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40544d02fe
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在gz_read部分加了异步读取
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2025-01-13 20:24:20 +08:00 |
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b50360bb48
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整合了ert seeding，结果正确，完善了shm
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2024-08-06 03:08:10 +08:00 |
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364ee9756e
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添加了共享内存支持，成功构建ert索引
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2024-08-03 17:26:32 +08:00 |
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9c9502d584
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clean代码，结果正确
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2024-07-26 04:15:55 +08:00 |
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8c2a90e3e2
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修改了双线程解压读写fastq.gz的bug，修改了一些测试代码
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2024-06-24 18:11:54 +08:00 |
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d1a5715e56
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将fputs改成fwrite，写入效率提升30%
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2024-04-06 20:53:42 +08:00 |
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d41c038616
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清理一些fprintf
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2024-04-06 16:08:43 +08:00 |
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3e20d7ee0f
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解决了创建bwt索引时，一同创建fmt相关的索引相关的bug，现在可以正常一起创建索引了，接下来还可以将sa和bytesa一起创建来减小时间
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2024-04-06 15:05:20 +08:00 |
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20e072f6af
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所有代码都合并了，还差一点建立索引的时候，一起都建立了
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2024-04-02 07:42:37 +08:00 |
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dd03596997
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加入了获取reads和extension数据的代码
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2024-03-27 23:47:39 +08:00 |
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1e3965cb7d
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添加了可同时读写的pipeline，优化了时间统计
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2024-03-24 04:40:09 +08:00 |
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zzh
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d728ddbe2c
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解决了bsw上边界同样的问题，解决了seed3的一个bug
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2024-03-23 03:23:05 +08:00 |
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2eaeb26858
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添加了直接扩展两个碱基的函数
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2024-03-14 15:32:34 +08:00 |
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856a0e0c01
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改成了batch模式，对na12878有效果
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2024-03-09 11:39:40 +08:00 |
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7d085962a2
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开始改成sbwa那种batch模式
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2024-03-07 18:23:21 +08:00 |
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6e1dd08fb6
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将seed和extend部分修改成了batch模式，好像没啥效果
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2024-02-23 01:09:08 +08:00 |
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4bd0fd4f91
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做了一些代码清理，目前结果应该是完全一致的
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2024-02-22 01:26:57 +08:00 |
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17618ee5f2
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解决了sa的bug，现在结果和原版一模一样
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2024-02-21 15:21:56 +08:00 |
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fc2e0d9b0b
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实现了seed过程的所有加速想法，seed部分实现了3倍左右加速比
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2024-02-20 01:12:02 +08:00 |
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4a1c2cd3db
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修改一些注释疏忽的问题
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2024-02-16 21:23:55 +08:00 |
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7dceae8c5d
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seed三个步骤，全部用fmt实现，而且结果一致
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2024-02-16 20:59:59 +08:00 |
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9d45fd02fb
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添加了bit过滤，解决了一些bug，现在seed1和seed2都没问题了
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2024-02-16 00:18:14 +08:00 |
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463f7da138
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将smem1函数用fmt结构实现了，结果基本正确
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2024-02-07 22:08:51 +08:00 |
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zzh
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bf678f4dae
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实现了用33bit表示sa，间隔为4，释放内存的时候会崩溃
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2023-12-27 10:42:12 +08:00 |
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zzh
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c981585fd2
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添加了运行时间计算代码，用来分析性能
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2023-12-25 13:58:15 +08:00 |
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zzh
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293f3bb80e
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添加了fmt_idx文件，开始改进seed过程
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2023-12-25 11:11:19 +08:00 |