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.vscode
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添加了kmer_bit，用来检测特定长度的kmer有没有对应的fm-index匹配
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2024-02-13 11:39:25 +08:00 |
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.gitignore
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清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试
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2024-02-03 02:31:00 +08:00 |
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Makefile
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清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试
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2024-02-03 02:31:00 +08:00 |
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README.md
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Initial commit
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2023-08-23 11:32:55 +08:00 |
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bwt.cpp
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添加了14个碱基长度的kmer结果，还没有合并
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2024-02-10 19:04:33 +08:00 |
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bwt.h
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添加了kmer_bit，用来检测特定长度的kmer有没有对应的fm-index匹配
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2024-02-13 11:39:25 +08:00 |
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fmt_index.cpp
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添加了kmer_bit，用来检测特定长度的kmer有没有对应的fm-index匹配
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2024-02-13 11:39:25 +08:00 |
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fmt_index.h
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添加了kmer_bit，用来检测特定长度的kmer有没有对应的fm-index匹配
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2024-02-13 11:39:25 +08:00 |
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main.cpp
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清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试
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2024-02-03 02:31:00 +08:00 |
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sa.cpp
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清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试
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2024-02-03 02:31:00 +08:00 |
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sa.h
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对代码进行了重构，基本完成了fmt-index数据结构的建立和序列查找代码，保留着一些调试信息
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2024-01-25 15:45:59 +08:00 |
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util.cpp
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添加了kmer index，有效果，但是不明显，有可能是随着序列的边长，后边的扩展更耗时
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2024-02-03 10:06:51 +08:00 |
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util.h
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添加了kmer index，有效果，但是不明显，有可能是随着序列的边长，后边的扩展更耗时
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2024-02-03 10:06:51 +08:00 |
b0cfa3630e