diff --git a/public/java/src/org/broadinstitute/sting/gatk/CommandLineGATK.java b/public/java/src/org/broadinstitute/sting/gatk/CommandLineGATK.java
index 36f67add5..c0865e656 100755
--- a/public/java/src/org/broadinstitute/sting/gatk/CommandLineGATK.java
+++ b/public/java/src/org/broadinstitute/sting/gatk/CommandLineGATK.java
@@ -112,6 +112,8 @@ public class CommandLineGATK extends CommandLineExecutable {
         }
     }
 
+    protected static final String PICARD_TEXT_SAM_FILE_ERROR_1 = "Cannot use index file with textual SAM file";
+    protected static final String PICARD_TEXT_SAM_FILE_ERROR_2 = "Cannot retrieve file pointers within SAM text files";
     private static void checkForMaskedUserErrors(final Throwable t) {
         final String message = t.getMessage();
         if ( message == null )
@@ -122,8 +124,8 @@ public class CommandLineGATK extends CommandLineExecutable {
             exitSystemWithUserError(new UserException.TooManyOpenFiles());
 
         // malformed BAM looks like a SAM file
-        if ( message.indexOf("Cannot use index file with textual SAM file") != -1 ||
-                message.indexOf("Cannot retrieve file pointers within SAM text files") != -1 )
+        if ( message.indexOf(PICARD_TEXT_SAM_FILE_ERROR_1) != -1 ||
+                message.indexOf(PICARD_TEXT_SAM_FILE_ERROR_2) != -1 )
             exitSystemWithSamError(t);
 
         // can't close tribble index when writing
diff --git a/public/java/test/org/broadinstitute/sting/gatk/CommandLineGATKUnitTest.java b/public/java/test/org/broadinstitute/sting/gatk/CommandLineGATKUnitTest.java
new file mode 100644
index 000000000..5de48fda9
--- /dev/null
+++ b/public/java/test/org/broadinstitute/sting/gatk/CommandLineGATKUnitTest.java
@@ -0,0 +1,43 @@
+package org.broadinstitute.sting.gatk;
+
+import net.sf.samtools.SAMFileReader;
+import org.broadinstitute.sting.BaseTest;
+import org.testng.Assert;
+import org.testng.annotations.Test;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * @author Eric Banks
+ * @since 7/18/12
+ */
+public class CommandLineGATKUnitTest extends BaseTest {
+
+    @Test(enabled = true)
+    public void testSamTextFileError1() {
+        final File samFile = new File(publicTestDir + "testfile.sam");
+        final File indexFile = new File(publicTestDir + "HiSeq.1mb.1RG.bai");
+        try {
+            final SAMFileReader reader = new SAMFileReader(samFile, indexFile, false);
+
+            // we shouldn't get here
+            Assert.fail("We should have exceptioned out when trying to create a reader with an index for a textual SAM file");
+        } catch (RuntimeException e) {
+            Assert.assertTrue(e.getMessage().indexOf(CommandLineGATK.PICARD_TEXT_SAM_FILE_ERROR_1) != -1);
+        }
+    }
+
+    @Test(enabled = true)
+    public void testSamTextFileError2() {
+        File samFile = new File(publicTestDir + "testfile.sam");
+        try {
+            final SAMFileReader reader = new SAMFileReader(samFile);
+            reader.getFilePointerSpanningReads();
+
+            // we shouldn't get here
+            Assert.fail("We should have exceptioned out when trying to call getFilePointerSpanningReads() for a textual SAM file");
+        } catch (RuntimeException e) {
+            Assert.assertTrue(e.getMessage().indexOf(CommandLineGATK.PICARD_TEXT_SAM_FILE_ERROR_2) != -1);
+        }
+    }
+}
diff --git a/public/testdata/testfile.sam b/public/testdata/testfile.sam
new file mode 100644
index 000000000..7345c03d1
--- /dev/null
+++ b/public/testdata/testfile.sam
@@ -0,0 +1,450 @@
+@HD	VN:1.0	GO:none	SO:coordinate
+@SQ	SN:chrM	LN:16571	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:d2ed829b8a1628d16cbeee88e88e39eb	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr1	LN:247249719	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:9ebc6df9496613f373e73396d5b3b6b6	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr2	LN:242951149	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:b12c7373e3882120332983be99aeb18d	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr3	LN:199501827	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:0e48ed7f305877f66e6fd4addbae2b9a	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr4	LN:191273063	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:cf37020337904229dca8401907b626c2	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr5	LN:180857866	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:031c851664e31b2c17337fd6f9004858	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr6	LN:170899992	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:bfe8005c536131276d448ead33f1b583	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr7	LN:158821424	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:74239c5ceee3b28f0038123d958114cb	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr8	LN:146274826	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:1eb00fe1ce26ce6701d2cd75c35b5ccb	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr9	LN:140273252	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:ea244473e525dde0393d353ef94f974b	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr10	LN:135374737	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:4ca41bf2d7d33578d2cd7ee9411e1533	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr11	LN:134452384	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:425ba5eb6c95b60bafbf2874493a56c3	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr12	LN:132349534	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:d17d70060c56b4578fa570117bf19716	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr13	LN:114142980	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:c4f3084a20380a373bbbdb9ae30da587	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr14	LN:106368585	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:c1ff5d44683831e9c7c1db23f93fbb45	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr15	LN:100338915	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:5cd9622c459fe0a276b27f6ac06116d8	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr16	LN:88827254	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:3e81884229e8dc6b7f258169ec8da246	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr17	LN:78774742	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:2a5c95ed99c5298bb107f313c7044588	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr18	LN:76117153	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:3d11df432bcdc1407835d5ef2ce62634	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr19	LN:63811651	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:2f1a59077cfad51df907ac25723bff28	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr20	LN:62435964	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:f126cdf8a6e0c7f379d618ff66beb2da	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr21	LN:46944323	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:f1b74b7f9f4cdbaeb6832ee86cb426c6	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr22	LN:49691432	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:2041e6a0c914b48dd537922cca63acb8	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chrX	LN:154913754	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:d7e626c80ad172a4d7c95aadb94d9040	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chrY	LN:57772954	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:62f69d0e82a12af74bad85e2e4a8bd91	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr1_random	LN:1663265	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:cc05cb1554258add2eb62e88c0746394	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr2_random	LN:185571	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:18ceab9e4667a25c8a1f67869a4356ea	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr3_random	LN:749256	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:9cc571e918ac18afa0b2053262cadab6	SP:Homo sapiens
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+@SQ	SN:chr8_random	LN:943810	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:0ed5b088d843d6f6e6b181465b9e82ed	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr9_random	LN:1146434	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:1e3d2d2f141f0550fa28a8d0ed3fd1cf	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr10_random	LN:113275	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:50be2d2c6720dabeff497ffb53189daa	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr11_random	LN:215294	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:bfc93adc30c621d5c83eee3f0d841624	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr13_random	LN:186858	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:563531689f3dbd691331fd6c5730a88b	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr15_random	LN:784346	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:bf885e99940d2d439d83eba791804a48	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr16_random	LN:105485	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:dd06ea813a80b59d9c626b31faf6ae7f	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr17_random	LN:2617613	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:34d5e2005dffdfaaced1d34f60ed8fc2	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr18_random	LN:4262	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:f3814841f1939d3ca19072d9e89f3fd7	SP:Homo sapiens
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+@SQ	SN:chr21_random	LN:1679693	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:a7252115bfe5bb5525f34d039eecd096	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chr22_random	LN:257318	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:4f2d259b82f7647d3b668063cf18378b	SP:Homo sapiens
+@SQ	SN:chrX_random	LN:1719168	AS:HG18	UR:/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta	M5:f4d71e0758986c15e5455bf3e14e5d6f	SP:Homo sapiens
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+@RG	ID:20FUK.4	PL:illumina	PU:20FUKAAXX100202.4	LB:Solexa-18484	DT:2010-02-02T00:00:00-0500	SM:NA12878	CN:BI
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+@RG	ID:20GAV.3	PL:illumina	PU:20GAVAAXX100126.3	LB:Solexa-18483	DT:2010-01-26T00:00:00-0500	SM:NA12878	CN:BI
+@RG	ID:20GAV.4	PL:illumina	PU:20GAVAAXX100126.4	LB:Solexa-18484	DT:2010-01-26T00:00:00-0500	SM:NA12878	CN:BI
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