#ifndef COMMON_H_
#define COMMON_H_

#include <stdlib.h>
#include <stdint.h>

typedef uint64_t bwtint_t;

#define xassert(cond, msg) \
    if ((cond) == 0)       \
    _err_fatal_simple_core(__func__, msg)

    double realtime(void);

// 在fm-indexv(或者bwt)查找过程中，记录结果
struct bwtintv_t
{
    bwtint_t x[3], info; // x[0]表示正链位置，x[1]表示互补链位置，x[2]表示间隔长度，info 表示read的起始结束位置
};

// 读取二进制数据
bwtint_t fread_fix(FILE *fp, bwtint_t size, void *a);
// 给出问题信息并终止程序
void _err_fatal_simple_core(const char *func, const char *msg);

// base转成2bit值
int bval(char b);
// 互补碱基值
int cbval(char b);

#endif