Fixed another interval bug where dividing up N intervals into N parts wasn't working.
Minor updates to the FCPTest to match the changes due to using the old indel caller. git-svn-id: file:///humgen/gsa-scr1/gsa-engineering/svn_contents/trunk@5766 348d0f76-0448-11de-a6fe-93d51630548a
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825682f58c
commit
8ad547e6c2
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@ -299,7 +299,7 @@ public class IntervalUtils {
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if (numParts < 2)
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return;
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int halfParts = (numParts + 1) / 2;
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||||
Pair<Integer, Long> splitPoint = getFixedSplit(locs, locsSize, startIndex, stopIndex, halfParts);
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||||
Pair<Integer, Long> splitPoint = getFixedSplit(locs, locsSize, startIndex, stopIndex, halfParts, numParts - halfParts);
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||||
int splitIndex = splitPoint.first;
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||||
long splitSize = splitPoint.second;
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splitPoints.add(splitIndex);
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@ -307,7 +307,7 @@ public class IntervalUtils {
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addFixedSplit(splitPoints, locs, locsSize - splitSize, splitIndex, stopIndex, numParts - halfParts);
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}
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||||
private static Pair<Integer, Long> getFixedSplit(List<GenomeLoc> locs, long locsSize, int startIndex, int stopIndex, int minLocs) {
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||||
private static Pair<Integer, Long> getFixedSplit(List<GenomeLoc> locs, long locsSize, int startIndex, int stopIndex, int minLocs, int maxLocs) {
|
||||
int splitIndex = startIndex;
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||||
long splitSize = 0;
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||||
for (int i = 0; i < minLocs; i++) {
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||||
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@ -315,7 +315,7 @@ public class IntervalUtils {
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splitIndex++;
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}
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long halfSize = locsSize / 2;
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||||
while (splitIndex < stopIndex && splitSize < halfSize) {
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||||
while (splitIndex < (stopIndex - maxLocs) && splitSize < halfSize) {
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splitSize += locs.get(splitIndex).size();
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||||
splitIndex++;
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}
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@ -24,23 +24,39 @@ import java.util.*;
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*/
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public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
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||||
// used to seed the genome loc parser with a sequence dictionary
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private SAMFileHeader header;
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||||
private GenomeLocParser genomeLocParser;
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||||
private List<GenomeLoc> referenceLocs;
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||||
private SAMFileHeader hg18Header;
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||||
private GenomeLocParser hg18GenomeLocParser;
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||||
private List<GenomeLoc> hg18ReferenceLocs;
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||||
private SAMFileHeader hg19Header;
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||||
private GenomeLocParser hg19GenomeLocParser;
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||||
private List<GenomeLoc> hg19ReferenceLocs;
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@BeforeClass
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public void init() {
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File reference = new File(BaseTest.hg18Reference);
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File hg18Ref = new File(BaseTest.hg18Reference);
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||||
try {
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ReferenceDataSource referenceDataSource = new ReferenceDataSource(reference);
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||||
header = new SAMFileHeader();
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||||
header.setSequenceDictionary(referenceDataSource.getReference().getSequenceDictionary());
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||||
ReferenceSequenceFile seq = new CachingIndexedFastaSequenceFile(reference);
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||||
genomeLocParser = new GenomeLocParser(seq);
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||||
referenceLocs = Collections.unmodifiableList(GenomeLocSortedSet.createSetFromSequenceDictionary(referenceDataSource.getReference().getSequenceDictionary()).toList()) ;
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||||
ReferenceDataSource referenceDataSource = new ReferenceDataSource(hg18Ref);
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||||
hg18Header = new SAMFileHeader();
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||||
hg18Header.setSequenceDictionary(referenceDataSource.getReference().getSequenceDictionary());
|
||||
ReferenceSequenceFile seq = new CachingIndexedFastaSequenceFile(hg18Ref);
|
||||
hg18GenomeLocParser = new GenomeLocParser(seq);
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||||
hg18ReferenceLocs = Collections.unmodifiableList(GenomeLocSortedSet.createSetFromSequenceDictionary(referenceDataSource.getReference().getSequenceDictionary()).toList()) ;
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||||
}
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||||
catch(FileNotFoundException ex) {
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throw new UserException.CouldNotReadInputFile(reference,ex);
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||||
throw new UserException.CouldNotReadInputFile(hg18Ref,ex);
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||||
}
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||||
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||||
File hg19Ref = new File(BaseTest.hg19Reference);
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||||
try {
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||||
ReferenceDataSource referenceDataSource = new ReferenceDataSource(hg19Ref);
|
||||
hg19Header = new SAMFileHeader();
|
||||
hg19Header.setSequenceDictionary(referenceDataSource.getReference().getSequenceDictionary());
|
||||
ReferenceSequenceFile seq = new CachingIndexedFastaSequenceFile(hg19Ref);
|
||||
hg19GenomeLocParser = new GenomeLocParser(seq);
|
||||
hg19ReferenceLocs = Collections.unmodifiableList(GenomeLocSortedSet.createSetFromSequenceDictionary(referenceDataSource.getReference().getSequenceDictionary()).toList()) ;
|
||||
}
|
||||
catch(FileNotFoundException ex) {
|
||||
throw new UserException.CouldNotReadInputFile(hg19Ref,ex);
|
||||
}
|
||||
}
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@ -53,9 +69,9 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
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// create the two lists we'll use
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||||
for (int x = 1; x < 101; x++) {
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||||
if (x % 2 == 0)
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||||
listEveryTwoFromTwo.add(genomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
listEveryTwoFromTwo.add(hg18GenomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
else
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||||
listEveryTwoFromOne.add(genomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
listEveryTwoFromOne.add(hg18GenomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
}
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||||
List<GenomeLoc> ret = IntervalUtils.mergeListsBySetOperator(listEveryTwoFromTwo, listEveryTwoFromOne, IntervalSetRule.UNION);
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||||
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@ -73,8 +89,8 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
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|||
// create the two lists we'll use
|
||||
for (int x = 1; x < 101; x++) {
|
||||
if (x % 2 == 0)
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||||
listEveryTwoFromTwo.add(genomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
allSites.add(genomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
listEveryTwoFromTwo.add(hg18GenomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
allSites.add(hg18GenomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
}
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||||
|
||||
List<GenomeLoc> ret = IntervalUtils.mergeListsBySetOperator(listEveryTwoFromTwo, allSites, IntervalSetRule.UNION);
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||||
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@ -92,8 +108,8 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
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|||
// create the two lists we'll use
|
||||
for (int x = 1; x < 101; x++) {
|
||||
if (x % 5 == 0) {
|
||||
listEveryTwoFromTwo.add(genomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
allSites.add(genomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
listEveryTwoFromTwo.add(hg18GenomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
allSites.add(hg18GenomeLocParser.createGenomeLoc("chr1",x,x));
|
||||
}
|
||||
}
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@ -119,10 +135,10 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
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||||
private List<GenomeLoc> getLocs(List<String> intervals) {
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if (intervals.size() == 0)
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||||
return referenceLocs;
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return hg18ReferenceLocs;
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||||
List<GenomeLoc> locs = new ArrayList<GenomeLoc>();
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||||
for (String interval: intervals)
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||||
locs.add(genomeLocParser.parseGenomeInterval(interval));
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||||
locs.add(hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval(interval));
|
||||
return locs;
|
||||
}
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||||
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||||
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@ -158,19 +174,19 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
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|||
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||||
@Test
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||||
public void testFixedScatterIntervalsBasic() {
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||||
GenomeLoc chr1 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2");
|
||||
GenomeLoc chr3 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3");
|
||||
GenomeLoc chr1 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2");
|
||||
GenomeLoc chr3 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3");
|
||||
|
||||
List<File> files = testFiles("basic.", 3, ".intervals");
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs = getLocs("chr1", "chr2", "chr3");
|
||||
List<Integer> splits = IntervalUtils.splitFixedIntervals(locs, files.size());
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(header, locs, splits, files);
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(hg18Header, locs, splits, files);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
|
||||
Assert.assertEquals(locs1.size(), 1);
|
||||
Assert.assertEquals(locs2.size(), 1);
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||||
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@ -183,20 +199,20 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
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|||
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||||
@Test
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||||
public void testScatterFixedIntervalsLessFiles() {
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||||
GenomeLoc chr1 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2");
|
||||
GenomeLoc chr3 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3");
|
||||
GenomeLoc chr4 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr4");
|
||||
GenomeLoc chr1 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2");
|
||||
GenomeLoc chr3 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3");
|
||||
GenomeLoc chr4 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr4");
|
||||
|
||||
List<File> files = testFiles("less.", 3, ".intervals");
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs = getLocs("chr1", "chr2", "chr3", "chr4");
|
||||
List<Integer> splits = IntervalUtils.splitFixedIntervals(locs, files.size());
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(header, locs, splits, files);
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(hg18Header, locs, splits, files);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
|
||||
Assert.assertEquals(locs1.size(), 1);
|
||||
Assert.assertEquals(locs2.size(), 1);
|
||||
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@ -220,25 +236,25 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
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|||
List<File> files = testFiles("more.", 3, ".intervals");
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||||
List<GenomeLoc> locs = getLocs("chr1", "chr2");
|
||||
List<Integer> splits = IntervalUtils.splitFixedIntervals(locs, locs.size()); // locs.size() instead of files.size()
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||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(header, locs, splits, files);
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||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(hg18Header, locs, splits, files);
|
||||
}
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||||
@Test
|
||||
public void testScatterFixedIntervalsStart() {
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||||
List<String> intervals = Arrays.asList("chr1:1-2", "chr1:4-5", "chr2:1-1", "chr3:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr1a = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr1b = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr2 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr3 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr1a = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr1b = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr2 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr3 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:2-2");
|
||||
|
||||
List<File> files = testFiles("split.", 3, ".intervals");
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs = getLocs(intervals);
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||||
List<Integer> splits = IntervalUtils.splitFixedIntervals(locs, files.size());
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(header, locs, splits, files);
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(hg18Header, locs, splits, files);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
|
||||
Assert.assertEquals(locs1.size(), 1);
|
||||
Assert.assertEquals(locs2.size(), 1);
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||||
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@ -253,20 +269,20 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
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|||
@Test
|
||||
public void testScatterFixedIntervalsMiddle() {
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||||
List<String> intervals = Arrays.asList("chr1:1-1", "chr2:1-2", "chr2:4-5", "chr3:2-2");
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||||
GenomeLoc chr1 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr2a = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr2b = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr3 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr1 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr2a = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr2b = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr3 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:2-2");
|
||||
|
||||
List<File> files = testFiles("split.", 3, ".intervals");
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs = getLocs(intervals);
|
||||
List<Integer> splits = IntervalUtils.splitFixedIntervals(locs, files.size());
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(header, locs, splits, files);
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(hg18Header, locs, splits, files);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
|
||||
Assert.assertEquals(locs1.size(), 1);
|
||||
Assert.assertEquals(locs2.size(), 1);
|
||||
|
|
@ -281,20 +297,20 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
|
|||
@Test
|
||||
public void testScatterFixedIntervalsEnd() {
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||||
List<String> intervals = Arrays.asList("chr1:1-1", "chr2:2-2", "chr3:1-2", "chr3:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr1 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr3a = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr3b = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr1 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr3a = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr3b = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:4-5");
|
||||
|
||||
List<File> files = testFiles("split.", 3, ".intervals");
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs = getLocs(intervals);
|
||||
List<Integer> splits = IntervalUtils.splitFixedIntervals(locs, files.size());
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(header, locs, splits, files);
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(hg18Header, locs, splits, files);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
|
||||
Assert.assertEquals(locs1.size(), 2);
|
||||
Assert.assertEquals(locs2.size(), 1);
|
||||
|
|
@ -309,7 +325,7 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
|
|||
@Test
|
||||
public void testScatterFixedIntervalsFile() {
|
||||
List<File> files = testFiles("sg.", 20, ".intervals");
|
||||
List<GenomeLoc> locs = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(BaseTest.GATKDataLocation + "whole_exome_agilent_designed_120.targets.hg18.chr20.interval_list"), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(BaseTest.GATKDataLocation + "whole_exome_agilent_designed_120.targets.hg18.chr20.interval_list"), false);
|
||||
List<Integer> splits = IntervalUtils.splitFixedIntervals(locs, files.size());
|
||||
|
||||
int[] counts = {
|
||||
|
|
@ -329,12 +345,12 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
|
|||
}
|
||||
//System.out.println(splitCounts.substring(2));
|
||||
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(header, locs, splits, files);
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(hg18Header, locs, splits, files);
|
||||
|
||||
int locIndex = 0;
|
||||
for (int i = 0; i < files.size(); i++) {
|
||||
String file = files.get(i).toString();
|
||||
List<GenomeLoc> parsedLocs = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(file), false);
|
||||
List<GenomeLoc> parsedLocs = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(file), false);
|
||||
Assert.assertEquals(parsedLocs.size(), counts[i], "Intervals in " + file);
|
||||
for (GenomeLoc parsedLoc: parsedLocs)
|
||||
Assert.assertEquals(parsedLoc, locs.get(locIndex), String.format("Genome loc %d from file %d", locIndex++, i));
|
||||
|
|
@ -342,20 +358,34 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
|
|||
Assert.assertEquals(locIndex, locs.size(), "Total number of GenomeLocs");
|
||||
}
|
||||
|
||||
@Test
|
||||
public void testScatterFixedIntervalsMax() {
|
||||
List<File> files = testFiles("sg.", 85, ".intervals");
|
||||
List<Integer> splits = IntervalUtils.splitFixedIntervals(hg19ReferenceLocs, files.size());
|
||||
IntervalUtils.scatterFixedIntervals(hg19Header, hg19ReferenceLocs, splits, files);
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < files.size(); i++) {
|
||||
String file = files.get(i).toString();
|
||||
List<GenomeLoc> parsedLocs = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg19GenomeLocParser, Arrays.asList(file), false);
|
||||
Assert.assertEquals(parsedLocs.size(), 1, "parsedLocs[" + i + "].size()");
|
||||
Assert.assertEquals(parsedLocs.get(0), hg19ReferenceLocs.get(i), "parsedLocs[" + i + "].get()");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
@Test
|
||||
public void testScatterContigIntervalsOrder() {
|
||||
List<String> intervals = Arrays.asList("chr2:1-1", "chr1:1-1", "chr3:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr1 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr3 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr1 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr3 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:2-2");
|
||||
|
||||
List<File> files = testFiles("split.", 3, ".intervals");
|
||||
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(header, getLocs(intervals), files);
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(hg18Header, getLocs(intervals), files);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
|
||||
Assert.assertEquals(locs1.size(), 1);
|
||||
Assert.assertEquals(locs2.size(), 1);
|
||||
|
|
@ -368,17 +398,17 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
|
|||
|
||||
@Test
|
||||
public void testScatterContigIntervalsBasic() {
|
||||
GenomeLoc chr1 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2");
|
||||
GenomeLoc chr3 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3");
|
||||
GenomeLoc chr1 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2");
|
||||
GenomeLoc chr3 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3");
|
||||
|
||||
List<File> files = testFiles("contig_basic.", 3, ".intervals");
|
||||
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(header, getLocs("chr1", "chr2", "chr3"), files);
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(hg18Header, getLocs("chr1", "chr2", "chr3"), files);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
|
||||
Assert.assertEquals(locs1.size(), 1);
|
||||
Assert.assertEquals(locs2.size(), 1);
|
||||
|
|
@ -391,18 +421,18 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
|
|||
|
||||
@Test
|
||||
public void testScatterContigIntervalsLessFiles() {
|
||||
GenomeLoc chr1 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2");
|
||||
GenomeLoc chr3 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3");
|
||||
GenomeLoc chr4 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr4");
|
||||
GenomeLoc chr1 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2");
|
||||
GenomeLoc chr3 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3");
|
||||
GenomeLoc chr4 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr4");
|
||||
|
||||
List<File> files = testFiles("contig_less.", 3, ".intervals");
|
||||
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(header, getLocs("chr1", "chr2", "chr3", "chr4"), files);
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(hg18Header, getLocs("chr1", "chr2", "chr3", "chr4"), files);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
|
||||
Assert.assertEquals(locs1.size(), 1);
|
||||
Assert.assertEquals(locs2.size(), 1);
|
||||
|
|
@ -417,24 +447,24 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
|
|||
@Test(expectedExceptions=UserException.BadArgumentValue.class)
|
||||
public void testScatterContigIntervalsMoreFiles() {
|
||||
List<File> files = testFiles("contig_more.", 3, ".intervals");
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(header, getLocs("chr1", "chr2"), files);
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(hg18Header, getLocs("chr1", "chr2"), files);
|
||||
}
|
||||
|
||||
@Test
|
||||
public void testScatterContigIntervalsStart() {
|
||||
List<String> intervals = Arrays.asList("chr1:1-2", "chr1:4-5", "chr2:1-1", "chr3:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr1a = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr1b = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr2 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr3 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr1a = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr1b = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr2 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr3 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:2-2");
|
||||
|
||||
List<File> files = testFiles("contig_split_start.", 3, ".intervals");
|
||||
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(header, getLocs(intervals), files);
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(hg18Header, getLocs(intervals), files);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
|
||||
Assert.assertEquals(locs1.size(), 2);
|
||||
Assert.assertEquals(locs2.size(), 1);
|
||||
|
|
@ -449,18 +479,18 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
|
|||
@Test
|
||||
public void testScatterContigIntervalsMiddle() {
|
||||
List<String> intervals = Arrays.asList("chr1:1-1", "chr2:1-2", "chr2:4-5", "chr3:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr1 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr2a = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr2b = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr3 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr1 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr2a = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr2b = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr3 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:2-2");
|
||||
|
||||
List<File> files = testFiles("contig_split_middle.", 3, ".intervals");
|
||||
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(header, getLocs(intervals), files);
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(hg18Header, getLocs(intervals), files);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
|
||||
Assert.assertEquals(locs1.size(), 1);
|
||||
Assert.assertEquals(locs2.size(), 2);
|
||||
|
|
@ -475,18 +505,18 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
|
|||
@Test
|
||||
public void testScatterContigIntervalsEnd() {
|
||||
List<String> intervals = Arrays.asList("chr1:1-1", "chr2:2-2", "chr3:1-2", "chr3:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr1 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr3a = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr3b = genomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:4-5");
|
||||
GenomeLoc chr1 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr1:1-1");
|
||||
GenomeLoc chr2 = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr2:2-2");
|
||||
GenomeLoc chr3a = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:1-2");
|
||||
GenomeLoc chr3b = hg18GenomeLocParser.parseGenomeInterval("chr3:4-5");
|
||||
|
||||
List<File> files = testFiles("contig_split_end.", 3 ,".intervals");
|
||||
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(header, getLocs(intervals), files);
|
||||
IntervalUtils.scatterContigIntervals(hg18Header, getLocs(intervals), files);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs1 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(0).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs2 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(1).toString()), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs3 = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Arrays.asList(files.get(2).toString()), false);
|
||||
|
||||
Assert.assertEquals(locs1.size(), 1);
|
||||
Assert.assertEquals(locs2.size(), 1);
|
||||
|
|
@ -516,10 +546,10 @@ public class IntervalUtilsUnitTest extends BaseTest {
|
|||
|
||||
@Test(dataProvider="unmergedIntervals")
|
||||
public void testUnmergedIntervals(String unmergedIntervals) {
|
||||
List<GenomeLoc> locs = IntervalUtils.parseIntervalArguments(genomeLocParser, Collections.singletonList(validationDataLocation + unmergedIntervals), false);
|
||||
List<GenomeLoc> locs = IntervalUtils.parseIntervalArguments(hg18GenomeLocParser, Collections.singletonList(validationDataLocation + unmergedIntervals), false);
|
||||
Assert.assertEquals(locs.size(), 2);
|
||||
|
||||
List<GenomeLoc> merged = genomeLocParser.mergeIntervalLocations(locs, IntervalMergingRule.ALL);
|
||||
List<GenomeLoc> merged = hg18GenomeLocParser.mergeIntervalLocations(locs, IntervalMergingRule.ALL);
|
||||
Assert.assertEquals(merged.size(), 1);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -37,8 +37,8 @@ class FullCallingPipelineTest {
|
|||
val k1gChr20Dataset = {
|
||||
val dataset = newK1gDataset("Barcoded_1000G_WEx_chr20", true)
|
||||
|
||||
dataset.validations :+= new IntegerValidation("CountVariants", "dbsnp.eval.called.all.all.all", "nCalledLoci", 1391)
|
||||
dataset.validations :+= new IntegerValidation("CountVariants", "dbsnp.eval.called.all.known.all", "nCalledLoci", 1142)
|
||||
dataset.validations :+= new IntegerValidation("CountVariants", "dbsnp.eval.called.all.all.all", "nCalledLoci", 1392)
|
||||
dataset.validations :+= new IntegerValidation("CountVariants", "dbsnp.eval.called.all.known.all", "nCalledLoci", 1143)
|
||||
dataset.validations :+= new IntegerValidation("CountVariants", "dbsnp.eval.called.all.novel.all", "nCalledLoci", 249)
|
||||
dataset.validations :+= new DoubleValidation("TiTvVariantEvaluator", "dbsnp.eval.called.all.all.all", "tiTvRatio", 3.6250)
|
||||
dataset.validations :+= new DoubleValidation("TiTvVariantEvaluator", "dbsnp.eval.called.all.known.all", "tiTvRatio", 3.7190)
|
||||
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