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C
#ifndef COMMON_H_
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#define COMMON_H_
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#include <stdlib.h>
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#include <stdint.h>
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typedef uint64_t bwtint_t;
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#define xassert(cond, msg) \
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if ((cond) == 0) \
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_err_fatal_simple_core(__func__, msg)
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double realtime(void);
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// 在fm-indexv(或者bwt)查找过程中，记录结果
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struct bwtintv_t
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{
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bwtint_t x[3], info; // x[0]表示正链位置，x[1]表示互补链位置，x[2]表示间隔长度，info 表示read的起始结束位置
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};
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// 读取二进制数据
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bwtint_t fread_fix(FILE *fp, bwtint_t size, void *a);
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// 给出问题信息并终止程序
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void _err_fatal_simple_core(const char *func, const char *msg);
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// base转成2bit值
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int bval(char b);
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// 互补碱基值
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int cbval(char b);
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#endif |