对bwa各个部分进行性能测试分析

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zzh 45318fc95b 解决了各种bug，目前mid interval和普通的occ interval合并在一起处理了，通过编译指导语句，进行选择和调试		2024-02-02 22:18:27 +08:00
.vscode	解决了各种bug，目前mid interval和普通的occ interval合并在一起处理了，通过编译指导语句，进行选择和调试	2024-02-02 22:18:27 +08:00
.gitignore	解决了一些bug，目前看来fmt可以正常工作	2024-01-27 00:42:47 +08:00
Makefile	mid interval支持8和16，代码中含有注释掉的调试信息，发现并解决了一个数据溢出的bug	2024-02-02 03:59:35 +08:00
README.md	Initial commit	2023-08-23 11:32:55 +08:00
bwt.cpp	解决了各种bug，目前mid interval和普通的occ interval合并在一起处理了，通过编译指导语句，进行选择和调试	2024-02-02 22:18:27 +08:00
bwt.h	解决了各种bug，现在结果是准确的，比原始的扩展快了30%，比64间隔的扩展快了20%	2024-02-01 13:04:57 +08:00
fmt_index.cpp	解决了各种bug，目前mid interval和普通的occ interval合并在一起处理了，通过编译指导语句，进行选择和调试	2024-02-02 22:18:27 +08:00
fmt_index.h	解决了各种bug，目前mid interval和普通的occ interval合并在一起处理了，通过编译指导语句，进行选择和调试	2024-02-02 22:18:27 +08:00
main.cpp	对代码进行了重构，基本完成了fmt-index数据结构的建立和序列查找代码，保留着一些调试信息	2024-01-25 15:45:59 +08:00
sa.cpp	对代码进行了重构，基本完成了fmt-index数据结构的建立和序列查找代码，保留着一些调试信息	2024-01-25 15:45:59 +08:00
sa.h	对代码进行了重构，基本完成了fmt-index数据结构的建立和序列查找代码，保留着一些调试信息	2024-01-25 15:45:59 +08:00
util.cpp	解决了一些bug，目前看来fmt可以正常工作	2024-01-27 00:42:47 +08:00
util.h	结果正确性没有问题，正在测试速度，稍快一些	2024-01-28 14:51:40 +08:00

README.md

bwa_perf

对bwa各个部分进行性能测试分析