90 lines
3.3 KiB
Makefile
90 lines
3.3 KiB
Makefile
CC= gcc
|
|
#CC= clang --analyze
|
|
CFLAGS= -g -Wall -Wno-unused-function -O2
|
|
CXXFLAGS= -g -Wall -Wno-unused-variable -O3
|
|
WRAP_MALLOC=-DUSE_MALLOC_WRAPPERS
|
|
AR= ar
|
|
DFLAGS= -DHAVE_PTHREAD $(WRAP_MALLOC)
|
|
LOBJS= utils.o kthread.o kstring.o ksw.o bwt.o bntseq.o bwa.o bwamem.o bwamem_pair.o bwamem_extra.o malloc_wrap.o intel_ext.o ed_intrav.o
|
|
AOBJS= QSufSort.o bwt_gen.o bwase.o bwaseqio.o bwtgap.o bwtaln.o bamlite.o \
|
|
is.o bwtindex.o bwape.o kopen.o pemerge.o \
|
|
bwtsw2_core.o bwtsw2_main.o bwtsw2_aux.o bwt_lite.o \
|
|
bwtsw2_chain.o fastmap.o bwtsw2_pair.o
|
|
PROG= bwa
|
|
INCLUDES=
|
|
LIBS= -lm -lz -lpthread
|
|
SUBDIRS= .
|
|
|
|
.SUFFIXES:.c .o .cc .cpp
|
|
|
|
.c.o:
|
|
$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
|
|
|
|
.cpp.o:
|
|
$(CXX) -c $(CXXFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
|
|
|
|
all:$(PROG)
|
|
|
|
bwa:libbwa.a $(AOBJS) main.o
|
|
$(CXX) $(DFLAGS) $(AOBJS) main.o -o $@ -L. -lbwa $(LIBS)
|
|
|
|
bwamem-lite:libbwa.a example.o
|
|
$(CXX) $(DFLAGS) example.o -o $@ -L. -lbwa $(LIBS)
|
|
|
|
libbwa.a:$(LOBJS)
|
|
$(AR) -csru $@ $(LOBJS)
|
|
|
|
ed_intrav.o:ed_intrav.cpp
|
|
$(CXX) -c $(CXXFLAGS) $(INCLUDES) -DSW_FILTER_AND_EXTEND -o $@ $<
|
|
|
|
clean:
|
|
rm -f gmon.out *.o a.out $(PROG) *~ *.a
|
|
|
|
depend:
|
|
( LC_ALL=C ; export LC_ALL; makedepend -Y -- $(CFLAGS) $(DFLAGS) -- *.c *.cpp )
|
|
|
|
# DO NOT DELETE THIS LINE -- make depend depends on it.
|
|
|
|
QSufSort.o: QSufSort.h
|
|
bamlite.o: bamlite.h malloc_wrap.h
|
|
bntseq.o: bntseq.h utils.h kseq.h malloc_wrap.h
|
|
bwa.o: bntseq.h bwa.h bwt.h ksw.h utils.h kstring.h malloc_wrap.h kseq.h
|
|
bwamem.o: kstring.h malloc_wrap.h bwamem.h bwt.h bntseq.h bwa.h ksw.h kvec.h
|
|
bwamem.o: ksort.h utils.h intel_ext.h kbtree.h
|
|
bwamem_extra.o: bwa.h bntseq.h bwt.h bwamem.h kstring.h malloc_wrap.h
|
|
bwamem_pair.o: kstring.h malloc_wrap.h bwamem.h bwt.h bntseq.h bwa.h kvec.h
|
|
bwamem_pair.o: utils.h ksw.h
|
|
bwape.o: bwtaln.h bwt.h kvec.h malloc_wrap.h bntseq.h utils.h bwase.h bwa.h
|
|
bwape.o: ksw.h khash.h
|
|
bwase.o: bwase.h bntseq.h bwt.h bwtaln.h utils.h kstring.h malloc_wrap.h
|
|
bwase.o: bwa.h ksw.h
|
|
bwaseqio.o: bwtaln.h bwt.h utils.h bamlite.h malloc_wrap.h kseq.h
|
|
bwt.o: utils.h bwt.h kvec.h malloc_wrap.h
|
|
bwt_gen.o: QSufSort.h malloc_wrap.h
|
|
bwt_lite.o: bwt_lite.h malloc_wrap.h
|
|
bwtaln.o: bwtaln.h bwt.h bwtgap.h utils.h bwa.h bntseq.h malloc_wrap.h
|
|
bwtgap.o: bwtgap.h bwt.h bwtaln.h malloc_wrap.h
|
|
bwtindex.o: bntseq.h bwt.h utils.h malloc_wrap.h
|
|
bwtsw2_aux.o: bntseq.h bwt_lite.h utils.h bwtsw2.h bwt.h kstring.h
|
|
bwtsw2_aux.o: malloc_wrap.h bwa.h ksw.h kseq.h ksort.h
|
|
bwtsw2_chain.o: bwtsw2.h bntseq.h bwt_lite.h bwt.h malloc_wrap.h ksort.h
|
|
bwtsw2_core.o: bwt_lite.h bwtsw2.h bntseq.h bwt.h kvec.h malloc_wrap.h
|
|
bwtsw2_core.o: khash.h ksort.h
|
|
bwtsw2_main.o: bwt.h bwtsw2.h bntseq.h bwt_lite.h utils.h bwa.h
|
|
bwtsw2_pair.o: utils.h bwt.h bntseq.h bwtsw2.h bwt_lite.h kstring.h
|
|
bwtsw2_pair.o: malloc_wrap.h ksw.h
|
|
example.o: bwamem.h bwt.h bntseq.h bwa.h kseq.h malloc_wrap.h
|
|
fastmap.o: bwa.h bntseq.h bwt.h bwamem.h kvec.h malloc_wrap.h utils.h kseq.h
|
|
fastmap.o: intel_ext.h
|
|
is.o: malloc_wrap.h
|
|
kopen.o: malloc_wrap.h
|
|
kstring.o: kstring.h malloc_wrap.h
|
|
ksw.o: ksw.h malloc_wrap.h
|
|
main.o: kstring.h malloc_wrap.h utils.h
|
|
malloc_wrap.o: malloc_wrap.h
|
|
pemerge.o: ksw.h kseq.h malloc_wrap.h kstring.h bwa.h bntseq.h bwt.h utils.h
|
|
utils.o: utils.h ksort.h malloc_wrap.h kseq.h
|
|
ed_intrav.o: ed_intrav64.h ed_intrav64x2.h ed_intrav.h ed_intravED.h
|
|
ed_intrav.o: ed_fine.h
|
|
intel_ext.o: intel_ext.h
|