 zzh
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98ae5bb779
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消融实验测试版本
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2024-04-01 21:32:48 +08:00 |
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zzh
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bad3112151
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在这个基础上修改用于测试fmt消融测试的版本
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2024-03-25 10:41:02 +08:00 |
zzh
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b0cfa3630e
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添加了kmer_bit，用来检测特定长度的kmer有没有对应的fm-index匹配
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2024-02-13 11:39:25 +08:00 |
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zzh
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1b77566567
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添加了14个碱基长度的kmer结果，还没有合并
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2024-02-10 19:04:33 +08:00 |
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zzh
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46822bef2c
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实现了kmer index，有效果，但是随着序列扩展到后边，扩展的耗时越来越长
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2024-02-03 15:54:52 +08:00 |
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zzh
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914cbd34ab
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添加了kmer index，有效果，但是不明显，有可能是随着序列的边长，后边的扩展更耗时
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2024-02-03 10:06:51 +08:00 |
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zzh
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5a055625c3
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清理了一下代码，目前比较纯净，无bug，方便各种设置和测试
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2024-02-03 02:31:00 +08:00 |
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zzh
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45318fc95b
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解决了各种bug，目前mid interval和普通的occ interval合并在一起处理了，通过编译指导语句，进行选择和调试
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2024-02-02 22:18:27 +08:00 |
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zzh
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5ff04ec853
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去掉了一些调试代码，fmt增加了小间隔同时计算的代码，但是效果不明显，后续可能会删掉
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2024-02-02 12:53:34 +08:00 |
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zzh
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5f18167703
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mid interval支持8和16，代码中含有注释掉的调试信息，发现并解决了一个数据溢出的bug
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2024-02-02 03:59:35 +08:00 |
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zzh
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e8ceb3ff58
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解决了各种bug，现在结果是准确的，比原始的扩展快了30%，比64间隔的扩展快了20%
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2024-02-01 13:04:57 +08:00 |
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zzh
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a500d76eaa
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解决了创建fmt时候的bug，获取bwt str地址时候应该用bwt 的 occ-interval计算，而不是fmt的occ interval
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2024-01-31 15:50:33 +08:00 |
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zzh
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fe34be5d3a
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解决了创建fmt过程中的bug，把bwt中保存occ的类型从uint64改成了uint32
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2024-01-31 02:19:08 +08:00 |
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zzh
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555e39df94
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验证了fmt-index的正确性，用两种方式进行了实现，第二种记录b1和b2的occ以及大于他们的碱基的occ，更快一些
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2024-01-29 23:14:46 +08:00 |
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zzh
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22b75d335b
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结果正确性没有问题，正在测试速度，稍快一些
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2024-01-28 14:51:40 +08:00 |
Gitea
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c69cb901bb
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解决了一些bug，目前看来fmt可以正常工作
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2024-01-27 00:42:47 +08:00 |
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Gitea
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8e1576a2cd
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对代码进行了重构，基本完成了fmt-index数据结构的建立和序列查找代码，保留着一些调试信息
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2024-01-25 15:45:59 +08:00 |
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Gitea
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6161808f60
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Merge branch 'main' of ssh://zzhict.top:6622/zzh/bwa_perf into main
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2024-01-25 08:59:10 +08:00 |
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Gitea
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51127278f0
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bwa-mem各个部分优化和测试工程，初始化
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2024-01-25 08:57:03 +08:00 |
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zzh
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f1471ebab2
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Initial commit
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2023-08-23 11:32:55 +08:00 |