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eb3acb953a
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添加了一些统计时间的代码
Co-authored-by: Copilot <copilot@github.com>
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2026-07-06 00:06:49 +08:00 |
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1827d89663
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找到了一个bug，是循环缓冲区的skipwrite函数导致的，skip和valuesize混淆会导致pop的时候valuesize和pop出去的bam size不一致，导致bug，新增了skipped字段来解决这一问题
Co-authored-by: Copilot <copilot@github.com>
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2026-07-05 23:35:33 +08:00 |
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e477905410
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小数据结果差不多了，大数据还有bug，再调试一下
Co-authored-by: Copilot <copilot@github.com>
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2026-07-02 03:12:05 +08:00 |
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36d1aa43dc
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解决了阶段一的一个bug，就是最后一次merge之后，如果没达到阈值，merge order不增加，导致中间文件少了一部分数据
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2026-06-27 13:27:13 +08:00 |
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eb876d4fe2
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解决了phase1阶段计算offset的bug，第二阶段初步完成，但是还有bug
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2026-06-11 23:04:59 +08:00 |
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06224d52bb
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clean了一下代码
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2026-06-03 16:47:46 +08:00 |
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f5776a795a
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改进了merge，开始第二阶段过程的工作，需要clean一下代码
Co-authored-by: Copilot <copilot@github.com>
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2026-06-03 14:09:51 +08:00 |
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zzh
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438375572d
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第一阶段基本完成，merge的时候因为拷贝了内存所以比较慢，需要改改
Co-authored-by: Copilot <copilot@github.com>
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2026-06-02 15:57:24 +08:00 |
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c723476a0f
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解压和内存拷贝可以并行，但是效果一般，可以调节并行和串行
Co-authored-by: Copilot <copilot@github.com>
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2026-06-01 23:29:14 +08:00 |
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86b26c9512
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解决了bam和block不对齐情况的处理
Co-authored-by: Copilot <copilot@github.com>
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2026-06-01 16:51:12 +08:00 |
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zzh
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00286d9899
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重构代码，改变并行流水线，拼接连续的block
Co-authored-by: Copilot <copilot@github.com>
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2026-05-27 20:42:59 +08:00 |
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afe6abc857
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线程内排序，线程间merge，线程内压缩，还没输出
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2025-12-16 23:44:49 +08:00 |
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ab7e3989d0
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Merge branch 'main' of ssh://zzhict.top:6622/zzh/FastSort
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2025-12-14 01:03:04 +08:00 |
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3560b5a504
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两种不同的多线程数据分配策略
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2025-12-14 00:45:50 +08:00 |
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ee16392150
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当前可以并行解析block，但是要求每个block必须包含整数个bam，也就是block的起始位置一定要是一个bam的起始数据
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2025-04-26 19:58:07 +08:00 |
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c488d139db
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刚才还有个bug，就是剩余的长度正好时18字节的时候，<改成<=就行了，bugfix
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2025-04-25 15:43:37 +08:00 |
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dbe57f345c
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添加了并行流水线框架
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2025-04-25 15:34:49 +08:00 |
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7ee5241029
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解决了读如文件时，解析block跨buffer的bug
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2025-04-25 15:34:19 +08:00 |
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0d2c533d59
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添加了串行解析线程
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2025-04-23 22:08:40 +08:00 |
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9b2c35eaeb
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解析header完整了，读取文件并解析gz block的框架正确了
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2025-04-22 00:38:38 +08:00 |
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bcb8b420ba
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正常读完文件，然后退出
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2025-04-17 18:29:12 +08:00 |
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588abd70f2
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Init
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2025-04-17 16:17:44 +08:00 |
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433c724211
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Initial commit
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2024-12-19 11:54:29 +08:00 |