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1.5 KiB
C
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#ifndef COMMON_H_
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#define COMMON_H_
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#include <stdlib.h>
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#include <stdint.h>
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extern double t1, t2, t3, t4, t5, t6, t7, t8, t9, t10, t11, t12, t13, t14;
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extern long f1, f2, f3, f4, f5;
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typedef uint64_t bwtint_t;
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#define xassert(cond, msg) \
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if ((cond) == 0) \
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_err_fatal_simple_core(__func__, msg)
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#define xopen(fn, mode) err_xopen_core(__func__, fn, mode)
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double realtime(void);
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typedef struct
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{
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int qs; // query start
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int qe; // query end [)
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int reverse; // 反向链
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uint32_t rs; // 参考基因的起始点(包含)
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} ref_match_t;
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// 在fm-indexv(或者bwt)查找过程中，记录结果
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struct bwtintv_t
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{
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bwtint_t x[3], info; // x[0]表示正链位置，x[1]表示互补链位置，x[2]表示间隔长度，info 表示read的起始结束位置
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int num_match;
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ref_match_t rm[2];
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};
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// 读取单个数据
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size_t err_fread_noeof(void *ptr, size_t size, size_t nmemb, FILE *stream);
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// 读取二进制数据
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bwtint_t fread_fix(FILE *fp, bwtint_t size, void *a);
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// 给出问题信息并终止程序
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void _err_fatal_simple_core(const char *func, const char *msg);
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// base转成2bit值
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int bval(char b);
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// 互补碱基值
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int cbval(char b);
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// 打开文件流
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FILE *err_xopen_core(const char *func, const char *fn, const char *mode);
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// 写二进制文件
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size_t err_fwrite(const void *ptr, size_t size, size_t nmemb, FILE *stream);
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// 刷新文件流
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int err_fflush(FILE *stream);
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// 关闭文件流
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int err_fclose(FILE *stream);
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#endif |