JUnit test for RefHanger
git-svn-id: file:///humgen/gsa-scr1/gsa-engineering/svn_contents/trunk@584 348d0f76-0448-11de-a6fe-93d51630548a
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7ed496b859
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@ -0,0 +1,213 @@
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// our package
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package org.broadinstitute.sting.utils;
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// the imports for unit testing.
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import org.junit.*;
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import static org.junit.Assert.assertTrue;
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import org.broadinstitute.sting.BaseTest;
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import org.broadinstitute.sting.utils.fasta.FastaSequenceFile2;
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import org.broadinstitute.sting.utils.RefHanger;
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import java.io.File;
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import java.util.Arrays;
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import java.util.List;
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/**
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* Basic unit test for RefHanger
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*
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* interface functions:
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public RefHanger();
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public void clear();
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||||
protected int getLeftOffset();
|
||||
protected int getRightOffset();
|
||||
protected int getOffset(GenomeLoc loc);
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||||
public GenomeLoc getLeftLoc();
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||||
public GenomeLoc getRightLoc();
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||||
public boolean hasLocation(GenomeLoc loc);
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||||
public boolean isEmpty();
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||||
public boolean hasHangers();
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||||
public Hanger popLeft();
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||||
public void dropLeft();
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||||
public Hanger getLeft();
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||||
public Hanger getHanger(int relativePos);
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public Hanger getHanger(GenomeLoc pos);
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||||
public int size();
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||||
public void pushLeft(GenomeLoc pos);
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||||
public void pushLeft(GenomeLoc pos, T datum);
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||||
public void pushLeft(GenomeLoc pos, ArrayList<T> data);
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||||
public void pushRight(GenomeLoc pos);
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||||
public void pushRight(GenomeLoc pos, T datum);
|
||||
public void pushRight(GenomeLoc pos, ArrayList<T> data);
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||||
public boolean ensurePos(GenomeLoc pos);
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||||
public void extendData(GenomeLoc pos, T datum);
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||||
public void addData(List<GenomeLoc> positions, List<T> dataByPos);
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||||
public void expandingPut1(final GenomeLoc loc, T datum);
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||||
public void printState();
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||||
public void expandingPut(GenomeLoc pos, T datum);
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||||
*/
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||||
public class RefHangerTest extends BaseTest {
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private static FastaSequenceFile2 seq;
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private GenomeLoc startLoc;
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||||
private RefHanger<Integer> emptyHanger;
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||||
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||||
/**
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||||
* chrM:1 is the start.
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||||
* 1: 1 2 3
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||||
* 2: 4 5
|
||||
* 3: 6
|
||||
* 4: 7 8
|
||||
* 5: 9 10
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||||
*/
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||||
private static RefHanger<Integer> filledHanger;
|
||||
private static List<Integer> l1, l2, l3, l4, l5;
|
||||
private static GenomeLoc p1, p2, p3, p4, p5;
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||||
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||||
@BeforeClass
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||||
public static void init() {
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// sequence
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||||
seq = new FastaSequenceFile2(new File(seqLocation + "/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta"));
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||||
GenomeLoc.setupRefContigOrdering(seq);
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||||
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||||
System.out.printf("Filled hanger is %n%s%n", makeFilledHanger());
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||||
}
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||||
private static RefHanger makeFilledHanger() {
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||||
RefHanger<Integer> filledHanger = new RefHanger<Integer>();
|
||||
l1 = Arrays.asList(1, 2, 3);
|
||||
l2 = Arrays.asList(4, 5);
|
||||
l3 = Arrays.asList(6);
|
||||
l4 = Arrays.asList(7, 8);
|
||||
l5 = Arrays.asList(9, 10);
|
||||
p1 = new GenomeLoc(0, 1, 1);
|
||||
p2 = new GenomeLoc(p1).nextLoc();
|
||||
p3 = new GenomeLoc(p2).nextLoc();
|
||||
p4 = new GenomeLoc(p3).nextLoc();
|
||||
p5 = new GenomeLoc(p4).nextLoc();
|
||||
|
||||
filledHanger.addDataList(Arrays.asList(p1, p2, p3, p4, p5),
|
||||
Arrays.asList(l1, l2, l3, l4, l5));
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||||
return filledHanger;
|
||||
}
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||||
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||||
@Before
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||||
public void setupHanger() {
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||||
startLoc = new GenomeLoc(0, 1, 1); // chrM 1
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||||
emptyHanger = new RefHanger<Integer>();
|
||||
filledHanger = makeFilledHanger();
|
||||
|
||||
//System.out.printf("Filled hanger is %n%s%n", filledHanger);
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||||
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||||
//GenomeLoc two = new GenomeLoc();
|
||||
}
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||||
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||||
/**
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||||
* Tests that we got a string parameter in correctly
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||||
*/
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||||
@Test
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||||
public void testEmpty() {
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||||
logger.warn("Executing testEmpty");
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||||
assertTrue(emptyHanger.size() == 0);
|
||||
assertTrue(emptyHanger.getLeftOffset() == 0);
|
||||
assertTrue(emptyHanger.getRightOffset() == 0);
|
||||
}
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||||
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||||
@Test (expected=IndexOutOfBoundsException.class )
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||||
public void testEmptyGet() {
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||||
logger.warn("Executing testEmptyGet");
|
||||
emptyHanger.getHanger(0);
|
||||
}
|
||||
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||||
@Test
|
||||
public void testFilledFilling() {
|
||||
logger.warn("Executing testFilledFilling");
|
||||
testBaseFilledHanger();
|
||||
}
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||||
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||||
private void testBaseFilledHanger() {
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||||
assertTrue(filledHanger.size() == 5);
|
||||
assertTrue(! filledHanger.isEmpty());
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasHangers());
|
||||
assertTrue(filledHanger.getLeftOffset() == 0);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getRightOffset() == 4);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p1) == 0);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p2) == 1);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p3) == 2);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p4) == 3);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p5) == 4);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getLeftLoc().compareTo(p1) == 0);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getRightLoc().compareTo(p5) == 0);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getLoc(2).compareTo(p3) == 0);
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p1));
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p2));
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p3));
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p4));
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p5));
|
||||
assertTrue(! filledHanger.hasLocation(new GenomeLoc(0, 6, 6)));
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||||
|
||||
assertTrue(filledHanger.getHanger(0) != null);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getHanger(1) != null);
|
||||
assertTrue((int)(Integer)filledHanger.getHanger(0).data.get(0) == 1);
|
||||
assertTrue((int)(Integer)filledHanger.getHanger(1).data.get(0) == 4);
|
||||
assertTrue((int)(Integer)filledHanger.getHanger(p1).data.get(0) == 1);
|
||||
assertTrue((int)(Integer)filledHanger.getHanger(p2).data.get(0) == 4);
|
||||
}
|
||||
|
||||
@Test
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||||
public void testClear() {
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||||
logger.warn("Executing testClear");
|
||||
assertTrue(filledHanger.size() == 5);
|
||||
assertTrue(! filledHanger.isEmpty());
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasHangers());
|
||||
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||||
filledHanger.clear();
|
||||
|
||||
assertTrue(filledHanger.size() == 0);
|
||||
assertTrue(filledHanger.isEmpty());
|
||||
assertTrue(! filledHanger.hasHangers());
|
||||
}
|
||||
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||||
@Test
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||||
public void testPopLeft() {
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||||
logger.warn("Executing testPopLeft");
|
||||
filledHanger.popLeft();
|
||||
assertTrue(filledHanger.size() == 4);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getRightOffset() == 3);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p2) == 0);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p3) == 1);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p4) == 2);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p5) == 3);
|
||||
assertTrue(! filledHanger.hasLocation(p1));
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p2));
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p3));
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p4));
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p5));
|
||||
}
|
||||
|
||||
@Test
|
||||
public void testDoublePopLeft() {
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||||
logger.warn("Executing testDoublePopLeft");
|
||||
filledHanger.popLeft();
|
||||
filledHanger.popLeft();
|
||||
assertTrue(filledHanger.size() == 3);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getRightOffset() == 2);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p3) == 0);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p4) == 1);
|
||||
assertTrue(filledHanger.getOffset(p5) == 2);
|
||||
assertTrue(! filledHanger.hasLocation(p1));
|
||||
assertTrue(! filledHanger.hasLocation(p2));
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p3));
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p4));
|
||||
assertTrue(filledHanger.hasLocation(p5));
|
||||
}
|
||||
|
||||
@Test
|
||||
public void testPopPushLeft() {
|
||||
logger.warn("Executing testPopPushLeft");
|
||||
filledHanger.popLeft();
|
||||
filledHanger.pushLeft(p1, l1);
|
||||
testBaseFilledHanger();
|
||||
}
|
||||
}
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