diff --git a/Makefile b/Makefile
index 40a93ad..726cdf2 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -63,7 +63,7 @@ bwt_gen.o: QSufSort.h malloc_wrap.h
 bwt_lite.o: bwt_lite.h malloc_wrap.h
 bwtaln.o: bwtaln.h bwt.h bwtgap.h utils.h bwa.h bntseq.h malloc_wrap.h
 bwtgap.o: bwtgap.h bwt.h bwtaln.h malloc_wrap.h
-bwtindex.o: bntseq.h bwt.h utils.h malloc_wrap.h
+bwtindex.o: bntseq.h bwt.h utils.h rle.h rope.h malloc_wrap.h
 bwtsw2_aux.o: bntseq.h bwt_lite.h utils.h bwtsw2.h bwt.h kstring.h
 bwtsw2_aux.o: malloc_wrap.h bwa.h ksw.h kseq.h ksort.h
 bwtsw2_chain.o: bwtsw2.h bntseq.h bwt_lite.h bwt.h malloc_wrap.h ksort.h
@@ -82,4 +82,6 @@ main.o: kstring.h malloc_wrap.h utils.h
 malloc_wrap.o: malloc_wrap.h
 maxk.o: bwa.h bntseq.h bwt.h bwamem.h kseq.h malloc_wrap.h
 pemerge.o: ksw.h kseq.h malloc_wrap.h kstring.h bwa.h bntseq.h bwt.h utils.h
+rle.o: rle.h
+rope.o: rle.h rope.h
 utils.o: utils.h ksort.h malloc_wrap.h kseq.h