快速去冗余，输入是按照坐标排序的BAM/SAM文件

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zzh 01d14d539f 去掉了一些调试信息，把cout等输出都换成了spdlog，可以作为开源代码发布了，README还需要详细写一写		2024-12-16 02:55:11 +08:00
ext	添加log，argparse等第三方库，修改代码	2024-12-14 12:24:19 +08:00
src	去掉了一些调试信息，把cout等输出都换成了spdlog，可以作为开源代码发布了，README还需要详细写一写	2024-12-16 02:55:11 +08:00
.gitignore	代码重构基本完成，还差markdup里的一些调用和处理代码	2024-12-15 03:20:35 +08:00
CMakeLists.txt	去掉了一些调试信息，把cout等输出都换成了spdlog，可以作为开源代码发布了，README还需要详细写一写	2024-12-16 02:55:11 +08:00
README.md	去掉了一些调试信息，把cout等输出都换成了spdlog，可以作为开源代码发布了，README还需要详细写一写	2024-12-16 02:55:11 +08:00
metrics.txt	去掉了一些调试信息，把cout等输出都换成了spdlog，可以作为开源代码发布了，README还需要详细写一写	2024-12-16 02:55:11 +08:00

FastDup

Identifies duplicate reads. This tool locates and tags duplicate reads in a coordinate ordered SAM or BAM file.

Use the same algorithm as picard MarkDuplicates and output identical results. Use spdlog as log tool and the default level is 'info'.