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Commit Graph

  • 98ae5bb779 消融实验测试版本 main zzh 2024-04-01 21:32:48 +0800
  • bad3112151 在这个基础上修改用于测试fmt消融测试的版本 zzh 2024-03-25 10:41:02 +0800
  • b0cfa3630e 添加了kmer_bit，用来检测特定长度的kmer有没有对应的fm-index匹配 zzh 2024-02-13 11:39:25 +0800
  • 1b77566567 添加了14个碱基长度的kmer结果，还没有合并 zzh 2024-02-10 19:04:33 +0800
  • 46822bef2c 实现了kmer index，有效果，但是随着序列扩展到后边，扩展的耗时越来越长 zzh 2024-02-03 15:54:52 +0800
  • 914cbd34ab 添加了kmer index，有效果，但是不明显，有可能是随着序列的边长，后边的扩展更耗时 zzh 2024-02-03 10:06:51 +0800
  • 5a055625c3 清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试 zzh 2024-02-03 02:31:00 +0800
  • 45318fc95b 解决了各种bug，目前mid interval和普通的occ interval合并在一起处理了，通过编译指导语句，进行选择和调试 zzh 2024-02-02 22:18:27 +0800
  • 5ff04ec853 去掉了一些调试代码，fmt增加了小间隔同时计算的代码，但是效果不明显，后续可能会删掉 zzh 2024-02-02 12:53:34 +0800
  • 5f18167703 mid interval支持8和16，代码中含有注释掉的调试信息，发现并解决了一个数据溢出的bug zzh 2024-02-02 03:59:35 +0800
  • e8ceb3ff58 解决了各种bug，现在结果是准确的，比原始的扩展快了30%，比64间隔的扩展快了20% zzh 2024-02-01 13:04:57 +0800
  • a500d76eaa 解决了创建fmt时候的bug，获取bwt str地址时候应该用bwt 的 occ-interval计算，而不是fmt的occ interval zzh 2024-01-31 15:50:33 +0800
  • fe34be5d3a 解决了创建fmt过程中的bug，把bwt中保存occ的类型从uint64改成了uint32 zzh 2024-01-31 02:19:08 +0800
  • 555e39df94 验证了fmt-index的正确性，用两种方式进行了实现，第二种记录b1和b2的occ以及大于他们的碱基的occ，更快一些 zzh 2024-01-29 23:14:46 +0800
  • 22b75d335b 结果正确性没有问题，正在测试速度，稍快一些 zzh 2024-01-28 14:51:40 +0800
  • c69cb901bb 解决了一些bug，目前看来fmt可以正常工作 Gitea 2024-01-27 00:42:47 +0800
  • 8e1576a2cd 对代码进行了重构，基本完成了fmt-index数据结构的建立和序列查找代码，保留着一些调试信息 Gitea 2024-01-25 15:40:57 +0800
  • 6161808f60 Merge branch 'main' of ssh://zzhict.top:6622/zzh/bwa_perf into main Gitea 2024-01-25 08:59:10 +0800
  • 51127278f0 bwa-mem各个部分优化和测试工程，初始化 Gitea 2024-01-25 08:57:03 +0800
  • f1471ebab2 Initial commit zzh 2023-08-23 11:32:55 +0800