bwa_perf/util.h

#ifndef COMMON_H_
#define COMMON_H_

#include <stdlib.h>
#include <stdint.h>

extern double t1, t2, t3, t4, t5, t6, t7, t8, t9, t10, t11, t12, t13, t14;
extern long f1, f2, f3, f4, f5;

typedef uint64_t bwtint_t;

#define xassert(cond, msg) \
    if ((cond) == 0)       \
    _err_fatal_simple_core(__func__, msg)

#define xopen(fn, mode) err_xopen_core(__func__, fn, mode)

double realtime(void);

typedef struct
{
    int qs;      // query start
    int qe;      // query end [)
    int reverse; // 反向链
    uint32_t rs; // 参考基因的起始点(包含)
} ref_match_t;

// 在fm-indexv(或者bwt)查找过程中，记录结果
struct bwtintv_t
{
    bwtint_t x[3], info; // x[0]表示正链位置，x[1]表示互补链位置，x[2]表示间隔长度，info 表示read的起始结束位置
    int num_match;
    ref_match_t rm[2];
};

// 读取单个数据
size_t err_fread_noeof(void *ptr, size_t size, size_t nmemb, FILE *stream);
// 读取二进制数据
bwtint_t fread_fix(FILE *fp, bwtint_t size, void *a);
// 给出问题信息并终止程序
void _err_fatal_simple_core(const char *func, const char *msg);

// base转成2bit值
int bval(char b);
// 互补碱基值
int cbval(char b);
// 打开文件流
FILE *err_xopen_core(const char *func, const char *fn, const char *mode);
// 写二进制文件
size_t err_fwrite(const void *ptr, size_t size, size_t nmemb, FILE *stream);
// 刷新文件流
int err_fflush(FILE *stream);
// 关闭文件流
int err_fclose(FILE *stream);

#endif