gatk-3.8/public/testdata/vcfexample2.vcf

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1	10020464	.	G	T	74.83	0	AF=0.06;AFrange=0.01-0.13,95%;AlleleBalance=0.74;DoC=152;FisherStrand=20.7;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=170.06;SB=-0.04;SpanningDeletions=0	GT:RD:GQ	0/1:5:2.63	0/0:6:1.80	0/0:1:0.30	0/0:4:1.20	./.	./.	./.	./.	0/0:3:0.90	0/0:1:0.30	0/0:3:0.90	0/0:4:1.20	0/0:1:0.30	0/0:3:0.90	0/1:4:2.93	0/0:2:0.60	0/0:9:0.25	./.	0/0:3:0.87	0/0:2:0.60	0/0:1:0.30	./.	0/0:2:0.60	0/0:3:0.90	0/0:1:0.30	0/0:1:0.30	0/0:2:0.60	0/0:2:0.60	0/0:3:0.90	0/1:5:2.63	0/0:5:1.50	0/0:5:1.50	0/0:3:0.90	0/0:2:0.60	./.	0/0:1:0.30	0/0:4:1.20	0/0:2:0.59	0/0:4:1.20	0/0:3:0.90	0/0:1:0.27	0/1:4:4.81	0/0:4:1.20	0/0:1:0.30	./.	0/1:7:2.23	0/0:1:0.30	0/0:7:1.54	0/1:4:1.23	0/0:1:0.30	0/0:1:0.30	./.	0/0:2:0.30	0/0:2:0.60	0/0:2:0.30	0/0:3:0.90	0/0:1:0.30	0/0:2:0.60	0/0:7:2.06	0/0:2:0.60
1	10020470	.	A	G,T	91.66	0	AF=0.06;AFrange=0.01-0.13,95%;AlleleBalance=0.70;DoC=182;FisherStrand=13.9;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.99;RMSMAPQ=174.37;SB=-0.25;SpanningDeletions=0	GT:RD:GQ	0/1:5:1.74	0/0:6:1.80	0/0:1:0.30	0/0:4:1.20	2/2:1:0.00	./.	./.	./.	0/0:1:0.29	0/0:1:0.24	0/0:2:0.60	0/0:4:1.20	0/0:1:0.30	0/0:4:1.20	0/1:4:2.24	0/0:2:0.60	0/0:9:2.69	0/0:2:0.60	0/0:3:0.88	0/0:1:0.30	0/0:1:0.30	0/0:1:0.30	0/0:3:0.60	0/0:4:1.20	0/0:1:0.30	0/0:1:0.30	0/0:3:0.90	0/0:3:0.60	0/0:6:1.46	0/1:4:2.24	0/1:5:1.66	0/0:9:2.70	0/0:4:1.20	0/0:2:0.60	0/0:2:0.60	0/0:2:0.60	0/0:5:1.49	0/0:3:0.90	0/0:4:1.20	0/0:4:1.20	0/0:1:0.30	0/1:4:5.78	0/0:6:1.80	0/0:2:0.56	./.	0/1:6:4.98	0/0:1:0.30	0/0:9:2.29	0/0:4:1.20	0/0:1:0.29	0/0:1:0.30	./.	0/0:8:1.54	0/0:2:0.60	0/0:1:0.30	0/1:3:2.54	0/0:3:0.90	0/0:3:0.60	0/0:7:2.10	0/0:2:0.60
1	10020484	.	A	C,T	55.89	0	AF=0.04;AFrange=0.01-0.09,95%;AlleleBalance=0.76;DoC=239;FisherStrand=12.2;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.98;RMSMAPQ=181.59;SB=-0.03;SpanningDeletions=0	GT:RD:GQ	0/1:7:2.18	0/0:8:2.40	0/0:3:0.85	0/0:4:1.20	0/0:3:0.90	./.	./.	./.	0/0:4:1.13	0/0:1:0.30	0/0:5:1.50	0/0:4:1.20	0/0:1:0.30	0/0:4:1.20	0/1:4:2.76	0/0:3:0.90	0/0:16:3.57	0/0:3:0.60	0/0:3:0.90	./.	0/0:1:0.30	0/0:2:0.60	0/0:3:0.84	0/0:6:1.43	0/0:1:0.30	0/2:5:1.51	0/0:5:1.35	0/0:3:0.90	0/0:5:1.39	0/1:7:1.85	0/0:8:1.50	0/0:10:2.99	0/0:4:1.20	./.	0/0:4:1.12	0/0:4:1.19	0/0:6:1.80	0/0:5:1.20	0/0:4:1.20	0/0:5:1.40	./.	0/1:4:6.53	0/0:7:2.10	0/0:5:0.59	./.	0/1:5:2.65	0/0:1:0.30	0/0:7:2.09	0/0:4:1.20	0/0:3:0.19	0/0:2:0.60	0/0:2:0.30	0/0:10:2.70	0/0:2:0.60	0/0:2:0.30	0/0:4:1.20	0/0:5:1.49	0/0:4:0.98	0/0:6:1.80	0/0:5:0.90
1	10020485	.	G	A,T	32.66	0	AF=0.03;AFrange=0.01-0.08,95%;AlleleBalance=0.75;DoC=237;FisherStrand=12.3;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=180.16;SB=-0.02;SpanningDeletions=0	GT:RD:GQ	1/0:7:1.04	0/0:8:1.80	0/0:3:0.87	0/0:4:1.20	0/0:3:0.90	./.	./.	./.	0/0:4:1.20	0/0:1:0.30	0/0:5:1.50	0/0:4:1.16	0/0:1:0.30	0/0:4:1.20	1/0:4:2.52	0/0:3:0.90	0/0:16:4.21	0/0:3:0.90	0/0:3:0.90	./.	0/0:1:0.30	0/0:2:0.60	0/0:3:0.90	0/0:6:1.70	0/0:1:0.30	0/0:5:1.41	0/0:5:1.31	0/0:3:0.90	0/0:5:0.19	1/0:7:1.52	0/0:6:1.71	0/0:10:2.94	0/0:4:1.15	./.	0/0:4:1.12	0/0:4:1.19	0/0:6:1.80	0/0:5:1.49	0/0:4:1.20	0/0:5:1.50	./.	1/0:4:5.01	0/0:7:2.11	0/0:6:1.78	./.	1/0:5:2.22	0/0:1:0.30	0/0:7:1.21	0/0:4:1.19	0/0:3:0.41	0/0:2:0.60	0/0:2:0.60	0/0:10:3.00	0/0:2:0.60	0/0:2:0.60	0/0:4:1.20	0/0:5:0.71	0/0:4:1.02	0/0:6:1.80	0/2:4:1.73
1	10020492	.	T	A,G	44.35	0	AF=0.03;AFrange=0.01-0.09,95%;AlleleBalance=0.68;DoC=284;FisherStrand=1.4;HomopolymerRun=1;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=1.00;RMSMAPQ=184.59;SB=-0.04;SpanningDeletions=0	GT:RD:GQ	1/0:8:1.35	0/0:7:2.10	0/0:5:1.46	0/0:4:1.20	0/0:4:1.20	./.	0/0:2:0.60	0/0:1:0.30	0/0:5:0.90	0/0:1:0.30	0/0:10:3.01	0/0:5:1.50	2/0:2:0.79	0/0:4:1.17	1/0:4:2.65	0/0:3:0.90	0/0:16:4.75	0/0:3:0.60	0/0:3:0.90	0/0:1:0.29	0/0:3:0.90	1/0:4:0.68	1/0:2:0.38	0/0:6:1.50	0/0:1:0.30	0/0:11:2.12	0/0:4:0.90	0/0:4:1.20	0/0:11:2.10	1/0:8:1.36	0/0:11:2.44	0/0:10:2.95	0/0:4:1.19	0/0:1:0.30	0/0:4:1.12	0/0:6:1.80	0/0:5:1.48	0/0:4:1.20	0/0:4:1.20	0/0:2:0.60	./.	1/0:3:2.46	0/0:7:2.11	0/0:6:1.78	0/0:1:0.28	1/0:4:2.56	0/0:1:0.30	0/0:8:2.00	0/0:6:1.80	0/0:3:0.90	0/0:2:0.60	0/0:2:0.60	0/0:9:2.40	0/0:2:0.60	0/0:5:0.90	0/0:5:1.50	0/0:6:1.49	0/0:5:1.42	0/0:7:2.10	0/0:9:2.41
1	10020615	.	C	T,A	162.10	0	AF=0.04;AFrange=0.01-0.10,95%;AlleleBalance=0.72;DoC=285;FisherStrand=1.1;HomopolymerRun=0;MAPQ0=0;NS=60;OnOffGenotype=0.93;RMSMAPQ=195.54;SB=-67.56;SpanningDeletions=0	GT:RD:GQ	0/0:5:1.50	0/0:10:2.67	0/0:6:1.80	0/0:5:1.50	0/0:4:1.17	./.	0/0:6:1.81	1/1:1:0.00	0/0:8:2.39	0/0:8:2.34	0/0:22:6.26	0/0:1:0.15	0/0:3:0.90	0/0:2:0.60	2/2:3:0.90	0/0:3:0.90	2/0:11:6.64	0/0:2:0.60	0/0:6:1.62	0/0:3:0.77	0/0:3:0.90	0/0:3:0.90	0/0:7:2.06	0/0:6:1.79	./.	0/0:10:2.97	0/0:4:1.20	0/0:4:0.51	0/0:14:3.83	0/0:1:0.30	2/0:11:4.92	0/0:5:1.45	0/0:3:0.86	0/0:1:0.30	0/0:2:0.60	0/0:6:1.80	0/0:2:0.60	0/0:3:0.90	0/0:4:1.20	2/0:5:5.46	0/0:5:1.49	0/0:2:0.55	2/0:8:2.15	0/0:5:1.49	0/0:5:1.41	0/0:3:0.90	./.	0/0:4:0.91	0/0:3:0.90	0/0:10:2.71	0/0:1:0.30	0/0:3:0.90	0/0:1:0.30	0/0:4:1.19	0/0:9:2.70	0/0:3:0.90	0/0:4:0.87	0/0:2:0.30	0/0:6:1.79	0/0:4:1.20