A 1578.08 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.719;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=19.48;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-816.470;SBQD=0.097;SBpi=0.0714;SBpiQual=0.0634;VQSLOD=5.0791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:1608,0,732
|
|
1 151917393 rs2279501 G C 941.09 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=15.238;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.432;SB=-252.457;SBQD=10.817;SBpi=1.3056;SBpiQual=1.3617;VQSLOD=4.5684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:971,0,1113
|
|
1 151927560 rs2932585 A G 1510.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.61;SB=-432.750;SBQD=-8.084;SBpi=-1.6103;SBpiQual=-1.8653;VQSLOD=5.3651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1543,123,0
|
|
1 151938585 rs7554832 T A 1134.94 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8928;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-778.733;SBQD=1.043;SBpi=0.2100;SBpiQual=0.2406;VQSLOD=5.5097 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:1165,0,1171
|
|
1 151941438 rs1602246 T C 2107.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=29.27;SB=-1106.533;SBQD=8.722;SBpi=-0.1179;SBpiQual=0.4914;VQSLOD=6.8182 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2140,183,0
|
|
1 151946977 rs2932561 C T 1080.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.78;MQ0=0;QD=29.19;SB=-329.990;SBQD=0.492;SBpi=1.3974;SBpiQual=1.3403;VQSLOD=5.8523 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1113,102,0
|
|
1 151949087 rs1473494 C A 1627.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.22;SB=-807.702;SBQD=3.026;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.5638;VQSLOD=7.3798 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1661,129,0
|
|
1 151962222 rs1873311 C T 1173.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.71;MQ0=0;QD=24.96;SB=-656.072;SBQD=-3.166;SBpi=-0.8023;SBpiQual=-1.0233;VQSLOD=3.1467 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96.30:1206,96,0
|
|
1 151994458 rs6587644 G A 994.37 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=2.016;HRun=2;HaplotypeScore=1.9681;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-410.273;SBQD=3.073;SBpi=0.8807;SBpiQual=1.0271;VQSLOD=4.1211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1024,0,896
|
|
1 152176357 rs12063165 C T 934.17 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.168;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.981;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.900;QD=14.37;ReadPosRankSum=1.363;SB=-439.821;SBQD=2.596;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4465;VQSLOD=4.3201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:964,0,864
|
|
1 152181673 rs4421596 G A 1306.36 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.542;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=9.411;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.078;SB=-681.038;SBQD=-7.874;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.2094;VQSLOD=5.3465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1336,0,1227
|
|
1 152184534 rs1496046 C G 1437.70 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.734;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.738;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.491;SB=-782.184;SBQD=1.732;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0483;VQSLOD=5.9428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:104:99:1468,0,1695
|
|
1 152185095 rs4845744 T A 1285.03 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.882;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.243;HRun=0;HaplotypeScore=1.6120;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.172;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.896;SB=-596.837;SBQD=-3.896;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.5706;VQSLOD=4.9989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:74:99:1315,0,864
|
|
1 152185762 rs41266112 C G 201.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.288;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=3.059;HRun=0;HaplotypeScore=3.1083;MQ=44.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.941;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.288;SB=-99.385;SBQD=-4.977;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.1652;VQSLOD=-0.3596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:232,0,787
|
|
1 152190835 . G A 618.08 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=75;Dels=0.00;FS=5.783;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=31.55;MQ0=23;MQRankSum=-0.578;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.367;SB=-301.366;SBQD=4.434;SBpi=-0.0928;SBpiQual=0.0117;VQSLOD=3.4035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:648,0,510
|
|
1 152195034 rs4845425 G A 1060.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.255;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-504.918;SBQD=2.989;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.4648;VQSLOD=6.2108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1091,0,1259
|
|
1 152203906 rs11204943 A C 1158.83 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.591;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.783;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.355;QD=12.73;ReadPosRankSum=1.721;SB=-551.190;SBQD=1.665;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.4283;VQSLOD=4.7209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:1189,0,1555
|
|
1 152209612 rs12032307 A G 452.62 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.233;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.562;SB=-290.113;SBQD=-1.572;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.1916;VQSLOD=5.3421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:483,0,378
|
|
1 152218473 rs11204948 G A 1202.36 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.534;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.618;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.019;SB=-370.907;SBQD=-5.043;SBpi=-1.2978;SBpiQual=-1.4144;VQSLOD=4.5950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:1232,0,827
|
|
1 152223335 rs7537637 T A 851.18 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.453;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.211;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-383.066;SBQD=-3.632;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.6097;VQSLOD=5.6960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:75:99:881,0,1303
|
|
1 152225378 rs4845430 A G 973 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.839;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=11.45;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-432.279;SBQD=-2.171;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-1.0043;VQSLOD=4.4337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:1003,0,1370
|
|
1 152226576 rs4845752 C A 796.08 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.932;HRun=0;HaplotypeScore=5.2378;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=11.37;ReadPosRankSum=1.277;SB=-463.976;SBQD=2.763;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.0199;VQSLOD=2.9379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:826,0,1156
|
|
1 152236597 rs9787137 G A 3056.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=46.32;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1299.860;SBQD=-0.334;SBpi=0.8627;SBpiQual=1.0035;VQSLOD=7.4151 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3090,253,0
|
|
1 152242585 . A G 459.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.24;MQ0=2;QD=27.05;SB=-0.007;SBQD=27.048;SBpi=2.0616;SBpiQual=2.1679;VQSLOD=2.4042 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:45.11:493,45,0
|
|
1 152246301 rs61815554 T G 703.40 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.418;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.925;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.87;MQ0=2;MQRankSum=-0.470;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-368.071;SBQD=4.353;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.4330;VQSLOD=5.3567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:733,0,1099
|
|
1 152253781 . C G 1318.06 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.404;DP=77;Dels=0.00;FS=0.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=2.368;QD=17.12;ReadPosRankSum=1.847;SB=-639.440;SBQD=-2.003;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.3256;VQSLOD=3.7746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1348,0,1040
|
|
1 152254010 . T C 1003.24 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=13.56;ReadPosRankSum=1.364;SB=-568.740;SBQD=0.483;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3192;VQSLOD=4.4607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1033,0,1112
|
|
1 152260796 rs60577686 T C 519.45 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.066;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.005;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=53.65;MQ0=1;MQRankSum=-0.488;QD=8.25;ReadPosRankSum=3.444;SB=-256.544;SBQD=2.097;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.6652;VQSLOD=3.8037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:549,0,1206
|
|
1 152265261 rs1858477 G A 382.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.659;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=3.355;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.38;MQ0=25;MQRankSum=-7.074;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.498;SB=-110.023;SBQD=3.002;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0821;VQSLOD=-7.0619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,41:111:99:412,0,1751
|
|
1 152269157 rs12733350 C A 385.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.806;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=42.58;MQ0=1;MQRankSum=-3.816;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.982;SB=-211.140;SBQD=-0.851;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.3408;VQSLOD=-0.4985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:415,0,960
|
|
1 152272352 rs3126062 G A 1347.58 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=7.973;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=17.28;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-459.660;SBQD=-6.934;SBpi=-1.3270;SBpiQual=-1.4226;VQSLOD=3.0564 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:1378,0,914
|
|
1 152276444 . A C 82.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;DP=70;Dels=0.00;FS=15.298;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=33.71;MQ0=10;MQRankSum=-2.116;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.601;SB=66.080;SBQD=3.195;SBpi=1.9365;SBpiQual=2.0595;VQSLOD=-3.2393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,15:70:99:113,0,1053
|
|
1 152278555 . T C 118.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=18.71;MQ0=44;MQRankSum=-0.626;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.442;SB=-0.007;SBQD=3.542;SBpi=1.0660;SBpiQual=1.0542;VQSLOD=-1.2622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,22:79:99:148,0,570
|
|
1 152280170 . C G 174.84 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DP=41;Dels=0.00;FS=4.301;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=5;MQRankSum=1.819;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-107.601;SBQD=-2.539;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0937;VQSLOD=1.5448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:41:99:205,0,556
|
|
1 152280372 . G A 497.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.221;DP=55;Dels=0.00;FS=5.993;HRun=0;HaplotypeScore=1.6630;MQ=46.11;MQ0=1;MQRankSum=-5.034;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.875;SB=-180.924;SBQD=6.159;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.6665;VQSLOD=-3.1106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:55:99:528,0,674
|
|
1 152297117 rs6681457 C T 808.63 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.359;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=11.201;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.738;SB=-430.942;SBQD=9.229;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0599;VQSLOD=5.2314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:839,0,1060
|
|
1 152309683 rs3126095 G A 1218.98 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.464;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.809;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.413;QD=13.40;ReadPosRankSum=-1.126;SB=-473.293;SBQD=3.072;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.9548;VQSLOD=3.8496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:1249,0,1502
|
|
1 152316590 rs3120665 A G 1002.48 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.976;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.852;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=12.85;ReadPosRankSum=1.179;SB=-483.386;SBQD=-1.944;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.3611;VQSLOD=4.2531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1032,0,1261
|
|
1 152318161 rs3120667 A G 1099.74 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.917;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.252;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-367.447;SBQD=4.788;SBpi=1.2649;SBpiQual=1.4009;VQSLOD=4.9841 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1130,0,1207
|
|
1 152342869 rs11204987 G A 819.53 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.867;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.868;HRun=1;HaplotypeScore=3.5012;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-284.769;SBQD=13.885;SBpi=0.5000;SBpiQual=1.0450;VQSLOD=3.2546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:850,0,252
|
|
1 152368302 . C G 1210.94 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.255;DP=84;Dels=0.00;FS=5.560;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-693.142;SBQD=4.279;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0354;VQSLOD=4.1851 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1241,0,1193
|
|
1 152384833 rs1923492 T C 2245.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5281;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.52;SB=-1117.803;SBQD=-0.886;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.5671;VQSLOD=6.0751 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2279,178,0
|
|
1 152387628 rs4285700 C A 706.90 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.818;QD=11.78;ReadPosRankSum=1.456;SB=-312.744;SBQD=1.969;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3655;VQSLOD=4.3181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:737,0,1071
|
|
1 152391547 rs12029431 C G 1268.41 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.391;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.836;HRun=3;HaplotypeScore=2.5508;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=14.92;ReadPosRankSum=1.288;SB=-601.540;SBQD=-0.606;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.3173;VQSLOD=3.1459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1298,0,1273
|
|
1 152401572 rs1923513 G A 3160.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.1667;MQ=59.49;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1414.513;SBQD=0.703;SBpi=0.7862;SBpiQual=0.9004;VQSLOD=3.4660 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3194,250,0
|
|
1 152403956 rs56232152 C T 132.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.459;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.24;MQ0=25;MQRankSum=-1.438;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.933;SB=-28.427;SBQD=-4.185;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.3416;VQSLOD=-1.8216 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,15:62:99:162,0,430
|
|
1 152404315 . G A 52.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.6643;MQ=10.54;MQ0=36;MQRankSum=1.468;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-0.007;SBQD=-1.340;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.7621;VQSLOD=0.8130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,5:48:71.70:82,0,72
|
|
1 152406838 . T A 767.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.72;MQ0=7;QD=14.48;SB=-406.522;SBQD=1.583;SBpi=-0.4808;SBpiQual=-0.5399;VQSLOD=3.1208 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:80.98:800,81,0
|
|
1 152414870 rs4240880 T G 2611.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=27.0622;MQ=57.67;MQ0=0;QD=32.24;SB=-1182.804;SBQD=1.699;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9478;VQSLOD=-18.8405 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2644,214,0
|
|
1 152418146 rs11803629 T C 1080.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.444;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.840;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.92;MQ0=0;MQRankSum=-5.720;QD=13.34;ReadPosRankSum=-3.188;SB=-467.772;SBQD=1.615;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5161;VQSLOD=-3.7362 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1111,0,1297
|
|
1 152433346 rs6587674 C T 1408.87 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.527;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=19.528;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=20.42;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-616.627;SBQD=5.711;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.6176;VQSLOD=3.2848 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,45:69:99:1439,0,475
|
|
1 152433740 . C A 576.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.649;DP=50;Dels=0.00;FS=2.863;HRun=1;HaplotypeScore=3.5448;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=11.52;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-106.907;SBQD=6.207;SBpi=1.4184;SBpiQual=1.5294;VQSLOD=1.0157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:606,0,915
|
|
1 152436350 . T A 54.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.038;DP=57;Dels=0.02;FS=4.276;HRun=0;HaplotypeScore=27.8629;MQ=44.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.742;SB=43.463;SBQD=0.384;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.7503;VQSLOD=-20.4359 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,8:57:84.30:84,0,160
|
|
1 152436810 . C A 723.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.801;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=16.7040;MQ=48.67;MQ0=1;MQRankSum=1.195;QD=19.04;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-205.375;SBQD=1.877;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.8764;VQSLOD=-4.7948 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,21:38:63.15:756,63,0
|
|
1 152437966 rs6587675 A G 1045.96 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.970;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=11.611;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.901;QD=13.58;ReadPosRankSum=1.718;SB=-331.028;SBQD=-10.393;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-1.0503;VQSLOD=4.7041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1076,0,1223
|
|
1 152440819 rs10788840 C T 2995.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43;SB=-1433.862;SBQD=0.541;SBpi=-0.6969;SBpiQual=-0.7189;VQSLOD=8.2192 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3028,238,0
|
|
1 152441338 rs6667139 G A 1136.27 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.200;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-444.065;SBQD=3.115;SBpi=0.8807;SBpiQual=0.9562;VQSLOD=4.9968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1166,0,1323
|
|
1 152443608 rs13373771 C A 955.79 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.276;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=4.921;HRun=1;HaplotypeScore=1.8154;MQ=54.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=14.93;ReadPosRankSum=1.357;SB=-474.738;SBQD=4.017;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3366;VQSLOD=5.2205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:986,0,852
|
|
1 152445162 rs61813862 A G 262.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.455;HRun=1;HaplotypeScore=3.2527;MQ=37.48;MQ0=4;MQRankSum=-2.035;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-182.471;SBQD=4.762;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.5222;VQSLOD=1.3763 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:292,0,351
|
|
1 152449991 rs2203891 A G 2857.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.18;SB=-1387.343;SBQD=0.502;SBpi=0.3938;SBpiQual=0.4566;VQSLOD=8.4778 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2891,226,0
|
|
1 152479176 rs4845779 T C 2330.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.70;MQ0=0;QD=30.66;SB=-1020.592;SBQD=6.325;SBpi=0.6882;SBpiQual=1.1897;VQSLOD=6.2662 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2363,199,0
|
|
1 152493875 rs493133 G C 3149.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8665;MQ=59.04;MQ0=0;QD=36.20;SB=-1602.041;SBQD=-1.596;SBpi=-0.0536;SBpiQual=-0.2002;VQSLOD=3.6542 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3182,253,0
|
|
1 152508260 rs1337340 T C 1501.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7085;MQ=58.17;MQ0=0;QD=25.45;SB=-1074.630;SBQD=0.974;SBpi=0.0651;SBpiQual=0.1426;VQSLOD=3.6795 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1534,135,0
|
|
1 152508562 rs1001149 C T 1428.03 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.358;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=19.56;ReadPosRankSum=0.098;SB=-797.954;SBQD=-1.828;SBpi=0.0729;SBpiQual=-0.0045;VQSLOD=4.0394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,47:73:99:1458,0,742
|
|
1 152515431 rs12059256 G A 3655.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1647.818;SBQD=-1.528;SBpi=0.7921;SBpiQual=0.7277;VQSLOD=8.7240 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3655,289,0
|
|
1 152523011 . T C 765.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.03;MQ0=23;QD=11.60;SB=-0.007;SBQD=-23.935;SBpi=0.1861;SBpiQual=0.5468;VQSLOD=4.5740 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:75.18:799,75,0
|
|
1 152530396 rs4240886 T A 2533.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=30.53;SB=-1429.432;SBQD=1.839;SBpi=0.3842;SBpiQual=0.5541;VQSLOD=6.8686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2567,199,0
|
|
1 152532749 rs10888500 G A 2324.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.54;MQ0=0;QD=35.77;SB=-981.355;SBQD=-3.229;SBpi=-0.6822;SBpiQual=-0.8573;VQSLOD=8.7045 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2358,184,0
|
|
1 152553913 rs10749673 G A 704.29 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.895;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=13.823;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-267.276;SBQD=-10.878;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.6753;VQSLOD=5.1912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:734,0,395
|
|
1 152555176 rs477392 C G 972.94 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=12.80;ReadPosRankSum=1.601;SB=-440.832;SBQD=0.797;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.3915;VQSLOD=5.9548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:76:99:1003,0,1233
|
|
1 152588181 . T C 374.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;DP=83;Dels=0.00;FS=38.456;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=30.66;MQ0=16;MQRankSum=-2.792;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.425;SB=57.131;SBQD=-11.411;SBpi=-1.8898;SBpiQual=-2.0197;VQSLOD=-1.8960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,28:83:99:404,0,1168
|
|
1 152590663 rs6693105 T C 980.86 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.200;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.002;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.600;QD=14.01;ReadPosRankSum=-1.588;SB=-477.890;SBQD=-3.298;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.6208;VQSLOD=4.9151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1011,0,1066
|
|
1 152592184 rs4845454 C T 1415.59 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.174;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=18.951;HRun=0;HaplotypeScore=1.9700;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=17.48;ReadPosRankSum=1.801;SB=-414.749;SBQD=-11.354;SBpi=-1.2671;SBpiQual=-1.4367;VQSLOD=4.5789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1446,0,1045
|
|
1 152597043 rs11205046 C T 998.96 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.887;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.684;SB=-437.318;SBQD=-2.412;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-1.0250;VQSLOD=5.6182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1029,0,1097
|
|
1 152597371 rs960752 A T 1016.35 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.910;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-544.455;SBQD=-2.425;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.3026;VQSLOD=5.2866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1046,0,1053
|
|
1 152605607 rs7529535 A C 3497.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.452;QD=35.33;ReadPosRankSum=0.892;SB=-1604.177;SBQD=-1.782;SBpi=0.6061;SBpiQual=0.5817;VQSLOD=7.8162 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:3497,280,0
|
|
1 152608711 rs10128024 C T 1090.50 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.176;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.071;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=16.04;ReadPosRankSum=3.029;SB=-501.450;SBQD=3.098;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4798;VQSLOD=5.3014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1120,0,906
|
|
1 152608916 rs35903848 G A 564.85 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.572;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-238.739;SBQD=5.631;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5195;VQSLOD=3.3124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:595,0,1067
|
|
1 152625912 rs34013581 G A 1495.48 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=2.980;HRun=0;HaplotypeScore=1.8268;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=16.62;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-502.198;SBQD=4.247;SBpi=1.1902;SBpiQual=1.3279;VQSLOD=3.9394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:1525,0,1113
|
|
1 152668498 rs3904413 T C 773.74 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.937;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.410;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=12.28;ReadPosRankSum=-1.895;SB=-357.229;SBQD=-1.692;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.2812;VQSLOD=5.0901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:804,0,1042
|
|
1 152672005 rs17661905 T C 867.86 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.623;HRun=0;HaplotypeScore=1.9411;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.255;SB=-500.931;SBQD=-5.025;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=5.7772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:898,0,818
|
|
1 152691308 rs4845469 C T 1023.57 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.870;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.982;SB=-489.112;SBQD=-3.519;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.4161;VQSLOD=5.5910 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1054,0,1105
|
|
1 152694972 rs7520908 G A 932.22 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.684;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.711;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=15.54;ReadPosRankSum=-1.333;SB=-315.090;SBQD=-7.773;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-1.0874;VQSLOD=4.8110 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:962,0,488
|
|
1 152696985 rs6664383 T C 714.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.324;HRun=1;HaplotypeScore=2.4982;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.367;QD=12.31;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-331.911;SBQD=5.027;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4775;VQSLOD=1.0918 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:744,0,745
|
|
1 152721460 rs6695127 T C 2304.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.42;MQ0=0;QD=31.14;SB=-1020.609;SBQD=3.755;SBpi=0.5812;SBpiQual=0.9925;VQSLOD=7.2069 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2338,205,0
|
|
1 152725629 rs7515777 T G 3086.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.31;SB=-1439.151;SBQD=0.077;SBpi=-0.4881;SBpiQual=-0.5345;VQSLOD=8.4293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3119,247,0
|
|
1 152749733 rs2339382 T A 2644.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=1.6439;MQ=59.78;MQ0=0;QD=31.48;SB=-1476.033;SBQD=-1.983;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.2497;VQSLOD=3.9184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2678,220,0
|
|
1 152759204 rs11587012 A C 2494.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39;SB=-1342.188;SBQD=-4.179;SBpi=0.1709;SBpiQual=-0.0806;VQSLOD=6.9801 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2527,208,0
|
|
1 152780277 rs1930127 C A 2709.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=37.64;SB=-1231.583;SBQD=1.218;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.6010;VQSLOD=7.9597 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2743,211,0
|
|
1 152890470 rs11586313 G A 1896.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.30;MQ0=0;QD=35.12;SB=-837.763;SBQD=-2.901;SBpi=-0.5443;SBpiQual=-0.6909;VQSLOD=9.1565 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1930,153,0
|
|
1 152916375 rs58124215 C T 800.56 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.324;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.266;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.830;QD=15.70;ReadPosRankSum=0.039;SB=-194.152;SBQD=5.292;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.4268;VQSLOD=3.9224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:831,0,596
|
|
1 152921985 rs34563282 G T 651.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.046;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=4.677;HRun=2;HaplotypeScore=1.3990;MQ=50.17;MQ0=0;MQRankSum=-4.816;QD=14.81;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-290.075;SBQD=6.165;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2002;VQSLOD=-0.0640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:682,0,385
|
|
1 152923113 rs2066005 G C 942.97 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.967;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=12.09;ReadPosRankSum=1.165;SB=-369.482;SBQD=5.497;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8441;VQSLOD=4.8410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:973,0,1265
|
|
1 152936458 rs61276970 C A 37.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=5.379;HRun=0;HaplotypeScore=3.9933;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-4.075;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.647;SB=5.653;SBQD=-3.347;SBpi=-1.1547;SBpiQual=-1.1105;VQSLOD=-2.6347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,12:70:67.39:67,0,1731
|
|
1 152957887 rs1611764 G A 900.09 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.989;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.329;HRun=0;HaplotypeScore=3.4767;MQ=59.06;MQ0=1;MQRankSum=1.022;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.198;SB=-506.537;SBQD=4.083;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0474;VQSLOD=4.3999 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:930,0,550
|
|
1 152958584 rs1984198 T C 1142.45 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.490;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.373;HRun=0;HaplotypeScore=1.8136;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=15.87;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-523.800;SBQD=1.286;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.5448;VQSLOD=5.3147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:1172,0,799
|
|
1 152964338 rs6670614 T C 959.02 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.087;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.084;SB=-560.345;SBQD=3.085;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0229;VQSLOD=6.0329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:989,0,1525
|
|
1 152965347 rs9325996 A G 1016.36 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.437;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-622.136;SBQD=-4.166;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.1193;VQSLOD=5.7381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1046,0,1067
|
|
1 152971618 rs946099 T C 1168.80 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.974;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=10.735;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.71;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-447.468;SBQD=-9.231;SBpi=-0.7206;SBpiQual=-0.8575;VQSLOD=4.3813 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:1199,0,798
|
|
1 152972694 rs4568784 G A 1142.49 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.247;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.893;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.490;QD=15.87;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-587.951;SBQD=2.639;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.4212;VQSLOD=4.2198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1172,0,883
|
|
1 152975277 rs2339493 G A 988.96 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.009;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.534;SB=-502.635;SBQD=-1.276;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1227;VQSLOD=4.7269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:1019,0,1283
|
|
1 152976849 rs55667413 G T 430.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.422;HRun=0;HaplotypeScore=14.9736;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.549;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-138.727;SBQD=-7.217;SBpi=-1.1468;SBpiQual=-1.2418;VQSLOD=-10.5324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:460,0,1090
|
|
1 152980814 rs10888522 G T 692.87 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.665;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=23.686;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=32.00;MQ0=9;MQRankSum=-2.213;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.300;SB=4.300;SBQD=14.274;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.4461;VQSLOD=2.5495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:723,0,958
|
|
1 152981505 rs4845330 A G 987.19 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.418;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.377;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.848;SB=-538.772;SBQD=-1.868;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.0315;VQSLOD=3.4870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:1017,0,1460
|
|
1 152987365 rs7548977 T G 1470.10 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=2.713;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=2.118;QD=15.31;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-734.154;SBQD=3.372;SBpi=-0.0714;SBpiQual=0.1186;VQSLOD=4.0551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:1500,0,1398
|
|
1 152993947 rs4845511 A G 859.16 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.257;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-386.531;SBQD=2.758;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.7641;VQSLOD=3.0378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:889,0,998
|
|
1 153000820 rs4845514 T C 967.02 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.686;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.105;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=15.11;ReadPosRankSum=0.933;SB=-417.501;SBQD=3.223;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5480;VQSLOD=5.4517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:997,0,1040
|
|
1 153004213 rs2070964 C T 858.80 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.127;SB=-444.213;SBQD=2.196;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.0630;VQSLOD=5.8394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:889,0,1042
|
|
1 153004778 rs3820141 C T 496.46 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.549;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-268.982;SBQD=7.380;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.3786;VQSLOD=3.5011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:526,0,1105
|
|
1 153004809 rs3181787 T C 318.37 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.355;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.946;HRun=1;HaplotypeScore=5.9190;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-378.280;SBQD=0.395;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7302;VQSLOD=1.8009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:348,0,1163
|
|
1 153011716 rs679378 G A 968.17 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.253;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=10.961;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.779;SB=-470.014;SBQD=-7.413;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2849;VQSLOD=5.2726 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,35:91:99:998,0,1647
|
|
1 153012240 rs11546483 A C 1335.71 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.900;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.897;HRun=0;HaplotypeScore=2.5424;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=16.29;ReadPosRankSum=2.638;SB=-479.195;SBQD=4.577;SBpi=0.9286;SBpiQual=1.2641;VQSLOD=3.9704 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:1366,0,987
|
|
1 153015396 rs1890285 T C 1038.81 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.547;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=14.627;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=14.43;ReadPosRankSum=1.672;SB=-396.826;SBQD=10.601;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.9430;VQSLOD=5.6639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1069,0,943
|
|
1 153017353 rs427470 G A 1290.86 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.954;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8874;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-722.262;SBQD=0.068;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0321;VQSLOD=4.0248 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1321,0,1421
|
|
1 153019258 rs3120745 A G 1025.02 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.142;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-526.728;SBQD=4.539;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2368;VQSLOD=5.7416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1055,0,1197
|
|
1 153025687 rs1577960 G A 1360.58 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.755;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=18.14;ReadPosRankSum=1.216;SB=-707.132;SBQD=0.453;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0698;VQSLOD=3.9761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1391,0,839
|
|
1 153039167 rs7531076 G T 796.65 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.878;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=11.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.626;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-207.452;SBQD=7.987;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.5084;VQSLOD=3.7019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,32:90:99:827,0,1695
|
|
1 153053323 rs11205187 T C 665.83 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.429;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.131;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.363;SB=-419.969;SBQD=0.034;SBpi=-0.1715;SBpiQual=0.2009;VQSLOD=4.9249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:696,0,1217
|
|
1 153062344 rs10888530 T C 884.30 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.204;HRun=3;HaplotypeScore=1.5317;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=14.50;ReadPosRankSum=-2.607;SB=-345.274;SBQD=-7.673;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.8078;VQSLOD=2.6183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:914,0,817
|
|
1 153064438 rs6667103 A G 914.41 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.996;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=11.600;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=11.43;ReadPosRankSum=-1.184;SB=-354.799;SBQD=5.790;SBpi=1.3275;SBpiQual=1.0341;VQSLOD=5.3602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:944,0,1079
|
|
1 153119519 rs11577955 G A 1011.05 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=10.619;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-543.378;SBQD=-7.958;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.6148;VQSLOD=5.5835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1041,0,1175
|
|
1 153134979 rs1625198 C G 856.94 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.963;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.775;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-394.527;SBQD=-3.926;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.6295;VQSLOD=5.8342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:887,0,686
|
|
1 153134987 rs1697430 A C 823.35 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-431.253;SBQD=-0.162;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3444;VQSLOD=5.6338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:853,0,843
|
|
1 153135946 rs475182 G A 1034.90 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=0;HaplotypeScore=1.7834;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=16.69;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-501.872;SBQD=-1.796;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3471;VQSLOD=5.2159 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:1065,0,781
|
|
1 153142328 rs11585767 C T 881.08 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.693;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.904;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.679;SB=-481.096;SBQD=-0.534;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0530;VQSLOD=5.2208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:911,0,957
|
|
1 153172794 rs58562571 G A 884.95 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.140;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.896;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.569;QD=11.35;ReadPosRankSum=2.189;SB=-440.044;SBQD=1.578;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3779;VQSLOD=2.9549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:915,0,1342
|
|
1 153229244 . C T 387.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DP=28;Dels=0.03;FS=12.330;HRun=0;HaplotypeScore=13.9139;MQ=32.03;MQ0=7;MQRankSum=1.138;QD=13.37;ReadPosRankSum=-2.097;SB=-84.343;SBQD=-8.708;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.1105;VQSLOD=-3.5017 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,19:28:39.05:421,39,0
|
|
1 153236488 rs7526335 A G 882.12 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.387;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.892;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.542;SB=-452.426;SBQD=-4.942;SBpi=0.2535;SBpiQual=-0.1772;VQSLOD=3.9844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:912,0,1131
|
|
1 153247600 . G A 1131.47 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.834;DP=78;Dels=0.00;FS=15.861;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=14.51;ReadPosRankSum=1.574;SB=-391.616;SBQD=-10.197;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-1.0678;VQSLOD=3.7902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1161,0,1293
|
|
1 153251065 rs11810879 T C 54.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.674;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.10;MQ0=14;MQRankSum=-3.427;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-0.007;SBQD=-8.546;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.3601;VQSLOD=-1.8202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:33:84.86:85,0,362
|
|
1 153287986 rs1094364 C T 1506.05 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.446;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.3670;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-767.035;SBQD=-2.029;SBpi=-0.1361;SBpiQual=-0.3778;VQSLOD=4.5133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:98:99:1536,0,1360
|
|
1 153315579 rs3014863 A G 2013.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.15;MQ0=0;QD=28.36;SB=-1105.675;SBQD=-6.767;SBpi=0.6527;SBpiQual=0.1211;VQSLOD=5.7606 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2047,183,0
|
|
1 153319252 rs2916211 C T 1031.79 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=13.06;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-518.924;SBQD=-1.069;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.8173;VQSLOD=5.3843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1062,0,1046
|
|
1 153319380 rs2916210 G A 570.56 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.289;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.958;HRun=0;HaplotypeScore=2.6203;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=8.15;ReadPosRankSum=-2.267;SB=-297.044;SBQD=-3.450;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.8630;VQSLOD=2.3765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:601,0,1315
|
|
1 153320159 rs2916207 G C 363.08 PASS AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.065;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-223.166;SBQD=1.779;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.3819;VQSLOD=3.8319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:99:393,0,1145
|
|
1 153323613 . G A 1183.91 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.746;DP=85;Dels=0.00;FS=2.855;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=13.93;ReadPosRankSum=1.316;SB=-655.321;SBQD=-2.701;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0360;VQSLOD=3.9045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1214,0,1402
|
|
1 153324310 . C T 880.24 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.212;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8664;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.350;SB=-546.630;SBQD=0.147;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0448;VQSLOD=4.1852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:910,0,540
|
|
1 153432991 rs55668683 T A 474.36 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.410;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.07;MQ0=1;MQRankSum=-2.846;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.036;SB=-267.957;SBQD=-2.674;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0478;VQSLOD=1.8283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:55:99:504,0,867
|
|
1 153434100 . C A 808.43 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DP=66;Dels=0.00;FS=2.100;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-476.858;SBQD=1.813;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.0832;VQSLOD=3.3552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:838,0,1036
|
|
1 153438422 rs3006436 G A 551.92 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.406;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.962;SB=-374.578;SBQD=5.144;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0410;VQSLOD=3.8331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:582,0,666
|
|
1 153440689 rs2986208 C T 1299.15 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.471;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-704.008;SBQD=0.716;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.1867;VQSLOD=5.9134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1329,0,865
|
|
1 153442356 rs2986210 G A 3516.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ=59.75;MQ0=0;QD=37.40;SB=-1791.193;SBQD=-0.075;SBpi=0.1031;SBpiQual=0.1072;VQSLOD=7.9263 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3516,271,0
|
|
1 153449856 rs4845546 A C 900.99 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.818;HRun=2;HaplotypeScore=2.4909;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.498;SB=-544.026;SBQD=-1.829;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.2943;VQSLOD=3.2460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:931,0,1092
|
|
1 153452475 rs1024274 A G 1809.15 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=18.09;ReadPosRankSum=1.177;SB=-763.261;SBQD=0.265;SBpi=-0.7878;SBpiQual=-0.8553;VQSLOD=4.7820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,58:100:99:1839,0,1239
|
|
1 153495244 rs6684970 C T 1635.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.22;MQ0=0;QD=32.71;SB=-577.253;SBQD=5.238;SBpi=0.9899;SBpiQual=1.1483;VQSLOD=7.7145 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1668,138,0
|
|
1 153547624 rs9793333 C T 100.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.367;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8386;MQ=39.16;MQ0=3;MQRankSum=0.610;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-0.007;SBQD=-10.363;SBpi=-1.7321;SBpiQual=-1.8753;VQSLOD=0.5951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:78.16:130,0,78
|
|
1 153571360 rs9661680 G C 1794.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=28.94;SB=-998.233;SBQD=1.853;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.2844;VQSLOD=6.2550 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1827,147,0
|
|
1 153602861 rs3790411 G C 667.78 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.650;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.622;SB=-238.232;SBQD=3.256;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.7163;VQSLOD=4.5042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:698,0,1185
|
|
1 153658480 rs11264236 G A 1298.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;QD=26.50;SB=-701.964;SBQD=-8.689;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.4680;VQSLOD=6.1074 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1332,108,0
|
|
1 153700841 rs4411157 A G 896.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94;SB=-211.064;SBQD=10.116;SBpi=1.5266;SBpiQual=1.7315;VQSLOD=5.1861 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:75.23:930,75,0
|
|
1 153703013 rs6698058 C T 2513.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.43;MQ0=0;QD=34.43;SB=-1303.282;SBQD=-3.452;SBpi=0.0585;SBpiQual=-0.1860;VQSLOD=7.9612 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2547,205,0
|
|
1 153711962 rs9426887 A G 1636.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.64;MQ0=0;QD=26.83;SB=-1023.500;SBQD=1.200;SBpi=0.3201;SBpiQual=0.3833;VQSLOD=3.9556 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1670,135,0
|
|
1 153732640 rs7554642 A G 1731.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=29.34;SB=-968.287;SBQD=-4.720;SBpi=0.3255;SBpiQual=-0.0965;VQSLOD=6.2215 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1764,156,0
|
|
1 153752139 rs10158450 T C 889.63 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.604;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.961;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-419.707;SBQD=-1.546;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.5962;VQSLOD=5.2170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:920,0,1068
|
|
1 153768740 rs12738361 C T 696.36 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.999;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.226;HRun=1;HaplotypeScore=4.1879;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.982;SB=-353.155;SBQD=-4.849;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.6279;VQSLOD=3.0492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:726,0,645
|
|
1 153787784 . G A 118.39 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=87;Dels=0.00;FS=56.728;HRun=14;HaplotypeScore=11.7982;MQ=52.20;MQ0=1;MQRankSum=-1.248;QD=1.36;ReadPosRankSum=-3.923;SB=96.290;SBQD=6.518;SBpi=2.2454;SBpiQual=2.0070;VQSLOD=-29.6218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,24:87:99:148,0,804
|
|
1 153832158 rs4367808 T A 479.14 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=24.6276;MQ=55.89;MQ0=0;QD=6.30;SB=-925.681;SBQD=-1.005;SBpi=-1.3279;SBpiQual=-1.2596;VQSLOD=-61.0693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:48.07:512,48,0
|
|
1 153834868 rs6694061 G C 826.96 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.774;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=2.051;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.38;MQ0=1;MQRankSum=1.425;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-378.222;SBQD=1.779;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.9838;VQSLOD=5.3069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:857,0,832
|
|
1 153856498 rs10908512 C T 990.12 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.481;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.967;HRun=0;HaplotypeScore=2.8298;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.942;SB=-396.621;SBQD=4.702;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.6499;VQSLOD=4.6217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:1020,0,1172
|
|
1 153867805 rs6427329 A G 572.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.673;HRun=0;HaplotypeScore=9.4708;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-266.530;SBQD=-7.371;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.7765;VQSLOD=1.1785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:603,0,608
|
|
1 153893023 rs10494303 G A 1332.29 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.022;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.882;HRun=1;HaplotypeScore=3.5096;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.737;QD=16.65;ReadPosRankSum=-2.204;SB=-494.007;SBQD=3.308;SBpi=1.0321;SBpiQual=1.2648;VQSLOD=3.0582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:1362,0,985
|
|
1 153913770 rs2252508 A G 643.28 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=16.621;HRun=2;HaplotypeScore=1.7262;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.101;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-278.268;SBQD=-11.237;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6510;VQSLOD=2.7597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:673,0,1024
|
|
1 153927052 rs10908557 C G 825.26 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.946;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.030;SB=-453.030;SBQD=2.693;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0484;VQSLOD=6.2935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:70:99:855,0,1214
|
|
1 153986637 rs11264865 C G 1747.86 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.182;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=3.934;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=18.59;ReadPosRankSum=0.790;SB=-887.414;SBQD=-3.585;SBpi=-0.0674;SBpiQual=-0.0646;VQSLOD=4.7277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,55:94:99:1778,0,1081
|
|
1 154029450 rs11264964 G C 1252.99 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9601;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.654;SB=-677.663;SBQD=0.152;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0897;VQSLOD=5.5446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1283,0,1418
|
|
1 154036133 rs11264974 A T 1318.30 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.850;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.305;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=16.48;ReadPosRankSum=2.859;SB=-583.051;SBQD=-5.308;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4780;VQSLOD=3.8105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1348,0,1234
|
|
1 154092056 rs2494663 C A 1010.37 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.038;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.177;HRun=3;HaplotypeScore=2.8861;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.491;SB=-369.420;SBQD=-2.252;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-0.9972;VQSLOD=3.7757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:1040,0,929
|
|
1 154095196 rs6691825 A T 1461.31 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=10.925;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=1.327;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.729;SB=-634.678;SBQD=7.150;SBpi=0.6301;SBpiQual=0.7618;VQSLOD=5.4994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:1491,0,1142
|
|
1 154141908 rs4845364 A G 1192.59 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.609;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.305;HRun=1;HaplotypeScore=1.7781;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=16.80;ReadPosRankSum=0.743;SB=-585.409;SBQD=-3.613;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.4027;VQSLOD=4.8939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:1223,0,940
|
|
1 154149240 rs10797047 G A 550.76 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.953;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-302.505;SBQD=-0.993;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.5228;VQSLOD=4.2036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:581,0,793
|
|
1 154157090 rs11265251 T C 1363.39 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.875;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.085;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.446;QD=17.71;ReadPosRankSum=-1.899;SB=-329.009;SBQD=-0.852;SBpi=1.8091;SBpiQual=1.9494;VQSLOD=2.3268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:1393,0,1028
|
|
1 154158387 rs4845605 T C 795.65 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.458;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.328;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.274;SB=-430.960;SBQD=3.468;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.3952;VQSLOD=3.3267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:826,0,1032
|
|
1 154204693 . G A 540.23 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.373;SB=-276.713;SBQD=-0.875;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.3221;VQSLOD=4.2127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:570,0,738
|
|
1 154205501 rs7516809 T C 721.44 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.722;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=3.7165;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=10.16;ReadPosRankSum=3.672;SB=-460.995;SBQD=0.507;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.4226;VQSLOD=2.0404 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:751,0,531
|
|
1 154206538 rs6657214 C T 345.10 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.413;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=8.018;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-26.783;SBQD=-11.669;SBpi=-1.2481;SBpiQual=-1.4351;VQSLOD=4.0398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:375,0,703
|
|
1 154231943 rs1194602 T C 624.66 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.113;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-376.493;SBQD=6.954;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.3934;VQSLOD=5.2579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:655,0,397
|
|
1 154236452 rs1194599 C A 1007.83 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.939;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.072;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=14.40;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-384.476;SBQD=-3.584;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.9020;VQSLOD=4.9000 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1038,0,918
|
|
1 154305010 rs1209264 A G 2354.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=34.12;SB=-1190.470;SBQD=1.112;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.2652;VQSLOD=8.5572 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2387,190,0
|
|
1 154341823 rs7556118 C G 1628.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=34.64;SB=-834.959;SBQD=0.162;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.2206;VQSLOD=8.3022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1661,132,0
|
|
1 154380934 . A G 548.50 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-211.944;SBQD=4.489;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.8168;VQSLOD=3.2069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:68:99:578,0,1216
|
|
1 154387025 . T C 777.61 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DP=57;Dels=0.00;FS=3.900;HRun=1;HaplotypeScore=2.9391;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-429.341;SBQD=4.777;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3522;VQSLOD=2.4078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:808,0,646
|
|
1 154395212 rs4133213 C A 977.94 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.895;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.295;SB=-509.176;SBQD=3.059;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.8606;VQSLOD=5.5443 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1008,0,723
|
|
1 154400799 rs6427658 T C 1931.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=30.18;SB=-697.764;SBQD=3.286;SBpi=1.2500;SBpiQual=1.4795;VQSLOD=6.8627 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1965,171,0
|
|
1 154401972 rs6694817 T C 2235.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=33.87;SB=-1090.614;SBQD=3.444;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.4316;VQSLOD=8.5107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2268,181,0
|
|
1 154411628 rs61812594 A G 881.35 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.970;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-487.426;SBQD=0.101;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.1730;VQSLOD=5.7242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:911,0,859
|
|
1 154418088 rs6683206 T C 1298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=50.89;MQ0=0;QD=30.21;SB=-463.271;SBQD=4.051;SBpi=0.9912;SBpiQual=1.3256;VQSLOD=6.1121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1332,114,0
|
|
1 154421554 rs61812599 G A 416.29 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.065;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.0321;MQ=40.51;MQ0=0;MQRankSum=3.823;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-150.151;SBQD=-0.614;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-0.8779;VQSLOD=2.5595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:446,0,171
|
|
1 154426097 rs6689393 A G 2538.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=32.54;SB=-829.592;SBQD=-0.538;SBpi=-1.9249;SBpiQual=-2.0393;VQSLOD=7.5575 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2571,205,0
|
|
1 154426947 rs4845374 T A 773.77 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.306;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.246;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.118;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-409.380;SBQD=-3.499;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3452;VQSLOD=2.8708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:804,0,992
|
|
1 154432420 rs4329505 T C 506.98 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.079;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6291;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.685;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.960;SB=-212.021;SBQD=0.514;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.4710;VQSLOD=3.9140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:99:537,0,1149
|
|
1 154432877 rs6690230 C G 767.18 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.003;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=2.803;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-385.495;SBQD=1.718;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.2590;VQSLOD=4.7379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,36:96:99:797,0,1776
|
|
1 154444591 rs6669229 A G 2258.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=33.22;SB=-902.884;SBQD=0.983;SBpi=-1.2127;SBpiQual=-1.1565;VQSLOD=7.3143 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2292,187,0
|
|
1 154480318 rs5018567 T C 640.35 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.047;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=2.865;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.211;SB=-329.445;SBQD=3.679;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.6845;VQSLOD=4.9354 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:670,0,1167
|
|
1 154486936 rs7529744 A G 2106.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=33.98;SB=-1125.010;SBQD=0.267;SBpi=-0.1270;SBpiQual=-0.1061;VQSLOD=7.9298 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2140,172,0
|
|
1 154492357 rs4288587 A T 820.59 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.303;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=8.018;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=16.09;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-405.490;SBQD=-7.752;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1547;VQSLOD=5.6975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:851,0,740
|
|
1 154495675 rs4345797 C T 769.39 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.481;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=8.304;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-449.369;SBQD=8.177;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0729;VQSLOD=5.8431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:799,0,645
|
|
1 154499123 rs4307559 G C 523.90 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=9.70;ReadPosRankSum=2.297;SB=-275.430;SBQD=0.515;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.3659;VQSLOD=4.6402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:554,0,844
|
|
1 154525999 rs41302545 C T 872.77 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=16.47;ReadPosRankSum=0.117;SB=-355.230;SBQD=6.412;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.7457;VQSLOD=5.3011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:903,0,642
|
|
1 154548721 rs2072660 T C 1197.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.52;MQ0=0;QD=24.95;SB=-615.726;SBQD=1.345;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.3725;VQSLOD=4.7853 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1231,114,0
|
|
1 154581767 rs1389758 G C 1985.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51;SB=-966.315;SBQD=5.884;SBpi=-0.0630;SBpiQual=0.3343;VQSLOD=7.3256 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2018,174,0
|
|
1 154587669 rs4845384 A G 1787.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.09;SB=-923.991;SBQD=-3.181;SBpi=-0.4924;SBpiQual=-0.7053;VQSLOD=5.7273 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1821,162,0
|
|
1 154601937 rs4845656 T G 2698.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.51;SB=-1355.445;SBQD=-2.411;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.2398;VQSLOD=8.8061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2732,217,0
|
|
1 154603322 rs9427106 T C 911.17 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.890;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=17.19;ReadPosRankSum=0.229;SB=-471.726;SBQD=0.767;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4268;VQSLOD=4.4712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,33:53:99:941,0,628
|
|
1 154627852 rs9427115 G A 841.54 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.287;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.141;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.59;MQ0=1;MQRankSum=1.058;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-310.238;SBQD=-7.180;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.8281;VQSLOD=5.6519 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:872,0,869
|
|
1 154635885 rs10908421 G T 1806.19 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.868;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=6.066;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=16.88;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-808.398;SBQD=4.491;SBpi=0.4636;SBpiQual=0.4695;VQSLOD=4.5944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,57:107:99:1836,0,1555
|
|
1 154638826 rs7556080 A G 1906.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=24.76;SB=-1061.863;SBQD=-3.630;SBpi=0.8547;SBpiQual=0.4184;VQSLOD=4.1140 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1939,177,0
|
|
1 154643382 rs4845658 G A 151.87 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.252;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=39.39;MQ0=2;MQRankSum=-0.441;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.627;SB=-141.048;SBQD=1.184;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.0744;VQSLOD=3.2043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:182,0,162
|
|
1 154646191 rs2131899 A G 2832.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=51.10;MQ0=3;QD=33.32;SB=-1437.280;SBQD=-3.748;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.0805;VQSLOD=6.2703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:85:99:2866,238,0
|
|
1 154650883 rs6426876 T C 762.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.14;MQ0=1;QD=26.30;SB=-97.503;SBQD=22.329;SBpi=1.5784;SBpiQual=1.8162;VQSLOD=3.7735 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69.20:796,69,0
|
|
1 154686794 . A G 32.70 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.627;DP=43;Dels=0.04;FS=7.228;HRun=2;HaplotypeScore=32.2805;MQ=38.38;MQ0=1;MQRankSum=-0.926;QD=0.73;ReadPosRankSum=-2.120;SB=2.316;SBQD=-7.708;SBpi=-1.3416;SBpiQual=-1.1812;VQSLOD=-32.8048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:43:62.69:63,0,477
|
|
1 154693538 rs11264251 A G 2230.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.83;MQ0=0;QD=32.80;SB=-1197.038;SBQD=3.338;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.0155;VQSLOD=7.9510 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2263,184,0
|
|
1 154723119 rs4845666 G A 1891.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9873;MQ=60.20;MQ0=0;QD=34.38;SB=-896.736;SBQD=-4.968;SBpi=0.6068;SBpiQual=0.4097;VQSLOD=7.0925 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1924,153,0
|
|
1 154726546 rs10494300 G C 2704.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1365.915;SBQD=-0.498;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.2795;VQSLOD=8.3441 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2737,217,0
|
|
1 154730208 . G A 1047.27 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6439;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=16.36;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-442.287;SBQD=-1.818;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.8368;VQSLOD=5.2267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1077,0,800
|
|
1 154754696 rs7544895 C G 358.13 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.599;HRun=0;HaplotypeScore=1.8055;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-188.823;SBQD=2.132;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1901;VQSLOD=4.6732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:99:388,0,880
|
|
1 154791128 rs10752609 G A 881.57 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.272;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.364;SB=-467.445;SBQD=-0.673;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2894;VQSLOD=6.4003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:912,0,771
|
|
1 154798236 . G A 535.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.757;DP=54;Dels=0.00;FS=2.094;HRun=0;HaplotypeScore=5.8932;MQ=49.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.478;SB=-24.993;SBQD=12.855;SBpi=1.3728;SBpiQual=1.7427;VQSLOD=0.4607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:54:99:565,0,585
|
|
1 154808287 rs4845394 G A 3072.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.14;SB=-1632.213;SBQD=0.762;SBpi=0.2108;SBpiQual=0.2964;VQSLOD=7.2095 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3106,244,0
|
|
1 154820248 rs1218558 A C 1413.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=29.46;SB=-473.982;SBQD=2.563;SBpi=-1.5877;SBpiQual=-1.3409;VQSLOD=5.6864 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1447,129,0
|
|
1 154828160 rs2878412 C T 1507.68 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.632;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.883;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=17.33;ReadPosRankSum=0.944;SB=-552.131;SBQD=-2.701;SBpi=-1.1902;SBpiQual=-1.2726;VQSLOD=4.7607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:1538,0,876
|
|
1 154913404 rs6686873 C G 1179.44 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.036;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=15.32;ReadPosRankSum=1.182;SB=-625.922;SBQD=0.607;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1157;VQSLOD=4.7799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1209,0,948
|
|
1 154919565 rs3738026 A G 964.55 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.069;HRun=0;HaplotypeScore=1.6634;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.221;SB=-427.270;SBQD=-3.387;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.4853;VQSLOD=5.4103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:995,0,1172
|
|
1 154922599 . C G 362.24 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.277;DP=35;Dels=0.00;FS=4.501;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=54.35;MQ0=1;MQRankSum=1.179;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.382;SB=-22.755;SBQD=13.170;SBpi=1.6783;SBpiQual=1.7590;VQSLOD=2.2799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:392,0,543
|
|
1 154944156 rs12076073 A G 971.95 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.090;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.609;SB=-479.608;SBQD=2.820;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4873;VQSLOD=4.8717 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:1002,0,855
|
|
1 154994265 rs6671688 T C 351.19 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.491;HRun=2;HaplotypeScore=3.4434;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=6.16;ReadPosRankSum=-2.070;SB=-218.149;SBQD=3.320;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.4154;VQSLOD=1.7031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:381,0,947
|
|
1 155008973 rs11264297 T C 670.65 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.584;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.316;HRun=3;HaplotypeScore=3.1034;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=11.77;ReadPosRankSum=1.372;SB=-382.977;SBQD=4.101;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2750;VQSLOD=2.5204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:57:99:701,0,784
|
|
1 155009258 rs11264298 G A 860.90 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.868;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.003;HRun=0;HaplotypeScore=3.5116;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.667;SB=-435.191;SBQD=-1.731;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.5761;VQSLOD=4.2927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:891,0,623
|
|
1 155026114 rs6660884 C T 1232.10 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.648;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.073;SB=-584.166;SBQD=1.148;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.3894;VQSLOD=4.8950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1262,0,1369
|
|
1 155033317 rs11264304 T C 556.66 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.526;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.786;HRun=2;HaplotypeScore=3.4250;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.890;SB=-362.777;SBQD=6.918;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.0419;VQSLOD=2.3821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:587,0,824
|
|
1 155061335 . G A 384.88 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=8.75;ReadPosRankSum=2.185;SB=-229.457;SBQD=-2.499;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.6940;VQSLOD=2.0843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:415,0,389
|
|
1 155070862 rs56112907 C A 802.46 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.985;HRun=1;HaplotypeScore=3.5593;MQ=56.58;MQ0=1;MQRankSum=-0.062;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.118;SB=-342.273;SBQD=-5.939;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.2252;VQSLOD=3.4185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:66:99:832,0,676
|
|
1 155083942 rs11264319 T C 528.09 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.056;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.095;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-300.225;SBQD=3.932;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.1596;VQSLOD=5.6806 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:558,0,864
|
|
1 155108287 rs11264333 G A 419.82 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.127;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.899;SB=-243.117;SBQD=2.034;SBpi=-0.1213;SBpiQual=0.0675;VQSLOD=3.8723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:450,0,289
|
|
1 155121727 rs11799962 T C 724.77 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.248;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.028;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-302.880;SBQD=-3.386;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-1.2482;VQSLOD=5.4905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:755,0,669
|
|
1 155126599 rs11264334 T C 793.22 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.979;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=6.1748;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-318.773;SBQD=6.659;SBpi=0.5916;SBpiQual=1.0474;VQSLOD=2.6245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:71:99:823,0,937
|
|
1 155130258 rs4971054 T G 742.89 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.738;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-345.197;SBQD=-5.426;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.3524;VQSLOD=5.4163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:773,0,680
|
|
1 155130391 rs4971079 G A 1456.88 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.164;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=3.019;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.889;SB=-677.202;SBQD=-2.000;SBpi=-0.8321;SBpiQual=-0.7600;VQSLOD=4.3481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,52:84:99:1487,0,874
|
|
1 155175390 rs370545 A G 785.74 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.733;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=0;HaplotypeScore=2.8719;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-304.918;SBQD=-5.608;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.9288;VQSLOD=4.4260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:816,0,901
|
|
1 155200324 rs12723761 G T 1558.68 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.331;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=1.652;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.944;SB=-714.822;SBQD=-0.335;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.6302;VQSLOD=5.4413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,55:101:99:1589,0,1402
|
|
1 155201235 rs1045253 G A 948.85 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.500;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=13.95;ReadPosRankSum=1.073;SB=-469.680;SBQD=-1.412;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1586;VQSLOD=5.7981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:979,0,867
|
|
1 155235493 rs1078699 T C 521.57 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.788;HRun=0;HaplotypeScore=2.5310;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-152.498;SBQD=4.867;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.1222;VQSLOD=4.5173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:552,0,717
|
|
1 155255837 rs11264352 T C 430.75 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.286;SB=-200.240;SBQD=4.295;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.3419;VQSLOD=4.1398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:461,0,413
|
|
1 155260350 rs1052177 A G 517.79 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=10.823;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-245.424;SBQD=9.036;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1950;VQSLOD=3.8908 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:548,0,897
|
|
1 155260383 rs1052176 G T 696.48 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.573;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=9.458;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.305;SB=-216.773;SBQD=9.442;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.1284;VQSLOD=5.6650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:726,0,891
|
|
1 155266335 rs8177968 C T 797.63 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.373;HRun=0;HaplotypeScore=1.9385;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.469;QD=12.86;ReadPosRankSum=-2.342;SB=-420.758;SBQD=-3.088;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2253;VQSLOD=3.6449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:828,0,1002
|
|
1 155335411 rs11264366 A T 1457.21 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.873;HRun=1;HaplotypeScore=1.8188;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=18.68;ReadPosRankSum=1.437;SB=-637.667;SBQD=1.594;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.5257;VQSLOD=4.3947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:1487,0,995
|
|
1 155345043 rs5005770 A G 911.83 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.151;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.738;SB=-479.767;SBQD=-3.821;SBpi=0.2535;SBpiQual=-0.0171;VQSLOD=6.5212 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:942,0,1113
|
|
1 155355819 . G A 865.58 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.164;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7144;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.890;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.666;SB=-372.072;SBQD=-0.674;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-0.9500;VQSLOD=1.6431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:896,0,690
|
|
1 155359450 rs7416976 C T 912.02 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.162;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.384;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-499.966;SBQD=5.028;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1638;VQSLOD=5.9762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:942,0,1084
|
|
1 155427688 rs10796945 G A 1715.45 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.384;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=2.890;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=18.45;ReadPosRankSum=2.355;SB=-794.944;SBQD=-2.768;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.5665;VQSLOD=5.4332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,54:93:99:1745,0,1091
|
|
1 155454753 rs6694058 C A 407.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.421;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=8.275;HRun=5;HaplotypeScore=19.4692;MQ=52.04;MQ0=2;MQRankSum=-1.173;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.522;SB=-497.882;SBQD=2.985;SBpi=1.0940;SBpiQual=1.0851;VQSLOD=-16.8673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:437,0,410
|
|
1 155505967 rs12746592 G A 1356.33 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.594;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.559;QD=18.84;ReadPosRankSum=0.582;SB=-569.511;SBQD=4.185;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7673;VQSLOD=3.9298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:1386,0,666
|
|
1 155509107 rs10752611 C T 739.51 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.647;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=10.225;HRun=2;HaplotypeScore=1.8661;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=14.50;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-270.186;SBQD=-10.448;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.8106;VQSLOD=5.1171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:770,0,765
|
|
1 155532332 rs34869594 T C 232.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.98;MQ0=0;QD=19.40;SB=-122.124;SBQD=10.674;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.4306;VQSLOD=4.9561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:24.04:266,24,0
|
|
1 155545591 rs10908473 A T 907.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.062;HRun=5;HaplotypeScore=8.6688;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=15.39;ReadPosRankSum=0.722;SB=-333.580;SBQD=-4.495;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-1.0088;VQSLOD=-4.1544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:59:99:938,0,383
|
|
1 155570680 rs11264388 T G 703.63 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.034;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=-3.068;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-313.778;SBQD=-3.054;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5406;VQSLOD=1.5046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:734,0,1004
|
|
1 155627874 rs487216 A G 1745.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;QD=31.16;SB=-979.402;SBQD=2.256;SBpi=0.1336;SBpiQual=0.2952;VQSLOD=7.4702 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1778,141,0
|
|
1 155643403 rs10908479 C T 810.76 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.158;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.048;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.569;QD=13.98;ReadPosRankSum=1.162;SB=-349.792;SBQD=2.424;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.7537;VQSLOD=5.2216 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:841,0,718
|
|
1 155658940 rs1058207 T G 197.88 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-187.082;SBQD=-0.881;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.0255;VQSLOD=2.5313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:228,0,687
|
|
1 155706217 rs644853 T G 583.93 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.155;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.431;SB=-224.909;SBQD=4.650;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.8468;VQSLOD=4.1941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:614,0,980
|
|
1 155752544 rs1749421 G A 1981.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;QD=33.58;SB=-935.564;SBQD=-0.221;SBpi=0.7160;SBpiQual=0.7293;VQSLOD=8.3124 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2014,156,0
|
|
1 155753110 rs1749420 G T 2830.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=53.71;MQ0=0;QD=36.29;SB=-1113.758;SBQD=0.573;SBpi=1.1323;SBpiQual=1.2683;VQSLOD=7.1729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2864,223,0
|
|
1 155780314 rs35698157 C T 239.67 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8279;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-112.960;SBQD=4.187;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.7660;VQSLOD=3.6330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:35:99:270,0,494
|
|
1 155794890 rs822479 A G 2760.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ=58.11;MQ0=0;QD=35.85;SB=-1243.099;SBQD=0.410;SBpi=-0.6268;SBpiQual=-0.5841;VQSLOD=7.1513 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2794,226,0
|
|
1 155801151 rs822483 A G 1144.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=30.11;SB=-300.002;SBQD=-3.133;SBpi=-1.7844;SBpiQual=-1.9011;VQSLOD=5.9723 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:93.28:1177,93,0
|
|
1 155804629 rs4581273 A G 1061.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8614;MQ=52.69;MQ0=0;QD=21.66;SB=-695.680;SBQD=-5.455;SBpi=0.7857;SBpiQual=0.3652;VQSLOD=3.5202 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1095,102,0
|
|
1 155805272 rs6427290 T C 1137.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.48;MQ0=0;QD=17.50;SB=-994.438;SBQD=-1.241;SBpi=0.0620;SBpiQual=0.1147;VQSLOD=4.6921 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1170,108,0
|
|
1 155824784 rs1765281 C G 1389.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.31;MQ0=0;QD=23.55;SB=-755.611;SBQD=-5.447;SBpi=-0.4557;SBpiQual=-0.7420;VQSLOD=4.0155 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1422,126,0
|
|
1 155829140 rs1625821 C G 1885.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=5.4888;MQ=59.27;MQ0=0;QD=29.93;SB=-834.960;SBQD=-6.404;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.7405;VQSLOD=2.4795 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1918,156,0
|
|
1 155846528 rs822505 C T 516.91 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.026;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.464;SB=-367.031;SBQD=-1.882;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.2833;VQSLOD=4.2865 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:547,0,1034
|
|
1 155870416 rs1749409 G A 2593.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=34.58;SB=-1190.712;SBQD=-0.769;SBpi=-0.7506;SBpiQual=-0.8827;VQSLOD=7.9078 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2627,205,0
|
|
1 155906609 rs2152050 T C 1128.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.56;MQ0=0;QD=28.21;SB=-617.507;SBQD=3.343;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.1011;VQSLOD=4.9665 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1161,102,0
|
|
1 155919617 . A G 32.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.783;QD=0.86;ReadPosRankSum=2.022;SB=-9.619;SBQD=-1.573;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.9418;VQSLOD=-3.0251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,6:38:62.73:63,0,1068
|
|
1 155924312 rs9726519 C T 391.48 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=79.251;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=30.43;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.030;SB=37.834;SBQD=-28.411;SBpi=-1.7889;SBpiQual=-1.8280;VQSLOD=1.9079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:421,0,467
|
|
1 155935244 rs2297649 C A 494.71 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.618;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=4.045;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.593;SB=-223.739;SBQD=5.141;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.9342;VQSLOD=3.7679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:525,0,812
|
|
1 155969387 rs7551792 G T 1545.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.82;MQ0=0;QD=35.13;SB=-568.529;SBQD=-0.877;SBpi=-1.0553;SBpiQual=-1.1597;VQSLOD=7.0119 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1579,123,0
|
|
1 155976388 rs17385065 A G 365.89 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8490;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=13.55;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-30.966;SBQD=-16.586;SBpi=-1.8190;SBpiQual=-1.8620;VQSLOD=2.5771 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:396,0,287
|
|
1 156006209 . C G 1250.85 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.348;DP=86;Dels=0.00;FS=1.796;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=1.464;QD=14.54;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-584.469;SBQD=2.545;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5891;VQSLOD=4.2951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1281,0,1267
|
|
1 156041154 rs7517412 A G 1779.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8312;MQ=58.84;MQ0=0;QD=25.79;SB=-954.867;SBQD=-4.777;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.6568;VQSLOD=3.3477 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1813,165,0
|
|
1 156081472 rs12131777 T C 1227.49 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=12.401;HRun=0;HaplotypeScore=4.2093;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=15.94;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-379.892;SBQD=10.793;SBpi=0.8847;SBpiQual=1.2639;VQSLOD=2.9375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1257,0,818
|
|
1 156131996 rs6659312 G A 861.36 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6147;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=16.89;ReadPosRankSum=0.666;SB=-284.640;SBQD=-2.725;SBpi=-1.1674;SBpiQual=-1.3460;VQSLOD=3.9157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:891,0,543
|
|
1 156133905 rs4661034 A G 922.35 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.818;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.163;SB=-540.764;SBQD=0.658;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.3746;VQSLOD=5.8532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:952,0,1214
|
|
1 156139443 . C T 259.10 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6567;MQ=44.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.395;SB=-140.996;SBQD=-2.896;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.2465;VQSLOD=2.6142 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:289,0,541
|
|
1 156152559 rs6666974 T C 1852.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=54.30;MQ0=1;QD=31.93;SB=-517.590;SBQD=-0.251;SBpi=1.9206;SBpiQual=1.9107;VQSLOD=4.7405 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1885,156,0
|
|
1 156184831 rs2853643 G A 1262.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.41;MQ0=0;QD=28.05;SB=-685.564;SBQD=2.385;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.3247;VQSLOD=5.4696 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1295,102,0
|
|
1 156195888 rs2248074 C T 1790.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5796;MQ=59.94;MQ0=0;QD=35.11;SB=-798.793;SBQD=1.690;SBpi=-0.6301;SBpiQual=-0.5882;VQSLOD=4.5415 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1824,144,0
|
|
1 156223823 rs2540168 T C 2055.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=25.70;SB=-1327.304;SBQD=-0.538;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.4969;VQSLOD=5.5723 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2089,169,0
|
|
1 156314497 rs41265043 C T 1065.83 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.629;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.663;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=16.40;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-631.207;SBQD=-4.605;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3859;VQSLOD=5.5603 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,42:65:99:1096,0,422
|
|
1 156327215 rs2842858 A C 2361.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.22;MQ0=0;QD=30.28;SB=-1330.394;SBQD=6.068;SBpi=-0.4529;SBpiQual=0.0581;VQSLOD=6.9299 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2395,208,0
|
|
1 156336044 rs1536096 C T 1927.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=32.12;SB=-721.641;SBQD=-1.483;SBpi=1.4201;SBpiQual=1.3520;VQSLOD=7.0129 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1960,159,0
|
|
1 156352974 rs867921 T C 662.46 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.346;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.358;HRun=0;HaplotypeScore=2.7196;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-225.896;SBQD=3.367;SBpi=0.7559;SBpiQual=1.1490;VQSLOD=4.3803 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:692,0,572
|
|
1 156389719 . T C 702.69 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.899;DP=61;Dels=0.00;FS=6.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-466.900;SBQD=-2.816;SBpi=-0.1715;SBpiQual=0.0640;VQSLOD=4.5634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:733,0,642
|
|
1 156395744 rs16837386 T C 831.61 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.625;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.822;SB=-443.430;SBQD=1.037;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1525;VQSLOD=5.1237 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:862,0,1103
|
|
1 156403681 rs12138127 C G 927.20 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.961;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-309.861;SBQD=-5.384;SBpi=-1.1355;SBpiQual=-1.3834;VQSLOD=5.5186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:957,0,1040
|
|
1 156415654 rs1171662 A G 906.02 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.687;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=8.462;HRun=1;HaplotypeScore=1.9863;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-503.142;SBQD=-5.110;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.5252;VQSLOD=3.5421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:936,0,992
|
|
1 156420122 rs1171661 C A 3156.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.14;SB=-1569.538;SBQD=-1.314;SBpi=-0.1627;SBpiQual=-0.2921;VQSLOD=9.2022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3190,247,0
|
|
1 156431341 rs1171556 G A 932.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.918;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=3;HaplotypeScore=2.7267;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-478.051;SBQD=-2.051;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1973;VQSLOD=3.9444 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:963,0,950
|
|
1 156439560 rs1778835 T C 2096.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.91;MQ0=0;QD=32.75;SB=-874.750;SBQD=0.121;SBpi=1.1250;SBpiQual=1.1491;VQSLOD=6.4854 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2129,169,0
|
|
1 156486009 rs6685228 G A 2065.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=33.86;SB=-1006.443;SBQD=1.126;SBpi=0.4481;SBpiQual=0.5525;VQSLOD=8.6608 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2098,166,0
|
|
1 156496844 rs12732658 T C 135.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=50.61;MQ0=0;QD=15.06;SB=-55.051;SBQD=-11.759;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.7013;VQSLOD=5.0567 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:17.99:168,18,0
|
|
1 156507997 rs6697621 T C 1040.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.85;MQ0=0;QD=19.62;SB=-669.117;SBQD=6.846;SBpi=-1.0302;SBpiQual=-0.4873;VQSLOD=4.0824 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:93.24:1073,93,0
|
|
1 156519799 rs1778820 T C 2746.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.90;SB=-1266.809;SBQD=0.439;SBpi=0.7222;SBpiQual=0.7744;VQSLOD=8.9580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2779,223,0
|
|
1 156536662 rs6663421 T C 64.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.11;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=22.732;HRun=0;HaplotypeScore=8.6272;MQ=52.96;MQ0=0;MQRankSum=2.194;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-538.236;SBQD=11.215;SBpi=0.8609;SBpiQual=0.9585;VQSLOD=-2.2335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,57:64:23.43:94,0,23
|
|
1 156539576 rs12136354 G A 1600.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=56.76;MQ0=0;QD=31.39;SB=-250.158;SBQD=9.226;SBpi=2.4505;SBpiQual=2.7362;VQSLOD=4.8717 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1634,129,0
|
|
1 156547226 rs12042930 G C 2154.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=34.20;SB=-1062.986;SBQD=-0.744;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.4249;VQSLOD=8.2087 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2188,175,0
|
|
1 156550772 rs35412064 A G 2669.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.3603;MQ=58.94;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1302.776;SBQD=0.451;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-0.5903;VQSLOD=3.5616 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2702,211,0
|
|
1 156558085 rs56003565 G C 637.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.13;MQ0=0;QD=24.51;SB=-183.961;SBQD=-4.490;SBpi=-1.5689;SBpiQual=-1.6388;VQSLOD=2.6971 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:54.15:670,54,0
|
|
1 156597408 rs10908510 C T 2271.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.49;MQ0=0;QD=32.92;SB=-1098.405;SBQD=1.270;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.5472;VQSLOD=7.4373 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2305,187,0
|
|
1 156598773 rs10908511 T C 2279.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.41;MQ0=0;QD=36.19;SB=-983.435;SBQD=0.187;SBpi=0.6929;SBpiQual=0.6973;VQSLOD=9.2286 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2313,184,0
|
|
1 156610878 rs2365713 A G 2238.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.11;SB=-1083.777;SBQD=-1.192;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.3461;VQSLOD=7.6274 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2272,181,0
|
|
1 156614292 rs1016423 C T 1380.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3322;MQ=59.56;MQ0=0;QD=26.56;SB=-708.933;SBQD=-3.370;SBpi=-0.8321;SBpiQual=-1.0269;VQSLOD=5.1341 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1414,111,0
|
|
1 156666133 rs28743016 A G 1054.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.91;MQ0=0;QD=28.49;SB=-349.391;SBQD=11.952;SBpi=0.9042;SBpiQual=1.3413;VQSLOD=5.8002 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:87.27:1087,87,0
|
|
1 156744811 rs28855540 T C 1006.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.77;MQ0=0;QD=21.89;SB=-385.809;SBQD=-1.257;SBpi=-1.3270;SBpiQual=-1.0515;VQSLOD=3.2832 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1040,99,0
|
|
1 156771852 rs10157555 G A 2993.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=33.63;SB=-1172.389;SBQD=1.545;SBpi=1.3250;SBpiQual=1.5212;VQSLOD=7.1447 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3026,244,0
|
|
1 156794822 rs4127047 C G 1899.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9810;MQ=55.17;MQ0=0;QD=27.52;SB=-755.892;SBQD=-1.205;SBpi=-1.6252;SBpiQual=-1.7062;VQSLOD=4.3925 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1932,153,0
|
|
1 156797301 . A G 41.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.78;MQ0=0;QD=0.72;SB=-782.190;SBQD=-6.233;SBpi=0.9934;SBpiQual=0.5019;VQSLOD=-2.7807 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:8.98:73,9,0
|
|
1 156840293 rs2644603 G A 1877.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=34.15;SB=-931.194;SBQD=-1.160;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.4127;VQSLOD=8.5356 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1911,153,0
|
|
1 156860462 rs2768762 G T 1274.59 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6439;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.094;QD=16.77;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-659.199;SBQD=0.304;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0531;VQSLOD=4.7861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:1305,0,1045
|
|
1 156860781 rs2644619 T C 886.50 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4558;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.834;SB=-307.480;SBQD=3.940;SBpi=0.8333;SBpiQual=1.2210;VQSLOD=4.4418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:916,0,959
|
|
1 156862156 rs56146253 T C 547.12 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.267;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.755;SB=-271.606;SBQD=1.689;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3926;VQSLOD=4.5851 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:577,0,794
|
|
1 156862193 rs4661069 T C 607.12 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.095;HRun=1;HaplotypeScore=1.8305;MQ=52.46;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.397;SB=-298.540;SBQD=3.048;SBpi=-0.2887;SBpiQual=0.2444;VQSLOD=4.4701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:637,0,620
|
|
1 156873463 rs11264579 T C 829.49 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.341;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.915;HRun=0;HaplotypeScore=1.9840;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.026;SB=-396.135;SBQD=-0.688;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.3535;VQSLOD=5.6317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:859,0,1217
|
|
1 156875092 rs4661074 G A 385.78 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.057;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6897;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.940;SB=-284.928;SBQD=-1.346;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.4588;VQSLOD=3.7114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:416,0,450
|
|
1 156876260 rs6664770 C T 632.21 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=4.250;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=13.74;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-352.695;SBQD=-5.016;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.0597;VQSLOD=5.6807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:662,0,569
|
|
1 156876906 rs12401524 C A 754.74 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.018;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.365;HRun=1;HaplotypeScore=3.4738;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.815;SB=-368.865;SBQD=3.726;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.1673;VQSLOD=3.6093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:785,0,1172
|
|
1 156881959 rs41273215 C T 805.98 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-434.077;SBQD=-3.429;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.3265;VQSLOD=4.8464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:836,0,590
|
|
1 156894006 rs822438 C G 154.04 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-127.331;SBQD=3.037;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1481;VQSLOD=3.5805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:184,0,143
|
|
1 156899682 rs12122442 G A 499.37 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.152;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.183;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.421;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-234.465;SBQD=4.105;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.5868;VQSLOD=3.5386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:529,0,587
|
|
1 156910908 rs6675748 A G 182.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.178;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.448;HRun=1;HaplotypeScore=2.4317;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=-4.505;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-179.160;SBQD=-4.581;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.7401;VQSLOD=-0.4785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:213,0,837
|
|
1 156945708 rs6680271 C G 1086 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=7.887;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-324.600;SBQD=-7.316;SBpi=-1.2330;SBpiQual=-1.3525;VQSLOD=5.3171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1116,0,1260
|
|
1 156962719 . C T 963.67 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.248;DP=70;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=0;HaplotypeScore=2.9172;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-488.733;SBQD=1.849;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.2918;VQSLOD=3.1199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:994,0,826
|
|
1 156965948 rs11264593 A G 992.41 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=12.870;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.530;SB=-273.821;SBQD=8.245;SBpi=1.2677;SBpiQual=1.3669;VQSLOD=4.3421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,35:91:99:1022,0,1838
|
|
1 156983055 rs12065378 T A 122.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=9.468;HRun=0;HaplotypeScore=5.8423;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-359.012;SBQD=-3.518;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.2385;VQSLOD=-0.6217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:152,0,550
|
|
1 156987524 . G A 65.10 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.833;DP=99;Dels=0.00;FS=61.323;HRun=25;HaplotypeScore=7.3665;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.748;QD=0.66;ReadPosRankSum=1.179;SB=165.475;SBQD=5.888;SBpi=1.8708;SBpiQual=1.6432;VQSLOD=-43.0508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,13:99:95.09:95,0,750
|
|
1 156991571 rs822576 C T 791 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.362;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-327.287;SBQD=1.723;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7331;VQSLOD=5.7629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:821,0,1142
|
|
1 157014702 rs822572 G A 1501.06 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.751;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=15.666;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.899;QD=14.86;ReadPosRankSum=1.315;SB=-538.198;SBQD=-9.063;SBpi=-1.2481;SBpiQual=-1.3602;VQSLOD=4.8776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:1531,0,1274
|
|
1 157017205 rs822585 A T 859.42 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-469.319;SBQD=-1.410;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4446;VQSLOD=4.9627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:889,0,1165
|
|
1 157028990 rs866605 T C 2169.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=26.46;SB=-1031.157;SBQD=4.272;SBpi=-1.3252;SBpiQual=-0.9178;VQSLOD=4.7769 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2203,195,0
|
|
1 157029199 rs11264607 A G 638.80 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.804;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=7.794;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=11.41;ReadPosRankSum=1.295;SB=-207.547;SBQD=-8.302;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.1144;VQSLOD=5.0114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:669,0,911
|
|
1 157038021 rs1750811 T A 667.29 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.277;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.084;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.280;SB=-281.292;SBQD=-5.982;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-0.9094;VQSLOD=4.7712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:697,0,950
|
|
1 157059350 rs12043060 C T 1175.43 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.571;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.910;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-556.906;SBQD=1.837;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.1830;VQSLOD=5.7692 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1205,0,869
|
|
1 157062364 rs1176536 G A 839.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.742;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=14.73;ReadPosRankSum=1.377;SB=-380.602;SBQD=5.571;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4703;VQSLOD=5.9755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:870,0,770
|
|
1 157062696 rs1176537 G T 991.94 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=2.4573;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-464.810;SBQD=1.544;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.5444;VQSLOD=5.1069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1022,0,778
|
|
1 157135165 rs1176550 G A 2123.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.62;MQ0=2;QD=30.34;SB=-1052.865;SBQD=4.801;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.3591;VQSLOD=7.0131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2157,183,0
|
|
1 157135656 rs1176551 T C 2987.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.88;SB=-1462.469;SBQD=-0.432;SBpi=0.2778;SBpiQual=0.2498;VQSLOD=7.4239 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3020,238,0
|
|
1 157135953 rs1176552 C A 2484.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.169;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.622;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=29.23;ReadPosRankSum=1.826;SB=-856.931;SBQD=11.333;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.7890;VQSLOD=5.4505 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,81:85:99:2518,205,0
|
|
1 157193893 rs10494310 G A 883.94 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.353;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.474;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.730;SB=-278.122;SBQD=-5.760;SBpi=-1.0954;SBpiQual=-1.1149;VQSLOD=5.4106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:914,0,1276
|
|
1 157196622 rs7549223 C T 1193.70 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.585;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.601;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=15.92;ReadPosRankSum=-1.533;SB=-672.218;SBQD=-4.157;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.1254;VQSLOD=5.0410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:1224,0,825
|
|
1 157197076 rs9633339 T C 374.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=6.813;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.18;MQ0=1;MQRankSum=-4.161;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.197;SB=-89.816;SBQD=-7.825;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.5901;VQSLOD=-0.7236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:99:404,0,944
|
|
1 157197362 rs34368157 G A 624.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.606;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.077;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=46.33;MQ0=4;MQRankSum=-6.245;QD=10.78;ReadPosRankSum=1.078;SB=-176.984;SBQD=4.361;SBpi=1.2070;SBpiQual=1.2415;VQSLOD=-4.6589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:655,0,789
|
|
1 157197616 rs6681909 C G 1095.03 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.581;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.165;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=53.34;MQ0=1;MQRankSum=3.166;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.291;SB=-533.731;SBQD=0.779;SBpi=0.1581;SBpiQual=-0.2217;VQSLOD=5.4117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1125,0,1401
|
|
1 157198399 rs12036942 T C 201.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.931;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-3.135;QD=4.11;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-109.961;SBQD=4.107;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.4347;VQSLOD=-0.6713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:49:99:231,0,1134
|
|
1 157201645 rs4083538 A C 930.66 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=11.880;HRun=0;HaplotypeScore=1.7356;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-420.929;SBQD=10.063;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3948;VQSLOD=5.4381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:961,0,744
|
|
1 157202454 rs1408556 A G 3004.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.81;MQ0=0;QD=30.97;SB=-1400.170;SBQD=-6.692;SBpi=-0.2538;SBpiQual=-0.7987;VQSLOD=7.3063 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3037,265,0
|
|
1 157227003 rs7516062 A C 911.23 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.334;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.61;MQ0=1;MQRankSum=-0.295;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.135;SB=-433.363;SBQD=0.284;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.5036;VQSLOD=5.1762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:941,0,1075
|
|
1 157231069 rs6658909 T C 756.52 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.940;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.560;SB=-432.088;SBQD=-0.392;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1616;VQSLOD=5.3256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:81:99:787,0,1589
|
|
1 157236007 rs10796976 A G 1053.37 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.099;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=9.685;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=11.70;ReadPosRankSum=2.386;SB=-433.825;SBQD=3.992;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.8595;VQSLOD=5.5177 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:1083,0,1633
|
|
1 157245634 . A T 600.48 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.1023;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.942;SB=-303.481;SBQD=0.018;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2224;VQSLOD=3.2641 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:630,0,880
|
|
1 157251340 rs11264662 G A 1254.70 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.814;HRun=0;HaplotypeScore=2.9806;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=15.30;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-619.158;SBQD=3.255;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.2091;VQSLOD=3.8161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1285,0,1075
|
|
1 157252662 rs7534772 T G 968.35 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-2.737;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.003;SB=-546.211;SBQD=-0.530;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5293;VQSLOD=2.8660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:998,0,868
|
|
1 157253375 rs2316840 C A 1226.27 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.160;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.590;SB=-740.551;SBQD=-0.896;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0091;VQSLOD=5.8226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1256,0,1486
|
|
1 157270111 rs12079840 A C 1026.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.59;MQ0=0;QD=28.52;SB=-423.025;SBQD=-2.969;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.0369;VQSLOD=5.2584 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87.25:1060,87,0
|
|
1 157315505 rs4661027 A T 1176.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.99;MQ0=0;QD=30.16;SB=-485.693;SBQD=2.577;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7073;VQSLOD=6.9476 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1209,102,0
|
|
1 157333721 rs9427267 T C 612.33 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.5335;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-280.239;SBQD=-1.384;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.8510;VQSLOD=3.7731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:642,0,928
|
|
1 157336988 rs1967788 C G 1667.37 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.459;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=11.429;HRun=0;HaplotypeScore=2.7303;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-2.210;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-571.045;SBQD=8.590;SBpi=0.8765;SBpiQual=1.1637;VQSLOD=2.3989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,54:101:99:1697,0,1325
|
|
1 157338030 rs11264699 T G 1201.56 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.943;HRun=1;HaplotypeScore=1.6545;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-441.464;SBQD=-2.980;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-0.8613;VQSLOD=3.8516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:1232,0,1388
|
|
1 157346018 rs4661141 G C 1022.61 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.783;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.967;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.888;SB=-626.065;SBQD=-5.599;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0924;VQSLOD=4.9187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1053,0,949
|
|
1 157358801 rs2873344 T C 716.27 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.604;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=2.879;QD=11.37;ReadPosRankSum=1.266;SB=-426.434;SBQD=-0.313;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1586;VQSLOD=4.6747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:746,0,779
|
|
1 157382805 rs11264721 T C 474.01 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.104;HRun=2;HaplotypeScore=1.9512;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-229.210;SBQD=2.198;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.2389;VQSLOD=4.2071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:53:99:504,0,1060
|
|
1 157384719 rs6695014 G A 822.78 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.736;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.071;SB=-535.172;SBQD=5.733;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.3057;VQSLOD=4.7618 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:853,0,815
|
|
1 157386112 rs6690419 T G 551.79 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.195;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.239;HRun=1;HaplotypeScore=5.1168;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-402.763;SBQD=0.358;SBpi=0.3536;SBpiQual=-0.1271;VQSLOD=2.7501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:582,0,727
|
|
1 157387117 rs3908731 T A 1077.49 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.745;SB=-541.606;SBQD=0.877;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.3186;VQSLOD=6.1435 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1107,0,795
|
|
1 157416241 rs12402534 C G 137.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.776;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.646;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.742;SB=3.003;SBQD=-9.405;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5303;VQSLOD=1.2444 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:168,0,264
|
|
1 157444845 rs6427379 A G 1161.16 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.888;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=4.080;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=13.35;ReadPosRankSum=2.556;SB=-498.471;SBQD=4.919;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.5501;VQSLOD=5.2972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:1191,0,1607
|
|
1 157452488 rs10908571 T C 1098.11 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=3;HaplotypeScore=1.6229;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.168;SB=-631.883;SBQD=-2.356;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0074;VQSLOD=5.5770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:1128,0,696
|
|
1 157460113 rs6685036 T C 1551.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=29.83;ReadPosRankSum=1.664;SB=-774.342;SBQD=3.892;SBpi=0.3501;SBpiQual=0.4291;VQSLOD=4.7993 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1584,109,0
|
|
1 157471969 rs12139601 C T 1223.22 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.451;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.933;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=17.47;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-434.550;SBQD=2.080;SBpi=0.9733;SBpiQual=1.0828;VQSLOD=4.4541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1253,0,1029
|
|
1 157474737 rs7340113 C T 647.86 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.813;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=5.011;HRun=1;HaplotypeScore=3.8458;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.492;SB=-240.802;SBQD=5.924;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.1885;VQSLOD=3.2572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:678,0,1126
|
|
1 157507494 rs2151163 G T 2376.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.59;MQ0=0;QD=33.47;SB=-1185.710;SBQD=2.881;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.4737;VQSLOD=7.0820 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2409,190,0
|
|
1 157507984 rs914724 G A 155.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=2.25;SB=-1239.942;SBQD=1.060;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.2713;VQSLOD=1.3998 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:20.98:188,21,0
|
|
1 157513716 rs10796980 A C 2018.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.6147;MQ=59.20;MQ0=0;QD=34.80;SB=-878.698;SBQD=0.825;SBpi=0.6565;SBpiQual=0.7503;VQSLOD=4.4668 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:2051,165,0
|
|
1 157520491 rs849836 G A 3139.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.82;SB=-1452.668;SBQD=-0.556;SBpi=0.4939;SBpiQual=0.4762;VQSLOD=8.5773 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3172,247,0
|
|
1 157554878 rs6667963 G C 2793.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=55.36;MQ0=0;QD=34.07;SB=-1356.116;SBQD=-1.543;SBpi=0.5522;SBpiQual=0.4757;VQSLOD=7.5391 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2827,232,0
|
|
1 157567161 rs2778000 C T 3168.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.20;SB=-1436.204;SBQD=2.041;SBpi=0.7379;SBpiQual=0.9219;VQSLOD=8.3214 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3201,244,0
|
|
1 157570949 rs2758666 A G 2454.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;QD=31.88;SB=-1132.049;SBQD=-6.885;SBpi=0.9687;SBpiQual=0.4574;VQSLOD=6.6582 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2488,220,0
|
|
1 157571051 rs2758665 C T 2240.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.35;MQ0=0;QD=35.57;SB=-1145.442;SBQD=-2.132;SBpi=-0.0630;SBpiQual=-0.2251;VQSLOD=8.3765 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2274,181,0
|
|
1 157580269 rs7544324 T C 395.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.833;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.2304;MQ=16.27;MQ0=12;MQRankSum=0.262;QD=6.19;ReadPosRankSum=1.118;SB=-97.465;SBQD=13.035;SBpi=-0.1953;SBpiQual=-0.2452;VQSLOD=2.9669 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:64:39.10:429,39,0
|
|
1 157586167 rs2758644 G A 2123.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18;SB=-1180.621;SBQD=-0.368;SBpi=-0.1250;SBpiQual=-0.1451;VQSLOD=7.8281 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2156,169,0
|
|
1 157595644 rs2777983 A G 2115.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=34.12;SB=-1014.786;SBQD=3.291;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.4725;VQSLOD=8.0690 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2148,175,0
|
|
1 157597981 rs2777990 A C 2482.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.97;SB=-1268.347;SBQD=-0.239;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.2852;VQSLOD=8.4299 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2516,202,0
|
|
1 157599044 rs6671213 T C 2714.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.80;SB=-1230.513;SBQD=-1.054;SBpi=-0.6794;SBpiQual=-0.8052;VQSLOD=8.3637 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2747,220,0
|
|
1 157606294 rs2248138 T A 2602.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=57.63;MQ0=0;QD=31.74;SB=-1443.499;SBQD=-0.162;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.3569;VQSLOD=6.8731 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2635,208,0
|
|
1 157805107 rs2765502 G A 2674.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=33.85;SB=-1504.830;SBQD=-1.008;SBpi=0.0563;SBpiQual=-0.0210;VQSLOD=8.9387 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2707,214,0
|
|
1 157818815 rs2777814 T C 3193.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=36.29;SB=-1518.480;SBQD=0.181;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.4599;VQSLOD=7.9273 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3226,256,0
|
|
1 157909826 rs6687446 T C 1034.30 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.378;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.036;HRun=1;HaplotypeScore=2.6480;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.346;SB=-519.492;SBQD=6.994;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.3834;VQSLOD=4.7507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1064,0,990
|
|
1 157911782 . C T 989.04 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.906;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=14.13;ReadPosRankSum=-3.047;SB=-523.264;SBQD=-1.935;SBpi=0.0870;SBpiQual=-0.0269;VQSLOD=4.0945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:1019,0,1035
|
|
1 157914675 rs7542548 C T 1175.84 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.105;HRun=0;HaplotypeScore=1.9248;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-558.029;SBQD=5.223;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.3050;VQSLOD=5.4637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1206,0,1027
|
|
1 157920145 rs4971119 G C 2004.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82;SB=-573.498;SBQD=5.463;SBpi=1.7008;SBpiQual=2.0078;VQSLOD=6.0424 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2037,172,0
|
|
1 157986363 rs4971174 A G 2469.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-936.312;SBQD=1.259;SBpi=1.2964;SBpiQual=1.4302;VQSLOD=7.2886 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2502,199,0
|
|
1 158007085 rs6694361 T C 1577.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7234;MQ=57.37;MQ0=0;QD=29.22;SB=-777.642;SBQD=1.908;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.5931;VQSLOD=4.9473 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1611,132,0
|
|
1 158012826 rs12047033 G A 1416.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3437;MQ=45.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=29.52;ReadPosRankSum=0.627;SB=-598.596;SBQD=-3.902;SBpi=-0.6564;SBpiQual=-0.8902;VQSLOD=4.9994 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:48:99:1450,102,0
|
|
1 158019262 rs10908614 G T 2319.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.13;SB=-919.540;SBQD=-0.149;SBpi=-1.3148;SBpiQual=-1.3760;VQSLOD=7.7220 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2352,187,0
|
|
1 158094066 rs7521724 T C 1478.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=29.58;SB=-781.756;SBQD=-2.973;SBpi=-0.4243;SBpiQual=-0.6180;VQSLOD=7.0334 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1512,123,0
|
|
1 158095774 rs1408549 T C 2063.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.72;MQ0=0;QD=30.80;SB=-1053.941;SBQD=1.410;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.6558;VQSLOD=4.8077 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2097,169,0
|
|
1 158104647 rs28689939 A G 538.05 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.429;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.796;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-444.641;SBQD=-2.246;SBpi=0.1768;SBpiQual=-0.0890;VQSLOD=2.9733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:568,0,657
|
|
1 158134852 rs4657207 A C 761.37 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.849;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.546;SB=-445.279;SBQD=-1.277;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0866;VQSLOD=6.1593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:791,0,1134
|
|
1 158157981 rs420491 T C 2602.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.13;MQ0=0;QD=34.70;SB=-1291.915;SBQD=0.358;SBpi=-0.4041;SBpiQual=-0.4004;VQSLOD=7.4083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2635,208,0
|
|
1 158159793 rs1633122 T C 914.33 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.970;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.393;SB=-440.504;SBQD=2.446;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.4044;VQSLOD=5.4209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:944,0,1246
|
|
1 158162439 rs1748368 C T 852.13 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.773;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9332;MQ=39.91;MQ0=10;MQRankSum=-0.125;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.100;SB=-390.472;SBQD=-0.907;SBpi=-0.7206;SBpiQual=-0.7063;VQSLOD=2.7033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:882,0,926
|
|
1 158162590 rs673039 G C 408.57 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.614;HRun=7;HaplotypeScore=2.4964;MQ=38.27;MQ0=2;MQRankSum=1.081;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-208.997;SBQD=4.056;SBpi=-0.1000;SBpiQual=0.1706;VQSLOD=1.6129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:439,0,857
|
|
1 158162596 rs1748369 C G 795.93 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.86;MQ0=1;MQRankSum=-0.176;QD=13.27;ReadPosRankSum=0.603;SB=-333.030;SBQD=-2.501;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.8074;VQSLOD=5.8758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:826,0,613
|
|
1 158162796 rs691368 T C 1430.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=27.08;MQ0=10;QD=17.88;SB=-210.094;SBQD=23.477;SBpi=1.0062;SBpiQual=1.2869;VQSLOD=4.6566 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:1464,135,0
|
|
1 158163803 rs1748374 T C 1138.18 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.041;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.588;SB=-569.810;SBQD=1.349;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.1381;VQSLOD=5.2182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1168,0,1018
|
|
1 158165578 rs1633127 G A 506.53 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=3.331;HRun=0;HaplotypeScore=1.5700;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=11.51;ReadPosRankSum=-2.451;SB=-211.892;SBQD=-3.864;SBpi=1.0206;SBpiQual=0.9606;VQSLOD=3.5787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:537,0,470
|
|
1 158165661 rs382436 T C 1302.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.66;MQ0=0;QD=19.15;SB=-1020.628;SBQD=5.838;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-0.3769;VQSLOD=4.1270 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1335,111,0
|
|
1 158166114 rs1690776 C G 1082.79 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.608;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.790;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-379.858;SBQD=4.764;SBpi=0.9297;SBpiQual=0.9783;VQSLOD=5.2904 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1113,0,913
|
|
1 158170197 rs1748377 T C 2606.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1341.964;SBQD=0.250;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.1024;VQSLOD=8.6238 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2640,208,0
|
|
1 158172396 rs691935 T C 2900.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.15;MQ0=0;QD=35.37;SB=-1451.293;SBQD=-0.846;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.3538;VQSLOD=7.1845 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2934,235,0
|
|
1 158172886 rs1748379 A T 2718.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.24;SB=-1326.969;SBQD=0.224;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.3198;VQSLOD=8.3529 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2751,214,0
|
|
1 158173589 rs1748382 C A 3069.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.28;SB=-1163.314;SBQD=0.229;SBpi=-1.4474;SBpiQual=-1.5208;VQSLOD=6.5112 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3103,241,0
|
|
1 158182737 rs35200730 T C 1232.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.98;MQ0=0;QD=20.89;SB=-920.868;SBQD=1.457;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.4811;VQSLOD=4.6058 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1266,105,0
|
|
1 158187525 . T C 2210.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.93;MQ0=0;QD=32.04;SB=-867.502;SBQD=-2.709;SBpi=-0.9029;SBpiQual=-1.1570;VQSLOD=5.9708 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2244,196,0
|
|
1 158187771 rs4359031 G C 801.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.84;SB=-66.874;SBQD=-13.800;SBpi=-2.1573;SBpiQual=-2.2817;VQSLOD=5.6911 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:75.21:835,75,0
|
|
1 158189812 . A T 578.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.87;MQ0=3;QD=16.54;SB=-294.421;SBQD=8.304;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4929;VQSLOD=3.4744 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:60.07:612,60,0
|
|
1 158190206 rs7418556 T C 2483.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9933;MQ=35.07;MQ0=3;QD=25.60;SB=-893.171;SBQD=11.674;SBpi=0.6600;SBpiQual=1.2053;VQSLOD=4.3239 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2516,234,0
|
|
1 158191267 rs393694 G C 1393.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.70;MQ0=1;QD=28.45;SB=-706.025;SBQD=-3.069;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6505;VQSLOD=5.8811 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1427,117,0
|
|
1 158191394 rs422126 C T 2064.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.57;MQ0=0;QD=32.78;SB=-1038.670;SBQD=1.185;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.5934;VQSLOD=7.9133 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2098,168,0
|
|
1 158192231 rs1587040 G A 2608.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.23;MQ0=0;QD=36.24;SB=-1321.120;SBQD=-1.236;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.2334;VQSLOD=7.7541 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2642,208,0
|
|
1 158194732 rs413557 C G 1917.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.13;MQ0=0;QD=32.50;SB=-996.164;SBQD=-0.247;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.4078;VQSLOD=8.1429 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1950,156,0
|
|
1 158195150 rs380382 A G 2156.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.06;MQ0=0;QD=37.17;SB=-886.982;SBQD=-1.745;SBpi=-0.6565;SBpiQual=-0.7345;VQSLOD=7.7537 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2189,175,0
|
|
1 158195610 rs384378 C T 2875.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=36.87;SB=-1111.946;SBQD=0.391;SBpi=1.1323;SBpiQual=1.2359;VQSLOD=8.4632 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2909,229,0
|
|
1 158196724 rs1633161 A G 2787.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9468;MQ=57.33;MQ0=0;QD=34.41;SB=-1445.389;SBQD=1.666;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.2787;VQSLOD=5.5374 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2820,226,0
|
|
1 158197270 rs395614 A G 1737.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.15;MQ0=0;QD=29.96;SB=-600.663;SBQD=-4.393;SBpi=1.7070;SBpiQual=1.3423;VQSLOD=5.3860 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1770,159,0
|
|
1 158197947 rs406558 T C 2264.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=29.79;SB=-1213.445;SBQD=-2.624;SBpi=-0.4588;SBpiQual=-0.5998;VQSLOD=6.1680 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2297,181,0
|
|
1 158297864 rs11583390 C A 1578.93 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.583;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=10.470;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=17.35;ReadPosRankSum=-2.150;SB=-751.044;SBQD=6.601;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.2055;VQSLOD=5.0074 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:1609,0,1239
|
|
1 158352591 rs860830 A T 2540.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=32.16;ReadPosRankSum=1.644;SB=-1170.944;SBQD=1.120;SBpi=-1.0190;SBpiQual=-1.0831;VQSLOD=6.3347 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2574,199,0
|
|
1 158523657 . T C 925.89 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.662;DP=65;Dels=0.00;FS=4.931;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.636;SB=-444.920;SBQD=-0.947;SBpi=-0.0870;SBpiQual=0.3090;VQSLOD=6.0412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:956,0,1067
|
|
1 158544571 rs863358 C T 3598.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.54;MQ0=0;QD=35.62;SB=-1751.493;SBQD=0.782;SBpi=0.3483;SBpiQual=0.4588;VQSLOD=7.5194 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:3598,289,0
|
|
1 158592516 rs1619 T C 974.88 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=14.282;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.469;SB=-422.424;SBQD=9.610;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6114;VQSLOD=4.0184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:1005,0,1267
|
|
1 158647312 rs325997 A G 2452.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28;SB=-1200.656;SBQD=-5.413;SBpi=0.9444;SBpiQual=0.4758;VQSLOD=7.0106 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2486,223,0
|
|
1 158653709 rs857936 G A 3140.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=37.39;SB=-1600.215;SBQD=0.410;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0619;VQSLOD=8.4854 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3174,247,0
|
|
1 158654658 rs438812 T C 2722.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=28.06;SB=-1661.502;SBQD=-0.328;SBpi=-0.4569;SBpiQual=-0.5050;VQSLOD=5.1415 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:2755,235,0
|
|
1 158656922 rs414409 A G 2532.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.59;MQ0=0;QD=33.32;SB=-1359.437;SBQD=0.156;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.2202;VQSLOD=8.0716 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2565,202,0
|
|
1 158658269 rs3097414 G A 2495.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=56.57;MQ0=0;QD=35.65;SB=-942.002;SBQD=1.289;SBpi=1.1952;SBpiQual=1.3236;VQSLOD=6.6880 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2528,202,0
|
|
1 158658709 rs2482949 A T 2361.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.46;SB=-1437.306;SBQD=-0.016;SBpi=-0.4313;SBpiQual=-0.4463;VQSLOD=4.6588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2394,205,0
|
|
1 158660632 rs2511195 T G 2009.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.74;MQ0=0;QD=32.41;SB=-1012.416;SBQD=-0.422;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.4272;VQSLOD=8.0826 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2043,168,0
|
|
1 158660662 rs2511196 G A 2268.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.16;MQ0=0;QD=33.86;SB=-1016.506;SBQD=3.235;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.7863;VQSLOD=7.9131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2302,184,0
|
|
1 158661435 rs2435285 C T 2014.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.34;SB=-907.596;SBQD=0.993;SBpi=0.5960;SBpiQual=0.6467;VQSLOD=7.5422 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2048,159,0
|
|
1 158728279 rs857803 T A 2548.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.29;MQ0=0;QD=33.98;SB=-1203.488;SBQD=-2.636;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.5641;VQSLOD=8.0442 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2581,208,0
|
|
1 158786358 rs12144785 C A 1364.98 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.583;HRun=1;HaplotypeScore=2.6334;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=20.68;ReadPosRankSum=0.496;SB=-677.548;SBQD=-4.512;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.3837;VQSLOD=3.7737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,45:66:99:1395,0,582
|
|
1 158805224 rs857798 T C 1874.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.47;SB=-924.187;SBQD=-1.953;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.5525;VQSLOD=6.2001 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1907,150,0
|
|
1 158842204 rs4999245 A T 2240.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.48;SB=-981.998;SBQD=1.340;SBpi=0.6822;SBpiQual=0.7404;VQSLOD=7.9207 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2274,181,0
|
|
1 158842361 rs4999242 A C 1175.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.67;MQ0=0;QD=25.55;SB=-737.778;SBQD=-0.969;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.4283;VQSLOD=5.1676 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1208,123,0
|
|
1 158842399 rs4999241 T C 2004.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.42;MQ0=0;QD=33.97;SB=-944.429;SBQD=-1.536;SBpi=-0.5859;SBpiQual=-0.6571;VQSLOD=8.1070 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2037,160,0
|
|
1 158842899 rs2518514 A G 2380.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.685;QD=32.16;ReadPosRankSum=0.328;SB=-1286.823;SBQD=2.825;SBpi=0.1756;SBpiQual=0.3335;VQSLOD=8.1246 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:2413,205,0
|
|
1 158855254 rs2820142 G C 2657.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.91;SB=-1369.293;SBQD=-0.948;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0748;VQSLOD=7.5702 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2691,217,0
|
|
1 158855924 rs4657480 C G 1777.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.35;MQ0=0;QD=28.66;SB=-1035.383;SBQD=-0.163;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.3958;VQSLOD=6.6080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1810,147,0
|
|
1 158857350 rs6676014 T C 380.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.65;MQ0=15;MQRankSum=1.561;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.041;SB=-45.356;SBQD=-18.971;SBpi=-1.7206;SBpiQual=-1.8669;VQSLOD=4.0901 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,19:35:39.07:413,39,0
|
|
1 158860441 . A G 188.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.96;MQ0=23;QD=4.84;SB=-27.653;SBQD=-13.897;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.2493;VQSLOD=1.2712 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,29:39:21.05:222,21,0
|
|
1 158861094 . A G 225.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.70;MQ0=0;QD=16.08;SB=-0.007;SBQD=16.080;SBpi=1.8708;SBpiQual=1.7981;VQSLOD=2.4604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:24.06:258,24,0
|
|
1 158870225 rs5015475 G A 677.28 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.90;MQ0=0;QD=25.08;SB=-0.007;SBQD=30.038;SBpi=2.5981;SBpiQual=2.8636;VQSLOD=1.6781 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69.13:710,69,0
|
|
1 158874189 rs2820202 G A 3313.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.90;MQ0=0;QD=37.23;SB=-1473.659;SBQD=0.827;SBpi=-0.6890;SBpiQual=-0.7344;VQSLOD=7.9948 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3313,262,0
|
|
1 158884350 . A G 1133.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.394;SB=-437.891;SBQD=0.361;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.0828;VQSLOD=4.3003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1164,0,1371
|
|
1 158899943 rs856121 T C 2724.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=30.61;ReadPosRankSum=-0.512;SB=-1216.428;SBQD=5.548;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.9805;VQSLOD=6.3780 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2757,207,0
|
|
1 158902344 rs6675945 C T 3136.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.64;SB=-1432.345;SBQD=0.098;SBpi=0.7462;SBpiQual=0.7941;VQSLOD=9.0913 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3169,247,0
|
|
1 158922287 rs856090 T C 1701.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.21;MQ0=0;QD=31.52;SB=-898.233;SBQD=0.069;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4268;VQSLOD=8.4633 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1735,138,0
|
|
1 158944888 rs1612844 T A 1912.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.93;MQ0=0;QD=31.35;SB=-1003.871;SBQD=2.816;SBpi=0.1921;SBpiQual=0.4102;VQSLOD=6.6937 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1946,156,0
|
|
1 158959782 rs56317833 G T 1253.62 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.900;HRun=0;HaplotypeScore=1.9575;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=17.41;ReadPosRankSum=0.504;SB=-641.462;SBQD=-0.822;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.1779;VQSLOD=5.2119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:72:99:1284,0,954
|
|
1 158983285 rs856064 T C 835.71 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.939;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.229;SB=-322.353;SBQD=-2.108;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.2879;VQSLOD=5.5011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:866,0,1055
|
|
1 158999119 . T C 1245.76 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.201;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4105;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.526;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-661.516;SBQD=0.438;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0790;VQSLOD=3.2842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1276,0,1184
|
|
1 159001292 rs856051 T C 836.39 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.372;HRun=0;HaplotypeScore=1.9705;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=16.08;ReadPosRankSum=1.324;SB=-374.119;SBQD=3.480;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.5925;VQSLOD=5.2157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:866,0,594
|
|
1 159001735 rs856057 A T 1074.13 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=15.57;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-527.562;SBQD=-0.904;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2217;VQSLOD=4.8506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1104,0,1013
|
|
1 159006166 . C T 1134.03 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.078;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.714;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-670.556;SBQD=-0.779;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1274;VQSLOD=3.2909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1164,0,1165
|
|
1 159013316 . A T 320.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;DP=86;Dels=0.00;FS=2.946;HRun=1;HaplotypeScore=1.6281;MQ=24.99;MQ0=16;MQRankSum=0.071;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.290;SB=-41.998;SBQD=6.334;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.0599;VQSLOD=0.9085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,29:86:99:350,0,937
|
|
1 159014967 . A G 1073.58 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.10;MQ0=21;QD=17.60;SB=-291.920;SBQD=-2.803;SBpi=-1.6855;SBpiQual=-1.7815;VQSLOD=2.0939 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,55:61:96.25:1107,96,0
|
|
1 159017240 rs2852698 T C 602.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.77;MQ0=0;QD=25.09;SB=-200.610;SBQD=-10.404;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8731;VQSLOD=4.1919 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:57.16:635,57,0
|
|
1 159056034 . G T 1016.25 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DP=80;Dels=0.00;FS=18.952;HRun=0;HaplotypeScore=1.8561;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.602;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-440.012;SBQD=10.302;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.5330;VQSLOD=2.2824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:1046,0,1414
|
|
1 159064246 rs2814765 A G 2427.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.23;MQ0=0;QD=35.18;SB=-1194.453;SBQD=-1.763;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.3000;VQSLOD=8.6663 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2460,202,0
|
|
1 159074447 rs2814756 C T 1224.10 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.509;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.927;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=18.55;ReadPosRankSum=0.616;SB=-634.203;SBQD=0.463;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0864;VQSLOD=5.3645 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:1254,0,854
|
|
1 159098200 rs56348762 T C 1016.45 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.370;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.545;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.893;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-441.292;SBQD=-2.708;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-0.5551;VQSLOD=3.6791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:1046,0,856
|
|
1 159168044 rs862995 G A 1263.14 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.440;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.512;HRun=1;HaplotypeScore=1.8318;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.645;SB=-763.006;SBQD=-5.364;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.0577;VQSLOD=4.5249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:1293,0,1051
|
|
1 159169192 . G A 38.30 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.258;DP=60;Dels=0.00;FS=1.323;HRun=1;HaplotypeScore=25.6343;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=0.64;ReadPosRankSum=-2.475;SB=-73.202;SBQD=-2.401;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.4894;VQSLOD=-21.0167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,11:60:68.29:68,0,1000
|
|
1 159170343 . C T 192.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=52;Dels=0.00;FS=6.190;HRun=0;HaplotypeScore=2.5015;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.424;SB=-532.179;SBQD=6.321;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0351;VQSLOD=0.1681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,35:52:99:222,0,271
|
|
1 159173539 rs3027008 C T 787.45 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.568;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=8.369;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.532;SB=-351.194;SBQD=6.518;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4795;VQSLOD=5.6768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:817,0,1141
|
|
1 159182955 rs34982367 G C 692.69 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.907;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=17.32;ReadPosRankSum=0.837;SB=-395.650;SBQD=-1.248;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.1997;VQSLOD=5.7097 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:723,0,314
|
|
1 159196765 rs10489849 C T 947.82 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.583;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-389.584;SBQD=-1.716;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.9005;VQSLOD=5.7060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:978,0,1091
|
|
1 159204566 rs7533790 C T 1290.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.664;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.389;SB=-723.597;SBQD=-1.027;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.0432;VQSLOD=1.3585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:1321,0,1255
|
|
1 159219550 rs2511207 T C 2904.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=35.00;SB=-1473.437;SBQD=-1.902;SBpi=-0.1646;SBpiQual=-0.3449;VQSLOD=8.6813 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2938,235,0
|
|
1 159221797 rs2494253 A G 669.66 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=4.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.092;SB=-346.208;SBQD=-7.580;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.7959;VQSLOD=5.4215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:700,0,537
|
|
1 159225892 rs7546146 G C 754.85 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.721;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-497.263;SBQD=4.894;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.0647;VQSLOD=5.7173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:785,0,1143
|
|
1 159227263 rs2325922 A G 1096.76 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.559;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.792;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.329;SB=-512.022;SBQD=2.430;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.2251;VQSLOD=5.7705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1127,0,1171
|
|
1 159228378 rs10908702 C T 783.54 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.640;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=12.667;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.459;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.902;SB=-164.654;SBQD=-12.523;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.6162;VQSLOD=4.6025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:814,0,814
|
|
1 159229368 rs61828207 C T 1041.60 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.780;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.504;HRun=1;HaplotypeScore=1.9134;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=16.02;ReadPosRankSum=-1.688;SB=-302.280;SBQD=5.799;SBpi=1.2005;SBpiQual=1.4014;VQSLOD=3.3484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:1072,0,930
|
|
1 159244893 rs2511212 C T 1148.61 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.300;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.322;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=2.603;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.891;SB=-426.542;SBQD=-5.031;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8591;VQSLOD=4.7447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:1179,0,1391
|
|
1 159246185 rs2494260 T C 1065.92 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4727;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.690;SB=-523.835;SBQD=-0.001;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1548;VQSLOD=4.5359 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:1096,0,1471
|
|
1 159278251 rs2494250 G C 1176.83 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.443;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.487;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=17.83;ReadPosRankSum=-1.382;SB=-482.150;SBQD=3.550;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.6471;VQSLOD=4.7662 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:1207,0,839
|
|
1 159282011 rs2427829 A G 1115.66 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.972;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.983;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-298.052;SBQD=4.116;SBpi=1.5811;SBpiQual=1.7086;VQSLOD=4.5393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:1146,0,1493
|
|
1 159290661 rs4269772 T C 635.57 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.303;HRun=0;HaplotypeScore=2.6504;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-372.439;SBQD=-6.094;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0834;VQSLOD=5.1020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:666,0,764
|
|
1 159363731 rs3122630 T C 831.84 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.890;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.254;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.718;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-422.045;SBQD=4.019;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4506;VQSLOD=3.8172 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:862,0,1168
|
|
1 159375955 rs17422585 A G 817.69 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.442;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=2.289;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.268;SB=-447.530;SBQD=-4.626;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2288;VQSLOD=5.6293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:848,0,1014
|
|
1 159420673 rs4579754 C T 3662.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;QD=38.15;SB=-1795.571;SBQD=0.073;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2119;VQSLOD=8.7650 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3662,283,0
|
|
1 159423028 rs12033298 C T 849.78 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.421;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=13.93;ReadPosRankSum=2.360;SB=-459.661;SBQD=-1.248;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2042;VQSLOD=5.0692 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:880,0,716
|
|
1 159453748 . C T 745.38 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.963;DP=59;Dels=0.00;FS=5.338;HRun=0;HaplotypeScore=3.3471;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=12.63;ReadPosRankSum=1.605;SB=-264.688;SBQD=6.609;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.9220;VQSLOD=1.7909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:775,0,769
|
|
1 159460727 rs6664431 T C 2575.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.88;MQ0=0;QD=32.60;SB=-1206.004;SBQD=-1.496;SBpi=0.8438;SBpiQual=0.9326;VQSLOD=8.4950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2608,217,0
|
|
1 159460871 rs12141291 C T 1053.80 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.120;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=12.855;HRun=0;HaplotypeScore=2.3285;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=15.05;ReadPosRankSum=0.320;SB=-509.020;SBQD=-9.992;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4927;VQSLOD=5.1781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:70:99:1084,0,896
|
|
1 159460890 rs12133664 G A 1118.88 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.551;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.422;HRun=0;HaplotypeScore=3.3214;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=15.98;ReadPosRankSum=-1.228;SB=-542.032;SBQD=-6.912;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6193;VQSLOD=4.0058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:1149,0,862
|
|
1 159461920 rs10797041 T C 700.50 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-310.970;SBQD=-1.237;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8241;VQSLOD=4.3265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:730,0,1021
|
|
1 159462207 rs4284261 C T 1058.93 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.160;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.233;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=17.65;ReadPosRankSum=0.981;SB=-537.995;SBQD=-2.260;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1563;VQSLOD=5.1764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:1089,0,738
|
|
1 159463380 rs4573514 G A 1526.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.93;SB=-580.924;SBQD=1.137;SBpi=0.9690;SBpiQual=1.0523;VQSLOD=8.2656 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1560,126,0
|
|
1 159471321 rs6689654 G T 1171.58 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.783;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.806;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-672.316;SBQD=-1.806;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1266;VQSLOD=4.4255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:1202,0,1476
|
|
1 159477411 rs61823663 A T 1077.56 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.701;SB=-474.906;SBQD=-1.974;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3007;VQSLOD=5.7312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1108,0,1197
|
|
1 159477805 rs10908728 G A 2489.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=31.52;SB=-1213.161;SBQD=2.683;SBpi=-0.9563;SBpiQual=-0.7554;VQSLOD=6.1442 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2523,202,0
|
|
1 159521992 rs56040707 A G 1252.96 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.954;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=4.008;HRun=0;HaplotypeScore=4.9888;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.057;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.016;SB=-557.435;SBQD=-4.215;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4127;VQSLOD=3.4071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:1283,0,1581
|
|
1 159687373 rs2808632 G T 1051.63 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.709;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=15.70;ReadPosRankSum=-1.299;SB=-521.602;SBQD=-0.195;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2931;VQSLOD=5.3586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1082,0,972
|
|
1 159738719 rs6427494 T G 2099.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=32.80;ReadPosRankSum=0.650;SB=-928.255;SBQD=0.101;SBpi=-0.8189;SBpiQual=-0.9590;VQSLOD=8.1647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:2132,142,0
|
|
1 159748866 rs3806184 T C 2232.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=31.90;SB=-1190.264;SBQD=-0.429;SBpi=-0.4781;SBpiQual=-0.5233;VQSLOD=8.0022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2266,178,0
|
|
1 159750802 rs3806189 G C 98.82 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=3.7222;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.629;SB=-71.499;SBQD=4.943;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2844;VQSLOD=1.9332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:129,0,282
|
|
1 159753183 rs4233356 A G 2638.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.51;MQ0=0;QD=35.18;SB=-1229.828;SBQD=0.744;SBpi=0.5196;SBpiQual=0.6019;VQSLOD=8.2488 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2672,214,0
|
|
1 159764142 rs11802907 A G 828.48 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.661;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.657;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-367.062;SBQD=4.749;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3296;VQSLOD=6.0476 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:858,0,958
|
|
1 159784160 rs61823160 T C 1348.13 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=6.469;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-531.536;SBQD=5.319;SBpi=1.1314;SBpiQual=1.2073;VQSLOD=4.6067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:1378,0,1577
|
|
1 159784896 rs57198275 G A 1232.90 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.285;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.316;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.649;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.477;SB=-511.625;SBQD=-4.338;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.7106;VQSLOD=3.5877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1263,0,1165
|
|
1 159794367 . C T 588.86 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=44;Dels=0.00;FS=1.172;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-287.108;SBQD=3.072;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.3307;VQSLOD=4.6154 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:619,0,543
|
|
1 159845737 rs2494520 T G 2947.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1494.393;SBQD=0.827;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1040;VQSLOD=8.8762 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2981,238,0
|
|
1 159896294 rs10752633 A G 991.39 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=17.201;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-266.188;SBQD=-11.444;SBpi=-1.4368;SBpiQual=-1.4671;VQSLOD=5.4002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:1021,0,808
|
|
1 159898913 rs7543462 A G 692.31 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.079;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9325;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=15.05;ReadPosRankSum=1.159;SB=-312.353;SBQD=2.994;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.7331;VQSLOD=5.2811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:722,0,433
|
|
1 159924320 rs2789415 T G 2060.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.30;MQ0=0;QD=33.79;SB=-1006.059;SBQD=-1.681;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.5835;VQSLOD=8.8647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2094,166,0
|
|
1 159926721 rs2789420 G A 2134.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;QD=34.99;SB=-1037.821;SBQD=-1.636;SBpi=-0.3201;SBpiQual=-0.4739;VQSLOD=8.5522 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2167,172,0
|
|
1 159954369 rs1317712 C T 357.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.017;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.561;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.628;SB=-333.355;SBQD=-4.753;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.8192;VQSLOD=4.3140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:388,0,655
|
|
1 159978363 rs2153213 T C 3270.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.80;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1677.704;SBQD=-0.677;SBpi=-0.2085;SBpiQual=-0.2801;VQSLOD=7.1755 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3270,256,0
|
|
1 159978575 rs2185215 T C 514.23 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-269.564;SBQD=-0.831;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.0497;VQSLOD=4.7651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,19:60:99:544,0,1381
|
|
1 160017432 rs56391780 C T 1111.87 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.656;HRun=1;HaplotypeScore=3.7997;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=15.44;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-519.747;SBQD=-4.018;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.6650;VQSLOD=2.5398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:1142,0,965
|
|
1 160031488 . G A 331.41 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.791;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5859;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-211.231;SBQD=-1.572;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.4039;VQSLOD=4.1281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:361,0,548
|
|
1 160076224 rs11265323 A G 1229.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=27.32;SB=-664.432;SBQD=-6.640;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.4801;VQSLOD=6.0173 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1263,114,0
|
|
1 160078149 rs4656878 G A 915.71 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.742;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.094;HRun=0;HaplotypeScore=1.8100;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.847;SB=-502.851;SBQD=-4.000;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3050;VQSLOD=5.0000 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:946,0,839
|
|
1 160110326 rs2753263 T G 3075.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.08;MQ0=0;QD=29.29;SB=-1645.225;SBQD=-5.229;SBpi=0.7319;SBpiQual=0.4257;VQSLOD=4.9728 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3109,262,0
|
|
1 160127059 rs11265337 G A 2982.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.0888;MQ=59.72;MQ0=0;QD=36.82;SB=-1303.969;SBQD=0.633;SBpi=0.7222;SBpiQual=0.8000;VQSLOD=3.2601 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3015,235,0
|
|
1 160131429 rs953104 G A 2060.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=29.87;SB=-1303.914;SBQD=2.055;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.0186;VQSLOD=7.3829 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2094,163,0
|
|
1 160166183 rs665824 T G 1814.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=32.99;SB=-910.686;SBQD=0.146;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.3592;VQSLOD=8.3618 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1847,150,0
|
|
1 160167846 rs637639 A G 2117.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.91;MQ0=0;QD=30.69;SB=-1091.959;SBQD=0.978;SBpi=0.6621;SBpiQual=0.7485;VQSLOD=5.1547 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2151,169,0
|
|
1 160211972 rs11265361 C T 1639.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=57.29;MQ0=0;QD=28.26;SB=-887.728;SBQD=-6.362;SBpi=0.5252;SBpiQual=0.1767;VQSLOD=4.1053 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1672,138,0
|
|
1 160216969 rs11265364 T C 2391.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7396;MQ=59.23;MQ0=0;QD=32.76;SB=-1201.739;SBQD=5.136;SBpi=-0.5267;SBpiQual=-0.0930;VQSLOD=4.3443 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2424,211,0
|
|
1 160230256 rs6690637 A C 2717.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;QD=36.24;SB=-1392.346;SBQD=-0.055;SBpi=-0.1732;SBpiQual=-0.1757;VQSLOD=8.5559 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2751,214,0
|
|
1 160241351 . T C 989.89 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.938;DP=81;Dels=0.00;FS=2.988;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=12.22;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-540.547;SBQD=-0.441;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.0422;VQSLOD=3.3223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1020,0,1008
|
|
1 160288442 rs9633342 A C 2998.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.22;MQ0=0;QD=37.48;SB=-1202.907;SBQD=-0.322;SBpi=-1.0062;SBpiQual=-1.0891;VQSLOD=8.3664 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3031,238,0
|
|
1 160297924 rs6669995 C T 2556.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=35.50;SB=-1059.814;SBQD=0.807;SBpi=0.9428;SBpiQual=0.9965;VQSLOD=8.3661 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:2589,202,0
|
|
1 160302444 rs4656897 G A 2860.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1460.116;SBQD=-0.064;SBpi=-0.1688;SBpiQual=-0.1787;VQSLOD=7.0126 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2894,226,0
|
|
1 160309664 rs1886419 T G 2729.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.12;SB=-1410.472;SBQD=0.716;SBpi=-0.3354;SBpiQual=-0.2786;VQSLOD=8.8376 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2763,220,0
|
|
1 160313733 rs1886417 C A 1640.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.18;MQ0=0;QD=31.55;SB=-558.860;SBQD=13.612;SBpi=0.5547;SBpiQual=1.1500;VQSLOD=7.2361 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:52:99:1674,132,0
|
|
1 160320356 rs1041064 G A 1337.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=9.249;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.945;SB=-453.220;SBQD=8.158;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.1521;VQSLOD=5.1358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1368,0,1084
|
|
1 160351143 rs12730829 G C 324.85 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.476;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-42.521;SBQD=5.509;SBpi=1.4201;SBpiQual=1.4821;VQSLOD=2.0575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,15:60:99:355,0,1523
|
|
1 160358528 . T C 225.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.470;DP=40;Dels=0.00;FS=2.093;HRun=1;HaplotypeScore=3.6800;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.479;SB=-84.599;SBQD=-1.061;SBpi=-1.1619;SBpiQual=-1.0718;VQSLOD=0.6658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:256,0,662
|
|
1 160365010 rs34830574 C T 815.48 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.449;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.812;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.75;MQ0=0;MQRankSum=0.073;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-643.056;SBQD=0.823;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.2954;VQSLOD=4.0676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:845,0,887
|
|
1 160382803 rs11265389 T C 1036.35 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.915;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.479;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=15.47;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-484.548;SBQD=-2.813;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.3808;VQSLOD=4.7885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:1066,0,807
|
|
1 160392782 rs4359033 G A 770.50 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.188;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.553;SB=-457.500;SBQD=-0.282;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.0418;VQSLOD=4.5129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:800,0,938
|
|
1 160396728 . C G 769.97 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;DP=65;Dels=0.00;FS=0.984;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.215;SB=-320.889;SBQD=-5.154;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.8820;VQSLOD=3.9239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:800,0,888
|
|
1 160445750 . G A 30.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.97;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4964;MQ=7.63;MQ0=212;MQRankSum=1.181;QD=0.12;ReadPosRankSum=2.262;SB=2.346;SBQD=1.022;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.1552;VQSLOD=-2.0513 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:242,8:250:60.33:60,0,334
|
|
1 160497040 rs2484691 T G 4055.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.28;MQ0=0;QD=34.37;SB=-1898.871;SBQD=-1.597;SBpi=0.7365;SBpiQual=0.8536;VQSLOD=7.9296 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:4055,325,0
|
|
1 160515664 rs3737788 C T 2052.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=34.79;SB=-996.100;SBQD=3.887;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.4005;VQSLOD=8.5064 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2086,163,0
|
|
1 160516659 rs3733266 C G 1794.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.67;MQ0=0;QD=31.48;SB=-818.699;SBQD=-6.909;SBpi=-0.1987;SBpiQual=-0.6246;VQSLOD=7.4170 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1827,159,0
|
|
1 160545691 rs1503856 G A 1661.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=28.65;SB=-925.477;SBQD=3.980;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.4667;VQSLOD=6.4314 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1695,135,0
|
|
1 160548091 rs61801562 A G 2590.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9386;MQ=59.44;MQ0=0;QD=34.54;SB=-1262.410;SBQD=0.474;SBpi=0.5196;SBpiQual=0.5778;VQSLOD=4.0257 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2623,205,0
|
|
1 160548247 rs10908787 A G 2619.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=32.75;SB=-1484.164;SBQD=-0.889;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0436;VQSLOD=8.9334 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2653,211,0
|
|
1 160559549 rs7543788 A G 2261.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.76;SB=-912.933;SBQD=-1.226;SBpi=-1.0384;SBpiQual=-1.1237;VQSLOD=7.4222 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2295,187,0
|
|
1 160561771 rs10797081 A T 2779.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.6106;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=35.64;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-1417.106;SBQD=-0.548;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.2675;VQSLOD=2.8408 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2813,217,0
|
|
1 160581507 rs1408597 A C 2409.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=36.50;SB=-1189.841;SBQD=-0.412;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.2275;VQSLOD=8.6658 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2442,193,0
|
|
1 160585554 rs149160 C G 2667.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1222.085;SBQD=0.778;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.6931;VQSLOD=8.5622 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2701,214,0
|
|
1 160648396 rs1553456 A G 1655.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.11;SB=-839.353;SBQD=-0.451;SBpi=-0.4243;SBpiQual=-0.4671;VQSLOD=7.2813 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1688,132,0
|
|
1 160659002 rs352696 G T 730.74 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.790;HRun=1;HaplotypeScore=1.4942;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.534;SB=-473.170;SBQD=0.401;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.0584;VQSLOD=3.5900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:761,0,1036
|
|
1 160662379 rs9793380 C A 503.48 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.623;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.634;SB=-275.411;SBQD=6.632;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.3013;VQSLOD=5.2235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:533,0,536
|
|
1 160665051 . A T 71.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DP=176;Dels=0.00;FS=11.890;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.23;MQ0=40;MQRankSum=-2.114;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.572;SB=116.654;SBQD=-1.690;SBpi=-1.7063;SBpiQual=-1.8109;VQSLOD=-2.6393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,31:176:99:102,0,2681
|
|
1 160666743 . G T 231.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.375;DP=91;Dels=0.00;FS=27.409;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=20.14;MQ0=30;MQRankSum=-1.836;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.499;SB=45.118;SBQD=3.817;SBpi=2.5495;SBpiQual=2.7492;VQSLOD=-2.6461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,26:91:99:262,0,864
|
|
1 160684763 . T C 1172.92 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DP=69;Dels=0.00;FS=3.380;HRun=0;HaplotypeScore=1.9916;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=17.00;ReadPosRankSum=1.111;SB=-510.759;SBQD=-5.754;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.4276;VQSLOD=3.9603 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1203,0,839
|
|
1 160697463 rs4656268 C T 757.53 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.355;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=43.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.230;SB=-320.759;SBQD=-0.445;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8892;VQSLOD=4.9883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:788,0,891
|
|
1 160705619 rs549471 T C 1259.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=30.71;SB=-584.478;SBQD=-2.514;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.8536;VQSLOD=7.3998 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1292,102,0
|
|
1 160714563 rs544466 A G 1432.88 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.323;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=1.661;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.278;SB=-684.407;SBQD=2.344;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4676;VQSLOD=5.4841 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:1463,0,1488
|
|
1 160728209 rs522947 A G 2267.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.25;MQ0=0;QD=36.57;SB=-796.188;SBQD=1.188;SBpi=1.2700;SBpiQual=1.3615;VQSLOD=7.1033 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2301,181,0
|
|
1 160735410 rs549626 T C 2866.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.54;SB=-1237.640;SBQD=-2.511;SBpi=-0.8232;SBpiQual=-1.0582;VQSLOD=8.0826 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2900,232,0
|
|
1 160742800 rs488955 T A 2946.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.30;MQ0=0;QD=31.68;SB=-1608.121;SBQD=-2.220;SBpi=-0.2592;SBpiQual=-0.4784;VQSLOD=3.3202 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2979,241,0
|
|
1 160753243 rs4656930 A G 659.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.157;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9989;MQ=43.40;MQ0=1;MQRankSum=-3.933;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.088;SB=-270.072;SBQD=-6.880;SBpi=0.3430;SBpiQual=-0.1554;VQSLOD=0.3843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:62:99:689,0,694
|
|
1 160759422 rs61804399 C T 1111.12 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.691;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-536.144;SBQD=0.611;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1959;VQSLOD=5.1068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:1141,0,825
|
|
1 160766925 rs3904492 C T 945.62 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.774;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=8.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=12.61;ReadPosRankSum=0.081;SB=-562.030;SBQD=-7.653;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1186;VQSLOD=6.0874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:976,0,1042
|
|
1 160767060 rs508578 G A 1085.31 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.433;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.926;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=15.50;ReadPosRankSum=-1.964;SB=-599.140;SBQD=-0.990;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.4181;VQSLOD=4.5195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:1115,0,897
|
|
1 160771197 rs474918 C T 1106.53 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.792;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.077;SB=-526.679;SBQD=5.392;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5668;VQSLOD=5.0471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1137,0,1088
|
|
1 160775632 rs4656931 G A 831.82 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.443;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=12.06;ReadPosRankSum=-2.793;SB=-425.504;SBQD=-5.779;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.2206;VQSLOD=4.2952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:862,0,1252
|
|
1 160785991 rs527253 C G 906.99 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.049;HRun=0;HaplotypeScore=2.9011;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.878;SB=-317.015;SBQD=4.441;SBpi=1.0290;SBpiQual=1.2307;VQSLOD=4.1464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:937,0,708
|
|
1 160792659 rs2779800 A G 2853.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.74;MQ0=0;QD=32.06;SB=-1197.130;SBQD=1.753;SBpi=1.3250;SBpiQual=1.5398;VQSLOD=6.1146 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2886,226,0
|
|
1 160793962 rs506081 G C 2178.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=35.71;SB=-816.001;SBQD=1.736;SBpi=1.0883;SBpiQual=1.1787;VQSLOD=7.8098 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2211,175,0
|
|
1 160806611 rs2280415 C T 762.48 PASS AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.701;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.360;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.225;SB=-447.721;SBQD=1.133;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.0768;VQSLOD=5.0165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,29:42:99:792,0,220
|
|
1 160813763 rs61803260 G A 1189.92 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.490;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.973;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.434;SB=-596.824;SBQD=0.253;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1058;VQSLOD=5.1557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1220,0,1296
|
|
1 160823812 rs11582719 T C 632.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=10.225;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-210.485;SBQD=11.676;SBpi=0.7845;SBpiQual=1.0212;VQSLOD=5.9328 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:52:99:663,0,562
|
|
1 160827946 rs12037740 T C 727.17 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.856;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-239.865;SBQD=4.408;SBpi=1.0585;SBpiQual=0.9786;VQSLOD=5.2856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:757,0,886
|
|
1 160847064 rs17387157 G A 917.76 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.313;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.119;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.955;SB=-572.254;SBQD=4.641;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3445;VQSLOD=4.7575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:948,0,831
|
|
1 160849060 rs3766359 G A 522.80 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.334;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8874;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.014;SB=-351.676;SBQD=0.041;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.2323;VQSLOD=4.0985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:553,0,725
|
|
1 160850280 rs4656957 G A 1431.91 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.258;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=7.279;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=17.05;ReadPosRankSum=0.544;SB=-668.445;SBQD=-5.917;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.3432;VQSLOD=6.1315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:1462,0,1151
|
|
1 160854526 rs2297559 G A 914.25 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.112;HRun=2;HaplotypeScore=3.6418;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.148;SB=-543.353;SBQD=2.827;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2710;VQSLOD=2.9997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:944,0,613
|
|
1 160863340 rs6700834 A G 848.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.137;HRun=3;HaplotypeScore=3.7272;MQ=43.82;MQ0=0;MQRankSum=-5.210;QD=11.16;ReadPosRankSum=1.750;SB=-424.935;SBQD=3.242;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3914;VQSLOD=-2.1472 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:878,0,1253
|
|
1 160872879 rs7414826 G A 1133.01 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.727;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=1;HaplotypeScore=2.3656;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.864;SB=-329.373;SBQD=-3.458;SBpi=-1.3611;SBpiQual=-1.5289;VQSLOD=3.8529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:1163,0,1263
|
|
1 160877252 rs10797087 A G 1631.10 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=13.755;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.042;SB=-822.437;SBQD=-7.478;SBpi=-0.2023;SBpiQual=-0.1244;VQSLOD=5.5944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:100:99:1661,0,1416
|
|
1 160894529 rs10443910 C A 1095.94 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.199;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=14.010;HRun=7;HaplotypeScore=0.9734;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-632.699;SBQD=7.579;SBpi=0.6682;SBpiQual=0.8635;VQSLOD=2.4409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,56:102:99:1126,0,1265
|
|
1 160894695 rs1930598 T G 701.22 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.234;SB=-392.013;SBQD=0.061;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2790;VQSLOD=5.6469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:731,0,943
|
|
1 160904862 rs60504242 A T 94.31 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.902;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=21.3025;MQ=40.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-0.007;SBQD=6.950;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.6432;VQSLOD=-24.2176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:99:124,0,411
|
|
1 160906358 rs4656966 T G 629.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9125;MQ=43.77;MQ0=0;MQRankSum=-5.769;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.095;SB=3.003;SBQD=-10.691;SBpi=-2.7386;SBpiQual=-2.9198;VQSLOD=-5.4069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:659,0,948
|
|
1 160926937 rs2255847 T C 2379.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.67;SB=-1412.612;SBQD=-1.099;SBpi=0.4939;SBpiQual=0.4387;VQSLOD=6.4599 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2413,193,0
|
|
1 160933065 rs2483139 C T 2326.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.224;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.802;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=31.03;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-1066.459;SBQD=-3.645;SBpi=-0.6975;SBpiQual=-0.7744;VQSLOD=6.4948 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:2360,165,0
|
|
1 160933377 rs2256625 C T 2271.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=36.64;SB=-1169.932;SBQD=-1.044;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0568;VQSLOD=9.2930 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2304,181,0
|
|
1 160939748 rs7516210 C T 197.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=5.8842;MQ=54.12;MQ0=0;QD=2.27;SB=-888.758;SBQD=-1.083;SBpi=-1.9834;SBpiQual=-2.0918;VQSLOD=-0.3632 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:26.97:230,27,0
|
|
1 160964697 rs2481076 A G 2135.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4370;MQ=58.87;MQ0=0;QD=31.88;SB=-1047.314;SBQD=-0.868;SBpi=-0.5498;SBpiQual=-0.5613;VQSLOD=5.7583 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2169,175,0
|
|
1 160968005 rs1062826 G C 2108.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=30.56;SB=-818.704;SBQD=6.295;SBpi=1.0233;SBpiQual=1.4726;VQSLOD=6.7269 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2141,181,0
|
|
1 160970089 . C T 941.17 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=61;Dels=0.00;FS=11.599;HRun=2;HaplotypeScore=1.5592;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=15.43;ReadPosRankSum=1.746;SB=-366.887;SBQD=10.695;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.6655;VQSLOD=3.5577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:61:99:971,0,822
|
|
1 160971015 rs2297220 G C 2179.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=32.05;SB=-1100.084;SBQD=-3.302;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.3715;VQSLOD=7.7478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2212,184,0
|
|
1 160973249 rs812741 C T 2186.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8321;MQ=56.51;MQ0=1;QD=33.13;SB=-591.580;SBQD=3.291;SBpi=1.9225;SBpiQual=2.1288;VQSLOD=5.2306 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:2220,178,0
|
|
1 160989614 rs2481084 T C 3080.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.22;MQ0=0;QD=32.77;SB=-1737.626;SBQD=-0.222;SBpi=0.1031;SBpiQual=0.0823;VQSLOD=8.0026 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3113,247,0
|
|
1 161005683 rs11265543 A C 41.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=57.378;HRun=1;HaplotypeScore=2.9972;MQ=35.52;MQ0=1;MQRankSum=0.649;QD=0.88;ReadPosRankSum=4.629;SB=-46.999;SBQD=24.528;SBpi=1.7000;SBpiQual=1.7660;VQSLOD=-2.2497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:71.52:72,0,550
|
|
1 161011355 rs2073656 G C 1798.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.37;MQ0=0;QD=30.48;SB=-942.635;SBQD=0.501;SBpi=-0.4557;SBpiQual=-0.4804;VQSLOD=7.6655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1831,153,0
|
|
1 161011716 rs2774276 G C 1993.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.5774;MQ=59.49;MQ0=0;QD=32.68;SB=-752.280;SBQD=1.233;SBpi=1.3444;SBpiQual=1.4650;VQSLOD=5.0508 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2027,159,0
|
|
1 161037979 rs12118313 C A 2871.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.39;SB=-1455.428;SBQD=-0.509;SBpi=-0.3235;SBpiQual=-0.3194;VQSLOD=6.9724 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2904,232,0
|
|
1 161079155 rs4656985 T C 1236.19 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.696;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.845;HRun=0;HaplotypeScore=3.4863;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=14.54;ReadPosRankSum=-1.508;SB=-486.818;SBQD=-2.518;SBpi=-0.9045;SBpiQual=-0.9699;VQSLOD=3.5099 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:1266,0,1305
|
|
1 161178155 rs4564157 G A 1185.56 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.516;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=8.730;HRun=1;HaplotypeScore=1.6809;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=2.056;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-331.911;SBQD=8.318;SBpi=1.3275;SBpiQual=1.4438;VQSLOD=2.8812 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:97:99:1216,0,1722
|
|
1 161189391 rs41270851 A G 890.02 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.435;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-397.237;SBQD=-2.484;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.7083;VQSLOD=5.5339 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:920,0,1251
|
|
1 161201574 rs9725457 G A 560.80 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.454;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.057;HRun=1;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-211.771;SBQD=-2.369;SBpi=-1.0206;SBpiQual=-1.1087;VQSLOD=4.0202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:591,0,1036
|
|
1 161209489 rs2502804 C G 438.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.537;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.914;HRun=0;HaplotypeScore=22.7013;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.394;SB=-242.388;SBQD=5.477;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.4624;VQSLOD=-9.2935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,22:66:99:468,0,321
|
|
1 161229651 rs4078109 A G 838.63 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=5.029;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.609;SB=-347.078;SBQD=-5.147;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.0524;VQSLOD=5.9071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:67:99:869,0,904
|
|
1 161244367 rs4657002 G C 1311.94 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.500;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-596.631;SBQD=1.026;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.6183;VQSLOD=5.3026 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:1342,0,876
|
|
1 161247975 rs12409590 A G 775.44 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.440;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-259.830;SBQD=-8.634;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.3147;VQSLOD=4.6762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:805,0,1070
|
|
1 161256973 rs4636484 A G 924.47 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.870;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.201;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=14.91;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-495.389;SBQD=-5.708;SBpi=0.2535;SBpiQual=-0.0450;VQSLOD=5.1000 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:954,0,769
|
|
1 161259066 rs9651050 T C 271.96 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.63;MQ0=1;MQRankSum=-0.527;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.416;SB=3.003;SBQD=11.456;SBpi=1.5811;SBpiQual=1.6833;VQSLOD=3.8304 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:302,0,496
|
|
1 161264832 rs10908829 A G 1440.46 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.833;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.676;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=15.49;ReadPosRankSum=-1.441;SB=-748.240;SBQD=-0.791;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.0091;VQSLOD=5.6003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:1470,0,1378
|
|
1 161269157 rs11265585 A C 739.60 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.145;HRun=2;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-294.150;SBQD=3.270;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7313;VQSLOD=4.5647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:770,0,1005
|
|
1 161272441 rs4657015 A G 937.19 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.883;HRun=0;HaplotypeScore=3.6591;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-429.825;SBQD=1.278;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.4837;VQSLOD=2.5358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:967,0,1259
|
|
1 161274244 . A G 37.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.311;DP=87;Dels=0.00;FS=78.769;HRun=3;HaplotypeScore=7.2739;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=0.43;ReadPosRankSum=-2.337;SB=138.425;SBQD=6.128;SBpi=2.9580;SBpiQual=1.7678;VQSLOD=-7.5057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,35:87:67.25:67,0,1649
|
|
1 161287444 rs12737323 T C 292.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.260;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=6.81;ReadPosRankSum=-2.521;SB=-141.317;SBQD=-0.979;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-0.6543;VQSLOD=1.3712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:323,0,790
|
|
1 161304439 rs4309000 A G 2158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.81;SB=-941.226;SBQD=0.426;SBpi=0.7620;SBpiQual=0.8491;VQSLOD=7.8560 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2191,172,0
|
|
1 161362362 rs11582439 G A 1126.08 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.175;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=15.64;ReadPosRankSum=0.762;SB=-648.377;SBQD=-1.965;SBpi=-0.0781;SBpiQual=0.0594;VQSLOD=5.6564 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:1156,0,913
|
|
1 161373472 rs10157158 T C 976.99 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.855;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.417;SB=-509.283;SBQD=1.637;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1687;VQSLOD=5.7860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:1007,0,1447
|
|
1 161384355 rs6670076 C A 1095.31 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.507;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.580;HRun=2;HaplotypeScore=3.3872;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=17.39;ReadPosRankSum=1.563;SB=-528.516;SBQD=5.108;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.3514;VQSLOD=2.8410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1125,0,691
|
|
1 161389460 rs56169888 T C 730.56 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.747;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.368;HRun=2;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.672;SB=-328.918;SBQD=8.403;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.8322;VQSLOD=3.8289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:761,0,912
|
|
1 161393805 rs9427371 A C 321.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7873;MQ=26.18;MQ0=9;MQRankSum=1.459;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-0.007;SBQD=9.555;SBpi=1.8856;SBpiQual=2.0123;VQSLOD=0.5915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,18:63:99:351,0,547
|
|
1 161443086 rs9427388 C T 1118.55 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=17.150;HRun=1;HaplotypeScore=2.8618;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-619.470;SBQD=10.237;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0824;VQSLOD=3.5945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:83:99:1149,0,1231
|
|
1 161448691 rs9427392 G A 877.88 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.481;HRun=0;HaplotypeScore=2.4203;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.276;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-230.020;SBQD=-6.385;SBpi=-1.4797;SBpiQual=-1.3760;VQSLOD=3.6033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:908,0,820
|
|
1 161450597 . C T 448.63 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.012;SB=-266.247;SBQD=0.944;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.0795;VQSLOD=5.1429 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:479,0,626
|
|
1 161463019 rs10157489 A G 2530.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=32.86;SB=-1114.549;SBQD=-1.206;SBpi=-0.8547;SBpiQual=-0.9503;VQSLOD=8.1845 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2563,211,0
|
|
1 161464493 rs6684960 C T 2303.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=32.44;SB=-1354.083;SBQD=-0.273;SBpi=-0.0593;SBpiQual=-0.0909;VQSLOD=7.5604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2336,181,0
|
|
1 161470259 . A G 798.48 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.007;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5757;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=11.57;ReadPosRankSum=1.050;SB=-370.250;SBQD=-2.856;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.6454;VQSLOD=4.2421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:828,0,981
|
|
1 161476205 rs9427398 A G 705.29 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.643;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=5;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.729;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.053;SB=-346.892;SBQD=-0.466;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5754;VQSLOD=4.2097 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:735,0,1018
|
|
1 161477028 rs4657040 T C 857.40 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.284;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.907;HRun=5;HaplotypeScore=38.5925;MQ=61.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.765;QD=10.85;ReadPosRankSum=2.910;SB=-492.589;SBQD=-3.536;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1459;VQSLOD=-40.1452 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:77.86:887,0,78
|
|
1 161479599 rs7529425 G A 1102.33 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.325;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.271;SB=-537.019;SBQD=-1.340;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1347;VQSLOD=6.5140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:1132,0,1320
|
|
1 161492448 rs12117125 T C 542.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.074;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.602;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.71;MQ0=2;MQRankSum=-3.534;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.868;SB=-200.750;SBQD=-6.786;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.6037;VQSLOD=0.1168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:573,0,1397
|
|
1 161492644 rs6678239 C G 1913.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=55.56;MQ0=1;QD=32.44;SB=-993.294;SBQD=1.040;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.1833;VQSLOD=6.7419 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1947,156,0
|
|
1 161510516 . C G 685.74 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.360;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=11.06;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-401.226;SBQD=-1.969;SBpi=0.1826;SBpiQual=-0.0647;VQSLOD=4.0866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:716,0,1002
|
|
1 161525633 rs61804323 T C 1007.64 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.538;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=49.42;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.505;SB=-485.422;SBQD=-1.728;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3103;VQSLOD=4.9560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:1038,0,1384
|
|
1 161530551 . C G 138.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.19;MQ0=24;MQRankSum=0.654;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-62.424;SBQD=0.785;SBpi=-1.7000;SBpiQual=-1.8676;VQSLOD=-1.4365 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,25:100:99:168,0,704
|
|
1 161532781 . A T 85.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.904;DP=63;Dels=0.00;FS=16.769;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=42.75;MQ0=12;MQRankSum=-3.639;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.204;SB=44.777;SBQD=4.882;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2352;VQSLOD=-2.5266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:63:99:115,0,1358
|
|
1 161536131 rs332398 C T 1187.52 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.214;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.438;HRun=0;HaplotypeScore=3.1800;MQ=47.63;MQ0=2;MQRankSum=0.193;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.125;SB=-585.739;SBQD=5.480;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.2072;VQSLOD=4.7582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1218,0,1073
|
|
1 161538686 . C T 38.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.235;DP=110;Dels=0.00;FS=4.405;HRun=0;HaplotypeScore=1.9452;MQ=41.57;MQ0=2;MQRankSum=-2.028;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.132;SB=42.009;SBQD=1.394;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3170;VQSLOD=-2.1233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,12:110:68.29:68,0,2462
|
|
1 161542914 . T C 237.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.012;DP=93;Dels=0.00;FS=5.130;HRun=0;HaplotypeScore=7.8226;MQ=27.42;MQ0=47;MQRankSum=-0.943;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.704;SB=-107.010;SBQD=-1.968;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.1923;VQSLOD=-2.7667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,26:93:99:267,0,878
|
|
1 161544124 . G T 235.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.259;DP=83;Dels=0.00;FS=15.130;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.77;MQ0=7;MQRankSum=-0.762;QD=2.80;ReadPosRankSum=-1.254;SB=-45.874;SBQD=6.461;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.6150;VQSLOD=-1.2757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,23:83:99:265,0,1010
|
|
1 161561676 . T C 482.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.728;DP=61;Dels=0.00;FS=2.273;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.122;QD=7.91;ReadPosRankSum=2.975;SB=-213.411;SBQD=2.075;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.8327;VQSLOD=-0.8484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:512,0,1214
|
|
1 161562403 rs61801813 C G 996.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.89;MQ0=11;QD=24.32;SB=-411.192;SBQD=7.055;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.1389;VQSLOD=2.9699 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90.22:1030,90,0
|
|
1 161569148 rs422670 A T 592.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.425;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.996;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.26;MQ0=2;MQRankSum=-3.567;QD=8.84;ReadPosRankSum=2.380;SB=-244.926;SBQD=2.356;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7289;VQSLOD=1.4329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:622,0,1320
|
|
1 161574305 rs35989200 A G 1872.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=55.85;MQ0=0;QD=30.20;SB=-1105.823;SBQD=-0.438;SBpi=0.1270;SBpiQual=0.0963;VQSLOD=4.5834 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1905,156,0
|
|
1 161583889 . T C 403.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.69;MQ0=31;QD=8.41;SB=-104.659;SBQD=-5.087;SBpi=-1.2990;SBpiQual=-1.4978;VQSLOD=2.9248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:48.02:437,48,0
|
|
1 161591542 rs61802998 G A 724.85 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=7.1084;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.440;SB=-313.879;SBQD=-1.568;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.8281;VQSLOD=2.0811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:755,0,732
|
|
1 161593349 rs61803002 C T 698.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.07;MQ0=7;QD=22.55;SB=-202.667;SBQD=0.484;SBpi=-1.5266;SBpiQual=-1.6034;VQSLOD=3.2268 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:60.17:732,60,0
|
|
1 161593958 . C T 835.62 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.321;DP=75;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=3;HaplotypeScore=0.9993;MQ=49.13;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.571;SB=-419.075;SBQD=-0.842;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.3667;VQSLOD=3.7389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:866,0,1170
|
|
1 161594526 rs61803011 T G 37.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.35;MQ0=8;QD=1.12;SB=-183.326;SBQD=3.448;SBpi=-1.8278;SBpiQual=-2.1865;VQSLOD=-0.4507 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:8.97:69,9,0
|
|
1 161598987 rs61803019 A G 528.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8626;MQ=22.58;MQ0=12;QD=15.10;SB=-60.116;SBQD=-19.659;SBpi=-1.4368;SBpiQual=-1.5686;VQSLOD=1.2869 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:51.13:562,51,0
|
|
1 161599168 . C G 305.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.99;MQ0=10;QD=14.55;SB=-55.309;SBQD=-12.660;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-1.0978;VQSLOD=3.6123 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:30.07:338,30,0
|
|
1 161614401 rs3843301 T G 2681.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=54.86;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1291.410;SBQD=2.606;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.3738;VQSLOD=7.4493 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2715,220,0
|
|
1 161619363 rs10737488 G C 566.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.213;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.12;MQ0=0;MQRankSum=-6.079;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.151;SB=-291.177;SBQD=1.271;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8088;VQSLOD=-4.2355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:596,0,1508
|
|
1 161625760 . C G 321.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.135;DP=62;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=18.84;MQ0=36;MQRankSum=1.569;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.900;SB=2.996;SBQD=8.528;SBpi=1.6783;SBpiQual=1.8105;VQSLOD=0.2497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,15:62:99:351,0,277
|
|
1 161625877 . G C 69.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=47;Dels=0.00;FS=11.881;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=22.70;MQ0=6;MQRankSum=-1.791;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.960;SB=39.035;SBQD=3.425;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.4982;VQSLOD=-1.6309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:100,0,674
|
|
1 161677784 rs1954173 G A 2800.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=35.00;SB=-1282.498;SBQD=-0.963;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.7890;VQSLOD=9.1160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2833,226,0
|
|
1 161684569 rs6683580 A G 1187.29 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.071;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=19.914;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.058;SB=-248.802;SBQD=8.839;SBpi=2.0642;SBpiQual=1.8196;VQSLOD=3.9184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:1217,0,1055
|
|
1 161684890 rs905595 G C 1041.44 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.787;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=17.829;HRun=0;HaplotypeScore=1.5616;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.796;SB=-441.868;SBQD=9.086;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.6136;VQSLOD=5.8287 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:1071,0,1441
|
|
1 161686418 rs10917753 C G 1256.34 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.706;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.902;HRun=0;HaplotypeScore=1.9852;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.245;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.199;SB=-491.191;SBQD=4.394;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.8042;VQSLOD=4.5884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1286,0,1390
|
|
1 161686885 rs4468140 C A 813.45 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.823;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.109;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=10.30;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-383.854;SBQD=4.034;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.4585;VQSLOD=4.1226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:843,0,1568
|
|
1 161691366 rs1891018 C A 2798.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1268.103;SBQD=0.884;SBpi=0.7222;SBpiQual=0.7772;VQSLOD=8.1586 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2832,223,0
|
|
1 161691433 rs1891019 C T 1115.14 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.057;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.852;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-636.046;SBQD=2.855;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0759;VQSLOD=6.2642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1145,0,1069
|
|
1 161701641 rs12048671 T C 764.89 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.491;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.177;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.760;SB=-414.810;SBQD=-4.373;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.2424;VQSLOD=6.4616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:795,0,990
|
|
1 161709317 rs17415059 C T 673.95 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.988;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=15.703;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.767;SB=-192.253;SBQD=13.145;SBpi=0.9383;SBpiQual=1.0315;VQSLOD=6.0230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:704,0,709
|
|
1 161716340 . C T 1049.41 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.633;DP=72;Dels=0.00;FS=6.352;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=14.58;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-447.647;SBQD=-6.379;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6247;VQSLOD=3.2453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:1079,0,1014
|
|
1 161725772 rs4656332 G A 642.70 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.753;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.840;HRun=1;HaplotypeScore=3.6464;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.231;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.934;SB=-386.777;SBQD=5.811;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.2182;VQSLOD=1.7520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:673,0,768
|
|
1 161763933 rs2134690 A G 1809.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=31.75;SB=-812.458;SBQD=0.275;SBpi=0.8609;SBpiQual=0.9039;VQSLOD=7.5910 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1843,150,0
|
|
1 161781200 rs2134696 A T 2503.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;QD=35.26;SB=-1290.363;SBQD=-2.004;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.1567;VQSLOD=8.0380 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2537,202,0
|
|
1 161823618 rs931778 A G 2433.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42;SB=-1372.928;SBQD=-5.079;SBpi=0.3354;SBpiQual=-0.1059;VQSLOD=6.6574 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2466,217,0
|
|
1 161867489 rs12124509 G A 1967.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.92;SB=-1026.343;SBQD=-3.704;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1698;VQSLOD=8.0037 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2001,156,0
|
|
1 161874146 rs7517386 A G 1871.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.25;MQ0=0;QD=33.41;SB=-1035.715;SBQD=-0.698;SBpi=0.1336;SBpiQual=0.1059;VQSLOD=6.9074 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1904,150,0
|
|
1 161899731 rs10918215 G A 2686.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.44;SB=-1347.873;SBQD=1.455;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-0.4680;VQSLOD=8.7832 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2719,211,0
|
|
1 161901208 rs61809464 C T 1208.74 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.387;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=15.70;ReadPosRankSum=0.942;SB=-651.861;SBQD=5.603;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.3218;VQSLOD=5.5957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:1239,0,863
|
|
1 161916140 rs12562272 T C 2489.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36;SB=-1249.084;SBQD=-0.629;SBpi=-0.8835;SBpiQual=-0.9804;VQSLOD=7.5161 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2522,199,0
|
|
1 161927103 rs7514226 T C 2191.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.23;SB=-863.121;SBQD=7.023;SBpi=0.7276;SBpiQual=1.2289;VQSLOD=7.8595 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2225,189,0
|
|
1 161932193 rs10737521 C T 719.25 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.857;HRun=0;HaplotypeScore=5.5275;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-357.114;SBQD=-6.420;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.9175;VQSLOD=2.6549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:749,0,1020
|
|
1 161933066 rs2499845 G C 3310.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1547.779;SBQD=-0.371;SBpi=0.6740;SBpiQual=0.6648;VQSLOD=7.9092 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3310,271,0
|
|
1 161938311 rs2499842 A G 1475.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.62;MQ0=0;QD=28.38;SB=-805.194;SBQD=-4.759;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4364;VQSLOD=6.1262 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1509,135,0
|
|
1 161938416 rs10800175 C T 856.56 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=15.57;ReadPosRankSum=1.664;SB=-334.703;SBQD=3.653;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.8517;VQSLOD=4.3584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:887,0,586
|
|
1 161947385 rs2490426 G A 2587.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.44;SB=-1243.220;SBQD=-1.220;SBpi=-0.4096;SBpiQual=-0.5283;VQSLOD=8.4421 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2620,211,0
|
|
1 161965017 rs4657132 G C 682.51 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.267;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.981;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.931;QD=9.75;ReadPosRankSum=-2.292;SB=-457.511;SBQD=-4.245;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1461;VQSLOD=2.8961 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:713,0,1165
|
|
1 161990455 rs4656344 T G 1756.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.36;SB=-954.847;SBQD=0.319;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.3897;VQSLOD=7.2653 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1789,141,0
|
|
1 161996062 rs4656347 T C 2291.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9950;MQ=59.67;MQ0=0;QD=33.20;SB=-938.953;SBQD=6.117;SBpi=0.5417;SBpiQual=1.0069;VQSLOD=5.4306 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2324,202,0
|
|
1 162052641 rs4609404 C T 1533.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.53;MQ0=0;QD=28.39;SB=-465.622;SBQD=-1.310;SBpi=-1.9052;SBpiQual=-2.1624;VQSLOD=5.2074 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1566,132,0
|
|
1 162053508 rs10918630 T C 2915.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9134;MQ=59.79;MQ0=0;QD=32.76;SB=-1444.226;SBQD=-0.302;SBpi=0.6890;SBpiQual=0.6917;VQSLOD=6.7087 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2949,235,0
|
|
1 162055243 rs1572496 C A 2181.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.56;SB=-1163.239;SBQD=0.866;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.2553;VQSLOD=8.0413 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2215,175,0
|
|
1 162068428 rs12727810 G A 1783.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=29.72;SB=-1121.157;SBQD=1.561;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0859;VQSLOD=6.2531 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1816,141,0
|
|
1 162084658 rs1572499 T C 3115.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.01;SB=-1540.541;SBQD=-1.650;SBpi=-0.2650;SBpiQual=-0.3900;VQSLOD=8.2925 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3149,250,0
|
|
1 162108572 rs10753762 A G 1920.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98;SB=-686.047;SBQD=-0.932;SBpi=-1.5240;SBpiQual=-1.6282;VQSLOD=5.3399 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1954,156,0
|
|
1 162140862 rs7549718 A G 1970.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.40;SB=-1067.309;SBQD=0.033;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.2045;VQSLOD=5.6821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2004,159,0
|
|
1 162219739 rs6677052 A G 998.67 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.555;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.317;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=14.07;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-375.341;SBQD=3.692;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7515;VQSLOD=4.4597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:1029,0,1250
|
|
1 162224979 rs10800386 G T 1130.58 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.052;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-478.572;SBQD=1.102;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.0750;VQSLOD=4.0973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:1161,0,1082
|
|
1 162249715 rs6670958 G A 2602.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;QD=36.14;SB=-1385.765;SBQD=-1.666;SBpi=0.1179;SBpiQual=-0.0090;VQSLOD=9.9170 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2635,205,0
|
|
1 162256847 rs56128851 G A 1325.49 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.486;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.784;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=14.41;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-667.092;SBQD=-2.632;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.4415;VQSLOD=4.9971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1355,0,1308
|
|
1 162270055 rs2812136 T C 2489.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1245.112;SBQD=7.347;SBpi=-0.1132;SBpiQual=0.4843;VQSLOD=7.9294 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2523,217,0
|
|
1 162291850 rs440104 T C 1286.15 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.114;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=5.081;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=18.37;ReadPosRankSum=0.291;SB=-696.945;SBQD=-3.536;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.1520;VQSLOD=5.8797 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,46:70:99:1316,0,687
|
|
1 162309014 rs1508264 A C 824.17 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.418;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.968;HRun=0;HaplotypeScore=4.3027;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=12.30;ReadPosRankSum=2.120;SB=-428.805;SBQD=2.211;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.5908;VQSLOD=2.6484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:854,0,637
|
|
1 162311827 rs347284 T C 2998.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9874;MQ=59.77;MQ0=0;QD=30.29;SB=-1344.297;SBQD=8.907;SBpi=0.3518;SBpiQual=1.1331;VQSLOD=4.6333 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3032,262,0
|
|
1 162315981 rs347274 A T 1322.36 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.344;QD=13.22;ReadPosRankSum=0.021;SB=-572.940;SBQD=0.395;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7112;VQSLOD=4.0761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:100:99:1352,0,1803
|
|
1 162328542 rs1510289 T A 1095.02 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.428;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-557.687;SBQD=-0.990;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2552;VQSLOD=4.8753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1125,0,1076
|
|
1 162331621 rs6681981 A G 814.63 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.611;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.321;HRun=0;HaplotypeScore=1.7256;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=11.64;ReadPosRankSum=-1.550;SB=-338.340;SBQD=-2.449;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.4766;VQSLOD=5.2547 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:845,0,1323
|
|
1 162336054 rs457879 G C 2007.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=31.86;SB=-991.631;SBQD=-0.354;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6430;VQSLOD=6.6331 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2040,163,0
|
|
1 162338397 rs164147 A C 761.54 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.315;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=14.37;ReadPosRankSum=-1.969;SB=-391.668;SBQD=3.148;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.3596;VQSLOD=4.9572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:792,0,725
|
|
1 162388746 rs164412 A G 2971.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=34.96;SB=-1366.260;SBQD=0.060;SBpi=0.7050;SBpiQual=0.7599;VQSLOD=9.0812 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3005,238,0
|
|
1 162418289 rs469671 T C 862.90 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.905;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-447.912;SBQD=7.176;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0624;VQSLOD=5.4040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:893,0,1075
|
|
1 162422874 . T G 1263.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DP=94;Dels=0.00;FS=8.682;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.91;MQ0=1;MQRankSum=-5.669;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-494.919;SBQD=5.772;SBpi=1.0887;SBpiQual=1.2611;VQSLOD=-3.2075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:94:99:1293,0,1275
|
|
1 162458412 rs6673387 C T 2187.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=2.5015;MQ=59.62;MQ0=0;QD=31.70;SB=-829.072;SBQD=-0.930;SBpi=-1.5048;SBpiQual=-1.6628;VQSLOD=3.9698 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2221,181,0
|
|
1 162478427 rs11804523 G A 1759.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.89;MQ0=0;QD=31.41;SB=-975.508;SBQD=0.606;SBpi=0.2673;SBpiQual=0.2203;VQSLOD=7.1344 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1792,144,0
|
|
1 162490128 rs6427679 G A 2628.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.51;SB=-1325.232;SBQD=0.549;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.1994;VQSLOD=8.3884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2661,208,0
|
|
1 162501949 rs11578132 C T 2445.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7337;MQ=58.34;MQ0=0;QD=35.44;SB=-1013.819;SBQD=-1.232;SBpi=1.0233;SBpiQual=0.9830;VQSLOD=5.7977 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2478,199,0
|
|
1 162507210 rs6427682 A C 1598.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=1.670;QD=28.55;ReadPosRankSum=0.433;SB=-881.011;SBQD=3.960;SBpi=-0.4719;SBpiQual=-0.0682;VQSLOD=6.3906 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1632,147,0
|
|
1 162545795 rs1039868 G A 1793.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.4764;MQ=59.24;MQ0=0;QD=29.41;SB=-967.105;SBQD=0.515;SBpi=-0.7042;SBpiQual=-0.6860;VQSLOD=4.8936 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1827,144,0
|
|
1 162623425 rs4567262 T C 1836.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.31;MQ0=0;QD=28.26;SB=-718.387;SBQD=5.433;SBpi=1.1783;SBpiQual=1.5378;VQSLOD=5.0829 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1870,162,0
|
|
1 162624504 rs10917581 A G 682.41 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.032;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=8.694;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-182.394;SBQD=-9.939;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.2921;VQSLOD=5.3434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:712,0,756
|
|
1 162626200 rs992373 A G 2511.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.4431;MQ=57.88;MQ0=0;QD=33.49;SB=-998.851;SBQD=-7.150;SBpi=-0.6351;SBpiQual=-1.1538;VQSLOD=3.7486 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2545,214,0
|
|
1 162626910 rs7411405 G A 2458.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=52.10;MQ0=1;QD=33.68;SB=-991.686;SBQD=2.655;SBpi=-1.2289;SBpiQual=-1.2833;VQSLOD=6.2597 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2491,208,0
|
|
1 162630958 rs10494374 A C 2545.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.36;SB=-1145.279;SBQD=-1.761;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.7515;VQSLOD=8.9260 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2579,205,0
|
|
1 162637785 rs4657218 T C 2361.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=58.99;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1115.066;SBQD=-3.614;SBpi=0.6621;SBpiQual=0.4590;VQSLOD=7.3752 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2394,196,0
|
|
1 162651677 rs10799864 G C 663.38 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.608;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.950;HRun=0;HaplotypeScore=1.9891;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.273;SB=-307.583;SBQD=0.002;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.5367;VQSLOD=4.2123 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:693,0,1137
|
|
1 162669006 rs10753585 C T 3056.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.21;SB=-1551.416;SBQD=-0.612;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0563;VQSLOD=9.3983 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3090,238,0
|
|
1 162676698 rs6689396 T C 2005.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.505;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.801;QD=29.94;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-863.950;SBQD=7.422;SBpi=0.4924;SBpiQual=0.8046;VQSLOD=7.2604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:2039,143,0
|
|
1 162679145 rs4542196 G A 2291.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=34.71;SB=-1205.271;SBQD=-1.697;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0326;VQSLOD=8.1543 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2324,181,0
|
|
1 162685956 rs6702381 T G 2477.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=36.98;SB=-1162.458;SBQD=0.276;SBpi=0.4276;SBpiQual=0.4727;VQSLOD=8.7516 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2511,196,0
|
|
1 162708771 rs9427406 G A 568.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.78;MQ0=18;QD=15.37;SB=-0.007;SBQD=19.427;SBpi=2.0731;SBpiQual=2.2698;VQSLOD=3.4670 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,21:37:54.15:602,54,0
|
|
1 162713975 rs2332 G T 2560.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.00;MQ0=0;QD=36.58;SB=-1058.718;SBQD=0.777;SBpi=0.8367;SBpiQual=0.8782;VQSLOD=8.6102 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2593,205,0
|
|
1 162749761 rs1510315 T C 2104.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.88;SB=-994.443;SBQD=-1.226;SBpi=-0.6250;SBpiQual=-0.6831;VQSLOD=8.9672 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2137,169,0
|
|
1 162757345 rs2457610 C T 1229.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.10;MQ0=8;QD=23.20;SB=-520.922;SBQD=11.109;SBpi=0.0714;SBpiQual=-0.0267;VQSLOD=4.5248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:53:99:1263,108,0
|
|
1 162765475 rs2684884 G C 1518.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=33.12;MQ0=9;QD=22.01;SB=-769.356;SBQD=6.877;SBpi=-0.4214;SBpiQual=-0.6426;VQSLOD=3.9045 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1551,141,0
|
|
1 162770647 rs11589262 A G 782.43 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.957;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-354.067;SBQD=3.806;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.5160;VQSLOD=6.1528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:812,0,1163
|
|
1 162782818 rs61812977 G A 462.08 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=3.452;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=33.02;MQ0=6;MQRankSum=0.332;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-242.077;SBQD=-1.348;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.2206;VQSLOD=5.3222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:492,0,286
|
|
1 162786742 rs11577397 T C 509.49 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.496;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=1.144;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=28.63;MQ0=13;MQRankSum=0.009;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-185.762;SBQD=-4.764;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.3613;VQSLOD=4.6523 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:539,0,830
|
|
1 162803361 rs2805044 A T 2997.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.26;SB=-1418.964;SBQD=0.163;SBpi=-0.5966;SBpiQual=-0.5837;VQSLOD=8.7110 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3030,238,0
|
|
1 162813993 rs10753590 A G 1104.15 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.415;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.915;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.248;SB=-557.709;SBQD=-1.267;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.3507;VQSLOD=5.4567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1134,0,989
|
|
1 162820067 rs2880639 C T 786.24 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.514;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=11.56;ReadPosRankSum=1.240;SB=-345.144;SBQD=-1.987;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4473;VQSLOD=4.5610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:816,0,1263
|
|
1 162836135 rs6665565 A G 1811.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=31.78;SB=-859.009;SBQD=-4.788;SBpi=-0.1987;SBpiQual=-0.5801;VQSLOD=6.8313 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1844,159,0
|
|
1 162852760 rs4657233 C T 1337.53 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=29.708;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.068;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.659;SB=-307.468;SBQD=14.626;SBpi=1.7143;SBpiQual=1.8713;VQSLOD=4.9658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:1368,0,1191
|
|
1 162852976 rs4233393 A G 966.20 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.980;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=4.207;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.918;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.398;SB=-491.661;SBQD=2.830;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.7354;VQSLOD=3.5791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:996,0,1345
|
|
1 162866002 rs2343488 A T 669.05 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.504;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.696;SB=-202.244;SBQD=-5.029;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.4967;VQSLOD=4.3902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:699,0,820
|
|
1 162866915 rs1986860 C T 835.90 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=8.159;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-348.587;SBQD=8.162;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.7484;VQSLOD=4.1334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:866,0,1124
|
|
1 162879470 rs61811464 A G 743.34 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.573;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.313;QD=12.60;ReadPosRankSum=2.237;SB=-288.691;SBQD=-2.903;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.2028;VQSLOD=2.3016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:773,0,660
|
|
1 162881307 rs10917640 C T 2924.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.02;SB=-1425.240;SBQD=0.141;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.3034;VQSLOD=9.0962 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2957,232,0
|
|
1 162890135 rs4281307 T C 1018.55 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.114;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.487;SB=-516.152;SBQD=0.129;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2025;VQSLOD=5.7292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:1049,0,1337
|
|
1 162891732 rs4656384 T A 1326.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.93;SB=-517.963;SBQD=4.176;SBpi=0.6975;SBpiQual=1.0360;VQSLOD=5.3034 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:74:99:1360,105,0
|
|
1 162896345 rs6427697 G A 2023.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=59.30;MQ0=0;QD=30.65;SB=-1169.658;SBQD=-1.778;SBpi=0.3693;SBpiQual=0.2178;VQSLOD=6.0651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2056,162,0
|
|
1 162896561 rs6413905 C G 797.71 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.279;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=6.169;HRun=0;HaplotypeScore=3.6353;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-198.216;SBQD=-9.962;SBpi=-1.6058;SBpiQual=-1.8417;VQSLOD=2.3432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:828,0,652
|
|
1 162904469 . G A 952.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.437;DP=61;Dels=0.00;FS=5.346;HRun=0;HaplotypeScore=29.9851;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.702;SB=-317.920;SBQD=5.317;SBpi=1.1315;SBpiQual=1.2102;VQSLOD=-17.3940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:982,0,727
|
|
1 162921712 rs10753598 T G 1274.16 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.579;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.613;SB=-662.665;SBQD=-1.716;SBpi=0.1443;SBpiQual=-0.1380;VQSLOD=5.9507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:1304,0,1199
|
|
1 162927659 rs6671615 A C 1015.20 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.950;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.959;SB=-432.767;SBQD=2.705;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.6288;VQSLOD=5.6739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:1045,0,1040
|
|
1 162943756 rs10799893 C T 704.23 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.378;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-340.370;SBQD=-0.513;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.1508;VQSLOD=4.1607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:734,0,1288
|
|
1 162944573 rs11580679 A G 990.64 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.947;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.128;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.987;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.235;SB=-305.027;SBQD=-5.675;SBpi=-1.2005;SBpiQual=-1.2681;VQSLOD=4.2820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:1021,0,1293
|
|
1 162955904 rs4657242 T A 915.54 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4839;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.650;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-476.024;SBQD=0.453;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.5657;VQSLOD=3.1893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:946,0,1075
|
|
1 162964751 rs2842000 C A 3454.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=36.75;SB=-1316.731;SBQD=-0.670;SBpi=1.3408;SBpiQual=1.3494;VQSLOD=8.1746 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3454,271,0
|
|
1 162966600 rs2661325 C T 1592.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=38.53;MQ0=0;QD=31.22;SB=-452.437;SBQD=0.375;SBpi=1.7504;SBpiQual=1.7095;VQSLOD=5.5872 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1625,144,0
|
|
1 163011906 rs1605514 A C 2990.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1505.259;SBQD=-0.194;SBpi=-0.2182;SBpiQual=-0.2286;VQSLOD=8.6896 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3023,238,0
|
|
1 163018644 rs2842008 C G 2521.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.08;SB=-1296.085;SBQD=-3.565;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.0151;VQSLOD=8.1006 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2555,214,0
|
|
1 163035531 rs2842028 A C 1050.94 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5778;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.005;SB=-601.445;SBQD=-0.744;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2584;VQSLOD=6.0905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1081,0,944
|
|
1 163045860 rs41271997 A C 1102.90 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.104;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-477.500;SBQD=3.682;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5234;VQSLOD=5.7462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1133,0,1247
|
|
1 163072905 rs2661298 G A 940.73 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.965;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.305;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.927;SB=-492.362;SBQD=-2.953;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2146;VQSLOD=5.3035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:971,0,771
|
|
1 163075021 rs1507740 C T 1104.40 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.981;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=22.681;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.750;SB=-242.105;SBQD=13.486;SBpi=1.4368;SBpiQual=1.6066;VQSLOD=4.8271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:1134,0,1243
|
|
1 163089741 rs2841987 T C 776.61 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.473;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-445.446;SBQD=3.370;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.0029;VQSLOD=4.5651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:807,0,908
|
|
1 163090171 rs61810254 G C 1352.95 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.375;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.166;QD=16.11;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-656.759;SBQD=-0.541;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.4516;VQSLOD=5.5059 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:1383,0,1099
|
|
1 163097955 rs61810257 C T 1077.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.477;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.002;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=14.17;ReadPosRankSum=1.122;SB=-508.245;SBQD=2.601;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3776;VQSLOD=5.3132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1107,0,1057
|
|
1 163099092 rs2135919 A G 1403.77 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.733;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=8.824;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-760.862;SBQD=-5.326;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.0777;VQSLOD=5.0601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:1434,0,1175
|
|
1 163104411 rs2815277 T C 599.32 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.465;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.592;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-18.083;SBQD=13.668;SBpi=2.0731;SBpiQual=2.2113;VQSLOD=3.3325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:629,0,901
|
|
1 163110202 rs2661283 G A 660.99 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.358;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=15.004;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.885;SB=-299.420;SBQD=-10.290;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.5198;VQSLOD=5.3780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:691,0,753
|
|
1 163112204 rs10917682 A G 1308.31 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.758;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=8.311;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-560.948;SBQD=2.253;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.4433;VQSLOD=5.8900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:1338,0,1484
|
|
1 163120238 rs55726178 C T 1255.93 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.543;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=28.833;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=17.94;ReadPosRankSum=-1.756;SB=-431.458;SBQD=-14.940;SBpi=-1.0801;SBpiQual=-1.1691;VQSLOD=3.4436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:1286,0,825
|
|
1 163126417 rs2255642 A G 2521.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1088.966;SBQD=-8.303;SBpi=-0.3938;SBpiQual=-1.0312;VQSLOD=7.6175 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2555,220,0
|
|
1 163156524 rs10753606 A G 1368.11 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.847;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=17.10;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-707.342;SBQD=0.531;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0444;VQSLOD=5.1038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:80:99:1398,0,1080
|
|
1 163188584 rs1509018 G C 1041.63 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.380;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.762;SB=-497.566;SBQD=3.599;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.1875;VQSLOD=5.2793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1072,0,1383
|
|
1 163212997 rs61812163 C T 722.67 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.222;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=46.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=14.75;ReadPosRankSum=1.323;SB=-287.673;SBQD=-1.752;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4081;VQSLOD=4.2318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:753,0,500
|
|
1 163278697 rs7540538 A T 1462.90 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.760;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=16.25;ReadPosRankSum=1.414;SB=-541.926;SBQD=-2.682;SBpi=-0.9481;SBpiQual=-1.0544;VQSLOD=5.1608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:1493,0,1368
|
|
1 163354798 rs3013494 T C 2467.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2312;MQ=59.71;MQ0=0;QD=31.23;SB=-1247.941;SBQD=6.057;SBpi=-0.6188;SBpiQual=-0.1239;VQSLOD=6.1551 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2500,223,0
|
|
1 163355061 rs3013493 A G 1633.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=32.67;SB=-742.601;SBQD=-3.691;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.5167;VQSLOD=8.2586 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1666,147,0
|
|
1 163386852 rs3013473 G C 380.10 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.397;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.242;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-202.958;SBQD=2.056;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.1834;VQSLOD=3.2674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:410,0,611
|
|
1 163390914 rs6693661 T C 1114.40 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.564;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=5.816;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.988;SB=-407.600;SBQD=7.455;SBpi=0.7715;SBpiQual=1.0322;VQSLOD=5.2677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1144,0,1250
|
|
1 163454562 rs2791153 A G 1159.57 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.790;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=12.874;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=17.31;ReadPosRankSum=-1.462;SB=-480.057;SBQD=-8.637;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5203;VQSLOD=4.2255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1190,0,922
|
|
1 163460197 rs56367026 C T 753.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.417;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4530;MQ=22.46;MQ0=41;MQRankSum=-2.135;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.868;SB=-216.752;SBQD=-3.303;SBpi=-1.3275;SBpiQual=-1.4252;VQSLOD=0.5212 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,41:100:99:783,0,499
|
|
1 163460452 rs4463641 T A 196.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.241;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.740;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.96;MQ0=10;MQRankSum=-3.608;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-47.048;SBQD=11.410;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.3655;VQSLOD=0.4169 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:226,0,352
|
|
1 163473738 rs1934504 C T 1398.07 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.548;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=3.776;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.590;SB=-540.402;SBQD=-3.356;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-0.8855;VQSLOD=5.9420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:1428,0,1656
|
|
1 163478748 rs6427740 G C 1288.14 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.367;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7866;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=16.73;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-623.057;SBQD=1.604;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0933;VQSLOD=4.3846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:77:99:1318,0,957
|
|
1 163489001 rs2791151 G A 2590.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.49;SB=-1219.995;SBQD=1.404;SBpi=0.4096;SBpiQual=0.5413;VQSLOD=8.1127 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2624,211,0
|
|
1 163489697 rs61180948 A G 1055.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.36;MQ0=0;QD=26.39;SB=-200.796;SBQD=2.047;SBpi=2.2136;SBpiQual=2.0019;VQSLOD=3.1106 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1089,102,0
|
|
1 163500296 . T C 660.16 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.090;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8100;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.429;SB=-36.311;SBQD=7.338;SBpi=2.1320;SBpiQual=2.2673;VQSLOD=1.5755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:690,0,519
|
|
1 163500383 . T C 346.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.214;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.892;QD=6.67;ReadPosRankSum=-2.224;SB=-85.658;SBQD=1.084;SBpi=1.3339;SBpiQual=1.3660;VQSLOD=0.6915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:99:377,0,1166
|
|
1 163506835 rs2994234 G A 2731.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=35.48;SB=-1325.317;SBQD=0.674;SBpi=-0.3989;SBpiQual=-0.3152;VQSLOD=8.8394 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2765,220,0
|
|
1 163509510 rs2791132 T A 2586.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.93;SB=-1309.342;SBQD=0.937;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.3265;VQSLOD=8.3591 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2620,202,0
|
|
1 163519316 rs2486821 G A 2226.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1168.670;SBQD=-0.632;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1475;VQSLOD=8.4177 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2259,178,0
|
|
1 163546693 rs2791164 G A 2030.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.61;SB=-981.780;SBQD=-0.138;SBpi=0.2722;SBpiQual=0.2783;VQSLOD=9.0116 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2064,160,0
|
|
1 163563280 rs2494212 C T 2185.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7834;MQ=58.13;MQ0=0;QD=29.94;SB=-897.317;SBQD=-1.046;SBpi=-1.3460;SBpiQual=-1.3062;VQSLOD=5.3666 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2219,175,0
|
|
1 163575807 rs1934513 T C 2841.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=37.38;SB=-1311.879;SBQD=-0.345;SBpi=0.4588;SBpiQual=0.4547;VQSLOD=8.8962 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2874,226,0
|
|
1 163662479 rs2486425 G T 2160.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.92;MQ0=0;QD=29.59;SB=-847.500;SBQD=1.624;SBpi=1.6499;SBpiQual=1.7683;VQSLOD=5.7514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:2193,172,0
|
|
1 163776397 rs1289136 G T 3011.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.21;MQ0=0;QD=36.73;SB=-1295.997;SBQD=-1.096;SBpi=-0.7730;SBpiQual=-0.9163;VQSLOD=7.4831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3045,238,0
|
|
1 163858008 rs56856771 A G 1072.09 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.042;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.977;HRun=0;HaplotypeScore=3.4424;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-667.001;SBQD=-3.120;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.1979;VQSLOD=2.8341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:1102,0,900
|
|
1 163860406 . C T 1333.15 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.244;DP=74;Dels=0.00;FS=4.970;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=18.02;ReadPosRankSum=0.479;SB=-405.485;SBQD=6.039;SBpi=1.3568;SBpiQual=1.5284;VQSLOD=3.2172 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:74:99:1363,0,896
|
|
1 163882397 rs55776987 A G 1559.05 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.141;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=11.306;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.519;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.592;SB=-636.344;SBQD=-10.121;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.8640;VQSLOD=2.7488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:103:99:1589,0,1513
|
|
1 163883114 rs7556434 C A 1468.21 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.154;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.100;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=17.90;ReadPosRankSum=0.593;SB=-491.828;SBQD=-4.282;SBpi=-1.1795;SBpiQual=-1.2928;VQSLOD=4.9065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1498,0,1119
|
|
1 163903744 rs36017421 G A 2098.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=37.47;SB=-1043.196;SBQD=-0.442;SBpi=-0.1336;SBpiQual=-0.1701;VQSLOD=7.8588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2131,166,0
|
|
1 163905574 . G A 924.64 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=66;Dels=0.00;FS=2.151;HRun=0;HaplotypeScore=2.4383;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=14.01;ReadPosRankSum=1.470;SB=-432.926;SBQD=6.193;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.6427;VQSLOD=3.5875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:955,0,570
|
|
1 163928639 rs260914 G A 2515.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1151.858;SBQD=1.855;SBpi=0.6975;SBpiQual=0.8375;VQSLOD=8.0269 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2548,199,0
|
|
1 163944712 rs12034420 T C 958.29 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.858;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-565.232;SBQD=0.790;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1771;VQSLOD=5.1799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:988,0,1181
|
|
1 163980604 rs1115276 A G 1317.95 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.420;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=2.714;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=2.128;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.258;SB=-659.040;SBQD=2.897;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.2662;VQSLOD=5.4961 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:1348,0,1602
|
|
1 163991517 rs4403608 T C 615.90 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=12.838;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.766;SB=-220.296;SBQD=10.293;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.6421;VQSLOD=4.4473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:646,0,979
|
|
1 164002045 rs61811169 C A 743.72 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.158;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.530;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.891;SB=-276.342;SBQD=-5.098;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-1.1082;VQSLOD=4.4240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:774,0,998
|
|
1 164003758 rs12129360 T A 848.95 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.746;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.832;HRun=0;HaplotypeScore=3.6075;MQ=58.99;MQ0=1;MQRankSum=-0.149;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.694;SB=-360.231;SBQD=6.541;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.4694;VQSLOD=4.2748 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:879,0,1131
|
|
1 164046271 rs9943204 C T 1721.03 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.328;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=20.01;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-859.765;SBQD=0.764;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.3092;VQSLOD=4.8325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,54:86:99:1751,0,975
|
|
1 164048427 rs4233401 G A 1348.77 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.789;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=10.780;HRun=0;HaplotypeScore=1.9829;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=15.68;ReadPosRankSum=1.974;SB=-517.631;SBQD=-8.739;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.8887;VQSLOD=4.1459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:86:99:1379,0,1274
|
|
1 164055389 rs10753632 T C 2318.08 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=46.2596;MQ=61.51;MQ0=0;QD=30.50;SB=-1121.080;SBQD=3.784;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.5636;VQSLOD=-50.2314 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2351,196,0
|
|
1 164056042 rs6664137 G A 3019.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.74;SB=-1414.395;SBQD=0.079;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.4862;VQSLOD=6.7953 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3053,235,0
|
|
1 164058976 rs1337364 G A 1230.15 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.940;DB;DP=85;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9131;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=14.30;ReadPosRankSum=2.307;SB=-605.347;SBQD=0.010;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.4140;VQSLOD=3.4074 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1260,0,1216
|
|
1 164059430 rs16824651 C T 1268.55 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.304;HRun=1;HaplotypeScore=1.8910;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-575.621;SBQD=4.365;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.5541;VQSLOD=4.3987 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1299,0,1126
|
|
1 164083691 rs6680891 A T 2992.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.47;MQ0=0;QD=37.89;SB=-1112.818;SBQD=0.400;SBpi=1.1813;SBpiQual=1.2611;VQSLOD=6.1117 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3026,238,0
|
|
1 164085202 rs3929860 T A 2858.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.73;SB=-1189.863;SBQD=1.793;SBpi=0.8944;SBpiQual=1.0392;VQSLOD=7.4897 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2891,226,0
|
|
1 164090891 rs10753634 T C 2842.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.22;MQ0=0;QD=35.09;SB=-1432.902;SBQD=-1.152;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.1763;VQSLOD=8.5580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2875,235,0
|
|
1 164101997 rs1538093 T C 2431.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1029.656;SBQD=0.094;SBpi=0.9029;SBpiQual=0.9480;VQSLOD=7.9765 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2465,196,0
|
|
1 164115246 rs4233403 A G 2326.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=30.61;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-1014.901;SBQD=-6.433;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.9032;VQSLOD=7.2641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:2360,208,0
|
|
1 164125111 rs4657351 G A 2889.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1314.780;SBQD=1.714;SBpi=-0.6794;SBpiQual=-0.5687;VQSLOD=8.1831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2922,226,0
|
|
1 164125695 rs10494410 C T 2550.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.44;SB=-1114.254;SBQD=1.212;SBpi=0.7171;SBpiQual=0.8558;VQSLOD=8.7616 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2584,202,0
|
|
1 164129055 rs7412614 A G 1430.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.90;MQ0=1;QD=28.04;SB=-584.370;SBQD=1.480;SBpi=0.9102;SBpiQual=0.7758;VQSLOD=5.7147 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1463,138,0
|
|
1 164195126 rs12060048 A G 714.42 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.297;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.421;SB=-480.282;SBQD=-0.340;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1977;VQSLOD=5.5462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:744,0,886
|
|
1 164206955 rs61802995 A G 888.96 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.401;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.499;HRun=0;HaplotypeScore=3.5696;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-466.286;SBQD=5.145;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2521;VQSLOD=4.0236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:919,0,1075
|
|
1 164247794 rs35782913 A G 947.91 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.431;SB=-541.744;SBQD=-1.953;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1171;VQSLOD=5.8029 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:978,0,830
|
|
1 164260737 rs9970273 C T 1422.81 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.886;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.857;HRun=0;HaplotypeScore=1.5592;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=17.14;ReadPosRankSum=0.346;SB=-626.262;SBQD=2.698;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.6156;VQSLOD=5.5351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1453,0,1055
|
|
1 164273417 rs12083305 G A 1603.36 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.044;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4671;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=21.67;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-788.744;SBQD=-0.688;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.1501;VQSLOD=2.8485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,48:74:99:1633,0,618
|
|
1 164298503 rs902013 T G 1363.65 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.012;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=2.576;HRun=0;HaplotypeScore=1.5592;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.670;SB=-741.293;SBQD=-1.049;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.0983;VQSLOD=6.2524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:104:99:1394,0,1625
|
|
1 164326453 rs10917988 G C 829.30 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.429;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=12.38;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-363.702;SBQD=6.696;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.7426;VQSLOD=5.1887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:859,0,1092
|
|
1 164350519 rs527203 A G 2210.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01;SB=-740.605;SBQD=1.283;SBpi=1.5504;SBpiQual=1.7003;VQSLOD=5.9926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2244,178,0
|
|
1 164408038 . G C 772.66 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.485;DP=75;Dels=0.00;FS=8.161;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=10.30;ReadPosRankSum=1.545;SB=-463.327;SBQD=7.506;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.0516;VQSLOD=4.2028 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:803,0,1233
|
|
1 164502181 rs6678270 C T 2144.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.59;SB=-891.364;SBQD=-0.542;SBpi=-1.0160;SBpiQual=-1.1019;VQSLOD=6.8577 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2177,169,0
|
|
1 164517027 rs10918042 T C 1133.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.897;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.343;SB=-549.163;SBQD=1.890;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.2921;VQSLOD=5.7057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1164,0,1181
|
|
1 164535555 rs1340521 C T 1350.55 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=3.993;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.772;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.868;SB=-688.434;SBQD=-5.774;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2162;VQSLOD=4.2975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:1381,0,1232
|
|
1 164553630 . T C 971.05 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.322;DP=71;Dels=0.00;FS=2.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-512.469;SBQD=2.696;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2443;VQSLOD=4.3568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1001,0,997
|
|
1 164575854 rs34032885 C T 703.27 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.292;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.185;HRun=0;HaplotypeScore=1.8279;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-314.572;SBQD=-1.014;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5904;VQSLOD=4.7442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:733,0,1106
|
|
1 164587118 rs34287355 C T 822.75 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.324;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.292;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-424.801;SBQD=3.585;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2036;VQSLOD=5.9205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:853,0,1213
|
|
1 164590311 rs12140884 C T 1016.97 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.874;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.946;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=13.74;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-334.056;SBQD=2.773;SBpi=1.2330;SBpiQual=1.3935;VQSLOD=4.9238 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1047,0,977
|
|
1 164607286 rs1617837 C A 3558.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.07;SB=-1679.124;SBQD=-1.301;SBpi=0.5103;SBpiQual=0.4757;VQSLOD=9.3596 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3558,280,0
|
|
1 164615484 . C T 1205.80 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.268;DP=82;Dels=0.00;FS=2.944;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=14.70;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-612.669;SBQD=1.974;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.0665;VQSLOD=4.8360 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1236,0,1277
|
|
1 164645591 rs2635030 A G 1317.71 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.542;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.863;HRun=1;HaplotypeScore=1.9117;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.862;SB=-601.558;SBQD=2.445;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.5047;VQSLOD=4.6480 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:79:99:1348,0,1084
|
|
1 164647816 rs12125776 G T 723.17 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.277;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=11.48;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-422.395;SBQD=8.568;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1683;VQSLOD=5.4179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:753,0,702
|
|
1 164649240 rs2800804 C T 1304.12 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.049;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=7.373;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.70;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-610.595;SBQD=-6.299;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.6697;VQSLOD=5.6785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:1334,0,965
|
|
1 164651655 rs1057756 A G 2512.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;QD=34.90;SB=-1095.916;SBQD=-0.592;SBpi=-0.8250;SBpiQual=-0.8779;VQSLOD=8.5673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2546,202,0
|
|
1 164651709 rs2635027 G A 2170.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.48;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1189.548;SBQD=1.446;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.1211;VQSLOD=5.8248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2204,178,0
|
|
1 164664793 . A G 689.36 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;DP=65;Dels=0.00;FS=5.099;HRun=0;HaplotypeScore=1.9443;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-318.100;SBQD=7.569;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.4303;VQSLOD=3.8485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:719,0,1069
|
|
1 164667805 rs1780348 G C 2026.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=31.67;SB=-1089.593;SBQD=-3.836;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2115;VQSLOD=7.1659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2060,166,0
|
|
1 164675868 rs12760919 C T 3191.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.42;MQ0=0;QD=33.24;SB=-1786.601;SBQD=1.367;SBpi=0.1021;SBpiQual=0.2015;VQSLOD=8.0321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3224,247,0
|
|
1 164677262 rs1780341 G A 2871.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.45;SB=-1353.919;SBQD=-1.429;SBpi=0.6111;SBpiQual=0.5543;VQSLOD=9.3388 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2904,229,0
|
|
1 164723835 rs7543038 G T 714.10 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.621;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.907;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=10.82;ReadPosRankSum=2.080;SB=-215.486;SBQD=-8.528;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-1.0549;VQSLOD=5.0689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:744,0,1248
|
|
1 164739171 rs6670655 T C 822.83 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=3.910;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.830;SB=-428.335;SBQD=3.568;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1659;VQSLOD=5.6247 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:853,0,819
|
|
1 164770313 rs56310441 T A 1260.41 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.237;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=14.16;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-559.851;SBQD=-0.742;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.6956;VQSLOD=5.0732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1290,0,1399
|
|
1 164782266 rs1213268 T G 2807.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.66;SB=-1491.699;SBQD=0.686;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1024;VQSLOD=8.6748 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2840,226,0
|
|
1 164807916 rs1107532 C G 858.18 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.629;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.950;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=13.00;ReadPosRankSum=-2.052;SB=-383.606;SBQD=2.158;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.7087;VQSLOD=4.2897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:888,0,986
|
|
1 164812653 rs11808475 T C 826.65 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-299.051;SBQD=1.626;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.8702;VQSLOD=4.9690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:857,0,1462
|
|
1 164815467 rs12048214 C T 673.38 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.599;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.572;SB=-345.878;SBQD=2.471;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.1784;VQSLOD=5.7066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:56:99:703,0,919
|
|
1 164826168 rs12046575 G A 1128.28 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.093;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.031;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-523.773;SBQD=-1.991;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.6343;VQSLOD=4.8382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1158,0,882
|
|
1 164830610 rs2050744 G C 1100.74 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.800;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.928;HRun=0;HaplotypeScore=3.5183;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=15.72;ReadPosRankSum=-1.645;SB=-520.920;SBQD=-1.767;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3735;VQSLOD=3.4054 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1131,0,974
|
|
1 164845173 rs2486259 G A 1560.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.58;MQ0=0;QD=33.21;SB=-581.442;SBQD=-0.851;SBpi=-1.0940;SBpiQual=-1.1536;VQSLOD=7.7203 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1594,132,0
|
|
1 164851692 rs7519643 G A 1184.85 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.627;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.926;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.941;SB=-520.551;SBQD=-3.018;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4322;VQSLOD=5.8908 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1215,0,1059
|
|
1 164878641 rs1936079 T C 1809.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=31.74;SB=-1037.295;SBQD=-0.174;SBpi=-0.0662;SBpiQual=-0.0858;VQSLOD=7.2695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1842,147,0
|
|
1 164884440 rs11576196 G A 1444.65 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.419;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=2.697;HRun=3;HaplotypeScore=2.7702;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=15.53;ReadPosRankSum=-1.745;SB=-771.966;SBQD=2.181;SBpi=0.1414;SBpiQual=0.1167;VQSLOD=3.6050 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:1475,0,1168
|
|
1 164900996 rs6669258 A T 902.30 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.607;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.336;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=12.03;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-389.853;SBQD=-4.300;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3583;VQSLOD=5.5459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:75:99:932,0,1341
|
|
1 164904314 rs35034905 C T 152.73 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.339;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=4.561;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.385;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-148.744;SBQD=-3.250;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.1105;VQSLOD=3.3087 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:25:99:183,0,269
|
|
1 164916919 rs4607862 G A 1214.22 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.646;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=3.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-637.648;SBQD=-3.661;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.0496;VQSLOD=5.1993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:1244,0,1520
|
|
1 164924432 rs7541590 G A 2345.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=33.50;SB=-1040.047;SBQD=-1.194;SBpi=-0.9562;SBpiQual=-1.1181;VQSLOD=8.6048 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2378,184,0
|
|
1 164934702 rs1361842 A T 1996.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=1.9053;MQ=58.93;MQ0=0;QD=30.71;SB=-1128.530;SBQD=-0.874;SBpi=-0.1861;SBpiQual=-0.2845;VQSLOD=3.0967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2029,163,0
|
|
1 164952166 rs10918101 T C 2715.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=36.20;SB=-1385.463;SBQD=0.189;SBpi=-0.1732;SBpiQual=-0.1732;VQSLOD=8.1242 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2748,217,0
|
|
1 164967360 rs4656423 G A 1088.61 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.852;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=10.164;HRun=0;HaplotypeScore=3.4890;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-512.757;SBQD=7.411;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.4143;VQSLOD=3.8854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1119,0,1032
|
|
1 164999377 rs56405864 C G 1154.54 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.205;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-583.871;SBQD=-1.946;SBpi=0.1543;SBpiQual=-0.1782;VQSLOD=5.8867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1185,0,1183
|
|
1 165008784 rs10737504 C A 3488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.35;MQ0=0;QD=37.51;SB=-1520.093;SBQD=-0.189;SBpi=-0.7777;SBpiQual=-0.8534;VQSLOD=7.1796 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3488,271,0
|
|
1 165024907 rs9633325 G C 1108.01 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.851;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.537;HRun=0;HaplotypeScore=1.6647;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.393;QD=14.97;ReadPosRankSum=-0.628;SB=-542.874;SBQD=4.878;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2823;VQSLOD=2.5324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1138,0,1102
|
|
1 165046004 rs7538054 A C 825.67 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.907;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-462.233;SBQD=-0.948;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1490;VQSLOD=5.1243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:856,0,1142
|
|
1 165046565 rs7518168 C T 1025.75 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.242;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.705;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-589.371;SBQD=-0.952;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3052;VQSLOD=6.0085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:1056,0,1177
|
|
1 165058536 rs6661738 A C 240.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.986;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=19.341;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.07;MQ0=7;MQRankSum=-1.685;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.128;SB=24.065;SBQD=-12.039;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.5622;VQSLOD=1.1159 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:270,0,641
|
|
1 165061105 rs55796224 A G 631.25 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.837;HRun=0;HaplotypeScore=6.3478;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.621;SB=-229.556;SBQD=9.633;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.5277;VQSLOD=2.6081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:61:99:661,0,1208
|
|
1 165080468 rs4657396 G A 869.05 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.429;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=13.58;ReadPosRankSum=-2.442;SB=-335.038;SBQD=4.077;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.7586;VQSLOD=3.9514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:899,0,1008
|
|
1 165081595 rs6686369 A G 768.95 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-407.175;SBQD=-4.208;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3675;VQSLOD=6.5504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:799,0,889
|
|
1 165088006 rs10800071 C T 766.22 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.206;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.059;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.435;SB=-259.071;SBQD=-0.733;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.9875;VQSLOD=5.4751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:796,0,870
|
|
1 165088116 rs1494408 G A 729.09 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=7.906;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-448.800;SBQD=-5.437;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.0576;VQSLOD=5.4772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:759,0,731
|
|
1 165107989 rs1494403 A G 2696.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.80;MQ0=0;QD=28.38;SB=-1548.102;SBQD=1.963;SBpi=0.3591;SBpiQual=0.5605;VQSLOD=6.8679 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2729,217,0
|
|
1 165110281 rs4657402 G C 1506.93 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5678;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.923;SB=-565.063;SBQD=-1.011;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.0171;VQSLOD=4.9002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:1537,0,1088
|
|
1 165113588 rs56174377 C T 1224.37 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=4.046;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-577.350;SBQD=3.840;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.4042;VQSLOD=5.7274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1254,0,1437
|
|
1 165120633 rs4657406 G T 958.49 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.992;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-299.239;SBQD=3.849;SBpi=-1.3056;SBpiQual=-1.3666;VQSLOD=5.4067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:988,0,934
|
|
1 165125142 rs6664712 A G 872.81 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.440;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.024;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=11.64;ReadPosRankSum=-1.795;SB=-429.038;SBQD=1.708;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.1642;VQSLOD=4.6388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:75:99:903,0,1267
|
|
1 165126437 rs12124569 T C 821.56 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.850;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.383;HRun=0;HaplotypeScore=1.8640;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-354.383;SBQD=3.918;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6908;VQSLOD=5.0824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:81:99:852,0,1555
|
|
1 165129731 rs2201385 G A 2098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.34;MQ0=1;QD=29.99;SB=-983.193;SBQD=-3.930;SBpi=0.7171;SBpiQual=0.8792;VQSLOD=6.7138 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:2132,169,0
|
|
1 165138918 rs6666076 T C 631.76 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.375;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=2.871;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.610;SB=-512.358;SBQD=-1.296;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1388;VQSLOD=3.2111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:662,0,550
|
|
1 165140955 rs10753664 C T 1187.06 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.602;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.933;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.399;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.482;SB=-618.594;SBQD=2.973;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.2094;VQSLOD=5.9118 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1217,0,1414
|
|
1 165149989 rs1419195 T A 921.94 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.853;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.744;HRun=5;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.048;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.538;SB=-492.368;SBQD=3.910;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.8198;VQSLOD=4.1203 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:952,0,1456
|
|
1 165151722 rs10737507 C T 2716.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1269.134;SBQD=1.021;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.4746;VQSLOD=8.2056 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2749,217,0
|
|
1 165156772 rs1158950 A G 1832.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=34.58;SB=-735.970;SBQD=-1.361;SBpi=-0.8928;SBpiQual=-1.0034;VQSLOD=7.7943 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1866,150,0
|
|
1 165173549 rs4657411 G A 751.66 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.727;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.188;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-359.169;SBQD=3.975;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3772;VQSLOD=6.1668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:782,0,993
|
|
1 165175564 rs10494435 T C 1179.81 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.566;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.123;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=16.39;ReadPosRankSum=0.213;SB=-593.962;SBQD=-2.699;SBpi=0.8023;SBpiQual=0.7356;VQSLOD=5.4808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,47:72:99:1210,0,774
|
|
1 165191702 rs16841280 T C 1272.41 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=15.33;ReadPosRankSum=0.469;SB=-577.954;SBQD=-1.082;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4786;VQSLOD=6.5090 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1302,0,1230
|
|
1 165204754 rs4657417 T G 344.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.24;SB=-0.007;SBQD=-35.046;SBpi=-2.5495;SBpiQual=-2.6473;VQSLOD=2.7633 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:30.10:377,30,0
|
|
1 165211113 rs4656439 G A 2635.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.15;SB=-1314.968;SBQD=0.867;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3824;VQSLOD=8.3301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2669,211,0
|
|
1 165214162 rs1394438 G A 564.80 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.418;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.305;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-351.063;SBQD=2.230;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.0693;VQSLOD=4.3405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:595,0,996
|
|
1 165214305 rs1394437 A G 1200.38 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.295;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=14.019;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=14.64;ReadPosRankSum=-1.680;SB=-277.310;SBQD=-12.328;SBpi=-1.5076;SBpiQual=-1.8413;VQSLOD=3.1947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1230,0,1210
|
|
1 165232806 rs12411054 A G 754.97 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.328;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.910;HRun=0;HaplotypeScore=1.5518;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-442.821;SBQD=0.307;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.2393;VQSLOD=4.6286 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:785,0,811
|
|
1 165276090 . A G 574.58 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.151;DP=58;Dels=0.00;FS=7.519;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.728;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-335.759;SBQD=2.194;SBpi=0.3922;SBpiQual=-0.0724;VQSLOD=2.4953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:605,0,1006
|
|
1 165278411 . C T 464.60 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DP=49;Dels=0.00;FS=2.561;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=9.48;ReadPosRankSum=2.868;SB=-265.453;SBQD=-5.152;SBpi=0.1043;SBpiQual=-0.2343;VQSLOD=3.2056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:495,0,626
|
|
1 165284302 rs1504698 C T 2110.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=34.03;SB=-1112.538;SBQD=-1.977;SBpi=-0.1270;SBpiQual=-0.2821;VQSLOD=8.3117 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2143,169,0
|
|
1 165295814 rs2055680 G A 2705.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=34.68;SB=-1453.138;SBQD=1.928;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1613;VQSLOD=7.8782 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2738,214,0
|
|
1 165296200 rs1394450 T G 2610.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=31.84;SB=-1456.974;SBQD=1.162;SBpi=0.2209;SBpiQual=0.3304;VQSLOD=8.1733 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2644,208,0
|
|
1 165297925 rs6426908 A T 2227.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.629;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=33.24;ReadPosRankSum=1.112;SB=-1241.216;SBQD=-0.577;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0038;VQSLOD=7.5109 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:2260,178,0
|
|
1 165317732 rs10918148 C T 2437.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=31.65;SB=-1270.056;SBQD=-2.386;SBpi=-0.3989;SBpiQual=-0.6009;VQSLOD=7.8893 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2470,199,0
|
|
1 165321568 rs6426912 T C 1778.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.27;MQ0=0;QD=31.20;SB=-965.711;SBQD=0.257;SBpi=0.3311;SBpiQual=0.3489;VQSLOD=6.3849 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1811,147,0
|
|
1 165356680 rs10918167 C A 735.04 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.654;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.184;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-366.481;SBQD=-2.095;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0558;VQSLOD=5.7283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:765,0,1000
|
|
1 165370475 rs10918169 G C 406.65 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.082;HRun=0;HaplotypeScore=1.6609;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.757;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.117;SB=-335.902;SBQD=4.237;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.1252;VQSLOD=3.5290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:437,0,667
|
|
1 165371631 rs2042658 C T 513.78 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=6.834;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.026;SB=-244.669;SBQD=-5.518;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6523;VQSLOD=4.2233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:544,0,1100
|
|
1 165372404 rs3767333 G A 1299.50 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.839;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.798;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-615.986;SBQD=-2.005;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.5614;VQSLOD=6.0926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1329,0,1320
|
|
1 165372735 rs380518 C T 3703.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1741.413;SBQD=-1.239;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4018;VQSLOD=9.4727 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3703,295,0
|
|
1 165393753 rs3753896 G T 1019.72 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.492;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.807;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.004;SB=-534.633;SBQD=-2.579;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1383;VQSLOD=6.1106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:1050,0,1318
|
|
1 165394861 rs10918179 A C 919.72 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.880;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.763;SB=-360.702;SBQD=1.731;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.9017;VQSLOD=5.4047 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:950,0,1350
|
|
1 165399916 rs463638 A G 1401.95 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.136;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=13.48;ReadPosRankSum=1.567;SB=-567.033;SBQD=-2.718;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.9149;VQSLOD=5.1988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:104:99:1432,0,1667
|
|
1 165423353 rs878179 G A 2818.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.16;SB=-1161.513;SBQD=-1.830;SBpi=-1.2474;SBpiQual=-1.4568;VQSLOD=6.8592 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2852,223,0
|
|
1 165424170 rs7536331 G A 559.79 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=20.337;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-343.976;SBQD=12.794;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1690;VQSLOD=4.7957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:590,0,612
|
|
1 165425536 rs7519141 A G 1075.67 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=7.899;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=14.74;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-509.243;SBQD=-6.209;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6264;VQSLOD=4.8572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:1106,0,1030
|
|
1 165439282 . G A 968.29 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.608;DP=68;Dels=0.00;FS=8.711;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-336.647;SBQD=-9.223;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.2073;VQSLOD=3.8948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:998,0,954
|
|
1 165480131 rs2553637 A C 1101.63 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.923;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-543.234;SBQD=3.044;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.2930;VQSLOD=4.9986 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1132,0,1200
|
|
1 165487774 rs285464 G C 987.57 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.721;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=15.247;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=1;MQRankSum=-0.964;QD=14.74;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-341.905;SBQD=-12.968;SBpi=-1.2978;SBpiQual=-1.4178;VQSLOD=3.5190 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1018,0,543
|
|
1 165489708 rs10800108 C T 1060.65 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.827;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.452;SB=-537.827;SBQD=1.676;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0669;VQSLOD=6.4852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1091,0,1021
|
|
1 165490785 rs285470 G A 2516.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.11;SB=-1173.546;SBQD=1.446;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.9531;VQSLOD=7.1953 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2549,199,0
|
|
1 165504393 rs10918209 C T 1125.14 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.668;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.723;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-653.208;SBQD=-3.107;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.4308;VQSLOD=5.4090 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:1155,0,1150
|
|
1 165511809 rs184039 G A 1962.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=25.16;SB=-1447.446;SBQD=1.144;SBpi=-0.2265;SBpiQual=-0.1151;VQSLOD=3.2800 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1995,156,0
|
|
1 165511848 rs285450 T C 2660.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=29.24;SB=-1452.946;SBQD=5.702;SBpi=-0.0524;SBpiQual=0.4526;VQSLOD=6.8300 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2693,232,0
|
|
1 165520176 rs192586 C T 2658.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6960;MQ=59.22;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1420.580;SBQD=0.177;SBpi=0.1132;SBpiQual=0.1286;VQSLOD=4.8107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2692,211,0
|
|
1 165528364 rs10918211 G A 2638.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.45;MQ0=0;QD=34.27;SB=-1196.790;SBQD=-2.234;SBpi=0.6268;SBpiQual=0.5103;VQSLOD=7.1051 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:2672,220,0
|
|
1 165535721 . G A 1111.16 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.895;DP=84;Dels=0.00;FS=2.952;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.004;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.367;SB=-544.595;SBQD=-2.276;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.5888;VQSLOD=2.0511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1141,0,1324
|
|
1 165559225 rs952375 A G 2595.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.90;SB=-1455.300;SBQD=2.315;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.2790;VQSLOD=7.1938 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2629,211,0
|
|
1 165561970 rs2138351 A C 2815.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.19;SB=-1417.815;SBQD=-0.612;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.3095;VQSLOD=7.1165 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2848,226,0
|
|
1 165572150 rs10800114 G C 2462.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=30.78;SB=-957.619;SBQD=6.274;SBpi=1.0062;SBpiQual=1.4391;VQSLOD=7.0590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2495,214,0
|
|
1 165578315 rs10918220 C T 2607.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.24;SB=-1397.401;SBQD=0.053;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.1425;VQSLOD=8.4483 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2641,205,0
|
|
1 165588128 rs7543817 T A 1975.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.37;MQ0=6;QD=27.43;SB=-1032.005;SBQD=-8.631;SBpi=0.4781;SBpiQual=0.6414;VQSLOD=4.9812 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:2008,168,0
|
|
1 165591966 rs6673278 G C 1023.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.179;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.783;HRun=0;HaplotypeScore=6.2610;MQ=62.14;MQ0=0;MQRankSum=-4.357;QD=18.61;ReadPosRankSum=3.699;SB=-445.345;SBQD=-4.637;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.3800;VQSLOD=-2.1525 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,34:55:90.21:1056,90,0
|
|
1 165601466 rs9333378 G A 867.83 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.186;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.429;HRun=0;HaplotypeScore=1.9945;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.910;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.710;SB=-424.183;SBQD=-4.536;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1723;VQSLOD=5.6034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:898,0,966
|
|
1 165608031 rs6674205 T C 205.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=15.6399;MQ=63.88;MQ0=0;QD=5.15;SB=-178.021;SBQD=19.001;SBpi=0.3162;SBpiQual=1.5144;VQSLOD=-4.0619 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:40:21.04:239,21,0
|
|
1 165613811 rs9333441 C A 1347.80 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.206;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.899;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-479.603;SBQD=1.249;SBpi=-1.0801;SBpiQual=-1.1758;VQSLOD=4.7369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1378,0,943
|
|
1 165617320 rs1878076 A G 952.61 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.622;HRun=0;HaplotypeScore=2.5644;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=11.34;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-418.444;SBQD=-6.638;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.8130;VQSLOD=4.6051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:983,0,1439
|
|
1 165621590 rs7527279 G T 882.47 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.669;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.927;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.490;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.776;SB=-467.785;SBQD=2.716;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1623;VQSLOD=6.0911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:912,0,1110
|
|
1 165629153 . C G 1191.59 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.139;DP=72;Dels=0.00;FS=8.181;HRun=0;HaplotypeScore=1.8216;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.580;SB=-640.122;SBQD=-6.298;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2663;VQSLOD=4.0299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:1222,0,951
|
|
1 165639043 rs12080699 C G 1508.49 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.029;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.032;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-636.565;SBQD=-3.646;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.6555;VQSLOD=5.5616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1538,0,1213
|
|
1 165643119 rs6667088 G A 1013.56 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.444;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.949;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.454;SB=-471.245;SBQD=-1.700;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6442;VQSLOD=5.5438 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:1044,0,1080
|
|
1 165643279 . C T 1090.59 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.975;DP=75;Dels=0.00;FS=1.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=14.54;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-654.893;SBQD=3.109;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0677;VQSLOD=4.3804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1121,0,836
|
|
1 165645370 rs12081903 C A 1407.71 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.309;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.884;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.234;SB=-757.834;SBQD=-2.784;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0045;VQSLOD=5.6959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:1438,0,964
|
|
1 165650954 rs3845537 G A 910.37 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.879;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.097;HRun=3;HaplotypeScore=1.7336;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.574;QD=11.52;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-415.152;SBQD=-4.664;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.3946;VQSLOD=4.1058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:79:99:940,0,1484
|
|
1 165653398 rs10800128 C T 1130.39 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.780;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.907;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=16.38;ReadPosRankSum=-1.859;SB=-528.404;SBQD=-1.976;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4906;VQSLOD=4.4545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1160,0,903
|
|
1 165656232 rs7546322 C T 1278.36 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-655.124;SBQD=-1.799;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2216;VQSLOD=5.1773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1308,0,1257
|
|
1 165657810 rs7519162 T G 1186.15 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.142;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=16.94;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-521.888;SBQD=0.628;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.5957;VQSLOD=5.3137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:1216,0,834
|
|
1 165660973 rs4657466 C T 1250.10 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.430;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=7.190;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=2.173;QD=14.54;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-462.191;SBQD=-6.366;SBpi=-1.0553;SBpiQual=-1.1301;VQSLOD=4.8755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1280,0,1298
|
|
1 165670648 rs3753894 T G 1138.45 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.836;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=12.79;ReadPosRankSum=-1.283;SB=-614.787;SBQD=3.591;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0367;VQSLOD=5.1046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:1168,0,1427
|
|
1 165672367 rs4656460 A C 1980.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7318;MQ=59.31;MQ0=0;QD=29.56;SB=-1072.564;SBQD=-3.157;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.3812;VQSLOD=4.2564 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2014,168,0
|
|
1 165677013 rs10918256 C T 1916.61 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.890;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=18.79;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-852.578;SBQD=-3.297;SBpi=-0.3201;SBpiQual=-0.5487;VQSLOD=5.0473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,61:102:99:1947,0,1018
|
|
1 165685082 rs10800150 A G 798.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.092;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.702;HRun=1;HaplotypeScore=26.6464;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=13.53;ReadPosRankSum=-1.214;SB=-384.044;SBQD=1.738;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.4225;VQSLOD=-13.7922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:828,0,707
|
|
1 165685235 rs12021678 G A 1437.55 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=3.622;HRun=1;HaplotypeScore=1.7866;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=14.09;ReadPosRankSum=0.831;SB=-673.535;SBQD=-2.950;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4861;VQSLOD=5.2711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:1468,0,1723
|
|
1 165687703 rs28475591 C A 813.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.684;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.940;HRun=1;HaplotypeScore=25.8411;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.094;SB=-497.743;SBQD=-0.594;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1042;VQSLOD=-11.9250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:843,0,908
|
|
1 165709330 rs7552679 T C 1538.16 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.76;MQ0=0;QD=23.66;SB=-386.028;SBQD=2.088;SBpi=-2.6667;SBpiQual=-2.3623;VQSLOD=2.0150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1571,144,0
|
|
1 165822891 rs4657481 T C 1007.43 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.307;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-524.912;SBQD=0.225;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2493;VQSLOD=4.5757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:1037,0,1693
|
|
1 165831128 rs10494448 A C 984.14 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=4.937;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.02;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=15.62;ReadPosRankSum=-0.643;SB=-368.470;SBQD=6.756;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.7422;VQSLOD=5.4219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:1014,0,620
|
|
1 165853567 rs55774748 C G 716.21 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.354;HRun=0;HaplotypeScore=2.8066;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.710;SB=-356.929;SBQD=2.006;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.4120;VQSLOD=4.0429 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:746,0,819
|
|
1 165871268 rs529859 C G 2367.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3302;MQ=57.42;MQ0=0;QD=33.35;SB=-1031.272;SBQD=-0.666;SBpi=-0.7714;SBpiQual=-0.8460;VQSLOD=5.9877 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2401,193,0
|
|
1 165871705 rs4656467 G A 823.87 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.448;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=2.360;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-313.116;SBQD=5.322;SBpi=1.0987;SBpiQual=1.1300;VQSLOD=4.1806 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:854,0,683
|
|
1 165885147 rs514163 T C 692.90 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.810;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-348.438;SBQD=-1.793;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2015;VQSLOD=6.1232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:723,0,703
|
|
1 165893736 rs1768900 G A 804.51 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.370;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.199;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.218;SB=-462.568;SBQD=0.809;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2032;VQSLOD=5.7766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:50:99:835,0,305
|
|
1 165896885 rs471326 C G 1426.69 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.789;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.785;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.679;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-626.701;SBQD=-1.325;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7758;VQSLOD=4.8376 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:1457,0,1552
|
|
1 165905584 rs12730991 A C 824.85 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.056;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=12.89;ReadPosRankSum=-0.504;SB=-460.438;SBQD=-3.472;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1443;VQSLOD=6.2059 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:855,0,946
|
|
1 165923341 rs12141692 C T 1172.46 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.111;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8551;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=18.61;ReadPosRankSum=-1.989;SB=-392.132;SBQD=1.492;SBpi=1.0686;SBpiQual=1.2835;VQSLOD=2.0912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:1202,0,709
|
|
1 165950768 rs6426949 A G 2122.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.53;MQ0=0;QD=33.16;SB=-925.155;SBQD=-0.505;SBpi=0.8750;SBpiQual=0.8883;VQSLOD=7.9319 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2155,178,0
|
|
1 165957669 rs7549122 C T 2627.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.50;SB=-1232.064;SBQD=1.467;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4797;VQSLOD=8.2834 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2661,214,0
|
|
1 165972994 rs2349102 A C 1326.38 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.836;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-621.232;SBQD=1.892;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.4424;VQSLOD=5.8545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1356,0,1165
|
|
1 165987630 rs6696253 C A 2116.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.70;SB=-1120.656;SBQD=2.573;SBpi=-0.0640;SBpiQual=0.1186;VQSLOD=8.6330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2150,172,0
|
|
1 165994886 rs6426960 G T 516.61 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.118;HRun=7;HaplotypeScore=1.8893;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.292;SB=-215.961;SBQD=-7.604;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.8352;VQSLOD=1.7707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:547,0,1154
|
|
1 165998608 rs6680282 T G 596.25 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.052;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.919;SB=-292.637;SBQD=1.681;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.5206;VQSLOD=4.0419 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:626,0,801
|
|
1 166003935 rs9427132 T A 731.06 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.140;SB=-323.665;SBQD=1.339;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.9485;VQSLOD=3.3824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:761,0,1490
|
|
1 166028428 rs10800179 G C 525.06 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.930;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=12.616;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-224.889;SBQD=-9.778;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-0.6956;VQSLOD=4.1810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:555,0,847
|
|
1 166028731 rs41269656 G A 1318.75 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=8.107;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=16.69;ReadPosRankSum=-1.243;SB=-747.311;SBQD=-7.742;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.1664;VQSLOD=5.8463 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:1349,0,965
|
|
1 166033592 rs4376716 T C 1704.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=33.42;SB=-614.959;SBQD=9.892;SBpi=0.6301;SBpiQual=1.1848;VQSLOD=7.7470 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1737,147,0
|
|
1 166054646 rs10800183 A C 634.65 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7074;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=12.95;ReadPosRankSum=-1.990;SB=-238.790;SBQD=-3.347;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8574;VQSLOD=4.4102 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:665,0,730
|
|
1 166065061 rs10918344 C T 1119.62 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.549;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.046;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=16.96;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-503.603;SBQD=1.506;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.4669;VQSLOD=5.7230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:66:99:1150,0,705
|
|
1 166071474 rs4514219 A C 1615.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=38.15;MQ0=4;QD=22.13;SB=-727.141;SBQD=8.819;SBpi=0.5267;SBpiQual=0.5823;VQSLOD=3.3297 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1649,138,0
|
|
1 166072982 . T C 852.22 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;DP=82;Dels=0.00;FS=3.055;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-424.190;SBQD=-3.716;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2327;VQSLOD=3.7712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:82:99:882,0,1596
|
|
1 166073159 . A G 989.88 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;DP=80;Dels=0.00;FS=1.842;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.324;SB=-458.194;SBQD=-1.759;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4866;VQSLOD=4.4072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:1020,0,1399
|
|
1 166074134 . G A 541.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.328;DP=86;Dels=0.00;FS=7.622;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=39.18;MQ0=1;MQRankSum=-3.683;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-170.537;SBQD=4.760;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4669;VQSLOD=-0.3782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:572,0,1163
|
|
1 166075143 rs10918357 C T 257.57 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.073;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=9.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=19.98;MQ0=14;MQRankSum=0.395;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-6.371;SBQD=-6.775;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.3814;VQSLOD=1.9161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:288,0,470
|
|
1 166082113 rs4339838 G A 1262.51 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.532;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.662;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=14.35;ReadPosRankSum=1.224;SB=-620.259;SBQD=4.787;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3242;VQSLOD=6.1954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:1292,0,1350
|
|
1 166083327 rs10753709 C T 991.04 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.951;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.843;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=12.24;ReadPosRankSum=1.544;SB=-637.333;SBQD=3.213;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0122;VQSLOD=4.6398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1021,0,974
|
|
1 166089823 rs6684321 G C 2719.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7845;MQ=59.34;MQ0=0;QD=35.32;SB=-1307.844;SBQD=-1.051;SBpi=0.3989;SBpiQual=0.3213;VQSLOD=3.3807 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2753,223,0
|
|
1 166091549 rs891789 A G 1304.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.52;MQ0=0;QD=27.18;SB=-587.080;SBQD=3.103;SBpi=1.0104;SBpiQual=1.1858;VQSLOD=4.9266 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1338,105,0
|
|
1 166099921 rs731264 T C 987.30 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.786;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.030;HRun=0;HaplotypeScore=1.9782;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-635.467;SBQD=2.371;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1091;VQSLOD=5.1279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1017,0,850
|
|
1 166117868 rs7548172 C T 958.71 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.426;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=10.928;HRun=0;HaplotypeScore=1.8628;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.334;SB=-374.602;SBQD=-12.133;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.7280;VQSLOD=5.2326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:67:99:989,0,785
|
|
1 166124599 rs1451599 G A 3110.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.27;MQ0=0;QD=34.95;SB=-1630.308;SBQD=-0.353;SBpi=0.1590;SBpiQual=0.1420;VQSLOD=7.2971 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3143,247,0
|
|
1 166181779 rs7550376 A T 925.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.19;MQ0=19;QD=15.95;SB=-175.777;SBQD=19.881;SBpi=0.1313;SBpiQual=0.0744;VQSLOD=5.5312 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:84.16:958,84,0
|
|
1 166185037 rs6659816 A C 2344.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=29.68;SB=-1182.268;SBQD=7.286;SBpi=-0.8438;SBpiQual=-0.2692;VQSLOD=6.9011 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2378,211,0
|
|
1 166197234 . C T 1080.04 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.591;SB=-597.766;SBQD=-0.336;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.1672;VQSLOD=3.4728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1110,0,1377
|
|
1 166201553 rs7512759 C T 2783.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.54;MQ0=0;QD=33.95;SB=-1343.734;SBQD=1.246;SBpi=0.4417;SBpiQual=0.5203;VQSLOD=6.2311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2817,226,0
|
|
1 166216237 . G T 116.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=10.73;MQ0=42;MQRankSum=0.673;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.614;SB=-0.007;SBQD=-7.983;SBpi=-2.3452;SBpiQual=-2.5265;VQSLOD=-1.6274 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,22:58:15.02:150,15,0
|
|
1 166241903 rs2599512 T A 828.85 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.311;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=13.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=15.35;ReadPosRankSum=-1.774;SB=-163.850;SBQD=12.793;SBpi=1.5119;SBpiQual=1.7390;VQSLOD=3.3955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:859,0,806
|
|
1 166242702 rs16856811 T A 685.21 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.443;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.443;SB=-469.072;SBQD=-0.043;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2923;VQSLOD=3.9403 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:715,0,904
|
|
1 166269252 rs57608475 G A 2740.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=33.42;SB=-1077.486;SBQD=-3.099;SBpi=-1.2147;SBpiQual=-1.5240;VQSLOD=7.5122 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2773,220,0
|
|
1 166281184 rs56740140 A T 2918.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.01;MQ0=1;QD=32.43;SB=-1463.483;SBQD=7.264;SBpi=-0.1590;SBpiQual=-0.1490;VQSLOD=7.7311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:2952,238,0
|
|
1 166289471 rs2310785 C T 3050.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=37.20;SB=-1380.778;SBQD=0.823;SBpi=0.5522;SBpiQual=0.6466;VQSLOD=8.1009 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3083,241,0
|
|
1 166292142 rs4657541 T C 2843.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=33.45;SB=-1572.988;SBQD=-1.464;SBpi=0.0542;SBpiQual=-0.0170;VQSLOD=8.7398 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2876,226,0
|
|
1 166310201 rs4290037 C G 1265.13 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.903;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=13.90;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-652.373;SBQD=-1.034;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.2740;VQSLOD=5.9332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:1295,0,1531
|
|
1 166314276 rs7556232 A G 961.63 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.891;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.110;SB=-508.372;SBQD=-0.818;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.2421;VQSLOD=5.6596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:992,0,1254
|
|
1 166336517 rs4367770 G C 887.59 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-409.111;SBQD=1.274;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4782;VQSLOD=5.3753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:918,0,1144
|
|
1 166351396 rs8179327 C T 928.23 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.839;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=14.97;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-378.060;SBQD=-1.519;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.8705;VQSLOD=5.5890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:958,0,797
|
|
1 166383812 . A G 205.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=44.75;MQ0=1;MQRankSum=-5.394;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.954;SB=-193.052;SBQD=-0.313;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3709;VQSLOD=-3.4486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:235,0,1197
|
|
1 166389338 rs1389779 G A 1215.57 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.286;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.563;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=16.65;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-593.615;SBQD=2.982;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.1641;VQSLOD=6.0728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:1246,0,972
|
|
1 166395033 rs6698300 G A 1460.43 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.769;HRun=1;HaplotypeScore=2.5219;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=17.18;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-746.030;SBQD=1.657;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2556;VQSLOD=3.5527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:1490,0,1122
|
|
1 166418350 rs12043123 T C 975.69 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.614;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.332;SB=-468.131;SBQD=3.115;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.5687;VQSLOD=5.4423 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1006,0,970
|
|
1 166459285 . G A 698.45 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.346;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.413;SB=-368.727;SBQD=-0.611;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.3624;VQSLOD=5.8538 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:728,0,867
|
|
1 166460696 rs6658665 A G 2069.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.49;SB=-1022.976;SBQD=-1.293;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.3276;VQSLOD=8.4499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2102,169,0
|
|
1 166462779 rs7416717 C T 2244.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.54;MQ0=0;QD=34.52;SB=-898.177;SBQD=-0.089;SBpi=-1.1783;SBpiQual=-1.2405;VQSLOD=8.0820 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2277,181,0
|
|
1 166464858 rs4656501 G A 1207.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.76;MQ0=7;MQRankSum=0.619;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.609;SB=-0.007;SBQD=35.456;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.6839;VQSLOD=4.9778 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1241,102,0
|
|
1 166468315 rs2311319 A C 2749.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;QD=33.12;SB=-1292.758;SBQD=3.013;SBpi=0.6037;SBpiQual=0.8567;VQSLOD=8.2282 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2782,220,0
|
|
1 166469442 rs4601561 T C 1592.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.48;MQ0=13;QD=19.42;SB=-414.619;SBQD=-23.081;SBpi=-0.3313;SBpiQual=-0.3115;VQSLOD=4.7751 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1625,147,0
|
|
1 166472936 rs11800840 C A 2830.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.73;MQ0=0;QD=34.10;SB=-1039.843;SBQD=1.792;SBpi=-1.5916;SBpiQual=-1.7134;VQSLOD=7.6189 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2863,229,0
|
|
1 166476671 rs4656503 G A 1491.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.97;MQ0=0;QD=34.68;SB=-40.012;SBQD=-27.270;SBpi=-3.1262;SBpiQual=-3.3821;VQSLOD=3.4246 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1524,117,0
|
|
1 166518526 rs10918517 C T 1436.89 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.505;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=13.310;HRun=0;HaplotypeScore=4.5498;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=14.97;ReadPosRankSum=1.630;SB=-553.751;SBQD=-6.098;SBpi=-1.5232;SBpiQual=-1.5904;VQSLOD=2.0856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,56:96:99:1467,0,776
|
|
1 166519193 rs12132352 T G 1248.53 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=7.038;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.464;QD=14.86;ReadPosRankSum=1.025;SB=-503.404;SBQD=5.379;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6480;VQSLOD=4.7178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1279,0,1440
|
|
1 166530578 rs7535888 C A 3041.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.78;SB=-1156.629;SBQD=1.097;SBpi=1.3558;SBpiQual=1.5267;VQSLOD=7.8237 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3074,238,0
|
|
1 166531954 . G A 1110.42 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.831;DP=93;Dels=0.00;FS=1.732;HRun=3;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-478.127;SBQD=-2.123;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.8416;VQSLOD=2.6601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:1140,0,1715
|
|
1 166550045 rs2028559 C A 1225.05 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.701;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=15.71;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-569.157;SBQD=0.555;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.8641;VQSLOD=4.6445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:1255,0,937
|
|
1 166560125 rs497142 T G 1015.81 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.947;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=13.73;ReadPosRankSum=1.898;SB=-485.239;SBQD=-0.561;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.3124;VQSLOD=6.1202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1046,0,1150
|
|
1 166569330 rs513860 T A 2292.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1226.671;SBQD=0.427;SBpi=0.0611;SBpiQual=0.0574;VQSLOD=7.5367 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2325,184,0
|
|
1 166573550 rs6427020 C A 3146.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=36.58;SB=-1524.671;SBQD=-0.507;SBpi=0.4313;SBpiQual=0.4252;VQSLOD=9.1839 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3179,247,0
|
|
1 166582189 rs503960 T A 3046.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=36.27;SB=-1577.420;SBQD=-1.846;SBpi=0.2182;SBpiQual=0.1205;VQSLOD=8.8026 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3079,238,0
|
|
1 166584955 rs12037240 T C 1072.24 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.167;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.383;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-564.885;SBQD=4.239;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2028;VQSLOD=5.7510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1102,0,1259
|
|
1 166587399 rs537720 A C 2113.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8279;MQ=59.66;MQ0=0;QD=31.08;SB=-1069.238;SBQD=0.714;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.6827;VQSLOD=5.2656 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2146,177,0
|
|
1 166597106 rs482850 C A 2573.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.25;SB=-1298.842;SBQD=-0.841;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.2416;VQSLOD=8.4780 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2607,202,0
|
|
1 166621608 . C T 460.72 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=66;Dels=0.00;FS=2.958;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.70;MQ0=21;MQRankSum=0.739;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.672;SB=-149.796;SBQD=-7.952;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1057;VQSLOD=2.8152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:491,0,681
|
|
1 166625250 rs12022856 T C 1573.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.65;MQ0=0;QD=23.84;SB=-631.251;SBQD=14.802;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2226;VQSLOD=4.3620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1606,141,0
|
|
1 166628002 rs566841 T C 1633.74 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7998;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=17.38;ReadPosRankSum=1.694;SB=-827.637;SBQD=-0.728;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.3165;VQSLOD=5.0698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,54:94:99:1664,0,1245
|
|
1 166633033 rs531398 A G 2812.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1420.170;SBQD=-0.275;SBpi=-0.3889;SBpiQual=-0.4421;VQSLOD=8.5917 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2846,223,0
|
|
1 166634709 rs563457 G A 935.57 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.779;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.987;SB=-480.054;SBQD=0.757;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1102;VQSLOD=5.2161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:966,0,1155
|
|
1 166659330 rs472970 T C 991.07 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.862;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.784;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.270;SB=-383.000;SBQD=3.202;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.7856;VQSLOD=5.2056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,38:98:99:1021,0,1894
|
|
1 166664571 rs12139980 G A 914.06 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.937;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.480;SB=-562.235;SBQD=-0.055;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1787;VQSLOD=5.9128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:944,0,743
|
|
1 166676540 . T C 34.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;DP=116;Dels=0.00;FS=22.247;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=33.89;MQ0=7;MQRankSum=-2.158;QD=0.29;ReadPosRankSum=2.309;SB=117.278;SBQD=-1.935;SBpi=-1.6036;SBpiQual=-1.7346;VQSLOD=-2.9662 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,14:116:64.07:64,0,2801
|
|
1 166683480 rs12067821 G T 696.56 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.013;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-62.072;SBQD=-10.709;SBpi=-2.1573;SBpiQual=-2.3144;VQSLOD=3.5406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:727,0,702
|
|
1 166683557 rs4656509 A C 501.73 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=10.715;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-165.752;SBQD=10.991;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.1286;VQSLOD=5.5173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:532,0,663
|
|
1 166686059 rs1360891 C T 1282.54 PASS AB=0.29;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.126;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.909;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=22.11;ReadPosRankSum=0.735;SB=-629.028;SBQD=3.879;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2518;VQSLOD=3.7604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,41:58:99:1313,0,469
|
|
1 166686817 rs543408 C A 2162.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=33.79;SB=-958.408;SBQD=-0.275;SBpi=-0.8750;SBpiQual=-0.9687;VQSLOD=8.0597 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2195,169,0
|
|
1 166687586 rs515741 A G 1186.93 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.840;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.475;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-632.376;SBQD=2.935;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.1146;VQSLOD=4.3107 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1217,0,1203
|
|
1 166699138 . C G 247.14 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.207;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-273.787;SBQD=3.649;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.3451;VQSLOD=3.5966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:277,0,232
|
|
1 166704115 . G A 864.94 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.974;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.262;SB=-444.148;SBQD=1.450;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2721;VQSLOD=3.8302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:895,0,723
|
|
1 166707977 rs501599 T A 765.72 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=2.8995;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.280;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.146;SB=-379.125;SBQD=-0.104;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5492;VQSLOD=2.0105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:796,0,1431
|
|
1 166709742 rs520343 C T 1619.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.21;SB=-188.724;SBQD=11.554;SBpi=2.5065;SBpiQual=2.8246;VQSLOD=5.2935 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1653,129,0
|
|
1 166732190 rs529308 T C 2971.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=35.37;SB=-1563.414;SBQD=-1.219;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1116;VQSLOD=7.7972 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3004,235,0
|
|
1 166735166 rs840509 T C 3348.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.50;MQ0=0;QD=36.01;SB=-1618.674;SBQD=-0.615;SBpi=0.4666;SBpiQual=0.4378;VQSLOD=7.3261 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3348,265,0
|
|
1 166735472 rs840505 G A 3599.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6517;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.36;SB=-1758.965;SBQD=-3.588;SBpi=0.0503;SBpiQual=-0.1814;VQSLOD=7.3230 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:3563,286,0
|
|
1 166739990 rs569129 C T 2049.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=32.03;SB=-1194.695;SBQD=0.621;SBpi=-0.1250;SBpiQual=-0.1025;VQSLOD=7.8253 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2083,163,0
|
|
1 166742949 rs476989 T C 2103.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.4721;MQ=54.56;MQ0=0;QD=33.93;SB=-702.820;SBQD=1.851;SBpi=1.3970;SBpiQual=1.4848;VQSLOD=3.7260 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2136,178,0
|
|
1 166750211 rs1071396 T A 2704.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.28;MQ0=0;QD=35.59;SB=-1192.408;SBQD=-2.744;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.7646;VQSLOD=8.1716 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2738,217,0
|
|
1 166756198 rs858790 C T 3039.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9981;MQ=59.23;MQ0=0;QD=36.18;SB=-1548.935;SBQD=-0.217;SBpi=-0.2182;SBpiQual=-0.2392;VQSLOD=6.4994 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3072,241,0
|
|
1 166770097 rs1102522 G A 2414.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.78;MQ0=3;QD=31.35;SB=-1210.856;SBQD=5.592;SBpi=-0.5128;SBpiQual=-0.5473;VQSLOD=7.2828 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2447,205,0
|
|
1 166773459 rs858816 A G 3180.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1715.242;SBQD=0.378;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0359;VQSLOD=8.1752 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3214,250,0
|
|
1 166777148 rs6667673 A G 2894.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=59.78;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1140.648;SBQD=4.205;SBpi=1.0783;SBpiQual=1.4383;VQSLOD=7.5100 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2928,235,0
|
|
1 166777651 rs6670494 A C 2236.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.38;SB=-1155.576;SBQD=6.397;SBpi=-0.3054;SBpiQual=0.1921;VQSLOD=8.3687 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2269,196,0
|
|
1 166780155 rs2312230 T C 1938.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.677;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.457;QD=30.77;ReadPosRankSum=1.677;SB=-826.121;SBQD=4.326;SBpi=-1.0160;SBpiQual=-0.6617;VQSLOD=6.5760 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1972,174,0
|
|
1 166783658 rs2312232 T C 2869.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.42;SB=-1257.604;SBQD=-2.618;SBpi=-0.6111;SBpiQual=-0.8038;VQSLOD=8.7584 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2902,235,0
|
|
1 166786094 rs7523684 T C 1295.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=25.91;SB=-642.694;SBQD=7.330;SBpi=0.5657;SBpiQual=1.0175;VQSLOD=3.7855 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1328,111,0
|
|
1 166791715 rs7513545 C T 2668.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.66;SB=-1298.779;SBQD=-1.466;SBpi=-0.5128;SBpiQual=-0.6662;VQSLOD=6.6641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2702,208,0
|
|
1 166794217 rs2312236 T C 2342.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.64;MQ0=0;QD=36.61;SB=-765.681;SBQD=-1.272;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.6480;VQSLOD=7.3302 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2376,187,0
|
|
1 166800612 rs12041357 A C 2352.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=30.55;SB=-1073.221;SBQD=7.070;SBpi=0.3989;SBpiQual=0.9612;VQSLOD=6.9799 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2385,205,0
|
|
1 166828307 rs4657607 C A 3098.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=34.81;SB=-1490.088;SBQD=-0.313;SBpi=0.6890;SBpiQual=0.7185;VQSLOD=8.1493 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3131,241,0
|
|
1 166834223 rs61408535 C T 3606.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.06;SB=-1890.142;SBQD=1.267;SBpi=-0.2000;SBpiQual=-0.0891;VQSLOD=7.5277 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3606,280,0
|
|
1 166849544 rs4657611 A C 1636.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=29.76;ReadPosRankSum=0.283;SB=-679.184;SBQD=1.163;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.2578;VQSLOD=5.7914 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1670,132,0
|
|
1 166964740 rs11802666 G C 846.83 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.014;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.381;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-483.703;SBQD=5.743;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1675;VQSLOD=5.3136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:877,0,882
|
|
1 166979611 rs6681571 G A 1430.67 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.082;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=14.75;ReadPosRankSum=1.418;SB=-608.314;SBQD=-0.082;SBpi=-0.7857;SBpiQual=-0.7681;VQSLOD=5.2187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,49:97:99:1461,0,1441
|
|
1 166994085 rs2312488 G A 1472.68 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.559;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.819;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=17.74;ReadPosRankSum=1.219;SB=-712.981;SBQD=1.991;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3101;VQSLOD=4.3774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1503,0,1015
|
|
1 167008807 . C A 1054.12 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.192;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-516.766;SBQD=2.192;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.4205;VQSLOD=4.6984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:1084,0,1026
|
|
1 167016898 rs17433906 G A 1527.64 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.002;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.815;HRun=0;HaplotypeScore=1.7675;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=16.79;ReadPosRankSum=-1.403;SB=-741.861;SBQD=-1.291;SBpi=0.4808;SBpiQual=0.5411;VQSLOD=5.4372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:91:99:1558,0,1021
|
|
1 167022262 rs11736 T G 604.48 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.248;SB=-376.551;SBQD=0.649;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3880;VQSLOD=4.3914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:634,0,707
|
|
1 167047148 . T C 1496.67 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.131;DP=89;Dels=0.00;FS=8.808;HRun=0;HaplotypeScore=1.9799;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=16.82;ReadPosRankSum=0.095;SB=-583.979;SBQD=5.438;SBpi=0.9899;SBpiQual=0.8830;VQSLOD=3.4357 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:1527,0,1257
|
|
1 167057766 rs3820389 G A 325.47 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.872;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=3.108;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.891;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.534;SB=-208.509;SBQD=2.006;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.0730;VQSLOD=4.4485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:355,0,541
|
|
1 167076493 rs6427062 G A 961.09 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.229;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.913;HRun=0;HaplotypeScore=3.6191;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.280;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.768;SB=-405.839;SBQD=-1.922;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.6885;VQSLOD=4.2155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:991,0,1088
|
|
1 167076696 rs6701030 T A 969.33 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.090;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=5.075;HRun=0;HaplotypeScore=2.5714;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.849;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.952;SB=-425.732;SBQD=-3.541;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.6302;VQSLOD=4.6672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:69:99:999,0,1132
|
|
1 167077032 rs6701345 T A 706.01 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.022;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.034;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=11.39;ReadPosRankSum=2.348;SB=-249.401;SBQD=-3.023;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.9037;VQSLOD=3.8277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:736,0,1244
|
|
1 167084813 rs4657630 C T 1065.50 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.505;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.667;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.287;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-384.413;SBQD=5.155;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9430;VQSLOD=5.7426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1095,0,1076
|
|
1 167086038 rs7520487 T G 808.01 PASS AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.803;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.834;HRun=0;HaplotypeScore=1.5780;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=16.83;ReadPosRankSum=1.757;SB=-356.814;SBQD=-1.918;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-1.0127;VQSLOD=4.8572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,33:48:99:838,0,355
|
|
1 167101159 rs4657634 A G 2048.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.76;MQ0=0;QD=30.13;SB=-822.853;SBQD=-4.937;SBpi=-0.9701;SBpiQual=-1.3394;VQSLOD=6.7145 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2082,183,0
|
|
1 167112946 rs6666515 A T 3098.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=57.94;MQ0=0;QD=36.03;SB=-1419.284;SBQD=0.089;SBpi=-0.6470;SBpiQual=-0.7368;VQSLOD=7.7215 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3132,247,0
|
|
1 167125459 rs968337 G A 1085.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.19;SB=-39.321;SBQD=27.430;SBpi=2.5560;SBpiQual=2.7537;VQSLOD=5.8401 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:87.28:1119,87,0
|
|
1 167130381 rs1813426 C T 2389.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.37;MQ0=0;QD=29.50;SB=-1202.613;SBQD=-4.788;SBpi=-0.6111;SBpiQual=-0.9662;VQSLOD=5.8197 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2422,193,0
|
|
1 167131195 rs1032605 C G 1896.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=25.29;SB=-1101.485;SBQD=-6.258;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.3481;VQSLOD=4.3382 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:1930,174,0
|
|
1 167132882 rs1027493 C T 1466.28 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.665;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=17.67;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-678.592;SBQD=0.294;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6652;VQSLOD=5.6863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:1496,0,1035
|
|
1 167147459 rs4657645 T G 2338.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;QD=30.77;SB=-1079.839;SBQD=-2.799;SBpi=-0.9177;SBpiQual=-1.1417;VQSLOD=6.1137 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2372,187,0
|
|
1 167154547 rs7549036 C T 2204.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=32.90;SB=-1159.808;SBQD=2.545;SBpi=0.0611;SBpiQual=0.2139;VQSLOD=8.3440 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2237,183,0
|
|
1 167156419 rs12032130 C T 2954.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1216.557;SBQD=-1.594;SBpi=-0.9705;SBpiQual=-1.1299;VQSLOD=7.8722 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:2988,238,0
|
|
1 167164887 rs3931265 A G 762.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.0463;MQ=37.10;MQ0=0;QD=18.60;SB=-411.390;SBQD=9.950;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.9823;VQSLOD=3.8838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:72.18:796,72,0
|
|
1 167166944 rs6695424 A G 2472.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=33.42;SB=-1071.840;SBQD=-0.980;SBpi=-0.9300;SBpiQual=-1.0228;VQSLOD=7.3489 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2506,205,0
|
|
1 167169355 rs12029260 A T 973.77 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.814;HRun=6;HaplotypeScore=3.4415;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.110;SB=-477.062;SBQD=-2.908;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.6453;VQSLOD=1.5372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1004,0,1308
|
|
1 167192904 rs1497862 G A 3117.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1730.868;SBQD=1.592;SBpi=-0.1572;SBpiQual=-0.0178;VQSLOD=8.6321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3150,244,0
|
|
1 167195068 rs10800293 T A 1903.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=30.21;SB=-998.806;SBQD=-4.232;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.4248;VQSLOD=7.0163 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1936,159,0
|
|
1 167214869 rs6427080 C T 1584.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.62;MQ0=0;QD=31.68;SB=-840.704;SBQD=0.417;SBpi=-0.4243;SBpiQual=-0.4291;VQSLOD=7.3348 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1617,129,0
|
|
1 167227190 rs7537807 T A 2083.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7608;MQ=59.43;MQ0=0;QD=25.72;SB=-1005.726;SBQD=-4.512;SBpi=-1.2778;SBpiQual=-1.6300;VQSLOD=3.4172 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2116,184,0
|
|
1 167251016 rs266825 G A 3485.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=37.88;SB=-1343.227;SBQD=1.049;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.3190;VQSLOD=8.9140 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3485,271,0
|
|
1 167265292 rs17348720 A T 1226.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=11.194;HRun=0;HaplotypeScore=4.4806;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.833;QD=14.60;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-626.091;SBQD=-9.125;SBpi=-0.6429;SBpiQual=-0.7831;VQSLOD=1.3697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:1257,0,909
|
|
1 167347417 rs7539298 C T 2052.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.71;MQ0=0;QD=34.79;SB=-836.114;SBQD=0.948;SBpi=-0.9764;SBpiQual=-0.9384;VQSLOD=7.4930 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2085,166,0
|
|
1 167350323 rs10800308 T G 2782.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=29.60;SB=-1607.609;SBQD=-2.514;SBpi=0.4126;SBpiQual=0.2288;VQSLOD=6.9651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2815,235,0
|
|
1 167370988 rs2273964 C A 2921.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=35.20;SB=-1170.203;SBQD=0.730;SBpi=1.1525;SBpiQual=1.2492;VQSLOD=8.1515 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2955,235,0
|
|
1 167384457 rs6427087 C G 3559.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=37.87;SB=-1663.777;SBQD=-1.012;SBpi=-0.3094;SBpiQual=-0.3769;VQSLOD=8.3521 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3559,280,0
|
|
1 167392558 rs2995097 A G 2234.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39;SB=-1118.849;SBQD=-6.649;SBpi=0.5417;SBpiQual=-0.0141;VQSLOD=8.5496 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2268,198,0
|
|
1 167400074 rs1052231 T A 1239.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.31;SB=-867.929;SBQD=-3.359;SBpi=-0.2100;SBpiQual=-0.3970;VQSLOD=3.9889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1273,99,0
|
|
1 167406227 rs9660922 G A 974 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.893;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=8.046;HRun=4;HaplotypeScore=3.7061;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=13.72;ReadPosRankSum=-1.030;SB=-459.225;SBQD=7.091;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.4164;VQSLOD=2.8342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1004,0,1108
|
|
1 167406297 rs9287081 C T 1241.27 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.764;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.862;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.962;SB=-553.367;SBQD=-5.015;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.6905;VQSLOD=5.8979 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:1271,0,934
|
|
1 167416006 . G A 604.90 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.211;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ=45.07;MQ0=4;MQRankSum=-1.564;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-223.600;SBQD=-2.097;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.0716;VQSLOD=2.9967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:635,0,434
|
|
1 167437263 rs7523351 G C 840.99 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-382.468;SBQD=-2.916;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.2874;VQSLOD=5.8541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:871,0,1277
|
|
1 167482236 rs2982482 T C 1548.99 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.188;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=18.311;HRun=0;HaplotypeScore=1.9298;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=15.81;ReadPosRankSum=0.676;SB=-561.620;SBQD=8.716;SBpi=1.0502;SBpiQual=1.0150;VQSLOD=4.8795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:1579,0,1463
|
|
1 167482292 rs2988275 A G 1381.50 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.198;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=18.42;ReadPosRankSum=1.541;SB=-733.573;SBQD=-3.904;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0642;VQSLOD=5.1442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:1411,0,933
|
|
1 167491775 rs6698995 C T 985.32 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.153;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.861;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.713;SB=-489.879;SBQD=3.198;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2028;VQSLOD=5.3554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:1015,0,1298
|
|
1 167499158 rs1737498 G A 991.31 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.052;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9140;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.884;SB=-468.850;SBQD=-0.081;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2387;VQSLOD=5.1367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:1021,0,1012
|
|
1 167501304 rs858494 A T 1093.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=49.10;MQ0=0;QD=17.93;SB=-912.848;SBQD=0.241;SBpi=-0.6455;SBpiQual=-0.5983;VQSLOD=4.2400 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1127,126,0
|
|
1 167512580 rs4657667 G T 2472.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.63;MQ0=0;QD=32.11;SB=-1293.381;SBQD=0.664;SBpi=0.3989;SBpiQual=0.4467;VQSLOD=7.2478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2506,199,0
|
|
1 167521765 rs10918712 G A 1940.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.18;MQ0=0;QD=32.34;SB=-1088.656;SBQD=1.375;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.2494;VQSLOD=6.8607 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1974,153,0
|
|
1 167530054 . A C 89.34 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.91;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.393;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=25.9274;MQ=52.08;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=1.33;ReadPosRankSum=-2.734;SB=5.340;SBQD=0.014;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4057;VQSLOD=-21.8984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,6:67:99:119,0,369
|
|
1 167553616 rs1235347 A G 2123.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8773;MQ=59.24;MQ0=0;QD=31.70;SB=-1088.887;SBQD=0.788;SBpi=0.3054;SBpiQual=0.3960;VQSLOD=5.5425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2157,177,0
|
|
1 167560390 rs7545037 G A 745.18 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.443;HRun=0;HaplotypeScore=4.2332;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.463;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.619;SB=-361.915;SBQD=3.369;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2944;VQSLOD=1.9507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:775,0,810
|
|
1 167582767 . G A 61.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DP=24;Dels=0.00;FS=1.957;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=30.30;MQ0=1;MQRankSum=-0.604;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-70.250;SBQD=-6.913;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5173;VQSLOD=-0.7097 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:91.64:92,0,275
|
|
1 167587599 rs6666573 T C 1966.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;QD=30.25;SB=-1141.198;SBQD=-0.314;SBpi=-0.1861;SBpiQual=-0.2281;VQSLOD=7.1717 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1999,162,0
|
|
1 167588855 rs1237229 A G 2426.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=33.70;SB=-1036.142;SBQD=-1.276;SBpi=-0.9428;SBpiQual=-1.0633;VQSLOD=8.2779 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2460,196,0
|
|
1 167597473 rs1890131 C T 1657.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7005;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.28;SB=-906.578;SBQD=-1.935;SBpi=-0.2060;SBpiQual=-0.3417;VQSLOD=5.9825 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1691,135,0
|
|
1 167603808 rs1229394 T G 2456.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9112;MQ=58.49;MQ0=0;QD=34.60;SB=-1238.884;SBQD=-1.896;SBpi=-0.1780;SBpiQual=-0.2594;VQSLOD=4.5169 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2490,199,0
|
|
1 167619982 rs761076 C T 1197.66 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.678;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.051;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=17.36;ReadPosRankSum=0.321;SB=-500.016;SBQD=2.632;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.6728;VQSLOD=4.5555 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1228,0,758
|
|
1 167640839 rs1229356 T C 1153.71 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=11.611;HRun=1;HaplotypeScore=2.8930;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-482.539;SBQD=9.094;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.8316;VQSLOD=3.4374 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1184,0,1034
|
|
1 167647208 . C A 1157.07 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.608;DP=75;Dels=0.00;FS=6.112;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-372.163;SBQD=5.995;SBpi=1.0686;SBpiQual=1.1721;VQSLOD=2.6195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:1187,0,1076
|
|
1 167664047 rs17539040 C T 1257.87 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.558;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=16.911;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.955;QD=16.34;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-399.125;SBQD=-10.915;SBpi=-1.1713;SBpiQual=-1.3112;VQSLOD=4.5021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1288,0,1064
|
|
1 167668090 rs6692900 G T 927.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.11;MQ0=1;QD=23.78;SB=-606.636;SBQD=-2.331;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3031;VQSLOD=3.1282 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:81.23:960,81,0
|
|
1 167675649 rs1953694 T C 656.97 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.065;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-337.902;SBQD=-0.010;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.4209;VQSLOD=5.3072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:687,0,1301
|
|
1 167691842 rs7548729 A G 588.55 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.147;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.940;SB=-119.686;SBQD=-4.200;SBpi=1.6330;SBpiQual=1.5919;VQSLOD=2.9003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:619,0,843
|
|
1 167723683 rs1476071 C G 687.24 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.470;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.020;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=10.57;ReadPosRankSum=-1.696;SB=-361.122;SBQD=2.723;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.0754;VQSLOD=3.7999 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:717,0,1018
|
|
1 167755617 . T C 1117.64 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.296;DP=76;Dels=0.00;FS=6.188;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.764;SB=-572.733;SBQD=3.870;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1947;VQSLOD=4.0946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1148,0,1138
|
|
1 167758651 rs10125 C T 918.46 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.679;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.013;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=15.84;ReadPosRankSum=-0.795;SB=-422.107;SBQD=-2.805;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4801;VQSLOD=4.9775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:948,0,874
|
|
1 167760165 rs12071420 T G 833.52 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.067;HRun=1;HaplotypeScore=1.8154;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.584;SB=-443.392;SBQD=-3.759;SBpi=0.0870;SBpiQual=-0.1177;VQSLOD=5.4532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:864,0,1160
|
|
1 167769538 rs10918771 G A 780 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.113;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=7.912;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=17.73;ReadPosRankSum=-1.158;SB=6.007;SBQD=20.414;SBpi=2.5495;SBpiQual=2.7824;VQSLOD=1.0682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:810,0,535
|
|
1 167784398 rs6686252 A C 627.87 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.858;HRun=4;HaplotypeScore=1.8300;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=10.83;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-413.773;SBQD=-6.501;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8907;VQSLOD=3.7703 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,37:58:99:658,0,524
|
|
1 167815167 rs2269678 T C 1396.16 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.873;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=8.878;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=16.05;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-569.736;SBQD=7.037;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.7489;VQSLOD=4.8230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1426,0,1248
|
|
1 167817921 rs203796 C A 994.51 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.018;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=15.79;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-357.129;SBQD=1.058;SBpi=1.2330;SBpiQual=1.1773;VQSLOD=3.5969 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:1025,0,805
|
|
1 167820277 rs61806973 C T 1010.34 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.065;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.034;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=16.84;ReadPosRankSum=0.342;SB=-536.662;SBQD=-1.250;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0960;VQSLOD=5.7993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:1040,0,760
|
|
1 167821605 rs203799 G C 908.08 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.799;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.558;HRun=1;HaplotypeScore=2.2401;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.123;SB=-501.289;SBQD=-4.914;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.0524;VQSLOD=4.3858 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:938,0,639
|
|
1 167823512 rs3738236 T C 3005.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.50;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1341.260;SBQD=-1.828;SBpi=0.7135;SBpiQual=0.6487;VQSLOD=6.7313 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3039,241,0
|
|
1 167839578 . G A 1214.81 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DP=77;Dels=0.00;FS=0.900;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=1.261;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-437.826;SBQD=-2.814;SBpi=-1.0151;SBpiQual=-1.0776;VQSLOD=4.9679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1245,0,1119
|
|
1 167845866 rs203832 T C 1407.20 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.104;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.67;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.335;SB=-644.213;SBQD=-4.002;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.5425;VQSLOD=5.9983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:1437,0,1207
|
|
1 167846628 rs203835 A G 1032.19 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.980;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.7331;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.474;QD=15.41;ReadPosRankSum=0.196;SB=-457.439;SBQD=-3.853;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.7173;VQSLOD=1.7549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1062,0,897
|
|
1 167876616 rs203777 C T 1576.49 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.801;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=2.629;HRun=0;HaplotypeScore=4.5624;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=2.487;QD=16.09;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-816.365;SBQD=1.413;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0261;VQSLOD=3.2802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:1606,0,1447
|
|
1 167915099 rs203792 T C 2641.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=31.82;SB=-1075.345;SBQD=-3.569;SBpi=-1.1525;SBpiQual=-1.4555;VQSLOD=6.9273 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2674,220,0
|
|
1 167923726 rs12728655 T G 1115.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.199;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.288;HRun=1;HaplotypeScore=2.7932;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-147.310;SBQD=6.192;SBpi=2.2711;SBpiQual=2.3896;VQSLOD=1.3466 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1145,0,1004
|
|
1 168032053 . G A 1014.81 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.904;DP=85;Dels=0.00;FS=0.835;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.165;SB=-526.968;SBQD=-2.369;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1235;VQSLOD=3.8289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:1045,0,1607
|
|
1 168072249 rs6659713 A C 788.86 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.245;SB=-351.179;SBQD=0.455;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5637;VQSLOD=5.8808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:819,0,1200
|
|
1 168112846 rs6667551 T A 452.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.197;HRun=12;HaplotypeScore=2.5713;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.156;SB=-499.174;SBQD=-3.650;SBpi=-0.1667;SBpiQual=0.0741;VQSLOD=-4.1140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:482,0,1204
|
|
1 168155053 rs7516220 G A 527.17 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.404;HRun=0;HaplotypeScore=2.8206;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.375;SB=-266.202;SBQD=3.346;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.7478;VQSLOD=4.1614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:557,0,358
|
|
1 168181466 rs6698296 C T 1270.68 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=1.038;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=18.69;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-498.703;SBQD=-0.842;SBpi=0.9045;SBpiQual=1.0061;VQSLOD=3.6737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,44:68:99:1301,0,670
|
|
1 168214098 rs10737541 T G 857.54 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.930;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.067;HRun=0;HaplotypeScore=4.9267;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=12.99;ReadPosRankSum=2.968;SB=-417.497;SBQD=3.765;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2543;VQSLOD=2.4992 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:888,0,463
|
|
1 168240499 rs1543311 C T 694.75 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=7.513;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.62;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.964;SB=-271.242;SBQD=-7.272;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6365;VQSLOD=5.4550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:725,0,874
|
|
1 168257468 rs2300580 C T 1236.49 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.544;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=6.735;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.305;SB=-556.004;SBQD=5.441;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4112;VQSLOD=5.6145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:94:99:1266,0,1577
|
|
1 168262338 rs56064910 C T 638.12 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.682;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=7.790;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-228.091;SBQD=-7.916;SBpi=-0.9806;SBpiQual=-1.0560;VQSLOD=3.6823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:668,0,731
|
|
1 168268070 . T C 117.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.71;MQ0=2;MQRankSum=0.747;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.747;SB=18.832;SBQD=24.996;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.5652;VQSLOD=2.9808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:12.04:150,12,0
|
|
1 168299056 rs10800354 C T 1454.91 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.692;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.611;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=22.04;ReadPosRankSum=0.077;SB=-509.099;SBQD=6.542;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.0663;VQSLOD=3.8340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,44:66:99:1485,0,450
|
|
1 168308120 . G A 846.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.399;DP=78;Dels=0.00;FS=7.263;HRun=2;HaplotypeScore=5.6329;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-153.159;SBQD=10.884;SBpi=1.8278;SBpiQual=2.0817;VQSLOD=-0.3336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:876,0,1106
|
|
1 168319307 . A G 33.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=11.13;MQ0=55;MQRankSum=-0.532;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.608;SB=2.989;SBQD=0.915;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.1626;VQSLOD=-0.7080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,25:75:63.58:64,0,196
|
|
1 168326791 . G A 54.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9947;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.685;SB=-40.884;SBQD=5.109;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.3525;VQSLOD=-0.3629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:84.73:85,0,372
|
|
1 168359644 rs12028369 A C 1242.91 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.037;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=4.025;HRun=0;HaplotypeScore=1.9968;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-491.585;SBQD=4.361;SBpi=0.9045;SBpiQual=1.0175;VQSLOD=4.6005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:1273,0,1583
|
|
1 168360688 rs12039775 C G 980.67 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.812;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=8.781;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=15.09;ReadPosRankSum=1.660;SB=-310.934;SBQD=8.395;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.1494;VQSLOD=5.0674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:1011,0,997
|
|
1 168389917 rs12691501 G A 1229.58 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.049;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.217;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-501.331;SBQD=6.138;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7247;VQSLOD=5.1824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:1260,0,731
|
|
1 168417630 rs858102 G A 1018.27 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.209;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.613;HRun=0;HaplotypeScore=4.5711;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=14.14;ReadPosRankSum=-1.348;SB=-449.501;SBQD=4.552;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.4160;VQSLOD=3.2938 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:1048,0,994
|
|
1 168427095 . T C 192.19 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=53.7167;MQ=45.82;MQ0=1;MQRankSum=2.536;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.811;SB=-84.666;SBQD=2.121;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1080;VQSLOD=-79.0619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,9:43:99:222,0,332
|
|
1 168449346 rs10918900 T C 1676.30 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.059;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=2.751;HRun=1;HaplotypeScore=1.6918;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=17.65;ReadPosRankSum=0.670;SB=-796.505;SBQD=-3.052;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.5548;VQSLOD=4.8413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,56:95:99:1706,0,1185
|
|
1 168500750 rs1040508 C T 1047.99 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.106;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=7.480;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=13.27;ReadPosRankSum=0.399;SB=-366.172;SBQD=-6.251;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.0746;VQSLOD=5.4173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:1078,0,1321
|
|
1 168515680 rs11799626 C T 1144.16 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.693;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=9.876;HRun=0;HaplotypeScore=3.8500;MQ=57.13;MQ0=3;MQRankSum=-0.305;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.475;SB=-466.965;SBQD=9.744;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.1376;VQSLOD=4.2653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1174,0,953
|
|
1 168519170 . A G 565.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.750;DP=83;Dels=0.00;FS=9.305;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.92;MQ0=0;MQRankSum=-6.081;QD=6.81;ReadPosRankSum=3.420;SB=-288.252;SBQD=6.586;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.8441;VQSLOD=-6.1208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:83:99:595,0,1437
|
|
1 168544439 . A G 1081.79 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.018;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7968;MQ=32.73;MQ0=4;MQRankSum=0.316;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.524;SB=-484.668;SBQD=2.220;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2664;VQSLOD=3.2625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1112,0,1156
|
|
1 168545821 rs61079363 G A 808.09 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.216;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=32.64;MQ0=3;MQRankSum=-2.775;QD=11.88;ReadPosRankSum=1.663;SB=-423.484;SBQD=1.308;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0244;VQSLOD=2.4233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:838,0,708
|
|
1 168548574 rs4656157 C G 1899.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.7053;MQ=39.53;MQ0=14;QD=25.67;SB=-828.777;SBQD=-6.688;SBpi=-0.6621;SBpiQual=-0.5262;VQSLOD=3.0076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:74:99:1932,162,0
|
|
1 168562661 rs7412535 G A 3931.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=37.45;SB=-1806.557;SBQD=0.908;SBpi=0.5367;SBpiQual=0.6589;VQSLOD=8.4036 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3932,304,0
|
|
1 168591404 rs7514487 C A 2650.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=36.81;SB=-1131.130;SBQD=-0.432;SBpi=0.8250;SBpiQual=0.8253;VQSLOD=8.1230 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2683,211,0
|
|
1 168612609 rs1124020 A T 531.18 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-354.470;SBQD=1.136;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0890;VQSLOD=4.6787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:561,0,1056
|
|
1 168630255 rs4565689 C G 818.29 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=5.494;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.77;MQ0=15;MQRankSum=0.515;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.710;SB=-369.855;SBQD=2.413;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.5243;VQSLOD=4.9026 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:848,0,797
|
|
1 168662352 rs646441 G A 3309.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.61;SB=-1565.581;SBQD=0.485;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.4050;VQSLOD=7.3911 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3310,259,0
|
|
1 168675971 rs530022 G A 1617.54 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.655;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=20.051;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=16.02;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-655.366;SBQD=-10.183;SBpi=-0.7555;SBpiQual=-0.8824;VQSLOD=5.8832 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:101:99:1648,0,1458
|
|
1 168695047 rs11804204 G A 1279.82 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.336;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.063;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=16.62;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-649.965;SBQD=5.359;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.3107;VQSLOD=5.6454 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:1310,0,855
|
|
1 168696354 rs761519 T A 724.55 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-313.488;SBQD=1.329;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.8780;VQSLOD=4.8445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:51:99:755,0,700
|
|
1 168717739 rs6701299 T C 1543.21 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.764;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=11.670;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.236;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-757.063;SBQD=7.175;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.4736;VQSLOD=5.4853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:99:99:1573,0,1405
|
|
1 168721577 rs10918972 T C 788.02 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.867;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.969;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-376.984;SBQD=-0.820;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.3078;VQSLOD=5.0434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:76:99:818,0,1216
|
|
1 168727833 rs2244961 G A 2995.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.91;SB=-1121.692;SBQD=0.719;SBpi=1.1813;SBpiQual=1.2958;VQSLOD=7.0282 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3028,235,0
|
|
1 168735429 rs2786762 G A 1056.14 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=9.919;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=14.47;ReadPosRankSum=3.227;SB=-460.923;SBQD=8.769;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.5652;VQSLOD=5.1598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1086,0,449
|
|
1 168741537 rs2786766 A T 1288.96 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.305;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=17.42;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-630.865;SBQD=-0.512;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2079;VQSLOD=5.8496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1319,0,1019
|
|
1 168743952 rs2223479 A G 840.07 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.20;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=15.27;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-398.043;SBQD=-0.027;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.4565;VQSLOD=6.0622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:870,0,781
|
|
1 168745308 rs6674527 T C 1309.03 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.451;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=17.45;ReadPosRankSum=0.755;SB=-636.408;SBQD=-1.882;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.2394;VQSLOD=4.6355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1339,0,1030
|
|
1 168745427 rs6686124 A G 1368.98 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.282;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=16.69;ReadPosRankSum=0.345;SB=-660.701;SBQD=-6.077;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2714;VQSLOD=5.5426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1399,0,1150
|
|
1 168755960 rs10918985 C A 2332.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1205.133;SBQD=1.262;SBpi=-0.2462;SBpiQual=-0.2254;VQSLOD=7.9680 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2365,184,0
|
|
1 168758121 rs10800382 A G 2638.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=33.82;SB=-1403.067;SBQD=1.845;SBpi=-0.3397;SBpiQual=-0.2099;VQSLOD=8.8931 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2671,211,0
|
|
1 168815720 rs6680820 G C 1876.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.81;SB=-1059.020;SBQD=-0.069;SBpi=0.0651;SBpiQual=0.0953;VQSLOD=7.2219 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1910,153,0
|
|
1 168818057 rs7541176 C T 1407.80 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.368;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.403;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=18.05;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-724.629;SBQD=3.801;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.1991;VQSLOD=4.8943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:1438,0,899
|
|
1 168854680 . G A 813.17 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.597;DP=56;Dels=0.00;FS=2.323;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=44.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.565;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-409.702;SBQD=2.020;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.0984;VQSLOD=3.7155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:843,0,768
|
|
1 168878508 rs7527859 C A 794.11 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.011;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.913;HRun=2;HaplotypeScore=3.5256;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.211;SB=-336.849;SBQD=-1.096;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6531;VQSLOD=2.1194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,29:80:99:824,0,1673
|
|
1 168888946 rs973608 C T 1590.39 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.187;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=10.474;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.981;SB=-353.417;SBQD=-8.846;SBpi=-1.8385;SBpiQual=-2.0988;VQSLOD=4.8994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:1620,0,1601
|
|
1 168927110 rs12732434 A T 1019.72 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.523;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.246;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-527.954;SBQD=2.544;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.0448;VQSLOD=4.3180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1050,0,1186
|
|
1 168936645 rs12071697 C T 986.78 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.789;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.027;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-464.424;SBQD=-1.909;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.5364;VQSLOD=4.7033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1017,0,873
|
|
1 168948279 rs35230776 C T 752.88 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=13.510;HRun=0;HaplotypeScore=1.5572;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-368.424;SBQD=9.395;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.5287;VQSLOD=5.3524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:783,0,845
|
|
1 168956900 . C T 975.95 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.141;DP=77;Dels=0.00;FS=3.064;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.588;SB=-468.216;SBQD=-4.003;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4914;VQSLOD=2.9358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1006,0,1207
|
|
1 168973960 rs2984597 C A 2376.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.95;SB=-1136.119;SBQD=-0.307;SBpi=-0.7171;SBpiQual=-0.7776;VQSLOD=8.1449 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2410,187,0
|
|
1 168976865 rs12723883 G T 1121.37 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.075;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=11.343;HRun=0;HaplotypeScore=1.8455;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.590;SB=-403.349;SBQD=8.255;SBpi=1.1713;SBpiQual=1.2549;VQSLOD=4.7035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1151,0,870
|
|
1 168981560 rs4656639 T G 820.99 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.116;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=1;HaplotypeScore=37.8344;MQ=63.45;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=17.10;ReadPosRankSum=1.578;SB=-662.866;SBQD=-8.029;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.5070;VQSLOD=-29.6822 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:48:84.08:854,84,0
|
|
1 169005547 rs61445257 T C 1062.98 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.961;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=12.746;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-292.162;SBQD=12.254;SBpi=1.2010;SBpiQual=1.5570;VQSLOD=3.9831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1093,0,884
|
|
1 169023865 rs61803273 C T 1269.10 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.763;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=2.818;HRun=2;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=14.59;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-681.919;SBQD=1.830;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.1881;VQSLOD=4.8381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:1299,0,1223
|
|
1 169053925 rs1040506 G A 1095.03 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.141;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.014;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.271;SB=-549.411;SBQD=2.991;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0334;VQSLOD=5.7714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:1125,0,1356
|
|
1 169067740 rs1922924 C T 1160.53 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=2.799;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=12.61;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-579.697;SBQD=2.567;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.5695;VQSLOD=4.8734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1191,0,1305
|
|
1 169079004 rs2900950 A T 833.06 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=1;HaplotypeScore=6.7699;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.079;SB=-411.473;SBQD=3.168;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4972;VQSLOD=2.5150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:863,0,904
|
|
1 169082373 rs1200140 A G 867.32 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.910;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6545;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-508.596;SBQD=-3.344;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.5052;VQSLOD=3.8258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:897,0,1144
|
|
1 169084106 rs1200143 C G 893.31 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.089;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-2.617;QD=12.95;ReadPosRankSum=1.438;SB=-478.329;SBQD=1.256;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1644;VQSLOD=3.1414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:923,0,1053
|
|
1 169093101 rs1200154 G A 406.75 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.992;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.309;HRun=0;HaplotypeScore=1.8268;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-142.748;SBQD=4.725;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.7556;VQSLOD=4.1974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:437,0,709
|
|
1 169107331 rs55740189 C T 705.86 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.722;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-197.163;SBQD=-5.640;SBpi=-1.5119;SBpiQual=-1.5667;VQSLOD=3.1824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:736,0,811
|
|
1 169194640 rs6701686 T C 837.64 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.309;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.989;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.539;QD=10.88;ReadPosRankSum=1.168;SB=-306.766;SBQD=-2.703;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-1.1699;VQSLOD=3.7417 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:868,0,1398
|
|
1 169247957 rs7521338 G T 916.75 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.525;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.460;HRun=2;HaplotypeScore=0.9973;MQ=46.50;MQ0=1;MQRankSum=0.984;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.089;SB=-469.647;SBQD=4.095;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2212;VQSLOD=5.4848 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:947,0,882
|
|
1 169270744 rs1589113 A G 818.15 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.766;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.139;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.249;SB=-444.831;SBQD=0.022;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.7854;VQSLOD=4.5901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:848,0,1077
|
|
1 169308714 rs12046139 C A 1026.46 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.702;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.867;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-506.973;SBQD=-1.747;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0877;VQSLOD=4.5516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:1056,0,1488
|
|
1 169331241 rs12029566 C T 959.30 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.424;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-477.701;SBQD=0.033;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3270;VQSLOD=4.3739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:989,0,892
|
|
1 169331802 rs2176473 A G 1137.81 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.455;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.803;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.376;SB=-576.771;SBQD=-4.743;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.4651;VQSLOD=5.7226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1168,0,1135
|
|
1 169338326 rs12023892 G A 1094.07 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.093;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=3.870;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.157;SB=-603.023;SBQD=-2.877;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2739;VQSLOD=5.2925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:97:99:1124,0,1843
|
|
1 169341261 rs3766096 T C 1248.44 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=16.65;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-582.974;SBQD=1.419;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4270;VQSLOD=4.7706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1278,0,1073
|
|
1 169350726 rs6669901 T C 1093.21 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.175;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.732;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.304;SB=-557.156;SBQD=0.988;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.1396;VQSLOD=4.3984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:1123,0,1550
|
|
1 169359654 rs6669741 C T 986.29 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.936;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.599;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-635.242;SBQD=0.196;SBpi=-0.3086;SBpiQual=0.0597;VQSLOD=2.8816 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1016,0,982
|
|
1 169473503 rs10919178 T C 976.22 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.597;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.900;HRun=0;HaplotypeScore=3.3853;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.924;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.800;SB=-345.814;SBQD=2.518;SBpi=1.2978;SBpiQual=1.3247;VQSLOD=3.2996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:1006,0,1220
|
|
1 169501056 rs6701330 T C 2792.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.06;SB=-1403.753;SBQD=-1.021;SBpi=0.4417;SBpiQual=0.3852;VQSLOD=5.6558 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2826,223,0
|
|
1 169503616 rs1121789 A C 683.29 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.222;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.355;SB=-386.969;SBQD=1.821;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2093;VQSLOD=5.0272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:713,0,914
|
|
1 169512913 rs9332600 C T 1307.42 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.764;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=3.876;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=13.91;ReadPosRankSum=-1.084;SB=-628.229;SBQD=-3.070;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.1658;VQSLOD=6.0047 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:94:99:1337,0,1685
|
|
1 169514006 rs1018827 A G 2336.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.91;SB=-1158.175;SBQD=-4.621;SBpi=0.0593;SBpiQual=-0.3073;VQSLOD=8.4980 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2370,208,0
|
|
1 169520592 rs2420377 G A 1123.91 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.359;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.319;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.233;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.472;SB=-606.815;SBQD=-4.222;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0445;VQSLOD=4.0687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1154,0,1164
|
|
1 169580290 rs2235302 C T 1083.46 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.653;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=8.095;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-438.596;SBQD=7.573;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.8811;VQSLOD=5.5322 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1113,0,952
|
|
1 169580463 rs3917734 G A 1014.44 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.209;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.918;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=2.250;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-475.108;SBQD=-3.969;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7306;VQSLOD=5.1841 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:1044,0,1269
|
|
1 169591373 rs3917683 T C 1310.40 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.650;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=1.588;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-696.166;SBQD=-1.343;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.1895;VQSLOD=5.4547 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:105:99:1340,0,1881
|
|
1 169601956 . C T 1135.48 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.196;SB=-560.896;SBQD=-0.417;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3749;VQSLOD=3.3468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1165,0,766
|
|
1 169615767 rs17589728 C A 1418 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.451;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.786;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.563;SB=-747.351;SBQD=-2.160;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.1899;VQSLOD=5.8035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:1448,0,1426
|
|
1 169631463 . C T 906.13 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.290;DP=73;Dels=0.00;FS=0.927;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.17;MQ0=1;MQRankSum=1.335;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.777;SB=-647.863;SBQD=0.444;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1218;VQSLOD=4.0512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:936,0,719
|
|
1 169637363 rs56390476 G T 597.11 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.211;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.454;HRun=0;HaplotypeScore=3.2582;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.653;SB=-388.298;SBQD=2.568;SBpi=0.0962;SBpiQual=-0.0600;VQSLOD=4.4274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:627,0,581
|
|
1 169638398 rs12086410 T C 657.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.840;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.511;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=42.75;MQ0=1;MQRankSum=-5.549;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.521;SB=-439.902;SBQD=-4.113;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=-1.7251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:688,0,720
|
|
1 169646164 rs6678930 G C 944.79 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.483;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.788;SB=-402.034;SBQD=-2.177;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.6261;VQSLOD=5.6142 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:975,0,1107
|
|
1 169651044 rs7531806 G A 1263.54 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.324;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.164;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.260;SB=-527.646;SBQD=3.145;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.7683;VQSLOD=6.3129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1294,0,1008
|
|
1 169896419 rs495092 C A 3000.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.98;SB=-1370.348;SBQD=-0.857;SBpi=-0.5063;SBpiQual=-0.6094;VQSLOD=8.0595 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3034,232,0
|
|
1 169897984 rs676020 G A 2057.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.75;SB=-763.061;SBQD=1.465;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.2122;VQSLOD=8.1285 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2091,163,0
|
|
1 169910517 rs612548 T C 1569.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.77;SB=-854.095;SBQD=5.818;SBpi=-0.2100;SBpiQual=0.1949;VQSLOD=6.0405 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1602,138,0
|
|
1 169949397 rs607707 T C 2730.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=31.39;SB=-1431.098;SBQD=4.997;SBpi=-0.4825;SBpiQual=0.0143;VQSLOD=7.5729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2764,241,0
|
|
1 169960419 rs557475 G T 2565.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.1390;MQ=59.26;MQ0=0;QD=32.48;SB=-1216.448;SBQD=-0.530;SBpi=0.7313;SBpiQual=0.7056;VQSLOD=3.6703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2599,211,0
|
|
1 169966826 rs661516 C T 2766.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=34.58;SB=-1227.493;SBQD=-0.130;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-1.0012;VQSLOD=8.1459 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:2799,217,0
|
|
1 169970836 rs629421 A C 3061.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=32.56;SB=-1693.472;SBQD=-0.441;SBpi=-0.1031;SBpiQual=-0.1806;VQSLOD=8.5762 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3094,247,0
|
|
1 169976363 rs2474708 C T 1307.75 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.607;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.363;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=18.42;ReadPosRankSum=0.006;SB=-685.771;SBQD=-1.474;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.3801;VQSLOD=4.0910 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,47:71:99:1338,0,687
|
|
1 169983847 . T G 1418.81 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.142;DP=77;Dels=0.00;FS=6.119;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.590;SB=-654.841;SBQD=5.574;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.4029;VQSLOD=4.2097 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,47:77:99:1449,0,841
|
|
1 170015266 rs2065950 G C 900.72 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=17.950;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.055;SB=-307.674;SBQD=10.506;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9152;VQSLOD=3.7609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:931,0,1100
|
|
1 170085589 rs573112 G A 2163.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ=59.66;MQ0=0;QD=31.81;SB=-1031.358;SBQD=-5.646;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.5394;VQSLOD=6.3604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2196,177,0
|
|
1 170107586 rs6704499 A G 1037.76 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.852;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-480.913;SBQD=-1.717;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3714;VQSLOD=4.3822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1068,0,1342
|
|
1 170120831 rs535709 C T 1274.96 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.562;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=8.321;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-310.987;SBQD=8.252;SBpi=1.5811;SBpiQual=1.7574;VQSLOD=5.1637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1305,0,1087
|
|
1 170125349 rs471155 C T 666.50 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.970;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.487;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.128;SB=-402.441;SBQD=-5.872;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3675;VQSLOD=5.0778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:696,0,1067
|
|
1 170128903 rs10800501 T C 945.03 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.561;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.809;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.75;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=10.50;ReadPosRankSum=-1.589;SB=-407.991;SBQD=0.069;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.5321;VQSLOD=5.2554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:90:99:975,0,1634
|
|
1 170135510 rs576572 T C 943.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.15;MQ0=1;QD=23.02;SB=-365.896;SBQD=1.382;SBpi=1.4230;SBpiQual=1.5696;VQSLOD=3.1135 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:87.24:977,87,0
|
|
1 170135765 rs6669514 T C 722.89 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=8.537;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=2.595;QD=13.39;ReadPosRankSum=1.609;SB=-153.829;SBQD=12.433;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.5441;VQSLOD=2.0438 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:753,0,693
|
|
1 170142847 rs824670 A G 1243.29 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.285;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=2.750;HRun=0;HaplotypeScore=6.2934;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=13.66;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-579.247;SBQD=-1.079;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.7417;VQSLOD=2.7627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:1273,0,1247
|
|
1 170159864 rs10800506 A G 1312.02 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.770;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.458;QD=16.40;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-630.591;SBQD=-4.573;SBpi=0.1443;SBpiQual=-0.2901;VQSLOD=5.3130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:80:99:1342,0,993
|
|
1 170162470 rs534412 G A 2885.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.47;SB=-1456.132;SBQD=-0.043;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.1800;VQSLOD=6.2047 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2919,223,0
|
|
1 170167111 rs12048441 C G 583.38 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.620;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-330.140;SBQD=-2.651;SBpi=0.0962;SBpiQual=-0.1446;VQSLOD=4.7287 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:71:99:613,0,1421
|
|
1 170168182 rs7518785 C T 1216.07 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.570;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.138;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=16.21;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-539.447;SBQD=-5.186;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4934;VQSLOD=5.9144 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1246,0,976
|
|
1 170191793 rs10737552 G A 2843.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.55;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1489.764;SBQD=1.768;SBpi=-0.3842;SBpiQual=-0.2516;VQSLOD=6.9996 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2877,226,0
|
|
1 170201466 rs1155501 A G 2912.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1341.355;SBQD=1.184;SBpi=0.5522;SBpiQual=0.6784;VQSLOD=8.6876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2946,238,0
|
|
1 170202563 rs2225588 C A 2668.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.06;SB=-1165.056;SBQD=-0.057;SBpi=0.8137;SBpiQual=0.8564;VQSLOD=8.6528 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2701,211,0
|
|
1 170216976 rs2990648 G A 2598.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.6809;MQ=59.71;MQ0=0;QD=32.48;SB=-1466.193;SBQD=-1.110;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.1819;VQSLOD=4.1678 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2631,205,0
|
|
1 170243444 rs2990634 C T 2927.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=36.15;SB=-1477.987;SBQD=-1.507;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.3376;VQSLOD=9.0518 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2961,232,0
|
|
1 170308387 rs2104912 T G 2431.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6647;MQ=59.33;MQ0=0;QD=35.24;SB=-986.872;SBQD=0.882;SBpi=1.0233;SBpiQual=1.1236;VQSLOD=6.6535 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2465,196,0
|
|
1 170329083 rs57533064 T C 3176.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=36.93;SB=-1323.845;SBQD=-0.366;SBpi=-0.8627;SBpiQual=-0.9411;VQSLOD=8.0617 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3209,253,0
|
|
1 170332437 rs4523570 G C 2618.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=31.17;SB=-908.655;SBQD=8.254;SBpi=1.2002;SBpiQual=1.7601;VQSLOD=6.6565 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2651,226,0
|
|
1 170335130 rs11800702 G A 1559.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.00;MQ0=0;QD=32.49;SB=-775.482;SBQD=1.321;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.3372;VQSLOD=7.7403 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1593,132,0
|
|
1 170336118 rs3119910 G T 1347.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;QD=32.87;SB=-287.867;SBQD=-8.916;SBpi=-1.7960;SBpiQual=-2.1657;VQSLOD=6.2231 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1380,114,0
|
|
1 170365623 rs7554931 C T 2393.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.29;MQ0=0;QD=29.19;SB=-1291.303;SBQD=1.754;SBpi=-0.8835;SBpiQual=-0.8411;VQSLOD=6.2414 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2427,190,0
|
|
1 170388378 . G A 78.15 PASS AB=0.23;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.611;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.47;MQ0=1;MQRankSum=0.752;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.107;SB=-0.007;SBQD=9.768;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6018;VQSLOD=2.8579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:6.67:108,0,7
|
|
1 170404657 rs1333137 A G 1880.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.42;SB=-665.054;SBQD=2.729;SBpi=1.3131;SBpiQual=1.4390;VQSLOD=7.5622 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1913,153,0
|
|
1 170411792 rs1412891 C A 2750.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=34.82;SB=-1387.746;SBQD=1.879;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.4597;VQSLOD=8.3322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2784,217,0
|
|
1 170456360 rs6699057 T C 661.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=9.0702;MQ=54.66;MQ0=0;QD=10.34;SB=-393.934;SBQD=-9.772;SBpi=-1.8268;SBpiQual=-1.8723;VQSLOD=0.1905 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:63.14:695,63,0
|
|
1 170472532 rs1333135 A G 889.54 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.485;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=7.543;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.075;SB=-396.615;SBQD=-8.449;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.6814;VQSLOD=4.8593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:920,0,1485
|
|
1 170499706 rs12408432 A G 999.11 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.406;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.466;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=15.86;ReadPosRankSum=-1.700;SB=-486.175;SBQD=5.239;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1987;VQSLOD=5.4455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:1029,0,897
|
|
1 170567437 rs1928715 C T 1046.25 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.910;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=15.39;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-566.254;SBQD=-0.818;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0831;VQSLOD=6.2167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1076,0,803
|
|
1 170582575 rs1952675 A G 1681.68 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.932;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=3.852;HRun=0;HaplotypeScore=1.8640;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=17.52;ReadPosRankSum=1.260;SB=-879.425;SBQD=-2.224;SBpi=-0.1336;SBpiQual=-0.0148;VQSLOD=4.9325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:96:99:1712,0,1252
|
|
1 170631420 rs627848 G A 541.23 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.144;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=4.617;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.059;SB=-245.978;SBQD=7.616;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.7416;VQSLOD=5.2391 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:571,0,288
|
|
1 170635084 rs503706 T C 638.59 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=7.790;HRun=2;HaplotypeScore=1.9336;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.018;SB=-244.738;SBQD=8.163;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.6542;VQSLOD=4.7592 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:669,0,933
|
|
1 170747081 rs7546424 G T 2462.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.534;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=7.894;HRun=9;HaplotypeScore=2.6631;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-5.646;QD=24.38;ReadPosRankSum=5.242;SB=-1072.988;SBQD=2.827;SBpi=1.0304;SBpiQual=1.0468;VQSLOD=-4.9153 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,85:101:99:2495,211,0
|
|
1 170747465 rs12044001 C T 399.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=11.3305;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-199.841;SBQD=1.557;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.7663;VQSLOD=0.5266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:429,0,822
|
|
1 170799177 rs10753824 T C 1181.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DB;DP=67;Dels=0.01;FS=11.944;HRun=5;HaplotypeScore=1.9660;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=17.37;ReadPosRankSum=1.228;SB=-792.216;SBQD=-3.630;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-0.8498;VQSLOD=2.8277 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:12.19:1214,12,0
|
|
1 170808695 rs11581375 T C 1588.14 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.070;QD=19.13;ReadPosRankSum=-0.302;SB=-615.918;SBQD=-6.874;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.9093;VQSLOD=4.9867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:1618,0,1001
|
|
1 170816035 rs12077626 G A 1684.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=58.30;MQ0=0;QD=26.32;SB=-925.541;SBQD=6.593;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-0.6158;VQSLOD=3.3409 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:64:99:1717,138,0
|
|
1 170825888 rs1158084 C T 2686.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.31;SB=-1037.492;SBQD=0.946;SBpi=1.1625;SBpiQual=1.2804;VQSLOD=8.1796 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2720,211,0
|
|
1 170829172 rs12726580 C T 647.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.32;MQ0=11;QD=9.96;SB=-127.223;SBQD=16.437;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.4944;VQSLOD=5.0526 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:60.09:680,60,0
|
|
1 170829471 rs12750959 T G 644.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.27;MQ0=5;QD=20.13;SB=-382.440;SBQD=3.567;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2197;VQSLOD=4.2289 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:60.14:677,60,0
|
|
1 170832495 rs7516911 C T 2207.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.30;MQ0=0;QD=33.44;SB=-1075.326;SBQD=-2.153;SBpi=-0.4924;SBpiQual=-0.6451;VQSLOD=6.4296 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2240,178,0
|
|
1 170885625 rs11810972 C A 2870.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.38;SB=-1581.405;SBQD=0.228;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0325;VQSLOD=7.8061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2904,235,0
|
|
1 170901445 rs4656815 G A 1472.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=57.66;MQ0=0;QD=29.45;SB=-878.895;SBQD=1.876;SBpi=0.1414;SBpiQual=0.2664;VQSLOD=5.9138 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1506,120,0
|
|
1 170918635 rs17562882 C T 745.85 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.723;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.932;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-365.376;SBQD=-0.069;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2439;VQSLOD=5.2876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:70:99:776,0,1390
|
|
1 170961822 rs28432360 G A 880.56 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.934;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.858;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.483;SB=-430.011;SBQD=5.404;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.4675;VQSLOD=5.0449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:911,0,1141
|
|
1 170979240 rs61816860 G A 747.90 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=9.450;HRun=1;HaplotypeScore=2.8387;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.233;SB=-363.599;SBQD=-7.352;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.3499;VQSLOD=4.3564 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:778,0,878
|
|
1 170989942 . G A 744.18 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.867;DP=56;Dels=0.00;FS=7.465;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.758;SB=-239.214;SBQD=-8.125;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9903;VQSLOD=3.6918 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:774,0,895
|
|
1 171002346 rs56346740 G C 609.88 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=1;HaplotypeScore=4.3715;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-287.584;SBQD=-3.231;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.5329;VQSLOD=1.8822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:640,0,768
|
|
1 171007713 . A T 1072.23 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DP=71;Dels=0.00;FS=3.195;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=15.10;ReadPosRankSum=-1.696;SB=-555.014;SBQD=-3.569;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0772;VQSLOD=3.6522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1102,0,1147
|
|
1 171013166 . T C 884.01 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.826;DP=70;Dels=0.00;FS=1.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=12.63;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-478.448;SBQD=-0.002;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.0806;VQSLOD=4.5829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:914,0,1170
|
|
1 171019307 rs55869649 G C 1131.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.683;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=-4.568;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.032;SB=-439.497;SBQD=3.879;SBpi=0.9258;SBpiQual=0.8692;VQSLOD=0.0335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1161,0,1246
|
|
1 171021733 rs58349988 T C 1278.11 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5750;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=16.82;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-647.953;SBQD=1.105;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.0121;VQSLOD=4.8026 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:1308,0,1023
|
|
1 171035417 . T C 1670.81 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;DP=85;Dels=0.00;FS=0.839;HRun=1;HaplotypeScore=1.9155;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=19.66;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-785.904;SBQD=0.688;SBpi=-0.2774;SBpiQual=-0.3652;VQSLOD=3.7589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,52:85:99:1701,0,851
|
|
1 171040029 rs58818515 C A 1535.78 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.863;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.783;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=16.88;ReadPosRankSum=0.762;SB=-825.002;SBQD=0.774;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0304;VQSLOD=4.6276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:1566,0,1247
|
|
1 171062892 rs1795248 T C 797.42 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.846;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.177;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.340;SB=-394.405;SBQD=0.241;SBpi=-0.0928;SBpiQual=0.1838;VQSLOD=5.7149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:827,0,928
|
|
1 171068882 . C T 1031.16 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.106;DP=53;Dels=0.00;FS=4.159;HRun=1;HaplotypeScore=2.1877;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=1.210;QD=19.46;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-549.145;SBQD=-5.623;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0290;VQSLOD=2.7369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,36:53:99:1061,0,417
|
|
1 171119909 . G T 876.02 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.262;DP=72;Dels=0.00;FS=6.349;HRun=0;HaplotypeScore=1.7323;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.154;SB=-353.097;SBQD=-6.422;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5961;VQSLOD=3.9356 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:906,0,1398
|
|
1 171132711 rs7887505 A C 460.77 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.193;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=53.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.342;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.256;SB=-288.572;SBQD=3.238;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.2437;VQSLOD=1.8927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:491,0,1084
|
|
1 171145530 rs12744605 A G 781.89 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.652;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=11.33;ReadPosRankSum=-1.502;SB=-322.452;SBQD=-3.817;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.4427;VQSLOD=5.0061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:812,0,1226
|
|
1 171146605 rs12136568 A C 1442.14 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.047;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.660;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.948;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.964;SB=-630.008;SBQD=2.018;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.5443;VQSLOD=3.5634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:1472,0,1452
|
|
1 171153364 rs3754494 C T 1163.17 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.481;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=14.36;ReadPosRankSum=1.215;SB=-565.290;SBQD=0.088;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.2830;VQSLOD=5.4675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1193,0,1377
|
|
1 171153448 rs3754495 T G 1146.87 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.124;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.900;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=16.15;ReadPosRankSum=1.159;SB=-599.734;SBQD=1.693;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0128;VQSLOD=6.1483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1177,0,1055
|
|
1 171159372 rs28369823 A T 1305.64 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.843;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=16.53;ReadPosRankSum=1.878;SB=-663.076;SBQD=-2.284;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0193;VQSLOD=3.7191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1336,0,1192
|
|
1 171161498 rs12092242 T C 1027.50 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=7.466;HRun=0;HaplotypeScore=1.5775;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=12.38;ReadPosRankSum=1.425;SB=-318.983;SBQD=-6.504;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-1.1215;VQSLOD=4.5842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:1057,0,1574
|
|
1 171163812 rs2223228 T C 766.54 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.542;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=9.451;HRun=0;HaplotypeScore=1.5731;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.378;SB=-289.246;SBQD=8.219;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.8601;VQSLOD=4.9063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:80:99:797,0,1525
|
|
1 171164179 rs2223229 C A 2421.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.49;MQ0=0;QD=34.60;SB=-1288.666;SBQD=0.301;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.1614;VQSLOD=8.4558 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2455,196,0
|
|
1 171164196 rs2223231 A T 2164.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.85;MQ0=0;QD=30.92;SB=-1313.487;SBQD=0.877;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0603;VQSLOD=7.1588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2197,190,0
|
|
1 171167157 rs10912542 C T 1174.65 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=14.356;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.404;SB=-189.848;SBQD=10.675;SBpi=2.0555;SBpiQual=2.2381;VQSLOD=3.1198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:1205,0,1595
|
|
1 171176056 rs2179105 A G 1018.09 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.891;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=14.14;ReadPosRankSum=1.252;SB=-640.053;SBQD=2.605;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.0346;VQSLOD=5.8140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1048,0,941
|
|
1 171200369 rs12758241 T C 1584.29 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.416;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=11.221;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=19.32;ReadPosRankSum=1.333;SB=-681.480;SBQD=7.891;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5608;VQSLOD=4.9545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:1614,0,1022
|
|
1 171220469 rs6701076 G A 562.54 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.464;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=14.42;ReadPosRankSum=1.468;SB=-120.414;SBQD=-4.069;SBpi=-1.4184;SBpiQual=-1.6533;VQSLOD=5.0843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:593,0,509
|
|
1 171294643 rs2284129 T A 2071.29 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.997;DB;DP=122;Dels=0.00;FS=8.441;HRun=0;HaplotypeScore=5.3963;MQ=53.51;MQ0=0;MQRankSum=2.162;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-1050.505;SBQD=-5.807;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.1061;VQSLOD=2.6202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,68:122:99:2101,0,1622
|
|
1 171313935 rs2235508 G T 993.86 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.271;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=10.074;HRun=1;HaplotypeScore=2.8487;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.466;SB=-425.780;SBQD=8.353;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.7465;VQSLOD=3.5302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:1024,0,1139
|
|
1 171325388 rs10157634 G A 944.93 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.786;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.957;SB=-552.000;SBQD=-1.876;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0546;VQSLOD=4.4606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:975,0,1593
|
|
1 171339335 . A T 1053.88 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.569;DP=84;Dels=0.00;FS=17.578;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.52;MQ0=4;MQRankSum=-1.158;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.975;SB=-402.323;SBQD=12.108;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0618;VQSLOD=3.1379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:84:99:1084,0,1013
|
|
1 171368631 rs6425226 G T 1439.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=28.22;ReadPosRankSum=1.155;SB=-784.931;SBQD=-3.859;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.2199;VQSLOD=5.9762 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1472,117,0
|
|
1 171371886 rs11809022 C G 814.94 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.252;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.029;HRun=0;HaplotypeScore=1.8991;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.084;SB=-423.134;SBQD=-4.891;SBpi=0.3430;SBpiQual=-0.1197;VQSLOD=5.1978 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:845,0,758
|
|
1 171374199 rs10753094 A G 1274.01 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=2;HaplotypeScore=2.6147;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.094;SB=-617.825;SBQD=-0.662;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.1363;VQSLOD=2.9173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:1304,0,1187
|
|
1 171383462 rs2179880 T C 1227.41 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.065;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=9.657;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=2.004;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.787;SB=-609.016;SBQD=-7.904;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.3251;VQSLOD=5.3198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:1257,0,1433
|
|
1 171388270 rs12401697 G A 1407.83 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.617;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.810;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.195;SB=-585.609;SBQD=2.858;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.6505;VQSLOD=5.3827 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1438,0,1212
|
|
1 171391273 rs7523796 C A 712.32 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.241;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=7.862;HRun=0;HaplotypeScore=8.0347;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.973;SB=-377.459;SBQD=-6.360;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.8108;VQSLOD=1.7782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:742,0,812
|
|
1 171393060 rs2143934 G A 987.95 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.339;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=7.575;HRun=0;HaplotypeScore=3.4846;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.315;SB=-436.865;SBQD=-6.397;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.3855;VQSLOD=4.6157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:1018,0,1483
|
|
1 171402243 rs10912991 A G 848.22 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.828;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=4.930;HRun=1;HaplotypeScore=1.5774;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-341.714;SBQD=4.366;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.6772;VQSLOD=5.1021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:878,0,1120
|
|
1 171403640 rs34038212 G A 559.52 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.218;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.623;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-305.961;SBQD=-5.145;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1464;VQSLOD=5.4103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:590,0,594
|
|
1 171406160 rs2901543 T C 868.34 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.470;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.867;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=1.837;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.084;SB=-468.101;SBQD=-2.737;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0560;VQSLOD=4.3655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:898,0,1382
|
|
1 171419567 rs1535080 C T 2436.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=36.91;SB=-1239.055;SBQD=-0.519;SBpi=-0.1231;SBpiQual=-0.1783;VQSLOD=8.3821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2469,193,0
|
|
1 171453707 rs2207192 C T 2492.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.39;MQ0=0;QD=36.13;SB=-1294.874;SBQD=-0.305;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.1432;VQSLOD=6.9000 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2526,196,0
|
|
1 171463431 rs4916389 G A 2940.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.521;QD=35.85;ReadPosRankSum=1.098;SB=-1464.890;SBQD=0.694;SBpi=0.2778;SBpiQual=0.2743;VQSLOD=5.8167 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2973,232,0
|
|
1 171463961 rs10913136 A G 2143.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=21.6131;MQ=59.31;MQ0=0;QD=31.99;SB=-1198.212;SBQD=3.322;SBpi=-0.1231;SBpiQual=0.0489;VQSLOD=-13.8803 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2176,178,0
|
|
1 171470204 rs6671036 G A 1516.15 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.3495;MQ=58.90;MQ0=0;QD=25.70;SB=-829.147;SBQD=0.674;SBpi=-0.9764;SBpiQual=-0.9421;VQSLOD=2.2320 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1549,123,0
|
|
1 171481958 rs2294290 T C 768.02 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.134;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.076;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.085;SB=-427.058;SBQD=3.891;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1240;VQSLOD=4.5154 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:798,0,1038
|
|
1 171533033 rs7548158 A G 2842.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.54;MQ0=0;QD=31.23;SB=-1380.217;SBQD=-7.982;SBpi=0.9959;SBpiQual=0.3035;VQSLOD=6.2176 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2875,256,0
|
|
1 171544853 rs235510 G A 2440.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=35.89;SB=-1082.517;SBQD=0.321;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.7331;VQSLOD=8.1282 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2474,193,0
|
|
1 171548617 rs3817772 G A 2431.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=31.57;SB=-1447.066;SBQD=1.388;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.0633;VQSLOD=6.9309 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2464,193,0
|
|
1 171559634 rs235906 C T 3288.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.79;MQ0=0;QD=37.37;SB=-1385.782;SBQD=-1.787;SBpi=-0.7462;SBpiQual=-0.9433;VQSLOD=5.4642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3288,256,0
|
|
1 171567339 rs235884 T C 2551.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;QD=34.02;SB=-1330.793;SBQD=1.058;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2530;VQSLOD=8.3602 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2585,205,0
|
|
1 171576890 rs235896 T A 2454.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.57;SB=-1226.294;SBQD=-0.231;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.3615;VQSLOD=8.6609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2487,193,0
|
|
1 171580593 rs1540328 G C 2642.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.18;MQ0=0;QD=35.71;SB=-1057.957;SBQD=-0.218;SBpi=1.0462;SBpiQual=1.0485;VQSLOD=7.5356 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2675,217,0
|
|
1 171592352 rs763224 T C 1340.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.4654;MQ=58.47;MQ0=0;QD=21.98;SB=-844.608;SBQD=8.017;SBpi=0.0640;SBpiQual=0.5631;VQSLOD=1.0229 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1374,114,0
|
|
1 171611942 rs235871 G A 2011.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7518;MQ=58.60;MQ0=0;QD=35.28;SB=-745.201;SBQD=-1.691;SBpi=-1.1259;SBpiQual=-1.1981;VQSLOD=4.4239 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2044,160,0
|
|
1 171615419 rs171002 G T 2571.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=34.75;SB=-1114.049;SBQD=-0.300;SBpi=-0.9300;SBpiQual=-1.0245;VQSLOD=7.7623 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2605,202,0
|
|
1 171663086 . A G 54.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.06;MQ0=0;QD=13.70;SB=-0.007;SBQD=13.702;SBpi=1.0000;SBpiQual=0.9083;VQSLOD=3.5789 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9.01:87,9,0
|
|
1 171673941 rs236897 G C 963.72 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.111;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.599;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.067;SB=-333.945;SBQD=5.292;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.9041;VQSLOD=4.3060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:994,0,1459
|
|
1 171750854 rs2294718 C G 546.84 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-142.417;SBQD=4.606;SBpi=0.9820;SBpiQual=1.1859;VQSLOD=4.7181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:577,0,623
|
|
1 171751439 rs6425415 A G 818.06 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.555;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.8411;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.592;SB=-442.052;SBQD=-2.779;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.1937;VQSLOD=3.3504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:59:99:848,0,687
|
|
1 171760767 rs35249022 A G 625.07 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.318;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-276.483;SBQD=-3.482;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.4837;VQSLOD=4.6632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:655,0,878
|
|
1 171764003 rs36080557 A G 566.97 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.722;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.393;HRun=2;HaplotypeScore=1.4972;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.171;SB=-219.374;SBQD=-6.667;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.8987;VQSLOD=2.9776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:597,0,954
|
|
1 171767034 rs6425422 T C 835.38 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.997;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.331;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.039;SB=-323.469;SBQD=0.049;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.8530;VQSLOD=4.7897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:865,0,1102
|
|
1 171776988 rs6425428 T G 1079.12 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.947;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.799;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.193;SB=-549.277;SBQD=-1.149;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.1506;VQSLOD=5.5240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:1109,0,1369
|
|
1 171778410 rs17597542 T C 1120.47 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.695;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.117;HRun=0;HaplotypeScore=1.9829;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-470.606;SBQD=4.308;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7287;VQSLOD=5.8223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1150,0,1193
|
|
1 171783449 rs10798658 A G 898.23 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.619;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.936;HRun=0;HaplotypeScore=3.5394;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=12.30;ReadPosRankSum=-1.325;SB=-445.095;SBQD=-2.959;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.3178;VQSLOD=2.2290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:928,0,1230
|
|
1 171801634 rs28508303 T C 524.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.113;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=9.251;HRun=1;HaplotypeScore=26.2484;MQ=51.42;MQ0=0;MQRankSum=1.607;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.439;SB=-169.381;SBQD=-7.632;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-1.0173;VQSLOD=-13.7118 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,23:68:99:555,0,1061
|
|
1 171812059 rs10798695 A G 3369.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=36.23;SB=-1729.586;SBQD=1.801;SBpi=-0.0518;SBpiQual=0.1361;VQSLOD=8.7891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3369,268,0
|
|
1 171814628 rs10737338 A G 2463.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.40;MQ0=0;QD=33.29;SB=-1279.243;SBQD=0.602;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.4266;VQSLOD=6.4588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2497,199,0
|
|
1 171815452 rs10798702 A T 2403.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.17;MQ0=0;QD=36.98;SB=-980.182;SBQD=0.428;SBpi=0.9303;SBpiQual=1.0052;VQSLOD=7.7884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2437,187,0
|
|
1 171820580 rs10913856 C T 2216.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=33.58;SB=-1099.759;SBQD=-0.976;SBpi=0.4924;SBpiQual=0.4163;VQSLOD=8.0334 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2249,184,0
|
|
1 171823819 rs11808234 T C 2047.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=30.11;SB=-904.746;SBQD=9.013;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.9555;VQSLOD=6.8050 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2081,174,0
|
|
1 171826644 rs10798716 T C 2530.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5757;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1045.978;SBQD=1.076;SBpi=0.9428;SBpiQual=1.0135;VQSLOD=6.0739 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2563,202,0
|
|
1 171828070 rs742510 A G 2462.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=32.40;SB=-1192.954;SBQD=2.061;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.7443;VQSLOD=8.1446 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2496,202,0
|
|
1 171841929 rs10913902 G T 1877.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.05;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=7.7634;MQ=59.58;MQ0=0;QD=22.36;SB=-1342.460;SBQD=0.996;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.5597;VQSLOD=-5.9668 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1911,156,0
|
|
1 171846802 rs724184 T C 2719.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=35.78;SB=-1392.605;SBQD=-1.790;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.0844;VQSLOD=8.1176 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2753,220,0
|
|
1 171850372 rs12755611 A G 2731.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=31.76;SB=-1323.924;SBQD=-5.085;SBpi=-0.1078;SBpiQual=-0.5506;VQSLOD=7.2507 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2765,244,0
|
|
1 171858076 rs1980488 G A 3375.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=37.92;SB=-1519.812;SBQD=-1.014;SBpi=-0.4770;SBpiQual=-0.5424;VQSLOD=9.5826 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3375,262,0
|
|
1 171942783 rs6425521 C A 1287.18 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.848;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.941;HRun=1;HaplotypeScore=1.9461;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.276;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-534.662;SBQD=6.091;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.8029;VQSLOD=4.1544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:1317,0,916
|
|
1 171947018 rs2180748 T G 1303.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.789;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=2.606;HRun=0;HaplotypeScore=4.2350;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.227;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-595.287;SBQD=-5.046;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.6340;VQSLOD=4.2299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,50:98:99:1334,0,1469
|
|
1 171989848 rs4532857 T C 450.96 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=8.668;HRun=0;HaplotypeScore=2.9950;MQ=50.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.488;SB=-128.263;SBQD=12.342;SBpi=0.7298;SBpiQual=1.0809;VQSLOD=2.7130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:47:99:481,0,596
|
|
1 172017446 rs2295610 C T 1185.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.131;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.089;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-514.590;SBQD=-3.955;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5652;VQSLOD=5.3076 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1216,0,1160
|
|
1 172023555 . C G 559.79 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=58;Dels=0.00;FS=8.026;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-112.872;SBQD=-9.233;SBpi=-1.3553;SBpiQual=-1.3704;VQSLOD=3.1684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:590,0,1112
|
|
1 172028829 . C T 52.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=8.75;MQ0=61;MQRankSum=-1.133;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-0.007;SBQD=1.686;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.3908;VQSLOD=-2.1972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,16:77:82.25:82,0,82
|
|
1 172072044 rs6671218 G A 1509.75 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.761;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=8.520;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.118;QD=18.41;ReadPosRankSum=0.511;SB=-374.975;SBQD=9.902;SBpi=1.6429;SBpiQual=1.8869;VQSLOD=2.4436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:1540,0,942
|
|
1 172149948 rs532688 T C 1115.24 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.890;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-473.156;SBQD=-2.537;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.6745;VQSLOD=6.3140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1145,0,1203
|
|
1 172166548 rs10911257 C T 1284.39 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.561;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=2.741;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.729;SB=-682.183;SBQD=2.654;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.0610;VQSLOD=4.8287 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:1314,0,1481
|
|
1 172189889 rs678962 T G 1335.81 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.817;HRun=0;HaplotypeScore=2.5540;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=1.102;SB=-606.696;SBQD=0.908;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.5854;VQSLOD=5.1186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:1366,0,1313
|
|
1 172195347 rs10797881 C T 920.61 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.065;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.295;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.859;SB=-396.698;SBQD=3.556;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5724;VQSLOD=5.7586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:951,0,958
|
|
1 172203384 . A G 740.88 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.386;DP=62;Dels=0.00;FS=1.185;HRun=0;HaplotypeScore=1.8938;MQ=39.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.293;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.773;SB=-303.495;SBQD=-5.244;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.2035;VQSLOD=3.5176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:62:99:771,0,558
|
|
1 172203894 rs12402966 G A 868.86 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.013;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=13.709;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=39.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.387;SB=-456.172;SBQD=-10.396;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0645;VQSLOD=4.3227 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:899,0,872
|
|
1 172218008 rs10911387 T C 1018.44 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.529;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.260;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-366.163;SBQD=3.796;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.8442;VQSLOD=4.6378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1048,0,1155
|
|
1 172221968 rs4382763 C A 1138.27 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.100;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=3.983;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=12.51;ReadPosRankSum=-1.692;SB=-526.170;SBQD=-3.937;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.6342;VQSLOD=5.5852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:1168,0,1611
|
|
1 172230239 rs12038494 A G 678.03 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.662;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-320.109;SBQD=-2.003;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.5334;VQSLOD=4.5808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:74:99:708,0,1064
|
|
1 172232177 rs12737669 G A 1039.35 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.490;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.812;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=15.28;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-413.098;SBQD=5.463;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7133;VQSLOD=5.3201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1069,0,1087
|
|
1 172248219 rs7550558 C G 1415.27 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.022;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=18.87;ReadPosRankSum=0.321;SB=-712.267;SBQD=0.474;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.2867;VQSLOD=6.0301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:1445,0,789
|
|
1 172253718 rs3895277 C A 1266.70 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=8.579;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=14.07;ReadPosRankSum=-2.098;SB=-569.754;SBQD=7.929;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.5667;VQSLOD=4.1286 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1297,0,1359
|
|
1 172262440 rs2586401 T C 917.65 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.347;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.887;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.823;SB=-341.301;SBQD=4.015;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.8628;VQSLOD=5.0451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:948,0,1303
|
|
1 172267609 rs2586411 A G 1129.67 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.318;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=5.456;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.720;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.086;SB=-614.336;SBQD=4.256;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.3833;VQSLOD=4.2943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:1160,0,1623
|
|
1 172268191 rs2757495 T C 1401.11 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.796;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.792;HRun=0;HaplotypeScore=1.9258;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.794;QD=16.88;ReadPosRankSum=1.120;SB=-453.421;SBQD=8.479;SBpi=0.8660;SBpiQual=1.2476;VQSLOD=3.6350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1431,0,1067
|
|
1 172270101 rs2256170 A G 2301.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-995.057;SBQD=2.783;SBpi=0.6155;SBpiQual=0.8188;VQSLOD=8.4644 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2335,187,0
|
|
1 172298987 rs9425559 T C 1347.77 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.230;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=5.460;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-657.248;SBQD=4.032;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.2194;VQSLOD=5.0628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1378,0,1268
|
|
1 172308238 rs6697844 C T 1214.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.668;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.834;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=14.81;ReadPosRankSum=2.328;SB=-637.234;SBQD=4.346;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.0443;VQSLOD=3.5057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1245,0,1251
|
|
1 172311199 rs61806074 A G 676.10 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.050;SB=-336.498;SBQD=-0.318;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.2526;VQSLOD=4.9447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:706,0,1112
|
|
1 172312769 rs9425291 G A 1556.46 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=5.237;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=16.38;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-662.085;SBQD=-4.207;SBpi=-0.8321;SBpiQual=-0.7879;VQSLOD=4.6510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:95:99:1586,0,1292
|
|
1 172325029 rs990363 C A 2206.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=35.59;SB=-989.313;SBQD=1.900;SBpi=0.6350;SBpiQual=0.8099;VQSLOD=8.8245 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2240,172,0
|
|
1 172333248 rs2001129 T G 713.42 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.172;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.841;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.574;SB=-444.798;SBQD=-0.011;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.3568;VQSLOD=4.9890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:743,0,1594
|
|
1 172351809 rs9425587 A C 1077 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=8.624;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=11.84;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-574.336;SBQD=-6.746;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3281;VQSLOD=4.4564 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:1107,0,1568
|
|
1 172355132 rs1023479 G A 2265.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.40;SB=-1250.833;SBQD=0.212;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0210;VQSLOD=8.3166 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2299,178,0
|
|
1 172358664 rs9425590 A C 1319.91 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.912;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=17.60;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-663.515;SBQD=-2.528;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.1564;VQSLOD=4.3051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1350,0,1041
|
|
1 172361977 rs9425300 T G 1085.39 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.218;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=5.389;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=12.20;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-466.748;SBQD=5.496;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.7191;VQSLOD=4.9947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:1115,0,1570
|
|
1 172373256 . T C 1078.75 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=15.41;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-515.297;SBQD=2.197;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.3249;VQSLOD=4.4015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1109,0,986
|
|
1 172376632 rs10752946 C T 935.66 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.906;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-410.390;SBQD=-0.677;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.6323;VQSLOD=6.2970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:966,0,1007
|
|
1 172405173 rs6424912 A G 1125.85 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.003;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=5.533;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=52.96;MQ0=1;MQRankSum=-2.566;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-511.150;SBQD=3.797;SBpi=0.8199;SBpiQual=0.8283;VQSLOD=2.1068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:1156,0,1424
|
|
1 172418268 rs2301455 C T 1158.26 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.090;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.825;HRun=0;HaplotypeScore=2.8787;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-514.926;SBQD=1.088;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.7129;VQSLOD=4.4570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:88:99:1188,0,1222
|
|
1 172452087 rs2032528 A G 1005.89 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.055;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.849;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-555.138;SBQD=-1.033;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.3627;VQSLOD=5.3600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1036,0,1238
|
|
1 172479624 rs2157447 C G 228.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=50.04;MQ0=1;QD=7.36;SB=-347.263;SBQD=-6.165;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.8081;VQSLOD=3.3539 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:24.06:261,24,0
|
|
1 172504106 . T A 919.74 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.599;DP=80;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=11.50;ReadPosRankSum=0.978;SB=-605.276;SBQD=-0.721;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0402;VQSLOD=3.3736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:950,0,1234
|
|
1 172530903 rs12756519 C T 741.79 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.839;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.069;SB=-436.319;SBQD=-0.175;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1714;VQSLOD=4.8315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:772,0,554
|
|
1 172540430 . A G 122.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.157;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=21.48;MQ0=20;MQRankSum=0.742;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-24.418;SBQD=-5.724;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.6133;VQSLOD=-0.4207 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:152,0,333
|
|
1 172624910 rs2859243 G C 2077.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.14;MQ0=0;QD=31.97;SB=-970.204;SBQD=7.363;SBpi=0.0620;SBpiQual=0.6128;VQSLOD=7.3496 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2111,186,0
|
|
1 172627256 rs749155 C A 553.26 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.744;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=17.355;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.603;SB=-86.346;SBQD=20.109;SBpi=1.5652;SBpiQual=1.7106;VQSLOD=3.1454 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:583,0,315
|
|
1 172627498 rs763110 C T 3690.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4141;MQ=59.78;MQ0=0;QD=35.48;SB=-1522.594;SBQD=1.298;SBpi=1.0786;SBpiQual=1.2032;VQSLOD=5.1255 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:3690,292,0
|
|
1 172674554 rs859672 A T 989.01 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.756;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.875;HRun=2;HaplotypeScore=4.5924;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.781;SB=-518.249;SBQD=0.994;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1220;VQSLOD=2.5353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:79:99:1019,0,1418
|
|
1 172701331 rs1102704 A G 717.21 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6988;MQ=49.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.690;SB=-536.080;SBQD=-1.295;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.1944;VQSLOD=3.4964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:747,0,627
|
|
1 172711000 . T C 1007.69 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.916;DP=71;Dels=0.00;FS=12.158;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-365.350;SBQD=-9.246;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.9345;VQSLOD=4.6305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1038,0,1140
|
|
1 172769674 rs1102726 A G 867.33 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.668;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.99;MQ0=2;MQRankSum=-1.475;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.449;SB=-403.311;SBQD=-0.889;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1593;VQSLOD=4.0079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:897,0,1083
|
|
1 172796496 rs6684651 A C 777.43 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.988;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.887;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-350.072;SBQD=-0.846;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-0.7392;VQSLOD=4.3741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:807,0,1598
|
|
1 172846792 rs10912488 A G 2294.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.19;MQ0=0;QD=31.86;SB=-1149.431;SBQD=-3.406;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6059;VQSLOD=6.5378 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2327,187,0
|
|
1 172863948 rs2157453 G A 2496.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.16;SB=-1047.659;SBQD=0.430;SBpi=-1.0088;SBpiQual=-1.0131;VQSLOD=8.5372 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2529,199,0
|
|
1 172865492 rs4916285 A G 2863.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.50;SB=-962.531;SBQD=1.954;SBpi=1.6565;SBpiQual=1.7411;VQSLOD=7.5086 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2897,235,0
|
|
1 172869674 rs12025176 G T 1915.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=57.60;MQ0=0;QD=30.89;SB=-1104.666;SBQD=-0.650;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.1855;VQSLOD=5.6252 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1948,153,0
|
|
1 172923494 rs10489274 G T 1153.13 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.883;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.089;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.722;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.715;SB=-530.440;SBQD=3.601;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4290;VQSLOD=4.7070 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:1183,0,1035
|
|
1 172931304 rs10798244 G A 1355.04 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.726;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8102;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=16.13;ReadPosRankSum=1.946;SB=-662.040;SBQD=0.172;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2143;VQSLOD=3.9823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:1385,0,1255
|
|
1 172935669 rs2143183 T A 1066.53 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=9.549;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.094;SB=-347.159;SBQD=8.198;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.1176;VQSLOD=5.0062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:1097,0,1373
|
|
1 172942820 rs6659338 C T 2119.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.73;MQ0=0;QD=35.33;SB=-1054.682;SBQD=-0.435;SBpi=-0.2582;SBpiQual=-0.3652;VQSLOD=8.5053 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2153,172,0
|
|
1 172963765 rs960318 G C 2493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.68;SB=-1184.421;SBQD=-1.755;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.3937;VQSLOD=8.6877 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2527,202,0
|
|
1 172966943 rs12401451 C T 1271.09 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.699;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=2.655;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=12.97;ReadPosRankSum=-1.281;SB=-697.598;SBQD=-2.739;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0602;VQSLOD=4.6255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:1301,0,1736
|
|
1 172979876 rs7549493 C T 2719.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5338;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76;SB=-1412.659;SBQD=1.082;SBpi=0.2744;SBpiQual=0.3313;VQSLOD=5.5543 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:2752,217,0
|
|
1 172982715 rs12122495 C G 1370.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.3013;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=14.28;ReadPosRankSum=1.359;SB=-627.005;SBQD=0.100;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.4761;VQSLOD=4.5653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:96:99:1401,0,1579
|
|
1 173015194 . C T 1297.16 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.859;DP=86;Dels=0.00;FS=2.852;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=2.646;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-659.835;SBQD=1.699;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3651;VQSLOD=3.3635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:1327,0,1190
|
|
1 173016189 rs6681724 A T 1053.40 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.929;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.860;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.667;SB=-497.240;SBQD=1.769;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.8792;VQSLOD=4.2817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1083,0,1027
|
|
1 173019077 rs1883476 T G 1152.14 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.734;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9574;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.568;SB=-629.279;SBQD=-1.207;SBpi=0.5657;SBpiQual=0.2288;VQSLOD=4.9276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:1182,0,1429
|
|
1 173026851 rs7546619 G A 1423.98 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.103;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.990;QD=16.37;ReadPosRankSum=1.006;SB=-809.165;SBQD=-0.527;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.0870;VQSLOD=4.9186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:1454,0,1175
|
|
1 173052953 rs1116616 T C 1026.26 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.531;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4538;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.174;SB=-463.634;SBQD=2.391;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.5334;VQSLOD=4.4666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:1056,0,1716
|
|
1 173060506 rs4474298 T C 2970.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.23;SB=-1541.992;SBQD=-1.106;SBpi=0.1104;SBpiQual=0.0429;VQSLOD=7.7870 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3004,235,0
|
|
1 173085211 rs4916306 T G 2225.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.49;SB=-992.342;SBQD=-0.864;SBpi=-1.2289;SBpiQual=-1.3398;VQSLOD=6.0794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2259,178,0
|
|
1 173196937 rs4916211 A C 2139.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;QD=35.08;SB=-1116.348;SBQD=-0.793;SBpi=0.0640;SBpiQual=-0.0424;VQSLOD=8.3227 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2173,175,0
|
|
1 173212273 rs12039904 C T 636.40 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.597;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.377;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-309.516;SBQD=-1.735;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.4567;VQSLOD=4.6267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:666,0,1034
|
|
1 173225144 rs844651 T G 781.51 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.174;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.326;SB=-379.577;SBQD=6.212;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.1616;VQSLOD=5.7945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:812,0,1114
|
|
1 173236098 rs844657 G A 1220.66 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.655;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.834;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=15.07;ReadPosRankSum=-1.015;SB=-666.906;SBQD=2.427;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0529;VQSLOD=5.3656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1251,0,1051
|
|
1 173248183 rs35634597 A T 958.20 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=1.987;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=13.89;ReadPosRankSum=-2.112;SB=-451.271;SBQD=1.482;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4521;VQSLOD=4.9299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:988,0,1150
|
|
1 173249338 . C T 898.43 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.487;DP=80;Dels=0.00;FS=0.835;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.260;SB=-572.173;SBQD=0.720;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2342;VQSLOD=3.1699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:928,0,1025
|
|
1 173252859 rs2422336 G A 2893.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;QD=35.28;SB=-1504.013;SBQD=-1.325;SBpi=-0.1104;SBpiQual=-0.1978;VQSLOD=8.7688 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2926,229,0
|
|
1 173254508 rs12143114 T C 1500.26 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=8.684;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-670.702;SBQD=-2.632;SBpi=0.2774;SBpiQual=0.6565;VQSLOD=6.2755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1530,0,1188
|
|
1 173268821 rs4916213 T C 1369.14 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.849;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.810;HRun=0;HaplotypeScore=1.8295;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=15.74;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-731.696;SBQD=0.597;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.1797;VQSLOD=5.8470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:1399,0,1274
|
|
1 173296382 . C G 148.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.958;DP=89;Dels=0.00;FS=10.305;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=35.26;MQ0=1;MQRankSum=-2.113;QD=1.67;ReadPosRankSum=-4.721;SB=-35.367;SBQD=2.715;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.4992;VQSLOD=-7.7439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,13:89:99:179,0,1700
|
|
1 173296748 . C T 489.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.241;DP=105;Dels=0.00;FS=18.060;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=21.58;MQ0=25;MQRankSum=1.669;QD=4.66;ReadPosRankSum=2.101;SB=21.026;SBQD=-8.608;SBpi=-2.5495;SBpiQual=-2.7553;VQSLOD=-1.2835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,26:105:99:519,0,863
|
|
1 173296937 rs12743794 T A 95.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.860;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.47;MQ0=3;MQRankSum=-1.987;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.245;SB=9.021;SBQD=3.148;SBpi=2.2454;SBpiQual=2.4546;VQSLOD=-1.8086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:125,0,387
|
|
1 173303335 rs6678135 T G 2485.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9472;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.51;SB=-1348.275;SBQD=0.895;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0735;VQSLOD=6.8454 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2518,202,0
|
|
1 173330666 rs9286884 A T 2250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=1;QD=32.61;SB=-948.144;SBQD=-1.097;SBpi=-1.0914;SBpiQual=-1.1426;VQSLOD=7.1221 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2283,181,0
|
|
1 173370403 rs10912613 A G 983.89 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.496;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.033;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=15.14;ReadPosRankSum=0.403;SB=-486.057;SBQD=1.871;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3228;VQSLOD=5.8624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1014,0,924
|
|
1 173384422 rs6681720 C T 2044.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.39;MQ0=0;QD=33.52;SB=-1112.007;SBQD=0.750;SBpi=0.1921;SBpiQual=0.2555;VQSLOD=7.2111 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2078,160,0
|
|
1 173385186 rs10737300 T C 424.11 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.821;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.848;SB=-181.669;SBQD=1.722;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.8839;VQSLOD=4.7395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:56:99:454,0,895
|
|
1 173392103 rs7555324 A G 661.34 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5594;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-318.242;SBQD=-0.159;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.5320;VQSLOD=3.1463 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:691,0,891
|
|
1 173414992 rs4405161 A G 855.48 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.757;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.631;HRun=0;HaplotypeScore=1.9152;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=11.88;ReadPosRankSum=-2.625;SB=-422.533;SBQD=2.038;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.1802;VQSLOD=4.3127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:885,0,1167
|
|
1 173417246 . A G 1556.24 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.536;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.918;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.104;SB=-757.424;SBQD=0.943;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.1691;VQSLOD=4.1180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:1586,0,1677
|
|
1 173419639 rs7513591 G A 2983.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1492.969;SBQD=0.600;SBpi=-0.4364;SBpiQual=-0.3980;VQSLOD=8.2567 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3017,235,0
|
|
1 173426809 rs4916220 T C 364.59 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.403;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.06;MQ0=1;MQRankSum=-2.466;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-141.464;SBQD=2.592;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0461;VQSLOD=1.5844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:395,0,1199
|
|
1 173436935 . G C 696.75 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DP=72;Dels=0.00;FS=4.896;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.887;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.400;SB=-271.853;SBQD=-3.902;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.8186;VQSLOD=2.3475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:727,0,1215
|
|
1 173438673 rs4916361 T G 1131.84 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.598;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.002;HRun=1;HaplotypeScore=2.6650;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=15.72;ReadPosRankSum=-1.309;SB=-328.340;SBQD=-1.025;SBpi=-1.4230;SBpiQual=-1.4646;VQSLOD=2.4051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1162,0,920
|
|
1 173674520 rs10912670 C G 1213.70 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.338;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.117;HRun=2;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.163;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.292;SB=-207.065;SBQD=5.392;SBpi=2.0555;SBpiQual=2.2344;VQSLOD=1.9925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1244,0,1049
|
|
1 173689891 rs10912671 A G 812.83 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=6.906;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.983;SB=-276.895;SBQD=7.083;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.8719;VQSLOD=4.9620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:843,0,1125
|
|
1 173698114 rs6425253 C T 751.72 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.364;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=8.656;HRun=0;HaplotypeScore=3.6584;MQ=37.68;MQ0=7;MQRankSum=0.275;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.320;SB=-257.001;SBQD=-4.593;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-0.8155;VQSLOD=3.2205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:94:99:782,0,1008
|
|
1 173730799 rs61826856 A G 1216.87 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.583;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=16.90;ReadPosRankSum=0.147;SB=-607.740;SBQD=0.299;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1325;VQSLOD=5.4387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1247,0,1026
|
|
1 173784524 rs55633896 A T 1194.62 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.834;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.46;MQ0=2;MQRankSum=1.398;QD=14.05;ReadPosRankSum=1.480;SB=-612.126;SBQD=-0.137;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0487;VQSLOD=5.8079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1225,0,1101
|
|
1 173788049 rs55861864 G T 1659.92 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=2;HaplotypeScore=1.5767;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=17.29;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-812.805;SBQD=-2.835;SBpi=-0.2060;SBpiQual=-0.2766;VQSLOD=3.9736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:96:99:1690,0,1353
|
|
1 173792910 rs61827877 C G 869.21 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.163;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-434.346;SBQD=1.865;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.4257;VQSLOD=5.1755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:899,0,897
|
|
1 173836194 rs17359906 G A 808.50 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.848;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.140;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=11.39;ReadPosRankSum=1.577;SB=-278.020;SBQD=-4.425;SBpi=-1.0954;SBpiQual=-1.2233;VQSLOD=4.3515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:838,0,1258
|
|
1 174082964 rs7538887 T C 2978.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.47;SB=-1487.319;SBQD=6.474;SBpi=-0.2650;SBpiQual=0.3229;VQSLOD=7.2521 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3012,262,0
|
|
1 174086292 rs60354115 C T 370.95 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.389;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7276;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.787;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.382;SB=-319.762;SBQD=-0.147;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.2141;VQSLOD=1.6272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:401,0,627
|
|
1 174118710 rs12079214 C T 1428.06 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.383;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=3.809;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-596.499;SBQD=-3.802;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.6837;VQSLOD=5.6926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:1458,0,1333
|
|
1 174136374 rs3086 A C 1013.62 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.046;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.880;HRun=0;HaplotypeScore=1.9662;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-404.975;SBQD=0.679;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.9058;VQSLOD=5.2060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:81:99:1044,0,1366
|
|
1 174165052 rs12059434 C T 588.39 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.199;SB=-248.884;SBQD=5.362;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5047;VQSLOD=5.5934 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:618,0,585
|
|
1 174193111 rs11802158 G T 1497.07 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.484;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=19.138;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=18.95;ReadPosRankSum=0.989;SB=-648.630;SBQD=-11.157;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.4926;VQSLOD=4.7479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:1527,0,1015
|
|
1 174199576 rs12076453 G A 1212.91 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.641;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=16.251;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.25;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.033;SB=-218.222;SBQD=10.526;SBpi=1.9522;SBpiQual=2.1214;VQSLOD=3.5989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:1243,0,1240
|
|
1 174203921 . G T 164.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.12;MQ0=38;MQRankSum=1.894;QD=2.25;ReadPosRankSum=2.276;SB=14.904;SBQD=-4.269;SBpi=-1.2374;SBpiQual=-1.2145;VQSLOD=1.1520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:194,0,355
|
|
1 174208272 rs12091157 C G 68.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=5.315;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=35.16;MQ0=1;MQRankSum=-1.798;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.743;SB=-3.328;SBQD=3.891;SBpi=0.1508;SBpiQual=-0.3202;VQSLOD=0.8216 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:98.91:99,0,282
|
|
1 174209652 rs12079689 T C 860.17 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.418;HRun=0;HaplotypeScore=2.3140;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.111;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.270;SB=-444.470;SBQD=7.519;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2427;VQSLOD=4.4617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:890,0,1015
|
|
1 174274062 rs2142864 A G 1529.71 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.890;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.466;SB=-749.433;SBQD=-0.860;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.2311;VQSLOD=5.4080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:92:99:1560,0,1298
|
|
1 174288802 rs7523460 G T 849.69 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.018;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.999;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-423.165;SBQD=2.281;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2317;VQSLOD=5.0394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:880,0,1287
|
|
1 174290274 rs10158115 T C 812.17 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.035;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.144;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=13.31;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-466.695;SBQD=0.269;SBpi=-0.0845;SBpiQual=0.1840;VQSLOD=4.7855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:842,0,846
|
|
1 174310267 rs10912766 T C 1128.22 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.844;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.637;SB=-393.581;SBQD=-2.988;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.2336;VQSLOD=4.3507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:1158,0,1461
|
|
1 174314561 . T G 1203.55 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=81;Dels=0.00;FS=1.821;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.033;SB=-665.359;SBQD=2.590;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0478;VQSLOD=3.9975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1234,0,1235
|
|
1 174317704 . A C 173.96 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.05;MQ0=22;MQRankSum=0.894;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.298;SB=-0.007;SBQD=-17.032;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.3338;VQSLOD=1.7740 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:70.22:204,0,70
|
|
1 174333462 rs12073068 G A 166.68 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.054;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.799;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=28.14;MQ0=1;MQRankSum=-0.777;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-35.182;SBQD=-8.725;SBpi=-0.9037;SBpiQual=-1.0889;VQSLOD=2.4411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:197,0,333
|
|
1 174372842 rs2860959 G A 911.77 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.456;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.116;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=14.71;ReadPosRankSum=2.441;SB=-411.057;SBQD=-5.615;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2562;VQSLOD=6.2673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:942,0,1015
|
|
1 174377719 rs10798310 A G 986.31 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.141;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.883;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.670;SB=-447.499;SBQD=3.268;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.7212;VQSLOD=5.6820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1016,0,1234
|
|
1 174387896 rs10912782 T G 668.32 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.111;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.061;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.940;SB=-297.733;SBQD=5.047;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.2826;VQSLOD=4.3726 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:698,0,873
|
|
1 174406408 . C T 738.57 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.568;DP=86;Dels=0.00;FS=2.233;HRun=0;HaplotypeScore=2.3294;MQ=40.79;MQ0=9;MQRankSum=-1.880;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-333.520;SBQD=7.309;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.8314;VQSLOD=1.4825 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:769,0,910
|
|
1 174408704 rs12077381 T C 1005.42 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.714;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.478;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.025;SB=-381.767;SBQD=4.173;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.8865;VQSLOD=5.4553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,37:88:99:1035,0,1740
|
|
1 174461458 rs10912795 A G 291.26 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.1125;MQ=57.73;MQ0=1;MQRankSum=1.566;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-154.770;SBQD=-1.950;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.5879;VQSLOD=2.5959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:321,0,363
|
|
1 174464999 rs4652494 C G 1061.76 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.976;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=31.045;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.620;SB=-167.767;SBQD=-16.111;SBpi=-1.9062;SBpiQual=-2.2559;VQSLOD=3.7124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1092,0,1362
|
|
1 174496789 rs12086693 A G 1141.93 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.597;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.128;QD=13.93;ReadPosRankSum=1.109;SB=-615.028;SBQD=-8.014;SBpi=0.2236;SBpiQual=-0.1311;VQSLOD=5.9051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1172,0,1203
|
|
1 174501943 rs6682070 A T 1021.23 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.933;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-551.070;SBQD=3.250;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.2110;VQSLOD=5.3701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1051,0,1010
|
|
1 174547512 rs61624206 G T 862.17 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.483;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.305;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-474.641;SBQD=3.279;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1290;VQSLOD=5.4530 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:892,0,1114
|
|
1 174570911 rs11802092 C T 778.67 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.364;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=10.315;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=12.98;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-405.661;SBQD=-9.236;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3335;VQSLOD=5.3198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:809,0,1002
|
|
1 174581458 . A G 42.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;DP=87;Dels=0.00;FS=12.051;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.34;MQ0=15;MQRankSum=-6.423;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.627;SB=35.771;SBQD=-3.577;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.8883;VQSLOD=-5.8293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:72.86:73,0,1539
|
|
1 174585201 . C T 633.11 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.193;DP=54;Dels=0.00;FS=1.117;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=54.21;MQ0=1;MQRankSum=-0.464;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-248.053;SBQD=3.145;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6880;VQSLOD=2.9176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:663,0,752
|
|
1 174590915 . G C 633.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DP=76;Dels=0.00;FS=8.714;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.57;MQ0=0;MQRankSum=-6.170;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.815;SB=-179.419;SBQD=7.784;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.9547;VQSLOD=-5.5729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:664,0,1368
|
|
1 174593628 rs10912822 A C 1137.04 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.918;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.743;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.565;SB=-473.286;SBQD=-7.285;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.6237;VQSLOD=5.3011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1167,0,1216
|
|
1 174594333 . C T 1487.49 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.328;DP=84;Dels=0.00;FS=3.071;HRun=5;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=17.71;ReadPosRankSum=0.593;SB=-769.953;SBQD=-3.363;SBpi=-0.5443;SBpiQual=-0.5834;VQSLOD=4.2114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,54:84:99:1517,0,844
|
|
1 174601076 . G A 31.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.97;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=11.16;MQ0=80;MQRankSum=1.076;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.942;SB=-0.007;SBQD=0.532;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.9487;VQSLOD=-1.2522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,3:96:61.19:61,0,295
|
|
1 174601378 . G T 159.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.874;DP=87;Dels=0.00;FS=3.794;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.03;MQ0=45;MQRankSum=-1.332;QD=1.84;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-98.782;SBQD=0.105;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0128;VQSLOD=-0.4344 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,14:87:99:190,0,717
|
|
1 174603358 . G A 365.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.515;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=15.76;MQ0=46;MQRankSum=-1.535;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.331;SB=2.980;SBQD=7.130;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.6392;VQSLOD=0.1335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,46:121:99:396,0,366
|
|
1 174604839 rs10912828 A T 873.88 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.874;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.322;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.419;SB=-443.200;SBQD=4.057;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2255;VQSLOD=5.1332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:904,0,1189
|
|
1 174608128 rs56292878 T A 339.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.43;MQ0=11;MQRankSum=-1.820;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.170;SB=-0.007;SBQD=12.122;SBpi=1.8028;SBpiQual=1.9875;VQSLOD=1.4480 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:369,0,433
|
|
1 174610458 rs2760058 C T 995.72 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.023;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.046;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=14.64;ReadPosRankSum=-1.687;SB=-423.493;SBQD=3.739;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.6293;VQSLOD=4.5618 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1026,0,1072
|
|
1 174613901 rs4651114 T C 692.13 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.547;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.007;HRun=0;HaplotypeScore=2.3894;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.665;SB=-301.593;SBQD=3.771;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.4622;VQSLOD=4.8181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:722,0,1408
|
|
1 174678922 rs332791 G A 1445.38 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7005;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=18.77;ReadPosRankSum=0.656;SB=-625.586;SBQD=1.452;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.6402;VQSLOD=3.3921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:1475,0,983
|
|
1 174684188 rs17842156 C G 873.13 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.677;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.801;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=12.47;ReadPosRankSum=1.197;SB=-418.244;SBQD=2.506;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.0790;VQSLOD=5.8375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:903,0,1179
|
|
1 174695923 rs332795 T C 995.49 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.833;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.624;SB=-529.245;SBQD=0.829;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1156;VQSLOD=5.8547 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:1025,0,1519
|
|
1 174696280 rs332796 T G 984.39 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6126;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=13.48;ReadPosRankSum=2.184;SB=-422.568;SBQD=0.541;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.6797;VQSLOD=3.6353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:1014,0,1205
|
|
1 174704601 rs2568096 G A 586.92 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.642;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=4.790;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.564;SB=-136.651;SBQD=9.237;SBpi=1.3553;SBpiQual=1.5320;VQSLOD=4.1029 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:617,0,532
|
|
1 174722330 rs332801 A G 1599.51 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.318;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=6.520;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-651.554;SBQD=6.127;SBpi=0.7416;SBpiQual=0.9527;VQSLOD=5.3332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:99:99:1629,0,1354
|
|
1 174743589 rs1793293 G T 717.90 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.304;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-352.252;SBQD=-1.543;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4818;VQSLOD=4.5790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:748,0,1115
|
|
1 174764460 . G A 1128.50 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.370;DP=79;Dels=0.00;FS=0.849;HRun=0;HaplotypeScore=2.8690;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.663;SB=-548.179;SBQD=-1.348;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3080;VQSLOD=4.3514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1158,0,1161
|
|
1 174782641 rs989424 T A 1333.24 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.745;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=5.351;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.375;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.636;SB=-623.739;SBQD=-4.562;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.5307;VQSLOD=4.8770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:1363,0,1431
|
|
1 174784585 rs2860725 C A 1081.77 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.357;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.828;HRun=3;HaplotypeScore=1.9941;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-564.481;SBQD=2.050;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.1933;VQSLOD=5.2789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:1112,0,1445
|
|
1 174794144 rs1793316 G A 863.81 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.516;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.036;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=15.71;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-387.375;SBQD=0.753;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5973;VQSLOD=6.4890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:894,0,791
|
|
1 174820359 rs3118987 T C 913.20 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.963;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.892;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=12.68;ReadPosRankSum=1.830;SB=-417.014;SBQD=3.709;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.5213;VQSLOD=5.1287 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:943,0,1142
|
|
1 174889506 rs6656665 T C 904.30 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-439.486;SBQD=0.772;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4011;VQSLOD=4.4827 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:934,0,1256
|
|
1 174893049 rs12083837 G A 342.49 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.695;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=8.002;HRun=0;HaplotypeScore=3.2834;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-271.957;SBQD=-11.550;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.9584;VQSLOD=2.9019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:372,0,431
|
|
1 174907137 . C A 82.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.692;DP=98;Dels=0.00;FS=57.400;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.33;MQ0=0;MQRankSum=-7.242;QD=0.84;ReadPosRankSum=-6.043;SB=90.281;SBQD=-11.620;SBpi=-2.7839;SBpiQual=-3.0564;VQSLOD=-19.4380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,31:98:99:112,0,1895
|
|
1 174918770 rs16847624 A G 1150.18 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.087;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.821;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-626.149;SBQD=2.805;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.0838;VQSLOD=6.3362 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1180,0,1383
|
|
1 174923346 rs3753563 T C 2607.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=36.21;SB=-660.863;SBQD=-0.155;SBpi=2.2392;SBpiQual=2.3394;VQSLOD=7.4686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:2640,208,0
|
|
1 175015870 rs11587139 T C 749.24 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.967;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.049;SB=-382.256;SBQD=4.851;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.7492;VQSLOD=4.0331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:779,0,745
|
|
1 175050559 rs12759791 C A 2314.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.28;MQ0=0;QD=36.17;SB=-923.021;SBQD=-4.494;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-1.0482;VQSLOD=7.0205 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2348,187,0
|
|
1 175062538 rs1894685 T C 3378.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7719;MQ=59.51;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1774.767;SBQD=-0.627;SBpi=0.1031;SBpiQual=0.0686;VQSLOD=6.5146 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3379,265,0
|
|
1 175062691 rs1894683 C T 2990.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.19;SB=-1480.732;SBQD=-1.609;SBpi=-0.2712;SBpiQual=-0.4192;VQSLOD=7.6394 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3024,241,0
|
|
1 175078465 rs6691986 G C 1596.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.66;MQ0=0;QD=28.01;SB=-526.492;SBQD=5.908;SBpi=1.3908;SBpiQual=1.7051;VQSLOD=4.9302 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1630,144,0
|
|
1 175080225 rs7538714 A G 1208.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.66;MQ0=0;QD=24.66;SB=-655.832;SBQD=-7.144;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.8130;VQSLOD=3.5126 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1241,114,0
|
|
1 175093768 rs2006189 G T 963.75 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.811;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.707;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.197;SB=-394.355;SBQD=-4.129;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-0.9295;VQSLOD=4.9911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:994,0,1375
|
|
1 175099574 rs6704290 C T 854.48 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.153;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.998;SB=-429.117;SBQD=0.264;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2187;VQSLOD=5.2072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:884,0,943
|
|
1 175135376 rs4344281 C T 788.77 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.141;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.220;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.896;SB=-255.186;SBQD=-5.479;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-1.0554;VQSLOD=5.2788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:819,0,875
|
|
1 175138602 rs10912901 G A 1372.04 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.592;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=19.32;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-652.945;SBQD=1.060;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.4411;VQSLOD=3.4555 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:71:99:1402,0,759
|
|
1 175140319 rs12136973 T C 1005.48 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.020;HRun=0;HaplotypeScore=4.1275;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-330.350;SBQD=4.153;SBpi=1.2649;SBpiQual=1.3206;VQSLOD=3.2265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1035,0,1206
|
|
1 175145920 rs3766691 C G 974.56 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.929;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=15.23;ReadPosRankSum=1.000;SB=-299.681;SBQD=7.353;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.1179;VQSLOD=5.6460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:1005,0,1005
|
|
1 175195408 rs2038000 T A 2661.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.02;SB=-1128.859;SBQD=0.059;SBpi=0.9177;SBpiQual=0.9889;VQSLOD=7.7226 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2695,214,0
|
|
1 175200370 rs12739718 C T 161.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.27;MQ0=0;QD=16.18;SB=-99.225;SBQD=7.285;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7731;VQSLOD=5.1770 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:18.02:195,18,0
|
|
1 175206253 rs4650744 C G 1280.33 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.679;SB=-650.509;SBQD=-1.021;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.1178;VQSLOD=5.7092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1310,0,1278
|
|
1 175210458 rs11807709 A C 1871.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=2.6494;MQ=58.51;MQ0=0;QD=23.99;SB=-1349.526;SBQD=1.212;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0697;VQSLOD=0.7244 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1904,168,0
|
|
1 175212330 rs2205610 A G 997.34 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=7.644;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=13.30;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-423.971;SBQD=-5.790;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.5498;VQSLOD=4.5165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1027,0,1155
|
|
1 175220061 rs10912924 G A 729.31 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=14.03;ReadPosRankSum=-1.099;SB=-377.647;SBQD=0.191;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.2063;VQSLOD=5.1207 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:759,0,841
|
|
1 175221874 rs6684163 T G 1205.39 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.629;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.286;HRun=0;HaplotypeScore=2.5540;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=19.44;ReadPosRankSum=1.472;SB=-651.689;SBQD=4.468;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.1107;VQSLOD=4.0920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,41:62:99:1235,0,645
|
|
1 175225079 rs6679603 C T 1651.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=31.16;SB=-882.652;SBQD=-5.221;SBpi=0.4808;SBpiQual=0.1888;VQSLOD=4.9343 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1685,138,0
|
|
1 175227836 rs6425333 C A 2216.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.82;MQ0=0;QD=32.13;SB=-888.635;SBQD=2.831;SBpi=0.7825;SBpiQual=0.7040;VQSLOD=6.8529 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2250,190,0
|
|
1 175228705 rs11811414 A G 632.26 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=7.204;HRun=0;HaplotypeScore=2.9950;MQ=34.74;MQ0=8;MQRankSum=-0.830;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-223.629;SBQD=-8.365;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.5680;VQSLOD=2.9343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:662,0,1043
|
|
1 175229739 . A C 2670.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.22;MQ0=3;QD=27.82;SB=-1315.321;SBQD=5.939;SBpi=0.1021;SBpiQual=0.3289;VQSLOD=4.4514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:2704,253,0
|
|
1 175229873 . C T 3111.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.36;MQ0=0;QD=33.82;SB=-1228.982;SBQD=4.697;SBpi=0.9383;SBpiQual=1.0083;VQSLOD=6.8823 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3144,256,0
|
|
1 175239593 rs10157804 A T 1093.08 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.175;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=1.688;HRun=1;HaplotypeScore=1.9328;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.329;SB=-545.344;SBQD=2.420;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3030;VQSLOD=4.4306 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,39:95:99:1123,0,1572
|
|
1 175240637 rs4282764 G A 2285.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=35.17;SB=-1140.524;SBQD=1.235;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.4199;VQSLOD=8.2490 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2319,181,0
|
|
1 175242710 rs4650755 C T 3202.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1712.477;SBQD=-0.415;SBpi=0.1054;SBpiQual=0.0729;VQSLOD=8.3950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3235,253,0
|
|
1 175244190 rs12757729 C G 865.49 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.880;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=6.857;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.378;SB=-375.067;SBQD=-6.281;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.6036;VQSLOD=4.4877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:92:99:895,0,1789
|
|
1 175245743 rs7521200 C A 2254.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.88;MQ0=0;QD=34.16;SB=-1148.663;SBQD=-1.039;SBpi=0.3693;SBpiQual=0.3487;VQSLOD=8.0637 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2287,184,0
|
|
1 175246209 rs4579713 T A 3609.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=35.39;SB=-1816.913;SBQD=-1.174;SBpi=0.2970;SBpiQual=0.2226;VQSLOD=8.6615 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3609,289,0
|
|
1 175246572 rs4601549 T C 3041.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.72;MQ0=0;QD=36.64;SB=-1411.802;SBQD=-1.764;SBpi=-0.3842;SBpiQual=-0.5464;VQSLOD=7.4111 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3074,244,0
|
|
1 175265369 rs11582508 G A 916.23 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.819;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.466;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.796;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.888;SB=-513.629;SBQD=4.237;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0940;VQSLOD=5.2200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:946,0,871
|
|
1 175271191 rs10912952 G C 883.92 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.470;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.161;SB=-312.873;SBQD=4.255;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.8216;VQSLOD=3.5857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:82:99:914,0,1517
|
|
1 175272668 rs2861277 A G 677.30 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=8.034;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=13.03;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-373.039;SBQD=-6.350;SBpi=-0.1000;SBpiQual=0.0602;VQSLOD=6.6409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:707,0,857
|
|
1 175278965 rs10753104 T C 2053.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9142;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59;SB=-842.529;SBQD=7.804;SBpi=0.4341;SBpiQual=0.9158;VQSLOD=6.4495 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2086,181,0
|
|
1 175283192 rs2157377 T G 1705.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3249;MQ=59.33;MQ0=0;QD=27.50;SB=-947.153;SBQD=-3.466;SBpi=0.3810;SBpiQual=-0.0262;VQSLOD=5.5459 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1738,159,0
|
|
1 175301393 rs2298921 T C 1269.24 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.835;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=15.87;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-490.957;SBQD=-5.771;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.8275;VQSLOD=5.2454 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1299,0,1150
|
|
1 175336619 rs6697801 T C 747.03 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.682;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.985;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.977;SB=-242.273;SBQD=4.266;SBpi=0.8356;SBpiQual=1.0436;VQSLOD=4.4275 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:777,0,1030
|
|
1 175339073 rs6702574 A G 773.95 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.217;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=17.459;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.010;SB=-325.612;SBQD=-11.447;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.8412;VQSLOD=5.0054 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:804,0,1194
|
|
1 175345712 rs2859052 C G 908.40 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.944;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.796;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=17.14;ReadPosRankSum=-1.265;SB=-299.818;SBQD=-8.436;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.9907;VQSLOD=4.0289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:938,0,598
|
|
1 175348723 rs859427 C T 2004.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.81;MQ0=0;QD=32.33;SB=-1127.487;SBQD=0.751;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.2855;VQSLOD=8.1993 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2037,160,0
|
|
1 175404089 rs10912978 C A 1335.19 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.180;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.612;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=15.53;ReadPosRankSum=-0.861;SB=-654.401;SBQD=-5.570;SBpi=-0.6301;SBpiQual=-0.7491;VQSLOD=6.1924 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:86:99:1365,0,941
|
|
1 175439692 rs4652095 C T 935.85 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.788;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-432.818;SBQD=3.643;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.2110;VQSLOD=4.9176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:966,0,1130
|
|
1 175469011 rs2861311 T G 1359.04 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.666;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=2.845;HRun=1;HaplotypeScore=1.9385;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=15.10;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-731.582;SBQD=-1.300;SBpi=0.2060;SBpiQual=-0.3021;VQSLOD=4.6442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,53:90:99:1389,0,1033
|
|
1 175514344 rs6671877 T G 1049.48 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=9.375;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=13.81;ReadPosRankSum=-1.243;SB=-404.990;SBQD=7.889;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.8153;VQSLOD=4.3951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1079,0,1256
|
|
1 175522594 rs11579540 T G 674.12 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.141;SB=-334.861;SBQD=-1.239;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-1.2058;VQSLOD=4.5653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:704,0,642
|
|
1 175522953 rs10912999 A C 70.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=13.8392;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.309;QD=1.48;ReadPosRankSum=1.630;SB=-207.952;SBQD=1.941;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.2706;VQSLOD=-7.5426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:99:101,0,833
|
|
1 175524817 rs10798400 A G 963.38 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.703;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4203;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-499.200;SBQD=0.120;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0596;VQSLOD=4.2879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:993,0,1502
|
|
1 175587531 rs12030347 G C 861.14 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.738;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-375.836;SBQD=-5.613;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.5547;VQSLOD=6.2401 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:891,0,1153
|
|
1 175612485 . T C 1072.80 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=80;Dels=0.00;FS=4.348;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=13.41;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-451.561;SBQD=-5.407;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.8905;VQSLOD=4.3926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1103,0,1185
|
|
1 175636970 rs487574 C G 2690.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=30.23;SB=-1591.810;SBQD=2.280;SBpi=0.0530;SBpiQual=0.2230;VQSLOD=7.1065 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2723,217,0
|
|
1 175676896 rs1323125 A G 1293.57 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.866;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.717;HRun=2;HaplotypeScore=2.4007;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-621.644;SBQD=2.356;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.4171;VQSLOD=4.7320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:93:99:1324,0,1566
|
|
1 175695622 rs2206060 A G 3168.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1506.242;SBQD=0.545;SBpi=0.4770;SBpiQual=0.5357;VQSLOD=8.8171 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3201,256,0
|
|
1 175722843 rs502432 G A 1713.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=57.39;MQ0=0;QD=31.74;SB=-923.285;SBQD=-0.395;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4482;VQSLOD=6.1645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1747,135,0
|
|
1 175727522 rs540811 T A 1240.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.74;MQ0=1;QD=29.55;SB=-485.951;SBQD=2.305;SBpi=1.1713;SBpiQual=1.3572;VQSLOD=5.9425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:1274,99,0
|
|
1 175730941 rs656837 G C 2253.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.13;SB=-787.014;SBQD=0.884;SBpi=-1.4552;SBpiQual=-1.4668;VQSLOD=5.7736 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2286,190,0
|
|
1 175768340 rs1575824 T C 1797.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=28.99;SB=-897.963;SBQD=4.742;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.7112;VQSLOD=6.5607 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1831,159,0
|
|
1 175841271 rs56270818 C G 884.53 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.301;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.910;HRun=1;HaplotypeScore=2.9321;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.593;SB=-455.642;SBQD=-4.125;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.2968;VQSLOD=4.3517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:915,0,566
|
|
1 175848239 rs4652137 T C 457.94 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=8.268;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.869;SB=-198.443;SBQD=9.368;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.9506;VQSLOD=4.8635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:488,0,796
|
|
1 175862461 rs10913096 A T 2666.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.19;SB=-1420.366;SBQD=-2.878;SBpi=0.1132;SBpiQual=-0.1166;VQSLOD=8.4689 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2700,220,0
|
|
1 175890851 rs4652139 C A 2414.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.07;MQ0=0;QD=34.50;SB=-1285.454;SBQD=-0.274;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.1415;VQSLOD=6.7520 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2448,193,0
|
|
1 175907859 rs10737315 T C 1801.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.07;SB=-1021.938;SBQD=-0.895;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.2228;VQSLOD=7.5346 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1835,144,0
|
|
1 175934785 rs4361950 T C 1472.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4264;MQ=60.64;MQ0=0;QD=28.88;SB=-649.575;SBQD=2.022;SBpi=0.6301;SBpiQual=0.8786;VQSLOD=3.8694 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1506,129,0
|
|
1 175954031 rs10798434 A G 2826.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.89;SB=-1383.707;SBQD=1.254;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.5176;VQSLOD=8.1738 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2859,226,0
|
|
1 175961988 rs7527463 A G 867.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.47;MQ0=4;QD=17.34;SB=-635.906;SBQD=-15.876;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7207;VQSLOD=4.5119 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:75.20:900,75,0
|
|
1 175962739 . C G 276.47 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.07;MQ0=9;QD=4.77;SB=-74.041;SBQD=-11.297;SBpi=-0.3939;SBpiQual=0.0646;VQSLOD=1.7456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:32.99:309,33,0
|
|
1 175988713 rs6662293 A G 1620.27 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=25.72;SB=-404.691;SBQD=-4.943;SBpi=2.5828;SBpiQual=2.1879;VQSLOD=2.2945 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1653,156,0
|
|
1 175991863 . C T 654.07 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.958;DP=65;Dels=0.00;FS=2.114;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-415.744;SBQD=2.903;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1272;VQSLOD=2.7774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:684,0,1195
|
|
1 176028721 rs7534948 T C 2037.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=58.82;MQ0=0;QD=28.69;SB=-1087.362;SBQD=6.333;SBpi=-0.7714;SBpiQual=-0.2316;VQSLOD=5.4249 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2070,180,0
|
|
1 176032510 rs2481657 G A 2272.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.72;MQ0=0;QD=30.30;SB=-1017.846;SBQD=3.827;SBpi=1.0462;SBpiQual=1.1538;VQSLOD=6.2949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2305,181,0
|
|
1 176036351 rs2502822 C T 1933.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=35.15;SB=-1003.223;SBQD=1.210;SBpi=-0.2023;SBpiQual=-0.0877;VQSLOD=8.1355 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1966,156,0
|
|
1 176063871 rs6678812 A G 2974.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.04;MQ0=0;QD=34.19;SB=-1276.556;SBQD=-2.097;SBpi=-0.9113;SBpiQual=-1.1078;VQSLOD=8.5583 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3008,241,0
|
|
1 176067458 rs2502835 A G 3041.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.37;SB=-1410.014;SBQD=0.872;SBpi=0.6470;SBpiQual=0.7490;VQSLOD=8.6690 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3075,241,0
|
|
1 176072002 rs10913133 T C 2765.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.01;SB=-1286.685;SBQD=-1.946;SBpi=-0.5063;SBpiQual=-0.6900;VQSLOD=8.2272 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2799,223,0
|
|
1 176082682 rs2481632 T C 2809.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.02;SB=-1380.016;SBQD=-1.206;SBpi=-0.2265;SBpiQual=-0.3136;VQSLOD=8.8297 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2843,223,0
|
|
1 176134531 rs28473015 T G 808.21 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.460;HRun=1;HaplotypeScore=7.1293;MQ=58.09;MQ0=1;MQRankSum=-0.578;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-343.383;SBQD=-15.658;SBpi=-1.1259;SBpiQual=-1.7233;VQSLOD=1.8968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:62:39.90:841,40,0
|
|
1 176139563 rs12409108 A T 3083.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.86;SB=-1473.254;SBQD=-0.661;SBpi=0.5392;SBpiQual=0.5003;VQSLOD=6.7897 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3117,244,0
|
|
1 176175133 rs580978 G A 2147.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=28.26;SB=-1409.318;SBQD=-1.099;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.2169;VQSLOD=6.1374 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2181,172,0
|
|
1 176186059 rs704833 G A 3147.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.80;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1608.140;SBQD=-2.536;SBpi=-0.2085;SBpiQual=-0.3910;VQSLOD=7.4070 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3181,247,0
|
|
1 176249141 rs55756500 C T 896.16 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.836;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.794;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.318;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-329.881;SBQD=-6.365;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.1728;VQSLOD=4.6950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:926,0,1126
|
|
1 176286576 rs2504508 G A 1904.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.25;MQ0=0;QD=34.01;SB=-772.065;SBQD=0.268;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.1340;VQSLOD=6.1298 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1938,153,0
|
|
1 176452897 rs4652180 A T 475.99 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.201;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.115;SB=-306.084;SBQD=-0.028;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4782;VQSLOD=4.8081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:506,0,721
|
|
1 176453688 rs2223579 G T 2757.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9853;MQ=59.23;MQ0=0;QD=34.90;SB=-1492.075;SBQD=-0.013;SBpi=-0.0563;SBpiQual=-0.0765;VQSLOD=6.9573 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2790,220,0
|
|
1 176472638 rs2294645 T G 1320.85 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.048;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=2.753;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.219;SB=-665.031;SBQD=-2.292;SBpi=-0.0762;SBpiQual=0.0214;VQSLOD=5.9543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:1351,0,1642
|
|
1 176478237 rs55807339 C T 74.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.00;MQ0=0;QD=6.74;SB=-38.529;SBQD=6.239;SBpi=-1.3568;SBpiQual=-1.4700;VQSLOD=3.4660 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:9.03:106,9,0
|
|
1 176488493 rs10127938 T A 1003.32 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=20.993;HRun=0;HaplotypeScore=3.6407;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.190;SB=-319.232;SBQD=-13.901;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.9641;VQSLOD=4.2368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1033,0,1065
|
|
1 176500060 rs4233168 A T 3349.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.40;SB=-1619.141;SBQD=-0.082;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.5625;VQSLOD=6.1490 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3349,256,0
|
|
1 176507815 . G A 1092.24 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.481;DP=68;Dels=0.00;FS=0.908;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.79;MQ0=0;MQRankSum=1.837;QD=16.06;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-572.507;SBQD=-1.513;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1405;VQSLOD=4.5919 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1122,0,1035
|
|
1 176565595 rs6425391 C G 2473.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.3533;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.35;SB=-1335.961;SBQD=1.080;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0924;VQSLOD=4.7008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2506,202,0
|
|
1 176571396 rs12066567 G A 2371.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=35.93;SB=-1160.899;SBQD=-0.401;SBpi=-0.3693;SBpiQual=-0.4143;VQSLOD=8.3905 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2405,187,0
|
|
1 176596107 rs12090061 C T 2189.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.15;MQ0=0;QD=30.84;SB=-1320.982;SBQD=1.977;SBpi=-0.1780;SBpiQual=-0.0811;VQSLOD=7.0941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2222,172,0
|
|
1 176622872 rs2063049 C G 1924.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.32;SB=-1266.716;SBQD=0.789;SBpi=0.4588;SBpiQual=0.5436;VQSLOD=4.9620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1957,195,0
|
|
1 176623962 rs10798468 A G 2649.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.71;SB=-927.111;SBQD=-6.914;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.6508;VQSLOD=6.6492 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2683,229,0
|
|
1 176637033 rs12063668 T G 2601.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.65;MQ0=0;QD=34.23;SB=-1224.202;SBQD=1.334;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.6385;VQSLOD=8.2945 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2634,208,0
|
|
1 176672647 rs12757129 A C 1798.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49;SB=-916.356;SBQD=2.905;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.1052;VQSLOD=6.8915 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1832,159,0
|
|
1 176746935 rs7543572 C T 2851.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=32.77;SB=-1553.734;SBQD=0.957;SBpi=-0.3752;SBpiQual=-0.3184;VQSLOD=7.1258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2884,226,0
|
|
1 176757056 rs59627094 T C 1683.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.01;MQ0=0;QD=33.01;SB=-762.625;SBQD=4.912;SBpi=0.2100;SBpiQual=0.6456;VQSLOD=7.3457 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1717,150,0
|
|
1 176848254 rs12129095 G C 1711.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.51;SB=-787.298;SBQD=6.905;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.6960;VQSLOD=5.9719 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1744,150,0
|
|
1 176859302 rs6679355 T A 2569.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.69;SB=-1168.565;SBQD=1.358;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.7179;VQSLOD=8.4026 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2603,202,0
|
|
1 176875883 rs6425401 A G 2145.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;QD=32.03;SB=-1134.645;SBQD=-6.869;SBpi=0.3054;SBpiQual=-0.2048;VQSLOD=6.3969 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2179,189,0
|
|
1 176889519 rs974299 A G 2117.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=29.41;SB=-846.502;SBQD=-6.222;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.5387;VQSLOD=5.7405 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2150,183,0
|
|
1 176933780 rs12131748 T C 2408.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.45;SB=-1139.747;SBQD=-0.901;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.8063;VQSLOD=7.3442 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2442,193,0
|
|
1 176960589 rs228007 A G 46.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.12;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4521;MQ=45.76;MQ0=2;MQRankSum=-0.028;QD=0.78;ReadPosRankSum=1.884;SB=-674.250;SBQD=-9.317;SBpi=-0.0687;SBpiQual=-0.3621;VQSLOD=-0.6240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,53:60:14.67:77,0,15
|
|
1 176965423 . T A 107.73 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=43.7971;MQ=60.19;MQ0=1;MQRankSum=-1.627;QD=1.54;ReadPosRankSum=2.017;SB=-97.663;SBQD=1.263;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.3784;VQSLOD=-47.4049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,17:70:99:138,0,329
|
|
1 176986167 rs228020 T C 2408.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.46;SB=-1203.856;SBQD=-0.091;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3728;VQSLOD=7.9236 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2442,196,0
|
|
1 177015096 rs35923165 T A 2074.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.93;MQ0=0;QD=31.43;SB=-1055.924;SBQD=-1.262;SBpi=0.7385;SBpiQual=0.7208;VQSLOD=7.1666 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2107,163,0
|
|
1 177034040 rs56377326 T C 876.67 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.592;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=11.921;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.749;SB=-415.592;SBQD=-5.869;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.4886;VQSLOD=5.9630 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:907,0,981
|
|
1 177093607 rs56358553 G T 1004.53 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.714;QD=14.77;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-550.277;SBQD=-1.291;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1349;VQSLOD=5.7911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1035,0,978
|
|
1 177118733 . C G 30.74 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.19;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.358;SB=-27.302;SBQD=-4.271;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0108;VQSLOD=2.3279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:46.02:61,0,46
|
|
1 177128234 . A T 38.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.343;DP=88;Dels=0.00;FS=28.694;HRun=6;HaplotypeScore=4.4281;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.705;SB=120.351;SBQD=2.503;SBpi=2.0000;SBpiQual=1.5138;VQSLOD=-3.2986 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,16:88:68.83:69,0,1189
|
|
1 177173363 rs4652232 G A 1566.11 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.909;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.820;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.735;QD=18.21;ReadPosRankSum=0.657;SB=-739.954;SBQD=-1.323;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3057;VQSLOD=6.3319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:1596,0,1003
|
|
1 177195050 rs760688 G A 2310.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=34.48;SB=-1133.663;SBQD=-1.190;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.5495;VQSLOD=9.0456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2343,181,0
|
|
1 177199323 rs3176442 C T 658.12 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.782;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.037;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-318.560;SBQD=2.694;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.6220;VQSLOD=5.2974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:688,0,840
|
|
1 177222610 rs1293346 T C 3710.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1885.261;SBQD=-0.595;SBpi=0.3416;SBpiQual=0.3661;VQSLOD=8.2129 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:105:99:3671,286,0
|
|
1 177228512 rs6674326 G A 995.86 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.554;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.910;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-537.910;SBQD=-1.803;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0772;VQSLOD=5.9642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1026,0,958
|
|
1 177275650 rs57046618 G A 1036.41 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.727;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.804;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-537.876;SBQD=-2.072;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2337;VQSLOD=5.4411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1066,0,1229
|
|
1 177300809 rs4453002 T C 572.23 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.655;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.000;SB=-370.979;SBQD=3.191;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1503;VQSLOD=5.2375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:602,0,1008
|
|
1 177331153 rs6672376 T G 1116.98 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.280;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.401;HRun=2;HaplotypeScore=2.7158;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.418;SB=-528.052;SBQD=4.334;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.2013;VQSLOD=3.3492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:80:99:1147,0,1355
|
|
1 177343793 . C T 929.57 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.425;DP=58;Dels=0.00;FS=5.313;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=16.03;ReadPosRankSum=2.104;SB=-374.422;SBQD=7.159;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.7275;VQSLOD=3.4786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:960,0,723
|
|
1 177364169 rs6699077 C A 765.10 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.919;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.094;HRun=3;HaplotypeScore=1.7653;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=2.509;QD=11.77;ReadPosRankSum=1.351;SB=-266.436;SBQD=-6.802;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.9280;VQSLOD=3.4932 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:795,0,987
|
|
1 177370530 rs10732998 C T 55.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.015;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.998;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=29.40;MQ0=9;MQRankSum=-1.717;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.873;SB=-1.234;SBQD=1.763;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.8072;VQSLOD=0.3697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:53:85.87:86,0,997
|
|
1 177384203 rs9787143 C T 916.66 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.399;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.965;HRun=0;HaplotypeScore=2.8866;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=13.48;ReadPosRankSum=1.080;SB=-300.702;SBQD=-4.349;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.0696;VQSLOD=3.6832 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:947,0,879
|
|
1 177388799 . C T 848.26 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.374;DP=55;Dels=0.00;FS=7.527;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=15.42;ReadPosRankSum=0.818;SB=-411.261;SBQD=-7.565;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2812;VQSLOD=5.6711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:878,0,838
|
|
1 177393297 rs11588941 C T 586.80 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.814;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.410;HRun=0;HaplotypeScore=1.6809;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.372;SB=-322.859;SBQD=2.805;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.1964;VQSLOD=5.4948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:617,0,537
|
|
1 177398402 . C A 1121.49 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=78;Dels=0.00;FS=3.037;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-638.358;SBQD=-3.188;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2495;VQSLOD=4.1729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1151,0,1170
|
|
1 177402667 rs10913341 G T 1139.21 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.231;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.061;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=17.53;ReadPosRankSum=0.322;SB=-520.546;SBQD=-3.145;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2935;VQSLOD=5.9217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:1169,0,811
|
|
1 177415447 . G A 821.53 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.092;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.4166;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=17.48;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-423.668;SBQD=0.798;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2054;VQSLOD=1.7648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:852,0,561
|
|
1 177416043 rs12143548 A G 757.52 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.792;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.184;SB=-371.777;SBQD=-1.127;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5678;VQSLOD=4.6223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:788,0,1296
|
|
1 177417664 rs11577482 G A 959.44 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.133;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=15.73;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-454.857;SBQD=-3.208;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3917;VQSLOD=5.2077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:989,0,929
|
|
1 177424114 rs56239341 G C 1207.13 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=5.957;HRun=0;HaplotypeScore=1.8315;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=15.68;ReadPosRankSum=1.106;SB=-614.457;SBQD=3.018;SBpi=0.1581;SBpiQual=-0.0931;VQSLOD=5.1128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1237,0,1151
|
|
1 177433277 rs6675650 A C 971.58 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.970;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.246;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-529.648;SBQD=-5.026;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.1567;VQSLOD=5.3588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1002,0,1054
|
|
1 177434812 rs4282771 G A 2534.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=36.20;SB=-1311.952;SBQD=0.545;SBpi=0.1195;SBpiQual=0.1739;VQSLOD=8.3917 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2567,199,0
|
|
1 177434944 rs2021569 A G 2169.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.16;SB=-825.880;SBQD=-1.688;SBpi=-1.0328;SBpiQual=-1.1752;VQSLOD=8.0481 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2203,175,0
|
|
1 177437957 rs1358841 A T 2364.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1185.376;SBQD=-1.769;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.4548;VQSLOD=8.6734 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2397,190,0
|
|
1 177444679 rs10732999 G A 2487.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=37.69;SB=-1237.061;SBQD=0.605;SBpi=0.1231;SBpiQual=0.1713;VQSLOD=9.0757 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2520,196,0
|
|
1 177460366 rs10913361 T C 246.48 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-0.007;SBQD=-6.162;SBpi=-1.6583;SBpiQual=-1.7393;VQSLOD=2.1867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:40:99:276,0,999
|
|
1 177461737 rs9728280 C T 759.89 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.018;QD=15.83;ReadPosRankSum=-2.494;SB=-415.674;SBQD=-2.414;SBpi=0.0962;SBpiQual=-0.0848;VQSLOD=3.8382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:790,0,668
|
|
1 177480934 rs12047881 T C 1107.28 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.852;HRun=1;HaplotypeScore=2.5432;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=13.67;ReadPosRankSum=-1.405;SB=-614.508;SBQD=-1.789;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3803;VQSLOD=3.7833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1137,0,1197
|
|
1 177503490 rs6688446 G C 1167.75 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=2.024;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-538.309;SBQD=0.713;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.6812;VQSLOD=4.9272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:1198,0,959
|
|
1 177506160 rs10798546 G A 646.39 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.796;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.137;HRun=0;HaplotypeScore=2.7650;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=12.93;ReadPosRankSum=-1.032;SB=-255.996;SBQD=2.695;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.7597;VQSLOD=4.1919 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:676,0,689
|
|
1 177534469 . A G 41.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;DP=115;Dels=0.00;FS=6.640;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=12.98;MQ0=88;MQRankSum=-0.138;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-7.481;SBQD=-1.802;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.2418;VQSLOD=-0.6823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,18:115:71.03:71,0,318
|
|
1 177550000 rs714077 C T 636.14 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=10.982;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-246.240;SBQD=-9.004;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.8823;VQSLOD=4.6906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:666,0,1391
|
|
1 177561169 rs1415341 C A 1980.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.90;SB=-1251.609;SBQD=-1.057;SBpi=-0.0593;SBpiQual=-0.1525;VQSLOD=5.2344 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2014,160,0
|
|
1 177561189 rs952680 G A 621.59 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.888;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.915;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.374;SB=-325.215;SBQD=-1.433;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.3880;VQSLOD=4.5540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:652,0,1169
|
|
1 177568390 rs1337162 C T 1581.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9841;MQ=54.86;MQ0=0;QD=22.92;SB=-1001.701;SBQD=5.238;SBpi=0.5417;SBpiQual=0.7932;VQSLOD=3.0837 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1615,126,0
|
|
1 177591541 rs1252074 C T 2752.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.85;SB=-1442.965;SBQD=-0.207;SBpi=-0.1688;SBpiQual=-0.2300;VQSLOD=7.6226 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2786,217,0
|
|
1 177592455 . A T 1220.39 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.222;DP=83;Dels=0.00;FS=0.840;HRun=0;HaplotypeScore=75.4526;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=14.70;ReadPosRankSum=-1.523;SB=-568.004;SBQD=-0.607;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.2064;VQSLOD=-153.4145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:83:22.38:1250,0,22
|
|
1 177603343 rs1252064 A G 445.83 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.976;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.057;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=31.24;MQ0=20;MQRankSum=-1.935;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.376;SB=-187.433;SBQD=-4.517;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.2027;VQSLOD=2.0408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:476,0,664
|
|
1 177605013 . T C 79.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.60;MQ0=16;MQRankSum=1.858;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.796;SB=-0.007;SBQD=5.325;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.0567;VQSLOD=-0.4170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,4:34:79.24:110,0,79
|
|
1 177614595 rs1252081 T C 1762.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8824;MQ=57.88;MQ0=0;QD=33.26;SB=-612.666;SBQD=2.911;SBpi=1.3049;SBpiQual=1.4655;VQSLOD=5.5019 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1796,144,0
|
|
1 177660661 . T A 342.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=45;Dels=0.00;FS=3.432;HRun=0;HaplotypeScore=30.4436;MQ=45.78;MQ0=2;MQRankSum=0.741;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.883;SB=-73.228;SBQD=10.246;SBpi=1.6366;SBpiQual=1.6862;VQSLOD=-19.5846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:68.22:373,0,68
|
|
1 177673489 rs10913403 T A 1305.03 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.822;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.810;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.280;SB=-629.543;SBQD=1.662;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.2936;VQSLOD=6.2994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:1335,0,1480
|
|
1 177681155 rs10127785 C A 911.23 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.685;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.404;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-336.145;SBQD=5.363;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.9360;VQSLOD=5.3267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:941,0,1117
|
|
1 177688815 . C A 1549.57 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DP=108;Dels=0.00;FS=2.501;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.710;SB=-746.212;SBQD=2.926;SBpi=0.0714;SBpiQual=0.1188;VQSLOD=4.5454 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,49:108:99:1580,0,1746
|
|
1 177691326 rs1923631 C A 1021.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.113;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.1567;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=14.00;ReadPosRankSum=2.424;SB=-508.697;SBQD=1.465;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3861;VQSLOD=3.2516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1052,0,1068
|
|
1 177697433 rs4652259 A G 984.64 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.110;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=4.047;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=17.90;ReadPosRankSum=0.046;SB=-392.135;SBQD=-8.349;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.8970;VQSLOD=5.5656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,37:55:99:1015,0,438
|
|
1 177714660 rs2146299 C T 985.03 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.950;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=7.812;HRun=2;HaplotypeScore=1.3123;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.999;SB=-346.387;SBQD=6.283;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.0798;VQSLOD=3.9582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:1015,0,1324
|
|
1 177735012 rs12137274 T C 1258.34 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.883;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.782;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=14.80;ReadPosRankSum=2.281;SB=-581.974;SBQD=0.871;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.4622;VQSLOD=5.1585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1288,0,1423
|
|
1 177753309 rs880837 C G 2532.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.67;SB=-1198.349;SBQD=0.388;SBpi=-0.5341;SBpiQual=-0.5221;VQSLOD=9.2015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2565,202,0
|
|
1 177754494 rs61813519 G C 898.06 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.139;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.220;SB=-484.122;SBQD=4.104;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.3273;VQSLOD=4.7884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:928,0,789
|
|
1 177769026 rs4360486 C A 1090.70 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.195;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.490;SB=-549.127;SBQD=-2.206;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.2639;VQSLOD=5.7257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:72:99:1121,0,1034
|
|
1 177778372 rs4336806 G T 1312.74 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.014;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=17.27;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-524.160;SBQD=0.644;SBpi=0.8387;SBpiQual=0.9586;VQSLOD=4.1663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:1343,0,1018
|
|
1 177784137 rs4081366 C T 839.23 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.621;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=0;HaplotypeScore=1.9899;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.100;SB=-498.095;SBQD=-1.603;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0589;VQSLOD=5.7056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:69:99:869,0,1038
|
|
1 177787651 rs10913433 A G 936.16 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.945;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-650.024;SBQD=1.468;SBpi=-0.0781;SBpiQual=0.0148;VQSLOD=5.1533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:966,0,663
|
|
1 177820329 rs3131311 C T 731.99 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.602;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=7.565;HRun=0;HaplotypeScore=3.2902;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=2.325;QD=13.56;ReadPosRankSum=1.076;SB=-226.658;SBQD=-8.728;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-1.0142;VQSLOD=3.6406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:762,0,871
|
|
1 177897348 rs487021 T C 901.89 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-468.704;SBQD=0.132;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.1757;VQSLOD=5.3908 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:932,0,1392
|
|
1 177917479 rs6695715 G A 1176.88 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.661;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.908;HRun=1;HaplotypeScore=1.6498;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=16.12;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-648.654;SBQD=3.064;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.2317;VQSLOD=5.5389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:1207,0,749
|
|
1 177918165 rs1984159 A G 1320.17 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.550;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=16.93;ReadPosRankSum=-0.324;SB=-583.242;SBQD=-1.706;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.7035;VQSLOD=4.7232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:1350,0,993
|
|
1 177995610 rs1415083 G C 1858.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=26.93;SB=-1271.127;SBQD=0.836;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.1273;VQSLOD=5.1414 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1891,147,0
|
|
1 177999767 rs12410468 T C 1049.03 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.182;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=10.753;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.115;QD=15.66;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-484.689;SBQD=-8.472;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2660;VQSLOD=5.1687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1079,0,1001
|
|
1 178006225 rs2185391 A C 389.64 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.037;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.985;HRun=0;HaplotypeScore=1.6598;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.413;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-304.598;SBQD=-0.558;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.0336;VQSLOD=1.8698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:420,0,1148
|
|
1 178008400 rs7525403 A G 583.29 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.540;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.557;HRun=1;HaplotypeScore=1.7987;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=8.84;ReadPosRankSum=-2.542;SB=-240.420;SBQD=-5.546;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.8684;VQSLOD=3.1060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:66:99:613,0,1152
|
|
1 178100045 rs316264 C G 1179.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.94;MQ0=1;QD=24.08;SB=-562.549;SBQD=-6.920;SBpi=-0.6429;SBpiQual=-1.0984;VQSLOD=4.4425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1213,108,0
|
|
1 178168924 rs316272 C T 2816.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=35.20;SB=-1434.774;SBQD=-0.045;SBpi=-0.3354;SBpiQual=-0.3341;VQSLOD=8.6186 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2849,220,0
|
|
1 178306372 . T C 1332.85 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;DP=81;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=0;HaplotypeScore=1.9436;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.361;QD=16.45;ReadPosRankSum=1.569;SB=-663.691;SBQD=0.672;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.2710;VQSLOD=4.4490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:1363,0,1114
|
|
1 178492175 rs10798612 A G 2016.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.17;SB=-828.605;SBQD=1.027;SBpi=-0.9764;SBpiQual=-0.9581;VQSLOD=8.5082 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2049,165,0
|
|
1 178504163 rs12074085 G A 926.70 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.382;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.299;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=2.220;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-365.268;SBQD=-3.588;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8236;VQSLOD=5.0364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:957,0,875
|
|
1 178509462 rs11588907 C T 661.99 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.319;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.334;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.061;SB=-326.615;SBQD=4.363;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3268;VQSLOD=5.6215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:692,0,832
|
|
1 178539647 rs7533749 C A 863.10 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.696;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.665;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.458;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.040;SB=-406.335;SBQD=-4.784;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.7016;VQSLOD=4.9493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:893,0,1152
|
|
1 178557894 rs2492280 C T 811.74 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.237;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.676;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-296.127;SBQD=-4.814;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8764;VQSLOD=4.0698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:842,0,1458
|
|
1 178569136 rs6425489 A G 1050.36 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-646.407;SBQD=-0.589;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.1634;VQSLOD=6.2454 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1080,0,1018
|
|
1 178585052 rs6425490 C T 805.36 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.054;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.468;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-475.870;SBQD=-2.251;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2772;VQSLOD=5.8817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:835,0,1038
|
|
1 178586784 rs6684959 C T 998.47 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.080;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.202;HRun=0;HaplotypeScore=1.9972;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=16.37;ReadPosRankSum=2.549;SB=-197.492;SBQD=4.403;SBpi=1.7678;SBpiQual=1.9013;VQSLOD=3.1733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:1028,0,820
|
|
1 178587909 rs2492278 A G 1328.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.96;MQ0=0;QD=28.89;SB=-429.794;SBQD=-7.229;SBpi=-1.3270;SBpiQual=-1.6759;VQSLOD=5.9915 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1362,117,0
|
|
1 178591133 rs1074895 G A 720.60 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.930;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=5.864;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.650;SB=-367.191;SBQD=-8.502;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1938;VQSLOD=5.6240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:751,0,665
|
|
1 178632324 rs4304538 A G 2862.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.49;SB=-1458.671;SBQD=0.005;SBpi=0.3842;SBpiQual=0.4061;VQSLOD=8.3874 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2896,226,0
|
|
1 178649529 . C T 2867.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=34.97;SB=-1317.568;SBQD=1.344;SBpi=0.5522;SBpiQual=0.6482;VQSLOD=7.1676 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2900,232,0
|
|
1 178649610 . C T 1747.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.05;MQ0=1;QD=29.62;SB=-921.340;SBQD=-7.899;SBpi=0.1953;SBpiQual=-0.2925;VQSLOD=5.0572 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:59:99:1781,147,0
|
|
1 178681859 . A G 248.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=45;Dels=0.00;FS=3.681;HRun=1;HaplotypeScore=6.9975;MQ=53.99;MQ0=1;MQRankSum=-0.723;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-190.257;SBQD=2.196;SBpi=0.8660;SBpiQual=1.0783;VQSLOD=-0.2952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:278,0,388
|
|
1 178685269 rs12021560 T A 67.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.76;MQ0=0;QD=0.98;SB=-1127.108;SBQD=0.312;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.1786;VQSLOD=-0.5545 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:9.02:100,9,0
|
|
1 178692247 rs2811282 C T 1662.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.79;SB=-945.263;SBQD=0.694;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.3794;VQSLOD=6.5716 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1696,129,0
|
|
1 178745611 rs6662050 A T 3144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7753;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-1509.077;SBQD=0.560;SBpi=-0.5392;SBpiQual=-0.5321;VQSLOD=6.2028 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3177,244,0
|
|
1 178759177 rs7554836 A G 1515.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.84;SB=-974.276;SBQD=-9.348;SBpi=0.5762;SBpiQual=-0.1037;VQSLOD=3.2322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1548,144,0
|
|
1 178762931 rs4651007 G A 2734.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1479.833;SBQD=0.774;SBpi=-0.1132;SBpiQual=-0.0610;VQSLOD=8.7613 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2768,214,0
|
|
1 178829394 rs12127931 G A 3137.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.35;SB=-1290.311;SBQD=-0.971;SBpi=-0.8729;SBpiQual=-0.9526;VQSLOD=8.7600 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3170,247,0
|
|
1 178848223 rs3766637 A G 2481.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26;SB=-1382.031;SBQD=-5.731;SBpi=0.3313;SBpiQual=-0.0804;VQSLOD=6.7041 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:2514,220,0
|
|
1 178858711 rs10798635 C A 2880.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=36.00;SB=-1431.981;SBQD=0.658;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.4152;VQSLOD=8.7782 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2913,223,0
|
|
1 178937863 rs11591219 G A 840.82 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.668;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=8.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-295.775;SBQD=-8.551;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-1.0736;VQSLOD=4.4331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:871,0,853
|
|
1 178943576 rs10913662 G A 908.91 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.527;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.825;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.295;SB=-519.657;SBQD=2.610;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0720;VQSLOD=4.9945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:939,0,1101
|
|
1 178960799 . C A 1488.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.97;MQ0=3;QD=22.21;SB=-571.402;SBQD=5.583;SBpi=0.7385;SBpiQual=0.6609;VQSLOD=3.0762 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1521,132,0
|
|
1 178968506 rs7524616 T C 760.69 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.858;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.228;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.464;SB=-364.732;SBQD=6.950;SBpi=-0.0898;SBpiQual=0.2283;VQSLOD=5.1042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:791,0,958
|
|
1 178973221 . T C 1561.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.02;SB=-857.416;SBQD=0.427;SBpi=-0.9037;SBpiQual=-0.9529;VQSLOD=4.3556 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1594,126,0
|
|
1 179030369 rs7538498 G A 2669.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=34.67;SB=-1196.731;SBQD=3.989;SBpi=-0.8547;SBpiQual=-0.6405;VQSLOD=8.3082 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2703,217,0
|
|
1 179040077 rs4297249 T G 2198.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.56;MQ0=0;QD=31.86;SB=-1148.999;SBQD=0.868;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.4791;VQSLOD=7.7613 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2231,178,0
|
|
1 179040438 rs2025581 A T 338.89 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=9.743;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-195.376;SBQD=8.611;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.8855;VQSLOD=3.0849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:369,0,889
|
|
1 179046225 rs55854504 C A 1010.98 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.398;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8401;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.056;QD=15.09;ReadPosRankSum=2.132;SB=-593.993;SBQD=1.461;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1095;VQSLOD=3.1159 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1041,0,755
|
|
1 179061427 rs10798652 C T 2457.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;QD=34.62;SB=-1260.800;SBQD=-1.804;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.1171;VQSLOD=8.5658 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2491,199,0
|
|
1 179062458 . G C 969.24 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;DP=59;Dels=0.00;FS=2.245;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-505.276;SBQD=2.985;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1161;VQSLOD=4.7188 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:999,0,701
|
|
1 179072966 rs4651013 C T 2384.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43;SB=-1400.895;SBQD=0.950;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4663;VQSLOD=7.0785 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2417,187,0
|
|
1 179098633 rs2486996 T C 1887.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=30.44;SB=-990.294;SBQD=4.678;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-0.1449;VQSLOD=7.3092 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1920,168,0
|
|
1 179138652 rs2816192 C T 1987.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.2845;MQ=59.42;MQ0=0;QD=27.61;SB=-893.427;SBQD=1.465;SBpi=-1.5321;SBpiQual=-1.4895;VQSLOD=3.3513 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2021,159,0
|
|
1 179144055 . A T 182.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=21.4274;MQ=45.99;MQ0=0;MQRankSum=4.357;QD=3.71;ReadPosRankSum=3.908;SB=-366.495;SBQD=-10.542;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.4353;VQSLOD=-10.8945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:37.92:212,0,38
|
|
1 179254144 rs2484440 A G 975.24 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.474;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=8.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=15.73;ReadPosRankSum=1.026;SB=-362.477;SBQD=-8.458;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.9498;VQSLOD=5.4782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:1005,0,887
|
|
1 179254984 rs12138973 G A 886.18 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.879;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=5.257;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.24;MQ0=1;MQRankSum=0.090;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-388.377;SBQD=-3.591;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7300;VQSLOD=5.3640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:916,0,948
|
|
1 179255209 rs12749666 T C 974.46 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.043;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-588.486;SBQD=4.331;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.0103;VQSLOD=6.0598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1004,0,1130
|
|
1 179261227 rs2254214 C G 1177.40 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.010;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.929;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-529.015;SBQD=-4.486;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.4259;VQSLOD=5.5863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:1207,0,907
|
|
1 179265257 rs2484442 A G 1363.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=56.43;MQ0=0;QD=23.51;SB=-867.335;SBQD=-6.998;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.5490;VQSLOD=3.8343 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1396,126,0
|
|
1 179273212 rs12047131 A G 1072.55 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7853;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=12.77;ReadPosRankSum=2.126;SB=-525.613;SBQD=-0.909;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.3147;VQSLOD=4.5615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:1103,0,1550
|
|
1 179289507 rs10913720 C A 1384.68 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.846;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=15.73;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-488.636;SBQD=0.239;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.2149;VQSLOD=4.8601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:1415,0,1311
|
|
1 179290550 rs6425533 C G 1009.98 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.083;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.871;HRun=0;HaplotypeScore=1.9198;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.658;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-451.663;SBQD=-5.192;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.6267;VQSLOD=2.2866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:77:99:1040,0,1157
|
|
1 179295332 rs2862617 C T 1644.04 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.862;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=7.408;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=14.81;ReadPosRankSum=1.100;SB=-764.484;SBQD=3.061;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.3350;VQSLOD=4.5971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,55:111:99:1674,0,1423
|
|
1 179299896 rs2902276 T C 1165.05 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.241;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=17.39;ReadPosRankSum=-2.167;SB=-567.115;SBQD=-4.018;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.5986;VQSLOD=3.7826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,43:67:99:1195,0,672
|
|
1 179303886 rs1964175 T C 644.47 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=7.525;HRun=0;HaplotypeScore=1.6567;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.419;SB=-309.580;SBQD=-5.425;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4837;VQSLOD=5.1394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:674,0,394
|
|
1 179304524 rs12038140 G A 1347.73 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.000;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=7.240;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.862;QD=14.97;ReadPosRankSum=-1.579;SB=-762.191;SBQD=-4.122;SBpi=-0.1414;SBpiQual=0.0536;VQSLOD=5.2916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:1378,0,1015
|
|
1 179309704 rs2248847 G A 2744.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1421.476;SBQD=-0.439;SBpi=-0.2813;SBpiQual=-0.3087;VQSLOD=7.5859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2777,217,0
|
|
1 179317529 . C A 1158.30 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.969;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-599.346;SBQD=1.662;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.2701;VQSLOD=4.7917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1188,0,1148
|
|
1 179326397 rs7536854 C G 519.36 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.661;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-256.129;SBQD=0.169;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.4417;VQSLOD=3.6586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:549,0,721
|
|
1 179334984 rs10753193 A G 342.86 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.402;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=8.36;ReadPosRankSum=-1.353;SB=-208.963;SBQD=-2.448;SBpi=0.2357;SBpiQual=-0.0366;VQSLOD=4.6512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:373,0,710
|
|
1 179351292 rs6665787 C T 857.30 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.627;HRun=0;HaplotypeScore=3.5406;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=11.43;ReadPosRankSum=1.559;SB=-327.444;SBQD=5.133;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.0533;VQSLOD=3.2265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:887,0,1000
|
|
1 179369939 . G C 514.67 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.990;DP=49;Dels=0.00;FS=4.246;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.630;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.630;SB=-287.194;SBQD=-4.230;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4298;VQSLOD=1.7150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:545,0,598
|
|
1 179376178 rs4642851 C T 1133.32 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.252;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.872;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.857;SB=-539.498;SBQD=2.774;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2593;VQSLOD=5.7917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:1163,0,1472
|
|
1 179405556 rs4652386 G A 1269.03 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.909;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=1;MQRankSum=0.204;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.528;SB=-576.074;SBQD=-2.538;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.5126;VQSLOD=5.7252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1299,0,1072
|
|
1 179420113 rs6661077 C G 1485.68 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=1.678;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-716.209;SBQD=3.034;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.4013;VQSLOD=4.3633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:1516,0,1422
|
|
1 179431362 rs4651035 G C 921.35 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.006;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.735;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.678;SB=-456.605;SBQD=1.788;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1761;VQSLOD=2.8594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:951,0,1198
|
|
1 179434705 rs4317772 T C 519.72 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.552;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.969;SB=-301.550;SBQD=-0.747;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.1160;VQSLOD=3.0587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:550,0,1091
|
|
1 179441449 rs12137518 T G 1358.70 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.179;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=17.20;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-746.022;SBQD=1.200;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.1698;VQSLOD=5.1151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:1389,0,1021
|
|
1 179443228 rs12736602 T C 274.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.331;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-174.901;SBQD=-0.104;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.1049;VQSLOD=0.8046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:46:99:305,0,879
|
|
1 179443722 rs61826030 A C 1134.63 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.077;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.990;HRun=1;HaplotypeScore=1.9681;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=13.67;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-584.834;SBQD=2.570;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.2558;VQSLOD=3.3890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1165,0,1222
|
|
1 179445903 . C A 939.67 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DP=71;Dels=0.00;FS=4.826;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-458.739;SBQD=5.170;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3225;VQSLOD=3.8734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:970,0,1130
|
|
1 179445922 rs12139588 G C 1349.11 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.298;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=16.06;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-662.662;SBQD=1.261;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.1727;VQSLOD=5.1346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1379,0,1015
|
|
1 179446515 rs11808267 A G 1083.06 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.951;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.841;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-525.483;SBQD=2.959;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.2562;VQSLOD=4.5962 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:1113,0,1221
|
|
1 179446755 rs11808664 T A 797.21 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=9.205;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=9.49;ReadPosRankSum=2.130;SB=-601.205;SBQD=8.598;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1590;VQSLOD=3.7885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:827,0,555
|
|
1 179449271 rs6672804 T C 1389.92 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.900;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.025;HRun=0;HaplotypeScore=1.7853;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=16.95;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-636.182;SBQD=1.854;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.6581;VQSLOD=4.5386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1420,0,1023
|
|
1 179453965 rs34890906 G A 513.08 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.095;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.473;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.551;SB=-320.455;SBQD=-6.839;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.7368;VQSLOD=4.9345 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:543,0,608
|
|
1 179459720 rs6697862 G A 1367.36 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.138;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=8.100;HRun=4;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=14.10;ReadPosRankSum=-1.378;SB=-730.317;SBQD=-6.315;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.4642;VQSLOD=4.4421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,52:97:99:1397,0,1358
|
|
1 179461671 rs10913798 G A 1424.91 PASS AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.891;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.810;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=21.59;ReadPosRankSum=0.537;SB=-546.532;SBQD=5.536;SBpi=0.8847;SBpiQual=1.0144;VQSLOD=3.1268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,46:66:99:1455,0,583
|
|
1 179476033 . G A 908.29 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.429;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.218;SB=-432.103;SBQD=-1.076;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4760;VQSLOD=3.3829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:938,0,829
|
|
1 179476746 rs4111171 A G 1218.19 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.871;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=2.988;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.305;QD=15.23;ReadPosRankSum=2.959;SB=-562.465;SBQD=-3.931;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3384;VQSLOD=2.6499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1248,0,1283
|
|
1 179489402 rs1410585 G A 1351.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.813;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.793;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.01;MQ0=2;MQRankSum=0.804;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.415;SB=-623.256;SBQD=2.215;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.5116;VQSLOD=5.7599 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:1382,0,1279
|
|
1 179494145 rs4652404 G T 1057.99 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.976;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.050;SB=-620.982;SBQD=-1.535;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1419;VQSLOD=5.7165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1088,0,1020
|
|
1 179545999 rs2026014 T A 1749.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=30.17;SB=-1052.270;SBQD=3.329;SBpi=-0.2626;SBpiQual=-0.0701;VQSLOD=5.2660 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1783,141,0
|
|
1 179553724 rs3930537 G A 1004.47 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.221;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.370;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=15.45;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-485.374;SBQD=3.510;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2068;VQSLOD=5.8937 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:1034,0,950
|
|
1 179556306 rs3926126 T C 1876.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=27.60;SB=-1088.950;SBQD=4.823;SBpi=-0.4851;SBpiQual=-0.0955;VQSLOD=5.0210 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1910,165,0
|
|
1 179569349 rs61826402 C G 928.46 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.713;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.817;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-403.718;SBQD=1.254;SBpi=0.8590;SBpiQual=0.6903;VQSLOD=3.9525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:958,0,1438
|
|
1 179614100 . C A 1067.45 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.187;DP=78;Dels=0.00;FS=8.051;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.345;QD=13.69;ReadPosRankSum=-2.393;SB=-542.700;SBQD=7.031;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1428;VQSLOD=2.2089 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:1097,0,1417
|
|
1 179624471 rs7549258 G A 1036.32 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.284;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-571.004;SBQD=4.579;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.0798;VQSLOD=5.3722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1066,0,1039
|
|
1 179642446 . C T 1246.93 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.967;DP=81;Dels=0.00;FS=0.834;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=15.39;ReadPosRankSum=1.469;SB=-658.331;SBQD=1.141;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0266;VQSLOD=4.2896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1277,0,1135
|
|
1 179680233 . G A 643.19 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.227;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8640;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.775;SB=-320.759;SBQD=0.917;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.2930;VQSLOD=4.2490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:673,0,400
|
|
1 179692802 rs12133246 C G 826.02 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.786;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.120;SB=-312.733;SBQD=4.224;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6907;VQSLOD=4.3709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:856,0,739
|
|
1 179703019 rs2504033 G T 673.96 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.632;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.558;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.483;SB=-359.785;SBQD=5.925;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2091;VQSLOD=3.9435 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:68:99:704,0,1010
|
|
1 179728436 rs2487744 T C 2681.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7297;MQ=58.97;MQ0=0;QD=31.18;SB=-987.301;SBQD=-3.059;SBpi=-1.5097;SBpiQual=-1.7480;VQSLOD=4.3456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2714,220,0
|
|
1 179729126 rs2504053 A G 2433.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.40;MQ0=0;QD=27.65;SB=-1234.365;SBQD=-4.051;SBpi=-0.5330;SBpiQual=-0.9214;VQSLOD=6.6049 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2466,220,0
|
|
1 179748224 rs4448483 T C 1142.12 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.377;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.791;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.517;SB=-555.256;SBQD=2.127;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.2811;VQSLOD=5.9239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:1172,0,1340
|
|
1 179756807 rs3905111 A G 1743.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.24;SB=-1024.023;SBQD=-6.986;SBpi=0.1250;SBpiQual=-0.4038;VQSLOD=4.6854 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1777,156,0
|
|
1 179766662 rs12137045 C T 819.22 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.879;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.184;HRun=0;HaplotypeScore=3.6454;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=13.43;ReadPosRankSum=1.716;SB=-453.144;SBQD=3.068;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0848;VQSLOD=3.6063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:849,0,849
|
|
1 179779533 . G C 688.40 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.438;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.1921;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-391.498;SBQD=2.685;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.2825;VQSLOD=2.0828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:718,0,652
|
|
1 179787166 rs7518566 C T 645.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.038;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.040;HRun=0;HaplotypeScore=2.8992;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.588;QD=11.52;ReadPosRankSum=-1.779;SB=-425.489;SBQD=-1.841;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2177;VQSLOD=1.3675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:675,0,553
|
|
1 179831248 rs1048418 G A 1159.98 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.814;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.272;SB=-495.627;SBQD=-1.682;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6908;VQSLOD=5.9760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:1190,0,1554
|
|
1 179859333 rs553830 G A 1558.93 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.678;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.797;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=17.32;ReadPosRankSum=1.159;SB=-727.059;SBQD=1.725;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.4047;VQSLOD=5.4762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:1589,0,1242
|
|
1 179861042 rs7530362 C T 1045.19 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.153;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7791;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=1.823;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.125;SB=-550.013;SBQD=-1.892;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.5038;VQSLOD=4.8023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:1075,0,856
|
|
1 179879185 rs600553 C T 805.89 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.831;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.239;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.858;SB=-437.060;SBQD=6.627;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1648;VQSLOD=5.6801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:836,0,713
|
|
1 179890933 rs10913909 C G 1075.20 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.975;HRun=0;HaplotypeScore=1.8313;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-573.130;SBQD=-2.044;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1645;VQSLOD=4.9530 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1105,0,1081
|
|
1 179910422 rs10913912 G A 1119.45 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.442;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=7.345;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=2.153;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.048;SB=-482.890;SBQD=7.357;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.6384;VQSLOD=5.3266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:86:99:1149,0,1194
|
|
1 179911623 rs511332 G C 779.07 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.007;HRun=0;HaplotypeScore=4.6087;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-447.310;SBQD=1.892;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0058;VQSLOD=2.8515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:58:99:809,0,859
|
|
1 179912036 rs10913913 C T 721.79 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.380;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-382.986;SBQD=2.917;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.0970;VQSLOD=5.8618 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:752,0,1191
|
|
1 179959297 rs10913921 C T 425.98 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.901;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=5.123;HRun=0;HaplotypeScore=2.6102;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=6.17;ReadPosRankSum=-1.671;SB=-310.409;SBQD=-3.590;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.8364;VQSLOD=2.5478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:456,0,829
|
|
1 179969451 rs12138251 G A 1035.20 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.430;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.095;HRun=0;HaplotypeScore=1.9775;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-471.385;SBQD=-1.484;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.8016;VQSLOD=4.9119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1065,0,883
|
|
1 179974033 rs28558408 G T 134.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=11.5218;MQ=51.69;MQ0=2;MQRankSum=-1.374;QD=2.59;ReadPosRankSum=2.453;SB=-114.322;SBQD=-0.517;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.2899;VQSLOD=-3.1616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,13:52:99:165,0,786
|
|
1 180026152 rs2319676 G T 2373.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;QD=36.52;SB=-1029.634;SBQD=1.031;SBpi=-0.8062;SBpiQual=-0.7721;VQSLOD=7.1387 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2407,187,0
|
|
1 180071093 rs4652464 A C 802.70 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=12.187;HRun=2;HaplotypeScore=3.3672;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=13.84;ReadPosRankSum=-1.403;SB=-324.314;SBQD=9.356;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.6993;VQSLOD=3.0182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:833,0,775
|
|
1 180071784 rs6657347 T C 797.77 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.514;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.786;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.926;SB=-233.408;SBQD=9.422;SBpi=0.7559;SBpiQual=1.1491;VQSLOD=5.7783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:828,0,946
|
|
1 180102142 rs4652471 C A 1045.68 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.345;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.178;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=17.43;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-413.345;SBQD=3.463;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8675;VQSLOD=4.6083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:1076,0,741
|
|
1 180104161 rs9425864 G T 874.09 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.925;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.831;SB=-360.645;SBQD=-1.084;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.7785;VQSLOD=5.4770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:904,0,1142
|
|
1 180110077 rs9425868 A G 758.31 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.202;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.897;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-359.176;SBQD=0.027;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.5693;VQSLOD=3.5928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:788,0,1492
|
|
1 180113970 rs7528811 G A 1218.05 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.044;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=7.811;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-628.831;SBQD=7.106;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2128;VQSLOD=6.5502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1248,0,923
|
|
1 180124379 rs35481032 T C 190.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.18;SB=-77.018;SBQD=3.594;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.7095;VQSLOD=3.7410 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:18.06:224,18,0
|
|
1 180133784 rs3820309 G C 917.71 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.866;HRun=0;HaplotypeScore=2.8695;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-498.135;SBQD=4.213;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3529;VQSLOD=3.6749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:74:99:948,0,979
|
|
1 180149834 rs10913940 T G 1621.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.01;MQ0=0;QD=30.04;SB=-984.344;SBQD=-0.007;SBpi=-0.1361;SBpiQual=-0.1418;VQSLOD=6.5152 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1655,132,0
|
|
1 180155376 rs2298207 C G 611.32 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=4.045;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=2.236;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.896;SB=-404.893;SBQD=3.802;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1470;VQSLOD=4.9464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:641,0,698
|
|
1 180167414 rs3738112 C G 534.44 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.065;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.824;HRun=0;HaplotypeScore=3.9965;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.295;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.563;SB=-345.073;SBQD=2.081;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.2456;VQSLOD=3.2496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:564,0,489
|
|
1 180180669 rs164980 A G 970.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;QD=25.53;SB=-447.022;SBQD=-3.760;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.5005;VQSLOD=4.1695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:93.20:1003,93,0
|
|
1 180182782 . G C 2274.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7757;MQ=59.39;MQ0=0;QD=33.44;SB=-1109.202;SBQD=-2.418;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.5267;VQSLOD=2.7692 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2307,184,0
|
|
1 180206635 rs12069743 G A 2680.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.48;MQ0=0;QD=33.51;SB=-1485.778;SBQD=0.706;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0277;VQSLOD=7.5849 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:2714,208,0
|
|
1 180219900 rs7539244 A G 1049.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.90;MQ0=0;QD=29.16;SB=-436.626;SBQD=0.828;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-0.9679;VQSLOD=6.1967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90.23:1083,90,0
|
|
1 180240752 rs3845397 C T 522.42 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.604;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=7.425;HRun=0;HaplotypeScore=2.3609;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=12.15;ReadPosRankSum=1.178;SB=-111.772;SBQD=-11.844;SBpi=-1.4184;SBpiQual=-1.5728;VQSLOD=4.1132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:552,0,569
|
|
1 180318447 rs7523003 C T 487.58 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=57.40;MQ0=0;MQRankSum=-2.542;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.177;SB=-190.264;SBQD=2.143;SBpi=1.0660;SBpiQual=1.0819;VQSLOD=2.5820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:518,0,515
|
|
1 180332618 . T C 1000.88 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;DP=79;Dels=0.00;FS=3.006;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.724;SB=-477.827;SBQD=-3.947;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3770;VQSLOD=4.0197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:1031,0,1388
|
|
1 180346810 rs10913973 T C 754.12 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.743;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=9.359;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=1.093;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.668;SB=-375.631;SBQD=-5.991;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.0871;VQSLOD=5.2919 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:784,0,820
|
|
1 180350046 rs56303477 T C 1250.53 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.383;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-591.680;SBQD=-6.408;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2570;VQSLOD=5.4388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1281,0,1297
|
|
1 180354812 rs55874160 G A 2610.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.38;MQ0=0;QD=33.05;SB=-1216.122;SBQD=2.518;SBpi=0.6188;SBpiQual=0.8247;VQSLOD=7.6967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2644,217,0
|
|
1 180356025 rs4642852 C A 3586.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.02;MQ0=0;QD=37.36;SB=-1659.257;SBQD=1.022;SBpi=0.5103;SBpiQual=0.6447;VQSLOD=8.4984 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3586,277,0
|
|
1 180372377 rs6680754 T C 2313.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=59.75;MQ0=0;QD=31.27;SB=-1199.671;SBQD=4.252;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-0.1072;VQSLOD=6.1095 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2347,208,0
|
|
1 180373603 rs61024380 G A 999.70 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.842;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.425;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-380.726;SBQD=2.740;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8566;VQSLOD=4.3333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:1030,0,1420
|
|
1 180374046 rs12081494 T A 1131.28 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.312;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=16.88;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-459.232;SBQD=7.364;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.9153;VQSLOD=5.3719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1161,0,912
|
|
1 180393207 rs4420052 T C 1194.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.379;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.086;SB=-609.481;SBQD=0.142;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3118;VQSLOD=5.3263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1225,0,1496
|
|
1 180413124 rs6680368 A T 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.09;MQ0=0;QD=32.87;SB=-919.028;SBQD=1.556;SBpi=0.2722;SBpiQual=0.3644;VQSLOD=7.2184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1808,144,0
|
|
1 180420769 rs6674244 C A 1243.74 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.955;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.299;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=18.56;ReadPosRankSum=0.677;SB=-538.796;SBQD=-3.505;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4947;VQSLOD=4.1914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1274,0,900
|
|
1 180420818 rs4562579 A G 2528.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1324.835;SBQD=0.449;SBpi=-0.3487;SBpiQual=-0.3276;VQSLOD=7.5794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2561,199,0
|
|
1 180434348 rs6670242 T G 655.38 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.921;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.508;SB=-295.232;SBQD=2.371;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4986;VQSLOD=4.2512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,26:75:99:685,0,1603
|
|
1 180449079 . G A 1085.50 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.399;DP=75;Dels=0.00;FS=0.858;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-579.057;SBQD=2.578;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.1397;VQSLOD=4.5611 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1115,0,988
|
|
1 180463358 . C T 1131.34 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.729;DP=76;Dels=0.00;FS=14.702;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.684;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.748;SB=-282.799;SBQD=-10.804;SBpi=-1.3974;SBpiQual=-1.5792;VQSLOD=1.5958 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1161,0,1094
|
|
1 180467907 rs12058221 A C 1120.91 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.673;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7145;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.506;SB=-542.202;SBQD=3.864;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.2842;VQSLOD=4.7428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1151,0,975
|
|
1 180490153 . C A 976.25 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.971;DP=51;Dels=0.00;FS=2.682;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=19.14;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-272.648;SBQD=-5.259;SBpi=-1.3470;SBpiQual=-1.4773;VQSLOD=2.8578 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:1006,0,497
|
|
1 180490877 rs7555087 A G 1861.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.85;SB=-897.550;SBQD=0.720;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.5362;VQSLOD=5.1815 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1895,150,0
|
|
1 180494646 rs10914019 T C 2363.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.50;MQ0=0;QD=31.51;SB=-1095.019;SBQD=3.609;SBpi=-0.9815;SBpiQual=-0.8540;VQSLOD=6.9685 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2396,196,0
|
|
1 180509305 rs1970399 C A 198.80 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.294;DB;DP=47;Dels=0.04;FS=2.772;HRun=2;HaplotypeScore=54.1811;MQ=51.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.090;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.383;SB=-157.337;SBQD=3.255;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6803;VQSLOD=-74.0223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:229,0,754
|
|
1 180545435 rs7542168 T A 826.84 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.752;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-490.402;SBQD=-4.488;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0386;VQSLOD=4.8540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:857,0,1120
|
|
1 180546563 rs10798781 A C 2062.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=31.25;SB=-1115.342;SBQD=2.963;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.4491;VQSLOD=7.3772 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2095,166,0
|
|
1 180547717 rs34569745 C T 962.16 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.208;HRun=1;HaplotypeScore=2.3869;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=13.94;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-539.666;SBQD=-2.532;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0763;VQSLOD=2.7038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:992,0,832
|
|
1 180553229 rs12729441 C T 103.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.942;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.969;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.982;SB=-70.206;SBQD=-14.653;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-1.0591;VQSLOD=0.9167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:33:99:133,0,243
|
|
1 180562366 rs10494531 G T 1123.88 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.576;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.002;HRun=3;HaplotypeScore=3.6185;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.680;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.218;SB=-588.726;SBQD=2.045;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1475;VQSLOD=3.1282 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1154,0,831
|
|
1 180563844 rs3845400 G A 1251.35 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.499;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=7.741;HRun=2;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=16.47;ReadPosRankSum=1.274;SB=-511.928;SBQD=6.101;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6732;VQSLOD=5.0706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1281,0,991
|
|
1 180567335 rs10753220 C T 2849.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7940;MQ=59.13;MQ0=0;QD=35.62;SB=-1418.702;SBQD=0.436;SBpi=-0.3354;SBpiQual=-0.3297;VQSLOD=3.9326 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2883,226,0
|
|
1 180576386 rs12041936 G A 979.54 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.438;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.639;HRun=0;HaplotypeScore=3.7343;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-381.028;SBQD=4.804;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6694;VQSLOD=3.7664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:83:99:1010,0,1604
|
|
1 180586429 rs4652522 A G 944.69 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.323;SB=-474.946;SBQD=-1.343;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1005;VQSLOD=5.4635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:975,0,1443
|
|
1 180712330 . A G 1153.87 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;DP=91;Dels=0.00;FS=0.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-537.575;SBQD=-0.120;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.5089;VQSLOD=3.9271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:1184,0,1426
|
|
1 180778201 rs3013634 C T 3043.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1499.781;SBQD=-0.105;SBpi=0.2744;SBpiQual=0.2851;VQSLOD=8.4051 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3076,241,0
|
|
1 180784878 rs2944259 T G 1124.14 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=5.192;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.781;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.140;SB=-349.570;SBQD=6.552;SBpi=1.1068;SBpiQual=1.2491;VQSLOD=4.4325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:1154,0,844
|
|
1 180820057 . T A 973.82 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.704;DP=61;Dels=0.00;FS=6.930;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=15.96;ReadPosRankSum=-1.206;SB=-466.433;SBQD=8.154;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2971;VQSLOD=3.2078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:1004,0,797
|
|
1 180868844 rs7525002 G T 797.68 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.109;SB=-366.973;SBQD=-0.341;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.3854;VQSLOD=5.5128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:828,0,1121
|
|
1 180879415 rs3845410 A G 2161.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.62;MQ0=0;QD=32.75;SB=-1154.815;SBQD=-1.839;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0039;VQSLOD=8.3689 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2195,181,0
|
|
1 180921640 rs6695648 G A 483.77 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.556;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.430;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.675;SB=-155.474;SBQD=-5.439;SBpi=-1.2002;SBpiQual=-1.2293;VQSLOD=5.0351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:514,0,482
|
|
1 180930215 rs7538053 C T 1444.83 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=7.025;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.267;SB=-727.028;SBQD=5.409;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.1468;VQSLOD=5.5054 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1475,0,1369
|
|
1 180938811 rs7516077 T A 397.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=11.229;HRun=2;HaplotypeScore=6.8715;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.786;SB=-328.724;SBQD=1.080;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.1291;VQSLOD=1.1288 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:427,0,568
|
|
1 180950869 rs2331903 C T 1909.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=25.12;SB=-1361.455;SBQD=-1.081;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.2337;VQSLOD=5.3118 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1942,156,0
|
|
1 180951043 rs3789364 C G 1872.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=32.86;SB=-969.057;SBQD=-0.836;SBpi=-0.3311;SBpiQual=-0.4058;VQSLOD=7.0591 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1906,153,0
|
|
1 180954130 rs4652548 C T 3366.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=36.59;SB=-1448.773;SBQD=-0.634;SBpi=-0.8341;SBpiQual=-0.9474;VQSLOD=7.9462 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3366,265,0
|
|
1 180975614 rs10910848 G C 1136.63 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.508;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.905;HRun=0;HaplotypeScore=3.6487;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.137;SB=-546.806;SBQD=-0.626;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.5656;VQSLOD=4.0747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1167,0,1332
|
|
1 180998570 rs2225332 A G 2141.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=32.44;SB=-940.977;SBQD=-6.713;SBpi=-0.2462;SBpiQual=-0.7053;VQSLOD=7.9330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2174,190,0
|
|
1 181000347 rs12732026 C T 313.28 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.584;HRun=2;HaplotypeScore=74.7833;MQ=38.23;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=4.35;ReadPosRankSum=-3.921;SB=-147.237;SBQD=-2.901;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0404;VQSLOD=-171.4755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,16:72:99:343,0,225
|
|
1 181010101 rs55903939 T C 377.04 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5717;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.697;SB=-49.652;SBQD=-8.848;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.6159;VQSLOD=3.5758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:407,0,376
|
|
1 181021483 rs35223984 C T 1261.55 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.038;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.915;HRun=0;HaplotypeScore=1.5757;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.141;SB=-676.294;SBQD=2.776;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0308;VQSLOD=5.6025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1292,0,1024
|
|
1 181031212 rs3856064 C T 2435.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1095.406;SBQD=-1.909;SBpi=-0.7714;SBpiQual=-0.9759;VQSLOD=7.3001 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2468,193,0
|
|
1 181031709 rs3936940 T C 2058.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.94;MQ0=0;QD=27.45;SB=-1238.527;SBQD=1.934;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.4586;VQSLOD=3.9521 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2092,166,0
|
|
1 181043369 rs10910860 T C 469.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.156;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=15.413;HRun=1;HaplotypeScore=1.9053;MQ=46.99;MQ0=4;MQRankSum=-5.509;QD=8.70;ReadPosRankSum=-2.122;SB=-8.487;SBQD=-12.986;SBpi=-1.6358;SBpiQual=-1.7569;VQSLOD=-3.8948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:500,0,729
|
|
1 181044272 rs9787100 A G 1101.41 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.100;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.411;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-571.686;SBQD=-3.206;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.1094;VQSLOD=3.4406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1131,0,1056
|
|
1 181078868 . T G 741.74 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.447;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-350.567;SBQD=0.949;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.8445;VQSLOD=3.3562 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:772,0,1573
|
|
1 181079712 rs2877547 A G 937.74 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.195;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=0;HaplotypeScore=1.8410;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-447.735;SBQD=-0.903;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3643;VQSLOD=5.6494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:968,0,998
|
|
1 181081874 . A G 618.69 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.434;DP=70;Dels=0.00;FS=3.331;HRun=2;HaplotypeScore=2.6250;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.372;SB=-414.907;SBQD=4.117;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0207;VQSLOD=1.5651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:649,0,1271
|
|
1 181084058 rs55978979 A G 919.02 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.840;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.831;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-470.721;SBQD=-5.359;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.8127;VQSLOD=5.2522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:949,0,1368
|
|
1 181131949 rs945627 C T 2723.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=35.83;SB=-1338.417;SBQD=-1.039;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.4193;VQSLOD=8.4636 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2756,211,0
|
|
1 181154902 rs10752840 A G 646.50 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.062;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.867;SB=-286.578;SBQD=0.057;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.4572;VQSLOD=5.1425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:676,0,740
|
|
1 181163551 rs9792990 C G 853.36 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.925;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=2.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.863;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-409.561;SBQD=-2.319;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8320;VQSLOD=4.2879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:883,0,1583
|
|
1 181179652 rs4652592 T A 818.84 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.119;HRun=1;HaplotypeScore=2.6159;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.075;SB=-398.028;SBQD=1.164;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2426;VQSLOD=4.3615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:849,0,604
|
|
1 181182812 rs4652594 T G 836.49 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.736;SB=-343.618;SBQD=-0.433;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.0270;VQSLOD=3.4533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:866,0,1114
|
|
1 181184458 rs4532797 T C 720.33 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-408.646;SBQD=-1.068;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0298;VQSLOD=4.2448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:750,0,1269
|
|
1 181185684 rs7537235 C G 894.18 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.386;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.245;SB=-496.553;SBQD=-2.977;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1430;VQSLOD=5.5643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,32:53:99:924,0,635
|
|
1 181199458 rs6425683 C A 934.80 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.664;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=14.16;ReadPosRankSum=1.655;SB=-404.820;SBQD=0.911;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.4242;VQSLOD=4.8729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:965,0,935
|
|
1 181199735 rs10797698 T C 906.81 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=13.74;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-513.455;SBQD=0.040;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0082;VQSLOD=4.9934 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:937,0,1053
|
|
1 181199774 rs10737223 G A 1121.29 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.662;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.097;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.250;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.603;SB=-450.298;SBQD=-4.923;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.9564;VQSLOD=5.5785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1151,0,1193
|
|
1 181201284 rs4456062 A G 856.05 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.975;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.475;SB=-477.886;SBQD=3.298;SBpi=-0.0870;SBpiQual=0.0915;VQSLOD=5.7430 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:886,0,859
|
|
1 181209712 rs4652619 T C 758.97 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9463;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.365;SB=-378.511;SBQD=-0.127;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1914;VQSLOD=5.7048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:789,0,1132
|
|
1 181218489 rs1841117 G A 980.97 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.608;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=4;HaplotypeScore=1.8899;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.149;QD=13.62;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-538.221;SBQD=2.726;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.3005;VQSLOD=3.9176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1011,0,1044
|
|
1 181223842 rs10752852 C A 1321.30 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=8.574;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=14.52;ReadPosRankSum=-2.397;SB=-706.034;SBQD=-6.317;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.2968;VQSLOD=4.5207 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:1351,0,1300
|
|
1 181272204 rs10910918 A C 894.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.467;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.548;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.370;SB=-313.577;SBQD=-7.717;SBpi=-0.8839;SBpiQual=-1.0345;VQSLOD=5.2223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:925,0,967
|
|
1 181277028 rs4092437 C T 790.87 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.807;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=5.032;HRun=0;HaplotypeScore=3.2278;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-380.440;SBQD=-4.790;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.1916;VQSLOD=3.8373 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:69:99:821,0,766
|
|
1 181296671 rs12121260 C T 1083.87 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.634;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=7.644;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.545;SB=-587.687;SBQD=-4.323;SBpi=-0.1622;SBpiQual=0.0428;VQSLOD=5.4855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1114,0,1230
|
|
1 181308555 rs12120852 A T 1474.61 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=6.385;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=14.90;ReadPosRankSum=-2.509;SB=-636.855;SBQD=-6.091;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.7023;VQSLOD=4.2691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,49:99:99:1505,0,1639
|
|
1 181316666 rs56165886 A C 646.66 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.482;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.359;HRun=2;HaplotypeScore=2.9034;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.579;SB=-313.864;SBQD=-3.784;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.7714;VQSLOD=2.7220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:677,0,1072
|
|
1 181395374 rs12066530 T C 298.99 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.594;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.653;SB=-235.999;SBQD=-3.832;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.5429;VQSLOD=3.1870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:329,0,583
|
|
1 181399279 rs12077014 A G 766.76 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.078;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.940;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.331;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-401.911;SBQD=-0.214;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.0246;VQSLOD=4.6055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:797,0,993
|
|
1 181459388 rs486708 G A 1048.48 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.298;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6968;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.248;SB=-580.032;SBQD=0.694;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1040;VQSLOD=4.8666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1078,0,963
|
|
1 181466550 rs650707 G A 2647.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.94;SB=-1344.400;SBQD=-1.181;SBpi=-0.3397;SBpiQual=-0.3768;VQSLOD=8.0154 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2680,214,0
|
|
1 181482263 rs61812708 G A 886.24 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-478.681;SBQD=-0.370;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0736;VQSLOD=4.2387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:916,0,1719
|
|
1 181519355 rs6676111 A C 1031.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.193;HRun=2;HaplotypeScore=2.5619;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=14.53;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-460.617;SBQD=4.260;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6773;VQSLOD=3.2281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1062,0,1080
|
|
1 181524561 rs6682262 T A 2297.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.05;SB=-1275.905;SBQD=-0.681;SBpi=0.5812;SBpiQual=0.5614;VQSLOD=7.2363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2331,178,0
|
|
1 181528472 rs10910957 A G 2409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.43;SB=-1092.990;SBQD=-1.410;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.7319;VQSLOD=9.3004 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2442,193,0
|
|
1 181531242 rs56224258 G C 1272.88 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.891;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-509.962;SBQD=-3.099;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.8771;VQSLOD=5.4742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1303,0,1096
|
|
1 181573259 rs199959 T G 906.95 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.371;HRun=1;HaplotypeScore=2.0234;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.703;SB=-509.826;SBQD=-2.351;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1530;VQSLOD=5.0988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:937,0,860
|
|
1 181585773 rs199962 T C 835.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.367;HRun=1;HaplotypeScore=1.7256;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-303.278;SBQD=7.987;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.9804;VQSLOD=3.7794 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:73:99:866,0,1013
|
|
1 181603240 rs12064017 G A 1243.77 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.243;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=12.279;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-681.508;SBQD=7.070;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1420;VQSLOD=5.6191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1274,0,930
|
|
1 181605165 rs175338 A G 1216.55 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.130;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=6.879;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-547.486;SBQD=-7.749;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.5067;VQSLOD=5.8459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:1247,0,1383
|
|
1 181609567 rs3845439 G A 995.09 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.416;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-628.705;SBQD=-2.001;SBpi=0.0781;SBpiQual=-0.0805;VQSLOD=6.3762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1025,0,1002
|
|
1 181612491 rs12069671 G C 1024.37 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.113;HRun=1;HaplotypeScore=2.3056;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=13.84;ReadPosRankSum=1.985;SB=-475.595;SBQD=-5.732;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5929;VQSLOD=4.0811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1054,0,1177
|
|
1 181623134 rs199977 A C 1739.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=31.62;SB=-642.943;SBQD=-0.273;SBpi=-1.4158;SBpiQual=-1.4963;VQSLOD=5.9903 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1772,138,0
|
|
1 181655752 rs3845441 C T 2348.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.81;MQ0=0;QD=35.05;SB=-1152.498;SBQD=-0.526;SBpi=-0.4276;SBpiQual=-0.5244;VQSLOD=9.2212 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2381,187,0
|
|
1 181659589 rs10797737 A G 2977.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.09;MQ0=0;QD=33.83;SB=-1348.324;SBQD=3.724;SBpi=-0.9594;SBpiQual=-0.8542;VQSLOD=7.4538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3010,244,0
|
|
1 181662844 rs3845443 G C 2069.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7356;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.85;SB=-1138.414;SBQD=-2.628;SBpi=0.0630;SBpiQual=-0.0855;VQSLOD=7.4321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2103,169,0
|
|
1 181672682 rs7513540 T G 2504.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.30;SB=-1153.659;SBQD=1.200;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.5401;VQSLOD=8.6440 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2537,202,0
|
|
1 181684887 rs2272694 A T 2633.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.33;SB=-1412.289;SBQD=-0.575;SBpi=-0.2813;SBpiQual=-0.3424;VQSLOD=8.4116 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2666,211,0
|
|
1 181792143 rs10797742 A C 2697.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=30.31;SB=-1410.734;SBQD=6.816;SBpi=-0.7950;SBpiQual=-0.1962;VQSLOD=7.0323 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2731,238,0
|
|
1 181800023 rs569763 A G 1210.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.59;MQ0=0;QD=24.21;SB=-528.423;SBQD=-7.004;SBpi=-0.9899;SBpiQual=-1.3139;VQSLOD=4.4524 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1244,108,0
|
|
1 181808555 rs519770 C G 2965.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=36.62;SB=-1226.703;SBQD=0.434;SBpi=-0.9444;SBpiQual=-0.9410;VQSLOD=8.5561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2999,241,0
|
|
1 181817876 rs35397441 G C 2715.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1265.313;SBQD=0.998;SBpi=0.5128;SBpiQual=0.5669;VQSLOD=8.1662 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2749,217,0
|
|
1 181819867 rs1292533 C A 2756.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.62;SB=-1494.250;SBQD=-0.653;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.2385;VQSLOD=7.0092 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2790,214,0
|
|
1 181821484 rs630742 G A 2376.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.01;SB=-1250.053;SBQD=-0.647;SBpi=0.1231;SBpiQual=0.0737;VQSLOD=7.6291 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2410,187,0
|
|
1 181893702 rs643520 T A 2287.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.77;MQ0=0;QD=35.74;SB=-896.538;SBQD=-0.684;SBpi=-1.1250;SBpiQual=-1.2394;VQSLOD=7.7238 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2321,181,0
|
|
1 182040991 rs61806434 T C 1026.23 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.798;HRun=0;HaplotypeScore=1.9788;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-527.966;SBQD=1.033;SBpi=0.0845;SBpiQual=-0.0398;VQSLOD=5.3109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:1056,0,1537
|
|
1 182041272 rs56132045 G T 1217.87 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.436;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=15.61;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-619.333;SBQD=0.411;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1468;VQSLOD=4.8676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1248,0,988
|
|
1 182070471 rs10458353 T A 983.57 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=7.953;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-404.172;SBQD=-7.141;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7452;VQSLOD=6.1233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:1014,0,1247
|
|
1 182085441 rs12409614 A G 2373.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.48;MQ0=0;QD=32.97;SB=-1187.341;SBQD=-0.208;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.6013;VQSLOD=7.0843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2407,190,0
|
|
1 182095987 . C T 963.05 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.226;DP=76;Dels=0.00;FS=10.065;HRun=2;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.257;QD=12.67;ReadPosRankSum=1.310;SB=-360.662;SBQD=-9.837;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.3535;VQSLOD=2.0761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:993,0,967
|
|
1 182098096 rs16858559 A G 749.57 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.857;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=9.192;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.569;SB=-287.139;SBQD=-10.223;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.7807;VQSLOD=5.8337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:780,0,871
|
|
1 182108059 rs1627603 G A 1463.60 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.523;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.743;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.098;SB=-552.070;SBQD=0.553;SBpi=0.8847;SBpiQual=0.9636;VQSLOD=5.1964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,46:107:99:1494,0,1730
|
|
1 182121755 rs10911027 C T 1065.42 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.942;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-413.419;SBQD=1.844;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.7611;VQSLOD=4.8428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1095,0,1049
|
|
1 182138347 rs1689786 C T 3501.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.2825;MQ=59.80;MQ0=0;QD=36.86;SB=-1592.514;SBQD=1.255;SBpi=0.5643;SBpiQual=0.6893;VQSLOD=3.7627 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3501,271,0
|
|
1 182144112 rs2489278 T C 657.97 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.660;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.182;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.207;SB=-330.546;SBQD=7.068;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.4879;VQSLOD=3.9061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:688,0,856
|
|
1 182189654 rs10911034 A G 874.66 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.889;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.124;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.144;SB=-321.742;SBQD=-6.353;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.9436;VQSLOD=5.1267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:905,0,1037
|
|
1 182195539 rs57182749 C T 1050.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.301;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=10.074;HRun=0;HaplotypeScore=30.8784;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-421.389;SBQD=7.928;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.6878;VQSLOD=-18.4685 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1081,0,928
|
|
1 182216301 rs2255198 G A 1084.26 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.497;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-562.294;SBQD=-0.768;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.3539;VQSLOD=5.7156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1114,0,896
|
|
1 182267678 rs2494460 T C 830.58 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.717;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=16.61;ReadPosRankSum=-1.379;SB=-407.750;SBQD=6.713;SBpi=-0.0898;SBpiQual=0.1857;VQSLOD=5.7459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:861,0,544
|
|
1 182268743 rs2985447 C A 477.04 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.786;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.420;HRun=4;HaplotypeScore=0.9469;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-316.048;SBQD=-3.080;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.2736;VQSLOD=2.9664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:507,0,1146
|
|
1 182269678 rs2985430 T A 608.51 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.581;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.756;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.233;SB=-344.667;SBQD=4.505;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.0916;VQSLOD=6.3713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:639,0,1056
|
|
1 182269763 rs2985432 T C 875.73 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.937;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=9.014;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.117;SB=-319.516;SBQD=8.996;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.8969;VQSLOD=5.9018 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:906,0,869
|
|
1 182292456 rs10911053 T A 506.64 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.243;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.170;SB=-303.765;SBQD=1.058;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.2906;VQSLOD=5.1333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:537,0,855
|
|
1 182292522 rs3118139 A C 2574.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8379;MQ=59.53;MQ0=0;QD=30.29;SB=-1257.161;SBQD=-1.269;SBpi=-0.9220;SBpiQual=-0.9857;VQSLOD=4.6335 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2607,205,0
|
|
1 182296059 . C A 30.28 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;DP=72;Dels=0.00;FS=105.412;HRun=8;HaplotypeScore=90.5201;MQ=54.64;MQ0=1;MQRankSum=-2.830;QD=0.42;ReadPosRankSum=-2.227;SB=99.290;SBQD=15.336;SBpi=2.5000;SBpiQual=2.3040;VQSLOD=-269.2404 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:72:60.27:60,0,455
|
|
1 182301508 rs4075837 C T 3509.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=37.34;SB=-1683.361;SBQD=-0.725;SBpi=0.4126;SBpiQual=0.3678;VQSLOD=8.8610 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3510,274,0
|
|
1 182303436 rs3001266 A G 1422.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.47;MQ0=0;QD=31.61;SB=-627.770;SBQD=6.190;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.5599;VQSLOD=7.0565 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1455,117,0
|
|
1 182309943 rs11577155 G A 2995.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.67;SB=-1546.748;SBQD=0.760;SBpi=-0.2182;SBpiQual=-0.1638;VQSLOD=9.7066 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3029,238,0
|
|
1 182311969 rs10911060 C T 2275.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=56.45;MQ0=0;QD=33.96;SB=-1031.531;SBQD=-3.197;SBpi=0.7941;SBpiQual=0.6587;VQSLOD=7.1458 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:67:99:2309,187,0
|
|
1 182424485 rs11586532 G A 1098.20 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.388;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.392;HRun=2;HaplotypeScore=1.5774;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=18.30;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-583.036;SBQD=3.120;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.2912;VQSLOD=4.0469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,40:60:99:1128,0,527
|
|
1 182483299 rs664833 A T 2715.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.26;MQ0=0;QD=29.52;SB=-1576.793;SBQD=-0.930;SBpi=0.4170;SBpiQual=0.3394;VQSLOD=5.7843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2749,220,0
|
|
1 182488302 rs2477881 G A 2456.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1314.600;SBQD=0.558;SBpi=0.0602;SBpiQual=0.1123;VQSLOD=8.7647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2490,196,0
|
|
1 182489984 rs591929 G A 2509.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.5326;MQ=59.07;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1069.817;SBQD=-0.955;SBpi=-0.8367;SBpiQual=-0.9346;VQSLOD=4.4152 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2542,199,0
|
|
1 182494239 rs652384 G A 2520.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;QD=29.31;SB=-1304.387;SBQD=1.084;SBpi=0.8627;SBpiQual=0.9591;VQSLOD=5.4333 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2554,205,0
|
|
1 182514783 rs10911087 C T 3112.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=35.77;SB=-1502.507;SBQD=1.364;SBpi=-0.4825;SBpiQual=-0.4192;VQSLOD=8.2474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3145,253,0
|
|
1 182516847 rs4652730 T A 1820.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.72;MQ0=0;QD=28.90;SB=-937.134;SBQD=-1.650;SBpi=-0.6929;SBpiQual=-0.8239;VQSLOD=3.5786 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1854,150,0
|
|
1 182524199 rs584602 G C 2169.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.99;SB=-872.418;SBQD=-0.578;SBpi=1.0160;SBpiQual=1.0371;VQSLOD=8.0859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2202,175,0
|
|
1 182538395 rs476796 C T 1286.19 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.914;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=14.78;ReadPosRankSum=1.509;SB=-507.644;SBQD=1.210;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.7564;VQSLOD=5.8063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:1316,0,1295
|
|
1 182563440 rs1287821 C A 370.33 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.035;DB;DP=70;Dels=0.01;FS=27.091;HRun=2;HaplotypeScore=109.5094;MQ=52.15;MQ0=1;MQRankSum=-1.016;QD=5.22;ReadPosRankSum=-4.663;SB=-204.999;SBQD=-12.731;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.6453;VQSLOD=-366.9305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:400,0,933
|
|
1 182589184 rs1148774 C T 1732.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.05;MQ0=0;QD=27.95;SB=-909.084;SBQD=1.264;SBpi=-0.7620;SBpiQual=-0.7445;VQSLOD=5.1802 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1766,138,0
|
|
1 182589991 rs1287816 A G 2197.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.88;SB=-964.656;SBQD=-1.843;SBpi=0.8189;SBpiQual=0.7383;VQSLOD=6.9922 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2231,183,0
|
|
1 182620898 rs3845459 G A 983.33 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.587;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.113;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-593.584;SBQD=-4.454;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.0204;VQSLOD=6.1996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:1013,0,642
|
|
1 182628513 rs7530663 G A 1710.58 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.853;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.863;HRun=2;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=20.12;ReadPosRankSum=0.121;SB=-705.423;SBQD=-0.745;SBpi=-0.6301;SBpiQual=-0.7466;VQSLOD=3.5156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:85:99:1741,0,875
|
|
1 182673911 . A G 62.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.091;DP=64;Dels=0.00;FS=55.448;HRun=3;HaplotypeScore=2.9990;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=0.97;ReadPosRankSum=-5.036;SB=87.271;SBQD=6.426;SBpi=2.5981;SBpiQual=1.7103;VQSLOD=-12.1224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:92.18:92,0,842
|
|
1 182674525 rs2494379 A T 2405.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.827;HRun=0;HaplotypeScore=2.6451;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=32.51;ReadPosRankSum=0.498;SB=-992.512;SBQD=-9.257;SBpi=-0.5267;SBpiQual=-0.9736;VQSLOD=5.6556 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:74:99:2439,168,0
|
|
1 182676881 rs1287992 G A 986.09 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.124;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.188;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-443.165;SBQD=-2.456;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.5362;VQSLOD=6.0000 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:66:99:1016,0,852
|
|
1 182684087 rs2482806 A C 1417.81 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=7.383;HRun=1;HaplotypeScore=4.8592;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.687;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.447;SB=-604.486;SBQD=-5.726;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.5526;VQSLOD=3.3701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1448,0,1039
|
|
1 182687943 rs2482807 A C 970.23 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.159;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.949;HRun=0;HaplotypeScore=2.8740;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.916;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-471.503;SBQD=-2.124;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5114;VQSLOD=4.2227 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:1000,0,867
|
|
1 182697415 rs693821 T C 834.50 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.176;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.870;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=10.43;ReadPosRankSum=-2.179;SB=-474.208;SBQD=0.858;SBpi=0.0870;SBpiQual=-0.0554;VQSLOD=4.4980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:864,0,1514
|
|
1 182724185 rs9787058 C G 2304.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.43;MQ0=0;QD=31.57;SB=-1247.070;SBQD=-1.352;SBpi=-0.2926;SBpiQual=-0.3769;VQSLOD=6.1880 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2337,187,0
|
|
1 182724863 rs7556333 A G 2470.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73;SB=-1110.307;SBQD=-2.954;SBpi=1.0783;SBpiQual=0.7447;VQSLOD=5.0163 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2504,226,0
|
|
1 182970225 rs4285667 T A 865.69 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.380;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-354.993;SBQD=-1.482;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.6498;VQSLOD=5.5124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:896,0,1330
|
|
1 182970698 rs4651136 T C 806.72 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.908;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.523;HRun=2;HaplotypeScore=3.1915;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=14.15;ReadPosRankSum=1.690;SB=-264.959;SBQD=10.331;SBpi=0.8082;SBpiQual=1.1677;VQSLOD=2.7623 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:837,0,714
|
|
1 182978459 rs9787327 A G 834.60 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.770;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=12.84;ReadPosRankSum=1.349;SB=-390.752;SBQD=-0.659;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.9190;VQSLOD=5.6084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:865,0,647
|
|
1 182978683 rs10911189 C T 408.84 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.035;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.055;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.405;SB=-327.961;SBQD=0.678;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.2869;VQSLOD=3.5204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:439,0,671
|
|
1 182979623 rs10797808 T C 766.14 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.650;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=52.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.430;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.281;SB=-413.392;SBQD=0.870;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0863;VQSLOD=1.6393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:796,0,1457
|
|
1 182984027 rs36043504 C T 784.46 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.219;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-410.153;SBQD=3.401;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1953;VQSLOD=4.6061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:814,0,864
|
|
1 183004334 rs4129858 A G 1060.51 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.933;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.158;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.065;SB=-614.294;SBQD=1.494;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0404;VQSLOD=6.0636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1090,0,1009
|
|
1 183025898 rs10732271 C T 977.10 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.856;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5404;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-548.475;SBQD=0.278;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1372;VQSLOD=4.6066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:1007,0,1048
|
|
1 183027216 rs3934578 T C 1256.98 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.679;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-345.094;SBQD=6.588;SBpi=1.6012;SBpiQual=1.6795;VQSLOD=4.3240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1287,0,1360
|
|
1 183042090 rs6665685 T A 938.64 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.919;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=13.04;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-414.091;SBQD=-2.645;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.9015;VQSLOD=4.5134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:969,0,1068
|
|
1 183054863 rs12066082 G C 679.58 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.007;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.035;SB=-362.525;SBQD=0.187;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.5291;VQSLOD=5.1594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:710,0,1018
|
|
1 183055398 rs2151669 T G 1020.40 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.210;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.859;HRun=0;HaplotypeScore=1.7834;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.678;SB=-484.819;SBQD=-2.165;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.2999;VQSLOD=5.0120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1050,0,1249
|
|
1 183081867 rs10797842 G A 1020.10 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.814;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.242;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.070;QD=13.97;ReadPosRankSum=1.308;SB=-389.660;SBQD=-5.221;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.8584;VQSLOD=4.3289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1050,0,1034
|
|
1 183085568 rs6424887 C T 561.98 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.369;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=0;HaplotypeScore=1.5700;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-341.080;SBQD=-1.597;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1880;VQSLOD=5.2887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:58:99:592,0,858
|
|
1 183092237 rs3768620 G A 632.67 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.526;HRun=0;HaplotypeScore=1.9903;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-318.136;SBQD=-2.275;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3302;VQSLOD=4.2160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:663,0,1378
|
|
1 183100226 rs3820697 T C 707.32 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.277;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.054;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=12.86;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-346.957;SBQD=-1.875;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.3728;VQSLOD=5.0698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:737,0,843
|
|
1 183106739 rs10797854 G A 1143.22 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.830;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=16.10;ReadPosRankSum=1.424;SB=-563.042;SBQD=-0.148;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.4228;VQSLOD=5.5822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1173,0,1057
|
|
1 183114146 rs1051473 T C 778.29 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.548;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-443.328;SBQD=3.139;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.0209;VQSLOD=6.0245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:808,0,694
|
|
1 183121028 rs2333618 A G 1615.92 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.808;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=4.054;HRun=0;HaplotypeScore=3.7767;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=17.56;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-582.987;SBQD=5.118;SBpi=0.9707;SBpiQual=1.1228;VQSLOD=2.9353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,52:92:99:1646,0,1230
|
|
1 183157753 rs546183 A G 1070.28 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.597;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9920;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.924;SB=-600.000;SBQD=-0.515;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0450;VQSLOD=3.6080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:1100,0,1475
|
|
1 183157924 rs547905 G A 1084.56 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.621;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=10.885;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=16.19;ReadPosRankSum=0.132;SB=-608.223;SBQD=8.985;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0352;VQSLOD=5.9867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:1115,0,810
|
|
1 183161310 rs687988 G T 1239.07 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.023;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.980;QD=16.30;ReadPosRankSum=0.500;SB=-567.607;SBQD=0.083;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.5503;VQSLOD=4.2778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:1269,0,1073
|
|
1 183162506 rs672119 G A 1612.79 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.676;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=6.304;HRun=0;HaplotypeScore=1.9873;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.916;QD=20.16;ReadPosRankSum=0.711;SB=-789.400;SBQD=-4.501;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.1993;VQSLOD=3.9476 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:1643,0,820
|
|
1 183169122 rs12724111 A G 681.66 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.226;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=16.23;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-260.069;SBQD=-2.773;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8410;VQSLOD=5.4163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:712,0,494
|
|
1 183169690 rs661451 T C 1287.07 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.924;HRun=1;HaplotypeScore=1.5810;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.407;QD=16.50;ReadPosRankSum=1.952;SB=-569.788;SBQD=3.395;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7205;VQSLOD=2.5571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:1317,0,996
|
|
1 183170353 rs648341 T C 884.38 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.567;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=7.461;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.333;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-360.505;SBQD=8.257;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.6587;VQSLOD=2.6293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:914,0,1480
|
|
1 183239678 rs564263 A G 1021.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.610;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.522;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.892;SB=-953.446;SBQD=-3.907;SBpi=0.8062;SBpiQual=0.4760;VQSLOD=4.5254 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:90.24:1055,90,0
|
|
1 183253959 rs603850 T G 488.81 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.024;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.045;HRun=3;HaplotypeScore=1.6498;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.460;QD=9.22;ReadPosRankSum=2.735;SB=-271.188;SBQD=-2.136;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.4576;VQSLOD=3.0898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:519,0,988
|
|
1 183267249 rs6669787 T C 1048.25 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.209;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.048;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.239;SB=-365.547;SBQD=5.354;SBpi=1.0686;SBpiQual=1.0559;VQSLOD=4.8431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1078,0,1252
|
|
1 183282575 rs10911301 A G 1018.64 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=3.116;HRun=0;HaplotypeScore=3.9258;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-397.905;SBQD=-2.190;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9491;VQSLOD=2.8280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:1049,0,1617
|
|
1 183294416 rs687392 T C 1131.77 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.242;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-547.609;SBQD=-0.216;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2666;VQSLOD=5.5635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1162,0,1260
|
|
1 183314026 rs813293 T C 1035.21 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=2.007;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-417.795;SBQD=5.126;SBpi=0.8590;SBpiQual=1.0683;VQSLOD=5.2187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1065,0,915
|
|
1 183353730 rs2185081 C T 890.85 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.961;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-415.471;SBQD=-2.168;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.5717;VQSLOD=5.5317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:921,0,1084
|
|
1 183384796 rs2788045 G A 894.32 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.578;SB=-523.426;SBQD=0.436;SBpi=0.1715;SBpiQual=-0.0080;VQSLOD=4.6896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:924,0,1175
|
|
1 183405382 rs10911334 G C 2189.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.75;SB=-617.302;SBQD=-1.482;SBpi=-1.8268;SBpiQual=-1.9841;VQSLOD=6.0696 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2222,178,0
|
|
1 183430794 . G A 1044.32 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.539;DP=75;Dels=0.00;FS=4.444;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.239;SB=-439.499;SBQD=4.789;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.5507;VQSLOD=4.1976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:1074,0,1142
|
|
1 183463271 rs11587738 C T 940.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.49;MQ0=0;QD=27.65;SB=-375.488;SBQD=-1.060;SBpi=-1.2005;SBpiQual=-1.2663;VQSLOD=5.5490 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:78.23:973,78,0
|
|
1 183546473 rs699242 G A 2895.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.79;MQ0=0;QD=32.54;SB=-1541.343;SBQD=-0.152;SBpi=0.4770;SBpiQual=0.4792;VQSLOD=6.8889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2929,229,0
|
|
1 183554449 rs699240 T C 1966.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.36;MQ0=0;QD=24.58;SB=-1106.635;SBQD=-2.961;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-1.0146;VQSLOD=3.9935 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1999,165,0
|
|
1 183555779 rs11578964 C T 2049.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1124.963;SBQD=0.226;SBpi=0.0651;SBpiQual=0.0676;VQSLOD=8.4362 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2083,160,0
|
|
1 183563833 rs10797892 A G 1912.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=32.41;SB=-769.745;SBQD=-4.396;SBpi=1.1066;SBpiQual=0.7231;VQSLOD=7.3498 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1945,174,0
|
|
1 183579123 rs2761555 C G 2460.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=36.18;SB=-1254.252;SBQD=1.496;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.0703;VQSLOD=8.3596 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2493,196,0
|
|
1 183583583 . G C 149.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.16;MQ0=6;MQRankSum=0.751;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-0.007;SBQD=16.600;SBpi=0.2673;SBpiQual=0.1644;VQSLOD=4.3899 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:18.03:182,18,0
|
|
1 183584159 rs12062320 G A 912.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=34.76;MQ0=4;QD=17.21;SB=-385.967;SBQD=-12.191;SBpi=0.2060;SBpiQual=0.3854;VQSLOD=5.4384 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:78.20:945,78,0
|
|
1 183778621 rs61349224 A C 1190.65 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.416;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.717;SB=-670.408;SBQD=4.365;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.1551;VQSLOD=5.8113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1221,0,1057
|
|
1 183785892 rs10911441 T G 1172.74 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.565;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=15.64;ReadPosRankSum=1.334;SB=-465.540;SBQD=-3.427;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.9022;VQSLOD=5.9893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1203,0,1024
|
|
1 183788017 rs10752921 A C 1205.09 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.481;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-639.157;SBQD=5.036;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0321;VQSLOD=5.4893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1235,0,1032
|
|
1 183793420 rs4652826 G A 2853.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.80;SB=-1241.764;SBQD=4.629;SBpi=0.5522;SBpiQual=0.8764;VQSLOD=6.1845 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:2887,229,0
|
|
1 183802259 rs2491441 T C 1083.12 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=14.893;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.452;SB=-503.403;SBQD=9.003;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3260;VQSLOD=5.4114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1113,0,1085
|
|
1 183829496 rs6665653 A C 1062.08 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=12.062;HRun=0;HaplotypeScore=2.5476;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=14.35;ReadPosRankSum=-1.498;SB=-426.114;SBQD=-8.688;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6127;VQSLOD=3.8898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1092,0,1210
|
|
1 183830469 rs3002652 G A 632.12 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.403;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.146;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.692;SB=-311.835;SBQD=-1.093;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.2095;VQSLOD=6.0758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:662,0,878
|
|
1 183844759 rs12563740 T C 791.44 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.692;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.182;HRun=2;HaplotypeScore=1.6630;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=12.18;ReadPosRankSum=1.148;SB=-378.672;SBQD=2.657;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.4410;VQSLOD=3.6324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:821,0,957
|
|
1 183889607 rs7554987 T C 917.48 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.880;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=12.242;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.354;QD=14.80;ReadPosRankSum=1.608;SB=-409.864;SBQD=-5.180;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.6105;VQSLOD=5.9427 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:947,0,896
|
|
1 183900943 rs2148679 A G 618.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.3275;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=9.09;ReadPosRankSum=3.415;SB=-265.840;SBQD=1.843;SBpi=1.0954;SBpiQual=0.9924;VQSLOD=0.9497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:648,0,700
|
|
1 183942950 rs2296714 C T 2850.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.08;SB=-1115.146;SBQD=1.806;SBpi=1.0688;SBpiQual=1.2450;VQSLOD=8.7246 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2883,223,0
|
|
1 183945689 rs2986556 C T 1892.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=37.10;SB=-383.283;SBQD=2.905;SBpi=2.1704;SBpiQual=2.3206;VQSLOD=6.8144 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1925,150,0
|
|
1 183988211 rs1926878 C T 1209.09 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.350;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.644;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.677;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-431.643;SBQD=6.496;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.0049;VQSLOD=4.1657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1239,0,1076
|
|
1 183989017 rs60057466 A G 1426.29 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.321;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=6.816;HRun=2;HaplotypeScore=2.6163;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=15.67;ReadPosRankSum=0.171;SB=-690.375;SBQD=5.704;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3337;VQSLOD=4.4280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:1456,0,1354
|
|
1 183989106 rs57178358 G A 1088.32 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.952;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=13.27;ReadPosRankSum=-1.437;SB=-545.656;SBQD=-2.344;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.5033;VQSLOD=5.4182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1118,0,1259
|
|
1 184034795 rs1952257 C T 2808.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.95;SB=-1293.164;SBQD=0.580;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.6578;VQSLOD=8.2670 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2841,217,0
|
|
1 184038151 rs6700096 C T 2868.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.2434;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.31;SB=-1307.092;SBQD=0.312;SBpi=0.6188;SBpiQual=0.6785;VQSLOD=5.5200 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2902,229,0
|
|
1 184051573 rs1327144 A C 2018.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=28.43;SB=-1078.783;SBQD=4.426;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.6362;VQSLOD=6.9971 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2052,175,0
|
|
1 184053769 rs10911506 A G 2240.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;QD=32.96;SB=-1004.791;SBQD=-7.025;SBpi=0.9701;SBpiQual=0.4380;VQSLOD=7.9795 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2274,199,0
|
|
1 184103187 . A T 1164.85 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.46;MQ0=1;QD=31.48;SB=-0.007;SBQD=31.482;SBpi=3.0000;SBpiQual=3.2749;VQSLOD=2.2499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:1198,108,0
|
|
1 184128264 rs6424925 G A 2816.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.78;SB=-1154.435;SBQD=-2.030;SBpi=-0.9444;SBpiQual=-1.0951;VQSLOD=8.7171 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2850,223,0
|
|
1 184150451 . T G 43.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.210;DP=74;Dels=0.00;FS=44.029;HRun=3;HaplotypeScore=2.5942;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.265;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.858;SB=135.429;SBQD=4.483;SBpi=2.0616;SBpiQual=1.4860;VQSLOD=-2.5964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,16:74:73.27:73,0,1036
|
|
1 184161757 rs2025808 C A 950.03 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=20.21;SB=-274.733;SBQD=-6.189;SBpi=-2.2609;SBpiQual=-2.4808;VQSLOD=2.2018 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:81.22:983,81,0
|
|
1 184163402 rs929941 T C 2279.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.02;SB=-989.067;SBQD=0.178;SBpi=0.9163;SBpiQual=0.9610;VQSLOD=8.2190 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2312,184,0
|
|
1 184203588 rs10911539 G A 3331.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=35.82;ReadPosRankSum=1.695;SB=-1616.420;SBQD=-1.736;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.2941;VQSLOD=8.6660 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:3331,268,0
|
|
1 184205849 rs7541286 T C 956.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.19;MQ0=1;QD=23.34;SB=-275.073;SBQD=8.088;SBpi=1.4230;SBpiQual=1.6627;VQSLOD=3.0186 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:90.20:990,90,0
|
|
1 184207522 rs9803931 G A 2511.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54;SB=-1528.219;SBQD=0.136;SBpi=-0.2712;SBpiQual=-0.2594;VQSLOD=6.0072 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2544,202,0
|
|
1 184209964 rs2081401 G A 3439.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=36.20;SB=-1101.604;SBQD=0.908;SBpi=1.8981;SBpiQual=2.0562;VQSLOD=7.2648 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3439,271,0
|
|
1 184219151 . T C 520.39 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.654;DP=73;Dels=0.00;FS=4.676;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.710;SB=-271.556;SBQD=-1.054;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.3917;VQSLOD=2.8881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:73:99:550,0,1362
|
|
1 184231056 rs10911548 A G 2743.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.87;SB=-1217.251;SBQD=-6.762;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.8460;VQSLOD=9.1231 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2776,235,0
|
|
1 184245631 rs7549909 C T 2843.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1395.413;SBQD=-0.121;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.3108;VQSLOD=7.2564 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2876,223,0
|
|
1 184257485 rs6666447 T C 2145.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=32.02;SB=-991.058;SBQD=2.194;SBpi=0.6719;SBpiQual=0.8093;VQSLOD=5.8049 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2179,175,0
|
|
1 184261702 rs7522326 C T 3548.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.18;MQ0=0;QD=34.79;SB=-1320.953;SBQD=2.352;SBpi=1.3862;SBpiQual=1.5766;VQSLOD=6.8787 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3548,286,0
|
|
1 184289592 rs963234 G A 2753.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=34.41;SB=-1411.867;SBQD=2.773;SBpi=0.1118;SBpiQual=0.3122;VQSLOD=8.7139 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2786,220,0
|
|
1 184297478 rs2779286 A G 2499.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.24;SB=-1106.361;SBQD=1.877;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.8006;VQSLOD=7.5701 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2532,208,0
|
|
1 184297668 rs11585071 C T 2289.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.25;SB=-1148.693;SBQD=-3.804;SBpi=-0.3586;SBpiQual=-0.5581;VQSLOD=7.9962 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:2323,184,0
|
|
1 184336830 rs10797960 A C 3077.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.82;SB=-1626.263;SBQD=2.146;SBpi=0.0524;SBpiQual=0.2467;VQSLOD=8.9205 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3111,250,0
|
|
1 184342912 rs4518858 T C 2613.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=32.27;SB=-896.993;SBQD=-1.224;SBpi=-1.8333;SBpiQual=-1.9935;VQSLOD=6.4921 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2647,211,0
|
|
1 184352254 rs10911591 T C 2353.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.12;SB=-1124.251;SBQD=-0.278;SBpi=0.4276;SBpiQual=0.4032;VQSLOD=8.5892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2386,193,0
|
|
1 184597866 rs12652 T C 346.15 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.675;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.008;SB=-168.861;SBQD=0.952;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-0.6358;VQSLOD=3.2545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:59:99:376,0,1198
|
|
1 184598732 . A G 987.07 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.569;DP=80;Dels=0.00;FS=3.094;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.747;SB=-342.628;SBQD=4.962;SBpi=0.9297;SBpiQual=1.0912;VQSLOD=3.1994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:1017,0,1485
|
|
1 184602646 rs4651226 A C 1797.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.83;SB=-1054.810;SBQD=-3.195;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.3867;VQSLOD=3.5247 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1831,144,0
|
|
1 184661642 rs6663178 G A 962.96 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=9.744;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-366.343;SBQD=-7.690;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.8270;VQSLOD=6.1766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:993,0,1049
|
|
1 184663537 rs9425343 A C 1232.31 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.542;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=9.186;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=15.21;ReadPosRankSum=1.470;SB=-541.410;SBQD=6.470;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.4345;VQSLOD=5.8127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1262,0,1274
|
|
1 184685197 rs12043236 G A 1015.08 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.412;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.788;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.797;SB=-451.627;SBQD=-4.514;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6138;VQSLOD=5.3188 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1045,0,856
|
|
1 184709564 rs12124714 G A 1052.03 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.535;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-570.315;SBQD=1.887;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.2414;VQSLOD=4.8542 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1082,0,1195
|
|
1 184732269 rs861581 G T 2615.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.74;MQ0=0;QD=36.33;SB=-1347.645;SBQD=-0.403;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.1593;VQSLOD=6.9033 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2649,205,0
|
|
1 184735970 rs861584 G A 2478.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.17;MQ0=0;QD=33.96;SB=-1015.539;SBQD=-1.250;SBpi=1.2289;SBpiQual=1.1902;VQSLOD=6.8800 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2512,199,0
|
|
1 184777813 rs338567 T C 975.44 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.987;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.625;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=11.61;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-403.825;SBQD=7.944;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.7866;VQSLOD=5.5780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:1005,0,1398
|
|
1 184785077 rs6671637 T C 1395.41 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.797;HRun=0;HaplotypeScore=1.6229;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.238;SB=-638.881;SBQD=-2.439;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.5031;VQSLOD=5.1495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1425,0,1196
|
|
1 184800757 rs484847 T C 853.29 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.958;HRun=1;HaplotypeScore=1.8315;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-423.558;SBQD=-6.962;SBpi=0.0898;SBpiQual=-0.0886;VQSLOD=3.8958 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:883,0,1194
|
|
1 184839826 rs593294 G A 1411.98 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.447;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=2.644;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.684;SB=-661.466;SBQD=3.406;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.3007;VQSLOD=4.7878 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:99:1442,0,1551
|
|
1 184861900 rs539980 G A 674.30 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.954;HRun=1;HaplotypeScore=1.6385;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.923;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.478;SB=-320.547;SBQD=-1.893;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4046;VQSLOD=4.8430 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:77:99:704,0,1576
|
|
1 184872459 rs4651237 T G 980.73 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.407;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8675;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.187;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.484;SB=-429.769;SBQD=-3.160;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.6420;VQSLOD=4.8902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1011,0,1234
|
|
1 184881704 rs4650671 C T 1175.38 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.838;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7046;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=15.26;ReadPosRankSum=1.309;SB=-521.165;SBQD=-2.038;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5887;VQSLOD=5.4604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1205,0,1052
|
|
1 184905044 rs4650673 G A 962.47 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.766;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.940;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.795;SB=-523.838;SBQD=-3.153;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0934;VQSLOD=4.8062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:992,0,1171
|
|
1 184924493 rs12725289 T C 420 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=11.356;HRun=1;HaplotypeScore=6.9694;MQ=49.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.905;QD=4.83;ReadPosRankSum=-5.659;SB=-133.842;SBQD=-6.179;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.5586;VQSLOD=-12.0158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,22:87:99:450,0,1373
|
|
1 184926900 rs8179285 G C 622.09 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=1.006;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.947;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.502;SB=-299.151;SBQD=0.405;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.9099;VQSLOD=4.5149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:652,0,1271
|
|
1 184949280 rs2748937 C G 911.24 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.409;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.200;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.694;SB=-459.267;SBQD=3.547;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2623;VQSLOD=5.6868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:941,0,1348
|
|
1 184985294 . A G 1312.97 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.084;DP=96;Dels=0.00;FS=1.663;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-628.650;SBQD=2.035;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.4337;VQSLOD=4.0762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:1343,0,1637
|
|
1 184994576 rs12039634 G T 107.94 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=8.951;HRun=20;HaplotypeScore=10.6316;MQ=45.96;MQ0=0;MQRankSum=1.613;QD=1.96;ReadPosRankSum=2.651;SB=-124.000;SBQD=10.771;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.5211;VQSLOD=-27.9156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:138,0,292
|
|
1 185007963 rs12094983 G T 1537.21 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.068;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.390;QD=15.85;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-783.916;SBQD=-1.060;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.1436;VQSLOD=5.4769 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:1567,0,1470
|
|
1 185101602 . T C 1070.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;DP=66;Dels=0.00;FS=7.409;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.448;SB=-118.097;SBQD=-11.535;SBpi=-2.4333;SBpiQual=-2.5704;VQSLOD=1.0124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:1100,0,796
|
|
1 185122271 rs1407557 A G 1532.56 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.435;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.743;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.432;SB=-734.045;SBQD=-0.877;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.3359;VQSLOD=6.0223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,52:102:99:1563,0,1624
|
|
1 185128545 rs10911686 C G 1200.74 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.171;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=16.45;ReadPosRankSum=1.032;SB=-627.778;SBQD=-1.938;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.1607;VQSLOD=5.6022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:1231,0,936
|
|
1 185136299 . C T 1097.71 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.902;DP=74;Dels=0.00;FS=10.226;HRun=0;HaplotypeScore=2.8508;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-616.032;SBQD=-7.727;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3078;VQSLOD=3.1527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1128,0,1013
|
|
1 185143721 rs10489579 A G 1127.64 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.441;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.541;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.258;SB=-506.859;SBQD=-5.680;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.3770;VQSLOD=6.0900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:1158,0,990
|
|
1 185224519 . A G 101.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.570;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=15.77;MQ0=24;MQRankSum=3.001;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.701;SB=5.983;SBQD=-2.603;SBpi=-1.8028;SBpiQual=-1.8996;VQSLOD=-2.2458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,13:66:99:131,0,166
|
|
1 185259731 rs2378909 A G 1019.95 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.940;HRun=0;HaplotypeScore=2.9294;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.991;SB=-484.038;SBQD=3.304;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3692;VQSLOD=4.1663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:1050,0,873
|
|
1 185297343 rs10911706 T C 868 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.901;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-339.181;SBQD=-3.535;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-1.0315;VQSLOD=5.0292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:898,0,1314
|
|
1 185318117 rs10157996 T C 1166.82 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.924;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.894;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=15.35;ReadPosRankSum=-1.304;SB=-569.986;SBQD=-3.180;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1983;VQSLOD=6.2214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1197,0,1232
|
|
1 185361557 rs56131437 C T 1467.83 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.206;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.878;HRun=1;HaplotypeScore=1.9891;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=17.90;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-637.316;SBQD=-2.890;SBpi=-0.7857;SBpiQual=-0.8680;VQSLOD=4.1303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:1498,0,931
|
|
1 185373004 rs6424980 G A 498.48 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.362;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=5.023;HRun=0;HaplotypeScore=1.8154;MQ=48.51;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.990;SB=-254.349;SBQD=4.914;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.3803;VQSLOD=5.3678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:528,0,451
|
|
1 185390063 rs12409856 A G 230.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.307;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.849;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.839;SB=-118.912;SBQD=2.315;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.6372;VQSLOD=-1.1151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:260,0,796
|
|
1 185430494 rs4323662 G T 1242.07 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.036;HRun=2;HaplotypeScore=2.8086;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-599.260;SBQD=5.166;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.5687;VQSLOD=3.1729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1272,0,898
|
|
1 185436242 . G A 1217.98 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.181;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.1400;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.000;SB=-661.330;SBQD=0.263;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.2600;VQSLOD=2.0131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:82:99:1248,0,964
|
|
1 185447214 . C T 1392.47 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.142;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9402;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-754.206;SBQD=0.848;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.0270;VQSLOD=2.7773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:1422,0,1335
|
|
1 185452232 rs232299 A C 2970.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=33.01;SB=-1329.561;SBQD=-0.750;SBpi=-1.0541;SBpiQual=-1.1727;VQSLOD=7.5236 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3004,235,0
|
|
1 185484711 rs9887777 T C 981.48 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.565;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.849;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.838;SB=-473.836;SBQD=1.512;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.5472;VQSLOD=6.3527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1011,0,1313
|
|
1 185497514 rs7533879 C T 1016.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.088;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.535;SB=-461.004;SBQD=-3.839;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.5821;VQSLOD=5.9034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1047,0,1144
|
|
1 185505217 rs6658346 C T 1510.58 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.676;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=11.390;HRun=5;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=17.36;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-459.652;SBQD=9.897;SBpi=1.4703;SBpiQual=1.7504;VQSLOD=3.6075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:1541,0,1121
|
|
1 185520600 rs534817 G A 2767.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.90;SB=-1033.829;SBQD=-0.566;SBpi=1.3279;SBpiQual=1.3598;VQSLOD=8.0326 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2801,217,0
|
|
1 185523819 rs2821438 T G 2446.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.58;MQ0=0;QD=33.97;SB=-1104.399;SBQD=-3.137;SBpi=0.8250;SBpiQual=0.6777;VQSLOD=7.4125 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2479,202,0
|
|
1 185525994 rs2821435 G A 2582.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1382.753;SBQD=1.441;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.2457;VQSLOD=8.7775 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2616,208,0
|
|
1 185526693 rs34951852 C G 1045.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.10;MQ0=0;QD=25.49;SB=-544.638;SBQD=-0.568;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.6743;VQSLOD=3.4352 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90.26:1078,90,0
|
|
1 185527203 rs534920 G A 1881.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.31;MQ0=0;QD=31.35;SB=-869.217;SBQD=5.678;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.4351;VQSLOD=7.6928 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1914,156,0
|
|
1 185537539 rs333702 A T 2656.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=35.89;SB=-1194.146;SBQD=0.133;SBpi=0.8137;SBpiQual=0.8841;VQSLOD=8.4211 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2689,205,0
|
|
1 185539843 rs333704 A T 2921.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.63;SB=-1500.237;SBQD=1.564;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.1309;VQSLOD=8.7839 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2955,235,0
|
|
1 185551100 rs193087 G A 2810.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=34.27;SB=-1213.165;SBQD=1.142;SBpi=0.9939;SBpiQual=1.1121;VQSLOD=7.1652 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2844,223,0
|
|
1 185555952 rs518472 A G 1515.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=28.07;SB=-821.894;SBQD=-6.511;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4333;VQSLOD=5.8960 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1549,135,0
|
|
1 185563418 rs333713 G A 1245.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5130;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=24.91;ReadPosRankSum=0.389;SB=-772.899;SBQD=-1.480;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.3800;VQSLOD=3.7905 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1279,105,0
|
|
1 185677775 . T C 64.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.793;DP=58;Dels=0.00;FS=13.986;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=42.43;MQ0=2;MQRankSum=-3.610;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.834;SB=51.081;SBQD=-4.103;SBpi=-0.9037;SBpiQual=-0.7115;VQSLOD=-2.6514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,15:58:94.95:95,0,1274
|
|
1 185685698 . T C 1599.39 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;DP=97;Dels=0.00;FS=0.788;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=16.49;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-736.054;SBQD=-1.597;SBpi=-0.6565;SBpiQual=-0.8402;VQSLOD=4.1151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,58:97:99:1629,0,1204
|
|
1 185691119 . G C 1086.21 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.114;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-549.378;SBQD=0.225;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2180;VQSLOD=3.9542 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1116,0,1122
|
|
1 185693238 rs1813787 C A 1144.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.560;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.463;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.815;SB=-635.244;SBQD=-4.627;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.1140;VQSLOD=5.5171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:1175,0,1446
|
|
1 185699952 . G A 990.89 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.530;DP=68;Dels=0.00;FS=3.312;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=14.57;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-438.538;SBQD=-4.939;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4239;VQSLOD=4.1777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:1021,0,905
|
|
1 185700047 rs2129123 C T 3276.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=33.78;SB=-1735.627;SBQD=-1.760;SBpi=0.2538;SBpiQual=0.1571;VQSLOD=9.0157 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3276,265,0
|
|
1 185974376 rs28595149 C T 931.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.68;MQ0=2;QD=26.60;SB=-154.145;SBQD=16.244;SBpi=1.6058;SBpiQual=1.7303;VQSLOD=4.0034 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81.21:964,81,0
|
|
1 185981346 rs12094290 A T 1082.08 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.651;SB=-433.612;SBQD=0.144;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.8782;VQSLOD=5.4826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:1112,0,1557
|
|
1 185997183 rs10752959 C G 2991.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=34.78;SB=-1399.938;SBQD=0.017;SBpi=0.6470;SBpiQual=0.6840;VQSLOD=8.2618 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3024,244,0
|
|
1 186002664 rs7556344 T C 2874.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.86;MQ0=0;QD=34.23;SB=-1442.216;SBQD=6.248;SBpi=-0.3273;SBpiQual=0.2254;VQSLOD=8.6465 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2908,250,0
|
|
1 186031041 rs7522627 C T 2754.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.31;SB=-1114.514;SBQD=-3.337;SBpi=-0.9058;SBpiQual=-1.1784;VQSLOD=8.2368 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2787,220,0
|
|
1 186054055 rs4651295 A G 2679.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=33.92;SB=-1246.479;SBQD=1.013;SBpi=-0.7313;SBpiQual=-0.6660;VQSLOD=7.8089 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2713,220,0
|
|
1 186061099 rs1998088 G A 3016.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=37.24;SB=-1530.503;SBQD=-0.754;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.1265;VQSLOD=8.1907 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3050,238,0
|
|
1 186065539 rs2038601 T G 2540.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1297.810;SBQD=-0.518;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2806;VQSLOD=8.4301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2574,202,0
|
|
1 186071053 rs716755 T G 3670.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=37.08;SB=-1843.159;SBQD=0.342;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1922;VQSLOD=8.7900 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3670,286,0
|
|
1 186092540 rs6698064 A G 2366.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=31.98;SB=-1195.407;SBQD=-4.931;SBpi=0.1162;SBpiQual=-0.3370;VQSLOD=7.9638 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2400,211,0
|
|
1 186096214 rs4651300 G C 2488.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=33.62;SB=-1052.555;SBQD=0.094;SBpi=0.8137;SBpiQual=0.7139;VQSLOD=7.3086 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2521,211,0
|
|
1 186101964 rs10911827 C T 758.99 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.315;SB=-529.790;SBQD=4.210;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0026;VQSLOD=5.4825 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:789,0,1220
|
|
1 186118608 rs10911832 T G 1308.94 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.413;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.934;HRun=3;HaplotypeScore=1.7219;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=2.872;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-709.104;SBQD=-3.294;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.1559;VQSLOD=3.9486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1339,0,1197
|
|
1 186127483 rs1293868 A G 1067.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.35;MQ0=8;QD=19.07;SB=-520.518;SBQD=0.155;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.5655;VQSLOD=4.8590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1101,105,0
|
|
1 186209705 rs10911840 G C 601.01 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.167;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=2.180;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.324;SB=-195.190;SBQD=-5.491;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-1.1375;VQSLOD=4.3946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:631,0,693
|
|
1 186247924 rs1795022 G A 827.11 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.961;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=8.692;HRun=1;HaplotypeScore=1.9142;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.067;SB=-289.235;SBQD=-6.353;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.2199;VQSLOD=4.3333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:857,0,919
|
|
1 186515340 . C T 3134.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.44;MQ0=1;QD=32.65;SB=-1482.877;SBQD=0.955;SBpi=0.5103;SBpiQual=0.4089;VQSLOD=6.3533 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3168,253,0
|
|
1 186526576 rs9803621 A C 273.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.70;MQ0=0;QD=24.91;SB=-70.108;SBQD=17.343;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.8573;VQSLOD=3.4356 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:27.07:307,27,0
|
|
1 186589408 . T G 192.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.858;DP=60;Dels=0.00;FS=94.171;HRun=2;HaplotypeScore=5.2898;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.837;QD=3.20;ReadPosRankSum=-5.017;SB=92.909;SBQD=10.935;SBpi=2.7386;SBpiQual=1.9039;VQSLOD=-11.8498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:222,0,937
|
|
1 186685818 rs6685280 C A 3068.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.48;SB=-1568.983;SBQD=0.304;SBpi=-0.3710;SBpiQual=-0.3388;VQSLOD=8.4983 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3102,244,0
|
|
1 186735711 . C G 849.05 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.920;DP=67;Dels=0.00;FS=1.998;HRun=0;HaplotypeScore=1.7326;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=12.67;ReadPosRankSum=-1.572;SB=-437.277;SBQD=-0.188;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.0410;VQSLOD=3.3795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:879,0,1043
|
|
1 186740811 rs12029765 A G 2014.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53;SB=-615.910;SBQD=-6.722;SBpi=-1.6002;SBpiQual=-1.9794;VQSLOD=5.7786 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2048,177,0
|
|
1 186786065 rs12022867 C T 1068.79 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.132;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-565.833;SBQD=3.033;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.2143;VQSLOD=5.0497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1099,0,1230
|
|
1 186812367 rs2205897 T C 1373.10 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.720;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.868;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.505;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-570.348;SBQD=6.188;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.7187;VQSLOD=5.3126 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:1403,0,1257
|
|
1 186819662 rs9645303 T C 916.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.235;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.888;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.33;MQ0=0;MQRankSum=-5.644;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-459.703;SBQD=-2.468;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.7070;VQSLOD=-1.8554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:946,0,1097
|
|
1 186837754 rs6425053 A G 1061.04 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.603;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.5371;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=12.94;ReadPosRankSum=-1.241;SB=-616.236;SBQD=-2.598;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.0101;VQSLOD=3.6516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1091,0,1188
|
|
1 186857236 rs7540602 G T 719.75 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.930;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.875;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.333;SB=-457.098;SBQD=-2.998;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-1.0414;VQSLOD=3.7582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:750,0,929
|
|
1 186871475 rs61810977 A G 2690.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.41;SB=-1142.290;SBQD=2.057;SBpi=0.8030;SBpiQual=1.0006;VQSLOD=8.3857 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2724,217,0
|
|
1 186886134 rs6683622 G A 1531.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.06;MQ0=1;QD=27.36;SB=-843.581;SBQD=-2.514;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.5837;VQSLOD=5.9915 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1565,141,0
|
|
1 186908743 rs12129917 G A 2934.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1574.168;SBQD=-1.521;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.2476;VQSLOD=8.0488 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2967,235,0
|
|
1 186912212 rs2143998 A G 2726.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.76;MQ0=0;QD=34.51;SB=-1255.642;SBQD=-1.960;SBpi=-0.5063;SBpiQual=-0.6967;VQSLOD=6.6847 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2759,223,0
|
|
1 186913940 rs6425060 T G 2561.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.08;SB=-1008.627;SBQD=2.918;SBpi=0.8901;SBpiQual=1.0919;VQSLOD=8.1909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2595,205,0
|
|
1 186922194 rs10752987 G A 2411.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;QD=33.04;SB=-1180.538;SBQD=2.710;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.5334;VQSLOD=8.3392 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2445,199,0
|
|
1 186926149 rs10911972 C T 1213.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7719;MQ=58.41;MQ0=0;QD=28.23;SB=-650.539;SBQD=1.304;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.7463;VQSLOD=4.6330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:96.31:1247,96,0
|
|
1 187119026 . G A 1251.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DP=80;Dels=0.00;FS=1.859;HRun=4;HaplotypeScore=3.9642;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-544.901;SBQD=-5.322;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.6720;VQSLOD=1.3587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1282,0,1078
|
|
1 187156567 rs6425083 T C 2416.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9326;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.38;SB=-1185.919;SBQD=4.904;SBpi=-0.7407;SBpiQual=-0.3223;VQSLOD=6.6464 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2450,217,0
|
|
1 187165657 rs7548626 C T 892.02 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.949;HRun=1;HaplotypeScore=3.6818;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.845;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-528.060;SBQD=-1.584;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2083;VQSLOD=3.0581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:922,0,836
|
|
1 187170281 rs7545257 G A 60.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.073;DB;DP=72;Dels=0.01;FS=10.898;HRun=12;HaplotypeScore=5.7534;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.334;QD=0.83;ReadPosRankSum=-2.227;SB=-273.819;SBQD=-10.101;SBpi=-1.3333;SBpiQual=-1.4601;VQSLOD=-11.1341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:90.57:91,0,729
|
|
1 187175885 rs61810676 C T 1039.76 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.377;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.255;SB=-539.333;SBQD=-1.017;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0655;VQSLOD=4.7490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1070,0,1288
|
|
1 187176559 rs927677 A G 920.49 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.460;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.761;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-488.453;SBQD=-0.021;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.2902;VQSLOD=5.4516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:950,0,1556
|
|
1 187181937 rs10912034 G A 983.38 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.615;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.127;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.793;SB=-512.657;SBQD=-5.309;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3414;VQSLOD=5.8208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1013,0,1065
|
|
1 187198946 rs330713 A G 1056.54 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.480;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.135;HRun=2;HaplotypeScore=2.5488;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.484;SB=-442.176;SBQD=-5.019;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7354;VQSLOD=3.1312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:1087,0,1628
|
|
1 187264894 rs7521355 C T 874.32 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.261;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.131;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.849;QD=11.82;ReadPosRankSum=1.142;SB=-411.226;SBQD=-5.685;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.4231;VQSLOD=4.0777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:904,0,1294
|
|
1 187269578 rs12036055 C A 1081.85 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.882;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.556;HRun=0;HaplotypeScore=1.7319;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=15.24;ReadPosRankSum=-1.977;SB=-557.802;SBQD=-4.635;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.2208;VQSLOD=4.4083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1112,0,1057
|
|
1 187293152 rs10912050 C G 992.51 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.294;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.419;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=15.04;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-405.486;SBQD=-4.841;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.9304;VQSLOD=4.4124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:1022,0,916
|
|
1 187304200 rs10798105 A T 1105.14 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.928;HRun=1;HaplotypeScore=1.7882;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=16.49;ReadPosRankSum=0.731;SB=-606.041;SBQD=0.759;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.1806;VQSLOD=4.5251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:1135,0,678
|
|
1 187312144 rs16826769 G A 953.34 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.413;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.953;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.963;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.584;SB=-446.500;SBQD=-2.552;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3944;VQSLOD=4.8485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:983,0,1179
|
|
1 187318991 rs12126545 C A 764.23 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.393;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=13.835;HRun=0;HaplotypeScore=2.4328;MQ=47.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.329;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-238.458;SBQD=-9.560;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.4603;VQSLOD=1.7191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:794,0,907
|
|
1 187328545 rs2802474 A G 964.53 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.309;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.061;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.936;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-434.231;SBQD=4.029;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.5133;VQSLOD=5.2799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:995,0,1097
|
|
1 187331199 rs2132420 G A 985.47 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.137;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.497;SB=-553.858;SBQD=-3.390;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.1749;VQSLOD=5.4266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1015,0,1105
|
|
1 187338780 rs903800 C G 934.49 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.904;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.008;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.062;SB=-312.107;SBQD=3.723;SBpi=0.8839;SBpiQual=1.0475;VQSLOD=4.6434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:64:99:964,0,1034
|
|
1 187341438 rs931590 T C 794.60 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.669;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.931;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.583;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.603;SB=-349.493;SBQD=-4.905;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.3819;VQSLOD=5.6700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:825,0,1190
|
|
1 187342796 rs1299763 C A 1187.58 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.760;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.988;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.034;SB=-592.626;SBQD=-2.951;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.2762;VQSLOD=5.3743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1218,0,1219
|
|
1 187369715 rs10912065 G A 2665.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.08;MQ0=0;QD=34.62;SB=-1377.952;SBQD=1.307;SBpi=-0.3989;SBpiQual=-0.3033;VQSLOD=6.6122 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2699,211,0
|
|
1 187377575 rs34995038 G T 729.13 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.919;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.033;HRun=2;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.909;SB=-310.305;SBQD=2.844;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5277;VQSLOD=3.9401 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:759,0,969
|
|
1 187402003 rs12729756 T C 49.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.355;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=7.817;HRun=0;HaplotypeScore=2.5310;MQ=45.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.486;QD=1.04;ReadPosRankSum=1.527;SB=-256.191;SBQD=9.487;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.4964;VQSLOD=-1.1326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:79.81:80,0,594
|
|
1 187417653 rs10912070 C T 808.21 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.116;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.527;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=2.017;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.000;SB=-396.834;SBQD=-7.349;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1543;VQSLOD=5.2802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:838,0,836
|
|
1 187437211 rs4651387 G A 797.34 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.061;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=11.39;ReadPosRankSum=-1.624;SB=-329.527;SBQD=-2.049;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6112;VQSLOD=5.0174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:827,0,1351
|
|
1 187454283 rs10912076 A G 2603.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=36.16;SB=-933.646;SBQD=1.712;SBpi=1.2964;SBpiQual=1.4759;VQSLOD=8.0834 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2636,208,0
|
|
1 187458505 rs6691810 C T 1109.08 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.655;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=14.40;ReadPosRankSum=1.545;SB=-601.174;SBQD=-0.188;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=4.1142 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1139,0,1284
|
|
1 187458973 rs10753007 T G 656.98 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.146;SB=-466.150;SBQD=-1.036;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3585;VQSLOD=4.1560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:687,0,930
|
|
1 187460149 rs6425102 G A 853.83 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.942;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.914;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=12.03;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-403.192;SBQD=2.431;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5007;VQSLOD=5.5160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:884,0,1125
|
|
1 187473507 rs61810834 G A 1263.73 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.519;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.752;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-698.958;SBQD=-2.413;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1323;VQSLOD=5.9746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:1294,0,1346
|
|
1 187510718 rs12044704 T G 522.73 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.674;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=1.338;HRun=0;HaplotypeScore=2.8800;MQ=28.86;MQ0=25;MQRankSum=-0.425;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-93.938;SBQD=-9.030;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3906;VQSLOD=2.7549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,38:96:99:553,0,812
|
|
1 187580920 rs4651399 C G 2428.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.54;SB=-1155.304;SBQD=-4.272;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.6436;VQSLOD=7.0840 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2462,214,0
|
|
1 187584898 rs12409213 T A 186.68 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5141;MQ=38.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.130;SB=-101.571;SBQD=-4.961;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4936;VQSLOD=1.9618 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:99:217,0,526
|
|
1 187584907 rs12402941 C T 390.88 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4875;MQ=37.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-285.750;SBQD=1.100;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.3755;VQSLOD=3.2278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:421,0,272
|
|
1 187586017 . G A 452.95 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.761;DP=46;Dels=0.00;FS=7.256;HRun=0;HaplotypeScore=2.8350;MQ=50.79;MQ0=2;MQRankSum=1.157;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.201;SB=-171.346;SBQD=6.891;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.7330;VQSLOD=2.7578 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:46:99:483,0,228
|
|
1 187590607 . G A 1811.94 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.520;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8100;MQ=45.95;MQ0=5;MQRankSum=3.809;QD=23.53;ReadPosRankSum=0.762;SB=-949.862;SBQD=-2.415;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6103;VQSLOD=1.5686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,64:77:20.72:1845,21,0
|
|
1 187591689 rs10912103 C T 2572.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1371.498;SBQD=0.447;SBpi=0.1732;SBpiQual=0.2035;VQSLOD=8.2636 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2606,205,0
|
|
1 187611003 rs12076164 A G 2921.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=31.08;SB=-1455.566;SBQD=-5.662;SBpi=-0.1031;SBpiQual=-0.5737;VQSLOD=7.0768 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2955,256,0
|
|
1 187632801 rs12079098 T C 2132.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.80;SB=-1180.333;SBQD=-1.143;SBpi=0.1861;SBpiQual=0.1015;VQSLOD=7.6524 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2165,178,0
|
|
1 187640025 rs10912137 G A 2742.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.86;SB=-1386.632;SBQD=1.006;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.4645;VQSLOD=7.2184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2775,217,0
|
|
1 187643267 rs10494604 C T 3070.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.44;SB=-1172.777;SBQD=-0.302;SBpi=-1.2147;SBpiQual=-1.3605;VQSLOD=7.6990 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3103,238,0
|
|
1 187651732 rs3120947 G T 2849.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1394.023;SBQD=-0.595;SBpi=-0.5522;SBpiQual=-0.6117;VQSLOD=8.2164 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2882,223,0
|
|
1 187652461 rs3120949 C T 2676.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.70;SB=-1335.596;SBQD=-0.809;SBpi=0.1780;SBpiQual=0.1201;VQSLOD=8.3362 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2710,211,0
|
|
1 187666251 rs3120961 C T 2153.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=31.21;SB=-1232.637;SBQD=-1.194;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.2351;VQSLOD=7.3493 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2187,172,0
|
|
1 187669092 rs2050741 G T 2522.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1279.830;SBQD=1.053;SBpi=0.1780;SBpiQual=0.2669;VQSLOD=8.9777 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2556,202,0
|
|
1 187676040 rs1538478 A C 2539.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=30.60;SB=-1151.289;SBQD=6.787;SBpi=0.4939;SBpiQual=1.0216;VQSLOD=7.6146 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2573,220,0
|
|
1 187682174 rs4301599 G A 2948.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.28;SB=-1590.327;SBQD=-1.667;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1039;VQSLOD=8.7686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2981,235,0
|
|
1 187729320 rs61531747 T G 2771.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1185.747;SBQD=0.526;SBpi=-0.8547;SBpiQual=-0.8505;VQSLOD=8.5096 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2804,226,0
|
|
1 187738047 rs3127519 T A 1024.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.94;MQ0=12;QD=20.48;SB=-320.054;SBQD=-13.923;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.5452;VQSLOD=4.9559 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:50:93.19:1057,93,0
|
|
1 187738192 rs2495438 A G 1055.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=26.68;MQ0=7;QD=20.29;SB=-163.475;SBQD=-24.549;SBpi=-1.1094;SBpiQual=-1.1968;VQSLOD=3.6695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1088,99,0
|
|
1 187739054 rs3127524 G A 1838.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.235;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.01;MQ0=4;MQRankSum=2.298;QD=26.64;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-651.756;SBQD=3.411;SBpi=1.1783;SBpiQual=1.2154;VQSLOD=4.3375 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:69:99:1871,168,0
|
|
1 187747347 rs61820624 C T 2748.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.59;MQ0=0;QD=37.65;SB=-1380.925;SBQD=-1.328;SBpi=0.1756;SBpiQual=0.0665;VQSLOD=8.2370 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2782,217,0
|
|
1 187760674 rs2430101 G T 2339.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=25.70;SB=-1479.958;SBQD=-0.739;SBpi=-0.7862;SBpiQual=-0.9091;VQSLOD=3.4633 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2372,240,0
|
|
1 187779168 rs2430089 C A 2996.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.99;SB=-1431.882;SBQD=0.622;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.4722;VQSLOD=7.8278 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3029,235,0
|
|
1 187789084 rs2262280 T G 1005.05 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=12.178;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.787;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-451.705;SBQD=-8.675;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3550;VQSLOD=4.8446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1035,0,1258
|
|
1 187790647 rs2430176 C T 3370.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.45;SB=-1564.834;SBQD=-0.109;SBpi=0.5270;SBpiQual=0.5363;VQSLOD=8.3873 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3370,262,0
|
|
1 187791240 rs2430174 A T 3572.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=37.21;SB=-1799.747;SBQD=-0.014;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2211;VQSLOD=6.4390 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3572,274,0
|
|
1 187797006 rs2495408 C T 1117.20 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.037;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.893;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.274;SB=-421.661;SBQD=-3.075;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-0.9924;VQSLOD=4.5545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:1147,0,1411
|
|
1 187800202 rs4285661 T G 1084.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=17.71;MQ0=20;QD=11.18;SB=-432.227;SBQD=4.551;SBpi=0.1523;SBpiQual=0.3433;VQSLOD=4.4017 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:1117,111,0
|
|
1 187811458 rs2430164 A G 652.91 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.307;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.753;SB=-291.303;SBQD=2.218;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4222;VQSLOD=5.3251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:683,0,917
|
|
1 187830161 . T G 945.34 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;DP=76;Dels=0.00;FS=3.141;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.434;SB=-328.931;SBQD=-3.958;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.1096;VQSLOD=3.5819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:975,0,1372
|
|
1 187834154 rs2430133 A G 1707.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.22;SB=-971.883;SBQD=-0.595;SBpi=0.0687;SBpiQual=0.0777;VQSLOD=7.7954 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1741,138,0
|
|
1 187835370 rs2192114 A G 2291.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=32.73;SB=-956.600;SBQD=-4.391;SBpi=1.0757;SBpiQual=0.7043;VQSLOD=7.7231 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2324,208,0
|
|
1 187836429 rs2495457 G A 3411.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.90;SB=-1392.353;SBQD=0.433;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.0404;VQSLOD=6.6358 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3411,265,0
|
|
1 187847742 rs800817 G C 3578.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.66;SB=-1381.578;SBQD=-0.304;SBpi=-1.1799;SBpiQual=-1.2697;VQSLOD=7.3479 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3578,280,0
|
|
1 187863893 rs800799 C T 2128.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.70;SB=-901.035;SBQD=0.483;SBpi=0.7878;SBpiQual=0.8589;VQSLOD=8.3250 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2162,166,0
|
|
1 187867465 rs800794 A T 3144.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=36.99;SB=-1266.265;SBQD=2.051;SBpi=0.9220;SBpiQual=1.0833;VQSLOD=7.6505 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3177,247,0
|
|
1 187873638 rs800787 C T 2694.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.69;MQ0=0;QD=33.26;SB=-1422.787;SBQD=-0.568;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.5089;VQSLOD=7.8191 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2727,211,0
|
|
1 187902218 rs668900 T C 1531.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=25.96;SB=-843.541;SBQD=8.341;SBpi=-0.0651;SBpiQual=0.5303;VQSLOD=4.1440 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1565,132,0
|
|
1 187903721 . A C 1919.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.68;SB=-960.347;SBQD=5.897;SBpi=-0.4636;SBpiQual=-0.0348;VQSLOD=6.8109 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1953,168,0
|
|
1 187943685 . C T 967.38 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.820;DP=66;Dels=0.00;FS=0.947;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-479.773;SBQD=1.951;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.5887;VQSLOD=4.2594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:997,0,722
|
|
1 188023035 rs17477116 G A 3186.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.40;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1370.068;SBQD=1.545;SBpi=0.7950;SBpiQual=0.9582;VQSLOD=8.7780 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3220,256,0
|
|
1 188034209 . C T 3613.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=38.44;SB=-1752.002;SBQD=0.685;SBpi=-0.3094;SBpiQual=-0.2842;VQSLOD=7.4824 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3613,277,0
|
|
1 188035727 rs703949 T G 2121.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=33.15;SB=-1066.185;SBQD=1.009;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4271;VQSLOD=8.4788 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2155,172,0
|
|
1 188062679 rs1407709 T C 3512.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.10;SB=-1393.064;SBQD=4.997;SBpi=0.7390;SBpiQual=1.2322;VQSLOD=7.7008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:3512,301,0
|
|
1 188093541 rs34105612 A G 3079.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7870;MQ=59.76;MQ0=0;QD=32.41;SB=-1557.058;SBQD=-5.551;SBpi=0.5643;SBpiQual=0.0375;VQSLOD=5.8322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3112,271,0
|
|
1 188107977 rs1853376 A G 2601.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8675;MQ=59.48;MQ0=0;QD=32.52;SB=-1399.716;SBQD=0.685;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.4112;VQSLOD=5.2944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2634,208,0
|
|
1 188109323 rs6676990 A T 2417.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.54;SB=-1198.580;SBQD=0.123;SBpi=-0.4781;SBpiQual=-0.4869;VQSLOD=6.7295 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2451,190,0
|
|
1 188136826 rs354260 T C 2353.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=35.66;SB=-1234.795;SBQD=-0.926;SBpi=0.1231;SBpiQual=0.0858;VQSLOD=8.1247 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2386,190,0
|
|
1 188142802 . T C 2450.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.58;SB=-1051.872;SBQD=-0.854;SBpi=-0.6719;SBpiQual=-0.7655;VQSLOD=7.3353 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2484,199,0
|
|
1 188159217 rs10912262 T G 2786.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.84;SB=-1410.735;SBQD=2.536;SBpi=0.1118;SBpiQual=0.3013;VQSLOD=7.7150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2820,223,0
|
|
1 188176217 rs12754917 C T 2458.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.11;SB=-1150.528;SBQD=0.766;SBpi=0.5976;SBpiQual=0.6963;VQSLOD=8.3151 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2491,193,0
|
|
1 188189531 rs1487495 A T 3333.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1368.004;SBQD=-0.530;SBpi=-1.1925;SBpiQual=-1.3213;VQSLOD=7.4683 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3333,256,0
|
|
1 188195823 rs12724814 C T 2463.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1353.091;SBQD=1.034;SBpi=0.1179;SBpiQual=0.2064;VQSLOD=7.1666 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2496,193,0
|
|
1 188223808 rs10912275 A G 3208.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=35.65;SB=-1302.972;SBQD=1.618;SBpi=1.0541;SBpiQual=1.2319;VQSLOD=8.3636 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3241,256,0
|
|
1 188224667 rs1955245 G A 2610.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.29;SB=-1288.151;SBQD=0.337;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.2842;VQSLOD=6.7070 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2643,205,0
|
|
1 188228295 . C G 1176.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.80;MQ0=0;QD=24.02;SB=-806.805;SBQD=0.608;SBpi=0.0714;SBpiQual=0.2058;VQSLOD=3.5418 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1210,123,0
|
|
1 188230979 rs3010631 C T 2519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;QD=34.05;SB=-1287.852;SBQD=2.535;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-0.3311;VQSLOD=7.8989 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2553,199,0
|
|
1 188232422 rs3011953 C A 2314.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.71;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1108.343;SBQD=-1.256;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.5244;VQSLOD=7.9168 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2348,187,0
|
|
1 188243465 rs3010605 G T 2947.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.68;MQ0=0;QD=36.38;SB=-882.649;SBQD=2.838;SBpi=1.8333;SBpiQual=2.0218;VQSLOD=7.2723 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2980,238,0
|
|
1 188245053 rs3011967 A C 3371.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.12;MQ0=0;QD=35.49;SB=-1538.595;SBQD=-0.520;SBpi=0.5643;SBpiQual=0.4843;VQSLOD=8.1440 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3371,280,0
|
|
1 188247809 rs3010657 T A 2493.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.69;SB=-1089.934;SBQD=1.055;SBpi=-1.0462;SBpiQual=-0.9963;VQSLOD=7.7716 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2526,202,0
|
|
1 188249457 rs12758409 C T 1915.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=36.15;SB=-977.575;SBQD=0.293;SBpi=-0.2060;SBpiQual=-0.1947;VQSLOD=9.5015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1949,150,0
|
|
1 188253135 rs10912305 T C 2913.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.88;SB=-1272.878;SBQD=5.836;SBpi=0.3235;SBpiQual=0.8538;VQSLOD=8.1853 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2947,250,0
|
|
1 188258443 rs10157393 T C 2433.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=30.80;SB=-1330.293;SBQD=-2.243;SBpi=-0.2813;SBpiQual=-0.3675;VQSLOD=5.3231 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2466,196,0
|
|
1 188263293 rs12033613 C G 2581.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=33.09;SB=-1423.728;SBQD=2.288;SBpi=-0.2265;SBpiQual=-0.0695;VQSLOD=7.9781 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2614,208,0
|
|
1 188309739 rs12752084 T C 1970.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;QD=32.30;SB=-1011.352;SBQD=5.512;SBpi=-0.1921;SBpiQual=0.2421;VQSLOD=7.3517 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2003,177,0
|
|
1 188320189 rs4288557 T C 2347.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.12;SB=-856.638;SBQD=0.113;SBpi=1.3024;SBpiQual=1.3672;VQSLOD=7.9969 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2381,187,0
|
|
1 188323291 rs12121527 A G 2467.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84;SB=-1270.463;SBQD=-7.150;SBpi=0.1118;SBpiQual=-0.4518;VQSLOD=7.2331 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2500,217,0
|
|
1 188326492 rs12727737 C T 2555.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=34.07;SB=-1296.636;SBQD=0.210;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.4419;VQSLOD=8.4419 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2588,205,0
|
|
1 188331225 rs6664711 G C 2247.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1107.055;SBQD=-1.013;SBpi=-0.4276;SBpiQual=-0.5250;VQSLOD=7.1862 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2280,184,0
|
|
1 188353440 rs12028688 G C 2473.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=36.37;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-1193.537;SBQD=-0.458;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.2735;VQSLOD=7.2528 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2506,199,0
|
|
1 188360869 rs10912366 A G 2895.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1340.583;SBQD=2.159;SBpi=-0.6111;SBpiQual=-0.4591;VQSLOD=8.4593 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2928,238,0
|
|
1 188364341 rs10737287 T C 2778.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.69;SB=-1245.737;SBQD=7.576;SBpi=0.2712;SBpiQual=0.9209;VQSLOD=7.8508 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2812,241,0
|
|
1 188370522 rs2087368 A C 1986.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;QD=33.11;SB=-638.475;SBQD=7.598;SBpi=1.2368;SBpiQual=1.6222;VQSLOD=7.3478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2020,171,0
|
|
1 188386630 rs1489250 A T 2593.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.25;SB=-1379.932;SBQD=-0.191;SBpi=0.6037;SBpiQual=0.6112;VQSLOD=6.6169 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2627,208,0
|
|
1 188390606 rs1472002 T G 1341.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=23.95;SB=-970.948;SBQD=0.778;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.3603;VQSLOD=4.8940 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1374,108,0
|
|
1 188409233 rs10912382 C T 2843.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=37.41;SB=-1469.068;SBQD=-0.783;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.0523;VQSLOD=8.1667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2876,223,0
|
|
1 188410651 rs35416891 C T 2965.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4328;MQ=59.01;MQ0=0;QD=31.55;SB=-1360.233;SBQD=-3.642;SBpi=-0.6189;SBpiQual=-0.9758;VQSLOD=5.6355 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2999,247,0
|
|
1 188412405 rs7551032 T C 2066.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;QD=33.33;SB=-800.034;SBQD=1.236;SBpi=1.1430;SBpiQual=1.2199;VQSLOD=7.4897 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2100,169,0
|
|
1 188418715 rs284035 A G 2558.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.47;MQ0=0;QD=36.55;SB=-966.983;SBQD=1.967;SBpi=1.0757;SBpiQual=1.2655;VQSLOD=7.3981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2592,205,0
|
|
1 188471018 rs284094 T C 2678.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.07;SB=-1474.155;SBQD=-0.585;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2227;VQSLOD=7.7316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2712,220,0
|
|
1 188474109 rs1157908 G T 2015.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.17;SB=-953.315;SBQD=0.336;SBpi=0.5859;SBpiQual=0.6120;VQSLOD=8.3032 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2049,160,0
|
|
1 188481606 rs16828792 T A 2717.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.74;SB=-1261.948;SBQD=-0.285;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.5287;VQSLOD=7.5852 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2750,211,0
|
|
1 188488112 rs9660221 A G 2601.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1877;MQ=58.63;MQ0=0;QD=30.97;SB=-1219.048;SBQD=-7.387;SBpi=-0.2182;SBpiQual=-0.7889;VQSLOD=5.5210 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2635,226,0
|
|
1 188488564 rs284068 G A 2773.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.72;MQ0=0;QD=34.67;SB=-1433.079;SBQD=-2.683;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.3719;VQSLOD=8.2091 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2806,226,0
|
|
1 188514460 rs6605006 T G 2538.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.31;SB=-1130.487;SBQD=0.751;SBpi=0.8137;SBpiQual=0.9118;VQSLOD=8.6808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2572,208,0
|
|
1 188520387 rs6673419 G T 2218.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=35.22;SB=-1051.030;SBQD=-0.080;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5993;VQSLOD=8.4355 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2252,175,0
|
|
1 188526147 rs2035417 G C 2018.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.93;MQ0=0;QD=31.05;SB=-1161.247;SBQD=-3.084;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.1309;VQSLOD=7.3362 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2051,165,0
|
|
1 188530736 rs1902896 T C 3506.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.72;SB=-1367.651;SBQD=6.397;SBpi=0.7463;SBpiQual=1.3613;VQSLOD=8.7758 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:3506,295,0
|
|
1 188532597 rs10912448 A C 2700.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1292.224;SBQD=-0.822;SBpi=-0.4588;SBpiQual=-0.5462;VQSLOD=8.8689 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2733,214,0
|
|
1 188543135 rs900340 T C 1485.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.32;MQ0=0;QD=28.56;SB=-733.853;SBQD=-1.215;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.0680;VQSLOD=5.8263 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1518,138,0
|
|
1 188544890 rs1973231 C A 1546.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.22;MQ0=0;QD=34.37;SB=-847.759;SBQD=0.088;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0619;VQSLOD=6.6562 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1580,123,0
|
|
1 188546258 rs28728397 T G 2718.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.75;SB=-1122.204;SBQD=1.692;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.8741;VQSLOD=8.6590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2751,217,0
|
|
1 188548104 rs12036897 T C 3482.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5757;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=36.66;ReadPosRankSum=0.516;SB=-933.755;SBQD=0.338;SBpi=2.2691;SBpiQual=2.4435;VQSLOD=6.0594 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:3443,238,0
|
|
1 188555050 rs16829103 T C 1739.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=31.07;SB=-808.863;SBQD=6.684;SBpi=0.2673;SBpiQual=0.7440;VQSLOD=6.9897 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1773,153,0
|
|
1 188585805 . G T 1088.28 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.942;DP=74;Dels=0.00;FS=4.549;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-543.392;SBQD=4.852;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1532;VQSLOD=3.7680 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1118,0,1230
|
|
1 188598618 rs34899239 G A 3848.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.97;SB=-1690.249;SBQD=-2.540;SBpi=-0.7251;SBpiQual=-0.9669;VQSLOD=3.7657 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:3848,301,0
|
|
1 188600950 rs28479205 G A 2126.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1006.267;SBQD=-0.086;SBpi=0.3939;SBpiQual=0.4069;VQSLOD=8.9271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2160,169,0
|
|
1 188620395 rs2312279 T C 2569.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.14;MQ0=0;QD=36.20;SB=-1343.744;SBQD=0.129;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.0660;VQSLOD=8.4427 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2603,205,0
|
|
1 188629038 rs28736750 T A 1112.90 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.902;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.708;SB=-572.225;SBQD=-2.792;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1399;VQSLOD=4.6111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:1143,0,1472
|
|
1 188637449 rs10912468 G C 956.97 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=18.76;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-516.839;SBQD=-1.704;SBpi=0.0870;SBpiQual=-0.0970;VQSLOD=5.4946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:987,0,499
|
|
1 188651610 rs28473521 G T 2195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.86;SB=-1060.258;SBQD=-0.223;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.2545;VQSLOD=7.1141 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2229,172,0
|
|
1 188652322 rs28715390 A C 2966.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.08;SB=-1460.362;SBQD=0.718;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2130;VQSLOD=8.5570 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3000,235,0
|
|
1 188666925 rs7550119 T C 1513.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=33.64;SB=-738.884;SBQD=5.924;SBpi=-0.0745;SBpiQual=0.3032;VQSLOD=8.2973 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1547,132,0
|
|
1 188669624 rs4575089 T C 2873.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.27;MQ0=0;QD=35.92;SB=-1154.478;SBQD=-1.389;SBpi=-1.0062;SBpiQual=-1.1673;VQSLOD=8.0913 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2907,232,0
|
|
1 188671252 rs10920924 A G 1942.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;QD=31.33;SB=-1051.278;SBQD=-0.789;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.2066;VQSLOD=6.4782 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1975,156,0
|
|
1 188677012 rs12119271 T C 2289.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1225.089;SBQD=-1.203;SBpi=-0.0611;SBpiQual=-0.1607;VQSLOD=7.8935 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2323,187,0
|
|
1 188678917 rs10921075 C A 2256.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.78;SB=-1272.498;SBQD=-1.334;SBpi=-0.1780;SBpiQual=-0.2399;VQSLOD=8.0049 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2290,178,0
|
|
1 188696392 rs4845291 G T 1360.18 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.297;HRun=5;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-487.840;SBQD=-7.751;SBpi=-0.8847;SBpiQual=-1.1858;VQSLOD=3.7719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1390,0,1170
|
|
1 188700757 rs4418600 T G 1432.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;QD=29.24;SB=-887.006;SBQD=-1.478;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.1654;VQSLOD=6.5905 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1466,117,0
|
|
1 188711106 rs7416240 A G 928.32 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.590;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.204;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.584;SB=-385.142;SBQD=-5.047;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.5888;VQSLOD=5.3427 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:958,0,880
|
|
1 188717200 rs4132097 C G 1032.27 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.448;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=15.88;ReadPosRankSum=-2.791;SB=-580.180;SBQD=-4.096;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0286;VQSLOD=4.3266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1062,0,922
|
|
1 188717576 rs10921985 C T 790.24 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.015;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=25.324;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.616;SB=-160.913;SBQD=-13.609;SBpi=-1.1767;SBpiQual=-1.3333;VQSLOD=5.1096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:820,0,1427
|
|
1 188726396 . C T 705.06 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.990;DP=65;Dels=0.00;FS=1.206;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=27.37;MQ0=11;MQRankSum=2.411;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.885;SB=-320.674;SBQD=-4.273;SBpi=0.9297;SBpiQual=1.0043;VQSLOD=3.0133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:735,0,508
|
|
1 188728426 . C T 618.09 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;DP=65;Dels=0.00;FS=13.335;HRun=0;HaplotypeScore=32.9789;MQ=48.29;MQ0=0;MQRankSum=2.565;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.453;SB=-414.329;SBQD=10.089;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4504;VQSLOD=-24.0061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:648,0,961
|
|
1 188739357 rs10801647 T C 2642.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=35.24;SB=-1176.299;SBQD=-0.507;SBpi=-0.7506;SBpiQual=-0.8388;VQSLOD=7.7169 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2676,211,0
|
|
1 188742404 rs6428461 T C 758.56 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.415;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.092;HRun=0;HaplotypeScore=2.3056;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.415;SB=-312.183;SBQD=5.382;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.7972;VQSLOD=4.6181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:789,0,845
|
|
1 188747455 rs10800601 T C 1414.35 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.904;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.660;QD=18.13;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-604.619;SBQD=-2.187;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.6480;VQSLOD=4.1833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,45:78:99:1444,0,983
|
|
1 188760425 rs6702956 A G 851.16 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.235;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=0;HaplotypeScore=1.9363;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-262.693;SBQD=-4.745;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-1.0867;VQSLOD=4.8647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:881,0,1319
|
|
1 188947318 rs12406658 G A 730.79 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=18.27;ReadPosRankSum=0.483;SB=-0.007;SBQD=-19.053;SBpi=-2.4495;SBpiQual=-2.6252;VQSLOD=2.1093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:761,0,501
|
|
1 188967700 rs12757118 C T 1300.89 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.008;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.783;HRun=2;HaplotypeScore=2.3294;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.448;SB=-704.468;SBQD=1.100;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.2882;VQSLOD=4.1783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:1331,0,1383
|
|
1 188970386 rs7523114 A C 1448.06 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.787;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=18.81;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-672.188;SBQD=0.469;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.5176;VQSLOD=5.0031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:77:99:1478,0,924
|
|
1 188976538 rs10737602 C T 1451.08 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.045;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.033;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.126;QD=17.07;ReadPosRankSum=0.233;SB=-632.813;SBQD=-5.464;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.4590;VQSLOD=5.5720 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1481,0,1215
|
|
1 188981996 rs10921068 G T 1043.22 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.725;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.884;QD=15.57;ReadPosRankSum=0.533;SB=-539.403;SBQD=0.304;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0579;VQSLOD=4.6658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:1073,0,1082
|
|
1 188993996 rs12733595 A G 1153.65 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.215;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-329.482;SBQD=5.009;SBpi=1.2330;SBpiQual=1.3901;VQSLOD=5.1962 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1184,0,1294
|
|
1 188994596 rs10921102 G A 638.98 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.021;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=5.054;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.941;SB=-390.088;SBQD=-5.526;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.4064;VQSLOD=4.7174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:669,0,1279
|
|
1 188998463 rs12038126 T C 1169.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.444;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=15.18;ReadPosRankSum=-0.810;SB=-443.131;SBQD=4.749;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.8583;VQSLOD=5.4249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1199,0,1251
|
|
1 189008656 rs1912917 T C 952.48 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.869;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.557;HRun=1;HaplotypeScore=4.3086;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-476.920;SBQD=4.150;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4731;VQSLOD=3.1540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:982,0,1444
|
|
1 189022426 rs1912924 A G 986.80 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.827;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-401.619;SBQD=-2.217;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8577;VQSLOD=5.7653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:1017,0,1580
|
|
1 189034273 rs4508010 G A 792.10 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.640;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=7.543;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=14.67;ReadPosRankSum=1.307;SB=-440.738;SBQD=-7.400;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0145;VQSLOD=5.7156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:822,0,752
|
|
1 189045079 rs1912915 C T 1140.02 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.875;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.079;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=13.41;ReadPosRankSum=-1.728;SB=-574.856;SBQD=-4.176;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0423;VQSLOD=5.5278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:1170,0,1416
|
|
1 189056005 rs10801150 A G 1242.59 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.042;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.954;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=18.27;ReadPosRankSum=0.446;SB=-512.964;SBQD=1.894;SBpi=-0.7206;SBpiQual=-0.7030;VQSLOD=5.8457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:1273,0,848
|
|
1 189060745 rs10128041 A G 726.64 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.008;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.125;HRun=0;HaplotypeScore=1.8136;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.408;SB=-337.584;SBQD=-0.006;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.5269;VQSLOD=5.1728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:757,0,1172
|
|
1 189066813 rs6428140 T C 672.07 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=3.899;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-352.466;SBQD=-0.288;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.3307;VQSLOD=3.8664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:702,0,688
|
|
1 189070930 rs4269775 A T 762.74 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6918;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-352.820;SBQD=0.754;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5201;VQSLOD=5.2750 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:793,0,1215
|
|
1 189087339 rs1996000 T G 1041.05 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.467;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.016;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=13.01;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-604.755;SBQD=-3.255;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1230;VQSLOD=5.3164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1071,0,1390
|
|
1 189112941 rs4845300 T C 1635.33 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.448;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=4.845;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-860.025;SBQD=-3.966;SBpi=0.2023;SBpiQual=0.1521;VQSLOD=5.4500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,55:103:99:1665,0,1506
|
|
1 189115486 rs6428168 C T 1309.74 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.208;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.290;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-639.850;SBQD=0.974;SBpi=0.7217;SBpiQual=0.7572;VQSLOD=5.6379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:1340,0,926
|
|
1 189128196 rs7515223 A C 1159.77 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=6.916;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=13.03;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-417.698;SBQD=-5.555;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-1.0090;VQSLOD=5.0405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:1190,0,1642
|
|
1 189131567 rs12745676 A C 355.98 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=5.003;HRun=3;HaplotypeScore=1.7883;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.105;SB=-77.370;SBQD=6.937;SBpi=1.2500;SBpiQual=1.2498;VQSLOD=2.0833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:43:99:386,0,699
|
|
1 189138537 rs6428180 C G 876.49 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.814;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.013;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.405;SB=-375.345;SBQD=-2.600;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.4591;VQSLOD=5.8259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:906,0,1299
|
|
1 189152343 rs4845303 T A 987.20 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.931;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.899;SB=-388.645;SBQD=-5.458;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7400;VQSLOD=5.5332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:1017,0,1067
|
|
1 189172665 rs10157961 A C 1263.39 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.167;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.799;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=15.79;ReadPosRankSum=-1.107;SB=-659.787;SBQD=1.891;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0867;VQSLOD=4.9822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1293,0,1276
|
|
1 189172684 rs7527682 A G 1281.65 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.181;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.810;HRun=3;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.456;SB=-661.024;SBQD=1.595;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.1544;VQSLOD=6.0863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1312,0,1365
|
|
1 189180211 . C A 304.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=68;Dels=0.00;FS=18.007;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=42.28;MQ0=4;MQRankSum=-6.066;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-103.195;SBQD=-7.781;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.4959;VQSLOD=-5.1225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:335,0,1200
|
|
1 189194131 rs12134517 T C 440.93 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.179;HRun=2;HaplotypeScore=1.7834;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=9.19;ReadPosRankSum=-2.572;SB=-341.439;SBQD=0.690;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7335;VQSLOD=2.7286 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:471,0,345
|
|
1 189197085 rs6658292 T C 932.87 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.277;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=10.318;HRun=0;HaplotypeScore=1.6646;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=12.96;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-308.429;SBQD=9.470;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.9004;VQSLOD=5.2937 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:963,0,1183
|
|
1 189235262 rs10921611 C T 910.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.902;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=2.143;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=50.11;MQ0=0;MQRankSum=-5.779;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.380;SB=-239.096;SBQD=-4.015;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.6381;VQSLOD=-2.5371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:940,0,1054
|
|
1 189238699 rs10921628 G A 793.91 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.231;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=7.872;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.124;SB=-394.128;SBQD=6.698;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2718;VQSLOD=5.3733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:80:99:824,0,1659
|
|
1 189240602 rs1418548 T C 962.27 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.820;HRun=0;HaplotypeScore=2.2657;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.256;SB=-389.141;SBQD=4.193;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.7850;VQSLOD=5.0876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:992,0,1609
|
|
1 189243810 rs1891459 A G 1708.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=34.86;SB=-785.069;SBQD=1.401;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6058;VQSLOD=8.2013 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1741,138,0
|
|
1 189251243 rs12029842 A G 1126.74 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.916;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.350;QD=14.63;ReadPosRankSum=-2.226;SB=-592.134;SBQD=0.316;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.1600;VQSLOD=3.8122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1157,0,1194
|
|
1 189262005 rs10921678 T C 1352.51 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.438;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.823;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-613.986;SBQD=-1.252;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.4420;VQSLOD=6.1296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:1383,0,1281
|
|
1 189281042 rs12087765 C A 865.80 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.774;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.381;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-396.444;SBQD=7.009;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.6189;VQSLOD=5.6699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:896,0,1144
|
|
1 189281719 rs951601 G T 903.47 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.786;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.094;HRun=6;HaplotypeScore=1.9066;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.761;SB=-323.072;SBQD=5.573;SBpi=1.0290;SBpiQual=1.0130;VQSLOD=2.7550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:933,0,1361
|
|
1 189287448 rs3961052 T C 1050.73 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.177;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=12.97;ReadPosRankSum=1.413;SB=-482.868;SBQD=2.620;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.4323;VQSLOD=5.6352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1081,0,1352
|
|
1 189292211 rs10801398 G A 1284.27 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.955;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.474;SB=-634.059;SBQD=0.780;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.3161;VQSLOD=5.1467 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1314,0,1311
|
|
1 189293849 rs7514910 A G 953.19 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.336;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.801;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-543.127;SBQD=-1.062;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.0051;VQSLOD=5.0101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:983,0,1510
|
|
1 189297519 . T A 563.90 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4875;MQ=31.28;MQ0=10;MQRankSum=-0.584;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.572;SB=-206.376;SBQD=6.381;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2134;VQSLOD=2.3920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:594,0,683
|
|
1 189298860 rs10921816 C T 551.18 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.430;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.76;MQ0=8;MQRankSum=-0.072;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.333;SB=-325.880;SBQD=-4.509;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2535;VQSLOD=4.2524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:581,0,734
|
|
1 189299832 rs10921823 A G 605.41 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.415;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.731;HRun=4;HaplotypeScore=0.8321;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=9.61;ReadPosRankSum=2.233;SB=-246.250;SBQD=-4.320;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.6527;VQSLOD=3.3138 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:63:99:635,0,1131
|
|
1 189306743 rs2105349 A G 1387.86 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.281;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.860;SB=-751.181;SBQD=-0.505;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.1353;VQSLOD=4.8774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,47:80:99:1418,0,1053
|
|
1 189313427 rs7544545 A C 538.51 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=18.57;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-98.348;SBQD=-6.014;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5324;VQSLOD=4.5865 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:568,0,325
|
|
1 189354904 rs10921915 A C 937.54 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.536;SB=-499.506;SBQD=1.098;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0603;VQSLOD=4.7424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:968,0,1254
|
|
1 189384373 rs4313401 A G 1220.06 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.147;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.600;HRun=0;HaplotypeScore=3.6380;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=14.70;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-461.884;SBQD=-7.654;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.9647;VQSLOD=3.0761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1250,0,1175
|
|
1 189443609 rs11579244 G A 940.12 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.603;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.000;SB=-502.330;SBQD=-6.012;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0767;VQSLOD=5.6376 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:970,0,1021
|
|
1 189444740 rs816802 G A 1017.09 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.446;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.228;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=15.89;ReadPosRankSum=1.244;SB=-479.380;SBQD=4.370;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5310;VQSLOD=4.9567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:1047,0,806
|
|
1 189453147 rs4428892 A T 1015.44 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.444;HRun=1;HaplotypeScore=1.5741;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.993;SB=-511.404;SBQD=-5.097;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2178;VQSLOD=5.1775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1045,0,1227
|
|
1 189529666 rs387239 T G 676.06 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.205;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.033;HRun=3;HaplotypeScore=1.5317;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.099;SB=-400.756;SBQD=-2.345;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.2265;VQSLOD=4.8859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:706,0,813
|
|
1 189546726 rs483402 G A 864.52 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.113;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=1.875;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-316.817;SBQD=-0.583;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-1.0514;VQSLOD=4.4235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:895,0,1334
|
|
1 189547474 rs430676 A G 1031.05 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.172;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.017;SB=-427.078;SBQD=-3.633;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.7278;VQSLOD=5.1720 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1061,0,1117
|
|
1 189548566 rs416930 T A 1149.19 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.720;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=5.186;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.430;QD=16.65;ReadPosRankSum=1.176;SB=-316.003;SBQD=7.405;SBpi=1.2978;SBpiQual=1.5300;VQSLOD=3.6577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1179,0,962
|
|
1 189550150 rs371280 C T 1172.90 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.717;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=17.25;ReadPosRankSum=-0.592;SB=-650.014;SBQD=-0.402;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.2010;VQSLOD=4.9638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:1203,0,824
|
|
1 189552599 rs431889 A G 1194 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.953;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=16.82;ReadPosRankSum=1.901;SB=-620.784;SBQD=-2.608;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0349;VQSLOD=4.5332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1224,0,1011
|
|
1 189588348 rs1566679 C T 1178.12 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.567;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.073;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=2.551;QD=18.41;ReadPosRankSum=1.617;SB=-601.379;SBQD=-2.171;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0280;VQSLOD=4.3077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1208,0,829
|
|
1 189612335 rs534695 G A 1301.44 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.151;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.888;HRun=1;HaplotypeScore=1.8924;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=16.90;ReadPosRankSum=-0.844;SB=-700.392;SBQD=2.925;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0304;VQSLOD=4.3568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1331,0,1045
|
|
1 189620479 rs477525 G A 1502.04 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.455;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=15.98;ReadPosRankSum=1.138;SB=-722.745;SBQD=-0.459;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.5282;VQSLOD=4.3930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:94:99:1532,0,1296
|
|
1 189621460 rs2760046 G A 1234.05 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.039;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=13.815;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=18.70;ReadPosRankSum=1.641;SB=-358.122;SBQD=11.270;SBpi=1.2330;SBpiQual=1.3167;VQSLOD=3.3615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1264,0,841
|
|
1 189622536 rs2760044 G A 899.29 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.994;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.080;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=14.50;ReadPosRankSum=1.876;SB=-353.138;SBQD=7.097;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.5079;VQSLOD=4.3679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:929,0,915
|
|
1 189627137 rs472988 T A 698.78 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.054;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.329;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.208;SB=-409.430;SBQD=-1.129;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.1594;VQSLOD=5.1415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:729,0,816
|
|
1 189629195 rs539147 A G 682.43 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.629;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.986;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=11.57;ReadPosRankSum=2.183;SB=-337.502;SBQD=-1.326;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.3998;VQSLOD=4.7161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:712,0,988
|
|
1 189634273 rs499178 A T 45.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.260;HRun=1;HaplotypeScore=1.7313;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=-2.779;QD=0.94;ReadPosRankSum=-3.194;SB=-120.730;SBQD=-3.315;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.8134;VQSLOD=-2.5816 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,18:48:75.26:75,0,952
|
|
1 189634654 rs523337 T A 1168.42 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.494;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.139;HRun=2;HaplotypeScore=2.3548;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.295;SB=-529.609;SBQD=-2.473;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.5252;VQSLOD=3.5521 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1198,0,1172
|
|
1 189641792 rs550311 C T 1000.22 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.574;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.891;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=12.20;ReadPosRankSum=-1.313;SB=-473.098;SBQD=2.283;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5952;VQSLOD=4.0664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:1030,0,1317
|
|
1 189649704 rs570816 A G 1117.40 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.551;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=16.19;ReadPosRankSum=0.320;SB=-510.231;SBQD=0.967;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.6026;VQSLOD=5.2242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1147,0,1011
|
|
1 189653200 rs478985 A G 339.84 PASS AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=5.497;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.214;SB=-42.519;SBQD=8.956;SBpi=1.3363;SBpiQual=1.4349;VQSLOD=3.2634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:370,0,1007
|
|
1 189662841 rs533045 T C 1024.36 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.062;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.797;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.620;SB=-432.312;SBQD=1.963;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.8384;VQSLOD=4.2813 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:1054,0,1710
|
|
1 189747674 rs12750958 C T 1177.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82;SB=-690.939;SBQD=2.699;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.0204;VQSLOD=7.9819 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93.30:1210,93,0
|
|
1 189759123 rs7538282 A C 1308.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=36.36;SB=-548.042;SBQD=-1.897;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5970;VQSLOD=8.2069 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1342,108,0
|
|
1 189772523 rs6673921 G A 1465.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.10;MQ0=0;QD=34.09;SB=-520.673;SBQD=-3.445;SBpi=1.2962;SBpiQual=1.3171;VQSLOD=8.5038 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1499,120,0
|
|
1 189780142 rs12036655 C T 1163.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.21;SB=-386.673;SBQD=1.906;SBpi=1.2005;SBpiQual=1.3008;VQSLOD=8.1617 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:93.30:1196,93,0
|
|
1 189793911 rs12130461 T C 2500.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.33;SB=-1311.072;SBQD=-1.062;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.2542;VQSLOD=7.9790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2533,202,0
|
|
1 189801393 rs1339441 T C 2564.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=32.05;SB=-1306.814;SBQD=7.106;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.0854;VQSLOD=8.1553 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2597,226,0
|
|
1 189823791 rs56095972 C T 964.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.722;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=2.317;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.960;SB=-533.332;SBQD=-2.080;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0157;VQSLOD=4.8217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:995,0,1014
|
|
1 189851293 rs6685505 G A 844.06 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=6.004;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.216;SB=-452.550;SBQD=-6.335;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2077;VQSLOD=4.3862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:874,0,608
|
|
1 189852453 rs7532113 A T 1606.32 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.201;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=14.943;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=19.83;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-838.796;SBQD=10.036;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.1565;VQSLOD=3.6935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,52:81:99:1636,0,711
|
|
1 189852672 rs7542584 G A 785.74 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.057;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.538;SB=-334.758;SBQD=-5.586;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7018;VQSLOD=3.9388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:816,0,1024
|
|
1 189857015 rs7533196 T C 1277.11 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.096;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.971;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.050;SB=-531.881;SBQD=2.898;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5923;VQSLOD=4.3345 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:1307,0,1042
|
|
1 189860291 rs10920042 G A 779.11 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.954;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.065;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-461.538;SBQD=-2.013;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.0496;VQSLOD=4.1232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:809,0,656
|
|
1 189861149 rs1400546 T C 2475.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.86;SB=-1187.365;SBQD=-0.029;SBpi=-0.5341;SBpiQual=-0.5561;VQSLOD=8.4562 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2508,199,0
|
|
1 189862357 rs10920049 A T 934.99 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.161;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.938;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.509;SB=-532.791;SBQD=1.973;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2435;VQSLOD=5.8323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:965,0,980
|
|
1 189862360 rs10920050 G A 971.07 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.297;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.743;SB=-547.901;SBQD=1.259;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1243;VQSLOD=5.5651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:1001,0,843
|
|
1 189868327 rs10920064 C T 901.21 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.581;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.885;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.173;SB=-390.325;SBQD=-4.855;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5356;VQSLOD=5.1532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:931,0,1482
|
|
1 189874911 rs1112034 T C 1250.19 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.032;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=7.891;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.725;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.111;SB=-433.463;SBQD=8.639;SBpi=0.8660;SBpiQual=1.1806;VQSLOD=5.0206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:81:99:1280,0,844
|
|
1 189877477 rs1474048 T C 990.62 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.476;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=13.39;ReadPosRankSum=1.038;SB=-480.742;SBQD=0.296;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.3138;VQSLOD=5.1224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1021,0,1225
|
|
1 189922532 rs11805786 G T 1002.54 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.630;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=12.215;HRun=3;HaplotypeScore=1.7046;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=13.55;ReadPosRankSum=-2.055;SB=-460.644;SBQD=-8.952;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3643;VQSLOD=3.8980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:1033,0,1242
|
|
1 189926401 rs1320745 C T 1103.30 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.704;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=21.493;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.729;QD=15.99;ReadPosRankSum=-1.779;SB=-500.742;SBQD=-12.153;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.3704;VQSLOD=4.6400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1133,0,1001
|
|
1 189927642 rs1517087 A G 838.19 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.777;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.926;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-338.087;SBQD=-5.742;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.7949;VQSLOD=5.0071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:868,0,1059
|
|
1 189938458 rs6664008 A C 424.60 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.419;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=1.428;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-227.184;SBQD=-5.000;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.1407;VQSLOD=4.0950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:455,0,532
|
|
1 189946302 rs815722 G A 1200.65 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.004;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.992;HRun=0;HaplotypeScore=4.6264;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-607.014;SBQD=-4.981;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1841;VQSLOD=3.5593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:1231,0,1040
|
|
1 189962164 rs815746 A G 433.65 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.346;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.243;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.010;SB=-147.538;SBQD=-8.988;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.8439;VQSLOD=3.7131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:464,0,883
|
|
1 189962258 rs815747 C T 535.07 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.222;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=6.548;HRun=0;HaplotypeScore=2.5676;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.235;SB=-164.995;SBQD=6.700;SBpi=1.0660;SBpiQual=0.9065;VQSLOD=4.1975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:565,0,483
|
|
1 189962502 rs845629 A G 840.17 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.053;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=11.83;ReadPosRankSum=1.679;SB=-304.040;SBQD=3.420;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.8821;VQSLOD=5.3584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:870,0,1371
|
|
1 189980634 rs6657536 C T 2802.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.18;MQ0=0;QD=36.39;SB=-832.686;SBQD=1.474;SBpi=1.8803;SBpiQual=2.0605;VQSLOD=7.3577 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2835,223,0
|
|
1 189981083 . A T 921.30 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.356;DP=76;Dels=0.00;FS=19.792;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-397.278;SBQD=-11.256;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.5957;VQSLOD=4.3077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:951,0,1336
|
|
1 189984913 rs10753908 T C 2722.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.80;SB=-982.837;SBQD=-1.225;SBpi=-1.2787;SBpiQual=-1.4201;VQSLOD=8.8247 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2756,217,0
|
|
1 189991100 rs7418463 G C 2824.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.03;MQ0=0;QD=35.30;SB=-1183.785;SBQD=0.073;SBpi=-1.0062;SBpiQual=-1.1217;VQSLOD=9.1642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2857,226,0
|
|
1 189991186 rs2418880 C A 3081.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=35.42;SB=-1621.546;SBQD=0.226;SBpi=-0.1608;SBpiQual=-0.1587;VQSLOD=8.4861 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3115,244,0
|
|
1 189994487 rs7540767 C A 856.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.52;MQ0=0;QD=15.29;SB=-641.822;SBQD=1.299;SBpi=-1.2027;SBpiQual=-1.0622;VQSLOD=4.7904 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:78.22:889,78,0
|
|
1 189994968 rs6700356 A G 597.36 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.110;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.903;SB=-272.228;SBQD=-2.009;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.5831;VQSLOD=4.5356 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:627,0,1026
|
|
1 189998057 rs6657359 G A 736.74 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.725;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=9.042;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.340;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.926;SB=-198.786;SBQD=-7.796;SBpi=-1.0206;SBpiQual=-1.1310;VQSLOD=5.1943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,24:67:99:767,0,1360
|
|
1 189999663 rs12129694 A C 750.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.145;DB;DP=59;Dels=0.03;FS=7.703;HRun=0;HaplotypeScore=9.5662;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-284.378;SBQD=2.836;SBpi=-1.2330;SBpiQual=-1.1113;VQSLOD=0.3621 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,37:59:99:780,0,619
|
|
1 189999807 rs12130491 T C 1686.50 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.621;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.451;HRun=1;HaplotypeScore=2.7799;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.772;QD=20.08;ReadPosRankSum=0.578;SB=-818.065;SBQD=5.259;SBpi=0.2023;SBpiQual=0.3025;VQSLOD=3.6214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,54:84:99:1716,0,907
|
|
1 190001166 rs1592247 G T 1191.24 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.492;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.779;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=17.26;ReadPosRankSum=-1.852;SB=-592.127;SBQD=4.615;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1759;VQSLOD=3.9875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1221,0,957
|
|
1 190009257 rs1418136 A T 1066.24 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.264;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.822;SB=-570.437;SBQD=-1.365;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1254;VQSLOD=4.3622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1096,0,1227
|
|
1 190017397 rs1935875 C T 1264.93 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.851;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.828;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.294;SB=-578.467;SBQD=2.423;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4578;VQSLOD=5.7270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1295,0,1366
|
|
1 190025459 rs1852905 T G 1025.85 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.662;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.15;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-532.209;SBQD=-0.603;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.1139;VQSLOD=6.1380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:74:99:1056,0,1207
|
|
1 190038811 rs2418884 T G 875.26 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.638;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.985;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.707;SB=-347.377;SBQD=-8.077;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.8131;VQSLOD=4.9966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:905,0,946
|
|
1 190069943 rs6427980 T A 1124.41 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.309;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.064;HRun=3;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=14.23;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-602.943;SBQD=-3.906;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.2789;VQSLOD=4.6579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1154,0,1290
|
|
1 190088325 rs10920566 A G 1565.84 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=7.197;HRun=0;HaplotypeScore=1.8311;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-818.084;SBQD=6.466;SBpi=-0.2100;SBpiQual=-0.2161;VQSLOD=5.0232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:1596,0,1230
|
|
1 190139048 rs815333 C T 1361.72 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.784;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=8.115;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=18.16;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-422.298;SBQD=7.586;SBpi=1.2344;SBpiQual=1.3616;VQSLOD=4.1259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1392,0,993
|
|
1 190170426 rs815328 C T 1124.31 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.074;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.926;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-395.406;SBQD=-2.059;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.1591;VQSLOD=5.0852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1154,0,971
|
|
1 190191599 rs10920662 A T 1247.43 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=9.997;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=16.86;ReadPosRankSum=0.483;SB=-534.494;SBQD=8.729;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.4254;VQSLOD=5.0651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1277,0,1077
|
|
1 190229689 rs12117417 G T 799.44 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DB;DP=74;Dels=0.04;FS=0.863;HRun=0;HaplotypeScore=6.7948;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.654;SB=-497.640;SBQD=2.327;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.4386;VQSLOD=2.4948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:829,0,1242
|
|
1 190265206 rs489912 T G 1193.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=5.5074;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=1.615;QD=18.37;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-961.421;SBQD=-4.930;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.3062;VQSLOD=-2.7973 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1227,114,0
|
|
1 190270662 rs1759764 T C 812.06 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.682;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.994;HRun=1;HaplotypeScore=1.5810;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.551;SB=-250.880;SBQD=-0.195;SBpi=1.0954;SBpiQual=1.0897;VQSLOD=4.0315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:842,0,1689
|
|
1 190276049 rs12045010 C T 1684.85 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.107;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=4.150;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=18.31;ReadPosRankSum=0.729;SB=-594.272;SBQD=3.011;SBpi=1.1094;SBpiQual=1.2165;VQSLOD=4.5098 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,52:92:99:1715,0,1145
|
|
1 190287713 rs655598 G A 1239.63 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.349;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.620;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.033;SB=-557.937;SBQD=-0.248;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6672;VQSLOD=4.8679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1270,0,979
|
|
1 190318694 rs12030570 G A 1237.47 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.264;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.923;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=17.93;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-610.174;SBQD=1.640;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.3829;VQSLOD=4.4452 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:1267,0,835
|
|
1 190327460 rs1171337 T C 503.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.752;HRun=3;HaplotypeScore=2.2931;MQ=48.54;MQ0=4;MQRankSum=-4.765;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.860;SB=-291.255;SBQD=-2.254;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.3652;VQSLOD=-0.7660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:534,0,1258
|
|
1 190379438 rs1171026 G A 3415.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=37.12;SB=-1515.519;SBQD=-0.968;SBpi=-0.6255;SBpiQual=-0.7591;VQSLOD=7.2207 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3415,268,0
|
|
1 190412639 . G C 983.41 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.350;DP=81;Dels=0.00;FS=3.763;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.290;SB=-176.772;SBQD=5.628;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.0269;VQSLOD=2.2517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:1013,0,1396
|
|
1 190422442 . C G 389.73 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.308;DP=47;Dels=0.00;FS=6.514;HRun=0;HaplotypeScore=3.4177;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.323;SB=-187.480;SBQD=3.777;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.3752;VQSLOD=1.8586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:420,0,537
|
|
1 190427553 rs1697592 C G 1552.79 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.998;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=18.49;ReadPosRankSum=1.044;SB=-849.035;SBQD=-3.397;SBpi=0.0700;SBpiQual=0.0820;VQSLOD=4.9168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:99:1583,0,1024
|
|
1 190433124 rs2249155 T G 1328.33 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.783;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.400;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.932;SB=-613.658;SBQD=0.984;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.4749;VQSLOD=4.9496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:1358,0,1474
|
|
1 190442755 rs10920726 T C 812.77 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.317;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.247;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-469.475;SBQD=-0.028;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0625;VQSLOD=5.6741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:843,0,1072
|
|
1 190451598 . G A 615.46 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=43;Dels=0.00;FS=3.303;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-200.088;SBQD=-3.825;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.2277;VQSLOD=4.2012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:645,0,636
|
|
1 190460227 rs814928 T C 833.83 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.447;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.297;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.306;SB=-299.087;SBQD=6.621;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.8655;VQSLOD=5.4387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:864,0,1128
|
|
1 190468029 rs814944 G A 721.79 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.490;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.455;SB=-170.678;SBQD=-5.886;SBpi=-1.3000;SBpiQual=-1.4501;VQSLOD=4.7890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:752,0,1056
|
|
1 190470311 rs814948 A G 1007.45 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.942;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=14.39;ReadPosRankSum=0.276;SB=-369.158;SBQD=7.167;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9442;VQSLOD=5.6614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1037,0,1220
|
|
1 190481394 rs1102818 A C 1346.19 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=5.075;HRun=0;HaplotypeScore=7.4144;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=13.60;ReadPosRankSum=2.257;SB=-728.758;SBQD=3.082;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.3589;VQSLOD=2.1786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,50:99:99:1376,0,1060
|
|
1 190536952 rs2025894 C T 1071.80 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.979;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-544.609;SBQD=1.357;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0291;VQSLOD=5.7147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1102,0,965
|
|
1 190546862 rs61818848 A C 1130.13 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.526;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.356;SB=-506.109;SBQD=2.324;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.4993;VQSLOD=5.8434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1160,0,1253
|
|
1 190566670 rs12402698 C T 1074.54 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.255;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.104;HRun=0;HaplotypeScore=1.5362;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.897;SB=-461.299;SBQD=-3.901;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5463;VQSLOD=5.5298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1105,0,1282
|
|
1 190574068 rs5018189 T A 553.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.064;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.204;QD=11.53;ReadPosRankSum=2.245;SB=-130.259;SBQD=-5.009;SBpi=1.4924;SBpiQual=1.5525;VQSLOD=1.4004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:583,0,713
|
|
1 190594572 rs4598486 G T 2555.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.70;MQ0=0;QD=33.18;SB=-1279.139;SBQD=-0.092;SBpi=-0.6268;SBpiQual=-0.6746;VQSLOD=7.2336 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2588,199,0
|
|
1 190600009 rs501114 T G 1016.13 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.490;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=14.11;ReadPosRankSum=0.225;SB=-494.378;SBQD=0.663;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.5306;VQSLOD=5.6694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1046,0,906
|
|
1 190615637 rs1170919 A G 770.85 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.060;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=8.718;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.616;QD=14.54;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-206.270;SBQD=-9.863;SBpi=-1.5266;SBpiQual=-1.5759;VQSLOD=3.2167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:801,0,631
|
|
1 190616732 rs4845241 T C 834.27 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.045;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-446.339;SBQD=2.938;SBpi=-0.1768;SBpiQual=0.1107;VQSLOD=4.2732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:864,0,1067
|
|
1 190620304 rs641183 G A 771.62 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.985;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.323;HRun=0;HaplotypeScore=10.0036;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.328;SB=-148.043;SBQD=10.983;SBpi=0.9297;SBpiQual=1.7827;VQSLOD=1.8853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:62:99:802,0,588
|
|
1 190664055 rs28604966 T C 249.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=7.282;HRun=0;HaplotypeScore=17.1192;MQ=48.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.742;SB=-92.280;SBQD=-13.342;SBpi=-0.9037;SBpiQual=-1.0096;VQSLOD=-3.6736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:80.98:280,0,81
|
|
1 190705560 rs10800962 T C 2191.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=33.20;SB=-866.626;SBQD=6.230;SBpi=0.7385;SBpiQual=1.1912;VQSLOD=7.9934 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2224,190,0
|
|
1 190770403 rs649580 C T 2183.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.66;SB=-768.213;SBQD=2.988;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.5041;VQSLOD=8.5448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2217,175,0
|
|
1 190810394 rs6687099 T C 2578.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.69;MQ0=0;QD=33.49;SB=-1242.770;SBQD=2.766;SBpi=0.2849;SBpiQual=0.3336;VQSLOD=8.1366 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2612,217,0
|
|
1 190817829 rs16832861 C A 1124.25 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.273;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=3.933;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.28;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=12.35;ReadPosRankSum=2.507;SB=-587.039;SBQD=1.021;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1871;VQSLOD=5.1655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:1154,0,1565
|
|
1 190819479 rs35432159 A G 2496.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.33;MQ0=0;QD=33.29;SB=-998.804;SBQD=-4.735;SBpi=-0.7506;SBpiQual=-1.1028;VQSLOD=7.9314 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2530,220,0
|
|
1 190833559 rs1438533 C T 2138.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1992;MQ=57.08;MQ0=0;QD=30.13;SB=-1067.978;SBQD=-3.348;SBpi=-0.3586;SBpiQual=-0.6866;VQSLOD=5.4754 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:2172,175,0
|
|
1 190849399 rs10800988 C T 826.13 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.509;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.404;SB=-504.899;SBQD=0.584;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3002;VQSLOD=5.5255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:856,0,794
|
|
1 190856240 rs6688520 T C 2396.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7172;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1252.907;SBQD=-0.042;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.1931;VQSLOD=5.1836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2430,193,0
|
|
1 190877095 rs1936983 G A 3148.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1536.429;SBQD=-0.091;SBpi=-0.2712;SBpiQual=-0.2884;VQSLOD=8.4521 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3182,250,0
|
|
1 190914453 rs12728327 G A 844.93 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.665;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.149;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.161;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.076;SB=-429.577;SBQD=-5.391;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.1466;VQSLOD=2.4767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:875,0,947
|
|
1 190920831 rs1011727 A G 1107.17 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=15.82;ReadPosRankSum=0.106;SB=-418.419;SBQD=3.258;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.7926;VQSLOD=4.2240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1137,0,1087
|
|
1 190941623 rs10920852 G A 1024.03 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.146;HRun=0;HaplotypeScore=1.8606;MQ=48.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.544;SB=-506.569;SBQD=-5.514;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.4734;VQSLOD=4.5223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1054,0,915
|
|
1 190944360 rs10753966 G A 1271.51 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.070;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=12.919;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=14.96;ReadPosRankSum=2.282;SB=-472.398;SBQD=8.657;SBpi=0.8590;SBpiQual=0.9058;VQSLOD=3.8629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1302,0,1171
|
|
1 190952199 . T C 657.94 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.764;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=30.9557;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=2.289;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-287.293;SBQD=0.279;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2971;VQSLOD=-21.7008 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,25:76:99:688,0,1292
|
|
1 190987478 rs10801003 C T 1945.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.66;MQ0=0;QD=35.37;SB=-956.847;SBQD=0.680;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.3950;VQSLOD=7.2185 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1979,153,0
|
|
1 190989347 rs12036131 G T 768.62 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.836;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-359.055;SBQD=-0.996;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.6530;VQSLOD=3.0357 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:799,0,1099
|
|
1 190993395 rs7525875 G A 2722.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.78;SB=-1359.423;SBQD=-0.416;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.2095;VQSLOD=8.6828 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2755,214,0
|
|
1 190995967 rs12140330 C T 891.52 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.061;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.372;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=18.19;ReadPosRankSum=0.939;SB=-298.725;SBQD=8.128;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.0131;VQSLOD=5.2640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:922,0,497
|
|
1 191008849 rs12118731 C T 372.10 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=48.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.670;SB=-181.783;SBQD=0.840;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.3735;VQSLOD=3.0680 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:402,0,706
|
|
1 191009589 rs4628511 A C 845.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=20.98;MQ0=19;QD=11.43;SB=-369.972;SBQD=-0.495;SBpi=-0.8778;SBpiQual=-0.8756;VQSLOD=3.6564 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:87.03:879,87,0
|
|
1 191011348 rs12140354 A G 1063.67 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.729;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-554.798;SBQD=-1.075;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.4695;VQSLOD=5.2451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1094,0,1293
|
|
1 191012564 rs2033386 A G 2859.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.30;SB=-1460.981;SBQD=-0.748;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2125;VQSLOD=8.4384 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2892,229,0
|
|
1 191013299 rs7555707 G A 2137.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.40;SB=-958.332;SBQD=-2.027;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-0.9190;VQSLOD=8.0452 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2170,177,0
|
|
1 191029738 rs7517953 A G 2995.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=36.53;SB=-1295.054;SBQD=0.330;SBpi=-0.7730;SBpiQual=-0.8108;VQSLOD=7.9350 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3029,241,0
|
|
1 191037322 . G C 879.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.016;DP=71;Dels=0.00;FS=3.269;HRun=0;HaplotypeScore=3.9244;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=12.39;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-398.472;SBQD=-4.079;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7783;VQSLOD=0.8620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:910,0,1028
|
|
1 191042428 rs12564366 A C 1009.97 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.876;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.105;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.301;SB=-459.444;SBQD=-4.745;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.6838;VQSLOD=5.6038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1040,0,1283
|
|
1 191044104 rs4614260 A G 1295.58 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.838;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=16.61;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-555.943;SBQD=-1.338;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.6080;VQSLOD=5.5838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1326,0,1167
|
|
1 191049937 rs4845264 A C 2346.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=33.52;SB=-1173.719;SBQD=-3.134;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.4911;VQSLOD=7.9732 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2379,193,0
|
|
1 191058519 rs10801016 A G 1229.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.87;MQ0=0;QD=33.22;SB=-513.281;SBQD=-5.993;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.7214;VQSLOD=7.7057 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1262,108,0
|
|
1 191060803 rs12140282 C A 1372.44 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=2.736;HRun=0;HaplotypeScore=2.7453;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-605.600;SBQD=2.336;SBpi=-0.7217;SBpiQual=-0.8577;VQSLOD=4.2128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:102:99:1402,0,1803
|
|
1 191062388 rs7521746 G A 2729.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.89;SB=-1453.293;SBQD=0.791;SBpi=-0.4939;SBpiQual=-0.4462;VQSLOD=7.1801 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2763,214,0
|
|
1 191088864 . C T 91.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.494;DP=60;Dels=0.00;FS=3.244;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=1.53;ReadPosRankSum=-2.287;SB=-18.588;SBQD=-4.483;SBpi=-1.0553;SBpiQual=-1.1549;VQSLOD=-0.7077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,11:60:99:122,0,1276
|
|
1 191091298 rs7541613 C T 704.69 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.004;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.952;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.187;SB=-361.829;SBQD=-2.039;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2321;VQSLOD=6.2195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:735,0,1359
|
|
1 191098335 rs10920894 T C 1172.81 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.800;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=15.129;HRun=0;HaplotypeScore=2.7312;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=16.52;ReadPosRankSum=1.094;SB=-407.889;SBQD=10.256;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.9670;VQSLOD=4.2639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1203,0,937
|
|
1 191103162 rs7517614 C T 1279.47 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.499;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.184;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=15.05;ReadPosRankSum=-1.174;SB=-706.000;SBQD=-5.120;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0442;VQSLOD=4.5751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:1309,0,1294
|
|
1 191114863 rs4134390 T C 960.42 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.927;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=11.139;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=14.12;ReadPosRankSum=1.190;SB=-273.283;SBQD=9.153;SBpi=1.2677;SBpiQual=1.3925;VQSLOD=5.1079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:990,0,1008
|
|
1 191136824 rs1563192 C T 1234.84 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.399;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=3.968;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.232;SB=-494.378;SBQD=3.693;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6356;VQSLOD=5.6243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:92:99:1265,0,1627
|
|
1 191137189 rs1463341 A T 1191.75 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.947;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=15.28;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-527.397;SBQD=2.544;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.7315;VQSLOD=4.8208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1222,0,1210
|
|
1 191141686 rs7538422 A G 856.67 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.785;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.469;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.132;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-485.474;SBQD=-4.590;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1671;VQSLOD=3.4208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:887,0,832
|
|
1 191180990 rs1377931 C T 947.61 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-522.605;SBQD=0.526;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0370;VQSLOD=5.1757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:978,0,1411
|
|
1 191205632 rs4314855 A G 972.07 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.271;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.00;MQ0=1;MQRankSum=0.616;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-526.719;SBQD=-1.250;SBpi=0.0801;SBpiQual=-0.1257;VQSLOD=5.5949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1002,0,1149
|
|
1 191207102 rs1760373 C T 2084.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=35.33;SB=-1049.492;SBQD=0.031;SBpi=-0.3255;SBpiQual=-0.3487;VQSLOD=8.2244 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2118,163,0
|
|
1 191247969 rs1246833 A G 2221.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.96;MQ0=0;QD=30.86;SB=-1121.051;SBQD=-5.168;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.5223;VQSLOD=7.1987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2255,196,0
|
|
1 191260634 rs2483634 G A 2556.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;QD=35.51;SB=-1188.232;SBQD=-0.462;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.6494;VQSLOD=8.4761 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2590,202,0
|
|
1 191274957 rs1931207 G C 2141.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;QD=33.45;SB=-980.101;SBQD=-1.014;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-0.8597;VQSLOD=7.6382 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2174,172,0
|
|
1 191293078 rs61619980 C T 639.24 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.943;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=1.736;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.283;SB=-193.052;SBQD=3.195;SBpi=0.9820;SBpiQual=1.1271;VQSLOD=4.9807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:669,0,438
|
|
1 191294303 rs3120020 T A 960.02 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.028;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.618;SB=-376.108;SBQD=1.048;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.1828;VQSLOD=4.0795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:990,0,914
|
|
1 191309805 rs3117837 G T 1302.47 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.346;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.028;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.112;QD=21.71;ReadPosRankSum=0.100;SB=-629.389;SBQD=2.256;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1372;VQSLOD=5.4916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:1332,0,576
|
|
1 191313512 rs1246716 T G 676.40 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.919;HRun=1;HaplotypeScore=5.5037;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.264;SB=-451.463;SBQD=7.301;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.4725;VQSLOD=2.2020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:78:99:706,0,745
|
|
1 191315418 rs1246720 C T 747.68 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=11.50;ReadPosRankSum=-1.432;SB=-380.740;SBQD=0.528;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.5119;VQSLOD=4.5975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:778,0,1139
|
|
1 191317107 rs10920927 T C 821.34 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.013;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.241;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-331.990;SBQD=5.137;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.8026;VQSLOD=5.7791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:851,0,1034
|
|
1 191332922 rs1246681 C T 2858.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.70;MQ0=0;QD=36.65;SB=-1301.720;SBQD=-0.719;SBpi=0.6794;SBpiQual=0.6540;VQSLOD=6.5588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2891,226,0
|
|
1 191349614 rs1246726 C T 1059.76 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.775;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=2.250;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-419.907;SBQD=2.236;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7617;VQSLOD=5.3648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:1090,0,1126
|
|
1 191353921 rs1246724 C T 3330.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.59;SB=-1465.601;SBQD=-0.667;SBpi=-0.7862;SBpiQual=-0.9015;VQSLOD=4.2685 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3330,259,0
|
|
1 191358315 rs551388 T A 1226.06 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.823;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-534.753;SBQD=-3.182;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.5315;VQSLOD=5.7887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1256,0,1433
|
|
1 191365022 rs10753985 G C 1335.46 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.881;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.752;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.305;SB=-602.019;SBQD=2.511;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.3514;VQSLOD=5.7247 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:1365,0,1410
|
|
1 191365234 rs10801040 C T 1454.21 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.523;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.785;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=15.81;ReadPosRankSum=1.000;SB=-681.426;SBQD=1.815;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.3833;VQSLOD=5.7372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1484,0,1466
|
|
1 191376669 rs7519532 A G 1452.42 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=5.275;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=15.96;ReadPosRankSum=1.997;SB=-603.308;SBQD=4.870;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.7427;VQSLOD=6.1358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:1482,0,1357
|
|
1 191391188 rs10733070 A T 1273.68 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-660.658;SBQD=1.456;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.2472;VQSLOD=5.5824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1304,0,1179
|
|
1 191393679 rs623111 C A 1643.23 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.132;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=5.514;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=18.46;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-590.018;SBQD=4.742;SBpi=1.0502;SBpiQual=1.1084;VQSLOD=5.8115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:1673,0,1194
|
|
1 191399054 rs545082 C T 3024.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.01;SB=-1366.037;SBQD=1.014;SBpi=0.6547;SBpiQual=0.7809;VQSLOD=8.5261 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3058,238,0
|
|
1 191408693 rs57759357 C T 1277.35 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.934;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.158;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-682.775;SBQD=0.429;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.2125;VQSLOD=4.6277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1307,0,1175
|
|
1 191417162 . C A 888.55 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.572;DP=77;Dels=0.00;FS=0.943;HRun=0;HaplotypeScore=1.8519;MQ=53.20;MQ0=1;MQRankSum=0.904;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-428.904;SBQD=1.982;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6374;VQSLOD=3.6647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:919,0,1067
|
|
1 191554295 rs10920969 C T 1123.65 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-674.671;SBQD=1.724;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0404;VQSLOD=4.4944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:93:99:1154,0,1476
|
|
1 191558022 rs1954602 G T 1079.97 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.018;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.422;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.180;SB=-362.105;SBQD=6.225;SBpi=1.1355;SBpiQual=1.1543;VQSLOD=4.4896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:1110,0,1558
|
|
1 191569841 rs12561825 A G 1673.14 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=4.239;HRun=0;HaplotypeScore=2.9693;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=18.39;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-795.640;SBQD=-3.000;SBpi=0.5960;SBpiQual=0.6868;VQSLOD=3.8990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,57:91:99:1703,0,1056
|
|
1 191571287 rs12403168 G A 591.27 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.244;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.610;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.003;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-191.192;SBQD=7.441;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.9315;VQSLOD=3.7057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:621,0,924
|
|
1 191604121 rs2887431 C A 297.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.356;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.819;HRun=0;HaplotypeScore=10.9497;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=2.540;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.221;SB=-134.078;SBQD=8.067;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.0308;VQSLOD=0.5885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:36:99:328,0,683
|
|
1 191614191 rs2814588 T C 2523.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=32.77;SB=-1211.007;SBQD=5.908;SBpi=-0.0570;SBpiQual=0.3853;VQSLOD=8.1439 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2556,223,0
|
|
1 191618082 rs2814591 A G 840.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.11;SB=-78.636;SBQD=-12.791;SBpi=-2.2132;SBpiQual=-2.3459;VQSLOD=6.6181 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69.21:873,69,0
|
|
1 191646281 rs12030535 T C 795.14 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.420;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.115;SB=-301.258;SBQD=-4.252;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.9122;VQSLOD=6.1366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:825,0,1194
|
|
1 191691302 rs2814622 C G 2511.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.94;SB=-1107.451;SBQD=-0.053;SBpi=0.9300;SBpiQual=0.9988;VQSLOD=7.3683 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2545,199,0
|
|
1 191693460 rs833959 C T 2820.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-1025.096;SBQD=1.697;SBpi=1.4064;SBpiQual=1.5649;VQSLOD=8.3415 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2854,220,0
|
|
1 191700598 rs12124408 A G 650.41 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-244.843;SBQD=-0.007;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.7133;VQSLOD=5.3144 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:680,0,962
|
|
1 191721463 rs1417125 C T 2413.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.72;MQ0=0;QD=36.02;SB=-935.020;SBQD=-1.530;SBpi=1.1606;SBpiQual=1.0814;VQSLOD=7.7862 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2446,196,0
|
|
1 191722249 rs61818854 A G 932.50 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.894;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.738;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.382;SB=-318.593;SBQD=-7.952;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-1.0184;VQSLOD=5.3556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:962,0,1029
|
|
1 191730823 rs12408953 A G 965.08 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.085;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=8.150;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-507.275;SBQD=4.908;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.4581;VQSLOD=4.5408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:995,0,1254
|
|
1 191743964 rs12117751 A G 852.05 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.530;SB=-443.549;SBQD=0.361;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2208;VQSLOD=5.8630 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:882,0,1299
|
|
1 191755912 rs833986 T C 899.89 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.642;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-417.105;SBQD=2.264;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.4684;VQSLOD=5.1275 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:930,0,1279
|
|
1 191762301 rs10921019 C A 1096.43 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.050;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.398;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=14.62;ReadPosRankSum=0.222;SB=-579.583;SBQD=4.580;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1867;VQSLOD=5.3224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1126,0,1112
|
|
1 191780050 . T C 1261.85 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.111;DP=86;Dels=0.00;FS=2.937;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-471.288;SBQD=3.078;SBpi=0.9912;SBpiQual=0.9373;VQSLOD=3.9117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1292,0,1395
|
|
1 191784474 rs9970168 T C 723.07 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.841;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.813;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.646;SB=-222.853;SBQD=7.613;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.0668;VQSLOD=4.6684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:753,0,1366
|
|
1 191791445 rs10801067 G A 1263.17 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=5.312;HRun=0;HaplotypeScore=2.9062;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=13.73;ReadPosRankSum=1.800;SB=-640.527;SBQD=3.946;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0048;VQSLOD=4.1274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:1293,0,1516
|
|
1 191794457 . T C 508.57 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=41;Dels=0.00;FS=1.722;HRun=1;HaplotypeScore=1.5317;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-52.080;SBQD=10.219;SBpi=1.6499;SBpiQual=1.8294;VQSLOD=1.4896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:539,0,701
|
|
1 191795207 rs6699399 C G 2765.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.44;MQ0=0;QD=33.72;SB=-1153.328;SBQD=-2.349;SBpi=-0.9939;SBpiQual=-1.1600;VQSLOD=6.0288 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2798,220,0
|
|
1 191810056 rs10921029 T A 986.34 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.229;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=4.022;HRun=4;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.345;SB=-663.140;SBQD=3.680;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0977;VQSLOD=4.1793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:1016,0,1499
|
|
1 191826366 rs3904983 A G 2930.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.20;MQ0=0;QD=33.69;SB=-1605.780;SBQD=0.105;SBpi=-0.1608;SBpiQual=-0.1577;VQSLOD=7.2646 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2964,232,0
|
|
1 191827256 rs9287120 C G 914.96 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.376;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-349.675;SBQD=-3.524;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.9755;VQSLOD=5.9848 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:945,0,990
|
|
1 191834366 rs3908940 C A 2871.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.02;SB=-1538.113;SBQD=0.333;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.2068;VQSLOD=8.7270 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2905,223,0
|
|
1 191842958 rs6658226 T C 802.45 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9657;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=13.84;ReadPosRankSum=-1.393;SB=-437.603;SBQD=-0.652;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.2575;VQSLOD=4.8654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:832,0,768
|
|
1 191859378 rs6660184 A G 791.29 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-400.766;SBQD=0.835;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.1691;VQSLOD=5.0206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:821,0,1226
|
|
1 191862658 rs10921041 C T 979.77 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.513;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.239;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.832;SB=-449.842;SBQD=-5.482;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.5051;VQSLOD=5.4171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:1010,0,758
|
|
1 191865391 rs1320604 A G 2411.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.04;SB=-1260.664;SBQD=-5.731;SBpi=0.4096;SBpiQual=-0.0596;VQSLOD=7.4507 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2445,211,0
|
|
1 191936556 rs7415857 T C 3276.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=32.44;SB=-1674.492;SBQD=6.815;SBpi=-0.6468;SBpiQual=-0.0182;VQSLOD=8.2870 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:3276,283,0
|
|
1 191951216 rs7411674 G C 3515.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.24;SB=-1602.027;SBQD=-0.805;SBpi=-0.6600;SBpiQual=-0.7697;VQSLOD=7.0079 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3515,283,0
|
|
1 192013175 rs59119008 A G 1526.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.28;MQ0=0;QD=31.15;SB=-819.963;SBQD=0.022;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.3707;VQSLOD=6.5106 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1559,126,0
|
|
1 192017623 rs12755225 A G 979.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=13.5311;MQ=49.63;MQ0=0;QD=27.98;SB=-369.052;SBQD=-4.806;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.2010;VQSLOD=-5.4714 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:84.23:1012,84,0
|
|
1 192017872 . A G 553.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=41.9352;MQ=45.88;MQ0=3;MQRankSum=-1.956;QD=8.52;ReadPosRankSum=3.196;SB=-161.404;SBQD=3.799;SBpi=1.2247;SBpiQual=1.3802;VQSLOD=-41.5930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:584,0,707
|
|
1 192040872 rs2999588 G A 3319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.07;MQ0=0;QD=36.09;SB=-1731.052;SBQD=0.128;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.1350;VQSLOD=7.6528 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3320,259,0
|
|
1 192050235 rs3012195 C T 3886.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=38.10;SB=-1644.759;SBQD=0.161;SBpi=-0.8911;SBpiQual=-0.9322;VQSLOD=7.2746 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3886,301,0
|
|
1 192065210 rs6662824 T C 2555.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=31.94;SB=-1402.778;SBQD=0.401;SBpi=-0.3354;SBpiQual=-0.3184;VQSLOD=7.8259 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2588,205,0
|
|
1 192091291 rs12736318 A G 1156.12 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6713;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.505;SB=-650.280;SBQD=1.864;SBpi=-0.0762;SBpiQual=0.0576;VQSLOD=4.8695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,42:85:99:1186,0,1230
|
|
1 192092759 . C T 1044.94 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=76;Dels=0.00;FS=6.389;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.841;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.465;SB=-482.847;SBQD=4.463;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.4355;VQSLOD=4.9095 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:1075,0,1330
|
|
1 192095798 rs10921089 A G 2735.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;QD=35.07;SB=-1049.298;SBQD=2.081;SBpi=1.1323;SBpiQual=1.3427;VQSLOD=8.8344 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2768,220,0
|
|
1 192103858 rs4618947 A G 464.73 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.523;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.231;SB=-83.102;SBQD=-7.436;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.4882;VQSLOD=4.6104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:495,0,690
|
|
1 192169796 rs1175173 C A 798.95 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.975;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=2.0463;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-433.268;SBQD=-1.014;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3643;VQSLOD=4.0044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:829,0,992
|
|
1 192182745 rs1307021 A T 1205.30 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=2.903;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=53.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.522;SB=-619.590;SBQD=-3.898;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.2460;VQSLOD=4.6581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:1235,0,1297
|
|
1 192192325 . G A 31.38 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.623;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=51.9536;MQ=39.97;MQ0=0;MQRankSum=-2.334;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.166;SB=-31.519;SBQD=1.186;SBpi=0.2673;SBpiQual=0.2937;VQSLOD=-69.9332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,14:71:61.37:61,0,1302
|
|
1 192198790 rs1175130 A C 1183.66 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.506;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-514.106;SBQD=3.741;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.5770;VQSLOD=5.8255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1214,0,1410
|
|
1 192215404 rs1175149 A T 929.19 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.048;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.854;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=11.61;ReadPosRankSum=-1.334;SB=-508.643;SBQD=-2.394;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3968;VQSLOD=4.3965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:959,0,1317
|
|
1 192230089 rs1175154 G A 1194.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.541;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.921;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.943;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.021;SB=-417.754;SBQD=3.278;SBpi=0.9042;SBpiQual=1.0445;VQSLOD=4.0506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1224,0,1173
|
|
1 192246847 rs1175120 A C 1031.55 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9581;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.655;SB=-608.185;SBQD=-1.386;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.1447;VQSLOD=4.8713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:1062,0,901
|
|
1 192296038 rs6663865 T C 1572.72 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=8.628;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.365;SB=-780.085;SBQD=-6.288;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.2225;VQSLOD=5.9900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:1603,0,1356
|
|
1 192297316 rs6428095 A G 866.55 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.096;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5997;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-400.238;SBQD=-4.048;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.6490;VQSLOD=4.7035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:897,0,1315
|
|
1 192307205 rs7545041 G A 1206.42 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.141;HRun=2;HaplotypeScore=1.9456;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-509.110;SBQD=-2.585;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.8718;VQSLOD=4.0063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1236,0,1304
|
|
1 192331107 rs16834199 A T 1047.86 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.770;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=1.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=15.19;ReadPosRankSum=2.298;SB=-531.661;SBQD=-3.635;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0944;VQSLOD=5.7681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:1078,0,1103
|
|
1 192337046 . T G 52.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.899;DP=64;Dels=0.00;FS=29.637;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=0.82;ReadPosRankSum=-2.731;SB=78.243;SBQD=3.287;SBpi=2.2913;SBpiQual=1.4491;VQSLOD=-6.9733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,21:64:82.67:83,0,1295
|
|
1 192383938 rs4469699 A G 1543.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.50;SB=-825.680;SBQD=-6.533;SBpi=0.3571;SBpiQual=-0.0646;VQSLOD=7.3601 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1576,138,0
|
|
1 192484138 rs11581566 C A 2772.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=33.01;SB=-1267.846;SBQD=-1.685;SBpi=-0.8729;SBpiQual=-0.9958;VQSLOD=6.7068 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2806,217,0
|
|
1 192486620 rs10489866 C T 2681.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.76;SB=-1240.731;SBQD=-0.587;SBpi=-0.6351;SBpiQual=-0.7138;VQSLOD=8.2928 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2715,211,0
|
|
1 192506082 rs2209014 G A 2279.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=35.62;SB=-1085.905;SBQD=-2.387;SBpi=-0.3750;SBpiQual=-0.5276;VQSLOD=6.1950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2313,178,0
|
|
1 192511012 rs723854 G C 2724.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.48;MQ0=0;QD=30.62;SB=-1373.174;SBQD=4.222;SBpi=0.1590;SBpiQual=0.5462;VQSLOD=6.6770 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2758,241,0
|
|
1 192521676 . C T 1180.76 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.831;DP=72;Dels=0.00;FS=1.910;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=16.40;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-635.928;SBQD=-2.192;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0852;VQSLOD=4.3539 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1211,0,1077
|
|
1 192537400 rs1323297 T C 2712.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1183.170;SBQD=-0.754;SBpi=0.8547;SBpiQual=0.8034;VQSLOD=7.6537 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2745,220,0
|
|
1 192554617 rs6428109 A C 1245.12 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=5.188;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.606;SB=-578.395;SBQD=-4.618;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.3216;VQSLOD=5.5291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,43:99:99:1275,0,1817
|
|
1 192582036 rs6682373 C T 1294.66 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.861;HRun=3;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=16.39;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-492.976;SBQD=-1.305;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-0.9024;VQSLOD=4.4940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1325,0,1229
|
|
1 192583789 rs6428119 T C 1378.48 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.678;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.906;HRun=0;HaplotypeScore=1.9321;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=16.61;ReadPosRankSum=0.224;SB=-684.047;SBQD=3.427;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0232;VQSLOD=4.9442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1408,0,1084
|
|
1 192596917 rs6661461 T C 654.17 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.910;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=3.739;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=13.92;ReadPosRankSum=-2.271;SB=-137.640;SBQD=-0.852;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.6824;VQSLOD=3.0660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:684,0,694
|
|
1 192599633 rs7511974 C A 3107.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.44;SB=-1388.593;SBQD=1.002;SBpi=-0.7135;SBpiQual=-0.6636;VQSLOD=8.6982 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3140,244,0
|
|
1 192720683 rs10921248 T C 1068.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7046;MQ=59.18;MQ0=0;QD=24.85;SB=-591.354;SBQD=14.245;SBpi=-0.5337;SBpiQual=0.3174;VQSLOD=3.6620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1101,99,0
|
|
1 192721099 . C T 2445.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.13;MQ0=0;QD=32.60;SB=-975.943;SBQD=-3.895;SBpi=-1.0970;SBpiQual=-1.4531;VQSLOD=6.1913 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2478,199,0
|
|
1 192721970 rs7535996 A T 3487.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6259;MQ=54.10;MQ0=0;QD=32.59;SB=-1295.963;SBQD=-0.108;SBpi=1.8851;SBpiQual=2.0936;VQSLOD=4.6476 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:3487,277,0
|
|
1 192722029 rs7538277 A G 2194.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.29;MQ0=0;QD=33.25;SB=-1168.015;SBQD=-0.881;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.2769;VQSLOD=8.2915 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2228,181,0
|
|
1 192741731 rs1342803 G C 2734.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.98;SB=-992.703;SBQD=-3.341;SBpi=-1.1471;SBpiQual=-1.3736;VQSLOD=8.8604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2767,220,0
|
|
1 192765943 rs7531013 A G 2967.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6609;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.19;SB=-1536.561;SBQD=-0.755;SBpi=0.1104;SBpiQual=0.0941;VQSLOD=7.4678 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3001,235,0
|
|
1 192771062 rs2179653 C T 2335.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=34.85;SB=-1198.353;SBQD=0.774;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.2661;VQSLOD=8.6278 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2368,184,0
|
|
1 192854741 rs1231747 A C 2586.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.33;MQ0=1;QD=30.79;SB=-1329.081;SBQD=-6.932;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3960;VQSLOD=7.3547 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2620,220,0
|
|
1 192857286 rs1231751 C T 3143.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.72;SB=-1454.789;SBQD=1.046;SBpi=-0.7462;SBpiQual=-0.6948;VQSLOD=7.8717 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3176,250,0
|
|
1 192895053 rs12133193 C G 1448.67 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=1.634;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.101;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.854;SB=-775.670;SBQD=2.176;SBpi=-0.2100;SBpiQual=-0.1217;VQSLOD=3.8946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:97:99:1479,0,1487
|
|
1 192947551 rs12143913 A G 1196.38 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.181;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.905;HRun=1;HaplotypeScore=1.7883;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-382.363;SBQD=-5.195;SBpi=-1.0321;SBpiQual=-1.3191;VQSLOD=3.3138 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1226,0,1224
|
|
1 193021022 rs12123970 T A 1693.39 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=14.124;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=20.91;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-599.785;SBQD=9.333;SBpi=1.0502;SBpiQual=1.1516;VQSLOD=3.7940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,51:81:99:1723,0,864
|
|
1 193076094 rs7547615 T C 1167.24 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.806;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.962;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-430.246;SBQD=2.284;SBpi=0.7028;SBpiQual=1.1236;VQSLOD=6.1485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1197,0,1055
|
|
1 193077301 rs10921312 C T 2953.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;QD=33.56;SB=-1483.279;SBQD=0.107;SBpi=-0.5330;SBpiQual=-0.5704;VQSLOD=8.6091 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2987,235,0
|
|
1 193077648 rs10801176 T C 1892.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.81;MQ0=0;QD=32.63;SB=-673.012;SBQD=0.535;SBpi=-1.4444;SBpiQual=-1.4393;VQSLOD=5.9335 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1925,156,0
|
|
1 193086966 rs12734217 T A 101.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=28.5229;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-99.706;SBQD=2.410;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.4949;VQSLOD=-19.4042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:41:99:131,0,164
|
|
1 193145645 rs1325196 A G 1113.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.867;HRun=0;HaplotypeScore=2.7617;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.388;SB=-538.293;SBQD=-1.639;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3869;VQSLOD=4.8128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1144,0,1276
|
|
1 193148537 rs28930673 T C 929.43 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.995;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=0;HaplotypeScore=1.8664;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-508.743;SBQD=-1.737;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0296;VQSLOD=5.6434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:959,0,1498
|
|
1 193160814 rs10801188 G A 1025.37 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.988;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.983;SB=-463.629;SBQD=-3.278;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.5943;VQSLOD=5.1793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:1055,0,1099
|
|
1 193197407 rs1408830 A G 1154.39 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.894;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-569.795;SBQD=-1.666;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1927;VQSLOD=4.9204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1184,0,1035
|
|
1 193234468 . C T 538.47 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.607;DP=54;Dels=0.00;FS=1.083;HRun=0;HaplotypeScore=1.9930;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.502;SB=-291.582;SBQD=1.950;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.2136;VQSLOD=3.8079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:568,0,746
|
|
1 193242511 rs6663374 A G 1135.24 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.412;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.817;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.585;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-568.527;SBQD=-2.054;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1185;VQSLOD=4.2412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1165,0,1432
|
|
1 193249467 rs10754054 A C 1615.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.81;MQ0=0;QD=26.92;SB=-814.190;SBQD=5.601;SBpi=-1.0328;SBpiQual=-0.5865;VQSLOD=5.4642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1648,147,0
|
|
1 193364169 rs10801195 G C 1211.52 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.836;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.234;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.970;SB=-577.133;SBQD=0.368;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.3938;VQSLOD=5.4925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1242,0,1232
|
|
1 193460496 rs60626081 T C 924.42 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.959;SB=-436.021;SBQD=2.705;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4380;VQSLOD=5.1062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:954,0,1319
|
|
1 193460785 rs12136324 T C 1492.43 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.774;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.942;SB=-722.146;SBQD=-2.122;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.2636;VQSLOD=5.4886 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:1522,0,1450
|
|
1 193462869 rs2093852 C T 836.07 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.879;HRun=3;HaplotypeScore=1.7046;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-479.140;SBQD=1.485;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0139;VQSLOD=4.8919 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:866,0,1416
|
|
1 193464485 rs6683479 A G 876.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.010;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.538;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=13.08;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-369.172;SBQD=-5.298;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.6244;VQSLOD=5.7346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:907,0,1165
|
|
1 193465572 rs1328459 T C 1298.12 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.807;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=15.45;ReadPosRankSum=2.153;SB=-499.023;SBQD=-5.778;SBpi=-1.0940;SBpiQual=-1.2020;VQSLOD=4.8617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:1328,0,1038
|
|
1 193491246 rs1854317 C T 1294.32 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.361;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.451;HRun=0;HaplotypeScore=2.5558;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=19.61;ReadPosRankSum=0.164;SB=-560.653;SBQD=4.729;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5572;VQSLOD=4.5615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:1324,0,657
|
|
1 193493617 rs1408408 C T 1375.09 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.388;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=18.33;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-528.495;SBQD=-0.131;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.8836;VQSLOD=5.2471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1405,0,764
|
|
1 193493631 rs1408407 G A 1210.64 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.279;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.7753;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.266;SB=-543.201;SBQD=0.530;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.5461;VQSLOD=4.9671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1241,0,958
|
|
1 193500684 rs59097021 T C 1243.11 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.717;QD=14.98;ReadPosRankSum=2.109;SB=-651.223;SBQD=-1.199;SBpi=0.0781;SBpiQual=-0.0195;VQSLOD=5.6998 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1273,0,1326
|
|
1 193526470 rs4559481 A G 1416.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=27.24;SB=-724.002;SBQD=-5.612;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.7747;VQSLOD=5.2320 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1450,126,0
|
|
1 193591798 rs34745330 C T 1029.07 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.617;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-489.596;SBQD=-2.100;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.5053;VQSLOD=5.4566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:1059,0,1199
|
|
1 193594393 rs12025400 C T 712.43 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.975;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.385;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-406.632;SBQD=3.556;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2906;VQSLOD=5.3468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:742,0,871
|
|
1 193609661 . C T 1865.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.20;SB=-980.557;SBQD=-3.004;SBpi=0.2060;SBpiQual=-0.0065;VQSLOD=5.9743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1899,153,0
|
|
1 193650915 rs1981207 A G 461.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.223;HRun=3;HaplotypeScore=5.1723;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.336;SB=-295.592;SBQD=-11.148;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.8340;VQSLOD=1.3384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:492,0,465
|
|
1 193651216 rs9660742 A G 759.72 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.306;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.135;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.665;SB=-354.698;SBQD=3.023;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.6791;VQSLOD=3.7514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:790,0,1456
|
|
1 193663488 rs9786991 G T 2934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=34.13;SB=-1012.287;SBQD=-0.717;SBpi=1.8332;SBpiQual=1.8802;VQSLOD=6.2681 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2968,232,0
|
|
1 193663788 rs1416599 A G 1006.01 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.680;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.774;HRun=0;HaplotypeScore=1.6624;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-594.224;SBQD=-1.894;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.1508;VQSLOD=4.8320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:1036,0,1506
|
|
1 193664898 rs1339315 T C 1247.97 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=17.093;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=13.87;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-463.705;SBQD=10.200;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.8660;VQSLOD=4.3461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:1278,0,1473
|
|
1 193666666 rs34164974 C T 560.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.578;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.345;HRun=0;HaplotypeScore=1.7900;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.743;SB=-161.853;SBQD=-5.089;SBpi=-1.1180;SBpiQual=-1.1957;VQSLOD=3.9708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:590,0,680
|
|
1 193687225 rs10921416 A G 47.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=12.02;MQ0=20;MQRankSum=1.256;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.533;SB=-19.725;SBQD=-11.964;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.5508;VQSLOD=-0.1829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:21.42:78,0,21
|
|
1 193716333 rs12118992 C T 1198.60 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.018;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.988;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=14.62;ReadPosRankSum=1.526;SB=-573.484;SBQD=4.712;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3565;VQSLOD=4.4575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1229,0,928
|
|
1 193743435 rs1887187 C T 456.35 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.109;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=10.166;HRun=0;HaplotypeScore=2.5315;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.903;SB=-175.758;SBQD=-10.718;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-1.1349;VQSLOD=3.6466 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:486,0,594
|
|
1 193765995 rs6691898 T G 2755.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4836;MQ=58.88;MQ0=0;QD=35.32;SB=-1410.388;SBQD=-0.792;SBpi=0.2265;SBpiQual=0.2187;VQSLOD=6.4005 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2788,220,0
|
|
1 193768715 rs10921439 T C 2175.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.68;MQ0=0;QD=30.64;SB=-1085.764;SBQD=-3.383;SBpi=0.7714;SBpiQual=0.5416;VQSLOD=5.9858 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2208,186,0
|
|
1 193794896 rs6428193 A G 1012.75 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.042;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.111;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.215;SB=-497.423;SBQD=-5.948;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3151;VQSLOD=4.3732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1043,0,1062
|
|
1 193811086 . G A 34.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;DP=68;Dels=0.00;FS=1.026;HRun=0;HaplotypeScore=1.5115;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.026;SB=-221.249;SBQD=-2.506;SBpi=0.0962;SBpiQual=-0.5659;VQSLOD=-1.5884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:64.12:64,0,1234
|
|
1 193824571 rs10489783 G A 2726.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.87;SB=-1467.207;SBQD=1.044;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0927;VQSLOD=7.5233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2759,214,0
|
|
1 193827218 rs12089055 C T 711.06 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.548;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.230;HRun=0;HaplotypeScore=1.9312;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.384;SB=-339.370;SBQD=-2.746;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.3664;VQSLOD=4.4830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:741,0,460
|
|
1 193843145 rs7415621 A G 1621.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.46;MQ0=4;QD=20.27;SB=-391.356;SBQD=-16.516;SBpi=-1.0190;SBpiQual=-1.0510;VQSLOD=3.9599 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:1654,147,0
|
|
1 193845863 rs676539 T A 1469.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.61;MQ0=1;QD=27.72;SB=-903.102;SBQD=2.553;SBpi=-0.3434;SBpiQual=-0.3658;VQSLOD=5.8856 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1502,120,0
|
|
1 193871882 rs663017 G T 2797.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.50;MQ0=0;QD=37.30;SB=-1127.154;SBQD=-0.313;SBpi=0.9815;SBpiQual=1.0894;VQSLOD=8.5117 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2830,223,0
|
|
1 193877450 rs482447 T G 2834.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=27.79;SB=-1771.971;SBQD=-0.252;SBpi=-0.0990;SBpiQual=-0.1045;VQSLOD=5.8704 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:2867,241,0
|
|
1 193884958 rs7542605 T C 2958.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=32.51;SB=-1444.100;SBQD=5.288;SBpi=-0.0524;SBpiQual=0.3791;VQSLOD=8.4282 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2991,262,0
|
|
1 193887019 rs10921463 C G 2579.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5901;MQ=57.81;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1316.776;SBQD=-1.729;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.1720;VQSLOD=4.7604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2613,208,0
|
|
1 193889300 rs509241 G C 3097.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.42;SB=-1109.817;SBQD=3.056;SBpi=1.4757;SBpiQual=1.7289;VQSLOD=7.8028 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3131,247,0
|
|
1 193894098 rs10801268 A C 2695.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.20;MQ0=0;QD=30.99;SB=-1569.220;SBQD=2.453;SBpi=-0.2680;SBpiQual=-0.1549;VQSLOD=6.9021 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2729,217,0
|
|
1 193907332 rs1327441 G T 2680.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1286.115;SBQD=-1.192;SBpi=-0.4588;SBpiQual=-0.5789;VQSLOD=6.9466 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2713,217,0
|
|
1 193915253 rs55902065 C A 1555.60 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.543;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=10.721;HRun=2;HaplotypeScore=2.8211;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=17.68;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-748.707;SBQD=7.543;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.1565;VQSLOD=3.7233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1586,0,1089
|
|
1 193941569 rs601018 T C 2172.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=59.30;MQ0=0;QD=29.76;SB=-1171.066;SBQD=4.258;SBpi=-0.4096;SBpiQual=0.0334;VQSLOD=6.2584 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2205,193,0
|
|
1 193987112 . A G 634.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.48;MQ0=5;QD=21.16;SB=-33.440;SBQD=23.041;SBpi=2.0207;SBpiQual=1.7933;VQSLOD=1.2016 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:30:63.14:668,63,0
|
|
1 194037062 rs573665 A G 2347.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.52;SB=-1058.830;SBQD=2.132;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.7338;VQSLOD=7.9013 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2380,187,0
|
|
1 194042670 rs524329 G A 2263.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=27.27;SB=-1238.169;SBQD=0.189;SBpi=-1.0428;SBpiQual=-1.0800;VQSLOD=5.6734 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2297,178,0
|
|
1 194052514 rs677459 C A 2014.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.74;SB=-879.184;SBQD=-0.958;SBpi=-0.7878;SBpiQual=-0.8767;VQSLOD=8.9832 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2048,160,0
|
|
1 194128338 rs672167 T C 877.69 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-419.978;SBQD=0.200;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3044;VQSLOD=6.0428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:908,0,1044
|
|
1 194171842 rs302210 G A 2946.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=37.30;SB=-1293.239;SBQD=-0.276;SBpi=0.7313;SBpiQual=0.7725;VQSLOD=8.1102 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2980,232,0
|
|
1 194182163 rs302268 T G 2111.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=36.41;SB=-481.023;SBQD=3.404;SBpi=2.1009;SBpiQual=2.3300;VQSLOD=7.2968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2145,172,0
|
|
1 194183351 rs302267 A G 2200.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.77;MQ0=0;QD=31.89;SB=-1092.213;SBQD=-2.442;SBpi=-0.0602;SBpiQual=-0.4403;VQSLOD=8.0566 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2233,202,0
|
|
1 194203495 rs302245 G T 2369.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=32.45;SB=-1335.708;SBQD=-1.252;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.2352;VQSLOD=7.9538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2402,187,0
|
|
1 194217603 rs302278 C G 1494.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.15;MQ0=0;QD=27.68;SB=-652.192;SBQD=-5.913;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-1.0917;VQSLOD=5.5475 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1528,135,0
|
|
1 194221066 rs302271 C A 2942.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.33;SB=-1230.955;SBQD=-0.616;SBpi=-0.9444;SBpiQual=-1.0359;VQSLOD=6.4285 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2976,232,0
|
|
1 194231052 rs666025 C A 2877.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.96;SB=-1336.821;SBQD=0.787;SBpi=0.5590;SBpiQual=0.6530;VQSLOD=8.6047 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2910,226,0
|
|
1 194234591 rs668528 T C 2729.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.35;MQ0=0;QD=30.67;SB=-1437.412;SBQD=6.900;SBpi=-0.6890;SBpiQual=-0.0869;VQSLOD=5.9512 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2762,241,0
|
|
1 194241979 rs302232 T C 848.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=15.83;MQ0=61;QD=9.64;SB=-0.007;SBQD=19.290;SBpi=1.3275;SBpiQual=1.4352;VQSLOD=3.9278 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,41:88:81.21:882,81,0
|
|
1 194302236 rs10737640 C T 3739.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.97;MQ0=0;QD=37.39;SB=-1877.093;SBQD=-1.115;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1087;VQSLOD=8.7755 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3739,295,0
|
|
1 194316975 rs4571945 A G 1483.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.55;SB=-322.137;SBQD=-9.921;SBpi=-1.8233;SBpiQual=-2.1471;VQSLOD=6.6317 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1516,126,0
|
|
1 194317393 rs10754096 G A 2969.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.59;MQ0=0;QD=36.22;SB=-1229.384;SBQD=-0.668;SBpi=0.9939;SBpiQual=1.0712;VQSLOD=8.3465 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3003,235,0
|
|
1 194318739 rs4303060 G T 2592.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;QD=35.03;SB=-1356.308;SBQD=0.518;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.2360;VQSLOD=8.5151 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2625,205,0
|
|
1 194327766 rs4576645 C T 1028.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ=51.96;MQ0=0;QD=22.35;SB=-629.893;SBQD=6.038;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.7101;VQSLOD=3.8959 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:87.25:1061,87,0
|
|
1 194331171 rs6690877 C T 3875.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=37.26;SB=-1914.322;SBQD=0.218;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2407;VQSLOD=8.2825 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:3875,304,0
|
|
1 194334907 rs4417046 C T 2104.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=30.06;SB=-1205.603;SBQD=-0.106;SBpi=0.4781;SBpiQual=0.5011;VQSLOD=7.2936 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2137,166,0
|
|
1 194367796 rs6428226 C T 2668.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=37.06;SB=-1219.902;SBQD=-1.291;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.6144;VQSLOD=8.3186 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2702,211,0
|
|
1 194379660 rs9725643 A G 1807.29 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=32.8613;MQ=53.58;MQ0=0;QD=34.10;SB=-916.442;SBQD=-0.238;SBpi=-0.2060;SBpiQual=-0.1259;VQSLOD=-25.2306 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1840,150,0
|
|
1 194384443 rs4515767 C G 2868.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.98;MQ0=0;QD=35.41;SB=-1367.716;SBQD=0.929;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.5360;VQSLOD=8.9477 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2901,238,0
|
|
1 194385732 rs10921558 A G 1904.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.42;MQ0=1;QD=30.23;SB=-1023.069;SBQD=-6.382;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0375;VQSLOD=6.9873 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1937,159,0
|
|
1 194386666 rs4523503 A G 2326.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.79;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1148.002;SBQD=2.409;SBpi=0.1833;SBpiQual=0.3476;VQSLOD=7.8874 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2360,190,0
|
|
1 194387062 rs10921564 A G 2617.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=37.39;SB=-931.222;SBQD=0.773;SBpi=-1.3148;SBpiQual=-1.3017;VQSLOD=7.5316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2650,211,0
|
|
1 194387662 rs10801318 A C 2318.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ=58.37;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1104.011;SBQD=1.656;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.5951;VQSLOD=6.7267 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2351,187,0
|
|
1 194390173 rs10737644 G A 2177.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=29.83;SB=-1141.399;SBQD=1.089;SBpi=0.7608;SBpiQual=0.8962;VQSLOD=6.6881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2211,175,0
|
|
1 194391180 rs9787107 C T 1610.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.46;MQ0=0;QD=34.28;SB=-526.846;SBQD=-0.132;SBpi=-1.3857;SBpiQual=-1.5051;VQSLOD=7.5703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1644,135,0
|
|
1 194417754 rs10921579 A G 2236.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.74;MQ0=0;QD=30.64;SB=-1315.853;SBQD=-1.806;SBpi=0.1756;SBpiQual=0.0817;VQSLOD=6.5836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2270,181,0
|
|
1 194429607 rs6698400 T G 2484.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=31.45;ReadPosRankSum=0.417;SB=-1193.210;SBQD=-5.915;SBpi=-0.2265;SBpiQual=-0.6378;VQSLOD=6.7203 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2517,217,0
|
|
1 194433742 rs4578199 C A 2287.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.75;SB=-850.167;SBQD=0.563;SBpi=1.2500;SBpiQual=1.3390;VQSLOD=7.9800 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2321,181,0
|
|
1 194436579 rs10921583 A G 2706.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.62;SB=-1376.396;SBQD=-0.140;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.1269;VQSLOD=7.8666 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2740,223,0
|
|
1 194445133 rs12132415 G T 1892.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.554;HRun=0;HaplotypeScore=2.9313;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=0.968;QD=27.82;ReadPosRankSum=1.427;SB=-1051.811;SBQD=2.186;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.6016;VQSLOD=4.5301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1925,156,0
|
|
1 194465373 rs2494340 G C 2593.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=36.53;SB=-1268.289;SBQD=-0.708;SBpi=-0.2967;SBpiQual=-0.3685;VQSLOD=8.2174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2627,205,0
|
|
1 194466361 rs2494151 C T 3354.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.86;SB=-1540.524;SBQD=0.448;SBpi=0.5766;SBpiQual=0.6546;VQSLOD=6.0049 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3354,262,0
|
|
1 194473425 rs3001184 A T 2383.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.06;SB=-913.614;SBQD=0.985;SBpi=1.2127;SBpiQual=1.3169;VQSLOD=7.6435 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2417,190,0
|
|
1 194474726 rs2494133 T C 2294.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.25;SB=-946.708;SBQD=7.387;SBpi=0.5417;SBpiQual=1.0961;VQSLOD=7.7272 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2327,196,0
|
|
1 194484333 rs2494325 A G 1990.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=34.32;SB=-1003.422;SBQD=-1.749;SBpi=-0.2626;SBpiQual=-0.3773;VQSLOD=7.7665 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2024,159,0
|
|
1 194494804 rs2494122 G A 2919.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.94;MQ0=0;QD=37.92;SB=-1481.567;SBQD=0.111;SBpi=-0.0570;SBpiQual=-0.0488;VQSLOD=8.8650 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2953,229,0
|
|
1 194510247 rs2494154 C T 2661.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.30;MQ0=0;QD=35.02;SB=-1233.470;SBQD=-1.644;SBpi=0.6882;SBpiQual=0.6032;VQSLOD=8.2623 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2695,214,0
|
|
1 194516797 rs3001181 T C 3123.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.60;MQ0=0;QD=33.59;SB=-1675.905;SBQD=-1.452;SBpi=-0.0518;SBpiQual=-0.1435;VQSLOD=7.4885 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3157,253,0
|
|
1 194550966 rs10921613 G A 2303.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=35.44;SB=-1099.360;SBQD=-1.035;SBpi=-0.4341;SBpiQual=-0.4829;VQSLOD=8.5012 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2336,184,0
|
|
1 194557492 rs3001248 T C 2857.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.85;SB=-822.584;SBQD=8.308;SBpi=1.5460;SBpiQual=2.1349;VQSLOD=7.7230 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2890,241,0
|
|
1 194565544 rs10921623 A G 2899.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.80;SB=-1128.734;SBQD=1.767;SBpi=-1.2778;SBpiQual=-1.2092;VQSLOD=6.5597 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2933,232,0
|
|
1 194566585 rs3001229 A C 1087.66 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.834;HRun=2;HaplotypeScore=3.9955;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.000;SB=-632.475;SBQD=-4.189;SBpi=0.0762;SBpiQual=-0.1401;VQSLOD=2.9893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1118,0,1019
|
|
1 194567036 rs3001228 T G 487.70 PASS AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.740;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-277.263;SBQD=-6.221;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0692;VQSLOD=4.9527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:99:518,0,1404
|
|
1 194569193 rs7534904 C T 1132.60 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.300;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8325;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.351;SB=-485.692;SBQD=-0.870;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.6947;VQSLOD=4.4620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1163,0,905
|
|
1 194576591 rs3009321 A C 1261.88 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.778;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.579;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-651.541;SBQD=-1.371;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0670;VQSLOD=4.4200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,43:94:99:1292,0,1649
|
|
1 194580669 rs3009322 G T 1773.28 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.671;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=7.764;HRun=0;HaplotypeScore=1.9258;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=16.57;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-875.420;SBQD=3.893;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.3238;VQSLOD=5.0226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:107:99:1803,0,1449
|
|
1 194585124 rs3009336 G A 2813.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=36.07;SB=-1322.003;SBQD=0.183;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-0.5910;VQSLOD=8.9186 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2847,223,0
|
|
1 194602051 rs34721415 C A 1136.11 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.773;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=13.06;ReadPosRankSum=1.742;SB=-503.988;SBQD=-1.932;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4240;VQSLOD=5.8214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:1166,0,1598
|
|
1 194633091 . C T 985.48 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.560;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=12.17;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-435.380;SBQD=0.241;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.5879;VQSLOD=3.8650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:1015,0,1502
|
|
1 194646601 rs4657781 C A 900.26 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.384;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=12.33;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-517.445;SBQD=6.230;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0537;VQSLOD=5.5695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:930,0,1283
|
|
1 194649445 rs35679303 G A 1383.69 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.656;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.179;QD=15.04;ReadPosRankSum=-1.304;SB=-745.353;SBQD=1.497;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.0564;VQSLOD=3.1546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1414,0,1422
|
|
1 194652089 rs6693670 A T 1734.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=27.10;SB=-1169.732;SBQD=0.964;SBpi=0.1250;SBpiQual=0.2075;VQSLOD=4.4674 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1767,156,0
|
|
1 194652121 rs6656150 G A 2286.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.17;SB=-1231.446;SBQD=0.593;SBpi=0.0620;SBpiQual=0.1142;VQSLOD=8.6531 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2319,187,0
|
|
1 194669867 rs12123472 G A 1562.13 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.893;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.323;HRun=0;HaplotypeScore=1.7998;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=18.38;ReadPosRankSum=0.299;SB=-611.002;SBQD=4.853;SBpi=0.9707;SBpiQual=1.1760;VQSLOD=4.7311 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,52:85:99:1592,0,956
|
|
1 194696101 rs4657930 T C 2751.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1422.132;SBQD=-2.191;SBpi=0.2265;SBpiQual=0.0801;VQSLOD=8.5463 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2784,223,0
|
|
1 194699307 rs35541250 G A 987.70 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.019;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.910;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-483.778;SBQD=-3.535;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2016;VQSLOD=4.8321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1018,0,1174
|
|
1 194702235 rs4657934 C A 469.24 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.196;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.237;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.129;SB=-153.465;SBQD=-3.370;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-0.9048;VQSLOD=5.2585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:499,0,927
|
|
1 194747228 rs35143465 A G 1285.88 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=8.705;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.864;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-460.691;SBQD=6.528;SBpi=0.9690;SBpiQual=1.0370;VQSLOD=3.8411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1316,0,1455
|
|
1 194769106 . A G 2590.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=33.22;SB=-1266.428;SBQD=-5.892;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4908;VQSLOD=6.7734 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2624,223,0
|
|
1 194774228 rs1929224 T C 2426.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=32.79;SB=-1115.279;SBQD=5.979;SBpi=-0.9300;SBpiQual=-0.4366;VQSLOD=7.1016 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2459,214,0
|
|
1 195061962 rs7512534 T G 2869.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.92;MQ0=0;QD=34.99;SB=-1317.147;SBQD=1.934;SBpi=0.5522;SBpiQual=0.6919;VQSLOD=7.9629 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2902,229,0
|
|
1 195067389 rs2171976 G A 2860.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.64;SB=-1255.330;SBQD=-1.571;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.7387;VQSLOD=8.5652 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2894,226,0
|
|
1 195070274 rs6677518 G A 2719.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.64;MQ0=0;QD=30.90;SB=-1385.410;SBQD=-1.814;SBpi=-0.3198;SBpiQual=-0.2546;VQSLOD=6.6442 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2753,238,0
|
|
1 195070861 rs12120545 T G 2559.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.96;MQ0=0;QD=34.59;SB=-1310.968;SBQD=2.063;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.1525;VQSLOD=8.4942 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2593,208,0
|
|
1 195072695 . T C 2282.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=30.03;SB=-1331.904;SBQD=0.281;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.2000;VQSLOD=5.5881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2316,187,0
|
|
1 195074420 rs34200736 T C 2269.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=30.67;SB=-1305.013;SBQD=0.409;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.1149;VQSLOD=6.9080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2303,187,0
|
|
1 195075702 rs6428272 G A 2719.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=33.16;SB=-1370.222;SBQD=0.591;SBpi=-0.6626;SBpiQual=-0.6338;VQSLOD=7.3418 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2752,214,0
|
|
1 195078989 . T C 63.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.664;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=9.35;MQ0=29;MQRankSum=1.144;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.937;SB=-27.538;SBQD=-2.959;SBpi=-0.5657;SBpiQual=-0.2116;VQSLOD=-0.5017 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,50:62:11.95:96,12,0
|
|
1 195080111 . C T 1745.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7719;MQ=26.98;MQ0=1;QD=25.67;SB=-878.508;SBQD=2.583;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.0058;VQSLOD=3.2357 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1779,162,0
|
|
1 195080942 . C G 2117.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.05;MQ0=0;QD=30.25;SB=-1158.151;SBQD=-4.920;SBpi=0.3586;SBpiQual=-0.1472;VQSLOD=5.7292 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2150,192,0
|
|
1 195084200 rs12139709 C T 3187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=54.26;MQ0=0;QD=35.03;SB=-1643.865;SBQD=-2.462;SBpi=0.3669;SBpiQual=0.3684;VQSLOD=7.1847 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3221,259,0
|
|
1 195086637 rs10921794 G A 2706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1302.966;SBQD=1.710;SBpi=0.3989;SBpiQual=0.5361;VQSLOD=7.7443 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2739,214,0
|
|
1 195089332 rs1999982 A T 2479.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.27;MQ0=0;QD=32.62;SB=-1404.093;SBQD=-0.758;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.1144;VQSLOD=7.8797 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2512,199,0
|
|
1 195105862 rs629502 A G 2070.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.35;SB=-923.069;SBQD=-5.777;SBpi=-0.3750;SBpiQual=-0.7865;VQSLOD=8.0186 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2103,181,0
|
|
1 195112709 . G T 1119.48 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.574;DP=82;Dels=0.00;FS=7.484;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.943;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-436.033;SBQD=6.976;SBpi=1.0801;SBpiQual=1.1730;VQSLOD=2.7903 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1149,0,1171
|
|
1 195123630 rs639837 T C 1825.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=32.59;SB=-888.040;SBQD=0.382;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.5624;VQSLOD=6.9512 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1858,150,0
|
|
1 195125231 rs10921804 C T 120 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.348;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=12.67;MQ0=21;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.741;SB=-18.766;SBQD=11.161;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.3694;VQSLOD=1.7043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:3.64:149,0,4
|
|
1 195125633 rs4474230 T C 661.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.96;MQ0=7;QD=13.78;SB=-423.633;SBQD=-11.248;SBpi=1.1547;SBpiQual=1.1760;VQSLOD=4.0291 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:69.14:695,69,0
|
|
1 195131800 rs662620 A G 596.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.6651;MQ=55.75;MQ0=0;QD=14.92;SB=-582.393;SBQD=-3.342;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.0902;VQSLOD=4.4469 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:54.14:630,54,0
|
|
1 195132018 rs600527 C T 2559.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.28;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1214.627;SBQD=0.762;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.5661;VQSLOD=7.6579 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2592,205,0
|
|
1 195132593 rs598224 C T 3380.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=59.41;MQ0=0;QD=32.82;SB=-1652.039;SBQD=1.168;SBpi=0.8375;SBpiQual=1.0058;VQSLOD=6.9197 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:3380,259,0
|
|
1 195146877 rs822892 A G 1212.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.51;MQ0=17;QD=18.66;SB=-0.007;SBQD=-32.860;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.8114;VQSLOD=3.7699 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:65:99:1246,111,0
|
|
1 195167314 rs650675 G T 1183.87 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.043;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.793;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=13.01;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-651.547;SBQD=0.721;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0640;VQSLOD=6.2772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,42:91:99:1214,0,1382
|
|
1 195170004 rs687523 A G 638.64 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.751;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=11.01;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-259.980;SBQD=-4.991;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.6075;VQSLOD=5.3291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:669,0,1075
|
|
1 195193664 . T C 664.17 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.461;DP=67;Dels=0.00;FS=2.027;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-334.159;SBQD=5.483;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.4587;VQSLOD=4.2155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:694,0,1012
|
|
1 195196472 . C G 815.49 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.469;SB=-425.009;SBQD=0.362;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2520;VQSLOD=3.5083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:845,0,1089
|
|
1 195217561 . G A 671.12 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.343;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.990;SB=-297.003;SBQD=-2.447;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4914;VQSLOD=4.0002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:701,0,1024
|
|
1 195220635 . T G 1135.45 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;DP=79;Dels=0.00;FS=1.889;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.309;SB=-598.428;SBQD=-1.985;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.2021;VQSLOD=4.6923 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1165,0,1128
|
|
1 195254151 rs2210017 T C 1118.56 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.733;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.894;HRun=1;HaplotypeScore=5.6132;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=14.72;ReadPosRankSum=1.039;SB=-575.844;SBQD=1.963;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.1388;VQSLOD=2.8564 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1149,0,1132
|
|
1 195323397 . C T 1013.22 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.785;DP=79;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=12.83;ReadPosRankSum=0.262;SB=-516.715;SBQD=1.432;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3079;VQSLOD=5.9702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:1043,0,1249
|
|
1 195329887 rs10218500 T C 2070.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.09;SB=-1090.262;SBQD=0.438;SBpi=0.0651;SBpiQual=0.0996;VQSLOD=6.9753 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2103,169,0
|
|
1 195340871 rs7523103 C T 1416.95 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.695;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=15.40;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-681.392;SBQD=3.203;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.2586;VQSLOD=5.0219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1447,0,1480
|
|
1 195415354 rs12403617 A C 999.54 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.838;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-592.823;SBQD=-2.504;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1125;VQSLOD=5.8536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1030,0,1230
|
|
1 195443101 . A T 1383.22 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=15.20;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-726.396;SBQD=0.527;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.1404;VQSLOD=3.9557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:1413,0,1461
|
|
1 195447220 rs6670517 T A 1077.95 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.477;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.890;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.741;SB=-501.621;SBQD=1.310;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4626;VQSLOD=4.8851 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:75:99:1108,0,1166
|
|
1 195454696 rs7545434 A C 1330.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=25.58;SB=-785.885;SBQD=-0.533;SBpi=-0.6934;SBpiQual=-0.7268;VQSLOD=4.7068 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1363,108,0
|
|
1 195457250 rs3845558 C G 943.82 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.094;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-418.204;SBQD=-5.816;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3950;VQSLOD=5.6670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:974,0,1424
|
|
1 195463611 rs10921857 C T 1301.41 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.934;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.072;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=19.42;ReadPosRankSum=0.380;SB=-630.052;SBQD=3.406;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3151;VQSLOD=5.2080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:1331,0,711
|
|
1 195473388 rs2400573 G A 2325.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.33;SB=-1190.540;SBQD=0.436;SBpi=0.1250;SBpiQual=0.1657;VQSLOD=8.5726 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2358,184,0
|
|
1 195507334 rs1416750 T C 958.27 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=2.086;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=12.61;ReadPosRankSum=-1.269;SB=-392.636;SBQD=-3.534;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.7570;VQSLOD=4.7271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:988,0,1373
|
|
1 195509949 rs16838525 T C 1225.04 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.350;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.815;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=2.210;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.910;SB=-628.414;SBQD=0.968;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.4581;VQSLOD=5.1063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1255,0,1291
|
|
1 195510708 rs2480758 T A 2742.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.89;SB=-1228.842;SBQD=-0.702;SBpi=-1.1862;SBpiQual=-1.3075;VQSLOD=6.0870 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2775,214,0
|
|
1 195514280 rs1416749 C T 2948.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1446.726;SBQD=-0.426;SBpi=0.3842;SBpiQual=0.3568;VQSLOD=8.3070 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2981,238,0
|
|
1 195515159 rs2773453 G T 3116.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=34.63;SB=-1711.120;SBQD=-1.019;SBpi=0.1054;SBpiQual=0.0391;VQSLOD=8.4321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3150,247,0
|
|
1 195518668 rs1576473 T C 1566.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=31.34;SB=-578.095;SBQD=3.224;SBpi=-1.2728;SBpiQual=-0.9815;VQSLOD=7.0459 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1600,144,0
|
|
1 195529022 rs6669250 G A 1165.22 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.388;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.686;SB=-600.897;SBQD=0.557;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.2215;VQSLOD=5.8720 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:1195,0,710
|
|
1 195537767 rs2480756 A C 2301.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.90;MQ0=0;QD=32.88;SB=-1227.684;SBQD=-0.812;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.1072;VQSLOD=7.5783 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2334,190,0
|
|
1 195542035 rs2773434 C T 2606.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=35.22;SB=-1108.044;SBQD=-0.983;SBpi=-0.9300;SBpiQual=-1.0523;VQSLOD=7.7016 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2639,205,0
|
|
1 195543496 rs2773431 C G 2244.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.41;MQ0=0;QD=31.62;SB=-1029.941;SBQD=3.826;SBpi=0.5976;SBpiQual=0.7233;VQSLOD=6.8076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2278,187,0
|
|
1 195547293 rs2790072 C T 2410.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=33.48;SB=-1163.829;SBQD=0.246;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7260;VQSLOD=8.5227 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2444,190,0
|
|
1 195585979 rs12735716 C T 2451.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1200.370;SBQD=0.017;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.4251;VQSLOD=7.1438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2484,193,0
|
|
1 195591742 . T C 661.87 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DP=50;Dels=0.00;FS=6.334;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.355;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-343.869;SBQD=-7.703;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.5727;VQSLOD=1.5261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:692,0,747
|
|
1 195612747 rs55683202 C T 677.72 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.112;HRun=0;HaplotypeScore=1.9814;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.060;SB=-337.168;SBQD=-2.811;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.4779;VQSLOD=4.6273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:708,0,1135
|
|
1 195619942 rs2400612 A G 1132.83 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=12.73;ReadPosRankSum=-1.222;SB=-544.844;SBQD=-0.106;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5412;VQSLOD=5.2171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:1163,0,1482
|
|
1 195624853 . C T 1574.30 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.264;DP=86;Dels=0.00;FS=2.883;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=18.31;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-839.976;SBQD=2.135;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.0730;VQSLOD=3.9204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,52:86:99:1604,0,1013
|
|
1 195625633 rs10921883 C A 1166.39 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.334;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.395;SB=-537.912;SBQD=6.393;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.4160;VQSLOD=5.8029 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1196,0,1286
|
|
1 195672722 . T A 1048.34 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8650;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-532.395;SBQD=1.193;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1125;VQSLOD=4.1413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:1078,0,1352
|
|
1 195689688 rs11808237 G A 694.13 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.010;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.184;HRun=0;HaplotypeScore=2.3503;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.364;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.374;SB=-357.004;SBQD=-6.390;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2286;VQSLOD=4.5311 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:724,0,473
|
|
1 195693212 . T C 1033.08 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.447;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=15.65;ReadPosRankSum=0.104;SB=-520.448;SBQD=5.295;SBpi=-0.4003;SBpiQual=0.0777;VQSLOD=3.9367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:1063,0,770
|
|
1 195693505 . C A 910.91 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.481;DP=72;Dels=0.00;FS=14.716;HRun=3;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.752;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.316;SB=-396.309;SBQD=-9.956;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.5624;VQSLOD=2.3837 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:941,0,1245
|
|
1 195716216 rs4514223 C A 994.08 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.389;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=5.843;HRun=1;HaplotypeScore=1.5810;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.825;SB=-373.991;SBQD=6.141;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8720;VQSLOD=4.2666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:1024,0,1439
|
|
1 195730055 rs11804317 G A 733.32 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.670;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-373.325;SBQD=-0.246;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1041;VQSLOD=5.4064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:763,0,754
|
|
1 195838616 rs12143022 T C 677.62 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-360.980;SBQD=0.638;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.1739;VQSLOD=4.7823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:708,0,1325
|
|
1 195838901 rs4658008 T C 733.95 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.007;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.941;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.185;SB=-326.130;SBQD=-3.720;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4342;VQSLOD=6.3924 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:764,0,1062
|
|
1 195862362 rs10494735 A G 932.66 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.184;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-396.731;SBQD=-6.023;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.5866;VQSLOD=5.2295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:963,0,1312
|
|
1 195864721 rs10921981 C A 1470.92 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.194;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.303;HRun=0;HaplotypeScore=1.8245;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=17.94;ReadPosRankSum=1.209;SB=-722.128;SBQD=-3.332;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.1558;VQSLOD=5.1478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1501,0,1065
|
|
1 195867105 rs2923881 A G 1144.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.248;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=16.35;ReadPosRankSum=1.016;SB=-521.440;SBQD=4.006;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3322;VQSLOD=5.8528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1175,0,1091
|
|
1 195869007 rs10801489 T C 1208.91 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=16.12;ReadPosRankSum=1.988;SB=-500.186;SBQD=0.148;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7344;VQSLOD=4.9498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1239,0,1139
|
|
1 195874907 rs2167518 A G 762.12 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-397.945;SBQD=2.106;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2761;VQSLOD=6.1654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:792,0,1011
|
|
1 195876254 rs3010152 T A 968.51 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.552;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.986;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-501.661;SBQD=2.125;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2530;VQSLOD=3.9967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:999,0,1107
|
|
1 195900590 rs870791 G T 1368.24 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.108;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=8.704;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.666;SB=-546.049;SBQD=-6.720;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.7406;VQSLOD=5.4196 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:1398,0,1431
|
|
1 195918440 rs6660652 T C 2219.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.40;MQ0=0;QD=30.83;SB=-1250.769;SBQD=-0.967;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0533;VQSLOD=7.2671 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2253,193,0
|
|
1 195920598 rs7553378 C A 1870.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.70;SB=-977.947;SBQD=1.802;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.3694;VQSLOD=7.3390 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1903,153,0
|
|
1 195920770 rs7530503 G C 1342.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.18;SB=-654.367;SBQD=4.080;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.5877;VQSLOD=6.2364 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1375,120,0
|
|
1 195921141 rs12131172 C T 1613.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=33.62;SB=-857.279;SBQD=1.958;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.2588;VQSLOD=7.6498 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1647,129,0
|
|
1 195934210 rs12032769 A G 2575.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.94;MQ0=0;QD=34.80;SB=-1259.736;SBQD=1.405;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-0.3758;VQSLOD=8.0261 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2609,211,0
|
|
1 195940134 rs3008546 C T 1896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.20;MQ0=0;QD=32.69;SB=-990.110;SBQD=-0.434;SBpi=0.3939;SBpiQual=0.3660;VQSLOD=7.3149 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1929,153,0
|
|
1 195944199 rs12144181 C T 533.20 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.59;MQ0=1;MQRankSum=0.978;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.013;SB=-313.508;SBQD=2.364;SBpi=-0.1091;SBpiQual=0.0796;VQSLOD=5.4877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:563,0,560
|
|
1 195954813 rs1597732 C T 418.13 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.059;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.1739;MQ=52.03;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.722;SB=-242.544;SBQD=2.222;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8915;VQSLOD=2.3849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:42:99:448,0,296
|
|
1 195996220 rs921517 A T 1604.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;QD=36.47;SB=-701.387;SBQD=-0.148;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.5857;VQSLOD=8.2392 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1638,129,0
|
|
1 195997351 rs2923895 A G 3417.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=37.55;SB=-1590.957;SBQD=0.774;SBpi=0.3669;SBpiQual=0.4502;VQSLOD=8.3252 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3417,271,0
|
|
1 196021908 . T C 740.41 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.573;DP=56;Dels=0.00;FS=1.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=13.22;ReadPosRankSum=-1.700;SB=-348.350;SBQD=1.326;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.3558;VQSLOD=3.2614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:770,0,1008
|
|
1 196057471 rs12118806 G A 1093.97 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.388;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=2.866;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.721;SB=-453.487;SBQD=4.447;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.5570;VQSLOD=5.0855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:1124,0,1425
|
|
1 196063081 rs4282799 G A 497.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.323;HRun=7;HaplotypeScore=4.6584;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=6.47;ReadPosRankSum=-2.377;SB=-282.206;SBQD=6.162;SBpi=1.0290;SBpiQual=1.1749;VQSLOD=-1.3654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:528,0,1223
|
|
1 196068493 rs10922025 A C 1043.10 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=11.331;HRun=1;HaplotypeScore=1.5717;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=15.12;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-528.367;SBQD=6.067;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.4490;VQSLOD=4.8420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1073,0,955
|
|
1 196069294 rs12566117 C A 873.12 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.918;SB=-421.584;SBQD=1.277;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7022;VQSLOD=4.7700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:903,0,750
|
|
1 196070782 rs4453019 T C 701.65 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.021;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.466;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-311.678;SBQD=5.322;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.6990;VQSLOD=5.8220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:732,0,1029
|
|
1 196072946 rs56132173 G A 947.03 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.074;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.176;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.071;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.071;SB=-317.310;SBQD=3.763;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.1636;VQSLOD=5.1817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:977,0,897
|
|
1 196095833 rs12751055 C G 1068.59 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.371;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.807;SB=-431.923;SBQD=-0.712;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.6442;VQSLOD=4.4866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:1099,0,812
|
|
1 196113899 . C T 1236.23 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.819;DP=79;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-515.003;SBQD=-5.521;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6943;VQSLOD=3.6206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1266,0,1201
|
|
1 196127282 . G A 491.79 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.045;DP=46;Dels=0.00;FS=1.451;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=46.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.605;SB=-129.900;SBQD=-1.379;SBpi=-1.2792;SBpiQual=-1.4982;VQSLOD=2.4221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:522,0,705
|
|
1 196142986 rs4658018 C T 747.05 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.593;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.992;HRun=1;HaplotypeScore=1.6316;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.170;SB=-321.049;SBQD=-2.135;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7358;VQSLOD=4.8925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:777,0,1051
|
|
1 196143254 . G T 1392.18 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.359;DP=88;Dels=0.00;FS=7.303;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=1.748;QD=15.82;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-413.032;SBQD=6.141;SBpi=1.3568;SBpiQual=1.4844;VQSLOD=2.8613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:1422,0,1353
|
|
1 196156950 rs6699739 T G 67.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=3.359;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.81;MQ0=4;MQRankSum=-4.895;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.351;SB=-28.083;SBQD=-2.722;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.6919;VQSLOD=-2.1208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,15:54:97.86:98,0,1302
|
|
1 196158676 . C T 736.37 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9332;MQ=50.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.338;SB=-412.629;SBQD=-0.737;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.3009;VQSLOD=2.5178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:766,0,1129
|
|
1 196163720 rs1925328 A G 1007.08 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.965;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.823;HRun=0;HaplotypeScore=1.7206;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.991;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.092;SB=-602.921;SBQD=-3.398;SBpi=0.1474;SBpiQual=-0.1133;VQSLOD=5.2276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:86:99:1037,0,1322
|
|
1 196165927 rs13313098 C G 1087.06 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.867;HRun=0;HaplotypeScore=4.9645;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.014;QD=14.12;ReadPosRankSum=0.566;SB=-551.556;SBQD=-1.889;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.4327;VQSLOD=1.7200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1117,0,1173
|
|
1 196177193 rs6683628 A G 1360.38 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9662;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=17.44;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-681.075;SBQD=1.971;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2359;VQSLOD=5.7925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:78:99:1390,0,842
|
|
1 196209649 rs994454 G A 2254.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=36.37;SB=-784.040;SBQD=1.095;SBpi=1.3970;SBpiQual=1.5523;VQSLOD=6.2286 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2288,175,0
|
|
1 196220648 rs942681 T C 2233.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.90;SB=-975.714;SBQD=-0.301;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-0.8403;VQSLOD=7.7999 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2267,184,0
|
|
1 196242764 rs558895 T G 3095.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.39;SB=-1238.208;SBQD=0.093;SBpi=-1.3703;SBpiQual=-1.4805;VQSLOD=6.4948 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3128,241,0
|
|
1 196384116 rs3855964 T G 1098.81 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.065;SB=-517.483;SBQD=1.816;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4022;VQSLOD=6.3118 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1129,0,1178
|
|
1 196400253 rs10922066 C T 1159.25 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.673;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.375;HRun=0;HaplotypeScore=1.9907;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-530.530;SBQD=-5.235;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.4033;VQSLOD=4.6564 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:78:99:1189,0,1175
|
|
1 196423475 rs6657157 C T 2517.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.96;SB=-1239.733;SBQD=0.608;SBpi=-0.3586;SBpiQual=-0.3292;VQSLOD=7.5320 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2550,202,0
|
|
1 196425133 rs10494743 A G 633.62 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.083;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.251;SB=-402.992;SBQD=-1.989;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.5602;VQSLOD=4.0623 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:664,0,1243
|
|
1 196428769 rs61820915 T C 920.86 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8664;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.788;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.254;SB=-440.877;SBQD=-0.626;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3553;VQSLOD=4.4190 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:951,0,1270
|
|
1 196432158 rs6682225 A G 1030.40 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.204;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-529.155;SBQD=-2.847;SBpi=0.0801;SBpiQual=-0.3343;VQSLOD=5.8183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1060,0,1036
|
|
1 196437804 rs12409169 T A 808.42 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.046;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.424;SB=-455.663;SBQD=3.448;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3645;VQSLOD=2.2492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:838,0,1278
|
|
1 196441927 rs61820755 T C 1166.25 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=16.20;ReadPosRankSum=-1.559;SB=-551.510;SBQD=0.524;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.6166;VQSLOD=5.5080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1196,0,919
|
|
1 196483941 rs1339952 T G 2683.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.85;SB=-1440.771;SBQD=0.784;SBpi=-0.0570;SBpiQual=0.0161;VQSLOD=8.7257 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2716,217,0
|
|
1 196508206 rs2335904 C T 3021.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.30;SB=-1440.208;SBQD=0.053;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.4136;VQSLOD=8.5697 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3055,241,0
|
|
1 196539519 rs4290012 G A 3374.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.59;MQ0=0;QD=37.50;SB=-1393.803;SBQD=2.391;SBpi=0.7379;SBpiQual=0.8069;VQSLOD=8.5278 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3374,268,0
|
|
1 196547929 rs7544266 G A 2764.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.52;MQ0=0;QD=31.77;SB=-1542.033;SBQD=0.849;SBpi=-0.3752;SBpiQual=-0.3112;VQSLOD=6.4256 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2797,220,0
|
|
1 196552430 rs10922088 C T 1187.82 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.860;HRun=0;HaplotypeScore=3.2984;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.829;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-616.540;SBQD=-2.214;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3510;VQSLOD=3.2224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1218,0,1166
|
|
1 196553753 rs4658041 T C 2694.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.52;MQ0=0;QD=35.00;SB=-1340.368;SBQD=-1.407;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.4068;VQSLOD=6.9938 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2728,217,0
|
|
1 196585363 rs1887972 C G 3388.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.83;SB=-1593.691;SBQD=-0.952;SBpi=-0.4170;SBpiQual=-0.5203;VQSLOD=6.9966 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3388,265,0
|
|
1 196587975 rs6428355 A C 2272.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=34.43;SB=-1141.444;SBQD=-0.177;SBpi=-0.3693;SBpiQual=-0.4018;VQSLOD=7.5831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2305,184,0
|
|
1 196598505 . G A 1018.03 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.957;DP=68;Dels=0.00;FS=2.025;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=14.97;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-488.317;SBQD=3.674;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4843;VQSLOD=3.5737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1048,0,1081
|
|
1 196616909 rs481595 T C 889.60 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.113;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=10.265;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.343;SB=-257.199;SBQD=10.477;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.2541;VQSLOD=4.7518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:920,0,1268
|
|
1 196657414 rs10922092 A G 2774.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.84;SB=-1224.649;SBQD=-7.212;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.8257;VQSLOD=8.3662 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2808,241,0
|
|
1 196658021 rs12069060 G A 1084.46 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.622;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.750;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.218;SB=-624.533;SBQD=2.776;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.1427;VQSLOD=5.2821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:1114,0,1054
|
|
1 196664793 rs485632 T G 2292.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.38;MQ0=0;QD=33.71;SB=-1195.000;SBQD=-3.416;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2282;VQSLOD=7.5499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2325,187,0
|
|
1 196667729 rs11580821 A T 987.30 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.981;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.627;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.039;SB=-375.379;SBQD=5.046;SBpi=0.9297;SBpiQual=0.9745;VQSLOD=5.3412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1017,0,1288
|
|
1 196668319 rs2860102 A T 3105.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.11;MQ0=0;QD=37.42;SB=-1507.976;SBQD=-0.823;SBpi=0.2744;SBpiQual=0.1937;VQSLOD=8.9802 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3138,250,0
|
|
1 196672454 rs12038333 G A 2255.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.6249;MQ=59.26;MQ0=0;QD=32.69;SB=-1262.115;SBQD=-0.016;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.1858;VQSLOD=4.7030 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2289,181,0
|
|
1 196703707 rs412852 G A 639.18 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.704;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=13.90;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-219.046;SBQD=-6.591;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.6827;VQSLOD=5.4926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:669,0,676
|
|
1 196719817 . C G 1186.82 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.43;MQ0=9;MQRankSum=1.563;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-588.576;SBQD=-5.212;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.1563;VQSLOD=4.6897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:1217,0,980
|
|
1 196765482 . C T 289.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.44;MQ0=37;MQRankSum=-0.058;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.116;SB=-0.007;SBQD=9.969;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.8580;VQSLOD=1.3121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,16:61:99:319,0,373
|
|
1 196773346 . T C 433.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.978;DP=65;Dels=0.00;FS=1.105;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=31.77;MQ0=6;MQRankSum=-3.474;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.373;SB=-206.972;SBQD=-2.435;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.2491;VQSLOD=-1.6225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:464,0,944
|
|
1 196786445 rs377628 T A 1134.56 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.552;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.724;HRun=0;HaplotypeScore=1.8737;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-590.619;SBQD=-3.589;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3824;VQSLOD=5.4047 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:1165,0,1437
|
|
1 196788371 rs61818875 C T 398.52 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.050;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=7.880;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=27.14;MQ0=13;MQRankSum=1.117;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.850;SB=-59.298;SBQD=8.502;SBpi=1.2618;SBpiQual=1.3895;VQSLOD=3.2802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:429,0,414
|
|
1 196790588 . A G 127.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.545;DP=68;Dels=0.00;FS=5.487;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=20.39;MQ0=19;MQRankSum=-0.298;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.406;SB=11.997;SBQD=-4.621;SBpi=-1.4289;SBpiQual=-1.3598;VQSLOD=-1.2445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,23:68:99:157,0,451
|
|
1 196791093 rs432109 T C 282.19 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.466;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.057;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=24.77;MQ0=16;MQRankSum=-0.076;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-150.311;SBQD=0.550;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.6340;VQSLOD=2.1104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,22:78:99:312,0,1028
|
|
1 196791290 . C T 1271.54 PASS AB=0.27;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DP=62;Dels=0.00;FS=9.043;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.14;MQ0=3;MQRankSum=0.918;QD=20.51;ReadPosRankSum=1.007;SB=-633.215;SBQD=-0.638;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.1881;VQSLOD=3.6763 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,45:62:99:1302,0,300
|
|
1 196794426 rs416726 G C 654.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.250;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.966;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.12;MQ0=2;MQRankSum=-3.891;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.488;SB=-283.088;SBQD=-3.066;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=-0.2041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:90:99:684,0,1675
|
|
1 196808266 . C T 427.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.842;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.17;MQ0=46;MQRankSum=-0.758;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.000;SB=-0.007;SBQD=10.986;SBpi=1.0954;SBpiQual=1.2445;VQSLOD=-0.2164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:86:99:457,0,578
|
|
1 196809274 . C A 610.69 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.035;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.48;MQ0=25;MQRankSum=0.060;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.181;SB=-286.514;SBQD=-0.554;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.5881;VQSLOD=2.7727 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:641,0,649
|
|
1 196815708 . C G 549.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.245;DP=54;Dels=0.00;FS=31.895;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.93;MQ0=1;MQRankSum=-4.137;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.300;SB=-30.474;SBQD=16.507;SBpi=1.7056;SBpiQual=1.8583;VQSLOD=-2.3422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:580,0,1040
|
|
1 196821108 rs10922142 T A 738.76 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.452;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=54.84;MQ0=3;MQRankSum=-1.843;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-380.646;SBQD=3.369;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0220;VQSLOD=3.4766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,31:76:99:769,0,1489
|
|
1 196822959 rs1963607 A C 1425.44 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.926;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=18.04;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-573.699;SBQD=4.384;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.7445;VQSLOD=5.1629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:1455,0,1061
|
|
1 196828428 rs7416766 T G 1312.05 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.165;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=17.49;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-695.140;SBQD=-3.478;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1304;VQSLOD=5.4348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:1342,0,912
|
|
1 196855689 rs7413610 G A 1292.66 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.7625;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=16.79;ReadPosRankSum=2.445;SB=-637.989;SBQD=0.824;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.5149;VQSLOD=2.2632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:1323,0,524
|
|
1 196870792 rs7546940 A G 2571.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=31.74;SB=-1178.605;SBQD=-7.173;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.8827;VQSLOD=8.0818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2604,226,0
|
|
1 196881420 rs4044578 C A 1024.53 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.427;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.891;HRun=2;HaplotypeScore=2.7145;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.403;SB=-456.360;SBQD=-2.890;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3690;VQSLOD=3.4124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:1055,0,1092
|
|
1 196905205 rs4915363 T C 783.17 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=7.789;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.73;MQ0=8;MQRankSum=3.104;QD=10.58;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-381.120;SBQD=-13.105;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4438;VQSLOD=3.9333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:813,0,599
|
|
1 196922308 . C T 1247.28 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.821;DP=82;Dels=0.00;FS=1.968;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.885;SB=-433.725;SBQD=-3.057;SBpi=-1.4162;SBpiQual=-1.5062;VQSLOD=3.1513 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1277,0,920
|
|
1 196927428 rs1359594 T G 1346.66 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.265;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.935;HRun=0;HaplotypeScore=1.7987;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=17.72;ReadPosRankSum=2.659;SB=-440.676;SBQD=0.311;SBpi=1.0801;SBpiQual=1.2899;VQSLOD=4.1317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1377,0,1103
|
|
1 196951459 rs1412636 G A 1542.73 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.730;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.939;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=21.43;ReadPosRankSum=0.484;SB=-812.203;SBQD=-1.806;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0310;VQSLOD=4.0289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,48:72:99:1573,0,700
|
|
1 197017473 rs857020 C T 2049.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9926;MQ=58.74;MQ0=0;QD=36.59;SB=-753.053;SBQD=1.614;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.1080;VQSLOD=5.3894 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2082,163,0
|
|
1 197048391 rs6428385 C T 3000.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=36.59;SB=-1528.992;SBQD=0.629;SBpi=0.1104;SBpiQual=0.1904;VQSLOD=7.7549 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3033,241,0
|
|
1 197049661 rs7514071 T A 931.08 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=8.849;HRun=0;HaplotypeScore=1.9762;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=13.69;ReadPosRankSum=-2.316;SB=-295.518;SBQD=9.748;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.2041;VQSLOD=3.5957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:961,0,984
|
|
1 197064826 rs1953064 A G 2279.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.25;MQ0=0;QD=34.03;SB=-1037.627;SBQD=2.752;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.6233;VQSLOD=7.8793 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2313,187,0
|
|
1 197091537 rs4915337 A T 2618.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01;SB=-1182.261;SBQD=0.274;SBpi=0.8547;SBpiQual=0.9027;VQSLOD=8.0125 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2652,211,0
|
|
1 197098143 rs6695300 G C 2519.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=35.48;SB=-1305.766;SBQD=1.474;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.1622;VQSLOD=8.4266 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2552,202,0
|
|
1 197117674 . C G 985.50 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.510;DP=67;Dels=0.00;FS=2.105;HRun=0;HaplotypeScore=2.5338;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.984;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.894;SB=-510.567;SBQD=-4.741;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.4544;VQSLOD=3.5980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:1015,0,669
|
|
1 197137753 . A G 988.80 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=82;Dels=0.00;FS=1.823;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.602;QD=12.06;ReadPosRankSum=1.565;SB=-452.908;SBQD=3.171;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6247;VQSLOD=2.9199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:1019,0,1446
|
|
1 197152149 rs1556763 A C 2832.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=32.56;SB=-1331.508;SBQD=-0.882;SBpi=-0.9113;SBpiQual=-1.0308;VQSLOD=8.2496 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2866,223,0
|
|
1 197280358 rs2184850 C T 1084.26 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.939;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9861;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.811;SB=-495.988;SBQD=0.734;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4919;VQSLOD=5.2906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:1114,0,1380
|
|
1 197322520 rs2786100 C G 867.35 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.199;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.315;HRun=0;HaplotypeScore=4.7438;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.662;SB=-365.852;SBQD=-4.991;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5947;VQSLOD=3.6774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:71:99:897,0,1214
|
|
1 197333779 rs2786116 G A 1255.01 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.599;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.437;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.911;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-622.151;SBQD=5.021;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2773;VQSLOD=5.6345 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:80:99:1285,0,1012
|
|
1 197337830 rs10801603 G A 1061.52 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.699;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.272;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.375;SB=-469.900;SBQD=0.562;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.6474;VQSLOD=5.2077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:61:99:1092,0,661
|
|
1 197339479 rs6664399 G A 1081.44 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.556;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.084;HRun=0;HaplotypeScore=1.7791;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.909;SB=-557.272;SBQD=-3.827;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.2733;VQSLOD=4.6597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1111,0,998
|
|
1 197395661 rs1951697 T C 3536.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.22;SB=-1714.865;SBQD=-0.172;SBpi=-0.2565;SBpiQual=-0.2850;VQSLOD=8.3888 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3536,280,0
|
|
1 197445320 rs6686241 A G 1842.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.71;SB=-1042.062;SBQD=2.979;SBpi=-0.3810;SBpiQual=-0.2034;VQSLOD=6.7061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1875,156,0
|
|
1 197455735 rs6656674 T C 916.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.09;MQ0=0;QD=16.66;SB=-810.764;SBQD=-2.278;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0619;VQSLOD=4.8718 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:55:81.21:949,81,0
|
|
1 197478149 . T C 995.97 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.012;DP=87;Dels=0.00;FS=8.878;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.120;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.864;SB=-496.744;SBQD=-3.850;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.1455;VQSLOD=4.2252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:1026,0,1385
|
|
1 197493787 rs10801611 G A 2181.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.76;SB=-788.297;SBQD=2.522;SBpi=1.2164;SBpiQual=1.4502;VQSLOD=5.9563 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2215,172,0
|
|
1 197507233 rs4477311 T C 2473.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=32.98;SB=-1215.757;SBQD=5.729;SBpi=-0.1732;SBpiQual=0.2679;VQSLOD=7.8673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2507,220,0
|
|
1 197525439 rs12025476 A C 997.40 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.601;HRun=1;HaplotypeScore=2.7297;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=16.09;ReadPosRankSum=1.199;SB=-538.765;SBQD=4.859;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1016;VQSLOD=4.3972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:1027,0,847
|
|
1 197544989 rs7523627 A G 853.99 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.025;HRun=0;HaplotypeScore=1.5592;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.450;SB=-459.506;SBQD=-0.265;SBpi=0.2611;SBpiQual=-0.1604;VQSLOD=5.2095 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:884,0,1099
|
|
1 197545720 rs10922257 G A 853.89 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.086;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.998;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.370;SB=-248.095;SBQD=2.495;SBpi=1.2070;SBpiQual=1.2897;VQSLOD=5.2178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:884,0,1295
|
|
1 197549551 rs4915554 G A 1024.38 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.463;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.865;SB=-608.027;SBQD=2.003;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.0176;VQSLOD=5.7125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1054,0,793
|
|
1 197550140 rs1558975 G A 2636.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5964;MQ=59.76;MQ0=0;QD=33.80;SB=-1083.740;SBQD=0.904;SBpi=1.2455;SBpiQual=1.3935;VQSLOD=4.3871 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2670,208,0
|
|
1 197554943 . C T 1290.36 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.530;DP=80;Dels=0.00;FS=22.190;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.088;QD=16.13;ReadPosRankSum=1.733;SB=-351.839;SBQD=-13.128;SBpi=-1.1713;SBpiQual=-1.3789;VQSLOD=3.6324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1320,0,1230
|
|
1 197556904 rs12565840 T C 1152.86 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=16.47;ReadPosRankSum=1.259;SB=-503.182;SBQD=1.561;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4875;VQSLOD=5.6338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1183,0,1069
|
|
1 197565832 rs12747786 T C 1005.09 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.132;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=13.77;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-442.015;SBQD=3.002;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4750;VQSLOD=6.2507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:1035,0,1173
|
|
1 197571577 rs1833464 G A 995.19 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.210;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.524;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=16.31;ReadPosRankSum=1.219;SB=-377.147;SBQD=5.321;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.7521;VQSLOD=5.1429 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:1025,0,953
|
|
1 197661576 . T C 1184.31 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;DP=81;Dels=0.00;FS=1.814;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.280;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-653.832;SBQD=2.230;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0672;VQSLOD=4.6100 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1214,0,1285
|
|
1 197664395 rs2358774 G A 1246.64 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.555;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.147;SB=-536.907;SBQD=-1.356;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.5908;VQSLOD=5.9136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1277,0,904
|
|
1 197684499 rs1621898 T C 1186.94 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.230;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.863;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.852;SB=-482.789;SBQD=1.853;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.7989;VQSLOD=4.5006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1217,0,1311
|
|
1 197782736 rs4915566 T C 913.09 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.697;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.482;SB=-446.088;SBQD=-5.160;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3199;VQSLOD=5.4293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:943,0,1022
|
|
1 197806129 rs35162839 C T 937.02 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.906;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-439.915;SBQD=3.716;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.5750;VQSLOD=4.4413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:967,0,1096
|
|
1 197809452 . G A 799.60 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.987;DP=57;Dels=0.00;FS=3.749;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-406.493;SBQD=6.636;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2887;VQSLOD=3.9003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:830,0,809
|
|
1 197810847 rs904576 G A 3450.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=35.95;SB=-1728.810;SBQD=-0.662;SBpi=-0.3062;SBpiQual=-0.3454;VQSLOD=7.1778 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3451,265,0
|
|
1 197816787 rs10754233 G A 2394.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.04;MQ0=0;QD=35.21;SB=-1287.372;SBQD=0.896;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0449;VQSLOD=7.8398 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2427,190,0
|
|
1 197822283 . G A 39.38 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.923;DP=82;Dels=0.00;FS=12.411;HRun=9;HaplotypeScore=20.7522;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.122;SB=105.286;SBQD=1.314;SBpi=2.1213;SBpiQual=1.4405;VQSLOD=-42.7086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,18:82:69.37:69,0,843
|
|
1 197823360 rs10922306 A G 780.86 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.310;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.500;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.941;SB=-303.125;SBQD=-3.691;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.6997;VQSLOD=4.6931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:811,0,1231
|
|
1 197849303 . T C 1640.15 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.238;DP=107;Dels=0.00;FS=2.550;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-774.436;SBQD=-1.731;SBpi=0.4009;SBpiQual=0.4806;VQSLOD=3.0107 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,56:107:99:1670,0,1674
|
|
1 197856736 rs7541116 G C 1199.71 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.890;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.996;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.269;SB=-570.658;SBQD=-4.486;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1633;VQSLOD=5.3064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:1230,0,1229
|
|
1 197862321 rs10922323 T C 1138.83 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.235;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.023;SB=-471.367;SBQD=4.158;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.6440;VQSLOD=6.3076 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:1169,0,1466
|
|
1 197883412 rs937491 C T 1753.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.38;SB=-942.662;SBQD=-0.955;SBpi=-0.0700;SBpiQual=-0.1368;VQSLOD=9.2161 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1786,141,0
|
|
1 197890160 rs12142428 T A 755.76 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.361;SB=-352.746;SBQD=-0.229;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.5009;VQSLOD=5.1652 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:786,0,1395
|
|
1 197940887 rs12140162 G A 2680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-1412.028;SBQD=0.259;SBpi=-0.0585;SBpiQual=-0.0375;VQSLOD=8.8385 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2713,211,0
|
|
1 197943933 rs10157893 C T 1180.28 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.293;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=2.075;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=15.74;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-446.675;SBQD=1.812;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-1.0071;VQSLOD=5.8395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1210,0,1085
|
|
1 197947090 rs12566240 T C 894.39 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.598;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-407.407;SBQD=6.824;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.3138;VQSLOD=5.3590 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:924,0,1434
|
|
1 197966145 rs12045752 A G 974.20 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.390;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.756;QD=13.16;ReadPosRankSum=1.572;SB=-496.433;SBQD=-2.654;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2146;VQSLOD=4.2751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1004,0,1123
|
|
1 197967482 rs1160504 C A 2720.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78;SB=-1463.422;SBQD=0.266;SBpi=-0.3842;SBpiQual=-0.3853;VQSLOD=8.0214 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2753,217,0
|
|
1 197968386 rs1125953 T C 923.31 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.036;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-479.440;SBQD=1.749;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2363;VQSLOD=6.6067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:953,0,982
|
|
1 197968718 rs4433426 C G 1397.01 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.129;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.311;QD=17.04;ReadPosRankSum=-2.436;SB=-599.660;SBQD=-2.439;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.7792;VQSLOD=4.5867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1427,0,1033
|
|
1 197974876 rs12064633 T A 1358.67 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.327;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.047;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-665.949;SBQD=4.186;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.2488;VQSLOD=5.7537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:1389,0,1400
|
|
1 197991694 rs12760628 C T 1658.30 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.414;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.801;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.632;SB=-874.029;SBQD=-1.092;SBpi=0.0687;SBpiQual=0.1550;VQSLOD=5.7650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:91:99:1688,0,1163
|
|
1 197998163 rs6685420 C A 883.53 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.975;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-423.623;SBQD=-3.919;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.4366;VQSLOD=5.4491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:914,0,1114
|
|
1 198065244 . G C 781.53 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.142;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.904;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-418.134;SBQD=1.705;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2196;VQSLOD=3.5283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:812,0,917
|
|
1 198071459 rs1233809 G C 2793.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1376.746;SBQD=0.541;SBpi=0.3397;SBpiQual=0.3986;VQSLOD=8.7221 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2827,220,0
|
|
1 198099377 . C T 1015.73 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.430;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.42;MQ0=2;MQRankSum=0.125;QD=14.11;ReadPosRankSum=0.018;SB=-561.970;SBQD=1.622;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.5431;VQSLOD=4.2570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:1046,0,892
|
|
1 198102327 rs2022860 C T 498.83 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.202;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.217;HRun=0;HaplotypeScore=2.5558;MQ=51.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=10.39;ReadPosRankSum=2.072;SB=-187.307;SBQD=-5.219;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.8428;VQSLOD=3.4814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:48:99:529,0,571
|
|
1 198112346 rs56015437 A T 1113.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;DB;DP=96;Dels=0.01;FS=7.383;HRun=0;HaplotypeScore=19.7790;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=1.103;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.142;SB=-503.864;SBQD=8.813;SBpi=0.1414;SBpiQual=0.6142;VQSLOD=-6.4384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:96:99:1143,0,1033
|
|
1 198137933 rs1892487 A G 1115.78 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.096;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.905;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.603;SB=-465.321;SBQD=2.658;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5778;VQSLOD=5.8424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1146,0,1184
|
|
1 198151165 rs16842527 C G 1321.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.807;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.716;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-581.977;SBQD=2.655;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5389;VQSLOD=5.5989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:1351,0,1330
|
|
1 198152273 rs1938375 G A 1517.41 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.841;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=8.172;HRun=3;HaplotypeScore=1.7900;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.679;QD=15.81;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-677.866;SBQD=5.677;SBpi=0.4243;SBpiQual=0.4317;VQSLOD=4.1695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:96:99:1547,0,1478
|
|
1 198160115 . T C 1047.73 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.757;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-554.667;SBQD=0.066;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0469;VQSLOD=4.1051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:1078,0,1487
|
|
1 198166108 rs6428439 C G 932.92 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.978;HRun=0;HaplotypeScore=3.5013;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=12.96;ReadPosRankSum=1.209;SB=-479.801;SBQD=2.901;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0055;VQSLOD=4.2155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:963,0,1152
|
|
1 198168840 rs9651068 G A 804.60 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.252;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=13.999;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.189;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.454;SB=-306.406;SBQD=7.530;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8022;VQSLOD=2.7126 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:835,0,1618
|
|
1 198191638 . C T 1039.05 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.184;DP=77;Dels=0.00;FS=4.386;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.433;SB=-447.580;SBQD=-4.188;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.7950;VQSLOD=3.1529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1069,0,1127
|
|
1 198200296 rs3861919 T C 525.89 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.875;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=51.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.565;SB=45.135;SBQD=-17.027;SBpi=-2.5495;SBpiQual=-2.4393;VQSLOD=1.6200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:556,0,913
|
|
1 198225478 . G A 556.46 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.269;DP=55;Dels=0.00;FS=3.890;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.155;SB=-219.701;SBQD=-5.906;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.5451;VQSLOD=4.0953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:586,0,1079
|
|
1 198229621 rs12059758 G A 1108.65 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.040;SB=-486.582;SBQD=-2.218;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.4443;VQSLOD=5.7629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1139,0,1025
|
|
1 198245335 rs12402025 G A 1003.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.152;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.310;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.361;SB=-506.396;SBQD=1.846;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3528;VQSLOD=4.3876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:1033,0,1222
|
|
1 198264752 . A G 249.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=54;Dels=0.00;FS=11.440;HRun=1;HaplotypeScore=4.2440;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.554;SB=-90.267;SBQD=-7.613;SBpi=-1.2618;SBpiQual=-1.0306;VQSLOD=0.3348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,18:54:99:279,0,1032
|
|
1 198274536 rs4915140 C T 1101.35 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.558;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=9.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=14.49;ReadPosRankSum=1.139;SB=-404.757;SBQD=8.744;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7696;VQSLOD=4.5369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1131,0,983
|
|
1 198310293 rs943575 A G 584.68 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=0;HaplotypeScore=1.7005;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.524;SB=-382.186;SBQD=-4.129;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-0.9985;VQSLOD=4.3965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:615,0,917
|
|
1 198319061 rs4915279 G A 923.04 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=11.246;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.24;MQ0=1;MQRankSum=0.813;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.035;SB=-323.203;SBQD=-8.163;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.1599;VQSLOD=4.7806 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:953,0,828
|
|
1 198330138 rs56038487 A G 1417.93 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.330;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.742;HRun=0;HaplotypeScore=1.5762;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.974;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-653.742;SBQD=-1.011;SBpi=0.4330;SBpiQual=0.6160;VQSLOD=4.7506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:1448,0,1346
|
|
1 198389502 rs2640191 C T 1661.37 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.810;HRun=2;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=18.26;ReadPosRankSum=1.203;SB=-770.708;SBQD=1.898;SBpi=-0.4808;SBpiQual=-0.4257;VQSLOD=5.0629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:91:99:1691,0,1151
|
|
1 198389830 rs2813168 C T 1462.91 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.247;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.851;HRun=0;HaplotypeScore=1.8188;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.287;SB=-635.907;SBQD=-2.476;SBpi=-0.8485;SBpiQual=-0.9043;VQSLOD=5.1183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:84:99:1493,0,927
|
|
1 198407772 rs12039477 G A 1069.13 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.742;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=2.020;HRun=2;HaplotypeScore=1.8907;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=14.26;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-361.030;SBQD=-2.727;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.1585;VQSLOD=3.3677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1099,0,1218
|
|
1 198422451 . T C 1431.93 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.947;DP=101;Dels=0.00;FS=7.913;HRun=0;HaplotypeScore=1.9940;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-523.787;SBQD=-6.028;SBpi=-0.9899;SBpiQual=-1.1515;VQSLOD=3.3907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,50:101:99:1462,0,1673
|
|
1 198429549 rs56002441 T C 387.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9448;MQ=45.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.972;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-113.820;SBQD=-0.464;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.0734;VQSLOD=0.7470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:417,0,341
|
|
1 198433299 rs12402152 T G 1424.63 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.786;HRun=3;HaplotypeScore=2.3823;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.377;SB=-726.869;SBQD=3.106;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.1467;VQSLOD=3.9998 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:1455,0,1109
|
|
1 198441447 . G A 539.94 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.074;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.769;SB=-429.148;SBQD=-0.621;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3866;VQSLOD=2.8854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:570,0,887
|
|
1 198453363 rs10801672 A C 1108.86 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.150;HRun=1;HaplotypeScore=1.5767;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=14.78;ReadPosRankSum=-2.634;SB=-611.774;SBQD=-5.841;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0989;VQSLOD=3.8619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1139,0,1031
|
|
1 198469842 rs55726189 G A 473.47 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.650;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.467;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.378;SB=-297.244;SBQD=-4.766;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.4640;VQSLOD=3.0137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:503,0,1327
|
|
1 198472868 . G A 1292.44 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.900;DP=90;Dels=0.00;FS=14.707;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-584.308;SBQD=-8.552;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4261;VQSLOD=4.2870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:1322,0,1496
|
|
1 198477505 . T C 133.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DP=47;Dels=0.00;FS=2.451;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=2.83;ReadPosRankSum=-2.742;SB=12.028;SBQD=4.020;SBpi=1.5811;SBpiQual=1.6457;VQSLOD=-3.8881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,10:47:99:163,0,1229
|
|
1 198479963 . G T 856.12 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;DP=45;Dels=0.00;FS=5.002;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=19.02;ReadPosRankSum=0.035;SB=-219.894;SBQD=9.656;SBpi=1.2509;SBpiQual=1.2863;VQSLOD=3.0689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:886,0,370
|
|
1 198527458 rs10922453 T C 1111.89 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.828;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.383;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.667;QD=14.44;ReadPosRankSum=0.637;SB=-507.907;SBQD=3.847;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3581;VQSLOD=4.5244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1142,0,1258
|
|
1 198531869 rs2359849 T G 1025.75 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.991;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=18.65;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-266.671;SBQD=-3.430;SBpi=1.5435;SBpiQual=1.6042;VQSLOD=3.3129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:1056,0,590
|
|
1 198553289 rs11808427 A C 664.13 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.69;MQ0=0;QD=24.60;SB=-0.007;SBQD=-34.167;SBpi=-2.5981;SBpiQual=-2.6848;VQSLOD=1.6177 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57.15:697,57,0
|
|
1 198594595 rs6683774 C T 3350.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.23;SB=-1268.491;SBQD=-2.628;SBpi=-1.0541;SBpiQual=-1.3176;VQSLOD=8.4296 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:3350,262,0
|
|
1 198629336 . T C 834.21 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=18.54;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-173.867;SBQD=3.815;SBpi=1.8257;SBpiQual=1.8979;VQSLOD=3.0609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,30:45:99:864,0,442
|
|
1 198637853 rs7522020 G T 2723.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1365.494;SBQD=-1.208;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.5699;VQSLOD=8.7176 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2756,217,0
|
|
1 198825746 rs10753837 C T 2991.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.48;SB=-1478.752;SBQD=-0.424;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.3093;VQSLOD=8.9615 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3024,235,0
|
|
1 198864644 rs61820453 T C 1439.17 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.338;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=8.701;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=16.17;ReadPosRankSum=0.226;SB=-590.603;SBQD=-6.250;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.6768;VQSLOD=4.2540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1469,0,1267
|
|
1 198924805 rs1938038 A G 2843.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=30.91;SB=-1660.159;SBQD=-0.572;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.0913;VQSLOD=7.1468 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2876,235,0
|
|
1 198992633 rs6673811 T C 1166.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.22;MQ0=33;QD=16.43;SB=-0.007;SBQD=-31.633;SBpi=-3.0822;SBpiQual=-3.3392;VQSLOD=0.2488 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,38:71:99:1200,108,0
|
|
1 199163068 . C T 683.74 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=54;Dels=0.00;FS=8.800;HRun=0;HaplotypeScore=1.9497;MQ=37.81;MQ0=1;MQRankSum=0.187;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.151;SB=-320.460;SBQD=-6.104;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.5475;VQSLOD=3.8181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:714,0,602
|
|
1 199177459 rs12566987 G C 519.26 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.878;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.073;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-285.012;SBQD=-8.885;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.9463;VQSLOD=3.4965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:549,0,702
|
|
1 199252292 rs17631471 T A 3215.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.73;SB=-1526.640;SBQD=0.130;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6456;VQSLOD=8.7213 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3249,250,0
|
|
1 199301087 rs6413909 C A 991.78 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.804;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.433;HRun=0;HaplotypeScore=1.8279;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-369.732;SBQD=-6.378;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.1518;VQSLOD=4.7830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:1022,0,1496
|
|
1 199329274 rs576141 A G 1222.71 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.841;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5700;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.727;SB=-593.273;SBQD=0.676;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.6518;VQSLOD=5.6151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:1253,0,1647
|
|
1 199373716 rs543505 T C 1700.07 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=1.663;HRun=1;HaplotypeScore=1.9153;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.918;QD=17.71;ReadPosRankSum=0.606;SB=-791.582;SBQD=-2.076;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.5986;VQSLOD=5.2668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,56:96:99:1730,0,1235
|
|
1 199379292 rs500786 C A 2867.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=35.40;SB=-1449.335;SBQD=-0.744;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.3250;VQSLOD=8.2198 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2901,226,0
|
|
1 199391581 rs479791 G A 728.22 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.366;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=7.660;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.623;SB=-419.010;SBQD=-5.944;SBpi=-0.0962;SBpiQual=0.0543;VQSLOD=5.3173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:758,0,685
|
|
1 199393950 . C T 1663.32 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.215;DP=99;Dels=0.00;FS=0.759;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=16.80;ReadPosRankSum=0.060;SB=-786.459;SBQD=-0.912;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.5289;VQSLOD=4.3204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,55:99:99:1693,0,1285
|
|
1 199395968 rs516182 G A 1235.20 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.215;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.058;HRun=3;HaplotypeScore=0.9989;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.084;SB=-535.735;SBQD=-2.893;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.6506;VQSLOD=4.7515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:1265,0,1398
|
|
1 199396570 rs521689 G A 1218.28 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.509;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.384;SB=-429.928;SBQD=-5.181;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-1.0924;VQSLOD=5.7352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1248,0,810
|
|
1 199431778 rs4915175 G C 667.07 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.478;HRun=2;HaplotypeScore=1.7262;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-324.185;SBQD=2.604;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8334;VQSLOD=3.9825 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:697,0,728
|
|
1 199436640 rs5011100 G A 1505.30 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.155;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=11.866;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.037;SB=-564.834;SBQD=-8.109;SBpi=-0.9286;SBpiQual=-0.9848;VQSLOD=4.7413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:1535,0,1532
|
|
1 199446715 rs1327078 G A 870.32 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.399;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.041;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.455;SB=-319.584;SBQD=1.627;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-1.0477;VQSLOD=4.6744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:900,0,1334
|
|
1 199448034 rs4915361 A C 403.67 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.49;MQ0=0;MQRankSum=2.959;QD=12.61;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-0.007;SBQD=15.470;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.1718;VQSLOD=2.0316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:434,0,380
|
|
1 199448599 rs7528767 G A 1105.73 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.009;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.765;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-543.114;SBQD=2.236;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.1737;VQSLOD=5.5508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:1136,0,1647
|
|
1 199471551 . A G 1217.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.273;DP=80;Dels=0.00;FS=1.800;HRun=0;HaplotypeScore=1.9574;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.334;SB=-675.176;SBQD=-1.503;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0577;VQSLOD=3.7369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1248,0,1214
|
|
1 199480563 rs7546723 T C 1994.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6498;MQ=59.30;MQ0=0;QD=33.25;SB=-937.137;SBQD=2.711;SBpi=0.5164;SBpiQual=0.6725;VQSLOD=6.1755 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2028,160,0
|
|
1 199486414 rs6683501 G A 3222.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.91;SB=-1404.628;SBQD=1.035;SBpi=0.7050;SBpiQual=0.8512;VQSLOD=8.1262 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3256,250,0
|
|
1 199497986 rs6703655 G T 2409.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.46;SB=-1200.444;SBQD=-1.814;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.4967;VQSLOD=7.7967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2442,193,0
|
|
1 199510184 rs12116460 A G 2965.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=37.54;SB=-1325.233;SBQD=-0.637;SBpi=0.6188;SBpiQual=0.6057;VQSLOD=7.4438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2999,235,0
|
|
1 199537536 rs1337717 C T 2196.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6483;MQ=59.28;MQ0=0;QD=34.32;SB=-962.270;SBQD=3.600;SBpi=0.6250;SBpiQual=0.8207;VQSLOD=6.9722 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2230,175,0
|
|
1 199540129 rs2786728 C A 2164.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.17;MQ0=0;QD=32.30;SB=-1219.332;SBQD=3.249;SBpi=-0.1833;SBpiQual=-0.0153;VQSLOD=7.6404 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2197,178,0
|
|
1 199544158 rs2812260 T C 809.22 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=1.833;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.707;SB=-332.379;SBQD=1.664;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.4838;VQSLOD=5.1455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:839,0,939
|
|
1 199549691 rs1337722 A C 3619.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1802.878;SBQD=0.740;SBpi=0.2488;SBpiQual=0.3002;VQSLOD=8.0441 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:3619,286,0
|
|
1 199551160 rs2786734 G T 2578.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.84;SB=-1166.579;SBQD=0.996;SBpi=-0.8137;SBpiQual=-0.7712;VQSLOD=8.9608 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2611,205,0
|
|
1 199562540 rs2786745 G A 948.76 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.086;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.215;HRun=1;HaplotypeScore=1.6316;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-464.569;SBQD=2.939;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.1825;VQSLOD=3.8819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:979,0,1184
|
|
1 199567008 rs4447011 G T 1494.31 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.573;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=16.60;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-796.605;SBQD=-0.161;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.0873;VQSLOD=4.0659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:1524,0,1292
|
|
1 199574048 . C T 1411.73 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.577;DP=89;Dels=0.00;FS=0.812;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.803;SB=-621.412;SBQD=-2.071;SBpi=-0.7217;SBpiQual=-0.7696;VQSLOD=4.5296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1442,0,1134
|
|
1 199619761 . G A 569.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.59;MQ0=18;QD=7.69;SB=-191.454;SBQD=9.408;SBpi=-0.3487;SBpiQual=-0.3509;VQSLOD=2.5417 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:57.07:602,57,0
|
|
1 199681411 rs2435251 A G 2076.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.44;MQ0=0;QD=26.28;SB=-1096.210;SBQD=-6.233;SBpi=1.1813;SBpiQual=0.6866;VQSLOD=5.0905 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2109,189,0
|
|
1 199703416 rs2435220 C T 2637.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=34.71;SB=-1381.193;SBQD=-0.207;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.2022;VQSLOD=8.0979 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2671,211,0
|
|
1 199707760 rs2435218 C T 1324.49 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.903;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=2.750;HRun=1;HaplotypeScore=2.2657;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.070;SB=-552.542;SBQD=-2.192;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.6283;VQSLOD=4.1852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:93:99:1354,0,1583
|
|
1 199713640 rs1529539 G T 2501.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.25;SB=-1161.634;SBQD=1.204;SBpi=-0.5417;SBpiQual=-0.5061;VQSLOD=8.9179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2534,199,0
|
|
1 199719881 rs2502127 T A 3283.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=36.08;SB=-1608.027;SBQD=-1.352;SBpi=-0.2621;SBpiQual=-0.4088;VQSLOD=8.5887 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3283,262,0
|
|
1 199720797 rs2502126 G C 841.90 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.666;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.197;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.426;SB=-312.577;SBQD=6.660;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.9747;VQSLOD=5.6221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:872,0,1265
|
|
1 199735692 rs2435216 C T 1278.04 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.244;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.835;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=15.40;ReadPosRankSum=-2.092;SB=-615.716;SBQD=-1.366;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.3304;VQSLOD=4.1162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1308,0,1236
|
|
1 199761394 rs12748257 G A 1108.54 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.282;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=16.07;ReadPosRankSum=0.162;SB=-486.690;SBQD=0.303;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5709;VQSLOD=5.8493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1139,0,904
|
|
1 199762455 . T C 1240.49 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.019;DP=85;Dels=0.00;FS=1.762;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.921;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.004;SB=-647.465;SBQD=1.634;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.0862;VQSLOD=2.9300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1270,0,1421
|
|
1 199767865 rs7541266 T A 775.61 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.400;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.623;QD=13.85;ReadPosRankSum=-1.328;SB=-185.046;SBQD=3.622;SBpi=-1.4434;SBpiQual=-1.5595;VQSLOD=2.7782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:806,0,925
|
|
1 199775368 rs35057565 G A 935.50 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.2618;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.322;SB=-596.458;SBQD=-1.262;SBpi=0.0801;SBpiQual=-0.0152;VQSLOD=4.1609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:965,0,980
|
|
1 199778550 rs185536 G A 1173.18 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=12.872;HRun=0;HaplotypeScore=2.8143;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=13.48;ReadPosRankSum=-1.525;SB=-463.386;SBQD=9.250;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.6668;VQSLOD=3.6470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:1203,0,1416
|
|
1 199797955 . G A 736.25 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.119;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-577.891;SBQD=0.058;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3213;VQSLOD=5.2722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:766,0,482
|
|
1 199805378 . G A 1046.87 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.024;DP=67;Dels=0.00;FS=6.948;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.709;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.540;SB=-558.886;SBQD=-6.705;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1981;VQSLOD=3.2458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1077,0,826
|
|
1 199805491 rs12043541 C T 637.88 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.160;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.461;SB=-413.244;SBQD=0.475;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0823;VQSLOD=4.7877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:668,0,1235
|
|
1 199829615 rs10800653 C A 766.69 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.851;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.985;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=12.57;ReadPosRankSum=-1.430;SB=-380.866;SBQD=-0.610;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3307;VQSLOD=5.0688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:797,0,1026
|
|
1 199833015 rs10753860 G A 1107.33 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.482;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.886;SB=-618.944;SBQD=0.272;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0049;VQSLOD=5.7886 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:1137,0,1560
|
|
1 199842357 rs12401593 G C 596.27 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9497;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-331.495;SBQD=-1.590;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2550;VQSLOD=2.4056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:626,0,1166
|
|
1 199866413 . A C 491.59 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DP=47;Dels=0.00;FS=4.309;HRun=0;HaplotypeScore=2.4021;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=10.46;ReadPosRankSum=-1.947;SB=-263.531;SBQD=-5.436;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.1340;VQSLOD=4.1892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:522,0,805
|
|
1 199889522 rs12086765 T C 827.66 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.037;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.930;SB=-356.048;SBQD=-6.623;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.4846;VQSLOD=5.7113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:858,0,1167
|
|
1 199891555 rs34777525 G A 668.30 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.417;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.047;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.087;SB=-381.152;SBQD=0.868;SBpi=0.1000;SBpiQual=-0.0062;VQSLOD=5.2766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:698,0,761
|
|
1 199891756 rs12084341 G A 652.90 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.492;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=9.871;HRun=0;HaplotypeScore=1.6640;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-191.728;SBQD=-10.569;SBpi=-1.0585;SBpiQual=-1.2253;VQSLOD=5.0751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:683,0,730
|
|
1 199892664 . G A 418.94 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.045;DP=41;Dels=0.00;FS=1.258;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.384;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-224.714;SBQD=3.470;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.2451;VQSLOD=4.4482 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:449,0,696
|
|
1 199904724 . T C 736.05 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.774;DP=58;Dels=0.00;FS=0.995;HRun=0;HaplotypeScore=2.6493;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.047;SB=-367.773;SBQD=-1.092;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.3756;VQSLOD=3.3456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:766,0,818
|
|
1 199905828 rs12029406 C T 950.98 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=9.528;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=14.86;ReadPosRankSum=-1.810;SB=-513.010;SBQD=-8.050;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1952;VQSLOD=5.4723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:981,0,907
|
|
1 199922331 . G A 986.55 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.377;DP=78;Dels=0.00;FS=3.098;HRun=0;HaplotypeScore=1.9852;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.407;SB=-438.100;SBQD=3.190;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.4714;VQSLOD=3.8946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:78:99:1017,0,1154
|
|
1 199927323 rs12403096 G C 599.59 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.764;SB=-287.676;SBQD=-0.994;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.1870;VQSLOD=5.6868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:630,0,1191
|
|
1 199944482 rs7412455 G A 843.28 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.03;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=26.8319;MQ=56.09;MQ0=0;QD=9.81;SB=-1368.416;SBQD=2.801;SBpi=0.2744;SBpiQual=0.3298;VQSLOD=-40.5388 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:75.19:876,75,0
|
|
1 199953829 . T C 890.52 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.957;DP=73;Dels=0.00;FS=0.897;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.723;SB=-438.890;SBQD=4.468;SBpi=-0.0845;SBpiQual=0.2346;VQSLOD=3.7832 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:921,0,1223
|
|
1 199956820 rs4623736 T C 1504.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.27;MQ0=0;QD=28.38;SB=-743.950;SBQD=9.672;SBpi=-0.2060;SBpiQual=0.2919;VQSLOD=4.4884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1537,135,0
|
|
1 199958761 rs10800663 A G 1766.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7775;MQ=58.72;MQ0=0;QD=28.50;SB=-835.407;SBQD=-6.140;SBpi=-0.3810;SBpiQual=-0.7587;VQSLOD=4.7050 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1800,159,0
|
|
1 199959975 rs10753862 T C 1036.28 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.127;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.831;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-501.423;SBQD=2.119;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2863;VQSLOD=5.9693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:1066,0,1294
|
|
1 199960009 rs17722290 G A 1264.21 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.459;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.943;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-610.661;SBQD=3.328;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.4578;VQSLOD=5.7892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1294,0,1105
|
|
1 199969052 . C T 722.28 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DP=39;Dels=0.00;FS=6.662;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=18.52;ReadPosRankSum=0.967;SB=-253.162;SBQD=-6.876;SBpi=1.0206;SBpiQual=1.0845;VQSLOD=4.0710 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:752,0,425
|
|
1 199975406 rs6681697 C G 502.83 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.745;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.095;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-343.304;SBQD=1.197;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1509;VQSLOD=4.8525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:533,0,622
|
|
1 199978310 rs2821354 G A 1122.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.92;MQ0=0;QD=26.11;SB=-601.599;SBQD=4.052;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.7471;VQSLOD=4.0834 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:93.26:1156,93,0
|
|
1 199979909 rs2821353 T G 1360.13 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1330;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.511;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.135;SB=-582.786;SBQD=0.990;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.8838;VQSLOD=5.0709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,48:93:99:1390,0,1298
|
|
1 199981280 . G A 1107.38 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=13.84;ReadPosRankSum=1.534;SB=-534.567;SBQD=0.449;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2611;VQSLOD=4.1442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:1137,0,1293
|
|
1 199981955 rs2816934 T G 1042.34 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.936;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=14.09;ReadPosRankSum=-1.990;SB=-599.770;SBQD=-1.478;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.1985;VQSLOD=4.7112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1072,0,899
|
|
1 199990779 rs2816941 A G 1000.37 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.814;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.099;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-452.481;SBQD=0.966;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.5065;VQSLOD=5.3273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1030,0,764
|
|
1 199994884 rs6427799 A G 1363.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9748;MQ=59.86;MQ0=0;QD=33.26;SB=-632.221;SBQD=3.107;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.5592;VQSLOD=6.4841 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1397,114,0
|
|
1 200062389 rs2737665 G A 2408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.48;MQ0=0;QD=33.92;SB=-1315.604;SBQD=1.014;SBpi=0.1780;SBpiQual=0.1772;VQSLOD=9.3816 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2441,187,0
|
|
1 200088041 rs2737678 C T 1996.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=36.30;SB=-1042.538;SBQD=-0.260;SBpi=-0.0674;SBpiQual=-0.0766;VQSLOD=8.7947 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2029,159,0
|
|
1 200107425 rs2737618 G A 1289.44 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.469;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.831;HRun=0;HaplotypeScore=1.9860;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.244;SB=-620.581;SBQD=-0.899;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5476;VQSLOD=5.3333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,44:85:99:1319,0,1088
|
|
1 200146928 rs2245987 T C 1187.58 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.785;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.171;QD=16.49;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-566.371;SBQD=9.096;SBpi=-0.1543;SBpiQual=0.2886;VQSLOD=5.6364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1218,0,918
|
|
1 200147895 rs2737634 C A 1112.06 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.168;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=1.678;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-591.193;SBQD=-1.485;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.5763;VQSLOD=3.4640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,45:99:99:1142,0,1595
|
|
1 200169054 rs10800677 A T 1158.47 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.363;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-511.532;SBQD=6.195;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.7682;VQSLOD=5.4059 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1188,0,1222
|
|
1 200182654 rs6427805 T C 1249.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.65;MQ0=0;QD=27.77;SB=-627.862;SBQD=0.196;SBpi=0.8199;SBpiQual=0.8912;VQSLOD=5.2366 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1283,102,0
|
|
1 200189524 rs2885822 A C 832.32 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.009;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=11.653;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=13.64;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-295.150;SBQD=8.851;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.6751;VQSLOD=5.8877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:862,0,928
|
|
1 200221769 rs10919862 A G 725.35 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.515;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.142;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.439;SB=-284.793;SBQD=4.315;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.5029;VQSLOD=6.1333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:755,0,907
|
|
1 200226790 rs12024599 C T 1235.11 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.958;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=7.038;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-490.498;SBQD=6.267;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.8688;VQSLOD=5.2356 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:1265,0,1344
|
|
1 200249678 rs34129498 C T 1179.27 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.957;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=8.996;HRun=1;HaplotypeScore=1.7880;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=13.55;ReadPosRankSum=1.375;SB=-632.616;SBQD=-7.059;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0740;VQSLOD=4.9092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:1209,0,1423
|
|
1 200254013 . G A 166.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;DP=33;Dels=0.00;FS=1.752;HRun=2;HaplotypeScore=6.8524;MQ=42.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.502;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.458;SB=-56.473;SBQD=1.488;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4458;VQSLOD=-2.9241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:33:99:196,0,297
|
|
1 200254384 rs12117937 G A 456.19 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.400;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7453;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.402;SB=-234.441;SBQD=1.727;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.1570;VQSLOD=4.4785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:486,0,559
|
|
1 200255600 rs6427813 T G 509.78 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.121;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.975;SB=-289.842;SBQD=0.054;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.0812;VQSLOD=5.0493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:540,0,946
|
|
1 200278949 rs34666405 A G 2717.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.54;MQ0=0;QD=30.20;SB=-1479.718;SBQD=5.120;SBpi=-0.1054;SBpiQual=0.2047;VQSLOD=5.7443 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2751,220,0
|
|
1 200290953 rs12060472 C G 142.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=36.70;MQ0=0;QD=2.38;SB=-809.025;SBQD=0.763;SBpi=0.7746;SBpiQual=0.8872;VQSLOD=0.2583 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:18.03:176,18,0
|
|
1 200291003 . G A 913.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=29.69;MQ0=0;QD=17.57;SB=-702.574;SBQD=3.062;SBpi=0.2774;SBpiQual=0.6041;VQSLOD=3.6002 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:90.20:947,90,0
|
|
1 200311003 rs5025757 G T 280.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.040;DB;DP=64;Dels=0.02;FS=7.116;HRun=0;HaplotypeScore=3.9285;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.701;SB=-306.988;SBQD=6.496;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7939;VQSLOD=0.9145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:311,0,1003
|
|
1 200431253 rs10737571 T C 1734.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.11;MQ0=0;QD=26.69;SB=-813.103;SBQD=-2.954;SBpi=-1.1783;SBpiQual=-1.3904;VQSLOD=4.6329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1768,144,0
|
|
1 200456705 rs10919947 G T 1183.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.3607;MQ=52.54;MQ0=0;QD=28.17;SB=-520.778;SBQD=-10.616;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.5736;VQSLOD=3.7770 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:96.30:1216,96,0
|
|
1 200462133 rs4636495 G A 2102.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=33.90;SB=-968.375;SBQD=-2.226;SBpi=0.7620;SBpiQual=0.6344;VQSLOD=7.4690 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2135,172,0
|
|
1 200474329 . A G 143.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=54;Dels=0.00;FS=1.447;HRun=1;HaplotypeScore=4.0192;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.671;QD=2.67;ReadPosRankSum=-2.275;SB=-46.555;SBQD=-2.005;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5264;VQSLOD=-1.7580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,9:54:99:174,0,1416
|
|
1 200478771 rs4382753 C T 555.98 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.491;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=10.506;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.135;SB=-156.857;SBQD=9.663;SBpi=1.2247;SBpiQual=1.1702;VQSLOD=4.2368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:586,0,698
|
|
1 200481756 rs4335405 T C 917.17 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=5.999;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=12.07;ReadPosRankSum=1.285;SB=-488.480;SBQD=5.727;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3427;VQSLOD=5.7183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:947,0,1243
|
|
1 200519149 rs12131705 C T 733.09 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.989;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=15.033;HRun=1;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-410.325;SBQD=-9.230;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.2478;VQSLOD=4.6346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:763,0,1170
|
|
1 200551306 rs4353125 T C 416.07 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.352;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.626;HRun=1;HaplotypeScore=2.9172;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=7.43;ReadPosRankSum=-2.334;SB=-222.317;SBQD=6.771;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.7590;VQSLOD=1.8570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:446,0,596
|
|
1 200562117 rs10800714 A G 776.74 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.952;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-449.752;SBQD=-5.541;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.5389;VQSLOD=4.8449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:807,0,1406
|
|
1 200577405 rs11580175 C G 1000.30 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-404.860;SBQD=5.283;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.5989;VQSLOD=5.8279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:1030,0,896
|
|
1 200592805 rs10919986 T C 401.66 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.071;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.646;HRun=2;HaplotypeScore=0.9967;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.257;SB=-229.849;SBQD=-3.539;SBpi=-0.2236;SBpiQual=0.0603;VQSLOD=3.8712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:432,0,547
|
|
1 200593169 rs2808253 A C 209.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.551;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=10.357;HRun=2;HaplotypeScore=1.5650;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.489;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.127;SB=-65.081;SBQD=11.812;SBpi=0.7500;SBpiQual=1.0880;VQSLOD=1.3825 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:239,0,861
|
|
1 200636346 rs6427836 T G 1338.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=55.70;MQ0=0;QD=23.91;SB=-990.743;SBQD=1.184;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.2926;VQSLOD=4.5100 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1372,108,0
|
|
1 200640792 rs6656619 T C 1074.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.274;HRun=2;HaplotypeScore=15.9948;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.293;QD=18.21;ReadPosRankSum=1.219;SB=-543.215;SBQD=4.232;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1504;VQSLOD=-5.4846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:1105,0,741
|
|
1 200640881 rs6427837 G T 1976.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=35.29;SB=-879.442;SBQD=-0.882;SBpi=-0.6682;SBpiQual=-0.7520;VQSLOD=8.5530 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2009,156,0
|
|
1 200642089 rs7551006 C T 432.78 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.489;HRun=0;HaplotypeScore=1.9930;MQ=46.62;MQ0=2;MQRankSum=-1.916;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.352;SB=-260.598;SBQD=-2.655;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.5158;VQSLOD=2.7046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:463,0,971
|
|
1 200648439 rs4437908 A G 1059.66 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=2.007;HRun=0;HaplotypeScore=1.9145;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.157;SB=-457.815;SBQD=-1.051;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-0.8061;VQSLOD=5.2956 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1090,0,1001
|
|
1 200651209 rs4489589 A C 2033.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.86;MQ0=0;QD=31.78;SB=-1180.401;SBQD=0.226;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0040;VQSLOD=8.1238 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2067,166,0
|
|
1 200651229 rs4297330 A G 1852.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.34;MQ0=0;QD=27.24;SB=-985.785;SBQD=-1.279;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.2330;VQSLOD=5.8549 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1885,171,0
|
|
1 200652693 rs4498833 A T 2289.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1089.307;SBQD=-0.482;SBpi=0.7276;SBpiQual=0.7200;VQSLOD=9.0128 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2322,181,0
|
|
1 200702338 rs7512279 G A 645.62 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.513;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.065;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=12.18;ReadPosRankSum=1.050;SB=-309.997;SBQD=-3.136;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.3973;VQSLOD=5.8657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:676,0,828
|
|
1 200706636 rs12145140 G T 1054.59 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.002;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=16.48;ReadPosRankSum=-1.088;SB=-405.573;SBQD=3.323;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.7649;VQSLOD=4.9146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:1085,0,751
|
|
1 200722040 rs4915207 T C 1791.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.47;MQ0=0;QD=21.85;SB=-945.274;SBQD=5.496;SBpi=-1.6565;SBpiQual=-1.1715;VQSLOD=2.6474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:1824,162,0
|
|
1 200726579 rs6427855 A G 1615.96 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.202;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=1.719;HRun=0;HaplotypeScore=1.9106;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=16.66;ReadPosRankSum=0.477;SB=-838.054;SBQD=-4.561;SBpi=0.1953;SBpiQual=-0.0977;VQSLOD=5.3452 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,59:97:99:1646,0,1195
|
|
1 200748921 rs6658596 C T 2152.76 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.366;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=2.493;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=18.24;ReadPosRankSum=1.223;SB=-750.381;SBQD=2.043;SBpi=1.3024;SBpiQual=1.3308;VQSLOD=3.8989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,65:118:99:2183,0,1629
|
|
1 200757968 rs7526001 C T 454.39 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.050;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.402;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.492;SB=-356.685;SBQD=-1.261;SBpi=0.1890;SBpiQual=-0.1307;VQSLOD=4.0129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:484,0,359
|
|
1 200767418 . C T 58.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.42;MQ0=21;MQRankSum=2.769;QD=1.25;ReadPosRankSum=2.404;SB=-0.007;SBQD=-4.305;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.2550;VQSLOD=-2.0818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,6:47:88.81:89,0,276
|
|
1 200783153 . T C 441.55 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.021;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-0.007;SBQD=-14.637;SBpi=-2.1213;SBpiQual=-2.2361;VQSLOD=2.5255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:472,0,538
|
|
1 200826769 rs2292096 A G 1075.45 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.704;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-446.553;SBQD=0.836;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7143;VQSLOD=5.5871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1105,0,1411
|
|
1 200829360 . T A 323.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.685;DP=79;Dels=0.00;FS=1.867;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.555;SB=-562.822;SBQD=-3.158;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4673;VQSLOD=0.4501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:353,0,1197
|
|
1 200830990 rs6661980 T G 662.65 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.121;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=4.727;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.121;SB=-152.231;SBQD=7.448;SBpi=1.2792;SBpiQual=1.3444;VQSLOD=5.0550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:693,0,723
|
|
1 200841258 rs6668056 C T 901.58 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.087;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=8.085;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.292;SB=-382.799;SBQD=6.209;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3648;VQSLOD=5.3712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:932,0,1367
|
|
1 200864225 . G A 419.13 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.690;DP=46;Dels=0.00;FS=9.322;HRun=0;HaplotypeScore=2.8913;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.664;SB=-205.012;SBQD=-8.372;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.4033;VQSLOD=2.9293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:449,0,681
|
|
1 200890353 rs296544 G T 619.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.785;DB;DP=65;Dels=0.02;FS=2.043;HRun=8;HaplotypeScore=1.7987;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.828;SB=-406.340;SBQD=1.851;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.1443;VQSLOD=0.9710 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:650,0,1005
|
|
1 200894935 rs11589638 G A 979.24 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.518;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-490.144;SBQD=0.317;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.3950;VQSLOD=5.7258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1009,0,920
|
|
1 200899804 rs7523503 A G 538.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=47.60;MQ0=0;QD=18.57;SB=-234.044;SBQD=0.508;SBpi=1.2070;SBpiQual=0.7350;VQSLOD=3.7512 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:57.07:572,57,0
|
|
1 200904009 rs296515 C T 2928.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9053;MQ=59.49;MQ0=0;QD=32.18;SB=-1199.884;SBQD=3.086;SBpi=1.2055;SBpiQual=1.4253;VQSLOD=6.1277 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2961,235,0
|
|
1 200960307 rs2297909 G A 372.47 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.361;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.944;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.378;SB=-118.856;SBQD=5.567;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.9670;VQSLOD=5.5913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:34:99:402,0,324
|
|
1 200967490 rs10920089 A G 884.95 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.943;HRun=4;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.329;SB=-469.294;SBQD=-3.876;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.5435;VQSLOD=4.3945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:915,0,909
|
|
1 200984022 rs6700264 A G 1345.18 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.320;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=18.18;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-641.863;SBQD=-0.147;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.3468;VQSLOD=5.6253 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,45:74:99:1375,0,844
|
|
1 200989762 rs56409868 C T 740.50 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.883;HRun=1;HaplotypeScore=1.7845;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.052;SB=-287.839;SBQD=-5.037;SBpi=-1.2677;SBpiQual=-1.3405;VQSLOD=3.3261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:72:99:770,0,1154
|
|
1 201051902 rs12737822 C T 853.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.151;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.219;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-281.061;SBQD=-6.911;SBpi=-1.0954;SBpiQual=-1.1437;VQSLOD=3.6169 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:884,0,901
|
|
1 201060051 rs10159326 A G 1061.95 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.126;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=5.323;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.891;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.728;SB=-489.690;SBQD=4.136;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.3995;VQSLOD=5.7347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,39:93:99:1092,0,1759
|
|
1 201065446 rs6427878 C T 2444.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.49;SB=-1075.193;SBQD=0.521;SBpi=0.9948;SBpiQual=1.0830;VQSLOD=7.9750 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2478,193,0
|
|
1 201071884 rs10920115 T G 1094.35 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.672;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=2.654;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.725;SB=-587.633;SBQD=-6.370;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0077;VQSLOD=4.3222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:1124,0,896
|
|
1 201104589 rs1059625 A G 792.68 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.961;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.134;HRun=1;HaplotypeScore=2.7738;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.984;SB=-338.737;SBQD=3.208;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.5972;VQSLOD=3.8797 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:823,0,831
|
|
1 201110963 rs4915486 C T 794.12 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.761;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.102;HRun=0;HaplotypeScore=2.8717;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=14.44;ReadPosRankSum=0.000;SB=-429.930;SBQD=1.432;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.3576;VQSLOD=4.6878 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:55:99:824,0,590
|
|
1 201138034 rs1829997 C G 337.62 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.163;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.216;HRun=0;HaplotypeScore=4.0305;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-162.394;SBQD=1.163;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.2797;VQSLOD=2.3711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:368,0,946
|
|
1 201146810 rs831771 G T 667.15 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9265;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=11.50;ReadPosRankSum=1.059;SB=-315.895;SBQD=-0.005;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.3038;VQSLOD=4.5529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:697,0,951
|
|
1 201155702 rs831756 A G 2112.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3264;MQ=59.40;MQ0=0;QD=30.18;SB=-841.903;SBQD=-7.318;SBpi=-0.8367;SBpiQual=-1.2817;VQSLOD=5.9246 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2146,184,0
|
|
1 201161074 rs6704058 A C 1087.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.07;SB=-295.921;SBQD=-2.988;SBpi=-1.3470;SBpiQual=-1.4423;VQSLOD=6.7919 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:90.25:1120,90,0
|
|
1 201163824 rs1007228 G A 343.52 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.756;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-168.804;SBQD=-4.284;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4829;VQSLOD=5.0529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:374,0,772
|
|
1 201164099 rs1007227 A G 757.27 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=12.530;HRun=3;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-131.808;SBQD=10.809;SBpi=1.5689;SBpiQual=1.6787;VQSLOD=3.8401 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:787,0,1030
|
|
1 201166281 rs7533096 C T 2070.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=30.44;SB=-1254.379;SBQD=0.966;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.1771;VQSLOD=7.9682 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2103,163,0
|
|
1 201166383 rs4915221 G A 1968.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=34.53;SB=-825.697;SBQD=-0.787;SBpi=-0.8609;SBpiQual=-0.9262;VQSLOD=8.2712 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2001,159,0
|
|
1 201170772 rs10157730 A G 2564.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=33.75;SB=-1344.324;SBQD=-0.080;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.2488;VQSLOD=7.6693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2598,211,0
|
|
1 201175274 rs9651057 A G 761.83 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.473;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.933;HRun=2;HaplotypeScore=1.9120;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-342.781;SBQD=-4.458;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.4560;VQSLOD=4.1302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:792,0,1234
|
|
1 201179961 . C T 237.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.715;DP=85;Dels=0.00;FS=37.138;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.18;MQ0=1;MQRankSum=-5.177;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.264;SB=87.248;SBQD=7.171;SBpi=2.4568;SBpiQual=2.8004;VQSLOD=-5.0571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,28:85:99:268,0,1611
|
|
1 201206008 . C G 224.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;DP=127;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=0;HaplotypeScore=4.6823;MQ=14.35;MQ0=36;MQRankSum=2.573;QD=1.77;ReadPosRankSum=4.389;SB=-107.589;SBQD=-0.502;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0450;VQSLOD=-3.0011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,20:127:99:255,0,507
|
|
1 201208392 . G A 1801.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.58;MQ0=5;QD=23.10;SB=-524.678;SBQD=17.638;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.2754;VQSLOD=2.8141 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1835,153,0
|
|
1 201208971 rs55761029 C T 781.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.83;MQ0=0;QD=21.13;SB=-380.150;SBQD=-5.385;SBpi=-1.2330;SBpiQual=-1.4581;VQSLOD=4.2813 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:63.19:815,63,0
|
|
1 201214576 rs4915499 A C 2469.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.96;MQ0=0;QD=35.79;SB=-1230.171;SBQD=0.544;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.2785;VQSLOD=8.6062 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2502,196,0
|
|
1 201219364 rs2096114 G T 2259.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=34.77;SB=-1059.625;SBQD=2.509;SBpi=0.4341;SBpiQual=0.5871;VQSLOD=7.6619 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2293,178,0
|
|
1 201220067 rs10753898 A G 921.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.31;MQ0=0;QD=18.42;SB=-400.149;SBQD=-10.060;SBpi=-1.5556;SBpiQual=-1.9922;VQSLOD=2.8664 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:81.21:954,81,0
|
|
1 201221086 rs10158293 C T 1591.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.16;SB=-725.016;SBQD=-2.962;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.4827;VQSLOD=6.8359 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1624,129,0
|
|
1 201227069 . G A 937.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=122;Dels=0.01;FS=93.620;HRun=1;HaplotypeScore=10.7272;MQ=36.00;MQ0=1;MQRankSum=3.796;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.072;SB=-191.394;SBQD=-22.641;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-1.0862;VQSLOD=-1.7273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,41:122:99:968,0,1560
|
|
1 201238986 rs6666981 T C 2611.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1280.806;SBQD=-2.653;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.4018;VQSLOD=7.8519 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2644,214,0
|
|
1 201246227 rs4915504 C T 1494.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.530;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=30.49;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-632.294;SBQD=1.440;SBpi=0.8660;SBpiQual=1.0543;VQSLOD=7.3589 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1527,120,0
|
|
1 201249949 rs3753974 G A 730.19 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=5.156;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=10.90;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-436.823;SBQD=6.692;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.0965;VQSLOD=4.9766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:760,0,1008
|
|
1 201254259 rs832163 T G 1037.80 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.720;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.851;HRun=0;HaplotypeScore=2.3893;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.854;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-523.597;SBQD=-7.383;SBpi=0.1543;SBpiQual=-0.1512;VQSLOD=3.3255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:1068,0,938
|
|
1 201269708 rs3819802 G A 771.47 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=14.204;HRun=0;HaplotypeScore=1.6120;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.829;SB=-296.696;SBQD=-10.750;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-1.0071;VQSLOD=4.1964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:801,0,838
|
|
1 201290968 rs1779292 T G 1828.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.22;MQ0=0;QD=33.86;SB=-687.966;SBQD=-2.513;SBpi=-1.0887;SBpiQual=-1.2517;VQSLOD=6.6626 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1861,150,0
|
|
1 201292844 rs1543806 C T 1850.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=32.46;SB=-988.970;SBQD=-0.272;SBpi=0.3311;SBpiQual=0.3142;VQSLOD=8.6008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1883,150,0
|
|
1 201295714 rs1779282 T C 2644.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1301.267;SBQD=-2.109;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.1930;VQSLOD=8.8192 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2678,217,0
|
|
1 201306521 rs56069235 G A 683.78 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.252;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5563;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=14.86;ReadPosRankSum=1.533;SB=-373.619;SBQD=1.892;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.4805;VQSLOD=5.0418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:714,0,413
|
|
1 201363613 rs2799673 A T 649.79 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.006;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.085;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.186;SB=-269.694;SBQD=-6.400;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.7694;VQSLOD=3.8408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:680,0,1047
|
|
1 201369248 rs2719177 A G 1205.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6015;MQ=59.49;MQ0=0;QD=26.78;SB=-512.484;SBQD=-9.425;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-1.0557;VQSLOD=4.4242 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:99:1238,108,0
|
|
1 201370586 rs2799683 C T 1556.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.94;SB=-1186.966;SBQD=0.424;SBpi=0.1861;SBpiQual=0.2202;VQSLOD=4.5305 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1589,123,0
|
|
1 201377891 rs2296694 C A 655.26 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.740;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.721;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-406.405;SBQD=-4.093;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2212;VQSLOD=4.8155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:685,0,737
|
|
1 201401534 rs10920195 C G 2124.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=28.71;SB=-1007.023;SBQD=-5.626;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-0.8581;VQSLOD=6.2280 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2158,192,0
|
|
1 201407782 rs6697016 G T 2667.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.11;MQ0=0;QD=36.54;SB=-956.135;SBQD=2.385;SBpi=1.2289;SBpiQual=1.3916;VQSLOD=8.6513 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2700,211,0
|
|
1 201431247 rs10920208 T C 951.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=20.69;SB=-485.191;SBQD=0.705;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.7666;VQSLOD=4.6568 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:96.12:985,96,0
|
|
1 201436636 rs636852 A G 675.66 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.139;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.191;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.330;SB=-296.042;SBQD=1.534;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6220;VQSLOD=5.4723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:706,0,722
|
|
1 201460252 rs7527761 C T 847.38 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=10.943;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=18.83;ReadPosRankSum=0.557;SB=-149.457;SBQD=-14.163;SBpi=-1.7641;SBpiQual=-1.9532;VQSLOD=4.1917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:877,0,481
|
|
1 201486928 rs11586401 T G 2279.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.23;SB=-877.803;SBQD=2.946;SBpi=1.3460;SBpiQual=1.5404;VQSLOD=5.4728 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2313,184,0
|
|
1 201493667 rs2782576 A G 1914.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.35;MQ0=0;QD=27.36;SB=-813.262;SBQD=-7.223;SBpi=-0.9562;SBpiQual=-1.4822;VQSLOD=4.9432 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1948,168,0
|
|
1 201497511 rs11579770 C T 1547.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;QD=27.64;SB=-823.127;SBQD=1.185;SBpi=0.8018;SBpiQual=0.9018;VQSLOD=5.4903 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1581,126,0
|
|
1 201501963 rs34569491 T C 1287.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=51.86;MQ0=0;QD=22.59;SB=-653.994;SBQD=4.051;SBpi=1.1259;SBpiQual=1.3623;VQSLOD=3.1646 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1320,111,0
|
|
1 201531677 rs1762249 A G 1682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.94;MQ0=0;QD=25.89;SB=-772.658;SBQD=-3.066;SBpi=-0.9303;SBpiQual=-1.1832;VQSLOD=3.6661 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1716,153,0
|
|
1 201538699 rs56379160 A G 1063.01 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.789;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.487;SB=-575.991;SBQD=-0.528;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0709;VQSLOD=5.2446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:1093,0,1692
|
|
1 201582281 rs568485 T C 491.75 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.108;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.737;HRun=1;HaplotypeScore=2.3548;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.450;SB=-220.018;SBQD=-4.506;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.8704;VQSLOD=3.4031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:522,0,1173
|
|
1 201606013 rs12566163 A T 1203.53 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=8.651;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.962;QD=17.70;ReadPosRankSum=1.117;SB=-623.970;SBQD=-6.425;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.2394;VQSLOD=5.6240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,42:68:99:1234,0,775
|
|
1 201616627 rs7364578 G A 1397.08 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.018;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.283;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.290;SB=-598.791;SBQD=-4.084;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.6627;VQSLOD=6.0709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1427,0,1059
|
|
1 201623215 rs967392 C A 1115.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87;SB=-270.663;SBQD=-1.550;SBpi=-1.7748;SBpiQual=-1.8177;VQSLOD=6.3108 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:90.28:1149,90,0
|
|
1 201629495 . A G 408.25 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;DP=38;Dels=0.00;FS=15.255;HRun=2;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.672;SB=-271.644;SBQD=-10.874;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.0545;VQSLOD=3.2490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:438,0,487
|
|
1 201646990 rs61821682 T C 937.25 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.794;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-477.482;SBQD=-0.464;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2481;VQSLOD=5.9032 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:967,0,1034
|
|
1 201649262 rs1267122 G A 2446.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.12;MQ0=0;QD=34.46;SB=-1179.524;SBQD=0.230;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.5808;VQSLOD=7.9719 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2480,199,0
|
|
1 201675136 rs6427918 T C 2257.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.69;SB=-686.069;SBQD=6.115;SBpi=1.4049;SBpiQual=1.8175;VQSLOD=6.9580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2291,196,0
|
|
1 201716651 rs10158381 C T 877.74 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.341;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.897;HRun=0;HaplotypeScore=3.4840;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=14.39;ReadPosRankSum=1.371;SB=-358.362;SBQD=-0.687;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.5682;VQSLOD=3.7475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:61:99:908,0,925
|
|
1 201726545 rs239977 T C 1286.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.38;SB=-579.729;SBQD=12.375;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.7254;VQSLOD=5.4661 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1320,114,0
|
|
1 201732694 rs7535989 T G 608.36 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.905;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.564;SB=-352.745;SBQD=-1.287;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0265;VQSLOD=5.6368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:51:99:638,0,658
|
|
1 201767249 rs7551784 C T 804.36 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.988;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.261;HRun=0;HaplotypeScore=1.9125;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=11.66;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-440.688;SBQD=2.738;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.1901;VQSLOD=5.6586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:834,0,1032
|
|
1 201783489 rs2176481 A C 1663.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=26.9750;MQ=59.19;MQ0=0;QD=29.19;SB=-860.826;SBQD=-0.557;SBpi=-0.4636;SBpiQual=-0.5427;VQSLOD=-18.3729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1697,138,0
|
|
1 201784151 rs2494116 G A 366.24 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.113;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.649;HRun=1;HaplotypeScore=1.7480;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.286;SB=-359.241;SBQD=-2.045;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.2252;VQSLOD=2.8906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:396,0,330
|
|
1 201805042 . A G 1673.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=53.31;MQ0=0;QD=30.42;SB=-749.695;SBQD=0.292;SBpi=-1.0113;SBpiQual=-1.0158;VQSLOD=5.5571 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1706,144,0
|
|
1 201818681 rs2644108 T C 3273.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=36.37;SB=-1613.249;SBQD=0.428;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3652;VQSLOD=8.5747 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3273,256,0
|
|
1 201827919 . C G 918.90 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;DP=66;Dels=0.00;FS=0.938;HRun=0;HaplotypeScore=1.9775;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.148;SB=-504.689;SBQD=0.942;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1219;VQSLOD=3.9713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:949,0,989
|
|
1 201851492 rs2644134 A G 1792.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.47;MQ0=0;QD=30.90;SB=-851.585;SBQD=-8.217;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.6634;VQSLOD=5.6343 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1825,156,0
|
|
1 201856256 rs2644135 C G 2824.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.26;MQ0=0;QD=34.44;SB=-1390.559;SBQD=0.167;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.3858;VQSLOD=8.5334 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2857,232,0
|
|
1 201858887 rs7539696 C T 1206.36 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.686;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.312;SB=-571.864;SBQD=-4.678;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.6071;VQSLOD=5.1897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1236,0,1018
|
|
1 201870715 rs6673206 T C 53.61 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=2.341;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=33.69;MQ0=0;MQRankSum=1.408;QD=4.87;ReadPosRankSum=2.181;SB=-57.849;SBQD=-2.587;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2240;VQSLOD=2.5522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:83.60:84,0,113
|
|
1 201873143 rs35349183 A G 622.99 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.649;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8730;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-306.317;SBQD=-0.713;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.7388;VQSLOD=4.5869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:653,0,912
|
|
1 201874712 rs7528681 G A 922.35 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-375.641;SBQD=2.282;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8899;VQSLOD=5.8643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:952,0,865
|
|
1 201885142 rs2819350 A G 1635.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.61;MQ0=0;QD=27.72;SB=-968.772;SBQD=-7.160;SBpi=0.3255;SBpiQual=-0.1829;VQSLOD=5.8358 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1669,147,0
|
|
1 201900762 . A G 832.33 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.054;DP=67;Dels=0.00;FS=0.954;HRun=1;HaplotypeScore=2.9752;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-465.667;SBQD=-3.672;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.3614;VQSLOD=2.2507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:862,0,826
|
|
1 201908597 rs10800799 C T 860.87 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.105;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-404.626;SBQD=-6.171;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.3687;VQSLOD=6.4187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:64:99:891,0,984
|
|
1 201908678 rs2820300 A G 1237.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.95;MQ0=0;QD=18.75;SB=-891.751;SBQD=-4.710;SBpi=-0.6155;SBpiQual=-0.9791;VQSLOD=5.7028 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1270,114,0
|
|
1 201943397 . T C 1170.63 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;DP=68;Dels=0.00;FS=4.778;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=17.22;ReadPosRankSum=1.921;SB=-491.019;SBQD=-5.438;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5802;VQSLOD=4.0495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:1201,0,951
|
|
1 201950038 rs7529387 G A 760.50 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.793;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=12.188;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-392.996;SBQD=8.165;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.0388;VQSLOD=5.1586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:790,0,1033
|
|
1 201953095 rs4950747 C G 786 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=8.222;HRun=0;HaplotypeScore=3.3864;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.292;SB=-196.686;SBQD=9.062;SBpi=1.2509;SBpiQual=1.2810;VQSLOD=3.3776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:816,0,708
|
|
1 201953994 rs12059693 A G 676.65 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.377;HRun=3;HaplotypeScore=3.8953;MQ=45.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.316;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.011;SB=-414.676;SBQD=0.941;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3014;VQSLOD=1.5485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:75:99:707,0,810
|
|
1 201954824 rs6702334 T A 1046.04 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.926;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=14.33;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-511.108;SBQD=-3.060;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4772;VQSLOD=4.7952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1076,0,1086
|
|
1 201957760 rs7535446 C A 893.21 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.712;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=21.79;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-386.727;SBQD=-2.489;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.6004;VQSLOD=3.8303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:41:99:923,0,327
|
|
1 201964088 rs6680611 A G 1067.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.13;MQ0=0;QD=26.04;SB=-174.111;SBQD=10.138;SBpi=2.1083;SBpiQual=2.1044;VQSLOD=2.9637 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1101,105,0
|
|
1 201964553 rs6427926 A G 1880.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.88;MQ0=0;QD=33.57;SB=-899.867;SBQD=1.282;SBpi=0.4009;SBpiQual=0.4264;VQSLOD=8.3207 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1913,156,0
|
|
1 201981862 rs2819362 T C 271.91 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.449;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-198.590;SBQD=0.929;SBpi=-0.7638;SBpiQual=-0.5386;VQSLOD=3.3079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:302,0,209
|
|
1 202045541 rs12724599 C T 1201.93 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.443;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.520;HRun=0;HaplotypeScore=2.5979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=16.46;ReadPosRankSum=0.095;SB=-624.276;SBQD=-5.214;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.1993;VQSLOD=5.0995 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:1232,0,699
|
|
1 202057420 rs56057261 G A 659.99 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-383.194;SBQD=-5.526;SBpi=0.2694;SBpiQual=-0.1174;VQSLOD=4.9734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:690,0,711
|
|
1 202068622 rs7529807 A T 2052.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=11.7306;MQ=58.43;MQ0=0;QD=24.73;SB=-1335.216;SBQD=-1.157;SBpi=-0.6037;SBpiQual=-0.7366;VQSLOD=-5.0353 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2086,163,0
|
|
1 202111945 rs60471116 C T 481.16 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.041;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.115;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.474;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-274.248;SBQD=2.722;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.4231;VQSLOD=5.1526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:511,0,758
|
|
1 202113198 rs56027245 G A 33.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.174;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=3.590;HRun=0;HaplotypeScore=2.6921;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=1.76;ReadPosRankSum=-3.079;SB=-33.976;SBQD=-4.958;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-1.0102;VQSLOD=-1.6776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:54.41:64,0,54
|
|
1 202137318 rs4950831 A G 692.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;QD=21.66;SB=-445.090;SBQD=6.135;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2196;VQSLOD=4.0214 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:60.16:726,60,0
|
|
1 202138091 rs12739577 C A 313.99 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4380;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.885;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-277.279;SBQD=2.533;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.1772;VQSLOD=3.1149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:344,0,490
|
|
1 202154366 rs7540434 G A 599.86 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.084;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.201;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-323.569;SBQD=0.171;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.4474;VQSLOD=6.1531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:630,0,295
|
|
1 202171044 rs3010095 A G 1216.67 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=10.203;HRun=2;HaplotypeScore=2.4441;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.434;SB=-404.464;SBQD=9.472;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.2312;VQSLOD=2.9991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:1247,0,872
|
|
1 202174423 . C T 101.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.431;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=29.0271;MQ=18.48;MQ0=25;MQRankSum=0.684;QD=2.25;ReadPosRankSum=2.963;SB=-0.007;SBQD=9.716;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.7889;VQSLOD=-19.9950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,11:45:12.03:134,12,0
|
|
1 202177371 rs12023446 G A 788.96 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=15.47;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-298.289;SBQD=0.044;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.8436;VQSLOD=5.3768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:819,0,642
|
|
1 202193981 rs2993437 C T 802.21 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.472;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=3.997;HRun=0;HaplotypeScore=1.7256;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=15.73;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-311.177;SBQD=7.582;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.7703;VQSLOD=5.5616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:832,0,614
|
|
1 202196121 rs4245706 G A 1017.80 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.151;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.151;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.090;QD=15.90;ReadPosRankSum=1.386;SB=-459.610;SBQD=-1.791;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.4820;VQSLOD=5.2457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:1048,0,711
|
|
1 202202490 rs2361451 G A 628.57 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.556;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.917;SB=-367.380;SBQD=0.715;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.2110;VQSLOD=4.5021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:63:99:659,0,882
|
|
1 202263155 rs788819 A G 1231.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8835;MQ=59.60;MQ0=0;QD=21.61;SB=-799.323;SBQD=2.822;SBpi=0.0662;SBpiQual=0.1465;VQSLOD=3.6718 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1265,117,0
|
|
1 202266164 rs788828 C A 2157.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.67;MQ0=0;QD=31.26;SB=-1110.492;SBQD=-0.157;SBpi=0.6621;SBpiQual=0.7112;VQSLOD=6.7587 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2190,172,0
|
|
1 202278708 rs705764 G A 1912.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-856.770;SBQD=1.113;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.0449;VQSLOD=6.9838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1946,153,0
|
|
1 202285868 rs788797 G A 2164.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.69;MQ0=0;QD=28.86;SB=-1381.948;SBQD=-1.066;SBpi=-0.0577;SBpiQual=-0.1367;VQSLOD=4.0098 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2197,175,0
|
|
1 202287537 rs788794 G A 312.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.13;MQ0=0;QD=12.49;SB=-194.661;SBQD=-9.616;SBpi=-1.1000;SBpiQual=-1.3215;VQSLOD=5.1956 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:30.06:345,30,0
|
|
1 202310604 . G A 43.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=27.65;MQ0=1;MQRankSum=-0.296;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.731;SB=-21.407;SBQD=-2.557;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3465;VQSLOD=1.3159 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:73.23:73,0,172
|
|
1 202314199 rs6685373 C G 2594.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.36;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1176.057;SBQD=1.425;SBpi=-0.6437;SBpiQual=-0.5498;VQSLOD=8.0875 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2628,211,0
|
|
1 202322757 rs6659463 T A 118.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.155;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=6.267;HRun=0;HaplotypeScore=14.9771;MQ=53.23;MQ0=1;MQRankSum=0.485;QD=2.19;ReadPosRankSum=3.804;SB=-235.602;SBQD=-8.252;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8185;VQSLOD=-4.5291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:148,0,153
|
|
1 202340165 rs12139911 T A 727.85 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=9.3949;MQ=55.22;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=18.20;ReadPosRankSum=-0.890;SB=-285.615;SBQD=20.161;SBpi=0.4003;SBpiQual=1.0634;VQSLOD=1.4909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:40:63.14:761,63,0
|
|
1 202363984 rs2741846 T C 2662.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.11;MQ0=0;QD=34.57;SB=-914.616;SBQD=-0.817;SBpi=1.6524;SBpiQual=1.7323;VQSLOD=7.0202 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2695,217,0
|
|
1 202453155 rs7534086 G T 2678.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.52;MQ0=0;QD=36.19;SB=-1418.733;SBQD=-1.512;SBpi=0.1162;SBpiQual=-0.0072;VQSLOD=7.8707 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2711,211,0
|
|
1 202503077 rs7518415 C T 2882.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=47.34;MQ0=0;QD=33.92;SB=-1478.074;SBQD=3.435;SBpi=-0.3796;SBpiQual=-0.3461;VQSLOD=7.5552 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2916,235,0
|
|
1 202518291 rs7532835 C G 1825.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=54.73;MQ0=0;QD=32.02;SB=-975.522;SBQD=1.830;SBpi=-0.3311;SBpiQual=-0.2316;VQSLOD=6.6264 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1858,150,0
|
|
1 202518950 rs10800839 A G 1842.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5810;MQ=54.36;MQ0=0;QD=30.20;SB=-1081.730;SBQD=4.352;SBpi=-0.1921;SBpiQual=0.1149;VQSLOD=4.6680 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1875,153,0
|
|
1 202531366 rs1890875 A G 2388.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.62;SB=-927.802;SBQD=2.236;SBpi=1.0233;SBpiQual=1.1953;VQSLOD=8.5050 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2422,193,0
|
|
1 202548822 rs967677 C T 2009.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5757;MQ=59.39;MQ0=0;QD=32.95;SB=-991.864;SBQD=1.365;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.6938;VQSLOD=6.6102 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2043,159,0
|
|
1 202553896 . A G 815.99 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;DP=73;Dels=0.00;FS=0.891;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.289;QD=11.18;ReadPosRankSum=1.557;SB=-409.270;SBQD=-2.490;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3835;VQSLOD=4.6469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:846,0,1277
|
|
1 202577078 rs12029155 A G 3618.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.99;MQ0=0;QD=31.47;SB=-1928.039;SBQD=-6.644;SBpi=0.6994;SBpiQual=0.0277;VQSLOD=6.4651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:3618,316,0
|
|
1 202577386 rs805958 G A 3142.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.17;MQ0=0;QD=32.40;SB=-1569.808;SBQD=1.420;SBpi=-0.7615;SBpiQual=-0.6541;VQSLOD=6.0851 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3176,253,0
|
|
1 202590813 rs805961 C T 1762.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=27.97;ReadPosRankSum=0.866;SB=-793.481;SBQD=-3.793;SBpi=1.0160;SBpiQual=0.8229;VQSLOD=5.5169 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:63:99:1795,153,0
|
|
1 202609422 rs7520131 C T 532.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.48;SB=-0.007;SBQD=35.478;SBpi=1.9365;SBpiQual=2.0636;VQSLOD=7.0941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:565,45,0
|
|
1 202643007 rs4950866 A G 550.79 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.779;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.026;SB=-205.979;SBQD=0.490;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.5612;VQSLOD=5.3992 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:51:99:581,0,860
|
|
1 202654442 rs10920454 C T 1035.53 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.370;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-596.549;SBQD=3.111;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1582;VQSLOD=5.8340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:1066,0,636
|
|
1 202665906 . C T 1457.72 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.220;DP=78;Dels=0.00;FS=6.130;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.820;QD=18.69;ReadPosRankSum=1.613;SB=-752.574;SBQD=4.656;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.3858;VQSLOD=2.0823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,49:78:99:1488,0,832
|
|
1 202723170 rs4478871 C G 962.18 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.953;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=10.755;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.212;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.625;SB=-522.222;SBQD=3.886;SBpi=0.8847;SBpiQual=0.5451;VQSLOD=4.7945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:992,0,1137
|
|
1 202728906 rs6427964 A G 1291.75 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.558;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.985;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.650;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.348;SB=-603.707;SBQD=3.202;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.3562;VQSLOD=5.1208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1322,0,948
|
|
1 202734258 rs7553366 T C 729.44 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.969;HRun=0;HaplotypeScore=4.4575;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.291;SB=-443.194;SBQD=2.215;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0927;VQSLOD=3.4362 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:759,0,838
|
|
1 202739602 rs4950952 A G 1347.95 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-610.523;SBQD=0.167;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.7144;VQSLOD=5.6432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:106:99:1378,0,1789
|
|
1 202745429 rs4950946 A C 784.76 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.935;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.245;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.423;SB=-413.227;SBQD=2.901;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2369;VQSLOD=5.8775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:815,0,912
|
|
1 202798831 rs11577827 C T 160.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.234;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9523;MQ=51.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.176;SB=2.974;SBQD=6.066;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.7630;VQSLOD=1.3185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:28:99:191,0,554
|
|
1 202811638 rs13374905 C T 2382.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.33;MQ0=0;QD=34.53;SB=-1036.596;SBQD=-0.214;SBpi=0.9029;SBpiQual=0.9781;VQSLOD=6.4455 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2415,187,0
|
|
1 202819238 rs35847908 A T 1545.19 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.188;QD=24.53;ReadPosRankSum=2.210;SB=-713.619;SBQD=-4.172;SBpi=0.6181;SBpiQual=0.6865;VQSLOD=2.0691 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:63:99:1578,135,0
|
|
1 202819242 rs4999623 A T 1354.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.263;QD=22.20;ReadPosRankSum=3.906;SB=-623.213;SBQD=-4.368;SBpi=0.9102;SBpiQual=0.7848;VQSLOD=1.0705 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,51:61:99:1387,123,0
|
|
1 202820077 rs4950950 C A 2675.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.53;MQ0=0;QD=33.87;SB=-1274.567;SBQD=3.637;SBpi=-0.7313;SBpiQual=-0.5043;VQSLOD=7.2456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2709,217,0
|
|
1 202838060 rs9662258 T C 938.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.35;MQ0=0;QD=15.90;SB=-844.242;SBQD=6.799;SBpi=-0.1953;SBpiQual=0.2436;VQSLOD=5.2460 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:90.18:971,90,0
|
|
1 202839658 rs12404456 G T 690.86 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.127;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.936;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-428.938;SBQD=-2.002;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6170;VQSLOD=3.5042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:721,0,1214
|
|
1 202940553 rs7553936 T C 1081.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9000;MQ=54.82;MQ0=0;QD=22.52;SB=-637.758;SBQD=9.462;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.5326;VQSLOD=2.8211 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:96.27:1114,96,0
|
|
1 202949462 rs2185780 C T 2471.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.34;SB=-1177.513;SBQD=-0.648;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.4354;VQSLOD=8.4727 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2504,199,0
|
|
1 202952452 rs1418446 G A 3912.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=37.27;SB=-1649.078;SBQD=1.315;SBpi=0.9271;SBpiQual=1.1277;VQSLOD=7.9981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3913,301,0
|
|
1 202952827 rs2995368 A T 2860.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1406.389;SBQD=0.024;SBpi=-0.3397;SBpiQual=-0.3535;VQSLOD=8.6634 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2894,223,0
|
|
1 202954640 rs1166551 A G 1876.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=56.67;MQ0=0;QD=28.86;SB=-880.387;SBQD=-5.616;SBpi=-0.4341;SBpiQual=-0.9640;VQSLOD=6.5354 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1909,171,0
|
|
1 202969682 rs1690829 C T 2085.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.74;MQ0=0;QD=31.13;SB=-1063.527;SBQD=0.558;SBpi=-0.4276;SBpiQual=-0.5251;VQSLOD=7.6718 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2119,184,0
|
|
1 202983294 rs11582753 G A 1103.69 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.550;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.639;HRun=0;HaplotypeScore=1.9962;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.356;SB=-571.485;SBQD=-5.207;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.0583;VQSLOD=5.9986 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:1134,0,1334
|
|
1 203002547 rs782798 G A 939.66 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.371;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=15.66;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-449.637;SBQD=0.167;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3960;VQSLOD=4.0332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:970,0,862
|
|
1 203006098 rs782803 A G 438.81 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.494;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-260.542;SBQD=-0.548;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.4066;VQSLOD=4.8659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:469,0,1146
|
|
1 203026412 rs55879105 G A 861.52 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.711;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.736;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=15.11;ReadPosRankSum=1.778;SB=-384.998;SBQD=4.902;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.4041;VQSLOD=4.9822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:892,0,795
|
|
1 203027021 rs10920555 G A 782.38 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.644;SB=-480.216;SBQD=0.166;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2771;VQSLOD=5.3670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:812,0,1168
|
|
1 203041492 rs4950915 T C 817.83 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.056;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.095;HRun=1;HaplotypeScore=1.9931;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=10.90;ReadPosRankSum=2.111;SB=-370.476;SBQD=5.435;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.6549;VQSLOD=3.3156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:848,0,1106
|
|
1 203046779 rs3737879 C T 578.69 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.392;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.463;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-268.292;SBQD=5.432;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3877;VQSLOD=5.4572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:609,0,708
|
|
1 203077799 rs10920565 A G 2468.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;QD=30.47;SB=-1012.739;SBQD=-6.946;SBpi=-0.9444;SBpiQual=-1.5078;VQSLOD=5.9701 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2501,211,0
|
|
1 203113191 rs7526646 A G 1786.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4646;MQ=56.18;MQ0=0;QD=29.29;SB=-708.894;SBQD=4.314;SBpi=1.2164;SBpiQual=1.4493;VQSLOD=4.7685 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1820,147,0
|
|
1 203115403 rs10399916 T A 2367 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.9323;MQ=57.23;MQ0=0;QD=33.81;SB=-838.461;SBQD=3.106;SBpi=1.3148;SBpiQual=1.5654;VQSLOD=1.2833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2400,196,0
|
|
1 203120143 rs1845466 G T 2604.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=31.38;SB=-1354.951;SBQD=-0.914;SBpi=-0.6037;SBpiQual=-0.6607;VQSLOD=7.4378 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2637,205,0
|
|
1 203127611 rs1587053 T C 1903.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.99;SB=-892.520;SBQD=0.278;SBpi=-0.6682;SBpiQual=-0.6736;VQSLOD=8.1452 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1937,150,0
|
|
1 203154094 rs10920578 C T 2192.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1123.073;SBQD=-1.542;SBpi=-0.0640;SBpiQual=-0.1960;VQSLOD=8.3846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2226,175,0
|
|
1 203157873 rs946261 C T 2160.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.65;MQ0=0;QD=33.25;SB=-1066.503;SBQD=-1.428;SBpi=-0.4341;SBpiQual=-0.5197;VQSLOD=8.1075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2194,172,0
|
|
1 203168474 rs2153101 A T 2532.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.06;SB=-1432.109;SBQD=0.809;SBpi=-0.2813;SBpiQual=-0.2214;VQSLOD=7.4541 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2566,202,0
|
|
1 203208696 rs10920589 G T 1240.32 PASS AB=0.29;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.101;QD=21.38;ReadPosRankSum=0.171;SB=-579.848;SBQD=-0.581;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5484;VQSLOD=3.3310 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,41:58:99:1270,0,484
|
|
1 203223810 rs12404572 A T 1044.95 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.159;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.722;HRun=2;HaplotypeScore=1.9566;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.004;SB=-416.004;SBQD=5.049;SBpi=1.3568;SBpiQual=1.4505;VQSLOD=3.8444 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:1075,0,985
|
|
1 203241427 rs17533379 C A 1410.18 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.228;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.288;HRun=1;HaplotypeScore=1.8824;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=19.86;ReadPosRankSum=0.173;SB=-735.776;SBQD=-2.702;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.1721;VQSLOD=4.0699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,45:71:99:1440,0,744
|
|
1 203269052 rs4997983 A G 1404.79 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=5.6717;MQ=59.26;MQ0=0;QD=23.41;SB=-1017.499;SBQD=-4.742;SBpi=0.2582;SBpiQual=-0.0211;VQSLOD=1.9586 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1438,120,0
|
|
1 203271930 rs12136280 G T 715.18 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.588;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=5.131;HRun=0;HaplotypeScore=1.9783;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=0.816;QD=10.52;ReadPosRankSum=-2.360;SB=-235.831;SBQD=-5.491;SBpi=-1.2070;SBpiQual=-1.3022;VQSLOD=3.7043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:745,0,1205
|
|
1 203274536 rs6682221 C A 130.63 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-57.538;SBQD=11.348;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7529;VQSLOD=5.3280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:161,0,143
|
|
1 203284229 rs7528004 A G 668.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.78;MQ0=0;QD=24.76;SB=-458.688;SBQD=-6.589;SBpi=0.2887;SBpiQual=-0.0576;VQSLOD=4.6232 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:63.16:701,63,0
|
|
1 203318731 rs10753939 T C 2291.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.74;SB=-1186.516;SBQD=-0.198;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.3103;VQSLOD=6.9349 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2325,193,0
|
|
1 203325683 rs10737586 C T 2671.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.7280;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.642;QD=34.69;ReadPosRankSum=0.607;SB=-1414.423;SBQD=-3.187;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.0445;VQSLOD=4.7226 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2705,214,0
|
|
1 203328554 rs10753940 G T 3955.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=36.97;SB=-1663.848;SBQD=0.352;SBpi=1.0151;SBpiQual=1.1283;VQSLOD=8.7114 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:3955,307,0
|
|
1 203330876 rs6668579 C A 1709.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.0641;MQ=59.57;MQ0=0;QD=31.66;SB=-685.409;SBQD=-6.252;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.9228;VQSLOD=6.4951 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1743,141,0
|
|
1 203344603 rs11578869 A G 1473.59 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.379;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=3.595;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.100;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.183;SB=-716.610;SBQD=-2.735;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.1654;VQSLOD=6.1160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:1504,0,1843
|
|
1 203356007 rs4391719 A G 923.58 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.898;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.023;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=13.01;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-374.815;SBQD=-2.882;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.8491;VQSLOD=3.6768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:954,0,1255
|
|
1 203357027 rs10800920 T C 1547.80 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.695;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.771;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=15.96;ReadPosRankSum=1.636;SB=-650.370;SBQD=-0.294;SBpi=0.7702;SBpiQual=0.8655;VQSLOD=3.8278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:1578,0,1484
|
|
1 203376218 rs55741360 T C 1259.58 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.030;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.937;HRun=1;HaplotypeScore=1.9966;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=16.79;ReadPosRankSum=1.428;SB=-520.726;SBQD=-1.211;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7552;VQSLOD=3.5900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1290,0,1079
|
|
1 203424547 rs2794458 T C 1080.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.95;MQ0=0;QD=27.02;SB=-596.912;SBQD=-2.465;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.2625;VQSLOD=4.5099 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93.26:1114,93,0
|
|
1 203491392 rs4971212 T G 1863.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.05;SB=-955.390;SBQD=-2.282;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-0.6269;VQSLOD=6.5117 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1896,153,0
|
|
1 203496144 rs28453704 A C 786.19 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.522;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=10.21;ReadPosRankSum=2.155;SB=-466.478;SBQD=0.697;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.6757;VQSLOD=3.6966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:816,0,871
|
|
1 203548745 rs17661331 A G 457.22 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.732;HRun=1;HaplotypeScore=2.2455;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-317.536;SBQD=-4.909;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0742;VQSLOD=3.5460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:487,0,1083
|
|
1 203571295 rs2798632 A G 541.65 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.581;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=6.282;HRun=1;HaplotypeScore=2.5450;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.136;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.086;SB=-327.573;SBQD=2.440;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.1118;VQSLOD=3.0344 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:80:99:572,0,1186
|
|
1 203581314 rs12739812 T G 1864.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.69;MQ0=1;QD=28.69;SB=-1028.293;SBQD=3.234;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.2357;VQSLOD=5.4109 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1898,162,0
|
|
1 203617391 rs7540131 T A 2385.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.01;MQ0=0;QD=33.60;SB=-1326.313;SBQD=0.832;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.1411;VQSLOD=8.8639 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2419,193,0
|
|
1 203631247 rs4245722 T G 1701.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.66;MQ0=0;QD=28.84;SB=-833.314;SBQD=4.724;SBpi=0.4557;SBpiQual=0.7513;VQSLOD=5.4867 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1734,144,0
|
|
1 203641132 rs10900574 G C 1209.09 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.097;HRun=0;HaplotypeScore=2.3117;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=15.11;ReadPosRankSum=2.281;SB=-551.074;SBQD=-4.845;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4224;VQSLOD=4.6457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1239,0,913
|
|
1 203724163 rs61825658 C T 694.76 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.755;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=55.02;MQ0=1;MQRankSum=0.686;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.490;SB=-377.381;SBQD=0.820;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4542;VQSLOD=5.7370 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:725,0,614
|
|
1 203730115 rs28683703 G A 551.96 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.045;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=58.09;MQ0=1;MQRankSum=-0.153;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.913;SB=-246.560;SBQD=-3.213;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.6399;VQSLOD=4.6625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:582,0,578
|
|
1 203738765 rs4951180 T C 726.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.90;MQ0=0;QD=24.21;SB=-0.007;SBQD=-29.555;SBpi=-2.7386;SBpiQual=-2.5544;VQSLOD=2.6134 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:75.14:759,75,0
|
|
1 203764338 rs3737971 C G 1846.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=29.79;SB=-697.307;SBQD=-8.066;SBpi=-1.0160;SBpiQual=-1.5535;VQSLOD=6.5388 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1880,162,0
|
|
1 203778338 rs6699480 T C 507.25 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=6.133;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.434;SB=-377.913;SBQD=-3.299;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2310;VQSLOD=3.9233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:537,0,512
|
|
1 203785948 rs12118237 C T 1062.17 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.999;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.921;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.613;SB=-407.413;SBQD=-3.135;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-1.0164;VQSLOD=5.2109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1092,0,1059
|
|
1 203791160 . C T 682.48 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DP=66;Dels=0.00;FS=3.601;HRun=0;HaplotypeScore=3.1570;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.212;SB=-458.181;SBQD=3.485;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.6006;VQSLOD=2.9009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:712,0,629
|
|
1 203793652 rs6658514 C A 1348.22 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.129;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=9.064;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.523;SB=-427.471;SBQD=8.836;SBpi=1.4162;SBpiQual=1.4698;VQSLOD=4.3228 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,45:72:99:1378,0,725
|
|
1 203810763 . T C 88.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.926;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.56;MQ0=2;MQRankSum=-2.767;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.028;SB=-0.007;SBQD=-4.414;SBpi=-1.7321;SBpiQual=-1.6228;VQSLOD=-2.6925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:119,0,268
|
|
1 203834715 rs6421775 A G 2022.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=31.12;SB=-970.362;SBQD=-6.833;SBpi=-0.1861;SBpiQual=-0.6996;VQSLOD=7.0802 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2056,177,0
|
|
1 203838099 rs7533264 G A 2384.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.92;MQ0=0;QD=28.06;SB=-1317.595;SBQD=-1.626;SBpi=-0.5966;SBpiQual=-0.6983;VQSLOD=6.3356 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2418,199,0
|
|
1 203844835 rs4951278 C T 1753.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=32.48;SB=-981.492;SBQD=-3.735;SBpi=0.1361;SBpiQual=-0.1143;VQSLOD=7.9313 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1787,147,0
|
|
1 203845774 rs56292829 G A 1336.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.473;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=4.230;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=1.599;QD=14.85;ReadPosRankSum=1.195;SB=-395.272;SBQD=-6.196;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.4227;VQSLOD=4.9387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:1367,0,1404
|
|
1 203869710 . G T 413.39 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.050;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8441;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.268;SB=-84.918;SBQD=2.029;SBpi=1.1619;SBpiQual=1.3663;VQSLOD=2.9161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:443,0,262
|
|
1 203885608 rs56029935 C T 626.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.287;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.889;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.571;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.245;SB=-378.359;SBQD=-4.729;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4132;VQSLOD=1.1575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:657,0,981
|
|
1 203891159 rs11240627 C T 1857.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.7472;MQ=58.00;MQ0=0;QD=33.17;SB=-843.132;SBQD=-0.198;SBpi=0.8018;SBpiQual=0.8305;VQSLOD=3.3517 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1890,150,0
|
|
1 203898362 rs2796365 T G 852.39 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.512;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.084;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.681;SB=-250.466;SBQD=-0.229;SBpi=-1.1339;SBpiQual=-1.2623;VQSLOD=4.8624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:882,0,1168
|
|
1 203899076 rs10793747 T G 1251.39 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.922;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=17.63;ReadPosRankSum=0.506;SB=-567.433;SBQD=-0.406;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5854;VQSLOD=5.4673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1281,0,903
|
|
1 203923022 rs9438409 A C 2467.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.36;MQ0=0;QD=34.27;SB=-1219.548;SBQD=-1.783;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.4201;VQSLOD=7.5967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2501,202,0
|
|
1 203923760 rs28595337 C T 1420.74 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.024;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8863;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=15.79;ReadPosRankSum=1.385;SB=-756.043;SBQD=-1.075;SBpi=-0.2100;SBpiQual=-0.3554;VQSLOD=4.4102 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:1451,0,979
|
|
1 203924137 . T C 1339.77 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DP=69;Dels=0.00;FS=6.764;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=19.42;ReadPosRankSum=1.142;SB=-537.485;SBQD=-6.967;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.8689;VQSLOD=4.1781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,44:69:99:1370,0,688
|
|
1 203932891 rs2096195 T C 1150.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.174;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.224;HRun=0;HaplotypeScore=2.7873;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-527.863;SBQD=-4.170;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.4693;VQSLOD=5.0998 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1181,0,1194
|
|
1 203941280 rs2810633 C G 1288.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.61;MQ0=0;QD=28.00;SB=-699.711;SBQD=-6.387;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.2317;VQSLOD=5.5050 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1321,120,0
|
|
1 203959769 rs6685962 T C 2149.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.12;MQ0=0;QD=29.85;SB=-1076.131;SBQD=-4.962;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.4923;VQSLOD=6.3654 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:2182,180,0
|
|
1 203966349 . G A 136.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.3092;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=3.292;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.912;SB=-120.542;SBQD=-2.808;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.0804;VQSLOD=-1.4903 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:45:99:167,0,295
|
|
1 203968185 . G A 684.26 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.055;DP=49;Dels=0.00;FS=4.348;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.471;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-182.276;SBQD=-7.557;SBpi=-1.1468;SBpiQual=-1.2228;VQSLOD=3.8777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:714,0,765
|
|
1 203970536 rs56354187 G T 1017.84 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.056;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.403;HRun=1;HaplotypeScore=1.9025;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.061;SB=-342.731;SBQD=-6.141;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.2457;VQSLOD=4.5386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1048,0,859
|
|
1 204000843 rs7525696 G A 730.55 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.145;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=10.863;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.309;SB=-268.250;SBQD=-10.818;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.7040;VQSLOD=5.7350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:761,0,636
|
|
1 204001183 rs4414100 G A 1774.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=57.78;MQ0=0;QD=32.86;SB=-798.415;SBQD=-0.503;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.8148;VQSLOD=6.6878 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1808,144,0
|
|
1 204004276 . G A 347.44 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.378;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.512;QD=15.79;ReadPosRankSum=-1.809;SB=-86.109;SBQD=7.037;SBpi=0.8018;SBpiQual=0.8769;VQSLOD=3.1966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:377,0,167
|
|
1 204008939 rs12133007 T C 516.80 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.771;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.835;HRun=0;HaplotypeScore=2.9174;MQ=58.72;MQ0=1;MQRankSum=-0.738;QD=8.08;ReadPosRankSum=-2.393;SB=-303.545;SBQD=-1.851;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.6226;VQSLOD=2.1279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:547,0,935
|
|
1 204033284 rs10900545 T A 188.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.113;HRun=0;HaplotypeScore=15.5044;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-292.561;SBQD=-0.110;SBpi=-0.2132;SBpiQual=0.0586;VQSLOD=-4.4986 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:55:99:218,0,522
|
|
1 204043416 rs60859709 C T 84.95 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.096;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-79.383;SBQD=-3.323;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6197;VQSLOD=1.9122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:115,0,110
|
|
1 204071890 rs6700051 C G 714.05 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.310;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.267;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-375.238;SBQD=-1.754;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.5423;VQSLOD=5.4379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:744,0,908
|
|
1 204082938 rs2037679 C T 2059.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.91;SB=-1130.732;SBQD=-0.508;SBpi=0.0651;SBpiQual=0.0320;VQSLOD=8.7799 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2093,163,0
|
|
1 204095220 rs1064981 C T 711.15 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.174;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=14.82;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-327.627;SBQD=0.375;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.2837;VQSLOD=5.2205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:48:99:741,0,525
|
|
1 204109473 rs11240680 G A 2063.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=31.74;SB=-1156.172;SBQD=-0.501;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.2940;VQSLOD=6.9332 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2096,166,0
|
|
1 204120401 rs3795576 C A 416.29 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.571;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.042;SB=-216.501;SBQD=4.912;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.6028;VQSLOD=5.2747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:446,0,377
|
|
1 204127355 rs6676458 T C 1407.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.13;SB=-816.248;SBQD=-1.153;SBpi=0.8018;SBpiQual=0.7594;VQSLOD=2.6518 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1440,117,0
|
|
1 204145174 rs6682006 G C 2364.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=30.71;SB=-1293.103;SBQD=1.811;SBpi=-0.5128;SBpiQual=-0.4228;VQSLOD=6.3379 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2398,190,0
|
|
1 204151212 . T C 40.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DP=35;Dels=0.00;FS=2.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.18;MQ0=3;MQRankSum=0.631;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.850;SB=-41.161;SBQD=0.364;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2307;VQSLOD=-1.7065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,8:35:70.98:71,0,559
|
|
1 204152575 rs12090749 A T 1150.73 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.953;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.508;HRun=1;HaplotypeScore=3.2460;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=1.241;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-600.254;SBQD=-6.703;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1270;VQSLOD=3.4984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1181,0,1332
|
|
1 204155425 . A C 601.63 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.400;DP=57;Dels=0.00;FS=13.491;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.586;SB=-87.524;SBQD=11.810;SBpi=1.3553;SBpiQual=1.5832;VQSLOD=2.7888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:632,0,1040
|
|
1 204165554 rs3924587 C T 776.53 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.505;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.971;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.055;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-425.676;SBQD=-2.184;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3566;VQSLOD=3.9364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:807,0,787
|
|
1 204167263 . G A 1890.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=31.50;SB=-1112.323;SBQD=0.330;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.1022;VQSLOD=7.1909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1923,150,0
|
|
1 204175883 rs4520474 T C 2618.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.45;SB=-1136.939;SBQD=7.294;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.8338;VQSLOD=7.9429 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2651,226,0
|
|
1 204190412 rs11793 C G 2286.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.49;MQ0=0;QD=27.88;SB=-1230.523;SBQD=-0.144;SBpi=0.8835;SBpiQual=0.9181;VQSLOD=4.1341 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2319,187,0
|
|
1 204204307 rs10900563 A G 1485.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.90;MQ0=2;QD=32.29;SB=-242.769;SBQD=7.522;SBpi=2.1106;SBpiQual=2.3254;VQSLOD=5.9983 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1518,126,0
|
|
1 204206652 rs4951324 G T 2214.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.29;MQ0=0;QD=35.15;SB=-1171.981;SBQD=0.363;SBpi=-0.0630;SBpiQual=-0.0864;VQSLOD=7.6628 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2248,181,0
|
|
1 204213292 rs7418786 C A 2307.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=59.10;MQ0=0;QD=29.96;SB=-1176.978;SBQD=4.885;SBpi=0.3989;SBpiQual=0.7271;VQSLOD=6.4795 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2340,187,0
|
|
1 204216601 rs4288652 G A 1817.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=30.81;SB=-1046.523;SBQD=1.682;SBpi=-0.3255;SBpiQual=-0.2331;VQSLOD=6.8987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1851,144,0
|
|
1 204219257 rs9988464 C G 1653.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=26.24;SB=-1103.870;SBQD=1.244;SBpi=-0.3150;SBpiQual=-0.2159;VQSLOD=4.3198 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1686,132,0
|
|
1 204221032 rs4951332 C T 1370.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.42;SB=-489.618;SBQD=-2.268;SBpi=-1.5556;SBpiQual=-1.5735;VQSLOD=4.8680 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1404,114,0
|
|
1 204221842 rs7520626 C A 2840.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=35.07;SB=-1364.819;SBQD=1.250;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6352;VQSLOD=8.9996 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2874,226,0
|
|
1 204238697 rs28504391 C T 737.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.11;MQ0=0;QD=26.35;SB=-29.629;SBQD=32.730;SBpi=2.2678;SBpiQual=2.4754;VQSLOD=2.7291 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:63.17:771,63,0
|
|
1 204242056 rs10751447 G A 2335.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.93;SB=-1005.241;SBQD=-0.634;SBpi=-0.8062;SBpiQual=-0.8935;VQSLOD=8.7369 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2368,184,0
|
|
1 204254455 rs4951352 A G 2798.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=34.98;SB=-1306.029;SBQD=-1.802;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.6146;VQSLOD=7.8619 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2831,229,0
|
|
1 204262260 rs16853237 T C 639.47 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.276;HRun=1;HaplotypeScore=5.8579;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.345;SB=-294.316;SBQD=7.316;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.5083;VQSLOD=2.7842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:669,0,796
|
|
1 204281075 rs11582509 G T 1101.62 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.043;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.241;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.227;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.638;SB=-573.702;SBQD=3.237;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1183;VQSLOD=5.7252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1132,0,1037
|
|
1 204298348 rs4077532 A T 1458.14 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=3.654;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=14.44;ReadPosRankSum=0.901;SB=-661.856;SBQD=-2.245;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.3258;VQSLOD=5.3298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:101:99:1488,0,1589
|
|
1 204298440 rs4077534 A G 473.22 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.637;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=6.254;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.205;SB=-140.917;SBQD=6.496;SBpi=0.9820;SBpiQual=0.8733;VQSLOD=4.5735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:53:99:503,0,849
|
|
1 204314219 rs4951362 C T 2744.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.19;SB=-1394.281;SBQD=-2.614;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2070;VQSLOD=7.2948 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2778,223,0
|
|
1 204323155 rs4951366 A T 2238.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.98;SB=-932.104;SBQD=-2.916;SBpi=-1.0757;SBpiQual=-1.2874;VQSLOD=7.1018 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2271,181,0
|
|
1 204348920 rs4303125 T G 1977.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.84;MQ0=0;QD=30.42;SB=-1049.303;SBQD=3.446;SBpi=0.1861;SBpiQual=0.3380;VQSLOD=6.4548 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2010,162,0
|
|
1 204413299 rs2292460 G A 2531.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4558;MQ=58.88;MQ0=0;QD=33.75;SB=-1348.473;SBQD=-0.556;SBpi=-0.1732;SBpiQual=-0.1944;VQSLOD=5.2810 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2564,199,0
|
|
1 204420725 rs2999491 C T 2023.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5757;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.64;SB=-1042.365;SBQD=1.542;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.4756;VQSLOD=6.9602 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2057,159,0
|
|
1 204426052 rs2999490 A C 238.68 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=4.046;HRun=2;HaplotypeScore=3.6047;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.523;SB=-383.091;SBQD=-3.737;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-0.8216;VQSLOD=1.9432 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:13.23:271,13,0
|
|
1 204427980 rs2999487 A C 1439.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.29;MQ0=0;QD=24.82;SB=-975.777;SBQD=2.422;SBpi=0.1313;SBpiQual=0.2180;VQSLOD=3.8495 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1472,120,0
|
|
1 204430194 rs2942139 A G 1889.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=30.48;SB=-988.964;SBQD=-6.954;SBpi=0.6350;SBpiQual=0.1377;VQSLOD=6.9953 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1923,168,0
|
|
1 204438643 rs1553921 G T 1400.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.92;MQ0=0;QD=31.11;SB=-438.257;SBQD=-1.488;SBpi=-1.5652;SBpiQual=-1.6165;VQSLOD=6.9434 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1433,117,0
|
|
1 204440896 rs4951380 A G 2615.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.66;MQ0=0;QD=32.29;SB=-1415.032;SBQD=4.516;SBpi=-0.3889;SBpiQual=-0.3052;VQSLOD=7.4538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2648,214,0
|
|
1 204490470 rs12041243 A G 957.70 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.658;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.940;HRun=0;HaplotypeScore=1.9800;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-493.969;SBQD=0.528;SBpi=0.0801;SBpiQual=-0.2581;VQSLOD=5.1807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:988,0,1300
|
|
1 204513402 rs4252726 G A 1249.70 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.094;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.879;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=16.66;ReadPosRankSum=0.568;SB=-633.123;SBQD=-1.050;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.2498;VQSLOD=4.6739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1280,0,1105
|
|
1 204515863 rs2290855 C T 3171.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.63;SB=-1634.965;SBQD=0.239;SBpi=0.1590;SBpiQual=0.1507;VQSLOD=6.6341 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3204,250,0
|
|
1 204529302 rs12125533 A C 2732.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.73;SB=-1487.018;SBQD=-0.889;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.0923;VQSLOD=8.3538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2765,220,0
|
|
1 204537648 rs4951401 G A 2470.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.6229;MQ=58.90;MQ0=0;QD=32.51;SB=-1173.981;SBQD=-1.391;SBpi=-0.6882;SBpiQual=-0.7668;VQSLOD=5.2052 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2504,196,0
|
|
1 204550366 rs5010868 A T 196.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.211;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4679;MQ=54.10;MQ0=0;MQRankSum=1.970;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.844;SB=-512.826;SBQD=-1.186;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.0339;VQSLOD=2.5338 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:29.88:230,30,0
|
|
1 204551407 rs12038102 G A 1498.86 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.332;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.904;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=18.06;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-583.088;SBQD=-1.970;SBpi=0.9481;SBpiQual=1.0316;VQSLOD=4.9571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:1529,0,1060
|
|
1 204591237 rs884108 A G 2106.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.73;MQ0=0;QD=30.10;SB=-1112.197;SBQD=-5.640;SBpi=0.1195;SBpiQual=-0.2823;VQSLOD=6.9963 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2140,190,0
|
|
1 204600385 . T A 123.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9950;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.037;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.475;SB=-73.313;SBQD=-2.659;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.5848;VQSLOD=-1.3171 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:17.99:156,18,0
|
|
1 204609194 rs4951087 A G 2277.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=31.63;SB=-1073.467;SBQD=-4.080;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.2533;VQSLOD=7.5662 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:2310,205,0
|
|
1 204614166 rs10900418 T C 1810.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=28.30;SB=-1087.968;SBQD=-0.265;SBpi=0.3750;SBpiQual=0.4134;VQSLOD=6.5954 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1844,147,0
|
|
1 204625455 rs6676478 A G 1234.76 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.101;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7256;MQ=51.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=14.53;ReadPosRankSum=1.773;SB=-624.608;SBQD=1.063;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1422;VQSLOD=3.8693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:85:99:1265,0,993
|
|
1 204626756 . G A 785.22 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.242;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.805;SB=-415.678;SBQD=-0.424;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1103;VQSLOD=3.4331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:815,0,683
|
|
1 204644618 rs2815826 C T 638.80 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.167;HRun=0;HaplotypeScore=2.9205;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.801;SB=-225.165;SBQD=2.813;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.8283;VQSLOD=3.9807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:669,0,822
|
|
1 204667814 rs6702321 T C 2382.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.67;MQ0=0;QD=32.64;SB=-1258.509;SBQD=-0.678;SBpi=-0.2926;SBpiQual=-0.3239;VQSLOD=7.6099 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2416,193,0
|
|
1 204671283 rs1014818 G A 2234.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.63;SB=-1043.081;SBQD=-1.380;SBpi=-0.3201;SBpiQual=-0.4250;VQSLOD=8.2087 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2267,181,0
|
|
1 204682719 rs4529783 T C 740.06 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3667;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.428;SB=-509.568;SBQD=0.268;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4359;VQSLOD=4.6013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:770,0,632
|
|
1 204683913 rs884481 A C 1226.71 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-621.919;SBQD=-3.151;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3519;VQSLOD=5.5936 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1257,0,1050
|
|
1 204711277 rs12567860 G A 906.13 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.585;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.197;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.103;SB=-446.319;SBQD=2.742;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3536;VQSLOD=5.4965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:936,0,1014
|
|
1 204714573 rs56342584 T C 707.62 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.651;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.090;HRun=1;HaplotypeScore=2.8907;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.814;SB=-264.747;SBQD=3.796;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.0248;VQSLOD=3.3813 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:738,0,1220
|
|
1 204874459 rs12059841 G T 1348.23 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.843;SB=-583.265;SBQD=0.983;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5613;VQSLOD=6.5697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:1378,0,1267
|
|
1 204893885 rs11579941 A C 597.36 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.126;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=1.990;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-546.896;SBQD=-2.383;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1806;VQSLOD=5.5556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:627,0,815
|
|
1 204904527 rs2595957 T C 904.81 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.460;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.973;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=11.17;ReadPosRankSum=-1.744;SB=-382.458;SBQD=2.599;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-0.7524;VQSLOD=4.5496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:935,0,1285
|
|
1 204907043 rs2802817 A G 936.88 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.372;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.487;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-523.642;SBQD=-1.484;SBpi=0.1622;SBpiQual=-0.1391;VQSLOD=6.4521 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:967,0,762
|
|
1 204907682 rs2802821 A G 802.76 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9532;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.428;SB=-297.297;SBQD=1.220;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.1044;VQSLOD=4.8904 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:59:99:833,0,626
|
|
1 204921531 rs11240318 T C 2616.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1300.399;SBQD=-0.954;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.2126;VQSLOD=8.6013 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2649,211,0
|
|
1 204930143 rs7543481 T C 868.62 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.900;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.286;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=14.48;ReadPosRankSum=-1.678;SB=-198.318;SBQD=1.466;SBpi=1.2780;SBpiQual=1.6690;VQSLOD=5.2107 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:899,0,926
|
|
1 204936335 . A G 810.83 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.288;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.2559;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.519;SB=-489.181;SBQD=0.099;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.2597;VQSLOD=3.2096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:90:99:841,0,1431
|
|
1 204941512 rs55696242 G T 1355.06 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.213;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-516.825;SBQD=-0.255;SBpi=1.1547;SBpiQual=1.2561;VQSLOD=4.0722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:1385,0,1567
|
|
1 204949767 rs2278798 T C 2018.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=31.06;SB=-802.222;SBQD=8.980;SBpi=0.5582;SBpiQual=1.1483;VQSLOD=7.5638 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2052,174,0
|
|
1 204953444 rs7521182 A T 1039.91 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.412;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-558.344;SBQD=-2.039;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0892;VQSLOD=5.5246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:1070,0,654
|
|
1 204954993 rs2278795 A G 614.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=58.06;MQ0=0;QD=16.62;SB=-558.105;SBQD=-6.760;SBpi=0.2466;SBpiQual=-0.1731;VQSLOD=5.1904 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:63.09:648,63,0
|
|
1 204966690 rs2794858 G A 1245.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.51;MQ0=0;QD=26.50;SB=-693.273;SBQD=1.805;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.5483;VQSLOD=5.9816 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1279,105,0
|
|
1 204967256 rs2794859 G A 982.90 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.233;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.876;HRun=0;HaplotypeScore=2.3565;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.690;SB=-588.689;SBQD=-5.541;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0051;VQSLOD=5.4266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:69:99:1013,0,832
|
|
1 204969689 rs2794862 G A 1273.26 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.820;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=18.45;ReadPosRankSum=1.222;SB=-605.913;SBQD=-1.907;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.3042;VQSLOD=5.1653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:1303,0,691
|
|
1 204998375 rs4951155 T C 712.41 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.773;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.198;HRun=0;HaplotypeScore=1.9117;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-328.055;SBQD=-3.136;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.5572;VQSLOD=5.8386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:742,0,847
|
|
1 205020688 rs3767286 C G 672.09 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.608;HRun=2;HaplotypeScore=1.9612;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.441;SB=-367.291;SBQD=-5.901;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2548;VQSLOD=5.5199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:702,0,779
|
|
1 205027561 rs9787409 G T 653.66 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.544;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-398.584;SBQD=-3.197;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1866;VQSLOD=4.7940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:684,0,661
|
|
1 205031449 rs7545698 A G 1633.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5757;MQ=59.65;MQ0=0;QD=30.24;SB=-399.862;SBQD=1.802;SBpi=2.1773;SBpiQual=2.2653;VQSLOD=4.8592 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1666,138,0
|
|
1 205114665 rs12137465 G T 447.82 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.03;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=20.9137;MQ=47.19;MQ0=0;QD=6.59;SB=-1001.937;SBQD=0.671;SBpi=-0.4924;SBpiQual=-0.4582;VQSLOD=-41.1207 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:45.10:481,45,0
|
|
1 205118336 rs11240370 T G 1630.73 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.778;HRun=0;HaplotypeScore=5.5528;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=20.91;ReadPosRankSum=0.459;SB=-826.667;SBQD=-0.454;SBpi=-1.1785;SBpiQual=-0.8618;VQSLOD=1.4799 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:78:82.66:1664,83,0
|
|
1 205130413 rs3851294 A G 1460.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=58.81;MQ0=0;QD=28.64;SB=-725.053;SBQD=-8.201;SBpi=-0.2100;SBpiQual=-0.6928;VQSLOD=5.5104 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1494,129,0
|
|
1 205139804 rs2887527 A G 2418.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.96;MQ0=0;QD=31.83;SB=-1091.580;SBQD=1.319;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.9388;VQSLOD=8.1752 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2452,196,0
|
|
1 205145005 rs10900456 C T 1777.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74;SB=-907.676;SBQD=0.944;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.6199;VQSLOD=8.0701 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1810,144,0
|
|
1 205175527 rs11240387 C A 1296.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.03;MQ0=0;QD=30.16;SB=-569.503;SBQD=-1.566;SBpi=-0.9258;SBpiQual=-0.9414;VQSLOD=6.5456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1330,108,0
|
|
1 205191801 rs12141197 A G 2028.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=31.21;SB=-810.610;SBQD=0.900;SBpi=-1.4264;SBpiQual=-1.4065;VQSLOD=6.9404 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2062,163,0
|
|
1 205205081 rs11240396 T C 1786.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=35.72;SB=-618.011;SBQD=0.928;SBpi=1.2728;SBpiQual=1.3768;VQSLOD=7.7478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1819,141,0
|
|
1 205210827 . C T 309.24 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.590;DP=31;Dels=0.00;FS=1.574;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-220.135;SBQD=6.439;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.1411;VQSLOD=3.9018 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:339,0,268
|
|
1 205214792 rs7368327 C T 2091.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=34.29;SB=-929.040;SBQD=2.467;SBpi=0.7042;SBpiQual=0.8421;VQSLOD=8.2913 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2125,163,0
|
|
1 205232696 rs1180721 T C 2187.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;QD=32.17;SB=-912.429;SBQD=6.183;SBpi=0.6063;SBpiQual=1.0769;VQSLOD=7.3931 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2221,190,0
|
|
1 205240251 rs1668867 C T 1118.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9825;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.83;SB=-554.429;SBQD=-2.002;SBpi=-1.3571;SBpiQual=-1.4823;VQSLOD=3.5998 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:93.28:1152,93,0
|
|
1 205247160 rs1172135 G C 1795.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.86;MQ0=0;QD=29.43;SB=-990.493;SBQD=5.109;SBpi=-0.4481;SBpiQual=0.0192;VQSLOD=5.9386 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1828,159,0
|
|
1 205249690 rs9661015 A G 1705.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=31.01;SB=-684.160;SBQD=0.484;SBpi=-1.2810;SBpiQual=-1.2687;VQSLOD=6.3103 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1738,141,0
|
|
1 205251991 . C G 1255.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=18.46;SB=-764.754;SBQD=0.693;SBpi=-1.5765;SBpiQual=-1.5082;VQSLOD=2.4271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1288,105,0
|
|
1 205255438 rs1180734 T C 1888.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.95;MQ0=0;QD=30.46;SB=-915.336;SBQD=1.011;SBpi=0.7620;SBpiQual=0.8601;VQSLOD=6.8306 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1921,153,0
|
|
1 205268229 rs2032041 T C 1129.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.25;MQ0=0;QD=24.02;SB=-854.341;SBQD=0.205;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.0069;VQSLOD=4.0580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:93.29:1162,93,0
|
|
1 205268580 . A C 927.47 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.20;MQ0=0;QD=25.07;SB=-593.129;SBQD=5.784;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.0488;VQSLOD=2.2336 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:81.22:960,81,0
|
|
1 205311066 rs55767016 C T 362.74 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.999;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.992;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=53.19;MQ0=1;MQRankSum=0.643;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.515;SB=-239.229;SBQD=-5.311;SBpi=-1.3470;SBpiQual=-1.3671;VQSLOD=3.2841 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:393,0,509
|
|
1 205313647 rs4951199 G T 1351.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.16;SB=-608.584;SBQD=6.512;SBpi=0.7217;SBpiQual=1.0008;VQSLOD=6.0702 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1385,105,0
|
|
1 205315823 rs1936485 A G 2391.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9523;MQ=60.48;MQ0=0;QD=35.69;SB=-1167.905;SBQD=1.896;SBpi=0.0611;SBpiQual=0.1515;VQSLOD=5.8654 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2424,196,0
|
|
1 205319462 rs4950992 C T 1351.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.05;MQ0=0;QD=30.72;SB=-701.006;SBQD=-4.158;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.4119;VQSLOD=6.0982 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1385,108,0
|
|
1 205320370 rs12139589 A G 848.99 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=3.149;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=56.43;MQ0=2;MQRankSum=0.687;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-245.425;SBQD=3.889;SBpi=1.3056;SBpiQual=1.4525;VQSLOD=3.7304 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,33:92:99:879,0,1735
|
|
1 205325284 . T C 866.99 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.753;SB=-437.243;SBQD=-0.803;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2716;VQSLOD=4.0682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:897,0,1214
|
|
1 205331482 rs6692261 T A 983.34 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.604;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.005;HRun=1;HaplotypeScore=1.4450;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=15.61;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-506.164;SBQD=-4.683;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4688;VQSLOD=4.5894 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1013,0,802
|
|
1 205336875 rs6676552 C T 1088.40 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.350;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=13.95;ReadPosRankSum=-2.368;SB=-393.036;SBQD=-4.199;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-1.4775;VQSLOD=4.3637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1118,0,988
|
|
1 205356418 rs6683525 G A 934.04 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.124;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8216;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-477.882;SBQD=0.932;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.2923;VQSLOD=5.1585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:964,0,1511
|
|
1 205360563 rs34082731 A G 994.27 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.476;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.1036;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.252;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.067;SB=-527.139;SBQD=-2.151;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.4065;VQSLOD=3.3473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:1024,0,1322
|
|
1 205362249 rs4265485 A G 2306.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.92;SB=-968.798;SBQD=-0.207;SBpi=-0.9701;SBpiQual=-0.9938;VQSLOD=8.0330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2339,190,0
|
|
1 205371491 . T A 460.06 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.01;MQ0=54;MQRankSum=0.104;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.402;SB=-0.007;SBQD=8.847;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0882;VQSLOD=1.8459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:99:99:490,0,284
|
|
1 205376315 rs6687699 A G 390.45 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.627;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=4.365;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.810;SB=-221.415;SBQD=-9.732;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.7196;VQSLOD=4.2145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:420,0,641
|
|
1 205376355 rs6698647 G A 474.65 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.635;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-258.221;SBQD=-4.885;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2682;VQSLOD=5.3004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:505,0,737
|
|
1 205404547 rs6593941 A G 952.33 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.384;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.089;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.442;SB=-488.306;SBQD=1.194;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.1832;VQSLOD=5.2900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:982,0,1107
|
|
1 205409138 rs7538715 C T 1325.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.99;MQ0=0;QD=28.82;SB=-725.711;SBQD=-0.663;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.4245;VQSLOD=5.6522 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1359,108,0
|
|
1 205415414 rs11579265 G C 874.21 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.101;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.241;HRun=0;HaplotypeScore=1.9632;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.441;SB=-492.773;SBQD=-1.895;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.1641;VQSLOD=4.8774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:904,0,1022
|
|
1 205415817 rs913726 C T 2025.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.92;SB=-903.683;SBQD=0.423;SBpi=0.6565;SBpiQual=0.7027;VQSLOD=8.5582 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2059,165,0
|
|
1 205449313 . T C 692 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.2783;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=2.344;QD=11.16;ReadPosRankSum=2.719;SB=-427.972;SBQD=0.940;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.3177;VQSLOD=0.4439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:62:99:722,0,486
|
|
1 205472184 rs1538365 C T 2354.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=33.64;SB=-1271.757;SBQD=-1.929;SBpi=0.3586;SBpiQual=0.2331;VQSLOD=8.4537 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2388,187,0
|
|
1 205506597 rs6593949 A G 948.74 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.965;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=7.383;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.696;SB=-470.661;SBQD=-7.884;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.5197;VQSLOD=5.7925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:979,0,1306
|
|
1 205541408 rs56318452 C T 1133.16 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.233;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.369;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.799;QD=16.19;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-512.194;SBQD=-7.535;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.7650;VQSLOD=4.7616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:1163,0,783
|
|
1 205568213 rs2282449 C T 976.77 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.888;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.898;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.302;SB=-493.884;SBQD=-1.081;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4290;VQSLOD=5.6106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1007,0,997
|
|
1 205633573 rs56927917 T C 638.58 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.764;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.433;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.407;SB=-309.578;SBQD=6.423;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.5866;VQSLOD=5.4740 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:669,0,648
|
|
1 205642790 rs2153904 T G 1876.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=33.50;SB=-835.201;SBQD=0.728;SBpi=0.6682;SBpiQual=0.7491;VQSLOD=8.2629 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1909,153,0
|
|
1 205643365 rs61824660 C T 2117.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.76;MQ0=0;QD=29.40;SB=-1140.701;SBQD=-1.053;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7700;VQSLOD=6.5145 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2150,172,0
|
|
1 205651483 rs1772135 C T 229.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.548;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=31.680;HRun=0;HaplotypeScore=1.9581;MQ=47.78;MQ0=0;MQRankSum=-4.316;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.492;SB=4.331;SBQD=-16.896;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.5202;VQSLOD=-1.8744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:35:99:259,0,540
|
|
1 205689807 rs823094 T G 2240.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.92;MQ0=0;QD=30.28;SB=-1296.502;SBQD=-0.046;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.2156;VQSLOD=7.4415 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2274,184,0
|
|
1 205714437 rs823131 A G 2652.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.36;SB=-1112.132;SBQD=-0.536;SBpi=0.7714;SBpiQual=0.8045;VQSLOD=7.3227 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2685,211,0
|
|
1 205725028 rs823122 C T 1918.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;QD=32.51;SB=-998.432;SBQD=-0.173;SBpi=-0.4557;SBpiQual=-0.4893;VQSLOD=8.4204 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1951,156,0
|
|
1 205730808 rs55894605 C G 1173.62 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=15.841;HRun=2;HaplotypeScore=2.3724;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-713.243;SBQD=8.191;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.3703;VQSLOD=3.0831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:1204,0,1120
|
|
1 205738302 rs823137 G A 2595.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7356;MQ=59.74;MQ0=0;QD=36.05;SB=-1367.108;SBQD=-1.305;SBpi=0.1179;SBpiQual=0.0707;VQSLOD=8.1237 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2628,205,0
|
|
1 205772370 rs823070 T C 1996.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.15;MQ0=0;QD=24.65;SB=-1224.653;SBQD=0.900;SBpi=0.7222;SBpiQual=0.8919;VQSLOD=3.3858 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2030,165,0
|
|
1 205773379 rs823071 G T 1489.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;QD=33.10;SB=-692.577;SBQD=-1.471;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.6222;VQSLOD=8.1682 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1523,120,0
|
|
1 205792680 rs844004 T C 2855.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7156;MQ=59.05;MQ0=0;QD=33.60;SB=-1049.723;SBQD=-7.189;SBpi=-1.0304;SBpiQual=-1.5293;VQSLOD=4.5027 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2889,238,0
|
|
1 205792836 rs823091 T C 3188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.08;SB=-1589.396;SBQD=0.863;SBpi=0.1078;SBpiQual=0.1532;VQSLOD=8.9668 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3222,250,0
|
|
1 205886647 rs41264907 C T 759.87 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.541;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.007;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=12.66;ReadPosRankSum=1.183;SB=-417.064;SBQD=3.255;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1838;VQSLOD=5.4105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:790,0,680
|
|
1 205921352 rs11240601 G A 2253.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.14;SB=-871.087;SBQD=1.933;SBpi=0.9847;SBpiQual=1.1166;VQSLOD=8.6179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2286,181,0
|
|
1 206080686 rs61815474 T C 1078.41 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.226;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.853;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=48.53;MQ0=2;MQRankSum=1.056;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.380;SB=-516.599;SBQD=1.930;SBpi=-0.0781;SBpiQual=0.2274;VQSLOD=5.5039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:79:99:1108,0,907
|
|
1 206138016 . G A 250.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.326;DP=64;Dels=0.00;FS=1.462;HRun=2;HaplotypeScore=1.7753;MQ=24.36;MQ0=25;MQRankSum=0.099;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.042;SB=-163.586;SBQD=1.752;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0562;VQSLOD=0.9780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,21:64:99:280,0,383
|
|
1 206225582 rs34518453 G A 905.08 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.508;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=13.671;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.479;SB=-397.533;SBQD=-11.034;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4920;VQSLOD=5.4354 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:935,0,909
|
|
1 206240271 rs28523378 G A 509.86 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.829;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-246.589;SBQD=-1.739;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.3659;VQSLOD=3.2185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:540,0,1166
|
|
1 206492201 rs61816786 C T 1910.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.8313;MQ=38.11;MQ0=14;MQRankSum=2.298;QD=24.18;ReadPosRankSum=2.184;SB=-807.328;SBQD=5.272;SBpi=-0.8189;SBpiQual=-0.7962;VQSLOD=2.6275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,63:79:99:1943,165,0
|
|
1 206496694 . A G 55.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.282;DP=77;Dels=0.00;FS=5.935;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.42;MQ0=14;MQRankSum=-2.617;QD=0.72;ReadPosRankSum=-2.529;SB=-12.599;SBQD=1.897;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.6831;VQSLOD=-2.4152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,20:77:85.59:86,0,928
|
|
1 206499739 . G A 943.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.918;DP=120;Dels=0.00;FS=37.715;HRun=0;HaplotypeScore=1.7287;MQ=34.98;MQ0=22;MQRankSum=-1.662;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.971;SB=51.042;SBQD=12.024;SBpi=2.3637;SBpiQual=2.5864;VQSLOD=-1.5554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,43:120:99:974,0,1473
|
|
1 206531807 . A C 316.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.642;DP=97;Dels=0.00;FS=37.792;HRun=0;HaplotypeScore=1.7621;MQ=46.18;MQ0=4;MQRankSum=-4.877;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.836;SB=96.287;SBQD=6.152;SBpi=2.5495;SBpiQual=2.4478;VQSLOD=-5.5470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,26:97:99:347,0,2128
|
|
1 206534516 . C T 449.16 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.03;MQ0=11;QD=17.28;SB=-33.440;SBQD=14.909;SBpi=2.1573;SBpiQual=2.2738;VQSLOD=1.9304 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:45.10:482,45,0
|
|
1 206535314 . G A 235.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=10.93;MQ0=89;MQRankSum=1.448;QD=2.33;ReadPosRankSum=1.448;SB=-0.007;SBQD=-6.352;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8120;VQSLOD=-0.4378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:101:0.59:264,0,1
|
|
1 206535326 . C T 204.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=9.85;MQ0=97;MQRankSum=1.393;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-0.007;SBQD=-4.666;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7002;VQSLOD=-0.5101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,38:107:3.60:233,0,4
|
|
1 206562821 . G A 551.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.494;DP=97;Dels=0.00;FS=57.140;HRun=0;HaplotypeScore=4.8210;MQ=41.05;MQ0=17;MQRankSum=-5.929;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.825;SB=81.232;SBQD=8.944;SBpi=2.9069;SBpiQual=3.1273;VQSLOD=-8.5167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,45:97:99:581,0,763
|
|
1 206564431 . T C 662.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.927;DP=123;Dels=0.00;FS=8.854;HRun=1;HaplotypeScore=1.9755;MQ=32.56;MQ0=31;MQRankSum=-4.092;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.392;SB=-233.420;SBQD=-3.664;SBpi=-0.8928;SBpiQual=-0.3720;VQSLOD=-1.9386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,53:123:99:692,0,1513
|
|
1 206565189 . C T 970.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.953;DP=133;Dels=0.00;FS=56.986;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=40.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.644;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.583;SB=84.177;SBQD=-11.200;SBpi=-3.3541;SBpiQual=-3.6765;VQSLOD=-3.0293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,45:133:99:1001,0,2330
|
|
1 206567830 . A G 329.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.497;DP=139;Dels=0.00;FS=72.836;HRun=1;HaplotypeScore=1.7319;MQ=35.65;MQ0=33;MQRankSum=-8.390;QD=2.37;ReadPosRankSum=4.279;SB=117.360;SBQD=-8.117;SBpi=1.0462;SBpiQual=0.5952;VQSLOD=-10.9112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,73:139:99:360,0,2095
|
|
1 206569381 . G A 112.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.939;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.7841;MQ=26.74;MQ0=19;MQRankSum=-3.282;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.160;SB=-52.030;SBQD=0.684;SBpi=1.5266;SBpiQual=1.7749;VQSLOD=-5.2343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,30:139:99:142,0,2020
|
|
1 206574392 . C G 30.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.346;DP=154;Dels=0.00;FS=11.239;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=14.56;MQ0=72;MQRankSum=-1.548;QD=0.20;ReadPosRankSum=-0.255;SB=42.049;SBQD=-0.601;SBpi=-2.2711;SBpiQual=-2.5284;VQSLOD=-2.9747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,37:154:60.65:61,0,846
|
|
1 206575403 . G T 87.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DP=156;Dels=0.00;FS=1.222;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=21.49;MQ0=71;MQRankSum=-0.594;QD=0.56;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-51.361;SBQD=0.325;SBpi=0.8082;SBpiQual=1.0028;VQSLOD=-1.3393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,31:156:99:117,0,1419
|
|
1 206577767 . A G 224.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.157;DP=80;Dels=0.00;FS=7.303;HRun=1;HaplotypeScore=2.7753;MQ=36.83;MQ0=8;MQRankSum=0.937;QD=2.80;ReadPosRankSum=-1.654;SB=-2.002;SBQD=4.228;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.1859;VQSLOD=-0.5827 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,17:80:99:254,0,1516
|
|
1 206640402 rs7512176 T A 1005.34 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.854;HRun=0;HaplotypeScore=2.2432;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.326;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.311;SB=-497.262;SBQD=1.200;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3794;VQSLOD=5.1443 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:1035,0,1325
|
|
1 206643106 rs1930438 T C 1910.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;QD=29.84;SB=-978.208;SBQD=7.154;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.5350;VQSLOD=7.0492 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1943,165,0
|
|
1 206643774 rs2297549 A G 2013.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7309;MQ=59.62;MQ0=0;QD=33.00;SB=-949.154;SBQD=-1.729;SBpi=0.7042;SBpiQual=0.6284;VQSLOD=4.4657 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2046,165,0
|
|
1 206648769 rs4845107 A G 2241.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8279;MQ=59.12;MQ0=0;QD=35.57;SB=-1108.528;SBQD=-1.395;SBpi=0.3150;SBpiQual=0.2334;VQSLOD=6.1923 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2274,184,0
|
|
1 206654738 rs12724769 G A 937.56 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.982;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.988;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=53.46;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-470.690;SBQD=-6.132;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.9297;VQSLOD=5.6585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:968,0,910
|
|
1 206682038 . A G 371.98 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=51;Dels=0.00;FS=5.930;HRun=0;HaplotypeScore=1.9983;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.923;SB=-294.869;SBQD=-4.072;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1988;VQSLOD=3.2875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:402,0,896
|
|
1 206736142 rs7530835 T C 1180.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.2813;MQ=58.92;MQ0=0;QD=27.45;SB=-574.507;SBQD=0.764;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.3302;VQSLOD=3.6763 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1213,111,0
|
|
1 206775427 rs3813972 A G 1693.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87;SB=-871.974;SBQD=-6.521;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.9106;VQSLOD=4.4063 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1726,150,0
|
|
1 206817359 . G C 815.31 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;DP=67;Dels=0.00;FS=2.157;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.039;SB=-339.001;SBQD=2.612;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8492;VQSLOD=2.8533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:845,0,1024
|
|
1 206818553 rs12027257 G A 3579.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.29;SB=-1802.340;SBQD=-1.260;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0741;VQSLOD=8.7030 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3580,280,0
|
|
1 206835985 rs12140926 T C 2066.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.701;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.632;QD=29.94;ReadPosRankSum=0.778;SB=-986.827;SBQD=1.991;SBpi=-0.7276;SBpiQual=-0.3657;VQSLOD=7.5501 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2099,186,0
|
|
1 206868245 rs4129024 G A 2068.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1074.344;SBQD=0.182;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.2153;VQSLOD=8.5229 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2102,166,0
|
|
1 206909450 rs55715735 T A 1935.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9198;MQ=58.41;MQ0=0;QD=29.78;SB=-1204.573;SBQD=1.746;SBpi=-0.1861;SBpiQual=-0.0827;VQSLOD=4.8075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1968,153,0
|
|
1 206925934 . T C 1616.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.27;MQ0=0;QD=26.50;SB=-683.616;SBQD=-1.564;SBpi=-1.0883;SBpiQual=-1.2856;VQSLOD=4.2353 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1650,147,0
|
|
1 206946407 rs1800872 T G 2159.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6120;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.84;SB=-1140.045;SBQD=-0.532;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0362;VQSLOD=7.0926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2193,178,0
|
|
1 206961628 rs12075255 A G 869.92 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.854;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=14.74;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-255.005;SBQD=-5.472;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-1.3522;VQSLOD=5.7334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:900,0,953
|
|
1 206972072 rs4845141 C T 923.18 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.864;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.061;HRun=2;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.702;SB=-513.055;SBQD=2.136;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0027;VQSLOD=5.9268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:953,0,766
|
|
1 206973277 rs11119585 C T 1128.35 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=9.851;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=15.04;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-556.835;SBQD=-7.835;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2715;VQSLOD=5.8622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1158,0,1127
|
|
1 206997892 rs2056226 G C 920.58 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.324;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.419;SB=-513.975;SBQD=-2.598;SBpi=0.0870;SBpiQual=-0.0353;VQSLOD=5.0562 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:951,0,875
|
|
1 207001000 rs2883035 C T 793.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=7.877;HRun=0;HaplotypeScore=2.3974;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-5.050;QD=10.58;ReadPosRankSum=1.144;SB=-404.266;SBQD=-4.602;SBpi=-1.0151;SBpiQual=-0.8635;VQSLOD=-1.9479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:824,0,831
|
|
1 207009388 rs2243168 T A 1848.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7297;MQ=59.34;MQ0=0;QD=29.34;SB=-1076.255;SBQD=0.393;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.4285;VQSLOD=5.8016 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1882,147,0
|
|
1 207009910 rs2243170 T C 1826.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.12;SB=-448.187;SBQD=1.495;SBpi=1.9415;SBpiQual=2.0560;VQSLOD=8.0266 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1859,147,0
|
|
1 207012444 rs2243176 C T 1094 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.405;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.811;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.827;SB=-588.460;SBQD=2.342;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1663;VQSLOD=6.5028 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1124,0,1153
|
|
1 207040253 rs3024517 A G 1065.56 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.685;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-561.142;SBQD=2.083;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0940;VQSLOD=5.6665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:1096,0,962
|
|
1 207066559 rs569011 G A 1380.80 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.718;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=5.263;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-696.900;SBQD=-3.899;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2981;VQSLOD=4.6805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:1411,0,1560
|
|
1 207086969 rs291083 A G 964.25 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.203;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.756;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-481.562;SBQD=-4.454;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1446;VQSLOD=4.8640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:994,0,1431
|
|
1 207097411 . A G 618.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.297;DP=131;Dels=0.00;FS=18.913;HRun=0;HaplotypeScore=3.6737;MQ=50.76;MQ0=0;MQRankSum=-7.520;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.553;SB=-206.086;SBQD=4.454;SBpi=2.0801;SBpiQual=1.7653;VQSLOD=-10.4967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,52:131:99:649,0,2438
|
|
1 207111633 rs291094 G A 2713.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09;SB=-1335.407;SBQD=-1.002;SBpi=0.6626;SBpiQual=0.6249;VQSLOD=6.7229 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2746,223,0
|
|
1 207179459 rs2153437 A G 1049.43 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.587;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=8.715;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.642;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.998;SB=-437.894;SBQD=-8.514;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.7580;VQSLOD=4.8058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:1079,0,1417
|
|
1 207290860 rs6682764 T A 3417.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=37.15;SB=-1727.490;SBQD=0.761;SBpi=-0.2085;SBpiQual=-0.1374;VQSLOD=8.1518 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3417,265,0
|
|
1 207292345 rs9943182 G C 1508.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9985;MQ=34.27;MQ0=0;QD=27.93;SB=-132.861;SBQD=-20.534;SBpi=-2.5856;SBpiQual=-3.1193;VQSLOD=2.8600 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1541,138,0
|
|
1 207300259 rs2491393 A G 1219.10 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.965;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=6.873;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.266;QD=13.40;ReadPosRankSum=1.147;SB=-471.323;SBQD=-9.049;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.8488;VQSLOD=5.8261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:1249,0,1454
|
|
1 207312228 rs2808472 G T 3420.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.43;SB=-1595.752;SBQD=-0.950;SBpi=0.4770;SBpiQual=0.4158;VQSLOD=7.7074 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3420,262,0
|
|
1 207374139 rs4844577 A G 1093.81 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.936;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.822;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.346;SB=-622.250;SBQD=-3.878;SBpi=0.1443;SBpiQual=-0.1127;VQSLOD=5.1975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:1124,0,1107
|
|
1 207377891 rs4844579 C T 1035.60 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.818;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9411;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.495;SB=-499.122;SBQD=-0.143;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5187;VQSLOD=4.4940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1066,0,879
|
|
1 207378841 rs7543002 G A 2368.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=35.35;SB=-1188.298;SBQD=-1.962;SBpi=-0.1833;SBpiQual=-0.3282;VQSLOD=8.1880 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2401,187,0
|
|
1 207404204 rs60673767 G A 2034.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=37.00;SB=-1019.665;SBQD=-1.232;SBpi=-0.0674;SBpiQual=-0.1542;VQSLOD=8.8209 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2068,163,0
|
|
1 207419032 rs1864370 A G 2275.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.44;MQ0=0;QD=30.75;SB=-951.163;SBQD=-8.771;SBpi=-0.3487;SBpiQual=-0.9903;VQSLOD=6.9997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2309,204,0
|
|
1 207422996 rs877049 A G 2895.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=33.28;SB=-1170.574;SBQD=-7.541;SBpi=-0.4825;SBpiQual=-1.0265;VQSLOD=8.3581 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2929,253,0
|
|
1 207424386 rs10494890 C G 1092.39 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.176;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.598;QD=17.07;ReadPosRankSum=2.552;SB=-505.271;SBQD=-2.908;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3530;VQSLOD=5.2678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:1122,0,837
|
|
1 207455870 . T C 1228.18 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DP=76;Dels=0.00;FS=4.554;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=16.16;ReadPosRankSum=1.691;SB=-612.540;SBQD=3.619;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.0691;VQSLOD=4.1829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1258,0,1114
|
|
1 207461365 rs6680631 A T 983.02 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.587;SB=-490.136;SBQD=1.554;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3614;VQSLOD=5.2877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:1013,0,1456
|
|
1 207465704 rs2802231 A C 1628.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.48;MQ0=0;QD=23.95;SB=-1100.509;SBQD=-4.494;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.5951;VQSLOD=3.2739 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1661,138,0
|
|
1 207475596 rs971318 C A 2595.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9766;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=33.71;ReadPosRankSum=0.112;SB=-1267.504;SBQD=-2.117;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.5702;VQSLOD=4.1162 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2628,182,0
|
|
1 207476141 rs2802238 A G 2141.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44;SB=-1040.248;SBQD=-3.804;SBpi=0.4924;SBpiQual=0.1574;VQSLOD=7.9844 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2174,193,0
|
|
1 207486398 rs11120690 T C 1513.49 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.669;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=4.861;HRun=0;HaplotypeScore=6.4614;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.791;SB=-669.725;SBQD=4.022;SBpi=0.5547;SBpiQual=0.5952;VQSLOD=2.3536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:104:99:1543,0,1661
|
|
1 207486456 rs17186701 T C 1030.93 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.461;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.812;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=11.45;ReadPosRankSum=1.588;SB=-517.827;SBQD=-1.186;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4231;VQSLOD=5.0086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:1061,0,1586
|
|
1 207501527 rs6691942 C T 929.85 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.597;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=9.134;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.565;SB=-208.824;SBQD=8.857;SBpi=1.5266;SBpiQual=1.6922;VQSLOD=4.9991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:960,0,1053
|
|
1 207535335 rs35028790 A G 894.57 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.131;HRun=0;HaplotypeScore=1.9736;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.701;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.504;SB=-455.844;SBQD=4.651;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.2599;VQSLOD=4.3311 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:925,0,1267
|
|
1 207547253 rs6540429 G A 1360.55 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.798;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.803;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-678.698;SBQD=1.848;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2548;VQSLOD=4.7146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:1391,0,1318
|
|
1 207549582 rs11117607 T G 1032.94 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.582;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=12.75;ReadPosRankSum=-1.017;SB=-518.791;SBQD=-0.023;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3527;VQSLOD=4.1119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1063,0,1425
|
|
1 207595822 rs6656123 C T 2655.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.4868;MQ=59.14;MQ0=0;QD=32.78;SB=-1174.508;SBQD=1.388;SBpi=1.0556;SBpiQual=1.1644;VQSLOD=3.4921 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2688,208,0
|
|
1 207601521 rs311293 C G 2548.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=33.98;SB=-1267.328;SBQD=-4.387;SBpi=0.0577;SBpiQual=-0.2541;VQSLOD=8.1951 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2581,217,0
|
|
1 207602740 . G A 1156.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.05;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=16.4266;MQ=53.29;MQ0=0;QD=18.36;SB=-954.476;SBQD=2.604;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.3782;VQSLOD=-17.2168 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1190,102,0
|
|
1 207629514 rs311303 G A 2255.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1017.934;SBQD=1.966;SBpi=0.7385;SBpiQual=0.9136;VQSLOD=8.5784 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2288,178,0
|
|
1 207807928 rs4844384 G A 992.34 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.261;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.4607;MQ=57.34;MQ0=1;MQRankSum=0.374;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-526.276;SBQD=-0.066;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.1885;VQSLOD=2.9583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1022,0,876
|
|
1 207906798 . G A 165.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=10.08;MQ0=62;MQRankSum=2.281;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-0.007;SBQD=5.330;SBpi=1.8028;SBpiQual=1.9558;VQSLOD=-2.2972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,13:84:39.82:195,0,40
|
|
1 207907020 . T C 188.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DP=109;Dels=0.00;FS=27.538;HRun=1;HaplotypeScore=2.5802;MQ=29.59;MQ0=7;MQRankSum=-0.771;QD=1.73;ReadPosRankSum=-3.532;SB=81.242;SBQD=-4.723;SBpi=-2.2361;SBpiQual=-2.4049;VQSLOD=-4.4727 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,20:109:99:218,0,1477
|
|
1 207910058 rs2761429 C T 2500.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.07;MQ0=0;QD=35.73;SB=-472.275;SBQD=4.399;SBpi=2.6295;SBpiQual=2.9482;VQSLOD=2.8904 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2534,199,0
|
|
1 207910551 rs61203601 C T 619.19 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.774;HRun=0;HaplotypeScore=1.8606;MQ=45.97;MQ0=1;MQRankSum=-1.587;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.758;SB=-263.549;SBQD=-8.555;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.3515;VQSLOD=4.4373 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:649,0,461
|
|
1 207911151 rs55989809 C A 698.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.174;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=7.698;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.20;MQ0=2;MQRankSum=-3.398;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-120.412;SBQD=10.968;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.2144;VQSLOD=0.5868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:728,0,989
|
|
1 207915978 rs2796263 T C 2132.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=29.62;SB=-1015.645;SBQD=4.005;SBpi=-0.9428;SBpiQual=-0.5907;VQSLOD=6.2835 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2166,193,0
|
|
1 207924271 rs11118514 C G 1169 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.933;SB=-504.649;SBQD=0.897;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7973;VQSLOD=4.7857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:1199,0,919
|
|
1 207944114 rs11118557 A G 759.78 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.146;HRun=0;HaplotypeScore=4.0826;MQ=30.23;MQ0=1;MQRankSum=-0.699;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-356.661;SBQD=-4.120;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.6149;VQSLOD=2.7300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:790,0,801
|
|
1 207955338 rs2488258 A G 3173.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=34.12;SB=-1648.354;SBQD=1.176;SBpi=0.1555;SBpiQual=0.2440;VQSLOD=8.4988 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3206,253,0
|
|
1 207956795 rs41258534 G C 1399.31 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.446;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=17.06;ReadPosRankSum=-2.113;SB=-637.982;SBQD=-6.078;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.6305;VQSLOD=4.6724 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:1429,0,1053
|
|
1 207993339 rs2235768 G C 1208.63 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=0;HaplotypeScore=2.7453;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=15.11;ReadPosRankSum=0.281;SB=-694.885;SBQD=-2.212;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.1268;VQSLOD=5.2889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1239,0,1038
|
|
1 208028589 rs12057608 C T 821.63 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.229;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.540;HRun=1;HaplotypeScore=1.6385;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.576;SB=-368.371;SBQD=4.531;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3525;VQSLOD=5.1650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:852,0,980
|
|
1 208035912 rs55930746 T C 1500.06 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=7.661;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=18.52;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-708.589;SBQD=-6.600;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.5842;VQSLOD=4.9461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,51:81:99:1530,0,876
|
|
1 208045435 rs1204674 C A 882.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.568;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=15.452;HRun=0;HaplotypeScore=23.7369;MQ=56.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.901;QD=15.49;ReadPosRankSum=2.734;SB=-489.180;SBQD=-10.724;SBpi=-0.9912;SBpiQual=-1.0946;VQSLOD=-13.1947 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:57:44.81:916,45,0
|
|
1 208051049 rs61821320 G A 1065.35 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.405;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-540.022;SBQD=-3.120;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.4009;VQSLOD=5.7648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1095,0,896
|
|
1 208058924 rs658347 T C 706.34 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.545;SB=-391.867;SBQD=-0.389;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2249;VQSLOD=5.9937 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:736,0,980
|
|
1 208067043 rs11118825 T A 1563.86 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.113;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.014;SB=-756.948;SBQD=4.102;SBpi=0.3501;SBpiQual=0.3458;VQSLOD=4.4707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,51:88:99:1594,0,1068
|
|
1 208077643 rs656801 C T 1147.23 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.081;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.981;HRun=1;HaplotypeScore=2.2859;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=17.38;ReadPosRankSum=0.318;SB=-555.297;SBQD=-5.500;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.4854;VQSLOD=5.1656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:1177,0,747
|
|
1 208107410 rs479419 G A 916.34 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=16.66;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-485.496;SBQD=-1.077;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.3137;VQSLOD=6.0309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:946,0,660
|
|
1 208112125 rs614732 C T 1225.20 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.184;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.873;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.900;SB=-612.009;SBQD=-3.476;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.3885;VQSLOD=5.6251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:1255,0,957
|
|
1 208172387 rs1152835 T C 2855.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1359.500;SBQD=0.022;SBpi=-0.6547;SBpiQual=-0.7144;VQSLOD=7.6408 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2888,229,0
|
|
1 208173924 rs6685122 G A 1289.09 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.454;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.977;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.292;QD=18.42;ReadPosRankSum=0.893;SB=-627.123;SBQD=-0.670;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3752;VQSLOD=4.6963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,44:70:99:1319,0,752
|
|
1 208181153 rs631802 A G 2826.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.78;SB=-1388.491;SBQD=1.127;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.3574;VQSLOD=8.7723 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2860,223,0
|
|
1 208244853 rs2478816 A G 1987.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=34.27;SB=-1072.215;SBQD=-0.746;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0247;VQSLOD=8.2831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2021,160,0
|
|
1 208253883 rs7540179 A G 2446.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.37;MQ0=0;QD=33.52;SB=-827.725;SBQD=-0.161;SBpi=1.6971;SBpiQual=1.7572;VQSLOD=6.0673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2480,199,0
|
|
1 208262786 rs10863694 T C 1025.95 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.706;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.241;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.345;SB=-449.790;SBQD=-4.596;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.7137;VQSLOD=5.4759 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1056,0,1288
|
|
1 208263980 rs11118982 G A 957.03 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.772;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.775;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=14.50;ReadPosRankSum=0.269;SB=-329.643;SBQD=8.566;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.9231;VQSLOD=6.0115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:987,0,661
|
|
1 208267578 rs2148699 T C 817.35 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.945;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.938;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.718;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.914;SB=-397.399;SBQD=1.470;SBpi=-0.0870;SBpiQual=0.2313;VQSLOD=5.1777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:847,0,981
|
|
1 208293513 rs4844645 A G 1742.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.22;MQ0=0;QD=32.27;SB=-801.045;SBQD=1.607;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.7314;VQSLOD=7.6379 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1776,147,0
|
|
1 208296083 rs11118988 A G 911.09 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.535;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.182;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-415.550;SBQD=-4.308;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5634;VQSLOD=4.9937 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:941,0,882
|
|
1 208298239 rs6540454 A G 1848.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9705;MQ=57.01;MQ0=0;QD=28.89;SB=-1014.005;SBQD=-8.701;SBpi=0.5000;SBpiQual=-0.1260;VQSLOD=5.1820 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1882,168,0
|
|
1 208302601 rs895240 C T 894.09 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.551;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.952;HRun=1;HaplotypeScore=3.4251;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-423.269;SBQD=1.642;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2967;VQSLOD=3.7809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:924,0,1077
|
|
1 208316725 rs576876 G C 1893.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=28.68;SB=-857.626;SBQD=9.063;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.8307;VQSLOD=6.0741 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1926,165,0
|
|
1 208323140 rs11578181 T G 928.67 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.957;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.013;HRun=1;HaplotypeScore=2.7407;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.607;SB=-548.487;SBQD=-5.516;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.0242;VQSLOD=5.0746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:959,0,1001
|
|
1 208325244 rs600031 A G 2326.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1237.940;SBQD=-1.013;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.0591;VQSLOD=8.1449 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2360,190,0
|
|
1 208327759 rs675894 C T 637.40 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.158;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.297;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=13.28;ReadPosRankSum=2.064;SB=-134.303;SBQD=7.275;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.4850;VQSLOD=3.9031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:667,0,605
|
|
1 208328062 rs493194 T C 1964.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.68;SB=-1003.099;SBQD=-1.452;SBpi=0.5080;SBpiQual=0.4001;VQSLOD=7.6331 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1997,165,0
|
|
1 208339601 rs11118997 G A 1120.11 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.389;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.235;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.024;SB=-585.248;SBQD=-4.691;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.2791;VQSLOD=5.5838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1150,0,1089
|
|
1 208340157 rs11584330 C A 1347.70 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.094;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=8.415;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=14.97;ReadPosRankSum=-1.869;SB=-491.118;SBQD=5.920;SBpi=0.9045;SBpiQual=0.9274;VQSLOD=4.9883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:1378,0,1430
|
|
1 208373312 rs7525987 T C 2003.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=33.96;SB=-907.216;SBQD=2.165;SBpi=0.5859;SBpiQual=0.7018;VQSLOD=7.8612 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2037,162,0
|
|
1 208414033 rs1335045 T C 423.11 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.672;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.169;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.317;SB=-217.629;SBQD=0.510;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2084;VQSLOD=5.6343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:453,0,878
|
|
1 208423112 rs4844663 G T 104.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=14.2169;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.032;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.690;SB=-171.087;SBQD=-4.687;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.2347;VQSLOD=-6.0843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:35.21:135,0,35
|
|
1 208441488 rs1612734 G A 669.40 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.012;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=5.020;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.687;SB=-380.491;SBQD=-5.106;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3366;VQSLOD=4.8703 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:699,0,943
|
|
1 208442000 rs11588788 G A 978.75 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.814;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=9.466;HRun=2;HaplotypeScore=1.8490;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=12.88;ReadPosRankSum=1.216;SB=-576.348;SBQD=6.913;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2383;VQSLOD=4.1782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1009,0,1104
|
|
1 208449077 rs6657354 C G 794.16 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.614;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.169;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.134;SB=-361.463;SBQD=1.672;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.4828;VQSLOD=4.7632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:824,0,870
|
|
1 208524979 rs12124532 G A 880.63 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.450;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.025;HRun=0;HaplotypeScore=2.6320;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=11.15;ReadPosRankSum=-1.535;SB=-244.706;SBQD=1.300;SBpi=1.6058;SBpiQual=1.7673;VQSLOD=2.6500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:911,0,998
|
|
1 208551533 rs701642 C T 3301.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.76;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1562.344;SBQD=5.672;SBpi=-0.7615;SBpiQual=-0.2337;VQSLOD=7.0269 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3301,280,0
|
|
1 208554185 rs701641 C T 2757.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.26;SB=-1285.298;SBQD=-0.217;SBpi=0.4650;SBpiQual=0.4715;VQSLOD=9.0683 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2790,217,0
|
|
1 208558547 rs696979 T C 1016.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.137;HRun=0;HaplotypeScore=2.4900;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.086;SB=-499.193;SBQD=-5.045;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.4263;VQSLOD=5.6231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:76:99:1047,0,1145
|
|
1 208596797 rs696962 C T 772.62 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.323;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.020;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=13.55;ReadPosRankSum=1.604;SB=-357.430;SBQD=-0.678;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5244;VQSLOD=5.4923 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:803,0,746
|
|
1 208599967 rs34618522 C T 846.43 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.055;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=11.29;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-503.446;SBQD=-0.411;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.1815;VQSLOD=5.1241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:75:99:876,0,1205
|
|
1 208610782 rs701621 A G 2367.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=31.56;ReadPosRankSum=-1.686;SB=-1324.706;SBQD=2.384;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.1047;VQSLOD=7.0687 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:2400,193,0
|
|
1 208618173 rs56197894 T C 763.55 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.631;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.176;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-304.852;SBQD=2.926;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.5643;VQSLOD=5.6178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:794,0,1209
|
|
1 208646590 rs701625 G A 2093.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.10;SB=-993.330;SBQD=0.996;SBpi=0.3939;SBpiQual=0.4865;VQSLOD=9.2931 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2127,166,0
|
|
1 208658315 rs701614 G A 1379.96 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=17.47;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-593.060;SBQD=1.023;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.8653;VQSLOD=4.8632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:1410,0,1029
|
|
1 208669406 rs56713304 T C 1419.43 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.149;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.714;HRun=2;HaplotypeScore=3.9554;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=17.31;ReadPosRankSum=1.324;SB=-662.727;SBQD=3.869;SBpi=0.6429;SBpiQual=0.5753;VQSLOD=2.7581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:1449,0,1035
|
|
1 208673483 rs12141756 C G 828.48 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.235;HRun=0;HaplotypeScore=1.9142;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.232;SB=-410.325;SBQD=1.115;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.5022;VQSLOD=4.9925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:858,0,664
|
|
1 208682474 rs7519276 G A 792.41 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.168;SB=-412.701;SBQD=-0.118;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2971;VQSLOD=5.6267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:822,0,857
|
|
1 208698154 rs1341684 T G 1600.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=33.34;SB=-846.783;SBQD=0.534;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.1942;VQSLOD=7.6137 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1634,132,0
|
|
1 208699313 rs34659941 G A 920.15 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.276;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=12.43;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-436.329;SBQD=1.137;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3594;VQSLOD=6.0971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:950,0,1315
|
|
1 208726002 rs4503349 G A 3034.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.47;SB=-1383.777;SBQD=-0.667;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5715;VQSLOD=8.1070 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3068,238,0
|
|
1 208792284 rs1934605 G C 2322.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1146.383;SBQD=-0.595;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.3686;VQSLOD=8.5043 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2356,184,0
|
|
1 208841852 rs6691596 G A 1806.30 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.030;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=15.951;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=20.76;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-755.057;SBQD=10.285;SBpi=0.6068;SBpiQual=0.7251;VQSLOD=4.6297 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,55:87:99:1836,0,849
|
|
1 208851567 rs17013025 C T 694.46 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.643;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.864;HRun=2;HaplotypeScore=3.4357;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.950;SB=-163.220;SBQD=-6.671;SBpi=-1.3728;SBpiQual=-1.5334;VQSLOD=2.6241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:724,0,1104
|
|
1 208866200 . C G 826.40 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.799;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.802;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.205;SB=-475.186;SBQD=-2.657;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.0367;VQSLOD=4.5544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:856,0,1287
|
|
1 208872435 rs1166872 G A 1015.19 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.570;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=13.91;ReadPosRankSum=1.055;SB=-546.220;SBQD=-1.492;SBpi=0.0845;SBpiQual=-0.0105;VQSLOD=6.1174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1045,0,1165
|
|
1 208873925 rs10779493 T C 843.50 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.323;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.414;QD=14.80;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-344.267;SBQD=0.174;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.7020;VQSLOD=5.1213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:873,0,839
|
|
1 208905917 rs1166882 C T 960.72 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.004;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=0;HaplotypeScore=1.9705;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.054;SB=-581.209;SBQD=0.912;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1435;VQSLOD=5.3495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:991,0,1100
|
|
1 208928098 rs10494906 G A 1349.35 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.337;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=4.260;HRun=2;HaplotypeScore=1.9148;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.980;SB=-559.188;SBQD=-5.271;SBpi=-0.8023;SBpiQual=-0.9064;VQSLOD=3.5834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:1379,0,773
|
|
1 208935974 rs17013220 A G 1231.77 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.506;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=4.355;HRun=0;HaplotypeScore=3.8175;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.460;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.872;SB=-594.380;SBQD=-3.186;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.7193;VQSLOD=2.8102 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:1262,0,1254
|
|
1 208940942 rs6689572 G A 1574.45 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.746;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=7.618;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.836;SB=-592.682;SBQD=5.559;SBpi=0.9707;SBpiQual=1.0294;VQSLOD=5.8414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,52:106:99:1604,0,1562
|
|
1 208948586 rs7526952 C T 1364.50 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.066;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=11.903;HRun=0;HaplotypeScore=3.1026;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.703;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-466.298;SBQD=7.375;SBpi=1.2399;SBpiQual=1.2516;VQSLOD=2.6191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1394,0,956
|
|
1 208956621 rs1166928 C T 1017.41 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7653;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.356;SB=-398.767;SBQD=1.616;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.7769;VQSLOD=5.5491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:1047,0,928
|
|
1 208960674 rs1185602 C T 977.33 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.750;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.933;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-385.851;SBQD=-6.700;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.7990;VQSLOD=4.4683 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:64:99:1007,0,896
|
|
1 208962054 . G C 1286.51 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DP=83;Dels=0.00;FS=0.841;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.662;SB=-520.457;SBQD=-0.731;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.9617;VQSLOD=4.6620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1317,0,1231
|
|
1 208963476 . T A 847.59 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.755;DP=64;Dels=0.00;FS=0.953;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.270;SB=-376.701;SBQD=1.772;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.5363;VQSLOD=3.8903 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:878,0,1162
|
|
1 208963524 . T C 1004.73 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.164;DP=63;Dels=0.00;FS=2.124;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-527.466;SBQD=-0.077;SBpi=-0.2466;SBpiQual=0.0598;VQSLOD=4.4657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:1035,0,834
|
|
1 208971643 . G A 1146.30 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.173;DP=64;Dels=0.00;FS=0.987;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=17.91;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-486.974;SBQD=3.381;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6641;VQSLOD=4.4353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:1176,0,623
|
|
1 208971746 . G A 802.26 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.961;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.159;SB=-390.324;SBQD=-0.670;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2962;VQSLOD=4.5206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:832,0,1064
|
|
1 208974935 rs1166907 C T 1704.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.98;MQ0=0;QD=27.06;SB=-907.909;SBQD=1.641;SBpi=-1.0709;SBpiQual=-1.0571;VQSLOD=4.7341 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1738,132,0
|
|
1 208986351 rs10735502 A G 2483.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.99;SB=-958.513;SBQD=0.890;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.0992;VQSLOD=9.0043 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2516,202,0
|
|
1 208995966 rs4844443 C T 1068.01 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.020;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.846;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=13.19;ReadPosRankSum=1.235;SB=-582.697;SBQD=-0.963;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0252;VQSLOD=5.7520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1098,0,1284
|
|
1 208998704 rs55761436 G A 1053.57 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.896;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.089;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=16.72;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-466.656;SBQD=-2.741;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5316;VQSLOD=4.2135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:1084,0,907
|
|
1 209018057 rs11586919 G A 270.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=6.849;HRun=2;HaplotypeScore=17.2418;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.876;QD=4.16;ReadPosRankSum=-4.135;SB=-55.825;SBQD=6.881;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.0644;VQSLOD=-15.3577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,20:65:99:300,0,1093
|
|
1 209032277 . C T 1310.15 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=73;Dels=0.00;FS=3.237;HRun=0;HaplotypeScore=1.9662;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=17.95;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-623.548;SBQD=4.036;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.3596;VQSLOD=3.4973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:1340,0,948
|
|
1 209037609 rs12723130 T A 1981.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.20;MQ0=0;QD=34.16;SB=-1085.063;SBQD=0.789;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0552;VQSLOD=7.7638 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2014,159,0
|
|
1 209044829 rs11119143 T C 1006.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.15;MQ0=0;QD=19.73;SB=-633.250;SBQD=2.611;SBpi=-1.0502;SBpiQual=-0.7651;VQSLOD=3.9507 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:90.23:1039,90,0
|
|
1 209045762 . G A 1063.03 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.615;DP=75;Dels=0.00;FS=14.662;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=14.17;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-294.230;SBQD=10.236;SBpi=1.3333;SBpiQual=1.4167;VQSLOD=3.5495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1093,0,1080
|
|
1 209048437 . C A 592.72 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.816;DP=56;Dels=0.00;FS=4.176;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.744;SB=-206.193;SBQD=9.033;SBpi=1.2509;SBpiQual=1.3171;VQSLOD=2.1100 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:623,0,651
|
|
1 209054775 rs2211045 A G 1021.03 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=4.157;HRun=0;HaplotypeScore=1.6229;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.037;SB=-398.770;SBQD=-4.029;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-1.2969;VQSLOD=5.1409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:1051,0,1502
|
|
1 209062189 rs1933571 A G 451.17 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.922;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-220.314;SBQD=0.019;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.2689;VQSLOD=4.3849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,20:52:99:481,0,1034
|
|
1 209072526 rs61817397 A G 1443.86 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.072;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=16.99;ReadPosRankSum=0.075;SB=-558.681;SBQD=6.407;SBpi=0.7372;SBpiQual=0.8749;VQSLOD=5.2324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1474,0,1256
|
|
1 209087082 rs6419459 A G 1720.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.54;MQ0=0;QD=32.46;SB=-718.915;SBQD=-5.973;SBpi=1.0302;SBpiQual=0.5899;VQSLOD=7.6642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1754,156,0
|
|
1 209100322 rs7516842 C A 1131.17 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.968;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.632;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=15.71;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-443.050;SBQD=-5.264;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.6619;VQSLOD=4.7798 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1161,0,1081
|
|
1 209114647 rs11119176 T C 527.22 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.429;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=8.488;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=2.463;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.318;SB=-32.105;SBQD=15.047;SBpi=1.4924;SBpiQual=1.9469;VQSLOD=3.6766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:557,0,760
|
|
1 209151453 rs28678435 A T 992.02 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.954;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=15.75;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-485.289;SBQD=-2.184;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2301;VQSLOD=5.3400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:1022,0,1023
|
|
1 209152462 rs10863737 C A 1011.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.836;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-554.128;SBQD=3.106;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.4004;VQSLOD=4.8913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1042,0,1203
|
|
1 209152835 . T C 1027.64 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=85;Dels=0.00;FS=0.827;HRun=1;HaplotypeScore=2.7547;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-500.675;SBQD=-1.143;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2670;VQSLOD=2.1836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:85:99:1058,0,1568
|
|
1 209156413 . C T 975.70 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.392;DP=84;Dels=0.00;FS=1.845;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=11.62;ReadPosRankSum=-1.512;SB=-472.844;SBQD=-1.932;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.5638;VQSLOD=2.9829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:1006,0,1505
|
|
1 209167891 . C T 834.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.366;DP=81;Dels=0.00;FS=3.141;HRun=0;HaplotypeScore=1.7306;MQ=48.89;MQ0=1;MQRankSum=-7.041;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.106;SB=-268.860;SBQD=5.761;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9943;VQSLOD=-8.1311 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:865,0,1321
|
|
1 209195248 rs6670957 G T 1465.17 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.245;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=7.437;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.595;SB=-610.511;SBQD=5.274;SBpi=0.7217;SBpiQual=0.7250;VQSLOD=5.5412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:1495,0,1056
|
|
1 209218583 rs4562625 C G 923.84 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.743;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.096;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.535;SB=-403.048;SBQD=2.499;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.4395;VQSLOD=5.4977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:954,0,1195
|
|
1 209231689 rs6698744 C T 686.06 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=12.47;ReadPosRankSum=1.546;SB=-368.435;SBQD=-2.493;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.2766;VQSLOD=5.4503 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:716,0,729
|
|
1 209233483 rs10735505 A G 1464.84 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.148;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=13.950;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.383;QD=15.42;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-617.126;SBQD=-7.927;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.6944;VQSLOD=4.8929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:1495,0,1395
|
|
1 209250959 rs12022128 A G 1429.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6935;MQ=53.80;MQ0=0;QD=26.47;SB=-705.662;SBQD=-2.860;SBpi=-0.5443;SBpiQual=-0.8912;VQSLOD=3.8464 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1462,129,0
|
|
1 209251079 rs12022155 A T 1491.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.50;MQ0=0;QD=31.08;SB=-736.178;SBQD=2.002;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.7017;VQSLOD=7.1291 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1525,120,0
|
|
1 209274348 rs1174557 C A 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.16;SB=-1445.968;SBQD=0.983;SBpi=0.5897;SBpiQual=0.7046;VQSLOD=9.3756 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3264,256,0
|
|
1 209321731 rs1807845 T C 2074.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=30.06;SB=-840.948;SBQD=6.922;SBpi=0.9029;SBpiQual=1.3991;VQSLOD=6.3122 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2107,177,0
|
|
1 209322580 rs4481851 A C 2555.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=34.07;SB=-1346.508;SBQD=-1.932;SBpi=0.0577;SBpiQual=-0.1193;VQSLOD=8.4119 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2589,208,0
|
|
1 209339484 rs11119232 T C 1902.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.9292;MQ=59.62;MQ0=0;QD=31.19;SB=-782.495;SBQD=4.726;SBpi=0.6455;SBpiQual=1.0202;VQSLOD=3.3718 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1936,168,0
|
|
1 209344691 rs4240830 G A 3448.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1744.111;SBQD=-0.648;SBpi=-0.3554;SBpiQual=-0.4536;VQSLOD=8.7835 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3448,265,0
|
|
1 209350472 rs4844784 T C 1199.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.7489;MQ=59.51;MQ0=0;QD=25.52;SB=-690.934;SBQD=1.664;SBpi=-0.6564;SBpiQual=-0.5374;VQSLOD=2.7585 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:96.30:1232,96,0
|
|
1 209367963 rs4314884 G A 923.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.76;MQ0=0;QD=29.78;SB=-133.742;SBQD=6.687;SBpi=2.0655;SBpiQual=2.2117;VQSLOD=4.9456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:84.23:956,84,0
|
|
1 209429531 rs906352 T C 2186.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=29.55;SB=-1177.063;SBQD=-0.131;SBpi=-0.5812;SBpiQual=-0.6703;VQSLOD=6.2711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2220,178,0
|
|
1 209446729 rs2265733 C T 2033.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=31.28;SB=-976.495;SBQD=-3.502;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.7810;VQSLOD=4.3103 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2066,171,0
|
|
1 209480438 rs2250631 A G 1753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.22;MQ0=0;QD=35.08;SB=-760.840;SBQD=2.136;SBpi=0.5657;SBpiQual=0.7099;VQSLOD=7.8346 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1787,144,0
|
|
1 209510252 rs2843168 A G 688.62 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.664;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.245;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.541;SB=-208.858;SBQD=-7.823;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4675;VQSLOD=3.3677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:719,0,1036
|
|
1 209523664 rs1014817 G C 830.68 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.732;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=11.863;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-454.050;SBQD=8.456;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=5.5871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:861,0,966
|
|
1 209577637 rs6690024 C G 1133.01 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.925;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=10.406;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-409.875;SBQD=8.487;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.8961;VQSLOD=3.8820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:1163,0,1423
|
|
1 209579702 rs7526420 G A 970.70 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.988;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.814;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-660.994;SBQD=-1.293;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.1595;VQSLOD=4.4710 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:1001,0,911
|
|
1 209627302 rs11119279 T C 1508.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=43.30;MQ0=2;QD=26.00;SB=-858.645;SBQD=3.808;SBpi=0.1987;SBpiQual=0.1182;VQSLOD=5.1640 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1541,126,0
|
|
1 209632204 rs7526722 C T 2962.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1601.577;SBQD=-0.561;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0421;VQSLOD=9.3507 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2996,235,0
|
|
1 209708608 rs17387843 G A 2414.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=32.63;SB=-1381.984;SBQD=2.533;SBpi=-0.1162;SBpiQual=0.0929;VQSLOD=7.8956 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2448,196,0
|
|
1 209721047 rs996148 C A 2119.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=58.89;MQ0=0;QD=33.64;SB=-853.378;SBQD=1.510;SBpi=1.0709;SBpiQual=1.1763;VQSLOD=6.3044 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2153,174,0
|
|
1 209730965 rs9429997 G T 543.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DB;DP=75;Dels=0.01;FS=3.214;HRun=10;HaplotypeScore=4.6749;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=7.15;ReadPosRankSum=-2.610;SB=-574.122;SBQD=1.273;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.0124;VQSLOD=-4.8711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:574,0,892
|
|
1 209756419 rs17014820 C A 1603.42 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.672;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.605;HRun=1;HaplotypeScore=1.6828;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=19.80;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-821.372;SBQD=-4.180;SBpi=0.2100;SBpiQual=0.1905;VQSLOD=4.7780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,51:81:99:1633,0,828
|
|
1 209785206 rs11119315 G A 654.55 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.681;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.755;HRun=0;HaplotypeScore=2.5150;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.383;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.852;SB=-353.085;SBQD=1.516;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.3623;VQSLOD=5.0979 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:685,0,306
|
|
1 209788703 rs1049607 T C 571.55 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.918;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=6.369;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=12.42;ReadPosRankSum=1.169;SB=-259.714;SBQD=9.429;SBpi=-0.1043;SBpiQual=0.2596;VQSLOD=5.0362 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:602,0,491
|
|
1 209795029 rs12565132 G A 1097.37 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.068;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9987;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-483.985;SBQD=0.539;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6261;VQSLOD=3.7631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1127,0,1207
|
|
1 209826917 rs1001929 G T 2278.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1193.881;SBQD=2.550;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.0999;VQSLOD=8.8788 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2312,181,0
|
|
1 209828955 rs12126519 C T 2567.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=37.21;SB=-1262.839;SBQD=-1.096;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.2784;VQSLOD=8.9217 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2601,202,0
|
|
1 209834449 rs11119323 A T 1609.66 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.026;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.789;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=16.77;ReadPosRankSum=0.742;SB=-729.262;SBQD=0.746;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.7242;VQSLOD=5.7860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:96:99:1640,0,1317
|
|
1 209851897 rs4393158 A G 982.38 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.810;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.812;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-369.858;SBQD=5.592;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.7483;VQSLOD=5.9085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:1012,0,1132
|
|
1 209871135 rs4844881 A G 2081.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6642;MQ=58.91;MQ0=0;QD=27.03;SB=-983.308;SBQD=-0.951;SBpi=-0.8547;SBpiQual=-0.9918;VQSLOD=4.7656 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2114,189,0
|
|
1 209914449 rs667681 A G 1985.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=27.58;SB=-955.903;SBQD=-1.622;SBpi=-1.1785;SBpiQual=-1.2900;VQSLOD=4.9224 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:2019,157,0
|
|
1 209939135 rs56057644 A T 892.90 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.986;HRun=3;HaplotypeScore=1.8318;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.539;SB=-477.531;SBQD=-2.315;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2804;VQSLOD=4.8770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:923,0,1037
|
|
1 209945018 rs1883308 T G 1682.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5592;MQ=50.11;MQ0=1;QD=27.59;SB=-1019.387;SBQD=1.351;SBpi=-0.1921;SBpiQual=-0.3279;VQSLOD=5.1060 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1716,141,0
|
|
1 209970500 . G A 862.77 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.409;DP=69;Dels=0.00;FS=0.947;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-404.452;SBQD=-4.181;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7740;VQSLOD=2.7207 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:893,0,902
|
|
1 209971655 rs2236909 A G 1654.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=58.36;MQ0=0;QD=30.65;SB=-941.861;SBQD=0.717;SBpi=-0.1361;SBpiQual=-0.0808;VQSLOD=7.1731 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1688,138,0
|
|
1 209976215 rs2073486 G A 2864.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1214.266;SBQD=3.018;SBpi=0.7730;SBpiQual=1.0476;VQSLOD=8.7067 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2898,232,0
|
|
1 209982293 rs630984 G A 1881.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.28;MQ0=0;QD=32.43;SB=-993.654;SBQD=1.206;SBpi=0.1313;SBpiQual=0.2354;VQSLOD=7.3002 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1914,153,0
|
|
1 210019701 rs3766614 G A 1944.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.468;HRun=1;HaplotypeScore=2.5980;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.619;QD=31.88;ReadPosRankSum=-0.199;SB=-973.986;SBQD=-4.053;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.4525;VQSLOD=4.8590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1978,128,0
|
|
1 210074833 . C T 1246.79 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.371;DP=75;Dels=0.00;FS=3.093;HRun=0;HaplotypeScore=2.8295;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=16.62;ReadPosRankSum=0.079;SB=-602.927;SBQD=-2.085;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.2463;VQSLOD=3.1700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1277,0,1116
|
|
1 210181612 rs227216 T G 2083.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=31.57;SB=-751.713;SBQD=-5.758;SBpi=-1.1078;SBpiQual=-1.4742;VQSLOD=7.3337 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2116,183,0
|
|
1 210183328 rs227219 T C 1887.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=33.11;SB=-879.867;SBQD=-3.542;SBpi=-0.4636;SBpiQual=-0.6818;VQSLOD=6.5991 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1920,153,0
|
|
1 210192452 rs227226 G A 1583.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.92;MQ0=0;QD=32.98;SB=-795.698;SBQD=0.917;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.4292;VQSLOD=5.9519 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1616,129,0
|
|
1 210219471 rs860155 C T 2242.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.4725;MQ=59.00;MQ0=0;QD=34.50;SB=-1130.602;SBQD=-2.636;SBpi=-0.1861;SBpiQual=-0.3281;VQSLOD=6.3927 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2276,178,0
|
|
1 210228889 rs2743889 C T 2695.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1347.813;SBQD=0.429;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3409;VQSLOD=8.3961 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2729,217,0
|
|
1 210261708 rs846545 T C 2219.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.16;MQ0=0;QD=28.45;SB=-1092.126;SBQD=5.588;SBpi=-1.1323;SBpiQual=-0.6229;VQSLOD=4.7578 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2252,199,0
|
|
1 210284025 rs2451697 G A 981.09 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.442;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-356.103;SBQD=0.196;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.0141;VQSLOD=5.5367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:1011,0,1384
|
|
1 210331585 rs4537554 C T 1217.11 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.334;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9265;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=17.39;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-642.207;SBQD=0.240;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0685;VQSLOD=4.0421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1247,0,970
|
|
1 210338397 rs12133399 A G 1286.07 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.111;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=18.11;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-544.313;SBQD=1.735;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.6674;VQSLOD=4.4681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1316,0,935
|
|
1 210352986 rs1933477 C T 844.57 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.826;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=3.959;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-428.727;SBQD=-3.730;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.3835;VQSLOD=5.3633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:875,0,482
|
|
1 210354298 rs2494170 C A 2879.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.91;SB=-1401.823;SBQD=-1.180;SBpi=-0.2265;SBpiQual=-0.3301;VQSLOD=7.0816 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2912,229,0
|
|
1 210366460 rs61827940 G A 1155.95 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.079;SB=-520.395;SBQD=1.304;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.6086;VQSLOD=5.3114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:63:99:1186,0,711
|
|
1 210368608 rs4844963 T C 985.91 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.897;HRun=0;HaplotypeScore=1.7621;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.767;SB=-554.681;SBQD=2.358;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3075;VQSLOD=5.4787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1016,0,921
|
|
1 210370761 rs2485901 T G 781.88 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.029;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=9.982;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.947;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.533;SB=-341.372;SBQD=-6.925;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5238;VQSLOD=5.5825 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:812,0,1387
|
|
1 210372455 rs2096152 T C 1759.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=33.19;SB=-842.411;SBQD=-0.569;SBpi=-0.6181;SBpiQual=-0.6634;VQSLOD=8.0575 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1792,141,0
|
|
1 210380909 rs2494180 T C 1979.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.14;MQ0=0;QD=34.72;SB=-1057.736;SBQD=0.080;SBpi=0.0662;SBpiQual=0.0785;VQSLOD=7.7146 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2012,159,0
|
|
1 210492743 rs7548236 C A 605.61 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DB;DP=70;Dels=0.01;FS=0.912;HRun=6;HaplotypeScore=2.9648;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.233;SB=-547.934;SBQD=2.055;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1333;VQSLOD=1.7973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:636,0,789
|
|
1 210500298 . T C 245.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;DP=27;Dels=0.00;FS=10.392;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=30.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=9.08;ReadPosRankSum=2.849;SB=-257.306;SBQD=10.034;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2094;VQSLOD=2.8164 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,20:27:35.87:278,36,0
|
|
1 210501034 rs12118661 G C 1491.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ=57.55;MQ0=0;QD=31.07;SB=-637.719;SBQD=-4.667;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.7935;VQSLOD=6.2293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1524,129,0
|
|
1 210505774 rs12144593 A G 2231.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37;SB=-1029.395;SBQD=-6.758;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-1.0896;VQSLOD=6.1917 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2265,193,0
|
|
1 210506006 rs2357432 G A 2914.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.78;MQ0=0;QD=35.11;SB=-1031.123;SBQD=-0.032;SBpi=1.5916;SBpiQual=1.6754;VQSLOD=5.5119 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2947,232,0
|
|
1 210511140 rs613047 T A 2353.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.25;MQ0=0;QD=34.61;SB=-896.357;SBQD=-0.484;SBpi=1.2127;SBpiQual=1.2606;VQSLOD=7.9495 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2387,193,0
|
|
1 210539298 rs34655906 T C 613.05 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.221;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.969;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.048;SB=-262.619;SBQD=1.306;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.6315;VQSLOD=4.6342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,27:70:99:643,0,1258
|
|
1 210541377 rs4844521 C T 660.66 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.535;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=16.94;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-143.251;SBQD=4.470;SBpi=1.4924;SBpiQual=1.5621;VQSLOD=3.6484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:691,0,476
|
|
1 210541553 rs4844522 G A 1924.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.99;SB=-622.551;SBQD=1.312;SBpi=1.5507;SBpiQual=1.6998;VQSLOD=7.5782 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1957,150,0
|
|
1 210556360 rs12411194 G A 1416.04 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.830;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=16.86;ReadPosRankSum=0.249;SB=-714.188;SBQD=1.781;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.3784;VQSLOD=5.7474 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:1446,0,1096
|
|
1 210568621 . A G 585.81 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.711;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.024;SB=-382.010;SBQD=-2.322;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.0534;VQSLOD=3.9598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:616,0,905
|
|
1 210578831 rs910033 A G 2679.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-1140.912;SBQD=0.682;SBpi=0.7608;SBpiQual=0.8438;VQSLOD=8.8968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2713,214,0
|
|
1 210584071 rs1964120 T C 561.02 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.238;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-354.389;SBQD=2.945;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2805;VQSLOD=3.9149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:591,0,746
|
|
1 210588040 rs11119486 A G 2444.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=33.03;SB=-1255.269;SBQD=0.767;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.4326;VQSLOD=8.1908 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2477,208,0
|
|
1 210589510 rs12738703 C T 1884.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.74;MQ0=0;QD=34.90;SB=-690.933;SBQD=1.680;SBpi=1.2247;SBpiQual=1.4022;VQSLOD=6.6051 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1917,147,0
|
|
1 210592392 rs10863828 T G 824.18 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.350;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.975;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=13.51;ReadPosRankSum=1.464;SB=-411.189;SBQD=-1.355;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3081;VQSLOD=5.5383 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:854,0,902
|
|
1 210612220 rs910031 G A 1062.52 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.818;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.312;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-521.208;SBQD=3.432;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2694;VQSLOD=5.2621 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1093,0,893
|
|
1 210619967 rs4845029 T C 985.60 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.682;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=2;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-460.038;SBQD=5.146;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.5807;VQSLOD=4.1984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1016,0,941
|
|
1 210622527 rs742563 C A 1555.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=29.36;SB=-925.824;SBQD=3.594;SBpi=0.0687;SBpiQual=0.2858;VQSLOD=7.1711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1589,123,0
|
|
1 210654686 rs34064091 G A 1518.02 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.119;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.815;HRun=1;HaplotypeScore=2.3113;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=18.07;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-788.673;SBQD=-1.534;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.0922;VQSLOD=4.3514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:1548,0,1027
|
|
1 210710747 rs1316508 C T 2713.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=35.70;SB=-1081.938;SBQD=-1.659;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.2259;VQSLOD=8.6308 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2746,217,0
|
|
1 210750063 rs12217125 A G 1057.28 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.417;HRun=1;HaplotypeScore=1.9565;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.046;SB=-426.520;SBQD=-3.658;SBpi=0.9042;SBpiQual=1.0057;VQSLOD=4.7593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1087,0,1344
|
|
1 210774678 rs56091590 C T 2371.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=2.6227;MQ=59.47;MQ0=0;QD=26.06;SB=-1744.097;SBQD=0.313;SBpi=-0.0524;SBpiQual=-0.0177;VQSLOD=3.6288 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2404,223,0
|
|
1 210778585 rs6540609 G T 2732.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=34.59;SB=-1361.912;SBQD=0.420;SBpi=-0.5063;SBpiQual=-0.5185;VQSLOD=8.5844 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2765,214,0
|
|
1 210779936 rs4951722 T C 739.13 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.911;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.039;SB=-397.539;SBQD=-1.579;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1464;VQSLOD=5.4640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:74:99:769,0,1502
|
|
1 210784497 rs7512979 C T 2321.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1188;MQ=59.04;MQ0=0;QD=34.15;SB=-1276.582;SBQD=-0.526;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.0730;VQSLOD=6.3378 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2355,184,0
|
|
1 210827407 . G A 81.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.312;DP=75;Dels=0.00;FS=20.427;HRun=0;HaplotypeScore=4.9364;MQ=47.17;MQ0=0;MQRankSum=-5.588;QD=1.08;ReadPosRankSum=-3.030;SB=24.027;SBQD=-8.251;SBpi=-1.4912;SBpiQual=-1.7161;VQSLOD=-9.4964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,19:75:99:111,0,1474
|
|
1 210827427 rs61827426 G A 109.06 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=49.545;HRun=1;HaplotypeScore=16.7475;MQ=44.84;MQ0=0;MQRankSum=-5.511;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.847;SB=78.231;SBQD=-11.753;SBpi=-2.5495;SBpiQual=-2.7371;VQSLOD=-28.3244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,26:80:99:139,0,1674
|
|
1 210827437 rs61827427 A G 144.33 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.045;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=44.211;HRun=2;HaplotypeScore=15.6258;MQ=44.60;MQ0=0;MQRankSum=-5.389;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.048;SB=63.562;SBQD=-9.244;SBpi=-2.4056;SBpiQual=-2.5343;VQSLOD=-26.9048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,26:93:99:174,0,1840
|
|
1 210940474 rs1340127 A G 911.87 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=6.892;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.296;SB=-457.781;SBQD=-5.788;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0343;VQSLOD=4.6738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:942,0,1060
|
|
1 210950065 rs61829493 T C 978.53 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.893;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=13.009;HRun=0;HaplotypeScore=2.9168;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.866;SB=-352.405;SBQD=9.537;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.9392;VQSLOD=4.3367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:1009,0,1481
|
|
1 210979696 rs1770222 T C 1266.89 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.406;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.730;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-620.145;SBQD=1.701;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.2011;VQSLOD=5.3618 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:1297,0,1554
|
|
1 210983946 rs10863857 C G 1246.47 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.711;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.901;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=16.40;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-566.138;SBQD=2.310;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.5794;VQSLOD=3.9331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1276,0,1097
|
|
1 210990537 rs4370814 G A 2391.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.85;MQ0=0;QD=34.16;SB=-1340.392;SBQD=-1.241;SBpi=0.1195;SBpiQual=0.0693;VQSLOD=8.4024 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2424,187,0
|
|
1 210995812 rs7529524 C T 2699.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1126.385;SBQD=-0.096;SBpi=1.0826;SBpiQual=1.1079;VQSLOD=8.2666 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2733,214,0
|
|
1 211000639 rs6658648 T C 849.28 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-233.404;SBQD=-3.810;SBpi=-1.1339;SBpiQual=-1.2886;VQSLOD=5.1866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:879,0,976
|
|
1 211000723 rs11119612 C G 965.61 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.932;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=7.369;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.159;SB=-397.215;SBQD=2.811;SBpi=1.1713;SBpiQual=0.8272;VQSLOD=5.3153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:996,0,1247
|
|
1 211018129 rs7532733 A G 1836.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.76;MQ0=4;QD=23.55;SB=-756.720;SBQD=-4.951;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-0.6320;VQSLOD=3.2307 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1870,165,0
|
|
1 211044412 rs2358094 G C 1003.19 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.395;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.864;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.56;MQ0=3;MQRankSum=0.616;QD=10.79;ReadPosRankSum=-2.341;SB=-456.287;SBQD=-2.962;SBpi=0.9912;SBpiQual=0.9228;VQSLOD=4.0411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:1033,0,1151
|
|
1 211051497 rs12121444 T G 1197.82 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.504;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.322;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=14.79;ReadPosRankSum=-1.910;SB=-600.009;SBQD=0.860;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3749;VQSLOD=5.2611 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:1228,0,1182
|
|
1 211095308 . T A 889.10 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.683;DP=71;Dels=0.00;FS=5.053;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.882;SB=-463.185;SBQD=4.023;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.7166;VQSLOD=2.9028 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:919,0,829
|
|
1 211098815 rs12121565 G T 1890.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.99;SB=-771.974;SBQD=-5.334;SBpi=-0.8322;SBpiQual=-1.1454;VQSLOD=6.8308 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1923,153,0
|
|
1 211114607 rs6702809 C T 2287.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.64;SB=-907.768;SBQD=4.402;SBpi=0.9701;SBpiQual=1.2590;VQSLOD=8.7747 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2320,184,0
|
|
1 211156543 rs3951251 G T 1348.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=7;QD=19.55;SB=-637.731;SBQD=-12.387;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.1630;VQSLOD=4.4580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1382,126,0
|
|
1 211185813 rs6669457 A G 3160.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=32.92;SB=-1520.772;SBQD=-0.543;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8908;VQSLOD=7.9335 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3194,250,0
|
|
1 211199932 rs56260926 G A 1934.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=28.04;SB=-1008.270;SBQD=3.533;SBpi=0.6621;SBpiQual=0.8187;VQSLOD=5.6320 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1967,156,0
|
|
1 211201019 rs973945 C T 4256.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=35.17;SB=-2077.745;SBQD=0.877;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6024;VQSLOD=8.7106 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:4256,334,0
|
|
1 211284060 rs4951505 T A 921.27 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.993;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=13.75;ReadPosRankSum=1.082;SB=-591.338;SBQD=0.593;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1280;VQSLOD=3.4613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:951,0,929
|
|
1 211300883 rs12119695 A T 996.47 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.483;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.667;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-557.069;SBQD=-3.700;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1792;VQSLOD=5.9848 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:1026,0,1061
|
|
1 211329572 . C T 1489.80 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.324;DP=105;Dels=0.00;FS=0.724;HRun=3;HaplotypeScore=0.9992;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.870;SB=-706.254;SBQD=0.021;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.5074;VQSLOD=4.2706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,49:105:99:1520,0,1709
|
|
1 211352685 rs7512406 A G 908.14 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.354;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.928;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.190;SB=-434.799;SBQD=-4.183;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2839;VQSLOD=5.8705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:938,0,777
|
|
1 211498535 rs6703361 G A 1600.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=27.13;SB=-1090.269;SBQD=-0.256;SBpi=-0.0651;SBpiQual=-0.1055;VQSLOD=5.4083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1634,129,0
|
|
1 211532060 rs6684874 A T 1508.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;QD=30.79;SB=-270.649;SBQD=-1.456;SBpi=-2.5000;SBpiQual=-2.5346;VQSLOD=4.6651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1541,129,0
|
|
1 211575383 rs2588658 T G 2444.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.49;SB=-1178.761;SBQD=4.103;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.5758;VQSLOD=8.0232 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2477,199,0
|
|
1 211582722 rs1084981 C G 3123.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=35.49;SB=-936.013;SBQD=1.419;SBpi=2.0254;SBpiQual=2.2100;VQSLOD=7.3838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3156,250,0
|
|
1 211617397 rs3002258 T G 1876.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=34.13;SB=-963.161;SBQD=0.094;SBpi=-0.2023;SBpiQual=-0.1339;VQSLOD=7.7198 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1910,153,0
|
|
1 211620056 rs1707251 C A 2392.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=33.70;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-1301.652;SBQD=2.980;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1159;VQSLOD=7.8313 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:2426,168,0
|
|
1 211646660 rs10779559 A G 759.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6423;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.108;SB=-377.715;SBQD=-2.519;SBpi=0.0898;SBpiQual=-0.2597;VQSLOD=4.7465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:790,0,881
|
|
1 211675279 rs894983 T C 933.52 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9448;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=16.38;ReadPosRankSum=1.865;SB=-376.997;SBQD=-2.133;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.5524;VQSLOD=3.8995 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:57:99:964,0,732
|
|
1 211683025 rs6540686 G T 867.12 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.144;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.413;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=11.72;ReadPosRankSum=-1.570;SB=-539.363;SBQD=6.400;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2066;VQSLOD=4.8172 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:897,0,978
|
|
1 211686607 rs10863909 A G 982.69 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.590;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.137;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.333;SB=-390.047;SBQD=0.081;SBpi=0.9733;SBpiQual=0.6813;VQSLOD=5.5902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1013,0,973
|
|
1 211772763 rs6540690 G C 3043.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=34.20;SB=-1645.724;SBQD=-0.390;SBpi=0.1590;SBpiQual=0.1169;VQSLOD=7.0532 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3077,244,0
|
|
1 211772875 rs56048617 T C 1385.15 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.885;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=9.058;HRun=0;HaplotypeScore=1.8737;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=16.11;ReadPosRankSum=-2.381;SB=-670.138;SBQD=-7.045;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.3901;VQSLOD=4.0173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:1415,0,1131
|
|
1 211784795 rs7524971 C A 1080.01 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=0;HaplotypeScore=1.9662;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=14.03;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-553.988;SBQD=2.310;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3378;VQSLOD=4.5187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1110,0,954
|
|
1 211784841 rs6540692 G C 1576.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6918;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=27.65;ReadPosRankSum=0.385;SB=-905.642;SBQD=4.418;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3304;VQSLOD=4.2822 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1609,129,0
|
|
1 211803232 rs4951415 G T 513.35 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=11.896;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.023;SB=-173.437;SBQD=-12.980;SBpi=-1.1468;SBpiQual=-1.2629;VQSLOD=4.2891 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:543,0,528
|
|
1 211807416 rs894855 T C 1119.57 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.466;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=15.55;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-521.942;SBQD=-3.798;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.7185;VQSLOD=5.2422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1150,0,909
|
|
1 211817646 rs11576789 T C 920.04 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.509;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.166;HRun=0;HaplotypeScore=1.8824;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=12.78;ReadPosRankSum=-1.791;SB=-475.349;SBQD=0.721;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.3248;VQSLOD=5.2467 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:950,0,1118
|
|
1 211826546 rs1530400 A G 865.52 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.393;HRun=2;HaplotypeScore=4.2209;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=14.43;ReadPosRankSum=0.141;SB=-407.219;SBQD=5.335;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.5248;VQSLOD=2.9956 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:896,0,751
|
|
1 211849322 rs701927 A C 596.29 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-354.081;SBQD=0.712;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0871;VQSLOD=5.2080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:626,0,955
|
|
1 211855208 rs701923 C T 1178.02 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.933;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=2.105;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.267;SB=-441.753;SBQD=-0.487;SBpi=-1.2671;SBpiQual=-1.2914;VQSLOD=5.1393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1208,0,1131
|
|
1 211864628 rs1067247 C T 1204.32 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.757;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.560;HRun=0;HaplotypeScore=1.9290;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=14.69;ReadPosRankSum=2.618;SB=-597.116;SBQD=-5.943;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.4705;VQSLOD=4.9586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1234,0,1110
|
|
1 211891901 rs56230302 A G 865.70 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.678;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9057;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.608;SB=-388.741;SBQD=-3.217;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.9345;VQSLOD=3.1246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:896,0,1031
|
|
1 211904016 rs701914 G C 2259.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=35.86;SB=-1085.826;SBQD=-2.036;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.3064;VQSLOD=8.9100 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2292,184,0
|
|
1 211939476 rs11119809 T C 2553.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=31.53;SB=-1264.236;SBQD=5.266;SBpi=0.0556;SBpiQual=0.5515;VQSLOD=7.9083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2587,226,0
|
|
1 211945541 rs12046116 G C 1339.15 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.595;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=16.33;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-596.579;SBQD=-3.376;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.4824;VQSLOD=4.1452 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1369,0,832
|
|
1 211977659 rs12564498 T C 416.32 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.660;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=10.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-158.841;SBQD=-6.610;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-0.9913;VQSLOD=4.2755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:446,0,893
|
|
1 212002020 . C G 1110.31 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;DP=73;Dels=0.00;FS=3.221;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.116;SB=-495.917;SBQD=-1.467;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.5334;VQSLOD=4.5928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1140,0,1044
|
|
1 212017932 rs6540710 G A 2174.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.74;MQ0=0;QD=36.86;SB=-1057.258;SBQD=-0.902;SBpi=-0.1953;SBpiQual=-0.2210;VQSLOD=8.8802 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2208,175,0
|
|
1 212028449 rs28655483 A G 1004.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.39;MQ0=0;QD=24.50;SB=-709.540;SBQD=0.387;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2242;VQSLOD=3.9833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84.22:1038,84,0
|
|
1 212047907 rs4466708 C T 390.57 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.921;QD=16.98;ReadPosRankSum=-1.480;SB=2.980;SBQD=17.751;SBpi=1.8708;SBpiQual=1.8908;VQSLOD=3.4263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:421,0,244
|
|
1 212053482 rs4951558 C T 1645.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=34.28;SB=-263.218;SBQD=-5.253;SBpi=-2.4537;SBpiQual=-2.7102;VQSLOD=5.5429 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1679,132,0
|
|
1 212063742 rs2788126 T C 1755.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=32.51;SB=-925.373;SBQD=0.869;SBpi=0.2722;SBpiQual=0.3398;VQSLOD=7.6953 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1789,141,0
|
|
1 212075452 rs12085235 C T 555.44 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=16.819;HRun=0;HaplotypeScore=2.4504;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.545;SB=-37.176;SBQD=15.885;SBpi=1.5652;SBpiQual=1.7815;VQSLOD=3.7732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:45:99:585,0,697
|
|
1 212075555 rs12085288 C T 684.80 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.153;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.528;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=13.70;ReadPosRankSum=1.752;SB=-220.225;SBQD=4.460;SBpi=0.9383;SBpiQual=0.9580;VQSLOD=4.9898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:715,0,654
|
|
1 212078273 rs6685247 T C 1976.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.91;MQ0=0;QD=30.88;SB=-630.469;SBQD=1.586;SBpi=1.7500;SBpiQual=1.8650;VQSLOD=5.5424 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2010,165,0
|
|
1 212080150 . C A 189.96 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=47;Dels=0.04;FS=6.907;HRun=0;HaplotypeScore=32.7242;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=-4.736;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.860;SB=-122.371;SBQD=-6.107;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.3653;VQSLOD=-36.9990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:47:99:220,0,656
|
|
1 212106487 . C T 205.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DP=54;Dels=0.00;FS=13.285;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.60;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.512;SB=-142.731;SBQD=9.833;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.7692;VQSLOD=0.7856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:12.91:235,0,13
|
|
1 212176765 rs61828530 G C 1265.93 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.048;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.880;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=14.72;ReadPosRankSum=1.585;SB=-384.236;SBQD=1.608;SBpi=1.3887;SBpiQual=1.4224;VQSLOD=3.4966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1296,0,1436
|
|
1 212266531 rs1586660 C G 1615.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ=58.93;MQ0=0;QD=26.49;SB=-801.021;SBQD=-11.152;SBpi=-0.0640;SBpiQual=-0.8491;VQSLOD=4.9587 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1649,147,0
|
|
1 212295066 rs12134047 A T 1358.02 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.844;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.577;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.100;SB=-553.010;SBQD=4.787;SBpi=0.8847;SBpiQual=0.8745;VQSLOD=5.0733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:1388,0,1209
|
|
1 212297461 rs12044043 G C 761.24 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.499;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.617;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.91;MQ0=1;MQRankSum=1.380;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-332.713;SBQD=2.578;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.3060;VQSLOD=5.6745 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:791,0,943
|
|
1 212300892 rs6674174 T C 1238.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;QD=28.16;SB=-686.655;SBQD=0.510;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.5926;VQSLOD=6.0075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1272,102,0
|
|
1 212307717 rs10735508 G A 1885.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=3.9240;MQ=57.85;MQ0=0;QD=22.45;SB=-1358.621;SBQD=-5.294;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2883;VQSLOD=0.7119 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1919,156,0
|
|
1 212307871 rs9887871 C T 2766.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.86;MQ0=0;QD=35.92;SB=-1143.873;SBQD=-0.033;SBpi=-1.0826;SBpiQual=-1.1541;VQSLOD=8.0671 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2799,214,0
|
|
1 212360408 rs10436976 A G 722.58 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.321;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.500;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=12.25;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-405.401;SBQD=-9.309;SBpi=0.0870;SBpiQual=-0.2544;VQSLOD=6.1197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:753,0,821
|
|
1 212363072 rs6678627 A G 2520.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=34.53;SB=-1227.604;SBQD=-0.755;SBpi=0.5267;SBpiQual=0.4856;VQSLOD=8.2604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2553,202,0
|
|
1 212366795 rs12135712 A C 119.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;Dels=0.04;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=5.9092;MQ=58.70;MQ0=0;QD=4.80;SB=-148.541;SBQD=13.433;SBpi=1.0206;SBpiQual=1.1789;VQSLOD=-3.6024 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:15.01:153,15,0
|
|
1 212384039 rs11119882 T C 37.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DB;DP=63;Dels=0.02;FS=1.143;HRun=0;HaplotypeScore=15.5266;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=1.808;QD=0.58;ReadPosRankSum=-2.151;SB=-359.038;SBQD=7.819;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.9503;VQSLOD=-8.2965 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,38:63:8.96:69,9,0
|
|
1 212402524 rs6679796 T C 719.41 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.644;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.085;SB=-359.354;SBQD=0.614;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2083;VQSLOD=4.0605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:749,0,1324
|
|
1 212426218 rs351375 T C 896.67 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.551;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.854;QD=13.00;ReadPosRankSum=0.030;SB=-369.184;SBQD=3.190;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.7254;VQSLOD=3.8514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:927,0,1132
|
|
1 212445736 rs34740542 T G 852.77 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=16.808;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.455;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-250.669;SBQD=11.776;SBpi=0.9449;SBpiQual=0.9979;VQSLOD=3.4973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:883,0,994
|
|
1 212605528 rs485730 G C 1888.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.7858;MQ=58.56;MQ0=0;QD=25.18;SB=-634.425;SBQD=0.271;SBpi=-2.3671;SBpiQual=-2.4863;VQSLOD=1.3119 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:1922,153,0
|
|
1 212639390 rs2005230 C T 530.41 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.116;HRun=2;HaplotypeScore=1.3670;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.046;SB=-285.807;SBQD=-4.475;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-0.8842;VQSLOD=4.5367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:560,0,564
|
|
1 212640678 . A G 736.29 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DP=72;Dels=0.00;FS=3.191;HRun=4;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.660;SB=-476.659;SBQD=-2.145;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2938;VQSLOD=3.7660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:766,0,1168
|
|
1 212660609 rs1490578 C T 834.44 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.452;HRun=0;HaplotypeScore=2.8591;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-261.999;SBQD=9.269;SBpi=0.8807;SBpiQual=1.3275;VQSLOD=3.9131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:66:99:864,0,568
|
|
1 212669944 rs12131037 T C 1189.74 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.711;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=9.679;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.283;SB=-406.382;SBQD=10.830;SBpi=0.9481;SBpiQual=1.4048;VQSLOD=4.1870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:1220,0,927
|
|
1 212679267 rs806539 T G 440.94 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DB;DP=60;Dels=0.03;FS=6.916;HRun=1;HaplotypeScore=6.3823;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.753;SB=-302.799;SBQD=-4.054;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.3856;VQSLOD=1.9574 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:471,0,867
|
|
1 212693737 rs554466 G T 658.61 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.981;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=10.62;ReadPosRankSum=1.070;SB=-353.662;SBQD=-0.613;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4278;VQSLOD=3.9451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:689,0,850
|
|
1 212708371 rs2942354 A C 690.96 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.144;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.330;SB=-343.699;SBQD=5.680;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.3245;VQSLOD=5.2876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:721,0,582
|
|
1 212709509 rs57825758 C A 637.82 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=13.57;ReadPosRankSum=-1.202;SB=-256.611;SBQD=-0.143;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.8788;VQSLOD=4.5020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:668,0,659
|
|
1 212711344 rs4951610 G T 1020.35 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.011;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=13.43;ReadPosRankSum=1.865;SB=-455.159;SBQD=-0.382;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4829;VQSLOD=4.7148 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:1050,0,1339
|
|
1 212740145 rs685330 C G 651.27 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.519;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.957;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=9.30;ReadPosRankSum=1.612;SB=-294.306;SBQD=-1.447;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.5349;VQSLOD=4.8863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:681,0,1163
|
|
1 212762164 rs3106402 C T 2732.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.80;MQ0=0;QD=32.93;SB=-1262.511;SBQD=4.278;SBpi=0.6626;SBpiQual=0.8600;VQSLOD=7.2768 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2766,217,0
|
|
1 212763432 rs4951619 T C 991.17 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.219;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=3.991;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-490.354;SBQD=-1.267;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.1620;VQSLOD=5.1960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:1021,0,1648
|
|
1 212765562 rs4951624 A G 1050.69 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.863;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.983;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-538.867;SBQD=-0.726;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.7314;VQSLOD=5.4258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1081,0,1056
|
|
1 212806173 . T C 877.85 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;DP=64;Dels=0.00;FS=8.767;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=13.72;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-361.993;SBQD=-6.914;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.7432;VQSLOD=3.9490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:908,0,1019
|
|
1 212826503 rs2501840 T A 2402.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=33.36;SB=-1192.058;SBQD=-0.757;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.4977;VQSLOD=9.3785 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2435,193,0
|
|
1 212841686 rs2456820 T C 2286.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=34.65;SB=-1057.410;SBQD=-0.729;SBpi=-0.6155;SBpiQual=-0.6818;VQSLOD=7.4978 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2320,184,0
|
|
1 212845034 rs2492789 G A 1914.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5909;MQ=59.24;MQ0=0;QD=31.39;SB=-1065.973;SBQD=0.803;SBpi=-0.3201;SBpiQual=-0.2902;VQSLOD=4.7098 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1948,153,0
|
|
1 212848911 rs2456831 A G 1214.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.42;MQ0=0;QD=28.23;SB=-461.644;SBQD=-0.137;SBpi=-1.2962;SBpiQual=-1.3711;VQSLOD=4.0824 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1247,105,0
|
|
1 212874932 rs3003487 G A 1269.75 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.124;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.624;HRun=2;HaplotypeScore=4.6398;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.344;SB=-498.674;SBQD=-3.578;SBpi=0.9912;SBpiQual=1.1083;VQSLOD=2.6916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:1300,0,856
|
|
1 212925601 rs10863990 T G 913.95 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.552;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.834;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-461.710;SBQD=-0.446;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1795;VQSLOD=5.0318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,34:89:99:944,0,1838
|
|
1 212936711 rs6690689 A C 1446.73 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=2.513;HRun=1;HaplotypeScore=4.1250;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.512;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.621;SB=-800.088;SBQD=2.460;SBpi=-0.2060;SBpiQual=-0.2490;VQSLOD=2.5684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:1477,0,1753
|
|
1 212938222 . G A 45.90 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.608;DP=95;Dels=0.00;FS=55.628;HRun=10;HaplotypeScore=52.5568;MQ=47.73;MQ0=0;MQRankSum=-3.498;QD=0.48;ReadPosRankSum=-2.969;SB=81.208;SBQD=8.387;SBpi=3.2820;SBpiQual=2.5454;VQSLOD=-137.5931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:75.89:76,0,568
|
|
1 212972486 rs2359321 A G 2229.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.08;MQ0=0;QD=32.79;SB=-1189.982;SBQD=-3.415;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.1901;VQSLOD=8.1987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2263,181,0
|
|
1 212988989 rs6700544 C A 2274.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.78;MQ0=0;QD=29.92;SB=-1415.134;SBQD=1.597;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.0144;VQSLOD=6.7101 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2307,181,0
|
|
1 212999701 rs10746436 C T 2123.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.61;MQ0=0;QD=32.67;SB=-986.279;SBQD=0.356;SBpi=-0.8062;SBpiQual=-0.8315;VQSLOD=6.9955 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2157,171,0
|
|
1 213002088 rs2884675 G A 975.90 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.702;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.938;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=14.79;ReadPosRankSum=-1.346;SB=-530.889;SBQD=1.740;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1707;VQSLOD=4.6009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:1006,0,879
|
|
1 213004050 . C T 550.44 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.965;DP=46;Dels=0.00;FS=2.875;HRun=0;HaplotypeScore=1.4725;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.126;SB=-347.880;SBQD=-2.001;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0487;VQSLOD=4.4524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:46:99:580,0,351
|
|
1 213004927 . C G 693.57 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.584;DP=73;Dels=0.00;FS=0.933;HRun=0;HaplotypeScore=2.6432;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=9.50;ReadPosRankSum=-1.869;SB=-338.301;SBQD=0.819;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.6110;VQSLOD=2.1772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:724,0,1015
|
|
1 213020375 . G A 649.10 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.130;DP=57;Dels=0.00;FS=3.670;HRun=1;HaplotypeScore=4.3655;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-315.583;SBQD=-4.091;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6266;VQSLOD=1.8229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:679,0,875
|
|
1 213025375 rs12043346 A G 1085.11 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.103;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.632;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.19;MQ0=3;MQRankSum=-1.185;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.622;SB=-543.206;SBQD=1.945;SBpi=-1.0714;SBpiQual=-1.1347;VQSLOD=4.3980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:1115,0,1053
|
|
1 213038322 rs2792560 G C 887.56 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.448;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.400;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.462;SB=-292.885;SBQD=-5.116;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.9842;VQSLOD=5.4610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:918,0,1122
|
|
1 213041841 rs1874419 T C 772.50 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.563;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=1.089;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-297.850;SBQD=2.219;SBpi=0.9733;SBpiQual=1.3780;VQSLOD=3.4047 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:65:99:802,0,818
|
|
1 213050320 rs12040103 C T 1075.78 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=9.163;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.671;SB=-368.100;SBQD=4.737;SBpi=1.0686;SBpiQual=0.9110;VQSLOD=4.2270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:1106,0,1410
|
|
1 213058401 rs7533932 A T 1464.42 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.520;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=19.53;ReadPosRankSum=0.719;SB=-669.484;SBQD=-1.352;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.5563;VQSLOD=4.0634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:1494,0,798
|
|
1 213069783 rs6682947 A G 1186.21 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.570;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.971;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=16.48;ReadPosRankSum=1.194;SB=-589.921;SBQD=1.139;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.3783;VQSLOD=5.2934 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:1216,0,897
|
|
1 213083261 rs12760321 T C 2177.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.51;MQ0=0;QD=31.56;SB=-747.214;SBQD=-3.724;SBpi=-1.6252;SBpiQual=-1.8316;VQSLOD=6.9057 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2211,178,0
|
|
1 213086494 rs61832379 C T 36.55 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.09;MQ0=5;MQRankSum=1.231;QD=3.65;ReadPosRankSum=-1.231;SB=7.749;SBQD=7.309;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.1937;VQSLOD=1.7683 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:10:6.02:68,6,0
|
|
1 213097047 rs1890935 T G 1874.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=54.96;MQ0=0;QD=30.73;SB=-747.377;SBQD=-0.137;SBpi=-1.3444;SBpiQual=-1.3951;VQSLOD=5.9456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1907,162,0
|
|
1 213102187 rs2011123 A C 1867.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.5661;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.65;SB=-1000.427;SBQD=0.890;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.2441;VQSLOD=6.1175 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1900,156,0
|
|
1 213119881 rs3002287 C T 1281.54 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.049;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.824;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.340;QD=14.73;ReadPosRankSum=-2.196;SB=-672.417;SBQD=1.455;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.2631;VQSLOD=4.8084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1312,0,1299
|
|
1 213140362 rs10779597 G A 1878.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=31.84;SB=-1014.055;SBQD=1.324;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.4548;VQSLOD=7.2807 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1912,150,0
|
|
1 213161171 rs10864032 T C 2343.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=35.50;SB=-1231.925;SBQD=1.026;SBpi=-0.1231;SBpiQual=-0.0537;VQSLOD=9.3183 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2376,190,0
|
|
1 213290092 . A G 71.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=53;Dels=0.00;FS=48.181;HRun=1;HaplotypeScore=1.9468;MQ=23.13;MQ0=12;MQRankSum=-2.048;QD=1.35;ReadPosRankSum=2.131;SB=63.194;SBQD=-4.215;SBpi=-2.0000;SBpiQual=-2.1115;VQSLOD=-1.9722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:53:99:102,0,670
|
|
1 213336940 rs6540782 A G 3122.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=35.09;SB=-1427.573;SBQD=0.218;SBpi=-0.6890;SBpiQual=-0.6918;VQSLOD=8.5176 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3156,256,0
|
|
1 213409034 rs2494767 G A 2335.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9367;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.49;SB=-759.188;SBQD=-4.077;SBpi=-1.3750;SBpiQual=-1.6927;VQSLOD=5.1726 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2368,187,0
|
|
1 213443430 rs7354948 G C 2318.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9762;MQ=59.29;MQ0=0;QD=35.67;SB=-1098.587;SBQD=-0.510;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.2521;VQSLOD=6.1329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:2351,190,0
|
|
1 213461545 rs1369215 C T 2095.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=57.25;MQ0=0;QD=34.93;SB=-911.442;SBQD=2.675;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.7515;VQSLOD=8.3250 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2129,169,0
|
|
1 213484859 rs1187777 C G 3227.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.20;MQ0=0;QD=31.03;SB=-1688.361;SBQD=0.325;SBpi=0.4903;SBpiQual=0.5381;VQSLOD=6.8967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:3260,262,0
|
|
1 213484910 rs1187778 G A 2770.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=53.96;MQ0=0;QD=33.39;SB=-1293.269;SBQD=1.297;SBpi=0.7135;SBpiQual=0.8533;VQSLOD=6.5909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2804,223,0
|
|
1 213517453 rs4655328 C A 3168.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.28;SB=-1619.215;SBQD=0.579;SBpi=0.0542;SBpiQual=0.1246;VQSLOD=7.1368 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3202,250,0
|
|
1 213527242 rs1656022 G A 986.70 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.116;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.883;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=15.18;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-441.950;SBQD=4.812;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4175;VQSLOD=5.8971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:1017,0,920
|
|
1 213611635 rs6540789 G A 1213.91 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.796;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.105;SB=-563.943;SBQD=-1.736;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.4622;VQSLOD=6.0327 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:1244,0,1377
|
|
1 213646106 rs320484 A T 2487.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=33.61;SB=-1360.860;SBQD=-2.958;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.0455;VQSLOD=8.2370 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2520,202,0
|
|
1 213668898 rs12037264 A C 766.11 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.418;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.064;HRun=1;HaplotypeScore=2.8047;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-327.474;SBQD=5.579;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.8207;VQSLOD=3.2455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:796,0,1087
|
|
1 213670807 rs17020815 G A 1665.16 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.660;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=3.782;HRun=1;HaplotypeScore=1.8455;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=16.99;ReadPosRankSum=-1.004;SB=-883.983;SBQD=3.665;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0375;VQSLOD=4.1474 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:98:99:1695,0,1323
|
|
1 213672564 rs12118402 C A 829.92 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.188;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=14.07;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-374.576;SBQD=-3.386;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4168;VQSLOD=4.9054 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:860,0,924
|
|
1 213682480 rs12743472 T C 898.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.992;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.839;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.694;SB=-285.992;SBQD=-0.567;SBpi=1.6222;SBpiQual=1.1436;VQSLOD=3.7438 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:76:99:928,0,1034
|
|
1 213693767 rs320388 A G 1906.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.75;SB=-1026.619;SBQD=-7.724;SBpi=0.5080;SBpiQual=-0.0362;VQSLOD=6.4757 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1940,171,0
|
|
1 213702544 rs11120150 G T 1915.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.76;MQ0=0;QD=27.37;SB=-1040.223;SBQD=-0.719;SBpi=0.8367;SBpiQual=0.8097;VQSLOD=5.0116 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1949,177,0
|
|
1 213805338 rs6663061 G A 1101.63 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.413;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.096;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=15.09;ReadPosRankSum=1.165;SB=-576.580;SBQD=-6.382;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1218;VQSLOD=4.9450 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1132,0,1140
|
|
1 213842720 rs4147212 C T 1785.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.95;MQ0=0;QD=28.81;SB=-670.065;SBQD=-7.337;SBpi=-1.2700;SBpiQual=-1.7058;VQSLOD=6.2521 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1819,156,0
|
|
1 213851171 rs2359918 G A 2138.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.94;MQ0=0;QD=30.99;SB=-1234.532;SBQD=-0.084;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.2896;VQSLOD=6.1989 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2171,169,0
|
|
1 213851274 rs12566227 G A 1854.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4822;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=30.40;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-1012.227;SBQD=3.403;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.3104;VQSLOD=4.0884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1887,147,0
|
|
1 213852372 rs937974 G A 3320.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=59.49;MQ0=0;QD=36.90;SB=-1597.844;SBQD=-0.330;SBpi=0.4216;SBpiQual=0.4089;VQSLOD=7.8926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3320,259,0
|
|
1 213863786 rs1106770 C T 1716.67 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.449;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.901;HRun=2;HaplotypeScore=2.8030;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=20.94;ReadPosRankSum=1.330;SB=-918.482;SBQD=-2.043;SBpi=-0.1336;SBpiQual=-0.1649;VQSLOD=3.9417 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,56:82:99:1747,0,652
|
|
1 213871522 rs4655462 C G 3410.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=36.68;SB=-1440.889;SBQD=1.282;SBpi=0.7777;SBpiQual=0.9557;VQSLOD=9.1688 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3411,271,0
|
|
1 213873540 rs1588373 C T 1090.47 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.723;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.828;HRun=1;HaplotypeScore=4.7241;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-563.356;SBQD=-0.408;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5738;VQSLOD=2.9912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1120,0,1210
|
|
1 213876110 rs55699578 T A 911.89 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.319;SB=-348.443;SBQD=1.460;SBpi=0.9297;SBpiQual=0.9661;VQSLOD=4.9950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:942,0,1361
|
|
1 213885704 rs11120201 C G 788.53 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.998;HRun=0;HaplotypeScore=2.8238;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.479;SB=-336.861;SBQD=2.613;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.7946;VQSLOD=4.4355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:819,0,910
|
|
1 213928739 rs12046862 C T 930.70 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.956;HRun=0;HaplotypeScore=1.8316;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.294;SB=-379.003;SBQD=-2.340;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.8394;VQSLOD=5.7549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:74:99:961,0,1130
|
|
1 213939179 rs11587535 T A 1147.90 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.058;HRun=7;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-664.092;SBQD=-4.855;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.3655;VQSLOD=2.3062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:1178,0,1274
|
|
1 213951578 rs6675188 C G 3084.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=35.05;SB=-1289.136;SBQD=1.540;SBpi=0.9594;SBpiQual=1.1367;VQSLOD=8.3926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3117,253,0
|
|
1 214027256 rs12145496 A G 767.61 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.931;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.770;SB=-421.912;SBQD=-2.297;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.2985;VQSLOD=5.2056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:798,0,1264
|
|
1 214031969 rs12760724 C A 1072.18 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.888;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.143;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-358.230;SBQD=3.416;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.0541;VQSLOD=4.3308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:1102,0,769
|
|
1 214043216 rs853752 G T 2008.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.74;MQ0=0;QD=27.51;SB=-1090.919;SBQD=5.092;SBpi=0.4096;SBpiQual=0.7343;VQSLOD=5.5458 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2042,162,0
|
|
1 214044964 rs853748 T C 2186.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.70;SB=-1187.210;SBQD=-1.036;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.3474;VQSLOD=8.1565 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2220,178,0
|
|
1 214085862 rs853742 T C 3106.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-999.863;SBQD=0.362;SBpi=1.8762;SBpiQual=1.9867;VQSLOD=7.2967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3140,247,0
|
|
1 214129126 rs340869 T C 1200.49 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.413;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.787;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.351;SB=-580.743;SBQD=-2.992;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.4206;VQSLOD=4.6816 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1230,0,1334
|
|
1 214135973 rs340855 T C 1592.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.41;MQ0=0;QD=27.00;SB=-641.735;SBQD=12.359;SBpi=0.3255;SBpiQual=1.0716;VQSLOD=6.2483 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1626,144,0
|
|
1 214137141 rs340854 A G 1356.20 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=2.779;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-478.629;SBQD=4.670;SBpi=1.1547;SBpiQual=1.3468;VQSLOD=5.1451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:1386,0,1444
|
|
1 214152475 rs1431979 T C 1268.90 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.504;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.461;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-680.033;SBQD=4.532;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0400;VQSLOD=5.0173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:1299,0,1409
|
|
1 214175220 rs3767845 A T 487.71 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.322;HRun=1;HaplotypeScore=2.9658;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-256.033;SBQD=4.142;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.6094;VQSLOD=2.6106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:518,0,787
|
|
1 214321218 rs1223793 G A 395.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.828;HRun=2;HaplotypeScore=8.6057;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-344.552;SBQD=2.889;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1315;VQSLOD=0.4281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:426,0,428
|
|
1 214324492 rs12736477 A G 1098.18 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=13.055;HRun=1;HaplotypeScore=1.9788;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.049;SB=-307.435;SBQD=-10.291;SBpi=-1.2677;SBpiQual=-1.3338;VQSLOD=3.4005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1128,0,1024
|
|
1 214334246 rs1223763 T G 1173.47 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.135;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.024;SB=-418.533;SBQD=3.687;SBpi=1.2344;SBpiQual=1.2938;VQSLOD=4.4533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1203,0,1247
|
|
1 214376776 rs1006055 A G 1416.97 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7845;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.125;SB=-551.246;SBQD=2.944;SBpi=0.6429;SBpiQual=0.8903;VQSLOD=4.5799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:1447,0,915
|
|
1 214385445 rs4427378 G C 1059.54 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=10.373;HRun=0;HaplotypeScore=3.5189;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=13.41;ReadPosRankSum=-0.554;SB=-560.922;SBQD=-7.364;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4276;VQSLOD=3.8247 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1090,0,1254
|
|
1 214398585 rs7544104 T C 770.79 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.240;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.998;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=11.68;ReadPosRankSum=2.197;SB=-431.949;SBQD=-1.746;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2132;VQSLOD=4.2504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:801,0,1068
|
|
1 214404808 rs1534623 T C 773.43 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.348;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.124;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.329;SB=-512.053;SBQD=6.393;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.5142;VQSLOD=4.4103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:803,0,750
|
|
1 214405605 rs1660364 A C 878.10 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.741;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.766;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.129;SB=-315.655;SBQD=-5.989;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.0973;VQSLOD=5.5037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:908,0,1148
|
|
1 214418418 rs10735512 G A 911.93 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.505;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-419.073;SBQD=4.349;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4133;VQSLOD=5.6961 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:942,0,880
|
|
1 214419528 rs4655241 C A 1544.30 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.482;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.553;SB=-588.387;SBQD=-1.245;SBpi=-0.9286;SBpiQual=-1.1023;VQSLOD=5.4675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:1574,0,1003
|
|
1 214430727 rs1032637 A T 1469.87 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.208;QD=17.71;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-751.829;SBQD=-0.288;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.1837;VQSLOD=5.9032 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:1500,0,1074
|
|
1 214461354 rs6660726 G A 2870.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=36.34;SB=-1288.031;SBQD=2.494;SBpi=0.5063;SBpiQual=0.6698;VQSLOD=8.7379 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2904,226,0
|
|
1 214466553 rs6691532 G A 1469.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;QD=26.71;SB=-682.199;SBQD=-1.630;SBpi=-1.2810;SBpiQual=-1.4174;VQSLOD=5.2530 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1502,117,0
|
|
1 214475643 . T C 1101.68 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.655;DP=70;Dels=0.00;FS=3.413;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=58.74;MQ0=1;MQRankSum=0.086;QD=15.74;ReadPosRankSum=0.911;SB=-403.715;SBQD=3.200;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.8706;VQSLOD=3.7628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1132,0,967
|
|
1 214481450 rs12024395 C T 1276.37 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.287;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.601;QD=18.77;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-630.709;SBQD=-3.664;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1721;VQSLOD=3.9102 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:1306,0,771
|
|
1 214484609 rs1005709 G A 819.22 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.450;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.230;HRun=0;HaplotypeScore=1.9976;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-393.758;SBQD=-4.970;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1871;VQSLOD=5.4378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:849,0,775
|
|
1 214495703 rs11120295 T C 1214.63 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.595;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.820;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.654;SB=-320.629;SBQD=5.997;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.5989;VQSLOD=5.3942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:1245,0,1536
|
|
1 214588645 rs12078874 A C 852.33 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.325;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7834;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.185;SB=-477.173;SBQD=0.359;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1217;VQSLOD=6.0927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:882,0,1155
|
|
1 214599760 rs11120319 A G 1408.35 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=6.367;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.788;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.820;SB=-666.128;SBQD=5.550;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.1694;VQSLOD=5.5388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:1438,0,1685
|
|
1 214622253 rs10494977 C T 1497.95 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.873;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.861;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=18.49;ReadPosRankSum=-2.518;SB=-833.754;SBQD=-0.454;SBpi=-0.0700;SBpiQual=0.0065;VQSLOD=4.5168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,51:81:99:1528,0,914
|
|
1 214622818 rs4394613 A G 712.75 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=51.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=13.98;ReadPosRankSum=0.556;SB=-352.487;SBQD=-2.961;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.3175;VQSLOD=5.5201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:743,0,839
|
|
1 214630948 rs4571940 T C 2106.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=2.8278;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.626;QD=32.41;ReadPosRankSum=1.146;SB=-1037.830;SBQD=0.110;SBpi=-0.6250;SBpiQual=-0.7116;VQSLOD=2.7009 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:2140,172,0
|
|
1 214636650 rs7527320 T C 2194.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=32.27;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-790.264;SBQD=5.885;SBpi=0.9163;SBpiQual=1.4038;VQSLOD=6.9953 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2228,156,0
|
|
1 214636685 rs7525020 A G 1526.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5939;MQ=57.62;MQ0=0;QD=27.76;SB=-659.493;SBQD=-4.888;SBpi=1.2810;SBpiQual=0.9109;VQSLOD=3.8236 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1560,141,0
|
|
1 214641382 rs6540837 G T 40.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.8660;MQ=59.14;MQ0=0;QD=0.49;SB=-1200.972;SBQD=-2.797;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-1.0512;VQSLOD=-0.1762 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:8.97:72,9,0
|
|
1 214658474 rs12043991 G A 947.88 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=7.899;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.566;SB=-316.336;SBQD=7.384;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.0660;VQSLOD=5.9995 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:978,0,1295
|
|
1 214683255 . C T 1215.25 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.639;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=15.78;ReadPosRankSum=2.435;SB=-553.514;SBQD=1.499;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4729;VQSLOD=3.3224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1245,0,1102
|
|
1 214684150 . G A 1206.85 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.997;DP=80;Dels=0.00;FS=6.836;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-453.956;SBQD=4.664;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.3252;VQSLOD=2.2301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1237,0,1141
|
|
1 214691836 rs34952927 T C 1251.93 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.909;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.062;SB=-453.928;SBQD=2.905;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.2167;VQSLOD=5.1849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1282,0,1215
|
|
1 214701865 rs12563954 A G 1088.51 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.206;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.326;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.904;SB=-352.879;SBQD=-3.582;SBpi=-1.2978;SBpiQual=-1.3013;VQSLOD=4.7907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:72:99:1119,0,1110
|
|
1 214707917 rs12125850 A G 214.46 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.874;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9880;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.232;SB=-98.017;SBQD=-3.270;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.5103;VQSLOD=4.5541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:244,0,427
|
|
1 214772531 . G A 631.07 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.092;DP=43;Dels=0.00;FS=1.170;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-265.884;SBQD=1.263;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.4447;VQSLOD=3.9465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:661,0,610
|
|
1 214853006 . C T 208.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.09;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.90;MQ0=2;MQRankSum=-0.777;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.614;SB=-278.031;SBQD=-2.446;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-1.2923;VQSLOD=0.7752 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,29:32:6.38:238,0,6
|
|
1 214853030 . C T 131.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.221;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=16.4939;MQ=29.12;MQ0=2;MQRankSum=0.786;QD=2.68;ReadPosRankSum=-2.314;SB=-324.158;SBQD=0.188;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.8737;VQSLOD=-9.9270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,31:49:99:161,0,199
|
|
1 214860919 rs449513 A G 841.22 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.447;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.900;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.743;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.380;SB=-404.867;SBQD=-5.120;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.6107;VQSLOD=5.4088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:871,0,1123
|
|
1 214876981 rs11120381 T C 1370.85 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-760.037;SBQD=-0.337;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.1885;VQSLOD=5.3181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,49:88:99:1401,0,1223
|
|
1 214920883 rs6659655 G A 1206.93 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.949;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.813;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-676.923;SBQD=-1.606;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0284;VQSLOD=6.2729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1237,0,1413
|
|
1 214924995 rs11120390 A G 721.38 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.144;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.053;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-359.561;SBQD=-0.750;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.1434;VQSLOD=5.1450 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:751,0,1159
|
|
1 214929749 rs877251 T A 1364.84 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.741;HRun=3;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.762;QD=16.06;ReadPosRankSum=-1.701;SB=-705.736;SBQD=-0.877;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.0070;VQSLOD=4.5490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1395,0,1365
|
|
1 214937288 rs6681209 G A 992.31 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.478;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.921;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-541.615;SBQD=-2.442;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0289;VQSLOD=4.3022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:1022,0,1256
|
|
1 214997137 rs6688856 A C 1707.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.96;SB=-915.476;SBQD=2.462;SBpi=0.3311;SBpiQual=0.4436;VQSLOD=5.9404 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1741,138,0
|
|
1 215002805 . C A 1056.67 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.486;DP=69;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=15.31;ReadPosRankSum=-0.222;SB=-533.128;SBQD=-1.343;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2297;VQSLOD=5.4848 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1087,0,1129
|
|
1 215011006 . G A 1196.48 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=68;Dels=0.00;FS=2.030;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=17.60;ReadPosRankSum=1.330;SB=-560.488;SBQD=-3.238;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2498;VQSLOD=5.5869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1226,0,949
|
|
1 215018735 . T C 1195.71 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.082;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9850;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.100;QD=17.33;ReadPosRankSum=-1.890;SB=-652.815;SBQD=1.005;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0392;VQSLOD=4.0407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:1226,0,916
|
|
1 215075380 . A T 1101.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;DP=81;Dels=0.00;FS=2.950;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=13.60;ReadPosRankSum=1.139;SB=-629.430;SBQD=-3.613;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0147;VQSLOD=3.4549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1132,0,1402
|
|
1 215100700 rs7530806 G T 981.74 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.716;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.948;HRun=3;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.947;QD=12.43;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-546.463;SBQD=-3.673;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3752;VQSLOD=4.5757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1012,0,1182
|
|
1 215118432 rs6690944 T C 905.07 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.614;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.101;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=13.31;ReadPosRankSum=-1.141;SB=-476.506;SBQD=4.754;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.1241;VQSLOD=6.2900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:935,0,928
|
|
1 215120353 rs1377185 C T 1364.94 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.593;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.942;HRun=3;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-563.461;SBQD=2.021;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.6891;VQSLOD=5.6459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1395,0,1192
|
|
1 215136363 rs1901620 A G 2118.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=31.16;SB=-1239.221;SBQD=-0.184;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.1409;VQSLOD=7.9825 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2152,190,0
|
|
1 215140834 rs1452630 A G 2236.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=34.94;SB=-1181.755;SBQD=1.410;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1117;VQSLOD=6.7618 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2269,181,0
|
|
1 215150260 rs864736 C A 2680.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1224.619;SBQD=-0.786;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.7767;VQSLOD=8.6678 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2714,211,0
|
|
1 215165487 rs2841622 C T 1928.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.59;MQ0=0;QD=34.44;SB=-762.154;SBQD=1.206;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.1982;VQSLOD=7.2935 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1962,153,0
|
|
1 215170419 rs12732551 C T 2695.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9385;MQ=58.27;MQ0=0;QD=32.48;SB=-1003.732;SBQD=3.008;SBpi=1.4818;SBpiQual=1.7579;VQSLOD=6.0824 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2729,220,0
|
|
1 215170845 rs12037651 C G 2976.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=33.44;SB=-1611.952;SBQD=0.276;SBpi=-0.2650;SBpiQual=-0.2550;VQSLOD=8.1729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3009,235,0
|
|
1 215173838 rs2841616 C T 2914.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.70;SB=-1389.843;SBQD=0.586;SBpi=-0.6547;SBpiQual=-0.6223;VQSLOD=7.9611 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2948,232,0
|
|
1 215186612 rs1597847 A G 2267.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;QD=31.06;SB=-1061.141;SBQD=-8.869;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.5746;VQSLOD=6.8354 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2301,201,0
|
|
1 215215396 rs1562993 G A 2849.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.33;SB=-1462.077;SBQD=0.244;SBpi=-0.3842;SBpiQual=-0.4247;VQSLOD=8.4038 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2883,226,0
|
|
1 215247307 rs2363553 A C 2005.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=32.87;SB=-801.988;SBQD=-0.260;SBpi=1.2164;SBpiQual=1.2171;VQSLOD=7.5384 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2038,163,0
|
|
1 215252448 rs7555727 T G 1396.23 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.921;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.920;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=18.13;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-572.689;SBQD=-2.708;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.7842;VQSLOD=4.2448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1426,0,943
|
|
1 215254912 rs2363559 A C 1075.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.394;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-419.963;SBQD=-3.175;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7174;VQSLOD=5.2567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1106,0,1021
|
|
1 215255511 rs2363562 C G 1660.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.19;SB=-784.408;SBQD=-7.952;SBpi=-0.2023;SBpiQual=-0.7127;VQSLOD=6.5272 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1693,144,0
|
|
1 215277616 rs6656675 C T 2570.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.25;SB=-1253.908;SBQD=-0.602;SBpi=0.3010;SBpiQual=0.3267;VQSLOD=9.2665 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2603,199,0
|
|
1 215288919 rs4411107 C T 908.83 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.171;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.089;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=14.43;ReadPosRankSum=0.627;SB=-460.221;SBQD=2.547;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.0878;VQSLOD=5.2442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:939,0,1086
|
|
1 215297418 rs10864154 A G 862.59 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.181;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.417;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-424.719;SBQD=-6.471;SBpi=0.0870;SBpiQual=-0.1802;VQSLOD=5.7449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:893,0,1093
|
|
1 215298789 rs10127611 A G 853.16 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=4.590;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.210;SB=-359.073;SBQD=4.595;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.8557;VQSLOD=5.3031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:883,0,623
|
|
1 215318887 rs10779643 G A 1111.39 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=21.599;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.493;SB=-245.197;SBQD=-12.417;SBpi=-1.6813;SBpiQual=-1.7998;VQSLOD=3.5267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:1141,0,1456
|
|
1 215337931 rs12062098 C T 1452.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.184;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.799;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.98;MQ0=0;MQRankSum=-6.184;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.378;SB=-776.228;SBQD=5.751;SBpi=-0.6682;SBpiQual=-0.6950;VQSLOD=-3.4423 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,56:100:99:1482,0,1151
|
|
1 215387455 . T C 880.95 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DP=71;Dels=0.00;FS=6.388;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.404;SB=-423.557;SBQD=-4.780;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.2507;VQSLOD=4.2422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:911,0,1155
|
|
1 215401853 rs6540887 A C 3038.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=35.33;SB=-1557.054;SBQD=-0.305;SBpi=0.2157;SBpiQual=0.1920;VQSLOD=8.6769 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3072,247,0
|
|
1 215411696 rs4356021 G A 2749.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=36.66;SB=-1008.365;SBQD=-0.595;SBpi=-1.3279;SBpiQual=-1.4435;VQSLOD=8.0307 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2782,217,0
|
|
1 215416370 rs946490 G C 2930.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1505.446;SBQD=0.700;SBpi=-0.1104;SBpiQual=-0.1005;VQSLOD=8.4939 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2964,241,0
|
|
1 215417627 rs4655398 T C 2595.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=34.15;SB=-1409.451;SBQD=-0.925;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1078;VQSLOD=8.8977 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2628,211,0
|
|
1 215427079 rs1934202 T C 2942.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.33;SB=-1423.372;SBQD=-1.456;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.2718;VQSLOD=8.7003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2976,238,0
|
|
1 215445848 rs11120539 T C 2004.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.90;MQ0=0;QD=27.84;SB=-907.939;SBQD=2.188;SBpi=-1.1785;SBpiQual=-0.9150;VQSLOD=6.0084 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2038,180,0
|
|
1 215773825 rs2797393 G A 768.96 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.427;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.720;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=10.83;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-352.003;SBQD=-5.367;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.6114;VQSLOD=4.3320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:799,0,1326
|
|
1 215784229 rs2797253 G A 2786.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=36.18;SB=-1387.796;SBQD=-0.175;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.3177;VQSLOD=8.8131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2819,223,0
|
|
1 215798014 rs2797255 G A 3086 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=37.18;SB=-1207.238;SBQD=-0.375;SBpi=1.1525;SBpiQual=1.2121;VQSLOD=8.5154 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3119,241,0
|
|
1 215813661 rs61828161 G A 772.58 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.755;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.4413;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.598;SB=-445.777;SBQD=-0.412;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0426;VQSLOD=3.8351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:66:99:803,0,997
|
|
1 215816688 rs2677111 C A 1283.14 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.838;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=15.46;ReadPosRankSum=1.400;SB=-535.470;SBQD=0.142;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.7486;VQSLOD=4.7478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1313,0,1247
|
|
1 215856402 rs2820677 C T 384.78 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.068;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=1.6281;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.466;SB=-84.784;SBQD=3.732;SBpi=1.2500;SBpiQual=1.4075;VQSLOD=1.6719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,16:50:99:415,0,1093
|
|
1 215858156 rs2820683 C T 2502.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;QD=33.82;SB=-1203.399;SBQD=3.151;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.5243;VQSLOD=8.3035 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2535,199,0
|
|
1 215858193 rs2797240 G C 2815.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.76;SB=-1506.576;SBQD=-0.943;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.1448;VQSLOD=8.5947 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2849,226,0
|
|
1 215868989 rs12354362 G A 387.77 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.748;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.609;HRun=0;HaplotypeScore=2.5987;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.445;SB=-202.761;SBQD=-5.007;SBpi=-1.0206;SBpiQual=-0.9095;VQSLOD=3.2156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:418,0,958
|
|
1 215870068 rs12095898 G A 1743.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.38;MQ0=0;QD=33.52;SB=-970.356;SBQD=-2.004;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.0794;VQSLOD=8.1620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1776,138,0
|
|
1 215890505 rs3911020 T C 1313.89 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.806;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.981;HRun=0;HaplotypeScore=1.7465;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=16.02;ReadPosRankSum=0.534;SB=-690.704;SBQD=3.004;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.3142;VQSLOD=5.3709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1344,0,1140
|
|
1 215904873 rs4330896 G A 2506.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=35.81;SB=-973.525;SBQD=-0.628;SBpi=-1.1952;SBpiQual=-1.3182;VQSLOD=8.2838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2540,196,0
|
|
1 215911298 rs2797257 A G 2506.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=31.72;SB=-1149.596;SBQD=-4.567;SBpi=-0.3938;SBpiQual=-0.7580;VQSLOD=8.1513 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2539,223,0
|
|
1 215918842 rs34420029 T C 787.01 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.156;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-338.039;SBQD=-3.409;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.4382;VQSLOD=5.4591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:817,0,1131
|
|
1 215960167 rs10864198 T G 232.69 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.072;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.180;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-211.782;SBQD=2.264;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-0.8195;VQSLOD=2.9008 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:263,0,376
|
|
1 215964854 rs11120631 C G 885.68 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.158;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.579;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-460.265;SBQD=4.851;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1687;VQSLOD=5.5398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:916,0,1388
|
|
1 215976606 rs4540627 G T 381.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=14.308;HRun=0;HaplotypeScore=3.8262;MQ=38.90;MQ0=6;MQRankSum=-4.665;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.246;SB=-0.337;SBQD=-11.116;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-1.0774;VQSLOD=-2.7488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:411,0,880
|
|
1 215977864 . T C 789.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.309;DP=91;Dels=0.00;FS=6.416;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=39.67;MQ0=2;MQRankSum=-4.548;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.667;SB=-209.898;SBQD=6.844;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.6473;VQSLOD=-2.3778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:819,0,1512
|
|
1 216005040 rs2364866 C T 1114.72 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.277;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.799;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.658;SB=-574.627;SBQD=-5.986;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.3030;VQSLOD=5.7331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1145,0,1193
|
|
1 216010786 rs2185316 T C 750.17 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.865;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=0;HaplotypeScore=3.3082;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.513;SB=-296.752;SBQD=4.024;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.6708;VQSLOD=4.0317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:77:99:780,0,1462
|
|
1 216013077 rs7520017 G T 1119.76 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.638;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=16.71;ReadPosRankSum=1.318;SB=-560.863;SBQD=0.462;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2676;VQSLOD=5.6139 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:1150,0,829
|
|
1 216016851 rs10864210 T C 1241.75 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.669;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=16.56;ReadPosRankSum=1.768;SB=-561.532;SBQD=1.096;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.4759;VQSLOD=5.0992 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1272,0,1143
|
|
1 216018188 rs4143467 G A 788.60 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.160;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.563;SB=-406.872;SBQD=2.601;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0452;VQSLOD=5.7013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:819,0,1134
|
|
1 216024057 rs1830912 A T 1127.60 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.849;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.825;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-405.655;SBQD=5.779;SBpi=1.0408;SBpiQual=1.1454;VQSLOD=3.9752 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1158,0,1279
|
|
1 216026891 rs34990219 G A 1362.80 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.406;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=6.696;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.946;SB=-549.777;SBQD=-6.683;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.7629;VQSLOD=5.4886 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:95:99:1393,0,1558
|
|
1 216034392 rs1538638 T A 1281.85 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.632;SB=-687.940;SBQD=-0.239;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2431;VQSLOD=5.6713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1312,0,1084
|
|
1 216048425 rs1339772 A G 889.24 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.105;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.825;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.296;SB=-375.078;SBQD=-6.003;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.6963;VQSLOD=4.4421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:919,0,833
|
|
1 216048754 rs1339771 T C 1099.93 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=8.107;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.460;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-370.138;SBQD=7.668;SBpi=1.2649;SBpiQual=1.3427;VQSLOD=4.9348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1130,0,1082
|
|
1 216049911 rs34007298 G A 1248.68 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.657;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=8.065;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.191;SB=-418.357;SBQD=-7.957;SBpi=-1.2962;SBpiQual=-1.3337;VQSLOD=4.5946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:1279,0,930
|
|
1 216082763 rs12034100 C T 1004.94 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.119;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.952;HRun=0;HaplotypeScore=6.1468;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-505.708;SBQD=-4.381;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.2228;VQSLOD=3.0537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:1035,0,788
|
|
1 216102796 rs513746 T C 996.29 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.770;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.130;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.794;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-489.218;SBQD=1.198;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.4853;VQSLOD=5.6884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:1026,0,749
|
|
1 216139209 rs2576002 A G 2464.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.30;MQ0=0;QD=34.23;SB=-975.327;SBQD=2.285;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.1986;VQSLOD=6.9419 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:2498,199,0
|
|
1 216150114 rs574878 C T 2160.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=33.75;SB=-1174.897;SBQD=0.678;SBpi=-0.1250;SBpiQual=-0.0823;VQSLOD=5.7629 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2193,178,0
|
|
1 216152082 rs2764948 T C 2265.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.33;SB=-1208.900;SBQD=-0.337;SBpi=0.1231;SBpiQual=0.1384;VQSLOD=8.3249 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2299,181,0
|
|
1 216163235 rs569128 T C 2761.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.87;SB=-1135.346;SBQD=0.061;SBpi=0.9687;SBpiQual=1.0415;VQSLOD=8.0761 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2795,220,0
|
|
1 216172380 rs10864219 A G 1340.10 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=16.54;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-705.052;SBQD=-0.305;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.0328;VQSLOD=6.2922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:1370,0,1070
|
|
1 216175599 rs1436779 G A 2389.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.66;MQ0=0;QD=35.67;SB=-1245.055;SBQD=1.397;SBpi=-0.1833;SBpiQual=-0.1112;VQSLOD=7.4147 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2423,190,0
|
|
1 216179889 rs7531584 C T 973.37 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.971;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.762;SB=-475.383;SBQD=0.285;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3481;VQSLOD=5.9498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:1003,0,1325
|
|
1 216189350 rs10864223 T C 463.82 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9732;MQ=49.44;MQ0=1;MQRankSum=1.156;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.461;SB=-190.274;SBQD=-1.309;SBpi=-1.1767;SBpiQual=-1.3198;VQSLOD=3.4589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:494,0,273
|
|
1 216232533 rs7539701 T C 1664.33 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.496;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=3.684;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.419;SB=-778.782;SBQD=2.256;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.2978;VQSLOD=5.8857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,54:101:99:1694,0,1419
|
|
1 216293259 rs4971264 G T 2357.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.76;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1100.981;SBQD=-1.698;SBpi=-0.5417;SBpiQual=-0.5634;VQSLOD=8.7586 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2391,193,0
|
|
1 216293866 rs61826891 C A 291.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.24;MQ0=0;QD=10.80;SB=-259.907;SBQD=6.877;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-0.9121;VQSLOD=4.4767 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:27.08:325,27,0
|
|
1 216296844 rs9660325 A G 2408.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.86;MQ0=0;QD=36.49;SB=-1090.937;SBQD=0.670;SBpi=-0.4924;SBpiQual=-0.3910;VQSLOD=9.1335 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2441,196,0
|
|
1 216307398 rs301739 C T 2099.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.42;SB=-776.555;SBQD=-0.811;SBpi=-1.3444;SBpiQual=-1.4581;VQSLOD=7.5569 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2133,166,0
|
|
1 216313208 rs448588 G A 2028.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=35.59;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-1000.771;SBQD=1.007;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.2715;VQSLOD=8.6831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:2062,163,0
|
|
1 216321149 rs669202 C A 214.21 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=17.33;MQ0=11;MQRankSum=2.139;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.938;SB=-113.436;SBQD=-3.311;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-0.8508;VQSLOD=1.7628 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,38:49:24.04:247,24,0
|
|
1 216322461 rs551798 A G 1173.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=32.39;MQ0=5;QD=21.33;SB=-238.438;SBQD=23.368;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.8349;VQSLOD=2.9745 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1206,111,0
|
|
1 216332170 rs301756 G C 2345.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=36.66;SB=-1225.558;SBQD=0.078;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0058;VQSLOD=8.8990 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2379,187,0
|
|
1 216346148 rs452747 A G 2636.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=32.95;SB=-1206.365;SBQD=-5.297;SBpi=0.8944;SBpiQual=0.3809;VQSLOD=7.3011 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2669,232,0
|
|
1 216356638 rs301746 T C 2241.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.14;SB=-939.520;SBQD=0.048;SBpi=-1.1785;SBpiQual=-1.1972;VQSLOD=5.9049 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2275,181,0
|
|
1 216363137 rs2274117 G A 2116.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1155.245;SBQD=-1.293;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0924;VQSLOD=8.9606 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2149,168,0
|
|
1 216462070 . A G 752.21 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.712;DP=63;Dels=0.00;FS=5.239;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.024;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.849;SB=-325.449;SBQD=2.845;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.5371;VQSLOD=3.5039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:782,0,1017
|
|
1 216559319 rs2791292 C T 2768.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=35.95;SB=-1387.932;SBQD=-0.767;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.3699;VQSLOD=6.5626 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2801,217,0
|
|
1 216589957 rs4488081 T G 2944.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.27;SB=-1242.333;SBQD=0.257;SBpi=0.8438;SBpiQual=0.9141;VQSLOD=9.4094 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2977,232,0
|
|
1 216594396 rs4396173 G A 2796.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.80;SB=-1440.468;SBQD=0.196;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.1091;VQSLOD=8.5156 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2830,220,0
|
|
1 216602134 rs7534756 A G 2281.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69;SB=-1350.234;SBQD=0.388;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.0912;VQSLOD=7.5832 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2314,181,0
|
|
1 216608877 rs11589613 C T 1079.42 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.332;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.520;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=17.41;ReadPosRankSum=1.191;SB=-299.815;SBQD=-7.265;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.5802;VQSLOD=3.7162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:1109,0,713
|
|
1 216631150 rs17606747 A C 1144.74 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.189;HRun=1;HaplotypeScore=3.4667;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=13.01;ReadPosRankSum=2.905;SB=-548.009;SBQD=-3.541;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3250;VQSLOD=2.4289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:88:99:1175,0,1640
|
|
1 216642879 rs4615907 A T 2358.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=36.28;SB=-1089.811;SBQD=-0.691;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.6465;VQSLOD=6.2751 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2392,184,0
|
|
1 216655699 rs7554439 C T 2702.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.4156;MQ=59.18;MQ0=0;QD=34.20;SB=-1334.279;SBQD=-1.098;SBpi=-0.3938;SBpiQual=-0.4802;VQSLOD=4.3697 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2735,220,0
|
|
1 216656274 . A C 1148.97 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.801;DP=71;Dels=0.00;FS=10.405;HRun=1;HaplotypeScore=1.7882;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=16.18;ReadPosRankSum=1.228;SB=-345.335;SBQD=11.521;SBpi=0.8590;SBpiQual=1.2666;VQSLOD=2.9823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1179,0,850
|
|
1 216657996 rs4457636 G C 1923.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.69;MQ0=0;QD=32.06;SB=-493.649;SBQD=10.930;SBpi=1.5492;SBpiQual=1.9449;VQSLOD=6.3313 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1957,159,0
|
|
1 216658862 rs11117592 A G 1398.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.95;MQ0=0;QD=33.30;SB=-339.714;SBQD=-12.956;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-1.4408;VQSLOD=6.7260 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1432,120,0
|
|
1 216659290 rs12078011 A G 1420.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=49.45;MQ0=0;QD=29.60;SB=-496.201;SBQD=-1.255;SBpi=-1.4434;SBpiQual=-1.6252;VQSLOD=5.2014 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1454,117,0
|
|
1 216660789 rs9441501 G C 334.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.96;MQ0=0;QD=25.75;SB=-133.679;SBQD=11.855;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.1532;VQSLOD=5.2343 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:33.09:368,33,0
|
|
1 216665089 rs35601089 T C 1924.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=56.39;MQ0=0;QD=35.65;SB=-647.600;SBQD=-0.461;SBpi=1.3608;SBpiQual=1.3406;VQSLOD=7.5663 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1958,159,0
|
|
1 216693263 rs1391513 T C 933.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.350;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.775;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.463;SB=-422.639;SBQD=-7.215;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4041;VQSLOD=5.7689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:964,0,1010
|
|
1 216706541 rs11117611 C T 1523.39 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.704;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.794;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=17.12;ReadPosRankSum=0.251;SB=-766.244;SBQD=0.983;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.1196;VQSLOD=5.3993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1553,0,1321
|
|
1 216707012 rs1833036 G T 2294.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.25;SB=-1231.989;SBQD=0.028;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.3161;VQSLOD=7.9098 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2327,181,0
|
|
1 216707519 rs6604631 A G 861.34 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.074;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.530;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.817;SB=-483.582;SBQD=-4.542;SBpi=0.1667;SBpiQual=-0.1910;VQSLOD=6.0650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:891,0,867
|
|
1 216711864 rs2032036 G A 1168.18 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=15.79;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-656.335;SBQD=-0.994;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.0679;VQSLOD=6.0446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:1198,0,702
|
|
1 216719499 . C T 535.10 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.810;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.046;SB=-141.999;SBQD=-8.038;SBpi=-1.2792;SBpiQual=-1.4485;VQSLOD=3.8457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:37:99:565,0,296
|
|
1 216728632 rs12137616 C T 3400.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.56;MQ0=0;QD=36.18;SB=-1627.893;SBQD=-0.487;SBpi=-0.5157;SBpiQual=-0.5799;VQSLOD=7.8002 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3401,262,0
|
|
1 216732718 rs7520795 G A 820.74 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.4906;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.584;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.286;SB=-188.627;SBQD=3.779;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.5776;VQSLOD=2.8152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:851,0,790
|
|
1 216758278 rs6662267 C G 2501.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.89;SB=-1125.384;SBQD=-5.363;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.9651;VQSLOD=7.2285 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2535,220,0
|
|
1 216766122 . G A 753.21 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.293;DP=51;Dels=0.00;FS=4.273;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.274;QD=14.77;ReadPosRankSum=-1.085;SB=-400.587;SBQD=6.645;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.1686;VQSLOD=3.6873 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:783,0,469
|
|
1 216786604 rs1857405 T C 1119.70 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.163;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.846;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-568.600;SBQD=1.091;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2015;VQSLOD=5.9176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1150,0,1305
|
|
1 216816881 rs2047429 G T 1248.87 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.879;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.447;HRun=0;HaplotypeScore=2.9761;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.623;SB=-521.672;SBQD=6.466;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.7334;VQSLOD=4.6348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1279,0,914
|
|
1 216837237 rs1953523 G C 1512.25 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.891;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.774;QD=16.80;ReadPosRankSum=0.032;SB=-740.768;SBQD=-1.177;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.2722;VQSLOD=5.2614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,49:90:99:1542,0,1308
|
|
1 216841581 rs10863263 A G 2022.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=35.49;SB=-884.772;SBQD=2.382;SBpi=0.5960;SBpiQual=0.7794;VQSLOD=8.4094 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2056,163,0
|
|
1 216842962 rs10863264 T C 2297.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=36.46;SB=-820.724;SBQD=0.687;SBpi=1.1969;SBpiQual=1.2712;VQSLOD=7.2927 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2330,190,0
|
|
1 216864218 rs2211118 G A 3077.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1556.647;SBQD=-1.129;SBpi=-0.0542;SBpiQual=-0.1289;VQSLOD=9.0053 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3111,247,0
|
|
1 216895167 rs1538527 T C 2142.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.00;SB=-708.947;SBQD=-2.457;SBpi=-1.5749;SBpiQual=-1.7664;VQSLOD=7.1515 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2175,172,0
|
|
1 216910862 rs956543 A C 1176.68 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.964;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.888;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=14.71;ReadPosRankSum=1.135;SB=-491.978;SBQD=-1.572;SBpi=0.9258;SBpiQual=0.8318;VQSLOD=5.2985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1207,0,1114
|
|
1 216920286 rs2820875 T C 2778.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=36.56;SB=-1115.269;SBQD=-0.974;SBpi=1.0324;SBpiQual=0.9812;VQSLOD=8.0945 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2812,226,0
|
|
1 216921331 rs1339351 A G 3098.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=33.67;SB=-1321.244;SBQD=-7.759;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.9622;VQSLOD=8.5470 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3131,268,0
|
|
1 216965856 rs6671339 A G 619.75 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.333;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-322.729;SBQD=-1.396;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.3849;VQSLOD=5.1078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:650,0,1052
|
|
1 216979870 rs55703041 C T 1079.88 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.696;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.911;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.993;SB=-486.226;SBQD=2.676;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4331;VQSLOD=5.4569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1110,0,1169
|
|
1 216983895 rs1339358 A G 1553.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.12;SB=-227.392;SBQD=-5.457;SBpi=-2.3637;SBpiQual=-2.5824;VQSLOD=6.8159 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1586,123,0
|
|
1 216989934 rs1542001 A G 2381.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9993;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.64;SB=-1043.138;SBQD=0.123;SBpi=-0.6822;SBpiQual=-0.6998;VQSLOD=5.6361 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2415,190,0
|
|
1 216994514 rs7554036 G C 1768.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=29.48;SB=-1039.293;SBQD=-3.133;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.2701;VQSLOD=5.7064 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1802,144,0
|
|
1 216997516 rs1821787 C T 737.19 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.111;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.170;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.887;SB=-379.328;SBQD=-3.162;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.0404;VQSLOD=4.4485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:767,0,1013
|
|
1 217002974 rs12568029 C A 545.49 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=8.668;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-324.334;SBQD=-7.615;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.1643;VQSLOD=5.5786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:575,0,542
|
|
1 217008685 . G A 1005.35 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.835;DP=69;Dels=0.00;FS=2.015;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=2.505;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.916;SB=-428.947;SBQD=-2.819;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.9004;VQSLOD=3.5099 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1035,0,798
|
|
1 217033213 rs2576254 T C 971.29 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.681;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.648;SB=-538.406;SBQD=-4.421;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.7614;VQSLOD=5.8160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1001,0,873
|
|
1 217033861 rs1370147 C T 1265.91 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.946;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=19.18;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-566.718;SBQD=-0.351;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.5289;VQSLOD=5.0629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,40:66:99:1296,0,802
|
|
1 217041632 rs1836965 G A 856.61 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.500;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2611;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-426.251;SBQD=0.309;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5890;VQSLOD=4.9276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:887,0,928
|
|
1 217082283 rs4348786 C T 1014.93 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.960;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.843;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=12.69;ReadPosRankSum=-2.124;SB=-391.507;SBQD=5.553;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8268;VQSLOD=4.9779 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:1045,0,1431
|
|
1 217117848 rs893127 T C 1055.78 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.955;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-529.982;SBQD=-2.423;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2437;VQSLOD=5.7732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1086,0,1109
|
|
1 217130147 rs2818792 A G 1152.83 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.537;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.832;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=14.23;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-528.038;SBQD=-1.336;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.4477;VQSLOD=5.8546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1183,0,1171
|
|
1 217130862 rs2576228 C T 1005.44 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.228;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.667;HRun=0;HaplotypeScore=4.7237;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-397.731;SBQD=5.149;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8361;VQSLOD=2.7643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:1035,0,1429
|
|
1 217133217 rs2818788 G A 1474.76 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.840;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.927;HRun=1;HaplotypeScore=2.8804;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.858;QD=17.56;ReadPosRankSum=-0.300;SB=-591.629;SBQD=-1.443;SBpi=0.7857;SBpiQual=0.8344;VQSLOD=2.9024 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:84:99:1505,0,1102
|
|
1 217147875 rs2576208 T C 1034.27 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.795;HRun=0;HaplotypeScore=1.9966;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.767;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.691;SB=-523.636;SBQD=-3.019;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0079;VQSLOD=5.3820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:88:99:1064,0,1785
|
|
1 217150715 rs28361988 T C 60.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.178;HRun=0;HaplotypeScore=7.8007;MQ=55.13;MQ0=1;MQRankSum=-1.418;QD=1.21;ReadPosRankSum=2.249;SB=-177.582;SBQD=-2.647;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.3246;VQSLOD=-2.3435 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,16:50:90.51:91,0,872
|
|
1 217153102 rs1025649 C T 840.01 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.544;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.853;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.383;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.962;SB=-411.230;SBQD=-4.290;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.3748;VQSLOD=3.7342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:870,0,1658
|
|
1 217159379 rs2789558 C G 908.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.325;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=13.77;ReadPosRankSum=1.559;SB=-364.180;SBQD=4.132;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7739;VQSLOD=6.0602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:939,0,1097
|
|
1 217168377 rs1556891 A C 809.53 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.329;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.655;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-233.923;SBQD=8.579;SBpi=1.2374;SBpiQual=1.3487;VQSLOD=5.3847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:840,0,838
|
|
1 217181451 rs2818760 C T 1217 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.501;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.130;SB=-591.555;SBQD=7.636;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3921;VQSLOD=5.5525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:81:99:1247,0,840
|
|
1 217204606 rs7522101 G C 992.80 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.094;SB=-439.840;SBQD=3.085;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.9804;VQSLOD=5.6389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:1023,0,821
|
|
1 217208127 rs11117755 T A 839.73 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.622;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.944;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.827;SB=-406.886;SBQD=-1.984;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.0935;VQSLOD=5.6575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:870,0,1223
|
|
1 217271699 rs10863295 G C 1379.75 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=7.252;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.773;QD=15.68;ReadPosRankSum=-1.441;SB=-445.766;SBQD=6.153;SBpi=1.3270;SBpiQual=1.4014;VQSLOD=4.2770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:1410,0,1284
|
|
1 217285309 rs1354221 A G 2068.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=36.30;SB=-541.023;SBQD=3.396;SBpi=1.7881;SBpiQual=2.0192;VQSLOD=7.9066 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2102,169,0
|
|
1 217300637 rs56197827 C A 949.05 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.736;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-417.621;SBQD=-5.166;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.4734;VQSLOD=4.2095 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:979,0,1185
|
|
1 217313112 rs12758982 G C 107.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.94;SB=-92.761;SBQD=5.957;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1361;VQSLOD=5.5256 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:12.03:140,12,0
|
|
1 217317036 rs1553349 G A 2634.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1477.606;SBQD=-0.829;SBpi=0.0570;SBpiQual=0.0140;VQSLOD=8.7526 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2667,208,0
|
|
1 217318030 rs1502359 A G 2160.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.73;SB=-864.842;SBQD=-5.326;SBpi=-0.7385;SBpiQual=-1.1092;VQSLOD=6.7661 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2193,190,0
|
|
1 217322118 rs10779289 C A 2377.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.96;SB=-1281.389;SBQD=0.252;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.2336;VQSLOD=7.6940 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2410,190,0
|
|
1 217358296 rs12025457 C T 1283.76 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.796;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.900;HRun=0;HaplotypeScore=2.4839;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=2.475;QD=15.85;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-625.168;SBQD=1.557;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.7328;VQSLOD=3.8702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,48:81:99:1314,0,803
|
|
1 217360673 rs11117795 C T 598.19 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.331;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.323;HRun=0;HaplotypeScore=3.0659;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.539;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.168;SB=-333.551;SBQD=5.682;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3383;VQSLOD=2.0410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:628,0,769
|
|
1 217392939 rs6604659 C T 1184.90 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.408;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.498;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.178;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.393;SB=-646.649;SBQD=3.978;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0024;VQSLOD=5.7967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1215,0,1026
|
|
1 217393640 rs1502365 G A 1229.18 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.994;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.673;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-635.288;SBQD=-0.013;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0831;VQSLOD=6.3020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1259,0,925
|
|
1 217404396 . A G 374.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.33;MQ0=0;MQRankSum=-5.535;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-154.860;SBQD=-0.922;SBpi=-1.0660;SBpiQual=-1.0019;VQSLOD=-3.8309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:404,0,982
|
|
1 217409164 rs7535579 G A 765.68 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.231;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.953;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.039;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.061;SB=-409.656;SBQD=3.477;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.3881;VQSLOD=6.0732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:796,0,1138
|
|
1 217426910 rs6668005 C T 1058.65 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.853;HRun=0;HaplotypeScore=1.7335;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.970;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.906;SB=-473.202;SBQD=0.224;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.7635;VQSLOD=4.8370 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1089,0,1345
|
|
1 217509448 . G A 1230.53 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.698;DP=81;Dels=0.00;FS=5.717;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=15.19;ReadPosRankSum=1.374;SB=-495.981;SBQD=5.394;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6949;VQSLOD=4.1365 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1261,0,1305
|
|
1 217535088 rs2815229 T C 1305.31 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.065;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.842;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=16.52;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-689.156;SBQD=1.511;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2822;VQSLOD=4.5659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1335,0,1067
|
|
1 217542361 rs2646828 C T 1160.66 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.663;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.870;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.080;SB=-528.238;SBQD=1.148;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4868;VQSLOD=5.5734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1191,0,1255
|
|
1 217556242 rs2492872 C A 1102.57 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.764;HRun=0;HaplotypeScore=3.9427;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.957;SB=-607.479;SBQD=-1.234;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.4129;VQSLOD=3.7156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:1133,0,1266
|
|
1 217560463 rs2815246 T C 1167.87 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.008;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=7.532;HRun=0;HaplotypeScore=2.6474;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=14.78;ReadPosRankSum=1.859;SB=-591.692;SBQD=5.249;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0709;VQSLOD=5.0674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1198,0,1347
|
|
1 217568218 rs2818967 T G 953.94 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.005;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=12.094;HRun=1;HaplotypeScore=1.5810;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.568;QD=15.39;ReadPosRankSum=1.425;SB=-413.850;SBQD=11.229;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3453;VQSLOD=2.4975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:984,0,746
|
|
1 217596699 . G A 881.41 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.677;DP=98;Dels=0.00;FS=0.871;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=8.99;ReadPosRankSum=-2.162;SB=-297.790;SBQD=-2.012;SBpi=-1.4600;SBpiQual=-1.5265;VQSLOD=1.4809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,38:98:99:911,0,1494
|
|
1 217600728 rs1052424 C G 1237.02 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.885;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=16.28;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-553.544;SBQD=3.209;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.4414;VQSLOD=4.4682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:1267,0,1092
|
|
1 217605905 rs3790725 C T 924.75 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.080;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=2.012;QD=15.16;ReadPosRankSum=0.151;SB=-393.305;SBQD=-1.833;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.6593;VQSLOD=4.0997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:955,0,868
|
|
1 217608079 rs3790727 C T 1556.38 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.823;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.484;SB=-730.784;SBQD=-0.092;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.3718;VQSLOD=4.9686 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:1586,0,1453
|
|
1 217693841 rs4846417 T C 2370.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=32.47;SB=-1216.849;SBQD=-0.635;SBpi=0.5267;SBpiQual=0.4836;VQSLOD=7.5659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2404,193,0
|
|
1 217697377 . T C 95.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.93;MQ0=1;QD=13.66;SB=-0.007;SBQD=13.655;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.4053;VQSLOD=3.5075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:12.02:128,12,0
|
|
1 217705110 rs9633499 A G 2977.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.32;SB=-1282.059;SBQD=-0.023;SBpi=0.8835;SBpiQual=0.9300;VQSLOD=8.5446 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3011,235,0
|
|
1 217754669 rs4846423 G A 1136.02 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.195;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-556.685;SBQD=2.701;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.2178;VQSLOD=4.5458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1166,0,1155
|
|
1 217754959 rs10779297 C G 962.07 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.448;HRun=0;HaplotypeScore=4.9494;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.298;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.101;SB=-431.977;SBQD=-5.025;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5103;VQSLOD=3.1283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:65:99:992,0,887
|
|
1 217759241 rs10863326 T A 1148.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.848;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.873;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=13.68;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-481.092;SBQD=4.239;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.8902;VQSLOD=5.2938 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:1179,0,1309
|
|
1 217763237 . T C 1014.82 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.755;DP=69;Dels=0.00;FS=4.812;HRun=0;HaplotypeScore=1.9106;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.846;QD=14.71;ReadPosRankSum=1.602;SB=-386.061;SBQD=-6.056;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.8234;VQSLOD=3.6426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:1045,0,1143
|
|
1 217769794 rs12024821 A G 773.82 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.076;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.521;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.847;SB=-396.976;SBQD=6.380;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.1439;VQSLOD=5.8419 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:804,0,1037
|
|
1 217817060 rs12737546 A C 110.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=10.268;HRun=0;HaplotypeScore=7.9282;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.449;SB=4.321;SBQD=8.308;SBpi=0.9449;SBpiQual=0.9906;VQSLOD=-1.1220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:31:99:141,0,412
|
|
1 217926082 rs10863342 C G 2424.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=34.15;SB=-1165.825;SBQD=-3.632;SBpi=-0.1780;SBpiQual=-0.4134;VQSLOD=7.7241 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2457,199,0
|
|
1 217926195 rs4440924 A G 2367.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16;SB=-825.540;SBQD=-8.306;SBpi=-1.2618;SBpiQual=-1.8468;VQSLOD=6.5222 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2401,202,0
|
|
1 217926505 rs11117924 T G 1229.12 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9583;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.426;QD=17.31;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-650.756;SBQD=-0.781;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0880;VQSLOD=3.9554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1259,0,940
|
|
1 217939918 rs10863346 G T 1228.12 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.495;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.312;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.648;SB=-581.551;SBQD=4.338;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4297;VQSLOD=6.0287 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:1258,0,1433
|
|
1 217942934 rs4846435 G A 789.83 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.761;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=2.046;HRun=0;HaplotypeScore=3.1869;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.668;SB=-302.792;SBQD=-3.029;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-0.9921;VQSLOD=3.9571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:820,0,1275
|
|
1 217975830 rs6604563 C A 2265.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=33.32;SB=-1034.242;SBQD=-1.592;SBpi=0.8489;SBpiQual=0.7936;VQSLOD=8.5267 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2299,184,0
|
|
1 217979318 rs985420 A T 2002.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.76;SB=-949.493;SBQD=-1.183;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.5009;VQSLOD=8.8430 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2036,159,0
|
|
1 217987825 rs17676166 T C 1057.16 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.384;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=8.377;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-412.829;SBQD=8.525;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.7297;VQSLOD=5.6553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:1087,0,901
|
|
1 217992535 rs61825857 A T 1458.45 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.838;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=1.709;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=15.35;ReadPosRankSum=-1.489;SB=-669.375;SBQD=-2.931;SBpi=-0.6301;SBpiQual=-0.6896;VQSLOD=5.0883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:1488,0,1342
|
|
1 218037177 rs11117954 G C 1011.04 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.593;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.228;SB=-458.029;SBQD=1.764;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.4016;VQSLOD=5.6428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1041,0,1053
|
|
1 218047636 rs4846248 A G 2425.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.25;MQ0=0;QD=35.68;SB=-1138.933;SBQD=-1.046;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.4458;VQSLOD=7.2160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2459,196,0
|
|
1 218064728 rs61827103 T A 1032.47 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.082;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.296;HRun=3;HaplotypeScore=2.1445;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-495.183;SBQD=-5.241;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3062;VQSLOD=4.3140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:1062,0,846
|
|
1 218066388 rs61827106 A G 1051.67 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.700;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=11.334;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.849;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-322.592;SBQD=-7.683;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.1858;VQSLOD=3.6053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:1082,0,1461
|
|
1 218067417 rs7554760 G A 780.36 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.645;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.913;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=18.15;ReadPosRankSum=0.137;SB=-259.695;SBQD=-6.895;SBpi=-0.9806;SBpiQual=-1.0504;VQSLOD=4.8377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:810,0,481
|
|
1 218071638 . G C 2649.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=34.41;SB=-1113.424;SBQD=1.020;SBpi=-1.0826;SBpiQual=-1.0427;VQSLOD=6.7015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2682,214,0
|
|
1 218145719 rs12746725 T C 933.41 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.955;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=12.96;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-521.045;SBQD=3.475;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1873;VQSLOD=5.6913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:963,0,1128
|
|
1 218145956 rs12726629 A G 1113.73 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=16.14;ReadPosRankSum=-2.255;SB=-508.557;SBQD=3.256;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.6035;VQSLOD=4.4534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:1144,0,931
|
|
1 218150656 rs12027199 C T 825.19 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.396;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.278;HRun=2;HaplotypeScore=3.8993;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.381;SB=-595.223;SBQD=-1.358;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0181;VQSLOD=2.4012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:855,0,525
|
|
1 218162267 rs973090 G A 3008.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.69;SB=-1291.094;SBQD=-0.834;SBpi=-0.8835;SBpiQual=-1.0132;VQSLOD=7.7275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3042,232,0
|
|
1 218166011 rs17692262 C T 1089.12 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.932;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.952;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.346;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-531.738;SBQD=-2.017;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.3322;VQSLOD=5.6187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1119,0,1256
|
|
1 218166721 rs56003924 G A 439.81 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=8.411;HRun=2;HaplotypeScore=1.7128;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.992;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.344;SB=-204.801;SBQD=8.117;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.4049;VQSLOD=2.0167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,19:54:99:470,0,692
|
|
1 218173295 rs12755367 G A 1274.64 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.247;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=3.006;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=4.424;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-632.499;SBQD=4.112;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1061;VQSLOD=4.1403 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1305,0,1010
|
|
1 218173663 rs35746008 C T 1223.65 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.773;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=2.966;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.095;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-660.050;SBQD=-2.814;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0193;VQSLOD=5.8215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1254,0,958
|
|
1 218175269 rs5008860 A G 1202.71 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.145;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.039;QD=16.48;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-578.287;SBQD=3.571;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4506;VQSLOD=5.2398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:1233,0,1010
|
|
1 218177693 rs12748573 C T 1270.30 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.458;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=13.056;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.982;QD=16.50;ReadPosRankSum=-1.865;SB=-367.991;SBQD=-10.366;SBpi=-1.6219;SBpiQual=-1.7405;VQSLOD=2.7494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1300,0,824
|
|
1 218179388 rs10746374 T C 2413.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.11;MQ0=0;QD=32.62;SB=-766.637;SBQD=-1.490;SBpi=-1.8600;SBpiQual=-2.0498;VQSLOD=6.9937 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2447,196,0
|
|
1 218179866 rs58954326 A T 1098.88 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.436;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.931;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=14.46;ReadPosRankSum=2.505;SB=-441.165;SBQD=3.268;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.8440;VQSLOD=4.9846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1129,0,1160
|
|
1 218190850 rs6687543 T C 3106.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9866;MQ=58.64;MQ0=0;QD=31.38;SB=-1767.079;SBQD=1.792;SBpi=-0.2513;SBpiQual=-0.0618;VQSLOD=4.8452 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:99:99:3139,268,0
|
|
1 218194525 rs34815253 G A 1186.79 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.101;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.952;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.874;SB=-543.649;SBQD=-3.761;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4756;VQSLOD=6.0190 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1217,0,1150
|
|
1 218197056 rs1490330 C T 1003.38 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.457;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.700;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.376;SB=-443.058;SBQD=-0.329;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.6421;VQSLOD=4.1932 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,36:93:99:1033,0,1764
|
|
1 218203852 rs12034723 G A 884.48 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.669;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.173;HRun=1;HaplotypeScore=1.8268;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.373;SB=-315.507;SBQD=-2.976;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-1.0339;VQSLOD=4.7575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:914,0,899
|
|
1 218205726 rs12141671 C G 978.13 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.893;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.893;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-502.596;SBQD=0.107;SBpi=0.2466;SBpiQual=-0.1536;VQSLOD=4.6604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1008,0,1260
|
|
1 218214924 rs17693785 A G 669.57 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.500;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.523;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-359.204;SBQD=-5.222;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.4116;VQSLOD=6.0086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:700,0,930
|
|
1 218234523 rs12047982 T C 2328.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=35.82;SB=-1148.409;SBQD=-0.974;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.2969;VQSLOD=6.5192 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2361,187,0
|
|
1 218235560 rs12737037 A G 1061.48 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.512;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.617;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.615;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.121;SB=-368.675;SBQD=-7.919;SBpi=-0.9912;SBpiQual=-1.3167;VQSLOD=5.2859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1091,0,1311
|
|
1 218245479 rs12565664 C A 1081.19 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.244;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.583;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=2.028;QD=14.61;ReadPosRankSum=-2.266;SB=-446.269;SBQD=5.272;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.8670;VQSLOD=4.2599 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1111,0,1054
|
|
1 218266142 . T C 1490.28 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=86;Dels=0.00;FS=13.005;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=17.33;ReadPosRankSum=1.622;SB=-541.597;SBQD=-9.152;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9916;VQSLOD=3.6156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:1520,0,1198
|
|
1 218272241 rs7543889 T A 836.59 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.190;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-434.642;SBQD=1.830;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7051;VQSLOD=5.8897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:867,0,845
|
|
1 218285802 rs10863377 T A 1364.47 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.953;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-735.335;SBQD=3.819;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0593;VQSLOD=4.7888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1394,0,1143
|
|
1 218301543 . T C 812.45 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DP=52;Dels=0.00;FS=2.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.123;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.085;SB=-403.064;SBQD=-2.053;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.3834;VQSLOD=4.6021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:842,0,738
|
|
1 218319913 rs2200965 A G 449.43 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.370;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-225.282;SBQD=-5.513;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.6325;VQSLOD=3.9223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:479,0,968
|
|
1 218320092 rs2220569 A C 656.76 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.090;SB=-304.235;SBQD=0.831;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.6782;VQSLOD=4.4267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:687,0,1275
|
|
1 218347150 rs6658076 T C 782.24 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.981;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.834;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.098;SB=-444.261;SBQD=0.399;SBpi=-0.2611;SBpiQual=0.0434;VQSLOD=5.3170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,33:80:99:812,0,1503
|
|
1 218368956 rs57441356 A G 1403.89 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.863;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.850;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=16.91;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-508.790;SBQD=-2.357;SBpi=-0.7217;SBpiQual=-1.1524;VQSLOD=5.6325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1434,0,1061
|
|
1 218369926 rs1890357 A T 2273.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=37.27;SB=-1038.525;SBQD=-0.141;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.4810;VQSLOD=8.3527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2306,181,0
|
|
1 218397502 rs1338453 A G 1106.18 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.993;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=17.56;ReadPosRankSum=1.410;SB=-415.395;SBQD=2.506;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9036;VQSLOD=5.0662 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1136,0,691
|
|
1 218397580 rs1416156 A G 1953.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.93;MQ0=0;QD=32.03;SB=-1014.459;SBQD=-0.481;SBpi=0.4481;SBpiQual=0.4905;VQSLOD=6.8374 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1987,156,0
|
|
1 218402496 rs4341423 C T 3159.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.11;SB=-1542.543;SBQD=-0.527;SBpi=-0.5270;SBpiQual=-0.6068;VQSLOD=6.5241 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3193,247,0
|
|
1 218439096 rs7517241 A T 1258.18 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.065;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.246;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.013;SB=-450.795;SBQD=4.099;SBpi=1.0151;SBpiQual=1.0507;VQSLOD=4.4014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1288,0,1346
|
|
1 218516310 rs10495098 G T 714.14 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.331;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=12.626;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.198;QD=14.00;ReadPosRankSum=1.217;SB=-235.691;SBQD=10.121;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.8872;VQSLOD=5.4042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:744,0,730
|
|
1 218553297 rs3892225 A G 948.98 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.776;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=13.293;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.408;SB=-493.422;SBQD=-9.065;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.1972;VQSLOD=5.5793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:979,0,1068
|
|
1 218605609 rs10482795 G A 1349.65 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.599;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.817;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=15.16;ReadPosRankSum=-1.564;SB=-511.470;SBQD=2.291;SBpi=0.8387;SBpiQual=0.9542;VQSLOD=5.3461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1380,0,1260
|
|
1 218609702 rs6684205 A G 947.37 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.576;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.220;SB=-417.934;SBQD=-4.303;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3659;VQSLOD=6.0698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:977,0,912
|
|
1 218612625 rs10482833 G A 786.92 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.280;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=14.85;ReadPosRankSum=1.331;SB=-367.281;SBQD=0.084;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7186;VQSLOD=5.4676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:817,0,653
|
|
1 218622101 rs2015850 A G 652.11 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.370;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.478;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-264.609;SBQD=1.870;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.6989;VQSLOD=5.3016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:62:99:682,0,818
|
|
1 218622319 rs1473527 G A 710.83 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.036;SB=-216.487;SBQD=3.211;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.1794;VQSLOD=3.3084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,28:78:99:741,0,1573
|
|
1 218624533 rs10429950 T C 1549.24 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.612;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=7.907;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=15.04;ReadPosRankSum=1.323;SB=-649.746;SBQD=-2.343;SBpi=-0.9934;SBpiQual=-0.6058;VQSLOD=5.8536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,57:103:99:1579,0,1469
|
|
1 218631452 rs6604614 C G 1041.53 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.460;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.782;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=1;MQRankSum=-1.054;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.209;SB=-512.291;SBQD=-2.359;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.3040;VQSLOD=4.2145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:1072,0,1460
|
|
1 218640261 rs2001552 G C 1102.04 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.137;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.869;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=13.95;ReadPosRankSum=1.634;SB=-356.795;SBQD=7.563;SBpi=1.0151;SBpiQual=1.3003;VQSLOD=5.9084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1132,0,1239
|
|
1 218669983 . A G 43.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.748;DP=58;Dels=0.00;FS=1.162;HRun=0;HaplotypeScore=4.9442;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.075;SB=-219.664;SBQD=-3.508;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.6128;VQSLOD=-1.6784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:73.05:73,0,254
|
|
1 218670783 rs55996845 G A 587.73 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.243;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.187;SB=-239.808;SBQD=0.413;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.6465;VQSLOD=5.0875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:65:99:618,0,1401
|
|
1 218676233 rs7537063 G T 1432.31 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.802;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=4.038;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.897;SB=-770.383;SBQD=-3.383;SBpi=0.1414;SBpiQual=0.1953;VQSLOD=5.5213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:1462,0,1050
|
|
1 218681309 . T G 503.74 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;DP=52;Dels=0.00;FS=2.704;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.506;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.212;SB=-430.264;SBQD=-2.515;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.3838;VQSLOD=3.2377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:52:99:534,0,506
|
|
1 218682115 rs7531382 T C 1161.54 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.019;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.820;SB=-599.843;SBQD=1.954;SBpi=-0.1508;SBpiQual=0.2274;VQSLOD=4.6974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1192,0,1204
|
|
1 218684846 rs12026168 C G 457.52 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=7.071;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.960;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-100.186;SBQD=8.916;SBpi=1.3416;SBpiQual=1.3222;VQSLOD=3.6896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:43:99:488,0,738
|
|
1 218684850 rs12026169 C A 424.98 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=5.014;HRun=0;HaplotypeScore=2.5149;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.921;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-101.852;SBQD=8.737;SBpi=1.2618;SBpiQual=1.3253;VQSLOD=1.6912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:455,0,757
|
|
1 218687795 rs12022110 A G 969.42 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=14.91;ReadPosRankSum=1.568;SB=-494.333;SBQD=-3.721;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.0833;VQSLOD=5.5607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:999,0,964
|
|
1 218690577 rs6665024 G A 1165.34 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.489;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.908;HRun=1;HaplotypeScore=1.9800;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.953;SB=-612.793;SBQD=-7.464;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1428;VQSLOD=5.1062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1195,0,839
|
|
1 218699815 rs57615042 A G 1159.22 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.854;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=7.755;HRun=0;HaplotypeScore=3.6688;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=15.25;ReadPosRankSum=-1.352;SB=-517.986;SBQD=-8.403;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.5926;VQSLOD=3.4588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:1189,0,1032
|
|
1 218707937 rs514332 A G 1716.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=30.11;SB=-970.219;SBQD=-5.771;SBpi=0.3311;SBpiQual=-0.0863;VQSLOD=7.0378 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1749,156,0
|
|
1 218709802 rs628876 C G 724.50 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=3.956;HRun=1;HaplotypeScore=2.9125;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=13.93;ReadPosRankSum=-1.905;SB=-343.021;SBQD=-1.379;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.4321;VQSLOD=3.9677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:754,0,817
|
|
1 218713704 rs606305 T C 1155.90 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.315;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=2.993;HRun=0;HaplotypeScore=3.6211;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=14.82;ReadPosRankSum=-1.495;SB=-625.455;SBQD=-2.909;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1714;VQSLOD=3.4393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1186,0,1175
|
|
1 218747873 rs28454033 A G 1218.92 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.334;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5173;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=16.70;ReadPosRankSum=1.034;SB=-490.564;SBQD=1.458;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.7141;VQSLOD=4.9824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1249,0,949
|
|
1 218758944 rs1337110 T C 1042.63 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.764;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.607;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.006;SB=-533.602;SBQD=4.602;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0611;VQSLOD=5.8872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:1073,0,1201
|
|
1 218770158 . T C 381.77 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.716;DP=72;Dels=0.00;FS=8.159;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=21.06;MQ0=13;MQRankSum=-0.723;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.068;SB=-112.746;SBQD=5.735;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.1617;VQSLOD=2.0446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:412,0,469
|
|
1 218770751 . G A 692.16 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.62;MQ0=26;QD=9.89;SB=-184.080;SBQD=-8.669;SBpi=-0.8189;SBpiQual=-0.9438;VQSLOD=2.0977 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,63:70:69.12:725,69,0
|
|
1 218778189 rs2050599 G A 2798.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.35;SB=-1111.257;SBQD=1.473;SBpi=1.0826;SBpiQual=1.2672;VQSLOD=5.5926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2832,220,0
|
|
1 218782572 rs2965010 A C 2082.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=32.04;SB=-755.735;SBQD=4.886;SBpi=1.0543;SBpiQual=1.3920;VQSLOD=7.1638 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2116,183,0
|
|
1 218794670 rs729283 A G 546.41 PASS AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.277;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.4676;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.928;SB=-315.639;SBQD=-0.769;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.1162;VQSLOD=3.1638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,23:76:99:576,0,1634
|
|
1 218807853 rs9725822 G A 853.05 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.590;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=11.863;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.200;SB=-463.264;SBQD=10.292;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0028;VQSLOD=6.4168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:883,0,885
|
|
1 218833214 rs11485142 A C 1047.30 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=10.294;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.138;SB=-412.801;SBQD=9.552;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6728;VQSLOD=5.4792 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:70:99:1077,0,1071
|
|
1 218861435 rs17511493 A C 775.16 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.869;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=8.574;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.759;SB=-335.046;SBQD=-2.400;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.6604;VQSLOD=5.2469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:805,0,772
|
|
1 218879235 rs17512031 T C 1339.63 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.188;HRun=0;HaplotypeScore=2.9571;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=17.40;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-591.886;SBQD=6.259;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3725;VQSLOD=4.3350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1370,0,971
|
|
1 218893464 rs28623650 T C 940.06 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.365;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9759;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-498.507;SBQD=-0.701;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0816;VQSLOD=3.3632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:970,0,1376
|
|
1 218897422 rs7534088 A G 1082.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ=56.71;MQ0=0;QD=26.40;SB=-521.579;SBQD=-10.123;SBpi=0.0781;SBpiQual=-0.3729;VQSLOD=5.1308 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1115,99,0
|
|
1 218928163 rs7550149 G A 761.37 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.531;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.893;SB=-473.391;SBQD=-2.212;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1762;VQSLOD=4.7053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:791,0,822
|
|
1 218945768 rs6678196 T C 2027.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.31;MQ0=0;QD=33.24;SB=-960.442;SBQD=4.745;SBpi=0.0640;SBpiQual=0.4064;VQSLOD=7.0435 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2061,180,0
|
|
1 218964026 rs7556019 T G 2620.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=31.58;SB=-1233.422;SBQD=-5.734;SBpi=-0.1646;SBpiQual=-0.6519;VQSLOD=7.8285 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2654,232,0
|
|
1 218965463 rs6541219 T C 2979.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.33;SB=-1571.097;SBQD=-0.231;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0205;VQSLOD=8.0271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3012,238,0
|
|
1 218971896 rs12729817 A G 1686.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.26;MQ0=0;QD=26.76;SB=-847.308;SBQD=-1.322;SBpi=0.6929;SBpiQual=0.4972;VQSLOD=5.0112 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1719,156,0
|
|
1 219006382 rs2244622 T C 3017.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.93;SB=-1490.697;SBQD=-2.707;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1775;VQSLOD=8.4992 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3051,244,0
|
|
1 219010485 rs1498028 A G 2121.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.90;MQ0=0;QD=34.77;SB=-902.869;SBQD=0.526;SBpi=0.8322;SBpiQual=0.9469;VQSLOD=6.0002 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2154,172,0
|
|
1 219097931 rs685339 C T 1061.21 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.854;QD=17.12;ReadPosRankSum=2.016;SB=-453.311;SBQD=-2.622;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6924;VQSLOD=2.5804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:1091,0,857
|
|
1 219111758 rs676386 C G 2509.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.86;SB=-1298.045;SBQD=-2.187;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1465;VQSLOD=7.9540 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2543,202,0
|
|
1 219152155 . C A 555.38 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.947;DP=60;Dels=0.00;FS=1.001;HRun=0;HaplotypeScore=1.9846;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.888;SB=-279.014;SBQD=-1.962;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.8354;VQSLOD=3.3470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:585,0,1040
|
|
1 219154710 rs6701577 T C 775.14 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.056;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=12.793;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.596;SB=-307.992;SBQD=-9.828;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.7843;VQSLOD=3.6108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:805,0,1358
|
|
1 219158233 rs7539926 C T 1166.27 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.014;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.585;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=18.51;ReadPosRankSum=2.635;SB=-553.547;SBQD=-2.537;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2594;VQSLOD=4.7286 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:1196,0,756
|
|
1 219158935 rs11118189 A G 1836.08 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.360;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=19.075;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=20.18;ReadPosRankSum=0.262;SB=-915.550;SBQD=9.384;SBpi=-0.3255;SBpiQual=-0.4261;VQSLOD=4.1850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,59:91:99:1866,0,930
|
|
1 219178439 rs2152787 A T 814.07 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.560;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-454.895;SBQD=-1.239;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.0978;VQSLOD=5.6408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:844,0,842
|
|
1 219181822 rs12136915 C G 1423.55 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.721;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.860;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=16.95;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-627.474;SBQD=-1.450;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.7369;VQSLOD=5.1976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:1454,0,1138
|
|
1 219183740 rs1700876 C G 1100.62 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.109;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.822;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.591;SB=-580.428;SBQD=-1.209;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0684;VQSLOD=6.1783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:1131,0,1336
|
|
1 219204634 rs1256654 A C 1146.90 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.863;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.277;SB=-662.789;SBQD=-0.960;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0146;VQSLOD=4.7380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1177,0,1088
|
|
1 219210899 rs6541198 T C 1149.59 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.492;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.847;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-606.113;SBQD=-1.432;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1194;VQSLOD=6.1737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1180,0,1262
|
|
1 219222643 rs1256683 C T 1188.29 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.821;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.089;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.522;QD=15.64;ReadPosRankSum=2.976;SB=-513.528;SBQD=4.478;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.5662;VQSLOD=4.8678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1218,0,1205
|
|
1 219223317 rs871107 T C 1027.11 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.186;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=12.317;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=13.88;ReadPosRankSum=-1.574;SB=-287.702;SBQD=11.015;SBpi=1.1355;SBpiQual=1.4873;VQSLOD=4.4658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1057,0,1164
|
|
1 219225920 . C A 1094.12 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.929;DP=73;Dels=0.00;FS=19.985;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.292;SB=-387.926;SBQD=11.918;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.9622;VQSLOD=2.9337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1124,0,1153
|
|
1 219239116 rs1577812 A G 582.86 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.668;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-289.724;SBQD=-3.900;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.3272;VQSLOD=4.5698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:613,0,1255
|
|
1 219242173 rs1256600 C T 1431.03 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.2478;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.923;QD=17.04;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-734.319;SBQD=0.149;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.3332;VQSLOD=3.0502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:1461,0,1038
|
|
1 219243302 rs1256598 A T 1057.75 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.006;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=7.512;HRun=2;HaplotypeScore=1.9692;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=20.74;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-199.337;SBQD=10.893;SBpi=1.8278;SBpiQual=1.9702;VQSLOD=2.7746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:1088,0,518
|
|
1 219248566 rs1256639 A G 1081.58 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9931;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-619.401;SBQD=-0.058;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2698;VQSLOD=5.1617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1112,0,918
|
|
1 219278865 rs3932379 C T 1571.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.52;MQ0=21;QD=20.96;SB=-234.044;SBQD=26.554;SBpi=1.8708;SBpiQual=2.0209;VQSLOD=2.5654 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,56:75:99:1605,144,0
|
|
1 219281902 rs7536317 C T 3496.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.20;SB=-1420.012;SBQD=0.932;SBpi=1.0314;SBpiQual=1.1724;VQSLOD=8.1713 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3497,271,0
|
|
1 219287461 rs6689836 T C 2757.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.44;MQ0=0;QD=28.14;SB=-1610.107;SBQD=-0.768;SBpi=-0.6061;SBpiQual=-0.7062;VQSLOD=4.4747 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2791,223,0
|
|
1 219319003 rs10465677 A G 2364.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.67;MQ0=0;QD=30.31;SB=-1193.118;SBQD=-9.313;SBpi=0.9058;SBpiQual=0.2309;VQSLOD=6.4777 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2397,213,0
|
|
1 219322696 rs1524636 A G 3424.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.67;SB=-1696.729;SBQD=0.173;SBpi=-0.3062;SBpiQual=-0.2899;VQSLOD=8.5997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3424,274,0
|
|
1 219342562 rs11118230 C G 2371.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4637;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.62;SB=-1218.708;SBQD=4.126;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.3070;VQSLOD=5.5597 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2405,196,0
|
|
1 219346409 rs7533619 C T 2731.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1372.350;SBQD=0.804;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.2569;VQSLOD=9.1197 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2764,214,0
|
|
1 219394080 rs10863439 A C 2583.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.45;SB=-1231.993;SBQD=2.227;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.5158;VQSLOD=8.9880 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2617,205,0
|
|
1 219406409 rs11118243 T C 2676.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.13;MQ0=0;QD=35.69;SB=-1095.110;SBQD=-0.132;SBpi=0.9815;SBpiQual=1.0405;VQSLOD=7.7216 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2710,217,0
|
|
1 219429493 rs12405524 C G 2696.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;QD=35.02;SB=-1149.110;SBQD=-2.564;SBpi=-0.7407;SBpiQual=-0.8644;VQSLOD=6.9275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2730,217,0
|
|
1 219431185 rs2103137 C T 2312.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=35.58;SB=-706.884;SBQD=1.205;SBpi=1.6745;SBpiQual=1.7806;VQSLOD=7.3659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2346,190,0
|
|
1 219457980 rs2154407 C G 3205.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=34.46;SB=-1518.407;SBQD=1.790;SBpi=0.5703;SBpiQual=0.7584;VQSLOD=8.2461 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3238,259,0
|
|
1 219462603 rs11118258 C G 2529.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=34.65;SB=-1255.357;SBQD=1.499;SBpi=-0.4096;SBpiQual=-0.3478;VQSLOD=8.1589 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2563,205,0
|
|
1 219488759 rs11118271 A T 3403.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.60;SB=-1665.910;SBQD=0.709;SBpi=0.3629;SBpiQual=0.4526;VQSLOD=8.6609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3404,262,0
|
|
1 219500145 rs1455703 C T 2551.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.97;SB=-831.432;SBQD=-1.078;SBpi=-1.5048;SBpiQual=-1.6307;VQSLOD=7.6786 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2584,205,0
|
|
1 219522891 rs12127177 G A 3542.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.90;SB=-1748.384;SBQD=0.060;SBpi=-0.3062;SBpiQual=-0.3133;VQSLOD=9.3920 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3542,277,0
|
|
1 219574557 rs2605090 A T 2582.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.37;SB=-1295.664;SBQD=-1.031;SBpi=-0.1780;SBpiQual=-0.2775;VQSLOD=8.0723 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2615,205,0
|
|
1 219595832 rs17527722 G C 594.94 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.476;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=9.455;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.558;QD=10.62;ReadPosRankSum=1.213;SB=-72.380;SBQD=-9.907;SBpi=-1.6358;SBpiQual=-1.6330;VQSLOD=3.5591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:625,0,899
|
|
1 219628141 rs12031608 A G 1932.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.43;MQ0=0;QD=31.17;SB=-983.320;SBQD=0.433;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-0.4418;VQSLOD=7.4339 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1966,162,0
|
|
1 219634787 rs12025363 G A 3352.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.25;SB=-1287.361;SBQD=1.779;SBpi=1.1595;SBpiQual=1.3797;VQSLOD=7.9697 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3352,259,0
|
|
1 219649865 rs1538749 C A 2610.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1188.933;SBQD=0.697;SBpi=0.6975;SBpiQual=0.7864;VQSLOD=8.5618 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2643,208,0
|
|
1 219650561 rs1340097 C T 2928.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.15;SB=-1490.722;SBQD=-0.686;SBpi=0.2778;SBpiQual=0.2284;VQSLOD=7.8894 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2961,229,0
|
|
1 219650741 rs2605107 C A 2430.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.83;MQ0=0;QD=34.72;SB=-1285.240;SBQD=-0.830;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.1933;VQSLOD=8.7066 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2464,193,0
|
|
1 219668252 rs1538742 C A 3664.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.01;SB=-1704.055;SBQD=1.121;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5865;VQSLOD=9.3335 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3664,286,0
|
|
1 219679967 rs12044156 G C 2192.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=32.25;SB=-1194.135;SBQD=0.430;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.2231;VQSLOD=7.5407 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2226,175,0
|
|
1 219685466 rs11118325 C T 1337.80 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=12.386;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.187;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.419;SB=-670.063;SBQD=9.314;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.0300;VQSLOD=5.5004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:99:99:1368,0,1763
|
|
1 219700334 rs6704014 C T 1490.68 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.992;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.835;HRun=4;HaplotypeScore=2.3660;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=17.96;ReadPosRankSum=-1.884;SB=-784.244;SBQD=-2.771;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.1967;VQSLOD=3.7877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:1521,0,964
|
|
1 219700978 rs12121613 G A 1227.66 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.422;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.081;QD=15.74;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-554.691;SBQD=1.000;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.6044;VQSLOD=4.6557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1258,0,1102
|
|
1 219713730 rs10779358 T A 2724.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.33;SB=-1293.167;SBQD=1.523;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.4560;VQSLOD=8.4958 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2758,214,0
|
|
1 219715755 rs6541232 C T 2751.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.55;MQ0=0;QD=33.15;SB=-1556.098;SBQD=0.990;SBpi=-0.1646;SBpiQual=-0.1049;VQSLOD=7.5807 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2785,217,0
|
|
1 219736664 rs4846304 A T 1320.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=28.70;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-647.411;SBQD=1.261;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.4565;VQSLOD=6.0455 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:46:82.06:1353,82,0
|
|
1 219778675 rs56206286 G T 879.41 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.215;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.802;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.67;MQ0=13;MQRankSum=1.026;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.854;SB=-360.073;SBQD=7.093;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0052;VQSLOD=6.1699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:909,0,932
|
|
1 219832393 rs10779367 G A 1107.73 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.363;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.862;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=14.02;ReadPosRankSum=1.074;SB=-554.573;SBQD=0.120;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3557;VQSLOD=5.7445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1138,0,981
|
|
1 219846696 rs4846573 G A 1067.21 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.496;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=8.085;HRun=0;HaplotypeScore=1.9963;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.963;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.813;SB=-467.203;SBQD=-8.097;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.6715;VQSLOD=4.8755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1097,0,1009
|
|
1 219849353 rs10495134 A G 1195.90 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.175;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.316;HRun=0;HaplotypeScore=1.9117;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.988;SB=-472.714;SBQD=5.944;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.8692;VQSLOD=4.9065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1226,0,1132
|
|
1 219885691 rs7547631 T C 661.88 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.821;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.051;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.821;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.217;SB=-348.515;SBQD=4.128;SBpi=-0.0962;SBpiQual=0.2195;VQSLOD=5.5567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:692,0,726
|
|
1 219908481 rs7530995 G T 1173.07 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.901;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.840;HRun=0;HaplotypeScore=1.9912;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.200;SB=-644.390;SBQD=0.707;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.1213;VQSLOD=5.5232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1203,0,1044
|
|
1 219910209 rs10159220 T C 1145.77 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.394;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=9.474;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.562;SB=-555.023;SBQD=6.987;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.5565;VQSLOD=5.6789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:1176,0,1656
|
|
1 219912769 rs6669717 C T 1306.31 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.558;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=12.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=15.19;ReadPosRankSum=1.563;SB=-485.316;SBQD=9.085;SBpi=0.8387;SBpiQual=0.9086;VQSLOD=4.2119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1336,0,1308
|
|
1 219928544 rs10863495 G A 839.11 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.868;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.018;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-3.220;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.006;SB=-420.029;SBQD=0.240;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.4488;VQSLOD=3.2015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:869,0,1069
|
|
1 219929072 rs1766387 A G 1260.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.25;MQ0=0;QD=30.75;SB=-548.963;SBQD=-2.770;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6996;VQSLOD=6.9949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1294,111,0
|
|
1 219932619 rs6674375 G A 606.08 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.607;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.503;SB=-200.313;SBQD=4.875;SBpi=0.9000;SBpiQual=1.1476;VQSLOD=4.7319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:636,0,903
|
|
1 219947840 rs7535102 A G 1205.50 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.815;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=3.831;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-552.855;SBQD=-5.800;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.6424;VQSLOD=5.5985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,48:95:99:1235,0,1443
|
|
1 219959638 rs12403765 T G 860.46 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.896;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.315;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.856;SB=-437.812;SBQD=0.334;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2261;VQSLOD=4.6651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:83:99:890,0,1705
|
|
1 219959984 rs1578746 G A 306.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.362;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-4.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.352;SB=-188.154;SBQD=-3.587;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.6300;VQSLOD=-0.6611 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:337,0,1300
|
|
1 219960074 rs1578748 G A 626.63 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.203;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=3.997;HRun=0;HaplotypeScore=1.5253;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-321.990;SBQD=6.286;SBpi=-0.1043;SBpiQual=0.0769;VQSLOD=5.2424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:657,0,789
|
|
1 219962154 rs6541101 A G 910.76 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.887;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.896;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.421;SB=-319.583;SBQD=2.994;SBpi=0.8839;SBpiQual=1.0234;VQSLOD=3.9967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:82:99:941,0,1594
|
|
1 219964872 rs7537543 G A 751.04 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.354;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.470;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-341.972;SBQD=2.759;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.4788;VQSLOD=4.2058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:781,0,964
|
|
1 219966222 rs12049480 G T 1075.76 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=13.79;ReadPosRankSum=-2.014;SB=-570.060;SBQD=-3.424;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3140;VQSLOD=4.6836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1106,0,1011
|
|
1 219967632 rs4846599 C T 1551.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2424;MQ=58.73;MQ0=0;QD=28.21;SB=-961.747;SBQD=4.813;SBpi=-0.2023;SBpiQual=-0.0043;VQSLOD=4.8056 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1585,126,0
|
|
1 219968549 . G C 993.46 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.344;DP=70;Dels=0.00;FS=3.273;HRun=0;HaplotypeScore=1.7998;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-440.702;SBQD=-4.249;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.6912;VQSLOD=3.9272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1023,0,889
|
|
1 219969217 rs17551179 C T 1441.13 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.584;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.292;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=17.36;ReadPosRankSum=0.334;SB=-691.073;SBQD=-4.043;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.5007;VQSLOD=5.8877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1471,0,1009
|
|
1 219972174 rs11808330 C G 616.83 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.121;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.927;SB=-298.036;SBQD=3.284;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.2375;VQSLOD=4.6605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:647,0,856
|
|
1 219975599 rs56286098 A T 1066.16 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.997;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.694;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.563;SB=-417.693;SBQD=5.750;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.9920;VQSLOD=5.3548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1096,0,1140
|
|
1 220011852 . G A 755.96 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.283;DP=66;Dels=0.00;FS=3.566;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.446;SB=-265.158;SBQD=-4.868;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-0.9837;VQSLOD=3.5274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:66:99:786,0,1182
|
|
1 220068681 rs4384244 A G 565.36 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.216;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.045;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-353.644;SBQD=-4.994;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3397;VQSLOD=5.5370 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:595,0,1298
|
|
1 220070518 rs9787289 A G 444.62 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.069;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.438;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.531;SB=-233.414;SBQD=5.393;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.1037;VQSLOD=4.3498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:475,0,624
|
|
1 220070855 rs6674051 A C 1566.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=34.81;SB=-535.638;SBQD=-0.236;SBpi=1.2671;SBpiQual=1.2647;VQSLOD=8.6390 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1600,129,0
|
|
1 220075215 rs10863512 C T 972.22 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.142;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=11.944;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.707;SB=-282.097;SBQD=-9.507;SBpi=-1.5618;SBpiQual=-1.5827;VQSLOD=4.7209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:1002,0,797
|
|
1 220075325 rs1498389 A G 1069.21 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.816;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=13.20;ReadPosRankSum=2.513;SB=-489.115;SBQD=2.349;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.5741;VQSLOD=4.5463 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1099,0,1335
|
|
1 220076288 rs6694088 T A 1625.46 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.234;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=10.515;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=21.67;ReadPosRankSum=0.495;SB=-784.946;SBQD=-7.523;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.2023;VQSLOD=4.9859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,49:75:99:1655,0,800
|
|
1 220078647 rs12141796 T G 589.08 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.722;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-285.161;SBQD=-1.510;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6769;VQSLOD=5.4430 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:619,0,740
|
|
1 220093188 rs4846607 G A 813.16 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.017;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.848;HRun=3;HaplotypeScore=1.9628;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.296;SB=-377.495;SBQD=-5.823;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.6502;VQSLOD=5.3392 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:843,0,934
|
|
1 220099828 rs10863517 C T 947.42 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.319;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=13.73;ReadPosRankSum=2.322;SB=-518.956;SBQD=1.637;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2603;VQSLOD=4.6221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:977,0,1053
|
|
1 220116715 . T C 934.45 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.078;DP=77;Dels=0.00;FS=14.371;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.829;SB=-470.306;SBQD=-6.498;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.1730;VQSLOD=5.3463 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:964,0,1219
|
|
1 220131464 rs10863518 G A 3071.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=37.00;SB=-1006.784;SBQD=-0.860;SBpi=-1.7013;SBpiQual=-1.8636;VQSLOD=7.5815 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3104,241,0
|
|
1 220139738 rs11118476 C T 2783.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.15;SB=-1321.916;SBQD=-0.111;SBpi=-0.5128;SBpiQual=-0.5539;VQSLOD=8.7401 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2816,220,0
|
|
1 220145584 rs1982986 C T 2262.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.35;SB=-1014.860;SBQD=0.967;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.8667;VQSLOD=8.9704 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2296,175,0
|
|
1 220150022 rs7539385 A C 2471.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.39;SB=-1063.136;SBQD=6.606;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.8695;VQSLOD=8.2029 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2504,217,0
|
|
1 220152718 . G T 74.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.996;DP=81;Dels=0.00;FS=38.720;HRun=2;HaplotypeScore=0.9789;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.955;QD=0.92;ReadPosRankSum=-3.961;SB=99.271;SBQD=5.425;SBpi=2.5495;SBpiQual=1.7912;VQSLOD=-8.3367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,26:81:99:105,0,1479
|
|
1 220159585 rs2789794 T C 2838.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.04;SB=-1034.494;SBQD=-1.631;SBpi=-1.3889;SBpiQual=-1.5647;VQSLOD=8.5458 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2871,232,0
|
|
1 220161751 rs2795310 A G 2758.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.48;SB=-1338.692;SBQD=-0.290;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.4454;VQSLOD=7.6357 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2791,223,0
|
|
1 220182107 rs1614719 G A 2784.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=34.80;SB=-1470.948;SBQD=1.283;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.1112;VQSLOD=8.7961 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2817,223,0
|
|
1 220182315 rs1566252 C T 2480.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=32.63;SB=-972.496;SBQD=-1.885;SBpi=-1.2618;SBpiQual=-1.4195;VQSLOD=7.6263 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2513,202,0
|
|
1 220183876 rs2789807 T G 1906.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.10;MQ0=0;QD=29.79;SB=-633.242;SBQD=-5.611;SBpi=1.8750;SBpiQual=1.4105;VQSLOD=4.5435 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1939,180,0
|
|
1 220186098 rs11118486 T C 392.67 PASS AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.545;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=5.527;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-182.567;SBQD=2.168;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.1499;VQSLOD=3.3011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,20:92:99:423,0,2265
|
|
1 220207810 rs2647455 C T 3593.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1830.340;SBQD=-0.641;SBpi=0.1523;SBpiQual=0.0891;VQSLOD=8.5786 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3593,280,0
|
|
1 220208049 rs2577136 C T 3355.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=38.14;SB=-1540.802;SBQD=-1.002;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.5489;VQSLOD=9.1401 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3356,259,0
|
|
1 220217458 rs2577163 A G 2382.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=34.53;SB=-723.570;SBQD=-0.347;SBpi=-1.8660;SBpiQual=-1.9290;VQSLOD=7.2177 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2415,193,0
|
|
1 220229198 rs7538757 C T 1285.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.51;MQ0=0;QD=26.77;SB=-661.607;SBQD=-6.795;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.8242;VQSLOD=5.2790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1318,111,0
|
|
1 220252550 rs12116864 C T 2235.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.23;MQ0=0;QD=34.39;SB=-953.576;SBQD=-2.207;SBpi=-0.8062;SBpiQual=-0.9374;VQSLOD=6.8060 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2268,181,0
|
|
1 220264913 rs34672561 C T 2701.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=37.52;SB=-1200.423;SBQD=-0.720;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.6737;VQSLOD=9.3134 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2735,211,0
|
|
1 220456882 rs2814496 A G 2471.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=33.39;SB=-1011.979;SBQD=-6.784;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-0.9370;VQSLOD=8.0448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2504,217,0
|
|
1 220464910 rs17565935 G A 1426.43 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.361;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.683;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=16.98;ReadPosRankSum=0.330;SB=-713.555;SBQD=-4.916;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3310;VQSLOD=5.7206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:1456,0,1085
|
|
1 220473570 rs17566172 T C 1008.08 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.028;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.031;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=15.27;ReadPosRankSum=1.645;SB=-524.976;SBQD=3.443;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1730;VQSLOD=5.5120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:1038,0,782
|
|
1 220486053 rs10779403 T C 1577.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.866;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.168;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=28.16;ReadPosRankSum=0.557;SB=-914.637;SBQD=3.058;SBpi=-0.2023;SBpiQual=0.1932;VQSLOD=5.9801 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1610,116,0
|
|
1 220499539 rs17567252 G A 1061.14 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=8.025;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=14.15;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-404.252;SBQD=7.877;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.1095;VQSLOD=5.1197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1091,0,1033
|
|
1 220501610 rs6657633 C T 2268.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.57;MQ0=0;QD=34.91;SB=-1048.914;SBQD=0.445;SBpi=-0.6822;SBpiQual=-0.7187;VQSLOD=7.9830 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2302,181,0
|
|
1 220506107 rs55922019 C T 876.66 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.194;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.765;SB=-393.951;SBQD=6.445;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.4182;VQSLOD=5.0382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:907,0,1198
|
|
1 220541798 rs10157171 A C 2265.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.37;MQ0=0;QD=34.33;SB=-1239.412;SBQD=-0.517;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0479;VQSLOD=7.5394 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2299,184,0
|
|
1 220590437 rs1578049 G T 871.04 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.046;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.124;QD=12.62;ReadPosRankSum=-1.562;SB=-399.808;SBQD=2.501;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2563;VQSLOD=4.3075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:901,0,1238
|
|
1 220618193 . T G 43.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=20.5619;MQ=57.59;MQ0=1;MQRankSum=0.097;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-96.085;SBQD=-0.567;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.1438;VQSLOD=-12.1405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,12:72:73.57:74,0,2077
|
|
1 220622906 rs2378387 T C 2278.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51;SB=-1135.023;SBQD=0.032;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.4968;VQSLOD=7.8932 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2312,184,0
|
|
1 220625892 rs12407585 C T 1418.11 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.826;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.861;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=17.51;ReadPosRankSum=0.299;SB=-562.432;SBQD=2.210;SBpi=0.8199;SBpiQual=0.9271;VQSLOD=5.7642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1448,0,1130
|
|
1 220662325 rs12568419 G A 950.33 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.981;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.660;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.462;SB=-322.035;SBQD=9.778;SBpi=0.8839;SBpiQual=1.0744;VQSLOD=3.8975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:980,0,1023
|
|
1 220686098 rs12048541 G A 1243.75 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.705;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.926;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=17.52;ReadPosRankSum=0.646;SB=-628.565;SBQD=-0.227;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3374;VQSLOD=5.1498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1274,0,887
|
|
1 220690689 rs10863558 T A 2417.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.11;MQ0=0;QD=35.55;SB=-1234.781;SBQD=0.600;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.2268;VQSLOD=7.2135 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2450,190,0
|
|
1 220711485 rs36164303 G A 156.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.320;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.17;MQ0=41;MQRankSum=0.817;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.391;SB=-21.695;SBQD=7.447;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3793;VQSLOD=1.2110 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,12:62:99:186,0,162
|
|
1 220720031 rs12408540 T C 711.54 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.920;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-297.421;SBQD=-0.207;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.8562;VQSLOD=5.2469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:74:99:742,0,1473
|
|
1 220793703 rs10495149 A G 779.29 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.783;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.895;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.915;SB=-386.512;SBQD=2.272;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.0910;VQSLOD=5.1698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:809,0,1188
|
|
1 220841268 rs4846327 G A 745.80 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.328;SB=-402.995;SBQD=0.911;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.3501;VQSLOD=5.7395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:776,0,462
|
|
1 220980078 rs34621709 C A 388.93 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.742;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.202;SB=-210.200;SBQD=-5.860;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0160;VQSLOD=4.8111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:419,0,906
|
|
1 221010513 rs2807848 T G 1344.65 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.861;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=5.235;HRun=0;HaplotypeScore=2.8253;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.682;QD=14.01;ReadPosRankSum=-1.301;SB=-713.009;SBQD=-3.504;SBpi=-0.1443;SBpiQual=0.0208;VQSLOD=4.9449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:96:99:1375,0,1455
|
|
1 221018079 rs10863568 C G 936.44 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.491;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.077;SB=-454.794;SBQD=-4.942;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3819;VQSLOD=5.7834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:966,0,1294
|
|
1 221029242 rs2491257 C T 1590.89 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.421;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=1.751;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.346;QD=16.57;ReadPosRankSum=1.265;SB=-520.280;SBQD=2.799;SBpi=1.2728;SBpiQual=1.3073;VQSLOD=4.4220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:1621,0,1254
|
|
1 221052457 rs2184658 C G 728.84 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.143;HRun=0;HaplotypeScore=1.6120;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.983;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-357.028;SBQD=-6.824;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.7687;VQSLOD=3.1736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:759,0,735
|
|
1 221056674 rs2491259 C G 261.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8488;MQ=53.19;MQ0=1;QD=4.75;SB=-679.636;SBQD=-1.105;SBpi=-0.9526;SBpiQual=-0.8867;VQSLOD=1.2079 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:33.01:294,33,0
|
|
1 221057646 rs2738755 C T 60.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.619;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.246;HRun=0;HaplotypeScore=1.7128;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.938;SB=-71.930;SBQD=0.016;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.0135;VQSLOD=-0.1891 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:90.81:91,0,289
|
|
1 221065371 rs949840 G C 540.28 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.060;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.672;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-266.946;SBQD=-4.800;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6812;VQSLOD=5.0583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:570,0,473
|
|
1 221083752 rs2484699 C T 978.01 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.373;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.237;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=18.81;ReadPosRankSum=1.129;SB=-478.409;SBQD=3.652;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1943;VQSLOD=5.2636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:1008,0,435
|
|
1 221084222 rs1537806 G A 760.36 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.126;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.978;HRun=1;HaplotypeScore=1.5983;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-280.966;SBQD=1.093;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.8467;VQSLOD=4.2857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:790,0,1263
|
|
1 221134350 rs1414519 G A 1078.39 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.691;HRun=0;HaplotypeScore=4.9815;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=15.41;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-609.790;SBQD=-3.142;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1282;VQSLOD=2.8767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:70:99:1108,0,958
|
|
1 221138300 rs12140805 G T 963.28 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.812;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.235;SB=-422.631;SBQD=0.703;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.5736;VQSLOD=5.4966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:993,0,1186
|
|
1 221236220 rs2378435 G A 1828.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.2002;MQ=58.45;MQ0=0;QD=30.47;SB=-531.637;SBQD=8.958;SBpi=1.5492;SBpiQual=1.9004;VQSLOD=3.3693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1861,150,0
|
|
1 221240303 rs1442465 A G 2080.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.05;SB=-847.729;SBQD=1.557;SBpi=1.0384;SBpiQual=1.1278;VQSLOD=6.9912 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2113,169,0
|
|
1 221264577 rs10863580 T C 2400.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;QD=34.78;SB=-826.818;SBQD=-1.334;SBpi=-1.5048;SBpiQual=-1.6464;VQSLOD=7.2029 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2433,193,0
|
|
1 221280094 rs10218738 C T 2298.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.91;SB=-778.468;SBQD=3.189;SBpi=1.3750;SBpiQual=1.5916;VQSLOD=9.2542 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2332,178,0
|
|
1 221300697 rs1596175 G A 1314.89 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.150;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=2.722;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-714.832;SBQD=-3.228;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.1822;VQSLOD=4.9481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,47:95:99:1345,0,1496
|
|
1 221326465 rs12091487 A G 2590.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=55.63;MQ0=0;QD=32.38;SB=-1182.925;SBQD=-5.412;SBpi=-0.3354;SBpiQual=-0.7734;VQSLOD=7.4289 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2623,226,0
|
|
1 221326900 rs12119108 C T 656.01 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.372;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=2.089;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-240.606;SBQD=6.672;SBpi=0.8660;SBpiQual=1.0662;VQSLOD=3.1693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:686,0,950
|
|
1 221334677 rs12140672 T C 1247.99 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.824;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=14.51;ReadPosRankSum=1.036;SB=-664.169;SBQD=-0.478;SBpi=-0.0762;SBpiQual=0.0072;VQSLOD=5.5821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1278,0,1371
|
|
1 221339269 rs9431425 A G 1151.88 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.827;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.089;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=14.77;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-581.666;SBQD=-5.300;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2659;VQSLOD=5.7090 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:1182,0,1067
|
|
1 221365900 rs6669288 C T 938.05 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.841;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.080;SB=-486.228;SBQD=0.728;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0526;VQSLOD=5.3637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:968,0,1214
|
|
1 221379247 rs10863594 C T 417.76 PASS AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.378;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.077;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-164.168;SBQD=-2.187;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.8887;VQSLOD=4.1998 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,19:64:99:448,0,1208
|
|
1 221447240 rs4073821 T G 2308.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1225.988;SBQD=0.062;SBpi=0.0620;SBpiQual=0.0710;VQSLOD=8.7614 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2342,184,0
|
|
1 221458857 rs4611022 T C 1150.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.91;MQ0=0;QD=21.31;SB=-739.411;SBQD=4.215;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.0948;VQSLOD=4.3146 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1184,111,0
|
|
1 221471804 rs35144807 C T 877.67 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.978;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.134;HRun=1;HaplotypeScore=1.7074;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.959;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.587;SB=-339.575;SBQD=3.800;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.6447;VQSLOD=4.2798 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:908,0,1065
|
|
1 221479232 rs4372260 T C 3028.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=33.28;SB=-1286.835;SBQD=6.249;SBpi=0.4717;SBpiQual=1.0224;VQSLOD=7.7047 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3062,265,0
|
|
1 221502168 rs2996002 A C 916.25 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.469;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-387.189;SBQD=-3.323;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.6211;VQSLOD=6.1665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:946,0,1313
|
|
1 221512595 rs12075584 G A 2201.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;QD=32.86;SB=-975.847;SBQD=-2.244;SBpi=-0.7941;SBpiQual=-0.9912;VQSLOD=7.1999 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2235,178,0
|
|
1 221521421 rs10863604 C G 2885.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.79;SB=-1328.493;SBQD=-1.784;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-1.0121;VQSLOD=7.6197 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2918,229,0
|
|
1 221541447 . A G 1085.06 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.589;DP=89;Dels=0.00;FS=2.885;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.074;SB=-555.836;SBQD=-5.121;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.0865;VQSLOD=4.6396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:1115,0,1584
|
|
1 221577849 rs1903136 G A 1202.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.584;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=6.064;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-593.001;SBQD=-5.536;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2370;VQSLOD=5.3611 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:79:99:1232,0,1278
|
|
1 221603144 rs9658929 C A 712.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.04;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8660;MQ=58.40;MQ0=0;QD=12.50;SB=-659.197;SBQD=0.736;SBpi=1.4158;SBpiQual=1.4786;VQSLOD=2.4643 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:57.19:745,57,0
|
|
1 221638110 rs61817015 G A 1000.36 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.320;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=2.848;HRun=1;HaplotypeScore=1.9106;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.265;SB=-590.997;SBQD=-2.701;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1076;VQSLOD=3.9773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:91:99:1030,0,1342
|
|
1 221665668 rs1599091 T G 1392.11 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.346;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.837;QD=18.08;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-584.972;SBQD=4.526;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.6910;VQSLOD=2.9114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:1422,0,995
|
|
1 221724682 rs2095730 C G 1126.55 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.327;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.931;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-556.330;SBQD=-2.874;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3449;VQSLOD=5.0310 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1157,0,1117
|
|
1 221813760 rs4484930 A G 2716.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1274.581;SBQD=0.905;SBpi=0.7222;SBpiQual=0.8218;VQSLOD=8.2410 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2749,220,0
|
|
1 221818633 rs11118785 G A 2059.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=53.57;MQ0=0;QD=30.28;SB=-1233.599;SBQD=1.527;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0731;VQSLOD=6.6444 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2092,169,0
|
|
1 221819536 rs7525375 C T 3193.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.02;SB=-1334.502;SBQD=-0.128;SBpi=0.8729;SBpiQual=0.9088;VQSLOD=7.3582 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3227,250,0
|
|
1 221821869 rs11118790 T G 2434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;QD=30.42;SB=-1125.318;SBQD=-6.696;SBpi=1.2298;SBpiQual=0.6643;VQSLOD=6.9537 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2467,217,0
|
|
1 221824176 rs11118794 A G 1787.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.06;SB=-775.056;SBQD=-0.112;SBpi=-0.7702;SBpiQual=-0.8001;VQSLOD=8.2607 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1821,141,0
|
|
1 221824203 rs11118795 G C 1931.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.11;SB=-918.747;SBQD=0.820;SBpi=-0.4719;SBpiQual=-0.4506;VQSLOD=7.4208 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1964,153,0
|
|
1 221825103 rs12754444 C T 3192.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=38.00;SB=-1493.628;SBQD=0.145;SBpi=0.4364;SBpiQual=0.4794;VQSLOD=8.1241 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3225,247,0
|
|
1 221862972 rs11118824 G T 1447.05 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.352;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=17.664;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=15.73;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-755.705;SBQD=-10.853;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0905;VQSLOD=4.3220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:92:99:1477,0,1284
|
|
1 221869073 rs7552380 C T 1352.54 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.188;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.355;SB=-585.704;SBQD=-1.105;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.8120;VQSLOD=6.1040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1383,0,1252
|
|
1 221880851 rs12126069 A G 1588.53 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.779;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.718;HRun=0;HaplotypeScore=1.5741;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=17.46;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-847.638;SBQD=-2.442;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1068;VQSLOD=5.8968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:91:99:1619,0,1148
|
|
1 221885140 rs10746413 C G 1045.45 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.829;HRun=1;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-484.065;SBQD=1.395;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3543;VQSLOD=4.6357 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:86:99:1075,0,1627
|
|
1 221917769 rs11118845 C G 671.80 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=15.27;ReadPosRankSum=1.444;SB=-95.371;SBQD=-6.241;SBpi=-1.7056;SBpiQual=-1.8061;VQSLOD=4.4290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:702,0,705
|
|
1 221954835 rs3010839 C T 496 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.577;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-213.305;SBQD=-0.771;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-0.8568;VQSLOD=3.3113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:63:99:526,0,1090
|
|
1 221964026 rs55647109 C T 1374.27 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.393;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=3.962;HRun=1;HaplotypeScore=1.9748;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-728.936;SBQD=-3.770;SBpi=-0.2774;SBpiQual=-0.2772;VQSLOD=3.6634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1404,0,1067
|
|
1 221968062 rs4846726 A C 693 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.417;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.923;HRun=0;HaplotypeScore=2.6882;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.405;SB=-362.616;SBQD=3.126;SBpi=-0.1890;SBpiQual=0.1434;VQSLOD=4.6449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:723,0,1330
|
|
1 221977742 rs12565255 G A 1260.30 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.191;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.739;HRun=2;HaplotypeScore=1.7998;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=14.49;ReadPosRankSum=1.798;SB=-683.094;SBQD=-1.984;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.2945;VQSLOD=4.5094 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1290,0,1077
|
|
1 221981093 rs3003886 G C 1072.33 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7256;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.466;SB=-514.025;SBQD=-0.133;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.1701;VQSLOD=4.4217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1102,0,1077
|
|
1 221994043 rs3003892 T G 763.08 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.819;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8915;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.765;SB=-387.272;SBQD=-2.233;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.2710;VQSLOD=3.7439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:793,0,651
|
|
1 222006376 rs9441977 C A 1172.80 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.428;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=17.001;HRun=0;HaplotypeScore=1.7074;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.062;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-197.321;SBQD=-12.652;SBpi=-2.1106;SBpiQual=-2.3929;VQSLOD=3.8293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1203,0,909
|
|
1 222009689 rs7515604 T C 750.16 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.545;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.945;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.891;SB=-397.968;SBQD=-2.875;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1941;VQSLOD=5.7736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:780,0,1152
|
|
1 222044216 rs12047353 A C 2368.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=33.84;SB=-806.237;SBQD=1.871;SBpi=1.5538;SBpiQual=1.7160;VQSLOD=7.3241 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2402,193,0
|
|
1 222046282 rs12118052 C T 1216.11 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.496;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.251;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.984;QD=16.21;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-587.966;SBQD=3.674;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4528;VQSLOD=5.2347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1246,0,1025
|
|
1 222065709 rs7547751 T C 2815.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=30.94;SB=-1479.997;SBQD=6.062;SBpi=-0.1572;SBpiQual=0.4044;VQSLOD=7.5065 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2848,247,0
|
|
1 222078040 rs6604689 C T 1931.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.27;MQ0=0;QD=32.73;SB=-832.508;SBQD=5.193;SBpi=0.7160;SBpiQual=0.8831;VQSLOD=7.9527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1964,156,0
|
|
1 222122590 rs2800846 T C 697.64 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.182;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.717;SB=-379.591;SBQD=3.852;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2088;VQSLOD=5.7590 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:728,0,882
|
|
1 222122618 rs2790752 A G 683.27 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=9.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.389;SB=-311.165;SBQD=9.855;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.4885;VQSLOD=4.9418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:60:99:713,0,916
|
|
1 222125528 rs12137323 G A 854.77 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.315;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=15.00;ReadPosRankSum=1.878;SB=-420.150;SBQD=-2.317;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.5129;VQSLOD=3.6152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:885,0,813
|
|
1 222149155 rs10863671 T A 320.65 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=5.490;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=18.65;MQ0=41;MQRankSum=0.057;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-183.920;SBQD=-1.276;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.0435;VQSLOD=2.2594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,29:87:99:351,0,523
|
|
1 222149193 rs11118913 G A 282.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=18.138;HRun=0;HaplotypeScore=1.5592;MQ=26.32;MQ0=27;MQRankSum=-1.385;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.927;SB=26.422;SBQD=5.461;SBpi=1.3553;SBpiQual=1.3865;VQSLOD=-0.3713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,23:81:99:312,0,913
|
|
1 222149965 rs12026659 G A 158.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.745;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.370;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=32.93;MQ0=17;MQRankSum=-2.442;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.288;SB=14.999;SBQD=-6.818;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.4296;VQSLOD=-0.7801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,19:63:99:188,0,731
|
|
1 222187123 rs11118926 A T 1198.15 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.448;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=16.485;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.234;QD=12.61;ReadPosRankSum=-1.330;SB=-411.200;SBQD=-10.153;SBpi=-1.2671;SBpiQual=-1.4094;VQSLOD=3.5272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,45:95:99:1228,0,1568
|
|
1 222191505 rs17011200 G C 990.15 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.733;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.862;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.663;SB=-498.970;SBQD=1.149;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4440;VQSLOD=4.1890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:1020,0,1121
|
|
1 222224354 rs2800849 G T 684.02 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=2.040;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=55.49;MQ0=1;MQRankSum=-1.262;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-303.708;SBQD=3.711;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.6574;VQSLOD=2.5446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:714,0,1413
|
|
1 222226113 rs2053510 C G 619.32 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=6.109;HRun=0;HaplotypeScore=3.3807;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.243;SB=-195.003;SBQD=8.665;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.9884;VQSLOD=3.9953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:649,0,835
|
|
1 222227618 rs2584322 T G 865.66 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.984;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.379;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.165;SB=-533.411;SBQD=4.524;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.4700;VQSLOD=5.9164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:896,0,1168
|
|
1 222234289 rs1442436 A G 718.45 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.097;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.755;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.439;SB=-429.168;SBQD=-6.602;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.0413;VQSLOD=5.8127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:748,0,1338
|
|
1 222281875 rs11118950 T G 1972.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.30;SB=-1344.832;SBQD=0.746;SBpi=0.0577;SBpiQual=0.1269;VQSLOD=6.0825 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2005,162,0
|
|
1 222293053 rs34420275 A G 1181.21 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.794;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.873;SB=-586.969;SBQD=-1.189;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.7656;VQSLOD=5.1558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:1211,0,1014
|
|
1 222311823 . A G 127.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;DP=72;Dels=0.00;FS=2.741;HRun=0;HaplotypeScore=15.9581;MQ=19.55;MQ0=26;MQRankSum=1.343;QD=1.77;ReadPosRankSum=2.139;SB=11.999;SBQD=5.150;SBpi=1.8856;SBpiQual=1.9204;VQSLOD=-8.7313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,18:72:99:158,0,283
|
|
1 222312402 rs11800507 C G 649.40 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.235;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.08;MQ0=2;MQRankSum=-0.553;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.070;SB=-218.891;SBQD=5.456;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6308;VQSLOD=4.0649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:679,0,1275
|
|
1 222348516 rs158743 G C 766.81 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.589;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.241;HRun=0;HaplotypeScore=1.7206;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=11.62;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-219.776;SBQD=7.788;SBpi=-1.7748;SBpiQual=-1.5101;VQSLOD=3.4950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:66:99:797,0,916
|
|
1 222362840 rs12750381 G A 852.72 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.300;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.393;SB=-464.527;SBQD=-0.555;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0728;VQSLOD=5.9617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:883,0,1059
|
|
1 222429663 rs17162993 A T 962.03 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.460;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=14.80;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-529.727;SBQD=0.400;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1115;VQSLOD=5.1065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:992,0,1017
|
|
1 222438679 rs17162997 A C 1080.76 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-564.340;SBQD=-4.392;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0258;VQSLOD=5.6662 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1111,0,1200
|
|
1 222442753 rs11487805 C T 1047.84 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.259;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.192;HRun=1;HaplotypeScore=3.4998;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=13.79;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-546.068;SBQD=-4.339;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3917;VQSLOD=3.4283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1078,0,1167
|
|
1 222470059 rs4633295 C G 996.28 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.163;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.938;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.460;SB=-409.918;SBQD=-2.832;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.9008;VQSLOD=5.6904 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1026,0,1164
|
|
1 222482464 rs11485171 G C 757.44 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.749;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.820;SB=-291.455;SBQD=7.769;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.7998;VQSLOD=5.9738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:57:99:787,0,816
|
|
1 222484252 rs1887468 T C 1647.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=28.90;SB=-863.093;SBQD=4.836;SBpi=-0.2673;SBpiQual=0.0922;VQSLOD=7.2849 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1680,153,0
|
|
1 222489937 rs36018293 A G 1200.43 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.491;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=6.879;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=55.40;MQ0=0;MQRankSum=1.117;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.422;SB=-662.315;SBQD=-4.385;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0141;VQSLOD=5.1789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:1230,0,1482
|
|
1 222491798 rs35983682 A G 831.36 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.919;SB=-388.054;SBQD=2.207;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.4494;VQSLOD=5.3580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:861,0,1358
|
|
1 222494472 . C A 1215.45 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.141;SB=-651.743;SBQD=-0.624;SBpi=0.0781;SBpiQual=-0.0073;VQSLOD=3.9032 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1245,0,1420
|
|
1 222497780 rs1927177 G C 2148.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=30.26;SB=-1115.690;SBQD=5.077;SBpi=-0.6527;SBpiQual=-0.2380;VQSLOD=7.2999 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2181,193,0
|
|
1 222499264 . T C 1545.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=1;QD=24.93;SB=-596.018;SBQD=11.598;SBpi=0.9603;SBpiQual=1.6310;VQSLOD=2.9722 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1579,129,0
|
|
1 222519003 rs4364889 A G 954.66 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.189;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.006;SB=-496.338;SBQD=4.573;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.3702;VQSLOD=6.6250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:985,0,1154
|
|
1 222526940 . T C 147.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.273;DP=58;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.73;MQ0=8;MQRankSum=0.133;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.840;SB=11.974;SBQD=-4.156;SBpi=-2.1213;SBpiQual=-2.2876;VQSLOD=-0.7132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:58:99:177,0,492
|
|
1 222527604 rs34583229 A G 53.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.485;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=13.519;HRun=0;HaplotypeScore=3.6929;MQ=26.72;MQ0=12;MQRankSum=-3.490;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.547;SB=32.462;SBQD=2.862;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.1987;VQSLOD=-1.8058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:83.80:84,0,928
|
|
1 222533108 rs4405141 G A 916.63 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.290;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=9.206;HRun=0;HaplotypeScore=2.7568;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.799;SB=-443.642;SBQD=-7.045;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.1593;VQSLOD=5.0147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:947,0,752
|
|
1 222560502 rs35864991 T C 758.70 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.192;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=17.24;ReadPosRankSum=0.844;SB=-354.175;SBQD=-3.047;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.5450;VQSLOD=5.1705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:44:99:789,0,535
|
|
1 222579566 rs34930055 G C 2367.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5518;MQ=59.68;MQ0=0;QD=32.43;SB=-1262.303;SBQD=-1.467;SBpi=-0.1756;SBpiQual=-0.2690;VQSLOD=6.8868 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2401,193,0
|
|
1 222604826 rs61824075 T C 863.74 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.707;HRun=1;HaplotypeScore=2.9339;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.871;SB=-415.351;SBQD=3.569;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.3764;VQSLOD=4.1667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:894,0,1030
|
|
1 222615611 rs35676816 T G 1021.13 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.938;HRun=0;HaplotypeScore=2.5671;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=15.24;ReadPosRankSum=1.046;SB=-513.027;SBQD=-2.049;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0615;VQSLOD=4.8984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:67:99:1051,0,1002
|
|
1 222633645 rs2171408 T A 819.02 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5317;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-427.935;SBQD=-0.724;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.1620;VQSLOD=4.2998 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:849,0,966
|
|
1 222639038 rs34967322 A T 333.19 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=3.132;HRun=0;HaplotypeScore=2.7678;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-62.519;SBQD=-5.422;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.4552;VQSLOD=3.3890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:27:99:363,0,308
|
|
1 222645528 rs35723393 A G 1015.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6567;MQ=26.37;MQ0=7;QD=19.53;SB=-524.486;SBQD=2.072;SBpi=-0.5547;SBpiQual=-1.1339;VQSLOD=4.4143 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1048,99,0
|
|
1 222647806 rs35583094 T C 977.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.0463;MQ=35.44;MQ0=9;QD=16.85;SB=-496.599;SBQD=-8.058;SBpi=-0.6565;SBpiQual=-0.4466;VQSLOD=3.8237 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:90.17:1010,90,0
|
|
1 222656151 rs56344880 C T 881.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.75;MQ0=21;QD=13.57;SB=-72.050;SBQD=-23.094;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.0253;VQSLOD=5.2567 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:87.12:915,87,0
|
|
1 222664180 . G A 927.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=6;QD=21.57;SB=-297.057;SBQD=-24.918;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3147;VQSLOD=3.5868 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:90.04:960,90,0
|
|
1 222669741 . G C 490.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.328;DP=56;Dels=0.00;FS=1.234;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.12;MQ0=11;MQRankSum=-3.506;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.445;SB=-249.411;SBQD=1.873;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4895;VQSLOD=-0.2051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:521,0,721
|
|
1 222698684 rs35948365 A G 728.77 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.713;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-253.247;SBQD=6.361;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.9171;VQSLOD=5.4721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:63:99:759,0,984
|
|
1 222699804 rs35917524 T C 745.08 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.027;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=12.85;ReadPosRankSum=1.384;SB=-410.431;SBQD=3.813;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2975;VQSLOD=5.4381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:775,0,682
|
|
1 222700416 rs1487523 C T 1046.21 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.657;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=1.355;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.576;SB=-582.358;SBQD=4.623;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3779;VQSLOD=6.3277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1076,0,1483
|
|
1 222721587 . C A 464.52 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.780;DP=54;Dels=0.00;FS=4.439;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.083;SB=-103.188;SBQD=7.494;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.3632;VQSLOD=2.8989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:495,0,961
|
|
1 222725263 rs17463740 G C 2152.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.80;MQ0=0;QD=34.72;SB=-1075.551;SBQD=-2.558;SBpi=-0.1270;SBpiQual=-0.1716;VQSLOD=8.1896 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2186,177,0
|
|
1 222737265 rs35877231 G T 2131.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.46;MQ0=0;QD=24.79;SB=-1270.985;SBQD=2.533;SBpi=0.8627;SBpiQual=1.0973;VQSLOD=4.1483 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2165,172,0
|
|
1 222744943 . A G 1254.03 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.574;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.801;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.676;SB=-618.755;SBQD=0.443;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.5887;VQSLOD=2.8018 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:1284,0,933
|
|
1 222757922 rs3816991 T C 1035.16 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.830;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.340;SB=-520.550;SBQD=-6.685;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.0619;VQSLOD=5.9251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:1065,0,993
|
|
1 222762773 rs2936041 T A 2150.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=37.07;SB=-999.224;SBQD=1.419;SBpi=0.3939;SBpiQual=0.5247;VQSLOD=6.5493 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2183,169,0
|
|
1 222763026 rs4846767 C T 1386.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=32.24;SB=-665.129;SBQD=-1.357;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.6168;VQSLOD=7.5121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1419,111,0
|
|
1 222779583 rs3002137 T G 2402.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=35.85;SB=-1086.434;SBQD=1.003;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.6539;VQSLOD=8.4131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2435,193,0
|
|
1 222799364 rs3008619 C A 1916.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.15;MQ0=0;QD=30.92;SB=-855.034;SBQD=-2.251;SBpi=-0.7620;SBpiQual=-0.7890;VQSLOD=7.4677 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1950,162,0
|
|
1 222823743 . T G 2597.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=28.86;SB=-1501.248;SBQD=2.327;SBpi=-0.4216;SBpiQual=-0.2475;VQSLOD=5.4394 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2631,223,0
|
|
1 222834503 rs4575092 A T 2754.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.77;SB=-1432.458;SBQD=2.777;SBpi=-0.1709;SBpiQual=0.0036;VQSLOD=8.5688 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2787,220,0
|
|
1 222841614 rs36079339 G A 1087.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.60;MQ0=18;QD=20.91;SB=-0.007;SBQD=-34.981;SBpi=-1.8091;SBpiQual=-1.9231;VQSLOD=2.3749 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:52:93.28:1120,93,0
|
|
1 222879755 . A G 1089.99 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.656;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-621.652;SBQD=-0.049;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.1943;VQSLOD=4.6446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1120,0,1199
|
|
1 222937187 . C T 2771.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.65;MQ0=0;QD=36.47;SB=-1414.690;SBQD=-0.059;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.1171;VQSLOD=7.0158 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2805,220,0
|
|
1 222952370 rs4256814 G A 2597.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.66;MQ0=0;QD=35.58;SB=-971.987;SBQD=-1.757;SBpi=-1.2289;SBpiQual=-1.3248;VQSLOD=8.3941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2630,208,0
|
|
1 222973649 . C A 1163.01 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=71;Dels=0.00;FS=6.270;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=16.38;ReadPosRankSum=1.035;SB=-571.485;SBQD=6.429;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1365;VQSLOD=3.5782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1193,0,1019
|
|
1 223018046 . T A 2352.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.60;SB=-1204.776;SBQD=-1.673;SBpi=0.4781;SBpiQual=0.4490;VQSLOD=6.6071 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2385,184,0
|
|
1 223030117 rs34526952 G A 1501.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;QD=30.03;SB=-677.368;SBQD=2.630;SBpi=-0.9899;SBpiQual=-0.8845;VQSLOD=6.6439 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1535,126,0
|
|
1 223107514 rs17011844 A G 936.47 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.614;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.896;SB=-193.789;SBQD=-9.173;SBpi=-1.4797;SBpiQual=-1.7160;VQSLOD=4.5014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:966,0,960
|
|
1 223122413 rs997861 A T 893.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.490;DB;DP=85;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=7.3633;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.631;SB=-579.045;SBQD=-2.310;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.3539;VQSLOD=-5.4096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:923,0,1153
|
|
1 223138482 rs2789927 T A 1928.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.68;SB=-1110.302;SBQD=-0.944;SBpi=0.0651;SBpiQual=0.0061;VQSLOD=7.2506 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1961,156,0
|
|
1 223152694 rs946505 A G 2226.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.29;MQ0=0;QD=33.23;SB=-799.135;SBQD=1.956;SBpi=-1.5271;SBpiQual=-1.5101;VQSLOD=7.2461 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2259,187,0
|
|
1 223174361 rs2609356 G A 2336.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.39;SB=-1273.456;SBQD=-1.378;SBpi=0.1231;SBpiQual=0.0150;VQSLOD=9.0326 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2369,184,0
|
|
1 223206523 rs2609376 A G 2577.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.83;SB=-1237.501;SBQD=2.697;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.5393;VQSLOD=7.1633 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2610,205,0
|
|
1 223209320 . A T 665.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.969;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.8076;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.450;SB=-395.227;SBQD=-1.153;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0672;VQSLOD=1.3675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:695,0,975
|
|
1 223211392 rs946512 G A 961.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.45;SB=-689.563;SBQD=2.070;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.1695;VQSLOD=4.5496 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:78.25:995,78,0
|
|
1 223217809 rs61838991 C T 2296.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.78;SB=-620.412;SBQD=-1.081;SBpi=-2.1828;SBpiQual=-2.3384;VQSLOD=6.1790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2330,181,0
|
|
1 223269291 rs28460738 A G 566.71 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=57.75;MQ0=1;MQRankSum=-0.615;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-265.807;SBQD=3.394;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.1568;VQSLOD=5.2960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:597,0,903
|
|
1 223272017 rs7365624 G A 1108.25 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.224;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.172;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-521.022;SBQD=-3.439;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4574;VQSLOD=4.2313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1138,0,957
|
|
1 223280990 rs28575203 G A 563.85 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.479;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-267.599;SBQD=0.165;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.9017;VQSLOD=4.7859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:594,0,692
|
|
1 223286643 rs1640843 G A 754.10 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.424;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.895;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-400.329;SBQD=4.475;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.4839;VQSLOD=5.4295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:784,0,1005
|
|
1 223287913 rs1640842 C A 813.34 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.835;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.051;HRun=1;HaplotypeScore=1.8401;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-576.134;SBQD=-5.660;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.1998;VQSLOD=3.9050 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:843,0,777
|
|
1 223295254 rs851192 G C 924.14 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.954;HRun=0;HaplotypeScore=2.6953;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=12.84;ReadPosRankSum=1.363;SB=-483.684;SBQD=-3.184;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.5278;VQSLOD=5.2142 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:954,0,800
|
|
1 223298225 rs864834 C T 648.66 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.998;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.141;SB=-455.486;SBQD=1.685;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1522;VQSLOD=5.4776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:679,0,765
|
|
1 223303151 rs17163737 G T 664.23 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.004;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.177;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.980;SB=-359.280;SBQD=-2.178;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0296;VQSLOD=5.6693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:694,0,558
|
|
1 223305781 rs851183 G C 839.38 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.215;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.526;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=11.66;ReadPosRankSum=1.205;SB=-223.694;SBQD=5.351;SBpi=1.2780;SBpiQual=1.3444;VQSLOD=3.5699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:869,0,1356
|
|
1 223322071 rs2883182 G A 787.83 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.979;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7336;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=3.064;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.148;SB=-421.136;SBQD=-1.151;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3609;VQSLOD=3.6151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:818,0,782
|
|
1 223332763 rs1341986 A G 623.75 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.405;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.614;SB=-474.956;SBQD=5.176;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2585;VQSLOD=3.3144 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:654,0,714
|
|
1 223336436 rs1773756 A G 1284.23 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.926;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.414;SB=-637.768;SBQD=-1.562;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.4231;VQSLOD=4.7847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,45:73:99:1314,0,866
|
|
1 223345713 rs61837567 C T 682 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.408;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.796;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.38;MQ0=7;MQRankSum=-1.456;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.390;SB=-287.819;SBQD=2.402;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4986;VQSLOD=4.0596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:712,0,994
|
|
1 223359917 rs61837576 T C 604 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.301;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.598;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.767;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.662;SB=-232.050;SBQD=8.059;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.5101;VQSLOD=3.8952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:634,0,1004
|
|
1 223360161 rs975089 G T 507.91 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.194;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=12.39;ReadPosRankSum=1.064;SB=-144.323;SBQD=-2.589;SBpi=-0.9428;SBpiQual=-1.1384;VQSLOD=4.6823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:538,0,711
|
|
1 223365375 . C T 117.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.907;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.9760;MQ=48.95;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=2.74;ReadPosRankSum=-2.714;SB=-98.166;SBQD=1.457;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.2629;VQSLOD=-1.4420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,11:43:99:148,0,724
|
|
1 223436336 rs1640849 A G 747.10 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=10.83;ReadPosRankSum=-2.226;SB=-429.297;SBQD=1.371;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.3411;VQSLOD=4.5493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:777,0,1176
|
|
1 223438548 rs1773710 T C 875.68 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.992;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.983;SB=-487.236;SBQD=-2.310;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1490;VQSLOD=5.6389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:906,0,887
|
|
1 223493152 . T G 1114.82 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;DP=84;Dels=0.00;FS=9.059;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.022;SB=-353.201;SBQD=7.729;SBpi=1.2010;SBpiQual=1.3377;VQSLOD=3.2547 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:1145,0,1479
|
|
1 223495517 rs1341289 C T 965.68 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.352;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=3.139;HRun=0;HaplotypeScore=3.3126;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=11.50;ReadPosRankSum=1.071;SB=-556.327;SBQD=-4.583;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.4782;VQSLOD=4.5400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:84:99:996,0,1136
|
|
1 223497150 rs1518040 G A 1083.05 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.993;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=4.223;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=19.34;ReadPosRankSum=0.592;SB=-476.707;SBQD=-3.653;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6656;VQSLOD=5.1180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,35:56:99:1113,0,514
|
|
1 223502811 rs1400960 C T 1157.80 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.761;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.599;SB=-554.504;SBQD=-0.157;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3697;VQSLOD=5.8396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:1188,0,1466
|
|
1 223505095 rs1829309 T A 785.50 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.183;HRun=1;HaplotypeScore=2.8402;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-411.994;SBQD=-2.248;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2976;VQSLOD=2.4979 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:815,0,1347
|
|
1 223562254 rs1713220 A G 2118.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.84;SB=-924.514;SBQD=-6.218;SBpi=-0.6527;SBpiQual=-1.0992;VQSLOD=6.6383 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2152,189,0
|
|
1 223588832 rs825117 T A 2441.65 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=27.13;SB=-1625.580;SBQD=-0.511;SBpi=-0.1054;SBpiQual=-0.1581;VQSLOD=1.9790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2475,217,0
|
|
1 223596937 rs825144 T A 2783.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=28.40;SB=-1750.998;SBQD=2.440;SBpi=0.1010;SBpiQual=0.3303;VQSLOD=3.4565 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2816,247,0
|
|
1 223625184 . T C 347.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.102;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.57;MQ0=29;MQRankSum=-1.213;QD=3.00;ReadPosRankSum=2.548;SB=3.002;SBQD=5.268;SBpi=2.6458;SBpiQual=2.8853;VQSLOD=-4.3292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,28:116:99:378,0,1096
|
|
1 223625739 . T C 228.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;DP=125;Dels=0.00;FS=37.932;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=41.17;MQ0=4;MQRankSum=-7.016;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.137;SB=108.248;SBQD=-5.021;SBpi=-2.8284;SBpiQual=-3.0400;VQSLOD=-10.4366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,32:125:99:258,0,2880
|
|
1 223626301 rs10907378 G A 943.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.95;MQ0=4;QD=20.07;SB=-222.768;SBQD=24.549;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.0882;VQSLOD=4.5098 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:87.20:976,87,0
|
|
1 223631639 rs6679062 C G 2921.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=33.20;SB=-1209.609;SBQD=-0.948;SBpi=-1.1726;SBpiQual=-1.2556;VQSLOD=7.5781 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2955,241,0
|
|
1 223632876 rs4233516 T G 565.04 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.465;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-236.112;SBQD=-7.145;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9594;VQSLOD=4.2290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:595,0,1007
|
|
1 223638765 rs6604711 C A 73.17 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.45;MQ0=0;QD=0.96;SB=-1168.018;SBQD=-1.629;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.9348;VQSLOD=1.5978 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:12:106,12,0
|
|
1 223645256 rs10430272 T C 527.19 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.846;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.323;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-331.453;SBQD=3.906;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2447;VQSLOD=5.8104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:557,0,853
|
|
1 223651783 rs7517790 C T 404.86 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.399;HRun=0;HaplotypeScore=2.6940;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=2.012;QD=7.50;ReadPosRankSum=-1.456;SB=-187.951;SBQD=2.648;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.5692;VQSLOD=3.1903 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:435,0,825
|
|
1 223652193 rs61823494 C A 311.08 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.137;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.601;SB=-0.007;SBQD=-18.307;SBpi=-1.8028;SBpiQual=-1.9429;VQSLOD=4.2684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:341,0,175
|
|
1 223653151 rs17162178 C G 568.42 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.053;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-302.616;SBQD=-1.068;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.7543;VQSLOD=4.9238 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:598,0,727
|
|
1 223659606 rs6676669 A T 995.16 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.023;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.837;SB=-500.922;SBQD=-1.149;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0705;VQSLOD=5.4966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:1025,0,1280
|
|
1 223662563 rs7540409 A G 624.97 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.275;HRun=0;HaplotypeScore=3.5655;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=11.16;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-171.863;SBQD=-10.319;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-1.3808;VQSLOD=3.0890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:655,0,683
|
|
1 223662766 rs4612620 T C 1761.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.35;MQ0=0;QD=28.41;SB=-790.518;SBQD=2.427;SBpi=-1.0160;SBpiQual=-0.7435;VQSLOD=6.1755 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:1795,162,0
|
|
1 223665417 rs4661272 T C 1802.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;QD=29.07;SB=-846.277;SBQD=2.701;SBpi=0.5080;SBpiQual=0.7554;VQSLOD=6.1981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1835,159,0
|
|
1 223666757 rs61823510 C T 2012.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.95;MQ0=2;QD=27.57;SB=-1115.691;SBQD=-2.794;SBpi=0.2967;SBpiQual=-0.0824;VQSLOD=5.5121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,71:73:99:2046,186,0
|
|
1 223684619 rs61823517 G C 1088.72 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.212;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=13.866;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.936;SB=-365.706;SBQD=11.089;SBpi=0.9258;SBpiQual=1.2622;VQSLOD=5.1197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1119,0,1019
|
|
1 223686790 rs35219153 T C 562.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.058;HRun=1;HaplotypeScore=16.9190;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=10.22;ReadPosRankSum=1.749;SB=-348.758;SBQD=1.971;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0358;VQSLOD=-3.9647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:55:99:592,0,454
|
|
1 223806157 rs35164209 T C 670.64 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.786;HRun=1;HaplotypeScore=1.9445;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-300.809;SBQD=-6.106;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8886;VQSLOD=4.9859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:701,0,816
|
|
1 223816347 rs61825210 A G 1907.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4919;MQ=59.65;MQ0=0;QD=28.89;SB=-828.407;SBQD=-5.944;SBpi=-0.6155;SBpiQual=-1.0656;VQSLOD=4.3325 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1940,171,0
|
|
1 223817359 rs61825212 C T 1023.92 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.444;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4673;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.709;QD=15.75;ReadPosRankSum=-1.339;SB=-582.315;SBQD=-0.021;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0822;VQSLOD=3.0297 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1054,0,718
|
|
1 223818891 rs34762787 A C 2793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.29;SB=-1287.725;SBQD=-1.065;SBpi=-0.5128;SBpiQual=-0.6188;VQSLOD=7.5485 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2827,223,0
|
|
1 223824503 rs28679358 G T 94.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.148;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.075;HRun=0;HaplotypeScore=4.4958;MQ=26.96;MQ0=1;MQRankSum=-2.287;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.477;SB=-8.545;SBQD=2.178;SBpi=2.4056;SBpiQual=2.6716;VQSLOD=-3.9794 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:51:99:125,0,396
|
|
1 223826287 rs12729023 C A 746.36 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.895;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.934;HRun=2;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.743;SB=-447.271;SBQD=-4.832;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1793;VQSLOD=3.8012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:776,0,1269
|
|
1 223829430 rs2186008 A G 1467.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=23.30;SB=-894.536;SBQD=-5.922;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.8816;VQSLOD=4.0858 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1501,132,0
|
|
1 223838674 rs12754440 G A 582.67 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=4.120;HRun=0;HaplotypeScore=8.5012;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.236;SB=-138.657;SBQD=-9.125;SBpi=-0.9806;SBpiQual=-1.4020;VQSLOD=2.0081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:613,0,905
|
|
1 223852631 rs7556396 G A 882.86 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-437.166;SBQD=-1.924;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.2464;VQSLOD=4.4555 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:913,0,854
|
|
1 223856196 rs7551783 G A 2329.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1157.701;SBQD=-0.269;SBpi=-0.3693;SBpiQual=-0.4090;VQSLOD=7.8949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2362,184,0
|
|
1 223856718 rs4653869 C G 2029.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6483;MQ=59.69;MQ0=0;QD=27.06;SB=-1096.926;SBQD=-3.559;SBpi=0.7506;SBpiQual=0.3957;VQSLOD=4.8224 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2063,186,0
|
|
1 223858618 rs1892071 G C 2309.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.42;MQ0=0;QD=34.47;SB=-1156.832;SBQD=-0.838;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.3693;VQSLOD=8.2872 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2343,187,0
|
|
1 223859188 rs1419310 A G 1028.69 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.955;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.222;HRun=2;HaplotypeScore=3.2505;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.218;SB=-438.631;SBQD=0.830;SBpi=1.0801;SBpiQual=0.7219;VQSLOD=2.7885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1059,0,1046
|
|
1 223861217 rs7522890 G A 1026.40 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.606;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=14.66;ReadPosRankSum=1.457;SB=-445.387;SBQD=-2.264;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.6086;VQSLOD=5.4113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1056,0,1089
|
|
1 223889448 rs2404355 T C 1390.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.81;MQ0=0;QD=32.35;SB=-455.017;SBQD=-7.742;SBpi=-0.9912;SBpiQual=-1.1361;VQSLOD=7.8782 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1424,117,0
|
|
1 223891552 rs7554857 T C 874.92 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.155;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.973;HRun=0;HaplotypeScore=2.4875;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.848;SB=-453.124;SBQD=-0.081;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1328;VQSLOD=4.9315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:905,0,913
|
|
1 223896612 rs2404356 A G 2002.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=31.29;SB=-1096.073;SBQD=-0.683;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.3121;VQSLOD=7.6906 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2035,166,0
|
|
1 223910039 rs2186005 A G 2243.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.01;MQ0=0;QD=31.60;SB=-1214.392;SBQD=-2.560;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.1656;VQSLOD=7.8647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2276,190,0
|
|
1 223929170 rs6669080 A T 139.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.425;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=9.9525;MQ=62.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.840;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.387;SB=-69.560;SBQD=4.343;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.4924;VQSLOD=-4.6500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:6.64:169,0,7
|
|
1 223930202 rs1222139 A G 417.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.12;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DB;DP=43;Dels=0.02;FS=2.695;HRun=0;HaplotypeScore=9.5512;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=3.301;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.126;SB=-428.212;SBQD=0.502;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.9859;VQSLOD=0.6207 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,37:43:60.03:447,0,60
|
|
1 223941184 rs4653775 C G 851.18 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.104;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.332;SB=-386.775;SBQD=-2.187;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.5101;VQSLOD=5.7163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:881,0,678
|
|
1 223951562 rs750873 A G 847.22 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.052;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.121;SB=-413.692;SBQD=0.378;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1888;VQSLOD=4.5683 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:877,0,716
|
|
1 223951985 rs737066 C A 680.23 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.277;HRun=0;HaplotypeScore=1.7998;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.042;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.280;SB=-313.834;SBQD=-2.593;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.5102;VQSLOD=5.3855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:710,0,777
|
|
1 223960392 rs12038299 G A 1288.93 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.501;HRun=2;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=17.19;ReadPosRankSum=0.069;SB=-627.466;SBQD=-2.758;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.1264;VQSLOD=4.3412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1319,0,930
|
|
1 223964126 rs12757286 T C 716.36 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=1;HaplotypeScore=2.7217;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.253;SB=-293.157;SBQD=-2.869;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.7388;VQSLOD=3.5714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:746,0,1166
|
|
1 223964697 rs1621129 C A 357.55 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=6.468;HRun=1;HaplotypeScore=1.7234;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.433;SB=-88.230;SBQD=11.382;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.2813;VQSLOD=3.9323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:388,0,460
|
|
1 223979244 rs1153937 C T 933 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.497;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.202;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=12.61;ReadPosRankSum=0.362;SB=-384.301;SBQD=4.537;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4386;VQSLOD=5.7906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:963,0,1188
|
|
1 224002338 rs1222127 T C 692.20 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.285;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.128;SB=-387.471;SBQD=1.642;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.1372;VQSLOD=5.6256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:65:99:722,0,917
|
|
1 224021884 rs1982612 C T 897.63 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.345;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.759;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.155;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-496.754;SBQD=4.567;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0658;VQSLOD=5.9054 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:928,0,1079
|
|
1 224026137 rs1890120 T C 3548.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1374.723;SBQD=0.414;SBpi=1.2563;SBpiQual=1.3251;VQSLOD=8.5667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3548,286,0
|
|
1 224053373 rs7516059 C T 1206.23 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.667;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.824;HRun=0;HaplotypeScore=1.6567;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=14.19;ReadPosRankSum=1.096;SB=-617.852;SBQD=-1.064;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1309;VQSLOD=5.0560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1236,0,1389
|
|
1 224057770 rs6695764 G A 2518.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=34.98;SB=-1185.227;SBQD=0.026;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.6260;VQSLOD=8.1220 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2551,196,0
|
|
1 224079183 rs12032261 G C 480.47 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.267;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.063;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=39.03;MQ0=4;MQRankSum=-0.214;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.274;SB=-259.207;SBQD=2.916;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5092;VQSLOD=3.2760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:510,0,1022
|
|
1 224086532 . G A 71.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;DP=28;Dels=0.00;FS=11.290;HRun=1;HaplotypeScore=4.9522;MQ=33.52;MQ0=1;MQRankSum=-0.647;QD=2.56;ReadPosRankSum=2.102;SB=-37.932;SBQD=-10.230;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.6735;VQSLOD=-0.5949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:102,0,415
|
|
1 224124918 . A C 73.70 PASS AB=0.25;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.727;SB=-0.007;SBQD=-18.425;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9354;VQSLOD=4.2884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:104,0,25
|
|
1 224137239 . A G 413.91 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.117;DP=64;Dels=0.00;FS=2.372;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.88;MQ0=3;MQRankSum=2.290;QD=6.47;ReadPosRankSum=1.840;SB=-189.680;SBQD=-5.214;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2802;VQSLOD=2.2343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:444,0,1050
|
|
1 224153220 rs61825445 C T 391.43 PASS AB=0.15;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.895;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=3.274;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=22.12;MQ0=15;MQRankSum=2.450;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.032;SB=-201.062;SBQD=-3.194;SBpi=1.2005;SBpiQual=1.2786;VQSLOD=3.9394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,34:40:16.91:421,0,17
|
|
1 224157399 . T A 68.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DP=76;Dels=0.00;FS=6.149;HRun=0;HaplotypeScore=9.3732;MQ=21.87;MQ0=24;MQRankSum=1.632;QD=0.90;ReadPosRankSum=3.339;SB=-73.473;SBQD=-1.384;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2510;VQSLOD=-3.3382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,16:76:98.72:99,0,505
|
|
1 224167814 . C T 101.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.38;MQ0=2;QD=8.44;SB=-32.983;SBQD=1.143;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.5297;VQSLOD=2.4735 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:12.03:134,12,0
|
|
1 224199507 rs9661819 A G 776.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=37.06;MQ0=3;QD=12.93;SB=-195.842;SBQD=22.266;SBpi=1.4444;SBpiQual=1.5579;VQSLOD=3.4514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:66.20:809,66,0
|
|
1 224200560 . C A 239.88 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.928;DP=83;Dels=0.00;FS=7.767;HRun=1;HaplotypeScore=21.6736;MQ=48.47;MQ0=3;MQRankSum=-4.828;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-37.622;SBQD=5.809;SBpi=1.4184;SBpiQual=1.4611;VQSLOD=-27.6092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,21:83:99:270,0,1942
|
|
1 224200788 . T G 183.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.8772;MQ=52.64;MQ0=0;MQRankSum=-6.388;QD=1.77;ReadPosRankSum=-4.046;SB=-126.364;SBQD=-0.574;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3036;VQSLOD=-11.8569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,20:104:99:214,0,2658
|
|
1 224201837 . G A 827.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.549;DP=169;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=19.4266;MQ=50.55;MQ0=1;MQRankSum=1.335;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.978;SB=-411.559;SBQD=0.161;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6456;VQSLOD=-9.2534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,40:169:99:857,0,3514
|
|
1 224202544 . C A 101.40 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.462;DP=92;Dels=0.00;FS=7.222;HRun=2;HaplotypeScore=55.1206;MQ=36.63;MQ0=2;MQRankSum=-4.328;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-30.970;SBQD=0.681;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.2753;VQSLOD=-92.5071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,15:92:99:131,0,1375
|
|
1 224213046 . C T 258.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DP=75;Dels=0.00;FS=4.471;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.69;MQ0=38;MQRankSum=-0.442;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-102.414;SBQD=3.190;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3615;VQSLOD=1.0000 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,25:75:99:288,0,387
|
|
1 224217927 rs10916170 G A 985.89 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.085;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=25.807;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=42.80;MQ0=5;MQRankSum=-0.895;QD=12.32;ReadPosRankSum=1.605;SB=-220.719;SBQD=9.919;SBpi=1.6222;SBpiQual=1.6514;VQSLOD=3.7361 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1016,0,896
|
|
1 224222187 rs2798490 G A 472.29 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.579;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=43.81;MQ0=6;MQRankSum=-1.450;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.619;SB=-82.145;SBQD=8.413;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.5568;VQSLOD=3.6001 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:502,0,838
|
|
1 224234978 rs10799446 A G 1745.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9545;MQ=59.56;MQ0=0;QD=33.57;SB=-688.905;SBQD=-2.344;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-1.1291;VQSLOD=4.2491 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1779,144,0
|
|
1 224248502 rs2087794 G A 1000.93 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.323;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.020;SB=-498.162;SBQD=0.045;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2315;VQSLOD=5.1744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:1031,0,807
|
|
1 224259486 rs1602712 C T 3056.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=35.13;SB=-1347.880;SBQD=3.506;SBpi=0.6969;SBpiQual=0.9648;VQSLOD=8.8484 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3089,238,0
|
|
1 224262693 rs10916257 A G 1919.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=29.99;SB=-558.505;SBQD=-7.544;SBpi=-1.7500;SBpiQual=-2.1801;VQSLOD=5.9304 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1952,165,0
|
|
1 224264856 rs6689535 G C 2256.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.03;MQ0=0;QD=33.18;SB=-1038.434;SBQD=-0.119;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.6199;VQSLOD=7.0032 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2290,190,0
|
|
1 224291844 rs6696409 G A 2224.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;QD=33.70;SB=-1065.021;SBQD=-0.434;SBpi=-0.6155;SBpiQual=-0.6888;VQSLOD=7.7020 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2257,178,0
|
|
1 224300176 rs6691850 T C 889.98 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.481;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=11.27;ReadPosRankSum=-0.817;SB=-366.280;SBQD=-5.309;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.6916;VQSLOD=5.2801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:920,0,1310
|
|
1 224309163 rs10916326 C T 2453.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=36.08;SB=-963.239;SBQD=1.673;SBpi=0.9701;SBpiQual=1.0971;VQSLOD=7.9189 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2487,196,0
|
|
1 224339138 rs10429876 C T 3000.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.49;MQ0=0;QD=36.59;SB=-1356.410;SBQD=0.525;SBpi=-0.6626;SBpiQual=-0.6505;VQSLOD=7.1393 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3033,238,0
|
|
1 224347391 rs11804140 C T 2198.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.37;MQ0=0;QD=30.12;SB=-1210.972;SBQD=1.211;SBpi=0.4096;SBpiQual=0.4433;VQSLOD=4.0543 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2232,175,0
|
|
1 224368202 . A G 459.45 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=49;Dels=0.00;FS=4.094;HRun=0;HaplotypeScore=1.9874;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-321.006;SBQD=-3.022;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1477;VQSLOD=3.3689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:489,0,726
|
|
1 224381996 rs12024159 A C 704.51 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=12.540;HRun=0;HaplotypeScore=2.7112;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=11.36;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-363.348;SBQD=-10.646;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.2708;VQSLOD=3.8092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:735,0,861
|
|
1 224395116 rs4653997 G A 521.91 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.093;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.488;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.838;SB=-296.996;SBQD=4.830;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.2945;VQSLOD=4.8948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:552,0,698
|
|
1 224400502 rs1467224 T C 668.99 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.183;HRun=4;HaplotypeScore=1.7219;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-174.491;SBQD=-4.121;SBpi=-1.3728;SBpiQual=-1.3902;VQSLOD=3.3093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:699,0,851
|
|
1 224409823 rs10916515 A G 1179.78 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.830;HRun=0;HaplotypeScore=1.7172;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-550.159;SBQD=2.962;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.6543;VQSLOD=5.6762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1210,0,1051
|
|
1 224412157 rs12134258 A G 1393.99 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.361;SB=-600.067;SBQD=1.541;SBpi=0.6429;SBpiQual=0.8430;VQSLOD=6.1397 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:1424,0,1378
|
|
1 224421442 rs41271487 C T 1211.32 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.801;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.843;HRun=0;HaplotypeScore=2.7343;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.903;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-578.564;SBQD=1.268;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.5792;VQSLOD=4.2084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1241,0,1175
|
|
1 224428261 rs4654009 C T 802.86 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.495;SB=-443.198;SBQD=-0.009;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1485;VQSLOD=5.3553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:833,0,1015
|
|
1 224434769 rs6426085 A C 682.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.383;HRun=0;HaplotypeScore=10.5418;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=8.53;ReadPosRankSum=2.201;SB=-496.019;SBQD=-4.955;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.3691;VQSLOD=0.7207 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:712,0,521
|
|
1 224441938 rs4654011 G A 1909.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.64;MQ0=0;QD=30.81;SB=-1009.037;SBQD=-0.699;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-0.4551;VQSLOD=6.0631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1943,156,0
|
|
1 224514867 rs2404859 G A 2118.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=31.61;SB=-1207.757;SBQD=-0.048;SBpi=-0.1833;SBpiQual=-0.1916;VQSLOD=7.7741 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2151,166,0
|
|
1 224526902 rs6691689 T C 2014.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.62;MQ0=0;QD=33.58;SB=-863.896;SBQD=6.430;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.8464;VQSLOD=7.1475 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2048,174,0
|
|
1 224529221 rs10737443 G A 2879.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.84;MQ0=0;QD=36.00;SB=-893.673;SBQD=1.455;SBpi=1.7889;SBpiQual=1.9729;VQSLOD=7.6325 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2913,235,0
|
|
1 224561138 rs2897051 A G 2335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7653;MQ=58.07;MQ0=0;QD=31.15;SB=-926.176;SBQD=-9.089;SBpi=-0.6351;SBpiQual=-1.2580;VQSLOD=5.5256 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2369,205,0
|
|
1 224573601 rs12745610 C T 980.55 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.947;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.858;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.654;SB=-550.519;SBQD=0.747;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1417;VQSLOD=5.4224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1011,0,1067
|
|
1 224584723 rs12755816 A T 1112.34 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.808;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.255;HRun=1;HaplotypeScore=1.7319;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.747;SB=-506.612;SBQD=-4.360;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4810;VQSLOD=4.8233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1142,0,1280
|
|
1 224589411 . G A 85.20 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;DP=116;Dels=0.00;FS=54.699;HRun=9;HaplotypeScore=102.5709;MQ=39.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=0.73;ReadPosRankSum=-3.446;SB=177.416;SBQD=4.585;SBpi=2.1794;SBpiQual=1.9664;VQSLOD=-354.9328 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,19:116:99:115,0,936
|
|
1 224625827 rs35303987 C T 976.32 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.954;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=8.176;HRun=0;HaplotypeScore=2.6855;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.076;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-586.302;SBQD=-4.162;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.0713;VQSLOD=5.0053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1006,0,926
|
|
1 224627117 rs11584638 A G 972.99 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.927;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-330.318;SBQD=6.922;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.1091;VQSLOD=5.5421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:1003,0,1098
|
|
1 224627169 rs6687870 A G 1841.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=31.21;SB=-879.999;SBQD=-1.301;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.1514;VQSLOD=7.4260 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1874,171,0
|
|
1 224628180 rs6426125 T G 1332.62 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.058;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.690;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=15.68;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-729.871;SBQD=-5.056;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2965;VQSLOD=5.5905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:1363,0,1030
|
|
1 224656216 rs10753470 A T 1415.82 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=4.182;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=15.73;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-424.286;SBQD=-6.005;SBpi=-1.2671;SBpiQual=-1.5198;VQSLOD=5.4698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,45:90:99:1446,0,1382
|
|
1 224657445 rs7541403 A G 1025.89 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.108;HRun=1;HaplotypeScore=4.6275;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.472;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.315;SB=-415.567;SBQD=-0.534;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.7154;VQSLOD=2.9533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:1056,0,1125
|
|
1 224670399 rs4654045 A G 645.22 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=9.175;HRun=0;HaplotypeScore=2.6430;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.898;SB=-387.083;SBQD=-7.530;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.1836;VQSLOD=3.5954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:68:99:675,0,1334
|
|
1 224671660 rs3958434 A G 490.58 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.225;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.029;SB=-177.750;SBQD=2.795;SBpi=0.8528;SBpiQual=1.0811;VQSLOD=5.0090 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:521,0,804
|
|
1 224680332 rs6698343 T C 1358.65 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.013;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.891;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.570;QD=18.36;ReadPosRankSum=0.723;SB=-609.302;SBQD=-2.448;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4850;VQSLOD=5.3257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:1389,0,947
|
|
1 224698363 rs6426133 G A 719.24 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.330;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.027;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.84;MQ0=1;MQRankSum=-2.489;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.310;SB=-322.562;SBQD=-0.553;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.8204;VQSLOD=3.0291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:749,0,790
|
|
1 224699870 rs12140906 A T 746.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=18.1642;MQ=49.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.952;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.048;SB=-243.686;SBQD=3.513;SBpi=0.7559;SBpiQual=1.0930;VQSLOD=-5.4682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,27:45:99:777,0,403
|
|
1 224717210 rs712073 C G 1027.36 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.216;SB=-458.438;SBQD=1.165;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3991;VQSLOD=6.2959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:1057,0,1218
|
|
1 224718611 rs12120115 T A 1010.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.117;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.148;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-565.460;SBQD=3.789;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1098;VQSLOD=6.1189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1040,0,1052
|
|
1 224719214 rs791508 G T 1384.69 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.562;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.786;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-755.636;SBQD=-1.108;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.0338;VQSLOD=5.1414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1415,0,1406
|
|
1 224748469 rs12072482 C G 618.89 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.362;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.513;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.525;SB=-321.655;SBQD=3.778;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2529;VQSLOD=3.3486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:649,0,1341
|
|
1 224765878 rs12136356 A T 1125.45 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.910;HRun=2;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.332;SB=-579.409;SBQD=4.081;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.4425;VQSLOD=3.6269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1155,0,1017
|
|
1 224793218 rs1587400 A G 2512.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=32.21;SB=-1256.075;SBQD=0.659;SBpi=0.4529;SBpiQual=0.5602;VQSLOD=8.5039 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2545,208,0
|
|
1 224824953 rs12124262 C T 765.58 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.179;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=5.059;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.562;SB=-197.579;SBQD=-5.869;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.4463;VQSLOD=4.1514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:796,0,965
|
|
1 224832627 rs713098 A T 834.01 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.238;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-395.246;SBQD=-0.307;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.7659;VQSLOD=3.9411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:864,0,934
|
|
1 224860009 rs10495224 T C 1210.41 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.288;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=14.24;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-545.567;SBQD=-1.888;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.4522;VQSLOD=5.8263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1240,0,1441
|
|
1 224873328 rs12046028 T G 994.52 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.548;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.197;HRun=0;HaplotypeScore=2.6470;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=12.13;ReadPosRankSum=-1.554;SB=-458.606;SBQD=-3.375;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.7560;VQSLOD=4.1199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1025,0,1331
|
|
1 224881546 rs873594 C G 1171.31 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.819;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=7.516;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.136;QD=14.64;ReadPosRankSum=-1.713;SB=-568.471;SBQD=6.378;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2364;VQSLOD=5.3271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1201,0,1290
|
|
1 224933139 rs56205735 T C 1358.89 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=3.751;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.548;SB=-640.494;SBQD=-3.336;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.6779;VQSLOD=5.8666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:1389,0,1598
|
|
1 224944306 rs2802746 T C 2322.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8773;MQ=59.70;MQ0=0;QD=29.78;SB=-1264.549;SBQD=4.051;SBpi=-0.3397;SBpiQual=0.0558;VQSLOD=5.4693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2356,211,0
|
|
1 224945297 rs2574878 C T 3104.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.67;MQ0=0;QD=34.88;SB=-1564.026;SBQD=-0.630;SBpi=0.3710;SBpiQual=0.4444;VQSLOD=8.4206 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3137,250,0
|
|
1 224958498 rs2802552 G A 2762.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.88;SB=-1242.203;SBQD=0.396;SBpi=0.6268;SBpiQual=0.6296;VQSLOD=8.3322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2796,220,0
|
|
1 224967259 rs2802556 A C 2078.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.53;SB=-1105.692;SBQD=-3.825;SBpi=0.1270;SBpiQual=-0.1091;VQSLOD=7.5670 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2112,172,0
|
|
1 224970741 rs2802740 C A 2517.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.38;MQ0=0;QD=34.02;SB=-1409.843;SBQD=-0.308;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0126;VQSLOD=7.1746 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2551,205,0
|
|
1 225026240 rs3856143 A C 774.30 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.800;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=16.171;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-434.621;SBQD=-7.165;SBpi=-0.0870;SBpiQual=0.2106;VQSLOD=6.0411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:804,0,1124
|
|
1 225028836 . C T 1166.51 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.658;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.4017;MQ=50.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.855;QD=12.96;ReadPosRankSum=1.137;SB=-582.366;SBQD=-0.333;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.4851;VQSLOD=-0.9922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:1197,0,1298
|
|
1 225209023 rs2501116 G A 3334.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.05;SB=-1723.514;SBQD=1.443;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1287;VQSLOD=7.6488 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3334,256,0
|
|
1 225211031 rs2456340 T A 2958.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.56;MQ0=0;QD=35.21;SB=-1338.569;SBQD=3.322;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.8568;VQSLOD=6.7086 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2991,238,0
|
|
1 225224046 rs2128269 C A 2391.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.69;SB=-1137.459;SBQD=0.786;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.6895;VQSLOD=7.3080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2425,190,0
|
|
1 225248377 . T C 594.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.72;MQ0=0;QD=16.99;SB=-231.363;SBQD=0.210;SBpi=-1.2677;SBpiQual=-1.0400;VQSLOD=3.5968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63.05:627,63,0
|
|
1 225248669 . C T 419.68 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.40;MQ0=0;QD=15.54;SB=-100.297;SBQD=-6.229;SBpi=2.0207;SBpiQual=2.1776;VQSLOD=2.3316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:42.06:453,42,0
|
|
1 225250934 rs2449326 T C 2642.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2064;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.88;SB=-1458.504;SBQD=-0.425;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0444;VQSLOD=6.5143 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2676,214,0
|
|
1 225259266 rs3102112 G T 2963.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.14;SB=-1431.909;SBQD=-1.297;SBpi=-0.3313;SBpiQual=-0.4630;VQSLOD=7.4596 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2997,235,0
|
|
1 225262007 rs3102108 A G 1352.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.77;MQ0=0;QD=21.47;SB=-1016.922;SBQD=1.409;SBpi=-0.3150;SBpiQual=-0.2793;VQSLOD=3.6787 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1386,111,0
|
|
1 225262479 rs3105554 G A 1949.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.44;SB=-1058.070;SBQD=-0.531;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.3684;VQSLOD=7.0109 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1982,159,0
|
|
1 225268346 rs3128652 G A 2059.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=28.61;SB=-929.597;SBQD=1.376;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.4046;VQSLOD=5.7741 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2093,165,0
|
|
1 225309753 rs1934204 A G 1684.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=33.04;SB=-652.520;SBQD=0.252;SBpi=1.1902;SBpiQual=1.2315;VQSLOD=6.9790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1718,135,0
|
|
1 225340241 rs1842332 T C 1071.92 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.389;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.011;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-470.071;SBQD=-5.575;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5013;VQSLOD=6.1145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1102,0,1250
|
|
1 225360354 rs12073257 C T 566.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=14.038;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=42.05;MQ0=8;MQRankSum=-3.375;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-217.131;SBQD=7.935;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.3637;VQSLOD=0.7149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:80:99:597,0,1361
|
|
1 225390933 rs12733733 T A 922.69 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.264;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=2.239;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.720;SB=-350.103;SBQD=-5.464;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.4555;VQSLOD=4.6241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:79:99:953,0,1197
|
|
1 225393587 rs12097990 C T 1780.86 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.386;DB;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=15.49;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-904.422;SBQD=-0.986;SBpi=0.1336;SBpiQual=0.0328;VQSLOD=4.5288 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,56:115:99:1811,0,1871
|
|
1 225402927 . G A 1774.95 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.248;DP=123;Dels=0.00;FS=5.672;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=48.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-648.661;SBQD=-4.847;SBpi=-1.1619;SBpiQual=-1.2846;VQSLOD=2.6954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,60:123:99:1805,0,1969
|
|
1 225404949 . G C 600.54 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.449;DP=60;Dels=0.00;FS=2.300;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.046;SB=-255.231;SBQD=3.903;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3572;VQSLOD=4.3951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:631,0,1252
|
|
1 225409813 rs669326 T C 567.06 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.452;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.619;HRun=0;HaplotypeScore=1.9298;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.078;SB=-226.042;SBQD=-5.837;SBpi=-1.1339;SBpiQual=-1.1824;VQSLOD=3.7900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:597,0,1180
|
|
1 225427892 rs625391 G A 954.98 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.412;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=17.170;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-94.735;SBQD=-12.912;SBpi=-2.1213;SBpiQual=-2.2995;VQSLOD=2.7431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:985,0,1340
|
|
1 225431510 rs61849965 A T 1299.92 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.714;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.009;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.152;QD=18.31;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-579.022;SBQD=-1.685;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.7005;VQSLOD=5.4911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:1330,0,821
|
|
1 225447733 rs1228487 C T 864.63 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.646;DB;DP=75;Dels=0.01;FS=0.927;HRun=0;HaplotypeScore=3.4557;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=2.012;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.398;SB=-496.847;SBQD=-0.414;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.8515;VQSLOD=3.5667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:895,0,921
|
|
1 225454842 rs670360 G A 860.42 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.945;HRun=0;HaplotypeScore=2.8050;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.986;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.057;SB=-379.842;SBQD=-1.671;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.4933;VQSLOD=5.0761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:890,0,1225
|
|
1 225460626 rs656649 T A 410.10 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.589;HRun=7;HaplotypeScore=2.1550;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-230.593;SBQD=4.920;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.5195;VQSLOD=1.9370 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:440,0,1308
|
|
1 225462346 rs672951 A G 632.37 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.571;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.309;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-360.453;SBQD=-4.314;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.1110;VQSLOD=3.5520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,29:73:99:662,0,1464
|
|
1 225463772 rs581675 A G 1170.17 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.068;SB=-433.415;SBQD=1.458;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-0.9762;VQSLOD=5.5450 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1200,0,1264
|
|
1 225473568 rs6679204 G A 815.61 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.325;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=11.935;HRun=3;HaplotypeScore=1.9991;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-463.050;SBQD=9.819;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1882;VQSLOD=3.7751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:63:99:846,0,771
|
|
1 225510641 rs1532771 T C 980.01 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.355;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.052;SB=-557.354;SBQD=-5.457;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.0412;VQSLOD=5.6200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:1010,0,1382
|
|
1 225524060 rs11580348 A G 1061.38 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-593.515;SBQD=2.828;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1451;VQSLOD=6.5510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1091,0,1343
|
|
1 225545160 rs3856152 G C 2918.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.48;SB=-1290.632;SBQD=-0.329;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.7495;VQSLOD=8.3747 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2951,232,0
|
|
1 225557809 rs10753403 A T 1596.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=30.71;SB=-771.876;SBQD=-2.431;SBpi=-0.5547;SBpiQual=-0.7137;VQSLOD=6.9663 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1630,132,0
|
|
1 225558489 rs12729445 C T 2910.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=35.49;SB=-1529.703;SBQD=0.145;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.2173;VQSLOD=8.7064 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2943,226,0
|
|
1 225575588 rs6661263 C G 2138.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=35.05;SB=-1114.696;SBQD=-2.185;SBpi=0.1921;SBpiQual=0.0644;VQSLOD=9.0198 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2171,172,0
|
|
1 225607144 rs2230419 C T 3426.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.85;SB=-1753.222;SBQD=0.289;SBpi=-0.1555;SBpiQual=-0.1526;VQSLOD=8.9268 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3427,265,0
|
|
1 225665694 rs6676201 T A 2086.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78;SB=-937.931;SBQD=-0.319;SBpi=-0.7746;SBpiQual=-0.8403;VQSLOD=7.3843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2120,163,0
|
|
1 225689665 rs1891000 C T 2572.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1369.130;SBQD=0.566;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2707;VQSLOD=9.0503 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2605,202,0
|
|
1 225703485 rs10799319 A G 1922.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.51;SB=-969.340;SBQD=-6.185;SBpi=0.6929;SBpiQual=0.2215;VQSLOD=6.5608 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1955,171,0
|
|
1 225705445 . G A 1265.11 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.612;DP=74;Dels=0.00;FS=7.993;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.240;QD=17.10;ReadPosRankSum=1.392;SB=-645.916;SBQD=-7.184;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.1242;VQSLOD=2.3945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1295,0,905
|
|
1 225715168 rs56153247 A G 852.77 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.269;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=10.03;ReadPosRankSum=-1.977;SB=-470.364;SBQD=-2.942;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.6093;VQSLOD=4.4106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:883,0,1274
|
|
1 225725906 . G A 1003.25 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DP=57;Dels=0.00;FS=7.487;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=17.60;ReadPosRankSum=2.678;SB=-384.263;SBQD=-8.135;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7227;VQSLOD=3.0864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:1033,0,794
|
|
1 225775861 rs571714 T C 2704.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1225.775;SBQD=-0.521;SBpi=-0.6882;SBpiQual=-0.7658;VQSLOD=8.4876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2737,214,0
|
|
1 225901006 rs10915864 A G 1319.37 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=12.080;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=2.193;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.711;SB=-452.201;SBQD=6.430;SBpi=1.1795;SBpiQual=1.2065;VQSLOD=4.9637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,46:95:99:1349,0,1475
|
|
1 225939739 rs12141779 T A 733.42 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.586;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=9.358;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-379.595;SBQD=8.303;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2108;VQSLOD=5.4019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:763,0,999
|
|
1 225969031 rs17571004 T C 754.41 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.928;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.947;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-361.698;SBQD=3.015;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.2119;VQSLOD=5.8402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:784,0,1173
|
|
1 225972572 rs11583078 T G 1131.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.899;HRun=0;HaplotypeScore=1.9966;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.785;SB=-474.975;SBQD=-3.004;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.7994;VQSLOD=5.2633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1162,0,1155
|
|
1 225999979 rs6426089 A G 1685.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.93;MQ0=0;QD=27.64;SB=-1039.193;SBQD=3.164;SBpi=0.0640;SBpiQual=0.2263;VQSLOD=6.3425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1719,138,0
|
|
1 226013641 rs11578474 T A 838.35 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.903;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.047;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.427;SB=-482.203;SBQD=2.300;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2229;VQSLOD=5.7637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:868,0,1229
|
|
1 226021714 rs13374764 G C 118.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=48.98;MQ0=0;QD=2.95;SB=-482.485;SBQD=1.980;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-1.0537;VQSLOD=1.4446 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:17.97:151,18,0
|
|
1 226050832 rs360082 T C 2043.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.54;MQ0=0;QD=31.93;SB=-1047.621;SBQD=-0.772;SBpi=-0.3750;SBpiQual=-0.4896;VQSLOD=7.4845 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2077,171,0
|
|
1 226061658 rs3820236 G A 744.91 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-355.084;SBQD=-0.970;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.7153;VQSLOD=5.7261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:775,0,672
|
|
1 226076919 rs360058 G T 457.79 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.527;SB=-270.712;SBQD=1.511;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1032;VQSLOD=5.0678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:488,0,376
|
|
1 226093362 rs1223246 T C 921.52 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=11.864;HRun=2;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=15.36;ReadPosRankSum=-1.753;SB=-329.642;SBQD=9.759;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7710;VQSLOD=4.5117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:60:99:952,0,844
|
|
1 226095605 rs360069 A T 1079.24 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.945;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=8.288;HRun=0;HaplotypeScore=2.9008;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=14.39;ReadPosRankSum=1.231;SB=-562.988;SBQD=-6.407;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3467;VQSLOD=4.3780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1109,0,1026
|
|
1 226099788 rs360068 T G 1475.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.9159;MQ=55.35;MQ0=0;QD=28.94;SB=-668.894;SBQD=4.782;SBpi=0.6301;SBpiQual=0.8927;VQSLOD=4.1667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1509,126,0
|
|
1 226169966 rs2816326 G A 1631.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=31.38;SB=-816.234;SBQD=1.612;SBpi=0.5547;SBpiQual=0.6751;VQSLOD=7.2136 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1665,135,0
|
|
1 226229189 rs10915921 T C 2570.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.69;SB=-1007.054;SBQD=0.061;SBpi=1.1785;SBpiQual=1.2365;VQSLOD=7.9684 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2603,205,0
|
|
1 226233834 rs10799333 C A 2690.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.92;MQ0=0;QD=34.50;SB=-1356.870;SBQD=0.029;SBpi=-0.4529;SBpiQual=-0.4851;VQSLOD=6.6818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2724,211,0
|
|
1 226237549 rs4653707 C T 3102.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.50;SB=-1612.415;SBQD=-0.519;SBpi=-0.0542;SBpiQual=-0.0999;VQSLOD=7.8320 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3136,244,0
|
|
1 226253316 rs1849032 G T 2523.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.11;SB=-1312.975;SBQD=-0.027;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.2755;VQSLOD=7.9905 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2557,196,0
|
|
1 226254036 rs1533114 T C 1840.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.62;MQ0=0;QD=30.17;SB=-1000.523;SBQD=5.438;SBpi=-0.1921;SBpiQual=0.1705;VQSLOD=7.3372 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1873,162,0
|
|
1 226261317 rs10733018 G A 2648.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.79;SB=-1024.551;SBQD=-0.143;SBpi=-1.2787;SBpiQual=-1.3715;VQSLOD=7.4212 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2682,208,0
|
|
1 226268204 rs7553574 C T 1079.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.43;MQ0=2;QD=20.77;SB=-516.518;SBQD=-1.227;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.6611;VQSLOD=3.8199 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:93.25:1113,93,0
|
|
1 226305741 rs10915942 A G 1957.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09;SB=-959.106;SBQD=1.509;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.3413;VQSLOD=6.8774 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1991,162,0
|
|
1 226327483 rs4638085 T C 2355.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7256;MQ=58.66;MQ0=0;QD=29.81;SB=-1065.523;SBQD=7.250;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.7981;VQSLOD=6.1159 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2388,214,0
|
|
1 226357286 rs9426089 G T 203.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=41.70;MQ0=1;QD=5.22;SB=-105.304;SBQD=-12.886;SBpi=-2.5000;SBpiQual=-2.5950;VQSLOD=0.1354 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:24.01:236,24,0
|
|
1 226358195 rs4653720 C T 1849.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.41;MQ0=0;QD=32.45;SB=-897.576;SBQD=1.594;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.7626;VQSLOD=7.8575 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1883,150,0
|
|
1 226359263 . A G 2336.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.62;MQ0=0;QD=34.88;SB=-905.757;SBQD=-0.607;SBpi=1.1606;SBpiQual=1.1855;VQSLOD=6.2258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2370,193,0
|
|
1 226362760 rs2889536 T C 1080.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.06;MQ0=0;QD=28.44;SB=-651.087;SBQD=2.285;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.2219;VQSLOD=6.2516 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87.28:1114,87,0
|
|
1 226383764 rs9660542 G T 1004.07 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.399;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.337;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.041;SB=-482.775;SBQD=4.513;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.0491;VQSLOD=5.2573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:1034,0,1025
|
|
1 226396491 rs3845506 T A 957.16 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.430;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.825;HRun=0;HaplotypeScore=1.7791;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-378.413;SBQD=-6.331;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.8715;VQSLOD=5.3294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:61:99:987,0,652
|
|
1 226397002 rs41357249 T C 447.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.381;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.536;HRun=0;HaplotypeScore=3.4125;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-262.623;SBQD=-2.742;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.0971;VQSLOD=4.2658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:478,0,511
|
|
1 226426337 rs1870927 T A 1502.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.03;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=2.8995;MQ=58.76;MQ0=0;QD=20.58;SB=-943.154;SBQD=1.481;SBpi=-1.2461;SBpiQual=-1.1084;VQSLOD=-0.2219 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1535,126,0
|
|
1 226437977 rs57707220 C A 876.37 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.227;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=13.314;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.819;SB=-306.077;SBQD=-8.585;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.9288;VQSLOD=4.3654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:906,0,942
|
|
1 226528322 rs4653727 C T 1159.37 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.481;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.473;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-522.003;SBQD=4.404;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6051;VQSLOD=4.5709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1189,0,1069
|
|
1 226532848 rs6426538 T C 813.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.278;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.424;HRun=1;HaplotypeScore=2.3985;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.330;SB=-172.201;SBQD=8.621;SBpi=1.5266;SBpiQual=1.8316;VQSLOD=2.8218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:844,0,1022
|
|
1 226537244 . C T 149.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=4.8893;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=2.77;ReadPosRankSum=-4.059;SB=-379.584;SBQD=-1.026;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2509;VQSLOD=-9.5398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:180,0,664
|
|
1 226573364 rs1805414 A G 1538.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=28.49;SB=-716.299;SBQD=-9.393;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.8251;VQSLOD=6.1107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1571,135,0
|
|
1 226604519 rs2695238 G C 2754.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.32;SB=-1194.209;SBQD=-1.469;SBpi=0.9058;SBpiQual=0.8107;VQSLOD=8.0228 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2788,226,0
|
|
1 226702300 rs506128 G A 861.90 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.079;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7900;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.646;SB=-546.925;SBQD=0.352;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1324;VQSLOD=5.5939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:892,0,929
|
|
1 226712102 . C A 688.20 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.714;DP=61;Dels=0.00;FS=12.228;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=11.28;ReadPosRankSum=1.260;SB=-161.360;SBQD=10.982;SBpi=1.1000;SBpiQual=1.3449;VQSLOD=3.8581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:718,0,786
|
|
1 226747329 rs6679966 G A 2253.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.44;MQ0=0;QD=29.65;SB=-1334.207;SBQD=-1.453;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.2650;VQSLOD=6.3869 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2287,181,0
|
|
1 226760438 rs654318 C G 1445.85 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.73;MQ0=0;QD=21.26;SB=-753.805;SBQD=2.521;SBpi=-1.6977;SBpiQual=-1.5539;VQSLOD=2.1557 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1479,120,0
|
|
1 226774630 rs12071226 G A 914.46 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.615;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.941;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.885;SB=-325.551;SBQD=-10.551;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.2320;VQSLOD=5.2293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:944,0,421
|
|
1 226778158 rs6692596 C T 345.22 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.120;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=5.587;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.842;SB=-117.068;SBQD=3.572;SBpi=0.0000;SBpiQual=1.0259;VQSLOD=4.6183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:375,0,800
|
|
1 226780046 rs581400 A G 1406.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=22.32;SB=-844.473;SBQD=-7.112;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-1.0836;VQSLOD=3.6463 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1439,126,0
|
|
1 226794408 . A G 56.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.313;DP=38;Dels=0.00;FS=36.518;HRun=2;HaplotypeScore=2.8208;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.874;QD=1.50;ReadPosRankSum=-2.948;SB=57.157;SBQD=8.289;SBpi=2.0000;SBpiQual=1.4142;VQSLOD=-5.9802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:86.98:87,0,511
|
|
1 226795975 rs697839 T C 504.44 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.059;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=6.590;HRun=0;HaplotypeScore=3.3807;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.554;SB=-299.878;SBQD=-4.841;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1703;VQSLOD=4.4509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:45:99:534,0,706
|
|
1 226836190 rs4653762 C A 881.86 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.571;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.112;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.649;SB=-350.082;SBQD=3.779;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.6359;VQSLOD=6.3220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:912,0,918
|
|
1 226845506 rs12077348 A G 1330.40 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.860;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.799;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.322;SB=-700.081;SBQD=-4.308;SBpi=0.2100;SBpiQual=-0.1473;VQSLOD=5.7534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:1360,0,1305
|
|
1 226892950 rs12406696 G C 751.37 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.117;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.469;HRun=0;HaplotypeScore=5.7889;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=11.74;ReadPosRankSum=1.177;SB=-311.895;SBQD=3.149;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5704;VQSLOD=2.8082 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:64:99:781,0,1124
|
|
1 226915325 rs835664 A G 618.68 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.028;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.983;HRun=3;HaplotypeScore=1.9085;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.279;SB=-299.788;SBQD=-2.610;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.3677;VQSLOD=2.8453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:649,0,1111
|
|
1 226920773 rs3754411 G A 1279.20 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.044;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.209;HRun=2;HaplotypeScore=1.7313;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=18.02;ReadPosRankSum=1.321;SB=-602.499;SBQD=3.205;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.3858;VQSLOD=5.1590 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1309,0,888
|
|
1 226976569 rs10916039 A C 661.07 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.224;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=11.40;ReadPosRankSum=-1.185;SB=-311.558;SBQD=2.599;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.6315;VQSLOD=4.7959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:691,0,993
|
|
1 226983330 rs61835654 T C 654.83 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.177;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.364;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-324.990;SBQD=2.637;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2654;VQSLOD=3.6897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:685,0,482
|
|
1 226986857 rs61835658 C T 543.48 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.406;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.707;HRun=1;HaplotypeScore=1.6643;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.081;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.353;SB=-150.178;SBQD=-7.713;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-1.2909;VQSLOD=4.2025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:573,0,777
|
|
1 227016506 rs12122427 T A 242.40 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.441;SB=-253.821;SBQD=-0.371;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.7278;VQSLOD=2.4896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:272,0,1107
|
|
1 227061655 rs1295621 T A 1117.55 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.446;HRun=0;HaplotypeScore=2.4413;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=14.33;ReadPosRankSum=1.517;SB=-607.993;SBQD=-5.481;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.3754;VQSLOD=4.8254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:1148,0,1098
|
|
1 227069677 rs11405 T C 605.01 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.954;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.549;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.297;SB=-287.226;SBQD=10.872;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.6271;VQSLOD=4.8122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:635,0,599
|
|
1 227084660 rs2802268 T G 1086.03 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.413;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.032;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.185;QD=15.74;ReadPosRankSum=-1.558;SB=-527.351;SBQD=2.595;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4399;VQSLOD=5.7616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1116,0,984
|
|
1 227086937 rs2855564 T C 1245.47 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.511;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=2.684;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-656.181;SBQD=2.489;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.0918;VQSLOD=5.8575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:1275,0,1566
|
|
1 227093557 rs4653776 T C 974.85 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.863;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.093;HRun=3;HaplotypeScore=2.7052;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.732;SB=-533.780;SBQD=-0.710;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.1517;VQSLOD=3.3871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1005,0,1099
|
|
1 227107012 rs6659010 G T 1698.90 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.823;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.798;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=19.31;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-662.010;SBQD=-3.054;SBpi=-0.8321;SBpiQual=-0.9559;VQSLOD=5.4042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,52:88:99:1729,0,1084
|
|
1 227108199 rs55828534 C T 1427.99 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.035;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=16.60;ReadPosRankSum=0.947;SB=-681.869;SBQD=1.068;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.5075;VQSLOD=5.7372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:1458,0,877
|
|
1 227115024 rs7540044 G T 1094.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.86;MQ0=13;QD=14.79;SB=-348.271;SBQD=-7.188;SBpi=-0.6975;SBpiQual=-0.8748;VQSLOD=4.5212 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1128,111,0
|
|
1 227118184 rs2051517 C G 828.49 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.224;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=14.532;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=53.99;MQ0=0;MQRankSum=1.782;QD=13.58;ReadPosRankSum=-1.464;SB=-221.897;SBQD=10.553;SBpi=1.0954;SBpiQual=1.2016;VQSLOD=3.9489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:858,0,810
|
|
1 227139178 rs2482451 C A 214.97 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.516;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=3.448;HRun=1;HaplotypeScore=1.6828;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.873;SB=-68.886;SBQD=7.830;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.8083;VQSLOD=3.0595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:245,0,593
|
|
1 227143497 . C T 73.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.008;DP=73;Dels=0.00;FS=14.152;HRun=0;HaplotypeScore=3.5725;MQ=19.99;MQ0=20;MQRankSum=1.106;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.332;SB=-14.936;SBQD=-4.214;SBpi=-1.0690;SBpiQual=-1.2704;VQSLOD=-1.7581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,14:73:99:103,0,496
|
|
1 227148159 . A G 217.63 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DP=69;Dels=0.00;FS=1.267;HRun=1;HaplotypeScore=46.0247;MQ=41.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-142.675;SBQD=0.804;SBpi=-1.5910;SBpiQual=-1.7465;VQSLOD=-56.1836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:248,0,591
|
|
1 227164716 rs3806262 G T 2183.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=34.12;SB=-829.074;SBQD=0.554;SBpi=1.2500;SBpiQual=1.3382;VQSLOD=8.2943 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2216,178,0
|
|
1 227177193 rs3768421 G A 1176.29 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.833;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.100;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=16.11;ReadPosRankSum=-1.775;SB=-596.695;SBQD=3.218;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1341;VQSLOD=5.4548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1206,0,941
|
|
1 227180858 rs1801783 T C 828.22 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.671;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7287;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-457.005;SBQD=2.006;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.2974;VQSLOD=5.4928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:858,0,941
|
|
1 227185047 . C T 1159.73 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.100;DP=77;Dels=0.00;FS=1.889;HRun=4;HaplotypeScore=1.9772;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=15.06;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-595.463;SBQD=-1.788;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.5198;VQSLOD=2.8744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1190,0,1103
|
|
1 227187896 rs11587443 T C 809.74 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.285;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=62.50;MQ0=0;MQRankSum=2.817;QD=15.88;ReadPosRankSum=-1.592;SB=-36.311;SBQD=5.667;SBpi=2.3534;SBpiQual=2.5228;VQSLOD=1.5607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:840,0,844
|
|
1 227196949 rs12409755 A T 1357.72 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.729;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=15.26;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-650.606;SBQD=1.343;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.6585;VQSLOD=4.6339 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1388,0,1227
|
|
1 227197685 rs6693535 G A 1382.31 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.635;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=16.07;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-652.194;SBQD=-0.440;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.3742;VQSLOD=4.8371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1412,0,1352
|
|
1 227205331 rs3795453 T C 1015.72 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.512;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.809;HRun=0;HaplotypeScore=3.8473;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.211;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.375;SB=-557.784;SBQD=-1.000;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0051;VQSLOD=4.5307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:87:99:1046,0,1531
|
|
1 227209552 rs6674912 C T 685.15 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.020;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=13.229;HRun=1;HaplotypeScore=1.8997;MQ=58.49;MQ0=1;MQRankSum=-0.592;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.573;SB=-161.059;SBQD=-13.175;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.3876;VQSLOD=3.9749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:715,0,782
|
|
1 227225817 . G A 916.36 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4385;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.477;SB=-375.965;SBQD=-1.444;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7760;VQSLOD=2.7127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:946,0,1539
|
|
1 227266677 rs6682849 C T 1259.89 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.998;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.177;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-607.992;SBQD=4.338;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2301;VQSLOD=4.9901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:1290,0,1310
|
|
1 227308845 rs688718 A C 1285.05 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.030;HRun=1;HaplotypeScore=2.6794;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=16.48;ReadPosRankSum=1.519;SB=-714.093;SBQD=2.189;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.0535;VQSLOD=3.9888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:1315,0,915
|
|
1 227308963 rs1464079 C A 1069.97 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.457;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.404;SB=-607.989;SBQD=0.831;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3452;VQSLOD=5.2861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1100,0,1076
|
|
1 227312573 rs6684284 C T 908.96 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.030;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=9.99;ReadPosRankSum=-1.284;SB=-514.122;SBQD=-0.187;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4651;VQSLOD=3.8980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:939,0,1748
|
|
1 227325693 rs61836477 C T 1625.95 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=3.873;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=17.12;ReadPosRankSum=1.589;SB=-792.311;SBQD=3.929;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.1642;VQSLOD=5.0566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,52:95:99:1656,0,1333
|
|
1 227336876 rs12141869 T G 869.33 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.313;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=8.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.650;SB=-368.186;SBQD=-8.115;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.9533;VQSLOD=5.1760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,40:92:99:899,0,1540
|
|
1 227342582 rs1996133 C T 3198.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1707.507;SBQD=-0.115;SBpi=0.1054;SBpiQual=0.0939;VQSLOD=8.3756 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3231,250,0
|
|
1 227350121 rs2313498 C T 1852.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=33.07;SB=-880.061;SBQD=-0.988;SBpi=-0.6682;SBpiQual=-0.7554;VQSLOD=8.0459 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1885,147,0
|
|
1 227355731 rs2313598 T G 1305.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.94;MQ0=0;QD=33.47;SB=-527.425;SBQD=1.467;SBpi=0.8807;SBpiQual=0.9626;VQSLOD=6.5294 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1338,105,0
|
|
1 227373508 rs7545239 A G 1653.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=28.02;SB=-806.653;SBQD=-6.341;SBpi=-0.5859;SBpiQual=-1.0304;VQSLOD=5.4999 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1686,144,0
|
|
1 227374760 rs12035998 G A 1804.17 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.970;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=18.99;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-951.343;SBQD=1.197;SBpi=-0.0662;SBpiQual=-0.0204;VQSLOD=5.5537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,57:95:99:1834,0,1151
|
|
1 227376039 rs55706120 A G 849.48 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.542;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.122;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.27;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-322.461;SBQD=-3.363;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-0.9460;VQSLOD=5.0917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:879,0,1498
|
|
1 227377699 rs7543579 A T 919.73 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.269;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.842;SB=-374.525;SBQD=-4.577;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.6447;VQSLOD=5.3459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:950,0,1348
|
|
1 227381373 rs3768436 G T 2629.07 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=30.22;SB=-1499.587;SBQD=-4.029;SBpi=0.5897;SBpiQual=0.2837;VQSLOD=2.3329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2662,220,0
|
|
1 227387361 rs3768434 A G 1801.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.37;SB=-616.916;SBQD=-7.855;SBpi=-0.9526;SBpiQual=-1.4293;VQSLOD=8.2575 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1835,156,0
|
|
1 227395499 . C T 134.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=13.03;MQ0=21;QD=4.34;SB=-0.007;SBQD=-13.978;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.0533;VQSLOD=1.0192 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,21:31:15.04:167,15,0
|
|
1 227404672 rs2718193 C G 1030.34 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.967;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.630;SB=-503.209;SBQD=-0.921;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4433;VQSLOD=5.9867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:1060,0,1414
|
|
1 227411863 rs7540618 A G 2185.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.11;SB=-1080.800;SBQD=-3.703;SBpi=0.1231;SBpiQual=-0.2664;VQSLOD=7.7917 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2218,193,0
|
|
1 227434376 rs2813977 A G 2555.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=33.19;SB=-1348.713;SBQD=0.736;SBpi=-0.3989;SBpiQual=-0.3699;VQSLOD=8.3611 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2589,205,0
|
|
1 227454328 rs2670471 T C 1026.66 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=14.295;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.035;SB=-358.715;SBQD=9.584;SBpi=0.9297;SBpiQual=0.9640;VQSLOD=5.0453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1057,0,1276
|
|
1 227454766 rs61834624 T C 1440.52 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.155;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.801;HRun=0;HaplotypeScore=5.8344;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=17.36;ReadPosRankSum=-1.910;SB=-692.597;SBQD=-3.010;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.2439;VQSLOD=2.7879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1471,0,1121
|
|
1 227456334 rs9700661 G A 1777.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.04;MQ0=0;QD=30.13;SB=-982.213;SBQD=-0.961;SBpi=-0.1953;SBpiQual=-0.1952;VQSLOD=6.8260 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1811,150,0
|
|
1 227478028 rs4339829 C T 1126.32 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=8.922;HRun=1;HaplotypeScore=1.8561;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=17.33;ReadPosRankSum=-2.180;SB=-507.353;SBQD=-8.560;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.5541;VQSLOD=4.1470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:65:99:1156,0,748
|
|
1 227481246 rs10916117 C T 617.42 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.984;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.069;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=60.14;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.228;SB=-390.129;SBQD=-5.412;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.8150;VQSLOD=4.6045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:647,0,432
|
|
1 227482935 rs7516326 T C 1118.73 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-495.952;SBQD=1.979;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5951;VQSLOD=5.5067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1149,0,1377
|
|
1 227544707 rs12028523 C G 580.13 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.093;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-359.996;SBQD=2.993;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3388;VQSLOD=4.9318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:610,0,1122
|
|
1 227560019 rs7555764 A G 336.28 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=5.092;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.793;SB=-99.003;SBQD=8.130;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.9111;VQSLOD=3.7811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:366,0,614
|
|
1 227572556 rs12035321 A G 906.29 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.122;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.445;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.944;SB=-477.433;SBQD=5.488;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2459;VQSLOD=5.6111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:936,0,1291
|
|
1 227582784 rs12022338 C T 845.68 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.187;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=10.70;ReadPosRankSum=2.005;SB=-424.102;SBQD=-0.351;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2147;VQSLOD=3.9705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:876,0,1582
|
|
1 227590005 rs3000813 G A 1286.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.71;MQ0=0;QD=27.37;SB=-808.386;SBQD=-0.073;SBpi=-0.3647;SBpiQual=-0.3977;VQSLOD=5.9362 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1319,102,0
|
|
1 227593984 rs28820886 C A 215.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.15;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.186;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=11.406;HRun=2;HaplotypeScore=5.9776;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=2.390;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.885;SB=-651.909;SBQD=11.014;SBpi=0.5547;SBpiQual=0.8544;VQSLOD=0.2337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,52:61:99:245,0,101
|
|
1 227595607 rs3000775 C T 2609.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.62;MQ0=0;QD=33.88;SB=-1302.592;SBQD=-0.119;SBpi=0.5128;SBpiQual=0.5074;VQSLOD=7.2942 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2642,205,0
|
|
1 227627663 rs2493824 C G 851.11 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.233;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-410.372;SBQD=-1.577;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.3600;VQSLOD=5.4131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:881,0,1038
|
|
1 227652167 rs963297 T C 1423.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63;SB=-580.490;SBQD=4.030;SBpi=-0.9690;SBpiQual=-0.6514;VQSLOD=7.1750 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1456,132,0
|
|
1 227658444 rs2814090 C G 2844.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.69;SB=-1391.731;SBQD=-0.782;SBpi=-0.4417;SBpiQual=-0.5215;VQSLOD=8.2188 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2877,229,0
|
|
1 227674635 rs2814082 A C 2348.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91;SB=-1196.100;SBQD=-2.768;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.8156;VQSLOD=6.0631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2382,190,0
|
|
1 227675791 rs2265965 A G 894 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.750;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.919;HRun=0;HaplotypeScore=1.9106;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.543;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.085;SB=-486.775;SBQD=-3.272;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.2185;VQSLOD=5.1161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:924,0,987
|
|
1 227681379 . C T 83.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=10.11;MQ0=55;MQRankSum=-0.555;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-0.007;SBQD=2.864;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0687;VQSLOD=-1.7129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:113,0,116
|
|
1 227696840 rs11580570 A C 1309.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=58.58;MQ0=1;QD=25.68;SB=-560.224;SBQD=-3.130;SBpi=-0.7702;SBpiQual=-0.7561;VQSLOD=4.5448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1343,129,0
|
|
1 227723292 rs1817929 T G 2678.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.79;SB=-1129.802;SBQD=-0.523;SBpi=-0.9687;SBpiQual=-0.9907;VQSLOD=7.4262 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2712,214,0
|
|
1 227726047 rs1495845 T C 2266.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.74;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1241.926;SBQD=0.161;SBpi=-0.2967;SBpiQual=-0.2927;VQSLOD=7.7544 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2299,184,0
|
|
1 227738930 rs1845758 A G 2778.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.27;MQ0=0;QD=31.58;SB=-1325.241;SBQD=-5.111;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.4408;VQSLOD=6.8167 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2812,250,0
|
|
1 227760004 . G A 318.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.976;DP=86;Dels=0.00;FS=24.371;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=-7.339;QD=3.70;ReadPosRankSum=-2.534;SB=-171.257;SBQD=-1.153;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.1434;VQSLOD=-9.0053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,26:86:99:348,0,1949
|
|
1 227766845 rs903697 A G 1714.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9722;MQ=59.61;MQ0=0;QD=29.05;SB=-914.232;SBQD=-2.554;SBpi=-0.4557;SBpiQual=-0.6304;VQSLOD=4.4479 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1747,150,0
|
|
1 227769108 rs10159323 G A 1994.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.63;SB=-732.550;SBQD=1.752;SBpi=1.0302;SBpiQual=1.2026;VQSLOD=7.7538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2027,156,0
|
|
1 227933785 rs2402083 G A 1199.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.00;SB=-674.855;SBQD=-0.002;SBpi=-0.7217;SBpiQual=-0.7256;VQSLOD=4.6276 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1233,99,0
|
|
1 228002240 . T C 1155.63 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4450;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.240;SB=-520.560;SBQD=0.592;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.6883;VQSLOD=3.7654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1186,0,1082
|
|
1 228084158 rs883583 A G 358.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.273;HRun=4;HaplotypeScore=5.6876;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=8.35;ReadPosRankSum=-2.000;SB=-255.228;SBQD=1.117;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.4834;VQSLOD=-0.1480 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:389,0,465
|
|
1 228090188 rs10916242 T C 972.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=22.11;SB=-695.138;SBQD=7.631;SBpi=-0.3015;SBpiQual=0.1436;VQSLOD=2.7610 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:87.23:1006,87,0
|
|
1 228107139 rs4233231 A G 875.76 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.448;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-481.172;SBQD=-1.005;SBpi=0.1667;SBpiQual=-0.2228;VQSLOD=4.8604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:906,0,1057
|
|
1 228110734 rs12046421 G A 1756.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.44;SB=-695.602;SBQD=0.382;SBpi=-1.0502;SBpiQual=-1.0979;VQSLOD=8.5882 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1789,138,0
|
|
1 228114402 . C T 360.41 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.819;DP=34;Dels=0.00;FS=1.356;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.027;SB=-205.684;SBQD=6.056;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.4995;VQSLOD=5.5799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:390,0,375
|
|
1 228116281 rs605410 A G 665.32 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.084;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.955;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-286.117;SBQD=2.846;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.8842;VQSLOD=3.4170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:695,0,1224
|
|
1 228118934 rs2796055 A T 392.58 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=11.692;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.840;SB=-273.693;SBQD=-9.661;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0103;VQSLOD=5.4314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:44:99:423,0,709
|
|
1 228130579 rs638877 T C 231 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.387;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.168;SB=-136.132;SBQD=2.849;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1510;VQSLOD=3.7111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:261,0,540
|
|
1 228139489 rs681824 A G 449.62 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.257;HRun=1;HaplotypeScore=1.8625;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-293.407;SBQD=-6.452;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.4244;VQSLOD=3.6840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:480,0,506
|
|
1 228160173 rs11584326 G A 79.79 PASS AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.706;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.26;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-47.836;SBQD=-0.276;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1691;VQSLOD=2.4202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:99:110,0,345
|
|
1 228193857 rs964941 G A 458.85 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.326;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.940;HRun=0;HaplotypeScore=2.5284;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.078;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.160;SB=-205.106;SBQD=-5.636;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.6095;VQSLOD=3.1007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:54:99:489,0,926
|
|
1 228210179 rs3094911 A G 1029.60 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.122;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.334;HRun=1;HaplotypeScore=2.4476;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.392;SB=-528.144;SBQD=4.160;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0027;VQSLOD=3.8335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1060,0,1051
|
|
1 228229742 rs12033088 T C 491.74 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4495;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.095;SB=-287.508;SBQD=1.671;SBpi=-0.1961;SBpiQual=0.1900;VQSLOD=4.6653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:522,0,831
|
|
1 228251266 rs1745422 G A 243.05 PASS AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.993;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.738;SB=-123.784;SBQD=1.880;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.4342;VQSLOD=3.0938 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,12:42:99:273,0,636
|
|
1 228277048 rs10916265 G A 520.59 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=4.250;HRun=0;HaplotypeScore=1.6630;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.749;SB=-290.561;SBQD=-2.865;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.3509;VQSLOD=4.6622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:551,0,639
|
|
1 228282877 rs822725 A C 2856.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.83;SB=-1447.492;SBQD=-0.174;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.3197;VQSLOD=8.8580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2889,229,0
|
|
1 228313024 rs7537636 G A 1007.11 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.438;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=15.094;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-443.766;SBQD=-10.829;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.4227;VQSLOD=5.2725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:1037,0,1247
|
|
1 228320645 rs1856871 T C 2297.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.34;MQ0=0;QD=32.82;SB=-1191.389;SBQD=-2.012;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.4026;VQSLOD=7.3668 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2331,190,0
|
|
1 228326374 rs4653907 C T 667.25 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.630;QD=13.62;ReadPosRankSum=-1.950;SB=-319.306;SBQD=-1.310;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4218;VQSLOD=3.0471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:697,0,709
|
|
1 228359541 rs1934881 G A 1275.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.97;MQ0=0;QD=27.72;SB=-501.043;SBQD=2.903;SBpi=1.3270;SBpiQual=1.5247;VQSLOD=5.0061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1308,105,0
|
|
1 228383202 rs12142165 T C 718.11 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.528;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.571;SB=-448.087;SBQD=-4.224;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1108;VQSLOD=5.4909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:748,0,1052
|
|
1 228389156 rs17623766 C G 888.15 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.914;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.429;HRun=1;HaplotypeScore=2.3617;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-472.443;SBQD=2.206;SBpi=0.0845;SBpiQual=-0.2044;VQSLOD=4.7551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:918,0,815
|
|
1 228398996 rs12745416 C G 118.89 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9066;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.731;SB=-104.625;SBQD=2.480;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1175;VQSLOD=1.5166 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:99:149,0,465
|
|
1 228399766 rs55971985 T C 46.58 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.361;SB=-0.007;SBQD=-11.370;SBpi=-1.1180;SBpiQual=-1.0685;VQSLOD=3.2665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:76.57:77,0,101
|
|
1 228407260 rs1771484 G A 694.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.960;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.425;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.776;SB=-331.527;SBQD=5.161;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.3740;VQSLOD=5.1946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:725,0,700
|
|
1 228410441 rs1757156 T C 684.78 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.197;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.682;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-400.867;SBQD=-1.829;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.1253;VQSLOD=4.9343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:715,0,659
|
|
1 228430205 rs1757131 G A 2941.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=36.77;SB=-1225.856;SBQD=-1.203;SBpi=-0.7826;SBpiQual=-0.9067;VQSLOD=8.4038 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2974,238,0
|
|
1 228441373 rs12741048 T C 553.64 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.677;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=14.361;HRun=0;HaplotypeScore=2.8244;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=9.08;ReadPosRankSum=-2.621;SB=-174.728;SBQD=11.000;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.7060;VQSLOD=2.6497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:584,0,1115
|
|
1 228458973 rs533738 T G 1484.20 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.920;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=19.03;ReadPosRankSum=0.204;SB=-592.742;SBQD=2.092;SBpi=0.8023;SBpiQual=0.8150;VQSLOD=5.8863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:1514,0,900
|
|
1 228464842 rs936885 C G 346.59 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.501;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7074;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=12.38;ReadPosRankSum=2.119;SB=-190.597;SBQD=-0.675;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.1628;VQSLOD=3.9671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:377,0,350
|
|
1 228482010 rs449133 C T 742.34 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.707;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=8.059;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.788;SB=-309.892;SBQD=7.422;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4245;VQSLOD=5.8372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:772,0,435
|
|
1 228517406 rs287609 A G 1041.83 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=14.88;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-481.139;SBQD=2.727;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.3869;VQSLOD=5.4857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1072,0,1079
|
|
1 228545686 rs4653945 C G 780.48 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.558;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=13.46;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-457.949;SBQD=-4.403;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1581;VQSLOD=4.7831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:810,0,794
|
|
1 228603029 rs10799476 C A 540.94 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.016;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=9.17;ReadPosRankSum=2.416;SB=-323.862;SBQD=0.133;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.4085;VQSLOD=5.1618 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:571,0,907
|
|
1 228613052 rs1188474 T C 1133.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=25.19;SB=-606.026;SBQD=6.118;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.7448;VQSLOD=4.9329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1166,99,0
|
|
1 228628138 rs4653552 A G 1486.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.39;SB=-726.346;SBQD=2.085;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.2516;VQSLOD=7.8444 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1519,123,0
|
|
1 228632615 rs12140607 C T 1037.74 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.053;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.069;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=2.178;SB=-434.503;SBQD=3.966;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6897;VQSLOD=5.3654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:1068,0,1212
|
|
1 228660479 rs10753447 C A 1558.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9462;MQ=59.01;MQ0=0;QD=33.16;SB=-855.291;SBQD=1.505;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.1334;VQSLOD=4.2238 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1592,126,0
|
|
1 228666043 rs4436391 C T 1829.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.33;SB=-629.051;SBQD=0.555;SBpi=1.2143;SBpiQual=1.2897;VQSLOD=8.1004 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1862,144,0
|
|
1 228672738 rs4653966 T C 1804.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.20;MQ0=1;QD=29.59;SB=-1042.647;SBQD=-1.111;SBpi=0.0640;SBpiQual=-0.0062;VQSLOD=5.8496 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1838,156,0
|
|
1 228714745 rs10916336 A T 1115.19 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.749;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.792;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=20.65;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-539.604;SBQD=6.466;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3254;VQSLOD=3.9608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,35:54:99:1145,0,487
|
|
1 228720037 rs4412590 A G 719.84 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=49.37;MQ0=0;QD=19.46;SB=-176.329;SBQD=-11.813;SBpi=-2.0550;SBpiQual=-2.2891;VQSLOD=1.7271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:60.18:753,60,0
|
|
1 228725347 rs56077309 G T 871.87 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.202;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=30.055;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=13.41;ReadPosRankSum=-1.583;SB=-157.900;SBQD=15.951;SBpi=1.7063;SBpiQual=1.7328;VQSLOD=2.8577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:902,0,1010
|
|
1 228741343 rs1011879 C T 654.12 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2350;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=10.72;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-328.648;SBQD=-2.586;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.3449;VQSLOD=5.3888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:684,0,834
|
|
1 228829657 rs12028277 T C 1138.07 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.040;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.864;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=14.59;ReadPosRankSum=-1.248;SB=-553.716;SBQD=-1.354;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2586;VQSLOD=5.3254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:78:99:1168,0,1257
|
|
1 228851271 rs4654645 A C 2735.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.97;SB=-1161.215;SBQD=0.089;SBpi=-0.8137;SBpiQual=-0.8476;VQSLOD=8.9939 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2769,220,0
|
|
1 228858344 rs59441010 G A 593.31 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.887;HRun=0;HaplotypeScore=2.5216;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-338.879;SBQD=-1.756;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.2798;VQSLOD=4.8542 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:623,0,771
|
|
1 228862269 rs56221905 A C 968.69 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.129;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.796;HRun=2;HaplotypeScore=6.2873;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=16.14;ReadPosRankSum=0.744;SB=-527.894;SBQD=-0.600;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.2435;VQSLOD=2.5082 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,37:60:99:999,0,626
|
|
1 228900335 rs1033586 A T 1022.29 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.834;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.591;SB=-663.549;SBQD=-0.328;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.0642;VQSLOD=5.2996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1052,0,1136
|
|
1 228901650 rs10737436 A T 1821.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.66;SB=-1287.512;SBQD=3.230;SBpi=-0.2967;SBpiQual=-0.1113;VQSLOD=5.0121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1855,144,0
|
|
1 228902886 rs7545688 A T 647.24 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=2.285;HRun=0;HaplotypeScore=4.6720;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.646;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-170.333;SBQD=-4.600;SBpi=-1.5119;SBpiQual=-1.5721;VQSLOD=1.8871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,28:76:99:677,0,1525
|
|
1 228936092 rs241308 C A 1869.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=38.16;SB=-914.468;SBQD=-0.059;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.2223;VQSLOD=8.1818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1903,144,0
|
|
1 228943312 rs2748083 G A 1673.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.32;MQ0=1;QD=25.74;SB=-823.781;SBQD=0.450;SBpi=1.1250;SBpiQual=1.1447;VQSLOD=4.5127 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1706,138,0
|
|
1 229074364 rs7530636 G A 1507.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7772;MQ=55.67;MQ0=0;QD=27.92;SB=-966.160;SBQD=0.290;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1510;VQSLOD=4.3944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1541,126,0
|
|
1 229091867 rs61827000 T A 1216.91 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.129;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=7.471;HRun=1;HaplotypeScore=1.9092;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=15.21;ReadPosRankSum=-1.794;SB=-681.258;SBQD=6.155;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1663;VQSLOD=3.8695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1247,0,1163
|
|
1 229093570 rs61827002 G A 950.80 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.965;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=7.905;HRun=0;HaplotypeScore=1.7621;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.781;SB=-441.410;SBQD=5.453;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.4849;VQSLOD=5.0748 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:981,0,1123
|
|
1 229096266 rs55792217 A G 1086.28 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.698;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.201;HRun=0;HaplotypeScore=2.5476;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.690;SB=-463.918;SBQD=1.199;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.5596;VQSLOD=4.8458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1116,0,1131
|
|
1 229097265 rs61825060 A G 1479.45 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.064;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.798;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.706;SB=-768.422;SBQD=-1.975;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.0937;VQSLOD=5.6500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:92:99:1509,0,1207
|
|
1 229098818 . G A 951 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.510;DP=52;Dels=0.00;FS=1.050;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=18.29;ReadPosRankSum=-1.380;SB=-503.141;SBQD=1.836;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0195;VQSLOD=3.1115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:981,0,548
|
|
1 229129788 rs1417969 G A 1659.29 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.410;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=4.086;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=18.64;ReadPosRankSum=-0.387;SB=-614.915;SBQD=4.674;SBpi=0.9707;SBpiQual=1.1467;VQSLOD=4.2702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,52:89:99:1689,0,1166
|
|
1 229146071 rs607179 A G 2482.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=55.44;MQ0=0;QD=24.83;SB=-1087.708;SBQD=-4.341;SBpi=-1.6000;SBpiQual=-2.0239;VQSLOD=4.3446 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:2516,223,0
|
|
1 229161023 rs482129 C T 1256.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.61;MQ0=0;QD=26.73;SB=-809.840;SBQD=-2.964;SBpi=0.0729;SBpiQual=-0.1151;VQSLOD=5.4640 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1289,105,0
|
|
1 229180288 rs778908 A C 901.41 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.838;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.6439;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=2.326;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.129;SB=-424.921;SBQD=-0.723;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.5508;VQSLOD=2.8802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,37:96:99:931,0,1834
|
|
1 229189441 rs505557 G A 1112.40 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.029;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=15.67;ReadPosRankSum=0.374;SB=-380.328;SBQD=3.601;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.1202;VQSLOD=5.4781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:1142,0,1128
|
|
1 229193131 rs10916412 G T 1068.81 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.438;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=10.238;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=18.75;ReadPosRankSum=-1.481;SB=-512.303;SBQD=9.332;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3570;VQSLOD=4.6360 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:1099,0,420
|
|
1 229196360 rs4654715 G T 3216.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1443.786;SBQD=-1.118;SBpi=0.8433;SBpiQual=0.7885;VQSLOD=8.8398 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3250,256,0
|
|
1 229207699 rs675737 A G 1090.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=30.28;SB=-647.714;SBQD=-0.702;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1408;VQSLOD=6.4838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:90.26:1123,90,0
|
|
1 229315350 rs2941073 G A 297.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.52;MQ0=26;QD=5.61;SB=-133.726;SBQD=10.908;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.3754;VQSLOD=3.2273 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,42:53:30.06:330,30,0
|
|
1 229393998 rs41305142 G A 1129.74 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.335;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=16.988;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-496.914;SBQD=10.031;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4659;VQSLOD=5.6147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:78:99:1160,0,1086
|
|
1 229422193 rs237764 T C 2770.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;QD=36.45;SB=-1197.430;SBQD=0.106;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.8477;VQSLOD=8.2920 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2803,220,0
|
|
1 229434998 rs237778 A G 2347.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.89;SB=-1150.716;SBQD=-6.359;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.3137;VQSLOD=7.1408 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2381,211,0
|
|
1 229436923 rs12084468 T G 772.43 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.339;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-371.541;SBQD=-3.934;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5222;VQSLOD=4.8838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:802,0,655
|
|
1 229464621 rs237807 G A 1201.68 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.571;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.900;HRun=0;HaplotypeScore=1.9581;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=16.69;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-574.358;SBQD=-0.710;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.5018;VQSLOD=5.0575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:1232,0,861
|
|
1 229468223 rs237780 T A 1040.05 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.037;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.794;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.313;SB=-409.904;SBQD=1.124;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-1.0214;VQSLOD=5.3073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:1070,0,885
|
|
1 229469006 rs151461 C T 1745.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=46.21;MQ0=0;QD=30.63;SB=-940.867;SBQD=-1.979;SBpi=-0.1987;SBpiQual=-0.3422;VQSLOD=6.9536 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1779,147,0
|
|
1 229473057 rs466160 G C 810.90 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-463.730;SBQD=1.114;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1215;VQSLOD=5.4895 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:841,0,1033
|
|
1 229503389 . T G 426.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9203;MQ=58.32;MQ0=1;MQRankSum=-0.915;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.145;SB=-17.596;SBQD=-9.447;SBpi=-2.0125;SBpiQual=-2.1329;VQSLOD=0.1695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,20:57:99:457,0,691
|
|
1 229511106 . C T 693.26 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.362;DP=60;Dels=0.00;FS=2.326;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.040;SB=-331.380;SBQD=-1.284;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7093;VQSLOD=3.1545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:723,0,696
|
|
1 229536654 rs12123428 G A 788.57 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.931;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=12.521;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.321;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-371.843;SBQD=9.953;SBpi=-0.0962;SBpiQual=0.0968;VQSLOD=3.8171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:819,0,914
|
|
1 229552192 . G A 31.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.052;DP=51;Dels=0.00;FS=2.826;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=49.07;MQ0=0;MQRankSum=-5.438;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.073;SB=-150.944;SBQD=2.370;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1276;VQSLOD=-4.7957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:51:61.90:62,0,982
|
|
1 229552874 rs12121332 T C 886.08 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=15.735;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.54;MQ0=1;MQRankSum=-2.708;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.486;SB=-284.593;SBQD=-14.565;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7820;VQSLOD=3.0412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:60:99:916,0,589
|
|
1 229557045 rs12084201 C A 1789.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=58.55;MQ0=0;QD=27.96;SB=-1021.250;SBQD=0.421;SBpi=0.3750;SBpiQual=0.4104;VQSLOD=6.0423 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1822,144,0
|
|
1 229702633 . C A 752.81 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.806;DP=68;Dels=0.00;FS=13.102;HRun=5;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.620;SB=-257.547;SBQD=10.869;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.9973;VQSLOD=2.7978 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:783,0,1219
|
|
1 229723938 rs12753592 C G 1005.05 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.970;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.251;SB=-534.316;SBQD=-1.806;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1643;VQSLOD=6.2611 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:1035,0,916
|
|
1 229724800 rs6701445 T C 950.15 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.880;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.483;HRun=2;HaplotypeScore=1.6498;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=12.18;ReadPosRankSum=1.376;SB=-454.388;SBQD=-4.069;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4001;VQSLOD=5.1353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:980,0,1252
|
|
1 229732257 rs6702299 C A 1268.50 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.869;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=13.134;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=15.47;ReadPosRankSum=-1.211;SB=-612.105;SBQD=-8.512;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.2991;VQSLOD=4.6768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1298,0,1180
|
|
1 229750343 rs2273574 T G 779.99 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-446.835;SBQD=-0.783;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0530;VQSLOD=6.6096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:810,0,640
|
|
1 229757130 rs6656876 A C 1075.54 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.985;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.260;SB=-581.164;SBQD=-2.781;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1144;VQSLOD=4.9249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:1106,0,1363
|
|
1 229778600 rs6587348 A G 801.82 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.496;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.884;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-449.812;SBQD=2.868;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1928;VQSLOD=4.9878 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:832,0,1316
|
|
1 229783240 rs2274995 T C 827.85 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.145;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=2.357;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.516;SB=-446.823;SBQD=0.480;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0989;VQSLOD=5.3766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:858,0,1309
|
|
1 229795714 rs11589905 T C 1097.35 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.085;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=7.330;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=2.198;QD=12.61;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-553.662;SBQD=5.695;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.0025;VQSLOD=4.1584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:1127,0,1558
|
|
1 229800825 rs7526973 T C 825.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.873;SB=-531.650;SBQD=3.662;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0888;VQSLOD=5.6496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:856,0,808
|
|
1 229804892 rs7522954 T C 1309.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=22.58;SB=-741.691;SBQD=-2.885;SBpi=-0.9191;SBpiQual=-1.1341;VQSLOD=2.4622 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1343,126,0
|
|
1 229805876 rs6671464 T G 2744.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.53;MQ0=0;QD=33.89;SB=-1391.568;SBQD=2.627;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.3795;VQSLOD=8.2233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2778,223,0
|
|
1 229831603 rs6587352 T C 1763.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.36;MQ0=0;QD=27.99;SB=-931.457;SBQD=-1.893;SBpi=0.8189;SBpiQual=0.7111;VQSLOD=5.3158 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1796,165,0
|
|
1 229838956 rs1962108 A G 1631.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.73;MQ0=0;QD=26.31;SB=-934.842;SBQD=-6.781;SBpi=-0.1270;SBpiQual=-0.6228;VQSLOD=4.2823 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1664,147,0
|
|
1 229884444 rs501457 T C 2571.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.94;MQ0=0;QD=33.83;SB=-1173.922;SBQD=-0.003;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.8313;VQSLOD=7.6082 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2604,208,0
|
|
1 229902994 rs589521 G A 1198.01 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.078;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.801;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=13.02;ReadPosRankSum=2.272;SB=-505.516;SBQD=1.862;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.5512;VQSLOD=5.3466 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:92:99:1228,0,1683
|
|
1 229912382 rs570701 T C 2125.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.70;SB=-1112.337;SBQD=-1.290;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.4072;VQSLOD=6.9766 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2158,178,0
|
|
1 229914599 rs623448 G A 1455.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.71;SB=-605.208;SBQD=2.384;SBpi=1.0714;SBpiQual=1.1434;VQSLOD=5.6796 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1489,120,0
|
|
1 229918296 rs628676 T A 918.93 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.741;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.248;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.400;SB=-465.965;SBQD=-3.197;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2680;VQSLOD=4.4766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:949,0,1173
|
|
1 229923888 rs529677 T C 673.50 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.711;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.832;HRun=0;HaplotypeScore=7.6889;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-360.975;SBQD=-3.607;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.0955;VQSLOD=2.2520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:703,0,1135
|
|
1 229924772 . T C 911.42 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.481;DP=72;Dels=0.00;FS=8.305;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.249;SB=-473.196;SBQD=6.949;SBpi=-0.0870;SBpiQual=0.0164;VQSLOD=3.9891 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:941,0,1250
|
|
1 229926845 rs504173 G A 503.75 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.853;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7256;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=2.183;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.084;SB=-354.565;SBQD=0.382;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.3283;VQSLOD=4.5487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:534,0,531
|
|
1 229929602 rs2780630 A G 1120.51 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.423;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.841;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-545.959;SBQD=-1.328;SBpi=0.0781;SBpiQual=-0.2852;VQSLOD=5.7356 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1151,0,1204
|
|
1 229936567 rs511737 A G 651.52 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.801;HRun=1;HaplotypeScore=1.9301;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-165.590;SBQD=-9.819;SBpi=-1.3927;SBpiQual=-1.6626;VQSLOD=2.8795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:682,0,844
|
|
1 229966563 rs489645 T C 799.46 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.273;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.306;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=55.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.812;SB=-293.686;SBQD=7.407;SBpi=0.7071;SBpiQual=1.1364;VQSLOD=4.4834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:829,0,779
|
|
1 229976783 . A T 408.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.614;DP=42;Dels=0.00;FS=1.210;HRun=0;HaplotypeScore=3.9970;MQ=60.57;MQ0=1;MQRankSum=-1.869;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.190;SB=-253.838;SBQD=-2.394;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.3325;VQSLOD=1.0245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:438,0,168
|
|
1 230063424 rs4925524 C A 911.09 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.436;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.626;SB=-452.924;SBQD=3.949;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2261;VQSLOD=6.0001 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:941,0,1452
|
|
1 230115289 . C T 821.86 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.574;DP=64;Dels=0.00;FS=2.122;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.699;QD=12.84;ReadPosRankSum=-1.416;SB=-383.506;SBQD=-3.455;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.4542;VQSLOD=4.2171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:852,0,1057
|
|
1 230134920 rs6664857 G A 1050.26 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.195;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.171;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.090;SB=-453.020;SBQD=-3.404;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.6650;VQSLOD=5.7133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1080,0,1033
|
|
1 230135899 rs10864761 T C 1284.42 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.860;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=7.228;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.156;QD=14.43;ReadPosRankSum=1.058;SB=-338.358;SBQD=8.510;SBpi=1.2990;SBpiQual=1.6457;VQSLOD=4.7248 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1314,0,1248
|
|
1 230136986 rs10779848 T C 942.67 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.138;SB=-190.712;SBQD=4.266;SBpi=1.9439;SBpiQual=2.0570;VQSLOD=3.0648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:973,0,928
|
|
1 230137785 rs4846995 T C 629.78 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.910;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-268.510;SBQD=-6.355;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-0.9875;VQSLOD=5.1938 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:660,0,777
|
|
1 230173981 rs28647681 A G 490.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.001;HRun=1;HaplotypeScore=27.9493;MQ=54.00;MQ0=0;MQRankSum=1.902;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.418;SB=-300.255;SBQD=-1.063;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4080;VQSLOD=-15.9336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:521,0,744
|
|
1 230180071 rs2401084 A G 1257.89 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.774;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.936;HRun=1;HaplotypeScore=1.8824;MQ=59.11;MQ0=1;MQRankSum=-0.043;QD=15.34;ReadPosRankSum=1.256;SB=-498.877;SBQD=-0.921;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.8767;VQSLOD=4.6912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1288,0,1122
|
|
1 230188418 rs4285705 C T 1007.09 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.294;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.997;HRun=0;HaplotypeScore=2.3106;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=15.74;ReadPosRankSum=0.128;SB=-443.178;SBQD=5.511;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.6275;VQSLOD=4.9465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:1037,0,777
|
|
1 230236401 rs7537621 C T 1906.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.33;MQ0=0;QD=27.63;SB=-1051.005;SBQD=-0.747;SBpi=-0.5417;SBpiQual=-0.7424;VQSLOD=5.9882 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:1940,162,0
|
|
1 230237540 rs10864690 T A 1921.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.25;SB=-847.415;SBQD=1.592;SBpi=0.6181;SBpiQual=0.7527;VQSLOD=9.1909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1954,150,0
|
|
1 230240755 rs12032088 C T 632.51 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=7.583;HRun=1;HaplotypeScore=1.9053;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.313;SB=-338.517;SBQD=-4.165;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0649;VQSLOD=4.8902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:663,0,971
|
|
1 230243106 rs4846897 G T 577.41 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.981;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=1.684;QD=10.89;ReadPosRankSum=-1.898;SB=-224.237;SBQD=-6.946;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9712;VQSLOD=4.4210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:607,0,847
|
|
1 230246806 rs880328 T C 1811.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.73;MQ0=0;QD=31.78;SB=-882.716;SBQD=3.321;SBpi=0.0662;SBpiQual=0.3549;VQSLOD=7.1458 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1844,162,0
|
|
1 230254434 rs6541284 T G 1236.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.4394;MQ=59.25;MQ0=0;QD=25.24;SB=-636.613;SBQD=1.244;SBpi=0.6429;SBpiQual=0.7287;VQSLOD=2.9714 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1270,105,0
|
|
1 230255630 rs55637646 C T 1940.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.65;SB=-1034.370;SBQD=-2.193;SBpi=0.1336;SBpiQual=0.0105;VQSLOD=8.3743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1973,159,0
|
|
1 230267223 rs7544981 A C 627.85 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.163;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.245;SB=-408.046;SBQD=3.955;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.0088;VQSLOD=4.5332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,30:82:99:658,0,1496
|
|
1 230279411 rs11122395 C T 1432.67 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.261;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.446;HRun=0;HaplotypeScore=3.5728;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-807.213;SBQD=-2.446;SBpi=-0.0700;SBpiQual=-0.0220;VQSLOD=3.6558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:84:99:1463,0,822
|
|
1 230280366 rs2144299 A G 2202.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.37;SB=-1119.281;SBQD=1.620;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.3527;VQSLOD=8.1126 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2236,181,0
|
|
1 230348563 rs35803716 C T 1418.86 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.495;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=8.289;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=15.09;ReadPosRankSum=1.146;SB=-630.965;SBQD=-6.750;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.6437;VQSLOD=5.4056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:1449,0,1301
|
|
1 230352787 rs61823276 C T 868.31 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.426;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.890;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=11.43;ReadPosRankSum=-1.036;SB=-434.496;SBQD=1.223;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1930;VQSLOD=5.5223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:898,0,1465
|
|
1 230355438 rs12403323 C T 726.10 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.190;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.076;HRun=0;HaplotypeScore=1.8318;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.667;QD=11.17;ReadPosRankSum=1.667;SB=-427.193;SBQD=-1.933;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2298;VQSLOD=3.7819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:65:99:756,0,783
|
|
1 230357737 rs60044338 A C 844.78 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=16.013;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=12.24;ReadPosRankSum=-1.321;SB=-449.142;SBQD=10.151;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0859;VQSLOD=4.4675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:875,0,1161
|
|
1 230390282 rs7537652 G A 896.84 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.465;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.118;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-501.255;SBQD=2.944;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0404;VQSLOD=5.7483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:927,0,1244
|
|
1 230411504 . A G 1099.71 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.833;DP=81;Dels=0.00;FS=2.933;HRun=0;HaplotypeScore=1.6617;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=2.073;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-402.894;SBQD=-5.109;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.9050;VQSLOD=3.5937 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1130,0,823
|
|
1 230411672 rs12046403 C T 949.54 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.115;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-531.627;SBQD=2.261;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.0639;VQSLOD=3.7199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:980,0,1055
|
|
1 230415148 rs2273970 G A 452.77 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.617;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.323;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-187.837;SBQD=5.302;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7487;VQSLOD=5.9513 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:483,0,503
|
|
1 230419308 rs12757317 C T 1929.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.8478;MQ=59.27;MQ0=0;QD=33.85;SB=-760.663;SBQD=-2.284;SBpi=1.0690;SBpiQual=1.0576;VQSLOD=4.1984 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:99:1962,156,0
|
|
1 230423790 rs59375809 A G 1233.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;QD=33.35;SB=-468.768;SBQD=3.205;SBpi=0.9042;SBpiQual=1.0616;VQSLOD=8.1690 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1267,102,0
|
|
1 230425090 rs16851421 A G 1895.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=30.57;SB=-654.044;SBQD=-3.455;SBpi=1.6510;SBpiQual=1.3288;VQSLOD=5.7686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1928,174,0
|
|
1 230430594 rs12402083 G A 1482.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;QD=31.54;SB=-837.504;SBQD=0.452;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.2767;VQSLOD=7.0148 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1516,117,0
|
|
1 230436175 rs4846857 A G 2209.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7608;MQ=59.63;MQ0=0;QD=35.64;SB=-815.790;SBQD=3.290;SBpi=1.0160;SBpiQual=1.2570;VQSLOD=6.1872 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2243,181,0
|
|
1 230437358 rs901676 T C 614.40 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.971;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.647;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.385;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-318.619;SBQD=6.600;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-0.6229;VQSLOD=4.5772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:644,0,529
|
|
1 230448420 rs12136533 A G 798.46 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.246;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=0;HaplotypeScore=2.7761;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.626;SB=-413.137;SBQD=-4.086;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.3610;VQSLOD=4.3224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:828,0,799
|
|
1 230473545 rs12726792 C A 428.56 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.611;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.848;SB=-119.717;SBQD=5.052;SBpi=0.8489;SBpiQual=1.0024;VQSLOD=5.1305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,17:53:99:459,0,1127
|
|
1 230504070 rs2820377 C G 1975.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.59;MQ0=0;QD=31.36;SB=-931.047;SBQD=-0.786;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.4837;VQSLOD=6.7458 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:2009,162,0
|
|
1 230504483 rs2632569 A C 1929.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=32.17;SB=-965.725;SBQD=-2.115;SBpi=0.5164;SBpiQual=0.3877;VQSLOD=6.9141 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1963,162,0
|
|
1 230506665 rs862444 G A 2445.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.45;SB=-1230.601;SBQD=-1.654;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.3410;VQSLOD=8.4254 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2479,190,0
|
|
1 230507016 rs828445 C T 2619.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5677;MQ=58.76;MQ0=0;QD=34.92;SB=-1063.541;SBQD=2.833;SBpi=0.8660;SBpiQual=1.0596;VQSLOD=5.9055 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2652,208,0
|
|
1 230517993 rs701170 C A 1170.80 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.332;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4534;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-531.580;SBQD=0.052;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.7159;VQSLOD=3.8522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1201,0,1083
|
|
1 230659621 . G A 833.22 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.665;DP=66;Dels=0.00;FS=5.223;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-290.557;SBQD=7.872;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.8988;VQSLOD=3.3871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:863,0,762
|
|
1 230677236 rs12139982 G A 993.40 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.204;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=16.56;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-542.605;SBQD=-7.083;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.0620;VQSLOD=5.1416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:1023,0,761
|
|
1 230687365 rs853450 A G 728.12 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-262.035;SBQD=1.800;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.9672;VQSLOD=4.8194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:758,0,1403
|
|
1 230706868 rs3761946 C T 820.23 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.659;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=12.24;ReadPosRankSum=-1.696;SB=-453.444;SBQD=0.143;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2353;VQSLOD=5.4169 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:850,0,1184
|
|
1 230712722 rs11804912 A G 774.33 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.422;HRun=1;HaplotypeScore=2.9456;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.580;SB=-346.761;SBQD=5.955;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.4365;VQSLOD=4.1040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:804,0,1165
|
|
1 230714492 rs12072041 G T 1724.89 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=7.938;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=16.27;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-634.861;SBQD=5.214;SBpi=1.2368;SBpiQual=1.3286;VQSLOD=4.3747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,59:106:99:1755,0,1375
|
|
1 230722676 rs12135272 T C 1212.23 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.095;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.413;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.987;QD=15.34;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-635.611;SBQD=3.574;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2641;VQSLOD=5.3722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1242,0,1123
|
|
1 230723777 rs12135414 A T 1327.07 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.519;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.087;HRun=2;HaplotypeScore=3.8914;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=15.61;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-628.907;SBQD=-4.403;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.6852;VQSLOD=2.9462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:1357,0,1196
|
|
1 230728649 rs2182576 C T 813.30 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.725;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.238;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.812;SB=-338.096;SBQD=-6.570;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6646;VQSLOD=5.6876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:843,0,997
|
|
1 230741387 rs12094025 A G 274.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.379;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=9.059;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=46.18;MQ0=1;MQRankSum=-5.698;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.153;SB=-39.249;SBQD=6.060;SBpi=0.1000;SBpiQual=-0.2246;VQSLOD=-3.7968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:305,0,1335
|
|
1 230743931 rs12057300 T C 910.28 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6671;MQ=41.00;MQ0=4;MQRankSum=-0.386;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.829;SB=-452.995;SBQD=-6.668;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.2448;VQSLOD=4.9046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:81:99:940,0,767
|
|
1 230745415 rs11122554 A T 1150.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.872;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=19.536;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=14.75;ReadPosRankSum=1.927;SB=-404.141;SBQD=-10.830;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-0.9405;VQSLOD=4.0423 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1180,0,1228
|
|
1 230755726 rs12122535 A G 1655 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.425;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.832;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.910;QD=19.02;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-673.150;SBQD=-3.758;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.9003;VQSLOD=3.4290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,56:87:99:1685,0,930
|
|
1 230773998 rs10158571 A T 2146.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=31.11;SB=-929.431;SBQD=-1.239;SBpi=1.2641;SBpiQual=1.1995;VQSLOD=2.8613 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2180,184,0
|
|
1 230776963 rs6668632 G A 1675.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=35.64;SB=-527.096;SBQD=3.006;SBpi=1.3857;SBpiQual=1.5951;VQSLOD=7.8837 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1708,132,0
|
|
1 230781627 rs11122568 T C 611.35 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.499;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.268;SB=-229.608;SBQD=7.233;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.9916;VQSLOD=4.4557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:641,0,644
|
|
1 230816745 rs3827747 A G 1278.28 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=17.04;ReadPosRankSum=1.655;SB=-515.342;SBQD=4.714;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.7767;VQSLOD=5.0461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1308,0,917
|
|
1 230818625 rs3789653 G A 1034.97 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=16.69;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-436.493;SBQD=2.808;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6892;VQSLOD=5.5110 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:1065,0,819
|
|
1 230830668 rs2493126 G C 282.32 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.114;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.119;SB=-205.895;SBQD=-0.361;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.4107;VQSLOD=3.6676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:312,0,893
|
|
1 230867197 rs2478520 G A 859.08 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.803;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=12.10;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-403.549;SBQD=0.451;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5959;VQSLOD=4.9979 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:889,0,1151
|
|
1 230868427 rs2493150 C T 1312.94 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.323;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.371;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.491;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.180;SB=-543.478;SBQD=-4.846;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6891;VQSLOD=4.7524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1343,0,1148
|
|
1 230873488 rs1317181 G T 893.30 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.267;QD=15.14;ReadPosRankSum=0.008;SB=-467.201;SBQD=2.024;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.0711;VQSLOD=5.5020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:923,0,872
|
|
1 230883656 rs4078405 C G 1336.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;QD=25.23;SB=-795.219;SBQD=-6.147;SBpi=-0.0687;SBpiQual=-0.4933;VQSLOD=4.3099 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1370,123,0
|
|
1 230885713 rs1316408 A G 700.36 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.913;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.616;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-267.309;SBQD=-6.560;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.7746;VQSLOD=5.3321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:730,0,1443
|
|
1 230886191 rs2493153 A G 2179.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1139.886;SBQD=-2.494;SBpi=-0.0620;SBpiQual=-0.1638;VQSLOD=8.0796 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2213,175,0
|
|
1 230888071 rs2986386 C A 378.05 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.388;HRun=0;HaplotypeScore=2.4947;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=3.652;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-295.960;SBQD=-3.208;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2185;VQSLOD=3.0671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:54:99:408,0,864
|
|
1 230888653 rs12118743 C G 665.48 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=4.237;HRun=0;HaplotypeScore=2.5310;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-401.582;SBQD=-7.642;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.0639;VQSLOD=4.7889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:695,0,580
|
|
1 230892643 rs61828380 A G 590.41 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.929;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=5.885;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.196;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.933;SB=-286.504;SBQD=4.305;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.1028;VQSLOD=4.9608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:620,0,790
|
|
1 230913184 rs11122597 A G 654.34 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.419;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.117;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-449.230;SBQD=1.495;SBpi=0.1715;SBpiQual=-0.0717;VQSLOD=3.5226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:684,0,972
|
|
1 230963728 rs1933636 G A 1155.63 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.277;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=8.377;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=16.99;ReadPosRankSum=-1.280;SB=-522.172;SBQD=5.113;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3980;VQSLOD=5.0572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1186,0,806
|
|
1 230966799 rs1202543 G A 580.37 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.909;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.328;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-334.596;SBQD=-3.245;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0130;VQSLOD=5.8854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:610,0,1113
|
|
1 230983656 rs1202558 C T 662.22 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.679;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.029;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.008;SB=-271.519;SBQD=3.009;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.9159;VQSLOD=4.9055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:692,0,909
|
|
1 230985540 rs1202559 T G 1010.82 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=8.737;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.683;QD=16.04;ReadPosRankSum=1.372;SB=-364.675;SBQD=8.184;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9571;VQSLOD=6.0658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:1041,0,772
|
|
1 230987741 rs1202565 C A 873.49 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.057;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.262;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.977;SB=-204.692;SBQD=5.916;SBpi=1.3470;SBpiQual=1.6644;VQSLOD=3.1595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:903,0,1154
|
|
1 231008768 rs58633703 G C 585.10 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=3;HaplotypeScore=3.4005;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-273.071;SBQD=6.789;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.5752;VQSLOD=2.5929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:615,0,514
|
|
1 231021180 rs59155476 T G 684.75 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.816;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7753;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.063;SB=-449.334;SBQD=1.597;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.3960;VQSLOD=5.3025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:715,0,1077
|
|
1 231022929 rs4028387 T C 715.84 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.603;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.616;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=12.34;ReadPosRankSum=1.042;SB=-335.185;SBQD=-2.224;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.5970;VQSLOD=5.5926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:746,0,886
|
|
1 231032459 rs1202617 A G 732.81 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.241;HRun=0;HaplotypeScore=1.9559;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.645;QD=11.63;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-369.284;SBQD=2.036;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5788;VQSLOD=4.8654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:763,0,962
|
|
1 231034396 rs6673054 A G 476.40 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.444;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.986;SB=-216.509;SBQD=-5.475;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.5156;VQSLOD=5.2872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:506,0,860
|
|
1 231040105 rs6670422 C T 207.03 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.154;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.674;HRun=0;HaplotypeScore=4.2796;MQ=29.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.205;SB=-96.929;SBQD=-7.540;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.4422;VQSLOD=2.6310 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:237,0,257
|
|
1 231040206 rs4847025 G A 317.12 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=8.455;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.93;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.519;SB=-32.558;SBQD=12.432;SBpi=1.3363;SBpiQual=1.4251;VQSLOD=3.7754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,14:37:99:347,0,444
|
|
1 231050719 rs6687367 C T 659.95 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.013;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-318.912;SBQD=1.024;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.3874;VQSLOD=5.9705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:690,0,690
|
|
1 231053063 rs10864790 A G 568.67 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.786;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=10.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.439;SB=-279.138;SBQD=-7.997;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4029;VQSLOD=5.6388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:599,0,908
|
|
1 231067318 rs11122625 G T 1363.59 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.386;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=1.695;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.129;SB=-531.722;SBQD=2.413;SBpi=0.8199;SBpiQual=0.8968;VQSLOD=5.1795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:94:99:1394,0,1597
|
|
1 231072671 rs4846829 A G 1131.97 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=14.15;ReadPosRankSum=1.426;SB=-659.208;SBQD=0.026;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.3573;VQSLOD=4.6366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1162,0,985
|
|
1 231075574 rs1933629 C T 3030.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1536.159;SBQD=-1.017;SBpi=-0.3235;SBpiQual=-0.4434;VQSLOD=7.5235 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3063,238,0
|
|
1 231086752 rs6688281 A G 2768.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.77;MQ0=0;QD=33.76;SB=-1179.187;SBQD=-7.562;SBpi=-0.3313;SBpiQual=-0.9254;VQSLOD=7.3667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2802,238,0
|
|
1 231087400 rs4846886 G T 1175.93 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.060;SB=-510.119;SBQD=0.170;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-0.8658;VQSLOD=6.1122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:1206,0,1327
|
|
1 231107840 rs3924320 C T 840.11 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.918;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.657;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-374.519;SBQD=-5.604;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4383;VQSLOD=6.6179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:870,0,955
|
|
1 231108104 rs7520573 C T 867.33 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6483;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-458.335;SBQD=-0.086;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1362;VQSLOD=5.0498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:897,0,1325
|
|
1 231142628 rs10746505 A T 1111.78 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.237;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=3.875;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-574.787;SBQD=-3.879;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2474;VQSLOD=4.1929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,41:97:99:1142,0,1808
|
|
1 231159875 rs12047546 C T 1038.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.772;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-4.691;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.115;SB=-367.589;SBQD=3.327;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9346;VQSLOD=-0.2548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:1068,0,1482
|
|
1 231164002 rs61826684 C T 831.94 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.262;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.1036;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.662;QD=14.86;ReadPosRankSum=2.167;SB=-400.065;SBQD=-0.046;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.4595;VQSLOD=2.6570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:56:99:862,0,589
|
|
1 231171189 rs4658914 A C 752.21 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.020;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=17.783;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.190;SB=-442.972;SBQD=-7.161;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.0982;VQSLOD=5.2107 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:782,0,1123
|
|
1 231179128 . C T 785.28 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.325;DP=61;Dels=0.00;FS=7.340;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=12.87;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-382.238;SBQD=-9.321;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.2569;VQSLOD=3.0417 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:815,0,901
|
|
1 231182083 rs12403143 C T 1456.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.47;MQ0=0;QD=30.98;SB=-839.471;SBQD=-1.430;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.2213;VQSLOD=6.9583 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1489,123,0
|
|
1 231190269 rs10864660 C A 2005.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.6417;MQ=58.76;MQ0=0;QD=31.34;SB=-997.994;SBQD=0.344;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.8203;VQSLOD=3.5298 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2039,160,0
|
|
1 231191724 rs10864661 T G 2710.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9286;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.20;SB=-1391.708;SBQD=1.019;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.0757;VQSLOD=4.0056 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2744,223,0
|
|
1 231199849 rs4463650 T G 2685.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9402;MQ=59.53;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1134.650;SBQD=-0.773;SBpi=-0.9563;SBpiQual=-0.9892;VQSLOD=4.8751 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2718,217,0
|
|
1 231204705 rs10864664 G C 820.70 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.800;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-478.754;SBQD=0.749;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2289;VQSLOD=5.3953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:851,0,964
|
|
1 231205928 rs12124156 A C 724.87 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.614;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=9.253;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.753;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.123;SB=-287.710;SBQD=-9.473;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-1.0478;VQSLOD=4.6799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:755,0,986
|
|
1 231208894 . A G 619.71 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.120;DP=46;Dels=0.00;FS=2.561;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.867;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-272.798;SBQD=-4.124;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.4619;VQSLOD=5.1158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:650,0,716
|
|
1 231232861 rs6668246 G A 755.47 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.676;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.945;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.728;SB=-331.696;SBQD=-1.868;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.6746;VQSLOD=4.5769 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:785,0,994
|
|
1 231246739 rs4285682 G A 792.25 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.026;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=12.38;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-320.146;SBQD=-2.019;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.6693;VQSLOD=5.5528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:822,0,1201
|
|
1 231247859 rs2144612 T C 1203.62 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.838;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.692;SB=-584.004;SBQD=2.031;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.3733;VQSLOD=5.6108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1234,0,1217
|
|
1 231256858 rs6665713 G A 1166.89 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.834;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.227;SB=-623.732;SBQD=-0.483;SBpi=-0.1581;SBpiQual=0.0074;VQSLOD=4.7409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1197,0,1370
|
|
1 231259281 rs2064674 T C 285.16 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.873;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.347;SB=-284.141;SBQD=1.853;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-0.7087;VQSLOD=3.2537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:315,0,356
|
|
1 231263647 rs7548998 C T 555.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.92;MQ0=5;QD=19.17;SB=-275.072;SBQD=-14.865;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.2488;VQSLOD=4.3532 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:51.13:589,51,0
|
|
1 231264637 rs4408138 G A 170.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.132;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=6.296;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=33.85;MQ0=2;MQRankSum=-1.186;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-140.345;SBQD=-2.236;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.2490;VQSLOD=0.6150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:201,0,671
|
|
1 231280817 . G A 971.68 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.869;DP=80;Dels=0.00;FS=0.864;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=12.15;ReadPosRankSum=1.174;SB=-474.630;SBQD=2.196;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2956;VQSLOD=3.8833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:1002,0,1101
|
|
1 231287666 . A G 39.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.806;DP=47;Dels=0.00;FS=52.856;HRun=3;HaplotypeScore=2.4649;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=0.84;ReadPosRankSum=-4.165;SB=87.268;SBQD=9.431;SBpi=1.7321;SBpiQual=1.3323;VQSLOD=-8.1819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,12:47:69.34:69,0,986
|
|
1 231337816 . G A 45.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;DP=67;Dels=0.00;FS=23.960;HRun=1;HaplotypeScore=26.9618;MQ=35.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.820;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.480;SB=-9.701;SBQD=8.993;SBpi=1.2500;SBpiQual=1.2979;VQSLOD=-19.8829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,16:67:75.58:76,0,386
|
|
1 231355058 rs10864675 C T 822.41 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.699;HRun=1;HaplotypeScore=1.5592;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=11.75;ReadPosRankSum=2.353;SB=-500.230;SBQD=-4.738;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.1710;VQSLOD=4.3664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:852,0,850
|
|
1 231367940 rs2572259 G A 874.65 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.312;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.077;HRun=0;HaplotypeScore=1.8874;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.524;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-328.991;SBQD=-1.626;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.9935;VQSLOD=2.4900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:905,0,882
|
|
1 231376806 rs2274067 G C 630.95 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.392;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.499;HRun=0;HaplotypeScore=2.4101;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.291;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.227;SB=-318.303;SBQD=2.051;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.2274;VQSLOD=3.9415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:661,0,721
|
|
1 231402948 rs495183 C T 1153.87 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.330;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.874;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.160;QD=15.38;ReadPosRankSum=1.722;SB=-590.034;SBQD=1.429;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1802;VQSLOD=5.4669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1184,0,999
|
|
1 231403966 rs525427 A G 567.19 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.568;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.205;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=9.30;ReadPosRankSum=-1.210;SB=-231.188;SBQD=-4.790;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6653;VQSLOD=4.6689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:597,0,1106
|
|
1 231406961 rs539699 C T 1193.57 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.613;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=9.335;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.411;SB=-468.486;SBQD=8.106;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7482;VQSLOD=5.2023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1224,0,1237
|
|
1 231463201 rs7546511 C T 836.26 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.483;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.058;HRun=1;HaplotypeScore=3.7200;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-409.619;SBQD=-1.725;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3853;VQSLOD=3.2237 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:866,0,1210
|
|
1 231486989 rs2474633 A C 410.98 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.893;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.194;HRun=0;HaplotypeScore=1.9367;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-372.421;SBQD=-4.207;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1670;VQSLOD=4.8239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:441,0,451
|
|
1 231498721 rs910822 G A 972.54 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.036;SB=-472.843;SBQD=0.090;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3592;VQSLOD=5.8170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:1003,0,1385
|
|
1 231504311 rs2066140 G C 608.82 PASS AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=8.01;ReadPosRankSum=1.212;SB=-312.417;SBQD=-0.652;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1085;VQSLOD=4.8473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,23:76:99:639,0,1612
|
|
1 231511185 rs2491403 C T 1297.34 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.989;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=5.075;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.010;SB=-494.482;SBQD=5.205;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.8833;VQSLOD=4.9214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,44:101:99:1327,0,1660
|
|
1 231513653 rs2572252 T C 1286.62 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.541;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5931;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.546;SB=-586.433;SBQD=-1.065;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.4899;VQSLOD=4.1189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1317,0,1057
|
|
1 231530273 rs12033148 C T 332.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.799;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7178;MQ=32.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.474;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.399;SB=-272.032;SBQD=2.991;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0858;VQSLOD=0.2284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:362,0,238
|
|
1 231531627 rs480902 T C 479.76 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.642;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.317;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.218;SB=-305.089;SBQD=-2.830;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0339;VQSLOD=4.8633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,22:61:99:510,0,1261
|
|
1 231535883 rs2486728 T G 658.07 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.634;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.049;SB=-226.654;SBQD=5.162;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.0475;VQSLOD=4.7664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:688,0,1145
|
|
1 231537220 rs2244992 T C 1226.46 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.992;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.882;SB=-637.226;SBQD=2.893;SBpi=-0.3727;SBpiQual=0.0669;VQSLOD=5.6847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:1256,0,1281
|
|
1 231550168 rs2808614 A G 705.05 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.074;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-422.021;SBQD=1.275;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1243;VQSLOD=4.2574 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:735,0,1245
|
|
1 231562492 rs12757362 G C 1250.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.591;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=14.88;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-596.729;SBQD=1.352;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2863;VQSLOD=4.9391 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:1280,0,1305
|
|
1 231565724 rs1765793 G A 1189.57 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.081;HRun=1;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-418.591;SBQD=-3.588;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.1349;VQSLOD=3.6610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1220,0,1319
|
|
1 231592626 rs2790856 G A 746.30 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.597;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.402;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.385;SB=-400.238;SBQD=4.250;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.1343;VQSLOD=5.5435 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:776,0,818
|
|
1 231626466 rs61836860 T A 1242.91 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=20.141;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.612;SB=-390.723;SBQD=9.860;SBpi=1.4744;SBpiQual=1.4171;VQSLOD=4.5002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:1273,0,1155
|
|
1 231633151 rs1765787 A T 1088.45 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.124;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-560.947;SBQD=3.181;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2825;VQSLOD=5.2044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:1118,0,767
|
|
1 231651275 rs1765795 A T 815.69 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.115;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=6.518;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-326.419;SBQD=6.431;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6892;VQSLOD=4.6325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:846,0,1253
|
|
1 231656418 rs1765794 G A 990.86 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.311;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.794;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.269;SB=-316.855;SBQD=-6.536;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.2331;VQSLOD=5.4967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:1021,0,1140
|
|
1 231679662 rs3767754 G A 1140.28 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.956;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.045;HRun=0;HaplotypeScore=1.7853;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=15.00;ReadPosRankSum=-2.426;SB=-440.701;SBQD=-5.193;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8367;VQSLOD=4.4394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1170,0,1189
|
|
1 231699966 rs1655284 C T 2932.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=37.12;SB=-1523.044;SBQD=-0.697;SBpi=0.0563;SBpiQual=0.0173;VQSLOD=8.0794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2966,232,0
|
|
1 231713258 rs12733024 T C 48.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.91;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=25.814;HRun=0;HaplotypeScore=2.7190;MQ=47.54;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=0.66;ReadPosRankSum=-2.364;SB=120.336;SBQD=-3.853;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.4230;VQSLOD=-1.2705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,7:74:78.94:79,0,1618
|
|
1 231715009 rs1765784 C T 791.52 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.600;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=9.383;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=11.31;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-456.166;SBQD=7.077;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8886;VQSLOD=3.7787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:822,0,572
|
|
1 231729610 rs7553005 G A 253.90 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.365;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=5.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.52;MQ0=16;MQRankSum=0.086;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.673;SB=-25.151;SBQD=14.029;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0342;VQSLOD=3.7908 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:284,0,319
|
|
1 231730121 rs1765791 C T 777.74 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=14.148;HRun=0;HaplotypeScore=1.9861;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.017;SB=-454.138;SBQD=-7.692;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1941;VQSLOD=5.7651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:808,0,1110
|
|
1 231731343 rs1655304 G C 872.05 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.418;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.399;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.609;SB=-470.897;SBQD=5.144;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1003;VQSLOD=5.9768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:902,0,1017
|
|
1 231731528 rs1655302 T C 918.65 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.511;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.976;HRun=0;HaplotypeScore=1.5362;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.596;SB=-533.829;SBQD=6.268;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.0370;VQSLOD=5.3103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:949,0,1384
|
|
1 231737700 rs6656071 C T 1250.51 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.813;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.858;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.824;QD=16.03;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-554.630;SBQD=1.125;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5135;VQSLOD=4.1117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1281,0,1049
|
|
1 231794209 rs1094652 C T 3334.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.79;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1750.323;SBQD=0.441;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0353;VQSLOD=7.2158 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3334,256,0
|
|
1 231817598 rs11122320 T C 1546.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.31;MQ0=0;QD=26.66;SB=-603.837;SBQD=-2.105;SBpi=-1.5757;SBpiQual=-1.7432;VQSLOD=3.6523 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1579,126,0
|
|
1 231824656 rs11589082 C A 897.22 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.957;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.926;HRun=0;HaplotypeScore=3.9549;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.259;SB=-494.555;SBQD=-2.275;SBpi=0.0870;SBpiQual=-0.0438;VQSLOD=3.9551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:927,0,1098
|
|
1 231834901 rs17748239 C T 746.05 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.811;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=12.43;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-481.767;SBQD=0.780;SBpi=0.0898;SBpiQual=-0.0709;VQSLOD=5.8588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:776,0,766
|
|
1 231850323 rs12048349 G A 956.04 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.712;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=21.963;HRun=0;HaplotypeScore=1.8305;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.364;SB=-242.022;SBQD=-11.964;SBpi=-1.3056;SBpiQual=-1.4399;VQSLOD=4.7442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:986,0,1426
|
|
1 231924261 rs4385690 A G 2089.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;QD=30.73;SB=-1130.151;SBQD=-6.926;SBpi=0.3638;SBpiQual=-0.1457;VQSLOD=7.3836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2123,186,0
|
|
1 231959060 rs7528672 C T 1291.67 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.072;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.292;HRun=0;HaplotypeScore=2.5721;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=16.15;ReadPosRankSum=-1.183;SB=-386.990;SBQD=-5.633;SBpi=-1.4162;SBpiQual=-1.5907;VQSLOD=3.5581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1322,0,862
|
|
1 231962879 rs7515719 G A 539.28 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.908;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=8.827;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-219.789;SBQD=10.202;SBpi=-0.1961;SBpiQual=0.4511;VQSLOD=4.8162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:51:99:569,0,405
|
|
1 231966945 rs6674202 G A 692.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.809;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=29.747;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=42.70;MQ0=1;MQRankSum=-5.177;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-194.065;SBQD=-13.240;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3508;VQSLOD=-0.6778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:723,0,1221
|
|
1 231967626 rs61835438 T C 94.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.493;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.112;SB=-62.808;SBQD=-1.546;SBpi=-0.9037;SBpiQual=-0.7412;VQSLOD=-0.6799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:99:125,0,759
|
|
1 231968569 . C A 308.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.31;MQ0=3;MQRankSum=-2.723;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-206.633;SBQD=1.383;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.0571;VQSLOD=-0.2610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:338,0,902
|
|
1 231975429 rs56166019 G A 1254.54 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.186;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.075;SB=-631.770;SBQD=-1.753;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.2313;VQSLOD=5.4563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1285,0,1337
|
|
1 231979880 . G C 553.87 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.787;DP=61;Dels=0.00;FS=2.356;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.466;SB=-263.775;SBQD=3.900;SBpi=-0.1043;SBpiQual=0.1273;VQSLOD=3.7226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:584,0,1098
|
|
1 232003968 rs9432017 A G 685.05 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.889;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=1;HaplotypeScore=2.9599;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=12.46;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-384.792;SBQD=-1.736;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.6345;VQSLOD=3.4080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:715,0,581
|
|
1 232011380 rs912004 C T 1186.63 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.267;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=4.090;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.490;SB=-367.491;SBQD=4.339;SBpi=1.4487;SBpiQual=1.5849;VQSLOD=2.6885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:95:99:1217,0,1540
|
|
1 232021248 rs9431714 G A 1016.78 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.527;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.969;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=15.64;ReadPosRankSum=-0.480;SB=-535.026;SBQD=-1.499;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3106;VQSLOD=5.3957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1047,0,766
|
|
1 232024105 rs1040944 G C 910.54 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.445;HRun=0;HaplotypeScore=1.7987;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.601;SB=-470.880;SBQD=5.116;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1842;VQSLOD=5.6032 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:941,0,760
|
|
1 232042836 . C T 162.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.469;DP=30;Dels=0.00;FS=5.849;HRun=2;HaplotypeScore=5.9879;MQ=47.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.846;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.462;SB=12.029;SBQD=-9.106;SBpi=-1.5811;SBpiQual=-1.6583;VQSLOD=-2.8072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:192,0,234
|
|
1 232047738 . A G 1077.98 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.453;DP=78;Dels=0.00;FS=1.819;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=13.82;ReadPosRankSum=1.614;SB=-502.029;SBQD=-1.777;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3973;VQSLOD=4.1371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1108,0,1099
|
|
1 232067057 rs821577 T G 1470.65 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.710;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.152;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=18.62;ReadPosRankSum=0.035;SB=-738.124;SBQD=-4.471;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2139;VQSLOD=5.2647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:1501,0,974
|
|
1 232089047 rs701159 T A 2125.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=34.28;SB=-1022.369;SBQD=0.556;SBpi=0.5080;SBpiQual=0.6010;VQSLOD=7.9277 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2159,169,0
|
|
1 232210350 rs1360398 A T 1492.96 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.129;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=2.722;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=16.59;ReadPosRankSum=-3.061;SB=-761.157;SBQD=1.593;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.0381;VQSLOD=3.9409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,48:90:99:1523,0,1313
|
|
1 232236342 rs9661282 C A 3655.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.31;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1410.462;SBQD=-0.952;SBpi=-1.3862;SBpiQual=-1.4994;VQSLOD=8.7055 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3655,283,0
|
|
1 232237549 rs10442707 G A 875.08 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.325;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=1.055;HRun=0;HaplotypeScore=1.7336;MQ=54.70;MQ0=0;MQRankSum=0.245;QD=13.06;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-288.195;SBQD=-0.359;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.2784;VQSLOD=4.8373 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:905,0,922
|
|
1 232253211 rs9660272 T G 1045.95 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.322;QD=14.33;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-494.917;SBQD=-0.312;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2778;VQSLOD=4.7546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:1076,0,1263
|
|
1 232256007 . G C 248.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.17;MQ0=7;MQRankSum=-2.680;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.495;SB=-104.661;SBQD=-2.547;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.6820;VQSLOD=-1.4589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:279,0,823
|
|
1 232256503 . C T 294.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.971;DP=43;Dels=0.00;FS=11.748;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.17;MQ0=6;MQRankSum=-2.294;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-59.286;SBQD=8.820;SBpi=1.2002;SBpiQual=1.2606;VQSLOD=0.1772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:324,0,323
|
|
1 232258340 . G C 316.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=53;Dels=0.00;FS=9.751;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.55;MQ0=16;MQRankSum=1.035;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.480;SB=-149.169;SBQD=0.015;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-1.0969;VQSLOD=1.3769 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:346,0,384
|
|
1 232258719 . C G 912.09 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.89;MQ0=1;MQRankSum=-0.056;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.611;SB=-425.560;SBQD=3.810;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1882;VQSLOD=4.6406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:942,0,808
|
|
1 232266181 rs17832313 T C 1114.45 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.014;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=8.368;HRun=2;HaplotypeScore=1.9867;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-544.222;SBQD=-7.225;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2436;VQSLOD=4.6148 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1144,0,1014
|
|
1 232266922 rs1888601 C T 1995.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=33.82;SB=-925.011;SBQD=0.738;SBpi=0.7160;SBpiQual=0.8035;VQSLOD=7.4711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2028,157,0
|
|
1 232272659 rs16856484 G A 692.02 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.476;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.266;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.887;SB=-411.479;SBQD=-4.191;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0777;VQSLOD=4.2072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:722,0,880
|
|
1 232274319 rs9662635 G T 795.03 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.530;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.144;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.84;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.327;SB=-374.376;SBQD=-3.007;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.0589;VQSLOD=5.3103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:825,0,878
|
|
1 232277751 rs12076728 T C 864.81 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.860;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-409.096;SBQD=2.749;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3587;VQSLOD=5.1055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:895,0,1123
|
|
1 232304248 rs9661662 A G 2579.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.77;MQ0=0;QD=35.83;SB=-967.335;SBQD=0.687;SBpi=1.1785;SBpiQual=1.2503;VQSLOD=8.6060 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2613,211,0
|
|
1 232308899 rs10127903 C T 706.83 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.149;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.096;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=1.728;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-215.138;SBQD=-8.428;SBpi=-0.9806;SBpiQual=-1.1806;VQSLOD=4.8742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:737,0,1033
|
|
1 232320794 rs17834215 C T 2324.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=36.32;SB=-1208.494;SBQD=1.274;SBpi=-0.1250;SBpiQual=-0.0328;VQSLOD=8.6885 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2357,184,0
|
|
1 232320938 rs12746164 C T 2033.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=32.27;SB=-1093.093;SBQD=-2.494;SBpi=0.3150;SBpiQual=0.1293;VQSLOD=7.9957 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2066,171,0
|
|
1 232338369 rs7418143 T C 1561.40 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.998;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=2.725;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.683;SB=-681.806;SBQD=3.034;SBpi=0.5547;SBpiQual=0.6126;VQSLOD=4.7468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,51:95:99:1591,0,1329
|
|
1 232343416 rs6666868 T C 1798.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=28.11;SB=-824.640;SBQD=3.573;SBpi=0.6929;SBpiQual=1.0178;VQSLOD=5.0438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1832,156,0
|
|
1 232346839 rs6605042 G T 1115.69 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.542;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.912;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=2.447;QD=15.94;ReadPosRankSum=1.765;SB=-539.917;SBQD=0.980;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4831;VQSLOD=3.2064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1146,0,916
|
|
1 232348949 rs12730714 C G 1167.24 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.072;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.650;QD=14.59;ReadPosRankSum=1.322;SB=-504.409;SBQD=-2.463;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.7872;VQSLOD=4.5986 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1197,0,1168
|
|
1 232353008 rs11808241 C T 1039.72 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.196;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.429;HRun=0;HaplotypeScore=1.6567;MQ=54.74;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.081;SB=-444.210;SBQD=5.494;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.5001;VQSLOD=5.8580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:1070,0,835
|
|
1 232363015 rs10910559 G A 743.69 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.738;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.961;HRun=0;HaplotypeScore=2.8252;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.181;SB=-369.298;SBQD=1.772;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.1964;VQSLOD=5.2419 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:774,0,1291
|
|
1 232365172 rs10752793 A G 829.69 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=12.38;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-365.274;SBQD=1.256;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4486;VQSLOD=4.1812 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:860,0,1160
|
|
1 232365755 . C T 352.33 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.094;DP=49;Dels=0.00;FS=1.412;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.37;MQ0=5;MQRankSum=-0.522;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.373;SB=-247.179;SBQD=2.069;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.4172;VQSLOD=2.4737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:382,0,490
|
|
1 232366972 rs12744773 T G 288.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.812;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.03;MQ0=42;MQRankSum=-0.916;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-105.502;SBQD=-0.888;SBpi=-1.7262;SBpiQual=-1.8674;VQSLOD=0.2881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:318,0,585
|
|
1 232367922 rs4506414 G A 76.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=15.015;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=25.78;MQ0=24;MQRankSum=0.313;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.920;SB=30.045;SBQD=4.391;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.6758;VQSLOD=-2.1389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,11:81:99:107,0,736
|
|
1 232417909 rs4512591 C T 586.14 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.517;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.117;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.891;SB=-307.769;SBQD=-3.158;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.5442;VQSLOD=4.0927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:616,0,1121
|
|
1 232430317 rs2153082 C A 1943.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.92;MQ0=0;QD=31.87;SB=-974.214;SBQD=-1.578;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.5359;VQSLOD=7.8395 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1977,159,0
|
|
1 232440838 rs9728512 G A 2832.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.590;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.647;QD=34.96;ReadPosRankSum=1.433;SB=-1287.062;SBQD=-1.226;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.6933;VQSLOD=8.7545 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:2865,201,0
|
|
1 232442213 rs946130 T C 1611.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.89;SB=-783.232;SBQD=-2.289;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.4772;VQSLOD=7.4978 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1644,132,0
|
|
1 232459940 . G A 1367.82 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.129;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=17.31;ReadPosRankSum=1.396;SB=-633.154;SBQD=1.019;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.4882;VQSLOD=3.8762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1398,0,976
|
|
1 232502529 . C T 1112.04 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.793;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=13.90;ReadPosRankSum=1.498;SB=-478.913;SBQD=0.523;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.7695;VQSLOD=3.6494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1142,0,1312
|
|
1 232504697 . T C 658.14 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.231;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4679;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.601;SB=-97.022;SBQD=2.954;SBpi=1.8371;SBpiQual=1.9662;VQSLOD=1.8064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:688,0,660
|
|
1 232506586 rs618461 T C 3309.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=35.97;SB=-1207.827;SBQD=-0.308;SBpi=1.4596;SBpiQual=1.4986;VQSLOD=7.8151 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3309,265,0
|
|
1 232512152 rs35661503 A G 1252.19 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8897;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-725.517;SBQD=0.064;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.3045;VQSLOD=4.0983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:1282,0,922
|
|
1 232513442 rs11808811 T C 978.92 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.959;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=15.30;ReadPosRankSum=1.333;SB=-486.903;SBQD=0.000;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.6911;VQSLOD=5.2613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:1009,0,783
|
|
1 232533015 rs600379 T C 3199.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6420;MQ=59.79;MQ0=0;QD=36.78;SB=-1576.302;SBQD=0.019;SBpi=0.2680;SBpiQual=0.2834;VQSLOD=5.0997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3233,253,0
|
|
1 232568587 rs12030201 C A 2531.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.68;SB=-1396.973;SBQD=0.551;SBpi=0.0585;SBpiQual=0.1107;VQSLOD=7.0970 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2564,196,0
|
|
1 232572038 rs12736932 G A 2138.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.91;SB=-969.529;SBQD=-2.826;SBpi=-0.7941;SBpiQual=-0.9835;VQSLOD=6.6614 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2171,172,0
|
|
1 232585476 rs12735257 A G 1664.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.01;MQ0=0;QD=30.82;SB=-783.934;SBQD=-2.090;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.3160;VQSLOD=6.5844 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1697,153,0
|
|
1 232585681 rs12739366 A C 2585.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;QD=33.57;SB=-1229.570;SBQD=-1.325;SBpi=-0.6268;SBpiQual=-0.7754;VQSLOD=8.4164 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2618,208,0
|
|
1 232608141 rs1359630 C T 2777.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-1356.121;SBQD=-1.454;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6553;VQSLOD=6.8072 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2811,220,0
|
|
1 232612196 rs7524341 G A 2796.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.96;SB=-1321.712;SBQD=-2.582;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.5124;VQSLOD=7.5271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2830,226,0
|
|
1 232620226 rs2357071 G A 3155.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8947;MQ=59.25;MQ0=0;QD=36.27;SB=-1642.207;SBQD=-0.730;SBpi=0.0536;SBpiQual=-0.0033;VQSLOD=5.7862 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3188,253,0
|
|
1 232633312 rs10495328 G T 2440.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=34.38;SB=-1328.029;SBQD=-1.097;SBpi=-0.0593;SBpiQual=-0.1278;VQSLOD=8.6246 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2474,193,0
|
|
1 232651459 rs4394586 A G 1737.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45;SB=-866.727;SBQD=-3.648;SBpi=0.7160;SBpiQual=0.3864;VQSLOD=7.1065 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1771,156,0
|
|
1 232652908 rs2182430 T C 2608.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=29.31;SB=-1450.646;SBQD=3.348;SBpi=-0.3710;SBpiQual=-0.0250;VQSLOD=6.9651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2641,232,0
|
|
1 232654909 rs6661440 A G 1630.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.84;MQ0=0;QD=27.18;SB=-738.798;SBQD=-6.131;SBpi=-0.7746;SBpiQual=-1.1298;VQSLOD=5.9729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1664,144,0
|
|
1 232665165 rs6656109 C T 2961.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=33.65;SB=-1552.977;SBQD=0.184;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.4659;VQSLOD=7.4919 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2994,232,0
|
|
1 232676023 . C T 911.35 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.183;DP=69;Dels=0.00;FS=2.045;HRun=1;HaplotypeScore=1.6567;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.511;SB=-484.937;SBQD=1.376;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.4724;VQSLOD=2.9245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:941,0,931
|
|
1 232677769 rs789637 T C 2893.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.86;MQ0=0;QD=33.26;SB=-1469.212;SBQD=5.817;SBpi=-0.4825;SBpiQual=0.0392;VQSLOD=8.3585 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2927,256,0
|
|
1 232687963 rs1334406 C G 1122.64 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.893;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.037;HRun=0;HaplotypeScore=2.8931;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.172;SB=-435.014;SBQD=-2.685;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8044;VQSLOD=4.6551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:80:99:1153,0,1182
|
|
1 232700623 rs2247721 T C 861.53 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.663;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.399;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=15.11;ReadPosRankSum=1.544;SB=-439.051;SBQD=-1.650;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.3818;VQSLOD=5.6996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:892,0,759
|
|
1 232710931 rs1285680 T C 772.60 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.735;HRun=0;HaplotypeScore=1.9774;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-244.192;SBQD=5.960;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.3031;VQSLOD=4.4351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:803,0,862
|
|
1 232711884 rs1285679 A C 965.71 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.898;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=2;HaplotypeScore=1.9150;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=13.41;ReadPosRankSum=1.920;SB=-496.323;SBQD=-3.266;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3727;VQSLOD=4.9397 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:996,0,1086
|
|
1 232730333 rs945083 G C 1026.85 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.319;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.864;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.616;SB=-528.688;SBQD=0.462;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.4233;VQSLOD=6.0664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1057,0,1106
|
|
1 232734535 rs7531054 T C 2192.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.16;MQ0=0;QD=32.72;SB=-960.535;SBQD=0.466;SBpi=-1.0384;SBpiQual=-1.1000;VQSLOD=5.7921 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2225,175,0
|
|
1 232739527 rs7539735 C T 1620.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=27.95;SB=-856.074;SBQD=3.768;SBpi=0.5252;SBpiQual=0.7498;VQSLOD=6.3699 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:1654,132,0
|
|
1 232754932 rs10737204 A G 2533.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.1851;MQ=59.16;MQ0=0;QD=32.90;SB=-1065.171;SBQD=-6.349;SBpi=-0.5128;SBpiQual=-1.0226;VQSLOD=4.3405 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2567,226,0
|
|
1 232782250 rs6685068 T C 923.11 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.579;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.232;HRun=1;HaplotypeScore=1.4942;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.605;SB=-454.664;SBQD=5.720;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.4489;VQSLOD=4.2172 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:953,0,1262
|
|
1 232792981 rs11808145 G A 708.69 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.129;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=5.935;HRun=0;HaplotypeScore=3.7135;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.639;SB=-480.690;SBQD=3.431;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0539;VQSLOD=3.1591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:739,0,1223
|
|
1 232799359 rs9424575 T C 554.83 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.072;HRun=0;HaplotypeScore=2.3391;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.991;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.651;SB=-324.639;SBQD=-2.531;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3124;VQSLOD=4.6808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:52:99:585,0,754
|
|
1 232806605 rs7538790 T C 2135.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.86;SB=-908.631;SBQD=7.982;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.8451;VQSLOD=7.8264 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2169,186,0
|
|
1 232818861 . T C 32.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.7820;MQ=49.81;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-30.292;SBQD=-9.401;SBpi=-1.5254;SBpiQual=-1.6191;VQSLOD=-2.2791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:62.06:62,0,96
|
|
1 232832958 rs6671735 T C 499.58 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.045;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.118;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.244;SB=-248.821;SBQD=4.504;SBpi=-0.2236;SBpiQual=0.0673;VQSLOD=5.0812 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:530,0,1017
|
|
1 232834967 rs12026041 C T 1233.06 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.106;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-590.260;SBQD=2.432;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.3304;VQSLOD=4.1749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1263,0,1053
|
|
1 232865977 rs2644483 T G 2217.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7074;MQ=59.73;MQ0=0;QD=27.38;SB=-750.980;SBQD=-2.994;SBpi=-1.8333;SBpiQual=-2.1109;VQSLOD=3.7263 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2250,193,0
|
|
1 232872412 rs2795428 G C 3426.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.85;SB=-1547.136;SBQD=-1.359;SBpi=0.6740;SBpiQual=0.6166;VQSLOD=9.0717 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3427,271,0
|
|
1 232874602 rs2795426 C A 979.80 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.239;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=14.85;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-424.955;SBQD=-0.163;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9052;VQSLOD=4.6469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:1010,0,861
|
|
1 232891088 rs6424250 C T 2754.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5678;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.01;SB=-1486.716;SBQD=-1.848;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.2102;VQSLOD=6.4856 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2788,220,0
|
|
1 232916800 rs61824790 C T 926.78 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.728;QD=11.58;ReadPosRankSum=-1.569;SB=-471.132;SBQD=-1.164;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.2150;VQSLOD=4.3348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:957,0,1355
|
|
1 232919053 rs61824791 T C 610.09 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.097;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=11.30;ReadPosRankSum=-1.610;SB=-208.777;SBQD=-3.288;SBpi=-1.0206;SBpiQual=-1.1346;VQSLOD=4.2596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:640,0,896
|
|
1 232949914 rs2814530 C T 1059.34 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.654;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=16.30;ReadPosRankSum=-1.005;SB=-509.641;SBQD=-2.598;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.2956;VQSLOD=5.9568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:1089,0,880
|
|
1 232956425 rs2795458 T G 1830.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=51.57;MQ0=0;QD=28.61;SB=-893.613;SBQD=-1.416;SBpi=0.8750;SBpiQual=1.0045;VQSLOD=4.6943 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1864,159,0
|
|
1 232958178 rs2814535 A G 863.84 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.368;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=32.547;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.622;SB=-31.546;SBQD=-19.336;SBpi=-1.7393;SBpiQual=-2.5299;VQSLOD=2.7990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:77:99:894,0,1190
|
|
1 232973830 . C A 110.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.73;MQ0=0;QD=2.00;SB=-968.177;SBQD=2.607;SBpi=-0.0674;SBpiQual=0.2193;VQSLOD=-4.3449 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:17.93:143,18,0
|
|
1 232974400 . A G 1110.96 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.289;DP=81;Dels=0.00;FS=0.861;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-522.044;SBQD=-1.464;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.5477;VQSLOD=4.4084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1141,0,1125
|
|
1 232981213 rs59202476 C T 826.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.296;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.125;QD=14.50;ReadPosRankSum=-0.503;SB=-307.734;SBQD=-7.340;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.8662;VQSLOD=5.3291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:856,0,903
|
|
1 232988791 rs16858341 T C 1156.07 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=5.181;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=16.52;ReadPosRankSum=0.686;SB=-302.616;SBQD=-7.249;SBpi=-1.5212;SBpiQual=-1.7019;VQSLOD=4.9258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1186,0,980
|
|
1 233002166 rs1005865 T C 2781.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.35;SB=-969.347;SBQD=6.522;SBpi=1.2940;SBpiQual=1.7879;VQSLOD=7.2221 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2815,241,0
|
|
1 233012803 rs55770257 A G 1097.66 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.754;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=6.410;HRun=0;HaplotypeScore=1.9988;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.659;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.336;SB=-295.010;SBQD=4.576;SBpi=1.6012;SBpiQual=1.4358;VQSLOD=3.0678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1128,0,1204
|
|
1 233025509 rs55812041 C T 313.55 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.625;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-187.707;SBQD=-0.835;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.4368;VQSLOD=5.0314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:344,0,454
|
|
1 233030791 . T C 1303.29 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=84;Dels=0.00;FS=1.861;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.134;SB=-513.993;SBQD=1.400;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.8576;VQSLOD=3.7203 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:1333,0,1131
|
|
1 233057908 . T G 765.52 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=54;Dels=0.00;FS=3.855;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-312.758;SBQD=-5.432;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.5480;VQSLOD=3.0772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:796,0,845
|
|
1 233058437 rs12084515 T A 1107.40 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.109;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.642;SB=-517.568;SBQD=5.175;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.7122;VQSLOD=5.6101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:1137,0,914
|
|
1 233097962 rs12030659 T A 968.57 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.155;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.460;SB=-494.437;SBQD=-1.068;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3487;VQSLOD=6.1162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:999,0,740
|
|
1 233105442 rs6658396 G A 565.92 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.654;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.579;SB=-288.401;SBQD=3.330;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.2601;VQSLOD=5.5479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:596,0,602
|
|
1 233119261 rs12340 A G 1103.93 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.349;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-552.460;SBQD=-1.927;SBpi=0.8023;SBpiQual=0.4151;VQSLOD=5.0317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,47:90:99:1134,0,1320
|
|
1 233130937 rs10910644 T C 678.96 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.618;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=8.231;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-350.627;SBQD=-4.128;SBpi=-0.1890;SBpiQual=0.0411;VQSLOD=4.8745 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:709,0,1313
|
|
1 233188432 rs4649431 T C 2239.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.16;MQ0=0;QD=31.10;SB=-1282.526;SBQD=-0.946;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.1563;VQSLOD=6.9136 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2272,184,0
|
|
1 233199550 rs10158449 C T 1402.12 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.295;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=12.047;HRun=0;HaplotypeScore=2.6576;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.074;SB=-598.621;SBQD=-7.449;SBpi=-0.7217;SBpiQual=-0.7121;VQSLOD=3.7098 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:1432,0,1395
|
|
1 233204338 rs1155739 T G 1134.43 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.235;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=9.131;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=14.01;ReadPosRankSum=1.139;SB=-422.133;SBQD=7.662;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.8893;VQSLOD=5.4295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1164,0,1353
|
|
1 233225192 rs2145788 T C 2767.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;QD=35.03;SB=-1450.591;SBQD=-1.718;SBpi=0.0563;SBpiQual=-0.1013;VQSLOD=8.7343 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2800,229,0
|
|
1 233285539 rs2475160 C T 1813.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.22;SB=-808.833;SBQD=-1.408;SBpi=-0.7555;SBpiQual=-0.8856;VQSLOD=7.5333 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1847,144,0
|
|
1 233373582 rs6700820 A G 1914.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=29.46;SB=-1009.925;SBQD=-5.243;SBpi=-0.0620;SBpiQual=-0.5090;VQSLOD=6.6042 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1948,168,0
|
|
1 233465272 . C G 39.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DP=31;Dels=0.00;FS=38.331;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=1.26;ReadPosRankSum=-3.126;SB=45.081;SBQD=9.187;SBpi=1.8028;SBpiQual=1.2845;VQSLOD=-6.2774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:69.20:69,0,451
|
|
1 233467618 rs1294308 G A 3177.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=35.70;SB=-1658.798;SBQD=-2.085;SBpi=0.2650;SBpiQual=0.1417;VQSLOD=9.0771 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3210,250,0
|
|
1 233469469 rs1294297 G A 2057.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=50.05;MQ0=0;QD=29.82;SB=-1187.428;SBQD=-1.122;SBpi=0.5417;SBpiQual=0.4869;VQSLOD=6.2330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2090,162,0
|
|
1 233470154 rs1294294 C T 2798.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.86;MQ0=0;QD=36.34;SB=-1329.266;SBQD=2.027;SBpi=0.2849;SBpiQual=0.3875;VQSLOD=8.5983 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2831,223,0
|
|
1 233476181 rs1294267 A G 2028.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.255;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=29.83;ReadPosRankSum=-0.611;SB=-889.206;SBQD=-3.916;SBpi=-0.6719;SBpiQual=-1.0828;VQSLOD=6.8117 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2061,150,0
|
|
1 233480732 . T C 855.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;DP=91;Dels=0.00;FS=0.840;HRun=0;HaplotypeScore=1.9882;MQ=48.14;MQ0=1;MQRankSum=-3.974;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-449.154;SBQD=-0.738;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0924;VQSLOD=-0.7884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:885,0,1651
|
|
1 233484687 rs10797448 C T 1274.93 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.012;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.958;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=16.14;ReadPosRankSum=0.202;SB=-558.259;SBQD=-6.012;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.7373;VQSLOD=5.2615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1305,0,1004
|
|
1 233551475 rs6703141 G A 1691.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.16;SB=-548.336;SBQD=1.363;SBpi=-1.6103;SBpiQual=-1.5435;VQSLOD=6.7806 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1724,138,0
|
|
1 233554776 rs6424185 A G 1907.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=31.28;SB=-830.087;SBQD=-7.579;SBpi=-0.3201;SBpiQual=-0.8444;VQSLOD=7.0885 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1941,174,0
|
|
1 233565443 rs4590625 G C 3023.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=34.76;SB=-1464.308;SBQD=-0.595;SBpi=0.5897;SBpiQual=0.5759;VQSLOD=7.0276 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3057,241,0
|
|
1 233572178 rs12043552 T A 761.05 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.555;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.452;SB=-288.173;SBQD=8.103;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.9192;VQSLOD=4.7836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:67:99:791,0,936
|
|
1 233574783 rs6656243 T C 2131.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.65;MQ0=0;QD=30.89;SB=-1160.297;SBQD=3.902;SBpi=-0.1806;SBpiQual=0.1778;VQSLOD=6.6114 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2165,187,0
|
|
1 233582012 rs4649317 A G 2357.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.68;SB=-1263.411;SBQD=1.299;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.0551;VQSLOD=8.2304 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2391,193,0
|
|
1 233619861 rs7550564 G T 781.50 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=11.491;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=12.40;ReadPosRankSum=-2.140;SB=-434.814;SBQD=6.623;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.2884;VQSLOD=4.5994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:811,0,821
|
|
1 233634158 rs10910194 T C 2878.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.4485;MQ=59.75;MQ0=0;QD=31.63;SB=-1667.486;SBQD=1.626;SBpi=-0.1572;SBpiQual=-0.0380;VQSLOD=4.2925 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2911,232,0
|
|
1 233637150 rs10797466 C T 955.04 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.586;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=12.623;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-356.517;SBQD=-10.139;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.9074;VQSLOD=5.0031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:985,0,1143
|
|
1 233638828 . T C 961.64 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.213;DP=73;Dels=0.00;FS=1.933;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=13.17;ReadPosRankSum=1.297;SB=-497.178;SBQD=-2.404;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.6678;VQSLOD=4.2857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:992,0,911
|
|
1 233639113 rs10910197 A G 2655.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=31.62;SB=-1105.076;SBQD=-3.366;SBpi=1.2002;SBpiQual=0.8486;VQSLOD=7.4344 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2689,238,0
|
|
1 233645963 . C T 359.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.753;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.174;SB=-0.007;SBQD=16.404;SBpi=1.8028;SBpiQual=1.9365;VQSLOD=1.4199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:390,0,344
|
|
1 233652844 rs1006850 G A 914.08 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.711;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.604;HRun=1;HaplotypeScore=1.8401;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=13.06;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-525.379;SBQD=-6.747;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6739;VQSLOD=4.7861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:944,0,665
|
|
1 233657569 rs780219 G A 683.17 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.128;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.132;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-160.980;SBQD=3.744;SBpi=1.2247;SBpiQual=1.4416;VQSLOD=4.8231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:713,0,916
|
|
1 233678785 rs780237 C T 749.21 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.055;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5115;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.721;SB=-282.299;SBQD=-0.223;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.5983;VQSLOD=2.5068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,36:90:99:779,0,1293
|
|
1 233679905 . T C 802.87 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DP=67;Dels=0.00;FS=3.312;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=11.98;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-441.913;SBQD=-3.709;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3517;VQSLOD=4.8644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:833,0,1045
|
|
1 233689146 rs780228 C T 1132.02 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=10.318;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=15.94;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-443.940;SBQD=-8.636;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7157;VQSLOD=5.3490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1162,0,1038
|
|
1 233722181 rs1592140 A T 2566.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.04;MQ0=0;QD=33.78;SB=-1094.053;SBQD=2.361;SBpi=0.9177;SBpiQual=1.1323;VQSLOD=6.5647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2600,205,0
|
|
1 233730399 . T C 212.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.308;DP=96;Dels=0.00;FS=52.252;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=20.11;MQ0=20;MQRankSum=1.352;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.395;SB=112.158;SBQD=6.120;SBpi=1.1094;SBpiQual=1.0693;VQSLOD=-1.5556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:96:99:242,0,237
|
|
1 233736685 rs6424218 A G 1092.03 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=7.653;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=16.30;ReadPosRankSum=1.742;SB=-215.074;SBQD=8.467;SBpi=1.8333;SBpiQual=1.8626;VQSLOD=3.4856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:1122,0,918
|
|
1 233758218 rs701209 A G 965.55 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.369;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.389;HRun=2;HaplotypeScore=1.5810;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.987;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.614;SB=-527.195;SBQD=3.765;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2112;VQSLOD=4.3863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:996,0,1391
|
|
1 233774371 rs61824277 C G 964.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=19.30;SB=-505.782;SBQD=-7.116;SBpi=-0.9899;SBpiQual=-1.3482;VQSLOD=4.1120 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:90.19:998,90,0
|
|
1 233776623 rs10910232 G A 1754.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.72;MQ0=0;QD=29.24;SB=-1001.125;SBQD=3.599;SBpi=-0.5164;SBpiQual=-0.3279;VQSLOD=6.5696 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1788,141,0
|
|
1 233778502 rs6698577 C G 2555.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4890;MQ=59.14;MQ0=0;QD=33.62;SB=-1231.414;SBQD=1.243;SBpi=0.4588;SBpiQual=0.5965;VQSLOD=4.6855 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2588,211,0
|
|
1 233779802 rs6668745 A G 2162.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=33.27;SB=-1064.918;SBQD=-0.223;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.5624;VQSLOD=7.0977 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2196,175,0
|
|
1 233784588 rs6670097 T C 1712.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=30.59;SB=-904.838;SBQD=-0.399;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.5252;VQSLOD=6.9718 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1746,144,0
|
|
1 233791651 rs701233 A G 1380.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DB;DP=70;Dels=0.04;FS=1.814;HRun=3;HaplotypeScore=7.7817;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=18.91;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-837.621;SBQD=4.601;SBpi=0.4341;SBpiQual=0.6158;VQSLOD=-0.0767 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:70:38.14:1414,38,0
|
|
1 233805987 rs701237 C G 2786.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.59;MQ0=0;QD=36.66;SB=-1386.088;SBQD=0.269;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.2652;VQSLOD=8.6872 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2819,220,0
|
|
1 233840927 rs9424535 G A 1690.51 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.608;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=7.245;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=19.66;ReadPosRankSum=-1.802;SB=-805.495;SBQD=5.605;SBpi=0.2100;SBpiQual=0.2076;VQSLOD=3.7838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:86:99:1721,0,1016
|
|
1 233842012 rs596623 A G 2042.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=30.95;SB=-1157.020;SBQD=-2.991;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.0929;VQSLOD=7.3208 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2076,168,0
|
|
1 233854154 rs11591080 T G 1184.35 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.757;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=2.880;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=2.087;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.218;SB=-600.569;SBQD=-0.994;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4033;VQSLOD=5.5025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:1214,0,1244
|
|
1 233859008 rs12144732 A G 1049.73 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.927;HRun=0;HaplotypeScore=1.7753;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=15.00;ReadPosRankSum=1.400;SB=-532.988;SBQD=0.577;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2098;VQSLOD=5.6405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1080,0,916
|
|
1 233861559 rs4595319 C T 1291.24 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.370;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=10.412;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.201;SB=-691.975;SBQD=-9.539;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2069;VQSLOD=4.4466 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:1321,0,939
|
|
1 233871774 rs6699710 G A 1202.94 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.387;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.838;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.814;SB=-639.904;SBQD=-1.833;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1560;VQSLOD=4.1557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1233,0,1154
|
|
1 233880423 rs666393 T C 2565.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3204;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.929;QD=30.91;ReadPosRankSum=0.465;SB=-1341.819;SBQD=5.109;SBpi=-0.1667;SBpiQual=0.2315;VQSLOD=5.7926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2599,226,0
|
|
1 233882353 rs7512477 A G 891.23 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.514;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.076;SB=-411.792;SBQD=4.327;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.2901;VQSLOD=5.1066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:921,0,1079
|
|
1 233883720 rs662700 T G 3123.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8737;MQ=59.92;MQ0=0;QD=32.53;SB=-1625.318;SBQD=2.217;SBpi=0.3062;SBpiQual=0.4613;VQSLOD=6.5501 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3156,250,0
|
|
1 233885174 rs8179503 C T 471.51 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.097;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=30.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.908;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.394;SB=-334.101;SBQD=-1.182;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.0158;VQSLOD=3.9428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:502,0,577
|
|
1 233898835 rs12041967 G C 3667.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=35.26;SB=-1945.490;SBQD=-1.250;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0806;VQSLOD=8.8351 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:3667,289,0
|
|
1 233923070 . A G 1989.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9301;MQ=58.82;MQ0=0;QD=29.26;SB=-1049.482;SBQD=-1.311;SBpi=-0.7276;SBpiQual=-0.8505;VQSLOD=3.4552 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2023,160,0
|
|
1 233960226 rs7554983 T C 2789.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.26;MQ0=1;QD=31.70;SB=-1434.213;SBQD=2.580;SBpi=-0.5330;SBpiQual=-0.3227;VQSLOD=7.5963 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2823,235,0
|
|
1 233960603 rs2884386 C G 2032.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.87;MQ0=0;QD=35.05;SB=-998.010;SBQD=1.722;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.3851;VQSLOD=7.3891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2066,162,0
|
|
1 233966896 rs10752770 G T 3341.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1673.864;SBQD=0.456;SBpi=-0.4126;SBpiQual=-0.3906;VQSLOD=8.6547 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3341,259,0
|
|
1 233969769 rs10910281 T C 2867.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.41;MQ0=0;QD=34.96;SB=-1300.040;SBQD=-1.523;SBpi=0.7730;SBpiQual=0.6991;VQSLOD=7.0592 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2900,232,0
|
|
1 233974503 rs56288105 G A 328.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.275;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=16.847;HRun=0;HaplotypeScore=8.1128;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.206;SB=-47.500;SBQD=-21.402;SBpi=-1.3333;SBpiQual=-2.1699;VQSLOD=0.4162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:62:99:358,0,255
|
|
1 233988328 . C T 1019.06 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.722;DP=81;Dels=0.00;FS=5.803;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.563;SB=-477.969;SBQD=-6.404;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.4700;VQSLOD=5.6013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:81:99:1049,0,1096
|
|
1 234000565 rs2358106 T C 2138.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=29.29;SB=-910.472;SBQD=8.322;SBpi=0.7608;SBpiQual=1.3402;VQSLOD=6.1847 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2171,180,0
|
|
1 234002647 rs56245914 G A 1288.76 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.378;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-672.441;SBQD=5.042;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.4688;VQSLOD=5.2056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:81:99:1319,0,909
|
|
1 234008620 rs2801440 G C 2514.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=24.8302;MQ=58.56;MQ0=0;QD=35.42;SB=-1245.081;SBQD=-0.530;SBpi=-0.2967;SBpiQual=-0.3476;VQSLOD=-18.2039 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2548,205,0
|
|
1 234024721 . G A 1128.41 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.469;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=14.11;ReadPosRankSum=-1.054;SB=-584.053;SBQD=-0.989;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3680;VQSLOD=3.6257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1158,0,1234
|
|
1 234030173 . C T 1419.72 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.048;DP=87;Dels=0.00;FS=2.923;HRun=0;HaplotypeScore=3.9776;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=16.32;ReadPosRankSum=0.965;SB=-603.131;SBQD=-2.233;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.7299;VQSLOD=2.4001 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1450,0,1226
|
|
1 234033217 rs4316415 A G 775.58 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.645;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-382.445;SBQD=-2.900;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.6178;VQSLOD=5.9783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:806,0,1185
|
|
1 234034179 rs1937258 C T 2823.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.86;SB=-1406.989;SBQD=0.593;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5839;VQSLOD=8.9621 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2856,217,0
|
|
1 234039857 rs10910308 T C 2211.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.88;MQ0=0;QD=33.00;SB=-1050.847;SBQD=-2.959;SBpi=-0.4276;SBpiQual=-0.6593;VQSLOD=8.3307 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2244,184,0
|
|
1 234055244 rs4244369 C A 1145.28 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.935;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.371;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.782;SB=-574.111;SBQD=4.057;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0127;VQSLOD=5.7864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:1175,0,1300
|
|
1 234055399 rs4920175 T C 1766.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9066;MQ=59.17;MQ0=0;QD=31.54;SB=-938.103;SBQD=6.188;SBpi=-0.2673;SBpiQual=0.2039;VQSLOD=6.4966 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1799,156,0
|
|
1 234059949 rs6680395 A G 3736.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4538;MQ=58.61;MQ0=0;QD=35.92;SB=-1594.469;SBQD=1.442;SBpi=0.8825;SBpiQual=0.9984;VQSLOD=6.5695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:3736,295,0
|
|
1 234061156 . T G 1847.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=6;MQRankSum=1.130;QD=24.63;ReadPosRankSum=1.632;SB=-568.997;SBQD=-7.496;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.2219;VQSLOD=3.4191 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:99:1880,162,0
|
|
1 234064021 rs10797503 T G 3508.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.53;MQ0=0;QD=35.80;SB=-1624.064;SBQD=0.351;SBpi=-0.6061;SBpiQual=-0.6142;VQSLOD=6.8368 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3508,280,0
|
|
1 234094562 rs10797507 A G 895.37 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.950;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.803;QD=12.61;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-433.792;SBQD=-1.744;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3053;VQSLOD=4.1334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:925,0,1190
|
|
1 234118917 rs12144766 T C 777.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.431;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.855;HRun=3;HaplotypeScore=7.2400;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.241;SB=-442.318;SBQD=-2.683;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.6328;VQSLOD=0.5205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:82:99:807,0,1351
|
|
1 234120124 rs4282883 G A 923.68 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-510.857;SBQD=5.636;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0966;VQSLOD=5.3531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:954,0,933
|
|
1 234132155 rs4244363 G T 1103.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-447.231;SBQD=-1.768;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.8216;VQSLOD=5.6925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1133,0,1116
|
|
1 234155088 rs34514761 T C 965.01 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.112;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.863;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.107;SB=-547.847;SBQD=3.507;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.0639;VQSLOD=5.7378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:995,0,1102
|
|
1 234163041 . G A 692.90 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.624;DP=50;Dels=0.00;FS=4.283;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.429;SB=-433.722;SBQD=5.264;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1050;VQSLOD=4.6549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:723,0,604
|
|
1 234169913 rs12138162 G A 1781.15 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.257;DB;DP=115;Dels=0.00;FS=5.763;HRun=1;HaplotypeScore=1.7876;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.837;SB=-770.367;SBQD=-4.991;SBpi=-0.6455;SBpiQual=-0.7894;VQSLOD=4.6989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:115:99:1811,0,1763
|
|
1 234171222 rs4309044 G A 1024.33 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.273;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.039;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.277;SB=-384.406;SBQD=2.884;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.8443;VQSLOD=5.2570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,34:80:99:1054,0,1496
|
|
1 234179321 rs4920211 G A 1250.99 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.889;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.228;QD=18.40;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-550.321;SBQD=-1.516;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.5406;VQSLOD=5.1808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:1281,0,803
|
|
1 234242760 rs12562400 C T 1029.17 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.181;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=12.71;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-545.784;SBQD=0.569;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0670;VQSLOD=5.1801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:1059,0,1448
|
|
1 234254306 rs12562011 G A 1262 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.619;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-580.286;SBQD=4.415;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.6765;VQSLOD=4.5882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:1292,0,1293
|
|
1 234266786 rs12119808 G A 612.80 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.613;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=21.382;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.536;SB=-143.610;SBQD=13.820;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.2338;VQSLOD=4.6392 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:643,0,1178
|
|
1 234269305 rs10910358 T G 1337.37 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=2;HaplotypeScore=3.8812;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-710.716;SBQD=2.580;SBpi=-0.6301;SBpiQual=-0.5872;VQSLOD=2.9061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,50:86:99:1367,0,1031
|
|
1 234269958 rs7340109 T C 532.29 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.494;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-263.240;SBQD=5.056;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.4892;VQSLOD=4.6797 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:562,0,904
|
|
1 234277445 rs1563693 T C 1113.61 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.204;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.138;QD=15.47;ReadPosRankSum=2.400;SB=-479.934;SBQD=4.243;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6090;VQSLOD=4.6836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1144,0,1085
|
|
1 234291090 rs9435575 A C 807.45 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.424;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.878;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=55.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-404.427;SBQD=-0.171;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.1052;VQSLOD=4.0146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:837,0,1526
|
|
1 234304041 rs12409862 G A 1058.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=14.499;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.187;SB=-308.350;SBQD=10.090;SBpi=1.3974;SBpiQual=1.4180;VQSLOD=4.8269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1089,0,1123
|
|
1 234347759 rs6656242 A C 719.34 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.453;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.265;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.005;SB=-202.139;SBQD=7.619;SBpi=0.9000;SBpiQual=1.0521;VQSLOD=4.5464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:749,0,1063
|
|
1 234372434 rs677816 T A 783.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.67;MQ0=0;QD=24.49;SB=-182.562;SBQD=-10.855;SBpi=-1.7678;SBpiQual=-1.9608;VQSLOD=3.8442 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:66.20:817,66,0
|
|
1 234377350 rs502124 A G 785.17 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.627;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-419.325;SBQD=-3.144;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.1007;VQSLOD=5.3721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:815,0,1177
|
|
1 234383651 rs12063101 A T 226.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.289;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=10.885;HRun=1;HaplotypeScore=4.2107;MQ=51.66;MQ0=4;MQRankSum=-4.665;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.964;SB=-25.819;SBQD=5.646;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.6495;VQSLOD=-3.4777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,26:98:99:257,0,1875
|
|
1 234385050 rs689345 A G 1024.71 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.983;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=2.997;HRun=2;HaplotypeScore=1.4972;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.524;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.945;SB=-518.369;SBQD=-0.721;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.0450;VQSLOD=3.6224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1055,0,1182
|
|
1 234385444 rs532354 G A 1189.17 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.891;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.988;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.109;SB=-632.278;SBQD=-5.055;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0098;VQSLOD=3.6341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:1219,0,757
|
|
1 234428792 rs686182 G A 1174.15 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.090;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.452;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=15.25;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-563.447;SBQD=3.263;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4013;VQSLOD=5.1658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1204,0,1008
|
|
1 234438327 rs642044 A G 1010.67 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.233;HRun=2;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.629;SB=-550.678;SBQD=4.491;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3875;VQSLOD=5.4336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1041,0,1131
|
|
1 234461769 rs12028015 A G 226.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=2.162;HRun=1;HaplotypeScore=47.9236;MQ=52.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.425;QD=3.02;ReadPosRankSum=-3.947;SB=-179.938;SBQD=2.669;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.6062;VQSLOD=-71.8650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,21:75:99:257,0,824
|
|
1 234473914 rs2991952 C T 549.15 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.566;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.134;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-293.602;SBQD=3.242;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.0302;VQSLOD=5.1661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:52:99:579,0,675
|
|
1 234474780 rs2677806 C A 1311.10 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.936;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.937;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=19.00;ReadPosRankSum=1.494;SB=-580.076;SBQD=0.920;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.6930;VQSLOD=4.7072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:1341,0,805
|
|
1 234478405 rs2677810 A G 524.50 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.057;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4546;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.213;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.763;SB=-274.422;SBQD=-0.735;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4850;VQSLOD=2.1029 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:69:99:554,0,1365
|
|
1 234482519 rs61824509 C T 1255.33 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.925;HRun=0;HaplotypeScore=6.0783;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.451;QD=17.20;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-670.825;SBQD=2.321;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.3219;VQSLOD=2.9713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:1285,0,786
|
|
1 234503149 . C A 462.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.064;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.9792;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.209;SB=-279.842;SBQD=1.747;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1218;VQSLOD=-1.3783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:493,0,356
|
|
1 234548854 rs1039996 T C 643.30 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-201.157;SBQD=5.008;SBpi=1.1339;SBpiQual=1.3778;VQSLOD=3.3393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:673,0,671
|
|
1 234555115 . C T 509.98 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.179;DP=43;Dels=0.00;FS=1.210;HRun=2;HaplotypeScore=2.8406;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=2.204;QD=11.86;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-284.371;SBQD=-2.852;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2169;VQSLOD=1.8729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:540,0,715
|
|
1 234571486 . G A 618.42 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=41;Dels=0.00;FS=6.069;HRun=1;HaplotypeScore=2.4417;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-174.774;SBQD=0.064;SBpi=0.8528;SBpiQual=1.2024;VQSLOD=2.1734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:41:99:648,0,528
|
|
1 234580927 rs11578042 G A 1990.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;QD=33.17;SB=-1063.927;SBQD=-3.115;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.2376;VQSLOD=8.1395 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2023,159,0
|
|
1 234583274 rs3820601 G A 436.47 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.318;SB=-279.916;SBQD=-2.088;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0109;VQSLOD=4.6967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:466,0,747
|
|
1 234585790 rs1619856 T C 2840.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.03;SB=-993.043;SBQD=4.383;SBpi=1.2940;SBpiQual=1.6638;VQSLOD=7.9256 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2874,244,0
|
|
1 234585820 rs2224642 T G 3025.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.46;SB=-1161.172;SBQD=0.364;SBpi=1.2623;SBpiQual=1.3621;VQSLOD=7.9567 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3059,241,0
|
|
1 234592202 . C T 979.64 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.811;DP=70;Dels=0.00;FS=0.969;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.024;SB=-495.284;SBQD=-1.596;SBpi=-0.9912;SBpiQual=-1.0021;VQSLOD=2.9824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:1010,0,661
|
|
1 234594947 rs12402937 T C 954.68 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-499.885;SBQD=-1.231;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1461;VQSLOD=5.7939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:985,0,1404
|
|
1 234595296 rs538833 A G 957.24 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=10.927;HRun=0;HaplotypeScore=1.7870;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=14.73;ReadPosRankSum=2.123;SB=-347.184;SBQD=-12.018;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.7867;VQSLOD=4.5663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:987,0,824
|
|
1 234597692 rs270508 C T 2995.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=35.66;SB=-1338.058;SBQD=-0.641;SBpi=-0.7638;SBpiQual=-0.8942;VQSLOD=7.1526 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3028,235,0
|
|
1 234627959 rs271751 C T 912.54 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.916;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.349;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.178;SB=-453.691;SBQD=0.118;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.7190;VQSLOD=6.0796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:943,0,675
|
|
1 234628018 rs271752 T C 795.20 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.073;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=11.87;ReadPosRankSum=-1.464;SB=-546.667;SBQD=4.622;SBpi=-0.1622;SBpiQual=0.0105;VQSLOD=4.7818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:825,0,697
|
|
1 234636218 rs56220240 C T 1118.78 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.732;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.273;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.546;SB=-449.662;SBQD=-4.231;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7445;VQSLOD=4.7757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:1149,0,1045
|
|
1 234640115 rs671172 G A 1326.53 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.981;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.369;HRun=0;HaplotypeScore=2.6812;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=20.73;ReadPosRankSum=-0.526;SB=-647.582;SBQD=-0.251;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.1603;VQSLOD=3.6374 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,42:64:99:1357,0,427
|
|
1 234653672 rs6676555 T G 760.33 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.775;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.652;HRun=0;HaplotypeScore=1.7825;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.516;SB=-314.912;SBQD=7.852;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.6873;VQSLOD=5.2686 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:790,0,1088
|
|
1 234688218 rs6674941 T A 1182.68 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.259;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.748;HRun=2;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=16.66;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-256.918;SBQD=-6.272;SBpi=-1.7262;SBpiQual=-1.8874;VQSLOD=3.3898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1213,0,1011
|
|
1 234712577 . C T 1388.14 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.805;DP=79;Dels=0.00;FS=1.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=17.57;ReadPosRankSum=1.732;SB=-697.081;SBQD=1.886;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.0956;VQSLOD=5.7475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1418,0,932
|
|
1 234714528 rs4027036 G C 1072.90 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.859;HRun=0;HaplotypeScore=1.8824;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-527.368;SBQD=2.178;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.2607;VQSLOD=4.4075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1103,0,1226
|
|
1 234717997 rs2358328 A G 488.54 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=15.362;HRun=0;HaplotypeScore=48.3582;MQ=56.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.736;SB=-135.889;SBQD=10.863;SBpi=1.2247;SBpiQual=1.3120;VQSLOD=-59.3290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:519,0,1086
|
|
1 234734655 rs6695132 T C 1768.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.17;MQ0=0;QD=29.47;SB=-553.534;SBQD=13.753;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.5579;VQSLOD=6.6925 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1801,150,0
|
|
1 234738875 rs12068025 A G 2436.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.37;SB=-1309.473;SBQD=1.698;SBpi=0.0585;SBpiQual=0.1825;VQSLOD=6.3095 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2469,199,0
|
|
1 234754492 rs11590909 C T 891.48 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.335;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.797;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-396.123;SBQD=2.742;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.9354;VQSLOD=4.8223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:921,0,1466
|
|
1 234761446 rs524505 A G 4320.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=36.31;SB=-2093.189;SBQD=0.814;SBpi=0.3682;SBpiQual=0.4024;VQSLOD=9.0842 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:4320,340,0
|
|
1 234777093 rs487770 G A 1121.01 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.527;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=7.108;HRun=2;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=13.35;ReadPosRankSum=-1.187;SB=-463.167;SBQD=-6.583;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.9438;VQSLOD=4.9675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1151,0,1320
|
|
1 234783303 rs17580066 A G 592.15 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-109.883;SBQD=-9.604;SBpi=-1.4184;SBpiQual=-1.4854;VQSLOD=4.6329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:622,0,849
|
|
1 234786161 rs664220 A G 2785.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.18;SB=-1272.748;SBQD=0.283;SBpi=0.6268;SBpiQual=0.6811;VQSLOD=8.4711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2819,220,0
|
|
1 234788553 rs527175 T C 2450.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=32.67;SB=-1375.581;SBQD=-1.404;SBpi=-0.0577;SBpiQual=-0.1803;VQSLOD=8.1965 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2483,196,0
|
|
1 234792046 rs660824 C G 827.24 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.357;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.943;HRun=0;HaplotypeScore=1.9525;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=12.35;ReadPosRankSum=-2.760;SB=-443.036;SBQD=0.559;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.1760;VQSLOD=3.2382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:857,0,933
|
|
1 234795238 rs24185 T A 853.50 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.269;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.486;HRun=1;HaplotypeScore=1.4105;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-504.434;SBQD=4.794;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0661;VQSLOD=4.2897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:883,0,950
|
|
1 234803965 rs638454 T C 1083.77 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=4.039;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=12.18;ReadPosRankSum=-2.696;SB=-478.573;SBQD=-4.104;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.5902;VQSLOD=4.2787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:1114,0,1574
|
|
1 234806216 rs474100 C T 1140.61 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.277;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=12.426;HRun=1;HaplotypeScore=1.6609;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=18.40;ReadPosRankSum=-2.045;SB=-314.128;SBQD=10.548;SBpi=1.3974;SBpiQual=1.5176;VQSLOD=2.8510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:1171,0,603
|
|
1 234808018 rs533048 C T 745.47 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.832;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.275;HRun=4;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-261.076;SBQD=6.537;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.9684;VQSLOD=5.0311 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:775,0,1076
|
|
1 234819747 rs485615 C T 836.08 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.683;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-351.622;SBQD=-6.570;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.8643;VQSLOD=5.5651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:866,0,798
|
|
1 234822913 rs501107 C A 1066.44 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.898;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=12.868;HRun=3;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.163;SB=-627.190;SBQD=-6.796;SBpi=-0.0781;SBpiQual=0.0386;VQSLOD=3.8520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:1096,0,1462
|
|
1 234825868 rs481113 A T 1001.90 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.388;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.848;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=12.22;ReadPosRankSum=1.078;SB=-416.930;SBQD=3.112;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.5619;VQSLOD=5.7324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:82:99:1032,0,1681
|
|
1 234831203 rs12750333 T G 696.94 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.679;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=12.02;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-235.447;SBQD=-8.097;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-1.4130;VQSLOD=4.4817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:727,0,897
|
|
1 234831482 rs627279 T C 516.99 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=3.965;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.505;SB=-312.229;SBQD=8.056;SBpi=-0.0962;SBpiQual=0.3347;VQSLOD=4.6903 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:547,0,400
|
|
1 234837168 . A G 608.65 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;DP=61;Dels=0.00;FS=2.195;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.372;SB=-341.282;SBQD=-2.260;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4441;VQSLOD=4.2790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:639,0,1001
|
|
1 234865711 . T G 134.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.107;DP=89;Dels=0.00;FS=162.414;HRun=2;HaplotypeScore=6.8786;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=1.51;ReadPosRankSum=-5.582;SB=168.264;SBQD=16.405;SBpi=3.2404;SBpiQual=2.5249;VQSLOD=-15.2873 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:164,0,1553
|
|
1 234883182 rs12133803 T C 1091.02 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.286;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.036;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.749;SB=-526.816;SBQD=-3.939;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4784;VQSLOD=5.8736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1121,0,1189
|
|
1 234890837 rs2919641 C T 2359.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=59.42;MQ0=0;QD=32.77;SB=-1254.808;SBQD=-1.166;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.1676;VQSLOD=7.0558 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2393,196,0
|
|
1 234901318 rs57341579 T C 1004.21 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.473;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.235;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.355;SB=-462.368;SBQD=-0.299;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.7150;VQSLOD=4.7703 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1034,0,1202
|
|
1 234906812 rs10910502 T A 2458.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3639;MQ=59.36;MQ0=0;QD=34.15;SB=-819.823;SBQD=4.689;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.7213;VQSLOD=5.9452 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2492,202,0
|
|
1 234914862 rs945733 G C 739.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.212;DB;DP=175;Dels=0.00;FS=2.423;HRun=0;HaplotypeScore=7.0597;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=2.202;QD=4.23;ReadPosRankSum=2.283;SB=-409.201;SBQD=1.125;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.4710;VQSLOD=0.3987 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,39:175:99:770,0,3637
|
|
1 234915656 rs2501745 A G 5776.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.27;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.712;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.462;HRun=2;HaplotypeScore=6.1648;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=23.11;ReadPosRankSum=-1.536;SB=-3046.132;SBQD=-1.922;SBpi=0.2212;SBpiQual=0.1660;VQSLOD=1.3810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,183:250:99:5126,0,1841
|
|
1 234916843 rs2501749 C T 6491.35 PASS AB=0.26;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.685;DB;DP=240;DS;Dels=0.00;FS=0.551;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=27.05;ReadPosRankSum=0.979;SB=-2702.367;SBQD=Infinity;SBpi=0.7141;SBpiQual=0.8098;VQSLOD=3.7143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,177:240:99:5811,0,1341
|
|
1 234917668 rs2796136 C A 9078.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.67;MQ0=0;QD=36.46;SB=-4418.352;SBQD=NaN;SBpi=0.6654;SBpiQual=0.6295;VQSLOD=6.9025 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,249:249:99:9077,716,0
|
|
1 234919363 rs2488201 A G 5528.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.60;MQ0=52;QD=22.38;SB=-459.917;SBQD=-Infinity;SBpi=-3.3405;SBpiQual=-4.1015;VQSLOD=0.6786 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,247:247:99:5527,505,0
|
|
1 234925405 . C T 71.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.039;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=100.812;HRun=2;HaplotypeScore=4.0599;MQ=16.30;MQ0=45;MQRankSum=0.880;QD=0.29;ReadPosRankSum=-0.606;SB=177.031;SBQD=1.883;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2787;VQSLOD=-0.7855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,33:242:99:101,0,1400
|
|
1 234943631 . C T 779.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.909;DP=220;Dels=0.00;FS=2.327;HRun=0;HaplotypeScore=3.3052;MQ=40.77;MQ0=36;MQRankSum=-1.010;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.901;SB=-484.948;SBQD=0.915;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.5926;VQSLOD=-0.8024 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,56:220:99:809,0,3321
|
|
1 234945346 . G A 870.70 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.358;DP=114;Dels=0.00;FS=5.801;HRun=5;HaplotypeScore=0.6651;MQ=25.86;MQ0=63;MQRankSum=1.439;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.419;SB=-108.280;SBQD=19.057;SBpi=1.2978;SBpiQual=1.5618;VQSLOD=1.8395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,37:114:99:901,0,386
|
|
1 234946991 rs61836315 T C 673.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.49;MQ0=25;QD=12.24;SB=-324.582;SBQD=2.880;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.6452;VQSLOD=5.4059 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:72.09:706,72,0
|
|
1 234955836 rs28476693 G A 578.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.979;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=4.144;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=35.49;MQ0=6;MQRankSum=1.614;QD=5.21;ReadPosRankSum=-2.967;SB=-313.706;SBQD=3.480;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2665;VQSLOD=1.0348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,35:111:99:608,0,1518
|
|
1 234956324 rs822837 T G 663.46 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.561;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.057;SB=-188.583;SBQD=7.114;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.0649;VQSLOD=3.5292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:693,0,1021
|
|
1 234963200 rs822827 A T 1801.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=28.59;SB=-1178.490;SBQD=0.141;SBpi=0.0630;SBpiQual=0.0724;VQSLOD=5.7178 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1834,144,0
|
|
1 234964434 rs2802983 C G 1307.47 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=7.278;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=15.75;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-637.744;SBQD=-4.072;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.2244;VQSLOD=5.1217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1337,0,1153
|
|
1 234971854 rs822840 T G 1215.02 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.3969;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.711;SB=-555.924;SBQD=1.113;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.4151;VQSLOD=4.8691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:80:99:1245,0,1214
|
|
1 234981050 rs2796165 G C 1325.32 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.829;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.620;QD=15.23;ReadPosRankSum=1.934;SB=-538.558;SBQD=1.116;SBpi=0.8847;SBpiQual=0.8693;VQSLOD=5.1301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1355,0,1201
|
|
1 234981565 rs2786023 T C 462.70 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.205;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.081;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-238.813;SBQD=3.124;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.4016;VQSLOD=4.9961 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:493,0,1279
|
|
1 234983043 rs2459149 G T 1271.74 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.996;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.862;HRun=2;HaplotypeScore=2.9136;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.893;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-593.369;SBQD=-1.324;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.5287;VQSLOD=2.3812 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1302,0,1132
|
|
1 234984583 rs2796166 G C 1549.41 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.973;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=8.235;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=16.14;ReadPosRankSum=-2.005;SB=-672.524;SBQD=5.490;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.7972;VQSLOD=5.3850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:96:99:1579,0,1316
|
|
1 234989721 rs908312 C T 677.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=0;HaplotypeScore=4.4384;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.402;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-371.095;SBQD=0.734;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4744;VQSLOD=0.8790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:708,0,921
|
|
1 235029510 rs2803006 T C 1052.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.47;MQ0=0;QD=27.00;SB=-557.237;SBQD=-1.917;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7025;VQSLOD=4.2917 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90.26:1086,90,0
|
|
1 235036108 rs2673976 A T 1906.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.77;SB=-965.913;SBQD=-0.557;SBpi=-0.6455;SBpiQual=-0.7170;VQSLOD=7.3031 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1939,150,0
|
|
1 235036981 rs7515383 C T 1108.32 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.083;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.114;SB=-346.738;SBQD=0.661;SBpi=1.4837;SBpiQual=1.6395;VQSLOD=4.0487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1138,0,1298
|
|
1 235037046 rs7515484 C G 683.45 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.057;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.709;SB=-284.846;SBQD=0.163;SBpi=0.9129;SBpiQual=1.1245;VQSLOD=5.2230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:713,0,1014
|
|
1 235040835 rs7537522 A G 1026.82 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.043;SB=-487.729;SBQD=0.515;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4501;VQSLOD=6.3089 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:1057,0,1296
|
|
1 235042127 rs2802991 A G 1416.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.41;MQ0=0;QD=17.70;SB=-1377.133;SBQD=1.035;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2434;VQSLOD=5.2418 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:1449,117,0
|
|
1 235070360 rs2358435 T A 1125.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9916;MQ=53.07;MQ0=0;QD=22.97;SB=-856.434;SBQD=-1.743;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.1358;VQSLOD=4.0075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:93.29:1159,93,0
|
|
1 235071220 rs1849939 G A 1029.86 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=1.019;QD=14.93;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-422.256;SBQD=-0.054;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-0.9572;VQSLOD=5.1879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1060,0,817
|
|
1 235074969 rs2803013 C G 2311.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.5346;MQ=59.35;MQ0=0;QD=32.55;SB=-1061.521;SBQD=2.260;SBpi=0.6527;SBpiQual=0.8272;VQSLOD=4.2177 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2344,187,0
|
|
1 235087603 rs12725576 T C 1165.02 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.913;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.7963;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=15.96;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-490.648;SBQD=2.332;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.7996;VQSLOD=2.5188 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:1195,0,892
|
|
1 235089667 rs12144968 C T 1430.90 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.827;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=2.712;HRun=1;HaplotypeScore=1.9991;MQ=59.37;MQ0=1;MQRankSum=0.861;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-772.579;SBQD=-1.197;SBpi=0.0700;SBpiQual=0.2659;VQSLOD=4.9605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:1461,0,1322
|
|
1 235090408 rs10910534 C T 908.23 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.615;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=2.075;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.423;SB=-290.788;SBQD=3.075;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.2384;VQSLOD=4.8301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:938,0,1297
|
|
1 235119382 rs6586361 G T 2513.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.91;SB=-876.102;SBQD=1.590;SBpi=1.4343;SBpiQual=1.6121;VQSLOD=7.6612 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2546,199,0
|
|
1 235128324 rs35104976 G A 545.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;QD=14.74;SB=-429.963;SBQD=-4.693;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.0988;VQSLOD=5.1734 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:45.14:579,45,0
|
|
1 235135936 rs28636056 C T 1930.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.70;MQ0=0;QD=33.28;SB=-832.133;SBQD=-0.555;SBpi=-0.7878;SBpiQual=-0.8760;VQSLOD=7.7253 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1963,159,0
|
|
1 235152757 rs9727449 C T 2701.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.49;MQ0=0;QD=37.01;SB=-1361.185;SBQD=1.304;SBpi=-0.1756;SBpiQual=-0.1265;VQSLOD=7.7493 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2735,214,0
|
|
1 235161582 rs34368482 C T 570.62 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.372;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5717;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.889;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.205;SB=-0.007;SBQD=-14.493;SBpi=-2.2361;SBpiQual=-2.4461;VQSLOD=2.0583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:601,0,624
|
|
1 235163803 rs12732683 A T 1721.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4105;MQ=59.16;MQ0=0;QD=31.30;SB=-701.774;SBQD=3.199;SBpi=1.0113;SBpiQual=1.1989;VQSLOD=5.5156 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1754,144,0
|
|
1 235171977 rs61836801 C T 156.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.74;MQ0=0;QD=2.75;SB=-281.065;SBQD=-11.030;SBpi=-2.3179;SBpiQual=-2.7639;VQSLOD=-0.7601 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:15.05:189,15,0
|
|
1 235175200 . A G 1148.43 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.507;DP=78;Dels=0.00;FS=3.185;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.862;SB=-509.854;SBQD=-0.663;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.7873;VQSLOD=5.5377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:1178,0,1079
|
|
1 235183448 rs35131858 G A 2122.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=30.75;SB=-1290.174;SBQD=0.259;SBpi=0.0602;SBpiQual=0.0784;VQSLOD=6.7640 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2155,172,0
|
|
1 235185285 rs34578818 C T 1780.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.3823;MQ=59.58;MQ0=0;QD=32.37;SB=-945.087;SBQD=1.118;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.4250;VQSLOD=4.9618 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1813,141,0
|
|
1 235269233 rs6656994 T G 586.07 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.810;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.392;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.330;SB=-321.714;SBQD=-6.342;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.7368;VQSLOD=4.5357 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:616,0,949
|
|
1 235279045 . T C 827.79 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.275;DP=72;Dels=0.00;FS=2.190;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=11.50;ReadPosRankSum=-1.434;SB=-261.945;SBQD=0.598;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.3231;VQSLOD=3.2546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:858,0,1314
|
|
1 235288889 rs7547668 A C 909.90 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.847;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.201;SB=-484.094;SBQD=-1.269;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.5565;VQSLOD=5.2718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:940,0,1181
|
|
1 235303912 rs34504950 C T 489.59 PASS AB=0.29;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.381;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=20.40;ReadPosRankSum=-0.127;SB=2.974;SBQD=21.284;SBpi=2.0616;SBpiQual=2.1272;VQSLOD=2.8049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,17:24:99:520,0,150
|
|
1 235312570 . G A 631.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=50;Dels=0.00;FS=1.185;HRun=0;HaplotypeScore=1.7128;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.106;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.693;SB=-245.972;SBQD=2.483;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.1820;VQSLOD=0.7037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:661,0,622
|
|
1 235314729 . C T 1009.86 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.829;DP=83;Dels=0.00;FS=0.821;HRun=0;HaplotypeScore=1.9532;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.489;SB=-579.137;SBQD=1.397;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1384;VQSLOD=5.6519 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:1040,0,1326
|
|
1 235372580 rs12729988 G A 1058.59 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.647;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.241;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=1.714;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.130;SB=-581.218;SBQD=2.523;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.1639;VQSLOD=5.0113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1089,0,691
|
|
1 235378344 rs10925125 G A 2112.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=32.51;SB=-1137.987;SBQD=0.637;SBpi=-0.4341;SBpiQual=-0.4235;VQSLOD=7.4181 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2146,169,0
|
|
1 235387000 rs3765797 A G 324.07 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.772;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=5.755;HRun=0;HaplotypeScore=31.9384;MQ=56.17;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.410;SB=11.996;SBQD=9.038;SBpi=1.5000;SBpiQual=2.1227;VQSLOD=-22.5114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:52:99:354,0,882
|
|
1 235397118 . C T 1242.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.349;DP=80;Dels=0.00;FS=1.868;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.623;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.623;SB=-626.257;SBQD=-2.046;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0826;VQSLOD=4.5639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1273,0,1102
|
|
1 235432729 rs10925285 A G 2842.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1230.539;SBQD=1.121;SBpi=-0.9444;SBpiQual=-0.8770;VQSLOD=7.7355 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2876,232,0
|
|
1 235440411 rs12027933 A T 849.47 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.097;HRun=2;HaplotypeScore=1.7853;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.354;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-464.644;SBQD=3.909;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.7924;VQSLOD=3.1448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:879,0,774
|
|
1 235478418 . G A 821.81 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;DP=78;Dels=0.00;FS=12.698;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=10.54;ReadPosRankSum=-2.213;SB=-349.944;SBQD=9.638;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.2805;VQSLOD=2.9479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:78:99:852,0,1599
|
|
1 235488052 rs4233473 C G 2363.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;QD=31.94;SB=-1352.445;SBQD=0.691;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0110;VQSLOD=7.3022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2397,193,0
|
|
1 235495476 rs6699644 G T 2225.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.34;MQ0=0;QD=31.80;SB=-1176.565;SBQD=-2.013;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.3726;VQSLOD=7.5732 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:2259,181,0
|
|
1 235510013 rs7534175 A G 318.99 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=6.011;HRun=0;HaplotypeScore=2.5404;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=8.62;ReadPosRankSum=-2.027;SB=-197.971;SBQD=9.023;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.5639;VQSLOD=2.9719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:349,0,438
|
|
1 235528247 rs6429035 C T 602.41 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.244;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.666;SB=-281.220;SBQD=3.912;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.4249;VQSLOD=5.3849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:632,0,952
|
|
1 235535317 rs12079328 A T 892.68 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.702;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.988;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-407.000;SBQD=-1.445;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.7013;VQSLOD=5.5317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:923,0,1060
|
|
1 235586613 rs903347 C T 672.22 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.771;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=6.603;HRun=0;HaplotypeScore=1.7465;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.446;SB=-352.236;SBQD=-6.290;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3366;VQSLOD=5.3628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:702,0,1027
|
|
1 235611093 rs6429094 A G 1193.58 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.361;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.838;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.171;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.496;SB=-643.129;SBQD=-1.263;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.0196;VQSLOD=5.7830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:1224,0,1184
|
|
1 235644192 rs425017 C A 1226.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.97;MQ0=0;QD=29.21;SB=-644.592;SBQD=6.552;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.4154;VQSLOD=6.3443 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1260,99,0
|
|
1 235653590 rs291399 G A 701.99 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.223;SB=-370.682;SBQD=0.461;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2429;VQSLOD=5.7849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:732,0,1002
|
|
1 235663653 rs291343 C T 771.17 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.407;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.523;SB=-285.016;SBQD=2.623;SBpi=1.0213;SBpiQual=0.8687;VQSLOD=5.2078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:801,0,626
|
|
1 235680585 rs453315 C T 833.62 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.665;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=14.789;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-376.037;SBQD=10.647;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7982;VQSLOD=6.0231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:864,0,890
|
|
1 235693105 rs291371 C G 1179.10 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.714;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.803;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=13.40;ReadPosRankSum=1.079;SB=-606.396;SBQD=-2.363;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.2324;VQSLOD=5.7383 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:1209,0,1219
|
|
1 235705921 rs10925954 G A 644.40 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.208;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.510;SB=-245.779;SBQD=-0.384;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.8952;VQSLOD=5.3389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:674,0,579
|
|
1 235711406 rs10925973 G A 1192.66 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.263;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=11.644;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=14.91;ReadPosRankSum=1.884;SB=-510.949;SBQD=8.268;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.7925;VQSLOD=4.7373 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1223,0,959
|
|
1 235712268 rs10802804 G A 793.12 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.300;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.850;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.440;SB=-446.181;SBQD=0.840;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0029;VQSLOD=5.9102 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:823,0,668
|
|
1 235713162 rs10754681 C T 1819.23 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.313;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=5.194;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=17.84;ReadPosRankSum=-0.765;SB=-698.081;SBQD=-4.169;SBpi=-1.1619;SBpiQual=-1.2513;VQSLOD=4.9670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,60:102:99:1849,0,1120
|
|
1 235728226 rs1810846 G A 771.33 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.809;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.175;SB=-402.413;SBQD=6.650;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.4076;VQSLOD=4.8374 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:61:99:801,0,714
|
|
1 235740983 rs35840115 C A 662.49 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.912;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=1.831;QD=12.74;ReadPosRankSum=-1.996;SB=-273.823;SBQD=2.807;SBpi=0.8660;SBpiQual=1.0501;VQSLOD=4.2313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:692,0,719
|
|
1 235746426 rs2774334 A G 1035.99 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.075;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.853;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=13.63;ReadPosRankSum=1.462;SB=-638.694;SBQD=-1.450;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0666;VQSLOD=5.3496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1066,0,1072
|
|
1 235754583 . C G 769.79 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=51;Dels=0.00;FS=2.386;HRun=1;HaplotypeScore=2.5200;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=15.09;ReadPosRankSum=1.316;SB=-408.879;SBQD=-1.495;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1943;VQSLOD=3.2593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:800,0,666
|
|
1 235758029 rs2774326 A G 329.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.786;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.399;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.430;SB=-101.826;SBQD=6.042;SBpi=1.0660;SBpiQual=1.0850;VQSLOD=4.0686 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:44:99:359,0,530
|
|
1 235766062 rs12140087 C T 1026.95 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.429;HRun=0;HaplotypeScore=3.6534;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-506.607;SBQD=4.936;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.2890;VQSLOD=3.9953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1057,0,902
|
|
1 235767105 rs10926216 C T 825.97 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.704;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.710;SB=-385.675;SBQD=-0.913;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4512;VQSLOD=5.8101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:856,0,860
|
|
1 235799823 rs12129460 C T 1231.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.84;MQ0=0;QD=26.19;SB=-834.955;SBQD=-1.206;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.1622;VQSLOD=4.5927 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1264,102,0
|
|
1 235817129 . G A 44.07 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.034;DP=79;Dels=0.00;FS=9.192;HRun=5;HaplotypeScore=46.1635;MQ=48.70;MQ0=1;MQRankSum=-1.920;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.546;SB=-64.066;SBQD=5.145;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.8886;VQSLOD=-68.2757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:74.06:74,0,552
|
|
1 235821850 rs6699717 A T 1447.16 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.947;HRun=0;HaplotypeScore=1.8937;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=18.32;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-692.397;SBQD=1.580;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3090;VQSLOD=5.1922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:79:99:1477,0,915
|
|
1 235910542 rs3754234 C T 1316.78 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.731;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.118;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.671;SB=-616.471;SBQD=1.784;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5479;VQSLOD=5.5831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1347,0,1141
|
|
1 235962341 rs10926704 T C 1191.81 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=10.460;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=16.79;ReadPosRankSum=0.509;SB=-489.943;SBQD=-8.319;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.9054;VQSLOD=5.0395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:1222,0,843
|
|
1 236001779 rs6668242 T C 2598.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1246.657;SBQD=0.552;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3931;VQSLOD=7.9712 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2632,208,0
|
|
1 236020836 rs12091290 A G 697.93 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.557;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.074;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.470;SB=-393.537;SBQD=-2.453;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1691;VQSLOD=4.9086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:728,0,1206
|
|
1 236030045 rs3738521 A T 80.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.96;MQ0=0;QD=16.14;SB=-72.740;SBQD=-5.577;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2583;VQSLOD=5.3870 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:9.03:113,9,0
|
|
1 236031533 rs4660117 C G 1848.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.05;MQ0=0;QD=27.59;SB=-985.467;SBQD=-6.955;SBpi=0.9163;SBpiQual=0.3647;VQSLOD=3.8860 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1882,165,0
|
|
1 236043410 rs10926960 G T 2292.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=56.80;MQ0=0;QD=34.22;SB=-861.429;SBQD=2.901;SBpi=-1.4049;SBpiQual=-1.3372;VQSLOD=6.0025 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2326,184,0
|
|
1 236055151 . G A 1282.67 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.720;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7297;MQ=50.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.794;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.815;SB=-676.329;SBQD=-0.542;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3493;VQSLOD=2.9393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:78:99:1313,0,1001
|
|
1 236056548 rs17714636 A G 1688.09 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.947;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=17.96;ReadPosRankSum=-1.505;SB=-886.841;SBQD=0.873;SBpi=-0.2626;SBpiQual=-0.2438;VQSLOD=4.3907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,58:94:99:1718,0,1052
|
|
1 236056817 rs10158123 T C 1011.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.440;SB=-514.676;SBQD=-0.701;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.4473;VQSLOD=4.4144 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1042,0,1107
|
|
1 236065239 rs12404348 A C 938.72 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.623;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=13.22;ReadPosRankSum=-1.908;SB=-541.615;SBQD=3.443;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.0243;VQSLOD=5.8487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:969,0,1097
|
|
1 236081188 rs7526974 C T 2770.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.98;SB=-1457.850;SBQD=0.854;SBpi=0.0570;SBpiQual=0.1312;VQSLOD=9.1003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2803,217,0
|
|
1 236134345 . C T 1334.21 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.799;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=16.68;ReadPosRankSum=1.292;SB=-504.884;SBQD=-0.781;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-1.0249;VQSLOD=3.5582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1364,0,1103
|
|
1 236142565 rs1536132 T C 1867.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.61;SB=-932.250;SBQD=-1.444;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.4543;VQSLOD=5.6094 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1900,159,0
|
|
1 236146929 rs10927169 T C 1060.58 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.158;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.925;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.887;SB=-396.361;SBQD=5.904;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.9708;VQSLOD=5.4390 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1091,0,1075
|
|
1 236155219 rs6429452 T C 2386.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;QD=31.82;SB=-1371.062;SBQD=-1.119;SBpi=-0.0577;SBpiQual=-0.1625;VQSLOD=7.7926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2420,193,0
|
|
1 236164479 rs6657431 T C 434.70 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.121;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=5.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-337.598;SBQD=-7.231;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2725;VQSLOD=4.3362 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:465,0,594
|
|
1 236178606 rs9662380 G A 954.09 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.353;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.178;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-375.030;SBQD=5.676;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.6613;VQSLOD=5.3614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:984,0,1065
|
|
1 236194698 rs10803237 G A 594.24 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.119;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.093;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.521;SB=-385.817;SBQD=-2.023;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.0838;VQSLOD=4.5972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:624,0,581
|
|
1 236201609 rs4659620 T G 745.43 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.078;HRun=3;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.009;SB=-318.289;SBQD=1.910;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.7155;VQSLOD=5.7583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:775,0,747
|
|
1 236205704 rs12033187 C T 890.09 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.400;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=13.49;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-473.312;SBQD=-4.517;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.6275;VQSLOD=5.7426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:920,0,621
|
|
1 236242227 rs2471846 G A 80.26 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;DB;DP=81;Dels=0.01;FS=3.321;HRun=15;HaplotypeScore=38.4731;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.222;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-519.103;SBQD=0.595;SBpi=0.9899;SBpiQual=0.8065;VQSLOD=-126.2980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,50:81:99:110,0,521
|
|
1 236257468 rs6694909 C T 1204.85 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.345;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8519;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.594;SB=-605.541;SBQD=-0.268;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3046;VQSLOD=5.0864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1235,0,1084
|
|
1 236258399 rs2753448 G A 1476.85 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.545;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=2.896;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.815;QD=16.98;ReadPosRankSum=-1.773;SB=-698.220;SBQD=-2.939;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.3837;VQSLOD=4.7648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,46:87:99:1507,0,1217
|
|
1 236260441 . G A 329.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=11.260;HRun=0;HaplotypeScore=21.7274;MQ=23.46;MQ0=96;MQRankSum=-0.301;QD=1.32;ReadPosRankSum=2.663;SB=-8.112;SBQD=1.403;SBpi=3.3408;SBpiQual=3.4760;VQSLOD=-16.2099 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:193,56:249:99:360,0,1451
|
|
1 236260526 rs6656575 C T 292.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.795;DB;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=4.724;HRun=0;HaplotypeScore=10.7050;MQ=14.99;MQ0=127;MQRankSum=-0.324;QD=1.20;ReadPosRankSum=-3.339;SB=-151.233;SBQD=-0.173;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.3313;VQSLOD=-5.4612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,70:243:99:323,0,905
|
|
1 236307360 rs10924341 G T 795.24 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.757;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=4.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.738;SB=-316.538;SBQD=-6.009;SBpi=-0.8839;SBpiQual=-0.9860;VQSLOD=6.2257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:825,0,678
|
|
1 236312878 rs2025017 C T 911.12 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.121;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7661;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=15.71;ReadPosRankSum=-0.025;SB=-353.840;SBQD=-3.427;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.8749;VQSLOD=5.0614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:941,0,549
|
|
1 236340078 rs17563158 G A 785.50 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.271;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.198;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-415.572;SBQD=-4.914;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0328;VQSLOD=6.3006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:815,0,923
|
|
1 236344428 rs12071180 G A 659.84 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.277;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=9.041;HRun=4;HaplotypeScore=1.6439;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.199;SB=-261.632;SBQD=-8.182;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.5166;VQSLOD=4.4243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:99:690,0,1428
|
|
1 236345068 rs10495374 C T 1046.52 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.373;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.261;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.991;SB=-363.657;SBQD=-6.079;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.9651;VQSLOD=4.5707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:1077,0,694
|
|
1 236345663 rs16833417 G T 789.94 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.056;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=14.11;ReadPosRankSum=0.074;SB=-256.895;SBQD=2.719;SBpi=1.1339;SBpiQual=1.2486;VQSLOD=4.9253 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:820,0,806
|
|
1 236383650 rs1749601 C G 789.33 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.940;HRun=0;HaplotypeScore=1.9772;MQ=55.57;MQ0=0;MQRankSum=2.152;QD=12.53;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-443.882;SBQD=0.007;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2110;VQSLOD=4.4165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:819,0,1035
|
|
1 236385655 rs2477590 T C 910.50 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.007;HRun=1;HaplotypeScore=3.2439;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-307.294;SBQD=3.179;SBpi=0.6093;SBpiQual=1.0071;VQSLOD=3.2550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:940,0,811
|
|
1 236415347 rs60724318 T C 1060.82 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=2.759;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-595.018;SBQD=2.505;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1096;VQSLOD=5.0872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:92:99:1091,0,1472
|
|
1 236416182 rs1749585 A G 1229.96 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.541;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=18.09;ReadPosRankSum=0.652;SB=-520.624;SBQD=6.678;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.5241;VQSLOD=5.1061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:1260,0,914
|
|
1 236416921 rs2812465 C T 1139.81 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.866;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=13.41;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-582.641;SBQD=-2.944;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3044;VQSLOD=4.4711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1170,0,1457
|
|
1 236419201 rs1726650 T C 1133.76 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.943;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.879;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.474;SB=-617.545;SBQD=-1.006;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.1390;VQSLOD=5.7670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1164,0,1065
|
|
1 236423333 rs11584042 A T 888.15 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.186;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.987;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.133;SB=-326.941;SBQD=-3.339;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7518;VQSLOD=4.7567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:76:99:918,0,1499
|
|
1 236434961 rs2695044 T C 1948.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.03;SB=-986.479;SBQD=-0.450;SBpi=-0.4557;SBpiQual=-0.5003;VQSLOD=8.1778 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1982,156,0
|
|
1 236467533 rs12724870 G A 880.15 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=12.956;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.514;SB=-410.468;SBQD=11.003;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.8513;VQSLOD=4.2788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:910,0,715
|
|
1 236513818 rs644581 T G 452.37 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.022;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.098;HRun=0;HaplotypeScore=2.6921;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-229.769;SBQD=-0.347;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4655;VQSLOD=3.6254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:482,0,1098
|
|
1 236514120 rs650182 C T 826 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.667;HRun=0;HaplotypeScore=1.9699;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.734;SB=-411.098;SBQD=4.505;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.1452;VQSLOD=4.9241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:856,0,849
|
|
1 236518075 rs584265 T C 1303.42 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.916;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=15.33;ReadPosRankSum=1.680;SB=-657.815;SBQD=-3.710;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.4505;VQSLOD=5.5426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1333,0,1100
|
|
1 236521453 rs626473 G A 297.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.738;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.6567;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.683;SB=-224.025;SBQD=2.711;SBpi=-1.0206;SBpiQual=-0.8805;VQSLOD=1.4096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:61:99:328,0,320
|
|
1 236528611 rs675964 G A 301.11 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.263;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=8.728;HRun=0;HaplotypeScore=1.8835;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-120.199;SBQD=-10.996;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.1084;VQSLOD=2.7331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:331,0,755
|
|
1 236529878 rs590470 A G 360 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.148;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-258.621;SBQD=1.034;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.0803;VQSLOD=4.3896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:390,0,982
|
|
1 236532624 rs657379 G A 1007.21 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.038;HRun=0;HaplotypeScore=3.3522;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=14.19;ReadPosRankSum=2.130;SB=-384.585;SBQD=-1.834;SBpi=-1.1355;SBpiQual=-1.0784;VQSLOD=2.5543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:71:99:1037,0,1061
|
|
1 236560015 rs61833985 G T 931.36 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.744;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=12.023;HRun=0;HaplotypeScore=5.0996;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-305.095;SBQD=-12.836;SBpi=-1.3270;SBpiQual=-1.8189;VQSLOD=2.1977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:83:99:961,0,852
|
|
1 236569174 . C T 392.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;DP=63;Dels=0.00;FS=6.154;HRun=2;HaplotypeScore=16.8256;MQ=48.19;MQ0=2;MQRankSum=1.650;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-287.556;SBQD=5.019;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.4324;VQSLOD=-7.6890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:423,0,531
|
|
1 236584282 rs590348 T C 1931.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5556;MQ=47.81;MQ0=0;QD=27.99;SB=-996.192;SBQD=0.567;SBpi=0.7825;SBpiQual=0.7792;VQSLOD=3.8191 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1964,165,0
|
|
1 236591527 rs2996457 G A 1125.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.14;MQ0=5;QD=23.46;SB=-582.011;SBQD=-2.141;SBpi=-0.0729;SBpiQual=0.0093;VQSLOD=4.4568 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:48:99:1159,105,0
|
|
1 236591983 . T A 64.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.3335;MQ=21.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.751;SB=-30.440;SBQD=0.912;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6837;VQSLOD=0.6855 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:9.02:97,9,0
|
|
1 236617323 rs16833701 A C 864 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.466;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=20.734;HRun=1;HaplotypeScore=18.2912;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.596;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-341.412;SBQD=13.122;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.7160;VQSLOD=-8.0023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:76:99:894,0,1314
|
|
1 236617358 rs1253625 T C 759.84 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.898;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.554;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=3.633;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.490;SB=-460.838;SBQD=-4.410;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0170;VQSLOD=3.2106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:790,0,759
|
|
1 236617603 rs1253624 C A 679.01 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.277;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.046;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=2.674;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-378.154;SBQD=2.451;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2805;VQSLOD=4.1061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:709,0,1133
|
|
1 236619656 rs12746576 G A 664.92 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.943;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.708;HRun=0;HaplotypeScore=1.5572;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.849;SB=-300.899;SBQD=-5.762;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.6720;VQSLOD=5.2712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:72:99:695,0,1339
|
|
1 236621051 rs1253608 G A 825.26 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.002;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.062;SB=-419.553;SBQD=1.096;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.5016;VQSLOD=5.9906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:855,0,584
|
|
1 236636159 rs585273 T C 440.87 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.785;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.311;HRun=1;HaplotypeScore=2.7535;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=8.02;ReadPosRankSum=-2.166;SB=-321.435;SBQD=4.882;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2263;VQSLOD=2.7691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:471,0,834
|
|
1 236642815 rs55822906 C A 511.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.671;HRun=10;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-190.130;SBQD=-6.899;SBpi=-1.3720;SBpiQual=-1.6624;VQSLOD=-1.1766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:541,0,924
|
|
1 236688641 rs1535502 C T 2814.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.02;MQ0=0;QD=34.75;SB=-1106.110;SBQD=-0.883;SBpi=-1.2778;SBpiQual=-1.4159;VQSLOD=7.5860 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2848,223,0
|
|
1 236701405 . G A 51.01 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;DP=42;Dels=0.00;FS=9.642;HRun=5;HaplotypeScore=25.7219;MQ=40.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.263;QD=1.21;ReadPosRankSum=-2.997;SB=-1.602;SBQD=7.685;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1438;VQSLOD=-36.9137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,10:42:81:81,0,369
|
|
1 236702902 rs28704525 C T 735.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.80;MQ0=0;QD=15.33;SB=-613.897;SBQD=1.658;SBpi=0.7217;SBpiQual=0.8176;VQSLOD=5.3755 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:69.19:769,69,0
|
|
1 236702984 rs28475030 C T 1134.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.76;MQ0=0;QD=19.91;SB=-906.212;SBQD=1.452;SBpi=-0.0662;SBpiQual=-0.2510;VQSLOD=4.9903 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1168,105,0
|
|
1 236703767 rs2758994 C T 2302.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.35;MQ0=0;QD=32.43;SB=-867.381;SBQD=-4.370;SBpi=-1.2461;SBpiQual=-1.4557;VQSLOD=6.5032 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:2335,184,0
|
|
1 236709439 rs2794784 A G 2539.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.429;QD=31.35;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-964.198;SBQD=-4.783;SBpi=1.4534;SBpiQual=1.0812;VQSLOD=5.6242 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:2573,210,0
|
|
1 236711586 rs1160 G A 2670.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.16;MQ0=0;QD=34.68;SB=-1384.819;SBQD=0.256;SBpi=0.2849;SBpiQual=0.3368;VQSLOD=7.9315 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2704,211,0
|
|
1 236711810 rs2758997 A G 3183.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.20;MQ0=0;QD=35.37;SB=-1456.724;SBQD=0.732;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.6748;VQSLOD=8.6897 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3217,256,0
|
|
1 236714064 rs6989 A C 1920.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9937;MQ=59.31;MQ0=0;QD=28.67;SB=-872.021;SBQD=-0.104;SBpi=-0.7941;SBpiQual=-0.6328;VQSLOD=6.0176 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1954,177,0
|
|
1 236717926 rs2275687 T C 1973.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.62;SB=-850.915;SBQD=-1.848;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.8742;VQSLOD=8.5809 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2007,159,0
|
|
1 236718620 rs1126627 T C 2539.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=33.85;SB=-1059.449;SBQD=-1.297;SBpi=-1.0970;SBpiQual=-1.2483;VQSLOD=8.4675 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2572,202,0
|
|
1 236722489 rs2146122 C T 2495.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=59.72;MQ0=0;QD=30.81;SB=-1395.701;SBQD=-1.730;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.4258;VQSLOD=6.2081 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2529,202,0
|
|
1 236730323 rs2799432 A G 2267.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.83;SB=-967.372;SBQD=-3.808;SBpi=1.2618;SBpiQual=0.9015;VQSLOD=5.7250 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2300,210,0
|
|
1 236740938 rs2853594 G A 970.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6221;MQ=56.01;MQ0=0;QD=21.57;SB=-627.597;SBQD=1.322;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-0.6702;VQSLOD=2.5123 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:45:81.23:1004,81,0
|
|
1 236747412 rs1891238 G A 2944.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.35;SB=-1557.275;SBQD=-0.265;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.0781;VQSLOD=8.8669 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2977,229,0
|
|
1 236755170 rs2794760 G T 2946.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.08;SB=-1210.812;SBQD=1.407;SBpi=1.0911;SBpiQual=1.2106;VQSLOD=7.3673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2980,232,0
|
|
1 236757229 rs2794754 G A 2999.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.61;MQ0=0;QD=36.14;SB=-1471.411;SBQD=1.467;SBpi=0.1646;SBpiQual=0.1892;VQSLOD=8.6641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3033,244,0
|
|
1 236766096 . T G 53.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.684;DP=59;Dels=0.00;FS=17.536;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=0.91;ReadPosRankSum=-3.185;SB=73.671;SBQD=4.488;SBpi=1.9500;SBpiQual=1.0586;VQSLOD=-7.5187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:59:83.56:84,0,1137
|
|
1 236767826 rs4233465 T C 1709.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=28.03;SB=-971.044;SBQD=6.832;SBpi=-0.5762;SBpiQual=-0.0455;VQSLOD=5.3897 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1743,153,0
|
|
1 236772279 rs843927 G T 2382.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=33.09;ReadPosRankSum=1.636;SB=-993.539;SBQD=2.601;SBpi=-1.1274;SBpiQual=-1.0013;VQSLOD=7.0348 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:2415,196,0
|
|
1 236782436 . A T 56.31 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=47.6708;MQ=61.50;MQ0=0;QD=1.06;SB=-876.309;SBQD=0.177;SBpi=-0.4808;SBpiQual=-0.4763;VQSLOD=-67.2332 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:9.01:88,9,0
|
|
1 236794556 rs1743999 G A 1952.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.21;MQ0=0;QD=26.39;SB=-1154.373;SBQD=2.515;SBpi=-0.8137;SBpiQual=-0.7109;VQSLOD=5.1405 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1986,159,0
|
|
1 236799520 rs7530565 A T 2606.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7232;MQ=58.57;MQ0=0;QD=33.41;SB=-1228.845;SBQD=-3.855;SBpi=-0.3397;SBpiQual=-0.5390;VQSLOD=4.3448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2639,211,0
|
|
1 236810177 rs1253232 G C 1245.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.42;MQ0=0;QD=27.69;SB=-651.115;SBQD=7.917;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.1742;VQSLOD=5.4549 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1279,117,0
|
|
1 236822322 rs12140395 C T 2457.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=34.61;SB=-947.651;SBQD=-0.219;SBpi=1.2461;SBpiQual=1.2836;VQSLOD=8.8647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2490,199,0
|
|
1 236858873 rs56333540 T C 70.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=11.9883;MQ=64.63;MQ0=0;QD=3.50;SB=-278.036;SBQD=-8.063;SBpi=0.2236;SBpiQual=-0.1090;VQSLOD=-15.0905 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:11.97:102,12,0
|
|
1 236900018 rs7542508 G A 2236.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=33.88;SB=-1152.237;SBQD=-1.072;SBpi=-0.2462;SBpiQual=-0.3068;VQSLOD=8.5836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2269,178,0
|
|
1 236901163 rs12137719 A G 1222.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.57;MQ0=0;QD=29.10;SB=-652.245;SBQD=1.649;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.4177;VQSLOD=6.2024 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1255,105,0
|
|
1 236901818 rs3768125 A T 2153.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=29.50;SB=-1120.950;SBQD=-3.387;SBpi=-0.4096;SBpiQual=-0.6956;VQSLOD=6.8663 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2187,178,0
|
|
1 236902364 rs4659711 C T 2678.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.96;MQ0=0;QD=34.33;SB=-1210.995;SBQD=-1.005;SBpi=0.9058;SBpiQual=0.8682;VQSLOD=7.8392 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2711,217,0
|
|
1 236902594 rs2288601 C G 2283.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.8858;MQ=59.43;MQ0=0;QD=31.28;SB=-1181.994;SBQD=-1.232;SBpi=-0.5267;SBpiQual=-0.6294;VQSLOD=3.9792 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2316,187,0
|
|
1 236903791 rs2385494 C T 2080.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.27;MQ0=0;QD=30.16;SB=-883.148;SBQD=0.443;SBpi=-1.2641;SBpiQual=-1.3459;VQSLOD=6.7634 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2114,172,0
|
|
1 236904135 rs7555260 G A 2439.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.39;MQ0=0;QD=32.52;SB=-1305.225;SBQD=4.281;SBpi=-0.4041;SBpiQual=-0.2315;VQSLOD=7.9148 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2472,205,0
|
|
1 236919195 . G A 38.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.736;DP=42;Dels=0.00;FS=6.803;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=17.14;MQ0=19;MQRankSum=0.533;QD=0.92;ReadPosRankSum=-1.173;SB=9.000;SBQD=-5.816;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0856;VQSLOD=-1.6604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:42:68.66:69,0,91
|
|
1 236943048 . T C 3514.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=35.50;SB=-1551.569;SBQD=1.850;SBpi=0.6533;SBpiQual=0.8046;VQSLOD=6.4572 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3514,280,0
|
|
1 237061849 rs1131450 G A 1358.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=54.93;MQ0=0;QD=23.42;SB=-854.336;SBQD=7.624;SBpi=-0.9191;SBpiQual=-0.5124;VQSLOD=3.9489 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:58:99:1391,111,0
|
|
1 237119775 rs6695539 C T 702.66 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.102;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.358;HRun=0;HaplotypeScore=1.5572;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.411;SB=-392.643;SBQD=7.060;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1540;VQSLOD=4.9538 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:733,0,856
|
|
1 237120149 rs1252118 G A 1772.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6281;MQ=58.95;MQ0=0;QD=28.58;SB=-1082.635;SBQD=1.526;SBpi=-0.3810;SBpiQual=-0.3295;VQSLOD=4.9336 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1805,141,0
|
|
1 237129335 rs6683896 G T 1069.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.44;SB=-311.856;SBQD=1.179;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.4428;VQSLOD=7.9469 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:87.26:1103,87,0
|
|
1 237136574 rs11579338 A G 2810.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1273.389;SBQD=-0.020;SBpi=0.7313;SBpiQual=0.7598;VQSLOD=8.9238 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2844,223,0
|
|
1 237194236 . G A 926 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;DP=62;Dels=0.00;FS=3.660;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=14.94;ReadPosRankSum=-1.129;SB=-295.964;SBQD=-5.317;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-1.2078;VQSLOD=3.7050 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:956,0,926
|
|
1 237198640 rs12120365 T C 1129.32 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.873;SB=-444.629;SBQD=-0.948;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8314;VQSLOD=5.6696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1159,0,1197
|
|
1 237214647 rs11582448 G A 189.87 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.066;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-156.288;SBQD=-4.623;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.0286;VQSLOD=4.3364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:24:99:220,0,252
|
|
1 237230602 rs2385611 G A 2993.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=36.07;SB=-1567.596;SBQD=-1.542;SBpi=0.1646;SBpiQual=0.0406;VQSLOD=7.7075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3027,238,0
|
|
1 237231691 rs6681409 A G 2562.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.28;SB=-1003.573;SBQD=-4.559;SBpi=1.3105;SBpiQual=0.9146;VQSLOD=7.2105 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2595,232,0
|
|
1 237232183 rs4623687 G A 3008.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1547.936;SBQD=-1.146;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.2126;VQSLOD=9.1433 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3041,241,0
|
|
1 237232462 rs4253907 G A 3059.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.57;SB=-1467.958;SBQD=0.162;SBpi=0.4313;SBpiQual=0.4950;VQSLOD=8.4908 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3092,244,0
|
|
1 237232771 rs2891826 T C 2810.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6671;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.98;SB=-1342.883;SBQD=-2.420;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.2725;VQSLOD=7.7966 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2844,226,0
|
|
1 237257366 rs6428991 C T 1506.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.55;MQ0=0;QD=31.38;SB=-422.133;SBQD=-7.509;SBpi=-1.5877;SBpiQual=-1.9267;VQSLOD=5.7740 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1539,123,0
|
|
1 237258172 rs9428375 T A 2335.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5640;MQ=54.53;MQ0=1;QD=32.90;SB=-1127.599;SBQD=3.885;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.4503;VQSLOD=6.1478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2369,190,0
|
|
1 237284393 rs2485567 T G 1391.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=31.62;SB=-711.587;SBQD=-5.511;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.0830;VQSLOD=7.2241 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1424,126,0
|
|
1 237326051 rs10925334 T A 1083 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.007;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.955;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.579;SB=-516.814;SBQD=-3.309;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.4200;VQSLOD=6.4098 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1113,0,1157
|
|
1 237351122 rs61832395 T A 108.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.83;MQ0=0;QD=1.50;SB=-1256.546;SBQD=-1.661;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0552;VQSLOD=0.7843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:17.93:141,18,0
|
|
1 237354424 rs4659774 G A 789.89 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=14.005;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.356;SB=-252.667;SBQD=-11.778;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-1.0302;VQSLOD=5.2396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:820,0,908
|
|
1 237369598 rs638910 T C 1765.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=31.53;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-987.972;SBQD=2.475;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0581;VQSLOD=7.1169 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:99:1799,126,0
|
|
1 237372721 rs12043412 A G 1022.37 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.850;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.232;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-552.373;SBQD=-4.554;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0937;VQSLOD=4.5393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:1052,0,1325
|
|
1 237375939 rs671216 T C 2512.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.22;MQ0=0;QD=34.90;SB=-1192.173;SBQD=-0.726;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.5723;VQSLOD=7.3717 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2546,202,0
|
|
1 237383894 rs7541818 G A 1110.15 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.263;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.821;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=13.71;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-672.496;SBQD=-2.910;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3087;VQSLOD=6.2989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1140,0,1047
|
|
1 237402000 rs55924146 T A 1260.36 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.652;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=19.10;ReadPosRankSum=-0.363;SB=-650.989;SBQD=4.961;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.3759;VQSLOD=3.6152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,43:66:99:1290,0,656
|
|
1 237404226 rs12127545 T C 1128.08 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.555;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.764;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.073;SB=-538.857;SBQD=1.602;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.4439;VQSLOD=5.8110 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:1158,0,1710
|
|
1 237457675 rs10754596 A G 2670.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7661;MQ=59.22;MQ0=0;QD=32.17;SB=-1326.541;SBQD=0.135;SBpi=0.7135;SBpiQual=0.7521;VQSLOD=4.3659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2703,214,0
|
|
1 237463089 rs10754598 T A 2705.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9632;MQ=59.25;MQ0=0;QD=33.41;SB=-1259.622;SBQD=1.400;SBpi=-0.7826;SBpiQual=-0.7890;VQSLOD=4.8465 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2739,217,0
|
|
1 237469454 rs10925363 A G 2466.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.79;SB=-1143.961;SBQD=1.791;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.8123;VQSLOD=7.9196 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2500,199,0
|
|
1 237472001 rs12749456 A G 2206.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=55.81;MQ0=0;QD=35.59;SB=-922.341;SBQD=-3.584;SBpi=-0.6350;SBpiQual=-0.8080;VQSLOD=6.8624 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2239,175,0
|
|
1 237473007 rs12124564 A G 200.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.28;MQ0=0;QD=13.36;SB=-87.586;SBQD=-3.037;SBpi=-1.1619;SBpiQual=-1.2122;VQSLOD=4.9268 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:23.99:233,24,0
|
|
1 237473376 rs12749212 C A 864.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.94;MQ0=1;QD=24.71;SB=-253.953;SBQD=2.402;SBpi=1.5435;SBpiQual=1.4378;VQSLOD=3.5262 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:81.14:898,81,0
|
|
1 237558007 rs4659787 C T 1595.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.13;MQ0=0;QD=30.10;SB=-1000.877;SBQD=-1.464;SBpi=0.0687;SBpiQual=0.0255;VQSLOD=6.0735 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1628,126,0
|
|
1 237590010 rs4388696 C T 2911.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.47;MQ0=0;QD=36.85;SB=-1148.508;SBQD=1.404;SBpi=1.0688;SBpiQual=1.2603;VQSLOD=7.4099 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2944,229,0
|
|
1 237591839 rs4590661 T C 2431.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7833;MQ=59.67;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1026.787;SBQD=2.786;SBpi=0.7171;SBpiQual=0.9225;VQSLOD=5.9236 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2465,199,0
|
|
1 237602640 rs2998401 T C 2673.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;QD=34.27;SB=-1184.036;SBQD=-2.459;SBpi=0.9058;SBpiQual=0.7581;VQSLOD=8.6312 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2706,223,0
|
|
1 237615806 rs2127150 A C 218.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.10;MQ0=0;QD=19.90;SB=-37.799;SBQD=23.979;SBpi=1.3568;SBpiQual=1.4220;VQSLOD=2.8038 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:21.06:252,21,0
|
|
1 237634913 rs12048032 G A 1456.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.48;MQ0=0;QD=33.10;SB=-690.210;SBQD=-0.738;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.6712;VQSLOD=5.8939 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1489,117,0
|
|
1 237635364 rs4436382 A G 2657.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;QD=35.91;SB=-1336.205;SBQD=1.355;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.1678;VQSLOD=8.4667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2691,211,0
|
|
1 237636763 rs12046814 A T 927.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=1;HaplotypeScore=1.7870;MQ=43.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.866;SB=-1212.340;SBQD=1.123;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.0380;VQSLOD=4.6766 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:81.18:960,81,0
|
|
1 237637123 rs9428379 G A 2645.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.12;MQ0=0;QD=33.49;SB=-1361.155;SBQD=2.240;SBpi=-0.3938;SBpiQual=-0.3296;VQSLOD=9.6314 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2679,217,0
|
|
1 237638942 rs6669057 G A 2815.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;QD=37.05;SB=-1435.697;SBQD=-0.897;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0531;VQSLOD=8.6756 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2848,226,0
|
|
1 237640360 rs10802614 A G 2755.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=32.42;SB=-1116.410;SBQD=-6.836;SBpi=-0.7050;SBpiQual=-1.2718;VQSLOD=7.7795 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2788,241,0
|
|
1 237671117 rs2805426 A C 1867.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=29.18;SB=-1013.161;SBQD=4.446;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.1456;VQSLOD=7.1271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1901,168,0
|
|
1 237693155 rs2779362 T G 2182.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.92;MQ0=0;QD=32.09;SB=-708.227;SBQD=-0.717;SBpi=-1.8190;SBpiQual=-1.8872;VQSLOD=6.7599 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2215,181,0
|
|
1 237710993 rs2618663 A G 2857.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6423;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.23;SB=-1031.906;SBQD=-8.075;SBpi=-0.8627;SBpiQual=-1.4326;VQSLOD=6.0995 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2890,250,0
|
|
1 237716125 rs2618656 A G 2706.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.07;SB=-1216.894;SBQD=0.164;SBpi=0.5267;SBpiQual=0.6071;VQSLOD=8.8598 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2739,214,0
|
|
1 237724344 rs2061840 A G 1623.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.91;MQ0=0;QD=35.30;SB=-882.442;SBQD=0.036;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0068;VQSLOD=8.6174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1657,129,0
|
|
1 237725353 rs2779393 A G 2755.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.79;SB=-1151.761;SBQD=0.553;SBpi=0.8547;SBpiQual=0.9728;VQSLOD=8.4524 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2789,223,0
|
|
1 237727862 rs2010430 G A 1186.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.60;MQ0=0;QD=20.82;SB=-667.055;SBQD=-1.460;SBpi=-1.3908;SBpiQual=-1.4967;VQSLOD=2.6944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1220,99,0
|
|
1 237729774 rs2248295 G A 2655.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=35.41;SB=-1186.317;SBQD=1.463;SBpi=0.6351;SBpiQual=0.7095;VQSLOD=9.1872 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2689,214,0
|
|
1 237735297 rs2779407 C T 2706.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.15;SB=-1200.640;SBQD=-0.562;SBpi=-0.8547;SBpiQual=-0.9560;VQSLOD=9.4603 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2740,211,0
|
|
1 237738044 rs2618675 C T 2714.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1401.085;SBQD=0.823;SBpi=0.1709;SBpiQual=0.2728;VQSLOD=8.6425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2747,217,0
|
|
1 237738493 rs2779415 C A 1725.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.24;MQ0=0;QD=31.96;SB=-958.287;SBQD=1.807;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.2037;VQSLOD=7.1835 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1759,138,0
|
|
1 237740423 rs4528106 G A 2318.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.59;MQ0=0;QD=36.79;SB=-1089.808;SBQD=0.854;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.3852;VQSLOD=8.7168 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2351,184,0
|
|
1 237750738 rs2779425 C T 2950.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1535.985;SBQD=-2.813;SBpi=0.2744;SBpiQual=0.1071;VQSLOD=8.4008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2983,232,0
|
|
1 237753364 rs2805409 A C 3928.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=37.06;SB=-1903.669;SBQD=-1.567;SBpi=-0.1943;SBpiQual=-0.3531;VQSLOD=8.7801 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:3928,310,0
|
|
1 237758247 rs1842088 A G 612.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.11;MQ0=0;QD=16.55;SB=-495.296;SBQD=-2.552;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8033;VQSLOD=5.9604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:51.16:646,51,0
|
|
1 237765200 rs2805418 G A 2320.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.05;SB=-1068.228;SBQD=0.139;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.4612;VQSLOD=8.6747 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2354,181,0
|
|
1 237772356 rs2779349 T C 1034.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=24.06;SB=-170.204;SBQD=-1.487;SBpi=-2.5162;SBpiQual=-2.2471;VQSLOD=2.4104 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1068,102,0
|
|
1 237773617 rs10925473 C T 2347.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.68;SB=-764.957;SBQD=0.945;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.6091;VQSLOD=6.4766 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2381,187,0
|
|
1 237790680 rs939698 G A 2744.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.65;SB=-1441.423;SBQD=0.849;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.0966;VQSLOD=8.2044 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2778,217,0
|
|
1 237793902 rs10159353 C A 3191.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.60;SB=-1736.795;SBQD=-1.043;SBpi=-0.1539;SBpiQual=-0.2558;VQSLOD=7.7838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3225,256,0
|
|
1 237806336 rs6429033 G A 1240.79 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.130;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.209;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=19.70;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-552.987;SBQD=-2.314;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.6383;VQSLOD=4.1560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,39:63:99:1271,0,733
|
|
1 237823476 rs1342834 A G 3133.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.87;SB=-1349.243;SBQD=1.348;SBpi=0.7050;SBpiQual=0.8583;VQSLOD=8.2585 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3167,250,0
|
|
1 237823752 rs619137 G A 3435.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.79;SB=-1859.658;SBQD=1.084;SBpi=-0.1021;SBpiQual=-0.0125;VQSLOD=6.4770 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3436,265,0
|
|
1 237824944 rs651250 G C 1729.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.39;MQ0=0;QD=31.44;SB=-686.560;SBQD=6.107;SBpi=0.7416;SBpiQual=1.1118;VQSLOD=7.1619 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1762,153,0
|
|
1 237835198 . G T 1175.47 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.432;DP=75;Dels=0.00;FS=1.943;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=15.67;ReadPosRankSum=0.601;SB=-572.035;SBQD=-2.491;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5452;VQSLOD=3.9985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1205,0,1044
|
|
1 237885894 rs2090875 T C 1081.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.94;MQ0=0;QD=23.02;SB=-629.273;SBQD=3.087;SBpi=-0.8023;SBpiQual=-0.4305;VQSLOD=3.5989 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1115,99,0
|
|
1 237886146 rs2090876 C A 877.86 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.070;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.948;QD=12.72;ReadPosRankSum=1.293;SB=-317.191;SBQD=4.205;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.8718;VQSLOD=5.5473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:69:99:908,0,1219
|
|
1 237907475 rs1915780 C G 1020.21 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.170;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-397.054;SBQD=-4.380;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8318;VQSLOD=5.6375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:1050,0,1422
|
|
1 237912296 rs2819768 A T 637.60 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.493;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.065;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=12.03;ReadPosRankSum=-1.635;SB=-310.633;SBQD=-2.973;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4593;VQSLOD=5.2858 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:668,0,926
|
|
1 237925293 rs1521742 C G 2069.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=33.93;SB=-1037.614;SBQD=-1.275;SBpi=-0.1921;SBpiQual=-0.2833;VQSLOD=8.4076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2103,175,0
|
|
1 237946964 rs790889 T C 899.22 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.375;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.385;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.980;SB=-407.524;SBQD=3.870;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3586;VQSLOD=5.8412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:929,0,1118
|
|
1 237967786 rs2794827 G A 634.91 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.140;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=46.253;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=12.70;ReadPosRankSum=1.946;SB=48.127;SBQD=19.824;SBpi=2.2913;SBpiQual=2.4698;VQSLOD=2.5686 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:665,0,849
|
|
1 237967937 rs2794828 T C 962.37 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.515;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=17.19;ReadPosRankSum=0.210;SB=-495.334;SBQD=1.847;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.0854;VQSLOD=6.2088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:992,0,560
|
|
1 237978828 rs2794832 G A 1761.32 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.318;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=4.009;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=19.36;ReadPosRankSum=0.439;SB=-861.140;SBQD=-3.825;SBpi=0.2060;SBpiQual=0.2283;VQSLOD=5.8202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,53:91:99:1791,0,1105
|
|
1 237981677 rs2794835 A G 626.01 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.465;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.018;HRun=1;HaplotypeScore=1.7883;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-282.252;SBQD=-2.617;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9384;VQSLOD=3.3587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:656,0,1103
|
|
1 237985085 rs2790350 T A 1165.97 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=11.611;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=15.14;ReadPosRankSum=0.076;SB=-418.840;SBQD=-9.078;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.9326;VQSLOD=5.4915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1196,0,1238
|
|
1 237989980 rs2794841 C A 986.06 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.753;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7987;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=14.09;ReadPosRankSum=1.471;SB=-470.911;SBQD=1.167;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3846;VQSLOD=5.3942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:1016,0,1131
|
|
1 238002641 rs11585037 C G 680.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=7.859;HRun=0;HaplotypeScore=2.8349;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.649;SB=-260.675;SBQD=8.699;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.8269;VQSLOD=4.6161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:710,0,596
|
|
1 238011717 rs10925529 C T 1204.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.92;MQ0=0;QD=24.09;SB=-784.010;SBQD=5.107;SBpi=-0.5657;SBpiQual=-0.5223;VQSLOD=2.8906 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1238,102,0
|
|
1 238041752 rs2794857 T C 2818.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=34.79;ReadPosRankSum=-1.390;SB=-1455.980;SBQD=-0.405;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1208;VQSLOD=7.5030 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:2851,226,0
|
|
1 238083531 rs509146 A T 1186.01 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.941;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=1.235;QD=13.48;ReadPosRankSum=-2.037;SB=-395.481;SBQD=-0.541;SBpi=-1.4162;SBpiQual=-1.6570;VQSLOD=3.5343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:1216,0,1355
|
|
1 238086360 rs7519612 C A 951.33 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.054;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.884;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.626;QD=13.03;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-496.210;SBQD=-2.038;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1582;VQSLOD=4.4580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:981,0,1260
|
|
1 238095957 rs1017982 G A 1090.45 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=9.027;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-452.267;SBQD=-8.091;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.7376;VQSLOD=4.9109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:1120,0,1431
|
|
1 238097071 rs546208 A G 943.07 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.180;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=13.905;HRun=1;HaplotypeScore=2.2633;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-207.785;SBQD=9.174;SBpi=1.6667;SBpiQual=1.7211;VQSLOD=2.3853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:973,0,1632
|
|
1 238097878 rs517760 C A 916.64 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.871;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=7.140;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-477.089;SBQD=-6.754;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.3273;VQSLOD=4.6741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:947,0,976
|
|
1 238109335 rs2499595 A G 1168.23 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.110;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.690;HRun=0;HaplotypeScore=1.6316;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-557.939;SBQD=2.118;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.3190;VQSLOD=5.8721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1198,0,1142
|
|
1 238113425 rs1565426 A G 1016.52 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.885;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.895;HRun=1;HaplotypeScore=3.1396;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=14.95;ReadPosRankSum=1.324;SB=-433.503;SBQD=-5.956;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.4016;VQSLOD=4.1753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:1047,0,948
|
|
1 238128633 rs12134826 C A 1116.44 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.233;HRun=0;HaplotypeScore=1.7351;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=15.09;ReadPosRankSum=1.341;SB=-469.222;SBQD=7.095;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6100;VQSLOD=5.6426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1146,0,1039
|
|
1 238130842 rs1490276 C T 969.15 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.942;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.983;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=15.14;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-421.140;SBQD=-3.160;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6874;VQSLOD=4.4704 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:999,0,822
|
|
1 238143023 rs902330 A G 1265.30 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=2.745;HRun=0;HaplotypeScore=1.6646;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.853;SB=-546.806;SBQD=3.540;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.5903;VQSLOD=5.1355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:1295,0,1580
|
|
1 238163813 rs2487104 A C 1133.22 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=14.17;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-592.811;SBQD=-1.701;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.0583;VQSLOD=6.0145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1163,0,1316
|
|
1 238196391 rs10925556 A G 1256.62 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.818;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=3.880;QD=11.74;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-556.954;SBQD=1.360;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.6556;VQSLOD=3.3471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,45:107:99:1287,0,1879
|
|
1 238203343 . C G 68.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=10.68;MQ0=10;QD=1.52;SB=-0.007;SBQD=2.626;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9140;VQSLOD=-1.0408 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,36:45:9.02:100,9,0
|
|
1 238215002 . G T 49.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.93;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.036;DP=92;Dels=0.00;FS=1.668;HRun=1;HaplotypeScore=22.3675;MQ=34.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.767;SB=58.936;SBQD=-0.000;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4536;VQSLOD=-12.9161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,6:92:79.91:80,0,779
|
|
1 238220584 rs2253305 T A 1089.90 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.454;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-623.192;SBQD=-0.148;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3818;VQSLOD=5.1983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1120,0,1241
|
|
1 238303473 rs2066072 C T 1886.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.56;MQ0=0;QD=35.60;SB=-753.411;SBQD=-3.671;SBpi=-0.7555;SBpiQual=-1.0014;VQSLOD=6.3589 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1920,153,0
|
|
1 238322892 rs7555833 A G 2826.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.0299;MQ=59.47;MQ0=0;QD=35.78;SB=-1414.823;SBQD=1.708;SBpi=0.1688;SBpiQual=0.2787;VQSLOD=4.4769 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2860,223,0
|
|
1 238374904 rs2486207 T G 1006.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.45;MQ0=0;QD=25.16;SB=-167.922;SBQD=-11.628;SBpi=-2.2136;SBpiQual=-2.5244;VQSLOD=3.6764 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:87.25:1039,87,0
|
|
1 238387061 rs6429064 G A 2511.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.93;SB=-1292.258;SBQD=0.090;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.1184;VQSLOD=7.9383 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2544,196,0
|
|
1 238391625 rs4659518 C T 3182.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=37.44;SB=-1085.528;SBQD=0.450;SBpi=1.5727;SBpiQual=1.6800;VQSLOD=8.2015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3215,250,0
|
|
1 238396391 rs978625 C G 2462.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.69;SB=-1160.665;SBQD=0.779;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.4983;VQSLOD=8.9732 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2496,199,0
|
|
1 238399116 rs7514680 T C 2451.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;QD=32.26;SB=-1285.475;SBQD=5.591;SBpi=-0.3441;SBpiQual=0.0841;VQSLOD=7.8719 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2485,217,0
|
|
1 238399784 rs1481150 G T 2728.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=37.38;SB=-1276.621;SBQD=0.432;SBpi=0.4096;SBpiQual=0.4423;VQSLOD=7.5508 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2762,214,0
|
|
1 238403053 rs4659519 A C 3090.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1664.151;SBQD=-0.855;SBpi=0.1590;SBpiQual=0.0904;VQSLOD=6.4364 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3124,247,0
|
|
1 238417417 rs4268349 C T 953.24 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.914;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.779;HRun=0;HaplotypeScore=1.9142;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=13.82;ReadPosRankSum=2.172;SB=-367.140;SBQD=-5.909;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7749;VQSLOD=4.4864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:983,0,963
|
|
1 238424553 rs381654 A T 1111.53 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=10.482;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=16.35;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-536.873;SBQD=-8.239;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1951;VQSLOD=5.4713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1142,0,1017
|
|
1 238425504 rs10802668 C T 785.02 PASS AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.368;HRun=1;HaplotypeScore=1.4105;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=19.63;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-443.772;SBQD=3.983;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.1613;VQSLOD=3.5060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,29:40:99:815,0,190
|
|
1 238426945 rs4659852 A G 530.36 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=7.338;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.040;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.050;SB=-55.577;SBQD=-13.578;SBpi=-1.3553;SBpiQual=-1.8418;VQSLOD=2.8556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:560,0,664
|
|
1 238428914 rs10802670 C G 1417.42 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.247;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=16.48;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-671.087;SBQD=-3.263;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.4911;VQSLOD=5.0080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:1447,0,1243
|
|
1 238431364 rs2002939 C T 711.75 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.334;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.907;HRun=0;HaplotypeScore=2.7938;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.655;SB=-260.751;SBQD=-4.253;SBpi=-1.3720;SBpiQual=-1.1844;VQSLOD=3.5053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:73:99:742,0,870
|
|
1 238436858 rs259625 G A 1458.55 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=31.648;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=20.84;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-718.768;SBQD=15.218;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.3932;VQSLOD=3.4898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,46:70:99:1489,0,523
|
|
1 238441781 rs259633 C T 1177.15 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.174;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.929;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=16.82;ReadPosRankSum=0.520;SB=-487.146;SBQD=-2.620;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.7874;VQSLOD=5.7386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1207,0,793
|
|
1 238446410 rs10925605 C A 2928.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.15;SB=-1465.373;SBQD=-0.735;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.3592;VQSLOD=8.7553 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2961,229,0
|
|
1 238485541 rs1335975 C T 938.49 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.713;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=15.91;ReadPosRankSum=1.404;SB=-405.383;SBQD=-0.305;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.5689;VQSLOD=5.9499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:968,0,725
|
|
1 238488525 rs6429072 A T 756.64 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.272;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-200.376;SBQD=1.332;SBpi=1.3000;SBpiQual=1.3862;VQSLOD=5.0870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:787,0,793
|
|
1 238502788 rs9428721 A G 1356.06 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.956;HRun=1;HaplotypeScore=2.8906;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=17.39;ReadPosRankSum=1.345;SB=-482.220;SBQD=2.481;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.1626;VQSLOD=3.6467 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:1386,0,1064
|
|
1 238508690 rs12123050 G T 990.19 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.460;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=11.503;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.485;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.355;SB=-319.734;SBQD=8.704;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.0541;VQSLOD=4.6198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:1020,0,1436
|
|
1 238518836 rs4659522 G A 2095.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=30.36;SB=-1240.949;SBQD=1.233;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.2962;VQSLOD=7.2210 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2128,169,0
|
|
1 238547772 rs1342067 C T 1028.05 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.475;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-331.850;SBQD=-4.014;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.2735;VQSLOD=5.1145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1058,0,796
|
|
1 238558544 rs2065816 A G 1971.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.28;MQ0=0;QD=34.59;SB=-890.238;SBQD=0.414;SBpi=0.5960;SBpiQual=0.6408;VQSLOD=8.8199 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2005,162,0
|
|
1 238559897 rs923542 C A 2338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.53;SB=-1254.864;SBQD=0.016;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0019;VQSLOD=7.0386 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2371,184,0
|
|
1 238565311 rs10925638 T C 2475.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=32.14;SB=-1174.781;SBQD=-0.630;SBpi=-0.7407;SBpiQual=-0.8529;VQSLOD=7.9345 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2508,202,0
|
|
1 238576494 rs12120550 G A 897.03 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.743;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.720;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-362.377;SBQD=-5.180;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.6170;VQSLOD=5.5417 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:927,0,1108
|
|
1 238613141 rs10925652 G A 2779.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.90;SB=-1200.272;SBQD=-1.011;SBpi=-1.1043;SBpiQual=-1.2655;VQSLOD=8.5970 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2813,217,0
|
|
1 238617104 rs1857076 C G 2043.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.63;SB=-1085.289;SBQD=0.715;SBpi=-0.0651;SBpiQual=0.0021;VQSLOD=8.6604 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2076,168,0
|
|
1 238631821 . T C 138.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.263;DP=75;Dels=0.00;FS=6.527;HRun=2;HaplotypeScore=2.2829;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.257;SB=-67.161;SBQD=-2.038;SBpi=-0.1387;SBpiQual=0.0048;VQSLOD=-0.1491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,13:75:99:168,0,2009
|
|
1 238636362 rs7532779 A G 2759.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.46;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1206.524;SBQD=-0.396;SBpi=-0.7313;SBpiQual=-0.6052;VQSLOD=8.5296 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2793,229,0
|
|
1 238638743 rs12403433 G A 2679.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=35.26;SB=-1258.132;SBQD=0.140;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.6092;VQSLOD=8.1838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2713,220,0
|
|
1 238638772 rs12405985 C T 2103.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;QD=32.37;SB=-1217.638;SBQD=-0.574;SBpi=0.0620;SBpiQual=-0.0019;VQSLOD=7.9821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2137,166,0
|
|
1 238644645 rs10802694 G A 1025.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=22.30;SB=-765.348;SBQD=-0.012;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.2931;VQSLOD=4.1188 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:84.26:1059,84,0
|
|
1 238654738 . G T 317.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=56;Dels=0.00;FS=1.094;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.606;SB=-246.736;SBQD=-1.521;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.2288;VQSLOD=1.2448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:56:99:347,0,720
|
|
1 238660405 rs4553179 A C 1094.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.82;MQ0=0;QD=26.69;SB=-510.802;SBQD=-9.433;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.8404;VQSLOD=5.0898 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:93.27:1127,93,0
|
|
1 238660438 rs10925667 A T 587.13 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7883;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.594;SB=-312.244;SBQD=-2.384;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1010;VQSLOD=4.7805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:617,0,473
|
|
1 238673179 rs9660957 C T 2149.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=36.43;SB=-1114.115;SBQD=2.280;SBpi=-0.0651;SBpiQual=0.0824;VQSLOD=8.6227 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2182,172,0
|
|
1 238707525 rs56372581 C T 1379.46 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.770;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.805;HRun=2;HaplotypeScore=1.7820;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.185;SB=-730.694;SBQD=1.513;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3256;VQSLOD=5.0286 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1409,0,1185
|
|
1 238712017 rs574280 A G 1004.97 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.249;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.277;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=12.26;ReadPosRankSum=1.207;SB=-344.711;SBQD=-8.227;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-1.2093;VQSLOD=4.9857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:1035,0,1377
|
|
1 238716393 rs641417 A G 507.64 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7029;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.136;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-308.537;SBQD=1.069;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5439;VQSLOD=4.2312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:538,0,724
|
|
1 238724382 rs668238 C T 1492.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.08;SB=-1054.654;SBQD=1.508;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.3916;VQSLOD=3.8512 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1526,120,0
|
|
1 238724595 rs10754642 T A 922.29 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.136;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-507.939;SBQD=1.066;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.0459;VQSLOD=5.9069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:952,0,1292
|
|
1 238726690 rs1002726 C A 1279.27 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.842;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=5.316;HRun=2;HaplotypeScore=7.1951;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=13.19;ReadPosRankSum=-1.911;SB=-646.900;SBQD=-4.244;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.5273;VQSLOD=2.3555 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,46:97:99:1309,0,1585
|
|
1 238741253 rs624912 T C 1184.72 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.366;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.796;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-586.453;SBQD=4.203;SBpi=-0.2236;SBpiQual=0.1195;VQSLOD=6.3785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:1215,0,1422
|
|
1 238745171 rs12130428 T C 902.86 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.879;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.036;SB=-477.837;SBQD=2.137;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0632;VQSLOD=5.4565 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:933,0,1456
|
|
1 238758469 rs498677 G A 1340.10 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.860;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.866;SB=-570.510;SBQD=1.036;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.5867;VQSLOD=5.7866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1370,0,1141
|
|
1 238760167 rs556315 G A 1304.28 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.186;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=15.34;ReadPosRankSum=-2.140;SB=-632.727;SBQD=1.246;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.2514;VQSLOD=4.5616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1334,0,1366
|
|
1 238765960 rs2793130 A G 910.71 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=5.180;HRun=1;HaplotypeScore=1.8561;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=13.39;ReadPosRankSum=1.342;SB=-242.232;SBQD=6.652;SBpi=1.3470;SBpiQual=1.4265;VQSLOD=3.4477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:941,0,1211
|
|
1 238776956 rs490351 T C 1001.61 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.772;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=8.199;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.319;SB=-421.484;SBQD=6.664;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.7178;VQSLOD=4.6960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1032,0,977
|
|
1 238780077 rs2174074 A T 1331.06 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=7.120;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=14.63;ReadPosRankSum=1.494;SB=-391.491;SBQD=-6.480;SBpi=-1.2962;SBpiQual=-1.4423;VQSLOD=4.0874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,43:91:99:1361,0,1461
|
|
1 238785802 rs1502871 A G 692.16 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.243;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-262.760;SBQD=-3.826;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.6246;VQSLOD=5.8757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:722,0,1031
|
|
1 238828067 . C A 543.26 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=14.30;ReadPosRankSum=1.535;SB=-250.158;SBQD=-0.894;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2821;VQSLOD=3.1350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:573,0,615
|
|
1 238881182 rs11585898 A T 1243.52 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.801;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.765;SB=-647.214;SBQD=-0.308;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.2429;VQSLOD=5.8094 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1274,0,1292
|
|
1 238912067 rs12027229 T G 1067.68 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-569.524;SBQD=0.028;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1209;VQSLOD=3.8114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1098,0,953
|
|
1 238918056 rs12733461 C T 1148.94 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.426;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.155;HRun=2;HaplotypeScore=2.9122;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=17.68;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-545.093;SBQD=-1.804;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4917;VQSLOD=3.0542 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:1179,0,707
|
|
1 238920041 rs3011568 C T 731.01 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.761;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.548;HRun=2;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.311;SB=-292.991;SBQD=-7.710;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.7916;VQSLOD=3.9092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:761,0,1041
|
|
1 238925278 rs55765837 T C 1171.45 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.741;HRun=0;HaplotypeScore=1.7206;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.048;SB=-585.982;SBQD=1.507;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2625;VQSLOD=5.3912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1201,0,1358
|
|
1 239091925 rs1915276 A G 2344.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.68;SB=-1002.353;SBQD=-7.978;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-1.0463;VQSLOD=7.4743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2377,205,0
|
|
1 239097408 rs4659887 G A 2404.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.85;SB=-1169.569;SBQD=0.081;SBpi=-0.5417;SBpiQual=-0.5555;VQSLOD=8.2717 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2438,195,0
|
|
1 239124181 rs2883158 C T 1597.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.29;MQ0=0;QD=30.73;SB=-857.458;SBQD=-0.365;SBpi=-0.5547;SBpiQual=-0.6437;VQSLOD=6.5681 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1631,129,0
|
|
1 239133894 rs9428795 T G 1727.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;QD=25.03;SB=-997.003;SBQD=-7.263;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.7635;VQSLOD=3.7447 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1760,159,0
|
|
1 239145965 rs9428803 C T 2416.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1143.942;SBQD=1.270;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.6087;VQSLOD=8.3231 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2449,190,0
|
|
1 239163262 rs1915273 T C 2031.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.27;SB=-1037.636;SBQD=0.338;SBpi=-0.1336;SBpiQual=-0.1140;VQSLOD=8.9585 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2064,163,0
|
|
1 239164484 rs7550512 A C 2159.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.83;SB=-1079.890;SBQD=-1.216;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.3470;VQSLOD=8.8491 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2193,175,0
|
|
1 239176448 rs10925792 C T 2419.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1311.583;SBQD=-0.640;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0390;VQSLOD=7.7320 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2452,190,0
|
|
1 239187313 rs10495429 G T 2448.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.08;SB=-1282.021;SBQD=1.190;SBpi=-0.3487;SBpiQual=-0.2990;VQSLOD=6.5424 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2481,199,0
|
|
1 239198562 rs12034964 G A 1737.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=34.75;ReadPosRankSum=0.139;SB=-479.703;SBQD=1.677;SBpi=1.6429;SBpiQual=1.8228;VQSLOD=7.3089 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1771,120,0
|
|
1 239215774 rs1396901 T C 2862.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.96;MQ0=0;QD=34.91;SB=-1531.101;SBQD=1.397;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0529;VQSLOD=7.9148 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:2896,226,0
|
|
1 239340890 rs6704029 G A 315.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.267;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=42.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.275;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.693;SB=-140.989;SBQD=3.104;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.8388;VQSLOD=-0.8974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:346,0,598
|
|
1 239358813 rs2820005 G T 2892.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.09;SB=-1470.437;SBQD=0.414;SBpi=-0.2265;SBpiQual=-0.2092;VQSLOD=8.1771 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2926,226,0
|
|
1 239419002 . A G 331.74 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;DP=52;Dels=0.00;FS=6.914;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-204.234;SBQD=-6.948;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2460;VQSLOD=3.1775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:52:99:362,0,801
|
|
1 239452740 rs4259632 G A 2836.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.46;SB=-1178.076;SBQD=3.961;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.9235;VQSLOD=8.0772 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2870,229,0
|
|
1 239465486 rs10802759 T G 1142.78 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.390;HRun=1;HaplotypeScore=2.5112;MQ=52.88;MQ0=1;MQRankSum=-1.280;QD=14.11;ReadPosRankSum=0.320;SB=-562.026;SBQD=-1.467;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.4387;VQSLOD=3.7410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1173,0,855
|
|
1 239469734 rs10925867 T G 1178.68 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;DB;DP=75;Dels=0.01;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=1.9623;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.429;SB=-577.264;SBQD=-0.192;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2410;VQSLOD=5.5420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1209,0,1110
|
|
1 239475925 rs10495431 C T 1054.28 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.731;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.166;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=14.85;ReadPosRankSum=-1.823;SB=-580.408;SBQD=-2.881;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0409;VQSLOD=5.3653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:1084,0,1081
|
|
1 239501404 rs12026416 A G 1131.38 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.353;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.119;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=14.50;ReadPosRankSum=0.368;SB=-632.307;SBQD=-7.951;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.1096;VQSLOD=5.6572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:1161,0,1068
|
|
1 239506249 rs7533802 C T 2304.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9899;MQ=59.64;MQ0=0;QD=36.01;SB=-1164.442;SBQD=-0.345;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.2732;VQSLOD=7.7143 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2337,181,0
|
|
1 239540263 rs10737836 A G 2818.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=35.67;SB=-1352.928;SBQD=1.852;SBpi=-0.5063;SBpiQual=-0.3743;VQSLOD=8.5578 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2851,229,0
|
|
1 239575351 rs7541385 A G 616.71 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.048;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.329;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.91;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-144.490;SBQD=-1.102;SBpi=-1.3000;SBpiQual=-1.4682;VQSLOD=4.4571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:647,0,909
|
|
1 239576751 rs12124516 G A 403.21 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.049;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.668;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.28;MQ0=1;MQRankSum=0.938;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.540;SB=-305.696;SBQD=-6.338;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.2071;VQSLOD=3.6846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:433,0,585
|
|
1 239595512 rs7536688 G C 2404.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.34;MQ0=0;QD=34.35;SB=-1099.067;SBQD=0.087;SBpi=-0.7171;SBpiQual=-0.7262;VQSLOD=7.2454 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2438,196,0
|
|
1 239609714 rs1938230 G A 3191.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.07;MQ0=0;QD=33.59;SB=-1669.157;SBQD=5.239;SBpi=-0.4617;SBpiQual=-0.4160;VQSLOD=7.8784 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:3224,256,0
|
|
1 239666113 rs2354404 T C 2819.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=30.98;SB=-1365.425;SBQD=6.120;SBpi=0.1572;SBpiQual=0.6566;VQSLOD=7.2094 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2852,247,0
|
|
1 239688387 rs1782355 G T 2184.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.70;MQ0=0;QD=32.13;SB=-735.186;SBQD=-4.289;SBpi=1.8190;SBpiQual=1.5991;VQSLOD=6.1659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2218,184,0
|
|
1 239714774 rs1992547 A C 1848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=35.54;SB=-795.929;SBQD=0.815;SBpi=0.6934;SBpiQual=0.7567;VQSLOD=8.4292 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1881,150,0
|
|
1 239751065 rs4376722 T C 2578.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.38;SB=-1261.268;SBQD=0.035;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.5368;VQSLOD=8.9338 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2611,208,0
|
|
1 239769614 rs6701467 C T 1245.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.89;MQ0=0;QD=26.49;SB=-612.102;SBQD=0.034;SBpi=0.8023;SBpiQual=0.7660;VQSLOD=4.0061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1278,114,0
|
|
1 239813049 . G A 1136.64 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=70;Dels=0.00;FS=6.440;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.498;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.617;SB=-582.044;SBQD=4.686;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0950;VQSLOD=4.0854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1167,0,1064
|
|
1 239869586 rs12407154 T C 1833.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.67;SB=-389.421;SBQD=0.465;SBpi=2.1213;SBpiQual=2.1556;VQSLOD=6.9549 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1867,150,0
|
|
1 239881926 rs891700 A G 2053.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.31;MQ0=0;QD=30.66;SB=-1159.513;SBQD=-5.136;SBpi=0.1833;SBpiQual=-0.1133;VQSLOD=7.2797 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2087,168,0
|
|
1 239887130 rs2217532 A C 2238.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.98;SB=-1044.134;SBQD=5.118;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.6286;VQSLOD=7.7983 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2272,199,0
|
|
1 239896119 rs12029915 C T 1502.64 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.103;DB;DP=124;Dels=0.00;FS=0.667;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.92;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.522;SB=-804.564;SBQD=0.436;SBpi=-0.1361;SBpiQual=-0.1951;VQSLOD=4.7414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,54:124:99:1533,0,2072
|
|
1 239898856 rs1019882 T C 2523.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=34.57;SB=-1251.744;SBQD=-0.335;SBpi=-0.4096;SBpiQual=-0.4288;VQSLOD=8.0445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2557,202,0
|
|
1 239908236 rs1544170 G A 1981.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;QD=35.39;SB=-1019.001;SBQD=1.037;SBpi=0.1336;SBpiQual=0.1645;VQSLOD=8.2713 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2015,156,0
|
|
1 239927610 rs543307 T C 2606.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=32.18;SB=-1357.816;SBQD=-3.853;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.2562;VQSLOD=8.0484 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2639,220,0
|
|
1 239931591 . A G 1401.56 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.596;DP=77;Dels=0.00;FS=9.860;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=18.20;ReadPosRankSum=2.280;SB=-621.701;SBQD=7.144;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.5829;VQSLOD=3.3912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1432,0,931
|
|
1 239940618 rs631873 T C 1732.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=30.39;SB=-784.116;SBQD=3.666;SBpi=-0.9354;SBpiQual=-0.5286;VQSLOD=6.7974 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1765,156,0
|
|
1 239942610 rs2790329 A G 2005.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86;SB=-900.396;SBQD=-4.858;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.9009;VQSLOD=8.3611 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2039,177,0
|
|
1 239942821 rs2790330 G A 2610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9132;MQ=59.14;MQ0=0;QD=33.05;SB=-1453.496;SBQD=0.550;SBpi=-0.0563;SBpiQual=-0.0053;VQSLOD=6.6155 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2644,214,0
|
|
1 239967713 rs661244 C T 1993.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.36;MQ0=0;QD=34.97;SB=-802.066;SBQD=-3.964;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.9979;VQSLOD=7.9180 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2026,165,0
|
|
1 239973019 rs10802806 G A 963.99 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.594;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=11.926;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.572;SB=-507.286;SBQD=-10.050;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0967;VQSLOD=4.4365 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:994,0,647
|
|
1 239979730 rs58359377 A G 1276.08 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.667;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.274;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=57.28;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=15.01;ReadPosRankSum=-1.751;SB=-446.552;SBQD=-9.127;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.2698;VQSLOD=4.2316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,48:85:99:1306,0,1023
|
|
1 239985390 . C T 1214.57 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.634;DP=78;Dels=0.00;FS=6.175;HRun=1;HaplotypeScore=4.5462;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.984;QD=15.37;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-644.247;SBQD=5.895;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.2692;VQSLOD=1.9882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:78:99:1245,0,709
|
|
1 239991653 rs479152 C T 2594.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=36.03;SB=-1100.471;SBQD=-0.200;SBpi=-0.8250;SBpiQual=-0.8636;VQSLOD=8.4408 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2627,211,0
|
|
1 239991984 rs619652 G A 2021.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.26;SB=-937.922;SBQD=-2.330;SBpi=-0.5859;SBpiQual=-0.7741;VQSLOD=7.7614 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2055,160,0
|
|
1 239992286 rs621060 G A 1849.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.67;MQ0=0;QD=32.45;SB=-1038.166;SBQD=1.096;SBpi=-0.1987;SBpiQual=-0.1219;VQSLOD=7.2326 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1883,150,0
|
|
1 240011353 rs12402851 C A 1119.21 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.176;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=17.77;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-641.136;SBQD=7.569;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0786;VQSLOD=4.4896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:63:99:1149,0,608
|
|
1 240050613 rs498174 T C 1200.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.63;MQ0=0;QD=24.00;SB=-658.671;SBQD=5.630;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.6765;VQSLOD=3.6909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1233,108,0
|
|
1 240062123 rs10926008 A G 1020.88 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.662;SB=-459.801;SBQD=0.897;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.6626;VQSLOD=6.2073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1051,0,952
|
|
1 240062371 . T C 1129.76 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.148;SB=-553.773;SBQD=-0.237;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4436;VQSLOD=5.9764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1160,0,1187
|
|
1 240072668 . T C 978.75 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.886;DP=67;Dels=0.00;FS=13.630;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=14.61;ReadPosRankSum=-1.641;SB=-523.455;SBQD=8.862;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1394;VQSLOD=4.9425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:1009,0,833
|
|
1 240105234 rs56065526 C T 2830.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.44;MQ0=0;QD=34.52;SB=-1283.272;SBQD=1.610;SBpi=0.6626;SBpiQual=0.8111;VQSLOD=7.0080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2864,226,0
|
|
1 240119956 rs12035308 G A 1152.90 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.256;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.939;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.266;QD=16.95;ReadPosRankSum=-0.727;SB=-630.672;SBQD=2.292;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.1650;VQSLOD=4.3165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:1183,0,630
|
|
1 240125581 rs12139187 C T 1036.10 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.838;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.067;HRun=2;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.899;SB=-393.322;SBQD=-0.008;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.8348;VQSLOD=4.7694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:1066,0,727
|
|
1 240132968 rs10802822 T C 1191.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.380;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.003;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.445;SB=-537.512;SBQD=-4.115;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.5828;VQSLOD=6.5236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1221,0,1408
|
|
1 240134058 rs10926045 G A 1178.70 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.005;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.922;HRun=2;HaplotypeScore=2.7769;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.127;SB=-472.140;SBQD=4.921;SBpi=0.8807;SBpiQual=0.8653;VQSLOD=2.7095 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1209,0,842
|
|
1 240161721 rs7512434 T C 693.22 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.330;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-0.007;SBQD=13.994;SBpi=2.5000;SBpiQual=2.5626;VQSLOD=3.0376 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:723,0,822
|
|
1 240174291 rs922306 A G 423.55 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.724;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8319;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-243.413;SBQD=-2.486;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.1176;VQSLOD=4.6338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:454,0,902
|
|
1 240203861 rs6429175 G A 872.17 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.373;HRun=1;HaplotypeScore=1.5750;MQ=53.29;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.951;SB=-483.077;SBQD=8.444;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3877;VQSLOD=5.1507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:63:99:902,0,589
|
|
1 240217252 rs965580 C G 1174.69 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.732;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.813;SB=-414.719;SBQD=1.671;SBpi=1.0151;SBpiQual=1.2441;VQSLOD=5.6079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1205,0,1403
|
|
1 240218107 rs6676792 C T 1065.79 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.495;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.601;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-418.038;SBQD=4.980;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7669;VQSLOD=5.1192 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1096,0,1106
|
|
1 240241174 rs12403672 A G 1473.57 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.722;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=11.098;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.556;SB=-550.034;SBQD=-8.440;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9842;VQSLOD=4.6433 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:84:99:1504,0,1048
|
|
1 240285490 rs10926132 C T 421.83 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.493;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=9.37;ReadPosRankSum=2.446;SB=-146.761;SBQD=-0.667;SBpi=0.8489;SBpiQual=0.9005;VQSLOD=4.1332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:452,0,732
|
|
1 240296021 rs1418048 T C 1010.28 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.895;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.557;SB=-528.816;SBQD=0.273;SBpi=-0.2402;SBpiQual=0.0570;VQSLOD=5.8336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1040,0,988
|
|
1 240307892 rs1539200 A G 817.07 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.036;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=7.955;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=10.89;ReadPosRankSum=-1.425;SB=-397.392;SBQD=-6.752;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.9156;VQSLOD=4.2767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:847,0,1163
|
|
1 240317238 rs723574 C A 463.57 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=3.029;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.044;SB=-306.523;SBQD=-3.079;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2255;VQSLOD=4.7998 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:494,0,465
|
|
1 240348413 . T C 133.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DP=90;Dels=0.00;FS=16.178;HRun=0;HaplotypeScore=21.0425;MQ=43.35;MQ0=11;MQRankSum=1.720;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.876;SB=59.872;SBQD=3.451;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.1198;VQSLOD=-12.3291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,9:90:99:163,0,1005
|
|
1 240350177 rs9970852 A T 827.79 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.309;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=12.17;ReadPosRankSum=-2.295;SB=-474.503;SBQD=-4.331;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4046;VQSLOD=4.1499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:858,0,1066
|
|
1 240380106 rs12727540 G A 601.57 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.064;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=12.035;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.567;SB=-325.597;SBQD=-12.775;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0261;VQSLOD=5.6247 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:632,0,678
|
|
1 240380112 rs1869997 A G 1475.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=55.81;MQ0=0;QD=31.39;SB=-597.525;SBQD=1.017;SBpi=1.0940;SBpiQual=1.1970;VQSLOD=5.7259 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1509,120,0
|
|
1 240399906 rs991133 C G 639.65 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.233;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.277;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.556;SB=-476.324;SBQD=-3.974;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.0816;VQSLOD=3.1156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:670,0,1061
|
|
1 240401393 rs1456646 A G 938.93 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.167;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.072;SB=-350.606;SBQD=0.954;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-1.0484;VQSLOD=5.5059 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:969,0,918
|
|
1 240409458 rs7539278 C T 526.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.386;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=6.239;HRun=0;HaplotypeScore=2.3857;MQ=51.95;MQ0=0;MQRankSum=-3.994;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-132.059;SBQD=-7.103;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.4828;VQSLOD=0.1187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:556,0,777
|
|
1 240428080 rs11803084 G A 1443.65 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.415;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.629;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.023;SB=-597.511;SBQD=-1.874;SBpi=-0.6564;SBpiQual=-0.8165;VQSLOD=4.8093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:1474,0,1077
|
|
1 240431435 rs2124727 G A 941.82 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.754;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.353;SB=-480.576;SBQD=0.141;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1740;VQSLOD=5.7772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:972,0,1339
|
|
1 240471200 rs12409018 A G 1368.65 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.836;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.843;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=16.69;ReadPosRankSum=-1.247;SB=-681.279;SBQD=1.686;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.2714;VQSLOD=4.8069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1399,0,1119
|
|
1 240490765 rs10802862 G C 818.19 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.518;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.393;SB=-306.625;SBQD=6.732;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6910;VQSLOD=5.2453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:848,0,1318
|
|
1 240491402 rs12722816 G C 153.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.869;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=5.692;HRun=0;HaplotypeScore=1.9106;MQ=60.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.340;SB=-27.418;SBQD=-5.849;SBpi=-0.8018;SBpiQual=-0.7465;VQSLOD=1.3337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,13:46:99:184,0,980
|
|
1 240493702 rs3795680 T A 1163.53 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.743;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=16.16;ReadPosRankSum=1.246;SB=-596.300;SBQD=0.000;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1689;VQSLOD=5.2473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1194,0,1060
|
|
1 240495136 rs7538629 A G 975.92 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.291;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.257;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.674;QD=11.48;ReadPosRankSum=2.088;SB=-349.152;SBQD=-6.749;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.4462;VQSLOD=3.4529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1006,0,1270
|
|
1 240516361 rs2068307 G T 798.27 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.486;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.927;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.415;SB=-318.363;SBQD=5.427;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.5273;VQSLOD=6.1456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:828,0,967
|
|
1 240560804 rs1112172 G A 959.80 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.579;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.920;HRun=0;HaplotypeScore=3.3760;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.558;SB=-374.124;SBQD=4.805;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9474;VQSLOD=3.9942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:990,0,838
|
|
1 240570088 rs17681011 A G 1269.34 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9328;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.454;SB=-533.463;SBQD=2.589;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.6202;VQSLOD=4.9367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1299,0,1074
|
|
1 240575245 . C G 176.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;DP=70;Dels=0.00;FS=84.178;HRun=2;HaplotypeScore=0.9996;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=1.648;QD=2.52;ReadPosRankSum=-4.878;SB=114.268;SBQD=11.493;SBpi=2.3979;SBpiQual=1.9170;VQSLOD=-12.0372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,22:70:99:206,0,1195
|
|
1 240584693 rs12127799 A G 938.92 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.627;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.578;SB=-487.372;SBQD=-0.788;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3907;VQSLOD=4.6831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:969,0,1353
|
|
1 240599797 rs10926255 C T 2219.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=36.38;SB=-916.410;SBQD=0.236;SBpi=0.8322;SBpiQual=0.8669;VQSLOD=8.7544 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2252,178,0
|
|
1 240604090 rs12136687 A C 2364.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=57.63;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1088.868;SBQD=-0.811;SBpi=-0.6621;SBpiQual=-0.7117;VQSLOD=7.6561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2397,190,0
|
|
1 240608299 rs2883927 T G 1131.19 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.305;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.527;SB=-477.127;SBQD=-3.091;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.8260;VQSLOD=6.2160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1161,0,1161
|
|
1 240611578 rs10802870 C T 2789.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.22;SB=-1351.765;SBQD=0.079;SBpi=-0.3989;SBpiQual=-0.4097;VQSLOD=9.3382 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2822,220,0
|
|
1 240612986 rs11590081 G T 1025.45 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.307;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.288;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.126;SB=-408.774;SBQD=-4.838;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.8070;VQSLOD=5.5030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:1055,0,1082
|
|
1 240614420 rs11589771 T C 1787.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.46;MQ0=0;QD=30.82;SB=-782.426;SBQD=3.953;SBpi=0.5252;SBpiQual=0.8428;VQSLOD=7.1312 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1821,159,0
|
|
1 240617596 rs12411151 A C 761.23 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.608;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=52.02;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-286.272;SBQD=6.522;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.4547;VQSLOD=5.5411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:791,0,874
|
|
1 240635491 rs2210861 G C 2921.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=33.98;SB=-1587.250;SBQD=0.029;SBpi=0.1078;SBpiQual=0.1460;VQSLOD=7.7640 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2955,232,0
|
|
1 240641213 rs11583086 A C 827.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.40;MQ0=0;QD=22.97;SB=-341.430;SBQD=1.816;SBpi=-1.3333;SBpiQual=-1.3686;VQSLOD=3.2327 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:78.16:860,78,0
|
|
1 240641579 rs12733810 G A 71.03 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.48;MQ0=0;QD=5.92;SB=-29.625;SBQD=23.399;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.5679;VQSLOD=2.1396 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:9.02:103,9,0
|
|
1 240654931 rs3748536 C A 1104.05 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.719;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.803;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-545.594;SBQD=1.397;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0854;VQSLOD=5.2003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1134,0,1289
|
|
1 240658373 rs10802881 A G 416.55 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.737;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=29.975;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.433;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.319;SB=-91.736;SBQD=-15.448;SBpi=-1.1468;SBpiQual=-1.2348;VQSLOD=1.9632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:62:99:447,0,1125
|
|
1 240669284 rs9428847 A T 812.43 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.482;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.691;HRun=7;HaplotypeScore=0.9989;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-551.546;SBQD=5.181;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.3977;VQSLOD=2.1571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:842,0,1038
|
|
1 240752737 rs6686478 G A 936.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.904;HRun=7;HaplotypeScore=6.1830;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.815;SB=-646.281;SBQD=-1.936;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-0.6977;VQSLOD=-2.8818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,52:77:99:967,0,717
|
|
1 240812906 rs4659991 C T 725.76 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.825;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.900;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-288.775;SBQD=-4.721;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.7989;VQSLOD=5.0165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:756,0,797
|
|
1 240821987 rs12077006 C G 866.53 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.610;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.198;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=13.13;ReadPosRankSum=-2.175;SB=-322.362;SBQD=3.160;SBpi=1.0290;SBpiQual=1.0713;VQSLOD=3.9842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:897,0,953
|
|
1 240852492 rs4274048 T C 1080.13 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.865;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.967;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.117;SB=-522.993;SBQD=-2.612;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4907;VQSLOD=5.5318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:1110,0,713
|
|
1 240856523 rs6696418 G A 1174.61 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.687;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.067;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=17.27;ReadPosRankSum=1.309;SB=-523.067;SBQD=-3.502;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3926;VQSLOD=6.2457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1205,0,877
|
|
1 240874307 rs55890941 T G 1341.21 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=10.780;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-464.148;SBQD=7.280;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.1264;VQSLOD=5.4236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1371,0,1266
|
|
1 240904412 rs12029766 G A 1094.16 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.006;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.094;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.640;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-362.583;SBQD=-4.660;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-1.0400;VQSLOD=4.2640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:1124,0,1347
|
|
1 240904834 rs4316356 G A 1112.68 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.937;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=4.146;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.099;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-432.102;SBQD=4.305;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6974;VQSLOD=3.0289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,37:90:99:1143,0,1748
|
|
1 240959190 rs12049199 A G 2713.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.48;MQ0=0;QD=33.49;SB=-1328.337;SBQD=-6.395;SBpi=0.2778;SBpiQual=-0.2242;VQSLOD=7.4149 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2746,241,0
|
|
1 240960073 rs6429223 G A 2266.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;QD=34.34;SB=-1162.222;SBQD=0.327;SBpi=0.3693;SBpiQual=0.4015;VQSLOD=8.7929 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2299,178,0
|
|
1 240960611 rs6663051 A G 2712.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.27;MQ0=0;QD=32.69;SB=-875.798;SBQD=-8.806;SBpi=-1.2623;SBpiQual=-1.8439;VQSLOD=7.1586 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2746,235,0
|
|
1 240968334 rs10926355 T G 3755.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.06;MQ0=0;QD=36.11;SB=-1456.139;SBQD=-0.472;SBpi=1.3728;SBpiQual=1.4514;VQSLOD=8.1389 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:3755,301,0
|
|
1 240970191 rs4098740 A G 2979.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.56;MQ0=0;QD=35.47;SB=-1370.746;SBQD=0.295;SBpi=-0.6547;SBpiQual=-0.6523;VQSLOD=6.7673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3012,241,0
|
|
1 240979011 rs10926363 A G 3225.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.07;SB=-1618.152;SBQD=0.075;SBpi=-0.1608;SBpiQual=-0.1606;VQSLOD=8.6997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3258,256,0
|
|
1 241007276 rs9660066 C T 2045.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=32.46;SB=-1159.621;SBQD=1.271;SBpi=-0.0630;SBpiQual=-0.0040;VQSLOD=7.9111 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2078,168,0
|
|
1 241013592 rs796787 C T 2520.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.06;SB=-1287.363;SBQD=0.272;SBpi=0.4650;SBpiQual=0.5147;VQSLOD=7.9184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2554,196,0
|
|
1 241015333 rs2995376 A T 2942.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=37.72;SB=-1175.910;SBQD=-0.539;SBpi=1.0190;SBpiQual=1.0027;VQSLOD=7.4411 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2975,232,0
|
|
1 241039187 rs4660010 G A 2426.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.67;SB=-1238.421;SBQD=1.701;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.3842;VQSLOD=8.6680 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2460,193,0
|
|
1 241045612 rs377116 G T 3169.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=58.96;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1648.913;SBQD=0.599;SBpi=-0.1590;SBpiQual=-0.1911;VQSLOD=7.7937 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3202,250,0
|
|
1 241050094 rs374635 G A 2855.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.41;SB=-1540.868;SBQD=-0.880;SBpi=0.2744;SBpiQual=0.2081;VQSLOD=8.6510 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2889,223,0
|
|
1 241059036 rs7417363 C T 680.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.604;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=8.286;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=40.42;MQ0=0;MQRankSum=-4.813;QD=12.60;ReadPosRankSum=1.105;SB=-254.434;SBQD=9.337;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1910;VQSLOD=-0.3102 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:711,0,542
|
|
1 241062724 . A G 817.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.107;DP=79;Dels=0.00;FS=4.665;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=51.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.463;QD=10.34;ReadPosRankSum=-2.671;SB=-293.535;SBQD=-9.070;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.7060;VQSLOD=0.2010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:79:99:847,0,1212
|
|
1 241063595 . C A 1358.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.312;DP=95;Dels=0.00;FS=1.690;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.680;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.585;SB=-688.423;SBQD=1.282;SBpi=-0.2143;SBpiQual=-0.2493;VQSLOD=-0.7129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:1388,0,1390
|
|
1 241110180 rs261796 C T 2995.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.26;MQ0=0;QD=36.53;SB=-1210.773;SBQD=0.995;SBpi=1.1043;SBpiQual=1.2498;VQSLOD=8.7008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3029,232,0
|
|
1 241113744 rs261844 G A 2634.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=33.78;SB=-1480.466;SBQD=-0.992;SBpi=0.1132;SBpiQual=0.0419;VQSLOD=8.1450 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2668,211,0
|
|
1 241118846 rs6660126 T C 611.45 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=48.3254;MQ=26.59;MQ0=0;QD=20.38;SB=-310.075;SBQD=7.012;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.6351;VQSLOD=-52.5969 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:60.13:644,60,0
|
|
1 241123730 rs2927550 C G 1701.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.29;MQ0=0;QD=32.72;SB=-565.399;SBQD=2.316;SBpi=1.3868;SBpiQual=1.5162;VQSLOD=6.0019 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1735,135,0
|
|
1 241146322 rs7520707 A G 2848.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.65;SB=-1512.491;SBQD=-4.646;SBpi=0.2108;SBpiQual=-0.2048;VQSLOD=6.6474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2881,253,0
|
|
1 241172790 rs599578 C T 1070.83 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.239;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.503;HRun=0;HaplotypeScore=1.7753;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.426;SB=-471.143;SBQD=-3.599;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6676;VQSLOD=5.2903 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:1101,0,1438
|
|
1 241186335 rs12074100 T C 389.42 PASS AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=0;HaplotypeScore=1.9644;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.339;SB=-191.827;SBQD=1.764;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0385;VQSLOD=4.1626 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,16:58:99:419,0,1349
|
|
1 241186358 rs12074106 T C 136.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.566;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.363;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.717;QD=2.84;ReadPosRankSum=-3.619;SB=-52.981;SBQD=2.567;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.3358;VQSLOD=-3.5475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,9:48:99:166,0,1325
|
|
1 241189024 rs502881 A C 838.77 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.513;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=7.530;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.355;SB=-382.691;SBQD=-3.329;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-0.6650;VQSLOD=3.1400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:869,0,1273
|
|
1 241197224 rs611784 C A 1177.02 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.719;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.517;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-601.670;SBQD=-4.565;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3440;VQSLOD=4.5320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1207,0,1251
|
|
1 241198268 rs596695 G A 1257.20 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.197;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=1.655;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.289;SB=-560.595;SBQD=2.349;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.4498;VQSLOD=5.9043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:100:99:1287,0,1634
|
|
1 241202525 rs11590400 C T 1261.06 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.114;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.867;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.869;SB=-670.139;SBQD=-2.382;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1863;VQSLOD=4.9076 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1291,0,1114
|
|
1 241206734 rs60004675 G A 533.62 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.493;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.027;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.172;SB=-27.979;SBQD=-12.689;SBpi=-1.9500;SBpiQual=-2.1156;VQSLOD=3.4157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:564,0,826
|
|
1 241213285 rs34852180 C G 992.51 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.304;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7814;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=14.81;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-479.553;SBQD=-5.022;SBpi=0.1581;SBpiQual=-0.3322;VQSLOD=3.5664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:1023,0,577
|
|
1 241225164 rs6664870 C A 1102.07 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.733;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=7.653;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=2.124;QD=13.95;ReadPosRankSum=2.998;SB=-352.287;SBQD=6.777;SBpi=1.1355;SBpiQual=1.2894;VQSLOD=2.2788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1132,0,1140
|
|
1 241225234 rs2945543 C T 1201.22 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.768;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.325;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=18.20;ReadPosRankSum=-0.824;SB=-600.991;SBQD=3.165;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1272;VQSLOD=5.9651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:1231,0,733
|
|
1 241287169 rs10926414 T C 679.17 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.195;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.358;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.712;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.540;SB=-201.307;SBQD=1.533;SBpi=1.1767;SBpiQual=1.2902;VQSLOD=4.0771 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:709,0,539
|
|
1 241288010 rs10158420 G C 453.07 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.3479;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.455;SB=-235.052;SBQD=-0.782;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.5080;VQSLOD=2.3502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:50:99:483,0,870
|
|
1 241290302 rs10158465 T C 1172.54 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=6.812;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.344;SB=-500.401;SBQD=-5.178;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.7884;VQSLOD=5.7201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:1203,0,1573
|
|
1 241328777 . G T 533.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.724;DP=69;Dels=0.00;FS=4.703;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.156;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.087;SB=-369.058;SBQD=-4.882;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.8487;VQSLOD=0.9592 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:563,0,691
|
|
1 241328830 rs55815136 A T 628.34 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.344;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.029;HRun=0;HaplotypeScore=1.9912;MQ=29.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.164;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.459;SB=-375.147;SBQD=-1.427;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1626;VQSLOD=5.3250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:658,0,607
|
|
1 241397662 rs2815851 G A 957.58 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.417;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.069;SB=-397.836;SBQD=4.311;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.7176;VQSLOD=6.5073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:69:99:988,0,828
|
|
1 241412458 rs1915871 T C 2517.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=59.75;MQ0=0;QD=33.57;SB=-1061.816;SBQD=5.992;SBpi=0.5196;SBpiQual=0.9951;VQSLOD=7.8462 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2550,217,0
|
|
1 241436594 . G A 1087.24 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.430;DP=69;Dels=0.00;FS=3.323;HRun=2;HaplotypeScore=1.9536;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.523;SB=-557.168;SBQD=3.413;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2311;VQSLOD=3.8678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1117,0,1013
|
|
1 241442165 rs2177115 A G 1861.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.10;SB=-669.886;SBQD=-7.998;SBpi=-0.9191;SBpiQual=-1.3755;VQSLOD=7.4068 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1895,162,0
|
|
1 241497220 . T C 703.37 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.841;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.519;SB=-329.647;SBQD=2.363;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.3757;VQSLOD=4.4881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:733,0,972
|
|
1 241515917 . G A 1138.37 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.225;DP=76;Dels=0.00;FS=0.848;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.759;SB=-638.529;SBQD=-1.247;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0562;VQSLOD=4.5587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1168,0,965
|
|
1 241516900 rs6429260 T A 3374.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.29;SB=-1755.401;SBQD=0.422;SBpi=0.1555;SBpiQual=0.2131;VQSLOD=6.7368 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3375,259,0
|
|
1 241523320 rs4660070 G A 3217.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.75;SB=-1349.195;SBQD=1.582;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.1078;VQSLOD=7.3801 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3251,256,0
|
|
1 241526336 rs7555855 T C 1238.10 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.077;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.901;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=17.20;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-596.085;SBQD=1.195;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.2558;VQSLOD=5.2676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1268,0,1001
|
|
1 241529002 rs1417830 G A 610.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.15;MQ0=0;QD=10.00;SB=-595.498;SBQD=-7.350;SBpi=-1.3444;SBpiQual=-1.7113;VQSLOD=4.1124 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:51.16:643,51,0
|
|
1 241541470 rs3014570 T G 617.82 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.427;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.998;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-329.315;SBQD=-3.880;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.4256;VQSLOD=4.7270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:648,0,1355
|
|
1 241573042 rs12135700 C A 910.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.308;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=11.8488;MQ=60.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=17.18;ReadPosRankSum=2.285;SB=-665.902;SBQD=2.209;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4689;VQSLOD=0.4843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,43:53:72.23:944,72,0
|
|
1 241579807 . C T 1869.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.96;MQ0=0;QD=31.68;SB=-760.477;SBQD=0.343;SBpi=-1.1066;SBpiQual=-1.3040;VQSLOD=5.9923 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1902,156,0
|
|
1 241583214 rs12141457 C T 2666.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=58.36;MQ0=0;QD=31.00;SB=-1510.889;SBQD=-0.341;SBpi=-0.3796;SBpiQual=-0.3988;VQSLOD=6.5551 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2699,211,0
|
|
1 241592701 rs3014557 C T 1958.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.40;MQ0=0;QD=31.59;SB=-1055.494;SBQD=2.240;SBpi=-0.3810;SBpiQual=-0.3514;VQSLOD=7.0889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1992,162,0
|
|
1 241611891 rs1954202 G T 2482.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.98;SB=-1280.736;SBQD=2.649;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.0619;VQSLOD=8.6790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2515,196,0
|
|
1 241631054 rs4660094 C T 2322.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=34.16;SB=-974.955;SBQD=1.276;SBpi=-1.0914;SBpiQual=-1.0774;VQSLOD=7.8651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2356,184,0
|
|
1 241633007 rs947307 C T 3735.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.35;SB=-1590.654;SBQD=-1.428;SBpi=-0.8000;SBpiQual=-0.9390;VQSLOD=9.1015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3735,292,0
|
|
1 241646566 rs2994984 C T 1663.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.74;MQ0=0;QD=33.95;SB=-269.837;SBQD=8.138;SBpi=2.3571;SBpiQual=2.5978;VQSLOD=5.9164 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1696,132,0
|
|
1 241656685 rs2994989 G A 3461.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.280;QD=37.63;ReadPosRankSum=-1.694;SB=-1306.199;SBQD=1.765;SBpi=-1.3104;SBpiQual=-1.3477;VQSLOD=6.5160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:92:99:3424,234,0
|
|
1 241704726 rs2050512 C T 1327.77 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=7.301;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=19.82;ReadPosRankSum=1.060;SB=-400.982;SBQD=5.598;SBpi=1.4487;SBpiQual=1.3789;VQSLOD=3.2037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,42:67:99:1358,0,693
|
|
1 241729079 rs61210367 G A 837.33 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.544;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.549;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-293.707;SBQD=-6.292;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-1.0065;VQSLOD=4.8505 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:867,0,1112
|
|
1 241729614 rs10754731 T G 2386.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.8120;MQ=59.80;MQ0=0;QD=35.10;SB=-973.632;SBQD=2.173;SBpi=0.8489;SBpiQual=0.9034;VQSLOD=3.8849 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2420,196,0
|
|
1 241755348 rs1053230 C T 1506.71 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.881;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=2.726;HRun=0;HaplotypeScore=2.5284;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.527;SB=-707.571;SBQD=-2.347;SBpi=-0.7555;SBpiQual=-0.6622;VQSLOD=5.0966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:96:99:1537,0,1115
|
|
1 241768617 rs616593 T C 842.17 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.252;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.232;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=13.58;ReadPosRankSum=-1.450;SB=-241.417;SBQD=6.108;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.2932;VQSLOD=4.7382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:872,0,895
|
|
1 241768752 rs12033126 G A 925.99 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.203;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=1.711;HRun=0;HaplotypeScore=1.7781;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.389;SB=-525.787;SBQD=0.966;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3843;VQSLOD=5.3999 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:94:99:956,0,1646
|
|
1 241810546 rs594531 G A 927.25 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.709;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.494;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=2.370;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-428.460;SBQD=-3.166;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.5540;VQSLOD=4.5439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:957,0,690
|
|
1 241819695 rs58716230 G T 995.43 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=13.10;ReadPosRankSum=2.793;SB=-536.382;SBQD=-1.502;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1770;VQSLOD=4.9255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1025,0,1278
|
|
1 241826698 rs6682476 A G 2119.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7876;MQ=59.41;MQ0=0;QD=33.64;SB=-863.769;SBQD=-1.204;SBpi=1.0709;SBpiQual=1.0127;VQSLOD=5.7703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2153,175,0
|
|
1 241827550 rs7367650 G C 2106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=30.98;SB=-996.839;SBQD=4.811;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-0.4546;VQSLOD=7.3078 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2140,192,0
|
|
1 241834679 rs6663921 T G 2588.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=34.51;SB=-826.696;SBQD=-0.889;SBpi=-1.7898;SBpiQual=-1.9147;VQSLOD=6.9671 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2622,208,0
|
|
1 241841059 . A G 944.65 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DP=75;Dels=0.00;FS=11.861;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.665;SB=-380.799;SBQD=-9.453;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.9179;VQSLOD=5.8165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:975,0,1122
|
|
1 241849572 rs7516595 C T 2511.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.69;MQ0=0;QD=33.49;SB=-1312.797;SBQD=1.437;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.4152;VQSLOD=7.8370 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2545,199,0
|
|
1 241851745 rs12133073 A G 3044.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.41;SB=-1491.199;SBQD=0.652;SBpi=0.2157;SBpiQual=0.3382;VQSLOD=8.7707 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:3078,247,0
|
|
1 241861857 rs7413382 C G 1969.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.65;MQ0=0;QD=33.39;SB=-1098.642;SBQD=2.256;SBpi=-0.0651;SBpiQual=0.0587;VQSLOD=7.5109 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2003,156,0
|
|
1 241889573 rs56069404 T A 209.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.605;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.605;SB=-420.389;SBQD=2.442;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.8575;VQSLOD=-0.6975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:239,0,1309
|
|
1 241912674 rs6669629 A C 1285.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.799;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8709;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-671.634;SBQD=-1.646;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.2163;VQSLOD=3.9747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,46:93:99:1316,0,1416
|
|
1 241914612 rs7530794 T C 1046.68 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.834;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.139;SB=-488.849;SBQD=4.664;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.5596;VQSLOD=5.5675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1077,0,944
|
|
1 241979764 rs9428897 G C 2726.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;QD=34.51;SB=-1312.701;SBQD=-0.917;SBpi=-0.5063;SBpiQual=-0.5583;VQSLOD=8.4647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2759,220,0
|
|
1 242001700 rs34619198 G A 1151.60 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.350;SB=-594.783;SBQD=-4.130;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.4870;VQSLOD=4.8240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:1182,0,859
|
|
1 242005344 rs17391502 G T 1058.51 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.935;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.036;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.328;SB=-587.851;SBQD=4.528;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0431;VQSLOD=5.2941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1089,0,1235
|
|
1 242023898 rs4149909 A G 978.47 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.569;SB=-471.544;SBQD=0.587;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3248;VQSLOD=5.9197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:1008,0,1494
|
|
1 242029249 rs2797601 C G 2511.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.15;MQ0=0;QD=35.37;SB=-968.736;SBQD=2.022;SBpi=1.0088;SBpiQual=1.1765;VQSLOD=6.7783 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2544,205,0
|
|
1 242048945 rs1635488 C T 1249.72 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.391;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7900;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.416;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-661.670;SBQD=-0.343;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.2280;VQSLOD=4.3381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1280,0,1426
|
|
1 242067600 rs1776166 A G 1674.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.85;MQ0=0;QD=30.45;SB=-870.485;SBQD=-6.123;SBpi=0.0674;SBpiQual=-0.3664;VQSLOD=7.0350 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1708,150,0
|
|
1 242075683 rs6429320 A T 3106.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=35.71;SB=-1209.657;SBQD=0.006;SBpi=1.3401;SBpiQual=1.4070;VQSLOD=7.7908 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3140,244,0
|
|
1 242078910 rs34955286 A G 1558.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.56;MQ0=0;QD=28.34;SB=-905.360;SBQD=-4.233;SBpi=0.2023;SBpiQual=-0.1023;VQSLOD=6.0544 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1592,144,0
|
|
1 242097703 rs3844254 T C 2007.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=29.52;SB=-1140.408;SBQD=3.258;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.2250;VQSLOD=6.4813 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2040,168,0
|
|
1 242112602 rs35363238 G C 585.70 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=3.899;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.870;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-260.364;SBQD=4.248;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.4552;VQSLOD=4.6275 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:616,0,748
|
|
1 242114578 rs35341580 C T 859.72 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.429;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-482.040;SBQD=0.635;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1211;VQSLOD=6.2000 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:890,0,831
|
|
1 242115448 rs34212793 T A 1177.33 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=4.120;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.306;SB=-662.000;SBQD=3.666;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.5629;VQSLOD=5.7056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:1207,0,1244
|
|
1 242122594 rs3862972 C G 1128.33 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.910;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=15.572;HRun=1;HaplotypeScore=4.2447;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-409.817;SBQD=-9.216;SBpi=-1.2060;SBpiQual=-1.3455;VQSLOD=2.4590 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:1158,0,713
|
|
1 242128563 rs28494145 A G 1851.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.66;MQ0=0;QD=26.07;SB=-1251.546;SBQD=0.402;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.3166;VQSLOD=4.3514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1884,150,0
|
|
1 242130076 rs28603690 G C 2108 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.23;MQ0=0;QD=34.56;SB=-1113.258;SBQD=-0.444;SBpi=0.1921;SBpiQual=0.1768;VQSLOD=8.2197 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2141,169,0
|
|
1 242136936 rs2340301 T C 2175.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=31.08;SB=-971.484;SBQD=10.293;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.7757;VQSLOD=7.3780 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2209,198,0
|
|
1 242147995 rs28693018 G A 1222.59 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.106;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=2.264;HRun=0;HaplotypeScore=4.3980;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=1.399;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.921;SB=-301.543;SBQD=-7.157;SBpi=-1.5430;SBpiQual=-1.8005;VQSLOD=1.6096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:73:99:1253,0,779
|
|
1 242149046 rs2090692 G A 601.85 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.030;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.965;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.322;SB=-360.608;SBQD=4.602;SBpi=-0.0898;SBpiQual=0.1292;VQSLOD=5.1953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:632,0,713
|
|
1 242149775 . T G 1072.96 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;DP=75;Dels=0.00;FS=7.851;HRun=0;HaplotypeScore=1.8216;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=2.381;QD=14.31;ReadPosRankSum=-1.318;SB=-596.413;SBQD=-5.030;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.0948;VQSLOD=3.6110 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1103,0,1053
|
|
1 242150052 rs28637687 G A 1161.14 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.866;HRun=0;HaplotypeScore=1.8216;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-331.347;SBQD=8.228;SBpi=1.1355;SBpiQual=1.3461;VQSLOD=4.7977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:1191,0,929
|
|
1 242150967 rs34113100 A G 1916.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.22;MQ0=0;QD=28.18;SB=-855.349;SBQD=-4.707;SBpi=-0.9701;SBpiQual=-1.2206;VQSLOD=3.7683 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1949,168,0
|
|
1 242153024 . C A 835.92 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.973;DP=70;Dels=0.00;FS=1.995;HRun=1;HaplotypeScore=1.9198;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.256;SB=-432.156;SBQD=4.326;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.3207;VQSLOD=3.2577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:866,0,1117
|
|
1 242160416 rs2049066 C G 1368.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7719;MQ=54.79;MQ0=0;QD=34.21;SB=-611.946;SBQD=3.183;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.6463;VQSLOD=5.8251 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1401,111,0
|
|
1 242163935 rs28863307 G A 1283.77 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.796;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.947;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=19.16;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-634.766;SBQD=-0.364;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.3104;VQSLOD=4.2346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:67:99:1314,0,699
|
|
1 242185655 rs4040803 C T 1073.48 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.566;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.105;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.050;SB=-542.652;SBQD=-0.898;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4130;VQSLOD=4.7678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1103,0,857
|
|
1 242196587 rs28495543 A G 1870.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.72;MQ0=0;QD=28.34;SB=-1074.697;SBQD=-2.571;SBpi=0.1231;SBpiQual=-0.1400;VQSLOD=6.4720 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1903,171,0
|
|
1 242202362 rs4658397 C T 2346.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.6439;MQ=57.00;MQ0=0;QD=32.14;SB=-991.455;SBQD=-5.324;SBpi=-0.8778;SBpiQual=-1.1418;VQSLOD=5.0600 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2379,187,0
|
|
1 242202945 rs1519902 A T 2534.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.47;MQ0=0;QD=33.79;SB=-1286.491;SBQD=-0.845;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.2594;VQSLOD=6.3080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2567,208,0
|
|
1 242204148 rs1832943 T C 1919.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=30.96;SB=-1008.132;SBQD=5.233;SBpi=-0.2540;SBpiQual=0.1671;VQSLOD=7.2557 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1952,171,0
|
|
1 242206748 rs10754745 A C 1720.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.33;MQ0=0;QD=31.87;SB=-781.705;SBQD=-0.372;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.6450;VQSLOD=6.3143 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1754,144,0
|
|
1 242207401 rs10159085 T C 2043.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.46;MQ0=0;QD=33.50;SB=-835.489;SBQD=2.273;SBpi=0.8322;SBpiQual=0.8597;VQSLOD=7.8338 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2076,175,0
|
|
1 242207515 . T C 987.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.460;DP=138;Dels=0.00;FS=3.800;HRun=0;HaplotypeScore=1.9681;MQ=47.94;MQ0=2;MQRankSum=-9.233;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.027;SB=-366.888;SBQD=3.105;SBpi=1.2027;SBpiQual=1.0438;VQSLOD=-11.8036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,56:138:99:1017,0,2665
|
|
1 242216557 rs6683254 T C 2455.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.28;MQ0=0;QD=32.74;SB=-1132.320;SBQD=6.699;SBpi=0.0577;SBpiQual=0.5958;VQSLOD=8.0071 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2489,217,0
|
|
1 242222108 rs11588823 G C 3001.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.63;MQ0=0;QD=34.11;SB=-1361.988;SBQD=-0.346;SBpi=-0.7462;SBpiQual=-0.8360;VQSLOD=6.2974 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3034,241,0
|
|
1 242284944 rs2437675 A G 1479.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.17;MQ0=1;QD=27.92;SB=-576.333;SBQD=-8.225;SBpi=-0.6181;SBpiQual=-0.9762;VQSLOD=5.9987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1513,135,0
|
|
1 242298469 rs11587429 A T 1346.19 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.810;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.613;SB=-665.675;SBQD=-0.859;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.4320;VQSLOD=5.2129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1376,0,1200
|
|
1 242301657 rs1978790 G T 2578.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.33;SB=-1298.135;SBQD=-1.454;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.2200;VQSLOD=8.7562 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2612,208,0
|
|
1 242314304 rs1898155 T C 791.05 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.904;HRun=0;HaplotypeScore=3.9418;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.807;SB=-448.738;SBQD=-2.311;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1431;VQSLOD=4.0412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,31:72:99:821,0,1342
|
|
1 242326837 rs316848 C G 2438.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.99;MQ0=0;QD=34.84;SB=-1008.032;SBQD=2.776;SBpi=-1.0757;SBpiQual=-1.0979;VQSLOD=7.1743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2471,199,0
|
|
1 242327576 rs12037915 C T 1101.09 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.537;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.026;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.315;SB=-523.010;SBQD=-5.449;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.4315;VQSLOD=4.7091 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1131,0,1071
|
|
1 242333265 rs316890 T C 2267.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=32.39;SB=-824.021;SBQD=2.413;SBpi=1.4343;SBpiQual=1.6273;VQSLOD=6.8775 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2301,189,0
|
|
1 242333479 rs398730 T G 1640.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7653;MQ=58.85;MQ0=0;QD=30.96;SB=-733.596;SBQD=2.673;SBpi=-1.0302;SBpiQual=-0.9531;VQSLOD=5.7095 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1674,132,0
|
|
1 242335257 rs316885 G T 2803.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.87;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1450.735;SBQD=1.044;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0636;VQSLOD=7.6579 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2837,223,0
|
|
1 242349802 rs316836 A T 655.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;DB;DP=80;Dels=0.01;FS=3.140;HRun=8;HaplotypeScore=1.9652;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-376.652;SBQD=-4.237;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.0211;VQSLOD=0.6245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:686,0,1131
|
|
1 242350620 rs189779 C T 831.91 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.636;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=14.526;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.056;SB=-280.134;SBQD=-11.237;SBpi=-1.1674;SBpiQual=-1.2310;VQSLOD=5.8722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:862,0,828
|
|
1 242358772 rs316828 G T 2935.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.14;SB=-1630.841;SBQD=0.023;SBpi=0.1078;SBpiQual=0.1091;VQSLOD=6.6764 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2969,229,0
|
|
1 242369758 rs316863 C T 2674.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=36.64;SB=-1390.735;SBQD=-0.578;SBpi=0.0585;SBpiQual=0.0145;VQSLOD=8.8029 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2707,214,0
|
|
1 242378391 rs7533993 C T 521.01 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.718;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.785;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.595;SB=-354.020;SBQD=-7.291;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.2796;VQSLOD=4.8845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:551,0,661
|
|
1 242381731 rs1502133 C A 1190.28 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.677;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.459;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=18.89;ReadPosRankSum=-0.454;SB=-529.739;SBQD=3.850;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4395;VQSLOD=6.0808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:1220,0,786
|
|
1 242384605 rs1609952 C T 1081.06 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.344;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.352;SB=-566.669;SBQD=-1.560;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0995;VQSLOD=5.4491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1111,0,1043
|
|
1 242386431 rs10926663 A C 715.72 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.452;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.058;SB=-361.239;SBQD=4.716;SBpi=-0.2887;SBpiQual=0.0190;VQSLOD=5.2143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:746,0,1306
|
|
1 242393782 rs59830876 A G 765.49 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.513;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.966;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-376.178;SBQD=2.845;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.2022;VQSLOD=5.8340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:795,0,1146
|
|
1 242393905 rs434200 C A 2879.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9772;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.70;SB=-875.734;SBQD=-3.721;SBpi=-1.9209;SBpiQual=-2.2596;VQSLOD=4.8564 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2913,226,0
|
|
1 242399370 rs383039 A G 2270.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;QD=32.44;SB=-1080.127;SBQD=0.488;SBpi=0.7171;SBpiQual=0.7900;VQSLOD=6.7382 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2304,181,0
|
|
1 242403968 rs410287 C A 1373.94 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.392;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.292;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=18.32;ReadPosRankSum=0.688;SB=-598.383;SBQD=-4.642;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.5834;VQSLOD=5.8064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1404,0,976
|
|
1 242407254 rs10803031 G C 1067.53 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.698;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.894;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.393;SB=-510.340;SBQD=-4.614;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2621;VQSLOD=5.5653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1098,0,1224
|
|
1 242420207 . T A 147.32 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.366;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=123.7130;MQ=49.74;MQ0=0;MQRankSum=-2.806;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.756;SB=-98.702;SBQD=-0.116;SBpi=0.6934;SBpiQual=0.6537;VQSLOD=-426.3050 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,13:46:99:177,0,1088
|
|
1 242421436 rs2455535 G A 1234.50 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.277;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.857;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.31;MQ0=1;MQRankSum=-2.023;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.367;SB=-495.766;SBQD=5.001;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.5994;VQSLOD=3.9992 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1264,0,1041
|
|
1 242447350 rs35196793 T G 716.76 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.719;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.62;MQ0=29;MQRankSum=0.890;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-170.881;SBQD=12.287;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0470;VQSLOD=5.2039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:747,0,859
|
|
1 242462139 rs2494898 C T 763.80 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.411;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.221;SB=-421.852;SBQD=2.038;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2200;VQSLOD=5.8632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:794,0,960
|
|
1 242469475 rs3913527 C G 1727.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.38;MQ0=8;QD=26.58;SB=-782.818;SBQD=0.819;SBpi=0.8462;SBpiQual=0.8435;VQSLOD=4.8959 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,59:65:99:1761,144,0
|
|
1 242470194 rs10803034 T C 3683.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=49.07;MQ0=5;QD=33.49;SB=-1891.366;SBQD=3.300;SBpi=-0.0953;SBpiQual=-0.2466;VQSLOD=6.9020 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:3684,295,0
|
|
1 242479964 rs12137862 T A 1328.92 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.974;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=17.953;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.62;MQ0=1;MQRankSum=1.849;QD=14.93;ReadPosRankSum=1.849;SB=-727.862;SBQD=-10.711;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.0717;VQSLOD=4.6319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:1359,0,1183
|
|
1 242480108 rs12118461 C T 559.91 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.910;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.654;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=47.33;MQ0=1;MQRankSum=2.860;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.467;SB=-280.633;SBQD=2.233;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.1951;VQSLOD=2.5696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:590,0,724
|
|
1 242483811 rs10926683 A T 1129.42 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.489;DB;DP=121;Dels=0.00;FS=4.942;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=53.45;MQ0=6;MQRankSum=-1.488;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.970;SB=-373.243;SBQD=-4.251;SBpi=-1.1314;SBpiQual=-1.1876;VQSLOD=3.7448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:121:99:1159,0,2276
|
|
1 242484092 . T A 128.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.305;DP=93;Dels=0.00;FS=2.834;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.16;MQ0=3;MQRankSum=-5.440;QD=1.38;ReadPosRankSum=-2.363;SB=-7.020;SBQD=2.514;SBpi=0.9383;SBpiQual=0.9575;VQSLOD=-5.0418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,23:93:99:158,0,2367
|
|
1 242485391 rs11589370 A G 880.55 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.514;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=8.234;HRun=0;HaplotypeScore=1.7256;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.410;SB=-323.770;SBQD=7.529;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.9428;VQSLOD=5.0501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:911,0,1212
|
|
1 242492973 rs4658476 T C 2690.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.33;MQ0=1;QD=32.42;SB=-1416.578;SBQD=-4.164;SBpi=0.0549;SBpiQual=-0.1806;VQSLOD=8.1180 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2724,223,0
|
|
1 242499695 rs2995357 T C 2816.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.48;MQ0=0;QD=33.53;SB=-1294.742;SBQD=-7.231;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.3847;VQSLOD=5.3965 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2849,244,0
|
|
1 242501124 rs4123226 T G 2522.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.06;MQ0=0;QD=34.56;SB=-1103.878;SBQD=0.418;SBpi=-0.7608;SBpiQual=-0.7919;VQSLOD=7.8244 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2556,208,0
|
|
1 242506952 rs10926694 G A 1665.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.19;MQ0=2;QD=26.86;SB=-944.710;SBQD=-5.456;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.4587;VQSLOD=5.7887 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1698,138,0
|
|
1 242507407 rs1857149 A G 3073.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.85;MQ0=3;QD=31.36;SB=-1223.342;SBQD=-7.079;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.6602;VQSLOD=5.9662 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3107,259,0
|
|
1 242508611 rs3905159 A G 1263.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.0508;MQ=32.08;MQ0=2;QD=23.40;SB=-540.818;SBQD=-8.539;SBpi=-0.3434;SBpiQual=-0.3381;VQSLOD=3.3496 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1296,120,0
|
|
1 242518578 rs3906781 C T 1545.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.61;MQ0=2;QD=30.30;SB=-822.398;SBQD=-1.855;SBpi=-0.0700;SBpiQual=-0.1265;VQSLOD=5.1716 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1578,135,0
|
|
1 242525612 rs10926699 G C 2351.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.05;MQ0=2;QD=29.76;SB=-988.500;SBQD=9.003;SBpi=0.3989;SBpiQual=0.8108;VQSLOD=7.4749 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:2384,213,0
|
|
1 242551698 rs1342362 C T 2276.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.5298;MQ=59.93;MQ0=0;QD=32.53;SB=-1270.895;SBQD=-0.980;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.1942;VQSLOD=4.2724 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:2310,181,0
|
|
1 242555949 rs2796135 T C 704.54 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.038;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.018;HRun=0;HaplotypeScore=1.8614;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.511;SB=-252.919;SBQD=7.533;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.8106;VQSLOD=5.6917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:735,0,685
|
|
1 242557605 . A T 498.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;DP=45;Dels=0.00;FS=8.152;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.53;MQ0=5;MQRankSum=-3.393;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.410;SB=-237.558;SBQD=-11.184;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.8933;VQSLOD=0.4652 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:529,0,787
|
|
1 242583038 rs7550063 G T 846.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=0.629;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.228;SB=-446.532;SBQD=-0.306;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5494;VQSLOD=5.6086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:876,0,938
|
|
1 242595629 rs1394063 C G 748.95 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.275;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.403;SB=-409.776;SBQD=-2.427;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0061;VQSLOD=5.5827 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:779,0,779
|
|
1 242596017 rs1847380 G A 1348.57 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.318;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.504;HRun=0;HaplotypeScore=2.6492;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.389;QD=18.47;ReadPosRankSum=1.378;SB=-544.327;SBQD=7.126;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.7019;VQSLOD=4.1122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:1379,0,689
|
|
1 242599052 rs2008631 G A 955.16 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=15.655;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-602.001;SBQD=10.019;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3642;VQSLOD=4.3190 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:985,0,923
|
|
1 242608162 rs2249864 C T 312.89 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.158;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.292;SB=-0.007;SBQD=10.789;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.8097;VQSLOD=3.9659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:343,0,571
|
|
1 242657182 . C T 506.71 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.627;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-173.057;SBQD=-2.023;SBpi=-1.2002;SBpiQual=-1.2103;VQSLOD=3.9860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:537,0,338
|
|
1 242657417 rs7542808 C G 489.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.16;MQ0=0;QD=20.38;SB=-302.674;SBQD=-11.136;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4290;VQSLOD=4.5426 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:48.10:522,48,0
|
|
1 242673532 rs10926757 C A 435.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=11.021;HRun=7;HaplotypeScore=4.5725;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-363.778;SBQD=-8.472;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5224;VQSLOD=-0.5732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:65:99:465,0,1030
|
|
1 242674732 rs10926758 G A 908.35 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.638;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=10.130;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-467.725;SBQD=7.244;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.5770;VQSLOD=5.0385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,39:94:99:938,0,1763
|
|
1 242735231 rs12754911 T C 1176.13 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.114;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.501;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=15.48;ReadPosRankSum=-1.677;SB=-602.604;SBQD=-1.457;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.0403;VQSLOD=4.7283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:1206,0,951
|
|
1 242744857 rs1938338 A G 818.34 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.617;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=11.53;ReadPosRankSum=-2.271;SB=-411.927;SBQD=2.652;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4564;VQSLOD=4.3579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:848,0,1291
|
|
1 242750798 rs10926777 T A 1093.55 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=12.988;HRun=1;HaplotypeScore=1.9416;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.179;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-298.077;SBQD=10.832;SBpi=1.3333;SBpiQual=1.4296;VQSLOD=2.1764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1124,0,1105
|
|
1 242767678 rs7523607 A C 657.53 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.099;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.143;HRun=1;HaplotypeScore=1.9924;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.914;SB=-363.362;SBQD=6.910;SBpi=-0.3780;SBpiQual=0.1021;VQSLOD=5.3914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:688,0,576
|
|
1 242782672 rs28814585 T C 1074.53 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.790;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.838;HRun=0;HaplotypeScore=4.4454;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-423.880;SBQD=3.811;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.7845;VQSLOD=3.1981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1105,0,1363
|
|
1 242807326 rs12095380 C T 1285.70 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.828;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=5.003;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=18.91;ReadPosRankSum=-1.028;SB=-618.061;SBQD=6.413;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2860;VQSLOD=5.4488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:1316,0,592
|
|
1 242820212 rs1333695 G A 2248.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.06;MQ0=0;QD=35.14;SB=-988.822;SBQD=0.254;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.8983;VQSLOD=8.7121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2282,181,0
|
|
1 242820219 rs1333694 A G 2102.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.230;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.724;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=30.47;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-1002.022;SBQD=-3.112;SBpi=0.7276;SBpiQual=0.3216;VQSLOD=5.9638 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2136,165,0
|
|
1 242832514 rs2151548 C A 2775.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.02;SB=-1202.818;SBQD=0.802;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.7447;VQSLOD=8.8566 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2808,217,0
|
|
1 242839119 rs984573 G A 899.21 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.702;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=13.42;ReadPosRankSum=1.431;SB=-505.880;SBQD=1.489;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.2094;VQSLOD=5.4712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:929,0,858
|
|
1 242841713 rs12565016 C T 1566.94 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.750;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.415;SB=-834.339;SBQD=1.021;SBpi=0.0700;SBpiQual=0.0513;VQSLOD=5.8081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:1597,0,1423
|
|
1 242842202 rs5020629 A C 989.13 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.129;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.405;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.921;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.820;SB=-475.657;SBQD=7.189;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3714;VQSLOD=5.5770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1019,0,1227
|
|
1 242842787 rs10926820 A G 873.44 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.071;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=14.926;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.435;SB=-286.852;SBQD=-10.360;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-1.2101;VQSLOD=4.8810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:903,0,1258
|
|
1 242845310 rs2151545 G T 2497.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.19;SB=-1175.116;SBQD=0.733;SBpi=-0.5417;SBpiQual=-0.5115;VQSLOD=9.0003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2530,199,0
|
|
1 242849579 rs914948 T C 2160.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=29.60;SB=-1068.859;SBQD=4.516;SBpi=-0.8778;SBpiQual=-0.4637;VQSLOD=7.0481 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2194,193,0
|
|
1 242854134 rs4313381 A G 3275.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.24;MQ0=0;QD=32.11;SB=-1493.984;SBQD=-5.661;SBpi=-0.3961;SBpiQual=-0.9840;VQSLOD=8.2440 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3274,286,0
|
|
1 242860346 rs7411827 A G 732.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;QD=33.29;SB=-302.166;SBQD=-0.270;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.7171;VQSLOD=7.6455 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:60.19:765,60,0
|
|
1 242877906 rs61839746 T A 69.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=4.197;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.35;MQ0=2;MQRankSum=-1.280;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-27.422;SBQD=1.784;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7205;VQSLOD=0.4154 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,5:35:99:100,0,650
|
|
1 242927005 . A C 970.59 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.186;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4101;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=11.84;ReadPosRankSum=1.413;SB=-574.173;SBQD=2.753;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.0206;VQSLOD=3.1256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1001,0,1130
|
|
1 242928857 rs10754780 T A 3463.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.65;MQ0=0;QD=34.99;SB=-1724.565;SBQD=3.358;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.3989;VQSLOD=4.3182 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3464,277,0
|
|
1 242931236 . A C 1128.32 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.720;DP=74;Dels=0.00;FS=6.131;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=15.25;ReadPosRankSum=-2.730;SB=-440.305;SBQD=6.824;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.7965;VQSLOD=2.9495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1158,0,1058
|
|
1 242931407 rs6665398 T C 2072.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.90;SB=-690.767;SBQD=6.191;SBpi=1.1969;SBpiQual=1.5760;VQSLOD=7.3155 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2106,180,0
|
|
1 242944110 rs10754782 G A 2466.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1032.168;SBQD=3.483;SBpi=0.7714;SBpiQual=0.9996;VQSLOD=8.2711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2500,196,0
|
|
1 242944483 rs12569283 C T 1214.95 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.045;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.3511;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-444.972;SBQD=2.472;SBpi=0.7715;SBpiQual=1.0327;VQSLOD=2.5563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:80:99:1245,0,1050
|
|
1 242948987 rs2151551 G A 1003.38 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.866;HRun=3;HaplotypeScore=0.9983;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=12.86;ReadPosRankSum=1.221;SB=-478.970;SBQD=2.863;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.8792;VQSLOD=4.1054 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1033,0,1127
|
|
1 242962202 rs2809873 G A 2198.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.90;SB=-964.233;SBQD=-1.613;SBpi=-0.6929;SBpiQual=-0.7835;VQSLOD=7.1471 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2232,175,0
|
|
1 242964870 rs12126980 C A 774.12 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.290;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.736;SB=-376.375;SBQD=1.964;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.3550;VQSLOD=6.1485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:804,0,1310
|
|
1 242968406 rs57381734 G A 1089.52 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.644;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.880;HRun=0;HaplotypeScore=3.9729;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-516.481;SBQD=0.581;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.5161;VQSLOD=3.7707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:1120,0,1162
|
|
1 242969964 rs6661201 C T 415.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.845;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.047;HRun=0;HaplotypeScore=1.9145;MQ=50.86;MQ0=4;MQRankSum=-6.337;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.994;SB=-90.892;SBQD=-4.600;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.4487;VQSLOD=-5.1966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,27:79:99:445,0,1646
|
|
1 242970193 rs6679153 T C 817.95 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.672;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.27;MQ0=1;MQRankSum=-1.714;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-219.336;SBQD=-6.638;SBpi=-1.3056;SBpiQual=-1.4579;VQSLOD=3.5236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:848,0,1046
|
|
1 242972993 . C T 62.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DP=53;Dels=0.00;FS=1.587;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.35;MQ0=5;MQRankSum=-1.583;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.914;SB=-115.619;SBQD=-3.078;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.3299;VQSLOD=-2.5418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:92.64:93,0,492
|
|
1 242973555 . G A 328.51 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.387;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5592;MQ=46.28;MQ0=1;MQRankSum=1.877;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.224;SB=-123.499;SBQD=5.376;SBpi=0.6934;SBpiQual=0.7678;VQSLOD=3.7561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:359,0,307
|
|
1 243003189 rs914945 A C 2382.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=32.20;SB=-1341.076;SBQD=1.614;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1073;VQSLOD=7.1253 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2416,193,0
|
|
1 243004118 rs34965175 T C 1945.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.59;MQ0=0;QD=35.37;SB=-960.288;SBQD=-2.601;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.2147;VQSLOD=8.5652 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1979,159,0
|
|
1 243004789 rs4658863 T C 2854.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=34.81;SB=-1437.939;SBQD=0.129;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.3661;VQSLOD=8.5370 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2888,229,0
|
|
1 243005180 . C T 816.89 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=82;Dels=0.00;FS=4.708;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.310;SB=-225.178;SBQD=-5.008;SBpi=-1.2070;SBpiQual=-1.3072;VQSLOD=4.5473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,29:82:99:847,0,1801
|
|
1 243021572 rs7535663 C T 1375.05 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.838;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.335;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=17.19;ReadPosRankSum=0.208;SB=-549.800;SBQD=-5.736;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.7504;VQSLOD=5.8544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1405,0,994
|
|
1 243023066 rs57307702 G A 1334.36 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.440;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=18.79;ReadPosRankSum=0.988;SB=-426.170;SBQD=0.172;SBpi=1.2344;SBpiQual=1.4057;VQSLOD=4.5329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:1364,0,745
|
|
1 243025537 rs7349105 G A 1649.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=32.35;SB=-882.610;SBQD=-1.300;SBpi=-0.3501;SBpiQual=-0.4381;VQSLOD=7.9115 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1683,129,0
|
|
1 243027762 rs10926897 A G 2220.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.72;SB=-1144.721;SBQD=1.016;SBpi=0.4781;SBpiQual=0.5387;VQSLOD=7.9711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2254,178,0
|
|
1 243027814 rs10926898 G T 2308.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=32.52;SB=-1277.450;SBQD=1.917;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.1312;VQSLOD=6.7746 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2342,184,0
|
|
1 243039292 rs4488014 C T 472.83 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.186;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.881;SB=-193.174;SBQD=-3.600;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-1.0094;VQSLOD=4.2872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:57:99:503,0,832
|
|
1 243048251 rs10803096 A G 1127.83 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.569;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.838;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.107;SB=-575.508;SBQD=-1.640;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.3002;VQSLOD=5.7695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1158,0,1186
|
|
1 243049643 rs12028291 G A 682.46 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.481;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.443;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-361.529;SBQD=-5.280;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.2779;VQSLOD=5.6499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:712,0,736
|
|
1 243049956 rs10926907 T C 773.27 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.255;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=3.206;HRun=0;HaplotypeScore=2.5476;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-310.780;SBQD=-1.323;SBpi=0.6860;SBpiQual=1.0496;VQSLOD=3.8253 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,34:88:99:803,0,1557
|
|
1 243052677 rs10926912 T C 118.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=18.479;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=48.63;MQ0=0;MQRankSum=-4.851;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.438;SB=19.468;SBQD=9.159;SBpi=1.6036;SBpiQual=1.6371;VQSLOD=-3.2520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:148,0,665
|
|
1 243063749 rs2491833 T C 1426.84 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.376;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=3.986;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=16.03;ReadPosRankSum=0.095;SB=-606.971;SBQD=3.259;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.6494;VQSLOD=5.7264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,47:89:99:1457,0,1368
|
|
1 243066807 rs9428549 C G 682.95 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.325;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.665;HRun=1;HaplotypeScore=1.9952;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.722;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-378.670;SBQD=5.000;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.4753;VQSLOD=3.1881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:713,0,832
|
|
1 243084994 rs3003539 G C 1199.18 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.550;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.966;HRun=2;HaplotypeScore=1.6208;MQ=53.48;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=16.21;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-616.528;SBQD=-5.284;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.0565;VQSLOD=4.3526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:74:99:1229,0,847
|
|
1 243085890 rs2491845 C T 1023.89 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.911;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.998;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.280;SB=-445.711;SBQD=4.096;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.7712;VQSLOD=6.1502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1054,0,1161
|
|
1 243087578 rs3013384 T G 662.42 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.274;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.012;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.73;MQ0=1;MQRankSum=-1.564;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.243;SB=-230.140;SBQD=2.962;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.0824;VQSLOD=3.1059 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:692,0,1151
|
|
1 243093905 . C A 454.02 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.490;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.63;MQ0=1;MQRankSum=-2.102;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-285.317;SBQD=-2.844;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.5066;VQSLOD=1.4875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:484,0,684
|
|
1 243095755 rs2998674 C A 788.08 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.937;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=45.34;MQ0=0;MQRankSum=4.108;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.026;SB=-421.707;SBQD=7.233;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.9555;VQSLOD=2.3310 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:818,0,673
|
|
1 243096337 rs2502315 G A 829.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.065;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=9.713;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=48.54;MQ0=2;MQRankSum=-7.169;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.418;SB=-305.294;SBQD=-7.349;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8487;VQSLOD=-6.9849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:859,0,1386
|
|
1 243119889 rs10926936 T C 141.11 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.65;MQ0=1;MQRankSum=1.870;QD=6.14;ReadPosRankSum=2.003;SB=-30.434;SBQD=-8.494;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-0.8025;VQSLOD=3.3584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:12.38:171,0,12
|
|
1 243121042 rs1081091 G C 2340.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.16;MQ0=0;QD=36.00;SB=-1131.747;SBQD=-0.264;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.3365;VQSLOD=8.3797 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2373,187,0
|
|
1 243126414 . A G 623.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.354;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.35;MQ0=0;MQRankSum=-6.760;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-317.414;SBQD=-1.442;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.3477;VQSLOD=-6.6855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:653,0,1262
|
|
1 243128212 rs7533316 G A 758.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.97;MQ0=1;QD=22.98;SB=-482.154;SBQD=-0.473;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.5284;VQSLOD=4.5452 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:69.14:791,69,0
|
|
1 243129253 rs61841070 G A 325.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.762;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9159;MQ=47.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.614;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-143.581;SBQD=-1.994;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0933;VQSLOD=-0.8222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:355,0,766
|
|
1 243132493 rs3872238 G A 1080.04 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.74;MQ0=6;QD=26.34;SB=-0.007;SBQD=32.728;SBpi=1.9522;SBpiQual=2.1821;VQSLOD=2.1459 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1113,99,0
|
|
1 243144828 rs6687553 A G 361.25 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.195;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.288;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=52.30;MQ0=2;MQRankSum=-2.470;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.365;SB=-186.164;SBQD=3.445;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2622;VQSLOD=2.6276 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:391,0,589
|
|
1 243150965 rs2024145 T C 205.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.300;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.19;MQ0=16;MQRankSum=-4.340;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-126.527;SBQD=-2.893;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.6518;VQSLOD=-1.5650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:236,0,1204
|
|
1 243178637 rs3928382 C T 87.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.999;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=8.646;HRun=2;HaplotypeScore=1.6584;MQ=27.97;MQ0=12;MQRankSum=-4.352;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.839;SB=10.047;SBQD=3.250;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.6105;VQSLOD=-1.3580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:118,0,1077
|
|
1 243186881 rs12121592 A G 1491.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7232;MQ=25.16;MQ0=16;MQRankSum=1.556;QD=19.89;ReadPosRankSum=1.497;SB=-722.456;SBQD=-8.603;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.6905;VQSLOD=3.6063 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:75:99:1525,141,0
|
|
1 243197475 . C T 250.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=20.01;MQ0=25;MQRankSum=0.801;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.762;SB=-90.406;SBQD=1.604;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6325;VQSLOD=0.1918 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:280,0,208
|
|
1 243206027 . C T 109.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.805;DP=72;Dels=0.00;FS=19.515;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=42.94;MQ0=1;MQRankSum=-5.870;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.241;SB=66.125;SBQD=3.402;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.1718;VQSLOD=-6.6039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,16:72:99:140,0,1613
|
|
1 243207082 . C T 788.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.325;DP=91;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=1;HaplotypeScore=1.9328;MQ=42.20;MQ0=2;MQRankSum=-2.992;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.975;SB=-358.637;SBQD=3.035;SBpi=0.0781;SBpiQual=-0.0432;VQSLOD=0.0484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:819,0,1448
|
|
1 243232279 rs61833136 A G 141.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=7.669;HRun=0;HaplotypeScore=1.8288;MQ=38.33;MQ0=8;MQRankSum=-4.395;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.518;SB=24.065;SBQD=4.246;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.2168;VQSLOD=-2.5119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:172,0,1141
|
|
1 243238025 . C T 68.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.420;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.19;MQ0=12;MQRankSum=-0.811;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-28.333;SBQD=-2.291;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.1824;VQSLOD=-0.6763 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,13:49:98.88:99,0,244
|
|
1 243249759 . C T 246.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1766;MQ=17.30;MQ0=21;MQRankSum=-1.583;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-0.007;SBQD=8.661;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1756;VQSLOD=-0.5422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:277,0,227
|
|
1 243254692 . C T 549.09 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=63;Dels=0.00;FS=1.248;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ=32.73;MQ0=10;MQRankSum=0.900;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.258;SB=-217.747;SBQD=5.439;SBpi=0.8356;SBpiQual=1.0219;VQSLOD=2.7404 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:579,0,502
|
|
1 243255124 rs9700909 A C 261.92 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=10.481;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.65;MQ0=12;MQRankSum=-0.795;QD=6.24;ReadPosRankSum=-2.009;SB=-162.855;SBQD=11.894;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4862;VQSLOD=2.2158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:292,0,444
|
|
1 243292019 rs7533080 C A 201.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.890;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=17.73;MQ0=53;MQRankSum=-1.273;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.964;SB=-127.958;SBQD=1.436;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.2700;VQSLOD=0.3184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,27:73:99:232,0,135
|
|
1 243306475 rs2787232 G C 1296.77 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.571;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=6.697;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=49.93;MQ0=1;MQRankSum=-1.710;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-644.345;SBQD=-4.626;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.3120;VQSLOD=3.6900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:94:99:1327,0,1502
|
|
1 243320105 rs3015128 C T 710.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.131;DB;DP=113;Dels=0.00;FS=20.430;HRun=2;HaplotypeScore=1.8628;MQ=49.06;MQ0=3;MQRankSum=-5.475;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-150.816;SBQD=9.390;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.7469;VQSLOD=-2.6285 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,32:113:99:741,0,2430
|
|
1 243327179 . T G 64.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;DP=102;Dels=0.00;FS=4.470;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.08;MQ0=1;MQRankSum=-4.159;QD=0.63;ReadPosRankSum=1.019;SB=7.840;SBQD=1.422;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.6104;VQSLOD=-2.3044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,12:102:94.65:95,0,3143
|
|
1 243371052 . C T 1159.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.53;MQ0=21;QD=19.33;SB=-434.647;SBQD=14.703;SBpi=-0.2582;SBpiQual=-0.3943;VQSLOD=4.1335 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1193,105,0
|
|
1 243383855 rs7513878 T A 2623.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.32;MQ0=0;QD=31.99;SB=-1498.519;SBQD=3.022;SBpi=-0.2209;SBpiQual=0.0316;VQSLOD=2.5120 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2657,220,0
|
|
1 243385960 rs12079702 A G 1447.45 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.708;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=19.05;ReadPosRankSum=0.783;SB=-771.729;SBQD=-4.846;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.1020;VQSLOD=4.8347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,48:76:99:1477,0,822
|
|
1 243409152 rs12749004 C T 847.59 PASS AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=7.864;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=18.84;ReadPosRankSum=-1.676;SB=-392.888;SBQD=-9.297;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.5218;VQSLOD=4.9768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:45:99:878,0,375
|
|
1 243423552 rs4146968 G A 3117.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1617.489;SBQD=0.370;SBpi=-0.0542;SBpiQual=-0.0252;VQSLOD=8.6332 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3150,250,0
|
|
1 243440047 rs61833914 T C 730.03 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8991;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=2.043;QD=11.23;ReadPosRankSum=1.032;SB=-314.154;SBQD=-1.120;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.4268;VQSLOD=4.2965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:65:99:760,0,1100
|
|
1 243451853 rs12748870 T A 1031.09 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.013;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.076;SB=-491.649;SBQD=5.515;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2754;VQSLOD=4.9706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:1061,0,987
|
|
1 243452864 rs10926982 G A 1160.88 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.537;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.747;SB=-570.227;SBQD=-0.815;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.2490;VQSLOD=5.7552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1191,0,1159
|
|
1 243453572 rs10754799 A G 1828.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=30.99;SB=-945.930;SBQD=-4.745;SBpi=0.0651;SBpiQual=-0.2900;VQSLOD=7.5843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1861,165,0
|
|
1 243467689 rs12085949 G T 1094.70 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=2.103;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=15.00;ReadPosRankSum=2.745;SB=-470.783;SBQD=3.153;SBpi=1.1795;SBpiQual=1.2960;VQSLOD=4.1786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,46:73:99:1125,0,689
|
|
1 243483368 rs10926989 C T 1114.42 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.274;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.406;HRun=1;HaplotypeScore=3.2913;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.059;SB=-568.731;SBQD=-2.660;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.4658;VQSLOD=3.5326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,40:67:99:1144,0,693
|
|
1 243505841 rs4658558 A G 994.68 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.839;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=7.345;HRun=0;HaplotypeScore=1.6646;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-394.832;SBQD=-7.701;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.8160;VQSLOD=5.6187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1025,0,1377
|
|
1 243604157 . G A 1033.52 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DP=56;Dels=0.00;FS=2.289;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.749;QD=18.46;ReadPosRankSum=2.398;SB=-426.091;SBQD=3.235;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6332;VQSLOD=5.5268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:1064,0,686
|
|
1 243608967 rs6703335 A G 929.12 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.613;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.048;HRun=0;HaplotypeScore=3.4081;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.895;SB=-502.734;SBQD=1.442;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.4986;VQSLOD=4.7680 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:959,0,1114
|
|
1 243618183 rs34862954 T C 838.28 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-542.386;SBQD=1.187;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2987;VQSLOD=5.9957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:868,0,679
|
|
1 243623023 rs2226029 G T 1700.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=33.35;SB=-839.913;SBQD=-0.560;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.5429;VQSLOD=8.0733 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1734,135,0
|
|
1 243711982 rs10754805 A G 2884.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8188;MQ=59.13;MQ0=0;QD=31.70;SB=-1151.097;SBQD=-7.939;SBpi=-0.7862;SBpiQual=-1.4253;VQSLOD=6.5465 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2917,250,0
|
|
1 243712455 rs7549780 A C 1819.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.33;SB=-997.878;SBQD=2.792;SBpi=-0.1291;SBpiQual=0.1236;VQSLOD=7.4221 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1853,162,0
|
|
1 243813285 rs6661818 G T 2193.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.64;MQ0=0;QD=32.26;SB=-1079.114;SBQD=-0.972;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.4175;VQSLOD=7.7892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2226,184,0
|
|
1 243842288 rs383701 G A 1961.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=58.79;MQ0=0;QD=29.71;SB=-1165.335;SBQD=0.198;SBpi=-0.3693;SBpiQual=-0.3805;VQSLOD=6.0402 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1994,156,0
|
|
1 243853830 rs6686591 C T 3059.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.77;SB=-1399.098;SBQD=0.683;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5899;VQSLOD=9.0717 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3093,238,0
|
|
1 243856681 rs1973284 A G 695.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=26.77;SB=-0.007;SBQD=29.450;SBpi=2.5495;SBpiQual=2.4083;VQSLOD=3.1138 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:69.16:729,69,0
|
|
1 243866036 rs320344 G A 3278.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=36.43;SB=-1725.993;SBQD=-1.161;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0869;VQSLOD=8.5532 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3278,253,0
|
|
1 243903069 rs6429434 T C 2170.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=31.45;SB=-1068.932;SBQD=-0.729;SBpi=-0.6621;SBpiQual=-0.7354;VQSLOD=7.6313 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2203,178,0
|
|
1 243942463 rs6682456 C A 2699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1472.430;SBQD=0.280;SBpi=0.0570;SBpiQual=0.0837;VQSLOD=9.2139 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2733,211,0
|
|
1 243943907 rs7551241 A G 2455.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=36.64;SB=-1024.426;SBQD=2.424;SBpi=0.6719;SBpiQual=0.8756;VQSLOD=8.4538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2488,199,0
|
|
1 243972240 rs7542018 G A 1507.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.77;MQ0=1;QD=26.92;SB=-586.396;SBQD=-14.946;SBpi=-0.1336;SBpiQual=-0.1064;VQSLOD=5.4274 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1541,129,0
|
|
1 244017865 rs11579649 C T 2270.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.03;MQ0=0;QD=32.90;SB=-853.271;SBQD=4.613;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.2564;VQSLOD=7.4884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2303,187,0
|
|
1 244019998 rs11590190 A G 1189.30 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.547;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=2.5690;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.762;SB=-595.789;SBQD=-0.717;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.4644;VQSLOD=3.5637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:1219,0,910
|
|
1 244034005 rs7545692 G A 1130.34 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.860;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.968;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-496.886;SBQD=-3.835;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4913;VQSLOD=6.3504 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:1160,0,1274
|
|
1 244061723 rs4658406 A G 970.60 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.916;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.152;SB=-474.154;SBQD=-5.492;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.4505;VQSLOD=5.1298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,37:63:99:1001,0,825
|
|
1 244075593 rs10803169 T A 796.55 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.205;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=13.06;ReadPosRankSum=-1.715;SB=-309.167;SBQD=-5.910;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.7681;VQSLOD=5.1080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:827,0,968
|
|
1 244102151 rs543626 C T 1388.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=24.80;SB=-1037.349;SBQD=2.790;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.1090;VQSLOD=5.3494 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1422,108,0
|
|
1 244146780 rs533334 T C 3548.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=34.45;SB=-1631.483;SBQD=6.058;SBpi=0.0493;SBpiQual=0.6301;VQSLOD=9.0590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:3547,304,0
|
|
1 244148330 rs10927095 T G 1955.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.54;SB=-850.527;SBQD=1.425;SBpi=1.0160;SBpiQual=1.0815;VQSLOD=5.7383 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1989,159,0
|
|
1 244148851 rs11586900 A T 1724.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=28.28;SB=-1006.859;SBQD=-2.537;SBpi=-0.3201;SBpiQual=-0.5131;VQSLOD=2.7544 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1758,150,0
|
|
1 244157197 rs60053485 T A 1855.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9762;MQ=59.61;MQ0=0;QD=31.46;SB=-979.766;SBQD=-6.695;SBpi=0.0651;SBpiQual=-0.3102;VQSLOD=6.3906 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1889,150,0
|
|
1 244167131 rs1009375 T C 2780.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;QD=34.32;SB=-1380.882;SBQD=-0.081;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.3849;VQSLOD=8.6717 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2813,229,0
|
|
1 244169011 rs11582480 C A 2413.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8328;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.47;SB=-1117.634;SBQD=0.180;SBpi=-0.5976;SBpiQual=-0.5888;VQSLOD=4.6275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2446,199,0
|
|
1 244193100 rs2454222 G A 1328.66 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.078;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.717;HRun=0;HaplotypeScore=1.8295;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=16.01;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-603.582;SBQD=6.177;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2743;VQSLOD=5.6437 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1359,0,1265
|
|
1 244257327 rs2454232 A G 2613.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=59.41;MQ0=0;QD=33.50;SB=-1434.150;SBQD=-1.756;SBpi=0.1132;SBpiQual=0.0018;VQSLOD=6.1686 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2646,214,0
|
|
1 244272514 . A G 1119.60 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.886;DP=68;Dels=0.00;FS=3.413;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.641;QD=16.46;ReadPosRankSum=1.691;SB=-408.610;SBQD=5.098;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.8338;VQSLOD=2.3495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1150,0,969
|
|
1 244278368 rs10927130 C T 702.42 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-295.050;SBQD=0.426;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.9082;VQSLOD=4.7573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:732,0,1105
|
|
1 244283404 rs12410876 G A 1051.40 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-510.463;SBQD=1.204;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1307;VQSLOD=6.2461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:89:99:1081,0,1547
|
|
1 244293381 rs7516387 T C 1891.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=37.08;SB=-739.460;SBQD=-1.018;SBpi=0.9102;SBpiQual=0.8574;VQSLOD=8.1216 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1924,153,0
|
|
1 244295739 rs10803179 G C 3335.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.48;SB=-1456.773;SBQD=-0.685;SBpi=-0.5830;SBpiQual=-0.6828;VQSLOD=7.8996 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3335,265,0
|
|
1 244307774 rs1330695 A C 1505.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=30.12;SB=-832.989;SBQD=-0.719;SBpi=0.4243;SBpiQual=0.3748;VQSLOD=6.4690 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1539,123,0
|
|
1 244312459 rs10803180 C A 2444.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.69;MQ0=0;QD=28.10;SB=-1251.474;SBQD=3.116;SBpi=0.8041;SBpiQual=1.0575;VQSLOD=3.7600 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2478,202,0
|
|
1 244314685 rs913993 T C 1959.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.36;MQ0=0;QD=30.15;SB=-743.419;SBQD=1.821;SBpi=-1.5504;SBpiQual=-1.4047;VQSLOD=4.9834 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1993,171,0
|
|
1 244364549 rs11803254 T G 1000.86 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.348;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6036;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.861;SB=-493.785;SBQD=-2.493;SBpi=0.1581;SBpiQual=-0.3138;VQSLOD=4.5916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1031,0,1156
|
|
1 244377774 rs10737892 G T 759.23 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.073;HRun=0;HaplotypeScore=1.7834;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.473;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-382.614;SBQD=4.965;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.6422;VQSLOD=4.7691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:789,0,778
|
|
1 244409108 rs10754819 T C 696.22 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.722;HRun=0;HaplotypeScore=2.2859;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.520;SB=-338.203;SBQD=3.966;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5499;VQSLOD=3.8732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:726,0,928
|
|
1 244415513 rs10754822 A G 983.72 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.062;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.838;SB=-527.699;SBQD=-4.651;SBpi=0.0801;SBpiQual=-0.3164;VQSLOD=4.7421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1014,0,988
|
|
1 244417179 rs7542556 G C 54.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.794;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=48.67;MQ0=0;MQRankSum=-6.921;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.448;SB=-405.231;SBQD=0.696;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4130;VQSLOD=-7.0807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:84.95:85,0,1420
|
|
1 244430274 rs540633 T C 2085.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.17;MQ0=0;QD=33.11;SB=-923.481;SBQD=-1.441;SBpi=-0.8189;SBpiQual=-0.9358;VQSLOD=8.1819 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2119,169,0
|
|
1 244471846 rs3101480 A G 1424.01 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.507;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.841;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=16.00;ReadPosRankSum=0.548;SB=-493.431;SBQD=-6.230;SBpi=-0.7857;SBpiQual=-1.1440;VQSLOD=5.5346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:1454,0,1237
|
|
1 244475358 rs7543638 C T 949.86 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.022;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.184;SB=-396.435;SBQD=-1.758;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7271;VQSLOD=4.6142 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:980,0,684
|
|
1 244475951 rs1976070 T C 353.83 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.460;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=5.620;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-290.266;SBQD=6.613;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.0614;VQSLOD=2.7892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:99:384,0,1155
|
|
1 244491890 rs636826 G C 1002.76 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=16.867;HRun=0;HaplotypeScore=4.8923;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.989;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-411.462;SBQD=8.417;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.3918;VQSLOD=2.5555 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:80:99:1033,0,1407
|
|
1 244499205 rs671495 C G 875.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.360;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=6.4766;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.382;SB=-310.721;SBQD=0.562;SBpi=1.2677;SBpiQual=1.0378;VQSLOD=0.7035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:905,0,1157
|
|
1 244506606 rs557816 C T 758.17 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.053;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.696;QD=13.54;ReadPosRankSum=1.958;SB=-302.942;SBQD=-4.451;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.8810;VQSLOD=3.6085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:788,0,881
|
|
1 244511981 rs4376719 A G 345.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=25.54;MQ0=0;QD=20.32;SB=-200.115;SBQD=-3.764;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=3.9185 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:39.02:378,39,0
|
|
1 244512018 rs4317790 T A 595.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.14;MQ0=0;QD=13.85;SB=-448.907;SBQD=0.071;SBpi=-0.9912;SBpiQual=-0.8591;VQSLOD=5.3847 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:57.07:629,57,0
|
|
1 244544441 rs3123711 T C 704.25 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.506;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=19.266;HRun=0;HaplotypeScore=1.8910;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-219.358;SBQD=13.681;SBpi=1.1339;SBpiQual=1.1741;VQSLOD=4.8507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:734,0,636
|
|
1 244570770 rs3127452 A G 920.86 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.276;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.350;SB=-502.652;SBQD=-5.150;SBpi=0.1667;SBpiQual=-0.0868;VQSLOD=5.6275 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:951,0,682
|
|
1 244575733 rs3123695 G A 1282.86 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.911;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.870;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=18.59;ReadPosRankSum=1.870;SB=-450.067;SBQD=6.260;SBpi=0.8807;SBpiQual=1.0025;VQSLOD=4.5018 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1313,0,874
|
|
1 244577558 rs3101468 G A 783.94 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.966;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.958;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.867;SB=-350.953;SBQD=-2.917;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5169;VQSLOD=5.0308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:814,0,1174
|
|
1 244578507 rs4658639 G C 1189.30 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.474;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=11.514;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=15.25;ReadPosRankSum=-1.658;SB=-524.722;SBQD=10.320;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.5409;VQSLOD=5.1592 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:1219,0,865
|
|
1 244605036 rs3003214 G A 888.70 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=9.346;HRun=0;HaplotypeScore=1.8273;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;QD=15.06;ReadPosRankSum=1.042;SB=-223.650;SBQD=-9.971;SBpi=-1.0954;SBpiQual=-1.3489;VQSLOD=4.7091 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:919,0,889
|
|
1 244630447 rs3006009 C T 1159.08 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.604;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.903;HRun=1;HaplotypeScore=1.4725;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.616;QD=15.45;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-420.252;SBQD=-2.472;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-1.1143;VQSLOD=4.7340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1189,0,1133
|
|
1 244635531 rs3124063 A G 772.86 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.955;HRun=2;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.18;MQ0=1;MQRankSum=0.161;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.564;SB=-465.684;SBQD=3.404;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3396;VQSLOD=5.1322 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:803,0,868
|
|
1 244637639 rs3127469 C T 1361.56 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.898;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.600;QD=16.60;ReadPosRankSum=0.755;SB=-652.531;SBQD=-2.012;SBpi=-0.6429;SBpiQual=-0.5286;VQSLOD=5.1887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,49:82:99:1392,0,1010
|
|
1 244649098 rs3006018 A G 565.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.988;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.269;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.697;QD=9.76;ReadPosRankSum=-2.619;SB=-289.341;SBQD=1.932;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.3325;VQSLOD=0.9616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:596,0,907
|
|
1 244697711 rs3005967 G A 2717.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1155.393;SBQD=-0.439;SBpi=-0.9687;SBpiQual=-1.0482;VQSLOD=8.2493 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2751,217,0
|
|
1 244698429 rs7415441 C G 1922.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.50;MQ0=0;QD=30.04;SB=-684.734;SBQD=2.110;SBpi=1.6250;SBpiQual=1.8029;VQSLOD=5.9419 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1955,162,0
|
|
1 244698521 rs3123463 T A 1833.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=59.37;MQ0=0;QD=27.78;SB=-1080.798;SBQD=0.339;SBpi=0.4924;SBpiQual=0.5496;VQSLOD=5.2782 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1867,144,0
|
|
1 244703307 rs12758857 G T 2102.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=35.63;MQ0=1;QD=30.92;SB=-951.643;SBQD=0.924;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.6411;VQSLOD=5.9318 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2136,183,0
|
|
1 244706885 rs3000694 T C 1930.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.55;MQ0=0;QD=34.47;SB=-219.820;SBQD=-7.030;SBpi=-2.9399;SBpiQual=-3.2492;VQSLOD=4.7738 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1963,153,0
|
|
1 244707199 rs3000695 A G 1902.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=35.24;SB=-457.189;SBQD=1.651;SBpi=2.0412;SBpiQual=2.1764;VQSLOD=7.1979 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1936,153,0
|
|
1 244709315 rs3000698 A G 2863.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=34.50;SB=-1523.360;SBQD=0.628;SBpi=-0.1646;SBpiQual=-0.1013;VQSLOD=7.6144 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2896,232,0
|
|
1 244710380 rs3005992 A G 2634.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.09;SB=-1196.254;SBQD=-0.177;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.6831;VQSLOD=9.0093 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2668,208,0
|
|
1 244711357 rs3000688 G A 2995.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1280.976;SBQD=3.490;SBpi=-1.2190;SBpiQual=-1.0078;VQSLOD=7.0998 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3029,244,0
|
|
1 244713761 rs3003223 A T 2466.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.38;SB=-860.061;SBQD=0.436;SBpi=1.3540;SBpiQual=1.4979;VQSLOD=7.5789 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2500,193,0
|
|
1 244723741 rs7536729 T C 426.60 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.574;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=14.71;ReadPosRankSum=1.198;SB=-229.152;SBQD=-1.512;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.1301;VQSLOD=4.8867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:457,0,307
|
|
1 244723920 rs7522899 C G 981.19 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.316;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=2.727;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-189.627;SBQD=-1.249;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.1500;VQSLOD=2.0083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1011,0,1362
|
|
1 244731292 . G A 1157.18 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.958;DP=75;Dels=0.00;FS=0.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.743;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.429;SB=-514.078;SBQD=-2.966;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.4436;VQSLOD=4.2532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1187,0,1097
|
|
1 244739773 . C T 800.67 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.558;DP=47;Dels=0.00;FS=2.588;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.720;QD=17.04;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-380.517;SBQD=-3.403;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2544;VQSLOD=2.7705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:831,0,545
|
|
1 244742292 rs7546679 C A 404.10 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.667;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=8.692;HRun=1;HaplotypeScore=2.6183;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.777;SB=-118.285;SBQD=8.852;SBpi=0.9428;SBpiQual=1.0074;VQSLOD=3.3409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:434,0,851
|
|
1 244742711 rs12045596 A G 1333.39 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.521;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.784;HRun=0;HaplotypeScore=4.5432;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.292;SB=-702.812;SBQD=-1.382;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.2332;VQSLOD=3.5953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:94:99:1363,0,1348
|
|
1 244744568 rs6664965 A C 1336.80 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.519;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.354;QD=19.66;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-561.068;SBQD=4.146;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.7888;VQSLOD=4.5882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,44:68:99:1367,0,706
|
|
1 244746528 rs6429481 A G 927.71 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.868;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=55.03;MQ0=0;MQRankSum=3.390;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.308;SB=-438.737;SBQD=1.113;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3926;VQSLOD=4.4410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,34:89:99:958,0,1817
|
|
1 244747570 rs4553171 C G 1074.19 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.858;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.566;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-591.861;SBQD=2.067;SBpi=0.0762;SBpiQual=-0.2030;VQSLOD=5.5839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1104,0,1347
|
|
1 244748143 rs6678335 A G 661.79 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.548;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.309;HRun=1;HaplotypeScore=3.4224;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-295.467;SBQD=2.432;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.5002;VQSLOD=2.9837 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:692,0,566
|
|
1 244750094 rs6429491 G A 944.06 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.130;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.735;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=13.88;ReadPosRankSum=1.293;SB=-352.036;SBQD=5.667;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.7479;VQSLOD=5.6328 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:974,0,1081
|
|
1 244777832 rs10803229 A G 1277.32 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=8.569;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-588.501;SBQD=6.728;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5472;VQSLOD=5.4965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1307,0,1283
|
|
1 244777977 rs2819008 A G 649.13 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.227;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.054;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.035;SB=-386.627;SBQD=1.292;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2861;VQSLOD=4.6731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:679,0,751
|
|
1 244778386 rs1393286 G A 845.53 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.817;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.186;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=15.66;ReadPosRankSum=1.948;SB=-196.847;SBQD=5.957;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.5648;VQSLOD=4.3690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:876,0,558
|
|
1 244782870 rs6670863 G A 993.51 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.343;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.601;HRun=1;HaplotypeScore=2.5205;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=13.61;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-433.824;SBQD=4.227;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6649;VQSLOD=3.7158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1024,0,1129
|
|
1 244790676 rs2813904 T C 2013.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6385;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.13;SB=-765.186;SBQD=-1.365;SBpi=-1.1066;SBpiQual=-1.2427;VQSLOD=5.8530 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2046,162,0
|
|
1 244798398 rs2653153 C T 1520.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=58.69;MQ0=0;QD=30.41;SB=-640.210;SBQD=8.044;SBpi=0.5657;SBpiQual=0.9260;VQSLOD=5.2752 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1554,126,0
|
|
1 244803025 rs2819015 C T 2047.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=53.45;MQ0=0;QD=24.67;SB=-1052.222;SBQD=1.409;SBpi=1.2623;SBpiQual=1.3634;VQSLOD=2.5338 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:2080,168,0
|
|
1 244833459 rs2261495 A T 1855.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;QD=31.99;SB=-942.619;SBQD=2.397;SBpi=0.5252;SBpiQual=0.7358;VQSLOD=7.2246 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1889,150,0
|
|
1 244843913 rs2806610 T C 3114.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;QD=30.54;SB=-1452.035;SBQD=5.914;SBpi=0.2970;SBpiQual=0.8130;VQSLOD=7.5877 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3148,274,0
|
|
1 244865566 rs12046042 G A 2026.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.14;MQ0=0;QD=34.35;SB=-760.969;SBQD=-3.593;SBpi=-0.9764;SBpiQual=-1.1271;VQSLOD=8.2248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2060,165,0
|
|
1 244884026 rs10927305 G C 1275.02 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.559;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.147;QD=17.71;ReadPosRankSum=1.135;SB=-649.427;SBQD=-1.286;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.1482;VQSLOD=5.2570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:1305,0,789
|
|
1 244924142 rs4351623 C T 1122.39 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.328;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.158;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=14.77;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-498.543;SBQD=-3.737;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.5666;VQSLOD=5.8670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1152,0,1272
|
|
1 244926396 rs4658664 T C 824.95 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-364.542;SBQD=0.565;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.4981;VQSLOD=4.3733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:855,0,716
|
|
1 244956358 . T C 165.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.73;MQ0=2;QD=13.82;SB=-0.007;SBQD=22.508;SBpi=1.5811;SBpiQual=1.5995;VQSLOD=2.4047 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:12:20.98:199,21,0
|
|
1 244956532 . A G 62.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.02;MQ0=0;QD=10.35;SB=-0.007;SBQD=-18.838;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.2682;VQSLOD=2.9966 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:11.95:95,12,0
|
|
1 244958461 rs58508269 A G 1736.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.11;MQ0=0;QD=32.16;SB=-441.030;SBQD=2.097;SBpi=2.0412;SBpiQual=2.1821;VQSLOD=5.9429 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1769,144,0
|
|
1 244965588 rs2365687 C T 1775.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.11;MQ0=0;QD=34.15;SB=-960.262;SBQD=0.148;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.1542;VQSLOD=7.2525 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1809,141,0
|
|
1 244986381 rs9727443 G A 923.79 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.307;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=2.044;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.478;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-306.346;SBQD=4.916;SBpi=1.0987;SBpiQual=1.2921;VQSLOD=5.3476 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:954,0,1092
|
|
1 244989101 rs10927326 C T 1293.53 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.632;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.238;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.717;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-566.296;SBQD=-4.377;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.5267;VQSLOD=4.2236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1324,0,1157
|
|
1 244995195 rs12092336 G A 738.02 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.232;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.929;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.838;SB=-419.649;SBQD=-0.288;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2585;VQSLOD=4.2025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:768,0,624
|
|
1 245029191 rs1532396 T C 1103.58 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.344;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=5.277;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.152;SB=-591.028;SBQD=-1.446;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.1487;VQSLOD=6.2090 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1134,0,1524
|
|
1 245052549 . G T 820.85 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DP=59;Dels=0.00;FS=3.996;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=13.91;ReadPosRankSum=2.039;SB=-365.889;SBQD=4.328;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.8307;VQSLOD=5.4119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:851,0,797
|
|
1 245059691 . G A 794.20 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.283;DP=59;Dels=0.00;FS=1.086;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=13.46;ReadPosRankSum=-1.433;SB=-249.549;SBQD=-3.186;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-1.3832;VQSLOD=2.3607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:824,0,759
|
|
1 245101035 rs12723146 A G 107.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.184;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.145;QD=1.80;ReadPosRankSum=-1.956;SB=-175.672;SBQD=-1.585;SBpi=0.1147;SBpiQual=-0.0123;VQSLOD=-0.2677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,18:60:99:138,0,1236
|
|
1 245116415 rs11590798 C T 826.36 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.758;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.649;HRun=0;HaplotypeScore=1.8305;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-372.903;SBQD=4.893;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.1971;VQSLOD=5.3507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,29:81:99:856,0,1485
|
|
1 245121498 rs12082673 T C 949.50 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.327;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.938;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.705;SB=-514.845;SBQD=2.622;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.1284;VQSLOD=5.9269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:979,0,1387
|
|
1 245125041 rs6429515 G C 2139.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=26.75;SB=-724.305;SBQD=-1.634;SBpi=-2.3479;SBpiQual=-2.5607;VQSLOD=3.9462 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2173,169,0
|
|
1 245150424 rs10927364 A G 2807.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.81;MQ0=0;QD=34.24;SB=-1217.884;SBQD=0.438;SBpi=-0.8835;SBpiQual=-0.8458;VQSLOD=8.8164 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2841,235,0
|
|
1 245167295 rs602697 A T 1881.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.04;MQ0=0;QD=29.40;SB=-926.612;SBQD=2.398;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-0.7732;VQSLOD=6.8950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1914,165,0
|
|
1 245167745 rs2786695 G A 1546.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.74;SB=-867.910;SBQD=-7.201;SBpi=1.3339;SBpiQual=0.8608;VQSLOD=2.9808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:1579,135,0
|
|
1 245173315 rs10927368 A C 1425.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.47;MQ0=0;QD=29.70;SB=-851.780;SBQD=0.681;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.1770;VQSLOD=5.5883 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1458,117,0
|
|
1 245194260 . C A 964.56 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7719;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.977;SB=-559.023;SBQD=0.378;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0026;VQSLOD=3.9302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:995,0,1311
|
|
1 245251472 . T C 1001.54 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;DP=78;Dels=0.00;FS=11.645;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.494;SB=-492.502;SBQD=4.282;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.3220;VQSLOD=4.2936 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1032,0,1055
|
|
1 245289390 rs12032019 C T 445.98 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.268;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.556;SB=-287.371;SBQD=-0.127;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.7021;VQSLOD=4.2934 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:476,0,445
|
|
1 245351287 rs4658443 G A 2605.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.89;MQ0=0;QD=35.70;SB=-1211.456;SBQD=-1.236;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.7189;VQSLOD=8.8692 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2639,208,0
|
|
1 245366662 rs10802198 T C 792.11 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.505;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.968;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-422.665;SBQD=-1.536;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.3843;VQSLOD=5.7428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:822,0,1239
|
|
1 245390351 rs7554604 A G 710.18 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.623;HRun=0;HaplotypeScore=3.1324;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-278.199;SBQD=-8.648;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.8394;VQSLOD=3.8461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:56:99:740,0,576
|
|
1 245398851 rs10924132 C T 1243.29 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.754;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8055;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.294;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.416;SB=-427.238;SBQD=-2.139;SBpi=-1.2962;SBpiQual=-1.3794;VQSLOD=4.1992 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1273,0,1045
|
|
1 245400309 rs7547227 G A 1244.40 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.257;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.135;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-505.756;SBQD=4.228;SBpi=0.8387;SBpiQual=0.8949;VQSLOD=5.8844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1274,0,936
|
|
1 245407878 rs2941279 C T 2221.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6316;MQ=59.62;MQ0=0;QD=36.42;SB=-905.872;SBQD=0.596;SBpi=0.8322;SBpiQual=0.9053;VQSLOD=7.5659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2254,181,0
|
|
1 245408941 rs12727349 A C 518.21 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.015;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=2.917;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=0.418;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.696;SB=-244.927;SBQD=-4.163;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.4516;VQSLOD=5.0725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:38:99:548,0,311
|
|
1 245410086 rs3008476 G A 3086.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=35.48;SB=-1476.115;SBQD=-0.031;SBpi=0.5897;SBpiQual=0.6351;VQSLOD=8.6768 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3120,241,0
|
|
1 245429502 rs2941274 T C 1127.18 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=13.92;ReadPosRankSum=1.473;SB=-601.699;SBQD=0.528;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.0970;VQSLOD=5.0544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1157,0,1235
|
|
1 245431832 rs7513502 A T 153.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DB;DP=24;Dels=0.04;FS=2.750;HRun=10;HaplotypeScore=4.4248;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-28.774;SBQD=14.892;SBpi=1.6036;SBpiQual=1.5834;VQSLOD=-3.6984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:24:99:184,0,220
|
|
1 245433540 . T C 755.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;DP=46;Dels=0.00;FS=1.941;HRun=2;HaplotypeScore=18.8405;MQ=49.84;MQ0=0;MQRankSum=1.765;QD=16.43;ReadPosRankSum=2.012;SB=-555.680;SBQD=2.362;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.4981;VQSLOD=-7.7511 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:46:63.20:789,63,0
|
|
1 245438237 rs7555610 C G 1224.74 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.572;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.059;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=17.75;ReadPosRankSum=-0.155;SB=-517.751;SBQD=-1.808;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.8101;VQSLOD=5.5058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:69:99:1255,0,781
|
|
1 245441330 rs7520351 G A 2312.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=36.14;SB=-1100.309;SBQD=-1.371;SBpi=-0.3750;SBpiQual=-0.4604;VQSLOD=8.0302 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2346,181,0
|
|
1 245446936 rs10924145 G A 498.28 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.155;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.904;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-317.823;SBQD=-5.827;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2201;VQSLOD=3.0583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:528,0,1241
|
|
1 245447505 rs6691968 A G 1201.82 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=7.878;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=15.81;ReadPosRankSum=1.393;SB=-392.321;SBQD=7.740;SBpi=1.0408;SBpiQual=1.1727;VQSLOD=5.2808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1232,0,1172
|
|
1 245450800 rs3952442 C T 137.19 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DB;DP=64;Dels=0.04;FS=2.329;HRun=19;HaplotypeScore=18.4268;MQ=48.74;MQ0=1;MQRankSum=1.201;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.591;SB=-644.190;SBQD=10.142;SBpi=-0.5898;SBpiQual=-0.4500;VQSLOD=-49.4422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,46:64:12.39:167,0,12
|
|
1 245454910 rs7411459 G A 2502.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.82;SB=-878.509;SBQD=-1.974;SBpi=-1.6275;SBpiQual=-1.8620;VQSLOD=6.2355 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2536,196,0
|
|
1 245471933 rs12065992 C T 822.88 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.767;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.940;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.287;SB=-437.461;SBQD=-1.420;SBpi=0.0928;SBpiQual=-0.0203;VQSLOD=4.1399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:853,0,1240
|
|
1 245514445 rs56181778 C T 1005.72 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.787;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.237;HRun=0;HaplotypeScore=1.8801;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.217;SB=-419.523;SBQD=5.481;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.8105;VQSLOD=5.1915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,38:85:99:1036,0,1320
|
|
1 245574714 rs1069232 A G 715.28 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.703;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.334;HRun=1;HaplotypeScore=3.7119;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-418.978;SBQD=1.265;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.4159;VQSLOD=3.4514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:745,0,975
|
|
1 245577304 rs2795071 A G 670.52 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=11.18;ReadPosRankSum=1.352;SB=-351.205;SBQD=-2.057;SBpi=0.0962;SBpiQual=-0.2625;VQSLOD=5.1483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:701,0,935
|
|
1 245600679 rs499096 G A 2122.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=35.97;SB=-928.003;SBQD=0.182;SBpi=0.7160;SBpiQual=0.7679;VQSLOD=8.5784 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2155,169,0
|
|
1 245605168 . C T 825.60 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.110;DP=63;Dels=0.00;FS=3.514;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.492;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.364;SB=-417.936;SBQD=-5.903;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.2518;VQSLOD=5.7499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:856,0,848
|
|
1 245610702 . C G 1234.79 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;DP=75;Dels=0.00;FS=0.919;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=16.46;ReadPosRankSum=2.002;SB=-465.298;SBQD=3.554;SBpi=0.9258;SBpiQual=1.0529;VQSLOD=3.6384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1265,0,1012
|
|
1 245625652 rs669314 C T 796.44 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.088;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.926;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.127;SB=-582.162;SBQD=-3.039;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.3056;VQSLOD=6.0701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:826,0,796
|
|
1 245647987 rs4658779 T G 1277.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6490;MQ=54.36;MQ0=0;QD=29.71;SB=-554.619;SBQD=1.202;SBpi=-0.9912;SBpiQual=-0.9912;VQSLOD=3.8004 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1311,108,0
|
|
1 245647990 rs61829896 C T 332.73 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.877;HRun=1;HaplotypeScore=4.2274;MQ=54.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-105.883;SBQD=-8.385;SBpi=-1.1785;SBpiQual=-1.3004;VQSLOD=2.0333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:363,0,755
|
|
1 245650108 rs6699638 A G 995.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.69;MQ0=0;QD=31.11;SB=-490.118;SBQD=0.827;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5570;VQSLOD=6.4397 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81.25:1028,81,0
|
|
1 245684508 rs12095541 G A 1969.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.49;MQ0=0;QD=32.82;SB=-1065.688;SBQD=-1.969;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.1812;VQSLOD=7.9539 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2002,168,0
|
|
1 245713648 rs12047419 C T 2424.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=37.30;SB=-1075.653;SBQD=0.224;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.5894;VQSLOD=7.4519 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2458,193,0
|
|
1 245715685 rs12035459 G A 936.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=49.41;MQ0=0;QD=28.37;SB=-480.813;SBQD=-5.812;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.4337;VQSLOD=6.0056 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84.19:969,84,0
|
|
1 245728883 rs12734888 C T 735.77 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.812;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=12.387;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-219.959;SBQD=-8.950;SBpi=-1.3470;SBpiQual=-1.2158;VQSLOD=4.3965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:766,0,730
|
|
1 245728900 rs6687243 G A 845.05 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.612;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.554;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=11.42;ReadPosRankSum=-1.277;SB=-385.529;SBQD=-4.367;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.7996;VQSLOD=5.1277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:875,0,872
|
|
1 245742337 rs34804760 G A 947.85 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=13.54;ReadPosRankSum=-1.446;SB=-501.737;SBQD=2.886;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.3103;VQSLOD=2.3915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:978,0,1020
|
|
1 245743967 rs35996600 G A 551.89 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.716;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.343;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=1.242;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.915;SB=-303.476;SBQD=2.127;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.3408;VQSLOD=5.0443 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:582,0,1060
|
|
1 245757162 . C T 795.25 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.230;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=2.095;QD=14.20;ReadPosRankSum=2.292;SB=-391.739;SBQD=0.670;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2649;VQSLOD=3.8586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:825,0,929
|
|
1 245762005 rs1715795 C T 874.79 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=14.900;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.333;SB=-434.328;SBQD=8.485;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3376;VQSLOD=5.4433 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:905,0,700
|
|
1 245763635 . T C 153.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;DP=46;Dels=0.00;FS=5.497;HRun=2;HaplotypeScore=1.8628;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.351;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-26.019;SBQD=8.683;SBpi=1.4201;SBpiQual=1.5747;VQSLOD=-1.1833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,15:46:99:184,0,857
|
|
1 245786224 rs11591041 C T 595.79 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.458;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-328.728;SBQD=4.087;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.3488;VQSLOD=4.5506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:626,0,907
|
|
1 245792155 rs1771509 T C 2740.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1406.480;SBQD=-0.797;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.2687;VQSLOD=8.1372 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2773,223,0
|
|
1 245817499 rs4658792 C T 2604.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7287;MQ=58.92;MQ0=0;QD=33.39;SB=-1067.801;SBQD=-2.594;SBpi=-1.0190;SBpiQual=-1.2043;VQSLOD=7.4365 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2638,211,0
|
|
1 245817976 rs6666644 G A 1702.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=33.39;SB=-818.821;SBQD=-1.907;SBpi=0.6301;SBpiQual=0.5718;VQSLOD=7.8678 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1736,135,0
|
|
1 245825943 rs58547326 C T 343.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=3.757;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.261;QD=15.63;ReadPosRankSum=1.576;SB=-265.597;SBQD=8.830;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1572;VQSLOD=4.8371 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:41.98:377,42,0
|
|
1 245826060 rs57316478 T C 1083.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.42;MQ0=0;QD=21.25;SB=-597.078;SBQD=0.896;SBpi=1.0502;SBpiQual=1.1393;VQSLOD=3.4867 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1117,102,0
|
|
1 245827756 rs6682424 C T 143.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.16;MQ0=0;QD=1.82;SB=-1228.647;SBQD=-0.418;SBpi=0.7313;SBpiQual=0.6782;VQSLOD=-0.4930 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:20.96:177,21,0
|
|
1 245835059 rs10924299 G A 1833.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7577;MQ=58.81;MQ0=0;QD=33.33;SB=-1035.645;SBQD=-1.686;SBpi=0.0674;SBpiQual=-0.0252;VQSLOD=5.1553 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1866,150,0
|
|
1 245838362 rs2050878 T A 2558.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58;SB=-1482.792;SBQD=-0.623;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.1012;VQSLOD=6.2775 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2591,208,0
|
|
1 245847996 rs56382371 A C 1105.19 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=0;HaplotypeScore=2.9694;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.137;SB=-654.367;SBQD=-1.448;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2205;VQSLOD=4.2650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1135,0,1096
|
|
1 245852388 rs3766648 C T 978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.04;MQ0=0;QD=32.60;SB=-416.916;SBQD=0.707;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.7356;VQSLOD=7.7952 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:81.25:1011,81,0
|
|
1 245854173 rs6700721 G A 2398.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=34.77;SB=-1217.047;SBQD=0.015;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.2954;VQSLOD=9.0622 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2432,193,0
|
|
1 245854862 rs4658797 G A 2410.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1015.431;SBQD=-3.786;SBpi=-0.6621;SBpiQual=-0.9233;VQSLOD=8.9631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2443,196,0
|
|
1 245858131 rs10924308 C T 2548.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.10;SB=-1233.059;SBQD=-0.468;SBpi=0.7407;SBpiQual=0.7379;VQSLOD=7.5142 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2581,205,0
|
|
1 245859182 rs12143084 C T 154.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.03;SB=-76.739;SBQD=0.245;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.4721;VQSLOD=4.1652 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:15.05:187,15,0
|
|
1 245860418 rs2008747 C A 1935.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.81;MQ0=0;QD=33.37;SB=-995.032;SBQD=-3.142;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.3187;VQSLOD=3.9900 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1969,156,0
|
|
1 245861376 . G A 744.15 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.151;DP=64;Dels=0.00;FS=9.206;HRun=3;HaplotypeScore=1.8455;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.574;SB=-234.935;SBQD=-8.123;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-1.1220;VQSLOD=2.8145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:64:99:774,0,1029
|
|
1 245863222 rs10924309 G A 2065.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.62;MQ0=0;QD=30.82;SB=-1172.809;SBQD=1.812;SBpi=0.1833;SBpiQual=0.2406;VQSLOD=5.1287 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2098,166,0
|
|
1 245884223 . G A 1129.03 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.544;DP=77;Dels=0.00;FS=4.425;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.944;QD=14.66;ReadPosRankSum=0.631;SB=-549.160;SBQD=4.855;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.7390;VQSLOD=3.5062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1159,0,1038
|
|
1 245884365 rs55776603 C T 670.67 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=11.506;HRun=0;HaplotypeScore=1.7297;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.307;SB=-242.741;SBQD=10.081;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.8767;VQSLOD=4.4115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:701,0,831
|
|
1 245886418 rs2153599 T A 877.94 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.944;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=1.074;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-290.598;SBQD=2.109;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-1.0655;VQSLOD=4.5746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:908,0,1100
|
|
1 245899485 . C A 1520.19 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.260;DP=92;Dels=0.00;FS=2.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=16.52;ReadPosRankSum=1.268;SB=-450.179;SBQD=-4.325;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.6117;VQSLOD=3.5879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:1550,0,1365
|
|
1 245902822 rs56273951 C T 693.42 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.269;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=7.683;HRun=0;HaplotypeScore=2.7212;MQ=59.44;MQ0=1;MQRankSum=0.454;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.312;SB=-270.917;SBQD=8.916;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.7799;VQSLOD=4.3934 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:723,0,625
|
|
1 245909196 rs1934569 G A 807.74 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.815;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.226;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.024;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.174;SB=-379.350;SBQD=-3.418;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.4411;VQSLOD=4.1736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:838,0,712
|
|
1 245910754 rs7520922 T C 901.26 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.297;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.892;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=2.799;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.239;SB=-435.589;SBQD=0.101;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.5530;VQSLOD=4.4262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:931,0,1230
|
|
1 245939923 rs2362927 T A 892.95 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.820;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=12.58;ReadPosRankSum=-1.374;SB=-442.083;SBQD=0.940;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2679;VQSLOD=5.1800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:923,0,1320
|
|
1 245956350 rs2791386 T G 631.03 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.009;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.732;HRun=1;HaplotypeScore=1.9772;MQ=53.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.957;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.956;SB=-258.982;SBQD=6.704;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.1544;VQSLOD=3.2324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:661,0,884
|
|
1 245956396 rs11579429 A G 170.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.342;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=49.58;MQ0=0;MQRankSum=-5.252;QD=4.27;ReadPosRankSum=-2.542;SB=-104.505;SBQD=-3.195;SBpi=-0.6455;SBpiQual=-0.7781;VQSLOD=-3.4068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:201,0,773
|
|
1 245977467 rs10802268 C T 1236.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=54.35;MQ0=0;QD=34.34;SB=-517.720;SBQD=1.717;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.6715;VQSLOD=7.6075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1269,102,0
|
|
1 245993711 rs7527694 T A 2735.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1197.254;SBQD=1.104;SBpi=0.6882;SBpiQual=0.8028;VQSLOD=8.0399 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2769,220,0
|
|
1 246005877 rs9728262 C A 1294.87 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.444;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.798;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.637;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.086;SB=-676.118;SBQD=1.763;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.2466;VQSLOD=4.8698 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1325,0,1368
|
|
1 246006724 rs4291470 C T 879.72 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.302;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-436.509;SBQD=0.474;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6549;VQSLOD=4.8053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:88:99:910,0,1479
|
|
1 246015204 rs10754480 A G 1050.40 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.994;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.744;HRun=2;HaplotypeScore=1.9156;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.539;SB=-506.984;SBQD=-0.793;SBpi=0.1581;SBpiQual=-0.3785;VQSLOD=4.1798 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:1080,0,698
|
|
1 246015491 rs9729891 G T 749.42 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.3125;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.632;SB=-367.826;SBQD=-1.348;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2605;VQSLOD=4.6432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:779,0,799
|
|
1 246018463 rs9661824 G A 3230.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=36.29;SB=-1718.084;SBQD=-0.155;SBpi=-0.0530;SBpiQual=-0.0678;VQSLOD=8.9221 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3262,250,0
|
|
1 246018869 rs4654140 C G 3651.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.51;SB=-1860.095;SBQD=0.811;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.1669;VQSLOD=8.3907 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3651,286,0
|
|
1 246039192 rs9659187 C T 1147.70 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.625;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=17.39;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-621.216;SBQD=1.903;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0524;VQSLOD=5.6394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1178,0,814
|
|
1 246045418 rs4654146 G A 882.36 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.885;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=2.001;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.536;SB=-292.173;SBQD=4.102;SBpi=1.1315;SBpiQual=1.2782;VQSLOD=4.6068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:912,0,1171
|
|
1 246048401 rs2362260 A G 1587.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.16;MQ0=1;QD=26.91;SB=-688.749;SBQD=9.092;SBpi=0.4557;SBpiQual=0.4775;VQSLOD=4.5518 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1621,135,0
|
|
1 246048724 rs4654063 G A 862.89 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.993;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=5.994;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.515;SB=-500.192;SBQD=-4.997;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1327;VQSLOD=5.6420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:893,0,1076
|
|
1 246049132 rs2362258 T C 709.05 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.893;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=14.239;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.204;SB=-412.522;SBQD=8.724;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.4705;VQSLOD=5.4585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:739,0,1255
|
|
1 246049807 rs10802288 T C 2194.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=59.47;MQ0=0;QD=31.35;SB=-1048.557;SBQD=7.159;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.5094;VQSLOD=6.1741 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2228,195,0
|
|
1 246054292 rs9662085 C T 2980.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1626.808;SBQD=0.282;SBpi=0.1608;SBpiQual=0.1839;VQSLOD=7.7623 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3013,232,0
|
|
1 246055313 rs9662381 C T 2072.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.08;MQ0=0;QD=31.40;SB=-1132.568;SBQD=-4.242;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2890;VQSLOD=7.8891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:66:99:2105,169,0
|
|
1 246056398 rs2095960 G A 2862.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1355.751;SBQD=-0.446;SBpi=-0.6111;SBpiQual=-0.6927;VQSLOD=8.6561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2895,223,0
|
|
1 246060492 rs10802291 A G 2127.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8154;MQ=55.05;MQ0=0;QD=33.77;SB=-986.817;SBQD=2.152;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.6704;VQSLOD=6.6511 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2161,172,0
|
|
1 246077440 rs1933527 T A 1625.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=57.30;MQ0=0;QD=23.90;SB=-955.758;SBQD=2.377;SBpi=0.9701;SBpiQual=1.0961;VQSLOD=2.6479 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1658,129,0
|
|
1 246096745 rs1416068 C T 3145.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=37.89;SB=-1332.285;SBQD=0.127;SBpi=0.8232;SBpiQual=0.8851;VQSLOD=5.9826 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3178,247,0
|
|
1 246097003 rs954702 A G 2501.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1078.386;SBQD=-0.292;SBpi=-0.8901;SBpiQual=-0.9630;VQSLOD=8.3250 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2534,199,0
|
|
1 246097630 rs1538299 A C 1974.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.98;MQ0=0;QD=34.05;SB=-948.073;SBQD=-1.982;SBpi=-0.3939;SBpiQual=-0.5555;VQSLOD=5.6688 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2008,159,0
|
|
1 246103557 rs12750953 C G 1836.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.2782;MQ=54.11;MQ0=0;QD=26.62;SB=-987.722;SBQD=-2.394;SBpi=0.7825;SBpiQual=0.7420;VQSLOD=3.6188 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1870,162,0
|
|
1 246118670 rs12031990 G A 445.31 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.992;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=10.349;HRun=0;HaplotypeScore=1.9832;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.352;SB=-162.233;SBQD=-7.444;SBpi=-1.0660;SBpiQual=-1.0204;VQSLOD=3.9596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:475,0,744
|
|
1 246120984 rs6677907 G A 2855.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.92;MQ0=0;QD=36.61;SB=-1236.966;SBQD=0.840;SBpi=0.7926;SBpiQual=0.9388;VQSLOD=7.6322 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2889,223,0
|
|
1 246122163 rs58082479 G A 1210.94 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.429;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=7.856;HRun=2;HaplotypeScore=0.9967;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=1.818;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.317;SB=-649.334;SBQD=6.598;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.1220;VQSLOD=4.6974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:1241,0,906
|
|
1 246128590 rs10924412 A T 1208.31 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=15.10;ReadPosRankSum=1.049;SB=-630.176;SBQD=1.051;SBpi=0.0801;SBpiQual=-0.0123;VQSLOD=5.1653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1238,0,1333
|
|
1 246130023 rs10924417 T C 683 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.421;SB=-287.302;SBQD=0.760;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.5851;VQSLOD=4.5831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:713,0,1107
|
|
1 246131476 rs6694497 G A 1041.83 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.603;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.783;HRun=0;HaplotypeScore=2.7077;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=18.28;ReadPosRankSum=-1.537;SB=-502.951;SBQD=5.371;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2259;VQSLOD=4.0972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:1072,0,586
|
|
1 246132031 rs6666343 T C 1636.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22;SB=-823.000;SBQD=6.488;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.7084;VQSLOD=6.1844 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1670,144,0
|
|
1 246140211 . T C 84.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=54;Dels=0.00;FS=2.682;HRun=2;HaplotypeScore=7.5928;MQ=21.52;MQ0=15;MQRankSum=-0.117;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.617;SB=11.989;SBQD=2.914;SBpi=1.2649;SBpiQual=1.4008;VQSLOD=-3.1899 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,10:54:99:114,0,422
|
|
1 246163915 rs6665125 C A 1132.14 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.433;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.019;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-536.880;SBQD=-2.661;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.8057;VQSLOD=5.4935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:71:99:1162,0,750
|
|
1 246165867 . G A 321.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.324;DP=43;Dels=0.00;FS=8.237;HRun=0;HaplotypeScore=2.9658;MQ=39.86;MQ0=3;MQRankSum=-2.439;QD=7.49;ReadPosRankSum=2.410;SB=-28.017;SBQD=9.361;SBpi=1.4201;SBpiQual=1.5347;VQSLOD=-1.4947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:352,0,425
|
|
1 246170200 rs12732369 C T 888.08 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.205;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.379;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-475.956;SBQD=-5.156;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2086;VQSLOD=5.5384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:918,0,1376
|
|
1 246171830 rs10924445 A G 739.30 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.434;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.118;HRun=1;HaplotypeScore=3.6757;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.373;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.993;SB=-281.102;SBQD=0.676;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-1.0006;VQSLOD=1.6686 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:769,0,915
|
|
1 246198058 rs61839458 T C 470.65 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.377;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=6.462;HRun=1;HaplotypeScore=2.4485;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.333;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.434;SB=-182.339;SBQD=-4.729;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-0.7406;VQSLOD=2.1868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:501,0,625
|
|
1 246199205 rs9660203 T C 1087.74 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.403;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.804;SB=-545.184;SBQD=-0.277;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.3595;VQSLOD=5.4220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:1118,0,740
|
|
1 246206978 rs7533411 A G 1279.65 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.283;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.839;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.138;SB=-681.215;SBQD=-1.216;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0191;VQSLOD=5.6342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1310,0,1141
|
|
1 246208357 rs7532447 C T 790.44 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.845;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-391.865;SBQD=-3.423;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4303;VQSLOD=4.8746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:820,0,925
|
|
1 246208536 rs7539876 T C 497.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.892;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.393;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.02;MQ0=1;MQRankSum=-5.925;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.163;SB=-171.218;SBQD=-8.119;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1012;VQSLOD=-3.3420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:528,0,1002
|
|
1 246211036 rs10924463 A G 835.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.513;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.971;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=12.85;ReadPosRankSum=1.281;SB=-445.172;SBQD=-4.901;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2486;VQSLOD=5.4491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:866,0,1083
|
|
1 246212809 rs61841861 G A 438.73 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.055;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.677;HRun=0;HaplotypeScore=1.6545;MQ=41.00;MQ0=1;MQRankSum=-2.538;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.399;SB=-208.781;SBQD=4.320;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.8422;VQSLOD=2.3642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:469,0,264
|
|
1 246233630 rs2787999 A G 1496.60 PASS AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=11.792;HRun=0;HaplotypeScore=1.6809;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=22.34;ReadPosRankSum=1.507;SB=-697.867;SBQD=-7.364;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.2331;VQSLOD=3.6263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,46:67:99:1527,0,595
|
|
1 246234988 rs2787965 T C 591.05 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.191;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.756;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=1.938;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-343.852;SBQD=-6.093;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.0326;VQSLOD=4.0542 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:62:99:621,0,1119
|
|
1 246244622 rs2788016 T A 1068.42 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.145;SB=-260.186;SBQD=-3.616;SBpi=-1.6813;SBpiQual=-1.8854;VQSLOD=4.8846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1098,0,1202
|
|
1 246246012 rs4319289 A G 1168.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.813;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.31;MQ0=0;MQRankSum=-4.703;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.990;SB=-579.670;SBQD=1.251;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.5022;VQSLOD=-0.0290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1198,0,1086
|
|
1 246246447 rs2788020 T G 627.44 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=23.822;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=32.19;MQ0=4;MQRankSum=-2.441;QD=9.09;ReadPosRankSum=2.023;SB=-61.223;SBQD=14.227;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6309;VQSLOD=1.5588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:69:99:657,0,663
|
|
1 246246589 . C T 33.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.173;DP=60;Dels=0.00;FS=13.419;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=43.30;MQ0=1;MQRankSum=-3.236;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.095;SB=75.159;SBQD=3.235;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.2491;VQSLOD=-3.1667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,9:60:63.43:63,0,1178
|
|
1 246251868 rs6694888 T C 524.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.16;MQ0=0;QD=17.50;SB=-154.843;SBQD=12.782;SBpi=1.2780;SBpiQual=1.7191;VQSLOD=4.3610 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:54.07:558,54,0
|
|
1 246251896 rs6680073 G A 1089.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.15;MQ0=0;QD=19.45;SB=-760.836;SBQD=-3.191;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.5030;VQSLOD=4.7547 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:93.24:1122,93,0
|
|
1 246251904 rs6697336 T C 1277.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.03;MQ0=0;QD=22.03;SB=-857.961;SBQD=-0.349;SBpi=-0.5252;SBpiQual=-0.4708;VQSLOD=3.7898 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1311,108,0
|
|
1 246275162 rs2297821 G C 1246.30 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=16.19;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-643.001;SBQD=-1.598;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.3650;VQSLOD=5.7073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:1276,0,920
|
|
1 246282588 rs4654203 T C 1532.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.1567;MQ=58.76;MQ0=0;QD=27.37;SB=-975.265;SBQD=0.897;SBpi=0.1336;SBpiQual=0.1142;VQSLOD=4.4532 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1566,126,0
|
|
1 246284311 rs6687231 G C 1239.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=15.89;SB=-698.099;SBQD=4.350;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-0.3782;VQSLOD=5.7144 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:78:99:1272,108,0
|
|
1 246301797 rs35228170 A G 262.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.802;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=9.133;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=47.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.102;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-174.335;SBQD=-8.655;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.1895;VQSLOD=1.1458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:292,0,657
|
|
1 246314478 rs4654215 A G 2391.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.9621;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=34.17;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-804.219;SBQD=4.756;SBpi=1.3844;SBpiQual=1.5218;VQSLOD=3.4008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:2425,175,0
|
|
1 246319482 rs4654092 A G 887.70 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.528;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.079;SB=-474.514;SBQD=0.409;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.1924;VQSLOD=5.8178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:918,0,1577
|
|
1 246336657 rs6675354 A G 1882.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.43;MQ0=0;QD=29.88;SB=-742.345;SBQD=-8.162;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-1.4966;VQSLOD=6.8574 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1916,162,0
|
|
1 246349981 rs12144675 G A 999.30 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.194;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.710;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.588;SB=-491.368;SBQD=1.881;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2707;VQSLOD=4.8905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:88:99:1029,0,1524
|
|
1 246356200 rs2333992 G T 2287.79 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.8963;MQ=59.66;MQ0=0;QD=33.64;SB=-1014.027;SBQD=2.445;SBpi=0.7276;SBpiQual=0.8781;VQSLOD=2.1846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2321,184,0
|
|
1 246359730 rs6669604 A G 3300.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1660.372;SBQD=-0.492;SBpi=0.2108;SBpiQual=0.2163;VQSLOD=7.9494 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3300,256,0
|
|
1 246362480 rs10733108 C T 2442.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;QD=33.92;SB=-1045.740;SBQD=1.106;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.0659;VQSLOD=7.5614 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2476,193,0
|
|
1 246362962 rs10737787 T C 1669.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91;SB=-878.058;SBQD=-0.634;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4995;VQSLOD=6.7447 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1702,135,0
|
|
1 246363444 rs12691526 A G 1478.25 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.902;DB;DP=160;Dels=0.00;FS=3.039;HRun=1;HaplotypeScore=3.4728;MQ=44.95;MQ0=0;MQRankSum=3.075;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-652.938;SBQD=2.984;SBpi=-0.9303;SBpiQual=-0.8937;VQSLOD=2.4690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,65:160:99:1508,0,1216
|
|
1 246363537 . C G 430.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.488;DP=114;Dels=0.00;FS=9.177;HRun=0;HaplotypeScore=4.9768;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=-6.413;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.545;SB=-156.843;SBQD=4.651;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.7464;VQSLOD=-7.9364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,27:114:99:460,0,2596
|
|
1 246372241 rs4478780 T C 2787.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.00;MQ0=0;QD=34.42;SB=-1053.295;SBQD=-4.785;SBpi=-1.0556;SBpiQual=-1.3318;VQSLOD=8.0418 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2821,229,0
|
|
1 246380753 rs10924566 C G 1817.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9880;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.66;SB=-889.251;SBQD=-0.433;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4281;VQSLOD=7.0327 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1850,150,0
|
|
1 246382168 rs4997394 T G 2404.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=56.80;MQ0=0;QD=31.64;SB=-1301.427;SBQD=5.643;SBpi=-0.2294;SBpiQual=0.0403;VQSLOD=6.6203 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2438,196,0
|
|
1 246383812 . T C 991.30 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=3.3560;MQ=51.68;MQ0=0;QD=23.05;SB=-546.219;SBQD=-2.729;SBpi=0.9912;SBpiQual=0.8810;VQSLOD=1.5729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1024,99,0
|
|
1 246384745 rs12024878 C T 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.95;MQ0=0;QD=34.37;SB=-1078.066;SBQD=-0.216;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5380;VQSLOD=8.5025 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2233,175,0
|
|
1 246388559 rs12140119 A G 2405.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.30;MQ0=0;QD=30.45;SB=-1187.131;SBQD=-4.617;SBpi=-0.2813;SBpiQual=-0.7713;VQSLOD=7.2363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2439,214,0
|
|
1 246389932 rs4654223 G A 2871.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.78;MQ0=0;QD=34.19;SB=-1590.551;SBQD=0.473;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0723;VQSLOD=7.1019 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2905,226,0
|
|
1 246390874 rs2334002 A G 1700.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.02;MQ0=0;QD=29.32;SB=-894.480;SBQD=-6.429;SBpi=0.1313;SBpiQual=-0.2337;VQSLOD=6.4665 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1734,153,0
|
|
1 246393777 rs10924575 G T 3087.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.76;SB=-833.515;SBQD=1.351;SBpi=2.1822;SBpiQual=2.3667;VQSLOD=6.6195 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3120,247,0
|
|
1 246394175 rs10924576 T C 2443.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=58.57;MQ0=0;QD=31.32;SB=-992.830;SBQD=2.532;SBpi=0.9058;SBpiQual=1.1489;VQSLOD=6.0828 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2476,214,0
|
|
1 246394430 . C T 2794.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.37;SB=-1415.598;SBQD=-2.834;SBpi=0.3938;SBpiQual=0.2135;VQSLOD=7.0725 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2827,220,0
|
|
1 246397077 rs12749277 A G 49.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.44;MQ0=9;QD=2.77;SB=-22.614;SBQD=-8.745;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.4910;VQSLOD=0.5577 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:9:82,9,0
|
|
1 246397419 . G T 131.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.756;DP=64;Dels=0.00;FS=2.980;HRun=0;HaplotypeScore=2.7220;MQ=20.45;MQ0=16;MQRankSum=2.280;QD=2.06;ReadPosRankSum=3.346;SB=5.997;SBQD=7.395;SBpi=1.3363;SBpiQual=1.4397;VQSLOD=-3.3592 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,14:64:99:162,0,448
|
|
1 246399753 rs10924589 G C 1756.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.94;MQ0=1;QD=34.44;SB=-602.445;SBQD=-1.252;SBpi=1.2728;SBpiQual=1.3512;VQSLOD=7.5524 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1790,147,0
|
|
1 246400809 . C T 2013.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.33;MQ0=0;QD=37.99;SB=-899.056;SBQD=0.385;SBpi=0.4808;SBpiQual=0.4858;VQSLOD=5.4061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2046,159,0
|
|
1 246404158 . T G 255.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.85;MQ0=1;QD=13.44;SB=-89.490;SBQD=9.948;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.3675;VQSLOD=3.9386 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:27.04:288,27,0
|
|
1 246404816 . C T 2586.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.48;MQ0=1;QD=31.16;SB=-1091.836;SBQD=-0.628;SBpi=-0.9330;SBpiQual=-1.0663;VQSLOD=4.7883 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2619,208,0
|
|
1 246405444 . G C 1704.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.97;MQ0=7;MQRankSum=0.720;QD=23.68;ReadPosRankSum=1.306;SB=-885.657;SBQD=4.390;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.2101;VQSLOD=3.3677 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:1738,135,0
|
|
1 246406859 rs12126547 C A 1446.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.71;MQ0=0;QD=35.27;SB=-97.340;SBQD=16.778;SBpi=2.7330;SBpiQual=3.0996;VQSLOD=5.3441 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1479,120,0
|
|
1 246408622 rs12142735 G A 1795.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.96;MQ0=0;QD=32.64;SB=-731.466;SBQD=-0.135;SBpi=1.1461;SBpiQual=1.1644;VQSLOD=7.2836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1828,147,0
|
|
1 246410054 rs1361408 T G 1933.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=33.92;SB=-574.062;SBQD=-1.032;SBpi=-1.7881;SBpiQual=-1.8954;VQSLOD=7.3151 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1966,156,0
|
|
1 246414789 rs1780825 T C 250.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.10;MQ0=25;QD=5.45;SB=-0.007;SBQD=-12.008;SBpi=-0.8847;SBpiQual=-0.4074;VQSLOD=3.2345 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:27.06:284,27,0
|
|
1 246415378 rs10924626 T C 78.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.56;MQ0=5;QD=7.82;SB=-0.007;SBQD=13.028;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.5514;VQSLOD=4.3233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:12.01:111,12,0
|
|
1 246417257 rs10754501 T C 2735.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.58;MQ0=0;QD=31.09;SB=-1369.823;SBQD=-3.756;SBpi=-0.3198;SBpiQual=-0.5933;VQSLOD=6.4927 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:88:99:2769,229,0
|
|
1 246424606 rs10924651 T G 1120.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8382;MQ=55.64;MQ0=0;QD=20.37;SB=-788.621;SBQD=-3.430;SBpi=0.6068;SBpiQual=0.2534;VQSLOD=2.5910 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1154,108,0
|
|
1 246429746 rs10924657 G T 980.01 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=13.501;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.080;QD=12.56;ReadPosRankSum=1.719;SB=-371.734;SBQD=7.801;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.7409;VQSLOD=3.0419 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1010,0,1338
|
|
1 246430633 rs4348690 T C 2808.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1529.704;SBQD=6.332;SBpi=-0.4264;SBpiQual=0.1369;VQSLOD=8.1782 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2842,244,0
|
|
1 246430834 rs4615812 G A 2517.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=35.96;SB=-1258.250;SBQD=0.424;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.2697;VQSLOD=8.8655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2551,202,0
|
|
1 246431724 rs2185353 A G 2356.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.9073;MQ=57.26;MQ0=0;QD=30.60;SB=-1190.666;SBQD=-6.418;SBpi=0.7407;SBpiQual=0.2133;VQSLOD=3.0280 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2389,214,0
|
|
1 246439697 . C G 263.20 PASS AB=0.16;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;DP=31;Dels=0.00;FS=6.929;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.96;MQ0=7;MQRankSum=0.194;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.123;SB=-58.209;SBQD=14.463;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.8775;VQSLOD=3.1551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,26:31:24.85:293,0,25
|
|
1 246440655 rs12751002 T C 3219.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.62;SB=-1520.188;SBQD=-1.363;SBpi=-0.5703;SBpiQual=-0.6965;VQSLOD=7.8993 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3252,256,0
|
|
1 246444658 rs7535586 C T 2829.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=34.51;SB=-1438.770;SBQD=-2.319;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.4284;VQSLOD=8.7121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2862,226,0
|
|
1 246445825 rs6693079 T G 2331.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=10.6866;MQ=58.95;MQ0=0;QD=29.52;SB=-1215.389;SBQD=6.410;SBpi=0.1688;SBpiQual=0.5777;VQSLOD=-3.6607 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2365,190,0
|
|
1 246456556 rs1770029 A G 1744.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.54;SB=-934.905;SBQD=1.686;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0945;VQSLOD=7.5590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1777,144,0
|
|
1 246487042 rs6664255 T G 2118.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=34.73;SB=-948.717;SBQD=1.120;SBpi=0.7042;SBpiQual=0.7926;VQSLOD=8.5454 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2151,169,0
|
|
1 246511361 . G T 41.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=42.03;MQ0=0;QD=1.64;SB=-300.911;SBQD=0.001;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.4783;VQSLOD=-1.9630 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:8.98:73,9,0
|
|
1 246524910 rs12404068 C T 2926.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.3999;MQ=59.50;MQ0=0;QD=35.26;SB=-1409.099;SBQD=2.697;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.4545;VQSLOD=4.9340 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2960,235,0
|
|
1 246540624 rs10924714 C T 2269.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.88;SB=-947.307;SBQD=1.906;SBpi=0.9163;SBpiQual=1.0158;VQSLOD=8.0258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2303,181,0
|
|
1 246567253 rs915193 T C 2163.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=32.78;SB=-962.521;SBQD=4.008;SBpi=0.3693;SBpiQual=0.6613;VQSLOD=8.7395 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2196,193,0
|
|
1 246587181 rs6694474 G A 2689.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1198.305;SBQD=-0.318;SBpi=0.8547;SBpiQual=0.8970;VQSLOD=8.6858 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2723,211,0
|
|
1 246604953 rs6702727 G A 1576.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.83;SB=-376.863;SBQD=3.271;SBpi=1.8091;SBpiQual=1.9959;VQSLOD=7.6307 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1609,126,0
|
|
1 246606951 . T A 491.09 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=47;Dels=0.00;FS=2.991;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.616;SB=-133.441;SBQD=-6.270;SBpi=-1.2002;SBpiQual=-1.3816;VQSLOD=3.4545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:521,0,690
|
|
1 246640643 rs2184975 G A 1230.64 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.903;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=1.681;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.325;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.086;SB=-642.667;SBQD=-2.487;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.2599;VQSLOD=6.0072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,43:96:99:1261,0,1507
|
|
1 246647452 rs7547243 A G 246.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=12.435;HRun=0;HaplotypeScore=3.8296;MQ=26.29;MQ0=38;MQRankSum=3.215;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.920;SB=-146.801;SBQD=0.054;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.3544;VQSLOD=-0.9770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,14:106:99:277,0,813
|
|
1 246658629 rs12135717 T C 384.04 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.305;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.204;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.57;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-276.139;SBQD=-1.043;SBpi=-0.1043;SBpiQual=0.1598;VQSLOD=5.0722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:414,0,396
|
|
1 246665393 rs10802415 T C 1896.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=60.60;MQ0=0;QD=34.48;SB=-859.862;SBQD=-2.395;SBpi=-0.4719;SBpiQual=-0.5966;VQSLOD=8.0878 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1929,153,0
|
|
1 246669033 . C T 1333.83 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DP=91;Dels=0.00;FS=0.837;HRun=1;HaplotypeScore=3.0642;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=2.077;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-573.869;SBQD=0.789;SBpi=0.8023;SBpiQual=0.9163;VQSLOD=1.6694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:1364,0,1215
|
|
1 246678766 rs3124091 C T 1136.77 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.193;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=4.396;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=13.07;ReadPosRankSum=1.729;SB=-562.701;SBQD=-5.390;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5038;VQSLOD=5.4680 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:1167,0,1350
|
|
1 246679494 rs6696360 C T 694.68 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.585;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.194;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=15.79;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-258.235;SBQD=-3.991;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.7106;VQSLOD=5.8637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:725,0,558
|
|
1 246683193 . A T 415.35 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.156;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.990;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.658;SB=-221.646;SBQD=-0.543;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.3740;VQSLOD=1.6708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,19:57:99:445,0,1053
|
|
1 246687432 rs12403598 A G 375.21 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.284;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.649;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.813;SB=-196.192;SBQD=1.152;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.2426;VQSLOD=3.6381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:405,0,716
|
|
1 246688156 rs3124092 C G 575.88 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.832;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.917;HRun=0;HaplotypeScore=1.7781;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.975;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.601;SB=-251.280;SBQD=1.914;SBpi=0.9449;SBpiQual=0.5840;VQSLOD=3.4529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:606,0,1270
|
|
1 246688733 rs9287204 T C 271.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=9.342;HRun=1;HaplotypeScore=1.6498;MQ=21.75;MQ0=23;MQRankSum=-0.511;QD=4.30;ReadPosRankSum=2.554;SB=-9.387;SBQD=-10.294;SBpi=-1.2500;SBpiQual=-1.2410;VQSLOD=0.6310 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,16:63:99:301,0,564
|
|
1 246691178 rs10924768 C T 533.08 PASS AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6500;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.686;SB=-371.736;SBQD=2.928;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.0717;VQSLOD=4.2822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,23:33:99:563,0,186
|
|
1 246708308 . C T 510.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.170;DP=49;Dels=0.00;FS=6.624;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=33.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.030;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-178.136;SBQD=-6.776;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9114;VQSLOD=0.6052 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:540,0,424
|
|
1 246711556 rs3124130 A G 2920.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=36.06;SB=-1358.244;SBQD=0.773;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5728;VQSLOD=8.4489 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2954,232,0
|
|
1 246725264 rs10924779 T C 743.19 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.578;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=12.297;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=2.351;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.187;SB=-361.756;SBQD=-5.902;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.2624;VQSLOD=4.9829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:773,0,1287
|
|
1 246732510 rs7547043 G A 1393.82 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.978;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9709;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.304;QD=13.66;ReadPosRankSum=-1.418;SB=-651.484;SBQD=-0.246;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.6919;VQSLOD=2.5617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,48:102:99:1424,0,1595
|
|
1 246733976 rs7550610 G T 795.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.594;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=22.9798;MQ=55.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-390.096;SBQD=1.425;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2263;VQSLOD=-10.4917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:826,0,826
|
|
1 246760082 rs6663625 C T 1675.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.92;MQ0=0;QD=19.48;SB=-1090.559;SBQD=0.109;SBpi=-1.6175;SBpiQual=-1.7200;VQSLOD=2.4843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1709,132,0
|
|
1 246760131 rs6668470 A T 2198.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=31.41;SB=-1042.436;SBQD=-0.954;SBpi=-0.9562;SBpiQual=-1.0818;VQSLOD=6.8685 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2232,172,0
|
|
1 246783286 rs3129551 A C 200.38 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.345;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.67;MQ0=17;MQRankSum=0.829;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.055;SB=-18.688;SBQD=-8.670;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.5400;VQSLOD=3.2809 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:230,0,229
|
|
1 246783796 rs12729122 G A 49.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.070;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.5073;MQ=17.20;MQ0=11;MQRankSum=0.394;QD=1.70;ReadPosRankSum=-1.479;SB=-0.007;SBQD=3.512;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.1286;VQSLOD=-0.5970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:79.16:79,0,139
|
|
1 246787360 rs3129545 A G 1727.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=30.31;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-605.899;SBQD=-3.839;SBpi=-1.2027;SBpiQual=-1.5302;VQSLOD=5.8810 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1761,117,0
|
|
1 246797710 rs35650980 G T 947.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.925;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.504;HRun=3;HaplotypeScore=29.9282;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.700;SB=-348.841;SBQD=4.970;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9796;VQSLOD=-19.2334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:978,0,1236
|
|
1 246798292 . G A 190.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=40.54;MQ0=1;MQRankSum=2.110;QD=3.81;ReadPosRankSum=2.723;SB=-141.287;SBQD=0.005;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0954;VQSLOD=0.5508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,12:50:99:220,0,461
|
|
1 246816035 rs13374826 A G 1446.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.05;MQ0=0;QD=28.37;SB=-518.324;SBQD=-13.578;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-1.1274;VQSLOD=5.5675 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1480,129,0
|
|
1 246833784 rs7411130 C T 2454.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.42;MQ0=0;QD=36.09;SB=-1239.742;SBQD=0.293;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.2300;VQSLOD=8.1891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2487,196,0
|
|
1 246837340 rs10924800 C A 2146.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1030.630;SBQD=3.221;SBpi=0.3750;SBpiQual=0.6151;VQSLOD=8.5672 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2180,175,0
|
|
1 246853200 rs6413860 A G 1498.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.65;MQ0=0;QD=28.81;SB=-608.296;SBQD=5.013;SBpi=1.1094;SBpiQual=1.3971;VQSLOD=6.0045 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1531,123,0
|
|
1 246856020 . C T 101.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.25;SB=-0.007;SBQD=20.249;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.1402;VQSLOD=3.4180 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12.03:134,12,0
|
|
1 246864990 rs9426213 G C 2203.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.55;MQ0=0;QD=33.90;SB=-1058.185;SBQD=-1.838;SBpi=-0.4341;SBpiQual=-0.5301;VQSLOD=8.5273 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2236,178,0
|
|
1 246866902 rs3007311 C T 1715.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;QD=26.39;SB=-1065.169;SBQD=1.992;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.4863;VQSLOD=5.1927 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1748,138,0
|
|
1 246873745 rs7415337 T C 794.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.888;HRun=0;HaplotypeScore=1.9841;MQ=46.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.719;QD=10.18;ReadPosRankSum=-6.570;SB=-405.938;SBQD=0.898;SBpi=-0.1768;SBpiQual=0.1728;VQSLOD=-11.2469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:824,0,1024
|
|
1 246893786 rs3007320 C T 2486.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;QD=35.52;SB=-1239.715;SBQD=1.938;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.2104;VQSLOD=8.7420 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2519,199,0
|
|
1 246904088 . A G 1160.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DP=84;Dels=0.00;FS=11.924;HRun=1;HaplotypeScore=2.4649;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=13.82;ReadPosRankSum=2.083;SB=-594.612;SBQD=-9.424;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.0578;VQSLOD=3.4738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:84:99:1191,0,1226
|
|
1 246904532 rs9426218 G C 2009.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.05;SB=-772.248;SBQD=-1.464;SBpi=1.2368;SBpiQual=1.1758;VQSLOD=7.5719 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:2042,163,0
|
|
1 246916066 rs3007325 G C 2431.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1069.604;SBQD=2.401;SBpi=0.5417;SBpiQual=0.6698;VQSLOD=8.7483 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2464,196,0
|
|
1 246920507 rs6683460 A G 1404.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.30;MQ0=0;QD=29.89;SB=-768.105;SBQD=-3.444;SBpi=0.0729;SBpiQual=-0.1928;VQSLOD=6.7932 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1438,132,0
|
|
1 246945822 rs4244628 C T 2004.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=31.32;SB=-867.366;SBQD=-2.227;SBpi=1.1250;SBpiQual=1.0383;VQSLOD=7.3709 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2038,165,0
|
|
1 246949253 . A G 91.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.924;DP=76;Dels=0.00;FS=7.315;HRun=0;HaplotypeScore=15.4639;MQ=48.47;MQ0=4;MQRankSum=-3.606;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.513;SB=-1.741;SBQD=-3.563;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-1.0493;VQSLOD=-14.7939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,17:76:99:121,0,1431
|
|
1 247007044 rs4971285 A T 377.89 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.566;HRun=0;HaplotypeScore=6.7656;MQ=57.15;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=11.45;ReadPosRankSum=2.616;SB=-294.259;SBQD=-0.305;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.2825;VQSLOD=2.2930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:68.65:408,0,69
|
|
1 247021138 rs41310593 A T 1192.10 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9134;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.354;QD=16.56;ReadPosRankSum=0.346;SB=-493.256;SBQD=-1.004;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.9241;VQSLOD=4.4866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1222,0,989
|
|
1 247045363 rs9729306 C G 273.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.904;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=8.648;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.510;SB=15.039;SBQD=8.118;SBpi=1.5765;SBpiQual=1.5203;VQSLOD=1.2007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:303,0,659
|
|
1 247056407 rs10436931 A G 935.77 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.765;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.592;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.824;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.459;SB=-531.458;SBQD=-4.155;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.2714;VQSLOD=5.7676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:966,0,920
|
|
1 247109267 rs2642983 A C 1960.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.88;MQ0=0;QD=30.16;SB=-1080.468;SBQD=-1.276;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.3828;VQSLOD=7.5004 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1993,159,0
|
|
1 247109468 rs2800217 C T 2335.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=32.89;SB=-1189.729;SBQD=-0.355;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.5325;VQSLOD=7.8385 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2368,187,0
|
|
1 247117271 rs2642994 G A 660.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.093;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=5.279;HRun=5;HaplotypeScore=21.3982;MQ=57.46;MQ0=1;MQRankSum=-0.220;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.145;SB=-437.831;SBQD=1.945;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6119;VQSLOD=-16.9632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:691,0,400
|
|
1 247135909 rs2642964 A G 1206.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.44;MQ0=0;QD=25.13;SB=-717.868;SBQD=-6.096;SBpi=0.2887;SBpiQual=-0.1145;VQSLOD=4.6501 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1239,114,0
|
|
1 247139841 . A T 266.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DP=51;Dels=0.00;FS=1.283;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=48.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.814;QD=5.23;ReadPosRankSum=-1.921;SB=-168.031;SBQD=-2.345;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1096;VQSLOD=-1.3034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:297,0,905
|
|
1 247139907 rs10737795 T A 945.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=28.82;MQ0=1;QD=16.31;SB=-680.604;SBQD=3.521;SBpi=-0.3311;SBpiQual=-0.2422;VQSLOD=4.6959 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:87.24:979,87,0
|
|
1 247139957 . A G 379.68 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.012;DP=58;Dels=0.00;FS=1.020;HRun=0;HaplotypeScore=1.7206;MQ=27.42;MQ0=1;MQRankSum=1.580;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.993;SB=-233.147;SBQD=-0.753;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.3327;VQSLOD=2.1929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:410,0,707
|
|
1 247154900 rs10802459 C T 1338.25 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.883;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.517;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=15.56;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-596.742;SBQD=-5.693;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4424;VQSLOD=5.3022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1368,0,1279
|
|
1 247162628 rs4384270 C T 682.30 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.495;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.261;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=55.93;MQ0=0;MQRankSum=1.972;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.257;SB=-239.093;SBQD=4.320;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.9601;VQSLOD=4.0948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:712,0,1051
|
|
1 247162658 rs2642973 C T 2678.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=57.04;MQ0=0;QD=35.71;SB=-1403.475;SBQD=1.609;SBpi=-0.0577;SBpiQual=-0.0534;VQSLOD=7.5321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2711,214,0
|
|
1 247181896 . A C 2343.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.586;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.586;QD=32.54;ReadPosRankSum=0.366;SB=-1018.325;SBQD=2.378;SBpi=-1.0088;SBpiQual=-1.0088;VQSLOD=4.5437 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:2376,165,0
|
|
1 247183140 rs2818885 A G 783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=46.79;MQ0=0;QD=20.61;SB=-397.230;SBQD=0.623;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-0.9450;VQSLOD=3.5179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:75.15:816,75,0
|
|
1 247183754 rs4971292 A G 1270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.95;MQ0=0;QD=28.24;SB=-711.752;SBQD=2.095;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.4548;VQSLOD=5.9792 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1304,117,0
|
|
1 247189048 . C A 274.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.467;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9916;MQ=50.62;MQ0=0;MQRankSum=-7.474;QD=3.08;ReadPosRankSum=2.932;SB=-110.073;SBQD=1.454;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.5255;VQSLOD=-9.4242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,27:89:99:304,0,2055
|
|
1 247199833 rs12144260 A G 1808.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=55.38;MQ0=0;QD=31.18;SB=-875.914;SBQD=-4.711;SBpi=0.6565;SBpiQual=0.3025;VQSLOD=6.3503 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1841,165,0
|
|
1 247205686 rs1565897 G T 2804.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.05;SB=-1228.349;SBQD=-1.097;SBpi=-0.7826;SBpiQual=-0.9447;VQSLOD=8.3699 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2837,223,0
|
|
1 247209322 rs55837587 A G 1056.94 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.702;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.036;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.064;SB=-582.002;SBQD=3.254;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0983;VQSLOD=5.3577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1087,0,1304
|
|
1 247214167 rs7549410 C T 3362.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.98;MQ0=0;QD=36.15;SB=-1756.469;SBQD=0.902;SBpi=0.0518;SBpiQual=0.0888;VQSLOD=8.1150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3362,262,0
|
|
1 247230567 rs59581231 A G 1240.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.95;MQ0=1;QD=25.32;SB=-564.775;SBQD=-4.920;SBpi=-0.6429;SBpiQual=-0.9216;VQSLOD=4.6929 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1274,114,0
|
|
1 247236398 rs4925613 G A 1901.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9877;MQ=55.04;MQ0=0;QD=36.56;SB=-492.557;SBQD=5.150;SBpi=1.6641;SBpiQual=1.8210;VQSLOD=5.1600 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1934,153,0
|
|
1 247276394 rs6426220 A G 77.46 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.127;SB=-58.247;SBQD=-4.620;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6057;VQSLOD=3.6080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:107,0,364
|
|
1 247289590 rs61852659 C G 225.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.76;MQ0=15;MQRankSum=-2.708;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.293;SB=-0.007;SBQD=-14.534;SBpi=-1.5765;SBpiQual=-1.6621;VQSLOD=-0.3434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:256,0,256
|
|
1 247333889 . A G 708.93 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DP=65;Dels=0.00;FS=1.007;HRun=3;HaplotypeScore=1.7356;MQ=44.47;MQ0=3;MQRankSum=1.054;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.860;SB=-290.874;SBQD=-5.759;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.4832;VQSLOD=2.4487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:739,0,834
|
|
1 247338427 rs3850818 A G 669.14 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-355.870;SBQD=-3.154;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.6135;VQSLOD=5.4861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:699,0,722
|
|
1 247347069 rs12145369 G C 1522.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37;SB=-979.677;SBQD=3.828;SBpi=-0.2582;SBpiQual=0.0439;VQSLOD=4.6748 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1555,138,0
|
|
1 247349078 rs6676577 A T 3102.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.36;MQ0=0;QD=35.66;SB=-1452.829;SBQD=-2.224;SBpi=0.5897;SBpiQual=0.4328;VQSLOD=6.4740 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3136,253,0
|
|
1 247349652 rs55876066 G A 1628.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.15;MQ0=0;QD=31.32;SB=-468.288;SBQD=-10.991;SBpi=-1.2481;SBpiQual=-1.5502;VQSLOD=6.6955 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1662,138,0
|
|
1 247349677 rs10924950 A G 1725.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.02;MQ0=0;QD=29.75;SB=-570.453;SBQD=-5.622;SBpi=-1.5757;SBpiQual=-1.7636;VQSLOD=6.0597 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1758,141,0
|
|
1 247353783 rs12071728 T C 2864.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.80;SB=-1297.080;SBQD=-0.819;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.7734;VQSLOD=8.7768 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2897,226,0
|
|
1 247355188 rs10924953 C T 2839.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.70;MQ0=0;QD=32.64;SB=-1580.929;SBQD=2.090;SBpi=-0.0536;SBpiQual=0.0066;VQSLOD=8.1403 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2873,229,0
|
|
1 247375142 rs55932854 T C 2041.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.29;MQ0=0;QD=32.92;SB=-979.609;SBQD=-0.013;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-0.5876;VQSLOD=8.0912 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2074,171,0
|
|
1 247382289 . A G 537.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.05;MQ0=17;QD=11.95;SB=-304.307;SBQD=-8.234;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1225;VQSLOD=3.9746 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,39:45:60.07:571,60,0
|
|
1 247383226 . G C 79.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=35;Dels=0.00;FS=10.481;HRun=2;HaplotypeScore=17.4891;MQ=41.15;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.238;SB=-47.527;SBQD=-15.620;SBpi=-1.1785;SBpiQual=-1.2810;VQSLOD=-8.7002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:110,0,275
|
|
1 247391687 . A G 2398.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9315;MQ=59.70;MQ0=0;QD=30.75;SB=-1049.304;SBQD=-6.107;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-1.0512;VQSLOD=4.9119 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2432,211,0
|
|
1 247398191 rs56006065 C T 3177.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=36.11;SB=-1482.660;SBQD=-1.206;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.5613;VQSLOD=8.2077 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3211,253,0
|
|
1 247411509 rs56296138 G A 1172.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.09;MQ0=0;QD=30.86;SB=-650.057;SBQD=2.792;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.2217;VQSLOD=6.7216 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:96.28:1206,96,0
|
|
1 247412292 rs2996387 C G 1685.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.22;MQ0=0;QD=24.78;SB=-975.172;SBQD=-1.575;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.3334;VQSLOD=3.5978 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1718,162,0
|
|
1 247439893 rs6698576 C G 1283.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.39;MQ0=0;QD=26.74;SB=-720.652;SBQD=1.796;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.2259;VQSLOD=4.8553 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1316,117,0
|
|
1 247462273 rs9725334 A G 1981.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.96;SB=-1051.861;SBQD=-2.851;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1210;VQSLOD=8.4474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2015,165,0
|
|
1 247484065 rs4925534 A G 2136.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.98;MQ0=0;QD=29.26;SB=-1100.185;SBQD=-7.702;SBpi=0.1756;SBpiQual=-0.2768;VQSLOD=6.3950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2169,190,0
|
|
1 247500650 rs10924989 G A 880.59 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.932;HRun=0;HaplotypeScore=6.4112;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.726;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.242;SB=-344.128;SBQD=-0.744;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.7522;VQSLOD=2.6581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:911,0,1191
|
|
1 247534328 rs11803031 A G 1058.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;QD=24.06;SB=-648.548;SBQD=-6.433;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.5584;VQSLOD=4.4505 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:96.24:1092,96,0
|
|
1 247536222 rs6426243 A G 338.25 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.506;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.152;HRun=0;HaplotypeScore=1.6918;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.204;SB=-235.608;SBQD=-1.338;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.2183;VQSLOD=4.3307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:368,0,773
|
|
1 247545182 rs55984622 A G 1164.50 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.113;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-606.617;SBQD=-0.230;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.3265;VQSLOD=6.1843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:1194,0,1454
|
|
1 247545294 rs10737802 C T 1660.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=32.56;SB=-934.346;SBQD=1.274;SBpi=-0.2100;SBpiQual=-0.1303;VQSLOD=8.0563 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1694,132,0
|
|
1 247552838 rs9651010 C T 1088.26 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.081;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=13.95;ReadPosRankSum=1.047;SB=-689.009;SBQD=-5.443;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0571;VQSLOD=4.6410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1118,0,964
|
|
1 247554193 . C T 811.37 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.660;DP=59;Dels=0.00;FS=9.379;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=2.631;QD=13.75;ReadPosRankSum=1.478;SB=-423.641;SBQD=-8.926;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1758;VQSLOD=3.7981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:841,0,906
|
|
1 247570227 . T C 1430.59 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.398;DP=81;Dels=0.00;FS=4.657;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=17.66;ReadPosRankSum=0.727;SB=-544.967;SBQD=4.177;SBpi=-0.9690;SBpiQual=-1.0374;VQSLOD=3.7449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1461,0,1093
|
|
1 247575768 rs7529058 G A 1122.72 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.760;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.018;HRun=0;HaplotypeScore=2.2418;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.192;QD=19.03;ReadPosRankSum=0.253;SB=-471.928;SBQD=-2.450;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5205;VQSLOD=4.8202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:1153,0,588
|
|
1 247597258 rs10802498 G C 2031.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.11;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=17.095;HRun=0;HaplotypeScore=11.9368;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=4.385;QD=25.39;ReadPosRankSum=4.812;SB=-879.217;SBQD=-8.326;SBpi=-0.7714;SBpiQual=-0.8766;VQSLOD=-4.3915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,71:80:5.02:2061,0,5
|
|
1 247608863 rs6693094 C T 2131.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.70;MQ0=0;QD=30.89;SB=-1031.271;SBQD=0.571;SBpi=0.7825;SBpiQual=0.8834;VQSLOD=7.2815 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2164,172,0
|
|
1 247611460 rs11577510 G C 248.78 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.114;SB=-176.679;SBQD=-0.419;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.3386;VQSLOD=3.1022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:279,0,628
|
|
1 247613502 rs12040185 C A 962.41 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.239;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.587;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=43.67;MQ0=4;MQRankSum=-0.946;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.251;SB=-321.643;SBQD=6.030;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9362;VQSLOD=4.9676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:992,0,658
|
|
1 247616100 rs6674091 G C 946.44 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.937;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.534;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.384;SB=-354.175;SBQD=7.885;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.9955;VQSLOD=4.9061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:976,0,1141
|
|
1 247617376 rs10802506 T G 2375.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.1877;MQ=59.01;MQ0=0;QD=33.93;SB=-1062.813;SBQD=0.672;SBpi=-0.8367;SBpiQual=-0.7845;VQSLOD=6.5791 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2408,193,0
|
|
1 247617733 rs6669625 A G 629.43 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.026;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.268;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.625;SB=-330.536;SBQD=-3.583;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.4206;VQSLOD=5.2755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:57:99:659,0,810
|
|
1 247624058 rs7415647 G A 1921.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31;SB=-926.191;SBQD=0.988;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.4858;VQSLOD=7.8450 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1954,153,0
|
|
1 247634920 rs34462917 G A 68.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.981;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=7.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=49.88;MQ0=6;MQRankSum=-4.999;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.328;SB=-5.714;SBQD=3.406;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1455;VQSLOD=-3.0305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,16:69:98.15:98,0,884
|
|
1 247635213 rs4489599 T C 589.83 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.129;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.850;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.327;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.694;SB=-241.151;SBQD=5.976;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.5890;VQSLOD=2.6728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,26:72:99:620,0,1466
|
|
1 247639478 rs4546958 G C 792.69 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.025;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.470;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=3.421;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.866;SB=-296.855;SBQD=-5.653;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.1707;VQSLOD=3.8502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:823,0,1462
|
|
1 247641700 rs10925049 T C 1323.21 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.979;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.811;HRun=0;HaplotypeScore=1.8947;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=15.04;ReadPosRankSum=-1.454;SB=-669.198;SBQD=0.024;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3851;VQSLOD=4.4697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1353,0,1300
|
|
1 247658978 rs10925062 G C 594.97 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.698;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.932;QD=9.92;ReadPosRankSum=-2.204;SB=-208.881;SBQD=-3.947;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-0.8623;VQSLOD=3.4824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:625,0,973
|
|
1 247667206 . G A 805.01 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.524;DP=55;Dels=0.00;FS=5.379;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.749;SB=-419.227;SBQD=4.907;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.0943;VQSLOD=4.5978 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:835,0,799
|
|
1 247684668 . G A 448.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.569;DP=38;Dels=0.00;FS=1.991;HRun=0;HaplotypeScore=15.9627;MQ=34.90;MQ0=1;MQRankSum=2.668;QD=11.81;ReadPosRankSum=1.811;SB=-143.059;SBQD=7.406;SBpi=1.1000;SBpiQual=1.0686;VQSLOD=-4.4160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:38:99:479,0,112
|
|
1 247688931 rs1881796 G A 983.72 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.419;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.183;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.902;SB=-323.078;SBQD=7.986;SBpi=0.8839;SBpiQual=1.0346;VQSLOD=4.9206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:1014,0,1008
|
|
1 247732878 rs1176060 T C 2157.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6609;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.636;QD=29.96;ReadPosRankSum=1.636;SB=-1034.044;SBQD=6.268;SBpi=-0.7714;SBpiQual=-0.4125;VQSLOD=5.6158 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:2190,172,0
|
|
1 247771051 rs1176074 C T 1137.01 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.940;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=2.040;HRun=0;HaplotypeScore=2.7249;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.120;SB=-679.142;SBQD=-4.791;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.4069;VQSLOD=4.4253 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,47:77:99:1167,0,624
|
|
1 247785254 rs1144811 T C 923.55 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.409;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=10.683;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-407.800;SBQD=-5.186;SBpi=-0.7206;SBpiQual=-0.4867;VQSLOD=4.9301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:954,0,1612
|
|
1 247815150 rs1766754 C G 743.30 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.749;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=13.27;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-416.933;SBQD=4.797;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1581;VQSLOD=5.5016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:773,0,796
|
|
1 247817696 rs28372593 T G 981.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4626;MQ=48.25;MQ0=2;MQRankSum=-5.412;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-542.004;SBQD=-0.680;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.6027;VQSLOD=-1.3856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1012,0,1072
|
|
1 247824929 . C T 1523.76 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.857;DP=83;Dels=0.00;FS=5.715;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=18.36;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-709.508;SBQD=4.299;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.4311;VQSLOD=4.1002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1554,0,911
|
|
1 247825800 rs28870989 A G 1190.47 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=14.01;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-575.918;SBQD=-1.782;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.1864;VQSLOD=5.8486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:1220,0,1478
|
|
1 247830225 rs28599884 A G 1021.92 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.730;HRun=0;HaplotypeScore=1.9632;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.249;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.605;SB=-512.349;SBQD=6.559;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0383;VQSLOD=4.5625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:1052,0,895
|
|
1 247837918 rs4531322 G A 988.44 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.169;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=7.604;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=12.36;ReadPosRankSum=-1.749;SB=-615.645;SBQD=-6.231;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1962;VQSLOD=4.7943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1018,0,1202
|
|
1 247840523 rs1176015 T C 538.50 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.926;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.985;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.502;SB=-319.479;SBQD=2.572;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.0470;VQSLOD=4.8854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:66:99:568,0,1212
|
|
1 247925809 rs12041451 C T 548.24 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.040;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.450;HRun=0;HaplotypeScore=2.4383;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.284;SB=-226.389;SBQD=2.264;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.9009;VQSLOD=5.1167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:36:99:578,0,290
|
|
1 247926722 rs2172482 G A 2866.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.35;MQ0=0;QD=34.96;SB=-1279.876;SBQD=0.277;SBpi=-0.8835;SBpiQual=-0.9318;VQSLOD=7.9893 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2900,226,0
|
|
1 247932404 rs12042965 C T 2426.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=34.18;SB=-1138.365;SBQD=1.305;SBpi=0.6527;SBpiQual=0.7671;VQSLOD=7.1695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2459,193,0
|
|
1 247941192 rs6694222 C T 1219.91 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.731;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.5757;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.175;SB=-387.121;SBQD=0.907;SBpi=1.3887;SBpiQual=1.5368;VQSLOD=4.7069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1250,0,1146
|
|
1 247952304 rs55980533 C T 843.46 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.9943;MQ=50.39;MQ0=0;QD=17.57;SB=-824.240;SBQD=2.419;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0426;VQSLOD=1.7801 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:90.03:876,90,0
|
|
1 247954727 rs1552815 C T 876.65 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.997;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.782;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=13.28;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-388.325;SBQD=-4.454;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7352;VQSLOD=5.2490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:907,0,1088
|
|
1 247956757 rs6701276 G A 1318.75 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.625;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=15.16;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-698.211;SBQD=0.855;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.1742;VQSLOD=4.7309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:1349,0,1171
|
|
1 247957798 rs1538651 A C 2496.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.688;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7118;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=32.00;ReadPosRankSum=1.510;SB=-1058.318;SBQD=-2.639;SBpi=-1.0826;SBpiQual=-1.2592;VQSLOD=4.2071 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2529,202,0
|
|
1 247962076 . A G 1148.62 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;DP=65;Dels=0.00;FS=3.541;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.021;SB=-665.908;SBQD=-4.251;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.0686;VQSLOD=3.2337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,42:65:99:1179,0,656
|
|
1 247966867 rs1472196 T C 1263.48 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.768;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.610;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.627;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-536.201;SBQD=4.324;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.6272;VQSLOD=5.2056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1293,0,1310
|
|
1 247969434 rs9660739 C T 1164.75 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.114;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.856;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-593.469;SBQD=0.951;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.0553;VQSLOD=5.3790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1195,0,1019
|
|
1 247974483 rs6587369 T A 282.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=20.693;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.776;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-55.981;SBQD=12.245;SBpi=0.8018;SBpiQual=0.9282;VQSLOD=0.5788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,14:51:99:313,0,1259
|
|
1 247976108 rs2068658 A C 2367.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=56.72;MQ0=0;QD=32.88;SB=-1090.878;SBQD=-3.310;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.7801;VQSLOD=7.4631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2401,196,0
|
|
1 247978996 rs10888249 A G 1051.31 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.047;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=7.238;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.913;SB=-304.292;SBQD=8.583;SBpi=1.3333;SBpiQual=1.4685;VQSLOD=5.5006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1081,0,882
|
|
1 247979779 rs10788724 A G 603.28 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.658;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=13.823;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.93;MQ0=1;MQRankSum=-1.472;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.952;SB=-209.757;SBQD=5.459;SBpi=1.1767;SBpiQual=0.7379;VQSLOD=3.5237 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:633,0,703
|
|
1 247997114 rs10788726 T A 1795.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.21;SB=-932.050;SBQD=-3.090;SBpi=0.0700;SBpiQual=-0.1073;VQSLOD=8.5853 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1829,144,0
|
|
1 248004848 rs4607924 G C 735.90 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=5.955;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.632;SB=-426.316;SBQD=4.264;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1232;VQSLOD=6.1407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:766,0,617
|
|
1 248007768 rs6587381 C G 1215.43 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=7.033;HRun=1;HaplotypeScore=3.3407;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-467.970;SBQD=6.661;SBpi=1.0321;SBpiQual=1.1156;VQSLOD=3.0979 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,45:69:99:1245,0,499
|
|
1 248016487 rs4417105 G T 753.68 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.439;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=9.090;HRun=1;HaplotypeScore=1.9497;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.184;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.450;SB=-513.838;SBQD=-5.766;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1843;VQSLOD=2.9210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:68:99:784,0,924
|
|
1 248036950 rs7537960 C T 2969.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2931;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=34.13;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-1455.235;SBQD=-0.606;SBpi=0.5392;SBpiQual=0.5702;VQSLOD=7.1851 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:3002,235,0
|
|
1 248062970 rs6658191 A G 2176.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;QD=31.54;SB=-1248.939;SBQD=0.793;SBpi=0.0602;SBpiQual=0.1295;VQSLOD=7.8485 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2209,178,0
|
|
1 248065378 rs2095709 A G 1795.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.38;MQ0=0;QD=32.06;SB=-893.813;SBQD=0.919;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.5308;VQSLOD=7.7989 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1828,147,0
|
|
1 248065969 rs2095707 G A 3433.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=37.32;SB=-1614.230;SBQD=-0.974;SBpi=-0.4170;SBpiQual=-0.5376;VQSLOD=8.4128 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3434,268,0
|
|
1 248067961 rs6678601 T C 2009.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=56.43;MQ0=0;QD=34.06;SB=-1071.875;SBQD=-1.671;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.2176;VQSLOD=6.2645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2043,163,0
|
|
1 248070689 rs61857471 C T 192.78 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.023;HRun=1;HaplotypeScore=129.5511;MQ=48.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=3.57;ReadPosRankSum=2.821;SB=-429.904;SBQD=-6.608;SBpi=1.3857;SBpiQual=1.5305;VQSLOD=-442.6783 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:54:3.33:223,3,0
|
|
1 248072915 rs6669701 C T 873.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.63;MQ0=7;QD=16.18;SB=-234.044;SBQD=-20.454;SBpi=-0.1361;SBpiQual=-0.0406;VQSLOD=4.7447 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:84.19:906,84,0
|
|
1 248084980 rs4362017 G T 1357.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.81;MQ0=12;QD=27.14;SB=-0.007;SBQD=35.712;SBpi=2.6232;SBpiQual=2.8921;VQSLOD=2.8825 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,42:50:99:1390,114,0
|
|
1 248095367 rs2039805 G A 1821.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9085;MQ=59.16;MQ0=0;QD=33.11;SB=-874.031;SBQD=-2.366;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.4394;VQSLOD=5.0128 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1854,153,0
|
|
1 248096268 rs4572001 T C 2486.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08;SB=-1299.674;SBQD=3.783;SBpi=-0.1118;SBpiQual=0.2917;VQSLOD=7.5948 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2520,220,0
|
|
1 248113206 rs10888283 C G 3411.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;QD=36.29;SB=-1414.313;SBQD=2.055;SBpi=0.9283;SBpiQual=1.1095;VQSLOD=6.9435 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3411,265,0
|
|
1 248113436 rs12126459 C T 2944.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.34;MQ0=0;QD=35.91;SB=-1527.010;SBQD=0.768;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.1404;VQSLOD=7.5835 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2978,229,0
|
|
1 248115304 rs2387358 C T 1974.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=58.35;MQ0=0;QD=29.03;SB=-1198.725;SBQD=-4.225;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.0924;VQSLOD=5.5391 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2007,165,0
|
|
1 248120657 . C T 1298.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.18;MQ0=8;QD=23.19;SB=-551.853;SBQD=5.144;SBpi=0.4009;SBpiQual=0.4625;VQSLOD=3.1745 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1332,120,0
|
|
1 248123935 rs7516692 A G 936.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.24;MQ0=0;QD=19.51;SB=-727.855;SBQD=-2.730;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4112;VQSLOD=4.6562 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:87.22:970,87,0
|
|
1 248124826 rs11807285 T C 2930.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.18;SB=-1462.395;SBQD=-0.284;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.3134;VQSLOD=7.3642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2964,232,0
|
|
1 248130723 rs10736375 T G 1384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.91;MQ0=0;QD=30.09;SB=-568.511;SBQD=3.134;SBpi=1.0321;SBpiQual=1.1941;VQSLOD=5.8542 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1417,114,0
|
|
1 248134627 rs10788749 T C 2027.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56;SB=-1166.226;SBQD=-1.586;SBpi=-0.4154;SBpiQual=-0.5246;VQSLOD=5.6913 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2061,162,0
|
|
1 248147649 rs2387370 T G 2283.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=35.69;SB=-1069.440;SBQD=-0.048;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5156;VQSLOD=8.0428 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2317,184,0
|
|
1 248237844 rs11204588 T A 3818.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.07;SB=-1793.189;SBQD=0.718;SBpi=0.5419;SBpiQual=0.6571;VQSLOD=8.7726 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:3818,295,0
|
|
1 248239394 rs6587419 T G 3020.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=33.19;SB=-1548.205;SBQD=1.262;SBpi=-0.5766;SBpiQual=-0.4811;VQSLOD=7.7893 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3053,241,0
|
|
1 248243343 rs10788753 T A 1976.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=33.50;SB=-1073.959;SBQD=-0.379;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.2640;VQSLOD=7.1324 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2010,156,0
|
|
1 248270619 rs11204590 C T 2058.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.14;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1046.298;SBQD=2.474;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.2445;VQSLOD=7.1484 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2091,169,0
|
|
1 248319902 rs3001299 C T 2688.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1171.655;SBQD=0.189;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.9300;VQSLOD=8.2204 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2721,211,0
|
|
1 248352194 rs4309011 A C 737.58 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=7.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=47.20;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.558;SB=-254.452;SBQD=6.895;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3262;VQSLOD=4.8343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:768,0,1139
|
|
1 248356440 rs12025218 A G 920.20 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.558;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.974;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.541;SB=-410.677;SBQD=-6.059;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-1.0265;VQSLOD=5.2644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:950,0,659
|
|
1 248396069 rs4509607 C A 1153.38 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.483;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.851;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.492;SB=-502.746;SBQD=-1.588;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5241;VQSLOD=4.8572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1183,0,1399
|
|
1 248412507 rs4559544 T G 760.10 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9993;MQ=52.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.928;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.748;SB=-361.111;SBQD=-0.171;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.5927;VQSLOD=2.6003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:790,0,460
|
|
1 248428227 rs10888337 G A 1313 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.309;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6817;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.072;QD=17.05;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-610.787;SBQD=0.033;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.5804;VQSLOD=3.4015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1343,0,917
|
|
1 248432003 rs4916121 C T 750.33 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.531;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.881;HRun=3;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.241;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-372.926;SBQD=1.283;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4411;VQSLOD=3.8194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:79:99:780,0,1470
|
|
1 248436611 rs10888338 G A 333.02 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.838;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=11.831;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=30.98;MQ0=11;MQRankSum=0.198;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.198;SB=-102.460;SBQD=5.395;SBpi=1.1000;SBpiQual=1.2894;VQSLOD=3.3755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:48:99:363,0,314
|
|
1 248436616 . A G 787.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.53;MQ0=12;QD=16.07;SB=-441.571;SBQD=-7.875;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.2149;VQSLOD=3.4938 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:78.13:820,78,0
|
|
1 248449714 rs4486480 C T 2533.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.80;MQ0=0;QD=35.19;SB=-1349.894;SBQD=1.033;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.1217;VQSLOD=7.7192 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2567,205,0
|
|
1 248458676 rs6678138 T C 287.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.22;MQ0=4;QD=12.51;SB=-0.007;SBQD=17.145;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.3137;VQSLOD=4.3241 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:33:321,33,0
|
|
1 248463213 rs6659585 T A 2233.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.93;MQ0=3;QD=29.00;SB=-1285.295;SBQD=5.889;SBpi=-0.1732;SBpiQual=-0.2326;VQSLOD=6.5132 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:2266,181,0
|
|
1 248468940 rs4344359 G A 2166.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.79;MQ0=12;QD=27.08;SB=-950.019;SBQD=-8.153;SBpi=-0.2813;SBpiQual=-0.2056;VQSLOD=5.0978 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:80:99:2199,193,0
|
|
1 248472390 rs4576683 T C 2306.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=32.49;SB=-966.629;SBQD=6.947;SBpi=0.4154;SBpiQual=0.9146;VQSLOD=7.1549 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2340,205,0
|
|
1 248477641 rs4558008 C T 3166.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1641.561;SBQD=1.271;SBpi=0.3629;SBpiQual=0.4524;VQSLOD=8.3170 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3199,247,0
|
|
1 248479532 rs11204632 G A 1865.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=30.09;SB=-1176.681;SBQD=-1.485;SBpi=0.1270;SBpiQual=0.0274;VQSLOD=6.8743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1898,174,0
|
|
1 248489128 rs4551626 G T 2754.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.46;MQ0=0;QD=35.32;SB=-1305.425;SBQD=-0.177;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-0.6073;VQSLOD=7.3198 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2788,220,0
|
|
1 248499748 rs10888371 G T 2925.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.18;MQ0=0;QD=36.56;SB=-1403.835;SBQD=-1.004;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.2584;VQSLOD=8.6421 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:2958,235,0
|
|
1 248500247 rs6665424 T G 2923.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.73;MQ0=0;QD=31.43;SB=-1551.056;SBQD=-0.412;SBpi=0.0518;SBpiQual=0.1637;VQSLOD=7.4290 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2956,264,0
|
|
1 248502521 rs56141173 G C 496.13 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.434;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.297;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=32.44;MQ0=4;MQRankSum=-1.345;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.096;SB=-225.754;SBQD=-1.600;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1466;VQSLOD=4.2983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:526,0,518
|
|
1 248502860 rs28781382 C G 1352.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.42;MQ0=6;QD=22.17;SB=-325.121;SBQD=17.592;SBpi=0.7042;SBpiQual=0.6492;VQSLOD=3.9908 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1385,120,0
|
|
1 248502953 . G A 149.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.77;MQ0=1;QD=9.96;SB=-0.007;SBQD=11.493;SBpi=1.4201;SBpiQual=1.4976;VQSLOD=2.6999 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:18.03:182,18,0
|
|
1 248506028 rs28581861 T G 2576.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.41;MQ0=0;QD=33.04;SB=-1353.190;SBQD=3.041;SBpi=0.1132;SBpiQual=0.3612;VQSLOD=6.9556 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2610,211,0
|
|
1 248514389 rs4354569 G A 3030.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=35.65;SB=-1629.544;SBQD=0.873;SBpi=-0.0542;SBpiQual=0.0050;VQSLOD=8.0831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3063,241,0
|
|
1 248517350 rs6702640 A G 2131.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.01;MQ0=0;QD=32.79;SB=-1016.558;SBQD=1.011;SBpi=-0.6822;SBpiQual=-0.5939;VQSLOD=7.0038 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2164,175,0
|
|
1 248531776 rs28444488 C A 3015.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.84;MQ0=0;QD=35.90;SB=-1112.714;SBQD=-2.817;SBpi=-1.3093;SBpiQual=-1.6089;VQSLOD=7.5996 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3048,238,0
|
|
1 248542353 rs11488132 A G 2234.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=33.36;SB=-1218.702;SBQD=1.698;SBpi=-0.0611;SBpiQual=0.0369;VQSLOD=8.6660 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2268,184,0
|
|
1 248546068 rs28546934 A G 1587.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=48.68;MQ0=1;QD=24.42;SB=-744.983;SBQD=-11.122;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.8052;VQSLOD=4.9056 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1620,147,0
|
|
1 248546532 . A T 117.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;DP=23;Dels=0.00;FS=28.215;HRun=0;HaplotypeScore=4.9550;MQ=24.73;MQ0=2;MQRankSum=3.305;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-28.816;SBQD=-23.969;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-0.9942;VQSLOD=-0.2650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:148,0,188
|
|
1 248547427 . G A 272.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.375;DP=65;Dels=0.00;FS=7.270;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=12.19;MQ0=36;MQRankSum=-1.733;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.896;SB=-30.540;SBQD=-5.497;SBpi=-1.8750;SBpiQual=-1.8926;VQSLOD=-1.0328 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:14.30:305,14,0
|
|
1 248548380 rs11488133 T C 2611.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=34.81;SB=-1027.314;SBQD=-0.398;SBpi=1.2124;SBpiQual=1.1810;VQSLOD=8.0110 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2644,214,0
|
|
1 248559244 rs28763387 T C 2866.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=34.53;SB=-991.124;SBQD=7.164;SBpi=1.1525;SBpiQual=1.7275;VQSLOD=7.9874 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2899,241,0
|
|
1 248589707 rs7364694 A G 845.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.19;MQ0=11;QD=20.61;SB=-247.203;SBQD=-13.199;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.6834;VQSLOD=4.5740 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:81.20:878,81,0
|
|
1 248595299 rs28444499 C A 1895.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.55;MQ0=2;QD=24.62;SB=-1270.078;SBQD=4.900;SBpi=-0.6268;SBpiQual=-0.6486;VQSLOD=3.2233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:1929,156,0
|
|
1 248596339 . A C 67.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.743;DP=81;Dels=0.00;FS=18.119;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.83;MQ0=8;MQRankSum=-1.332;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.841;SB=59.984;SBQD=2.763;SBpi=0.8018;SBpiQual=0.8033;VQSLOD=-2.6914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,14:81:97.83:98,0,1606
|
|
1 248598458 rs55712902 G A 2945.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=15.554;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=41.32;MQ0=3;MQRankSum=1.774;QD=28.05;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-909.667;SBQD=-13.415;SBpi=-0.9091;SBpiQual=-1.0087;VQSLOD=5.9253 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:105:99:2978,107,0
|
|
1 248599378 . C T 275.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.525;DP=81;Dels=0.00;FS=14.489;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=23.62;MQ0=23;MQRankSum=0.286;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.106;SB=27.371;SBQD=6.741;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4210;VQSLOD=0.6264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:81:99:306,0,1021
|
|
1 248601038 . A G 191.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.513;DP=158;Dels=0.00;FS=17.044;HRun=0;HaplotypeScore=2.9054;MQ=23.82;MQ0=28;MQRankSum=0.625;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.280;SB=60.011;SBQD=2.796;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.3415;VQSLOD=-2.1536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,33:158:99:221,0,2269
|
|
1 248602002 . G C 64.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.295;DP=129;Dels=0.00;FS=10.989;HRun=0;HaplotypeScore=1.6642;MQ=54.17;MQ0=2;MQRankSum=-6.722;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.051;SB=54.685;SBQD=2.070;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3347;VQSLOD=-7.8042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,21:129:94.98:95,0,3526
|
|
1 248603371 rs1832628 G A 63.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.240;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=4.350;HRun=3;HaplotypeScore=1.7653;MQ=52.93;MQ0=9;MQRankSum=-5.375;QD=0.67;ReadPosRankSum=1.630;SB=-16.385;SBQD=-2.079;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0562;VQSLOD=-3.0069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,21:94:93.27:93,0,2068
|
|
1 248604365 . A G 574.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.982;DP=168;Dels=0.00;FS=10.772;HRun=0;HaplotypeScore=1.9612;MQ=44.25;MQ0=26;MQRankSum=-0.607;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.726;SB=-215.282;SBQD=3.206;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3619;VQSLOD=0.1242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,32:168:99:605,0,3765
|
|
1 248604542 rs61834485 C T 711.22 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.851;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=9.596;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.86;MQ0=1;MQRankSum=2.830;QD=17.35;ReadPosRankSum=3.106;SB=-213.682;SBQD=-9.408;SBpi=-1.1000;SBpiQual=-1.1293;VQSLOD=3.7695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:741,0,379
|
|
1 248628285 rs6587478 A G 218.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.024;DB;DP=134;Dels=0.00;FS=2.197;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=56.52;MQ0=1;MQRankSum=-4.121;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-30.985;SBQD=-2.160;SBpi=-1.1767;SBpiQual=-1.5802;VQSLOD=-0.7907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,26:134:99:248,0,3607
|
|
1 248642066 . T C 1082.28 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DP=180;Dels=0.00;FS=6.508;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=2.518;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.651;SB=-489.835;SBQD=3.202;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1994;VQSLOD=2.1995 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,44:180:99:1112,0,4568
|
|
1 248655304 . A C 681.30 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.278;DP=161;Dels=0.00;FS=2.553;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.14;MQ0=26;MQRankSum=1.003;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.357;SB=-397.411;SBQD=-0.103;SBpi=-0.0781;SBpiQual=0.2092;VQSLOD=1.6912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,41:161:99:711,0,3439
|
|
1 248665154 rs61833388 C T 1119.41 PASS AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.284;DB;DP=178;Dels=0.00;FS=5.323;HRun=3;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.13;MQ0=16;MQRankSum=0.190;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.529;SB=-515.238;SBQD=-2.823;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.1412;VQSLOD=3.4553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,49:178:99:1149,0,3892
|
|
1 248702560 . A G 39.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=6.07;MQ0=56;QD=0.69;SB=-0.007;SBQD=-1.739;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.7419;VQSLOD=-1.9132 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,26:58:6.02:71,6,0
|
|
1 248728123 . A G 89.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.63;MQ0=2;QD=11.23;SB=-0.007;SBQD=-26.069;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7706;VQSLOD=3.3327 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:12.02:122,12,0
|
|
1 248737167 . G A 465.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.02;MQ0=29;QD=10.35;SB=-0.007;SBQD=22.683;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.1011;VQSLOD=2.4392 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,23:45:45.11:499,45,0
|
|
1 248737664 . C T 111.37 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=28;Dels=0.00;FS=19.243;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.50;MQ0=19;MQRankSum=0.573;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.683;SB=24.182;SBQD=-24.551;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3843;VQSLOD=1.8597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:76.25:141,0,76
|
|
1 248748716 . G C 74.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.00;MQ0=0;QD=18.55;SB=-0.007;SBQD=-18.554;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.0954;VQSLOD=4.1549 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:107,12,0
|
|
1 248812252 . T C 954.17 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=83;Dels=0.00;FS=48.602;HRun=0;HaplotypeScore=2.3893;MQ=30.92;MQ0=12;MQRankSum=-1.465;QD=11.50;ReadPosRankSum=0.759;SB=-588.377;SBQD=20.629;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5251;VQSLOD=2.8838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,49:83:99:984,0,666
|
|
1 248823124 rs28744474 C G 708.63 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=54.59;MQ0=1;MQRankSum=2.204;QD=13.89;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-337.928;SBQD=-0.537;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3034;VQSLOD=4.6808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:739,0,740
|
|
1 248838706 . A G 170.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.601;DP=53;Dels=0.00;FS=10.201;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-36.848;SBQD=-5.534;SBpi=-1.0690;SBpiQual=-0.9242;VQSLOD=-0.1576 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:53:99:201,0,1109
|
|
1 248839751 rs28669196 A G 31.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.63;MQ0=3;QD=2.27;SB=-0.007;SBQD=-25.157;SBpi=-1.1547;SBpiQual=-1.1456;VQSLOD=0.4264 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:6.01:63,6,0
|
|
1 248840623 rs28674742 G T 267.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.761;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.20;MQ0=6;MQRankSum=2.451;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.099;SB=-0.007;SBQD=24.356;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.1552;VQSLOD=4.5277 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:19:27.07:301,27,0
|
|
1 248848132 . G A 799.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;DP=69;Dels=0.00;FS=5.007;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.41;MQ0=0;MQRankSum=-4.915;QD=11.59;ReadPosRankSum=2.629;SB=-308.679;SBQD=-5.005;SBpi=-1.2330;SBpiQual=-1.2491;VQSLOD=-2.5240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:830,0,995
|
|
1 248857224 rs4916175 A G 1163.67 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.100;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=3.008;HRun=0;HaplotypeScore=39.5655;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=2.667;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.417;SB=-566.790;SBQD=-2.461;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.7444;VQSLOD=-34.9183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:102:99:1194,0,999
|
|
1 248858029 rs6667467 A G 1095.17 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.797;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-510.215;SBQD=1.272;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.3950;VQSLOD=5.7960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1125,0,1101
|
|
1 248866903 rs4378240 A G 1114.87 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.367;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.029;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.268;SB=-414.544;SBQD=-5.125;SBpi=1.2962;SBpiQual=0.9849;VQSLOD=5.1199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1145,0,1383
|
|
1 248871406 rs4636503 G A 921.87 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.3100;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=16.17;ReadPosRankSum=-1.342;SB=-409.486;SBQD=-2.526;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5768;VQSLOD=3.0946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:952,0,569
|
|
1 248905936 . C T 140.65 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DP=56;Dels=0.00;FS=3.035;HRun=0;HaplotypeScore=8.7855;MQ=34.99;MQ0=7;MQRankSum=2.459;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.346;SB=-106.331;SBQD=-1.820;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.3148;VQSLOD=-2.7036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,13:56:99:171,0,430
|
|
1 248907749 . T C 938.91 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.646;DP=95;Dels=0.00;FS=12.116;HRun=1;HaplotypeScore=1.5518;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-572.108;SBQD=-3.520;SBpi=-0.3086;SBpiQual=0.1038;VQSLOD=2.3879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,42:95:99:969,0,1781
|
|
1 249064471 . C T 240.48 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.385;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.436;SB=-33.993;SBQD=-7.840;SBpi=-1.5254;SBpiQual=-1.4161;VQSLOD=2.3615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:270,0,112
|
|
1 249074375 rs12404271 T A 852.78 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=8.781;HRun=0;HaplotypeScore=1.8628;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.739;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.071;SB=-281.001;SBQD=-9.609;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.2936;VQSLOD=4.8990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:883,0,936
|
|
1 249078149 rs11205402 A G 780.77 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.287;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.385;SB=-387.978;SBQD=-2.804;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.4028;VQSLOD=5.0959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,34:54:99:811,0,505
|
|
1 249127557 rs12564018 A G 737.88 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.422;HRun=1;HaplotypeScore=1.7870;MQ=47.05;MQ0=0;MQRankSum=-3.204;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.198;SB=-427.250;SBQD=-3.986;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.5540;VQSLOD=1.5708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:768,0,613
|
|
1 249231624 . A G 183.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.711;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=12.61;MQ0=64;MQRankSum=1.581;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.736;SB=-80.247;SBQD=-0.528;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0337;VQSLOD=-0.5199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,26:125:99:214,0,167
|
|
1 249232633 rs28783738 T G 411.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.245;DB;DP=121;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.6516;MQ=20.76;MQ0=46;MQRankSum=2.900;QD=3.40;ReadPosRankSum=-2.099;SB=-159.490;SBQD=-3.261;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1850;VQSLOD=-0.6970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,34:121:99:442,0,617
|
|
20 65900 rs6053810 G A 1014.13 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.499;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=2.831;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.322;SB=-429.898;SBQD=-4.112;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5523;VQSLOD=4.9162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,35:94:99:1044,0,1585
|
|
20 66370 rs6054257 G A 1745.08 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.035;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=1.583;HRun=0;HaplotypeScore=1.6646;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.794;SB=-880.979;SBQD=2.136;SBpi=0.1336;SBpiQual=0.1360;VQSLOD=5.0150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,56:106:99:1775,0,1558
|
|
20 90008 rs1858595 C A 2634.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;QD=37.11;SB=-1331.042;SBQD=1.086;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.0982;VQSLOD=6.2928 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2668,205,0
|
|
20 92527 rs1418260 A G 2317.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=59.12;MQ0=0;QD=31.31;SB=-1045.730;SBQD=-9.003;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.6427;VQSLOD=6.2040 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2350,210,0
|
|
20 110753 . C T 99.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.240;DP=49;Dels=0.00;FS=24.847;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=46.23;MQ0=5;MQRankSum=-3.767;QD=2.04;ReadPosRankSum=3.273;SB=66.045;SBQD=5.454;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.3904;VQSLOD=-4.3844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,7:49:99:130,0,714
|
|
20 134366 rs6055074 A G 1394.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.25;MQ0=0;QD=22.50;SB=-775.869;SBQD=-7.615;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-1.0427;VQSLOD=2.9295 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1428,129,0
|
|
20 134931 rs2316226 T G 3579.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.63;MQ0=0;QD=36.90;SB=-1531.535;SBQD=-0.086;SBpi=0.8630;SBpiQual=0.9567;VQSLOD=8.4231 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3579,283,0
|
|
20 148084 rs4816104 T C 2120.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45;SB=-1197.382;SBQD=4.684;SBpi=-0.3536;SBpiQual=0.0574;VQSLOD=7.0203 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2154,189,0
|
|
20 156652 rs6141023 C T 72.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.93;MQ0=2;QD=1.11;SB=-562.333;SBQD=8.565;SBpi=1.3750;SBpiQual=1.7923;VQSLOD=-1.2966 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:12:105,12,0
|
|
20 211564 . T C 1512.98 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.695;DP=90;Dels=0.00;FS=0.813;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=16.81;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-626.088;SBQD=-3.000;SBpi=-0.6301;SBpiQual=-0.8418;VQSLOD=3.8977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:1543,0,1146
|
|
20 219011 rs1418259 A G 1084.74 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.101;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.161;SB=-529.601;SBQD=3.469;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3685;VQSLOD=4.1874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1115,0,998
|
|
20 228206 rs405054 A C 390.16 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=3.933;HRun=0;HaplotypeScore=1.9632;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.355;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-284.249;SBQD=6.059;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.6241;VQSLOD=3.3456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:420,0,418
|
|
20 237418 rs376396 G A 881.81 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.915;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=7.761;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-1.510;SB=-430.513;SBQD=-6.584;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6270;VQSLOD=4.9184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:912,0,1102
|
|
20 244333 rs8125338 A G 399.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.369;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-2.543;QD=10.23;ReadPosRankSum=-2.487;SB=-227.251;SBQD=-3.502;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.3950;VQSLOD=1.3661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:429,0,601
|
|
20 286487 rs4815138 G A 858.28 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.348;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=2.134;QD=11.60;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-510.441;SBQD=-1.088;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1174;VQSLOD=5.0071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:888,0,933
|
|
20 343647 rs12481411 T C 631.92 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=1;MQRankSum=0.730;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-195.421;SBQD=7.032;SBpi=0.9000;SBpiQual=1.2237;VQSLOD=5.1187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:662,0,752
|
|
20 349118 rs34466294 C T 667.43 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.771;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.989;HRun=0;HaplotypeScore=1.5115;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.141;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-419.676;SBQD=1.568;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2381;VQSLOD=5.4775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:697,0,820
|
|
20 349135 . G A 615.56 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.441;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-341.416;SBQD=-1.227;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6688;VQSLOD=3.1110 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:646,0,1113
|
|
20 352164 rs6051521 T G 2298.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.36;SB=-722.948;SBQD=0.022;SBpi=1.6745;SBpiQual=1.7546;VQSLOD=7.2280 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2331,187,0
|
|
20 352170 rs11087561 C G 2202.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.96;SB=-868.783;SBQD=-0.278;SBpi=1.0709;SBpiQual=1.1094;VQSLOD=7.1813 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2235,178,0
|
|
20 357700 rs6138998 T C 1967.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8195;MQ=58.00;MQ0=0;QD=27.72;SB=-838.849;SBQD=0.167;SBpi=-1.4835;SBpiQual=-1.4773;VQSLOD=3.7229 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2001,168,0
|
|
20 374763 rs6051656 C T 783.22 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.053;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9053;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.259;SB=-458.649;SBQD=0.115;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1759;VQSLOD=4.5070 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:813,0,872
|
|
20 387757 rs6084349 A G 930.80 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.098;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=13.49;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-485.175;SBQD=-0.324;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4118;VQSLOD=5.4327 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:961,0,1002
|
|
20 389456 rs3746792 C T 512.49 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=6.734;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-105.292;SBQD=8.098;SBpi=1.4184;SBpiQual=1.4392;VQSLOD=3.2393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:542,0,651
|
|
20 419067 rs3746794 C T 686.41 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.182;HRun=1;HaplotypeScore=3.6335;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-411.498;SBQD=2.647;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.1430;VQSLOD=3.5453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:716,0,820
|
|
20 493205 rs4815701 G T 1241.14 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.696;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=8.177;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=17.00;ReadPosRankSum=1.418;SB=-439.275;SBQD=-7.809;SBpi=-1.1437;SBpiQual=-1.3089;VQSLOD=5.3534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:1271,0,923
|
|
20 537079 rs204674 G A 836.42 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=13.595;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.888;SB=-290.472;SBQD=-10.327;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.8198;VQSLOD=5.4846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:866,0,1053
|
|
20 543301 rs204692 G A 1728.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7791;MQ=59.59;MQ0=0;QD=30.86;SB=-976.506;SBQD=-1.249;SBpi=-0.1336;SBpiQual=-0.2082;VQSLOD=5.0928 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1761,141,0
|
|
20 550090 . T A 1085.80 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=72;Dels=0.00;FS=4.786;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-632.693;SBQD=3.644;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.2802;VQSLOD=4.1382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1116,0,846
|
|
20 564893 rs6053126 A G 2290.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.6498;MQ=59.19;MQ0=0;QD=30.96;SB=-1018.886;SBQD=-4.334;SBpi=1.0462;SBpiQual=0.5936;VQSLOD=5.4149 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2324,208,0
|
|
20 640742 . C A 695.92 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.740;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=55.41;MQ0=0;MQRankSum=1.908;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.110;SB=-260.434;SBQD=-7.645;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.7239;VQSLOD=3.0481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:726,0,548
|
|
20 640990 . A C 745.25 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.066;DP=56;Dels=0.00;FS=1.052;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=13.31;ReadPosRankSum=2.427;SB=-273.361;SBQD=2.558;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.9049;VQSLOD=2.2905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:775,0,901
|
|
20 641893 rs6053783 G A 2329.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1078.522;SBQD=-4.752;SBpi=-0.2462;SBpiQual=-0.5871;VQSLOD=8.3143 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2362,190,0
|
|
20 694894 rs1114734 T C 931.79 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=3.108;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.556;SB=-267.749;SBQD=-5.499;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.4575;VQSLOD=4.2033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,36:89:99:962,0,1618
|
|
20 701597 rs750159 A G 1972.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=27.02;SB=-990.847;SBQD=-6.950;SBpi=1.2289;SBpiQual=0.6743;VQSLOD=5.2793 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2005,183,0
|
|
20 728911 rs28805987 G A 109.84 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=75.263;HRun=20;HaplotypeScore=4.3476;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.455;QD=1.37;ReadPosRankSum=-2.510;SB=49.280;SBQD=15.312;SBpi=1.7056;SBpiQual=1.6480;VQSLOD=-24.2259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,22:80:99:140,0,423
|
|
20 731211 rs4815939 C A 962.32 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.992;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.915;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=13.55;ReadPosRankSum=-0.859;SB=-532.557;SBQD=-1.384;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5053;VQSLOD=6.2168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:992,0,818
|
|
20 737553 rs4815943 T C 609.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.82;MQ0=0;QD=21.01;SB=-488.815;SBQD=3.783;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2799;VQSLOD=4.6815 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:51.16:642,51,0
|
|
20 750548 . A C 460.82 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=60;Dels=0.00;FS=1.129;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.400;SB=-165.649;SBQD=-3.886;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.2094;VQSLOD=3.0898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,24:60:99:491,0,962
|
|
20 756074 rs592249 G A 1102.02 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.854;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.064;SB=-667.247;SBQD=-0.268;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.4372;VQSLOD=5.7204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,47:75:99:1132,0,470
|
|
20 763838 rs6085880 A G 1914.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.98;MQ0=0;QD=29.46;SB=-984.123;SBQD=-3.736;SBpi=0.8062;SBpiQual=0.5218;VQSLOD=6.3235 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1948,180,0
|
|
20 766290 rs6085895 G A 944.31 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.970;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=9.204;HRun=1;HaplotypeScore=1.9931;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.653;SB=-473.845;SBQD=7.178;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2271;VQSLOD=5.1294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:974,0,697
|
|
20 770913 rs630810 C G 855.31 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.996;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=7.633;HRun=0;HaplotypeScore=1.9700;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.487;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.403;SB=-256.785;SBQD=8.912;SBpi=1.0954;SBpiQual=1.2591;VQSLOD=4.7668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:885,0,764
|
|
20 775087 rs582863 A G 524.89 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9715;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.860;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-238.253;SBQD=-1.719;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9158;VQSLOD=2.7709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:555,0,1388
|
|
20 776868 rs611256 T G 1361.81 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.009;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.826;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=15.83;ReadPosRankSum=1.260;SB=-617.161;SBQD=-1.432;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.4833;VQSLOD=5.6674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:1392,0,1221
|
|
20 779122 rs6054858 C G 1679.65 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=8.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.301;SB=-824.588;SBQD=-4.731;SBpi=-0.4636;SBpiQual=-0.3593;VQSLOD=5.5992 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,57:99:99:1710,0,1293
|
|
20 784403 rs11906520 C T 1398.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=33.30;SB=-555.586;SBQD=3.213;SBpi=0.9258;SBpiQual=1.1250;VQSLOD=8.0359 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1432,111,0
|
|
20 806878 rs673261 C T 1837.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=36.03;SB=-632.996;SBQD=2.340;SBpi=1.1902;SBpiQual=1.3504;VQSLOD=9.1941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1871,147,0
|
|
20 811874 rs490193 T C 920.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.96;MQ0=0;QD=30.68;SB=-421.541;SBQD=3.608;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.5731;VQSLOD=6.2004 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:81.23:953,81,0
|
|
20 813751 rs685119 C G 2522.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.55;SB=-1231.750;SBQD=1.545;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.3164;VQSLOD=9.1754 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2555,202,0
|
|
20 832208 rs6140429 G A 615.31 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.719;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=13.67;ReadPosRankSum=1.747;SB=-271.041;SBQD=-4.038;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.6106;VQSLOD=4.8027 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:645,0,502
|
|
20 836700 rs626703 C T 2911.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1384.752;SBQD=-0.688;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.4134;VQSLOD=9.0222 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2944,235,0
|
|
20 848112 rs6108085 T A 198.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=1.427;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.427;SB=-256.062;SBQD=-20.131;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.5801;VQSLOD=2.8691 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:26.94:232,27,0
|
|
20 850376 rs1536912 A G 1768.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;QD=32.75;SB=-927.206;SBQD=-0.374;SBpi=0.2722;SBpiQual=0.2869;VQSLOD=8.0447 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1802,147,0
|
|
20 852609 rs12480495 G A 783.18 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.094;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=12.918;HRun=0;HaplotypeScore=1.5717;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-285.935;SBQD=-11.020;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-1.0536;VQSLOD=5.2450 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:813,0,945
|
|
20 861386 rs6055525 G C 679.11 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.944;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.380;SB=-371.034;SBQD=-1.062;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.5737;VQSLOD=5.0468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:709,0,1060
|
|
20 863508 rs16994527 A G 998.96 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.864;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.823;HRun=2;HaplotypeScore=1.4538;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.093;SB=-465.221;SBQD=-2.379;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.5659;VQSLOD=4.2184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:1029,0,1419
|
|
20 870146 rs6140552 C T 1168.29 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-595.433;SBQD=-1.299;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2264;VQSLOD=5.0525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,41:79:99:1198,0,1105
|
|
20 882429 rs6055722 A G 744.30 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.056;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.250;SB=-372.844;SBQD=-2.596;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3128;VQSLOD=5.3754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:774,0,833
|
|
20 912665 rs761571 T C 2312.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.14;SB=-1137.234;SBQD=-1.122;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.3438;VQSLOD=8.6438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2346,184,0
|
|
20 934948 rs550408 T C 2932.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.05;MQ0=0;QD=34.50;SB=-1251.553;SBQD=-3.390;SBpi=-0.8135;SBpiQual=-1.0909;VQSLOD=8.8895 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2965,235,0
|
|
20 988864 rs6140924 A G 2533.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=33.78;SB=-1336.620;SBQD=-1.480;SBpi=-0.0577;SBpiQual=-0.1528;VQSLOD=8.6131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2566,202,0
|
|
20 999784 rs6056637 C T 2214.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.53;SB=-1022.965;SBQD=-0.946;SBpi=-0.3255;SBpiQual=-0.4011;VQSLOD=9.3193 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2247,178,0
|
|
20 1000179 rs6056640 A C 1002.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.2426;MQ=53.68;MQ0=0;QD=21.33;SB=-642.930;SBQD=0.479;SBpi=-0.8023;SBpiQual=-0.7258;VQSLOD=3.1920 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:87.24:1035,87,0
|
|
20 1012798 rs4816153 G A . PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=0;set=Intersection GT 0/1
|
|
20 1014974 rs11087849 A G . PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=0;set=Intersection GT 1/1
|
|
20 1055985 rs6057113 A C 1727.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=0;QD=29.28;SB=-1059.064;SBQD=-0.211;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.2251;VQSLOD=5.7804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1761,141,0
|
|
20 1075691 rs11696399 G C 1052.98 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.297;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.902;HRun=0;HaplotypeScore=1.7306;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=13.68;ReadPosRankSum=1.345;SB=-437.407;SBQD=2.831;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.5998;VQSLOD=5.6596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1083,0,1230
|
|
20 1079305 rs6032835 G T 975.07 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.285;SB=-548.628;SBQD=-0.740;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0159;VQSLOD=6.0484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:1005,0,1018
|
|
20 1080826 . G C 438.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DP=59;Dels=0.00;FS=1.208;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=-5.603;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.319;SB=-246.196;SBQD=0.318;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1043;VQSLOD=-3.9058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:468,0,896
|
|
20 1085240 rs6039857 A G 961.98 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.681;HRun=0;HaplotypeScore=2.7760;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.679;QD=17.18;ReadPosRankSum=0.077;SB=-378.268;SBQD=4.848;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.8070;VQSLOD=3.8347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:56:99:992,0,669
|
|
20 1085746 . A C 929.47 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.808;DP=63;Dels=0.00;FS=2.151;HRun=1;HaplotypeScore=2.8480;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.199;SB=-464.961;SBQD=2.273;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.2295;VQSLOD=3.3952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:959,0,885
|
|
20 1089340 . C G 715.35 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.064;DP=64;Dels=0.00;FS=18.287;HRun=1;HaplotypeScore=1.5592;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-82.560;SBQD=-13.888;SBpi=-1.7000;SBpiQual=-1.8669;VQSLOD=1.4664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:745,0,1086
|
|
20 1100085 rs55761410 C T 772.51 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.094;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.026;HRun=0;HaplotypeScore=3.3006;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=13.55;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-400.371;SBQD=-1.889;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2282;VQSLOD=4.1358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:803,0,751
|
|
20 1104297 rs6032895 G T 1107.84 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.778;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=1.763;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.884;SB=-437.323;SBQD=6.208;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.6898;VQSLOD=5.6616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1138,0,953
|
|
20 1106944 rs6040022 T G 2500.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.72;SB=-1161.286;SBQD=1.913;SBpi=0.3586;SBpiQual=0.5446;VQSLOD=8.7572 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2534,199,0
|
|
20 1113859 rs6040044 G C 864.76 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.075;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.985;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-404.837;SBQD=3.024;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.3857;VQSLOD=5.8131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:895,0,865
|
|
20 1162615 rs1217 G A 2460.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=34.66;SB=-1047.105;SBQD=-0.969;SBpi=-0.8901;SBpiQual=-1.0303;VQSLOD=8.1964 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2494,196,0
|
|
20 1179133 rs55924053 C T 888.29 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.563;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.657;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=15.58;ReadPosRankSum=1.652;SB=-421.226;SBQD=3.924;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1367;VQSLOD=5.1914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:918,0,733
|
|
20 1194648 rs203549 A C 2414.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=35.51;SB=-1109.305;SBQD=-0.767;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.5911;VQSLOD=8.5841 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2448,193,0
|
|
20 1195808 rs203543 C G 2369.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;QD=32.02;SB=-1023.176;SBQD=-7.294;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-1.0327;VQSLOD=8.0790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2403,208,0
|
|
20 1227243 rs6078316 T C 915.45 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.340;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.844;HRun=1;HaplotypeScore=2.7192;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.831;SB=-430.083;SBQD=0.834;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.3552;VQSLOD=3.7831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:945,0,1566
|
|
20 1240995 rs4084794 T C 1661.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.23;MQ0=1;QD=22.76;SB=-842.143;SBQD=5.513;SBpi=-0.6437;SBpiQual=-0.8573;VQSLOD=3.3733 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1694,174,0
|
|
20 1265018 rs6033312 T C 1676.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.42;SB=-965.516;SBQD=9.401;SBpi=-0.5859;SBpiQual=0.0526;VQSLOD=5.5490 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1710,150,0
|
|
20 1292369 rs6104890 C T 1195.84 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.594;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=7.461;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=2.039;QD=15.14;ReadPosRankSum=0.702;SB=-451.059;SBQD=-6.167;SBpi=-0.9258;SBpiQual=-0.9642;VQSLOD=4.9585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1226,0,1137
|
|
20 1295538 rs6074424 C G 3025.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;QD=35.59;SB=-1425.192;SBQD=2.243;SBpi=0.3796;SBpiQual=0.5303;VQSLOD=8.8684 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3058,241,0
|
|
20 1310688 rs13044351 C T 2199.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5577;MQ=57.85;MQ0=0;QD=29.72;SB=-1128.604;SBQD=-4.422;SBpi=-0.3487;SBpiQual=-0.6700;VQSLOD=5.5024 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:74:99:2233,184,0
|
|
20 1312229 rs751525 A G 1029.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=27.10;SB=-576.189;SBQD=-0.082;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5353;VQSLOD=4.4576 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:87.25:1063,87,0
|
|
20 1323192 rs6109526 T C 3542.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.10;MQ0=0;QD=34.40;SB=-1772.849;SBQD=0.170;SBpi=0.3449;SBpiQual=0.2920;VQSLOD=8.0080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:3543,286,0
|
|
20 1345303 rs8121632 G C 937.54 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.369;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.915;HRun=1;HaplotypeScore=3.4267;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=12.50;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-438.289;SBQD=1.259;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.4509;VQSLOD=3.2063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:968,0,1162
|
|
20 1352322 rs6041759 T C 388.04 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.836;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.792;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-207.764;SBQD=-6.862;SBpi=-1.0585;SBpiQual=-1.1881;VQSLOD=3.5347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:418,0,734
|
|
20 1366766 rs56295224 T A 560.06 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-397.228;SBQD=-0.282;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0550;VQSLOD=4.3942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:590,0,804
|
|
20 1376444 rs6041970 G A 1496.88 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.931;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=18.25;ReadPosRankSum=2.020;SB=-662.193;SBQD=-4.771;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7312;VQSLOD=5.1701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,50:82:99:1527,0,888
|
|
20 1388425 rs4814231 G A 1423.37 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=18.02;ReadPosRankSum=1.641;SB=-496.324;SBQD=1.227;SBpi=1.1795;SBpiQual=1.3056;VQSLOD=4.6511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:1453,0,890
|
|
20 1391436 rs6042065 C T 767.01 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.630;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.265;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-358.703;SBQD=-6.091;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.8301;VQSLOD=5.8858 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:797,0,758
|
|
20 1392373 rs6042072 C G 1118.89 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.049;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-536.091;SBQD=-3.901;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0949;VQSLOD=5.7837 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:1149,0,1320
|
|
20 1397928 rs6033715 C T 650.55 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.038;HRun=0;HaplotypeScore=2.4711;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.342;SB=-346.427;SBQD=4.462;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.4580;VQSLOD=4.6728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:62:99:681,0,710
|
|
20 1414025 rs2317651 C T 184.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.258;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.760;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-165.656;SBQD=-3.479;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.5842;VQSLOD=0.0862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:50:99:215,0,572
|
|
20 1415793 rs6042268 A G 2074.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.630;QD=30.06;ReadPosRankSum=0.968;SB=-731.160;SBQD=-5.123;SBpi=-1.3339;SBpiQual=-1.7499;VQSLOD=5.6893 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:2107,178,0
|
|
20 1416521 rs910619 A G 1262.38 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.633;SB=-528.997;SBQD=1.459;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.7250;VQSLOD=5.3213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1292,0,1068
|
|
20 1419199 rs6042292 T A 2267.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.69;MQ0=0;QD=30.24;SB=-1161.286;SBQD=-0.114;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9166;VQSLOD=7.0082 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2301,178,0
|
|
20 1421932 rs6079138 C T 1126.85 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.567;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.417;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=16.82;ReadPosRankSum=1.267;SB=-576.318;SBQD=-2.727;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2392;VQSLOD=6.2195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:1157,0,730
|
|
20 1423533 rs3210915 A T 3320.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=37.31;SB=-1626.865;SBQD=-0.307;SBpi=-0.2650;SBpiQual=-0.3149;VQSLOD=8.6764 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3320,256,0
|
|
20 1430959 . T C 1314.70 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;DP=97;Dels=0.00;FS=2.718;HRun=1;HaplotypeScore=1.8907;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.213;SB=-558.074;SBQD=-2.690;SBpi=-0.8023;SBpiQual=-0.8833;VQSLOD=2.8561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:1345,0,1451
|
|
20 1455168 rs965805 T C 2366.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.22;SB=-1314.953;SBQD=4.961;SBpi=-0.2778;SBpiQual=0.1943;VQSLOD=6.6541 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2400,214,0
|
|
20 1470343 rs6042568 T C 900.82 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.074;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=12.34;ReadPosRankSum=1.186;SB=-468.884;SBQD=3.092;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.1659;VQSLOD=6.0577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:931,0,1113
|
|
20 1477412 rs6033923 A G 1038.60 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.904;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.392;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-600.798;SBQD=1.273;SBpi=-0.1581;SBpiQual=0.0277;VQSLOD=4.5318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:1069,0,901
|
|
20 1499723 rs2422594 C A 1315.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.712;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=15.66;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-662.150;SBQD=0.525;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.2655;VQSLOD=5.0634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1346,0,1148
|
|
20 1505610 rs2804980 G A 249.23 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.155;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.19;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.767;SB=-222.647;SBQD=5.730;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0468;VQSLOD=4.8529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:279,0,162
|
|
20 1519431 rs6042848 G T 1186.92 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.964;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.704;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.755;SB=-612.200;SBQD=-4.734;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0720;VQSLOD=5.9576 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:1217,0,1314
|
|
20 1521767 rs2422612 T C 3342.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;QD=37.56;SB=-1588.482;SBQD=0.704;SBpi=0.2650;SBpiQual=0.3374;VQSLOD=8.8061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3342,265,0
|
|
20 1554956 . C T 387.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.716;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.80;MQ0=38;MQRankSum=1.774;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.398;SB=-0.007;SBQD=11.757;SBpi=1.3339;SBpiQual=1.4664;VQSLOD=1.2582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,17:59:99:418,0,220
|
|
20 1600524 rs1535882 T C 997.56 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.010;HRun=4;HaplotypeScore=2.7413;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=16.35;ReadPosRankSum=0.536;SB=-542.107;SBQD=-2.965;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.2578;VQSLOD=4.0214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:61:99:1028,0,693
|
|
20 1610551 rs2281808 T C 784.08 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.939;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.293;SB=-339.017;SBQD=2.222;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6029;VQSLOD=4.4128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:814,0,1279
|
|
20 1610939 rs3746722 G A 611.90 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.356;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.632;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-315.307;SBQD=-0.914;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5274;VQSLOD=5.8672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:642,0,1030
|
|
20 1612819 rs1535883 A G 1146.20 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.868;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.301;SB=-379.201;SBQD=-0.992;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.1883;VQSLOD=4.5288 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1176,0,1346
|
|
20 1623870 rs4814396 A G 1068.08 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=16.69;ReadPosRankSum=1.047;SB=-546.492;SBQD=1.806;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.2924;VQSLOD=6.2709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:1098,0,845
|
|
20 1641617 . C T 1478.80 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.624;DP=85;Dels=0.00;FS=7.938;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.807;SB=-615.850;SBQD=6.154;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.8560;VQSLOD=3.4796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1509,0,985
|
|
20 1649055 . C T 404.26 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.614;DP=42;Dels=0.00;FS=4.519;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=1.512;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.436;SB=-147.096;SBQD=-8.192;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.8384;VQSLOD=3.6098 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:434,0,693
|
|
20 1649175 rs6043644 A G 526.14 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.238;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.040;HRun=0;HaplotypeScore=3.7973;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-376.859;SBQD=0.305;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.0666;VQSLOD=3.0153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:556,0,813
|
|
20 1665172 rs202540 T C 899.50 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.663;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.914;SB=-463.207;SBQD=3.481;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.3404;VQSLOD=6.0411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:929,0,1289
|
|
20 1679805 rs202478 C T 1262.41 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.675;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=8.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=17.78;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-561.412;SBQD=-8.153;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4920;VQSLOD=6.3529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1292,0,753
|
|
20 1685577 rs497134 A G 2726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.07;SB=-973.671;SBQD=-6.782;SBpi=-1.0062;SBpiQual=-1.5333;VQSLOD=7.7958 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2759,235,0
|
|
20 1692185 rs11699191 C A 1039.10 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.344;HRun=1;HaplotypeScore=1.4942;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-390.855;SBQD=-3.901;SBpi=-1.2010;SBpiQual=-1.2434;VQSLOD=3.8115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:1069,0,649
|
|
20 1696585 rs202498 T G 1093.26 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.960;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.923;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.589;SB=-537.490;SBQD=3.491;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1987;VQSLOD=5.4238 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1123,0,1107
|
|
20 1697868 rs202502 A T 970.37 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-517.552;SBQD=-0.040;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2580;VQSLOD=5.8942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1000,0,1168
|
|
20 1704960 rs11697513 T C 1171.29 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=3.983;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.724;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-519.538;SBQD=4.460;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.6481;VQSLOD=5.5566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:92:99:1201,0,1507
|
|
20 1727544 rs479318 C G 3129.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.97;SB=-1477.785;SBQD=0.584;SBpi=0.4825;SBpiQual=0.5594;VQSLOD=6.7421 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3162,250,0
|
|
20 1728464 rs6135886 T C 985.09 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.481;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.846;HRun=1;HaplotypeScore=1.9983;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=12.01;ReadPosRankSum=-1.413;SB=-561.125;SBQD=-1.304;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3050;VQSLOD=4.4898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:82:99:1015,0,1371
|
|
20 1729979 rs685230 G A 3230.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=36.71;SB=-1483.295;SBQD=-0.475;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.7354;VQSLOD=9.0067 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3262,250,0
|
|
20 1767286 rs11697660 G C 2799.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7834;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.99;SB=-1161.909;SBQD=-0.356;SBpi=-1.0062;SBpiQual=-1.0849;VQSLOD=7.0502 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2832,226,0
|
|
20 1768089 rs644596 G A 2651.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=33.99;SB=-939.931;SBQD=3.567;SBpi=1.4720;SBpiQual=1.7797;VQSLOD=7.5245 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2684,211,0
|
|
20 1785597 rs687913 T C 971.25 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.735;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=16.46;ReadPosRankSum=0.162;SB=-423.949;SBQD=4.243;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.7151;VQSLOD=5.1532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:1001,0,681
|
|
20 1848203 rs11698167 T C 798.41 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.046;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.513;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=11.09;ReadPosRankSum=-1.096;SB=-295.094;SBQD=5.306;SBpi=0.9574;SBpiQual=0.8801;VQSLOD=4.3717 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:828,0,1139
|
|
20 1855037 rs6105859 T C 496.98 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.560;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.226;SB=-300.096;SBQD=0.412;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.2043;VQSLOD=3.7941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:527,0,517
|
|
20 1856554 rs185663 C T 1324.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.65;SB=-661.852;SBQD=-2.969;SBpi=-1.3363;SBpiQual=-1.5610;VQSLOD=3.6766 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1357,108,0
|
|
20 1884126 rs6075316 C A 2222.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.50;MQ0=0;QD=32.68;SB=-961.677;SBQD=1.780;SBpi=0.8489;SBpiQual=1.0280;VQSLOD=7.7307 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2255,184,0
|
|
20 1895533 . T C 476.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=20.72;SB=-255.699;SBQD=-3.566;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1579;VQSLOD=3.4906 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:48.03:510,48,0
|
|
20 1895990 rs17855616 G A 642.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.22;MQ0=0;QD=22.96;SB=-33.440;SBQD=22.457;SBpi=2.4568;SBpiQual=2.6587;VQSLOD=1.2801 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:66.05:676,66,0
|
|
20 1909920 rs2267908 A G 613.98 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.547;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9142;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.041;SB=-315.944;SBQD=-2.000;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3195;VQSLOD=5.7210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:644,0,920
|
|
20 1926972 rs8124402 T C 911.69 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.954;HRun=1;HaplotypeScore=2.4007;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-391.747;SBQD=-1.795;SBpi=1.0686;SBpiQual=1.1032;VQSLOD=3.8412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:942,0,1259
|
|
20 1937798 rs2223670 G C 1038.39 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.476;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=9.982;HRun=0;HaplotypeScore=2.3569;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=13.85;ReadPosRankSum=2.575;SB=-304.900;SBQD=8.966;SBpi=1.1068;SBpiQual=1.3611;VQSLOD=3.7582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1068,0,1019
|
|
20 1970547 rs2235753 C G 459.55 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.799;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.738;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=6.47;ReadPosRankSum=-2.100;SB=-382.976;SBQD=2.475;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.0698;VQSLOD=2.7055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:490,0,1189
|
|
20 1971060 rs2235756 G T 1536.28 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.734;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.223;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=18.29;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-798.873;SBQD=3.210;SBpi=0.1414;SBpiQual=0.0789;VQSLOD=5.5711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:84:99:1566,0,890
|
|
20 1997448 rs2422681 G A 1557.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.586;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=1.565;HRun=1;HaplotypeScore=3.6873;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.457;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.389;SB=-778.974;SBQD=2.691;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.5140;VQSLOD=4.5288 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,54:106:99:1588,0,1580
|
|
20 2002136 rs8124722 T G 689.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.282;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.329;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=46.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.829;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-191.423;SBQD=-2.144;SBpi=1.4606;SBpiQual=1.1967;VQSLOD=0.1231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:720,0,753
|
|
20 2013474 rs1572986 A T 1230.15 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.374;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=6.064;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-403.910;SBQD=-7.092;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.3098;VQSLOD=5.5179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1260,0,1223
|
|
20 2019407 rs35244693 G A 970.60 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.891;HRun=1;HaplotypeScore=1.9889;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.936;SB=-486.567;SBQD=1.535;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2885;VQSLOD=3.6366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1001,0,1314
|
|
20 2036835 rs6112611 T A 833.97 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=16.305;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.296;SB=-356.306;SBQD=11.627;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.9550;VQSLOD=4.8916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:864,0,754
|
|
20 2037532 rs6046372 C T 1283.64 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=11.453;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=15.65;ReadPosRankSum=-1.016;SB=-706.455;SBQD=-7.971;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0597;VQSLOD=5.9326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1314,0,1193
|
|
20 2051846 rs4327292 G A 1145.33 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.775;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.053;HRun=1;HaplotypeScore=1.8154;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.572;SB=-562.988;SBQD=3.125;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3478;VQSLOD=4.6447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1175,0,1142
|
|
20 2103264 rs6075668 G T 1228.81 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.772;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.489;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=17.81;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-404.815;SBQD=-4.379;SBpi=-1.1355;SBpiQual=-1.1949;VQSLOD=5.1978 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1259,0,858
|
|
20 2127930 rs6112998 C T 617.69 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.515;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.065;SB=-394.227;SBQD=2.102;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0957;VQSLOD=5.8687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:648,0,655
|
|
20 2135020 rs1609997 G A 1138.96 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.993;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.677;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-625.348;SBQD=5.346;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0891;VQSLOD=6.2944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1169,0,1137
|
|
20 2135905 rs6113024 A G 882.95 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.434;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.429;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.167;SB=-239.508;SBQD=-10.332;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.5465;VQSLOD=4.9876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:913,0,868
|
|
20 2141054 rs6047134 G A 1125.61 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.505;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.315;HRun=3;HaplotypeScore=2.7817;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=16.08;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-425.278;SBQD=-6.608;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-0.9426;VQSLOD=3.4859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1156,0,955
|
|
20 2162114 rs59428666 A T 69.12 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.243;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.408;HRun=12;HaplotypeScore=26.8314;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.876;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.656;SB=-425.034;SBQD=5.787;SBpi=1.2671;SBpiQual=1.4460;VQSLOD=-72.1942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:99,0,921
|
|
20 2162891 rs4407311 G A 1127.60 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.241;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.791;QD=16.34;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-606.077;SBQD=-3.422;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1239;VQSLOD=3.9695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:1158,0,885
|
|
20 2166005 . T G 369.03 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.563;DP=47;Dels=0.00;FS=6.601;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-101.400;SBQD=5.725;SBpi=1.1785;SBpiQual=0.8890;VQSLOD=3.0654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:399,0,942
|
|
20 2171014 rs11698707 T C 968.86 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=12.92;ReadPosRankSum=-2.305;SB=-536.749;SBQD=-5.317;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.5588;VQSLOD=3.8580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,46:75:99:999,0,660
|
|
20 2192927 rs1022686 A G 1183.39 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.597;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=11.405;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.721;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-591.745;SBQD=7.740;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1176;VQSLOD=5.4541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1213,0,1342
|
|
20 2195832 rs6082416 G C 493.05 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=10.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-224.503;SBQD=9.263;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.4109;VQSLOD=4.8365 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:523,0,778
|
|
20 2214582 rs4815059 A G 916.41 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.585;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=5.661;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.154;QD=12.91;ReadPosRankSum=1.617;SB=-330.217;SBQD=-5.789;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.0542;VQSLOD=3.4448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:946,0,1196
|
|
20 2215145 rs6137407 A G 1878.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.33;MQ0=0;QD=32.96;SB=-1042.478;SBQD=-1.021;SBpi=-0.0662;SBpiQual=-0.0778;VQSLOD=6.1921 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1912,153,0
|
|
20 2217033 rs1574538 A C 3652.63 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.17;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.538;DB;DP=162;Dels=0.00;FS=16.427;HRun=0;HaplotypeScore=60.7388;MQ=48.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.117;QD=22.55;ReadPosRankSum=1.690;SB=-1920.856;SBQD=4.286;SBpi=0.7775;SBpiQual=0.6713;VQSLOD=-95.5072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,134:162:99:3288,0,479
|
|
20 2236775 rs6082527 G A 2263.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.93;SB=-955.112;SBQD=2.406;SBpi=0.6929;SBpiQual=0.8552;VQSLOD=8.7831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2297,181,0
|
|
20 2274810 rs214757 G A 2683.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.71;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1164.944;SBQD=-1.493;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.0889;VQSLOD=5.9377 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2717,211,0
|
|
20 2279081 rs214769 G A 2092.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.27;MQ0=0;QD=30.33;SB=-1155.935;SBQD=-0.853;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.0715;VQSLOD=6.8723 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2126,174,0
|
|
20 2283684 rs214788 G A 3061.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=51.28;MQ0=0;QD=34.40;SB=-1438.406;SBQD=1.891;SBpi=-0.5830;SBpiQual=-0.6576;VQSLOD=6.8436 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3095,259,0
|
|
20 2290333 rs214803 C A 2052.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=31.58;SB=-1156.557;SBQD=0.923;SBpi=-0.3101;SBpiQual=-0.2503;VQSLOD=8.0706 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2086,163,0
|
|
20 2304149 rs2012787 T C 2251.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=30.43;SB=-1100.646;SBQD=6.462;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.7466;VQSLOD=7.3524 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2285,199,0
|
|
20 2327650 rs6082806 G C 2336.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74;SB=-1254.765;SBQD=7.885;SBpi=-0.5735;SBpiQual=0.0269;VQSLOD=7.3324 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2369,207,0
|
|
20 2347487 rs6137794 C T 2572.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9828;MQ=59.16;MQ0=0;QD=35.73;SB=-1184.950;SBQD=0.135;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.6266;VQSLOD=7.0698 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2606,205,0
|
|
20 2348441 rs2179464 G A 2580.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=37.95;SB=-1246.118;SBQD=-0.201;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.2853;VQSLOD=8.7861 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2613,202,0
|
|
20 2349310 rs2179463 T G 3043.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.82;SB=-1608.474;SBQD=0.079;SBpi=-0.2108;SBpiQual=-0.2349;VQSLOD=7.2358 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3076,244,0
|
|
20 2350468 rs2422729 A G 1687.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68;SB=-894.144;SBQD=-5.970;SBpi=0.2023;SBpiQual=-0.2199;VQSLOD=6.5728 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1720,153,0
|
|
20 2358014 rs6137815 G A 1732.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=30.93;SB=-674.395;SBQD=0.260;SBpi=-1.3363;SBpiQual=-1.3483;VQSLOD=6.2579 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1765,141,0
|
|
20 2361025 rs7271300 A G 936.65 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.355;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9949;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.649;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.058;SB=-455.058;SBQD=0.023;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.4059;VQSLOD=2.9064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:967,0,979
|
|
20 2410766 rs2076650 T C 1131.30 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=2.059;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.922;SB=-590.963;SBQD=0.029;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0152;VQSLOD=5.4104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1161,0,1053
|
|
20 2414605 rs2325849 T C 1041.37 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.069;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.00;MQ0=1;MQRankSum=1.022;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-398.854;SBQD=3.272;SBpi=0.9258;SBpiQual=1.1984;VQSLOD=4.7619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:1071,0,616
|
|
20 2420463 . C T 1148.33 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.898;DP=75;Dels=0.00;FS=0.890;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=15.31;ReadPosRankSum=-1.044;SB=-479.892;SBQD=-2.116;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.6545;VQSLOD=4.6129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:1178,0,1103
|
|
20 2424032 . T A 215.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=7.83;MQ0=69;MQRankSum=2.268;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.454;SB=-0.007;SBQD=3.000;SBpi=2.7735;SBpiQual=3.1127;VQSLOD=-4.5376 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,52:89:27.03:249,27,0
|
|
20 2432392 rs55925302 T C 866.72 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.788;HRun=4;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.571;SB=-463.785;SBQD=-5.097;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2141;VQSLOD=4.8181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:897,0,1087
|
|
20 2464984 rs61745440 T C 1199.01 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.900;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=18.17;ReadPosRankSum=1.343;SB=-586.196;SBQD=-3.032;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1905;VQSLOD=5.2883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:1229,0,764
|
|
20 2480035 rs11087462 T C 556.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=26.28;MQ0=4;QD=22.26;SB=-57.122;SBQD=24.972;SBpi=1.6366;SBpiQual=1.9801;VQSLOD=2.4435 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,21:25:54.14:589,54,0
|
|
20 2501632 rs6083536 T C 1060.38 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.019;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8801;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=13.09;ReadPosRankSum=-1.866;SB=-533.761;SBQD=-0.813;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6019;VQSLOD=4.7707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1090,0,1295
|
|
20 2501902 rs6114745 A G 709.06 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.151;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.682;HRun=0;HaplotypeScore=2.5343;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-356.964;SBQD=-8.946;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.4795;VQSLOD=4.0781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:739,0,946
|
|
20 2542897 rs4815324 T C 799.51 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.699;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.743;SB=-288.261;SBQD=6.800;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.1164;VQSLOD=4.2263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:830,0,789
|
|
20 2548073 . G T 992.43 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=72;Dels=0.00;FS=6.240;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.073;QD=13.78;ReadPosRankSum=1.785;SB=-493.645;SBQD=-6.432;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3776;VQSLOD=3.5569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1022,0,1136
|
|
20 2554262 rs6050254 G A 602.49 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.858;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7236;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.370;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.077;SB=-360.854;SBQD=-2.603;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6806;VQSLOD=3.3199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:632,0,342
|
|
20 2583183 . C T 786.24 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.999;DP=73;Dels=0.00;FS=1.981;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-415.787;SBQD=1.955;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.4056;VQSLOD=4.4345 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:816,0,1311
|
|
20 2608001 rs7509377 G A 1205.50 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.886;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=15.86;ReadPosRankSum=1.187;SB=-733.994;SBQD=0.544;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.2936;VQSLOD=6.3592 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,47:76:99:1235,0,565
|
|
20 2612147 rs2262421 T C 1289.65 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.637;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.902;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-648.495;SBQD=-2.388;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1314;VQSLOD=4.6650 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1320,0,1142
|
|
20 2615988 rs910272 T G 776.32 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.632;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=9.078;HRun=0;HaplotypeScore=2.6275;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.047;SB=-270.964;SBQD=9.322;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.8229;VQSLOD=5.0707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:806,0,1106
|
|
20 2617449 rs6083909 T C 356.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.591;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7547;MQ=54.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.855;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.808;SB=-138.156;SBQD=2.258;SBpi=0.8944;SBpiQual=0.9581;VQSLOD=0.2442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:386,0,1070
|
|
20 2617993 rs6083914 C T 610.29 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.167;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=9.866;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=2.189;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.014;SB=-258.692;SBQD=-9.099;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.4124;VQSLOD=5.3855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:640,0,368
|
|
20 2621016 rs6138640 C A 922.25 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.339;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.784;SB=-383.664;SBQD=0.568;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7441;VQSLOD=5.0022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:952,0,1187
|
|
20 2622728 rs45468593 C T 354.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.144;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=6.503;HRun=2;HaplotypeScore=64.8063;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-5.059;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-171.184;SBQD=-5.167;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.1905;VQSLOD=-123.6298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:54:99:385,0,1101
|
|
20 2625910 rs2325894 C T 1043.06 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.051;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.971;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.604;QD=17.38;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-563.120;SBQD=-1.331;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0079;VQSLOD=4.2083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:1073,0,776
|
|
20 2627638 rs2038245 G A 781.95 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.969;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.832;QD=18.18;ReadPosRankSum=-0.435;SB=-105.866;SBQD=0.316;SBpi=-1.9612;SBpiQual=-2.0870;VQSLOD=2.7490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:812,0,496
|
|
20 2640102 rs2235955 G A 748.40 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.176;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.096;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-445.951;SBQD=2.320;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1641;VQSLOD=6.3727 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:778,0,702
|
|
20 2656495 rs6051100 A G 1922.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.60;MQ0=0;QD=33.14;SB=-1060.701;SBQD=0.845;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.0557;VQSLOD=7.3113 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1955,156,0
|
|
20 2657465 rs6037322 T C 1725.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.5843;MQ=59.21;MQ0=0;QD=32.57;SB=-781.023;SBQD=-3.206;SBpi=-0.6181;SBpiQual=-0.7878;VQSLOD=3.9349 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1759,138,0
|
|
20 2660220 rs55660105 C T 1841.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.23;MQ0=0;QD=36.84;SB=-706.488;SBQD=-1.671;SBpi=0.9899;SBpiQual=0.9913;VQSLOD=8.0864 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1875,150,0
|
|
20 2718493 rs2002697 C T 1190.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=53.82;MQ0=0;QD=28.35;SB=-584.765;SBQD=0.831;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.8536;VQSLOD=4.3552 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1224,99,0
|
|
20 2734619 rs2325968 A C 225.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.786;HRun=2;HaplotypeScore=6.7776;MQ=40.97;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.926;SB=-252.217;SBQD=4.682;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5936;VQSLOD=-0.6234 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:56:99:256,0,221
|
|
20 2815715 rs4813619 G T 1051.27 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.385;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.492;SB=-345.674;SBQD=5.315;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.1342;VQSLOD=5.6855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:1081,0,1399
|
|
20 2842685 rs6051449 A C 448.36 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.819;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.202;HRun=2;HaplotypeScore=2.8643;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.676;SB=-166.540;SBQD=4.058;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6239;VQSLOD=2.9726 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,18:51:99:478,0,885
|
|
20 2860055 rs592946 T C 1560.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.22;SB=-766.864;SBQD=0.844;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.1419;VQSLOD=8.1838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1594,141,0
|
|
20 2865776 rs1748066 G A 1055.16 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.583;HRun=3;HaplotypeScore=1.8910;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-540.981;SBQD=7.055;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.6206;VQSLOD=4.2789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:1085,0,631
|
|
20 2877240 . A G 815.31 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.452;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=12.74;ReadPosRankSum=1.081;SB=-422.744;SBQD=-1.884;SBpi=0.1768;SBpiQual=-0.0857;VQSLOD=5.1896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:845,0,1064
|
|
20 2907006 rs527727 A T 1000.54 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=17.470;HRun=1;HaplotypeScore=1.7675;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.839;SB=-283.365;SBQD=-11.476;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.1538;VQSLOD=3.9090 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:1031,0,1258
|
|
20 2921658 rs1178046 G T 768.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.023;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=4.046;HRun=9;HaplotypeScore=4.6572;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.566;SB=-615.530;SBQD=-2.344;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.1284;VQSLOD=-2.8902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:799,0,1424
|
|
20 2964851 rs962440 A G 770.41 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.442;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.576;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-415.055;SBQD=-8.122;SBpi=0.0845;SBpiQual=-0.2485;VQSLOD=5.3741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,35:85:99:800,0,1535
|
|
20 2990206 rs6084231 C T 1590.21 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.848;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.642;QD=19.16;ReadPosRankSum=-1.624;SB=-848.111;SBQD=1.552;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=3.8236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:1620,0,983
|
|
20 3009509 rs507873 A G 647.06 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.011;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.160;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.143;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.376;SB=-274.157;SBQD=-6.890;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4277;VQSLOD=4.2820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:677,0,1161
|
|
20 3010082 . C T 1118 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.197;DP=86;Dels=0.00;FS=3.006;HRun=0;HaplotypeScore=3.0128;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=1.197;QD=13.00;ReadPosRankSum=-2.371;SB=-440.778;SBQD=-2.877;SBpi=-1.0801;SBpiQual=-1.1861;VQSLOD=1.6462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1148,0,1274
|
|
20 3038089 . G A 200.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.43;MQ0=0;QD=5.89;SB=-443.602;SBQD=2.456;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.5574;VQSLOD=2.3715 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:21.06:233,21,0
|
|
20 3040846 rs6084247 G A 1178.68 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.235;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.991;QD=21.05;ReadPosRankSum=0.833;SB=-336.560;SBQD=3.448;SBpi=1.4600;SBpiQual=1.5238;VQSLOD=3.9644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,38:56:99:1209,0,502
|
|
20 3044098 rs6115772 A C 339.45 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.618;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=22.74;MQ0=7;MQRankSum=-2.025;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-158.858;SBQD=-4.749;SBpi=1.0290;SBpiQual=0.9257;VQSLOD=1.7193 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,34:53:99:369,0,359
|
|
20 3044628 rs6037471 C T 499.41 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.325;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=2.067;QD=11.61;ReadPosRankSum=-1.749;SB=-154.416;SBQD=6.569;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.7861;VQSLOD=3.9930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:529,0,717
|
|
20 3044638 rs6037472 C T 1349.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=51.21;MQ0=0;QD=33.73;SB=-484.003;SBQD=2.008;SBpi=0.9487;SBpiQual=0.8175;VQSLOD=6.7738 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1382,120,0
|
|
20 3046432 rs1810800 C T 2001.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.09;MQ0=0;QD=34.51;SB=-933.612;SBQD=-0.761;SBpi=-0.5252;SBpiQual=-0.4903;VQSLOD=8.8537 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2035,163,0
|
|
20 3049890 rs877172 T G 768.55 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=6.611;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=3.070;QD=16.71;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-286.077;SBQD=8.110;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.8234;VQSLOD=4.1229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:799,0,512
|
|
20 3059372 rs2740193 C T 1022.53 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.374;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.305;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=12.62;ReadPosRankSum=-1.960;SB=-308.703;SBQD=1.269;SBpi=-1.6398;SBpiQual=-1.8295;VQSLOD=3.3334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1053,0,1114
|
|
20 3063161 rs1887854 T C 368.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.5983;MQ=58.05;MQ0=0;QD=15.34;SB=-0.007;SBQD=-30.362;SBpi=-2.4495;SBpiQual=-2.3910;VQSLOD=1.4416 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:33.09:401,33,0
|
|
20 3068218 rs6051576 G A 594.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.70;MQ0=0;QD=27.01;SB=-0.007;SBQD=-33.101;SBpi=-2.3452;SBpiQual=-2.4529;VQSLOD=4.4043 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:51.16:627,51,0
|
|
20 3070898 rs6084265 C T 804.24 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.922;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.407;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=14.11;ReadPosRankSum=0.619;SB=-385.074;SBQD=-2.352;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.5913;VQSLOD=5.9177 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:834,0,607
|
|
20 3081101 rs857242 A C 1665.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.31;SB=-635.147;SBQD=-3.115;SBpi=-0.8485;SBpiQual=-0.9833;VQSLOD=7.8083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1699,138,0
|
|
20 3085522 rs857245 T C 816.86 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=9.121;HRun=1;HaplotypeScore=3.3210;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.192;SB=-507.668;SBQD=-6.609;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.0864;VQSLOD=4.1703 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:847,0,714
|
|
20 3098304 rs2422848 C T 819.38 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.494;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=12.236;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=14.63;ReadPosRankSum=-1.121;SB=-348.947;SBQD=-8.806;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.8039;VQSLOD=5.1323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:849,0,679
|
|
20 3125506 rs6076481 C T 1008.69 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.883;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.608;HRun=0;HaplotypeScore=1.9662;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-490.578;SBQD=3.862;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.3458;VQSLOD=5.2493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1039,0,950
|
|
20 3153236 . C G 544.54 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;DP=44;Dels=0.00;FS=6.178;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=12.38;ReadPosRankSum=-0.833;SB=-318.688;SBQD=7.676;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0941;VQSLOD=3.1973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:575,0,643
|
|
20 3163883 rs7270155 A C 1655.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.50;MQ0=0;QD=29.57;SB=-801.857;SBQD=-2.680;SBpi=0.9354;SBpiQual=0.7955;VQSLOD=6.3819 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1689,135,0
|
|
20 3189043 rs6051644 C T 1987.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.50;MQ0=0;QD=34.26;SB=-978.252;SBQD=0.765;SBpi=0.3939;SBpiQual=0.4111;VQSLOD=8.5145 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2020,159,0
|
|
20 3199373 rs2422861 G A 418.10 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.147;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=8.292;HRun=1;HaplotypeScore=3.2897;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-189.099;SBQD=7.803;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.8477;VQSLOD=2.4331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:448,0,628
|
|
20 3326222 rs6084343 C T 2102.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;QD=36.24;SB=-1018.389;SBQD=0.973;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.3578;VQSLOD=8.4636 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2135,169,0
|
|
20 3340871 rs4815584 C T 3437.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=37.36;SB=-1428.737;SBQD=0.906;SBpi=0.9383;SBpiQual=1.0609;VQSLOD=8.8020 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3437,265,0
|
|
20 3357385 rs6084356 T C 2627.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4272;MQ=58.67;MQ0=0;QD=35.51;SB=-1189.345;SBQD=-1.745;SBpi=-0.5812;SBpiQual=-0.7579;VQSLOD=6.1096 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2661,211,0
|
|
20 3405769 rs4815588 G C 2779.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.4441;MQ=59.73;MQ0=0;QD=32.70;SB=-1542.691;SBQD=-1.181;SBpi=0.0542;SBpiQual=0.0034;VQSLOD=4.1396 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2813,226,0
|
|
20 3406800 rs655395 A G 2727.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=30.65;SB=-1179.005;SBQD=-8.696;SBpi=-0.4770;SBpiQual=-1.1668;VQSLOD=7.0773 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2761,238,0
|
|
20 3433289 rs1531925 C G 1701.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.84;SB=-949.041;SBQD=-4.611;SBpi=0.0651;SBpiQual=-0.3166;VQSLOD=6.5844 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1734,153,0
|
|
20 3438134 rs347465 A G 1768.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.00;SB=-885.587;SBQD=-6.620;SBpi=-0.3201;SBpiQual=-0.7944;VQSLOD=6.4552 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1802,156,0
|
|
20 3445136 . A G 1577.32 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=95;Dels=0.00;FS=3.989;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=1.547;QD=16.60;ReadPosRankSum=0.906;SB=-738.757;SBQD=4.839;SBpi=-0.4243;SBpiQual=-0.4531;VQSLOD=3.6305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:95:99:1607,0,1279
|
|
20 3448030 rs6139133 A G 766.25 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.978;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5704;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.010;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.312;SB=-340.676;SBQD=-3.840;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.9750;VQSLOD=4.2980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:796,0,1110
|
|
20 3449690 rs17707425 T G 1021.03 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.697;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=12.898;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=15.24;ReadPosRankSum=1.176;SB=-375.477;SBQD=-11.593;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.8699;VQSLOD=5.8464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:1051,0,973
|
|
20 3501929 rs238706 C T 1411.48 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.483;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=16.41;ReadPosRankSum=-1.884;SB=-618.430;SBQD=0.255;SBpi=0.7217;SBpiQual=0.7680;VQSLOD=5.4684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:1441,0,1090
|
|
20 3523931 rs238684 A G 2831.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=35.84;SB=-1199.365;SBQD=-0.602;SBpi=-0.8438;SBpiQual=-0.9086;VQSLOD=8.4013 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2865,229,0
|
|
20 3530792 rs235597 G T 572.47 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=8.761;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=1;MQRankSum=-0.875;QD=12.18;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-305.000;SBQD=8.703;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0309;VQSLOD=4.8683 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:602,0,849
|
|
20 3546306 rs235568 G T 893.25 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.425;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.806;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.354;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-585.578;SBQD=5.052;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0285;VQSLOD=5.1637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:923,0,659
|
|
20 3547772 rs651208 G A 1315.58 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.741;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.394;QD=15.85;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-661.057;SBQD=-0.009;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.3824;VQSLOD=4.3104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1346,0,1179
|
|
20 3551757 rs2753978 C T 1036.33 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.490;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=4.097;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;QD=11.51;ReadPosRankSum=-1.930;SB=-403.707;SBQD=-4.832;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-1.0026;VQSLOD=4.8717 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,39:90:99:1066,0,1678
|
|
20 3554456 rs461606 G T 687.75 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=3.264;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.603;QD=13.76;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-92.246;SBQD=7.832;SBpi=1.7724;SBpiQual=1.8761;VQSLOD=3.6219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:718,0,876
|
|
20 3555785 rs2243656 A G 722.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.347;HRun=2;HaplotypeScore=1.9783;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.567;SB=-399.767;SBQD=1.016;SBpi=0.0928;SBpiQual=-0.1231;VQSLOD=3.9887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:752,0,654
|
|
20 3583178 rs682808 A G 1039.42 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.456;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=14.24;ReadPosRankSum=-2.055;SB=-470.082;SBQD=4.432;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4985;VQSLOD=4.9636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1069,0,1067
|
|
20 3612688 rs2670300 T G 998.56 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.436;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-348.147;SBQD=6.956;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9448;VQSLOD=4.6606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:1029,0,772
|
|
20 3619771 rs583688 T C 880.16 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.851;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.787;HRun=0;HaplotypeScore=2.7822;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=9.89;ReadPosRankSum=-2.179;SB=-371.951;SBQD=-0.753;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-0.6686;VQSLOD=3.5829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:89:99:910,0,1642
|
|
20 3622908 rs2753984 A G 651.28 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.277;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.008;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.222;SB=-253.017;SBQD=-5.136;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.2711;VQSLOD=4.9833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:681,0,985
|
|
20 3630107 rs2595582 G A 1258.16 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.174;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.109;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.172;SB=-411.832;SBQD=4.957;SBpi=1.1068;SBpiQual=1.2343;VQSLOD=4.5531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1288,0,1094
|
|
20 3638110 rs692862 A G 2084.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=56.57;MQ0=0;QD=28.95;SB=-1039.750;SBQD=0.053;SBpi=-0.8250;SBpiQual=-0.8645;VQSLOD=5.7522 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2117,177,0
|
|
20 3682372 rs11087600 C T 681.80 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.451;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.291;HRun=0;HaplotypeScore=2.5750;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-289.518;SBQD=-6.423;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.8184;VQSLOD=5.3316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:712,0,664
|
|
20 3684960 rs735294 T C 753.83 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.727;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6316;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.081;QD=13.00;ReadPosRankSum=0.179;SB=-287.900;SBQD=4.751;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.8671;VQSLOD=4.7993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:784,0,748
|
|
20 3700131 rs6052034 C G 1948.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=0;QD=32.47;SB=-1036.686;SBQD=-2.342;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.2640;VQSLOD=7.8256 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:60:99:1981,159,0
|
|
20 3701867 rs4813642 C T 938.52 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.342;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=15.39;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-422.677;SBQD=-1.762;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.4684;VQSLOD=5.7775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:969,0,601
|
|
20 3715694 rs586249 G A 913.61 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.231;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.966;HRun=1;HaplotypeScore=1.9825;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.996;SB=-428.922;SBQD=-2.779;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8981;VQSLOD=4.6431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:944,0,1375
|
|
20 3737677 rs669597 T C 2746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.67;SB=-1283.270;SBQD=-2.802;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.3813;VQSLOD=8.6403 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2780,229,0
|
|
20 3737974 rs670863 A T 1796.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.70;MQ0=0;QD=28.98;SB=-805.997;SBQD=-4.561;SBpi=-0.8890;SBpiQual=-1.2360;VQSLOD=5.5188 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1830,150,0
|
|
20 3742095 rs622922 A G 813.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.34;MQ0=0;QD=16.94;SB=-702.211;SBQD=-7.378;SBpi=0.2887;SBpiQual=-0.1296;VQSLOD=5.4376 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:78.17:846,78,0
|
|
20 3787570 rs4239757 T C 1271.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=53.61;MQ0=0;QD=22.31;SB=-753.399;SBQD=-1.928;SBpi=-0.9934;SBpiQual=-1.0916;VQSLOD=3.9705 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1305,120,0
|
|
20 3788985 rs4815609 G T 1394.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06;SB=-587.383;SBQD=1.735;SBpi=1.1547;SBpiQual=1.2547;VQSLOD=5.4039 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1428,117,0
|
|
20 3791192 rs4815610 A G 1921.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;QD=30.99;SB=-774.721;SBQD=-7.922;SBpi=-0.7620;SBpiQual=-1.3173;VQSLOD=7.6517 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1955,165,0
|
|
20 3792537 rs2282129 A G 973.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7465;MQ=58.40;MQ0=0;QD=23.75;SB=-563.852;SBQD=-5.706;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.2006;VQSLOD=3.2446 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:93.20:1007,93,0
|
|
20 3828856 rs6084495 C A 2077.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.07;SB=-992.865;SBQD=0.285;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.6234;VQSLOD=6.8044 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2111,166,0
|
|
20 3829036 rs6037677 G A 2536.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.34;MQ0=0;QD=29.49;SB=-1315.385;SBQD=-0.255;SBpi=-0.8627;SBpiQual=-0.9080;VQSLOD=6.6450 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2569,208,0
|
|
20 3869099 . A C 710.68 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=57;Dels=0.00;FS=3.858;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.978;SB=-327.952;SBQD=-4.635;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.3659;VQSLOD=3.2307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:741,0,1025
|
|
20 3894643 rs6107371 G A 340.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=3.462;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.52;MQ0=1;MQRankSum=-4.943;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-73.231;SBQD=8.860;SBpi=1.4184;SBpiQual=1.4869;VQSLOD=-0.8323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:370,0,537
|
|
20 3951431 rs6052203 A G 2641.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.71;SB=-1333.440;SBQD=-7.185;SBpi=0.8627;SBpiQual=0.2582;VQSLOD=6.8795 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2674,238,0
|
|
20 3970212 rs6052218 A G 2615.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.30;MQ0=0;QD=29.72;SB=-1282.573;SBQD=0.498;SBpi=0.9594;SBpiQual=1.0450;VQSLOD=6.3956 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2648,226,0
|
|
20 3977325 . T C 2547.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=30.33;SB=-1375.950;SBQD=5.990;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.0220;VQSLOD=5.5825 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2581,229,0
|
|
20 3985917 rs1028366 G A 2466.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.74;SB=-1178.235;SBQD=3.342;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.4922;VQSLOD=8.8194 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2500,196,0
|
|
20 3988993 rs6037719 C T 279.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98;SB=-0.007;SBQD=-34.982;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5438;VQSLOD=7.6343 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:313,24,0
|
|
20 4001006 . T G 2593.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9356;MQ=58.81;MQ0=0;QD=33.24;SB=-1357.993;SBQD=3.306;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2101;VQSLOD=4.0158 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2626,211,0
|
|
20 4003283 . A T 2078.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.98;SB=-1041.862;SBQD=0.708;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.6519;VQSLOD=5.7738 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2111,166,0
|
|
20 4014744 rs6052253 A G 54.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7478;MQ=22.38;MQ0=15;MQRankSum=1.888;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-21.695;SBQD=-6.832;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.7959;VQSLOD=-0.7629 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,25:49:9:86,9,0
|
|
20 4021135 rs3949492 G A 2699.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6517;MQ=59.26;MQ0=0;QD=30.68;SB=-1476.158;SBQD=3.330;SBpi=0.1066;SBpiQual=0.3390;VQSLOD=6.6499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2733,223,0
|
|
20 4023762 rs6084565 C G 2280.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1227.876;SBQD=0.326;SBpi=0.0611;SBpiQual=0.0709;VQSLOD=8.1130 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2314,184,0
|
|
20 4043501 rs1415405 A G 2004.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.95;MQ0=0;QD=32.33;SB=-990.639;SBQD=-3.674;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.4593;VQSLOD=6.5184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2038,165,0
|
|
20 4063234 rs11087617 C T 1054.91 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.934;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.940;HRun=0;HaplotypeScore=1.7675;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.119;SB=-562.909;SBQD=3.044;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0889;VQSLOD=5.8396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:1085,0,1399
|
|
20 4063737 rs13042539 G A 39.61 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.825;SB=-0.007;SBQD=-14.738;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.3006;VQSLOD=2.0661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:29.55:70,0,30
|
|
20 4070146 rs11697984 A G 1597.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.31;MQ0=0;QD=33.98;SB=-740.483;SBQD=-4.823;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.3055;VQSLOD=6.6092 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1630,135,0
|
|
20 4072290 rs6052324 C A 278.30 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.384;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.798;SB=-172.993;SBQD=3.553;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.3411;VQSLOD=4.0075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:308,0,476
|
|
20 4085620 rs6139312 G A 657.50 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.291;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.038;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.267;SB=-318.452;SBQD=4.098;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3274;VQSLOD=5.6088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:687,0,916
|
|
20 4093119 rs6052363 A G 1886.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92;SB=-897.529;SBQD=-6.384;SBpi=-0.1921;SBpiQual=-0.6034;VQSLOD=8.1614 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1919,165,0
|
|
20 4099354 . C T 60.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.572;DP=56;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=10.5956;MQ=43.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.166;QD=1.07;ReadPosRankSum=-2.742;SB=-156.035;SBQD=-1.012;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-1.0336;VQSLOD=-8.3950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:90.98:91,0,944
|
|
20 4099390 . T C 230.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;DP=54;Dels=0.00;FS=1.308;HRun=1;HaplotypeScore=5.8430;MQ=47.64;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.093;SB=-78.702;SBQD=-2.822;SBpi=-0.6934;SBpiQual=-0.7128;VQSLOD=0.4579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,13:54:99:260,0,1069
|
|
20 4102954 rs1741288 G A 578.76 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.145;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.466;SB=-308.848;SBQD=-1.851;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0518;VQSLOD=5.5427 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:609,0,928
|
|
20 4105137 rs6037769 C T 2091.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.30;MQ0=0;QD=34.86;SB=-930.529;SBQD=-1.703;SBpi=-0.6455;SBpiQual=-0.7855;VQSLOD=6.6598 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2125,169,0
|
|
20 4105410 rs1741311 A C 1307.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.61;MQ0=1;QD=26.69;SB=-730.949;SBQD=2.200;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.1097;VQSLOD=5.3010 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1341,117,0
|
|
20 4111119 rs1741276 C G 2625.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5572;MQ=58.55;MQ0=0;QD=32.82;SB=-1464.881;SBQD=-0.301;SBpi=-0.1118;SBpiQual=-0.1289;VQSLOD=5.8879 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2659,211,0
|
|
20 4111209 rs1764987 T C 2589.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.58;MQ0=0;QD=28.78;SB=-1199.409;SBQD=3.842;SBpi=-1.1595;SBpiQual=-0.6289;VQSLOD=6.3369 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:2623,235,0
|
|
20 4112278 rs6052393 A G 2681.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;QD=32.31;SB=-1182.730;SBQD=-4.649;SBpi=-0.4939;SBpiQual=-0.8891;VQSLOD=7.8949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2715,238,0
|
|
20 4113226 . T C 343.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=55;Dels=0.00;FS=14.629;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=2.039;QD=6.25;ReadPosRankSum=-2.704;SB=-199.198;SBQD=-11.388;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.2394;VQSLOD=1.1477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:374,0,987
|
|
20 4113227 rs59044284 G C 320.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=9.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=1.716;QD=6.16;ReadPosRankSum=-2.499;SB=-122.029;SBQD=-3.480;SBpi=1.2002;SBpiQual=1.5093;VQSLOD=1.2030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:350,0,1001
|
|
20 4116436 rs1741285 A G 578.18 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.709;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.407;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-395.624;SBQD=2.106;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.2583;VQSLOD=5.5702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:608,0,828
|
|
20 4161923 . C T 583.50 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.950;DP=54;Dels=0.00;FS=5.860;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=1.473;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.586;SB=-258.421;SBQD=6.142;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3424;VQSLOD=5.0863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:613,0,801
|
|
20 4215557 rs1556832 C T 821.81 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.162;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.568;SB=-414.019;SBQD=-0.718;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3891;VQSLOD=6.1241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:852,0,619
|
|
20 4223982 rs2027269 T G 1200.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.2243;MQ=57.83;MQ0=0;QD=23.09;SB=-876.106;SBQD=1.858;SBpi=-0.2774;SBpiQual=-0.1838;VQSLOD=3.2547 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1234,102,0
|
|
20 4226746 rs4815677 G A 1909.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.29;MQ0=0;QD=32.36;SB=-632.912;SBQD=0.419;SBpi=1.6274;SBpiQual=1.6624;VQSLOD=6.5428 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1942,156,0
|
|
20 4238644 rs4813679 T C 1847.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.29;SB=-1031.326;SBQD=7.250;SBpi=-0.4481;SBpiQual=0.0962;VQSLOD=6.8433 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1881,162,0
|
|
20 4245823 rs6084675 T C 1997.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7820;MQ=52.49;MQ0=0;QD=26.28;SB=-1097.163;SBQD=0.288;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.4493;VQSLOD=3.6666 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2030,180,0
|
|
20 4246375 rs2326479 T C 1936.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=57.62;MQ0=0;QD=28.48;SB=-674.294;SBQD=10.294;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.6541;VQSLOD=3.8404 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1970,165,0
|
|
20 4262648 rs8114863 T C 823.97 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.243;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.585;SB=-478.565;SBQD=1.765;SBpi=0.0898;SBpiQual=-0.0517;VQSLOD=6.6227 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:854,0,666
|
|
20 4267867 . A G 915.77 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DP=88;Dels=0.00;FS=3.814;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.08;MQ0=18;MQRankSum=0.135;QD=10.41;ReadPosRankSum=-2.027;SB=-246.553;SBQD=8.081;SBpi=1.1355;SBpiQual=1.2816;VQSLOD=2.5315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:946,0,950
|
|
20 4267956 . C T 254.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=13.26;MQ0=75;MQRankSum=0.973;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.774;SB=-0.007;SBQD=4.385;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.1349;VQSLOD=-0.8031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,27:106:99:284,0,251
|
|
20 4274064 rs6052490 A C 339.13 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.859;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.451;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.97;MQ0=30;MQRankSum=0.901;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.708;SB=-199.762;SBQD=0.176;SBpi=0.8590;SBpiQual=1.0008;VQSLOD=2.2086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,41:93:99:369,0,479
|
|
20 4276802 rs2422923 T C 1038.25 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.253;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.479;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-494.508;SBQD=4.461;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4267;VQSLOD=5.2020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:1068,0,1505
|
|
20 4278146 rs12481620 C T 629.23 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.463;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.951;SB=-393.393;SBQD=4.511;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.1360;VQSLOD=5.7451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:659,0,554
|
|
20 4309611 rs6139395 G A 805.03 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.986;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=13.42;ReadPosRankSum=-2.426;SB=-412.661;SBQD=-0.350;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.6028;VQSLOD=4.7267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:835,0,903
|
|
20 4324820 rs513783 G A 1058.68 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.729;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.186;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=14.70;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-490.603;SBQD=-5.137;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.5998;VQSLOD=5.6146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1089,0,1048
|
|
20 4344461 rs2875926 G A 985.31 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.021;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=10.882;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=13.88;ReadPosRankSum=1.785;SB=-202.145;SBQD=-9.525;SBpi=-1.5910;SBpiQual=-1.7870;VQSLOD=4.2725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:1015,0,1216
|
|
20 4348418 rs17316050 T C 1120.50 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=9.155;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=13.66;ReadPosRankSum=1.873;SB=-522.868;SBQD=-7.234;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.5689;VQSLOD=5.7058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1150,0,1290
|
|
20 4367866 . A T 1357.02 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.29;MQ0=15;QD=25.13;SB=-606.797;SBQD=9.106;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.3944;VQSLOD=2.2821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,41:54:99:1390,111,0
|
|
20 4379857 rs3848822 C A 1803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;QD=32.20;SB=-1032.915;SBQD=1.688;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1190;VQSLOD=7.7499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1836,144,0
|
|
20 4385876 rs297701 A C 896.58 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.218;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=8.592;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-268.656;SBQD=8.068;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.1012;VQSLOD=5.5697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:927,0,1149
|
|
20 4390511 rs688089 C T 520.74 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.109;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=9.139;HRun=2;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.498;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.494;SB=-295.965;SBQD=-1.246;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.4845;VQSLOD=3.2647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:551,0,787
|
|
20 4392917 rs172470 C A 642.91 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.309;QD=10.90;ReadPosRankSum=-1.020;SB=-343.694;SBQD=1.211;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.3088;VQSLOD=5.0773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:673,0,1076
|
|
20 4396914 rs4815703 A G 441.27 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.321;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.642;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=50.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.490;SB=-344.939;SBQD=3.642;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.1496;VQSLOD=4.6781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:471,0,717
|
|
20 4400661 rs7353881 G A 943.04 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.719;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=51.00;MQ0=1;MQRankSum=-2.166;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.926;SB=-499.876;SBQD=-1.060;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.3570;VQSLOD=3.6506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:973,0,1539
|
|
20 4404680 rs6084745 C T 986.61 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.156;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.472;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.357;SB=-365.189;SBQD=4.643;SBpi=0.9297;SBpiQual=0.9984;VQSLOD=4.7756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:76:99:1017,0,1360
|
|
20 4407747 rs297730 A G 1294.13 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.069;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.895;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=15.78;ReadPosRankSum=1.079;SB=-412.333;SBQD=-5.758;SBpi=-1.0321;SBpiQual=-1.4656;VQSLOD=4.3558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1324,0,1133
|
|
20 4408096 rs297731 A G 751.54 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.077;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.840;HRun=0;HaplotypeScore=1.7319;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.964;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.076;SB=-297.217;SBQD=-8.047;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.8058;VQSLOD=5.0426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:782,0,803
|
|
20 4411656 rs1235681 G A 648.10 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.562;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=1;MQRankSum=0.451;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.694;SB=-229.748;SBQD=2.392;SBpi=0.9000;SBpiQual=1.1023;VQSLOD=5.1764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:678,0,746
|
|
20 4427233 rs4632417 A G 1821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.94;MQ0=0;QD=36.42;SB=-887.099;SBQD=0.898;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.2990;VQSLOD=9.3652 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1854,147,0
|
|
20 4438191 rs12481510 C A 373.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.759;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.331;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=-4.029;QD=5.34;ReadPosRankSum=-2.368;SB=-463.287;SBQD=-6.656;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.6501;VQSLOD=-1.2389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:404,0,973
|
|
20 4452716 rs297658 G A 926.01 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.454;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=13.336;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-333.326;SBQD=9.352;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.7385;VQSLOD=5.2668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:956,0,1131
|
|
20 4461386 rs6052588 T C 1888.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=32.01;SB=-1066.498;SBQD=-3.839;SBpi=0.1953;SBpiQual=-0.0187;VQSLOD=7.4492 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1922,156,0
|
|
20 4462855 rs297670 G A 1760.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.81;MQ0=0;QD=23.80;SB=-1090.126;SBQD=-0.328;SBpi=-0.9300;SBpiQual=-1.1029;VQSLOD=4.0179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1794,141,0
|
|
20 4464995 rs177067 A G 1312.84 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.157;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.752;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.321;SB=-727.629;SBQD=1.651;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.1292;VQSLOD=6.0313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:100:99:1343,0,1603
|
|
20 4476596 rs297748 T G 343.03 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.771;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=8.58;ReadPosRankSum=-2.243;SB=-142.029;SBQD=-1.176;SBpi=0.9428;SBpiQual=0.7457;VQSLOD=3.6625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:373,0,738
|
|
20 4480759 rs297750 C T 684.02 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.099;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.984;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.607;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-307.179;SBQD=-0.903;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.4866;VQSLOD=1.9872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,27:68:99:714,0,1223
|
|
20 4484969 rs297763 G A 2941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=35.02;SB=-1474.018;SBQD=0.185;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.3167;VQSLOD=8.8424 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2975,232,0
|
|
20 4487111 rs297765 A G 1063.82 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.837;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9632;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-588.389;SBQD=-0.746;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1537;VQSLOD=5.5708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:1094,0,1135
|
|
20 4524771 rs4815709 C A 2147.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.20;SB=-974.478;SBQD=1.830;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.6724;VQSLOD=8.4343 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2180,169,0
|
|
20 4526387 rs6107477 C T 3049.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-1532.064;SBQD=0.229;SBpi=-0.2712;SBpiQual=-0.3082;VQSLOD=8.5554 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3083,241,0
|
|
20 4526506 rs6052637 T C 2729.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4390;MQ=59.48;MQ0=0;QD=34.12;SB=-1341.527;SBQD=6.599;SBpi=-0.2236;SBpiQual=0.3332;VQSLOD=5.9532 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2763,238,0
|
|
20 4532263 rs8120402 A C 1304.43 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.620;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=11.357;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-657.133;SBQD=7.539;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0024;VQSLOD=5.8411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1334,0,1316
|
|
20 4570362 rs2180694 T C 1175.32 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.975;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.177;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.108;QD=16.32;ReadPosRankSum=0.051;SB=-612.814;SBQD=2.807;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1932;VQSLOD=6.0167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1205,0,984
|
|
20 4571193 rs6052664 A T 984.61 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.969;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.587;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.558;SB=-515.921;SBQD=3.215;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.5709;VQSLOD=4.6007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1015,0,816
|
|
20 4603860 rs2326541 C T 2147.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.75;MQ0=0;QD=26.85;SB=-1103.293;SBQD=1.723;SBpi=-1.2298;SBpiQual=-1.1933;VQSLOD=5.2184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2181,172,0
|
|
20 4616858 rs6084812 G C 608.60 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.036;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.621;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-317.005;SBQD=3.816;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.4301;VQSLOD=3.7252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,28:78:99:639,0,1233
|
|
20 4661525 . A C 748.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;DP=68;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=2.933;QD=11.01;ReadPosRankSum=-1.792;SB=-471.595;SBQD=0.045;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2568;VQSLOD=2.4332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:779,0,1012
|
|
20 4673033 rs2025113 T C 689.41 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.927;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.926;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.744;SB=-415.782;SBQD=-3.846;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6198;VQSLOD=4.7106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:719,0,1295
|
|
20 4683196 rs2181021 T A 760.75 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.204;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.511;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.716;SB=-246.885;SBQD=-1.991;SBpi=1.2070;SBpiQual=1.2630;VQSLOD=4.4823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:791,0,1077
|
|
20 4705718 rs2245220 C T 568.63 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.707;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.094;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.293;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.672;SB=-332.264;SBQD=7.198;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.0265;VQSLOD=5.0661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:599,0,549
|
|
20 4735080 rs6084863 C T 2613.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=34.84;SB=-1330.423;SBQD=-0.371;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3364;VQSLOD=8.5561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2646,208,0
|
|
20 4744182 rs11698252 T G 1108.09 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.259;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.523;HRun=1;HaplotypeScore=8.6397;MQ=57.00;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-646.081;SBQD=-6.474;SBpi=-0.2774;SBpiQual=-0.4864;VQSLOD=2.3794 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,52:77:99:1138,0,664
|
|
20 4747598 rs1570236 A G 1665.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.44;MQ0=0;QD=30.83;SB=-710.983;SBQD=-0.636;SBpi=-1.0887;SBpiQual=-1.1382;VQSLOD=6.7886 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1698,135,0
|
|
20 4749599 rs11698665 C T 1149.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=24.99;ReadPosRankSum=-1.205;SB=-562.632;SBQD=4.010;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.4009;VQSLOD=4.3421 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:96.54:1183,97,0
|
|
20 4751293 rs6084884 G A 2737.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.49;SB=-1335.712;SBQD=0.436;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3428;VQSLOD=9.6318 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2770,217,0
|
|
20 4756691 rs7272323 G C 863.14 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.253;SB=-383.953;SBQD=4.421;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.6504;VQSLOD=5.7600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:893,0,861
|
|
20 4773338 rs1998291 G A 1875.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;QD=29.77;SB=-1058.795;SBQD=0.674;SBpi=-0.3150;SBpiQual=-0.3126;VQSLOD=6.8949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1908,156,0
|
|
20 4774302 rs34593680 T A 86.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.14;MQ0=0;QD=1.40;SB=-948.796;SBQD=-0.388;SBpi=0.6350;SBpiQual=0.7155;VQSLOD=0.4096 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:14.95:119,15,0
|
|
20 4776367 rs6052886 G T 1661.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.30;MQ0=0;QD=30.21;SB=-569.400;SBQD=-3.913;SBpi=-1.5507;SBpiQual=-1.7751;VQSLOD=5.6985 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1695,135,0
|
|
20 4780749 rs10427432 G T 707.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.512;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=13.4978;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.327;SB=-365.843;SBQD=-1.632;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.5554;VQSLOD=-0.0852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:737,0,690
|
|
20 4789930 rs2065009 A G 783.12 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.986;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6115;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.249;SB=-468.999;SBQD=-0.388;SBpi=0.1622;SBpiQual=-0.1026;VQSLOD=4.9773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:813,0,1101
|
|
20 4791126 rs7346477 A G 668.22 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.497;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.573;SB=-321.810;SBQD=-5.066;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.4509;VQSLOD=4.5299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:698,0,669
|
|
20 4795152 rs13040172 G A 635.71 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.618;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.976;HRun=0;HaplotypeScore=2.0641;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-293.727;SBQD=2.506;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.5171;VQSLOD=4.8691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:68:99:666,0,1127
|
|
20 4798828 . G A 1192.45 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.908;DP=68;Dels=0.00;FS=6.819;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=17.54;ReadPosRankSum=2.895;SB=-644.304;SBQD=4.563;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.1326;VQSLOD=3.7264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,41:68:99:1222,0,753
|
|
20 4805883 rs2249709 T C 513.68 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.577;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.483;HRun=0;HaplotypeScore=1.7074;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.827;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.809;SB=-252.192;SBQD=6.240;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.6391;VQSLOD=4.5430 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:56:99:544,0,839
|
|
20 4807025 rs2423051 C T 1112.35 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.056;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.945;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.379;SB=-573.246;SBQD=-1.437;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2669;VQSLOD=5.4333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1142,0,934
|
|
20 4901346 rs4815755 C A 857.22 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.691;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.930;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=12.99;ReadPosRankSum=2.388;SB=-553.906;SBQD=-4.435;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0393;VQSLOD=4.4056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:887,0,833
|
|
20 4943441 rs6038020 C T 666.23 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.463;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.269;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-308.349;SBQD=2.766;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.3557;VQSLOD=4.4634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:696,0,849
|
|
20 4974601 rs1519861 T A 810.19 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.507;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.626;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.431;SB=-413.377;SBQD=-3.327;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.2038;VQSLOD=5.6806 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:840,0,996
|
|
20 4991893 . G A 162.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DP=38;Dels=0.00;FS=3.217;HRun=2;HaplotypeScore=13.9783;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=4.29;ReadPosRankSum=-2.383;SB=-120.032;SBQD=4.844;SBpi=1.1785;SBpiQual=1.2959;VQSLOD=-7.8145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:193,0,321
|
|
20 5004355 rs2326577 A G 1966.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.22;SB=-962.512;SBQD=-0.062;SBpi=-0.8189;SBpiQual=-0.8530;VQSLOD=6.8708 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2000,156,0
|
|
20 5019530 rs13044120 C T 1672.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.15;MQ0=0;QD=30.96;SB=-898.443;SBQD=-1.097;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4303;VQSLOD=6.5309 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1705,135,0
|
|
20 5023675 rs412385 C T 2446.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.32;MQ0=0;QD=35.98;SB=-1145.438;SBQD=0.624;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.5470;VQSLOD=6.4691 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2480,196,0
|
|
20 5025113 rs423548 G T 2242.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=36.17;SB=-990.193;SBQD=-0.416;SBpi=0.7620;SBpiQual=0.7813;VQSLOD=8.4354 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2276,175,0
|
|
20 5030442 . C T 3056.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.86;MQ0=0;QD=35.13;SB=-1469.137;SBQD=-1.093;SBpi=0.5897;SBpiQual=0.5158;VQSLOD=7.4550 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3089,247,0
|
|
20 5033421 . C G 241 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5981;MQ=50.67;MQ0=0;QD=4.16;SB=-834.940;SBQD=-1.826;SBpi=0.7285;SBpiQual=0.6546;VQSLOD=0.0433 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:27.01:274,27,0
|
|
20 5042015 rs8119332 C A 2293.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1064.883;SBQD=1.423;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.6294;VQSLOD=8.9969 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2327,178,0
|
|
20 5106287 rs8125170 T C 2016.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.61;SB=-1042.151;SBQD=-2.806;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.2242;VQSLOD=8.4941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2050,166,0
|
|
20 5107310 . A T 629.04 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.66;SB=-191.863;SBQD=-9.628;SBpi=-1.7678;SBpiQual=-1.9945;VQSLOD=2.3189 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:54.16:662,54,0
|
|
20 5126003 rs4239762 A C 498.78 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.260;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-0.007;SBQD=16.618;SBpi=2.1794;SBpiQual=2.2858;VQSLOD=2.6371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:529,0,486
|
|
20 5145681 rs7271989 G A 1294.09 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.854;HRun=0;HaplotypeScore=1.8997;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.518;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-636.671;SBQD=1.856;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.4382;VQSLOD=5.2700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1324,0,935
|
|
20 5148581 rs6085019 C T 1518.27 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.587;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=11.230;HRun=0;HaplotypeScore=2.8482;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=17.25;ReadPosRankSum=-0.494;SB=-719.633;SBQD=-5.958;SBpi=-0.6181;SBpiQual=-0.6758;VQSLOD=3.7024 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,53:88:99:1548,0,953
|
|
20 5148597 rs6085020 T C 1177.76 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.029;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=9.151;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=1.805;QD=13.54;ReadPosRankSum=1.478;SB=-528.667;SBQD=-2.628;SBpi=-1.1902;SBpiQual=-0.7661;VQSLOD=3.5900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:1208,0,1074
|
|
20 5149867 rs6116673 G A 511.36 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=4.043;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-211.303;SBQD=3.982;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.6509;VQSLOD=3.8384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:541,0,850
|
|
20 5186742 rs6038090 A C 857.24 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.273;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.803;HRun=0;HaplotypeScore=1.5518;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.447;SB=-621.892;SBQD=-1.196;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0878;VQSLOD=5.1741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:887,0,1331
|
|
20 5198332 rs1028550 A G 606.08 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.091;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.772;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.092;SB=-142.509;SBQD=3.911;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.2939;VQSLOD=4.8904 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:636,0,840
|
|
20 5219739 . C T 1265.26 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.770;DP=86;Dels=0.00;FS=0.810;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=0.043;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-558.302;SBQD=0.763;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4291;VQSLOD=4.3572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1295,0,1350
|
|
20 5245493 rs6139677 T G 1262.61 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.362;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.402;QD=17.06;ReadPosRankSum=0.228;SB=-611.157;SBQD=-4.894;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3595;VQSLOD=6.2070 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1293,0,993
|
|
20 5250468 rs16990805 G A 998.97 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=15.61;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-425.002;SBQD=0.784;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.5978;VQSLOD=4.9820 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:1029,0,983
|
|
20 5252611 rs8126146 G C 672.78 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.649;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=7.859;HRun=0;HaplotypeScore=1.6671;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-312.054;SBQD=8.699;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.4706;VQSLOD=4.8249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:53:99:703,0,614
|
|
20 5259422 . C A 33.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=7.21;MQ0=81;MQRankSum=2.945;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.000;SB=-0.007;SBQD=3.154;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.5132;VQSLOD=-1.3899 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,18:97:24.41:64,0,24
|
|
20 5265452 rs6038118 G T 1499.12 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.234;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=17.43;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-729.563;SBQD=-4.288;SBpi=-0.4808;SBpiQual=-0.5426;VQSLOD=5.5073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,53:86:99:1529,0,928
|
|
20 5274275 rs2234393 T C 1023.41 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.816;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=4.298;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=12.04;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-708.571;SBQD=1.459;SBpi=-0.3501;SBpiQual=0.1778;VQSLOD=5.4509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:85:99:1053,0,974
|
|
20 5274907 rs10854264 G A 827.42 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.973;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=12.73;ReadPosRankSum=-1.165;SB=-408.588;SBQD=3.194;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1532;VQSLOD=6.0673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:857,0,1056
|
|
20 5282482 . G A 914.07 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.112;DP=78;Dels=0.00;FS=0.877;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.952;SB=-389.594;SBQD=-2.845;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.7494;VQSLOD=4.0354 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:944,0,1341
|
|
20 5283962 rs2326620 T C 819.22 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.332;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7353;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-456.870;SBQD=-1.772;SBpi=0.0898;SBpiQual=-0.1231;VQSLOD=4.1224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:849,0,924
|
|
20 5284288 rs7261856 A G 980.71 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.283;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.067;HRun=0;HaplotypeScore=1.7323;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.610;SB=-440.947;SBQD=0.364;SBpi=0.8807;SBpiQual=0.4878;VQSLOD=4.9946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1011,0,991
|
|
20 5289229 rs6085084 C T 1016.10 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.405;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ=53.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.634;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-482.032;SBQD=2.188;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.3102;VQSLOD=2.2985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1046,0,1036
|
|
20 5290267 rs62203832 C T 1133.46 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.765;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.813;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.169;SB=-546.098;SBQD=1.532;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3552;VQSLOD=4.2142 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1163,0,1415
|
|
20 5291145 rs13043050 T C 659.85 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.766;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.641;SB=-272.588;SBQD=-4.252;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6305;VQSLOD=4.5551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,26:71:99:690,0,1401
|
|
20 5305389 rs6053311 T C 1990.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=56.20;MQ0=0;QD=30.62;SB=-959.410;SBQD=-3.793;SBpi=-0.5582;SBpiQual=-0.7647;VQSLOD=6.4338 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2023,163,0
|
|
20 5327694 rs6053331 T G 865.35 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.039;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.947;HRun=0;HaplotypeScore=3.8692;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.293;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-218.939;SBQD=-6.442;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.4978;VQSLOD=1.8472 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:895,0,1310
|
|
20 5352158 rs55787516 C T 1092.54 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.849;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.829;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.379;SB=-455.015;SBQD=-3.791;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.8191;VQSLOD=5.4783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1123,0,1117
|
|
20 5353691 rs56004120 G T 981.78 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=14.499;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.758;SB=-531.999;SBQD=5.829;SBpi=0.2402;SBpiQual=-0.0776;VQSLOD=5.5636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1012,0,1081
|
|
20 5379548 rs10485488 A G 1281.11 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.777;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.207;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.215;SB=-712.628;SBQD=-4.909;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.0393;VQSLOD=5.6905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:1311,0,1242
|
|
20 5386160 rs1884754 G A 1149.18 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.052;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.039;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.396;SB=-676.916;SBQD=4.449;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.0600;VQSLOD=6.3235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1179,0,892
|
|
20 5393719 rs6085155 A G 1174.52 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.956;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=9.945;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.276;SB=-314.255;SBQD=-8.178;SBpi=-1.2671;SBpiQual=-1.6351;VQSLOD=4.4614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:102:99:1205,0,1672
|
|
20 5402318 rs6085157 A C 1413.21 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.760;HRun=0;HaplotypeScore=52.2835;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.777;SB=-660.921;SBQD=0.200;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.2341;VQSLOD=-62.1216 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:5.18:1443,0,5
|
|
20 5435307 . G C 827.15 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DP=63;Dels=0.00;FS=13.730;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=13.13;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-314.291;SBQD=-8.571;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.1641;VQSLOD=3.3554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:857,0,771
|
|
20 5435454 . T C 883.25 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;DP=66;Dels=0.00;FS=11.139;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.440;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-249.914;SBQD=11.613;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.1446;VQSLOD=3.4847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:913,0,932
|
|
20 5437467 . C T 759.73 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.164;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.811;SB=-390.459;SBQD=-0.977;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.7242;VQSLOD=2.9671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:790,0,769
|
|
20 5441955 . T A 1182.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;DP=92;Dels=0.00;FS=6.807;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.21;MQ0=1;MQRankSum=-4.285;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-462.715;SBQD=4.806;SBpi=0.8199;SBpiQual=0.8039;VQSLOD=-0.8761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,45:92:99:1213,0,1544
|
|
20 5442768 . C T 892.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=87;Dels=0.00;FS=10.802;HRun=2;HaplotypeScore=2.8253;MQ=51.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.101;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-195.124;SBQD=8.218;SBpi=1.6973;SBpiQual=1.8099;VQSLOD=-3.1884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:923,0,1489
|
|
20 5445290 . T C 658.82 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.832;DP=69;Dels=0.00;FS=4.853;HRun=0;HaplotypeScore=1.9960;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.462;SB=-317.951;SBQD=-3.273;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-0.7361;VQSLOD=3.0579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:689,0,990
|
|
20 5446114 rs6076839 T C 413.73 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.861;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=6.650;HRun=2;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.986;SB=-322.758;SBQD=-4.952;SBpi=-0.1043;SBpiQual=0.0206;VQSLOD=3.7943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:444,0,582
|
|
20 5452701 . C G 351.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.325;DP=52;Dels=0.00;FS=1.509;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=26.02;MQ0=14;MQRankSum=-2.181;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.418;SB=-159.631;SBQD=-4.555;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.5467;VQSLOD=0.7458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:382,0,349
|
|
20 5453914 rs8114316 G T 731.26 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.487;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=6.016;HRun=0;HaplotypeScore=4.0867;MQ=54.51;MQ0=1;MQRankSum=-0.074;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.424;SB=-251.328;SBQD=-11.373;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.4699;VQSLOD=4.2694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:761,0,611
|
|
20 5462313 rs6053430 A G 571.80 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.213;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.961;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.839;SB=-313.714;SBQD=1.921;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2499;VQSLOD=4.9017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:602,0,1268
|
|
20 5476771 rs1133473 A G 953.83 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=13.614;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.800;SB=-318.215;SBQD=-11.022;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-1.0955;VQSLOD=5.3005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:984,0,974
|
|
20 5517075 . A T 663.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.530;DP=85;Dels=0.01;FS=1.791;HRun=8;HaplotypeScore=2.6312;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.807;SB=-569.864;SBQD=-1.346;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.1208;VQSLOD=-0.6211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:693,0,1281
|
|
20 5597276 rs6139776 C A 999.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=56.13;MQ0=0;QD=17.84;SB=-655.955;SBQD=0.870;SBpi=-1.4699;SBpiQual=-1.5252;VQSLOD=3.7310 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:81.26:1032,81,0
|
|
20 5619966 rs6053559 G A 68.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=47.75;MQ0=1;QD=7.59;SB=-99.864;SBQD=-7.859;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.2983;VQSLOD=4.2196 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:9.02:100,9,0
|
|
20 5624244 rs925300 G C 2284.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.74;MQ0=0;QD=32.63;SB=-1011.162;SBQD=0.465;SBpi=0.9562;SBpiQual=1.0013;VQSLOD=7.2079 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2317,187,0
|
|
20 5638962 rs2423129 T A 1835.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=23.54;SB=-1175.673;SBQD=-1.535;SBpi=-0.7926;SBpiQual=-0.9479;VQSLOD=2.8137 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1869,153,0
|
|
20 5646557 . A G 1556.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=51.81;MQ0=0;QD=28.30;SB=-737.179;SBQD=4.786;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.6605;VQSLOD=3.1529 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1590,132,0
|
|
20 5649186 rs805754 G T 1123.57 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=8.864;HRun=3;HaplotypeScore=0.9983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=17.02;ReadPosRankSum=0.640;SB=-382.003;SBQD=6.889;SBpi=1.0686;SBpiQual=1.0750;VQSLOD=4.3526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1154,0,875
|
|
20 5650318 rs732007 T C 1831.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=30.52;SB=-894.941;SBQD=-0.839;SBpi=0.7746;SBpiQual=0.7341;VQSLOD=6.8743 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1864,150,0
|
|
20 5651216 rs805757 A C 2026.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.52;MQ0=0;QD=33.78;SB=-1062.787;SBQD=-1.457;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.2312;VQSLOD=9.0410 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2060,166,0
|
|
20 5696863 rs1090534 T C 935.07 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.966;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-445.624;SBQD=-3.652;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3862;VQSLOD=4.4506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:84:99:965,0,1680
|
|
20 5698556 rs4813771 T C 714.24 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.791;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.338;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-393.132;SBQD=4.118;SBpi=-0.2785;SBpiQual=0.0561;VQSLOD=3.1153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:744,0,864
|
|
20 5707794 rs6053632 T C 632.63 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.232;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.617;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-266.181;SBQD=4.559;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.7737;VQSLOD=5.0284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:663,0,1227
|
|
20 5754170 rs237423 A G 1508.45 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=5.486;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=16.58;ReadPosRankSum=-3.708;SB=-717.113;SBQD=-4.444;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3903;VQSLOD=4.1824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:1538,0,1323
|
|
20 5761406 rs9679965 G A 806.16 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.097;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=13.44;ReadPosRankSum=-1.540;SB=-285.709;SBQD=4.797;SBpi=1.1315;SBpiQual=1.3159;VQSLOD=4.1585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:836,0,711
|
|
20 5763669 . C T 1215.99 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.610;DP=66;Dels=0.00;FS=6.925;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=18.42;ReadPosRankSum=0.086;SB=-389.907;SBQD=6.675;SBpi=1.1355;SBpiQual=1.1885;VQSLOD=3.5323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:1246,0,792
|
|
20 5764395 rs4813776 G A 908.67 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.838;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=13.98;ReadPosRankSum=0.308;SB=-352.988;SBQD=-1.442;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.0342;VQSLOD=5.4239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:939,0,904
|
|
20 5781135 rs568521 G C 2015.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.84;MQ0=0;QD=32.51;SB=-942.225;SBQD=-3.202;SBpi=-0.5080;SBpiQual=-0.6584;VQSLOD=7.9715 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2048,166,0
|
|
20 5808126 rs1883749 C T 1227.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=29.94;SB=-625.760;SBQD=0.991;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.6269;VQSLOD=5.9961 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1260,99,0
|
|
20 5809016 rs6133268 A G 1791.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=45.70;MQ0=0;QD=25.96;SB=-948.897;SBQD=-3.717;SBpi=-0.5417;SBpiQual=-0.9794;VQSLOD=5.2690 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1824,162,0
|
|
20 5841775 rs1699237 G C 986.54 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.143;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.852;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.430;SB=-590.456;SBQD=-5.264;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1142;VQSLOD=5.0904 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:1017,0,731
|
|
20 5852943 rs62203957 A G 834.34 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.155;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.136;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.172;SB=-430.491;SBQD=3.109;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0778;VQSLOD=5.2867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:864,0,748
|
|
20 5854479 rs6139859 T C 1307.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=0;QD=26.15;SB=-827.619;SBQD=2.814;SBpi=-0.1414;SBpiQual=0.1260;VQSLOD=4.7475 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1340,114,0
|
|
20 5861609 rs6116977 G T 2592.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;QD=32.01;SB=-1476.198;SBQD=1.575;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.0736;VQSLOD=2.9641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2626,214,0
|
|
20 5885659 rs1287061 T C 2466.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.62;SB=-1170.494;SBQD=0.278;SBpi=-0.9058;SBpiQual=-0.9313;VQSLOD=6.7805 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2499,199,0
|
|
20 5886189 rs1287064 A G 880.89 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.264;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=4.032;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=9.90;ReadPosRankSum=1.076;SB=-700.867;SBQD=0.537;SBpi=0.2143;SBpiQual=-0.1606;VQSLOD=5.2368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:911,0,1017
|
|
20 5887871 rs236130 G C 394.61 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.934;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=2.909;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.257;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.474;SB=-105.954;SBQD=6.247;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.0198;VQSLOD=5.0252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:425,0,799
|
|
20 5890473 rs398952 C T 102.50 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=18.478;HRun=3;HaplotypeScore=45.3735;MQ=49.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.081;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-269.798;SBQD=-8.955;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.0809;VQSLOD=-57.4815 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:132,0,983
|
|
20 5910981 rs452749 C T 917.88 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=9.965;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.660;SB=-365.919;SBQD=-8.515;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.4533;VQSLOD=4.2051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:948,0,1245
|
|
20 5933108 rs236110 C A 1394.94 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.397;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.693;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=17.01;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-706.817;SBQD=-5.327;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.4825;VQSLOD=5.6486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1425,0,1016
|
|
20 5933535 rs236111 A G 1206.85 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.084;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=13.501;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.486;SB=-487.773;SBQD=-8.624;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.6935;VQSLOD=5.8894 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1237,0,1163
|
|
20 5939649 rs236120 A C 858.55 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.053;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.385;SB=-392.256;SBQD=-2.035;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.3550;VQSLOD=5.6142 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:889,0,861
|
|
20 5968964 rs236109 T C 2195.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6456;MQ=58.67;MQ0=0;QD=31.82;SB=-988.288;SBQD=5.241;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.8584;VQSLOD=4.7662 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2229,190,0
|
|
20 6002037 rs2143636 C T 2365.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.04;MQ0=0;QD=34.79;SB=-1073.478;SBQD=-0.211;SBpi=-0.7276;SBpiQual=-0.8473;VQSLOD=6.6095 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2399,187,0
|
|
20 6004157 rs6085352 G A 1078.91 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.218;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=8.543;HRun=1;HaplotypeScore=1.9552;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=15.64;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-422.909;SBQD=8.033;SBpi=1.0408;SBpiQual=1.1259;VQSLOD=4.8160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1109,0,952
|
|
20 6018711 rs2235816 G A 1103.33 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.789;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=5.999;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=14.33;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-500.220;SBQD=-4.744;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.5872;VQSLOD=6.1452 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:77:99:1133,0,1122
|
|
20 6142581 rs6076955 A G 675.39 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.160;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.747;SB=-372.446;SBQD=-2.218;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.0030;VQSLOD=5.9963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:64:99:705,0,1164
|
|
20 6144454 rs3852936 C A 3208.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=37.31;SB=-1656.694;SBQD=1.362;SBpi=-0.1078;SBpiQual=-0.0526;VQSLOD=6.5548 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:3242,250,0
|
|
20 6153479 rs2154148 T G 1087.18 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.752;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=14.89;ReadPosRankSum=-0.515;SB=-388.323;SBQD=6.291;SBpi=1.1068;SBpiQual=1.2611;VQSLOD=5.3837 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:1117,0,1045
|
|
20 6171119 rs4278997 A G 833.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=19.93;MQ0=17;QD=12.26;SB=-331.262;SBQD=-10.920;SBpi=-0.0611;SBpiQual=-0.4751;VQSLOD=5.1215 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:87.08:867,87,0
|
|
20 6184644 rs6085434 C G 1039.68 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=8.331;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.111;SB=-335.441;SBQD=8.914;SBpi=0.9733;SBpiQual=1.1649;VQSLOD=4.5589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1070,0,1042
|
|
20 6223958 rs6516133 A G 1172.06 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.946;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.783;HRun=0;HaplotypeScore=3.8292;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=13.02;ReadPosRankSum=1.917;SB=-651.470;SBQD=-3.240;SBpi=0.2949;SBpiQual=-0.0245;VQSLOD=3.4057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:1202,0,1376
|
|
20 6223962 rs7352207 T C 1253.08 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.246;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.706;HRun=0;HaplotypeScore=3.8292;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=13.77;ReadPosRankSum=1.489;SB=-603.724;SBQD=1.487;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.4969;VQSLOD=3.6058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:1283,0,1364
|
|
20 6229263 rs6054023 T C 792.33 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.265;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.139;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.208;SB=-360.405;SBQD=4.058;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.7014;VQSLOD=5.0326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,36:88:99:822,0,1726
|
|
20 6234125 rs6054033 C A 1459.33 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.409;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.270;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=17.58;ReadPosRankSum=0.289;SB=-757.607;SBQD=3.691;SBpi=0.0729;SBpiQual=-0.0113;VQSLOD=5.1109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:1489,0,1060
|
|
20 6244261 rs3865565 A G 1369.28 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.020;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=17.12;ReadPosRankSum=-0.015;SB=-655.781;SBQD=-0.525;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.3398;VQSLOD=5.5805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1399,0,1125
|
|
20 6245642 rs3905151 A G 871.99 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.722;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=7.245;HRun=2;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.021;SB=-371.781;SBQD=2.774;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.4490;VQSLOD=3.1945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,37:89:99:902,0,1751
|
|
20 6272497 rs6085470 C T 904.50 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=14.275;HRun=1;HaplotypeScore=4.0271;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-409.173;SBQD=-10.419;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3246;VQSLOD=3.5760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:934,0,926
|
|
20 6294282 rs2209754 T C 2671.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.63;MQ0=0;QD=36.10;SB=-1117.443;SBQD=-0.888;SBpi=0.9300;SBpiQual=0.8878;VQSLOD=7.6703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2705,217,0
|
|
20 6299258 rs6107784 G A 68.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=15.52;MQ0=5;QD=2.73;SB=-0.007;SBQD=-3.413;SBpi=-2.2361;SBpiQual=-2.4187;VQSLOD=-1.1917 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:25:9.02:100,9,0
|
|
20 6326709 rs6054136 A G 785.47 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.928;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-297.863;SBQD=-4.561;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.8833;VQSLOD=5.2352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:815,0,1268
|
|
20 6335730 rs6054145 T C 996.48 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.100;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.872;QD=14.65;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-493.618;SBQD=0.237;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.5612;VQSLOD=3.7973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1026,0,1025
|
|
20 6340080 rs932828 G A 1282.65 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.558;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.151;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=14.58;ReadPosRankSum=2.518;SB=-710.933;SBQD=3.898;SBpi=-0.3647;SBpiQual=-0.4179;VQSLOD=5.3552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:1313,0,1005
|
|
20 6349140 rs2326751 G A 161.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.287;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=27.635;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-4.683;QD=1.70;ReadPosRankSum=-2.507;SB=108.300;SBQD=-6.454;SBpi=-1.5254;SBpiQual=-1.7120;VQSLOD=-4.3334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,13:95:99:192,0,2862
|
|
20 6351417 rs6076987 A C 937.42 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=17.04;ReadPosRankSum=0.235;SB=-480.552;SBQD=-1.678;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0258;VQSLOD=4.9405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:967,0,709
|
|
20 6360394 rs6038468 T C 865.70 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.036;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.3853;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.703;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.556;SB=-345.484;SBQD=3.594;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.7666;VQSLOD=3.1875 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:896,0,1099
|
|
20 6365645 rs6054200 G A 917.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.547;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.578;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=13.70;ReadPosRankSum=1.674;SB=-408.729;SBQD=-8.370;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5629;VQSLOD=5.2012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:948,0,1028
|
|
20 6403267 rs355520 T C 2468.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9332;MQ=59.43;MQ0=0;QD=33.81;SB=-1036.462;SBQD=-4.109;SBpi=-0.7608;SBpiQual=-1.0776;VQSLOD=4.6874 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2501,205,0
|
|
20 6408618 rs6417634 A G 1543.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=59.57;MQ0=0;QD=28.57;SB=-872.053;SBQD=-5.857;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.0230;VQSLOD=6.5619 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1576,141,0
|
|
20 6422606 rs6139994 T C 1645.99 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.798;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=10.199;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=17.33;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-620.032;SBQD=7.223;SBpi=0.9526;SBpiQual=1.0009;VQSLOD=4.8757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,54:95:99:1676,0,1234
|
|
20 6427132 rs6054251 C T 1232.59 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.222;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=9.498;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.140;SB=-521.146;SBQD=6.674;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.6726;VQSLOD=5.7928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1263,0,1201
|
|
20 6427583 rs6054256 T C 2901.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=32.97;SB=-1121.614;SBQD=6.894;SBpi=0.9594;SBpiQual=1.5406;VQSLOD=7.9732 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2934,247,0
|
|
20 6435698 rs6038511 C T 1203.07 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.028;HRun=0;HaplotypeScore=2.6600;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=17.19;ReadPosRankSum=0.563;SB=-450.474;SBQD=1.545;SBpi=0.9912;SBpiQual=1.1248;VQSLOD=3.6605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:1233,0,652
|
|
20 6466644 rs6117293 G A 1532.80 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.320;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=8.228;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=16.48;ReadPosRankSum=1.045;SB=-675.744;SBQD=7.243;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.6593;VQSLOD=5.9371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1563,0,1265
|
|
20 6470035 rs928203 T C 770.19 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.949;HRun=0;HaplotypeScore=2.6221;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.400;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.772;SB=-365.963;SBQD=-2.647;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7819;VQSLOD=4.5166 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:800,0,1064
|
|
20 6486648 rs6107820 A G 2619.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.35;MQ0=0;QD=33.58;SB=-1135.797;SBQD=-3.286;SBpi=1.0190;SBpiQual=0.9787;VQSLOD=8.5667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2653,220,0
|
|
20 6487268 rs6140014 T A 2633.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.56;MQ0=0;QD=36.58;SB=-1229.211;SBQD=-0.978;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.5657;VQSLOD=8.7066 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2667,214,0
|
|
20 6547654 rs1407034 T C 2492.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.13;SB=-1039.081;SBQD=-0.419;SBpi=0.9029;SBpiQual=0.9055;VQSLOD=8.8901 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2526,202,0
|
|
20 6564919 rs6117348 C T 2335.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.47;MQ0=0;QD=33.37;SB=-1169.920;SBQD=1.958;SBpi=0.4781;SBpiQual=0.6173;VQSLOD=7.6695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2369,181,0
|
|
20 6591654 rs6140041 A G 849.78 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.06;MQ0=0;QD=24.28;SB=-99.237;SBQD=-17.583;SBpi=-2.2819;SBpiQual=-2.4495;VQSLOD=1.6104 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:72.21:883,72,0
|
|
20 6592145 rs6117358 G A 2039.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.15;MQ0=0;QD=32.38;SB=-895.320;SBQD=-0.711;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-0.9877;VQSLOD=7.8341 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2073,163,0
|
|
20 6609877 rs6107853 G A 2523.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.16;MQ0=0;QD=34.56;SB=-1149.564;SBQD=3.925;SBpi=-0.8778;SBpiQual=-0.8385;VQSLOD=7.4351 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2556,208,0
|
|
20 6641176 . T G 56.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.967;DP=65;Dels=0.00;FS=49.213;HRun=2;HaplotypeScore=4.6508;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=0.87;ReadPosRankSum=-3.642;SB=105.329;SBQD=7.790;SBpi=2.3979;SBpiQual=1.6633;VQSLOD=-9.5083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,22:65:86.53:87,0,1265
|
|
20 6663715 rs2143712 A G 2583.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=32.29;SB=-1078.715;SBQD=-6.891;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-1.2294;VQSLOD=8.3381 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2616,223,0
|
|
20 6701635 rs235758 G A 1212.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.54;MQ0=0;QD=28.86;SB=-420.032;SBQD=0.901;SBpi=1.2344;SBpiQual=1.2880;VQSLOD=5.8266 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1245,114,0
|
|
20 6711572 rs2876052 C T 2506.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=29.84;SB=-1382.902;SBQD=-0.523;SBpi=0.4939;SBpiQual=0.3497;VQSLOD=6.8771 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2540,205,0
|
|
20 6747555 rs6107869 A G 1037.18 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.044;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-554.641;SBQD=-1.747;SBpi=0.0781;SBpiQual=-0.2160;VQSLOD=6.1183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:1067,0,883
|
|
20 6751034 rs1049007 A G 387.92 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.357;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.845;HRun=2;HaplotypeScore=2.7276;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.488;SB=-135.476;SBQD=-2.252;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.7651;VQSLOD=2.8939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:418,0,455
|
|
20 6765841 rs173107 A C 2525.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.30;MQ0=0;QD=35.08;SB=-1181.290;SBQD=1.296;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.4524;VQSLOD=8.8186 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2559,205,0
|
|
20 6767642 rs910141 G T 2524.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.09;MQ0=0;QD=36.06;SB=-1299.477;SBQD=-1.331;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.2663;VQSLOD=9.6049 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2557,199,0
|
|
20 6773673 rs235703 T C 1551.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.92;MQ0=0;QD=29.84;SB=-647.760;SBQD=10.053;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.9718;VQSLOD=6.1683 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1585,135,0
|
|
20 6830737 rs13036669 T C 1054.78 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.450;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.961;HRun=1;HaplotypeScore=2.9818;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=15.74;ReadPosRankSum=1.262;SB=-398.497;SBQD=-1.449;SBpi=0.9297;SBpiQual=0.9005;VQSLOD=3.7080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1085,0,1060
|
|
20 6839832 rs1500535 C T 926.10 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.221;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.882;SB=-388.713;SBQD=1.728;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.6257;VQSLOD=4.1565 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:956,0,1129
|
|
20 6840112 rs1033504 G A 925.63 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.832;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=13.41;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-471.985;SBQD=0.424;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2652;VQSLOD=4.5800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:956,0,1115
|
|
20 6848432 rs16992706 A T 1474.59 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.538;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9891;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.240;SB=-687.139;SBQD=1.484;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.4938;VQSLOD=5.1299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:1505,0,1248
|
|
20 6902150 rs6085728 G A 2528.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.65;SB=-1289.644;SBQD=1.443;SBpi=0.0602;SBpiQual=0.1832;VQSLOD=9.5031 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2562,199,0
|
|
20 6904698 rs6085731 T C 962.21 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.938;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.2627;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.408;QD=14.36;ReadPosRankSum=1.775;SB=-405.799;SBQD=-0.323;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7676;VQSLOD=3.0623 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:992,0,949
|
|
20 6919268 rs6085742 C A 1825.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.14;MQ0=0;QD=32.02;SB=-939.403;SBQD=-0.980;SBpi=-0.4636;SBpiQual=-0.5452;VQSLOD=7.8357 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1858,147,0
|
|
20 6920770 rs4813812 A C 2470.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.85;SB=-1186.233;SBQD=-0.780;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.5981;VQSLOD=8.5007 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2504,199,0
|
|
20 6922810 rs2057039 T C 1781.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.25;MQ0=0;QD=31.82;SB=-782.960;SBQD=8.253;SBpi=0.2673;SBpiQual=0.7807;VQSLOD=7.3972 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1815,153,0
|
|
20 6925667 rs6085753 T C 1636.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.88;SB=-777.775;SBQD=5.809;SBpi=0.0687;SBpiQual=0.3886;VQSLOD=7.2015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1670,147,0
|
|
20 6929131 rs6085765 C T 2065.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=33.31;SB=-1007.256;SBQD=-0.347;SBpi=0.5080;SBpiQual=0.5056;VQSLOD=7.5399 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2098,169,0
|
|
20 6952571 rs6085786 C A 1192.19 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.991;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.858;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=17.03;ReadPosRankSum=0.662;SB=-629.571;SBQD=5.822;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2003;VQSLOD=5.4081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1222,0,925
|
|
20 6956299 rs6038673 T C 1149.14 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.732;HRun=0;HaplotypeScore=1.9053;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=12.91;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-514.410;SBQD=-2.605;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.8297;VQSLOD=5.5627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1179,0,1245
|
|
20 6961861 rs6085795 G A 632.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.167;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.436;HRun=3;HaplotypeScore=0.9332;MQ=41.70;MQ0=3;MQRankSum=-4.916;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.510;SB=-341.671;SBQD=0.783;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3007;VQSLOD=-0.3860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:662,0,1222
|
|
20 6997712 rs1571459 T C 1895.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=31.60;SB=-990.321;SBQD=-1.585;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.5235;VQSLOD=7.4711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1929,156,0
|
|
20 7003252 rs2326889 A G 1914.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.18;MQ0=0;QD=33.01;SB=-783.879;SBQD=-0.236;SBpi=1.0505;SBpiQual=1.0518;VQSLOD=7.8379 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1948,156,0
|
|
20 7012544 rs2326891 T C 681.12 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-409.297;SBQD=1.170;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4873;VQSLOD=5.2076 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:711,0,955
|
|
20 7012640 rs2326892 T C 767.76 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.160;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.3282;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.516;SB=-532.668;SBQD=0.421;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.4930;VQSLOD=3.0079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:798,0,1279
|
|
20 7014445 rs2149642 T C 746.37 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.620;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=3.169;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.428;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-268.971;SBQD=-2.088;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-0.8127;VQSLOD=4.6633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:83:99:776,0,1599
|
|
20 7015080 . A T 273.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.526;DP=36;Dels=0.00;FS=1.573;HRun=0;HaplotypeScore=12.5739;MQ=52.75;MQ0=0;MQRankSum=2.032;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.589;SB=-202.442;SBQD=-4.085;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.7536;VQSLOD=-1.3851 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:36:99:303,0,105
|
|
20 7028011 rs6077133 G C 2235.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.16;MQ0=0;QD=36.05;SB=-1117.439;SBQD=-0.939;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.1959;VQSLOD=8.8466 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2268,181,0
|
|
20 7028442 rs2149644 T G 1542.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;QD=28.57;SB=-557.885;SBQD=-6.068;SBpi=-1.0887;SBpiQual=-1.3725;VQSLOD=5.8791 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1576,138,0
|
|
20 7028499 rs6054700 T C 943.96 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.441;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.363;HRun=1;HaplotypeScore=1.4725;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=14.30;ReadPosRankSum=2.402;SB=-407.596;SBQD=-4.002;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8623;VQSLOD=3.6103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:974,0,919
|
|
20 7034447 rs6117582 G A 977.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DB;DP=82;Dels=0.02;FS=1.887;HRun=9;HaplotypeScore=6.4206;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=11.64;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-684.449;SBQD=-4.666;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.2458;VQSLOD=-6.0056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,46:82:99:1007,0,1088
|
|
20 7034971 rs4257447 T G 2441.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.81;MQ0=0;QD=32.99;SB=-1271.740;SBQD=3.362;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.3159;VQSLOD=8.0586 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2474,202,0
|
|
20 7036801 rs6085848 C G 665.85 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.011;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.931;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-368.567;SBQD=1.863;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.3428;VQSLOD=5.0339 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:696,0,896
|
|
20 7054246 rs4813817 G A 2454.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=36.10;SB=-1278.922;SBQD=-0.262;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0303;VQSLOD=8.5717 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2488,202,0
|
|
20 7067750 rs232649 A G 1100.82 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.315;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-480.599;SBQD=-2.085;SBpi=1.1180;SBpiQual=0.7332;VQSLOD=5.3211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:1131,0,1500
|
|
20 7148358 rs179759 C A 2474.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.86;SB=-1298.434;SBQD=0.984;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.1107;VQSLOD=7.5375 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2507,196,0
|
|
20 7170080 rs4815978 T C 2417.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=35.56;SB=-955.674;SBQD=-0.551;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.0685;VQSLOD=7.0047 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2451,196,0
|
|
20 7217215 rs2207599 G A 2741.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5253;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.15;SB=-1130.984;SBQD=1.855;SBpi=-1.0826;SBpiQual=-1.0333;VQSLOD=6.9184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2775,220,0
|
|
20 7220930 rs6085938 A G 2404.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.43;SB=-1234.338;SBQD=-0.951;SBpi=0.1231;SBpiQual=0.0613;VQSLOD=9.3753 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2438,193,0
|
|
20 7230840 rs17394645 G A 824.22 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.687;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.602;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-457.172;SBQD=-4.910;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3922;VQSLOD=3.4074 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:854,0,1722
|
|
20 7251345 rs7352582 A G 1186.84 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=7.210;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-336.395;SBQD=7.173;SBpi=1.3275;SBpiQual=1.5356;VQSLOD=5.3486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:1217,0,1608
|
|
20 7252352 rs7275039 G T 3197.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.62;SB=-1588.333;SBQD=1.222;SBpi=0.0542;SBpiQual=0.1336;VQSLOD=9.4695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3230,250,0
|
|
20 7257692 . C G 635 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DP=77;Dels=0.00;FS=5.406;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.08;MQ0=3;MQRankSum=-0.884;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.253;SB=-301.530;SBQD=-3.494;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2396;VQSLOD=3.1912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:665,0,992
|
|
20 7270144 . G C 1163.94 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.563;DP=81;Dels=0.00;FS=7.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-505.474;SBQD=6.848;SBpi=0.8387;SBpiQual=0.8792;VQSLOD=3.9975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1194,0,1060
|
|
20 7271288 rs6054885 A G 1913.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8628;MQ=56.32;MQ0=0;QD=32.99;SB=-1036.588;SBQD=-1.255;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0083;VQSLOD=6.8734 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1946,162,0
|
|
20 7273904 rs4369938 A G 2375.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4968;MQ=59.40;MQ0=0;QD=30.86;SB=-1139.020;SBQD=-7.035;SBpi=-0.0570;SBpiQual=-0.5532;VQSLOD=5.2099 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2409,211,0
|
|
20 7298913 rs6054913 G T 855.60 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.142;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.058;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.656;SB=-412.226;SBQD=0.956;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7288;VQSLOD=4.0585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:886,0,1130
|
|
20 7310048 . G T 1325.31 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.093;DP=86;Dels=0.00;FS=1.781;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=15.41;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-643.058;SBQD=-2.646;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2134;VQSLOD=3.6726 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1355,0,1466
|
|
20 7335573 rs2423203 A G 2637.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.39;SB=-1477.783;SBQD=0.920;SBpi=-0.1688;SBpiQual=-0.1009;VQSLOD=8.0881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2670,208,0
|
|
20 7337272 rs2248869 G A 3204.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.42;SB=-1437.176;SBQD=-1.089;SBpi=0.7462;SBpiQual=0.6779;VQSLOD=5.6368 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3238,256,0
|
|
20 7337555 rs2423208 C T 3196.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=35.91;ReadPosRankSum=1.460;SB=-1470.020;SBQD=-0.945;SBpi=-0.5330;SBpiQual=-0.5624;VQSLOD=7.2137 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:3229,236,0
|
|
20 7339213 rs6086010 A C 2003.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.55;SB=-984.414;SBQD=-3.599;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.3435;VQSLOD=6.9803 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2037,162,0
|
|
20 7352004 . A G 1556.66 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.345;DP=89;Dels=0.00;FS=4.094;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.500;SB=-692.726;SBQD=4.215;SBpi=0.4243;SBpiQual=0.5107;VQSLOD=3.8699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,50:89:99:1587,0,1210
|
|
20 7354497 rs2423224 G A 719.70 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.810;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.850;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.01;MQ0=1;MQRankSum=-0.188;QD=12.63;ReadPosRankSum=1.385;SB=-428.476;SBQD=-3.887;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.3460;VQSLOD=5.4920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:750,0,699
|
|
20 7354931 rs2423226 A T 2493.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.56;SB=-1438.967;SBQD=-2.315;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.0882;VQSLOD=2.9913 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2526,205,0
|
|
20 7358842 rs2207510 T C 906.67 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=13.541;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-486.575;SBQD=-9.132;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.4040;VQSLOD=5.8796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:937,0,1380
|
|
20 7364832 rs2423234 C T 3083.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=36.27;SB=-1492.742;SBQD=1.303;SBpi=-0.4881;SBpiQual=-0.4192;VQSLOD=8.5428 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3116,241,0
|
|
20 7367109 rs2423237 A C 1048.19 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.603;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=5.362;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=11.65;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-538.708;SBQD=-1.962;SBpi=-0.2343;SBpiQual=0.0286;VQSLOD=5.6025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,41:90:99:1078,0,1655
|
|
20 7368304 rs2423238 A G 920.67 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.101;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.871;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-481.278;SBQD=-4.283;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.0724;VQSLOD=5.9179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:951,0,1396
|
|
20 7393901 rs6054984 T G 1290.79 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.858;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-636.091;SBQD=2.273;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.4166;VQSLOD=6.0170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1321,0,1285
|
|
20 7394136 rs6038808 T C 481.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.147;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6282;MQ=51.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.375;QD=8.75;ReadPosRankSum=-2.138;SB=-282.883;SBQD=0.509;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.6892;VQSLOD=0.6753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:511,0,682
|
|
20 7405432 rs6054995 T C 1353.79 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.326;HRun=3;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.744;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.291;SB=-748.784;SBQD=-3.197;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.1943;VQSLOD=4.8163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1384,0,1043
|
|
20 7441549 rs2326928 T G 2005.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.6621;MQ=59.04;MQ0=0;QD=25.72;SB=-1302.373;SBQD=3.146;SBpi=0.1132;SBpiQual=0.3268;VQSLOD=3.8538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2039,180,0
|
|
20 7446411 . T C 2208.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=32.96;SB=-1209.020;SBQD=0.017;SBpi=0.1833;SBpiQual=0.1638;VQSLOD=6.7111 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2241,178,0
|
|
20 7456350 rs1033615 T C 2567.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.70;SB=-1309.488;SBQD=0.445;SBpi=-0.1162;SBpiQual=-0.1193;VQSLOD=8.7201 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2601,214,0
|
|
20 7462681 rs2092847 G A 2354.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.23;SB=-882.254;SBQD=1.045;SBpi=1.1783;SBpiQual=1.3076;VQSLOD=7.8581 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2388,187,0
|
|
20 7468129 rs6055054 C T 2501.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=33.36;SB=-1316.292;SBQD=3.951;SBpi=0.0577;SBpiQual=0.3122;VQSLOD=8.0214 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2535,196,0
|
|
20 7468344 rs6055055 A T 3371.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=35.87;SB=-1617.275;SBQD=-0.008;SBpi=-0.5157;SBpiQual=-0.5492;VQSLOD=7.4193 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3371,265,0
|
|
20 7468629 rs4816003 T C 1999.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.16;MQ0=0;QD=25.97;SB=-1179.179;SBQD=-1.654;SBpi=0.1709;SBpiQual=0.2251;VQSLOD=5.6563 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:77:99:2033,180,0
|
|
20 7501871 rs6055078 T C 977.56 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.953;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=13.03;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-398.607;SBQD=2.741;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7780;VQSLOD=5.4967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:1008,0,1290
|
|
20 7514570 . G C 999.42 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=16.38;ReadPosRankSum=-0.123;SB=-496.202;SBQD=-1.401;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1184;VQSLOD=4.4241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:1029,0,940
|
|
20 7521928 rs6055094 A G 669.26 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.933;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.798;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-352.287;SBQD=-4.330;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.3857;VQSLOD=4.6163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:699,0,1264
|
|
20 7552264 rs1022631 T C 1586.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=31.10;SB=-710.952;SBQD=-1.326;SBpi=0.9102;SBpiQual=0.8583;VQSLOD=7.5568 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1619,132,0
|
|
20 7566912 rs6055145 C A 2468.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.26;SB=-1279.438;SBQD=-2.651;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.0878;VQSLOD=9.2422 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2501,199,0
|
|
20 7574445 rs6055154 C T 2719.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.31;SB=-825.576;SBQD=0.141;SBpi=1.7208;SBpiQual=1.8177;VQSLOD=7.5314 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2753,214,0
|
|
20 7577057 rs62202261 T C 3378.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.80;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1530.461;SBQD=0.770;SBpi=-0.6189;SBpiQual=-0.7144;VQSLOD=8.6048 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3378,274,0
|
|
20 7581461 rs6140334 T G 1631.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.71;SB=-712.381;SBQD=1.721;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.7738;VQSLOD=8.4453 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1664,132,0
|
|
20 7591261 rs6140340 A T 4091.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.89;SB=-1853.184;SBQD=0.064;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.7163;VQSLOD=8.4642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:4091,316,0
|
|
20 7597538 rs6133446 G T 2519.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.99;SB=-1318.554;SBQD=-0.175;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2658;VQSLOD=8.3150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2553,199,0
|
|
20 7609526 rs17402721 T G 2287.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.14;SB=-1002.017;SBQD=3.275;SBpi=-0.9163;SBpiQual=-0.6726;VQSLOD=7.7174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2320,193,0
|
|
20 7627434 . T G 1933.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6803;MQ=58.32;MQ0=0;QD=28.85;SB=-592.550;SBQD=-7.630;SBpi=-1.7715;SBpiQual=-2.1766;VQSLOD=2.3639 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1966,171,0
|
|
20 7632170 rs5009097 G T 1365.36 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.784;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=25.915;HRun=0;HaplotypeScore=417.5315;MQ=39.59;MQ0=0;MQRankSum=-3.157;QD=17.97;ReadPosRankSum=4.138;SB=-760.531;SBQD=9.211;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.5875;VQSLOD=-4878.0417 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,68:76:99:1398,108,0
|
|
20 7637984 . G A 2845.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.13;SB=-1433.199;SBQD=-0.344;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.2997;VQSLOD=6.5839 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2878,229,0
|
|
20 7689539 rs17320163 C T 2320.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=36.26;ReadPosRankSum=0.650;SB=-1069.777;SBQD=-0.114;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.5554;VQSLOD=8.9091 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:2354,184,0
|
|
20 7692460 rs6133472 T C 2535.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09;SB=-1403.048;SBQD=-1.495;SBpi=-0.1688;SBpiQual=-0.3050;VQSLOD=8.1697 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2568,205,0
|
|
20 7698542 . T C 219.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=11.16;MQ0=54;MQRankSum=0.791;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.845;SB=-0.007;SBQD=6.209;SBpi=-1.1259;SBpiQual=-1.3451;VQSLOD=-0.6631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,57:92:24.05:252,24,0
|
|
20 7700031 . C A 90.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DP=70;Dels=0.00;FS=17.952;HRun=1;HaplotypeScore=25.9622;MQ=37.95;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.380;SB=-192.293;SBQD=-10.431;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6370;VQSLOD=-16.1990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,24:70:99:120,0,439
|
|
20 7840246 . G C 976.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.327;DP=74;Dels=0.00;FS=0.908;HRun=0;HaplotypeScore=4.8363;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.929;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.502;SB=-509.502;SBQD=4.516;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.0767;VQSLOD=-0.6048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1007,0,969
|
|
20 7892322 . A G 968.11 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;DP=72;Dels=0.00;FS=4.556;HRun=1;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-409.160;SBQD=4.895;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5967;VQSLOD=2.9422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:998,0,1066
|
|
20 7893640 rs2423326 A G 896.04 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=10.821;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.558;SB=-341.054;SBQD=9.069;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.8807;VQSLOD=6.1482 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:926,0,1008
|
|
20 7894274 rs1540901 T G 1172.02 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.213;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.491;SB=-563.606;SBQD=-5.006;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.1065;VQSLOD=5.3391 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1202,0,1095
|
|
20 7917795 rs2254801 G A 941.74 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=13.65;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-518.561;SBQD=-0.655;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0189;VQSLOD=4.5695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:972,0,1243
|
|
20 7948721 rs6086297 T C 1038.80 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.712;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=14.23;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-676.710;SBQD=-5.331;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.0676;VQSLOD=5.8204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:1069,0,1014
|
|
20 8052719 rs6118049 T C 3352.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.66;SB=-1602.145;SBQD=-1.214;SBpi=-0.4126;SBpiQual=-0.5524;VQSLOD=8.2671 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3352,265,0
|
|
20 8072302 . C A 1172.40 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;DP=83;Dels=0.00;FS=21.478;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.175;SB=-363.157;SBQD=-12.214;SBpi=-1.5652;SBpiQual=-1.6541;VQSLOD=3.1340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1202,0,1170
|
|
20 8087339 . C T 2871.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.80;MQ0=0;QD=33.38;SB=-1330.768;SBQD=3.574;SBpi=0.4313;SBpiQual=0.7157;VQSLOD=7.1314 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2904,235,0
|
|
20 8089782 rs28540825 C T 1185.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.104;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.20;MQ0=3;MQRankSum=1.262;QD=22.38;ReadPosRankSum=2.253;SB=-651.659;SBQD=-6.720;SBpi=0.4901;SBpiQual=0.5138;VQSLOD=4.3985 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:68.91:1219,69,0
|
|
20 8092494 . T C 2374.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.91;MQ0=3;QD=31.24;SB=-1130.275;SBQD=-1.936;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.3857;VQSLOD=5.4808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2408,199,0
|
|
20 8094296 . T C 461.13 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.45;MQ0=30;QD=6.15;SB=-103.359;SBQD=-12.766;SBpi=1.0233;SBpiQual=1.5117;VQSLOD=1.6487 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:51.03:494,51,0
|
|
20 8096952 rs6086343 C T 1718.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.14;MQ0=0;QD=29.64;SB=-535.809;SBQD=-10.230;SBpi=-1.4444;SBpiQual=-1.9744;VQSLOD=5.7031 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1752,138,0
|
|
20 8114433 rs6108111 T G 1143.95 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.779;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.639;HRun=0;HaplotypeScore=1.9916;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.870;SB=-509.500;SBQD=-7.362;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.4756;VQSLOD=4.4953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1174,0,1316
|
|
20 8138483 rs1033398 A G 2861.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=33.27;SB=-1215.746;SBQD=-6.120;SBpi=-0.4313;SBpiQual=-0.9361;VQSLOD=8.8760 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2894,250,0
|
|
20 8144719 rs10485720 T C 2081.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=33.03;SB=-820.676;SBQD=5.573;SBpi=0.6929;SBpiQual=1.0672;VQSLOD=7.6620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2114,183,0
|
|
20 8221107 rs6077333 C A 1448.38 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.081;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.984;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=17.24;ReadPosRankSum=0.278;SB=-646.376;SBQD=-2.963;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.4893;VQSLOD=5.0955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:1478,0,1181
|
|
20 8226496 . C T 916.44 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.276;DP=63;Dels=0.00;FS=2.095;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.433;SB=-493.126;SBQD=-2.696;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0657;VQSLOD=4.3729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:946,0,938
|
|
20 8231115 rs6140562 T C 1134.39 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.602;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.378;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-550.545;SBQD=1.952;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2224;VQSLOD=4.0501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:1164,0,755
|
|
20 8242336 rs6133561 T C 875.70 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.062;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.925;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.466;SB=-522.380;SBQD=4.486;SBpi=-0.2343;SBpiQual=0.1206;VQSLOD=6.4139 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:906,0,1009
|
|
20 8257633 rs6118146 C A 294.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.873;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.198;HRun=0;HaplotypeScore=8.6506;MQ=36.35;MQ0=0;MQRankSum=3.163;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.028;SB=-225.551;SBQD=-2.319;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-1.0217;VQSLOD=0.3078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:49.38:324,0,49
|
|
20 8298480 rs6086403 C A 1246.96 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.408;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.347;SB=-597.632;SBQD=2.055;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.2453;VQSLOD=4.8985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1277,0,1117
|
|
20 8313953 rs6077350 G A 1308.83 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.829;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=17.93;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-496.169;SBQD=-0.201;SBpi=0.9258;SBpiQual=1.1024;VQSLOD=5.7302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:1339,0,984
|
|
20 8324256 rs13037679 A G 1044.16 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.538;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=17.12;ReadPosRankSum=-1.663;SB=-483.981;SBQD=-6.301;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.2941;VQSLOD=5.0595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:1074,0,880
|
|
20 8325250 rs6039147 C T 702.15 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3987;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=14.63;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-326.218;SBQD=-0.028;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.7912;VQSLOD=4.1867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:732,0,529
|
|
20 8340373 rs1005987 C T 570.75 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=12.684;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.584;SB=-147.623;SBQD=9.848;SBpi=0.8944;SBpiQual=0.9593;VQSLOD=4.5766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:59:99:601,0,1220
|
|
20 8343544 rs8121340 T C 835 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.163;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=12.46;ReadPosRankSum=1.476;SB=-384.750;SBQD=2.535;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3304;VQSLOD=5.6938 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:67:99:865,0,1035
|
|
20 8368102 rs13042721 T C 1192.29 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5142;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.446;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-646.846;SBQD=-1.332;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.2169;VQSLOD=4.9771 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1222,0,1124
|
|
20 8368294 . C T 1277.56 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DP=86;Dels=0.00;FS=8.803;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=14.86;ReadPosRankSum=-1.991;SB=-627.038;SBQD=5.849;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.3143;VQSLOD=3.2147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1308,0,1220
|
|
20 8372206 . C A 763.39 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.860;DP=55;Dels=0.00;FS=1.201;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-230.716;SBQD=0.662;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-1.3348;VQSLOD=3.6785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:793,0,910
|
|
20 8378324 rs2745757 G A 1045.76 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.571;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.814;HRun=0;HaplotypeScore=1.9279;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.806;QD=12.45;ReadPosRankSum=-1.686;SB=-498.963;SBQD=2.627;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.3435;VQSLOD=4.2476 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:1076,0,1551
|
|
20 8397222 rs2662985 G A 1242.08 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.250;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.952;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=15.15;ReadPosRankSum=1.480;SB=-646.195;SBQD=2.618;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1147;VQSLOD=6.2372 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1272,0,1199
|
|
20 8397701 rs28693837 C T 57.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.12;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.115;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.5525;MQ=53.01;MQ0=4;MQRankSum=0.491;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.293;SB=-410.387;SBQD=-4.575;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.4851;VQSLOD=-0.8520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,29:33:53.90:88,0,54
|
|
20 8402040 rs697897 G T 671.72 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.092;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=10.66;ReadPosRankSum=1.463;SB=-285.616;SBQD=2.381;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.4295;VQSLOD=4.1259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:63:99:702,0,1209
|
|
20 8417098 rs35466057 C A 1302.31 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.855;HRun=2;HaplotypeScore=44.5364;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=14.63;ReadPosRankSum=1.151;SB=-521.332;SBQD=-0.479;SBpi=1.0714;SBpiQual=1.2138;VQSLOD=-45.4959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,49:89:99:1332,0,1179
|
|
20 8419724 rs1232749 G A 2862.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=34.48;SB=-1440.760;SBQD=0.906;SBpi=0.3842;SBpiQual=0.4819;VQSLOD=7.6453 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2895,226,0
|
|
20 8436501 rs227127 A T 1022.81 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.044;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.939;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.369;SB=-501.510;SBQD=2.226;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7732;VQSLOD=4.7646 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1053,0,686
|
|
20 8469929 rs6077366 C T 1177.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.258;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=2.044;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.105;SB=-390.284;SBQD=-5.892;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-1.0959;VQSLOD=5.2648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1208,0,1054
|
|
20 8513495 rs6118236 C T 730.39 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.153;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.083;SB=-339.576;SBQD=1.590;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.4399;VQSLOD=5.3638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:760,0,680
|
|
20 8537044 rs10211789 G A 1107.80 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.726;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=15.39;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-666.429;SBQD=-1.420;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.5066;VQSLOD=6.3279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,46:72:99:1138,0,523
|
|
20 8542705 rs6039193 C G 898.67 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.778;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-324.644;SBQD=0.866;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-1.0015;VQSLOD=3.8769 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:929,0,834
|
|
20 8571315 rs1855 A G 1077.44 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.257;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=16.32;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-344.356;SBQD=-7.882;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.2384;VQSLOD=4.4589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1107,0,898
|
|
20 8622075 rs6055966 C T 1473.78 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.037;QD=17.76;ReadPosRankSum=0.078;SB=-681.456;SBQD=-0.159;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.4405;VQSLOD=4.3257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1504,0,1125
|
|
20 8633733 rs6055978 C T 1128.94 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.025;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.880;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=15.05;ReadPosRankSum=1.713;SB=-484.656;SBQD=-2.309;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5925;VQSLOD=5.3324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1159,0,1293
|
|
20 8640474 rs13043015 A G 1012.45 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.270;QD=17.76;ReadPosRankSum=-2.565;SB=-504.031;SBQD=-2.275;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3180;VQSLOD=3.2998 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:1042,0,671
|
|
20 8659242 rs1033566 A G 1270.23 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.928;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.912;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.864;SB=-633.428;SBQD=2.796;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.2251;VQSLOD=4.3131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:1300,0,718
|
|
20 8668686 rs6039232 A G 2720.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=36.76;SB=-1287.851;SBQD=-1.759;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.3787;VQSLOD=8.6806 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2753,220,0
|
|
20 8669300 rs4264626 G A 2236.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;QD=34.40;SB=-1216.689;SBQD=-0.629;SBpi=-0.0620;SBpiQual=-0.1110;VQSLOD=8.6949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2269,178,0
|
|
20 8673163 rs6039238 T G 1201.53 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.425;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=18.21;ReadPosRankSum=1.943;SB=-572.812;SBQD=1.888;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.2442;VQSLOD=4.5805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:1232,0,785
|
|
20 8673759 rs6056025 G A 792.08 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.964;SB=-394.662;SBQD=0.234;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.4181;VQSLOD=4.7134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:822,0,877
|
|
20 8698113 rs3859675 A C 2288.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=30.11;SB=-1191.725;SBQD=2.144;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.6721;VQSLOD=6.1773 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2321,187,0
|
|
20 8712123 rs6133613 A G 771.96 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.785;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=17.321;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.159;SB=-357.456;SBQD=-11.942;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.3970;VQSLOD=4.8242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:802,0,1023
|
|
20 8718547 rs6056050 T C 1744.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=4.804;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=16.62;ReadPosRankSum=1.029;SB=-712.141;SBQD=-3.855;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.7079;VQSLOD=5.0226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,54:105:99:1775,0,1626
|
|
20 8727648 rs6056055 C A 888.30 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.288;HRun=1;HaplotypeScore=1.9315;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.141;SB=-502.064;SBQD=-7.564;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2678;VQSLOD=4.5178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:918,0,1113
|
|
20 8732730 rs11698377 A G 809.37 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.842;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.840;SB=-390.812;SBQD=-4.700;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0560;VQSLOD=5.8449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:839,0,1366
|
|
20 8735452 rs7261061 T G 1017.16 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.897;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-567.088;SBQD=2.168;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0976;VQSLOD=4.9312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1047,0,1134
|
|
20 8746125 rs737532 G A 1463.03 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.003;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=6.955;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.295;QD=16.26;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-718.216;SBQD=-5.827;SBpi=-0.4243;SBpiQual=-0.4283;VQSLOD=5.1608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,50:90:99:1493,0,996
|
|
20 8747242 rs909895 A G 3284.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1295.424;SBQD=-0.117;SBpi=-1.3268;SBpiQual=-1.3522;VQSLOD=7.7917 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3284,262,0
|
|
20 8753673 rs6133619 A T 1237.67 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=13.073;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=14.39;ReadPosRankSum=0.460;SB=-588.556;SBQD=-8.167;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.0736;VQSLOD=5.2308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:1268,0,1401
|
|
20 8758272 rs3940197 G A 2211.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.96;MQ0=0;QD=33.50;SB=-1189.543;SBQD=-2.329;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.1239;VQSLOD=6.8427 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2244,181,0
|
|
20 8762275 rs6039262 T C 1940.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;QD=29.40;SB=-1066.172;SBQD=4.191;SBpi=-0.2462;SBpiQual=0.0949;VQSLOD=5.0538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1974,177,0
|
|
20 8773155 rs6056118 C T 3278.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.25;SB=-1371.047;SBQD=-1.446;SBpi=0.9594;SBpiQual=0.9211;VQSLOD=6.8396 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3278,253,0
|
|
20 8774589 rs4586709 G A 2158.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=52.52;MQ0=1;QD=30.84;SB=-1014.797;SBQD=-1.241;SBpi=-0.8367;SBpiQual=-0.8172;VQSLOD=6.4936 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2192,175,0
|
|
20 8775670 rs6056126 T C 2426.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1209.679;SBQD=-1.883;SBpi=-0.2967;SBpiQual=-0.4521;VQSLOD=8.1972 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2459,199,0
|
|
20 8780229 rs1022537 C A 2884.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=35.61;SB=-1446.520;SBQD=1.390;SBpi=0.2778;SBpiQual=0.4177;VQSLOD=6.7093 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2918,226,0
|
|
20 8795506 rs761042 A G 2095.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;QD=34.35;SB=-931.767;SBQD=0.276;SBpi=0.7042;SBpiQual=0.7880;VQSLOD=8.3779 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2128,169,0
|
|
20 8805432 rs6056180 T C 1000.88 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.833;HRun=2;HaplotypeScore=2.5752;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.783;SB=-444.688;SBQD=-3.899;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.6631;VQSLOD=4.1975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:1031,0,1493
|
|
20 8808022 rs6118331 G A 965.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.945;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=14.64;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-508.007;SBQD=-3.105;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.0708;VQSLOD=6.1785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:996,0,1109
|
|
20 8811828 rs6056188 A G 877.83 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.732;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.487;HRun=2;HaplotypeScore=1.6208;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.151;SB=-300.669;SBQD=8.230;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.8942;VQSLOD=3.9656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:908,0,778
|
|
20 8819136 rs11698656 C T 1258.22 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.417;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=2.858;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=1.992;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-612.526;SBQD=4.038;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.3608;VQSLOD=6.0384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:1288,0,1261
|
|
20 8822723 rs6140753 G A 931.76 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.114;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.707;HRun=2;HaplotypeScore=2.2430;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.298;SB=-493.194;SBQD=-6.701;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.3517;VQSLOD=5.2437 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:962,0,1078
|
|
20 8826360 rs6140764 G A 999.08 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.065;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.876;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.597;SB=-492.765;SBQD=3.275;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3205;VQSLOD=4.3832 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:1029,0,1397
|
|
20 8826507 rs6077438 T C 1290.46 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.946;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=17.21;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-634.525;SBQD=-3.032;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3208;VQSLOD=5.2884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1320,0,1008
|
|
20 8829914 rs3902336 G A 1039.95 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.059;HRun=0;HaplotypeScore=1.5780;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=16.00;ReadPosRankSum=0.072;SB=-458.336;SBQD=2.422;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.4963;VQSLOD=6.1023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:1070,0,979
|
|
20 8831501 rs4813873 G A 765.56 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.471;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.463;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.095;SB=-257.054;SBQD=7.615;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.9751;VQSLOD=3.9868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:796,0,840
|
|
20 8834229 rs3926758 T G 2156.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.26;MQ0=0;QD=32.67;SB=-1064.039;SBQD=0.001;SBpi=0.3693;SBpiQual=0.3276;VQSLOD=8.4349 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2189,187,0
|
|
20 8839222 rs11087827 A T 911.49 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.251;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.988;HRun=1;HaplotypeScore=5.4375;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=14.47;ReadPosRankSum=1.753;SB=-361.274;SBQD=2.125;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8296;VQSLOD=2.4861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:941,0,979
|
|
20 8846337 rs6140780 G A 961.75 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.343;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.285;HRun=3;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=14.57;ReadPosRankSum=0.540;SB=-566.578;SBQD=-3.635;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0895;VQSLOD=5.6109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:66:99:992,0,1007
|
|
20 8847252 rs6077444 G A 1107.98 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.568;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.890;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=14.97;ReadPosRankSum=-1.276;SB=-522.142;SBQD=-1.424;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3872;VQSLOD=4.5646 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1138,0,1183
|
|
20 8848994 rs3848830 C T 855.50 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.402;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-364.489;SBQD=0.150;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.8007;VQSLOD=4.9264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:64:99:885,0,852
|
|
20 8854226 rs6056219 T A 953.54 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.576;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.312;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-405.497;SBQD=6.621;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.7187;VQSLOD=4.7266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:984,0,1058
|
|
20 8858768 rs3848838 G A 1139.25 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.059;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.892;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.083;SB=-553.604;SBQD=3.021;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2378;VQSLOD=6.1497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1169,0,1119
|
|
20 8866270 rs6056230 T G 908.08 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.229;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.137;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-342.852;SBQD=-7.687;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.9958;VQSLOD=5.5882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:938,0,1283
|
|
20 8884009 rs2327123 T A 3080.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.9665;MQ=56.55;MQ0=0;QD=31.11;SB=-1774.566;SBQD=3.226;SBpi=-0.3518;SBpiQual=-0.1094;VQSLOD=3.3053 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3113,265,0
|
|
20 8891636 rs962348 C G 3389.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.84;SB=-1724.267;SBQD=-0.947;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0763;VQSLOD=9.1015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3389,268,0
|
|
20 8902248 rs6056258 C T 3158.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.16;SB=-1547.124;SBQD=1.242;SBpi=-0.3796;SBpiQual=-0.3401;VQSLOD=8.8052 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3191,244,0
|
|
20 8942666 rs55711905 C T 1003.19 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.965;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.028;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=17.91;ReadPosRankSum=0.671;SB=-474.360;SBQD=-2.718;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.3450;VQSLOD=4.6417 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:1033,0,547
|
|
20 9060337 rs6039376 A G 1029.87 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.964;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.189;SB=-456.511;SBQD=-1.477;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.5591;VQSLOD=6.0734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,35:64:99:1060,0,877
|
|
20 9082343 rs6039390 C T 1329.24 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.497;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.612;HRun=1;HaplotypeScore=1.9866;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=15.82;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-545.179;SBQD=-5.820;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6303;VQSLOD=4.0424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:1359,0,1339
|
|
20 9130517 rs6140876 C T 999.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.043;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.986;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.362;SB=-471.054;SBQD=-5.039;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.5164;VQSLOD=5.6779 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:1029,0,881
|
|
20 9137498 rs6056434 C T 54.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.750;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=5.614;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.73;MQ0=0;MQRankSum=2.550;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-6.894;SBQD=-6.896;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5652;VQSLOD=1.4497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:20:84.60:85,0,207
|
|
20 9143434 rs6077499 T C 907.93 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.830;HRun=0;HaplotypeScore=32.4586;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.687;SB=-468.251;SBQD=-2.482;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1523;VQSLOD=-21.9870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:938,0,1544
|
|
20 9167333 rs2876162 T G 515.94 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.146;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.582;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-206.946;SBQD=-3.960;SBpi=-0.7638;SBpiQual=-0.8597;VQSLOD=3.9020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:546,0,649
|
|
20 9168241 rs6056456 G A 937.96 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.871;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=14.89;ReadPosRankSum=3.210;SB=-465.305;SBQD=2.511;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3045;VQSLOD=5.9857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:968,0,852
|
|
20 9178673 rs7269241 C T 1262.55 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.335;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.561;HRun=2;HaplotypeScore=1.7791;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=16.61;ReadPosRankSum=-0.089;SB=-315.784;SBQD=5.329;SBpi=1.6973;SBpiQual=1.8597;VQSLOD=4.1128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1293,0,935
|
|
20 9185981 rs6077505 T C 1171.30 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.345;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.903;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.468;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.489;SB=-511.554;SBQD=-0.062;SBpi=-0.8847;SBpiQual=-0.5208;VQSLOD=4.4738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1201,0,1243
|
|
20 9194349 . C T 1190.58 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.987;DP=77;Dels=0.00;FS=3.046;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.116;QD=15.46;ReadPosRankSum=1.218;SB=-612.834;SBQD=-3.737;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1151;VQSLOD=4.6750 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1221,0,1199
|
|
20 9198819 . G A 952.20 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.941;DP=70;Dels=0.00;FS=2.157;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-372.321;SBQD=-1.420;SBpi=0.8575;SBpiQual=1.0457;VQSLOD=3.9558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:982,0,1012
|
|
20 9286502 rs2327163 T C 1378.27 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.048;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=13.005;HRun=1;HaplotypeScore=1.9301;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.517;SB=-557.033;SBQD=-8.849;SBpi=-0.9286;SBpiQual=-1.0003;VQSLOD=4.6917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:1408,0,1196
|
|
20 9308149 rs6056547 C T 662.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.509;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=9.886;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.394;SB=-226.770;SBQD=6.861;SBpi=1.0213;SBpiQual=0.8483;VQSLOD=4.1488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:693,0,726
|
|
20 9308160 rs6056549 C A 1475.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.58;MQ0=0;QD=30.11;SB=-839.184;SBQD=-0.761;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.1280;VQSLOD=6.9792 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1508,126,0
|
|
20 9308828 rs6056551 G A 1310.80 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.066;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=14.56;ReadPosRankSum=1.158;SB=-660.295;SBQD=-0.617;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.2888;VQSLOD=5.7778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,44:90:99:1341,0,1253
|
|
20 9313941 rs8115510 T C 522.73 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.380;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-271.785;SBQD=6.980;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4712;VQSLOD=3.8319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:553,0,1093
|
|
20 9316407 . A G 877.56 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.943;SB=-465.654;SBQD=-1.205;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.4666;VQSLOD=3.8035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:908,0,1184
|
|
20 9324514 . G C 564.71 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=67;Dels=0.00;FS=3.433;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=8.43;ReadPosRankSum=2.016;SB=-369.872;SBQD=3.188;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1086;VQSLOD=2.8992 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:595,0,1212
|
|
20 9338002 rs34941194 A G 677.84 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.329;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=9.578;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.314;SB=-197.645;SBQD=8.474;SBpi=1.1000;SBpiQual=1.1321;VQSLOD=4.4534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:708,0,1057
|
|
20 9342060 . G A 1209.75 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.573;DP=74;Dels=0.00;FS=3.164;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=16.35;ReadPosRankSum=0.202;SB=-560.371;SBQD=-3.685;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.6514;VQSLOD=4.5226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,42:74:99:1240,0,943
|
|
20 9348946 . T G 909.61 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;DP=66;Dels=0.00;FS=4.891;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.250;SB=-428.177;SBQD=-5.736;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1399;VQSLOD=6.0460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:940,0,1066
|
|
20 9350407 rs55774042 C T 1071.71 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.642;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.874;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.941;QD=13.92;ReadPosRankSum=1.707;SB=-606.879;SBQD=-1.890;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1318;VQSLOD=4.5155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1102,0,1144
|
|
20 9352254 rs6039450 T C 842.64 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.523;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.968;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.213;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-336.661;SBQD=1.623;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.8659;VQSLOD=3.9476 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:873,0,1140
|
|
20 9356145 . G A 1035.94 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.950;DP=81;Dels=0.00;FS=7.623;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.602;SB=-494.400;SBQD=-6.219;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4136;VQSLOD=4.5883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1066,0,1232
|
|
20 9365352 rs35013917 G A 1160.23 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.327;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.810;SB=-558.880;SBQD=1.524;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.3130;VQSLOD=5.8572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1190,0,1194
|
|
20 9393863 rs4816133 T C 1504.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.54;MQ0=0;QD=28.93;SB=-678.173;SBQD=5.968;SBpi=-1.1094;SBpiQual=-0.6634;VQSLOD=5.7307 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1537,138,0
|
|
20 9476953 rs6056647 G A 736.14 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.754;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.029;HRun=0;HaplotypeScore=3.8768;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=13.15;ReadPosRankSum=1.832;SB=-307.437;SBQD=-3.183;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.7160;VQSLOD=3.7959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:766,0,778
|
|
20 9500584 rs6039485 T C 854.84 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.464;QD=14.25;ReadPosRankSum=-1.257;SB=-402.620;SBQD=-0.143;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.4041;VQSLOD=5.3325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:885,0,980
|
|
20 9538686 . T C 51.44 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DP=57;Dels=0.00;FS=22.726;HRun=0;HaplotypeScore=26.9557;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.567;SB=5.020;SBQD=11.264;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.9007;VQSLOD=-21.2617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,12:57:81.44:81,0,1010
|
|
20 9549336 rs6056708 G A 680.92 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.804;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9217;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.279;SB=-422.021;SBQD=-0.260;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2009;VQSLOD=4.1845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:711,0,1072
|
|
20 9563781 rs6086941 C T 796.82 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.077;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.296;SB=-255.100;SBQD=6.333;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.0594;VQSLOD=4.4843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,28:76:99:827,0,1453
|
|
20 9592617 rs6056755 A G 723.48 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.390;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=0;HaplotypeScore=2.6559;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.390;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.933;SB=-374.175;SBQD=-4.100;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2880;VQSLOD=4.5031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:753,0,1104
|
|
20 9594881 rs7272361 T C 786.16 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.786;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=11.56;ReadPosRankSum=2.266;SB=-339.174;SBQD=2.329;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.6087;VQSLOD=3.4609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:816,0,1282
|
|
20 9603706 rs6118672 A G 3594.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.57;MQ0=0;QD=33.28;SB=-1499.248;SBQD=-5.803;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-1.0757;VQSLOD=7.3024 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:3594,313,0
|
|
20 9622590 rs7267963 T C 1123.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=46.58;MQ0=0;QD=22.48;SB=-531.017;SBQD=8.781;SBpi=0.5657;SBpiQual=0.9850;VQSLOD=3.1540 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1157,102,0
|
|
20 9626681 rs6077576 C T 929.61 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.209;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.139;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=14.76;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-473.466;SBQD=3.023;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2687;VQSLOD=6.1197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:960,0,880
|
|
20 9633627 . A G 764.64 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.515;DP=62;Dels=0.00;FS=2.056;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.232;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.669;SB=-358.584;SBQD=-4.549;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.4246;VQSLOD=4.5890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:795,0,1053
|
|
20 9648778 rs2423399 A G 1016.31 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.980;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.605;SB=-519.130;SBQD=-1.748;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.0958;VQSLOD=5.2924 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:1046,0,1546
|
|
20 9656696 rs6118696 A G 1138.60 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.620;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.843;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=13.55;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-558.828;SBQD=-2.604;SBpi=0.3727;SBpiQual=0.0956;VQSLOD=5.3391 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:84:99:1169,0,1238
|
|
20 9664854 rs6039546 A C 1214.12 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.044;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.656;SB=-631.340;SBQD=-2.751;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2669;VQSLOD=5.6778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:1244,0,886
|
|
20 9703740 rs2423437 G A 868.95 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.929;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.097;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.636;QD=10.60;ReadPosRankSum=-2.426;SB=-588.650;SBQD=-2.928;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2964;VQSLOD=4.0993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:899,0,881
|
|
20 9719744 rs2423452 G A 744.51 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.177;HRun=0;HaplotypeScore=1.6545;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-297.772;SBQD=4.636;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.8830;VQSLOD=4.4843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:775,0,951
|
|
20 9736708 rs761041 G A 2329.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.97;SB=-927.478;SBQD=-0.859;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-1.0425;VQSLOD=8.1953 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2362,184,0
|
|
20 9755667 rs4470404 A G 2863.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=34.50;SB=-1325.209;SBQD=1.692;SBpi=0.6037;SBpiQual=0.7321;VQSLOD=8.6095 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2897,229,0
|
|
20 9799144 rs6039594 T C 3123.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.75;SB=-1230.430;SBQD=0.219;SBpi=1.1389;SBpiQual=1.2123;VQSLOD=8.3205 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3156,247,0
|
|
20 9813784 rs221016 A G 2236.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.81;MQ0=0;QD=33.38;SB=-637.342;SBQD=-6.216;SBpi=-1.6493;SBpiQual=-2.0191;VQSLOD=7.5113 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2270,193,0
|
|
20 9832276 rs6141059 A T 1427.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.20;SB=-540.716;SBQD=4.093;SBpi=0.9912;SBpiQual=1.2389;VQSLOD=7.6676 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1461,114,0
|
|
20 9855880 rs8116336 G A 2329.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=36.98;SB=-1138.298;SBQD=-1.744;SBpi=0.3150;SBpiQual=0.2407;VQSLOD=7.9063 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2363,184,0
|
|
20 9869425 rs6516520 G A 2037.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.86;SB=-825.132;SBQD=0.819;SBpi=-1.1430;SBpiQual=-1.0941;VQSLOD=7.0980 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2070,168,0
|
|
20 9871371 rs1999449 C T 2369.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.75;MQ0=0;QD=31.59;SB=-1280.687;SBQD=-0.068;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.3773;VQSLOD=6.2240 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2402,190,0
|
|
20 9891372 rs1576395 T C 2679.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;QD=31.52;SB=-1167.011;SBQD=4.739;SBpi=0.5966;SBpiQual=0.9809;VQSLOD=7.2855 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2712,232,0
|
|
20 9913390 rs6077616 T A 1168.34 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.264;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=16.69;ReadPosRankSum=0.183;SB=-532.070;SBQD=3.725;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.4605;VQSLOD=5.6464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1198,0,1039
|
|
20 9914695 rs6118815 C A 736.03 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.168;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=11.862;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.555;SB=-324.240;SBQD=-8.206;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.2467;VQSLOD=4.9187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:766,0,1176
|
|
20 9918381 rs4614988 T C 1306.86 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.062;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=7.184;HRun=0;HaplotypeScore=1.8315;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.090;SB=-567.689;SBQD=8.605;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.6390;VQSLOD=5.2679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:1337,0,1221
|
|
20 9928224 rs6039640 T C 954.06 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.351;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.266;SB=-490.888;SBQD=-0.479;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1326;VQSLOD=6.0459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:984,0,874
|
|
20 9952845 rs6057057 G T 2392.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=34.67;SB=-1190.931;SBQD=0.332;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.4526;VQSLOD=9.3189 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2425,190,0
|
|
20 9958999 rs1998016 G C 2720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.77;SB=-1391.230;SBQD=-1.065;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.0289;VQSLOD=9.1274 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2754,220,0
|
|
20 9968758 rs195791 C G 910.51 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.569;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.111;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.060;SB=-350.769;SBQD=-9.124;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.7729;VQSLOD=5.1082 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:941,0,1207
|
|
20 9993463 rs11908059 C T 1151.60 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=5.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.923;SB=-464.772;SBQD=-5.265;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.5522;VQSLOD=5.2132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1182,0,1213
|
|
20 9993933 rs4816200 C T 1478.74 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.127;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.828;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.032;SB=-784.229;SBQD=3.057;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0643;VQSLOD=5.6814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,48:83:99:1509,0,967
|
|
20 10003651 rs926984 T C 2863.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=32.18;SB=-1153.267;SBQD=-1.255;SBpi=-1.4310;SBpiQual=-1.5887;VQSLOD=7.3391 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2897,232,0
|
|
20 10007175 rs2207850 C T 1184.16 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.531;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.168;QD=19.74;ReadPosRankSum=-0.572;SB=-564.602;SBQD=1.486;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3347;VQSLOD=3.3881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:1214,0,509
|
|
20 10009400 rs6057096 T A 2289.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.36;SB=-1356.481;SBQD=0.443;SBpi=0.1756;SBpiQual=0.2167;VQSLOD=4.3902 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2323,190,0
|
|
20 10009875 rs6133781 A G 258.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.29;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=10.682;HRun=1;HaplotypeScore=4.5663;MQ=53.09;MQ0=1;MQRankSum=1.347;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.778;SB=-273.956;SBQD=-11.695;SBpi=-1.3333;SBpiQual=-1.3518;VQSLOD=1.0367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,36:51:79.28:288,0,79
|
|
20 10011666 rs546821 C T 2462.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.17;SB=-1107.284;SBQD=1.099;SBpi=0.7171;SBpiQual=0.8353;VQSLOD=7.7009 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2495,196,0
|
|
20 10026357 rs685723 T C 1010.33 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=9.204;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-468.545;SBQD=7.913;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4280;VQSLOD=6.2383 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:1040,0,744
|
|
20 10042829 rs633841 A G 2842.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.44;SB=-1332.323;SBQD=-1.057;SBpi=0.4529;SBpiQual=0.3809;VQSLOD=7.9617 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2875,232,0
|
|
20 10052688 . C A 929.48 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.752;DP=77;Dels=0.00;FS=3.135;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=12.07;ReadPosRankSum=1.463;SB=-495.769;SBQD=-3.349;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0353;VQSLOD=4.3378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:959,0,1477
|
|
20 10074716 rs2327236 G A 1416.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.14;SB=-887.393;SBQD=0.698;SBpi=-1.0384;SBpiQual=-0.9908;VQSLOD=4.4146 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1450,120,0
|
|
20 10086853 rs127733 G A 892.11 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.754;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-446.520;SBQD=0.097;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.1323;VQSLOD=5.5754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:922,0,1097
|
|
20 10088799 rs624824 G A 872.40 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.590;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=10.399;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=16.16;ReadPosRankSum=1.247;SB=-339.621;SBQD=-9.049;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.7661;VQSLOD=4.2822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:902,0,557
|
|
20 10102247 rs646204 G A 673.26 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.225;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=12.70;ReadPosRankSum=1.546;SB=-120.220;SBQD=-4.078;SBpi=-1.9498;SBpiQual=-2.1374;VQSLOD=4.1163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:703,0,712
|
|
20 10103849 rs545523 T C 846.07 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.330;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=2.176;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.132;SB=-440.942;SBQD=-0.449;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.5367;VQSLOD=5.2616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:876,0,1083
|
|
20 10113421 rs547042 G A 539.07 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.108;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.688;HRun=0;HaplotypeScore=4.0944;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.859;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.303;SB=-115.941;SBQD=-5.188;SBpi=-1.2618;SBpiQual=-1.4780;VQSLOD=3.2986 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:569,0,542
|
|
20 10122275 rs2144568 A G 991.95 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-460.108;SBQD=0.385;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.4026;VQSLOD=3.8499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:84:99:1022,0,1563
|
|
20 10159081 rs6133822 A G 1411.93 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.512;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=7.699;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=18.10;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-566.713;SBQD=-6.166;SBpi=-0.8023;SBpiQual=-0.8385;VQSLOD=4.3929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:1442,0,966
|
|
20 10181438 rs6108443 G A 1910.34 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.412;DB;DP=113;Dels=0.00;FS=2.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=16.91;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-898.332;SBQD=-1.398;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.3464;VQSLOD=6.6323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:1940,0,1453
|
|
20 10208748 rs3787303 G A 2432.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.00;SB=-1080.218;SBQD=-1.168;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.1117;VQSLOD=8.0794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2465,193,0
|
|
20 10236231 rs363018 A G 1422.73 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.629;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.334;SB=-500.706;SBQD=-0.201;SBpi=-1.1180;SBpiQual=-1.1196;VQSLOD=4.9961 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1453,0,1196
|
|
20 10263576 rs6039807 A G 1083.46 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.703;SB=-526.100;SBQD=-1.219;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4348;VQSLOD=6.2751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:1113,0,1130
|
|
20 10315041 rs362557 G C 1329.88 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.910;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=14.61;ReadPosRankSum=-1.848;SB=-715.321;SBQD=0.991;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.2199;VQSLOD=5.7189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:1360,0,1265
|
|
20 10316226 rs6108479 T A 767.80 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.071;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-382.025;SBQD=2.047;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.7066;VQSLOD=3.8667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:798,0,1337
|
|
20 10330136 rs6131078 G A 748.29 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.227;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.879;SB=-404.019;SBQD=-2.751;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3529;VQSLOD=3.9860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,31:80:99:778,0,1265
|
|
20 10345394 rs2423503 A G 746.39 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.512;HRun=0;HaplotypeScore=1.6609;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-384.644;SBQD=3.688;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2531;VQSLOD=5.4725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:776,0,977
|
|
20 10364376 rs1983613 T C 1348.30 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.848;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=15.68;ReadPosRankSum=-0.538;SB=-622.023;SBQD=-3.007;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.5618;VQSLOD=4.4863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:1378,0,1192
|
|
20 10372315 rs4485618 T C 1232.95 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=13.289;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=17.12;ReadPosRankSum=0.368;SB=-374.633;SBQD=-10.084;SBpi=-1.2962;SBpiQual=-1.4404;VQSLOD=4.5420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:1263,0,764
|
|
20 10418328 rs6039933 A G 1017.84 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.375;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=13.05;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-529.166;SBQD=-4.469;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.3406;VQSLOD=4.6438 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1048,0,1158
|
|
20 10427011 rs6104612 A G 701.10 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=11.278;HRun=0;HaplotypeScore=2.5555;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=14.61;ReadPosRankSum=-2.162;SB=-375.969;SBQD=10.519;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0312;VQSLOD=3.8748 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:731,0,601
|
|
20 10431354 rs4295076 T C 2480.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.99;MQ0=0;QD=33.07;SB=-1147.355;SBQD=4.704;SBpi=-0.7506;SBpiQual=-0.2285;VQSLOD=7.5547 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2513,223,0
|
|
20 10431646 rs4432523 T C 166.28 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.032;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.742;HRun=2;HaplotypeScore=1.8305;MQ=45.15;MQ0=2;MQRankSum=-2.346;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.548;SB=-214.339;SBQD=-2.103;SBpi=-0.1091;SBpiQual=0.0559;VQSLOD=1.4750 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:42:99:196,0,536
|
|
20 10433809 rs4308167 A G 1037.06 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.815;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.968;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-374.593;SBQD=-3.733;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.9726;VQSLOD=5.3335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:1067,0,1010
|
|
20 10434519 rs13038791 T C 1338.71 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.940;HRun=0;HaplotypeScore=1.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.484;QD=16.53;ReadPosRankSum=-1.323;SB=-611.340;SBQD=-3.234;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.4954;VQSLOD=3.6731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:1369,0,1182
|
|
20 10436908 rs6077804 C G 1288.80 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.718;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.515;SB=-308.222;SBQD=-6.793;SBpi=-1.4487;SBpiQual=-1.5930;VQSLOD=4.1457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:84:99:1319,0,1265
|
|
20 10451573 rs225141 G T 948.95 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.226;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.991;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.770;SB=-485.453;SBQD=-3.386;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1676;VQSLOD=4.7713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:979,0,1468
|
|
20 10457574 rs648628 T C 2511.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=32.61;SB=-1351.936;SBQD=-1.258;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.2531;VQSLOD=7.8389 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2544,202,0
|
|
20 10465239 rs6074150 G A 845.66 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.290;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-487.187;SBQD=0.410;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1281;VQSLOD=5.6063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:876,0,825
|
|
20 10468779 rs652661 C T 765.23 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.098;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.877;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.294;SB=-453.632;SBQD=0.039;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.3952;VQSLOD=4.4628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:795,0,1315
|
|
20 10469801 rs637688 C T 986.19 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.245;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.988;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=13.15;ReadPosRankSum=-1.611;SB=-561.099;SBQD=-1.986;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.7575;VQSLOD=4.6405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1016,0,715
|
|
20 10482869 rs1466698 G A 933.89 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.682;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=18.276;HRun=0;HaplotypeScore=1.9723;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.691;SB=-456.171;SBQD=10.981;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2291;VQSLOD=5.8104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:964,0,1110
|
|
20 10483023 rs34756323 G T 1010.44 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.665;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.267;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.690;QD=17.13;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-442.851;SBQD=-2.597;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.7340;VQSLOD=4.2199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:1040,0,643
|
|
20 10497832 rs6040001 G T 2212.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.88;SB=-1113.531;SBQD=-1.496;SBpi=0.2582;SBpiQual=0.1561;VQSLOD=8.5164 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2246,175,0
|
|
20 10499077 rs55679529 C T 34.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.024;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6308;MQ=33.53;MQ0=0;MQRankSum=2.522;QD=0.95;ReadPosRankSum=-3.182;SB=-19.279;SBQD=1.462;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.1766;VQSLOD=-2.1427 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,5:36:64.19:64,0,530
|
|
20 10502453 rs590169 T A 2072.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;QD=33.97;SB=-995.707;SBQD=-1.914;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.4803;VQSLOD=8.5746 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2105,169,0
|
|
20 10535226 rs599496 T C 1450.69 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.776;HRun=0;HaplotypeScore=1.9929;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=16.87;ReadPosRankSum=0.865;SB=-724.499;SBQD=1.913;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2336;VQSLOD=5.0116 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:1481,0,1161
|
|
20 10578005 rs6040038 G A 2583.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.45;SB=-1382.300;SBQD=0.218;SBpi=0.1732;SBpiQual=0.1869;VQSLOD=8.6970 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2617,205,0
|
|
20 10597344 . G T 73.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=58;Dels=0.00;FS=60.263;HRun=2;HaplotypeScore=1.9717;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=1.27;ReadPosRankSum=-2.412;SB=90.233;SBQD=9.367;SBpi=2.3452;SBpiQual=1.6608;VQSLOD=-6.5922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:104,0,1056
|
|
20 10645197 rs6040069 A G 1964.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.09;SB=-834.417;SBQD=3.925;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.7627;VQSLOD=9.0647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1998,160,0
|
|
20 10721173 rs6074178 A G 568.23 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=4.442;HRun=1;HaplotypeScore=1.9945;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.013;SB=-308.596;SBQD=0.921;SBpi=0.2132;SBpiQual=-0.1281;VQSLOD=5.5826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:598,0,507
|
|
20 10830590 rs2327318 A G 2044.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.86;SB=-880.436;SBQD=-0.563;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.7892;VQSLOD=8.7033 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2077,163,0
|
|
20 10885445 rs764213 T C 605.38 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.505;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.549;SB=-337.418;SBQD=0.778;SBpi=-0.1000;SBpiQual=0.1037;VQSLOD=6.1537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:635,0,839
|
|
20 10901772 rs1232586 A G 913.20 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.941;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.775;SB=-472.084;SBQD=-1.851;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1548;VQSLOD=5.4177 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:943,0,1358
|
|
20 10907416 rs6077959 G C 727.31 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.628;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.296;HRun=0;HaplotypeScore=1.7319;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.825;SB=-254.996;SBQD=8.819;SBpi=0.8082;SBpiQual=1.0511;VQSLOD=4.3860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:757,0,920
|
|
20 10914033 rs56146466 G A 599.34 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.471;HRun=0;HaplotypeScore=2.7245;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.757;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.330;SB=-245.727;SBQD=4.244;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.7205;VQSLOD=3.8404 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:629,0,802
|
|
20 10929554 rs6108759 T C 1112.57 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.690;SB=-522.987;SBQD=0.575;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.5565;VQSLOD=4.8901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1143,0,1280
|
|
20 10931670 rs1107575 C T 1141.72 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.266;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.931;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.218;SB=-601.496;SBQD=-2.160;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.2901;VQSLOD=5.5884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1172,0,1070
|
|
20 10942191 rs1409868 T C 3189.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.38;MQ0=0;QD=32.88;SB=-1600.729;SBQD=0.341;SBpi=0.6600;SBpiQual=0.7160;VQSLOD=6.0695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3222,256,0
|
|
20 10949409 rs6108770 C T 1524.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.09;MQ0=3;QD=26.29;SB=-610.827;SBQD=-12.882;SBpi=-0.2626;SBpiQual=-0.3496;VQSLOD=4.5152 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1558,135,0
|
|
20 10957137 rs11906936 G A 1424.41 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.362;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=2.602;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-595.320;SBQD=-4.180;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.7181;VQSLOD=5.8349 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,49:102:99:1454,0,1514
|
|
20 10958207 rs6108778 C T 658.65 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.114;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.213;HRun=2;HaplotypeScore=1.7287;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.590;SB=-153.309;SBQD=-6.767;SBpi=-1.0660;SBpiQual=-1.2625;VQSLOD=3.7111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:689,0,714
|
|
20 10958910 rs1327232 T C 1084.67 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3264;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-587.053;SBQD=-1.987;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1223;VQSLOD=5.5377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1115,0,941
|
|
20 10960557 . C T 859.31 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=63;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=2.083;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.516;SB=-439.962;SBQD=1.690;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3608;VQSLOD=3.6515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:889,0,875
|
|
20 10976954 rs1409864 A G 478.74 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.719;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.040;HRun=0;HaplotypeScore=1.8110;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=2.123;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-257.738;SBQD=-1.134;SBpi=0.3128;SBpiQual=-0.0831;VQSLOD=4.6070 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:509,0,1160
|
|
20 10979044 rs6078003 G A 894.26 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-474.940;SBQD=-0.226;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1912;VQSLOD=4.1044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:924,0,804
|
|
20 10985143 rs6040286 T C 702.33 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.884;QD=13.77;ReadPosRankSum=-1.126;SB=-327.186;SBQD=-1.524;SBpi=0.7559;SBpiQual=0.7743;VQSLOD=3.5800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:732,0,696
|
|
20 11000515 rs2327329 G A 720.88 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.458;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=5.864;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.918;SB=-372.425;SBQD=5.936;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2924;VQSLOD=5.1451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:751,0,471
|
|
20 11069784 rs11697358 T A 1413.06 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.029;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.933;HRun=1;HaplotypeScore=1.6644;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=17.23;ReadPosRankSum=1.612;SB=-679.159;SBQD=3.243;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2286;VQSLOD=4.7545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1443,0,1114
|
|
20 11073389 rs11698505 A G 1132.06 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.352;SB=-559.155;SBQD=0.830;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2216;VQSLOD=6.2816 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1162,0,1118
|
|
20 11079205 rs6078061 G A 2343.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.4413;MQ=59.65;MQ0=0;QD=35.51;SB=-1170.389;SBQD=0.316;SBpi=-0.3693;SBpiQual=-0.3534;VQSLOD=5.0855 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2377,184,0
|
|
20 11079243 rs6078062 A T 894.37 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=3.7164;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.378;QD=11.32;ReadPosRankSum=1.348;SB=-519.919;SBQD=-0.645;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.5356;VQSLOD=1.8942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:924,0,1223
|
|
20 11090552 rs6074252 C A 2857.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.58;MQ0=0;QD=34.84;SB=-919.663;SBQD=5.528;SBpi=1.5460;SBpiQual=1.9404;VQSLOD=7.5959 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2890,226,0
|
|
20 11100870 . G A 1024 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.314;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-442.629;SBQD=-0.415;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8807;VQSLOD=4.1585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:1054,0,1420
|
|
20 11105915 rs8124509 A C 1727.63 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.132;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=2.748;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.78;ReadPosRankSum=0.103;SB=-833.184;SBQD=-3.527;SBpi=-0.0687;SBpiQual=-0.1788;VQSLOD=5.8717 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:92:99:1758,0,1214
|
|
20 11105985 rs2207313 T A 1088.93 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=15.56;ReadPosRankSum=-2.249;SB=-343.353;SBQD=3.270;SBpi=1.5652;SBpiQual=1.8343;VQSLOD=1.9180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,45:70:99:1119,0,713
|
|
20 11109653 rs8125616 T G 874.95 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.855;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-587.285;SBQD=2.820;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.0535;VQSLOD=6.1313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:905,0,1191
|
|
20 11110962 rs12481283 A T 1067.98 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5983;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.889;SB=-544.750;SBQD=0.815;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.1192;VQSLOD=5.1700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1098,0,1309
|
|
20 11120088 rs61213473 T A 1493.13 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.742;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.942;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=18.21;ReadPosRankSum=0.649;SB=-675.243;SBQD=2.323;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.4513;VQSLOD=5.2147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1523,0,1085
|
|
20 11120254 rs7267036 C G 909.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.908;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.454;SB=-502.256;SBQD=-2.029;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.1172;VQSLOD=5.7405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:940,0,1104
|
|
20 11144484 rs2016542 T C 771.63 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.820;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.137;HRun=1;HaplotypeScore=2.7570;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=10.57;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-478.302;SBQD=0.287;SBpi=-0.2535;SBpiQual=0.1573;VQSLOD=3.3379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:802,0,1236
|
|
20 11158078 rs2064525 A G 2548.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.90;SB=-1306.064;SBQD=2.833;SBpi=-0.0593;SBpiQual=0.1653;VQSLOD=9.0347 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2582,208,0
|
|
20 11171828 rs4270418 C T 2424.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1169.531;SBQD=-0.254;SBpi=-0.4214;SBpiQual=-0.4019;VQSLOD=8.4774 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2458,193,0
|
|
20 11209119 rs6074263 G A 799.63 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.547;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.757;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=12.49;ReadPosRankSum=-2.096;SB=-399.187;SBQD=6.231;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5072;VQSLOD=4.9233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:830,0,971
|
|
20 11217040 rs2076646 T G 925.20 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.023;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.797;SB=-485.481;SBQD=1.188;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2098;VQSLOD=4.3057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:955,0,1119
|
|
20 11221981 rs4813968 G A 1443.13 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.647;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=18.04;ReadPosRankSum=1.085;SB=-679.379;SBQD=0.011;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.3735;VQSLOD=5.0013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:1473,0,934
|
|
20 11222570 rs6040458 T G 1221.53 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.883;HRun=0;HaplotypeScore=2.7764;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=16.29;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-595.628;SBQD=2.307;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.2193;VQSLOD=4.6854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:75:99:1252,0,1116
|
|
20 11224228 rs6033068 C T 588.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.039;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=8.326;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=53.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.385;QD=9.97;ReadPosRankSum=2.523;SB=-124.573;SBQD=10.265;SBpi=1.3000;SBpiQual=1.5045;VQSLOD=0.6415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:618,0,728
|
|
20 11256448 rs8123673 T G 845.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=10.9616;MQ=48.61;MQ0=0;QD=20.14;SB=-553.578;SBQD=-1.036;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.9580;VQSLOD=-0.6310 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:72.20:879,72,0
|
|
20 11256963 rs6033082 T C 1107.77 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.964;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=15.17;ReadPosRankSum=-1.074;SB=-546.852;SBQD=1.902;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.3713;VQSLOD=5.6195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:1138,0,1004
|
|
20 11257244 rs1883950 A G 3212.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.92;SB=-1464.453;SBQD=0.745;SBpi=0.5766;SBpiQual=0.7358;VQSLOD=8.3258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3246,265,0
|
|
20 11260805 rs62191795 G A 903.30 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.495;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.246;SB=-375.238;SBQD=2.538;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.9380;VQSLOD=4.4246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:933,0,828
|
|
20 11262568 rs6078118 T C 1224.86 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.216;SB=-548.123;SBQD=-1.029;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.7710;VQSLOD=5.4520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1255,0,1114
|
|
20 11285245 rs722568 C T 1058.49 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.434;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=9.697;HRun=1;HaplotypeScore=1.9650;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=14.11;ReadPosRankSum=-1.161;SB=-429.519;SBQD=7.822;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.7218;VQSLOD=4.3656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1088,0,1180
|
|
20 11297353 rs6033101 A G 2264.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.90;SB=-959.797;SBQD=3.629;SBpi=0.8901;SBpiQual=1.1370;VQSLOD=6.3692 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2298,187,0
|
|
20 11298505 rs6033102 G T 1860.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9464;MQ=41.44;MQ0=0;QD=29.53;SB=-1047.386;SBQD=-4.125;SBpi=0.1270;SBpiQual=-0.1496;VQSLOD=5.4884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1894,162,0
|
|
20 11306783 rs6033112 C G 739.55 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.230;SB=-389.028;SBQD=0.114;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2724;VQSLOD=4.6915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:770,0,1402
|
|
20 11315124 rs4813986 T G 871.67 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.388;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.222;HRun=0;HaplotypeScore=1.6647;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.106;SB=-302.498;SBQD=-4.240;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.1250;VQSLOD=4.6596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:902,0,933
|
|
20 11322563 rs6134204 T C 1038 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.054;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.363;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-529.686;SBQD=-3.654;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5724;VQSLOD=5.1162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:1068,0,1026
|
|
20 11323583 rs13038948 T C 977.72 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=15.04;ReadPosRankSum=1.411;SB=-485.965;SBQD=1.732;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1515;VQSLOD=5.9324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:1008,0,955
|
|
20 11333305 rs11698064 A G 1301.48 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.345;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.718;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.223;SB=-632.848;SBQD=-1.694;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.4841;VQSLOD=5.1210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1331,0,1541
|
|
20 11334229 rs6033120 C T 754.73 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=13.01;ReadPosRankSum=1.303;SB=-382.249;SBQD=0.557;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.2147;VQSLOD=4.6846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:785,0,876
|
|
20 11335058 rs6078140 C T 504.78 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.456;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.045;HRun=0;HaplotypeScore=1.8583;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.016;QD=8.56;ReadPosRankSum=2.209;SB=-260.468;SBQD=4.768;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.5148;VQSLOD=4.5975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:535,0,537
|
|
20 11336439 rs715370 T C 657.98 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.023;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.662;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-300.175;SBQD=-2.128;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.5956;VQSLOD=5.2537 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:688,0,995
|
|
20 11344821 rs6131196 T C 971.07 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=13.87;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-453.672;SBQD=-1.141;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.3713;VQSLOD=5.4754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:1001,0,1123
|
|
20 11347262 rs4813054 C T 1257.10 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.212;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.953;HRun=2;HaplotypeScore=1.7834;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=17.22;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-663.555;SBQD=-2.311;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.2624;VQSLOD=5.0153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,43:73:99:1287,0,873
|
|
20 11350182 rs28374547 A G 576.69 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.016;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.156;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.985;SB=-261.907;SBQD=-5.034;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.8467;VQSLOD=4.2398 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:607,0,961
|
|
20 11351333 rs6131200 G A 1671.28 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.548;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=20.619;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=1.346;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.460;SB=-460.556;SBQD=11.295;SBpi=1.5796;SBpiQual=1.7641;VQSLOD=4.4988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,53:102:99:1701,0,1535
|
|
20 11361931 rs2207127 C T 2455.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=33.63;SB=-1164.959;SBQD=3.870;SBpi=0.4096;SBpiQual=0.6867;VQSLOD=8.2997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2488,196,0
|
|
20 11362657 rs6108946 G A 2977.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.72;MQ0=0;QD=33.45;SB=-1477.291;SBQD=1.321;SBpi=0.5830;SBpiQual=0.7211;VQSLOD=6.5474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3010,232,0
|
|
20 11364998 rs6108949 A G 2563.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=35.12;SB=-981.953;SBQD=-0.108;SBpi=-1.2289;SBpiQual=-1.3093;VQSLOD=8.1063 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2597,205,0
|
|
20 11367159 rs6040605 A G 2368.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=31.58;SB=-1161.099;SBQD=-0.451;SBpi=-0.7506;SBpiQual=-0.8263;VQSLOD=7.4384 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2402,193,0
|
|
20 11371260 rs764355 G A 3342.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1584.617;SBQD=-1.190;SBpi=0.6740;SBpiQual=0.6471;VQSLOD=8.5564 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3342,256,0
|
|
20 11374618 rs2327410 A G 1698.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=30.34;SB=-604.724;SBQD=-7.033;SBpi=-1.2027;SBpiQual=-1.6277;VQSLOD=7.0712 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1732,147,0
|
|
20 11374805 rs4610128 A G 2297.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=30.23;SB=-1182.261;SBQD=-5.235;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.5443;VQSLOD=7.5258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2330,205,0
|
|
20 11378264 rs62191868 C T 406.68 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.954;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.149;SB=-59.180;SBQD=-2.567;SBpi=-1.5765;SBpiQual=-1.6523;VQSLOD=4.1327 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:437,0,334
|
|
20 11381935 rs2179831 A C 1742.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=30.57;SB=-865.024;SBQD=7.437;SBpi=-0.6682;SBpiQual=-0.2266;VQSLOD=7.1179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1776,156,0
|
|
20 11381943 rs6033131 C T 2012.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1021.006;SBQD=0.831;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.2197;VQSLOD=8.6917 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2046,159,0
|
|
20 11396862 rs2103761 G T 1195.62 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.462;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.100;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.891;SB=-597.688;SBQD=3.594;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.4702;VQSLOD=5.0919 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1226,0,1096
|
|
20 11417742 rs2143870 T C 2080.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.22;MQ0=0;QD=33.02;SB=-1058.784;SBQD=-1.876;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.3669;VQSLOD=7.3890 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2113,172,0
|
|
20 11430168 rs6040691 T C 2283.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58;SB=-1013.285;SBQD=0.657;SBpi=0.8489;SBpiQual=0.9185;VQSLOD=7.6895 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2316,184,0
|
|
20 11430735 rs6040695 C T 2126.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74;SB=-767.690;SBQD=7.482;SBpi=1.0384;SBpiQual=1.4383;VQSLOD=6.8498 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2160,178,0
|
|
20 11443781 rs4814005 C T 2042.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.49;SB=-1195.311;SBQD=-0.973;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.3918;VQSLOD=6.9201 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2076,160,0
|
|
20 11446432 rs6040708 C T 2865.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.74;SB=-1474.031;SBQD=-1.052;SBpi=0.1132;SBpiQual=0.0351;VQSLOD=8.9374 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2899,229,0
|
|
20 11468341 rs960347 T C 2899.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.24;SB=-1332.167;SBQD=-1.764;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.6190;VQSLOD=8.8388 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2932,232,0
|
|
20 11474642 rs62191911 T C 1069.52 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.870;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-539.947;SBQD=-2.003;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1305;VQSLOD=5.7843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1100,0,1286
|
|
20 11484596 rs7263285 C T 1057.03 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=9.508;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.679;QD=17.62;ReadPosRankSum=-2.603;SB=-442.255;SBQD=-9.468;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.5262;VQSLOD=3.9361 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:1087,0,700
|
|
20 11501142 rs2224184 T C 1166.89 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.255;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.317;SB=-403.776;SBQD=-2.312;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-1.1238;VQSLOD=5.3077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:1197,0,1575
|
|
20 11562958 . G C 820.13 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.860;DP=74;Dels=0.00;FS=1.944;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.000;SB=-355.242;SBQD=1.255;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.7909;VQSLOD=4.4709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:850,0,1322
|
|
20 11569248 rs9941750 G A 1365.73 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.106;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.131;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=17.51;ReadPosRankSum=1.113;SB=-576.602;SBQD=-4.131;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.7875;VQSLOD=4.6860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,44:78:99:1396,0,1005
|
|
20 11571909 rs6078252 G A 993.35 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.942;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.520;SB=-446.406;SBQD=-1.918;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.3375;VQSLOD=5.3974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:1023,0,1089
|
|
20 11613477 rs56246485 C G 433.69 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.623;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=3.274;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.58;MQ0=13;MQRankSum=0.111;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.503;SB=-225.028;SBQD=-2.753;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.1197;VQSLOD=4.5282 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:464,0,446
|
|
20 11762966 rs6074345 T G 1213.64 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.008;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.019;HRun=2;HaplotypeScore=1.8255;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=17.09;ReadPosRankSum=-1.822;SB=-515.516;SBQD=3.770;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.8191;VQSLOD=4.1826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1244,0,915
|
|
20 11767965 rs6109144 G A 3407.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=37.04;SB=-1551.430;SBQD=-0.045;SBpi=0.6255;SBpiQual=0.6652;VQSLOD=8.6399 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3408,265,0
|
|
20 11771680 rs2253007 A G 1808.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.64;MQ0=0;QD=27.00;SB=-656.730;SBQD=-5.553;SBpi=1.8936;SBpiQual=1.4096;VQSLOD=4.0062 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1842,171,0
|
|
20 11798076 . T C 781.83 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.096;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.907;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.167;SB=-402.938;SBQD=2.558;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.2867;VQSLOD=2.4224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:812,0,1224
|
|
20 11812275 rs2247969 T C 2683.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=32.33;SB=-1500.987;SBQD=-2.021;SBpi=-0.0549;SBpiQual=-0.2336;VQSLOD=8.1207 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2716,217,0
|
|
20 11818882 rs8115726 T C 1307.67 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.909;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.949;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.415;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-676.993;SBQD=-4.139;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.1638;VQSLOD=5.5700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:1338,0,982
|
|
20 11835212 rs6078360 G A 402.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=8.459;HRun=0;HaplotypeScore=1.5750;MQ=36.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.326;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.906;SB=-122.183;SBQD=6.638;SBpi=1.3000;SBpiQual=1.2479;VQSLOD=-0.6326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:432,0,786
|
|
20 11840722 rs6078362 C T 840.53 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.168;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.927;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.504;SB=-392.959;SBQD=-1.029;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.3316;VQSLOD=5.4258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,29:72:99:871,0,1317
|
|
20 11850499 rs803878 G A 1217 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.848;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.782;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.170;SB=-701.394;SBQD=2.374;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.0070;VQSLOD=5.3822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1247,0,1098
|
|
20 11850850 . C A 1097.49 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.632;DP=73;Dels=0.00;FS=3.274;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.513;SB=-396.807;SBQD=-3.017;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.0316;VQSLOD=2.2557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1127,0,1013
|
|
20 11850961 rs3848740 C A 345.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.007;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=1.7273;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.007;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-442.324;SBQD=-3.419;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.3646;VQSLOD=-1.7876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:376,0,1012
|
|
20 11863500 rs6078373 G A 880.76 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.953;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.237;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=14.68;ReadPosRankSum=-2.463;SB=-576.255;SBQD=8.495;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.1030;VQSLOD=5.0741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:911,0,464
|
|
20 11871190 rs2206799 G C 435.44 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-92.358;SBQD=-4.735;SBpi=-1.5652;SBpiQual=-1.5919;VQSLOD=4.5978 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:465,0,752
|
|
20 11883794 rs6078382 C A 1139.71 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.990;SB=-612.125;SBQD=-0.952;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0149;VQSLOD=6.1559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1170,0,1421
|
|
20 11884447 rs6134392 C T 2260.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;QD=33.24;SB=-1033.895;SBQD=-1.169;SBpi=0.8489;SBpiQual=0.8022;VQSLOD=7.5084 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2293,181,0
|
|
20 11891724 rs6131281 C T 1227.63 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.699;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=9.758;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=15.16;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-543.616;SBQD=-5.310;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3310;VQSLOD=5.3363 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1258,0,1114
|
|
20 11891949 . G A 1072.10 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.174;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.042;SB=-325.326;SBQD=-2.579;SBpi=-1.3333;SBpiQual=-1.5020;VQSLOD=3.7606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1102,0,1087
|
|
20 11894985 rs6134401 T C 2179.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.59;SB=-1274.512;SBQD=5.531;SBpi=-0.6188;SBpiQual=-0.1386;VQSLOD=5.5910 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2213,192,0
|
|
20 11897445 rs2206798 C A 2087.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.14;SB=-1156.478;SBQD=0.042;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1865;VQSLOD=5.9979 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2121,166,0
|
|
20 11920520 rs6109193 G A 2266.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-1142.856;SBQD=2.470;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1812;VQSLOD=8.9311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2300,181,0
|
|
20 11924253 rs1988626 G C 1725.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.56;MQ0=0;QD=31.95;SB=-887.211;SBQD=0.327;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.3979;VQSLOD=6.9794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1758,144,0
|
|
20 11934313 rs6134407 A G 726.04 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.186;HRun=0;HaplotypeScore=3.3751;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-263.160;SBQD=0.872;SBpi=0.8356;SBpiQual=1.1160;VQSLOD=2.8530 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:756,0,702
|
|
20 11934325 rs62216384 C T 875.10 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.666;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.904;SB=-219.041;SBQD=6.482;SBpi=1.1674;SBpiQual=1.5170;VQSLOD=4.9973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:905,0,697
|
|
20 11951823 . C G 758.51 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.682;DP=55;Dels=0.00;FS=3.389;HRun=0;HaplotypeScore=1.9655;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=13.79;ReadPosRankSum=1.305;SB=-90.062;SBQD=-8.521;SBpi=-2.0788;SBpiQual=-2.1945;VQSLOD=1.9125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:788,0,604
|
|
20 11960693 rs6109211 G A 1031.78 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.877;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.480;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.006;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.135;SB=-481.297;SBQD=3.580;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5678;VQSLOD=5.7527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1062,0,1026
|
|
20 11996720 rs6131296 C T 953.51 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.159;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.832;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=2.297;QD=14.90;ReadPosRankSum=2.163;SB=-468.978;SBQD=-6.408;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1341;VQSLOD=3.9535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:984,0,947
|
|
20 12001080 rs6134436 C T 1164.82 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.774;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.171;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.518;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.061;SB=-614.829;SBQD=4.715;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3622;VQSLOD=5.4647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:1195,0,992
|
|
20 12062091 rs55938036 T A 145.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=16.9717;MQ=53.93;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-167.151;SBQD=-0.786;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.3087;VQSLOD=-7.1350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,16:71:99:176,0,1705
|
|
20 12140056 rs6033327 A G 779.49 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.139;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=10.687;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-282.939;SBQD=-10.051;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.6892;VQSLOD=5.6194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:809,0,1274
|
|
20 12150042 rs2092910 C T 1353.27 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.511;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-633.838;SBQD=-1.586;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.4294;VQSLOD=5.2183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1383,0,1239
|
|
20 12170025 rs6041161 G A 967.10 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.814;HRun=6;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-617.796;SBQD=7.083;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.0967;VQSLOD=3.5663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:997,0,1432
|
|
20 12179245 rs910670 C T 1057.71 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.561;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=7.606;HRun=2;HaplotypeScore=2.6694;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.041;SB=-542.159;SBQD=6.147;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0128;VQSLOD=3.8685 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:1088,0,1408
|
|
20 12197390 rs6074391 A G 775.11 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.062;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.483;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=11.57;ReadPosRankSum=1.154;SB=-334.634;SBQD=1.077;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.6214;VQSLOD=5.7773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:805,0,1121
|
|
20 12204948 rs6041199 C T 1023 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.142;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-548.628;SBQD=-0.388;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0756;VQSLOD=5.5008 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1053,0,1092
|
|
20 12223406 rs1160838 C T 2018.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-1265.001;SBQD=3.501;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.2573;VQSLOD=5.6821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2052,160,0
|
|
20 12323429 rs6134517 A G 698.42 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.266;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.28;MQ0=10;MQRankSum=0.690;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.675;SB=-295.970;SBQD=6.878;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.3129;VQSLOD=5.0910 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:728,0,754
|
|
20 12328489 rs7268465 T C 1353.34 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.259;SB=-488.549;SBQD=-0.986;SBpi=-0.9912;SBpiQual=-1.0918;VQSLOD=4.4145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1383,0,1324
|
|
20 12344397 . C A 797.07 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.712;SB=-489.534;SBQD=1.421;SBpi=-0.1768;SBpiQual=0.0253;VQSLOD=4.6099 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:827,0,742
|
|
20 12369521 rs6041303 A G 2370.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=31.60;SB=-918.892;SBQD=-4.423;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.0265;VQSLOD=7.1021 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2403,217,0
|
|
20 12382576 rs6033399 A G 1900.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.12;MQ0=0;QD=29.24;SB=-1018.772;SBQD=-2.692;SBpi=0.1250;SBpiQual=-0.2249;VQSLOD=7.2252 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1933,174,0
|
|
20 12383559 rs6078555 C T 549.11 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.172;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.296;HRun=0;HaplotypeScore=2.7839;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=1.715;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-197.071;SBQD=3.380;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.9311;VQSLOD=4.3040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:579,0,491
|
|
20 12388209 rs6041318 G A 1335.47 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.365;HRun=1;HaplotypeScore=1.9774;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=16.49;ReadPosRankSum=1.188;SB=-544.678;SBQD=-1.768;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.7826;VQSLOD=4.9918 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1365,0,1136
|
|
20 12389312 rs6134540 A C 746.58 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.493;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.246;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.295;SB=-342.124;SBQD=1.383;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.4847;VQSLOD=6.0111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:777,0,925
|
|
20 12389437 rs6134541 A T 587.32 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.998;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.342;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.312;SB=-375.982;SBQD=-1.287;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.0496;VQSLOD=4.6683 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:617,0,1043
|
|
20 12404898 . C T 1257.33 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.098;DP=83;Dels=0.00;FS=5.610;HRun=0;HaplotypeScore=1.9722;MQ=55.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.891;SB=-596.720;SBQD=-4.623;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.5173;VQSLOD=4.0790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1287,0,1183
|
|
20 12419332 rs6041350 G C 1421.32 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.987;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.073;QD=16.92;ReadPosRankSum=1.234;SB=-632.451;SBQD=3.415;SBpi=0.6429;SBpiQual=0.7190;VQSLOD=5.2966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:1451,0,997
|
|
20 12421534 rs6078578 T C 1233.08 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=5.625;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.324;SB=-547.029;SBQD=-5.172;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.6932;VQSLOD=4.7922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1263,0,1295
|
|
20 12421945 rs6109405 A G 1016.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.155;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.834;HRun=0;HaplotypeScore=1.8628;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=-4.461;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-546.916;SBQD=-1.376;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3531;VQSLOD=0.4047 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1047,0,1299
|
|
20 12421991 . A T 305.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.551;DP=69;Dels=0.00;FS=6.901;HRun=0;HaplotypeScore=2.2859;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=-6.120;QD=4.43;ReadPosRankSum=1.217;SB=-211.949;SBQD=5.576;SBpi=1.0954;SBpiQual=1.0489;VQSLOD=-6.7252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:335,0,995
|
|
20 12428266 rs6078586 G C 161.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.654;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=33.88;MQ0=4;MQRankSum=-2.975;QD=3.10;ReadPosRankSum=-3.234;SB=-42.667;SBQD=2.778;SBpi=1.4184;SBpiQual=1.3578;VQSLOD=-3.7410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:191,0,775
|
|
20 12428594 rs6131340 T C 274.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.757;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=31.37;MQ0=1;MQRankSum=-5.882;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.104;SB=-126.280;SBQD=-2.127;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.2101;VQSLOD=-4.1201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:305,0,748
|
|
20 12430382 . G A 1188.59 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.026;DP=71;Dels=0.00;FS=2.022;HRun=0;HaplotypeScore=1.9312;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=16.74;ReadPosRankSum=-1.919;SB=-491.981;SBQD=-3.816;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.9133;VQSLOD=2.6342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:1219,0,906
|
|
20 12441661 rs6033424 G A 2407.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.27;MQ0=0;QD=34.40;SB=-1174.187;SBQD=1.865;SBpi=-0.5976;SBpiQual=-0.5929;VQSLOD=8.5277 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2441,196,0
|
|
20 12444542 rs1884357 A G 1162.74 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.339;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.348;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.848;SB=-608.590;SBQD=3.863;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1105;VQSLOD=4.7350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1193,0,1332
|
|
20 12447053 rs55664951 C T 1213.81 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.748;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.850;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.596;SB=-715.634;SBQD=-2.375;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0396;VQSLOD=5.0155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1244,0,1171
|
|
20 12510330 rs2064617 G A 795.17 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.915;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7490;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.336;SB=-282.858;SBQD=-1.390;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9604;VQSLOD=3.6281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:825,0,1203
|
|
20 12546616 rs2423672 T A 774.98 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-380.631;SBQD=-2.200;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.8281;VQSLOD=4.2265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:805,0,950
|
|
20 12553235 rs6109475 C T 948.14 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.763;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.160;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=15.54;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-328.761;SBQD=7.911;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8816;VQSLOD=4.9665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:978,0,827
|
|
20 12564829 rs8183377 C T 93.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=10.31;MQ0=41;MQRankSum=1.230;QD=1.28;ReadPosRankSum=-2.222;SB=-0.007;SBQD=-1.849;SBpi=-1.2618;SBpiQual=-1.3263;VQSLOD=-0.7145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,18:73:99:124,0,136
|
|
20 12567676 rs6109483 A G 421.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.874;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.44;MQ0=38;MQRankSum=-0.090;QD=5.85;ReadPosRankSum=-3.261;SB=-253.507;SBQD=-2.716;SBpi=0.2343;SBpiQual=-0.0857;VQSLOD=1.0643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:451,0,165
|
|
20 12568182 . A C 46.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.053;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=13.20;MQ0=36;MQRankSum=0.053;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.896;SB=-0.007;SBQD=-1.235;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.3166;VQSLOD=-1.5839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,6:53:76.23:76,0,149
|
|
20 12573859 rs6104927 C T 1192.97 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.804;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=17.077;HRun=0;HaplotypeScore=1.9664;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=18.08;ReadPosRankSum=0.091;SB=-491.409;SBQD=12.323;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.5814;VQSLOD=4.5982 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:1223,0,603
|
|
20 12635063 rs2206697 T A 1660.78 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.730;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=18.25;ReadPosRankSum=-0.828;SB=-734.313;SBQD=-2.716;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.5395;VQSLOD=5.6222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,51:91:99:1691,0,1219
|
|
20 12688384 rs2093892 A G 927.37 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.327;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=9.811;HRun=2;HaplotypeScore=2.8474;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.660;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.946;SB=-450.539;SBQD=-9.504;SBpi=0.2466;SBpiQual=-0.2099;VQSLOD=2.6037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:957,0,1299
|
|
20 12688451 rs62201454 C T 1335 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.401;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.924;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=16.90;ReadPosRankSum=-1.658;SB=-705.955;SBQD=-4.534;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0580;VQSLOD=4.3488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1365,0,1017
|
|
20 12694373 rs55920541 T G 936.41 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.126;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.9976;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.038;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.535;SB=-507.166;SBQD=0.463;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2691;VQSLOD=3.0231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:966,0,1240
|
|
20 12699051 rs1232407 A T 1290.35 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.391;HRun=0;HaplotypeScore=2.8262;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=19.55;ReadPosRankSum=0.578;SB=-545.951;SBQD=-4.448;SBpi=-0.9690;SBpiQual=-0.9245;VQSLOD=3.6877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,45:66:99:1320,0,629
|
|
20 12737979 rs7509520 T C 217.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=20.752;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=47.08;MQ0=1;MQRankSum=-4.804;QD=4.63;ReadPosRankSum=2.179;SB=36.075;SBQD=9.680;SBpi=1.9365;SBpiQual=2.0676;VQSLOD=-3.5456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:47:99:247,0,945
|
|
20 12744909 rs664676 C T 800.47 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.739;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.615;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.799;SB=-348.158;SBQD=-4.867;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.5159;VQSLOD=6.1273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:830,0,753
|
|
20 12748312 rs35278470 C T 569.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.437;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.870;HRun=0;HaplotypeScore=1.7306;MQ=53.10;MQ0=0;MQRankSum=-3.744;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-374.996;SBQD=4.823;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.0995;VQSLOD=0.9768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:599,0,761
|
|
20 12780880 rs6078768 C T 2685.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1286.412;SBQD=-0.613;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.3715;VQSLOD=8.3058 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2718,214,0
|
|
20 12788188 rs6078770 G T 1922.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=31.01;SB=-894.812;SBQD=2.246;SBpi=-0.8890;SBpiQual=-0.7755;VQSLOD=7.1637 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1956,159,0
|
|
20 12844421 rs6514332 A G 894.90 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.228;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.699;SB=-546.741;SBQD=-3.238;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1678;VQSLOD=5.7459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:925,0,1087
|
|
20 12848012 rs2025099 C T 996.49 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.716;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.959;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.335;QD=12.94;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-370.761;SBQD=3.401;SBpi=0.9297;SBpiQual=0.9464;VQSLOD=3.8485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1026,0,1224
|
|
20 12849185 rs1321945 A G 2681.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31;SB=-1458.312;SBQD=-2.705;SBpi=-0.0549;SBpiQual=-0.2820;VQSLOD=8.1083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2715,223,0
|
|
20 12853472 rs6041680 A G 931.51 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.206;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.090;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.765;SB=-428.051;SBQD=-2.803;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7273;VQSLOD=4.3034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:961,0,876
|
|
20 12855331 rs13039920 A C 825.39 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.357;HRun=0;HaplotypeScore=4.8179;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-333.362;SBQD=-3.388;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.7050;VQSLOD=3.3351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:855,0,1180
|
|
20 12856917 rs10485763 T G 1387.19 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.623;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=12.732;HRun=0;HaplotypeScore=3.3326;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=1.690;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.401;SB=-572.312;SBQD=-5.901;SBpi=-0.9286;SBpiQual=-0.8310;VQSLOD=3.4582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,49:92:99:1417,0,1269
|
|
20 12858976 rs1011021 C T 2948.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1599.783;SBQD=-0.698;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.0470;VQSLOD=7.5020 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2981,232,0
|
|
20 12872365 rs1884197 T C 2309.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.64;SB=-1025.148;SBQD=6.659;SBpi=0.4096;SBpiQual=0.9708;VQSLOD=8.1881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2343,199,0
|
|
20 12891137 rs552504 T C 2854.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.24;SB=-1147.955;SBQD=-1.922;SBpi=-1.0556;SBpiQual=-1.2640;VQSLOD=7.6883 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2888,229,0
|
|
20 12894601 rs149164 C T 2166.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.7753;MQ=59.67;MQ0=0;QD=31.40;SB=-1085.983;SBQD=1.447;SBpi=0.6621;SBpiQual=0.7711;VQSLOD=4.8202 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2200,178,0
|
|
20 12912901 rs6074523 A C 1924.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37;SB=-1219.557;SBQD=-1.351;SBpi=-0.4096;SBpiQual=-0.4970;VQSLOD=4.1546 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1958,162,0
|
|
20 12918693 rs6078827 C T 2276.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=35.02;SB=-1059.634;SBQD=1.087;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.6356;VQSLOD=8.2249 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2310,181,0
|
|
20 12927466 rs6078834 C T 3618.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.31;SB=-1823.230;SBQD=-0.224;SBpi=-0.0508;SBpiQual=-0.0614;VQSLOD=9.0009 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3618,286,0
|
|
20 12973521 rs686548 A T 2100.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=30.01;SB=-1244.422;SBQD=-0.868;SBpi=0.1195;SBpiQual=0.0134;VQSLOD=3.1375 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2134,183,0
|
|
20 12980800 rs426658 C T 1587.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.27;MQ0=0;QD=29.41;SB=-1008.255;SBQD=-0.986;SBpi=0.1361;SBpiQual=0.0567;VQSLOD=6.4352 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1621,126,0
|
|
20 12981617 rs3848757 G A 2070.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.39;SB=-1130.729;SBQD=-1.617;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.1459;VQSLOD=8.3148 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2103,166,0
|
|
20 13029274 rs1431435 T C 2531.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=33.75;SB=-1269.575;SBQD=-4.008;SBpi=0.0577;SBpiQual=-0.1333;VQSLOD=8.0511 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2564,208,0
|
|
20 13029862 rs919604 C T 2786.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.19;SB=-1491.032;SBQD=-0.924;SBpi=0.0570;SBpiQual=-0.0175;VQSLOD=8.9803 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2820,220,0
|
|
20 13031525 rs1835659 G A 2820.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.63;MQ0=0;QD=28.78;SB=-1340.518;SBQD=-4.068;SBpi=1.2122;SBpiQual=1.4842;VQSLOD=5.3641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:2854,232,0
|
|
20 13045558 rs2749392 T C 962.15 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.808;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=10.072;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=13.36;ReadPosRankSum=-1.744;SB=-419.816;SBQD=-5.135;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.4570;VQSLOD=4.7405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:992,0,1121
|
|
20 13050266 rs7268756 G A 548.97 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.171;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.524;SB=-297.454;SBQD=3.055;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.3738;VQSLOD=5.3705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:579,0,399
|
|
20 13054633 rs2236127 G A 995.36 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.215;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.915;SB=-420.029;SBQD=2.884;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.4645;VQSLOD=4.6982 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:1025,0,753
|
|
20 13060172 rs8113891 T C 551.60 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.372;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=2.041;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-267.041;SBQD=-1.794;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.5738;VQSLOD=4.5063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:582,0,1264
|
|
20 13061134 rs2327688 G A 364.71 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.724;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.230;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.701;SB=-152.466;SBQD=4.253;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.6600;VQSLOD=3.4277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:395,0,613
|
|
20 13070717 rs6134783 C T 1468.21 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.729;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.067;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=18.58;ReadPosRankSum=0.969;SB=-594.595;SBQD=4.394;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.7288;VQSLOD=5.8489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,46:79:99:1498,0,1031
|
|
20 13123835 rs4813117 G T 2529.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.13;SB=-1105.122;SBQD=3.600;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.8446;VQSLOD=7.9831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2563,199,0
|
|
20 13162656 rs4642012 T G 3370.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.03;SB=-1567.363;SBQD=0.701;SBpi=0.4717;SBpiQual=0.5563;VQSLOD=8.5057 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3370,262,0
|
|
20 13258316 rs17226515 T C 580.27 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=9.057;HRun=0;HaplotypeScore=3.4365;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=2.696;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.012;SB=-290.280;SBQD=-12.030;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.6281;VQSLOD=3.7462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:44:99:610,0,416
|
|
20 13289798 rs1223267 C A 1037.83 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.977;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.611;HRun=1;HaplotypeScore=1.9066;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=14.62;ReadPosRankSum=0.098;SB=-499.159;SBQD=-4.334;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.5492;VQSLOD=4.7929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1068,0,1072
|
|
20 13300618 rs659523 C G 1082.94 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.842;HRun=2;HaplotypeScore=3.1136;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.472;SB=-488.090;SBQD=-1.315;SBpi=-0.9045;SBpiQual=-0.8854;VQSLOD=3.2979 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1113,0,1318
|
|
20 13301361 rs477184 T C 2123.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.39;SB=-1111.641;SBQD=-0.146;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.1417;VQSLOD=9.5063 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2156,169,0
|
|
20 13352160 rs529646 G A 622.14 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.336;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.450;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.676;SB=-252.137;SBQD=5.863;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.0518;VQSLOD=3.5789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:652,0,1291
|
|
20 13355430 rs6079027 T G 1072.13 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.534;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.200;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=15.54;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-389.167;SBQD=-2.196;SBpi=0.9297;SBpiQual=1.0537;VQSLOD=4.7860 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1102,0,1065
|
|
20 13378488 rs6079043 A G 1193.48 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.766;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6584;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.785;SB=-636.637;SBQD=-2.072;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.0148;VQSLOD=5.1926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1223,0,1507
|
|
20 13386549 rs6109862 A G 741.01 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-423.834;SBQD=0.262;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.1458;VQSLOD=6.2776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:771,0,631
|
|
20 13446531 rs6042135 G A 237.05 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.000;SB=-33.302;SBQD=14.308;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.2499;VQSLOD=5.5491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:267,0,184
|
|
20 13447277 rs57218913 A C 816.18 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.922;HRun=2;HaplotypeScore=1.9164;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-213.053;SBQD=-7.113;SBpi=-1.3470;SBpiQual=-1.4875;VQSLOD=3.7863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:846,0,1030
|
|
20 13456790 rs6042153 C T 963.69 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.995;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-440.544;SBQD=4.341;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.2155;VQSLOD=5.2421 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:994,0,1083
|
|
20 13465256 rs6109907 T G 85.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.120;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=75.006;HRun=2;HaplotypeScore=2.9889;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=-3.380;QD=1.98;ReadPosRankSum=-3.315;SB=78.918;SBQD=14.792;SBpi=2.0000;SBpiQual=1.5732;VQSLOD=-4.6976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:115,0,765
|
|
20 13473863 rs6042169 G A 918.63 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.822;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.454;SB=-487.764;SBQD=-0.138;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.2154;VQSLOD=6.1014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:949,0,1115
|
|
20 13484160 rs6105119 A G 827.89 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.604;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.264;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.705;SB=-472.194;SBQD=-4.649;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.1250;VQSLOD=5.1220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:858,0,1225
|
|
20 13501291 rs6042195 C A 907.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.409;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=3.040;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=52.14;MQ0=2;MQRankSum=-3.628;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.394;SB=-366.360;SBQD=1.621;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.8502;VQSLOD=0.7954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:937,0,1354
|
|
20 13532738 rs4813135 C T 1110.85 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.901;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.002;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=14.43;ReadPosRankSum=0.199;SB=-606.367;SBQD=3.554;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1762;VQSLOD=6.0274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1141,0,1110
|
|
20 13557281 rs4814246 C A 1289.94 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.486;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-696.141;SBQD=1.630;SBpi=0.0745;SBpiQual=-0.0458;VQSLOD=4.8207 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:1320,0,807
|
|
20 13562660 rs6514418 A G 1049.91 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.259;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.846;HRun=2;HaplotypeScore=2.5668;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=12.80;ReadPosRankSum=-2.515;SB=-566.804;SBQD=0.714;SBpi=-0.1622;SBpiQual=0.0259;VQSLOD=2.5182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1080,0,1356
|
|
20 13607335 rs6042261 C T 925.36 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=14.287;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=19.28;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-365.299;SBQD=9.815;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.7879;VQSLOD=5.2378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,32:48:99:955,0,367
|
|
20 13607555 rs6042262 C T 778.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9405;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=23.60;ReadPosRankSum=1.676;SB=-350.289;SBQD=-2.412;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.4174;VQSLOD=3.1567 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:33:21.02:812,21,0
|
|
20 13626746 rs6042273 A C 2013.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.93;MQ0=0;QD=30.97;SB=-818.022;SBQD=-1.819;SBpi=1.3024;SBpiQual=1.2288;VQSLOD=5.7631 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2046,168,0
|
|
20 13651280 rs11697817 C G 940.21 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.756;SB=-466.301;SBQD=3.399;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.4009;VQSLOD=5.2938 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:970,0,807
|
|
20 13678212 . C A 755.75 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.640;DP=63;Dels=0.00;FS=0.971;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=53.07;MQ0=0;MQRankSum=0.544;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-376.433;SBQD=0.604;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.4929;VQSLOD=5.7015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:786,0,759
|
|
20 13683521 rs6079140 C A 2701.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.50;SB=-1323.372;SBQD=-0.222;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.3604;VQSLOD=8.8270 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2734,214,0
|
|
20 13696439 rs11696371 C T 1087.35 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.038;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.923;HRun=1;HaplotypeScore=1.9995;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.746;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.082;SB=-505.826;SBQD=-1.938;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2770;VQSLOD=4.4258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1117,0,940
|
|
20 13698885 rs2031934 C A 1322.89 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.393;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=6.571;HRun=1;HaplotypeScore=1.5780;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.868;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.670;SB=-701.610;SBQD=5.202;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.1858;VQSLOD=4.5175 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,45:98:99:1353,0,1587
|
|
20 13703728 rs6079151 G C 2641.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.64;MQ0=0;QD=34.30;SB=-1422.580;SBQD=0.513;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.1780;VQSLOD=7.0659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2674,211,0
|
|
20 13709975 rs6042324 A C 1037.49 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.959;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.027;HRun=0;HaplotypeScore=1.9765;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.329;SB=-451.617;SBQD=3.519;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.6640;VQSLOD=5.6493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1067,0,1348
|
|
20 13735721 rs62209178 C T 1206.07 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.111;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=8.318;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.901;SB=-455.758;SBQD=8.185;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.0001;VQSLOD=5.1023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1236,0,970
|
|
20 13760783 rs56186730 G A 900.63 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.275;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.017;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.521;SB=-426.052;SBQD=-1.643;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2760;VQSLOD=5.2357 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:931,0,920
|
|
20 13770745 rs6074640 G A 931.61 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.630;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=15.79;ReadPosRankSum=-0.524;SB=-315.879;SBQD=0.347;SBpi=0.9878;SBpiQual=0.9851;VQSLOD=5.6414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:962,0,872
|
|
20 13780386 rs6079176 G A 1030.07 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.581;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-502.540;SBQD=-0.588;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.7346;VQSLOD=5.0216 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1060,0,811
|
|
20 13801832 rs2144540 G A 2626.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=32.83;SB=-1488.772;SBQD=-0.676;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.1749;VQSLOD=7.6968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2660,205,0
|
|
20 13803786 . A G 715.14 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;DP=66;Dels=0.00;FS=8.765;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.451;SB=-304.041;SBQD=-7.816;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-1.0585;VQSLOD=3.3304 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:745,0,894
|
|
20 13809146 rs6131523 T G 789.82 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.430;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.182;HRun=0;HaplotypeScore=2.5193;MQ=56.84;MQ0=1;MQRankSum=0.077;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-425.925;SBQD=-6.207;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.0645;VQSLOD=4.5200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:820,0,892
|
|
20 13810578 rs11696271 T C 1022.48 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.809;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=17.94;ReadPosRankSum=-1.366;SB=-384.534;SBQD=-5.866;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.8691;VQSLOD=5.2326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:1052,0,766
|
|
20 13824366 rs56265150 G A 860.98 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.231;HRun=0;HaplotypeScore=2.0756;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.190;SB=-434.823;SBQD=-6.964;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1496;VQSLOD=5.0049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:891,0,979
|
|
20 13878304 rs36091847 A T 972.49 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.496;SB=-455.491;SBQD=-0.321;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3674;VQSLOD=5.2046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:1002,0,1099
|
|
20 13889021 rs35989947 C T 995.20 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.119;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=15.55;ReadPosRankSum=0.900;SB=-484.865;SBQD=4.155;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.5297;VQSLOD=4.5464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1025,0,813
|
|
20 13896064 rs7274524 A G 979.14 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.831;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.572;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.716;SB=-444.606;SBQD=6.681;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4596;VQSLOD=4.7156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:1009,0,702
|
|
20 13906901 rs6074666 T C 1673.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=54.39;MQ0=0;QD=31.58;SB=-682.182;SBQD=-1.719;SBpi=-1.0302;SBpiQual=-1.1023;VQSLOD=6.9102 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1707,135,0
|
|
20 13911291 rs2423762 A G 1221.09 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.839;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-737.248;SBQD=-0.017;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.0936;VQSLOD=5.0687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:1251,0,1033
|
|
20 13943050 . C T 997.54 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.996;DP=75;Dels=0.00;FS=1.929;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.090;SB=-425.696;SBQD=3.797;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.8072;VQSLOD=5.1776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1028,0,1222
|
|
20 13958500 rs2259790 A T 1345.68 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.089;HRun=0;HaplotypeScore=1.9443;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.220;QD=17.25;ReadPosRankSum=1.271;SB=-677.605;SBQD=-3.864;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.1070;VQSLOD=4.7687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1376,0,1181
|
|
20 13987214 rs3843772 C T 1119.35 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.193;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.029;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.581;SB=-393.803;SBQD=3.246;SBpi=0.9297;SBpiQual=0.9875;VQSLOD=4.9451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1149,0,1155
|
|
20 13994428 rs2260760 C A 1529.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=57.22;MQ0=0;QD=29.42;SB=-852.178;SBQD=1.452;SBpi=0.2774;SBpiQual=0.3734;VQSLOD=5.1357 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1563,123,0
|
|
20 14020342 rs2258071 G A 2489.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.08;SB=-1306.074;SBQD=1.103;SBpi=0.0602;SBpiQual=0.1528;VQSLOD=7.5273 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2523,199,0
|
|
20 14053698 rs4814279 G A 2889.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=36.12;SB=-910.139;SBQD=1.667;SBpi=1.7889;SBpiQual=1.9990;VQSLOD=7.8218 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2922,232,0
|
|
20 14125728 rs6074695 A G 2061.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;QD=29.03;SB=-976.319;SBQD=-6.436;SBpi=-0.4154;SBpiQual=-0.8616;VQSLOD=7.1540 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2094,183,0
|
|
20 14192866 rs1033860 G T 2806.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=36.45;SB=-1306.851;SBQD=-0.604;SBpi=0.6268;SBpiQual=0.6100;VQSLOD=8.7659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2840,220,0
|
|
20 14206090 rs6042596 T C 2475.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.40;SB=-1241.553;SBQD=-0.966;SBpi=-0.1213;SBpiQual=-0.1978;VQSLOD=8.6122 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2508,202,0
|
|
20 14209777 rs6074706 A G 3006.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.68;SB=-1380.181;SBQD=-5.146;SBpi=0.9383;SBpiQual=0.4637;VQSLOD=7.4976 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3040,268,0
|
|
20 14211485 rs4813154 C G 2310.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.07;MQ0=0;QD=34.48;SB=-942.626;SBQD=-0.274;SBpi=1.0384;SBpiQual=1.0579;VQSLOD=7.7879 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2343,187,0
|
|
20 14212485 rs6079364 G A 908.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.79;MQ0=28;MQRankSum=0.755;QD=10.09;ReadPosRankSum=1.214;SB=-137.052;SBQD=14.103;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.5334;VQSLOD=5.3829 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,72:90:93.07:942,93,0
|
|
20 14227053 rs6033916 G A 2504.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.38;MQ0=0;QD=33.85;SB=-1254.849;SBQD=3.594;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.4966;VQSLOD=7.4884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2538,199,0
|
|
20 14255249 . C T 405.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.62;MQ0=22;MQRankSum=1.223;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.306;SB=-206.882;SBQD=6.997;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.7930;VQSLOD=2.6385 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,42:56:44.98:439,45,0
|
|
20 14259195 rs2327842 T C 3068.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.78;MQ0=0;QD=32.64;SB=-1283.874;SBQD=-3.111;SBpi=1.3408;SBpiQual=1.1862;VQSLOD=5.9947 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3101,256,0
|
|
20 14263453 rs6033932 A T 3492.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=36.00;SB=-1485.339;SBQD=-0.519;SBpi=0.9646;SBpiQual=0.9636;VQSLOD=8.6457 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3492,277,0
|
|
20 14264298 rs6033934 A T 2915.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.78;MQ0=0;QD=33.91;SB=-1438.202;SBQD=-1.110;SBpi=0.4313;SBpiQual=0.3022;VQSLOD=7.1120 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2949,235,0
|
|
20 14264636 rs6079381 T G 3284.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1700.342;SBQD=0.420;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.3916;VQSLOD=9.0220 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3284,256,0
|
|
20 14297625 rs4813155 T G 2786.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.62;SB=-1300.010;SBQD=1.023;SBpi=1.1007;SBpiQual=1.2326;VQSLOD=6.7075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:2819,223,0
|
|
20 14352383 rs204647 G T 1964.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.72;SB=-939.419;SBQD=-1.097;SBpi=0.4719;SBpiQual=0.4403;VQSLOD=8.8767 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1998,153,0
|
|
20 14379581 rs6079420 C T 3500.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.09;SB=-1808.479;SBQD=0.807;SBpi=0.1523;SBpiQual=0.2234;VQSLOD=6.2449 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3500,271,0
|
|
20 14395593 rs6079423 T C 2267.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.48;MQ0=0;QD=25.76;SB=-1252.837;SBQD=1.244;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.4495;VQSLOD=5.8509 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2300,208,0
|
|
20 14402541 . A G 1355.38 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DP=89;Dels=0.00;FS=2.832;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=15.23;ReadPosRankSum=1.124;SB=-692.715;SBQD=-3.628;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.2887;VQSLOD=4.5245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1385,0,1258
|
|
20 14417197 rs8116105 G T 1562.47 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.295;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.871;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=17.56;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-756.314;SBQD=-2.192;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.6397;VQSLOD=4.4690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,54:89:99:1592,0,817
|
|
20 14423680 rs6074738 G A 95.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7172;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-55.305;SBQD=-3.219;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.5820;VQSLOD=0.2220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:28:99:126,0,371
|
|
20 14449022 rs378220 T G 3200.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;QD=33.34;SB=-1736.765;SBQD=2.242;SBpi=-0.1021;SBpiQual=0.0665;VQSLOD=8.3978 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3234,262,0
|
|
20 14486337 rs455083 A G 942.36 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.108;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.959;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.863;SB=-452.395;SBQD=-3.279;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.4688;VQSLOD=5.3254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:972,0,1158
|
|
20 14495287 rs381114 G A 1113.39 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.765;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.848;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.088;SB=-534.893;SBQD=-1.414;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2114;VQSLOD=5.7182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1143,0,1243
|
|
20 14496590 rs406307 A G 1377.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=34.43;SB=-186.236;SBQD=-10.447;SBpi=-2.2136;SBpiQual=-2.4689;VQSLOD=6.6190 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1410,117,0
|
|
20 14505705 rs1998103 C T 2873.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.04;SB=-1526.867;SBQD=0.221;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.2109;VQSLOD=8.4662 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2906,223,0
|
|
20 14507909 rs11698330 G T 1543.52 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.004;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=17.95;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-737.017;SBQD=-2.756;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.6289;VQSLOD=5.1834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,54:86:99:1574,0,854
|
|
20 14513093 rs2423803 A T 577.04 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.617;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.811;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-401.280;SBQD=3.669;SBpi=-0.0928;SBpiQual=0.0366;VQSLOD=1.6017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:607,0,829
|
|
20 14526064 rs9808604 A C 904.91 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.602;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=16.789;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-544.439;SBQD=-6.428;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.5310;VQSLOD=3.8320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:935,0,1349
|
|
20 14533457 rs2423815 A G 1087.75 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.190;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.617;SB=-559.680;SBQD=0.887;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.0755;VQSLOD=5.5409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1118,0,1045
|
|
20 14540330 rs6105292 C T 1498.05 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.519;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=7.776;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.977;SB=-570.728;SBQD=6.672;SBpi=0.7857;SBpiQual=0.9435;VQSLOD=3.5460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,49:104:99:1528,0,1667
|
|
20 14555425 rs2423828 G A 363.18 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5471;MQ=45.16;MQ0=1;MQRankSum=-0.646;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.904;SB=-121.382;SBQD=1.743;SBpi=1.0000;SBpiQual=0.9590;VQSLOD=2.4896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:393,0,473
|
|
20 14557281 rs62202890 C A 1203.89 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.563;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.621;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=15.84;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-589.020;SBQD=-6.073;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.2534;VQSLOD=4.3604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1234,0,1064
|
|
20 14590468 rs6042817 G A 1352.07 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.635;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=20.49;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-584.436;SBQD=-6.370;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4747;VQSLOD=5.1949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:1382,0,698
|
|
20 14595693 rs6042820 A G 882.29 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.958;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.059;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.890;SB=-343.495;SBQD=-6.645;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7009;VQSLOD=4.8348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:912,0,1091
|
|
20 14597734 rs11699420 A G 1180.19 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.102;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=15.74;ReadPosRankSum=1.363;SB=-618.588;SBQD=0.630;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.0451;VQSLOD=6.1517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1210,0,1171
|
|
20 14699547 rs4814319 C T 2729.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=36.39;SB=-1265.565;SBQD=1.572;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.5075;VQSLOD=8.7814 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2763,217,0
|
|
20 14729727 rs6079551 A C 2511.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.88;SB=-1279.037;SBQD=-1.529;SBpi=0.2390;SBpiQual=0.1212;VQSLOD=8.2564 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2545,202,0
|
|
20 14732606 rs6079553 C T 2381.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1129.379;SBQD=1.728;SBpi=0.6527;SBpiQual=0.8073;VQSLOD=8.3000 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2414,187,0
|
|
20 14780785 rs6074801 A G 2065.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9648;MQ=59.67;MQ0=0;QD=29.51;SB=-630.791;SBQD=11.611;SBpi=1.3148;SBpiQual=1.9050;VQSLOD=5.4401 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2099,174,0
|
|
20 14817453 rs389171 A C 3008.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.89;MQ0=0;QD=35.39;SB=-1575.687;SBQD=-1.680;SBpi=0.1627;SBpiQual=0.0560;VQSLOD=9.2408 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3041,244,0
|
|
20 14837328 rs6074806 C A 1231.41 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.802;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.986;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.717;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.703;SB=-592.822;SBQD=-1.152;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.5144;VQSLOD=4.5219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:1261,0,890
|
|
20 14843361 rs13043001 A T 277.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.79;MQ0=0;QD=16.34;SB=-0.007;SBQD=35.197;SBpi=2.0616;SBpiQual=2.2454;VQSLOD=0.1162 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:24.08:311,24,0
|
|
20 14849165 rs408182 G C 2178.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7833;MQ=59.44;MQ0=0;QD=32.52;SB=-1009.436;SBQD=-3.670;SBpi=-0.5498;SBpiQual=-0.8042;VQSLOD=5.5080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2212,178,0
|
|
20 14853868 rs448177 A T 3310.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5717;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.99;SB=-1325.992;SBQD=1.106;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.2868;VQSLOD=5.9026 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3311,259,0
|
|
20 14870398 rs6042967 G T 1016.17 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=10.687;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.210;SB=-333.608;SBQD=-9.180;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.2266;VQSLOD=5.5942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1046,0,967
|
|
20 14873617 . G A 505.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.349;DP=67;Dels=0.00;FS=2.327;HRun=0;HaplotypeScore=4.5716;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.008;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-311.235;SBQD=3.024;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.7692;VQSLOD=1.1129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:535,0,1065
|
|
20 14885378 rs6042989 G A 1554.28 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.618;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.708;HRun=0;HaplotypeScore=5.5984;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=16.71;ReadPosRankSum=1.015;SB=-761.677;SBQD=2.228;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.3102;VQSLOD=2.9133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:1584,0,1280
|
|
20 14885818 rs2210047 A T 938.61 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=11.604;HRun=1;HaplotypeScore=3.0300;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.884;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.311;SB=-537.201;SBQD=5.990;SBpi=0.1667;SBpiQual=-0.0365;VQSLOD=3.1756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:969,0,1381
|
|
20 14891787 rs1571518 G A 607.27 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.038;HRun=2;HaplotypeScore=1.9456;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-345.304;SBQD=-2.582;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2102;VQSLOD=4.0606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:637,0,889
|
|
20 14911406 rs187097 G C 948.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.74;MQ0=0;QD=32.70;SB=-430.950;SBQD=-0.381;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6959;VQSLOD=7.1336 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:78.24:981,78,0
|
|
20 14913888 rs17268756 A T 842.38 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.676;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.112;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.348;SB=-394.241;SBQD=2.224;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.5435;VQSLOD=5.1921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:872,0,1266
|
|
20 14921278 rs2093867 T C 1280.64 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.560;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.994;HRun=1;HaplotypeScore=1.7206;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-424.090;SBQD=-0.087;SBpi=1.2060;SBpiQual=1.4010;VQSLOD=4.0752 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:1311,0,988
|
|
20 14991250 rs55780727 A G 983.60 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.077;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-481.403;SBQD=2.607;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2067;VQSLOD=4.9802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:1014,0,1003
|
|
20 15028034 rs373399 G A 1185.49 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.183;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-424.423;SBQD=-4.403;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-1.2673;VQSLOD=5.1656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1215,0,1066
|
|
20 15061549 rs453053 T C 1148.18 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.754;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.889;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.790;SB=-429.914;SBQD=3.397;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.9043;VQSLOD=5.4244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1178,0,1306
|
|
20 15064874 . G A 819.36 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.437;DP=71;Dels=0.00;FS=3.357;HRun=0;HaplotypeScore=2.5251;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.206;SB=-349.823;SBQD=-4.859;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.9782;VQSLOD=3.2413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:71:99:849,0,951
|
|
20 15067407 rs724820 C A 2651.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.3336;MQ=59.70;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1244.049;SBQD=-1.223;SBpi=0.7926;SBpiQual=0.7801;VQSLOD=4.8114 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2684,208,0
|
|
20 15088027 . A G 1131.12 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.765;DP=99;Dels=0.00;FS=11.377;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.000;SB=-530.946;SBQD=3.767;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.4914;VQSLOD=3.9482 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,48:99:99:1161,0,1459
|
|
20 15090824 rs17272800 A G 1110.66 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.377;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=15.87;ReadPosRankSum=-1.612;SB=-539.969;SBQD=0.076;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2813;VQSLOD=4.6942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1141,0,1051
|
|
20 15098716 rs1322111 A C 702.34 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=25.203;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.478;SB=-263.257;SBQD=14.152;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.8230;VQSLOD=5.8961 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:732,0,667
|
|
20 15113999 rs6043106 C A 2865.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.70;SB=-1401.888;SBQD=-0.185;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.2578;VQSLOD=8.6521 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2898,223,0
|
|
20 15116938 rs7352012 T C 74.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.38;MQ0=12;MQRankSum=-0.072;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.702;SB=2.989;SBQD=2.771;SBpi=1.0553;SBpiQual=1.1483;VQSLOD=0.0573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,11:40:99:105,0,261
|
|
20 15118761 rs6110527 C G 2281.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1118.592;SBQD=1.911;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.4734;VQSLOD=8.9752 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2314,184,0
|
|
20 15122361 rs372586 G T 3422.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.8667;MQ=56.78;MQ0=0;QD=34.93;SB=-1842.211;SBQD=1.022;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0062;VQSLOD=5.7456 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3423,271,0
|
|
20 15125872 rs412032 G T 2595.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=32.86;SB=-1408.108;SBQD=1.979;SBpi=-0.3938;SBpiQual=-0.2640;VQSLOD=7.5274 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2629,205,0
|
|
20 15133141 . A G 919.43 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;DP=108;Dels=0.00;FS=7.543;HRun=3;HaplotypeScore=1.6643;MQ=42.08;MQ0=2;MQRankSum=1.326;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.136;SB=-545.212;SBQD=6.117;SBpi=-0.3501;SBpiQual=-0.3260;VQSLOD=2.7286 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,51:108:99:949,0,1111
|
|
20 15137488 rs411668 C T 2760.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.31;SB=-1264.375;SBQD=0.884;SBpi=-0.5812;SBpiQual=-0.5305;VQSLOD=8.6592 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2794,217,0
|
|
20 15142108 rs464320 A C 2074.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.76;SB=-468.050;SBQD=0.281;SBpi=2.2322;SBpiQual=2.2835;VQSLOD=6.7595 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2107,169,0
|
|
20 15148384 rs4814348 C T 1082.47 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.153;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9713;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-578.672;SBQD=1.736;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3707;VQSLOD=3.8672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1112,0,873
|
|
20 15151147 rs799180 A G 2910.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1368.831;SBQD=0.210;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.6053;VQSLOD=8.2824 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2943,238,0
|
|
20 15201263 rs175273 G A 3271.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.95;SB=-1443.493;SBQD=-1.010;SBpi=-0.7862;SBpiQual=-0.9127;VQSLOD=8.5803 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3271,256,0
|
|
20 15219314 rs175303 T C 3872.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.79;MQ0=0;QD=35.86;SB=-1713.512;SBQD=-1.228;SBpi=-0.7698;SBpiQual=-0.8766;VQSLOD=7.2311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:3872,304,0
|
|
20 15222775 rs175308 A G 2576.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1405.924;SBQD=1.276;SBpi=-0.0577;SBpiQual=-0.0251;VQSLOD=8.2209 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2610,208,0
|
|
20 15234479 rs6034134 G T 1148.76 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.876;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.217;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.740;SB=-447.511;SBQD=-5.928;SBpi=-0.8807;SBpiQual=-0.9201;VQSLOD=4.0990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:72:99:1179,0,1069
|
|
20 15236087 rs7274642 C G 1647.42 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.396;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=16.81;ReadPosRankSum=-0.125;SB=-878.638;SBQD=-0.065;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0148;VQSLOD=5.0984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,54:98:99:1677,0,1322
|
|
20 15254475 rs430221 A C 992.70 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.619;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.729;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=14.39;ReadPosRankSum=-1.399;SB=-518.353;SBQD=4.357;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1164;VQSLOD=4.8946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:1023,0,1154
|
|
20 15267112 rs57632527 A G 803.74 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.9332;MQ=52.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.500;QD=12.96;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-441.739;SBQD=0.644;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1882;VQSLOD=3.4092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:834,0,976
|
|
20 15275538 rs7272442 G A 1715.47 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.847;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.819;HRun=1;HaplotypeScore=2.6798;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=18.25;ReadPosRankSum=-1.360;SB=-672.088;SBQD=-0.075;SBpi=0.9354;SBpiQual=1.0869;VQSLOD=3.5111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,56:94:99:1745,0,1087
|
|
20 15284923 rs6034151 C G 720.43 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.055;HRun=0;HaplotypeScore=2.9765;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=12.42;ReadPosRankSum=-2.307;SB=-372.255;SBQD=3.241;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.5800;VQSLOD=3.3196 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:58:99:750,0,760
|
|
20 15287968 rs6105388 C T 650.59 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.893;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=15.438;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.771;SB=-123.013;SBQD=-12.805;SBpi=-1.6358;SBpiQual=-1.7658;VQSLOD=3.3093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:681,0,1075
|
|
20 15306931 rs6105390 G C 2495.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=36.70;SB=-1158.964;SBQD=-1.552;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.3762;VQSLOD=8.6236 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2529,202,0
|
|
20 15308563 rs2423924 A G 1341.81 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.587;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.839;HRun=0;HaplotypeScore=2.9364;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=16.77;ReadPosRankSum=0.305;SB=-697.413;SBQD=3.059;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.0521;VQSLOD=4.4516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1372,0,1087
|
|
20 15311782 rs2423929 A G 3027.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.5810;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.48;SB=-1538.577;SBQD=0.431;SBpi=0.0549;SBpiQual=0.1265;VQSLOD=5.8967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3061,241,0
|
|
20 15314105 rs6105393 A G 1564.21 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.641;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=3.642;HRun=1;HaplotypeScore=1.9612;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=14.90;ReadPosRankSum=-1.678;SB=-802.489;SBQD=-2.920;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0152;VQSLOD=3.7313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:105:99:1594,0,1775
|
|
20 15314676 rs2423931 C T 1163.04 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.564;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.989;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-435.974;SBQD=6.228;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.0884;VQSLOD=5.0115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1193,0,1170
|
|
20 15315236 . T A 777.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DP=54;Dels=0.00;FS=2.747;HRun=9;HaplotypeScore=11.7218;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=2.170;QD=14.39;ReadPosRankSum=1.704;SB=-699.442;SBQD=5.589;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-0.8743;VQSLOD=-14.9101 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:72.20:810,72,0
|
|
20 15322452 rs6043221 T C 1048.66 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.694;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.069;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.783;SB=-193.094;SBQD=6.946;SBpi=1.8906;SBpiQual=2.0326;VQSLOD=3.3165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:1079,0,1470
|
|
20 15331007 rs2058828 A G 2442.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.23;MQ0=0;QD=30.91;SB=-1302.880;SBQD=-6.975;SBpi=0.6188;SBpiQual=0.0540;VQSLOD=7.0168 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2475,217,0
|
|
20 15331488 rs2023505 T C 1059.17 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.863;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.740;SB=-513.893;SBQD=0.386;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4500;VQSLOD=5.4199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1089,0,1310
|
|
20 15332118 . A T 1221.86 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.5130;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=16.74;ReadPosRankSum=0.898;SB=-666.084;SBQD=-0.559;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1898;VQSLOD=2.6289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,42:73:99:1252,0,968
|
|
20 15334696 . C T 239.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.170;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.08;MQ0=8;MQRankSum=0.884;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.126;SB=-0.007;SBQD=7.685;SBpi=2.0125;SBpiQual=2.1687;VQSLOD=0.3371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:269,0,345
|
|
20 15359027 rs6034167 G A 610.54 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.646;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.296;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=10.53;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-293.987;SBQD=-3.626;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.2494;VQSLOD=5.3602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:641,0,1170
|
|
20 15389546 rs10485525 C T 864.03 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.770;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.762;SB=-445.492;SBQD=-0.506;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1534;VQSLOD=4.9830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:894,0,1163
|
|
20 15390837 rs379133 C A 1224.40 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.123;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.840;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.050;SB=-623.658;SBQD=-1.014;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.2844;VQSLOD=5.4837 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1254,0,1139
|
|
20 15392473 rs17677688 G A 654.70 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=14.585;HRun=2;HaplotypeScore=1.7465;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.775;SB=-299.976;SBQD=-9.580;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.6300;VQSLOD=4.6944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:685,0,906
|
|
20 15405184 rs6110601 G A 950.33 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.306;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.188;SB=-490.421;SBQD=1.844;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3101;VQSLOD=4.3648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:980,0,1037
|
|
20 15414808 rs55650057 A G 688.58 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.039;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.064;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-368.552;SBQD=-2.438;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.3880;VQSLOD=5.2125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:719,0,1268
|
|
20 15440032 rs6135415 A G 561.95 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.197;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.220;SB=-165.175;SBQD=3.590;SBpi=0.9820;SBpiQual=1.0925;VQSLOD=3.7806 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,21:56:99:592,0,1090
|
|
20 15448092 rs1884706 T G 1957.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=30.12;SB=-1009.961;SBQD=-3.766;SBpi=-0.0620;SBpiQual=-0.4156;VQSLOD=7.4800 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:1990,174,0
|
|
20 15485598 rs6079856 G A 561.90 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.680;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.553;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.775;SB=-249.085;SBQD=4.841;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3893;VQSLOD=4.6872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:592,0,1125
|
|
20 15492322 rs1233765 G C 1154.41 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.240;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.652;SB=-476.091;SBQD=-0.431;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7488;VQSLOD=5.6406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1184,0,1262
|
|
20 15532304 rs1547972 A G 320.85 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.362;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.347;HRun=2;HaplotypeScore=1.7845;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-149.493;SBQD=-5.808;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.6824;VQSLOD=2.5561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:351,0,1083
|
|
20 15544877 rs6079887 G A 1711.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.09;MQ0=0;QD=33.56;SB=-796.745;SBQD=-1.057;SBpi=-0.6301;SBpiQual=-0.7105;VQSLOD=7.5806 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1745,138,0
|
|
20 15568340 rs427069 A G 655.04 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.194;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.9138;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-309.526;SBQD=-1.855;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.5956;VQSLOD=3.3326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:685,0,1395
|
|
20 15572198 rs461651 G A 805.91 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.965;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.323;HRun=0;HaplotypeScore=1.9576;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.675;SB=-368.484;SBQD=4.113;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.4782;VQSLOD=5.2740 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:836,0,724
|
|
20 15580714 rs456029 C T 1007.34 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.502;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=14.19;ReadPosRankSum=1.052;SB=-494.503;SBQD=1.849;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3963;VQSLOD=5.8138 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1037,0,1069
|
|
20 15595236 rs457627 G T 1533.50 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.261;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.134;HRun=1;HaplotypeScore=3.8239;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=18.04;ReadPosRankSum=0.986;SB=-653.621;SBQD=6.372;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.6266;VQSLOD=3.9830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:1563,0,1037
|
|
20 15604481 rs466948 A G 623.70 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.715;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.743;SB=-364.709;SBQD=-0.518;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3418;VQSLOD=5.4777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:654,0,1156
|
|
20 15616826 rs200774 T C 800.66 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.122;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=2.198;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.998;SB=-370.591;SBQD=3.171;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.5144;VQSLOD=4.8425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:831,0,1016
|
|
20 15640048 rs2021915 G A 724.05 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.439;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.539;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.658;QD=13.16;ReadPosRankSum=1.204;SB=-246.232;SBQD=-7.031;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.8991;VQSLOD=5.8845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:754,0,618
|
|
20 15642581 . T C 1307.33 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.963;DP=72;Dels=0.00;FS=3.372;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=18.16;ReadPosRankSum=0.445;SB=-548.042;SBQD=4.177;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5207;VQSLOD=4.6368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:1337,0,784
|
|
20 15649006 rs6034251 G A 269.56 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.0881;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-132.816;SBQD=2.308;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.6771;VQSLOD=2.0081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:300,0,828
|
|
20 15656192 rs16996363 C A 1062.75 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.169;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.907;SB=-827.870;SBQD=1.923;SBpi=0.0700;SBpiQual=0.0514;VQSLOD=4.7739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:1093,0,832
|
|
20 15709504 rs2423982 A G 3134.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.45;SB=-1489.318;SBQD=1.872;SBpi=0.2157;SBpiQual=0.3963;VQSLOD=8.0666 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3168,256,0
|
|
20 15718840 . T A 783.83 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.082;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.878;SB=-342.886;SBQD=0.948;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4421;VQSLOD=3.3187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:814,0,1251
|
|
20 15721596 rs59003576 C T 830.93 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.026;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.683;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.102;SB=-405.323;SBQD=-5.552;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5922;VQSLOD=5.9087 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:861,0,750
|
|
20 15722499 rs62194110 T G 979.88 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.044;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.062;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-462.680;SBQD=-3.330;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5447;VQSLOD=5.1989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1010,0,1217
|
|
20 15732450 rs62194682 T C 943.07 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=10.001;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.485;SB=-311.780;SBQD=10.012;SBpi=0.6489;SBpiQual=1.1345;VQSLOD=5.0063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:973,0,1122
|
|
20 15738829 rs62194687 A G 1083.95 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.474;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.585;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.596;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.291;SB=-411.286;SBQD=5.241;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.8860;VQSLOD=4.4260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:1114,0,1480
|
|
20 15741320 rs55744299 T C 1395.18 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.929;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.883;QD=16.81;ReadPosRankSum=0.902;SB=-533.180;SBQD=-2.070;SBpi=1.0321;SBpiQual=1.0793;VQSLOD=4.4076 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:83:99:1425,0,1146
|
|
20 15746520 rs6105464 C A 2494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.72;SB=-1107.682;SBQD=1.366;SBpi=-0.9300;SBpiQual=-0.8333;VQSLOD=7.3195 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2528,205,0
|
|
20 15754160 rs4813193 G C 952.65 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.098;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.400;SB=-399.410;SBQD=5.650;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6240;VQSLOD=5.6676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:983,0,1324
|
|
20 15755103 rs6043534 C T 1192.37 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.552;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.871;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.699;QD=14.90;ReadPosRankSum=1.498;SB=-409.920;SBQD=3.032;SBpi=0.9733;SBpiQual=1.0689;VQSLOD=4.1472 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1222,0,1186
|
|
20 15768237 rs10460644 G A 2718.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=37.24;SB=-1041.408;SBQD=0.777;SBpi=1.1119;SBpiQual=1.2449;VQSLOD=8.1808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2752,214,0
|
|
20 15775471 rs7269144 G A 959.49 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.372;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=8.915;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=15.73;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-427.027;SBQD=9.104;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4717;VQSLOD=6.2612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:989,0,794
|
|
20 15776185 rs6131709 C T 2022.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59;SB=-1046.749;SBQD=-0.332;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5753;VQSLOD=6.8909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2055,162,0
|
|
20 15777098 rs6135528 C T 1041.75 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=15.55;ReadPosRankSum=0.771;SB=-540.924;SBQD=-0.327;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0955;VQSLOD=5.4671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:1072,0,961
|
|
20 15777852 rs4426588 A G 714.68 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.899;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.083;SB=-376.223;SBQD=-4.570;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.6525;VQSLOD=3.2596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:745,0,1026
|
|
20 15778775 rs761262 C T 1009.20 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.792;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.238;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-499.623;SBQD=3.752;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.1886;VQSLOD=5.5923 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:1039,0,1629
|
|
20 15796051 rs6135554 A G 1527.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.353;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=19.068;HRun=0;HaplotypeScore=23.0744;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=19.10;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-670.462;SBQD=-11.637;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.6109;VQSLOD=-9.9035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,55:80:99:1558,0,614
|
|
20 15796454 rs16996618 G A 1358.21 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.496;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.210;QD=15.43;ReadPosRankSum=-1.102;SB=-720.899;SBQD=-0.979;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0937;VQSLOD=4.3708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:1388,0,1335
|
|
20 15797149 rs1990396 C T 1431.04 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.656;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=12.058;HRun=0;HaplotypeScore=2.7587;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.264;SB=-810.563;SBQD=-3.952;SBpi=-0.2673;SBpiQual=0.0065;VQSLOD=4.4294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:103:99:1461,0,1126
|
|
20 15811489 . A G 1139.82 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.202;DP=86;Dels=0.00;FS=5.391;HRun=0;HaplotypeScore=3.5563;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.790;SB=-538.967;SBQD=-3.810;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.4911;VQSLOD=2.3583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1170,0,1475
|
|
20 15829320 rs175808 T C 2523.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.20;SB=-1284.044;SBQD=0.278;SBpi=0.4588;SBpiQual=0.4960;VQSLOD=7.0706 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2556,202,0
|
|
20 15852131 rs6034314 G A 3361.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9733;MQ=58.46;MQ0=0;QD=37.77;SB=-1559.227;SBQD=-0.726;SBpi=-0.3710;SBpiQual=-0.4813;VQSLOD=7.8089 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3361,265,0
|
|
20 15874325 rs932501 A G 799.82 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.609;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.327;SB=-405.753;SBQD=4.245;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0684;VQSLOD=6.0266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:830,0,974
|
|
20 15921183 rs6043630 C T 1026.05 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=9.422;HRun=1;HaplotypeScore=3.4291;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.010;SB=-216.702;SBQD=8.519;SBpi=1.6537;SBpiQual=1.6639;VQSLOD=2.5974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:1056,0,931
|
|
20 15924695 . C T 740.72 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.642;DP=64;Dels=0.00;FS=3.501;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.394;QD=11.57;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-355.321;SBQD=4.070;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.1570;VQSLOD=1.8309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,25:64:99:771,0,1179
|
|
20 15929065 . G A 135.82 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.456;DP=84;Dels=0.00;FS=54.129;HRun=5;HaplotypeScore=40.6374;MQ=47.14;MQ0=1;MQRankSum=-4.253;QD=1.62;ReadPosRankSum=-2.181;SB=93.267;SBQD=9.461;SBpi=2.5981;SBpiQual=2.2491;VQSLOD=-70.5090 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,27:84:99:166,0,914
|
|
20 15939048 rs6034337 T G 2454.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=31.07;SB=-1206.110;SBQD=-6.416;SBpi=0.8438;SBpiQual=0.3257;VQSLOD=7.0995 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2488,220,0
|
|
20 15942729 rs6131746 A G 2859.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.65;SB=-1539.886;SBQD=2.042;SBpi=-0.0542;SBpiQual=0.0876;VQSLOD=7.1648 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2893,235,0
|
|
20 15942744 rs7352227 T C 2418.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=29.49;SB=-1238.803;SBQD=6.934;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.5583;VQSLOD=7.5466 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2452,214,0
|
|
20 15947095 rs6131750 T G 1402.14 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.586;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=10.747;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=15.93;ReadPosRankSum=2.577;SB=-737.754;SBQD=-7.070;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.2114;VQSLOD=4.4909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:1432,0,1250
|
|
20 15959743 rs55678247 C A 1310.13 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.335;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=16.80;ReadPosRankSum=-0.616;SB=-703.256;SBQD=-0.639;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0399;VQSLOD=4.4338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1340,0,1095
|
|
20 15960231 rs56275196 T A 783.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.031;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=9.031;HRun=1;HaplotypeScore=30.7177;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=1.275;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.140;SB=-402.803;SBQD=6.731;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3948;VQSLOD=-18.5525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:60:99:814,0,920
|
|
20 15963901 rs7268722 A G 1820.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=35.69;SB=-794.974;SBQD=-0.855;SBpi=-0.6301;SBpiQual=-0.6750;VQSLOD=8.3764 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1853,147,0
|
|
20 15964544 rs1856509 T C 2153.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.28;MQ0=0;QD=31.66;SB=-940.715;SBQD=5.712;SBpi=0.4851;SBpiQual=0.9354;VQSLOD=7.7538 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2186,190,0
|
|
20 15966084 rs2095850 T C 775.13 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.406;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.074;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.788;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.390;SB=-397.261;SBQD=4.354;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.0394;VQSLOD=2.4804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:805,0,1254
|
|
20 15984565 rs1745926 C T 1355.96 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.522;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=9.189;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=15.41;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-546.397;SBQD=8.144;SBpi=1.1314;SBpiQual=1.2170;VQSLOD=4.8526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,50:88:99:1386,0,835
|
|
20 15986010 rs6080084 C A 677.89 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.814;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.202;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.438;SB=-230.929;SBQD=-5.992;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9503;VQSLOD=4.5262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:708,0,1286
|
|
20 16000293 rs6080098 A G 773.10 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.485;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.137;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.889;SB=-289.125;SBQD=3.832;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.8211;VQSLOD=5.3904 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:803,0,813
|
|
20 16002852 rs796505 T C 1230.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=25.63;SB=-393.467;SBQD=-3.370;SBpi=-1.8764;SBpiQual=-2.0585;VQSLOD=4.3571 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1263,102,0
|
|
20 16003922 rs775097 T C 1632.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.72;MQ0=0;QD=30.22;SB=-806.727;SBQD=4.601;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.3251;VQSLOD=6.9863 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1665,147,0
|
|
20 16004352 . T C 882.84 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.697;DP=68;Dels=0.00;FS=6.713;HRun=0;HaplotypeScore=2.9121;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-438.654;SBQD=-6.969;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1531;VQSLOD=3.2997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:913,0,1062
|
|
20 16023836 rs6043684 C A 799.03 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.388;QD=13.54;ReadPosRankSum=1.453;SB=-415.839;SBQD=-0.394;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0979;VQSLOD=6.2083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:829,0,992
|
|
20 16082220 rs775141 A G 1006.30 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.037;HRun=0;HaplotypeScore=4.7565;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=15.72;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-348.683;SBQD=-3.532;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-1.1208;VQSLOD=2.9907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:1036,0,746
|
|
20 16090627 rs35828530 G A 2775.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8319;MQ=59.25;MQ0=0;QD=34.27;SB=-1196.517;SBQD=-0.964;SBpi=-1.0556;SBpiQual=-1.2003;VQSLOD=5.2633 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2809,223,0
|
|
20 16090801 rs8121051 T A 2196.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=36.01;SB=-1014.555;SBQD=1.478;SBpi=-0.5762;SBpiQual=-0.4936;VQSLOD=8.2482 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2230,178,0
|
|
20 16094380 rs2224735 C G 2939.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=54.24;MQ0=0;QD=33.40;SB=-1442.312;SBQD=2.475;SBpi=0.3198;SBpiQual=0.4262;VQSLOD=7.4659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2973,241,0
|
|
20 16098498 rs2760540 C A 424.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=1.9913;MQ=55.33;MQ0=0;QD=10.35;SB=-643.133;SBQD=-4.164;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.0908;VQSLOD=-1.3711 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:48.03:457,48,0
|
|
20 16107609 rs912181 G T 1005.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.53;SB=-663.701;SBQD=-1.484;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0878;VQSLOD=4.9117 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:84.26:1039,84,0
|
|
20 16118290 rs2760551 T C 3373.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=34.08;SB=-1462.670;SBQD=6.280;SBpi=0.3518;SBpiQual=0.9421;VQSLOD=8.6683 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3373,289,0
|
|
20 16127529 rs2760556 T C 1480.03 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=3.962;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=16.09;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-745.381;SBQD=3.504;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.2360;VQSLOD=4.6709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:92:99:1510,0,1286
|
|
20 16131086 rs2486223 A G 2335.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.82;MQ0=0;QD=33.36;SB=-1060.464;SBQD=-2.189;SBpi=-0.7171;SBpiQual=-0.8583;VQSLOD=7.6510 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2368,190,0
|
|
20 16133123 rs6043764 C T 2355.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18;SB=-1003.048;SBQD=-1.516;SBpi=-1.0088;SBpiQual=-1.1211;VQSLOD=7.0032 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2389,187,0
|
|
20 16136006 rs6034397 G A 2282.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.3869;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44;SB=-1352.072;SBQD=1.731;SBpi=0.1732;SBpiQual=0.2731;VQSLOD=4.6643 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2316,178,0
|
|
20 16153250 rs6131787 T C 1029.02 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=9.256;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.972;SB=-516.082;SBQD=6.867;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1549;VQSLOD=4.0235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:1059,0,1280
|
|
20 16171308 rs57926689 T C 1222.33 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.288;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.969;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=1.022;QD=17.71;ReadPosRankSum=0.006;SB=-518.520;SBQD=-2.557;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-0.9236;VQSLOD=5.4781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,43:69:99:1252,0,812
|
|
20 16171726 . G A 1161.40 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.168;DP=70;Dels=0.00;FS=4.760;HRun=2;HaplotypeScore=2.0321;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=16.59;ReadPosRankSum=1.193;SB=-543.209;SBQD=5.839;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5535;VQSLOD=2.3661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:1191,0,859
|
|
20 16197404 rs4814456 C T 1034.39 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.610;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=17.24;ReadPosRankSum=0.656;SB=-544.725;SBQD=4.712;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.2498;VQSLOD=5.7991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,35:60:99:1064,0,634
|
|
20 16203020 rs56223133 A G 935.94 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.480;SB=-477.805;SBQD=1.194;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.2736;VQSLOD=5.7678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:966,0,1302
|
|
20 16220299 . A C 535.09 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;DP=57;Dels=0.00;FS=2.305;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.537;SB=-293.914;SBQD=-5.074;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.5242;VQSLOD=3.9869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:565,0,998
|
|
20 16220389 rs1360213 T C 1035.66 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.619;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.815;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-481.390;SBQD=-0.148;SBpi=-0.7715;SBpiQual=-0.5137;VQSLOD=5.3319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1066,0,1371
|
|
20 16239048 . A C 107.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.199;DP=48;Dels=0.00;FS=25.274;HRun=1;HaplotypeScore=5.8591;MQ=32.19;MQ0=0;MQRankSum=0.440;QD=2.24;ReadPosRankSum=1.415;SB=45.009;SBQD=11.153;SBpi=1.8028;SBpiQual=1.9643;VQSLOD=-2.5350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,13:48:99:137,0,443
|
|
20 16240412 rs2486221 G A 46.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=3.519;HRun=0;HaplotypeScore=2.5740;MQ=48.06;MQ0=1;MQRankSum=-3.403;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.120;SB=-30.766;SBQD=-5.690;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-0.9092;VQSLOD=-1.7191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,10:38:76.85:77,0,402
|
|
20 16240869 . C T 42.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=76;Dels=0.00;FS=5.367;HRun=0;HaplotypeScore=2.0641;MQ=25.90;MQ0=32;MQRankSum=1.845;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-46.636;SBQD=3.790;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1878;VQSLOD=-1.4784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,8:76:72.48:72,0,293
|
|
20 16252658 . T C 458.51 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.305;DP=54;Dels=0.00;FS=16.689;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.582;SB=-156.638;SBQD=-13.265;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.8087;VQSLOD=3.8648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:489,0,1135
|
|
20 16252822 rs17657892 A T 985.85 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.802;HRun=2;HaplotypeScore=1.9785;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=12.17;ReadPosRankSum=-1.006;SB=-539.553;SBQD=1.566;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1275;VQSLOD=4.3012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:1016,0,1537
|
|
20 16263388 rs6043850 T C 699.92 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.398;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.119;QD=11.47;ReadPosRankSum=-2.173;SB=-412.727;SBQD=2.493;SBpi=-0.3536;SBpiQual=0.0122;VQSLOD=4.3527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:730,0,841
|
|
20 16265892 rs2031978 T C 632.09 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.670;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-281.242;SBQD=-5.552;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5530;VQSLOD=5.6622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:662,0,1123
|
|
20 16268799 rs6043859 C T 541.85 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.885;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=11.06;ReadPosRankSum=-2.309;SB=-273.670;SBQD=-2.158;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0505;VQSLOD=4.6055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:572,0,841
|
|
20 16269665 . A G 517.87 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.263;DP=64;Dels=0.00;FS=2.146;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.947;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-451.555;SBQD=4.797;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.1404;VQSLOD=1.8304 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:548,0,534
|
|
20 16272136 rs6043872 G C 906.71 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.060;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=15.11;ReadPosRankSum=0.932;SB=-503.804;SBQD=-6.670;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0861;VQSLOD=5.7097 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:937,0,884
|
|
20 16288615 rs718844 C T 965.88 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.700;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.510;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=12.54;ReadPosRankSum=-2.043;SB=-487.419;SBQD=-4.593;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1204;VQSLOD=4.5031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:996,0,1326
|
|
20 16296444 rs6080222 A G 912.67 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.410;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.054;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-484.382;SBQD=-1.726;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.1554;VQSLOD=4.7786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:943,0,1074
|
|
20 16300608 rs13040354 A G 1020.45 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.715;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=2.057;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.116;SB=-305.743;SBQD=3.807;SBpi=1.2005;SBpiQual=1.3371;VQSLOD=5.0065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:1050,0,1275
|
|
20 16326664 rs2328018 T C 656.48 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.041;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.113;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.889;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-281.665;SBQD=7.101;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.6020;VQSLOD=3.6640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:50:99:686,0,593
|
|
20 16336694 rs6135739 G A 813.60 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.127;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.509;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=13.34;ReadPosRankSum=1.090;SB=-397.963;SBQD=-4.712;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.5327;VQSLOD=4.7869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:844,0,899
|
|
20 16341140 rs4814477 A C 1063.06 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.852;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.151;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=16.11;ReadPosRankSum=1.017;SB=-556.709;SBQD=6.410;SBpi=-0.4003;SBpiQual=0.0375;VQSLOD=5.1014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,39:66:99:1093,0,859
|
|
20 16346880 . G A 847 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.672;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=15.98;ReadPosRankSum=-1.087;SB=-398.809;SBQD=0.652;SBpi=0.4642;SBpiQual=0.5141;VQSLOD=3.1791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:877,0,579
|
|
20 16347316 rs4814478 C T 1138.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7675;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=13.23;ReadPosRankSum=-1.193;SB=-598.339;SBQD=-0.084;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.1198;VQSLOD=5.4980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1168,0,1346
|
|
20 16355254 rs2876427 C T 804.75 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.107;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.222;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.268;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.818;SB=-431.976;SBQD=-2.842;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4470;VQSLOD=5.9913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:835,0,896
|
|
20 16365084 . T C 976.10 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=64;Dels=0.00;FS=6.755;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.262;SB=-391.503;SBQD=7.260;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.6492;VQSLOD=3.0235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:1006,0,894
|
|
20 16382725 rs6111093 T A 953.62 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9566;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.538;SB=-413.648;SBQD=2.469;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.5570;VQSLOD=4.6273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:63:99:984,0,930
|
|
20 16448809 rs6043973 G A 1052.38 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.027;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.3670;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.193;SB=-507.764;SBQD=-0.041;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3349;VQSLOD=4.7559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:1082,0,1327
|
|
20 16451033 rs6043976 A C 1139.15 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.659;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.906;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.909;SB=-391.417;SBQD=-2.575;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.2774;VQSLOD=5.2487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1169,0,1104
|
|
20 16453902 rs6043986 T G 916.91 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.460;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=6.904;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=14.11;ReadPosRankSum=-0.376;SB=-264.885;SBQD=-10.206;SBpi=-1.0000;SBpiQual=-1.3822;VQSLOD=5.2456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:947,0,894
|
|
20 16460591 . A G 726.33 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;DP=64;Dels=0.00;FS=0.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.957;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.424;SB=-456.329;SBQD=2.427;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.0888;VQSLOD=5.4073 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:756,0,1120
|
|
20 16511863 rs6075065 G A 2476.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=33.93;SB=-1219.885;SBQD=1.025;SBpi=-0.6437;SBpiQual=-0.5870;VQSLOD=8.3122 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2510,196,0
|
|
20 16520311 rs2092696 T G 863.37 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.564;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.818;HRun=1;HaplotypeScore=1.9466;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=11.83;ReadPosRankSum=-0.448;SB=-461.635;SBQD=-0.868;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.6198;VQSLOD=4.2974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:893,0,730
|
|
20 16521398 rs6034522 A G 1280.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.764;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=2.627;HRun=0;HaplotypeScore=1.9443;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.843;QD=13.20;ReadPosRankSum=-1.085;SB=-637.921;SBQD=-0.181;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.4829;VQSLOD=4.6494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:97:99:1311,0,1528
|
|
20 16525878 rs2223906 T A 572.10 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.414;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.982;HRun=5;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.743;SB=-377.217;SBQD=-1.550;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2150;VQSLOD=4.1316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:602,0,1031
|
|
20 16533162 rs16997877 T C 836.75 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.397;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=3.014;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.360;SB=-349.370;SBQD=4.219;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6390;VQSLOD=4.9648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:867,0,455
|
|
20 16536424 rs6075070 A G 1068.98 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.043;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.445;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.750;SB=-326.799;SBQD=5.684;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.2461;VQSLOD=4.5002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:1099,0,1158
|
|
20 16539168 rs6111177 C A 589.93 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.294;HRun=5;HaplotypeScore=1.6598;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.753;SB=-341.131;SBQD=3.371;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0130;VQSLOD=4.2051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:620,0,808
|
|
20 16552336 rs4813227 A G 1475.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.59;SB=-1036.298;SBQD=-1.606;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.0064;VQSLOD=4.5814 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1508,141,0
|
|
20 16557295 rs4297956 G A 1258.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=34.96;SB=-179.654;SBQD=-7.861;SBpi=-2.1667;SBpiQual=-2.3931;VQSLOD=6.9843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1292,102,0
|
|
20 16558260 rs13044683 G A 1393.42 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.845;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=8.842;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.073;QD=20.80;ReadPosRankSum=1.223;SB=-585.037;SBQD=7.763;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.6509;VQSLOD=2.6526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,43:67:99:1423,0,625
|
|
20 16604085 rs8183815 T G 90.54 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.593;HRun=0;HaplotypeScore=59.3019;MQ=39.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=1.19;ReadPosRankSum=-3.856;SB=-224.545;SBQD=-3.060;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.3992;VQSLOD=-106.2342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,24:76:99:121,0,134
|
|
20 16608615 . C T 641.12 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.655;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-379.564;SBQD=1.044;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1292;VQSLOD=4.2472 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:671,0,828
|
|
20 16624267 rs6111217 G A 1587.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=35.27;SB=-665.071;SBQD=0.756;SBpi=0.8199;SBpiQual=0.8755;VQSLOD=8.3242 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1620,123,0
|
|
20 16632665 rs6111227 G A 857.93 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.437;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9203;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.368;SB=-471.638;SBQD=-1.116;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1730;VQSLOD=5.5619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:888,0,1001
|
|
20 16639015 rs2225737 A C 1925.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=34.38;SB=-984.938;SBQD=-2.316;SBpi=-0.1336;SBpiQual=-0.3014;VQSLOD=8.4564 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1958,156,0
|
|
20 16645424 rs11699707 G T 772.83 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.304;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8533;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.360;SB=-394.126;SBQD=-0.210;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0089;VQSLOD=4.4240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:68:99:803,0,1113
|
|
20 16647973 rs5014587 T C 2756.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.41;MQ0=0;QD=33.61;SB=-1505.812;SBQD=0.215;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0157;VQSLOD=7.9780 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2789,229,0
|
|
20 16655053 rs6135837 G A 1375.56 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.101;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.813;HRun=0;HaplotypeScore=2.6214;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.847;QD=15.28;ReadPosRankSum=1.075;SB=-667.225;SBQD=-2.519;SBpi=0.7702;SBpiQual=0.7605;VQSLOD=4.3445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:1406,0,1055
|
|
20 16655485 rs6044214 A G 1385.02 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.476;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=16.89;ReadPosRankSum=2.227;SB=-716.242;SBQD=1.175;SBpi=-0.0745;SBpiQual=0.0537;VQSLOD=5.7678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1415,0,1154
|
|
20 16657539 rs6044219 G A 1133.67 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.371;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.093;HRun=1;HaplotypeScore=2.4595;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.067;SB=-494.674;SBQD=-3.257;SBpi=-0.7206;SBpiQual=-0.7498;VQSLOD=3.9265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1164,0,837
|
|
20 16660005 rs1885570 G A 1406.59 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.510;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=17.80;ReadPosRankSum=1.084;SB=-621.755;SBQD=2.561;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.6294;VQSLOD=5.6456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1437,0,928
|
|
20 16661846 rs55943705 A C 701.09 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=6.113;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.345;SB=-161.569;SBQD=-8.880;SBpi=-1.5119;SBpiQual=-1.6035;VQSLOD=3.5223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:731,0,885
|
|
20 16662733 rs6135846 C T 1585.35 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.104;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.817;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=16.34;ReadPosRankSum=0.539;SB=-680.093;SBQD=-1.452;SBpi=0.8765;SBpiQual=0.7428;VQSLOD=5.1046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,55:97:99:1615,0,944
|
|
20 16665021 rs4814537 C G 734.09 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.866;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.435;SB=-255.825;SBQD=-4.135;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.2815;VQSLOD=5.1035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:764,0,1445
|
|
20 16668603 rs6044231 T C 1844.49 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.394;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.082;QD=19.21;ReadPosRankSum=0.858;SB=-931.702;SBQD=-1.393;SBpi=0.0662;SBpiQual=0.0165;VQSLOD=5.3021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,57:96:99:1874,0,1163
|
|
20 16681798 rs6044250 T C 650.46 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.987;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.996;HRun=0;HaplotypeScore=2.1790;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-267.543;SBQD=2.239;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.6842;VQSLOD=4.9468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:680,0,1312
|
|
20 16683778 rs6135858 T C 1291.37 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.145;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=6.742;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.952;SB=-493.848;SBQD=7.231;SBpi=0.7071;SBpiQual=1.0015;VQSLOD=5.9616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,50:92:99:1321,0,1291
|
|
20 16694602 rs6044262 G A 1375.34 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.804;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.460;SB=-653.781;SBQD=-0.478;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3046;VQSLOD=5.8177 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,45:77:99:1405,0,964
|
|
20 16701047 rs6135867 A G 2470.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=34.32;SB=-1314.505;SBQD=0.528;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.1877;VQSLOD=9.0014 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2504,196,0
|
|
20 16715064 rs56040744 G A 1300.06 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.629;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=18.06;ReadPosRankSum=0.040;SB=-615.548;SBQD=0.425;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3356;VQSLOD=5.2116 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1330,0,926
|
|
20 16742329 rs4814554 C T 3080 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.56;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1472.278;SBQD=0.842;SBpi=0.3273;SBpiQual=0.3830;VQSLOD=7.0907 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3113,244,0
|
|
20 16753567 rs2328074 G A 890.43 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.625;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.525;SB=-461.336;SBQD=1.221;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0769;VQSLOD=4.9103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:920,0,1193
|
|
20 16757420 rs4458282 T C 2443.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=33.47;SB=-1074.884;SBQD=6.136;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.7799;VQSLOD=7.8205 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2476,214,0
|
|
20 16758178 rs6135896 T C 1219.60 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.453;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=7.269;HRun=1;HaplotypeScore=2.1461;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-428.700;SBQD=6.491;SBpi=1.1437;SBpiQual=1.2071;VQSLOD=3.8633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1250,0,1334
|
|
20 16759102 rs6044318 C A 2530.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=37.77;SB=-1032.140;SBQD=0.631;SBpi=0.7941;SBpiQual=0.8967;VQSLOD=8.5574 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2564,202,0
|
|
20 16770290 rs4471953 T G 1933.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=1;QD=26.48;SB=-923.315;SBQD=11.152;SBpi=-0.1756;SBpiQual=-0.1801;VQSLOD=4.7902 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1966,177,0
|
|
20 16775094 rs2206655 C A 587.49 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.866;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.672;SB=-338.053;SBQD=4.728;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0793;VQSLOD=2.2134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:617,0,1071
|
|
20 16781008 rs6135907 G A 709.02 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.195;HRun=0;HaplotypeScore=1.8730;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.734;SB=-376.269;SBQD=1.487;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2447;VQSLOD=5.2205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:739,0,1055
|
|
20 16785436 rs6044356 T A 1685.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.05;MQ0=0;QD=34.40;SB=-193.230;SBQD=4.332;SBpi=2.7857;SBpiQual=2.9832;VQSLOD=4.5708 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1718,132,0
|
|
20 16788000 rs6044368 G A 448.53 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.247;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=7.519;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-327.301;SBQD=7.701;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.2565;VQSLOD=3.4030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:479,0,511
|
|
20 16795657 rs714509 A C 853.19 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.213;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.911;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=10.53;ReadPosRankSum=-1.961;SB=-531.812;SBQD=2.694;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.3545;VQSLOD=4.7042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:883,0,1350
|
|
20 16815122 rs6034643 G C 1092.14 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.930;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.926;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.357;SB=-380.469;SBQD=-2.064;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.1725;VQSLOD=4.8206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1122,0,1016
|
|
20 16831676 rs1998145 A G 1513.71 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.415;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=18.24;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-560.759;SBQD=5.860;SBpi=0.9899;SBpiQual=1.1698;VQSLOD=4.2598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:1544,0,966
|
|
20 16832256 . A G 1118.89 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;DP=64;Dels=0.00;FS=5.517;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.480;SB=-282.507;SBQD=-7.369;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.6401;VQSLOD=2.1081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1149,0,887
|
|
20 16852832 rs6044476 C T 2681.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=37.24;SB=-1208.552;SBQD=-0.827;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.5582;VQSLOD=8.5654 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2714,214,0
|
|
20 16856681 rs2208276 G A 2188.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;QD=32.18;SB=-1001.612;SBQD=-0.264;SBpi=-0.9701;SBpiQual=-1.0258;VQSLOD=7.7524 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2221,175,0
|
|
20 16866283 rs6080469 T G 2211.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9996;MQ=58.74;MQ0=0;QD=31.60;SB=-1273.585;SBQD=0.046;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0246;VQSLOD=6.9565 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2245,181,0
|
|
20 16873265 rs2328111 A C 2508.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.37;SB=-1144.636;SBQD=-0.660;SBpi=0.7608;SBpiQual=0.7217;VQSLOD=8.8014 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2542,202,0
|
|
20 16877610 rs6080478 C G 2963.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.78;MQ0=0;QD=35.71;SB=-1369.417;SBQD=-0.299;SBpi=-0.6037;SBpiQual=-0.6600;VQSLOD=7.4233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2997,235,0
|
|
20 16879034 rs1018518 G T 2778.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1413.128;SBQD=-0.256;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2573;VQSLOD=8.3506 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2811,220,0
|
|
20 16900098 rs6044510 G A 2488.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=36.60;SB=-1220.297;SBQD=-0.795;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.2872;VQSLOD=8.7876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2522,196,0
|
|
20 16900370 rs2328117 G T 2468.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.08;MQ0=0;QD=34.77;SB=-1119.367;SBQD=1.035;SBpi=0.6527;SBpiQual=0.7597;VQSLOD=7.0591 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2502,193,0
|
|
20 16903953 rs4814572 T C 2157.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.25;SB=-1046.740;SBQD=1.313;SBpi=0.3150;SBpiQual=0.4087;VQSLOD=8.6299 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2191,181,0
|
|
20 16908668 rs4814574 C T 308.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9974;MQ=39.12;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.348;SB=-459.411;SBQD=-4.130;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8422;VQSLOD=2.9942 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:30.07:342,30,0
|
|
20 16910003 rs2208151 T C 1825.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4942;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45;SB=-1010.612;SBQD=7.460;SBpi=-0.2540;SBpiQual=0.3024;VQSLOD=5.9993 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1859,162,0
|
|
20 16956267 rs4813258 G A 1990.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=34.93;SB=-715.412;SBQD=-1.952;SBpi=-1.1259;SBpiQual=-1.2667;VQSLOD=8.2749 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2024,160,0
|
|
20 16981040 rs6105693 G A 1196.51 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.446;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=3.019;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-308.091;SBQD=-3.560;SBpi=-1.7537;SBpiQual=-1.8601;VQSLOD=3.6005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:1226,0,1725
|
|
20 16981186 rs6111378 C T 3585.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=35.50;SB=-1781.580;SBQD=1.677;SBpi=0.3483;SBpiQual=0.5296;VQSLOD=8.3889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:3585,277,0
|
|
20 16985166 . A T 627.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DP=77;Dels=0.00;FS=4.719;HRun=0;HaplotypeScore=10.7636;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=8.14;ReadPosRankSum=2.116;SB=-320.727;SBQD=-4.657;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.5739;VQSLOD=-0.3706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:77:99:657,0,1012
|
|
20 16997197 rs62200359 T C 1315.79 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.555;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=17.09;ReadPosRankSum=1.294;SB=-644.120;SBQD=0.261;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.2094;VQSLOD=4.8588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1346,0,1128
|
|
20 17009304 rs41499348 A G 520.86 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.213;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.164;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.361;SB=-239.240;SBQD=-3.049;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.5461;VQSLOD=4.8263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,23:68:99:551,0,1517
|
|
20 17009845 rs2072983 G A 634.33 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.655;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.940;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.583;SB=-288.556;SBQD=1.672;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4451;VQSLOD=5.1976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,24:74:99:664,0,1370
|
|
20 17012353 rs6135955 A C 874.80 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=9.734;HRun=4;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.061;SB=-406.182;SBQD=9.166;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3944;VQSLOD=4.9086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:905,0,496
|
|
20 17015794 . C A 259.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.426;DP=68;Dels=0.00;FS=1.150;HRun=3;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-141.720;SBQD=-1.172;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.1674;VQSLOD=0.6965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,15:68:99:290,0,1530
|
|
20 17020974 rs10485566 A G 824.03 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.911;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.312;HRun=0;HaplotypeScore=2.2337;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-268.336;SBQD=-6.654;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.1821;VQSLOD=5.1189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:854,0,1265
|
|
20 17034694 rs1111018 G A 2484.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.53;SB=-1101.059;SBQD=-2.925;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.5463;VQSLOD=8.2252 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2517,202,0
|
|
20 17052919 rs11700038 G C 1198.15 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.943;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.141;SB=-603.304;SBQD=1.741;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0175;VQSLOD=4.8376 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1228,0,1301
|
|
20 17058976 rs6135963 A G 286.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.527;HRun=0;HaplotypeScore=5.6239;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-103.004;SBQD=7.716;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.9969;VQSLOD=1.2511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:38:99:316,0,469
|
|
20 17063370 rs1570340 A G 819.81 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=2.030;HRun=4;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.249;SB=-387.588;SBQD=1.240;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.7153;VQSLOD=4.9706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:850,0,1035
|
|
20 17067501 rs7268445 A G 801.27 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.430;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.1557;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.426;SB=-486.184;SBQD=1.471;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2487;VQSLOD=4.7277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:831,0,1133
|
|
20 17071681 rs956110 T C 1189.34 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.231;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.767;HRun=0;HaplotypeScore=2.8477;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.765;SB=-551.534;SBQD=0.762;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3816;VQSLOD=5.1407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:1219,0,1405
|
|
20 17074776 rs852016 G A 2668.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=31.77;SB=-1535.041;SBQD=-1.184;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0497;VQSLOD=7.7769 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2701,217,0
|
|
20 17079400 rs852021 T C 2531.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;QD=32.88;SB=-1174.788;SBQD=-1.808;SBpi=0.8547;SBpiQual=0.8015;VQSLOD=7.0121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2565,205,0
|
|
20 17080668 rs16998737 G T 1151.62 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.090;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.900;HRun=0;HaplotypeScore=2.4370;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-612.751;SBQD=2.275;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0547;VQSLOD=5.1251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1182,0,1093
|
|
20 17085399 rs852032 C T 2488.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72;SB=-1143.055;SBQD=2.403;SBpi=-1.2778;SBpiQual=-1.1747;VQSLOD=5.5739 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2521,196,0
|
|
20 17096685 rs1101133 A C 679.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=17.42;MQ0=18;MQRankSum=1.143;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.111;SB=-226.005;SBQD=-1.150;SBpi=-1.2481;SBpiQual=-1.0798;VQSLOD=4.6673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:65:83.84:712,84,0
|
|
20 17100945 rs852048 C A 719.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.603;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.88;MQ0=19;MQRankSum=1.281;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-181.736;SBQD=18.760;SBpi=-0.8609;SBpiQual=-0.9408;VQSLOD=4.9037 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,57:65:72.11:752,72,0
|
|
20 17120437 rs2146225 G A 1588.17 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.743;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=1;MQRankSum=2.800;QD=15.42;ReadPosRankSum=-0.536;SB=-783.444;SBQD=-1.894;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.2855;VQSLOD=3.8494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,54:103:99:1618,0,1564
|
|
20 17162430 rs1101156 G A 1164.24 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.348;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=7.237;HRun=1;HaplotypeScore=2.9845;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.095;SB=-408.749;SBQD=7.446;SBpi=0.8807;SBpiQual=1.0421;VQSLOD=4.3905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:86:99:1194,0,1366
|
|
20 17165672 rs1101157 T C 2256.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.25;MQ0=0;QD=30.50;SB=-1182.713;SBQD=1.179;SBpi=0.3487;SBpiQual=0.2125;VQSLOD=7.1323 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2290,195,0
|
|
20 17211578 rs4814596 T C 1134.33 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.776;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.773;SB=-558.842;SBQD=2.737;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2234;VQSLOD=5.0314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:1164,0,1574
|
|
20 17213181 rs8116844 C G 936.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.738;SB=-485.875;SBQD=-2.106;SBpi=0.2535;SBpiQual=-0.1480;VQSLOD=6.4678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:967,0,1077
|
|
20 17214842 rs1592017 C T 2500.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=33.34;SB=-1285.328;SBQD=0.791;SBpi=-0.5196;SBpiQual=-0.5022;VQSLOD=7.6504 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2533,199,0
|
|
20 17230381 rs4813266 G C 2136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.89;MQ0=0;QD=35.62;SB=-858.559;SBQD=1.687;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.0241;VQSLOD=8.6185 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2170,172,0
|
|
20 17250845 rs6044717 T A 1917.53 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=22.30;SB=-1422.954;SBQD=-0.567;SBpi=-0.3235;SBpiQual=-0.4368;VQSLOD=2.0685 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:1951,174,0
|
|
20 17261954 rs1361510 A G 2445.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=33.50;SB=-1344.003;SBQD=1.039;SBpi=0.0585;SBpiQual=0.1406;VQSLOD=8.2900 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2479,196,0
|
|
20 17288580 rs1934888 T C 1662.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;QD=31.36;SB=-468.367;SBQD=-8.059;SBpi=-1.4423;SBpiQual=-1.8293;VQSLOD=6.5605 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1695,138,0
|
|
20 17304920 rs56294046 A G 615.45 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.078;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.834;SB=-282.965;SBQD=-2.360;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.4736;VQSLOD=4.7644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:645,0,909
|
|
20 17313454 rs2424074 T C 2201.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=32.37;SB=-1095.072;SBQD=7.069;SBpi=-0.1213;SBpiQual=0.4296;VQSLOD=8.4166 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2234,192,0
|
|
20 17320803 rs6080641 T C 1106.93 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.148;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=14.76;ReadPosRankSum=1.690;SB=-558.793;SBQD=-4.987;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.1165;VQSLOD=6.1193 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:1137,0,1133
|
|
20 17321890 rs12480849 A G 790.42 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.792;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.243;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=1.941;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.592;SB=-491.074;SBQD=3.350;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2303;VQSLOD=5.0966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:820,0,1167
|
|
20 17323684 rs55909305 C T 774.68 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.554;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.702;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.432;SB=-330.244;SBQD=4.375;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.8713;VQSLOD=3.6514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,32:78:99:805,0,1381
|
|
20 17327709 rs4814605 A C 716.31 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.204;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.916;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.254;SB=-333.787;SBQD=-0.112;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.5193;VQSLOD=4.9349 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,28:74:99:746,0,1209
|
|
20 17340582 rs6044755 G A 2708.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=36.60;SB=-1404.699;SBQD=-0.981;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.0448;VQSLOD=8.7902 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2742,214,0
|
|
20 17358872 rs6080666 T G 1029.33 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.011;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=13.72;ReadPosRankSum=2.147;SB=-440.729;SBQD=6.249;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6186;VQSLOD=4.6995 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1059,0,1302
|
|
20 17360854 . C A 1157.08 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.661;DP=74;Dels=0.00;FS=0.899;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=15.64;ReadPosRankSum=0.514;SB=-534.764;SBQD=-1.696;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.4449;VQSLOD=1.6663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1187,0,1027
|
|
20 17361482 rs16999051 C T 1625.15 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.342;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=7.835;HRun=0;HaplotypeScore=1.9947;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=16.09;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-804.361;SBQD=-5.422;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.4888;VQSLOD=5.6197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,56:101:99:1655,0,1277
|
|
20 17400534 rs2269003 C T 662.44 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.852;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.862;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.090;SB=-436.258;SBQD=-1.244;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8041;VQSLOD=4.8489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:692,0,1041
|
|
20 17429993 rs6131955 A C 337.08 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.447;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.907;SB=-71.597;SBQD=-11.151;SBpi=-1.2500;SBpiQual=-1.3242;VQSLOD=4.1333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:367,0,470
|
|
20 17440478 rs2023423 A G 1248.31 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=14.244;HRun=1;HaplotypeScore=2.4892;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=15.80;ReadPosRankSum=1.884;SB=-499.830;SBQD=-8.551;SBpi=-1.0321;SBpiQual=-1.1045;VQSLOD=3.4418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:1278,0,862
|
|
20 17445449 rs2284915 C T 1328.09 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.854;HRun=4;HaplotypeScore=2.3565;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=16.00;ReadPosRankSum=-1.567;SB=-679.701;SBQD=2.778;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.4977;VQSLOD=4.0115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,47:83:99:1358,0,1111
|
|
20 17445535 rs2284916 G A 890.14 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.619;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-478.883;SBQD=2.756;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3156;VQSLOD=4.9541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:920,0,983
|
|
20 17448691 rs11697888 T A 127.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.338;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-123.943;SBQD=-1.906;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.2831;VQSLOD=-0.6723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,13:51:99:157,0,954
|
|
20 17484736 rs13037434 G C 801.69 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-421.778;SBQD=0.079;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.1331;VQSLOD=4.8973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:55:99:832,0,811
|
|
20 17493187 rs6105766 T C 585.60 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.148;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=20.085;HRun=3;HaplotypeScore=0.9958;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.350;SB=-55.864;SBQD=-13.780;SBpi=-1.7724;SBpiQual=-1.8277;VQSLOD=2.5121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:616,0,1008
|
|
20 17523989 rs201930 T C 1143.96 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.978;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.109;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.361;SB=-550.913;SBQD=-3.539;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5160;VQSLOD=6.0593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1174,0,1322
|
|
20 17560985 rs1885081 A G 2906.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.27;SB=-1264.371;SBQD=-1.895;SBpi=-0.5661;SBpiQual=-0.7004;VQSLOD=5.9891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2940,229,0
|
|
20 17596892 rs6044910 C A 1458.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.3893;MQ=59.56;MQ0=0;QD=28.04;SB=-826.153;SBQD=1.309;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.4824;VQSLOD=4.2139 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1491,117,0
|
|
20 17665899 rs28653764 A G 79.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=12.442;HRun=2;HaplotypeScore=5.9874;MQ=46.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.325;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.264;SB=18.053;SBQD=10.931;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.7224;VQSLOD=-1.9674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:109,0,460
|
|
20 17679400 rs6136169 C T 1937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=34.59;SB=-944.168;SBQD=-1.615;SBpi=-0.4009;SBpiQual=-0.5142;VQSLOD=9.3232 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1970,153,0
|
|
20 17683985 . C T 810.42 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=71;Dels=0.00;FS=0.926;HRun=1;HaplotypeScore=1.9456;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.748;SB=-378.112;SBQD=-0.511;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.5254;VQSLOD=3.0011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:840,0,1107
|
|
20 17710905 rs4813280 C A 1027.47 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.861;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.928;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=16.05;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-530.296;SBQD=-0.771;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1405;VQSLOD=5.2252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:1057,0,962
|
|
20 17711496 rs6034891 A G 731.88 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.356;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-460.976;SBQD=1.050;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.4696;VQSLOD=5.0200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:762,0,876
|
|
20 17712357 rs6044973 G A 848.08 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.008;SB=-374.747;SBQD=1.241;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5967;VQSLOD=5.5259 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:878,0,1115
|
|
20 17722688 rs1815371 T C 2719.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.32;SB=-1341.946;SBQD=0.865;SBpi=-0.3989;SBpiQual=-0.3505;VQSLOD=8.4297 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2753,220,0
|
|
20 17762075 rs2618630 T C 1036.96 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.214;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.835;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=12.06;ReadPosRankSum=-1.989;SB=-485.620;SBQD=3.782;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.8712;VQSLOD=4.6956 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:1067,0,1195
|
|
20 17767573 rs2745815 A G 734.76 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.143;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.549;SB=-354.532;SBQD=-5.360;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.5432;VQSLOD=5.8248 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:765,0,507
|
|
20 17814026 rs6045029 A C 756.62 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=8.388;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.978;SB=-416.270;SBQD=-7.051;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5452;VQSLOD=4.2100 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:787,0,1076
|
|
20 17840220 rs6080868 T A 956.48 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.111;HRun=0;HaplotypeScore=1.4725;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=18.75;ReadPosRankSum=0.594;SB=-442.987;SBQD=0.733;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3173;VQSLOD=5.1424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:986,0,359
|
|
20 17842006 rs2252247 A G 673.36 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.711;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.630;SB=-360.194;SBQD=-4.424;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3796;VQSLOD=5.3053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:703,0,826
|
|
20 17847291 rs6080874 A G 818.63 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.769;SB=-478.567;SBQD=-2.982;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.1795;VQSLOD=3.9321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:849,0,973
|
|
20 17853873 rs240757 G A 787.11 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.983;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.139;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-481.933;SBQD=-3.885;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0606;VQSLOD=5.7177 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:817,0,849
|
|
20 17898250 rs55943553 G A 936.02 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.592;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4385;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.610;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-490.571;SBQD=0.898;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3592;VQSLOD=4.4150 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:62:99:966,0,690
|
|
20 17909581 rs1555305 T G 417.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2955;MQ=57.05;MQ0=0;QD=17.39;SB=-377.579;SBQD=-7.060;SBpi=0.2041;SBpiQual=-0.1281;VQSLOD=4.7880 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:42.07:450,42,0
|
|
20 17915546 rs11697158 G A 670.65 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.635;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=19.566;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.640;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-215.992;SBQD=14.653;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.8350;VQSLOD=4.5601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:701,0,726
|
|
20 17919027 rs56188405 T C 461.84 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.558;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.143;SB=-216.835;SBQD=1.126;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-0.6640;VQSLOD=4.9095 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:492,0,478
|
|
20 17930229 . C T 1175.83 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;DP=97;Dels=0.00;FS=6.767;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.484;SB=-637.909;SBQD=4.776;SBpi=0.0762;SBpiQual=-0.0384;VQSLOD=4.3409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:97:99:1206,0,1770
|
|
20 17946586 rs16978653 C A 850.59 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.645;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.095;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.618;QD=13.29;ReadPosRankSum=-2.109;SB=-488.475;SBQD=-1.594;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.1337;VQSLOD=4.5951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:881,0,951
|
|
20 17953571 rs8121408 C T 1202.20 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.041;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=11.037;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.517;SB=-580.687;SBQD=8.187;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0882;VQSLOD=5.6764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:89:99:1232,0,1277
|
|
20 17957101 rs12624629 C G 473.17 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.847;SB=-332.369;SBQD=-0.206;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.6715;VQSLOD=3.7755 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:45:99:503,0,402
|
|
20 17957102 rs12624630 C G 478.63 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=10.88;ReadPosRankSum=1.279;SB=-283.732;SBQD=1.837;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.8086;VQSLOD=5.1230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:509,0,445
|
|
20 17973355 rs62209766 C T 867.28 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6316;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=3.127;QD=17.01;ReadPosRankSum=-0.594;SB=-466.411;SBQD=-1.142;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2560;VQSLOD=3.1457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:51:99:897,0,488
|
|
20 18031455 rs6045164 T A 723.94 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.054;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=14.77;ReadPosRankSum=-1.773;SB=-386.290;SBQD=-6.140;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2657;VQSLOD=4.2883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:754,0,729
|
|
20 18032205 rs4814690 A C 2823.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=36.19;SB=-1466.521;SBQD=-0.045;SBpi=0.1132;SBpiQual=0.1100;VQSLOD=5.9343 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2856,223,0
|
|
20 18070144 rs4813299 A G 623.91 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.523;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.886;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.618;SB=-524.318;SBQD=5.877;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1046;VQSLOD=5.3879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:654,0,1132
|
|
20 18080220 rs6111828 A T 580.04 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-397.221;SBQD=0.154;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0584;VQSLOD=4.7543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:610,0,1018
|
|
20 18101276 rs1928099 G A 1440.39 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.656;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=8.260;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=15.32;ReadPosRankSum=1.519;SB=-790.502;SBQD=-5.692;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.1056;VQSLOD=6.3926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:1470,0,1383
|
|
20 18111898 . C A 716.23 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.546;DP=67;Dels=0.00;FS=3.459;HRun=1;HaplotypeScore=3.2240;MQ=58.22;MQ0=1;MQRankSum=-0.462;QD=10.69;ReadPosRankSum=-2.352;SB=-423.121;SBQD=-3.594;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1082;VQSLOD=1.7382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:746,0,1019
|
|
20 18113474 rs6075288 C T 759.65 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.787;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.212;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=12.88;ReadPosRankSum=1.005;SB=-340.583;SBQD=3.159;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2990;VQSLOD=5.9342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:790,0,1065
|
|
20 18125441 rs1205218 G A 1391.97 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.772;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.847;HRun=0;HaplotypeScore=2.8933;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=16.57;ReadPosRankSum=-0.040;SB=-712.358;SBQD=2.225;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.0781;VQSLOD=4.7591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,46:84:99:1422,0,1159
|
|
20 18127163 rs1205220 T C 753.66 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.714;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.240;HRun=0;HaplotypeScore=1.7987;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.707;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-399.694;SBQD=-3.106;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.1581;VQSLOD=1.8486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:784,0,1077
|
|
20 18175556 . C T 142.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.767;DP=25;Dels=0.00;FS=5.006;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.38;MQ0=2;MQRankSum=-2.450;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-35.573;SBQD=-3.217;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.5143;VQSLOD=-1.0092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:172,0,416
|
|
20 18181448 rs8114045 T A 1162.93 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.289;HRun=0;HaplotypeScore=2.9034;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=17.36;ReadPosRankSum=0.460;SB=-498.077;SBQD=-3.653;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.6035;VQSLOD=4.0872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:1193,0,921
|
|
20 18187981 rs2843447 A G 1365.57 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.143;HRun=0;HaplotypeScore=1.9846;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=20.08;ReadPosRankSum=-0.186;SB=-682.386;SBQD=3.169;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1556;VQSLOD=4.1966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,44:68:99:1396,0,588
|
|
20 18197571 rs2103797 A G 1187.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.35;MQ0=0;QD=30.46;SB=-639.431;SBQD=-3.702;SBpi=0.0801;SBpiQual=-0.1947;VQSLOD=5.8102 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1221,105,0
|
|
20 18205031 rs6075304 C T 948.88 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.093;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=10.454;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.956;SB=-419.989;SBQD=7.343;SBpi=1.0151;SBpiQual=1.0501;VQSLOD=4.3922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:91:99:979,0,846
|
|
20 18206294 rs2747409 T C 629.09 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.846;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.839;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-447.389;SBQD=0.938;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.1440;VQSLOD=5.0224 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,37:81:99:659,0,1366
|
|
20 18244150 rs2179818 T A 787.57 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=8.131;HRun=0;HaplotypeScore=1.5757;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.129;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.495;SB=-408.285;SBQD=-6.704;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3255;VQSLOD=3.6489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:818,0,1341
|
|
20 18252141 rs2255288 T C 613.45 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.290;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.537;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.150;SB=-128.845;SBQD=-0.612;SBpi=-1.6330;SBpiQual=-1.7806;VQSLOD=4.4553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:643,0,772
|
|
20 18267363 rs910246 T C 867.51 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.219;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.886;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-409.255;SBQD=3.419;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2975;VQSLOD=4.3377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:898,0,921
|
|
20 18273286 . A G 1119.35 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.993;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7223;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.210;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-499.749;SBQD=-2.324;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.4809;VQSLOD=3.1426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,43:97:99:1149,0,1597
|
|
20 18304378 rs6045325 A G 3900.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8893;MQ=59.83;MQ0=0;QD=35.46;SB=-1723.259;SBQD=-0.263;SBpi=-0.8581;SBpiQual=-0.8772;VQSLOD=4.3175 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:3900,310,0
|
|
20 18304440 . A T 1114 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DP=89;Dels=0.00;FS=0.817;HRun=0;HaplotypeScore=2.9448;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.732;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-616.261;SBQD=1.647;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.4187;VQSLOD=2.6766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1144,0,1178
|
|
20 18323203 rs2248093 G A 373.85 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.309;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=13.391;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-203.489;SBQD=-13.787;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-0.9547;VQSLOD=4.6198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:404,0,761
|
|
20 18342033 rs2268948 G A 1730.97 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.875;HRun=2;HaplotypeScore=3.1869;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=20.13;ReadPosRankSum=0.698;SB=-650.111;SBQD=3.513;SBpi=0.8765;SBpiQual=1.0943;VQSLOD=2.9871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,54:86:99:1761,0,919
|
|
20 18351383 rs4813313 T C 3158.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=58.10;MQ0=0;QD=36.73;SB=-1543.860;SBQD=-1.475;SBpi=0.3235;SBpiQual=0.3345;VQSLOD=7.3528 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3191,253,0
|
|
20 18352380 rs6075329 G A 1116.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.18;MQ0=0;QD=21.88;SB=-850.614;SBQD=-4.529;SBpi=0.3501;SBpiQual=0.1836;VQSLOD=3.9331 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1149,105,0
|
|
20 18358560 rs6081120 G A 2393.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.72;SB=-1191.969;SBQD=-0.954;SBpi=0.4276;SBpiQual=0.3800;VQSLOD=8.2209 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2426,187,0
|
|
20 18362400 rs6075334 G A 2131.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.37;SB=-1023.132;SBQD=1.579;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.4722;VQSLOD=7.3838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2164,172,0
|
|
20 18378930 rs2876490 A T 2462.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;QD=34.69;SB=-1267.630;SBQD=-1.607;SBpi=0.4154;SBpiQual=0.3153;VQSLOD=8.8622 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2496,199,0
|
|
20 18392563 rs6136367 T C 2553.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=35.96;SB=-1195.195;SBQD=-0.367;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.5422;VQSLOD=8.5238 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2586,205,0
|
|
20 18408790 rs28656112 G A 708.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=53.29;MQ0=0;QD=18.16;SB=-390.968;SBQD=6.315;SBpi=-1.3611;SBpiQual=-1.0281;VQSLOD=3.7615 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:63.16:741,63,0
|
|
20 18419351 rs6111959 C T 3069.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.79;MQ0=0;QD=35.28;SB=-1294.341;SBQD=-6.198;SBpi=-0.4825;SBpiQual=-0.9732;VQSLOD=6.6319 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:3102,250,0
|
|
20 18485412 rs2009092 C G 2212.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8410;MQ=59.65;MQ0=0;QD=33.52;SB=-603.150;SBQD=4.943;SBpi=1.8464;SBpiQual=2.0555;VQSLOD=5.6053 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2245,181,0
|
|
20 18503271 rs6081180 C T 1779.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;QD=34.90;SB=-959.379;SBQD=-0.092;SBpi=-0.0700;SBpiQual=-0.0713;VQSLOD=8.1700 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1813,141,0
|
|
20 18506825 rs1555354 C G 2210.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=34.01;SB=-778.338;SBQD=0.311;SBpi=1.4264;SBpiQual=1.4663;VQSLOD=7.8243 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2244,184,0
|
|
20 18519613 rs4814758 A G 1707.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.47;MQ0=0;QD=25.87;SB=-1080.772;SBQD=-2.143;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0565;VQSLOD=4.1472 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1740,147,0
|
|
20 18522319 rs6045454 A G 2650.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.13;SB=-1211.673;SBQD=-6.824;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.7918;VQSLOD=8.7568 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2683,229,0
|
|
20 18528254 rs4814760 G A 2003.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;QD=31.31;SB=-1070.492;SBQD=-0.730;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4674;VQSLOD=7.7798 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2037,162,0
|
|
20 18535275 rs1973956 T C 1417.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7900;MQ=37.54;MQ0=5;QD=24.86;SB=-188.167;SBQD=-20.147;SBpi=-1.9052;SBpiQual=-2.2599;VQSLOD=2.9581 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1450,126,0
|
|
20 18558496 rs56112071 T C 2258.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.42;MQ0=0;QD=30.94;SB=-1204.716;SBQD=0.630;SBpi=-0.2926;SBpiQual=-0.3238;VQSLOD=6.5269 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2292,190,0
|
|
20 18564374 rs6132084 T G 3186.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8566;MQ=55.95;MQ0=0;QD=35.40;SB=-1451.066;SBQD=1.380;SBpi=0.5270;SBpiQual=0.5414;VQSLOD=6.2357 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3219,259,0
|
|
20 18577854 rs6081239 A G 936.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.95;MQ0=0;QD=22.30;SB=-723.681;SBQD=1.415;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.0823;VQSLOD=3.8682 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:81.23:970,81,0
|
|
20 18582167 rs6045498 A G 346.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.96;MQ0=1;QD=6.66;SB=-222.713;SBQD=-16.074;SBpi=-2.1704;SBpiQual=-2.5182;VQSLOD=1.1465 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:33.09:379,33,0
|
|
20 18607227 rs6075380 A T 2792.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;QD=34.05;SB=-1453.928;SBQD=-0.443;SBpi=-0.3313;SBpiQual=-0.3951;VQSLOD=7.9645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2825,220,0
|
|
20 18623128 rs6075382 G A 2252.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.69;MQ0=0;QD=35.75;SB=-716.589;SBQD=2.288;SBpi=1.4489;SBpiQual=1.6733;VQSLOD=8.0272 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2285,184,0
|
|
20 18623837 rs6132094 T G 2742.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9968;MQ=54.27;MQ0=0;QD=26.88;SB=-1721.665;SBQD=3.312;SBpi=-0.0498;SBpiQual=0.0607;VQSLOD=3.6905 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:102:99:2775,229,0
|
|
20 18625894 rs6136451 G A 2788.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1134.369;SBQD=1.616;SBpi=0.9687;SBpiQual=1.1402;VQSLOD=8.1650 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2821,220,0
|
|
20 18648309 rs6081283 A G 2054.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=27.76;SB=-747.973;SBQD=6.599;SBpi=1.6275;SBpiQual=1.9876;VQSLOD=4.6827 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2087,166,0
|
|
20 18657219 rs6136463 G C 1895.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.47;SB=-992.721;SBQD=5.397;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.8315;VQSLOD=5.9531 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1929,162,0
|
|
20 18682548 rs1535241 T C 3160.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1353.981;SBQD=-2.022;SBpi=1.1007;SBpiQual=0.9805;VQSLOD=8.0138 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3194,256,0
|
|
20 18682632 rs1535240 G T 2941.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.71;SB=-974.770;SBQD=0.394;SBpi=1.5852;SBpiQual=1.6967;VQSLOD=6.8928 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2974,232,0
|
|
20 18684846 rs6081314 A G 2151.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7356;MQ=51.25;MQ0=0;QD=30.30;SB=-1036.527;SBQD=-6.272;SBpi=-0.1780;SBpiQual=-0.6689;VQSLOD=6.5905 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2185,192,0
|
|
20 18697511 rs7271981 C T 2850.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.94;SB=-1582.818;SBQD=1.691;SBpi=-0.1091;SBpiQual=0.0239;VQSLOD=7.1055 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2884,232,0
|
|
20 18718955 rs1111033 T C 1890.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=25.55;SB=-1179.687;SBQD=4.743;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-0.0727;VQSLOD=5.2005 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1924,168,0
|
|
20 18734206 rs13036321 C T 630.80 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.974;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=6.249;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=13.42;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-251.779;SBQD=-7.793;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.8101;VQSLOD=4.5491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:661,0,558
|
|
20 18749415 rs4814789 T C 2096.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.84;MQ0=0;QD=34.37;SB=-927.014;SBQD=0.815;SBpi=0.7042;SBpiQual=0.7387;VQSLOD=7.2348 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2130,172,0
|
|
20 18750007 rs4324384 T C 763.88 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.833;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.345;SB=-349.051;SBQD=2.227;SBpi=-0.1715;SBpiQual=0.3504;VQSLOD=4.0778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,34:81:99:794,0,1250
|
|
20 18754615 rs4814792 T C 1997.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.71;SB=-1179.031;SBQD=-0.044;SBpi=-0.0630;SBpiQual=-0.0706;VQSLOD=6.9996 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2031,162,0
|
|
20 18759824 rs6035128 T A 1122.15 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.039;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=15.80;ReadPosRankSum=1.352;SB=-410.500;SBQD=3.444;SBpi=0.9042;SBpiQual=1.0204;VQSLOD=5.1197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1152,0,865
|
|
20 18798055 rs6045634 A G 924.46 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.141;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.266;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.67;ReadPosRankSum=1.423;SB=-280.864;SBQD=5.633;SBpi=1.2374;SBpiQual=1.2522;VQSLOD=5.0311 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:954,0,876
|
|
20 18804765 rs2876498 A T 930.48 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.900;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=7.090;HRun=0;HaplotypeScore=1.4942;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=14.54;ReadPosRankSum=-0.504;SB=-494.783;SBQD=6.012;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0665;VQSLOD=5.4237 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:960,0,986
|
|
20 18814163 rs6136534 G A 1531.55 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.381;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=20.484;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.769;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.598;SB=-724.000;SBQD=-11.576;SBpi=-0.0729;SBpiQual=-0.1049;VQSLOD=5.8008 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:1562,0,1389
|
|
20 18820645 rs6136537 T C 601.92 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.251;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=15.125;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.566;SB=-155.074;SBQD=12.124;SBpi=0.8165;SBpiQual=1.0700;VQSLOD=4.4768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:632,0,1159
|
|
20 18834173 rs6105976 G A 1369.92 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.343;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=14.89;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-628.867;SBQD=-1.751;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.5194;VQSLOD=5.1593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1400,0,1446
|
|
20 18844968 rs6136547 C A 737.19 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=8.418;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=54.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-333.286;SBQD=6.965;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.5638;VQSLOD=4.8056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:767,0,1240
|
|
20 18847083 rs6112134 A C 1151.61 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.879;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.339;QD=14.40;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-557.184;SBQD=1.941;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.5974;VQSLOD=3.9218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1182,0,1030
|
|
20 18848493 rs7263503 A C 1211.99 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.955;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=8.226;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.077;QD=12.62;ReadPosRankSum=-1.290;SB=-548.520;SBQD=7.784;SBpi=0.2188;SBpiQual=0.5006;VQSLOD=4.4623 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:1242,0,1597
|
|
20 18848832 rs4814806 T C 1238.05 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.529;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.286;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.335;SB=-503.197;SBQD=-3.898;SBpi=-0.9690;SBpiQual=-1.0322;VQSLOD=5.5971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1268,0,1181
|
|
20 18866311 rs9305128 T C 1001.56 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=18.21;ReadPosRankSum=1.360;SB=-530.095;SBQD=0.975;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0782;VQSLOD=5.3660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,34:55:99:1032,0,537
|
|
20 18875661 rs62218323 A G 807.87 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.498;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.960;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-370.412;SBQD=-4.489;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.3613;VQSLOD=5.4153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:838,0,1290
|
|
20 18878071 rs6136558 G T 755.94 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.120;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.166;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=1.441;QD=14.54;ReadPosRankSum=1.008;SB=-198.939;SBQD=4.687;SBpi=1.1767;SBpiQual=1.3647;VQSLOD=4.8335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:786,0,785
|
|
20 18881129 rs1555154 C A 1172.35 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.168;HRun=0;HaplotypeScore=3.3393;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=15.84;ReadPosRankSum=-1.346;SB=-563.674;SBQD=3.200;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.2836;VQSLOD=3.3557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1202,0,1030
|
|
20 18885682 rs731667 T C 1125.29 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.131;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=3.801;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-574.854;SBQD=-0.359;SBpi=-0.0729;SBpiQual=0.2872;VQSLOD=4.8506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:1155,0,1692
|
|
20 18887771 rs7261100 C A 1074.63 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.584;QD=17.06;ReadPosRankSum=0.740;SB=-539.981;SBQD=-0.206;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2559;VQSLOD=4.5033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:1105,0,878
|
|
20 18894651 rs6136565 C T 772.18 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.994;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-397.132;SBQD=-1.770;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.3042;VQSLOD=5.3017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:802,0,1221
|
|
20 18895293 rs6132132 A G 2688.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=31.26;SB=-1325.407;SBQD=-6.559;SBpi=0.8627;SBpiQual=0.3009;VQSLOD=7.8506 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2721,241,0
|
|
20 18901352 rs6132133 G A 763.61 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=9.971;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=14.14;ReadPosRankSum=1.791;SB=-241.629;SBQD=10.826;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.8610;VQSLOD=5.6025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:794,0,709
|
|
20 18901412 rs6045692 C T 2239.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;QD=29.08;SB=-1287.409;SBQD=0.518;SBpi=-0.3989;SBpiQual=-0.3467;VQSLOD=5.9213 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2272,184,0
|
|
20 18905915 rs11698826 T C 1000.41 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.565;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.679;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=17.55;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-459.265;SBQD=3.517;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.2712;VQSLOD=6.2670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:1030,0,762
|
|
20 18915711 rs6081425 C A 2580.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=31.47;SB=-1460.792;SBQD=0.057;SBpi=0.3313;SBpiQual=0.3576;VQSLOD=7.4750 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2614,205,0
|
|
20 18920217 rs6035162 G C 2755.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.02;MQ0=0;QD=34.45;SB=-1388.212;SBQD=-1.279;SBpi=-0.3354;SBpiQual=-0.4564;VQSLOD=7.6319 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2789,220,0
|
|
20 18921892 rs6132139 G A 2408.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.42;MQ0=0;QD=33.45;SB=-1345.709;SBQD=-1.492;SBpi=0.1179;SBpiQual=0.0642;VQSLOD=7.4436 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2441,193,0
|
|
20 18934802 rs13043746 G A 377.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.240;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=16.02;MQ0=66;MQRankSum=0.327;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.240;SB=-0.007;SBQD=13.019;SBpi=1.9365;SBpiQual=2.0474;VQSLOD=0.8216 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,15:95:99:408,0,350
|
|
20 18939610 rs1034534 G A 2178.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1054.659;SBQD=-1.539;SBpi=-0.3810;SBpiQual=-0.5084;VQSLOD=8.2370 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2212,175,0
|
|
20 18945859 rs6035172 G T 1184.25 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.900;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.601;SB=-538.315;SBQD=-2.729;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.6144;VQSLOD=4.6157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1214,0,1051
|
|
20 18964902 rs11697191 A T 1333.25 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=18.52;ReadPosRankSum=1.392;SB=-662.314;SBQD=-0.855;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.2211;VQSLOD=5.3587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:1363,0,827
|
|
20 18970069 rs6035182 T G 704.58 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9066;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=13.55;ReadPosRankSum=-1.417;SB=-287.082;SBQD=0.529;SBpi=1.0954;SBpiQual=1.2040;VQSLOD=4.1545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:735,0,601
|
|
20 18977203 rs6112191 A G 2875.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.67;MQ0=0;QD=33.06;SB=-1323.298;SBQD=0.642;SBpi=0.6969;SBpiQual=0.8212;VQSLOD=7.2667 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2909,241,0
|
|
20 18980861 rs6035188 T C 1686.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8676;MQ=59.57;MQ0=0;QD=31.22;SB=-734.428;SBQD=7.532;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.9108;VQSLOD=5.2612 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1719,150,0
|
|
20 19052536 rs6075459 C A 2111.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.06;SB=-1002.603;SBQD=0.964;SBpi=0.3810;SBpiQual=0.4065;VQSLOD=8.4433 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2145,174,0
|
|
20 19073348 rs6112218 A G 2492.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=36.66;SB=-1062.420;SBQD=-0.959;SBpi=-0.7276;SBpiQual=-0.8244;VQSLOD=8.5249 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2526,202,0
|
|
20 19073371 rs6112219 G A 2712.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=37.16;SB=-1132.817;SBQD=-0.313;SBpi=-0.8778;SBpiQual=-0.9513;VQSLOD=6.2564 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2746,211,0
|
|
20 19088970 rs2328363 G C 2389.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.74;MQ0=0;QD=34.13;SB=-921.480;SBQD=-1.045;SBpi=1.3148;SBpiQual=1.2875;VQSLOD=7.3906 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2422,196,0
|
|
20 19089718 rs6045832 T C 2585.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.94;SB=-1363.633;SBQD=0.913;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0880;VQSLOD=8.6233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2618,211,0
|
|
20 19099428 rs7354167 A C 588.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.40;MQ0=20;QD=13.38;SB=-93.550;SBQD=4.361;SBpi=1.8371;SBpiQual=1.9462;VQSLOD=3.7719 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,24:43:57.14:622,57,0
|
|
20 19127331 rs6045861 T C 647.25 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.718;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.612;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=12.69;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-252.221;SBQD=-1.869;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.7359;VQSLOD=4.1051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:677,0,915
|
|
20 19172097 rs56051602 T C 1419.07 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.167;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.785;HRun=0;HaplotypeScore=1.9117;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.167;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.338;SB=-579.269;SBQD=1.269;SBpi=-1.1676;SBpiQual=-0.7732;VQSLOD=3.7284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,53:100:99:1449,0,1404
|
|
20 19195319 rs6112257 A G 519.72 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=12.09;ReadPosRankSum=1.076;SB=-385.564;SBQD=0.067;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0442;VQSLOD=5.6490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:550,0,478
|
|
20 19196272 rs965816 T C 781.26 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.526;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.8583;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=13.02;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-425.136;SBQD=0.219;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4401;VQSLOD=2.4481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:60:99:811,0,944
|
|
20 19239386 rs6035268 A G 2624.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1220.548;SBQD=0.594;SBpi=0.7407;SBpiQual=0.8327;VQSLOD=8.0376 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2658,208,0
|
|
20 19260326 rs6112287 T C 2510.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=54.90;MQ0=0;QD=31.38;SB=-1363.593;SBQD=-1.606;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.3348;VQSLOD=7.4301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2543,205,0
|
|
20 19323901 rs2024617 C T 667.53 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.514;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=5.738;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-309.910;SBQD=-6.601;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6624;VQSLOD=5.6783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:698,0,773
|
|
20 19351120 rs6081579 T G 438.24 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.127;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.178;SB=-233.088;SBQD=2.213;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.3953;VQSLOD=4.2751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:468,0,981
|
|
20 19352853 rs4814844 G T 1175.11 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.044;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=14.33;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-584.463;SBQD=-0.588;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.2805;VQSLOD=6.1040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1205,0,1202
|
|
20 19393279 rs8124675 G A 450.24 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.208;HRun=0;HaplotypeScore=1.8663;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.998;SB=-370.426;SBQD=2.208;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3700;VQSLOD=3.6526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:480,0,718
|
|
20 19455203 rs6046121 G A 937.36 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.307;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=10.437;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.705;SB=-297.782;SBQD=-8.500;SBpi=-1.2005;SBpiQual=-1.2936;VQSLOD=5.9583 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:967,0,1053
|
|
20 19456569 rs6046127 A G 1061.99 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.308;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=16.09;ReadPosRankSum=-0.912;SB=-531.162;SBQD=0.717;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0480;VQSLOD=5.4984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:1092,0,1004
|
|
20 19457302 . G A 608.51 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.277;DP=66;Dels=0.00;FS=2.110;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.676;SB=-353.247;SBQD=-3.439;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2429;VQSLOD=4.1368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:639,0,1188
|
|
20 19460951 rs6081612 G C 770.48 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.373;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=12.63;ReadPosRankSum=-1.715;SB=-218.732;SBQD=-8.673;SBpi=-1.1339;SBpiQual=-1.2122;VQSLOD=5.2471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:800,0,1062
|
|
20 19463674 rs761220 A G 1251.88 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.096;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=13.130;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.587;SB=-527.528;SBQD=8.487;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5637;VQSLOD=5.9876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1282,0,1322
|
|
20 19493514 rs6081622 G A 985.26 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.504;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=10.621;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=14.49;ReadPosRankSum=2.019;SB=-484.119;SBQD=-7.370;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.5103;VQSLOD=5.8681 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1015,0,862
|
|
20 19513792 rs3790251 C G 2699.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3696;MQ=59.76;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1296.492;SBQD=-0.919;SBpi=0.5063;SBpiQual=0.4259;VQSLOD=6.2742 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2733,220,0
|
|
20 19523598 rs1555851 A C 2595.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.07;SB=-1384.738;SBQD=0.157;SBpi=-0.1162;SBpiQual=-0.1061;VQSLOD=8.6896 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2628,208,0
|
|
20 19528667 rs3790257 C A 1570.83 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.514;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=13.885;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=18.93;ReadPosRankSum=1.366;SB=-799.472;SBQD=-9.094;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.0478;VQSLOD=4.7772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,49:83:99:1601,0,977
|
|
20 19570980 rs6046197 T C 456.37 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=4.169;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.403;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-273.795;SBQD=5.837;SBpi=0.2132;SBpiQual=0.0688;VQSLOD=4.0132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,22:59:99:486,0,1049
|
|
20 19573392 rs6112481 T C 692.86 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.053;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.346;SB=-278.114;SBQD=2.910;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.7746;VQSLOD=4.8499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:723,0,1032
|
|
20 19585696 rs4813365 A G 2074.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=30.50;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-1074.791;SBQD=-1.648;SBpi=0.3054;SBpiQual=-0.0654;VQSLOD=5.6676 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2107,183,0
|
|
20 19652144 rs17295618 T G 963.45 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.775;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.632;QD=17.20;ReadPosRankSum=0.264;SB=-383.604;SBQD=5.445;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.6648;VQSLOD=4.2189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:993,0,762
|
|
20 19663592 rs6106117 A G 709.58 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.650;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.441;SB=-293.757;SBQD=-6.100;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.5460;VQSLOD=3.4116 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:740,0,1355
|
|
20 19674921 rs3790290 A G 895.78 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.338;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=14.00;ReadPosRankSum=2.028;SB=-400.366;SBQD=-2.035;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.5424;VQSLOD=5.5062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:926,0,1023
|
|
20 19677176 rs6112527 C T 781.58 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=12.02;ReadPosRankSum=-1.424;SB=-377.850;SBQD=1.790;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.5467;VQSLOD=5.9570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:812,0,1008
|
|
20 19682909 rs1535253 T C 1027.83 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.180;SB=-462.865;SBQD=0.030;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.4457;VQSLOD=5.5350 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:1058,0,1369
|
|
20 19683445 rs6081714 A C 845.09 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.020;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.451;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.296;SB=-343.444;SBQD=4.901;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.7459;VQSLOD=5.9839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:875,0,1184
|
|
20 19729311 rs808706 C T 2425.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.81;MQ0=0;QD=33.22;SB=-1300.375;SBQD=-0.788;SBpi=-0.1756;SBpiQual=-0.3095;VQSLOD=8.7910 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2458,199,0
|
|
20 19733890 rs808712 C T 154.13 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.744;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=12.33;MQ0=35;MQRankSum=1.488;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.240;SB=-86.476;SBQD=-1.299;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-1.0731;VQSLOD=1.5165 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,32:49:18.03:187,18,0
|
|
20 19738164 rs910983 C T 838.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.22;SB=-809.138;SBQD=1.184;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0260;VQSLOD=5.1207 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:72.19:871,72,0
|
|
20 19740568 rs9647032 C A 1821.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=29.87;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-768.094;SBQD=-0.158;SBpi=1.1619;SBpiQual=1.2443;VQSLOD=5.3870 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1855,150,0
|
|
20 19753538 rs4814894 G A 2132.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.69;SB=-1432.796;SBQD=1.365;SBpi=0.0570;SBpiQual=0.1813;VQSLOD=5.2650 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2165,172,0
|
|
20 19818864 rs56383551 C T 1097.46 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.479;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.907;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=16.14;ReadPosRankSum=2.086;SB=-539.394;SBQD=-1.320;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2504;VQSLOD=5.5402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1127,0,1068
|
|
20 19828544 . T C 990.41 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.536;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=12.70;ReadPosRankSum=1.276;SB=-501.686;SBQD=0.225;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2452;VQSLOD=3.9500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:1020,0,1356
|
|
20 19830121 rs3950057 C G 2037.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35;SB=-760.854;SBQD=-0.776;SBpi=-1.5504;SBpiQual=-1.6486;VQSLOD=6.6483 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2071,163,0
|
|
20 19831163 rs941736 G A 2524.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=32.36;SB=-1306.924;SBQD=-1.871;SBpi=-0.3397;SBpiQual=-0.4793;VQSLOD=8.3792 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2557,208,0
|
|
20 19833656 rs6035458 T A 349.06 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=3.581;HRun=0;HaplotypeScore=1.8640;MQ=42.16;MQ0=1;MQRankSum=-0.224;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.245;SB=-170.795;SBQD=-3.578;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.2134;VQSLOD=4.3447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:379,0,518
|
|
20 19846156 rs12626054 T C 235.60 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.694;SB=-195.932;SBQD=2.362;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.2905;VQSLOD=3.1132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:266,0,487
|
|
20 19848328 rs927283 A G 1652.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.78;SB=-487.955;SBQD=-12.281;SBpi=-1.1094;SBpiQual=-1.6930;VQSLOD=6.2203 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1686,141,0
|
|
20 19857986 rs6112627 G A 2518.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9092;MQ=59.38;MQ0=0;QD=34.04;SB=-1249.745;SBQD=-0.726;SBpi=-0.5812;SBpiQual=-0.6574;VQSLOD=4.4144 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2552,196,0
|
|
20 19858681 rs6136866 G A 1129.17 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.047;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.189;HRun=0;HaplotypeScore=3.3520;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=15.68;ReadPosRankSum=1.019;SB=-524.314;SBQD=3.020;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4110;VQSLOD=4.6628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1159,0,846
|
|
20 19865956 rs4814920 A T 2257.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9512;MQ=58.40;MQ0=0;QD=30.93;SB=-1187.042;SBQD=2.389;SBpi=-0.4096;SBpiQual=-0.2547;VQSLOD=5.9205 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2291,186,0
|
|
20 19866307 rs6136869 C T 1892.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.91;MQ0=0;QD=29.56;SB=-828.988;SBQD=-0.482;SBpi=-1.2500;SBpiQual=-1.3542;VQSLOD=5.3787 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1925,150,0
|
|
20 19868975 rs6046412 T C 1650.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=33.00;SB=-923.586;SBQD=-2.810;SBpi=0.1414;SBpiQual=-0.0134;VQSLOD=8.0926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1683,135,0
|
|
20 19873131 rs1806997 A G 1877.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.12;MQ0=0;QD=26.07;SB=-1177.868;SBQD=0.790;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.5692;VQSLOD=5.5579 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1910,153,0
|
|
20 19873607 rs1885113 G A 1838.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=56.12;MQ0=0;QD=28.29;SB=-960.401;SBQD=1.824;SBpi=-0.9303;SBpiQual=-0.9016;VQSLOD=6.3918 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1872,150,0
|
|
20 19882992 rs11699737 C T 774.52 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.068;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.3110;MQ=52.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.882;SB=-458.057;SBQD=0.873;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.1608;VQSLOD=2.3460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:805,0,1166
|
|
20 19884764 rs6046444 C T 849.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.96;SB=-80.018;SBQD=-12.474;SBpi=-2.1000;SBpiQual=-2.2400;VQSLOD=6.6560 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:69.22:882,69,0
|
|
20 19887369 rs911380 T G 1047.93 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.669;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.304;SB=-489.166;SBQD=3.465;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5149;VQSLOD=6.0616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1078,0,843
|
|
20 19899693 rs396060 T C 1080.77 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.298;SB=-540.909;SBQD=-2.287;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1280;VQSLOD=5.2127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1111,0,1143
|
|
20 19940301 rs8120472 A T 1487.14 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=1.699;HRun=1;HaplotypeScore=2.7565;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=15.82;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-578.006;SBQD=-2.559;SBpi=-0.9286;SBpiQual=-1.0206;VQSLOD=3.5993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,49:94:99:1517,0,1220
|
|
20 19960195 rs199584 T G 1336.08 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=5.391;HRun=2;HaplotypeScore=2.5184;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.703;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.901;SB=-464.923;SBQD=-4.690;SBpi=-1.1180;SBpiQual=-1.1153;VQSLOD=3.9918 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:92:99:1366,0,1396
|
|
20 19961792 rs199593 G A 785.36 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.691;HRun=3;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.428;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-452.278;SBQD=-4.741;SBpi=-0.0898;SBpiQual=0.0508;VQSLOD=3.4907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:815,0,1154
|
|
20 19967622 rs199602 A T 1020.87 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.304;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.835;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=16.74;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-332.264;SBQD=-5.318;SBpi=-1.2005;SBpiQual=-1.2921;VQSLOD=3.5526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:1051,0,807
|
|
20 20028172 rs6081847 T C 892.66 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.276;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.180;SB=-521.784;SBQD=-0.017;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1933;VQSLOD=6.3303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:923,0,1202
|
|
20 20032704 rs6081848 C T 599.81 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.953;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=8.290;HRun=0;HaplotypeScore=3.6991;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.689;SB=-264.058;SBQD=-7.811;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6225;VQSLOD=4.6316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:630,0,698
|
|
20 20032998 rs2255255 T C 390.28 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=11.450;HRun=1;HaplotypeScore=3.5215;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=8.13;ReadPosRankSum=2.057;SB=-277.417;SBQD=7.844;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.0840;VQSLOD=2.7506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:420,0,420
|
|
20 20050397 rs200183 G A 1052.33 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.049;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.912;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.433;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-483.778;SBQD=1.461;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4761;VQSLOD=5.0273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1082,0,923
|
|
20 20079966 rs6136940 T C 1408.73 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.713;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-704.865;SBQD=-2.017;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4963;VQSLOD=5.5357 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:1439,0,1338
|
|
20 20092427 rs6046630 C G 1476.24 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.211;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.420;QD=15.06;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-618.159;SBQD=1.020;SBpi=0.9102;SBpiQual=1.0205;VQSLOD=4.2733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,51:98:99:1506,0,1350
|
|
20 20114564 rs1028436 C T 1114.20 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.958;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.789;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=13.11;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-622.345;SBQD=2.224;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3948;VQSLOD=5.3621 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:85:99:1144,0,1190
|
|
20 20117124 rs6112780 A G 960.62 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.839;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.914;HRun=1;HaplotypeScore=2.9125;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.968;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.250;SB=-411.790;SBQD=2.536;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.5020;VQSLOD=4.3606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:991,0,1395
|
|
20 20117663 rs2424266 C T 2457.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.23;SB=-1114.717;SBQD=-1.168;SBpi=-0.4924;SBpiQual=-0.6081;VQSLOD=8.7008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2490,193,0
|
|
20 20119523 rs761469 T G 2622.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.26;MQ0=0;QD=34.50;SB=-1378.122;SBQD=-0.969;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.2000;VQSLOD=8.0186 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2655,211,0
|
|
20 20120825 rs926722 A G 783.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.81;MQ0=0;QD=15.36;SB=-263.748;SBQD=-5.460;SBpi=-2.4505;SBpiQual=-2.5009;VQSLOD=2.3492 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:69.20:816,69,0
|
|
20 20124810 rs2249428 C T 2773.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=36.50;SB=-1377.271;SBQD=1.159;SBpi=0.2294;SBpiQual=0.3456;VQSLOD=8.6412 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2807,217,0
|
|
20 20125912 rs2424275 G C 3216.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.49;SB=-1605.417;SBQD=4.058;SBpi=-0.5528;SBpiQual=-0.1611;VQSLOD=7.2255 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3250,289,0
|
|
20 20128530 rs2424281 C G 2749.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=34.81;SB=-1154.057;SBQD=2.007;SBpi=0.8438;SBpiQual=0.9918;VQSLOD=7.9535 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2783,223,0
|
|
20 20132606 rs6046659 A G 2300.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=34.34;SB=-983.693;SBQD=0.811;SBpi=0.9163;SBpiQual=1.0045;VQSLOD=7.5609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2334,184,0
|
|
20 20133485 rs2424289 C G 3020.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.53;MQ0=0;QD=33.94;SB=-1544.924;SBQD=1.210;SBpi=-0.4770;SBpiQual=-0.4058;VQSLOD=6.7225 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3053,241,0
|
|
20 20139435 rs4536716 C T 1647.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=56.11;MQ0=0;QD=29.96;SB=-689.114;SBQD=-9.389;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.9506;VQSLOD=6.0846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1681,147,0
|
|
20 20139463 rs62200313 C T 451.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.00;MQ0=0;QD=9.41;SB=-791.732;SBQD=-2.748;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.4044;VQSLOD=5.1665 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:56.92:485,57,0
|
|
20 20140799 rs6075627 G A 2098.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.31;SB=-964.902;SBQD=-2.946;SBpi=-0.6350;SBpiQual=-0.7646;VQSLOD=8.2580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:2132,169,0
|
|
20 20143781 rs975110 A G 3224.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.13;MQ0=0;QD=35.43;SB=-1290.277;SBQD=0.535;SBpi=-1.2055;SBpiQual=-1.3149;VQSLOD=7.7227 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3257,262,0
|
|
20 20147883 rs6035570 C A 2108.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.73;SB=-1139.046;SBQD=0.629;SBpi=-0.0651;SBpiQual=-0.0199;VQSLOD=7.2116 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2141,166,0
|
|
20 20152929 rs6081904 A G 845.93 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.893;SB=-447.059;SBQD=2.310;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.3404;VQSLOD=5.6031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:876,0,1346
|
|
20 20154368 rs6046696 T A 2762.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=31.04;SB=-1614.757;SBQD=0.072;SBpi=0.2650;SBpiQual=0.2831;VQSLOD=4.3026 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2795,235,0
|
|
20 20237103 rs6046767 T C 641.24 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.061;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.437;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.215;SB=-236.856;SBQD=4.664;SBpi=1.2374;SBpiQual=1.4150;VQSLOD=2.6523 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:671,0,853
|
|
20 20239744 rs2208167 T A 1664.82 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=17.52;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-801.293;SBQD=-0.873;SBpi=0.3434;SBpiQual=0.3729;VQSLOD=5.2835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,53:95:99:1695,0,1300
|
|
20 20261309 rs2145051 T C 2673.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=32.21;SB=-1460.802;SBQD=-4.170;SBpi=0.1646;SBpiQual=-0.0822;VQSLOD=7.6962 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2706,217,0
|
|
20 20271514 rs7263108 T A 920.24 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.857;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4105;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=10.22;ReadPosRankSum=1.190;SB=-587.250;SBQD=0.739;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.2672;VQSLOD=4.7741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:950,0,1355
|
|
20 20276774 . C T 128.15 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=36;Dels=0.00;FS=35.865;HRun=2;HaplotypeScore=53.1569;MQ=31.62;MQ0=1;MQRankSum=0.583;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.517;SB=-34.421;SBQD=17.661;SBpi=1.1619;SBpiQual=1.2752;VQSLOD=-78.4725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:158,0,195
|
|
20 20290524 rs2424347 G A 969.31 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.191;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=5.206;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=14.05;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-415.383;SBQD=-3.270;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.7780;VQSLOD=4.6250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:999,0,923
|
|
20 20297462 rs62200189 T G 624.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.02;MQ0=2;QD=19.51;SB=-0.007;SBQD=-20.719;SBpi=-2.8284;SBpiQual=-2.9098;VQSLOD=0.8778 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:54.16:657,54,0
|
|
20 20301884 rs913393 T G 918.47 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.558;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.482;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=15.84;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-435.592;SBQD=-9.406;SBpi=0.1768;SBpiQual=-0.1911;VQSLOD=6.0592 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:948,0,853
|
|
20 20308675 rs6136998 G T 807.39 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.631;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.178;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=13.68;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-272.828;SBQD=2.468;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-1.3341;VQSLOD=4.5040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:837,0,750
|
|
20 20312338 rs6035607 T C 2718.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.31;SB=-1337.545;SBQD=-1.800;SBpi=-0.1709;SBpiQual=-0.2522;VQSLOD=8.8679 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2752,217,0
|
|
20 20318286 . A G 43.23 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.648;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=39.7909;MQ=24.16;MQ0=2;MQRankSum=3.828;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.126;SB=3.001;SBQD=-3.167;SBpi=-1.8028;SBpiQual=-1.8708;VQSLOD=-46.3865 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,13:85:73.23:73,0,174
|
|
20 20336082 . G C 183.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.723;DP=44;Dels=0.00;FS=4.738;HRun=0;HaplotypeScore=11.0825;MQ=21.75;MQ0=5;MQRankSum=2.277;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.062;SB=-34.274;SBQD=-11.204;SBpi=-1.0690;SBpiQual=-1.3829;VQSLOD=-2.2126 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,14:44:99:214,0,155
|
|
20 20336909 rs62200217 A G 1549.57 PASS AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=38.801;HRun=1;HaplotypeScore=2.1445;MQ=42.16;MQ0=10;MQRankSum=5.272;QD=17.61;ReadPosRankSum=0.563;SB=-703.224;SBQD=-18.954;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.3727;VQSLOD=2.7145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,63:88:99:1580,0,147
|
|
20 20338395 . G C 39.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;DP=98;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=10.5233;MQ=12.00;MQ0=48;MQRankSum=1.468;QD=0.40;ReadPosRankSum=-1.498;SB=5.975;SBQD=0.757;SBpi=0.2500;SBpiQual=-0.0849;VQSLOD=-4.4847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,16:98:69.37:69,0,350
|
|
20 20368953 rs1111072 T C 3158.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=33.60;SB=-1226.657;SBQD=6.906;SBpi=0.8251;SBpiQual=1.4344;VQSLOD=7.9506 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3192,271,0
|
|
20 20408313 rs6046856 T C 498.21 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=8.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.226;SB=-230.978;SBQD=-9.402;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.9750;VQSLOD=4.5962 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:528,0,646
|
|
20 20535067 rs6046929 G A 2593.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=36.02;SB=-1062.701;SBQD=0.498;SBpi=0.9428;SBpiQual=1.0257;VQSLOD=8.3071 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2626,208,0
|
|
20 20745876 . T C 1060.67 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=13.77;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-455.395;SBQD=1.973;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6372;VQSLOD=3.0571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:1091,0,1351
|
|
20 20787615 rs4813395 C T 2414.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.41;MQ0=0;QD=34.00;SB=-1177.503;SBQD=-0.447;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.5670;VQSLOD=6.7691 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2447,196,0
|
|
20 20819882 rs6047077 T C 3063.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=31.58;SB=-1489.294;SBQD=5.808;SBpi=-0.8630;SBpiQual=-0.3420;VQSLOD=7.2192 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3096,274,0
|
|
20 20824133 rs752419 G T 2635.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.22;SB=-1042.406;SBQD=-0.487;SBpi=-1.3105;SBpiQual=-1.4328;VQSLOD=6.4176 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2668,208,0
|
|
20 20854761 rs4814998 C T 1259.95 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.173;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.830;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.696;SB=-640.204;SBQD=2.422;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0337;VQSLOD=5.5697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:1290,0,1446
|
|
20 20867777 rs4815004 T C 2151.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.22;MQ0=0;QD=28.31;SB=-1212.840;SBQD=-0.576;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.6839;VQSLOD=6.0144 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2185,180,0
|
|
20 20874760 . G A 1109.41 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.892;DP=86;Dels=0.00;FS=7.280;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=2.446;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.584;SB=-594.340;SBQD=6.488;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1358;VQSLOD=3.0696 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1139,0,1271
|
|
20 20900046 rs6082241 G A 2849.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.00;SB=-1489.642;SBQD=0.564;SBpi=-0.0570;SBpiQual=-0.0087;VQSLOD=8.0363 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2882,223,0
|
|
20 20914430 rs7267229 G T 1920.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.11;SB=-931.942;SBQD=-2.010;SBpi=-0.3939;SBpiQual=-0.5309;VQSLOD=5.8317 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1953,153,0
|
|
20 20934399 rs55867447 G A 710.74 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.056;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.878;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-310.779;SBQD=-6.397;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8073;VQSLOD=5.1353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:741,0,680
|
|
20 20968865 rs6132369 G T 1322.16 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.616;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.7329;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.544;SB=-656.087;SBQD=-1.359;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.4056;VQSLOD=4.0556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1352,0,1298
|
|
20 20994568 rs6075746 G A 839.35 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.198;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.887;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.160;QD=11.99;ReadPosRankSum=-1.157;SB=-444.372;SBQD=-5.216;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-1.0502;VQSLOD=5.0859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:869,0,845
|
|
20 20996079 rs6075747 C T 467.53 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.220;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.296;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.296;SB=-331.725;SBQD=2.809;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0721;VQSLOD=3.5900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:498,0,1171
|
|
20 20997355 rs6113102 C T 1101.36 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.562;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.892;HRun=1;HaplotypeScore=1.6828;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.625;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-435.897;SBQD=-2.763;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8893;VQSLOD=3.7691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1131,0,1186
|
|
20 21049362 rs6137241 T G 1282.09 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.781;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=15.83;ReadPosRankSum=1.566;SB=-554.073;SBQD=0.506;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.7007;VQSLOD=5.4159 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1312,0,1156
|
|
20 21095936 rs6047255 A G 1066.87 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=11.611;HRun=0;HaplotypeScore=2.9050;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.270;SB=-402.431;SBQD=8.566;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.8165;VQSLOD=5.1308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1097,0,1331
|
|
20 21098277 rs6047258 T G 993.87 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.2337;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=15.29;ReadPosRankSum=1.018;SB=-458.014;SBQD=1.171;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.8055;VQSLOD=4.4664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:65:99:1024,0,537
|
|
20 21135597 rs6035790 G T 812.46 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.668;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.873;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.580;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-507.215;SBQD=1.666;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0482;VQSLOD=4.1953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:842,0,1137
|
|
20 21151852 rs2180581 C T 1301.23 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.982;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.780;HRun=1;HaplotypeScore=1.9726;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.384;SB=-569.976;SBQD=-2.139;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.6912;VQSLOD=4.8243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:1331,0,1600
|
|
20 21153782 rs6035803 G C 872.24 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.896;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.918;QD=12.83;ReadPosRankSum=0.372;SB=-271.592;SBQD=5.053;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.0516;VQSLOD=5.2124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:902,0,1208
|
|
20 21158371 rs2876596 T G 1262.71 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.166;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=11.761;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.198;SB=-573.133;SBQD=7.092;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3926;VQSLOD=5.4529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:95:99:1293,0,1750
|
|
20 21177487 rs1548254 C G 726.97 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.054;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.777;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-324.240;SBQD=3.265;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3252;VQSLOD=4.4644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:757,0,858
|
|
20 21229391 rs2424355 A G 1040.87 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.901;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=7.846;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=12.54;ReadPosRankSum=1.565;SB=-268.052;SBQD=-6.047;SBpi=-1.3974;SBpiQual=-1.4612;VQSLOD=4.6845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:83:99:1071,0,1492
|
|
20 21231919 rs2328621 C T 1962.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.84;SB=-1012.072;SBQD=1.426;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.3708;VQSLOD=8.4475 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1996,156,0
|
|
20 21259208 . A G 955.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.35;MQ0=0;QD=19.12;SB=-810.196;SBQD=3.678;SBpi=-0.4243;SBpiQual=-0.3375;VQSLOD=3.8622 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:78.25:989,78,0
|
|
20 21301991 rs202834 G A 1093.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.09;MQ0=0;QD=23.27;SB=-420.006;SBQD=-5.057;SBpi=-1.6774;SBpiQual=-1.9129;VQSLOD=3.8612 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:87.28:1127,87,0
|
|
20 21323810 . G A 1291.74 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.208;DP=81;Dels=0.00;FS=1.834;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.800;SB=-523.627;SBQD=-2.492;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.7550;VQSLOD=3.4445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1322,0,1299
|
|
20 21420492 rs28650836 C T 1529.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;QD=34.77;SB=-562.663;SBQD=-8.630;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-1.0082;VQSLOD=8.4583 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1563,126,0
|
|
20 21425150 rs57897530 T A 1489.62 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.24;MQ0=0;QD=27.08;SB=-257.420;SBQD=8.082;SBpi=2.6294;SBpiQual=2.9490;VQSLOD=1.9446 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1523,132,0
|
|
20 21432925 rs35474358 C T 2127.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;QD=34.32;SB=-1022.548;SBQD=-1.616;SBpi=-0.3810;SBpiQual=-0.5549;VQSLOD=8.3209 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2161,175,0
|
|
20 21470454 rs1885284 T C 1643.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=28.83;SB=-349.884;SBQD=-13.187;SBpi=-2.0530;SBpiQual=-2.5583;VQSLOD=5.1665 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1676,132,0
|
|
20 21529492 rs6417515 G A 1565.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.79;MQ0=0;QD=28.99;SB=-884.587;SBQD=-1.996;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.3134;VQSLOD=6.5792 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1598,126,0
|
|
20 21536819 . C A 1137.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.249;DP=62;Dels=0.02;FS=1.365;HRun=0;HaplotypeScore=3.9274;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=18.05;ReadPosRankSum=1.827;SB=-368.581;SBQD=3.991;SBpi=1.8764;SBpiQual=1.9360;VQSLOD=0.0296 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,48:62:71.20:1170,71,0
|
|
20 21541551 rs10854250 A C 1400.91 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.073;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=11.288;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=16.29;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-425.860;SBQD=8.233;SBpi=1.5556;SBpiQual=1.6615;VQSLOD=4.6434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:1431,0,1116
|
|
20 21565207 rs2424382 G A 1001.75 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.082;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.905;HRun=0;HaplotypeScore=3.0453;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.130;SB=-425.214;SBQD=5.916;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.6455;VQSLOD=4.9471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:1032,0,1094
|
|
20 21568277 rs1033685 C T 2282.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.9559;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.70;SB=-1203.735;SBQD=-1.394;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.5385;VQSLOD=3.7228 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2315,184,0
|
|
20 21570837 rs1014889 A G 1186.38 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-594.433;SBQD=1.865;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1182;VQSLOD=5.6244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:1216,0,1662
|
|
20 21583344 rs2328628 A G 679.47 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=13.32;ReadPosRankSum=1.253;SB=-269.854;SBQD=-3.035;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.6609;VQSLOD=3.7516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:709,0,673
|
|
20 21597024 rs57038591 T C 466.22 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.461;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.029;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-299.863;SBQD=0.169;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5082;VQSLOD=2.2730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:496,0,987
|
|
20 21607126 rs6035908 G A 1044.76 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.740;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=9.982;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.844;SB=-531.748;SBQD=5.852;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0496;VQSLOD=5.7551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1075,0,1002
|
|
20 21610983 rs761921 T C 885.40 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.619;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=13.328;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-375.077;SBQD=-4.729;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-0.5014;VQSLOD=5.4687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:915,0,1218
|
|
20 21623657 rs2424389 C T 3568.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.05;SB=-1376.281;SBQD=0.732;SBpi=1.3568;SBpiQual=1.4956;VQSLOD=7.9007 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3568,283,0
|
|
20 21636458 rs6047544 C T 1112.95 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.795;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.047;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.140;SB=-524.268;SBQD=5.169;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.1905;VQSLOD=5.3036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1143,0,1234
|
|
20 21649573 . T C 623.34 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.222;DP=48;Dels=0.00;FS=9.686;HRun=0;HaplotypeScore=2.6961;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.297;QD=12.99;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-101.041;SBQD=11.822;SBpi=1.3553;SBpiQual=1.5070;VQSLOD=3.5263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:48:99:653,0,667
|
|
20 21664248 rs17745312 C T 1129.34 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.678;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.610;HRun=1;HaplotypeScore=1.4450;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.040;SB=-592.096;SBQD=6.270;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1406;VQSLOD=4.1835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,36:58:99:1159,0,649
|
|
20 21674164 rs6047580 G A 353.99 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=13.648;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.399;SB=-13.573;SBQD=16.562;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.3743;VQSLOD=5.2782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:384,0,427
|
|
20 21675514 rs6047581 A G 446.01 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9841;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.019;SB=-443.253;SBQD=0.553;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.7890;VQSLOD=3.4745 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:476,0,753
|
|
20 21675619 rs6047582 T C 1061.61 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.613;HRun=0;HaplotypeScore=2.5658;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=14.54;ReadPosRankSum=-0.425;SB=-478.404;SBQD=-6.250;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.4436;VQSLOD=4.4423 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1092,0,1029
|
|
20 21678965 . A G 933.40 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.731;DP=76;Dels=0.00;FS=1.894;HRun=0;HaplotypeScore=2.7112;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-445.317;SBQD=-5.245;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.4887;VQSLOD=3.6980 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:963,0,1110
|
|
20 21681958 . C T 806.96 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8245;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=14.67;ReadPosRankSum=1.522;SB=-356.630;SBQD=0.179;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.2775;VQSLOD=2.4945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,35:55:99:837,0,407
|
|
20 21776826 rs2208313 T G 1942.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.08;SB=-1047.820;SBQD=0.423;SBpi=-0.0662;SBpiQual=-0.0230;VQSLOD=6.9394 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1975,159,0
|
|
20 21777805 rs6035953 A G 1385.82 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.788;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.804;HRun=1;HaplotypeScore=1.8614;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=15.93;ReadPosRankSum=3.086;SB=-661.201;SBQD=2.393;SBpi=0.4901;SBpiQual=0.5708;VQSLOD=3.2653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:87:99:1416,0,1138
|
|
20 21780197 rs6047632 C T 1011.08 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.481;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.612;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=11.76;ReadPosRankSum=2.119;SB=-490.610;SBQD=4.804;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2687;VQSLOD=5.0111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:86:99:1041,0,1621
|
|
20 21790982 rs16982990 C T 441.33 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.2754;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.082;SB=-147.433;SBQD=-7.098;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-1.1423;VQSLOD=4.0265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:471,0,622
|
|
20 21808908 rs16983004 C T 990.77 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.274;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.913;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=14.15;ReadPosRankSum=-1.715;SB=-524.689;SBQD=-1.556;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0509;VQSLOD=5.6929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:1021,0,1207
|
|
20 21813336 rs11087364 C T 1329.69 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.765;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=11.177;HRun=0;HaplotypeScore=2.3459;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=16.42;ReadPosRankSum=1.623;SB=-555.531;SBQD=8.053;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.7299;VQSLOD=3.6242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1360,0,1108
|
|
20 21821262 rs6113395 A G 1031.41 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.226;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=15.17;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-488.391;SBQD=-0.196;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.5395;VQSLOD=6.0319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1061,0,935
|
|
20 21822383 rs2016964 C T 790.66 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.155;HRun=0;HaplotypeScore=1.9243;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.021;SB=-411.871;SBQD=3.919;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6048;VQSLOD=4.6846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:821,0,824
|
|
20 21846319 rs1474928 T C 646.22 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.133;HRun=0;HaplotypeScore=1.8664;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.162;QD=12.67;ReadPosRankSum=-1.930;SB=-221.036;SBQD=1.907;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.7750;VQSLOD=4.1370 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:676,0,822
|
|
20 21848836 rs8121238 C A 988.31 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.114;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.095;HRun=1;HaplotypeScore=2.3196;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.144;SB=-314.177;SBQD=4.026;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.2061;VQSLOD=4.8102 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:1018,0,1189
|
|
20 21868545 rs6113406 C T 273.73 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.918;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=17.868;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.63;MQ0=11;MQRankSum=-1.663;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.619;SB=27.072;SBQD=-9.947;SBpi=-1.3363;SBpiQual=-1.5512;VQSLOD=1.4806 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:53:99:304,0,632
|
|
20 21885500 rs1884588 C T 596.07 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.394;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.115;HRun=0;HaplotypeScore=2.1010;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-262.754;SBQD=-3.721;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.4361;VQSLOD=4.8338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:626,0,827
|
|
20 21893974 . T C 357.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.110;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.17;MQ0=25;MQRankSum=2.172;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.101;SB=-0.007;SBQD=5.253;SBpi=1.9365;SBpiQual=2.1174;VQSLOD=-2.1913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,15:90:99:387,0,694
|
|
20 21920688 rs6113435 C G 1324.47 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.322;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.440;HRun=0;HaplotypeScore=1.7900;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.924;QD=19.20;ReadPosRankSum=-0.154;SB=-628.322;SBQD=2.267;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3838;VQSLOD=3.0279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,42:69:99:1354,0,756
|
|
20 21921159 rs1988545 A G 875.93 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.407;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.686;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.662;SB=-316.730;SBQD=-8.251;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-1.1446;VQSLOD=4.0729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:906,0,602
|
|
20 21969312 rs2424423 A G 919.72 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.361;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.616;SB=-444.378;SBQD=-3.760;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.7715;VQSLOD=5.3602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,41:87:99:950,0,1506
|
|
20 21978495 rs6047790 C T 1014.96 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.500;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.624;SB=-520.440;SBQD=-3.259;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.1750;VQSLOD=5.5931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:1045,0,1036
|
|
20 21985498 rs6047798 G A 964.39 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.990;HRun=1;HaplotypeScore=1.8625;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.740;SB=-547.025;SBQD=-2.256;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0367;VQSLOD=5.7076 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:994,0,1106
|
|
20 21996509 rs201558 G A 1011.13 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=16.31;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-431.709;SBQD=-0.571;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5062;VQSLOD=5.3592 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:1041,0,861
|
|
20 22000174 rs201562 G T 1364.29 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.798;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.075;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.072;SB=-671.156;SBQD=-4.535;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3447;VQSLOD=4.9917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:1394,0,1238
|
|
20 22034671 rs201594 C T 747.17 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.949;HRun=2;HaplotypeScore=1.7234;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.817;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.624;SB=-431.778;SBQD=3.535;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.4402;VQSLOD=4.1101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:777,0,1267
|
|
20 22078071 rs927835 A G 2269.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.49;MQ0=0;QD=36.60;SB=-837.741;SBQD=2.498;SBpi=1.0160;SBpiQual=1.1845;VQSLOD=8.3682 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2302,181,0
|
|
20 22087515 rs201143 T G 1886.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.97;SB=-835.871;SBQD=-1.417;SBpi=0.8462;SBpiQual=0.8263;VQSLOD=5.7967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1919,153,0
|
|
20 22087743 . T C 914.73 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.849;DP=79;Dels=0.00;FS=7.373;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=11.58;ReadPosRankSum=-2.231;SB=-352.911;SBQD=7.471;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.9728;VQSLOD=2.7450 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:945,0,1280
|
|
20 22094448 rs35520035 G C 702.55 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.288;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.390;SB=-291.468;SBQD=-3.894;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6374;VQSLOD=5.4141 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:733,0,1271
|
|
20 22139447 rs1090265 T C 1308.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.56;MQ0=0;QD=31.15;SB=-382.187;SBQD=-4.529;SBpi=-1.5430;SBpiQual=-1.6818;VQSLOD=5.9534 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1341,108,0
|
|
20 22142947 rs804548 T C 852.85 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.912;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.897;HRun=0;HaplotypeScore=1.5717;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-413.051;SBQD=-0.373;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.3287;VQSLOD=4.3063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:883,0,1317
|
|
20 22144267 rs6137561 A G 695.31 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=13.954;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.560;SB=-227.936;SBQD=-7.968;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-1.0415;VQSLOD=4.2300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:725,0,1134
|
|
20 22145452 rs804555 G A 712.53 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.852;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.067;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.806;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.183;SB=-318.756;SBQD=-3.287;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.6287;VQSLOD=5.1305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:743,0,725
|
|
20 22147525 rs804560 C T 1028.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.471;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.333;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=15.36;ReadPosRankSum=0.897;SB=-413.735;SBQD=4.709;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.6199;VQSLOD=5.6484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:1059,0,1143
|
|
20 22151440 rs804567 A G 1625.77 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.439;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.818;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.289;QD=18.06;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-729.554;SBQD=-0.868;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.6359;VQSLOD=3.8701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,54:90:99:1656,0,1121
|
|
20 22165825 rs6113570 G A 549.70 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.511;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8492;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=12.22;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-213.108;SBQD=3.940;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.7563;VQSLOD=2.9204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:580,0,484
|
|
20 22192802 rs804607 G A 1011.84 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=14.446;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=13.49;ReadPosRankSum=-2.812;SB=-547.767;SBQD=-9.291;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.5982;VQSLOD=4.0387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1042,0,970
|
|
20 22239726 rs804686 C T 1050.67 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.130;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.852;HRun=0;HaplotypeScore=2.6884;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.281;SB=-440.438;SBQD=0.403;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.7172;VQSLOD=4.7453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:86:99:1081,0,1466
|
|
20 22267870 rs383250 C A 788.50 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.182;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.391;SB=-443.099;SBQD=3.562;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.0946;VQSLOD=5.0080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:818,0,703
|
|
20 22281954 rs17192831 C T 1166.21 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.802;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=17.94;ReadPosRankSum=-0.497;SB=-564.769;SBQD=-1.257;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2466;VQSLOD=5.2406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:1196,0,770
|
|
20 22283333 rs410238 T G 1077.26 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.562;SB=-498.997;SBQD=3.039;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.4134;VQSLOD=4.6541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1107,0,833
|
|
20 22321534 rs761960 A G 2489.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.07;SB=-786.011;SBQD=1.548;SBpi=1.6252;SBpiQual=1.7784;VQSLOD=7.5487 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2522,199,0
|
|
20 22482096 rs1337924 A C 1417.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.85;MQ0=0;QD=26.75;SB=-767.738;SBQD=4.405;SBpi=0.2060;SBpiQual=0.5375;VQSLOD=5.0428 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1450,129,0
|
|
20 22498884 rs4813458 A G 1965.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.30;MQ0=0;QD=30.71;SB=-901.681;SBQD=1.890;SBpi=0.8750;SBpiQual=1.0268;VQSLOD=6.5210 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1998,162,0
|
|
20 22508742 rs6082736 T G 2769.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.99;MQ0=0;QD=35.05;SB=-1314.556;SBQD=-0.874;SBpi=-0.3938;SBpiQual=-0.4669;VQSLOD=8.8750 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2802,229,0
|
|
20 22516648 rs4813461 T C 3227.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=35.46;SB=-1467.204;SBQD=0.335;SBpi=-0.7862;SBpiQual=-0.8315;VQSLOD=8.3703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3260,253,0
|
|
20 22588917 rs1203926 A T 2208.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.50;MQ0=0;QD=26.61;SB=-1214.249;SBQD=-4.513;SBpi=-0.6626;SBpiQual=-0.9620;VQSLOD=0.2869 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2242,196,0
|
|
20 22590552 rs2424436 G T 1598.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=31.98;SB=-729.213;SBQD=-4.662;SBpi=-0.5657;SBpiQual=-0.8088;VQSLOD=7.8698 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1632,129,0
|
|
20 22591986 rs1203935 G A 2149.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.59;SB=-1160.356;SBQD=-0.968;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.1844;VQSLOD=8.1747 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2183,175,0
|
|
20 22594958 rs1203938 G A 2697.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.58;SB=-1371.181;SBQD=0.888;SBpi=0.3397;SBpiQual=0.4199;VQSLOD=8.6265 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2730,214,0
|
|
20 22635354 rs4815129 G C 2821.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ=58.74;MQ0=0;QD=30.67;SB=-1475.865;SBQD=-0.855;SBpi=-0.6255;SBpiQual=-0.7631;VQSLOD=6.2699 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2855,229,0
|
|
20 22645632 rs2145060 T A 1780.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=30.18;SB=-677.637;SBQD=4.901;SBpi=1.2368;SBpiQual=1.5561;VQSLOD=6.2246 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1813,150,0
|
|
20 22648573 rs1543443 G A 2834.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.81;SB=-1406.501;SBQD=-0.048;SBpi=0.2849;SBpiQual=0.3083;VQSLOD=8.7123 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2867,223,0
|
|
20 22675948 rs6048264 A C 1952.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.61;MQ0=0;QD=33.10;SB=-1071.846;SBQD=0.056;SBpi=0.0651;SBpiQual=0.0102;VQSLOD=6.9015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1986,159,0
|
|
20 22744911 rs4516506 T C 806.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9973;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87;SB=-249.811;SBQD=3.236;SBpi=1.2509;SBpiQual=1.2864;VQSLOD=5.3270 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:72.19:840,72,0
|
|
20 22789681 rs742850 C G 1293.42 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.423;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=19.60;ReadPosRankSum=-0.132;SB=-585.644;SBQD=7.355;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5713;VQSLOD=5.2526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,43:66:99:1323,0,494
|
|
20 22794443 rs6036222 T C 685.85 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.731;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.759;SB=-398.175;SBQD=-3.348;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.7975;VQSLOD=4.8454 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:77:99:716,0,1285
|
|
20 22807870 rs6036227 T C 635.88 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.203;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.520;SB=-361.829;SBQD=1.475;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.2083;VQSLOD=5.1792 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:666,0,1340
|
|
20 22866230 rs6036247 T C 3469.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.97;MQ0=0;QD=33.05;SB=-1709.564;SBQD=7.363;SBpi=-0.2440;SBpiQual=0.4408;VQSLOD=7.3986 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3469,298,0
|
|
20 22899030 rs5005949 C T 407.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9993;MQ=54.44;MQ0=0;QD=31.38;SB=-72.752;SBQD=13.292;SBpi=1.2481;SBpiQual=1.2997;VQSLOD=4.2578 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36.10:441,36,0
|
|
20 22899578 rs6082920 T G 1048.97 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.820;HRun=1;HaplotypeScore=1.8660;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.780;SB=-593.201;SBQD=-2.453;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0529;VQSLOD=5.1826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1079,0,1398
|
|
20 22900072 rs729301 T C 1051.94 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.938;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=12.703;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-432.924;SBQD=-9.996;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6583;VQSLOD=6.4490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,35:67:99:1082,0,937
|
|
20 22903306 rs28478350 G A 736.93 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.138;DB;DP=71;Dels=0.03;FS=3.324;HRun=0;HaplotypeScore=36.3281;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=1.566;QD=10.09;ReadPosRankSum=-2.398;SB=-527.009;SBQD=-1.046;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.4239;VQSLOD=-32.8760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:767,0,918
|
|
20 22911067 rs6082926 G A 650.64 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.342;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.234;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.913;SB=-313.736;SBQD=-0.469;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.2560;VQSLOD=5.2929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:681,0,429
|
|
20 22920878 rs1331066 A G 786.57 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.460;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.851;QD=11.74;ReadPosRankSum=1.312;SB=-378.895;SBQD=0.792;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.8468;VQSLOD=4.5635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:817,0,987
|
|
20 22926691 rs882963 T C 841.02 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.022;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.037;HRun=2;HaplotypeScore=1.9152;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.573;SB=-422.762;SBQD=2.054;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.1663;VQSLOD=4.9278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:871,0,1254
|
|
20 22938521 rs6075993 A G 688.03 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.573;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.670;HRun=1;HaplotypeScore=1.7900;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=11.66;ReadPosRankSum=-1.196;SB=-256.771;SBQD=-6.766;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.7624;VQSLOD=4.6174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:718,0,975
|
|
20 23052282 rs1821119 C T 2838.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.48;SB=-1475.231;SBQD=0.236;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2517;VQSLOD=8.7093 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2871,223,0
|
|
20 23055393 rs6048533 G C 1584.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=31.07;SB=-732.873;SBQD=-0.808;SBpi=-0.7702;SBpiQual=-0.8683;VQSLOD=7.1887 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1618,129,0
|
|
20 23082817 rs844824 G C 1218.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.48;MQ0=0;QD=27.69;SB=-328.913;SBQD=5.274;SBpi=1.8091;SBpiQual=1.9483;VQSLOD=5.2298 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1251,102,0
|
|
20 23093456 rs844849 A G 1634.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43;SB=-557.796;SBQD=-8.124;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-1.4154;VQSLOD=7.1122 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1668,147,0
|
|
20 23128200 rs4815176 G A 2825.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.76;MQ0=0;QD=36.22;SB=-1470.014;SBQD=0.168;SBpi=-0.1132;SBpiQual=-0.1029;VQSLOD=8.4427 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2858,223,0
|
|
20 23215344 rs6076041 G A 2909.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7234;MQ=58.40;MQ0=0;QD=31.63;SB=-1521.666;SBQD=0.046;SBpi=-0.6255;SBpiQual=-0.7304;VQSLOD=6.6422 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2943,229,0
|
|
20 23250206 rs1114220 A G 2645.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9494;MQ=59.74;MQ0=0;QD=30.41;SB=-1046.571;SBQD=-4.941;SBpi=1.5546;SBpiQual=1.1262;VQSLOD=5.4188 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2678,241,0
|
|
20 23254835 rs2185870 T C 2469.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.37;SB=-1032.285;SBQD=4.896;SBpi=0.5812;SBpiQual=0.9533;VQSLOD=8.1930 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2502,217,0
|
|
20 23265769 rs6048677 A T 2335.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;QD=33.37;SB=-1169.666;SBQD=-2.907;SBpi=-0.3586;SBpiQual=-0.5645;VQSLOD=7.9830 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2369,190,0
|
|
20 23267804 rs12151892 G C 2357.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=33.67;SB=-1244.368;SBQD=1.646;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.1825;VQSLOD=8.2501 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2390,190,0
|
|
20 23325047 rs6048740 G A 575.10 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.254;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.1790;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.893;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.647;SB=-332.834;SBQD=-0.183;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0330;VQSLOD=4.2660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:605,0,945
|
|
20 23330720 rs761723 A G 60.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=4.446;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-96.374;SBQD=-6.256;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0225;VQSLOD=1.0770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:90.35:90,0,500
|
|
20 23336119 rs6083085 A G 1101.20 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.845;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-573.640;SBQD=-2.753;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0957;VQSLOD=5.7552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:1131,0,1297
|
|
20 23336766 rs1419006 C T 1194.33 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.367;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.711;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.164;SB=-408.178;SBQD=-5.396;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.1880;VQSLOD=4.6301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,39:73:99:1224,0,1057
|
|
20 23338486 rs2275787 A G 159.45 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.157;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.319;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.697;SB=-142.292;SBQD=4.545;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0766;VQSLOD=2.8700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:189,0,442
|
|
20 23344590 rs6137908 G A 1226.53 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.569;HRun=0;HaplotypeScore=1.8930;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=16.14;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-577.961;SBQD=-3.701;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.3991;VQSLOD=5.3359 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:76:99:1257,0,1056
|
|
20 23365254 rs1419010 G C 624.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.213;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.429;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-144.335;SBQD=-6.893;SBpi=-1.7008;SBpiQual=-1.7348;VQSLOD=3.4182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:655,0,827
|
|
20 23368411 rs6076065 C A 1268.40 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.822;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=15.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.033;QD=16.91;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-311.728;SBQD=-11.415;SBpi=-1.6973;SBpiQual=-1.8988;VQSLOD=2.8927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1298,0,941
|
|
20 23455973 rs2983283 A C 726.89 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.009;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=12.536;HRun=1;HaplotypeScore=5.2386;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.383;SB=-272.992;SBQD=-9.687;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-1.0203;VQSLOD=2.7762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:757,0,754
|
|
20 23486928 rs3004117 C T 2485.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.55;SB=-956.282;SBQD=2.100;SBpi=0.9701;SBpiQual=1.1019;VQSLOD=8.6193 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2518,199,0
|
|
20 23519255 rs2983643 T C 2303.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=33.38;SB=-982.878;SBQD=-3.925;SBpi=-0.7825;SBpiQual=-1.0535;VQSLOD=7.6325 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2337,187,0
|
|
20 23528114 rs3004128 G C 2359.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.6918;MQ=59.44;MQ0=0;QD=31.46;SB=-1089.341;SBQD=-0.988;SBpi=-0.7506;SBpiQual=-0.7830;VQSLOD=5.3594 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2393,193,0
|
|
20 23530226 rs1964135 T C 2042.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=30.95;SB=-902.311;SBQD=0.423;SBpi=-1.1078;SBpiQual=-1.1375;VQSLOD=6.1466 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2076,166,0
|
|
20 23530729 rs1033712 G A 2671.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;QD=34.69;SB=-1348.465;SBQD=-1.962;SBpi=0.3989;SBpiQual=0.2365;VQSLOD=8.5679 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2704,220,0
|
|
20 23531836 rs1028562 A G 1368.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9623;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.75;SB=-791.791;SBQD=-1.514;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.2127;VQSLOD=6.1210 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1402,111,0
|
|
20 23535388 rs6083150 A C 2448.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.86;SB=-1325.438;SBQD=-1.839;SBpi=-0.5522;SBpiQual=-0.7323;VQSLOD=6.5479 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2482,199,0
|
|
20 23541601 rs13037471 T C 130.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.07;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.665;HRun=1;HaplotypeScore=3.8891;MQ=29.71;MQ0=1;MQRankSum=-1.420;QD=4.34;ReadPosRankSum=2.281;SB=-132.811;SBQD=-3.161;SBpi=-1.7008;SBpiQual=-1.9055;VQSLOD=-0.4558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,28:30:15.38:160,0,15
|
|
20 23547744 rs6138001 G T 1874.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8589;MQ=57.79;MQ0=0;QD=32.88;SB=-840.283;SBQD=0.124;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.7626;VQSLOD=5.7324 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1907,153,0
|
|
20 23547770 rs13040567 G A 2168.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.06;MQ0=0;QD=33.88;SB=-948.379;SBQD=-1.055;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-0.7984;VQSLOD=8.3872 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2201,178,0
|
|
20 23550820 rs1973959 G A 1483.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.97;MQ0=0;QD=32.97;SB=-671.943;SBQD=2.419;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.6252;VQSLOD=7.5605 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1517,123,0
|
|
20 23552298 rs6138003 C T 3176.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1343.683;SBQD=0.682;SBpi=-1.1595;SBpiQual=-1.1540;VQSLOD=8.0232 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3210,250,0
|
|
20 23560586 rs6083185 T G 2481.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=34.95;SB=-1293.053;SBQD=1.292;SBpi=0.0593;SBpiQual=0.1332;VQSLOD=8.5203 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2514,199,0
|
|
20 23566372 rs6138008 C T 1778.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=31.75;SB=-1009.448;SBQD=0.845;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.2190;VQSLOD=7.4251 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1811,141,0
|
|
20 23570170 rs6515368 C T 523.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=18.16;MQ0=34;MQRankSum=2.576;QD=7.48;ReadPosRankSum=2.175;SB=-122.315;SBQD=-27.564;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.2228;VQSLOD=2.9820 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,35:70:54.06:557,54,0
|
|
20 23577648 rs1983713 G T 2453.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.61;SB=-1087.212;SBQD=-0.115;SBpi=0.8778;SBpiQual=0.9227;VQSLOD=6.6353 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2486,199,0
|
|
20 23579026 rs3004140 C T 2878.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.91;SB=-1093.430;SBQD=0.018;SBpi=-1.2455;SBpiQual=-1.3091;VQSLOD=7.8777 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2912,226,0
|
|
20 23581557 rs3004143 A G 2281.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=30.42;SB=-1069.745;SBQD=-0.029;SBpi=0.9815;SBpiQual=1.0461;VQSLOD=6.5947 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2314,184,0
|
|
20 23591463 rs6106689 G A 1165.79 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.148;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=2.911;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-641.523;SBQD=2.314;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0292;VQSLOD=5.1319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1196,0,1157
|
|
20 23620099 . T G 35.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.844;DP=45;Dels=0.00;FS=36.003;HRun=2;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=0.79;ReadPosRankSum=-3.061;SB=87.274;SBQD=7.101;SBpi=1.7321;SBpiQual=1.1972;VQSLOD=-5.7122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,12:45:65.36:65,0,1037
|
|
20 23631523 . G A 1231.27 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.865;SB=-574.045;SBQD=-0.334;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.3847;VQSLOD=3.9842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1261,0,909
|
|
20 23631602 . A G 874.22 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.423;DP=60;Dels=0.00;FS=3.897;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.119;QD=14.57;ReadPosRankSum=0.378;SB=-237.301;SBQD=-7.264;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.4080;VQSLOD=2.8456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:904,0,893
|
|
20 23632409 . A G 510.76 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.169;DP=38;Dels=0.00;FS=2.742;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=13.44;ReadPosRankSum=-2.407;SB=-292.680;SBQD=0.770;SBpi=0.1091;SBpiQual=-0.1274;VQSLOD=2.3492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:541,0,476
|
|
20 23640012 rs2424593 T C 1181.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9045;MQ=58.90;MQ0=0;QD=20.02;SB=-991.351;SBQD=-0.016;SBpi=-0.3255;SBpiQual=-0.3455;VQSLOD=2.5426 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:96.30:1214,96,0
|
|
20 23664640 . G C 779.79 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DP=51;Dels=0.00;FS=5.973;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.293;SB=-441.898;SBQD=-6.899;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0177;VQSLOD=3.9775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:810,0,728
|
|
20 23666196 rs6048990 C G 583.38 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.348;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=8.887;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.887;SB=-214.264;SBQD=-8.723;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-0.8671;VQSLOD=4.6413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:613,0,620
|
|
20 23679191 rs947009 T G 1091.65 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.049;HRun=4;HaplotypeScore=0.7887;MQ=56.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.697;SB=-508.349;SBQD=3.874;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1683;VQSLOD=4.6499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1122,0,1275
|
|
20 23680056 rs6515382 G A 1131.05 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.250;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.195;HRun=1;HaplotypeScore=1.9988;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=15.71;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-546.917;SBQD=3.693;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.2935;VQSLOD=5.4182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1161,0,1054
|
|
20 23701073 rs7274860 C G 735.44 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.912;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.059;SB=-396.458;SBQD=-3.442;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.6215;VQSLOD=4.1534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:765,0,1064
|
|
20 23715272 . G A 940.77 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.146;DP=62;Dels=0.00;FS=8.783;HRun=0;HaplotypeScore=2.6782;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=2.046;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.397;SB=-459.280;SBQD=-8.116;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.3038;VQSLOD=3.0194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:971,0,889
|
|
20 23723172 rs60609640 C T 1116.08 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.890;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.552;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.752;SB=-627.366;SBQD=3.798;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1540;VQSLOD=5.3599 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:1146,0,802
|
|
20 23728233 rs1048314 G T 303.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=5.278;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.10;MQ0=4;MQRankSum=-4.993;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.449;SB=-153.766;SBQD=-3.707;SBpi=0.1000;SBpiQual=-0.4437;VQSLOD=-1.7406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:334,0,582
|
|
20 23729722 rs3188314 G T 1388.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.13;MQ0=0;QD=28.34;SB=-809.001;SBQD=2.480;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.2783;VQSLOD=5.8121 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1422,120,0
|
|
20 23738757 rs4514947 C T 2922.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.65;MQ0=0;QD=35.64;SB=-1484.408;SBQD=-0.206;SBpi=0.2209;SBpiQual=0.2702;VQSLOD=8.3941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2955,235,0
|
|
20 23739504 rs6083252 C T 1670.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.11;MQ0=0;QD=32.76;SB=-914.118;SBQD=1.526;SBpi=-0.2100;SBpiQual=-0.2338;VQSLOD=7.9835 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1704,132,0
|
|
20 23753332 . G A 729.06 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DP=62;Dels=0.00;FS=7.038;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.445;SB=-300.300;SBQD=-6.906;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6703;VQSLOD=3.5185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:759,0,1094
|
|
20 23758976 rs6132658 G A 1316.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.77;SB=-197.963;SBQD=4.305;SBpi=2.3219;SBpiQual=2.4764;VQSLOD=5.4075 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1350,105,0
|
|
20 23764112 rs34571857 A G 1814.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;QD=21.60;SB=-1328.969;SBQD=-6.559;SBpi=0.6547;SBpiQual=0.1616;VQSLOD=4.5138 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:1848,168,0
|
|
20 23767786 rs4490259 A G 856.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=13.9538;MQ=37.23;MQ0=0;QD=26.77;SB=-175.485;SBQD=-11.450;SBpi=-1.5910;SBpiQual=-1.8142;VQSLOD=-6.0812 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:81.20:890,81,0
|
|
20 23773321 . T C 763.96 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.593;DP=73;Dels=0.00;FS=13.067;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.858;SB=-400.155;SBQD=9.718;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1885;VQSLOD=2.8897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:794,0,1484
|
|
20 23776643 rs6049130 C T 2357.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;QD=36.83;SB=-1246.539;SBQD=0.189;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0134;VQSLOD=8.8018 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2390,184,0
|
|
20 23783387 . A G 234.37 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.77;MQ0=0;QD=4.26;SB=-462.776;SBQD=10.871;SBpi=0.0674;SBpiQual=-0.0338;VQSLOD=1.5150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:29.98:267,30,0
|
|
20 23786639 rs6049141 G C 508.32 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=1.044;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-220.696;SBQD=1.611;SBpi=0.8660;SBpiQual=1.1373;VQSLOD=4.4379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:538,0,1275
|
|
20 23795284 rs6132669 A G 1037.78 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=8.651;HRun=1;HaplotypeScore=3.4442;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=15.26;ReadPosRankSum=-1.763;SB=-567.103;SBQD=7.510;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.1410;VQSLOD=3.2754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1068,0,998
|
|
20 23796154 rs6106724 G T 1318.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.729;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.950;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=16.28;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-555.035;SBQD=-3.241;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.6596;VQSLOD=4.5767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1349,0,1196
|
|
20 23799246 rs4411788 G T 1261.15 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.925;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=16.38;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-608.245;SBQD=-3.012;SBpi=0.3904;SBpiQual=0.4047;VQSLOD=5.9883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,41:77:99:1291,0,1100
|
|
20 23806295 rs7270053 C A 899.50 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.379;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.433;HRun=0;HaplotypeScore=2.4820;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=2.136;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-482.663;SBQD=-2.910;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.4121;VQSLOD=4.5565 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:929,0,878
|
|
20 23807028 rs4407312 A C 1811.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.24;MQ0=0;QD=34.18;SB=-928.266;SBQD=-0.551;SBpi=0.2060;SBpiQual=0.1930;VQSLOD=7.8078 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1845,147,0
|
|
20 23814432 rs6083281 T C 1183.30 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.667;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=2.647;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-508.408;SBQD=-2.972;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-0.9370;VQSLOD=5.6657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,45:100:99:1213,0,1788
|
|
20 23815678 rs6114327 C G 810.18 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=15.638;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.245;SB=-281.896;SBQD=-9.012;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-0.9941;VQSLOD=4.9690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:840,0,1099
|
|
20 23823856 rs6083298 A G 1602.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=26.70;SB=-1093.874;SBQD=1.107;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0880;VQSLOD=6.1939 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1635,132,0
|
|
20 23829635 rs6083302 G A 1204.14 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.114;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=42.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=16.27;ReadPosRankSum=0.215;SB=-609.143;SBQD=1.017;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.3692;VQSLOD=5.3788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,44:74:99:1234,0,762
|
|
20 23834729 rs6049177 C A 633.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=28.0618;MQ=59.05;MQ0=0;QD=9.60;SB=-1160.789;SBQD=2.358;SBpi=-0.3693;SBpiQual=-0.2701;VQSLOD=-15.5315 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:54.14:667,54,0
|
|
20 23839245 rs6049181 G A 1895.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.42;MQ0=0;QD=32.69;SB=-780.622;SBQD=-3.558;SBpi=-0.9191;SBpiQual=-1.0638;VQSLOD=7.5695 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1929,153,0
|
|
20 23841984 rs6515432 C T 978.46 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=8.361;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.00;MQ0=4;MQRankSum=-1.008;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.268;SB=-167.669;SBQD=16.319;SBpi=0.9045;SBpiQual=1.0444;VQSLOD=4.1446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,44:69:99:1008,0,481
|
|
20 23859319 rs34269359 G A 520.36 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.629;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.837;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=47.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.126;SB=-256.032;SBQD=3.106;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.3662;VQSLOD=4.5930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:550,0,626
|
|
20 23871738 . G A 902.12 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.730;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.3966;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.412;SB=-440.232;SBQD=4.201;SBpi=0.8199;SBpiQual=1.2241;VQSLOD=1.8363 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:932,0,706
|
|
20 23878033 . T C 1022.23 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5731;MQ=40.49;MQ0=3;MQRankSum=0.273;QD=11.75;ReadPosRankSum=1.982;SB=-393.274;SBQD=-1.075;SBpi=0.9258;SBpiQual=0.9370;VQSLOD=2.6810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:1052,0,971
|
|
20 23882042 rs6036567 T C 1010.74 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.540;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.697;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=48.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-356.689;SBQD=7.055;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.9857;VQSLOD=4.9438 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:88:99:1041,0,1416
|
|
20 23883026 rs6049218 C T 548.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.570;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.405;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.03;MQ0=25;MQRankSum=-4.174;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.000;SB=-76.251;SBQD=13.000;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0983;VQSLOD=-0.3636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:579,0,580
|
|
20 23895454 rs2995102 G C 360.56 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=21.383;HRun=2;HaplotypeScore=0.9916;MQ=55.13;MQ0=1;MQRankSum=-0.188;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.974;SB=-83.489;SBQD=-15.573;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.6862;VQSLOD=2.6786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:391,0,736
|
|
20 23902610 rs1619958 G A 1560.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.1306;MQ=58.45;MQ0=0;QD=26.01;SB=-885.667;SBQD=-3.104;SBpi=-0.5164;SBpiQual=-0.7495;VQSLOD=2.8911 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1594,129,0
|
|
20 23906949 . G A 775.17 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.276;DP=42;Dels=0.00;FS=3.025;HRun=0;HaplotypeScore=1.7825;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=18.46;ReadPosRankSum=1.671;SB=-227.903;SBQD=6.321;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.1324;VQSLOD=2.9752 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:805,0,380
|
|
20 23913312 . C T 1004.99 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.118;DP=99;Dels=0.00;FS=14.805;HRun=0;HaplotypeScore=1.8499;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-418.244;SBQD=8.136;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.3953;VQSLOD=5.2659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,35:99:99:1035,0,1683
|
|
20 23919101 rs1797031 A G 2196.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.37;MQ0=0;QD=30.09;SB=-1114.975;SBQD=0.089;SBpi=-0.7608;SBpiQual=-0.8266;VQSLOD=5.5471 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2229,178,0
|
|
20 23919290 rs1797030 T C 1436.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57;SB=-733.930;SBQD=2.421;SBpi=-0.6564;SBpiQual=-0.5607;VQSLOD=7.1144 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1470,114,0
|
|
20 23925561 rs3004162 G C 2506.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=33.87;SB=-920.631;SBQD=-2.738;SBpi=-1.2787;SBpiQual=-1.4387;VQSLOD=6.2298 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2539,199,0
|
|
20 23926033 rs6036584 T C 2174.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=33.98;SB=-1172.009;SBQD=0.480;SBpi=-0.1250;SBpiQual=-0.1154;VQSLOD=8.9475 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2208,175,0
|
|
20 23927009 rs4239745 T G 2193.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=36.56;SB=-1058.754;SBQD=-0.385;SBpi=-0.2582;SBpiQual=-0.2975;VQSLOD=8.7357 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2227,178,0
|
|
20 23927111 rs4239746 C A 1381.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.10;MQ0=0;QD=26.06;SB=-757.909;SBQD=0.895;SBpi=-0.7555;SBpiQual=-0.8182;VQSLOD=4.0176 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1414,117,0
|
|
20 23930821 rs6132683 C T 2440.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=35.89;SB=-1212.885;SBQD=-0.752;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.3136;VQSLOD=8.5238 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2473,193,0
|
|
20 23936201 rs2145971 G A 2110.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=55.92;MQ0=0;QD=34.04;SB=-770.903;SBQD=-2.299;SBpi=1.3970;SBpiQual=1.3387;VQSLOD=6.9561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2144,172,0
|
|
20 23937675 rs2224549 C G 2266.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.33;SB=-737.895;SBQD=-6.900;SBpi=-1.3339;SBpiQual=-1.8108;VQSLOD=7.6850 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2299,193,0
|
|
20 23961469 rs6036595 A G 1605.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.20;MQ0=0;QD=25.90;SB=-927.406;SBQD=1.313;SBpi=-0.3201;SBpiQual=-0.3014;VQSLOD=5.2183 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1639,150,0
|
|
20 23968624 . G A 94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;DP=31;Dels=0.00;FS=31.547;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=31.70;MQ0=2;MQRankSum=-1.326;QD=3.03;ReadPosRankSum=-3.024;SB=48.898;SBQD=14.876;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.3601;VQSLOD=-4.0773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:31:99:124,0,398
|
|
20 23970243 rs13044302 A T 689.13 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.044;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.717;HRun=0;HaplotypeScore=2.4167;MQ=50.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.959;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.134;SB=-321.490;SBQD=7.781;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.5635;VQSLOD=3.3679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:719,0,513
|
|
20 23986382 rs28451540 T C 835.70 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=8.263;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-384.502;SBQD=8.483;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2796;VQSLOD=5.6173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:866,0,539
|
|
20 23986860 rs28516591 A C 799.81 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.294;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.263;QD=14.28;ReadPosRankSum=2.181;SB=-342.645;SBQD=-4.100;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.6875;VQSLOD=4.2768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:830,0,795
|
|
20 23989992 rs6049304 A G 645.10 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.155;HRun=2;HaplotypeScore=3.8722;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-256.129;SBQD=4.325;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.0142;VQSLOD=2.5884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:675,0,494
|
|
20 23998467 rs3905229 G T 1186.31 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.317;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-534.445;SBQD=-0.747;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4795;VQSLOD=5.8892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:1216,0,1469
|
|
20 24019195 rs6114418 A G 1044.57 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.674;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.762;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.660;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-527.954;SBQD=-1.809;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.3396;VQSLOD=3.4395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:1075,0,1617
|
|
20 24050607 rs6036633 T C 30.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.442;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=45.390;HRun=0;HaplotypeScore=20.6823;MQ=50.47;MQ0=0;MQRankSum=2.357;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.446;SB=-324.991;SBQD=21.790;SBpi=1.6330;SBpiQual=2.0974;VQSLOD=-11.8826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,54:92:14.67:61,0,15
|
|
20 24101486 rs6049416 G C 894.20 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.731;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=1;HaplotypeScore=1.8663;MQ=52.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.911;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.002;SB=-368.047;SBQD=3.072;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.7932;VQSLOD=1.5808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:924,0,880
|
|
20 24114150 rs11699743 A T 1146.45 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.184;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=16.38;ReadPosRankSum=0.518;SB=-551.918;SBQD=4.940;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2006;VQSLOD=6.5331 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1176,0,1019
|
|
20 24144617 rs2208013 T A 1208.44 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.840;HRun=1;HaplotypeScore=1.9940;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.909;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.621;SB=-549.666;SBQD=1.636;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.6476;VQSLOD=4.2572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:83:99:1238,0,1371
|
|
20 24145804 rs6114509 C T 1226.51 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.227;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.823;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.156;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.724;SB=-581.385;SBQD=-1.474;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.4115;VQSLOD=3.5664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:87:99:1257,0,1284
|
|
20 24188728 rs34114294 G A 439.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.804;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.959;HRun=0;HaplotypeScore=4.8618;MQ=51.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.231;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-400.352;SBQD=-0.148;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.3793;VQSLOD=0.1601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:469,0,996
|
|
20 24190035 rs570480 C A 2008.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.23;SB=-889.244;SBQD=-0.409;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.7804;VQSLOD=8.6355 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2041,159,0
|
|
20 24191708 rs512754 G A 1118.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=33.90;ReadPosRankSum=-0.788;SB=-0.007;SBQD=35.044;SBpi=2.8284;SBpiQual=3.0263;VQSLOD=5.3988 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:90.28:1152,90,0
|
|
20 24193545 rs564337 C A 2590.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1277.531;SBQD=-0.567;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.5524;VQSLOD=8.4524 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2624,208,0
|
|
20 24198570 rs523314 C T 2706.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.08;SB=-1437.110;SBQD=0.461;SBpi=-0.0577;SBpiQual=-0.0178;VQSLOD=8.6438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2739,214,0
|
|
20 24202611 rs478009 G T 3632.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.76;MQ0=0;QD=37.07;SB=-1545.492;SBQD=-0.559;SBpi=0.9091;SBpiQual=0.9118;VQSLOD=6.8726 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3632,289,0
|
|
20 24203037 rs496447 T C 2838.60 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=69.9552;MQ=59.21;MQ0=0;QD=34.62;SB=-925.822;SBQD=-0.525;SBpi=1.8773;SBpiQual=1.8969;VQSLOD=-121.3649 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2872,229,0
|
|
20 24203384 rs560787 C T 3599.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.98;MQ0=0;QD=34.61;SB=-1669.136;SBQD=-3.524;SBpi=-0.4903;SBpiQual=-0.7374;VQSLOD=8.0184 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:104:99:3599,283,0
|
|
20 24204677 rs527873 G A 2928.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=35.72;SB=-1587.731;SBQD=0.068;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0102;VQSLOD=8.5328 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2962,229,0
|
|
20 24211711 rs561918 A G 2626.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=31.64;SB=-1275.454;SBQD=-5.173;SBpi=-0.1646;SBpiQual=-0.6457;VQSLOD=7.7823 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2659,229,0
|
|
20 24217203 rs2474441 G T 2219.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.05;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=8.8281;MQ=59.41;MQ0=0;QD=25.80;SB=-1425.578;SBQD=-2.243;SBpi=-0.2209;SBpiQual=-0.2634;VQSLOD=-8.5652 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2252,187,0
|
|
20 24233951 rs17249942 G A 1415.03 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.052;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.589;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=17.05;ReadPosRankSum=0.288;SB=-578.371;SBQD=5.495;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7856;VQSLOD=5.9516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1445,0,1086
|
|
20 24274812 rs705645 C A 1885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=33.07;SB=-1061.000;SBQD=-0.764;SBpi=-0.0662;SBpiQual=-0.0838;VQSLOD=7.1219 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1918,147,0
|
|
20 24296203 rs8122936 C G 1045.57 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.938;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.141;SB=-415.168;SBQD=2.737;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.8942;VQSLOD=5.2742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:1076,0,1110
|
|
20 24306916 rs4611717 C A 1759.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7262;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-1113.580;SBQD=0.865;SBpi=-0.6621;SBpiQual=-0.6131;VQSLOD=4.4316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1793,141,0
|
|
20 24318040 rs62193423 G A 1062.69 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.253;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.273;HRun=1;HaplotypeScore=1.4679;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=17.42;ReadPosRankSum=1.582;SB=-374.435;SBQD=-5.720;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.9058;VQSLOD=4.0641 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:1093,0,682
|
|
20 24326644 rs35499759 A C 651.43 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.022;HRun=1;HaplotypeScore=2.3479;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.590;SB=-326.204;SBQD=-5.304;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.2156;VQSLOD=4.0210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:681,0,755
|
|
20 24337664 rs6049622 T G 524.73 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.258;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.316;HRun=0;HaplotypeScore=2.3639;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-296.719;SBQD=-3.305;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1394;VQSLOD=4.5909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:555,0,1049
|
|
20 24394543 rs6106871 A C 858.38 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=2.848;HRun=1;HaplotypeScore=1.4538;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.487;SB=-546.456;SBQD=2.019;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.4129;VQSLOD=3.8277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:888,0,1069
|
|
20 24395208 rs8114637 T A 820.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.648;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.323;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.991;SB=-361.599;SBQD=2.636;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.7544;VQSLOD=4.8008 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:851,0,964
|
|
20 24397303 rs7272706 G A 1211.22 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.199;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.911;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.657;SB=-644.066;SBQD=2.379;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.0973;VQSLOD=4.6263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:77:99:1241,0,908
|
|
20 24411883 . G C 344.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4105;MQ=49.42;MQ0=0;QD=14.98;SB=-185.026;SBQD=-16.316;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-1.0014;VQSLOD=3.4590 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:33.07:378,33,0
|
|
20 24448895 rs4815272 T A 2086.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=33.65;SB=-995.455;SBQD=-2.788;SBpi=0.6350;SBpiQual=0.5300;VQSLOD=8.3516 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2119,166,0
|
|
20 24487255 rs1980824 A G 2749.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=34.81;SB=-1427.171;SBQD=-0.187;SBpi=0.1688;SBpiQual=0.1126;VQSLOD=7.9200 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2783,223,0
|
|
20 24487828 rs1980826 T C 634.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.27;MQ0=0;QD=23.50;SB=-380.813;SBQD=-3.204;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3793;VQSLOD=4.5977 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:57.15:667,57,0
|
|
20 24494024 rs6076233 C A 2640.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.68;MQ0=0;QD=35.68;SB=-1279.967;SBQD=3.303;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.3162;VQSLOD=8.4595 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2673,211,0
|
|
20 24508160 rs62215270 C T 223.96 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=3.216;HRun=3;HaplotypeScore=53.6983;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=2.31;ReadPosRankSum=-5.957;SB=-186.029;SBQD=-2.419;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.3271;VQSLOD=-104.3824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,22:97:99:254,0,2329
|
|
20 24517051 rs6132742 T C 1472.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27;SB=-863.389;SBQD=4.487;SBpi=-0.1361;SBpiQual=0.2347;VQSLOD=6.5045 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1505,132,0
|
|
20 24524429 rs6049771 C G 2543.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=34.84;SB=-1209.943;SBQD=0.169;SBpi=0.5267;SBpiQual=0.5699;VQSLOD=9.3327 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2577,205,0
|
|
20 24531347 rs11905301 T C 1441.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=29.89;MQ0=0;QD=27.20;SB=-675.896;SBQD=-1.097;SBpi=0.8321;SBpiQual=0.9173;VQSLOD=3.5552 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1474,141,0
|
|
20 24578973 rs6049805 T C 2271.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=30.29;SB=-1253.279;SBQD=6.432;SBpi=-0.4041;SBpiQual=0.0892;VQSLOD=7.3560 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2305,202,0
|
|
20 24593310 rs1409372 T C 2219.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=34.15;SB=-1062.567;SBQD=0.366;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.5899;VQSLOD=7.4178 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2253,178,0
|
|
20 24600877 rs11697994 C T 2761.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09;SB=-1238.446;SBQD=0.432;SBpi=0.9444;SBpiQual=1.0360;VQSLOD=4.9223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2795,220,0
|
|
20 24611585 rs761437 A G 2245.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6797;MQ=58.63;MQ0=0;QD=29.94;SB=-923.570;SBQD=-5.574;SBpi=1.4434;SBpiQual=0.9757;VQSLOD=4.4609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2278,208,0
|
|
20 24642930 rs13040961 A G 2059.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.67;MQ0=0;QD=29.85;SB=-758.490;SBQD=-4.765;SBpi=-1.2641;SBpiQual=-1.6369;VQSLOD=6.9352 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2093,177,0
|
|
20 24648007 rs2006216 C A 1668.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.58;MQ0=0;QD=34.06;SB=-907.546;SBQD=1.306;SBpi=0.0714;SBpiQual=0.1671;VQSLOD=6.6261 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1702,132,0
|
|
20 24650007 rs34439537 A G 2229.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.79;SB=-1063.570;SBQD=-0.836;SBpi=-0.6155;SBpiQual=-0.6979;VQSLOD=7.2504 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2263,178,0
|
|
20 24653105 rs6049847 A G 2027.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=29.82;SB=-909.565;SBQD=-6.569;SBpi=-0.4851;SBpiQual=-0.9414;VQSLOD=6.7833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2061,180,0
|
|
20 24654911 rs6036876 T C 1519.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;QD=31.01;SB=-679.081;SBQD=7.307;SBpi=0.3571;SBpiQual=0.8186;VQSLOD=7.6481 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1552,132,0
|
|
20 24657805 rs880502 G A 2495.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.61;MQ0=0;QD=33.72;SB=-1279.858;SBQD=-1.749;SBpi=0.4650;SBpiQual=0.3711;VQSLOD=7.8296 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2528,196,0
|
|
20 24659446 rs6049872 A G 1716.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.60;SB=-950.039;SBQD=-4.022;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.3864;VQSLOD=6.2825 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1750,144,0
|
|
20 24660634 rs28536086 G A 1313.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.71;MQ0=0;QD=32.04;SB=-408.022;SBQD=-10.451;SBpi=-1.0151;SBpiQual=-1.4361;VQSLOD=7.2989 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1347,105,0
|
|
20 24673526 rs8123888 C T 191.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=3.25;SB=-754.555;SBQD=1.832;SBpi=1.2368;SBpiQual=1.4135;VQSLOD=0.4208 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:24:225,24,0
|
|
20 24683892 rs34025307 C T 1686.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8216;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43;SB=-826.124;SBQD=1.572;SBpi=0.5547;SBpiQual=0.6659;VQSLOD=6.1766 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1719,135,0
|
|
20 24701788 rs57130956 C T 1948.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.03;SB=-1088.424;SBQD=0.676;SBpi=-0.1953;SBpiQual=-0.2114;VQSLOD=7.5321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1982,153,0
|
|
20 24903010 rs6138409 C T 1473.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=42.41;MQ0=2;QD=27.80;SB=-643.469;SBQD=-5.709;SBpi=1.1676;SBpiQual=1.3221;VQSLOD=5.6236 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1506,123,0
|
|
20 24957164 rs2387572 C T 2609.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.59;MQ0=0;QD=35.26;SB=-1373.478;SBQD=2.253;SBpi=-0.1162;SBpiQual=-0.0054;VQSLOD=7.3639 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2642,211,0
|
|
20 24966619 rs765834 C T 2179.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=33.53;SB=-1123.128;SBQD=-0.496;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.2608;VQSLOD=8.2258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:65:99:2212,175,0
|
|
20 24984882 rs6050244 C A 3467.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=36.12;SB=-1822.797;SBQD=0.390;SBpi=0.1021;SBpiQual=0.1482;VQSLOD=7.9722 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3468,271,0
|
|
20 24985936 rs3928737 T C 2670.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6665;MQ=58.54;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1144.249;SBQD=-0.294;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.7654;VQSLOD=5.5629 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2704,220,0
|
|
20 24987438 rs6083718 C T 2299.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.81;SB=-1081.214;SBQD=1.842;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.7497;VQSLOD=8.2270 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2332,181,0
|
|
20 25030493 . G A 716.82 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.935;DP=60;Dels=0.00;FS=11.723;HRun=0;HaplotypeScore=1.5775;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.274;SB=-426.850;SBQD=8.102;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1401;VQSLOD=5.2781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:747,0,541
|
|
20 25071454 rs2207634 G A 734.39 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.470;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=10.323;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.790;QD=14.12;ReadPosRankSum=0.285;SB=-380.187;SBQD=-7.929;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.3205;VQSLOD=4.9697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:764,0,456
|
|
20 25084087 rs6050318 G C 1194.66 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.156;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.899;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.125;QD=14.39;ReadPosRankSum=0.342;SB=-601.227;SBQD=-3.469;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3554;VQSLOD=5.4377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1225,0,1197
|
|
20 25179155 rs2387733 A G 2110.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.46;MQ0=0;QD=30.15;SB=-1255.279;SBQD=-0.452;SBpi=-0.1195;SBpiQual=-0.0997;VQSLOD=6.2628 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2144,172,0
|
|
20 25183908 rs6050431 C T 3442.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.28;MQ0=0;QD=37.02;SB=-1443.963;SBQD=0.845;SBpi=0.8814;SBpiQual=0.9860;VQSLOD=9.2974 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3443,268,0
|
|
20 25186965 rs1473695 A G 1297.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49;SB=-614.680;SBQD=-4.080;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.2632;VQSLOD=6.4816 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1330,123,0
|
|
20 25194768 rs6083780 A G 1027.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=24.46;SB=-444.254;SBQD=-9.071;SBpi=-0.9258;SBpiQual=-1.3934;VQSLOD=3.6425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:93.20:1060,93,0
|
|
20 25195509 rs6050446 A G 1972.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.22;SB=-931.432;SBQD=-0.095;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.5501;VQSLOD=8.9827 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2005,157,0
|
|
20 25208990 rs6050463 G A 1710.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.22;MQ0=0;QD=31.10;SB=-947.058;SBQD=0.129;SBpi=0.2023;SBpiQual=0.3082;VQSLOD=5.6233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1743,138,0
|
|
20 25223430 rs6138550 C T 1810.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.25;MQ0=0;QD=32.33;SB=-977.192;SBQD=-0.336;SBpi=0.2673;SBpiQual=0.2498;VQSLOD=6.7445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1843,147,0
|
|
20 25241345 rs11699953 C G 2237.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.42;MQ0=1;QD=32.91;SB=-1165.357;SBQD=-0.870;SBpi=-0.2425;SBpiQual=-0.2252;VQSLOD=8.2807 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2271,184,0
|
|
20 25242910 rs6138555 G A 2938.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=58.51;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1253.812;SBQD=-1.197;SBpi=-1.0783;SBpiQual=-1.2297;VQSLOD=7.1691 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2972,235,0
|
|
20 25244101 rs4619688 C G 3098.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.54;MQ0=0;QD=34.81;SB=-1383.624;SBQD=-0.674;SBpi=-0.6890;SBpiQual=-0.7545;VQSLOD=8.4090 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3131,259,0
|
|
20 25257462 rs2424699 G A 1116.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.12;MQ0=0;QD=24.80;SB=-416.860;SBQD=8.753;SBpi=1.2671;SBpiQual=1.5900;VQSLOD=2.6926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:45:90.28:1149,90,0
|
|
20 25264221 . A C 429.54 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;DP=43;Dels=0.00;FS=1.283;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.313;SB=-235.801;SBQD=4.894;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.6047;VQSLOD=3.4018 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:460,0,374
|
|
20 25266450 rs2257808 G C 2581.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;QD=34.41;SB=-1414.475;SBQD=0.806;SBpi=-0.0577;SBpiQual=0.0036;VQSLOD=8.4555 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2614,208,0
|
|
20 25278278 rs7019 C T 2122.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=29.08;SB=-1008.782;SBQD=0.106;SBpi=-1.1119;SBpiQual=-1.1538;VQSLOD=6.0713 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2156,172,0
|
|
20 25326132 rs2500442 C A 2561.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1172.129;SBQD=1.894;SBpi=0.5893;SBpiQual=0.7701;VQSLOD=7.5960 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2595,202,0
|
|
20 25326700 rs12625748 T C 1598.33 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.302;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=10.500;HRun=0;HaplotypeScore=2.7094;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.063;SB=-804.564;SBQD=-2.679;SBpi=0.2540;SBpiQual=0.5649;VQSLOD=4.7552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,62:99:99:1628,0,1012
|
|
20 25405469 rs2500441 C T 2994.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.65;SB=-1521.059;SBQD=-0.152;SBpi=-0.2182;SBpiQual=-0.3165;VQSLOD=7.1060 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:3028,235,0
|
|
20 25423006 rs6050619 G A 267.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.287;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.138;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.46;MQ0=0;MQRankSum=4.008;QD=4.19;ReadPosRankSum=-5.295;SB=-195.503;SBQD=1.114;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1394;VQSLOD=-5.1189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,16:64:99:298,0,607
|
|
20 25424713 rs6037120 T A 2000.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5362;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=32.80;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-928.923;SBQD=-0.142;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.7321;VQSLOD=6.3502 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:2034,162,0
|
|
20 25427081 rs2387887 G T 3090.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1490.585;SBQD=0.152;SBpi=0.4313;SBpiQual=0.4401;VQSLOD=8.6979 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3124,250,0
|
|
20 25445446 rs422424 G C 1937.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=29.36;SB=-1017.983;SBQD=-2.224;SBpi=-0.6155;SBpiQual=-0.7524;VQSLOD=6.4201 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:1971,156,0
|
|
20 25449854 rs444699 G A 203.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.17;MQ0=0;QD=7.53;SB=-152.511;SBQD=-12.330;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.8193;VQSLOD=4.6445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:27:24:236,24,0
|
|
20 25449879 rs35849893 C G 70.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.60;MQ0=0;QD=5.91;SB=-24.674;SBQD=-19.973;SBpi=-1.1547;SBpiQual=-1.1820;VQSLOD=2.9761 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:11.98:103,12,0
|
|
20 25465248 rs372678 G A 2604.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=35.68;SB=-1169.089;SBQD=1.598;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.7832;VQSLOD=8.1255 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2638,205,0
|
|
20 25505567 rs403152 G A 772.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.724;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=23.42;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-475.141;SBQD=4.297;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.5016;VQSLOD=3.9077 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:63.20:806,63,0
|
|
20 25511317 rs6107050 G A 2557.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.30;MQ0=0;QD=35.03;SB=-1252.464;SBQD=0.464;SBpi=-0.4096;SBpiQual=-0.4043;VQSLOD=7.1787 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2590,205,0
|
|
20 25521346 rs6138600 A T 2127.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.88;SB=-740.432;SBQD=6.274;SBpi=1.0883;SBpiQual=1.4551;VQSLOD=7.1641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:2161,169,0
|
|
20 25527576 rs913793 A G 1642.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.48;SB=-712.337;SBQD=-9.247;SBpi=-0.7620;SBpiQual=-1.3113;VQSLOD=4.1349 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1675,144,0
|
|
20 25529139 rs6115206 G A 767.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;QD=22.57;SB=-601.739;SBQD=-1.590;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.0754;VQSLOD=4.5294 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:63.19:800,63,0
|
|
20 25551620 rs55779604 C A 620.98 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.660;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.535;HRun=0;HaplotypeScore=3.8733;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.144;QD=9.55;ReadPosRankSum=-2.155;SB=-373.676;SBQD=-2.931;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-0.7562;VQSLOD=2.6269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:651,0,643
|
|
20 25553807 rs6037145 C T 2198.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.77;MQ0=0;QD=30.97;SB=-943.445;SBQD=1.016;SBpi=1.1274;SBpiQual=1.1893;VQSLOD=6.8944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2232,190,0
|
|
20 25558490 rs6083888 T C 1205.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.88;MQ0=0;QD=24.12;SB=-643.588;SBQD=2.480;SBpi=0.4243;SBpiQual=0.5665;VQSLOD=3.8673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1239,114,0
|
|
20 25570985 rs6138609 T A 2081.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=31.53;SB=-1104.118;SBQD=-0.162;SBpi=0.4924;SBpiQual=0.5011;VQSLOD=6.7188 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2114,169,0
|
|
20 25585215 . C T 701.01 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=63;Dels=0.00;FS=6.929;HRun=1;HaplotypeScore=1.9979;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.752;SB=-261.973;SBQD=-7.945;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.7684;VQSLOD=2.9881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:731,0,1075
|
|
20 25623253 rs56402312 C T 680.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.980;HRun=0;HaplotypeScore=15.8378;MQ=58.43;MQ0=1;MQRankSum=-0.054;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.555;SB=-316.072;SBQD=-4.861;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5986;VQSLOD=-2.4912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:711,0,292
|
|
20 25722462 rs7260957 T C 820.62 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.833;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.775;HRun=1;HaplotypeScore=1.9632;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.987;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-350.036;SBQD=8.827;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.4481;VQSLOD=4.1072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:851,0,1049
|
|
20 25734202 . C T 238.06 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.251;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.9748;MQ=23.01;MQ0=29;MQRankSum=-5.016;QD=3.17;ReadPosRankSum=2.838;SB=3.002;SBQD=-4.718;SBpi=-1.2005;SBpiQual=-1.3005;VQSLOD=-6.9161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:268,0,469
|
|
20 25735289 . T G 561.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.333;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=15.847;HRun=0;HaplotypeScore=5.7727;MQ=23.76;MQ0=83;MQRankSum=-2.326;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.123;SB=-279.932;SBQD=-2.322;SBpi=0.6975;SBpiQual=0.8766;VQSLOD=-3.6653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,74:250:99:591,0,2985
|
|
20 25736643 rs6050872 A C 1366.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.918;DB;DP=157;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=20.5847;MQ=40.63;MQ0=14;MQRankSum=-3.280;QD=8.70;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-647.611;SBQD=1.228;SBpi=-1.6929;SBpiQual=-1.9658;VQSLOD=-14.7796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,67:157:99:1396,0,1718
|
|
20 25737506 . G A 66.46 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.011;DP=97;Dels=0.00;FS=10.693;HRun=0;HaplotypeScore=11.2246;MQ=46.34;MQ0=4;MQRankSum=-8.005;QD=0.69;ReadPosRankSum=2.086;SB=63.186;SBQD=2.205;SBpi=2.7126;SBpiQual=2.9263;VQSLOD=-21.5613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,37:97:96.45:96,0,1688
|
|
20 25737643 . T C 1045.86 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.506;DP=145;Dels=0.00;FS=77.714;HRun=1;HaplotypeScore=50.4862;MQ=32.88;MQ0=12;MQRankSum=-6.861;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.011;SB=50.576;SBQD=9.790;SBpi=4.2930;SBpiQual=4.5881;VQSLOD=-96.8033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,88:145:99:1076,0,1383
|
|
20 25738723 . T C 255.58 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;DP=103;Dels=0.00;FS=5.083;HRun=0;HaplotypeScore=23.8787;MQ=42.08;MQ0=11;MQRankSum=-6.387;QD=2.48;ReadPosRankSum=2.115;SB=8.901;SBQD=3.417;SBpi=1.6222;SBpiQual=1.9541;VQSLOD=-40.5501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,38:103:99:286,0,1670
|
|
20 25738902 . C A 95.91 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=21.4809;MQ=51.15;MQ0=1;MQRankSum=-4.156;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.608;SB=-67.614;SBQD=1.529;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.4219;VQSLOD=-21.7271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,19:87:99:126,0,2078
|
|
20 25739191 rs3954785 C T 135.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.865;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=23.411;HRun=0;HaplotypeScore=5.5606;MQ=48.96;MQ0=23;MQRankSum=-5.176;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.868;SB=74.894;SBQD=-4.168;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.6994;VQSLOD=-5.2579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,40:110:99:165,0,2059
|
|
20 25740479 . C G 910.38 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.829;DP=151;Dels=0.00;FS=10.461;HRun=0;HaplotypeScore=62.4843;MQ=45.05;MQ0=1;MQRankSum=-10.452;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.566;SB=-555.175;SBQD=2.766;SBpi=0.9815;SBpiQual=1.1413;VQSLOD=-161.8072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,75:151:99:940,0,2309
|
|
20 25747863 . G A 166.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.445;DP=80;Dels=0.00;FS=17.482;HRun=0;HaplotypeScore=8.4997;MQ=11.07;MQ0=46;MQRankSum=-1.311;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.106;SB=44.855;SBQD=4.208;SBpi=2.7136;SBpiQual=3.0064;VQSLOD=-7.4052 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:80:63.82:197,0,64
|
|
20 25747890 . A C 49.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;DP=92;Dels=0.00;FS=8.751;HRun=3;HaplotypeScore=0.9958;MQ=9.90;MQ0=62;MQRankSum=0.686;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.245;SB=17.999;SBQD=1.238;SBpi=1.5254;SBpiQual=1.7347;VQSLOD=-1.1182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,13:92:79.35:79,0,195
|
|
20 25748348 . G C 154.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.498;DP=220;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4129;MQ=15.82;MQ0=76;MQRankSum=-7.021;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.100;SB=-0.007;SBQD=-1.353;SBpi=-3.7421;SBpiQual=-3.9661;VQSLOD=-13.0028 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,85:220:99:184,0,1242
|
|
20 25753480 . T C 114.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.307;DP=162;Dels=0.00;FS=20.201;HRun=1;HaplotypeScore=6.2725;MQ=34.02;MQ0=36;MQRankSum=-5.923;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.806;SB=82.318;SBQD=1.540;SBpi=2.4537;SBpiQual=2.8127;VQSLOD=-9.7251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,48:162:99:145,0,2343
|
|
20 25754670 . T A 147.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.806;DP=101;Dels=0.00;FS=4.676;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=42.28;MQ0=4;MQRankSum=-3.184;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.723;SB=-62.453;SBQD=-1.637;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.6484;VQSLOD=-1.1296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,23:101:99:177,0,1899
|
|
20 25755672 rs2721991 G T 289.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.625;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=2.458;HRun=0;HaplotypeScore=9.2354;MQ=54.23;MQ0=3;MQRankSum=-1.429;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.095;SB=-201.165;SBQD=-3.342;SBpi=0.7298;SBpiQual=0.7041;VQSLOD=-2.2378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,23:76:99:320,0,1433
|
|
20 25758265 . G C 119.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.873;DP=185;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=26.3328;MQ=28.15;MQ0=41;MQRankSum=-7.734;QD=0.65;ReadPosRankSum=-1.487;SB=107.729;SBQD=-2.239;SBpi=-1.4969;SBpiQual=-1.6452;VQSLOD=-57.6935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,54:185:99:150,0,2735
|
|
20 25762425 . A T 112.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.24;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=42;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=6.6988;MQ=11.58;MQ0=29;MQRankSum=-1.271;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.480;SB=-40.858;SBQD=3.606;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.1396;VQSLOD=-2.7114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,26:42:3.73:142,0,4
|
|
20 25774535 . G A 32.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=10.09;MQ0=23;QD=0.80;SB=-0.007;SBQD=-5.161;SBpi=-2.1794;SBpiQual=-2.3892;VQSLOD=-1.9228 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,19:41:8.94:65,9,0
|
|
20 25827228 . C G 169.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;DP=119;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=14.90;MQ0=63;MQRankSum=2.202;QD=1.43;ReadPosRankSum=2.368;SB=8.969;SBQD=-5.045;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.7292;VQSLOD=-1.4396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,29:119:99:200,0,501
|
|
20 25827262 . A C 88.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=16.0786;MQ=12.17;MQ0=49;MQRankSum=1.111;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.880;SB=8.969;SBQD=-6.197;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0350;VQSLOD=-7.5434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,34:88:99:119,0,210
|
|
20 25829098 . A G 359.64 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.756;DP=115;Dels=0.00;FS=10.739;HRun=0;HaplotypeScore=25.6662;MQ=40.92;MQ0=0;MQRankSum=-8.560;QD=3.13;ReadPosRankSum=-1.291;SB=-199.380;SBQD=0.026;SBpi=1.4489;SBpiQual=1.1063;VQSLOD=-64.9187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,63:115:99:390,0,1288
|
|
20 25829436 . T C 263.67 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.740;DP=190;Dels=0.00;FS=79.245;HRun=1;HaplotypeScore=55.1994;MQ=31.53;MQ0=16;MQRankSum=-2.060;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.879;SB=107.094;SBQD=-6.792;SBpi=-3.3020;SBpiQual=-3.3972;VQSLOD=-87.9106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,62:190:99:294,0,2413
|
|
20 25830671 . C T 30.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DP=123;Dels=0.00;FS=12.463;HRun=1;HaplotypeScore=10.8838;MQ=26.40;MQ0=20;MQRankSum=2.377;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.193;SB=87.146;SBQD=1.366;SBpi=1.2481;SBpiQual=1.3201;VQSLOD=-4.4623 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,13:123:60.15:60,0,2209
|
|
20 25830721 . A G 52.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;DP=125;Dels=0.00;FS=19.165;HRun=0;HaplotypeScore=13.3394;MQ=27.07;MQ0=21;MQRankSum=-1.206;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.836;SB=102.227;SBQD=1.654;SBpi=1.0324;SBpiQual=1.1699;VQSLOD=-6.7998 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,19:125:82.14:82,0,2238
|
|
20 25830911 rs62214077 A G 728.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.601;DB;DP=149;Dels=0.00;FS=9.876;HRun=2;HaplotypeScore=3.9019;MQ=41.60;MQ0=12;MQRankSum=-9.096;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.841;SB=-225.418;SBQD=5.166;SBpi=0.6527;SBpiQual=0.6477;VQSLOD=-12.3646 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,71:149:99:758,0,2654
|
|
20 25830980 . G A 1343.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.135;DP=185;Dels=0.00;FS=6.089;HRun=1;HaplotypeScore=5.4004;MQ=41.03;MQ0=15;MQRankSum=-1.465;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.223;SB=-772.893;SBQD=-2.331;SBpi=0.2425;SBpiQual=0.1599;VQSLOD=-0.2951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,68:185:99:1374,0,2893
|
|
20 25831878 . T G 255.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.425;DP=135;Dels=0.00;FS=25.177;HRun=0;HaplotypeScore=1.7781;MQ=40.93;MQ0=8;MQRankSum=0.592;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.328;SB=31.877;SBQD=-4.591;SBpi=-1.2792;SBpiQual=-1.2282;VQSLOD=-1.0472 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,22:135:99:285,0,2994
|
|
20 25834251 . T C 562.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.865;DP=77;Dels=0.00;FS=2.356;HRun=2;HaplotypeScore=2.4002;MQ=46.23;MQ0=7;MQRankSum=-4.798;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.141;SB=-258.465;SBQD=-0.542;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-0.5912;VQSLOD=-2.6017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:77:99:592,0,949
|
|
20 25834603 . T A 33.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;DP=47;Dels=0.00;FS=19.372;HRun=1;HaplotypeScore=1.4105;MQ=48.23;MQ0=3;MQRankSum=-5.105;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.137;SB=-21.854;SBQD=-10.946;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-0.9624;VQSLOD=-3.7737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:63.55:64,0,792
|
|
20 25835738 . T C 832.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.524;DP=159;Dels=0.00;FS=3.776;HRun=1;HaplotypeScore=2.5704;MQ=40.15;MQ0=5;MQRankSum=-5.935;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.976;SB=-389.182;SBQD=-1.119;SBpi=0.9526;SBpiQual=0.7664;VQSLOD=-6.3257 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,54:159:99:863,0,2706
|
|
20 25836168 . C A 1122.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.363;DP=146;Dels=0.00;FS=19.104;HRun=0;HaplotypeScore=5.5842;MQ=40.86;MQ0=6;MQRankSum=-8.031;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.128;SB=-253.028;SBQD=-6.874;SBpi=-2.3671;SBpiQual=-2.5194;VQSLOD=-13.6754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,74:146:99:1153,0,1936
|
|
20 25837104 . C A 49.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.966;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=15.3594;MQ=50.69;MQ0=3;MQRankSum=-4.559;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.693;SB=-24.012;SBQD=0.994;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0415;VQSLOD=-19.8695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,12:56:79.70:80,0,904
|
|
20 25837475 . G A 69.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.612;DP=56;Dels=0.00;FS=1.805;HRun=1;HaplotypeScore=4.8671;MQ=46.57;MQ0=1;MQRankSum=-6.159;QD=1.24;ReadPosRankSum=2.746;SB=-47.068;SBQD=1.543;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.8261;VQSLOD=-7.5984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:100,0,779
|
|
20 25838080 . C G 709.03 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.804;DP=152;Dels=0.00;FS=11.710;HRun=1;HaplotypeScore=47.4379;MQ=37.65;MQ0=16;MQRankSum=-4.175;QD=4.66;ReadPosRankSum=2.145;SB=-178.064;SBQD=5.458;SBpi=0.8928;SBpiQual=0.9465;VQSLOD=-61.5549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,52:152:99:739,0,1645
|
|
20 25844056 rs6138692 G C 338.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=11.9715;MQ=42.48;MQ0=5;MQRankSum=-2.705;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.409;SB=-149.441;SBQD=3.782;SBpi=0.9129;SBpiQual=1.4395;VQSLOD=-5.3044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:42:99:369,0,207
|
|
20 25846055 . C G 122.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.119;DP=61;Dels=0.00;FS=5.587;HRun=0;HaplotypeScore=18.5601;MQ=54.55;MQ0=1;MQRankSum=-0.378;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.180;SB=-196.659;SBQD=-5.668;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.9401;VQSLOD=-8.6965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:153,0,699
|
|
20 25855951 rs35290437 G A 483.87 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=1.963;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.450;SB=-30.968;SBQD=13.847;SBpi=1.8190;SBpiQual=1.9567;VQSLOD=3.9523 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:514,0,484
|
|
20 25859600 . A G 108.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;DP=129;Dels=0.00;FS=4.567;HRun=0;HaplotypeScore=8.6013;MQ=47.18;MQ0=1;MQRankSum=-8.362;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.305;SB=22.872;SBQD=-2.631;SBpi=-1.3611;SBpiQual=-1.6048;VQSLOD=-18.0202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,39:129:99:139,0,2602
|
|
20 25860719 . A G 340 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.878;DP=107;Dels=0.00;FS=16.545;HRun=2;HaplotypeScore=11.4230;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-6.375;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.377;SB=-46.409;SBQD=5.636;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.3634;VQSLOD=-17.1853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,35:107:99:370,0,2268
|
|
20 25860978 . C G 390.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DP=85;Dels=0.00;FS=18.615;HRun=0;HaplotypeScore=9.6441;MQ=52.27;MQ0=0;MQRankSum=-6.428;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.837;SB=-41.962;SBQD=-7.848;SBpi=-1.7008;SBpiQual=-1.7515;VQSLOD=-14.9994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,28:85:99:421,0,1601
|
|
20 25863507 . T G 924.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.789;DP=209;Dels=0.00;FS=13.437;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.04;MQ0=12;MQRankSum=-8.468;QD=4.42;ReadPosRankSum=-3.148;SB=-188.098;SBQD=4.978;SBpi=1.4630;SBpiQual=1.6541;VQSLOD=-11.6693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,73:209:99:954,0,3841
|
|
20 25863645 rs6115366 T A 1482.80 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.22;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.120;DB;DP=141;Dels=0.00;FS=47.797;HRun=2;HaplotypeScore=136.4563;MQ=37.60;MQ0=10;MQRankSum=-8.207;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.171;SB=-401.477;SBQD=-12.146;SBpi=-2.6697;SBpiQual=-2.8609;VQSLOD=-552.7383 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,110:141:99:1513,0,928
|
|
20 25867503 . G A 690.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.564;DP=235;DS;Dels=0.00;FS=59.928;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=37.20;MQ0=45;MQRankSum=-5.520;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.167;SB=126.391;SBQD=5.341;SBpi=3.0480;SBpiQual=3.2397;VQSLOD=-8.0009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,62:235:99:720,0,3968
|
|
20 25868244 rs62211061 A G 429.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.812;DB;DP=191;Dels=0.00;FS=63.613;HRun=0;HaplotypeScore=2.9855;MQ=35.84;MQ0=24;MQRankSum=-0.292;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.127;SB=162.296;SBQD=-5.837;SBpi=-2.2136;SBpiQual=-2.4317;VQSLOD=-0.9914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,39:191:99:460,0,3138
|
|
20 25870745 . G A 73.16 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DP=151;Dels=0.00;FS=1.145;HRun=0;HaplotypeScore=46.1185;MQ=44.66;MQ0=15;MQRankSum=-4.577;QD=0.48;ReadPosRankSum=-2.626;SB=-16.909;SBQD=-0.745;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1595;VQSLOD=-70.7997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,31:151:99:103,0,3321
|
|
20 25873912 . C T 972.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.414;DP=133;Dels=0.00;FS=11.239;HRun=0;HaplotypeScore=12.0548;MQ=42.77;MQ0=6;MQRankSum=2.696;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.010;SB=-440.554;SBQD=-4.167;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.4948;VQSLOD=-1.4695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,40:133:99:1002,0,1946
|
|
20 25879344 . C T 53.60 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.371;DP=85;Dels=0.00;FS=1.791;HRun=1;HaplotypeScore=53.8371;MQ=43.09;MQ0=7;MQRankSum=-3.550;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-16.644;SBQD=-1.790;SBpi=-1.1619;SBpiQual=-1.2241;VQSLOD=-82.0938 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,15:85:83.59:84,0,1358
|
|
20 25882581 rs4450683 A G 306.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.460;DB;DP=145;Dels=0.00;FS=66.537;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.56;MQ0=11;MQRankSum=-9.521;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.049;SB=150.484;SBQD=5.210;SBpi=2.6261;SBpiQual=2.7754;VQSLOD=-12.7778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,58:145:99:337,0,2924
|
|
20 25883138 . G C 75.29 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.856;DP=130;Dels=0.00;FS=4.755;HRun=0;HaplotypeScore=69.6163;MQ=43.81;MQ0=1;MQRankSum=-5.932;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.874;SB=11.362;SBQD=2.092;SBpi=-1.7150;SBpiQual=-1.4621;VQSLOD=-141.5277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,33:130:99:105,0,2507
|
|
20 25883147 . A G 35.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.554;DP=133;Dels=0.00;FS=5.148;HRun=0;HaplotypeScore=2.9888;MQ=42.54;MQ0=1;MQRankSum=-6.294;QD=0.26;ReadPosRankSum=2.074;SB=25.680;SBQD=1.480;SBpi=-1.7150;SBpiQual=-1.9634;VQSLOD=-8.0718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,34:133:65.07:65,0,2602
|
|
20 25883310 . C T 33.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.927;DP=113;Dels=0.00;FS=26.937;HRun=2;HaplotypeScore=1.8317;MQ=48.96;MQ0=16;MQRankSum=-6.478;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.602;SB=108.339;SBQD=2.565;SBpi=2.1320;SBpiQual=2.3702;VQSLOD=-8.3968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,22:113:63.36:63,0,2496
|
|
20 25887429 . T G 41.99 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=24.0648;MQ=44.33;MQ0=22;MQRankSum=-5.995;QD=0.32;ReadPosRankSum=1.479;SB=-47.812;SBQD=-0.086;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.1614;VQSLOD=-36.5560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,43:131:71.99:72,0,2570
|
|
20 25888019 rs62211131 T G 372.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.644;DB;DP=136;Dels=0.00;FS=25.202;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.82;MQ0=20;MQRankSum=-9.079;QD=2.74;ReadPosRankSum=2.001;SB=13.285;SBQD=-5.683;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7783;VQSLOD=-10.3678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,72:136:99:402,0,2161
|
|
20 25891181 . T A 51.34 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.680;DP=153;Dels=0.00;FS=1.075;HRun=6;HaplotypeScore=44.0025;MQ=45.71;MQ0=13;MQRankSum=-5.604;QD=0.34;ReadPosRankSum=2.347;SB=-13.981;SBQD=0.762;SBpi=0.9449;SBpiQual=0.8284;VQSLOD=-83.6225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,28:153:81.33:81,0,3626
|
|
20 25891610 . C G 69.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.718;DP=84;Dels=0.00;FS=4.674;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-3.983;QD=0.82;ReadPosRankSum=-4.408;SB=12.454;SBQD=-2.558;SBpi=-1.0690;SBpiQual=-1.2243;VQSLOD=-7.6185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,14:84:99:99,0,1982
|
|
20 25892297 rs6138718 A G 291.50 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.244;DB;DP=119;Dels=0.00;FS=4.610;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.94;MQ0=43;MQRankSum=0.849;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-98.954;SBQD=4.790;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1298;VQSLOD=1.9025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,21:119:99:321,0,1298
|
|
20 25893459 . G T 341.92 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.326;DP=133;Dels=0.00;FS=10.879;HRun=1;HaplotypeScore=7.8463;MQ=46.84;MQ0=6;MQRankSum=-5.123;QD=2.57;ReadPosRankSum=2.023;SB=-10.768;SBQD=-3.976;SBpi=-1.7748;SBpiQual=-1.9872;VQSLOD=-10.1261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,35:133:99:372,0,2434
|
|
20 25893720 . C T 324.49 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.065;DP=133;Dels=0.00;FS=4.685;HRun=5;HaplotypeScore=10.5876;MQ=45.70;MQ0=18;MQRankSum=-7.879;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.273;SB=-96.474;SBQD=-3.148;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.4813;VQSLOD=-23.4300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,52:133:99:354,0,2554
|
|
20 25895746 . T C 877.63 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=123;Dels=0.00;FS=3.185;HRun=0;HaplotypeScore=21.1326;MQ=47.53;MQ0=5;MQRankSum=-8.569;QD=7.14;ReadPosRankSum=2.197;SB=-374.678;SBQD=2.912;SBpi=0.6068;SBpiQual=0.5627;VQSLOD=-51.3695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,55:123:99:908,0,2286
|
|
20 25896748 . A G 644.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.640;DP=104;Dels=0.00;FS=2.035;HRun=1;HaplotypeScore=6.4121;MQ=47.85;MQ0=5;MQRankSum=-7.961;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.053;SB=-243.552;SBQD=0.495;SBpi=-1.7143;SBpiQual=-1.7672;VQSLOD=-13.8806 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,45:104:99:675,0,2031
|
|
20 25897677 . G A 794.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DP=146;Dels=0.00;FS=4.050;HRun=0;HaplotypeScore=3.5594;MQ=41.56;MQ0=25;MQRankSum=-8.517;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.507;SB=-450.176;SBQD=6.181;SBpi=-2.0306;SBpiQual=-2.1334;VQSLOD=-11.9007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,83:146:99:825,0,1948
|
|
20 25899276 . A C 911.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;DP=123;Dels=0.00;FS=55.434;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=45.64;MQ0=9;MQRankSum=-8.580;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.448;SB=53.839;SBQD=10.619;SBpi=3.5733;SBpiQual=3.8455;VQSLOD=-13.9075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,55:123:99:941,0,2266
|
|
20 25899552 . A G 637.58 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;DP=128;Dels=0.00;FS=14.084;HRun=1;HaplotypeScore=42.2550;MQ=39.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.213;QD=4.98;ReadPosRankSum=3.282;SB=-13.982;SBQD=-7.492;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.2316;VQSLOD=-45.6146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,37:128:99:668,0,2045
|
|
20 25900162 rs6037279 C A 1705.90 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.621;DB;DP=216;Dels=0.00;FS=21.383;HRun=0;HaplotypeScore=105.4520;MQ=39.37;MQ0=21;MQRankSum=-4.169;QD=7.90;ReadPosRankSum=3.579;SB=-389.308;SBQD=6.615;SBpi=1.9116;SBpiQual=1.8458;VQSLOD=-287.3871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,114:216:99:1736,0,2068
|
|
20 25900469 . A C 193.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=11.714;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=35.00;MQ0=51;MQRankSum=-3.488;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.743;SB=66.119;SBQD=-2.819;SBpi=-0.6181;SBpiQual=-0.6909;VQSLOD=-3.0716 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,53:250:99:223,0,4005
|
|
20 25903250 . T C 138.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.588;DP=66;Dels=0.00;FS=5.037;HRun=0;HaplotypeScore=11.4881;MQ=37.41;MQ0=12;MQRankSum=-1.675;QD=2.10;ReadPosRankSum=1.508;SB=21.049;SBQD=2.898;SBpi=1.8708;SBpiQual=1.9664;VQSLOD=-7.3300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,14:66:99:168,0,1102
|
|
20 25904587 . A G 92.88 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;DP=145;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=24.1386;MQ=42.54;MQ0=9;MQRankSum=-4.661;QD=0.64;ReadPosRankSum=-3.188;SB=-56.678;SBQD=0.024;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.3045;VQSLOD=-32.0071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,26:145:99:123,0,2918
|
|
20 25904902 . A C 555.54 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.049;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=12.221;HRun=0;HaplotypeScore=54.7226;MQ=40.85;MQ0=39;MQRankSum=-1.852;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.524;SB=2.913;SBQD=3.383;SBpi=2.0207;SBpiQual=2.0768;VQSLOD=-75.6175 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,48:247:99:586,0,4636
|
|
20 25905234 rs62212289 G T 1838 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DB;DP=198;DS;Dels=0.00;FS=0.650;HRun=2;HaplotypeScore=42.2002;MQ=37.36;MQ0=37;MQRankSum=-10.060;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.672;SB=-941.959;SBQD=0.415;SBpi=-0.5513;SBpiQual=-0.9612;VQSLOD=-107.2663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,139:198:99:1868,0,1866
|
|
20 25905435 rs62212304 C T 1462.51 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.540;DB;DP=225;Dels=0.00;FS=66.311;HRun=2;HaplotypeScore=87.3080;MQ=35.71;MQ0=12;MQRankSum=-2.306;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.672;SB=-46.945;SBQD=-10.953;SBpi=-2.4635;SBpiQual=-2.7853;VQSLOD=-208.8438 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,91:225:99:1493,0,2619
|
|
20 25905828 rs62212309 T C 5807.68 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.22;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.536;HRun=0;HaplotypeScore=92.6413;MQ=41.78;MQ0=7;MQRankSum=-7.740;QD=23.23;ReadPosRankSum=-0.010;SB=-2365.420;SBQD=2.956;SBpi=0.5744;SBpiQual=0.6174;VQSLOD=-255.4031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,194:250:99:5150,0,1359
|
|
20 25906035 . G A 182.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DP=184;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=6.5385;MQ=41.36;MQ0=25;MQRankSum=-4.189;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-100.148;SBQD=-0.236;SBpi=-1.2010;SBpiQual=-1.2295;VQSLOD=-6.1995 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,39:184:99:212,0,3357
|
|
20 25906183 . A T 1197.16 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=175;DS;Dels=0.00;FS=128.674;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=41.74;MQ0=7;MQRankSum=-10.450;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.053;SB=101.996;SBQD=-11.207;SBpi=-4.6682;SBpiQual=-5.0829;VQSLOD=-22.3785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,95:175:99:1227,0,2517
|
|
20 25906267 . A T 439.48 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DP=148;Dels=0.00;FS=0.871;HRun=0;HaplotypeScore=21.4594;MQ=42.11;MQ0=18;MQRankSum=-8.563;QD=2.97;ReadPosRankSum=-3.262;SB=-263.390;SBQD=1.229;SBpi=-1.1785;SBpiQual=-1.2240;VQSLOD=-59.6312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,72:148:99:469,0,2511
|
|
20 25906322 . G C 238.56 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.728;DP=150;Dels=0.00;FS=23.762;HRun=0;HaplotypeScore=41.8836;MQ=42.40;MQ0=4;MQRankSum=-2.581;QD=1.59;ReadPosRankSum=3.152;SB=73.304;SBQD=3.918;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.0766;VQSLOD=-43.8856 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,24:150:99:269,0,2640
|
|
20 25906404 . T C 653.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.354;DP=97;Dels=0.00;FS=13.399;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=44.89;MQ0=1;MQRankSum=-7.197;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.787;SB=-157.102;SBQD=5.577;SBpi=1.8974;SBpiQual=1.9512;VQSLOD=-9.5571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,40:97:99:683,0,1852
|
|
20 25907659 rs4003094 A C 734.55 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;DB;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=18.103;HRun=0;HaplotypeScore=36.3961;MQ=39.27;MQ0=47;MQRankSum=-9.427;QD=3.04;ReadPosRankSum=3.032;SB=-165.439;SBQD=2.679;SBpi=2.2718;SBpiQual=2.1425;VQSLOD=-86.9288 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,106:242:99:765,0,3628
|
|
20 25907751 . T C 804.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.404;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.526;HRun=0;HaplotypeScore=25.7953;MQ=41.93;MQ0=11;MQRankSum=-1.422;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.594;SB=-388.334;SBQD=-0.311;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.4371;VQSLOD=-16.1165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,55:250:99:835,0,4277
|
|
20 25907911 rs6051000 T A 403.02 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.208;DB;DP=227;DS;Dels=0.00;FS=28.983;HRun=1;HaplotypeScore=48.3579;MQ=31.44;MQ0=98;MQRankSum=-9.396;QD=1.78;ReadPosRankSum=-1.803;SB=-63.741;SBQD=-7.695;SBpi=0.1175;SBpiQual=0.1146;VQSLOD=-117.5080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,162:227:99:433,0,2138
|
|
20 25909257 rs6084010 T C 851.97 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.201;DB;DP=140;Dels=0.00;FS=43.054;HRun=1;HaplotypeScore=24.8101;MQ=46.75;MQ0=16;MQRankSum=-7.674;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-93.442;SBQD=11.554;SBpi=1.1078;SBpiQual=0.9717;VQSLOD=-51.0536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,66:140:99:882,0,2312
|
|
20 25909489 . G A 83.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.616;DP=232;Dels=0.00;FS=4.621;HRun=1;HaplotypeScore=4.4385;MQ=47.14;MQ0=7;MQRankSum=-5.714;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-13.596;SBQD=-1.106;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1336;VQSLOD=-5.5146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,34:232:99:114,0,4840
|
|
20 25909914 . T C 419.81 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.009;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=27.006;HRun=1;HaplotypeScore=30.5536;MQ=44.38;MQ0=4;MQRankSum=-2.763;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-21.386;SBQD=3.678;SBpi=0.9258;SBpiQual=1.0119;VQSLOD=-27.4684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,42:247:99:450,0,5764
|
|
20 25909958 . C T 253.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.242;DP=210;DS;Dels=0.00;FS=7.184;HRun=3;HaplotypeScore=65.4786;MQ=46.86;MQ0=14;MQRankSum=-2.694;QD=1.21;ReadPosRankSum=-1.256;SB=-89.083;SBQD=2.092;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2707;VQSLOD=-123.4540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,36:210:99:284,0,4848
|
|
20 25909962 rs62212320 G T 1172.52 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.009;DB;DP=209;DS;Dels=0.00;FS=28.917;HRun=1;HaplotypeScore=60.4061;MQ=47.09;MQ0=14;MQRankSum=-4.769;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-217.533;SBQD=6.563;SBpi=1.8565;SBpiQual=1.9988;VQSLOD=-103.1694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,61:209:99:1203,0,3962
|
|
20 25910307 . C A 243.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.322;DP=198;DS;Dels=0.00;FS=6.645;HRun=2;HaplotypeScore=1.8410;MQ=49.12;MQ0=8;MQRankSum=0.259;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.724;SB=-33.527;SBQD=1.799;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.0757;VQSLOD=-1.1561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:167,31:198:99:274,0,4711
|
|
20 25910577 . T C 350.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.138;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=7.107;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=42.50;MQ0=10;MQRankSum=-1.840;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.701;SB=-101.944;SBQD=1.800;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0205;VQSLOD=-1.8192 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,37:250:99:381,0,5359
|
|
20 25910749 . A G 222.72 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;DP=220;Dels=0.00;FS=9.671;HRun=0;HaplotypeScore=63.3176;MQ=42.93;MQ0=12;MQRankSum=-2.630;QD=1.01;ReadPosRankSum=3.249;SB=75.951;SBQD=1.259;SBpi=2.4509;SBpiQual=2.6567;VQSLOD=-102.2045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,32:220:99:253,0,4587
|
|
20 25911720 rs4003080 G C 212.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=7.647;HRun=0;HaplotypeScore=2.1766;MQ=49.14;MQ0=3;MQRankSum=-5.331;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.741;SB=-31.705;SBQD=-3.836;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-0.8113;VQSLOD=-3.5745 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,23:90:99:243,0,2231
|
|
20 25914938 . G T 53.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DP=112;Dels=0.00;FS=14.835;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.71;MQ0=6;MQRankSum=-5.162;QD=0.48;ReadPosRankSum=4.989;SB=80.592;SBQD=2.196;SBpi=1.2618;SBpiQual=1.3691;VQSLOD=-5.8471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,19:112:83.36:83,0,3205
|
|
20 25917144 rs11087534 T C 980.06 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.434;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=0;HaplotypeScore=5.3135;MQ=40.44;MQ0=23;MQRankSum=0.768;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.561;SB=-495.360;SBQD=-1.337;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.2671;VQSLOD=2.6133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,37:110:99:1010,0,1192
|
|
20 25918543 . G T 433.27 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.744;DP=150;Dels=0.00;FS=29.971;HRun=0;HaplotypeScore=9.9832;MQ=45.18;MQ0=17;MQRankSum=-8.217;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.376;SB=50.487;SBQD=-5.879;SBpi=-1.8764;SBpiQual=-2.0991;VQSLOD=-21.1923 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,48:150:99:463,0,3151
|
|
20 25919458 rs5011354 C T 616.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.595;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=2.996;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.93;MQ0=4;MQRankSum=-7.131;QD=6.10;ReadPosRankSum=2.768;SB=-274.290;SBQD=3.188;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.3422;VQSLOD=-6.9415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,37:101:99:646,0,1822
|
|
20 25921450 . G C 361.34 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.461;DP=85;Dels=0.00;FS=35.468;HRun=1;HaplotypeScore=29.2678;MQ=48.67;MQ0=3;MQRankSum=-7.198;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.215;SB=50.821;SBQD=7.926;SBpi=1.8859;SBpiQual=2.1323;VQSLOD=-53.4871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,30:85:99:391,0,1710
|
|
20 25921579 . G A 124.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DP=107;Dels=0.00;FS=6.390;HRun=4;HaplotypeScore=3.1531;MQ=52.88;MQ0=4;MQRankSum=-6.988;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.835;SB=0.045;SBQD=-3.039;SBpi=-1.2070;SBpiQual=-1.0740;VQSLOD=-8.1679 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,29:107:99:154,0,2381
|
|
20 25922292 rs2092755 G T 269.67 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DB;DP=119;Dels=0.00;FS=11.848;HRun=0;HaplotypeScore=12.7367;MQ=49.77;MQ0=12;MQRankSum=-7.459;QD=2.27;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-10.701;SBQD=4.490;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.8545;VQSLOD=-21.9906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,40:119:99:300,0,2716
|
|
20 25922296 . T C 152.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.537;DP=116;Dels=0.00;FS=10.426;HRun=0;HaplotypeScore=11.9045;MQ=50.10;MQ0=11;MQRankSum=-5.700;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.581;SB=6.456;SBQD=3.110;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.6073;VQSLOD=-16.5036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,27:116:99:182,0,2714
|
|
20 25923382 rs62213568 A G 374.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.224;DB;DP=121;Dels=0.00;FS=6.320;HRun=0;HaplotypeScore=9.3373;MQ=46.56;MQ0=8;MQRankSum=-8.253;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-259.824;SBQD=-2.211;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.7116;VQSLOD=-16.4228 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,48:121:99:405,0,2457
|
|
20 25924865 rs4003055 A C 1549.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.81;MQ0=31;QD=16.66;SB=-727.357;SBQD=17.235;SBpi=-2.4368;SBpiQual=-2.5682;VQSLOD=2.3714 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:1582,150,0
|
|
20 25924912 . A T 547.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.972;DP=152;Dels=0.00;FS=4.304;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=27;MQRankSum=-3.623;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.859;SB=-233.148;SBQD=5.504;SBpi=-1.3303;SBpiQual=-1.5090;VQSLOD=-2.3958 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,51:152:99:578,0,2282
|
|
20 25926050 rs4815485 T C 709.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.368;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=10.491;HRun=2;HaplotypeScore=17.5201;MQ=41.71;MQ0=13;MQRankSum=2.945;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.441;SB=-300.735;SBQD=9.351;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.6072;VQSLOD=-6.5516 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,31:90:99:739,0,1057
|
|
20 25927740 . T A 314 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DP=178;Dels=0.00;FS=18.931;HRun=1;HaplotypeScore=40.6234;MQ=43.46;MQ0=11;MQRankSum=-4.204;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.817;SB=74.281;SBQD=3.692;SBpi=1.0502;SBpiQual=1.2849;VQSLOD=-51.2459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,50:178:99:344,0,3985
|
|
20 25929356 . T G 68.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DP=99;Dels=0.00;FS=4.529;HRun=1;HaplotypeScore=2.6639;MQ=53.22;MQ0=2;MQRankSum=-5.662;QD=0.70;ReadPosRankSum=-2.829;SB=-6.239;SBQD=-1.492;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0039;VQSLOD=-6.3942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,16:99:98.91:99,0,2817
|
|
20 25933274 . A G 322.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DP=108;Dels=0.00;FS=37.764;HRun=0;HaplotypeScore=6.6937;MQ=48.46;MQ0=2;MQRankSum=-7.876;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.919;SB=73.982;SBQD=7.487;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7543;VQSLOD=-12.9928 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,34:108:99:352,0,2449
|
|
20 25933760 . A G 1050.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DP=139;Dels=0.00;FS=17.087;HRun=0;HaplotypeScore=4.6921;MQ=45.55;MQ0=2;MQRankSum=-6.150;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.601;SB=-619.088;SBQD=-6.093;SBpi=-0.4341;SBpiQual=-0.4430;VQSLOD=-6.7157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,64:139:99:1080,0,1893
|
|
20 25935452 . C T 262.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.24;MQ0=10;MQRankSum=-5.885;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-135.130;SBQD=0.137;SBpi=1.4230;SBpiQual=1.3399;VQSLOD=-5.8888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,39:124:99:292,0,2545
|
|
20 25936844 rs62213577 T C 52.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.494;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=18.836;HRun=0;HaplotypeScore=1.9468;MQ=33.71;MQ0=13;MQRankSum=-1.904;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.495;SB=72.172;SBQD=-1.853;SBpi=-1.6783;SBpiQual=-1.5689;VQSLOD=-1.4925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,15:96:82.43:82,0,1796
|
|
20 25937273 . C A 58.56 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DP=134;Dels=0.00;FS=19.208;HRun=0;HaplotypeScore=8.2973;MQ=51.73;MQ0=1;MQRankSum=-5.359;QD=0.44;ReadPosRankSum=-1.784;SB=75.893;SBQD=-3.152;SBpi=-0.8944;SBpiQual=-0.7389;VQSLOD=-10.8612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,20:134:88.56:89,0,3263
|
|
20 25938643 rs6084033 C T 747.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.112;DB;DP=143;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=23.1216;MQ=46.92;MQ0=3;MQRankSum=-2.903;QD=5.23;ReadPosRankSum=2.038;SB=-387.305;SBQD=-0.833;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1427;VQSLOD=-14.3120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,44:143:99:778,0,2450
|
|
20 25938644 . G A 87.17 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.742;DP=145;Dels=0.00;FS=15.312;HRun=0;HaplotypeScore=23.1216;MQ=47.13;MQ0=3;MQRankSum=-6.972;QD=0.60;ReadPosRankSum=-2.890;SB=68.652;SBQD=-2.183;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4684;VQSLOD=-47.5762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,31:145:99:117,0,3044
|
|
20 25939341 rs62213582 A C 555.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.881;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=72.856;HRun=0;HaplotypeScore=1.6624;MQ=46.40;MQ0=10;MQRankSum=-5.814;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-101.562;SBQD=-17.762;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.1325;VQSLOD=-3.3668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:585,0,1209
|
|
20 25944685 . C T 698.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.928;DP=118;Dels=0.00;FS=61.110;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=49.73;MQ0=2;MQRankSum=-8.419;QD=5.92;ReadPosRankSum=-2.182;SB=72.696;SBQD=-11.196;SBpi=-2.6540;SBpiQual=-2.7860;VQSLOD=-12.1599 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,46:118:99:729,0,2383
|
|
20 25944823 . T C 149.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.803;DP=101;Dels=0.00;FS=14.925;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.34;MQ0=1;MQRankSum=-6.424;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.609;SB=-57.453;SBQD=-2.087;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.3888;VQSLOD=-7.0435 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,27:101:99:179,0,2355
|
|
20 25947447 . G A 166.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.064;DP=88;Dels=0.00;FS=41.024;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.79;MQ0=4;MQRankSum=-5.302;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.327;SB=123.387;SBQD=6.049;SBpi=2.1794;SBpiQual=2.4049;VQSLOD=-4.4664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,19:88:99:197,0,2354
|
|
20 25949052 rs2180027 C A 505.08 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7900;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.217;SB=-211.072;SBQD=4.321;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.4627;VQSLOD=5.0527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:535,0,649
|
|
20 25950662 rs6051068 T C 1167.44 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.825;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=6.898;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=13.57;ReadPosRankSum=-1.046;SB=-603.457;SBQD=-2.450;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.0919;VQSLOD=5.4613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,45:86:99:1197,0,1325
|
|
20 25960007 rs4813596 T C 580.28 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.667;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=18.291;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.95;MQ0=1;MQRankSum=-1.995;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.714;SB=-146.738;SBQD=12.671;SBpi=1.1000;SBpiQual=1.1574;VQSLOD=2.6048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:610,0,873
|
|
20 25973715 rs6115466 C T 987.23 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.097;SB=-506.534;SBQD=0.377;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1384;VQSLOD=5.4690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:1017,0,1332
|
|
20 25985998 rs2386809 G A 38.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.454;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=21.561;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=46.78;MQ0=2;MQRankSum=-5.679;QD=0.54;ReadPosRankSum=3.913;SB=72.220;SBQD=3.454;SBpi=2.1213;SBpiQual=2.2730;VQSLOD=-6.7605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,18:70:68.13:68,0,1489
|
|
20 25986304 rs3956096 A G 2457.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;DB;DP=182;Dels=0.00;FS=29.726;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=39.09;MQ0=3;MQRankSum=-3.348;QD=13.50;ReadPosRankSum=1.826;SB=-420.562;SBQD=10.536;SBpi=2.7339;SBpiQual=2.9671;VQSLOD=-1.8849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,87:182:99:2488,0,2558
|
|
20 26006581 . G A 170.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=53;Dels=0.00;FS=1.987;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=17.37;MQ0=39;MQRankSum=-2.339;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.299;SB=-91.148;SBQD=3.226;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1901;VQSLOD=-0.2491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,7:53:99:201,0,176
|
|
20 26054905 . T A 2151.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.23;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=42.895;HRun=0;HaplotypeScore=4.3352;MQ=25.22;MQ0=51;MQRankSum=-8.092;QD=8.64;ReadPosRankSum=4.650;SB=-738.428;SBQD=2.651;SBpi=3.1475;SBpiQual=3.5136;VQSLOD=-13.6458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,191:249:99:2182,0,1217
|
|
20 26054920 . T A 1151.05 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=68.957;HRun=0;HaplotypeScore=8.0561;MQ=23.53;MQ0=68;MQRankSum=-10.460;QD=4.70;ReadPosRankSum=5.303;SB=-198.404;SBQD=5.116;SBpi=3.1235;SBpiQual=3.5682;VQSLOD=-24.6009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,158:245:99:1181,0,1812
|
|
20 26057899 rs6051128 A G 390.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.086;DB;DP=157;Dels=0.00;FS=33.599;HRun=0;HaplotypeScore=3.4519;MQ=18.97;MQ0=53;MQRankSum=1.173;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.166;SB=-190.722;SBQD=3.350;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0764;VQSLOD=0.4218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,36:157:99:420,0,1001
|
|
20 26059624 rs6138788 T C 1392.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.60;MQ0=21;MQRankSum=4.071;QD=19.89;ReadPosRankSum=0.414;SB=-560.356;SBQD=-19.857;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.7369;VQSLOD=3.4772 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,42:70:99:1425,120,0
|
|
20 26060284 . C A 37.19 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.796;DP=204;DS;Dels=0.00;FS=12.354;HRun=0;HaplotypeScore=114.0318;MQ=20.46;MQ0=57;MQRankSum=-0.012;QD=0.18;ReadPosRankSum=1.465;SB=54.006;SBQD=2.340;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.5971;VQSLOD=-344.3044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,33:204:67.18:67,0,1886
|
|
20 26061710 . G C 92.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.793;DP=35;Dels=0.00;FS=2.126;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ=43.29;MQ0=0;MQRankSum=-3.793;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.415;SB=9.492;SBQD=4.501;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.2664;VQSLOD=-3.5435 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:35:99:123,0,830
|
|
20 26064076 . A T 721.71 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.116;DP=103;Dels=0.00;FS=6.334;HRun=0;HaplotypeScore=18.0960;MQ=32.77;MQ0=16;MQRankSum=-7.042;QD=7.01;ReadPosRankSum=3.097;SB=-215.253;SBQD=2.462;SBpi=1.6059;SBpiQual=1.6099;VQSLOD=-34.8629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,48:103:99:752,0,823
|
|
20 26071397 . G C 665.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.053;DP=206;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=19.6733;MQ=10.43;MQ0=139;MQRankSum=2.696;QD=3.23;ReadPosRankSum=2.120;SB=-0.007;SBQD=5.038;SBpi=1.9658;SBpiQual=1.9281;VQSLOD=-11.1790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,130:206:75.05:698,75,0
|
|
20 26071716 . A T 205.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.236;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=40.713;HRun=0;HaplotypeScore=9.7838;MQ=16.28;MQ0=81;MQRankSum=-1.551;QD=0.84;ReadPosRankSum=2.743;SB=79.723;SBQD=-2.904;SBpi=-1.3460;SBpiQual=-1.5785;VQSLOD=-5.1970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,72:244:99:236,0,1948
|
|
20 26071836 . A G 299.47 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.69;MQ0=3;QD=18.72;SB=-0.007;SBQD=19.965;SBpi=1.7500;SBpiQual=1.7321;VQSLOD=1.9848 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:30.08:332,30,0
|
|
20 26075034 . T C 103.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.603;DP=91;Dels=0.00;FS=13.245;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.46;MQ0=4;MQRankSum=-2.813;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.092;SB=60.187;SBQD=2.305;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.0412;VQSLOD=-4.8324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,16:91:99:133,0,1912
|
|
20 26075107 . T C 208.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=113;Dels=0.00;FS=5.508;HRun=2;HaplotypeScore=6.9161;MQ=48.06;MQ0=8;MQRankSum=-6.023;QD=1.85;ReadPosRankSum=5.729;SB=-62.263;SBQD=2.932;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4936;VQSLOD=-9.9793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,31:113:99:239,0,1835
|
|
20 26077108 rs62213645 T C 524.64 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;DB;DP=167;Dels=0.00;FS=5.284;HRun=1;HaplotypeScore=57.8337;MQ=33.58;MQ0=39;MQRankSum=-8.962;QD=3.14;ReadPosRankSum=3.177;SB=-145.254;SBQD=2.484;SBpi=2.6811;SBpiQual=2.8585;VQSLOD=-129.2671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,113:167:99:555,0,1364
|
|
20 26077372 . T C 485.89 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;DP=123;Dels=0.00;FS=29.873;HRun=1;HaplotypeScore=18.6812;MQ=37.84;MQ0=10;MQRankSum=-8.721;QD=3.95;ReadPosRankSum=1.786;SB=-136.925;SBQD=-3.596;SBpi=-2.0035;SBpiQual=-2.0623;VQSLOD=-47.1054 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,72:123:99:516,0,1638
|
|
20 26077933 . T C 843.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-10.006;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=11.746;HRun=0;HaplotypeScore=12.2744;MQ=32.33;MQ0=24;MQRankSum=-4.330;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.051;SB=-215.627;SBQD=2.361;SBpi=1.4723;SBpiQual=1.8486;VQSLOD=-14.7455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,97:248:99:873,0,2851
|
|
20 26078238 . C T 677.81 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.382;DP=148;DS;Dels=0.00;FS=22.225;HRun=0;HaplotypeScore=25.0220;MQ=40.93;MQ0=15;MQRankSum=-9.606;QD=4.58;ReadPosRankSum=-2.539;SB=-91.710;SBQD=-6.627;SBpi=-2.7716;SBpiQual=-3.0894;VQSLOD=-80.7386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,88:148:99:708,0,1655
|
|
20 26078276 . A G 65.30 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.225;DP=249;Dels=0.00;FS=21.736;HRun=1;HaplotypeScore=43.7075;MQ=35.73;MQ0=39;MQRankSum=-2.504;QD=0.26;ReadPosRankSum=-2.347;SB=75.733;SBQD=-1.068;SBpi=-1.6667;SBpiQual=-1.7971;VQSLOD=-58.4194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,36:249:95.30:95,0,3573
|
|
20 26078958 rs4993658 T A 295.32 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.954;DB;DP=166;Dels=0.00;FS=29.626;HRun=1;HaplotypeScore=103.4810;MQ=40.99;MQ0=6;MQRankSum=-3.350;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.604;SB=-167.888;SBQD=4.445;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5244;VQSLOD=-291.2676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,39:166:99:325,0,1908
|
|
20 26079024 . A C 347.13 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DP=220;DS;Dels=0.00;FS=7.014;HRun=0;HaplotypeScore=43.7343;MQ=36.85;MQ0=5;MQRankSum=-10.788;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.672;SB=-776.349;SBQD=1.910;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.6769;VQSLOD=-117.5206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,153:220:99:377,0,1852
|
|
20 26080248 . C T 67.97 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.532;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.303;HRun=0;HaplotypeScore=73.9644;MQ=35.44;MQ0=22;MQRankSum=-1.824;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.207;SB=-41.472;SBQD=0.085;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0673;VQSLOD=-141.9037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,29:250:97.96:98,0,3928
|
|
20 26080258 rs62213654 G A 1627.19 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.630;DB;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=0.644;HRun=0;HaplotypeScore=26.1276;MQ=32.69;MQ0=32;MQRankSum=-4.925;QD=6.67;ReadPosRankSum=2.142;SB=-782.740;SBQD=-2.458;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.2293;VQSLOD=-26.8963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,124:244:99:1657,0,1811
|
|
20 26084548 rs62211567 T C 1559.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.644;DB;DP=198;Dels=0.00;FS=28.213;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.92;MQ0=18;MQRankSum=-5.226;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-138.777;SBQD=9.972;SBpi=1.6681;SBpiQual=1.7685;VQSLOD=-2.4732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,92:198:99:1590,0,2932
|
|
20 26086187 . T G 2068.70 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.222;DP=203;Dels=0.00;FS=10.538;HRun=0;HaplotypeScore=10.5826;MQ=44.40;MQ0=15;MQRankSum=-11.328;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.574;SB=-778.233;SBQD=3.632;SBpi=1.2814;SBpiQual=1.5836;VQSLOD=-29.1192 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,99:203:99:2099,0,2899
|
|
20 26093730 rs62211575 A G 910.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=26.057;HRun=0;HaplotypeScore=2.6511;MQ=40.95;MQ0=9;MQRankSum=-7.996;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-209.645;SBQD=8.950;SBpi=1.0543;SBpiQual=1.2869;VQSLOD=-8.4415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,64:104:99:941,0,1083
|
|
20 26096271 . C G 894.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DP=157;Dels=0.00;FS=3.058;HRun=0;HaplotypeScore=1.6120;MQ=42.32;MQ0=7;MQRankSum=-10.440;QD=5.70;ReadPosRankSum=-3.936;SB=-401.418;SBQD=-1.388;SBpi=1.2190;SBpiQual=1.4017;VQSLOD=-17.5385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,89:157:99:924,0,2233
|
|
20 26098294 rs6051170 C A 840.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.98;MQ0=9;QD=17.52;SB=-0.007;SBQD=-27.072;SBpi=-1.7321;SBpiQual=-1.8908;VQSLOD=3.2525 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:81.20:874,81,0
|
|
20 26099102 . C T 510.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.286;DP=117;Dels=0.00;FS=37.305;HRun=1;HaplotypeScore=2.9850;MQ=43.77;MQ0=5;MQRankSum=-7.485;QD=4.36;ReadPosRankSum=4.045;SB=27.705;SBQD=7.394;SBpi=2.2819;SBpiQual=2.4335;VQSLOD=-11.1686 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,35:117:99:541,0,2604
|
|
20 26099418 rs6132923 T C 514.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.468;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.169;HRun=0;HaplotypeScore=16.3912;MQ=43.82;MQ0=13;MQRankSum=2.549;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.168;SB=-238.740;SBQD=6.009;SBpi=-1.0585;SBpiQual=-0.8394;VQSLOD=-6.8864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,27:87:99:544,0,858
|
|
20 26102410 . C T 341.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.913;DP=150;Dels=0.00;FS=49.515;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.45;MQ0=7;MQRankSum=-9.796;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.368;SB=138.309;SBQD=4.705;SBpi=3.9051;SBpiQual=4.2397;VQSLOD=-18.2229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,61:150:99:372,0,2656
|
|
20 26102434 . A G 48.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.350;DP=138;Dels=0.00;FS=47.993;HRun=1;HaplotypeScore=1.7825;MQ=49.62;MQ0=5;MQRankSum=-8.219;QD=0.35;ReadPosRankSum=1.442;SB=174.540;SBQD=3.887;SBpi=3.1225;SBpiQual=3.3752;VQSLOD=-12.8981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,39:138:78.13:78,0,3410
|
|
20 26106811 . T G 1492.51 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=182;Dels=0.00;FS=1.379;HRun=0;HaplotypeScore=2.2857;MQ=41.73;MQ0=17;MQRankSum=-10.185;QD=8.20;ReadPosRankSum=-3.394;SB=-783.630;SBQD=1.918;SBpi=-0.4434;SBpiQual=-0.4445;VQSLOD=-15.9353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,103:182:99:1523,0,2335
|
|
20 26107544 rs6037332 G A 1143.97 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.191;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.765;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-480.014;SBQD=2.226;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.8194;VQSLOD=5.2351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:1174,0,1459
|
|
20 26108380 rs6037333 A C 651.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.896;DB;DP=148;Dels=0.00;FS=30.901;HRun=0;HaplotypeScore=3.8263;MQ=43.47;MQ0=3;MQRankSum=-9.134;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.615;SB=-33.966;SBQD=5.738;SBpi=3.6718;SBpiQual=3.6254;VQSLOD=-14.8589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,69:148:99:682,0,2155
|
|
20 26108686 . A G 766.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.216;DP=214;Dels=0.00;FS=1.669;HRun=0;HaplotypeScore=7.6517;MQ=31.80;MQ0=16;MQRankSum=-10.108;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.105;SB=-425.047;SBQD=0.153;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.8183;VQSLOD=-20.4574 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,140:214:99:796,0,2281
|
|
20 26109129 . G A 223.80 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.747;DP=88;Dels=0.00;FS=17.295;HRun=0;HaplotypeScore=85.1055;MQ=43.60;MQ0=0;MQRankSum=-6.921;QD=2.54;ReadPosRankSum=3.794;SB=10.961;SBQD=-5.714;SBpi=-1.5119;SBpiQual=-1.5828;VQSLOD=-207.1610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,28:88:99:254,0,1487
|
|
20 26109871 . A G 111.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.019;DP=80;Dels=0.00;FS=3.142;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.96;MQ0=1;MQRankSum=-6.666;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.290;SB=-7.832;SBQD=-3.569;SBpi=-1.0660;SBpiQual=-1.0842;VQSLOD=-7.6905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,22:80:99:142,0,1039
|
|
20 26110300 rs2889497 T C 233.67 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.224;DB;DP=124;Dels=0.00;FS=28.216;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ=46.20;MQ0=9;MQRankSum=-8.589;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.348;SB=34.675;SBQD=4.771;SBpi=1.5316;SBpiQual=1.9550;VQSLOD=-9.8949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,47:124:99:264,0,2378
|
|
20 26112055 . C T 1203.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=146;Dels=0.00;FS=16.997;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=47.39;MQ0=8;MQRankSum=-6.101;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-384.852;SBQD=-8.819;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0175;VQSLOD=-5.1158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,78:146:99:1233,0,2174
|
|
20 26112072 . A G 2265.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DP=188;Dels=0.00;FS=14.538;HRun=1;HaplotypeScore=1.7853;MQ=45.27;MQ0=9;MQRankSum=-7.161;QD=12.05;ReadPosRankSum=-1.528;SB=-740.451;SBQD=-10.452;SBpi=0.1342;SBpiQual=0.3878;VQSLOD=-6.8341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,125:188:99:2295,0,1873
|
|
20 26116209 rs2298275 G A 485.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.145;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.053;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.137;SB=-125.392;SBQD=9.775;SBpi=0.9428;SBpiQual=1.2084;VQSLOD=5.2300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:516,0,370
|
|
20 26123823 . G A 473.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.260;DP=142;Dels=0.00;FS=2.898;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.47;MQ0=3;MQRankSum=-9.453;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.922;SB=-214.484;SBQD=-1.742;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.5857;VQSLOD=-12.2877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,46:142:99:503,0,3124
|
|
20 26123955 . T C 1353.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;DP=181;Dels=0.00;FS=40.387;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=44.79;MQ0=7;MQRankSum=-9.789;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.093;SB=-154.311;SBQD=-9.379;SBpi=-2.3467;SBpiQual=-2.5824;VQSLOD=-14.3237 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,109:181:99:1384,0,2396
|
|
20 26125885 . G C 456.12 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;DP=152;Dels=0.00;FS=2.191;HRun=0;HaplotypeScore=32.0296;MQ=43.45;MQ0=16;MQRankSum=-7.913;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.678;SB=-237.464;SBQD=-0.220;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2311;VQSLOD=-63.0163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:152:99:486,0,2006
|
|
20 26128702 . A C 201.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DP=152;Dels=0.00;FS=13.647;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.96;MQ0=10;MQRankSum=-9.761;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.188;SB=67.134;SBQD=-3.815;SBpi=-3.4857;SBpiQual=-3.7485;VQSLOD=-16.8396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,60:152:99:231,0,3205
|
|
20 26129028 . C A 935.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.467;DP=120;Dels=0.00;FS=58.983;HRun=0;HaplotypeScore=1.9632;MQ=53.92;MQ0=5;MQRankSum=-3.970;QD=7.80;ReadPosRankSum=3.790;SB=20.348;SBQD=13.591;SBpi=2.7136;SBpiQual=2.9658;VQSLOD=-4.3887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,43:120:99:965,0,2490
|
|
20 26129270 . A T 2027.41 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;DP=230;Dels=0.00;FS=19.267;HRun=2;HaplotypeScore=37.9731;MQ=44.24;MQ0=8;MQRankSum=-10.296;QD=8.81;ReadPosRankSum=4.866;SB=-678.115;SBQD=5.325;SBpi=1.2792;SBpiQual=1.3969;VQSLOD=-101.9950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:142,88:230:99:2057,0,4437
|
|
20 26130942 . G C 556.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.715;DP=129;Dels=0.00;FS=21.355;HRun=0;HaplotypeScore=1.7323;MQ=45.09;MQ0=9;MQRankSum=-3.851;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.597;SB=-81.547;SBQD=-9.627;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.4965;VQSLOD=-2.0581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,54:129:99:586,0,2355
|
|
20 26132287 . G C 760.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.503;DP=135;Dels=0.00;FS=21.087;HRun=0;HaplotypeScore=1.9575;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.603;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.626;SB=-98.368;SBQD=7.801;SBpi=1.4797;SBpiQual=1.6010;VQSLOD=-1.5368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,33:135:99:790,0,3286
|
|
20 26132607 . T C 817.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;DP=119;Dels=0.00;FS=12.175;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.38;MQ0=2;MQRankSum=-3.945;QD=6.87;ReadPosRankSum=-2.117;SB=-182.589;SBQD=-6.874;SBpi=-1.0801;SBpiQual=-1.1420;VQSLOD=-1.7779 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,42:119:99:847,0,2621
|
|
20 26138167 . T C 133.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.789;DP=82;Dels=0.00;FS=32.372;HRun=3;HaplotypeScore=7.9671;MQ=46.21;MQ0=3;MQRankSum=-7.237;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.809;SB=81.229;SBQD=-7.306;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.0938;VQSLOD=-14.0185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:82:99:163,0,1563
|
|
20 26138722 . T C 276.36 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.280;DP=145;Dels=0.00;FS=48.395;HRun=0;HaplotypeScore=51.3618;MQ=47.98;MQ0=9;MQRankSum=-4.409;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.416;SB=89.760;SBQD=8.111;SBpi=2.2451;SBpiQual=2.4344;VQSLOD=-75.3045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,31:145:99:306,0,3210
|
|
20 26138931 . G A 146.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.353;DP=93;Dels=0.00;FS=16.235;HRun=1;HaplotypeScore=6.9297;MQ=48.22;MQ0=4;MQRankSum=-6.805;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.546;SB=-66.071;SBQD=-0.749;SBpi=-1.1468;SBpiQual=-1.1957;VQSLOD=-11.6034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,23:93:99:177,0,2002
|
|
20 26139270 . T C 196.64 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.566;DP=90;Dels=0.00;FS=7.147;HRun=0;HaplotypeScore=32.8172;MQ=42.35;MQ0=9;MQRankSum=-5.883;QD=2.18;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-44.054;SBQD=3.827;SBpi=1.3927;SBpiQual=1.3879;VQSLOD=-49.3088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,29:90:99:227,0,1692
|
|
20 26140979 . C A 370.44 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.013;DP=135;Dels=0.00;FS=2.050;HRun=0;HaplotypeScore=47.5031;MQ=48.61;MQ0=3;MQRankSum=-3.206;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.531;SB=-160.175;SBQD=0.359;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0518;VQSLOD=-59.9299 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,35:135:99:400,0,2693
|
|
20 26141363 rs845988 T C 1246.75 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.811;DB;DP=124;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9048;MQ=50.04;MQ0=26;MQRankSum=1.833;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-569.278;SBQD=-5.823;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.4706;VQSLOD=4.7471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,43:124:99:1277,0,1544
|
|
20 26142796 . T G 1269.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.198;DP=185;Dels=0.00;FS=7.233;HRun=0;HaplotypeScore=5.5205;MQ=43.47;MQ0=5;MQRankSum=-8.385;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.556;SB=-560.493;SBQD=-2.866;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.2260;VQSLOD=-12.1235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,84:185:99:1299,0,2815
|
|
20 26143611 . A G 31.42 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;DP=93;Dels=0.00;FS=1.684;HRun=0;HaplotypeScore=24.9382;MQ=43.04;MQ0=10;MQRankSum=-4.858;QD=0.34;ReadPosRankSum=1.611;SB=-19.029;SBQD=0.086;SBpi=0.9820;SBpiQual=0.7884;VQSLOD=-29.6935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,21:93:61.41:61,0,1964
|
|
20 26144210 . C T 266.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.829;DP=138;Dels=0.00;FS=28.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.31;MQ0=2;MQRankSum=-2.528;QD=1.93;ReadPosRankSum=1.512;SB=-20.442;SBQD=-6.297;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1812;VQSLOD=-2.7390 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,38:138:99:297,0,2107
|
|
20 26144234 . C T 626.98 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.527;DP=129;Dels=0.00;FS=34.269;HRun=0;HaplotypeScore=31.9292;MQ=43.70;MQ0=1;MQRankSum=-8.505;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.800;SB=-116.406;SBQD=-9.958;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.2196;VQSLOD=-71.4451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,74:129:99:657,0,1684
|
|
20 26144667 . A C 114.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.098;DP=97;Dels=0.00;FS=22.567;HRun=0;HaplotypeScore=7.4871;MQ=52.37;MQ0=2;MQRankSum=-7.302;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.287;SB=58.310;SBQD=-4.452;SBpi=-1.7650;SBpiQual=-1.8408;VQSLOD=-13.9297 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,26:97:99:145,0,2478
|
|
20 26145335 rs62212065 G A 1687.39 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.210;DB;DP=178;Dels=0.00;FS=19.907;HRun=1;HaplotypeScore=31.5191;MQ=45.81;MQ0=16;MQRankSum=-10.562;QD=9.48;ReadPosRankSum=3.331;SB=-431.580;SBQD=7.944;SBpi=1.0773;SBpiQual=1.1554;VQSLOD=-92.8096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,95:178:99:1717,0,2646
|
|
20 26145405 . T G 267.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.488;DP=137;Dels=0.00;FS=2.175;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.77;MQ0=18;MQRankSum=-7.892;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.747;SB=-102.081;SBQD=-0.935;SBpi=-0.4330;SBpiQual=-0.4811;VQSLOD=-9.2182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,48:137:99:298,0,2952
|
|
20 26145941 . A G 105.75 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;DP=133;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=66.2967;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=-5.238;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.944;SB=-2.426;SBQD=1.701;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.6762;VQSLOD=-122.3144 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,25:133:99:136,0,3246
|
|
20 26146239 . T C 952.30 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.507;DP=194;Dels=0.00;FS=2.156;HRun=1;HaplotypeScore=17.3428;MQ=42.53;MQ0=2;MQRankSum=-8.967;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-858.253;SBQD=3.945;SBpi=0.7695;SBpiQual=0.8742;VQSLOD=-40.6892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,95:194:99:982,0,3019
|
|
20 26146879 . T A 229.09 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;DP=216;DS;Dels=0.00;FS=38.671;HRun=1;HaplotypeScore=22.0706;MQ=43.51;MQ0=10;MQRankSum=-12.250;QD=1.06;ReadPosRankSum=2.220;SB=-952.961;SBQD=-8.341;SBpi=-0.2201;SBpiQual=-0.2073;VQSLOD=-73.3716 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,129:216:99:259,0,2984
|
|
20 26147116 . C T 287.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.810;DP=144;Dels=0.00;FS=3.989;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=51.30;MQ0=2;MQRankSum=-9.260;QD=2.00;ReadPosRankSum=-1.618;SB=-186.886;SBQD=-2.265;SBpi=-1.5316;SBpiQual=-1.7578;VQSLOD=-13.1348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,47:144:99:318,0,3288
|
|
20 26147311 . T G 1844.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-11.699;DP=237;DS;Dels=0.00;FS=0.540;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.22;MQ0=11;MQRankSum=-9.119;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-893.047;SBQD=-0.893;SBpi=1.1015;SBpiQual=0.5765;VQSLOD=-9.5469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,109:237:99:1874,0,3822
|
|
20 26149523 . T A 159.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=92;Dels=0.00;FS=3.885;HRun=0;HaplotypeScore=1.7753;MQ=49.35;MQ0=1;MQRankSum=-4.331;QD=1.74;ReadPosRankSum=-2.328;SB=-100.267;SBQD=-2.414;SBpi=-0.2500;SBpiQual=-0.1725;VQSLOD=-4.4876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,16:92:99:190,0,2508
|
|
20 26181232 rs703764 A T 2516.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;QD=36.47;SB=-1267.608;SBQD=-1.780;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.0716;VQSLOD=8.6222 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:99:2550,205,0
|
|
20 26188160 . C T 828.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=65;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=7;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-441.992;SBQD=-3.644;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.4763;VQSLOD=1.2273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:65:99:858,0,1021
|
|
20 26200503 rs62196858 G T 1257.04 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.17;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.782;DB;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=5.674;HRun=2;HaplotypeScore=70.7012;MQ=40.61;MQ0=19;MQRankSum=-3.579;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-2738.281;SBQD=-Infinity;SBpi=-0.8688;SBpiQual=-0.7837;VQSLOD=-138.2864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,207:248:99:1287,0,994
|
|
20 26200975 . A G 2721.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.23;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.574;DP=223;DS;Dels=0.00;FS=3.965;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.09;MQ0=1;MQRankSum=-10.825;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.271;SB=-1399.869;SBQD=-4.044;SBpi=-0.9912;SBpiQual=-1.5868;VQSLOD=-15.0942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,172:223:99:2752,0,1417
|
|
20 26201494 rs3908030 T G 5036.62 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.240;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=8.673;HRun=0;HaplotypeScore=23.6285;MQ=47.05;MQ0=26;MQRankSum=-5.450;QD=20.15;ReadPosRankSum=1.207;SB=-1720.351;SBQD=1.068;SBpi=1.4084;SBpiQual=1.6405;VQSLOD=-28.2170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,157:250:99:3742,0,1919
|
|
20 26202340 . T C 4499.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.27;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.212;DP=238;DS;Dels=0.00;FS=24.502;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.20;MQ0=14;MQRankSum=-5.697;QD=18.90;ReadPosRankSum=1.331;SB=-1465.646;SBQD=-Infinity;SBpi=-1.6346;SBpiQual=-1.7392;VQSLOD=-3.3540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,173:238:99:3921,0,1866
|
|
20 26202449 . A T 2293.91 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.21;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.260;DP=236;DS;Dels=0.00;FS=10.291;HRun=0;HaplotypeScore=5.3493;MQ=33.58;MQ0=23;MQRankSum=-10.615;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.390;SB=-788.721;SBQD=-1.809;SBpi=-3.2542;SBpiQual=-3.3978;VQSLOD=-22.5782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,187:236:99:2324,0,1381
|
|
20 26203322 rs62198175 T G 3918.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.23;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;DB;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=16.206;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=41.08;MQ0=19;MQRankSum=-8.614;QD=15.93;ReadPosRankSum=2.788;SB=-1632.673;SBQD=0.452;SBpi=0.6910;SBpiQual=0.8710;VQSLOD=-8.7165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,189:246:99:3374,0,1624
|
|
20 26203720 . G A 4232.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.23;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.547;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=3.666;HRun=3;HaplotypeScore=2.9542;MQ=42.46;MQ0=11;MQRankSum=-8.207;QD=16.93;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-2166.463;SBQD=-0.369;SBpi=0.0362;SBpiQual=0.0938;VQSLOD=-9.8588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,191:249:99:3668,0,1648
|
|
20 26203905 . A C 1588.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.27;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.797;DP=223;DS;Dels=0.00;FS=1.291;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.34;MQ0=3;MQRankSum=-11.350;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.215;SB=-1220.661;SBQD=0.323;SBpi=-0.9007;SBpiQual=-1.1121;VQSLOD=-17.3223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,163:223:99:1618,0,1904
|
|
20 26204897 . T A 77.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;DP=123;Dels=0.00;FS=9.915;HRun=0;HaplotypeScore=6.6611;MQ=44.88;MQ0=40;MQRankSum=-6.006;QD=0.63;ReadPosRankSum=3.485;SB=20.218;SBQD=2.346;SBpi=-0.5443;SBpiQual=-0.6186;VQSLOD=-9.4173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:123:99:107,0,2306
|
|
20 26205714 rs55672816 C T 1898.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.203;DB;DP=231;DS;Dels=0.00;FS=145.275;HRun=1;HaplotypeScore=11.9807;MQ=38.96;MQ0=45;MQRankSum=-11.477;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.590;SB=-28.747;SBQD=16.059;SBpi=5.6703;SBpiQual=6.1806;VQSLOD=-41.9084 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,159:231:99:1929,0,2249
|
|
20 26206586 rs62198209 A T 6166.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.26;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.295;DB;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=19.763;HRun=1;HaplotypeScore=4.0582;MQ=46.17;MQ0=10;MQRankSum=-8.393;QD=24.86;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-1108.590;SBQD=Infinity;SBpi=3.8335;SBpiQual=4.2327;VQSLOD=-13.2601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,184:248:99:5467,0,1731
|
|
20 26207213 rs6138829 G A 446.58 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.559;DB;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=21.946;HRun=3;HaplotypeScore=57.7737;MQ=40.29;MQ0=14;MQRankSum=7.040;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-89.135;SBQD=3.225;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.4621;VQSLOD=-101.0868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,30:239:99:477,0,5274
|
|
20 26207218 . C A 192.53 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.734;DP=237;DS;Dels=0.00;FS=7.683;HRun=0;HaplotypeScore=58.7707;MQ=40.75;MQ0=16;MQRankSum=-2.326;QD=0.81;ReadPosRankSum=2.611;SB=39.727;SBQD=-1.926;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.4702;VQSLOD=-88.9784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,28:237:99:223,0,5653
|
|
20 26207735 rs62198220 T C 4511.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.20;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.665;DB;DP=220;DS;Dels=0.00;FS=3.157;HRun=0;HaplotypeScore=1.5757;MQ=39.76;MQ0=6;MQRankSum=-8.216;QD=20.51;ReadPosRankSum=4.312;SB=-1961.822;SBQD=0.817;SBpi=-0.9396;SBpiQual=-1.1085;VQSLOD=-8.5037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,177:220:99:3984,0,957
|
|
20 26207749 . T C 5261.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.15;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.767;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=3.275;HRun=0;HaplotypeScore=1.5518;MQ=38.55;MQ0=8;MQRankSum=-8.313;QD=21.21;ReadPosRankSum=0.218;SB=-2338.714;SBQD=-0.273;SBpi=-1.1731;SBpiQual=-1.3547;VQSLOD=-8.6944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,210:248:99:4676,0,749
|
|
20 26208454 . A G 1980.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.26;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.464;DP=202;DS;Dels=0.00;FS=4.416;HRun=0;HaplotypeScore=1.9452;MQ=40.64;MQ0=1;MQRankSum=-9.427;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.323;SB=-890.549;SBQD=7.232;SBpi=-0.2048;SBpiQual=-0.7718;VQSLOD=-11.2892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,149:202:99:2011,0,1582
|
|
20 26208600 rs62198227 C T 5842.74 PASS AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.015;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.943;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=56.02;MQ0=2;MQRankSum=-0.035;QD=23.37;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-2648.833;SBQD=-1.865;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.2842;VQSLOD=4.5408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,172:250:99:5168,0,2147
|
|
20 26209820 . A G 187.16 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.769;DP=188;DS;Dels=0.00;FS=23.475;HRun=0;HaplotypeScore=59.4813;MQ=41.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.271;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.137;SB=96.297;SBQD=-2.554;SBpi=-3.3541;SBpiQual=-2.9439;VQSLOD=-108.2455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,45:188:99:217,0,3239
|
|
20 26210515 . G C 591.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.787;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=4.192;HRun=0;HaplotypeScore=2.8517;MQ=44.54;MQ0=10;MQRankSum=-4.309;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.350;SB=-194.076;SBQD=1.774;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.8216;VQSLOD=-3.8333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,44:246:99:622,0,5391
|
|
20 26210629 rs62198248 T C 5273.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.25;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.115;DB;DP=241;DS;Dels=0.00;FS=19.742;HRun=0;HaplotypeScore=3.6339;MQ=48.29;MQ0=9;MQRankSum=-6.263;QD=21.88;ReadPosRankSum=0.767;SB=-1096.130;SBQD=-Infinity;SBpi=-2.5644;SBpiQual=-2.8177;VQSLOD=-5.6511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,181:241:99:4683,0,1458
|
|
20 26210660 rs62198255 A G 5429.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.24;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.984;DB;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=4.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=50.13;MQ0=3;MQRankSum=-6.076;QD=22.25;ReadPosRankSum=0.257;SB=-1365.334;SBQD=-Infinity;SBpi=-1.8748;SBpiQual=-2.7824;VQSLOD=-2.8035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,185:244:99:4808,0,1469
|
|
20 26211642 . C G 752.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=196;DS;Dels=0.00;FS=17.951;HRun=0;HaplotypeScore=1.6584;MQ=42.14;MQ0=52;MQRankSum=-3.689;QD=3.84;ReadPosRankSum=-3.177;SB=-115.278;SBQD=3.735;SBpi=2.9607;SBpiQual=3.2595;VQSLOD=-6.7308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,62:196:99:782,0,3251
|
|
20 26211993 rs62199266 C T 6396.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.18;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.998;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.619;HRun=2;HaplotypeScore=1.8561;MQ=49.39;MQ0=22;MQRankSum=-4.599;QD=25.59;ReadPosRankSum=-0.600;SB=-2925.381;SBQD=-0.635;SBpi=0.3841;SBpiQual=0.3451;VQSLOD=0.6735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,205:250:99:5764,0,1016
|
|
20 26212245 . C T 4383.47 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.444;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=48.027;HRun=0;HaplotypeScore=29.8966;MQ=43.12;MQ0=30;MQRankSum=-9.190;QD=17.75;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-1005.235;SBQD=-13.799;SBpi=-1.1243;SBpiQual=-1.3054;VQSLOD=-75.9884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,178:247:99:3814,0,2012
|
|
20 26212348 . C T 47.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.002;DP=211;DS;Dels=0.00;FS=13.059;HRun=1;HaplotypeScore=2.6368;MQ=47.78;MQ0=31;MQRankSum=0.186;QD=0.22;ReadPosRankSum=-0.292;SB=115.397;SBQD=-1.456;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-1.2774;VQSLOD=-0.3535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,21:211:77.39:77,0,4812
|
|
20 26212368 . T C 1331.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;DP=146;DS;Dels=0.00;FS=24.628;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.60;MQ0=26;MQRankSum=-4.382;QD=9.12;ReadPosRankSum=-2.403;SB=-289.264;SBQD=-8.647;SBpi=-1.6366;SBpiQual=-1.8063;VQSLOD=-2.6174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,84:146:99:1361,0,2025
|
|
20 26212540 . A C 3889.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.189;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=6.981;HRun=1;HaplotypeScore=2.8167;MQ=41.93;MQ0=31;MQRankSum=-11.520;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.188;SB=-1696.070;SBQD=4.173;SBpi=-0.5911;SBpiQual=-0.7972;VQSLOD=-19.1174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,160:244:99:3311,0,2444
|
|
20 26212758 . T A 213.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.493;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=2.287;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=39.20;MQ0=35;MQRankSum=-2.146;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.821;SB=-24.658;SBQD=-1.410;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.0542;VQSLOD=-2.2437 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,35:245:99:244,0,4422
|
|
20 26213110 rs62199276 A C 2509.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.184;DB;DP=218;Dels=0.00;FS=12.130;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.07;MQ0=4;MQRankSum=-11.945;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-1357.725;SBQD=7.290;SBpi=-0.1655;SBpiQual=0.4961;VQSLOD=-16.0534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,146:218:99:2539,0,2223
|
|
20 26214080 . A T 2545.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.977;DP=165;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=9.5632;MQ=46.74;MQ0=2;MQRankSum=-6.783;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-927.371;SBQD=-0.506;SBpi=-1.8851;SBpiQual=-1.9566;VQSLOD=-14.5352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,107:165:99:2576,0,1806
|
|
20 26233053 rs845803 C T 2657.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.04;MQ0=3;QD=28.88;SB=-1404.879;SBQD=-0.814;SBpi=0.4170;SBpiQual=0.4763;VQSLOD=6.6441 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:2690,235,0
|
|
20 26235611 . G A 307.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.258;DP=110;Dels=0.00;FS=6.406;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.15;MQ0=7;MQRankSum=-7.360;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-83.469;SBQD=-3.103;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.3222;VQSLOD=-8.2587 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,34:110:99:338,0,2440
|
|
20 26237560 . G A 1115.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.300;DP=155;Dels=0.00;FS=2.283;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=48.45;MQ0=0;MQRankSum=-10.482;QD=7.19;ReadPosRankSum=2.075;SB=-539.095;SBQD=-0.241;SBpi=-0.8616;SBpiQual=-0.9117;VQSLOD=-15.2220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,66:155:99:1145,0,2894
|
|
20 26238120 . T C 31.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.120;DP=93;Dels=0.00;FS=30.040;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.223;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.269;SB=117.373;SBQD=3.956;SBpi=1.7321;SBpiQual=1.8189;VQSLOD=-4.3994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,12:93:61.45:61,0,2837
|
|
20 26238947 . C T 71.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DP=144;Dels=0.00;FS=8.133;HRun=0;HaplotypeScore=5.1949;MQ=41.81;MQ0=3;MQRankSum=-5.604;QD=0.49;ReadPosRankSum=2.672;SB=34.267;SBQD=-1.442;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.7158;VQSLOD=-6.7874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,33:144:99:101,0,3215
|
|
20 26240200 . C T 83.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.432;DP=108;Dels=0.00;FS=1.218;HRun=1;HaplotypeScore=1.6988;MQ=55.07;MQ0=3;MQRankSum=-5.311;QD=0.78;ReadPosRankSum=-2.536;SB=-24.065;SBQD=1.554;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.0810;VQSLOD=-5.0473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,17:108:99:114,0,2945
|
|
20 26240984 . C T 418.72 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.897;DP=186;Dels=0.00;FS=0.881;HRun=0;HaplotypeScore=44.4788;MQ=37.83;MQ0=22;MQRankSum=-10.621;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.207;SB=-273.503;SBQD=0.746;SBpi=-0.3849;SBpiQual=-0.4434;VQSLOD=-117.1187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,108:186:99:449,0,2127
|
|
20 26241090 . C T 2415.56 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.682;DP=222;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=62.1234;MQ=36.70;MQ0=35;MQRankSum=-9.997;QD=10.88;ReadPosRankSum=3.217;SB=-1235.776;SBQD=-2.475;SBpi=0.8327;SBpiQual=0.7682;VQSLOD=-159.7581 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,159:222:99:2446,0,1540
|
|
20 26241220 . G A 66.71 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.839;DP=122;Dels=0.00;FS=3.196;HRun=1;HaplotypeScore=49.0032;MQ=40.98;MQ0=8;MQRankSum=-2.567;QD=0.55;ReadPosRankSum=2.470;SB=-40.394;SBQD=-1.460;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.2200;VQSLOD=-60.0868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,22:122:96.71:97,0,1733
|
|
20 26241392 . A G 133.24 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.524;DP=156;Dels=0.00;FS=33.860;HRun=2;HaplotypeScore=16.0831;MQ=40.49;MQ0=17;MQRankSum=-6.475;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.890;SB=87.073;SBQD=-5.530;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-1.5104;VQSLOD=-31.6933 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,52:156:99:163,0,2556
|
|
20 26242162 . T C 336.95 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.778;DP=183;Dels=0.00;FS=9.077;HRun=0;HaplotypeScore=227.3576;MQ=41.91;MQ0=19;MQRankSum=-2.143;QD=1.84;ReadPosRankSum=2.243;SB=-96.315;SBQD=-2.185;SBpi=-1.2010;SBpiQual=-0.8921;VQSLOD=-1425.2953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,39:183:99:367,0,3235
|
|
20 26243463 . C A 177.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.541;DP=151;Dels=0.00;FS=20.240;HRun=0;HaplotypeScore=3.6951;MQ=43.28;MQ0=17;MQRankSum=-6.711;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.103;SB=87.722;SBQD=2.419;SBpi=2.8212;SBpiQual=3.0129;VQSLOD=-9.9724 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,43:151:99:207,0,3210
|
|
20 26243515 . T C 593.87 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;DP=192;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=31.5737;MQ=41.09;MQ0=20;MQRankSum=0.210;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.867;SB=-249.504;SBQD=-0.240;SBpi=0.8575;SBpiQual=0.7543;VQSLOD=-23.7316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,34:192:99:624,0,3517
|
|
20 26244342 . G A 35.63 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.267;DP=110;Dels=0.00;FS=1.694;HRun=1;HaplotypeScore=62.8289;MQ=37.60;MQ0=9;MQRankSum=-2.500;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.193;SB=15.474;SBQD=0.546;SBpi=0.9820;SBpiQual=1.4342;VQSLOD=-101.5795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,21:110:65.63:66,0,1560
|
|
20 26244381 . A T 1875.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DP=180;Dels=0.00;FS=63.006;HRun=3;HaplotypeScore=3.7271;MQ=40.00;MQ0=7;MQRankSum=-8.272;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.188;SB=-53.415;SBQD=14.825;SBpi=3.8309;SBpiQual=4.1246;VQSLOD=-14.7859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,101:180:99:1905,0,1661
|
|
20 26244410 . C G 445.39 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.090;DP=244;Dels=0.00;FS=30.997;HRun=0;HaplotypeScore=63.2594;MQ=40.57;MQ0=6;MQRankSum=-4.718;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.175;SB=4.755;SBQD=3.755;SBpi=1.6971;SBpiQual=1.9787;VQSLOD=-110.1937 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,50:244:99:475,0,4271
|
|
20 26245326 rs8126206 A C 683.49 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.763;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.973;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.93;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.399;SB=-374.872;SBQD=-2.350;SBpi=-0.1826;SBpiQual=0.2472;VQSLOD=5.1218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,30:82:99:713,0,1475
|
|
20 26248033 . A T 368.99 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=111;Dels=0.00;FS=33.852;HRun=0;HaplotypeScore=26.0301;MQ=49.71;MQ0=0;MQRankSum=-7.687;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.864;SB=99.303;SBQD=6.244;SBpi=2.6043;SBpiQual=2.8059;VQSLOD=-56.9411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,31:111:99:399,0,2630
|
|
20 26248093 . T C 420.86 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DP=119;Dels=0.00;FS=8.449;HRun=0;HaplotypeScore=13.6975;MQ=42.71;MQ0=4;MQRankSum=-7.924;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.200;SB=-121.222;SBQD=4.390;SBpi=1.9052;SBpiQual=2.0877;VQSLOD=-26.0033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,54:119:99:451,0,1924
|
|
20 26248999 . A G 955.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.884;DP=134;Dels=0.00;FS=22.037;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.17;MQ0=5;MQRankSum=-9.193;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-214.092;SBQD=8.961;SBpi=0.6250;SBpiQual=0.8513;VQSLOD=-10.5568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,63:134:99:985,0,2262
|
|
20 26250218 . C T 374.31 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.779;DP=96;Dels=0.00;FS=2.280;HRun=0;HaplotypeScore=16.6218;MQ=46.36;MQ0=12;MQRankSum=-7.263;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.151;SB=-157.871;SBQD=2.632;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.6584;VQSLOD=-32.0579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,39:96:99:404,0,1437
|
|
20 26250668 . A C 811.35 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.326;DP=129;Dels=0.00;FS=30.936;HRun=0;HaplotypeScore=2.5808;MQ=44.05;MQ0=5;MQRankSum=-9.223;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.926;SB=-171.463;SBQD=5.476;SBpi=2.8710;SBpiQual=3.0411;VQSLOD=-12.7865 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,67:129:99:841,0,1896
|
|
20 26250886 . A G 1348.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.053;DP=133;Dels=0.00;FS=26.399;HRun=2;HaplotypeScore=5.0778;MQ=44.00;MQ0=12;MQRankSum=-8.281;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.698;SB=-228.149;SBQD=-11.394;SBpi=-1.4534;SBpiQual=-1.8678;VQSLOD=-12.4222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,80:133:99:1378,0,1631
|
|
20 26251673 . C T 725.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.021;DP=181;Dels=0.00;FS=14.695;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.59;MQ0=9;MQRankSum=-0.563;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.519;SB=-205.390;SBQD=3.432;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.7097;VQSLOD=0.5727 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,44:181:99:756,0,3689
|
|
20 26252384 rs62199346 T A 400.06 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.658;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=14.221;HRun=0;HaplotypeScore=18.2983;MQ=47.11;MQ0=9;MQRankSum=-6.799;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.238;SB=-68.118;SBQD=5.568;SBpi=1.4423;SBpiQual=1.7428;VQSLOD=-34.7733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,34:109:99:430,0,1617
|
|
20 26254187 . C T 245.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.030;DP=113;Dels=0.00;FS=35.952;HRun=1;HaplotypeScore=5.7470;MQ=48.34;MQ0=1;MQRankSum=-8.950;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.872;SB=75.227;SBQD=-6.590;SBpi=-3.0963;SBpiQual=-3.3526;VQSLOD=-18.2749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,46:113:99:275,0,2151
|
|
20 26254322 . T A 404.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.795;DP=213;Dels=0.00;FS=11.925;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=42.15;MQ0=25;MQRankSum=-5.047;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.619;SB=-38.747;SBQD=-4.322;SBpi=-0.9258;SBpiQual=-0.9149;VQSLOD=-4.6252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,41:213:99:434,0,4318
|
|
20 26255026 . T C 674.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.917;DP=194;Dels=0.00;FS=3.955;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=43.53;MQ0=23;MQRankSum=-5.780;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.081;SB=-311.894;SBQD=1.680;SBpi=-1.4201;SBpiQual=-1.6364;VQSLOD=-5.8428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,60:194:99:705,0,4006
|
|
20 26255251 . T C 283.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.087;DP=77;Dels=0.00;FS=7.546;HRun=1;HaplotypeScore=4.8813;MQ=46.46;MQ0=12;MQRankSum=-5.643;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.118;SB=18.029;SBQD=-5.786;SBpi=-2.2981;SBpiQual=-2.6097;VQSLOD=-8.0692 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,30:77:99:314,0,1375
|
|
20 26258985 rs62199356 T A 317.85 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.787;DB;DP=187;Dels=0.00;FS=1.141;HRun=1;HaplotypeScore=99.0601;MQ=38.02;MQ0=25;MQRankSum=-6.116;QD=1.70;ReadPosRankSum=4.683;SB=-210.307;SBQD=-1.047;SBpi=0.6740;SBpiQual=0.7618;VQSLOD=-265.4468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,48:187:99:348,0,2530
|
|
20 26260036 rs2263733 T C 2877.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=34.25;SB=-1313.586;SBQD=0.618;SBpi=0.6547;SBpiQual=0.6763;VQSLOD=8.2129 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2910,235,0
|
|
20 26262386 rs1189982 A G 2457.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8519;MQ=59.70;MQ0=0;QD=32.33;SB=-1234.895;SBQD=-4.463;SBpi=0.4588;SBpiQual=0.0211;VQSLOD=6.4413 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2490,220,0
|
|
20 26267029 . T A 435.51 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.564;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=12.3808;MQ=49.30;MQ0=5;MQRankSum=-6.898;QD=3.43;ReadPosRankSum=-3.217;SB=-68.640;SBQD=4.473;SBpi=1.2374;SBpiQual=1.3467;VQSLOD=-23.2503 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,32:127:99:466,0,2703
|
|
20 26267106 . C G 330.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.67;MQ0=0;MQRankSum=-7.256;QD=3.84;ReadPosRankSum=-4.670;SB=-52.492;SBQD=4.482;SBpi=1.7000;SBpiQual=1.8128;VQSLOD=-12.2976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,25:86:99:360,0,2065
|
|
20 26267625 . A C 174.02 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;DP=132;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=14.5256;MQ=46.06;MQ0=25;MQRankSum=-7.160;QD=1.32;ReadPosRankSum=-5.047;SB=-66.469;SBQD=-0.910;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0692;VQSLOD=-34.6152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,38:132:99:204,0,2563
|
|
20 26274682 rs4815522 G A 2634.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.44;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1273.211;SBQD=-0.009;SBpi=0.4650;SBpiQual=0.5234;VQSLOD=6.9478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2667,208,0
|
|
20 26275257 rs6138850 G C 233.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=35.694;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.34;MQ0=0;MQRankSum=-5.813;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.895;SB=66.205;SBQD=-9.707;SBpi=-2.0000;SBpiQual=-2.1370;VQSLOD=-4.7614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:56:99:263,0,1372
|
|
20 26283322 rs8183097 T C 178.08 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=18.65;MQ0=22;MQRankSum=1.742;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.373;SB=-53.045;SBQD=-4.525;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.2231;VQSLOD=2.2890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:31.72:208,0,32
|
|
20 26285956 rs6084109 A T 1181.29 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8991;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=16.41;ReadPosRankSum=3.560;SB=-520.142;SBQD=-0.579;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4479;VQSLOD=2.7395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1211,0,1153
|
|
20 26288949 . A G 58.78 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;DP=87;Dels=0.00;FS=11.234;HRun=0;HaplotypeScore=64.1013;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=-7.101;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.534;SB=78.246;SBQD=5.625;SBpi=2.5000;SBpiQual=2.7080;VQSLOD=-130.9706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,24:87:88.77:89,0,2073
|
|
20 26289174 rs62198410 C T 54.97 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DB;DP=145;DS;Dels=0.00;FS=7.670;HRun=4;HaplotypeScore=65.6232;MQ=37.55;MQ0=8;MQRankSum=-4.359;QD=0.38;ReadPosRankSum=0.202;SB=-79.873;SBQD=0.528;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0591;VQSLOD=-127.0644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,30:145:84.96:85,0,2460
|
|
20 26299147 . T A 115.22 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=21.65;MQ0=4;MQRankSum=1.920;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.684;SB=-60.858;SBQD=-13.061;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.1788;VQSLOD=3.6628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:3.64:144,0,4
|
|
20 26299338 . G A 68.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.51;MQ0=0;QD=17.07;SB=-32.648;SBQD=-15.282;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0396;VQSLOD=4.2147 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:9.02:100,9,0
|
|
20 26299592 . T G 97.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=11.0622;MQ=11.96;MQ0=13;MQRankSum=1.837;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.776;SB=-21.536;SBQD=-4.409;SBpi=-1.0690;SBpiQual=-1.0634;VQSLOD=-2.9901 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,10:33:17.88:130,18,0
|
|
20 26312257 . C G 126 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=105;Dels=0.00;FS=2.518;HRun=0;HaplotypeScore=14.4162;MQ=51.27;MQ0=3;MQRankSum=-3.966;QD=1.20;ReadPosRankSum=2.835;SB=-32.838;SBQD=-1.936;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.4154;VQSLOD=-15.9163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,17:105:99:156,0,2662
|
|
20 26312718 . G A 230.22 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.538;DP=113;Dels=0.00;FS=10.068;HRun=1;HaplotypeScore=56.1487;MQ=47.36;MQ0=0;MQRankSum=-9.064;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.867;SB=-95.317;SBQD=6.901;SBpi=2.1651;SBpiQual=2.3523;VQSLOD=-128.4415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:113:99:260,0,2232
|
|
20 26312734 . C A 155.79 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.540;DP=120;Dels=0.00;FS=1.707;HRun=0;HaplotypeScore=42.6920;MQ=45.56;MQ0=1;MQRankSum=-6.304;QD=1.30;ReadPosRankSum=4.446;SB=-60.971;SBQD=0.433;SBpi=2.2717;SBpiQual=2.4629;VQSLOD=-66.9864 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,17:120:99:186,0,2111
|
|
20 26313677 rs6051320 C T 1269.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.163;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.722;HRun=1;HaplotypeScore=28.3147;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.068;SB=-589.824;SBQD=-2.645;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.5829;VQSLOD=-15.0661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:1300,0,1373
|
|
20 26317835 . A G 65.50 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.710;DP=174;Dels=0.00;FS=22.673;HRun=2;HaplotypeScore=124.9967;MQ=40.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=0.38;ReadPosRankSum=-2.930;SB=183.295;SBQD=-3.638;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.6249;VQSLOD=-459.1416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,17:174:95.50:95,0,2968
|
|
20 26319535 rs4013288 G T 759.49 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.706;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=4.154;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=42.35;MQ0=1;MQRankSum=0.781;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.834;SB=-264.630;SBQD=-3.555;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-1.3502;VQSLOD=4.7830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:789,0,635
|
|
20 29420340 rs62199547 G T 1880.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.445;DB;DP=175;Dels=0.00;FS=37.804;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=46.11;MQ0=12;MQRankSum=-9.530;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.203;SB=-410.533;SBQD=-8.827;SBpi=-2.3618;SBpiQual=-2.5419;VQSLOD=-12.0907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,98:175:99:1911,0,2425
|
|
20 29421255 . T A 820.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DP=139;Dels=0.00;FS=52.600;HRun=0;HaplotypeScore=5.2024;MQ=40.05;MQ0=10;MQRankSum=-7.703;QD=5.90;ReadPosRankSum=3.031;SB=-7.587;SBQD=-9.174;SBpi=-2.6248;SBpiQual=-2.8376;VQSLOD=-12.8719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,61:139:99:851,0,2321
|
|
20 29421362 . C G 1269.11 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.065;DP=230;Dels=0.00;FS=2.070;HRun=0;HaplotypeScore=60.9150;MQ=48.66;MQ0=19;MQRankSum=-1.640;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.133;SB=-381.538;SBQD=-4.031;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-1.0540;VQSLOD=-93.0879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,68:230:99:1299,0,4427
|
|
20 29421504 rs62199551 G C 632.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.322;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=0.811;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.37;MQ0=3;MQRankSum=-7.483;QD=4.86;ReadPosRankSum=-3.314;SB=-324.987;SBQD=0.156;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3106;VQSLOD=-8.3066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,48:130:99:662,0,2425
|
|
20 29421905 . G A 296.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.467;DP=130;Dels=0.00;FS=0.952;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=46.45;MQ0=16;MQRankSum=-7.923;QD=2.28;ReadPosRankSum=-2.571;SB=-180.534;SBQD=-0.207;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.4630;VQSLOD=-10.2479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,46:130:99:327,0,2477
|
|
20 29422001 . T C 1147.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;DP=157;Dels=0.00;FS=15.735;HRun=0;HaplotypeScore=38.5013;MQ=44.32;MQ0=10;MQRankSum=-9.449;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.309;SB=-276.539;SBQD=-5.032;SBpi=-2.5298;SBpiQual=-2.7342;VQSLOD=-93.2292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,90:157:99:1178,0,2268
|
|
20 29422412 . T C 1912.20 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.959;DP=238;DS;Dels=0.00;FS=7.391;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=50.54;MQ0=3;MQRankSum=0.912;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.584;SB=-571.842;SBQD=-4.692;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.2442;VQSLOD=2.5481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,81:238:99:1942,0,4683
|
|
20 29422758 . C G 702.88 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.060;DP=181;Dels=0.00;FS=9.216;HRun=0;HaplotypeScore=89.5910;MQ=45.12;MQ0=8;MQRankSum=-2.866;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.319;SB=-231.288;SBQD=-3.868;SBpi=-1.1676;SBpiQual=-1.3659;VQSLOD=-210.3050 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,53:181:99:733,0,2976
|
|
20 29422870 . C T 187.05 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.257;DP=169;Dels=0.00;FS=11.061;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=50.31;MQ0=1;MQRankSum=-4.148;QD=1.11;ReadPosRankSum=5.104;SB=58.614;SBQD=-2.450;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-1.0965;VQSLOD=-4.6962 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,21:169:99:217,0,4299
|
|
20 29423456 . A G 298.47 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.586;DP=219;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=93.2251;MQ=47.69;MQ0=8;MQRankSum=-5.642;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-159.372;SBQD=-0.384;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.3300;VQSLOD=-242.5816 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,35:219:99:328,0,5408
|
|
20 29423602 . T A 237.80 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.140;DP=136;Dels=0.00;FS=12.963;HRun=1;HaplotypeScore=33.8599;MQ=49.96;MQ0=7;MQRankSum=-8.735;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.206;SB=-54.156;SBQD=4.336;SBpi=0.5105;SBpiQual=0.5678;VQSLOD=-75.2265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,47:136:99:268,0,3113
|
|
20 29423787 . G A 196.38 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.668;DP=175;Dels=0.00;FS=3.601;HRun=1;HaplotypeScore=32.7727;MQ=46.53;MQ0=7;MQRankSum=-6.827;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.711;SB=-65.201;SBQD=-1.011;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.8222;VQSLOD=-55.3462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,37:175:99:226,0,4035
|
|
20 29424340 . T C 698.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.011;DP=207;Dels=0.00;FS=9.830;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.73;MQ0=27;MQRankSum=-3.495;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-91.533;SBQD=3.898;SBpi=1.2583;SBpiQual=1.7657;VQSLOD=-2.5823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,57:207:99:729,0,3715
|
|
20 29426512 . A G 103.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;DP=99;Dels=0.00;FS=23.576;HRun=0;HaplotypeScore=1.5518;MQ=44.21;MQ0=10;MQRankSum=-4.377;QD=1.05;ReadPosRankSum=-2.365;SB=19.020;SBQD=4.269;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.1218;VQSLOD=-4.1211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,21:99:99:134,0,1910
|
|
20 29426922 . T C 173.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.730;DP=58;Dels=0.00;FS=45.849;HRun=0;HaplotypeScore=5.9223;MQ=48.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.205;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.449;SB=45.606;SBQD=-12.511;SBpi=-1.7206;SBpiQual=-1.5441;VQSLOD=-7.7146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,19:58:99:204,0,1177
|
|
20 29428030 rs6087345 T A 1284.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.740;DB;DP=137;Dels=0.00;FS=2.386;HRun=1;HaplotypeScore=9.9085;MQ=48.05;MQ0=5;MQRankSum=-2.676;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.250;SB=-623.535;SBQD=-1.854;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4855;VQSLOD=-3.7710 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,54:137:99:1314,0,2550
|
|
20 29428293 . T A 142.18 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.151;DP=144;Dels=0.00;FS=2.215;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.839;QD=0.99;ReadPosRankSum=-4.162;SB=-68.084;SBQD=0.992;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0102;VQSLOD=-6.8021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,20:144:99:172,0,3749
|
|
20 29429675 . C A 402.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.937;DP=125;Dels=0.00;FS=34.516;HRun=1;HaplotypeScore=1.7845;MQ=54.10;MQ0=5;MQRankSum=-6.212;QD=3.22;ReadPosRankSum=-3.228;SB=-58.284;SBQD=-9.214;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-1.1245;VQSLOD=-8.3085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,33:125:99:433,0,2943
|
|
20 29432444 rs4010635 A C 1089.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.043;HRun=0;HaplotypeScore=20.5222;MQ=49.39;MQ0=7;MQRankSum=-3.125;QD=14.15;ReadPosRankSum=-2.160;SB=-349.521;SBQD=-1.368;SBpi=1.9799;SBpiQual=2.0599;VQSLOD=-14.5547 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,50:77:99:1119,0,857
|
|
20 29434983 rs28781598 C G 467.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DB;DP=172;Dels=0.00;FS=0.738;HRun=1;HaplotypeScore=10.5544;MQ=47.61;MQ0=4;MQRankSum=0.041;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-419.350;SBQD=0.148;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1484;VQSLOD=-0.3030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,44:172:99:498,0,3184
|
|
20 29435073 rs4300917 T A 1371.14 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.733;DB;DP=240;DS;Dels=0.00;FS=4.446;HRun=1;HaplotypeScore=25.1867;MQ=48.87;MQ0=12;MQRankSum=1.105;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-563.177;SBQD=-2.879;SBpi=-0.8189;SBpiQual=-0.9931;VQSLOD=-13.6220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,63:240:99:1401,0,5085
|
|
20 29435391 . G T 1067.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.406;DP=227;DS;Dels=0.00;FS=4.019;HRun=2;HaplotypeScore=18.9925;MQ=43.96;MQ0=15;MQRankSum=-3.889;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.558;SB=-476.653;SBQD=1.497;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1837;VQSLOD=-18.8067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,63:227:99:1097,0,4399
|
|
20 29435887 rs13037177 T C 1142.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;DB;DP=183;Dels=0.00;FS=30.773;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.89;MQ0=22;MQRankSum=-10.895;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-354.899;SBQD=7.527;SBpi=0.5643;SBpiQual=0.6252;VQSLOD=-13.6353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,95:183:99:1173,0,2881
|
|
20 29436241 . A G 1403.05 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;DP=207;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=50.1734;MQ=47.48;MQ0=11;MQRankSum=-6.368;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.772;SB=-720.476;SBQD=0.055;SBpi=-0.4276;SBpiQual=-0.2742;VQSLOD=-82.3268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,67:207:99:1433,0,4113
|
|
20 29436332 . G T 405.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.70;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.084;DP=154;Dels=0.00;FS=1.756;HRun=3;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.63;MQ0=26;MQRankSum=-0.886;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.691;SB=-267.282;SBQD=-0.187;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.3293;VQSLOD=0.7993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,46:154:99:435,0,2732
|
|
20 29436598 . T G 427.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.611;DP=136;Dels=0.00;FS=11.863;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.27;MQ0=12;MQRankSum=-9.173;QD=3.15;ReadPosRankSum=3.427;SB=-106.428;SBQD=-4.514;SBpi=-0.9354;SBpiQual=-0.8843;VQSLOD=-12.1631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,56:136:99:458,0,2738
|
|
20 29436604 rs6087245 C A 426.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.180;DB;DP=135;Dels=0.00;FS=9.603;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.33;MQ0=10;MQRankSum=-9.079;QD=3.16;ReadPosRankSum=3.293;SB=-135.926;SBQD=-3.892;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.9213;VQSLOD=-10.8168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,54:135:99:457,0,2670
|
|
20 29437620 rs62197724 C G 1335.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.853;DB;DP=153;Dels=0.00;FS=9.776;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=38.66;MQ0=19;MQRankSum=-8.959;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.961;SB=-481.350;SBQD=8.998;SBpi=-0.6931;SBpiQual=-0.7218;VQSLOD=-9.7622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,102:153:99:1365,0,1336
|
|
20 29440197 rs6141210 G A 1641.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DB;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=10.4873;MQ=52.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.341;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.554;SB=-699.108;SBQD=0.583;SBpi=-0.8322;SBpiQual=-0.6114;VQSLOD=-7.1206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,61:139:99:1672,0,2276
|
|
20 29441757 . G A 33.51 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.983;DP=92;Dels=0.00;FS=27.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.307;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.385;SB=120.363;SBQD=3.487;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.8189;VQSLOD=-5.6754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,11:92:63.50:63,0,2744
|
|
20 29444244 rs6057428 T A 991.56 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.975;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.414;QD=13.77;ReadPosRankSum=1.196;SB=-638.017;SBQD=-1.985;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1446;VQSLOD=4.4106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1022,0,881
|
|
20 29447981 rs6567468 G A 2396.38 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.26;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.783;DB;DP=220;Dels=0.00;FS=68.124;HRun=4;HaplotypeScore=27.8764;MQ=36.33;MQ0=61;MQRankSum=-9.904;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.138;SB=-215.007;SBQD=15.419;SBpi=2.1540;SBpiQual=2.3217;VQSLOD=-87.9210 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,163:220:99:2426,0,1706
|
|
20 29449333 rs3954507 T C 134.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.605;DB;DP=186;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=39.58;MQ0=36;MQRankSum=-8.601;QD=0.72;ReadPosRankSum=-1.579;SB=-118.543;SBQD=0.307;SBpi=1.1323;SBpiQual=1.2481;VQSLOD=-9.5881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,78:186:99:164,0,2818
|
|
20 29449417 rs3954506 A C 650.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DB;DP=192;Dels=0.00;FS=22.169;HRun=0;HaplotypeScore=9.0714;MQ=42.13;MQ0=33;MQRankSum=-6.509;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.104;SB=-189.449;SBQD=-3.567;SBpi=-1.3670;SBpiQual=-1.5783;VQSLOD=-12.9333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,59:192:99:681,0,3210
|
|
20 29450946 rs6087181 A C 502.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DB;DP=173;Dels=0.00;FS=37.707;HRun=1;HaplotypeScore=12.7832;MQ=36.56;MQ0=31;MQRankSum=-0.084;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-129.611;SBQD=5.840;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2207;VQSLOD=-1.9262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,39:173:99:533,0,2981
|
|
20 29452666 . A C 60.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.919;DP=52;Dels=0.00;FS=8.846;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.97;MQ0=4;MQRankSum=-3.997;QD=1.17;ReadPosRankSum=-3.085;SB=-36.311;SBQD=-9.318;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.4645;VQSLOD=-6.0121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,12:52:90.96:91,0,1425
|
|
20 29453066 . A G 45.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.442;DP=96;Dels=0.00;FS=21.364;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=49.13;MQ0=20;MQRankSum=-5.174;QD=0.48;ReadPosRankSum=1.445;SB=96.296;SBQD=2.179;SBpi=2.4247;SBpiQual=2.5994;VQSLOD=-6.2171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,31:96:75.90:76,0,2064
|
|
20 29453460 . T C 187.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.534;DP=112;Dels=0.00;FS=1.089;HRun=0;HaplotypeScore=6.5246;MQ=49.42;MQ0=6;MQRankSum=-8.021;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.946;SB=-114.622;SBQD=0.754;SBpi=0.9733;SBpiQual=1.1051;VQSLOD=-13.0063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,38:112:99:217,0,2564
|
|
20 29455621 rs10446064 A T 4985.76 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DB;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=3.837;HRun=0;HaplotypeScore=68.1251;MQ=44.00;MQ0=5;MQRankSum=-9.250;QD=20.35;ReadPosRankSum=0.721;SB=-1334.996;SBQD=2.918;SBpi=2.2613;SBpiQual=2.4981;VQSLOD=-166.3217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,176:245:99:4318,0,1983
|
|
20 29456100 . T C 596.77 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;DP=134;Dels=0.00;FS=63.203;HRun=0;HaplotypeScore=38.4519;MQ=43.54;MQ0=9;MQRankSum=-9.196;QD=4.45;ReadPosRankSum=2.725;SB=13.643;SBQD=-9.623;SBpi=-3.6040;SBpiQual=-3.8586;VQSLOD=-93.0882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,67:134:99:627,0,2187
|
|
20 29456120 . A T 432.16 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.845;DP=139;Dels=0.00;FS=22.788;HRun=7;HaplotypeScore=34.5279;MQ=43.55;MQ0=14;MQRankSum=-7.881;QD=3.11;ReadPosRankSum=-1.987;SB=-54.074;SBQD=-5.027;SBpi=-2.9693;SBpiQual=-2.9716;VQSLOD=-93.9381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,60:139:99:462,0,2199
|
|
20 29456419 . C T 352.63 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;DP=169;Dels=0.00;FS=20.853;HRun=0;HaplotypeScore=102.8839;MQ=40.92;MQ0=4;MQRankSum=-2.729;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.504;SB=81.624;SBQD=3.702;SBpi=2.4749;SBpiQual=2.3923;VQSLOD=-278.6415 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,31:169:99:383,0,3202
|
|
20 29456462 . A G 65.15 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;DP=176;Dels=0.00;FS=4.649;HRun=1;HaplotypeScore=25.0302;MQ=39.67;MQ0=7;MQRankSum=-5.090;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.694;SB=78.209;SBQD=1.071;SBpi=2.5000;SBpiQual=2.6646;VQSLOD=-34.0061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,25:176:95.14:95,0,3429
|
|
20 29456859 rs4010675 T C 390.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.568;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.026;HRun=1;HaplotypeScore=2.2013;MQ=47.44;MQ0=1;MQRankSum=-6.822;QD=4.33;ReadPosRankSum=-3.509;SB=-182.016;SBQD=-2.135;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4252;VQSLOD=-8.7214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,38:90:99:420,0,1700
|
|
20 29459288 . T C 112.43 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.328;DP=120;Dels=0.00;FS=28.876;HRun=3;HaplotypeScore=13.1890;MQ=43.84;MQ0=21;MQRankSum=-5.851;QD=0.94;ReadPosRankSum=-3.320;SB=99.308;SBQD=-3.261;SBpi=-2.4597;SBpiQual=-2.3938;VQSLOD=-27.9297 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,45:120:99:142,0,2410
|
|
20 29460155 . T C 780.37 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.655;DP=198;Dels=0.00;FS=31.569;HRun=0;HaplotypeScore=124.7500;MQ=35.29;MQ0=23;MQRankSum=-3.487;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.340;SB=-82.258;SBQD=-5.273;SBpi=-2.4089;SBpiQual=-2.2753;VQSLOD=-430.9593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,76:198:99:810,0,2686
|
|
20 29460827 rs56305633 T C 2227.41 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-10.940;DB;DP=208;Dels=0.00;FS=4.155;HRun=0;HaplotypeScore=3.6758;MQ=51.25;MQ0=3;MQRankSum=-0.712;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-1048.124;SBQD=0.474;SBpi=-1.1799;SBpiQual=-0.7405;VQSLOD=2.5291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,95:208:99:2257,0,3294
|
|
20 29461216 rs10871825 G A 2378.83 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.207;DB;DP=164;Dels=0.00;FS=8.371;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=51.89;MQ0=6;MQRankSum=-2.071;QD=14.51;ReadPosRankSum=1.189;SB=-1099.968;SBQD=4.311;SBpi=0.3842;SBpiQual=0.4550;VQSLOD=3.6936 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,83:164:99:2409,0,2312
|
|
20 29462652 rs3954488 T C 1610.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DB;DP=156;Dels=0.00;FS=5.209;HRun=0;HaplotypeScore=7.6362;MQ=43.70;MQ0=7;MQRankSum=-10.264;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.620;SB=-573.691;SBQD=4.754;SBpi=0.3938;SBpiQual=0.3560;VQSLOD=-18.6508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,79:156:99:1640,0,2387
|
|
20 29464229 . A C 1812.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.47;MQ0=11;MQRankSum=-2.673;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.899;SB=-829.654;SBQD=-0.969;SBpi=-0.1833;SBpiQual=-0.1582;VQSLOD=0.7568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,67:189:99:1842,0,3520
|
|
20 29465144 . T C 219.82 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.663;DP=110;Dels=0.00;FS=2.316;HRun=0;HaplotypeScore=22.3552;MQ=45.14;MQ0=5;MQRankSum=-7.897;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.293;SB=-140.457;SBQD=1.355;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.2662;VQSLOD=-53.0184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,40:110:99:250,0,2279
|
|
20 29467217 rs35066838 G C 581.87 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;DB;DP=137;Dels=0.00;FS=8.929;HRun=1;HaplotypeScore=31.8678;MQ=49.97;MQ0=10;MQRankSum=-8.292;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.116;SB=-237.333;SBQD=-2.123;SBpi=-0.7857;SBpiQual=-0.8340;VQSLOD=-65.4855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,49:137:99:612,0,2976
|
|
20 29470448 . G A 909.60 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.155;DP=203;Dels=0.00;FS=1.339;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=48.21;MQ0=14;MQRankSum=-6.295;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-346.797;SBQD=-3.687;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.0784;VQSLOD=-5.8799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,63:203:99:940,0,4022
|
|
20 29470612 . C T 1258.46 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.136;DP=143;Dels=0.00;FS=1.456;HRun=0;HaplotypeScore=13.9468;MQ=50.86;MQ0=3;MQRankSum=-5.970;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.602;SB=-621.796;SBQD=-1.377;SBpi=0.5859;SBpiQual=0.6987;VQSLOD=-21.1389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,59:143:99:1288,0,2657
|
|
20 29470698 rs62198083 G T 1030.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.503;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=3.713;HRun=2;HaplotypeScore=7.3303;MQ=46.66;MQ0=10;MQRankSum=-7.344;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.768;SB=-373.040;SBQD=3.867;SBpi=0.7702;SBpiQual=0.7722;VQSLOD=-10.4561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,51:132:99:1061,0,2115
|
|
20 29471301 . C T 2054.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.266;DP=228;Dels=0.00;FS=20.339;HRun=1;HaplotypeScore=15.7575;MQ=50.78;MQ0=5;MQRankSum=-4.146;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.702;SB=-868.495;SBQD=-3.695;SBpi=-1.4310;SBpiQual=-1.4760;VQSLOD=-16.2305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,89:228:99:2084,0,4005
|
|
20 29473715 rs62198086 C T 1214.64 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.299;DB;DP=163;Dels=0.00;FS=0.677;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.53;MQ0=19;MQRankSum=-0.182;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.294;SB=-376.200;SBQD=6.420;SBpi=0.5960;SBpiQual=0.6721;VQSLOD=4.5271 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,57:163:99:1245,0,2253
|
|
20 29474309 . T C 1362.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.593;DP=144;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=0;HaplotypeScore=3.1435;MQ=49.27;MQ0=10;MQRankSum=-3.521;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.093;SB=-725.437;SBQD=-0.114;SBpi=0.1780;SBpiQual=0.7890;VQSLOD=-0.9957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,71:144:99:1392,0,1677
|
|
20 29474584 . G T 854.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DP=205;Dels=0.00;FS=29.637;HRun=0;HaplotypeScore=3.9457;MQ=44.75;MQ0=12;MQRankSum=-5.659;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-79.505;SBQD=6.913;SBpi=1.5765;SBpiQual=1.6229;VQSLOD=-5.8359 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,68:205:99:884,0,3860
|
|
20 29475241 rs11152487 T C 890.42 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.758;DB;DP=183;Dels=0.00;FS=4.678;HRun=1;HaplotypeScore=39.7105;MQ=36.71;MQ0=15;MQRankSum=-1.556;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-206.174;SBQD=4.249;SBpi=1.0714;SBpiQual=1.1190;VQSLOD=-38.1250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,49:183:99:920,0,3477
|
|
20 29475563 rs6119167 G A 925.16 PASS AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DB;DP=167;Dels=0.00;FS=23.878;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.43;MQ0=13;MQRankSum=2.032;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-190.111;SBQD=7.484;SBpi=0.9487;SBpiQual=1.0957;VQSLOD=3.1567 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,40:167:99:955,0,3150
|
|
20 29475991 . C A 1062.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.846;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=50.66;MQ0=1;MQRankSum=-5.896;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.120;SB=-599.648;SBQD=0.140;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.2017;VQSLOD=-4.2080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,48:118:99:1092,0,2196
|
|
20 29476511 . A C 105.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.332;DP=102;Dels=0.00;FS=1.196;HRun=0;HaplotypeScore=1.7306;MQ=51.08;MQ0=15;MQRankSum=-6.062;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.051;SB=-19.296;SBQD=-1.232;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.2444;VQSLOD=-6.1306 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,30:102:99:135,0,2263
|
|
20 29476721 rs35329979 C T 524.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.707;DB;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=11.9244;MQ=45.17;MQ0=20;MQRankSum=-5.311;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.529;SB=-179.720;SBQD=2.052;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1855;VQSLOD=-14.2591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,44:120:99:555,0,1845
|
|
20 29477279 rs3865555 A G 1653.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.26;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;DB;DP=141;Dels=0.00;FS=8.477;HRun=0;HaplotypeScore=3.4250;MQ=37.75;MQ0=24;MQRankSum=-7.951;QD=11.73;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-732.430;SBQD=-5.467;SBpi=-0.0981;SBpiQual=-0.0714;VQSLOD=-8.2956 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,104:141:99:1683,0,1075
|
|
20 29478240 . A T 97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.971;DP=124;Dels=0.00;FS=35.718;HRun=0;HaplotypeScore=3.5486;MQ=50.08;MQ0=2;MQRankSum=-4.840;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.379;SB=147.422;SBQD=-3.516;SBpi=-2.0125;SBpiQual=-2.1446;VQSLOD=-5.7292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,20:124:99:127,0,3365
|
|
20 29478855 rs4010716 G A 71.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.942;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=40.174;HRun=3;HaplotypeScore=5.0303;MQ=49.62;MQ0=10;MQRankSum=-6.619;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.904;SB=114.312;SBQD=4.961;SBpi=2.1355;SBpiQual=2.3749;VQSLOD=-9.0144 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,29:95:99:101,0,2130
|
|
20 29480608 . C T 413.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DP=141;Dels=0.00;FS=22.380;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=49.35;MQ0=5;MQRankSum=-6.882;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.269;SB=26.705;SBQD=5.629;SBpi=2.2295;SBpiQual=2.3732;VQSLOD=-9.6490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,34:141:99:444,0,3432
|
|
20 29480812 . A G 443.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.387;DP=148;Dels=0.00;FS=27.783;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=48.52;MQ0=4;MQRankSum=-2.541;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.369;SB=48.716;SBQD=6.006;SBpi=2.0083;SBpiQual=1.8034;VQSLOD=-3.6580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,30:148:99:474,0,3092
|
|
20 29481017 rs6141242 C T 1826.95 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.208;DB;DP=156;Dels=0.00;FS=6.230;HRun=2;HaplotypeScore=57.5708;MQ=49.12;MQ0=9;MQRankSum=-3.878;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.430;SB=-752.915;SBQD=4.311;SBpi=0.7926;SBpiQual=0.7778;VQSLOD=-89.1016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,78:156:99:1857,0,2242
|
|
20 29481664 rs62198107 G T 422.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.865;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=6.283;HRun=3;HaplotypeScore=2.1330;MQ=35.95;MQ0=41;MQRankSum=-1.079;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.042;SB=-100.727;SBQD=-1.957;SBpi=-1.3333;SBpiQual=-1.4735;VQSLOD=1.4159 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,36:147:99:453,0,2373
|
|
20 29482770 rs4010711 T C 737.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;DB;DP=152;Dels=0.00;FS=16.945;HRun=1;HaplotypeScore=2.9805;MQ=43.35;MQ0=7;MQRankSum=3.511;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.369;SB=-81.565;SBQD=6.390;SBpi=1.7678;SBpiQual=1.8927;VQSLOD=-0.5970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,32:152:99:767,0,3181
|
|
20 29482995 rs10427453 G A 313.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.619;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6542;MQ=50.09;MQ0=4;MQRankSum=-8.061;QD=2.88;ReadPosRankSum=1.893;SB=-145.924;SBQD=-0.205;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6432;VQSLOD=-9.6551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,35:109:99:344,0,2431
|
|
20 29483966 . G T 112.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.505;DP=175;Dels=0.00;FS=17.547;HRun=2;HaplotypeScore=3.1242;MQ=39.83;MQ0=11;MQRankSum=-5.238;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.204;SB=62.759;SBQD=1.892;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7278;VQSLOD=-4.4155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,29:175:99:142,0,4040
|
|
20 29484952 rs11699511 G A 1205.68 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.709;DB;DP=127;Dels=0.00;FS=14.520;HRun=0;HaplotypeScore=44.1788;MQ=49.35;MQ0=6;MQRankSum=-6.906;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.803;SB=-456.303;SBQD=-10.103;SBpi=-0.0640;SBpiQual=-0.1132;VQSLOD=-71.1923 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,61:127:99:1236,0,2166
|
|
20 29486040 rs62198114 A G 1119.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.067;DB;DP=153;Dels=0.00;FS=51.686;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.94;MQ0=5;MQRankSum=-5.183;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.178;SB=12.934;SBQD=-12.666;SBpi=-1.9696;SBpiQual=-2.0523;VQSLOD=-3.1163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,58:153:99:1150,0,2718
|
|
20 29486838 . G C 602.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=50.71;MQ0=7;MQRankSum=-4.563;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.541;SB=-256.146;SBQD=-0.014;SBpi=1.2671;SBpiQual=1.3205;VQSLOD=-2.6762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,45:106:99:632,0,1794
|
|
20 29488979 rs6119191 G A 970.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DB;DP=128;Dels=0.00;FS=9.826;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.50;MQ0=5;MQRankSum=4.586;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-530.645;SBQD=4.868;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0297;VQSLOD=1.1199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,40:128:99:1001,0,2373
|
|
20 29489678 rs62198140 A T 1226.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;DB;DP=126;Dels=0.00;FS=7.796;HRun=0;HaplotypeScore=5.8059;MQ=49.67;MQ0=14;MQRankSum=-1.887;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.636;SB=-476.285;SBQD=-7.573;SBpi=-0.5547;SBpiQual=-0.6884;VQSLOD=0.4900 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:126:99:1256,0,1955
|
|
20 29490018 . C T 333.63 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.333;DP=164;Dels=0.00;FS=2.086;HRun=1;HaplotypeScore=30.3087;MQ=46.39;MQ0=12;MQRankSum=-4.637;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.829;SB=-131.367;SBQD=1.254;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2842;VQSLOD=-37.1302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,41:164:99:364,0,3200
|
|
20 29493798 . T C 91.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.329;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-5.983;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.437;SB=15.027;SBQD=1.700;SBpi=2.0616;SBpiQual=2.1737;VQSLOD=-7.9172 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,17:66:99:122,0,1668
|
|
20 29494171 rs6057502 T A 764.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=2.657;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.03;MQ0=13;MQRankSum=-8.460;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.631;SB=-307.955;SBQD=1.620;SBpi=0.8018;SBpiQual=0.8028;VQSLOD=-8.0646 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,56:130:99:794,0,2342
|
|
20 29501034 rs13044666 A G 1447.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;DB;DP=129;Dels=0.00;FS=24.630;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.21;MQ0=0;MQRankSum=-6.208;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.544;SB=-299.512;SBQD=10.614;SBpi=1.2027;SBpiQual=1.2688;VQSLOD=-4.1249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,56:129:99:1478,0,2429
|
|
20 29504072 rs6057514 G A 1257.86 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.175;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=1;MQRankSum=-1.677;QD=16.13;ReadPosRankSum=2.054;SB=-663.209;SBQD=0.163;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0572;VQSLOD=4.1770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1288,0,1132
|
|
20 29507614 . T A 988.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.911;DP=126;Dels=0.00;FS=3.511;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.77;MQ0=6;MQRankSum=-1.661;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-614.134;SBQD=-2.125;SBpi=0.1414;SBpiQual=0.1523;VQSLOD=1.2868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,50:126:99:1018,0,2098
|
|
20 29518185 rs6567485 T C 390.61 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=16.026;HRun=2;HaplotypeScore=71.5790;MQ=41.46;MQ0=0;MQRankSum=-3.433;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-87.698;SBQD=6.917;SBpi=2.3106;SBpiQual=2.6182;VQSLOD=-144.0051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,45:70:99:421,0,655
|
|
20 29521314 rs2424803 G A 1482.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.14;MQ0=1;QD=30.25;SB=-842.970;SBQD=1.679;SBpi=-0.0714;SBpiQual=0.0022;VQSLOD=6.8448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1515,123,0
|
|
20 29525080 rs7363794 A C 405.37 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3204;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.183;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.217;SB=-0.007;SBQD=-12.534;SBpi=-1.9365;SBpiQual=-2.0837;VQSLOD=3.0591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:435,0,637
|
|
20 29525673 rs6118975 A G 379.94 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=15.258;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-202.207;SBQD=-11.244;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.0486;VQSLOD=4.6204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:410,0,861
|
|
20 29529357 rs57835703 G C 936.20 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4495;MQ=58.06;MQ0=1;MQRankSum=1.816;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.535;SB=-466.218;SBQD=2.155;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.4524;VQSLOD=4.5791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:72:99:966,0,954
|
|
20 29536584 rs2424812 G A 1709.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.165;DB;DP=122;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=44.21;MQ0=9;MQRankSum=-4.732;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.351;SB=-755.851;SBQD=5.166;SBpi=-1.6111;SBpiQual=-1.3243;VQSLOD=-0.6220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,80:122:99:1740,0,1001
|
|
20 29539484 rs62199789 G A 1093.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.102;DB;DP=139;Dels=0.00;FS=1.576;HRun=1;HaplotypeScore=1.5983;MQ=51.06;MQ0=5;MQRankSum=-5.989;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.023;SB=-471.910;SBQD=2.905;SBpi=0.8765;SBpiQual=1.0115;VQSLOD=-3.9816 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,55:139:99:1124,0,2652
|
|
20 29541236 . G A 715.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.272;DP=112;Dels=0.00;FS=15.282;HRun=1;HaplotypeScore=1.5616;MQ=46.90;MQ0=3;MQRankSum=-8.226;QD=6.39;ReadPosRankSum=2.348;SB=-246.589;SBQD=-5.772;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4750;VQSLOD=-10.4892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,41:112:99:746,0,2226
|
|
20 29542158 rs6119007 T A 1026.83 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.239;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.912;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=56.35;MQ0=1;MQRankSum=-0.746;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-494.669;SBQD=-2.661;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3675;VQSLOD=4.4272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1057,0,1095
|
|
20 29542381 . T C 346.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.756;DP=112;Dels=0.00;FS=34.227;HRun=1;HaplotypeScore=1.3670;MQ=51.17;MQ0=5;MQRankSum=-7.326;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.855;SB=86.066;SBQD=8.518;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0681;VQSLOD=-9.3152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,35:112:99:377,0,2309
|
|
20 29544055 rs3954471 C A 620.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.424;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=53.955;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=43.04;MQ0=0;MQRankSum=-7.402;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.145;SB=78.208;SBQD=12.628;SBpi=3.1623;SBpiQual=3.4059;VQSLOD=-10.5461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,40:107:99:651,0,2144
|
|
20 29544211 rs6119014 G C 600.82 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.965;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=3.149;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=1.910;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.702;SB=-220.331;SBQD=-4.436;SBpi=-1.3720;SBpiQual=-1.5559;VQSLOD=1.4562 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,34:100:99:631,0,1378
|
|
20 29545543 . A T 176.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.437;DP=126;Dels=0.00;FS=11.046;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=34.78;MQ0=28;MQRankSum=-4.062;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.520;SB=-27.795;SBQD=2.769;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.3865;VQSLOD=-2.8485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,46:126:99:207,0,2309
|
|
20 29546850 . G T 292.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.716;DP=155;Dels=0.00;FS=3.260;HRun=1;HaplotypeScore=1.9944;MQ=41.46;MQ0=7;MQRankSum=-5.813;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.389;SB=-141.455;SBQD=-0.750;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0579;VQSLOD=-6.0294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,31:155:99:322,0,3731
|
|
20 29546864 . C T 280.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.296;DP=162;Dels=0.00;FS=0.912;HRun=1;HaplotypeScore=2.3299;MQ=42.76;MQ0=2;MQRankSum=-6.008;QD=1.73;ReadPosRankSum=2.156;SB=-142.744;SBQD=0.150;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2439;VQSLOD=-6.6993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,29:162:99:311,0,3941
|
|
20 29547241 rs6118881 C A 760.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;DB;DP=131;Dels=0.00;FS=0.789;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.42;MQ0=10;MQRankSum=-7.076;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-312.196;SBQD=2.611;SBpi=-0.2582;SBpiQual=-0.8351;VQSLOD=-6.6045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,60:131:99:790,0,1937
|
|
20 29547457 rs6119017 C T 809.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.150;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=24.920;HRun=0;HaplotypeScore=1.7873;MQ=47.06;MQ0=3;MQRankSum=-6.528;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.683;SB=-69.129;SBQD=11.233;SBpi=1.3270;SBpiQual=1.3823;VQSLOD=-5.8847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,46:104:99:839,0,1640
|
|
20 29550970 . A C 63.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.245;DP=51;Dels=0.00;FS=28.071;HRun=0;HaplotypeScore=1.7791;MQ=52.03;MQ0=2;MQRankSum=-4.660;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.072;SB=72.207;SBQD=-5.880;SBpi=-1.3568;SBpiQual=-1.6051;VQSLOD=-4.4018 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,11:51:93.20:93,0,1154
|
|
20 29551733 rs3954465 C T 209.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.057;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=10.915;HRun=0;HaplotypeScore=1.8315;MQ=47.04;MQ0=1;MQRankSum=-5.761;QD=4.04;ReadPosRankSum=1.842;SB=27.020;SBQD=6.146;SBpi=2.1794;SBpiQual=2.3805;VQSLOD=-6.0712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:240,0,908
|
|
20 29551957 rs4010821 T A 682.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.153;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=13.099;HRun=1;HaplotypeScore=13.9609;MQ=50.42;MQ0=3;MQRankSum=-4.146;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.681;SB=-70.766;SBQD=11.271;SBpi=1.7143;SBpiQual=2.0247;VQSLOD=-14.1921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:68:99:712,0,714
|
|
20 29553379 rs6087145 C A 1381.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.396;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.430;HRun=0;HaplotypeScore=6.6945;MQ=53.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.600;QD=16.06;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-476.861;SBQD=3.307;SBpi=1.2399;SBpiQual=1.2943;VQSLOD=-1.7730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:1411,0,1014
|
|
20 29555185 rs4010814 A G 641.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.445;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.206;HRun=2;HaplotypeScore=1.6498;MQ=46.54;MQ0=1;MQRankSum=-2.723;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.421;SB=-213.643;SBQD=-0.168;SBpi=-1.6058;SBpiQual=-1.5654;VQSLOD=0.8886 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,34:57:99:671,0,586
|
|
20 29556468 . C T 58.71 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.774;DP=71;Dels=0.00;FS=11.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=50.72;MQ0=0;MQRankSum=-6.411;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.428;SB=41.720;SBQD=3.812;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.2056;VQSLOD=-7.0355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,20:71:88.70:89,0,1298
|
|
20 29556507 rs4010812 T C 72.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.136;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=24.344;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.55;MQ0=0;MQRankSum=-7.216;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.134;SB=75.830;SBQD=4.566;SBpi=1.0206;SBpiQual=1.1326;VQSLOD=-7.3611 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,24:89:99:102,0,1951
|
|
20 29557510 . A G 612.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;DP=107;Dels=0.00;FS=1.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=49.52;MQ0=0;MQRankSum=-7.654;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.178;SB=-342.728;SBQD=1.295;SBpi=-0.4003;SBpiQual=-0.4193;VQSLOD=-8.9476 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,39:107:99:642,0,2210
|
|
20 29560138 rs13043893 C T 122.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=21.669;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.44;MQ0=6;MQRankSum=-3.169;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.500;SB=53.790;SBQD=-7.226;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.5499;VQSLOD=-1.3600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,14:58:99:153,0,1353
|
|
20 29563727 . C T 305.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.864;DP=125;Dels=0.00;FS=15.965;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.63;MQ0=1;MQRankSum=-8.837;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.537;SB=0.966;SBQD=-4.392;SBpi=-1.8415;SBpiQual=-2.0102;VQSLOD=-12.2268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,38:125:99:335,0,2639
|
|
20 29563941 rs2424844 G A 106.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.204;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=12.987;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.66;MQ0=6;MQRankSum=-5.837;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.510;SB=51.499;SBQD=-3.705;SBpi=-2.1909;SBpiQual=-2.4277;VQSLOD=-6.2236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,30:98:99:137,0,2049
|
|
20 29564130 . A G 169.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;DP=125;Dels=0.00;FS=26.740;HRun=0;HaplotypeScore=2.4551;MQ=38.85;MQ0=14;MQRankSum=-7.210;QD=1.35;ReadPosRankSum=2.484;SB=87.162;SBQD=2.885;SBpi=1.9167;SBpiQual=2.0699;VQSLOD=-10.0678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,46:125:99:199,0,2551
|
|
20 29564597 rs62196271 A G 48.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.556;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.229;HRun=0;HaplotypeScore=3.4302;MQ=51.01;MQ0=3;MQRankSum=-4.982;QD=0.56;ReadPosRankSum=-1.629;SB=-31.033;SBQD=-1.848;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.6039;VQSLOD=-3.5786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,17:88:78.84:79,0,2364
|
|
20 29566447 . A G 449.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.086;DP=93;Dels=0.00;FS=16.982;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.00;MQ0=12;MQRankSum=-7.195;QD=4.83;ReadPosRankSum=1.941;SB=-45.957;SBQD=7.866;SBpi=1.4230;SBpiQual=1.4879;VQSLOD=-8.8737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,40:93:99:479,0,1680
|
|
20 29566972 rs13043256 C A 278.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.846;HRun=1;HaplotypeScore=1.9731;MQ=43.82;MQ0=10;MQRankSum=-6.437;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.092;SB=-46.769;SBQD=-3.087;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-1.2963;VQSLOD=-6.4435 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,33:89:99:308,0,1667
|
|
20 29567267 . C T 100.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=97;Dels=0.00;FS=9.142;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.59;MQ0=3;MQRankSum=-5.687;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.802;SB=17.079;SBQD=-3.428;SBpi=-0.8489;SBpiQual=-0.7946;VQSLOD=-5.4955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,17:97:99:131,0,2647
|
|
20 29571124 rs2890239 C G 552.62 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.551;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=40.857;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.10;MQ0=2;MQRankSum=-7.423;QD=6.43;ReadPosRankSum=2.164;SB=44.468;SBQD=9.982;SBpi=2.6043;SBpiQual=2.8149;VQSLOD=-9.3413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,31:86:99:583,0,1549
|
|
20 29572560 . T A 800.85 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.848;DP=130;Dels=0.00;FS=63.724;HRun=1;HaplotypeScore=1.8237;MQ=51.22;MQ0=3;MQRankSum=-9.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.235;SB=70.739;SBQD=11.749;SBpi=2.2613;SBpiQual=2.4827;VQSLOD=-12.5215 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,44:130:99:831,0,2640
|
|
20 29573667 . T G 1403.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.875;DP=139;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=37.59;MQ0=5;MQRankSum=-4.199;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.456;SB=-751.856;SBQD=-2.509;SBpi=0.4851;SBpiQual=-0.0080;VQSLOD=-1.2932 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,68:139:99:1434,0,1983
|
|
20 29573981 . C T 1048.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.768;DP=175;Dels=0.00;FS=3.140;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=26.67;MQ0=19;MQRankSum=-1.721;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.024;SB=-615.724;SBQD=-2.330;SBpi=-0.4650;SBpiQual=-0.5643;VQSLOD=1.2376 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,74:175:99:1079,0,1766
|
|
20 29574340 rs6119047 G A 1552.61 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DB;DP=167;Dels=0.00;FS=7.655;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=30.09;MQ0=15;MQRankSum=-0.934;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-589.673;SBQD=4.536;SBpi=0.6975;SBpiQual=0.7984;VQSLOD=3.1588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,74:167:99:1583,0,1508
|
|
20 29576023 rs13044290 C A 1318.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.501;DB;DP=122;Dels=0.00;FS=1.597;HRun=1;HaplotypeScore=2.7672;MQ=50.50;MQ0=4;MQRankSum=-5.206;QD=10.81;ReadPosRankSum=1.349;SB=-433.294;SBQD=4.537;SBpi=0.4557;SBpiQual=0.5066;VQSLOD=-1.5319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,59:122:99:1349,0,1942
|
|
20 29577439 rs6141120 G T 1292.50 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.829;DB;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=15.4182;MQ=44.01;MQ0=4;MQRankSum=-5.368;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.833;SB=-289.337;SBQD=4.662;SBpi=1.5749;SBpiQual=1.7073;VQSLOD=-22.8424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,63:140:99:1322,0,1932
|
|
20 29577510 rs3954450 T C 647.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.535;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.434;HRun=0;HaplotypeScore=19.9762;MQ=34.20;MQ0=11;MQRankSum=-3.547;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-394.969;SBQD=-0.632;SBpi=0.1361;SBpiQual=0.1553;VQSLOD=-13.8914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,54:82:99:677,0,704
|
|
20 29578055 . G A 765.25 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DP=142;Dels=0.00;FS=10.012;HRun=0;HaplotypeScore=36.0177;MQ=40.19;MQ0=5;MQRankSum=-0.385;QD=5.39;ReadPosRankSum=3.682;SB=-69.881;SBQD=5.881;SBpi=1.7262;SBpiQual=1.8584;VQSLOD=-27.3486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,37:142:99:795,0,2358
|
|
20 29578193 . T G 140.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.991;DP=93;Dels=0.00;FS=6.647;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=50.82;MQ0=7;MQRankSum=-6.330;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-44.990;SBQD=3.413;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4964;VQSLOD=-6.0784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,31:93:99:170,0,1960
|
|
20 29578426 . G A 192.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.197;DP=98;Dels=0.00;FS=2.576;HRun=1;HaplotypeScore=12.4943;MQ=51.24;MQ0=0;MQRankSum=-6.673;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-38.453;SBQD=3.868;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.3278;VQSLOD=-19.8737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,23:98:99:223,0,2315
|
|
20 29580526 . T C 86.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DP=92;Dels=0.00;FS=28.695;HRun=1;HaplotypeScore=5.7637;MQ=41.40;MQ0=11;MQRankSum=-4.017;QD=0.94;ReadPosRankSum=1.356;SB=108.194;SBQD=3.110;SBpi=2.3452;SBpiQual=2.4833;VQSLOD=-6.1689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,22:92:99:117,0,1882
|
|
20 29581430 . C T 927.25 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.505;DP=199;DS;Dels=0.00;FS=5.368;HRun=0;HaplotypeScore=34.9366;MQ=35.85;MQ0=56;MQRankSum=1.191;QD=4.66;ReadPosRankSum=2.300;SB=-509.054;SBQD=-1.090;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.8440;VQSLOD=-27.3905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,64:199:99:957,0,1751
|
|
20 29582647 rs4086769 A G 1030.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.27;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.302;DB;DP=182;DS;Dels=0.00;FS=40.068;HRun=1;HaplotypeScore=16.6699;MQ=33.90;MQ0=27;MQRankSum=-9.926;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.763;SB=-87.509;SBQD=7.890;SBpi=3.6852;SBpiQual=3.9220;VQSLOD=-43.2520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,133:182:99:1061,0,1385
|
|
20 29582766 rs62197604 G A 1690.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.642;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=19.390;HRun=1;HaplotypeScore=24.3247;MQ=22.47;MQ0=78;MQRankSum=-2.948;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.435;SB=-485.315;SBQD=8.038;SBpi=0.5641;SBpiQual=0.7251;VQSLOD=-16.5549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,154:250:99:1720,0,1355
|
|
20 29582879 rs4892340 C T 967.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.298;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=15.284;HRun=1;HaplotypeScore=26.1394;MQ=39.50;MQ0=12;MQRankSum=-1.193;QD=3.87;ReadPosRankSum=3.104;SB=-395.202;SBQD=-4.248;SBpi=0.5859;SBpiQual=0.6303;VQSLOD=-13.5332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,58:250:99:997,0,4562
|
|
20 29583304 . A G 3816.93 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.25;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.738;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=19.774;HRun=0;HaplotypeScore=18.9479;MQ=42.62;MQ0=13;MQRankSum=-5.939;QD=15.71;ReadPosRankSum=1.168;SB=-851.546;SBQD=-8.367;SBpi=-2.0329;SBpiQual=-2.1453;VQSLOD=-30.7769 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,183:243:99:3319,0,1671
|
|
20 29583761 . G A 1235.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=10.700;DP=226;Dels=0.00;FS=21.202;HRun=0;HaplotypeScore=1.9941;MQ=36.66;MQ0=18;MQRankSum=-8.755;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.068;SB=-645.179;SBQD=-5.607;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.8918;VQSLOD=-10.5949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,150:226:99:1266,0,1845
|
|
20 29584509 rs6057320 C A 1842.91 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.20;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DB;DP=211;DS;Dels=0.00;FS=50.742;HRun=1;HaplotypeScore=44.9728;MQ=33.00;MQ0=18;MQRankSum=-9.726;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-726.527;SBQD=8.316;SBpi=1.6202;SBpiQual=1.6063;VQSLOD=-109.1577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,168:211:99:1873,0,663
|
|
20 29584532 . T C 327 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.405;DP=225;DS;Dels=0.00;FS=16.805;HRun=0;HaplotypeScore=135.5566;MQ=33.11;MQ0=20;MQRankSum=-2.645;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.169;SB=36.726;SBQD=2.903;SBpi=1.8233;SBpiQual=1.9794;VQSLOD=-492.2979 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,47:225:99:357,0,2960
|
|
20 29584620 . G T 794.83 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.431;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.274;HRun=0;HaplotypeScore=119.7588;MQ=31.73;MQ0=10;MQRankSum=-3.519;QD=3.18;ReadPosRankSum=4.540;SB=-392.196;SBQD=0.592;SBpi=-0.4781;SBpiQual=-0.4940;VQSLOD=-373.6067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,67:250:99:825,0,3674
|
|
20 29584684 . A G 293.86 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=32.065;HRun=0;HaplotypeScore=24.4748;MQ=29.62;MQ0=27;MQRankSum=-1.514;QD=1.18;ReadPosRankSum=2.292;SB=108.079;SBQD=-2.601;SBpi=-3.2820;SBpiQual=-3.4987;VQSLOD=-19.8962 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,47:250:99:324,0,3896
|
|
20 29584969 . G T 1336.75 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.866;DP=195;DS;Dels=0.00;FS=20.136;HRun=0;HaplotypeScore=73.8531;MQ=31.56;MQ0=22;MQRankSum=-9.894;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.468;SB=-651.216;SBQD=4.991;SBpi=0.1263;SBpiQual=0.0181;VQSLOD=-195.1815 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,141:195:99:1367,0,1508
|
|
20 29585073 . C A 1083.87 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;DP=211;Dels=0.00;FS=89.536;HRun=2;HaplotypeScore=13.9302;MQ=24.96;MQ0=7;MQRankSum=3.939;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.648;SB=0.338;SBQD=-16.302;SBpi=-4.5343;SBpiQual=-4.4957;VQSLOD=-14.5720 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,129:211:99:1114,0,844
|
|
20 29585223 rs2379726 C T 3140.12 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=9.600;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=19.529;HRun=0;HaplotypeScore=49.5239;MQ=37.04;MQ0=15;MQRankSum=-4.334;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.196;SB=-1040.658;SBQD=3.521;SBpi=3.1326;SBpiQual=3.3611;VQSLOD=-68.6033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,159:250:99:3170,0,2173
|
|
20 29585937 rs62197627 G T 545.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.964;DB;DP=172;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.0679;MQ=37.67;MQ0=11;MQRankSum=-7.848;QD=3.17;ReadPosRankSum=-4.176;SB=-337.934;SBQD=-0.077;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1660;VQSLOD=-12.2339 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,84:172:99:575,0,2352
|
|
20 29586043 . A G 75.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.044;DP=201;Dels=0.00;FS=7.797;HRun=0;HaplotypeScore=12.2804;MQ=37.87;MQ0=28;MQRankSum=-4.890;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.742;SB=12.765;SBQD=-1.031;SBpi=0.1622;SBpiQual=-0.1424;VQSLOD=-15.8272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,37:201:99:105,0,3805
|
|
20 29586921 . G T 1375.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.673;DP=230;DS;Dels=0.00;FS=25.662;HRun=1;HaplotypeScore=4.7088;MQ=41.41;MQ0=11;MQRankSum=-5.932;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.908;SB=-451.377;SBQD=5.990;SBpi=0.3796;SBpiQual=0.2880;VQSLOD=-6.3184 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,85:230:99:1405,0,3926
|
|
20 29586980 . A T 208.41 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.634;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=13.784;HRun=2;HaplotypeScore=63.7507;MQ=36.17;MQ0=21;MQRankSum=-7.741;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-74.842;SBQD=-2.906;SBpi=-3.4345;SBpiQual=-3.7809;VQSLOD=-153.3490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,98:250:99:238,0,3555
|
|
20 29587178 . G T 2677.52 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.826;DP=200;DS;Dels=0.00;FS=135.327;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ=40.64;MQ0=14;MQRankSum=-9.753;QD=13.39;ReadPosRankSum=1.908;SB=-80.361;SBQD=-19.959;SBpi=-4.6562;SBpiQual=-5.1283;VQSLOD=-20.9202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,137:200:99:2708,0,1762
|
|
20 29587235 . C A 792.90 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=180;DS;Dels=0.00;FS=51.373;HRun=0;HaplotypeScore=44.3441;MQ=42.89;MQ0=24;MQRankSum=-6.499;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.698;SB=18.095;SBQD=-9.774;SBpi=-2.1380;SBpiQual=-2.3953;VQSLOD=-75.1364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,67:180:99:823,0,2940
|
|
20 29587272 . G T 721.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.506;DP=162;Dels=0.00;FS=5.152;HRun=1;HaplotypeScore=4.3269;MQ=40.07;MQ0=39;MQRankSum=-9.099;QD=4.45;ReadPosRankSum=-2.143;SB=-367.701;SBQD=1.954;SBpi=-0.1608;SBpiQual=-0.1966;VQSLOD=-13.1484 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,87:162:99:751,0,2194
|
|
20 29589323 . T G 931.69 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.345;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=9.039;HRun=1;HaplotypeScore=165.1015;MQ=39.14;MQ0=9;MQRankSum=-0.197;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.180;SB=-489.028;SBQD=1.343;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.1220;VQSLOD=-767.0539 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,60:250:99:962,0,5051
|
|
20 29589326 . G A 78.09 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.764;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.324;HRun=1;HaplotypeScore=65.6695;MQ=39.86;MQ0=8;MQRankSum=-2.652;QD=0.31;ReadPosRankSum=1.428;SB=27.743;SBQD=0.883;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7828;VQSLOD=-109.9023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:223,27:250:99:108,0,5996
|
|
20 29589778 . T C 289.81 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DP=205;DS;Dels=0.00;FS=0.812;HRun=0;HaplotypeScore=49.7097;MQ=39.20;MQ0=23;MQRankSum=-6.246;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.466;SB=-175.604;SBQD=-0.366;SBpi=-1.4434;SBpiQual=-1.5786;VQSLOD=-83.5882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,48:205:99:320,0,3774
|
|
20 29589900 . G T 1018.01 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.485;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=8.681;HRun=5;HaplotypeScore=60.1271;MQ=35.09;MQ0=16;MQRankSum=-4.965;QD=4.07;ReadPosRankSum=-3.409;SB=-497.267;SBQD=3.469;SBpi=1.6209;SBpiQual=1.6352;VQSLOD=-134.1204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,110:250:99:1048,0,3151
|
|
20 29590371 . T C 1169.30 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.208;DP=172;DS;Dels=0.00;FS=41.089;HRun=2;HaplotypeScore=35.7822;MQ=35.40;MQ0=17;MQRankSum=-9.383;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-291.765;SBQD=6.601;SBpi=2.3467;SBpiQual=2.5091;VQSLOD=-93.0878 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,109:172:99:1199,0,1919
|
|
20 29590644 . A C 72.22 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;DP=229;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=31.3477;MQ=37.49;MQ0=36;MQRankSum=0.489;QD=0.32;ReadPosRankSum=-0.825;SB=-56.076;SBQD=-0.204;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.5580;VQSLOD=-26.4451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,23:229:99:102,0,4663
|
|
20 29591395 . T C 121.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DP=222;Dels=0.00;FS=1.794;HRun=0;HaplotypeScore=2.0321;MQ=43.48;MQ0=27;MQRankSum=-5.810;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.172;SB=-115.224;SBQD=0.424;SBpi=-0.9912;SBpiQual=-1.1048;VQSLOD=-5.8281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,43:222:99:152,0,4419
|
|
20 29591440 . T G 1057.11 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.167;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=4.034;HRun=0;HaplotypeScore=64.7109;MQ=41.66;MQ0=16;MQRankSum=5.207;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.178;SB=-436.937;SBQD=-1.224;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.6782;VQSLOD=-110.9237 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,46:249:99:1087,0,4202
|
|
20 29592470 rs6057342 G A 774.43 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.027;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=105.6296;MQ=35.14;MQ0=42;MQRankSum=6.292;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-300.883;SBQD=-0.351;SBpi=0.9733;SBpiQual=1.0380;VQSLOD=-306.7371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,38:250:99:804,0,3408
|
|
20 29592516 . A T 270.29 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DP=212;DS;Dels=0.00;FS=1.944;HRun=0;HaplotypeScore=23.2353;MQ=36.09;MQ0=28;MQRankSum=-6.300;QD=1.27;ReadPosRankSum=2.969;SB=-104.042;SBQD=-1.195;SBpi=0.9258;SBpiQual=0.7693;VQSLOD=-38.4666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,42:212:99:300,0,3793
|
|
20 29593056 . C A 90.78 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.193;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=4.344;HRun=1;HaplotypeScore=111.2180;MQ=33.73;MQ0=17;MQRankSum=-3.449;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.648;SB=-54.115;SBQD=-1.194;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-1.4295;VQSLOD=-343.5819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,42:245:99:121,0,4134
|
|
20 29593150 rs62198925 C A 5961.99 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.18;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.019;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.034;HRun=1;HaplotypeScore=45.0286;MQ=44.42;MQ0=7;MQRankSum=-4.486;QD=23.85;ReadPosRankSum=0.765;SB=-2327.863;SBQD=Infinity;SBpi=1.0502;SBpiQual=1.1695;VQSLOD=-58.0424 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,204:250:99:5331,0,831
|
|
20 29593501 . A G 143 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.622;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=21.0870;MQ=41.08;MQ0=18;MQRankSum=-1.101;QD=0.57;ReadPosRankSum=1.945;SB=-61.686;SBQD=0.044;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4585;VQSLOD=-11.4432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:219,31:250:99:173,0,5738
|
|
20 29594115 . G A 377.91 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.084;DP=111;DS;Dels=0.00;FS=71.530;HRun=3;HaplotypeScore=16.6249;MQ=43.77;MQ0=4;MQRankSum=-6.635;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.776;SB=110.694;SBQD=10.406;SBpi=2.5769;SBpiQual=2.7775;VQSLOD=-34.0731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,41:111:99:408,0,1973
|
|
20 29594451 . A C 1765.69 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.728;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.575;HRun=4;HaplotypeScore=41.4998;MQ=33.01;MQ0=9;MQRankSum=-2.232;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.505;SB=-197.235;SBQD=4.706;SBpi=3.5679;SBpiQual=3.9479;VQSLOD=-53.0275 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,99:250:99:1796,0,3525
|
|
20 29594965 . C A 36.02 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.328;DP=151;Dels=0.00;FS=11.995;HRun=0;HaplotypeScore=15.5528;MQ=38.12;MQ0=20;MQRankSum=-2.660;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.959;SB=102.021;SBQD=1.683;SBpi=1.3416;SBpiQual=1.5485;VQSLOD=-11.7906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,20:151:66.01:66,0,2940
|
|
20 29595931 . G T 324.57 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.056;DP=231;Dels=0.00;FS=60.128;HRun=0;HaplotypeScore=17.1151;MQ=39.76;MQ0=11;MQRankSum=-2.110;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.431;SB=162.412;SBQD=-3.738;SBpi=-3.0861;SBpiQual=-3.3410;VQSLOD=-14.1631 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,41:231:99:355,0,3894
|
|
20 29596016 . T C 391.14 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.239;DP=162;DS;Dels=0.00;FS=19.935;HRun=1;HaplotypeScore=86.7980;MQ=39.15;MQ0=2;MQRankSum=-10.575;QD=2.41;ReadPosRankSum=2.585;SB=-12.093;SBQD=-4.769;SBpi=-4.6537;SBpiQual=-4.9060;VQSLOD=-273.8500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,102:162:99:421,0,1709
|
|
20 29596666 . C T 814.75 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.237;DP=138;Dels=0.00;FS=72.780;HRun=0;HaplotypeScore=56.4747;MQ=37.28;MQ0=5;MQRankSum=-6.342;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.938;SB=16.006;SBQD=14.686;SBpi=4.0556;SBpiQual=4.4170;VQSLOD=-103.9752 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,81:138:99:845,0,1093
|
|
20 29596674 rs62198949 A G 273.95 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.914;DB;DP=151;Dels=0.00;FS=38.417;HRun=0;HaplotypeScore=107.5933;MQ=36.68;MQ0=6;MQRankSum=-5.667;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.466;SB=84.116;SBQD=6.580;SBpi=3.7167;SBpiQual=3.3740;VQSLOD=-330.8510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,63:151:99:304,0,1704
|
|
20 29597664 . C T 540.38 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.436;DP=236;DS;Dels=0.00;FS=0.748;HRun=2;HaplotypeScore=40.1196;MQ=32.05;MQ0=23;MQRankSum=-0.251;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.077;SB=-256.833;SBQD=-0.045;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.1593;VQSLOD=-41.0301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,39:236:99:570,0,4309
|
|
20 29597691 . C G 2135.22 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.563;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.484;HRun=0;HaplotypeScore=44.0907;MQ=30.90;MQ0=45;MQRankSum=-0.552;QD=8.54;ReadPosRankSum=2.289;SB=-1041.273;SBQD=3.752;SBpi=-0.9901;SBpiQual=-0.9283;VQSLOD=-43.3780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,101:250:99:2165,0,2923
|
|
20 29598052 . C T 1233.40 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=9.337;DP=196;Dels=0.00;FS=11.078;HRun=0;HaplotypeScore=22.8889;MQ=39.06;MQ0=15;MQRankSum=-7.960;QD=6.29;ReadPosRankSum=3.507;SB=-470.607;SBQD=3.041;SBpi=1.7243;SBpiQual=1.9489;VQSLOD=-52.5817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,103:196:99:1263,0,2201
|
|
20 29598064 . C T 929.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.725;DP=191;Dels=0.00;FS=4.989;HRun=0;HaplotypeScore=8.9032;MQ=38.69;MQ0=18;MQRankSum=6.630;QD=4.87;ReadPosRankSum=-2.399;SB=-506.703;SBQD=-2.716;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1474;VQSLOD=-5.6488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,39:191:99:959,0,2430
|
|
20 29598335 rs62195782 T C 1546.69 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.700;DB;DP=230;DS;Dels=0.00;FS=9.638;HRun=0;HaplotypeScore=12.7567;MQ=37.16;MQ0=27;MQRankSum=-11.470;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-387.509;SBQD=3.816;SBpi=2.6448;SBpiQual=2.8412;VQSLOD=-34.7971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,134:230:99:1577,0,2604
|
|
20 29598651 rs6118903 C T 269.15 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.91;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.159;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.976;HRun=1;HaplotypeScore=100.7919;MQ=27.12;MQ0=35;MQRankSum=5.799;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.820;SB=-160.518;SBQD=-0.413;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.4200;VQSLOD=-273.3784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,22:249:99:299,0,3227
|
|
20 29599676 . C G 183.70 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.431;DP=156;DS;Dels=0.00;FS=2.773;HRun=0;HaplotypeScore=55.3270;MQ=21.78;MQ0=47;MQRankSum=-4.851;QD=1.18;ReadPosRankSum=2.906;SB=-94.100;SBQD=0.314;SBpi=-1.4343;SBpiQual=-1.9474;VQSLOD=-88.1701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,70:156:99:214,0,1299
|
|
20 29600094 . T C 37.74 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.561;DP=215;Dels=0.00;FS=33.859;HRun=1;HaplotypeScore=64.1206;MQ=28.98;MQ0=14;MQRankSum=-10.130;QD=0.18;ReadPosRankSum=-1.320;SB=96.220;SBQD=3.844;SBpi=5.1910;SBpiQual=5.4174;VQSLOD=-183.6397 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,126:215:67.73:68,0,2280
|
|
20 29600913 rs62195800 T C 3966.16 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.23;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.873;DB;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=8.310;HRun=0;HaplotypeScore=42.4730;MQ=38.64;MQ0=31;MQRankSum=-5.475;QD=16.25;ReadPosRankSum=1.033;SB=-1011.236;SBQD=6.354;SBpi=2.5095;SBpiQual=3.1127;VQSLOD=-57.5666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,189:244:99:3462,0,1298
|
|
20 29601172 rs62195802 G A 2065.84 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.282;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=76.010;HRun=2;HaplotypeScore=31.0553;MQ=32.66;MQ0=33;MQRankSum=-1.243;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.901;SB=-59.300;SBQD=-13.251;SBpi=-3.7132;SBpiQual=-3.9697;VQSLOD=-28.4137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,130:250:99:2096,0,2213
|
|
20 29601423 rs4010902 C T 245.14 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DB;DP=227;DS;Dels=0.00;FS=1.246;HRun=3;HaplotypeScore=34.8387;MQ=19.63;MQ0=92;MQRankSum=0.057;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-49.050;SBQD=2.020;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.1770;VQSLOD=-33.7624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,45:227:99:275,0,1835
|
|
20 29601489 . G A 314.08 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.580;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=17.041;HRun=0;HaplotypeScore=36.8280;MQ=31.88;MQ0=41;MQRankSum=-2.078;QD=1.31;ReadPosRankSum=1.176;SB=-15.654;SBQD=-2.269;SBpi=-2.2609;SBpiQual=-2.5298;VQSLOD=-37.0069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:192,47:239:99:344,0,3440
|
|
20 29601640 . C T 431.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.527;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=24.1327;MQ=27.78;MQ0=46;MQRankSum=0.198;QD=1.78;ReadPosRankSum=2.480;SB=-141.680;SBQD=-1.080;SBpi=-1.2309;SBpiQual=-1.2058;VQSLOD=-14.4647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,45:242:99:461,0,2986
|
|
20 29601686 rs62195807 C T 1693.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.486;DB;DP=226;DS;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=1;HaplotypeScore=9.5514;MQ=28.78;MQ0=35;MQRankSum=-6.093;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.749;SB=-699.228;SBQD=-1.844;SBpi=-0.6963;SBpiQual=-0.8444;VQSLOD=-11.9534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,132:226:99:1723,0,2054
|
|
20 29601882 . T C 1402.10 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.927;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=13.203;HRun=0;HaplotypeScore=52.6100;MQ=31.20;MQ0=17;MQRankSum=-2.960;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.236;SB=-146.793;SBQD=9.165;SBpi=2.9212;SBpiQual=3.0070;VQSLOD=-70.6692 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,120:250:99:1432,0,3010
|
|
20 29603458 rs8184450 C T 940.50 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=10.162;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=81.092;HRun=0;HaplotypeScore=19.2487;MQ=34.28;MQ0=29;MQRankSum=-12.428;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.553;SB=113.843;SBQD=6.758;SBpi=6.3052;SBpiQual=6.8276;VQSLOD=-69.1390 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,163:250:99:970,0,2315
|
|
20 29603740 . G A 130.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.633;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.726;HRun=1;HaplotypeScore=19.3019;MQ=31.36;MQ0=36;MQRankSum=-0.295;QD=0.52;ReadPosRankSum=1.609;SB=7.798;SBQD=1.489;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.1513;VQSLOD=-10.0783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:223,27:250:99:160,0,4130
|
|
20 29603755 . G C 373.96 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.750;HRun=0;HaplotypeScore=137.0769;MQ=29.88;MQ0=34;MQRankSum=-2.501;QD=1.50;ReadPosRankSum=2.038;SB=-142.478;SBQD=1.372;SBpi=-0.4214;SBpiQual=-0.4776;VQSLOD=-501.5915 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,69:250:99:404,0,3825
|
|
20 29604414 . C A 569.11 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.015;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.722;HRun=1;HaplotypeScore=77.8821;MQ=35.84;MQ0=34;MQRankSum=1.849;QD=2.28;ReadPosRankSum=-1.915;SB=-129.046;SBQD=1.834;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.9295;VQSLOD=-169.8873 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,36:250:99:599,0,4811
|
|
20 29605765 rs62195854 A C 261.77 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;DB;DP=124;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=137.3242;MQ=43.07;MQ0=5;MQRankSum=-9.074;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.478;SB=-134.932;SBQD=-0.829;SBpi=2.6689;SBpiQual=2.9417;VQSLOD=-544.6273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,59:124:99:292,0,2032
|
|
20 29606341 rs62195857 G A 914.22 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.20;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.602;DB;DP=241;DS;Dels=0.00;FS=0.770;HRun=0;HaplotypeScore=81.0534;MQ=27.75;MQ0=28;MQRankSum=-9.980;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-485.090;SBQD=3.244;SBpi=0.8278;SBpiQual=0.8735;VQSLOD=-225.3284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,193:241:99:944,0,1400
|
|
20 29606643 rs62196962 G T 1762.23 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.21;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.063;DB;DP=234;DS;Dels=0.00;FS=10.186;HRun=0;HaplotypeScore=9.9424;MQ=30.82;MQ0=21;MQRankSum=-10.530;QD=7.53;ReadPosRankSum=2.456;SB=-625.623;SBQD=3.845;SBpi=0.8109;SBpiQual=0.9721;VQSLOD=-24.2993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,184:234:99:1792,0,1464
|
|
20 29607389 . G A 1703.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.945;DP=209;Dels=0.00;FS=7.463;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.40;MQ0=24;MQRankSum=-8.305;QD=8.15;ReadPosRankSum=-2.751;SB=-739.703;SBQD=-1.526;SBpi=1.0776;SBpiQual=1.1632;VQSLOD=-9.4797 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,124:209:99:1733,0,1987
|
|
20 29607495 . A T 559.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;DP=215;DS;Dels=0.00;FS=15.930;HRun=1;HaplotypeScore=2.7661;MQ=32.64;MQ0=4;MQRankSum=-0.183;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.135;SB=-160.233;SBQD=-5.085;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.4159;VQSLOD=0.3659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,52:215:99:589,0,3336
|
|
20 29607790 rs4010907 T C 756.08 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.343;DB;DP=230;DS;Dels=0.00;FS=48.517;HRun=2;HaplotypeScore=21.0275;MQ=31.89;MQ0=40;MQRankSum=-5.467;QD=3.29;ReadPosRankSum=1.615;SB=-1.934;SBQD=-8.526;SBpi=-2.0225;SBpiQual=-2.2116;VQSLOD=-29.6034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,113:230:99:786,0,2342
|
|
20 29610242 . T A 892.90 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.746;DP=217;DS;Dels=0.00;FS=3.853;HRun=0;HaplotypeScore=36.5614;MQ=31.60;MQ0=26;MQRankSum=-5.215;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-480.583;SBQD=1.412;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.5288;VQSLOD=-47.7833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,76:217:99:923,0,3061
|
|
20 29610305 . C G 226.38 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;DP=231;DS;Dels=0.00;FS=5.609;HRun=0;HaplotypeScore=11.5010;MQ=38.08;MQ0=9;MQRankSum=-7.784;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-105.716;SBQD=0.318;SBpi=2.4405;SBpiQual=2.7271;VQSLOD=-21.7489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,85:231:99:256,0,3467
|
|
20 29610582 rs62197025 T C 267.47 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.774;DB;DP=199;Dels=0.00;FS=9.695;HRun=0;HaplotypeScore=61.3823;MQ=40.86;MQ0=27;MQRankSum=-8.116;QD=1.34;ReadPosRankSum=-4.718;SB=-103.578;SBQD=2.685;SBpi=-0.5000;SBpiQual=0.1068;VQSLOD=-153.0987 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,81:199:99:297,0,3185
|
|
20 29610972 . G A 2015.05 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=0.703;HRun=1;HaplotypeScore=31.0506;MQ=34.06;MQ0=55;MQRankSum=-3.923;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.804;SB=-563.559;SBQD=-3.515;SBpi=-2.4331;SBpiQual=-2.3795;VQSLOD=-32.4585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,146:245:99:2045,0,1460
|
|
20 29611938 . G A 296.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=8.4903;MQ=33.27;MQ0=24;MQRankSum=-3.626;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.190;SB=3.003;SBQD=5.622;SBpi=2.5000;SBpiQual=2.8352;VQSLOD=-7.6448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,49:77:99:327,0,635
|
|
20 29612001 . C T 1013.03 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.583;DP=129;Dels=0.00;FS=11.627;HRun=1;HaplotypeScore=27.3262;MQ=31.31;MQ0=20;MQRankSum=-3.085;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.464;SB=-41.085;SBQD=8.751;SBpi=3.1305;SBpiQual=3.5690;VQSLOD=-25.2292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,80:129:99:1043,0,793
|
|
20 29612431 rs62197028 T G 494.71 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;DB;DP=198;DS;Dels=0.00;FS=8.963;HRun=0;HaplotypeScore=13.1940;MQ=26.53;MQ0=48;MQRankSum=-9.500;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.738;SB=-209.291;SBQD=-1.931;SBpi=-0.2254;SBpiQual=-0.2511;VQSLOD=-30.0289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,123:198:99:525,0,1979
|
|
20 29614024 . G A 2355.74 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.393;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=15.628;HRun=1;HaplotypeScore=53.0703;MQ=31.63;MQ0=14;MQRankSum=-0.941;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.571;SB=-1035.660;SBQD=-2.888;SBpi=-0.7428;SBpiQual=-0.8129;VQSLOD=-71.1607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,116:250:99:2386,0,2811
|
|
20 29614312 . C T 93.11 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=190;DS;Dels=0.00;FS=13.976;HRun=0;HaplotypeScore=27.2321;MQ=34.35;MQ0=10;MQRankSum=-1.165;QD=0.49;ReadPosRankSum=1.605;SB=87.247;SBQD=-0.780;SBpi=-2.3452;SBpiQual=-2.5348;VQSLOD=-21.0152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,22:190:99:123,0,3315
|
|
20 29616073 . G C 683.78 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.172;DP=213;Dels=0.00;FS=49.259;HRun=0;HaplotypeScore=46.0455;MQ=42.01;MQ0=16;MQRankSum=-9.421;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.228;SB=132.384;SBQD=6.236;SBpi=3.8188;SBpiQual=4.0972;VQSLOD=-111.7332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,84:213:99:714,0,3616
|
|
20 29616218 rs62198268 T A 3931.81 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.644;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.27;MQ0=25;MQRankSum=-3.662;QD=15.73;ReadPosRankSum=1.370;SB=-799.661;SBQD=6.140;SBpi=1.3229;SBpiQual=1.4610;VQSLOD=0.7614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,175:250:99:3376,0,1549
|
|
20 29616243 . T C 32.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.93;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.929;DP=230;DS;Dels=0.00;FS=25.004;HRun=0;HaplotypeScore=23.0249;MQ=29.67;MQ0=35;MQRankSum=0.466;QD=0.14;ReadPosRankSum=0.322;SB=127.408;SBQD=1.065;SBpi=1.8190;SBpiQual=1.9157;VQSLOD=-14.5334 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,17:230:62.79:63,0,3932
|
|
20 29618488 rs6057378 A G 1098.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DB;DP=70;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=10.4771;MQ=50.40;MQ0=2;MQRankSum=-1.666;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.356;SB=-550.635;SBQD=-1.663;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.1924;VQSLOD=-0.1287 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,45:70:99:1129,0,752
|
|
20 29618872 . G A 1023.29 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.730;DP=247;DS;Dels=0.00;FS=76.597;HRun=0;HaplotypeScore=108.1286;MQ=30.13;MQ0=22;MQRankSum=-5.440;QD=4.14;ReadPosRankSum=3.161;SB=-122.273;SBQD=9.524;SBpi=3.6015;SBpiQual=3.9867;VQSLOD=-313.2800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,135:247:99:1053,0,2195
|
|
20 29618984 . A G 300.18 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.546;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=20.395;HRun=1;HaplotypeScore=153.8950;MQ=26.17;MQ0=40;MQRankSum=0.207;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.814;SB=-122.411;SBQD=-1.252;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0610;VQSLOD=-644.3023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,46:243:99:330,0,2841
|
|
20 29619320 . A G 52.97 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.106;DP=194;DS;Dels=0.00;FS=2.817;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=34.51;MQ0=23;MQRankSum=-6.068;QD=0.27;ReadPosRankSum=2.156;SB=-45.727;SBQD=0.049;SBpi=-0.8023;SBpiQual=-0.8440;VQSLOD=-6.7035 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,47:194:82.97:83,0,3414
|
|
20 29619323 . G T 49.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.810;DP=195;DS;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=3;HaplotypeScore=1.6483;MQ=34.74;MQ0=23;MQRankSum=-5.860;QD=0.26;ReadPosRankSum=2.765;SB=-39.706;SBQD=-0.050;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.8784;VQSLOD=-5.6007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,46:195:79.97:80,0,3355
|
|
20 29619427 . T G 3087.65 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.618;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=191.745;HRun=1;HaplotypeScore=26.4239;MQ=39.42;MQ0=2;MQRankSum=-11.858;QD=12.55;ReadPosRankSum=1.325;SB=102.306;SBQD=-Infinity;SBpi=-6.3089;SBpiQual=-6.8082;VQSLOD=-116.9675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,171:246:99:3118,0,2302
|
|
20 29620892 . T C 93.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;DP=98;Dels=0.00;FS=34.006;HRun=0;HaplotypeScore=7.6881;MQ=47.80;MQ0=7;MQRankSum=-4.937;QD=0.95;ReadPosRankSum=2.057;SB=105.334;SBQD=3.310;SBpi=1.9000;SBpiQual=2.0350;VQSLOD=-9.0972 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,25:98:99:123,0,2321
|
|
20 29620991 . C T 657.94 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.934;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.086;HRun=1;HaplotypeScore=62.2485;MQ=34.86;MQ0=33;MQRankSum=-6.569;QD=2.63;ReadPosRankSum=-4.025;SB=-474.162;SBQD=2.340;SBpi=-1.1331;SBpiQual=-1.1959;VQSLOD=-143.6729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,102:250:99:688,0,3426
|
|
20 29621615 . A G 1643.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.891;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=140.849;HRun=0;HaplotypeScore=3.8058;MQ=31.95;MQ0=56;MQRankSum=-6.093;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.132;SB=113.994;SBQD=-11.819;SBpi=-3.5616;SBpiQual=-3.6022;VQSLOD=-10.5982 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,123:250:99:1674,0,2706
|
|
20 29622960 . A G 410.89 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.076;DP=230;DS;Dels=0.00;FS=13.577;HRun=0;HaplotypeScore=17.4152;MQ=35.54;MQ0=71;MQRankSum=-1.859;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.850;SB=-72.457;SBQD=2.596;SBpi=1.0151;SBpiQual=1.1495;VQSLOD=-9.8219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,41:230:99:441,0,3188
|
|
20 29624609 rs62198345 C T 1671.38 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.339;DB;DP=187;DS;Dels=0.00;FS=3.191;HRun=3;HaplotypeScore=11.4124;MQ=37.96;MQ0=6;MQRankSum=-10.879;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.783;SB=-948.167;SBQD=1.683;SBpi=-0.9723;SBpiQual=-1.0179;VQSLOD=-33.5483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,128:187:99:1701,0,1819
|
|
20 29625382 . A T 299.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.404;DP=134;Dels=0.00;FS=26.080;HRun=0;HaplotypeScore=2.9202;MQ=39.55;MQ0=21;MQRankSum=-8.941;QD=2.23;ReadPosRankSum=-2.058;SB=73.986;SBQD=4.548;SBpi=3.5350;SBpiQual=3.8241;VQSLOD=-16.2739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,65:134:99:329,0,2114
|
|
20 29625506 rs62198349 C T 246.65 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.579;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=48.915;HRun=1;HaplotypeScore=28.8279;MQ=32.48;MQ0=14;MQRankSum=-6.647;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.154;SB=84.213;SBQD=4.756;SBpi=3.2636;SBpiQual=3.5358;VQSLOD=-51.0014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:130:99:277,0,1457
|
|
20 29626263 . A G 30.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.243;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=7.365;HRun=2;HaplotypeScore=25.8788;MQ=37.09;MQ0=21;MQRankSum=-1.819;QD=0.12;ReadPosRankSum=0.546;SB=31.011;SBQD=-0.623;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3186;VQSLOD=-19.5255 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,25:250:60.09:60,0,4669
|
|
20 29627065 rs2379692 C T 1669.76 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.524;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.075;HRun=3;HaplotypeScore=135.2818;MQ=35.03;MQ0=20;MQRankSum=-3.968;QD=6.68;ReadPosRankSum=3.437;SB=-960.011;SBQD=0.158;SBpi=-1.5975;SBpiQual=-1.4714;VQSLOD=-506.2053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,149:250:99:1700,0,1843
|
|
20 29628341 rs11152456 C A 52.53 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.976;DB;DP=133;DS;Dels=0.00;FS=1.316;HRun=0;HaplotypeScore=50.6218;MQ=41.88;MQ0=13;MQRankSum=-9.302;QD=0.39;ReadPosRankSum=-1.634;SB=-18.600;SBQD=1.663;SBpi=2.1706;SBpiQual=2.4987;VQSLOD=-121.0730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:133:82.53:83,0,2246
|
|
20 29628361 rs11152457 A C 609.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.715;DB;DP=167;Dels=0.00;FS=54.718;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=40.14;MQ0=17;MQRankSum=-10.570;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.049;SB=35.124;SBQD=8.362;SBpi=2.4754;SBpiQual=2.7028;VQSLOD=-15.6798 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,94:167:99:640,0,2488
|
|
20 29628615 . T G 1123.02 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.545;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=18.412;HRun=0;HaplotypeScore=95.5223;MQ=35.61;MQ0=27;MQRankSum=-3.981;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.237;SB=-74.184;SBQD=5.419;SBpi=2.6703;SBpiQual=2.9137;VQSLOD=-241.3659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,71:250:99:1153,0,3832
|
|
20 29629086 rs2379683 C A 3783.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DB;DP=194;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7202;MQ=38.23;MQ0=32;MQRankSum=0.577;QD=19.50;ReadPosRankSum=1.197;SB=-1308.905;SBQD=0.923;SBpi=-2.9153;SBpiQual=-3.1354;VQSLOD=-0.3499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,193:194:99:3782,322,0
|
|
20 29629592 . C G 775.26 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.356;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=36.302;HRun=0;HaplotypeScore=82.9470;MQ=35.44;MQ0=8;MQRankSum=-5.923;QD=3.10;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-75.469;SBQD=5.454;SBpi=4.9859;SBpiQual=5.3908;VQSLOD=-208.9422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,108:250:99:805,0,2522
|
|
20 29629733 rs6567460 T C 333.83 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.721;DB;DP=210;DS;Dels=0.00;FS=22.265;HRun=1;HaplotypeScore=5.6450;MQ=34.18;MQ0=19;MQRankSum=-11.098;QD=1.59;ReadPosRankSum=-4.036;SB=-7.464;SBQD=3.306;SBpi=2.1406;SBpiQual=2.2848;VQSLOD=-24.5241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,131:210:99:364,0,2500
|
|
20 29629918 . T A 107.73 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.237;DP=242;DS;Dels=0.00;FS=1.139;HRun=1;HaplotypeScore=27.0880;MQ=27.48;MQ0=19;MQRankSum=-4.616;QD=0.45;ReadPosRankSum=2.135;SB=-68.391;SBQD=0.047;SBpi=-2.6679;SBpiQual=-2.9677;VQSLOD=-33.1469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,68:242:99:138,0,2831
|
|
20 29631849 . G C 115.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.941;DP=111;Dels=0.00;FS=42.438;HRun=2;HaplotypeScore=8.7398;MQ=45.64;MQ0=29;MQRankSum=-6.188;QD=1.04;ReadPosRankSum=-2.276;SB=114.308;SBQD=4.439;SBpi=3.3912;SBpiQual=3.6217;VQSLOD=-16.0855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,46:111:99:146,0,1779
|
|
20 29631984 rs62196362 T C 438.06 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.905;DB;DP=160;Dels=0.00;FS=9.346;HRun=0;HaplotypeScore=43.7676;MQ=36.04;MQ0=43;MQRankSum=-9.240;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.419;SB=-69.138;SBQD=5.031;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.8151;VQSLOD=-97.0335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,95:160:99:468,0,2026
|
|
20 29632984 rs62196369 A T 62 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=27.250;HRun=2;HaplotypeScore=33.5636;MQ=31.13;MQ0=64;MQRankSum=-3.663;QD=0.25;ReadPosRankSum=1.221;SB=122.654;SBQD=-2.103;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.2206;VQSLOD=-35.1230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,50:250:91.99:92,0,3602
|
|
20 29633541 . G A 2207.57 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.020;DP=240;DS;Dels=0.00;FS=22.150;HRun=3;HaplotypeScore=26.8990;MQ=36.73;MQ0=38;MQRankSum=-11.335;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-425.476;SBQD=8.236;SBpi=1.9073;SBpiQual=2.0301;VQSLOD=-98.9103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,165:240:99:2238,0,2292
|
|
20 29634107 rs2379673 G A 212.59 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.588;DB;DP=138;Dels=0.00;FS=41.102;HRun=0;HaplotypeScore=12.4972;MQ=42.74;MQ0=7;MQRankSum=-9.532;QD=1.54;ReadPosRankSum=3.021;SB=86.053;SBQD=-6.090;SBpi=-2.3750;SBpiQual=-2.7592;VQSLOD=-30.5699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,64:138:99:243,0,2429
|
|
20 29634323 rs4010969 A C 134.08 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;DB;DP=116;Dels=0.00;FS=33.882;HRun=2;HaplotypeScore=14.9572;MQ=45.56;MQ0=25;MQRankSum=-7.340;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.698;SB=111.355;SBQD=-2.954;SBpi=-3.5707;SBpiQual=-3.8492;VQSLOD=-35.1459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,51:116:99:164,0,2069
|
|
20 29635823 rs62196386 C A 378.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.330;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=36.134;HRun=0;HaplotypeScore=3.6596;MQ=45.49;MQ0=16;MQRankSum=-6.112;QD=3.83;ReadPosRankSum=3.284;SB=81.222;SBQD=7.195;SBpi=2.9318;SBpiQual=3.1780;VQSLOD=-8.2740 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,42:99:99:409,0,1535
|
|
20 29638007 . T A 54.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.519;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=6.601;HRun=1;HaplotypeScore=1.9920;MQ=37.70;MQ0=20;MQRankSum=-1.870;QD=0.22;ReadPosRankSum=0.545;SB=47.323;SBQD=0.687;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.5289;VQSLOD=-0.6449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,27:248:84.71:85,0,6031
|
|
20 29638299 rs62204557 T C 1401.51 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DB;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=101.513;HRun=0;HaplotypeScore=71.9117;MQ=34.16;MQ0=15;MQRankSum=-1.481;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.005;SB=-588.371;SBQD=-13.511;SBpi=-1.4729;SBpiQual=-1.6414;VQSLOD=-130.1800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,118:246:99:1432,0,2668
|
|
20 29638508 . A G 860.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.885;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=25.491;HRun=0;HaplotypeScore=154.8186;MQ=34.38;MQ0=37;MQRankSum=-3.235;QD=3.44;ReadPosRankSum=3.110;SB=41.698;SBQD=-5.156;SBpi=-3.5101;SBpiQual=-3.6371;VQSLOD=-655.2093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,78:250:99:891,0,3436
|
|
20 29638553 . G A 387.96 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.191;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=18.132;HRun=0;HaplotypeScore=84.3113;MQ=35.43;MQ0=15;MQRankSum=0.895;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.068;SB=75.146;SBQD=-2.050;SBpi=-2.3735;SBpiQual=-2.6203;VQSLOD=-194.8709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,30:250:99:418,0,4581
|
|
20 29641635 . A G 452.20 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.577;DP=236;Dels=0.00;FS=2.034;HRun=1;HaplotypeScore=5.3264;MQ=38.68;MQ0=13;MQRankSum=-6.239;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.789;SB=-94.277;SBQD=2.600;SBpi=2.4085;SBpiQual=2.6115;VQSLOD=-9.5246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,59:236:99:482,0,4317
|
|
20 29641978 rs6087174 G A 1441.74 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.337;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.705;HRun=0;HaplotypeScore=177.9047;MQ=32.34;MQ0=11;MQRankSum=3.700;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.259;SB=-720.444;SBQD=-1.062;SBpi=-0.3554;SBpiQual=-0.3990;VQSLOD=-869.5711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,77:250:99:1472,0,2155
|
|
20 29642115 . T G 162.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.331;DP=153;Dels=0.00;FS=3.346;HRun=2;HaplotypeScore=5.1053;MQ=37.66;MQ0=11;MQRankSum=-3.821;QD=1.07;ReadPosRankSum=3.104;SB=-24.837;SBQD=-3.238;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.6613;VQSLOD=-4.4279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,31:153:99:193,0,2428
|
|
20 29645754 . G A 2036.59 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.25;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=55.323;HRun=0;HaplotypeScore=34.0985;MQ=36.92;MQ0=23;MQRankSum=-10.250;QD=8.38;ReadPosRankSum=-2.818;SB=-992.918;SBQD=-6.080;SBpi=-1.1860;SBpiQual=-0.8026;VQSLOD=-100.4888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,182:243:99:2067,0,1602
|
|
20 29646063 . G A 1301.22 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.661;DP=212;Dels=0.00;FS=7.525;HRun=0;HaplotypeScore=3.3028;MQ=38.06;MQ0=20;MQRankSum=-10.937;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.485;SB=-249.962;SBQD=-4.719;SBpi=-4.0278;SBpiQual=-4.3716;VQSLOD=-23.2251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,148:212:99:1331,0,1730
|
|
20 29646240 . G C 175.05 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;DP=181;DS;Dels=0.00;FS=1.030;HRun=0;HaplotypeScore=82.9669;MQ=35.36;MQ0=27;MQRankSum=-3.228;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-44.264;SBQD=1.296;SBpi=1.3720;SBpiQual=1.4114;VQSLOD=-184.2967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,34:181:99:205,0,2796
|
|
20 29646552 . T C 2726.65 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.21;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.377;DP=243;DS;Dels=0.00;FS=6.382;HRun=1;HaplotypeScore=72.8887;MQ=38.59;MQ0=29;MQRankSum=-8.663;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.201;SB=-1138.323;SBQD=6.909;SBpi=0.7598;SBpiQual=1.6593;VQSLOD=-178.7115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,191:243:99:2757,0,1281
|
|
20 29647141 rs62206009 G A 312.05 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.326;DB;DP=157;Dels=0.00;FS=16.359;HRun=1;HaplotypeScore=26.7488;MQ=40.42;MQ0=7;MQRankSum=-10.413;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.231;SB=-246.659;SBQD=5.480;SBpi=-0.7695;SBpiQual=-0.8237;VQSLOD=-86.4961 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,95:157:99:342,0,1972
|
|
20 29648284 . G A 646.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.888;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.118;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=33.39;MQ0=25;MQRankSum=-6.663;QD=2.59;ReadPosRankSum=5.121;SB=-266.000;SBQD=1.177;SBpi=0.2417;SBpiQual=0.4076;VQSLOD=-8.1101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,107:250:99:676,0,3380
|
|
20 29648569 . T C 233.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.247;DP=165;Dels=0.00;FS=17.758;HRun=0;HaplotypeScore=9.4301;MQ=39.61;MQ0=8;MQRankSum=-5.446;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.368;SB=68.529;SBQD=-3.963;SBpi=-3.1506;SBpiQual=-2.9172;VQSLOD=-15.5985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,51:165:99:264,0,2284
|
|
20 29649008 . T C 1852.51 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.27;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.428;DP=216;DS;Dels=0.00;FS=122.097;HRun=0;HaplotypeScore=215.3289;MQ=37.50;MQ0=3;MQRankSum=-11.245;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.809;SB=78.239;SBQD=-16.120;SBpi=-6.2650;SBpiQual=-6.1176;VQSLOD=-1374.7926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,157:216:99:1882,0,1530
|
|
20 29649016 . A T 211.93 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.992;DP=208;DS;Dels=0.00;FS=28.951;HRun=1;HaplotypeScore=215.3807;MQ=39.21;MQ0=2;MQRankSum=-2.783;QD=1.02;ReadPosRankSum=4.380;SB=93.287;SBQD=-3.257;SBpi=-3.1225;SBpiQual=-3.3838;VQSLOD=-1281.9029 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,38:208:99:242,0,3263
|
|
20 29650734 . A C 437.42 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.204;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=7.796;HRun=3;HaplotypeScore=127.0638;MQ=31.30;MQ0=34;MQRankSum=-3.325;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.203;SB=-59.155;SBQD=-2.071;SBpi=-2.6670;SBpiQual=-2.7729;VQSLOD=-458.0596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,61:250:99:467,0,3365
|
|
20 29650879 . A C 62.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.307;DP=220;DS;Dels=0.00;FS=13.206;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=38.16;MQ0=36;MQRankSum=-3.903;QD=0.28;ReadPosRankSum=-1.246;SB=69.415;SBQD=1.849;SBpi=-0.3333;SBpiQual=-0.3791;VQSLOD=-1.5957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,36:220:92.14:92,0,4474
|
|
20 29651015 rs62206766 C G 1789.64 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.849;DB;DP=222;DS;Dels=0.00;FS=9.031;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.86;MQ0=28;MQRankSum=-11.129;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.131;SB=-666.232;SBQD=-6.986;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.7826;VQSLOD=-15.2878 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,156:222:99:1820,0,1747
|
|
20 29651166 rs6087179 T G 1121.19 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.355;DB;DP=196;DS;Dels=0.00;FS=10.041;HRun=0;HaplotypeScore=43.7268;MQ=36.08;MQ0=36;MQRankSum=-4.205;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.966;SB=-532.171;SBQD=-5.118;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.3604;VQSLOD=-54.1598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,95:196:99:1151,0,2142
|
|
20 29651679 . T A 196.74 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.455;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=8.321;HRun=0;HaplotypeScore=75.1321;MQ=31.71;MQ0=30;MQRankSum=-1.314;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-82.866;SBQD=0.144;SBpi=0.7217;SBpiQual=0.7740;VQSLOD=-146.8573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,45:250:99:227,0,3123
|
|
20 29652480 . G A 447.26 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.361;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=11.297;HRun=0;HaplotypeScore=281.7877;MQ=32.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-456.497;SBQD=0.138;SBpi=-0.9037;SBpiQual=-1.0115;VQSLOD=-2232.0136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,60:250:99:477,0,2858
|
|
20 29652496 . C T 935.87 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.651;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=19.290;HRun=0;HaplotypeScore=68.4219;MQ=33.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.037;QD=3.74;ReadPosRankSum=3.354;SB=-849.540;SBQD=-1.541;SBpi=-0.7921;SBpiQual=-0.8722;VQSLOD=-119.1522 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,102:250:99:966,0,2527
|
|
20 29652745 . G C 2673.01 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.26;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;DP=220;Dels=0.00;FS=6.876;HRun=0;HaplotypeScore=160.5194;MQ=36.45;MQ0=0;MQRankSum=-10.368;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-926.399;SBQD=4.940;SBpi=2.0059;SBpiQual=2.6206;VQSLOD=-760.6007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,149:220:99:2703,0,1283
|
|
20 29652771 . G A 186.82 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.181;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=35.292;HRun=3;HaplotypeScore=39.0455;MQ=36.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.704;QD=0.75;ReadPosRankSum=2.397;SB=155.860;SBQD=2.977;SBpi=1.3720;SBpiQual=1.6008;VQSLOD=-45.2003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,34:250:99:217,0,5081
|
|
20 29652779 rs6057424 G A 5528.73 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.08;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.893;DB;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=1.923;HRun=0;HaplotypeScore=66.7104;MQ=37.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.612;QD=22.20;ReadPosRankSum=-1.506;SB=-2675.645;SBQD=-Infinity;SBpi=-0.9934;SBpiQual=-0.8725;VQSLOD=-136.5709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,228:249:99:4904,0,149
|
|
20 29652942 rs62206793 A G 4433.72 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.20;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.836;DB;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=40.570;HRun=0;HaplotypeScore=117.2358;MQ=39.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.974;QD=18.55;ReadPosRankSum=1.192;SB=-728.924;SBQD=Infinity;SBpi=4.5223;SBpiQual=3.8864;VQSLOD=-362.8649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,191:239:99:3862,0,714
|
|
20 29653183 rs3891391 T C 2712.40 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.299;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=43.491;HRun=0;HaplotypeScore=83.6254;MQ=43.12;MQ0=2;MQRankSum=3.082;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-1079.112;SBQD=7.648;SBpi=0.4880;SBpiQual=1.3262;VQSLOD=-185.0108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,127:250:99:2742,0,2026
|
|
20 29653258 . C T 203.53 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.182;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=11.309;HRun=1;HaplotypeScore=139.6902;MQ=47.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.739;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.916;SB=3.481;SBQD=-2.021;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.5589;VQSLOD=-531.9486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,34:250:99:234,0,5634
|
|
20 29653336 . G T 2581.86 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=16.356;HRun=0;HaplotypeScore=34.3917;MQ=46.07;MQ0=0;MQRankSum=-3.337;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-867.582;SBQD=6.790;SBpi=2.4054;SBpiQual=2.5640;VQSLOD=-33.7186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,126:249:99:2612,0,2973
|
|
20 29653433 . T G 186.78 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.209;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.307;HRun=1;HaplotypeScore=80.6878;MQ=41.76;MQ0=2;MQRankSum=-5.315;QD=0.75;ReadPosRankSum=4.026;SB=27.880;SBQD=-0.913;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-1.2506;VQSLOD=-177.5066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,34:250:99:217,0,5019
|
|
20 29653885 . G T 4780.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.10;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.324;DP=194;DS;Dels=0.00;FS=2.404;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=41.68;MQ0=4;MQRankSum=-0.963;QD=24.64;ReadPosRankSum=0.356;SB=-216.304;SBQD=-Infinity;SBpi=-6.0852;SBpiQual=-6.5420;VQSLOD=-9.4305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,175:194:59.54:4316,0,60
|
|
20 29804208 rs28503795 A G 984.29 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.949;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-450.456;SBQD=0.611;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2073;VQSLOD=3.9358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:1014,0,923
|
|
20 29814600 rs34975038 G A 1154.77 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.294;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=11.736;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.54;MQ0=2;MQRankSum=-0.260;QD=13.91;ReadPosRankSum=1.612;SB=-516.146;SBQD=-9.776;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.3902;VQSLOD=5.6330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1185,0,1285
|
|
20 29815630 . G T 92.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.92;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;DP=87;Dels=0.00;FS=1.557;HRun=0;HaplotypeScore=6.3918;MQ=54.18;MQ0=2;MQRankSum=0.664;QD=1.06;ReadPosRankSum=-3.480;SB=27.285;SBQD=0.202;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1586;VQSLOD=-5.1729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,7:87:99:122,0,809
|
|
20 29821231 rs8183998 G A 1078.72 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.231;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=14.01;ReadPosRankSum=-0.128;SB=-504.605;SBQD=-1.469;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2522;VQSLOD=5.9003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:1109,0,1332
|
|
20 29824969 . A T 46.85 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;DP=82;Dels=0.05;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=61.2185;MQ=52.39;MQ0=8;MQRankSum=0.758;QD=0.54;ReadPosRankSum=-2.814;SB=-170.962;SBQD=1.184;SBpi=0.3638;SBpiQual=0.3817;VQSLOD=-108.9686 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,17:82:76.84:77,0,1578
|
|
20 29825057 . A G 1257.80 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;DP=93;Dels=0.00;FS=0.791;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.004;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-491.570;SBQD=-1.623;SBpi=-0.9045;SBpiQual=-0.9719;VQSLOD=4.0661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:1288,0,1577
|
|
20 29832439 rs62207815 T G 302.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;DB;DP=116;Dels=0.00;FS=2.179;HRun=1;HaplotypeScore=7.7872;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.483;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.783;SB=-135.385;SBQD=-1.525;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.2625;VQSLOD=-0.7700 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,19:116:99:333,0,2937
|
|
20 29832582 rs6059670 A C 2443.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;QD=29.80;SB=-1256.316;SBQD=6.509;SBpi=-0.7730;SBpiQual=-0.1916;VQSLOD=6.4155 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2477,217,0
|
|
20 29838586 rs6060006 A G 2777.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.60;SB=-1494.980;SBQD=0.164;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0158;VQSLOD=8.8568 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2810,220,0
|
|
20 29839033 rs62204560 A T 1321.24 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.693;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=3.043;HRun=3;HaplotypeScore=2.9508;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=15.73;ReadPosRankSum=1.299;SB=-612.268;SBQD=-4.066;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.5239;VQSLOD=2.9967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1351,0,1262
|
|
20 29840937 rs6060123 C T 1506.77 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.483;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.804;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.004;SB=-616.926;SBQD=-0.050;SBpi=0.6429;SBpiQual=0.8241;VQSLOD=5.5863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:1537,0,1263
|
|
20 29841917 rs2376539 A G 2664.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.16;SB=-1345.928;SBQD=2.113;SBpi=0.2265;SBpiQual=0.3855;VQSLOD=7.6543 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2697,214,0
|
|
20 29860298 rs1884743 A G 1547.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=59.06;MQ0=0;QD=25.79;SB=-919.267;SBQD=-4.279;SBpi=-0.1291;SBpiQual=-0.4332;VQSLOD=4.8417 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1580,141,0
|
|
20 29867064 rs6087784 C T 675.82 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.246;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=7.543;HRun=0;HaplotypeScore=1.6624;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=12.29;ReadPosRankSum=1.532;SB=-249.732;SBQD=6.307;SBpi=0.9806;SBpiQual=0.9562;VQSLOD=4.7575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:706,0,739
|
|
20 29873081 rs6061026 T A 1045.22 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.374;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.549;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=13.75;ReadPosRankSum=-2.115;SB=-564.243;SBQD=-4.402;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.4871;VQSLOD=4.5471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1075,0,1041
|
|
20 29877101 . T A 636.97 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.513;DP=59;Dels=0.00;FS=2.133;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=10.62;ReadPosRankSum=-1.508;SB=-389.409;SBQD=4.121;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.4031;VQSLOD=3.8999 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:667,0,883
|
|
20 29878462 rs6089131 C T 1424.42 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.275;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.809;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=17.37;ReadPosRankSum=2.070;SB=-691.058;SBQD=-6.509;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.4538;VQSLOD=5.3525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1454,0,1126
|
|
20 29901422 rs6061213 C T 1461.75 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.562;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=6.857;HRun=2;HaplotypeScore=1.9861;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=1.918;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.143;SB=-558.131;SBQD=-4.396;SBpi=-1.1902;SBpiQual=-1.2829;VQSLOD=3.9940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,51:93:99:1492,0,1227
|
|
20 29901511 rs6087831 C G 1210.76 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=5.181;HRun=1;HaplotypeScore=1.9846;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=16.82;ReadPosRankSum=0.096;SB=-306.254;SBQD=-7.333;SBpi=-1.4230;SBpiQual=-1.5539;VQSLOD=3.2627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1241,0,986
|
|
20 29965842 rs6058918 C T 2342.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-1266.328;SBQD=1.060;SBpi=-0.3586;SBpiQual=-0.2892;VQSLOD=7.7371 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2375,184,0
|
|
20 29970272 . T A 827.83 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.614;DP=85;Dels=0.00;FS=4.358;HRun=1;HaplotypeScore=2.5015;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.691;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.803;SB=-483.464;SBQD=3.257;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2892;VQSLOD=2.6836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:858,0,1648
|
|
20 29977156 rs2295500 G A 684.94 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=25.632;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=12.23;ReadPosRankSum=-2.144;SB=-114.203;SBQD=16.083;SBpi=1.4289;SBpiQual=1.5463;VQSLOD=3.8548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:715,0,1071
|
|
20 29977286 rs2295501 G T 3198.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.79;MQ0=0;QD=36.34;SB=-1419.431;SBQD=0.461;SBpi=0.7462;SBpiQual=0.8204;VQSLOD=7.4539 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3231,256,0
|
|
20 29983441 rs17124898 G A 1063.87 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.759;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=5.156;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.994;QD=14.98;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-479.497;SBQD=-4.416;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-0.8877;VQSLOD=4.1901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:1094,0,759
|
|
20 29991045 rs6119324 C A 1369.98 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.248;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.605;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.136;QD=16.12;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-723.640;SBQD=-4.992;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0455;VQSLOD=5.1851 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1400,0,1241
|
|
20 30005431 rs6087468 C T 1027.86 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.817;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=9.089;HRun=0;HaplotypeScore=5.1305;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=11.95;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-386.923;SBQD=6.610;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.8761;VQSLOD=3.1254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:86:99:1058,0,1442
|
|
20 30014252 rs11908373 G A 95.51 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.174;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.0738;MQ=20.87;MQ0=26;MQRankSum=-0.079;QD=1.49;ReadPosRankSum=-2.072;SB=-18.688;SBQD=-10.276;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-0.8318;VQSLOD=-1.1573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,22:64:99:126,0,116
|
|
20 30110195 . A C 539.13 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=54;Dels=0.00;FS=3.899;HRun=4;HaplotypeScore=0.6651;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=1.697;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.242;SB=-276.920;SBQD=5.271;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.3242;VQSLOD=2.8010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:569,0,879
|
|
20 30180004 rs449887 G C 1988.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.77;MQ0=0;QD=32.07;SB=-848.557;SBQD=-2.228;SBpi=-0.9603;SBpiQual=-1.0166;VQSLOD=6.5656 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2021,162,0
|
|
20 30383166 rs13041425 A G 1254.87 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.339;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.952;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-682.494;SBQD=-0.311;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.0897;VQSLOD=3.4823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1285,0,1180
|
|
20 30440688 rs34355888 T C 712.52 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=31.115;HRun=0;HaplotypeScore=1.9164;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.571;SB=-125.109;SBQD=-19.279;SBpi=-1.6358;SBpiQual=-1.7652;VQSLOD=3.4597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:743,0,883
|
|
20 30518568 rs6061036 G A 1608.81 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.491;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=8.463;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.951;SB=-704.197;SBQD=-6.165;SBpi=-0.4901;SBpiQual=-0.5050;VQSLOD=5.8965 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:1639,0,1259
|
|
20 30533883 rs8122147 G T 732.24 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.902;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=3.925;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.810;SB=-322.556;SBQD=-4.546;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.7222;VQSLOD=5.9347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:762,0,684
|
|
20 30542434 . A G 1140.58 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;DP=81;Dels=0.00;FS=4.203;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.175;SB=-624.674;SBQD=-3.377;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0977;VQSLOD=3.9085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,41:81:99:1171,0,1209
|
|
20 30561113 rs6087805 A G 628.21 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.150;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.078;SB=-359.137;SBQD=3.287;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3587;VQSLOD=4.4014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:658,0,751
|
|
20 30569454 . C T 506.72 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.100;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=8.89;ReadPosRankSum=2.589;SB=-178.925;SBQD=-2.363;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-1.0029;VQSLOD=2.7782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:537,0,1054
|
|
20 30639759 . C T 332.76 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.463;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8377;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=10.40;ReadPosRankSum=-1.181;SB=-178.612;SBQD=0.408;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.1790;VQSLOD=2.9989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:363,0,424
|
|
20 30647100 . C T 249.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.157;DP=63;Dels=0.00;FS=2.872;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=38.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=3.95;ReadPosRankSum=-4.035;SB=-40.689;SBQD=-3.203;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9639;VQSLOD=-2.1649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,12:63:99:279,0,421
|
|
20 30671875 rs242607 C T 472.44 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.868;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=12.058;HRun=0;HaplotypeScore=1.7465;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.176;SB=-67.465;SBQD=12.380;SBpi=1.3339;SBpiQual=1.4610;VQSLOD=3.8015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:502,0,773
|
|
20 30684788 rs6089174 T A 719.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.376;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.981;HRun=8;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.727;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.340;SB=-393.282;SBQD=-1.431;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.3242;VQSLOD=1.0722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,29:74:99:749,0,1382
|
|
20 30701513 rs2295034 T G 658.73 PASS AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7965;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.095;SB=-336.380;SBQD=0.872;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2822;VQSLOD=4.1542 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,26:83:99:689,0,1929
|
|
20 30808532 rs6058556 T C 613.64 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.176;SB=-244.516;SBQD=4.174;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.8483;VQSLOD=6.0316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:644,0,451
|
|
20 30815750 rs6141641 T C 635.97 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.235;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.696;SB=-436.326;SBQD=6.799;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.2289;VQSLOD=3.5774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:666,0,769
|
|
20 30877984 rs3787374 G A 967.82 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.797;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.061;HRun=1;HaplotypeScore=2.5309;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.495;SB=-452.559;SBQD=-3.205;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.4041;VQSLOD=4.6830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:998,0,844
|
|
20 30879481 rs13036451 C T 395.90 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.639;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=9.653;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.341;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.246;SB=-228.820;SBQD=8.204;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-0.9396;VQSLOD=4.2227 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:426,0,342
|
|
20 30992291 rs2424887 G A 3287.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=36.53;SB=-1618.550;SBQD=-0.294;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3034;VQSLOD=8.5780 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3288,259,0
|
|
20 31189993 rs2889678 C T 1845.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.81;SB=-832.968;SBQD=1.228;SBpi=0.6181;SBpiQual=0.7205;VQSLOD=8.7427 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1878,147,0
|
|
20 31260708 rs57861317 C T 971.11 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.250;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-447.948;SBQD=-3.696;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5105;VQSLOD=6.0785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:1001,0,1080
|
|
20 31262423 rs6141780 C G 1084.67 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.521;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.784;HRun=0;HaplotypeScore=4.2138;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=17.22;ReadPosRankSum=0.563;SB=-301.853;SBQD=7.021;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.4522;VQSLOD=3.7190 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1115,0,706
|
|
20 31282356 rs28698192 T C 569.05 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=13.467;HRun=0;HaplotypeScore=1.6671;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.065;SB=-179.134;SBQD=11.116;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.7789;VQSLOD=4.9329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:599,0,785
|
|
20 31298317 rs28378056 G C 545.97 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.497;HRun=0;HaplotypeScore=2.9243;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.311;SB=-306.873;SBQD=4.489;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0963;VQSLOD=4.5605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:576,0,797
|
|
20 31308397 rs56134428 G A 1241.42 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.400;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.942;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=17.73;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-698.493;SBQD=-0.747;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.3938;VQSLOD=4.3200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,47:70:99:1271,0,499
|
|
20 31308684 rs6057628 C T 1025.83 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.303;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.614;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=15.31;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-442.030;SBQD=7.248;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.6388;VQSLOD=5.7081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1056,0,757
|
|
20 31314625 rs2064933 A G 517.21 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=7.215;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-216.687;SBQD=-5.485;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-0.6487;VQSLOD=5.5323 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:547,0,1308
|
|
20 31318072 rs6141792 T A 879.35 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.246;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.502;SB=-447.383;SBQD=0.524;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2847;VQSLOD=6.0120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:909,0,998
|
|
20 31365906 rs57641971 A T 674.27 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=1;HaplotypeScore=2.3883;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=11.83;ReadPosRankSum=-0.527;SB=-343.626;SBQD=1.569;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0620;VQSLOD=4.0699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:704,0,922
|
|
20 31378448 rs2424915 C T 662.66 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.889;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=5.048;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.029;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.569;SB=-288.429;SBQD=-4.971;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.7207;VQSLOD=4.1512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:693,0,1098
|
|
20 31385452 rs2424920 T C 997.90 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.880;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.304;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.977;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.822;SB=-622.067;SBQD=-2.184;SBpi=-0.6429;SBpiQual=-0.5526;VQSLOD=4.2327 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,49:76:99:1028,0,715
|
|
20 31388461 rs6058892 C T 1117.59 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.350;HRun=3;HaplotypeScore=1.8835;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.951;QD=16.20;ReadPosRankSum=-0.991;SB=-505.269;SBQD=5.412;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7558;VQSLOD=3.0344 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:1148,0,841
|
|
20 31403210 rs242540 T G 917.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.02;MQ0=0;QD=21.33;SB=-611.037;SBQD=2.000;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-0.7434;VQSLOD=3.5906 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:75.24:950,75,0
|
|
20 31409792 rs242551 T C 1676.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63;SB=-983.582;SBQD=-1.321;SBpi=0.0687;SBpiQual=-0.0217;VQSLOD=8.4037 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1709,138,0
|
|
20 31411825 rs242553 T C 2996.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.25;SB=-1554.978;SBQD=-0.320;SBpi=-0.1627;SBpiQual=-0.1579;VQSLOD=8.7648 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3029,235,0
|
|
20 31414457 rs853863 A C 1785.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.69;SB=-844.317;SBQD=0.756;SBpi=0.6181;SBpiQual=0.6904;VQSLOD=6.9156 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1819,141,0
|
|
20 31418617 rs242548 A G 803.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=54.49;MQ0=0;QD=22.97;SB=-458.345;SBQD=-7.657;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.4990;VQSLOD=3.4019 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75.17:837,75,0
|
|
20 31420757 rs853854 T A 445.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.030;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.569;HRun=8;HaplotypeScore=1.8907;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-290.955;SBQD=5.821;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4828;VQSLOD=0.6475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:475,0,632
|
|
20 31451022 rs6058917 A T 2119.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.95;MQ0=0;QD=34.74;SB=-851.934;SBQD=-1.973;SBpi=-0.9603;SBpiQual=-1.0701;VQSLOD=8.4292 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2152,169,0
|
|
20 31457965 rs6057662 T C 1349.11 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.112;QD=15.16;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-668.052;SBQD=-0.740;SBpi=0.1508;SBpiQual=0.1987;VQSLOD=5.0557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1379,0,1426
|
|
20 31467423 rs13042651 C T 2198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.51;MQ0=0;QD=33.32;SB=-1141.061;SBQD=-0.090;SBpi=0.3693;SBpiQual=0.3477;VQSLOD=8.5916 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2232,178,0
|
|
20 31477397 rs6058937 G A 1653.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.09;MQ0=0;QD=31.79;SB=-640.850;SBQD=0.681;SBpi=1.2481;SBpiQual=1.2950;VQSLOD=6.4083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1686,135,0
|
|
20 31477533 rs13044434 T C 373.78 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.210;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8835;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.409;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.046;SB=-224.278;SBQD=-0.112;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.3056;VQSLOD=3.9960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:404,0,664
|
|
20 31482425 rs6058944 T C 1720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=58.90;MQ0=0;QD=29.17;SB=-909.779;SBQD=2.921;SBpi=0.0651;SBpiQual=0.3694;VQSLOD=6.4266 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1754,153,0
|
|
20 31485840 rs6087430 C A 1660.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=30.76;SB=-1015.955;SBQD=-1.234;SBpi=0.1361;SBpiQual=0.0547;VQSLOD=6.8189 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1694,132,0
|
|
20 31486206 rs6058948 A G 1232.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=26.80;SB=-631.746;SBQD=0.509;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.3316;VQSLOD=5.6504 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1266,111,0
|
|
20 31496900 rs6088034 G A 587.44 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.699;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.376;SB=-263.367;SBQD=5.716;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4861;VQSLOD=5.2342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:617,0,939
|
|
20 31543164 rs6058972 T C 628.11 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.279;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-285.433;SBQD=2.175;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.6051;VQSLOD=4.5742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:658,0,1172
|
|
20 31552170 rs6057685 C G 390.38 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.089;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.250;SB=-276.938;SBQD=-6.984;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.3113;VQSLOD=4.7987 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:420,0,681
|
|
20 31585910 rs6059001 T C 1924.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.30;SB=-1014.630;SBQD=6.752;SBpi=0.2425;SBpiQual=0.7606;VQSLOD=4.5321 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:1958,165,0
|
|
20 31588327 rs6059004 G A 1158.80 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=4.557;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.879;SB=-435.810;SBQD=4.084;SBpi=1.4434;SBpiQual=1.4761;VQSLOD=3.2378 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:86:99:1189,0,1123
|
|
20 31592929 rs36106395 C A 2883.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;QD=32.77;SB=-1202.336;SBQD=-2.405;SBpi=-1.1726;SBpiQual=-1.3945;VQSLOD=7.5528 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2917,229,0
|
|
20 31610101 rs7262249 A G 1087.97 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.156;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9930;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.474;SB=-589.845;SBQD=-2.163;SBpi=0.2343;SBpiQual=-0.0389;VQSLOD=5.8531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1118,0,982
|
|
20 31645344 rs221980 G T 783.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.976;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=4.021;HRun=2;HaplotypeScore=1.5983;MQ=46.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.650;QD=7.40;ReadPosRankSum=-4.430;SB=-256.451;SBQD=4.491;SBpi=1.2978;SBpiQual=1.3901;VQSLOD=-3.8711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,38:106:99:814,0,1275
|
|
20 31654447 rs761937 T C 2447.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=33.53;SB=-1077.437;SBQD=-1.087;SBpi=-0.8778;SBpiQual=-0.9457;VQSLOD=7.9634 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2481,196,0
|
|
20 31665929 rs6141877 C T 747.79 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.236;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.065;HRun=1;HaplotypeScore=2.4820;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=14.11;ReadPosRankSum=-0.312;SB=-322.710;SBQD=2.227;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.4812;VQSLOD=2.7929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:778,0,749
|
|
20 31674571 rs927107 G A 2300.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=33.84;SB=-1161.366;SBQD=-0.494;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.3607;VQSLOD=8.6262 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2334,187,0
|
|
20 31710510 rs6088114 G A 601.20 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.409;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.547;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=11.79;ReadPosRankSum=1.168;SB=-319.275;SBQD=4.471;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.2957;VQSLOD=5.5843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:631,0,849
|
|
20 31712590 rs755171 T C 988.60 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.971;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.485;SB=-548.688;SBQD=0.488;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0851;VQSLOD=5.2447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:1019,0,774
|
|
20 31758850 rs6087461 G C 2488.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=35.05;SB=-1310.471;SBQD=-2.151;SBpi=0.0593;SBpiQual=-0.1119;VQSLOD=8.2430 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2522,205,0
|
|
20 31832155 . G A 980.28 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.103;DP=69;Dels=0.00;FS=4.707;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-454.571;SBQD=4.739;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.5981;VQSLOD=2.6357 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1010,0,1074
|
|
20 31878143 rs1884886 C T 1428.80 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.778;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.114;QD=20.12;ReadPosRankSum=1.273;SB=-629.806;SBQD=-0.207;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.5246;VQSLOD=4.9373 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,44:71:99:1459,0,736
|
|
20 31899269 . T G 38.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=53;Dels=0.00;FS=8.118;HRun=1;HaplotypeScore=11.5513;MQ=53.97;MQ0=0;MQRankSum=2.445;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-11.134;SBQD=-6.962;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.7898;VQSLOD=-4.1289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,11:53:68.58:69,0,1047
|
|
20 31905107 rs4911318 C T 804.01 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.177;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.994;SB=-460.320;SBQD=2.923;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.1489;VQSLOD=5.8296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:60:99:834,0,861
|
|
20 31908930 rs6087477 T C 1035.77 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=2.147;HRun=0;HaplotypeScore=2.5528;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.500;SB=-312.220;SBQD=4.969;SBpi=1.3275;SBpiQual=1.4933;VQSLOD=3.8187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1066,0,852
|
|
20 31975976 rs293733 C T 1125.94 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.523;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=15.110;HRun=2;HaplotypeScore=1.4972;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-632.452;SBQD=-10.235;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.0121;VQSLOD=4.7594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1156,0,975
|
|
20 31999495 rs6088213 T C 797.09 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.113;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-322.424;SBQD=3.525;SBpi=0.9878;SBpiQual=0.9478;VQSLOD=5.0324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:827,0,614
|
|
20 32052070 rs13039908 G A 94.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.314;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=11.364;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=1.805;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.195;SB=5.636;SBQD=-12.470;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.8765;VQSLOD=1.2090 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:29:99:125,0,482
|
|
20 32052912 rs58065489 C G 635.43 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.047;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.154;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.070;SB=-383.016;SBQD=-5.264;SBpi=0.2611;SBpiQual=-0.1187;VQSLOD=4.7234 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:665,0,1381
|
|
20 32059815 rs62209571 G A 813.74 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.38;MQ0=0;QD=22.60;SB=-270.756;SBQD=-2.477;SBpi=-1.8333;SBpiQual=-1.9285;VQSLOD=2.2693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:66.21:847,66,0
|
|
20 32090275 rs6120280 C G 339.42 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=3.014;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.815;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.704;SB=-237.825;SBQD=1.041;SBpi=0.1147;SBpiQual=-0.1972;VQSLOD=2.4931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:369,0,475
|
|
20 32175246 rs1964823 A G 287.60 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.468;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=7.160;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-119.453;SBQD=7.069;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.5716;VQSLOD=4.6723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:318,0,324
|
|
20 32175253 rs1964822 T C 273.15 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=10.025;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.510;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-68.073;SBQD=12.867;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.2193;VQSLOD=2.1063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:303,0,391
|
|
20 32227328 rs12625805 A C 323.37 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.155;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.169;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.712;SB=-205.330;SBQD=5.403;SBpi=-0.2500;SBpiQual=0.0126;VQSLOD=2.4569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:353,0,461
|
|
20 32245869 rs3746461 C G 1312.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.2382;MQ=58.91;MQ0=0;QD=27.93;SB=-420.048;SBQD=4.607;SBpi=1.5316;SBpiQual=1.7488;VQSLOD=2.7798 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1346,114,0
|
|
20 32285860 rs6059415 C A 2038.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8273;MQ=59.25;MQ0=0;QD=29.98;SB=-738.383;SBQD=11.205;SBpi=1.0543;SBpiQual=1.4807;VQSLOD=4.7657 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:2072,168,0
|
|
20 32297154 . A G 751.86 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.924;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.012;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-413.955;SBQD=-0.283;SBpi=0.2694;SBpiQual=-0.0120;VQSLOD=4.4060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:782,0,1280
|
|
20 32302908 rs55990870 C T 1218.85 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.090;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.819;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.437;SB=-532.087;SBQD=0.806;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.7948;VQSLOD=4.3267 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1249,0,995
|
|
20 32314048 . C T 1122.08 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.776;DP=65;Dels=0.00;FS=11.269;HRun=2;HaplotypeScore=1.8824;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.792;SB=-437.597;SBQD=-9.313;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.9540;VQSLOD=2.1336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:1152,0,668
|
|
20 32317888 rs6059435 G T 1019.18 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=11.765;HRun=5;HaplotypeScore=1.8316;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.470;SB=-493.341;SBQD=-11.579;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.5162;VQSLOD=3.5018 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,38:62:99:1049,0,743
|
|
20 32358788 rs34633531 C T 1033.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.68;MQ0=1;QD=24.61;SB=-325.582;SBQD=-8.129;SBpi=-1.3887;SBpiQual=-1.6653;VQSLOD=4.1071 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:90.24:1067,90,0
|
|
20 32437142 rs1810534 C T 865.05 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.605;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.657;HRun=0;HaplotypeScore=1.7074;MQ=59.16;MQ0=1;MQRankSum=2.578;QD=14.91;ReadPosRankSum=0.295;SB=-409.270;SBQD=-3.945;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2942;VQSLOD=4.6784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:895,0,733
|
|
20 32485779 rs2050211 T A 2877.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.465;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=7.720;HRun=0;HaplotypeScore=3.6561;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=28.49;ReadPosRankSum=0.382;SB=-1372.810;SBQD=5.251;SBpi=0.9548;SBpiQual=1.1477;VQSLOD=3.3427 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,99:101:99:2910,210,0
|
|
20 32524113 rs56193939 G T 495.25 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.038;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-315.904;SBQD=1.899;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1239;VQSLOD=4.3847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:525,0,1001
|
|
20 32525370 rs2377955 A G 3474.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.55;MQ0=0;QD=35.46;SB=-1746.017;SBQD=0.297;SBpi=0.3030;SBpiQual=0.4021;VQSLOD=8.9563 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3475,274,0
|
|
20 32525715 rs8119076 A G 1841.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.24;MQ0=0;QD=30.18;SB=-991.712;SBQD=2.044;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.3131;VQSLOD=6.5033 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1874,150,0
|
|
20 32535463 rs4911137 C T 2383.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.21;MQ0=0;QD=29.06;SB=-1477.152;SBQD=2.465;SBpi=-0.3313;SBpiQual=-0.1401;VQSLOD=4.8810 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2416,193,0
|
|
20 32542801 rs6142058 A G 2753.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.30;SB=-1377.268;SBQD=0.351;SBpi=-0.3397;SBpiQual=-0.3275;VQSLOD=7.9352 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2787,220,0
|
|
20 32543573 rs2050208 A G 1787.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.83;MQ0=0;QD=34.38;SB=-660.101;SBQD=4.804;SBpi=0.8321;SBpiQual=1.0627;VQSLOD=6.9366 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1821,150,0
|
|
20 32547868 rs4243974 T C 1551.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=31.03;SB=-771.585;SBQD=5.353;SBpi=-0.5657;SBpiQual=-0.1818;VQSLOD=7.5876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1584,141,0
|
|
20 32548512 rs6142062 C G 2455.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.59;SB=-1281.220;SBQD=0.308;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.1796;VQSLOD=8.9567 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2489,193,0
|
|
20 32556389 rs6120463 G C 937.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.49;MQ0=0;QD=28.41;SB=-284.388;SBQD=10.696;SBpi=1.1315;SBpiQual=1.4464;VQSLOD=4.8923 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78.24:970,78,0
|
|
20 32594642 rs2284379 T C 2269.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.96;SB=-1054.680;SBQD=5.777;SBpi=0.1780;SBpiQual=0.5791;VQSLOD=6.9679 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2302,202,0
|
|
20 32603927 rs2268082 T A 1752.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.30;SB=-991.375;SBQD=0.665;SBpi=0.2673;SBpiQual=0.3217;VQSLOD=7.5026 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1786,141,0
|
|
20 32645052 rs6059651 T C 2114.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.53;MQ0=0;QD=29.36;SB=-1074.870;SBQD=3.981;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.3326;VQSLOD=6.5348 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2147,190,0
|
|
20 32675727 rs6059662 A G 1891.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.61;SB=-700.775;SBQD=5.320;SBpi=1.0505;SBpiQual=1.3456;VQSLOD=8.1923 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1924,153,0
|
|
20 32714728 rs2378078 C T 3552.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.22;MQ0=0;QD=36.25;SB=-1556.191;SBQD=-2.202;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.8445;VQSLOD=7.7365 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:98:99:3553,277,0
|
|
20 32868037 rs819169 G A 3080.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=34.23;SB=-1651.788;SBQD=-1.942;SBpi=-0.1054;SBpiQual=-0.2574;VQSLOD=8.1159 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3114,241,0
|
|
20 32875498 rs1205352 A G 1503.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=55.64;MQ0=0;QD=23.49;SB=-721.175;SBQD=-9.069;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-1.3952;VQSLOD=2.7589 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:1536,135,0
|
|
20 32890337 rs1205366 T C 1767.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.72;SB=-847.679;SBQD=-3.514;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.5965;VQSLOD=7.4355 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1800,144,0
|
|
20 32891200 rs819146 G T 1155.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.41;MQ0=0;QD=29.64;SB=-654.375;SBQD=6.638;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.2155;VQSLOD=6.6463 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93.28:1189,93,0
|
|
20 32892263 rs1093783 C T 3132.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.18;MQ0=0;QD=36.43;SB=-1561.642;SBQD=0.655;SBpi=-0.2157;SBpiQual=-0.1977;VQSLOD=7.5187 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3166,250,0
|
|
20 32903904 rs6142137 T C 1798.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;QD=24.98;SB=-1137.284;SBQD=-1.024;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.6509;VQSLOD=3.7065 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1831,144,0
|
|
20 33057328 rs6059855 C G 2187.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.35;MQ0=0;QD=30.81;SB=-977.372;SBQD=6.085;SBpi=0.6527;SBpiQual=0.9321;VQSLOD=7.1915 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2221,178,0
|
|
20 33087033 rs6059877 A C 986.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=35.39;MQ0=0;QD=19.35;SB=-617.454;SBQD=1.478;SBpi=0.9102;SBpiQual=0.8768;VQSLOD=3.4790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:93.19:1020,93,0
|
|
20 33087166 rs6059878 A T 2295.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;QD=32.80;SB=-1276.665;SBQD=-3.087;SBpi=0.1195;SBpiQual=-0.1492;VQSLOD=7.2247 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2329,190,0
|
|
20 33105028 rs6120669 T C 3104.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=36.10;SB=-1331.467;SBQD=-0.944;SBpi=0.8627;SBpiQual=0.8031;VQSLOD=9.1133 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3138,253,0
|
|
20 33145404 rs4911430 C G 2574.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1056.558;SBQD=-2.501;SBpi=-0.8778;SBpiQual=-1.0933;VQSLOD=8.5717 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2608,208,0
|
|
20 33161127 rs3891369 C T 2616.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;QD=33.12;SB=-1137.834;SBQD=0.446;SBpi=1.0688;SBpiQual=1.1351;VQSLOD=7.3054 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2650,208,0
|
|
20 33186200 rs6059937 G C 2259.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.74;SB=-1175.411;SBQD=0.292;SBpi=-0.4214;SBpiQual=-0.4304;VQSLOD=7.1397 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2292,181,0
|
|
20 33213126 rs6058092 T C 1356.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.31;MQ0=0;QD=28.25;SB=-735.167;SBQD=7.209;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.0787;VQSLOD=5.8139 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1389,126,0
|
|
20 33218090 rs2378249 G A 3768.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.58;MQ0=0;QD=38.07;SB=-1682.398;SBQD=0.196;SBpi=-0.6533;SBpiQual=-0.6777;VQSLOD=7.1486 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3768,292,0
|
|
20 33240112 rs6120694 G A 1911.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8295;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.53;SB=-1208.694;SBQD=0.616;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.2690;VQSLOD=4.2465 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1944,150,0
|
|
20 33322119 rs6060023 T C 1651.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9155;MQ=58.30;MQ0=0;QD=27.08;SB=-822.463;SBQD=6.372;SBpi=0.3201;SBpiQual=0.7486;VQSLOD=4.7020 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:1685,144,0
|
|
20 33342477 rs6087625 G A 2686.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1133.071;SBQD=0.311;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.0877;VQSLOD=9.0996 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2719,211,0
|
|
20 33382665 rs6060052 T G 2275.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97;SB=-1119.046;SBQD=0.465;SBpi=-0.5498;SBpiQual=-0.5385;VQSLOD=8.6821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2309,181,0
|
|
20 33400913 rs7262834 G T 1160.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.45;MQ0=0;QD=27.62;SB=-603.787;SBQD=-1.299;SBpi=-0.6172;SBpiQual=-0.6108;VQSLOD=5.6822 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1193,99,0
|
|
20 33402829 rs6058120 A G 1963.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=59.12;MQ0=0;QD=26.53;SB=-908.363;SBQD=-3.410;SBpi=1.2787;SBpiQual=0.9008;VQSLOD=4.1085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1996,183,0
|
|
20 33407704 rs6087632 A C 2414.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.7158;MQ=58.80;MQ0=0;QD=34.00;SB=-1267.089;SBQD=0.230;SBpi=0.1780;SBpiQual=0.2615;VQSLOD=4.1460 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2447,193,0
|
|
20 33407715 rs2425005 G C 2228.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.2549;MQ=58.75;MQ0=0;QD=32.77;SB=-1217.908;SBQD=1.062;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1092;VQSLOD=4.6472 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2262,181,0
|
|
20 33418740 rs6088621 C T 1693.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.79;MQ0=0;QD=31.36;SB=-843.969;SBQD=-0.272;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.7090;VQSLOD=7.5174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1726,132,0
|
|
20 33443617 . T A 152.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.997;DP=65;Dels=0.00;FS=2.277;HRun=0;HaplotypeScore=10.9815;MQ=41.88;MQ0=0;MQRankSum=4.379;QD=2.35;ReadPosRankSum=2.193;SB=-314.732;SBQD=-4.439;SBpi=-0.8839;SBpiQual=-0.9250;VQSLOD=-4.5448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:182,0,323
|
|
20 33458284 rs6120748 T G 2330.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ=59.20;MQ0=0;QD=30.67;SB=-1402.970;SBQD=1.555;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.0109;VQSLOD=6.3385 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2364,190,0
|
|
20 33460810 rs2064453 T C 643.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.98;SB=-175.522;SBQD=10.823;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.4062;VQSLOD=5.4028 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:57.15:677,57,0
|
|
20 33470164 rs6058135 A C 1145.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.89;MQ0=0;QD=23.38;SB=-535.235;SBQD=-2.452;SBpi=-0.6429;SBpiQual=-0.5096;VQSLOD=3.9674 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1178,108,0
|
|
20 33475074 rs6058137 G A 2911.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.41;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1541.591;SBQD=0.168;SBpi=-0.0556;SBpiQual=-0.0412;VQSLOD=8.5873 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2944,232,0
|
|
20 33477204 rs12717838 C T 279.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.99;MQ0=0;QD=17.49;SB=-240.599;SBQD=0.196;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.1293;VQSLOD=5.5660 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:33.02:313,33,0
|
|
20 33478381 rs1060615 A G 2489.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.81;MQ0=0;QD=31.91;SB=-1291.183;SBQD=1.163;SBpi=0.2265;SBpiQual=0.3686;VQSLOD=6.4839 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2522,205,0
|
|
20 33486047 . G C 1226.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DP=98;Dels=0.00;FS=6.342;HRun=0;HaplotypeScore=2.8892;MQ=30.29;MQ0=15;MQRankSum=0.647;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.730;SB=-463.569;SBQD=-23.439;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.3010;VQSLOD=3.3292 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:1259,104,0
|
|
20 33517014 rs1801310 A G 1659.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=34.58;SB=-845.165;SBQD=-1.310;SBpi=-0.1443;SBpiQual=-0.2360;VQSLOD=8.1545 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1693,135,0
|
|
20 33625526 rs6087663 A G 2530.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.42;MQ0=0;QD=30.86;SB=-1082.394;SBQD=-6.557;SBpi=-0.6626;SBpiQual=-1.2123;VQSLOD=7.1106 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2564,223,0
|
|
20 33647579 rs6119564 A G 2284.67 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=121.7800;MQ=49.70;MQ0=0;QD=27.53;SB=-986.057;SBQD=-2.541;SBpi=1.4818;SBpiQual=1.0957;VQSLOD=-Infinity GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2318,211,0
|
|
20 33703607 rs3746429 C T 2103.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.72;MQ0=0;QD=31.87;SB=-1157.086;SBQD=-0.375;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.1879;VQSLOD=7.3248 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:2136,171,0
|
|
20 33709279 rs6088723 A C 1624.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.6779;MQ=59.23;MQ0=0;QD=26.63;SB=-912.106;SBQD=5.307;SBpi=-0.7042;SBpiQual=-0.2225;VQSLOD=3.5527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1657,144,0
|
|
20 33714805 rs6087677 T C 2667.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9148;MQ=57.85;MQ0=0;QD=30.66;SB=-859.462;SBQD=9.140;SBpi=1.4474;SBpiQual=2.1015;VQSLOD=5.2560 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2700,229,0
|
|
20 33716369 . A T 35.29 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=23.6412;MQ=49.97;MQ0=1;MQRankSum=1.578;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.006;SB=-155.867;SBQD=3.171;SBpi=0.9820;SBpiQual=1.0447;VQSLOD=-15.1205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,21:84:65.28:65,0,854
|
|
20 33719183 rs3746428 G A 842.76 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.040;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.233;HRun=0;HaplotypeScore=1.7005;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-503.461;SBQD=3.977;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.0167;VQSLOD=5.5134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:873,0,721
|
|
20 33733704 rs6088730 C G 862.24 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.235;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.933;SB=-420.007;SBQD=-3.585;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.3964;VQSLOD=4.4605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:892,0,794
|
|
20 33744134 rs6088732 C T 1595.78 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.731;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=6.867;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=1.849;QD=16.62;ReadPosRankSum=1.540;SB=-509.123;SBQD=-7.452;SBpi=-1.3049;SBpiQual=-1.5918;VQSLOD=4.2359 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,53:96:99:1626,0,1285
|
|
20 33761498 rs2069944 A G 283.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=12.850;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.401;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.051;SB=-162.329;SBQD=-9.319;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.4834;VQSLOD=1.0510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:313,0,895
|
|
20 33782625 rs4911478 A C 780.31 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.071;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.254;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.459;SB=-436.174;SBQD=-5.204;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.4026;VQSLOD=4.9982 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:810,0,1072
|
|
20 33784288 rs1577924 C G 856.81 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.816;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.887;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=1.880;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.426;SB=-439.634;SBQD=2.253;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1697;VQSLOD=5.8799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:887,0,1223
|
|
20 33789142 rs8114671 C A 1220.34 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.886;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=3.792;HRun=2;HaplotypeScore=1.9980;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=12.08;ReadPosRankSum=0.481;SB=-528.800;SBQD=-4.500;SBpi=-0.8847;SBpiQual=-0.9748;VQSLOD=4.5445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,46:101:99:1250,0,1706
|
|
20 33867697 rs619865 A G 1664.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6517;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-744.980;SBQD=-9.433;SBpi=-0.5164;SBpiQual=-1.1017;VQSLOD=6.0483 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1697,150,0
|
|
20 33874151 rs6060347 A G 758.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.052;HRun=1;HaplotypeScore=11.5949;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.952;SB=-522.078;SBQD=4.241;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.1011;VQSLOD=0.9619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:58:99:788,0,466
|
|
20 33923566 rs2425062 A G 1058.22 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.084;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.843;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.074;SB=-536.767;SBQD=-0.889;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3606;VQSLOD=6.7244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1088,0,1268
|
|
20 33926103 rs2248393 C G 748.61 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.487;SB=-331.277;SBQD=-1.000;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.6332;VQSLOD=5.2064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:779,0,1079
|
|
20 33958127 rs1570003 C G 920.16 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.131;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.517;HRun=1;HaplotypeScore=1.9650;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.221;QD=15.34;ReadPosRankSum=1.286;SB=-336.296;SBQD=-3.676;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.1289;VQSLOD=3.9481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:950,0,706
|
|
20 33959315 rs62211529 T C 688.78 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.598;SB=-409.164;SBQD=1.264;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0599;VQSLOD=4.8643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:719,0,853
|
|
20 33973315 rs6142369 T G 870.25 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.959;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=11.16;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-389.645;SBQD=-1.910;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.6444;VQSLOD=5.0435 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:900,0,1284
|
|
20 33975181 rs6088813 C A 984.76 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.603;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.256;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.226;SB=-303.128;SBQD=1.519;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.4382;VQSLOD=5.3250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1015,0,1275
|
|
20 34017944 rs6087709 C G 867.10 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.952;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.222;QD=13.55;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-451.314;SBQD=2.212;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0231;VQSLOD=6.6748 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:897,0,998
|
|
20 34245154 . T A 1168.99 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.1567;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=14.99;ReadPosRankSum=-1.448;SB=-657.860;SBQD=-0.724;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0895;VQSLOD=2.8823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1199,0,1013
|
|
20 34330259 rs2425124 T C 1232.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;QD=25.16;SB=-655.040;SBQD=1.702;SBpi=0.9286;SBpiQual=1.0317;VQSLOD=4.6860 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1266,102,0
|
|
20 34362326 rs4911519 A T 1518.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.67;MQ0=0;QD=31.00;SB=-867.419;SBQD=2.133;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.2943;VQSLOD=6.7353 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1552,120,0
|
|
20 34363584 rs6058318 A G 1508.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.93;MQ0=0;QD=31.42;SB=-619.578;SBQD=-3.117;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9713;VQSLOD=7.2755 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1541,126,0
|
|
20 34849290 rs2104007 C T 490.43 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.256;DB;DP=56;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=2.4637;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-385.034;SBQD=-4.982;SBpi=0.1826;SBpiQual=-0.2483;VQSLOD=-3.0625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:56:99:520,0,504
|
|
20 34849308 rs2104008 T C 563.92 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.804;HRun=0;HaplotypeScore=5.2622;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.496;SB=-166.378;SBQD=7.303;SBpi=1.1000;SBpiQual=1.2649;VQSLOD=1.6926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:594,0,654
|
|
20 34959324 . G A 1015.76 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.236;DP=73;Dels=0.00;FS=2.023;HRun=0;HaplotypeScore=2.4328;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.881;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-520.702;SBQD=2.240;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4860;VQSLOD=3.2573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1046,0,1006
|
|
20 35042010 rs4810472 G A 968.46 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=11.133;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.148;SB=-452.791;SBQD=5.870;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.4138;VQSLOD=4.8303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:998,0,643
|
|
20 35051207 rs6124857 G A 719.64 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.099;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=9.003;HRun=0;HaplotypeScore=2.1101;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.164;SB=-457.055;SBQD=6.965;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1460;VQSLOD=5.7796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:750,0,592
|
|
20 35084691 rs6067347 C T 2340.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.21;SB=-1071.444;SBQD=0.091;SBpi=-1.0970;SBpiQual=-1.1331;VQSLOD=7.1360 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2374,187,0
|
|
20 35257498 . G A 491.95 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.851;DP=46;Dels=0.00;FS=1.343;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-199.791;SBQD=-1.810;SBpi=-1.1468;SBpiQual=-1.1448;VQSLOD=3.4943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:522,0,350
|
|
20 35259786 rs6071709 G A 2105.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=33.96;SB=-855.239;SBQD=-3.268;SBpi=-0.8890;SBpiQual=-1.1037;VQSLOD=8.3464 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2138,169,0
|
|
20 35330684 rs2425259 T C 409.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.34;MQ0=0;QD=22.74;SB=-212.010;SBQD=3.029;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.5433;VQSLOD=4.3060 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:39.10:442,39,0
|
|
20 35347710 . G C 562.54 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=41;Dels=0.00;FS=1.216;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=13.72;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-249.477;SBQD=2.406;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.2964;VQSLOD=4.1428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:593,0,634
|
|
20 35354022 . G A 89.01 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DP=75;Dels=0.00;FS=58.090;HRun=18;HaplotypeScore=5.1145;MQ=50.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.773;QD=1.19;ReadPosRankSum=-2.466;SB=111.295;SBQD=8.472;SBpi=1.7206;SBpiQual=1.8613;VQSLOD=-27.2122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,18:75:99:119,0,579
|
|
20 35449880 rs13038884 G A 742.32 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.923;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.338;HRun=1;HaplotypeScore=6.6100;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.931;SB=-305.058;SBQD=-3.759;SBpi=-0.9878;SBpiQual=-0.8563;VQSLOD=2.3481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:66:99:772,0,687
|
|
20 35463433 rs4812515 A G 1850.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.34;SB=-1062.069;SBQD=-5.691;SBpi=-0.2294;SBpiQual=-0.6620;VQSLOD=4.9478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:1883,168,0
|
|
20 35486498 rs62208090 A G 754.62 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.776;SB=-348.042;SBQD=-0.434;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.5057;VQSLOD=4.8181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:785,0,517
|
|
20 35500058 rs11697895 G A 573.41 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.059;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.242;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.207;QD=9.56;ReadPosRankSum=-2.011;SB=-308.185;SBQD=-4.648;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.8307;VQSLOD=4.0887 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:603,0,688
|
|
20 35503182 rs7268250 A G 694.87 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.510;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.067;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=2.450;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.911;SB=-252.927;SBQD=-6.381;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.7569;VQSLOD=4.1607 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:725,0,860
|
|
20 35508708 rs1291124 A G 426.87 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=12.56;ReadPosRankSum=1.804;SB=-60.555;SBQD=6.416;SBpi=1.4201;SBpiQual=1.4886;VQSLOD=2.7853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:457,0,559
|
|
20 35544540 rs8123308 G T 457.72 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.871;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=48.88;MQ0=1;MQRankSum=0.093;QD=8.17;ReadPosRankSum=-2.871;SB=-190.037;SBQD=-6.643;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-1.3479;VQSLOD=2.0746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:488,0,670
|
|
20 35573844 rs6030346 G T 872.34 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=1.400;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-408.984;SBQD=-1.626;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.5606;VQSLOD=6.0684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:902,0,1077
|
|
20 35584625 rs6030417 T A 1012.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;QD=21.54;SB=-695.211;SBQD=-1.625;SBpi=0.6564;SBpiQual=0.6187;VQSLOD=4.4647 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1046,99,0
|
|
20 35590249 rs4812641 C A 1080.19 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.114;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-570.802;SBQD=2.503;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1547;VQSLOD=5.6686 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1110,0,1008
|
|
20 35592694 rs8183718 C T 259.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=24.36;MQ0=21;MQRankSum=-3.789;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-54.841;SBQD=-10.623;SBpi=-1.0914;SBpiQual=-1.1374;VQSLOD=0.0847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,17:55:99:290,0,488
|
|
20 35594012 rs6103043 G A 1886.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.89;MQ0=2;QD=24.50;SB=-1101.468;SBQD=-1.950;SBpi=1.0324;SBpiQual=0.8977;VQSLOD=4.1346 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:1919,195,0
|
|
20 35647129 rs6030779 T C 925.34 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.215;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.565;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.138;SB=-492.001;SBQD=0.624;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.2455;VQSLOD=5.5152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:955,0,1160
|
|
20 35685394 rs6073179 T A 1440.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.048;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.858;HRun=0;HaplotypeScore=31.8948;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=24.83;ReadPosRankSum=0.873;SB=-520.956;SBQD=5.451;SBpi=1.0321;SBpiQual=1.1629;VQSLOD=-20.1405 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,46:58:90.86:1473,91,0
|
|
20 35691925 rs6093874 C T 1038.01 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;DB;DP=88;Dels=0.03;FS=1.755;HRun=8;HaplotypeScore=4.8984;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.487;SB=-733.597;SBQD=0.273;SBpi=0.4243;SBpiQual=0.1490;VQSLOD=-2.1213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,50:88:99:1068,0,1095
|
|
20 35700732 rs2154193 G A 583.62 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.072;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.968;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-215.324;SBQD=-6.936;SBpi=-0.9806;SBpiQual=-0.9777;VQSLOD=4.3841 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:614,0,1079
|
|
20 35710994 rs13040834 G C 518.88 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.212;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-382.020;SBQD=2.542;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2083;VQSLOD=5.2795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:549,0,950
|
|
20 35715685 rs4038563 T C 1358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;QD=30.86;SB=-794.946;SBQD=-2.979;SBpi=0.1508;SBpiQual=-0.0241;VQSLOD=6.7313 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1391,114,0
|
|
20 35753045 . T C 704.16 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;DP=53;Dels=0.00;FS=12.969;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=52.60;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.707;SB=-291.050;SBQD=8.160;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.7287;VQSLOD=4.0303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:734,0,587
|
|
20 35755132 rs6103727 G A 183.72 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.461;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.28;MQ0=10;MQRankSum=0.275;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.122;SB=-40.115;SBQD=5.712;SBpi=0.6934;SBpiQual=0.6769;VQSLOD=2.9002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:40:99:214,0,364
|
|
20 35755285 rs6031585 G A 748.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.496;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.608;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=47.33;MQ0=1;MQRankSum=-3.852;QD=13.86;ReadPosRankSum=1.664;SB=-287.271;SBQD=6.441;SBpi=0.6736;SBpiQual=0.7701;VQSLOD=0.6476 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:778,0,739
|
|
20 35756558 rs1622479 C T 528.96 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.948;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.729;HRun=1;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=11.75;ReadPosRankSum=1.105;SB=-251.485;SBQD=-5.528;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.6507;VQSLOD=4.4823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:559,0,503
|
|
20 35770115 rs1625719 G A 1121.62 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.507;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=3;HaplotypeScore=1.7256;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.422;SB=-623.410;SBQD=0.460;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.0472;VQSLOD=4.7821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1152,0,916
|
|
20 35785358 rs1998407 G A 748.25 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=3.670;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.214;SB=-314.104;SBQD=-4.715;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5502;VQSLOD=4.2996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:778,0,928
|
|
20 35788095 rs6094030 C T 982.39 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.297;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=0;HaplotypeScore=1.8920;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.546;SB=-522.920;SBQD=0.665;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.0954;VQSLOD=5.3033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1012,0,1018
|
|
20 35798502 rs1291076 G C 380.28 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.230;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.093;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=55.15;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.967;SB=-334.841;SBQD=-0.411;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2394;VQSLOD=3.9952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:410,0,593
|
|
20 35803188 rs8120307 T C 1190.62 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.882;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.004;HRun=1;HaplotypeScore=1.6483;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.043;SB=-563.326;SBQD=-3.913;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.6398;VQSLOD=5.6105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,44:81:99:1221,0,969
|
|
20 35813029 rs6031893 G A 470.56 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.137;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.892;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.202;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.414;SB=-147.132;SBQD=-10.657;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.4212;VQSLOD=4.1602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:501,0,933
|
|
20 35831952 rs61147119 C T 715.08 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.429;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.920;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.409;SB=-376.321;SBQD=1.120;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2144;VQSLOD=5.3042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:745,0,1407
|
|
20 35846436 rs13037699 C T 2328.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.35;MQ0=0;QD=32.34;SB=-502.090;SBQD=-0.627;SBpi=-2.7106;SBpiQual=-2.9206;VQSLOD=5.1053 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2362,190,0
|
|
20 35873078 rs1534972 G A 2027.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=32.70;SB=-1011.672;SBQD=-1.381;SBpi=0.6350;SBpiQual=0.5646;VQSLOD=7.2195 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2060,166,0
|
|
20 35962595 rs34657514 C T 755.27 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.510;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.477;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.290;SB=-375.900;SBQD=-6.816;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3463;VQSLOD=5.2319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:785,0,718
|
|
20 35964308 rs6017880 A G 899.65 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.050;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.348;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.336;SB=-343.612;SBQD=-8.228;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.8908;VQSLOD=4.4571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,34:61:99:930,0,843
|
|
20 36043275 rs6018390 A C 1141.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.87;MQ0=0;QD=30.85;SB=-358.552;SBQD=4.116;SBpi=1.3974;SBpiQual=1.5743;VQSLOD=6.0493 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:93.29:1174,93,0
|
|
20 36053392 rs1885258 A G 1579.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.56;MQ0=0;QD=30.38;SB=-721.231;SBQD=1.054;SBpi=0.8321;SBpiQual=0.8822;VQSLOD=4.7540 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1613,132,0
|
|
20 36064683 rs55987750 G C 412.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=17.93;SB=-377.280;SBQD=2.723;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.1785;VQSLOD=5.3738 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:36.10:445,36,0
|
|
20 36067861 rs6094726 C G 563.34 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.524;SB=-325.717;SBQD=2.333;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.4986;VQSLOD=5.3459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:593,0,812
|
|
20 36092914 rs6125111 C A 1826.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=29.95;SB=-993.482;SBQD=2.185;SBpi=0.4481;SBpiQual=0.6301;VQSLOD=7.0382 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1860,150,0
|
|
20 36123557 rs2425342 T C 1915.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.40;SB=-977.381;SBQD=7.990;SBpi=-0.0630;SBpiQual=0.4850;VQSLOD=6.6148 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1948,165,0
|
|
20 36132266 rs4810767 G C 2467.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.64;SB=-929.298;SBQD=9.267;SBpi=0.7926;SBpiQual=1.4291;VQSLOD=6.9987 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2501,214,0
|
|
20 36138932 rs2425350 G A 2146.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=34.61;SB=-1203.777;SBQD=0.465;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0407;VQSLOD=8.3078 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2179,169,0
|
|
20 36157985 rs6066739 T A 2278.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.03;SB=-1181.006;SBQD=-2.150;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.4828;VQSLOD=7.8119 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2312,184,0
|
|
20 36173995 rs6012489 C T 2862.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1024.329;SBQD=0.399;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.5768;VQSLOD=7.5760 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2895,226,0
|
|
20 36202348 rs6066892 C T 1515.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=39.92;MQ0=0;QD=27.55;SB=-566.960;SBQD=-3.733;SBpi=-1.1461;SBpiQual=-1.4274;VQSLOD=5.2944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1548,138,0
|
|
20 36206453 rs35818712 C T 852.91 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.820;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.081;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=13.33;ReadPosRankSum=-1.113;SB=-296.526;SBQD=-1.988;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.0698;VQSLOD=5.7064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:883,0,1034
|
|
20 36207509 rs6095371 C T 1489.60 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.881;SB=-631.104;SBQD=-0.234;SBpi=0.7702;SBpiQual=0.8725;VQSLOD=6.1349 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,51:90:99:1520,0,1165
|
|
20 36216889 rs62206399 T C 1328.23 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.012;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=18.71;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-703.804;SBQD=-2.124;SBpi=-0.0762;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=4.3164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,43:71:99:1358,0,830
|
|
20 36225255 rs13042580 T C 373.60 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.992;HRun=1;HaplotypeScore=5.8847;MQ=47.88;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.346;SB=-157.855;SBQD=-4.506;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.5185;VQSLOD=2.6304 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:36:99:404,0,463
|
|
20 36229228 rs6125570 T G 746.80 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.817;SB=-351.985;SBQD=0.472;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.4758;VQSLOD=5.9080 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:777,0,708
|
|
20 36231852 rs58334626 C T 282.70 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=8.908;HRun=2;HaplotypeScore=53.7578;MQ=37.34;MQ0=1;MQRankSum=-2.854;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.946;SB=-92.908;SBQD=5.561;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.4869;VQSLOD=-74.8389 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,17:60:99:313,0,604
|
|
20 36232077 rs6066996 A G 584.36 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.268;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=49.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.699;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.982;SB=-374.788;SBQD=0.669;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.0275;VQSLOD=4.2355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:614,0,900
|
|
20 36232356 rs4809740 A G 673.65 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.323;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.576;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.375;SB=-252.248;SBQD=1.706;SBpi=1.0954;SBpiQual=0.9059;VQSLOD=4.9526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:704,0,1030
|
|
20 36233004 rs4465828 G A 1384.07 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.843;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=16.88;ReadPosRankSum=0.141;SB=-714.830;SBQD=0.730;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.2637;VQSLOD=5.4846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1414,0,986
|
|
20 36235490 rs4810934 C T 792.04 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.025;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.029;HRun=1;HaplotypeScore=1.7046;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.598;SB=-400.886;SBQD=0.395;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1654;VQSLOD=4.4639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:822,0,759
|
|
20 36241388 rs2007294 C G 591.08 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.935;SB=-244.376;SBQD=0.715;SBpi=-1.1339;SBpiQual=-1.0893;VQSLOD=4.2710 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:621,0,918
|
|
20 36241947 rs6019724 T C 768.81 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.576;HRun=0;HaplotypeScore=2.5993;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.275;SB=-458.144;SBQD=3.765;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3766;VQSLOD=4.6154 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:799,0,752
|
|
20 36244960 rs6067047 G A 1354.94 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.928;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-509.875;SBQD=-2.743;SBpi=-0.9045;SBpiQual=-0.9602;VQSLOD=5.5870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:1385,0,989
|
|
20 36249491 rs6090964 G A 2235.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.748;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=34.39;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-952.518;SBQD=3.665;SBpi=0.7500;SBpiQual=0.8728;VQSLOD=8.9916 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:2268,152,0
|
|
20 36249708 rs6095491 T C 2482.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.44;MQ0=0;QD=34.96;SB=-944.988;SBQD=-0.659;SBpi=1.2461;SBpiQual=1.2440;VQSLOD=8.8207 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2515,205,0
|
|
20 36250581 rs13036942 T A 2313.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1193.549;SBQD=-2.826;SBpi=0.3693;SBpiQual=0.2493;VQSLOD=8.6748 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2347,184,0
|
|
20 36250931 rs4553877 T G 2029.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=32.73;SB=-779.654;SBQD=-2.956;SBpi=-1.1430;SBpiQual=-1.3181;VQSLOD=7.3573 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2062,165,0
|
|
20 36251554 rs4810949 T G 2250.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8824;MQ=59.31;MQ0=0;QD=33.59;SB=-1145.731;SBQD=0.861;SBpi=0.3054;SBpiQual=0.3809;VQSLOD=7.1435 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2283,184,0
|
|
20 36252582 . G A 1156.53 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.472;DP=74;Dels=0.00;FS=0.947;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.819;SB=-388.995;SBQD=-2.826;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.3516;VQSLOD=3.5441 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1187,0,966
|
|
20 36255274 rs6063405 G A 1793.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8773;MQ=59.19;MQ0=0;QD=31.46;SB=-1057.733;SBQD=-0.779;SBpi=0.0662;SBpiQual=0.0516;VQSLOD=5.7856 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:57:99:1826,147,0
|
|
20 36257420 rs6019830 A G 2862.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=30.13;SB=-1570.805;SBQD=1.193;SBpi=-0.6669;SBpiQual=-0.5748;VQSLOD=6.6684 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:95:99:2895,229,0
|
|
20 36259610 rs4810960 C T 852.88 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.831;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=8.656;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.097;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.663;SB=-324.304;SBQD=8.140;SBpi=0.7303;SBpiQual=0.7665;VQSLOD=4.9575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:883,0,994
|
|
20 36262254 rs6067108 C A 2033.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;QD=32.80;SB=-971.674;SBQD=0.488;SBpi=0.5080;SBpiQual=0.6593;VQSLOD=7.9282 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2067,163,0
|
|
20 36262674 rs4810964 T C 1724.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.23;SB=-756.191;SBQD=-1.445;SBpi=-1.1066;SBpiQual=-1.1747;VQSLOD=6.4836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1758,138,0
|
|
20 36374135 rs6067491 A G 1020.33 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.670;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.818;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=12.29;ReadPosRankSum=-1.854;SB=-390.070;SBQD=-4.067;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.9318;VQSLOD=5.1888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1050,0,1298
|
|
20 36411907 rs238305 G A 952.59 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.939;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.140;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-450.964;SBQD=3.503;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3725;VQSLOD=5.0313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:983,0,1172
|
|
20 36422696 rs6067638 A G 780.89 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.372;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.958;HRun=0;HaplotypeScore=4.2673;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.485;SB=-372.483;SBQD=2.968;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.3876;VQSLOD=3.5806 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:811,0,1179
|
|
20 36437821 rs2294442 A G 1057.23 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.844;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.686;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.492;SB=-630.923;SBQD=-3.101;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1174;VQSLOD=6.2734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:1087,0,868
|
|
20 36464550 rs4811180 T A 803.53 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.772;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.1896;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-389.455;SBQD=-1.323;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.6237;VQSLOD=2.8670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,34:86:99:834,0,1690
|
|
20 36469877 rs4811197 G A 1613.88 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.241;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.716;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.390;SB=-779.560;SBQD=-1.628;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.4399;VQSLOD=5.3847 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,52:92:99:1644,0,1259
|
|
20 36471310 rs6126259 A G 561.70 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.484;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.320;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.559;SB=-309.001;SBQD=-3.311;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0524;VQSLOD=4.1186 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,28:79:99:592,0,1423
|
|
20 36471599 rs4239666 A C 537.35 PASS AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.382;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.149;SB=-217.586;SBQD=4.301;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.6451;VQSLOD=3.9015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,23:80:99:567,0,1819
|
|
20 36477480 rs6512731 C A 496.25 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.428;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=7.325;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=10.79;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-213.537;SBQD=-2.879;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.8134;VQSLOD=4.9011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:526,0,713
|
|
20 36490064 rs6067923 G A 933.49 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.930;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.539;SB=-419.417;SBQD=-0.492;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4650;VQSLOD=6.2807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:963,0,1091
|
|
20 36504784 rs6068008 T C 855.62 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.281;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.969;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-452.267;SBQD=0.480;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.0233;VQSLOD=5.7653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:886,0,820
|
|
20 36531043 rs11086373 G A 212.45 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.673;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=20.999;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.935;SB=-94.714;SBQD=16.441;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1236;VQSLOD=3.1099 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:242,0,302
|
|
20 36538172 rs6021806 T C 1904.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=31.22;SB=-886.206;SBQD=4.023;SBpi=0.5762;SBpiQual=0.8036;VQSLOD=7.1731 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1938,156,0
|
|
20 36559484 rs12480623 G A 880.32 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.345;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.971;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.623;SB=-456.530;SBQD=-1.644;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3199;VQSLOD=5.6784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:910,0,733
|
|
20 36564394 rs2012905 C T 597.43 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.320;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=7.662;HRun=2;HaplotypeScore=2.5642;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.200;SB=-271.411;SBQD=6.511;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.3602;VQSLOD=3.7911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:627,0,809
|
|
20 36564596 rs4487142 T C 1536.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.56;MQ0=0;QD=27.44;SB=-582.920;SBQD=1.740;SBpi=-1.7372;SBpiQual=-1.7024;VQSLOD=5.1374 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1570,123,0
|
|
20 36567067 rs4811359 C T 2428.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=33.27;SB=-1263.301;SBQD=-1.533;SBpi=-0.2926;SBpiQual=-0.4278;VQSLOD=7.2697 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2462,196,0
|
|
20 36577985 rs4811373 G A 883.76 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.986;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.677;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.796;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.016;SB=-447.440;SBQD=-7.197;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.5386;VQSLOD=4.3971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:914,0,615
|
|
20 36581006 rs11904973 C A 304.12 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=1.7005;MQ=54.69;MQ0=0;QD=4.75;SB=-935.956;SBQD=-2.116;SBpi=-0.6929;SBpiQual=-0.8145;VQSLOD=-5.9261 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:30.08:337,30,0
|
|
20 36598710 rs6097134 A T 1533.63 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.844;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=19.17;ReadPosRankSum=0.624;SB=-667.287;SBQD=1.917;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.5862;VQSLOD=5.0857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,48:80:99:1564,0,967
|
|
20 36616346 rs6091621 G A 884.78 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.098;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=6.954;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-456.612;SBQD=3.758;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.0509;VQSLOD=4.4324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:915,0,829
|
|
20 36635244 rs6097304 C G 1487.88 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=2.580;HRun=0;HaplotypeScore=5.2190;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=14.73;ReadPosRankSum=-1.580;SB=-759.143;SBQD=-1.967;SBpi=0.2774;SBpiQual=0.3059;VQSLOD=3.5717 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:1518,0,1562
|
|
20 36668646 rs9808603 T C 954.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.056;HRun=0;HaplotypeScore=29.4461;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=14.03;ReadPosRankSum=1.453;SB=-387.393;SBQD=4.389;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.7382;VQSLOD=-14.9756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:984,0,849
|
|
20 36678416 rs6097507 A G 993.05 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.826;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-497.853;SBQD=1.614;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.3337;VQSLOD=4.9294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1023,0,964
|
|
20 36701012 rs4811477 G C 2747.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.68;SB=-1380.472;SBQD=-0.082;SBpi=-0.2849;SBpiQual=-0.3052;VQSLOD=8.7191 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2781,220,0
|
|
20 36714835 rs1467461 G A 2518.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ=59.36;MQ0=0;QD=34.97;SB=-1281.207;SBQD=0.941;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.2948;VQSLOD=7.0158 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2551,199,0
|
|
20 36738122 rs909859 G C 886.17 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.308;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=11.767;HRun=4;HaplotypeScore=1.6828;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.677;SB=-285.963;SBQD=-7.518;SBpi=-1.2978;SBpiQual=-1.3652;VQSLOD=3.6058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:916,0,1176
|
|
20 36744048 rs6013958 G A 1939.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=32.87;SB=-918.401;SBQD=-1.154;SBpi=-0.7160;SBpiQual=-0.8355;VQSLOD=7.0152 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1973,153,0
|
|
20 36798707 rs1883484 G A 853.53 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.639;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.961;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=11.38;ReadPosRankSum=-1.501;SB=-396.237;SBQD=-1.904;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4360;VQSLOD=5.1431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,31:75:99:884,0,1271
|
|
20 36804720 rs6127324 G T 510.62 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.161;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.777;SB=-384.481;SBQD=-0.201;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0560;VQSLOD=4.0862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:541,0,419
|
|
20 36814441 rs4811565 G T 1341.70 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.041;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=19.17;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-574.252;SBQD=-3.014;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.6019;VQSLOD=5.9287 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,42:70:99:1372,0,849
|
|
20 36821242 rs6069106 T C 814.21 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.291;HRun=1;HaplotypeScore=2.3893;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.761;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-437.058;SBQD=4.523;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3226;VQSLOD=2.4011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:844,0,569
|
|
20 36822965 rs13040034 G T 893.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.11;MQ0=0;QD=27.06;SB=-395.451;SBQD=-0.726;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-1.0292;VQSLOD=4.1011 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78.22:926,78,0
|
|
20 36867771 rs1205432 C G 784.45 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.080;HRun=0;HaplotypeScore=3.1602;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.059;SB=-355.265;SBQD=7.773;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.5243;VQSLOD=4.4013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:814,0,960
|
|
20 36875913 rs1205439 G T 718.74 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.910;HRun=0;HaplotypeScore=2.1992;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-417.818;SBQD=-5.430;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1449;VQSLOD=5.3937 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:55:99:749,0,845
|
|
20 36876916 rs1205444 G A 353.99 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.263;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=3.004;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-155.110;SBQD=-5.548;SBpi=-0.7500;SBpiQual=-0.7574;VQSLOD=5.4709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:384,0,577
|
|
20 36877837 rs1205446 A G 501.76 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-314.987;SBQD=-1.596;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.0099;VQSLOD=4.6292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:532,0,1110
|
|
20 36878910 . G C 56.04 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.148;DP=70;Dels=0.00;FS=1.373;HRun=0;HaplotypeScore=39.6535;MQ=52.35;MQ0=0;MQRankSum=1.892;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-82.458;SBQD=0.344;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.6531;VQSLOD=-44.2840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,12:70:86.03:86,0,891
|
|
20 36946848 rs4358188 G A 2678.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=36.20;SB=-1425.718;SBQD=0.469;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0285;VQSLOD=8.9946 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2712,211,0
|
|
20 36957921 rs4592915 G T 559.73 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.708;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.428;HRun=0;HaplotypeScore=4.7816;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-282.973;SBQD=-1.568;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4782;VQSLOD=3.3556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:58:99:590,0,1017
|
|
20 37001409 rs1780628 A T 997.43 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.129;SB=-611.099;SBQD=-0.018;SBpi=-0.4523;SBpiQual=-0.4667;VQSLOD=4.3099 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:1027,0,1430
|
|
20 37004115 rs35133348 C T 665.70 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.605;SB=-310.230;SBQD=-0.738;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4115;VQSLOD=5.4370 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:696,0,611
|
|
20 37055015 rs752774 A G 1283.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.35;MQ0=0;QD=23.77;SB=-747.235;SBQD=-3.184;SBpi=-0.2722;SBpiQual=-0.7287;VQSLOD=4.4288 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1316,123,0
|
|
20 37062148 . G T 699.76 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.924;DP=63;Dels=0.00;FS=3.539;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.516;SB=-295.165;SBQD=-4.378;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.9303;VQSLOD=3.9226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:730,0,860
|
|
20 37083100 . T A 838.48 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DP=67;Dels=0.00;FS=8.431;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.357;SB=-340.561;SBQD=-9.166;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-1.0108;VQSLOD=2.1505 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:868,0,1077
|
|
20 37181418 rs4812025 G A 2899.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;QD=35.36;SB=-1421.056;SBQD=0.042;SBpi=-0.4417;SBpiQual=-0.4450;VQSLOD=8.9929 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2933,229,0
|
|
20 37221090 rs2092515 G A 2483.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=52.79;MQ0=0;QD=30.29;SB=-1226.153;SBQD=-1.891;SBpi=0.9939;SBpiQual=1.0197;VQSLOD=5.0769 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2517,199,0
|
|
20 37227276 rs4810157 C T 2517.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=38.35;MQ0=3;QD=31.47;SB=-1290.732;SBQD=5.947;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.1661;VQSLOD=7.3550 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2551,214,0
|
|
20 37227625 rs4810159 A T 2191.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.52;MQ0=0;QD=31.75;SB=-990.986;SBQD=1.225;SBpi=0.7825;SBpiQual=0.7108;VQSLOD=7.4119 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2224,183,0
|
|
20 37281814 . T C 74.57 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.815;DP=98;Dels=0.00;FS=40.367;HRun=0;HaplotypeScore=45.6150;MQ=42.90;MQ0=1;MQRankSum=-3.766;QD=0.76;ReadPosRankSum=1.885;SB=126.340;SBQD=4.309;SBpi=2.0000;SBpiQual=1.8619;VQSLOD=-58.5912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,15:98:99:105,0,1378
|
|
20 37282974 rs6070933 A G 1397.68 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=17.47;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-698.275;SBQD=-1.616;SBpi=0.1474;SBpiQual=-0.0967;VQSLOD=4.8746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:1428,0,886
|
|
20 37283506 rs220515 T A 1444.84 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.985;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.417;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=18.29;ReadPosRankSum=0.847;SB=-744.174;SBQD=-4.767;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.0654;VQSLOD=4.3145 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1475,0,1056
|
|
20 37284447 rs11696968 G T 396.07 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=5.449;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=12.38;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-159.157;SBQD=8.694;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.5307;VQSLOD=5.4950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:426,0,371
|
|
20 37297860 rs220498 C T 721.67 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.201;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.155;SB=-249.130;SBQD=4.841;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.8147;VQSLOD=5.4254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:752,0,669
|
|
20 37305739 rs220493 C T 2487.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=58.90;MQ0=0;QD=31.09;SB=-1486.453;SBQD=-0.308;SBpi=0.1118;SBpiQual=0.0747;VQSLOD=7.6166 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2521,199,0
|
|
20 37366078 rs2263747 G A 981.23 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.553;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=9.070;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=2.094;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.529;SB=-408.524;SBQD=-5.295;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.7123;VQSLOD=4.8434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:1011,0,1161
|
|
20 37366096 rs2263748 A C 915.54 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.631;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.737;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=13.08;ReadPosRankSum=2.322;SB=-399.703;SBQD=-3.046;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.6238;VQSLOD=5.3560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:946,0,1015
|
|
20 37370218 rs2250455 T C 1144.09 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=8.123;HRun=0;HaplotypeScore=2.8930;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.501;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.717;SB=-392.869;SBQD=-6.826;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.1967;VQSLOD=1.5881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1174,0,1113
|
|
20 37382585 rs1406855 A C 827.44 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.213;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.433;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=15.61;ReadPosRankSum=-2.667;SB=-496.712;SBQD=5.552;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2489;VQSLOD=4.2179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,36:53:99:857,0,330
|
|
20 37383640 rs2748663 T C 656.85 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.819;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.499;HRun=0;HaplotypeScore=2.5717;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.561;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.998;SB=-144.959;SBQD=6.463;SBpi=1.2509;SBpiQual=1.4400;VQSLOD=4.2101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:687,0,995
|
|
20 37395112 rs2243520 A G 1021.99 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.797;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.958;HRun=0;HaplotypeScore=1.9198;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-504.734;SBQD=2.526;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4166;VQSLOD=5.8118 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1052,0,1139
|
|
20 37407835 rs2251931 A G 589.67 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.286;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.377;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.184;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.919;SB=-253.209;SBQD=-0.636;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.5616;VQSLOD=4.4507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:620,0,1009
|
|
20 37422829 rs4456761 G A 1756.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.58;MQ0=0;QD=33.15;SB=-980.933;SBQD=-0.752;SBpi=0.0687;SBpiQual=0.0192;VQSLOD=8.0066 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1790,138,0
|
|
20 37426167 rs7262141 C T 214.95 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.8723;MQ=38.64;MQ0=1;MQRankSum=-0.448;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.924;SB=-491.032;SBQD=-2.746;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.5117;VQSLOD=1.1854 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:41:21.06:248,21,0
|
|
20 37493247 rs208815 G C 425.96 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=4.428;HRun=0;HaplotypeScore=2.8105;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.228;SB=-137.835;SBQD=5.327;SBpi=0.8489;SBpiQual=0.8241;VQSLOD=4.4058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:99:456,0,860
|
|
20 37541167 . C A 56.05 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.871;DP=57;Dels=0.03;FS=28.816;HRun=20;HaplotypeScore=13.5768;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-2.527;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.363;SB=84.216;SBQD=3.144;SBpi=1.7321;SBpiQual=1.2649;VQSLOD=-46.0083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,12:57:86.05:86,0,398
|
|
20 37699029 rs34275648 G A 1139 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.973;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=17.976;HRun=0;HaplotypeScore=2.5313;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.587;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-196.691;SBQD=13.415;SBpi=2.0016;SBpiQual=2.1878;VQSLOD=1.3651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:1169,0,749
|
|
20 37722185 rs6071655 A G 1264.92 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.711;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=2.470;QD=15.81;ReadPosRankSum=-1.297;SB=-435.263;SBQD=-6.089;SBpi=-0.8847;SBpiQual=-1.3532;VQSLOD=3.7920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,46:80:99:1295,0,1038
|
|
20 37724213 rs6028273 A G 641.89 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.581;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=5.357;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=0.686;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.210;SB=-371.274;SBQD=-7.809;SBpi=0.1890;SBpiQual=-0.0714;VQSLOD=5.4033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,28:41:99:672,0,336
|
|
20 37756352 rs2868501 A G 1040.85 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.218;SB=-397.779;SBQD=3.340;SBpi=0.7606;SBpiQual=0.8451;VQSLOD=4.8435 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1071,0,1033
|
|
20 37767008 rs35152862 G A 1102.04 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.076;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=13.12;ReadPosRankSum=1.136;SB=-503.124;SBQD=3.660;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.6743;VQSLOD=5.0671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,40:84:99:1132,0,1154
|
|
20 37785718 rs6129200 A G 1066.82 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.691;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=8.599;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=2.155;QD=15.46;ReadPosRankSum=-1.194;SB=-333.509;SBQD=-8.066;SBpi=-1.1355;SBpiQual=-1.2704;VQSLOD=4.0358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:69:99:1097,0,905
|
|
20 37816715 rs13038123 A G 1192.38 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.596;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.480;SB=-489.084;SBQD=5.829;SBpi=0.5604;SBpiQual=0.7068;VQSLOD=4.5367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,39:61:99:1222,0,635
|
|
20 37884147 rs6129232 G C 961.03 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=14.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.3604;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=11.44;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-349.240;SBQD=-9.816;SBpi=-1.4487;SBpiQual=-1.4977;VQSLOD=2.6515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:991,0,1170
|
|
20 37912667 rs3918508 G A 1492.87 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.307;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=17.16;ReadPosRankSum=-1.324;SB=-555.179;SBQD=0.341;SBpi=0.9481;SBpiQual=1.0633;VQSLOD=5.0081 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:1523,0,1053
|
|
20 37916325 rs4812370 A G 853.24 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.723;HRun=1;HaplotypeScore=1.9810;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=14.22;ReadPosRankSum=1.864;SB=-388.630;SBQD=-2.567;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.7395;VQSLOD=3.4212 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:60:99:883,0,640
|
|
20 37926774 rs4812373 G A 657.69 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.243;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.099;SB=-238.388;SBQD=2.239;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.9342;VQSLOD=5.2034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:688,0,854
|
|
20 37929301 rs4812374 C A 1201.03 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.261;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=15.01;ReadPosRankSum=2.075;SB=-603.963;SBQD=-0.427;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0600;VQSLOD=5.6020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1231,0,1275
|
|
20 37941883 rs4812375 T C 1606.68 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=16.39;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-880.307;SBQD=-0.130;SBpi=0.0674;SBpiQual=0.0693;VQSLOD=5.2889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:98:99:1637,0,1205
|
|
20 37950180 rs1008350 G C 853.88 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=14.462;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.622;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.566;SB=-173.319;SBQD=9.468;SBpi=1.5910;SBpiQual=1.6691;VQSLOD=4.2795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:84:99:884,0,1752
|
|
20 37953742 rs62202869 G A 559.49 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.416;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7772;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=9.82;ReadPosRankSum=1.010;SB=-341.169;SBQD=0.970;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.1695;VQSLOD=4.1821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:589,0,915
|
|
20 37960715 rs6129263 G A 1088.81 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.418;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=5.417;HRun=0;HaplotypeScore=6.8547;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.285;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.890;SB=-449.093;SBQD=0.397;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.7314;VQSLOD=3.1147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1119,0,680
|
|
20 37965734 rs2070290 G A 1327.41 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.184;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=17.47;ReadPosRankSum=1.708;SB=-512.193;SBQD=1.345;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.9265;VQSLOD=5.8747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1357,0,945
|
|
20 37979482 rs6129274 C T 1402.55 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=5.114;HRun=0;HaplotypeScore=4.1880;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-526.798;SBQD=4.667;SBpi=0.9286;SBpiQual=1.0244;VQSLOD=2.6892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,48:101:99:1433,0,1624
|
|
20 37984144 rs4812380 T G 1402.10 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9930;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.165;QD=14.16;ReadPosRankSum=-1.517;SB=-721.699;SBQD=0.158;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.1381;VQSLOD=4.8671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:99:99:1432,0,1703
|
|
20 37994182 rs932385 G A 734.38 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.147;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.118;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.653;QD=11.66;ReadPosRankSum=-2.538;SB=-308.144;SBQD=-6.082;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.7934;VQSLOD=4.5152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:764,0,1048
|
|
20 38027556 rs4810265 G A 1330.37 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.689;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.029;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.042;SB=-430.283;SBQD=1.521;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-1.4067;VQSLOD=4.9051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1360,0,1232
|
|
20 38031489 rs6129297 G A 1199.80 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=10.929;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=17.64;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-445.514;SBQD=9.143;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.9107;VQSLOD=2.8739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,38:68:99:1230,0,892
|
|
20 38064459 rs4812392 A G 1120.77 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=11.186;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=17.51;ReadPosRankSum=1.047;SB=-591.425;SBQD=-7.817;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1370;VQSLOD=5.6026 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:1151,0,827
|
|
20 38068475 rs6129316 A T 1222.36 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.634;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.846;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=15.67;ReadPosRankSum=0.855;SB=-597.757;SBQD=1.087;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3258;VQSLOD=6.0711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1252,0,1224
|
|
20 38074074 rs6101544 A G 1443.49 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.730;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.302;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.899;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.325;SB=-716.197;SBQD=-2.980;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3944;VQSLOD=6.3836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:1473,0,1085
|
|
20 38090481 rs6124157 G A 831.50 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.635;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.2748;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.261;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-469.082;SBQD=0.469;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1725;VQSLOD=3.9510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:861,0,1168
|
|
20 38125033 rs6016080 C T 1478.54 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.463;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=0.741;HRun=0;HaplotypeScore=2.6899;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=14.64;ReadPosRankSum=-0.887;SB=-767.829;SBQD=0.641;SBpi=0.2774;SBpiQual=0.3060;VQSLOD=4.3958 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:101:99:1509,0,1492
|
|
20 38135694 rs6124159 C T 1394.86 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.743;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=9.092;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.833;QD=16.81;ReadPosRankSum=-0.370;SB=-730.173;SBQD=-6.432;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.1017;VQSLOD=5.7565 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1425,0,1142
|
|
20 38155185 rs56296604 A G 1209.67 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.591;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.900;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.821;SB=-601.662;SBQD=-2.328;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.3537;VQSLOD=6.0846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1240,0,1501
|
|
20 38158226 rs6101598 A G 1288.20 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.290;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-627.995;SBQD=2.554;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.2604;VQSLOD=5.8893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1318,0,1233
|
|
20 38191952 rs6101610 T C 1457.58 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.041;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=8.009;HRun=2;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.351;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.324;SB=-730.444;SBQD=5.582;SBpi=0.2100;SBpiQual=0.1773;VQSLOD=4.0889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:1488,0,1556
|
|
20 38256688 rs1506599 T C 915.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.430;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.064;HRun=1;HaplotypeScore=1.8675;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-465.311;SBQD=3.605;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2056;VQSLOD=4.3655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:946,0,1105
|
|
20 38258793 rs6028565 A G 934.60 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.649;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.239;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.559;SB=-398.288;SBQD=-3.718;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.5938;VQSLOD=6.0906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:965,0,1205
|
|
20 38259253 rs62203698 C A 1138.37 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.715;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=13.310;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.769;SB=-391.117;SBQD=8.746;SBpi=0.8333;SBpiQual=0.8974;VQSLOD=4.0019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:1168,0,1311
|
|
20 38259497 rs6028567 A G 1126.44 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.249;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=2.984;HRun=1;HaplotypeScore=1.8136;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.098;QD=12.95;ReadPosRankSum=2.167;SB=-343.541;SBQD=-4.548;SBpi=-1.2649;SBpiQual=-1.4477;VQSLOD=3.4078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:1156,0,1543
|
|
20 38284123 rs6028587 T C 1184.24 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=15.770;HRun=0;HaplotypeScore=1.5750;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=13.93;ReadPosRankSum=-1.307;SB=-381.923;SBQD=-10.272;SBpi=-1.2671;SBpiQual=-1.3963;VQSLOD=4.5470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1214,0,1243
|
|
20 38290480 rs789432 C T 1466.87 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.606;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=9.147;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.556;QD=17.89;ReadPosRankSum=0.966;SB=-676.080;SBQD=7.570;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.4790;VQSLOD=5.0922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,47:82:99:1497,0,859
|
|
20 38301594 rs2658741 A T 1876.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.69;MQ0=0;QD=31.80;SB=-951.005;SBQD=4.345;SBpi=-0.5859;SBpiQual=-0.5364;VQSLOD=7.4794 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1909,153,0
|
|
20 38338256 rs292869 T G 831.50 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.503;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.644;SB=-402.062;SBQD=-3.925;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1791;VQSLOD=5.7559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:861,0,1032
|
|
20 38353239 rs6513627 T G 1296.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.781;HRun=0;HaplotypeScore=8.7868;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-4.400;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.377;SB=-723.267;SBQD=1.303;SBpi=0.3501;SBpiQual=0.4598;VQSLOD=-4.8455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,51:89:99:1327,0,1141
|
|
20 38366034 rs6065152 G C 953.54 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.478;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.468;SB=-365.562;SBQD=3.296;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6599;VQSLOD=4.8492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,32:76:99:984,0,1321
|
|
20 38373898 rs295189 A G 1628.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.41;SB=-811.626;SBQD=-1.205;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.2544;VQSLOD=8.3100 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1662,129,0
|
|
20 38378033 rs7264089 A T 1347.19 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.631;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.802;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.566;SB=-670.219;SBQD=-1.271;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.2705;VQSLOD=4.9254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1377,0,1348
|
|
20 38410704 rs211884 T G 1307.30 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=26.43;MQ0=6;MQRankSum=1.654;QD=26.15;ReadPosRankSum=1.654;SB=-0.007;SBQD=30.491;SBpi=3.0560;SBpiQual=3.1283;VQSLOD=1.3664 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,45:50:99:1340,123,0
|
|
20 38449815 . C T 1466.90 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.226;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.946;QD=17.46;ReadPosRankSum=1.856;SB=-748.644;SBQD=1.986;SBpi=-0.2188;SBpiQual=-0.1594;VQSLOD=3.0861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,47:84:99:1497,0,1084
|
|
20 38458336 rs932765 T C 2566.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.41;MQ0=0;QD=36.15;SB=-1230.203;SBQD=0.737;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.3185;VQSLOD=8.0438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2599,205,0
|
|
20 38482756 rs4812413 T C 2434.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.90;SB=-1365.347;SBQD=-1.794;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.1297;VQSLOD=6.8016 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2467,193,0
|
|
20 38487588 rs6101730 T C 294.59 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.452;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=26.334;HRun=0;HaplotypeScore=7.2826;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=2.238;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.503;SB=-415.564;SBQD=8.028;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5753;VQSLOD=0.6701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,41:60:33.91:325,0,34
|
|
20 38493058 rs6028695 C T 2927.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.46;MQ0=0;QD=37.54;SB=-1369.552;SBQD=0.307;SBpi=-0.4529;SBpiQual=-0.4541;VQSLOD=8.1982 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2961,229,0
|
|
20 38496249 . G A 45.82 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.318;DP=67;Dels=0.01;FS=29.786;HRun=22;HaplotypeScore=6.6605;MQ=51.44;MQ0=1;MQRankSum=0.215;QD=0.67;ReadPosRankSum=-2.793;SB=105.293;SBQD=2.979;SBpi=1.5811;SBpiQual=1.1902;VQSLOD=-28.8914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,10:67:75.81:76,0,598
|
|
20 38542518 rs4812416 A G 1743.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=32.28;SB=-830.671;SBQD=-3.993;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.2433;VQSLOD=8.1836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1776,159,0
|
|
20 38570081 rs6016197 T C 2418.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82;SB=-1387.201;SBQD=-0.773;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0746;VQSLOD=6.9981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2451,199,0
|
|
20 38606110 rs12479923 C T 3001.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.22;MQ0=0;QD=35.31;SB=-1546.797;SBQD=1.401;SBpi=-0.2712;SBpiQual=-0.1882;VQSLOD=8.6332 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3035,238,0
|
|
20 38632402 rs6071894 G T 1070.36 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.787;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.837;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.098;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.093;SB=-560.972;SBQD=-2.491;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2591;VQSLOD=4.4071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:1100,0,1352
|
|
20 38640080 rs927378 A G 2063.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=34.98;SB=-821.682;SBQD=3.166;SBpi=0.8462;SBpiQual=1.0209;VQSLOD=8.7685 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2097,166,0
|
|
20 38645975 rs56280529 A G 1266.83 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.814;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.857;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=16.24;ReadPosRankSum=2.674;SB=-607.692;SBQD=2.089;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.1685;VQSLOD=4.7988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1297,0,1239
|
|
20 38648553 rs6129462 C T 989.62 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.468;HRun=0;HaplotypeScore=1.6647;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=13.02;ReadPosRankSum=-2.013;SB=-426.940;SBQD=6.235;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.5740;VQSLOD=4.1629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1020,0,1297
|
|
20 38674767 rs3091726 C T 3442.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8924;MQ=59.76;MQ0=0;QD=35.86;SB=-1794.720;SBQD=-0.529;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.1502;VQSLOD=6.3235 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3442,268,0
|
|
20 38681804 rs926258 G A 3044.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=36.24;SB=-1405.095;SBQD=0.002;SBpi=0.6547;SBpiQual=0.7100;VQSLOD=7.8300 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3077,238,0
|
|
20 38690639 rs2425397 G A 2892.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.48;MQ0=0;QD=35.71;SB=-1480.612;SBQD=0.200;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.2518;VQSLOD=7.1288 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2926,229,0
|
|
20 38703209 rs2425405 T C 2701.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.8419;MQ=59.50;MQ0=0;QD=32.55;SB=-1166.106;SBQD=8.064;SBpi=0.2744;SBpiQual=0.8920;VQSLOD=3.4278 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2735,235,0
|
|
20 38708670 rs6071926 G T 3012.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=36.30;SB=-1346.085;SBQD=-0.419;SBpi=-0.7135;SBpiQual=-0.7714;VQSLOD=8.2253 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3046,238,0
|
|
20 38723295 rs35295745 T G 122.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.283;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4942;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-141.168;SBQD=-2.889;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.8312;VQSLOD=0.7419 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:153,0,656
|
|
20 38725598 rs4444603 G A 493.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.22;MQ0=4;QD=12.98;SB=-218.097;SBQD=-16.516;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.5120;VQSLOD=5.3971 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:51.05:526,51,0
|
|
20 38799179 rs6065211 A C 961.48 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.105;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-395.492;SBQD=-4.831;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.6306;VQSLOD=5.3181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:991,0,1058
|
|
20 38809964 rs6065212 A G 2159.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=33.74;SB=-967.715;SBQD=0.612;SBpi=-0.8750;SBpiQual=-0.8626;VQSLOD=8.7293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2192,172,0
|
|
20 38870640 rs2870432 G C 2029.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.83;MQ0=0;QD=29.85;SB=-1054.764;SBQD=2.480;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1882;VQSLOD=4.6076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2063,174,0
|
|
20 38872691 rs6129530 C G 777.98 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-555.242;SBQD=0.564;SBpi=-0.0845;SBpiQual=0.0239;VQSLOD=5.3130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:808,0,719
|
|
20 38877186 rs7267327 C G 808.67 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.059;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.520;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.482;SB=-445.886;SBQD=-3.697;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.1729;VQSLOD=6.0448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:839,0,1371
|
|
20 38898077 rs6129553 A G 349.39 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.163;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=1.087;HRun=1;HaplotypeScore=3.7036;MQ=43.52;MQ0=6;MQRankSum=-3.038;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-226.403;SBQD=-2.135;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.9497;VQSLOD=-0.0156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:379,0,991
|
|
20 38900220 rs4267567 C T 615.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.449;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=4.134;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=44.09;MQ0=1;MQRankSum=-4.035;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.565;SB=-300.414;SBQD=4.383;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2349;VQSLOD=0.6403 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:59:99:646,0,735
|
|
20 38900361 . G C 414.97 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.582;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=40.02;MQ0=2;MQRankSum=-1.396;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-233.869;SBQD=0.127;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.6278;VQSLOD=1.7460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:445,0,803
|
|
20 38901073 rs4289251 G C 378.41 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.495;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=15.792;HRun=2;HaplotypeScore=0.9992;MQ=37.30;MQ0=5;MQRankSum=-4.383;QD=4.35;ReadPosRankSum=2.900;SB=-31.196;SBQD=-8.926;SBpi=-1.3056;SBpiQual=-1.3447;VQSLOD=-1.0814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,33:87:99:408,0,530
|
|
20 38901146 . C T 455.41 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.054;DP=76;Dels=0.00;FS=1.013;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=28.86;MQ0=7;MQRankSum=0.895;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.967;SB=-381.894;SBQD=-1.528;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4596;VQSLOD=2.5430 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:485,0,714
|
|
20 39014358 . T C 762.81 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.700;DP=64;Dels=0.00;FS=3.505;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-361.839;SBQD=6.429;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.5303;VQSLOD=3.1899 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:793,0,1059
|
|
20 39116205 rs6029140 C T 1005.85 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.772;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.966;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.260;SB=-412.399;SBQD=-3.443;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.6762;VQSLOD=5.2463 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:1036,0,1273
|
|
20 39117564 rs6016367 C T 1216.74 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.879;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.993;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-671.542;SBQD=3.925;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.1472;VQSLOD=5.5427 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1247,0,1016
|
|
20 39130902 . A G 1079.10 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DP=74;Dels=0.00;FS=7.990;HRun=0;HaplotypeScore=1.9829;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-607.870;SBQD=7.500;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.0200;VQSLOD=3.9599 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1109,0,1026
|
|
20 39182347 rs6124250 C G 1486.06 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.852;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=20.564;HRun=0;HaplotypeScore=1.8660;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=16.89;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-363.934;SBQD=11.567;SBpi=1.6774;SBpiQual=1.7971;VQSLOD=3.2660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,47:88:99:1516,0,1145
|
|
20 39200914 rs6029188 A G 559.02 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.278;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=14.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7900;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-176.018;SBQD=-9.369;SBpi=-1.1000;SBpiQual=-1.0846;VQSLOD=3.6997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:589,0,877
|
|
20 39204277 rs55963293 T C 1158.59 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=17.04;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-559.972;SBQD=0.273;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.4903;VQSLOD=5.6192 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:1189,0,857
|
|
20 39210304 rs976976 T G 983.96 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.050;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=3;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=13.48;ReadPosRankSum=-1.047;SB=-443.430;SBQD=2.031;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.4610;VQSLOD=4.8658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:1014,0,1244
|
|
20 39212979 rs6102048 A G 430.05 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.899;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.588;SB=-203.590;SBQD=-3.723;SBpi=0.2132;SBpiQual=-0.4253;VQSLOD=3.3895 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:48:99:460,0,758
|
|
20 39231106 rs6124255 C T 1111.84 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.485;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.726;SB=-596.771;SBQD=0.799;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.3507;VQSLOD=5.9223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:1142,0,1385
|
|
20 39231838 . G A 213.03 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DP=53;Dels=0.00;FS=6.474;HRun=2;HaplotypeScore=21.7115;MQ=53.14;MQ0=4;MQRankSum=0.203;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.738;SB=-307.117;SBQD=-3.114;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1756;VQSLOD=-10.7894 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:243,0,432
|
|
20 39242143 rs11698779 T C 421.15 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.770;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.004;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-497.449;SBQD=1.806;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.4659;VQSLOD=3.7455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:451,0,1554
|
|
20 39247319 rs6029214 A T 2610.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=29.33;SB=-1291.682;SBQD=-0.466;SBpi=1.0070;SBpiQual=0.9810;VQSLOD=4.4067 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2643,223,0
|
|
20 39248213 rs6065253 C T 152.19 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.528;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=20.58;MQ0=20;MQRankSum=0.188;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.659;SB=3.003;SBQD=-10.532;SBpi=-0.8018;SBpiQual=-0.9307;VQSLOD=1.6628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:48:99:182,0,189
|
|
20 39325971 . G A 548.89 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.805;DP=63;Dels=0.00;FS=3.698;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-319.830;SBQD=-5.312;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.1985;VQSLOD=4.3072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:579,0,1114
|
|
20 39353855 rs56303957 G A 1455.29 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.400;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=2.958;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=16.73;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-559.003;SBQD=2.668;SBpi=1.0104;SBpiQual=1.0036;VQSLOD=5.5223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,48:87:99:1485,0,1154
|
|
20 39368378 rs3092646 G A 817.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.314;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.466;HRun=0;HaplotypeScore=2.9658;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.053;SB=-524.102;SBQD=-3.341;SBpi=-0.0870;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=4.2689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:848,0,702
|
|
20 39372958 rs6093387 C A 681.07 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.612;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=7.642;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.895;SB=-172.199;SBQD=-7.776;SBpi=-1.6432;SBpiQual=-1.6116;VQSLOD=3.5291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:711,0,886
|
|
20 39378877 rs6093388 T C 1059.09 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=7.481;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.198;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.127;SB=-458.909;SBQD=6.676;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.6133;VQSLOD=4.9586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1089,0,1187
|
|
20 39402063 rs6016432 C T 1041.71 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.569;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.528;HRun=1;HaplotypeScore=1.8914;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-490.575;SBQD=-4.547;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5703;VQSLOD=3.0584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1072,0,1052
|
|
20 39417408 rs6029331 A G 2316.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;QD=33.10;SB=-873.221;SBQD=5.263;SBpi=1.0757;SBpiQual=1.3712;VQSLOD=7.8940 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2350,187,0
|
|
20 39424273 rs2206663 G T 1070.88 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.486;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=1.811;HRun=0;HaplotypeScore=3.4264;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.907;SB=-394.941;SBQD=2.368;SBpi=1.1068;SBpiQual=1.1346;VQSLOD=4.1920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:1101,0,1416
|
|
20 39437974 rs6102166 C T 597.56 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.226;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.160;SB=-408.496;SBQD=2.749;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.4807;VQSLOD=5.3815 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:628,0,362
|
|
20 39722856 rs1546915 T C 2292.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=30.98;SB=-1214.547;SBQD=3.817;SBpi=-0.1162;SBpiQual=0.2162;VQSLOD=8.1561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2325,205,0
|
|
20 39891874 rs6029598 T C 2337.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=32.47;SB=-1152.200;SBQD=4.738;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.2001;VQSLOD=8.3629 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2371,208,0
|
|
20 39997989 . G A 1385.94 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.923;DP=75;Dels=0.00;FS=3.207;HRun=0;HaplotypeScore=3.7202;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=18.48;ReadPosRankSum=0.543;SB=-673.866;SBQD=-3.798;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.2440;VQSLOD=2.2926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:1416,0,734
|
|
20 40207196 rs2903377 A G 1775.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.08;MQ0=0;QD=32.88;SB=-738.814;SBQD=1.724;SBpi=0.6804;SBpiQual=0.7074;VQSLOD=7.7107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1809,150,0
|
|
20 40283781 rs17281666 C T 2354.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5767;MQ=59.76;MQ0=0;QD=30.19;SB=-1381.736;SBQD=0.087;SBpi=-0.3397;SBpiQual=-0.3436;VQSLOD=6.1774 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2388,187,0
|
|
20 40288719 rs6029767 G A 2604.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.48;MQ0=0;QD=32.15;SB=-1335.407;SBQD=-0.455;SBpi=-0.6111;SBpiQual=-0.6951;VQSLOD=6.3874 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2637,205,0
|
|
20 40351458 . G C 1004.55 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.864;DP=78;Dels=0.00;FS=1.832;HRun=0;HaplotypeScore=1.7653;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.915;SB=-506.586;SBQD=-2.413;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5465;VQSLOD=4.0898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1035,0,1163
|
|
20 40353279 . A G 490.84 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.140;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.1010;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.076;SB=-302.987;SBQD=-2.709;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3897;VQSLOD=2.0188 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:521,0,730
|
|
20 40366735 rs55910440 G A 650.78 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.931;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.195;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=10.17;ReadPosRankSum=2.101;SB=-276.432;SBQD=-3.622;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6252;VQSLOD=3.2318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:681,0,1336
|
|
20 40375267 . G T 1394.16 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=90;Dels=0.00;FS=12.937;HRun=0;HaplotypeScore=3.9100;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.723;QD=15.49;ReadPosRankSum=1.869;SB=-398.249;SBQD=-8.830;SBpi=-1.4744;SBpiQual=-1.4993;VQSLOD=0.1246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:1424,0,1370
|
|
20 40391418 rs3092493 G C 2954.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.26;MQ0=4;QD=33.96;SB=-1452.055;SBQD=-4.062;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.3931;VQSLOD=8.9076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:87:99:2987,238,0
|
|
20 40395089 rs3091664 C T 1156.78 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=25.72;MQ0=7;QD=21.83;SB=-171.407;SBQD=22.035;SBpi=1.1676;SBpiQual=1.2839;VQSLOD=2.0791 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1190,111,0
|
|
20 40396811 rs3091599 C T 2916.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.43;MQ0=0;QD=34.31;SB=-1567.915;SBQD=-0.420;SBpi=0.2712;SBpiQual=0.2441;VQSLOD=8.9334 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2949,229,0
|
|
20 40431350 rs3091418 T A 2293.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=42.90;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=30.58;ReadPosRankSum=1.501;SB=-1278.510;SBQD=-7.550;SBpi=0.4650;SBpiQual=0.2968;VQSLOD=7.0862 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:2326,192,0
|
|
20 40474033 rs2866822 A G 2735.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18;SB=-1332.938;SBQD=-4.757;SBpi=-0.0542;SBpiQual=-0.4635;VQSLOD=7.9330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2768,244,0
|
|
20 40585126 . C T 739.43 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DP=60;Dels=0.00;FS=3.717;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.297;SB=-304.912;SBQD=-4.164;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.6621;VQSLOD=4.3751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:769,0,1009
|
|
20 40599150 rs6029899 G A 857.46 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.871;QD=12.61;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-318.860;SBQD=0.901;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.9884;VQSLOD=5.4007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:887,0,1195
|
|
20 40630668 rs6124409 A G 697.58 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.742;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.145;HRun=0;HaplotypeScore=1.9575;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-366.629;SBQD=-2.637;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.1161;VQSLOD=5.1017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:728,0,1188
|
|
20 40637804 rs6016656 A G 2456.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=34.59;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-1283.219;SBQD=0.076;SBpi=-0.2390;SBpiQual=-0.1466;VQSLOD=8.1528 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:2489,196,0
|
|
20 40641925 rs17217827 C A 1168.22 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.029;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=8.256;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.292;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.152;SB=-576.654;SBQD=7.482;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.1692;VQSLOD=6.4219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1198,0,1024
|
|
20 40667352 rs6029939 C T 1082.33 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.679;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.626;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.367;SB=-455.129;SBQD=4.971;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.7686;VQSLOD=5.1092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1112,0,1024
|
|
20 40670738 rs2207221 A C 940.67 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.3670;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-533.106;SBQD=-0.147;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2262;VQSLOD=4.4165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:971,0,1118
|
|
20 40684493 rs6016671 G C 901.27 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.387;SB=-417.097;SBQD=-3.918;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.4359;VQSLOD=5.8319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:931,0,1105
|
|
20 40695130 rs4812576 A T 948.94 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.021;SB=-486.429;SBQD=-2.185;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0854;VQSLOD=5.8995 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:979,0,1018
|
|
20 40700626 rs6016677 G A 757.86 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.914;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.083;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.156;SB=-317.058;SBQD=-3.193;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.9156;VQSLOD=4.4356 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,29:70:99:788,0,1231
|
|
20 40707879 rs2866943 C T 1220.04 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.692;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.064;HRun=0;HaplotypeScore=1.8910;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.891;QD=15.64;ReadPosRankSum=1.911;SB=-645.316;SBQD=-2.917;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0170;VQSLOD=5.5111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1250,0,1065
|
|
20 40718159 rs1126101 G A 960.50 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.278;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=13.16;ReadPosRankSum=2.751;SB=-482.132;SBQD=0.408;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.0743;VQSLOD=4.0713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:73:99:990,0,1357
|
|
20 40739367 rs6102677 T C 958.32 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.399;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.613;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.090;SB=-225.434;SBQD=7.788;SBpi=1.5435;SBpiQual=1.5954;VQSLOD=3.7664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:988,0,906
|
|
20 40780796 rs6016698 C T 2236.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=37.90;SB=-941.643;SBQD=-0.558;SBpi=0.7160;SBpiQual=0.6991;VQSLOD=8.9278 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2269,178,0
|
|
20 40801483 rs1883377 C T 1885.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.40;MQ0=0;QD=32.50;SB=-986.951;SBQD=-2.379;SBpi=-0.2626;SBpiQual=-0.4180;VQSLOD=8.6205 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1918,156,0
|
|
20 40804824 rs2179336 A T 3127.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.51;MQ0=0;QD=36.80;SB=-1200.670;SBQD=-0.798;SBpi=-1.2474;SBpiQual=-1.3846;VQSLOD=7.1670 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3161,244,0
|
|
20 40809486 rs6030030 C T 2776.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7675;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.05;SB=-1173.087;SBQD=-0.866;SBpi=-0.8547;SBpiQual=-0.9535;VQSLOD=5.1149 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2809,223,0
|
|
20 40834622 rs12625238 T C 2411.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.71;MQ0=0;QD=33.49;SB=-847.571;SBQD=7.376;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.6008;VQSLOD=8.3000 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2444,205,0
|
|
20 40859187 rs6030073 T C 2364.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=32.85;SB=-1076.661;SBQD=0.377;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.7007;VQSLOD=7.6298 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2398,199,0
|
|
20 40872121 rs6030083 C T 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=37.63;SB=-1158.111;SBQD=0.035;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.1942;VQSLOD=8.7830 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2404,190,0
|
|
20 40873438 rs16986710 C T 833.25 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.966;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.959;SB=-401.586;SBQD=0.860;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.4362;VQSLOD=4.4648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:77:99:863,0,1294
|
|
20 40931176 . T C 1058.05 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;DP=71;Dels=0.00;FS=3.324;HRun=2;HaplotypeScore=1.7675;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.144;SB=-549.954;SBQD=-3.041;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.4563;VQSLOD=4.0401 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1088,0,1002
|
|
20 40951864 . T C 35.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.92;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DP=75;Dels=0.00;FS=4.199;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.25;MQ0=19;MQRankSum=1.709;QD=0.47;ReadPosRankSum=2.874;SB=11.292;SBQD=-0.928;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4493;VQSLOD=-1.3638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,6:75:65.32:65,0,1122
|
|
20 40951891 . C A 44.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.93;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=82;Dels=0.00;FS=11.643;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.94;MQ0=27;MQRankSum=1.390;QD=0.54;ReadPosRankSum=2.470;SB=23.305;SBQD=-1.268;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4380;VQSLOD=-1.3706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,6:82:74.36:74,0,1008
|
|
20 40986370 rs6072696 G A 888.76 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.219;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.082;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.151;QD=14.57;ReadPosRankSum=-1.773;SB=-411.064;SBQD=-5.554;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.6513;VQSLOD=4.3560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:919,0,791
|
|
20 40988810 rs55770535 A C 719.09 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.202;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.978;SB=-231.951;SBQD=6.079;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.1468;VQSLOD=4.0316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:749,0,1141
|
|
20 41008019 rs4812592 T C 2346.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=31.29;SB=-1290.776;SBQD=-2.239;SBpi=0.4041;SBpiQual=0.2712;VQSLOD=7.6425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2380,196,0
|
|
20 41008738 rs10485691 C A 1161.75 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.760;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=5.812;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.384;SB=-442.486;SBQD=-5.255;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-0.9689;VQSLOD=4.3665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1192,0,1293
|
|
20 41017555 rs2425482 C G 1195.59 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.015;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.135;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.302;SB=-521.282;SBQD=-2.809;SBpi=-0.9690;SBpiQual=-0.8343;VQSLOD=4.0199 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1226,0,1010
|
|
20 41035590 rs932320 A T 1759.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.18;SB=-917.538;SBQD=-0.299;SBpi=-0.1414;SBpiQual=-0.1727;VQSLOD=8.2294 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1792,141,0
|
|
20 41048540 . C A 675.21 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.897;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.882;SB=-224.207;SBQD=0.709;SBpi=1.1000;SBpiQual=1.0852;VQSLOD=3.9260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:705,0,594
|
|
20 41058122 rs6513791 T C 1773.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.66;SB=-736.294;SBQD=0.961;SBpi=0.9354;SBpiQual=1.0081;VQSLOD=5.9871 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1806,144,0
|
|
20 41071774 rs6016796 G A 1269.73 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.122;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.838;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=15.87;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-569.669;SBQD=-3.204;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4516;VQSLOD=5.5931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1300,0,1067
|
|
20 41071864 rs6016797 T A 813.13 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.457;HRun=0;HaplotypeScore=1.8991;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.791;QD=11.45;ReadPosRankSum=-1.513;SB=-458.857;SBQD=5.746;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0472;VQSLOD=4.7660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:843,0,1276
|
|
20 41092979 rs6030263 A T 1012.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.927;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=14.26;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-392.977;SBQD=0.581;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.9343;VQSLOD=3.9804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1043,0,1205
|
|
20 41106608 rs6072756 T C 739.10 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=8.093;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.352;SB=-422.300;SBQD=-8.572;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.0151;VQSLOD=5.5238 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:769,0,590
|
|
20 41117376 rs230160 G A 993.95 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.551;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.195;HRun=0;HaplotypeScore=2.1904;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=1.992;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.447;SB=-526.597;SBQD=-4.832;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.2256;VQSLOD=5.1311 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:75:99:1024,0,975
|
|
20 41169492 rs6016817 C T 2455.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=36.65;SB=-1075.727;SBQD=2.226;SBpi=0.5498;SBpiQual=0.6970;VQSLOD=6.6222 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2488,193,0
|
|
20 41175260 . C T 929.99 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DP=79;Dels=0.00;FS=14.266;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.094;SB=-252.008;SBQD=9.739;SBpi=1.3720;SBpiQual=1.4693;VQSLOD=2.8906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:960,0,1497
|
|
20 41200266 rs6130168 C T 1414.34 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.784;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=2.794;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-531.460;SBQD=-4.177;SBpi=-0.8847;SBpiQual=-1.0252;VQSLOD=4.5346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1444,0,1391
|
|
20 41213177 rs6072802 A C 1143.60 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.654;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=8.734;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-388.185;SBQD=9.102;SBpi=0.7028;SBpiQual=1.1386;VQSLOD=5.3684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1174,0,1330
|
|
20 41224562 rs722556 G A 893.46 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=9.764;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-300.764;SBQD=-7.465;SBpi=-1.3333;SBpiQual=-1.3791;VQSLOD=4.5642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:923,0,1307
|
|
20 41230763 rs6102929 A G 1349.53 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.410;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=9.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-358.990;SBQD=-9.421;SBpi=-1.4434;SBpiQual=-1.7070;VQSLOD=5.2332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:1380,0,1014
|
|
20 41243536 rs6102951 G A 463.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.791;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.6981;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.954;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.216;SB=-30.984;SBQD=-8.388;SBpi=-2.0125;SBpiQual=-2.0901;VQSLOD=0.6194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:494,0,801
|
|
20 41251554 rs11697778 A G 563.26 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.197;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.884;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.790;SB=-296.020;SBQD=-2.125;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.3048;VQSLOD=3.0753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:593,0,972
|
|
20 41255266 rs6030375 A G 607.06 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.010;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.028;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.387;SB=-347.805;SBQD=-3.997;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.3453;VQSLOD=4.3414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:637,0,909
|
|
20 41261278 . A G 982.10 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=15.84;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-420.111;SBQD=0.673;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.5830;VQSLOD=4.7975 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:1012,0,893
|
|
20 41276643 rs2223541 T C 781.90 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=9.493;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.493;SB=-439.031;SBQD=-8.580;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1269;VQSLOD=6.4699 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:812,0,976
|
|
20 41284782 rs2425505 T C 2682.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=34.84;SB=-1254.610;SBQD=-0.439;SBpi=0.6268;SBpiQual=0.5892;VQSLOD=8.8929 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2716,217,0
|
|
20 41381133 . G A 691.11 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.089;DP=64;Dels=0.00;FS=3.585;HRun=0;HaplotypeScore=1.9761;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.667;SB=-330.190;SBQD=4.497;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2304;VQSLOD=4.0130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:721,0,1151
|
|
20 41406494 rs2146615 T C 2190.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19;SB=-850.702;SBQD=1.772;SBpi=1.1078;SBpiQual=1.2398;VQSLOD=7.7462 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2224,184,0
|
|
20 41412265 rs6103041 T C 1838.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.18;SB=-1088.611;SBQD=-1.245;SBpi=-0.8778;SBpiQual=-1.0066;VQSLOD=4.7492 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1871,147,0
|
|
20 41426189 rs4812649 G C 137.78 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.131;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.322;SB=-109.121;SBQD=-0.676;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3158;VQSLOD=1.9012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,10:44:99:168,0,749
|
|
20 41426327 . A G 896.27 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=67;Dels=0.00;FS=11.364;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=1.339;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.622;SB=-220.007;SBQD=8.945;SBpi=1.3470;SBpiQual=1.5182;VQSLOD=3.5202 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:926,0,1117
|
|
20 41449430 . C T 1460.13 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.294;DP=76;Dels=0.00;FS=4.761;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=19.21;ReadPosRankSum=1.353;SB=-663.321;SBQD=-4.390;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7279;VQSLOD=3.5023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,49:76:99:1490,0,672
|
|
20 41456060 rs208234 T C 1065.87 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.514;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=2.777;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.929;SB=-658.775;SBQD=2.861;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.0643;VQSLOD=5.5178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:1096,0,1584
|
|
20 41457209 rs208231 A G 1644.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6483;MQ=59.57;MQ0=0;QD=30.45;SB=-745.696;SBQD=-0.339;SBpi=0.9526;SBpiQual=0.9548;VQSLOD=6.2232 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1677,135,0
|
|
20 41651848 rs206156 C T 1906.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.70;MQ0=0;QD=24.45;SB=-1252.453;SBQD=0.377;SBpi=-0.6794;SBpiQual=-0.7151;VQSLOD=4.9849 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1940,153,0
|
|
20 41655873 rs206161 T C 2152.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;QD=31.65;SB=-1000.781;SBQD=-1.014;SBpi=-0.7276;SBpiQual=-0.7908;VQSLOD=6.7250 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2185,177,0
|
|
20 41740041 . G A 622.85 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.563;DP=63;Dels=0.00;FS=2.286;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=57.34;MQ0=1;MQRankSum=-0.152;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-216.202;SBQD=5.499;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.2246;VQSLOD=3.3467 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:653,0,759
|
|
20 41743989 rs6072981 C A 1062.94 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.366;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.570;SB=-591.157;SBQD=-0.587;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.2101;VQSLOD=5.9116 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,39:73:99:1093,0,1042
|
|
20 41751866 rs2096076 A G 2682.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.91;MQ0=0;QD=33.53;SB=-1307.614;SBQD=0.606;SBpi=-0.5590;SBpiQual=-0.5701;VQSLOD=6.9123 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2715,217,0
|
|
20 41768157 rs4352282 G A 2949.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;QD=33.90;SB=-1351.406;SBQD=-0.177;SBpi=-0.9113;SBpiQual=-0.9802;VQSLOD=7.8762 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2982,232,0
|
|
20 41778943 rs947202 G A 2237.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=32.91;SB=-922.737;SBQD=2.112;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.2509;VQSLOD=7.7649 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2271,178,0
|
|
20 41948619 rs55990086 A G 844.37 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.210;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.198;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-376.196;SBQD=-3.337;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.5987;VQSLOD=4.4606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:874,0,916
|
|
20 41952291 rs8115809 A G 465.25 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.009;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=32.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-2.794;SBQD=16.985;SBpi=1.7889;SBpiQual=1.9190;VQSLOD=3.6317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,20:56:99:495,0,1215
|
|
20 41954397 rs13043054 C T 729.10 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.627;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.332;SB=-331.468;SBQD=-1.657;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.3404;VQSLOD=5.5904 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:759,0,540
|
|
20 41956519 rs7271259 A G 1138.02 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=10.455;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=2.511;QD=16.49;ReadPosRankSum=1.045;SB=-552.230;SBQD=-5.957;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.4083;VQSLOD=4.5121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:69:99:1168,0,841
|
|
20 41960825 rs6065599 C T 471.01 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.345;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.980;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.426;SB=-135.821;SBQD=-10.391;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-1.6419;VQSLOD=5.3164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:58:99:501,0,458
|
|
20 41995055 rs58274934 C T 1570.21 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.502;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=18.92;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-838.483;SBQD=0.149;SBpi=0.0687;SBpiQual=0.1261;VQSLOD=5.8479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,53:83:99:1600,0,664
|
|
20 42006727 rs1983596 G T 648.66 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.522;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=14.0811;MQ=55.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.631;SB=-341.679;SBQD=0.192;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.4748;VQSLOD=-1.8615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:679,0,774
|
|
20 42030441 rs6030830 T C 323.71 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.675;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.379;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=24.55;MQ0=15;MQRankSum=0.874;QD=4.83;ReadPosRankSum=1.235;SB=-11.507;SBQD=-7.849;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-0.8243;VQSLOD=2.9112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:354,0,745
|
|
20 42032973 rs6017040 C T 596.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.094;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=47.45;MQ0=0;MQRankSum=-6.916;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.550;SB=-299.417;SBQD=-0.626;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.5945;VQSLOD=-6.1223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:626,0,1108
|
|
20 42034232 rs7348198 T A 773.14 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.202;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.858;HRun=6;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.864;SB=-445.895;SBQD=0.922;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.4160;VQSLOD=3.1889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:803,0,1321
|
|
20 42034850 rs6030844 A C 1191.69 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.800;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.037;SB=-649.010;SBQD=-2.666;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.1704;VQSLOD=5.7742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1222,0,1270
|
|
20 42038858 rs1120059 A G 3624.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=56.27;MQ0=0;QD=34.20;SB=-1647.665;SBQD=1.334;SBpi=-0.9713;SBpiQual=-0.9975;VQSLOD=7.3231 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:3624,292,0
|
|
20 42051580 rs12479650 T G 1332.43 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.246;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.907;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.816;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.874;SB=-514.200;SBQD=-0.997;SBpi=1.2143;SBpiQual=0.8663;VQSLOD=4.9071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,49:81:99:1362,0,967
|
|
20 42055463 rs13041897 T G 2158.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7353;MQ=59.79;MQ0=0;QD=27.32;SB=-1349.636;SBQD=3.240;SBpi=-0.0563;SBpiQual=0.1667;VQSLOD=4.2357 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2191,175,0
|
|
20 42059280 rs56405994 T C 1077.79 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.907;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=15.40;ReadPosRankSum=1.047;SB=-514.551;SBQD=1.148;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3843;VQSLOD=5.8986 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1108,0,921
|
|
20 42071545 rs12481245 C T 1594.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.53;MQ0=0;QD=31.27;SB=-749.693;SBQD=-3.235;SBpi=-0.6301;SBpiQual=-0.8052;VQSLOD=7.1245 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1628,129,0
|
|
20 42073457 rs6103325 C T 1985.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=31.02;SB=-1024.229;SBQD=-2.152;SBpi=-0.3750;SBpiQual=-0.5803;VQSLOD=7.8421 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2018,165,0
|
|
20 42099331 rs3746532 A C 434.47 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.667;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=6.952;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.153;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.692;SB=-247.261;SBQD=7.610;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.3250;VQSLOD=2.5168 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:464,0,1013
|
|
20 42121878 rs2867664 G A 3021.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=37.30;SB=-1506.512;SBQD=1.270;SBpi=-0.2778;SBpiQual=-0.2085;VQSLOD=8.4512 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3055,235,0
|
|
20 42167236 rs2269625 C T 1135.13 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.944;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=7.423;HRun=0;HaplotypeScore=2.7330;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.364;QD=17.46;ReadPosRankSum=0.178;SB=-325.136;SBQD=7.470;SBpi=1.3333;SBpiQual=1.4231;VQSLOD=4.0196 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1165,0,706
|
|
20 42168548 rs4812718 G A 583.15 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.919;HRun=0;HaplotypeScore=1.8533;MQ=56.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-295.727;SBQD=-5.007;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.5387;VQSLOD=4.6297 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:66:99:613,0,1032
|
|
20 42181112 rs60010345 A G 876.84 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.983;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.149;HRun=1;HaplotypeScore=2.9847;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.443;QD=13.92;ReadPosRankSum=-1.988;SB=-527.041;SBQD=-2.409;SBpi=0.4867;SBpiQual=-0.0275;VQSLOD=3.3014 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:907,0,738
|
|
20 42182425 rs34999583 T C 545 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.831;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.869;HRun=0;HaplotypeScore=2.7001;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.432;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.866;SB=-176.322;SBQD=3.032;SBpi=0.9806;SBpiQual=0.9156;VQSLOD=3.0006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:575,0,966
|
|
20 42216647 rs1055334 A G 1280.08 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.392;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=7.755;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=16.84;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-515.286;SBQD=-9.685;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.7236;VQSLOD=6.1062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,44:76:99:1310,0,949
|
|
20 42228984 rs1986255 A G 646.82 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.996;SB=-285.827;SBQD=-10.255;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.8050;VQSLOD=5.6198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:677,0,580
|
|
20 42238822 rs6030981 C T 590.84 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=3.268;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.88;MQ0=1;MQRankSum=0.961;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.163;SB=-154.515;SBQD=8.108;SBpi=1.2792;SBpiQual=1.3948;VQSLOD=4.6345 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:621,0,331
|
|
20 42313441 rs608805 T C 1346.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=57.73;MQ0=0;QD=32.06;SB=-452.865;SBQD=2.748;SBpi=1.2344;SBpiQual=1.3714;VQSLOD=6.6134 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1380,111,0
|
|
20 42329799 rs285165 C T 1654.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.58;SB=-1032.520;SBQD=-1.513;SBpi=-0.2582;SBpiQual=-0.3299;VQSLOD=6.2039 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1688,132,0
|
|
20 42332782 rs285169 C T 1300.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=26.53;SB=-823.480;SBQD=0.416;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.3709;VQSLOD=4.6235 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1333,105,0
|
|
20 42355753 rs3091249 C T 2788.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;QD=36.21;SB=-973.466;SBQD=-2.497;SBpi=-1.4245;SBpiQual=-1.6908;VQSLOD=8.3744 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2821,223,0
|
|
20 42359295 rs370783 G C 2358.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.252;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=31.44;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-1254.387;SBQD=-1.111;SBpi=-0.3487;SBpiQual=-0.2954;VQSLOD=6.3607 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:2391,156,0
|
|
20 42375432 rs880064 G A 971.70 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.827;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=14.50;ReadPosRankSum=-1.452;SB=-555.218;SBQD=-1.028;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1375;VQSLOD=4.6310 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:1002,0,896
|
|
20 42430460 rs7409624 G A 184.30 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=7.745;HRun=2;HaplotypeScore=91.8183;MQ=57.37;MQ0=1;MQRankSum=0.395;QD=3.69;ReadPosRankSum=-4.133;SB=-43.381;SBQD=7.561;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.7997;VQSLOD=-256.3555 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,11:50:99:214,0,1118
|
|
20 42436430 rs449143 A T 3581.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=35.81;SB=-1786.438;SBQD=0.639;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4772;VQSLOD=5.6424 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3581,274,0
|
|
20 42450091 rs4420759 G A 2093.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=0;QD=34.89;SB=-843.268;SBQD=-0.979;SBpi=-1.0328;SBpiQual=-1.1261;VQSLOD=8.1891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2127,166,0
|
|
20 42455718 rs4812740 C T 3124.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=38.10;SB=-1305.410;SBQD=-0.731;SBpi=0.8835;SBpiQual=0.8738;VQSLOD=8.6181 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3158,244,0
|
|
20 42465453 rs6073214 A T 2532.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.7388;MQ=59.38;MQ0=0;QD=33.76;SB=-944.972;SBQD=2.667;SBpi=1.2124;SBpiQual=1.4364;VQSLOD=2.6066 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:75:99:2565,202,0
|
|
20 42470925 rs55882095 C T 697.67 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.348;HRun=1;HaplotypeScore=1.8288;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.450;SB=-326.678;SBQD=5.981;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.2189;VQSLOD=4.9166 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:728,0,809
|
|
20 42501897 rs4812748 G A 871.43 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.774;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.39;MQ0=5;MQRankSum=-2.929;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-389.211;SBQD=-4.112;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0516;VQSLOD=1.9012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:901,0,995
|
|
20 42504752 rs8114376 C T 927.29 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.442;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.891;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.634;SB=-417.469;SBQD=0.887;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3464;VQSLOD=5.1909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:71:99:957,0,1199
|
|
20 42527683 rs1883740 C T 969.72 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.968;HRun=0;HaplotypeScore=2.5551;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.440;SB=-424.615;SBQD=-1.980;SBpi=-1.2344;SBpiQual=-1.2292;VQSLOD=4.2838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1000,0,677
|
|
20 42563466 rs28627401 A G 49.37 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.77;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.122;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=18.694;HRun=0;HaplotypeScore=2.4930;MQ=52.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.305;QD=0.75;ReadPosRankSum=-2.861;SB=-19.054;SBQD=6.579;SBpi=1.1619;SBpiQual=1.1049;VQSLOD=-3.6438 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,15:66:79.36:79,0,1067
|
|
20 42606760 rs6017231 T C 2000.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.6671;MQ=54.13;MQ0=0;QD=28.58;SB=-955.003;SBQD=4.203;SBpi=0.4781;SBpiQual=0.9455;VQSLOD=5.0301 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2034,180,0
|
|
20 42630466 rs6103555 T C 545.75 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.139;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=9.722;HRun=2;HaplotypeScore=1.9863;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.178;SB=-173.218;SBQD=-6.116;SBpi=-1.6432;SBpiQual=-1.2887;VQSLOD=2.4458 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:576,0,1072
|
|
20 42657984 rs6103574 T G 866.98 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.530;HRun=3;HaplotypeScore=3.2655;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.174;SB=-271.646;SBQD=5.797;SBpi=1.2005;SBpiQual=1.3581;VQSLOD=2.6222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:70:99:897,0,1168
|
|
20 42669827 . A G 804.32 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.541;DP=64;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-363.957;SBQD=-3.082;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.5598;VQSLOD=3.9364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:834,0,733
|
|
20 42703803 rs1108946 C G 496.12 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-242.689;SBQD=3.324;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.5014;VQSLOD=5.6135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:526,0,433
|
|
20 42743249 rs56170305 T C 149.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.738;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=6.493;HRun=0;HaplotypeScore=1.8288;MQ=52.98;MQ0=1;MQRankSum=-1.117;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-302.740;SBQD=6.470;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.3811;VQSLOD=0.3888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:180,0,401
|
|
20 42748368 rs62205904 G A 649.28 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.806;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.957;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.01;MQ0=1;MQRankSum=-1.474;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.124;SB=-388.477;SBQD=5.696;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1317;VQSLOD=4.0845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:679,0,567
|
|
20 42755439 rs6130538 C A 605.68 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.316;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-344.743;SBQD=-3.079;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.1327;VQSLOD=5.0106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:636,0,1078
|
|
20 42756534 rs6103638 G A 598.75 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.212;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.182;SB=-313.067;SBQD=2.900;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.3278;VQSLOD=5.3899 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:629,0,1154
|
|
20 42758241 rs761210 G A 683.28 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.347;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.3390;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=0.970;QD=11.20;ReadPosRankSum=-1.889;SB=-547.612;SBQD=0.240;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1931;VQSLOD=3.2071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,35:61:99:713,0,664
|
|
20 42768283 rs6103646 A G 3428.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.43;MQ0=0;QD=37.27;SB=-1517.330;SBQD=0.259;SBpi=-0.7298;SBpiQual=-0.7661;VQSLOD=8.5881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3428,268,0
|
|
20 42770836 rs11086919 C G 1687.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;QD=30.13;SB=-796.203;SBQD=1.049;SBpi=-0.8018;SBpiQual=-0.7062;VQSLOD=5.9750 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1720,138,0
|
|
20 42770972 rs58442973 G A 987.34 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.842;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=17.32;ReadPosRankSum=-2.437;SB=-559.402;SBQD=4.001;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.2319;VQSLOD=4.0068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,37:57:99:1017,0,494
|
|
20 42774530 rs882699 G A 779.43 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.859;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-387.481;SBQD=-1.119;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.1719;VQSLOD=5.7410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:809,0,587
|
|
20 42781444 rs2425626 A G 674.48 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.558;SB=-371.445;SBQD=0.533;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0591;VQSLOD=5.8563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:66:99:704,0,1354
|
|
20 42799080 rs6073356 A G 1103.19 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.275;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-552.636;SBQD=-2.384;SBpi=0.0745;SBpiQual=-0.2331;VQSLOD=6.4633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:91:99:1133,0,1422
|
|
20 42842363 . T A 701.92 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.632;DP=53;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=13.24;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-362.646;SBQD=3.035;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.4534;VQSLOD=3.3493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:732,0,798
|
|
20 42847766 rs55691720 A G 824.51 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.848;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.650;SB=-374.032;SBQD=-1.964;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.4461;VQSLOD=5.7894 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:855,0,999
|
|
20 42860618 . G C 668.32 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.042;DP=71;Dels=0.00;FS=3.410;HRun=0;HaplotypeScore=2.7633;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.029;SB=-367.475;SBQD=-2.697;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.4108;VQSLOD=3.2143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,29:71:99:698,0,1290
|
|
20 42861631 rs13037106 C T 273.16 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.275;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.603;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.154;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.626;SB=-177.342;SBQD=-3.809;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0486;VQSLOD=4.4883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:303,0,281
|
|
20 42891809 rs2293 C G 520.28 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.694;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.739;SB=-280.100;SBQD=5.127;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.3162;VQSLOD=4.8220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:550,0,579
|
|
20 42914121 rs2208065 C A 741.22 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.167;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.224;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.062;SB=-308.601;SBQD=-3.806;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.7487;VQSLOD=5.3251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:771,0,806
|
|
20 42914481 rs4501013 T C 1134.66 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.700;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.875;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.609;SB=-447.873;SBQD=1.715;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.7320;VQSLOD=5.2016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1165,0,1306
|
|
20 42920097 . G A 937.98 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.340;DP=63;Dels=0.00;FS=2.136;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.395;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.846;SB=-435.394;SBQD=-4.078;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3683;VQSLOD=3.7364 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:968,0,885
|
|
20 42922128 rs1884609 C T 833.61 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.774;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=12.82;ReadPosRankSum=-1.194;SB=-408.346;SBQD=0.241;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.3876;VQSLOD=4.9346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:864,0,998
|
|
20 42925576 rs36168717 C G 845.11 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=10.929;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=50.45;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=12.61;ReadPosRankSum=1.337;SB=-410.782;SBQD=6.583;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.2791;VQSLOD=5.1422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:875,0,880
|
|
20 42926958 rs11086922 A G 2954.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.73;MQ0=0;QD=34.36;SB=-1491.278;SBQD=0.817;SBpi=0.3235;SBpiQual=0.4084;VQSLOD=7.2980 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2988,238,0
|
|
20 42956922 rs6065723 C T 637.92 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.187;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.165;SB=-320.851;SBQD=-1.268;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.4463;VQSLOD=5.2451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:668,0,697
|
|
20 42972275 rs4812826 G A 1280.96 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.666;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.922;HRun=1;HaplotypeScore=2.4691;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=15.43;ReadPosRankSum=1.435;SB=-489.343;SBQD=3.507;SBpi=0.8590;SBpiQual=0.9095;VQSLOD=4.3380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1311,0,1306
|
|
20 43003122 rs36112520 G A 1411.72 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.900;HRun=1;HaplotypeScore=1.9880;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=17.22;ReadPosRankSum=0.904;SB=-642.852;SBQD=-3.222;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.4857;VQSLOD=4.4063 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,48:82:99:1442,0,1014
|
|
20 43028390 rs3212172 A G 954.26 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.254;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4902;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.342;SB=-529.932;SBQD=-2.038;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.3861;VQSLOD=4.4185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:984,0,1071
|
|
20 43035780 rs6093976 C T 908.91 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.711;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=0;HaplotypeScore=1.6648;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.450;SB=-501.486;SBQD=0.069;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.2722;VQSLOD=5.5815 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:70:99:939,0,907
|
|
20 43040137 rs3212193 C T 152.50 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.933;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-50.338;SBQD=12.986;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6917;VQSLOD=4.7929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:182,0,111
|
|
20 43041732 rs6073433 G A 969.99 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=14.306;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=14.48;ReadPosRankSum=-1.783;SB=-572.452;SBQD=-8.201;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2079;VQSLOD=4.8893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1000,0,842
|
|
20 43084963 rs6093983 G A 608.93 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.463;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=2.347;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.386;SB=-318.904;SBQD=-2.941;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.2502;VQSLOD=4.4388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:639,0,968
|
|
20 43195376 . A G 798.52 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.607;DP=69;Dels=0.00;FS=6.719;HRun=0;HaplotypeScore=1.9988;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.837;SB=-254.702;SBQD=6.728;SBpi=0.9449;SBpiQual=1.0229;VQSLOD=3.5641 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:829,0,1205
|
|
20 43267265 rs446125 T G 724.92 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.772;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.974;HRun=0;HaplotypeScore=1.9866;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.005;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-342.693;SBQD=-0.526;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.4853;VQSLOD=4.9663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:755,0,1146
|
|
20 43272338 rs2299691 T G 561.97 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.720;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.675;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-194.319;SBQD=-9.553;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-1.4234;VQSLOD=5.7434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:592,0,406
|
|
20 43274030 rs2477898 T G 597.49 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=8.8515;MQ=58.08;MQ0=0;QD=12.99;SB=-515.744;SBQD=-5.907;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.9500;VQSLOD=1.9138 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:54.13:630,54,0
|
|
20 43282571 rs11700357 G A 1964.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=34.47;SB=-892.462;SBQD=0.502;SBpi=0.5960;SBpiQual=0.6119;VQSLOD=8.2801 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1998,159,0
|
|
20 43285217 rs6031702 T C 1725.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75;SB=-958.023;SBQD=7.372;SBpi=-0.1291;SBpiQual=0.4081;VQSLOD=6.2831 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1758,150,0
|
|
20 43288087 rs6094017 C T 2743.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.54;MQ0=0;QD=33.87;SB=-1318.582;SBQD=3.609;SBpi=0.3889;SBpiQual=0.6052;VQSLOD=8.1865 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2777,214,0
|
|
20 43301652 rs4810429 T C 1714.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.67;MQ0=0;QD=27.21;SB=-879.201;SBQD=2.540;SBpi=0.4410;SBpiQual=0.6428;VQSLOD=5.6474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1747,159,0
|
|
20 43303336 rs6073509 C T 923.75 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.940;HRun=2;HaplotypeScore=2.7811;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=1.366;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.548;SB=-384.470;SBQD=1.931;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.8671;VQSLOD=3.6664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:954,0,1070
|
|
20 43349217 rs4812858 T C 2024.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=34.31;SB=-1084.526;SBQD=-1.995;SBpi=0.0651;SBpiQual=-0.0595;VQSLOD=9.1944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2057,165,0
|
|
20 43356156 rs1061098 C T 478.67 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=14.192;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-211.939;SBQD=-11.529;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.5413;VQSLOD=5.6457 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:509,0,956
|
|
20 43364872 rs6031772 T A 1858.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=26.93;SB=-1332.540;SBQD=-0.774;SBpi=0.0602;SBpiQual=0.0221;VQSLOD=4.9902 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1891,150,0
|
|
20 43392923 rs6031786 G A 1694.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.21;MQ0=0;QD=21.45;SB=-979.044;SBQD=1.626;SBpi=-1.5189;SBpiQual=-1.6174;VQSLOD=3.1698 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:1727,135,0
|
|
20 43481937 rs8117935 A C 1218.50 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.811;HRun=0;HaplotypeScore=2.5640;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-594.907;SBQD=2.156;SBpi=0.2343;SBpiQual=0.1973;VQSLOD=4.8960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1248,0,1294
|
|
20 43520530 . A G 1026.95 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.943;DP=74;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=13.88;ReadPosRankSum=-1.426;SB=-479.046;SBQD=-1.240;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.2391;VQSLOD=4.1213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:1057,0,1339
|
|
20 43548642 rs2425683 C T 2227.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=32.76;SB=-1233.570;SBQD=-2.865;SBpi=0.2425;SBpiQual=0.0134;VQSLOD=3.6476 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2261,184,0
|
|
20 43593183 rs3761190 A G 769.37 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=11.318;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.482;SB=-240.503;SBQD=9.562;SBpi=0.8356;SBpiQual=1.0333;VQSLOD=3.9722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:799,0,941
|
|
20 43608925 rs34748157 G C 1467.01 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.525;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.773;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.916;SB=-665.254;SBQD=-0.757;SBpi=0.5657;SBpiQual=0.6290;VQSLOD=5.4157 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:1497,0,1477
|
|
20 43611340 rs6031906 T C 949.69 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.232;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.935;SB=-325.454;SBQD=-1.743;SBpi=-0.8839;SBpiQual=-1.0444;VQSLOD=5.6419 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:980,0,1080
|
|
20 43611378 rs6031907 G A 1123.77 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.980;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=6.071;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.565;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-574.070;SBQD=4.779;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0279;VQSLOD=5.5568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1154,0,1099
|
|
20 43617226 rs11908011 C G 417.37 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=3.261;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-210.206;SBQD=-2.376;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.5548;VQSLOD=5.3849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:447,0,456
|
|
20 43672713 rs6073611 A G 642.31 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.360;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.004;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.140;SB=-265.228;SBQD=-1.279;SBpi=-0.5213;SBpiQual=-0.4828;VQSLOD=5.0862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:672,0,1228
|
|
20 43696456 rs2267861 A T 1305.72 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.081;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=9.040;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.684;QD=16.32;ReadPosRankSum=-1.463;SB=-555.765;SBQD=-7.409;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.5026;VQSLOD=3.8132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1336,0,1224
|
|
20 43715188 rs1003855 T C 778.80 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=20.937;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.259;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.071;SB=-323.349;SBQD=-12.459;SBpi=-0.9574;SBpiQual=-0.9770;VQSLOD=5.1049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:809,0,1217
|
|
20 43736533 rs916311 T G 1060.79 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4698;MQ=55.95;MQ0=0;MQRankSum=0.548;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-496.933;SBQD=-0.440;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6506;VQSLOD=4.3400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1091,0,1011
|
|
20 43756802 rs6104024 T C 1112.59 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.639;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=11.71;ReadPosRankSum=-1.190;SB=-466.781;SBQD=3.966;SBpi=0.3015;SBpiQual=0.6930;VQSLOD=5.1957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,44:95:99:1143,0,1511
|
|
20 43766067 rs2143943 G T 1013.53 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=15.480;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.934;SB=-357.373;SBQD=11.000;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.8538;VQSLOD=4.9677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:1044,0,1079
|
|
20 43773168 rs6130775 T C 904.75 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.002;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=17.536;HRun=0;HaplotypeScore=1.8801;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.307;SB=-204.772;SBQD=10.681;SBpi=1.2677;SBpiQual=1.5007;VQSLOD=4.7867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,35:88:99:935,0,1614
|
|
20 43812822 rs4810447 A T 1011.35 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.336;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.842;HRun=4;HaplotypeScore=1.8924;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-491.401;SBQD=-0.833;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.9534;VQSLOD=3.8619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:1041,0,1355
|
|
20 43871071 rs6017525 A G 911.13 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.007;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-461.603;SBQD=0.561;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1988;VQSLOD=6.0272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:941,0,933
|
|
20 43896629 rs28366446 G A 403.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=7.420;HRun=1;HaplotypeScore=2.9963;MQ=52.07;MQ0=2;MQRankSum=-3.550;QD=8.07;ReadPosRankSum=-3.254;SB=-204.537;SBQD=-4.363;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.4243;VQSLOD=-2.0660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:433,0,961
|
|
20 43911672 rs56188833 T A 170.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DB;DP=52;Dels=0.04;FS=3.965;HRun=0;HaplotypeScore=5.7990;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.028;SB=-361.871;SBQD=-0.585;SBpi=-0.2887;SBpiQual=0.0807;VQSLOD=0.3710 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:52:99:201,0,639
|
|
20 43926536 rs2227274 G T 668.16 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.225;HRun=0;HaplotypeScore=2.6425;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.089;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.000;SB=-217.832;SBQD=-4.907;SBpi=-1.0585;SBpiQual=-1.1934;VQSLOD=4.8766 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:698,0,501
|
|
20 43928503 rs56365005 G A 952.74 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.459;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.288;HRun=1;HaplotypeScore=2.3298;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.099;SB=-416.816;SBQD=4.071;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.7769;VQSLOD=4.4770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:983,0,1010
|
|
20 43948115 rs6073702 T A 515.54 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.043;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.552;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.127;SB=-331.377;SBQD=-1.677;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.2084;VQSLOD=5.5021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:546,0,885
|
|
20 43956527 rs2235224 G A 2491.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2381;MQ=59.15;MQ0=0;QD=35.10;SB=-1222.492;SBQD=1.584;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.3831;VQSLOD=6.8293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:2525,199,0
|
|
20 43999636 rs2743439 A C 1898.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.51;SB=-1040.894;SBQD=0.554;SBpi=0.9029;SBpiQual=0.9839;VQSLOD=5.2448 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1931,150,0
|
|
20 44004777 rs760641 T C 2668.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1428.343;SBQD=0.257;SBpi=-0.1132;SBpiQual=-0.1415;VQSLOD=7.8578 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2701,214,0
|
|
20 44008432 rs2741639 G A 2524.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.1844;MQ=54.75;MQ0=0;QD=32.79;SB=-1010.632;SBQD=-0.442;SBpi=1.3105;SBpiQual=1.4174;VQSLOD=2.9913 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2557,211,0
|
|
20 44014205 rs6032154 C T 1804.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=36.84;SB=-700.646;SBQD=1.133;SBpi=0.9286;SBpiQual=1.0426;VQSLOD=7.1347 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1838,141,0
|
|
20 44024263 rs8121455 C T 1187.46 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.671;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.017;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.110;SB=-342.007;SBQD=1.100;SBpi=1.4230;SBpiQual=1.6178;VQSLOD=4.4468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:1217,0,1284
|
|
20 44029243 rs6130818 C T 1044.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=26.11;SB=-399.681;SBQD=6.717;SBpi=1.2649;SBpiQual=1.5530;VQSLOD=4.2073 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:84.27:1077,84,0
|
|
20 44059215 rs2743293 A T 2564.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.48;MQ0=0;QD=34.65;SB=-903.736;SBQD=-2.601;SBpi=-1.3950;SBpiQual=-1.6463;VQSLOD=7.6311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2597,208,0
|
|
20 44059501 rs2743294 A G 806.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.74;MQ0=0;QD=29.89;SB=-238.525;SBQD=-5.488;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-1.3455;VQSLOD=6.4031 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:69.21:840,69,0
|
|
20 44144118 rs8125061 C T 1044.47 PASS AB=0.30;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.143;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4725;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.119;QD=18.32;ReadPosRankSum=0.654;SB=-441.669;SBQD=1.381;SBpi=1.1068;SBpiQual=1.2087;VQSLOD=3.0791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,40:57:99:1074,0,354
|
|
20 44161281 rs2103658 T C 1108.53 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.082;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.936;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.486;SB=-513.172;SBQD=4.500;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.4616;VQSLOD=5.9880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,42:76:99:1139,0,971
|
|
20 44180026 rs4812910 G T 1093.73 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.832;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.511;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=15.85;ReadPosRankSum=-1.318;SB=-538.901;SBQD=-7.456;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.2924;VQSLOD=5.4134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,39:69:99:1124,0,696
|
|
20 44185231 rs62205620 G A 952.09 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.221;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.241;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.177;SB=-408.444;SBQD=2.907;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.6223;VQSLOD=5.2179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:982,0,950
|
|
20 44186387 rs6104218 A G 632.40 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=9.697;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.651;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.251;SB=-270.323;SBQD=-7.424;SBpi=-1.6222;SBpiQual=-1.6829;VQSLOD=1.9061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:662,0,890
|
|
20 44187272 rs9679767 A G 1247.07 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.053;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.039;QD=15.79;ReadPosRankSum=-1.351;SB=-670.250;SBQD=-4.331;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.0818;VQSLOD=4.9174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1277,0,1138
|
|
20 44187923 rs1569612 T C 1181.61 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.217;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=20.032;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.089;SB=-521.614;SBQD=10.392;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.6746;VQSLOD=4.3791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:1212,0,1454
|
|
20 44191847 rs1569616 T C 1141.72 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.870;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.817;HRun=0;HaplotypeScore=2.5972;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-573.807;SBQD=-2.335;SBpi=-0.0801;SBpiQual=-0.1110;VQSLOD=4.3363 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1172,0,1457
|
|
20 44193916 rs2868305 G A 715.97 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.886;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.790;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.193;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.277;SB=-295.915;SBQD=7.088;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.4155;VQSLOD=3.2786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:746,0,1069
|
|
20 44196079 rs6032329 T A 1140.66 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.157;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=1.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.179;SB=-447.006;SBQD=3.558;SBpi=0.7206;SBpiQual=0.8339;VQSLOD=5.4869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:1171,0,1515
|
|
20 44198363 rs7274685 T G 1048.79 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.839;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.512;QD=13.62;ReadPosRankSum=1.126;SB=-540.397;SBQD=0.657;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.2383;VQSLOD=3.4624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1079,0,1215
|
|
20 44222230 rs2179456 G A 1129.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.622;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.778;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-358.151;SBQD=5.740;SBpi=1.2330;SBpiQual=1.3106;VQSLOD=4.9260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1159,0,985
|
|
20 44228454 rs1534977 A G 484.24 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.386;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-469.875;SBQD=-1.833;SBpi=0.1715;SBpiQual=-0.0517;VQSLOD=3.8058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:514,0,571
|
|
20 44247986 rs1487327 T C 584.42 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.925;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6503;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=7.90;ReadPosRankSum=-2.147;SB=-454.773;SBQD=0.180;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.1543;VQSLOD=3.0045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:614,0,1076
|
|
20 44285939 rs4810463 A G 480.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.270;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=18.653;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.30;MQ0=7;MQRankSum=-3.901;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-83.548;SBQD=12.630;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.2430;VQSLOD=0.5678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:511,0,958
|
|
20 44326104 . A G 978.14 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;DP=62;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=1.835;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.136;SB=-565.959;SBQD=-0.030;SBpi=-0.1581;SBpiQual=0.1349;VQSLOD=4.2206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,39:62:99:1008,0,588
|
|
20 44333052 rs980984 A G 701.21 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.272;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.107;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-381.334;SBQD=2.637;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.3208;VQSLOD=3.4431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:731,0,1050
|
|
20 44337686 rs232286 C T 1216.68 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.262;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=8.917;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=14.66;ReadPosRankSum=0.078;SB=-468.476;SBQD=7.225;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.7256;VQSLOD=5.9623 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:1247,0,1180
|
|
20 44338804 rs6032454 G A 1345.03 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.817;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=15.64;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-743.096;SBQD=0.031;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.1898;VQSLOD=5.1280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:1375,0,1157
|
|
20 44340587 rs6032459 T G 933.88 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.737;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.810;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=10.99;ReadPosRankSum=2.218;SB=-520.809;SBQD=-3.838;SBpi=0.2402;SBpiQual=-0.1456;VQSLOD=4.9600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:964,0,1490
|
|
20 44350931 rs232262 C G 845.34 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.431;SB=-434.769;SBQD=-2.233;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0146;VQSLOD=6.1830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:875,0,1066
|
|
20 44355230 rs736317 T C 292.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9717;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-3.941;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.521;SB=-201.436;SBQD=0.017;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2972;VQSLOD=-0.9188 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:58:99:323,0,1170
|
|
20 44356573 rs57063934 G A 1092.70 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.333;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.642;SB=-426.417;SBQD=2.120;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.7837;VQSLOD=4.2068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:81:99:1123,0,1392
|
|
20 44364989 rs438957 A G 751.47 PASS AB=0.29;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.863;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8313;MQ=53.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.284;QD=14.73;ReadPosRankSum=-1.354;SB=-433.594;SBQD=1.336;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.4494;VQSLOD=2.5920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,36:51:99:781,0,298
|
|
20 44367934 rs654333 C T 229.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.408;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=13.687;HRun=0;HaplotypeScore=1.6517;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.682;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.937;SB=5.684;SBQD=10.479;SBpi=1.8190;SBpiQual=1.9731;VQSLOD=-2.0109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:54:99:259,0,1234
|
|
20 44372620 rs2425746 T C 1222.27 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.898;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.840;HRun=2;HaplotypeScore=5.6629;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=0.218;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.827;SB=-580.876;SBQD=0.682;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.5723;VQSLOD=2.5408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1252,0,1187
|
|
20 44376896 rs456212 T C 1134.50 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.896;HRun=1;HaplotypeScore=1.9810;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.704;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.571;SB=-485.441;SBQD=-3.600;SBpi=-0.8387;SBpiQual=-0.9049;VQSLOD=4.2105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,43:89:99:1164,0,1462
|
|
20 44378577 rs380421 T C 922.12 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.005;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.481;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=11.67;ReadPosRankSum=2.134;SB=-331.763;SBQD=7.403;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.9242;VQSLOD=4.2782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:952,0,1308
|
|
20 44384804 rs683140 T A 914.80 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=1.998;HRun=2;HaplotypeScore=1.9601;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=13.65;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-457.660;SBQD=-1.639;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.4092;VQSLOD=4.3976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:67:99:945,0,1016
|
|
20 44386244 rs6065883 T C 993.01 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7845;MQ=54.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.521;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.840;SB=-305.970;SBQD=-2.261;SBpi=-1.2005;SBpiQual=-1.2759;VQSLOD=2.6711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1023,0,979
|
|
20 44411308 rs6065892 T C 513.34 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.007;SB=-327.497;SBQD=0.836;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.3407;VQSLOD=4.7660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:543,0,783
|
|
20 44417877 rs6065893 A G 726.83 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.357;HRun=1;HaplotypeScore=1.5810;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.589;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-421.295;SBQD=-5.332;SBpi=0.0898;SBpiQual=-0.0716;VQSLOD=2.1619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:757,0,610
|
|
20 44423843 rs6104350 C A 973.98 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=12.789;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.889;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.091;SB=-323.932;SBQD=-10.228;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.1178;VQSLOD=2.7461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:1004,0,670
|
|
20 44472163 rs55931834 C T 713.22 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=6.439;HRun=1;HaplotypeScore=1.4725;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=14.26;ReadPosRankSum=-1.939;SB=-421.202;SBQD=8.622;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4360;VQSLOD=4.6790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:743,0,347
|
|
20 44487764 rs722669 C G 1023.37 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=1.642;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.899;SB=-503.423;SBQD=-2.614;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6074;VQSLOD=5.7546 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,41:104:99:1053,0,1678
|
|
20 44496330 rs8116218 A C 1176.18 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=15.48;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-566.165;SBQD=0.203;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.5307;VQSLOD=5.1557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:1206,0,1068
|
|
20 44511191 . A T 1047.64 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.980;DP=75;Dels=0.00;FS=0.887;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=13.97;ReadPosRankSum=-1.115;SB=-609.067;SBQD=0.892;SBpi=-0.3086;SBpiQual=-0.3429;VQSLOD=3.4411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1078,0,855
|
|
20 44574658 rs62213347 C T 766.05 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.953;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=6.062;HRun=0;HaplotypeScore=1.6120;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=15.96;ReadPosRankSum=1.114;SB=-311.173;SBQD=8.816;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5897;VQSLOD=5.5319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:796,0,577
|
|
20 44586036 rs3746506 G A 768.44 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=9.734;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.123;SB=-393.363;SBQD=6.643;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.4376;VQSLOD=6.0622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:57:99:798,0,740
|
|
20 44594575 rs17448653 C T 711.15 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=8.800;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=13.94;ReadPosRankSum=0.367;SB=-365.941;SBQD=-9.326;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.3453;VQSLOD=6.3261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:741,0,664
|
|
20 44594919 rs4812980 G A 823.03 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.325;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.870;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=15.53;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-418.359;SBQD=-8.145;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.3030;VQSLOD=5.6553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:853,0,477
|
|
20 44620264 . G A 60.37 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.464;DP=79;Dels=0.00;FS=59.161;HRun=18;HaplotypeScore=6.2839;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.645;QD=0.76;ReadPosRankSum=-3.464;SB=144.374;SBQD=8.010;SBpi=2.0000;SBpiQual=1.6073;VQSLOD=-25.0060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,16:79:90.36:90,0,701
|
|
20 44653549 rs6094239 G A 3106.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.55;MQ0=0;QD=33.40;SB=-1479.595;SBQD=-1.005;SBpi=0.8814;SBpiQual=0.8444;VQSLOD=7.2570 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3139,247,0
|
|
20 44684526 rs2297200 T A 715.83 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.017;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.494;HRun=1;HaplotypeScore=1.4538;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.836;SB=-399.045;SBQD=6.572;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.1284;VQSLOD=4.7109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:746,0,906
|
|
20 44688730 rs2664528 G A 2441.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=35.38;SB=-1169.933;SBQD=-2.073;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.4743;VQSLOD=7.9857 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2474,199,0
|
|
20 44700166 rs6074012 T C 1016.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.411;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.708;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.420;SB=-487.215;SBQD=4.308;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3696;VQSLOD=6.3712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:1046,0,1207
|
|
20 44730245 rs6032660 G A 1084.17 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.633;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.998;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=15.27;ReadPosRankSum=1.593;SB=-460.681;SBQD=-3.933;SBpi=-1.2060;SBpiQual=-1.3135;VQSLOD=4.6835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,44:71:99:1114,0,708
|
|
20 44746982 rs1883832 T C 378.95 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=4.246;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.070;SB=-159.063;SBQD=11.006;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.7181;VQSLOD=5.5838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:94.84:409,0,95
|
|
20 44776544 rs2024571 T A 1212.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;QD=25.26;SB=-800.334;SBQD=-0.849;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3003;VQSLOD=4.8908 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1246,108,0
|
|
20 44842922 rs6074067 G A 398.66 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.351;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=9.292;HRun=0;HaplotypeScore=1.9699;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.216;SB=-199.338;SBQD=-10.262;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.5067;VQSLOD=5.4167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:429,0,761
|
|
20 44854046 rs2425793 A G 1209.15 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.794;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=10.581;HRun=0;HaplotypeScore=2.3999;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.697;SB=-553.583;SBQD=4.898;SBpi=0.7555;SBpiQual=0.5774;VQSLOD=4.8749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,52:91:99:1239,0,1140
|
|
20 44868295 rs2425795 C T 743.14 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.299;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=4.788;HRun=0;HaplotypeScore=1.7803;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=10.77;ReadPosRankSum=2.817;SB=-407.446;SBQD=5.590;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2836;VQSLOD=4.6310 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:773,0,851
|
|
20 44872862 rs6074077 C G 957.25 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.273;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.863;HRun=1;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.038;SB=-505.017;SBQD=1.438;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1672;VQSLOD=5.1236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:987,0,1111
|
|
20 44875873 rs2425799 G A 1209.39 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.305;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.980;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=16.34;ReadPosRankSum=0.481;SB=-319.156;SBQD=3.359;SBpi=1.4600;SBpiQual=1.6530;VQSLOD=4.2426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:1239,0,1053
|
|
20 44886022 . A G 685.82 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;DP=74;Dels=0.00;FS=14.945;HRun=0;HaplotypeScore=2.7126;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.259;SB=-425.040;SBQD=-9.504;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.4289;VQSLOD=2.6160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:716,0,1111
|
|
20 44899130 rs2425830 C T 632.23 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.882;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.155;QD=10.90;ReadPosRankSum=-2.257;SB=-354.712;SBQD=1.609;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.2674;VQSLOD=4.4572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:662,0,803
|
|
20 44967742 rs6065960 A G 709.52 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.237;SB=-413.124;SBQD=-0.223;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5328;VQSLOD=5.9508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:740,0,870
|
|
20 44982335 rs13040414 A G 1380.55 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.178;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.936;HRun=0;HaplotypeScore=1.9301;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=18.41;ReadPosRankSum=-1.049;SB=-463.420;SBQD=2.372;SBpi=1.2060;SBpiQual=1.3259;VQSLOD=4.4983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:1411,0,886
|
|
20 45110682 rs466497 T C 836.29 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=13.27;ReadPosRankSum=0.353;SB=-425.482;SBQD=3.542;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.5854;VQSLOD=5.1456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:866,0,800
|
|
20 45141833 rs847052 T C 1114.27 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.438;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.388;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.407;SB=-409.035;SBQD=2.459;SBpi=-1.1068;SBpiQual=-1.2905;VQSLOD=3.0464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1144,0,1261
|
|
20 45178447 . C G 197.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;DP=69;Dels=0.00;FS=4.981;HRun=0;HaplotypeScore=3.5973;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=-3.865;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-309.965;SBQD=-3.185;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.0961;VQSLOD=-3.2594 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,27:69:99:228,0,1261
|
|
20 45196344 rs847067 A G 2117.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=32.09;ReadPosRankSum=0.735;SB=-1023.289;SBQD=2.010;SBpi=0.4341;SBpiQual=0.6621;VQSLOD=7.9574 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:2151,175,0
|
|
20 45198531 rs436978 G A 3355.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.90;SB=-1595.297;SBQD=-0.681;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.8562;VQSLOD=8.8927 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3355,262,0
|
|
20 45204600 rs399940 C T 2615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.36;SB=-1168.281;SBQD=0.110;SBpi=0.5976;SBpiQual=0.6388;VQSLOD=9.1320 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2648,205,0
|
|
20 45206189 rs366809 A G 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.47;SB=-1324.699;SBQD=-1.447;SBpi=0.1756;SBpiQual=0.0886;VQSLOD=8.3492 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2549,205,0
|
|
20 45231949 rs3092466 G A 684.11 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.879;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=13.593;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=55.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.681;SB=-404.716;SBQD=-9.697;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.6536;VQSLOD=4.8475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:714,0,931
|
|
20 45232422 . T G 859.17 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.206;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9721;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-317.355;SBQD=-1.247;SBpi=1.1315;SBpiQual=0.8266;VQSLOD=3.5676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:62:99:889,0,907
|
|
20 45234834 rs3764692 G A 1258.96 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.497;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.478;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.930;SB=-532.006;SBQD=6.778;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.6171;VQSLOD=5.5188 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,43:72:99:1289,0,716
|
|
20 45238869 rs11907603 G C 1340.11 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.980;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=18.61;ReadPosRankSum=0.131;SB=-582.615;SBQD=1.137;SBpi=-0.4629;SBpiQual=-0.5928;VQSLOD=5.7061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,42:72:99:1370,0,904
|
|
20 45248716 rs4810535 T C 1314.23 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.115;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=10.235;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.309;SB=-476.344;SBQD=10.073;SBpi=0.7217;SBpiQual=1.1296;VQSLOD=5.7290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:1344,0,1326
|
|
20 45255335 rs7270178 C T 760.03 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.559;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.175;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=12.06;ReadPosRankSum=-2.210;SB=-357.560;SBQD=3.354;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.1863;VQSLOD=4.2474 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:790,0,1111
|
|
20 45275225 rs1204638 T C 1915.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=30.89;SB=-1008.957;SBQD=-1.328;SBpi=-0.4481;SBpiQual=-0.4642;VQSLOD=7.2291 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1948,156,0
|
|
20 45402597 rs760875 C T 1209.50 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.190;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=9.920;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.920;SB=-357.579;SBQD=8.916;SBpi=1.4487;SBpiQual=1.6143;VQSLOD=4.5318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1239,0,1040
|
|
20 45417869 . T C 355.01 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.652;DP=202;Dels=0.00;FS=20.906;HRun=0;HaplotypeScore=70.3568;MQ=32.80;MQ0=40;MQRankSum=1.958;QD=1.76;ReadPosRankSum=2.227;SB=42.470;SBQD=-3.462;SBpi=-1.6330;SBpiQual=-1.3387;VQSLOD=-130.2602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,52:202:99:385,0,2041
|
|
20 45417974 . A C 253.64 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;DP=203;Dels=0.00;FS=16.398;HRun=0;HaplotypeScore=56.1581;MQ=31.07;MQ0=21;MQRankSum=-3.953;QD=1.25;ReadPosRankSum=3.386;SB=63.147;SBQD=-1.912;SBpi=-2.8014;SBpiQual=-3.0588;VQSLOD=-89.4382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,41:203:99:284,0,2036
|
|
20 45421884 . C T 546.92 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.886;DP=49;Dels=0.00;FS=2.635;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.374;SB=-285.566;SBQD=-2.377;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.1692;VQSLOD=4.3938 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:577,0,682
|
|
20 45439168 rs3091441 A C 2524.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.34;MQ0=0;QD=33.22;SB=-1267.147;SBQD=-0.815;SBpi=0.4588;SBpiQual=0.4102;VQSLOD=7.8858 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2558,208,0
|
|
20 45491144 rs6066091 G A 764.13 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.124;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.845;SB=-369.336;SBQD=1.545;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.1074;VQSLOD=4.8913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:794,0,1124
|
|
20 45513745 rs6018135 C T 1128.05 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=11.781;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=2.658;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.201;SB=-365.487;SBQD=7.921;SBpi=0.9733;SBpiQual=1.0022;VQSLOD=3.7618 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:80:99:1158,0,1250
|
|
20 45530530 rs6066104 C T 1127.32 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.729;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.195;HRun=0;HaplotypeScore=1.6483;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.570;QD=17.34;ReadPosRankSum=0.391;SB=-415.130;SBQD=4.608;SBpi=0.7398;SBpiQual=1.0004;VQSLOD=4.3369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,37:65:99:1157,0,725
|
|
20 45533348 rs963978 G T 1158.84 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.961;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=3.846;HRun=0;HaplotypeScore=1.7329;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.402;SB=-482.668;SBQD=3.815;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.8800;VQSLOD=5.1580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,43:101:99:1189,0,1291
|
|
20 45550931 rs6063035 T C 840.93 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.256;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.292;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.692;SB=-400.623;SBQD=5.081;SBpi=-0.6093;SBpiQual=-0.3534;VQSLOD=5.2478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:871,0,1288
|
|
20 45553296 rs4810578 G A 259.47 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=2.795;HRun=1;HaplotypeScore=1.5317;MQ=45.63;MQ0=0;MQRankSum=1.698;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.290;SB=-205.857;SBQD=-4.247;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1158;VQSLOD=2.7118 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:289,0,529
|
|
20 45556516 . G A 1005.72 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.692;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=17.64;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-436.360;SBQD=-0.275;SBpi=-0.6860;SBpiQual=-0.6897;VQSLOD=3.7104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:1036,0,596
|
|
20 45558573 rs6066122 C G 2461.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=29.66;SB=-1269.998;SBQD=-5.952;SBpi=-0.0549;SBpiQual=-0.5140;VQSLOD=7.0330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:2495,222,0
|
|
20 45558831 rs6090583 A G 1268.39 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.577;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=6.885;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.451;QD=16.06;ReadPosRankSum=1.862;SB=-301.110;SBQD=-9.204;SBpi=-1.7321;SBpiQual=-2.0351;VQSLOD=4.3493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:1298,0,966
|
|
20 45569541 rs6066130 G A 372.36 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.427;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.300;HRun=0;HaplotypeScore=3.6620;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.375;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.282;SB=-218.603;SBQD=-3.359;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.7580;VQSLOD=2.2881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:402,0,1074
|
|
20 45575432 rs34338614 G A 566.05 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.417;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=5.825;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.102;SB=-232.784;SBQD=-8.514;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.6137;VQSLOD=4.3829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:596,0,920
|
|
20 45583830 rs3092258 C T 1444.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5775;MQ=57.78;MQ0=0;QD=27.26;SB=-954.486;SBQD=-0.845;SBpi=0.0687;SBpiQual=-0.0131;VQSLOD=5.4346 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1478,120,0
|
|
20 45588501 rs2425918 T C 1386.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;QD=28.88;SB=-628.996;SBQD=2.977;SBpi=0.8660;SBpiQual=1.0354;VQSLOD=5.8687 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1419,114,0
|
|
20 45598783 rs11699842 A G 2649.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.53;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1427.134;SBQD=1.113;SBpi=0.0563;SBpiQual=0.1583;VQSLOD=6.8008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2683,217,0
|
|
20 45615667 rs6066152 T A 2782.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.22;SB=-1187.066;SBQD=1.835;SBpi=0.8438;SBpiQual=0.9682;VQSLOD=7.5904 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2816,220,0
|
|
20 45625693 rs6018218 C A 1035.54 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.207;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.145;SB=-347.541;SBQD=-0.956;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.3220;VQSLOD=4.6009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:1066,0,884
|
|
20 45629941 rs3746492 G A 623.68 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.880;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=1.658;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-286.945;SBQD=2.584;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.4316;VQSLOD=5.5788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:654,0,786
|
|
20 45630157 rs6094549 T G 557.27 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.676;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.215;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.614;SB=-329.512;SBQD=-3.409;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.4336;VQSLOD=5.0309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:587,0,1172
|
|
20 45641452 rs1856846 A G 2337.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.26;MQ0=0;QD=30.76;SB=-892.191;SBQD=-0.531;SBpi=-1.6059;SBpiQual=-1.7000;VQSLOD=6.9542 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2371,190,0
|
|
20 45642105 rs1934841 C T 1354.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=5.977;HRun=4;HaplotypeScore=6.3225;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.440;QD=15.57;ReadPosRankSum=0.425;SB=-657.052;SBQD=2.446;SBpi=-0.3501;SBpiQual=-0.4485;VQSLOD=-0.0682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:87:99:1384,0,910
|
|
20 45644463 rs3827062 C G 2433.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1254.019;SBQD=-0.043;SBpi=-0.1806;SBpiQual=-0.1931;VQSLOD=8.6684 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2467,196,0
|
|
20 45652537 rs2868863 A G 1515.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.01;MQ0=0;QD=26.13;SB=-878.723;SBQD=-6.585;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4872;VQSLOD=5.0671 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1549,138,0
|
|
20 45654508 rs1206804 G A 2380.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1288.668;SBQD=0.370;SBpi=-0.0611;SBpiQual=-0.0524;VQSLOD=8.1869 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2414,190,0
|
|
20 45661869 rs4810591 A G 2208.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1056.179;SBQD=-0.808;SBpi=-0.3201;SBpiQual=-0.3863;VQSLOD=8.4873 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2242,178,0
|
|
20 45673022 rs1206806 T C 2269.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=28.37;SB=-1323.689;SBQD=7.096;SBpi=-0.5590;SBpiQual=0.0168;VQSLOD=6.4512 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2303,199,0
|
|
20 45688668 rs1206809 A G 2169.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.87;SB=-1055.574;SBQD=-4.997;SBpi=0.4924;SBpiQual=0.0705;VQSLOD=8.0273 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2203,195,0
|
|
20 45689175 rs878636 T C 1071.14 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.579;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.305;SB=-400.591;SBQD=3.989;SBpi=1.1068;SBpiQual=1.1631;VQSLOD=5.0845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1101,0,1197
|
|
20 45697145 rs8122313 G A 1118 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.604;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.868;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.148;SB=-541.651;SBQD=3.199;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.3475;VQSLOD=4.8219 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1148,0,1234
|
|
20 45700247 rs4809622 A G 1017.50 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.967;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.953;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=13.94;ReadPosRankSum=0.061;SB=-351.298;SBQD=-5.584;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.9814;VQSLOD=5.9566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:1047,0,1089
|
|
20 45702147 rs1206814 A G 1120.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.6043;MQ=54.18;MQ0=0;QD=20.76;SB=-393.664;SBQD=-16.368;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-1.6210;VQSLOD=2.6712 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1154,105,0
|
|
20 45704309 rs1206816 C T 1383.33 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=2.794;HRun=2;HaplotypeScore=2.6624;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.523;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-691.376;SBQD=-3.184;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.3475;VQSLOD=3.9307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1413,0,1397
|
|
20 45708575 rs6066190 A G 1607.96 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.672;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.781;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=17.67;ReadPosRankSum=-1.243;SB=-788.547;SBQD=-4.152;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3066;VQSLOD=4.7985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,58:91:99:1638,0,984
|
|
20 45712713 rs6012111 T C 1674.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.37;MQ0=0;QD=27.91;SB=-707.218;SBQD=4.835;SBpi=-1.4201;SBpiQual=-1.0217;VQSLOD=4.5342 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1707,153,0
|
|
20 45719027 rs62201363 C T 871.32 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.925;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.207;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.621;SB=-372.696;SBQD=1.809;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5499;VQSLOD=4.9794 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:901,0,438
|
|
20 45722939 rs6012118 G A 1212.53 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.915;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=7.918;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=16.39;ReadPosRankSum=-0.780;SB=-485.076;SBQD=-7.485;SBpi=-0.7206;SBpiQual=-0.7963;VQSLOD=4.5481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1243,0,1138
|
|
20 45731209 rs1890987 G C 1004.99 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.026;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=3.410;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=14.57;ReadPosRankSum=-1.692;SB=-451.654;SBQD=-2.126;SBpi=-0.8590;SBpiQual=-0.5851;VQSLOD=5.1320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,41:69:99:1035,0,761
|
|
20 45740757 rs2868855 C A 714.12 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.189;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.099;SB=-279.442;SBQD=-0.212;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.6258;VQSLOD=5.6301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:744,0,662
|
|
20 45795978 rs3091675 A C 405.94 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.128;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.521;SB=-241.297;SBQD=0.723;SBpi=-0.1147;SBpiQual=0.2025;VQSLOD=4.8532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:436,0,607
|
|
20 45797954 rs3091593 T A 904.70 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=12.091;HRun=0;HaplotypeScore=1.8633;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=12.06;ReadPosRankSum=1.540;SB=-390.798;SBQD=-8.847;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.7579;VQSLOD=5.5993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:75:99:935,0,1025
|
|
20 45812957 rs6124965 T G 712.39 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.219;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8096;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.617;QD=12.07;ReadPosRankSum=1.005;SB=-285.937;SBQD=-3.817;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-1.0461;VQSLOD=3.2396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:59:99:742,0,716
|
|
20 45813216 rs6018330 C T 506.76 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.412;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.554;HRun=0;HaplotypeScore=2.3869;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.184;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-334.207;SBQD=-3.435;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.3768;VQSLOD=1.5414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:61:99:537,0,819
|
|
20 45814153 rs2903939 T C 895.41 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.986;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-350.236;SBQD=1.717;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6646;VQSLOD=5.1626 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:925,0,972
|
|
20 45820578 rs2057086 G A 2814.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;QD=36.55;SB=-1284.885;SBQD=0.785;SBpi=0.6268;SBpiQual=0.7338;VQSLOD=8.1099 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2847,220,0
|
|
20 45824531 rs6066234 C G 655.71 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.218;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.121;HRun=1;HaplotypeScore=2.5151;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=12.86;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-296.669;SBQD=0.692;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9275;VQSLOD=3.3093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:686,0,564
|
|
20 45848022 rs6012137 A T 402.45 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=1.7845;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-323.369;SBQD=-0.186;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.2961;VQSLOD=2.1507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:49:99:432,0,548
|
|
20 45882785 rs6018365 C T 1022.04 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.612;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.018;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.117;SB=-563.869;SBQD=4.341;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1947;VQSLOD=5.8225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1052,0,792
|
|
20 45888762 rs3960424 A G 515.24 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.555;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=4.120;HRun=0;HaplotypeScore=1.6609;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.163;SB=-157.451;SBQD=5.149;SBpi=1.1000;SBpiQual=0.9784;VQSLOD=3.8280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:56:99:545,0,847
|
|
20 45978702 . G A 1506.16 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.548;DP=87;Dels=0.00;FS=0.807;HRun=1;HaplotypeScore=2.9831;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=17.31;ReadPosRankSum=-1.485;SB=-734.199;SBQD=0.675;SBpi=-0.3571;SBpiQual=-0.3614;VQSLOD=2.0785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:1536,0,1033
|
|
20 46040286 rs6066312 A G 898.38 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.928;HRun=2;HaplotypeScore=1.8910;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.215;SB=-515.405;SBQD=1.080;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.1058;VQSLOD=5.0787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:928,0,947
|
|
20 46055726 . A C 1148.21 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DP=81;Dels=0.00;FS=11.347;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.498;SB=-573.285;SBQD=-9.246;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2060;VQSLOD=3.7481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1178,0,1150
|
|
20 46065385 rs11908403 C T 435.67 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.731;SB=-209.928;SBQD=-2.693;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.4920;VQSLOD=5.6500 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:466,0,237
|
|
20 46075606 rs7353304 C T 920.95 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.571;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=15.383;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.567;SB=-357.246;SBQD=10.792;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.5915;VQSLOD=5.1942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:951,0,633
|
|
20 46084035 rs6063116 T C 2443.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;QD=30.55;SB=-1110.618;SBQD=6.233;SBpi=-1.2298;SBpiQual=-0.6949;VQSLOD=6.5139 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2477,217,0
|
|
20 46085634 rs13036937 C T 134.78 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.900;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=7.833;HRun=1;HaplotypeScore=1.6918;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.369;SB=-112.298;SBQD=-8.939;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.6543;VQSLOD=2.0738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:165,0,620
|
|
20 46101823 rs4239648 T C 2878.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8288;MQ=59.25;MQ0=0;QD=35.53;SB=-1133.138;SBQD=-1.725;SBpi=-1.0556;SBpiQual=-1.2362;VQSLOD=7.0071 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2911,235,0
|
|
20 46109782 rs36170719 C T 1423.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.512;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=6.829;HRun=2;HaplotypeScore=11.0010;MQ=46.28;MQ0=2;MQRankSum=0.522;QD=21.89;ReadPosRankSum=0.357;SB=-388.601;SBQD=-16.433;SBpi=-1.6250;SBpiQual=-2.0421;VQSLOD=-2.8937 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:1456,106,0
|
|
20 46118656 rs11700132 G A 1262.37 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.246;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=20.04;ReadPosRankSum=3.148;SB=-666.919;SBQD=-1.196;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0268;VQSLOD=3.2135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,40:63:99:1292,0,464
|
|
20 46122928 rs6018507 A C 1771.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04;SB=-1102.251;SBQD=-1.555;SBpi=0.0640;SBpiQual=-0.0629;VQSLOD=6.5986 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1804,144,0
|
|
20 46131798 rs1537306 C G 1098.42 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.476;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=12.48;ReadPosRankSum=1.873;SB=-563.267;SBQD=-0.086;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2923;VQSLOD=4.9077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:88:99:1128,0,1371
|
|
20 46147595 rs3091997 A T 394.37 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.139;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.883;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-211.480;SBQD=-3.269;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.5376;VQSLOD=4.9578 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:424,0,829
|
|
20 46183485 rs3091670 G A 106.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.552;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=25.273;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=43.00;MQ0=5;MQRankSum=-6.083;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.255;SB=63.187;SBQD=4.404;SBpi=1.3553;SBpiQual=1.4307;VQSLOD=-5.2440 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:136,0,1131
|
|
20 46232847 rs6018578 A G 696.66 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.812;HRun=0;HaplotypeScore=2.9840;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-362.745;SBQD=-4.698;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.0694;VQSLOD=4.2135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:62:99:727,0,925
|
|
20 46234685 rs6012223 G A 1050.48 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.274;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8600;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.582;SB=-498.060;SBQD=-0.339;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.3578;VQSLOD=4.3328 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1080,0,1000
|
|
20 46246025 rs2284322 G T 870.32 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.312;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.840;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.771;SB=-667.025;SBQD=1.774;SBpi=-0.1543;SBpiQual=-0.0600;VQSLOD=4.8002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:900,0,1003
|
|
20 46317880 rs28445629 T C 696.53 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=3.772;HRun=0;HaplotypeScore=1.9722;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.964;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.126;SB=-382.498;SBQD=3.779;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2259;VQSLOD=3.9671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:727,0,831
|
|
20 46318418 rs4083776 A G 1000.70 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.038;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.849;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.095;SB=-559.257;SBQD=-0.090;SBpi=0.1581;SBpiQual=-0.0819;VQSLOD=4.9405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:78:99:1031,0,1182
|
|
20 46320321 rs4810654 A G 930.29 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.673;SB=-440.745;SBQD=-2.010;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.3776;VQSLOD=4.9138 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:960,0,1282
|
|
20 46323139 rs1889175 G T 988.83 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.257;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.401;HRun=0;HaplotypeScore=5.9247;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=17.35;ReadPosRankSum=1.496;SB=-548.191;SBQD=2.305;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.1185;VQSLOD=2.5553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,36:57:99:1019,0,427
|
|
20 46326607 rs6090715 T A 1103.94 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.576;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.021;SB=-585.892;SBQD=3.443;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.2715;VQSLOD=4.9098 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,40:64:99:1134,0,694
|
|
20 46352965 rs2183794 A T 1885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=26.19;SB=-1175.554;SBQD=-2.573;SBpi=-0.4714;SBpiQual=-0.6579;VQSLOD=4.1048 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1919,153,0
|
|
20 46360808 rs6066452 C T 700.81 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.737;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.429;SB=-303.906;SBQD=1.749;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.4748;VQSLOD=3.5673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,27:79:99:731,0,1595
|
|
20 46380119 rs914869 C G 1551.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5395;MQ=59.27;MQ0=0;QD=24.62;SB=-747.115;SBQD=-9.482;SBpi=-0.4410;SBpiQual=-0.9940;VQSLOD=3.6588 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1584,144,0
|
|
20 46400454 rs7271548 C T 473.12 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.715;HRun=0;HaplotypeScore=2.5750;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-24.956;SBQD=-12.870;SBpi=-1.6366;SBpiQual=-1.9433;VQSLOD=3.3725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:43:99:503,0,376
|
|
20 46407290 rs1413146 C T 868.37 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=1.063;HRun=0;HaplotypeScore=2.7255;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=12.59;ReadPosRankSum=1.998;SB=-324.208;SBQD=-0.888;SBpi=1.0290;SBpiQual=1.0894;VQSLOD=3.5589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:898,0,1044
|
|
20 46408844 rs4810686 C T 562.37 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.190;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=14.833;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-170.952;SBQD=14.132;SBpi=0.8944;SBpiQual=0.9689;VQSLOD=5.1425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:592,0,621
|
|
20 46415268 rs4810690 G A 157.95 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.2753;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.896;SB=-153.958;SBQD=-1.398;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.5630;VQSLOD=2.4988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:188,0,176
|
|
20 46425263 rs12624920 T G 203.90 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=18.735;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.740;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.055;SB=-82.169;SBQD=-11.443;SBpi=-1.1785;SBpiQual=-1.0983;VQSLOD=1.1543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:234,0,825
|
|
20 46432927 rs4810697 A G 699.83 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.527;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.930;HRun=1;HaplotypeScore=1.9975;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=1.243;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.951;SB=-142.062;SBQD=-8.506;SBpi=-1.4606;SBpiQual=-1.8244;VQSLOD=2.7062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:730,0,1197
|
|
20 46466544 . A G 138.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;DP=51;Dels=0.00;FS=15.800;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=40.77;MQ0=10;MQRankSum=-5.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.791;SB=24.450;SBQD=8.209;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.5246;VQSLOD=-4.0096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:168,0,891
|
|
20 46502434 rs6018762 A G 531.50 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-416.698;SBQD=-3.047;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0606;VQSLOD=4.1182 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:561,0,597
|
|
20 46519551 rs1759997 A G 1710.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=50.15;MQ0=1;QD=27.16;SB=-875.637;SBQD=-8.596;SBpi=0.0630;SBpiQual=-0.4493;VQSLOD=4.2105 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1744,156,0
|
|
20 46521916 . G A 35.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.67;MQ0=2;QD=4.45;SB=-0.007;SBQD=-12.656;SBpi=-1.4142;SBpiQual=-1.5330;VQSLOD=0.6044 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:6.02:67,6,0
|
|
20 46524217 . C A 330.94 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.974;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=45.828;HRun=1;HaplotypeScore=31.2623;MQ=47.06;MQ0=0;MQRankSum=-10.227;QD=1.33;ReadPosRankSum=3.213;SB=-40.485;SBQD=-7.969;SBpi=-3.0569;SBpiQual=-3.2961;VQSLOD=-94.7530 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,87:248:99:361,0,3555
|
|
20 46524770 . T C 655.30 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;DP=231;Dels=0.00;FS=7.170;HRun=0;HaplotypeScore=89.7657;MQ=42.06;MQ0=1;MQRankSum=-1.727;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.574;SB=-380.942;SBQD=2.043;SBpi=-0.9481;SBpiQual=-1.0943;VQSLOD=-211.6718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,46:231:99:685,0,4000
|
|
20 46524794 rs59656310 C G 590.86 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;DB;DP=179;Dels=0.00;FS=15.009;HRun=0;HaplotypeScore=97.9169;MQ=39.86;MQ0=1;MQRankSum=-1.735;QD=3.30;ReadPosRankSum=-4.822;SB=1.636;SBQD=-4.261;SBpi=-1.7150;SBpiQual=-2.0294;VQSLOD=-293.0495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,33:179:99:621,0,2724
|
|
20 46534206 rs4083422 G A 570.55 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.099;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.82;MQ0=4;MQRankSum=-0.072;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.783;SB=-284.952;SBQD=5.185;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1288;VQSLOD=4.7926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:601,0,819
|
|
20 46538010 rs916351 A G 751.48 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.041;HRun=2;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.175;SB=-445.584;SBQD=-2.810;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.7857;VQSLOD=5.1532 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,38:69:99:781,0,878
|
|
20 46565799 rs2426050 G T 2026.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.62;MQ0=0;QD=33.22;SB=-975.902;SBQD=1.146;SBpi=-0.7042;SBpiQual=-0.6594;VQSLOD=6.9020 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2059,160,0
|
|
20 46585736 rs6063186 A G 2282.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=32.14;SB=-963.520;SBQD=1.877;SBpi=-1.2461;SBpiQual=-1.2524;VQSLOD=8.3170 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2315,181,0
|
|
20 46595530 rs6012308 T C 2461.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=34.67;SB=-1345.949;SBQD=0.623;SBpi=-0.0593;SBpiQual=-0.0550;VQSLOD=8.8044 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2495,196,0
|
|
20 46650776 rs4810752 T C 1841.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=31.75;SB=-918.809;SBQD=0.632;SBpi=0.5252;SBpiQual=0.5862;VQSLOD=6.2396 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1875,147,0
|
|
20 46668184 rs4311109 A T 931.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=51.53;MQ0=1;QD=22.72;SB=-581.814;SBQD=1.519;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.8053;VQSLOD=4.2796 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90.22:965,90,0
|
|
20 46668666 . A G 843.94 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.795;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-468.782;SBQD=-0.504;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.0984;VQSLOD=4.3330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:874,0,1184
|
|
20 46679613 rs2148035 A G 1624.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=31.86;SB=-911.753;SBQD=-0.612;SBpi=-0.2100;SBpiQual=-0.2362;VQSLOD=6.7911 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1658,129,0
|
|
20 46702230 rs6018907 C T 2644.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=59.69;MQ0=0;QD=35.27;SB=-1203.319;SBQD=-0.980;SBpi=-0.6351;SBpiQual=-0.7583;VQSLOD=6.8928 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2678,214,0
|
|
20 46745716 rs6018923 C G 866.60 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=4.369;HRun=0;HaplotypeScore=2.4056;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.451;SB=-517.032;SBQD=2.479;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.2763;VQSLOD=4.7279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,36:55:99:897,0,430
|
|
20 46753720 . C G 142.20 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.011;DP=80;Dels=0.00;FS=27.570;HRun=0;HaplotypeScore=26.1912;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-5.539;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.740;SB=75.223;SBQD=6.172;SBpi=2.0000;SBpiQual=2.1718;VQSLOD=-37.2730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,16:80:99:172,0,1763
|
|
20 46754914 rs13039512 G C 903.52 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.660;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=5.504;HRun=0;HaplotypeScore=2.2857;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-519.729;SBQD=7.420;SBpi=-0.2287;SBpiQual=0.1911;VQSLOD=4.6862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:91:99:934,0,1316
|
|
20 46764627 rs1133029 G A 1082.57 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.196;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=13.660;HRun=0;HaplotypeScore=2.6077;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=13.53;ReadPosRankSum=1.377;SB=-576.997;SBQD=-8.503;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.5345;VQSLOD=5.0817 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1113,0,774
|
|
20 46779235 rs11086243 C T 1283.58 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.647;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.872;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=16.67;ReadPosRankSum=0.118;SB=-678.878;SBQD=-1.971;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0719;VQSLOD=4.1756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1314,0,950
|
|
20 46781919 rs227879 C G 400.26 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.221;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=16.026;HRun=0;HaplotypeScore=3.5561;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.796;SB=-68.243;SBQD=-16.329;SBpi=-0.9820;SBpiQual=-1.3859;VQSLOD=3.4023 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:430,0,573
|
|
20 46788745 . A C 876.66 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.424;DP=70;Dels=0.00;FS=3.284;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-305.979;SBQD=6.235;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.9475;VQSLOD=3.5396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:907,0,1117
|
|
20 46792944 rs827939 T C 420.43 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.099;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.917;SB=-401.990;SBQD=-4.642;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.2555;VQSLOD=4.0853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:450,0,832
|
|
20 46799209 rs6066657 C T 664.44 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.515;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.213;HRun=0;HaplotypeScore=3.0295;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.882;QD=11.46;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-321.970;SBQD=4.240;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.8648;VQSLOD=4.0513 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:694,0,623
|
|
20 46799638 rs228208 G A 1631.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.30;SB=-784.154;SBQD=0.517;SBpi=-0.6429;SBpiQual=-0.6312;VQSLOD=7.7233 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1664,129,0
|
|
20 46800652 rs228213 T C 735.98 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.093;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=6.340;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-391.496;SBQD=-3.711;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.2988;VQSLOD=3.6655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:766,0,420
|
|
20 46800707 rs882342 C G 507.56 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.491;HRun=0;HaplotypeScore=3.0334;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.950;SB=-210.337;SBQD=-6.616;SBpi=1.1000;SBpiQual=0.7370;VQSLOD=4.1647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:40:99:538,0,379
|
|
20 46800843 rs911956 A T 755.17 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.210;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.047;SB=-468.508;SBQD=-0.309;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.2077;VQSLOD=5.2866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,31:46:99:785,0,364
|
|
20 46804582 rs6066662 C T 990.48 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.430;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4640;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=14.15;ReadPosRankSum=1.265;SB=-441.541;SBQD=4.004;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.7646;VQSLOD=4.8088 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:1020,0,752
|
|
20 46815879 rs13044311 C T 794.59 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.283;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-317.941;SBQD=3.747;SBpi=0.9878;SBpiQual=0.7607;VQSLOD=5.6278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:60:99:825,0,653
|
|
20 46828674 rs4810768 G A 927.66 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.595;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.4578;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.167;SB=-378.585;SBQD=-0.921;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-1.0694;VQSLOD=3.1732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:958,0,911
|
|
20 46843485 rs383888 G A 1816.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.14;MQ0=0;QD=28.84;SB=-843.601;SBQD=9.802;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.3591;VQSLOD=5.4826 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1850,150,0
|
|
20 46844876 rs6095015 G A 1409.38 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.001;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=10.251;HRun=2;HaplotypeScore=2.8919;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.842;SB=-606.635;SBQD=-7.161;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.4890;VQSLOD=3.8759 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:1439,0,1482
|
|
20 46860508 rs226835 A G 1949.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.34;SB=-1061.524;SBQD=-6.940;SBpi=-0.1162;SBpiQual=-0.6413;VQSLOD=5.9611 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:1982,174,0
|
|
20 46863384 rs10485606 C T 1377.33 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.792;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.189;SB=-753.062;SBQD=0.481;SBpi=-0.2828;SBpiQual=-0.3151;VQSLOD=5.8947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:1407,0,1343
|
|
20 46868867 rs6018991 A C 1080.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.952;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=12.282;HRun=0;HaplotypeScore=11.0760;MQ=55.91;MQ0=0;MQRankSum=1.733;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.827;SB=-573.188;SBQD=-9.462;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.4363;VQSLOD=1.2321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1110,0,1252
|
|
20 46872727 rs6018995 G A 1862.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=26.61;SB=-1191.489;SBQD=-0.617;SBpi=0.4781;SBpiQual=0.5081;VQSLOD=4.4593 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1896,153,0
|
|
20 46886790 rs6095031 T C 1178.09 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.301;HRun=0;HaplotypeScore=2.6899;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.064;SB=-495.772;SBQD=4.220;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.6319;VQSLOD=5.0464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1208,0,862
|
|
20 46899981 rs6063230 A T 1313.77 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.208;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=8.625;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=15.10;ReadPosRankSum=-1.816;SB=-633.720;SBQD=-5.935;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.4223;VQSLOD=4.8525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,45:87:99:1344,0,1276
|
|
20 46915813 rs35899113 C T 1397.13 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.601;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=22.823;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=17.69;ReadPosRankSum=2.221;SB=-417.020;SBQD=-11.485;SBpi=-1.2060;SBpiQual=-1.3050;VQSLOD=4.4072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:79:99:1427,0,890
|
|
20 46962283 rs6125301 G A 1185.50 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.114;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.819;HRun=0;HaplotypeScore=2.7427;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-515.402;SBQD=2.260;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.8556;VQSLOD=4.6571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1215,0,1045
|
|
20 46969289 rs381368 C T 1550.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.37;MQ0=0;QD=30.40;SB=-761.426;SBQD=-2.407;SBpi=0.7702;SBpiQual=0.5507;VQSLOD=6.8673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1583,132,0
|
|
20 47026622 rs2273992 G A 657.68 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.127;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.366;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=14.62;ReadPosRankSum=0.216;SB=-163.297;SBQD=5.336;SBpi=1.4289;SBpiQual=1.5119;VQSLOD=5.1559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:688,0,626
|
|
20 47037310 rs16993748 G A 652.71 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=7.026;HRun=0;HaplotypeScore=4.1335;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.389;SB=-238.400;SBQD=-6.804;SBpi=-1.2070;SBpiQual=-1.1934;VQSLOD=3.0870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:683,0,1102
|
|
20 47043978 rs4809695 C G 847.70 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.994;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-487.773;SBQD=1.751;SBpi=-0.4226;SBpiQual=-0.3652;VQSLOD=5.9605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:878,0,909
|
|
20 47053925 rs11698432 G A 322.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.967;HRun=2;HaplotypeScore=14.2872;MQ=47.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.972;QD=4.60;ReadPosRankSum=-4.981;SB=-349.013;SBQD=-1.521;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2128;VQSLOD=-14.8048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,28:70:99:352,0,909
|
|
20 47076058 rs6019190 G A 744.41 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.315;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=8.979;HRun=1;HaplotypeScore=1.7675;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=11.63;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-231.365;SBQD=7.896;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.0302;VQSLOD=3.4951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:774,0,1185
|
|
20 47088732 rs910191 A G 1475.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.57;MQ0=0;QD=34.31;SB=-787.183;SBQD=1.505;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.0289;VQSLOD=6.8286 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1509,120,0
|
|
20 47089207 rs12480815 G A 909 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.097;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=15.169;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.058;QD=15.41;ReadPosRankSum=0.764;SB=-295.715;SBQD=11.955;SBpi=0.9878;SBpiQual=1.1160;VQSLOD=3.5828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:939,0,621
|
|
20 47089471 rs4519592 C G 1921.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=31.00;ReadPosRankSum=0.426;SB=-956.467;SBQD=2.912;SBpi=0.4481;SBpiQual=0.5153;VQSLOD=6.8328 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1955,159,0
|
|
20 47100282 rs6019220 G A 663.41 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.984;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=10.53;ReadPosRankSum=-2.126;SB=-378.447;SBQD=-1.010;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.5100;VQSLOD=4.1075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:693,0,755
|
|
20 47114390 rs6095147 T C 778.16 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.292;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.954;HRun=0;HaplotypeScore=3.8664;MQ=53.45;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.592;SB=-504.017;SBQD=1.777;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.1387;VQSLOD=4.5318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:808,0,860
|
|
20 47131543 . G A 464.46 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=9.663;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=20.492;HRun=0;HaplotypeScore=203.0919;MQ=31.34;MQ0=6;MQRankSum=-1.972;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.547;SB=72.162;SBQD=2.247;SBpi=3.5355;SBpiQual=3.8101;VQSLOD=-1141.1406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:200,45:250:99:494,0,2793
|
|
20 47131550 . T C 1340.99 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;DP=233;DS;Dels=0.00;FS=73.990;HRun=0;HaplotypeScore=129.8906;MQ=31.34;MQ0=5;MQRankSum=-3.782;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.571;SB=69.174;SBQD=11.948;SBpi=5.6569;SBpiQual=5.9993;VQSLOD=-476.2591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,126:233:99:1371,0,1969
|
|
20 47131603 rs13039056 T C 1969.61 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.506;DB;DP=190;DS;Dels=0.00;FS=122.495;HRun=0;HaplotypeScore=61.3580;MQ=34.93;MQ0=1;MQRankSum=-5.108;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.745;SB=87.261;SBQD=17.590;SBpi=5.4544;SBpiQual=5.7395;VQSLOD=-113.7401 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,119:190:99:2000,0,1768
|
|
20 47131663 . A T 97.25 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;DP=152;Dels=0.00;FS=15.819;HRun=1;HaplotypeScore=87.8442;MQ=33.95;MQ0=3;MQRankSum=-3.928;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.969;SB=-316.189;SBQD=-5.679;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.4825;VQSLOD=-215.0881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,46:152:99:127,0,2248
|
|
20 47131966 . C T 130.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.87;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.161;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.844;HRun=0;HaplotypeScore=99.2550;MQ=37.62;MQ0=4;MQRankSum=-1.464;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.257;SB=-92.594;SBQD=0.348;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.3360;VQSLOD=-259.4740 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,33:250:99:161,0,4397
|
|
20 47145531 rs1555165 G T 360.52 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.438;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.137;SB=-210.410;SBQD=-1.467;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.3163;VQSLOD=4.9326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:391,0,762
|
|
20 47178735 rs910195 T G 955.26 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.943;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-459.376;SBQD=-3.492;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.7139;VQSLOD=5.3958 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,38:74:99:985,0,1121
|
|
20 47195146 rs6090874 A G 353.45 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.357;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.495;SB=-176.678;SBQD=1.398;SBpi=0.4714;SBpiQual=0.3523;VQSLOD=4.3008 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:383,0,549
|
|
20 47206788 rs6063280 G A 244.09 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=4.832;HRun=2;HaplotypeScore=1.9468;MQ=18.68;MQ0=13;MQRankSum=1.035;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.606;SB=-62.849;SBQD=3.986;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.4081;VQSLOD=1.5185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:274,0,221
|
|
20 47214777 . T C 102.43 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=13.7540;MQ=46.79;MQ0=6;MQRankSum=-5.665;QD=1.38;ReadPosRankSum=-2.790;SB=-75.477;SBQD=0.156;SBpi=1.0585;SBpiQual=1.4061;VQSLOD=-23.0624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,25:74:99:132,0,1439
|
|
20 47219740 rs4810830 T C 2404.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.14;MQ0=0;QD=31.64;SB=-1184.093;SBQD=5.906;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.6056;VQSLOD=6.8645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2437,208,0
|
|
20 47227977 rs16993962 A G 1001.94 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=2.916;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.994;SB=-382.223;SBQD=-3.970;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-1.1001;VQSLOD=5.1555 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:91:99:1032,0,1677
|
|
20 47228605 rs55824978 T C 770.19 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.710;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6365;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.704;SB=-409.055;SBQD=2.237;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2557;VQSLOD=4.8528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:800,0,1138
|
|
20 47230055 rs6095208 A T 2704.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=32.20;SB=-1382.622;SBQD=0.416;SBpi=0.5455;SBpiQual=0.5441;VQSLOD=7.0292 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2737,217,0
|
|
20 47231990 rs6019319 A G 2406.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.38;SB=-917.379;SBQD=1.781;SBpi=1.1952;SBpiQual=1.3567;VQSLOD=7.9941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2440,196,0
|
|
20 47245290 rs4076252 G A 1100.80 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.055;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=16.051;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.132;SB=-333.214;SBQD=-12.375;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.2962;VQSLOD=4.9777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:1131,0,751
|
|
20 47249313 . C T 167.28 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=38;Dels=0.00;FS=2.846;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.767;SB=-166.985;SBQD=-4.150;SBpi=-0.2673;SBpiQual=-0.2723;VQSLOD=0.6880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:197,0,452
|
|
20 47250686 . A G 138.47 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;DP=53;Dels=0.00;FS=1.144;HRun=2;HaplotypeScore=18.9678;MQ=42.78;MQ0=0;MQRankSum=-3.019;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-168.042;SBQD=-2.763;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.7450;VQSLOD=-15.1155 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:53:99:168,0,688
|
|
20 47256479 rs4611698 T C 1842.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.90;SB=-722.323;SBQD=6.001;SBpi=0.6682;SBpiQual=1.0540;VQSLOD=7.4732 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1875,162,0
|
|
20 47264854 . G A 881.27 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.303;DP=76;Dels=0.00;FS=1.966;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.719;SB=-451.735;SBQD=-2.591;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.5874;VQSLOD=4.0049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:911,0,1267
|
|
20 47275978 rs7261313 G A 482.07 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.051;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=10.027;HRun=0;HaplotypeScore=1.8318;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.161;SB=-241.281;SBQD=-10.813;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.7961;VQSLOD=4.2273 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:512,0,824
|
|
20 47281691 . C T 92.68 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.515;DP=60;Dels=0.00;FS=1.092;HRun=0;HaplotypeScore=2.6299;MQ=49.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.209;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.396;SB=-210.106;SBQD=3.890;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.6234;VQSLOD=-2.8621 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:123,0,765
|
|
20 47306538 rs12479858 G A 785.06 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.927;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.052;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.395;SB=-423.229;SBQD=-1.331;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2258;VQSLOD=6.3764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:815,0,740
|
|
20 47313519 . C T 114.25 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.85;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=55;Dels=0.00;FS=1.480;HRun=0;HaplotypeScore=18.9707;MQ=36.64;MQ0=0;MQRankSum=2.155;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.621;SB=-30.981;SBQD=1.784;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.2849;VQSLOD=-9.7702 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,8:55:99:144,0,319
|
|
20 47346225 rs6122718 C T 1802.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=34.01;SB=-665.875;SBQD=2.662;SBpi=1.1676;SBpiQual=1.3711;VQSLOD=8.3982 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1836,144,0
|
|
20 47362693 rs6063318 G C 849.77 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.131;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.027;HRun=0;HaplotypeScore=2.6432;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.722;SB=-414.619;SBQD=2.647;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2917;VQSLOD=4.4296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:880,0,716
|
|
20 47366772 rs2179635 C G 1427.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.49;MQ0=0;QD=20.10;SB=-759.878;SBQD=-5.569;SBpi=1.4835;SBpiQual=0.9744;VQSLOD=3.0503 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:1460,144,0
|
|
20 47375591 rs13045364 G A 2004.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=31.82;SB=-1108.264;SBQD=0.267;SBpi=-0.3150;SBpiQual=-0.3053;VQSLOD=8.0357 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2038,159,0
|
|
20 47376115 . G A 40.51 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.710;DP=88;Dels=0.01;FS=78.413;HRun=7;HaplotypeScore=68.6684;MQ=46.30;MQ0=0;MQRankSum=-6.175;QD=0.46;ReadPosRankSum=-3.541;SB=105.289;SBQD=9.686;SBpi=2.7839;SBpiQual=2.5528;VQSLOD=-187.2306 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,31:88:70.50:71,0,909
|
|
20 47378114 rs28741053 T C 723.17 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.058;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.531;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.653;SB=-381.527;SBQD=3.169;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.6404;VQSLOD=5.8966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:753,0,665
|
|
20 47476321 rs62212360 G A 1161.41 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.972;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.158;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-593.996;SBQD=0.282;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.5999;VQSLOD=3.9135 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,43:70:99:1191,0,645
|
|
20 47506953 rs6019496 T A 2427.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8730;MQ=59.03;MQ0=0;QD=33.72;SB=-1360.645;SBQD=1.159;SBpi=-0.1179;SBpiQual=-0.0382;VQSLOD=7.0292 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2461,196,0
|
|
20 47513384 rs6122733 T A 625.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.77;MQ0=0;QD=15.25;SB=-240.665;SBQD=-17.020;SBpi=-1.6398;SBpiQual=-2.1316;VQSLOD=4.4373 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:54.13:658,54,0
|
|
20 47515791 rs55787437 A G 696.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=15.49;SB=-431.293;SBQD=-13.443;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.9330;VQSLOD=5.8655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:72.11:730,72,0
|
|
20 47532999 rs4810894 A G 1588.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.60;MQ0=0;QD=27.38;SB=-879.910;SBQD=-6.908;SBpi=-0.1313;SBpiQual=-0.6167;VQSLOD=5.5496 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1621,141,0
|
|
20 47535109 rs8119308 T C 1623.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.88;MQ0=0;QD=29.51;SB=-767.757;SBQD=4.558;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.8305;VQSLOD=6.7927 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1656,150,0
|
|
20 47574052 rs3795085 G T 2478.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.42;SB=-1155.201;SBQD=0.750;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7050;VQSLOD=8.4636 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2511,196,0
|
|
20 47578606 rs4810900 G A 1421.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.96;MQ0=0;QD=30.91;SB=-793.079;SBQD=1.946;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.2530;VQSLOD=7.1106 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1455,117,0
|
|
20 47584671 rs6019559 C T 1515.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=54.23;MQ0=1;QD=29.14;SB=-603.764;SBQD=-4.463;SBpi=-1.1902;SBpiQual=-1.3230;VQSLOD=6.3539 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1548,126,0
|
|
20 47590766 . G A 37.79 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.968;DP=84;Dels=0.00;FS=17.223;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.53;MQ0=0;MQRankSum=-5.117;QD=0.45;ReadPosRankSum=-3.529;SB=96.285;SBQD=1.826;SBpi=1.5811;SBpiQual=1.6708;VQSLOD=-6.7508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,10:84:67.79:68,0,2065
|
|
20 47601696 rs6125511 G T 934.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.47;SB=-116.432;SBQD=-9.785;SBpi=-2.4010;SBpiQual=-2.6252;VQSLOD=3.5957 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:75.24:967,75,0
|
|
20 47621221 rs4810908 T C 1223.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85;SB=-694.460;SBQD=6.228;SBpi=-0.2343;SBpiQual=0.1524;VQSLOD=7.0815 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1257,108,0
|
|
20 47668145 rs2869693 T G 2256.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.973;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=33.18;ReadPosRankSum=1.681;SB=-743.621;SBQD=-6.628;SBpi=-1.4049;SBpiQual=-1.6522;VQSLOD=6.2744 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2289,161,0
|
|
20 47682117 rs4810911 A G 1430.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.7416;MQ=53.61;MQ0=1;QD=23.08;SB=-672.392;SBQD=10.087;SBpi=0.3255;SBpiQual=0.7719;VQSLOD=2.6071 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:99:1464,123,0
|
|
20 47725570 rs6125553 A C 2835.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.94;MQ0=0;QD=32.97;SB=-1522.834;SBQD=0.695;SBpi=-0.2157;SBpiQual=-0.2020;VQSLOD=8.5020 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2869,232,0
|
|
20 47728106 . A T 427.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DP=54;Dels=0.00;FS=2.578;HRun=0;HaplotypeScore=2.9870;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.724;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.085;SB=-553.674;SBQD=-12.045;SBpi=-0.0700;SBpiQual=-0.6891;VQSLOD=2.3778 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:54:3.68:458,4,0
|
|
20 47846586 rs171130 T C 1876.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.79;MQ0=0;QD=31.80;SB=-904.485;SBQD=6.447;SBpi=0.0651;SBpiQual=0.5032;VQSLOD=7.5057 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1909,165,0
|
|
20 47867287 rs238211 C T 2228.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=55.83;MQ0=0;QD=33.26;SB=-1093.989;SBQD=-4.956;SBpi=-0.1833;SBpiQual=-0.4244;VQSLOD=7.4330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2262,178,0
|
|
20 47867309 rs238212 C A 1964.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.4942;MQ=56.59;MQ0=0;QD=31.18;SB=-1031.375;SBQD=-2.536;SBpi=-0.0630;SBpiQual=-0.1407;VQSLOD=5.7866 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:1997,159,0
|
|
20 47875439 rs171132 A G 1061.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=54.13;MQ0=0;QD=19.66;SB=-752.748;SBQD=-5.578;SBpi=-0.1361;SBpiQual=-0.4443;VQSLOD=4.9036 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1095,99,0
|
|
20 47879382 rs238175 T C 2338.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.94;SB=-1152.657;SBQD=-1.554;SBpi=-0.5341;SBpiQual=-0.6727;VQSLOD=6.9891 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2372,187,0
|
|
20 47889958 rs6063382 C T 773.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.35;MQ0=0;QD=17.99;SB=-461.655;SBQD=3.793;SBpi=-1.4487;SBpiQual=-1.3310;VQSLOD=4.2355 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:63.20:806,63,0
|
|
20 47911755 rs62211374 G A 1053.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;QD=35.13;SB=-156.438;SBQD=4.886;SBpi=2.0083;SBpiQual=2.1289;VQSLOD=6.4829 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:84.27:1087,84,0
|
|
20 47914458 rs237707 T C 2255.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=33.17;SB=-1062.340;SBQD=0.642;SBpi=0.7276;SBpiQual=0.8080;VQSLOD=8.1150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2288,181,0
|
|
20 47919042 rs6125616 G A 1566.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.09;MQ0=0;QD=30.71;SB=-790.945;SBQD=6.993;SBpi=-0.0700;SBpiQual=0.2851;VQSLOD=7.0775 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:51:99:1599,129,0
|
|
20 47923314 rs237713 C G 1615.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;QD=27.37;SB=-657.066;SBQD=-4.132;SBpi=-1.1066;SBpiQual=-1.2178;VQSLOD=4.9875 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1648,138,0
|
|
20 47943313 rs7270080 T C 1984.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;QD=30.52;SB=-1058.497;SBQD=-1.838;SBpi=0.4341;SBpiQual=0.2668;VQSLOD=5.8875 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2017,168,0
|
|
20 47954113 . C T 553.95 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.851;DP=43;Dels=0.00;FS=11.766;HRun=0;HaplotypeScore=1.6120;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-270.933;SBQD=-11.392;SBpi=-0.4264;SBpiQual=-0.4540;VQSLOD=4.2959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:584,0,463
|
|
20 48001771 rs1883860 C T 1040.30 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.614;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.817;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.293;SB=-593.727;SBQD=2.210;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.4067;VQSLOD=5.7615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:1070,0,1084
|
|
20 48015057 rs1354333 T C 815.11 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.902;HRun=0;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.019;SB=-312.577;SBQD=-6.666;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.8508;VQSLOD=5.2070 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:67:99:845,0,1264
|
|
20 48017872 rs6063398 T C 446.58 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.874;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.750;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.162;SB=-202.546;SBQD=5.370;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.2275;VQSLOD=3.4536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:477,0,744
|
|
20 48020273 rs7264620 A G 1166.43 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.844;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=2.804;QD=14.22;ReadPosRankSum=1.074;SB=-479.004;SBQD=1.823;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.7166;VQSLOD=4.7152 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1196,0,1463
|
|
20 48021968 rs56287623 T C 755.75 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.549;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.868;HRun=0;HaplotypeScore=2.4626;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.054;SB=-421.611;SBQD=5.161;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.5282;VQSLOD=4.5721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:786,0,917
|
|
20 48025392 rs237452 T C 973.81 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.743;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.246;HRun=0;HaplotypeScore=1.9700;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.159;SB=-401.452;SBQD=7.390;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.7408;VQSLOD=5.5358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:1004,0,952
|
|
20 48115247 rs1393343 T A 801.85 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.495;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-431.751;SBQD=-4.119;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1889;VQSLOD=5.2498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:832,0,1039
|
|
20 48247128 rs235029 A G 923.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.827;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.765;HRun=0;HaplotypeScore=30.9733;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.139;SB=-477.184;SBQD=-6.082;SBpi=0.0845;SBpiQual=-0.1859;VQSLOD=-17.4725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:954,0,651
|
|
20 48271161 rs4809749 T C 3146.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.16;SB=-1513.353;SBQD=-1.054;SBpi=-0.3752;SBpiQual=-0.4809;VQSLOD=8.3180 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3179,250,0
|
|
20 48325755 rs1927781 G A 1887.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8893;MQ=56.16;MQ0=0;QD=33.70;SB=-876.136;SBQD=-1.221;SBpi=0.6682;SBpiQual=0.5420;VQSLOD=5.5367 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1920,156,0
|
|
20 48329184 rs3787327 G A 1019.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.15;SB=-640.604;SBQD=5.808;SBpi=-0.0801;SBpiQual=0.2329;VQSLOD=5.6997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:39:84.26:1053,84,0
|
|
20 48372538 rs674826 C T 1924.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=1.6918;MQ=59.82;MQ0=0;QD=32.62;SB=-970.976;SBQD=0.105;SBpi=-0.5859;SBpiQual=-0.6069;VQSLOD=3.3144 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1958,150,0
|
|
20 48389985 rs645072 T G 1821.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=54.74;MQ0=0;QD=27.18;SB=-994.790;SBQD=0.233;SBpi=0.6719;SBpiQual=0.6252;VQSLOD=4.6037 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1854,150,0
|
|
20 48390961 rs648035 A C 675.32 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.565;HRun=1;HaplotypeScore=1.8237;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.321;SB=-271.995;SBQD=4.454;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.5362;VQSLOD=4.4886 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:705,0,685
|
|
20 48401268 rs615385 C A 398.47 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.586;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-121.781;SBQD=-0.485;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.0227;VQSLOD=5.3113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:428,0,667
|
|
20 48420718 rs11905310 C T 470.43 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.748;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=6.533;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.156;SB=-138.249;SBQD=8.544;SBpi=1.0324;SBpiQual=1.0906;VQSLOD=4.3749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:500,0,783
|
|
20 48427091 rs6012749 A G 696.21 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.170;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.965;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.337;SB=-439.921;SBQD=2.605;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1292;VQSLOD=4.9497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:726,0,1357
|
|
20 48432039 . A G 660.23 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;DP=52;Dels=0.00;FS=3.917;HRun=0;HaplotypeScore=4.3176;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-248.206;SBQD=-6.608;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.7827;VQSLOD=2.3893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:690,0,750
|
|
20 48433441 rs6020065 A G 254.08 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.19;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.792;SB=-143.462;SBQD=-1.916;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.1869;VQSLOD=4.5327 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:284,0,472
|
|
20 48480254 rs627898 A C 1136.70 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.973;SB=-569.208;SBQD=0.664;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1802;VQSLOD=6.3383 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:1167,0,1620
|
|
20 48515789 rs515686 G A 386.71 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.273;HRun=0;HaplotypeScore=2.7649;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.495;SB=-161.223;SBQD=-4.055;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.3515;VQSLOD=3.9381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:44:99:417,0,665
|
|
20 48527107 rs2254930 T A 560.07 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.963;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.355;SB=-315.313;SBQD=-1.384;SBpi=0.1091;SBpiQual=0.1561;VQSLOD=5.2001 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:590,0,1091
|
|
20 48547591 rs11698194 T C 603.42 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.201;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=51.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.543;SB=-188.061;SBQD=4.808;SBpi=1.1339;SBpiQual=1.3432;VQSLOD=4.3998 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:633,0,690
|
|
20 48547667 rs11698212 T A 328.08 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.227;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.272;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=40.24;MQ0=0;MQRankSum=-4.236;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-228.733;SBQD=-3.406;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.6256;VQSLOD=0.4211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:358,0,388
|
|
20 48548490 . C A 908.80 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=67;Dels=0.00;FS=3.784;HRun=0;HaplotypeScore=1.7074;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.976;SB=-293.182;SBQD=-4.174;SBpi=-1.2677;SBpiQual=-1.3563;VQSLOD=3.2551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:939,0,739
|
|
20 48553703 rs6125825 T C 809.73 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.728;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.746;SB=-325.721;SBQD=-1.621;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.7143;VQSLOD=5.5203 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:840,0,859
|
|
20 48568258 rs4809767 C T 2438.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=57.53;MQ0=0;QD=31.66;SB=-1412.777;SBQD=2.258;SBpi=-0.0570;SBpiQual=0.1127;VQSLOD=6.4086 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2471,196,0
|
|
20 48571662 rs6125830 G A 771.92 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.373;SB=-402.233;SBQD=2.008;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.1319;VQSLOD=5.4485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:802,0,965
|
|
20 48571802 rs4810995 C A 919.38 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=12.867;HRun=0;HaplotypeScore=1.8773;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.363;SB=-432.768;SBQD=9.656;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.2021;VQSLOD=5.6368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:949,0,631
|
|
20 48583432 rs6063450 T G 1021.16 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.879;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.961;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-496.451;SBQD=-0.607;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.4535;VQSLOD=4.0586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1051,0,1324
|
|
20 48585958 . C T 787.59 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DP=57;Dels=0.00;FS=3.786;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-441.174;SBQD=-6.364;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3202;VQSLOD=3.1701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:818,0,745
|
|
20 48586702 rs11697132 G A 857.27 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.322;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.102;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=16.81;ReadPosRankSum=0.708;SB=-354.054;SBQD=3.302;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.6944;VQSLOD=5.0086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:887,0,566
|
|
20 48589996 rs6067305 C T 727.37 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.115;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.942;SB=-337.016;SBQD=0.416;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.2742;VQSLOD=5.1025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:757,0,1017
|
|
20 48590337 rs12624347 C T 682.26 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.496;HRun=0;HaplotypeScore=3.5734;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.895;SB=-496.119;SBQD=-5.691;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.1760;VQSLOD=4.1223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:712,0,756
|
|
20 48600924 rs4647957 C T 503.07 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.938;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.283;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.556;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.763;SB=-310.631;SBQD=2.393;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.2458;VQSLOD=4.5036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:39:99:533,0,406
|
|
20 48617018 . T C 1322.33 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.001;DP=85;Dels=0.00;FS=2.938;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.842;SB=-549.008;SBQD=2.252;SBpi=0.8847;SBpiQual=0.7198;VQSLOD=4.1601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1352,0,1139
|
|
20 48622828 rs6020190 A G 386.42 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.513;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.718;SB=-205.491;SBQD=-1.499;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.1029;VQSLOD=4.3270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:416,0,683
|
|
20 48624987 rs6020192 C G 821.77 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=8.293;HRun=2;HaplotypeScore=2.9639;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.955;SB=-380.405;SBQD=4.437;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.1640;VQSLOD=3.6163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:852,0,404
|
|
20 48627757 rs6012797 C G 599.08 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=10.70;ReadPosRankSum=-2.326;SB=-337.882;SBQD=1.396;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.1946;VQSLOD=3.9833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:629,0,943
|
|
20 48628059 rs6067317 T C 133.50 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=54.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.971;SB=-33.302;SBQD=-9.664;SBpi=-1.9500;SBpiQual=-2.0172;VQSLOD=0.6473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:163,0,547
|
|
20 48630047 rs6020197 A G 72.48 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=12.882;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.058;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.809;SB=21.054;SBQD=8.444;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.2682;VQSLOD=-1.3747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:102,0,463
|
|
20 48713049 rs6012831 G A 2668.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1439.991;SBQD=-0.244;SBpi=0.2265;SBpiQual=0.2013;VQSLOD=8.4581 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2702,208,0
|
|
20 48842327 . G A 1086.80 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.924;DP=78;Dels=0.00;FS=0.892;HRun=0;HaplotypeScore=1.6385;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.190;QD=13.93;ReadPosRankSum=2.200;SB=-374.684;SBQD=2.250;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.0603;VQSLOD=0.9599 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,36:78:99:1117,0,1259
|
|
20 48851333 rs6122892 G A 746.52 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.930;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7728;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-412.197;SBQD=-1.092;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1354;VQSLOD=4.6263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:777,0,474
|
|
20 48875051 . G A 422.60 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.778;DP=197;Dels=0.00;FS=9.547;HRun=0;HaplotypeScore=162.2660;MQ=34.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.512;QD=2.15;ReadPosRankSum=-1.311;SB=-6.905;SBQD=-3.189;SBpi=-1.3470;SBpiQual=-1.5864;VQSLOD=-738.6746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,31:197:99:453,0,855
|
|
20 48911314 rs6063498 C G 1713.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.61;MQ0=0;QD=25.58;SB=-1060.758;SBQD=-8.059;SBpi=0.6719;SBpiQual=0.0662;VQSLOD=4.3345 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1747,153,0
|
|
20 48918769 rs6020427 C T 1497.88 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.840;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=12.773;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=3.182;QD=20.24;ReadPosRankSum=-0.228;SB=-686.563;SBQD=-9.379;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.3333;VQSLOD=3.9381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,46:74:99:1528,0,817
|
|
20 48920147 rs6012895 A G 767.73 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.378;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=13.01;ReadPosRankSum=1.183;SB=-354.172;SBQD=6.132;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2851;VQSLOD=5.5734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:798,0,988
|
|
20 48921191 rs1966217 C T 1097.49 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.493;SB=-506.716;SBQD=-1.894;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.6552;VQSLOD=5.4761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,41:64:99:1127,0,595
|
|
20 48921553 rs1966216 C A 784.90 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.982;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.453;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-504.818;SBQD=-0.150;SBpi=-0.0870;SBpiQual=0.1297;VQSLOD=5.7030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:815,0,802
|
|
20 48928805 rs6020433 G C 895.38 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.007;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=2.112;QD=13.78;ReadPosRankSum=1.546;SB=-512.459;SBQD=3.139;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1796;VQSLOD=3.8718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,35:65:99:925,0,562
|
|
20 48949175 rs6012906 G A 474.98 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.754;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=6.374;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.382;SB=-239.000;SBQD=6.303;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.2564;VQSLOD=4.2498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:505,0,655
|
|
20 48957779 rs13042016 C T 512.77 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.273;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.276;HRun=1;HaplotypeScore=1.5775;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-169.773;SBQD=6.456;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.8596;VQSLOD=3.3478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:543,0,778
|
|
20 48973011 rs4811046 G C 614.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.30;MQ0=0;QD=19.83;SB=-186.445;SBQD=-8.358;SBpi=-1.7063;SBpiQual=-1.7865;VQSLOD=3.3117 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:54.16:648,54,0
|
|
20 48973057 rs4809783 C T 962.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=57.46;MQ0=0;QD=26.01;SB=-251.060;SBQD=-10.388;SBpi=-1.5618;SBpiQual=-1.8356;VQSLOD=4.3597 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:37:81.24:995,81,0
|
|
20 48982081 rs6067413 A G 2074.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6439;MQ=59.67;MQ0=0;QD=30.06;SB=-885.619;SBQD=-3.512;SBpi=1.1437;SBpiQual=0.8507;VQSLOD=5.4753 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2107,190,0
|
|
20 48989707 rs6095894 G A 880.51 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.847;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.715;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.393;SB=-462.335;SBQD=4.546;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.1844;VQSLOD=5.8852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:911,0,605
|
|
20 48990189 rs6012918 A G 843.48 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=4.804;HRun=1;HaplotypeScore=2.7246;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-449.183;SBQD=2.367;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.5922;VQSLOD=3.1064 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:873,0,1120
|
|
20 49000874 rs6067429 C T 449.38 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.387;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.322;HRun=0;HaplotypeScore=4.4158;MQ=57.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.740;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.134;SB=-186.156;SBQD=-1.364;SBpi=0.8944;SBpiQual=0.7876;VQSLOD=1.6127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:49:99:479,0,677
|
|
20 49010169 rs6012921 C T 1107.95 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.063;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-653.929;SBQD=1.224;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0680;VQSLOD=5.8410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:1138,0,704
|
|
20 49011501 rs4811058 T C 879.42 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.046;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-539.964;SBQD=-0.430;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1144;VQSLOD=6.2429 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:909,0,862
|
|
20 49014720 rs13044827 G A 906.10 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.908;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.910;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.476;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.204;SB=-545.254;SBQD=2.108;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0397;VQSLOD=5.3660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:936,0,944
|
|
20 49025217 rs55747045 G A 1249.69 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.282;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.849;HRun=1;HaplotypeScore=2.8518;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.087;SB=-651.475;SBQD=1.274;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.1580;VQSLOD=4.4810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1280,0,1123
|
|
20 49057488 rs1810502 C T 1189.48 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.786;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.668;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=16.99;ReadPosRankSum=1.394;SB=-450.564;SBQD=8.095;SBpi=0.9487;SBpiQual=0.9920;VQSLOD=5.8639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:1219,0,601
|
|
20 49061006 rs2179605 C T 757.22 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.266;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.973;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=10.37;ReadPosRankSum=-1.491;SB=-395.515;SBQD=-4.024;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0027;VQSLOD=5.3930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:787,0,1027
|
|
20 49063166 rs4811068 C A 1278.30 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.562;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=8.102;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.797;QD=16.39;ReadPosRankSum=0.919;SB=-698.143;SBQD=-4.350;SBpi=0.0729;SBpiQual=0.2932;VQSLOD=5.6998 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,47:78:99:1308,0,813
|
|
20 49063830 rs6063518 C A 719.96 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.313;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.297;HRun=0;HaplotypeScore=2.5224;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=12.41;ReadPosRankSum=-1.068;SB=-347.310;SBQD=-4.070;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1411;VQSLOD=4.9129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:750,0,913
|
|
20 49079680 rs6126010 T G 788.31 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=18.638;HRun=0;HaplotypeScore=2.8614;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.469;SB=-93.236;SBQD=-17.327;SBpi=-2.0580;SBpiQual=-2.2414;VQSLOD=2.2848 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:818,0,742
|
|
20 49093789 rs6126017 T C 2209.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=32.97;SB=-973.923;SBQD=-1.766;SBpi=0.9163;SBpiQual=0.7882;VQSLOD=7.9199 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2242,189,0
|
|
20 49103891 rs6122939 A C 633.37 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=23.333;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.166;SB=-44.899;SBQD=-15.788;SBpi=-1.5000;SBpiQual=-1.8275;VQSLOD=3.5476 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:663,0,1206
|
|
20 49106514 rs11697371 C T 965.88 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.850;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=4.096;HRun=1;HaplotypeScore=1.7870;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.469;QD=17.25;ReadPosRankSum=1.160;SB=-387.130;SBQD=4.567;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.5975;VQSLOD=3.8347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,33:56:99:996,0,494
|
|
20 49126738 rs6020570 A G 871.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8161;MQ=58.99;MQ0=0;QD=18.95;SB=-336.448;SBQD=-12.281;SBpi=-1.4744;SBpiQual=-1.9214;VQSLOD=2.6591 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:84.16:905,84,0
|
|
20 49128240 rs6020572 G A 1330.49 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.464;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.8997;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=17.74;ReadPosRankSum=0.784;SB=-541.618;SBQD=0.942;SBpi=0.7715;SBpiQual=0.8575;VQSLOD=4.6083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1360,0,957
|
|
20 49173179 rs2426159 G A 1119.54 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.989;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=10.057;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=15.77;ReadPosRankSum=1.032;SB=-413.213;SBQD=-7.917;SBpi=-0.9733;SBpiQual=-1.0088;VQSLOD=5.7407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1150,0,852
|
|
20 49196599 rs718049 C T 151.38 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.824;HRun=0;HaplotypeScore=1.9465;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.500;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.142;SB=-89.307;SBQD=-0.223;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.4656;VQSLOD=3.1198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:26:99:181,0,471
|
|
20 49196930 rs718050 A G 1091.35 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.826;QD=14.75;ReadPosRankSum=1.055;SB=-435.924;SBQD=1.214;SBpi=0.8590;SBpiQual=1.0873;VQSLOD=5.3312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1121,0,1000
|
|
20 49216966 rs4811082 C T 1153.71 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.670;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=7.773;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-514.720;SBQD=6.783;SBpi=0.4743;SBpiQual=0.5221;VQSLOD=4.6319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:78:99:1184,0,1007
|
|
20 49252108 . T G 417.92 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=48;Dels=0.00;FS=4.741;HRun=0;HaplotypeScore=3.7821;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.263;SB=-248.156;SBQD=3.938;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.4569;VQSLOD=1.8374 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:448,0,656
|
|
20 49260798 rs4809801 T C 1645.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.71;MQ0=0;QD=26.55;SB=-1040.710;SBQD=5.386;SBpi=-0.2540;SBpiQual=0.1981;VQSLOD=4.5100 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1679,144,0
|
|
20 49275069 rs13043097 A G 1073.82 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.797;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=7.640;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.428;QD=12.63;ReadPosRankSum=1.371;SB=-412.759;SBQD=-5.830;SBpi=-1.4744;SBpiQual=-1.4729;VQSLOD=3.9061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1104,0,870
|
|
20 49292855 rs7274893 G A 906.25 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.779;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.723;HRun=0;HaplotypeScore=3.7611;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.158;SB=-352.021;SBQD=-5.174;SBpi=-1.3611;SBpiQual=-1.3507;VQSLOD=3.1087 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:936,0,1048
|
|
20 49293348 . C T 32.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;DP=27;Dels=0.00;FS=2.634;HRun=0;HaplotypeScore=11.8974;MQ=39.45;MQ0=0;MQRankSum=2.430;QD=1.19;ReadPosRankSum=-2.662;SB=21.052;SBQD=-1.047;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9129;VQSLOD=-7.2749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,3:27:62.14:62,0,295
|
|
20 49295700 rs28611017 C G 166.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=5.008;HRun=0;HaplotypeScore=14.4901;MQ=41.27;MQ0=0;MQRankSum=1.197;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.858;SB=-167.123;SBQD=7.470;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.1770;VQSLOD=-1.2072 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,11:19:18:200,18,0
|
|
20 49296459 rs4811092 G A 1956.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.44;MQ0=0;QD=30.11;SB=-902.704;SBQD=3.325;SBpi=-1.0543;SBpiQual=-0.9600;VQSLOD=6.5124 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:1990,168,0
|
|
20 49297755 . C T 521.15 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=46;Dels=0.00;FS=1.174;HRun=1;HaplotypeScore=1.7256;MQ=49.24;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=11.33;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-280.850;SBQD=-4.124;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.1620;VQSLOD=2.8322 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:551,0,594
|
|
20 49299870 rs2904274 A G 1797.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=0;QD=29.96;SB=-883.826;SBQD=-5.055;SBpi=-0.2582;SBpiQual=-0.6253;VQSLOD=6.7713 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1831,162,0
|
|
20 49302743 rs36051891 A G 125.49 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.495;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.160;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.723;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.231;SB=6.000;SBQD=-12.340;SBpi=-1.7321;SBpiQual=-1.8797;VQSLOD=0.5743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:155,0,257
|
|
20 49304005 rs6126074 G T 639.69 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=11.42;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-310.161;SBQD=1.062;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6801;VQSLOD=4.7353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:670,0,789
|
|
20 49315787 rs6020704 G A 2131.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.1553;MQ=58.40;MQ0=0;QD=31.81;SB=-1127.888;SBQD=1.911;SBpi=-0.3054;SBpiQual=-0.0949;VQSLOD=5.0035 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2164,180,0
|
|
20 49319827 . A G 552.38 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.897;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8801;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.416;SB=-311.364;SBQD=-2.241;SBpi=0.3000;SBpiQual=-0.1638;VQSLOD=3.4347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:582,0,735
|
|
20 49325422 rs13041007 C G 852.96 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.514;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=4.107;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.162;QD=14.96;ReadPosRankSum=1.146;SB=-214.606;SBQD=-5.473;SBpi=-1.5266;SBpiQual=-1.5480;VQSLOD=3.9920 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:883,0,488
|
|
20 49362140 . G A 1027.96 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=69;Dels=0.00;FS=4.750;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.967;QD=14.90;ReadPosRankSum=-1.149;SB=-449.101;SBQD=4.959;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.7987;VQSLOD=2.7778 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1058,0,837
|
|
20 49384233 rs55726563 C T 559.36 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.710;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=4.612;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.97;MQ0=11;MQRankSum=1.050;QD=9.17;ReadPosRankSum=2.050;SB=-130.942;SBQD=11.572;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.1995;VQSLOD=4.4471 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:589,0,549
|
|
20 49384745 rs6091213 T C 438.32 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.852;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.568;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.473;SB=-200.285;SBQD=-2.042;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.0831;VQSLOD=3.7296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:468,0,928
|
|
20 49385729 rs28590519 T C 442.64 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.823;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.244;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=46.25;MQ0=4;MQRankSum=-1.752;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.310;SB=-239.501;SBQD=3.015;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.2720;VQSLOD=2.9125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:473,0,1313
|
|
20 49409173 rs6067550 T C 733.81 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.131;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.654;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.190;SB=-412.184;SBQD=3.020;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0060;VQSLOD=5.3769 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:764,0,832
|
|
20 49410892 rs6020751 C T 573.48 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.038;HRun=1;HaplotypeScore=2.6187;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=10.43;ReadPosRankSum=-2.157;SB=-295.545;SBQD=-1.438;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.3216;VQSLOD=3.8045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:55:99:603,0,816
|
|
20 49435325 rs6067560 C G 767.15 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.245;HRun=0;HaplotypeScore=4.1304;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=12.79;ReadPosRankSum=-1.842;SB=-449.702;SBQD=-3.937;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0318;VQSLOD=2.9664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:797,0,835
|
|
20 49435906 rs60829093 T C 785.39 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.686;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.068;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=1.538;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.412;SB=-285.064;SBQD=8.716;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.6858;VQSLOD=5.5494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:815,0,917
|
|
20 49441362 rs8114995 C T 774.70 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-369.381;SBQD=0.248;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.5584;VQSLOD=4.7130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:805,0,767
|
|
20 49524706 . C T 39.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.638;DP=51;Dels=0.00;FS=45.265;HRun=3;HaplotypeScore=5.4084;MQ=53.63;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.664;SB=102.307;SBQD=6.897;SBpi=1.5811;SBpiQual=1.1762;VQSLOD=-3.1205 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,10:51:69.54:70,0,244
|
|
20 49602112 rs4809816 G A 944.12 PASS AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.841;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.811;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=18.88;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-539.508;SBQD=-3.925;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0639;VQSLOD=5.8749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,36:50:99:974,0,271
|
|
20 49671946 rs911020 T C 763.51 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.890;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.638;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.442;SB=-426.433;SBQD=-3.880;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0029;VQSLOD=4.3295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:793,0,1400
|
|
20 49714756 rs11086322 G A 2070.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.09;SB=-973.638;SBQD=1.351;SBpi=-0.5859;SBpiQual=-0.5030;VQSLOD=8.0697 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2103,169,0
|
|
20 49729104 rs229997 C T 1184.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=7.484;HRun=0;HaplotypeScore=1.7653;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.832;QD=14.45;ReadPosRankSum=2.036;SB=-413.492;SBQD=-7.495;SBpi=-1.0801;SBpiQual=-1.2424;VQSLOD=4.7467 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:1215,0,1101
|
|
20 49745195 rs230019 A T 2515.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9436;MQ=58.19;MQ0=0;QD=33.54;SB=-1221.634;SBQD=1.442;SBpi=-0.6351;SBpiQual=-0.5903;VQSLOD=5.7050 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2549,202,0
|
|
20 49752716 rs230026 T C 2087.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=29.82;SB=-918.323;SBQD=-0.033;SBpi=-1.3148;SBpiQual=-1.3651;VQSLOD=6.6634 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2120,174,0
|
|
20 49763390 rs230034 T C 2976.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.75;SB=-1193.981;SBQD=-1.426;SBpi=-0.9444;SBpiQual=-1.1050;VQSLOD=8.6661 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3010,241,0
|
|
20 49783941 rs13045259 G T 1131.62 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=2.794;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=48.65;MQ0=0;MQRankSum=3.602;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.557;SB=-485.534;SBQD=-3.411;SBpi=-0.9690;SBpiQual=-1.0853;VQSLOD=4.5603 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:93:99:1162,0,1377
|
|
20 49784286 . G A 650.91 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.644;DP=50;Dels=0.00;FS=2.465;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=13.02;ReadPosRankSum=1.297;SB=-353.443;SBQD=5.217;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.5483;VQSLOD=4.3121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:681,0,326
|
|
20 49784622 rs16995794 T C 457.53 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.315;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=55.65;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-351.671;SBQD=-3.084;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1709;VQSLOD=5.3977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:488,0,798
|
|
20 49786318 rs6067664 C T 853.63 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.158;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.151;SB=-420.394;SBQD=-0.013;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2337;VQSLOD=5.8462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:884,0,876
|
|
20 49793757 rs2426264 A T 102.60 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.07;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.316;DB;DP=68;Dels=0.03;FS=0.000;HRun=20;HaplotypeScore=6.8531;MQ=51.33;MQ0=0;MQRankSum=1.438;QD=1.47;ReadPosRankSum=2.207;SB=-647.500;SBQD=-10.436;SBpi=-0.8189;SBpiQual=-1.2958;VQSLOD=-21.3183 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,63:68:4.66:132,0,5
|
|
20 49832898 rs4811132 G A 1125.67 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.157;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.189;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=15.85;ReadPosRankSum=2.329;SB=-513.927;SBQD=3.982;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.3020;VQSLOD=4.7944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1156,0,1017
|
|
20 49834670 rs4809828 A C 764.20 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.942;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.690;QD=11.94;ReadPosRankSum=2.309;SB=-351.362;SBQD=-2.374;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.9285;VQSLOD=4.7079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:794,0,956
|
|
20 49846076 rs6067685 A G 1615.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=28.85;SB=-731.823;SBQD=-7.021;SBpi=-0.5345;SBpiQual=-0.9729;VQSLOD=6.1935 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1649,141,0
|
|
20 49851464 rs4811141 G A 2357.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;QD=34.17;SB=-1192.323;SBQD=1.020;SBpi=-0.4214;SBpiQual=-0.3626;VQSLOD=8.5947 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2391,190,0
|
|
20 49856049 . C T 38.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.308;DP=47;Dels=0.00;FS=8.531;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=1.848;QD=0.82;ReadPosRankSum=-2.938;SB=-33.839;SBQD=12.855;SBpi=1.9188;SBpiQual=1.7751;VQSLOD=-5.6009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:68.52:69,0,176
|
|
20 49864540 rs4811142 C T 1708.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=32.86;SB=-807.797;SBQD=-0.857;SBpi=0.5547;SBpiQual=0.4942;VQSLOD=8.1131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1742,141,0
|
|
20 50024252 rs35051886 G A 1866.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.24;MQ0=0;QD=30.59;SB=-929.762;SBQD=-1.498;SBpi=-0.5762;SBpiQual=-0.6175;VQSLOD=6.7293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1899,153,0
|
|
20 50027980 rs2426308 C T 1698.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=33.31;SB=-974.241;SBQD=1.276;SBpi=-0.0700;SBpiQual=0.0043;VQSLOD=7.6023 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1732,141,0
|
|
20 50032585 rs4811173 T G 2100.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.35;MQ0=0;QD=32.31;SB=-816.685;SBQD=-1.837;SBpi=-1.1783;SBpiQual=-1.2930;VQSLOD=5.9015 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2133,172,0
|
|
20 50034603 rs910156 C G 1400.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=29.80;SB=-729.443;SBQD=3.691;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.5955;VQSLOD=7.2678 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1433,117,0
|
|
20 50046403 rs6126230 G A 2301.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=34.87;SB=-1210.735;SBQD=-0.523;SBpi=0.2462;SBpiQual=0.2079;VQSLOD=8.5690 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2334,181,0
|
|
20 50055350 rs715147 G A 2594.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.96;MQ0=0;QD=30.52;SB=-1364.677;SBQD=2.185;SBpi=-0.7050;SBpiQual=-0.6254;VQSLOD=7.1328 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2628,208,0
|
|
20 50065648 rs228836 G A 1392.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.0716;MQ=59.50;MQ0=0;QD=30.28;SB=-741.211;SBQD=0.262;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.4770;VQSLOD=5.5343 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1426,114,0
|
|
20 50078932 rs228845 G A 1556.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.56;MQ0=1;QD=30.52;SB=-857.960;SBQD=2.399;SBpi=0.0700;SBpiQual=0.0355;VQSLOD=6.6380 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1590,129,0
|
|
20 50141484 rs6063663 C T 568.90 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.219;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.661;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.047;SB=-131.443;SBQD=-10.259;SBpi=-1.0660;SBpiQual=-1.3630;VQSLOD=5.0499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:47:99:599,0,640
|
|
20 50146097 rs56187832 G A 408.29 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.259;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.700;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.664;SB=-221.261;SBQD=-5.441;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1158;VQSLOD=5.1735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:438,0,789
|
|
20 50146885 rs6063665 T A 788.84 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=7.660;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.621;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.917;SB=-409.700;SBQD=-7.647;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.4088;VQSLOD=4.6393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:819,0,643
|
|
20 50170630 rs6013212 G A 1631.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.33;MQ0=0;QD=29.14;SB=-938.509;SBQD=1.071;SBpi=0.4009;SBpiQual=0.4823;VQSLOD=6.0226 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1665,132,0
|
|
20 50184300 . C G 1681.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.92;MQ0=0;QD=35.03;SB=-688.673;SBQD=0.541;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.9181;VQSLOD=6.8454 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1715,135,0
|
|
20 50189970 rs8115338 G T 597.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.242;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.672;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=2.254;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.814;SB=-345.584;SBQD=4.985;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0767;VQSLOD=5.2213 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:627,0,729
|
|
20 50192133 rs2869428 T G 1232.95 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.292;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.575;SB=-579.267;SBQD=-0.355;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.4419;VQSLOD=5.7691 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1263,0,1334
|
|
20 50265107 rs2426341 C T 2842.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=34.67;SB=-895.931;SBQD=2.058;SBpi=1.8773;SBpiQual=2.0865;VQSLOD=7.5528 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2876,226,0
|
|
20 50274961 rs59469654 G A 1500.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.13;MQ0=0;QD=31.27;SB=-612.079;SBQD=1.138;SBpi=-1.1547;SBpiQual=-1.0999;VQSLOD=6.7025 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1534,123,0
|
|
20 50287402 rs761377 A G 1991.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=31.12;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-883.221;SBQD=-8.278;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.8229;VQSLOD=7.7556 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:2025,177,0
|
|
20 50299628 rs13044663 C G 591.38 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.488;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=49.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.261;SB=-291.717;SBQD=5.833;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.2025;VQSLOD=5.4465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:621,0,747
|
|
20 50327352 rs6126313 C T 749.64 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.340;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8582;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.265;SB=-314.582;SBQD=0.790;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.6306;VQSLOD=5.1305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:780,0,734
|
|
20 50330814 rs6096539 C T 423.56 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.229;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.365;SB=-104.514;SBQD=7.246;SBpi=0.7500;SBpiQual=1.0271;VQSLOD=4.8758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:454,0,782
|
|
20 50333511 rs2209315 C G 1457.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.51;MQ0=1;QD=26.99;SB=-730.982;SBQD=-7.988;SBpi=-0.2060;SBpiQual=-0.6063;VQSLOD=5.5080 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1491,129,0
|
|
20 50343692 rs2426390 A G 803.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.49;MQ0=0;QD=24.36;SB=-387.334;SBQD=-7.947;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.7491;VQSLOD=3.8715 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:72.19:837,72,0
|
|
20 50354067 rs2426400 C A 2293.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;QD=33.73;SB=-1221.371;SBQD=0.659;SBpi=-0.3638;SBpiQual=-0.3531;VQSLOD=7.3389 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2326,178,0
|
|
20 50362799 rs6021414 G A 1301.05 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.231;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.921;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.136;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.082;SB=-453.160;SBQD=-1.039;SBpi=-1.0553;SBpiQual=-1.2542;VQSLOD=4.3794 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1331,0,955
|
|
20 50370922 rs58045158 A C 761.01 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.053;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=1.584;QD=13.35;ReadPosRankSum=1.938;SB=-407.269;SBQD=0.182;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.5143;VQSLOD=4.8302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,32:57:99:791,0,685
|
|
20 50389862 rs56187799 C G 980.18 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.380;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.581;SB=-516.852;SBQD=1.493;SBpi=0.4867;SBpiQual=0.3113;VQSLOD=4.6646 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1010,0,816
|
|
20 50396271 rs6096578 G A 917.86 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.428;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=6.314;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.728;QD=12.75;ReadPosRankSum=-1.241;SB=-323.534;SBQD=6.771;SBpi=0.8839;SBpiQual=1.0125;VQSLOD=3.9239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:948,0,1190
|
|
20 50406985 rs13043248 G A 764.05 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.589;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.441;HRun=0;HaplotypeScore=1.9445;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.507;SB=-317.571;SBQD=6.460;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.8530;VQSLOD=5.6929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:54:99:794,0,450
|
|
20 50407162 rs6021437 T C 459.08 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.138;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=15.099;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.954;SB=-177.727;SBQD=-7.278;SBpi=-0.8165;SBpiQual=-0.6485;VQSLOD=5.1939 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:489,0,913
|
|
20 50426274 rs35981774 G A 425.78 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.096;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.356;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.94;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.579;SB=-225.345;SBQD=-6.895;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.1682;VQSLOD=5.0754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:456,0,389
|
|
20 50435223 rs6021468 C T 940.14 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.431;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.663;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=12.54;ReadPosRankSum=-2.407;SB=-307.924;SBQD=2.225;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-1.2986;VQSLOD=3.8179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:970,0,1125
|
|
20 50440663 rs2869448 T C 959.45 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.192;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.628;SB=-523.160;SBQD=4.809;SBpi=-0.7028;SBpiQual=-0.1666;VQSLOD=4.4757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:989,0,794
|
|
20 50468450 rs6021499 G C 986.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=39.81;MQ0=0;QD=25.30;SB=-424.492;SBQD=0.108;SBpi=0.8807;SBpiQual=1.0153;VQSLOD=3.3536 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:87.25:1020,87,0
|
|
20 50470561 . C G 1287.27 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=87;Dels=0.00;FS=5.775;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=14.80;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-613.907;SBQD=-5.418;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.4219;VQSLOD=4.3543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,43:87:99:1317,0,1410
|
|
20 50475601 rs7351143 T A 807.06 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.181;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.938;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.374;QD=12.61;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-390.109;SBQD=-1.259;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.3000;VQSLOD=2.9734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:837,0,1197
|
|
20 50476123 rs35742425 G A 826.76 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.883;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.022;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=13.78;ReadPosRankSum=1.012;SB=-445.056;SBQD=-1.182;SBpi=-0.0870;SBpiQual=0.1137;VQSLOD=5.3390 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:60:99:857,0,690
|
|
20 50478350 rs6067976 C G 378.96 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.421;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.961;SB=-57.708;SBQD=3.381;SBpi=1.4201;SBpiQual=1.4615;VQSLOD=3.1549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:409,0,869
|
|
20 50487172 rs6021515 C T 803.63 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.492;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.904;HRun=0;HaplotypeScore=3.6214;MQ=45.78;MQ0=1;MQRankSum=-3.293;QD=10.30;ReadPosRankSum=-1.845;SB=-357.959;SBQD=2.919;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.7719;VQSLOD=0.5585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:834,0,932
|
|
20 50488314 rs6096631 G C 779.48 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.394;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-440.540;SBQD=0.291;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.0579;VQSLOD=5.1231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:74:99:809,0,1191
|
|
20 50492090 rs6126362 G A 863.25 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=16.330;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=3.142;QD=19.18;ReadPosRankSum=0.470;SB=-435.416;SBQD=15.568;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1886;VQSLOD=4.2560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,30:45:99:893,0,284
|
|
20 50496206 . C T 663.65 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.867;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6644;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.690;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.184;SB=-238.176;SBQD=2.465;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.1308;VQSLOD=3.5113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:694,0,999
|
|
20 50497975 rs6067984 G T 703.73 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.274;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8055;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.131;QD=13.28;ReadPosRankSum=-2.058;SB=-157.244;SBQD=2.987;SBpi=1.5119;SBpiQual=1.7148;VQSLOD=2.2120 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:734,0,760
|
|
20 50498106 rs6067985 G A 460.40 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.182;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.392;SB=-458.876;SBQD=-1.605;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.0795;VQSLOD=3.5812 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:490,0,772
|
|
20 50510213 . A C 295.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.555;DP=81;Dels=0.00;FS=3.292;HRun=0;HaplotypeScore=6.9968;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.304;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.840;SB=-334.743;SBQD=-2.538;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6592;VQSLOD=-4.2062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,32:81:99:325,0,1628
|
|
20 50514126 rs3915564 C T 632 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.505;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.941;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.468;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-494.437;SBQD=-2.589;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0273;VQSLOD=3.7057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:662,0,899
|
|
20 50544361 rs6123104 G T 621.36 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=11.272;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.858;SB=-242.076;SBQD=13.126;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.8049;VQSLOD=3.8793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:651,0,487
|
|
20 50561271 rs55747431 T C 812.65 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=7.228;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.761;SB=-193.054;SBQD=-9.157;SBpi=-1.3470;SBpiQual=-1.5330;VQSLOD=4.7898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:843,0,1071
|
|
20 50573564 rs58989891 C T 895.86 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.040;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=1.667;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.616;SB=-305.969;SBQD=-6.888;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-1.2490;VQSLOD=5.3733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:926,0,866
|
|
20 50577132 rs1122391 C T 619.35 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.448;HRun=3;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-257.049;SBQD=4.297;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.7013;VQSLOD=4.1723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:649,0,751
|
|
20 50586043 rs6091414 G A 879.42 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.958;HRun=1;HaplotypeScore=2.5257;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=12.21;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-546.302;SBQD=-0.640;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.0264;VQSLOD=3.6029 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:909,0,848
|
|
20 50605093 rs6126429 T C 660.25 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.661;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.102;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-375.122;SBQD=-0.380;SBpi=-1.1355;SBpiQual=-0.7812;VQSLOD=4.1392 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:70:99:690,0,754
|
|
20 50606329 rs6021602 T G 795.88 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.417;SB=-345.678;SBQD=-1.553;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.6932;VQSLOD=4.8989 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:826,0,712
|
|
20 50637041 rs16996389 A G 504.75 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.023;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.658;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.271;SB=-190.063;SBQD=2.679;SBpi=1.0206;SBpiQual=0.7751;VQSLOD=3.7664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,24:65:99:535,0,1315
|
|
20 50644698 rs6013356 T C 270.86 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.499;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.242;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.421;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.213;SB=-209.768;SBQD=-0.838;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.4439;VQSLOD=3.4609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:301,0,512
|
|
20 50646144 rs13044730 G A 375.41 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.494;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.948;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.623;SB=-138.997;SBQD=1.279;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.0538;VQSLOD=4.7089 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:405,0,586
|
|
20 50654576 rs6068048 T C 2026.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=0;QD=32.17;SB=-1114.315;SBQD=0.256;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.1924;VQSLOD=8.4801 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2059,166,0
|
|
20 50662413 rs11086365 G C 779.97 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.947;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.688;SB=-369.417;SBQD=-2.072;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2565;VQSLOD=5.4288 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,27:71:99:810,0,1323
|
|
20 50666093 rs11699699 A G 2330.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=32.82;SB=-882.408;SBQD=-0.594;SBpi=1.4835;SBpiQual=1.5263;VQSLOD=6.8719 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2363,187,0
|
|
20 50670393 rs6068058 G A 786.23 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.019;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.366;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.691;SB=-407.636;SBQD=1.878;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.4826;VQSLOD=4.4894 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:816,0,1294
|
|
20 50685501 rs6512790 C T 745.80 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.479;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.731;SB=-368.284;SBQD=0.261;SBpi=-0.1961;SBpiQual=-0.2706;VQSLOD=4.8913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:776,0,1194
|
|
20 50804988 rs6123140 G C 356.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.19;MQ0=2;QD=20.96;SB=-90.807;SBQD=23.991;SBpi=0.9037;SBpiQual=1.1765;VQSLOD=3.6735 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:17:33.07:389,33,0
|
|
20 50820444 rs2224368 C T 1850.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4105;MQ=58.86;MQ0=0;QD=29.85;SB=-932.473;SBQD=3.128;SBpi=0.5080;SBpiQual=0.7079;VQSLOD=5.5844 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1884,150,0
|
|
20 50880658 rs6021824 T A 2990.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.47;MQ0=0;QD=37.86;SB=-1460.804;SBQD=-0.767;SBpi=0.2813;SBpiQual=0.2284;VQSLOD=7.9641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3024,238,0
|
|
20 50931130 . T C 170.26 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.395;DP=80;Dels=0.00;FS=7.737;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=49.21;MQ0=0;MQRankSum=2.305;QD=2.13;ReadPosRankSum=-4.149;SB=11.176;SBQD=3.726;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.4922;VQSLOD=-4.8790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,11:80:99:200,0,1604
|
|
20 50955607 rs6021869 G T 2733.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;QD=32.16;SB=-1354.667;SBQD=0.320;SBpi=0.7050;SBpiQual=0.7295;VQSLOD=4.3344 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2767,220,0
|
|
20 50956445 rs6068143 G A 2905.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.78;SB=-1456.227;SBQD=-0.438;SBpi=-0.1688;SBpiQual=-0.2235;VQSLOD=8.0463 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2939,232,0
|
|
20 50959453 rs13043844 C G 2635.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=36.10;SB=-1179.235;SBQD=0.349;SBpi=0.6437;SBpiQual=0.7167;VQSLOD=8.8081 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2668,211,0
|
|
20 50979238 rs6021886 T C 2226.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.01;MQ0=0;QD=30.50;SB=-1193.651;SBQD=1.574;SBpi=-0.5267;SBpiQual=-0.5359;VQSLOD=7.2739 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2259,186,0
|
|
20 51009796 rs6013450 G A 2534.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=34.25;SB=-1293.232;SBQD=1.227;SBpi=-0.2325;SBpiQual=-0.1161;VQSLOD=8.6865 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2568,208,0
|
|
20 51012964 rs1555278 C T 2333.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.33;SB=-1239.697;SBQD=-0.497;SBpi=0.3586;SBpiQual=0.3268;VQSLOD=6.4919 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2366,187,0
|
|
20 51028505 rs6021912 T C 2241.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=33.97;SB=-977.333;SBQD=-2.855;SBpi=-0.6155;SBpiQual=-0.7675;VQSLOD=7.9107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2275,181,0
|
|
20 51041177 rs62216496 G C 427.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.071;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=50.97;MQ0=2;MQRankSum=-3.054;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-142.220;SBQD=3.035;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.8968;VQSLOD=0.4229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,26:81:99:457,0,1076
|
|
20 51057513 rs6063791 T C 2123.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=28.31;SB=-1350.859;SBQD=0.767;SBpi=0.0577;SBpiQual=0.0711;VQSLOD=5.6008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2157,175,0
|
|
20 51070675 rs6126565 G A 2320.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.4105;MQ=59.46;MQ0=0;QD=30.93;SB=-1297.268;SBQD=-0.012;SBpi=0.5196;SBpiQual=0.5525;VQSLOD=4.2860 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2353,184,0
|
|
20 51077427 rs35601305 A T 2249.74 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.15;MQ0=0;QD=26.16;SB=-981.883;SBQD=0.228;SBpi=1.7253;SBpiQual=1.7314;VQSLOD=2.2952 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:2283,199,0
|
|
20 51078293 rs6068202 A T 2511.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.88;SB=-983.793;SBQD=3.477;SBpi=1.0607;SBpiQual=1.3582;VQSLOD=7.0838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2544,199,0
|
|
20 51098563 rs35102849 A G 1561.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02;SB=-647.880;SBQD=-8.323;SBpi=-0.4160;SBpiQual=-0.8939;VQSLOD=6.5196 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1594,144,0
|
|
20 51168305 rs34320357 T C 2335.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.68;MQ0=0;QD=32.00;SB=-1169.367;SBQD=7.273;SBpi=-0.7608;SBpiQual=-0.1685;VQSLOD=6.8842 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2369,205,0
|
|
20 51193862 rs34966255 T C 2921.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=33.97;SB=-1156.564;SBQD=5.663;SBpi=0.7548;SBpiQual=1.2264;VQSLOD=8.2907 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2954,253,0
|
|
20 51197883 . C T 599.75 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.059;DP=66;Dels=0.00;FS=3.504;HRun=0;HaplotypeScore=4.7424;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-267.237;SBQD=3.902;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.3756;VQSLOD=1.5539 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:66:99:630,0,1345
|
|
20 51208280 rs6063838 C A 2548.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=35.39;SB=-1099.767;SBQD=1.333;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.8340;VQSLOD=8.6378 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2581,211,0
|
|
20 51216970 rs6021991 A G 1777.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ=56.29;MQ0=0;QD=24.35;SB=-1150.323;SBQD=-2.105;SBpi=0.2926;SBpiQual=-0.0356;VQSLOD=4.6839 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:1810,165,0
|
|
20 51219363 . G C 42.30 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.859;DP=34;Dels=0.00;FS=36.992;HRun=0;HaplotypeScore=82.1352;MQ=31.30;MQ0=1;MQRankSum=-0.707;QD=1.24;ReadPosRankSum=-3.838;SB=48.092;SBQD=13.287;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.7440;VQSLOD=-198.9447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:34:72.29:72,0,353
|
|
20 51247459 rs56934573 C T 819.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=3.445;HRun=3;HaplotypeScore=2.6823;MQ=47.96;MQ0=1;MQRankSum=2.753;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.614;SB=-557.024;SBQD=6.823;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.4772;VQSLOD=3.3970 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:46:31.91:853,32,0
|
|
20 51262151 rs856407 T C 2357.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=35.72;SB=-948.704;SBQD=1.389;SBpi=0.9847;SBpiQual=1.1249;VQSLOD=7.4533 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2390,187,0
|
|
20 51267236 rs856396 T G 2664.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.06;SB=-1249.389;SBQD=-0.574;SBpi=0.5735;SBpiQual=0.6375;VQSLOD=7.3597 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2697,214,0
|
|
20 51303026 rs856336 T C 1282.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.95;MQ0=0;QD=22.10;SB=-961.564;SBQD=1.704;SBpi=0.2626;SBpiQual=0.3722;VQSLOD=4.7492 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1315,108,0
|
|
20 51310867 rs2294587 T C 1157.02 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.479;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=4.033;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=1.379;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-667.156;SBQD=5.662;SBpi=-0.2887;SBpiQual=0.0579;VQSLOD=5.6760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1187,0,1306
|
|
20 51312155 rs6013505 G A 1140.05 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.816;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.743;HRun=2;HaplotypeScore=1.7336;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=14.81;ReadPosRankSum=1.075;SB=-490.226;SBQD=-7.073;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5854;VQSLOD=5.3623 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1170,0,1193
|
|
20 51386791 rs6126653 G A 1156.76 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.047;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=1.945;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-625.831;SBQD=-0.490;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.1793;VQSLOD=5.0898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:83:99:1187,0,1323
|
|
20 51402308 rs6068344 C T 863.13 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.967;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.958;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=13.49;ReadPosRankSum=-2.297;SB=-486.599;SBQD=-2.346;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0727;VQSLOD=4.0866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:893,0,982
|
|
20 51408013 rs6022087 T C 1287.98 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=8.723;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=17.41;ReadPosRankSum=-2.060;SB=-340.975;SBQD=8.370;SBpi=1.6012;SBpiQual=1.7221;VQSLOD=3.2492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:1318,0,977
|
|
20 51417380 rs6063877 T C 968.76 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.947;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.874;HRun=0;HaplotypeScore=5.8665;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.453;SB=-466.102;SBQD=5.035;SBpi=-0.1667;SBpiQual=0.2501;VQSLOD=2.8883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:999,0,1263
|
|
20 51457549 rs6063884 C G 2752.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1012.456;SBQD=1.362;SBpi=1.3587;SBpiQual=1.5207;VQSLOD=7.2527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2786,220,0
|
|
20 51488022 . G A 854.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.309;DP=71;Dels=0.00;FS=0.912;HRun=0;HaplotypeScore=3.3590;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.620;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.674;SB=-409.840;SBQD=2.605;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.5614;VQSLOD=1.0608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:885,0,916
|
|
20 51488467 rs2249339 T G 1162.20 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=9.204;HRun=0;HaplotypeScore=1.9566;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.126;QD=14.00;ReadPosRankSum=-1.827;SB=-391.830;SBQD=-7.643;SBpi=-1.2962;SBpiQual=-1.4275;VQSLOD=3.1849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1192,0,1302
|
|
20 51496911 rs1923109 C T 640.12 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.680;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.760;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-251.058;SBQD=-0.480;SBpi=0.8165;SBpiQual=0.7762;VQSLOD=4.9966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:670,0,1138
|
|
20 51503839 rs2254001 G A 810.32 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.280;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.879;SB=-488.345;SBQD=-1.944;SBpi=0.0870;SBpiQual=0.2572;VQSLOD=5.8422 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:840,0,968
|
|
20 51520548 rs2263787 C T 1277.23 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.634;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.207;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.910;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.317;SB=-714.585;SBQD=3.895;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0757;VQSLOD=4.4876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1307,0,1086
|
|
20 51525727 rs1928547 A G 412.39 PASS AB=0.69;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.199;SB=-188.632;SBQD=0.048;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.3342;VQSLOD=3.0293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:52:99:442,0,1159
|
|
20 51526297 rs2026114 G C 1010.02 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=4.663;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=2.018;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.814;SB=-343.754;SBQD=-4.790;SBpi=-1.5430;SBpiQual=-1.5925;VQSLOD=4.0601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,42:80:99:1040,0,1062
|
|
20 51591938 rs6022194 A C 840.70 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=1;HaplotypeScore=2.5584;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.306;SB=-313.952;SBQD=-2.251;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.8501;VQSLOD=3.9515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:871,0,1333
|
|
20 51620301 rs2252098 C T 1009.62 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.483;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.929;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=15.07;ReadPosRankSum=-1.588;SB=-533.669;SBQD=1.140;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.1487;VQSLOD=5.8008 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:1040,0,905
|
|
20 51620658 rs2741361 A G 785.59 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.342;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.942;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.663;SB=-415.659;SBQD=1.676;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1802;VQSLOD=5.1497 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:816,0,1195
|
|
20 51626735 rs2252853 G A 744.34 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.332;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-384.883;SBQD=1.780;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.1625;VQSLOD=4.4195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,27:64:99:774,0,1078
|
|
20 51632563 rs2256437 G A 895.40 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.667;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=14.551;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=12.10;ReadPosRankSum=1.519;SB=-465.520;SBQD=-10.763;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5801;VQSLOD=6.0233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:925,0,895
|
|
20 51647554 rs6013608 A T 936.21 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DB;DP=96;Dels=0.01;FS=1.662;HRun=8;HaplotypeScore=2.6210;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-663.975;SBQD=0.746;SBpi=-0.0745;SBpiQual=-0.2185;VQSLOD=0.0330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,45:96:99:966,0,1635
|
|
20 51668052 rs6022255 C T 405.38 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.348;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.492;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-298.055;SBQD=0.194;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.1794;VQSLOD=1.8326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,23:63:99:435,0,981
|
|
20 51687808 rs17389284 G C 1141.87 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.433;HRun=1;HaplotypeScore=2.9744;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=18.12;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-615.484;SBQD=2.643;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0889;VQSLOD=3.1103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:1172,0,741
|
|
20 51690633 rs1293439 A T 3060.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.43;SB=-1483.726;SBQD=-0.874;SBpi=0.4364;SBpiQual=0.3784;VQSLOD=6.3030 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3093,244,0
|
|
20 51703009 rs926812 A G 788.42 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.107;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.041;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=11.77;ReadPosRankSum=1.374;SB=-323.021;SBQD=-6.742;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-1.1761;VQSLOD=5.8026 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:818,0,987
|
|
20 51720133 rs16997522 A G 1363.66 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.469;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=2.780;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.759;SB=-555.638;SBQD=-0.132;SBpi=1.2247;SBpiQual=0.8229;VQSLOD=4.9810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,54:97:99:1394,0,1384
|
|
20 51737601 rs1293427 T C 2865.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.73;MQ0=0;QD=30.81;SB=-1567.158;SBQD=-2.023;SBpi=0.5703;SBpiQual=0.4761;VQSLOD=7.4092 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:2899,235,0
|
|
20 51744786 rs11697971 A G 713.23 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.284;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.007;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=1.903;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.705;SB=-336.449;SBQD=-4.735;SBpi=0.0928;SBpiQual=-0.3050;VQSLOD=5.7788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:743,0,955
|
|
20 51768616 rs1293412 C T 2785.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=37.64;SB=-1036.797;SBQD=-1.521;SBpi=-1.1625;SBpiQual=-1.3427;VQSLOD=8.8209 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2819,217,0
|
|
20 51777395 rs1293404 G A 1215.50 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=53.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=18.42;ReadPosRankSum=0.401;SB=-578.677;SBQD=-2.451;SBpi=0.7538;SBpiQual=0.8023;VQSLOD=4.3953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,44:66:99:1245,0,663
|
|
20 51778890 rs1293402 A G 587.51 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=4.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.662;SB=-303.806;SBQD=-1.387;SBpi=0.1000;SBpiQual=-0.2455;VQSLOD=5.1233 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:618,0,334
|
|
20 51778970 rs1293401 C A 1351.12 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.466;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8517;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.065;QD=18.01;ReadPosRankSum=-1.465;SB=-547.665;SBQD=-1.362;SBpi=0.9690;SBpiQual=0.9388;VQSLOD=2.7942 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,45:75:99:1381,0,745
|
|
20 51787844 rs2249121 C T 1426 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.761;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.639;HRun=0;HaplotypeScore=4.9707;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=16.20;ReadPosRankSum=1.831;SB=-527.447;SBQD=-6.700;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-1.0729;VQSLOD=2.9745 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1456,0,1012
|
|
20 51796770 rs1293387 G T 1309.83 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=5.787;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=15.41;ReadPosRankSum=-1.778;SB=-664.707;SBQD=4.874;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.4740;VQSLOD=5.5703 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:1340,0,1178
|
|
20 51819894 rs8124980 T C 469.66 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.424;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=19.784;HRun=2;HaplotypeScore=1.6553;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=1.779;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.430;SB=-181.740;SBQD=-8.886;SBpi=-1.1000;SBpiQual=-0.8160;VQSLOD=2.6220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,25:62:99:500,0,1154
|
|
20 51843953 rs6022345 C G 1176.63 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.958;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.743;QD=16.34;ReadPosRankSum=1.596;SB=-509.860;SBQD=4.221;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.4647;VQSLOD=4.4196 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,38:72:99:1207,0,958
|
|
20 51847746 rs6022347 G C 1071.97 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.182;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.137;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.944;SB=-416.128;SBQD=-6.148;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.6575;VQSLOD=5.9217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1102,0,1173
|
|
20 51891748 rs6022368 A G 976.56 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.283;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=6.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-472.826;SBQD=5.533;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1706;VQSLOD=6.0039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:1007,0,1140
|
|
20 51930613 rs2749121 G A 857.90 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.111;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9828;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.306;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.518;SB=-365.654;SBQD=-0.607;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.8020;VQSLOD=4.0914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:888,0,971
|
|
20 51935779 rs200648 A G 974.17 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.686;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=5.474;HRun=0;HaplotypeScore=4.5450;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.256;SB=-361.350;SBQD=-6.365;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-1.1227;VQSLOD=3.9312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,40:88:99:1004,0,1547
|
|
20 51953081 rs200601 T C 902.97 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.519;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=3.019;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=10.62;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-393.401;SBQD=-0.160;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.7302;VQSLOD=4.4006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,36:85:99:933,0,1601
|
|
20 51956630 rs200610 T C 1155.85 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.4673;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.724;SB=-557.460;SBQD=1.136;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.3723;VQSLOD=3.3503 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,42:83:99:1186,0,1166
|
|
20 51959541 rs200619 C T 381.94 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.200;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.412;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=11.57;ReadPosRankSum=2.296;SB=-271.891;SBQD=-5.084;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2465;VQSLOD=5.4440 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:412,0,271
|
|
20 51974577 rs394661 G A 1348.22 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.038;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=8.553;HRun=1;HaplotypeScore=1.9779;MQ=52.13;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=13.90;ReadPosRankSum=-1.202;SB=-699.126;SBQD=-7.576;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.4669;VQSLOD=4.0753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:97:99:1378,0,1457
|
|
20 51977947 rs465580 C T 1129.80 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.959;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=8.436;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.011;SB=-595.830;SBQD=7.847;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.4776;VQSLOD=6.1236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1160,0,882
|
|
20 51979464 rs6068525 G A 837.26 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.894;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.267;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.195;SB=-304.266;SBQD=6.917;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.9940;VQSLOD=5.3960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:867,0,733
|
|
20 52023085 . T G 108.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.669;DP=43;Dels=0.00;FS=51.078;HRun=2;HaplotypeScore=2.2657;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=2.53;ReadPosRankSum=-3.297;SB=87.263;SBQD=12.098;SBpi=1.6583;SBpiQual=1.2974;VQSLOD=-5.3682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,11:43:99:139,0,701
|
|
20 52037034 . A G 875.41 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.305;DP=66;Dels=0.00;FS=10.327;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.225;QD=13.26;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-432.525;SBQD=7.442;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.4920;VQSLOD=2.9332 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:905,0,892
|
|
20 52060567 rs6068544 C T 769.30 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.700;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=9.307;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.784;SB=-357.810;SBQD=10.375;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.4008;VQSLOD=5.2513 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:799,0,686
|
|
20 52071852 rs1931433 T C 822.31 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.292;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.099;HRun=0;HaplotypeScore=4.8954;MQ=55.94;MQ0=0;MQRankSum=2.140;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.723;SB=-345.420;SBQD=-3.387;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.5541;VQSLOD=3.8249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:852,0,802
|
|
20 52074775 rs7353124 C A 790.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.34;MQ0=25;MQRankSum=1.600;QD=15.50;ReadPosRankSum=1.600;SB=-33.440;SBQD=30.088;SBpi=2.3000;SBpiQual=2.4563;VQSLOD=2.9338 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,25:51:75.20:823,75,0
|
|
20 52089308 rs6068557 G C 671.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.15;MQ0=5;QD=20.98;SB=-172.319;SBQD=-16.666;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.6555;VQSLOD=4.4527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:63.16:704,63,0
|
|
20 52091387 . G T 293.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.210;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=18.25;MQ0=27;MQRankSum=-0.730;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.030;SB=-0.007;SBQD=8.638;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.6726;VQSLOD=0.9539 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:324,0,382
|
|
20 52095686 . A G 533.64 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.253;DP=59;Dels=0.00;FS=3.608;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.205;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.053;SB=-333.464;SBQD=2.411;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.0437;VQSLOD=3.1226 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:564,0,785
|
|
20 52117644 rs2741378 C T 677.99 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.739;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.718;SB=-294.494;SBQD=-0.916;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.8023;VQSLOD=4.7919 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:708,0,643
|
|
20 52120549 rs6091689 G A 511.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=2.762;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.37;MQ0=3;MQRankSum=0.883;QD=17.62;ReadPosRankSum=0.722;SB=-191.538;SBQD=-11.857;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.1353;VQSLOD=5.6219 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:29:48.10:544,48,0
|
|
20 52157540 rs2766658 A G 701.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.52;MQ0=0;QD=28.06;SB=-402.032;SBQD=-5.335;SBpi=0.1000;SBpiQual=-0.1585;VQSLOD=5.9592 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:66.16:735,66,0
|
|
20 52161798 rs2870261 C G 2090.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.98;MQ0=0;QD=38.01;SB=-349.410;SBQD=2.688;SBpi=2.4945;SBpiQual=2.6916;VQSLOD=6.3940 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2123,166,0
|
|
20 52171152 . C T 795.99 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.769;DP=46;Dels=0.00;FS=9.559;HRun=0;HaplotypeScore=1.6385;MQ=50.15;MQ0=0;MQRankSum=1.958;QD=17.30;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-370.123;SBQD=-6.290;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.6154;VQSLOD=3.9256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:46:99:826,0,436
|
|
20 52265021 rs6126901 G T 1681.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.71;MQ0=0;QD=34.31;SB=-620.683;SBQD=2.373;SBpi=1.0714;SBpiQual=1.2892;VQSLOD=7.0333 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1714,132,0
|
|
20 52274008 rs6022641 T C 1126.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.88;SB=-546.714;SBQD=3.345;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.5702;VQSLOD=7.1557 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1159,102,0
|
|
20 52300359 rs6126919 C T 1319.87 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.236;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.952;HRun=0;HaplotypeScore=1.6634;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=19.70;ReadPosRankSum=0.162;SB=-658.516;SBQD=2.035;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.2104;VQSLOD=5.1913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:67:99:1350,0,672
|
|
20 52322103 . A G 606.98 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.997;DP=50;Dels=0.00;FS=6.082;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=1.039;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.299;SB=-308.277;SBQD=-9.979;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.9153;VQSLOD=3.4163 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,31:50:99:637,0,501
|
|
20 52326061 . C T 625.51 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.888;DP=60;Dels=0.00;FS=10.406;HRun=0;HaplotypeScore=3.7587;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=10.43;ReadPosRankSum=1.539;SB=-137.949;SBQD=13.540;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.5458;VQSLOD=1.7091 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:655,0,708
|
|
20 52332292 rs2041315 T C 1312.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5587;MQ=58.48;MQ0=0;QD=28.53;SB=-716.656;SBQD=-0.983;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.4264;VQSLOD=3.6173 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1345,111,0
|
|
20 52332372 rs7262825 A G 992.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.05;MQ0=0;QD=24.81;SB=-648.558;SBQD=-5.926;SBpi=0.1581;SBpiQual=-0.1955;VQSLOD=3.2413 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93.22:1025,93,0
|
|
20 52334094 rs11906408 A G 824.44 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.366;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.636;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.923;SB=-348.558;SBQD=-1.371;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.7110;VQSLOD=3.3578 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:854,0,824
|
|
20 52336764 rs6097544 G A 550.16 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.065;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6464;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.194;SB=-314.511;SBQD=-1.102;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0239;VQSLOD=3.4493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:580,0,702
|
|
20 52338172 . T C 381.26 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.563;DP=37;Dels=0.00;FS=1.366;HRun=0;HaplotypeScore=3.7910;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-187.684;SBQD=1.736;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2266;VQSLOD=2.2478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:37:99:411,0,608
|
|
20 52342182 rs7272572 G A 542.95 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.224;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=5.874;HRun=0;HaplotypeScore=1.9681;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.445;SB=-237.765;SBQD=-7.054;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.6964;VQSLOD=5.2375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:573,0,716
|
|
20 52348097 rs6013777 G A 633.75 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.544;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.840;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.547;SB=-294.432;SBQD=9.212;SBpi=0.9129;SBpiQual=0.9681;VQSLOD=5.5837 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:664,0,647
|
|
20 52349892 rs6091737 T C 1326.51 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.839;HRun=0;HaplotypeScore=4.2617;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.205;SB=-596.992;SBQD=-2.014;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.6255;VQSLOD=4.0948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,45:82:99:1357,0,1054
|
|
20 52351698 rs6013778 C A 2460.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.90;MQ0=0;QD=35.66;SB=-1057.691;SBQD=-0.050;SBpi=0.9029;SBpiQual=1.0427;VQSLOD=7.2930 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2494,193,0
|
|
20 52352993 rs56379260 G A 1006.91 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=4.064;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.430;SB=-536.355;SBQD=-3.204;SBpi=-0.0822;SBpiQual=-0.0385;VQSLOD=5.3842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:92:99:1037,0,1646
|
|
20 52365865 rs6013785 G A 2560.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=36.06;SB=-921.860;SBQD=0.926;SBpi=1.3648;SBpiQual=1.5090;VQSLOD=7.9605 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2593,205,0
|
|
20 52383938 rs7274590 G T 1028.08 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.066;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.521;HRun=1;HaplotypeScore=1.6229;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.468;QD=13.89;ReadPosRankSum=1.207;SB=-544.398;SBQD=3.832;SBpi=-0.3904;SBpiQual=-0.5991;VQSLOD=4.1839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1058,0,876
|
|
20 52402961 rs4811464 C T 2264.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.81;SB=-1087.658;SBQD=-1.653;SBpi=-0.5417;SBpiQual=-0.6809;VQSLOD=5.7242 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2297,187,0
|
|
20 52422016 rs6097587 T C 1038.48 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.614;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.864;HRun=2;HaplotypeScore=1.9402;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.054;SB=-436.710;SBQD=4.478;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.7039;VQSLOD=5.1659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1068,0,1176
|
|
20 52427429 rs2215402 T C 1556.91 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.525;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=8.099;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.554;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.698;SB=-742.165;SBQD=5.888;SBpi=0.2060;SBpiQual=0.2746;VQSLOD=4.4487 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:1587,0,1495
|
|
20 52437475 rs6022779 T C 2143.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.76;MQ0=0;QD=31.53;SB=-1013.882;SBQD=6.023;SBpi=0.1213;SBpiQual=0.6081;VQSLOD=7.6112 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2177,187,0
|
|
20 52450204 rs6091756 A G 751.31 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.120;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-490.594;SBQD=2.261;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0223;VQSLOD=5.5807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:781,0,891
|
|
20 52471030 . C T 169.41 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=18;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=1.8455;MQ=38.94;MQ0=0;MQRankSum=2.626;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.000;SB=-92.872;SBQD=2.839;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.6595;VQSLOD=3.1689 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:199,0,126
|
|
20 52471594 rs6126988 T A 1244.74 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.96;MQ0=10;QD=22.63;SB=-0.007;SBQD=31.175;SBpi=2.3094;SBpiQual=2.5740;VQSLOD=1.3343 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,48:55:99:1278,117,0
|
|
20 52476162 . G A 967.10 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.060;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-3.762;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.961;SB=-451.310;SBQD=0.491;SBpi=1.1314;SBpiQual=1.2726;VQSLOD=-1.4908 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,49:125:99:997,0,2479
|
|
20 52476314 . A G 488.24 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.362;DP=109;Dels=0.00;FS=0.829;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=-7.336;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-323.186;SBQD=-0.995;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.9755;VQSLOD=-8.2629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,39:109:99:518,0,2384
|
|
20 52476492 . G A 1445.76 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=133;Dels=0.00;FS=16.424;HRun=0;HaplotypeScore=6.7033;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.047;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.496;SB=-438.261;SBQD=9.181;SBpi=0.6822;SBpiQual=1.4132;VQSLOD=-1.5784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,62:133:99:1476,0,1607
|
|
20 52476821 . T A 2312.96 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DP=165;Dels=0.00;FS=3.749;HRun=5;HaplotypeScore=0.9958;MQ=48.50;MQ0=0;MQRankSum=-7.285;QD=14.02;ReadPosRankSum=-2.975;SB=-1313.450;SBQD=-2.351;SBpi=-0.3030;SBpiQual=-0.3108;VQSLOD=-7.3580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,98:165:99:2343,0,2124
|
|
20 52476951 . T A 227.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.5533;MQ=50.29;MQ0=0;MQRankSum=-7.554;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.266;SB=-216.093;SBQD=-2.036;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.2031;VQSLOD=-10.9760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,29:88:99:258,0,1832
|
|
20 52477120 . G T 2741.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.997;DP=173;Dels=0.00;FS=5.392;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-4.856;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1364.657;SBQD=3.789;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0206;VQSLOD=-1.0320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,94:173:99:2772,0,2489
|
|
20 52479895 . T G 1384.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;DP=113;Dels=0.00;FS=10.353;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-4.214;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-353.049;SBQD=-6.455;SBpi=-1.5796;SBpiQual=-1.7025;VQSLOD=-1.2517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,53:113:99:1415,0,1912
|
|
20 52480976 . T A 2282.20 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.559;DP=150;Dels=0.00;FS=8.675;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.261;SB=-1174.912;SBQD=4.493;SBpi=0.3354;SBpiQual=0.2387;VQSLOD=3.3046 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,80:150:99:2312,0,2044
|
|
20 52481066 rs62206611 G A 1647.10 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.713;DB;DP=135;Dels=0.00;FS=0.647;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=12.20;ReadPosRankSum=-1.904;SB=-881.323;SBQD=-1.062;SBpi=0.0662;SBpiQual=0.0919;VQSLOD=4.4623 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,57:135:99:1677,0,2516
|
|
20 52481225 . A G 2302.33 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.165;DP=153;Dels=0.00;FS=0.599;HRun=0;HaplotypeScore=1.9290;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=15.05;ReadPosRankSum=1.224;SB=-1073.878;SBQD=0.055;SBpi=-0.6268;SBpiQual=-0.5752;VQSLOD=3.9352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,77:153:99:2332,0,2428
|
|
20 52481710 rs5011536 A G 568.83 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.182;DB;DP=131;Dels=0.00;FS=9.871;HRun=2;HaplotypeScore=29.8274;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=4.34;ReadPosRankSum=-2.067;SB=-238.981;SBQD=-4.566;SBpi=-1.1355;SBpiQual=-1.2276;VQSLOD=-25.5718 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,38:131:99:599,0,3054
|
|
20 52482590 rs56403889 T A 1466.61 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=1.313;HRun=1;HaplotypeScore=1.6281;MQ=49.51;MQ0=0;MQRankSum=-8.071;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.371;SB=-918.362;SBQD=0.968;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0093;VQSLOD=-8.3617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,68:147:99:1497,0,2578
|
|
20 52483073 rs55867715 G T 344.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.75;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.512;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=7.735;HRun=1;HaplotypeScore=2.6797;MQ=40.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.702;QD=5.14;ReadPosRankSum=-3.091;SB=-98.313;SBQD=5.017;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.5501;VQSLOD=-1.7037 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,17:67:99:375,0,787
|
|
20 52483956 . C T 561.31 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.74;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.600;DP=121;Dels=0.00;FS=0.832;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=-5.917;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-258.185;SBQD=1.310;SBpi=0.4490;SBpiQual=0.5135;VQSLOD=-5.2261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,31:121:99:591,0,2803
|
|
20 52483989 . C T 997.88 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.386;DP=141;Dels=0.00;FS=3.224;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=-7.019;QD=7.08;ReadPosRankSum=-3.284;SB=-655.216;SBQD=-2.230;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.1540;VQSLOD=-7.7701 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,52:141:99:1028,0,2666
|
|
20 52493691 rs6068702 G A 586.48 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=4.286;HRun=0;HaplotypeScore=1.5762;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-363.729;SBQD=-4.807;SBpi=-0.1000;SBpiQual=0.0125;VQSLOD=5.2459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:46:99:616,0,597
|
|
20 52514473 rs4811481 C A 2472.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.34;SB=-960.375;SBQD=3.005;SBpi=1.1785;SBpiQual=1.4340;VQSLOD=7.5382 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2506,193,0
|
|
20 52515941 rs2870290 G A 932.18 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.312;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6913;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.466;SB=-480.800;SBQD=0.375;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.3205;VQSLOD=5.1234 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:962,0,984
|
|
20 52523546 rs6022842 C T 1271.03 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.120;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.890;HRun=1;HaplotypeScore=3.5334;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=17.41;ReadPosRankSum=1.340;SB=-675.371;SBQD=-1.685;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0875;VQSLOD=4.1822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:1301,0,934
|
|
20 52559159 rs6013843 C T 2576.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=32.20;SB=-1449.204;SBQD=0.874;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0349;VQSLOD=7.7399 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2609,202,0
|
|
20 52581325 . G C 946.52 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.991;SB=-548.306;SBQD=1.287;SBpi=-0.2466;SBpiQual=-0.0447;VQSLOD=4.2551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:977,0,1138
|
|
20 52587328 . G A 1409.59 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.557;DP=92;Dels=0.00;FS=2.745;HRun=0;HaplotypeScore=1.7336;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.777;SB=-651.363;SBQD=2.885;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.4085;VQSLOD=4.2741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:92:99:1440,0,1408
|
|
20 52605118 . T C 904.73 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.328;DP=76;Dels=0.00;FS=6.045;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=11.90;ReadPosRankSum=-1.719;SB=-422.660;SBQD=4.898;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.3623;VQSLOD=4.0148 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:935,0,1345
|
|
20 52626948 rs56296326 A C 1439.45 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.762;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.865;QD=16.36;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-793.900;SBQD=-1.939;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=4.1913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1469,0,1267
|
|
20 52646926 rs460076 C T 952.06 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.116;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.195;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=55.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.427;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.478;SB=-479.767;SBQD=3.355;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2432;VQSLOD=4.1320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:982,0,1068
|
|
20 52668925 rs465402 G T 1305.67 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.714;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.955;HRun=1;HaplotypeScore=4.6741;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=15.73;ReadPosRankSum=-1.585;SB=-582.857;SBQD=-4.867;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.5850;VQSLOD=2.7550 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,45:83:99:1336,0,1009
|
|
20 52686363 rs1531485 G A 828.89 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.796;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=7.971;HRun=0;HaplotypeScore=1.8614;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.298;SB=-351.004;SBQD=-7.900;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7843;VQSLOD=5.0742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:56:99:859,0,508
|
|
20 52687186 rs290391 A G 609.87 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.573;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.485;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.273;SB=-339.715;SBQD=-9.688;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3644;VQSLOD=6.0083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:640,0,457
|
|
20 52689769 . G A 261.69 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.339;DP=78;Dels=0.00;FS=3.445;HRun=2;HaplotypeScore=1.8640;MQ=29.63;MQ0=16;MQRankSum=0.821;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.054;SB=-154.132;SBQD=1.498;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.0543;VQSLOD=0.7352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,27:78:99:292,0,542
|
|
20 52704833 rs290410 C T 2650.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1325.689;SBQD=-0.113;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3562;VQSLOD=8.7909 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2683,211,0
|
|
20 52721095 rs209957 G A 1063.18 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.132;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.776;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=11.81;ReadPosRankSum=-2.034;SB=-567.078;SBQD=-1.546;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.5292;VQSLOD=4.8853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,42:90:99:1093,0,1274
|
|
20 52728945 rs210069 C T 1133.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.143;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.983;SB=-379.520;SBQD=-4.404;SBpi=-1.1355;SBpiQual=-1.2430;VQSLOD=5.4527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1163,0,1162
|
|
20 52748176 rs2086023 C G 2532.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.88;MQ0=0;QD=33.76;SB=-945.061;SBQD=-3.196;SBpi=-1.2124;SBpiQual=-1.4046;VQSLOD=8.2451 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2565,205,0
|
|
20 52750468 rs8117971 C A 1143.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.922;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.850;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.034;SB=-617.370;SBQD=-1.673;SBpi=-0.0781;SBpiQual=-0.0954;VQSLOD=4.5977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1174,0,1018
|
|
20 52753598 rs57016987 A T 767.35 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.955;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.337;HRun=1;HaplotypeScore=1.3302;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-459.579;SBQD=4.274;SBpi=0.0898;SBpiQual=0.0835;VQSLOD=4.6514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:70:99:797,0,1282
|
|
20 52766911 rs2762930 T C 2718.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5592;MQ=59.79;MQ0=0;QD=31.24;SB=-1018.710;SBQD=7.141;SBpi=1.1257;SBpiQual=1.6756;VQSLOD=6.2964 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:2751,235,0
|
|
20 52784028 rs2181873 T C 2308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.27;MQ0=0;QD=33.46;SB=-1241.527;SBQD=-1.322;SBpi=0.1806;SBpiQual=0.1348;VQSLOD=7.1953 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2342,190,0
|
|
20 52806290 rs6023010 C T 2491.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.10;SB=-1253.242;SBQD=-0.114;SBpi=-0.3010;SBpiQual=-0.3286;VQSLOD=8.5275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2524,196,0
|
|
20 52838271 rs51301 A C 1126.50 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-584.155;SBQD=-0.688;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.2268;VQSLOD=6.6569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1156,0,1156
|
|
20 52860635 rs7267697 T C 827.71 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.538;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.844;HRun=0;HaplotypeScore=3.5776;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=1.319;QD=10.35;ReadPosRankSum=-1.367;SB=-382.344;SBQD=0.802;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.7020;VQSLOD=3.2579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,35:80:99:858,0,1469
|
|
20 52866097 . C A 1022.10 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.829;DP=66;Dels=0.00;FS=3.467;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=15.49;ReadPosRankSum=1.745;SB=-657.574;SBQD=4.592;SBpi=0.0781;SBpiQual=0.1581;VQSLOD=3.7404 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:1052,0,722
|
|
20 52871557 rs6023078 C T 699.18 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.183;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6483;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.751;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.237;SB=-377.630;SBQD=-1.803;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.3233;VQSLOD=4.4444 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:729,0,599
|
|
20 52896573 rs6013947 G A 685.78 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.588;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=11.62;ReadPosRankSum=1.150;SB=-372.026;SBQD=-0.384;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0251;VQSLOD=5.3003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:716,0,1021
|
|
20 52905277 rs6013952 G A 860.42 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.163;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.935;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=14.58;ReadPosRankSum=-1.693;SB=-247.179;SBQD=7.334;SBpi=1.3470;SBpiQual=1.5207;VQSLOD=4.2065 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:890,0,832
|
|
20 52908601 rs1477734 G A 1250.40 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.475;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.845;HRun=0;HaplotypeScore=2.5395;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=15.44;ReadPosRankSum=1.367;SB=-625.132;SBQD=2.083;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.3381;VQSLOD=4.4282 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1280,0,786
|
|
20 52910222 rs1542522 C T 1192.63 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.393;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.528;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=17.54;ReadPosRankSum=2.137;SB=-550.341;SBQD=-3.915;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7136;VQSLOD=4.9453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:1223,0,811
|
|
20 52923657 rs6023101 A G 993.75 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.536;SB=-383.847;SBQD=-0.517;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.8922;VQSLOD=6.0807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:76:99:1024,0,1174
|
|
20 52925497 . T C 1042.66 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.587;DP=76;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-414.581;SBQD=4.310;SBpi=0.6489;SBpiQual=0.8511;VQSLOD=3.1337 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1073,0,1275
|
|
20 52931465 rs56947353 G A 1281.62 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.230;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.043;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=19.72;ReadPosRankSum=0.020;SB=-418.250;SBQD=5.979;SBpi=1.0408;SBpiQual=1.1850;VQSLOD=5.1452 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,39:65:99:1312,0,778
|
|
20 52932037 rs7347628 C T 999.12 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.847;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.576;SB=-414.334;SBQD=-0.406;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.7204;VQSLOD=4.0020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:1029,0,1151
|
|
20 52934948 rs723128 T G 1051.10 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.896;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=12.82;ReadPosRankSum=1.003;SB=-298.156;SBQD=-6.559;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.2998;VQSLOD=4.6108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:1081,0,1442
|
|
20 52947416 . G A 525.23 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.328;DP=50;Dels=0.00;FS=2.589;HRun=0;HaplotypeScore=2.4595;MQ=40.63;MQ0=2;MQRankSum=-3.607;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-386.942;SBQD=4.010;SBpi=-0.1826;SBpiQual=0.0000;VQSLOD=-0.5277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:555,0,350
|
|
20 52951221 rs6097927 A G 811.07 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.904;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6598;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.457;SB=-360.933;SBQD=0.134;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.5645;VQSLOD=3.5753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:841,0,933
|
|
20 52951546 rs1293152 A G 1132.99 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.857;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.880;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=13.65;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-522.510;SBQD=3.586;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.4788;VQSLOD=4.2123 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:1163,0,1324
|
|
20 52979405 rs6023155 A T 1324.87 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=2.800;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.194;QD=14.89;ReadPosRankSum=-1.013;SB=-566.880;SBQD=3.992;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7923;VQSLOD=4.7984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:1355,0,1355
|
|
20 52979433 rs6097941 T C 1024.79 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.636;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=1.706;HRun=3;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.091;SB=-471.088;SBQD=3.233;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.7784;VQSLOD=4.8839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:94:99:1055,0,1722
|
|
20 52986372 . G A 1355.20 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.894;DP=73;Dels=0.00;FS=6.477;HRun=1;HaplotypeScore=1.7825;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=18.56;ReadPosRankSum=1.114;SB=-515.488;SBQD=5.350;SBpi=0.9045;SBpiQual=0.8598;VQSLOD=3.1996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:1385,0,824
|
|
20 52987159 . T A 1444.35 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.459;DP=78;Dels=0.00;FS=4.472;HRun=1;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=18.52;ReadPosRankSum=0.696;SB=-714.054;SBQD=-3.488;SBpi=0.2949;SBpiQual=0.3932;VQSLOD=3.2374 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:1474,0,965
|
|
20 52987648 rs6023164 C T 1350.33 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.581;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=7.639;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=17.31;ReadPosRankSum=-0.036;SB=-557.907;SBQD=5.992;SBpi=0.8847;SBpiQual=0.9100;VQSLOD=5.5191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,46:78:99:1380,0,948
|
|
20 53001615 rs6023181 C A 1097.24 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.657;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.814;HRun=0;HaplotypeScore=1.8899;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.128;SB=-640.158;SBQD=-2.210;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0073;VQSLOD=6.1668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1127,0,1335
|
|
20 53010231 . G A 1195.54 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.115;DP=75;Dels=0.00;FS=15.049;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=15.94;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-587.704;SBQD=8.266;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.0989;VQSLOD=4.9402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:75:99:1226,0,1053
|
|
20 53051775 rs6097981 T C 838.60 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.906;HRun=1;HaplotypeScore=1.9066;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.363;SB=-296.259;SBQD=-6.129;SBpi=-0.8356;SBpiQual=-0.8751;VQSLOD=4.7886 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:869,0,1038
|
|
20 53051958 rs6023240 G T 998.39 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.523;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.032;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=14.26;ReadPosRankSum=-1.874;SB=-475.022;SBQD=-4.316;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5360;VQSLOD=4.8658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1028,0,1006
|
|
20 53053345 . C A 663.82 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.234;DP=47;Dels=0.00;FS=1.221;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-262.747;SBQD=-0.583;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.7405;VQSLOD=3.0012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:694,0,685
|
|
20 53054595 rs6023244 A G 922.49 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.642;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=9.895;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.443;SB=-273.639;SBQD=-8.348;SBpi=-1.1315;SBpiQual=-1.2591;VQSLOD=3.7419 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:952,0,1312
|
|
20 53059883 rs2426511 T A 1106.91 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.804;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.814;QD=14.01;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-535.266;SBQD=1.795;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.1552;VQSLOD=4.9879 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:1137,0,1330
|
|
20 53073744 . C T 590.94 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.745;SB=-412.593;SBQD=1.515;SBpi=0.1890;SBpiQual=0.2235;VQSLOD=3.1721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:621,0,639
|
|
20 53096233 rs6023276 G C 947.20 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.816;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.413;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.591;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.975;SB=-356.017;SBQD=6.685;SBpi=0.6667;SBpiQual=0.9843;VQSLOD=5.4057 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:67:99:977,0,932
|
|
20 53118047 . G A 115.58 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.034;DP=85;Dels=0.00;FS=38.368;HRun=6;HaplotypeScore=15.0866;MQ=53.09;MQ0=0;MQRankSum=-4.878;QD=1.36;ReadPosRankSum=-4.349;SB=90.253;SBQD=6.243;SBpi=2.3979;SBpiQual=2.1134;VQSLOD=-35.5401 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,23:85:99:146,0,1210
|
|
20 53172928 rs6023357 A C 1196.44 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.234;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=4.074;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.939;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.548;SB=-642.996;SBQD=-3.428;SBpi=0.1543;SBpiQual=0.1853;VQSLOD=6.0549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:1226,0,1498
|
|
20 53210517 rs6014075 A G 2114.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8273;MQ=59.30;MQ0=0;QD=32.03;SB=-1061.850;SBQD=-6.539;SBpi=0.4924;SBpiQual=0.0209;VQSLOD=6.1300 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2147,192,0
|
|
20 53222217 rs967377 T C 2369.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=31.59;SB=-1267.142;SBQD=5.459;SBpi=-0.4041;SBpiQual=0.0558;VQSLOD=8.2505 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2403,211,0
|
|
20 53247421 rs6091939 C T 3032.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.78;MQ0=0;QD=36.54;SB=-1433.756;SBQD=2.095;SBpi=-0.6037;SBpiQual=-0.5014;VQSLOD=8.1832 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3065,235,0
|
|
20 53252402 . T C 2294.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=30.59;SB=-1145.615;SBQD=5.737;SBpi=0.1732;SBpiQual=0.6269;VQSLOD=5.4277 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2327,199,0
|
|
20 53253618 rs16999893 C T 3182.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.34;SB=-1510.031;SBQD=-0.447;SBpi=-0.2744;SBpiQual=-0.3327;VQSLOD=8.6679 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3215,250,0
|
|
20 53253686 rs6014098 T G 2428.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1216.276;SBQD=0.332;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.3120;VQSLOD=8.6990 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2462,196,0
|
|
20 53254815 rs6023437 A C 2138.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=30.99;SB=-958.441;SBQD=6.989;SBpi=0.3010;SBpiQual=0.7945;VQSLOD=7.1730 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2172,187,0
|
|
20 53290453 rs1013659 G A 2418.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.72;MQ0=0;QD=36.64;SB=-1029.719;SBQD=0.519;SBpi=0.7385;SBpiQual=0.8047;VQSLOD=8.5644 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2451,193,0
|
|
20 53293879 rs6091947 A G 2109.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=35.16;SB=-1121.249;SBQD=-1.139;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0844;VQSLOD=6.8995 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2143,172,0
|
|
20 53297491 rs6014130 A G 1598.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.55;SB=-443.289;SBQD=-11.671;SBpi=-1.6036;SBpiQual=-2.1098;VQSLOD=5.5246 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1632,129,0
|
|
20 53298709 rs6023500 A G 1968.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.90;MQ0=0;QD=29.39;SB=-823.358;SBQD=-4.603;SBpi=-0.9163;SBpiQual=-1.2999;VQSLOD=6.5903 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2002,174,0
|
|
20 53312689 rs4334546 A G 1074.75 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.232;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=17.505;HRun=0;HaplotypeScore=2.4805;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.265;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.573;SB=-383.527;SBQD=-11.015;SBpi=-0.9042;SBpiQual=-0.8828;VQSLOD=3.2601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1105,0,1138
|
|
20 53315072 rs1546917 T C 1018.68 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.470;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.210;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.000;SB=-515.405;SBQD=0.042;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.1958;VQSLOD=5.0200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:1049,0,1018
|
|
20 53318024 rs13039025 A G 823.22 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.667;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.798;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-342.953;SBQD=0.583;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.1086;VQSLOD=2.0100 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:853,0,1416
|
|
20 53324139 rs6014143 G A 1467.12 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.055;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.880;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=17.06;ReadPosRankSum=1.847;SB=-766.104;SBQD=2.024;SBpi=0.0729;SBpiQual=-0.0045;VQSLOD=5.2834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,47:86:99:1497,0,945
|
|
20 53328421 rs2206914 G T 1184.49 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.571;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.839;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.161;SB=-554.259;SBQD=-1.951;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.3486;VQSLOD=5.4668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1214,0,1079
|
|
20 53372189 rs6127274 C A 1137.31 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.898;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.903;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.76;MQ0=15;MQRankSum=-1.685;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-568.211;SBQD=-5.825;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.2196;VQSLOD=3.6041 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1167,0,636
|
|
20 53381598 . T C 1355.20 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.303;DP=92;Dels=0.00;FS=4.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.841;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.911;SB=-628.318;SBQD=-3.693;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.3635;VQSLOD=3.0868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:1385,0,1543
|
|
20 53408035 rs34356344 A G 1376.60 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-589.980;SBQD=0.238;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.7335;VQSLOD=5.3436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:1407,0,1385
|
|
20 53411217 rs59209332 T C 929.83 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=0;HaplotypeScore=1.8910;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.583;SB=-454.902;SBQD=1.699;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.2926;VQSLOD=5.2955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:960,0,1013
|
|
20 53424120 rs412250 G A 1089.25 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.085;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=6.2881;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-508.638;SBQD=1.739;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.3319;VQSLOD=2.9138 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:73:99:1119,0,965
|
|
20 53430774 rs6091977 T G 679.62 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.305;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=3.731;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=1.237;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.311;SB=-418.627;SBQD=-5.633;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.0391;VQSLOD=4.9785 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:710,0,808
|
|
20 53439417 rs2668395 T C 1136.42 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.420;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=8.723;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-484.523;SBQD=-7.160;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.6981;VQSLOD=5.1615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:89:99:1166,0,1449
|
|
20 53462507 rs6069010 T C 57.81 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.89;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.451;HRun=0;HaplotypeScore=33.8109;MQ=40.44;MQ0=0;MQRankSum=2.356;QD=0.80;ReadPosRankSum=-4.023;SB=18.241;SBQD=-1.628;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.7514;VQSLOD=-39.6352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,8:72:87.80:88,0,584
|
|
20 53491566 rs6064127 C T 1319.80 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.413;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=5.816;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-579.044;SBQD=-5.826;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.6077;VQSLOD=4.6579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1350,0,1143
|
|
20 53504234 rs60432774 G T 2845.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=30.27;SB=-1119.966;SBQD=1.062;SBpi=1.7534;SBpiQual=1.8635;VQSLOD=5.8854 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2878,226,0
|
|
20 53505573 rs1398116 C A 2214.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.01;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.68;MQ0=0;QD=31.19;SB=-1103.705;SBQD=3.139;SBpi=0.4781;SBpiQual=0.6404;VQSLOD=3.8288 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2247,187,0
|
|
20 53507968 rs958026 A T 2204.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43;SB=-1107.037;SBQD=0.741;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.6872;VQSLOD=7.2556 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2238,175,0
|
|
20 53523106 rs6023696 C G 1765.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.49;MQ0=0;QD=26.35;SB=-888.534;SBQD=-9.361;SBpi=0.4276;SBpiQual=-0.0286;VQSLOD=5.4026 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1799,156,0
|
|
20 53601641 rs6092021 G A 1035.44 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.893;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=20.892;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.659;SB=-401.875;SBQD=13.292;SBpi=0.4352;SBpiQual=0.5634;VQSLOD=5.7987 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:1065,0,1210
|
|
20 53619811 rs2133618 C T 2572.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37;SB=-1526.964;SBQD=-0.999;SBpi=0.2209;SBpiQual=0.1427;VQSLOD=7.7733 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2605,205,0
|
|
20 53640336 rs2031985 T G 895.53 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.368;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.393;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-435.885;SBQD=3.037;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.0721;VQSLOD=6.0414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:926,0,1066
|
|
20 53647872 rs6069091 T G 1078.12 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.772;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.846;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.428;QD=13.65;ReadPosRankSum=1.516;SB=-523.551;SBQD=-0.728;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.3973;VQSLOD=5.8837 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1108,0,1179
|
|
20 53710140 . A G 1634.51 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.230;DP=113;Dels=0.00;FS=1.504;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.215;SB=-730.842;SBQD=-1.503;SBpi=-0.6068;SBpiQual=-0.5966;VQSLOD=4.4811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:113:99:1665,0,1895
|
|
20 53716753 rs1987793 T G 1816.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.22;MQ0=0;QD=33.64;SB=-597.918;SBQD=8.100;SBpi=1.0887;SBpiQual=1.4306;VQSLOD=6.7825 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1849,144,0
|
|
20 53731015 rs1008534 C T 1859.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=33.81;SB=-998.247;SBQD=-1.849;SBpi=-0.0674;SBpiQual=-0.2016;VQSLOD=7.6950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1892,150,0
|
|
20 53768413 rs6092065 C G 1266.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.46;SB=-0.007;SBQD=31.053;SBpi=3.2787;SBpiQual=3.1278;VQSLOD=2.5361 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1300,123,0
|
|
20 53773437 rs2225091 T G 3145.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1479.119;SBQD=1.459;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.5772;VQSLOD=8.0676 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3178,253,0
|
|
20 53783631 rs1571171 T C 2299.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=32.39;SB=-946.571;SBQD=0.746;SBpi=1.2461;SBpiQual=1.3422;VQSLOD=6.8124 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2333,184,0
|
|
20 53784318 rs6023933 G T 2821.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9729;MQ=59.40;MQ0=0;QD=36.64;SB=-1358.772;SBQD=-1.060;SBpi=0.3989;SBpiQual=0.3225;VQSLOD=7.7949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2854,226,0
|
|
20 53788492 rs6092073 G A 775.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.63;MQ0=2;QD=18.47;SB=-203.306;SBQD=12.311;SBpi=0.9258;SBpiQual=1.0505;VQSLOD=5.1427 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:75.17:809,75,0
|
|
20 53813720 rs10854197 A T 2496.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.26;SB=-1022.219;SBQD=0.115;SBpi=-0.9163;SBpiQual=-0.9506;VQSLOD=6.4328 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2529,196,0
|
|
20 53825748 rs13044997 G C 2439.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=29.75;SB=-1390.007;SBQD=5.913;SBpi=-0.4417;SBpiQual=0.0626;VQSLOD=7.1088 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2473,214,0
|
|
20 53837191 rs7509544 T C 166.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=12.90;MQ0=13;QD=5.20;SB=-0.007;SBQD=-5.943;SBpi=-2.2678;SBpiQual=-2.1637;VQSLOD=0.4660 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,28:32:21.02:199,21,0
|
|
20 53837388 rs7274230 T A 587.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.54;MQ0=10;QD=15.88;SB=-24.691;SBQD=-24.767;SBpi=-0.8839;SBpiQual=-1.0216;VQSLOD=4.2669 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,32:37:57.14:621,57,0
|
|
20 53842083 rs2986589 G A 927.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.27;MQ0=8;QD=15.21;SB=-427.038;SBQD=-8.764;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.2545;VQSLOD=4.4206 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:75.23:961,75,0
|
|
20 53846099 rs2840576 G A 3278.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.09;MQ0=0;QD=36.84;SB=-1542.816;SBQD=-0.553;SBpi=0.4770;SBpiQual=0.5789;VQSLOD=8.6491 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3278,259,0
|
|
20 53847527 rs2840574 G T 2318.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;QD=37.39;SB=-924.749;SBQD=-1.280;SBpi=-0.8890;SBpiQual=-1.0424;VQSLOD=7.9639 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2351,184,0
|
|
20 53859171 rs1887306 T C 2876.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=35.95;SB=-1260.328;SBQD=-1.571;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.8298;VQSLOD=7.8049 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2909,232,0
|
|
20 53861089 rs8119942 A G 2512.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.75;MQ0=0;QD=33.95;SB=-1374.295;SBQD=1.043;SBpi=-0.1162;SBpiQual=-0.0328;VQSLOD=8.2645 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2545,205,0
|
|
20 53878953 rs6098521 C T 1065.55 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.299;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.176;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.867;QD=16.39;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-348.943;SBQD=-6.863;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.3054;VQSLOD=3.3880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1096,0,789
|
|
20 53966161 rs35327862 G A 941.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.436;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.095;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=53.78;MQ0=1;MQRankSum=-3.733;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.292;SB=-468.618;SBQD=3.125;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0052;VQSLOD=1.1675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:972,0,1120
|
|
20 53966519 rs11697163 A T 1115.16 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.755;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.424;HRun=0;HaplotypeScore=1.8313;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=0.190;QD=19.91;ReadPosRankSum=-1.679;SB=-481.287;SBQD=4.111;SBpi=-0.7398;SBpiQual=-0.6468;VQSLOD=3.2108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,37:56:99:1145,0,586
|
|
20 54006530 rs3911355 T C 1248.53 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.143;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=16.87;ReadPosRankSum=1.128;SB=-686.151;SBQD=2.331;SBpi=0.0762;SBpiQual=-0.0216;VQSLOD=5.5840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:1279,0,952
|
|
20 54035063 rs212612 C T 2978.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=37.71;SB=-1370.695;SBQD=-1.485;SBpi=-0.3938;SBpiQual=-0.5531;VQSLOD=8.8076 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3012,235,0
|
|
20 54037886 rs212610 G T 771.10 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.760;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.724;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.620;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-308.075;SBQD=-6.406;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.7377;VQSLOD=4.2852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:801,0,824
|
|
20 54045760 rs212605 T C 887.40 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.666;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=5.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.321;SB=-445.163;SBQD=-4.951;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.5949;VQSLOD=5.4153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:917,0,1234
|
|
20 54048780 rs212604 T A 1962.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.770;QD=26.88;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-1167.868;SBQD=2.849;SBpi=-0.5893;SBpiQual=-0.4966;VQSLOD=2.6223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1995,177,0
|
|
20 54050836 rs212601 A T 1967.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;QD=32.79;SB=-651.915;SBQD=-2.832;SBpi=-1.5492;SBpiQual=-1.7571;VQSLOD=5.2651 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2000,160,0
|
|
20 54060519 rs212594 T A 1049.36 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=7.743;HRun=0;HaplotypeScore=1.9152;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-493.972;SBQD=-5.542;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4619;VQSLOD=5.2971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1079,0,1149
|
|
20 54087818 rs214391 G A 1031 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.918;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.066;SB=-532.384;SBQD=-0.425;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2961;VQSLOD=5.2302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,37:91:99:1061,0,1701
|
|
20 54145234 rs2247698 G C 1291.05 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5688;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=13.45;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-684.454;SBQD=-0.366;SBpi=0.4243;SBpiQual=0.4129;VQSLOD=3.5397 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:1321,0,1473
|
|
20 54148763 rs2749806 G A 793.62 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.558;HRun=1;HaplotypeScore=2.9330;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.589;SB=-487.179;SBQD=-3.526;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.1292;VQSLOD=3.4131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:824,0,1238
|
|
20 54156465 rs507381 G T 638.77 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.666;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=8.800;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.009;SB=-335.536;SBQD=8.281;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5425;VQSLOD=5.5883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:669,0,750
|
|
20 54176696 rs541581 T C 2191.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.91;MQ0=0;QD=34.79;SB=-810.250;SBQD=0.128;SBpi=1.1969;SBpiQual=1.2289;VQSLOD=8.2694 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2225,181,0
|
|
20 54181278 rs6098672 A T 1117.46 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=7.774;HRun=0;HaplotypeScore=2.6406;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.623;SB=-554.518;SBQD=6.044;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.5381;VQSLOD=4.5907 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1147,0,1111
|
|
20 54194205 rs55959070 G C 704.82 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=4.198;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.79;MQ0=0;MQRankSum=-5.874;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.196;SB=-503.093;SBQD=2.688;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2347;VQSLOD=-2.9176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:735,0,1152
|
|
20 54196713 rs6024252 C T 957.42 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.146;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.330;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.349;SB=-384.889;SBQD=-5.958;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.6673;VQSLOD=4.0929 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:987,0,929
|
|
20 54221240 rs634865 A G 1515.93 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.070;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=14.72;ReadPosRankSum=1.600;SB=-801.127;SBQD=0.654;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.0328;VQSLOD=5.3737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,52:103:99:1546,0,1640
|
|
20 54225206 rs535031 C G 1126.63 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.859;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.816;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.400;SB=-509.824;SBQD=-1.429;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.4172;VQSLOD=5.5659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1157,0,1382
|
|
20 54233507 rs6014437 C T 1144.68 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.833;SB=-592.620;SBQD=-1.623;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1695;VQSLOD=5.3754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1175,0,1291
|
|
20 54238480 rs1764826 T G 935.90 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.145;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.868;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.652;SB=-493.762;SBQD=-0.639;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.1465;VQSLOD=5.7190 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,37:75:99:966,0,1150
|
|
20 54251824 rs391871 A G 3020.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=33.19;SB=-1485.509;SBQD=0.625;SBpi=0.6814;SBpiQual=0.7770;VQSLOD=7.7832 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3054,238,0
|
|
20 54283325 rs2870665 T C 1271.62 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9916;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=14.62;ReadPosRankSum=2.034;SB=-612.291;SBQD=-1.351;SBpi=0.3086;SBpiQual=0.2480;VQSLOD=5.5590 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,42:87:99:1302,0,1346
|
|
20 54291314 rs6014457 G T 1072.63 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=2.868;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.776;QD=12.33;ReadPosRankSum=-0.620;SB=-504.075;SBQD=-1.601;SBpi=-0.4867;SBpiQual=-0.5088;VQSLOD=3.4476 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:1103,0,1634
|
|
20 54295876 rs6024337 T C 1450.17 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=2.712;HRun=0;HaplotypeScore=5.5726;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=15.11;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-634.002;SBQD=1.476;SBpi=0.7702;SBpiQual=0.5968;VQSLOD=2.7729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,50:96:99:1480,0,1356
|
|
20 54309635 . T C 763.36 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.073;DP=54;Dels=0.00;FS=1.069;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=14.14;ReadPosRankSum=-1.428;SB=-366.089;SBQD=-3.255;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2733;VQSLOD=3.3243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:793,0,827
|
|
20 54321436 . A G 916.26 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.005;DP=68;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=13.47;ReadPosRankSum=1.613;SB=-335.768;SBQD=4.481;SBpi=0.8082;SBpiQual=0.8770;VQSLOD=2.4347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:946,0,1241
|
|
20 54331809 rs12624430 A G 456.93 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.989;HRun=1;HaplotypeScore=2.2931;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.348;SB=-403.759;SBQD=-3.821;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.5903;VQSLOD=3.7261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:487,0,615
|
|
20 54336181 rs6024378 T C 2530.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.67;SB=-830.985;SBQD=0.942;SBpi=1.5801;SBpiQual=1.6207;VQSLOD=7.6284 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2564,208,0
|
|
20 54345342 rs6024399 C A 918.27 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.766;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.826;HRun=0;HaplotypeScore=4.7388;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.641;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.241;SB=-559.895;SBQD=-1.790;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.1769;VQSLOD=2.8477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:948,0,949
|
|
20 54346389 rs4811622 C T 1188.87 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.041;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.975;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.005;SB=-584.194;SBQD=3.350;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.1096;VQSLOD=6.4793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1219,0,1264
|
|
20 54365074 rs6014499 G T 784.11 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.963;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.423;HRun=0;HaplotypeScore=6.5043;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=13.29;ReadPosRankSum=2.100;SB=-339.415;SBQD=4.797;SBpi=0.6499;SBpiQual=0.5240;VQSLOD=1.1101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:814,0,635
|
|
20 54379694 rs6014506 T C 784.47 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.062;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=8.512;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.976;SB=-314.363;SBQD=-4.224;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.5189;VQSLOD=5.2569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:814,0,1080
|
|
20 54402696 rs6098833 C T 2324.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.97;MQ0=0;QD=33.69;SB=-995.674;SBQD=-0.890;SBpi=-1.0233;SBpiQual=-1.1666;VQSLOD=8.2584 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2357,187,0
|
|
20 54402921 rs7263200 G A 2577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;QD=35.31;SB=-1288.200;SBQD=-1.642;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.1579;VQSLOD=8.2875 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2611,211,0
|
|
20 54405301 rs2144622 C T 2869.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.5317;MQ=58.74;MQ0=0;QD=33.76;SB=-1510.402;SBQD=1.621;SBpi=0.1627;SBpiQual=0.2561;VQSLOD=5.3310 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2902,229,0
|
|
20 54408094 rs1474896 G A 2560.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.40;MQ0=0;QD=36.06;SB=-1225.646;SBQD=0.895;SBpi=0.2967;SBpiQual=0.3340;VQSLOD=8.0150 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2593,205,0
|
|
20 54409269 . G C 1013.95 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.941;DP=77;Dels=0.00;FS=1.839;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.974;SB=-548.735;SBQD=1.971;SBpi=-0.1581;SBpiQual=0.2240;VQSLOD=4.1126 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,40:77:99:1044,0,1156
|
|
20 54420440 rs6069419 A C 1118.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;QD=28.68;SB=-503.303;SBQD=-1.220;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.1402;VQSLOD=5.8635 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:90.26:1151,90,0
|
|
20 54421129 rs6024483 T C 891.35 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.117;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-466.167;SBQD=2.154;SBpi=-0.2611;SBpiQual=0.0146;VQSLOD=5.8125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:921,0,977
|
|
20 54433204 rs3848693 T C 752.90 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.064;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.972;HRun=0;HaplotypeScore=1.7335;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.015;SB=-306.616;SBQD=1.278;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.6534;VQSLOD=4.5564 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:783,0,1276
|
|
20 54450301 rs6092202 T C 1112.65 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=9.051;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.322;SB=-589.255;SBQD=-6.132;SBpi=-0.4423;SBpiQual=-0.5254;VQSLOD=6.2533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,46:85:99:1143,0,1143
|
|
20 54455188 rs4811639 T C 898.58 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.220;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.205;SB=-472.503;SBQD=-0.365;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2207;VQSLOD=5.4604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:929,0,1313
|
|
20 54485330 . G A 903.41 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.856;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.919;SB=-520.728;SBQD=-0.095;SBpi=-0.1715;SBpiQual=0.0027;VQSLOD=3.5473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:933,0,1146
|
|
20 54490476 rs462854 T A 834.37 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.875;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.391;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.698;SB=-449.569;SBQD=4.565;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4674;VQSLOD=5.3246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:76:99:864,0,1237
|
|
20 54535622 rs751789 T C 930.37 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=10.364;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=12.74;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-283.911;SBQD=8.347;SBpi=0.9574;SBpiQual=1.1480;VQSLOD=4.6268 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:960,0,1195
|
|
20 54542808 rs6069505 T C 1190.60 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.110;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.175;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.589;SB=-499.509;SBQD=2.447;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.5027;VQSLOD=3.9988 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1221,0,1276
|
|
20 54557987 . C A 957.64 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=91;Dels=0.00;FS=5.467;HRun=0;HaplotypeScore=3.5158;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-531.435;SBQD=-1.827;SBpi=-0.3162;SBpiQual=0.0525;VQSLOD=2.3850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,40:91:99:988,0,1484
|
|
20 54558905 . G A 181.75 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;DP=93;Dels=0.00;FS=87.883;HRun=9;HaplotypeScore=26.5250;MQ=46.48;MQ0=1;MQRankSum=-4.146;QD=1.95;ReadPosRankSum=-3.176;SB=123.282;SBQD=9.700;SBpi=2.3534;SBpiQual=2.2823;VQSLOD=-66.1341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,26:93:99:212,0,636
|
|
20 54578843 rs422330 C G 758.41 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7319;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.066;SB=-315.993;SBQD=-1.678;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.7134;VQSLOD=5.5952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:788,0,725
|
|
20 54601931 rs6069531 A G 1367.71 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=16.89;ReadPosRankSum=0.946;SB=-529.359;SBQD=-0.707;SBpi=-0.8199;SBpiQual=-0.9681;VQSLOD=4.8032 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1398,0,968
|
|
20 54655507 rs11907258 T C 1264.44 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.419;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=15.815;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-443.608;SBQD=8.007;SBpi=0.9912;SBpiQual=0.9489;VQSLOD=4.1647 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,43:98:99:1294,0,1777
|
|
20 54703384 rs988590 T C 843.34 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6247;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-326.079;SBQD=3.725;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.7648;VQSLOD=4.9352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:73:99:873,0,933
|
|
20 54724637 rs6127651 T A 1340.75 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.986;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.838;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=16.35;ReadPosRankSum=-0.014;SB=-624.195;SBQD=2.069;SBpi=0.5898;SBpiQual=0.7160;VQSLOD=5.3432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,46:82:99:1371,0,1166
|
|
20 54728452 rs1326013 C T 2175.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.42;MQ0=0;QD=33.99;SB=-1151.837;SBQD=-0.872;SBpi=0.2500;SBpiQual=0.1912;VQSLOD=7.7602 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2208,178,0
|
|
20 54763249 rs981871 C T 2647.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.77;SB=-1359.669;SBQD=0.764;SBpi=0.2325;SBpiQual=0.3152;VQSLOD=7.3527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2680,205,0
|
|
20 54776240 rs1409219 G A 2947.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.09;MQ0=0;QD=35.09;SB=-1368.257;SBQD=0.263;SBpi=0.6547;SBpiQual=0.6418;VQSLOD=8.7689 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:2980,235,0
|
|
20 54785742 rs1590555 T G 2002.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=31.79;SB=-1144.016;SBQD=1.491;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.0873;VQSLOD=7.3132 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2036,162,0
|
|
20 54788878 rs6024710 C T 1565.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=33.31;SB=-647.079;SBQD=-1.279;SBpi=-0.9481;SBpiQual=-1.0607;VQSLOD=7.4504 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1599,126,0
|
|
20 54789500 rs6069647 C T 1913.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;QD=32.43;SB=-975.659;SBQD=-1.177;SBpi=-0.4557;SBpiQual=-0.5183;VQSLOD=8.1058 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1946,153,0
|
|
20 54802332 rs6069661 A C 1363.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.90;MQ0=0;QD=31.70;SB=-765.450;SBQD=0.324;SBpi=0.0762;SBpiQual=0.0507;VQSLOD=7.5655 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1396,111,0
|
|
20 54849481 rs6024748 T A 2740.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3969;MQ=58.55;MQ0=0;QD=34.26;SB=-1357.490;SBQD=-0.406;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.4861;VQSLOD=6.3664 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2774,220,0
|
|
20 54853242 rs2148217 A G 1774.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.63;SB=-931.071;SBQD=-4.140;SBpi=0.6350;SBpiQual=0.2978;VQSLOD=5.7377 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1808,165,0
|
|
20 54855771 . C T 1612.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;QD=34.30;SB=-420.420;SBQD=-3.051;SBpi=-1.8233;SBpiQual=-2.0162;VQSLOD=6.3250 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1645,126,0
|
|
20 54856810 . A C 47.72 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.19;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.468;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ=21.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.217;SB=-60.449;SBQD=-6.602;SBpi=0.8528;SBpiQual=0.9040;VQSLOD=-2.1891 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,22:27:22.02:78,0,22
|
|
20 54872931 rs2426607 C T 2597.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.47;MQ0=0;QD=32.89;SB=-1064.671;SBQD=-3.941;SBpi=-0.9563;SBpiQual=-1.1635;VQSLOD=7.5692 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:79:99:2631,211,0
|
|
20 54882481 rs7509244 C T 3740.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1549.608;SBQD=0.977;SBpi=1.0892;SBpiQual=1.2598;VQSLOD=7.7770 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:102:99:3740,286,0
|
|
20 54954975 rs6099124 T C 1643.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.14;MQ0=0;QD=26.93;SB=-763.638;SBQD=4.700;SBpi=-1.0883;SBpiQual=-0.7228;VQSLOD=4.9550 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1676,153,0
|
|
20 54967565 rs2236207 A G 968.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.81;MQ0=0;QD=24.83;SB=-490.777;SBQD=-8.158;SBpi=1.0408;SBpiQual=0.5610;VQSLOD=4.9798 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:93.20:1001,93,0
|
|
20 54967893 rs2236208 C T 1315.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.81;MQ0=0;QD=27.98;SB=-689.042;SBQD=-6.463;SBpi=-0.1474;SBpiQual=-0.3841;VQSLOD=6.2700 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1348,114,0
|
|
20 55039654 rs4811703 C A 1336.34 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=8.289;HRun=2;HaplotypeScore=6.0791;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.779;SB=-626.912;SBQD=-5.704;SBpi=-0.5105;SBpiQual=-0.4419;VQSLOD=2.5124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,47:94:99:1366,0,1450
|
|
20 55061908 rs4810020 A G 497.26 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.042;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=9.192;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=10.36;ReadPosRankSum=2.439;SB=-291.111;SBQD=-9.869;SBpi=0.2041;SBpiQual=-0.0597;VQSLOD=3.5279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:527,0,683
|
|
20 55070798 rs6064404 C T 1142.35 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.352;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.982;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=2.802;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.451;SB=-447.629;SBQD=3.333;SBpi=0.9487;SBpiQual=0.9458;VQSLOD=3.9621 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:1172,0,1271
|
|
20 55087997 rs6099181 C T 796.26 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.971;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.934;SB=-363.219;SBQD=-0.147;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.5452;VQSLOD=5.7671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:826,0,905
|
|
20 55099470 rs6024927 T C 1025.66 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.097;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.555;SB=-556.687;SBQD=-3.832;SBpi=0.3244;SBpiQual=0.2990;VQSLOD=4.5760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,38:78:99:1056,0,1160
|
|
20 55107321 rs6099187 A G 486.93 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.612;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-263.054;SBQD=-1.909;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.7740;VQSLOD=4.1221 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:517,0,805
|
|
20 55110135 rs3938420 A G 426.46 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.139;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=50.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.362;SB=-343.819;SBQD=-0.340;SBpi=0.2887;SBpiQual=-0.1438;VQSLOD=3.3348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:456,0,674
|
|
20 55114183 . A G 228.49 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DP=47;Dels=0.00;FS=2.661;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.273;SB=-167.897;SBQD=4.679;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.4610;VQSLOD=2.2472 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:258,0,643
|
|
20 55146003 rs6024956 C T 666.09 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.962;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.409;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.799;SB=-0.007;SBQD=13.281;SBpi=2.3979;SBpiQual=2.6061;VQSLOD=2.1194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:696,0,909
|
|
20 55217872 . A G 479.54 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;DP=49;Dels=0.00;FS=2.561;HRun=0;HaplotypeScore=3.6954;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.079;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.119;SB=-258.298;SBQD=3.023;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.5000;VQSLOD=0.9464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:49:99:510,0,533
|
|
20 55229906 rs1002500 A G 364.61 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.680;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.957;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.663;SB=-316.529;SBQD=-2.239;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2745;VQSLOD=3.2481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,26:67:99:395,0,1015
|
|
20 55243067 . G A 540.72 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.910;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.453;SB=-242.334;SBQD=-1.019;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.4303;VQSLOD=4.2362 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:571,0,880
|
|
20 55255810 rs56363555 G A 1120.65 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.382;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=9.961;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.208;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.150;SB=-591.141;SBQD=9.288;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.4234;VQSLOD=5.3358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,43:74:99:1151,0,579
|
|
20 55269324 rs2870763 G A 928.30 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.563;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=11.628;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.464;QD=19.34;ReadPosRankSum=1.413;SB=-260.608;SBQD=12.029;SBpi=1.2070;SBpiQual=1.2896;VQSLOD=4.9538 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:958,0,577
|
|
20 55276391 rs6069827 A G 1072.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.17;MQ0=0;QD=23.32;SB=-713.501;SBQD=-1.442;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.3911;VQSLOD=3.2865 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1106,102,0
|
|
20 55277603 rs1885180 G A 1630.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=29.64;SB=-983.158;SBQD=2.076;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.2071;VQSLOD=6.6097 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1663,129,0
|
|
20 55286119 . C T 812.58 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DP=52;Dels=0.02;FS=4.293;HRun=0;HaplotypeScore=38.1515;MQ=49.05;MQ0=0;MQRankSum=1.797;QD=15.33;ReadPosRankSum=1.103;SB=-517.012;SBQD=7.316;SBpi=0.9286;SBpiQual=0.9644;VQSLOD=-31.2243 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:52:66.21:846,66,0
|
|
20 55292479 rs2426643 A G 1811.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=31.79;SB=-877.562;SBQD=-1.317;SBpi=-0.5960;SBpiQual=-0.6866;VQSLOD=7.5197 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1845,150,0
|
|
20 55313793 rs6025115 A G 1531.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.83;MQ0=0;QD=28.36;SB=-485.576;SBQD=-2.325;SBpi=1.7691;SBpiQual=1.4133;VQSLOD=4.8920 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1565,147,0
|
|
20 55331697 rs16980283 G A 1213.85 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.754;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.423;HRun=2;HaplotypeScore=1.3670;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=16.86;ReadPosRankSum=0.478;SB=-405.296;SBQD=-4.640;SBpi=-1.1713;SBpiQual=-1.1724;VQSLOD=5.1225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:1244,0,713
|
|
20 55349931 rs6025154 T A 2507.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.61;MQ0=0;QD=35.82;SB=-1183.463;SBQD=-1.863;SBpi=-0.3586;SBpiQual=-0.3562;VQSLOD=8.8994 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2540,199,0
|
|
20 55359689 rs6127854 G A 581.70 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.632;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.153;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.753;SB=-264.868;SBQD=-2.360;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.5695;VQSLOD=4.2440 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:612,0,1082
|
|
20 55362063 rs12625632 G A 801.57 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.111;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.241;HRun=0;HaplotypeScore=1.8583;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.856;QD=17.05;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-242.952;SBQD=4.724;SBpi=1.1339;SBpiQual=1.2267;VQSLOD=4.2405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:832,0,513
|
|
20 55365449 rs6014827 A G 767.47 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.911;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=21.705;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-330.691;SBQD=-13.281;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.7881;VQSLOD=4.7983 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:797,0,1096
|
|
20 55366810 rs1570181 T C 855.84 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.861;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.043;SB=-357.521;SBQD=1.258;SBpi=1.0686;SBpiQual=0.9981;VQSLOD=3.5667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:886,0,1449
|
|
20 55393611 rs34334717 A C 2556.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.74;MQ0=0;QD=36.52;SB=-1321.403;SBQD=-0.582;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0148;VQSLOD=8.7684 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2590,205,0
|
|
20 55395224 rs6069899 G C 975.55 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.812;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=14.35;ReadPosRankSum=-2.479;SB=-471.267;SBQD=6.169;SBpi=0.1667;SBpiQual=0.3538;VQSLOD=4.3955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:1006,0,838
|
|
20 55395329 rs6025180 T G 1537.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=26.07;SB=-683.127;SBQD=-11.565;SBpi=-0.3255;SBpiQual=-0.9642;VQSLOD=5.0069 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1571,141,0
|
|
20 55397333 rs11699431 A G 1131.90 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.736;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=15.72;ReadPosRankSum=-1.154;SB=-518.896;SBQD=-0.841;SBpi=-0.5466;SBpiQual=-0.5780;VQSLOD=5.4658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:1162,0,897
|
|
20 55406875 rs6099295 C T 944.19 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.427;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=3.185;HRun=1;HaplotypeScore=2.1790;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=2.380;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.215;SB=-530.111;SBQD=2.553;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0158;VQSLOD=4.2333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:974,0,1001
|
|
20 55408853 rs6069903 C T 2174.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9765;MQ=59.66;MQ0=0;QD=32.45;SB=-1139.501;SBQD=1.745;SBpi=0.1833;SBpiQual=0.3500;VQSLOD=6.4940 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2207,177,0
|
|
20 55430544 rs6025202 C A 315.57 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=8.77;ReadPosRankSum=1.274;SB=-186.013;SBQD=-1.288;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.2021;VQSLOD=3.8885 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:346,0,306
|
|
20 55438231 rs1007963 T G 767.75 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.984;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.543;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.615;SB=-323.034;SBQD=0.053;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5255;VQSLOD=6.0732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:798,0,891
|
|
20 55455452 rs6069918 C T 2094.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=30.80;SB=-1094.897;SBQD=0.137;SBpi=0.2425;SBpiQual=0.2436;VQSLOD=7.3853 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2128,180,0
|
|
20 55476494 rs12479501 G A 1156.70 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.103;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=1.987;HRun=1;HaplotypeScore=1.8255;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.392;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.419;SB=-626.724;SBQD=-1.058;SBpi=-0.1581;SBpiQual=-0.1157;VQSLOD=4.0208 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,40:69:99:1187,0,742
|
|
20 55481506 rs1988221 G A 992.05 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.832;HRun=0;HaplotypeScore=3.9942;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.847;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.782;SB=-325.877;SBQD=5.677;SBpi=0.9574;SBpiQual=0.8965;VQSLOD=3.4677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:1022,0,305
|
|
20 55537812 rs6069938 T C 723.30 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.368;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=13.39;ReadPosRankSum=1.648;SB=-314.900;SBQD=-2.615;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5524;VQSLOD=4.5197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:54:99:753,0,814
|
|
20 55549570 rs1276457 T C 590.76 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.125;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.985;HRun=1;HaplotypeScore=3.4620;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.270;SB=-319.341;SBQD=-2.719;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.2635;VQSLOD=3.2835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:621,0,982
|
|
20 55558526 rs1276470 C G 1247.97 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.415;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.136;SB=-582.623;SBQD=-0.248;SBpi=-0.6030;SBpiQual=-0.4708;VQSLOD=5.8787 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:86:99:1278,0,1369
|
|
20 55566802 rs2749760 C T 1048.19 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.446;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.247;SB=-483.773;SBQD=-0.509;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.5061;VQSLOD=5.2937 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:1078,0,862
|
|
20 55575147 rs2754289 G C 1231.31 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.764;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.976;SB=-654.651;SBQD=-2.851;SBpi=-0.0762;SBpiQual=-0.1165;VQSLOD=5.6475 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1261,0,1309
|
|
20 55583021 rs1276329 G A 1229.93 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.239;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.006;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=15.37;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-643.353;SBQD=4.046;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0266;VQSLOD=5.6616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,40:80:99:1260,0,1024
|
|
20 55585779 rs1276334 C T 1258.57 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=6.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=15.93;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-621.532;SBQD=-5.902;SBpi=-0.3015;SBpiQual=-0.3408;VQSLOD=5.0222 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,44:79:99:1289,0,1092
|
|
20 55586576 rs1276337 T C 521 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.171;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.108;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.085;SB=-242.608;SBQD=4.904;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.5298;VQSLOD=4.9724 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:551,0,397
|
|
20 55586933 rs1276340 G A 183.58 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.404;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.807;HRun=0;HaplotypeScore=28.7279;MQ=48.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.634;SB=-172.023;SBQD=-3.947;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.7216;VQSLOD=-18.3586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,21:63:99:214,0,737
|
|
20 55590298 rs1276350 C T 1081.30 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.330;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.884;HRun=0;HaplotypeScore=1.6567;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.416;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-581.608;SBQD=-1.613;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.1194;VQSLOD=4.9368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:1111,0,1088
|
|
20 55591918 rs1276353 G C 1458 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=2.618;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-645.763;SBQD=-3.559;SBpi=-0.5960;SBpiQual=-0.8499;VQSLOD=5.6159 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,57:105:99:1488,0,1469
|
|
20 55609255 rs1150428 A G 847.97 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.466;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=6.035;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.539;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.380;SB=-460.329;SBQD=2.599;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.0147;VQSLOD=5.9153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:878,0,470
|
|
20 55626422 rs6092416 C A 1114.92 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.198;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.883;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=15.07;ReadPosRankSum=-0.498;SB=-561.304;SBQD=2.959;SBpi=0.2402;SBpiQual=0.3601;VQSLOD=5.5955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1145,0,1032
|
|
20 55660831 rs6025361 G C 3050.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;QD=33.16;SB=-926.622;SBQD=-1.389;SBpi=-2.1894;SBpiQual=-2.3818;VQSLOD=6.8633 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3084,244,0
|
|
20 55661811 rs6099453 C A 1532.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=33.32;SB=-830.745;SBQD=0.783;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.2012;VQSLOD=7.9709 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1566,123,0
|
|
20 55670501 rs6099458 C T 2491.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.43;MQ0=0;QD=30.76;SB=-1343.006;SBQD=-0.125;SBpi=-0.6111;SBpiQual=-0.6555;VQSLOD=7.0915 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2525,196,0
|
|
20 55678265 rs6025373 G A 2159.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=34.83;SB=-985.466;SBQD=-1.569;SBpi=-0.6350;SBpiQual=-0.7594;VQSLOD=8.0771 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2193,169,0
|
|
20 55681324 rs6025376 G A 762.18 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.093;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-372.437;SBQD=-1.449;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.5861;VQSLOD=6.6473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:792,0,674
|
|
20 55704447 rs2902986 T G 984.83 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.853;HRun=0;HaplotypeScore=2.3885;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.593;SB=-430.920;SBQD=-1.776;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.6687;VQSLOD=4.6105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,36:82:99:1015,0,1354
|
|
20 55709109 rs1536327 A G 2266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.38;MQ0=0;QD=30.21;SB=-955.633;SBQD=-4.369;SBpi=-1.0970;SBpiQual=-1.3651;VQSLOD=6.5838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2299,184,0
|
|
20 55714858 rs4488732 A G 2705.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=58.80;MQ0=0;QD=36.57;SB=-1319.367;SBQD=1.978;SBpi=0.1162;SBpiQual=0.2078;VQSLOD=7.1708 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2739,217,0
|
|
20 55723860 rs6014941 T C 1685.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.60;MQ0=0;QD=29.57;SB=-877.550;SBQD=9.669;SBpi=-0.3311;SBpiQual=0.2786;VQSLOD=6.0939 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1718,150,0
|
|
20 55736963 rs34838651 C A 836.88 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.835;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.785;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=12.31;ReadPosRankSum=1.973;SB=-265.737;SBQD=5.558;SBpi=1.0954;SBpiQual=1.2147;VQSLOD=4.6721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:68:99:867,0,965
|
|
20 55738742 . T A 1436.11 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DP=84;Dels=0.00;FS=4.426;HRun=0;HaplotypeScore=1.9988;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=17.10;ReadPosRankSum=-1.973;SB=-670.691;SBQD=-3.190;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.8394;VQSLOD=2.7572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,50:84:99:1466,0,1041
|
|
20 55740260 rs11697270 T C 612.75 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.635;HRun=2;HaplotypeScore=0.9789;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.132;SB=-222.691;SBQD=8.108;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.7940;VQSLOD=4.8867 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:643,0,502
|
|
20 55752204 rs6025425 G C 803.59 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.599;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.617;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=13.17;ReadPosRankSum=-1.089;SB=-455.591;SBQD=6.118;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0396;VQSLOD=6.0018 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:834,0,854
|
|
20 55765046 rs6025434 T C 2568.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.80;SB=-1346.916;SBQD=-0.483;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.3188;VQSLOD=8.0973 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2602,205,0
|
|
20 55977191 rs2426718 T C 577.69 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=6.483;HRun=0;HaplotypeScore=1.5700;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=13.43;ReadPosRankSum=-1.059;SB=-259.142;SBQD=8.920;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.4149;VQSLOD=5.0591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:608,0,480
|
|
20 56001142 rs1555272 A C 999.15 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.8867;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.159;SB=-433.667;SBQD=2.320;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.9782;VQSLOD=3.1945 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:1029,0,840
|
|
20 56004688 rs2426724 G T 3520.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=36.67;SB=-1843.386;SBQD=0.441;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0393;VQSLOD=8.1439 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3520,274,0
|
|
20 56005630 rs6025558 A G 1641.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.74;MQ0=0;QD=22.80;SB=-826.569;SBQD=-8.285;SBpi=-0.9428;SBpiQual=-1.5336;VQSLOD=3.6964 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1675,147,0
|
|
20 56006720 rs6025559 G C 287.78 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=6.467;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.548;SB=-154.878;SBQD=13.191;SBpi=-0.1387;SBpiQual=0.1288;VQSLOD=4.5100 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:318,0,352
|
|
20 56010615 . G A 589.05 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.658;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=1.158;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.238;SB=-376.532;SBQD=0.203;SBpi=0.1961;SBpiQual=0.2819;VQSLOD=5.2218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:619,0,861
|
|
20 56017755 rs328501 G C 366.01 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.906;HRun=4;HaplotypeScore=1.8110;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.516;SB=-214.242;SBQD=-1.421;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.4439;VQSLOD=3.3925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:396,0,597
|
|
20 56024729 . C T 704.59 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.608;DP=52;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.386;SB=-313.592;SBQD=0.299;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.5818;VQSLOD=4.1772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:735,0,631
|
|
20 56031994 rs6070112 A G 927.41 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.195;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.894;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.732;SB=-414.716;SBQD=-1.385;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.6987;VQSLOD=6.2109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,39:70:99:957,0,774
|
|
20 56033265 rs438855 C T 734.78 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.842;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.023;HRun=0;HaplotypeScore=1.4942;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.343;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-424.077;SBQD=6.573;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.3010;VQSLOD=2.9663 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:765,0,670
|
|
20 56034747 . G A 33.54 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.322;SB=-33.993;SBQD=-1.433;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.3060;VQSLOD=1.5763 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:63.53:64,0,102
|
|
20 56052955 rs6070117 C T 742.52 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.920;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.155;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=56.10;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.058;SB=-441.866;SBQD=1.052;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.3225;VQSLOD=5.9751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:773,0,783
|
|
20 56053525 rs913548 A T 897.88 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.774;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=13.886;HRun=3;HaplotypeScore=1.3123;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.943;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.113;SB=-376.855;SBQD=7.702;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.5708;VQSLOD=4.0193 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:928,0,947
|
|
20 56066837 rs2865387 A G 1036.51 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.699;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.026;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=17.57;ReadPosRankSum=1.211;SB=-510.438;SBQD=-2.091;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4203;VQSLOD=5.3629 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:1067,0,713
|
|
20 56070000 rs17410223 A G 909.88 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=2.421;QD=11.97;ReadPosRankSum=-1.310;SB=-503.091;SBQD=-0.091;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0782;VQSLOD=4.6197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,33:76:99:940,0,1398
|
|
20 56086022 rs4485614 T C 958.51 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.897;HRun=0;HaplotypeScore=2.3249;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.374;SB=-442.796;SBQD=-1.921;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5138;VQSLOD=5.5902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:989,0,1381
|
|
20 56102218 rs55959627 A C 600.13 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.928;SB=-272.076;SBQD=0.818;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.5451;VQSLOD=5.3633 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:40:99:630,0,407
|
|
20 56116806 rs742721 A G 1023.16 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.339;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-505.325;SBQD=-0.501;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.2331;VQSLOD=6.1593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,35:68:99:1053,0,1036
|
|
20 56120488 rs55972092 G A 813.29 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.038;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.953;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.391;SB=-373.959;SBQD=-2.187;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.4766;VQSLOD=5.3590 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:843,0,1145
|
|
20 56137010 rs17847710 C G 914.75 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.215;HRun=0;HaplotypeScore=1.8907;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.672;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-449.196;SBQD=3.852;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.2290;VQSLOD=5.3097 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:945,0,1186
|
|
20 56139403 rs2070756 T C 2189.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9943;MQ=59.27;MQ0=0;QD=28.43;SB=-1148.080;SBQD=8.188;SBpi=-0.0570;SBpiQual=0.5776;VQSLOD=5.5788 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2222,192,0
|
|
20 56154035 rs1546913 A G 1160.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.85;MQ0=0;QD=26.38;SB=-525.370;SBQD=5.274;SBpi=0.9045;SBpiQual=1.1531;VQSLOD=5.4985 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1194,99,0
|
|
20 56159170 rs2865392 C T 525.32 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.522;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.288;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.415;SB=-345.453;SBQD=3.429;SBpi=0.1043;SBpiQual=0.0620;VQSLOD=5.5127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:555,0,536
|
|
20 56162523 rs55635701 C T 852.26 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.822;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.433;HRun=0;HaplotypeScore=1.9976;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-407.192;SBQD=3.694;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.3494;VQSLOD=4.9235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:882,0,796
|
|
20 56167786 rs2073141 A G 1687.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8824;MQ=59.56;MQ0=0;QD=31.84;SB=-932.527;SBQD=-2.719;SBpi=0.2060;SBpiQual=0.0945;VQSLOD=6.3795 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1721,138,0
|
|
20 56176534 rs17413414 A G 1706.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.40;MQ0=0;QD=27.53;SB=-863.378;SBQD=-6.511;SBpi=-0.2540;SBpiQual=-0.7003;VQSLOD=5.9305 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1740,153,0
|
|
20 56179586 rs6123710 G A 524.98 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.072;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.421;HRun=0;HaplotypeScore=2.6583;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.111;QD=12.50;ReadPosRankSum=0.510;SB=-208.703;SBQD=3.784;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.7841;VQSLOD=4.5937 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:555,0,350
|
|
20 56180563 rs6025653 G T 1299.14 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.334;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.221;SB=-465.122;SBQD=3.322;SBpi=-1.0801;SBpiQual=-1.1559;VQSLOD=6.0303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1329,0,1062
|
|
20 56182296 rs6123711 A C 1043.55 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.138;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=14.30;ReadPosRankSum=-1.109;SB=-536.883;SBQD=5.792;SBpi=0.2466;SBpiQual=0.2714;VQSLOD=4.8791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1074,0,1116
|
|
20 56202047 rs4239677 T C 2380.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=32.61;SB=-1178.224;SBQD=6.125;SBpi=-0.0585;SBpiQual=0.4370;VQSLOD=8.6933 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2413,208,0
|
|
20 56203930 rs13036720 G T 893.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=50.86;MQ0=1;QD=25.53;SB=-491.063;SBQD=2.285;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.1545;VQSLOD=4.9763 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:81.18:927,81,0
|
|
20 56233517 rs3795118 C A 668.85 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.955;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.507;SB=-428.472;SBQD=2.160;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0323;VQSLOD=4.5430 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,28:64:99:699,0,821
|
|
20 56263953 rs157105 T G 606.65 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.652;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.247;SB=-274.317;SBQD=-3.655;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.5906;VQSLOD=5.3000 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:637,0,500
|
|
20 56272769 rs11696402 C T 1177.17 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=3.124;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=15.09;ReadPosRankSum=0.155;SB=-473.786;SBQD=2.446;SBpi=0.7906;SBpiQual=0.8586;VQSLOD=4.9191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1207,0,1089
|
|
20 56299554 rs7262955 T G 365.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.084;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=52.33;MQ0=0;MQRankSum=-5.147;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.422;SB=-168.211;SBQD=2.227;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7304;VQSLOD=-1.1212 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:396,0,936
|
|
20 56310654 rs4811914 A G 2362.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.75;SB=-1150.227;SBQD=2.630;SBpi=-0.5976;SBpiQual=-0.4435;VQSLOD=7.6708 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2395,193,0
|
|
20 56324337 rs753984 T C 414.07 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=12.18;ReadPosRankSum=-1.873;SB=-222.049;SBQD=-2.487;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.6289;VQSLOD=4.3428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:444,0,353
|
|
20 56354214 . G A 1357.24 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.382;DP=93;Dels=0.00;FS=2.739;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=14.59;ReadPosRankSum=-1.389;SB=-790.778;SBQD=3.387;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.0243;VQSLOD=3.6191 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:93:99:1387,0,1325
|
|
20 56355224 rs2145280 G A 1137.01 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.073;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.625;SB=-582.346;SBQD=0.474;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1861;VQSLOD=4.9960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:84:99:1167,0,1284
|
|
20 56368557 . C T 473.40 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.766;DP=35;Dels=0.00;FS=1.817;HRun=0;HaplotypeScore=4.7166;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=13.53;ReadPosRankSum=1.898;SB=-99.099;SBQD=-0.257;SBpi=1.3339;SBpiQual=1.4202;VQSLOD=0.9017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:503,0,525
|
|
20 56414335 rs4810104 C T 1243.29 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.389;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=2.962;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=15.16;ReadPosRankSum=-0.953;SB=-571.326;SBQD=3.254;SBpi=0.6030;SBpiQual=0.6024;VQSLOD=5.4644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1273,0,923
|
|
20 56418327 rs6099797 T C 1045.10 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.016;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.541;HRun=2;HaplotypeScore=0.9916;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.057;SB=-502.437;SBQD=-6.204;SBpi=-0.4110;SBpiQual=-0.4392;VQSLOD=4.4984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:1075,0,916
|
|
20 56432489 . C T 145.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.385;DP=69;Dels=0.00;FS=13.766;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=51.27;MQ0=1;MQRankSum=-3.870;QD=2.11;ReadPosRankSum=-4.736;SB=38.449;SBQD=-4.064;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-1.0239;VQSLOD=-8.8434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,10:69:99:175,0,1390
|
|
20 56442096 rs1999191 A G 722.59 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.336;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=9.76;ReadPosRankSum=-1.995;SB=-415.180;SBQD=-0.044;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.8673;VQSLOD=4.2552 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,36:74:99:753,0,1123
|
|
20 56442516 rs8122392 G A 793.57 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.925;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.565;QD=14.17;ReadPosRankSum=-1.172;SB=-356.907;SBQD=-3.899;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.5634;VQSLOD=4.3653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:824,0,842
|
|
20 56446085 rs4811939 G T 1698.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.40;MQ0=0;QD=33.98;SB=-870.414;SBQD=0.769;SBpi=0.2828;SBpiQual=0.3502;VQSLOD=8.4029 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1732,135,0
|
|
20 56446751 rs6123745 G C 2137.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;QD=30.97;SB=-1161.562;SBQD=-2.420;SBpi=0.4214;SBpiQual=0.2720;VQSLOD=6.7564 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2170,178,0
|
|
20 56454707 . C T 1183.77 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;DP=77;Dels=0.00;FS=0.886;HRun=1;HaplotypeScore=3.6390;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=15.37;ReadPosRankSum=-1.018;SB=-469.156;SBQD=-1.880;SBpi=-0.9258;SBpiQual=-0.9953;VQSLOD=1.6935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1214,0,1133
|
|
20 56464526 rs8121208 C T 253.98 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=9.370;HRun=0;HaplotypeScore=2.8759;MQ=54.02;MQ0=1;MQRankSum=-2.218;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-142.906;SBQD=-7.409;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.4013;VQSLOD=0.9531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:48:99:284,0,772
|
|
20 56465618 rs6025871 T C 311.12 PASS AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.321;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.490;SB=-166.812;SBQD=1.869;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.0133;VQSLOD=4.4525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:341,0,664
|
|
20 56466032 rs6015124 A G 1473.60 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.887;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.272;SB=-564.316;SBQD=0.548;SBpi=0.9286;SBpiQual=1.0973;VQSLOD=5.3724 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:1504,0,1059
|
|
20 56515979 rs6025918 T C 622.77 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.673;HRun=1;HaplotypeScore=3.5882;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.264;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.450;SB=-328.856;SBQD=-5.807;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.3608;VQSLOD=1.9174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:653,0,1191
|
|
20 56517906 rs4810110 C T 580.76 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.273;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.469;SB=-260.259;SBQD=-3.263;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.3696;VQSLOD=5.0067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,21:58:99:611,0,1077
|
|
20 56524776 rs8121178 A C 1126.51 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=10.130;HRun=1;HaplotypeScore=4.2203;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.805;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.946;SB=-465.789;SBQD=7.258;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.6401;VQSLOD=2.0515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1157,0,930
|
|
20 56526743 rs423167 T C 521.71 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.468;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=16.056;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.569;SB=-140.214;SBQD=10.992;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.0607;VQSLOD=2.7855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:552,0,935
|
|
20 56526932 . T C 490.98 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.5773;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.133;SB=-335.778;SBQD=2.615;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.3090;VQSLOD=2.5058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:521,0,997
|
|
20 56531928 rs448960 A G 2716.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=33.96;SB=-1491.652;SBQD=-0.672;SBpi=0.1118;SBpiQual=0.1059;VQSLOD=8.4234 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2750,217,0
|
|
20 56532794 rs364157 G C 918.70 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.037;HRun=0;HaplotypeScore=2.4524;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.358;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.269;SB=-306.564;SBQD=2.067;SBpi=1.2677;SBpiQual=1.2210;VQSLOD=3.0535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:64:99:949,0,889
|
|
20 56533676 rs6092572 G A 1112.64 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.533;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.105;HRun=1;HaplotypeScore=4.9707;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=14.45;ReadPosRankSum=1.174;SB=-602.806;SBQD=2.273;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.0075;VQSLOD=3.7439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1143,0,1007
|
|
20 56534389 rs431750 T A 1946.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=32.99;SB=-832.603;SBQD=1.088;SBpi=0.8462;SBpiQual=0.9479;VQSLOD=7.9318 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1979,156,0
|
|
20 56536448 rs56030358 C G 606.36 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.210;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=15.411;HRun=1;HaplotypeScore=1.7853;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.076;SB=-192.068;SBQD=-12.032;SBpi=-1.2509;SBpiQual=-1.2916;VQSLOD=4.0197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:636,0,632
|
|
20 56537257 . A G 194.85 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=82.6952;MQ=38.69;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.522;SB=-138.211;SBQD=-9.131;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-1.1236;VQSLOD=-178.3167 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:37:14.33:225,0,14
|
|
20 56542123 rs1334113 T C 669.69 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.322;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.994;HRun=0;HaplotypeScore=2.3459;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=9.17;ReadPosRankSum=-2.237;SB=-378.216;SBQD=0.403;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.0644;VQSLOD=3.9818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,30:73:99:700,0,1384
|
|
20 56549285 rs6025947 G A 764.01 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.851;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.912;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.458;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.914;SB=-512.362;SBQD=-0.539;SBpi=0.1715;SBpiQual=0.2337;VQSLOD=4.2597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:794,0,877
|
|
20 56550167 rs6025950 A T 218.46 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.661;HRun=0;HaplotypeScore=32.6153;MQ=41.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.908;SB=-133.037;SBQD=7.401;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.6682;VQSLOD=-23.1734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,18:56:99:248,0,548
|
|
20 56560668 rs1334115 C T 3183.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=34.23;SB=-464.258;SBQD=-2.244;SBpi=-3.5775;SBpiQual=-3.8824;VQSLOD=4.1768 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3216,250,0
|
|
20 56581191 rs6070335 C G 1403.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.60;MQ0=0;QD=28.07;SB=-884.001;SBQD=-1.223;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0836;VQSLOD=4.3055 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1437,117,0
|
|
20 56583436 rs6025970 C T 1175.72 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.862;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.786;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.067;SB=-635.321;SBQD=-1.314;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0434;VQSLOD=5.6612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:1206,0,1573
|
|
20 56586011 rs6025973 G C 505.71 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.936;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.434;HRun=4;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-294.276;SBQD=-0.838;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.3915;VQSLOD=5.4605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:536,0,212
|
|
20 56592781 rs6070339 T C 555.11 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.604;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.302;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.938;SB=-270.119;SBQD=1.100;SBpi=-0.6736;SBpiQual=-0.8435;VQSLOD=3.8196 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:585,0,676
|
|
20 56611193 rs2865440 G A 1019.64 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.421;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.528;HRun=1;HaplotypeScore=1.9966;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=15.45;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-487.763;SBQD=-4.815;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3070;VQSLOD=4.1783 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:1050,0,815
|
|
20 56663579 rs6026031 G A 1090.64 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.456;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.842;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.157;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-457.399;SBQD=-2.717;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.9843;VQSLOD=3.7294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1121,0,1292
|
|
20 56672120 rs6026039 G A 746.81 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.369;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.355;HRun=1;HaplotypeScore=3.1119;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=1.484;QD=8.89;ReadPosRankSum=-2.458;SB=-270.394;SBQD=1.230;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.1670;VQSLOD=1.8098 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,36:84:99:777,0,810
|
|
20 56709191 rs1412978 C A 2146.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=32.03;ReadPosRankSum=-0.129;SB=-698.034;SBQD=0.904;SBpi=-1.8464;SBpiQual=-1.8857;VQSLOD=5.8360 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:2179,172,0
|
|
20 56743535 rs4810121 T C 1872.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7074;MQ=59.48;MQ0=0;QD=26.01;SB=-1158.325;SBQD=9.459;SBpi=-0.7071;SBpiQual=0.0120;VQSLOD=4.2071 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:1906,162,0
|
|
20 56746715 rs6070371 C T 1858.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.31;MQ0=0;QD=34.41;SB=-402.194;SBQD=-11.771;SBpi=-1.7691;SBpiQual=-2.2549;VQSLOD=7.2009 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:1891,147,0
|
|
20 56751516 rs6064621 G A 1601.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.62;SB=-733.051;SBQD=11.214;SBpi=0.1313;SBpiQual=0.6935;VQSLOD=5.8241 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:58:99:1635,132,0
|
|
20 56767278 rs597145 C T 2587.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.60;SB=-826.955;SBQD=2.020;SBpi=1.7664;SBpiQual=1.8821;VQSLOD=6.7998 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2620,214,0
|
|
20 56777991 rs2095232 T C 523.85 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.267;HRun=0;HaplotypeScore=7.5423;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-228.772;SBQD=1.694;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.8045;VQSLOD=2.2106 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:554,0,711
|
|
20 56778900 . G A 776.01 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DP=65;Dels=0.00;FS=2.124;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.035;SB=-381.073;SBQD=2.288;SBpi=0.3780;SBpiQual=0.3094;VQSLOD=4.2609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:806,0,1072
|
|
20 56778973 rs681735 T C 2393.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;QD=33.25;SB=-1220.656;SBQD=-1.646;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.1942;VQSLOD=8.0430 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2427,199,0
|
|
20 56783547 rs538462 A C 1023.88 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.779;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.406;HRun=0;HaplotypeScore=2.7601;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=16.78;ReadPosRankSum=1.738;SB=-272.497;SBQD=6.803;SBpi=1.3056;SBpiQual=1.4675;VQSLOD=3.3486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:1054,0,870
|
|
20 56808840 rs615820 T C 1601.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6483;MQ=59.66;MQ0=0;QD=29.13;SB=-757.200;SBQD=4.302;SBpi=-0.8765;SBpiQual=-0.5331;VQSLOD=5.5097 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1635,147,0
|
|
20 56825826 rs2282205 A C 2613.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;QD=32.67;SB=-1133.289;SBQD=-0.432;SBpi=1.0062;SBpiQual=0.9648;VQSLOD=7.8813 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2646,220,0
|
|
20 56852139 rs4810129 T C 2470.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.35;MQ0=0;QD=34.80;SB=-676.196;SBQD=0.193;SBpi=2.0769;SBpiQual=2.0720;VQSLOD=5.9240 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2504,205,0
|
|
20 56859427 rs6070408 A T 1498.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.75;SB=-769.315;SBQD=0.791;SBpi=-0.9526;SBpiQual=-0.9275;VQSLOD=5.3614 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1532,120,0
|
|
20 56983172 rs11906688 C G 1064.07 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.053;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9945;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.296;SB=-522.639;SBQD=0.800;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.3733;VQSLOD=5.3828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,37:67:99:1094,0,930
|
|
20 57005878 rs2179684 C T 754.64 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.040;HRun=0;HaplotypeScore=2.6803;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=13.01;ReadPosRankSum=-1.477;SB=-303.866;SBQD=3.415;SBpi=0.8356;SBpiQual=0.9190;VQSLOD=3.1768 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:785,0,747
|
|
20 57039987 rs4811996 C T 1016 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.192;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=1.849;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=12.54;ReadPosRankSum=-1.320;SB=-534.268;SBQD=2.718;SBpi=-0.2535;SBpiQual=-0.2237;VQSLOD=4.9426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:1046,0,1193
|
|
20 57073598 rs6026314 C G 635.87 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.442;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.458;QD=11.56;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-410.900;SBQD=0.149;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0486;VQSLOD=4.5243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:666,0,686
|
|
20 57096037 rs910861 T C 1459.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9116;MQ=59.14;MQ0=0;QD=27.04;SB=-834.144;SBQD=5.617;SBpi=-0.2722;SBpiQual=0.1449;VQSLOD=3.9722 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1493,135,0
|
|
20 57106849 rs6026331 C G 3337.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;QD=38.36;SB=-1610.989;SBQD=-0.258;SBpi=-0.1608;SBpiQual=-0.1888;VQSLOD=8.3952 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3337,262,0
|
|
20 57108672 rs2224278 G A 3033.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.33;MQ0=0;QD=36.11;SB=-1357.900;SBQD=2.512;SBpi=0.6037;SBpiQual=0.7738;VQSLOD=6.9331 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:3066,241,0
|
|
20 57113596 rs6026340 G A 2839.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1365.884;SBQD=-0.941;SBpi=-0.3938;SBpiQual=-0.4450;VQSLOD=8.4270 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2872,229,0
|
|
20 57140199 rs11086646 G C 310.16 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.375;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.617;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=3.295;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.284;SB=-168.757;SBQD=-2.888;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.4753;VQSLOD=2.4953 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:340,0,408
|
|
20 57171540 rs2281397 T C 899.08 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.513;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.900;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.095;SB=-479.580;SBQD=4.958;SBpi=0.1581;SBpiQual=0.3905;VQSLOD=5.9549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:929,0,930
|
|
20 57175829 rs731212 A G 1016.40 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.309;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.880;HRun=0;HaplotypeScore=1.5253;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.602;SB=-560.481;SBQD=-1.044;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.0079;VQSLOD=5.2309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1046,0,1046
|
|
20 57185754 rs34060709 G A 541.62 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.494;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.303;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.523;SB=-336.337;SBQD=-2.359;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.2499;VQSLOD=5.4857 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:572,0,243
|
|
20 57191882 . G A 687.24 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.338;DP=67;Dels=0.00;FS=2.125;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.761;SB=-305.086;SBQD=4.340;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.7554;VQSLOD=2.8507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:717,0,998
|
|
20 57224053 rs13040204 A G 941.37 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.560;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=4.467;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=11.48;ReadPosRankSum=-1.238;SB=-318.372;SBQD=-4.610;SBpi=-1.0290;SBpiQual=-1.0656;VQSLOD=3.9672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:82:99:971,0,1518
|
|
20 57235374 rs16982218 T C 1396.73 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=4.183;HRun=0;HaplotypeScore=8.8791;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.406;SB=-748.800;SBQD=-5.587;SBpi=0.2143;SBpiQual=0.0273;VQSLOD=2.6751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,49:87:99:1427,0,1108
|
|
20 57274759 rs6123825 C A 467.23 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.194;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-249.849;SBQD=2.485;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.1999;VQSLOD=5.2361 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:497,0,777
|
|
20 57278967 rs3746395 C A 691.99 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.597;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7005;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-361.000;SBQD=0.591;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0191;VQSLOD=4.9530 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:59:99:722,0,925
|
|
20 57290846 rs8978 C T 1773.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.57;MQ0=0;QD=30.07;SB=-839.759;SBQD=0.579;SBpi=-0.9764;SBpiQual=-1.0069;VQSLOD=6.6791 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1807,141,0
|
|
20 57303200 rs6026478 G A 938.64 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.076;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=10.345;HRun=3;HaplotypeScore=0.9992;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.858;SB=-421.835;SBQD=8.874;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.6813;VQSLOD=4.7007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:969,0,849
|
|
20 57305851 . G A 920.79 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.078;DP=72;Dels=0.00;FS=2.015;HRun=1;HaplotypeScore=2.5859;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=12.79;ReadPosRankSum=-1.844;SB=-440.087;SBQD=0.428;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.5166;VQSLOD=2.1944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:951,0,1046
|
|
20 57318794 rs11908181 T C 855.27 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.306;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.030;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=14.50;ReadPosRankSum=-0.461;SB=-494.621;SBQD=-3.580;SBpi=-0.1667;SBpiQual=-0.3538;VQSLOD=4.8485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,36:59:99:885,0,703
|
|
20 57320099 rs911296 A G 1438.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5750;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.47;SB=-872.565;SBQD=-5.259;SBpi=-0.5498;SBpiQual=-0.9480;VQSLOD=3.4774 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:1471,129,0
|
|
20 57339213 rs6026498 T C 906.11 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.555;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.882;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.164;SB=-469.484;SBQD=3.373;SBpi=-0.3244;SBpiQual=-0.1788;VQSLOD=4.9082 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:936,0,1474
|
|
20 57361880 rs6015369 T G 1093.61 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.123;SB=-466.884;SBQD=-1.814;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.6027;VQSLOD=5.3675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,37:79:99:1124,0,1176
|
|
20 57365275 rs911297 A G 2070.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;QD=30.44;SB=-951.772;SBQD=-6.578;SBpi=1.0914;SBpiQual=0.5599;VQSLOD=6.3486 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2103,189,0
|
|
20 57375450 rs7267516 T C 1028.41 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.426;HRun=1;HaplotypeScore=2.9599;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-438.215;SBQD=-4.877;SBpi=-0.8111;SBpiQual=-0.8896;VQSLOD=3.6600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1058,0,860
|
|
20 57378295 rs6070616 G C 893.57 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.973;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.846;HRun=0;HaplotypeScore=1.8499;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=10.90;ReadPosRankSum=-2.517;SB=-512.864;SBQD=4.501;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.3406;VQSLOD=3.7341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,42:82:99:924,0,1159
|
|
20 57387352 rs736266 A T 646.85 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=7.398;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.556;SB=-278.283;SBQD=-7.687;SBpi=-0.9449;SBpiQual=-0.9866;VQSLOD=4.0791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:677,0,914
|
|
20 57393941 rs3746709 C T 1009.14 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.384;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=15.06;ReadPosRankSum=1.178;SB=-548.101;SBQD=-0.154;SBpi=0.0822;SBpiQual=0.0338;VQSLOD=5.6225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:67:99:1039,0,629
|
|
20 57444915 rs6026567 A G 451.70 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.899;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.173;HRun=2;HaplotypeScore=2.4649;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.144;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-230.582;SBQD=-4.276;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.6103;VQSLOD=2.2693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:482,0,1226
|
|
20 57446713 rs6123835 T G 1935.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2337;MQ=58.62;MQ0=0;QD=24.81;SB=-1003.718;SBQD=-3.565;SBpi=-0.9058;SBpiQual=-1.0557;VQSLOD=3.3849 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:1968,168,0
|
|
20 57540977 rs13041230 G C 538.86 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.149;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=9.540;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.787;SB=-315.612;SBQD=-2.303;SBpi=-0.3922;SBpiQual=0.0504;VQSLOD=5.0340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:569,0,1042
|
|
20 57567543 rs184673 A G 2555.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.80;MQ0=0;QD=32.35;SB=-1263.858;SBQD=-6.277;SBpi=0.1688;SBpiQual=-0.3972;VQSLOD=8.1008 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2589,229,0
|
|
20 57574816 rs6070690 G C 471.82 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.247;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.240;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.295;SB=-221.587;SBQD=0.152;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.3487;VQSLOD=5.5022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:502,0,660
|
|
20 57574851 rs189356 A G 441.05 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.135;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.420;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.114;SB=-227.117;SBQD=1.798;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.1187;VQSLOD=4.9246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:471,0,709
|
|
20 57578614 rs163801 A G 1844.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7653;MQ=59.67;MQ0=0;QD=26.73;SB=-1039.342;SBQD=-7.096;SBpi=0.0602;SBpiQual=-0.4701;VQSLOD=4.4438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1877,162,0
|
|
20 57583298 rs151343 C G 795.86 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.640;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.515;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.375;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.911;SB=-374.572;SBQD=-2.487;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-1.2143;VQSLOD=4.3178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,40:59:99:826,0,448
|
|
20 57646339 rs6070713 G T 2780.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.21;MQ0=0;QD=36.11;SB=-1332.657;SBQD=-0.885;SBpi=0.5128;SBpiQual=0.4434;VQSLOD=8.4824 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2814,220,0
|
|
20 57653486 rs6026676 T G 2252.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9312;MQ=59.66;MQ0=0;QD=33.62;SB=-1259.439;SBQD=-0.681;SBpi=0.0611;SBpiQual=0.0191;VQSLOD=6.0194 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2286,184,0
|
|
20 57658768 rs6026689 T A 2200.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;QD=36.08;SB=-1079.684;SBQD=-0.016;SBpi=0.3201;SBpiQual=0.2883;VQSLOD=8.7213 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2234,175,0
|
|
20 57658783 rs6123849 A G 2560.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.29;MQ0=0;QD=35.56;SB=-1300.618;SBQD=0.264;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.2178;VQSLOD=8.5009 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2593,202,0
|
|
20 57809714 rs380146 C T 701.45 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.612;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5599;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.586;QD=11.50;ReadPosRankSum=2.381;SB=-355.229;SBQD=-1.575;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.4545;VQSLOD=3.3802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:731,0,921
|
|
20 57816060 rs259967 T C 800.15 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.339;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.558;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.282;SB=-348.172;SBQD=-1.931;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.3908;VQSLOD=4.7431 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:830,0,1081
|
|
20 57826162 rs259960 A G 1652.57 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.957;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=7.533;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.738;SB=-792.318;SBQD=-4.650;SBpi=-0.2060;SBpiQual=-0.1304;VQSLOD=6.2784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:107:99:1683,0,1784
|
|
20 57852953 rs2104213 G A 1319.23 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=16.561;HRun=0;HaplotypeScore=3.9627;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-560.039;SBQD=10.107;SBpi=0.4423;SBpiQual=0.5784;VQSLOD=3.2846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:95:99:1349,0,1457
|
|
20 57855708 rs154872 G A 976.88 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.819;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=4.483;HRun=3;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=12.37;ReadPosRankSum=-2.005;SB=-556.902;SBQD=-3.655;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.0972;VQSLOD=4.2697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1007,0,1299
|
|
20 57933435 rs56411777 C T 901.19 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=35.6204;MQ=26.11;MQ0=10;QD=17.00;SB=-60.983;SBQD=-25.038;SBpi=-2.9737;SBpiQual=-2.8743;VQSLOD=-31.4702 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,43:53:96.11:934,96,0
|
|
20 57946640 rs4812074 C G 593.43 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.707;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.121;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-316.042;SBQD=-8.482;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.4869;VQSLOD=5.8608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:623,0,656
|
|
20 57953163 rs56144695 C T 916.71 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.517;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.905;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.179;SB=-482.637;SBQD=2.830;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4349;VQSLOD=6.1056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:947,0,1103
|
|
20 57957389 rs1980902 T C 744.94 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.120;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.615;SB=-342.819;SBQD=-1.080;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.6074;VQSLOD=5.7903 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:775,0,843
|
|
20 57964705 . C A 803.20 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-376.927;SBQD=-0.332;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.6301;VQSLOD=4.0999 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:833,0,881
|
|
20 57980440 rs746056 T C 609.57 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.394;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.177;HRun=1;HaplotypeScore=5.7366;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.078;SB=-453.647;SBQD=3.848;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1697;VQSLOD=2.5278 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,34:62:99:640,0,479
|
|
20 57980909 rs748543 C A 1179.51 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.043;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.891;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=15.32;ReadPosRankSum=-0.880;SB=-475.007;SBQD=-6.967;SBpi=-1.0553;SBpiQual=-1.1259;VQSLOD=4.0524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:77:99:1210,0,1035
|
|
20 57990665 rs6128563 A C 513.86 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.719;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.965;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.085;SB=-226.975;SBQD=-4.183;SBpi=-1.0585;SBpiQual=-0.7922;VQSLOD=4.1058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:544,0,1134
|
|
20 58000414 rs271979 G A 2036.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.94;SB=-1059.685;SBQD=0.695;SBpi=-0.3873;SBpiQual=-0.3529;VQSLOD=6.8558 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2070,160,0
|
|
20 58022208 rs275269 C T 1302.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.03;MQ0=0;QD=27.14;SB=-695.395;SBQD=-0.051;SBpi=-0.7217;SBpiQual=-0.6985;VQSLOD=5.7878 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1336,105,0
|
|
20 58035640 rs55833448 G A 322.27 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.167;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.133;SB=-195.062;SBQD=-5.605;SBpi=-0.3441;SBpiQual=-0.4503;VQSLOD=4.0555 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:352,0,638
|
|
20 58054448 rs6100460 G A 1101.25 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.094;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.612;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.178;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-465.671;SBQD=-6.507;SBpi=-0.5754;SBpiQual=-0.6201;VQSLOD=5.6526 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,37:77:99:1131,0,1244
|
|
20 58070544 rs185685 T C 990.77 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.902;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=6.641;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=14.57;ReadPosRankSum=0.423;SB=-359.163;SBQD=-5.753;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-1.0155;VQSLOD=5.3880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1021,0,990
|
|
20 58078847 rs275266 T C 797.94 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.753;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.883;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.184;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-423.888;SBQD=-2.369;SBpi=-0.5145;SBpiQual=-0.1790;VQSLOD=5.6570 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:828,0,1019
|
|
20 58097432 rs6128605 A T 1424.82 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=16.96;ReadPosRankSum=-0.054;SB=-653.800;SBQD=-0.747;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.5089;VQSLOD=4.3231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:84:99:1455,0,1231
|
|
20 58101224 rs3848698 T C 539.17 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.589;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.058;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.272;SB=-223.002;SBQD=-3.514;SBpi=-0.9000;SBpiQual=-0.6783;VQSLOD=4.5545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:569,0,564
|
|
20 58122632 rs6070842 C T 495.30 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.549;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=11.79;ReadPosRankSum=-1.036;SB=-288.725;SBQD=1.473;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.0322;VQSLOD=5.0704 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:525,0,514
|
|
20 58131356 rs6064808 G A 1759.95 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.310;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=2.496;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=16.30;ReadPosRankSum=1.223;SB=-885.589;SBQD=-2.280;SBpi=-0.2626;SBpiQual=-0.2014;VQSLOD=5.6602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,58:108:99:1790,0,1346
|
|
20 58142085 . A G 415.85 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.838;DP=45;Dels=0.00;FS=6.444;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.429;SB=-125.107;SBQD=-8.736;SBpi=-0.7071;SBpiQual=-0.9291;VQSLOD=3.7076 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:446,0,886
|
|
20 58145987 rs4812106 G A 1164.21 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.995;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=17.628;HRun=0;HaplotypeScore=1.9661;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=18.78;ReadPosRankSum=0.057;SB=-381.675;SBQD=-12.055;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.1035;VQSLOD=4.2611 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:1194,0,687
|
|
20 58156110 rs35210282 T C 473.58 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.8492;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=12.46;ReadPosRankSum=1.254;SB=-203.630;SBQD=11.951;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.6671;VQSLOD=3.7077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:504,0,223
|
|
20 58213826 rs6015538 C G 1379.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.20;MQ0=0;QD=32.84;SB=-675.980;SBQD=-1.230;SBpi=0.4629;SBpiQual=0.4373;VQSLOD=7.6445 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1412,117,0
|
|
20 58214637 rs911149 T C 1056.63 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.289;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=4.425;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.080;SB=-545.311;SBQD=3.604;SBpi=0.6172;SBpiQual=0.5826;VQSLOD=5.8195 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,42:75:99:1087,0,946
|
|
20 58215216 rs6027012 A C 1210.69 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=3.043;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-563.283;SBQD=1.741;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.6850;VQSLOD=5.0251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1241,0,1256
|
|
20 58300262 rs2077390 G A 765.92 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.785;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=14.45;ReadPosRankSum=1.327;SB=-247.201;SBQD=7.647;SBpi=0.7845;SBpiQual=0.8761;VQSLOD=4.4264 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:796,0,757
|
|
20 58312857 . G C 663.52 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.744;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=12.06;ReadPosRankSum=2.138;SB=-292.908;SBQD=-0.049;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.7094;VQSLOD=3.7342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:694,0,860
|
|
20 58316929 . T C 671.70 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.727;DP=53;Dels=0.00;FS=8.094;HRun=2;HaplotypeScore=4.1429;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.441;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.707;SB=-279.668;SBQD=-4.496;SBpi=-1.0213;SBpiQual=-0.6233;VQSLOD=0.2672 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:53:99:702,0,757
|
|
20 58342130 rs2426831 T A 1260.14 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7853;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=18.53;ReadPosRankSum=0.459;SB=-601.909;SBQD=-0.412;SBpi=-0.2402;SBpiQual=-0.2057;VQSLOD=5.6831 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,39:68:99:1290,0,896
|
|
20 58350981 rs1182487 C T 868.14 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.076;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.782;HRun=1;HaplotypeScore=3.3927;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.299;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.785;SB=-303.684;SBQD=-5.764;SBpi=-1.3333;SBpiQual=-1.4336;VQSLOD=2.5557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:898,0,649
|
|
20 58352510 rs946362 G C 580.41 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.283;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.465;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.389;SB=-330.750;SBQD=-3.330;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.3290;VQSLOD=4.4211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:610,0,905
|
|
20 58354212 rs6070940 A G 452.39 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.654;SB=-254.271;SBQD=-0.976;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.4460;VQSLOD=4.8260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:482,0,559
|
|
20 58356309 rs6070945 C T 678.01 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.044;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.145;SB=-373.093;SBQD=-1.833;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3000;VQSLOD=4.3049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:708,0,864
|
|
20 58381410 rs1182525 A G 971.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.5264;MQ=58.41;MQ0=0;QD=22.09;SB=-660.024;SBQD=-2.628;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.3032;VQSLOD=3.6777 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:84.21:1005,84,0
|
|
20 58382102 rs55852698 G A 1039.42 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.370;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.406;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.905;QD=15.75;ReadPosRankSum=2.021;SB=-391.950;SBQD=-3.846;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-0.9386;VQSLOD=4.5448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:1069,0,878
|
|
20 58436086 rs6027151 A G 3196.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.79;MQ0=0;QD=36.74;SB=-1195.842;SBQD=0.663;SBpi=1.3401;SBpiQual=1.4654;VQSLOD=8.5823 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3230,250,0
|
|
20 58502648 rs964732 C T 1369.41 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.887;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.958;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.509;QD=17.56;ReadPosRankSum=0.058;SB=-709.954;SBQD=-4.142;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.3656;VQSLOD=4.9214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:78:99:1399,0,785
|
|
20 58564609 . G A 155.65 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;DP=69;Dels=0.00;FS=60.696;HRun=19;HaplotypeScore=8.6336;MQ=47.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.829;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.246;SB=99.235;SBQD=8.592;SBpi=2.0125;SBpiQual=1.7589;VQSLOD=-27.9563 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:69:99:186,0,287
|
|
20 58577419 rs427365 C A 60.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=1.08;SB=-776.605;SBQD=1.353;SBpi=-1.0690;SBpiQual=-0.9833;VQSLOD=-0.6965 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:11.95:93,12,0
|
|
20 58599627 rs12624426 T A 1498.43 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.099;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=10.270;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.165;QD=16.47;ReadPosRankSum=0.115;SB=-512.524;SBQD=7.076;SBpi=1.1547;SBpiQual=1.2307;VQSLOD=4.5589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,48:91:99:1528,0,1361
|
|
20 58602753 rs7274667 G A 440.77 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.769;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.624;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-216.025;SBQD=0.536;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1927;VQSLOD=5.4889 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:471,0,718
|
|
20 58617847 rs12329536 A C 2339.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.92;SB=-1266.287;SBQD=-0.230;SBpi=0.0611;SBpiQual=0.0454;VQSLOD=8.5207 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2372,187,0
|
|
20 58618251 rs195031 G A 2497.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.20;SB=-1243.404;SBQD=0.429;SBpi=0.3010;SBpiQual=0.3531;VQSLOD=7.9676 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2531,196,0
|
|
20 58664103 rs542035 T C 1416.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=57.53;MQ0=0;QD=29.51;SB=-733.504;SBQD=3.652;SBpi=-0.7217;SBpiQual=-0.5437;VQSLOD=6.0224 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:48:99:1450,117,0
|
|
20 58685574 rs4812150 G T 61.22 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.35;MQ0=0;QD=0.94;SB=-1015.901;SBQD=-0.634;SBpi=0.5582;SBpiQual=0.5343;VQSLOD=1.1789 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:11.96:94,12,0
|
|
20 58756929 rs4812155 C T 405.83 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.721;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=4.009;HRun=2;HaplotypeScore=2.2931;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.858;SB=-307.698;SBQD=4.143;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.4735;VQSLOD=1.5314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:436,0,953
|
|
20 58762595 rs2865792 C G 939.36 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.964;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=11.683;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.138;SB=-380.405;SBQD=-7.558;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.7664;VQSLOD=5.3632 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:78:99:969,0,1404
|
|
20 58763257 rs617838 G T 1635.31 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.039;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.487;QD=17.78;ReadPosRankSum=0.314;SB=-699.894;SBQD=0.851;SBpi=0.6301;SBpiQual=0.7487;VQSLOD=5.1976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,51:92:99:1665,0,1133
|
|
20 58786958 rs242443 G A 2149.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.12;SB=-1148.745;SBQD=-0.681;SBpi=-0.1890;SBpiQual=-0.2502;VQSLOD=7.8094 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2183,172,0
|
|
20 58797827 rs6092902 A G 662.18 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.717;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.222;SB=-337.191;SBQD=0.926;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.4246;VQSLOD=4.9917 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:692,0,943
|
|
20 58802338 rs6027426 G A 1864.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;QD=31.60;SB=-1025.239;SBQD=1.620;SBpi=-0.3255;SBpiQual=-0.2721;VQSLOD=7.8563 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1897,150,0
|
|
20 58803597 rs6027429 G C 2198.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.60;MQ0=0;QD=35.47;SB=-898.767;SBQD=-1.192;SBpi=-0.8890;SBpiQual=-1.0127;VQSLOD=8.5479 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2232,178,0
|
|
20 58807848 rs11699668 G A 1210.97 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.930;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.526;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=17.81;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-520.638;SBQD=-6.840;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.6237;VQSLOD=4.6254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:1241,0,872
|
|
20 58811309 rs11697799 G A 1145.74 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.093;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=14.569;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.152;SB=-396.926;SBQD=-10.155;SBpi=-1.0408;SBpiQual=-1.0853;VQSLOD=5.2925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,39:74:99:1176,0,997
|
|
20 58811443 rs17800938 A G 1090 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.540;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=5.015;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=14.93;ReadPosRankSum=-1.285;SB=-270.351;SBQD=6.627;SBpi=1.5618;SBpiQual=1.7273;VQSLOD=3.9032 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1120,0,1211
|
|
20 58816020 rs6027435 T G 522.66 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.457;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.670;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.537;SB=-306.058;SBQD=-3.937;SBpi=-0.5883;SBpiQual=-0.5261;VQSLOD=3.4568 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:553,0,839
|
|
20 58819636 rs11907758 C G 1787.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=34.37;SB=-668.336;SBQD=0.796;SBpi=1.1094;SBpiQual=1.2039;VQSLOD=7.7222 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1820,144,0
|
|
20 58821038 rs6100819 G A 2774.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.11;SB=-1412.240;SBQD=-0.321;SBpi=-0.1688;SBpiQual=-0.1626;VQSLOD=8.4926 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2807,226,0
|
|
20 58836987 rs6015700 T A 1311.99 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=5.311;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=13.81;ReadPosRankSum=-1.627;SB=-510.684;SBQD=-4.052;SBpi=-1.2143;SBpiQual=-1.3093;VQSLOD=4.7207 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:1342,0,1404
|
|
20 58857528 rs6027464 A T 487.47 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.498;SB=-204.450;SBQD=-4.697;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.7909;VQSLOD=2.1109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:517,0,667
|
|
20 58874377 rs62205481 C T 533.62 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.471;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.250;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.308;SB=-323.962;SBQD=0.910;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0063;VQSLOD=3.7266 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:564,0,976
|
|
20 58883959 rs745942 G C 134.44 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.249;HRun=1;HaplotypeScore=3.6187;MQ=54.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.564;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.971;SB=-175.847;SBQD=2.531;SBpi=0.7638;SBpiQual=0.7586;VQSLOD=1.1656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:46:99:164,0,497
|
|
20 58884424 rs56396850 T C 903.62 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.817;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.985;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-386.926;SBQD=-2.150;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6754;VQSLOD=4.6263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:934,0,1058
|
|
20 58892939 . T C 790.78 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.029;DP=73;Dels=0.00;FS=14.880;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=10.83;ReadPosRankSum=-1.136;SB=-340.168;SBQD=9.772;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.7528;VQSLOD=3.0451 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:821,0,1068
|
|
20 58898954 . C A 612.76 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=63;Dels=0.00;FS=1.027;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.735;SB=-314.160;SBQD=2.727;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.6342;VQSLOD=3.8642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:643,0,832
|
|
20 58915507 rs6027532 C T 1690.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.56;MQ0=0;QD=32.51;SB=-788.388;SBQD=-0.811;SBpi=0.6934;SBpiQual=0.6424;VQSLOD=7.5341 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1724,141,0
|
|
20 58943181 rs6027553 T C 2115.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.46;MQ0=0;QD=35.26;SB=-1113.052;SBQD=0.154;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.1436;VQSLOD=8.1641 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2149,169,0
|
|
20 59014332 . A C 1314.62 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;DP=101;Dels=0.00;FS=7.984;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-461.089;SBQD=7.727;SBpi=1.0714;SBpiQual=1.1642;VQSLOD=5.3391 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:1345,0,1689
|
|
20 59030395 rs8119295 C T 1055.59 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.314;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.089;HRun=3;HaplotypeScore=1.9203;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.875;SB=-517.732;SBQD=3.408;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.3269;VQSLOD=4.8545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1086,0,1165
|
|
20 59032879 rs164475 T G 697.18 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.842;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.371;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.982;SB=-349.048;SBQD=-3.520;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.5520;VQSLOD=5.5020 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:727,0,1139
|
|
20 59034091 rs348805 G A 1471.15 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.811;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=17.11;ReadPosRankSum=1.187;SB=-791.820;SBQD=-1.812;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.0728;VQSLOD=5.5438 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:1501,0,1232
|
|
20 59051899 rs34728681 T G 1329.28 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.523;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=8.662;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.726;SB=-483.067;SBQD=6.699;SBpi=0.9481;SBpiQual=1.0460;VQSLOD=5.3557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1359,0,1305
|
|
20 59060987 rs36089894 G A 1092.23 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.482;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=4.613;HRun=1;HaplotypeScore=2.9972;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=15.38;ReadPosRankSum=-1.905;SB=-513.380;SBQD=4.898;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4657;VQSLOD=2.6566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:1122,0,1014
|
|
20 59089807 rs4386385 T A 567.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9157;MQ=35.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.739;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.623;SB=-225.961;SBQD=-2.232;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.6097;VQSLOD=-0.4722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:598,0,1048
|
|
20 59091460 rs6015770 G A 1330.38 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.391;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.105;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=17.74;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-625.359;SBQD=-3.613;SBpi=-0.2343;SBpiQual=-0.2465;VQSLOD=5.0342 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:1360,0,937
|
|
20 59098906 rs6015771 C A 1035.37 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.290;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.038;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.205;QD=16.70;ReadPosRankSum=1.177;SB=-504.131;SBQD=7.190;SBpi=0.3333;SBpiQual=0.4375;VQSLOD=4.7803 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:1065,0,693
|
|
20 59122693 rs1093452 T C 765.29 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.229;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.935;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.583;SB=-335.372;SBQD=-3.176;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.6331;VQSLOD=4.9402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:795,0,1298
|
|
20 59128469 rs6092964 C G 884.31 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.893;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.661;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.098;SB=-472.247;SBQD=2.632;SBpi=-0.2611;SBpiQual=-0.2081;VQSLOD=5.3810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,33:79:99:914,0,1502
|
|
20 59134746 rs6071245 T C 986.53 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.551;HRun=2;HaplotypeScore=2.4485;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.298;SB=-412.482;SBQD=5.513;SBpi=0.5145;SBpiQual=0.6466;VQSLOD=4.6871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,33:60:99:1017,0,557
|
|
20 59165120 rs846195 G A 2206.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=35.59;SB=-788.349;SBQD=2.227;SBpi=1.2700;SBpiQual=1.4726;VQSLOD=7.8242 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2239,175,0
|
|
20 59166994 rs707573 G T 1694.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.73;SB=-1014.232;SBQD=1.351;SBpi=-0.1987;SBpiQual=-0.1114;VQSLOD=7.6104 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1727,138,0
|
|
20 59196475 rs846210 T C 776.45 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.190;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=9.717;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.998;SB=-347.296;SBQD=-3.718;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-0.5018;VQSLOD=4.7610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:77:99:806,0,1440
|
|
20 59256951 rs1201889 A G 1034.89 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.105;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.738;QD=16.43;ReadPosRankSum=1.689;SB=-499.947;SBQD=-3.569;SBpi=-0.1715;SBpiQual=-0.2386;VQSLOD=5.5973 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:1065,0,888
|
|
20 59258683 rs1201894 A G 1339.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2859;MQ=59.82;MQ0=0;QD=23.51;SB=-738.603;SBQD=-2.853;SBpi=-0.7285;SBpiQual=-0.9112;VQSLOD=3.5725 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1373,123,0
|
|
20 59272477 rs1321708 A G 1533.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=29.49;SB=-837.943;SBQD=1.598;SBpi=0.4160;SBpiQual=0.5387;VQSLOD=6.6939 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1566,126,0
|
|
20 59272527 rs1201903 C A 2145.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;QD=34.60;SB=-893.800;SBQD=0.563;SBpi=1.0160;SBpiQual=1.1023;VQSLOD=7.9802 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2178,169,0
|
|
20 59274188 rs1000554 G C 2506.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=34.33;SB=-1134.114;SBQD=-1.076;SBpi=0.7608;SBpiQual=0.7233;VQSLOD=7.8313 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2539,205,0
|
|
20 59274641 rs1201914 G A 2275.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.96;SB=-554.000;SBQD=3.147;SBpi=2.2601;SBpiQual=2.5433;VQSLOD=5.9800 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2309,178,0
|
|
20 59275531 rs1201917 C T 2285.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21;SB=-1284.881;SBQD=-0.210;SBpi=-0.8333;SBpiQual=-0.9025;VQSLOD=5.4924 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:2318,181,0
|
|
20 59278452 rs1201928 C G 2142.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=56.43;MQ0=0;QD=31.05;SB=-934.755;SBQD=2.347;SBpi=0.9029;SBpiQual=0.8195;VQSLOD=7.1867 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2175,181,0
|
|
20 59281476 rs1201939 T C 1541.48 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=5.345;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=17.32;ReadPosRankSum=2.144;SB=-653.830;SBQD=4.482;SBpi=0.5774;SBpiQual=0.5968;VQSLOD=4.6019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,48:89:99:1571,0,1185
|
|
20 59282307 rs13037627 T G 537.75 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.212;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=22.9708;MQ=47.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.613;SB=-82.259;SBQD=-5.205;SBpi=-1.7650;SBpiQual=-1.7991;VQSLOD=-13.5741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:568,0,117
|
|
20 59285514 rs1201953 C A 1035.93 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.145;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=16.44;ReadPosRankSum=1.813;SB=-585.702;SBQD=3.708;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0411;VQSLOD=4.9017 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1066,0,785
|
|
20 59285563 rs1201954 G A 2665.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;QD=35.07;SB=-1163.615;SBQD=-0.514;SBpi=-0.9177;SBpiQual=-1.0041;VQSLOD=8.4944 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2698,211,0
|
|
20 59292254 rs1201974 C A 690.20 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.309;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.248;HRun=1;HaplotypeScore=2.7259;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=9.86;ReadPosRankSum=2.015;SB=-478.084;SBQD=-3.230;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.2192;VQSLOD=3.1842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:720,0,703
|
|
20 59308588 rs1202004 G A 1726.18 PASS AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.306;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=22.42;ReadPosRankSum=1.193;SB=-836.316;SBQD=0.037;SBpi=0.3434;SBpiQual=0.3440;VQSLOD=3.8896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,53:77:99:1756,0,608
|
|
20 59310590 rs1202018 C T 816.31 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.004;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.138;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-403.535;SBQD=7.930;SBpi=0.5754;SBpiQual=0.8622;VQSLOD=4.9542 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:74:99:846,0,940
|
|
20 59314678 rs1202027 A C 1112.09 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=2.987;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=13.90;ReadPosRankSum=1.460;SB=-560.165;SBQD=-3.751;SBpi=-0.1622;SBpiQual=-0.1940;VQSLOD=5.4893 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,38:80:99:1142,0,1348
|
|
20 59330361 rs1202045 A T 906.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.523;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.968;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-344.538;SBQD=1.653;SBpi=0.8839;SBpiQual=0.8508;VQSLOD=5.1101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:936,0,1071
|
|
20 59334351 rs1202057 A G 601.12 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=11.219;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.564;SB=-313.348;SBQD=-9.264;SBpi=-0.0898;SBpiQual=-0.3201;VQSLOD=4.7753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,31:71:99:631,0,1127
|
|
20 59339259 rs62200036 G C 392.78 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.65;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.258;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.579;HRun=0;HaplotypeScore=17.3971;MQ=41.81;MQ0=0;MQRankSum=-2.008;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.258;SB=-229.067;SBQD=-6.629;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.1568;VQSLOD=-6.3747 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:423,0,1051
|
|
20 59339475 rs7363396 G A 686.10 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.511;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=7.279;HRun=0;HaplotypeScore=3.7111;MQ=50.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.744;SB=-514.353;SBQD=-3.029;SBpi=0.0801;SBpiQual=0.1543;VQSLOD=2.5524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,38:92:99:716,0,1013
|
|
20 59341506 rs6101062 C A 865.11 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.593;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=11.491;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.614;QD=13.73;ReadPosRankSum=-1.179;SB=-255.634;SBQD=8.323;SBpi=1.0213;SBpiQual=1.0504;VQSLOD=4.7380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:895,0,941
|
|
20 59359405 rs941693 G C 1891.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5929;MQ=59.61;MQ0=0;QD=32.06;SB=-1029.243;SBQD=0.308;SBpi=0.1953;SBpiQual=0.1888;VQSLOD=6.1915 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:59:99:1925,156,0
|
|
20 59400665 rs13037385 G A 1385.98 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.748;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=2.880;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=3.023;QD=16.50;ReadPosRankSum=2.485;SB=-694.910;SBQD=3.284;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0608;VQSLOD=3.7871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,44:84:99:1416,0,1227
|
|
20 59408395 rs2209522 G C 1497.41 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=9.265;HRun=1;HaplotypeScore=5.3332;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=17.41;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-473.131;SBQD=6.664;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.4400;VQSLOD=2.1762 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,50:86:99:1527,0,1082
|
|
20 59416118 rs11086719 T G 1033.02 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.468;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.256;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.049;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.169;SB=-456.385;SBQD=4.508;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.4314;VQSLOD=3.9217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,37:83:99:1063,0,1478
|
|
20 59417945 rs6071376 C G 850.71 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.007;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.156;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=13.95;ReadPosRankSum=1.093;SB=-339.658;SBQD=-3.385;SBpi=-0.5669;SBpiQual=-0.5746;VQSLOD=5.9374 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:881,0,925
|
|
20 59422837 . T A 760.79 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.978;DP=54;Dels=0.00;FS=2.379;HRun=1;HaplotypeScore=1.6634;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=14.09;ReadPosRankSum=-2.776;SB=-361.846;SBQD=-3.938;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.4841;VQSLOD=2.8511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:791,0,808
|
|
20 59425688 rs1886838 C T 2891.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;QD=36.15;SB=-1477.312;SBQD=0.023;SBpi=-0.1118;SBpiQual=-0.1184;VQSLOD=8.7341 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2925,232,0
|
|
20 59427684 rs7272931 A G 1330.11 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=2.930;HRun=0;HaplotypeScore=2.6496;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=16.42;ReadPosRankSum=1.183;SB=-624.642;SBQD=-2.883;SBpi=-0.5217;SBpiQual=-0.5363;VQSLOD=4.6052 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,45:81:99:1360,0,1094
|
|
20 59435732 rs6015867 G A 788.34 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.037;HRun=0;HaplotypeScore=3.6586;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.234;SB=-407.990;SBQD=0.535;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.4816;VQSLOD=4.1540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:818,0,611
|
|
20 59446724 rs6071392 G A 796.27 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.831;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=5.123;HRun=0;HaplotypeScore=2.1188;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.219;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.306;SB=-407.305;SBQD=4.206;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5850;VQSLOD=4.4539 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:826,0,1012
|
|
20 59456420 rs2426932 T C 3062.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.80;SB=-1409.402;SBQD=-1.848;SBpi=-0.5330;SBpiQual=-0.6821;VQSLOD=8.2451 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3095,247,0
|
|
20 59480372 rs34426851 C T 703.42 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=7.690;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.954;SB=-405.995;SBQD=7.259;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.4770;VQSLOD=5.1649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:62:99:733,0,692
|
|
20 59521844 . C T 1134.98 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.583;DP=75;Dels=0.00;FS=20.191;HRun=0;HaplotypeScore=1.8410;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.412;SB=-542.416;SBQD=12.626;SBpi=0.6862;SBpiQual=0.7473;VQSLOD=4.1001 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1165,0,715
|
|
20 59541186 rs6027935 G A 991.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.69;MQ0=0;QD=28.32;SB=-665.302;SBQD=-0.493;SBpi=0.0845;SBpiQual=0.0826;VQSLOD=4.4593 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:81.22:1024,81,0
|
|
20 59557278 rs35537558 C T 468.97 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.074;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=9.436;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=28.17;MQ0=18;MQRankSum=-1.449;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.404;SB=-9.377;SBQD=-11.805;SBpi=-1.1339;SBpiQual=-1.2983;VQSLOD=2.5830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:77:99:499,0,704
|
|
20 59565183 . C T 445.55 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.760;DP=54;Dels=0.00;FS=5.792;HRun=0;HaplotypeScore=1.6545;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-292.220;SBQD=-5.960;SBpi=-0.3128;SBpiQual=-0.2899;VQSLOD=4.1140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:476,0,797
|
|
20 59572032 rs6093037 A G 296.78 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=2.928;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-262.678;SBQD=6.251;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2331;VQSLOD=4.7217 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:327,0,333
|
|
20 59581037 rs6124049 G T 850.33 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.270;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.324;SB=-416.944;SBQD=3.116;SBpi=0.0928;SBpiQual=0.1744;VQSLOD=5.8448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,29:62:99:880,0,1044
|
|
20 59593006 rs4810216 T C 1559.08 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.223;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=1.669;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=16.07;ReadPosRankSum=-1.658;SB=-756.775;SBQD=-2.390;SBpi=0.3501;SBpiQual=0.3317;VQSLOD=4.9011 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,51:97:99:1589,0,1419
|
|
20 59595746 rs6101189 G A 1047.76 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.190;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=7.887;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.414;SB=-461.439;SBQD=6.832;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4669;VQSLOD=6.0602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,35:73:99:1078,0,1037
|
|
20 59607424 rs56388026 A G 935.18 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.889;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.607;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.670;SB=-466.418;SBQD=-2.023;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3404;VQSLOD=5.2950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:965,0,1397
|
|
20 59609201 rs1080322 C T 1025.58 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=12.98;ReadPosRankSum=-1.579;SB=-481.276;SBQD=1.184;SBpi=-0.3430;SBpiQual=-0.3717;VQSLOD=5.5352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:1056,0,1432
|
|
20 59609906 rs6015903 A G 753.02 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.417;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.476;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.586;SB=-241.550;SBQD=6.140;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.9084;VQSLOD=4.4564 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:783,0,1095
|
|
20 59610487 rs6015906 T G 1197.27 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.093;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.317;SB=-552.363;SBQD=-3.519;SBpi=-0.4743;SBpiQual=-0.4554;VQSLOD=5.2359 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1227,0,1113
|
|
20 59626612 . T G 191.04 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.80;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=71;Dels=0.00;FS=35.626;HRun=0;HaplotypeScore=27.0571;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.064;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.432;SB=93.284;SBQD=-7.482;SBpi=-1.6036;SBpiQual=-1.7072;VQSLOD=-21.2235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,14:71:99:221,0,1943
|
|
20 59628262 rs17804935 T C 634.42 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.214;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6498;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.822;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-344.567;SBQD=3.273;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.6332;VQSLOD=3.1294 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:664,0,825
|
|
20 59644479 rs6071471 C A 809.54 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.796;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=1;HaplotypeScore=1.8273;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.192;SB=-417.600;SBQD=1.482;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.2946;VQSLOD=5.1269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:840,0,965
|
|
20 59649743 rs876566 A T 1082.43 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.705;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=16.747;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.045;QD=16.91;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-445.843;SBQD=9.875;SBpi=0.8111;SBpiQual=0.7150;VQSLOD=3.4007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:1112,0,817
|
|
20 59676561 rs62201770 G A 586.21 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=17.298;HRun=1;HaplotypeScore=1.9445;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.423;SB=-136.709;SBQD=14.859;SBpi=1.1339;SBpiQual=1.1930;VQSLOD=3.7557 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:616,0,538
|
|
20 59678257 rs4812269 A G 1167.89 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.153;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=1.685;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.335;SB=-501.450;SBQD=-4.626;SBpi=-0.5774;SBpiQual=-0.8699;VQSLOD=5.0954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,48:94:99:1198,0,1363
|
|
20 59687622 rs6015920 C G 1883.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.20;MQ0=0;QD=32.47;SB=-1005.900;SBQD=-0.970;SBpi=-0.2626;SBpiQual=-0.3358;VQSLOD=8.1945 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:1916,153,0
|
|
20 59687649 . G A 819.57 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DP=57;Dels=0.00;FS=2.281;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=14.38;ReadPosRankSum=1.207;SB=-460.153;SBQD=2.783;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.1325;VQSLOD=4.0784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:850,0,684
|
|
20 59691978 rs6065048 A G 655.28 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.500;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.072;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.878;SB=-370.361;SBQD=4.400;SBpi=0.0962;SBpiQual=0.3031;VQSLOD=5.5453 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:685,0,713
|
|
20 59696904 . G A 648.57 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.123;DP=47;Dels=0.00;FS=1.154;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.582;QD=13.80;ReadPosRankSum=-2.615;SB=-325.160;SBQD=0.643;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.5624;VQSLOD=3.0786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:679,0,467
|
|
20 59701495 . A T 536.15 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.694;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.077;SB=-251.577;SBQD=-1.501;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6444;VQSLOD=1.2660 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:566,0,723
|
|
20 59702009 rs6015923 A G 762.10 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.658;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=9.580;HRun=1;HaplotypeScore=3.6520;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.424;SB=-172.628;SBQD=6.459;SBpi=1.5910;SBpiQual=1.4058;VQSLOD=3.0156 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:792,0,1148
|
|
20 59718087 rs6071513 A T 2057.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.43;MQ0=0;QD=28.19;SB=-894.535;SBQD=-2.269;SBpi=-1.3460;SBpiQual=-1.5613;VQSLOD=5.1478 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2091,168,0
|
|
20 59735355 rs6101246 C G 942.37 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.914;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.347;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.885;SB=-410.852;SBQD=3.433;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.6302;VQSLOD=4.8955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:972,0,713
|
|
20 59735719 rs6015928 C T 1009.68 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.835;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=4.987;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.739;SB=-438.946;SBQD=-4.479;SBpi=-0.4352;SBpiQual=-0.4911;VQSLOD=5.1667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,33:67:99:1040,0,889
|
|
20 59746221 rs1573092 G A 1051.02 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.534;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.799;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-552.333;SBQD=1.345;SBpi=0.4003;SBpiQual=0.4306;VQSLOD=6.2083 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:1081,0,1061
|
|
20 59767800 rs62199374 T C 722.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.89;SB=-521.075;SBQD=6.976;SBpi=-0.2611;SBpiQual=0.0834;VQSLOD=4.6825 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:66.16:755,66,0
|
|
20 59771114 rs12479956 A G 594.81 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.465;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.339;SB=-275.519;SBQD=-2.234;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.6024;VQSLOD=3.9764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:625,0,1331
|
|
20 59772095 rs2426977 A G 662.33 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.654;QD=11.83;ReadPosRankSum=1.631;SB=-268.109;SBQD=0.541;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.6374;VQSLOD=4.9828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:692,0,964
|
|
20 59783648 rs947737 G C 1923.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.79;MQ0=0;QD=29.14;SB=-741.145;SBQD=-4.913;SBpi=-1.3540;SBpiQual=-1.6174;VQSLOD=5.9476 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:1956,162,0
|
|
20 59785692 rs6124074 A G 1536.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=25.19;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-1072.481;SBQD=3.538;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1760;VQSLOD=4.8403 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1570,126,0
|
|
20 59787651 rs6129076 C T 2357.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;QD=32.30;SB=-1316.594;SBQD=-1.172;SBpi=0.2926;SBpiQual=0.2038;VQSLOD=7.0772 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2391,190,0
|
|
20 59817912 . C T 416.33 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.011;DP=65;Dels=0.00;FS=3.916;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=49.25;MQ0=0;MQRankSum=-5.554;QD=6.41;ReadPosRankSum=-3.703;SB=-117.383;SBQD=-4.161;SBpi=-0.8030;SBpiQual=-0.9508;VQSLOD=-6.5598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,19:65:99:446,0,1160
|
|
20 59840204 rs4812287 A T 2222.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=38.24;MQ0=4;QD=27.78;SB=-1165.346;SBQD=3.829;SBpi=-0.6708;SBpiQual=-0.7271;VQSLOD=4.9716 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2256,198,0
|
|
20 59848508 . G A 35.53 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DP=50;Dels=0.00;FS=2.569;HRun=0;HaplotypeScore=6.9854;MQ=37.81;MQ0=4;MQRankSum=-1.959;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.399;SB=-1.639;SBQD=1.782;SBpi=1.3363;SBpiQual=1.3329;VQSLOD=-4.6433 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,8:50:65.52:66,0,540
|
|
20 59848519 . A G 36.27 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;DP=40;Dels=0.00;FS=2.715;HRun=0;HaplotypeScore=3.1278;MQ=36.04;MQ0=4;MQRankSum=-2.767;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.461;SB=-1.658;SBQD=1.209;SBpi=1.1619;SBpiQual=1.0817;VQSLOD=-2.9738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:66.27:66,0,393
|
|
20 59848553 . C T 48.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.620;DP=38;Dels=0.00;FS=7.025;HRun=0;HaplotypeScore=14.2726;MQ=33.00;MQ0=6;MQRankSum=-0.995;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.545;SB=-127.486;SBQD=-3.796;SBpi=-0.9383;SBpiQual=-0.8951;VQSLOD=-7.3723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,22:38:78.37:78,0,172
|
|
20 59849114 rs35400171 T G 1067.38 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7314;MQ=56.34;MQ0=0;QD=20.53;SB=-723.982;SBQD=-3.334;SBpi=-0.5547;SBpiQual=-0.5847;VQSLOD=2.2279 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:93.25:1100,93,0
|
|
20 59849652 . C T 118.46 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.81;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.311;DP=54;Dels=0.00;FS=9.359;HRun=2;HaplotypeScore=7.0339;MQ=55.07;MQ0=1;MQRankSum=-4.450;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.365;SB=30.489;SBQD=4.292;SBpi=0.5774;SBpiQual=1.1245;VQSLOD=-6.3314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,10:54:99:148,0,767
|
|
20 59858635 rs13041339 T C 905.29 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.5075;MQ=48.64;MQ0=1;QD=18.48;SB=-437.664;SBQD=17.560;SBpi=-0.0714;SBpiQual=0.4832;VQSLOD=1.5880 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:81.19:938,81,0
|
|
20 59873274 rs2427050 A G 936.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;QD=24.64;SB=-200.259;SBQD=-12.092;SBpi=-1.9467;SBpiQual=-2.2869;VQSLOD=3.8941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:84.19:969,84,0
|
|
20 59875599 rs4812294 G A 1009.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.29;MQ0=0;QD=24.62;SB=-634.004;SBQD=-5.349;SBpi=0.5466;SBpiQual=0.2531;VQSLOD=4.1591 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:90.22:1042,90,0
|
|
20 59878267 rs3974885 G A 1927.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.67;MQ0=0;QD=33.82;SB=-793.484;SBQD=-1.356;SBpi=-0.9934;SBpiQual=-1.1254;VQSLOD=7.9323 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1961,153,0
|
|
20 59886152 rs6028103 C T 1627.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.59;SB=-872.924;SBQD=-2.060;SBpi=-0.4719;SBpiQual=-0.6207;VQSLOD=7.5160 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1660,135,0
|
|
20 59892840 rs2427076 T C 1737.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.58;SB=-1032.214;SBQD=8.426;SBpi=-0.4410;SBpiQual=0.1803;VQSLOD=4.2452 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:1770,153,0
|
|
20 59893226 rs947741 A G 1628.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.57;SB=-594.651;SBQD=-10.196;SBpi=-0.8609;SBpiQual=-1.3245;VQSLOD=6.7574 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1661,144,0
|
|
20 59895287 rs6124082 T C 1965.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.24;MQ0=0;QD=32.22;SB=-950.352;SBQD=6.273;SBpi=-0.5762;SBpiQual=-0.1539;VQSLOD=7.9707 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1999,177,0
|
|
20 59904391 . G A 54.77 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.86;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;DP=220;Dels=0.00;FS=8.312;HRun=0;HaplotypeScore=4.2318;MQ=55.04;MQ0=0;MQRankSum=2.049;QD=0.25;ReadPosRankSum=3.114;SB=105.393;SBQD=-2.233;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.4238;VQSLOD=-2.2227 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,30:220:84.76:85,0,4482
|
|
20 59910848 rs8122914 A G 449.10 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.893;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.767;SB=-157.875;SBQD=-3.521;SBpi=-1.2247;SBpiQual=-1.3478;VQSLOD=3.6767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:479,0,723
|
|
20 59915463 rs35845475 G A 898.53 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.778;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=8.356;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=13.02;ReadPosRankSum=1.051;SB=-346.317;SBQD=-7.676;SBpi=-1.1667;SBpiQual=-1.2523;VQSLOD=4.7489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:929,0,815
|
|
20 59917856 rs6071588 T C 909.73 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.577;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=8.390;HRun=0;HaplotypeScore=3.2489;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.777;SB=-439.269;SBQD=9.081;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.2712;VQSLOD=4.1635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:71:99:940,0,1001
|
|
20 59924126 . G A 940.72 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.306;DP=69;Dels=0.00;FS=8.071;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-397.997;SBQD=7.079;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6444;VQSLOD=4.4868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:971,0,972
|
|
20 59927881 . T A 825.20 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.321;DP=57;Dels=0.00;FS=3.770;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.525;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.121;SB=-498.510;SBQD=-5.113;SBpi=-0.0870;SBpiQual=-0.0821;VQSLOD=4.4251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,33:57:99:855,0,678
|
|
20 59941889 . C T 694.94 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.481;DP=53;Dels=0.00;FS=6.289;HRun=0;HaplotypeScore=2.5628;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.972;SB=-141.663;SBQD=-10.035;SBpi=-1.3000;SBpiQual=-1.5545;VQSLOD=3.0012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:725,0,760
|
|
20 59948783 . A G 1032.93 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5983;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=13.08;ReadPosRankSum=-1.708;SB=-622.244;SBQD=0.927;SBpi=-0.3812;SBpiQual=-0.2630;VQSLOD=4.9085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1063,0,1116
|
|
20 59971286 rs6142812 G A 1116.39 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.910;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=11.506;HRun=0;HaplotypeScore=2.5232;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=17.72;ReadPosRankSum=1.396;SB=-423.926;SBQD=-9.967;SBpi=-0.6667;SBpiQual=-0.8237;VQSLOD=4.6922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1146,0,670
|
|
20 59977173 . G C 36.99 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.65;MQ0=0;QD=0.54;SB=-1138.867;SBQD=-0.745;SBpi=0.5417;SBpiQual=0.5281;VQSLOD=-1.1376 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:69:8.96:69,9,0
|
|
20 59979354 rs6061764 A G 2723.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7900;MQ=59.78;MQ0=0;QD=31.67;SB=-1483.430;SBQD=0.783;SBpi=0.2157;SBpiQual=0.2994;VQSLOD=6.1218 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2756,226,0
|
|
20 59990470 rs2252796 A T 1231.86 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.232;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6287;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=16.42;ReadPosRankSum=1.049;SB=-695.748;SBQD=1.490;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0946;VQSLOD=4.4822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:1262,0,896
|
|
20 59999851 rs2427091 G C 556.11 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.712;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.450;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.826;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.546;SB=-367.301;SBQD=-2.241;SBpi=-0.6286;SBpiQual=-0.2527;VQSLOD=4.9978 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:586,0,701
|
|
20 60020347 rs1892309 G A 883.34 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.022;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.159;HRun=0;HaplotypeScore=1.8899;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.162;QD=14.02;ReadPosRankSum=0.106;SB=-331.829;SBQD=-8.412;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.9841;VQSLOD=5.0021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:913,0,777
|
|
20 60020573 rs1892308 A G 401.25 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.424;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.787;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.842;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.630;SB=-108.836;SBQD=7.163;SBpi=1.1785;SBpiQual=1.0666;VQSLOD=3.2426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:431,0,383
|
|
20 60034516 rs2186110 A G 1250.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;QD=23.16;SB=-703.828;SBQD=-4.475;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.6514;VQSLOD=4.3582 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1284,117,0
|
|
20 60094042 . T C 209.91 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=47.8192;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.607;QD=2.59;ReadPosRankSum=-3.334;SB=-156.986;SBQD=0.310;SBpi=0.2357;SBpiQual=0.2266;VQSLOD=-70.6223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,18:81:99:240,0,1317
|
|
20 60094507 . G A 974.20 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;DP=58;Dels=0.00;FS=1.055;HRun=4;HaplotypeScore=2.6626;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=16.80;ReadPosRankSum=0.383;SB=-322.342;SBQD=-1.261;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.0225;VQSLOD=3.3794 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:1004,0,661
|
|
20 60099470 . C T 924.89 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.307;DP=68;Dels=0.00;FS=3.312;HRun=1;HaplotypeScore=1.7128;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=13.60;ReadPosRankSum=-2.316;SB=-432.434;SBQD=-4.434;SBpi=-0.1768;SBpiQual=-0.2905;VQSLOD=3.0790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:955,0,1025
|
|
20 60113275 rs7262667 C T 563.48 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.926;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.341;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.111;SB=-221.972;SBQD=4.507;SBpi=0.6708;SBpiQual=0.7368;VQSLOD=6.0935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:593,0,419
|
|
20 60139654 rs56104530 G A 670.04 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.792;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7206;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.294;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.454;SB=-313.092;SBQD=1.097;SBpi=0.5883;SBpiQual=0.6210;VQSLOD=4.4039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:700,0,680
|
|
20 60141354 rs56008485 G A 766.87 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.695;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.057;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=12.78;ReadPosRankSum=-1.174;SB=-329.790;SBQD=5.597;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.5612;VQSLOD=5.3275 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:797,0,941
|
|
20 60142009 rs6061644 G A 422.16 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.801;QD=9.38;ReadPosRankSum=3.459;SB=-213.168;SBQD=2.164;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.4729;VQSLOD=3.6935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:452,0,707
|
|
20 60144047 . T C 714.42 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.883;DP=57;Dels=0.00;FS=2.323;HRun=2;HaplotypeScore=1.9655;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.455;SB=-385.060;SBQD=-0.120;SBpi=-0.1826;SBpiQual=0.1581;VQSLOD=2.4322 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:744,0,883
|
|
20 60144833 rs6121693 A G 805.45 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.063;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.983;SB=-380.051;SBQD=0.248;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.5354;VQSLOD=4.7866 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,30:57:99:835,0,823
|
|
20 60153892 rs6121707 C T 1224.30 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.479;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.844;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=15.11;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-646.645;SBQD=-0.473;SBpi=-0.3727;SBpiQual=-0.3327;VQSLOD=4.9909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:81:99:1254,0,947
|
|
20 60162313 rs1884228 T C 1337.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.65;MQ0=0;QD=24.76;SB=-692.123;SBQD=5.590;SBpi=-1.0887;SBpiQual=-0.6768;VQSLOD=3.0508 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1370,123,0
|
|
20 60168792 rs12329418 T C 888.14 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=2.004;HRun=1;HaplotypeScore=1.5983;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.047;SB=-340.115;SBQD=-2.596;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.1307;VQSLOD=4.9572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,34:77:99:918,0,1306
|
|
20 60173798 rs2253091 A G 1011.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=57.71;MQ0=0;QD=22.47;SB=-642.954;SBQD=-7.340;SBpi=0.8199;SBpiQual=0.3473;VQSLOD=2.5577 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:96.22:1044,96,0
|
|
20 60188432 rs1884224 C T 916.38 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.668;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.124;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.117;SB=-447.237;SBQD=-5.249;SBpi=-0.1826;SBpiQual=-0.1398;VQSLOD=5.8044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:946,0,995
|
|
20 60188849 rs2427187 A G 2086.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.60;SB=-1079.514;SBQD=0.573;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4777;VQSLOD=8.2030 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2120,166,0
|
|
20 60209298 rs2427209 T C 1443.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.08;SB=-831.321;SBQD=-0.389;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.2720;VQSLOD=7.1414 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1477,120,0
|
|
20 60231988 rs6089456 T C 703.42 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.818;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=11.491;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=11.17;ReadPosRankSum=-2.002;SB=-428.051;SBQD=-9.313;SBpi=-0.5916;SBpiQual=-0.5804;VQSLOD=4.4949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:733,0,753
|
|
20 60232987 rs949823 A G 355.68 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=8.923;HRun=0;HaplotypeScore=4.1474;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=1.418;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.382;SB=-154.301;SBQD=-11.246;SBpi=-0.2887;SBpiQual=-0.6261;VQSLOD=3.3383 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:41:99:386,0,227
|
|
20 60243836 rs1122269 C T 579.09 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.367;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4308;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.595;SB=-226.240;SBQD=-1.263;SBpi=-0.6396;SBpiQual=-0.7328;VQSLOD=4.6524 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:609,0,570
|
|
20 60268126 rs6089475 G A 1105.29 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.150;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.094;HRun=0;HaplotypeScore=3.1291;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.135;SB=-589.292;SBQD=-0.455;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.0820;VQSLOD=4.9055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:68:99:1135,0,809
|
|
20 60274529 rs11700340 A C 484.27 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.379;SB=-372.925;SBQD=-1.265;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.3082;VQSLOD=4.0105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:514,0,872
|
|
20 60288508 rs6061762 C T 1941.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.67;MQ0=0;QD=34.68;SB=-1027.598;SBQD=-0.679;SBpi=-0.1336;SBpiQual=-0.1919;VQSLOD=7.3974 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1975,156,0
|
|
20 60299138 . C G 83.34 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;DP=53;Dels=0.00;FS=16.899;HRun=3;HaplotypeScore=14.9011;MQ=51.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.313;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.463;SB=-121.317;SBQD=-8.650;SBpi=-0.9129;SBpiQual=-0.8765;VQSLOD=-10.6614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:113,0,395
|
|
20 60305936 rs944244 C T 2177.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8824;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=31.56;ReadPosRankSum=1.376;SB=-890.312;SBQD=-2.792;SBpi=-0.9701;SBpiQual=-1.1841;VQSLOD=5.8295 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:2211,183,0
|
|
20 60350027 . C T 1002.47 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.583;DP=66;Dels=0.00;FS=2.137;HRun=0;HaplotypeScore=4.5624;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.271;SB=-415.406;SBQD=3.166;SBpi=0.9042;SBpiQual=0.8591;VQSLOD=1.5101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1032,0,837
|
|
20 60352702 rs58087524 A G 433.37 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.054;HRun=0;HaplotypeScore=5.8617;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.590;SB=-348.597;SBQD=-0.326;SBpi=0.6286;SBpiQual=0.3851;VQSLOD=1.7560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:463,0,705
|
|
20 60359465 . G C 157.91 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.73;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.546;DP=70;Dels=0.00;FS=16.163;HRun=1;HaplotypeScore=8.8393;MQ=25.74;MQ0=14;MQRankSum=1.430;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.291;SB=-20.041;SBQD=4.159;SBpi=0.7000;SBpiQual=0.8214;VQSLOD=-1.8436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,17:70:99:188,0,489
|
|
20 60362527 rs2386938 G C 1299.13 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.397;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=20.347;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.580;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.636;SB=-358.798;SBQD=11.327;SBpi=1.4744;SBpiQual=1.5690;VQSLOD=2.7730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:1329,0,1127
|
|
20 60364205 rs2066424 G A 400.98 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.695;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.615;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-143.457;SBQD=-6.963;SBpi=-0.9428;SBpiQual=-0.9794;VQSLOD=3.8043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:431,0,620
|
|
20 60371496 rs7261632 C T 255.94 PASS AB=0.59;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.532;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.562;HRun=0;HaplotypeScore=1.6229;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.806;SB=-163.538;SBQD=-0.306;SBpi=0.1387;SBpiQual=0.3482;VQSLOD=4.5117 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:286,0,416
|
|
20 60392038 rs4925300 G A 547.76 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.029;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=2.814;HRun=1;HaplotypeScore=2.7461;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.190;SB=-323.017;SBQD=3.302;SBpi=-0.1091;SBpiQual=-0.0519;VQSLOD=3.7401 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:578,0,452
|
|
20 60392331 rs62206303 A G 581.20 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-296.657;SBQD=-4.207;SBpi=0.1000;SBpiQual=-0.2933;VQSLOD=5.2994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:611,0,575
|
|
20 60392623 rs13042075 G A 802.84 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.330;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=11.798;HRun=0;HaplotypeScore=4.7842;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.959;SB=-168.478;SBQD=13.977;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.7886;VQSLOD=2.1114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:54:99:833,0,549
|
|
20 60392661 rs13040920 T C 651.99 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=5.1173;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.554;QD=12.07;ReadPosRankSum=1.419;SB=-372.018;SBQD=-0.461;SBpi=0.2887;SBpiQual=0.3627;VQSLOD=3.0751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:682,0,772
|
|
20 60392879 . A G 253.39 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;DP=40;Dels=0.00;FS=4.879;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-296.719;SBQD=7.137;SBpi=0.2041;SBpiQual=0.2918;VQSLOD=1.8131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:283,0,417
|
|
20 60407058 rs34842344 A G 446.48 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-312.735;SBQD=2.007;SBpi=0.3128;SBpiQual=0.3291;VQSLOD=4.5743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:476,0,376
|
|
20 60407505 rs6061365 G A 1284.44 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.842;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=3.987;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.138;SB=-620.593;SBQD=3.923;SBpi=0.2287;SBpiQual=0.2938;VQSLOD=5.6730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,43:86:99:1314,0,1219
|
|
20 60416379 rs2386936 C G 775.99 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.164;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.655;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.234;SB=-398.054;SBQD=-0.235;SBpi=-0.4490;SBpiQual=-0.5031;VQSLOD=4.2324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:806,0,640
|
|
20 60422230 rs6142875 C T 486.25 PASS AB=0.61;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.838;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.123;HRun=2;HaplotypeScore=2.8963;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.419;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-280.540;SBQD=2.438;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.4314;VQSLOD=2.5538 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:516,0,809
|
|
20 60428191 rs6061869 G C 633.20 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.273;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.833;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.948;SB=-414.384;SBQD=6.607;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2449;VQSLOD=4.8978 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:58:99:663,0,485
|
|
20 60428565 rs59809686 C T 488.64 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.665;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.291;SB=-370.334;SBQD=2.025;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0943;VQSLOD=5.2805 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:519,0,561
|
|
20 60441851 rs1557184 G A 2824.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;QD=36.21;SB=-1318.403;SBQD=-1.285;SBpi=-0.4529;SBpiQual=-0.5764;VQSLOD=9.0570 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2858,226,0
|
|
20 60443750 . T C 79.09 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;DP=58;Dels=0.00;FS=2.366;HRun=3;HaplotypeScore=1.9454;MQ=42.89;MQ0=0;MQRankSum=-2.969;QD=1.36;ReadPosRankSum=-3.182;SB=-180.481;SBQD=-3.536;SBpi=-0.4472;SBpiQual=-0.3790;VQSLOD=-3.3924 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:58:99:109,0,983
|
|
20 60451604 rs4925204 T C 1401.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=29.20;SB=-666.200;SBQD=7.383;SBpi=0.1443;SBpiQual=0.6113;VQSLOD=6.7271 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1435,126,0
|
|
20 60456391 rs6121826 G C 1093.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.63;MQ0=0;QD=21.45;SB=-530.118;SBQD=9.107;SBpi=-1.5556;SBpiQual=-0.9676;VQSLOD=3.3967 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1127,102,0
|
|
20 60456643 rs2386561 G A 723.76 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.836;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=16.45;ReadPosRankSum=1.635;SB=-215.343;SBQD=8.008;SBpi=1.1000;SBpiQual=1.2773;VQSLOD=4.9329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:754,0,435
|
|
20 60457514 rs6121829 T G 926.51 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.430;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.125;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-496.653;SBQD=7.524;SBpi=-0.0845;SBpiQual=-0.0054;VQSLOD=5.7641 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:956,0,774
|
|
20 60476953 rs6121838 C T 1743.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.57;MQ0=0;QD=32.29;SB=-945.140;SBQD=2.600;SBpi=0.1361;SBpiQual=0.3190;VQSLOD=7.1642 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1777,141,0
|
|
20 60486334 rs1321164 C T 3359.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;QD=37.75;SB=-1421.505;SBQD=-1.238;SBpi=-0.7950;SBpiQual=-0.9683;VQSLOD=6.7257 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3360,259,0
|
|
20 60495155 . C T 255.93 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.314;DP=52;Dels=0.00;FS=48.358;HRun=0;HaplotypeScore=23.9361;MQ=30.39;MQ0=0;MQRankSum=1.710;QD=4.92;ReadPosRankSum=5.012;SB=26.723;SBQD=16.060;SBpi=1.8549;SBpiQual=1.8249;VQSLOD=-11.8507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:286,0,333
|
|
20 60495156 . A G 292.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;DP=41;Dels=0.00;FS=19.074;HRun=0;HaplotypeScore=16.9517;MQ=29.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=7.13;ReadPosRankSum=4.131;SB=-64.217;SBQD=16.396;SBpi=1.4289;SBpiQual=1.5979;VQSLOD=-5.6002 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:322,0,268
|
|
20 60498119 rs4925313 G C 1441.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.22;MQ0=0;QD=26.70;SB=-858.407;SBQD=2.590;SBpi=0.4082;SBpiQual=0.5833;VQSLOD=5.0381 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1475,117,0
|
|
20 60500250 rs6089554 T C 993.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.36;MQ0=0;QD=24.84;SB=-573.236;SBQD=6.989;SBpi=-0.6325;SBpiQual=-0.1840;VQSLOD=4.7174 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:93.19:1027,93,0
|
|
20 60501113 rs4925314 G A 2003.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9880;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.278;QD=32.84;ReadPosRankSum=1.051;SB=-1083.762;SBQD=-0.804;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.2030;VQSLOD=6.2705 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:2036,142,0
|
|
20 60509955 rs4925319 G A 641.15 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.150;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.488;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.392;SB=-291.464;SBQD=-2.555;SBpi=0.5213;SBpiQual=0.5752;VQSLOD=5.4098 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:671,0,792
|
|
20 60516447 rs1776261 T G 1454.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6624;MQ=59.11;MQ0=0;QD=27.98;SB=-711.993;SBQD=2.023;SBpi=0.8321;SBpiQual=0.8965;VQSLOD=3.6141 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1488,120,0
|
|
20 60523205 . A C 53.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.78;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=15.1135;MQ=25.96;MQ0=11;MQRankSum=0.320;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-7.676;SBQD=0.954;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.9065;VQSLOD=-7.6571 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,17:77:83.37:83,0,806
|
|
20 60523795 rs55976074 G A 363.19 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.500;HRun=0;HaplotypeScore=8.9416;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.893;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.029;SB=-171.218;SBQD=4.014;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.5028;VQSLOD=-4.6249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:393,0,606
|
|
20 60545009 . C T 613.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.17;MQ0=0;QD=21.91;SB=-317.978;SBQD=8.067;SBpi=0.4811;SBpiQual=0.6812;VQSLOD=2.8761 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:54.15:646,54,0
|
|
20 60557266 . G A 133.66 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.82;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.926;DP=83;Dels=0.00;FS=3.033;HRun=1;HaplotypeScore=33.3463;MQ=36.90;MQ0=4;MQRankSum=1.166;QD=1.61;ReadPosRankSum=-3.867;SB=-53.933;SBQD=3.379;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.6447;VQSLOD=-37.8858 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,15:83:99:164,0,650
|
|
20 60561047 . T C 1198.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ=50.97;MQ0=1;QD=24.47;SB=-678.723;SBQD=-0.162;SBpi=-0.6429;SBpiQual=-0.6660;VQSLOD=2.8870 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1232,105,0
|
|
20 60561944 rs34496616 G A 1093.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.57;SB=-540.152;SBQD=3.392;SBpi=0.4110;SBpiQual=0.6309;VQSLOD=6.6199 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:90.27:1127,90,0
|
|
20 60564829 rs6089587 C T 1258.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.42;MQ0=0;QD=21.33;SB=-956.368;SBQD=-0.920;SBpi=-0.3255;SBpiQual=-0.3927;VQSLOD=4.4065 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1292,105,0
|
|
20 60574868 rs6089306 G A 2352.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=34.10;SB=-1192.970;SBQD=-0.075;SBpi=-0.4214;SBpiQual=-0.4795;VQSLOD=8.0665 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2386,187,0
|
|
20 60577258 rs7270469 G A 1899.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=58.70;MQ0=0;QD=33.33;SB=-915.763;SBQD=-0.089;SBpi=0.4636;SBpiQual=0.5146;VQSLOD=6.8078 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1933,156,0
|
|
20 60607536 rs6061964 G A 1882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.11;MQ0=0;QD=33.02;SB=-775.304;SBQD=1.681;SBpi=0.9934;SBpiQual=1.1411;VQSLOD=8.0238 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1915,153,0
|
|
20 60610026 rs6061971 A G 906.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=31.42;MQ0=1;QD=16.19;SB=-717.529;SBQD=-3.408;SBpi=-0.3371;SBpiQual=-0.8355;VQSLOD=5.1766 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:90.18:940,90,0
|
|
20 60620024 rs2057477 G C 1014.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.18;SB=-381.088;SBQD=3.296;SBpi=1.1667;SBpiQual=1.2792;VQSLOD=4.2739 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:87.20:1047,87,0
|
|
20 60629332 rs11905931 G A 1167.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.44;MQ0=0;QD=28.48;SB=-605.484;SBQD=0.571;SBpi=0.7028;SBpiQual=0.7439;VQSLOD=5.9687 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:96.27:1201,96,0
|
|
20 60662814 rs6089643 G A 1369.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9772;MQ=59.07;MQ0=0;QD=27.39;SB=-833.548;SBQD=0.287;SBpi=0.4243;SBpiQual=0.4405;VQSLOD=5.1989 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1403,111,0
|
|
20 60673065 rs6142946 G T 1989.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.1851;MQ=59.25;MQ0=0;QD=35.53;SB=-914.927;SBQD=-0.798;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.5417;VQSLOD=4.9840 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:2023,160,0
|
|
20 60700129 rs2002239 G T 1423.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;QD=27.38;SB=-670.616;SBQD=-5.681;SBpi=1.2481;SBpiQual=0.9355;VQSLOD=4.5802 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:52:99:1457,123,0
|
|
20 60729040 rs10888230 T C 1897.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.66;MQ0=0;QD=28.32;SB=-956.530;SBQD=5.566;SBpi=0.3054;SBpiQual=0.7397;VQSLOD=5.9455 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1931,165,0
|
|
20 60759231 . G A 913.29 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.595;DP=61;Dels=0.00;FS=3.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.32;MQ0=1;MQRankSum=0.377;QD=14.97;ReadPosRankSum=2.062;SB=-391.263;SBQD=3.128;SBpi=-0.5477;SBpiQual=-0.7064;VQSLOD=4.2494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:61:99:943,0,661
|
|
20 60763704 rs6142724 G C 817.06 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=4.233;HRun=2;HaplotypeScore=2.4987;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.173;SB=-416.464;SBQD=6.728;SBpi=-0.0822;SBpiQual=0.4124;VQSLOD=3.7823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,37:87:99:847,0,1381
|
|
20 60776275 rs2184161 A G 609.77 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=1;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=1.027;QD=11.96;ReadPosRankSum=-1.536;SB=-356.181;SBQD=-2.612;SBpi=0.3922;SBpiQual=0.3557;VQSLOD=4.6353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:640,0,776
|
|
20 60777070 rs2144279 A G 521.82 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.218;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-239.750;SBQD=3.380;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.7749;VQSLOD=5.4382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:49:99:552,0,716
|
|
20 60781573 rs6061458 C T 435.28 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.252;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.709;HRun=0;HaplotypeScore=2.5714;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.134;SB=-233.414;SBQD=-4.681;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.5329;VQSLOD=4.8685 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:465,0,501
|
|
20 60802021 rs62205894 G T 470.87 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.566;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.610;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.126;SB=-220.357;SBQD=-1.606;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-0.8432;VQSLOD=5.4810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:501,0,568
|
|
20 60811352 . G A 708.81 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=57;Dels=0.00;FS=1.062;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.345;SB=-251.967;SBQD=4.659;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.9196;VQSLOD=4.4077 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:57:99:739,0,762
|
|
20 60843695 rs6062178 G A 2404.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.45;MQ0=0;QD=33.87;SB=-1113.393;SBQD=0.905;SBpi=0.5341;SBpiQual=0.6429;VQSLOD=8.2166 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:71:99:2438,199,0
|
|
20 60864390 rs3746657 C T 1902.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.55;MQ0=0;QD=31.19;SB=-1045.845;SBQD=-3.663;SBpi=-0.0640;SBpiQual=-0.2800;VQSLOD=7.6929 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:1936,153,0
|
|
20 60890375 rs6062210 C T 1296.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.15;SB=-656.930;SBQD=0.883;SBpi=0.5337;SBpiQual=0.5326;VQSLOD=7.2083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1330,105,0
|
|
20 60916153 rs6089351 G A 2010.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.13;MQ0=0;QD=30.47;SB=-946.794;SBQD=1.519;SBpi=0.7385;SBpiQual=0.6961;VQSLOD=4.9868 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2044,171,0
|
|
20 60927412 rs624313 G A 516.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=58.13;MQ0=0;QD=20.64;SB=-396.950;SBQD=-1.753;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3490;VQSLOD=4.5438 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:45.13:549,45,0
|
|
20 60938648 rs659822 C T 717.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8561;MQ=59.34;MQ0=0;QD=20.51;SB=-337.607;SBQD=-6.200;SBpi=-0.9297;SBpiQual=-1.0656;VQSLOD=3.4779 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:63.15:751,63,0
|
|
20 60947846 rs579948 T C 1399.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=48.39;MQ0=0;QD=28.00;SB=-410.151;SBQD=8.550;SBpi=1.4142;SBpiQual=1.8946;VQSLOD=5.2361 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1433,126,0
|
|
20 60975899 rs6089360 T C 1073.80 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.620;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.802;SB=-358.718;SBQD=-5.515;SBpi=-1.0686;SBpiQual=-1.2776;VQSLOD=3.7812 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,37:64:99:1104,0,783
|
|
20 60977095 rs6089223 T C 144.22 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=7.282;HRun=1;HaplotypeScore=2.3604;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.469;SB=-77.247;SBQD=11.150;SBpi=0.3162;SBpiQual=0.3729;VQSLOD=2.3180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:174,0,269
|
|
20 61006114 rs6089369 T C 1064.41 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.881;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.567;SB=-582.414;SBQD=1.482;SBpi=0.1622;SBpiQual=0.0688;VQSLOD=6.1690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1094,0,1055
|
|
20 61013082 rs747338 T C 752.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.30;SB=-340.389;SBQD=1.457;SBpi=-1.3611;SBpiQual=-1.1328;VQSLOD=3.4806 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:72.18:786,72,0
|
|
20 61013789 rs2427343 A G 1401.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.58;MQ0=0;QD=31.85;SB=-810.460;SBQD=3.069;SBpi=-0.1508;SBpiQual=-0.0142;VQSLOD=7.2780 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1435,114,0
|
|
20 61019137 rs2427350 T C 1947.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=58.25;MQ0=0;QD=33.00;SB=-1085.323;SBQD=-0.870;SBpi=-0.0651;SBpiQual=-0.1033;VQSLOD=7.0921 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1980,156,0
|
|
20 61020076 rs6121594 T G 363.56 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=5.490;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-149.516;SBQD=-9.567;SBpi=-1.1468;SBpiQual=-1.1497;VQSLOD=2.5622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:394,0,337
|
|
20 61020523 . G A 579.25 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.887;DP=47;Dels=0.00;FS=1.192;HRun=0;HaplotypeScore=1.6617;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=12.32;ReadPosRankSum=1.756;SB=-382.001;SBQD=0.008;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0826;VQSLOD=3.7560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:609,0,475
|
|
20 61024062 rs2427355 C T 710.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2829;MQ=55.40;MQ0=0;QD=27.31;SB=-271.126;SBQD=3.561;SBpi=0.9806;SBpiQual=1.0558;VQSLOD=5.0910 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:60.18:743,60,0
|
|
20 61024609 rs6061538 C T 1307.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=53.74;MQ0=0;QD=29.06;SB=-775.108;SBQD=1.863;SBpi=0.0745;SBpiQual=0.0540;VQSLOD=6.3296 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1341,111,0
|
|
20 61025732 . C T 214.46 PASS AB=0.28;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.464;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.887;SB=-98.481;SBQD=-4.986;SBpi=-0.9707;SBpiQual=-1.0813;VQSLOD=3.8307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:15.24:244,0,15
|
|
20 61032694 rs6089382 G T 1038.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.59;MQ0=0;QD=31.46;SB=-426.206;SBQD=-2.866;SBpi=-0.7833;SBpiQual=-0.8651;VQSLOD=7.6476 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:84.26:1071,84,0
|
|
20 61044227 rs6061245 T C 630.79 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.607;HRun=0;HaplotypeScore=1.9726;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.843;SB=-251.835;SBQD=-4.812;SBpi=-0.7845;SBpiQual=-0.9150;VQSLOD=4.6347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:661,0,868
|
|
20 61164613 rs6062246 A G 961.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.30;MQ0=0;QD=29.14;SB=-471.278;SBQD=1.506;SBpi=0.6093;SBpiQual=0.6937;VQSLOD=5.4018 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:81.23:995,81,0
|
|
20 61164661 rs6062245 A C 213.50 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.03;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.5630;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.896;SB=-352.235;SBQD=7.600;SBpi=0.1826;SBpiQual=0.6146;VQSLOD=2.2492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,30:31:2.82:242,0,0
|
|
20 61167001 rs6143043 G A 372.65 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=11.29;ReadPosRankSum=-1.484;SB=-334.694;SBQD=1.436;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.1912;VQSLOD=4.8777 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:403,0,123
|
|
20 61170103 rs4635599 T C 1465.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.75;MQ0=0;QD=28.18;SB=-649.809;SBQD=5.519;SBpi=0.8321;SBpiQual=1.0932;VQSLOD=4.9232 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1498,117,0
|
|
20 61183197 rs28637824 A G 745.56 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.255;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=5.321;HRun=0;HaplotypeScore=3.7769;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.666;SB=-387.923;SBQD=-5.442;SBpi=0.6860;SBpiQual=0.3282;VQSLOD=3.1993 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:69:99:776,0,1056
|
|
20 61188121 rs28398399 C A 534.92 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.653;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5983;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-301.739;SBQD=1.256;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1201;VQSLOD=4.6759 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:565,0,429
|
|
20 61194957 rs3889473 C T 760.31 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.042;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.468;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=2.389;QD=12.26;ReadPosRankSum=-1.009;SB=-419.662;SBQD=4.713;SBpi=-0.0962;SBpiQual=-0.1249;VQSLOD=5.1060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,27:62:99:790,0,936
|
|
20 61268481 . T A 610.52 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.365;DP=51;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=11.97;ReadPosRankSum=-1.554;SB=-365.120;SBQD=2.450;SBpi=-0.3922;SBpiQual=-0.2306;VQSLOD=3.3566 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:641,0,737
|
|
20 61272558 rs6011896 A G 1590.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=28.40;ReadPosRankSum=0.681;SB=-888.820;SBQD=2.437;SBpi=0.3371;SBpiQual=0.3705;VQSLOD=5.4299 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:1623,132,0
|
|
20 61275147 rs2427360 T C 1710.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.91;SB=-674.899;SBQD=1.182;SBpi=0.9286;SBpiQual=1.0142;VQSLOD=8.4077 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1744,138,0
|
|
20 61279746 rs2427362 G A 331.86 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=3.892;HRun=0;HaplotypeScore=3.9613;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.140;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-116.524;SBQD=10.539;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.7835;VQSLOD=2.9872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:362,0,173
|
|
20 61282214 rs3848677 C T 727.63 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.252;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.951;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-292.424;SBQD=-0.151;SBpi=0.8660;SBpiQual=0.8946;VQSLOD=4.5630 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:758,0,880
|
|
20 61287727 rs6122080 G A 384.01 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.436;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.837;HRun=0;HaplotypeScore=3.7120;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=1.463;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.674;SB=-104.985;SBQD=7.902;SBpi=1.0914;SBpiQual=1.1891;VQSLOD=2.6651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:414,0,617
|
|
20 61293739 rs8125918 C A 740.96 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.400;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=19.50;ReadPosRankSum=0.620;SB=-318.531;SBQD=-0.216;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.5604;VQSLOD=5.1791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:771,0,276
|
|
20 61308883 rs6010840 A G 647.03 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=6.967;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.072;SB=-338.642;SBQD=-8.872;SBpi=-0.1000;SBpiQual=-0.1814;VQSLOD=5.6274 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:677,0,519
|
|
20 61310507 rs6011614 A G 799.85 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.498;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.516;QD=14.03;ReadPosRankSum=-1.434;SB=-348.845;SBQD=-2.608;SBpi=-1.0987;SBpiQual=-1.1296;VQSLOD=5.2609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,35:57:99:830,0,532
|
|
20 61347877 rs2427404 G A 1071.53 PASS AB=0.20;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.335;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=19.13;ReadPosRankSum=1.673;SB=-655.462;SBQD=1.132;SBpi=-0.2236;SBpiQual=-0.2737;VQSLOD=5.4692 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,45:56:98.76:1102,0,99
|
|
20 61350454 rs35912250 C G 1195.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.33;MQ0=0;QD=27.17;SB=-647.719;SBQD=3.033;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.5695;VQSLOD=5.2486 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1229,99,0
|
|
20 61353177 rs4334545 C T 1233.16 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.284;HRun=1;HaplotypeScore=1.6439;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.719;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.509;SB=-649.063;SBQD=-3.859;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.2306;VQSLOD=4.8144 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,42:72:99:1263,0,846
|
|
20 61355233 rs2427415 C T 1222.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.88;MQ0=0;QD=30.57;SB=-750.788;SBQD=0.926;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0220;VQSLOD=7.2777 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1256,99,0
|
|
20 61355791 rs3915941 G T 894.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=22.36;ReadPosRankSum=1.646;SB=-585.451;SBQD=3.000;SBpi=-0.5604;SBpiQual=-0.4924;VQSLOD=3.7830 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:90.19:928,90,0
|
|
20 61356245 rs2427416 G A 1843.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.52;MQ0=0;QD=30.72;SB=-1033.443;SBQD=-2.054;SBpi=0.2582;SBpiQual=0.2060;VQSLOD=7.6767 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:1876,153,0
|
|
20 61357192 rs4809583 G A 1200.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.95;MQ0=0;QD=27.29;SB=-624.481;SBQD=-3.840;SBpi=-0.5337;SBpiQual=-0.7102;VQSLOD=5.4827 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:1234,102,0
|
|
20 61359982 rs2427423 T C 1261.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.02;SB=-606.060;SBQD=5.424;SBpi=-0.9690;SBpiQual=-0.5880;VQSLOD=5.3278 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1294,114,0
|
|
20 61385618 rs856935 G A 1198.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4715;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-646.293;SBQD=3.763;SBpi=0.3647;SBpiQual=0.6242;VQSLOD=3.4684 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:96.30:1231,96,0
|
|
20 61393445 rs2427442 A G 1489.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.08;SB=-906.263;SBQD=-4.828;SBpi=0.3371;SBpiQual=-0.0250;VQSLOD=4.8951 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1522,138,0
|
|
20 61393458 rs2427443 C T 1736.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.64;MQ0=0;QD=27.14;SB=-1069.100;SBQD=2.017;SBpi=0.1250;SBpiQual=0.1953;VQSLOD=5.6675 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:64:99:1770,144,0
|
|
20 61411720 rs856963 T C 1446.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=30.13;SB=-560.024;SBQD=7.594;SBpi=0.7217;SBpiQual=1.2023;VQSLOD=6.5110 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1479,126,0
|
|
20 61444693 rs35813009 G A 64.94 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.72;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.26;MQ0=2;MQRankSum=1.926;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.586;SB=-8.644;SBQD=9.274;SBpi=0.2236;SBpiQual=0.5477;VQSLOD=0.8780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:79.43:95,0,79
|
|
20 61502863 rs6062731 T A 572.62 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=3.505;HRun=0;HaplotypeScore=2.9162;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=1.177;QD=9.24;ReadPosRankSum=-1.596;SB=-438.658;SBQD=3.746;SBpi=0.3536;SBpiQual=0.2782;VQSLOD=3.2107 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:603,0,577
|
|
20 61515349 rs6011445 C T 720.57 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.004;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9367;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.148;SB=-212.241;SBQD=-2.617;SBpi=-1.3229;SBpiQual=-1.4905;VQSLOD=4.1250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:751,0,889
|
|
20 61530582 rs6089810 G A 874.71 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.578;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=13.67;ReadPosRankSum=1.229;SB=-433.394;SBQD=-0.068;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5358;VQSLOD=4.4124 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:905,0,723
|
|
20 61554748 rs2004527 T C 691.17 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.753;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.209;HRun=0;HaplotypeScore=1.9955;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.699;SB=-214.053;SBQD=0.038;SBpi=1.1339;SBpiQual=1.2790;VQSLOD=4.3181 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:721,0,814
|
|
20 61586179 rs11086147 T G 590.43 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.980;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.623;HRun=2;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.451;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.693;SB=-288.410;SBQD=-0.044;SBpi=0.6124;SBpiQual=0.1601;VQSLOD=4.6705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:620,0,506
|
|
20 61589365 rs6512327 T C 722.91 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.551;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.247;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.412;SB=-318.612;SBQD=-4.095;SBpi=-0.7303;SBpiQual=-0.4350;VQSLOD=5.0242 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:753,0,877
|
|
20 61599958 rs748030 T C 1090.96 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.635;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=4.853;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.005;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.650;SB=-493.225;SBQD=-3.679;SBpi=0.6325;SBpiQual=0.7292;VQSLOD=5.7964 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,40:76:99:1121,0,1144
|
|
20 61604147 rs11086148 A C 192.44 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6483;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.386;SB=-88.850;SBQD=-1.016;SBpi=-0.3162;SBpiQual=-0.3347;VQSLOD=5.1101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:222,0,220
|
|
20 61617614 rs736038 G A 630.83 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.284;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.704;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=14.34;ReadPosRankSum=-1.608;SB=-326.556;SBQD=2.306;SBpi=-0.2132;SBpiQual=-0.3169;VQSLOD=5.1946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:661,0,540
|
|
20 61625796 rs13037491 A G 708.35 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.913;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=12.515;HRun=4;HaplotypeScore=2.8933;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=12.01;ReadPosRankSum=-1.268;SB=-159.807;SBQD=9.687;SBpi=1.5784;SBpiQual=1.5353;VQSLOD=2.8720 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:59:99:738,0,886
|
|
20 61628908 rs4809447 C T 1665.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.3198;MQ=58.88;MQ0=0;QD=30.85;SB=-831.733;SBQD=1.037;SBpi=0.5443;SBpiQual=0.6331;VQSLOD=3.4536 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1699,135,0
|
|
20 61630201 rs2427477 A G 288.11 PASS AB=0.63;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=3.069;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.499;SB=-149.666;SBQD=-6.103;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.2400;VQSLOD=2.5721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:318,0,716
|
|
20 61647633 rs6062768 T G 361.92 PASS AB=0.35;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5572;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-187.307;SBQD=1.454;SBpi=0.6063;SBpiQual=0.6671;VQSLOD=5.0951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:392,0,217
|
|
20 61647693 rs2427484 A G 329.15 PASS AB=0.40;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.341;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=2.521;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.147;QD=13.17;ReadPosRankSum=1.954;SB=-24.415;SBQD=18.675;SBpi=1.1619;SBpiQual=1.6348;VQSLOD=3.1473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:359,0,251
|
|
20 61657092 rs745982 C T 926.26 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.984;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=6.203;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=16.84;ReadPosRankSum=0.213;SB=-417.574;SBQD=0.636;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.5691;VQSLOD=5.0643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:956,0,390
|
|
20 61658542 rs3899032 G A 1456.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=31.66;SB=-845.405;SBQD=-0.438;SBpi=0.1474;SBpiQual=0.1504;VQSLOD=6.8259 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1489,117,0
|
|
20 61661766 rs6122345 C G 341.05 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.524;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.220;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.994;SB=-190.785;SBQD=8.518;SBpi=0.1291;SBpiQual=0.2526;VQSLOD=5.2958 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:371,0,458
|
|
20 61665310 rs4331569 T C 712.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.89;MQ0=0;QD=33.94;SB=-0.007;SBQD=35.491;SBpi=2.2913;SBpiQual=2.4135;VQSLOD=6.6808 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:60.18:746,60,0
|
|
20 61667128 rs6062781 G A 1153.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8991;MQ=59.06;MQ0=0;QD=28.83;SB=-555.609;SBQD=-1.272;SBpi=-0.7906;SBpiQual=-0.8544;VQSLOD=5.5077 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:96.29:1186,96,0
|
|
20 61667526 rs3746748 C T 1925.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.2371;MQ=58.03;MQ0=0;QD=33.77;SB=-1042.233;SBQD=-1.918;SBpi=0.1987;SBpiQual=0.0988;VQSLOD=4.6594 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1958,156,0
|
|
20 61668447 rs6089825 C T 1320.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;QD=28.71;SB=-602.419;SBQD=-0.623;SBpi=-1.0321;SBpiQual=-1.0765;VQSLOD=5.9838 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1354,108,0
|
|
20 61671156 rs4809465 G C 2312.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1163.266;SBQD=-1.292;SBpi=0.3101;SBpiQual=0.2353;VQSLOD=8.2960 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2346,187,0
|
|
20 61680490 . C T 65.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.84;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.104;DP=64;Dels=0.00;FS=10.801;HRun=2;HaplotypeScore=25.6640;MQ=26.54;MQ0=2;MQRankSum=0.248;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.849;SB=32.251;SBQD=3.079;SBpi=0.9487;SBpiQual=0.7719;VQSLOD=-19.4780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,10:64:95.13:95,0,609
|
|
20 61701531 rs11698110 T C 431.70 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.555;SB=-141.214;SBQD=-5.012;SBpi=-1.0324;SBpiQual=-1.1881;VQSLOD=4.7695 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:462,0,520
|
|
20 61704687 rs11696718 T C 678.79 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.180;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=8.122;HRun=0;HaplotypeScore=2.5142;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.926;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.905;SB=-320.938;SBQD=10.244;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.5935;VQSLOD=4.3493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,29:49:99:709,0,489
|
|
20 61706125 rs6090222 A T 485.17 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=10.480;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=45.87;MQ0=0;MQRankSum=-5.767;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.203;SB=-211.557;SBQD=10.623;SBpi=0.8356;SBpiQual=1.1852;VQSLOD=-2.8976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:515,0,555
|
|
20 61708573 rs6011594 T G 682.41 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7303;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.627;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.971;SB=-352.837;SBQD=-0.687;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.3360;VQSLOD=3.6005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:67:99:712,0,1319
|
|
20 61723741 . C T 723.37 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.764;DP=59;Dels=0.00;FS=3.749;HRun=1;HaplotypeScore=3.4083;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-395.917;SBQD=5.732;SBpi=0.1768;SBpiQual=0.3716;VQSLOD=2.1309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:59:99:753,0,706
|
|
20 61734747 . T C 74.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DP=18;Dels=0.00;FS=33.015;HRun=0;HaplotypeScore=6.8026;MQ=41.66;MQ0=1;MQRankSum=-0.488;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.813;SB=19.675;SBQD=20.087;SBpi=0.5669;SBpiQual=0.9342;VQSLOD=-0.8527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,6:18:9.03:106,9,0
|
|
20 61752890 rs2427509 A G 1345.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=4.0223;MQ=58.75;MQ0=0;QD=25.87;SB=-760.845;SBQD=-7.893;SBpi=0.1387;SBpiQual=-0.3563;VQSLOD=3.0083 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1378,123,0
|
|
20 61754228 rs6122379 G A 671.51 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.065;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.827;SB=-348.152;SBQD=-0.766;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.1532;VQSLOD=5.3006 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:55:99:702,0,758
|
|
20 61755392 rs2427513 C A 1417.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.19;MQ0=0;QD=30.82;SB=-696.397;SBQD=0.374;SBpi=-0.7372;SBpiQual=-0.7269;VQSLOD=6.9696 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1451,114,0
|
|
20 61767415 rs6089844 A G 468.09 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.796;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=56.54;MQ0=1;MQRankSum=-0.517;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.094;SB=-232.619;SBQD=-2.817;SBpi=-0.2041;SBpiQual=-0.5012;VQSLOD=5.4319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:498,0,470
|
|
20 61767574 rs6089845 T C 1046.30 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=36.891;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.046;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.409;SB=-430.307;SBQD=16.642;SBpi=0.4226;SBpiQual=0.4002;VQSLOD=5.8115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1076,0,1070
|
|
20 61770971 rs6011636 A G 604.87 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=8.562;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-271.595;SBQD=-9.188;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.5889;VQSLOD=5.2872 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:635,0,699
|
|
20 61789377 rs13045418 G A 623.33 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.584;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=6.650;HRun=1;HaplotypeScore=2.8612;MQ=56.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.682;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.473;SB=-326.955;SBQD=9.484;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0908;VQSLOD=3.1432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:653,0,375
|
|
20 61831003 rs6090293 C T 456.06 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.087;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.035;SB=-351.711;SBQD=0.725;SBpi=-0.1043;SBpiQual=-0.0165;VQSLOD=5.6470 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:486,0,452
|
|
20 61861103 rs6062422 T G 860.29 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.089;HRun=1;HaplotypeScore=2.6287;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.668;SB=-416.328;SBQD=2.576;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.4970;VQSLOD=5.0622 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:67:99:890,0,961
|
|
20 61862300 rs6090317 A G 271.95 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.065;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.378;SB=-211.075;SBQD=-3.197;SBpi=0.1213;SBpiQual=-0.1454;VQSLOD=5.4782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:302,0,451
|
|
20 61864990 rs911055 T C 726.75 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.374;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.188;HRun=3;HaplotypeScore=2.3336;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.301;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.434;SB=-305.051;SBQD=6.230;SBpi=0.7833;SBpiQual=0.9777;VQSLOD=3.6306 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:757,0,821
|
|
20 61874313 rs6010881 C T 477.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.95;MQ0=0;QD=21.69;SB=-306.938;SBQD=8.280;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.2333;VQSLOD=4.3889 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:42.12:510,42,0
|
|
20 61892625 rs1884819 C T 663.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=21.41;SB=-459.230;SBQD=-2.125;SBpi=-0.3651;SBpiQual=-0.3854;VQSLOD=4.9554 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:57.15:697,57,0
|
|
20 61935691 . G C 225.32 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7046;MQ=38.41;MQ0=6;MQRankSum=-2.466;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.857;SB=-139.042;SBQD=-0.134;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0112;VQSLOD=-0.5005 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,20:62:99:255,0,771
|
|
20 61940535 rs6062884 C T 432.16 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.848;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=5.081;HRun=0;HaplotypeScore=2.2657;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.103;SB=-181.679;SBQD=-9.972;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-1.0177;VQSLOD=4.6108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:462,0,330
|
|
20 61952490 rs4809533 A G 550.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.25;MQ0=0;QD=17.75;SB=-360.291;SBQD=2.686;SBpi=0.2694;SBpiQual=0.2040;VQSLOD=4.8833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:57.08:583,57,0
|
|
20 61970176 rs4809538 G A 783.78 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.860;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.392;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.094;SB=-362.412;SBQD=1.377;SBpi=-0.6499;SBpiQual=-0.6543;VQSLOD=5.2341 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,29:61:99:814,0,799
|
|
20 61982085 rs1044394 A G 731.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;QD=22.86;SB=-372.400;SBQD=0.319;SBpi=0.5303;SBpiQual=0.3001;VQSLOD=4.8188 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:72.12:764,72,0
|
|
20 61988399 rs13040031 A T 424.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=41.20;MQ0=0;QD=11.16;SB=-274.366;SBQD=10.988;SBpi=1.2978;SBpiQual=1.7425;VQSLOD=4.4753 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:38:39.11:457,39,0
|
|
20 61994264 rs755203 G A 790.24 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.034;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.908;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.448;SB=-413.452;SBQD=-6.373;SBpi=0.5477;SBpiQual=0.5684;VQSLOD=5.7668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:820,0,693
|
|
20 61997968 rs11696339 G A 285.32 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.477;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=9.548;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.876;SB=-173.346;SBQD=-9.985;SBpi=-0.5735;SBpiQual=-0.5779;VQSLOD=4.3140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:315,0,542
|
|
20 61998443 rs6062905 T C 790.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27;SB=-266.255;SBQD=10.199;SBpi=0.8356;SBpiQual=1.1963;VQSLOD=5.0570 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:69.19:824,69,0
|
|
20 62029583 . T A 453.56 PASS AB=0.45;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.014;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.291;SB=-199.724;SBQD=3.795;SBpi=0.6396;SBpiQual=0.8676;VQSLOD=3.7764 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:484,0,450
|
|
20 62032935 rs6090403 C T 502.77 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.259;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.580;SB=-197.365;SBQD=-6.284;SBpi=-0.7000;SBpiQual=-0.9920;VQSLOD=5.9019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:46:99:533,0,338
|
|
20 62048086 rs8123680 C T 256.35 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=6.928;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.596;SB=-220.806;SBQD=-7.560;SBpi=-0.8528;SBpiQual=-0.7203;VQSLOD=3.3946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:286,0,395
|
|
20 62050583 rs4809299 T G 474.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.7206;MQ=56.97;MQ0=0;QD=18.96;SB=-308.451;SBQD=0.686;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4341;VQSLOD=3.7561 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:42.10:507,42,0
|
|
20 62058731 rs6062929 A G 382.18 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-211.073;SBQD=0.636;SBpi=-0.5455;SBpiQual=-0.6974;VQSLOD=5.8676 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:412,0,564
|
|
20 62059249 rs6062448 G A 581.73 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.683;HRun=0;HaplotypeScore=1.9570;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.056;SB=-323.558;SBQD=-3.651;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.6836;VQSLOD=5.1069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:612,0,471
|
|
20 62062883 . G A 672.25 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5577;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=14.94;ReadPosRankSum=-1.581;SB=-301.383;SBQD=0.983;SBpi=-0.6124;SBpiQual=-0.6583;VQSLOD=2.2613 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:702,0,547
|
|
20 62075336 rs7273219 A G 390.93 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5780;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.300;SB=-217.567;SBQD=-1.533;SBpi=0.4472;SBpiQual=0.2459;VQSLOD=4.4495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:41:99:421,0,484
|
|
20 62077530 rs4809563 C A 414.13 PASS AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.01;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=12.55;ReadPosRankSum=-2.187;SB=-301.603;SBQD=1.787;SBpi=0.1147;SBpiQual=0.0921;VQSLOD=4.6791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:444,0,341
|
|
20 62119253 rs1741620 C A 197.19 PASS AB=0.39;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.174;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.177;SB=-31.784;SBQD=-14.532;SBpi=-1.3568;SBpiQual=-1.3905;VQSLOD=4.7209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:227,0,123
|
|
20 62122606 . G A 609.35 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=53;Dels=0.00;FS=1.093;HRun=0;HaplotypeScore=1.9301;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=4.388;QD=11.50;ReadPosRankSum=2.500;SB=-381.756;SBQD=2.784;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.1636;VQSLOD=3.7038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:639,0,460
|
|
20 62122936 rs1613590 A G 1689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.39;MQ0=0;QD=31.28;SB=-760.556;SBQD=-2.913;SBpi=-0.6804;SBpiQual=-0.9171;VQSLOD=7.1790 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1722,138,0
|
|
20 62157198 rs11699828 G A 454.99 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=11.831;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=55.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.414;SB=-178.688;SBQD=11.560;SBpi=0.3441;SBpiQual=0.5772;VQSLOD=5.5922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:485,0,385
|
|
20 62157993 rs373818 T G 750.65 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=6.892;HRun=0;HaplotypeScore=1.9265;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=12.31;ReadPosRankSum=1.194;SB=-413.086;SBQD=5.822;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0060;VQSLOD=5.0656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:781,0,902
|
|
20 62180117 rs6089922 G A 363.64 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.504;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=6.611;HRun=0;HaplotypeScore=2.5059;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.011;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.287;SB=-266.337;SBQD=-6.555;SBpi=-0.1147;SBpiQual=-0.0072;VQSLOD=4.8948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:394,0,505
|
|
20 62181000 rs310613 G C 312.78 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.907;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.580;HRun=4;HaplotypeScore=2.4148;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.115;SB=-186.414;SBQD=-4.415;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0131;VQSLOD=3.5648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:343,0,265
|
|
20 62190345 rs310627 G A 633.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.16;MQ0=0;QD=27.54;SB=-77.117;SBQD=-11.848;SBpi=-1.9809;SBpiQual=-2.0373;VQSLOD=4.7515 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:54.16:666,54,0
|
|
20 62190459 rs45515601 C G 240.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.78;MQ0=0;QD=12.67;SB=-0.007;SBQD=-36.425;SBpi=-2.1794;SBpiQual=-2.3488;VQSLOD=3.5488 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:21.07:274,21,0
|
|
20 62198662 rs367440 A G 377.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=57.23;MQ0=0;QD=11.11;SB=-262.254;SBQD=-12.990;SBpi=-0.8575;SBpiQual=-1.3226;VQSLOD=4.5394 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:39.06:411,39,0
|
|
20 62202301 rs3746346 A G 766.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.12;MQ0=0;QD=21.89;SB=-486.748;SBQD=0.058;SBpi=0.2535;SBpiQual=0.0832;VQSLOD=4.7558 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:75.14:799,75,0
|
|
20 62202512 . C T 275.87 PASS AB=0.24;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.524;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9523;MQ=36.79;MQ0=4;MQRankSum=1.571;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.571;SB=-233.544;SBQD=-5.833;SBpi=0.4264;SBpiQual=0.1366;VQSLOD=3.3051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,22:29:46.69:306,0,47
|
|
20 62208876 rs310663 A G 1094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.20;MQ0=0;QD=24.89;SB=-694.785;SBQD=-7.723;SBpi=0.4523;SBpiQual=0.0026;VQSLOD=4.5016 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1128,102,0
|
|
20 62211185 rs6090461 C T 2018.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.04;MQ0=0;QD=33.64;SB=-1054.215;SBQD=-2.334;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.3007;VQSLOD=8.4157 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2052,165,0
|
|
20 62218528 rs160396 A G 1577.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=29.76;SB=-877.821;SBQD=-1.781;SBpi=-0.2060;SBpiQual=-0.2297;VQSLOD=7.2824 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1610,129,0
|
|
20 62236148 rs6090471 T C 489.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.48;MQ0=0;QD=11.39;SB=-536.907;SBQD=4.455;SBpi=-0.6862;SBpiQual=-0.3536;VQSLOD=5.0608 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:45.11:523,45,0
|
|
20 62239772 . G C 503.19 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.89;MQ0=6;QD=19.35;SB=-82.997;SBQD=12.516;SBpi=1.3728;SBpiQual=1.4616;VQSLOD=2.2247 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:51.08:536,51,0
|
|
20 62240730 . C G 618.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.438;DP=76;Dels=0.00;FS=13.983;HRun=0;HaplotypeScore=26.3287;MQ=31.65;MQ0=11;MQRankSum=3.944;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.789;SB=-84.838;SBQD=12.299;SBpi=1.5000;SBpiQual=1.5697;VQSLOD=-15.6582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,25:76:99:648,0,608
|
|
20 62240774 . C A 204.07 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=11.5232;MQ=23.50;MQ0=12;MQRankSum=2.998;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-123.947;SBQD=-0.196;SBpi=-0.2357;SBpiQual=-0.3985;VQSLOD=-3.3042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,18:57:99:234,0,175
|
|
20 62240800 rs6090473 C G 156.04 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.556;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=19.956;HRun=0;HaplotypeScore=11.5497;MQ=21.54;MQ0=8;MQRankSum=-2.261;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.445;SB=-77.043;SBQD=-8.436;SBpi=-0.0928;SBpiQual=-0.1191;VQSLOD=-4.4433 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,29:33:20.96:189,21,0
|
|
20 62240934 . C T 41.36 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.90;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DP=39;Dels=0.00;FS=6.767;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.39;MQ0=7;MQRankSum=0.635;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.167;SB=30.087;SBQD=2.670;SBpi=1.0000;SBpiQual=1.1030;VQSLOD=-1.0262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,4:39:71.35:71,0,325
|
|
20 62251629 rs914563 A G 1625.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5966;MQ=58.44;MQ0=0;QD=30.09;SB=-798.406;SBQD=-7.611;SBpi=0.2722;SBpiQual=-0.2305;VQSLOD=4.1331 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1658,147,0
|
|
20 62263525 rs6062466 G A 418.52 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.02;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=1.7005;MQ=34.07;MQ0=0;QD=8.90;SB=-567.125;SBQD=8.631;SBpi=-0.2949;SBpiQual=-0.0680;VQSLOD=-5.1181 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:45.06:452,45,0
|
|
20 62288752 rs3761124 T C 487.03 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.501;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.097;HRun=0;HaplotypeScore=2.9426;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-281.028;SBQD=-0.912;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.1627;VQSLOD=4.0597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:517,0,596
|
|
20 62308430 rs34538116 C T 624.13 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7335;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.982;SB=-359.672;SBQD=-0.322;SBpi=0.0000;SBpiQual=0.0802;VQSLOD=4.0338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:654,0,838
|
|
20 62322288 rs3208007 T C 390.32 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.830;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.552;HRun=3;HaplotypeScore=3.3311;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.630;SB=-319.905;SBQD=5.316;SBpi=-0.1961;SBpiQual=0.0947;VQSLOD=2.0197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:420,0,515
|
|
20 62329412 rs1291207 G A 314.55 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.403;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8494;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-330.898;SBQD=0.499;SBpi=-0.3780;SBpiQual=-0.2766;VQSLOD=3.6360 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,28:44:99:345,0,269
|
|
20 62333115 rs2236508 G A 413.91 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=9.454;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-206.237;SBQD=13.516;SBpi=-0.6063;SBpiQual=-0.3159;VQSLOD=6.4015 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:444,0,473
|
|
20 62334220 rs2257885 G A 621.97 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.097;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.192;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.584;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.609;SB=-331.185;SBQD=3.070;SBpi=-0.4811;SBpiQual=-0.3563;VQSLOD=5.6509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:652,0,435
|
|
20 62347193 rs62217815 G T 682.75 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=50.4567;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.170;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.554;SB=-366.458;SBQD=-0.765;SBpi=-0.5303;SBpiQual=-0.5088;VQSLOD=-58.3791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:713,0,144
|
|
20 62347868 rs2263804 C T 1603.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.8973;MQ=56.83;MQ0=0;QD=28.14;SB=-844.094;SBQD=4.761;SBpi=-0.8609;SBpiQual=-0.5995;VQSLOD=2.6280 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1637,135,0
|
|
20 62362563 rs6062509 G T 405.91 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.602;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=55.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.330;SB=-335.363;SBQD=-1.717;SBpi=-0.5000;SBpiQual=-0.4846;VQSLOD=4.9499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:436,0,489
|
|
20 62363817 rs2427532 G A 1278.76 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.31;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.193;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=1.022;HRun=0;HaplotypeScore=3.5897;MQ=53.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.876;QD=19.67;ReadPosRankSum=1.644;SB=-505.445;SBQD=5.730;SBpi=0.5217;SBpiQual=0.7931;VQSLOD=2.1656 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,45:65:99:1309,0,417
|
|
20 62368804 rs2236510 C T 252.12 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.945;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=4.494;HRun=0;HaplotypeScore=1.5253;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.642;SB=-128.044;SBQD=4.341;SBpi=-1.0914;SBpiQual=-1.1614;VQSLOD=4.4355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:63.63:282,0,64
|
|
20 62379339 . C T 440.47 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.754;DP=37;Dels=0.00;FS=5.641;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.048;SB=-141.214;SBQD=11.436;SBpi=0.8944;SBpiQual=1.0082;VQSLOD=4.1052 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:470,0,257
|
|
20 62380328 rs932825 C T 499.58 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.444;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.328;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.527;QD=11.10;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-214.355;SBQD=-0.249;SBpi=0.9383;SBpiQual=0.9167;VQSLOD=4.0353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:530,0,471
|
|
20 62384604 rs2281928 G C 486.95 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.678;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=5.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.612;SB=-232.825;SBQD=-2.768;SBpi=-1.2780;SBpiQual=-0.8410;VQSLOD=3.3455 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:517,0,989
|
|
20 62389223 . G A 56.83 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.061;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6274;MQ=37.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.778;SB=-27.591;SBQD=-8.289;SBpi=-0.9487;SBpiQual=-1.2789;VQSLOD=0.2042 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,10:15:9.02:89,9,0
|
|
20 62396925 rs7271043 G A 500.07 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.930;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.093;HRun=0;HaplotypeScore=1.9134;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.610;SB=-376.529;SBQD=2.400;SBpi=0.1000;SBpiQual=0.1218;VQSLOD=5.1933 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:530,0,577
|
|
20 62400021 rs6010648 T C 805.80 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.3716;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-492.725;SBQD=-3.269;SBpi=0.0822;SBpiQual=-0.1640;VQSLOD=2.4495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:836,0,822
|
|
20 62401143 rs6089982 C T 666.09 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.443;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=1.065;HRun=1;HaplotypeScore=2.4453;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.615;SB=-165.769;SBQD=-3.375;SBpi=-1.3728;SBpiQual=-1.5533;VQSLOD=3.9158 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,26:72:99:696,0,1282
|
|
20 62406819 rs3810495 A G 541 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.574;HRun=0;HaplotypeScore=1.9628;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.110;SB=-196.694;SBQD=0.182;SBpi=1.1468;SBpiQual=0.8665;VQSLOD=4.4347 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,23:34:99:571,0,251
|
|
20 62408749 rs13042220 G A 274.24 PASS AB=0.62;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.045;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.297;HRun=1;HaplotypeScore=2.1101;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.508;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.344;SB=-174.060;SBQD=2.558;SBpi=0.3873;SBpiQual=0.3874;VQSLOD=2.7060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:304,0,628
|
|
20 62410049 rs12710318 G A 522.21 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.904;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.717;HRun=0;HaplotypeScore=1.8614;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-156.471;SBQD=-5.816;SBpi=-1.1180;SBpiQual=-1.1940;VQSLOD=4.4436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:552,0,729
|
|
20 62417735 rs6089777 A G 373.63 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.790;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5326;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.950;SB=-192.905;SBQD=2.956;SBpi=0.3000;SBpiQual=0.4606;VQSLOD=3.8961 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:404,0,729
|
|
20 62426150 . G C 375.55 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.078;DP=46;Dels=0.00;FS=4.429;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=-3.446;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.654;SB=-125.696;SBQD=6.602;SBpi=1.1180;SBpiQual=1.2477;VQSLOD=-0.8807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:406,0,743
|
|
20 62427354 . A G 605.02 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;DP=63;Dels=0.00;FS=3.461;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-326.148;SBQD=-3.027;SBpi=-0.8082;SBpiQual=-0.7082;VQSLOD=5.1765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:635,0,804
|
|
20 62430238 rs6010655 T G 393.93 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=8.695;HRun=0;HaplotypeScore=1.7273;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.403;SB=-163.920;SBQD=10.119;SBpi=0.8030;SBpiQual=0.9438;VQSLOD=5.0009 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:424,0,408
|
|
20 62435007 rs6011126 C T 564.12 PASS AB=0.37;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.460;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.297;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.751;SB=-392.996;SBQD=-1.132;SBpi=-0.4642;SBpiQual=-0.5687;VQSLOD=5.0935 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:594,0,344
|
|
20 62437022 rs6010659 A G 351.05 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=8.832;HRun=0;HaplotypeScore=1.9880;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.695;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-144.231;SBQD=7.510;SBpi=0.7638;SBpiQual=0.6593;VQSLOD=3.2418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:381,0,632
|
|
20 62437371 . A G 505.94 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.24;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;DP=43;Dels=0.00;FS=1.976;HRun=0;HaplotypeScore=2.8288;MQ=51.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=11.77;ReadPosRankSum=1.354;SB=-107.947;SBQD=-5.771;SBpi=-1.8865;SBpiQual=-1.5865;VQSLOD=1.5462 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,29:43:99:536,0,182
|
|
20 62443239 rs6011149 G A 889.33 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.698;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=11.877;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-378.010;SBQD=9.245;SBpi=0.5916;SBpiQual=0.7949;VQSLOD=4.9409 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:76:99:919,0,1131
|
|
20 62452347 rs6011160 A G 747.35 TruthSensitivityTranche99.00to99.30 AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.029;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=-3.109;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-423.661;SBQD=-2.475;SBpi=0.0000;SBpiQual=-0.0339;VQSLOD=2.2238 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:777,0,784
|
|
20 62455784 rs6011163 A G 916.04 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.207;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.131;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=17.62;ReadPosRankSum=0.404;SB=-375.269;SBQD=-2.080;SBpi=-0.3536;SBpiQual=-0.7468;VQSLOD=5.2485 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:946,0,585
|
|
20 62466059 rs755920 T C 205.29 PASS AB=0.66;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.092;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.342;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.769;SB=-147.037;SBQD=-1.468;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.0095;VQSLOD=3.4315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:235,0,713
|
|
20 62481686 . T G 114.38 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.67;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.516;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.832;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.173;SB=-93.603;SBQD=-0.988;SBpi=0.6455;SBpiQual=0.3245;VQSLOD=-1.8381 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,15:45:99:144,0,734
|
|
20 62483993 rs1923032 A G 3045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=54.85;MQ0=0;QD=29.56;SB=-1693.651;SBQD=2.538;SBpi=-0.5419;SBpiQual=-0.6239;VQSLOD=6.7245 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:3078,247,0
|
|
20 62489027 rs6011190 G A 629.81 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=9.238;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.991;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.010;SB=-328.414;SBQD=7.406;SBpi=-0.3000;SBpiQual=-0.3997;VQSLOD=4.0544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:53:99:660,0,762
|
|
20 62520674 rs6010690 G T 1193.26 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.762;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=10.103;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.248;QD=15.91;ReadPosRankSum=1.366;SB=-631.964;SBQD=-8.023;SBpi=-0.2287;SBpiQual=-0.2652;VQSLOD=4.7444 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,43:75:99:1223,0,971
|
|
20 62533190 rs817373 G A 1078.39 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.577;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=8.256;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.214;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.631;SB=-414.033;SBQD=7.066;SBpi=0.7398;SBpiQual=0.8460;VQSLOD=4.4974 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:1108,0,1049
|
|
20 62589178 rs817319 C T 459.53 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.306;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.757;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=17.02;ReadPosRankSum=2.250;SB=-158.216;SBQD=6.458;SBpi=0.9428;SBpiQual=1.1111;VQSLOD=4.5330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:99:490,0,154
|
|
20 62599612 rs817332 C T 266.55 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.402;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-165.234;SBQD=1.319;SBpi=-0.1387;SBpiQual=-0.1756;VQSLOD=4.1914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:297,0,573
|
|
20 62600621 rs817334 G A 210.54 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.171;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-2.355;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.239;SB=-0.007;SBQD=-17.333;SBpi=-1.9365;SBpiQual=-1.9235;VQSLOD=1.6021 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:23:99:241,0,206
|
|
20 62688877 rs816955 C G 473.98 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.081;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.5008;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.322;SB=-277.960;SBQD=-0.268;SBpi=-0.3273;SBpiQual=-0.4392;VQSLOD=3.2353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:504,0,297
|
|
20 62713928 rs4519591 C T 62.84 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.68;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=11.020;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.276;SB=-9.229;SBQD=-12.645;SBpi=-1.0607;SBpiQual=-1.0571;VQSLOD=0.9126 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:92.83:93,0,397
|
|
20 62721250 rs4377388 G C 578.11 PASS AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.056;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.578;HRun=1;HaplotypeScore=2.8826;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=11.12;ReadPosRankSum=1.349;SB=-308.683;SBQD=1.212;SBpi=-0.4082;SBpiQual=-0.3675;VQSLOD=3.9043 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:608,0,598
|
|
20 62724438 rs6010719 C G 286.74 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.544;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.209;SB=-157.983;SBQD=-5.921;SBpi=0.5345;SBpiQual=0.2483;VQSLOD=4.3553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:317,0,527
|
|
20 62734491 rs4809395 T C 656.64 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.038;HRun=0;HaplotypeScore=2.3113;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.007;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.126;SB=-309.960;SBQD=1.375;SBpi=-0.7559;SBpiQual=-0.7568;VQSLOD=4.8486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:687,0,910
|
|
20 62735235 rs62218126 G C 845.86 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.449;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.586;HRun=2;HaplotypeScore=2.8731;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.422;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.253;SB=-398.792;SBQD=-6.969;SBpi=-0.2694;SBpiQual=-0.3648;VQSLOD=2.4361 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,31:63:99:876,0,775
|
|
20 62746111 rs2145001 T C 871.06 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.461;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.688;SB=-392.459;SBQD=3.682;SBpi=0.3651;SBpiQual=0.3888;VQSLOD=4.3170 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:901,0,525
|
|
20 62749208 rs58626895 G C 36.42 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.83;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.463;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=10.792;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=46.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=1.58;ReadPosRankSum=-1.209;SB=-1.705;SBQD=3.642;SBpi=0.5000;SBpiQual=0.5440;VQSLOD=0.3971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,4:23:66.41:66,0,138
|
|
20 62757295 rs55719918 T C 705.45 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=4.609;HRun=1;HaplotypeScore=16.6375;MQ=31.09;MQ0=4;MQRankSum=-3.780;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.207;SB=-374.826;SBQD=-1.945;SBpi=-0.0714;SBpiQual=-0.0912;VQSLOD=-13.2832 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,49:103:99:735,0,1297
|
|
20 62763975 . G A 101.73 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.42;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8255;MQ=11.83;MQ0=62;MQRankSum=-1.831;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.366;SB=-85.572;SBQD=0.775;SBpi=-0.1987;SBpiQual=-0.1426;VQSLOD=-1.5326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,57:98:99:132,0,111
|
|
20 62780912 rs6062351 A G 773.05 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=3.910;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.519;SB=-273.070;SBQD=-6.649;SBpi=-0.8660;SBpiQual=-0.9643;VQSLOD=5.4781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:803,0,758
|
|
20 62781298 rs6062653 G A 951.53 PASS AB=0.34;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.666;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=6.381;HRun=0;HaplotypeScore=1.8288;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=19.03;ReadPosRankSum=0.287;SB=-494.625;SBQD=4.592;SBpi=0.2611;SBpiQual=0.2817;VQSLOD=4.9338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,33:50:99:982,0,311
|
|
20 62781550 rs6062352 G A 755.22 PASS AB=0.41;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=8.886;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.030;QD=11.80;ReadPosRankSum=1.278;SB=-480.504;SBQD=-7.686;SBpi=-0.6489;SBpiQual=-0.6542;VQSLOD=3.5941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:785,0,530
|
|
20 62785115 rs575770 G A 634.13 TruthSensitivityTranche99.50to99.90 AB=0.58;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.434;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=10.8826;MQ=55.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.052;SB=-351.198;SBQD=-1.254;SBpi=-0.2785;SBpiQual=-0.3625;VQSLOD=-1.3968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:664,0,1039
|
|
20 62787754 rs565218 G A 627.05 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.383;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=7.469;HRun=0;HaplotypeScore=1.7791;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=15.68;ReadPosRankSum=1.899;SB=-166.276;SBQD=11.216;SBpi=1.1468;SBpiQual=1.3467;VQSLOD=4.5068 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:657,0,327
|
|
20 62811392 rs6011325 C T 948.97 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.947;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.160;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.425;SB=-421.630;SBQD=8.724;SBpi=0.3430;SBpiQual=0.5532;VQSLOD=5.2367 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:979,0,743
|
|
20 62856608 rs708626 A G 528.29 PASS AB=0.36;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.337;SB=-249.829;SBQD=0.354;SBpi=0.9000;SBpiQual=0.6301;VQSLOD=5.4322 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:39:99:558,0,299
|
|
20 62892739 rs6062357 C T 987.53 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.154;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=7.509;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.902;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.358;SB=-386.963;SBQD=-6.507;SBpi=-0.7606;SBpiQual=-0.8118;VQSLOD=4.4978 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,35:81:99:1018,0,1355
|
|
20 62897720 rs6011377 T C 686.55 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=1;HaplotypeScore=1.2434;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=0.918;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-379.646;SBQD=-3.358;SBpi=0.2785;SBpiQual=0.3921;VQSLOD=5.0880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:717,0,692
|
|
20 62908382 rs746921 G C 894.56 PASS AB=0.46;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.871;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=5.501;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=15.16;ReadPosRankSum=-1.118;SB=-363.626;SBQD=6.183;SBpi=0.7071;SBpiQual=0.6383;VQSLOD=4.5298 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:925,0,521
|
|
20 62915126 rs13039776 A G 1151.23 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=4.351;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.327;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.653;SB=-640.476;SBQD=-5.262;SBpi=0.3812;SBpiQual=0.3329;VQSLOD=5.0461 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1181,0,1287
|
|
20 62952956 . G A 220.98 TruthSensitivityTranche99.30to99.50 AB=0.76;AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.033;DP=46;Dels=0.00;FS=2.038;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=34.72;MQ0=19;MQRankSum=-1.029;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-56.909;SBQD=-3.555;SBpi=-0.7538;SBpiQual=-0.8314;VQSLOD=1.5533 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,11:46:99:251,0,455
|