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1 748341 . C G 928.51 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.66;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=176;Dels=0.00;HRun=0;MQ=88.04;MQ0=68;QD=6.36;SB=-306.23;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:13:39.12 0/1:19:99.00 0/1:54:99.00
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1 764648 rs28873693 G C 296.83 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=70;Dels=0.00;HRun=0;MQ=33.45;MQ0=49;QD=9.89;SB=-61.87;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:2:6.00 1/1:9:27.08 0/0:2:4.13
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1 766985 rs2980319 A T 3665.15 PASS AB=0.59;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=153;Dels=0.00;HRun=0;MQ=138.68;MQ0=5;QD=23.96;SB=-1391.19;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:26:99.00 1/1:23:68.96 1/1:77:99.00
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1 769890 rs2977613 G T 1563.17 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=72;Dels=0.00;HRun=0;MQ=120.27;MQ0=4;QD=21.71;SB=-763.27;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:10:28.98 1/1:14:41.94 1/1:32:95.77
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1 772088 . G A 162.46 PASS AB=0.38;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=115;Dels=0.00;HRun=0;MQ=142.29;MQ0=4;QD=10.15;SB=-100.94;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:13:93.37 0/0:23:68.67 0/0:50:99.00
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1 772540 . G T 66.86 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.60;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=112;Dels=0.00;HRun=3;MQ=74.86;MQ0=59;QD=2.67;SB=-77.76;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:4:12.02 0/1:7:60.48 0/0:31:93.04
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1 773167 rs2980295 T C 637.30 HARD_TO_VALIDATE AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=74;Dels=0.00;HRun=0;MQ=89.16;MQ0=35;QD=8.61;SB=-313.63;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/1:9:26.56 1/1:1:3.00 1/1:15:44.80
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||||
1 774913 rs2905062 G A 2326.89 PASS AB=0.52;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=112;Dels=0.00;HRun=0;MQ=122.69;MQ0=1;QD=20.78;SB=-1118.94;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:15:83.57 1/0:30:99.00 1/1:56:99.00
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1 775852 rs2980300 T C 2416.42 PASS AB=0.57;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=137;Dels=0.00;HRun=0;MQ=142.55;MQ0=5;QD=17.64;SB=-1060.09;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:18:99.00 1/0:31:99.00 1/0:73:22.95
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1 776655 rs61470310 G T 690.42 SnpCluster;HARD_TO_VALIDATE AB=0.72;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=82;Dels=0.00;HRun=2;MQ=53.96;MQ0=40;QD=8.42;SB=-317.75;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/1:7:8.13 0/1:9:39.43 1/1:17:50.93
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1 777068 rs2905057 G A 852.42 HARD_TO_VALIDATE AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=58;Dels=0.00;HRun=0;MQ=116.55;MQ0=25;QD=14.70;SB=-306.42;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/1:7:20.97 1/1:2:5.99 1/1:18:54.11
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1 777212 . T C 114.16 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=128;Dels=0.00;HRun=0;MQ=139.70;MQ0=1;QD=3.68;SB=-81.94;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:22:99.00 0/0:23:69.17 0/0:55:99.00
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1 777262 rs2905055 G T 2018.19 HARD_TO_VALIDATE AB=0.65;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=115;Dels=0.00;HRun=1;MQ=123.14;MQ0=34;QD=17.55;SB=-1029.01;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:8:13.20 0/1:17:99.00 1/1:48:99.00
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1 777900 . T C 304.11 PASS AB=0.43;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=154;Dels=0.00;HRun=1;MQ=126.10;MQ0=4;QD=8.22;SB=-161.27;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:31:99.00 0/0:30:90.26 0/0:77:99.00
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1 781178 . A G 166.11 HARD_TO_VALIDATE AB=0.66;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=133;Dels=0.00;HRun=0;MQ=103.97;MQ0=29;QD=4.37;SB=-123.72;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:11:33.02 0/1:25:99.00 0/0:48:99.00
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1 782126 rs1044922 A G 284.79 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AC=2;AF=0.50;AN=4;DB=1;DP=113;Dels=0.00;HRun=0;MQ=83.00;MQ0=97;QD=4.83;SB=-84.86;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:3:9.00 ./. 1/1:12:36.00
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1 783052 . G A 341.42 HARD_TO_VALIDATE AB=0.62;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=71;Dels=0.00;HRun=0;MQ=105.75;MQ0=40;QD=5.51;SB=-177.29;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:7:20.68 1/1:7:21.06 1/0:7:64.47
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1 785851 rs59380221 C T 202.90 PASS AB=0.56;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=132;Dels=0.00;HRun=1;MQ=93.87;MQ0=3;QD=7.51;SB=-116.21;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:32:96.07 0/1:24:99.00 0/0:61:99.00
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1 786069 . C T 1366.49 HARD_TO_VALIDATE AB=0.48;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=146;Dels=0.00;HRun=0;MQ=128.21;MQ0=20;QD=11.99;SB=-702.49;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:21:62.69 0/1:18:99.00 0/1:61:99.00
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1 786590 rs2909612 G T 156.49 HARD_TO_VALIDATE AB=0.57;AC=1;AF=0.25;AN=4;DB=1;DP=63;Dels=0.00;HRun=0;MQ=122.20;MQ0=16;QD=3.48;SB=-95.95;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:8:23.77 ./. 0/1:24:99.00
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1 787889 rs4951864 C T 510.94 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=117;Dels=0.00;HRun=0;MQ=65.14;MQ0=96;QD=4.37;SB=-304.42;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/1:1:3.01 1/1:5:15.03 1/1:10:30.08
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1 789870 rs6681049 T C 637.41 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=79;Dels=0.00;HRun=1;MQ=111.21;MQ0=49;QD=8.07;SB=-280.01;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/1:3:8.77 1/1:1:2.81 1/1:18:54.14
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1 790246 rs4951931 C T 1838.20 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=120;Dels=0.00;HRun=0;MQ=103.92;MQ0=55;QD=15.32;SB=-912.77;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/1:7:20.98 1/1:17:50.95 1/1:33:44.74
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1 794457 . A T 601.75 PASS AB=0.61;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=116;Dels=0.00;HRun=3;MQ=136.34;MQ0=5;QD=7.43;SB=-265.53;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:11:99.00 0/0:29:87.11 0/1:38:99.00
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1 794842 . A T 99.76 PASS AB=0.50;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=89;Dels=0.00;HRun=2;MQ=147.12;MQ0=1;QD=8.31;SB=-85.75;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:9:96.03 0/0:20:59.99 0/0:46:99.00
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1 797624 rs4951932 C A 641.39 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=69;Dels=0.00;HRun=1;MQ=124.58;MQ0=43;QD=12.33;SB=-324.72;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:1:2.97 1/1:1:3.00 1/1:17:51.14
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1 798785 rs6594027 G A 690.81 HARD_TO_VALIDATE AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=77;Dels=0.00;HRun=0;MQ=82.55;MQ0=38;QD=8.97;SB=-232.47;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/1:1:2.97 1/1:4:11.92 1/1:17:48.86
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1 798791 rs11240780 C T 565.11 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.83;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=82;Dels=0.00;HRun=0;MQ=75.56;MQ0=46;QD=8.19;SB=-156.86;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:2:5.97 0/1:6:50.34 1/1:17:50.93
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1 799550 . G C 206.46 GATK_STANDARD AB=0.67;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=186;Dels=0.00;HRun=0;MQ=117.78;MQ0=0;QD=1.11;SB=20.98;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:20:37.04 1/0:37:59.24 1/0:70:99.00
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1 800149 rs28410559 G A 429.34 PASS AB=0.60;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=131;Dels=0.00;HRun=0;MQ=99.67;MQ0=2;QD=7.40;SB=-241.72;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:15:84.31 1/0:33:99.00 0/0:60:99.00
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1 800643 rs58686784 G C 209.39 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=101;Dels=0.00;HRun=0;MQ=106.00;MQ0=8;QD=6.98;SB=-129.61;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:11:33.02 1/0:21:99.00 0/0:40:99.00
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1 801212 . G A 106.63 HARD_TO_VALIDATE AB=0.71;AC=1;AF=0.50;AN=2;DB=0;DP=36;Dels=0.00;HRun=0;MQ=148.29;MQ0=7;QD=5.33;SB=-61.28;set=filteredInBoth GT:DP:GQ ./. ./. 1/0:12:99.00
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1 801256 . C T 345.58 HARD_TO_VALIDATE AB=0.52;AC=1;AF=0.50;AN=2;DB=0;DP=44;Dels=0.00;HRun=1;MQ=176.69;MQ0=18;QD=11.15;SB=-188.18;set=filteredInBoth GT:DP:GQ ./. ./. 0/1:14:56.82
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||||
1 801638 . C T 125.55 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.79;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=56;Dels=0.00;HRun=0;MQ=150.70;MQ0=8;QD=3.39;SB=-39.78;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:4:11.94 0/0:9:26.93 0/1:24:99.00
|
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1 801639 . G A 140.02 HARD_TO_VALIDATE AB=0.75;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=58;Dels=0.00;HRun=0;MQ=148.18;MQ0=8;QD=3.78;SB=-37.62;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:3:8.80 0/0:9:26.69 1/0:20:99.00
|
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1 801999 . C G 520.55 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.61;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=101;Dels=0.00;HRun=0;MQ=86.39;MQ0=47;QD=6.27;SB=-251.99;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:6:17.98 0/1:12:99.00 0/1:30:99.00
|
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1 802112 . G A 159.12 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.50;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=117;Dels=0.00;HRun=0;MQ=91.48;MQ0=49;QD=4.82;SB=-125.96;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:7:20.97 1/0:12:99.00 0/0:40:99.00
|
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1 802313 . A G 53.11 PASS AB=0.69;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=138;Dels=0.00;HRun=3;MQ=111.08;MQ0=10;QD=1.83;SB=-72.31;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:20:86.99 0/0:16:47.89 0/0:61:56.08
|
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1 803302 . G A 385.54 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.75;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=155;Dels=0.00;HRun=0;MQ=99.99;MQ0=48;QD=2.49;SB=-188.25;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:12:99.00 1/0:22:99.00 1/0:57:99.00
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1 803503 rs16973606 A G 325.76 HARD_TO_VALIDATE AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=68;Dels=0.00;HRun=1;MQ=108.21;MQ0=28;QD=10.18;SB=-157.15;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:1:2.99 0/0:17:38.58 1/1:12:36.04
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1 803610 rs4970388 G A 533.86 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=96;Dels=0.00;HRun=0;MQ=100.00;MQ0=43;QD=7.41;SB=-281.30;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/1:3:8.96 0/0:17:32.69 1/1:17:17.37
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1 804160 . T A 688.06 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.56;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=220;Dels=0.00;HRun=0;MQ=95.51;MQ0=89;QD=3.13;SB=-364.55;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:11:30.69 1/0:15:88.34 1/0:58:99.00
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1 805021 . T C 99.11 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.45;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=249;Dels=0.00;HRun=1;MQ=104.09;MQ0=157;QD=0.78;SB=-73.43;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:14:18.10 0/0:10:0.38 1/0:53:99.00
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||||
1 805474 . C T 1390.50 PASS AB=0.46;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=210;Dels=0.01;HRun=4;MQ=167.14;MQ0=17;QD=6.62;SB=-639.60;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:23:27.41 0/1:31:11.34 0/1:110:99.00
|
||||
1 805591 . A G 2104.92 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.36;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=241;Dels=0.00;HRun=0;MQ=127.98;MQ0=48;QD=8.73;SB=-473.91;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:31:99.00 0/1:43:99.00 0/1:91:99.00
|
||||
1 805716 . A G 269.48 PASS AB=0.72;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=178;Dels=0.00;HRun=1;MQ=145.73;MQ0=16;QD=1.51;SB=-156.14;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:19:2.20 0/1:28:57.57 0/1:83:99.00
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1 806232 . T A 1001.03 PASS AB=0.65;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=139;Dels=0.00;HRun=1;MQ=180.08;MQ0=3;QD=7.20;SB=-409.03;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:23:99.00 1/0:18:92.16 1/0:84:99.00
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1 806258 . G A 1784.53 PASS AB=0.51;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=150;Dels=0.00;HRun=0;MQ=160.54;MQ0=7;QD=11.90;SB=-518.05;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:24:99.00 1/0:25:99.00 1/0:78:99.00
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1 806378 rs61768241 T A 893.00 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.75;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=252;Dels=0.00;HRun=0;MQ=165.70;MQ0=47;QD=3.54;SB=-475.22;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:29:48.74 1/0:20:72.94 1/0:123:99.00
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1 806471 . C A 3944.59 PASS AB=0.30;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=217;Dels=0.01;HRun=0;MQ=190.21;MQ0=11;QD=18.18;SB=-1530.77;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:20:99.00 1/0:13:74.43 1/0:131:99.00
|
||||
1 806472 . T G 2825.76 PASS AB=0.35;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=211;Dels=0.00;HRun=0;MQ=191.01;MQ0=12;QD=13.39;SB=-1369.07;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:20:99.00 1/0:17:77.78 1/0:126:99.00
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||||
1 806521 . T C 1727.27 SnpCluster;HARD_TO_VALIDATE AB=0.69;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=314;Dels=0.00;HRun=0;MQ=147.42;MQ0=32;QD=5.50;SB=-795.35;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:71:99.00 1/0:14:43.21 1/0:160:99.00
|
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1 806579 . G A 998.65 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.76;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=354;Dels=0.00;HRun=0;MQ=138.64;MQ0=186;QD=2.82;SB=-424.06;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:6:12.12 1/0:13:31.65 1/0:127:99.00
|
||||
1 806588 . A G 2973.07 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.31;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=362;Dels=0.00;HRun=0;MQ=130.73;MQ0=185;QD=8.21;SB=-1250.35;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:9:48.41 0/1:17:99.00 0/1:127:99.00
|
||||
1 806858 . A G 1982.16 SnpCluster;GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.48;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=429;Dels=0.00;HRun=0;MQ=95.64;MQ0=92;QD=4.62;SB=-1024.95;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:56:99.00 0/1:41:99.00 0/1:140:99.00
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||||
1 807037 . C G 1233.62 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.58;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=213;Dels=0.01;HRun=1;MQ=98.64;MQ0=69;QD=5.79;SB=-225.71;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:24:99.00 0/1:20:99.00 0/1:64:99.00
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1 811131 . G A 3011.42 HARD_TO_VALIDATE AB=0.39;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=277;Dels=0.00;HRun=0;MQ=122.16;MQ0=39;QD=10.87;SB=-722.65;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:26:99.00 1/0:31:99.00 1/0:118:99.00
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1 811315 . G A 1011.25 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.55;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=284;Dels=0.00;HRun=1;MQ=118.69;MQ0=65;QD=4.38;SB=-379.24;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:22:99.00 0/0:22:11.96 1/0:113:99.00
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1 811842 . T C 85.84 PASS AB=0.74;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=122;Dels=0.00;HRun=1;MQ=135.75;MQ0=6;QD=0.79;SB=-80.57;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:10:30.07 1/0:22:60.75 1/0:59:61.99
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1 811868 . T A 124.14 HARD_TO_VALIDATE AB=0.70;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=144;Dels=0.00;HRun=0;MQ=91.81;MQ0=28;QD=1.59;SB=-1.98;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:14:4.02 0/0:13:8.50 1/0:44:99.00
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1 811899 . T C 622.42 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.54;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=246;Dels=0.00;HRun=0;MQ=112.76;MQ0=70;QD=2.53;SB=-261.30;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:18:85.88 1/0:28:28.86 1/0:96:99.00
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1 812043 . C T 1200.26 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.46;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=186;Dels=0.00;HRun=0;MQ=127.13;MQ0=53;QD=6.45;SB=-529.48;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:12:62.79 0/1:18:95.03 0/1:69:99.00
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1 812129 . C T 137.94 PASS AB=0.51;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=157;Dels=0.00;HRun=0;MQ=119.26;MQ0=2;QD=1.09;SB=-102.09;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:16:92.67 0/0:21:19.03 0/1:59:82.12
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1 812219 . G C 390.63 PASS AB=0.71;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=122;Dels=0.00;HRun=1;MQ=124.09;MQ0=4;QD=4.11;SB=-159.81;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:13:72.20 0/0:21:30.30 1/0:53:99.00
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1 812359 . G T 436.50 PASS AB=0.60;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=193;Dels=0.00;HRun=1;MQ=168.17;MQ0=14;QD=2.26;SB=-116.63;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:17:13.93 0/1:23:9.41 0/1:82:99.00
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1 812496 . C A 741.09 PASS AB=0.69;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=216;Dels=0.05;HRun=3;MQ=171.36;MQ0=18;QD=4.26;SB=-284.07;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:27:49.16 0/0:31:1.06 1/0:107:99.00
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1 812536 . C T 1699.66 PASS AB=0.32;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=196;Dels=0.00;HRun=0;MQ=187.10;MQ0=0;QD=12.97;SB=-596.21;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:19:22.46 0/0:38:35.82 0/1:96:99.00
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1 812546 . A C 1705.47 PASS AB=0.49;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=200;Dels=0.01;HRun=0;MQ=185.83;MQ0=3;QD=12.18;SB=-797.52;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:20:21.21 0/0:32:0.90 0/1:127:99.00
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1 813041 . T G 8046.67 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.32;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=430;Dels=0.00;HRun=0;MQ=157.90;MQ0=54;QD=18.71;SB=-2325.93;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:60:99.00 1/0:48:99.00 1/0:224:99.00
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1 813157 . G C 2247.88 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.75;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=546;Dels=0.00;HRun=0;MQ=138.59;MQ0=143;QD=4.12;SB=-610.97;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:73:99.00 1/0:40:65.96 1/0:250:99.00
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1 813271 . T C 9531.10 GATK_STANDARD AB=0.21;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=538;Dels=0.00;HRun=0;MQ=123.74;MQ0=50;QD=17.72;SB=-3806.39;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:114:99.00 1/0:30:99.00 1/0:273:99.00
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1 813484 . T C 2418.37 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.62;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=575;Dels=0.00;HRun=1;MQ=113.18;MQ0=246;QD=4.21;SB=-1147.40;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:50:99.00 1/0:29:99.00 1/0:204:99.00
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1 813514 rs61768255 T A 5563.47 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.20;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=627;Dels=0.00;HRun=0;MQ=107.14;MQ0=248;QD=8.87;SB=-2102.61;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:52:99.00 1/0:47:99.00 1/0:188:99.00
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1 814256 . A G 7644.74 GATK_STANDARD AB=0.29;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=482;Dels=0.00;HRun=0;MQ=103.33;MQ0=23;QD=15.86;SB=-3087.59;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:78:99.00 0/1:105:99.00 0/1:212:99.00
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1 814333 . T C 2756.97 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.33;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=367;Dels=0.00;HRun=0;MQ=110.39;MQ0=61;QD=7.51;SB=-1246.10;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:32:99.00 1/0:40:99.00 1/0:143:99.00
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1 815007 . C A 1089.77 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.73;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=902;Dels=0.00;HRun=1;MQ=87.27;MQ0=599;QD=1.21;SB=-310.12;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:35:87.88 1/0:26:24.14 1/0:221:99.00
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1 815129 . G A 2611.95 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.53;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=692;Dels=0.00;HRun=3;MQ=81.92;MQ0=284;QD=3.77;SB=-1041.41;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 1/0:62:99.00 1/0:59:99.00 1/0:180:99.00
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1 815223 . G T 1865.82 HARD_TO_VALIDATE AB=0.41;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=273;Dels=0.00;HRun=1;MQ=125.93;MQ0=37;QD=8.72;SB=-173.01;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:33:99.00 0/0:31:1.46 0/1:110:99.00
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1 822781 rs28765502 T C 2785.91 PASS AB=0.53;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=121;Dels=0.00;HRun=0;MQ=147.08;MQ0=1;QD=23.02;SB=-1328.91;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:18:53.82 1/0:28:99.00 1/1:58:99.00
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1 823165 rs28752186 C T 736.64 HARD_TO_VALIDATE AC=2;AF=0.50;AN=4;DB=1;DP=80;Dels=0.00;HRun=2;MQ=108.47;MQ0=38;QD=16.74;SB=-365.56;set=filteredInBoth GT:DP:GQ ./. 0/0:11:15.78 1/1:22:66.02
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1 824061 rs28385272 T C 477.32 PASS AB=0.62;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=107;Dels=0.00;HRun=0;MQ=143.88;MQ0=0;QD=6.04;SB=-134.09;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:14:49.61 0/0:24:53.29 1/0:56:99.00
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1 824695 rs4411087 G C 2155.69 PASS AB=0.68;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=104;Dels=0.00;HRun=1;MQ=136.22;MQ0=0;QD=20.73;SB=-871.32;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:11:33.05 1/0:21:99.00 1/1:49:99.00
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1 824791 rs4422949 A G 598.83 PASS AB=0.56;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=102;Dels=0.00;HRun=0;MQ=144.40;MQ0=0;QD=7.21;SB=-222.67;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:17:99.00 0/0:18:54.02 0/1:58:99.00
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1 824819 rs7518581 G A 1263.23 PASS AB=0.51;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=105;Dels=0.00;HRun=0;MQ=166.14;MQ0=0;QD=12.03;SB=-645.54;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:13:93.39 1/0:19:99.00 1/0:63:99.00
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1 824862 rs28570054 G A 1136.21 PASS AB=0.52;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=123;Dels=0.00;HRun=1;MQ=162.07;MQ0=0;QD=11.96;SB=-536.66;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:10:99.00 0/0:24:71.67 1/0:71:99.00
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1 824871 . C T 135.17 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=132;Dels=0.00;HRun=0;MQ=160.06;MQ0=0;QD=6.44;SB=-111.59;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:12:99.00 0/0:25:55.03 0/0:66:99.00
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1 825354 . C T 722.33 PASS AB=0.56;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=102;Dels=0.00;HRun=0;MQ=122.03;MQ0=0;QD=8.03;SB=-307.58;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:10:29.49 0/1:32:99.00 0/1:40:99.00
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1 825362 rs4422948 A G 1957.16 PASS AB=0.50;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=115;Dels=0.00;HRun=0;MQ=120.83;MQ0=0;QD=17.02;SB=-997.57;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:12:35.79 0/1:40:99.00 1/1:46:99.00
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1 826759 rs28705752 T C 2257.75 PASS AB=0.47;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=125;Dels=0.00;HRun=0;MQ=146.34;MQ0=1;QD=18.06;SB=-818.39;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:10:29.75 1/0:26:99.00 1/1:62:99.00
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1 826787 . G A 1180.92 PASS AB=0.52;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=131;Dels=0.00;HRun=1;MQ=153.79;MQ0=1;QD=11.47;SB=-485.83;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:10:94.41 0/0:26:78.02 1/0:76:99.00
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1 827055 rs57494724 A G 569.14 PASS AB=0.52;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=105;Dels=0.00;HRun=0;MQ=119.69;MQ0=0;QD=5.42;SB=-311.42;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:11:82.59 0/1:24:99.00 0/1:44:99.00
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1 827291 . G A 165.81 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=160;Dels=0.00;HRun=1;MQ=163.55;MQ0=0;QD=5.53;SB=-108.58;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:23:99.00 0/0:36:78.90 0/0:77:99.00
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1 828250 rs4970384 T C 1642.92 PASS AB=0.54;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=90;Dels=0.00;HRun=1;MQ=116.95;MQ0=0;QD=18.25;SB=-862.77;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:9:26.75 1/0:22:99.00 1/1:46:99.00
|
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1 828418 rs4970383 C A 2248.22 PASS AB=0.47;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=88;Dels=0.00;HRun=1;MQ=159.89;MQ0=0;QD=25.55;SB=-898.05;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:8:23.85 1/0:16:99.00 1/1:54:99.00
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1 828794 rs7523690 A C 228.33 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=157;Dels=0.00;HRun=0;MQ=143.59;MQ0=0;QD=7.14;SB=-85.86;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:28:83.96 0/1:26:99.00 0/0:80:99.00
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1 828966 rs28562941 A G 1952.51 PASS AB=0.64;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=110;Dels=0.00;HRun=1;MQ=122.94;MQ0=0;QD=17.75;SB=-794.53;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:8:24.01 0/1:21:99.00 1/1:59:99.00
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1 830574 . G T 1102.04 PASS AB=0.44;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=100;Dels=0.00;HRun=2;MQ=151.80;MQ0=0;QD=12.11;SB=-485.66;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:6:17.68 0/1:18:99.00 0/1:51:99.00
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1 830616 rs4970382 T C 356.28 PASS AB=0.56;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=75;Dels=0.00;HRun=0;MQ=128.68;MQ0=0;QD=4.75;SB=-183.61;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:12:80.86 1/0:8:17.93 1/0:28:99.00
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1 830948 rs1574243 C G 3848.71 PASS AB=0.48;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=124;Dels=0.00;HRun=1;MQ=152.82;MQ0=0;QD=31.04;SB=-1787.25;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:9:27.05 0/1:22:99.00 1/1:79:99.00
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1 832225 rs28540380 C T 745.93 HARD_TO_VALIDATE AB=0.42;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=95;Dels=0.00;HRun=0;MQ=103.24;MQ0=24;QD=11.13;SB=-407.38;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:3:8.84 0/0:12:35.75 0/1:41:99.00
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1 832400 rs59131686 C T 1323.74 PASS AB=0.48;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=104;Dels=0.00;HRun=0;MQ=151.36;MQ0=0;QD=13.65;SB=-556.17;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:7:21.04 0/1:32:99.00 0/1:56:99.00
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1 832515 rs58666659 C T 674.15 HARD_TO_VALIDATE AB=0.56;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=87;Dels=0.00;HRun=0;MQ=105.65;MQ0=24;QD=9.11;SB=-381.16;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/0:5:14.91 0/1:10:18.79 0/1:32:99.00
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1 832688 rs7519340 A G 1974.33 GATK_STANDARD;HARD_TO_VALIDATE AB=0.88;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=97;Dels=0.00;HRun=0;MQ=117.35;MQ0=15;QD=20.35;SB=-877.24;set=filteredInBoth GT:DP:GQ 0/1:5:16.67 1/1:21:62.82 1/1:47:99.00
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1 835801 rs57760052 G A 1778.63 PASS AB=0.50;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=105;Dels=0.00;HRun=0;MQ=104.34;MQ0=0;QD=16.94;SB=-816.71;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:6:52.29 1/0:23:99.00 1/1:52:99.00
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1 835941 rs28612348 C T 552.61 PASS AB=0.53;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=77;Dels=0.00;HRun=0;MQ=114.77;MQ0=0;QD=9.69;SB=-319.13;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:14:99.00 0/0:12:35.78 0/1:31:99.00
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1 836201 rs4970334 A G 1392.47 PASS AB=0.51;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=117;Dels=0.00;HRun=0;MQ=129.24;MQ0=0;QD=11.90;SB=-691.50;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:13:42.38 0/1:24:99.00 1/1:50:99.00
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1 836261 rs58781670 G A 2033.14 PASS AB=0.43;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=110;Dels=0.00;HRun=0;MQ=122.34;MQ0=0;QD=18.48;SB=-965.19;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:11:95.83 1/0:22:99.00 1/1:54:99.00
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1 836328 rs60454217 C T 997.18 PASS AB=0.52;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=121;Dels=0.00;HRun=0;MQ=130.08;MQ0=0;QD=9.50;SB=-431.89;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:15:44.60 0/1:35:99.00 0/1:59:99.00
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1 836352 rs4970333 T C 1563.83 PASS AB=0.62;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=115;Dels=0.00;HRun=1;MQ=112.89;MQ0=0;QD=13.60;SB=-646.07;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:15:90.25 1/0:30:99.00 1/1:45:99.00
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1 836359 . C T 921.04 PASS AB=0.53;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=111;Dels=0.00;HRun=1;MQ=116.90;MQ0=0;QD=10.01;SB=-349.14;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:11:33.07 0/1:26:99.00 0/1:48:99.00
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1 836406 . G T 502.39 PASS AB=0.64;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=100;Dels=0.00;HRun=0;MQ=127.50;MQ0=0;QD=5.84;SB=-283.78;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:10:29.35 0/1:20:99.00 0/1:51:99.00
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1 837354 rs28407778 G A 875.27 PASS AB=0.56;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=106;Dels=0.00;HRun=0;MQ=160.57;MQ0=0;QD=11.52;SB=-333.45;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:9:78.03 0/0:25:74.55 1/0:60:99.00
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1 837953 rs4246505 G A 1046.58 PASS AB=0.42;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=114;Dels=0.00;HRun=1;MQ=136.14;MQ0=0;QD=12.76;SB=-570.36;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:11:65.82 0/0:29:86.30 1/0:59:99.00
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1 838308 rs4626817 G A 693.02 PASS AB=0.47;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=102;Dels=0.00;HRun=0;MQ=116.31;MQ0=0;QD=10.19;SB=-364.27;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:11:39.35 0/0:29:86.34 1/0:45:99.00
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1 838319 rs11507767 A G 469.33 PASS AB=0.46;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=100;Dels=0.00;HRun=2;MQ=117.13;MQ0=0;QD=6.90;SB=-228.70;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:8:76.69 0/0:28:83.91 0/1:48:99.00
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1 838601 rs3829741 C T 715.29 PASS AB=0.53;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=100;Dels=0.00;HRun=0;MQ=148.10;MQ0=0;QD=8.94;SB=-373.26;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:7:66.02 0/0:13:38.60 0/1:48:99.00
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1 839416 rs6685456 A G 633.72 PASS AB=0.52;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=101;Dels=0.00;HRun=0;MQ=128.99;MQ0=0;QD=8.68;SB=-214.81;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:6:51.33 0/0:22:65.61 0/1:58:99.00
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1 839861 rs13303222 A G 2572.72 PASS AB=0.52;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=111;Dels=0.00;HRun=0;MQ=167.14;MQ0=0;QD=23.18;SB=-884.61;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:9:26.61 0/1:21:99.00 1/1:68:99.00
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1 840234 rs6679046 G T 1274.53 PASS AB=0.55;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=133;Dels=0.00;HRun=0;MQ=169.16;MQ0=5;QD=9.58;SB=-468.56;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:13:80.89 0/1:20:99.00 0/1:74:99.00
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1 840643 rs6657440 C T 996.55 PASS AB=0.56;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=99;Dels=0.00;HRun=0;MQ=144.50;MQ0=0;QD=10.07;SB=-527.73;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:9:80.21 0/1:21:99.00 0/1:52:99.00
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1 841053 rs28609852 G A 539.82 PASS AB=0.61;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=104;Dels=0.00;HRun=0;MQ=132.38;MQ0=0;QD=7.94;SB=-238.69;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:11:84.34 0/0:27:80.78 1/0:43:99.00
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1 841067 rs28552953 G C 470.83 PASS AB=0.60;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=96;Dels=0.00;HRun=1;MQ=115.05;MQ0=0;QD=7.36;SB=-280.59;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:16:99.00 0/0:24:72.12 1/0:36:99.00
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1 841362 rs4970465 A G 1947.78 PASS AB=0.47;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=110;Dels=0.00;HRun=2;MQ=132.01;MQ0=0;QD=17.71;SB=-749.88;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.95 0/1:29:99.00 1/1:59:99.00
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1 841620 rs62677860 A G 1644.19 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=92;Dels=0.00;HRun=0;MQ=126.07;MQ0=0;QD=17.87;SB=-805.35;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:5:14.71 1/1:20:59.26 1/1:47:99.00
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1 841996 rs7518702 C T 1280.32 PASS AB=0.56;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=68;Dels=0.01;HRun=0;MQ=133.18;MQ0=0;QD=18.83;SB=-575.07;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:9:24.01 0/1:19:99.00 1/1:27:78.88
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1 842527 rs28605311 C T 2030.48 PASS AB=0.51;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=117;Dels=0.00;HRun=0;MQ=126.87;MQ0=0;QD=17.35;SB=-871.54;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:13:99.00 0/1:27:99.00 1/1:51:99.00
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1 842621 rs4970462 G C 639.41 PASS AB=0.55;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=98;Dels=0.00;HRun=0;MQ=123.22;MQ0=0;QD=9.27;SB=-324.29;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:14:99.00 0/0:20:41.09 1/0:42:99.00
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1 842738 rs13303369 C T 2109.63 PASS AB=0.49;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=157;Dels=0.00;HRun=0;MQ=178.64;MQ0=0;QD=13.44;SB=-1082.61;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:11:99.00 0/1:23:99.00 0/1:96:99.00
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1 842827 rs4970461 T G 2284.20 PASS AB=0.48;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=117;Dels=0.01;HRun=2;MQ=153.48;MQ0=0;QD=19.52;SB=-845.52;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:10:29.41 1/0:28:99.00 1/1:64:99.00
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1 843102 rs4970380 A G 451.96 PASS AB=0.55;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=103;Dels=0.00;HRun=0;MQ=131.16;MQ0=0;QD=5.65;SB=-271.47;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:16:99.00 0/0:20:59.84 0/1:54:99.00
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1 843668 rs3748591 C T 1259.88 PASS AB=0.48;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=124;Dels=0.00;HRun=0;MQ=142.64;MQ0=0;QD=12.11;SB=-610.89;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:13:39.00 0/1:25:99.00 0/1:70:99.00
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1 843817 rs1806509 C A 919.48 PASS AB=0.56;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=116;Dels=0.00;HRun=0;MQ=141.94;MQ0=0;QD=7.93;SB=-453.96;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:8:20.65 1/0:29:99.00 1/0:63:99.00
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1 844113 rs7537756 A G 837.32 PASS AB=0.46;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=161;Dels=0.00;HRun=0;MQ=139.35;MQ0=0;QD=6.81;SB=-238.75;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:7:36.40 0/0:31:90.75 0/1:81:99.00
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1 844292 . G A 935.03 PASS AB=0.58;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=109;Dels=0.00;HRun=0;MQ=133.29;MQ0=0;QD=9.35;SB=-376.25;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:4:11.99 1/0:25:99.00 1/0:61:99.00
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1 844640 rs13303019 A G 465.80 PASS AB=0.52;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=122;Dels=0.00;HRun=0;MQ=136.01;MQ0=0;QD=4.20;SB=-208.35;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:3:9.00 0/1:12:57.54 0/1:61:99.00
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1 844841 rs13303057 A C 726.15 PASS AB=0.49;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=117;Dels=0.00;HRun=1;MQ=143.36;MQ0=0;QD=6.21;SB=-305.59;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:5:30.83 0/1:22:99.00 0/1:55:99.00
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1 844938 rs6673914 C G 967.58 PASS AB=0.47;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=117;Dels=0.00;HRun=0;MQ=139.92;MQ0=0;QD=8.27;SB=-427.03;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:12:3.87 0/1:17:99.00 0/1:52:99.00
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1 845904 rs61769717 G A 270.39 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=105;Dels=0.00;HRun=0;MQ=143.83;MQ0=0;QD=9.01;SB=-119.84;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:4:11.83 1/0:19:48.93 0/0:46:99.00
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1 845962 rs28534711 T G 850.67 PASS AB=0.57;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=107;Dels=0.00;HRun=0;MQ=118.07;MQ0=0;QD=7.95;SB=-438.17;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:16:99.00 1/0:23:99.00 1/0:62:99.00
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1 845971 rs28742275 A G 353.17 PASS AB=0.56;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=101;Dels=0.00;HRun=0;MQ=121.25;MQ0=0;QD=3.50;SB=-148.20;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:7:14.40 0/1:13:99.00 0/1:51:99.00
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1 846192 rs7414599 C G 316.85 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=134;Dels=0.01;HRun=0;MQ=148.32;MQ0=0;QD=9.90;SB=-162.70;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:19:57.17 0/1:25:99.00 0/0:67:99.00
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1 846323 . G C 780.32 PASS AB=0.45;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=77;Dels=0.00;HRun=3;MQ=129.04;MQ0=0;QD=13.01;SB=-423.57;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:8:93.86 0/0:10:30.03 1/0:44:99.00
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1 846339 rs4040605 A G 595.57 PASS AB=0.47;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=67;Dels=0.00;HRun=0;MQ=104.88;MQ0=0;QD=8.89;SB=-295.46;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:8:23.66 0/1:15:99.00 0/1:29:99.00
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1 847040 rs28409649 T C 680.38 PASS AB=0.55;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=142;Dels=0.00;HRun=0;MQ=131.99;MQ0=0;QD=5.32;SB=-256.94;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:11:33.02 1/0:31:99.00 1/0:67:99.00
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1 847306 rs56663360 C T 763.68 PASS AB=0.55;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=109;Dels=0.00;HRun=0;MQ=150.01;MQ0=0;QD=8.04;SB=-328.86;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:13:38.79 0/1:25:99.00 0/1:47:99.00
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1 847516 rs59192718 C G 1428.80 PASS AB=0.54;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=132;Dels=0.00;HRun=1;MQ=140.12;MQ0=0;QD=12.21;SB=-611.02;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:10:30.08 0/1:27:99.00 0/1:72:99.00
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1 847591 rs6689107 T G 1843.30 PASS AB=0.43;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=94;Dels=0.00;HRun=0;MQ=116.79;MQ0=0;QD=19.61;SB=-759.44;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:13:63.05 1/1:18:53.15 1/1:47:99.00
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1 847903 rs4970460 C A 746.38 PASS AB=0.49;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=132;Dels=0.00;HRun=1;MQ=132.64;MQ0=0;QD=8.58;SB=-329.54;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:16:78.02 0/0:37:99.00 1/0:48:99.00
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||||
1 847914 rs4970459 C T 1150.21 PASS AB=0.42;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=121;Dels=0.00;HRun=0;MQ=143.94;MQ0=0;QD=13.07;SB=-512.42;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:12:99.00 0/0:27:80.25 0/1:66:99.00
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1 848664 rs7418179 A G 834.11 PASS AB=0.64;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=104;Dels=0.00;HRun=0;MQ=144.35;MQ0=0;QD=9.59;SB=-258.98;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:15:44.64 1/1:23:68.26 0/1:47:99.00
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1 850324 rs57465118 G A 736.98 PASS AB=0.40;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=46;Dels=0.00;HRun=0;MQ=83.33;MQ0=0;QD=16.02;SB=-382.83;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:2:10.61 1/1:7:20.92 1/1:22:63.48
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1 850871 rs28521172 G C 928.07 PASS AB=0.67;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=48;Dels=0.00;HRun=0;MQ=85.16;MQ0=0;QD=19.33;SB=-417.10;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:5:50.31 1/1:8:23.99 1/1:22:65.91
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1 851493 rs2879816 G A 260.09 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=89;Dels=0.00;HRun=0;MQ=123.42;MQ0=0;QD=8.13;SB=-133.45;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:8:23.82 1/0:22:99.00 0/0:36:99.00
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1 851671 rs13302982 A G 2160.77 PASS AB=0.40;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=109;Dels=0.00;HRun=0;MQ=139.11;MQ0=0;QD=19.82;SB=-1041.93;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:17:99.00 1/1:23:68.38 1/1:53:99.00
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1 851956 rs13303291 T C 2647.23 PASS AB=0.58;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=116;Dels=0.00;HRun=5;MQ=135.28;MQ0=0;QD=22.82;SB=-1351.53;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:10:38.47 1/1:33:98.47 1/1:58:99.00
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1 858192 rs2341359 A C 1983.69 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=92;Dels=0.00;HRun=0;MQ=130.37;MQ0=0;QD=21.56;SB=-795.85;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:5:14.87 1/1:16:47.44 1/1:51:99.00
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1 858267 rs13302914 C T 1836.90 PASS AB=0.45;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=90;Dels=0.00;HRun=1;MQ=115.82;MQ0=1;QD=20.41;SB=-909.99;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:13:34.37 1/1:15:44.77 1/1:38:93.61
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1 858654 rs13303003 C T 185.07 PASS AB=0.48;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=78;Dels=0.00;HRun=0;MQ=152.68;MQ0=0;QD=6.38;SB=-86.25;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:6:29.28 0/1:12:99.00 0/0:36:99.00
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1 858754 rs13303066 A G 1921.82 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=87;Dels=0.00;HRun=0;MQ=140.68;MQ0=0;QD=22.09;SB=-862.21;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:10:29.92 1/1:19:56.57 1/1:40:99.00
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1 858844 rs13303037 C T 626.17 PASS AB=0.56;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=85;Dels=0.00;HRun=0;MQ=128.45;MQ0=0;QD=7.37;SB=-146.76;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:9:19.68 0/1:18:99.00 0/1:35:99.00
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1 860766 rs13303094 T C 1748.95 PASS AB=0.20;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=88;Dels=0.00;HRun=0;MQ=138.47;MQ0=0;QD=19.87;SB=-903.33;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:5:4.02 1/1:16:48.00 1/1:44:99.00
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1 861197 rs4072383 G T 731.38 PASS AB=0.49;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=85;Dels=0.00;HRun=0;MQ=139.45;MQ0=0;QD=8.60;SB=-410.27;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:4:4.45 0/1:16:99.00 0/1:47:99.00
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1 861861 . C T 452.79 PASS AB=0.65;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=68;Dels=0.00;HRun=0;MQ=107.07;MQ0=0;QD=7.07;SB=-175.36;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:2:5.85 0/1:14:33.67 0/1:29:99.00
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1 866812 . G C 734.28 PASS AB=0.44;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=70;Dels=0.00;HRun=4;MQ=151.73;MQ0=0;QD=12.88;SB=-325.12;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:3:27.43 0/0:11:33.01 1/0:48:99.00
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1 869043 . C T 180.24 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=83;Dels=0.00;HRun=0;MQ=118.07;MQ0=0;QD=7.84;SB=-128.73;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:9:26.75 0/1:21:99.00 0/0:37:99.00
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1 869139 . A G 113.96 PASS AB=0.58;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=83;Dels=0.00;HRun=0;MQ=115.04;MQ0=0;QD=4.22;SB=-81.88;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:6:4.52 0/1:23:99.00 0/0:45:99.00
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1 869180 rs7523549 C T 257.97 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=99;Dels=0.00;HRun=0;MQ=124.42;MQ0=0;QD=8.32;SB=-149.22;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:9:26.58 0/1:26:99.00 0/0:43:99.00
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1 869244 . C T 169.99 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=90;Dels=0.00;HRun=1;MQ=131.73;MQ0=0;QD=10.62;SB=-121.76;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:8:23.95 0/1:13:94.15 0/0:54:99.00
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1 869481 . C T 909.04 PASS AB=0.58;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=108;Dels=0.03;HRun=3;MQ=153.32;MQ0=1;QD=9.57;SB=-394.75;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:10:29.93 0/1:20:99.00 0/1:61:99.00
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1 869539 rs6605067 G A 1207.76 PASS AB=0.60;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=103;Dels=0.00;HRun=3;MQ=171.20;MQ0=4;QD=12.58;SB=-616.57;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:6:17.89 1/1:15:44.99 1/0:65:99.00
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1 869550 rs2839 T C 1969.49 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=91;Dels=0.00;HRun=1;MQ=154.56;MQ0=9;QD=21.64;SB=-846.11;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:3:8.94 1/1:15:43.40 1/1:53:99.00
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1 870101 rs3748592 A G 3224.03 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=120;Dels=0.00;HRun=1;MQ=162.29;MQ0=0;QD=26.87;SB=-1637.58;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.87 1/1:24:71.73 1/1:76:99.00
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1 870253 rs3748593 C A 289.44 PASS AB=0.47;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=100;Dels=0.00;HRun=0;MQ=116.47;MQ0=0;QD=8.04;SB=-182.60;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:9:26.87 1/0:30:99.00 0/0:45:99.00
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1 871597 . T C 464.91 PASS AB=0.68;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=105;Dels=0.00;HRun=0;MQ=122.38;MQ0=0;QD=6.04;SB=-245.53;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.99 0/0:25:74.97 1/0:51:99.00
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1 872666 rs2340582 A G 3024.15 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=121;Dels=0.00;HRun=0;MQ=158.03;MQ0=0;QD=24.99;SB=-1289.64;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:12:35.63 1/1:16:47.78 1/1:76:99.00
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1 872871 rs60851523 C T 903.84 PASS AB=0.52;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=111;Dels=0.00;HRun=0;MQ=125.09;MQ0=0;QD=11.89;SB=-397.84;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.97 0/0:27:80.80 0/1:56:99.00
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1 872904 rs57171501 C G 1547.39 PASS AB=0.44;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=109;Dels=0.00;HRun=2;MQ=143.15;MQ0=0;QD=17.99;SB=-733.88;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:11:33.05 0/0:18:54.15 0/1:71:99.00
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1 873488 rs4970378 A G 2223.74 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=99;Dels=0.00;HRun=2;MQ=123.18;MQ0=0;QD=22.46;SB=-888.97;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:8:23.92 1/1:19:56.60 1/1:54:99.00
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1 873562 rs58979014 C T 786.49 PASS AB=0.46;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=91;Dels=0.00;HRun=0;MQ=128.54;MQ0=0;QD=12.29;SB=-172.11;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:6:17.85 0/0:21:62.31 0/1:48:99.00
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1 873954 rs7522415 C G 2559.54 PASS AB=0.27;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=134;Dels=0.00;HRun=1;MQ=122.13;MQ0=0;QD=19.10;SB=-1325.29;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:9:27.03 0/1:47:99.00 0/1:56:99.00
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1 874257 rs4517296 C T 1126.14 PASS AB=0.49;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=119;Dels=0.00;HRun=1;MQ=135.68;MQ0=0;QD=10.73;SB=-424.54;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:9:26.82 0/1:30:99.00 0/1:60:99.00
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1 875036 . C T 978.77 PASS AB=0.58;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=118;Dels=0.00;HRun=2;MQ=152.51;MQ0=0;QD=9.50;SB=-531.06;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:11:32.80 0/1:24:99.00 0/1:62:99.00
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1 875539 rs4970377 C A 3862.20 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=142;Dels=0.01;HRun=1;MQ=96.61;MQ0=0;QD=27.20;SB=-1721.00;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:25:74.86 1/1:40:88.16 1/1:62:99.00
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1 875869 rs4970375 T C 4485.74 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=162;Dels=0.00;HRun=0;MQ=135.77;MQ0=0;QD=27.69;SB=-2186.95;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:27:80.60 1/1:36:99.00 1/1:88:99.00
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1 876340 . G A 84.73 PASS AB=0.25;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=92;Dels=0.00;HRun=0;MQ=161.72;MQ0=0;QD=10.59;SB=-75.73;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:6:13.76 0/0:17:50.83 0/0:46:99.00
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1 876651 rs10465242 G A 1246.99 PASS AB=0.51;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=108;Dels=0.00;HRun=1;MQ=131.45;MQ0=0;QD=12.60;SB=-516.77;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:8:23.87 1/0:26:99.00 1/0:63:99.00
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1 876922 . G A 338.43 PASS AB=0.57;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=156;Dels=0.00;HRun=0;MQ=139.81;MQ0=0;QD=7.87;SB=-137.51;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:17:50.68 1/0:38:99.00 0/0:78:99.00
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1 877025 rs17160698 T C 1121.64 PASS AB=0.40;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=109;Dels=0.00;HRun=0;MQ=150.77;MQ0=0;QD=14.02;SB=-526.20;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:8:23.88 0/0:25:74.86 1/0:62:99.00
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1 877334 . G A 128.57 PASS AB=0.44;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=140;Dels=0.00;HRun=1;MQ=136.40;MQ0=7;QD=7.14;SB=-95.08;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:11:99.00 0/0:30:89.49 0/0:67:99.00
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1 877423 rs3748595 A C 2336.67 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=100;Dels=0.00;HRun=1;MQ=133.25;MQ0=0;QD=23.37;SB=-927.07;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:14:41.99 1/1:22:65.86 1/1:44:99.00
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1 877664 rs3828047 A G 2429.12 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=107;Dels=0.00;HRun=1;MQ=136.06;MQ0=1;QD=22.70;SB=-1252.40;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:6:17.98 1/1:24:71.10 1/1:61:99.00
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1 878102 rs58215279 C T 1096.32 PASS AB=0.51;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=114;Dels=0.00;HRun=0;MQ=128.56;MQ0=0;QD=13.21;SB=-479.53;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:10:29.99 0/0:19:56.31 0/1:61:99.00
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||||
1 878502 rs3748596 T C 2495.73 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=108;Dels=0.00;HRun=1;MQ=143.88;MQ0=3;QD=23.11;SB=-1256.51;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.74 1/1:19:56.79 1/1:62:99.00
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||||
1 878522 rs3748597 T C 2681.43 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=117;Dels=0.00;HRun=1;MQ=151.70;MQ0=0;QD=22.92;SB=-1215.47;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:5:15.03 1/1:22:65.51 1/1:67:99.00
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1 879313 rs58931985 C A 734.51 PASS AB=0.47;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=84;Dels=0.00;HRun=1;MQ=127.34;MQ0=0;QD=11.48;SB=-409.23;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:12:91.70 0/0:14:41.29 1/0:44:99.00
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1 879461 . G C 1124.84 PASS AB=0.52;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=113;Dels=0.00;HRun=1;MQ=130.85;MQ0=0;QD=12.93;SB=-369.22;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:13:99.00 0/0:22:66.09 1/0:59:99.00
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1 879501 rs13303206 G C 3574.32 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=117;Dels=0.00;HRun=0;MQ=131.29;MQ0=0;QD=30.55;SB=-1703.29;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:11:32.94 1/1:29:87.11 1/1:60:99.00
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||||
1 879576 rs13303051 C A 1838.97 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=77;Dels=0.00;HRun=0;MQ=114.89;MQ0=0;QD=23.88;SB=-891.24;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:15:44.54 1/1:19:56.48 1/1:31:92.63
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||||
1 880009 rs28679271 G A 965.71 PASS AB=0.56;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=133;Dels=0.00;HRun=0;MQ=136.61;MQ0=0;QD=9.96;SB=-497.70;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:14:99.00 0/0:30:85.51 1/0:69:99.00
|
||||
1 880135 . G C 140.98 PASS AB=0.53;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=174;Dels=0.00;HRun=1;MQ=160.98;MQ0=0;QD=9.40;SB=-50.41;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:13:99.00 0/0:32:96.23 0/0:94:99.00
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||||
1 880158 rs6661531 G C 348.22 PASS AB=0.60;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=153;Dels=0.00;HRun=1;MQ=161.25;MQ0=0;QD=7.74;SB=-209.98;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:12:36.03 1/0:40:99.00 0/0:67:99.00
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||||
1 880309 . C T 1101.87 PASS AB=0.51;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=118;Dels=0.00;HRun=0;MQ=133.41;MQ0=0;QD=10.91;SB=-496.29;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:11:32.97 0/1:26:99.00 0/1:59:99.00
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||||
1 880884 rs13302957 G A 2345.19 PASS AB=0.52;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=163;Dels=0.00;HRun=0;MQ=155.74;MQ0=0;QD=17.12;SB=-1050.34;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:19:54.57 1/1:33:98.85 1/0:87:99.00
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||||
1 881958 rs17160703 C T 1193.14 PASS AB=0.46;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=121;Dels=0.00;HRun=0;MQ=145.23;MQ0=0;QD=13.41;SB=-495.38;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:11:27.81 0/0:29:84.79 0/1:61:99.00
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1 882323 rs41285802 G C 245.02 PASS AB=0.64;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=139;Dels=0.00;HRun=0;MQ=140.49;MQ0=0;QD=7.42;SB=-130.70;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:16:48.15 1/0:29:99.00 0/0:62:99.00
|
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1 882608 rs13303227 G A 4524.45 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=151;Dels=0.00;HRun=0;MQ=151.43;MQ0=0;QD=29.96;SB=-2150.43;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:15:44.95 1/1:32:95.97 1/1:87:99.00
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1 883143 rs4970371 G A 3007.06 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=126;Dels=0.00;HRun=0;MQ=143.07;MQ0=0;QD=23.87;SB=-1265.40;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:15:43.77 1/1:19:56.81 1/1:58:99.00
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1 883494 rs6605069 A G 2641.91 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=124;Dels=0.00;HRun=1;MQ=127.15;MQ0=5;QD=21.31;SB=-1216.20;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:16:47.91 1/1:26:22.35 1/1:57:99.00
|
||||
1 885752 . A T 631.77 PASS AB=0.57;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=72;Dels=0.00;HRun=0;MQ=170.08;MQ0=0;QD=10.89;SB=-225.93;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:6:18.00 0/0:6:17.98 0/1:38:99.00
|
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1 887188 rs4970441 G C 242.20 PASS AB=0.48;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=97;Dels=0.00;HRun=1;MQ=151.44;MQ0=0;QD=9.69;SB=-141.58;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:6:18.04 1/0:22:99.00 0/0:57:99.00
|
||||
1 887427 rs13303229 T C 2199.85 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=91;Dels=0.00;HRun=1;MQ=129.54;MQ0=0;QD=24.17;SB=-828.40;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.82 1/1:22:65.25 1/1:53:99.00
|
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1 887593 rs7549631 C T 359.72 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=109;Dels=0.00;HRun=1;MQ=139.90;MQ0=0;QD=14.99;SB=-209.22;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:10:29.70 0/1:20:88.81 0/0:55:99.00
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||||
1 888186 rs6605071 T C 2056.39 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=81;Dels=0.00;HRun=1;MQ=128.59;MQ0=0;QD=25.39;SB=-1024.21;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:6:17.97 1/1:19:56.72 1/1:49:99.00
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||||
1 888476 rs61746776 C T 489.89 PASS AB=0.50;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=88;Dels=0.00;HRun=0;MQ=124.09;MQ0=0;QD=7.65;SB=-235.90;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:9:69.03 0/0:15:44.39 0/1:39:99.00
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||||
1 888863 rs3813184 C T 1193.04 PASS AB=0.35;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=109;Dels=0.00;HRun=0;MQ=132.92;MQ0=0;QD=16.12;SB=-530.64;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:4:12.03 0/0:29:86.43 0/1:56:99.00
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||||
1 890290 . G A 133.88 PASS AB=0.65;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=109;Dels=0.00;HRun=2;MQ=172.49;MQ0=0;QD=5.82;SB=-95.71;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:7:21.00 1/0:23:99.00 0/0:67:99.00
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1 890302 . G A 804.77 PASS AB=0.62;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=122;Dels=0.00;HRun=1;MQ=159.27;MQ0=0;QD=9.04;SB=-433.24;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:6:48.21 0/0:28:83.52 1/0:71:99.00
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||||
1 890542 rs61531461 A G 423.93 PASS AB=0.64;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=108;Dels=0.00;HRun=0;MQ=155.91;MQ0=1;QD=4.99;SB=-255.64;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:13:44.44 0/0:18:53.85 0/1:59:99.00
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||||
1 890593 rs3935066 G A 1011.88 PASS AB=0.48;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=92;Dels=0.00;HRun=0;MQ=152.16;MQ0=0;QD=11.77;SB=-433.46;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:5:14.78 1/0:22:99.00 1/0:48:99.00
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||||
1 890835 rs9697711 T G 2140.54 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=89;Dels=0.00;HRun=1;MQ=131.69;MQ0=0;QD=24.05;SB=-930.96;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:9:26.88 1/1:15:44.77 1/1:53:99.00
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||||
1 890886 rs13303351 T C 1808.80 PASS AB=0.67;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=118;Dels=0.00;HRun=0;MQ=119.17;MQ0=0;QD=15.33;SB=-821.23;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:12:45.10 1/1:24:70.61 1/1:53:99.00
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||||
1 890976 rs57064333 T C 886.81 PASS AB=0.52;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=109;Dels=0.00;HRun=1;MQ=144.60;MQ0=0;QD=10.68;SB=-416.13;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:10:29.79 0/0:22:65.94 1/0:56:99.00
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||||
1 891200 . T G 519.29 PASS AB=0.62;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=105;Dels=0.00;HRun=0;MQ=135.19;MQ0=0;QD=7.02;SB=-178.23;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:10:29.81 0/0:22:65.51 1/0:46:99.00
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1 891470 rs13302996 C G 1143.45 PASS AB=0.48;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=89;Dels=0.00;HRun=6;MQ=137.44;MQ0=0;QD=12.85;SB=-264.42;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:21.04 0/1:21:99.00 0/1:44:99.00
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1 891515 rs2879814 A G 2034.68 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=82;Dels=0.00;HRun=1;MQ=141.05;MQ0=0;QD=24.81;SB=-918.06;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.91 1/1:16:47.71 1/1:51:99.00
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||||
1 891669 rs2879815 G C 819.69 PASS AB=0.50;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=77;Dels=0.00;HRun=3;MQ=120.48;MQ0=0;QD=10.65;SB=-444.79;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:9:20.58 1/0:15:99.00 1/0:31:99.00
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1 891932 . T C 103.49 PASS AB=0.52;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=0;DP=85;Dels=0.00;HRun=4;MQ=131.09;MQ0=0;QD=4.50;SB=-82.81;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:5:14.93 1/0:15:99.00 0/0:42:99.00
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1 892612 . C G 499.95 PASS AB=0.63;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=73;Dels=0.00;HRun=0;MQ=130.47;MQ0=5;QD=6.85;SB=-268.39;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:5:65.79 0/1:7:4.66 0/1:32:99.00
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1 892860 rs7524174 G A 884.73 PASS AB=0.55;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=86;Dels=0.00;HRun=0;MQ=143.21;MQ0=0;QD=11.49;SB=-330.78;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:6:17.99 1/0:15:10.41 1/0:46:99.00
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||||
1 892967 rs6696281 C T 1588.79 PASS AB=0.44;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=111;Dels=0.00;HRun=3;MQ=136.49;MQ0=0;QD=14.31;SB=-784.20;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:9:26.98 0/1:28:99.00 0/1:59:99.00
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1 893184 rs6669800 G A 2729.72 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=111;Dels=0.00;HRun=0;MQ=134.95;MQ0=0;QD=24.59;SB=-1248.65;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:14:41.94 1/1:24:71.76 1/1:50:99.00
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1 893289 rs6696609 C T 1326.36 PASS AB=0.46;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=115;Dels=0.00;HRun=1;MQ=139.51;MQ0=0;QD=15.07;SB=-598.69;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:15:45.10 0/0:20:59.60 0/1:60:99.00
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1 893309 . G A 802.32 PASS AB=0.45;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=87;Dels=0.00;HRun=0;MQ=116.98;MQ0=0;QD=11.14;SB=-361.90;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:11:32.46 1/0:19:99.00 1/0:37:99.00
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1 894028 rs28391282 G A 1507.28 PASS AB=0.53;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=136;Dels=0.00;HRun=0;MQ=145.67;MQ0=0;QD=14.78;SB=-636.88;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:14:41.98 0/0:31:92.68 1/0:80:99.00
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1 894113 . G A 667.88 PASS AB=0.40;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=83;Dels=0.00;HRun=0;MQ=119.95;MQ0=0;QD=11.52;SB=-292.03;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:8:73.37 0/0:20:57.97 1/0:39:99.00
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1 894615 rs35241590 T C 1124.49 PASS AB=0.51;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=148;Dels=0.00;HRun=0;MQ=124.02;MQ0=1;QD=10.81;SB=-471.16;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:23:68.29 0/0:37:99.00 1/0:65:99.00
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1 894880 rs59766802 T C 1457.11 PASS AB=0.45;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=167;Dels=0.00;HRun=0;MQ=139.69;MQ0=0;QD=11.94;SB=-775.09;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:19:56.86 0/0:41:99.00 1/0:93:99.00
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1 895023 rs7555426 C T 1114.31 PASS AB=0.57;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=157;Dels=0.00;HRun=0;MQ=121.98;MQ0=3;QD=9.06;SB=-127.17;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:25:70.68 0/1:28:99.00 0/1:71:99.00
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1 895028 rs7522959 A G 715.15 PASS AB=0.58;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=159;Dels=0.00;HRun=0;MQ=120.83;MQ0=3;QD=5.77;SB=-37.89;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:24:72.12 0/1:35:99.00 0/1:64:99.00
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1 896135 rs28507236 A C 340.19 PASS AB=0.58;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=63;Dels=0.00;HRun=4;MQ=107.70;MQ0=0;QD=6.19;SB=-153.53;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:6:17.90 0/1:13:99.00 0/1:31:99.00
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1 896837 rs28687571 G A 412.63 PASS AB=0.67;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=79;Dels=0.00;HRun=0;MQ=140.65;MQ0=0;QD=8.60;SB=-253.66;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:3:12.88 0/0:26:77.54 1/0:37:99.00
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1 896886 rs28417170 G A 397.59 PASS AB=0.51;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=90;Dels=0.00;HRun=0;MQ=122.67;MQ0=0;QD=8.46;SB=-198.52;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:9:8.66 0/0:19:56.37 1/0:39:99.00
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1 896943 . G A 483.17 PASS AB=0.59;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=0;DP=92;Dels=0.00;HRun=0;MQ=125.16;MQ0=0;QD=7.67;SB=-106.23;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:7:71.78 0/0:26:77.67 1/0:43:99.00
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1 897485 rs59928984 G C 603.09 PASS AB=0.55;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=75;Dels=0.00;HRun=0;MQ=117.25;MQ0=0;QD=10.58;SB=-349.11;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:6:18.05 0/0:12:36.10 1/0:40:99.00
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1 898033 rs28542142 C G 1878.01 PASS AB=0.47;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=71;Dels=0.00;HRun=2;MQ=132.95;MQ0=0;QD=26.45;SB=-778.88;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:6:18.03 0/1:11:99.00 1/1:41:99.00
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1 898277 rs28504611 C T 2402.78 PASS AB=0.45;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=114;Dels=0.00;HRun=0;MQ=136.70;MQ0=0;QD=21.08;SB=-1079.43;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:8:24.50 0/1:22:92.53 1/1:58:99.00
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1 898936 rs3892467 C T 1827.83 PASS AB=0.72;AC=4;AF=0.67;AN=6;DB=1;DP=111;Dels=0.00;HRun=1;MQ=123.18;MQ0=0;QD=16.47;SB=-847.54;set=Intersection GT:DP:GQ 0/1:8:43.77 0/1:26:93.75 1/1:55:99.00
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1 899101 rs3829740 G C 2738.98 PASS AB=0.50;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=101;Dels=0.00;HRun=1;MQ=129.49;MQ0=0;QD=27.12;SB=-1011.32;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:8:24.08 1/0:25:99.00 1/1:57:99.00
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1 899105 rs3829739 A G 604.77 PASS AB=0.54;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=103;Dels=0.00;HRun=2;MQ=122.60;MQ0=0;QD=6.65;SB=-270.08;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:9:26.89 0/1:23:99.00 0/1:57:99.00
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1 899189 rs61573829 C T 1446.56 PASS AB=0.63;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=78;Dels=0.00;HRun=0;MQ=113.77;MQ0=0;QD=20.96;SB=-527.65;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:5:13.38 0/1:14:99.00 1/1:46:99.00
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||||
1 899418 rs2340594 A G 1320.37 PASS AB=0.29;AC=5;AF=0.83;AN=6;DB=1;DP=71;Dels=0.00;HRun=6;MQ=131.47;MQ0=0;QD=18.60;SB=-586.22;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:5:14.94 0/1:18:89.43 1/1:37:99.00
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1 899631 rs2340593 A G 2262.67 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=99;Dels=0.00;HRun=2;MQ=150.91;MQ0=0;QD=22.86;SB=-1080.89;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:4:11.92 1/1:23:64.66 1/1:56:99.00
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1 900257 rs28477686 C T 283.37 PASS AB=0.33;AC=1;AF=0.17;AN=6;DB=1;DP=104;Dels=0.00;HRun=0;MQ=138.79;MQ0=0;QD=12.32;SB=-184.41;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:17:50.25 0/1:20:99.00 0/0:52:99.00
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1 900272 rs28536514 T C 618.15 PASS AB=0.49;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=103;Dels=0.00;HRun=0;MQ=125.53;MQ0=0;QD=6.00;SB=-252.70;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:14:99.00 1/0:16:99.00 1/0:46:99.00
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1 900301 rs6685581 A G 1327.96 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=70;Dels=0.00;HRun=0;MQ=96.00;MQ0=0;QD=18.97;SB=-595.91;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:5:14.87 1/1:19:56.67 1/1:33:97.10
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1 900404 rs61358210 G A 868.94 PASS AB=0.59;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=102;Dels=0.02;HRun=2;MQ=157.78;MQ0=2;QD=9.55;SB=-249.73;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:6:17.71 1/0:15:99.00 1/0:59:99.00
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1 900420 rs57882238 G A 831.68 PASS AB=0.65;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=121;Dels=0.00;HRun=1;MQ=166.85;MQ0=3;QD=7.85;SB=-298.72;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:9:27.02 1/0:12:31.31 1/0:70:99.00
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1 900766 rs4970429 T C 1681.06 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=87;Dels=0.00;HRun=1;MQ=102.03;MQ0=0;QD=19.32;SB=-556.31;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:11:32.66 1/1:18:53.48 1/1:40:99.00
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1 900798 rs2340592 G A 344.17 PASS AB=0.62;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=89;Dels=0.00;HRun=0;MQ=117.72;MQ0=0;QD=5.83;SB=-56.32;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:3:27.72 0/0:25:74.19 1/0:43:99.00
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1 901458 rs7417106 A G 326.71 PASS AB=0.51;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=70;Dels=0.00;HRun=0;MQ=114.90;MQ0=0;QD=5.54;SB=-193.20;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:4:11.92 1/1:7:20.76 0/1:28:99.00
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1 903752 rs2340596 G A 843.00 PASS AB=0.51;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=1;DP=84;Dels=0.00;HRun=0;MQ=169.59;MQ0=0;QD=10.04;SB=-456.69;set=Intersection GT:DP:GQ 1/0:6:21.05 1/0:13:99.00 1/0:38:99.00
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1 904055 rs2340595 G C 2020.74 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=73;Dels=0.01;HRun=1;MQ=112.66;MQ0=0;QD=27.68;SB=-973.83;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:11:33.08 1/1:23:69.10 1/1:30:86.04
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1 904196 rs13302979 C G 1026.60 PASS AB=0.49;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=81;Dels=0.00;HRun=2;MQ=134.24;MQ0=0;QD=13.51;SB=-526.87;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:2:6.01 0/1:21:99.00 0/1:45:99.00
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1 904384 . C T 659.49 PASS AB=0.55;AC=3;AF=0.50;AN=6;DB=0;DP=77;Dels=0.01;HRun=0;MQ=150.25;MQ0=0;QD=10.81;SB=-290.04;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:1:2.96 0/0:12:35.78 0/1:43:99.00
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1 904715 rs13303368 G C 536.53 PASS AB=0.56;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=73;Dels=0.00;HRun=0;MQ=119.25;MQ0=0;QD=9.09;SB=-244.05;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:11:33.09 1/0:15:99.00 1/0:33:99.00
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1 904739 rs13302983 T C 1407.62 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=80;Dels=0.00;HRun=1;MQ=108.66;MQ0=0;QD=17.60;SB=-406.20;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:5:14.82 1/1:17:50.34 1/1:36:99.00
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1 904803 rs13303033 T C 502.39 PASS AB=0.47;AC=2;AF=0.33;AN=6;DB=1;DP=87;Dels=0.00;HRun=0;MQ=114.26;MQ0=0;QD=6.88;SB=-148.20;set=Intersection GT:DP:GQ 0/0:11:33.01 1/0:18:85.16 1/0:43:99.00
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1 905090 rs13303355 A G 1837.91 PASS AC=6;AF=1.00;AN=6;DB=1;DP=81;Dels=0.00;HRun=0;MQ=117.55;MQ0=0;QD=22.69;SB=-920.98;set=Intersection GT:DP:GQ 1/1:7:20.95 1/1:9:26.75 1/1:51:99.00
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