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Mark DePristo 2012-06-19 09:47:38 -04:00
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commit c4e0233ba3
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176044
public/testdata/NA12878.hg19.example1.vcf vendored
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File diff suppressed because it is too large Load Diff

17
public/testdata/VQSR.mixedTest.input vendored
View File

@ -1,4 +1,21 @@
##fileformat=VCFv4.1
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Filtered Depth">
##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes">
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO
20 1000177 . C T 345 PASS AC=43;AF=0.02053;AN=2094;BaseQRankSum=-0.234;DP=3748;DS;FS=5.678;HRun=2;HaplotypeScore=35.9850;InbreedingCoeff=0.0715;MQ=67.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=0.53;ReadPosRankSum=-13.245;set=EUR.admix
20 1000177 . CA C 82.64 PASS AC=43;AF=0.02053;AN=2094;BaseQRankSum=-0.234;DP=3748;DS;FS=5.678;HRun=2;HaplotypeScore=35.9850;InbreedingCoeff=0.0715;MQ=67.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=0.53;ReadPosRankSum=-13.245;set=EUR.admix

8
public/testdata/breakpoint-example.vcf vendored
View File

@ -1,6 +1,8 @@
##fileformat=VCFv4.1
##INFO=<ID=SVTYPE,Number=1,Type=String,Description="SVTYPE">
##INFO=<ID=MATEID,Number=1,Type=String,Description="MATEID">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO
22 50 bnd_W G G]22:6000] 6 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_Y
22 51 bnd_V T ]22:55]T 6 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_U
22 55 bnd_U C C[22:51[ 6 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_V
22 6000 bnd_Y A A]22:50] 6 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_W
22 51 bnd_V T ]22:55]T 6 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_U
22 55 bnd_U C C[22:51[ 6 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_V
22 6000 bnd_Y A A]22:50] 6 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_W

3
public/testdata/combine.2.vcf vendored
View File

@ -1,4 +1,7 @@
##fileformat=VCFv4.0
##FILTER=<ID=FAIL,Description="Didnt pass">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12878
20 9999996 . A ACT . PASS . GT:GQ 0/1:30
20 10000117 . C T . FAIL . GT:GQ 0/1:30

1
public/testdata/combine.3.vcf vendored
View File

@ -1,6 +1,5 @@
##fileformat=VCFv4.0
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Phred-scaled likelihoods for AA,AB,BB genotypes where A=ref and B=alt">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12891 NA12892
20 10000000 . T G . PASS . GT:PL 0/1:10,0,10 0/1:10,0,12

2
public/testdata/combine.4.vcf vendored
View File

@ -1,4 +1,6 @@
##fileformat=VCFv4.0
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12893 NA12894
20 10000000 . T A . PASS . GT:PL 0/1:10,0,10 0/1:10,0,12
20 10000117 . C T . PASS . GT 0/1 0/0

2
public/testdata/combine.5.vcf vendored
View File

@ -1,4 +1,6 @@
##fileformat=VCFv4.0
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12891 NA12892
20 10000000 . T G . PASS . GT:PL 0/1:10,0,10 0/1:10,0,12
20 10000117 . C A,T . PASS . GT:PL 0/1:10,0,10 0/2:0,10,80

3
public/testdata/combine.6.vcf vendored
View File

@ -1,4 +1,7 @@
##fileformat=VCFv4.0
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12891 NA12892
20 10000000 . T G . PASS . GT:PL 0/1:10,0,10 0/1:10,0,12
20 10000117 . C A,T . PASS . GT:PL 0/1:10,0,10 0/2:0,10,80

22
public/testdata/complexExample.vcf4 vendored
View File

@ -1,19 +1,29 @@
##fileformat=VCFv4.0
##source=ArbitrarySource
##FILTER=<ID=foo,Description="foo">
##FILTER=<ID=bar,Description="bar">
##FILTER=<ID=baz,Description="baz">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##INFO=<ID=AB,Number=1,Type=Float,Description="Allele Balance for hets (ref/(ref+alt))">
##INFO=<ID=AF,Number=1,Type=Float,Description="Allele Frequency">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
##INFO=<ID=AlleleBalance,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=DoC,Number=1,Type=Integer,Description="Filtered Depth">
##INFO=<ID=HomopolymerRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Float,Description="Number of samples">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
##INFO=<ID=MAPQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
##INFO=<ID=RMSMAPQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias">
##INFO=<ID=SpanningDeletions,Number=1,Type=Integer,Description="No spanning deletions">
##reference=human_b36_both.fasta
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003
1 10001292 testid1 G A 12.22 PASS AF=0.50;AlleleBalance=0.57;DoC=23;HomopolymerRun=0;MAPQ0=8;NS=1;RMSMAPQ=46.31;SB=-24.92;SpanningDeletions=0 GT:DP:GQ 1/0:23:19.27 ./. ./.
1 10002963 . C G 22.22 . AF=0.50;AlleleBalance=0.47;DoC=30;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=1;RMSMAPQ=81.91;SB=-41.73;SpanningDeletions=0 GT:DP:GQ 0/1:30:33.07 ./. ./.
1 10005008 . A T,C 123.78 PASS AF=1.00;DoC=30;HomopolymerRun=6;MAPQ0=2;NS=1;RMSMAPQ=61.05;SB=-75.45;SpanningDeletions=1 GT:DP:GQ 1/1:27:4.03 0/1:26:3.0 0/0:16:2.0
1 10005008 . A T,C 123.78 PASS AF=1.00,0.00;DoC=30;HomopolymerRun=6;MAPQ0=2;NS=1;RMSMAPQ=61.05;SB=-75.45;SpanningDeletions=1 GT:DP:GQ 1/1:27:4.03 0/1:26:3.0 0/0:16:2.0
1 10006296 . C T 42.23 PASS AF=0.50;AlleleBalance=0.33;DoC=7;HomopolymerRun=0;MAPQ0=11;NS=1;RMSMAPQ=46.62;SB=-0.04;SpanningDeletions=0 GT:DP:GQ 0/1:7:2000000 ./. ./.
1 10023478 . G C,A,T 84.23 . AF=1.00;DoC=27;HomopolymerRun=1;MAPQ0=10;NS=1;RMSMAPQ=42.16;SB=-48.38;SpanningDeletions=0 GT:DP:GQ 1/1:27:4.03 2/2:26:3.0 0/3:16:2.0
1 10023478 . G C,A,T 84.23 . AF=1.00,0.00,0.00;DoC=27;HomopolymerRun=1;MAPQ0=10;NS=1;RMSMAPQ=42.16;SB=-48.38;SpanningDeletions=0 GT:DP:GQ 1/1:27:4.03 2/2:26:3.0 0/3:16:2.0
1 10029362 . T C 52.22 . AF=0.50;AlleleBalance=0.52;DoC=44;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=1;RMSMAPQ=81.28;SB=-42.22;SpanningDeletions=0 GT:DP:GQ ./. 1/0:-1:36.62 ./.
1 10042312 . G C 31.81 . AF=0.50;AlleleBalance=0.70;DoC=24;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=1;RMSMAPQ=85.07;SB=0.00;SpanningDeletions=0 GT:DP:GQ 1/0:.:5.85 0/0 0/1:4
1 10044557 . C T 62.22 . AF=0.50;AlleleBalance=0.68;DoC=31;HomopolymerRun=16;MAPQ0=0;NS=1;RMSMAPQ=85.34;SB=-0.00;SpanningDeletions=0 GT:DP:GQ ./. ./. 0/1:31:15.01

29
public/testdata/liftover_test.vcf vendored
View File

@ -1,4 +1,31 @@
##fileformat=VCFv4.0
##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=SnpCluster,Description="SnpCluster">
##FILTER=<ID=FDRtranche0.10to1.00,Description="FDRtranche0.10to1.00">
##FILTER=<ID=FDRtranche1.00to2.00,Description="FDRtranche1.00to2.00">
##FILTER=<ID=FDRtranche2.00to10.00,Description="FDRtranche2.00to10.00">
##FILTER=<ID=FDRtranche2.00to10.00+,Description="FDRtranche2.00to10.00+">
##FILTER=<ID=Indel,Description="Indel">
##FILTER=<ID=LowQual,Description="LowQual">
##FILTER=<ID=DPFilter,Description="DPFilter">
##FILTER=<ID=HARD_TO_VALIDATE,Description="HARD_TO_VALIDATE">
##FORMAT=<ID=AD,Number=A,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Filtered Depth">
##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
##INFO=<ID=OQ,Number=1,Type=Float,Description="Original QUAL">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12878
chr2 1000206 rs62104286 A G 83.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.10;MQ=32.66;MQ0=12;OQ=2095.67;QD=29.52;SB=-548.23 GT:AD:DP:GL:GQ 1/1:0,71:57:-213.17,-17.17,-0.01:99
chr2 1000670 rs13398764 G T 535.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=59.59;MQ0=0;OQ=1520.60;QD=33.06;SB=-629.04 GT:AD:DP:GL:GQ 1/1:0,46:44:-155.66,-13.25,-0.02:99

3
public/testdata/missingHeaderLine.vcf vendored 100644
View File

@ -0,0 +1,3 @@
##fileformat=VCFv4.0
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12891 NA12892
20 10000000 . T G . PASS foo=bar GT:PL 0/1:10,0,10 0/1:10,0,12

17
public/testdata/noQual.vcf vendored
View File

@ -1,10 +1,13 @@
##fileformat=VCFv3.3
##fileformat=VCFv4.1
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=RD,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
##source=UnifiedGenotyper
##reference=human_b36_both.fasta
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12878
1 10001292 . G A . 0 . GT:RD:GQ 1/0:23:19.28
1 10002963 . C G 42.22 0 . GT:RD:GQ 0/1:30:33.07
1 10005008 . A T . 0 . GT:RD:GQ 1/1:30:8.26
1 10006296 . C T 42.23 0 . GT:RD:GQ 0/1:7:2.91
1 10023478 . G C . 0 . GT:RD:GQ 1/1:27:4.03
1 10029362 . T C 42.22 0 . GT:RD:GQ 1/0:44:36.62
1 10001292 . G A . . . GT:RD:GQ 1/0:23:19.28
1 10002963 . C G 42.22 . . GT:RD:GQ 0/1:30:33.07
1 10005008 . A T . . . GT:RD:GQ 1/1:30:8.26
1 10006296 . C T 42.23 . . GT:RD:GQ 0/1:7:2.91
1 10023478 . G C . . . GT:RD:GQ 1/1:27:4.03
1 10029362 . T C 42.22 . . GT:RD:GQ 1/0:44:36.62

1591
public/testdata/phasing_test_chr20_332341_1332503.vcf vendored 100644
View File

File diff suppressed because it is too large Load Diff

3
public/testdata/samtools.vcf vendored
View File

@ -16,10 +16,9 @@
##INFO=<ID=PR,Number=1,Type=Integer,Description="# permutations yielding a smaller PCHI2.">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GL,Number=3,Type=Float,Description="Likelihoods for RR,RA,AA genotypes (R=ref,A=alt)">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="# high-quality bases">
##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description="Phred-scaled strand bias P-value">
##FORMAT=<ID=PL,Number=-1,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods, number of values is (#ALT+1)*(#ALT+2)/2">
##FORMAT=<ID=PL,Number=A,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods, number of values is (#ALT+1)*(#ALT+2)/2">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12878
20 9999996 . A ACT 214 . INDEL;DP=76;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,51,25;MQ=60;FQ=-264 GT:PL:GQ 1/1:255,229,0:99
20 10000117 . C T 98 . DP=62;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=16,19,18,6;MQ=60;FQ=101;PV4=0.033,7.6e-24,1,1 GT:PL:GQ 0/1:128,0,255:99

13
public/testdata/symbolic_alleles_2.vcf vendored
View File

@ -3,28 +3,27 @@
##FILTER=<ID=LowQual,Description="Genotype call confidence below LOD 1.3">
##FORMAT=<ID=CN,Number=1,Type=Integer,Description="Copy number genotype for imprecise events">
##FORMAT=<ID=CNQ,Number=1,Type=Float,Description="Copy number genotype quality for imprecise events">
##FORMAT=<ID=FT,Number=-1,Type=String,Description="Per-sample genotype filter, PASS for called genotypes or list of excluding filters">
##FORMAT=<ID=GL,Number=3,Type=Float,Description="Genotype Likelihoods">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##INFO=<ID=BKPTID,Number=-1,Type=String,Description="ID of the assembled alternate allele in the assembly file">
##INFO=<ID=BKPTID,Number=1,Type=String,Description="ID of the assembled alternate allele in the assembly file">
##INFO=<ID=CIEND,Number=2,Type=Integer,Description="Confidence interval around END for imprecise variants">
##INFO=<ID=CIPOS,Number=2,Type=Integer,Description="Confidence interval around POS for imprecise variants">
##INFO=<ID=DBRIPID,Number=1,Type=String,Description="ID of this element in DBRIP">
##INFO=<ID=DBVARID,Number=1,Type=String,Description="ID of this element in DBVAR">
##INFO=<ID=DGVID,Number=1,Type=String,Description="ID of this element in Database of Genomic Variation">
##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="End coordinate of this variant">
##INFO=<ID=HOMLEN,Number=-1,Type=Integer,Description="Length of base pair identical micro-homology at event breakpoints">
##INFO=<ID=HOMSEQ,Number=-1,Type=String,Description="Sequence of base pair identical micro-homology at event breakpoints">
##INFO=<ID=HOMLEN,Number=1,Type=Integer,Description="Length of base pair identical micro-homology at event breakpoints">
##INFO=<ID=HOMSEQ,Number=1,Type=String,Description="Sequence of base pair identical micro-homology at event breakpoints">
##INFO=<ID=IMPRECISE,Number=0,Type=Flag,Description="Imprecise structural variation">
##INFO=<ID=MEINFO,Number=4,Type=String,Description="Mobile element info of the form NAME>
##INFO=<ID=METRANS,Number=4,Type=String,Description="Mobile element transduction info of the form CHR>
##INFO=<ID=NOVEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates a novel structural variation">
##INFO=<ID=SVLEN,Number=-1,Type=Integer,Description="Difference in length between REF and ALT alleles">
##INFO=<ID=SVMETHOD,Number=-1,Type=String,Description="Type of approach used to detect SV: RP (read pair), RD (read depth), SR (split read), or AS (assembly)">
##INFO=<ID=SVLEN,Number=1,Type=Integer,Description="Difference in length between REF and ALT alleles">
##INFO=<ID=SVMETHOD,Number=.,Type=String,Description="Type of approach used to detect SV: RP (read pair), RD (read depth), SR (split read), or AS (assembly)">
##INFO=<ID=SVTYPE,Number=1,Type=String,Description="Type of structural variant">
##INFO=<ID=VALIDATED,Number=0,Type=Flag,Description="Validated by PCR, Assembly or Microarray">
##INFO=<ID=VALMETHOD,Number=-1,Type=String,Description="Type of validation: CGH, PCR, SAV (superarray), CAP (capture-array), or ASM (assembly)">
##INFO=<ID=VALMETHOD,Number=.,Type=String,Description="Type of validation: CGH, PCR, SAV (superarray), CAP (capture-array), or ASM (assembly)">
##fileDate=20100625
##reference=1000GenomesPilot-NCBI36
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO

10
public/testdata/twoDeletions.vcf vendored
View File

@ -1,4 +1,12 @@
##fileformat=VCFv4.0
##fileformat=VCFv4.1
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
##INFO=<ID=DP,Number=A,Type=Integer,Description="Dummy">
##INFO=<ID=NF,Number=A,Type=Integer,Description="Dummy">
##INFO=<ID=NR,Number=A,Type=Integer,Description="Dummy">
##INFO=<ID=NRS,Number=A,Type=Integer,Description="Dummy">
##INFO=<ID=NFS,Number=A,Type=Integer,Description="Dummy">
##INFO=<ID=HP,Number=A,Type=Integer,Description="Dummy">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12878
1 856436 . TG T 686 PASS DP=57;NF=11;NR=10;NRS=11;NFS=11;HP=4 GT:GQ 1/1:60
1 860788 . TTGGCGCCTGC T 99 PASS DP=11;NF=3;NR=0;NRS=3;NFS=0;HP=4 GT:GQ 1/1:8

12
public/testdata/vcfexample.vcf vendored
View File

@ -1,12 +0,0 @@
##format=VCRv3.2
##fileDate=20090805
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45
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1 10020453 . G A,T 48.53 0 AF=0.05;AFrange=0.01-0.12,95%;AlleleBalance=0.70;DoC=133;FisherStrand=10.8;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.97;RMSMAPQ=168.40;SB=-0.02;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:5:2.22 0/0:3:0.87 1/1:1:0.01 0/0:3:0.89 ./. ./. 0/0:2:0.60 ./. 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 0/0:6:1.46 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 1/0:4:2.52 0/0:1:0.30 0/0:8:1.71 ./. 0/0:3:0.87 0/0:3:0.90 ./. ./. 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:1:0.15 0/0:2:0.59 0/0:2:0.30 1/0:7:1.72 0/2:2:0.01 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 ./. 0/0:3:0.76 0/0:5:1.50 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:5:1.40 0/0:1:0.30 1/0:3:2.24 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 ./. 1/0:6:1.92 0/0:1:0.30 0/0:2:0.58 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 ./. ./. 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:5:1.50 ./.
1 10020464 . G T 74.83 0 AF=0.06;AFrange=0.01-0.13,95%;AlleleBalance=0.74;DoC=152;FisherStrand=20.7;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=170.06;SB=-0.04;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:5:2.63 0/0:6:1.80 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 ./. ./. ./. ./. 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/1:4:2.93 0/0:2:0.60 0/0:9:0.25 ./. 0/0:3:0.87 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 ./. 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/1:5:2.63 0/0:5:1.50 0/0:5:1.50 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 ./. 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/0:2:0.59 0/0:4:1.20 0/0:3:0.90 0/0:1:0.27 0/1:4:4.81 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 ./. 0/1:7:2.23 0/0:1:0.30 0/0:7:1.54 0/1:4:1.23 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 ./. 0/0:2:0.30 0/0:2:0.60 0/0:2:0.30 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:7:2.06 0/0:2:0.60
1 10020470 . A G,T 91.66 0 AF=0.06;AFrange=0.01-0.13,95%;AlleleBalance=0.70;DoC=182;FisherStrand=13.9;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.99;RMSMAPQ=174.37;SB=-0.25;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:5:1.74 0/0:6:1.80 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 2/2:1:0.00 ./. ./. ./. 0/0:1:0.29 0/0:1:0.24 0/0:2:0.60 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/1:4:2.24 0/0:2:0.60 0/0:9:2.69 0/0:2:0.60 0/0:3:0.88 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:3:0.60 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:3:0.60 0/0:6:1.46 0/1:4:2.24 0/1:5:1.66 0/0:9:2.70 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:5:1.49 0/0:3:0.90 0/0:4:1.20 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/1:4:5.78 0/0:6:1.80 0/0:2:0.56 ./. 0/1:6:4.98 0/0:1:0.30 0/0:9:2.29 0/0:4:1.20 0/0:1:0.29 0/0:1:0.30 ./. 0/0:8:1.54 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/1:3:2.54 0/0:3:0.90 0/0:3:0.60 0/0:7:2.10 0/0:2:0.60
1 10020484 . A C,T 55.89 0 AF=0.04;AFrange=0.01-0.09,95%;AlleleBalance=0.76;DoC=239;FisherStrand=12.2;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.98;RMSMAPQ=181.59;SB=-0.03;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:7:2.18 0/0:8:2.40 0/0:3:0.85 0/0:4:1.20 0/0:3:0.90 ./. ./. ./. 0/0:4:1.13 0/0:1:0.30 0/0:5:1.50 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/1:4:2.76 0/0:3:0.90 0/0:16:3.57 0/0:3:0.60 0/0:3:0.90 ./. 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:3:0.84 0/0:6:1.43 0/0:1:0.30 0/2:5:1.51 0/0:5:1.35 0/0:3:0.90 0/0:5:1.39 0/1:7:1.85 0/0:8:1.50 0/0:10:2.99 0/0:4:1.20 ./. 0/0:4:1.12 0/0:4:1.19 0/0:6:1.80 0/0:5:1.20 0/0:4:1.20 0/0:5:1.40 ./. 0/1:4:6.53 0/0:7:2.10 0/0:5:0.59 ./. 0/1:5:2.65 0/0:1:0.30 0/0:7:2.09 0/0:4:1.20 0/0:3:0.19 0/0:2:0.60 0/0:2:0.30 0/0:10:2.70 0/0:2:0.60 0/0:2:0.30 0/0:4:1.20 0/0:5:1.49 0/0:4:0.98 0/0:6:1.80 0/0:5:0.90
1 10020485 . G A,T 32.66 0 AF=0.03;AFrange=0.01-0.08,95%;AlleleBalance=0.75;DoC=237;FisherStrand=12.3;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=180.16;SB=-0.02;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:7:1.04 0/0:8:1.80 0/0:3:0.87 0/0:4:1.20 0/0:3:0.90 ./. ./. ./. 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:5:1.50 0/0:4:1.16 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 1/0:4:2.52 0/0:3:0.90 0/0:16:4.21 0/0:3:0.90 0/0:3:0.90 ./. 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:6:1.70 0/0:1:0.30 0/0:5:1.41 0/0:5:1.31 0/0:3:0.90 0/0:5:0.19 1/0:7:1.52 0/0:6:1.71 0/0:10:2.94 0/0:4:1.15 ./. 0/0:4:1.12 0/0:4:1.19 0/0:6:1.80 0/0:5:1.49 0/0:4:1.20 0/0:5:1.50 ./. 1/0:4:5.01 0/0:7:2.11 0/0:6:1.78 ./. 1/0:5:2.22 0/0:1:0.30 0/0:7:1.21 0/0:4:1.19 0/0:3:0.41 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:10:3.00 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:4:1.20 0/0:5:0.71 0/0:4:1.02 0/0:6:1.80 0/2:4:1.73
1 10020492 . T A,G 44.35 0 AF=0.03;AFrange=0.01-0.09,95%;AlleleBalance=0.68;DoC=284;FisherStrand=1.4;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=184.59;SB=-0.04;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:8:1.35 0/0:7:2.10 0/0:5:1.46 0/0:4:1.20 0/0:4:1.20 ./. 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:5:0.90 0/0:1:0.30 0/0:10:3.01 0/0:5:1.50 2/0:2:0.79 0/0:4:1.17 1/0:4:2.65 0/0:3:0.90 0/0:16:4.75 0/0:3:0.60 0/0:3:0.90 0/0:1:0.29 0/0:3:0.90 1/0:4:0.68 1/0:2:0.38 0/0:6:1.50 0/0:1:0.30 0/0:11:2.12 0/0:4:0.90 0/0:4:1.20 0/0:11:2.10 1/0:8:1.36 0/0:11:2.44 0/0:10:2.95 0/0:4:1.19 0/0:1:0.30 0/0:4:1.12 0/0:6:1.80 0/0:5:1.48 0/0:4:1.20 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 ./. 1/0:3:2.46 0/0:7:2.11 0/0:6:1.78 0/0:1:0.28 1/0:4:2.56 0/0:1:0.30 0/0:8:2.00 0/0:6:1.80 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:9:2.40 0/0:2:0.60 0/0:5:0.90 0/0:5:1.50 0/0:6:1.49 0/0:5:1.42 0/0:7:2.10 0/0:9:2.41
1 10020615 . C T,A 162.10 0 AF=0.04;AFrange=0.01-0.10,95%;AlleleBalance=0.72;DoC=285;FisherStrand=1.1;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.93;RMSMAPQ=195.54;SB=-67.56;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/0:5:1.50 0/0:10:2.67 0/0:6:1.80 0/0:5:1.50 0/0:4:1.17 ./. 0/0:6:1.81 1/1:1:0.00 0/0:8:2.39 0/0:8:2.34 0/0:22:6.26 0/0:1:0.15 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 2/2:3:0.90 0/0:3:0.90 2/0:11:6.64 0/0:2:0.60 0/0:6:1.62 0/0:3:0.77 0/0:3:0.90 0/0:3:0.90 0/0:7:2.06 0/0:6:1.79 ./. 0/0:10:2.97 0/0:4:1.20 0/0:4:0.51 0/0:14:3.83 0/0:1:0.30 2/0:11:4.92 0/0:5:1.45 0/0:3:0.86 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:6:1.80 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:4:1.20 2/0:5:5.46 0/0:5:1.49 0/0:2:0.55 2/0:8:2.15 0/0:5:1.49 0/0:5:1.41 0/0:3:0.90 ./. 0/0:4:0.91 0/0:3:0.90 0/0:10:2.71 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:4:1.19 0/0:9:2.70 0/0:3:0.90 0/0:4:0.87 0/0:2:0.30 0/0:6:1.79 0/0:4:1.20
1 10020400 . C T 30.66 . AF=0.03;AFrange=0.01-0.09,95%;AlleleBalance=0.72;DoC=193;FisherStrand=9.8;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=177.45;SB=-0.02;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:6:0.97 0/0:6:1.80 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 0/0:6:1.80 0/0:3:0.90 0/0:9:2.41 0/0:4:1.19 ./. 0/0:3:0.90 0/1:4:2.47 0/0:2:0.60 0/0:10:2.62 ./. 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 0/0:2:0.47 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:5:1.32 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:5:1.47 0/1:4:1.87 0/0:9:2.71 0/0:9:2.71 0/0:2:0.57 0/0:1:0.30 0/0:3:0.89 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 0/0:1:0.28 0/0:3:0.89 0/1:5:4.99 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:8:2.40 0/1:3:2.97 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 0/0:5:1.50 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:3:0.59 0/0:5:1.50 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30
1 10020408 . C A 57.15 . AF=0.05;AFrange=0.01-0.11,95%;AlleleBalance=0.73;DoC=179;FisherStrand=17.9;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=174.11;SB=-0.02;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:8:0.83 0/0:4:1.20 1/1:1:0.29 0/0:3:0.90 ./. 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 0/0:6:1.72 0/0:3:0.90 0/0:9:2.70 0/0:2:0.60 ./. 0/0:3:0.90 1/0:4:2.63 0/0:2:0.60 0/0:8:2.40 ./. 0/0:4:1.20 0/0:3:0.90 0/0:2:0.59 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:6:1.49 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:7:2.10 1/0:5:2.43 0/0:4:1.20 0/0:8:2.40 0/0:3:0.90 ./. 0/0:2:0.60 0/0:2:0.51 0/0:6:1.80 0/0:3:0.90 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:3:0.86 1/0:5:6.16 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 0/0:5:1.50 1/0:3:3.03 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:5:1.50 ./. 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/0:5:1.50 ./. 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30
1 10020416 . G A,T 40.12 . AF=0.04;AFrange=0.01-0.10,95%;AlleleBalance=0.73;DoC=166;FisherStrand=15.2;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.94;RMSMAPQ=176.69;SB=-0.01;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:7:0.92 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 ./. 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 2/2:1:0.00 0/0:8:2.39 0/0:3:0.89 0/0:6:1.80 ./. ./. 0/0:3:0.90 1/0:4:2.32 0/0:2:0.60 0/0:6:1.80 ./. 0/0:4:1.17 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:5:1.30 0/0:1:0.30 0/0:4:1.17 0/0:7:2.09 1/0:5:2.02 0/0:4:0.90 0/0:5:1.50 0/0:4:1.00 ./. 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:4:1.18 ./. 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 1/1:2:0.15 1/0:5:5.69 0/0:3:0.89 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 1/0:3:3.02 0/0:2:0.60 0/0:4:1.19 0/0:4:1.20 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:1:0.29 0/0:4:1.20 0/0:3:0.90 0/0:3:0.90 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:1:0.29 0/0:2:0.60
1 10020436 . A T 64.57 . AF=0.06;AFrange=0.01-0.12,95%;AlleleBalance=0.73;DoC=168;FisherStrand=3.1;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=170.66;SB=-1.53;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:7:1.86 0/0:5:1.50 ./. 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 ./. 0/0:5:1.40 0/0:2:0.60 0/0:11:3.31 0/0:2:0.60 ./. 0/0:2:0.60 0/1:4:2.66 0/0:2:0.60 0/1:8:2.96 ./. 0/0:4:0.45 0/0:4:1.20 ./. ./. 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 ./. 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/1:8:1.26 0/0:5:1.20 0/0:3:0.90 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:5:1.50 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:6:1.81 0/0:1:0.30 0/1:3:2.96 0/0:2:0.58 0/0:2:0.60 0/0:2:0.58 0/1:5:2.36 0/0:1:0.30 0/0:5:0.58 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 ./. 0/0:2:0.60 0/0:4:1.20 0/0:3:0.90 0/0:4:1.20 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60
1 10020439 . G A,T 57.80 . AF=0.06;AFrange=0.01-0.13,95%;AlleleBalance=0.73;DoC=156;FisherStrand=9.4;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.97;RMSMAPQ=167.02;SB=-0.33;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:6:1.72 0/0:5:1.50 ./. 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 ./. 0/0:3:0.89 ./. 0/0:5:1.50 0/0:2:0.60 0/0:11:3.30 0/0:2:0.60 ./. 0/0:2:0.60 1/0:4:2.62 0/0:1:0.30 0/0:7:2.10 ./. 0/0:4:1.19 0/0:4:1.20 ./. ./. 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 ./. 0/0:2:0.60 ./. 1/0:8:1.52 0/0:4:1.19 0/0:3:0.90 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:5:0.90 0/0:5:1.36 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:6:1.81 0/0:1:0.30 1/0:3:2.54 0/0:1:0.29 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 1/0:6:1.92 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 2/2:2:0.00 0/0:2:0.60 ./. 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 2/2:2:0.00 1/0:4:2.47 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:2:0.59
1 10020447 . C T 68.03 . AF=0.06;AFrange=0.01-0.14,95%;AlleleBalance=0.72;DoC=140;FisherStrand=9.4;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.98;RMSMAPQ=166.27;SB=-0.62;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:5:2.27 0/0:2:0.59 ./. 0/0:3:0.90 1/1:1:0.00 ./. 0/0:3:0.41 ./. 0/0:5:1.50 0/0:2:0.60 0/0:7:2.10 0/0:2:0.60 ./. 0/0:2:0.60 0/1:4:2.67 0/0:1:0.30 0/0:7:1.77 ./. 0/0:3:0.89 0/0:4:1.20 ./. ./. ./. 0/0:3:0.89 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 ./. 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/1:7:1.57 0/0:5:1.20 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 ./. 0/0:5:1.50 0/0:5:1.50 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:5:1.43 ./. 0/1:3:2.44 0/0:1:0.30 0/0:2:0.55 0/0:1:0.30 0/1:6:1.97 0/0:2:0.57 0/0:1:0.30 0/0:5:1.50 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 ./. ./. 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/1:4:2.52 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:4:1.20 0/0:2:0.58
1 10020452 . T C 32.71 . AF=0.05;AFrange=0.01-0.12,95%;AlleleBalance=0.70;DoC=138;FisherStrand=9.0;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=167.20;SB=-0.03;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:5:1.45 1/0:3:1.46 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 ./. ./. 0/0:3:0.60 ./. 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 0/0:6:1.75 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 1/0:4:2.04 0/0:1:0.30 0/0:8:1.87 ./. 0/0:3:0.89 0/0:3:0.90 ./. ./. 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:2:0.45 0/0:1:0.30 1/0:7:1.24 0/0:3:0.36 0/0:4:0.80 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 ./. 0/0:3:0.83 0/0:5:1.50 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:5:1.50 0/0:1:0.30 1/0:3:2.72 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 1/0:6:1.74 0/0:1:0.28 0/0:2:0.52 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 ./. ./. 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:5:1.45 ./.
1 10020453 . G A,T 48.53 . AF=0.05;AFrange=0.01-0.12,95%;AlleleBalance=0.70;DoC=133;FisherStrand=10.8;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.97;RMSMAPQ=168.40;SB=-0.02;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:5:2.22 0/0:3:0.87 1/1:1:0.01 0/0:3:0.89 ./. ./. 0/0:2:0.60 ./. 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 0/0:6:1.46 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 1/0:4:2.52 0/0:1:0.30 0/0:8:1.71 ./. 0/0:3:0.87 0/0:3:0.90 ./. ./. 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:1:0.15 0/0:2:0.59 0/0:2:0.30 1/0:7:1.72 0/2:2:0.01 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 ./. 0/0:3:0.76 0/0:5:1.50 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:5:1.40 0/0:1:0.30 1/0:3:2.24 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 ./. 1/0:6:1.92 0/0:1:0.30 0/0:2:0.58 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 ./. ./. 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:5:1.50 ./.
1 10020464 . G T 74.83 . AF=0.06;AFrange=0.01-0.13,95%;AlleleBalance=0.74;DoC=152;FisherStrand=20.7;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=170.06;SB=-0.04;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:5:2.63 0/0:6:1.80 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 ./. ./. ./. ./. 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/1:4:2.93 0/0:2:0.60 0/0:9:0.25 ./. 0/0:3:0.87 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 ./. 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/1:5:2.63 0/0:5:1.50 0/0:5:1.50 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 ./. 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/0:2:0.59 0/0:4:1.20 0/0:3:0.90 0/0:1:0.27 0/1:4:4.81 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 ./. 0/1:7:2.23 0/0:1:0.30 0/0:7:1.54 0/1:4:1.23 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 ./. 0/0:2:0.30 0/0:2:0.60 0/0:2:0.30 0/0:3:0.90 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:7:2.06 0/0:2:0.60
1 10020470 . A G,T 91.66 . AF=0.06;AFrange=0.01-0.13,95%;AlleleBalance=0.70;DoC=182;FisherStrand=13.9;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.99;RMSMAPQ=174.37;SB=-0.25;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:5:1.74 0/0:6:1.80 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 2/2:1:0.00 ./. ./. ./. 0/0:1:0.29 0/0:1:0.24 0/0:2:0.60 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/1:4:2.24 0/0:2:0.60 0/0:9:2.69 0/0:2:0.60 0/0:3:0.88 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:3:0.60 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:1:0.30 0/0:3:0.90 0/0:3:0.60 0/0:6:1.46 0/1:4:2.24 0/1:5:1.66 0/0:9:2.70 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:5:1.49 0/0:3:0.90 0/0:4:1.20 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/1:4:5.78 0/0:6:1.80 0/0:2:0.56 ./. 0/1:6:4.98 0/0:1:0.30 0/0:9:2.29 0/0:4:1.20 0/0:1:0.29 0/0:1:0.30 ./. 0/0:8:1.54 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/1:3:2.54 0/0:3:0.90 0/0:3:0.60 0/0:7:2.10 0/0:2:0.60
1 10020484 . A C,T 55.89 . AF=0.04;AFrange=0.01-0.09,95%;AlleleBalance=0.76;DoC=239;FisherStrand=12.2;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.98;RMSMAPQ=181.59;SB=-0.03;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:7:2.18 0/0:8:2.40 0/0:3:0.85 0/0:4:1.20 0/0:3:0.90 ./. ./. ./. 0/0:4:1.13 0/0:1:0.30 0/0:5:1.50 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 0/1:4:2.76 0/0:3:0.90 0/0:16:3.57 0/0:3:0.60 0/0:3:0.90 ./. 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:3:0.84 0/0:6:1.43 0/0:1:0.30 0/2:5:1.51 0/0:5:1.35 0/0:3:0.90 0/0:5:1.39 0/1:7:1.85 0/0:8:1.50 0/0:10:2.99 0/0:4:1.20 ./. 0/0:4:1.12 0/0:4:1.19 0/0:6:1.80 0/0:5:1.20 0/0:4:1.20 0/0:5:1.40 ./. 0/1:4:6.53 0/0:7:2.10 0/0:5:0.59 ./. 0/1:5:2.65 0/0:1:0.30 0/0:7:2.09 0/0:4:1.20 0/0:3:0.19 0/0:2:0.60 0/0:2:0.30 0/0:10:2.70 0/0:2:0.60 0/0:2:0.30 0/0:4:1.20 0/0:5:1.49 0/0:4:0.98 0/0:6:1.80 0/0:5:0.90
1 10020485 . G A,T 32.66 . AF=0.03;AFrange=0.01-0.08,95%;AlleleBalance=0.75;DoC=237;FisherStrand=12.3;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=180.16;SB=-0.02;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:7:1.04 0/0:8:1.80 0/0:3:0.87 0/0:4:1.20 0/0:3:0.90 ./. ./. ./. 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:5:1.50 0/0:4:1.16 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 1/0:4:2.52 0/0:3:0.90 0/0:16:4.21 0/0:3:0.90 0/0:3:0.90 ./. 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:6:1.70 0/0:1:0.30 0/0:5:1.41 0/0:5:1.31 0/0:3:0.90 0/0:5:0.19 1/0:7:1.52 0/0:6:1.71 0/0:10:2.94 0/0:4:1.15 ./. 0/0:4:1.12 0/0:4:1.19 0/0:6:1.80 0/0:5:1.49 0/0:4:1.20 0/0:5:1.50 ./. 1/0:4:5.01 0/0:7:2.11 0/0:6:1.78 ./. 1/0:5:2.22 0/0:1:0.30 0/0:7:1.21 0/0:4:1.19 0/0:3:0.41 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:10:3.00 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:4:1.20 0/0:5:0.71 0/0:4:1.02 0/0:6:1.80 0/2:4:1.73
1 10020492 . T A,G 44.35 . AF=0.03;AFrange=0.01-0.09,95%;AlleleBalance=0.68;DoC=284;FisherStrand=1.4;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=184.59;SB=-0.04;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:8:1.35 0/0:7:2.10 0/0:5:1.46 0/0:4:1.20 0/0:4:1.20 ./. 0/0:2:0.60 0/0:1:0.30 0/0:5:0.90 0/0:1:0.30 0/0:10:3.01 0/0:5:1.50 2/0:2:0.79 0/0:4:1.17 1/0:4:2.65 0/0:3:0.90 0/0:16:4.75 0/0:3:0.60 0/0:3:0.90 0/0:1:0.29 0/0:3:0.90 1/0:4:0.68 1/0:2:0.38 0/0:6:1.50 0/0:1:0.30 0/0:11:2.12 0/0:4:0.90 0/0:4:1.20 0/0:11:2.10 1/0:8:1.36 0/0:11:2.44 0/0:10:2.95 0/0:4:1.19 0/0:1:0.30 0/0:4:1.12 0/0:6:1.80 0/0:5:1.48 0/0:4:1.20 0/0:4:1.20 0/0:2:0.60 ./. 1/0:3:2.46 0/0:7:2.11 0/0:6:1.78 0/0:1:0.28 1/0:4:2.56 0/0:1:0.30 0/0:8:2.00 0/0:6:1.80 0/0:3:0.90 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:9:2.40 0/0:2:0.60 0/0:5:0.90 0/0:5:1.50 0/0:6:1.49 0/0:5:1.42 0/0:7:2.10 0/0:9:2.41
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33
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1 10020485 . G A,T 32.66 0 . GT:RD:GQ 1/0:7:1.04 0/0:8:1.80 0/0:3:0.87 0/0:4:1.20 0/0:3:0.90 ./. ./. ./. 0/0:4:1.20 0/0:1:0.30 0/0:5:1.50 0/0:4:1.16 0/0:1:0.30 0/0:4:1.20 1/0:4:2.52 0/0:3:0.90 0/0:16:4.21 0/0:3:0.90 0/0:3:0.90 ./. 0/0:1:0.30 0/0:2:0.60 0/0:3:0.90 0/0:6:1.70 0/0:1:0.30 0/0:5:1.41 0/0:5:1.31 0/0:3:0.90 0/0:5:0.19 1/0:7:1.52 0/0:6:1.71 0/0:10:2.94 0/0:4:1.15 ./. 0/0:4:1.12 0/0:4:1.19 0/0:6:1.80 0/0:5:1.49 0/0:4:1.20 0/0:5:1.50 ./. 1/0:4:5.01 0/0:7:2.11 0/0:6:1.78 ./. 1/0:5:2.22 0/0:1:0.30 0/0:7:1.21 0/0:4:1.19 0/0:3:0.41 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:10:3.00 0/0:2:0.60 0/0:2:0.60 0/0:4:1.20 0/0:5:0.71 0/0:4:1.02 0/0:6:1.80 0/2:4:1.73
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39
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View File

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##INFO=<ID=OnOffGenotype,Number=1,Type=Float,Description="No idea">
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1 10044557 . C T 42.22 0 AF=0.50;AFrange=0.50-0.50,95%;AlleleBalance=0.68;DoC=31;FisherStrand=11.8;HomopolymerRun=16;MAPQ0=0;NS=1;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=85.34;SB=-0.00;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:31:15.01
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1 10001292 . G A 42.22 . AF=0.50;AFrange=0.50-0.50,95%;AlleleBalance=0.57;DoC=23;FisherStrand=3.8;HomopolymerRun=0;MAPQ0=8;NS=1;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=46.31;SB=-24.92;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:23:19.28
1 10002963 . C G 42.22 . AF=0.50;AFrange=0.50-0.50,95%;AlleleBalance=0.47;DoC=30;FisherStrand=24.1;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=1;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=81.91;SB=-41.73;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:30:33.07
1 10005008 . A T 123.78 . AF=1.00;AFrange=0.50-1.00,95%;DoC=30;HomopolymerRun=6;MAPQ0=2;NS=1;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=61.05;SB=-75.45;SpanningDeletions=1 GT:RD:GQ 1/1:30:8.26
1 10006296 . C T 42.23 . AF=0.50;AFrange=0.50-0.50,95%;AlleleBalance=0.33;DoC=7;FisherStrand=-0.0;HomopolymerRun=0;MAPQ0=11;NS=1;OnOffGenotype=0.86;RMSMAPQ=46.62;SB=-0.04;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:7:2.91
1 10023478 . G C 84.23 . AF=1.00;AFrange=0.50-1.00,95%;DoC=27;HomopolymerRun=1;MAPQ0=10;NS=1;OnOffGenotype=0.85;RMSMAPQ=42.16;SB=-48.38;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/1:27:4.03
1 10029362 . T C 42.22 . AF=0.50;AFrange=0.50-0.50,95%;AlleleBalance=0.52;DoC=44;FisherStrand=4.5;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=1;OnOffGenotype=0.95;RMSMAPQ=81.28;SB=-42.22;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:44:36.62
1 10042312 . G C 31.81 . AF=0.50;AFrange=0.50-0.50,95%;AlleleBalance=0.70;DoC=24;FisherStrand=28.7;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=1;OnOffGenotype=0.96;RMSMAPQ=85.07;SB=0.00;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 1/0:24:5.85
1 10044557 . C T 42.22 . AF=0.50;AFrange=0.50-0.50,95%;AlleleBalance=0.68;DoC=31;FisherStrand=11.8;HomopolymerRun=16;MAPQ0=0;NS=1;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=85.34;SB=-0.00;SpanningDeletions=0 GT:RD:GQ 0/1:31:15.01
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27
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27
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1 10048142 rs9999 A G 126.81 . . GT:RD:GQ 1/1:36:9.14
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6
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View File

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1 10001292 . G A 42.22 PASS . GT 1/0

470
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##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
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##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Filtered Depth">
##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias">
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA19240 NA19239 NA19238
1 327 . T C 666.18 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.74;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=936;Dels=0.00;HRun=3;MQ=34.66;MQ0=728;QD=0.71;SB=-268.74;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:10:62.65 1/0:37:99.00 1/0:53:99.00
1 4793 rs6682385 A G 1687.16 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.54;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=242;Dels=0.00;HRun=0;MQ=77.94;MQ0=43;QD=6.97;SB=-891.19;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:15:4.94 0/1:58:99.00 0/1:73:99.00
1 45162 rs10399749 C T 634.21 HARD_TO_VALIDATE AB=0.63;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=67;Dels=0.00;HRun=0;MQ=115.93;MQ0=7;QD=12.44;SB=-359.74;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/1:6:18.05 0/0:12:35.94 0/1:35:99.00
1 48677 . G A 1049.06 HARD_TO_VALIDATE AB=0.48;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=88;Dels=0.00;HRun=1;MQ=120.08;MQ0=12;QD=14.78;SB=-423.81;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:16:99.00 0/0:12:36.07 1/0:42:99.00
1 56724 rs28375825 C T 65.41 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.88;AC=1;AF=0.50;AN=2;DB=1;DP=145;Dels=0.00;HRun=0;MQ=42.19;MQ0=140;QD=1.01;SB=-44.70;set=filteredInBoth GT:DP:GQ ./. ./. 0/1:4:16.39
1 61969 . T C 98.69 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AC=2;AF=1.00;AN=2;DB=0;DP=83;Dels=0.00;HRun=0;MQ=62.34;MQ0=78;QD=2.30;SB=-40.43;set=filteredInBoth GT:DP:GQ ./. ./. 1/1:5:15.00
1 66069 rs6672770 T C 129.77 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.79;AC=1;AF=0.50;AN=2;DB=1;DP=81;Dels=0.00;HRun=1;MQ=79.82;MQ0=72;QD=3.24;SB=-34.43;set=filteredInBoth GT:DP:GQ ./. ./. 1/0:8:49.36
1 72824 . C T 442.04 HARD_TO_VALIDATE AB=0.64;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=77;Dels=0.00;HRun=1;MQ=110.14;MQ0=34;QD=7.76;SB=-223.18;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:8:45.25 0/0:6:17.89 0/1:19:99.00
1 77053 rs1524602 G A 550.09 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=79;Dels=0.00;HRun=0;MQ=107.50;MQ0=42;QD=9.02;SB=-259.27;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/1:1:3.00 0/0:8:23.91 1/1:15:45.14
1 77999 rs59529791 G A 405.10 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.54;AC=1;AF=0.50;AN=2;DB=1;DP=149;Dels=0.00;HRun=0;MQ=97.90;MQ0=125;QD=4.82;SB=-212.96;set=filteredInBoth GT:DP:GQ ./. ./. 1/0:18:99.00
1 78032 rs940550 C T 326.66 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.62;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=166;Dels=0.00;HRun=0;MQ=106.31;MQ0=90;QD=2.68;SB=-159.68;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:9:55.54 0/0:13:19.59 0/1:36:99.00
1 78201 rs55700207 G A 727.51 HARD_TO_VALIDATE AB=0.69;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=156;Dels=0.00;HRun=1;MQ=123.99;MQ0=18;QD=6.11;SB=-313.22;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:15:71.23 0/0:30:89.75 1/0:76:99.00
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1 781178 . A G 166.11 HARD_TO_VALIDATE AB=0.66;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=133;Dels=0.00;HRun=0;MQ=103.97;MQ0=29;QD=4.37;SB=-123.72;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:11:33.02 0/1:25:99.00 0/0:48:99.00
1 781191 . G A 171.14 HARD_TO_VALIDATE AB=0.69;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=139;Dels=0.00;HRun=0;MQ=96.88;MQ0=27;QD=5.03;SB=-123.54;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:16:47.57 1/0:21:99.00 0/0:52:99.00
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1 783052 . G A 341.42 HARD_TO_VALIDATE AB=0.62;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=71;Dels=0.00;HRun=0;MQ=105.75;MQ0=40;QD=5.51;SB=-177.29;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:7:20.68 1/1:7:21.06 1/0:7:64.47
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1 786069 . C T 1366.49 HARD_TO_VALIDATE AB=0.48;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=146;Dels=0.00;HRun=0;MQ=128.21;MQ0=20;QD=11.99;SB=-702.49;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:21:62.69 0/1:18:99.00 0/1:61:99.00
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1 807628 . G A 2427.10 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.33;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=429;Dels=0.00;HRun=0;MQ=65.27;MQ0=249;QD=5.66;SB=-1229.82;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:38:99.00 1/0:13:99.00 1/0:86:99.00
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1 808566 . G A 1615.59 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.32;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=304;Dels=0.00;HRun=0;MQ=132.06;MQ0=122;QD=9.13;SB=-378.50;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:17:50.89 0/0:30:89.86 1/0:95:99.00
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1 813157 . G C 2247.88 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.75;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=546;Dels=0.00;HRun=0;MQ=138.59;MQ0=143;QD=4.12;SB=-610.97;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:73:99.00 1/0:40:65.96 1/0:250:99.00
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1 815007 . C A 1089.77 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.73;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=902;Dels=0.00;HRun=1;MQ=87.27;MQ0=599;QD=1.21;SB=-310.12;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:35:87.88 1/0:26:24.14 1/0:221:99.00
1 815129 . G A 2611.95 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.53;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=692;Dels=0.00;HRun=3;MQ=81.92;MQ0=284;QD=3.77;SB=-1041.41;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:62:99.00 1/0:59:99.00 1/0:180:99.00
1 815170 . C T 3995.04 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.22;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=469;Dels=0.00;HRun=0;MQ=103.24;MQ0=182;QD=8.52;SB=-573.39;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:37:99.00 0/1:22:61.13 0/1:150:99.00
1 815223 . G T 1865.82 HARD_TO_VALIDATE AB=0.41;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=273;Dels=0.00;HRun=1;MQ=125.93;MQ0=37;QD=8.72;SB=-173.01;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:33:99.00 0/0:31:1.46 0/1:110:99.00
1 815273 rs13303179 G A 165.63 PASS AB=0.71;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=189;Dels=0.01;HRun=0;MQ=140.44;MQ0=4;QD=4.25;SB=-66.26;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:11:31.36 1/0:21:99.00 0/0:52:99.00
1 815339 . G A 1182.75 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.70;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=304;Dels=0.00;HRun=1;MQ=90.72;MQ0=106;QD=3.89;SB=-610.84;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:29:99.00 1/0:30:90.29 1/0:105:99.00
1 815609 . G A 1383.19 GATK_STANDARD AB=0.77;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=646;Dels=0.00;HRun=2;MQ=105.93;MQ0=19;QD=2.14;SB=-565.86;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:75:99.00 1/0:95:99.00 1/0:191:99.00
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1 816077 . C T 7131.91 GATK_STANDARD AB=0.33;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=463;Dels=0.00;HRun=0;MQ=93.63;MQ0=22;QD=15.40;SB=-2373.70;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:85:99.00 0/1:52:99.00 0/1:225:99.00
1 817047 . T A 525.82 PASS AB=0.64;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=120;Dels=0.00;HRun=0;MQ=127.50;MQ0=5;QD=4.38;SB=-206.60;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:22:99.00 1/0:32:99.00 1/0:42:99.00
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1 817989 . A T 201.45 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=101;Dels=0.00;HRun=0;MQ=150.53;MQ0=1;QD=8.06;SB=-99.85;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:19:57.07 0/1:23:99.00 0/0:47:99.00
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1 819500 rs4437820 C T 788.73 HARD_TO_VALIDATE AB=0.61;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=80;Dels=0.00;HRun=1;MQ=97.38;MQ0=30;QD=9.86;SB=-410.72;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:9:7.80 1/1:4:11.96 1/1:21:47.39
1 819970 rs577394 G A 1361.95 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.65;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=356;Dels=0.00;HRun=1;MQ=85.58;MQ0=109;QD=3.83;SB=-349.11;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:40:81.57 1/0:45:99.00 1/0:96:99.00
1 820044 rs28444699 A G 206.49 HARD_TO_VALIDATE AB=0.65;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=144;Dels=0.00;HRun=0;MQ=109.11;MQ0=24;QD=4.69;SB=-57.84;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:18:54.11 0/1:31:99.00 0/0:39:99.00
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1 827291 . G A 165.81 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=160;Dels=0.00;HRun=1;MQ=163.55;MQ0=0;QD=5.53;SB=-108.58;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:23:99.00 0/0:36:78.90 0/0:77:99.00
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1 836261 rs58781670 G A 2033.14 PASS AB=0.43;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=110;Dels=0.00;HRun=0;MQ=122.34;MQ0=0;QD=18.48;SB=-965.19;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:11:95.83 1/0:22:99.00 1/1:54:99.00
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1 858654 rs13303003 C T 185.07 PASS AB=0.48;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=78;Dels=0.00;HRun=0;MQ=152.68;MQ0=0;QD=6.38;SB=-86.25;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:6:29.28 0/1:12:99.00 0/0:36:99.00
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1 864464 . C T 805.33 PASS AB=0.56;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=93;Dels=0.00;HRun=0;MQ=118.00;MQ0=0;QD=9.70;SB=-305.57;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:8:23.79 0/1:28:99.00 0/1:45:99.00
1 864790 rs2340591 A G 159.80 PASS AB=0.48;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=95;Dels=0.00;HRun=0;MQ=135.82;MQ0=0;QD=5.71;SB=-116.71;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:7:76.03 0/1:14:99.00 0/0:54:99.00
1 865358 . C G 529.79 PASS AB=0.48;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=67;Dels=0.00;HRun=0;MQ=148.42;MQ0=0;QD=8.98;SB=-202.96;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:6:18.04 0/1:10:70.68 0/1:37:99.00
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1 866812 . G C 734.28 PASS AB=0.44;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=70;Dels=0.00;HRun=4;MQ=151.73;MQ0=0;QD=12.88;SB=-325.12;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:3:27.43 0/0:11:33.01 1/0:48:99.00
1 868608 . A C 355.47 PASS AB=0.47;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=98;Dels=0.00;HRun=0;MQ=121.87;MQ0=0;QD=5.01;SB=-143.05;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:5:54.47 0/0:26:77.98 0/1:47:99.00
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1 869139 . A G 113.96 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=83;Dels=0.00;HRun=0;MQ=115.04;MQ0=0;QD=4.22;SB=-81.88;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:6:4.52 0/1:23:99.00 0/0:45:99.00
1 869180 rs7523549 C T 257.97 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=99;Dels=0.00;HRun=0;MQ=124.42;MQ0=0;QD=8.32;SB=-149.22;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:9:26.58 0/1:26:99.00 0/0:43:99.00
1 869244 . C T 169.99 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=90;Dels=0.00;HRun=1;MQ=131.73;MQ0=0;QD=10.62;SB=-121.76;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:8:23.95 0/1:13:94.15 0/0:54:99.00
1 869481 . C T 909.04 PASS AB=0.58;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=108;Dels=0.03;HRun=3;MQ=153.32;MQ0=1;QD=9.57;SB=-394.75;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:10:29.93 0/1:20:99.00 0/1:61:99.00
1 869539 rs6605067 G A 1207.76 PASS AB=0.60;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=103;Dels=0.00;HRun=3;MQ=171.20;MQ0=4;QD=12.58;SB=-616.57;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:6:17.89 1/1:15:44.99 1/0:65:99.00
1 869550 rs2839 T C 1969.49 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=91;Dels=0.00;HRun=1;MQ=154.56;MQ0=9;QD=21.64;SB=-846.11;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:3:8.94 1/1:15:43.40 1/1:53:99.00
1 870101 rs3748592 A G 3224.03 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=120;Dels=0.00;HRun=1;MQ=162.29;MQ0=0;QD=26.87;SB=-1637.58;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.87 1/1:24:71.73 1/1:76:99.00
1 870253 rs3748593 C A 289.44 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=100;Dels=0.00;HRun=0;MQ=116.47;MQ0=0;QD=8.04;SB=-182.60;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:9:26.87 1/0:30:99.00 0/0:45:99.00
1 871597 . T C 464.91 PASS AB=0.68;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=105;Dels=0.00;HRun=0;MQ=122.38;MQ0=0;QD=6.04;SB=-245.53;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.99 0/0:25:74.97 1/0:51:99.00
1 872666 rs2340582 A G 3024.15 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=121;Dels=0.00;HRun=0;MQ=158.03;MQ0=0;QD=24.99;SB=-1289.64;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:12:35.63 1/1:16:47.78 1/1:76:99.00
1 872871 rs60851523 C T 903.84 PASS AB=0.52;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=111;Dels=0.00;HRun=0;MQ=125.09;MQ0=0;QD=11.89;SB=-397.84;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.97 0/0:27:80.80 0/1:56:99.00
1 872904 rs57171501 C G 1547.39 PASS AB=0.44;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=109;Dels=0.00;HRun=2;MQ=143.15;MQ0=0;QD=17.99;SB=-733.88;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:11:33.05 0/0:18:54.15 0/1:71:99.00
1 873488 rs4970378 A G 2223.74 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=99;Dels=0.00;HRun=2;MQ=123.18;MQ0=0;QD=22.46;SB=-888.97;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:8:23.92 1/1:19:56.60 1/1:54:99.00
1 873562 rs58979014 C T 786.49 PASS AB=0.46;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=91;Dels=0.00;HRun=0;MQ=128.54;MQ0=0;QD=12.29;SB=-172.11;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:6:17.85 0/0:21:62.31 0/1:48:99.00
1 873954 rs7522415 C G 2559.54 PASS AB=0.27;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=134;Dels=0.00;HRun=1;MQ=122.13;MQ0=0;QD=19.10;SB=-1325.29;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:9:27.03 0/1:47:99.00 0/1:56:99.00
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1 875869 rs4970375 T C 4485.74 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=162;Dels=0.00;HRun=0;MQ=135.77;MQ0=0;QD=27.69;SB=-2186.95;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:27:80.60 1/1:36:99.00 1/1:88:99.00
1 876069 rs57325195 A G 841.90 PASS AB=0.55;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=110;Dels=0.00;HRun=1;MQ=145.70;MQ0=0;QD=10.27;SB=-300.43;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:14:40.28 0/0:25:75.05 0/1:55:99.00
1 876247 rs3748594 G A 155.58 PASS AB=0.55;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=97;Dels=0.00;HRun=0;MQ=136.49;MQ0=0;QD=7.78;SB=-104.96;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:12:35.42 1/0:18:99.00 0/0:51:99.00
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1 876651 rs10465242 G A 1246.99 PASS AB=0.51;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=108;Dels=0.00;HRun=1;MQ=131.45;MQ0=0;QD=12.60;SB=-516.77;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:8:23.87 1/0:26:99.00 1/0:63:99.00
1 876922 . G A 338.43 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=156;Dels=0.00;HRun=0;MQ=139.81;MQ0=0;QD=7.87;SB=-137.51;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:17:50.68 1/0:38:99.00 0/0:78:99.00
1 877025 rs17160698 T C 1121.64 PASS AB=0.40;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=109;Dels=0.00;HRun=0;MQ=150.77;MQ0=0;QD=14.02;SB=-526.20;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:8:23.88 0/0:25:74.86 1/0:62:99.00
1 877334 . G A 128.57 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=140;Dels=0.00;HRun=1;MQ=136.40;MQ0=7;QD=7.14;SB=-95.08;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:11:99.00 0/0:30:89.49 0/0:67:99.00
1 877423 rs3748595 A C 2336.67 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=100;Dels=0.00;HRun=1;MQ=133.25;MQ0=0;QD=23.37;SB=-927.07;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:14:41.99 1/1:22:65.86 1/1:44:99.00
1 877664 rs3828047 A G 2429.12 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=107;Dels=0.00;HRun=1;MQ=136.06;MQ0=1;QD=22.70;SB=-1252.40;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:6:17.98 1/1:24:71.10 1/1:61:99.00
1 878102 rs58215279 C T 1096.32 PASS AB=0.51;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=114;Dels=0.00;HRun=0;MQ=128.56;MQ0=0;QD=13.21;SB=-479.53;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:10:29.99 0/0:19:56.31 0/1:61:99.00
1 878502 rs3748596 T C 2495.73 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=108;Dels=0.00;HRun=1;MQ=143.88;MQ0=3;QD=23.11;SB=-1256.51;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.74 1/1:19:56.79 1/1:62:99.00
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1 879313 rs58931985 C A 734.51 PASS AB=0.47;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=84;Dels=0.00;HRun=1;MQ=127.34;MQ0=0;QD=11.48;SB=-409.23;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:12:91.70 0/0:14:41.29 1/0:44:99.00
1 879461 . G C 1124.84 PASS AB=0.52;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=113;Dels=0.00;HRun=1;MQ=130.85;MQ0=0;QD=12.93;SB=-369.22;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:13:99.00 0/0:22:66.09 1/0:59:99.00
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1 883143 rs4970371 G A 3007.06 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=126;Dels=0.00;HRun=0;MQ=143.07;MQ0=0;QD=23.87;SB=-1265.40;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:15:43.77 1/1:19:56.81 1/1:58:99.00
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1 887427 rs13303229 T C 2199.85 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=91;Dels=0.00;HRun=1;MQ=129.54;MQ0=0;QD=24.17;SB=-828.40;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.82 1/1:22:65.25 1/1:53:99.00
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1 888186 rs6605071 T C 2056.39 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=81;Dels=0.00;HRun=1;MQ=128.59;MQ0=0;QD=25.39;SB=-1024.21;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:6:17.97 1/1:19:56.72 1/1:49:99.00
1 888476 rs61746776 C T 489.89 PASS AB=0.50;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=88;Dels=0.00;HRun=0;MQ=124.09;MQ0=0;QD=7.65;SB=-235.90;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:9:69.03 0/0:15:44.39 0/1:39:99.00
1 888863 rs3813184 C T 1193.04 PASS AB=0.35;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=109;Dels=0.00;HRun=0;MQ=132.92;MQ0=0;QD=16.12;SB=-530.64;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:4:12.03 0/0:29:86.43 0/1:56:99.00
1 890290 . G A 133.88 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=109;Dels=0.00;HRun=2;MQ=172.49;MQ0=0;QD=5.82;SB=-95.71;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:7:21.00 1/0:23:99.00 0/0:67:99.00
1 890302 . G A 804.77 PASS AB=0.62;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=122;Dels=0.00;HRun=1;MQ=159.27;MQ0=0;QD=9.04;SB=-433.24;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:6:48.21 0/0:28:83.52 1/0:71:99.00
1 890542 rs61531461 A G 423.93 PASS AB=0.64;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=108;Dels=0.00;HRun=0;MQ=155.91;MQ0=1;QD=4.99;SB=-255.64;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:13:44.44 0/0:18:53.85 0/1:59:99.00
1 890593 rs3935066 G A 1011.88 PASS AB=0.48;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=92;Dels=0.00;HRun=0;MQ=152.16;MQ0=0;QD=11.77;SB=-433.46;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:5:14.78 1/0:22:99.00 1/0:48:99.00
1 890835 rs9697711 T G 2140.54 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=89;Dels=0.00;HRun=1;MQ=131.69;MQ0=0;QD=24.05;SB=-930.96;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:9:26.88 1/1:15:44.77 1/1:53:99.00
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1 890976 rs57064333 T C 886.81 PASS AB=0.52;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=109;Dels=0.00;HRun=1;MQ=144.60;MQ0=0;QD=10.68;SB=-416.13;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:10:29.79 0/0:22:65.94 1/0:56:99.00
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1 891470 rs13302996 C G 1143.45 PASS AB=0.48;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=89;Dels=0.00;HRun=6;MQ=137.44;MQ0=0;QD=12.85;SB=-264.42;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:21.04 0/1:21:99.00 0/1:44:99.00
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1 891669 rs2879815 G C 819.69 PASS AB=0.50;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=77;Dels=0.00;HRun=3;MQ=120.48;MQ0=0;QD=10.65;SB=-444.79;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:9:20.58 1/0:15:99.00 1/0:31:99.00
1 891932 . T C 103.49 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=85;Dels=0.00;HRun=4;MQ=131.09;MQ0=0;QD=4.50;SB=-82.81;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:5:14.93 1/0:15:99.00 0/0:42:99.00
1 892612 . C G 499.95 PASS AB=0.63;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=73;Dels=0.00;HRun=0;MQ=130.47;MQ0=5;QD=6.85;SB=-268.39;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:5:65.79 0/1:7:4.66 0/1:32:99.00
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1 893184 rs6669800 G A 2729.72 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=111;Dels=0.00;HRun=0;MQ=134.95;MQ0=0;QD=24.59;SB=-1248.65;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:14:41.94 1/1:24:71.76 1/1:50:99.00
1 893289 rs6696609 C T 1326.36 PASS AB=0.46;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=115;Dels=0.00;HRun=1;MQ=139.51;MQ0=0;QD=15.07;SB=-598.69;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:15:45.10 0/0:20:59.60 0/1:60:99.00
1 893309 . G A 802.32 PASS AB=0.45;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=87;Dels=0.00;HRun=0;MQ=116.98;MQ0=0;QD=11.14;SB=-361.90;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:11:32.46 1/0:19:99.00 1/0:37:99.00
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1 894113 . G A 667.88 PASS AB=0.40;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=83;Dels=0.00;HRun=0;MQ=119.95;MQ0=0;QD=11.52;SB=-292.03;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:8:73.37 0/0:20:57.97 1/0:39:99.00
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1 894880 rs59766802 T C 1457.11 PASS AB=0.45;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=167;Dels=0.00;HRun=0;MQ=139.69;MQ0=0;QD=11.94;SB=-775.09;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:19:56.86 0/0:41:99.00 1/0:93:99.00
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1 895028 rs7522959 A G 715.15 PASS AB=0.58;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=159;Dels=0.00;HRun=0;MQ=120.83;MQ0=3;QD=5.77;SB=-37.89;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:24:72.12 0/1:35:99.00 0/1:64:99.00
1 896135 rs28507236 A C 340.19 PASS AB=0.58;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=63;Dels=0.00;HRun=4;MQ=107.70;MQ0=0;QD=6.19;SB=-153.53;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:6:17.90 0/1:13:99.00 0/1:31:99.00
1 896837 rs28687571 G A 412.63 PASS AB=0.67;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=79;Dels=0.00;HRun=0;MQ=140.65;MQ0=0;QD=8.60;SB=-253.66;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:3:12.88 0/0:26:77.54 1/0:37:99.00
1 896886 rs28417170 G A 397.59 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=90;Dels=0.00;HRun=0;MQ=122.67;MQ0=0;QD=8.46;SB=-198.52;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:9:8.66 0/0:19:56.37 1/0:39:99.00
1 896943 . G A 483.17 PASS AB=0.59;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=92;Dels=0.00;HRun=0;MQ=125.16;MQ0=0;QD=7.67;SB=-106.23;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:7:71.78 0/0:26:77.67 1/0:43:99.00
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1 898033 rs28542142 C G 1878.01 PASS AB=0.47;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=71;Dels=0.00;HRun=2;MQ=132.95;MQ0=0;QD=26.45;SB=-778.88;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:6:18.03 0/1:11:99.00 1/1:41:99.00
1 898277 rs28504611 C T 2402.78 PASS AB=0.45;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=114;Dels=0.00;HRun=0;MQ=136.70;MQ0=0;QD=21.08;SB=-1079.43;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:8:24.50 0/1:22:92.53 1/1:58:99.00
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19
public/testdata/yri.trio.gatk_glftrio.intersection.annotated.filtered.chr1.500.noheader.vcf vendored
View File

@ -1,4 +1,23 @@
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##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Filtered Depth">
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##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias">
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA19238 NA19239 NA19240
1 327 . T C 666.18 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.74;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=936;Dels=0.00;HRun=3;MQ=34.66;MQ0=728;QD=0.71;SB=-268.74;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:10:62.65 1/0:37:99.00 1/0:53:99.00
1 4793 rs6682385 A G 1687.16 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.54;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=242;Dels=0.00;HRun=0;MQ=77.94;MQ0=43;QD=6.97;SB=-891.19;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:15:4.94 0/1:58:99.00 0/1:73:99.00