13 Commits (main)

Author	SHA1	Message	Date
zzh	b50360bb48	整合了ert seeding，结果正确，完善了shm	2024-08-06 03:08:10 +08:00
zzh	8c2a90e3e2	修改了双线程解压读写fastq.gz的bug，修改了一些测试代码	2024-06-24 18:11:54 +08:00
zzh	20e072f6af	所有代码都合并了，还差一点建立索引的时候，一起都建立了	2024-04-02 07:42:37 +08:00
zzh	d728ddbe2c	解决了bsw上边界同样的问题，解决了seed3的一个bug	2024-03-23 03:23:05 +08:00
zzh	856a0e0c01	改成了batch模式，对na12878有效果	2024-03-09 11:39:40 +08:00
zzh	7d085962a2	开始改成sbwa那种batch模式	2024-03-07 18:23:21 +08:00
zzh	4bd0fd4f91	做了一些代码清理，目前结果应该是完全一致的	2024-02-22 01:26:57 +08:00
zzh	fc2e0d9b0b	实现了seed过程的所有加速想法，seed部分实现了3倍左右加速比	2024-02-20 01:12:02 +08:00
zzh	7dceae8c5d	seed三个步骤，全部用fmt实现，而且结果一致	2024-02-16 20:59:59 +08:00
zzh	9d45fd02fb	添加了bit过滤，解决了一些bug，现在seed1和seed2都没问题了	2024-02-16 00:18:14 +08:00
zzh	d41b8da061	kmer长度变为14，结果正确	2024-02-12 20:54:57 +08:00
zzh	463f7da138	将smem1函数用fmt结构实现了，结果基本正确	2024-02-07 22:08:51 +08:00
zzh	293f3bb80e	添加了fmt_idx文件，开始改进seed过程	2023-12-25 11:11:19 +08:00