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对bwa各个部分进行性能测试分析
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265 KiB
C++ 91%
C 7.9%
Makefile 1.1%
 
 
 
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zzh 46822bef2c 实现了kmer index，有效果，但是随着序列扩展到后边，扩展的耗时越来越长 2024-02-03 15:54:52 +08:00
.vscode 解决了各种bug，目前mid interval和普通的occ interval合并在一起处理了，通过编译指导语句，进行选择和调试 2024-02-02 22:18:27 +08:00
.gitignore 清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试 2024-02-03 02:31:00 +08:00
Makefile 清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试 2024-02-03 02:31:00 +08:00
README.md Initial commit 2023-08-23 11:32:55 +08:00
bwt.cpp 实现了kmer index，有效果，但是随着序列扩展到后边，扩展的耗时越来越长 2024-02-03 15:54:52 +08:00
bwt.h 添加了kmer index，有效果，但是不明显，有可能是随着序列的边长，后边的扩展更耗时 2024-02-03 10:06:51 +08:00
fmt_index.cpp 实现了kmer index，有效果，但是随着序列扩展到后边，扩展的耗时越来越长 2024-02-03 15:54:52 +08:00
fmt_index.h 实现了kmer index，有效果，但是随着序列扩展到后边，扩展的耗时越来越长 2024-02-03 15:54:52 +08:00
main.cpp 清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试 2024-02-03 02:31:00 +08:00
sa.cpp 清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试 2024-02-03 02:31:00 +08:00
sa.h 对代码进行了重构，基本完成了fmt-index数据结构的建立和序列查找代码，保留着一些调试信息 2024-01-25 15:45:59 +08:00
util.cpp 添加了kmer index，有效果，但是不明显，有可能是随着序列的边长，后边的扩展更耗时 2024-02-03 10:06:51 +08:00
util.h 添加了kmer index，有效果，但是不明显，有可能是随着序列的边长，后边的扩展更耗时 2024-02-03 10:06:51 +08:00

README.md

bwa_perf

对bwa各个部分进行性能测试分析