zzh
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5ff04ec853
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去掉了一些调试代码，fmt增加了小间隔同时计算的代码，但是效果不明显，后续可能会删掉
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2024-02-02 12:53:34 +08:00 |
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zzh
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5f18167703
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mid interval支持8和16，代码中含有注释掉的调试信息，发现并解决了一个数据溢出的bug
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2024-02-02 03:59:35 +08:00 |
 zzh
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e8ceb3ff58
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解决了各种bug，现在结果是准确的，比原始的扩展快了30%，比64间隔的扩展快了20%
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2024-02-01 13:04:57 +08:00 |
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zzh
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a500d76eaa
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解决了创建fmt时候的bug，获取bwt str地址时候应该用bwt 的 occ-interval计算，而不是fmt的occ interval
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2024-01-31 15:50:33 +08:00 |
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zzh
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fe34be5d3a
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解决了创建fmt过程中的bug，把bwt中保存occ的类型从uint64改成了uint32
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2024-01-31 02:19:08 +08:00 |
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zzh
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555e39df94
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验证了fmt-index的正确性，用两种方式进行了实现，第二种记录b1和b2的occ以及大于他们的碱基的occ，更快一些
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2024-01-29 23:14:46 +08:00 |
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zzh
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22b75d335b
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结果正确性没有问题，正在测试速度，稍快一些
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2024-01-28 14:51:40 +08:00 |
Gitea
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c69cb901bb
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解决了一些bug，目前看来fmt可以正常工作
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2024-01-27 00:42:47 +08:00 |
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Gitea
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8e1576a2cd
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对代码进行了重构，基本完成了fmt-index数据结构的建立和序列查找代码，保留着一些调试信息
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2024-01-25 15:45:59 +08:00 |
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Gitea
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51127278f0
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bwa-mem各个部分优化和测试工程，初始化
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2024-01-25 08:57:03 +08:00 |