thread=128

n1=~/data/na12878-1.fq.gz
n2=~/data/na12878-2.fq.gz


#n1=~/data/dataset/real/D1/1w1.fq
#n2=~/data/dataset/real/D1/1w2.fq

#n1=~/data/dataset/real/D1/n1.fq.gz
#n2=~/data/dataset/real/D1/n2.fq.gz

#n1=~/data/dataset/real/D2/n1.fq.gz
#n2=~/data/dataset/real/D2/n2.fq.gz

#n1=~/data/dataset/real/D3/n1.fq.gz
#n2=~/data/dataset/real/D3/n2.fq.gz

#n1=~/data/dataset/real/D4/n1.fq.gz
#n2=~/data/dataset/real/D4/n2.fq.gz

#n1=~/data/dataset/real/D5/n1.fq.gz
#n2=~/data/dataset/real/D5/n2.fq.gz


reference=~/data/fmt_ref/human_g1k_v37_decoy.fasta

out=./out.sam
#out=/dev/null
sudo /home/zzh/clean_mem.sh
rm $out

time ./fastbwa mem -t $thread -M -R @RG\\tID:normal\\tSM:normal\\tPL:illumina\\tLB:normal\\tPG:bwa \
    $reference \
    $n1 \
    $n2 \
    -o $out -2 #-Z

#-K 2560000000 \
#-K 2100000000