 zzh
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98ae5bb779
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消融实验测试版本
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2024-04-01 21:32:48 +08:00 |
zzh
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b0cfa3630e
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添加了kmer_bit，用来检测特定长度的kmer有没有对应的fm-index匹配
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2024-02-13 11:39:25 +08:00 |
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zzh
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914cbd34ab
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添加了kmer index，有效果，但是不明显，有可能是随着序列的边长，后边的扩展更耗时
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2024-02-03 10:06:51 +08:00 |
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zzh
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5a055625c3
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清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试
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2024-02-03 02:31:00 +08:00 |
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zzh
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e8ceb3ff58
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解决了各种bug，现在结果是准确的，比原始的扩展快了30%，比64间隔的扩展快了20%
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2024-02-01 13:04:57 +08:00 |
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zzh
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fe34be5d3a
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解决了创建fmt过程中的bug，把bwt中保存occ的类型从uint64改成了uint32
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2024-01-31 02:19:08 +08:00 |
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zzh
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22b75d335b
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结果正确性没有问题，正在测试速度，稍快一些
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2024-01-28 14:51:40 +08:00 |
Gitea
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c69cb901bb
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解决了一些bug，目前看来fmt可以正常工作
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2024-01-27 00:42:47 +08:00 |
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Gitea
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8e1576a2cd
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对代码进行了重构，基本完成了fmt-index数据结构的建立和序列查找代码，保留着一些调试信息
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2024-01-25 15:45:59 +08:00 |